JP2005521411A5 - - Google Patents

Claims (24)

1. 配列特異的ＤＮＡ結合タンパク質の検出方法であって、
   （ａ） 検出デュプレックス（duplex）と、少なくとも一つの配列特異的ＤＮＡ結合タンパク質を含むと思われる試料とを、該デュプレックスと該ＤＮＡ結合タンパク質との間の配列特異的結合をさせるに十分な時間接触させ、
   （ｂ） 工程（ａ）からの混合物と、検出デュプレックスを切断できる切断試薬とを接触させ、ここで検出デュプレックスの切断は該ＤＮＡ結合タンパク質の該デュプレックスへの結合によって阻害され、かつ
   （ｃ） 該ＤＮＡ結合タンパク質による該切断の阻害を検出する
   ことを含んでなる、方法。
2. 切断試薬が、配列特異的切断試薬である、請求項１に記載の方法。
3. 配列特異的切断試薬が、制限エンドヌクレアーゼであり、かつ、検出デュプレックスが、制限エンドヌクレアーゼ認識部位を含んでなる、請求項１に記載の方法。
4. 制限エンドヌクレアーゼが、タイプII制限エンドヌクレアーゼであり、かつ、制限エンドヌクレアーゼ認識部位が、タイプII制限エンドヌクレアーゼ認識部位である、請求項３に記載の方法。
5. 制限エンドヌクレアーゼが、タイプIIs制限エンドヌクレアーゼであり、かつ、制限エンドヌクレアーゼ認識部位が、タイプIIs制限エンドヌクレアーゼ認識部位である、請求項３に記載の方法。
6. 該ヌクレアーゼが有意なエンドヌクレアーゼ活性を欠くエキソヌクレアーゼである、請求項１に記載の方法。
7. 検出デュプレックスが、
   （ｉ）タグ配列を含む第一のオリゴヌクレオチドと、
   （ii）第一のオリゴヌクレオチドと相補的であって、検出可能な標識を含んでなる、第二のオリゴヌクレオチド
   とを含んでなる、請求項１に記載の方法。
8. 検出デュプレックスが、捕捉タグをさらに含んでなる、請求項７に記載の検出法。
9. 検出デュプレックスが、試料と接触させる前に捕捉タグを介して固体支持体上に固定化される、請求項８に記載の方法。
10. 検出デュプレックスが、捕捉タグを介して固体支持体上に固定化される、請求項８に記載の方法。
11. 複数の検出デュプレックスを用い、各検出デュプレックスが固体表面の予め決められた位置でのデュプレックスの捕捉を可能にする捕捉タグを有している、請求項８に記載の方法。
12. 配列特異的ＤＮＡ結合タンパク質の検出方法であって、
    （ａ） 少なくとも一つの配列特異的ＤＮＡ結合タンパク質を含み得る試料と、各検出デュプレックスが捕捉タグを含んでなる、複数の検出デュプレックスとを、該デュプレックスと該結合タンパク質との間の配列特異的結合をさせるに十分な時間接触させ、
    （ｂ） 固体支持体上の予め決められた位置に検出デュプレックスを固定し、かつ
    （ｃ） 該デュプレックスと該結合タンパク質との間の結合を検出する
    ことを含んでなる、方法。
13. 固体支持体への検出デュプレックスの固定化が、デュプレックスと試料とを接触させる前に行われる、請求項１２に記載の方法。
14. 固体支持体への検出デュプレックスの固定化が、デュプレックスと試料とを接触させた後に行われる、請求項１２に記載の方法。
15. 配列特異的ＤＮＡ結合タンパク質の検出方法であって、
    （ａ） 少なくとも一つの配列特異的ＤＮＡ結合タンパク質を含み得る試料と、タンパク質と結合する、複数の固定化された検出デュプレックスとを、該デュプレックスと該結合タンパク質との間の配列特異的結合をさせるに十分な時間接触させ、ここで、固定化された検出デュプレックスは、固体支持体上の予め決められた位置に固定化されており、かつ、
    （ｂ） 該デュプレックスと該結合タンパク質との間の結合を検出する
    ことを含んでなる、方法。
16. 検出が、検出デュプレックスとの接触前に、該タンパク質試料を検出可能な標識で標識することにより行われる、請求項１２〜１５のいずれか一項に記載の方法。
17. 検出が、該結合タンパク質を特異的に結合する検出試薬により行われる、請求項１２〜１５のいずれか一項に記載の方法。
18. 検出試薬が抗体である、請求項１７に記載の方法。
19. 配列特異的ＤＮＡ結合タンパク質の検出方法であって、
    （ａ） 少なくとも一つの配列特異的ＤＮＡ結合タンパク質を含み得る試料と、複数の検出デュプレックスとを、該デュプレックスと該結合タンパク質との間の配列特異的結合をさせるに十分な時間接触させ、ここで、各検出デュプレックスは、検出可能な標識を含んでなり、
    （ｂ） 固体支持体上の予め決められた位置へのタンパク質の捕捉により、検出デュプレックスを固定し、かつ
    （ｃ） 検出可能な標識によって固定化したデュプレックスを検出する
    ことを含んでなる、方法。
20. 検出可能な標識がビオチンである、請求項１９に記載の方法。
21. 検出可能な標識が蛍光染料である、請求項１９に記載の方法。
22. 配列特異的ＤＮＡ結合タンパク質の検出方法であって、
    （ａ） 捕捉表面と、少なくとも一つの配列特異的ＤＮＡ結合タンパク質を含み得る試料とを、捕捉表面で該配列特異的結合タンパク質を捕捉させるに十分な時間接触させ、ここで、捕捉表面は、予め決められた位置で表面に保持された、複数のタンパク質特異的結合部位を含んでなり、
    （ｂ） 該捕捉表面と、複数の検出デュプレックスとを接触させ、かつ
    （ｃ） 該デュプレックスと該結合タンパク質との間の結合を検出する
    ことを含んでなる、方法。
23. 複数の検出デュプレックスを用い、かつ、各検出デュプレックスが固体支持体上の予め決められた位置で固定化されてなる、請求項１に記載の方法。
24. 複数の検出デュプレックスを用い、かつ、各検出デュプレックスが予め決められたビーズまたは微粒子上でのデュプレックスの捕捉を可能にする捕捉タグを含んでなる、請求項８に記載の方法。