JP2005000044A - ヒトミトコンドリア遺伝子変異に基づく遺伝子検出法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】各々96名の百寿者、及びアルツハイマー病患者におけるミトコンドリアゲノム全塩基配列を直接塩基配列決定法により解析した。その結果、アルツハイマー病患者には、全部で521ヶ所の変異が確認された。これらのうち、コーディング領域には331個(うち、同義置換234個、非同義置換97個)の変異が、rRNA及びtRNA領域には72個の変異が、非コーディング領域には119個の変異がそれぞれ確認された。これらの変異箇所を詳細に解析することにより、アルツハイマー病の発生を予測することが可能となる。
【選択図】 なし
Description
【発明の属する技術分野】
本発明は、ヒトミトコンドリアDNA(以下、mtDNAという)の多型に関するものである。このmtDNA多型を利用して、(1)ある人がアルツハイマー病となり得るか否かに関して有用な情報を与える検出方法、又は(2)ある人が健康長寿となり得るか否かに関して有用な情報を与える検出方法、或いは(3)個人識別方法(例えば、法医学、親子鑑定、疫学調査、考古学調査等)等に応用することができる。
【0002】
【従来の技術】
アルツハイマー病とは、βアミロイド蛋白と呼ばれる異常な蛋白質が脳全般に蓄積することで、脳の神経細胞が変性・脱落する疾患である。この疾患が進行すると、脳が萎縮し、痴呆状態を呈する。CT・MRI等の画像診断結果から見ると、アルツハイマー病の比較的早期から側頭葉内側部(海馬領域)の萎縮が目立ってくると言われている。更に疾患が進行すると、脳全体の萎縮が顕著となる。
このようなアルツハイマー病は、日本を含む先進国において大きな問題となっている。この疾患は、40歳代〜50歳代の成年期にも発症して、急速に進行し得ることから、患者の家族のみならず、社会的にも大きな損失を伴うものである。
アルツハイマー病に関する遺伝学の研究や候補遺伝子の解析は、ヒト遺伝子解析プログラムの進展とも伴って、飛躍的な進歩を見せている。そこで、アルツハイマー病患者の遺伝子多型を調べることにより、そのような病気に罹りやすいか否かを判断できる可能性がある。
一方、満年齢で百歳を越える百寿者のように、健康で長寿を享受している者も少なくない。これらの百寿者では、特異的な遺伝子多型を備えている可能性がある。
【0003】
mtDNAは、ミトコンドリア中に存在し、母系性遺伝を行うことが知られている。ミトコンドリアでは、主としてエネルギー代謝に関する反応が行われていることから、健康長寿な者との関連、及びアルツハイマー病との関連が考えられる。
本発明者らは、継続してmtDNAの多型に関する研究を行っているが(例えば、特開平11−113597)、mtDNAの多型と健康長寿者、及びアルツハイマー病との間の詳細な関係を解析した従来技術については、確認していない。
【特許文献1】特開平11−113597号公報
【0004】
【発明が解決しようとする課題】
ゲノム多型は、人種や民族により異なるので、各々の人種や民族でアルツハイマー病に関連したミトコンドリアゲノム多型データベース、及び健康著寿に関するミトコンドリアゲノム多型データベースの構築をすることは重要である。
本発明は、上記した事情に鑑みてなされたものであり、その目的はアルツハイマー病患者と長寿者とのミトコンドリアゲノム多型を探索することにより、アルツハイマー病の進展の予防・診断に貢献すること、及び健康長寿に関連する多型を見出すことにあり、また他の目的は、ミトコンドリアゲノム多型に基づいた個人識別方法を提供することにある。
【0005】
【課題を解決するための手段、発明の作用、及び発明の効果】
本発明者らは、それぞれ96名づつのアルツハイマー病患者、及び百寿者(満年齢で99.1歳以上の寿命を得た者)のヒトミトコンドリアDNAの全塩基配列(16569塩基対)を全て解読し、変異(置換、欠失、及び付加)を解析することにより、基本的には本発明を完成するに至った。
両群のヒトミトコンドリアDNAの変異を比較することにより、(1)ある者がアルツハイマー病と成り得る可能性が高いか否か、(2)ある者が長寿と成り得る可能性が高いか否かなどを判断するための資料を与えることができる。また、両群において検出された変異に基づいて、個人識別を行うこともできる。
【0006】
すなわち、上記の課題を解決するために第1の発明は、ヒトミトコンドリアDNAにおいて、 −42C , T63C , C64T , G66− , G68A , A73G , A93G , G94A , G103A , T131C , T146C , C150T , C151T , T152C , A153G , C182T , A183G , A189G , −190A , A191G , C194T , T195C , T195A , T199C , A200G , A202G , T204C , G205A , G207A , A210G , A214G , A215G , T217C , A235G , A248− , A257G , G260A , A263G , C280T , A281G , A286− , A287− , C298T , −310C , C348T , A351C , A368G , G380C , C382G , A385T , T408A , C431T , C456T , C481T , T489C , G499A , C506T , A533G , A546G , C548T , A663G , T681C , G709A , A735G , C752T , A827G , A856G , A866G , C983T , A998G , T1005C , G1007A , C1048T , A1053T , T1107C , T1119C , A1148G , C1310T , A1382C , T1420C , A1438G , G1442A , A1555G , G1598A , C1662T , G1709A , G1719A , C1734T , A1736G , T1819C , T1824C , G1888A , A1943G , T1977C , A1995G , −2150A , A2246G , A2356G , G2361A , C2380T , T2483C , T2626C , A2706G , C2766T , C2772T , G2831A , C2835T , T2887C , G3010A , T3027C , C3106− , C3206T , T3278C , T3336C , T3338C , 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【0007】
アルツハイマー病患者群においては521個の変異が、百寿者群においては511個の変異が確認された。上記の727個の変異は、両群における重複ヶ所(305ヶ所)を整理した全てのものである。
本発明において、変異とは、いわゆる「改訂版ケンブリッジ標準配列」、或いは本発明者らが見出した日本人におけるコンセンサスシークエンス(JCS:表2を参照)に比べて、特定の塩基が変異していることを意味している。なお、本明細書中において、「変異」とは、塩基の置換、挿入、または欠失を含む。
また、本明細書中においては、塩基置換については、2種類の英文字が数字を挟んだ状態で示している。例えば、「T63C」は、63番目のチミンがシトシンに変異(置換)したことを示している。
【0008】
また、塩基挿入については、例えば「−42C」のように、記号「−」に続いて、挿入がなされた位置を数字で示し、更に挿入された塩基を記述した(上記の例は、42番目にシトシンが挿入されたことを示している)。塩基欠失については、例えば「G66−」のように、欠失された塩基に続いて、欠失がなされた位置を数字で示し、記号「−」を記述した(上記の例は、66番目のグアニンが欠失したことを示している)。
また、アミノ酸置換については、タンパク質の種類、そのタンパク質中のアミノ酸の番号、標準のアミノ酸(3文字表記)及び変異した後のアミノ酸(3文字表記)を示した。
【0009】
また、標準的な塩基配列として、改訂版ケンブリッジリファレンスシークエンス(rCRS, revised Cambridge reference sequence ; Andrews R.M., Kubacka I., Chinnery P.F., Lightowlers R.N., Turnbull D.M., Howell N. Reanalysis and revision of the Cambridge reference sequence for human mitochondrial DNA. Nat Genet 1999; 23: 147.)を使用している。高頻度変異部位1(Hypervariable region 1(303−317))、CAリピート(CA repeat(514−523))、Cストレッチ1(C stretch 1(568−573))、12S rRNA(956−965)、Cストレッチ2(C stretch 2(5895−5899))、9bp欠失/挿入(9−bp deletion / insertion (8272−8289))、及び高頻度変異部位2(Hypervariable region 2(16180−16195))の部位は、rCRSと各個人との間に(或いは、各個人間においても)高度に変異が認められる(表19〜表24を参照)ことから、これらの部位のうちの少なくとも1つ、または二つ以上の塩基の変異に基づいて、個人識別をすることもできる。
【0010】
遺伝子変異を検出する方法としては、当業者にとって公知の方法、例えばDNAシークエンス、多重APLP法、DNAマイクロアレイ等を使用したハブリダイゼーション法、Invader法、Taqmanプローブ法、 Masscodeタグ法、対立遺伝子特異的PCR法、RFLP法、多様固相蛍光ミニシークエンス法、免疫化シークエンス特異的オリゴヌクレオチドプローブアッセイ法などを例示することができるが、これらの方法に限定されることなく、将来的に開発される各種のDNA解析法を用いることが出来る。
第1の発明によれば、ヒトミトコンドリアDNAの変異に基づいて、個人識別を行うことができる。
【0011】
第2の発明は、ヒトミトコンドリアDNAにおいて、 −42C , A73G , A93G , G94A , G103A , T131C , T146C , C150T , C151T , T152C , A153G , C182T , A183G , A189G , −190A , C194T , T195A , T195C , T199C , A200G , A202G , T204C , G205A , G207A , A210G , A214G , A215G , T217C , A235G , A248− , G260A , A263G , C280T , C298T , C431T , C481T , T489C , G499A , A546G , C548T , A663G , G709A , A735G , C752T , A827G , A856G , A866G , T1005C , G1007A , A1053T , T1107C , T1119C , C1310T , A1382C , A1438G , G1442A , A1555G , G1598A , C1662T , G1709A , A1736G , T1819C , T1824C , A1943G , A1995G , −2150A , A2246G , A2356G , G2361A , C2380T , T2483C , T2626C , A2706G , C2766T , C2772T , G2831A , C2835T , G3010A , T3027C , C3106− , C3206T , T3336C , T3338C , G3391A , G3421A , C3497T , G3531A , A3537G , C3546T , G3591A , A3639G , T3644C , G3666A , A3729G , G3736A , A3756G , G3834A , A3865G , A3943G , C3970T , A3972G , C3975T , T4047C , G4048A , C4071T , C4086T , T4117C , A4136G , C4161T , A4164G , A4200G , A4200T , T4216C , T4218C , T4248C , G4296A , A4343G , T4386C , C4394T , A4395G , C4501T , C4505T , C4538T , G4541T , T4646C , G4655A , T4705C , A4715G , A4732G , T4736C , A4769G , A4793G , G4820A , A4824G , A4833G , T4859C , C4883T , A4895G , T4907C , A4958G , T4977C , T5004C , T5021C , T5048C , C5049T , C5099A , T5108C , G5147A , C5178A , G5231A , G5237A , C5246A , G5252A , A5301G , A5351G , G5417A , A5441G , G5460A , T5465C , T5587C , A5592G , C5601T , G5744A , G5773A , G6023A , A6040G , C6164T , G6179A , T6216C , T6253C , T6297C , T6392C , C6410T , T6413C , C6455T , T6620C , T6641C , T6680C , C6689T , A6737G , C6836T , G6962A , C7028T , C7196A , T7220C , T7270C , G7356A , A7460G , T7501A , G7600A , G7664A , A7673G , T7684C , T7711C , A7822G , A7828G , G7853A , C7867T , G8020A , T8063C , A8074G , T8200C , G8206A , G8251A , A8296G , G8392A , T8404C , C8414T , C8434T , T8450C , T8473C , A8563G , G8584A , C8684T , A8701G , A8725G , A8730G , G8764A , A8784G , C8794T , C8829T , C8844T , A8860G , A8894T , C8964T , G8994A , T9038C , G9053A , T9084C , C9092T , G9123A , T9165C , A9180G , C9212T , G9266A , C9278T , C9296T , A9299G , A9377G , A9389G , A9410G , G9477A , C9527T , T9540C , G9548A , G9575A , G9755A , T9824C , T9824A , T9909C , G9932A , T9950C , G9962A , A10005G , T10007C , T10084C , A10097G , C10104T , C10181T , C10211T , T10238C , G10310A , T10345C , A10397G , A10398G , C10400T , T10410C , A10411G , T10535C , G10586A , G10589A , C10607T , T10609C , T10640C , C10654T , T10790C , G10801A , A10819G , T10873C , C10976T , G11016A , T11017C , C11059T , A11084G , A11101G , C11146T , G11149A , C11151T , C11215T , T11255C , T11287C , A11314G , T11368C , A11404G , C11422T , C11431T , T11437C , C11536T , C11647T , G11696A , G11719A , A11764G , G11914A , T11944C , A11959G , A12026G , A12172G , G12192A , A12234G , T12311C , T12338C , A12340G , A12358G , A12361G , G12372A , T12396C , C12405T , G12406A , A12451G , A12469G , G12501A , G12618A , C12633T , C12705T , T12727C , A12753G , G12771A , T12811C , C12816T , C12870T , T12880C , C12882T , T12957C , A13104G , A13105G , G13135A , A13183G , T13260C , A13278G , T13500C , A13563G , G13590A , A13629G , G13708A , A13716G , C13749T , C13755T , G13759A , A13827G , G13928C , A13942G , T14020C , A14053G , A14091G , C14103A , C14129T , A14133G , A14148G , C14149T , C14155T , C14158T , T14178C , T14180C , A14185T , T14200C , A14206C , C14281T , T14287C , G14364A , C14368T , A14393G , T14470C , G14476A , T14502C , G14569A , A14605G , C14668T , A14687G , A14692G , A14693G , A14750G , T14757C , C14766T , T14783C , A14793G , C14862T , C14867T , A14893G , A14927G , C14944T , A14959G , T14968C , T14979C , G14996A , C15022T , G15024A , G15043A , T15067C , G15172A , G15217A , A15218G , G15221A , C15223T , A15235G , A15236G , A15244G , G15301A , G15314A , G15323A , A15326G , G15346A , G15355A , T15440C , C15459T , C15460T , T15470C , A15475G , A15487T , A15496G , G15497A , C15508T , C15518T , A15524G , C15535T , T15622C , T15629C , A15649G , A15662G , A15758G , A15766G , A15805G , T15850C , A15851G , A15860G , A15874G , G15883A , C15886T , T15900C , A15914G , A15924G , G15927A , G15930A , T15941C , A15951G , A15954G , A15965G , A16051G , T16086C , T16092C , T16093C , T16102C , C16111T , T16126C , G16129A , T16136C , T16140C , G16145A , C16150T , A16155G , G16156A , A16162G , A16164G , C16169T , T16172C , C16174T , T16178C , C16179T , A16203G , T16209C , G16213A , C16214T , T16217C , C16223T , T16224C , A16227G , T16231C , C16232A , A16233G , C16234T , T16243C , C16245T , T16249C , C16257A , C16261T , C16266A , C16266T , A16269G , G16274A , C16278T , A16284G , C16286T , C16287T , C16290T , C16291T , C16292T , A16293C , C16295T , T16297C , T16298C , T16304C , G16310A , T16311C , A16318T , G16319A , T16324C , T16325C , A16335G , C16344T , C16355A , C16355T , T16357C , T16362C , T16381C , G16390A , A16399G , A16463G , A16497G , C16511T , T16512C , G16516A , T16519C のうちの少なくとも一つ、または二つ以上の塩基の変異に基づいて、その者がアルツハイマー病となるか否かについての判断資料を与えることを特徴とするヒトミトコンドリア遺伝子変異に基づく遺伝子検出法である。
【0012】
アルツハイマー病患者群においては、521個の変異が確認された。第2の発明では、これら521ヶ所の変異のいずれか(一つ、または二つ以上)を検出することにより、その者がアルツハイマー病となるか否かを判断するための資料を与えることができる。
なお、第2の発明において、好ましくは、 −42C , T131C , T146C , C150T , T152C , A153G , C182T , A183G , T195A , G205A , A210G , A215G , T217C , A248− , C431T , C548T , G709A , A735G , A866G , T1005C , G1007A , A1053T , T1119C , C1310T , A1555G , C1662T , G1709A , T1819C , T1824C , A1943G , A1995G , A2356G , G2361A , C2380T , T2483C , C2835T , T3027C , T3336C , G3421A , C3497T , G3531A , C3546T , A3639G , T3644C , G3666A , A3729G , G3736A , A3756G , G3834A , A3865G , A3943G , C3970T , A3972G , C3975T , T4047C , A4136G , C4161T , A4200G , A4200T , T4216C , T4218C , G4296A , A4395G , C4501T , C4538T , G4541T , T4646C , T4705C , A4732G , T4736C , A4769G , A4793G , A4833G , T4859C , A4895G , T4907C , T4977C , T5004C , T5021C , T5048C , C5049T , C5099A , T5108C , G5147A , G5231A , G5237A , C5246A , G5252A , G5417A , A5441G , T5587C , A5592G , C5601T , G5773A , A6040G , C6164T , G6179A , T6216C , T6297C , T6392C , C6410T , T6641C , C6689T , C6836T , G6962A , C7028T , T7220C , G7356A , A7460G , T7501A , G7600A , G7664A , A7673G , T7711C , A7828G , C7867T , T8063C , T8200C , A8296G , T8404C , C8434T , C8684T , A8725G , A8730G , G8764A , A8860G , A8894T , T9038C , C9092T , G9123A , C9212T , G9266A , C9278T , A9377G , A9389G , A9410G , G9477A , C9527T , G9575A , T9909C , G9932A , A10005G , T10007C , T10084C , A10097G , C10181T , C10211T , T10238C , G10310A , A10411G , T10535C , G10586A , G10589A , C10607T , T10609C , T10640C , C10654T , T10790C , A10819G , C10976T , G11016A , A11101G , G11149A , C11215T , T11255C , T11287C , A11314G , T11368C , A11404G , C11422T , C11431T , G11719A , A11764G , A11959G , A12172G , T12338C , A12340G , A12358G , G12372A , T12396C , G12406A , A12451G , A12469G , G12501A , G12618A , C12633T , T12727C , A12753G , C12816T , C12870T , T12880C , C12882T , T12957C , A13183G , T13260C , A13278G , T13500C , A13563G , A13629G , A13716G , C13749T , C13755T , G13928C , A13942G , T14020C , A14053G , C14103A , C14129T , A14133G , A14148G , C14155T , T14178C , T14180C , A14185T , T14200C , A14206C , C14368T , A14393G , G14476A , T14502C , G14569A , A14687G , A14692G , A14693G , A14750G , T14757C , C14766T , C14862T , C14867T , A14893G , A14927G , A14959G , T14968C , G14996A , C15022T , G15024A , T15067C , G15172A , G15217A , G15221A , A15244G , G15314A , G15323A , A15326G , G15346A , G15355A , T15440C , C15459T , C15460T , T15470C , A15496G , G15497A , T15622C , T15629C , A15649G , A15758G , A15766G , T15850C , A15860G , A15874G , G15883A , C15886T , T15900C , A15914G , G15930A , A15951G , A15954G , A15965G , T16092C , T16102C , C16111T , T16140C , G16145A , C16150T , A16155G , G16156A , A16164G , T16172C , C16174T , T16178C , C16179T , A16203G , G16213A , C16214T , T16217C , A16227G , T16231C , C16232A , A16233G , C16234T , T16249C , C16257A , C16261T , C16266T , G16274A , C16278T , C16286T , C16291T , A16293C , T16304C , G16310A , T16311C , A16335G , C16344T , C16355T , C16355A , T16381C , A16399G , A16463G , A16497G , C16511T , T16512C , G16516A , T16519C のうちの少なくとも一つ、または二つ以上の塩基の変異に基づくことができる。
本発明者らの解析によれば、百寿者に比べてアルツハイマー病患者に多く確認された314ヶ所の変異の有無を確認することにより、その者がアルツハイマー病患者となる可能性が高いか否かについての判断資料を与えることができる。
【0013】
また、第2の発明において、好ましくは、 −42C , C182T , A183G , T195A , G205A , A215G , T217C , C548T , A735G , A866G , T1005C , G1007A , A1053T , A1555G , C1662T , G1709A , T1819C , T1824C , A1943G , A1995G , A2356G , G2361A , C2380T , T2483C , C2835T , T3027C , T3336C , G3421A , G3531A , C3546T , A3639G , T3644C , G3666A , A3729G , G3736A , A3756G , G3834A , A3865G , A3943G , A3972G , C3975T , T4047C , A4136G , C4161T , A4200G , A4200T , T4216C , T4218C , G4296A , A4395G , C4501T , C4538T , G4541T , T4646C , T4736C , T4907C , T4977C , T5004C , T5021C , T5048C , C5099A , G5237A , C5246A , G5252A , A5441G , T5587C , A5592G , A6040G , C6164T , G6179A , T6216C , T6297C , T6641C , C6836T , T7220C , G7356A , A7460G , T7501A , G7664A , A7673G , T7711C , A7828G , T8063C , A8296G , T8404C , C8434T , C8684T , A8725G , A8730G , G8764A , A8894T , T9038C , C9092T , C9212T , G9266A , C9278T , A9389G , A9410G , G9477A , C9527T , T9909C , G9932A , A10005G , T10007C , T10084C , A10097G , C10211T , T10238C , A10411G , T10535C , G10586A , G10589A , C10607T , T10640C , C10654T , T10790C , A10819G , G11016A , A11101G , T11255C , T11287C , A11314G , T11368C , A11404G , C11422T , C11431T , A11764G , A11959G , A12172G , T12338C , A12340G , T12396C , A12451G , A12469G , G12501A , G12618A , C12633T , T12727C , A12753G , C12816T , C12870T , T12957C , A13183G , T13260C , T13500C , A13629G , A13716G , C13749T , C13755T , A13942G , T14020C , C14103A , C14129T , A14148G , C14155T , T14178C , A14185T , A14206C , C14368T , A14393G , T14502C , A14687G , A14692G , A14693G , A14750G , T14757C , C14862T , A14893G , A14959G , T14968C , G14996A , C15022T , G15024A , G15172A , G15221A , A15244G , G15314A , G15355A , C15459T , C15460T , T15470C , A15496G , T15622C , T15629C , A15649G , A15758G , A15766G , G15883A , C15886T , T15900C , A15914G , G15930A , A15965G , T16102C , G16145A , C16150T , A16155G , G16156A , C16174T , T16178C , C16179T , A16203G , G16213A , C16214T , T16231C , A16233G , C16286T , A16293C , G16310A , A16335G , C16355A , T16381C , A16399G , C16511T , T16512C , G16516A のうちの少なくとも一つ、または二つ以上の塩基の変異に基づくことができる。
本発明者らの解析によれば、百寿者群には認められず、アルツハイマー病患者にのみ確認された216ヶ所の変異の有無を確認することにより、その者がアルツハイマー病患者となる可能性が高いか否かについての判断資料を与えることができる。
【0014】
また、百寿者群においては、511個の変異が確認された。これらの変異のうち、アルツハイマー病患者よりも百寿者群に多く見られた334ヶ所の変異のいずれか(一つ、または二つ以上)、またはアルツハイマー病患者群には認められず百寿者群にのみ確認された206ヶ所の変異を検出することにより、その者が長寿者となるか否か(或いは、アルツハイマー病となりにくいか否か)を判断するための資料を与えることができる(なお、334ヶ所のうちの128ヶ所については、アルツハイマー病患者群と百寿者群のいずれにも確認された変異であって、百寿者群に多く見られたものである)。
こうして、第3の発明は、ヒトミトコンドリアDNAにおいて、 T63C , C64T , G66− , G68A , A73G , A93G , G103A , −190A , A191G , C194T , T195C , T199C , A202G , T204C , G207A , A235G , A257G , G260A , A263G , A281G , A286− , A287− , −310C , C348T , A351C , A368G , G380C , C382G , A385T , T408A , C456T , T489C , G499A , C506T , A533G , A663G , T681C , C752T , C983T , A998G , C1048T , T1107C , A1148G , A1382C , T1420C , A1438G , G1442A , G1719A , C1734T , A1736G , G1888A , T1977C , −2150A , T2626C , A2706G , C2766T , C2772T , G2831A , T2887C , G3010A , C3106− , C3206T , T3278C , G3391A , T3394C , T3456C , G3496T , A3520G , T3552A , C3696T , A3759G , A3768G , T3826C , G3882A , C3963A , G4048A , T4062C , C4071T , C4086T , T4117C , A4164G , T4209C , T4248C , A4310G , T4386C , C4505T , T4612C , G4655A , G4659A , T4688C , A4715G , G4820A , A4824G , C4850T , C4883T , A4958G , A5127G , A5153G , C5178A , A5301G , A5351G , C5379T , T5442C , G5460A , T5492C , A5539G , T5628C , T5788C , A5894G , G5970A , G5979A , G6018A , C6053T , A6146G , T6185C , T6253C , G6261A , A6332G , G6383A , T6413C , A6416G , C6455T , T6524C , T6620C , T6680C , A6737G , A6752G , T7191C , C7196A , C7244T , A7352T , T7389C , A7403G , C7492T , G7521A , G7598A , T7684C , T7738C , A7755G , G7853A , T7961C , G8020A , A8071G , T8167C , C8203T , G8206A , G8251A , T8265C , C8270T , G8290A , A8291G , A8413G , C8414T , C8455T , C8461T , T8473C , A8489G , G8557A , A8563G , G8584A , T8654C , A8701G , T8762C , A8784G , C8788T , C8794T , A8812G , C8964T , T9017C , G9053A , A9069G , T9090C , C9099A , T9128C , C9129T , T9165C , A9180G , C9293T , C9296T , A9341T , T9479C , A9494G , T9540C , A9545G , G9548A , A9667G , T9750C , G9755A , G9804A , C9812T , T9824C , T9824A , A9843G , C10104T , G10172A , T10274C , T10345C , G10373A , A10397G , A10398G , C10400T , T10410C , G10801A , T10873C , A10876G , A10972G , T11017C , T11113C , C11146T , C11536T , C11647T , C11665T , T11722C , T11770C , T11944C , G11969A , G12007A , A12026G , A12040G , C12088T , T12091C , G12192A , T12311C , T12354C , C12405T , T12408C , G12622A , G12630A , A12634G , G12651A , G12651C , C12705T , G12771A , T12804C , T12811C , A12834G , C13011T , A13057G , C13110T , T13215C , A13221G , G13225A , C13251T , A13263G , A13269G , C13383T , A13413G , T13461C , G13590A , A13606G , A13614G , T13617C , A13651G , C13695A , T13768C , G13810A , A13887G , G13928A , A14001G , A14002G , C14281G , C14281T , T14287C , T14318C , T14325C , G14364A , T14371C , T14470C , G14544A , A14605G , C14668T , A14755T , T14783C , G14861A , T14979C , G15043A , A15236G , G15301A , G15317A , A15325G , C15331A , C15379T , C15402T , A15487T , A15524G , A15562G , A15724G , A15769C , G15773A , T15784C , A15817G , G15884A , T15940− , A15974G , A16037G , T16093C , G16129A , T16136C , A16162G , C16168T , C16176T , C16201T , T16209C , A16215G , C16223T , A16240G , G16244A , C16245T , C16257T , C16260T , C16270T , A16284G , C16290T , C16291G , C16292G , C16294T , C16296T , T16297C , T16298C , A16300G , A16302G , A16309G , A16318T , G16319A , C16320T , C16327T , T16352C , T16356C , C16360T , T16362C , G16390A , G16456C , A16523G , C16527T のうちの少なくとも一つ、または二つ以上の塩基の変異に基づいて、その者が長寿者となるか否かについての判断資料を与えることを特徴とするヒトミトコンドリア遺伝子変異に基づく遺伝子検出法である。これら334ヶ所の変異は、アルツハイマー病患者群に比べて、百寿者群に多く見られた変異である。
【0015】
また、第3の発明において、好ましくは、 T63C , C64T , G66− , G68A , A191G , A257G , A281G , A286− , A287− , −310C , C348T , A351C , A368G , G380C , C382G , A385T , T408A , C456T , C506T , A533G , T681C , C983T , A998G , C1048T , A1148G , T1420C , G1719A , C1734T , G1888A , T1977C , T2887C , T3278C , T3394C , T3456C , G3496T , A3520G , T3552A , C3696T , A3759G , A3768G , T3826C , G3882A , C3963A , T4062C , T4209C , A4310G , T4612C , G4659A , T4688C , C4850T , A5127G , A5153G , C5379T , T5442C , T5492C , A5539G , T5628C , T5788C , A5894G , G5970A , G5979A , G6018A , C6053T , A6146G , T6185C , G6261A , A6332G , G6383A , A6416G , T6524C , A6752G , T7191C , C7244T , A7352T , T7389C , A7403G , C7492T , G7521A , G7598A , T7738C , A7755G , T7961C , A8071G , T8167C , C8203T , T8265C , C8270T , G8290A , A8291G , A8413G , C8455T , C8461T , A8489G , G8557A , T8654C , T8762C , C8788T , A8812G , T9017C , A9069G , T9090C , C9099A , T9128C , C9129T , C9293T , A9341T , T9479C , A9494G , A9545G , A9667G , T9750C , G9804A , C9812T , A9843G , G10172A , T10274C , G10373A , A10876G , A10972G , T11113C , C11665T , T11722C , T11770C , G11969A , G12007A , A12040G , C12088T , T12091C , T12354C , T12408C , G12622A , G12630A , A12634G , G12651A , G12651C , T12804C , A12834G , C13011T , A13057G , C13110T , T13215C , A13221G , G13225A , C13251T , A13263G , A13269G , C13383T , A13413G , T13461C , A13606G , A13614G , T13617C , A13651G , C13695A , T13768C , G13810A , A13887G , G13928A , A14001G , A14002G , C14281G , T14318C , T14325C , T14371C , G14544A , A14755T , G14861A , G15317A , A15325G , C15331A , C15379T , C15402T , A15562G , A15724G , A15769C , G15773A , T15784C , A15817G , G15884A , T15940− , A15974G , A16037G , C16168T , C16176T , C16201T , A16215G , A16240G , G16244A , C16257T , C16260T , C16270T , C16291G , C16292G , C16294T , C16296T , A16300G , A16302G , A16309G , C16320T , C16327T , T16352C , T16356C , C16360T , G16456C , A16523G , C16527T のうちの少なくとも一つ、または二つ以上の塩基の変異に基づくことができる。これら206ヶ所の変異は、百寿者群にのみ見られた変異である。
【0016】
また、全ての変異のうち、「アルツハイマー病患者に認められた多型数/百寿者に認められた多型数」という割合について、適当な範囲(例えば、1.2以上、1.5以上、2.0以上、3.0以上、4.0以上、5.0以上、0.9以下、0.8以下、0.7以下、0.6以下、0.5以下、0.4以下、0.3以下などが例示できる)を選択することにより、ある者がアルツハイマー病となる可能性、或いはある者が長寿となる可能性についての判断資料を精度良く与えることもできる。
【0017】
【発明の実施の形態】
次に、本発明の一実施形態について、図表を参照しつつ詳細に説明するが、本発明の技術的範囲は、下記の実施形態によって限定されるものではなく、その要旨を変更することなく、様々に改変して実施することができる。また、本発明の技術的範囲は、均等の範囲にまで及ぶものである。
【0018】
<対象>
各々96名のアルツハイマー病患者群及び、百寿者群(岐阜地方での11名(表21中、下方のGCsq0007〜GCsq0033)と、東京地方での85名(表19〜表21のTCsq0085まで))のミトコンドリアゲノム全塩基配列(13個のmRNA(タンパクコーディング領域)、22個のtRNA、及び2個のrRNAを含む。図1を参照。)を解析した。なお、本研究は、アルツハイマー病患者群については、連結不可能処理によって、個人の試料を特定することを不可能にして、個人情報が外部にもれないようにすることを条件として、日本医科大学遺伝子倫理委員会にて承認された。一方、百寿者に関しては、慶応大学医学部および岐阜県国際バイオ研究所の倫理委員会の承認をえた。
【0019】
<方法>
各被験者から静脈血2mLを50mM EDTAを含有した採血管に集めた。
総DNAは、MagExtractor System MFX−2000(Toyobo、大阪)を用いて血液から抽出した。ミトコンドリアゲノム全てを既報に示す通り(Masashi Tanaka, Mika Hayakawa, and Takayuki Ozawa, Automated Sequencing of Mitochondrial DNA, Methods in Enzymology, Volume 264, 407−421,1996:特開平11−113597号公報)、1度目のPCR(polymerase chain reaction,1st PCR)で6つの断片を増幅し、その後、2度目のPCR(2nd PCR)で互いにオーバーラップする60の領域を増幅した。
すなわち、ミトコンドリアゲノムは、表1に示したプライマー対(L1およびH1プライマー)を用いたPCR法により、約3.0kbの領域(フラグメントA〜F)として増幅した。各プライマーの塩基配列は、次の通りである(なお、表1に記載されているプライマーのうち、L5545,FL8053,FL8635,FL9213,FL12600,FL16221,H3082,H9235,H342を除く各プライマーの塩基配列は、上記既報に開示されているので、重複を避けるため記載を省略する)。L5545は、5’−ACAGCTAAGGACTGCAAAAC−3’ (配列番号1)、FL8053は、5’−TGTAAAACGACGGCCAGTACAAGACGTCTTGCACTCAT−3’(配列番号2)、FL8635は、5’−TGTAAAACGACGGCCAGTCTCATCAACAACCGACTAAT−3’(配列番号3)、FL9213は、5’−TGTAAAACGACGGCCAGTCACCAATCACATGCCTATCA−3’(配列番号4)、FL12600は、5’−TGTAAAACGACGGCCAGTATTCATCCCTGTAGCATTGT−3’(配列番号5)、FL16221は、5’−TGTAAAACGACGGCCAGTCCCTCAACTATCACACATCA−3’(配列番号6)、H3082は、5’−TAGAAACCGACCTGGATTAC−3’(配列番号7)、H9235は、5’−TCATGGGCTGGGTTTTACTA−3’(配列番号8)、H342は、5’−TTTTTGGGGTTTGGCAGAGA−3’(配列番号9)である。
【0020】
【表1】
【0021】
PCR法の条件は、94℃で5分間の熱変性から開始し、94℃で15秒の熱変性、60℃で15秒のアニーリング、および72℃で3分の伸長反応を40サイクル行い、最後に72℃で10分の伸長反応を行った。1st PCR増幅産物は、1%アガロースゲルで電気泳動した後、エチジウムブロマイドで視覚化することにより確認した。
その後、フラグメントA〜Fを表1に示したプライマー対(FL2およびH2プライマー)を用いたPCR法により、約600〜1000bpの60の小領域に分けて増幅した(2nd PCR)。2nd PCRのフォーワード(Forword)プライマーは、38塩基のオリゴヌクレオチドであり、20塩基のL鎖特異的な配列の5’末端側に、ユニバーサルシークエンスプライマー(−21M13 , 5’−TGTAAAACGACGGCCAGT−3’:配列番号10)の配列18塩基を結合したものである。PCR法の条件は、94℃で15秒の熱変性、60℃で15秒のアニーリング、および72℃で3分の伸長反応を40サイクル行い、その後72℃で10分の伸長反応を行った。これらの2nd PCR DNAは、MultiScreenーPCRプレート(Millipore, Bedford, MA)を用いて精製した。精製後のDNAの質は、Ready−To−Run Separation Unit(Amersham Pharmacia Biotech AB, San Francisco, CA)を用いたエチジウムブロマイドを含む1.5%アガロースゲル電気泳動で確認した。
【0022】
シークエンス反応は、2nd PCR DNA、−21M13ユニバーサルプライマー、およびBigDye Terminator Cycle Sequence Ready Reaction Kit 1.0または3.0 (Applied Biosystems, Foster City, CA)を用いて行った。PCR条件は、まず96℃で5分間の熱変性をし、次に96℃で10秒の熱変性、50℃で5秒のアニーリング、および62℃で3分の伸長反応を25サイクル行い、最後に62℃で3分の伸長反応を行った。シークエンス反応の後、過剰なDye TerminatorをMultiScreen−PCR HVプレート(Millipore)を用いたゲルろ過によって除去した。精製されたDNAサンプルは、乾燥させた後にtemplate suppression reagent (TSR, Applied Biosystems)、またはホルムアミド (Applied Biosystems)に溶解させた。溶解させたDNAサンプルは、95℃で2分間熱変性させ、直ちに氷上に移した。DNAシークエンスは、自動DNAシークエンサー310または377(Applied Biosystems)を用いて分析した。
シークエンス解析は、Sequencing Analysis Program version 4.1 (Applied Biosystems)を用いて行った。シークエンス断片は、シークエンス解析ソフトウェアSequencher 3.1.1 (Gene Codes, Ann Arbor, MI)を用いて整列させ、一塩基変異多型(以下、「SNP」(single nucleotide polymorphisms)という)の場所の同定に用いた。各々のSNPは目で再確認した。なお、DNAの増幅は、互いにオーバーラップさせたので、少なくても2つの領域で各々のSNPを確認した。
【0023】
各々のmtDNA配列は、オリジナルケンブリッジリファレンスシークエンス(oCRS)及び改訂版ケンブリッジリファレンスシークエンス(rCRS)(Andrews R.M., Kubacka I., Chinnery P.F., Lightowlers R.N., Turnbull D.M., Howell N. Reanalysis and revision of the Cambridge reference sequence for human mitochondrial DNA. Nat Genet 1999; 23: 147.)と比較した。
【0024】
<結果>
1.日本人におけるコンセンサスシークエンス(Japanese consensus sequence (JCS))
本研究において、SNPはrCRSとの比較により解析したが、その頻度が100%、若しくはそれに近い場合には、その塩基配列を日本人におけるコンセンサスシークエンス(JCS)とし、標準塩基配列として用いた(表2)。
【0025】
【表2】
【0026】
2.塩基置換、挿入、および欠失数について
96名のアルツハイマー病患者において、ミトコンドリアゲノム全体で521個の多型が確認された。このうち、蛋白質コーディング領域には、331カ所に多型があった。その内、234カ所(70.7%)は同義置換(synonymous substitution;塩基置換がアミノ酸の置換を伴わないもの)であり、97カ所(29.3%)は非同義置換(nonsynonymous substitution;塩基配列がアミノ酸の置換を伴うもの)であった。また、2個のrRNA及び22個のtRNAの塩基置換(置換、挿入、および欠失)は、72ヶ所で認められた。さらに、非コーディング領域においては、119カ所に多型が見つかった(なお、多型数を単純に合計すると522個となるが、これは蛋白質コーディング領域においては、1ヶ所の塩基変異(8563)が、2種類の蛋白質に関連しているため、1個の多型が重複して数えられているためである)。
96名の百寿者において、ミトコンドリアゲノム全体で511個の多型が確認された。このうち、蛋白質コーディング領域には、321カ所に多型が認められた。その内、221カ所(68.8%)が同義置換であり、100カ所(31.2%)が非同義置換であった。また、2個のrRNA及び22個のtRNAの塩基変異(置換、挿入、および欠失)は、56ヶ所で認められた。さらに、その他の領域においては、136カ所に多型が見つかった(なお、多型数を単純に合計すると513個となるがこれは、蛋白質コーディング領域においては、2ヶ所の塩基変異(8557、及び8563)が、2種類の蛋白質に関連しているため、2個の多型が重複して数えられているためである)。
【0027】
表3〜表18には、コーディング領域、RNA遺伝子領域、及び非コーディング領域において、アルツハイマー病患者及び百寿者に確認された変異(置換、挿入、及び欠失)の全てを示した。
(1)タンパク質コーディング領域において、アルツハイマー病患者群および百寿者群の間に生じた置換の頻度比較について、表3〜表11に示した。
【0028】
【表3】
【0029】
【表4】
【0030】
【表5】
【0031】
【表6】
【0032】
【表7】
【0033】
【表8】
【0034】
【表9】
【0035】
【表10】
【0036】
【表11】
【0037】
(2)また、アルツハイマー病患者群および百寿者群の両群から検出された2個のrRNA、及び22個のtRNAにおける塩基置換について、表12〜表14に示した。
【表12】
【0038】
【表13】
【0039】
【表14】
【0040】
(3)アルツハイマー病患者群及び百寿者群の両群から検出されたその他の領域(メジャー非コード領域1(Major non−coding region 1)(1−576)、L鎖複製領域(origin of L−strand replication)、マイナー非コード領域(Min NCR07 :Minor non−coding region)、及びメジャー非コード領域2(Major non−coding region 2)(16024−16569)における塩基変異を表15〜表18に示した。
【表15】
【0041】
【表16】
【0042】
【表17】
【0043】
【表18】
【0044】
なお、必要であれば、これらの表から、アルツハイマー病者群でのみ認められる変異、百寿者群よりもアルツハイマー病者群において高い頻度で認められる変異、百寿者群でのみ認められる変異、及びアルツハイマー病者群よりも百寿者群において高い頻度で認められる変異(更には、それらの変異のうち、同義置換または非同義置換)を容易に抽出することができる。
【0045】
次に、表19〜表24には、rCRSと日本人のミトコンドリアDNAとの間において、特に高度に変異が認められた7ヶ所(高頻度変異部位1(Hypervariable region 1)(303−317)、CAリピート(CA repeat)(514−523)、Cストレッチ1(C stretch 1)(568−573)、12S rRNA(956−965)、Cストレッチ2(C stretch 2)(5895−5899)、9bp欠失/挿入(9−bp deletion/insertion)(8272−8289)、高頻度変異部位2(Hypervariable region 2)(16180−16195))に関する192名の塩基配列を示した。
rCRSにおける上記各位置の塩基配列は、次の通りである。Hypervariable region 1 (303−317)は「CCCCCCCTCCCCCGC(配列番号11)」、CA repeat (514−523)は「CACACACACA(配列番号12)」、C stretch 1(568−573)は「CCCCCC(配列番号13)」、12S rRNA (956−965)は「CCCCCTCCCC(配列番号14)」、C stretch 2 (5895−5899)は「CCCCC(配列番号15)、9−bp deletion/insertion (8272−8289)は「CCCCCTCTACCCCCTCTA(配列番号16)」、Hypervariable region 2 (16180−16195)は「AAAACCCCCTCCCCAT(配列番号17)」である。
これらの部位の変異に基づいて、個人識別を行うこともできる。
【0046】
【表19】
【0047】
【表20】
【0048】
【表21】
【0049】
【表22】
【0050】
【表23】
【0051】
【表24】
このように本実施形態によれば、(1)ある者がアルツハイマー病となる可能性があるか否か、或いは、(2)ある者が健康長寿となる可能性があるか否かに関して、有用な情報を与える遺伝子検出法を提供することができる。また、本実施形態によれば、(3)適当な分野において、個人識別を行える方法を提供できる。
【0052】
【配列表】
【図面の簡単な説明】
【図1】ヒトミトコンドリアDNAの遺伝子の配置を示す図である。
Claims (7)
- ヒトミトコンドリアDNAにおいて、 −42C , T63C , C64T , G66− , G68A , A73G , A93G , G94A , G103A , T131C , T146C , C150T , C151T , T152C , A153G , C182T , A183G , A189G , −190A , A191G , C194T , T195C , T195A , T199C , A200G , A202G , T204C , G205A , G207A , A210G , A214G , A215G , T217C , A235G , A248− , A257G , G260A , A263G , C280T , A281G , A286− , A287− , C298T , −310C , C348T , A351C , A368G , G380C , C382G , A385T , T408A , C431T , C456T , C481T , T489C , G499A , C506T , A533G , A546G , C548T , A663G , T681C , G709A , A735G , C752T , A827G , A856G , A866G , C983T , A998G , T1005C , G1007A , C1048T , A1053T , T1107C , T1119C , A1148G , C1310T , A1382C , T1420C , A1438G , G1442A , A1555G , G1598A , C1662T , G1709A , G1719A , C1734T , A1736G , T1819C , T1824C , G1888A , A1943G , T1977C , A1995G , −2150A , A2246G , A2356G , G2361A , C2380T , T2483C , T2626C , A2706G , C2766T , C2772T , G2831A , C2835T , T2887C , G3010A , T3027C , C3106− , C3206T , T3278C , T3336C , T3338C , G3391A , T3394C , G3421A , T3456C , G3496T , C3497T , A3520G , G3531A , A3537G , C3546T , T3552A , G3591A , A3639G , T3644C , G3666A , C3696T , A3729G , G3736A , A3756G , A3759G , A3768G , T3826C , G3834A , A3865G , G3882A , A3943G , C3963A , C3970T , A3972G , C3975T , T4047C , G4048A , T4062C , C4071T , C4086T , T4117C , A4136G , C4161T , A4164G , A4200G , A4200T , T4209C , T4216C , T4218C , T4248C , G4296A , A4310G , A4343G , T4386C , C4394T , A4395G , C4501T , C4505T , C4538T , G4541T , T4612C , T4646C , G4655A , G4659A , T4688C , T4705C , A4715G , A4732G , T4736C , A4769G , A4793G , G4820A , A4824G , A4833G , C4850T , T4859C , C4883T , A4895G , T4907C , A4958G , T4977C , T5004C , T5021C , T5048C , C5049T , C5099A , T5108C , A5127G , G5147A , A5153G , C5178A , G5231A , G5237A , C5246A , G5252A , A5301G , A5351G , C5379T , G5417A , A5441G , T5442C , G5460A , T5465C , T5492C , A5539G , T5587C , A5592G , C5601T , T5628C , G5744A , G5773A , T5788C , A5894G , G5970A , G5979A , G6018A , G6023A , A6040G , C6053T , A6146G , C6164T , G6179A , T6185C , T6216C , T6253C , G6261A , T6297C , A6332G , G6383A , T6392C , C6410T , T6413C , A6416G , C6455T , T6524C , T6620C , T6641C , T6680C , C6689T , A6737G , A6752G , C6836T , G6962A , C7028T , T7191C , C7196A , T7220C , C7244T , T7270C , A7352T , G7356A , T7389C , A7403G , A7460G , C7492T , T7501A , G7521A , G7598A , G7600A , G7664A , A7673G , T7684C , T7711C , T7738C , A7755G , A7822G , A7828G , G7853A , C7867T , T7961C , G8020A , T8063C , A8071G , A8074G , T8167C , T8200C , C8203T , G8206A , G8251A , T8265C , C8270T , G8290A , A8291G , A8296G , G8392A , T8404C , A8413G , C8414T , C8434T , T8450C , C8455T , C8461T , T8473C , A8489G , G8557A , A8563G , G8584A , T8654C , C8684T , A8701G , A8725G , A8730G , T8762C , G8764A , A8784G , C8788T , C8794T , A8812G , C8829T , C8844T , A8860G , A8894T , C8964T , G8994A , T9017C , T9038C , G9053A , A9069G , T9084C , T9090C , C9092T , C9099A , G9123A , T9128C , C9129T , T9165C , A9180G , C9212T , G9266A , C9278T , C9293T , C9296T , A9299G , A9341T , A9377G , A9389G , A9410G , G9477A , T9479C , A9494G , C9527T , T9540C , A9545G , G9548A , G9575A , A9667G , T9750C , G9755A , G9804A , C9812T , T9824A , T9824C , A9843G , T9909C , G9932A , T9950C , G9962A , A10005G , T10007C , T10084C , A10097G , C10104T , G10172A , C10181T , C10211T , T10238C , T10274C , G10310A , T10345C , G10373A , A10397G , A10398G , C10400T , T10410C , A10411G , T10535C , G10586A , G10589A , C10607T , T10609C , T10640C , C10654T , T10790C , G10801A , A10819G , T10873C , A10876G , A10972G , C10976T , G11016A , T11017C , C11059T , A11084G , A11101G , T11113C , C11146T , G11149A , C11151T , C11215T , T11255C , T11287C , A11314G , T11368C , A11404G , C11422T , C11431T , T11437C , C11536T , C11647T , C11665T , G11696A , G11719A , T11722C , A11764G , T11770C , G11914A , T11944C , A11959G , G11969A , G12007A , A12026G , A12040G , C12088T , T12091C , A12172G , G12192A , A12234G , T12311C , T12338C , A12340G , T12354C , A12358G , A12361G , G12372A , T12396C , C12405T , G12406A , T12408C , A12451G , A12469G , G12501A , G12618A , G12622A , G12630A , C12633T , A12634G , G12651A , G12651C , C12705T , T12727C , A12753G , G12771A , T12804C , T12811C , C12816T , A12834G , C12870T , T12880C , C12882T , T12957C , C13011T , A13057G , A13104G , A13105G , C13110T , G13135A , A13183G , T13215C , A13221G , G13225A , C13251T , T13260C , A13263G , A13269G , A13278G , C13383T , A13413G , T13461C , T13500C , A13563G , G13590A , A13606G , A13614G , T13617C , A13629G , A13651G , C13695A , G13708A , A13716G , C13749T , C13755T , G13759A , T13768C , G13810A , A13827G , A13887G , G13928C , G13928A , A13942G , A14001G , A14002G , T14020C , A14053G , A14091G , C14103A , C14129T , A14133G , A14148G , C14149T , C14155T , C14158T , T14178C , T14180C , A14185T , T14200C , A14206C , C14281T , C14281G , T14287C , T14318C , T14325C , G14364A , C14368T , T14371C , A14393G , T14470C , G14476A , T14502C , G14544A , G14569A , A14605G , C14668T , A14687G , A14692G , A14693G , A14750G , A14755T , T14757C , C14766T , T14783C , A14793G , G14861A , C14862T , C14867T , A14893G , A14927G , C14944T , A14959G , T14968C , T14979C , G14996A , C15022T , G15024A , G15043A , T15067C , G15172A , G15217A , A15218G , G15221A , C15223T , A15235G , A15236G , A15244G , G15301A , G15314A , G15317A , G15323A , A15325G , A15326G , C15331A , G15346A , G15355A , C15379T , C15402T , T15440C , C15459T , C15460T , T15470C , A15475G , A15487T , A15496G , G15497A , C15508T , C15518T , A15524G , C15535T , A15562G , T15622C , T15629C , A15649G , A15662G , A15724G , A15758G , A15766G , A15769C , G15773A , T15784C , A15805G , A15817G , T15850C , A15851G , A15860G , A15874G , G15883A , G15884A , C15886T , T15900C , A15914G , A15924G , G15927A , G15930A , T15940− , T15941C , A15951G , A15954G , A15965G , A15974G , A16037G , A16051G , T16086C , T16092C , T16093C , T16102C , C16111T , T16126C , G16129A , T16136C , T16140C , G16145A , C16150T , A16155G , G16156A , A16162G , A16164G , C16168T , C16169T , T16172C , C16174T , C16176T , T16178C , C16179T , C16201T , A16203G , T16209C , G16213A , C16214T , A16215G , T16217C , C16223T , T16224C , A16227G , T16231C , C16232A , A16233G , C16234T , A16240G , T16243C , G16244A , C16245T , T16249C , C16257A , C16257T , C16260T , C16261T , C16266T , C16266A , A16269G , C16270T , G16274A , C16278T , A16284G , C16286T , C16287T , C16290T , C16291T , C16291G , C16292T , C16292G , A16293C , C16294T , C16295T , C16296T , T16297C , T16298C , A16300G , A16302G , T16304C , A16309G , G16310A , T16311C , A16318T , G16319A , C16320T , T16324C , T16325C , C16327T , A16335G , C16344T , T16352C , C16355T , C16355A , T16356C , T16357C , C16360T , T16362C , T16381C , G16390A , A16399G , G16456C , A16463G , A16497G , C16511T , T16512C , G16516A , T16519C , A16523G , C16527Tのうちの少なくとも一つ、または二つ以上の塩基の変異に基づいて、個人識別することを特徴とするヒトミトコンドリア遺伝子変異に基づく個人識別法。
- ヒトミトコンドリアDNAにおいて、 −42C , A73G , A93G , G94A , G103A , T131C , T146C , C150T , C151T , T152C , A153G , C182T , A183G , A189G , −190A , C194T , T195A , T195C , T199C , A200G , A202G , T204C , G205A , G207A , A210G , A214G , A215G , T217C , A235G , A248− , G260A , A263G , C280T , C298T , C431T , C481T , T489C , G499A , A546G , C548T , A663G , G709A , A735G , C752T , A827G , A856G , A866G , T1005C , G1007A , A1053T , T1107C , T1119C , C1310T , A1382C , A1438G , G1442A , A1555G , G1598A , C1662T , G1709A , A1736G , T1819C , T1824C , A1943G , A1995G , −2150A , A2246G , A2356G , G2361A , C2380T , T2483C , T2626C , A2706G , C2766T , C2772T , G2831A , C2835T , G3010A , T3027C , C3106− , C3206T , T3336C , T3338C , G3391A , G3421A , C3497T , G3531A , A3537G , C3546T , G3591A , A3639G , T3644C , G3666A , A3729G , G3736A , A3756G , G3834A , A3865G , A3943G , C3970T , A3972G , C3975T , T4047C , G4048A , C4071T , C4086T , T4117C , A4136G , C4161T , A4164G , A4200G , A4200T , T4216C , T4218C , T4248C , G4296A , A4343G , T4386C , C4394T , A4395G , C4501T , C4505T , C4538T , G4541T , T4646C , G4655A , T4705C , A4715G , A4732G , T4736C , A4769G , A4793G , G4820A , A4824G , A4833G , T4859C , C4883T , A4895G , T4907C , A4958G , T4977C , T5004C , T5021C , T5048C , C5049T , C5099A , T5108C , G5147A , C5178A , G5231A , G5237A , C5246A , G5252A , A5301G , A5351G , G5417A , A5441G , G5460A , T5465C , T5587C , A5592G , C5601T , G5744A , G5773A , G6023A , A6040G , C6164T , G6179A , T6216C , T6253C , T6297C , T6392C , C6410T , T6413C , C6455T , T6620C , T6641C , T6680C , C6689T , A6737G , C6836T , G6962A , C7028T , C7196A , T7220C , T7270C , G7356A , A7460G , T7501A , G7600A , G7664A , A7673G , T7684C , T7711C , A7822G , A7828G , G7853A , C7867T , G8020A , T8063C , A8074G , T8200C , G8206A , G8251A , A8296G , G8392A , T8404C , C8414T , C8434T , T8450C , T8473C , A8563G , G8584A , C8684T , A8701G , A8725G , A8730G , G8764A , A8784G , C8794T , C8829T , C8844T , A8860G , A8894T , C8964T , G8994A , T9038C , G9053A , T9084C , C9092T , G9123A , T9165C , A9180G , C9212T , G9266A , C9278T , C9296T , A9299G , A9377G , A9389G , A9410G , G9477A , C9527T , T9540C , G9548A , G9575A , G9755A , T9824C , T9824A , T9909C , G9932A , T9950C , G9962A , A10005G , T10007C , T10084C , A10097G , C10104T , C10181T , C10211T , T10238C , G10310A , T10345C , A10397G , A10398G , C10400T , T10410C , A10411G , T10535C , G10586A , G10589A , C10607T , T10609C , T10640C , C10654T , T10790C , G10801A , A10819G , T10873C , C10976T , G11016A , T11017C , C11059T , A11084G , A11101G , C11146T , G11149A , C11151T , C11215T , T11255C , T11287C , A11314G , T11368C , A11404G , C11422T , C11431T , T11437C , C11536T , C11647T , G11696A , G11719A , A11764G , G11914A , T11944C , A11959G , A12026G , A12172G , G12192A , A12234G , T12311C , T12338C , A12340G , A12358G , A12361G , G12372A , T12396C , C12405T , G12406A , A12451G , A12469G , G12501A , G12618A , C12633T , C12705T , T12727C , A12753G , G12771A , T12811C , C12816T , C12870T , T12880C , C12882T , T12957C , A13104G , A13105G , G13135A , A13183G , T13260C , A13278G , T13500C , A13563G , G13590A , A13629G , G13708A , A13716G , C13749T , C13755T , G13759A , A13827G , G13928C , A13942G , T14020C , A14053G , A14091G , C14103A , C14129T , A14133G , A14148G , C14149T , C14155T , C14158T , T14178C , T14180C , A14185T , T14200C , A14206C , C14281T , T14287C , G14364A , C14368T , A14393G , T14470C , G14476A , T14502C , G14569A , A14605G , C14668T , A14687G , A14692G , A14693G , A14750G , T14757C , C14766T , T14783C , A14793G , C14862T , C14867T , A14893G , A14927G , C14944T , A14959G , T14968C , T14979C , G14996A , C15022T , G15024A , G15043A , T15067C , G15172A , G15217A , A15218G , G15221A , C15223T , A15235G , A15236G , A15244G , G15301A , G15314A , G15323A , A15326G , G15346A , G15355A , T15440C , C15459T , C15460T , T15470C , A15475G , A15487T , A15496G , G15497A , C15508T , C15518T , A15524G , C15535T , T15622C , T15629C , A15649G , A15662G , A15758G , A15766G , A15805G , T15850C , A15851G , A15860G , A15874G , G15883A , C15886T , T15900C , A15914G , A15924G , G15927A , G15930A , T15941C , A15951G , A15954G , A15965G , A16051G , T16086C , T16092C , T16093C , T16102C , C16111T , T16126C , G16129A , T16136C , T16140C , G16145A , C16150T , A16155G , G16156A , A16162G , A16164G , C16169T , T16172C , C16174T , T16178C , C16179T , A16203G , T16209C , G16213A , C16214T , T16217C , C16223T , T16224C , A16227G , T16231C , C16232A , A16233G , C16234T , T16243C , C16245T , T16249C , C16257A , C16261T , C16266A , C16266T , A16269G , G16274A , C16278T , A16284G , C16286T , C16287T , C16290T , C16291T , C16292T , A16293C , C16295T , T16297C , T16298C , T16304C , G16310A , T16311C , A16318T , G16319A , T16324C , T16325C , A16335G , C16344T , C16355A , C16355T , T16357C , T16362C , T16381C , G16390A , A16399G , A16463G , A16497G , C16511T , T16512C , G16516A , T16519C のうちの少なくとも一つ、または二つ以上の塩基の変異に基づいて、その者がアルツハイマー病となるか否かについての判断資料を与えることを特徴とするヒトミトコンドリア遺伝子変異に基づく遺伝子検出法。
- ヒトミトコンドリアDNAにおいて、 −42C , T131C , T146C , C150T , T152C , A153G , C182T , A183G , T195A , G205A , A210G , A215G , T217C , A248− , C431T , C548T , G709A , A735G , A866G , T1005C , G1007A , A1053T , T1119C , C1310T , A1555G , C1662T , G1709A , T1819C , T1824C , A1943G , A1995G , A2356G , G2361A , C2380T , T2483C , C2835T , T3027C , T3336C , G3421A , C3497T , G3531A , C3546T , A3639G , T3644C , G3666A , A3729G , G3736A , A3756G , G3834A , A3865G , A3943G , C3970T , A3972G , C3975T , T4047C , A4136G , C4161T , A4200G , A4200T , T4216C , T4218C , G4296A , A4395G , C4501T , C4538T , G4541T , T4646C , T4705C , A4732G , T4736C , A4769G , A4793G , A4833G , T4859C , A4895G , T4907C , T4977C , T5004C , T5021C , T5048C , C5049T , C5099A , T5108C , G5147A , G5231A , G5237A , C5246A , G5252A , G5417A , A5441G , T5587C , A5592G , C5601T , G5773A , A6040G , C6164T , G6179A , T6216C , T6297C , T6392C , C6410T , T6641C , C6689T , C6836T , G6962A , C7028T , T7220C , G7356A , A7460G , T7501A , G7600A , G7664A , A7673G , T7711C , A7828G , C7867T , T8063C , T8200C , A8296G , T8404C , C8434T , C8684T , A8725G , A8730G , G8764A , A8860G , A8894T , T9038C , C9092T , G9123A , C9212T , G9266A , C9278T , A9377G , A9389G , A9410G , G9477A , C9527T , G9575A , T9909C , G9932A , A10005G , T10007C , T10084C , A10097G , C10181T , C10211T , T10238C , G10310A , A10411G , T10535C , G10586A , G10589A , C10607T , T10609C , T10640C , C10654T , T10790C , A10819G , C10976T , G11016A , A11101G , G11149A , C11215T , T11255C , T11287C , A11314G , T11368C , A11404G , C11422T , C11431T , G11719A , A11764G , A11959G , A12172G , T12338C , A12340G , A12358G , G12372A , T12396C , G12406A , A12451G , A12469G , G12501A , G12618A , C12633T , T12727C , A12753G , C12816T , C12870T , T12880C , C12882T , T12957C , A13183G , T13260C , A13278G , T13500C , A13563G , A13629G , A13716G , C13749T , C13755T , G13928C , A13942G , T14020C , A14053G , C14103A , C14129T , A14133G , A14148G , C14155T , T14178C , T14180C , A14185T , T14200C , A14206C , C14368T , A14393G , G14476A , T14502C , G14569A , A14687G , A14692G , A14693G , A14750G , T14757C , C14766T , C14862T , C14867T , A14893G , A14927G , A14959G , T14968C , G14996A , C15022T , G15024A , T15067C , G15172A , G15217A , G15221A , A15244G , G15314A , G15323A , A15326G , G15346A , G15355A , T15440C , C15459T , C15460T , T15470C , A15496G , G15497A , T15622C , T15629C , A15649G , A15758G , A15766G , T15850C , A15860G , A15874G , G15883A , C15886T , T15900C , A15914G , G15930A , A15951G , A15954G , A15965G , T16092C , T16102C , C16111T , T16140C , G16145A , C16150T , A16155G , G16156A , A16164G , T16172C , C16174T , T16178C , C16179T , A16203G , G16213A , C16214T , T16217C , A16227G , T16231C , C16232A , A16233G , C16234T , T16249C , C16257A , C16261T , C16266T , G16274A , C16278T , C16286T , C16291T , A16293C , T16304C , G16310A , T16311C , A16335G , C16344T , C16355T , C16355A , T16381C , A16399G , A16463G , A16497G , C16511T , T16512C , G16516A , T16519C のうちの少なくとも一つ、または二つ以上の塩基の変異に基づいて、その者がアルツハイマー病となるか否かについての判断資料を与えることを特徴とする請求項2に記載のヒトミトコンドリア遺伝子変異に基づく遺伝子検出法。
- ヒトミトコンドリアDNAにおいて、 −42C , C182T , A183G , T195A , G205A , A215G , T217C , C548T , A735G , A866G , T1005C , G1007A , A1053T , A1555G , C1662T , G1709A , T1819C , T1824C , A1943G , A1995G , A2356G , G2361A , C2380T , T2483C , C2835T , T3027C , T3336C , G3421A , G3531A , C3546T , A3639G , T3644C , G3666A , A3729G , G3736A , A3756G , G3834A , A3865G , A3943G , A3972G , C3975T , T4047C , A4136G , C4161T , A4200G , A4200T , T4216C , T4218C , G4296A , A4395G , C4501T , C4538T , G4541T , T4646C , T4736C , T4907C , T4977C , T5004C , T5021C , T5048C , C5099A , G5237A , C5246A , G5252A , A5441G , T5587C , A5592G , A6040G , C6164T , G6179A , T6216C , T6297C , T6641C , C6836T , T7220C , G7356A , A7460G , T7501A , G7664A , A7673G , T7711C , A7828G , T8063C , A8296G , T8404C , C8434T , C8684T , A8725G , A8730G , G8764A , A8894T , T9038C , C9092T , C9212T , G9266A , C9278T , A9389G , A9410G , G9477A , C9527T , T9909C , G9932A , A10005G , T10007C , T10084C , A10097G , C10211T , T10238C , A10411G , T10535C , G10586A , G10589A , C10607T , T10640C , C10654T , T10790C , A10819G , G11016A , A11101G , T11255C , T11287C , A11314G , T11368C , A11404G , C11422T , C11431T , A11764G , A11959G , A12172G , T12338C , A12340G , T12396C , A12451G , A12469G , G12501A , G12618A , C12633T , T12727C , A12753G , C12816T , C12870T , T12957C , A13183G , T13260C , T13500C , A13629G , A13716G , C13749T , C13755T , A13942G , T14020C , C14103A , C14129T , A14148G , C14155T , T14178C , A14185T , A14206C , C14368T , A14393G , T14502C , A14687G , A14692G , A14693G , A14750G , T14757C , C14862T , A14893G , A14959G , T14968C , G14996A , C15022T , G15024A , G15172A , G15221A , A15244G , G15314A , G15355A , C15459T , C15460T , T15470C , A15496G , T15622C , T15629C , A15649G , A15758G , A15766G , G15883A , C15886T , T15900C , A15914G , G15930A , A15965G , T16102C , G16145A , C16150T , A16155G , G16156A , C16174T , T16178C , C16179T , A16203G , G16213A , C16214T , T16231C , A16233G , C16286T , A16293C , G16310A , A16335G , C16355A , T16381C , A16399G , C16511T , T16512C , G16516A のうちの少なくとも一つ、または二つ以上の塩基の変異に基づいて、その者がアルツハイマー病となるか否かについての判断資料を与えることを特徴とする請求項2に記載のヒトミトコンドリア遺伝子変異に基づく遺伝子検出法。
- ヒトミトコンドリアDNAにおいて、 T63C , C64T , G66− , G68A , A73G , A93G , G103A , −190A , A191G , C194T , T195C , T199C , A202G , T204C , G207A , A235G , A257G , G260A , A263G , A281G , A286− , A287− , −310C , C348T , A351C , A368G , G380C , C382G , A385T , T408A , C456T , T489C , G499A , C506T , A533G , A663G , T681C , C752T , C983T , A998G , C1048T , T1107C , A1148G , A1382C , T1420C , A1438G , G1442A , G1719A , C1734T , A1736G , G1888A , T1977C , −2150A , T2626C , A2706G , C2766T , C2772T , G2831A , T2887C , G3010A , C3106− , C3206T , T3278C , G3391A , T3394C , T3456C , G3496T , A3520G , T3552A , C3696T , A3759G , A3768G , T3826C , G3882A , C3963A , G4048A , T4062C , C4071T , C4086T , T4117C , A4164G , T4209C , T4248C , A4310G , T4386C , C4505T , T4612C , G4655A , G4659A , T4688C , A4715G , G4820A , A4824G , C4850T , C4883T , A4958G , A5127G , A5153G , C5178A , A5301G , A5351G , C5379T , T5442C , G5460A , T5492C , A5539G , T5628C , T5788C , A5894G , G5970A , G5979A , G6018A , C6053T , A6146G , T6185C , T6253C , G6261A , A6332G , G6383A , T6413C , A6416G , C6455T , T6524C , T6620C , T6680C , A6737G , A6752G , T7191C , C7196A , C7244T , A7352T , T7389C , A7403G , C7492T , G7521A , G7598A , T7684C , T7738C , A7755G , G7853A , T7961C , G8020A , A8071G , T8167C , C8203T , G8206A , G8251A , T8265C , C8270T , G8290A , A8291G , A8413G , C8414T , C8455T , C8461T , T8473C , A8489G , G8557A , A8563G , G8584A , T8654C , A8701G , T8762C , A8784G , C8788T , C8794T , A8812G , C8964T , T9017C , G9053A , A9069G , T9090C , C9099A , T9128C , C9129T , T9165C , A9180G , C9293T , C9296T , A9341T , T9479C , A9494G , T9540C , A9545G , G9548A , A9667G , T9750C , G9755A , G9804A , C9812T , T9824C , T9824A , A9843G , C10104T , G10172A , T10274C , T10345C , G10373A , A10397G , A10398G , C10400T , T10410C , G10801A , T10873C , A10876G , A10972G , T11017C , T11113C , C11146T , C11536T , C11647T , C11665T , T11722C , T11770C , T11944C , G11969A , G12007A , A12026G , A12040G , C12088T , T12091C , G12192A , T12311C , T12354C , C12405T , T12408C , G12622A , G12630A , A12634G , G12651A , G12651C , C12705T , G12771A , T12804C , T12811C , A12834G , C13011T , A13057G , C13110T , T13215C , A13221G , G13225A , C13251T , A13263G , A13269G , C13383T , A13413G , T13461C , G13590A , A13606G , A13614G , T13617C , A13651G , C13695A , T13768C , G13810A , A13887G , G13928A , A14001G , A14002G , C14281G , C14281T , T14287C , T14318C , T14325C , G14364A , T14371C , T14470C , G14544A , A14605G , C14668T , A14755T , T14783C , G14861A , T14979C , G15043A , A15236G , G15301A , G15317A , A15325G , C15331A , C15379T , C15402T , A15487T , A15524G , A15562G , A15724G , A15769C , G15773A , T15784C , A15817G , G15884A , T15940− , A15974G , A16037G , T16093C , G16129A , T16136C , A16162G , C16168T , C16176T , C16201T , T16209C , A16215G , C16223T , A16240G , G16244A , C16245T , C16257T , C16260T , C16270T , A16284G , C16290T , C16291G , C16292G , C16294T , C16296T , T16297C , T16298C , A16300G , A16302G , A16309G , A16318T , G16319A , C16320T , C16327T , T16352C , T16356C , C16360T , T16362C , G16390A , G16456C , A16523G , C16527T のうちの少なくとも一つ、または二つ以上の塩基の変異に基づいて、その者が長寿者となるか否かについての判断資料を与えることを特徴とするヒトミトコンドリア遺伝子変異に基づく遺伝子検出法。
- ヒトミトコンドリアDNAにおいて、 T63C , C64T , G66− , G68A , A191G , A257G , A281G , A286− , A287− , −310C , C348T , A351C , A368G , G380C , C382G , A385T , T408A , C456T , C506T , A533G , T681C , C983T , A998G , C1048T , A1148G , T1420C , G1719A , C1734T , G1888A , T1977C , T2887C , T3278C , T3394C , T3456C , G3496T , A3520G , T3552A , C3696T , A3759G , A3768G , T3826C , G3882A , C3963A , T4062C , T4209C , A4310G , T4612C , G4659A , T4688C , C4850T , A5127G , A5153G , C5379T , T5442C , T5492C , A5539G , T5628C , T5788C , A5894G , G5970A , G5979A , G6018A , C6053T , A6146G , T6185C , G6261A , A6332G , G6383A , A6416G , T6524C , A6752G , T7191C , C7244T , A7352T , T7389C , A7403G , C7492T , G7521A , G7598A , T7738C , A7755G , T7961C , A8071G , T8167C , C8203T , T8265C , C8270T , G8290A , A8291G , A8413G , C8455T , C8461T , A8489G , G8557A , T8654C , T8762C , C8788T , A8812G , T9017C , A9069G , T9090C , C9099A , T9128C , C9129T , C9293T , A9341T , T9479C , A9494G , A9545G , A9667G , T9750C , G9804A , C9812T , A9843G , G10172A , T10274C , G10373A , A10876G , A10972G , T11113C , C11665T , T11722C , T11770C , G11969A , G12007A , A12040G , C12088T , T12091C , T12354C , T12408C , G12622A , G12630A , A12634G , G12651A , G12651C , T12804C , A12834G , C13011T , A13057G , C13110T , T13215C , A13221G , G13225A , C13251T , A13263G , A13269G , C13383T , A13413G , T13461C , A13606G , A13614G , T13617C , A13651G , C13695A , T13768C , G13810A , A13887G , G13928A , A14001G , A14002G , C14281G , T14318C , T14325C , T14371C , G14544A , A14755T , G14861A , G15317A , A15325G , C15331A , C15379T , C15402T , A15562G , A15724G , A15769C , G15773A , T15784C , A15817G , G15884A , T15940− , A15974G , A16037G , C16168T , C16176T , C16201T , A16215G , A16240G , G16244A , C16257T , C16260T , C16270T , C16291G , C16292G , C16294T , C16296T , A16300G , A16302G , A16309G , C16320T , C16327T , T16352C , T16356C , C16360T , G16456C , A16523G , C16527T のうちの少なくとも一つ、または二つ以上の塩基の変異に基づいて、その者が長寿者となるか否かについての判断資料を与えることを特徴とする請求項5に記載のヒトミトコンドリア遺伝子変異に基づく遺伝子検出法。
- ヒトミトコンドリアDNAにおいて、高頻度変異部位1(Hypervariable region 1(303−317))、CAリピート(CA repeat(514−523))、Cストレッチ1(C stretch 1(568−573))、12S rRNA(956−965)、Cストレッチ2(C stretch 2(5895−5899))、9bp欠失/挿入(9−bp deletion / insertion (8272−8289))、高頻度変異部位2(Hypervariable region 2(16180−16195))のうちの少なくとも一つ、または二つ以上の塩基の変異に基づいて、個人識別することを特徴とするヒトミトコンドリア遺伝子変異に基づく個人識別法。
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