JP2003530091A - ミトコンドリア線量計 - Google Patents

ミトコンドリア線量計

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JP2003530091A JP2001567402A JP2001567402A JP2003530091A JP 2003530091 A JP2003530091 A JP 2003530091A JP 2001567402 A JP2001567402 A JP 2001567402A JP 2001567402 A JP2001567402 A JP 2001567402A JP 2003530091 A JP2003530091 A JP 2003530091A
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デイビッド シドランスキー
ジン ジェン
コメリア ポーリヤック
バート ボーゲルスタイン
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Abstract

(57)【要約】 ヒトの環境汚染物質との接触の所産として、ミトコンドリア変異が起こる。ミトコンドリア変異は、体液中で容易に検出することができる。体液中のミトコンドリア変異の測定は、環境汚染物質の被曝をモニタリングするための線量計として使用されうる。ミトコンドリア変異は、癌患者においても検出されうる。変異型ミトコンドリア配列を含有するプローブ及びプライマーが、患者の状態をモニタリングするために使用されうる。

Description

【発明の詳細な説明】
【０００１】 本明細書は、1998年8月20日出願の仮出願第60/097,307号に基づく優先権を主
張する1999年8月20日出願の出願第09/377,856号の一部継続出願である。これら
の先行出願の開示は、本明細書に明白に組み込まれる。
【０００２】 米国政府は、国立衛生研究所より授与された助成金CA43460により提供された
助成金のため、本発明においてある一定の権利を保有している。
【０００３】 発明の技術分野 本発明は、環境毒性学の分野に関し、特に、環境毒素の作用を測定するための
方法に関する。
【０００４】 発明の背景 ヒト・ミトコンドリア（mt）ゲノムは、小さく（16.5kb）、13個の呼吸鎖サブ
ユニット、22個のtRNA、及び2個のrRNAをコードしている。ミトコンドリアDNAは
、極めて高いレベルで存在し（1細胞当たり103〜104コピー）、出生時は、これ
らのコピーの大多数が同一（ホモプラスミック(homoplasmic)）である（1）。オ
ルガネラの適切な機能を維持するためには、全てのmt遺伝子の発現が必要であり
、このことから、DNA配列のわずかな改変ですら、大きな効果を有しうることが
示唆される（2）。活性酸素（ROS）を含む経路を介した酸化的リン酸化の過程で
、内因的にmtDNA変異が生成することが、一般的に認識されているが、それらは
、外因的な発癌物質又は環境的毒素によっても生成しうる。これらの変異は、蓄
積しうる。その理由の一部は、ミトコンドリアが、核に見られるような保護ヒス
トン及び高度に効率的なDNA修復メカニズムを欠いている点にある（3）。最近、
いくつかのmtDNA変異が、ヒト結腸直腸癌において特異的に見出された（4）。
【０００５】 発明の概要 個体における環境汚染物質の被曝をモニタリングする方法を提供することが、
本発明の目的である。
【０００６】 個体における環境汚染物質の被曝をモニタリングするためのキットを提供する
ことが、本発明のもう一つの目的である。
【０００７】 癌又は転移の検出を補助する方法を提供することが、本発明の目的である。
【０００８】 ミトコンドリア変異を検出するためのプローブ及びプライマーを提供すること
が、本発明の目的である。
【０００９】 患者における腫瘍細胞の存在の検出を補助する方法を提供することが、本発明
の目的である。
【００１０】 これら及びその他の本発明の目的は、下記の態様の一つ又は複数を提供するこ
とにより達成される。一つの態様において、個体における環境汚染物質の被曝を
モニタリングするための方法が提供される。環境汚染物質を被曝した個体の体液
中のミトコンドリアDNA（mtDNA）の１個以上の変異の存在が、2回以上の時点で
決定される。異なる時点におけるmtDNAの変異の量が比較される。変異の量は、
環境汚染物質の被曝量と相関している。
【００１１】 もう一つの態様によると、個体における環境汚染物質の被曝をモニタリングす
るためのもう一つの方法が提供される。環境汚染物質を被曝した個体の体液中の
ミトコンドリアDNA（mtDNA）の１個以上の変異の有病率が、測定される。測定さ
れたmtDNAの1個以上の変異の有病率が1％を超えている場合、それを、個体にお
ける1個以上の変異を保有する細胞のクローン増殖の指標とする。
【００１２】 さらにもう一つの本発明の態様によると、ヒトにおける環境汚染物質の被曝を
モニタリングするための方法が提供される。環境汚染物質を被曝したヒトの体液
中のミトコンドリアDNA（mtDNA）のDループの1個以上の変異が測定される。mtDN
Aの変異の数は、環境汚染物質の被曝と相関している。
【００１３】 さらにもう一つの本発明の態様によると、キットが提供される。キットは、プ
ライマー伸長産物を作成するための、ミトコンドリアDループとハイブリダイズ
する1個以上のプライマーを含む。さらに、キットは、1個以上の環境汚染物質の
被曝の結果としてDループに見出される変異を同定する資料を含有する。
【００１４】 もう一つの本発明の態様によると、オリゴヌクレオチド・プローブが提供され
る。プローブは、ヒト・ミトコンドリア・ゲノムの少なくとも10個の連続するヌ
クレオチド配列を含む。プローブは、場合により、少なくとも12個、14個、16個
、18個、20個、22個、24個、26個、又は30個のそのような連続するヌクレオチド
を含有しうる。オリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド114位におけるT→C；ヌク
レオチド302位におけるΔC；ヌクレオチド386位におけるC→A；ヌクレオチド161
89位におけるT挿入；ヌクレオチド16265位におけるA→C；ヌクレオチド16532位
におけるA→T；ヌクレオチド150位におけるC→T；ヌクレオチド195位におけるT
→C；ヌクレオチド302位におけるΔC；ヌクレオチド16183位におけるC→A；ヌク
レオチド16187位におけるC→T；ヌクレオチド16519位におけるT→C；ヌクレオチ
ド16380位におけるG→A；ヌクレオチド75位におけるG→A；ヌクレオチド302位に
おけるC挿入；ヌクレオチド514位におけるCG挿入；ヌクレオチド16172位におけ
るT→C；ヌクレオチド16292位におけるC→T；ヌクレオチド16300位におけるA→G
；ヌクレオチド10792位におけるA→G；ヌクレオチド10793位におけるC→T；ヌク
レオチド10822位におけるC→T；ヌクレオチド10978位におけるA→G；ヌクレオチ
ド11065位におけるA→G；ヌクレオチド11518位におけるG→A；ヌクレオチド1204
9位におけるC→T；ヌクレオチド10966位におけるT→C；ヌクレオチド11150位に
おけるG→A；ヌクレオチド2056位におけるG→A；ヌクレオチド2445位におけるT
→C；ヌクレオチド2664位におけるT→C；ヌクレオチド10071位におけるT→C;ヌ
クレオチド10321位におけるT→C；ヌクレオチド12519位におけるT→C；ヌクレオ
チド15642位におけるΔ7アミノ酸；ヌクレオチド5521位におけるG→A；ヌクレオ
チド12345位におけるG→A；710位におけるT→C置換；1738位におけるT→C置換；
3308位におけるT→C置換；8009位におけるG→A置換；14985位におけるG→A置換
；15572位におけるT→C置換；9949位におけるG→A置換；10563位におけるT→C置
換；6264位におけるG→A置換；12418位におけるA挿入；1967位におけるT→C置換
；2299位におけるT→A置換；及びヌクレオチド3054位におけるG→Aからなる群よ
り選択される変異からなる群より選択される変異を含む。
【００１５】 もう一つの本発明の態様によると、オリゴヌクレオチド・プライマーが提供さ
れる。それは、ヒト・ミトコンドリア・ゲノムの少なくとも10個の連続するヌク
レオチド配列を含む。プライマーは、場合により、少なくとも12個、14個、16個
、18個、20個、22個、24個、26個、又は30個のそのような連続するヌクレオチド
を含有しうる。オリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド114位におけるT→C；ヌク
レオチド302位におけるΔC；ヌクレオチド386位におけるC→A；ヌクレオチド161
89位におけるT挿入；ヌクレオチド16265位におけるA→C；ヌクレオチド16532位
におけるA→T；ヌクレオチド150位におけるC→T；ヌクレオチド195位におけるT
→C；ヌクレオチド302位におけるΔC；ヌクレオチド16183位におけるC→A；ヌク
レオチド16187位におけるC→T；ヌクレオチド16519位におけるT→C；ヌクレオチ
ド16380位におけるG→A；ヌクレオチド75位におけるG→A；ヌクレオチド302位に
おけるC挿入；ヌクレオチド514位におけるCG挿入；ヌクレオチド16172位におけ
るT→C；ヌクレオチド16292位におけるC→T；ヌクレオチド16300位におけるA→G
；ヌクレオチド10792位におけるA→G；ヌクレオチド10793位におけるC→T；ヌク
レオチド10822位におけるC→T；ヌクレオチド10978位におけるA→G；ヌクレオチ
ド11065位におけるA→G；ヌクレオチド11518位におけるG→A；ヌクレオチド1204
9位におけるC→T；ヌクレオチド10966位におけるT→C；ヌクレオチド11150位に
おけるG→A；ヌクレオチド2056位におけるG→A；ヌクレオチド2445位におけるT
→C；ヌクレオチド2664位におけるT→C；ヌクレオチド10071位におけるT→C;ヌ
クレオチド10321位におけるT→C；ヌクレオチド12519位におけるT→C；ヌクレオ
チド15642位におけるΔ7アミノ酸；ヌクレオチド5521位におけるG→A；ヌクレオ
チド12345位におけるG→A；710位におけるT→C置換；1738位におけるT→C置換；
3308位におけるT→C置換；8009位におけるG→A置換；14985位におけるG→A置換
；15572位におけるT→C置換；9949位におけるG→A置換；10563位におけるT→C置
換；6264位におけるG→A置換；12418位におけるA挿入；1967位におけるT→C置換
；2299位におけるT→A置換；及びヌクレオチド3054位におけるG→Aからなる群よ
り選択される変異からなる群より選択される変異を含む。
【００１６】 本発明のもう一つの局面は、患者における腫瘍細胞の存在の検出を補助する方
法である。患者の細胞試料のミトコンドリア・ゲノムにおける一塩基変異の存在
が決定される。変異は、患者の腫瘍には見出されるが、患者の正常組織には見出
されないものである。腫瘍は、結腸直腸腫瘍ではない。患者の細胞試料のミトコ
ンドリア・ゲノムに1個以上の一塩基変異が存在することが決定された場合、患
者は腫瘍を有しているものと同定される。
【００１７】 本発明のさらにもう一つの態様は、患者における腫瘍細胞の存在の検出を補助
するもう一つの方法により提供される。患者の細胞試料のミトコンドリア・ゲノ
ムのDループにおける変異の存在が決定される。変異は、患者の腫瘍には見出さ
れるが、患者の正常組織には見出されないものである。患者の細胞試料のミトコ
ンドリア・ゲノムに1個以上の一塩基変異が存在することが決定された場合、患
者は腫瘍を有しているものと同定される。
【００１８】 本発明のさらにもう一つの局面により、患者における腫瘍細胞の存在の検出を
補助する方法が提供される。患者の細胞試料のミトコンドリア・ゲノムにおける
一塩基変異の存在が決定される。変異は、患者の癌には見出されるが、患者の正
常組織には見出されないものである。癌は、肺癌、頭部頸部癌、膀胱癌、脳の癌
、乳癌、リンパ腫、白血病、皮膚癌、前立腺癌、胃癌、膵癌、肝癌、卵巣癌、子
宮癌、精巣癌、及び骨の癌からなる群より選択される。患者の細胞試料のミトコ
ンドリア・ゲノムに1個以上の一塩基変異が存在することが決定された場合、患
者は腫瘍を有しているものと同定される。
【００１９】 本発明のさらにもう一つの局面により、患者における腫瘍細胞の存在の検出を
補助する方法が提供される。患者の細胞試料のミトコンドリア・ゲノムにおける
一塩基変異の存在が決定される。変異は、患者の腫瘍には見出されるが、患者の
正常組織には見出されないものである。癌は、肺癌、頭部頸部癌、及び膀胱癌か
らなる群より選択される。患者の細胞試料のミトコンドリア・ゲノムに1個以上
の一塩基変異が存在することが決定された場合、患者は腫瘍を有しているものと
同定される。
【００２０】 本発明のもう一つの態様は、患者における腫瘍細胞の存在の検出を補助する方
法を提供する。患者の細胞試料のミトコンドリア・ゲノムにおける変異の存在が
決定される。変異は、ヌクレオチド114位におけるT→C；ヌクレオチド302位にお
けるΔC；ヌクレオチド386位におけるC→A；ヌクレオチド16189位におけるT挿入
；ヌクレオチド16265位におけるA→C；ヌクレオチド16532位におけるA→T；ヌク
レオチド150位におけるC→T；ヌクレオチド195位におけるT→C；ヌクレオチド30
2位におけるΔC；ヌクレオチド16183位におけるC→A；ヌクレオチド16187位にお
けるC→T；ヌクレオチド16519位におけるT→C；ヌクレオチド16380位におけるG
→A；ヌクレオチド75位におけるG→A；ヌクレオチド302位におけるC挿入；ヌク
レオチド514位におけるCG挿入；ヌクレオチド16172位におけるT→C；ヌクレオチ
ド16292位におけるC→T；ヌクレオチド16300位におけるA→G；ヌクレオチド1079
2位におけるA→G；ヌクレオチド10793位におけるC→T；ヌクレオチド10822位に
おけるC→T；ヌクレオチド10978位におけるA→G；ヌクレオチド11065位における
A→G；ヌクレオチド11518位におけるG→A；ヌクレオチド12049位におけるC→T；
ヌクレオチド10966位におけるT→C；ヌクレオチド11150位におけるG→A；ヌクレ
オチド2056位におけるG→A；ヌクレオチド2445位におけるT→C；ヌクレオチド26
64位におけるT→C；ヌクレオチド10071位におけるT→C;ヌクレオチド10321位に
おけるT→C；ヌクレオチド12519位におけるT→C；ヌクレオチド15642位における
Δ7アミノ酸；ヌクレオチド5521位におけるG→A；ヌクレオチド12345位における
G→A；710位におけるT→C置換；1738位におけるT→C置換；3308位におけるT→C
置換；8009位におけるG→A置換；14985位におけるG→A置換；15572位におけるT
→C置換；9949位におけるG→A置換；10563位におけるT→C置換；6264位における
G→A置換；12418位におけるA挿入；1967位におけるT→C置換；2299位におけるT
→A置換；及びヌクレオチド3054位におけるG→Aからなる群より選択される。患
者の細胞試料のミトコンドリア・ゲノムに1個以上の変異が存在することが決定
された場合、患者は腫瘍を有しているものと同定される。
【００２１】 これら及びその他の態様は、環境汚染物質の被曝、及びそのヒト身体に対する
効果をモニタリングするための非侵襲的なツール、並びに癌及び転移の早期検出
法を当技術分野に提供する。
【００２２】 表の簡単な説明 表1は、結腸直腸腫瘍のミトコンドリアの変異の要約を提供する。 表2は、膀胱、肺、頭部頸部の腫瘍のミトコンドリアの変異の要約を提供する
。 表3は、膀胱、肺、頭部頸部の腫瘍のミトコンドリアの新たな多型の要約を提
供する。
【００２３】 詳細な説明 ミトコンドリアDNA変異が非侵襲的かつ選択的にモニタリングされうること、
および環境汚染物質の指標として使用されうることは、本発明者らの発見である
。生体試料中のこれらの変異の有病質は、核変異よりも高く、従ってより高感度
に検出されることが以下に示される。ミトコンドリア変異は、汚染物質の被曝量
の変化を検出するため経時的にモニタリングされうる。さらに、試料中のミトコ
ンドリア変異の有病率は、クローン増殖が起こっているか否かの指標となる。最
後に、Dループが、ミトコンドリア・ゲノム内の変異のホットスポットとして同
定された。
【００２４】 ミトコンドリア変異は、野生型ヒト・ミトコンドリア配列に関して決定される
。配列情報は、ウェブサイトhttp://www.gen.emory.edu/mitomap.html及び配列
番号：1に見出される。しかしながら、試料の配列と、発表されている野生型配
列との違いは、変異ではなく、多型である場合もある。表3は、多数の新規多型
を提供している。その他の多型は、参照2及び8に見出される。試料中の配列を、
同一個体の正常生体組織中の対応する配列と比較することにより、多型は、体細
胞変異と区別されうる。正常生体組織と同一の変種配列が試料中に見出された場
合には、それは多型である。正常組織は、パラフィン包埋されうる。パラフィン
包埋されたミトコンドリアDNAは、ゲノムDNAより損傷が少なく増幅可能であるこ
とが、本発明者らにより見出された。ミトコンドリアDNAの増幅可能領域は、10b
p〜約4kb、望ましくは2kb〜4kb、又は10kb〜約2kbでありうる。その他の適当な
参照mtDNA起源は、試験されるヒトの血液、血清、又は血漿である。
【００２５】 本発明による試験に適している体液には、唾液、痰、尿、及び気管支肺胞洗浄
液（BAL）が含まれる。これらは、当技術分野において既知のようにして収集さ
れうる。そのような体液を試験し供給するための第一候補者は、偶発的、定期的
、又は慢性的に環境汚染物質を被曝している者である。これらには、煙草の煙、
アフラトキシン、コレラ毒素、及びボツリヌス毒素のような生物学的毒素、UV線
を含む放射線、産業廃棄物、化学物質、水中又は空気中に存在する汚染物質、並
びに薬物が含まれるが、これらに限定されることはない。アッセイ法は、汚染物
質の種類ではなく効果に依存するため、環境汚染物質は、既知のものであっても
よいし、推測されるものであってもよいし、又は未同定のものであってもよい。
【００２６】 本発明者らは、ミトコンドリアDNAに見出される変異には、いくつかの特徴が
存在することを見出した。多くの変異が、タンパク質をコードしていない配列に
見出される。これらには、Dループ領域（即ち、ヌクレオチド16024〜526位）、1
6S RNA遺伝子、及びtRNA遺伝子が含まれる。さらに、変異がタンパク質コード領
域に起こる場合であっても、それらは、コードされたアミノ酸には影響を与えな
いサイレント変異をもたらす場合が多い。高頻度に影響を受ける他の領域には、
NADHデヒドロゲナーゼ4、NADHデヒドロゲナーゼ3、NADHデヒドロゲナーゼ5、及
びシトクロームBの遺伝子が含まれる。
【００２７】 変異の検出は、変異決定のための当技術分野において既知の任意の方法論に従
い実施されうる。これらには、ヌクレオチド配列決定、ハイブリダイゼーション
、増幅、PCR、オリゴヌクレオチド・ミスマッチ・ライゲーション・アッセイ法
、プライマー伸長アッセイ法、ヘテロ二重鎖分析、対立遺伝子特異的増幅、対立
遺伝子特異的プライマー伸長、SCCP、DGGE、質量分析、高圧液体クロマトグラフ
ィ、及びこれらの技術の組み合わせが含まれるが、これらに限定されることはな
い。
【００２８】 本発明に係る特定の変異の有病率は、クローン増殖をモニタリングするために
使用されうる。試料中に存在するミトコンドリアDNAの1％を超えて存在する変異
は、それらを保有している細胞に増殖有利性を与える。増殖有利性が変異自体に
より付与されるのではない場合であっても、変異は、試料中の細胞集団に対する
割合が拡大しつつあるクローンのマーカーとして機能する。クローン増殖は、本
発明に従い、クローンの増殖をモニタリングするため、又は環境汚染物質である
と見なされうる抗増殖剤の効力をモニタリングするため、経時的に測定されうる
。
【００２９】 本発明者らは、ミトコンドリア・ゲノム内の微細な変異が、患者における腫瘍
の存在、蔓延、転移、増殖、又は再発を追跡するための手段として使用されうる
ことも見出した。そのような微細な変異には、一塩基置換、一塩基挿入、及び一
塩基欠失が含まれる。一塩基置換は、トランジションであってもよいし、又はト
ランスバージョンであってもよいが、前者の方が頻度は高い。そのような変異の
検出は、腫瘍の最初の出現に関するスクリーニングにも有用であるし、以前に同
定された腫瘍の再発に関するスクリーニングにも有用である。方法は、抗癌療法
、再発、転移、及び外科的除去の完全性のモニタリングに特に適している。
【００３０】 一塩基置換とは、同一位置において、あるヌクレオチド塩基が異なるヌクレオ
チド塩基と置換され、もう一方のDNA鎖上で相補塩基の対応する置換が起こるこ
とである。任意の一塩基置換が、本発明の範囲内に含まれると想像されうるが、
最も高頻度に認められる置換は、TからC、もしくはGからAへのトランジションの
ような内因性酸化的損傷と一致するもの、又は多様な型の変異を引き起こす様々
な外因性発癌物質と一致するものである。変異は、タンパク質コード領域もしく
は非タンパク質コード領域に起こる場合もあるし、又はリボソームRNAもしくは
トランスファーRNAをコードする領域に起こる場合もある。
【００３１】 腫瘍由来の大部分の変異型ミトコンドリア・ゲノムがホモプラスミック又はほ
ぼホモプラスミックな特性を有することから、患者由来のミトコンドリアDNA試
料中のそのような変異は、容易に検出可能である。ホモプラスミック変異とは、
ある細胞又は組織において、ミトコンドリア・ゲノムの本質的に全てのコピーに
出現する変異である。しかしながら、細胞又は組織のミトコンドリア・ゲノムの
一部にのみ出現する変異であるヘテロプラスミック変異も、本発明における使用
に適している。
【００３２】 癌を有するか、又は癌を有することが推測される患者に由来する任意の細胞試
料が試験されうる。適当な細胞試料には、癌性であることが推測されるか、又は
既知である組織、腫瘍の切除に隣接する組織、及び転移細胞を保持していると推
測されるリンパ節のような腫瘍部位から遠位の組織が含まれるが、これらに限定
されることはない。癌性細胞又は転移細胞を含有している可能性がある体液又は
分泌物、例えば血液、尿、痰、唾液、又は糞便から細胞を得ることもできる。細
胞試料は、当技術分野において既知のように、他の生体分泌物及び組織からも収
集されうる。細胞試料は、癌性であることが推測されるか、もしくは既知の組織
、又は癌細胞を保持している体液もしくは分泌物から収集されてもよいし、又は
正常であることが推測されるか、もしくは既知の組織、又は正常細胞を保持して
いる体液もしくは分泌物から収集されてもよい。
【００３３】 患者の細胞試料に由来するミトコンドリア・ゲノムの変異を検出するために、
当技術分野において既知の任意の方法を使用して、ミトコンドリアDNAを細胞試
料から単離することができる。微細な変異を同定する1つの手法は、ミトコンド
リアDNAの配列決定を含む。これは、当技術分野において既知の任意の方法に従
い実施されうる。例えば、単離されたミトコンドリアDNAを、エンドヌクレアー
ゼを使用して、配列決定に適したサイズ、例えば約1〜3キロ塩基長の重複する断
片へと切断した後、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）により増幅し、断片を配列決
定することができる。DNA配列決定法の例は、Brumley,R.L.Jr.およびSmith,L.M.
、1991、「平面超薄型ゲル電気泳動による急速DNA配列決定(Rapid DNA sequenci
ng by horizontal ultrathin gel electrophoresis)」、Nucleic Acids Res.19:
4121-4126及びLuckey,J.A.、Drossman,H.、Kostihka,T.;及びSmith,L.M.、1993
、「キャピラリーゲル電気泳動による急速DNA配列決定(High-speed DNA sequenc
ing by capillary gel electrophoresis)」、Methods Emzymol.218:154-172に見
出される。PCRのような増幅法は、単一細胞のような小さい試料にも適用可能で
あり、その場合でも、完全な配列分析にとって十分なDNAを生成させる。ミトコ
ンドリアDNAのPCRと配列決定との組み合わせ使用は、Hopgood,R.、Sullivan,K.M
.およびGill,P.、1992、「ヒト・ミトコンドリアDNAのPCR産物からの直接的な自
動配列決定法(Strategies for automated sequencing of human mitochondrial
DNA directly from PCR products)」、Biotechniques 13:82-92及びTanaka,M.、
Hayakawa,M.およびOzawa,T.、1996、「ミトコンドリアDNAの自動配列決定(Autom
ated sequencing of mitochondorial DNA)」、Methods Enzymol.264:407-21に記
載されている。
【００３４】 変異は、まず、例えばウェブサイトhttp://www.gen.emory.edu/mitomap.html
のヒト・ミトコンドリアDNAの公的データベースに存在する配列、及び配列番号
：1の配列との比較により、同定されうる。データベースからの正常配列と比較
された試料DNAにおいて同定された一塩基置換は、試料ミトコンドリアDNA又はそ
れから得られた配列を、同一個体に由来する対照細胞ミトコンドリアDNA又はそ
れから得られた配列と比較することにより、多型変種ではなく体細胞変異である
ことが確認されうる。対照細胞は、他の外見上正常な組織、即ち表現型的には正
常であり、癌組織の可視的、組織学的、又は免疫学的な特徴を欠いている組織か
ら単離される。試料と対照との違いによって、腫瘍と関連している体細胞変異が
同定される。
【００３５】 一塩基置換を同定するためミトコンドリア・ゲノム全体を逐次配列決定する代
わりに、ミトコンドリアDNAとオリゴヌクレオチド・アレイとのハイブリダイゼ
ーションを使用してもよい。試料と、ヒト・ミトコンドリア・ゲノムに基づくマ
ッチ配列及びミスマッチ配列とのハイブリダイゼーションを比較することにより
、変異を迅速に同定しうるハイブリダイゼーション技術は、当技術分野において
利用可能である。そのようなアレイは、2個のオリゴヌクレオチド・プローブ、
即ち一方の配列は、野生型領域、又は一塩基置換を含有する変異領域とマッチし
（マッチ・プローブ）、もう一方の配列は、単一ミスマッチ塩基を含む（ミスマ
ッチ対照プローブ）のような単純なものであってもよい。試料DNAがマッチ・プ
ローブとハイブリダイズし、ミスマッチ・プローブとはハイブリダイズしない場
合、それがマッチ・プローブと同一の配列を有することが同定される。ミトコン
ドリア・ゲノム全体を極めて迅速に配列決定することができる、ガラススライド
又はマイクロチップの上にそのようなマッチ／ミスマッチ・プローブ対を数千個
含有する比較的大きなアレイ（「マイクロアレイ」又は「遺伝子チップ」）が、
利用可能である。そのようなアレイは市販されている。ゲノム及びDNAの配列分
析におけるマイクロアレイの使用を記載している総説論文、及びそれらの市販元
へのリンクが、www.gene-chips.comで入手可能である。
【００３６】 本発明は、癌に罹患していると推測される患者を、腫瘍細胞の存在に関してス
クリーニングするために使用されうる。まず、細胞試料を、患者の推測される腫
瘍から得るか、又は、例えば転移が推測される場合には、血液又はリンパ組織の
ような他の起源から得る。前述のような技術を使用して、細胞試料からミトコン
ドリアDNAの一塩基変異の存在を決定するために、細胞試料を試験する。場合に
より、患者の正常な非癌性の細胞又は組織からの細胞試料も得て、ミトコンドリ
アDNAの一塩基変異の存在又は欠如に関して試験する。患者の正常組織由来の細
胞試料中に存在しない一塩基変異が決定された場合には、その変異は体細胞変異
であり、患者における腫瘍細胞の存在が示される。患者の細胞試料のミトコンド
リア・ゲノム中に一塩基変異が1個以上決定された場合には、患者が腫瘍を有し
ているものと同定される。いかなる癌診断技術とも同様に、診断を確認又は拡張
するためには、さらなる診断技術が正当化されうる。例えば、腫瘍細胞の存在を
検出するため、生検標本の従来の組織学的検査が実施されてもよいし、又は血液
もしくは組織試料において腫瘍特異的抗原の分析が実施されてもよい。
【００３７】 前述の方法は、体細胞変異が既知のものであっても、又は未知のものであって
も実施されうる。その方法は、特定の体細胞変異に関する予備知識が存在しない
場合であっても実施されうる。その方法は、患者又は他の患者の細胞のミトコン
ドリア・ゲノムの体細胞変異の発見に続いて実施されてもよい。この場合、その
体細胞変異と、患者又は他の患者における腫瘍の存在との以前の関連は、患者に
おける腫瘍細胞の存在の強い指標となる。それは、腫瘍の再発、又は過去の患者
からの癌性組織の不完全な除去の指標ともなりうる。
【００３８】 療法の有効性は、腫瘍が既に同定され、ミトコンドリア・ゲノムの一塩基置換
を含有することが見出された時点で評価されうる。患者の腫瘍のミトコンドリア
DNAの一塩基置換が同定された後、転移が起こっている場合には、切除又はその
他の部位の周囲の組織においてさらなる腫瘍細胞が検出されうる。前述の方法を
使用して、腫瘍の再発又はその不完全な除去が査定されうる。同様に、腫瘍が化
学療法又は放射線のような非外科的方法を使用して治療された場合には、療法の
成功が、分析を反復することにより、後の時点で評価されうる。患者の細胞試料
のミトコンドリア・ゲノムの一塩基置換の存在を決定するための工程は、腫瘍の
発達もしくは退行をモニタリングするため、又は腫瘍を排除するために施された
療法の進行もしくは進行の欠如をモニタリングするため、1回、2回、3回、4回、
5回、6回、8回、10回、又はそれ以上、実施されうる。
【００３９】 反復分析の場合、既定され限定されたゲノムの領域のみを配列決定すればよい
ため、一塩基置換の存在を決定するための工程は単純化される。例えば、ハイブ
リダイゼーション法を使用して、アレイ中のわずか一個のマッチ／ミスマッチ・
オリゴヌクレオチド・プローブ対により、変異の存在を評価することが可能であ
る。遺伝子型の混同物が観察された場合には、当技術分野で既知の技術、例えば
ハイブリダイゼーションを使用して、各ミトコンドリア遺伝子型の相対量に関す
る定量的な情報を得ることが可能である。定量分析により、経時的な、又は療法
に応答して起こる、腫瘍細胞と正常細胞との相対比率の変化を明らかにすること
ができる。
【００４０】 以下の実施例は、本発明のいくつかの局面を示すために提供されるものであり
、本発明の範囲を既定するためのものではない。
【００４１】 実施例1 本実施例は、組織試料中のmt変異の検出を示す。
【００４２】 結腸直腸癌以外の癌において、mt変異が同定されうるか否かを決定するため、
原発性の膀胱（n＝14）、頭部頸部（n＝13）、及び肺（n＝14）の腫瘍を調査し
た（5）。全ての原発腫瘍試料のmtゲノムの80％をPCR増幅し（6）、手動で配列
決定した（図1）。腫瘍mtDNAを、全ての症例において、対血液試料由来のmtDNA
と比較し、対応する正常組織が得られた場合には、それに由来するmtDNAとも比
較した（7）。検出された配列変種292個のうち、196個は以前に記録された多型
であり（2,8）、57個が新規多型であった（表3）。残りの39個の変種は、膀胱癌
の64％（9/14）、頭部頸部癌の46％（6/13）、肺癌患者の43％（6/14）で同定さ
れた後天性（体細胞）変異であった（表2）。これらの変異の大部分が、T→C及
びG→A塩基トランジションであり、このことから、ROS由来変異原への可能性の
ある曝露が示された（9）。Polyakらによる以前の観察（表1；4）と同様に、こ
こで同定された体細胞変異の大半が、やはりホモプラスミック性であった。さら
に、ここで研究された膀胱癌及び頭部頸部癌のいくつか（表2）は、多重変異を
有しており、このことから、mtDNA損傷の可能性のある蓄積が暗示された。
【００４３】 膀胱腫瘍において、変異ホットスポットは、主に、NADHデヒドロゲナーゼ・サ
ブユニット4（ND4）遺伝子（35％）、及びディスプレイスメント・ループ（Dル
ープ）領域（30％）であった。Dループ領域は、リーディング鎖複製起点及び転
写のための主要プロモーターを含有しているため、mtゲノムの複製及び発現の両
方にとって重要な部位である（10）。NADHデヒドロゲナーゼ・サブユニット3（N
D3）の（Val Ala）置換、及びシトクロムb（Cytb）の7アミノ酸欠失を除き、タ
ンパク質コード領域内に同定された変異の多く（73％）がサイレントであった。
頭部頸部癌においても、Dループ領域が多く変異していた（67％）。頭部頸部腫
瘍のうち2例（22％）が、それぞれThr Met及びAla Thrのアミノ酸置換をもた
らすND4遺伝子の変異を、ヌクレオチド対（np）10822位及び11150位に含有して
いた。肺癌においても、類似の傾向が観察され、Dループ領域の変異濃度が高い
ことが示された（70％）。
【００４４】 実施例2 本実施例は、体液中のmt変異の検出を示す。
【００４５】 本発明者らは、ホモプラスミック性のため、これらの変異は対のある体液中で
容易に検出可能であろうという仮説を立てた。これを検証するため、膀胱癌と診
断された患者の尿試料からmtDNAを抽出し、直接増幅した。この研究において入
手できた3つの対応する尿試料全てが、腫瘍組織に由来する変異mtDNAを含有して
いた。例えば、膀胱癌患者番号799の尿試料に由来するmtDNAは、腫瘍中に見られ
たのと同一のヌクレオチド・トランジション（G→A）を示した（図2A）。全ての
症例において、尿試料は、顕微解剖された腫瘍試料のものと比較可能な、比較的
純粋な腫瘍由来mtDNA集団を含有していた。この観察と一致して、頭部頸部癌患
者から得られた唾液試料は、検出可能な野生型（WT）シグナルを含有していなか
った（図2B及び2C）。配列分析のみによって、頭部頸部癌患者由来の唾液試料の
67％（6/9）においてmtDNA変異を検出することができた。肺癌例においては、BA
L液においては新生物細胞が有意に希釈されているため、最初は、対気管支肺胞
洗浄（BAL）液から変異バンドを同定することができなかった（11）（図2D）。
従って、変異型mtDNAを検出するため、より高感度なオリゴヌクレオチド・ミス
マッチ・ライゲーション・アッセイ法を適用した。図3A及び3Bに示されるように
、両方の肺癌変異（矢印）が腫瘍mtDNA中に確認され、対応するBAL試料中にはよ
り希薄なシグナルが見られ、対応する正常組織中にはシグナルが見られなかった
。再度、変異に隣接する配列組成（16183np及び302np）のためライゲーション・
アッセイ法が実行不可であった2例を除き、BAL液中にmtDNA変異の大半が検出さ
れた（8/10）。
【００４６】 実施例3 本実施例は、核変異DNAと比較した場合の、試料中のミトコンドリア変異DNAの
濃縮を示す。
【００４７】 この新生物DNA濃縮を定量するため、定量プラーク・アッセイ法を使用して、
体液中のmt遺伝子変異の存在量を、核にコードされたp53変異の存在量と比較し
た。変異型配列を含有している核及びmtの断片を、PCR増幅し、プラーク・ハイ
ブリダイゼーションのためクローニングした（12）。mtゲノム及び核ゲノムの両
方に変異を有していたため、肺癌患者由来の2つのBAL試料を分析のため選択した
。p53変異に関して、患者番号1113及び番号1140の正常細胞に対する新生物細胞
の割合は、0.1％及び3.0％であった。顕著なことに、対応する変異型mtDNA（MT
）の存在量は、野生型（WT）mt配列と比較した場合、22％及び52％であった（図
4）。このmtDNAの濃縮は、おそらく、これらの変異のホモプラスミック性、及び
癌細胞中のmtゲノムの高いコピー数によると考えられる。mtDNAの2〜3kb断片をP
CR増幅することは可能であるが、300bpを超える核p53遺伝子断片を増幅すること
は不可能であるという、頭部頸部パラフィン試料における観察により、濃縮がさ
らに示唆された。
【００４８】 腫瘍細胞が、呼吸系の障害、及び高い解糖活性を有することが見出された場合
に、腫瘍形成におけるミトコンドリアの役割が暗示された（13,14）。アポトー
シスにおけるミトコンドリアの役割を解明した最近の所見（15）、及び大腸癌に
おけるmtDNA変異の高い発生率（4）は、癌の開始及び進行におけるミトコンドリ
アの参与の最初の仮説をさらに指示している。mt変異の機能的意義を明確にする
ためには、さらなる調査が必要であるが、本発明者らのデータは、これらの変異
が、調査された腫瘍型全てにおいて、高頻度に、高レベルに存在することを明ら
かに示している。
【００４９】 変異型ミトコンドリアのホモプラスミック性は、依然として難解である。各細
胞は数百〜数千個のミトコンドリアを含有しており、各ミトコンドリアは１〜10
個のゲノムを含有していると推定されている（16）。おそらく、いくつかの変異
型mtDNAは、有意な複製利点を獲得しうるのであろう。例えば、Dループ制御領域
の変異は、重要なトランス作用性因子の結合親和性を修飾することにより、DNA
複製速度を改変させうる。最も迅速な複製を経るミトコンドリアは、より多くの
DNA損傷を受け、それが変異事象を蓄積させる可能性が高い。メカニズムが異な
る変異（ND4遺伝子のサイレント変異など）も存在するかもしれないが、特定のm
tDNA変異の蓄積は、新生物形質転換においてより明白になる可能性がある。微細
なmtDNA変異であっても、おそらく重要な核因子との相互作用を介して、有意な
複製利点を獲得する可能性がある。mtDNAのホモプラスミック形質転換は、他の
新生物性ではないが罹患している組織の小さい細胞集団において観察され（17）
、加齢と関連している場合もあった（18）。本発明者らは、古典的なクローン増
殖とは対照的に、その過程は、ミトコンドリアの確率論的分離（16）と、核変異
により誘発される新生物クローン増殖とが組み合わされて、以前に「改変された
」ミトコンドリアの均質な集団がもたらされる、「シュードクローナル（pseudo
clonal）」選択として起こるという仮説を立てている（図5）。
【００５０】 本明細書、及びその他（2）において同定されたmt多型の数の多さは、主に高
レベルのROSにより引き起こされると考えられる（19）、mtDNAの高い変異率を反
映している可能性が高い。これと一致して、本発明者らのデータは、Dループ領
域のような構成性の高頻度可変性の区域が、体細胞変異ホットスポットであるこ
とを暗示している。原発性腫瘍における変異がさらに作表されるにつれ、DNAチ
ップ技術は、十分な感度を有するハイスループット分析を開発するため活用され
うる（20,21）。高いコピー数のため、mtDNAは、癌及び環境汚染物質の検出のた
めの他の核ゲノムに基づく方法に優る明瞭な利点を提供しうる。
【００５１】 引用文献 1. R.N.Lightowlers、P.F.Chinnery、D.M.Turnbull、N.Howell、Trends Genet 1
3、450(1997). 2. MITOMAP:A Human Mitochondrial Genome Database.Center for Molecular Me
dicine、Emory University、Atlanta、GA、USA. http://www.gen.emory.edu/mitomap.html 3. D.L.CroteauおよびV.A.Bohr、J.Biol.Chem.272、25409(1997). 4. K.Polyakら、Nature Genet.20、291(1998). 5. ジョン・ホプキンス大学病院（Johns Hopkins University Hospital）におい
て、患者からの事前の同意のもと、外科的切除後、血液及び体液と共に、一対の
正常標本及び腫瘍標本を収集した。腫瘍標本を凍結させ、腫瘍試料が新生物細胞
を70％を超えて含有するようにするため、低温槽上で顕微解剖した。腫瘍切片由
来のDNAを1％ SDS/プロテイナーゼKで消化し、フェノール−クロロホルムにより
抽出し、エタノール沈殿した。末梢リンパ球、マッチングする正常組織、尿、唾
液、及びBAL液に由来する対照DNAを、（11）の記載と同様にして処理した。 6. ミトコンドリアDNAを、6％ DMSOを含有するPCR緩衝液中で、重複プライマー(
4)を使用して増幅した。約5〜20ngのゲノムDNAを、94℃30秒、64℃1分、70℃3分
、3サイクル、94℃30秒、61℃1分、70℃3分、3サイクル、94℃30秒、58℃1分、7
0℃3.5分、15サイクル、94℃30秒、57℃1分、70℃3.5分、15サイクル、および70
℃5分間の最終伸長というステップダウン（step-down）PCRプロトコルに供した
。キアゲン（Qiagen）ゲル抽出キット(Qiagen)を使用してPCR産物をゲル精製し
、サイクル条件（95℃30秒、52℃1分、及び70℃1分を25サイクル）を使用して、
サーモシーケナーゼ（Thermosequenase）(Perkn-Elmer)により配列決定反応を実
施した。 7. 4名の患者(番号874、番号915、番号1684、及び番号1678)から対応する正常組
織を入手することができた。DNAを、以前に記載されたようにして(9)パラフィン
試料から抽出した。 8. R.M.Andrewら、Nature Genet.23 147、(1999) 9. J.Cadet.M.Berger、T.Douki、J.L.Ravanat、Rev.Physiol.Biochem.Pharmacol
.131、1(1997). 8. J.W.Taanman、Biochimica.et.Biophysica.Acta.1410、103(1999). 9. S.A.Ahrendtら、J.Natl.Cancer Inst.91、332(1999). 10. PCR断片のファージ・ベクターへのサブクローニングを、製造業者(Stratage
ne)の指示に従い実施した。力価を測定したプラークを播き、テトラメチルアン
モニウムクロリド（TMAC）を溶媒として使用したハイブリダイゼーションに供し
た。陽性シグナルを、二次スクリーニングにより確認した。このアッセイ法に使
用されたオリゴヌクレオチド（オリゴ）は、以下の通りである。患者番号1113に
ついては、p53及びmtDNAの配列改変を、それぞれ 又は のいずれかを含有するオリゴを使用して検出した。 患者番号1140については、オリゴ を、それぞれWT及びMTの配列を検出するために使用した。 ll. O.Warburg、Science 123、309(1956). 12. J.W.ShayおよびH.Werbin、Mut.Res、186、149(1987). 13. D.R.GreenおよびJ.C.Reed、Science 281、1309(1999). 14. D.C.Wallace、Aunu.Rev.Biochem.61、1175(1992). 15. D.C.Wallace、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 91、8746(1994). 16. K.Khrapkoら、N.A.R.27、2434(1999). 17. C.Richter、J.W.Park、B.N.Ames、Proc.Natl.Acad.Sci、USA 17、6465(1988
). 18. M.Cheeら、Science 274、610(1996). 19. S.A.Ahrendtら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 96、7382(1999). 20. 変異を含有する断片をPCR増幅し、次いでエタノール沈殿した。各変異につ
いて、3'に変異した塩基を含有する識別オリゴヌクレオチドを設計した （患者番号915については、 患者番号898については、 隣接する[32P]末端標識3'配列（患者番号915については、 患者番号898については、 を、識別オリゴヌクレオチドと共に、ライゲーション反応のための基質として使
用した。95℃5分間の変性工程の後、反応物を、50mM Tris-Cl、1OmM MgCl2、150
mM NaCl、1mMスペルミジン、1mM ATP、5mM DTTを含有する緩衝液中で、T4 DNAリ
ガーゼ(Life Technologies)の存在下で、37℃で1時間インキュベートし、変性12
％ポリアクリルアミドゲル上で分析した[Jenら、Cancer Res.54、5523(1994)]。
【００５２】
【表１】 mtDNA変異の要約 ＊V451 T11967C及びV410 T2299Aを除く全ての変異が、ホモプラスミックであり
、ミトコンドリアDNA分子のおよそ50％に存在していた。
【００５３】
【表２】 原発腫瘍中のミトコンドリア変異の要約 肺癌患者番号1113、番号1140、及び番号1174についてはDループ領域のみを分析
した。
【００５４】
【表３】 本研究において見出された新規mtDNA多型（n＝57） B＝膀胱癌；L＝肺癌；HNC＝頭部頸部癌；NCN＝非コード・ヌクレオチド
【図面の簡単な説明】
【図１】 直鎖状にしたmtゲノムの概略図である。斜線付きのバーは、当研
究において配列決定された領域を示し、黒バーは、tRNA（トランスファーRNA）
の位置を示す。rRNA＝リボソームRNA、ND＝NADHデヒドロゲナーゼ、COX＝シトク
ロムcオキシダーゼ、Cytb＝シトクロムb、ATPase＝ATPシンターゼ。
【図２】 腫瘍及び体液に由来する試料中の変異型mtDNAの配列検出を示す
図である。（図2A）膀胱癌患者番号799の腫瘍（T）DNA、正常（N）DNA、及び対
応する尿（U）DNAの直接配列決定によりmt変異が分析された。矢印は、16S rRNA
遺伝子の2056npにおける一ヌクレオチド変化（G(A)を示している。（図2B及び図
2C）頭部頸部癌における体細胞変異の例。患者番号1680及び番号1708に由来する
唾液（S）試料から16172np（B）及び10822np（C）における変異の両方が検出さ
れた。（図2D）2664npにおいて変異したmtDNAは、肺癌患者番号898から得られた
対のBAL液（B）における配列分析によっては検出されなかった。
【図３】 BAL中のmtDNA変異を検出するためのオリゴヌクレオチド・ミスマ
ッチ・ライゲーション・アッセイ法（22）を示す図である。矢印は、tRNA内の12
345npにおける変異型mt配列（図3A）及び腫瘍DNA中の16S rRNA内の2664np（図3B
）の変異型mt配列を同定している。対応するBAL（B）試料中には、より希薄なシ
グナルが見られ、対の正常（N）組織からはシグナルが検出されなかった。
【図４】 肺癌患者由来のBAL試料中の高度に濃縮された変異型mtDNAを示す
図である。オリゴヌクレオチド（オリゴ）特異的ハイブリダイゼーションによっ
て、患者番号1113由来のBAL中にWT p53クローンを含有するプラークは約2000個
検出され、p53遺伝子変異を有するプラークはわずか2個（2/2000＝0.1％）、原
発腫瘍中に見出された（図4A）。同BAL試料は、変異型mtDNAのはるかに大きな濃
縮を示した。約1500個のWTクローンと比較して、445個のプラークが、16159npに
おけるmtDNA変異（図4A）を含有していた（445/2000＝22.3％；220倍）。同様の
濃縮が患者番号1140にも見られ、オリゴ特異的ハイブリダイゼーションにより、
WTクローン437個に対し12個のp53変異プラークが検出され（2.7％、図4B）、163
80npにおける変異mtDNA（図4B）は、mtDNAから増幅されたプラークの50％超（52
.3％、460/880；19倍）に相当した。
【図５】 mtDNAのシュードクローナル選択。ミトコンドリア・ゲノムが、
（Dループ領域のような）体細胞変異により、いくつかの複製利点を獲得し、優
性ミトコンドリア遺伝子型がもたらされる（段階1）。このミトコンドリアは、
核の影響による付加的な複製利点を獲得しうる。例えば、変異型配列が、核にコ
ードされているミトコンドリア・トランス作用性因子とのより高い結合親和性を
獲得する（段階2）。その確率論的な分離と、核変異により誘発される新生物細
胞のクローン増殖とが組み合わされることにより、変異型ミトコンドリアが、腫
瘍細胞の集団全体に優性となる（段階3）。
【配列表】
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (81)指定国 ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ， ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，Ｉ Ｔ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ，ＴＲ)，ＯＡ(ＢＦ ，ＢＪ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＧＷ， ＭＬ，ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，Ｇ Ｍ，ＫＥ，ＬＳ，ＭＷ，ＭＺ，ＳＤ，ＳＬ，ＳＺ，ＴＺ ，ＵＧ，ＺＷ)，ＥＡ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ， ＭＤ，ＲＵ，ＴＪ，ＴＭ)，ＡＥ，ＡＧ，ＡＬ，ＡＭ， ＡＴ，ＡＵ，ＡＺ，ＢＡ，ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，Ｂ Ｚ，ＣＡ，ＣＨ，ＣＮ，ＣＯ，ＣＲ，ＣＵ，ＣＺ，ＤＥ ，ＤＫ，ＤＭ，ＤＺ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＤ， ＧＥ，ＧＨ，ＧＭ，ＨＲ，ＨＵ，ＩＤ，ＩＬ，ＩＮ，Ｉ Ｓ，ＪＰ，ＫＥ，ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ ，ＬＲ，ＬＳ，ＬＴ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＡ，ＭＤ，ＭＧ， ＭＫ，ＭＮ，ＭＷ，ＭＸ，ＭＺ，ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ，Ｐ Ｔ，ＲＯ，ＲＵ，ＳＤ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ，ＳＫ，ＳＬ ，ＴＪ，ＴＭ，ＴＲ，ＴＴ，ＴＺ，ＵＡ，ＵＧ，ＵＳ， ＵＺ，ＶＮ，ＹＵ，ＺＡ，ＺＷ (72)発明者 ジェン ジン アメリカ合衆国 メリーランド州 ブルッ クビル セント ジョージ ウェイ 2412 (72)発明者 ポーリヤック コメリア アメリカ合衆国 マサチューセッツ州 ブ ルックリン ビーコン ストリート ＃６ エフ 1856 (72)発明者 ボーゲルスタイン バート アメリカ合衆国 メリーランド州 ボルテ ィモア ブレトン ウェイ 3700 (72)発明者 キンズラー ケネス ダブリュ． アメリカ合衆国 メリーランド州 ベルエ ア ハルカーク ウェイ 1403 Ｆターム(参考） 2G045 AA26 BA11 BB20 BB22 CA25 CA26 CB01 CB03 CB07 CB08 CB17 DA12 DA13 DA14 DA78 FA04 FB02 GC01 4B024 AA12 CA09 HA14 4B063 QA01 QA12 QQ03 QQ44 QQ54 QQ59 QQ99 QR08 QR55 QR62 QS25 QS34

Claims (117)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項１】 以下の段階を含む、個体における環境汚染物質の被曝をモニ
    タリングする方法： 環境汚染物質を被曝した個体の体液中のミトコンドリアDNA（mtDNA）の1個以
    上の変異の存在を、2回以上の時点で決定する段階； 異なる時点におけるmtDNAの変異の量を比較する段階であって、該変異の量が
    環境汚染物質の被曝量と相関する段階。
  2. 【請求項２】 以下の段階を含む、個体における環境汚染物質の被曝をモニ
    タリングする方法： 環境汚染物質を被曝した個体の体液中のミトコンドリアDNA（mtDNA）の1個以
    上の変異の有病率を測定する段階であって、測定されたmtDNAの1個以上の変異の
    有病率が1％を超えている場合に、それを個体における1個以上の変異を保有する
    細胞のクローン増殖の指標とする段階。
  3. 【請求項３】 以下の段階を含む、個体における環境汚染物質の被曝をモニ
    タリングする方法： 環境汚染物質を被曝した個体の体液中のミトコンドリアDNA（mtDNA）のDルー
    プの1個以上の変異を測定する段階であって、mtDNAの変異の数が環境汚染物質の
    被曝と相関する段階。
  4. 【請求項４】 体液が尿である、請求項1、2、又は3に記載の方法。
  5. 【請求項５】 体液が唾液である、請求項1、2、又は3に記載の方法。
  6. 【請求項６】 体液が痰である、請求項1、2、又は3に記載の方法。
  7. 【請求項７】 体液が気管支肺胞洗浄液である、請求項1、2、又は3に記載
    の方法。
  8. 【請求項８】 mtDNAの変異が、ヒトの正常組織から単離されたmtDNAに関し
    て測定される、請求項1、2、又は3に記載の方法。
  9. 【請求項９】 正常組織がパラフィン包埋されている、請求項8に記載の方
    法。
  10. 【請求項１０】 mtDNAの変異が、ヒトの血液、血清、又は血漿の試料から
    単離されたmtDNAに関して測定される、請求項1、2、又は3に記載の方法。
  11. 【請求項１１】 mtDNAの変異が、NADHデヒドロゲナーゼ4をコードする遺伝
    子の分析により測定される、請求項1又は2に記載の方法。
  12. 【請求項１２】 mtDNAの変異が、16S rRNAをコードする遺伝子の分析によ
    り測定される、請求項1又は2に記載の方法。
  13. 【請求項１３】 体液中のmtDNAの1個以上の変異の有病率を経時的に測定す
    ることによって、細胞のクローン増殖がモニタリングされうる、請求項2に記載
    の方法。
  14. 【請求項１４】 mtDNAの変異が、シトクロムb遺伝子の分析により測定され
    る、請求項1又は2に記載の方法。
  15. 【請求項１５】 変異型mtDNAがサイレント変異を与えることが見出される
    、請求項1、2、又は3に記載の方法。
  16. 【請求項１６】 変異型mtDNAが非コード領域の分析により測定される、請
    求項1又は2に記載の方法。
  17. 【請求項１７】 変異型mtDNAが、約10bp〜約4kbのmtDNAセグメントを増幅
    することにより測定される、請求項1、2、又は3に記載の方法。
  18. 【請求項１８】 変異型mtDNAが、約10bp〜約2kbのmtDNAセグメントを増幅
    することにより測定される、請求項1、2、又は3に記載の方法。
  19. 【請求項１９】 変異型mtDNAが、約2kb〜約4kbのmtDNAセグメントを増幅す
    ることにより測定される、請求項1、2、又は3に記載の方法。
  20. 【請求項２０】 変異型mtDNAが、オリゴヌクレオチド・ミスマッチ・ライ
    ゲーション・アッセイ法により測定される、請求項1、2、又は3に記載の方法。
  21. 【請求項２１】 環境汚染物質が煙草の煙である、請求項1、2、又は3に記
    載の方法。
  22. 【請求項２２】 環境汚染物質が生物学的毒素である、請求項1、2、又は3
    に記載の方法。
  23. 【請求項２３】 環境汚染物質が放射線である、請求項1、2、又は3に記載
    の方法。
  24. 【請求項２４】 環境汚染物質が産業廃棄物である、請求項1、2、又は3に
    記載の方法。
  25. 【請求項２５】 環境汚染物質が化学物質である、請求項1、2、又は3に記
    載の方法。
  26. 【請求項２６】 環境汚染物質が水中に存在する、請求項1、2、又は3に記
    載の方法。
  27. 【請求項２７】 環境汚染物質が空気中に存在する、請求項1、2、又は3に
    記載の方法。
  28. 【請求項２８】 環境汚染物質が薬物である、請求項1、2、又は3に記載の
    方法。
  29. 【請求項２９】 個体における環境汚染物質の被曝をモニタリングするため
    のキットであって、 プライマー伸長産物を作成するための、ミトコンドリアDループとハイブリダ
    イズする1個以上のプライマーと； 1個以上の環境汚染物質の被曝の結果として、Dループに見出される変異を同定
    する資料とを含む、キット。
  30. 【請求項３０】 緩衝液をさらに含む、請求項29に記載のキット。
  31. 【請求項３１】 伸長産物とのハイブリダイゼーションのための核酸プロー
    ブをさらに含む、請求項29に記載のキット。
  32. 【請求項３２】 プライマーがPCR用である、請求項29に記載のキット。
  33. 【請求項３３】 プライマーがライゲーション・アッセイ用である、請求項
    29に記載のキット。
  34. 【請求項３４】 変異が、ヌクレオチド114位におけるT→C；ヌクレオチド3
    02位におけるΔC；ヌクレオチド386位におけるC→A；ヌクレオチド16189位にお
    けるT挿入；ヌクレオチド16265位におけるA→C；ヌクレオチド16532位におけるA
    →T；ヌクレオチド150位におけるC→T；ヌクレオチド195位におけるT→C；ヌク
    レオチド302位におけるΔC；ヌクレオチド16183位におけるC→A；ヌクレオチド1
    6187位におけるC→T；ヌクレオチド16519位におけるT→C；ヌクレオチド16380位
    におけるG→A；ヌクレオチド75位におけるG→A；ヌクレオチド302位におけるC挿
    入；ヌクレオチド514位におけるCG挿入；ヌクレオチド16172位におけるT→C；ヌ
    クレオチド16292位におけるC→T；及びヌクレオチド16300位におけるA→Gからな
    る群より選択される、請求項3に記載の方法。
  35. 【請求項３５】 文書資料が、ヌクレオチド114位におけるT→C；ヌクレオ
    チド302位におけるΔC；ヌクレオチド386位におけるC→A；ヌクレオチド16189位
    におけるT挿入；ヌクレオチド16265位におけるA→C；ヌクレオチド16532位にお
    けるA→T；ヌクレオチド150位におけるC→T；ヌクレオチド195位におけるT→C；
    ヌクレオチド302位におけるΔC；ヌクレオチド16183位におけるC→A；ヌクレオ
    チド16187位におけるC→T；ヌクレオチド16519位におけるT→C；ヌクレオチド16
    380位におけるG→A；ヌクレオチド75位におけるG→A；ヌクレオチド302位におけ
    るC挿入；ヌクレオチド514位におけるCG挿入；ヌクレオチド16172位におけるT→
    C；ヌクレオチド16292位におけるC→T；及びヌクレオチド16300位におけるA→G
    からなる群より選択される変異を同定する、請求項29に記載のキット。
  36. 【請求項３６】 変異が、ヌクレオチド10792位におけるA→G；ヌクレオチ
    ド10793位におけるC→T；ヌクレオチド10822位におけるC→T；ヌクレオチド1097
    8位におけるA→G；ヌクレオチド11065位におけるA→G；ヌクレオチド11518位に
    おけるG→A；ヌクレオチド12049位におけるC→T；ヌクレオチド10966位における
    T→C；及びヌクレオチド11150位におけるG→Aからなる群より選択される、請求
    項11に記載の方法。
  37. 【請求項３７】 変異が、ヌクレオチド2056位におけるG→A；ヌクレオチド
    2445位におけるT→C；ヌクレオチド2664位におけるT→C；及びヌクレオチド3054
    位におけるG→Aからなる群より選択される、請求項12に記載の方法。
  38. 【請求項３８】 変異が、ヌクレオチド15642位におけるΔ7アミノ酸である
    、請求項14に記載の方法。
  39. 【請求項３９】 オリゴヌクレオチドが、ヌクレオチド114位におけるT→C
    ；ヌクレオチド302位におけるΔC；ヌクレオチド386位におけるC→A；ヌクレオ
    チド16189位におけるT挿入；ヌクレオチド16265位におけるA→C；ヌクレオチド1
    6532位におけるA→T；ヌクレオチド150位におけるC→T；ヌクレオチド195位にお
    けるT→C；ヌクレオチド302位におけるΔC；ヌクレオチド16183位におけるC→A
    ；ヌクレオチド16187位におけるC→T；ヌクレオチド16519位におけるT→C；ヌク
    レオチド16380位におけるG→A；ヌクレオチド75位におけるG→A；ヌクレオチド3
    02位におけるC挿入；ヌクレオチド514位におけるCG挿入；ヌクレオチド16172位
    におけるT→C；ヌクレオチド16292位におけるC→T；ヌクレオチド16300位におけ
    るA→G；ヌクレオチド10792位におけるA→G；ヌクレオチド10793位におけるC→T
    ；ヌクレオチド10822位におけるC→T；ヌクレオチド10978位におけるA→G；ヌク
    レオチド11065位におけるA→G；ヌクレオチド11518位におけるG→A；ヌクレオチ
    ド12049位におけるC→T；ヌクレオチド10966位におけるT→C；ヌクレオチド1115
    0位におけるG→A；ヌクレオチド2056位におけるG→A；ヌクレオチド2445位にお
    けるT→C；ヌクレオチド2664位におけるT→C；ヌクレオチド10071位におけるT→
    C;ヌクレオチド10321位におけるT→C；ヌクレオチド12519位におけるT→C；ヌク
    レオチド15642位におけるΔ7アミノ酸；ヌクレオチド5521位におけるG→A；ヌク
    レオチド12345位におけるG→A；ヌクレオチド3054位におけるG→A；710位におけ
    るT→C置換；1738位におけるT→C置換；3308位におけるT→C置換；8009位におけ
    るG→A置換；14985位におけるG→A置換；15572位におけるT→C置換；9949位にお
    けるG→A置換；10563位におけるT→C置換；6264位におけるG→A置換；12418位に
    おけるA挿入；1967位におけるT→C置換；及び2299位におけるT→A置換からなる
    群より選択される変異からなる群より選択される変異を含む、ヒト・ミトコンド
    リア・ゲノムの少なくとも10個の連続するヌクレオチド配列を含む、オリゴヌク
    レオチド・プローブ。
  40. 【請求項４０】 オリゴヌクレオチドが、ヌクレオチド114位におけるT→C
    ；ヌクレオチド302位におけるΔC；ヌクレオチド386位におけるC→A；ヌクレオ
    チド16189位におけるT挿入；ヌクレオチド16265位におけるA→C；ヌクレオチド1
    6532位におけるA→T；ヌクレオチド150位におけるC→T；ヌクレオチド195位にお
    けるT→C；ヌクレオチド302位におけるΔC；ヌクレオチド16183位におけるC→A
    ；ヌクレオチド16187位におけるC→T；ヌクレオチド16519位におけるT→C；ヌク
    レオチド16380位におけるG→A；ヌクレオチド75位におけるG→A；ヌクレオチド3
    02位におけるC挿入；ヌクレオチド514位におけるCG挿入；ヌクレオチド16172位
    におけるT→C；ヌクレオチド16292位におけるC→T；ヌクレオチド16300位におけ
    るA→G；ヌクレオチド10792位におけるA→G；ヌクレオチド10793位におけるC→T
    ；ヌクレオチド10822位におけるC→T；ヌクレオチド10978位におけるA→G；ヌク
    レオチド11065位におけるA→G；ヌクレオチド11518位におけるG→A；ヌクレオチ
    ド12049位におけるC→T；ヌクレオチド10966位におけるT→C；ヌクレオチド1115
    0位におけるG→A；ヌクレオチド2056位におけるG→A；ヌクレオチド2445位にお
    けるT→C；ヌクレオチド2664位におけるT→C；ヌクレオチド10071位におけるT→
    C;ヌクレオチド10321位におけるT→C；ヌクレオチド12519位におけるT→C；ヌク
    レオチド15642位におけるΔ7アミノ酸；ヌクレオチド5521位におけるG→A；ヌク
    レオチド12345位におけるG→A；ヌクレオチド3054位におけるG→A；710位におけ
    るT→C置換；1738位におけるT→C置換；3308位におけるT→C置換；8009位におけ
    るG→A置換；14985位におけるG→A置換；15572位におけるT→C置換；9949位にお
    けるG→A置換；10563位におけるT→C置換；6264位におけるG→A置換；12418位に
    おけるA挿入；1967位におけるT→C置換；及び2299位におけるT→A置換からなる
    群より選択される変異からなる群より選択される変異を含む、ヒト・ミトコンド
    リア・ゲノムの少なくとも10個の連続するヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレ
    オチドプライマー。
  41. 【請求項４１】 以下の段階を含む、患者における腫瘍細胞の存在の検出を
    補助する方法： 患者の細胞試料のミトコンドリア・ゲノムにおける一塩基変異の存在を決定す
    る段階であって、該変異が、患者の腫瘍には見出されるが、患者の正常組織には
    見出されず、該腫瘍が結腸直腸腫瘍ではない段階；及び 患者の細胞試料のミトコンドリア・ゲノムに1個以上の一塩基変異が存在する
    ことが決定された場合、患者が腫瘍を有しているものと同定する段階。
  42. 【請求項４２】 以下の段階を含む、患者における腫瘍細胞の存在の検出を
    補助する方法： 患者の細胞試料のミトコンドリア・ゲノムのDループにおける変異の存在を決
    定する段階であって、該変異が、患者の腫瘍には見出されるが、患者の正常組織
    には見出されない段階；及び 患者の細胞試料のミトコンドリア・ゲノムに1個以上の一塩基変異が存在する
    ことが決定された場合、患者が腫瘍を有しているものと同定する段階。
  43. 【請求項４３】 変異が、ヌクレオチド114位におけるT→C；ヌクレオチド3
    02位におけるΔC；ヌクレオチド386位におけるC→A；ヌクレオチド16189位にお
    けるT挿入；ヌクレオチド16265位におけるA→C；ヌクレオチド16532位におけるA
    →T；ヌクレオチド150位におけるC→T；ヌクレオチド195位におけるT→C；ヌク
    レオチド302位におけるΔC；ヌクレオチド16183位におけるC→A；ヌクレオチド1
    6187位におけるC→T；ヌクレオチド16519位におけるT→C；ヌクレオチド16380位
    におけるG→A；ヌクレオチド75位におけるG→A；ヌクレオチド302位におけるC挿
    入；ヌクレオチド514位におけるCG挿入；ヌクレオチド16172位におけるT→C；ヌ
    クレオチド16292位におけるC→T；及びヌクレオチド16300位におけるA→Gからな
    る群より選択される、請求項42に記載の方法。
  44. 【請求項４４】 以下の段階を含む、患者における腫瘍細胞の存在の検出を
    補助する方法： 患者の細胞試料のミトコンドリア・ゲノムにおける一塩基変異の存在を決定す
    る段階であって、該変異が、患者の癌には見出されるが、患者の正常組織には見
    出されず、該癌が、肺癌、頭部頸部癌、膀胱癌、脳の癌、乳癌、リンパ腫、白血
    病、皮膚癌、前立腺癌、胃癌、膵癌、肝癌、卵巣癌、子宮癌、精巣癌、及び骨の
    癌からなる群より選択される段階；及び 患者の細胞試料のミトコンドリア・ゲノムに1個以上の一塩基変異が存在する
    ことが決定された場合、患者が腫瘍を有しているものと同定する段階。
  45. 【請求項４５】 以下の段階を含む、患者における腫瘍細胞の存在の検出を
    補助する方法： 患者の細胞試料のミトコンドリア・ゲノムにおける一塩基変異の存在を決定す
    る段階であって、該変異が、患者の腫瘍には見出されるが、患者の正常組織には
    見出されず、該癌が、肺癌、頭部頸部癌、及び膀胱癌からなる群より選択される
    段階；及び 患者の細胞試料のミトコンドリア・ゲノムに1個以上の一塩基変異が存在する
    ことが決定された場合、患者が腫瘍を有しているものと同定する段階。
  46. 【請求項４６】 以下の段階を含む、患者における腫瘍細胞の存在の検出を
    補助する方法： 患者の細胞試料のミトコンドリア・ゲノムにおける変異の存在を決定する段階
    であって、該変異が、ヌクレオチド114位におけるT→C；ヌクレオチド302位にお
    けるΔC；ヌクレオチド386位におけるC→A；ヌクレオチド16189位におけるT挿入
    ；ヌクレオチド16265位におけるA→C；ヌクレオチド16532位におけるA→T；ヌク
    レオチド150位におけるC→T；ヌクレオチド195位におけるT→C；ヌクレオチド30
    2位におけるΔC；ヌクレオチド16183位におけるC→A；ヌクレオチド16187位にお
    けるC→T；ヌクレオチド16519位におけるT→C；ヌクレオチド16380位におけるG
    →A；ヌクレオチド75位におけるG→A；ヌクレオチド302位におけるC挿入；ヌク
    レオチド514位におけるCG挿入；ヌクレオチド16172位におけるT→C；ヌクレオチ
    ド16292位におけるC→T；ヌクレオチド16300位におけるA→G；ヌクレオチド1079
    2位におけるA→G；ヌクレオチド10793位におけるC→T；ヌクレオチド10822位に
    おけるC→T；ヌクレオチド10978位におけるA→G；ヌクレオチド11065位における
    A→G；ヌクレオチド11518位におけるG→A；ヌクレオチド12049位におけるC→T；
    ヌクレオチド10966位におけるT→C；ヌクレオチド11150位におけるG→A；ヌクレ
    オチド2056位におけるG→A；ヌクレオチド2445位におけるT→C；ヌクレオチド26
    64位におけるT→C；ヌクレオチド10071位におけるT→C;ヌクレオチド10321位に
    おけるT→C；ヌクレオチド12519位におけるT→C；ヌクレオチド15642位における
    Δ7アミノ酸；ヌクレオチド5521位におけるG→A；ヌクレオチド12345位における
    G→A；及びヌクレオチド3054位におけるG→Aからなる群より選択される段階；及
    び 患者の細胞試料のミトコンドリア・ゲノムに1個以上の変異が存在することが
    決定された場合、患者が腫瘍を有しているものと同定する段階。
  47. 【請求項４７】 細胞試料が血液由来である、請求項41、42、44、45、又は
    46に記載の方法。
  48. 【請求項４８】 細胞試料が尿由来である、請求項41、42、44、45、又は46
    に記載の方法。
  49. 【請求項４９】 細胞試料が痰由来である、請求項41、42、44、45、又は46
    に記載の方法。
  50. 【請求項５０】 細胞試料が唾液由来である、請求項41、42、44、45、又は
    46に記載の方法。
  51. 【請求項５１】 細胞試料が糞便由来である、請求項41、42、44、45、又は
    46に記載の方法。
  52. 【請求項５２】 決定段階が、ミトコンドリアDNAを増幅することを含む、
    請求項41、42、44、45、又は46に記載の方法。
  53. 【請求項５３】 決定段階が、ミトコンドリアDNAを配列決定することを含
    む、請求項41、42、44、45、又は46に記載の方法。
  54. 【請求項５４】 決定段階が、細胞試料のミトコンドリアゲノムから増幅さ
    れたDNAと、ヒト・ミトコンドリア・ゲノムDNAとのマッチ配列及びミスマッチ配
    列を含むオリゴヌクレオチド・アレイとのハイブリダイゼーションを含む、請求
    項41、42、44、45、又は46に記載の方法。
  55. 【請求項５５】 変異が置換変異である、請求項41、42、44、45、又は46に
    記載の方法。
  56. 【請求項５６】 変異が一塩基挿入である、請求項41、42、44、45、又は46
    に記載の方法。
  57. 【請求項５７】 変異が一塩基欠失である、請求項41、42、44、45、又は46
    に記載の方法。
  58. 【請求項５８】 変異がトランジション変異である、請求項41、42、44、45
    、又は46に記載の方法。
  59. 【請求項５９】 変異がホモプラスミック変異(homoplasmic mutation)であ
    る、請求項41、42、44、45、又は46に記載の方法。
  60. 【請求項６０】 変異が710位におけるT→C置換である、請求項39に記載の
    オリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  61. 【請求項６１】 変異が1738位におけるT→C置換である、請求項39に記載の
    オリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  62. 【請求項６２】 変異が3308位におけるT→C置換である、請求項39に記載の
    オリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  63. 【請求項６３】 変異が8009位におけるG→A置換である、請求項39に記載の
    のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  64. 【請求項６４】 変異が14985位におけるG→A置換である、請求項39に記載
    のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  65. 【請求項６５】 変異が15572位におけるT→C置換である、請求項39に記載
    のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  66. 【請求項６６】 変異が9949位におけるG→A置換である、請求項39に記載の
    オリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  67. 【請求項６７】 変異が10563位におけるT→C置換である、請求項39に記載
    のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  68. 【請求項６８】 変異が6264位におけるG→A置換である、請求項39に記載の
    オリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  69. 【請求項６９】 変異が12418位におけるA挿入である、請求項39に記載のオ
    リゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  70. 【請求項７０】 変異が1967位におけるT→C置換である、請求項39に記載の
    オリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  71. 【請求項７１】 変異が2299位におけるT→A置換である、請求項39に記載の
    オリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  72. 【請求項７２】 変異がヌクレオチド10071位におけるT→Cである、請求項3
    9に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  73. 【請求項７３】 変異がヌクレオチド10321位におけるT→Cである、請求項3
    9に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  74. 【請求項７４】 変異がヌクレオチド12519位におけるT→Cである、請求項3
    9に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  75. 【請求項７５】 変異がヌクレオチド5521位におけるG→Aである、請求項39
    に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  76. 【請求項７６】 変異がヌクレオチド12345位におけるG→Aである、請求項3
    9に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  77. 【請求項７７】 変異がヌクレオチド114位におけるT→Cである、請求項39
    に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  78. 【請求項７８】 変異がヌクレオチド302位におけるΔCである、請求項39に
    記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項に記載40のプライマー。
  79. 【請求項７９】 変異がヌクレオチド386位におけるC→Aである、請求項39
    に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  80. 【請求項８０】 変異がヌクレオチド16189位におけるT挿入である、請求項
    39に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  81. 【請求項８１】 変異がヌクレオチド16265位におけるA→Cである、請求項3
    9に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  82. 【請求項８２】 変異がヌクレオチド16532位におけるA→Tである、請求項3
    9に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  83. 【請求項８３】 変異がヌクレオチド150位におけるC→Tである、請求項39
    に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  84. 【請求項８４】 変異がヌクレオチド195位におけるT→Cである、請求項39
    に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  85. 【請求項８５】 変異がヌクレオチド302位におけるΔCである、請求項39に
    記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  86. 【請求項８６】 変異がヌクレオチド16183位におけるC→Aである、請求項3
    9に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  87. 【請求項８７】 変異がヌクレオチド16187位におけるC→Tである、請求項3
    9に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  88. 【請求項８８】 変異がヌクレオチド16519位におけるT→Cである、請求項3
    9に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  89. 【請求項８９】 変異がヌクレオチド16380位におけるG→Aである、請求項3
    9に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  90. 【請求項９０】 変異がヌクレオチド75位におけるG→Aである、請求項39に
    記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  91. 【請求項９１】 変異がヌクレオチド302位におけるC挿入である、請求項39
    に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  92. 【請求項９２】 変異がヌクレオチド514位におけるCG挿入である、請求項3
    9に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  93. 【請求項９３】 変異がヌクレオチド16172位におけるT→Cである、請求項3
    9に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  94. 【請求項９４】 変異がヌクレオチド16292位におけるC→Tである、請求項3
    9に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  95. 【請求項９５】 変異がヌクレオチド16300位におけるA→Gである、請求項3
    9に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  96. 【請求項９６】 変異がヌクレオチド10792位におけるA→Gである、請求項3
    9に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  97. 【請求項９７】 変異がヌクレオチド10793位におけるC→Tである、請求項3
    9に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  98. 【請求項９８】 変異がヌクレオチド10822位におけるC→Tである、請求項3
    9に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  99. 【請求項９９】 変異がヌクレオチド10978位におけるA→Gである、請求項3
    9に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  100. 【請求項１００】 変異がヌクレオチド11065位におけるA→Gである、請求
    項39に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  101. 【請求項１０１】 変異がヌクレオチド11518位におけるG→Aである、請求
    項39に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  102. 【請求項１０２】 変異がヌクレオチド12049位におけるC→Tである、請求
    項39に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  103. 【請求項１０３】 変異がヌクレオチド10966位におけるT→Cである、請求
    項39に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  104. 【請求項１０４】 変異がヌクレオチド11150位におけるG→Aである、請求
    項39に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  105. 【請求項１０５】 変異がヌクレオチド2056位におけるG→Aである、請求項
    39に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  106. 【請求項１０６】 変異がヌクレオチド2445位におけるT→Cである、請求項
    39に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  107. 【請求項１０７】 変異がヌクレオチド2664位におけるT→Cである、請求項
    39に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  108. 【請求項１０８】 変異がヌクレオチド10071位におけるT→Cである、請求
    項39に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  109. 【請求項１０９】 変異がヌクレオチド10321位におけるT→Cである、請求
    項39に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  110. 【請求項１１０】 変異がヌクレオチド12519位におけるT→Cである、請求
    項39に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  111. 【請求項１１１】 変異がヌクレオチド15642位におけるΔ7アミノ酸である
    、請求項39に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライ
    マー。
  112. 【請求項１１２】 変異がヌクレオチド5521位におけるG→Aである、請求項
    39に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  113. 【請求項１１３】 変異がヌクレオチド12345位におけるG→Aである、請求
    項39に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  114. 【請求項１１４】 変異がヌクレオチド3054位におけるG→Aである、請求項
    39に記載のオリゴヌクレオチド・プローブ又は請求項40に記載のプライマー。
  115. 【請求項１１５】 変異が、患者の腫瘍において以前に同定されたものであ
    る、請求項2に記載の方法。
  116. 【請求項１１６】 患者が抗癌療法を受けており、抗癌療法の進展をモニタ
    リングするため、決定段階が少なくとも3回実施される、請求項115に記載の方法
    。
  117. 【請求項１１７】 変異の欠如を決定するため、患者の正常組織を試験する
    段階をさらに含む、請求項1に記載の方法。
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Families Citing this family (75)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20110166040A1 (en) * 1997-09-05 2011-07-07 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of strains of e. coli o157:h7
AU2001294999A1 (en) * 2000-08-07 2002-02-18 Corixa Corporation Compositions and methods for the therapy and diagnosis of colon cancer
US7666588B2 (en) * 2001-03-02 2010-02-23 Ibis Biosciences, Inc. Methods for rapid forensic analysis of mitochondrial DNA and characterization of mitochondrial DNA heteroplasmy
US7226739B2 (en) 2001-03-02 2007-06-05 Isis Pharmaceuticals, Inc Methods for rapid detection and identification of bioagents in epidemiological and forensic investigations
US20040121311A1 (en) 2002-12-06 2004-06-24 Ecker David J. Methods for rapid detection and identification of bioagents in livestock
US7718354B2 (en) 2001-03-02 2010-05-18 Ibis Biosciences, Inc. Methods for rapid identification of pathogens in humans and animals
US20030027135A1 (en) 2001-03-02 2003-02-06 Ecker David J. Method for rapid detection and identification of bioagents
JP2005506057A (ja) * 2001-06-11 2005-03-03 １３０４８５４ オンタリオ・リミテッド 健康科学のための診断ツールとしての全ミトコンドリアゲノム配列
US8073627B2 (en) 2001-06-26 2011-12-06 Ibis Biosciences, Inc. System for indentification of pathogens
US7217510B2 (en) 2001-06-26 2007-05-15 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods for providing bacterial bioagent characterizing information
US20050123913A1 (en) * 2001-08-30 2005-06-09 Emory University Human mitochondrial dna polymorphisms, haplogroups, associations with physiological conditions, and genotyping arrays
JP2003116576A (ja) * 2001-10-17 2003-04-22 Gifu International Institute Of Biotechnology ヒトミトコンドリアｄｎａを用いた遺伝子検出方法
US7776524B2 (en) 2002-02-15 2010-08-17 Genzyme Corporation Methods for analysis of molecular events
US20030186248A1 (en) * 2002-03-29 2003-10-02 Erlander Mark G. Interpreting cytological specimens via molecular histological signatures
JP2006516193A (ja) 2002-12-06 2006-06-29 アイシス・ファーマシューティカルス・インコーポレーテッド ヒトおよび動物における病原体の迅速な同定方法
US20080187911A1 (en) * 2003-01-30 2008-08-07 Research Development Foundation Methods and compositions for analysis of mitochondrial-related gene expression
US8046171B2 (en) 2003-04-18 2011-10-25 Ibis Biosciences, Inc. Methods and apparatus for genetic evaluation
US8057993B2 (en) 2003-04-26 2011-11-15 Ibis Biosciences, Inc. Methods for identification of coronaviruses
US7964343B2 (en) 2003-05-13 2011-06-21 Ibis Biosciences, Inc. Method for rapid purification of nucleic acids for subsequent analysis by mass spectrometry by solution capture
US8158354B2 (en) 2003-05-13 2012-04-17 Ibis Biosciences, Inc. Methods for rapid purification of nucleic acids for subsequent analysis by mass spectrometry by solution capture
US8394945B2 (en) 2003-09-11 2013-03-12 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of bacteria
US8546082B2 (en) 2003-09-11 2013-10-01 Ibis Biosciences, Inc. Methods for identification of sepsis-causing bacteria
US20100129811A1 (en) * 2003-09-11 2010-05-27 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of pseudomonas aeruginosa
US8097416B2 (en) 2003-09-11 2012-01-17 Ibis Biosciences, Inc. Methods for identification of sepsis-causing bacteria
US7666592B2 (en) 2004-02-18 2010-02-23 Ibis Biosciences, Inc. Methods for concurrent identification and quantification of an unknown bioagent
US8119336B2 (en) 2004-03-03 2012-02-21 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of alphaviruses
WO2005103289A1 (en) * 2004-04-27 2005-11-03 Flinders Technologies Pty. Ltd. The use of mitochondrial point mutations as sensitive clonal markers
EP1766659A4 (en) 2004-05-24 2009-09-30 Ibis Biosciences Inc MASS SPECTROMETRY WITH SELECTIVE ION FILTRATION THROUGH DIGITAL THRESHOLD COMPARISON
US20050266411A1 (en) 2004-05-25 2005-12-01 Hofstadler Steven A Methods for rapid forensic analysis of mitochondrial DNA
US7811753B2 (en) 2004-07-14 2010-10-12 Ibis Biosciences, Inc. Methods for repairing degraded DNA
WO2006135400A2 (en) 2004-08-24 2006-12-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods for rapid identification of recombinant organisms
WO2006026654A2 (en) 2004-08-27 2006-03-09 Exact Sciences Corporation Method for detecting a recombinant event
US9109256B2 (en) * 2004-10-27 2015-08-18 Esoterix Genetic Laboratories, Llc Method for monitoring disease progression or recurrence
WO2006094238A2 (en) 2005-03-03 2006-09-08 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compositions for use in identification of adventitious viruses
US8084207B2 (en) 2005-03-03 2011-12-27 Ibis Bioscience, Inc. Compositions for use in identification of papillomavirus
CA2792443A1 (en) 2005-04-18 2006-10-26 Ryan Parr Mitochondrial mutations and rearrangements as a diagnostic tool for the detection of sun exposure, prostate cancer and other cancers
US20130022979A1 (en) 2005-04-18 2013-01-24 Genesis Genomics Inc. 3.4kb MITOCHONDRIAL DNA DELETION FOR USE IN THE DETECTION OF CANCER
US9777314B2 (en) 2005-04-21 2017-10-03 Esoterix Genetic Laboratories, Llc Analysis of heterogeneous nucleic acid samples
WO2007014045A2 (en) 2005-07-21 2007-02-01 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods for rapid identification and quantitation of nucleic acid variants
WO2007118222A2 (en) 2006-04-06 2007-10-18 Ibis Biosciences, INC Compositions for the use in identification of fungi
CA2663029C (en) 2006-09-14 2016-07-19 Ibis Biosciences, Inc. Targeted whole genome amplification method for identification of pathogens
JP5680304B2 (ja) 2007-02-23 2015-03-04 アイビス バイオサイエンシズ インコーポレイティッド 迅速な法医学的ｄｎａ分析法
WO2008121296A1 (en) * 2007-03-29 2008-10-09 Childrens Hospital Los Angeles Diagnostic methods and kits for functional disorders
US20100291544A1 (en) * 2007-05-25 2010-11-18 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of strains of hepatitis c virus
US9598724B2 (en) 2007-06-01 2017-03-21 Ibis Biosciences, Inc. Methods and compositions for multiple displacement amplification of nucleic acids
WO2009038840A2 (en) * 2007-06-14 2009-03-26 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of adventitious contaminant viruses
US20110097704A1 (en) * 2008-01-29 2011-04-28 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of picornaviruses
CN107011428B (zh) * 2008-03-28 2022-02-25 Mdna生命科学有限公司 异常线粒体dna、相关的融合转录物及其杂交探针
US20110177515A1 (en) * 2008-05-30 2011-07-21 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of francisella
US20110143358A1 (en) * 2008-05-30 2011-06-16 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of tick-borne pathogens
US20110151437A1 (en) * 2008-06-02 2011-06-23 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of adventitious viruses
US8534447B2 (en) 2008-09-16 2013-09-17 Ibis Biosciences, Inc. Microplate handling systems and related computer program products and methods
WO2010033599A2 (en) 2008-09-16 2010-03-25 Ibis Biosciences, Inc. Mixing cartridges, mixing stations, and related kits, systems, and methods
US8148163B2 (en) 2008-09-16 2012-04-03 Ibis Biosciences, Inc. Sample processing units, systems, and related methods
WO2010039755A1 (en) * 2008-10-02 2010-04-08 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of members of the bacterial genus mycoplasma
WO2010039696A1 (en) * 2008-10-02 2010-04-08 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of herpesviruses
WO2010039848A2 (en) * 2008-10-03 2010-04-08 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of streptococcus pneumoniae
US20110183344A1 (en) * 2008-10-03 2011-07-28 Rangarajan Sampath Compositions for use in identification of clostridium difficile
WO2010039775A1 (en) * 2008-10-03 2010-04-08 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of members of the bacterial class alphaproteobacter
WO2010039870A1 (en) * 2008-10-03 2010-04-08 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of neisseria, chlamydia, and/or chlamydophila bacteria
WO2010039763A2 (en) * 2008-10-03 2010-04-08 Ibis Biosciences, Inc. Compositions for use in identification of antibiotic-resistant bacteria
EP2396803A4 (en) 2009-02-12 2016-10-26 Ibis Biosciences Inc IONIZATION PROBE ASSEMBLIES
WO2010104798A1 (en) 2009-03-08 2010-09-16 Ibis Biosciences, Inc. Bioagent detection methods
US9393564B2 (en) 2009-03-30 2016-07-19 Ibis Biosciences, Inc. Bioagent detection systems, devices, and methods
US9194877B2 (en) 2009-07-17 2015-11-24 Ibis Biosciences, Inc. Systems for bioagent indentification
US8950604B2 (en) 2009-07-17 2015-02-10 Ibis Biosciences, Inc. Lift and mount apparatus
WO2011014811A1 (en) 2009-07-31 2011-02-03 Ibis Biosciences, Inc. Capture primers and capture sequence linked solid supports for molecular diagnostic tests
EP3098325A1 (en) 2009-08-06 2016-11-30 Ibis Biosciences, Inc. Non-mass determined base compositions for nucleic acid detection
US20110065111A1 (en) * 2009-08-31 2011-03-17 Ibis Biosciences, Inc. Compositions For Use In Genotyping Of Klebsiella Pneumoniae
EP3225695A1 (en) 2009-10-15 2017-10-04 Ibis Biosciences, Inc. Multiple displacement amplification
WO2011115840A2 (en) * 2010-03-14 2011-09-22 Ibis Biosciences, Inc. Parasite detection via endosymbiont detection
US8904851B2 (en) 2011-12-19 2014-12-09 Empire Technology Development Llc Methods and compositions for sensors
US10774375B2 (en) 2015-09-18 2020-09-15 Agena Bioscience, Inc. Methods and compositions for the quantitation of mitochondrial nucleic acid
CN107766698B (zh) * 2017-09-19 2021-10-01 四川省草原科学研究院 一种鉴定家养绵羊是否含有盘羊血缘的方法
CN111676280A (zh) * 2020-07-29 2020-09-18 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院 一种基于高通量测序技术用于线粒体高变区复合扩增的引物组合、测序方法及其应用

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2000011219A1 (en) * 1998-08-20 2000-03-02 The Johns Hopkins University School Of Medicine Subtle mitochondrial mutations as tumor markers

Family Cites Families (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5474796A (en) * 1991-09-04 1995-12-12 Protogene Laboratories, Inc. Method and apparatus for conducting an array of chemical reactions on a support surface
US6025127A (en) * 1994-01-14 2000-02-15 The Johns Hopkins University School Of Medicine Nucleic acid mutation detection in histologic tissue
US6379943B1 (en) * 1999-03-05 2002-04-30 Merck & Co., Inc. High-efficiency Cre/loxp based system for construction of adenovirus vectors
MXPA00009654A (es) * 1994-08-31 2005-09-08 Univ Johns Hopkins Med Deteccion de secuencias de acidos nucleicos hipermutables en tejidos.
EP0880598A4 (en) * 1996-01-23 2005-02-23 Affymetrix Inc RAPID EVALUATION OF NUCLEIC ACID ABUNDANCE DIFFERENCE, WITH A HIGH-DENSITY OLIGONUCLEOTIDE SYSTEM
JPH11187884A (ja) * 1997-12-26 1999-07-13 Hsp Kenkyusho:Kk 熱ショック転写因子結合蛋白質
US20040023220A1 (en) * 2002-07-23 2004-02-05 Lawrence Greenfield Integrated method for PCR cleanup and oligonucleotide removal

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2000011219A1 (en) * 1998-08-20 2000-03-02 The Johns Hopkins University School Of Medicine Subtle mitochondrial mutations as tumor markers

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