JP2003525585A - 腫瘍治療のための組成物及び方法 - Google Patents

腫瘍治療のための組成物及び方法

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Abstract

(57)【要約】 本発明は、ヒトを含む哺乳動物における腫瘍細胞成長及び増殖の診断及び治療のための組成物及び方法に関する。本発明は、腫瘍細胞のゲノムにおいて増幅される遺伝子の同定に基づく。このような遺伝子増幅は、同じ組織型の正常細胞と比較して遺伝子産物の過剰な発現に関連し、腫瘍形成に寄与すると予測される。従って、増幅された遺伝子にコードされるタンパク質は、或る種の癌の診断及び／または治療（予防を含む）に有用であると考えられ、腫瘍治療の予後を予知するように作用する。本発明は、新規なポリペプチド及び当該ポリペプチドをコードする核酸分子に係る。また、当該核酸配列を含むベクター及び宿主細胞、異種ポリペプチド配列に融合した本発明のポリペプチドを含んでなるキメラポリペプチド分子、本発明のポリペプチドに結合する抗体、及び本発明のポリペプチドの製造方法もここに提供される。

Description

【発明の詳細な説明】
【０００１】 （発明の分野） 本発明は、腫瘍の診断及び治療のための組成物及び方法に関する。
【０００２】 （発明の背景） 悪性腫瘍（癌）は、米国において心臓疾患に続き第２の主要な死亡原因である
（Boring等, CA Cancel J. Clin., 43: 7 [1993]）。 癌は、正常な組織から誘導されて腫瘍実体を形成する異常な、又は腫瘍形成性
の細胞数の増加、これらの腫瘍形成性腫瘍細胞による隣接組織の侵襲、及び最終
的に血液やリンパ系を介して局所のリンパ節及び離間部位に拡散（転移）する悪
性細胞の生成を特徴とする。癌性状態においては、正常細胞が成長しない条件下
で細胞が増殖する。癌自体は、異なる侵襲及び攻撃性の程度で特徴付けられる広
範な種々の形態で顕現する。 遺伝子発現の変化は制御不能な細胞成長及び脱分化に強く関連しており、全て
の癌に共通する特徴である。或る種の良く研究された癌のゲノムにおいて、通常
は腫瘍抑制遺伝子と呼ばれ、正常には悪性細胞成長又は或る種の優性遺伝子、例
えば悪性成長を促進する用に作用するオンコジーンの過剰発現を防止するように
作用する劣性遺伝子発現の減少を示すことが見出された。これらの遺伝子変化は
、凝集して完全な腫瘍形成性フェノタイプを示す形質の幾つかが移入される原因
であることが明らかとなった（Hunter, Cell 64: 1129 [1991]; Bishop, Cell 6
4: 235-248 [1991]）。
【０００３】 癌細胞における良く知られた遺伝子（例えばオンコジーン）過剰発現のメカニ
ズムは遺伝子増幅である。これは、祖先細胞の染色体において特定遺伝子の多重
コピーが生成されるプロセスである。このプロセスは、遺伝子を含む染色体の領
域の計画性のない複製、次いで複製されたセグメントが染色体へ戻る再組換えを
含む（Alitalo等, Adv. Cancer Res. 47: 235-281 [1986]）。遺伝子の過剰発現
は、遺伝子増幅と並行して起こる、即ち、作成されるコピーの数に比例すると考
えられる。 成長因子及び成長因子レセプターをコードするプロトオンコジーンは、乳癌を
含む、様々なヒトの悪性腫瘍の原因に重要な役割を担っていることが確認されて
いる。例えば、表皮成長因子レセプター(ＥＧＦＲ)に関連した１８５-ｋｄの膜
貫通糖タンパク質レセプター(ｐ１８５ＨＥＲ２、ＨＥＲ２又はｃ-ｅｒｂＢ-２)
をコードするヒトＥｒｂＢ２遺伝子(ｅｒｂＢ２、ｈｅｒ２としても知られてい
る、又はｃ-ｅｒｂＢ-２)は、ヒトの乳癌の約２５％〜３０％で過剰発現されて
いることが見出されている(Slamon等, Science 235:177-182[1987]；Slamon等,
Science 244:707-712[1989])。
【０００４】 プロトオンコジーンの遺伝子増幅は、典型的には癌のより悪性の形態に関わる
事象であり、臨床的結果の予言者として作用しうることが報告されている（Schw
ab等, Genes Chromosome Cancer 1, 181-193 [1990]; Alitalo等, 上掲）。即ち
、ｅｒｂＢ２の過剰発現は、特に腋窩のリンパ節を含む一次疾患を持つ患者にお
いて、不完全な予後の前兆と一般に見なされており（Slamon等, [1987]及び[198
9], 上掲; Ravdin及びChamness, Gene 159: 19-27 [1995]; 及びHynes及びStern
, Biochem Biophys Acta 1198: 165-184 [1994]）、ホルモン療法及びＣＭＦ（
シクロホスファミド、メトトレキセート、及びフルオロウラシル）を含む化学治
療薬に対する感受性又は耐性と関連付けられていた（Baselga等, Oncology 11 (
3 Suppl 1): 43-48 [1997]）。しかしながら、ｅｒｂＢ２過剰発現と不完全な予
後との関連にも関わらず、ＨＥＲ２-ポジティブな患者のタキサンでの処理に臨
床的に反応する可能性は、ＨＥＲ２-ネガティブ患者の３倍も大きかった（上掲
）。組換えヒト化抗-ＥｒｂＢ２（抗-ＨＥＲ２）モノクローナル抗体（マウス抗
-ＥｒｂＢ２抗体４Ｄ５のヒト化型、ｒｈｕＭＡｂ ＨＥＲ２又はHerceptin(商品
名)と呼ばれる）は、広範な従来の抗癌治療を受けたＥｒｂＢ２を過剰発現する
転移性乳癌を持つ患者で臨床的に活性である。（Baselga等, J. Clin. Oncol. 1
4: 737-744[1996]）。 上記に照らして遺伝子増幅に関連する腫瘍の診断及び治療に有用な新規な方法
及び組成物を同定することに明らかな興味がある。
【０００５】 （発明の概要） Ａ．実施態様 本発明は、ヒトを含む哺乳動物における腫瘍細胞成長及び増殖の診断及び治療
のための組成物及び方法に関する。本発明は、腫瘍細胞のゲノムにおいて増幅さ
れる遺伝子の同定に基づく。このような遺伝子増幅は、遺伝子産物の過剰発現に
関連し、腫瘍形成に寄与すると予測される。従って、増幅された遺伝子にコード
されるタンパク質は、或る種の癌の診断及び治療（予防を含む）に有用であると
考えられ、腫瘍治療の予後を予測する手掛かりとして作用する。 一実施態様では、本発明は、ここでＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１
４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、
ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１
３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、
ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプ
チドと命名されるポリペプチドに結合する単離された抗体に関する。一態様では
、単離された抗体は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに特異的に
結合する。他の態様では、抗体はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１
０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲ
Ｏ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０
３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲ
Ｏ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド
を発現する細胞の死を誘発する。多くの場合、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、
ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３
４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、
ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４
４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２
ポリペプチドを発現する細胞は、同じ組織型の正常細胞に比較して当該ポリペプ
チドを過剰に発現する腫瘍細胞である。さらに他の態様では、抗体はモノクロー
ナル抗体であり、それは好ましくは非ヒトの相補性決定領域（ＣＤＲ）及びヒト
フレームワーク領域（ＦＲ）残基を有する。抗体は標識されても固体支持体に固
定化されてもよい。さらに他の態様では、抗体は抗体断片、一本鎖抗体、又はヒ
ト化抗体であって、好ましくはＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに
特異的に結合する。
【０００６】 他の実施態様では、本発明は、製薬的に許容される担体と混合された、好まし
くはＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ
１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７
、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ
４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６
、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに特異的に結合する抗体とを
含む物質の組成物に関する。一態様では、この物質の組成物は抗体の治療的有効
量を含有する。他の態様では、この組成物は、例えば更なる抗体又は細胞毒性又
は化学治療薬であってよい更なる成分を含有する。好ましくは、この組成物は無
菌である。 さらなる実施態様では、本発明は抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗
−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７
８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−Ｐ
ＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４
、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ
１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗
体をコードする単離された核酸分子、及びそのような核酸分子を含むベクター及
び組換え宿主細胞に関する。 またさらなる実施態様では、本発明は抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９
、抗−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ
１７８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗
−ＰＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３
４４、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−Ｐ
ＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６
２抗体の製造方法に関し、当該方法は、その抗体をコードする核酸分子で形質転
換した宿主細胞を当該抗体を発現させるのに十分な条件下で培養し、細胞培地か
ら抗体を回収することを含んでなる。 さらに本発明は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの生物学的及
び／又は免疫学的機能又は活性の一又は複数を阻害するＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１
２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、
ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１
２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、
ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ
２２６２ポリペプチドのアンタゴニストに関する。
【０００７】 さらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１
４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、
ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１
３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、
ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプ
チド、をコードする核酸配列もしくはその相補鎖にハイブリッド形成する単離さ
れた核酸分子に関する。単離された核酸分子は、好ましくはＤＮＡであり、ハイ
ブリッド形成は好ましくは緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。こ
のような核酸分子は、ここで同定される増幅された遺伝子のアンチセンス分子と
して作用でき、また翻って各増幅遺伝子の転写及び／又は翻訳の変調において、
又は増幅反応におけるアンチセンスプライマーとしての用途が見出される。さら
に、このような配列は、リボザイム(ribozyme)及び／又は三重螺旋配列の一部と
して使用することができ、それは翻って増幅遺伝子の調節において使用してもよ
い。 他の実施態様では、本発明は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１
０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲ
Ｏ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０
３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲ
Ｏ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド
を含有すると推測される試料中でＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１
０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲ
Ｏ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０
３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲ
Ｏ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド
の存在を測定する方法を提供し、当該方法は、当該試料を抗−ＰＲＯ３８１、抗
−ＰＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７
８０、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−Ｐ
ＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３
、抗−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ
４４０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は
抗−ＰＲＯ２２６２抗体に曝露し、当該抗体の試料中のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１
２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、
ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１
２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、
ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ
２２６２ポリペプチドへの結合を測定することを含んでなる。他の実施態様では
、本発明は、細胞中でのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲ
Ｏ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２
７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲ
Ｏ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５
５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの存在を
測定する方法を提供し、当該方法は、当該細胞を抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ
１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗
−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５
６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−Ｐ
ＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７
、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲ
Ｏ２２６２抗体に接触させ、抗体の細胞への結合を測定することを含んでなる。
【０００８】 さらに他の実施態様では、本発明は、哺乳動物において腫瘍を診断する方法に
関し、（ａ）哺乳動物から得た組織細胞の試験試料中、及び（ｂ）同じ細胞型の
知られた正常組織細胞の対照試料中におけるＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポ
リペプチドをコードする遺伝子の発現レベルを検出することを含んでなり、対照
試料に比較した試験試料における高いレベルが、当該試験組織細胞を得た哺乳動
物における腫瘍の存在を示す。 他の実施態様においては、本発明は、哺乳類動物において腫瘍を診断する方法に
関し、（ａ）抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗
−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４
３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−Ｐ
ＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４
、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ
１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体を哺乳動物から得た
組織細胞の試験試料と接触させ、そして（ｂ）抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１
２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−
ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６
７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲ
Ｏ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、
抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ
２２６２抗体と試験試料中のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドとの
間の複合体の形成を検出することを含んでなり、複合体の形成が前記哺乳動物に
おける腫瘍の存在を示す。検出は定性的でも定量的でもよく、同じ細胞型の知ら
れた正常組織細胞の対照試料における複合体形成の検出状況とと比較することで
実施してもよい。試験試料中の複合体形成量の増加が、試験試料を得た哺乳動物
における腫瘍の存在を示す。抗体は、好ましくは検出可能な標識を担持する。複
合体形成は、例えば、光学顕微鏡、フローサイトメトリー、蛍光定量法、又はこ
の分野で公知の他の技術によって検出できる。 試験試料は通常、腫瘍性細胞成長又は増殖（例えば癌性細胞）を有すると推測
される個体から得る。
【０００９】 他の実施態様では、本発明は、抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−
ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８
８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲ
Ｏ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、
抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１
５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体
及び担体（例えばバッファー）を適切な包装内に含んでなる癌診断用キットに関
する。このキットは、好ましくは当該抗体が、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、
ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３
４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、
ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４
４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２
ポリペプチドを含有することが推測される試料中のそれらの存在をを検出するた
めに用いられるという説明書を具備する。 さらに他の実施態様では、本発明は腫瘍細胞の成長を阻害する方法に関し、Ｐ
ＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８
０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲ
Ｏ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５
４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲ
Ｏ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドを発現する腫瘍細胞を、ＰＲＯ３８
１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲ
Ｏ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９
５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲ
Ｏ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３
８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの生物学的及び／又は免疫学的活性及び／又
は発現を阻害する薬剤の有効量に曝露することを含んでなり、それにより当該腫
瘍細胞の成長が阻害される。この薬剤は、好ましくは抗−ＰＲＯ３８１、抗−Ｐ
ＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０
、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ
３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗
−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４
０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−
ＰＲＯ２２６２抗体、小さな有機及び無機分子、ペプチド、リンペプチド、アン
チセンス又はリボザイム分子、又は三重螺旋分子である。 特別な態様では、薬剤、例えば抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−
ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８
８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲ
Ｏ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、
抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１
５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体
は細胞死を誘発する。さらなる態様では、腫瘍細胞には、放射線処理、細胞毒性
薬又は化学治療薬がさらに施される。 さらなる実施態様では、本発明は、 容器； 当該容器上のラベル；及び 当該容器内に収容された活性剤を含有する組成物とを具備し、当該組成物が腫
瘍細胞の成長を阻害するのに有効であり、容器上のラベルが当該組成物は前記腫
瘍細胞中で同じ組織型の正常細胞に比較してＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポ
リペプチドの過剰発現を特徴とする状態の治療に有効であることを表示する製造
品に関する。特別な態様では、組成物中の活性剤は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２
６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、Ｐ
ＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２
９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、Ｐ
ＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２
２６２ポリペプチドの活性及び／又は発現を阻害する薬剤である。好ましい態様
では、活性剤は抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、
抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３
４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−
ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５
４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲ
Ｏ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体又はアンチセンス
オリゴヌクレオチドである。
【００１０】 また本発明は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７
５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、Ｐ
ＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３
４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、Ｐ
ＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの生物学的又は
免疫学的活性を阻害する化合物を同定する方法を提供し、候補化合物をＰＲＯ３
８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、Ｐ
ＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２
９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、Ｐ
ＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０
３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドと、２つの成分が相互作用するのに十分な
条件下及び時間で接触させ、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの生
物学的及び／又は免疫学的活性が阻害されるか否かを測定することを含んでなる
。特別な態様では、候補化合物又はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４
１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、Ｐ
ＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３
０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、Ｐ
ＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチ
ドのいずれかが固体支持体に固定化される。他の態様では、非固定化成分が検出
可能な標識を担持している。好ましい態様では、この方法は、（ａ）細胞とスク
リーニングすべき候補化合物とを、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４
１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、Ｐ
ＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３
０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、Ｐ
ＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチ
ドの存在下で、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５
５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲ
Ｏ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４
４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲ
Ｏ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドによって通常誘発
される細胞性反応の誘発に適した条件下で接触させ、そして（ｂ）前記細胞性反
応の誘発を測定して試験化合物が有効なアンタゴニストか否かを決定することを
含んでなる。 他の実施態様では、本発明はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドを
発現する細胞で前記ポリペプチドの発現を阻害する化合物を同定する方法を提供
し、当該細胞を候補化合物と接触させ、前記ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポ
リペプチドの発現が阻害されるか否かを測定することを含んでなる。好ましい態
様では、この方法は、（ａ）細胞とスクリーニングすべき候補化合物とを、ＰＲ
Ｏ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０
、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ
１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４
、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ
２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの発現に適した条件下でで接触させ、
（ｂ）前記ポリペプチド発現の阻害を測定する工程を具備する。
【００１１】 Ｂ． さらなる実施態様 本発明の他の実施態様では、当該発明は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポ
リペプチドをコードする核酸配列を含む単離された核酸分子を提供する。 一態様では、単離された核酸分子は、（ａ）ここに開示する完全長アミノ酸配
列、ここに開示するシグナルペプチドを欠くアミノ酸配列、ここに開示するシグ
ナルペプチド有又は無の膜貫通タンパク質の細胞外ドメイン、又はここに開示す
る完全長アミノ酸配列の特に同定された他の断片を持つＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１
２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、
ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１
２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、
ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ
２２６２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子
の相補鎖に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８
１％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８２％の配列同一性、より好ま
しくは少なくとも約８３％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８４％の
配列同一性、より好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは
少なくとも約８６％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８７％の配列同
一性、より好ましくは少なくとも約８８％の配列同一性、より好ましくは少なく
とも約８９％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、
より好ましくは少なくとも約９１％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約
９２％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９３％の配列同一性、より好
ましくは少なくとも約９４％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９５％
の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９６％の配列同一性、より好ましく
は少なくとも約９７％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９８％の配列
同一性、そして、より好ましくは少なくとも約９９％の配列同一性を有するヌク
レオチド配列を含む。
【００１２】 他の態様では、単離された核酸分子は、（ａ）ここに開示するＰＲＯ３８１、
ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１
７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、
ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４
３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又
はＰＲＯ２２６２ポリペプチドｃＤＮＡコード化配列、ここに開示するシグナル
ペプチドを欠くＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５
５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲ
Ｏ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４
４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲ
Ｏ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドのコード化配列、
ここに開示するシグナルペプチド有又は無のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポ
リペプチドの細胞外ドメインのコード化配列、又はここに開示する完全長アミノ
酸配列の特に同定された他の断片のコード化配列を持つＤＮＡ分子、又は（ｂ）
（ａ）のＤＮＡ分子の相補鎖に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好まし
くは少なくとも約８１％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８２％の配
列同一性、より好ましくは少なくとも約８３％の配列同一性、より好ましくは少
なくとも約８４％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８５％の配列同一
性、より好ましくは少なくとも約８６％の配列同一性、より好ましくは少なくと
も約８７％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８８％の配列同一性、よ
り好ましくは少なくとも約８９％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９
０％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９１％の配列同一性、より好ま
しくは少なくとも約９２％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９３％の
配列同一性、より好ましくは少なくとも約９４％の配列同一性、より好ましくは
少なくとも約９５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９６％の配列同
一性、より好ましくは少なくとも約９７％の配列同一性、より好ましくは少なく
とも約９８％の配列同一性、そして、より好ましくは少なくとも約９９％の配列
同一性を有するヌクレオチド配列を含む。
【００１３】 さらなる態様では、本発明は（ａ）ここに開示するＡＴＣＣに寄託されたヒト
タンパク質ｃＤＮＡの任意のものにコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコ
ードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の相補鎖に対して少なくと
も約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８１％の配列同一性、より好
ましくは少なくとも約８２％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８３％
の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８４％の配列同一性、より好ましく
は少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８６％の配列
同一性、より好ましくは少なくとも約８７％の配列同一性、より好ましくは少な
くとも約８８％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８９％の配列同一性
、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、より好ましくは少なくとも
約９１％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９２％の配列同一性、より
好ましくは少なくとも約９３％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９４
％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性、より好まし
くは少なくとも約９６％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９７％の配
列同一性、より好ましくは少なくとも約９８％の配列同一性、そして、より好ま
しくは少なくとも約９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む単離さ
れた核酸分子に関する。
【００１４】 本発明の他の態様は、膜貫通ドメインが欠失しているか又は膜貫通ドメインが
不活性化されているＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドをコードする
ヌクレオチド配列、又はそのようなコード化ヌクレオチド配列に相補的なヌクレ
オチド配列を含む単離された核酸分子を提供し、そのようなポリペプチドの膜貫
通ドメインはここに開示される。従って、ここに記載されるＰＲＯ３８１、ＰＲ
Ｏ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８
８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲ
Ｏ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９
７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰ
ＲＯ２２６２ポリペプチドの可溶性細胞外ドメインが考慮される。
【００１５】 他の実施態様はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７
５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、Ｐ
ＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３
４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、Ｐ
ＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドコード化配列の
断片、又はその相補鎖に向けられ、それらは、例えば、場合によっては抗−ＰＲ
Ｏ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗
−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９
２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−Ｐ
ＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７
、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ
２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体に対する結合部位を含むポリペプチドをコ
ードするＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、Ｐ
ＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５
６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、Ｐ
ＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０
９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドのコード化断片のハイブ
リッド形成プローブとして、又はアンチセンスオリゴヌクレオチドプローブとし
ての用途が見いだされる。このような核酸断片は、通常は少なくとも約２０ヌク
レオチド長、好ましくは少なくとも約３０ヌクレオチド長、より好ましくは少な
くとも約４０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約５０ヌクレオチド長
、より好ましくは少なくとも約６０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも
約７０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約８０ヌクレオチド長、より
好ましくは少なくとも約９０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約１０
０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約１１０ヌクレオチド長、より好
ましくは少なくとも約１２０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約１３
０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約１４０ヌクレオチド長、より好
ましくは少なくとも約１５０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約１６
０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約１７０ヌクレオチド長、より好
ましくは少なくとも約１８０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約１９
０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約２００ヌクレオチド長、より好
ましくは少なくとも約２５０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約３０
０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約３５０ヌクレオチド長、より好
ましくは少なくとも約４００ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約４５
０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約５００ヌクレオチド長、より好
ましくは少なくとも約６００ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約７０
０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約８００ヌクレオチド長、より好
ましくは少なくとも約９００ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約１０
００ヌクレオチド長であり、ここで「約」という語の内容は参照する長さのプラ
ス又はマイナス１０％のヌクレオチド配列長を指すことを意味する。ＰＲＯ３８
１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲ
Ｏ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９
５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲ
Ｏ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３
８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドコード化ヌクレオチド配列の新規な断片は、
多くの良く知られた配列アラインメントプログラムの任意のものを用いてＰＲＯ
３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、
ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１
２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、
ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２
０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドコード化ヌクレオチド配列と他の公知の
ヌクレオチド配列とを整列させ、いずれのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲ
Ｏ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３
４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲ
Ｏ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０
７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリ
ペプチドコード化ヌクレオチド配列断片が新規であるかを決定することにより、
日常的な手法で同定してもよい。このようなＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポ
リペプチドコード化ヌクレオチド配列は全てここで考慮される。また、これらの
ヌクレオチド分子断片、好ましくは抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗
−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７
８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−Ｐ
ＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４
、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ
１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８抗体又は抗−ＰＲＯ２２６
２抗体に対する結合部位を含むＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド断
片によってコードされるＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲ
Ｏ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２
７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲ
Ｏ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５
５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド断片も考
慮される。
【００１６】 他の実施態様では、本発明は、上記で特定された単離された核酸配列の任意の
ものにコードされる単離されたＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドを
提供する。 或る態様では、本発明は、ここに開示する完全長アミノ酸配列、ここに開示す
るシグナルペプチドを欠くアミノ酸配列、ここに開示するシグナルペプチド有又
は無の膜貫通タンパク質の細胞外ドメイン、又はここに開示する完全長アミノ酸
配列の特に同定された他の断片を持つＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１
４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、
ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１
３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、
ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプ
チドに対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８１％
の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８２％の配列同一性、より好ましく
は少なくとも約８３％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８４％の配列
同一性、より好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少な
くとも約８６％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８７％の配列同一性
、より好ましくは少なくとも約８８％の配列同一性、より好ましくは少なくとも
約８９％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、より
好ましくは少なくとも約９１％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９２
％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９３％の配列同一性、より好まし
くは少なくとも約９４％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９５％の配
列同一性、より好ましくは少なくとも約９６％の配列同一性、より好ましくは少
なくとも約９７％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９８％の配列同一
性、そして、より好ましくは少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸
配列を含む単離されたＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに関する。
【００１７】 さらなる態様では、本発明は、ここに開示するＡＴＣＣに寄託されたヒトタン
パク質ｃＤＮＡの任意のものにコードされるアミノ酸配列に対して少なくとも約
８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８１％の配列同一性、より好まし
くは少なくとも約８２％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８３％の配
列同一性、より好ましくは少なくとも約８４％の配列同一性、より好ましくは少
なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８６％の配列同一
性、より好ましくは少なくとも約８７％の配列同一性、より好ましくは少なくと
も約８８％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８９％の配列同一性、よ
り好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９
１％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９２％の配列同一性、より好ま
しくは少なくとも約９３％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９４％の
配列同一性、より好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性、より好ましくは
少なくとも約９６％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９７％の配列同
一性、より好ましくは少なくとも約９８％の配列同一性、そして、より好ましく
は少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む単離されたＰＲ
Ｏ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０
、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ
１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４
、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ
２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに関する。
【００１８】 さらなる態様では、本発明は、ここに開示する完全長アミノ酸配列、ここに開
示するシグナルペプチドを欠くアミノ酸配列、ここに開示するシグナルペプチド
有又は無の膜貫通タンパク質の細胞外ドメイン、又はここに開示する完全長アミ
ノ酸配列の特に同定された他の断片を持つＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲ
Ｏ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３
４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲ
Ｏ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０
７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリ
ペプチドと比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なく
とも約８１％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約８２％ポジティブ、より
好ましくは少なくとも約８３％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約８４％
ポジティブ、より好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少
なくとも約８６％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約８７％ポジティブ、
より好ましくは少なくとも約８８％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約８
９％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、より好ましく
は少なくとも約９１％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９２％ポジティ
ブ、より好ましくは少なくとも約９３％ポジティブ、より好ましくは少なくとも
約９４％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９５％ポジティブ、より好ま
しくは少なくとも約９６％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９７％ポジ
ティブ、より好ましくは少なくとも約９８％ポジティブ、そして、より好ましく
は少なくとも約９９％ポジティブのスコアとされるアミノ酸配列を含む単離され
たＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに関する。
【００１９】 特別な実施態様では、本発明は、Ｎ-末端シグナル配列及び／又は開始メチオ
ニンを持たず、上記したようなアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列によ
ってコードされる単離されたＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドを提
供する。それらを製造する方法もここに記載され、それらの方法は、適当なコー
ド化核酸分子を含むベクターを含む宿主細胞をＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、
ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３
４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、
ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４
４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２
ポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、培養培地からＰＲＯ３８１、ＰＲ
Ｏ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８
８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲ
Ｏ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９
７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰ
ＲＯ２２６２ポリペプチドを回収することを含む。 本発明の他の態様は、膜貫通ドメインの欠失した又は膜貫通ドメインが不活性
化された、単離されたＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドを提供する
。それらを製造する方法もここに記載され、それらの方法は、適当なコード化核
酸分子を含むベクターを含む宿主細胞をＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ
１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４
、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ
１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７
、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペ
プチドの発現に適した条件下で培養し、培養培地からＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２
６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、Ｐ
ＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２
９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、Ｐ
ＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２
２６２ポリペプチドを回収することを含む。
【００２０】 さらに他の実施態様では、本発明は、ここで同定されるＰＲＯ３８１、ＰＲＯ
１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８
、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ
１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７
、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲ
Ｏ２２６２ポリペプチドのアゴニストに関する。特別な実施態様では、アゴニス
トは抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ
１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗
−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２
９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−Ｐ
ＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６
、抗−ＰＲＯ２０３８抗体又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体又は小分子である。 さらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１
４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、
ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１
３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、
ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプ
チドのアゴニストを同定する方法に関し、それは、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６
９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲ
Ｏ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９
３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲ
Ｏ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２
６２ポリペプチドを候補分子と接触させ、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲ
Ｏ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３
４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲ
Ｏ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０
７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリ
ペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することを含む。好ましくは、
ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７
８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、Ｐ
ＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３
５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、Ｐ
ＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドである。 さらに他の実施態様では、本発明は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ
１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４
、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ
１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７
、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペ
プチド、又はここに記載するＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドのア
ンタゴニストは抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、
抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３
４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−
ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５
４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲ
Ｏ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８抗体又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体を、担体と組
み合わせて含有する物質の組成物に関する。場合によっては、担体は製薬的に許
容される担体である。 本発明の他の実施態様は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド、又
は上記したようなそのアンタゴニスト、又は抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２
６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−Ｐ
ＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７
、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ
４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗
−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８抗体又は抗−ＰＲ
Ｏ２２６２抗体の、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド、そのアンタ
ゴニスト又は抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗
−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４
３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−Ｐ
ＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４
、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ
１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体に起因する状態の治
療において有用な医薬の調製のための使用に向けられる。
【００２１】 本発明の他の実施態様では、本発明は、ここに記載するポリペプチドの任意の
ものをコードするＤＮＡを含むベクターを提供する。そのようなベクターの任意
のものを含む宿主細胞も提供される。例として、宿主細胞はＣＨＯ細胞、大腸菌
、又はバキュウロウイルス感染昆虫細胞であってよい。ここに記載する任意のポ
リペプチドの製造方法がさらに提供され、それは、宿主細胞を所望のポリペプチ
ドの発現に適した条件下で培養し、細胞培地から所望のポリペプチドを回収する
ことを含む。 他の実施態様では、本発明は、異種ポリペプチド又はアミノ酸配列に融合した
、ここに記載する任意のポリペプチドを含んでなるキメラ分子を提供する。その
ようなキメラ分子の例は、エピトープタグ配列又は免疫グロブリンのＦｃ領域に
融合したここに記載の任意のポリペプチドを含む。 他の実施態様では、本発明は、上記又は下記のポリペプチドの任意のものに特
異的に結合する抗体を提供する。場合によっては、抗体はモノクローナル抗体、
ヒト化抗体、抗体断片又は一本鎖抗体である。 さらに他の実施態様では、本発明は、ゲノム及びｃＤＮＡヌクレオチド配列又
はアンチセンスプローブの単離に有用なオリゴヌクレオチドプローブを提供し、
それらのプローブは上記又は下記のヌクレオチド配列の任意のものから誘導され
うる。
【００２２】 （好適な実施態様の詳細な説明） Ｉ．定義 「遺伝子増幅」及び「遺伝子重複」なる語句は交換可能に用いられ、遺伝子又
は遺伝子断片の複数のコピーが特定の細胞又は細胞系で生成されるプロセスを意
味する。重複された領域（増幅されたＤＮＡの伸展）は、しばしば「単位複製配
列」と呼ばれる。通常は、生成されるメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）の量、
即ち遺伝子発現レベルも、発現された特定遺伝子の作成されたコピー数に比例し
て増加する。 ここで用いられる「腫瘍」は、悪性又は良性に関わらず、全ての腫瘍形成細胞
成長及び増殖、及び全ての前癌性及び癌性細胞及び組織を意味する。 「癌」及び「癌性」という用語は、典型的には調節されない細胞成長を特徴と
する、哺乳動物における生理学的状態を指すか記述する。癌の例には、これらに
限定されるものではないが、がん腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、及び白血病が
含まれる。このような癌のより特定の例には、乳癌、前立腺癌、大腸癌、扁平上
皮細胞癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、胃腸癌、膵臓癌、神経膠芽細胞腫、子宮
頸管癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、肝細胞腫、結腸直腸癌、子宮内膜癌、唾液腺
癌、腎臓癌、肝臓癌、産卵口癌、甲状腺癌、肝癌及び様々な種類の頭部及び頸部
の癌が含まれる。 「治療」とは、疾患の進行を阻害する、もしくは病理を変化させることを意図
して、行う処置のことである。従って、「治療」は治療的処置及び予防的又は保
護的手段の両方を指す。治療が必要なものは、既に疾患に罹っているもの並びに
疾患が防止されるべきものを含む。腫瘍（例えば、癌）治療では、治療薬は直接
的に腫瘍細胞の病理を低下させてもよいし、又は腫瘍細胞を他の治療媒介物、例
えば放射線及び／又は化学治療に対してより敏感にしてもよい。 癌の「病理」は、患者の良好な生存を損なう全ての現象を含む。これは、限定
されるものではないが、異常又は制御不能な細胞成長、転移、隣接細胞の正常機
能の阻害、サイトカイン又は他の分泌生成物の異常レベルでの放出、炎症又は免
疫反応の抑制又は悪化などを含む。
【００２３】 治療の目的とされる「哺乳動物」は、哺乳類に分類される任意の動物を意味し
、ヒト、家畜用及び農場用動物、動物園、スポーツ用動物、又はペット動物、例
えばイヌ、ウマ、ネコ、ウシ、ブタ、ヒツジなどを含む。好ましくは、哺乳動物
はヒトである。 ここで用いられる「担体」は製薬的に許容される担体、賦形剤、又は安定化剤
を含み、それらは、用いられる用量及び濃度でそれに曝露される細胞又は哺乳動
物に対して非毒性である。生理学的に許容される担体は、ｐＨ緩衝水溶液である
ことが多い。生理学的に許容される担体の例は、リン酸塩、クエン酸塩、及び他
の有機酸バッファー；アスコルビン酸を含む酸化防止剤；低分子量（約１０残基
未満）のポリペプチド；タンパク質、例えば血清アルブミン、ゼラチン、または
免疫グロブリン；ポリビニルピロリドン等の親水性ポリマー、グリシン、グルタ
ミン、アスパラギン、アルギニン又はリジン等のアミノ酸；グルコース、マンノ
ース又はデキストラン等の単糖類、二糖類及び他の炭水化物；ＥＤＴＡ等のキレ
ート化剤；マンニトール又はソルビトール等の糖アルコール；ナトリウム等の塩
形成対イオン；及び／又はTWEEN(商品名)、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）
、及びPLURONICS(商品名)等の非イオン性界面活性剤を含む。 一又は複数のさらなる治療薬「と組み合わせて」の投与は、同時（一時）及び
任意の順序での連続投与を含む。 ここで用いられる「細胞毒性薬」なる用語は、細胞の機能を阻害又は抑制する
及び／又は細胞破壊を生ずる物質を意味する。この用語は、放射性同位体（例え
ば、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０及びＲｅ１８６）、化学治療薬、及び細菌、真
菌、植物又は動物由来の酵素的活性毒素といった毒素、又はその断片を含むとさ
れる。
【００２４】 「化学治療薬」は、癌の治療に有用な化合物である。化学治療薬の例は、アド
リアマイシン、ドキソルビシン、エピルビシン、５-フルオロウラシル、シトシ
ンアラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）、シクロホスファミド、チオテパ、ブスルフ
ァン、サイトキシン、タキソイド、例えばパクリタキセル（Taxol(商品名), Bri
stol-Myers Squibb Oncology, Princeton, NJ）及びドキセタキセル（Taxotere(
商品名), Rhone-Poulenc Rorer, Antony, France）、トキソテール、メトトレキ
セート、シスプラチン、メルファラン、ビンブラスチン、ブレオマイシン、エト
ポシド、イフォスファミド、マイトマイシンＣ、マイトキサントロン、ビンクリ
スチン、ビノレルビン、カルボプラチン、テニポシド、ダウノマイシン、カルミ
ノマイシン、アミノプテリン、ダクチノマイシン、マイトマイシン、エスペラマ
イシン（米国特許第4,675,187号）、５-ＦＵ、６-チオグアニン、６-メルカプト
プリン、アクチノマイシンＤ、ＶＰ-１６、クロランブシル、メルファラン、及
び他の関連するナイトロジェンマスタードを含む。また、この定義に含まれるの
は、タモキシフェン及びオナプリストンなどの腫瘍へのホルモン作用を調節又は
阻害するように作用するホルモン様薬剤である。 ここで用いられる際の「成長阻害剤」は、細胞、特にここで同定される任意の
遺伝子を過剰発現する癌細胞の成長を、インビトロ又はインビボで阻害する化合
物又は組成物を意味する。即ち、成長阻害剤は、Ｓ期でそのような遺伝子を過剰
発現する細胞の割合を有意に減少させるものである。成長阻害剤の例は、細胞周
期を（Ｓ期以外の位置で）阻害する薬剤、例えばＧ１停止又はＭ期停止を誘発す
る薬剤を含む。古典的なＭ期ブロッカーは、ビンカス（ビンクリスチン及びビン
ブラスチン）、タキソール、及びトポＩＩ、例えばドキソルビシン、エピルビシ
ン、ダウノルビシン、エトポシド、及びブレオマイシンを含む。Ｇ１停止させる
これらの薬剤は、Ｓ期停止にも波及し、例えば、ＤＮＡアルキル化剤、例えば、
タモキシフェン、プレドニゾン、ダカルバジン、メクロレタミン、シスプラチン
、メトトレキセート、５-フルオロウラシル、及びａｒａ-Ｃである。さらなる情
報は、The Molecular Basis of Cancer, Mendelsohn及びIsrael, 編, Chapter 1
, 表題「Cell cycle reguration, oncogene, and antineoplastic drugs」, Mur
akami等, (WB Saunders: Philadelphia, 1995)、特にp13に見出すことができる
。 「ドキソルビシン」はアントラサイクリン抗生物質である。ドキソルビシンの
完全な化学名は、(８Ｓ-シス)-１０-[(３-アミノ-２，３，６-トリデオキシ-α-
Ｌ-リキソヘキサピラノシル)オキシ]-７，８，９，１０-テトラヒドロ-６，８，
１１-トリヒドロキシ-８-(ヒドロキシアセチル)-１-メトキシ-５，１２-ナフタ
センジオンである。
【００２５】 「サイトカイン」なる用語は、１つの細胞集団から放出され、他の細胞に細胞
間メディエータとして作用するタンパク質の一般用語である。このようなサイト
カインの例は、リンホカイン、モノカイン、及び伝統的なポリペプチドホルモン
である。サイトカインに含まれるのは、成長ホルモン、例えばヒト成長ホルモン
、Ｎ-メチオニルヒト成長ホルモン、及びウシ成長ホルモン；副甲状腺ホルモン
；チロキシン；インシュリン；プロインシュリン；レラキシン；プロレラキシン
；糖タンパク質、例えば濾胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、甲状腺刺激ホルモン（Ｔ
ＳＨ）、及び黄体化ホルモン（ＬＨ）；肝臓成長因子；線維芽成長因子；プロラ
クチン；胎盤ラクトゲン；腫瘍壊死因子-α及び-β；ミューラー阻害因子；マウ
ス生殖腺刺激ホルモン関連ペプチド；インヒビン；アクチビン；血管内皮成長因
子；インテグリン；トロンボポエチン（ＴＰＯ）；ＮＧＦ-β等の神経成長因子
；血小板成長因子；ＴＧＦ-α及びＴＧＦ-β等のトランスフォーミング成長因子
（ＴＧＦｓ）；インシュリン様成長因子-Ｉ及びＩＩ；エリスロポエチン（ＥＰ
Ｏ）；骨誘発因子；インターフェロン-α、-β、及び-γ等のインターフェロン
；コロニー刺激因子（ＣＳＦｓ）、例えばマクロファージ-ＣＳＦ（Ｍ-ＣＳＦ）
；顆粒球-マクロファージ-ＣＳＦ（ＧＭ-ＣＳＦ）；及び顆粒球-ＣＳＦ（Ｇ-Ｃ
ＳＦ）；インターロイキン（ＩＬｓ）、例えばＩＬ-１、ＩＬ-１α、ＩＬ-２、
ＩＬ-３、ＩＬ-４、ＩＬ-５、ＩＬ-６、ＩＬ-７、ＩＬ-８、ＩＬ-９、ＩＬ-１１
、ＩＬ-１２；腫瘍壊死因子、例えばＴＮＦ-α及びＴＮＦ-β；及びＬＩＦ及び
キットリガンド（ＫＬ）を含む他のポリペプチド因子である。ここで用いられる
際、用語サイトカインは、天然供給源から、又は組換え細胞培養からのタンパク
質を含み、天然配列サイトカインの生物学的な活性等価物である。 この出願で用いられる用語「プロドラッグ」は、親薬剤に比較して腫瘍細胞に
対する細胞毒性が低く、酵素的に活性化又はより活性な親形態に変換される製薬
的活性物質の前駆体又は誘導体形態を意味する。例えば、Wilman, 「Prodrugs i
n Cancer Chemotherapy」, Biochemical Society Transactions, 14, pp. 375-3
82, 615th Meeting, Belfast (1986),及びStella 等, 「Prodrugs: A Chemical
Approach to Targeted Drug Delivery」、Directed Drug delivery, Borchardt
等（編）, pp.147-267, Human Press (1985)参照。本発明のプロドラッグは、こ
れらに限られないが、ホスファート含有プロドラッグ、チオホスファート含有プ
ロドラッグ、スルファート含有プロドラッグ、ペプチド含有プロドラッグ、Ｄ-
アミノ酸変性プロドラッグ、グリコシル化プロドラッグ、β-ラクタム含有プロ
ドラッグ、任意に置換されたフェノキシアセトアミド含有プロドラッグ又は任意
に置換されたフェニルアセトアミド含有プロドラッグ、より活性のある細胞毒の
ない薬剤に転換可能な５-フルオロシトシン及び他の５-フルオロウリジンプロド
ラッグを含む。限定するものではないが、本発明で使用されるプロドラッグ形態
に誘導体化可能な細胞毒性薬の例には、前記の化学療法剤が含まれるが、これら
に限られない。
【００２６】 ここに開示されるポリペプチド又はそのアンタゴニストの「有効量」とは、腫
瘍性細胞成長、腫瘍成長又は癌細胞成長の阻害に関しては、標的細胞の成長を或
る程度阻害できる量である。この用語は、標的細胞の成長阻害、細胞分裂停止及
び／又は細胞毒性効果及び／又はアポトーシスを誘起することのできる量を含む
。腫瘍性細胞成長、腫瘍成長又は癌細胞成長の阻害の目的のためのＰＲＯ３８１
、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ
１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５
、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ
４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８
又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドのアンタゴニストの「有効量」は、経験的に日
常的手法で決定できる。 「治療的有効量」は、腫瘍の治療に関しては、次の効果：（１）遅延化及び完
全な成長停止を含む、腫瘍成長の或る程度の阻害；（２）腫瘍細胞数の減少；（
３）腫瘍サイズの縮小；（４）腫瘍細胞の末梢器官への浸潤の阻害（即ち、減少
、遅延化又は完全な停止）；（５）転移の阻害（即ち、減少、遅延化又は完全な
停止）；（６）抗腫瘍免疫反応の促進、これは、腫瘍の退行又は拒絶をもたらし
てもよいが、必ずしも必要ではない；及び／又は（７）疾患に伴う徴候の１つ又
は複数の或る程度の軽減の１つ又は複数を誘起することのできる量を意味する。
腫瘍の治療の目的のためのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、Ｐ
ＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９
２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、Ｐ
ＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５
５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドのアン
タゴニストの「治療的有効量」は、経験的に日常的手法で決定できる。 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２アンタゴニストの「成長阻害量」は、細胞、
特に腫瘍、例えば癌細胞の成長をインビトロ又はインビボで阻害できる量である
。腫瘍性細胞成長の阻害の目的のためのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ
１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４
、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ
１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７
、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２アンタ
ゴニストの「成長阻害量」は、経験的に日常的手法で決定できる。 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２アンタゴニストの「細胞毒性量」は、細胞、
特に腫瘍、例えば癌細胞をインビトロ又はインビボで破壊できる量である。腫瘍
性細胞成長の阻害の目的のためのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１
０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲ
Ｏ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０
３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲ
Ｏ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２アンタゴニス
トの「細胞毒性量」は、経験的に日常的手法で決定できる。
【００２７】 ここで使用される際の「ＰＲＯ３８１」、「ＰＲＯ１２６９」、「ＰＲＯ１４
１０」、「ＰＲＯ１７５５」、「ＰＲＯ１７８０」、「ＰＲＯ１７８８」、「Ｐ
ＲＯ３４３４」、「ＰＲＯ１９２７」、「ＰＲＯ３５６７」、「ＰＲＯ１２９５
」、「ＰＲＯ１２９３」、「ＰＲＯ１３０３」、「ＰＲＯ４３４４」、「ＰＲＯ
４３５４」、「ＰＲＯ４３９７」、「ＰＲＯ４４０７」、「ＰＲＯ１５５５」、
「ＰＲＯ１０９６」、「ＰＲＯ２０３８」又は「ＰＲＯ２２６２」ポリペプチド
又はタンパク質という用語は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド及
びＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド変異体（ここで更に詳細に定義
する）を含む。ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５
５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲ
Ｏ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４
４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲ
Ｏ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドは、ヒト組織型又
は他の供給源といった種々の供給源から単離してもよく、あるいは組換え又は合
成方法によって調製してもよい。
【００２８】 「天然配列ＰＲＯ３８１」、「天然配列ＰＲＯ１２６９」、「天然配列ＰＲＯ
１４１０」、「天然配列ＰＲＯ１７５５」、「天然配列ＰＲＯ１７８０」、「天
然配列ＰＲＯ１７８８」、「天然配列ＰＲＯ３４３４」、「天然配列ＰＲＯ１９
２７」、「ＰＲＯ３５６７」、「天然配列ＰＲＯ１２９５」、「天然配列ＰＲＯ
１２９３」、「天然配列ＰＲＯ１３０３」、「天然配列ＰＲＯ４３４４」、「天
然配列ＰＲＯ４３５４」、「天然配列ＰＲＯ４３９７」、「天然配列ＰＲＯ４４
０７」、「天然配列ＰＲＯ１５５５」、「天然配列ＰＲＯ１０９６」、「天然配
列ＰＲＯ２０３８」又は「天然配列ＰＲＯ２２６２」は、天然由来のＰＲＯ３８
１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲ
Ｏ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９
５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲ
Ｏ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３
８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドポリペプチドと同一のアミノ酸配列を有する
ポリペプチドを含む。このようなＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１
０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲ
Ｏ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０
３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲ
Ｏ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド
は、自然から単離することもできるし、組換え又は合成手段により生産すること
もできる。「天然配列」ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲ
Ｏ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２
７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲ
Ｏ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５
５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドという用
語には、特に、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５
５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲ
Ｏ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４
４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲ
Ｏ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの自然に生じる切
断又は分泌形態（例えば、細胞外ドメイン配列）、自然に生じる変異形態(例え
ば、選択的にスプライシングされた形態)及びＰＲＯ２０１、ＰＲＯ２９２、Ｐ
ＲＯ３２７、ＰＲＯ１２６５、ＰＲＯ３４４、ＰＲＯ３４３、ＰＲＯ３４７、Ｐ
ＲＯ３５７、ＰＲＯ７１５、ＰＲＯ１０１７、ＰＲＯ１１１２、ＰＲＯ５０９、
ＰＲＯ８５３又はＰＲＯ８８２ポリペプチドの自然に生じる対立遺伝子変異体が
含まれる。本発明の一実施態様では、天然配列ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、
ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３
４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、
ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４
４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２
ポリペプチドは、各々Ｆｉｇ２（配列番号：２）、Ｆｉｇ４（配列番号：７）、
Ｆｉｇ６（配列番号：９）、Ｆｉｇ８（配列番号：１１）、Ｆｉｇ１０（配列番
号：１３）、Ｆｉｇ１２（配列番号：１８）、Ｆｉｇ１４（配列番号：２３）、
Ｆｉｇ１６（配列番号：２５）、又はＦｉｇ１８（配列番号：２７）、Ｆｉｇ２
０（配列番号：２９）、Ｆｉｇ２２（配列番号：３１）、Ｆｉｇ２４（配列番号
：３３）、Ｆｉｇ２６（配列番号：３５）、Ｆｉｇ２８（配列番号：４０）、Ｆ
ｉｇ３０（配列番号：４２）、Ｆｉｇ３２（配列番号：４７）、Ｆｉｇ３４（配
列番号：４９）、Ｆｉｇ３６（配列番号：５１）、Ｆｉｇ３８（配列番号：５３
）又はＦｉｇ４０（配列番号：５５）のアミノ酸配列を含む成熟又は完全長のＰ
ＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８
０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲ
Ｏ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５
４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲ
Ｏ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドである。また、各々Ｆｉｇ２（配列
番号：２）、Ｆｉｇ４（配列番号：７）、Ｆｉｇ６（配列番号：９）、Ｆｉｇ８
（配列番号：１１）、Ｆｉｇ１０（配列番号：１３）、Ｆｉｇ１２（配列番号：
１８）、Ｆｉｇ１４（配列番号：２３）、Ｆｉｇ１６（配列番号：２５）、又は
Ｆｉｇ１８（配列番号：２７）、Ｆｉｇ２０（配列番号：２９）、Ｆｉｇ２２（
配列番号：３１）、Ｆｉｇ２４（配列番号：３３）、Ｆｉｇ２６（配列番号：３
５）、Ｆｉｇ２８（配列番号：４０）、Ｆｉｇ３０（配列番号：４２）、Ｆｉｇ
３２（配列番号：４７）、Ｆｉｇ３４（配列番号：４９）、Ｆｉｇ３６（配列番
号：５１）、Ｆｉｇ３８（配列番号：５３）又はＦｉｇ４０（配列番号：５５）
に開示したＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、
ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３
５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、
ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１
０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドは、そこにアミノ酸位
置１として表示したメチオニン残基で開始するように示されているが、各々Ｆｉ
ｇ２（配列番号：２）、Ｆｉｇ４（配列番号：７）、Ｆｉｇ６（配列番号：９）
、Ｆｉｇ８（配列番号：１１）、Ｆｉｇ１０（配列番号：１３）、Ｆｉｇ１２（
配列番号：１８）、Ｆｉｇ１４（配列番号：２３）、Ｆｉｇ１６（配列番号：２
５）、又はＦｉｇ１８（配列番号：２７）、Ｆｉｇ２０（配列番号：２９）、Ｆ
ｉｇ２２（配列番号：３１）、Ｆｉｇ２４（配列番号：３３）、Ｆｉｇ２６（配
列番号：３５）、Ｆｉｇ２８（配列番号：４０）、Ｆｉｇ３０（配列番号：４２
）、Ｆｉｇ３２（配列番号：４７）、Ｆｉｇ３４（配列番号：４９）、Ｆｉｇ３
６（配列番号：５１）、Ｆｉｇ３８（配列番号：５３）又はＦｉｇ４０（配列番
号：５５）におけるアミノ酸位置１から上流又は下流のいずれかに位置する他の
メチオニン残基がＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７
５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、Ｐ
ＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３
４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、Ｐ
ＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの開始アミノ酸
残基として用いられることも考えられ可能である。
【００２９】 ここに開示するポリペプチドの「細胞外ドメイン」又は「ＥＣＤ」は、膜貫通
及び細胞質ドメインを実質的に有しないポリペプチドの形態を意味する。通常、
ポリペプチドＥＣＤは、それらの膜貫通及び／又は細胞質ドメインを１％未満、
好ましくはそのようなドメインを０．５％未満しか持たない。本発明のポリペプ
チドについて同定された任意の膜貫通ドメインは、疎水性ドメインのその型を同
定するために当該分野において日常的に使用される基準に従い同定されることが
理解されるであろう。膜貫通ドメインの厳密な境界は変わり得るが、最初に同定
され添付した図面に示されるドメインのいずれかの末端から約５アミノ酸を越え
ない可能性が高い。従って、本発明の一実施態様では、本発明のポリペプチド細
胞外ドメインは、成熟アミノ酸配列のアミノ酸１〜Ｘを含み、ここでＸは細胞外
ドメイン／膜貫通ドメイン境界のいずれかの末端から５を越えないアミノ酸内の
任意のアミノ酸である。 ここに開示する種々のＰＲＯポリペプチドの「シグナルペプチド」の適切な位
置は、添付の図面に示す。しかし、注記するように、シグナルペプチドのＣ-末
端境界は変化しうるが、ここで最初に定義したようにシグナルペプチドＣ-末端
境界のいずれかの側で約５アミノ酸未満である可能性が最も高く、シグナルペプ
チドのＣ-末端境界は、そのような型のアミノ酸配列成分を同定するのに日常的
に使用される基準に従って同定しうる（例えば、Nielsen等, Prot. Eng. 10: 1-
6 (1997)及びvon Heinje等, Nucl. Acids. Res. 14: 4683-4690 (1986)）。さら
に、幾つかの場合には、分泌ポリペプチドからのシグナルペプチドの切断は完全
に均一ではなく、一以上の分泌種をもたらすことも認められる。シグナルペプチ
ドがここに定義されるシグナルペプチドのＣ-末端境界の何れかの側の約５アミ
ノ酸未満内で切断されるこれらの成熟ポリペプチド、及びそれらをコードするポ
リヌクレオチドは、本発明で考慮される。
【００３０】 「ＰＲＯ３８１ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１２６９ポリペプチド変異体
」、「ＰＲＯ１４１０ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１７５５ポリペプチド変
異体」、「ＰＲＯ１７８０ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１７８８ポリペプチ
ド変異体」、「ＰＲＯ３４３４ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１９２７ポリペ
プチド変異体」、「ＰＲＯ３５６７ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１２９５ポ
リペプチド変異体」、「ＰＲＯ１２９３ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１３０
３ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ４３４４ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ４
３５４ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ４３９７ポリペプチド変異体」、「ＰＲ
Ｏ４４０７ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１５５５ポリペプチド変異体」、「
ＰＲＯ１０９６ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ２０３８ポリペプチド変異体」
又は「ＰＲＯ２２６２ポリペプチド変異体」とは、上記又は下記に定義されるよ
うに、ここに開示されるＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲ
Ｏ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２
７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲ
Ｏ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５
５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド、ここに
開示されたシグナルペプチドを欠くＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４
１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、Ｐ
ＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３
０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、Ｐ
ＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチ
ド配列、シグナルペプチド有無のここに開示されたＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６
９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲ
Ｏ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９
３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲ
Ｏ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２
６２ポリペプチドの細胞外ドメイン又はここに開示されたＰＲＯ３８１、ＰＲＯ
１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８
、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ
１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７
、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲ
Ｏ２２６２ポリペプチドの任意の他の断片と、少なくとも約８０％のアミノ酸配
列同一性を有する活性なＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲ
Ｏ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２
７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲ
Ｏ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５
５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドを意味す
る。このようなＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５
５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲ
Ｏ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４
４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲ
Ｏ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド変異体には、例え
ば、全長天然アミノ酸配列のＮ-又はＣ-末端において一又は複数のアミノ酸残基
が付加、もしくは欠失されたＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドが含
まれる。通常、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５
５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲ
Ｏ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４
４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲ
Ｏ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド変異体は、ここに
開示される完全長天然配列ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、Ｐ
ＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９
２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、Ｐ
ＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５
５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド、ここ
に開示されたシグナルペプチドを欠く完全長天然配列ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２
６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、Ｐ
ＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２
９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、Ｐ
ＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２
２６２ポリペプチド配列、シグナルペプチド有無のここに開示されたＰＲＯ３８
１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲ
Ｏ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９
５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲ
Ｏ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３
８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの細胞外ドメイン又はここに開示されたＰＲ
Ｏ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０
、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ
１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４
、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ
２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの任意の他の断片と、少なくとも約８
０％のアミノ酸配列同一性、好ましくは少なくとも約８１％のアミノ酸配列同一
性、より好ましくは少なくとも約８２％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは
少なくとも約８３％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８４％
のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８５％のアミノ酸配列同一
性、より好ましくは少なくとも約８６％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは
少なくとも約８７％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８８％
のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８９％のアミノ酸配列同一
性、より好ましくは少なくとも約９０％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは
少なくとも約９１％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９２％
のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９３％のアミノ酸配列同一
性、より好ましくは少なくとも約９４％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは
少なくとも約９５％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９６％
のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９７％のアミノ酸配列同一
性、より好ましくは少なくとも約９８％のアミノ酸配列同一性、そして、より好
ましくは少なくとも約９９％のアミノ酸配列同一性を有している。通常は、ＰＲ
Ｏ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０
、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ
１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４
、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ
２０３８又はＰＲＯ２２６２変異体ポリペプチドは、少なくとも約１０アミノ酸
長、より多くは少なくとも約２０アミノ酸長、より多くは少なくとも約３０アミ
ノ酸長、より多くは少なくとも約４０アミノ酸長、より多くは少なくとも約５０
アミノ酸長、より多くは少なくとも約６０アミノ酸長、より多くは少なくとも約
７０アミノ酸長、より多くは少なくとも約８０アミノ酸長、より多くは少なくと
も約９０アミノ酸長、より多くは少なくとも約１００アミノ酸長、より多くは少
なくとも約１５０アミノ酸長、より多くは少なくとも約２００アミノ酸長、より
多くは少なくとも約３００アミノ酸長、又はそれ以上である。
【００３１】 以下に示すように、表１はALIGN-2配列比較コンピュータプログラムの完全な
ソースコードを与える。このソースコードは、UNIX(登録商標)オペレーティング
システムでの使用のために日常的にコンパイルされ、ALIGN-2配列比較コンピュ
ータプログラムを与える。 さらに、表２Ａ-２Ｂは、ALIGN-2配列比較コンピュータプログラムを用いた％
アミノ酸配列同一性（表２Ａ-２Ｂ）及び％核酸配列同一性（表２Ｃ-２Ｄ）を決
定するために下記の方法を使用する仮説的な例を示し、「ＰＲＯ」は対象とする
仮説的ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲ
Ｏ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６
７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲ
Ｏ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９
６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２のアミノ酸配列を示し、「比較タンパク
質」は対象とする「ＰＲＯ」ポリペプチドが比較されるポリペプチドのアミノ酸
配列を示し、「ＰＲＯ-ＤＮＡ」は対象とする仮説的ＰＲＯ３８１-、ＰＲＯ１２
６９-、ＰＲＯ１４１０-、ＰＲＯ１７５５-、ＰＲＯ１７８０-、ＰＲＯ１７８８
-、ＰＲＯ３４３４-、ＰＲＯ１９２７-、ＰＲＯ３５６７-、ＰＲＯ１２９５-、
ＰＲＯ１２９３-、ＰＲＯ１３０３-、ＰＲＯ４３４４-、ＰＲＯ４３５４-、ＰＲ
Ｏ４３９７-、ＰＲＯ４４０７-、ＰＲＯ１５５５-、ＰＲＯ１０９６-、ＰＲＯ２
０３８-又はＰＲＯ２２６２-コード化核酸配列を示し、「比較ＤＮＡ」は対象と
する「ＰＲＯ-ＤＮＡ」核酸分子が比較される核酸分子のヌクレオチド配列を示
し、「Ｘ」、「Ｙ」及び「Ｚ」は各々異なる仮説的アミノ酸残基を示し、「Ｎ」
、「Ｌ」及び「Ｖ」は各々異なる仮説的ヌクレオチドを示す。
【００３２】
【００３３】
【００３４】
【００３５】
【００３６】
【００３７】
【００３８】
【００３９】
【００４０】
【００４１】
【００４２】
【００４３】
【００４４】
【００４５】
【００４６】
【００４７】
【００４８】
【００４９】
【００５０】
【００５１】
【００５２】
【００５３】 ここに定義されるＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド配列に対する
「パーセント(％)アミノ酸配列同一性」は、配列を整列させ、最大のパーセント
配列同一性を得るために必要ならば間隙を導入し、如何なる保存的置換も配列同
一性の一部と考えないとした、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２配列のアミノ酸
残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基のパーセントとして定義される。パ
ーセントアミノ酸配列同一性を決定する目的のためのアラインメントは、当業者
の技量の範囲にある種々の方法、例えばBLAST、BLAST-2、ALIGN、ALIGN-2又はMe
galign(DNASTAR)ソフトウエアのような公に入手可能なコンピュータソフトウエ
アを使用することにより達成可能である。当業者であれば、比較される配列の全
長に対して最大のアラインメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを
含む、アラインメントを測定するための適切なパラメータを決定することができ
る。しかし、ここでの目的のためには、％アミノ酸配列同一性値は、以下に記載
するように、ALIGN-2プログラム用の完全なソースコードが表１に与えられてい
る配列比較プログラムALIGN-2を用いて得られる。ALIGN-2配列比較コンピュータ
プログラムはジェネンテク社によって作成され、表１に示したソースコードは米
国著作権事務所, Washington D.C., 20559に使用者用書類とともに提出され、米
国著作権登録番号TXU510087の下で登録されている。ALIGN-2はジェネンテク社、
South San Francisco, Californiaを通して公的に入手可能であり、また表１に
与えたソースコードからコンパイルしてもよい。ALIGN-2プログラムは、UNIXオ
ペレーティングシステム、好ましくはデジタルUNIX V4.0Dでの使用のためにコン
パイルされる。全ての配列比較パラメータは、ALIGN-2プログラムによって設定
され変動しない。
【００５４】 ここでの目的のためには、与えられたアミノ酸配列Ａの、与えられたアミノ酸
配列Ｂとの、又はそれに対する％アミノ酸配列同一性（あるいは、与えられたア
ミノ酸配列Ｂと、又はそれに対して或る程度の％アミノ酸配列同一性を持つ又は
含む与えられたアミノ酸配列Ａと言うこともできる）は次のように計算される： 分率Ｘ／Ｙの１００倍 ここで、Ｘは配列アラインメントプログラムALIGN-2のＡ及びＢのアラインメン
トによって同一であると一致したスコアのアミノ酸残基の数であり、ＹはＢの全
アミノ酸残基数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと異なる
場合、ＡのＢに対する％アミノ酸配列同一性は、ＢのＡに対する％アミノ酸配列
同一性とは異なることは理解されるであろう。この方法を用いた％アミノ酸配列
同一性の計算の例として、表２Ａ-Ｂは、「比較タンパク質」と称されるアミノ
酸配列の「ＰＲＯ」と称されるアミノ酸配列に対する％アミノ酸配列同一性の計
算方法を示す。
【００５５】 特に断らない限りは、ここでの全ての％アミノ酸配列同一性値は上記のように
ALIGN-2配列比較コンピュータプログラムを用いて得られる。しかしながら、％
アミノ酸配列同一性は、配列比較プログラムNCBI-BLAST2（Altschul等, Nucleic
Acids Res. 25: 3389-3402 (1997)）を用いて決定してもよい。NCBI-BLAST2配
列比較プログラムは、http://ww.ncbi.nlm.nih.govからダウンロードできる。NC
BI-BLAST2は幾つかの検索パラメータを使用し、それら検索パラメータの全ては
初期値に設定され、例えば、unmask＝可、鎖＝全て、予測される発生＝10、最小
低複合長＝15/5、マルチパスｅ-値＝0.01、マルチパスの定数＝25、最終ギャッ
プアラインメントのドロップオフ＝25、及びスコアリングマトリクス＝BLOSUM62
を含む。
【００５６】 アミノ酸配列比較にNCBI-BLAST2が用いられる状況では、与えられたアミノ酸
配列Ａの、与えられたアミノ酸配列Ｂとの、又はそれに対する％アミノ酸配列同
一性（あるいは、与えられたアミノ酸配列Ｂと、又はそれに対して或る程度の％
アミノ酸配列同一性を持つ又は含む与えられたアミノ酸配列Ａと言うこともでき
る）は次のように計算される： 分率Ｘ／Ｙの１００倍 ここで、Ｘは配列アラインメントプログラムNCBI-BLAST2のＡ及びＢのアライン
メントによって同一であると一致したスコアのアミノ酸残基の数であり、ＹはＢ
の全アミノ酸残基数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと異
なる場合、ＡのＢに対する％アミノ酸配列同一性は、ＢのＡに対する％アミノ酸
配列同一性とは異なることは理解されるであろう。 さらに、％アミノ酸配列同一性値は、WU-BLAST-2コンピュータプログラム（Al
tschul等, Methods in Enzymology 266: 460-480 (1996)）を用いて決定しても
よい。殆どのWU-BLAST-2検索パラメータは初期値に設定される。初期値に設定さ
れない、即ち調節可能なパラメータは以下の値に設定する：オーバーラップスパ
ン＝1、オーバーラップフラクション＝0.125、ワード閾値（Ｔ）＝11、及びスコ
アリングマトリクス＝BLOSUM62。ここでの目的のために、％アミノ酸配列同一性
値は、（ａ）天然ＰＲＯポリペプチドから誘導された配列を有する対象とするＰ
ＲＯポリペプチドのアミノ酸配列と、対象とする比較アミノ酸配列（即ち、対象
とするＰＲＯポリペプチドが比較されるＰＲＯポリペプチド変異体であってもよ
い配列）との間の、WU-BLAST-2によって決定した一致する同一アミノ酸残基の数
を、（ｂ）対象とするＰＲＯポリペプチドの残基の総数で除した商によって決定
される。例えば、「アミノ酸配列Ｂに対して少なくとも８０％のアミノ酸配列同
一性を持つ又は持っているアミノ酸配列Ａを含んでなるポリペプチド」という表
現では、アミノ酸配列Ａが対象とする比較アミノ酸配列であり、アミノ酸配列Ｂ
が対象とするＰＲＯポリペプチドのアミノ酸配列である。
【００５７】 「ＰＲＯ３８１ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１２６９ポリペプチド変異体
」、「ＰＲＯ１４１０ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１７５５ポリペプチド変
異体」、「ＰＲＯ１７８０ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１７８８ポリペプチ
ド変異体」、「ＰＲＯ３４３４ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１９２７ポリペ
プチド変異体」、「ＰＲＯ３５６７ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１２９５ポ
リペプチド変異体」、「ＰＲＯ１２９３ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１３０
３ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ４３４４ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ４
３５４ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ４３９７ポリペプチド変異体」、「ＰＲ
Ｏ４４０７ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１５５５ポリペプチド変異体」、「
ＰＲＯ１０９６ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ２０３８ポリペプチド変異体」
及び「ＰＲＯ２２６２ポリペプチド変異体」、又は「ＰＲＯ３８１変異体核酸配
列」、「ＰＲＯ１２６９変異体核酸配列」、「ＰＲＯ１４１０変異体核酸配列」
、「ＰＲＯ１７５５変異体核酸配列」、「ＰＲＯ１７８０変異体核酸配列」、「
ＰＲＯ１７８８変異体核酸配列」、「ＰＲＯ３４３４変異体核酸配列」、「ＰＲ
Ｏ１９２７変異体核酸配列」、「ＰＲＯ３５６７変異体核酸配列」、「ＰＲＯ１
２９５変異体核酸配列」、「ＰＲＯ１２９３変異体核酸配列」、「ＰＲＯ１３０
３変異体核酸配列」、「ＰＲＯ４３４４変異体核酸配列」、「ＰＲＯ４３５４変
異体核酸配列」、「ＰＲＯ４３９７変異体核酸配列」、「ＰＲＯ４４０７変異体
核酸配列」、「ＰＲＯ１５５５変異体核酸配列」、「ＰＲＯ１０９６変異体核酸
配列」、「ＰＲＯ２０３８変異体核酸配列」及び「ＰＲＯ２２６２変異体核酸配
列」は、以下に定義するような活性なＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１
４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、
ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１
３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、
ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２ポリペプ
チドをコードする核酸分子を意味し、ここに開示するＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２
６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、Ｐ
ＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２
９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、Ｐ
ＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２
２６２ポリペプチド配列、ここに開示するシグナルペプチドを欠くＰＲＯ３８１
、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ
１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５
、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ
４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８
及びＰＲＯ２２６２ポリペプチド配列、ここに開示するシグナルペプチド有又は
無のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ
１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７
、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ
４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６
、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２ポリペプチド細胞外ドメイン、又はここに
開示するＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、Ｐ
ＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５
６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、Ｐ
ＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０
９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２ポリペプチド配列の任意の他の断片を
コードする核酸配列に対して少なくとも約８０％の核酸配列同一性を有する。通
常は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲ
Ｏ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６
７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲ
Ｏ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９
６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２変異体ポリヌクレオチドは、ここに開示
する完全長天然配列ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２ポリペプチド配列、ここに
開示するシグナルペプチドを欠く完全長天然配列ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９
、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ
３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３
、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ
４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６
２ポリペプチド配列、ここに開示するシグナルペプチド有又は無のＰＲＯ３８１
、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ
１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５
、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ
４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８
及びＰＲＯ２２６２ポリペプチド細胞外ドメイン、又はここに開示する完全長Ｐ
ＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８
０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲ
Ｏ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５
４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲ
Ｏ２０３８及びＰＲＯ２２６２ポリペプチド配列の任意の他の断片をコードする
核酸配列と少なくとも約８０％の核酸配列同一性、好ましくは少なくとも約８１
％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８２％の核酸配列同一性、よ
り好ましくは少なくとも約８３％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも
約８４％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８５％の核酸配列同一
性、より好ましくは少なくとも約８６％の核酸配列同一性、より好ましくは少な
くとも約８７％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８８％の核酸配
列同一性、より好ましくは少なくとも約８９％の核酸配列同一性、より好ましく
は少なくとも約９０％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９１％の
核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９２％の核酸配列同一性、より好
ましくは少なくとも約９３％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９
４％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９５％の核酸配列同一性、
より好ましくは少なくとも約９６％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくと
も約９７％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９８％の核酸配列同
一性、そして、より好ましくは少なくとも約９９％の核酸配列同一性を有してい
る。変異体は、天然のヌクレオチド配列を含まない。
【００５８】 通常は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、
ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３
５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、
ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１
０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２変異体ポリヌクレオチドは、少なく
とも約３０ヌクレオチド長、より多くは少なくとも約６０ヌクレオチド長、より
多くは少なくとも約９０ヌクレオチド長、より多くは少なくとも約１２０ヌクレ
オチド長、より多くは少なくとも約１５０ヌクレオチド長、より多くは少なくと
も約１８０ヌクレオチド長、より多くは少なくとも約２１０ヌクレオチド長、よ
り多くは少なくとも約２４０ヌクレオチド長、より多くは少なくとも約２７０ヌ
クレオチド長、より多くは少なくとも約３００ヌクレオチド長、より多くは少な
くとも約４５０ヌクレオチド長、より多くは少なくとも約６００ヌクレオチド長
、より多くは少なくとも約９００ヌクレオチド長、又はそれ以上である。
【００５９】 ここに同定されるＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２ポリペプチド-コード化核
酸配列に対して同定されている「パーセント(％)核酸配列同一性」は、配列を整
列させ、最大のパーセント配列同一性を得るために必要ならば間隙を導入し、如
何なる保存的置換も配列同一性の一部と考えないとした、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ
１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８
、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ
１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７
、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲ
Ｏ２２６２ポリペプチド-コード化配列のヌクレオチドと同一である候補配列中
のヌクレオチドのパーセントとして定義される。パーセント核酸配列同一性を決
定する目的のためのアラインメントは、当業者の技量の範囲にある種々の方法、
例えばBLAST、BLAST-2、ALIGN、ALIGN-2又はMegalign(DNASTAR)ソフトウエアの
ような公に入手可能なコンピュータソフトウエアを使用することにより達成可能
である。当業者であれば、比較される配列の全長に対して最大のアラインメント
を達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、アラインメントを測定する
ための適切なパラメータを決定することができる。しかし、ここでの目的のため
には、％核酸配列同一性値は、以下に記載するように、ALIGN-2プログラム用の
完全なソースコードが表１に与えられている配列比較プログラムALIGN-2を用い
て得られる。ALIGN-2配列比較コンピュータプログラムはジェネンテク社によっ
て作成され、表１に示したソースコードは米国著作権庁, Washington D.C., 205
59に使用者用書類とともに提出され、米国著作権登録番号TXU510087の下で登録
されている。ALIGN-2はジェネンテク社、South San Francisco, Californiaを通
して公的に入手可能であり、またＦｉｇ２Ａ-Ｐに与えたソースコードからコン
パイルしてもよい。ALIGN-2プログラムは、UNIX(登録商標)オペレーティングシ
ステム、好ましくはデジタルUNIX(登録商標) V4.0Dでの使用のためにコンパイル
される。全ての配列比較パラメータは、ALIGN-2プログラムによって設定され変
動しない。
【００６０】 ここでの目的のためには、与えられた核酸配列Ｃの、与えられた核酸配列Ｄと
の、又はそれに対する％核酸配列同一性（あるいは、与えられた核酸配列Ｄと、
又はそれに対して或る程度の％核酸配列同一性を持つ又は含む与えられたアミノ
酸配列Ｃと言うこともできる）は次のように計算される： 分率Ｗ／Ｚの１００倍 ここで、Ｗは配列アラインメントプログラムALIGN-2のＣ及びＤのアラインメン
トによって同一であると一致したスコアのヌクレオチドの数であり、ＺはＤの全
ヌクレオチド数である。核酸配列Ｃの長さが核酸配列Ｄの長さと異なる場合、Ｃ
のＤに対する％核酸配列同一性は、ＤのＣに対する％核酸配列同一性とは異なる
ことは理解されるであろう。この方法を用いた％核酸配列同一性の計算の例とし
て、表２Ｃ-Ｄは、「比較ＤＮＡ」と称される核酸配列の「ＰＲＯ-ＤＮＡ」と称
される核酸配列に対する％核酸配列同一性の計算方法を示す。 特に断らない限りは、ここでの全ての％核酸配列同一性値は上記のようにALIG
N-2配列比較コンピュータプログラムを用いて得られる。しかしながら、％核酸
配列同一性は、配列比較プログラムNCBI-BLAST2（Altschul等, Nucleic Acids R
es. 25: 3389-3402 (1997)）を用いて決定してもよい。NCBI-BLAST2配列比較プ
ログラムは、http://ww.ncbi.nlm.nih.govからダウンロードできる。NCBI-BLAST
2は幾つかの検索パラメータを使用し、それら検索パラメータの全ては初期値に
設定され、例えば、unmask＝可、鎖＝全て、予測される発生＝10、最小低複合長
＝15/5、マルチパスｅ-値＝0.01、マルチパスの定数＝25、最終ギャップアライ
ンメントのドロップオフ＝25、及びスコアリングマトリクス＝BLOSUM62を含む。
【００６１】 配列比較にNCBI-BLAST2が用いれれる状況では、与えられた核酸配列Ｃの、与
えられた核酸配列Ｄとの、又はそれに対する％核酸配列同一性（あるいは、与え
られた核酸配列Ｄと、又はそれに対して或る程度の％核酸配列同一性を持つ又は
含む与えられた核酸配列Ｃと言うこともできる）は次のように計算される： 分率Ｗ／Ｚの１００倍 ここで、Ｗは配列アラインメントプログラムNCBI-BLAST2のＣ及びＤのアライン
メントによって同一であると一致したスコアのヌクレオチドの数であり、ＺはＤ
の全ヌクレオチド数である。核酸配列Ｃの長さが核酸配列Ｄの長さと異なる場合
、ＣのＤに対する％核酸配列同一性は、ＤのＣに対する％核酸配列同一性とは異
なることは理解されるであろう。 さらに、％核酸配列同一性値は、WU-BLAST-2コンピュータプログラム（Altsch
ul等, Methods in Enzymology 266: 460-480 (1996)）を用いて決定してもよい
。殆どのWU-BLAST-2検索パラメータは初期値に設定される。初期値に設定されな
い、即ち調節可能なパラメータは以下の値に設定する：オーバーラップスパン＝
1、オーバーラップフラクション＝0.125、ワード閾値（Ｔ）＝11、及びスコアリ
ングマトリクス＝BLOSUM62。ここでの目的のために、％核酸配列同一性値は、（
ａ）天然配列ＰＲＯポリペプチド-コード化核酸から誘導された配列を有する対
象とするＰＲＯポリペプチド-コード化配列の核酸配列と、対象とする比較核酸
分子（即ち、対象とするＰＲＯポリペプチド-コード化核酸分子の配列が比較さ
れる変異体ポリヌクレオチドであってもよい配列）との間の、WU-BLAST-2によっ
て決定した一致する同一ヌクレオチドの数を、（ｂ）対象とするＰＲＯポリペプ
チド-コード化核酸のヌクレオチドの総数で除した商によって決定される。例え
ば、「核酸配列Ｂに対して少なくとも８０％のアミノ酸配列同一性を持つ又は持
っている核酸配列Ａを含んでなる単離された核酸分子」という表現では、核酸配
列Ａが対象とする比較核酸配列であり、核酸配列Ｂが対象とするＰＲＯポリペプ
チド-コード化核酸分子の核酸配列である。
【００６２】 他の実施態様では、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２変異体ポリヌクレオチド
は、活性なＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、
ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３
５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、
ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１
０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドをコードする核酸分子
であり、好ましくは厳しいハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で、各々Ｆｉ
ｇ２（配列番号：２）、Ｆｉｇ４（配列番号：７）、Ｆｉｇ６（配列番号：９）
、Ｆｉｇ８（配列番号：１１）、Ｆｉｇ１０（配列番号：１３）、Ｆｉｇ１２（
配列番号：１８）、Ｆｉｇ１４（配列番号：２３）、Ｆｉｇ１６（配列番号：２
５）、又はＦｉｇ１８（配列番号：２７）、Ｆｉｇ２０（配列番号：２９）、Ｆ
ｉｇ２２（配列番号：３１）、Ｆｉｇ２４（配列番号：３３）、Ｆｉｇ２６（配
列番号：３５）、Ｆｉｇ２８（配列番号：４０）、Ｆｉｇ３０（配列番号：４２
）、Ｆｉｇ３２（配列番号：４７）、Ｆｉｇ３４（配列番号：４９）、Ｆｉｇ３
６（配列番号：５１）、Ｆｉｇ３８（配列番号：５３）又はＦｉｇ４０（配列番
号：５５）に示すＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７
５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、Ｐ
ＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３
４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、Ｐ
ＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドをコードするヌ
クレオチド配列にハイブリッド形成できる。ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２変
異体ポリペプチドは、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２変異体ポリヌクレオチド
にコードされるものであってもよい。
【００６３】 上記のように実施されるアミノ酸配列同一性比較の文脈における「ポジティブ
（陽性）」という用語は、比較された配列において同一であるアミノ酸残基ばか
りでなく類似の性質を有するものも含む。対象とするアミノ酸残基に対してポジ
ティブ値をスコアされるアミノ酸残基は、対象とするアミノ酸残基と同一である
か、又は対象とするアミノ酸残基の（下記の表３で特定するように）好ましい置
換とされるものである。 ここでの目的のために、与えられたアミノ酸配列Ａの、与えられたアミノ酸配
列Ｂとの、又はそれに対する％ポジティブ値（あるいは、与えられたアミノ酸配
列Ｂと、又はそれに対して或る程度の％ポジティブを持つ又は含む与えられたア
ミノ酸配列Ａと言うこともできる）は次のように計算される： 分率Ｘ／Ｙの１００倍 ここで、Ｘは配列アラインメントプログラムALIGN-2のＡ及びＢのアラインメン
トによってポジティブであるとのスコアのアミノ酸残基の数であり、ＹはＢの全
アミノ酸残基数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと異なる
場合、ＡのＢに対する％ポジティブは、ＢのＡに対する％ポジティブとは異なる
ことは理解されるであろう。
【００６４】 「単離された」とは、ここで開示された種々のポリペプチドを記述するために
使用するときは、その自然環境の成分から同定され分離され及び／又は回収され
たポリペプチドを意味する。好ましくは、単離されたポリペプチドはそれに自然
に付随する全ての狭雑物を伴わない。その自然環境の狭雑成分とは、そのポリペ
プチドの診断又は治療への使用を典型的には妨害する物質であり、酵素、ホルモ
ン、及び他のタンパク質様又は非タンパク質様溶質が含まれる。好ましい実施態
様において、ポリペプチドは、(１)スピニングカップシークエネーターを使用す
ることにより、少なくとも１５残基のＮ末端あるいは内部アミノ酸配列を得るの
に充分なほど、あるいは、(２) 非還元あるいは還元条件下でのＳＤＳ-ＰＡＧＥ
を行い、クーマシーブルーあるいは好ましくは銀染色によって、均一になるまで
精製される。単離されたポリペプチドには、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポ
リペプチドの自然環境の少なくとも１つの成分が存在しないため、組換え細胞由
来のポリペプチドが含まれる。しかしながら、通常は、単離されたポリペプチド
は少なくとも１つの精製工程により調製される。 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドをコードする「単離された」核
酸分子、又は抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗
−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４
３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−Ｐ
ＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４
、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ
１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体をコードする「単離
された」核酸は、同定され、ＰＲＯ３８１-、ＰＲＯ１２６９-、ＰＲＯ１４１０
-、ＰＲＯ１７５５-、ＰＲＯ１７８０-、ＰＲＯ１７８８-、ＰＲＯ３４３４-、
ＰＲＯ１９２７-、ＰＲＯ３５６７-、ＰＲＯ１２９５-、ＰＲＯ１２９３-、ＰＲ
Ｏ１３０３-、ＰＲＯ４３４４-、ＰＲＯ４３５４-、ＰＲＯ４３９７-、ＰＲＯ４
４０７-、ＰＲＯ１５５５-、ＰＲＯ１０９６-、ＰＲＯ２０３８-又はＰＲＯ２２
６２-コード化核酸又は抗−ＰＲＯ３８１-、抗−ＰＲＯ１２６９-、抗−ＰＲＯ
１４１０-、抗−ＰＲＯ１７５５-、抗−ＰＲＯ１７８０-、抗−ＰＲＯ１７８８-
、抗−ＰＲＯ３４３４-、抗−ＰＲＯ１９２７-、抗−ＰＲＯ３５６７-、抗−Ｐ
ＲＯ１２９５-、抗−ＰＲＯ１２９３-、抗−ＰＲＯ１３０３-、抗−ＰＲＯ４３
４４-、抗−ＰＲＯ４３５４-、抗−ＰＲＯ４３９７-、抗−ＰＲＯ４４０７-、抗
−ＰＲＯ１５５５-、抗−ＰＲＯ１０９６-、抗−ＰＲＯ２０３８-又は抗−ＰＲ
Ｏ２２６２-コード化核酸の天然源に通常付随している少なくとも１つの狭雑核
酸分子から分離された核酸分子である。好ましくは、単離された核酸はそれに自
然に付随する全ての成分を伴わない。単離されたＰＲＯ３８１-、ＰＲＯ１２６
９-、ＰＲＯ１４１０-、ＰＲＯ１７５５-、ＰＲＯ１７８０-、ＰＲＯ１７８８-
、ＰＲＯ３４３４-、ＰＲＯ１９２７-、ＰＲＯ３５６７-、ＰＲＯ１２９５-、Ｐ
ＲＯ１２９３-、ＰＲＯ１３０３-、ＰＲＯ４３４４-、ＰＲＯ４３５４-、ＰＲＯ
４３９７-、ＰＲＯ４４０７-、ＰＲＯ１５５５-、ＰＲＯ１０９６-、ＰＲＯ２０
３８-又はＰＲＯ２２６２-コード化核酸分子又は抗−ＰＲＯ３８１-、抗−ＰＲ
Ｏ１２６９-、抗−ＰＲＯ１４１０-、抗−ＰＲＯ１７５５-、抗−ＰＲＯ１７８
０-、抗−ＰＲＯ１７８８-、抗−ＰＲＯ３４３４-、抗−ＰＲＯ１９２７-、抗−
ＰＲＯ３５６７-、抗−ＰＲＯ１２９５-、抗−ＰＲＯ１２９３-、抗−ＰＲＯ１
３０３-、抗−ＰＲＯ４３４４-、抗−ＰＲＯ４３５４-、抗−ＰＲＯ４３９７-、
抗−ＰＲＯ４４０７-、抗−ＰＲＯ１５５５-、抗−ＰＲＯ１０９６-、抗−ＰＲ
Ｏ２０３８-又は抗−ＰＲＯ２２６２-コード化核酸分子は、天然に見出される形
態あるいは設定以外のものである。ゆえに、単離された核酸分子は、天然の細胞
中に存在するＰＲＯ３８１-、ＰＲＯ１２６９-、ＰＲＯ１４１０-、ＰＲＯ１７
５５-、ＰＲＯ１７８０-、ＰＲＯ１７８８-、ＰＲＯ３４３４-、ＰＲＯ１９２７
-、ＰＲＯ３５６７-、ＰＲＯ１２９５-、ＰＲＯ１２９３-、ＰＲＯ１３０３-、
ＰＲＯ４３４４-、ＰＲＯ４３５４-、ＰＲＯ４３９７-、ＰＲＯ４４０７-、ＰＲ
Ｏ１５５５-、ＰＲＯ１０９６-、ＰＲＯ２０３８-又はＰＲＯ２２６２-コード化
核酸分子又は抗−ＰＲＯ３８１-、抗−ＰＲＯ１２６９-、抗−ＰＲＯ１４１０-
、抗−ＰＲＯ１７５５-、抗−ＰＲＯ１７８０-、抗−ＰＲＯ１７８８-、抗−Ｐ
ＲＯ３４３４-、抗−ＰＲＯ１９２７-、抗−ＰＲＯ３５６７-、抗−ＰＲＯ１２
９５-、抗−ＰＲＯ１２９３-、抗−ＰＲＯ１３０３-、抗−ＰＲＯ４３４４-、抗
−ＰＲＯ４３５４-、抗−ＰＲＯ４３９７-、抗−ＰＲＯ４４０７-、抗−ＰＲＯ
１５５５-、抗−ＰＲＯ１０９６-、抗−ＰＲＯ２０３８-又は抗−ＰＲＯ２２６
２-コード化核酸分子とは区別される。しかし、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９
、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ
３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３
、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ
４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６
２ポリペプチド又は抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１
０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲ
Ｏ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、
抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４
３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−
ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体をコードする
単離された核酸分子は、例えば、核酸分子が天然細胞のものとは異なった染色体
位置にある、通常はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドを発現する又
は抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１
７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−
ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９
３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲ
Ｏ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、
抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体を発現する細胞に含まれるＰＲ
Ｏ３８１-、ＰＲＯ１２６９-、ＰＲＯ１４１０-、ＰＲＯ１７５５-、ＰＲＯ１７
８０-、ＰＲＯ１７８８-、ＰＲＯ３４３４-、ＰＲＯ１９２７-、ＰＲＯ３５６７
-、ＰＲＯ１２９５-、ＰＲＯ１２９３-、ＰＲＯ１３０３-、ＰＲＯ４３４４-、
ＰＲＯ４３５４-、ＰＲＯ４３９７-、ＰＲＯ４４０７-、ＰＲＯ１５５５-、ＰＲ
Ｏ１０９６-、ＰＲＯ２０３８-又はＰＲＯ２２６２-核酸分子又は抗−ＰＲＯ３
８１-、抗−ＰＲＯ１２６９-、抗−ＰＲＯ１４１０-、抗−ＰＲＯ１７５５-、抗
−ＰＲＯ１７８０-、抗−ＰＲＯ１７８８-、抗−ＰＲＯ３４３４-、抗−ＰＲＯ
１９２７-、抗−ＰＲＯ３５６７-、抗−ＰＲＯ１２９５-、抗−ＰＲＯ１２９３-
、抗−ＰＲＯ１３０３-、抗−ＰＲＯ４３４４-、抗−ＰＲＯ４３５４-、抗−Ｐ
ＲＯ４３９７-、抗−ＰＲＯ４４０７-、抗−ＰＲＯ１５５５-、抗−ＰＲＯ１０
９６-、抗−ＰＲＯ２０３８-又は抗−ＰＲＯ２２６２-コード化核酸分子を含む
。
【００６５】 「コントロール配列」という用語は、特定の宿主生物において作用可能に結合
したコード配列を発現するために必要なＤＮＡ配列を指す。例えば原核生物に好
適なコントロール配列は、プロモーター、場合によってはオペレータ配列、及び
リボソーム結合部位を含む。真核生物の細胞は、プロモーター、ポリアデニル化
シグナル及びエンハンサーを利用することが知られている。 核酸は、他の核酸配列と機能的な関係にあるときに「作用可能に結合し」てい
る。例えば、プレ配列あるいは分泌リーダーのＤＮＡは、ポリペプチドの分泌に
関与するプレタンパク質として発現されているなら、そのポリペプチドのＤＮＡ
に作用可能に結合している；プロモーター又はエンハンサーは、配列の転写に影
響を及ぼすならば、コーディング配列に作用可能に結合している；又はリボソー
ム結合部位は、もしそれが翻訳を容易にするような位置にあるなら、コードディ
ング配列と作用可能に結合している。一般的に、「作用可能に結合している」と
は、結合したＤＮＡ配列が近接しており、分泌リーダーの場合には近接していて
翻訳枠があっていることを意味する。しかし、エンハンサーは必ずしも近接して
いる必要はない。結合は簡便な制限酵素サイトにおけるライゲーションにより行
われる。そのような部位が存在しない場合は、従来の手法に従って、合成オリゴ
ヌクレオチドアダプターあるいはリンカーが使用される。 「抗体」という用語は最も広い意味において使用され、例えば、単一の抗−Ｐ
ＲＯ３８１-、抗−ＰＲＯ１２６９-、抗−ＰＲＯ１４１０-、抗−ＰＲＯ１７５
５-、抗−ＰＲＯ１７８０-、抗−ＰＲＯ１７８８-、抗−ＰＲＯ３４３４-、抗−
ＰＲＯ１９２７-、抗−ＰＲＯ３５６７-、抗−ＰＲＯ１２９５-、抗−ＰＲＯ１
２９３-、抗−ＰＲＯ１３０３-、抗−ＰＲＯ４３４４-、抗−ＰＲＯ４３５４-、
抗−ＰＲＯ４３９７-、抗−ＰＲＯ４４０７-、抗−ＰＲＯ１５５５-、抗−ＰＲ
Ｏ１０９６-、抗−ＰＲＯ２０３８-又は抗−ＰＲＯ２２６２モノクローナル抗体
(アゴニスト、アンタゴニスト、及び中和抗体を含む)、多エピトープ特異性を持
つ抗−ＰＲＯ３８１-、抗−ＰＲＯ１２６９-、抗−ＰＲＯ１４１０-、抗−ＰＲ
Ｏ１７５５-、抗−ＰＲＯ１７８０-、抗−ＰＲＯ１７８８-、抗−ＰＲＯ３４３
４-、抗−ＰＲＯ１９２７-、抗−ＰＲＯ３５６７-、抗−ＰＲＯ１２９５-、抗−
ＰＲＯ１２９３-、抗−ＰＲＯ１３０３-、抗−ＰＲＯ４３４４-、抗−ＰＲＯ４
３５４-、抗−ＰＲＯ４３９７-、抗−ＰＲＯ４４０７-、抗−ＰＲＯ１５５５-、
抗−ＰＲＯ１０９６-、抗−ＰＲＯ２０３８-又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体組成物
、一本鎖抗−ＰＲＯ３８１-、抗−ＰＲＯ１２６９-、抗−ＰＲＯ１４１０-、抗
−ＰＲＯ１７５５-、抗−ＰＲＯ１７８０-、抗−ＰＲＯ１７８８-、抗−ＰＲＯ
３４３４-、抗−ＰＲＯ１９２７-、抗−ＰＲＯ３５６７-、抗−ＰＲＯ１２９５-
、抗−ＰＲＯ１２９３-、抗−ＰＲＯ１３０３-、抗−ＰＲＯ４３４４-、抗−Ｐ
ＲＯ４３５４-、抗−ＰＲＯ４３９７-、抗−ＰＲＯ４４０７-、抗−ＰＲＯ１５
５５-、抗−ＰＲＯ１０９６-、抗−ＰＲＯ２０３８-又は抗−ＰＲＯ２２６２抗
体、及び抗−ＰＲＯ３８１-、抗−ＰＲＯ１２６９-、抗−ＰＲＯ１４１０-、抗
−ＰＲＯ１７５５-、抗−ＰＲＯ１７８０-、抗−ＰＲＯ１７８８-、抗−ＰＲＯ
３４３４-、抗−ＰＲＯ１９２７-、抗−ＰＲＯ３５６７-、抗−ＰＲＯ１２９５-
、抗−ＰＲＯ１２９３-、抗−ＰＲＯ１３０３-、抗−ＰＲＯ４３４４-、抗−Ｐ
ＲＯ４３５４-、抗−ＰＲＯ４３９７-、抗−ＰＲＯ４４０７-、抗−ＰＲＯ１５
５５-、抗−ＰＲＯ１０９６-、抗−ＰＲＯ２０３８-又は抗−ＰＲＯ２２６２抗
体の断片を包含している（下記参照）。ここで使用される「モノクローナル抗体
」という用語は、実質的に均一な抗体の集団、すなわち、構成する個々の抗体が
、少量存在しうる自然に生じる可能性のある突然変異を除いて同一である集団か
ら得られる抗体を称する。
【００６６】 ハイブリッド形成反応の「緊縮性」は、当業者によって容易に決定され、一般
的にプローブ長、洗浄温度、及び塩濃度に依存する経験的な値である。一般に、
プローブが長くなると適切なアニーリングのための温度が高くなり、プローブが
短くなると温度は低くなる。ハイブリッド形成は、一般的に、相補鎖がその融点
より低い環境に存在する場合における変性ＤＮＡの再アニールする能力に依存す
る。プローブとハイブリッドされる側の配列との相同性のレベルが高い程、使用
できる相対温度が高くなる。その結果、より高い相対温度は、反応条件をよりス
トリンジェントにするが、低い温度は緊縮性を低下させる。さらに、緊縮性は塩
濃度に逆比例する。ハイブリッド形成反応における緊縮性の更なる詳細及び説明
は、Ausubel等, Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscienc
e Publishers, (1995)を参照のこと。 ここで定義される「緊縮性な条件」又は「高緊縮性な条件」は、（１）洗浄の
ために低イオン強度及び高温度、例えば、５０℃において０．０１５Ｍの塩化ナ
トリウム／０．００１５Ｍのクエン酸ナトリウム／０．１％のドデシル硫酸ナト
リウムを用いるもの；（２）ハイブリッド形成中にホルムアミド等の変性剤、例
えば、４２℃において５０％（v/v）ホルムアミドと０．１％ウシ血清アルブミ
ン／０．１％フィコール／０．１％のポリビニルピロリドン／５０ｍＭのｐＨ６
．５のリン酸ナトリウムバッファー、及び７５０ｍＭの塩化ナトリウム、７５ｍ
Ｍクエン酸ナトリウムを用いるもの；（３）４２℃における５０％ホルムアミド
、５ｘＳＳＣ（０．７５ＭのＮａＣｌ、０．０７５Ｍのクエン酸ナトリウム）、
５０ｍＭのリン酸ナトリウム（ｐＨ６．８）、０．１％のピロリン酸ナトリウム
、５ｘデンハード液、超音波処理サケ精子ＤＮＡ（５０μｇ／ｍｌ）、０．１％
ＳＤＳ、及び１０％のデキストラン硫酸と、４２℃における０．２ｘＳＳＣ（塩
化ナトリウム／クエン酸ナトリウム）中の洗浄及び５５℃での５０％ホルムアミ
ド、次いで５５℃におけるＥＤＴＡを含む０．１ｘＳＳＣからなる高ストリンジ
ェントな洗浄を用いるものによって同定される。 「中程度の緊縮性な条件」は、Sambrook等, Molecular Cloning: A Laborator
y Manual (New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989に記載され
ているように同定され、上記の緊縮性より低い洗浄溶液及びハイブリッド形成条
件（例えば、温度、イオン強度及び％ＳＤＳ）の使用を含む。中程度のストリン
ジェントな条件は、２０％ホルムアミド、５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭのＮａＣｌ、
１５ｍＭのクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．６）
、５ｘデンハード液、１０％デキストラン硫酸、及び２０ｍｇ／ｍＬの変性剪断
サケ精子ＤＮＡを含む溶液中の３７℃での終夜インキュベーション、次いで１ｘ
ＳＳＣ中３５−５０℃でのフィルターの洗浄といった条件である。当業者であれ
ば、プローブ長などの因子に適合させる必要に応じて、どのようにして温度、イ
オン強度等を調節するかを認識するであろう。 「エピトープタグ」なる用語は、ここで用いられるときは、「タグポリペプチ
ド」に融合したＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５
５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲ
Ｏ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４
４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲ
Ｏ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド含んでなるキメラ
ポリペプチドを指す。タグポリペプチドは、その抗体が産生され得るエピトープ
、又は幾つかの他の試薬によって同定できるエピトープを提供するに十分な数の
残基を有しているが、その長さはそれに融合したポリペプチドの活性を阻害しな
いよう充分に短い。また、タグポリペプチドは、好ましくは、抗体が他のエピト
ープと実質的に交差反応をしないようにかなり独特である。適切なタグポリペプ
チドは、一般に、少なくとも６のアミノ酸残基、通常は約８〜約５０のアミノ酸
残基(好ましくは約１０〜約２０の残基)を有する。
【００６７】 ここで意図している「活性な」及び「活性」とは、天然又はＰＲＯ３８１、Ｐ
ＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７
８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、Ｐ
ＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３
９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又は
ＰＲＯ２２６２ポリペプチドの生物学的及び／又は免疫学的活性を保持するＰＲ
Ｏ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０
、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ
１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４
、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ
２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの形態を意味し、ここで「生物学的」
活性とは、天然又はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドによって生ず
る（阻害性又は増進性の）生物学的機能であって、天然又はＰＲＯ３８１、ＰＲ
Ｏ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８
８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲ
Ｏ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９
７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰ
ＲＯ２２６２ポリペプチドが有する抗原性エピトープに対して抗体を生成する能
力を除くものを意味し、「免疫学的」活性とは、天然又はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ
１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８
、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ
１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７
、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲ
Ｏ２２６２ポリペプチドが有する抗原性エピトープに対して抗体を生成する能力
を意味する。 ここに開示されるスクリーニングアッセイによって同定できる抗体又は他のア
ンタゴニスト分子（例えば、有機又は無機小分子、ペプチド等）の文脈における
「生物学的活性」は、それらの分子がここに同定される増幅された遺伝子にコー
ドされるペプチドと結合又は複合体形成する能力、又はコード化ポリペプチドと
他の細胞性タンパク質との相互作用を妨害する能力、又はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ
１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８
、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ
１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７
、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲ
Ｏ２２６２ポリペプチドの転写又は翻訳を妨害する能力を指す。好ましい生物学
的活性は、標的細胞の成長阻害である。他の好ましい生物学的活性は、標的腫瘍
細胞の死をもたらす細胞毒性活性である。 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの文脈における「生物学的活性
」という用語は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７
５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、Ｐ
ＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３
４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、Ｐ
ＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドが腫瘍形成細胞
成長又は制御されない細胞成長を誘発する能力を意味する。 「免疫学的活性」という語は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１
０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲ
Ｏ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０
３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲ
Ｏ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド
の少なくとも１つのエピトープとの免疫学的交差反応性を意味する。
【００６８】 ここで用いられる「免疫学的交差反応性」とは、候補ポリペプチドが、この活
性を持つＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、Ｐ
ＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５
６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、Ｐ
ＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０
９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの定性的生物学的活性を
、活性が周知のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５
５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲ
Ｏ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４
４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲ
Ｏ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに対して生じたポ
リクローナル抗血清と競合的に阻害できることを意味する。そのような抗血清は
、例えばヤギ又はウサギに、完全フロイントアジュバント中の周知の活性類似物
を皮下注射し、次いで不完全フロイント中で腹膜内又は皮下に追加免疫すること
により従来の方法で調製される。免疫学的交差反応性は好ましくは「特異的」で
あり、これは同定される免疫学的交差反応性分子（例えば抗体）の対応するＰＲ
Ｏ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０
、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ
１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４
、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ
２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに対する結合親和性が、その分子の他
の任意の知られた天然ポリペプチドに対する結合親和性より有意に高い（好まし
くは少なくとも約２倍、より好ましくは少なくとも約４倍、さらにより好ましく
は少なくとも約８倍、最も好ましくは少なくとも約１０倍高い）ことを意味する
。
【００６９】 「アンタゴニスト」なる用語は最も広い意味で用いられ、ここに開示した天然
ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７
８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、Ｐ
ＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３
５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、Ｐ
ＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの生物学的活性又はその転写又は
翻訳を全体的又は部分的に阻止、阻害、又は中和する任意の分子を含む。好適な
アンタゴニスト分子は特に、アンタゴニスト抗体又は抗体断片、断片、ペプチド
、有機小分子、アンチセンス核酸などを含む。ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、
ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３
４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、
ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４
４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２
ポリペプチドのアンタゴニストの同定方法は、候補アンタゴニスト分子と接触さ
せ、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ
１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７
、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ
４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６
、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに通常付随する一又は複数の
生物学的活性の変化を測定することを含みうる。 「小分子」は、ここで約５００ダルトン未満の分子量を有すると定義される。
【００７０】 「抗体」（Ａｂｓ）及び「免疫グロブリン」（Ｉｇｓ）は同じ構造的特徴を持
つ糖タンパク質である。抗体は特定の抗原に対する特異性を示すが、免疫グロブ
リンは抗体及び抗原特異性を持たない他の抗体様分子の両方を含む。後者の種類
のポリペプチドは、例えば、リンパ系では低レベルで産生され、ミエローマにお
いて産生レベルが増加する。「抗体」という用語は最も広い意味で使用され、限
定されることなく、無傷のモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、少なくと
も２つの無傷の抗体から形成される多重特異的抗体（例えば二重特異的抗体）、
及びそれらが所望の生物学的活性を有している限り抗体断片を包含する。 「天然抗体」及び「天然免疫グロブリン」は、通常、２つの同一の軽(Ｌ)鎖及
び２つの同一の重(Ｈ)鎖からなる、約１５０,０００ダルトンの異種四量体糖タ
ンパク質である。各軽鎖は一つの共有ジスルフィド結合により重鎖に結合してお
り、異なる免疫グロブリンアイソタイプ重鎖中のジスルフィド結合の数は相違す
る。また各重鎖と軽鎖は、規則的に離間した部位との間で鎖内ジスルフィド架橋
を有している。各重鎖は、多くの定常ドメインが続く可変ドメイン(ＶＨ)を一端
に有する。各軽鎖は、一端に可変ドメイン(ＶＬ)を、他端に定常ドメインを有し
；軽鎖の定常ドメインは重鎖の第一定常ドメインと整列し、軽鎖の可変ドメイン
は重鎖の可変ドメインと整列している。特定のアミノ酸残基が、軽鎖及び重鎖可
変ドメイン間の界面を形成すると考えられている。
【００７１】 「可変」という用語は、可変ドメインのある部位が、抗体の中で配列が広範囲
に異なっており、その特定の抗原に対する各特定の抗体の結合性及び特異性に使
用されているという事を意味する。しかしながら、可変性は抗体の可変ドメイン
にわたって一様には分布していない。軽鎖及び重鎖の可変ドメインの両方の高頻
度可変領域又は相補性決定領域(ＣＤＲｓ)と呼ばれる３つ又は４つののセグメン
トに濃縮される。可変ドメインのより高度に保存された部分はフレームワーク領
域(ＦＲ)と呼ばれる。天然の重鎖及び軽鎖の可変ドメインは、βシート構造を結
合し、ある場合にはその一部を形成するループ結合を形成する、ＣＤＲにより連
結されたβシート配置を主にとる４つ又５つのＦＲ領域をそれぞれ含んでいる。
各鎖のＣＤＲは、ＦＲにより近接して結合せしめられ、他の鎖のＣＤＲと共に、
抗体の抗原結合部位の形成に寄与している(Kabat等, NIH Publ. No.91-3242, Vo
l.I, 647-669頁[1991]を参照のこと)。定常ドメインは、抗体の抗原への結合に
直接関連しているものではないが、種々のエフェクター機能、例えば抗体依存性
細胞毒性活性への抗体の関与を示す。 ここで使用される場合、「高頻度可変領域」なる用語は、抗原結合性において
重要なアミノ酸残基を意味する。高頻度可変領域は、「相補性決定領域」又は「
ＣＤＲ」からのアミノ酸残基(すなわち、軽鎖可変ドメインの残基２４−３４(Ｌ
１)、５０−５６(Ｌ２)及び８９-９７(Ｌ３)及び重鎖可変ドメインの３１−３５
(Ｈ１)、５０−６５(Ｈ２)及び９５−１０２(Ｈ３)；Kabat等, Sequences of Pr
oteins of Immunological Interest,５版, Public Health Service, National I
nstitutes of Health, Bethesda, MD.(1991))又は「高頻度可変ループ」からの
残基(すなわち、軽鎖可変ドメインの残基２６−３２(Ｌ１)、５０−５２(Ｌ２)
及び９１−９６(Ｌ３)及び重鎖可変ドメインの残基２６−３２(Ｈ１)、５３−５
５(Ｈ２)及び９６−１０１(Ｈ３);Chothia及びLesk J.Mol.Biol. 196:901-917 (
1987))により構成される。「フレームワーク」又は「ＦＲ」残基はここに定義し
た高頻度可変領域残基以外の可変ドメイン残基である。
【００７２】 「抗体断片」は、未変性の抗体の一部、好ましくは未変性の抗体の抗原結合又
は可変領域を含む。抗体断片の例は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ(ａｂ')２、及びＦ
ｖ断片；ダイアボディ(diabody)；直鎖状抗体（Zapata等, Protein Eng. 8(10):
1057-1062 [1995]）；一本鎖抗体分子；及び抗体断片から形成される多重特異
的抗体を含む。 抗体のパパイン消化は、「Ｆａｂ」断片と呼ばれ、各々単一の抗原結合部位を
持つ２つの同一な抗原結合断片、及び、その名称が容易に結晶化する能力を反映
している残りの「Ｆｃ」断片を生成する。ペプシン処理により、２つの抗原結合
部位を有するが、交差結合抗原であり得るＦ(ａｂ')２断片が生成される。 「Ｆｖ」は、完全な抗原認識及び結合部位を含む最小抗体断片である。この領
域は、緊密に非共有的に結合した１つの重鎖と１つの軽鎖の二量体からなる。こ
の配置では、ＶＨ−ＶＬ二量体の表面における抗原結合部位を決定するために各
可変領域の３つのＣＤＲが相互作用する。正確には、６つのＣＤＲが抗体に抗原
結合特異性を与える。しかし、単一の可変ドメイン（又は抗原特異的な３つのＣ
ＤＲしか含まないＦｖの半分）でさえも抗原を認識し結合する能力を持つが、結
合部位全体よりは親和性が低い。 また、Ｆａｂ断片は軽鎖の定常ドメイン及び重鎖の第１の定常ドメイン（ＣＨ
１）も含む。Ｆａｂ断片は、抗体ヒンジ領域からの１つ又は複数のシステインを
含む重鎖ＣＨ１ドメインのカルボキシル末端における数個の残基の付加によりＦ
ａｂ断片と相違する。Ｆａｂ'-ＳＨは、ここにおいて、定常ドメインのシステイ
ン残基が遊離のチオール基を持つＦａｂ'の記号である。Ｆ(ａｂ')２抗体断片は
、元々、それらの間にヒンジシステインを持つＦａｂ'断片の対として生成され
た。抗体断片の他の化学的結合も知られている。 任意の脊椎動物種からの抗体（免疫グロブリン）の「軽鎖」は、それらの定常
ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（κ）及びラムダ（λ）と呼ばれる
１つ又は２つの明らかに異なる型に分類できる。 重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、免疫グロブリンは異なるクラ
スに分けられる。免疫グロブリンの５つの主要なクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、Ｉｇ
Ｅ、ＩｇＧ、及びＩｇＭがあり、これらの幾つかは、更にサブクラス（アイソタ
イプ）、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ及びＩｇＡ２
に分けられる。異なるクラスの免疫グロブリンに対応する重鎖定常ドメインは、
各々α、δ、ε、γ、及びμと呼ばれる。異なるクラスの免疫グロブリンのサブ
ユニット構造及び三次元配置は良く知られている。
【００７３】 ここで用いられる「モノクローナル抗体」なる用語は、実質的に均一な抗体の
集団、即ち、集団を構成する個々の抗体が少量存在する自然発生突然変異体以外
は同一であるような集団から得られる抗体を意味する。モノクローナル抗体は高
度に特異的であり、単一の抗原部位に向けられている。さらに、通常は、異なる
決定基（エピトープ）に対して作られた様々な抗体を含む従来の（ポリクローナ
ル）抗体とは違い、各モノクローナル抗体は抗原上の単一の決定基に対して向け
られている。それらの特異性に加えて、モノクローナル抗体は、ハイブリドーマ
培養によって合成され、他の免疫グロブリンに汚染されない点において有利であ
る。「モノクローナル」という修飾語は、実質的に均一な抗体集団から得られと
いう特徴を示すものであって、ある特定の方法による抗体の生産を必要とするこ
とを意味するためのものではない。例えば、本発明に従って使用されるモノクロ
ーナル抗体は、Kohler等, Nature, 256: 495 [1975]によって最初に記載された
ハイブリドーマ法により作成してもよいし、組換えＤＮＡ法（例えば、米国特許
第4,816,567号参照）により作成してもよい。また「モノクローナル抗体」はフ
ァージ抗体ライブラリから、例えば、Clackson等, Nature, 352: 624-628 [1991
]及び Marks等, J. Mol. Biol., 222: 581-597 (1991)に記載された技術を用い
て単離してもよい。 ここで、モノクローナル抗体は特に、「キメラ」抗体（免疫グロブリン）を含
み、それは、重鎖又は軽鎖の一部が特定の種から誘導された又は特定の抗体クラ
ス又はサブクラスに属する抗体の対応する配列と同一又は相同であるが、鎖の残
りの部分は他の種から誘導された又は特定の抗体クラス又はサブクラスに属する
抗体の対応する配列と同一又は相同である抗体、並びにそれらが所望の生物学的
活性を示す限りにおいてそれらの抗体の断片である（米国特許第4,816,567号；M
orrison等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81: 6851-6855 [1984]）。
【００７４】 非ヒト（例えばマウス）抗体の「ヒト化」型は、非ヒト免疫グロブリンから誘
導された最小配列を含有する特定のキメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖又
はそれらの断片（例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ'、Ｆ(ａｂ')２あるいは抗体の
他の抗原結合性配列）である。大部分において、ヒト化抗体はヒト免疫グロブリ
ン（レシピエント抗体）であって、そのレシピエントの相補性決定領域（ＣＤＲ
）が、マウス、ラット、ヤギなどのヒト以外の種のＣＤＲ（ドナー抗体）に由来
する所望の特異性、親和性及び容量を持つ残基で置換されている。ある場合は、
ヒト免疫グロブリンのＦｖＦＲ枠残基が対応する非ヒト残基で置換される。さら
に、ヒト化抗体は、レシピエント抗体にも、移植されるＣＤＲ又は枠配列にも見
られない残基を含んでもよい。これらの修飾は、抗体の性能をさらに精密かつ最
適化するために施される。一般にヒト化抗体は、ＣＤＲ領域の全て又は実質上全
てが非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、ＦＲ領域の全て又は実質上全てがヒ
ト免疫グロブリン共通配列のものである少なくとも１つ、典型的には２つの可変
ドメインの実質的に全部を含有するであろう。また、最適なヒト化抗体は、免疫
グロブリン定常領域（Ｆｃ）、典型的にはヒト免疫グロブリンのものの少なくと
も一部も含有するであろう。さらなる詳細については、Jones等, Nature 321: 5
22 -525 (1986)；Reichmann等, Nature 332: 323-329 (1988)；Presta, Curr. O
p. struct. Biol. 2: 593 -596 (1992)を参照のこと。ヒト化抗体は、抗体の抗
原結合領域が、関心のある抗原でマカクザルを免疫化することにより生産された
抗体から由来するプリマタイズしたPRIMATIZED(商品名)抗体を含む。
【００７５】 「一本鎖Ｆｖ」又は「ｓＦｖ」抗体断片は、抗体のＶＨ及びＶＬドメインを含
む抗体断片を含み、これらのドメインは単一のポリペプチド鎖に存在する。好ま
しくは、ＦｖポリペプチドはＶＨ及びＶＬドメイン間にポリペプチドリンカーを
更に含み、それはｓＦＶが抗原結合に望まれる構造を形成するのを可能にする。
ｓＦｖの概説については、The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol.
113, Rosenburg及びMoore編, Springer-Verlag, New York, pp. 269-315 (1994)
のPluckthunを参照のこと。 「ダイアボディ」なる用語は、二つの抗原結合部位を持つ小さい抗体断片を指
し、その断片は同一のポリペプチド鎖(ＶＨ−ＶＬ)内で軽鎖可変ドメイン(ＶＬ)
に重鎖可変ドメイン(ＶＨ)が結合している。非常に短いために同一鎖上で二つの
ドメインの対形成を不可能にするリンカーを使用して、ドメインを他の鎖の相補
ドメインと強制的に対形成させ、二つの抗原結合部位を形成する。ダイアボディ
ーは、例えば、ＥＰ４０４０９７；ＷＯ９３／１１１６１；及びHollingerら, P
roc.Natl.Acad.Sci. USA 90:6444-6448 (1993)に更に詳細に記載されている。 「単離された」抗体とは、その自然環境の成分から同定され分離され又は回収
されたものを意味する。その自然環境の狭雑成分とは、抗体の診断又は治療への
使用を妨害する物質であり、酵素、ホルモン、及び他の非タンパク質様溶質が含
まれる。好ましい実施態様において、抗体は、(１)ローリー(Lowry)法によって
決定した場合９５重量％以上の、最も好ましくは９９重量％の抗体まで、（２）
スピニングカップシークエネーターを使用することにより、少なくとも１５のＮ
末端あるいは内部アミノ酸配列の残基を得るのに充分な程度まで、あるいは(３)
非還元あるいは還元条件下でのＳＤＳ-ＰＡＧＥを行い、クーマシーブルーある
いは好ましくは銀染色によって、均一になるまで精製される。単離された抗体に
は、組換え細胞内のインサイツの抗体が含まれるが、これは抗体の自然環境の少
なくとも１つの成分が存在しないからである。しかしながら、通常は、単離され
た抗体は少なくとも１つの精製工程により調製される。
【００７６】 「標識」という語は、ここで用いられる場合、「標識化」抗体を作製するため
に、抗体に直接的又は間接的に結合させる化合物又は組成物を意味する。標識は
それ自身によって検出可能でもよく（例えば、放射性同位体標識又は蛍光標識）
、あるいは、酵素標識の場合には、検出可能な基質化合物又は組成物の化学的変
換を触媒してもよい。検出可能な標識を提供しうる放射性ヌクレオチドは、例え
ば、Ｉ-１３１、Ｉ-１２３、Ｉ-１２５、Ｙ-９０、Ｒｅ-１８８、Ｒｅ-１８６、
Ａｔ-２１１、Ｃｕ-６７、Ｂｉ-２１２、及びＰｄ-１０９を含む。標識は、毒素
のような非検出性の物質でもよい。 「固相」とは、本発明の抗体が接着できる非水性マトリクスを意味する。ここ
に包含される固相の例は、部分的又は全体的にガラス（例えば、径の調整された
ガラス）、ポリサッカリド（例えばアガロース）、ポリアクリルアミド、ポリス
チレン、ポリビニルアルコール及びシリコーンで形成されたものを含む。或る実
施態様では、前後関係に応じて、固相はアッセイ用プレートのウェル；その他で
は精製用カラム（例えばアフィニティクロマトグラフィカラム）を含むことがで
きる。また、この用語は、米国特許第4,275,149号に記載されたような別々の粒
子の不連続な固体相も含む。 「リポソーム」は、哺乳動物への薬物（ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲ
Ｏ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３
４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲ
Ｏ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０
７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリ
ペプチド又はそれらに対する抗体、場合によっては化学治療薬）輸送に有用な、
脂質、リン脂質及び／又は界面活性剤を含む種々のタイプの小胞体である。リポ
ソームの成分は、通常は細胞膜の脂質配向に類似した２層構造に配列される。 ここで用いる「イムノアドヘシン」という用語は、免疫グロブリン定常ドメイ
ンのエフェクター機能を持つ異種タンパク質（「アドヘシン」）の結合特異性を
付与した抗体様分子を指す。構造的には、イムノアドヘシンは抗体の抗原認識及
び結合部位以外の所望の結合特異性を持つアミノ酸配列（即ち「異種」）と免疫
グロブリン定常ドメイン配列との融合物である。イムノアドヘシン分子のアドへ
シン部分は、典型的には少なくともレセプター又はリガンドの結合部位を含む近
接アミノ酸配列である。イムノアドヘシンの免疫グロブリン定常ドメイン配列は
、ＩｇＧ-１、ＩｇＧ-２、ＩｇＧ-３、又はＩｇＧ-４サブタイプ、ＩｇＡ（Ｉｇ
Ａ-１及びＩｇＡ-２を含む）、ＩｇＥ、ＩｇＤ又はＩｇＭなどの任意の免疫グロ
ブリンから得ることができる。
【００７７】 ＩＩ. 本発明の組成物と方法 Ａ．完全長ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５
、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ
３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４
、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ
１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２ポリペプチド 本発明は、本出願においてＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２と称されるポリペ
プチドをコードする、新規に同定され単離されたヌクレオチド配列を提供する。
特に、以下の実施例で更に詳細に開示するように、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６
９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲ
Ｏ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９
３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲ
Ｏ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２
６２ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。異なる発現ラウンド
で生成されたタンパク質は異なるＰＲＯ番号が与えられるが、ＵＮＱ番号は任意
の与えられたＤＮＡ及びコードされたタンパク質に独特であり変化しない。しか
しながら、単純化のために、本明細書では、ここに開示される核酸配列によりコ
ードされるタンパク質並びに前述のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４
１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、Ｐ
ＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３
０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、Ｐ
ＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２の定義に含
まれる更なる天然相同体及び変異体は、それらの起源又は調製方法に関わらず「
ＰＲＯ３８１」、「ＰＲＯ１２６９」、「ＰＲＯ１４１０」、「ＰＲＯ１７５５
」、「ＰＲＯ１７８０」、「ＰＲＯ１７８８」、「ＰＲＯ３４３４」、「ＰＲＯ
１９２７」、「ＰＲＯ３５６７」、「ＰＲＯ１２９５」、「ＰＲＯ１２９３」、
「ＰＲＯ１３０３」、「ＰＲＯ４３４４」、「ＰＲＯ４３５４」、「ＰＲＯ４３
９７」、「ＰＲＯ４４０７」、「ＰＲＯ１５５５」、「ＰＲＯ１０９６」、「Ｐ
ＲＯ２０３８」又は「ＰＲＯ２２６２」と呼ばれる。 下記の実施例に開示するように、ｃＤＮＡクローンは、既知のＰＲＯ１０９６
、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２を除いて、ＡＴＣＣに寄託されている。ク
ローンの実際のヌクレオチド配列は、この分野での日常的方法を用いて寄託され
たクローンを配列決定することにより当業者により容易に決定される。ここに記
載したＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲ
Ｏ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６
７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲ
Ｏ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９
６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド及びコード化核酸について
、本出願人は、現時点で入手可能な配列情報で最も同定可能なリーディングフレ
ームがどれと考えられるかを特定した。
【００７８】 Ｂ．ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲ
Ｏ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６
７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲ
Ｏ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９
６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２変異体 ここに記載した完全長天然配列ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１
０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲ
Ｏ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０
３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲ
Ｏ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２ポリペプチド
に加えて、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、
ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３
５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、
ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１
０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２変異体も調製できると考えられる。
ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７
８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、Ｐ
ＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３
５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、Ｐ
ＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２変異体は、公知のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６
９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲ
Ｏ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９
３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲ
Ｏ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２
６２ＤＮＡに適当なヌクレオチド変化を導入することにより、及び／又は所望の
ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７
８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、Ｐ
ＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３
５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、Ｐ
ＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２ポリペプチドを合成することにより調製できる
。当業者は、適切なアミノ酸変化がＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４
１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、Ｐ
ＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３
０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、Ｐ
ＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２ポリペプチ
ドの翻訳後プロセスを変えうること、例えばグリコシル化部位の数の変化又は膜
固着特性の改変を理解するであろう。 天然完全長配列ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７
５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、Ｐ
ＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３
４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、Ｐ
ＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２もしくは、ここに記載したＰ
ＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８
０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲ
Ｏ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５
４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲ
Ｏ２０３８又はＰＲＯ２２６２の種々のドメインにおける変異は、例えば、米国
特許第5,364,934号に記載されている保存的及び非保存的変異についての任意の
技術及び指針を用いてなすことができる。変異は、結果として天然配列ＰＲＯ３
８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、Ｐ
ＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２
９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、Ｐ
ＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０
３８又はＰＲＯ２２６２と比較してＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４
１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、Ｐ
ＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３
０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、Ｐ
ＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２のアミノ酸
配列が変化するようなＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２をコードする一又は複数
のコドンの置換、欠失又は挿入であってよい。場合によっては、変異は少なくと
も１つのアミノ酸のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の一又は複数のドメインの
任意の他のアミノ酸による置換である。いずれのアミノ酸残基が所望の活性に悪
影響を与えることなく挿入、置換又は欠失されるかの指針は、ＰＲＯ３８１、Ｐ
ＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７
８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、Ｐ
ＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３
９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又は
ＰＲＯ２２６２の配列を相同性の知られたタンパク質分子の配列と比較し、相同
性の高い領域内でなされるアミノ酸配列変化を最小にすることによって見出され
る。アミノ酸置換は、一のアミノ酸を類似した構造又は化学特性を持つ他のアミ
ノ酸で置換した結果、例えばロイシンのセリンでの置換、即ち保存的アミノ酸置
換とすることができる。挿入及び欠失は、場合によっては１から５のアミノ酸の
範囲内とすることができる。許容される変異は、配列においてアミノ酸の挿入、
欠失又は置換を系統的に作成し、得られた変異体を完全長又は成熟天然配列によ
って発揮される活性について試験することにより決定される。
【００７９】 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２ポリペプチドの断片がここに提供される。こ
のような断片はＮ-末端又はＣ-末端で切断されていてもよいし、例えば完全長又
は天然タンパク質と比較した場合に内部残基を欠いていてもよい。或る種の断片
はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの所望の生物活性に対して必須
ではないアミノ酸残基を欠く。 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２断片は多くの一般的な方法の任意のものによ
って調製することができる。所望のペプチド断片を化学的に合成してもよい。他
のアプローチ法は、酵素消化により、例えば特定のアミノ酸残基により定まる部
位でタンパク質を切断することが知られている酵素でタンパク質を処理するか、
適当な制限酵素でＤＮＡを消化させることによりＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９
、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ
３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３
、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ
４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６
２断片を産生し、所望の断片を単離することを含む。さらに他の好適な技術は、
ポリメラーゼ連鎖反応法(ＰＣＲ)により、所望のポリペプチド断片をコードする
ＤＮＡ断片を単離し増幅することを含む。ＤＮＡ断片の所望の末端を定めるオリ
ゴヌクレオチドを、ＰＣＲにおいて５'及び３'プライマーとして使用する。好ま
しくは、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、Ｐ
ＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５
６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、Ｐ
ＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０
９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド断片は、ＰＲＯ３８１、
ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１
７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、
ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４
３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又
はＰＲＯ２２６２ポリペプチドと少なくとも１つの生物学的及び／又は免疫学的
活性を共有する。 特別の実施態様では、対象とする保存的置換を、好ましい置換という見出しで
表３に示す。このような置換が生物学的活性の変化をもたらす場合、表３に例示
的置換と名前を付け、又は以下にアミノ酸分類を参照して更に記載するような、
より大幅な変化が導入され生成物がスクリーニングされる。
【００８０】
【００８１】 ポリペプチドの機能及び免疫学的同一性の実質的な修飾は、（ａ）置換領域の
ポリペプチド骨格の構造、例えばシート又はへリックス構造、（ｂ）標的部位の
電荷又は疎水性、又は（ｃ）側鎖の嵩を維持しながら、それらの効果において有
意に異なる置換基を選択することにより達成される。天然に生じる残基は共通の
側鎖特性に基づいてグループに分けられる： （１）疎水性：norleucine, met ala, val, leu, ile; （２）中性の親水性：cys, ser, thr; （３）酸性：asp, glu; （４）塩基性：asn, gln, his, lys, arg; （５）鎖配向に影響する残基：gly, pro; 及び （６）芳香族：trp, tyr, phe 非保存的置換は、これらの分類の一つのメンバーを他の分類のメンバーに交換
することを必要とするであろう。また、そのように置換された残基は、保存的置
換部位、より好ましくは残された（非保存）部位に導入されうる。
【００８２】 変異は、オリゴヌクレオチド媒介（部位特異的）突然変異誘発、アラニンスキ
ャンニング、及びＰＣＲ突然変異誘発等のこの分野で周知の技術を用いてなすこ
とができる。部位特異的突然変異誘発［Carter等, Nucl. Acids Res., 13: 4331
(1986); Zoller等, Nucl. Acids Res., 10: 6487 (1987)］、カセット突然変異
誘発［Wells等, Gene, 34: 315 (1985)］、制限的選択突然変異誘発［Wells等,
Philos. Trans. R. Soc. London SerA, 317: 415 (1986)］又は他のこの分野で
知られた技術をクローニングしたＤＮＡに実施して、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２
６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、Ｐ
ＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２
９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、Ｐ
ＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２
２６２変異体ＤＮＡを作成することもできる。 また、隣接配列に沿って一又は複数のアミノ酸を同定するのにスキャンニング
アミノ酸分析を用いることができる。中でも好ましいスキャンニングアミノ酸は
、比較的小さく、中性のアミノ酸である。そのようなアミノ酸は、アラニン、グ
リシン、セリン、及びシステインを含む。アラニンは、ベータ炭素を越える側鎖
を排除し変異体の主鎖構造を変化させにくいので、この群の中で典型的に好まし
いスキャンニングアミノ酸である［Cunningham及びWells, Science, 244: 1081-
1085 (1989)］。また、アラニンは最もありふれたアミノ酸であるため典型的に
は好ましい。さらに、それは埋もれた及び露出した位置の両方に見られることが
多い［Creighton, The Proteins, (W.H. Freeman & Co., N.Y.); Chothia, J. M
ol. Biol., 150: 1 (1976)］。アラニン置換が十分な量の変異体を生じない場合
は、アイソテリック(isoteric)アミノ酸を用いることができる。
【００８３】 Ｃ．ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲ
Ｏ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６
７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲ
Ｏ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９
６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２の修飾 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２の共有結合的修飾は本発明の範囲内に含まれ
る。共有結合的修飾の一型は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの
標的とするアミノ酸残基を、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の選択された側鎖
又はＮ-又はＣ-末端残基と反応できる有機誘導体化試薬と反応させることを含む
。二官能性試薬での誘導体化が、例えばＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ
１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４
、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ
１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７
、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２を水不
溶性支持体マトリクスあるいは抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−Ｐ
ＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８８
、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ
１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、抗
−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１５
５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体の
精製方法に用いるため、又はその逆に用いるための表面に架橋させるのに有用で
ある。通常用いられる架橋剤は、例えば、１，１-ビス（ジアゾアセチル）-２-
フェニルエタン、グルタルアルデヒド、Ｎ-ヒドロキシスクシンイミドエステル
、例えば４-アジドサリチル酸、３，３’-ジチオビス（スクシンイミジルプロピ
オネート）等のジスクシンイミジルエステルを含むホモ二官能性イミドエステル
、ビス-Ｎ-マレイミド-１，８-オクタン等の二官能性マレイミド、及びメチル-
３-[(ｐ-アジドフェニル)-ジチオ]プロピオイミダート等の試薬を含む。 他の修飾は、グルタミニル及びアスパラギニル残基の各々対応するグルタミル
及びアスパルチルへの脱アミノ化、プロリン及びリシンのヒドロキシル化、セリ
ル又はトレオニル残基のヒドロキシル基のリン酸化、リシン、アルギニン、及び
ヒスチジン側鎖のα-アミノ基のメチル化[T.E. Creighton, Proteins: Structur
e and Molecular Properties, W.H. Freeman & Co., San Francisco, pp.79-86
(1983)]、Ｎ-末端アミンのアセチル化、及び任意のＣ末端カルボキシル基のアミ
ド化を含む。
【００８４】 本発明の範囲内に含まれるＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの共
有結合的修飾の他の型は、ポリペプチドの天然グリコシル化パターンを変更する
ことを含む。「天然グリコシル化パターンの変更」とは、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ
１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８
、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ
１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７
、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲ
Ｏ２２６２に見出される１つ又は複数の炭水化物部分の欠失（存在するグリコシ
ル化部位の除去又は化学的及び／又は酵素的手段によるグリコシル化の削除によ
る）、及び／又はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７
５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、Ｐ
ＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３
４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、Ｐ
ＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２に存在しない１つ又は複数の
グリコシル化部位の付加を意味する。さらに、この語句は、存在する種々の炭水
化物部分の性質及び比率の変化を含む、天然タンパク質のグリコシル化の定性的
変化を含む。
【００８５】 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドへのグリコシル化部位の付加は
、アミノ酸配列の変更によって達成されうる。この変更は、例えば、ＰＲＯ３８
１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲ
Ｏ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９
５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲ
Ｏ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３
８又はＰＲＯ２２６２への一又は複数のセリン又はスレオニン残基の付加、又は
これによる置換によってもなされる(Ｏ-結合グリコシル化部位の場合)。場合に
よっては、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、
ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３
５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、
ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１
０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２アミノ酸配列はＤＮＡレベルでの変
化によって、特に所望のアミノ酸に翻訳されるコドンが産生されるように予め選
んだ塩基でＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、
ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３
５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、
ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１
０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドをコードしているＤＮ
Ａを突然変異させることによって変更される。 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド上の炭水化物部分の数を増加さ
せる他の手段は、ポリペプチドへのグリコシドの化学的又は酵素的結合による。
これらの方法は1987年9月11日公開の国際特許出願第WO 87/05330号及びAplin及
びWriston, CRC Crit. Rev. Biochem., pp259-306 (1981)に記載されている。 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド上に存在する炭水化物部分の除
去は、化学的又は酵素的あるいはグリコシル化の標的となるアミノ酸残基をコー
ドするコドンの突然変異的置換によりなされる。例えば、化学的脱グリコシル化
技術は、この分野で知られており、例えば、Hakimuddin等, Arch. Biochem Biop
hys., 259:52 (1987)及びEdge等, Anal. Biochem., 118:131 (1981)により記載
されている。ポリペプチド上の炭水化物部分の酵素的開裂は、Thotakura等, Met
h. Enzymol., 138:350 (1987)に記載されているように種々のエンド-及びエキソ
-グリコシダーゼを使用して達成することができる。
【００８６】 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の共有結合的修飾の他の型は、ＰＲＯ３８１
、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ
１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５
、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ
４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８
又はＰＲＯ２２６２ポリぺプチドの、種々の非タンパク質様ポリマー、例えばポ
リエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、又はポリオキシアルキレン
の一つへの、米国特許第4,640,835号；第4,496,689号；第4,301,144号；第4,670
,417号；第4,791,192号又は第4,179,337号に記載された方法での結合を含む。 また、本発明のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７
５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、Ｐ
ＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３
４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、Ｐ
ＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２は、他の異種ポリペプチド又
はアミノ酸配列に融合したＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、Ｐ
ＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９
２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、Ｐ
ＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５
５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２を含むキメラ分子を
形成する方法で修飾してもよい。
【００８７】 一実施態様では、このようなキメラ分子は、抗-タグ抗体が選択的に結合でき
るエピトープを提供するタグポリペプチドとＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２と
の融合を含む。エピトープタグは、一般的にはＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、
ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３
４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、
ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４
４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２
のアミノ-又はカルボキシル-末端に位置する。このようなＰＲＯ３８１、ＰＲＯ
１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８
、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ
１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７
、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲ
Ｏ２２６２のエピトープタグ形態の存在は、タグポリペプチドに対する抗体を用
いて検出することができる。また、エピトープタグの提供は、抗タグ抗体又はエ
ピトープタグに結合する他の型の親和性マトリクスを用いたアフィニティ精製に
よってＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲ
Ｏ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６
７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲ
Ｏ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９
６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２を容易に精製できるようにする。種々の
タグポリペプチド及びそれら各々の抗体はこの分野で良く知られている。例とし
ては、ポリ-ヒスチジン（poly-his）又はポリ-ヒスチジン-グリシン（poly-his-
gly）タグ；flu HAタグポリペプチド及びその抗体１２ＣＡ５［Field等, Mol. C
ell. Biol., 8:2159-2165 (1988)］；c-mycタグ及びそれに対する８Ｆ９、３Ｃ
７、６Ｅ１０、Ｇ４、Ｂ７及び９Ｅ１０抗体［Evan等, Molecular and Cellular
Biology, 5:3610-3616 (1985)］；及び単純ヘルペスウイルス糖タンパク質Ｄ（
gD）タグ及びその抗体［Paborsky等, Protein Engineering, 3(6):547-553 (199
0)］を含む。他のタグポリペプチドは、フラッグ(Flag)-ペプチド［Hopp等, Bio
Technology, 6:1204-1210 (1988)］；ＫＴ３エピトープペプチド［Martin等, Sc
ience, 255:192-194 (1992)］；α-チューブリンエピトープペプチド［Skinner
等, J. Biol. Chem., 266:15163-15166 (1991)］；及びＴ７遺伝子１０タンパク
質ペプチドタグ［Lutz-Freyermuth等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87:6393-6
397 (1990)］を含む。 これに換わる実施態様では、キメラ分子はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の
免疫グロブリン又は免疫グロブリンの特定領域との融合体を含んでもよい。キメ
ラ分子の二価形態（「イムノアドヘシン」とも呼ばれる）については、そのよう
な融合体はＩｇＧ分子のＦｃ領域であり得る。Ｉｇ融合体は、好ましくはＩｇ分
子内の少なくとも１つの可変領域に換えてＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲ
Ｏ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３
４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲ
Ｏ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０
７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリ
ペプチドの可溶化（膜貫通ドメイン欠失又は不活性化）形態を含む。特に好まし
い実施態様では、免疫グロブリン融合体は、ＩｇＧ１分子のヒンジ、ＣＨ２及び
ＣＨ３、又はヒンジ、ＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３領域を含む。免疫グロブリン融
合体の製造については、1995年6月27日発行の米国特許第5,428,130号を参照のこ
と。
【００８８】 Ｄ．ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲ
Ｏ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６
７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲ
Ｏ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９
６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２ポリペプチドの調製 以下の説明は、主として、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２核酸を含むベクタ
ーで形質転換又は形質移入された細胞を培養することによりＰＲＯ３８１、ＰＲ
Ｏ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８
８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲ
Ｏ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９
７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰ
ＲＯ２２６２を生産する方法に関する。もちろん、当該分野において良く知られ
ている他の方法を用いてＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲ
Ｏ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２
７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲ
Ｏ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５
５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２を調製することもでき
ると考えられる。例えば、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、Ｐ
ＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９
２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、Ｐ
ＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５
５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２配列、又はその一部
は、固相技術を用いた直接ペプチド合成によって生産してもよい［例えば、Stew
art等, Solid-Phase Peptide Synthesis, W.H. Freeman Co., San Francisco, C
A (1969)；Merrifield, J. Am. Chem. Soc., 85:2149-2154 (1963)参照］。手動
技術又は自動によるインビトロタンパク質合成を行ってもよい。自動合成は、例
えば、アプライド・バイオシステムズ・ペプチド合成機（Foster City, CA）を
用いて、製造者の指示により実施してもよい。ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、
ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３
４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、
ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４
４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２
の種々の部分を、別々に化学的に合成し、化学的又は酵素的方法を用いて結合さ
せてＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ
１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７
、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ
４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６
、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２を製造してもよい。
【００８９】 ａ．ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲ
Ｏ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６
７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲ
Ｏ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９
６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドをコードするＤＮＡの単離 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２をコードするＤＮＡは、ＰＲＯ３８１、ＰＲ
Ｏ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８
８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲ
Ｏ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９
７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰ
ＲＯ２２６２ｍＲＮＡを保有し、それを検出可能なレベルで発現すると考えられ
る組織から調製されたｃＤＮＡライブラリから得ることができる。従って、ヒト
ＰＲＯ３８１、ヒトＰＲＯ１２６９、ヒトＰＲＯ１４１０、ヒトＰＲＯ１７５５
、ヒトＰＲＯ１７８０、ヒトＰＲＯ１７８８、ヒトＰＲＯ３４３４、ヒトＰＲＯ
１９２７、ヒトＰＲＯ３５６７、ヒトＰＲＯ１２９５、ヒトＰＲＯ１２９３、ヒ
トＰＲＯ１３０３、ヒトＰＲＯ４３４４、ヒトＰＲＯ４３５４、ヒトＰＲＯ４３
９７、ヒトＰＲＯ４４０７、ヒトＰＲＯ１５５５、ヒトＰＲＯ１０９６、ヒトＰ
ＲＯ２０３８又はヒトＰＲＯ２２６２ＤＮＡは、実施例に記載されるように、ヒ
トの組織から調製されたｃＤＮＡライブラリから簡便に得ることができる。また
ＰＲＯ３８１-、ＰＲＯ１２６９-、ＰＲＯ１４１０-、ＰＲＯ１７５５-、ＰＲＯ
１７８０-、ＰＲＯ１７８８-、ＰＲＯ３４３４-、ＰＲＯ１９２７-、ＰＲＯ３５
６７-、ＰＲＯ１２９５-、ＰＲＯ１２９３-、ＰＲＯ１３０３-、ＰＲＯ４３４４
-、ＰＲＯ４３５４-、ＰＲＯ４３９７-、ＰＲＯ４４０７-、ＰＲＯ１５５５-、
ＰＲＯ１０９６-、ＰＲＯ２０３８-又はＰＲＯ２２６２-コード化遺伝子は、ゲ
ノムライブラリから又はオリゴヌクレオチド合成により得てもよい。 ライブラリは、対象となる遺伝子あるいはその遺伝子によりコードされるタン
パク質を同定するために設計された(ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１
４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、
ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１
３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、
ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプ
チドに対する抗体又は少なくとも約２０−８０塩基のオリゴヌクレオチド等の)
プローブによってスクリーニングできる。選択されたプローブによるｃＤＮＡ又
はゲノムライブラリのスクリーニングは、例えばSambrook等, Molecular Clonin
g: A Laboratory Manual(New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 19
89)に記載されている標準的な手順を使用して実施することができる。ＰＲＯ３
８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、Ｐ
ＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２
９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、Ｐ
ＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０
３８又はＰＲＯ２２６２をコードする遺伝子を単離する他の方法はＰＣＲ法を使
用するものである［Sambrook等,上掲；Dieffenbach等, PCR Primer：A Laborato
ry Manual(Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1995)］。
【００９０】 下記の実施例は、ｃＤＮＡライブラリのスクリーニング技術を記載している。
プローブとして選択されたオリゴヌクレオチド配列は、充分な長さで、疑陽性が
最小化されるよう充分に明瞭でなければならない。オリゴヌクレオチドは、スク
リーニングされるライブラリ内のＤＮＡとのハイブリッド形成時に検出可能であ
るように標識されていることが好ましい。標識化の方法は当該分野において良く
知られており、３２Ｐ標識されたＡＴＰのような放射線標識、ビオチン化あるい
は酵素標識の使用が含まれる。中程度の緊縮性及び高度の緊縮性を含むハイブリ
ッド形成条件は、上掲のSambrook等に与えられている。 このようなライブラリースクリーニング法において同定された配列は、GenBan
k等の公共データベース又は個人の配列データベースに寄託され公衆に利用可能
とされている周知の配列と比較及びアラインメントすることができる。分子の所
定領域内又は完全長に渡っての（アミノ酸又は核酸レベルのいずれかでの）配列
同一性は、この分野で知られここに記載する方法を用いて決定できる。 タンパク質コード化配列を有する核酸は、初めてここで開示された推定アミノ
酸配列を使用し、また必要ならば、ｃＤＮＡに逆転写されなかったｍＲＮＡの生
成中間体及び先駆物質を検出する上掲のSambrook等に記述されているような従来
のプライマー伸展法を使用することにより選択したｃＤＮＡ又はゲノムライブラ
リのスクリーニングにより得られる。
【００９１】 ｂ．宿主細胞の選択及び形質転換 宿主細胞を、ここに記載したＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２生産のための発
現又はクローニングベクターで形質移入又は形質転換し、プロモーターを誘導し
、形質転換体を選択し、又は所望の配列をコードする遺伝子を増幅するために適
当に改変された常套的栄養培地で培養する。培養条件、例えば培地、温度、ｐＨ
等々は、過度の実験をすることなく当業者が選ぶことができる。一般に、細胞培
養の生産性を最大にするための原理、プロトコール、及び実用技術は、Mammalia
n Cell Biotechnology: a Practical Approach, M.Butler編 (IRL Press, 1991)
及びSambrook等, 上掲に見出すことができる。 原核生物細胞形質移入及び真核生物細胞形質移入の方法、例えば、ＣａＣｌ２ 、ＣａＰＯ４、リポソーム媒介及びエレクトロポレーションは当業者に知られて
いる。用いられる宿主細胞に応じて、その細胞に対して適した標準的な方法を用
いて形質転換はなされる。前掲のSambrook等に記載された塩化カルシウムを用い
るカルシウム処理又はエレクトロポレーションが、原核生物に対して用いられる
。アグロバクテリウム・トゥメファシエンスによる感染が、Shaw等, Gene, 23:3
15 (1983)及び1989年6月29日公開のWO 89/05859に記載されているように、或る
種の植物細胞の形質転換に用いられる。このような細胞壁のない哺乳動物細胞に
対しては、Graham及びvan der Eb, Virology, 52:456-457 (1978)のリン酸カル
シウム沈降法が好ましい。哺乳動物細胞の宿主系形質転換の一般的な態様は米国
特許第4,399,216号に記載されている。酵母菌中への形質転換は、典型的には、V
an Solingen等, J. Bact., 130:946 (1977)及びHsiao等, Proc. Natl. Acad. Sc
i. USA, 76:3829 (1979)の方法に従って実施される。しかしながら、ＤＮＡを細
胞中に導入する他の方法、例えば、核マイクロインジェクション、エレクトロポ
レーション、無傷の細胞、又はポリカチオン、例えばポリブレン、ポリオルニチ
ン等を用いる細菌プロトプラスト融合法もまた用いることもできる。哺乳動物細
胞を形質転換するための種々の技術については、Keown等, Methods in Enzymolo
gy, 185:527-537 (1990)及び Mansour等, Nature, 336:348-352 (1988)を参照の
こと。
【００９２】 ここに記載のベクターにおいてＤＮＡをクローン化あるいは発現するために適
切な宿主細胞は、原核生物、酵母菌、又は高等真核生物細胞である。適切な原核
生物は、限定するものではないが、真正細菌、例えばグラム陰性又はグラム陽性
生物体、例えば大腸菌のような腸内細菌科を含む。種々の大腸菌株、例えば、大
腸菌Ｋ１２株ＭＭ２９４（ATCC31,446）；大腸菌Ｘ１７７６（ATCC31,537）；大
腸菌株Ｗ３１１０（ATCC27,325）及びＫ５７７２（ATCC53,635）が公衆に利用可
能である。他の好ましい原核生物宿主細胞は、例えば、大腸菌(Escherichia)、
例えば大腸菌(E. coli)、エンテロバクター、エルウィニア(Erwinia)、クレブシ
エラ、プロテウス、サルモネラ、例えばネズミチフス菌、セラチア、例えば霊菌
、及び赤痢菌等の腸内細菌科；枯草菌及びビー・リシェニフォルミス(B. lichen
iformis)等の桿菌（例えば、1989年4月12日に発行されたDD 266,710に開示され
たビー・リシェニフォルミス４１Ｐ）；緑膿菌等のシュードモナス；及びストレ
プトマイセスである。これらの例は例示的であり限定するものではない。大腸菌
株Ｗ３１１０は、組み換えＤＮＡ生産発酵の共通の宿主株であるので好ましい宿
主又は親宿主である。好ましくは、宿主細胞は最小量のタンパク質分解酵素を分
泌する。例えば、株Ｗ３１１０は宿主に内因性のタンパク質をコードする遺伝子
において遺伝子変異をもたらすために修飾してもよく、そのような宿主の例は、
完全な遺伝子型ｔｏｎＡを有する大腸菌Ｗ３１１０株１Ａ２；完全な遺伝子型ｔ
ｏｎＡ ｐｔｒ３を有する大腸菌Ｗ３１１０株９Ｅ４；完全な遺伝子型ｔｏｎＡ
ｐｔｒ３ ｐｈｏＡ Ｅ１５（ａｒｇＦ-ｌａｃ）１６９ ｄｅｇＰ ｏｍｐＴ ｋａ
ｎｒを有する大腸菌Ｗ３１１０株２７Ｃ７(ATCC 55,244)；完全な遺伝子型ｔｏ
ｎＡ ｐｔｒ３ ｐｈｏＡ Ｅ１５（ａｒｇＦ-ｌａｃ）１６９ ｄｅｇＰ ｏｍｐＴ
ｋａｎｒを有する大腸菌Ｗ３１１０株３７Ｄ６；株３７Ｄ６の非カナマイシン
耐性ｄｅｇＰ欠失変異体である大腸菌Ｗ３１１０株４０Ｂ４；及び1990年8月7日
に発行された米国特許第4,946,783号に記載された変異体周辺質プロテアーゼを
有する大腸菌株を含む。あるいは、インビトロのクローニング法、例えばＰＣＲ
又は他の核酸ポリメラーゼ反応が好ましい。
【００９３】 原核生物に加えて、糸状菌又は酵母菌のような真核微生物は、ＰＲＯ３８１-
、ＰＲＯ１２６９-、ＰＲＯ１４１０-、ＰＲＯ１７５５-、ＰＲＯ１７８０-、Ｐ
ＲＯ１７８８-、ＰＲＯ３４３４-、ＰＲＯ１９２７-、ＰＲＯ３５６７-、ＰＲＯ
１２９５-、ＰＲＯ１２９３-、ＰＲＯ１３０３-、ＰＲＯ４３４４-、ＰＲＯ４３
５４-、ＰＲＯ４３９７-、ＰＲＯ４４０７-、ＰＲＯ１５５５-、ＰＲＯ１０９６
-、ＰＲＯ２０３８-又はＰＲＯ２２６２-コード化ベクターのための適切なクロ
ーン化又は発現宿主である。サッカロミセス・セレヴィシアは、通常用いられる
下等真核生物宿主微生物である。他に、シゾサッカロミセスポンベ(Schizosacch
aromyces prombe)（Beach及びNurse, Nature, 290: 140 [1981]; 1985年5月2日
発行のEP 139,383）；クルベロミセスホスツ(Kluveromyces hosts)（米国特許第
4,943,529号; Fleer等, Bio/Technology, 9: 968-975 (1991)）、例えばケーラ
クチス(K. lactis)（MW98-8C, CBS683, CBS4574; Louvencourt等, J. Bacteriol
. 737 [1983]）、ケーフラギリス(K. fragilis)（ATCC 12,424）、ケーブルガリ
クス(K. bulgaricus)（ATCC 16,045）、ケーウィケラミイ(K. wickeramii)（ATC
C 24,178）、ケーワルチイ(K. waltii)（ATCC 56,500）、ケードロソフィラルム
(K. drosophilarum)（ATCC 36,906; Vanden Berg等, Bio/Technology, 8: 135 (
1990)）、ケーテモトレランス(K. themotolerans)及びケーマルキシアナス(K. m
arxianus)；ヤロウィア(yarrowia)（EP 402,226）；ピッチャパストリス(Pichia
pastoris)（EP 183,070; Sreekrishna等, J. Basic Microbiol, 28: 265-278 [
1988]）；カンジダ；トリコデルマレーシア(reesia)（EP 244,234）；アカパン
カビ（Case等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 76: 5259-5263 [1979]）；シュワ
ニオマイセス(Schwanniomyces)、例えばシュワニオマイセスオクシデンタリス(o
ccidentalis)（1990年10月31日発行のEP 394,538）；及び糸状真菌、例えば、ニ
ューロスポラ、ペニシリウム、トリポクラジウム(Tolypocladium)（1991年1月10
日発行のWO 91/00357）；及びコウジ菌宿主、例えば偽巣性コウジ菌（Ballance
等, Biochem. Biophys. Res. Commun., 112: 284-289 [1983]; Tilburn等, Gene
, 26: 205-221 [1983]; Yelton等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81: 1470-147
4 [1984]）及びクロカビ（Kelly及びHynes, EMBO J., 4: 475-479 [1985]）が含
まれる。ここで好ましいメチロトロピック(Methylotropic)酵母は、これらに限
られないが、ハンセヌラ(Hansenula)、カンジダ、クロエケラ(Kloeckera)、ピチ
ア(Pichia)、サッカロミセス、トルロプシス(Torulopsis)、及びロドトルラ(Rho
dotorula)からなる属から選択されるメタノールで成長可能な酵母を含む。この
酵母の分類の例示である特定の種のリストは、C. Anthony, The Biochemistry o
f Methylotrophs, 269 (1982)に記載されている。 グリコシル化されたＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の発現に適切な宿主細胞
は、多細胞生物から誘導される。無細胞の例としては、ショウジョウバエＳ２及
びスポドスペラＳｆ９等の昆虫細胞並びに植物細胞が含まれる。有用な哺乳動物
宿主細胞系の例は、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）及びＣＯＳ細胞を含
む。より詳細な例は、ＳＶ４０によって形質転換されたサル腎臓ＣＶ１株 (COS-
7, ATCC CRL 1651);ヒト胚腎臓株（293又は懸濁培養での増殖のためにサブクロ
ーン化された293細胞、Graham等, J. Gen Virol., 36:59 (1977)）;チャイニー
ズハムスター卵巣細胞／-ＤＨＦＲ(CHO), （Urlaub及びChasin, Proc. Natl. Ac
ad. Sci. USA, 77:4216 (1980)）；マウスのセルトリ細胞（TM4, Mather, Biol.
Reprod., 23:243-251 (1980)）；ヒト肺細胞 (W138, ATCC CCL 75)；ヒト肝細
胞 (Hep G2, HB 8065)；及びマウス乳房腫瘍細胞 (MMT 060562, ATTC CCL51)を
含む。適切な宿主細胞の選択は、この分野の技術常識内にある。
【００９４】 ｃ．複製可能なベクターの選択及び使用 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７
８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、Ｐ
ＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３
５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、Ｐ
ＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２をコードする核酸(例えば、ｃＤＮＡ又はゲノ
ムＤＮＡ)は、クローニング(ＤＮＡの増幅)又は発現のために複製可能なベクタ
ー内に挿入される。様々なベクターが公的に入手可能である。ベクターは、例え
ば、プラスミド、コスミド、ウイルス粒子、又はファージの形態とすることがで
きる。適切な核酸配列が、種々の手法によってベクターに挿入される。一般に、
ＤＮＡはこの分野で周知の技術を用いて適当な制限エンドヌクレアーゼ部位に挿
入される。ベクター成分としては、一般に、これらに制限されるものではないが
、一又は複数のシグナル配列、複製開始点、一又は複数のマーカー遺伝子、エン
ハンサーエレメント、プロモーター、及び転写終結配列を含む。これらの成分の
一又は複数を含む適当なベクターの作成には、当業者に知られた標準的なライゲ
ーション技術を用いる。 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２は直接組換え的に生産されるだけではなく、
シグナル配列あるいは成熟タンパク質あるいはポリペプチドのＮ末端に特異的切
断部位を有する他のポリペプチドである異種性ポリペプチドとの融合ペプチドと
しても生産される。一般に、シグナル配列はベクターの成分であるか、ベクター
に挿入されるＰＲＯ３８１-、ＰＲＯ１２６９-、ＰＲＯ１４１０-、ＰＲＯ１７
５５-、ＰＲＯ１７８０-、ＰＲＯ１７８８-、ＰＲＯ３４３４-、ＰＲＯ１９２７
-、ＰＲＯ３５６７-、ＰＲＯ１２９５-、ＰＲＯ１２９３-、ＰＲＯ１３０３-、
ＰＲＯ４３４４-、ＰＲＯ４３５４-、ＰＲＯ４３９７-、ＰＲＯ４４０７-、ＰＲ
Ｏ１５５５-、ＰＲＯ１０９６-、ＰＲＯ２０３８-又はＰＲＯ２２６２-コード化
ＤＮＡの一部である。シグナル配列は、例えばアルカリホスファターゼ、ペニシ
リナーゼ、ｌｐｐあるいは熱安定なエンテロトキシンIIリーダーの群から選択さ
れる原核生物シグナル配列であってよい。酵母の分泌に関しては、シグナル配列
は、例えば酵母インベルターゼリーダー、アルファ因子リーダー(酵母菌属(Sacc
haromyces)及びクルイベロマイシス(Kluyveromyces)α因子リーダーを含み、後
者は米国特許第5,010,182号に記載されている)、又は酸ホスフォターゼリーダー
、白体(C.albicans)グルコアミラーゼリーダー(1990年4月4日発行のEP 362,179)
、又は1990年11月15日に公開された国際特許出願第WO 90/13646号に記載されて
いるシグナルであり得る。哺乳動物細胞の発現においては、同一あるいは関連す
る種の分泌ポリペプチド由来のシグナル配列、ウイルス分泌リーダーのような他
の哺乳動物のシグナル配列をタンパク質の直接分泌に使用してもよい。
【００９５】 発現及びクローニングベクターは共に一又は複数の選択された宿主細胞におい
てベクターの複製を可能にする核酸配列を含む。そのような配列は多くの細菌、
酵母菌及びウイルスに対してよく知られている。プラスミドｐＢＲ３２２に由来
する複製開始点は大部分のグラム陰性細菌に好適であり、２μプラスミド開始点
は酵母菌に適しており、様々なウイルス開始点(ＳＶ４０、ポリオーマ、アデノ
ウイルス、ＶＳＶ又はＢＰＶ)は哺乳動物細胞におけるクローニングベクターに
有用である。 発現及びクローニングベクターは、典型的には、選べるマーカーとも称される
選択遺伝子を含む。典型的な選択遺伝子は、(a)アンピシリン、ネオマイシン、
メトトレキセートあるいはテトラサイクリンのような抗生物質あるいは他の毒素
に耐性を与え、(b)栄養要求性欠陥を補い、又は(c)例えばバシリに対する遺伝子
コードＤ-アラニンラセマーゼのような、複合培地から得られない重要な栄養素
を供給するタンパク質をコードする。 哺乳動物細胞に適切な選べるマーカーの他の例は、ＤＨＦＲあるいはチミジン
キナーゼのように、ＰＲＯ３８１-、ＰＲＯ１２６９-、ＰＲＯ１４１０-、ＰＲ
Ｏ１７５５-、ＰＲＯ１７８０-、ＰＲＯ１７８８-、ＰＲＯ３４３４-、ＰＲＯ１
９２７-、ＰＲＯ３５６７-、ＰＲＯ１２９５-、ＰＲＯ１２９３-、ＰＲＯ１３０
３-、ＰＲＯ４３４４-、ＰＲＯ４３５４-、ＰＲＯ４３９７-、ＰＲＯ４４０７-
、ＰＲＯ１５５５-、ＰＲＯ１０９６-、ＰＲＯ２０３８-又はＰＲＯ２２６２-コ
ード化核酸を取り込むことのできる細胞の同定を可能にするものである。野生型
ＤＨＦＲを用いた場合の好適な宿主細胞は、Urlaub 等により, Proc. Natl. Aca
d. Sci. USA, 77:4216 (1980)に記載されているようにして調製され増殖維持さ
れたＤＨＦＲ活性に欠陥のあるＣＨＯ細胞系である。酵母菌中での使用に好適な
選択遺伝子は酵母菌プラスミドＹＲｐ７に存在するｔｒｐ１遺伝子である［Stin
chcomb等, Nature, 282：39(1979)；Kingman等, Gene, 7：141(1979)；Tschempe
r等, Gene, 10：157(1980)］。ｔｒｐ１遺伝子は、例えば、ＡＴＣＣ第４４０７
６号あるいはＰＥＰ４-１のようなトリプトファン内で成長する能力を欠く酵母
菌の突然変異株に対する選択マーカーを提供する［Jones, Genetics, 85:12 (19
77)］。
【００９６】 発現及びクローニングベクターは、通常、ＰＲＯ３８１-、ＰＲＯ１２６９-、
ＰＲＯ１４１０-、ＰＲＯ１７５５-、ＰＲＯ１７８０-、ＰＲＯ１７８８-、ＰＲ
Ｏ３４３４-、ＰＲＯ１９２７-、ＰＲＯ３５６７-、ＰＲＯ１２９５-、ＰＲＯ１
２９３-、ＰＲＯ１３０３-、ＰＲＯ４３４４-、ＰＲＯ４３５４-、ＰＲＯ４３９
７-、ＰＲＯ４４０７-、ＰＲＯ１５５５-、ＰＲＯ１０９６-、ＰＲＯ２０３８-
又はＰＲＯ２２６２コード化核酸配列に作用可能に結合し、ｍＲＮＡ合成を制御
するプロモーターを含む。種々の可能な宿主細胞により認識される好適なプロモ
ーターが知られている。原核生物宿主での使用に好適なプロモーターはβ-ラク
タマーゼ及びラクトースプロモーター系［Cahng等, Nature, 275:615 (1978)；
Goeddel等, Nature, 281:544 (1979)］、アルカリホスファターゼ、トリプトフ
ァン(trp)プロモーター系［Goeddel, Nucleic Acids Res., 8:4057 (1980); EP
36,776］、及びハイブリッドプロモーター、例えばｔａｃプロモーター［deBoer
等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 80:21-25 (1983)］を含む。細菌系で使用す
るプロモータもまたＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２をコードするＤＮＡと作用
可能に結合したシャイン・ダルガーノ(S.D.)配列を有する。 酵母菌宿主と共に用いて好適なプロモーター配列の例としては、３-ホスホグ
リセラートキナーゼ［Hitzeman 等, J. Biol. Chem., 255:2073 (1980)］又は他
の糖分解酵素［Hess 等, J. Adv. Enzyme Reg., 7:149 (1968)；Holland, Bioch
emistry, 17：4900(1978)］、例えばエノラーゼ、グリセルアルデヒド-３-リン
酸デヒドロゲナーゼ、ヘキソキナーゼ、ピルビン酸デカルボキシラーゼ、ホスホ
フルクトキナーゼ、グルコース-６-リン酸イソメラーゼ、３-ホスホグリセレー
トムターゼ、ピルビン酸キナーゼ、トリオセリン酸イソメラーゼ、ホスホグルコ
ースイソメラーゼ、及びグルコキナーゼが含まれる。
【００９７】 他の酵母菌プロモーターとしては、成長条件によって転写が制御される付加的
効果を有する誘導可能なプロモーターであり、アルコールデヒドロゲナーゼ２、
イソチトクロムＣ、酸ホスファターゼ、窒素代謝と関連する分解性酵素、メタロ
チオネイン、グリセルアルデヒド-３-リン酸デヒドロゲナーゼ、及びマルトース
及びガラクトースの利用を支配する酵素のプロモーター領域がある。酵母菌での
発現に好適に用いられるベクターとプロモータはEP 73,657に更に記載されてい
る。 哺乳動物の宿主細胞におけるベクターからのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、
ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３
４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、
ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４
４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２
転写は、例えば、ポリオーマウィルス、伝染性上皮腫ウィルス(1989年7月5日公
開のUK 2,211,504)、アデノウィルス(例えばアデノウィルス２)、ウシ乳頭腫ウ
ィルス、トリ肉腫ウィルス、サイトメガロウィルス、レトロウィルス、Ｂ型肝炎
ウィルス及びサルウィルス４０(SV40)のようなウィルスのゲノムから得られるプ
ロモーター、異種性哺乳動物から得られるプロモーター、例えばアクチンプロモ
ーター又は免疫グロブリンプロモーター、及び熱衝撃プロモーターから得られる
プロモーターによって、このようなプロモーターが宿主細胞系に適合し得る限り
制御される。
【００９８】 より高等の真核生物によるＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２をコードするＤＮ
Ａの転写は、ベクター中にエンハンサー配列を挿入することによって増強され得
る。エンハンサーは、通常は約１０から３００塩基対で、プロモーターに作用し
てその転写を増強するＤＮＡのシス作動性因子である。哺乳動物遺伝子由来の多
くのエンハンサー配列が現在知られている(グロビン、エラスターゼ、アルブミ
ン、α-フェトプロテイン及びインスリン)。しかしながら、典型的には、真核細
胞ウィルス由来のエンハンサーが用いられるであろう。例としては、複製起点の
後期側のＳＶ４０エンハンサー(１００−２７０塩基対)、サイトメガロウィルス
初期プロモーターエンハンサー、複製起点の後期側のポリオーマエンハンサー及
びアデノウィルスエンハンサーが含まれる。エンハンサーは、ＰＲＯ３８１、Ｐ
ＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７
８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、Ｐ
ＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３
９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又は
ＰＲＯ２２６２コード化配列の５'又は３'位でベクター中にスプライシングされ
得るが、好ましくはプロモーターから５'位に位置している。 また真核生物宿主細胞(酵母菌、真菌、昆虫、植物、動物、ヒト、又は他の多
細胞生物由来の有核細胞)に用いられる発現ベクターは、転写の終結及びｍＲＮ
Ａの安定化に必要な配列も含む。このような配列は、真核生物又はウィルスのＤ
ＮＡ又はｃＤＮＡの通常は５'、ときには３'の非翻訳領域から取得できる。これ
らの領域は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５
、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ
３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４
、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ
１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２をコードするｍＲＮＡの非翻訳部
分にポリアデニル化断片として転写されるヌクレオチドセグメントを含む。 組換え細胞培養でのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の合成に適応化するのに
適切なさらに他の方法、ベクター及び宿主細胞は、Gething等, Nature, 293:620
-625 (1981); Mantei等, Nature, 281:40-46 (1979); EP 117,060; 及びEP 117,
058に記載されている。
【００９９】 ｄ．遺伝子増幅／発現の検出 遺伝子の増幅及び/又は発現は、ここで提供された配列に基づき、適切に標識
されたプローブを用い、例えば、従来よりのサザンブロット法、ｍＲＮＡの転写
を定量化するノーザンブロット法［Thomas, Proc. Natl. Acad. Sci. USA,77:52
01-5205 (1980)］、ドットブロット法(ＤＮＡ分析)、又はインサイツハイブリッ
ド形成法によって、直接的に試料中で測定することができる。あるいは、ＤＮＡ
二本鎖、ＲＮＡ二本鎖及びＤＮＡ-ＲＮＡハイブリッド二本鎖又はＤＮＡ-タンパ
ク二本鎖を含む、特異的二本鎖を認識することができる抗体を用いることもでき
る。次いで、抗体を標識し、アッセイを実施することができ、ここで二本鎖は表
面に結合しており、その結果二本鎖の表面での形成の時点でその二本鎖に結合し
た抗体の存在を検出することができる。 あるいは、遺伝子の発現は、遺伝子産物の発現を直接的に定量する免疫学的な
方法、例えば細胞又は組織切片の免疫組織化学的染色及び細胞培養又は体液のア
ッセイによって、測定することもできる。試料液の免疫組織化学的染色又はアッ
セイに有用な抗体は、モノクローナルでもポリクローナルでもよく、任意の哺乳
動物で調製することができる。簡便には、抗体は、天然配列ＰＲＯ３８１、ＰＲ
Ｏ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８
８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲ
Ｏ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９
７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰ
ＲＯ２２６２ポリペプチドに対して、又はここで提供されるＤＮＡ配列をベース
とした合成ペプチドに対して、又はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４
１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、Ｐ
ＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３
０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、Ｐ
ＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ＤＮＡに融
合し特異的抗体エピトープをコードする外因性配列に対して調製され得る。
【０１００】 ｅ．ポリペプチドの精製 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の形態は、培地又は宿主細胞の溶解液から回
収することができる。膜結合性であるならば、適切な洗浄液(例えばトリトン-X1
00)又は酵素的切断を用いて膜から引き離すことができる。ＰＲＯ３８１、ＰＲ
Ｏ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８
８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲ
Ｏ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９
７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰ
ＲＯ２２６２の発現に用いられる細胞は、凍結融解サイクル、超音波処理、機械
的破壊、又は細胞溶解剤などの種々の化学的又は物理的手段によって破壊するこ
とができる。 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２を、組換え細胞タンパク又はポリペプチドか
ら精製することが望ましい。適切な精製手順の例である次の手順により精製され
る：すなわち、イオン交換カラムでの分画；エタノール沈殿；逆相ＨＰＬＣ；シ
リカ又はカチオン交換樹脂、例えばＤＥＡＥによるクロマトグラフィー；クロマ
トフォーカシング；ＳＤＳ-ＰＡＧＥ；硫酸アンモニウム沈殿；例えばセファデ
ックスＧ-７５を用いるゲル濾過;ＩｇＧのような狭雑物を除くプロテインＡセフ
ァロースカラム；及びＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２のエピトープタグ形態を
結合させる金属キレート化カラムである。この分野で知られ、例えば、Deutcher
, Methods in Enzymology, 182 (1990)；Scopes, Protein Purification: Princ
iples and Practice, Springer-Verlag, New York (1982)に記載された多くのタ
ンパク質精製方法を用いることができる。選ばれる精製過程は、例えば、用いら
れる産生方法及び特に産生されるＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１
０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲ
Ｏ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０
３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲ
Ｏ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の性質に依存
する。
【０１０１】 Ｅ．ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲ
Ｏ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６
７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲ
Ｏ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９
６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドをコードする遺伝子の腫瘍
組織及び細胞系での増幅 この発明は或る種の癌細胞で増幅される遺伝子の同定及び性質決定に基づいて
いる。 原核生物及び真核生物ゲノムに２つの見掛け上は矛盾する要件が課されている
。一方は、遺伝情報としてのＤＮＡのその最初の形態での保存及び繁殖であり、
複数の世代を通して安定な遺伝を確保する。他方では、細胞又は生物は、永続す
る環境変化に対して適用しなければならない。適応メカニズムは遺伝子物質の質
的又は量的改変を含みうる。質的改変は、コード化配列が変化して構造的又は機
能的に異なるタンパク質を生ずるＤＮＡ変異を含む。遺伝子増幅は量的改変であ
り、それにより実際の完全なコード化配列、即ち遺伝子の数が増加し、転写に利
用できるテンプレート数の増加、翻訳可能な転写物の数の増加、及び最終的には
増幅された遺伝子にコードされるタンパク質の量の増加をもたらす。 遺伝子増幅の現象及びそこに存在するメカニズムは、幾つかの原核及び真核生
物細胞培養系でインビトロ実験されている。遺伝子増幅の最も特徴づけられた例
は、種々の濃度の細胞毒性薬メトトレキセート（ＭＴＸ）を含有する培地での真
核生物細胞の培養を含む。ＭＴＸは葉酸類似物であり酵素デヒドロフォレートレ
ダクターゼ（ＤＨＦＲ）のブロックによりＤＮＡ合成を妨害する。低濃度のＭＴ
Ｘに最初に曝露すると殆どの細胞（>99.9%）が死亡する。少量の細胞は生き残り
、多量のＤＨＦＲ-ＲＮＡ及びタンパク質を生産することによりＭＴＸ濃度を増
加させても成長できる。この過剰生産の基礎は単一のＤＨＦＲ遺伝子の増幅であ
る。遺伝子のさらなるコピーは、小さく過剰な染色体（二重微小）の形態で染色
体外コピーとして、又は一体化染色体コピーとして見られる。
【０１０２】 遺伝子増幅は、細胞毒性薬（細菌に対する抗生物質及び真核生物に対する化学
治療薬）への耐性の進行及び腫瘍形成性形質転換において最も普通に起こる。自
発的事象としての又はウイルス又は化学／環境侵襲による真核生物の形質転換は
典型的にその細胞の遺伝物質における変化を伴う。ヒト悪性腫瘍で観察される最
も通常の遺伝的変化はｐ５３タンパク質の突然変異である。ｐ５３は、静止期（
Ｇ１）から複製期（Ｓ）への細胞の移行を制御し、ＤＮＡ損傷の存在下でこの移
行を阻害する。言い換えれば、ｐ５３変異不全の主な結果の一つは、ＤＮＡ損傷
の蓄積及び遺伝、即ち遺伝的変化である。腫瘍形成細胞における遺伝的変化の通
常の型は、点変異に加えて、増幅及び全体的、構造的改変、例えば転座である。 ＤＮＡ配列の増幅は、ＤＨＦＲ実験系で例示したように特定の機能的要件を示
す。従って、悪性におけるある種のオンコジーンの増幅は悪性形質転換及び形質
転換フェノタイプの維持のプロセスにおけるこれらの遺伝子の原因となる役割を
示す。この仮説が最近の研究で支持されている。例えば、ｂｃｌ-２タンパク質
はある型の非ホジキンリンパ腫において増幅されることが見いだされた。このタ
ンパク質はアポトーシスを阻害して腫瘍形成細胞の蓄積を進行させる。成長因子
レセプターの遺伝子ファミリのメンバーが種々の型の癌で増幅されることが見い
だされ、これらのレセプターの過剰発現が、腫瘍細胞の制限された量の利用可能
な成長因子に対する感受性を低下させる。例としては、アンドロゲン欠乏治療の
間の再発前立腺癌におけるアンドロゲンレセプターの増幅、及び乳癌における成
長因子レセプター相同体ＥＲＢ２の増幅を含む。最近、細胞間シグナル伝達及び
細胞周期進行に含まれる遺伝子が悪性形質転換の間に増幅を受けうる。これは、
種々の上皮及びリンパ腫瘍形成におけるｂｃｌ-Ｉ及びｒａｓ遺伝子の増幅によ
って例示される。
【０１０３】 これらの初期の研究は、これらの方法が悪性形質転換に重要な遺伝子の同定が
可能であるため、腫瘍形成において増幅されたＤＮＡ配列の同定の可能性を例示
する。ＥＲＢ２の場合も、形質転換タンパク質が腫瘍治療のための新規で特異的
な標的を示すので、治療的立場からの可能性を示す。 増幅されたゲノム配列を示すのに幾つかの異なる技術を使用できる。癌細胞か
ら調製した染色体展開の古典的な細胞遺伝学的分析は、転座、欠失及び逆位とい
った全体構造変化を同定するには十分である。増幅ゲノム領域は、それらが高い
コピー数を含むか染色体外物質として存在する場合にのみ可視化される。細胞遺
伝学は特定の腫瘍形成を持つ特定の染色体変化の一貫した関係を示すための第１
の技術だが、操作可能なＤＮＡ配列の同定及び単離には不十分である。より最近
に開発された技術の競合ゲノムハイブリッド形成（ＣＧＨ）は腫瘍形成における
ゲノム増幅の広範な現象を例示する。腫瘍及び正常ＤＮＡは正常細胞の分裂中期
に同時にハイブリッド形成し、腫瘍に高頻度で存在するＤＮＡ配列についての画
像分析で全ゲノムをスクリーニングする（WO 93/18,186; Gray等, Radiation Re
s. 137: 275-289 [1994]）。スクリーニング法として、このタイプの分析は、種
々のヒト腫瘍における再発アンプリコン（増幅ＤＮＡの伸展）の多数を明らかに
した。ＣＧＨは古典的細胞遺伝学的分析よりＤＮＡの増幅伸展の同定において感
度が高いが、それは標準的な遺伝子技術によりアンプリコン内のコード化配列の
迅速な同定及び単離ができない。
【０１０４】 遺伝子増幅の検出に最も感度の良い方法はポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）ベ
ースのアッセイである。これらのアッセイは極めて少量の腫瘍ＤＮＡを出発材料
として用い、精巧で感度が良く、配列決定などの更なる分析に利用できるＤＮＡ
を提供し、高容量スループット分析に適している。 上記のアッセイは相互に排他的ではなく、腫瘍形成における増幅の同定にしば
しば組み合わせて使用される。細胞遺伝学的分析及びＣＧＨは増幅領域の全ゲノ
ムの概観のためのスクリーニング法を代表し、ＰＣＲベースのアッセイはコード
化配列、即ち増幅領域の遺伝子を最終的に同定するのに最も適している。 本発明により、このような遺伝子は定量的ＰＣＲ（S. Gelmini等, Clin, Chem
. 43: 752 [1997]）により、乳、肺、結腸、前立腺、脳、肝臓、腎臓、膵臓、脾
臓、胸腺、精巣、卵巣、子宮など、腫瘍、又は腫瘍細胞系を含む種々の一次腫瘍
からのＤＮＡを健常ドナーからのプールしたＤＮＡと比較することにより同定さ
れる。定量的ＰＣＲは、TaqＭan装置（ABI）を用いて実施された。遺伝子特異的
プライマー及び蛍光発生プローブは、ＤＮＡのコード化配列に基づいて設計され
る。
【０１０５】 ヒト肺癌細胞系は、Ａ５４９(ＳＲＣＣ７６８)、Ｃａｌｕ-１(ＳＲＣＣ７６９
)、Ｃａｌｕ-６(ＳＲＣＣ７７０)、Ｈ１５７(ＳＲＣＣ７７１)、Ｈ４４１(ＳＲ
ＣＣ７７２)、Ｈ４６０(ＳＲＣＣ７７３)、ＳＫＭＥＳ-１(ＳＲＣＣ７７４)、Ｓ
Ｗ９００(ＳＲＣＣ７７５)、Ｈ５２２(ＳＲＣＣ８３２)、及びＨ８１０(ＳＲＣ
Ｃ８３３)、を含み、全てＡＴＣＣから入手可能である。原発ヒト肺腫瘍細胞は
通常は腺癌、扁平上皮細胞癌、大細胞癌、非-小細胞癌、小細胞癌、及び気管支
肺胞癌から誘導され、例えば、ＳＲＣＣ７２４（「AdenoCa」と略記される腺癌
）（ＬＴ１）、ＳＲＣＣ７２５(「SqCCa」と略記される扁平上皮細胞癌)(ＬＴ１
ａ)、ＳＲＣＣ７２６(腺癌)(ＬＴ２)、ＳＲＣＣ７２７(腺癌)(ＬＴ３)、ＳＲＣ
Ｃ７２８（腺癌）(ＬＴ４)、ＳＲＣＣ７２９(扁平上皮細胞癌)(ＬＴ６)、ＳＲＣ
Ｃ７３０(腺／扁平上皮細胞癌)(ＬＴ７)、ＳＲＣＣ７３１(腺癌)(ＬＴ９)、ＳＲ
ＣＣ７３２（扁平上皮細胞癌）(ＬＴ１０)、ＳＲＣＣ７３３（扁平上皮細胞癌）
(ＬＴ１１)、ＳＲＣＣ７３４(腺癌)(ＬＴ１２)、ＳＲＣＣ７３５(腺／扁平上皮
細胞癌)(ＬＴ１３)、ＳＲＣＣ７３６（扁平上皮細胞癌）(ＬＴ１５)、ＳＲＣＣ
７３７（扁平上皮細胞癌）(ＬＴ１６)、ＳＲＣＣ７３８(扁平上皮細胞癌)(ＬＴ
１７)、ＳＲＣＣ７３９(扁平上皮細胞癌)(ＬＴ１８)、ＳＲＣＣ７４０(扁平上皮
細胞癌)(ＬＴ１９)、ＳＲＣＣ７４１(肺細胞癌、「LCCa」と略記)(ＬＴ２１)、
ＳＲＣＣ８１１(腺癌)(ＬＴ２２)、ＳＲＣＣ８２５（腺癌）（ＬＴ８）、ＳＲＣ
Ｃ８８６（腺癌）（ＬＴ２５）、ＳＲＣＣ８８７(扁平上皮細胞癌)(ＬＴ２６)、
ＳＲＣＣ８８８(腺-BAC癌)(ＬＴ２７)、ＳＲＣＣ８８９（扁平上皮細胞癌）(Ｌ
Ｔ２８)、ＳＲＣＣ８９０（扁平上皮細胞癌）(ＬＴ２９)、ＳＲＣＣ８９１(腺癌
)(ＬＴ３０)、ＳＲＣＣ８９２(扁平上皮細胞癌)(ＬＴ３１)、ＳＲＣＣ８９４（
腺癌）(ＬＴ３３)を含む。また、ＳＲＣＣ１１２５［HF-000631］、ＳＲＣＣ１
１２７［HF-000641］、ＳＲＣＣ１１２９［HF-000643］、ＳＲＣＣ１１３３［HF
-000840］、ＳＲＣＣ１１３５［HF-000842］、ＳＲＣＣ１２２７［HF-001291］
、ＳＲＣＣ１２２９［HF-001293］、ＳＲＣＣ１２３０［HF-001294］、ＳＲＣＣ
１２３１［HF-001295］、ＳＲＣＣ１２３２［HF-001296］、ＳＲＣＣ１２３３［
HF-001297］、ＳＲＣＣ１２３５［HF-001299］、及びＳＲＣＣ１２３６［HF-001
300］と称されるヒト肺腫瘍も含まれる。
【０１０６】 大腸癌細胞系は、例えば、ＡＴＣＣ細胞系ＳＷ４８０(腺癌、ＳＲＣＣ７７６)
、ＳＷ６２０(結腸腺癌のリンパ節転移、ＳＲＣ７７７)、Ｃｏｌｏ３２０(癌、
ＳＲＣＣ７７８)、ＨＴ２９（腺癌、ＳＲＣＣ７７９）、ＨＭ７(ＡＴＣＣ大腸腺
癌細胞系高ムチン産生変異体、ＳＲＣＣ７８０、Robert Warren博士, UCSFから
得た)、ＣａＷｉＤｒ(腺癌、ＳＲＣＣ７８１)、ＨＣＴ１１６(癌、ＳＲＣＣ７８
２)、ＳＫＣＯ１(腺癌、ＳＲＣＣ７８３)、ＳＷ４０３(腺癌、ＳＲＣＣ７８４)
、ＬＳ１７４Ｔ(癌、ＳＲＣＣ７８５)、Ｃｏｌｏ２０５(癌、ＳＲＣＣ８２８)、
ＨＣＴ１５（癌、ＳＲＣＣ８２９）、ＨＣＣ２９９８(癌、ＳＲＣＣ８３０)、及
びＫＭ１２(癌、ＳＲＣＣ８３１)を含む。原発結腸腫瘍は、ＣＴ２(ＳＲＣＣ７
４２)、ＣＴ３(ＳＲＣＣ７４３)、ＣＴ８(ＳＲＣＣ７４４)、ＣＴ１０(ＳＲＣＣ
７４５)、ＣＴ１２(ＳＲＣＣ７４６)、ＣＴ１４(ＳＲＣＣ７４７)、ＣＴ１５(Ｓ
ＲＣＣ７４８)、ＣＴ１６(ＳＲＣＣ７４９)、ＣＴ１７(ＳＲＣＣ７５０)、ＣＴ
１（ＳＲＣＣ７５１）、ＣＴ４(ＳＲＣＣ７５２)、ＣＴ５(ＳＲＣＣ７５３)、Ｃ
Ｔ６(ＳＲＣＣ７５４)、ＣＴ７(ＳＲＣＣ７５５)、ＣＴ９(ＳＲＣＣ７５６)、Ｃ
Ｔ１１(ＳＲＣＣ７５７)、ＣＴ１８(ＳＲＣＣ７５８) 、ＣＴ１９(腺癌、ＳＲＣ
Ｃ９０６)、ＣＴ２０(腺癌、ＳＲＣＣ９０７)、ＣＴ２１(腺癌、ＳＲＣＣ９０８
)、ＣＴ２２(腺癌、ＳＲＣＣ９０９)、ＣＴ２３(腺癌、ＳＲＣＣ９１０)、ＣＴ
２４(腺癌、ＳＲＣＣ９１１)、ＣＴ２５(腺癌、ＳＲＣＣ９１２)、ＣＴ２６(腺
癌、ＳＲＣＣ９１３)、ＣＴ２７(腺癌、ＳＲＣＣ９１４)、ＣＴ２８(腺癌、ＳＲ
ＣＣ９１５)、ＣＴ２９(腺癌、ＳＲＣＣ９１６)、ＣＴ３０(腺癌、ＳＲＣＣ９１
７)、ＣＴ３１(腺癌、ＳＲＣＣ９１８)、ＣＴ３２(腺癌、ＳＲＣＣ９１９)、Ｃ
Ｔ３３(腺癌、ＳＲＣＣ９２０)、ＣＴ３５(腺癌、ＳＲＣＣ９２１)、及びＣＴ３
６(腺癌、ＳＲＣＣ９２２)と称される結腸腺癌を含む。また、ＳＲＣＣ１０５１
［HF-000499］、ＳＲＣＣ１０５２［HF-000539］、ＳＲＣＣ１０５３［HF-00057
5］、ＳＲＣＣ１０５４［HF-000698］、ＳＲＣＣ１１４２［HF-000762］、ＳＲ
ＣＣ１１４４［HF-000789］、ＳＲＣＣ１１４６［HF-000795］及びＳＲＣＣ１１
４８［HF-000811］と称されるヒト結腸腫瘍中心も含まれる。
【０１０７】 ヒト乳癌細胞系は、例えば、ＨＢＬ１００(ＳＲＣＣ７５９)、ＭＢ４３５ｓ(
ＳＲＣＣ７６０)、Ｔ４７Ｄ(ＳＲＣＣ７６１)、ＭＢ４６８(ＳＲＣＣ７６２)、
ＭＢ１７５(ＳＲＣＣ７６３)、ＭＢ３６１(ＳＲＣＣ７６４)、ＢＴ２０(ＳＲＣ
Ｃ７６５)、ＭＣＦ７(ＳＲＣＣ７６６)及びＳＫＢＲ３（ＳＲＣＣ７６７）、及
びＳＲＣＣ１０５７［HF-000545］と称されるヒト乳房腫瘍中心を含む。また、
ＳＲＣＣ１０９４、ＳＲＣＣ１０９５、ＳＲＣＣ１０９６、ＳＲＣＣ１０９７、
ＳＲＣＣ１０９８、ＳＲＣＣ１０９９、ＳＲＣＣ１１００及びＳＲＣＣ１１０１
と称されるヒト乳房腫瘍、及びＳＲＣ８９３［ＬＴ３２］と称されるヒト乳房-m
et-肺-ＮＳ腫瘍も含まれる。 ヒト腎臓腫瘍中心は、ＳＲＣＣ９８９［HF-000611］及びＳＲＣＣ１０１４［H
F-000613］を含む。 ヒト精巣腫瘍中心はＳＲＣＣ１００１［HF-000733］そして精巣腫瘍辺縁はＳ
ＲＣＣ９９９［HF-000716］を含む。 ヒト副甲状腺腫瘍はＳＲＣＣ１００２［HF-000831］及びＳＲＣＣ１００３［H
F-000832］を含む。
【０１０８】 Ｆ．組織分布 ここでの遺伝子増幅アッセイの結果は、種々のヒト組織でのｍＲＮＡ発現の測
定などのさらなる実験により確認できる。 上記したように、種々の組織における遺伝子増幅又は遺伝子発現は、ｍＲＮＡ
の転写の定量化のための従来のサザンブロット、ノーザンブロット（Thomas, Pr
oc. Natl. Acad. Sci. USA, 77: 5201-5205 [1980]）、ドットブロット（ＤＮＡ
分析）、又はインサイツハイブリッド形成により、ここに提供する配列にもとづ
いて適切な標識プローブを用いて測定できる。あるいは、ＤＮＡ二重鎖、ＲＮＡ
二重鎖、及びＤＮＡ-ＲＮＡハイブリッド二重鎖又はＤＮＡ-タンパク質二重鎖を
含む特定の二重鎖を認識する抗体を用いてもよい。 あるいは、種々の組織における遺伝子発現は、遺伝子産物を直接定量化するた
めの、組織断片及び細胞培地又は体液の免疫組織学的染色などの免疫的方法によ
っても測定できる。免疫組織学的染色又は試料液のアッセイに有用な抗体は、モ
ノクローナルでもポリクローナルでもよく、任意の動物から調製される。便利に
は、抗体はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、
ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３
５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、
ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１
０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに対して、又はここに
提供するＤＮＡ配列に基づく合成ペプチドに対して、又はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ
１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８
、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ
１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７
、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲ
Ｏ２２６２ＤＮＡに融合し特異的抗体エピトープをコードする細胞外配列に対し
て調製される。抗体を生成する一般的技術、及びノーザンブロット及びインサイ
ツハイブリッド形成のプロトコールは以下に提供する。
【０１０９】 Ｇ．染色体マッピング 与えられた遺伝子の増幅が機能的に関連する場合は、その遺伝子は、腫瘍生存
に重要でない隣接ゲノム領域より多く増幅すべきである。これを試験するために
、例えば放射性ハイブリッド分析により、遺伝子を特定染色体にマッピングでき
る。次いで、増幅レベルを特定した位置及び隣接ゲノム領域において測定する。
遺伝子がマッピングされたゲノム領域での選択的又は優先的増幅は、観察された
遺伝子増幅が腫瘍成長又は生存を促進する可能性と一致する。染色体マッピング
はフレームワーク及びエピセンターマッピングの両方を含む。さらなる詳細は、
例えば、Stewart等, Genome Research 7, 422-433 (1997)を参照。
【０１１０】 Ｈ．抗体結合実験 遺伝子増幅実験の結果は、腫瘍（癌）細胞上でのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６
９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲ
Ｏ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９
３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲ
Ｏ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２
６２ポリペプチドの発現を阻害する抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗
−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７
８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−Ｐ
ＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４
、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ
１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗
体の能力が試験される抗体結合実験によって更に確認できる。例示的な抗体は、
ポリクローナル、モノクローナル、ヒト化、二重特異性、及びへテロ抱合体抗体
を含み、その調製は以下に記載する。 抗体結合実験は、競合的結合アッセイ、直接及び間接サンドウィッチアッセイ
、及び免疫沈降アッセイなどの既知のアッセイ法で実施してよい。Zola, Monocl
onal Antibodies: A Manual of Techniques, pp.147-158 (CRC Press, Inc., 19
87)。
【０１１１】 競合的結合アッセイは、標識標準物の、限られた量の抗体との結合について試
験分析物と競合する能力による。試験試料中の（腫瘍細胞で増幅された遺伝子に
コードされる）標的タンパク質の量は、抗体に結合し始める標準物の量に逆比例
する。結合し始める標準物の量の測定を促進するために、抗体は好ましくは競合
の前又は後に固定化し、抗体に結合した標準品及び分析物が未結合で残っている
標準物及び分析物から容易に分離できるようにする。 サンドウィッチアッセイは２つの抗体の使用を含み、各々が検出すべきタンパ
ク質の異なる免疫原部分、又はエピトープに結合できる。サンドウィッチアッセ
イにおいて試験試料分析物は固体支持体上に固定化された第１の抗体に結合し、
その後第２の抗体が分析物に結合し、よって不溶性の３成分複合体が形成される
。例えば米国特許第4,376,110号参照。第２の抗体は検出可能部分で標識され（
直接サンドウィッチアッセイ）、あるいは検出可能部分で標識された抗-免疫グ
ロブリン抗体を用いて測定してもよい（間接サンドウィッチアッセイ）。例えば
、サンドウィッチアッセイの一形態はＥＬＩＳＡアッセイであり、この場合の検
出可能部分は酵素である。 免疫組織学のために、腫瘍試料は新鮮でも凍結したものでもよく、パラフィン
に包埋して、例えばホルマリン等の保存剤で固定してもよい。
【０１１２】 Ｉ．細胞ベースの腫瘍アッセイ 細胞ベースアッセイ及び腫瘍（例えば、癌）の動物モデルを用いて、遺伝子増
幅アッセイの知見を確認し、ここでの遺伝子増幅と腫瘍形成細胞成長の進行及び
病理との関係をさらに理解することができる。ここで同定された遺伝子産物の腫
瘍又は癌の進行及び病理における役割は、ここで遺伝子を増幅すると同定された
原発腫瘍細胞又は細胞系を用いて試験することができる。このような細胞は、例
えば、上記した乳房、結腸及び肺癌細胞及び細胞系を含む。 異なる方法では、特定の腫瘍に含まれることが知られた細胞型の細胞をここの
ｃＤＮＡで形質移入し、これらのｃＤＮＡの過剰成長誘発能力を分析する。適当
な細胞は、例えば、Ｂ１０４-1-１（ｎｅｕプロトオンコジーンで形質移入され
た安定なＮＩＨ-３Ｔ３細胞系）及びｒａｓ-形質移入ＮＩＨ-３Ｔ３細胞等の安
定な腫瘍細胞系を含み、これらは所望の遺伝子で形質移入し、そして腫瘍形成的
成長を観察できる。このような形質移入細胞系は、次いで、形質転換細胞の成長
に対する細胞分裂停止又は細胞毒性活性の発揮により、又は抗体依存性細胞性細
胞毒性（ＡＤＣＣ）の媒介により、ポリ−又はモノクローナル抗体又は抗体組成
物の腫瘍形成細胞成長を阻害する能力を試験するのに使用できる。ここに同定し
た遺伝子のコード化配列で形質移入した細胞は、さらに、癌治療用の候補薬の同
定に使用できる。 さらに、（下記のような）トランスジェニック動物の腫瘍に由来する初代培養
は、ここでの細胞ベースアッセイに使用できるが、安定な細胞系が好ましい。ト
ランスジェニック動物から連続細胞系を誘導する技術はこの分野で良く知られて
いる（Small等, Mol. Cell. Biol. 5: 642-648 [1985]参照）。
【０１１３】 Ｊ．動物モデル 種々の良く知られた動物モデルは、腫瘍の進行及び原因に関しここで同定され
た遺伝子の役割を更に理解するために利用でき、さらに抗体、及び小分子アゴニ
ストを含む天然ポリペプチドの他のアゴニストを含む候補治療薬の有効性を試験
するために使用することができる。これらのモデルのインビボ性質により、特に
ヒト患者における反応を予測できる。腫瘍及び癌（例えば、乳癌、大腸癌、前立
腺癌、肺癌など）の動物モデルは、非組換え及び組換え（トランスジェニック）
動物の両方を含む。非組換え動物モデルは、例えば、齧歯類、例えばマウスモデ
ルを含む。このようなモデルは、標準的な技術、例えば、皮下注射、尾部静脈注
射、脾臓移植、腹膜内移植、腎被膜下移植、又はオルトピン(orthopin)移植、例
えば大腸組織に移植された大腸癌細胞により、腫瘍細胞を同系マウスに導入する
ことにより作成される。（1997年9月18日に発行されたＰＣＴ公報WO 97/33551参
照。） 癌遺伝子の研究におそらく最もしばしば用いられる動物種は、免疫不全マウス
、特にヌードマウスである。形成不全を持つヌードマウスがヒト腫瘍異種移植の
宿主としての役割を演じるという観察は、この目的のための広い用途を導いた。
常染色体劣性ｎｕ遺伝子が、例えば、ＡＳＷ、Ａ／Ｈｅ、ＡＫＲ、ＢＡＬＢ／ｃ
、Ｂ１０．ＬＰ、Ｃ１７、Ｃ３Ｈ、Ｃ５７ＢＬ、Ｃ５７、ＣＢＡ、ＤＢＡ、ＤＤ
Ｄ、Ｉ／ｓｔ、ＮＣ、ＮＦＲ、ＮＦＳ、ＮＦＳ／Ｎ、ＮＺＢ、ＮＺＣ、ＮＺＷ、
Ｐ、ＲＩＩＩ及びＳＪＬを含むヌードマウスの極めて多数の異なる共通遺伝子系
統に導入された。さらに、遺伝的な免疫不全を持つヌードマウス以外の広範な他
の動物が生育され、腫瘍異種移植のレシピエントとして用いられた。さらなる詳
細については、The Nude Mouse in Oncology Research, E. Boven 及び B. Wino
grad 編, CRC Press, Inc., 1991を参照。
【０１１４】 これらの動物に導入される細胞は、周知の腫瘍／癌細胞系、例えば上記列挙し
た腫瘍細胞系、及び、例えばＢ１０４-１-１細胞系（ｎｅｕプロトオンコジーン
で形質移入された安定ＮＩＨ-３Ｔ３細胞系）；ｒａｓ-形質移入ＮＩＨ-３Ｔ３
細胞：Ｃａｃｏ-２（ATCC HTB-37）、中程度に良く分化したグレードＩＩヒト大
腸腺癌細胞系、ＨＴ-２９（ATCC HTB-38）から、あるいは腫瘍及び癌から誘導す
ることができる。腫瘍又は癌細胞の試料は、手術を受けている患者から、液体窒
素中での凍結及び保存を含む標準的な条件を用いて得ることができる（Karmali
等, Br. J. Cancer 48, 689-696 [1983]）。 腫瘍細胞は、ヌードマウスなどの動物に、種々の手法によって導入できる。マ
ウスの皮下（ｓ．ｃ．）空間は、腫瘍移植に非常に好ましい。腫瘍は、固体ブロ
ックとして、トロチャー(trochar)を用いてニードル生検として、細胞懸濁物と
してｓ．ｃ．移植できる。固体ブロック又はトロチャー移植のために、適切な大
きさの腫瘍組織断片がｓ．ｃ．空間に導入される。細胞懸濁物は、原発腫瘍又は
安定な腫瘍細胞系から新たに調製され、皮下注射される。また腫瘍細胞は、皮下
移植として注射することもできる。この位置において、移植細胞が皮膚結合組織
の下層とｓ．ｃ．組織との間に着床される。Boven及びWinograd (1991), 上掲。 乳癌の動物モデルは、例えば、神経芽腫細胞（それからｎｅｕ癌遺伝子が最初
に単離される）、又はｎｅｕ形質移入ＮＩＨ-３Ｔ３細胞をヌードマウスに移植
することにより、基本的にはDrebin等, PNAS USA 83, 9129-9133 (1986)に記載
されているように生成される。
【０１１５】 同様に、大腸癌の動物モデルは、大腸癌細胞を動物、例えばヌードマウスに継
代し、これらの動物における腫瘍の発現を導くことにより生成される。ヌードマ
ウスにおけるヒト大腸癌の同所性移植モデルは、例えば、Wang等, Cancer Resea
rch 54, 4726-4728 (1994)及びToo等, Cancer Research 55, 681-684 (1995)に
記載されている。このモデルは、いわゆるAntiCancer, Inc. (San Diego, Calif
ornia)から市販の「METAMOUSE」に基づく。 動物に生じた腫瘍は、取り出してインビトロで培養することができる。インビ
トロ培地からの細胞は、次いで動物に継代することができる。これらの腫瘍は、
さらなる試験及び薬物スクリーニングの標的として提供され得る。あるいは、継
代から得られる腫瘍は単離でき、継代前細胞及び１又はそれ以上の継代後に単離
した細胞のＲＮＡを、対象とする遺伝子の識別可能な発現について分析する。こ
のような継代技術は、周知の腫瘍又は癌細胞系で実施することができる。 例えば、Ｍｅｔｈ Ａ、ＣＭＳ４、ＣＭＳ５、ＣＭＳ２１、及びＷＥＨＩ-１６
４がＢＡＬＢ／ｃ雌マウスの線維肉腫に導入され（DeLeo等, J. Exp. Med. 146,
720 [1977]）、それは、種々の抗原の抗-腫瘍活性の研究のための高度に制御可
能なモデル系を提供する（Palladino等, J. Immunol. 138, 4023-4032 [1987]）
。簡便には、腫瘍細胞は細胞培地中でインビトロで成長させる。動物に注射する
前に、細胞系は洗浄してバッファー中に約１０ｘ１０６から１０ｘ１０７細胞／
ｍｌの細胞密度で懸濁する。次いで動物を１０から１００μｌの細胞懸濁物で皮
下感染し、腫瘍が現れるまで１から３週間放置する。
【０１１６】 さらに、最も完全に研究された実験的腫瘍の一つであるマウスのルイス肺（３
ＬＬ）癌腫は、研究用腫瘍モデルとして用いることができる。この腫瘍モデルに
おける有効性は、肺の小細胞癌腫（ＳＣＣＬ）と診断されたヒト患者の治療にお
ける有利な効果と相関していた。この腫瘍は、影響を受けたマウスからの腫瘍断
片又は培養により維持された細胞を注射することで正常マウスに導入でき（Zupi
等, Br. J. Cancer 41, suppl. 4, 309 [1980]）、証拠は、腫瘍がたった一つの
細胞の注射から開始され、感染した腫瘍細胞の極めて高い集団が生存することを
示している。この腫瘍モデルに関する更なる情報については、Zacharski, Haemo
stasis 16, 300-320 [1986]を参照のこと。 移植された腫瘍の動物モデルにおける試験化合物の有効性を評価する一つの方
法は、治療前後での腫瘍の大きさを測定することである。伝統的に、移植した腫
瘍の大きさは、二又は三次元のスライドキャリパーで測定される。二次元に制限
された測定は、腫瘍の大きさを正確に反映せず、従って、通常は数式を用いて対
応する容積に換算される。しかしながら、腫瘍の大きさの測定は極めて不正確で
ある。候補薬の治療効果は、治療-誘発性の成長遅延及び特異的な成長遅延とし
てより良く記述できる。腫瘍成長の記述における他の重要な変数は、腫瘍容積倍
加時間である。Rygaard及びSpang-Thomsen, Proc. 6th Int. Workshop on Immun
e-Deficient Animals, Wu及びSheng編, Basel, 1989, 301によって報告されたプ
ログラムなどの、腫瘍成長の計算及び記述のためのコンピュータプログラムも利
用可能である。しかし、腫瘍に続く壊死及び炎症反応が実際には少なくとも初期
に腫瘍の大きさを増大させ得ることを注記しておく。従って、これらの変化は、
形態学的方法及びフローサイトメトリー分析を組み合わせて、注意深く観察する
必要がある。
【０１１７】 組換え（トランスジェニック）動物モデルは、ここに同定された遺伝子のコー
ド部分を、トランスジェニック動物作成のための標準的技術を用いて、対象とす
る動物のゲノムに導入することにより加工できる。トランスジェニック操作の標
的として提供できる動物は、限定されないが、マウス、ラット、ウサギ、モルモ
ット、ヒツジ、ヤギ、ブタ、及び非-ヒト霊長類、例えばヒヒ、チンパンジー及
びサルを含む。これらの動物に導入遺伝子を導入するのにこの分野で知られた技
術は、全核マイクロインジェクション（Hoppe及びWanger, 米国特許第4,873,191
号）；胚系列へのレトロウイルス媒介遺伝子転移（例えば、Van der Putten等,
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82, 6148-615 [1985]）；胚性肝細胞での遺伝子標
的化（Thompson等, Cell 56, 313-321 [1989]）；胚のエレクトロポレーション
（Lo, Mol. Cel. Biol. 3, 1803-1814 [1983]）；精子媒介遺伝子転移（Lavitra
no等, Cell 57, 717-73 [1989]）を含む。概説のためには、例えば、米国特許第
4,736,866号を参照のこと。 本発明の目的のために、トランスジェニック動物は、その一部にのみ導入遺伝
子を有するもの（「モザイク動物」）を含む。導入遺伝子は、単一の導入遺伝子
として、又はコンカテマー、例えば頭部対頭部又は頭部対尾部の直列型として組
み込まれる。特定の細胞型への導入遺伝子の選択的導入も、例えば、Lasko等, P
roc. Natl. Acad. Sci. USA 89, 6232-636 (1992)の技術に従って可能である。 トランスジェニック動物における導入遺伝子の発現は、標準的技術によって監
視できる。例えば、導入遺伝子の組み込みの確認にサザンブロット分析又はＰＣ
Ｒ増幅が用いられる。次いで、ｍＲＮＡ発現のレベルは、インサイツハイブリッ
ダイゼーション、ノーザンブロット分析、ＰＣＲ、又は免疫組織化学などの技術
を用いて分析できる。動物は、腫瘍又は癌発生の徴候についてさらに調べられる
。
【０１１８】 あるいは、動物の胚性細胞に導入されたＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲ
Ｏ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３
４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲ
Ｏ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０
７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリ
ペプチドをコードする変更ゲノムＤＮＡと、そのポリペプチドをコードする内在
性遺伝子との間の相同的組換えによって、ここに同定するＰＲＯ３８１、ＰＲＯ
１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８
、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ
１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７
、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲ
Ｏ２２６２ポリペプチドをコードする欠陥又は変更遺伝子を有する「ノックアウ
ト」動物を作成することができる。例えば、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポ
リペプチドをコードするｃＤＮＡは、確立された技術に従って当該ポリペプチド
をコードするゲノムＤＮＡのクローニングに使用できる。特にＰＲＯ３８１、Ｐ
ＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７
８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、Ｐ
ＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３
９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又は
ＰＲＯ２２６２ポリペプチドをコードするゲノムＤＮＡの一部を欠失したり、組
み込みを確認するために使用する選択可能なマーカーをコードする遺伝子等の他
の遺伝子で置換することができる。典型的には、ベクターは変異の無いフランキ
ングＤＮＡ(５'と３'末端の両方)を数キロベース含む［例えば、相同的組換えベ
クターについてはThomas and Capecchi, Cell, 51: 503 (1987)を参照のこと］
。ベクターは胚性幹細胞に(例えばエレクトロポレーションによって)導入し、導
入されたＤＮＡが内在性ＤＮＡと相同的に組換えられた細胞を選択する［例えば
、Li等, Cell,69:915 (1992)参照］。選択された細胞は次に動物(例えばマウス
又はラット)の胚盤胞内に注入され、キメラ集合体を形成する［例えば、Bradley
, Teratocarcinomas and Embryonic Stem Cells: A Practical Approach, E. J.
Robertson, ed. (IRL, Oxford, 1987), pp. 113-152参照］。その後、キメラ性
胚を適切な偽妊娠の雌性乳母に移植し、「ノックアウト」動物を作ると言われる
。胚細胞に相同的に組換えられたＤＮＡを有する子孫は標準的な技術により同定
され、それらを利用して動物の全細胞が相同的に組換えられたＤＮＡを含む動物
を繁殖させることができる。ノックアウト動物は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６
９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲ
Ｏ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９
３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲ
Ｏ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２
６２ポリペプチドが存在しないことによるある種の病理的状態及び病理的状態の
進行に対して防御する能力によって特徴付けられる。
【０１１９】 ここに同定されるポリペプチドに特異的に結合する抗体、及び他の候補薬の有
効性も、自然発生の動物腫瘍の治療において調べることができる。このような研
究のための適切な標的は、ネコ口腔扁平上皮癌（ＳＣＣ）である。ネコ口腔ＳＣ
Ｃは高度に浸潤性の悪性腫瘍で、ネコに最も普通に見られる口腔悪性腫瘍であり
、この種に報告される口腔腫瘍の６０％以上を占める。それは、離れた部位には
殆ど転移しないが、この転移の低い発生率は単にこの腫瘍を持つネコの短い生存
期間を反映しているにすぎない。これらの腫瘍は通常手術できないが、主にネコ
の口腔の解剖学的形状による。現在では、この腫瘍の有効な治療法は存在しない
。研究に入る前に、各々のネコに完全な臨床検査、生体組織検査を施し、コンピ
ュータ断層撮影（ＣＴ）によりスキャンした。舌下口腔扁平上皮細胞腫瘍を持つ
と診断されたネコは研究から排除した。舌はこの腫瘍のために麻痺し始め、治療
によりこの腫瘍が消滅した後でも、動物は自分で餌を取ることができないであろ
う。各々のネコを長期に渡って繰り返し治療する。治療期間中、毎日及び引き続
き行われる再チェックの時点で腫瘍の写真を撮影した。治療の後、各ネコに再度
ＣＴスキャンを施した。ＣＴスキャン及び胸部レントゲンは、その後８週間ごと
に評価した。データは、対照群と比較した生存数、反応性及び毒性における相違
について評価した。ポジティブ反応は、腫瘍の縮小、好ましくは生存の質の向上
又は生存期間の延長を必要とする。 さらに、他の自発的動物腫瘍、例えばイヌ、ネコ、及びヒヒの線維肉腫、腺癌
、リンパ腫、クロンドローマ(chrondroma)、平滑筋肉腫も試験できる。これらの
イヌ及びネコでの乳腺癌は、その発現及び挙動がヒトのものに極めて類似してい
るので、好ましいモデルである。しかし、このモデルの使用は動物におけるこの
型の腫瘍の発生比率によって制限される。
【０１２０】 Ｋ．候補薬についてのスクリーニングアッセイ 候補薬のスクリーニングアッセイは、ここで同定される遺伝子にコードされる
ポリペプチドと結合又は複合体を」形成する化合物、あるいはコードされるポリ
ペプチドと他の細胞性タンパク質との相互作用を阻害する化合物を同定するため
に計画される。このようなスクリーニングアッセイは、化学的ライブラリの高ス
ループットスクリーニングに利用可能なアッセイ、特に小分子候補薬の同定に適
したものにするアッセイを含む。小分子とは、合成有機又は無機化合物を含むと
考え、それらは、ペプチド、好ましくは可溶性ペプチド、（ポリ）ペプチド-免
疫グロブリン融合体、特に、限定されないが、ポリ-及びモノクローナル抗体及
び抗体断片、一本鎖抗体、抗-イディオタイプ抗体、及びそれらの抗体又は断片
のキメラ又はヒト化形、並びにヒト抗体及び抗体断片を含む抗体を含んでいる。
アッセイは、種々の形式で実施でき、この分野で良く特徴付けられたタンパク質
-タンパク質結合アッセイ、生化学的スクリーニングアッセイ、イムノアッセイ
及び細胞ベースのアッセイを含む。 全てのアッセイは、それらが候補薬をここで同定される核酸にコードされるポ
リペプチドと、それら２成分が相互作用するのに十分な時間接触させることで共
通している。
【０１２１】 結合アッセイにおいて、相互作用は結合であり、形成された複合体は単離され
るか、又は反応混合物中で検出される。特別な実施態様では、ここに同定された
遺伝子にコードされるポリペプチドのレセプター即ち候補薬が、共有又は非共有
結合により固相、例えばマイクロタイタープレートに固定化される。非共有結合
は、一般的に固体表面をポリペプチドの溶液で被覆し乾燥させることにより達成
される。あるいは、固定化すべきペプチドに特異的な固定化抗体、例えばモノク
ローナル抗体を、そのペプチドを固体表面に固着させるために用いることができ
る。アッセイは、固定化成分、例えば固着成分を含む被覆表面に、検出可能な標
識で標識されていてもよい非固定化成分を添加することにより実施される。反応
が完了したとき、未反応成分を例えば洗浄により除去し、固体表面に固着した複
合体を検出する。最初の非固定化成分が検出可能な標識を有している場合、表面
に固定化された標識の検出は複合体形成が起こったことを示す。最初の非固定化
成分が標識を持たない場合は、複合体形成は、例えば、固定化された複合体に特
異的に結合する標識抗体によって検出できる。
【０１２２】 候補化合物がここで同定される遺伝子にコードされる特定のＰＲＯ３８１、Ｐ
ＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７
８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、Ｐ
ＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３
９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又は
ＰＲＯ２２６２ポリペプチドと相互作用するが結合しない場合、その相互作用は
、タンパク質−タンパク質相互作用を検出するために良く知られた方法によって
アッセイすることができる。そのようなアッセイは、架橋、共免疫沈降、及び密
度勾配遠心又はクロマトグラフィカラムを通す共精製などの伝統的な手法を含む
。さらに、タンパク質−タンパク質相互作用は、Fields及び共同研究者等［Fiel
ds及びSong, Nature 340, 245-246 (1989); Chien等, Proc. Natl. Acad. Sci.
USA 88: 9578-9582 (1991)］に記載された酵母菌ベースの遺伝子系を用いること
により、Chevray及びNathans［Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 5789-5793 (19
91)］に開示されているように観察することができる。酵母菌ＧＡＬ４などの多
くの転写活性化因子は、２つの物理的に別個のモジュラードメインからなり、一
方はＤＮＡ結合ドメインとして作用し、他方は転写活性化ドメインとして機能す
る。以前の文献に記載された酵母菌発現系（一般に「２-ハイブリッド系」と呼
ばれる）は、この特性の長所を利用して、２つのハイブリッドタンパク質を用い
、一方では標的タンパク質がＧＡＬ４のＤＮＡ結合ドメインに融合し、他方では
、候補となる活性化タンパク質が活性化ドメインに融合している。ＧＡＬ１-ｌ
ａｃＺリポーター遺伝子のＧＡＬ４活性化プロモーターの制御下での発現は、タ
ンパク質-タンパク質相互作用を介したＧＡＬ４活性の再構築に依存する。相互
作用するポリペプチドを含むコロニーは、β-ガラクトシダーゼに対する色素生
産性物質で検出される。２-ハイブリッド技術を用いた２つの特定なタンパク質
間のタンパク質-タンパク質相互作用を同定するための完全なキット（MATCHMAKE
R(商品名)）は、Clontechから商業的に入手可能である。この系は、特定のタン
パク質相互作用に含まれるタンパク質ドメインのマッピング、並びにこの相互作
用にとって重要なアミノ酸残基の特定にも拡張することができる。 ここで同定されるＰＲＯ３８１-、ＰＲＯ１２６９-、ＰＲＯ１４１０-、ＰＲ
Ｏ１７５５-、ＰＲＯ１７８０-、ＰＲＯ１７８８-、ＰＲＯ３４３４-、ＰＲＯ１
９２７-、ＰＲＯ３５６７-、ＰＲＯ１２９５-、ＰＲＯ１２９３-、ＰＲＯ１３０
３-、ＰＲＯ４３４４-、ＰＲＯ４３５４-、ＰＲＯ４３９７-、ＰＲＯ４４０７-
、ＰＲＯ１５５５-、ＰＲＯ１０９６-、ＰＲＯ２０３８-又はＰＲＯ２２６２-コ
ード化遺伝子と他の細胞内又は細胞外成分との相互作用を阻害する化合物は、次
のように試験することができる：通常は、増幅された遺伝子の生成物及び細胞内
又は外成分を含む反応混合物を、条件下で２つの生成物が相互作用及び結合する
時間に渡って調製する。試験化合物が結合を阻害する能力を試験するために、反
応は試験化合物有り又は無しで実施する。さらに、第３の反応混合物に偽薬を添
加してポジティブ対照としてもよい。混合物中に存在する試験化合物と細胞内又
は外成分との結合（複合体形成）は上記のように観察する。対照反応において複
合体が形成され、試験化合物を含む反応混合物ではしないことは、試験化合物が
試験化合物とその反応パートナーとの相互作用を妨害することを示す。
【０１２３】 アンタゴニストを検定するために、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１
４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、
ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１
３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、
ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプ
チドを、特定の活性についてスクリーニングする化合物とともに細胞に添加して
もよく、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、Ｐ
ＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５
６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、Ｐ
ＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０
９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド存在下で対象とする活性
を阻害する当該化合物の能力が、当該化合物がＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、
ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３
４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、
ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４
４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２
ポリペプチドのアンタゴニストであることを示す。あるいは、アンタゴニストは
、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド及び潜在的アンタゴニストを、
ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７
８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、Ｐ
ＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３
５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、Ｐ
ＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドレセプター又は組換えレセプター
と、競合的阻害アッセイに適した条件下で結合させることにより検出してもよい
。ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドは、放射活性等で標識でき、レ
セプターに結合したＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド分子の数を潜
在的アンタゴニストの有効性を決定するのに使用できる。レセプターをコードす
る遺伝子は、当業者に知られた多くの方法、例えばリガンドパンニング及びＦＡ
ＣＳソーティングにより同定できる。Coligan等, Current Protocols in Immun.
, 1(2): Chapter 5 (1991)。好ましくは発現クローニングが用いられ、そこでは
ポリアデニル化ＲＮＡがＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲ
Ｏ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２
７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲ
Ｏ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５
５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに反応性
の細胞から調製され、このＲＮＡから生成されたｃＤＮＡライブラリがプールに
分配され、ＣＯＳ細胞又は他のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに
反応性でない細胞の形質移入に使用される。スライドガラスで増殖させた形質移
入細胞を標識したＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７
５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、Ｐ
ＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３
４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、Ｐ
ＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドにエクスポーズ
する。ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲ
Ｏ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６
７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲ
Ｏ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９
６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドは、ヨウ素化又は部位特異
的タンパク質キナーゼの認識部位を含む種々の手段で標識できる。固定及びイン
キュベーションの後、スライドにオートラジオグラフ分析を施す。ポジティブプ
ールを同定し、相互作用サブプール化及び再スクリーニング工程を用いてサブプ
ールを調製して再形質移入し、結果的に推定レセプターをコードする単一のクロ
ーンを生成する。
【０１２４】 レセプター同定の代替的方法として、標識したＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９
、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ
３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３
、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ
４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６
２ポリペプチドをレセプター分子を発現する細胞膜又は抽出調製物に光親和性結
合させることができる。架橋材料はＰＡＧＥにより分離し、Ｘ線フィルムにエク
スポーズする。レセプターを含む標識複合体をゲルから切り出し、ペプチド断片
を分離し、タンパク質マイクロ配列決定を施すことができる。マイクロ配列決定
から得たアミノ酸配列は、推定レセプターをコードする遺伝子を同定するｃＤＮ
Ａライブラリをスクリーニングする縮重オリゴヌクレオチドプローブの設計に用
いられる。 アンタゴニストの他の解析において、レセプターを発現する哺乳動物細胞又は
膜調製物を、候補化合物の存在下でＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４
１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、Ｐ
ＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３
０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、Ｐ
ＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチ
ドとともにインキュベートする。次いで、この相互作用を促進又は阻止する化合
物の活性を測定する。 潜在的なアンタゴニストのより特別な例は、免疫グロブリンとＰＲＯ３８１、
ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１
７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、
ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４
３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又
はＰＲＯ２２６２ポリペプチドとの融合体に結合するオリゴヌクレオチド、特に
、限られないが、ポリペプチド-及びモノクローナル抗体及び抗体断片、一本鎖
抗体、抗-イディオタイプ抗体、及びこれらの抗体又は断片のキメラ又はヒト化
形態、並びにヒト抗体及び抗体断片を含む抗体を含んでいる。あるいは、潜在的
アンタゴニストは、密接に関連したタンパク質、例えば、レセプターを認識する
が効果を与えず、よってＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲ
Ｏ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２
７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲ
Ｏ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５
５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの作用を
競合的に阻害するＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７
５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、Ｐ
ＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３
４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、Ｐ
ＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの変異形態であ
ってもよい。
【０１２５】 他の潜在的なＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５
５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲ
Ｏ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４
４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲ
Ｏ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドアンタゴニストは
、アンチセンス技術を用いて調製されたアンチセンスＲＮＡ又はＤＮＡ作成物で
あり、例えば、アンチセンスＲＮＡ又はＤＮＡは、標的ｍＲＮＡにハイブリッド
形成してタンパク質翻訳を妨害することによりｍＲＮＡの翻訳を直接阻止するよ
うに作用する。アンチセンス技術は、トリプルへリックス形成又はアンチセンス
ＤＮＡ又はＲＮＡを通して遺伝子発現を制御するのに使用でき、それらの方法は
ともに、ポリペプチドヌクレオチドのＤＮＡ又はＲＮＡへの結合に基づく。例え
ば、ここでのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５
、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ
３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４
、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ
１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドをコードするポリヌ
クレオチド配列の５'コード化部分は、約１０から４０塩基対長のアンチセンス
ＲＮＡオリゴヌクレオチドの設計に使用される。ＤＮＡオリゴヌクレオチドは、
転写に含まれる遺伝子の領域に相補的であるように設計され（三重螺旋−Lee等,
Nucl, Acid Res., 6: 3073 (1979); Cooney等, Science, 241: 456 (1988); De
rvan等, Science, 251: 1360 (1991)参照）、それによりＰＲＯ３８１、ＰＲＯ
１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８
、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ
１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７
、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲ
Ｏ２２６２ポリペプチドの転写及び生成を防止する。アンチセンスＲＮＡオリゴ
ヌクレオチドはインビボでｍＲＮＡにハイブリッド形成してｍＲＮＡ分子のＰＲ
Ｏ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０
、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ
１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４
、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ
２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドへの翻訳を阻止する（アンチセンス−
Okano, Neurochem., 56: 560 (1991); Oligodeoxynucleotides as Antisense In
hibitors of Gene Expression (ＣRＣ Press: Boca Raton, FL, 1988)）。また
上記のオリゴヌクレオチドは、細胞に輸送され、アンチセンスＲＮＡ又はＤＮＡ
をインビボで発現させて、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、Ｐ
ＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９
２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、Ｐ
ＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５
５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの産生
を阻害することもできる。アンチセンスＤＮＡが用いられる場合、翻訳開始部位
、例えば標的遺伝子ヌクレオチド配列の−１０から＋１０位置の間から誘導され
るオリゴデオキシリボヌクレオチドが好ましい。
【０１２６】 アンチセンスＲＮＡ又はＤＮＡは、一般的に少なくとも約５塩基長、約１０塩
基長、約１５塩基長、約２０塩基長、約２５塩基長、約３０塩基長、約３５塩基
長、約４０塩基長、約４５塩基長、約５０塩基長、約５５塩基長、約６０塩基長
、約６５塩基長、約７０塩基長、約７５塩基長、約８０塩基長、約８５塩基長、
約９０塩基長、約９５塩基長、約１００塩基長、又はそれ以上である。 潜在的アンタゴニストは、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの活
性部位、レセプター結合部位、又は成長因子又は他の関連結合部位に結合し、そ
れによりＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、Ｐ
ＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５
６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、Ｐ
ＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０
９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの正常な生物学的活性を
阻害する小分子を含む。小分子の例は、これらに限られないが、小型ペプチド又
はペプチド様分子、好ましくは可溶性ペプチド、及び合成非ペプチド有機又は無
機化合物を含む。 リボザイムは、ＲＮＡの特異的切断を触媒できる酵素的ＲＮＡ分子である。リ
ボザイムは、相補的標的ＲＮＡへの配列特異的ハイブリッド形成、次いでヌクレ
オチド鎖切断的切断により作用する。潜在的ＲＮＡ標的内の特異的リボザイム切
断部位は、既知の技術で同定できる。更なる詳細は、例えば、Rossi, Current B
iology 4: 469-471 (1994)及びＰＣＴ公報、番号WO 97/33551（1997年9月18日発
行）を参照。 転写阻害に用いられる三重螺旋形成における核酸分子は一本鎖でデオキシヌク
レオチドからなる。これらのオリゴヌクレオチドの基本組成は、フーグスチン塩
基対則を介するトリプルヘリックス形成を促進するように設計され、それは一般
に二重鎖の一方の鎖上のプリン又はピリミジンのサイズ変更可能な伸展を必要と
する。さらなる詳細は、例えば、ＰＣＴ公報、番号WO 97/33551, 上掲を参照。 これらの小分子は、上記で議論したスクリーニングアッセイの一又は複数の任
意のものにより及び／又は当業者に良く知られた他の任意のスクリーニング技術
により同定できる。
【０１２７】 Ｌ．腫瘍治療のための組成物及び方法 ここで同定した遺伝子の増幅を伴う腫瘍の治療に有用な組成物は、限定されな
いが、抗体、小有機及び無機分子、ペプチド、ホスホペプチド、アンチセンス及
びリボザイム分子、三重螺旋分子などを含み、標的遺伝子産物の発現又は活性を
阻害するものである。 例えば、アンチセンスＲＮＡ及びＲＮＡ分子は、標的ｍＲＮＡにハイブリッド
形成してタンパク質翻訳を防止することによりｍＲＮＡの翻訳を直接阻止する。
アンチセンスＤＮＡが用いられる場合、翻訳開始部位、例えば標的遺伝子ヌクレ
オチド配列の−１０から＋１０位置の間から誘導されるオリゴデオキシリボヌク
レオチドが好ましい。 リボザイムは、ＲＮＡの特異的切断を触媒できる酵素的ＲＮＡ分子である。リ
ボザイムは、相補的標的ＲＮＡへの配列特異的ハイブリッド形成、次いでヌクレ
オチド鎖切断的切断により作用する。潜在的ＲＮＡ標的内の特異的リボザイム切
断部位は、既知の技術で同定できる。更なる詳細は、例えば、Rossi, Current B
iology 4: 469-471 (1994)及びＰＣＴ公報、番号WO 97/33551（1997年9月18日発
行）を参照。 転写阻害に用いられる三重螺旋形成における核酸分子は一本鎖でデオキシヌク
レオチドからなる。これらのオリゴヌクレオチドの基本組成は、フーグスチン塩
基対則を介する三重螺旋形成を促進するように設計され、それは一般に二重鎖の
一方の鎖上のプリン又はピリミジンのサイズ変更可能な伸展を必要とする。さら
なる詳細は、例えば、ＰＣＴ公報、番号WO 97/33551, 上掲を参照。 これらの分子は上記のスクリーニングアッセイの任意のもの又は任意の組み合
わせにより、又は当業者に知られた他のスクリーニング技術により同定できる。
【０１２８】 Ｍ．抗体 本発明で最も有望な候補薬剤の幾つかは、ここで同定される増幅遺伝子の生成
又は遺伝子産物を阻害する及び／又は遺伝子産物の活性を低下させる抗体及び抗
体断片である。 １．ポリクローナル抗体 ポリクローナル抗体の調製方法は当業者に知られている。哺乳動物においてポ
リクローナル抗体は、例えば免疫化剤、及び所望するのであればアジュバントを
、一又は複数回注射することで発生させることができる。典型的には、免疫化剤
又はアジュバントを複数回皮下又は腹腔内注射により、哺乳動物に注射する。免
疫化剤は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、
ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３
５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、
ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１
０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド又はその融合タンパク
質を含みうる。免疫化剤を免疫化された哺乳動物において免疫原性が知られてい
るタンパク質に結合させるのが有用である。このような免疫原タンパク質の例は
、これらに限られないが、キーホールリンペットヘモシアニン、血清アルブミン
、ウシサイログロブリン及び大豆トリプシンインヒビターが含まれる。使用され
得るアジュバントの例には、フロイント完全アジュバント及びＭＰＬ-ＴＤＭア
ジュバント(モノホスホリル脂質Ａ、合成トレハロースジコリノミコラート)が含
まれる。免疫化プロトコールは、過度の実験なく当業者により選択されるであろ
う。
【０１２９】 ２．モノクローナル抗体 あるいは、抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗
−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４
３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−Ｐ
ＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４
、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ
１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体であってもよい。モ
ノクローナル抗体は、Kohler及びMilstein, Nature, 256:495 (1975)に記載され
ているようなハイブリドーマ法を使用することで調製することができる。ハイブ
リドーマ法では、マウス、ハムスター又は他の適切な宿主動物を典型的には免疫
化剤により免疫化することで、免疫化剤に特異的に結合する抗体を生成するかあ
るいは生成可能なリンパ球を誘発する。また、リンパ球をインビトロで免疫化す
ることもできる。 免疫化剤は、典型的には断片を含むＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１
４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、
ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１
３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、
ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプ
チド、又はそのタンパク質又はその断片の融合タンパク質を含む。一般にヒト由
来の細胞が望まれる場合には末梢血リンパ球(「ＰＢＬ」)が使用されるか、ある
いは非ヒト哺乳動物源が望まれている場合は、脾臓細胞又はリンパ節細胞が使用
される。次いで、ポリエチレングリコール等の適当な融合剤を用いてリンパ球を
不死化細胞系と融合させ、ハイブリドーマ細胞を形成する［Goding, Monoclonal
Antibodies: Principles and Practice, Academic Press, (1986) pp. 59-103
］。不死化細胞系は、通常は、形質転換した哺乳動物細胞、特に齧歯動物、ウシ
、及びヒト由来の骨髄腫細胞である。通常、ラット又はマウスの骨髄腫細胞系が
使用される。ハイブリドーマ細胞は、好ましくは、未融合の不死化細胞の生存又
は成長を阻害する一又は複数の物質を含有する適切な培地で培養される。例えば
、親細胞が、酵素のヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ
(HGPRT又はHPRT)を欠いていると、ハイブリドーマの培地は、典型的には、ヒポ
キサチン、アミノプテリン及びチミジンを含み(「ＨＡＴ培地」)、この物質がＨ
ＧＰＲＴ欠乏性細胞の増殖を阻止する。
【０１３０】 好ましい不死化細胞系は、効率的に融合し、選択された抗体生成細胞による安
定した高レベルの抗体発現を支援し、ＨＡＴ培地のような培地に対して感受性の
ものである。より好ましい不死化細胞系はマウス骨髄腫系であり、これは例えば
カリフォルニア州サンディエゴのSalk Institute Cell Distribution Centerや
ヴァージニア州マナッサスのアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（
ＡＴＣＣ）より入手可能である。ヒトモノクローナル抗体を生成するためのヒト
骨髄腫及びマウス-ヒト異種骨髄腫細胞系も開示されている［Kozbor, J. Immuno
l., 133:3001 (1984)、Brodeur等, Monoclonal Antibody Production Technique
s and Applications, Marcel Dekker, Inc., New York, (1987) pp. 51-63］。 次いでハイブリドーマ細胞が培養される培養培地を、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１
２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、
ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１
２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、
ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ
２２６２に対するモノクローナル抗体の存在の有無に関し分析する。好ましくは
、ハイブリドーマ細胞によって生成されたモノクローナル抗体の結合特異性は免
疫沈降又はラジオイムノアッセイ(ＲＩＡ)や酵素結合免疫測定法(ＥＬＩＳＡ)等
のインビトロ結合検定法によって測定する。このような技術及びアッセイは、当
該分野において公知である。モノクローナル抗体の結合親和性は、例えばMunson
及びPollard, Anal. Biochem., 107:220 (1980)によるスキャッチャード分析法
によって測定することができる。 所望のハイブリドーマ細胞が同定された後、クローンを限界希釈工程によりサ
ブクローニングし、標準的な方法で成長させることができる［Goding, 上掲］。
この目的のための適当な培地には、例えば、ダルベッコの改変イーグル培地及び
ＲＰＭＩ-１６４０倍地が含まれる。あるいは、ハイブリドーマ細胞は哺乳動物
においてインビボで腹水として成長させることもできる。
【０１３１】 サブクローンによって分泌されたモノクローナル抗体は、例えばプロテインＡ
−セファロース法、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー法、ゲル電気泳
動法、透析法又はアフィニティークロマトグラフィー等の従来の免疫グロブリン
精製方法によって培養培地又は腹水液から単離又は精製される。 また、モノクローナル抗体は、組換えＤＮＡ法、例えば米国特許第4,816,567
号に記載された方法により作成することができる。本発明のモノクローナル抗体
をコードするＤＮＡは、常套的な方法を用いて(例えば、マウス抗体の重鎖及び
軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合可能なオリゴヌクレオチドプローブを使
用して)、容易に単離し配列決定することができる。本発明のハイブリドーマ細
胞はそのようなＤＮＡの好ましい供給源となる。ひとたび単離されたら、ＤＮＡ
は発現ベクター内に挿入することができ、これが宿主細胞、例えばサルＣＯＳ細
胞、チャイニーズハムスター卵巣(ＣＨＯ)細胞、あるいは免疫グロブリンタンパ
ク質を生成などしない骨髄腫細胞内に形質移入され、組換え宿主細胞内でモノク
ローナル抗体の合成をすることができる。また、ＤＮＡは、例えば相同マウス配
列に換えてヒト重鎖及び軽鎖定常ドメインのコード配列を置換することにより［
US. Patent No.4,816,567；Morrison等, 上掲］、又は免疫グロブリンコード配
列に非免疫グロブリンポリペプチドのコード配列の一部又は全部を共有結合する
ことにより修飾することができる。このような非免疫グロブリンポリペプチドは
、本発明の抗体の不変ドメインの代わりに置換するか、本発明の抗体の一つの抗
原結合部位の可変ドメインの代わりに置換し、キメラ性二価抗体を産生すること
ができる。このような非免疫グロブリンポリペプチドは、本発明の抗体の不変ド
メインに置換でき、あるいは本発明の抗体の１つの抗原結合部位の可変ドメイン
に置換でき、キメラ性二価抗体を生成する。
【０１３２】 抗体は一価抗体であってもよい。一価抗体の調製方法は当該分野においてよく
知られてる。例えば、一つの方法は免疫グロブリン軽鎖と修飾重鎖の組換え発現
を含む。重鎖は一般的に、重鎖の架橋を防止するようにＦｃ領域の任意のポイン
トで切断される。あるいは、関連するシステイン残基を他のアミノ酸残基で置換
するか欠失させて架橋を防止する。 一価抗体の調製にはインビトロ法がまた適している。抗体の消化による、その
断片、特にＦａｂ断片の生成は、当該分野において知られている慣用的技術を使
用して達成できる。
【０１３３】 ３．ヒト及びヒト化抗体 抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１
７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−
ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９
３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲ
Ｏ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、
抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体は、さらにヒト化抗体又はヒト
抗体を含む。非ヒト(例えばマウス)抗体のヒト化形とは、キメラ免疫グロブリン
、免疫グロブリン鎖あるいはその断片(例えばＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ'、Ｆ(ａｂ'
)２あるいは抗体の他の抗原結合サブ配列)であって、非ヒト免疫グロブリンに由
来する最小配列を含むものである。ヒト化抗体はレシピエントの相補性決定領域
(ＣＤＲ)の残基が、マウス、ラット又はウサギのような所望の特異性、親和性及
び能力を有する非ヒト種(ドナー抗体)のＣＤＲの残基によって置換されたヒト免
疫グロブリン(レシピエント抗体)を含む。幾つかの例では、ヒト免疫グロブリン
のＦｖフレームワーク残基は、対応する非ヒト残基によって置換されている。ま
た、ヒト化抗体は、レシピエント抗体にも、移入されたＣＤＲもしくはフレーム
ワーク配列にも見出されない残基を含んでいてもよい。一般に、ヒト化抗体は、
全てあるいはほとんど全てのＣＤＲ領域が非ヒト免疫グロブリンのものに対応し
、全てあるいはほとんど全てのＦＲ領域がヒト免疫グロブリンコンセンサス配列
のものである、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全て
を含む。ヒト化抗体は、最適には免疫グロブリン定常領域(Ｆｃ)、典型的にはヒ
トの免疫グロブリンの定常領域の少なくとも一部を含んでなる［Jones等, Natur
e, 321:522-525 (1986); Riechmann等, Nature, 332:323-329 (1988); 及びPres
ta, Curr. Op Struct. Biol., 2:593-596 (1992)］。
【０１３４】 非ヒト抗体をヒト化する方法はこの分野でよく知られている。一般的に、ヒト
化抗体には非ヒト由来の一又は複数のアミノ酸残基が導入される。これら非ヒト
アミノ酸残基は、しばしば、典型的には「移入」可変ドメインから得られる「移
入」残基と称される。ヒト化は基本的に齧歯動物のＣＤＲ又はＣＤＲ配列でヒト
抗体の該当する配列を置換することによりウィンター(Winter)及び共同研究者［
Jones等, Nature, 321:522-525 (1986)；Riechmann等, Nature, 332:323-327 (1
988)；Verhoeyen等, Science, 239:1534-1536 (1988)］の方法に従って、齧歯類
ＣＤＲ又はＣＤＲ配列をヒト抗体の対応する配列に置換することにより実施され
る。よって、このような「ヒト化」抗体は、無傷のヒト可変ドメインより実質的
に少ない分が非ヒト種由来の対応する配列で置換されたキメラ抗体(米国特許第4
,816,567号)である。実際には、ヒト化抗体は典型的には幾つかのＣＤＲ残基及
び場合によっては幾つかのＦＲ残基が齧歯類抗体の類似する部位からの残基によ
って置換されたヒト抗体である。 また、ヒト抗体は、ファージ表示ライブラリ［Hoogenboom及びWinter, J. Mol
. Biol., 227:381 (1991)；Marks等, J. Mol. Biol., 222:581 (1991)］を含む
この分野で知られた種々の方法を用いて作成することもできる。また、Cole等及
びBoerner等の技術も、ヒトモノクローナル抗体の調製に利用することができる
［Cole等, Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss. p.77(1
985)及びBoerner等, J. Immunol., 147(1)：86-95(1991) ］。同様に、ヒト抗体
はヒト免疫グロブリン座位をトランスジェニック動物、例えば内在性免疫グロブ
リン遺伝子は部分的又は完全に不活性化されたマウスに導入することにより産生
することができる。投与の際に、遺伝子再配列、組立、及び抗体レパートリーを
含むあらゆる観点においてヒトに見られるものに非常に類似しているヒト抗体の
生産が観察される。このアプローチは、例えば米国特許第5,545,807号；同第5,5
45,806号；同第5,569,825号；同第5,625,126号；同第5,633,425号；同第5,661,0
16号、及び次の科学文献：Marks等, Bio/Technology 10, 779-783 (1992); Lonb
erg等, Nature, 368:856-859 (1994); Morrison, Nature, 368：812-13 (1994);
Fishwild等, Nature Biotechnology, 14：845-51 (1996); Neuberger, Nature
Biotechnology, 14：826 (1996); Lonberg及びHuszar, Intern. Rev. Immunol.,
13：65-93 (1995)に記載されている。
【０１３５】 ４．抗体依存性酵素媒介性プロドラッグ治療法(ＡＤＥＰＴ) また、本発明の抗体は、プロドラッグ(例えばペプチジル化学療法剤、国際公
開81/01145号を参照)を活性な抗癌剤に転化させるプロドラッグ活性化酵素に抗
体をコンジュゲートさせることにより、ＡＤＥＰＴにおいて使用することができ
る。例えば国際公開88/07378及び米国特許第4,975,278号を参照されたい。 ＡＤＥＰＴに有用な免疫コンジュゲートの酵素成分には、より活性な細胞毒形
態に転化するように、プロドラッグに作用し得る任意の酵素が含まれる。 限定するものではないが、この発明の方法に有用な酵素には、グリコシダーゼ
、グルコースオキシダーゼ、ヒトリゾチーム、ヒトグルクロニダーゼ、ホスフェ
ート含有プロドラッグを遊離の薬剤に転化するのに有用なアルカリ性ホスファタ
ーゼ；スルファート含有プロドラッグを遊離の薬剤に転化するのに有用なアリー
ルスルファターゼ；非毒性５-フルオロシトシンを抗癌剤５-フルオロウラシルに
転化するのに有用なシトシンデアミナーゼ；プロテアーゼ、例えばセラチアプロ
テアーゼ、サーモリシン、サブチリシン、カルボキシペプチダーゼ（例えば、カ
ルボキシペプチダーゼＧ２及びカルボキシペプチダーゼＡ）及びカテプシン(例
えば、カテプシンＢ及びＬ)で、ペプチド含有プロドラッグを遊離の薬剤に転化
するのに有用なもの；Ｄ-アミノ酸置換基を含有するプロドラッグの転化に有用
なＤ-アラニルカルボキシペプチダーゼ；炭水化物切断酵素、例えばグリコシル
化プロドラッグを遊離の薬剤に転化するのに有用なノイラミニダーゼ及びβガラ
クトシダーゼ；βラクタムで誘導体化された薬剤を遊離の薬剤に転化させるのに
有用なβラクタマーゼ；及びペニシリンアミダーゼ、例えばそれぞれフェノキシ
アセチル又はフェニルアセチル基で、それらのアミン性窒素において誘導体化さ
れた薬剤を遊離の薬剤に転化するのに有用なペニシリンＶアミダーゼ又はペニシ
リンＧアミダーゼが含まれる。あるいは、「アブザイム」としてもまた公知の酵
素活性を有する抗体を、遊離の活性薬剤に本発明のプロドラッグを転化させるた
めに使用することもできる(例えば、Massey, Nature 328:457-458[1987]を参照)
。抗体-アブザイムコンジュゲートは、ここで記載されているようにして、腫瘍
細胞個体群にアブザイムを輸送するために調製することができる。 この発明の酵素は、当該分野においてよく知られている技術、例えば上で検討
したヘテロ二官能性架橋試薬を使用することにより、抗−ＰＲＯ３８１、抗−Ｐ
ＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０
、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ
３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗
−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４
０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−
ＰＲＯ２２６２抗体に共有的に結合させることができる。あるいは、本発明の抗
体の少なくとも結合領域を本発明の酵素の少なくとも機能的に活性な部位に結合
せしめてなる融合タンパク質を、当該技術においてよく知られている組換えＤＮ
Ａ技術を使用して作成することができる(Neuberger等, Nature 312:604-608[198
4])。
【０１３６】 ５．二重特異性抗体 二重特異性抗体は、少なくとも２つの異なる抗原に対して結合特異性を有する
モノクローナル抗体、好ましくはヒトもしくはヒト化抗体である。本発明の場合
において、結合特異性の一方はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２に対してであり
、他方は任意の他の抗原、好ましくは細胞表面タンパク質又はレセプター又はレ
セプターサブユニットに対してである。 二重特異性抗体を作成する方法は当該技術分野において周知である。伝統的に
は、二重特異性抗体の組換え生産は、二つの重鎖が異なる特異性を持つ二つの免
疫グロブリン重鎖／軽鎖対の同時発現に基づく［Milstein及びCuello, Nature,
305:537-539 (1983)］。免疫グロブリンの重鎖と軽鎖を無作為に取り揃えるため
、これらハイブリドーマ(クアドローマ)は１０種の異なる抗体分子の潜在的混合
物を生成し、その内一種のみが正しい二重特異性構造を有する。正しい分子の精
製は、アフィニティークロマトグラフィー工程によって通常達成される。同様の
手順が1993年5月13日公開のWO 93/08829、及びTraunecker等, EMBO J.,10:3655-
3656 (1991)に開示されている。
【０１３７】 所望の結合特異性(抗体-抗原結合部位)を有する抗体可変ドメインを免疫グロ
ブリン定常ドメイン配列に融合できる。融合は、好ましくは少なくともヒンジ部
、ＣＨ２及びＣＨ３領域の一部を含む免疫グロブリン重鎖定常ドメインとのもの
である。少なくとも一つの融合には軽鎖結合に必要な部位を含む第一の重鎖定常
領域(ＣＨ１)が存在することが望ましい。免疫グロブリン重鎖融合体をコードす
るＤＮＡ、及び望むのであれば免疫グロブリン軽鎖を、別々の発現ベクターに挿
入し、適当な宿主生物に同時形質移入する。二重特異性抗体を作成するための更
なる詳細については、例えばSuresh等, Methods in Enzymology, 121:210(1986)
を参照されたい。 国際公開WO 96/27011号に記載された他のアプローチ法によれば、一対の抗体
分子間の界面を操作して組換え細胞培養から回収されるヘテロ二量体のパーセン
トを最大にすることができる。好適な界面は抗体定常ドメインのＣＨ３ドメイン
の少なくとも一部を含む。この方法では、第１抗体分子の界面からの一又は複数
の小さいアミノ酸側鎖がより大きな側鎖(例えばチロシン又はトリプトファン)と
置換される。大きな側鎖と同じ又はより小さいサイズの相補的「キャビティ」を
、大きなアミノ酸側鎖を小さいもの(アラニン又はスレオニン)と置き換えること
により第２の抗体分子の界面に作り出す。これにより、ホモ二量体のような不要
の他の最終産物に対してヘテロダイマーの収量を増大させるメカニズムが提供さ
れる。 二重特異性抗体は、完全長抗体又は抗体断片（例えば、Ｆ(ａｂ')２二重特異
性抗体）として調製できる。抗体断片から二重特異性抗体を産生する技術もまた
文献に記載されている。例えば、化学結合を使用して二重特異性抗体を調製する
ことができる。Brennan等, Science, 229:81 (1985) は無傷の抗体をタンパク分
解性に切断してＦ(ａｂ')２断片を産生する手順を記述している。これらの断片
は、ジチオール錯体形成剤亜砒酸ナトリウムの存在下で還元して近接ジチオール
を安定化させ、分子間ジスルフィド形成を防止する。産生されたＦａｂ'断片は
ついでチオニトロベンゾアート(ＴＮＢ)誘導体に転換される。Ｆａｂ'-ＴＮＢ誘
導体の一つをついでメルカプトエチルアミンでの還元によりＦａｂ'-チオールに
再転換し、他のＦａｂ'-ＴＮＢ誘導体の等モル量と混合して二重特異性抗体を形
成する。作られた二重特異性抗体は酵素の選択的固定化用の薬剤として使用する
ことができる。
【０１３８】 大腸菌からＦａｂ'フラグメントを直接回収でき、これは化学的に結合して二
重特異性抗体を形成することができる。Shalaby等, J. Exp. Med., 175:217-225
(1992) は完全にヒト化された二重特異性抗体Ｆ(ａｂ')２分子の製造を記述し
ている。各Ｆａｂ'フラグメントは大腸菌から別個に分泌され、インビトロで定
方向化学共役を受けて二重特異性抗体を形成する。このようにして形成された二
重特異性抗体は、正常なヒトＴ細胞及びＥｒｂＢ２レセプターを過剰発現する細
胞に結合可能で、ヒト乳房腫瘍標的に対するヒト細胞障害性リンパ球の細胞溶解
活性の誘因となる。 組換え細胞培養から直接的に二重特異性抗体フラグメントを作成し分離する様
々な方法もまた記述されている。例えば、二重特異性抗体はロイシンジッパーを
使用して生産されている。Kostelny等, J. Immunol. 148(5):1547-1553 (1992)
。Ｆｏｓ及びＪｕｎタンパク質からのロイシンジッパーペプチドを遺伝子融合に
より二つの異なった抗体のＦａｂ'部分に結合させる。抗体ホモダイマーをヒン
ジ領域で還元してモノマーを形成し、ついで再酸化して抗体ヘテロダイマーを形
成する。この方法はまた抗体ホモダイマーの生産に対して使用することができる
。Hollinger等, Proc.Natl.Acad.Sci. USA, 90:6444-6448 (1993)により記述さ
れた「ダイアボディ」技術は二重特異性抗体フラグメントを作成する別のメカニ
ズムを提供した。フラグメントは、同一鎖上の２つのドメイン間の対形成を可能
にするには十分に短いリンカーにより軽鎖可変ドメイン(ＶＬ)に重鎖可変ドメイ
ン(ＶＨ)を結合してなる。従って、一つのフラグメントのＶＨ及びＶＬドメイン
は他のフラグメントの相補的ＶＬ及びＶＨドメインと強制的に対形成させられ、
２つの抗原結合部位を形成する。単鎖Ｆｖ(ｓＦｖ)ダイマーの使用により二重特
異性抗体フラグメントを製造する他の方策もまた報告されている。Gruber等, J.
Immunol. 152:5368 (1994)を参照されたい。
【０１３９】 二価より多い抗体も考えられる。例えば、三重特異性抗体を調製することがで
きる。Tutt等 J. Immunol. 147:60(1991)。 例示的二重特異性抗体は、ここで与えられるタンパク質上の２つの異なるエピ
トープに結合しうる。あるいは、抗-ポリペプチドアームは、Ｔ細胞レセプター
分子（例えばＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ２８又はＢ７）等の白血球上のトリガー分子
、又はＦｃγＲＩ(ＣＤ６４)、ＦｃγＲＩＩ(ＣＤ３２)及びＦｃγＲＩＩＩ(Ｃ
Ｄ１６)等のＩｇＧのＦｃレセプター（ＦｃγＲ）に結合するアームに結合し、
細胞防御メカニズムを特定のタンパク質発現細胞に集中するようにしてもよい。
二重特異性抗体は、特定のポリペプチドを発現する細胞に対する局所的細胞毒性
薬として使用してもよい。これらの抗体は、ポリペプチド結合アーム及び細胞毒
性薬又はキレート化剤、例えばＥＯＴＵＢＥ、ＤＰＴＡ、ＤＯＴＡ、又はＴＥＴ
Ａに結合するアームを有する。他の対象とする二重特異性抗体は、ポリペプチド
に結合し、さらに組織因子（ＴＦ）に結合する。
【０１４０】 ６．ヘテロ結合抗体 ヘテロ結合抗体もまた本発明の範囲に入る。ヘテロ結合抗体は、２つの共有結
合した抗体からなる。このような抗体は、例えば、免疫系細胞を不要な細胞に対
してターゲティングさせるため［米国特許第4,676,980号］及びＨＩＶ感染の治
療のために［WO 91/00360; WO 92/200373; EP 03089］提案されている。この抗
体は、架橋剤に関連したものを含む合成タンパク化学における既知の方法を使用
して、インビトロで調製することができると考えられる。例えば、ジスルフィド
交換反応を使用するか又はチオエーテル結合を形成することにより、免疫毒素を
作成することができる。この目的に対して好適な試薬の例には、イミノチオレー
ト及びメチル-４-メルカプトブチリミデート、及び例えば米国特許第4,676,980
号に開示されているものが含まれる。
【０１４１】 ７．エフェクター機能の設計 本発明の抗体をエフェクター機能について改変し、例えばガンの治療における
抗体の効能を増強することが望ましい。例えば、システイン残基をＦｃ領域に導
入して、この領域における鎖間ジスルフイド結合を形成させる。このようにして
産生されたホモダイマー抗体は改善されたインターナリゼーション能力及び／又
は増加した補体媒介細胞死滅及び抗体依存性細胞障害活性(ＡＤＣＣ)を有しうる
。Caron等, J. Exp. Med. 176:1191-1195 (1992)及びShopes, B. J. Immunol. 1
48:2918-2922 (1992)を参照されたい。抗腫瘍活性が高められたホモダイマー抗
体は、Wolff等, Cancer Research 53:2560-2565(1993)に記載されているような
ヘテロ二官能性架橋剤を使用して調製することもできる。あるいは二重Ｆｃ領域
を有し、よって増強された補体溶解及びＡＤＣＣ能を有しうる抗体を設計するこ
とができる。Stevensonら, Anti-cancer Drug Design 3:219-230 (1989)を参照
。
【０１４２】 ８．免疫複合体 本発明はまた、化学治療薬、毒素（例えば、細菌、真菌、植物又は動物由来の
酵素活性毒素、又はその断片）などの細胞毒性薬、あるいは放射性同位体（即ち
、放射性結合）に結合された抗体を含む免疫複合体にも関する。 このような免疫複合体の生成に有用な化学治療薬は上記した。用いることので
きる酵素活性毒素及びその断片は、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合活
性断片、コレラ毒素、ボツリヌス毒素、（緑膿菌からの）外毒素Ａ鎖、リシンＡ
鎖、アブリンＡ鎖、モデクシン(modeccin)Ａ鎖、アルファ-サルシン、アレウリ
テス・フォーディ(Aleurites fordii)タンパク質、ジアンチン(dianthin)タンパ
ク質、フィトラカ・アメリカーナ(Phytolaca americana)タンパク質（ＰＡＰＩ
、ＰＡＰＩＩ、及びＰＡＰ-Ｓ）、モモルディカ・チャランチア(momordica char
antia)インヒビター、クルシン(curcin)、クロチン(crotin)、サパオナリア・オ
フィシナリス(sapaonaria officinalis)インヒビター、ゲロニン(gelonin)、サ
ポリン、ミトゲリン(mitogellin)、レストリクトシン(restrictocin)、フェノマ
イシン(phenomycin)、エノマイシン(enomycin)及びトリコテセン(tricothecene)
を含む。小分子毒素は例えばカリキアミシン(calicheamicins)、マイタンシノイ
ド(maytansinoids)、パリトキシン及びＣＣ１０６５を含む。様々な放射性ヌク
レオチドが放射性抱合抗体の生成に利用可能である。例として、２１２Ｂｉ、１ ３１ Ｉ、１３１Ｉｎ、９０Ｙ及び１８６Ｒｅを含む。
【０１４３】 抗体及び細胞毒性薬の複合体は、種々の二官能性タンパク質カップリング剤、
例えば、Ｎ-スクシンイミジル-３-(２-ピリジルジチオール)プロピオネート（Ｓ
ＰＤＰ）、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの二官能性誘導体（ジメチ
ルアジピミデートＨＣＬ等）、活性エステル（ジスクシンイミジルスベレート等
）、アルデヒド（グルタルアルデヒド等）、ビス-アジド化合物（ビス(ｐ-アジ
ドベンゾイル)ヘキサンジアミン等）、ビス-ジアゾニウム誘導体（ビス-(ｐ-ジ
アゾニウムベンゾイル)-エチレンジアミン等）、ジイソシアネート（トリエン２
，６-ジイソシアネート等）、及びビス-活性フッ素化合物（１，５-ジフルオロ-
２，４-ジニトロベンゼン等）を用いて作成できる。例えば、リシン免疫毒素は
、Vitetta等, Science 238: 1098 (1987)に記載されたように調製することがで
きる。カーボン-１４-標識１-イソチオシアナトベンジル-３-メチルジエチレン
トリアミン五酢酸（ＭＸ-ＤＴＰＡ）は、放射性ヌクレオチドの抗体への抱合の
ためのキレート剤の例である。WO 94/11026参照。 他の実施態様では、腫瘍の予備標的化で使用するために、抗体は「レセプター
」（ストレプトアビジン等）に結合されてもよく、抗体-レセプター複合体は患
者に投与され、次いで清澄化剤を用いて未結合複合体を循環から除去し、次に細
胞毒性薬（例えば、放射性ヌクレオチド等）に抱合された「リガンド」（例えば
アビジン）を投与する。
【０１４４】 ９．免疫リポソーム また、ここに開示する抗体は、免疫リポソームとして調製してもよい。抗体を
含むリポソームは、Epstein等, Proc. Natl. acad. Sci. USA, 82: 3688 (1985)
; Hwang等, Proc. natl. Acad. Sci. USA, 77: 4030 (1980); 及び米国特許第4,
485,045号及び第4,544,545号に記載されたような、この分野で知られた方法で調
製される。向上した循環時間を持つリポソームは、米国特許第5,013,556号に開
示されている。 特に有用なリポソームは、ホスファチジルコリン、コレステロール及びＰＥＧ
-誘導ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥＧ-ＰＥ）を含む脂質組成物での逆
相蒸発法によって生成される。リポソームは、所定サイズのフィルターを通して
押し出され、所望の径を有するリポソームが生成される。本発明の抗体のＦａｂ
’断片は、Martin等, J. Biol. Chem. 257: 286-288 (1982)に記載されているよ
うに、ジスルフィド交換反応を介してリポソームに抱合され得る。化学治療薬（
ドキソルビシン等）は、場合によってはリポソーム内に包含される。Gabizon等,
J. National Cancer Inst. 81(19) 1484 (1989)参照。
【０１４５】 Ｎ．製薬組成物 ここで同定される増幅遺伝子の産物に特異的に結合するアゴニスト抗体、並び
に上記に開示したスクリーニングアッセイで同定された他の分子は、癌を含む腫
瘍、ウイルス性疾患などの上記で議論した種々の病理学的状態の治療のために、
免疫調節剤として、製薬組成物の形態で投与することができる。 増幅された遺伝子にコードされるタンパク質が細胞内であり、全抗体が阻害剤
として用いられる場合、内在化抗体が好ましい。しかし、リポフェクション又は
リポソームは、抗体又は抗体断片を細胞に導入するのに使用できる。 抗体断片
が用いられる場合、標的タンパク質の結合ドメインに特異的に結合する最小阻害
断片が通常は好ましい。例えば、抗体の可変領域配列に基づいて、標的タンパク
質配列に結合する能力を保持したペプチド分子が設計できる。このようなペプチ
ドは、化学的に合成でき、又は組換えＤＮＡ技術によって生成できる（例えば、
Marasco等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90, 7889-7893 [1993]）。 抗体の治療用製剤は、所望される程度の純度を持つ抗体を、親油性製剤又は水
性溶液の形態で、任意の製薬上許容される担体、賦形剤又は安定化剤と混合する
ことにより調製され保存される（Remington's Pharmaceutical Science 16th ed
ition, Osol, A. Ed. [1980]）。許容される担体、賦形剤、又は安定化剤は、用
いられる用量及び濃度で受容者に非毒性であり、リン酸、クエン酸、及び他の有
機酸などのバッファー；アスコルビン酸及びメチオニンを含む酸化防止剤；防腐
剤（オクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロライド；ヘキサメトニウム
クロライド；ベンズアルコニウムクロライド；ベンズエトニウムクロライド；フ
ェノール；ブチル又はベンジルアルコール；メチル又はプロピルパラベン等のア
ルキルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３-ペン
タノール；及びｍ-クレゾールなど）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチ
ド；血清アルブミン、ゼラチン、又は免疫グロブリン等のタンパク質；ポリビニ
ルピロリドン等の親水性ポリマー；グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒス
チジン、アルギニン、又はリシン等のアミノ酸；グルコース、マンノース、又は
デキストリンを含む単糖類、二糖類、及び他の炭水化物ＥＤＴＡ等のキレート剤
、スクロース、マンニトール、トレハロース又はソルビトールなどの糖；ナトリ
ウムなどの塩形成対イオン；金属錯体（例えば、Ｚｎ-タンパク質錯体）又はト
ゥイーン(TWEEN)（商品名）、プルロニクス(PLURONICS)（商品名）、及びポリエ
チレングリコール（ＰＥＧ）等の非イオン性界面活性剤を含む。
【０１４６】 本発明のスクリーニングアッセイで同定された非-抗体化合物は、同様の方式
で、この分野で知られた標準技術を用いて製剤される。 ここでの製剤は、治療すべき特定の徴候に必要な場合に１以上の活性化合物、
好ましくは互いに悪影響を及ぼさない相補的仮性を持つものも含んでよい。ある
いは、又はそれに加えて、組成物は、細胞毒性薬、サイトカイン又は成長阻害剤
を含んでもよい。これらの分子は、適切には、意図する目的に有効な量の組み合
わせで存在する。 また、活性成分は、例えばコアセルベーション技術により又は界面重合により
調製されたマイクロカプセル、例えば、各々ヒドロキシメチルセルロース又はゼ
ラチン-マイクロカプセル及びポリ（メタクリル酸メチル）マイクロカプセル中
、コロイド状薬物送達系<BR（例えば、リポソーム、アルブミン小球、マイクロ
エマルション、ナノ粒子及びナノカプセル）中、又はマイクロエマルション中に
包括されていてもよい。これらの技術は、Remington's Pharmaceutical Science
16th edition, Osol, A. Ed. [1980]に開示されている。
【０１４７】 インビボ投与に使用される製剤は無菌でなけらばならない。これは、滅菌濾過
膜を通した濾過により容易に達成される。 徐放性製剤を調製してもよい。徐放性製剤の好適な例は、抗体を含有する固体
疎水性ポリマーの半透性マトリクスを含み、このマトリクスは成形された物品、
例えばフィルム、又はマイクロカプセルの形状である。除放性マトリクスの例は
、ポリエステルヒドロゲル（例えば、ポリ(２-ヒドロキシエチル-メタクリレー
ト)又はポリ(ビニルアルコール））、ポリアクチド（米国特許第3,773,919号）
、Ｌ-グルタミン酸及びγ-エチル-Ｌ-グルタメート、非分解性エチレン-酢酸ビ
ニル、LUPRON DEPOT(商品名)（乳酸-グリコール酸コポリマーと酢酸リュープロ
リドの注射可能な小球）などの分解性乳酸-グリコール酸コポリマー、ポリ-(Ｄ)
-３-ヒドロキシブチル酸を含む。エチレン-酢酸ビニル及び乳酸-グリコール酸な
どのポリマーは分子を１００日に渡って放出することができるが、ある種のヒド
ロゲルはより短時間でタンパク質を放出してしまう。カプセル化された抗体が身
体内に長時間残ると、それらは３７℃の水分に露出されることにより変性又は凝
集し、その結果、生物学的活性の低下及び起こりうる免疫原性の変化をもたらす
。合理的な方法は、含まれる機構に依存する安定化について工夫することができ
る。例えば、凝集機構がチオ−ジスルフィド交換を通した分子間Ｓ-Ｓ結合形成
であると発見された場合、安定化はスルフヒドリル残基の修飾、酸性溶液からの
凍結乾燥、水分含有量の制御、適切な添加剤の付加、及び特異的ポリマーマトリ
クス組成物の開発によって達成されうる。
【０１４８】 Ｏ．治療方法 本発明の抗体及び他の抗腫瘍化合物は、ここで同定される増幅遺伝子の過剰発
現及び／又は活性化を特徴とするものを含む種々の状態の治療に用いてもよいと
考えられる。このような抗体及び、これらに限られないが有機及び無機小分子、
ペプチド、アンチセンス分子等を含む他の化合物で治療される状態又は疾患の例
としては、良性又は悪性腫瘍（例えば、腎臓(renal)、肝臓、腎臓(kidney)、膀
胱、乳房、胃、卵巣、大腸直腸、前立腺、膵臓、肺、外陰部、甲状、肝臓の癌；
肉腫；膠芽細胞腫；及び種々の頭部及び頸部の腫瘍）；白血病及びリンパ悪性疾
患；ニューロン、グリア、星状細胞、視床下部及び他の腺、マクロファージ、上
皮、間質及び胞胚腔の疾患；及び炎症、脈管形成及び免疫学的な疾患が含まれる
。 本発明の抗腫瘍剤、例えば抗体は、哺乳動物、好ましくはヒトに、周知の方法
、例えば、ボーラスとして又は所定時間に渡る連続注入による静脈内投与、筋肉
内、腹膜内、脳脊髄内、皮下、関節間、滑膜内、鞘内、経口、局所、又は吸入経
路などにより投与される。抗体の静脈内投与が好ましい。
【０１４９】 他の治療的養生法を抗癌剤、例えば本発明の抗体の投与と組み合わせてもよい
。例えば、このような抗癌剤で治療される患者は放射線治療を受けてもよい。あ
るいは、又はそれに加えて、患者に化学治療薬を投与してもよい。このような化
学治療薬の調製法及び用量スケジュールは、製造者の指示に従って使用されるか
、熟練した実務者により経験的に決定される。そのような化学治療に対する調製
法及び用量スケジュールはまたChemotherapy Service M.C. Perry編, Williams
&amp; Wilkins, Baltimore, MD (1992)にも記載されている。化学治療薬は、本
発明の抗腫瘍剤、例えば抗体の投与に先立って、又は続いて投与してもよく、あ
るいはそれらと同時に投与してもよい。本発明の抗体は、タモキシフェン等の抗
エストロゲン化合物又はオナプリストンなどの抗プロゲステロン（EP 616812参
照）の、それらの分子について知られた用量と組み合わせてもよい。 また、腫瘍関連抗原に対する抗体、例えばＥｒｂＢ２、ＥＧＦＲ、ＥｒｂＢ３
、ＥｒｂＢ４、又は血管内皮因子（ＶＥＧＦ）に結合する抗体を投与することも
好ましい。ときどきは、患者にサイトカインを投与することも有利である。好ま
しい実施態様では、ここの抗癌剤は、成長阻害剤と同時投与される。例えば、ま
ず成長阻害剤を投与し、続いて本発明の抗癌剤を投与する。しかしながら、同時
投与、又は本発明の抗癌剤を最初に投与することも考えられる。成長阻害剤につ
いての適切な用量は現在用いられている量であるが、成長阻害剤とこの抗体との
組み合わせ（相乗）効果により減少させ得る。
【０１５０】 疾患の防止又は治療のための、ここでの抗腫瘍剤の適切な用量は、上記で定義
したような治療される疾患の型、疾患の重篤さ及び経過、防止又は治療目的で薬
剤が投与されるか否か、従前の治療、患者の臨床履歴及び薬剤に対する反応、及
び主治医の裁量に依存する。薬剤は、適切には患者に一回又は一連の治療に渡っ
て適切に投与される。 例えば、疾患の型及び重篤さに応じて、約１μｇ／ｋｇから１５ｍｇ／ｋｇ（
例えば、０．１−２０ｍｇ／ｋｇ）の抗体が、例えば、１又はそれ以上の別々の
投与あるいは連続注入のいずれにしても、患者に投与するための最初の候補用量
である。典型的な１日の用量は、上記の要因に応じて、約１μｇ／ｋｇから１０
０ｍｇ／ｋｇ又はそれ以上であろう。数日以上に渡る繰り返し投与のためには、
状態に応じて、疾患の徴候に所望の抑制が現れるまで治療が続けられる。しかし
ながら、他の用量計画が有用であることもある。この治療の進行は、従来の技術
及びアッセイによって容易に観察される。
【０１５１】 Ｐ．製造品 本発明の他の実施態様では、上記の疾患の診断又は治療に有用な物質を含む製
造品が提供される。この製造品は容器とラベルとを含んでなる。好適な容器は、
例えば、ビン、バイアル、シリンジ、及び試験管を含む。容器は、ガラス又はプ
ラスチックなどの材料から形成されてよい。容器は、状態を診断し治療するのに
有効な組成物を収容し、無菌のアクセスポートを有し得る（例えば、容器は皮下
注射針で貫通可能なストッパーを有する静脈内溶液バッグ又はバイアルであって
よい）。組成物中の活性剤は通常、ここで同定される遺伝子産物の活性を妨害す
ることのできる抗腫瘍剤、例えば抗体である。容器上又は添付されるラベルは、
組成物が選択した状態の診断又は治療のために使用されることを示す。製造品は
さらに、リン酸緩衝塩水、リンガー液及びデキストロース溶液などの製薬的に許
容されるバッファーを含む第２の容器を具備してもよい。さらに、他のバッファ
ー、希釈剤、フィルター、針、シリンジ、及び使用上の指示を付けたパッケージ
挿入物を含む商業的及び使用者の見地から望ましい他の材料を含んでもよい。
【０１５２】 Ｑ．腫瘍の診断及び予知 或る種の腫瘍で過剰発現される成長レセプター等の細胞表面タンパク質は候補
薬剤又は腫瘍（例えば、癌）治療の優れた標的であるが、同じタンパク質は腫瘍
細胞で増幅された遺伝子にコードされる分泌タンパク質とともに腫瘍の診断及び
予知に用途が見出される。例えば、腫瘍細胞で増幅された遺伝子のタンパク質産
物に対する抗体は腫瘍診断又は予知として使用できる。 例えば、抗体断片を含む抗体は、増幅された遺伝子にコードされるタンパク質
（「マーカー遺伝子産物」）の発現の定性的又は定量的検出に用いることができ
る。抗体は、好ましくは検出可能な、例えば蛍光標識を備え、結合は光学顕微鏡
、フローサイトメトリー、フルオロメトリー、又はこの分野で知られた他の技術
によって観察できる。これらの技術は、増幅された遺伝子が細胞表面タンパク質
、例えば成長因子をコードする場合に特に好ましい。このような結合アッセイは
、上記５節に実質的に記載されたように実施される。 マーカー遺伝子産物に結合する抗体のインサイツ検出は、例えば、免疫蛍光又
は免疫電子顕微鏡によって実施できる。この目的のために、組織学的試料を患者
から取り出し、好ましくは生物学的試料に抗体を重層させることにより、標識抗
体をそれに適用する。この手法はまた、試験される組織におけるマーカー遺伝子
産物の分布も決定できるようにする。当業者には、インサイツ検出のために広範
な組織学的方法が容易に利用できることは明らかであろう。
【０１５３】 以下の実施例は例示するためにのみ提供されるものであって、本発明の範囲を
決して限定することを意図するものではない。 本明細書で引用した全ての特許及び文献の全体を、出典明示によりここに取り
込む。 （実施例） 実施例で言及されている全ての他の市販試薬は、特に示さない限りは製造者の
使用説明に従い使用した。ＡＴＣＣ登録番号により以下の実施例及び明細書全体
を通して特定されている細胞の供給源はアメリカン・タイプ・カルチャー・コレ
クション、１０８０１ユニヴァーシティー・ビルディング、マナッサス、ＶＡ２
０１１０−２２０９である。本出願で言及される全ての元の寄託は、特許手続き
上の微生物の寄託の国際的承認に関するブダペスト条約及びその規則(ブダペス
ト条約)の規定の下でなされた。これは、寄託の日付から３０年間、寄託の生存
可能な培養が維持されることを保証するものである。寄託物はブダペスト条約の
条項に従い、またジェネンテク社とＡＴＣＣとの間の合意に従い、ＡＴＣＣから
入手することができ、これは、どれが最初であろうとも、関連した米国特許の発
行時又は任意の米国又は外国特許出願の公開時に、寄託培養物の後代を永久かつ
非制限的に入手可能とすることを保証し、米国特許法第１２２条及びそれに従う
特許庁長官規則(特に参照番号８８６ＯＧ６３８の３７ＣＦＲ第１．１４条を含
む)に従って権利を有すると米国特許庁長官が決定した者に子孫を入手可能とす
ることを保証するものである。 特に記さない限り、本発明は上記及び以下の教科書に記載されたもののような
組換えＤＮＡ技術の標準的な手法を用いた：Sambrook等, Molecular Cloning: A
Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press N.Y., 1989; Ausubel等, Curr
ent Protocols in Molecular Biology, Green Publishing Associates and Wile
y Interscience, N.Y., 1989; Innis等, PCR Protocols: A Guide to Methods a
nd Applications, Academic Press, Inc., N.Y.., 1990; Harlow等, Antibodies
: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, 198
8; Gait, Oligonucleotide Synthesis, IRL Press, Oxford, 1984; R.I. Freshn
ey, Animal Cell Culture, 1987; Coligan等, Current Protocols in Immunolog
y, 1991。
【０１５４】 実施例１ 新規なポリペプチド及びそれをコードするｃＤＮＡを同定するための細胞外ドメ
イン相同性スクリーニング Swiss-Prot公的データベースからの約９５０の既知の分泌タンパク質からの細
胞外ドメイン（ＥＣＤ）配列（もしあれば、分泌シグナル配列を含む）を、ＥＳ
Ｔデータベースの検索に使用した。ＥＳＴデータベースは、公的データベース（
例えば、Dayhoff、GenBank）及び企業のデータベース（例えば、LIFESEQ(商品名
)、Incyte Pharmaceuticals、Palo Alto, CA）を含む。検索は、コンピュータプ
ログラムBLAST又はBLAST-2（Altschul等, Methods in Enzymology 266: 460-480
(1996)）を用いて、ＥＣＤタンパク質配列のＥＳＴ配列の６フレーム翻訳との
比較として実施した。既知のタンパク質をコードせず、BLASTスコア７０（９０
の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「phrap」（Phil Gree
n, University of Washington, Seattle, WA）で集団化してコンセンサスＤＮＡ
配列を構築した。 この細胞外ドメイン相同性スクリーニングを用いて、phrapを用いて他の同定
されたＥＳＴ配列に対してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。さらに、得られ
たコンセンサスＤＮＡ配列を、しばしば（常にではない）BLAST又はBLAST-2及び
phrapの繰り返しサイクルを用いて伸長し、コンセンサス配列を上で議論したＥ
ＳＴ配列の供給源を用いて可能な限り伸長させた。 上記のように得られたコンセンサス配列に基づいて、次いでオリゴヌクレオチ
ドを合成し、ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定する
ため、及びＰＲＯポリペプチドの全長コード化配列のクローンを単離するプロー
ブとして用いるために使用した。正方向及び逆方向ＰＣＲプライマーは一般的に
２０から３０ヌクレオチドの範囲であり、しばしば約１００−１０００ｂｐ長の
ＰＣＲ産物を与えるために設計される。プローブ配列は、典型的に４０−５５ｂ
ｐ長である。幾つかの場合には、コンセンサス配列が約１−１．５ｋｂｐより大
きいときに付加的なオリゴヌクレオチドが合成される。全長クローンについて幾
つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを、Au
subel等, Current Protocols in Molecular Biology, のように、ＰＣＲプライ
マー対でのＰＣＲによりスクリーニングした。ポジティブライブラリを、次いで
、プローブオリゴヌクレオチド及びプライマー対の一方を用いて対象とする遺伝
子をコードするクローンの単離するのに使用した。 ｃＤＮＡクローンの単離に用いたｃＤＮＡライブラリは、Invitrogen, San Di
ego, CAからのもの等の市販試薬を用いて標準的な方法によって作成した。ｃＤ
ＮＡは、ＮｏｔＩ部位を含むオリゴｄＴでプライムし、平滑末端でＳａｌＩヘミ
キナーゼアダプターに結合させ、ＮｏｔＩで切断し、ゲル電気泳動でおよそのサ
イズ分類し、そして適切なクローニングベクター（ｐＲＫＢ又はｐＲＫＤ等；ｐ
ＲＫ５ＢはＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Holmes等, Scie
nce, 253: 1278-1280 (1991)参照）に、独特のＸｈｏＩ及びＮｏｔＩ部位におい
て、所定の方向でクローニングした。
【０１５５】 実施例２ シグナルアルゴリズム分析を用いたｃＤＮＡクローンの単離 種々のポリペプチド-コード化核酸配列は、ジェネンテク，インク（South San
Francisco, CA）によって開発された独自の配列発見アルゴリズムを、公的（例
えば、GenBank）及び／又は私的（LIFESEQ(登録商標), Incyte Pharmaceuticals
, Inc., Palo Alto, CA）データベースからのＥＳＴｓ並びに集団化及び構築さ
れたＥＳＴ断片に適用することにより同定した。シグナル配列アルゴリズムは、
考慮している配列又は配列断片の５'-末端の第１の、場合によっては第２のメチ
オニンコドン（ＡＴＧ）を取り囲むＤＮＡヌクレオチドの文字に基づく分泌シグ
ナルスコアを計算する。第１のＡＴＧに続くヌクレオチドは、停止コドンを持た
ない少なくとも３５の不明瞭でないアミノ酸をコードしなければならない。第１
のＡＴＧが必要なアミノ酸を有する場合、第２のものは解析しない。何れも要件
を満たさない場合、候補配列にスコアをつけなかった。ＥＳＴ配列が真正のシグ
ナル配列を含むか否かを決定するために、ＡＴＧコドンを取り囲むＤＮＡ及び対
応するアミノ酸配列を、分泌シグナルに関連することが知られた７つのセンサー
（評価パラメータ）の組を用いてスコアをつけた。このアルゴリズムの使用によ
り、多くのポリペプチド-コード化核酸配列の同定がなされた。
【０１５６】 実施例３ ヒトＰＲＯ３８１をコードするｃＤＮＡクローンの単離 上記実施例１において記述されているように、phrapを用いて他のＥＳＴ配列
に関し、コンセンサスＤＮＡ配列を構築させた。このコンセンサス配列は、ここ
においてＤＮＡ３９６５１と命名する。ＤＮＡ３９６５１コンセンサス配列に基
づいて、オリゴヌクレオチドを合成した。：１)所望の配列を含むcDNAライブラ
リーをPCRにより同定するために、および２）ＰＲＯ３８１に対する全長の配列
のクローンを単離ためのプローブとして使用するために。 一組のPCR用プライマー（正方向および逆方向）が合成された： 正方向PCR用プライマー（39651.f1）： 5'-ＣＴＴＴＣＣＴＴＧＣＴＴＣＡＧＣＡＡＣＡＴＧＡＧＧＣ-3'(配列番号：３) 逆方向PCR用プライマー（39651.r1）： 5'-ＧＣＣＣＡＧＡＧＣＡＧＧＡＧＧＡＡＴＧＡＴＧＡＧＣ-3'(配列番号：４) さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブは、以下のヌ
クレオチド配列を持つコンセンサスＤＮＡ３９６５１配列から構築された。 ハイブリダイゼーションプローブ（39651.pl） 5'-ＧＴＧＧＡＡＣＧＣＧＧＴＣＴＴＧＡＣＴＣＴＧＴＴＣＧＴＣＡＣＴＴＣＴ
ＴＴＧＡＴＴＧＧＧＧＣＴＴＴＧ-3'(配列番号：５)
【０１５７】 完全長クローンのソースとして幾つかのライブラリーをスクリーンするために
、上記のごとく同定したＰＣＲプライマー組によりライブラリーから調製したＤ
ＮＡをＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。その後、ポジティブなライブラリ
ーは、オリゴヌクレオチドプローブおよびＰＣＲプライマーの一つを用い、ＰＲ
Ｏ３８１遺伝子をコードするクローンを単離するために用いた。ｃＤＮＡライブ
ラリー構築のためのＲＮＡは、ヒト胎児腎臓組織（ＬＩＢ２２７）から単離した
。 上記のように単離された単離クローンのＤＮＡ配列は、ＤＮＡ４４１９４−
１３１７（Ｆｉｇ１；配列番号：１）に対する全長のＤＮＡ配列を含んでおり；
ＰＲＯ３８１のタンパク質配列をコードするものであった。 ＤＮＡ４４１９４−１３１７の全コーディング配列は、図１（配列番号：１
）に含まれている。ＤＮＡ４４１９４−１３１７のクローンは、一つのオープン
リーディングフレーム含み、ヌクレオチド位置１７４−１７６に見かけの翻訳開
始部位及びヌクレオチド位置８０７−８０９の停止シグナルを有していた。予測
されるポリペプチド前駆体は２１１アミノ酸長である。Ｆｉｇ２（配列番号：２
）に示した完全長ＰＲＯ３８１の分析は、Ｆｉｇ２に示したような種々の重要な
ポリペプチドドメインの存在を明らかにし、ここで重要なポリペプチドドメイン
に与えた位置は上記のようにおよそのものである。Ｆｉｇ２に示した完全長ＰＲ
Ｏ３８１配列の分析により、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約ア
ミノ酸２０のシグナルペプチド；約アミノ酸１７６〜約アミノ酸１８０の潜在的
Ｎ−グリコシル化部位；約アミノ酸２０８〜約アミノ酸２１２の小胞体標的配列
；約アミノ酸７８〜約アミノ酸１１５、約アミノ酸１１８〜約アミノ酸１３２の
ＦＫＢＰ型ペプチジループロリルシスートランスイソメラーゼ部位；約アミノ酸
１９１〜約アミノ酸２０４、約アミノ酸１８４〜約アミノ酸２０４、約アミノ酸
１４０〜約アミノ酸１６０のＥＦハンドカルシウム結合ドメイン；約アミノ酸１
８３〜約アミノ酸２０４のＳ−１００/ＩＣaＢＰ型カルシウム結合ドメイン。ク
ローンＤＮＡ４４１９４−１３１７は1998年4月28日にＡＴＣＣに寄託され、Ａ
ＴＣＣ寄託番号２０９８０８が付与されている。 Ｆｉｇ２に示されている全長ＰＲＯ３８１タンパク質は分子量約24,172ダルト
ンと推定され、ｐＩは約5.99である。 全長ＰＲＯ３８１ポリペプチドのアミノ酸配列の解析より、ＦＫＢＰイムノフィ
リンタンパク質と顕著な配列類似性を有することが示唆され、これにより、ＰＲ
Ｏ３８１は新規ＦＫＢＰイムノフィリンホモログである可能性が示される。さら
に特筆すべきは、Ｆｉｇ２（配列番号：２）に示される全長配列のＷＵ-ＢＬＡ
ＳＴ２を用いた配列相同性比較分析によるDayhoffデータベースの解析から、Ｐ
ＲＯ３８１アミノ酸配列と以下のDayhoff配列との間の配列同一性が明らかにな
った：AF040252_1, I49669, P_R93551, S71238, CELC05C8_1, CEU27353-1, MIP_
TRYCR, CEZC455_3, FKB4_HUMAN 及び I40718.
【０１５８】 実施例４ ヒトＰＲＯ１２６９をコードするｃＤＮＡクローンの単離 ＤＮＡ６６５２０-１５３６は、上記実施例２に示されている独自のシグナル
配列検索アルゴリズムを適用する事により同定された。上記シグナル配列アルゴ
リズムを利用することで、ＬＩＦＥＳＥＱデータベース（登録商標）からのＥＳ
Ｔクラスター、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター番号101920で表されるものである
が、このクラスターの同定を可能ならしめた。その後、存在する相同性を同定す
るために、このＥＳＴクラスター配列を公的（例えば、GenBank）及び／又は私
的（LIFESEQ(登録商標), Incyte Pharmaceuticals, Inc., Palo Alto, CA）デー
タベースを含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較した。ホモロ
ジーサーチは、コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altschul等, Methods
in Enzymology 266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。既知のタンパク質を
コードせず、BLASTスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物
は、プログラム「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle,
Washington）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られ
たコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６５０９と命名する。 ＤＮＡ５６５０９配列とIncyteＥＳＴ番号103157との間の配列相同性に鑑みて
、IncyteＥＳＴ番号103157を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この
ｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ３（配列番号：６）に示し、ここでＤＮＡ６６５
２０−１５３６と命名する。
【０１５９】 クローンＤＮＡ６６５２０−１５３６は単一のオープンリーディングフレーム
を含み、ヌクレオチド位置２６−２８に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌ
クレオチド位置６１４−６１６の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ３）。予測され
るポリペプチド前駆体は１９６アミノ酸長である（Ｆｉｇ４；配列番号：７）。
Ｆｉｇ４に示す完全長ＰＲＯ１２６９タンパク質は、約２１，７３１の見積もり
分子量及び約８．９７のｐＩを有する。Ｆｉｇ４（配列番号：７）に示した全長
ＰＲＯ１２６９配列の分析により、種々の重要なポリペプチドドメインの存在が
明らかになり、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられた位置は上記の
ようにおよそのものである。Ｆｉｇ４に示した完全長ＰＲＯ１２６９配列の分析
により、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミノ酸２０のシグナ
ルペプチド；約アミノ酸１１２〜約アミノ酸１１６のＮ-グリコシル化部位。ク
ローンＤＮＡ６６５２０−１５３６は1998年９月1５日にＡＴＣＣに寄託され、
ＡＴＣＣ寄託番号２０３２２６が付与された。 Ｆｉｇ４（配列番号：７）に示した全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメント
分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析に
より、ＰＲＯ１２６９アミノ酸配列とDayhoff配列番号P_W23722との間の有意な
配列同一性が明らかになった。さらに、ＰＲＯ１２６９アミノ酸配列と以下に示
すDayhoff配列との間に配列相同性が見いだされた：MMTAG7_1, MTV026_16, NAAA
_BPT3, S75616_1, 及びNCP_PIG。
【０１６０】 実施例５ ヒトＰＲＯ１４１０をコードするｃＤＮＡクローンの単離 ＤＮＡ６８８７４-１６２２は、上記実施例２に示されている独自のシグナル
配列検索アルゴリズムを適用する事により同定された。上記シグナル配列アルゴ
リズムを利用することで、ＬＩＦＥＳＥＱデータベース（登録商標）からのＥＳ
Ｔクラスター、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター番号98502で表されるものである
が、このクラスターの同定を可能ならしめた。その後、存在する相同性を同定す
るために、このＥＳＴクラスター配列を公的（例えば、GenBank）及び／又は私
的（LIFESEQ(登録商標), Incyte Pharmaceuticals, Inc., Palo Alto, CA）デー
タベースを含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較した。ホモロ
ジーサーチは、コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altschul等, Methods
in Enzymology 266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。既知のタンパク質を
コードせず、BLASTスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物
は、プログラム「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle,
Washington）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られ
たコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６４５１と命名する。 ＤＮＡ５６４５１配列とIncyteＥＳＴ番号1257046との間の配列相同性に鑑み
て、IncyteＥＳＴ番号1257046を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。
このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ５（配列番号８）に示し、ここでＤＮＡ６８
８７４-１６２２と命名する。
【０１６１】 クローンＤＮＡ６８８７４-１６２２は単一のオープンリーディングフレーム
を含み、ヌクレオチド位置１５２−１５４に見かけの翻訳開始部位を持ち、そし
てヌクレオチド位置８６６−８６８の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ５）。予測
されるポリペプチド前駆体は２３８アミノ酸長である（Ｆｉｇ６；配列番号：９
）。Ｆｉｇ６に示す完全長ＰＲＯ１４１０タンパク質は、約２５，２６２の見積
もり分子量及び約６．４４のｐＩを有する。Ｆｉｇ６（配列番号：９）に示した
全長ＰＲＯ１４１０配列の分析により、種々の重要なポリペプチドドメインの存
在が明らかになり、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられた位置は上
記のようにおよそのものである。Ｆｉｇ６に示した完全長ＰＲＯ１４１０配列の
分析により、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミノ酸２０のシ
グナルペプチド；約アミノ酸１９４〜約アミノ酸２２０の膜貫通ドメイン；約ア
ミノ酸１３２〜約アミノ酸１３６のＮ-グリコシル化部位。クローンＤＮＡ６８
８７４-１６２２は1998年９月２２日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号
２０３２７７が付与された。 Ｆｉｇ６（配列番号：９）に示した全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメント
分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析に
より、ＰＲＯ１４１０アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列相同
性が見いだされた：I48652, P_R76466, HSMHC3W36A_2, EPB4_HUMAN, P_R14256,
EPA8_MOUSE, P_R77285, P_W13569, AF000560_1,及びASF1_HELAN。
【０１６２】 実施例６ ヒトＰＲＯ１７５５をコードするｃＤＮＡクローンの単離 ＤＮＡ７６３９６-１６９８は、上記実施例２に示されている独自のシグナル
配列検索アルゴリズムを適用する事により同定された。上記シグナル配列アルゴ
リズムを利用することで、ＬＩＦＥＳＥＱデータベース（登録商標）からのＥＳ
Ｔクラスター、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター番号141872で表されるものである
が、このクラスターの同定を可能ならしめた。その後、存在する相同性を同定す
るために、このＥＳＴクラスター配列を公的（例えば、GenBank）及び／又は私
的（LIFESEQ(登録商標), Incyte Pharmaceuticals, Inc., Palo Alto, CA）デー
タベースを含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較した。ホモロ
ジーサーチは、コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altschul等, Methods
in Enzymology 266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。既知のタンパク質を
コードせず、BLASTスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物
は、プログラム「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle,
Washington）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られ
たコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５５７３１と命名する。 ＤＮＡ５５７３１配列とIncyteＥＳＴ番号257323との間の配列相同性に鑑みて
、IncyteＥＳＴ番号257323を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。Incy
teＥＳＴ番号257323は、発生の初期段階において神経細胞前駆体様の性質を示す
、ヒト奇形癌腫由来のhNT2細胞系（Stratagene library 番号STR9372310）から
単離したＲＮＡを用いて構築したライブラリーに由来する。このｃＤＮＡ挿入物
の配列をＦｉｇ７（配列番号１０）に示し、ここでＤＮＡ７６３９６-１６９８
と命名する。あるいは、ＤＮＡ７６３９６の配列は、オリゴヌクレオチドプロー
ブおよびプライマーを調製し、適切なライブラリー（例えば、STR9372310）から
配列を単離することにより得ることができる。
【０１６３】 ＤＮＡ７６３９６-１６９８の全コード配列はＦｉｇ７（配列番号１０）に含
まれている。クローンＤＮＡ７６３９６-１６９８は単一のオープンリーディン
グフレームを含み、ヌクレオチド位置５８−６０に見かけの翻訳開始部位を持ち
、そしてヌクレオチド位置８８６−８８８の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ７）
。予測されるポリペプチド前駆体は２７６アミノ酸長である（Ｆｉｇ８；配列番
号：１１）。Ｆｉｇ８に示す完全長ＰＲＯ１７５５タンパク質は、約２９，４２
６の見積もり分子量及び約９．４０のｐＩを有する。Ｆｉｇ８（配列番号：１１
）に示した全長ＰＲＯ１７５５配列の分析により、種々の重要なポリペプチドド
メインの存在が明らかになり、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられ
た位置は上記のようにおよそのものである。Ｆｉｇ８に示した完全長ＰＲＯ１７
５５配列の分析により、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミノ
酸３３のシグナルペプチド；約アミノ酸１７８〜約アミノ酸１９８の膜貫通ドメ
イン；約アミノ酸２１０〜約アミノ酸２１４のｃＡＭＰおよびｃＧＭＰ依存性プ
ロテインキナーゼリン酸化サイト；約アミノ酸１１７〜約アミノ酸１２３、約ア
ミノ酸１５４〜約アミノ酸１６０、約アミノ酸２１４〜約アミノ酸２２０のＮ-
ミリストリル化部位；約アミノ酸１４９〜約アミノ酸１５２の細胞接着配列。ク
ローンＤＮＡ７６３９６-１６９８は1998年１１月１７日にＡＴＣＣに寄託され
、ＡＴＣＣ寄託番号２０３４７１が付与された。 Ｆｉｇ８（配列番号：１１）に示した全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメン
ト分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析
により、ＰＲＯ１７５５アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列相
同性が見いだされた：APG-BRANA, P_R37743, NAU88587_1, YHL1_EBV, P_W31855,
CET10B10_4, AF039404_1, PRP1_HUMAN, AF038575_1 及びAF053091_1。
【０１６４】 実施例７ ヒトＰＲＯ１７８０をコードするｃＤＮＡクローンの単離 上記実施例１において記述されているように、phrapを用いて他のＥＳＴ配列
に関し、コンセンサスＤＮＡ配列を構築させた。ここでＤＮＡ６３８３７と命名
された、LIFESEQ(登録商標)データ−ベースからのＩｎｃｙｔｅＥＳＴ番号33493
14の配列は、既知のタンパク質をコードせず、BLASTスコア７０又はそれ以上を
持つ配列であった。ＤＮＡ６３８３７配列は、上記にて議論したＥＳＴ配列のソ
ースを可能なかぎり利用するコンセンサス配列を拡張するために、ＢＬＡＳＴを
繰り返し使用しおよびプログラム「phrap」を使用して、伸展したものである。
このコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ６３８３７と命名する。 ＤＮＡ６３８３７コンセンサス配列に基づいて、：１)所望の配列を含むcDNAラ
イブラリーをPCRにより同定するために、および２）ＰＲＯ１７８０に対する全
長の配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するためにオリゴヌク
レオチドを合成した。 一組のPCR用プライマー（正方向および逆方向）が合成された： 正方向PCR用プライマー（63837.f1）： 5'-ＴＧＣＣＴＴＴＧＣＴＣＡＣＣＴＡＣＣＣＣＡＡＧＧ-3'(配列番号：１４) 逆方向PCR用プライマー（63837.r1）： 5'-ＴＣＡＧＧＣＴＧＧＴＣＴＣＣＡＡＡＧＡＧＡＧＧＧ-3'(配列番号：１５) さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブは、以下のヌ
クレオチド配列を持つコンセンサスＤＮＡ６３８３７配列から構築された。 ハイブリダイゼーションプローブ（63837.pl） 5'-ＣＣＣＡＡＡＧＡＴＧＴＣＣＡＣＣＴＧＧＣＴＧＣＡＡＡＴＧＴＧＡＡＡＡ
ＴＴＧＴＧＧＡＣＴＧＧ-3'(配列番号：16)
【０１６５】 完全長クローンのソースとして幾つかのライブラリーをスクリーンするために
、上記のごとく同定したＰＣＲプライマー組によりライブラリーから調製したＤ
ＮＡをＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。その後、ポジティブなライブラリ
ーは、オリゴヌクレオチドプローブおよびＰＣＲプライマーの一つを用い、ＰＲ
Ｏ１７８０遺伝子をコードするクローンを単離するために用いた。ｃＤＮＡライ
ブラリー構築のためのＲＮＡは、ヒト胎児腎臓組織から単離した。 上記のように単離された単離クローンのＤＮＡ配列は、ＤＮＡ７１１６９−
１７０９（Ｆｉｇ９；配列番号：１２）に対する全長のＤＮＡ配列を含んでおり
；ＰＲＯ１７８０のタンパク質配列をコードするものであった。 ＤＮＡ７１１６９−１７０９の全コーディング配列は、Ｆｉｇ９（配列番号
：１２）に含まれている。ＤＮＡ７１１６９−１７０９のクローンは、一つのオ
ープンリーディングフレーム含み、ヌクレオチド位置６８−７０に見かけの翻訳
開始部位及びヌクレオチド位置１６３７−１６３９の停止シグナルを有していた
。予測されるポリペプチド前駆体は５２３アミノ酸長である。Ｆｉｇ１０（配列
番号：１３）に示した完全長ＰＲＯ１７８０の分析は、種々の重要なポリペプチ
ドドメインの存在を明らかにし、ここで重要なポリペプチドドメインに与えた位
置は上記のようにおよそのものである。Ｆｉｇ１０に示した完全長ＰＲＯ１７８
０配列の分析により、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミノ酸
１９のシグナルペプチド；約アミノ酸４８３〜約アミノ酸５０４の膜貫通ドメイ
ン；約アミノ酸５２〜約アミノ酸５６の潜在的Ｎ−グリコシル化部位；約アミノ
酸６８〜約アミノ酸７５および約アミノ酸４２５〜約アミノ酸４３４のチロシン
キナーゼリン酸化部位；約アミノ酸１６〜約アミノ酸２２、約アミノ酸３０１〜
約アミノ酸３０７、約アミノ酸３７０〜約アミノ酸３７６および約アミノ酸４９
４〜約アミノ酸５００のＮ−ミリストイル化部位；約アミノ酸４９３〜約アミノ
酸５１５のロイシンジッパーパターン；約アミノ酸２４１〜約アミノ酸２９４の
ＵＤＰ−グリコシル化部位。クローンＤＮＡ７１１６９−１７０９は1998年１１
月１７日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３４６７が付与されてい
る。Ｆｉｇ１０に示されている全長ＰＲＯ１７８０タンパク質は分子量約59,581
ダルトンと推定され、ｐＩは約8.68である。 Ｆｉｇ１０（配列番号：１３）に示される全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメ
ント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分
析により、ＰＲＯ１７８０アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列
相同性が見いだされた：UDA2_RABIT, CGT_HUMAN, UD11_HUMAN, P_R26153, UDB1_
RAT, HSU59209_1, AB010872_1, UDB5_MOUSE, UDB8_HUMAN, およびUD14_HUMAN。
【０１６６】 実施例８ ヒトＰＲＯ１７８８をコードするｃＤＮＡクローンの単離 上記実施例１において記述されているように、phrapを用いて他のＥＳＴ配列
に関し、コンセンサスＤＮＡ配列を構築させた。ＩｎｃｙｔｅＥＳＴ番号296830
4の配列は、既知のタンパク質をコードせず、BLASTスコア７０又はそれ以上を持
つ配列として同定された。さらに、その配列は、上記にて議論したＥＳＴ配列の
ソースを可能なかぎり利用するコンセンサス配列を拡張するために、ＢＬＡＳＴ
を繰り返し使用しおよびプログラム「phrap」を使用して、伸展したものである
。このコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ４９６４８と命名する。ＤＮＡ４９６
４８コンセンサス配列に基づいて、：１)所望の配列を含むcDNAライブラリーをP
CRにより同定するために、および２）ＰＲＯ１７８８に対する全長の配列のクロ
ーンを単離するためのプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合
成した。 一組のPCR用プライマー（正方向および逆方向）が合成された： 正方向PCR用プライマー（49648.f1）： 5'-ＣＣＣＴＧＣＣＡＧＣＣＧＡＧＡＧＣＴＴＣＡＣＣ-3'(配列番号：１９) 逆方向PCR用プライマー（49648.r1）： 5'-ＧＧＴＴＧＧＴＧＣＣＣＧＡＡＡＧＧＴＣＣＡＧＣ-3'(配列番号：２０) さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブは、以下のヌ
クレオチド配列を持つコンセンサスＤＮＡ４９６４８配列から構築された。 ハイブリダイゼーションプローブ（49648.pl） 5'-ＣＡＡＣＣＣＣＡＡＧＣＴＴＡＡＣＴＧＧＧＣＡＧＧＡＧＣＴＧＡＧＧＴＧ
ＴＴＴＴＣＡＧＧＣＣ-3'(配列番号：２１)
【０１６７】 完全長クローンのソースとして幾つかのライブラリーをスクリーンするために
、上記のごとく同定したＰＣＲプライマー組によりライブラリーから調製したＤ
ＮＡをＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。その後、ポジティブなライブラリ
ーは、オリゴヌクレオチドプローブおよびＰＣＲプライマーの一つを用い、ＰＲ
Ｏ１７８８遺伝子をコードするクローンを単離するために用いた。ｃＤＮＡライ
ブラリー構築のためのＲＮＡは、ヒト胎児腎臓組織から単離した。 上記のように単離された単離クローンのＤＮＡ配列は、ＤＮＡ７７６５２−
２５０５（Ｆｉｇ１１；配列番号：１７）に対する全長のＤＮＡ配列を含んでお
り；ＰＲＯ１７８８のタンパク質配列をコードするものであった。 ＤＮＡ７７６５２−２５０５の全コーディング配列は、Ｆｉｇ１１（配列番
号：１７）に含まれている。ＤＮＡ７７６５２−２５０５のクローンは、一つの
オープンリーディングフレーム含み、ヌクレオチド位置６４−６６に見かけの翻
訳開始部位及びヌクレオチド位置１１２３−１１２５の停止シグナルを有してい
た。予測されるポリペプチド前駆体は３５３アミノ酸長である。Ｆｉｇ１２（配
列番号：１８）に示した完全長ＰＲＯ１７８８の解析は、種々の重要なポリペプ
チドドメインの存在を明らかにするが、ここで重要なポリペプチドドメインに与
えた位置は上記のようにおよそのものである。Ｆｉｇ１２に示した完全長ＰＲＯ
１７８８配列の分析により、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約ア
ミノ酸１６のシグナルペプチド；約アミノ酸２１５〜約アミノ酸２３２および約
アミノ酸２８７〜約アミノ酸３０４の膜貫通ドメイン；約アミノ酸７４〜約アミ
ノ酸７８および約アミノ酸１３７〜約アミノ酸１４１の潜在的Ｎ−グリコシル化
部位；約アミノ酸４５〜約アミノ酸４９のグリコサミノグリカン接着部位；約ア
ミノ酸３１８〜約アミノ酸３２６のチロシンキナーゼリン酸化部位；約アミノ酸
１３〜約アミノ酸１９、約アミノ酸３２〜約アミノ酸３８、約アミノ酸８８〜約
アミノ酸９４、約アミノ酸２１４〜約アミノ酸２２０および約アミノ酸２２３〜
約アミノ酸２２９のＮ−ミリストイル化部位；約アミノ酸２８４〜約アミノ酸３
０６のロイシンジッパーパターン。クローンＤＮＡ７７６５２−２５０５は1998
年１１月１７日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３４８０が付与さ
れている。Ｆｉｇ１２に示されている全長ＰＲＯ１７８８タンパク質は分子量約
37,847ダルトンと推定され、ｐＩは約6.80である。 Ｆｉｇ１２（配列番号：１８）に示される全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメ
ント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分
析により、ＰＲＯ１７８８アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列
相同性が見いだされた：AF030435_1; AF062006_1; DMTARTAN_1; GARP_HUMAN; S4
2799; P_R71294; HSU88879_1; DROWHEELER_1; A58532; およびAF068920_1。
【０１６８】 実施例９ ヒトＰＲＯ３４３４をコードするｃＤＮＡクローンの単離 ＤＮＡ７７６３１-２５３７は、上記実施例２に示されている独自のシグナル
配列検索アルゴリズムを適用する事により同定された。上記シグナル配列アルゴ
リズムを利用することで、ＬＩＦＥＳＥＱデータベース（登録商標）からのＥＳ
Ｔクラスターの同定が可能である。続いて、存在する相同性を同定するために、
このＥＳＴクラスター配列を公的（例えば、GenBank）及び／又は私的（LIFESEQ
(登録商標), Incyte Pharmaceuticals, Inc., Palo Alto, CA）データベースを
含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較した。ホモロジーサーチ
は、コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altschul等, Methods in Enzymo
logy 266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。既知のタンパク質をコードせず
、BLASTスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログ
ラム「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle, Washington
）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセン
サス配列を、ここでＤＮＡ５６０９９と命名する。 ＤＮＡ５６０９９配列とIncyteＥＳＴ番号3327089との間の配列相同性に鑑み
て、IncyteＥＳＴ番号3327089を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。
このｃＤＮＡ挿入物の配列は、Ｆｉｇ１３（配列番号：２２）に示されたおり、
ここではＤＮＡ７７６３１−２５３７と表わされる。
【０１６９】 クローンＤＮＡ７７６３１−２５３７は単一のオープンリーディングフレーム
を含み、ヌクレオチド位置４６−４８に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌ
クレオチド位置３１３３−３１３５の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１３）。予
測されるポリペプチド前駆体は１０２９アミノ酸長である（Ｆｉｇ１４；配列番
号：２３）。Ｆｉｇ１４に示す完全長ＰＲＯ３４３４タンパク質は、約114,213
の見積もり分子量及び約6.42のｐＩを有する。Ｆｉｇ１４（配列番号：２３）に
示した全長ＰＲＯ３４３４配列の分析により、種々の重要なポリペプチドドメイ
ンの存在が明らかになり、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられた位
置は上記のようにおよそのものである。Ｆｉｇ１４に示した完全長ＰＲＯ３４３
４配列の分析により、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミノ酸
１６のシグナルペプチド；約アミノ酸１５４〜約アミノ酸１５８、約アミノ酸３
３１〜約アミノ酸３３５、約アミノ酸６１６〜約アミノ酸６２０、約アミノ酸７
８５〜約アミノ酸７８９および約アミノ酸８９１〜約アミノ酸８９５のｃＡＭＰ
およびｃＧＭＰ依存性プロテインキナーゼリン酸化部位；約アミノ酸９１〜約ア
ミノ酸９７、約アミノ酸１３６〜約アミノ酸１４２、約アミノ酸２２４〜約アミ
ノ酸２３０約アミノ酸４３５〜約アミノ酸４４１、約アミノ酸４３９〜約アミノ
酸４４５、約アミノ酸４４３〜約アミノ酸４４９、約アミノ酸６６５〜約アミノ
酸６７１および約アミノ酸６９８〜約アミノ酸７０４の潜在的Ｎ-ミリストリル
化部位；約アミノ酸３２９〜約アミノ酸３３３、約アミノ酸６３４〜約アミノ酸
６３８のアミド化部位；および約アミノ酸９６〜約アミノ酸１３５のオリゴアデ
ニル酸合成酵素部位。クローンＤＮＡ７７６３１−２５３７は1999年２月９日に
ＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３６５１が付与された。 Ｆｉｇ１４（配列番号：２３）に示した全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメ
ント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分
析により、ＰＲＯ３４３４アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列
相同性が見いだされた：VATX_YEAST, P_R51171, POLS_IBDVP, IBDVORF_2, JC504
3, IBDVPIV_1, VE7_HPV11, GEN14220, MUTS_THETH, およびCOAC_CHICK。
【０１７０】 実施例１０ ヒトＰＲＯ１９２７をコードするｃＤＮＡクローンの単離 ＤＮＡ８２３０７−２５３１は、上記実施例２に示されている独自のシグナル
配列検索アルゴリズムを適用する事により同定された。上記シグナル配列アルゴ
リズムを利用することで、ＬＩＦＥＳＥＱデータベース（登録商標）からのＥＳ
Ｔクラスターの同定が可能であり、ＥＳＴクラスター配列番号1913で表される。
続いて、存在する相同性を同定するために、このＥＳＴクラスター配列を公的（
例えば、GenBank）、私的（LIFESEQ(登録商標), Incyte Pharmaceuticals, Inc.
, Palo Alto, CA）ＥＳＴ ＤＮＡデータベース及びさらなる私的（Genentech,
Inc., South San Francisco, CA）ＥＳＴ ＤＮＡデータベースを含む様々な発
現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較した。ホモロジーサーチは、コンピュ
ータプログラムBLAST又はBLAST2（Altshul等, Methods in Enzymology 266: 460
-480 (1996)）を用いて実施した。既知のタンパク質をコードせず、BLASTスコア
７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「phrap」
（Phil Green, University of Washington, Seattle, Washington）で集団化し
てコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。集団化された配列には、ここで「ＤＮＡ
２０１６８」と命名するＧｅｎｅｎｔｅｃｈのデータベースからのＥＳＴが含ま
れる。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ７３８９６と命名す
る。 ＤＮＡ７３８９６配列とIncyteＥＳＴ番号3326981H1（大動脈組織から単離し
たＲＮＡから構築されたライブラリーから得た）との間の配列相同性に鑑みて、
IncyteＥＳＴ番号3326981H1を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。こ
のｃＤＮＡ挿入物の配列は、Ｆｉｇ１５（配列番号：２４）に示されたおり、こ
こではＤＮＡ８２３０７−２５３１と表わされる。
【０１７１】 クローンＤＮＡ８２３０７−２５３１は単一のオープンリーディングフレーム
を含み、ヌクレオチド位置５１−５３に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌ
クレオチド位置１６９５−１６９７の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１５）。予
測されるポリペプチド前駆体は５４８アミノ酸長である（Ｆｉｇ１６；配列番号
：２５）。Ｆｉｇ１６に示す完全長ＰＲＯ１９２７タンパク質は、約63,198ダル
トンの見積もり分子量及び約8.10のｐＩを有する。Ｆｉｇ１６（配列番号：２５
）に示した全長ＰＲＯ１９２７配列の分析により、種々の重要なポリペプチドド
メインの存在が明らかになり、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられ
た位置は上記のようにおよそのものである。Ｆｉｇ１６に示した完全長ＰＲＯ１
９２７配列の分析により、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミ
ノ酸２３のシグナルペプチド；約アミノ酸５〜約アミノ酸９、約アミノ酸８７〜
約アミノ酸９１、約アミノ酸１０３〜約アミノ酸１０７および約アミノ酸４６５
〜約アミノ酸４６９の潜在的Ｎ−グリコシル化部位；及び約アミノ酸６〜約アミ
ノ酸１２、約アミノ酸１３６〜約アミノ酸１４２、約アミノ酸３７０〜約アミノ
酸３７６および約アミノ酸５０９〜約アミノ酸５１５の潜在的Ｎ-ミリストリル
化部位。クローンＤＮＡ８２３０７−２５３１は1998年１１月１５日にＡＴＣＣ
に寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３５３７が付与された。 Ｆｉｇ１６（配列番号：２５）に示した全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメ
ント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分
析により、ＰＲＯ１９２７アミノ酸配列とDayhoff配列AB000628_1との間に優位
な配列相同性が明らかにされた。相同性はまたＰＲＯ１９２７アミノ酸配列と以
下のさらなるDayhoffデータベースの間にもみられた：HGS_A251, HGS_A197, CEL
C50H11_2, CPXM_BACSU, VF03_VACCC, VF03_VACCV, DYHA_CHLRE, C69084,およびA
64315。
【０１７２】 実施例１１ ヒトＰＲＯ３５６７をコードするｃＤＮＡクローンの単離 上記実施例１において記述されているように、phrapを用いて他のＥＳＴ配列
に関し、コンセンサスＤＮＡ配列を構築させた。このコンセンサス配列は、ここ
ではＤＮＡ５２７１１と表される。ＤＮＡ５２７１１コンセンサス配列およびメ
ルクＥＳＴクローンAA082750に基づいて、メルクＥＳＴクローンAA082750を購入
しその挿入ＤＮＡを入手し、配列決定をした。その全ヌクレオチド配列は、Ｆｉ
ｇ１７（配列番号：２６）に示されており、ここではＤＮＡ５６０４９−２５４
３と称する。
【０１７３】 クローンＤＮＡ５６０４９−２５４３は単一のオープンリーディングフレーム
を含み、ヌクレオチド位置９７−９９に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌ
クレオチド位置６３７−６３９の停止コドンで終端する。予測されるポリペプチ
ド前駆体は１８０アミノ酸長である。Ｆｉｇ１８（配列番号：２７）に示した全
長ＰＲＯ３５６７配列の解析により、種々の重要なポリペプチドドメインの存在
が明らかになり、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられた位置は上記
のようにおよそのものである。Ｆｉｇ１８に示した完全長ＰＲＯ３５６７配列の
解析により、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミノ酸２５のシ
グナルペプチド；約アミノ酸１４９〜約アミノ酸１６４の膜貫通ドメイン；約ア
ミノ酸１４１〜約アミノ酸１４５の潜在的Ｎ−グリコシル化部位；約アミノ酸２
５〜約アミノ酸３１および約アミノ酸１３５〜約アミノ酸１４１の潜在的Ｎ-ミ
リストリル化部位；約アミノ酸１６〜約アミノ酸２７の原核細胞膜リポプロテイ
ン脂質接着部位；約アミノ酸１１２〜約アミノ酸１１５の細胞接着部位；約アミ
ノ酸１〜約アミノ酸２１のＴｏｎＢ依存性受容体タンパク質シグネチャ−１。ク
ローンＤＮＡ５６０４９−２５４３は、1999年２月９日にＡＴＣＣに寄託され、
ＡＴＣＣ寄託番号２０３６６２が付与された。Ｆｉｇ１８（配列番号：２７）に
示す完全長ＰＲＯ３５６７タンパク質は、約20,313ダルトンの見積もり分子量及
び約8.91のｐＩを有する。 Ｆｉｇ１８（配列番号：２７）に示した全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメ
ント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の解
析により、ＰＲＯ３５６７アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列
相同性が見いだされた：SPC2_CANFA, SPC2_CHICK, SPC2_CAEEL, AF057144_1, YD
2B_SCHPO, S61639, SPC3_YEAST, AMU21992_1, EPU22004_1, およびCMU20539_1。
【０１７４】 実施例１２ ヒトＰＲＯ１２９５をコードするｃＤＮＡクローンの単離 ＤＮＡ５９２１８−１５５９は、上記実施例２に示されている独自のシグナル
配列検索アルゴリズムを適用する事により同定された。上記シグナル配列アルゴ
リズムを利用することで、ＬＩＦＥＳＥＱデータベース（登録商標）からのＥＳ
Ｔクラスターの同定が可能である。次いで、存在する相同性を同定するために、
このＥＳＴクラスター配列を公的（例えば、GenBank）および私的（LIFESEQ(登
録商標), Incyte Pharmaceuticals, Inc., Palo Alto, CA）ＥＳＴ ＤＮＡデー
タベースを含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較した。一又は
それ以上のＥＳＴは胸腺組織ライブラリー由来であった。ホモロジーサーチは、
コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altschul等, Methods in Enzymology
266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。既知のタンパク質をコードせず、BL
ASTスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム
「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle, Washington）で
集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス
配列を、ここではＤＮＡ５６２６２と称する。 ＤＮＡ５６２６２配列とIncyteＥＳＴ番号3743334との間の配列相同性に鑑みて
、このＥＳＴを含むクローンを購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。こ
のｃＤＮＡ挿入物の配列は、Ｆｉｇ１９（配列番号：２８）に示されたおり、こ
こではＤＮＡ５９２１８−１５５９と表わされる。
【０１7５】 クローンＤＮＡ５９２１８−１５５９は単一のオープンリーディングフレーム
を含み、ヌクレオチド位置２０７−２０９に見かけの翻訳開始部位を持ち、そし
てヌクレオチド位置１０４７−１０４９の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１９）
。予測されるポリペプチド前駆体は２８０アミノ酸長である（Ｆｉｇ２０；配列
番号：２９）。Ｆｉｇ２０に示す完全長ＰＲＯ１２９５タンパク質は、約30,163
ダルトンの見積もり分子量及び約6.87のｐＩを有する。Ｆｉｇ２０（配列番号：
２９）に示した全長ＰＲＯ１２９５配列の分析により、種々の重要なポリペプチ
ドドメインの存在が明らかになり、それらの重要なポリペプチドドメインに与え
られた位置は上記のようにおよそのものである。Ｆｉｇ２０に示した完全長ＰＲ
Ｏ１２９５配列の解析により、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約
アミノ酸１８のシグナルペプチド；約アミノ酸２４４〜約アミノ酸２４８のＮ−
グリコシル化部位；および約アミノ酸２７８〜約アミノ酸２８２のミクロボディ
ーＣ末端標的シグナル。クローンＤＮＡ５９２１８−１５５９は1998年９月２９
日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３２８７が付与された。 Ｆｉｇ２０（配列番号：２９）に示した全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメ
ント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分
析により、ＰＲＯ１２９５アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列
相同性が見いだされた：AB011099_1, ILVE_MYCTU, ATTECR_2, AF010496_27, P_R
15346, S37191, PER_DROMS, L2MU_ADECCおよびP_W34238。
【０１７６】 実施例１３ ヒトＰＲＯ１２９３をコードするｃＤＮＡクローンの単離 ＤＮＡ６０６１８−１５５７は、上記実施例２に示されている独自のシグナル
配列検索アルゴリズムを適用する事により同定された。上記シグナル配列アルゴ
リズムを利用することで、ＬＩＦＥＳＥＱデータベース（登録商標）からのＥＳ
Ｔクラスター、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター番号115204で表されるものである
が、このクラスターの同定を可能ならしめた。続いて、存在する相同性を同定す
るために、このＥＳＴクラスター配列を公的（例えば、GenBank）及び／又は私
的（LIFESEQ(登録商標), Incyte Pharmaceuticals, Inc., Palo Alto, CA）デー
タベースを含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較した。ホモロ
ジーサーチは、コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altshul等, Methods
in Enzymology 266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。既知のタンパク質を
コードせず、BLASTスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物
は、プログラム「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle,
Washington）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られ
たコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６５２２と称する。 ＤＮＡ５６５２２配列とIncyteＥＳＴ2966119との間の配列相同性に鑑みて、I
ncyteＥＳＴ2966119を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。このｃＤＮ
Ａ挿入物の配列は、Ｆｉｇ２１（配列番号：３０）に示されたおり、ここではＤ
ＮＡ６０６１８−１５５７と表わされる。
【０１７７】 クローンＤＮＡ６０６１８−１５５７は単一のオープンリーディングフレーム
を含み、ヌクレオチド位置３７−３９に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌ
クレオチド位置１０６０−１０６２の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ２１）。予
測されるポリペプチド前駆体は３４１アミノ酸長である（Ｆｉｇ２２；配列番号
：３１）。Ｆｉｇ２２に示す完全長ＰＲＯ１２９３タンパク質は、約38,070ダル
トンの見積もり分子量及び約6.88のｐＩを有する。Ｆｉｇ２２（配列番号：３１
）に示した全長ＰＲＯ１２９３配列の分析により、種々の重要なポリペプチドド
メインの存在が明らかになり、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられ
た位置は上記のようにおよそのものである。Ｆｉｇ２０に示した完全長ＰＲＯ１
２９３配列の解析により、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミ
ノ酸１９のシグナルペプチド；約アミノ酸２３７〜約アミノ酸２６２の膜貫通ド
メイン；約アミノ酸２０５〜約アミノ酸２０９のＮ−グリコシル化部位；約アミ
ノ酸１５１〜約アミノ酸１５４の細胞接着配列；および約アミノ酸１１５〜約ア
ミノ酸１４１のコプロポルフィリノーゲンＩＩＩ酸化酵素と相同性を有するアミ
ノ酸配列ブロック。クローンＤＮＡ６０６１８−１５５７は1998年９月２９日に
ＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３２９２が付与された。 Ｆｉｇ２２（配列番号：３１）に示した全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメ
ント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分
析により、ＰＲＯ１２９３アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列
相同性が見いだされた：HSVCD54_1, A33_HUMAN, AF009220_1, HSU82279_1, AF00
4230_1, P_R13272, AF004231_1, AF043644_1, S44125およびHSIGGHC85_1。
【０１７８】 実施例１４ ヒトＰＲＯ１３０３をコードするｃＤＮＡクローンの単離 上記実施例１において記述されているように、phrapを用いて他のＥＳＴ配列
に関し、コンセンサスＤＮＡ配列を構築させた。このコンセンサス配列は、ここ
ではＤＮＡ４７３４７と表される。ＤＮＡ４７３４７コンセンサス配列およびＤ
ＮＡ４７３４７が由来する集合化の範囲内のIncyteＥＳＴとの相同性に基づいて
、IncyteＥＳＴクローン1430305を購入しその挿入ＤＮＡを入手し、全配列決定
をした。その全ヌクレオチド配列は、Ｆｉｇ２３（配列番号：３２）に示されて
おり、ここではＤＮＡ６５４０９−１５６６と称する。
【０１７９】 クローンＤＮＡ６５４０９−１５６６は単一のオープンリーディングフレーム
を含み、ヌクレオチド位置１２１−１２３に見かけの翻訳開始部位を持ち、そし
てヌクレオチド位置８６５−８６７の停止コドンで終端する。予測されるポリペ
プチド前駆体は２４８アミノ酸長である。Ｆｉｇ２４（配列番号：３３）に示し
た全長ＰＲＯ１３０３配列の解析により、種々の重要なポリペプチドドメインの
存在が明らかになり、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられた位置は
上記のようにおよそのものである。Ｆｉｇ２４に示した完全長ＰＲＯ１３０３配
列の解析により、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミノ酸１７
のシグナルペプチド；約アミノ酸２４〜約アミノ酸２８および約アミノ酸１６３
〜約アミノ酸１６７の潜在的Ｎ−グリコシル化部位；約アミノ酸５８〜約アミノ
酸６４のセリンプロテアーゼ、トリプシンファミリー、ヒスチジン活性部位；約
アミノ酸４７〜約アミノ酸６４、約アミノ酸１９６〜約アミノ酸２０７、および
約アミノ酸２１８〜約アミノ酸２４２のセリンプロテアーゼ、トリプシンファミ
リー、ヒスチジンタンパク質ドメイン；約アミノ酸４７〜約アミノ酸６５、およ
び約アミノ酸１９４〜約アミノ酸２０７のクリングルドメインタンパク質部位；
および約アミノ酸２２０〜約アミノ酸２４８のアップルドメイン部位。クローン
ＤＮＡ６５４０９−１５６６は、1998年９月１５日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴ
ＣＣ寄託番号２０３２３２が付与された。Ｆｉｇ２４に示す完全長ＰＲＯ１３０
３タンパク質は、約26,734ダルトンの見積もり分子量及び約7.90のｐＩを有する
。 Ｆｉｇ２４（配列番号：３３）に示した全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメ
ント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の解
析により、ＰＲＯ１３０３アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列
相同性が見いだされた：AB009849_1, P_W08475, AF024605_1, A42048_1, TRY3_R
AT, MMAE00066414, TRY1_RAT, MMAE000663_4, MMAE000665_2,およびMMAE0006641
2。
【０１８０】 実施例１５ ヒトＰＲＯ４３４４をコードするｃＤＮＡクローンの単離 上記実施例１において記述されているように、phrapを用いて他のＥＳＴ配列
に関し、コンセンサスＤＮＡ配列を構築させた。このコンセンサス配列をここで
は、ＤＮＡ８０２０３と称する。ＤＮＡ８０２０３コンセンサス配列に基づいて
、：１)所望の配列を含むcDNAライブラリーをPCRにより同定するために、および
２）ＰＲＯ４３４４に対する全長の配列のクローンを単離するためのプローブと
して使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。 一組のPCR用プライマー（正方向および逆方向）を合成した： 正方向PCR用プライマー： 5'-ＣＴＴＧＣＴＣＣＴＧＧＣＣＡＴＣＡＡＧＴＣＡＣ-3'(配列番号：３６) 逆方向PCR用プライマー： 5'-ＧＴＴＧＡＡＧＡＡＧＴＣＣＴＣＡＧＴＧＡＡＧＴＣＣＣＡＣ-3'(配列番号
：３７) さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブは、以下の
ヌクレオチド配列を持つコンセンサスＤＮＡ８０２０３配列から構築された。 ハイブリダイゼーションプローブ 5'-ＣＡＧＣＴＧＡＡＧＣＴＧＧＴＧＴＴＣＣＴＣＣＴＡＧＧＧＧＴＧＧＣＡＧ
ＧＡＴＣＣＧ-3'(配列番号：３８)
【０１８１】 完全長クローンのソースとして幾つかのライブラリーをスクリーンするために
、上記のごとく同定したＰＣＲプライマー組によりライブラリーから調製したＤ
ＮＡをＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。その後、ポジティブなライブラリ
ーは、オリゴヌクレオチドプローブおよびＰＣＲプライマーの一つを用い、ＰＲ
Ｏ４３４４遺伝子をコードするクローンを単離するために用いた。ｃＤＮＡライ
ブラリー構築のためのＲＮＡは、ヒト大動脈内皮細胞から単離した。 上記のように単離された単離クローンのＤＮＡ配列は、ＤＮＡ８４９２７−
２５８５（Ｆｉｇ２５；配列番号：３４）に対する全長のＤＮＡ配列を含んでお
り；ＰＲＯ４３４４のタンパク質配列をコードするものであった。 ＤＮＡ８４９２７−２５８５の全コーディング配列は、Ｆｉｇ２５（配列番
号：３４）に含まれている。ＤＮＡ８４９２７−２５８５のクローンは、一つの
オープンリーディングフレーム含み、ヌクレオチド位置３５７−３５９に見かけ
の翻訳開始部位及びヌクレオチド位置１４９１−１４９３の停止シグナルを有し
ていた。予測されるポリペプチド前駆体は３７８アミノ酸長である。Ｆｉｇ２６
（配列番号：３５）に示した完全長ＰＲＯ４３４４の解析は、種々の重要なポリ
ペプチドドメインの存在を明らかにするが、ここで重要なポリペプチドドメイン
に与えた位置は上記のようにおよそのものである。Ｆｉｇ２６に示した完全長Ｐ
ＲＯ４３４４配列の分析により、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜
約アミノ酸３９のシグナルペプチド；約アミノ酸３０〜約アミノ酸４９のタイプ
ＩＩ型膜貫通ドメイン；約アミノ酸７９〜約アミノ酸８３、約アミノ酸１０４〜
約アミノ酸１０８、および約アミノ酸１９２〜約アミノ酸１９６のＮ−グリコシ
ル化部位；約アミノ酸１９４〜約アミノ酸１９８、および約アミノ酸３５２〜約
アミノ酸３５６のカゼインキナーゼＩＩリン酸化部位；約アミノ酸１４〜約アミ
ノ酸２０、約アミノ酸１６０〜約アミノ酸１６６、および約アミノ酸３６７〜約
アミノ酸３７３のＮ−ミリストイル化部位；および約アミノ酸３５〜約アミノ酸
４６の原核細胞膜リポプロテイン脂質接着部位。クローンＤＮＡ８４９２７−２
５８５は1999年３月２３日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３８６
５が付与されている。Ｆｉｇ２６に示されている全長ＰＲＯ４３４４タンパク質
は分子量約42,310ダルトンと推定され、ｐＩは約9.58である。 Ｆｉｇ２６（配列番号：３５）に示される全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメ
ント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分
析により、ＰＲＯ４３４４アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列
相同性が見いだされた：P_W64558, P_W80212, AF029790_1, P_R57433, AB003748
_1, MMHC425O1814, DMU41449_1, DMSEG0007_10, DMC65G3_4, 及びFNG_DROME。
【０１８２】 実施例１６ ヒトＰＲＯ４３５４をコードするｃＤＮＡクローンの単離 ＤＮＡ９２２５６−２５９６は、上記実施例２に示されている独自のシグナル
配列検索アルゴリズムを適用する事により同定された。上記シグナル配列アルゴ
リズムを利用することで、ＬＩＦＥＳＥＱデータベース（登録商標）からのＥＳ
Ｔクラスター（92909）配列、またここでは「ＤＮＡ１０１９５」とも称する配
列の同定を可能ならしめた。続いて、存在する相同性を同定するために、このＥ
ＳＴクラスター配列を公的（例えば、GenBank）及び私的（LIFESEQ(登録商標),
Incyte Pharmaceuticals, Inc., Palo Alto, CA）データベースを含む様々な発
現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較した。ホモロジーサーチは、コンピュ
ータプログラムBLAST又はBLAST2（Altshul等, Methods in Enzymology 266: 460
-480 (1996)）を用いて実施した。既知のタンパク質をコードせず、BLASTスコア
７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「phrap」
（Phil Green, University of Washington, Seattle, Washington）で集団化し
てコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、
ここでＤＮＡ５６０６３称する。 クラスター配列および配列比較に基づいて、ＤＮＡ９２２６４−２５９６が同
定され全配列決定が行われた。全コード化配列はＦｉｇ２７（配列番号：３９）
に含まれている。
【０１８３】 クローンＤＮＡ９２２５６−２５９６は単一のオープンリーディングフレーム
を含み、ヌクレオチド位置１０８−１１０に見かけの翻訳開始部位を持ち、そし
てヌクレオチド位置８５２−８５４の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ２７）。予
測されるポリペプチド前駆体は２４８アミノ酸長である（Ｆｉｇ２８；配列番号
：４０）。Ｆｉｇ２８に示す完全長ＰＲＯ４３５４タンパク質は、約28,310ダル
トンの見積もり分子量及び約4.63のｐＩを有する。Ｆｉｇ２８（配列番号：４０
）に示した全長ＰＲＯ４３５４配列の分析により、種々の重要なポリペプチドド
メインの存在が明らかになり、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられ
た位置は上記のようにおよそのものである。Ｆｉｇ２８に示した完全長ＰＲＯ４
３５４配列の解析により、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミ
ノ酸２１のシグナルペプチド；約アミノ酸１０６〜約アミノ酸１１０のcAMP−お
よびcGMP−依存性プロテインキナーゼリン酸化部位；約アミノ酸３６〜約アミノ
酸４０、約アミノ酸８０〜約アミノ酸８４、約アミノ酸８４〜約アミノ酸８８、
約アミノ酸１５８〜約アミノ酸１６２、約アミノ酸２０２〜約アミノ酸２０６、
約アミノ酸２０７〜約アミノ酸２１１、および約アミノ酸２１３〜約アミノ酸２
１７のカゼインキナーゼＩＩリン酸化部位；約アミノ酸１１５〜約アミノ酸１２
１のＮ−ミリストイル化部位；および約アミノ酸７０〜約アミノ酸７４のアミド
化部位。クローンＤＮＡ９２２５６−２５９６は1999年３月３０日にＡＴＣＣに
寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３８９１が付与された。 Ｆｉｇ２８（配列番号：４０）に示した全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメ
ント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の解
析により、ＰＲＯ４３５４アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列
相同性が見いだされた：HGS_RF300, CEVK04G11_2, CEC11H1_7, HSU80744_1, CEF
09E8_2, RNAJ2967_1, DDICOI_1, AB020648_1, P_W33887およびA64319。
【０１８４】 実施例１７ ヒトＰＲＯ４３９７をコードするｃＤＮＡクローンの単離 上記実施例１において記述されているように、phrapを用いて他のＥＳＴ配列
に関し、コンセンサスＤＮＡ配列を構築させた。このコンセンサス配列をここで
は、ＤＮＡ７９１９６と称する。ＤＮＡ７９１９６コンセンサス配列に基づいて
、：１)所望の配列を含むcDNAライブラリーをPCRにより同定するために、および
２）ＰＲＯ４３９７に対する全長の配列のクローンを単離するためのプローブと
して使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。 一組のPCR用プライマー（正方向および逆方向）が合成された： 正方向PCR用プライマー： 5'-ＡＣＣＴＡＡＣＧＣＴＣＡＡＧＧＡＧＡＴＣＣＡＣＴＴＴＣ-3'(配列番号：
４３) 逆方向PCR用プライマー： 5'-ＧＧＣＴＣＣＡＴＴＣＴＧＧＧＴＣＴＧＡＧＴＴＡＧＧ-3'(配列番号：４４) さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブは、以下の
ヌクレオチド配列を持つコンセンサスＤＮＡ７９１９６配列から構築された。 ハイブリダイゼーションプローブ 5'-ＧＣＣＴＣＡＧＣＴＴＴＣＴＧＣＣＣＣＧＡＣＧＴＧＣＧＣＴＴＣＧＴＴＴ
ＴＴＡＡＧＧ-3'(配列番号：４５)
【０１８５】 完全長クローンのソースとして幾つかのライブラリーをスクリーンするために
、上記のごとく同定したＰＣＲプライマー組によりライブラリーから調製したＤ
ＮＡをＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。その後、ポジティブなライブラリ
ーは、オリゴヌクレオチドプローブおよびＰＣＲプライマーの一つを用い、ＰＲ
Ｏ４３９７遺伝子をコードするクローンを単離するために用いた。ｃＤＮＡライ
ブラリー構築のためのＲＮＡは、ヒト大動脈内皮細胞から単離した。 上記のように単離された単離クローンのＤＮＡ配列は、ＤＮＡ８３５０５−
２６０６（Ｆｉｇ２９；配列番号：４１）に対する全長のＤＮＡ配列を含んでお
り；ＰＲＯ４３９７のタンパク質配列をコードするものであった。 ＤＮＡ８３５０５−２６０６の全コーディング配列は、Ｆｉｇ２９（配列番
号：４１）に含まれている。ＤＮＡ８３５０５−２６０６のクローンは、一つの
オープンリーディングフレーム含み、ヌクレオチド位置２５４−２５６に見かけ
の翻訳開始部位及びヌクレオチド位置１４６０−１４６２の停止シグナルを有し
ていた。予測されるポリペプチド前駆体は４０２アミノ酸長である。Ｆｉｇ３０
（配列番号：４２）に示した完全長ＰＲＯ４３９７の解析は、種々の重要なポリ
ペプチドドメインの存在を明らかにするが、ここで重要なポリペプチドドメイン
に与えた位置は上記のようにおよそのものである。Ｆｉｇ３０に示した完全長Ｐ
ＲＯ４３９７配列の分析により、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜
約アミノ酸２７のシグナルペプチド；約アミノ酸２０３〜約アミノ酸２０７のＮ
−グリコシル化部位；約アミノ酸１２４〜約アミノ酸１２８、約アミノ酸２０５
〜約アミノ酸２０９、約アミノ酸３５１〜約アミノ酸３５５、および約アミノ酸
３６８〜約アミノ酸３７２のカゼインキナーゼＩＩリン酸化部位；約アミノ酸１
８〜約アミノ酸２４、約アミノ酸３１〜約アミノ酸３７、約アミノ酸１１０〜約
アミノ酸１１６、約アミノ酸１５７〜約アミノ酸１６３、約アミノ酸１６１〜約
アミノ酸１６７、約アミノ酸１６３〜約アミノ酸１６９、および約アミノ酸３６
６〜約アミノ酸３７２のＮ−ミリストイル化部位；および約アミノ酸１０７〜約
アミノ酸１１０の細胞接着部位。クローンＤＮＡ８３５０５−２６０６は1999年
５月２５日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号１３２−ＰＴＡが付与され
ている。Ｆｉｇ３０に示されている全長ＰＲＯ４３９７タンパク質は分子量約43
,751ダルトンと推定され、ｐＩは約9.42である。 Ｆｉｇ３０（配列番号：４２）に示される全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメ
ント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分
析により、ＰＲＯ４３９７アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列
相同性が見いだされた：P_W64558, P_W80212, HSGALT2_1, P_R57433, AF100956_
7, HS1033B10_2, AF029792_1, DMU41449_1, DMSEG0007_10, 及びAF092051_1。
【０１８６】 実施例１８ ヒトＰＲＯ４４０７をコードするｃＤＮＡクローンの単離 ＤＮＡ９２２６４−２６１６は、上記実施例２に示されている独自のシグナル
配列検索アルゴリズムを適用する事により同定された。上記シグナル配列アルゴ
リズムを利用することで、ＬＩＦＥＳＥＱデータベース（登録商標）からのＥＳ
Ｔクラスター配列の同定を可能ならしめた。続いて、存在する相同性を同定する
ために、このＥＳＴクラスター配列を公的（例えば、GenBank）及び私的（LIFES
EQ(登録商標), Incyte Pharmaceuticals, Inc., Palo Alto, CA）データベース
を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較した。ホモロジーサー
チは、コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altschul等, Methods in Enzy
mology 266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。既知のタンパク質をコードせ
ず、BLASTスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プロ
グラム「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle, Washingt
on）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。クラスター配列および配
列比較に基づいて、ＤＮＡ９２２６４−２６１６が同定され全配列決定が行われ
た。
【０１８７】 ＤＮＡ９２２６４−２６１６の全コード配列はＦｉｇ３１（配列番号：４６）
に含まれている。クローンＤＮＡ９２２６４−２６１６は単一のオープンリーデ
ィングフレームを含み、ヌクレオチド位置１０９−１１１に見かけの翻訳開始部
位を持ち、そしてヌクレオチド位置７５７−７５９の停止コドンで終端する（Ｆ
ｉｇ３１）。予測されるポリペプチド前駆体は２１６アミノ酸長である（Ｆｉｇ
３２；配列番号：４７）。Ｆｉｇ３２に示す完全長ＰＲＯ４４０７タンパク質は
、約23,729ダルトンの見積もり分子量及び約4.73のｐＩを有する。Ｆｉｇ３２（
配列番号：４７）に示した全長ＰＲＯ４４０７配列の分析により、種々の重要な
ポリペプチドドメインの存在が明らかになり、それらの重要なポリペプチドドメ
インに与えられた位置は上記のようにおよそのものである。Ｆｉｇ３２に示した
完全長ＰＲＯ４４０７配列の解析により、以下の存在が明らかになった：約アミ
ノ酸１〜約アミノ酸２５のシグナルペプチド；約アミノ酸４１〜約アミノ酸５９
の膜貫通ドメイン；約アミノ酸１２９〜約アミノ酸１３３、および約アミノ酸１
７３〜約アミノ酸１７７のカゼインキナーゼＩＩリン酸化部位；約アミノ酸１３
３〜約アミノ酸１３９のＮ−ミリストイル化部位。クローンＤＮＡ９２２６４−
２６１６は１９９９年４月２７日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０
３９６９が付与された。 Ｆｉｇ３２（配列番号：３５）に示した全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメ
ント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の解
析により、ＰＲＯ４４０７アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列
相同性が見いだされた：SC1E6_12, D80003_1, HMGA_SOYBN, DROTRO12_1, HSU919
34_1, GEN14338, AF051945_1, A45644, P_W60213及び P_W33807。
【０１８８】 実施例１９ ヒトＰＲＯ１５５５をコードするｃＤＮＡクローンの単離 ＤＮＡ７３７４４−１６６５は、上記実施例２に示されている独自のシグナル
配列検索アルゴリズムを適用する事により同定された。上記シグナル配列アルゴ
リズムを利用することで、ＬＩＦＥＳＥＱデータベース（登録商標）からのＥＳ
Ｔクラスター配列、ＥＳＴクラスター521、またここでは「ＤＮＡ１０３１６」
とも称する配列の同定を可能ならしめた。その後、存在するであろうホモロジー
を同定するために、このＥＳＴクラスター配列を公的（例えば、GenBank）及び
私的（LIFESEQ(登録商標), Incyte Pharmaceuticals, Inc., Palo Alto, CA）デ
ータベースを含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較した。ホモ
ロジーサーチは、コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altshul等, Method
s in Enzymology 266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。既知のタンパク質
をコードせず、BLASTスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較
物は、プログラム「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle
, Washington）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得ら
れたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６３７４と称する。 ＤＮＡ５６３７４配列とIncyteＥＳＴ2855769との間の配列相同性に鑑みて、I
ncyteＥＳＴ2855769を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。IncyteＥＳ
Ｔ2855769は、女性乳脂肪組織から構築したライブラリーに由来する。このｃＤ
ＮＡ挿入物の配列は、ここではＤＮＡ７３７４４−１６６５と表わされる。
【０１８９】 全コード配列はＦｉｇ３３（配列番号：４８）に含まれている。クローンＤＮ
Ａ７３７４４−１６６５は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレ
オチド位置９０−９２に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置
８２８−８３０の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ３３）。予測されるポリペプチ
ド前駆体は２４６アミノ酸長である（Ｆｉｇ３４；配列番号：４９）。Ｆｉｇ３
４に示す完全長ＰＲＯ１５５５タンパク質は、約26,261ダルトンの見積もり分子
量及び約.5.65のｐＩを有する。Ｆｉｇ３４（配列番号：４９）に示した全長Ｐ
ＲＯ１５５５配列の分析により、種々の重要なポリペプチドドメインの存在が明
らかになり、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられた位置は上記のよ
うにおよそのものである。Ｆｉｇ３４に示した完全長ＰＲＯ１５５５配列の解析
により、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミノ酸３１のシグナ
ルペプチド；約アミノ酸１１〜約アミノ酸３２、および約アミノ酸１９５〜約ア
ミノ酸２１７の膜貫通ドメイン；約アミノ酸１１１〜約アミノ酸１１５のＮ−グ
リコシル化部位；約アミノ酸２〜約アミノ酸６、約アミノ酸９８〜約アミノ酸１
０２および約アミノ酸１９１〜約アミノ酸１９５のカゼインキナーゼＩＩリン酸
化部位；および約アミノ酸１４６〜約アミノ酸１５２、および約アミノ酸１９２
〜約アミノ酸１９８のＮ−ミリストイル化部位。クローンＤＮＡ７３７４４−１
６６５は1998年１０月６日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３３２
２が付与された。 Ｆｉｇ３４（配列番号：４９）に示した全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメ
ント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分
析により、ＰＲＯ１５５５アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列
相同性が見いだされた：YKA4_CAEEL, AB014541_1, HVSX99518_2, SSU63019_1, G
EN14286, MMU68267_1, XP2_XENLA, ICP4_HSV11, P_W40200およびAE001360_1。
【０１９０】 実施例２０ 遺伝子増幅 この実施例は、ＰＲＯ３８１-、ＰＲＯ１２６９-、ＰＲＯ１４１０-、ＰＲＯ
１７５５-、ＰＲＯ１７８０-、ＰＲＯ１７８８-、ＰＲＯ３４３４-、ＰＲＯ１９
２７-、ＰＲＯ３５６７-、ＰＲＯ１２９５-、ＰＲＯ１２９３-、ＰＲＯ１３０３
-、ＰＲＯ４３４４-、ＰＲＯ４３５４-、ＰＲＯ４３９７-、ＰＲＯ４４０７-、
ＰＲＯ１５５５-、ＰＲＯ１０９６-、ＰＲＯ２０３８-又はＰＲＯ２２６２-コー
ド化遺伝子が或る種のヒト肺、結腸及び／又は乳癌及び／又は細胞系のゲノムで
増幅されることを示す。増幅は遺伝子産物の過剰発現を伴い、結腸、肺、乳房及
び他の癌といった或る種の癌において治療的処置の有用な標的であることを示し
ている。治療薬は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに対するアン
タゴニスト、例えばＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに対するマウ
ス-ヒトキメラ、ヒト化又はヒト抗体であってよい。 スクリーニングの出発物質は種々の癌から単離したゲノムＤＮＡである。ＤＮ
Ａは、例えば蛍光光度法で正確に定量化される。ネガティブ対照として、１０の
正常健常個体からＤＮＡを単離し、それをプールして健常個体における遺伝子コ
ピーのアッセイ対照として使用した（ここには、示さず）。５'ヌクレアーゼア
ッセイ（例えばTaqMan（商品名））及び実時間定量的ＰＣＲ（例えば、ABI Priz
m 7700 Sequence Detection System(商品名)(Perkin Elmer, Applied Biosystem
s Division, Foster City, CA)）を、或る種の癌で潜在的に増幅される遺伝子の
発見に使用した。結果は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、Ｐ
ＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９
２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、Ｐ
ＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５
５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２をコードするＤＮＡ
が、スクリーニングに用いられた原発性肺又は結腸癌又は癌細胞系又は乳癌細胞
系で過剰表現されるか否かを決定するのに用いた。原発性肺癌は、表４に示した
型及び段階の腫瘍を持つ個体から得た。表４に列挙した原発性腫瘍及びこの実施
例を通して参照される細胞系の表示に使用した略語の説明は上記に与えた。
【０１９１】 TaqMan(商品名)の結果はデルタ(Δ)Ｃｔ単位で報告した。１単位は１ＰＣＲサ
イクル又は正常に対して約２倍の増幅に相当し、２単位は４倍、３単位は８倍増
幅等々に相当する。定量化はプライマー及びＰＲＯ３８１-、ＰＲＯ１２６９-、
ＰＲＯ１４１０-、ＰＲＯ１７５５-、ＰＲＯ１７８０-、ＰＲＯ１７８８-、ＰＲ
Ｏ３４３４-、ＰＲＯ１９２７-、ＰＲＯ３５６７-、ＰＲＯ１２９５-、ＰＲＯ１
２９３-、ＰＲＯ１３０３-、ＰＲＯ４３４４-、ＰＲＯ４３５４-、ＰＲＯ４３９
７-、ＰＲＯ４４０７-、ＰＲＯ１５５５-、ＰＲＯ１０９６-、ＰＲＯ２０３８-
又はＰＲＯ２２６２-コード化遺伝子から誘導したTaqMan(商品名)蛍光プローブ
を用いて得た。最も独特の核酸配列を含むと思われ、少なくともスプライシング
されたイントロンを持たないと思われるＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ
１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４
、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ
１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７
、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の領域
が、プライマー及びプローブ誘導、例えば３-非翻訳領域のために好ましい。Ｐ
ＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８
０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲ
Ｏ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５
４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲ
Ｏ２０３８又はＰＲＯ２２６２遺伝子増幅分析に使用されるプライマー及びプロ
ーブ（正、逆及びプローブ）の配列は次の通りである：
【０１９２】 ＰＲＯ３８１（ＤＮＡ４４１９４−１３１７） ４４１９４.ｔｍ.ｆ： 5'-ＣＴＴＴＧＡＡＴＡＧＡＡＧＡＣＴＴＣＴＧＧＡＣＡＡＴＴＴ-3' （配列番
号：５６） ４４１９４.ｔｍ.ｐ： 5'-ＴＴＧＣＡＡＣＴＧＧＧＡＡＴＡＴＡＣＣＡＣＧＡＣＡＴＧＡＧＡ-3' （配
列番号：５７） ４４１９４.ｔｍ.ｒ： 5'-ＴＡＧＧＧＴＧＣＴＡＡＴＴＴＧＴＧＣＴＡＴＡＡＣＣＴ-3' （配列番号：
５８） ４４１９４.ｔｍ.ｆ２： 5'-ＧＧＣＴＣＴＧＡＧＴＣＴＣＴＧＣＴＴＧＡ-3' （配列番号：５９） ４４１９４.ｔｍ.ｐ２： 5'-ＴＣＣＡＡＣＡＡＣＣＡＴＴＴＴＣＣＴＣＴＧＧＴＣＣ-3' （配列番号：６
０） ４４１９４.ｔｍ.ｒ２： 5'-ＡＡＧＣＡＧＴＡＧＣＣＡＴＴＡＡＣＡＡＧＴＣＡ-3' （配列番号：６１） ＰＲＯ１２６９（ＤＮＡ６６５２０−１５３６） ６６５２０.ｔｍ.ｆ１： 5'-ＡＡＡＧＧＡＣＡＣＣＧＧＧＡＴＧＴＧ-3' （配列番号：６２） ６６５２０.ｔｍ.ｐ１： 5'-ＡＧＣＧＴＡＣＡＣＴＣＴＣＴＣＣＡＧＧＣＡＡＣＣＡＧ-3' （配列番号：
６３） ６６５２０.ｔｍ.ｒ1： 5'-ＣＡＡＴＴＣＴＧＧＡＴＧＡＧＧＴＧＧＴＡＧＡ-3' （配列番号：６４） ＰＲＯ１４１０（ＤＮＡ６８８７４−１６２２） ６８８７４.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＣＡＧＧＡＣＴＧＡＧＣＧＣＴＴＧＴＴＴＡ-3' （配列番号：６５） ６８８７４.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＣＡＡＡＧＣＧＣＣＡＡＧＴＡＣＣＧＧＡＣＣ-3' （配列番号：６６） ６８８７４.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＣＣＡＧＡＣＣＴＣＡＧＣＣＡＧＧＡＡ-3' （配列番号：６７）
【０１９３】 ＰＲＯ１７５５（ＤＮＡ７６３９６−１６９８） ７６３９６.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＴＣＡＴＧＧＴＣＴＣＧＴＣＣＣＡＴＴＣ-3' （配列番号：６８） ７６３９６.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＣＡＣＣＡＴＴＴＧＴＴＴＣＴＣＴＧＴＣＴＣＣＣＣＡＴＣ-3' （配列番号
：６９） ７６３９６.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＣＣＧＧＣＡＴＣＣＴＴＧＧＡＧＴＡＧ-3' （配列番号：７０） ＰＲＯ１７８０（ＤＮＡ７１１６９−１７０９） ７１１６９.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＣＴＣＴＧＧＴＧＣＣＣＡＣＡＧＴＧＡ-3' （配列番号：７１） ７１１６９.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＣＣＡＴＧＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＣＡＡＧＡＡ-3' （配列番号：７２） ７１１６９.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＣＡＧＧＡＡＡＴＣＴＧＧＡＡＡＣＣＴＡＣＡＧＴ-3' （配列番号：７３） ＰＲＯ１７８８（ＤＮＡ７７６５２−２５０５） ７７６５２.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＴＣＣＣＣＡＴＴＡＧＣＡＣＡＧＧＡＧＴＡ-3' （配列番号：７４） ７７６５２.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＡＧＧＣＴＣＴＴＧＣＣＴＧＴＣＣＴＧＣＴＧＣＴ-3' （配列番号：７５） ７７６５２.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＧＣＣＣＡＧＡＧＴＣＣＣＡＣＴＴＧＴ-3' （配列番号：７６）
【０１９４】 ＰＲＯ３４３４（ＤＮＡ７７６３１−２５３７） ７７６３１.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＧＴＣＣＡＧＣＡＡＧＣＣＣＴＣＡＴＴ-3' （配列番号：７７） ７７６３１.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＣＴＴＣＴＧＧＧＣＣＡＣＡＧＣＣＣＴＧＣ-3' （配列番号：７８） ７７６３１.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＣＡＧＴＴＣＡＧＧＴＣＧＴＴＴＣＡＴＴＣＡ-3' （配列番号：７９） ＰＲＯ１９２７（ＤＮＡ８２３０７−２５３１） ８２３０７.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＣＣＡＧＴＣＡＧＧＣＣＧＴＴＴＴＡＧＡ-3' （配列番号：８０） ８２３０７.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＣＧＧＧＣＧＣＣＣＡＡＧＴＡＡＡＡＧＣＴＣ-3' （配列番号：８１） ８２３０７.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＣＡＴＡＡＡＧＴＡＧＴＡＴＡＴＧＣＡＴＴＣＣＡＧＴＧＴＴ-3' （配列番
号：８２） ＰＲＯ３５６７（ＤＮＡ５６０４９−２５４３） ５６０４９.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＧＧＡＡＡＴＧＧＴＣＴＣＡＡＧＧＧＡＡＡ-3' （配列番号：８３） ５６０４９.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＴＣＡＣＴＴＴＧＡＣＣＣＴＧＴＣＴＴＧＧＡＡＣＧＴＣ-3' （配列番号：
８４） ５６０４９.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＧＧＴＡＧＡＡＴＴＣＣＡＧＣＡＴＴＴＧＧＴＡ-3' （配列番号：８５）
【０１９５】 ＰＲＯ１２９５（ＤＮＡ５９２１８−１５５９） ５９２１８.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＡＧＧＡＣＴＴＧＣＣＣＴＣＡＧＧＡＡ-3' （配列番号：８６） ５９２１８.ｔｍ.r１ 5'-ＣＧＣＡＧＧＡＣＡＧＴＴＧＴＧＡＡＡＡＴＡ-3' （配列番号：８７） ５９２１８.ｔｍ.p１ 5'-ＡＴＧＡＣＧＣＴＣＧＴＣＣＡＡＧＧＣＣＡＣ-3' （配列番号：８８） ＰＲＯ１２９３（ＤＮＡ６０６１８−１５５７） ６０６１８.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＣＣＣＡＣＣＴＧＴＡＣＣＡＣＣＡＴＧＴ-3' （配列番号：８９） ６０６１８.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＡＣＴＣＣＡＧＧＣＡＣＣＡＴＣＴＧＴＴＣＴＣＣＣ-3' （配列番号：９０
） ６０６１８.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＡＡＧＧＧＣＴＧＧＣＡＴＴＣＡＡＧＴＵ-3' （配列番号：９１） ＰＲＯ１３０３（ＤＮＡ６５４０９−１５６６） ６５４０９.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＣＴＧＧＣＣＣＴＣＡＧＡＧＣＡＣＣＡＡＴ-3' （配列番号：９２） ６５４０９.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＴＣＣＴＣＣＡＴＣＡＣＴＴＣＣＣＣＴＡＧＣＴＣＣＡ-3' （配列番号：９
３） ６５４０９.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＣＴＧＧＣＡＧＧＡＧＴＴＡＡＡＧＴＴＣＣＡＡＧＡ-3' （配列番号：９４
）
【０１９６】 ＰＲＯ４３４４（ＤＮＡ８４９２７−２５８５） ８４９２７.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＧＧＧＣＡＡＣＡＧＣＣＴＧＡＧＡＧＴ-3' （配列番号：９５） ８４９２７.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＡＣＴＣＡＧＴＧＴＴＧＡＴＴＣＴＣＴＡＴＣＧＴＧＡＴＧＣＧ-3' （配列
番号：９６） ８４９２７.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＧＡＧＣＡＧＣＡＧＧＣＡＴＣＡＡＴＴＴ-3' （配列番号：９７） ＰＲＯ４３５４（ＤＮＡ９２２５６−２５９６） ９２２５６.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＧＧＣＣＴＧＧＡＧＴＴＧＣＴＧＡＴＡＡ-3' （配列番号：９８） ９２２５６.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＴＴＧＡＧＣＴＴＡＡＧＴＡＧＡＣＣＡＡＧＴＡＴＣＴＡＴＣＣＣＡＣＣＴ
ＡＡＡ-3' （配列番号：９９） ９２２５６.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＧＧＴＧＧＧＣＴＣＴＧＧＧＴＴＡＣＡ-3' （配列番号：１００）
【０１９７】 ＰＲＯ４３９７（ＤＮＡ８３５０５−２６０６） ８３５０５.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＡＧＣＣＧＧＴＴＴＣＣＣＡＧＡＴＴＡＴ-3' （配列番号：１０１） ８３５０５.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＴＧＣＣＧＴＧＴＡＴＧＴＧＧＴＴＣＴＴＣＣＣＴＧ-3' （配列番号：１０
２） ８３５０５.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＧＡＧＡＣＡＧＧＣＡＣＣＴＧＧＴＧＡＴ-3' （配列番号：１０３） ＰＲＯ４４０７（ＤＮＡ９２２６４−２６１６） ９２２６４.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＴＧＴＴＴＣＴＧＣＣＴＧＧＡＣＡＴＣＡ-3' （配列番号：１０４） ９２２６４.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＧＣＴＴＡＣＣＧＴＧＧＣＣＴＧＡＣＴ-3' （配列番号：１０５） ９２２６４.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＴＣＣＴＣＡＧＧＧＴＣＣＡＡＧＴＣＣＣＣＡＴ-3' （配列番号：１０６）
【０１９８】 ＰＲＯ１５５５（ＤＮＡ７３７４４−１６６５） ７３７４４.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＣＣＴＴＧＡＡＡＡＧＧＡＣＣＣＡＧＴＴＴ-3' （配列番号：１０７） ７３７４４.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＡＴＧＡＧＴＣＧＣＡＣＣＴＧＣＴＧＴＴＣＣＣ-3' （配列番号：１０８） ７３７４４.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＴＡＧＣＡＧＣＴＧＣＣＣＴＴＧＧＴＡ-3' （配列番号：１０９） ７３７４４.ｔｍ.ｆ２ 5'-ＡＡＣＡＧＣＡＧＧＴＧＣＧＡＣＴＣＡＴＣＴＡ-3' （配列番号：１１０） ７３７４４.ｔｍ.ｐ２ 5'-ＴＧＣＴＡＧＧＣＧＡＣＧＡＣＡＣＣＣＡＧＡＣＣ-3' （配列番号：１１１
） ７３７４４.ｔｍ.ｒ２ 5'-ＴＧＧＡＣＡＣＧＴＧＧＣＡＧＴＧＧＡ-3' （配列番号：１１２） ＰＲＯ１０９６（ＤＮＡ６１８７０） ６１８７０.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＴＧＧＡＣＣＡＴＧＡＡＧＣＣＡＧＴＴＴ-3' （配列番号：１１３） ６１８７０.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＣＣＴＴＴＴＴＡＧＴＴＧＧＣＴＡＡＣＴＧＡＣＣＴＧＧＡＡＡＧＡＡ-3'
（配列番号：１１４） ６１８７０.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＴＧＡＡＴＡＧＴＣＡＣＴＴＴＧＡＧＧＴＴＡＴＴＧＣ-3' （配列番号：１
１５）
【０１９９】 ＰＲＯ２０３８（ＤＮＡ８３０１４） ８３０１４.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＣＣＴＧＧＣＴＣＣＡＣＣＴＧＴＧＡＴ-3' （配列番号：１１６） ８３０１４.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＡＣＣＴＣＣＣＣＣＴＧＣＴＴＣＣＴＧＣＴＧ-3' （配列番号：１１７） ８３０１４.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＣＣＴＣＡＧＡＣＣＣＣＡＴＧＡＧＴＧＡ-3' （配列番号：１１８） ＰＲＯ２２６２（ＤＮＡ８８２７３） ８８２７３.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＧＡＧＧＡＡＴＧＧＣＣＣＡＡＣＡＧＴ-3' （配列番号：１１９） ８８２７３.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＴＧＧＣＡＧＣＣＡＣＣＣＴＴＣＡＧＴＧＡＧ-3' （配列番号：１２０） ８８２７３.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＣＡＧＣＡＣＡＴＣＡＣＧＴＧＴＣＣＡ-3' （配列番号：１２１） ８８２７３.ｔｍ.ｆ２ 5'-ＧＡＧＧＡＡＴＧＧＣＣＣＡＡＣＡＧＴ-3' （配列番号：１２２） ８８２７３.ｔｍ.ｐ２ 5'-ＴＧＴＣＣＡＴＧＣＣＣＣＴＧＧＴＣＣＡＣ-3' （配列番号：１２３） ８８２７３.ｔｍ.ｒ２ 5'-ＧＡＧＧＴＡＣＡＧＡＧＣＡＧＣＡＣＡＴＣＡ-3' （配列番号：１２４）
【２００】 ５'ヌクレアーゼアッセイ反応は蛍光ＰＣＲベースの技術であり、実時間での
増幅監視のためのＴａｑＤＮＡポリメラーゼ酵素の５’エキソヌクレアーゼ活性
を使用する。ＰＣＲ反応に典型的な単位複製配列の生成に２つのオリゴヌクレオ
チドプライマーを使用した。第３のオリゴヌクレオチド、又はプローブは、２つ
のＰＣＲプライマーの間に位置する核酸配列を検出するために設計された。プロ
ーブはＴａｑＤＮＡポリメラーゼ酵素により非伸展性であり、レポーター蛍光色
素及び消光剤蛍光色素で標識される。２つの色素がプローブ上に接近して位置す
る場合、レポーター色素からのレーザー誘導発光は消光色素によって消光される
。増幅反応の間、プローブはＴＡＱ ＤＮＡポリメラーゼ酵素によりテンプレー
ト依存的方式で切断される。得られたプローブ断片は溶液中に解離し、放出され
たレポーター色素からのシグナルは第２のフルオロホアからの消光効果を受けな
い。レポーター色素の一分子は、新たに合成された各分子について標識され、非
消光レポーター色素の検出がデータの定量的解釈の基礎を提供する。 ５'ヌクレアーゼ法は、ABI Prism 7700TM配列検出などの実時間定量的ＰＣＲ
装置で実施される。系は温度サイクル器、レーザー、電荷結合装置（ＣＣＤ）カ
メラ及びコンピュータからなる。系は温度サイクル器上で９６-ウェルでの試料
を増幅させる。増幅中に、レーザー誘導蛍光シグナルは光ファイバーケーブルで
９６ウェルに集められ、ＣＣＤで検出される。系は装置の実行及びデータの分析
のためのソフトウェアを含む。 ５'ヌクレアーゼアッセイデータは、最初はＣｔ又は境界サイクルで表現され
る。これは、レポーターシグナルが蛍光のバックグラウンドを越えて蓄積される
サイクルとして定義される。ΔＣｔ値は、癌性DNA結果を正常ヒトDNA結果と日博
した場合の、核酸試料における特定の標的配列の出発コピー相対数の定量的尺度
として使用した。 表４は、本発明のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２化合物のスクリーニングに
用いた種々の原発性腫瘍の段階(stage)、Ｔ段階及びＮ段階を記載する。
【０２０１】
【０２０２】 ＤＮＡ調製： ＤＮＡは培養した細胞系、原発性腫瘍、正常ヒト血液から調製した。単離は、
全てQuiagenからの、精製キット、バッファーセット及びプロテアーゼを用い、
製造者の指示と下記に従って実施した。 細胞培養溶解： 細胞を洗浄し、チップ当たり7.5x10８の濃度でトリプシン化し、４℃で５分間
1000rpmで遠心分離してペレット化し、次いで1/2容量のＰＢＳ再遠心で洗浄した
。ペレットを３回洗浄し、懸濁細胞を回収して2xＰＢＳで洗浄した。次いで細胞
を10mLのＰＢＳに懸濁させた。バッファーＣ１を４℃で平衡化させた。Quiagen
プロテアーゼ#19155を6.25mlの冷ｄｄＨ２Ｏで最終濃度20mg/mlまで希釈して４
℃で平衡化させた。10mLのＧ２バッファーを、QuiagenＲＮＡｓｅＡストック（1
00mg/ml）を200μg/mlの最終濃度まで希釈して調製した。 バッファーＣ１（10ml、４℃）及びｄｄＨ２Ｏ（40ml、４℃）を、次いで10ml
の細胞懸濁物に添加し、反転させて混合し、氷上で１０分間インキュベートした
。細胞核をBeckmanスイングバケットロータで４℃において2500rpmで１５分間遠
心分離することによりペレット化した。上清を捨て、核をボルテックスしながら
2mlのバッファーＣ１（４℃）及び6mlのｄｄＨ２Ｏに懸濁し、１秒後に４℃にお
いて2500rpmで１５分間遠心分離した。次いで核を残りのバッファー中にチップ
当たり200μlを用いて再懸濁した。Ｇ２バッファー（10ml）を懸濁した核に添加
しながら緩いボルテックスを適用した。バッファー添加が完了したら、強いボル
テックスを３０秒間適用した。Quiagenプロテアーゼ（200μl上記のように調製
）を添加し、５０℃で６０分間インキュベートした。インキュベーション及び遠
心分離を、溶解物が透明になるまで繰り返した（例えば、さらに30-60分間イン
キュベートし、４℃で１０分間3000xgでペレット化する）。
【０２０３】 固体ヒト腫瘍試料の調製及び溶解： 腫瘍試料を秤量し50mlのコニカル管に配して氷上に保持した。加工は調製当た
り250mgの組織未満に制限した（１チップ／調製）。プロテアーゼ溶液を6.25ml
の冷ｄｄＨ２Ｏ中に最終濃度20mg/mlまで希釈することにより新たに調製して４
℃で貯蔵した。ＤＮＡｓｅＡを最終濃度200mg/mlまで希釈することによりＧ２バ
ッファー（20ml）を調製した（100mg/mlのストックから）。エアロゾルの吸入を
避けるために層流ＴＣフード内でポリトロンの大きなチップを用いて、腫瘍組織
を19mlのＧ２バッファー中で６０秒間均一化し、室温に保持した。試料間で、各
々2LのｄｄＨ２Ｏで２ｘ３０秒間、次いでＧ２バッファー（50ml）でスピンさせ
ることによりポリトロンを透明化した。組織がジェネレータチップ上に存在する
場合は、装置を分解して清浄化した。 Quiagenプロテアーゼ（上記の用に調製、1.0ml）を添加し、次いでボルテック
スして５０℃で３時間インキュベートした。インキュベーション及び遠心分離を
、溶解物が透明になるまで繰り返した（例えば、さらに30-60分間インキュベー
トし、４℃で１０分間3000xgでペレット化する）。
【０２０４】 ヒト血液調製及び溶解： 健常なボランティアから標準的な感染薬プロトコールを用いて血液を採りだし
、チップ当たり10mlの試料にクエン酸化した。Quiagenプロテアーゼを6.25mlの
冷ｄｄＨ２Ｏ中に最終濃度20mg/mlまで希釈することにより新たに調製して４℃
で貯蔵した。ＲＮＡｓｅＡを100mg/mlのストックから最終濃度200μg/mlまで希
釈することによりＧ２バッファー（20ml）を調製した。血液（10ml）を50mlのコ
ニカル管に配し、10mlのＣ１バッファー及び30mlのｄｄＨ２Ｏ（ともに４℃で平
衡化したもの）を添加し、反転させて混合して氷上に１０分間保持した。Beckma
nスイングバケットローターで、４℃において2500rpmで１５分間核をペレット化
し、上清を捨てた。ボルテックスしながら、核を2mlのＣ１バッファー（４℃）
及び6mlのｄｄＨ２Ｏ（４℃）中に懸濁させた。ボルテックスはペレットが白く
なるまで繰り返した。次いで核を残りのバッファー中に200μlチップを用いて懸
濁させた。Ｇ２バッファー（10ml）を懸濁核に添加しながら緩くボルテックスし
、次いで３０秒間強くボルテックスした。Quiagenプロテアーゼを添加（200μl
）し、５０℃で６０分間インキュベートした。インキュベーション及び遠心分離
を、溶解物が透明になるまで繰り返した（例えば、さらに30-60分間インキュベ
ートし、４℃で１０分間3000xgでペレット化する）。
【０２０５】 透明化溶解物の精製： （１）ゲノムＤＮＡの単離： ゲノムＤＮＡを10mlのＱＢＴバッファーで平衡化した（Ｍａｘｉチップ調製当
たり１試料）。ＱＦ溶離バッファーを５０℃で平衡化した。試料を３０秒間ボル
テックスし、次いで平衡化チップに負荷して重力により排液した。チップを2x15
mlのＱＣバッファーで洗浄した。ＤＮＡを、30mlのシラン化したオートクレーブ
30mlCortex管に15mlのＱＦバッファー（５０℃）で溶離した。イソプロパノール
（10.5ml）を各試料に添加し、管をパラフィンで被覆し、ＤＮＡが沈殿するまで
繰り返し反転させて混合した。試料を、SS-34ロータで４℃において15,000rpmで
１０分間遠心分離してペレット化した。ペレット位置をマークして上清を捨て、
10mlの70%エタノール（４℃）を添加した。試料を、SS-34ロータで４℃において
10,000rpmで１０分間遠心分離して再度ペレット化した。ペレット位置をマーク
して上清を捨てた。次いで管を乾燥棚の各面に置き、３７℃で１０分間乾燥させ
たが、使用の過剰乾燥には注意した。 乾燥後、ペレットを1.0mlのＴＥ（pH8.5）に溶解し、５０℃に１−２時間置い
た。試料を４℃に終夜保持して溶解を続けた。次いでＤＮＡ溶液を、ツベルクリ
ンシリンジ上に２６ゲージの針を具備する1.5ml管に移した。ＤＮＡを剪断する
ために移行を５ｘ繰り返した。次いで試料を５０℃に１−２時間置いた。
【０２０６】 （２）ゲノムＤＮＡの定量及び遺伝子増幅アッセイのための調製： 各管のＤＮＡレベルを1:20希釈（5μlＤＮＡ＋95μlｄｄＨ２Ｏ）での標準的
なＡ２６０／Ａ２８０分光分析により、Beckman DU640分光光度計の0.1ml石英キ
ュベットを用いて定量した。Ａ２６０／Ａ２８０比率は1.8-1.9の範囲であった
。次いで各ＤＮＡ試料をＴＥ（pH8.5）中に約200ng/mlまで希釈した。最初の材
料が高濃度（約700ng/μl）である場合、材料を５０℃に再懸濁するまで数時間
置いた。 次いで、希釈した材料（20-600ng/ml）に対して、製造者の指示を以下のよう
に改変して蛍光ＤＮＡ定量化を実施した。これは、Hoeffer DyNA Quant 200蛍光
計を約１５分間暖めて実施した。Hoechst色素作業溶液（#H33258、10μl、使用
の１２時間以内に調製）を100mlの1xＴＮＥバッファーに希釈した。2mlキュベッ
トを蛍光計溶液で満たし、機械に配し、機械をゼロ調節した。ｐＧＥＭ３Ｚｆ(
＋)（2μl、ロット#360851026）を2mlの蛍光計溶液に添加して200単位で校正し
た。次いで、さらに２μlのｐＧＥＭ３Ｚｆ(＋)ＤＮＡを試験し、400+/-10単位
で読みを確認した。次いで各試料を少なくとも３回読んだ。３試料が互いに10%
以内であることが見られたとき、それらの平均をとり、この値を定量化値として
用いた。 次いで、蛍光測定で決定した濃度を、各試料をｄｄＨ２Ｏ中に10ng/μlまで希
釈するのに用いた。これは、１回のTaqManプレートアッセイについて全てのテン
プレート試料について同時に行い、500-1000アッセイを実施するのに十分な材料
で行った。試料は、Taqman(商品名)プライマー及びプローブで３回試験し、Ｂ-
アクチン及びＧＡＰＤＨともに正常なヒトＤＮＡを持ちテンプレート対照を持た
ない単一のプレート上にある。希釈した試料を用いたが、試験ＤＮＡから減算し
た正常ヒトＤＮＡのＣＴ値は+/-１Ｃｔであった。希釈した、ロット定性化した
ゲノムＤＮＡを、1.0mlアリコートで−８０℃において保存した。続いて遺伝し
増幅アッセイに使用するアリコートは、４℃で保存した。各1mlのアリコートは
、8-9プレート又は64試験に十分である。
【０２０７】 遺伝子増幅アッセイ： 本発明のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、
ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３
５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、
ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１
０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２化合物を以下の原発腫瘍でスクリー
ニングし、得られたΔＣｔ値を表５Ａ−５Ｂに報告する。
【０２０８】
【０２０９】
【０２１０】
【０２１１】
【０２１２】
【０２１３】
【０２１４】
【０２１５】
【０２１６】
【０２１７】
【０２１８】
【０２１９】
【０２２０】
【０２２１】
【０２２２】
【０２２３】
【０２２４】 ＰＲＯ３４３４ ＰＲＯ３４３４（ＤＮＡ７７６３１−２５３７）を、上記の最初のスクリーニ
ングから選択した腫瘍についてエピセンターマッピングで再試験した。表６は、
ＰＲＯ３４３４（ＤＮＡ７７６３１−２５３７）に関連して用いたエピセンター
マーカーを示す。これらのマーカーは、ＤＮＡ７７６３１に近接して所在してお
り、ＤＮＡ７７６３１が所在する染色体７番領域の増幅状況を評価するために用
いられる。個々のマーカー間の距離はセンチレイ（ｃＲ）で測定し、これは放射
線分解単位であり、２つのマーカー間の分解の１％の機会とほぼ等しい。１ｃＲ
は極めて粗くは２０キロベースと等しい。マーカーｓＷＳＳ９１８はＤＮＡ７７
６３１−２５３７が近くにマッピングされる染色体７の位置の最も近くに見られ
るマーカーである。 表７は、ＤＮＡ７７６３１に関するエピセンターマッピングの結果に対するΔＣ
ｔ値を示しており、染色体７に沿ったＤＮＡ７７６３１の実際の位置により近い
領域での相対的増幅を示す。
【０２２５】
【０２２６】
【０２２７】 議論と結論： ＰＲＯ３８１（ＤＮＡ４４１９４−１３１７）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ４４１９４−１３１７についてのΔＣｔ値を表５Ａ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的に増幅評点化の閾値として用い、これは２倍の
遺伝子コピーを表す。表５Ａは、（１）原発性肺腫瘍：ＨＦ-０００６４３，Ｈ
Ｆ-０００８４０，ＨＦ-００１２９１，ＨＦ-００１２９４，及びＨＦ-００１２
９６；及び（２）原発性結腸腫瘍：ＨＦ-０００８１１で生じたＰＲＯ３８１を
コードする核酸ＤＮＡ４４１９４−１３１７の有意な増幅を示す。ＤＮＡ４４１
９４−１３１７の増幅が種々の腫瘍で生じたので、それは腫瘍形成又は成長にお
いて有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、ＤＮＡ４４１９４−１３１
７にコードされるタンパク質（ＰＲＯ３８１）に対するアンタゴニスト（例えば
抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測される。
【０２２８】 ＰＲＯ１２６９（ＤＮＡ６６５２０−１５３６）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ６６５２０−１５３６についてのΔＣｔ値を表５Ａ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的には増幅スコアの閾値として用い、これは２倍
の遺伝子コピーを表す。表５Ａは、原発性肺腫瘍：ＬＴ１５、ＬＴ１６、及びＬ
Ｔ１７で生じたＰＲＯ１２６９をコードする核酸ＤＮＡ６６５２０−１５３６の
有意な増幅を示す。ＤＮＡ６６５２０−１５３６の増幅が種々の肺腫瘍で生じた
ので、それは腫瘍形成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果
として、ＤＮＡ６６５２０−１５３６にコードされるタンパク質（ＰＲＯ１２６
９）に対するアンタゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと
予測される。
【０２２９】 ＰＲＯ１４１０（ＤＮＡ６８８７４−１６２２）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ６８８７４−１６２２についてのΔＣｔ値を表５Ａ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的には増幅スコアの閾値として用い、これは２倍
の遺伝子コピーを表す。表５Ａは、（１）原発性肺腫瘍：ＬＴ１３、ＬＴ１５、
およびＬＴ１６；（２）原発性結腸腫瘍：ＣＴ２、ＣＴ３、ＣＴ５、ＣＴ１０、
ＣＴ１１、及びＣＴ１４、及び；（３）結腸細胞系：ＨＴ２９で生じたＰＲＯ１
４１０をコードする核酸ＤＮＡ６８８７４−１６２２の有意な増幅を示す。 ＤＮＡ６８８７４−１６２２の増幅が種々の肺及び結腸腫瘍で生じたので、
それは腫瘍形成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として
、ＤＮＡ６８８７４−１６２２にコードされるタンパク質（ＰＲＯ１４１０）に
対するアンタゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測さ
れる。
【０２３０】 ＰＲＯ１７５５（ＤＮＡ７６３９６−１６９８）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ７６３９６−１６９８についてのΔＣｔ値を表５Ａ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的には増幅スコアの閾値として用い、これは２倍
の遺伝子コピーを表す。表５Ａは、（１）原発性肺腫瘍：ＬＴ１６、ＬＴ１８、
およびＬＴ２２；及び（２）原発性結腸腫瘍：ＣＴ２、ＣＴ８、ＣＴ１０、ＣＴ
１２、及びＣＴ１４で生じたＰＲＯ１７５５をコードする核酸ＤＮＡ７６３９６
−１６９８の有意な増幅を示す。 ＤＮＡ７６３９６−１６９８の増幅が種々の肺及び結腸腫瘍で生じたので、
それは腫瘍形成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として
、ＤＮＡ７６３９６−１６９８にコードされるタンパク質（ＰＲＯ１７５５）に
対するアンタゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測さ
れる。
【０２３１】 ＰＲＯ１７８０（ＤＮＡ７１１６９−１７０９）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ７１１６９−１７０９についてのΔＣｔ値を表５Ａ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的には増幅スコアの閾値として用い、これは２倍
の遺伝子コピーを表す。表５Ａは、原発性肺腫瘍：ＬＴ４、ＬＴ７、及びＬＴ２
２で生じたＰＲＯ１７８０をコードする核酸ＤＮＡ７１１６９−１７０９の有意
な増幅を示す。 ＤＮＡ７１１６９−１７０９の増幅が種々の肺腫瘍で生じたので、それは腫
瘍形成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、ＤＮＡ
７１１６９−１７０９にコードされるタンパク質（ＰＲＯ１７８０）に対するア
ンタゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測される。
【０２３２】 ＰＲＯ１７８８（ＤＮＡ７７６５２−２５０５）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ７７６５２−２５０５についてのΔＣｔ値を表５Ａ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的には増幅スコアの閾値として用い、これは２倍
の遺伝子コピーを表す。表５Ａは、原発性結腸腫瘍：ＣＴ１、ＣＴ３、ＣＴ４、
ＣＴ８、ＣＴ９、ＣＴ１０、ＣＴ１２、及びＬＴ１４で生じたＰＲＯ１７８８を
コードする核酸ＤＮＡ７７６５２−２５０５の有意な増幅を示す。 ＤＮＡ７７６５２−２５０５の増幅が種々の結腸腫瘍で生じたので、それは
腫瘍形成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、ＤＮ
Ａ７７６５２−２５０５にコードされるタンパク質（ＰＲＯ１７８８）に対する
アンタゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測される。
【０２３３】 ＰＲＯ３４３４（ＤＮＡ７７６３１−２５３７）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ７７６３１−２５３７についてのΔＣｔ値を表５Ａ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的には増幅スコアの閾値として用い、これは２倍
の遺伝子コピーを表す。表５Ａは、（１）原発性肺腫瘍：ＬＴ１３、ＬＴ１５、
ＬＴ１６、ＨＦ-０００８４２、ＨＦ-００１２９４、ＨＦ-００１２９６、及び
ＨＦ-００１２９９；（２）肺初代培養細胞系：Ａ５４９、Ｃａｌｕ−６、Ｈ１
５７、Ｈ４４１、Ｈ４６０、ＳＫＭＥＳ１、及びＨ８１０；（３）原発性結腸腫
瘍：ＣＴ１５；及び（４）結腸細胞系：ＳＷ６２０、Ｃｏｌｏ３２０、ＨＴ２９
、ＨＣＴ１１６、ＳＷ４０３、ＬＳ１７４Ｔ、及びＨＣＣ２９９８で生じたＰＲ
Ｏ３４３４をコードする核酸ＤＮＡ７７６３１−２５３７の有意な増幅を示す。 増幅は、ＤＮＡ７７６３１−２５３７のエピセンターマッピング（表７）によ
り確認され、（１）原発結腸腫瘍：ＨＦ-０００５３９；及び（２）精巣腫瘍中
心部：ＨＦ-０００７３３及び精巣腫瘍周辺部：ＨＦ-０００７１６において有意
に増幅される結果となった。これに対して、最も近い公知エピセンターマーカー
の増幅は、ＤＮＡ７７６３１より大きな程度で起こらなかった。このことは、Ｄ
ＮＡ７７６３１−１３１７が染色体７番上の特定領域の増幅の原因となる遺伝子
であることを強く示唆している。 ＤＮＡ７７６３１の増幅が結腸及び精巣腫瘍を含む種々の腫瘍で生じたので、
それは腫瘍形成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として
、ＤＮＡ７７６３１−２５３７にコードされるタンパク質（ＰＲＯ３４３４）に
対するアンタゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測さ
れる。
【０２３４】 ＰＲＯ１９２７（ＤＮＡ８２３０７−２５３１）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ８２３０７−２５３１についてのΔＣｔ値を表５Ａ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的に増幅評点化の閾値として用い、これは２倍の
遺伝子コピーを表す。表５Ａは、（１）原発性肺腫瘍：ＬＴ１３、ＬＴ１６、Ｈ
Ｆ-０００８４２、ＨＦ-００１２９４、ＨＦ-００１２９６、及びＨＦ-００１２
９９；及び（２）原発性結腸腫瘍：ＣＴ１５；及び（３）結腸細胞系：Ｃｏｌｏ
３２０、及びＨＣＴ１１６で生じたＰＲＯ１９２７をコードする核酸ＤＮＡ８２
３０７−２５３１の有意な増幅を示す。 ＤＮＡ８２３０７−２５３１の増幅が種々の肺及び結腸腫瘍で生じたので、それ
は腫瘍形成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、Ｄ
ＮＡ８２３０７−２５３１にコードされるタンパク質（ＰＲＯ１９２７）に対す
るアンタゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測される
。
【０２３５】 ＰＲＯ３５６７（ＤＮＡ５６０４９−２５４３）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ５６０４９−２５４３についてのΔＣｔ値を表５Ａ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的には増幅スコアの閾値として用い、これは２倍
の遺伝子コピーを表す。表５Ａは、結腸細胞系：Ｃｏｌｏ３２０、ＳＷ４０３、
及びＬＳ１７４Ｔで生じたＰＲＯ３５６７をコードする核酸ＤＮＡ５６０４９−
２５４３の有意な増幅を示す。 ＤＮＡ５６０４９−２５４３の増幅が種々の結腸腫瘍で生じたので、それは
腫瘍形成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、ＤＮ
Ａ５６０４９−２５４３にコードされるタンパク質（ＰＲＯ３５６７）に対する
アンタゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測される。
【０２３６】 ＰＲＯ１２９５（ＤＮＡ５９２１８−１５５９）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ５９２１８−１５５９についてのΔＣｔ値を表５Ａ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的に増幅評点化の閾値として用い、これは２倍の
遺伝子コピーを表す。表５Ａは、（１）原発性肺腫瘍：ＨＦ-０００６３１及び
ＨＦ-０００８４０；（２）結腸腫瘍中心部：ＨＦ-０００５３９及びＨＦ-００
０６９８；及び（３）乳癌中心部：ＨＦ-０００５４５で生じたＰＲ１２９５を
コードする核酸ＤＮＡ５９２１８−１５５９の有意な増幅を示す。 ＤＮＡ５９２１８−１５５９の増幅が種々の腫瘍で生じたので、それは腫瘍形
成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、ＤＮＡ５９
２１８−１５５９にコードされるタンパク質（ＰＲＯ１２９５）に対するアンタ
ゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測される。
【０２３７】 ＰＲＯ１２９３（ＤＮＡ６０６１８−１５５７）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ６０６１８−１５５７についてのΔＣｔ値を表５Ｂ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的に増幅評点化の閾値として用い、これは２倍の
遺伝子コピーを表す。表５Ｂは、（１）原発性肺腫瘍：ＨＦ-０００８４０；及
び（２）結腸腫瘍中心部：ＨＦ-０００５３９及びＨＦ-０００７９５で生じたＰ
ＲＯ１２９３をコードする核酸ＤＮＡ６０６１８−１５５７の有意な増幅を示す
。 ＤＮＡ６０６１８−１５５７の増幅が種々の肺及び結腸腫瘍で生じたので、そ
れは腫瘍形成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、
ＤＮＡ６０６１８−１５５７にコードされるタンパク質（ＰＲＯ１２９３）に対
するアンタゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測され
る。
【０２３８】 ＰＲＯ１３０３（ＤＮＡ６５４０９−１５６６）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ６５４０９−１５６６についてのΔＣｔ値を表５Ｂ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的に増幅評点化の閾値として用い、これは２倍の
遺伝子コピーを表す。表５Ｂは、（１）原発性肺腫瘍：ＬＴ１３、ＬＴ１５、及
びＬＴ１６；（２）肺細胞系：Ａ５４９；及び（３）結腸腫瘍ＣＴ１６で生じた
ＰＲＯ１３０３をコードする核酸ＤＮＡ６５４０９−１５６６の有意な増幅を示
す。ＤＮＡ６５４０９−１５６６の増幅が種々の腫瘍で生じたので、それは腫瘍
形成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、ＤＮＡ６
５４０９−１５６６にコードされるタンパク質（ＰＲＯ１５６６）に対するアン
タゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測される。
【０２３９】 ＰＲＯ４３４４（ＤＮＡ８４９２７−２５８５）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ８４９２７−２５８５についてのΔＣｔ値を表５Ｂ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的に増幅評点化の閾値として用い、これは２倍の
遺伝子コピーを表す。表５Ｂは、（１）原発性肺腫瘍：ＨＦ-０００８４０；（
２）結腸腫瘍中心部：ＨＦ-０００５３９、ＨＦ-０００５７５及びＨＦ-０００
７９５；及び（３）乳腫瘍中心部ＨＦ-０００５４５で生じたＰＲＯ４３４４を
コードする核酸ＤＮＡ８４９２７−２５８５の有意な増幅を示す。ＤＮＡ８４９
２７−２５８５の増幅が種々の腫瘍で生じたので、それは腫瘍形成又は成長にお
いて有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、ＤＮＡ８４９２７−２５８
５にコードされるタンパク質（ＰＲＯ４３４４）に対するアンタゴニスト（例え
ば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測される。
【０２４０】 ＰＲＯ４３５４（ＤＮＡ９２２５６−２５９６）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ９２２５６−２５９６についてのΔＣｔ値を表５Ｂ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的に増幅評点化の閾値として用い、これは２倍の
遺伝子コピーを表す。表５Ｂは、（１）原発性肺腫瘍：ＨＦ-０００１２９６；
（２）結腸腫瘍中心部：ＨＦ-０００５３９、ＨＦ-０００５７５、ＨＦ-０００
６９８及びＨＦ-０００７６２；及び（３）乳腫瘍中心部ＨＦ-０００５４５；及
び（４）副甲状腺腫瘍ＨＦ-０００８３２で生じたＰＲＯ４３５４をコードする
核酸ＤＮＡ９２２５６−２５９６の有意な増幅を示す。ＤＮＡ９２２５６−２５
９６の増幅が種々の腫瘍で生じたので、それは腫瘍形成又は成長において有意な
役割を果たす可能性が高い。結果として、ＤＮＡ９２２５６−２５９６にコード
されるタンパク質（ＰＲＯ４３５４）に対するアンタゴニスト（例えば抗体）は
、癌治療における有用性を持つと予測される。
【０２４１】 ＰＲＯ４３９７（ＤＮＡ８３５０５−２６０６）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ８３５０５−２６０６についてのΔＣｔ値を表５Ｂ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的に増幅評点化の閾値として用い、これは２倍の
遺伝子コピーを表す。表５Ｂは、原発性肺腫瘍ＨＦ-０００８４０で生じたＰＲ
Ｏ４３９７をコードする核酸ＤＮＡ８３５０５−２６０６の有意な増幅を示す。
ＤＮＡ８３５０５−２６０６の増幅が肺腫瘍で生じたので、それは腫瘍形成又は
成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、ＤＮＡ８３５０５
−２６０６にコードされるタンパク質（ＰＲＯ４３９７）に対するアンタゴニス
ト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測される。
【０２４２】 ＰＲＯ４４０７（ＤＮＡ９２２６４−２６１６）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ９２２６４−２６１６についてのΔＣｔ値を表５Ｂ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的に増幅評点化の閾値として用い、これは２倍の
遺伝子コピーを表す。表５Ｂは、（１）原発性肺腫瘍：ＨＦ-０００８４０、Ｈ
Ｆ-０００８４２及びＨＦ-００１２９６；（２）結腸腫瘍中心部：ＨＦ-０００
５３９、ＨＦ-０００５７５、ＨＦ-０００６９８及びＨＦ-０００７９５；（３
）乳腫瘍中心部ＨＦ−０００５４５；及び（４）副甲状腺腫瘍ＨＦ−０００８３
２で生じたＰＲＯ４４０７をコードする核酸ＤＮＡ９２２６４−２６１６の有意
な増幅を示す。ＤＮＡ９２２６４−２６１６の増幅が種々の腫瘍で生じたので、
それは腫瘍形成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として
、ＤＮＡ９２２６４−２６１６にコードされるタンパク質（ＰＲＯ２６１６）に
対するアンタゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測さ
れる。
【０２４３】 ＰＲＯ１５５５（ＤＮＡ７３７４４−１６６５）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ７３７４４−１６６５についてのΔＣｔ値を表５Ｂに
報告する。ΔＣｔ＞１は典型的には増幅スコアの閾値として用い、これは２倍の
遺伝子コピーを表す。表５Ｂは、（１）原発性肺腫瘍：ＬＴ１３、ＬＴ１５、Ｌ
Ｔ１６、ＨＦ-０００６３１、ＨＦ-０００８４０、及びＨＦ-０００８４２；（
２）肺細胞系：Ａ５４９、Ｃａｌｕ-１、Ｃａｌｕ-６、Ｈ４４１、Ｈ４６０、及
びＳＫＭＥＳ１；（３）原発性結腸腫瘍：ＣＴ１５、ＣＴ１６、ＣＴ１７、及び
結腸腫瘍中心部ＨＦ−０００５３９及びＨＦ−０００５７５；（４）結腸細胞系
：ＳＷ６２０、Ｃｏｌｏ３２０、ＨＣＴ１１６；（５）乳腫瘍中心部ＨＦ-００
０５４５；（６）腎臓腫瘍中心部 ＨＦ-０００６１１；及び（７）精巣腫瘍周
辺部 ＨＦ-０００７１６及び精巣腫瘍中心部ＨＦ-０００７３３で生じたＰＲＯ
１５５５をコードする核酸ＤＮＡ７３７４４−１６６５の有意な増幅を示す。 ＤＮＡ７３７４４−１６６５の増幅が種々の腫瘍で生じたので、それは腫瘍形
成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、ＤＮＡ７３
７４４−１６６５にコードされるタンパク質（ＰＲＯ１５５５）に対するアンタ
ゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測される。
【０２４４】 ＰＲＯ１０９６（ＤＮＡ６１８７０）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ６１８７０についてのΔＣｔ値を表５Ｂに報告する
。ΔＣｔ＞１は典型的に増幅評点化の閾値として用い、これは２倍の遺伝子コピ
ーを表す。表５Ｂは、（１）結腸細胞系：ＳＷ４８０、Ｃｏｌｏ３２０、ＨＴ２
９、ＷｉＤｒ、ＨＣＴ１１６、ＳＫＣＯ１、及びＳＷ４０３；及び（２）乳細胞
系 ＨＢＬ１００ 及びＴ４７Ｄで生じたＰＲＯ１０９６をコードする核酸ＤＮ
Ａ６１８７０の有意な増幅を示す。ＤＮＡ６１８７０の増幅が種々の腫瘍で生じ
たので、それは腫瘍形成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結
果として、ＤＮＡ６１８７０にコードされるタンパク質（ＰＲＯ１０９６）に対
するアンタゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測され
る。
【０２４５】 ＰＲＯ２０３８（ＤＮＡ８３０１４）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ８３０１４についてのΔＣｔ値を表５Ｂに報告する。
ΔＣｔ＞１は典型的には増幅スコアの閾値として用い、これは２倍の遺伝子コピ
ーを表す。表５Ｂは、（１）原発性肺腫瘍：ＬＴ１ａ、ＬＴ６、ＬＴ７、ＬＴ８
、ＬＴ１２、ＬＴ２６、及びＬＴ２８；（２）乳腫瘍 ＳＲＣＣ１０９８で生じ
たＰＲＯ２０３８をコードする核酸ＤＮＡ８３０１４の有意な増幅を示す。 ＤＮＡ８３０１４の増幅が種々の腫瘍で生じたので、それは腫瘍形成又は成長
において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、ＤＮＡ８３０１４にコ
ードされるタンパク質（ＰＲＯ２０３８）に対するアンタゴニスト（例えば抗体
）は、癌治療における有用性を持つと予測される。
【０２４６】 ＰＲＯ２２６２（ＤＮＡ８８２７３）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ８８２７３についてのΔＣｔ値を表５Ｂに報告する。
ΔＣｔ＞１は典型的には増幅スコアの閾値として用い、これは２倍の遺伝子コピ
ーを表す。表５Ｂは、（１）原発性肺腫瘍：ＨＦ-０００８４０、及びＨＦ-００
１２９６；（２）原発性結腸腫瘍：ＨＦ-０００５３９、ＨＦ-０００５７５及び
ＨＦ-０００６９８；（３）乳腫瘍中心部ＨＦ-０００５４５；（４）精巣腫瘍周
辺部 ＨＦ-０００７１６及び精巣腫瘍中心部ＨＦ-０００７３３；及び（５）副
甲状腺腫瘍 ＨＦ-０００８３２で生じたＰＲＯ２２６２をコードする核酸ＤＮ
Ａ８８２７３の有意な増幅を示す。 ＤＮＡ８８２７３の増幅が種々の腫瘍で生じたので、それは腫瘍形成又は成長
において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、ＤＮＡ８８２７３にコ
ードされるタンパク質（ＰＲＯ２２６２）に対するアンタゴニスト（例えば抗体
）は、癌治療における有用性を持つと予測される。
【０２４７】 実施例２１ ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７
８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、Ｐ
ＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３
５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、Ｐ
ＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２のハイブリダイゼーションプローブとしての使
用 以下の方法は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７
５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、Ｐ
ＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３
４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、Ｐ
ＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドをコードする核
酸配列のハイブリッド形成プローブとしての使用を記述する。 ここに開示されるような完全長又は成熟「ＰＲＯ」ポリペプチド及び／又はそ
の断片のコード化配列を含むＤＮＡは、ヒト組織ｃＤＮＡライブラリ又はヒト組
織ゲノムライブラリにおける相同なＤＮＡ（ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の
天然発生変異体をコードするもの等）のスクリーニングのためのプローブとして
用いられ得る。 ハイブリッド形成及びいずれかのライブラリを含むフィルターの洗浄は、以下
の高緊縮性条件下で実施される。放射性標識ＰＲＯ３８１-、ＰＲＯ１２６９-、
ＰＲＯ１４１０-、ＰＲＯ１７５５-、ＰＲＯ１７８０-、ＰＲＯ１７８８-、ＰＲ
Ｏ３４３４-、ＰＲＯ１９２７-、ＰＲＯ３５６７-、ＰＲＯ１２９５-、ＰＲＯ１
２９３-、ＰＲＯ１３０３-、ＰＲＯ４３４４-、ＰＲＯ４３５４-、ＰＲＯ４３９
７-、ＰＲＯ４４０７-、ＰＲＯ１５５５-、ＰＲＯ１０９６-、ＰＲＯ２０３８-
又はＰＲＯ２２６２-誘導プローブのフィルターへのハイブリッド形成は、50%ホ
ルムアミド、5xＳＳＣ、0.1%ＳＤＳ、0.1%ピロリン酸ナトリウム、50mMリン酸ナ
トリウム、pH6.8、2xデンハード液、及び10%デキストラン硫酸の溶液中で４２℃
で２０時間実施した。フィルターの洗浄は、0.1xＳＳＣ及び0.1%ＳＤＳ水溶液中
で、４２℃で実施した。 その後、完全長天然配列ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、Ｐ
ＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９
２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、Ｐ
ＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５
５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２をコードするＤＮＡ
と所望の配列同一性を持つＤＮＡは、この分野で知られた標準的技術を用いて同
定できる。
【０２４８】 実施例２２ 大腸菌におけるＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５
５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲ
Ｏ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４
４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲ
Ｏ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの発現 この実施例は、大腸菌での組換え発現による非グリコシル化形態のＰＲＯ３８
１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲ
Ｏ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９
５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲ
Ｏ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３
８又はＰＲＯ２２６２の調製を例示する。 対象とするＰＲＯポリペプチドをコードするＤＮＡ配列を、選択したＰＣＲプ
ライマーを用いて最初に増幅した。プライマーは、選択された発現ベクターの制
限酵素部位に対応する制限酵素部位を持たなければならない。種々の発現ベクタ
ーが用いられる。好適なベクターの例は、ｐＢＲ３２２（大腸菌から誘導された
もの；Bolivar等, Gene, 2:95 (1977)参照）であり、アンピシリン及びテトラサ
イクリン耐性についての遺伝子を含む。ベクターは、制限酵素で消化され脱リン
酸される。ＰＣＲ増幅した配列は、次いでベクターに結合させる。ベクターは、
好ましくは抗生物質耐性遺伝子、ｔｒｐプロモーター、ポリｈｉｓリーダー（最
初の６つのＳＴＩＩコドン、ポリｈｉｓ配列、及びエンテロキナーゼ切断部位を
含む）、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、Ｐ
ＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５
６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、Ｐ
ＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０
９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２コード化領域、ラムダ転写ターミネー
ター、及びａｒｇＵ遺伝子を含む。
【０２４９】 ライゲーション混合物は、次いで、上掲のSambrook等に記載された方法を用い
た選択した大腸菌の形質転換に使用される。形質転換体は、それらのＬＢプレー
トで成長する能力により同定され、次いで抗生物質耐性クローンが選択される。
プラスミドＤＮＡが単離され、制限分析及びＤＮＡ配列決定で確認される。 選択されたクローンは、抗生物質を添加したＬＢブロスなどの液体培地で一晩
増殖させることができる。一晩培養液は、続いて大規模培地への植菌に用いられ
る。次に細胞を最適密度で成長させ、その間に発現プロモーターが作動する。 更に数時間の培養の後、細胞を採集して遠心分離できる。遠心分離で得られた
細胞ペレットは、この分野で知られた種々の試薬を用いて可溶化され、ＰＲＯ３
８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、Ｐ
ＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２
９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、Ｐ
ＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０
３８又はＰＲＯ２２６２タンパク質を金属キレート化カラムを用いてタンパク質
を強固に結合させる条件下で精製した。
【０２５０】 ＰＲＯ１７８８及びＰＲＯ１５５５は、以下の手法を用いて、大腸菌において
ポリ-Ｈｉｓタグ形態で成功裏に発現された。ＰＲＯ１７８８又はＰＲＯ１５５
５をコードするＤＮＡを選択したＰＣＲプライマーを用いて最初に増幅した。プ
ライマーは、選択された発現ベクターの制限酵素部位に対応する制限酵素部位、
及び効率的で信頼性のある翻訳開始、金属キレートカラムでの迅速な精製、及び
エンテロキナーゼでのタンパク質分解的除去を与える他の有用な配列を含む。次
いでＰＣＲ増幅された、ポリ-Ｈｉｓタグ配列を発現ベクターに結合させ、それ
を株５２（W3110 fuhA(tonA) lon galE rpoHts(htpRts) clpP(lacIq)）に由来す
る大腸菌宿主の形質転換に使用した。形質転換体は、最初に50mg/mlのカルベニ
シリンを含有するＬＢ中、３０℃で振盪しながら3-5のＯ.Ｄ.６００に達するま
で成長させた。ついで培地をＣＲＡＰ培地（3.57gの（ＮＨ４）２ＳＯ４、0.71g
のクエン酸ナトリウム・2H2O、1.07gのＫＣｌ、5.36gのDifco酵母抽出物、500mL
水中の5.36gのShefield hycase SF、並びに110mMのＭＰＯＳ、pH7.3、0.55%（w/
v）のグルコース及び7mMのＭｇＳＯ４の混合で調製）中に50-100倍希釈し、３０
℃で振盪させながら約20-30時間成長させた。試料を取り出してＳＤＳ-ＰＡＧＥ
により発現を確認し、バルク培地を遠心分離して細胞のペレットとした。細胞ペ
レットは、精製及び再折りたたみまで凍結させた。 0.5から1Lの発酵（6-10gペレット）からの大腸菌ペーストを、7Mのグアニジン
、20mMのトリス、pH8バッファー、10容量（w/v）に再懸濁させた。固体硫酸ナト
リウム及びテトラチオン酸ナトリウムを添加して最終濃度を各々0.1M及び0.02M
とし、溶液を４℃で終夜撹拌した。この工程により、亜硫酸によりブロックされ
たシステイン残基を持つ変性タンパク質がもたらされた。溶液をBeckman Ultrac
entrifuge中で40,000rpmで３０分間濃縮した。上清を金属キレートカラムバッフ
ァー（6Mのグアニジン、20mMのトリス、pH7.4）の3-5容量で希釈し、0.22ミクロ
ンフィルターを通して濾過して透明化した。透明化抽出物を、金属キレートカラ
ムバッファーで平衡化させた5mlのQiagen Ni2+-NTA金属キレートカラムに添加し
た。カラムを50mMのイミダゾール（Calbiochem, Utrol grade）を含む添加バッ
ファー、pH7.4で洗浄した。タンパク質を250mMのイミダゾールを含有するバッフ
ァーで溶離した。所望のタンパク質を含有する画分をプールし、４℃で保存した
。タンパク質濃度は、そのアミノ酸配列に基づいて計算した吸光係数を用いて28
0nmにおけるその吸収により見積もった。
【０２５１】 試料を、20mMのトリス、pH8.6、0.3MのＮａＣｌ、2.5Mの尿素、５ｍＭのシス
テイン、20mMのグリシン及び1mMのＥＤＴＡからなる新たに調製した再折りたた
みバッファー中に徐々に希釈することによりタンパク質を再折りたたみさせた。
リフォールディング容量は、最終的なタンパク質濃度が50〜100マイクログラム/
mlとなるように選択した。リフォールデイング溶液を４℃で12-36時間ゆっくり
撹拌した。リフォールディング反応はＴＦＡを最終濃度0.4%（約３のｐＨ）で添
加することにより停止させた。タンパク質をさらに精製する前に、溶液を0.22ミ
クロンフィルターを通して濾過し、アセトニトリルを最終濃度2-10%で添加した
。再折りたたみされたタンパク質を、Poros R1/H逆相カラムで、0.1%ＴＦＡの移
動バッファーと10〜80%のアセトニトリル勾配での溶出を用いてクロマトグラフ
にかけた。A280吸収を持つ画分のアリコートをＳＤＳポリアクリルアミドゲルで
分析し、均一な再折りたたみされたタンパク質を含有する画分をプールした。一
般的に、多くのタンパク質において正しく再折りたたみされたものは、これらが
最もコンパクトであり、その疎水性内面が逆相樹脂との相互作用から遮蔽されて
いるので、アセトニトリルの最低濃度で溶離される。凝集した種は通常、より高
いアセトニトリル濃度で溶離される。タンパク質の誤って折りたたまれた形態を
所望の形態から除くのに加えて、逆相工程は試料からエンドトキシンも除去する
。 所望の折りたたまれたＰＲＯ１７８８及びＰＲＯ１５５５タンパク質各々を含
有する画分をプールし、溶液に向けた窒素の弱い気流を用いてアセトニトリルを
除去した。タンパク質を、透析又は調製バッファーで平衡化したG25 Superfine
（Pharmacia）樹脂でのゲル濾過及び滅菌濾過により、0.14Mの塩化ナトリウム及
び4%のマンニトールを含む20mMのＨＥＰＥＳ、pH6.8に調製した。
【０２５２】 実施例２３ 哺乳動物細胞におけるＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の発現 この実施例は、哺乳動物細胞での組換え発現によるグリコシル化形態のＰＲＯ
３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、
ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１
２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、
ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２
０３８又はＰＲＯ２２６２の調製を例示する。 発現ベクターとしてベクターｐＲＫ５（1989年3月15日発行のEP 307,247参照
）を用いた。場合によっては、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ＤＮＡを選択し
た制限酵素でｐＲＫ５に結合させ、上掲のSambrook等に記載されたような結合方
法を用いてＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、
ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３
５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、
ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１
０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ＤＮＡの挿入を行う。得られたベク
ターは、ｐＲＫ５-ＰＲＯ３８１、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１２６９、ｐＲＫ５-ＰＲＯ
１４１０、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１７５５、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１７８０、ｐＲＫ５-Ｐ
ＲＯ１７８８、ｐＲＫ５-ＰＲＯ３４３４、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１９２７、ｐＲＫ５
-ＰＲＯ３５６７、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１２９５、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１２９３、ｐＲ
Ｋ５-ＰＲＯ１３０３、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４３４４、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４３５４、
ｐＲＫ５-ＰＲＯ４３９７、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４４０７、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１５５
５、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１０９６、ｐＲＫ５-ＰＲＯ２０３８又はｐＲＫ５-ＰＲＯ
２２６２と呼ばれる。
【０２５３】 一実施態様では、選択された宿主細胞は２９３細胞とすることができる。ヒト
２９３細胞（ATCC CCL 1573）は、ウシ胎児血清及び場合によっては滋養成分又
は抗生物質を添加したＤＭＥＭなどの媒質中で組織培養プレートにおいて成長さ
せて集密化した。約１０μｇのｐＲＫ５-ＰＲＯ３８１、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１２６
９、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１４１０、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１７５５、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１
７８０、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１７８８、ｐＲＫ５-ＰＲＯ３４３４、ｐＲＫ５-ＰＲ
Ｏ１９２７、ｐＲＫ５-ＰＲＯ３５６７、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１２９５、ｐＲＫ５-
ＰＲＯ１２９３、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１３０３、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４３４４、ｐＲＫ
５-ＰＲＯ４３５４、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４３９７、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４４０７、ｐ
ＲＫ５-ＰＲＯ１５５５、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１０９６、ｐＲＫ５-ＰＲＯ２０３８
又はｐＲＫ５-ＰＲＯ２２６２ＤＮＡを約1μgのＶＡ ＲＮＡ遺伝子をコードす
るＤＮＡ［Thimmappaya等, Cell, 31:543 (1982)］］と混合し、５００μｌの1m
Mトリス-ＨＣｌ、0.1mMのＥＤＴＡ、0.227MのＣａＣｌ２に溶解させた。この混
合物に、滴状の、500μlの50mMのＨＥＰＥＳ（pH7.35）、280mMのＮａＣｌ、1.5
mMのＮａＰＯ４を添加し、２５℃で10分間析出物を形成させた。析出物を懸濁し
、２９３細胞に加えて３７℃で約4時間定着させた。培養培地を吸引し、2mlのＰ
ＢＳ中20%グリセロールを３０秒間添加した。２９３細胞は、次いで無血清培地
で洗浄し、新鮮な培地を添加し、細胞を約５日間インキュベートした。 形質移入の約２４時間後、培養液を除去し、培養液（のみ）又は200μCi/mlの ３５ Ｓ-システイン及び200μCi/mlの３５Ｓ-メチオニンを含む培養液で置換した
。１２時間のインキュベーションの後、条件培地を回収し、スピンフィルターで
濃縮し、15%ＳＤＳゲルに添加した。処理したゲルを乾燥させ、ＰＲＯ３８１、
ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１
７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、
ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４
３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又
はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの存在が明らかになる程度の選択された時間にわ
たってフィルムに感光させた。形質転換した細胞を含む培地は、更なるインキュ
ベーションを施し（無血清培地で）、培地を選択されたバイオアッセイで試験し
た。
【０２５４】 これに換わる技術において、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ＤＮＡは、Somp
aryac等, Proc. Natl. Acad. Sci., 12:7575 (1981) に記載されたデキストラン
硫酸法を用いて２９３細胞に一過的に導入される。２９３細胞は、スピナーフラ
スコ内で最大密度まで成長させ、700μgのｐＲＫ５-ＰＲＯ３８１、ｐＲＫ５-Ｐ
ＲＯ１２６９、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１４１０、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１７５５、ｐＲＫ５
-ＰＲＯ１７８０、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１７８８、ｐＲＫ５-ＰＲＯ３４３４、ｐＲ
Ｋ５-ＰＲＯ１９２７、ｐＲＫ５-ＰＲＯ３５６７、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１２９５、
ｐＲＫ５-ＰＲＯ１２９３、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１３０３、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４３４
４、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４３５４、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４３９７、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４
４０７、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１５５５、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１０９６、ｐＲＫ５-ＰＲ
Ｏ２０３８又はｐＲＫ５-ＰＲＯ２２６２ＤＮＡを添加する。細胞は、まずスピ
ナーフラスコから遠心分離によって濃縮し、ＰＢＳで洗浄した。ＤＮＡ−デキス
トラン沈殿物を細胞ペレット上で４時間インキュベートした。細胞を20%グリセ
ロールで90秒間処理し、組織培養培地で洗浄し、組織培養培地、5μｇ/mlウシイ
ンシュリン及び0.1μg/mlウシトランスフェリンを含むスピナーフラスコに再度
導入した。約４日後に、条件培地を遠心分離して濾過し、細胞及び細胞片を除去
した。次いで発現されたＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲ
Ｏ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２
７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲ
Ｏ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５
５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２を含む試料を濃縮し、
透析又はカラムクロマトグラフィー等の選択した方法によって精製した。 他の実施態様では、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２をＣＨＯ細胞で発現させ
ることができる。ｐＲＫ５-ＰＲＯ３８１、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１２６９、ｐＲＫ５
-ＰＲＯ１４１０、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１７５５、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１７８０、ｐＲ
Ｋ５-ＰＲＯ１７８８、ｐＲＫ５-ＰＲＯ３４３４、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１９２７、
ｐＲＫ５-ＰＲＯ３５６７、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１２９５、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１２９
３、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１３０３、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４３４４、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４
３５４、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４３９７、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４４０７、ｐＲＫ５-ＰＲ
Ｏ１５５５、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１０９６、ｐＲＫ５-ＰＲＯ２０３８又はｐＲＫ５
-ＰＲＯ２２６２ベクターは、ＣａＰＯ４又はＤＥＡＥ-デキストランなどの公知
の試薬を用いてＣＨＯ細胞に形質移入することができる。上記したように、細胞
培地をインキュベートし、培地を培養培地（のみ）又は３５Ｓ-メチオニン等の
放射性標識を含む培地に置換することができる。ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９
、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ
３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３
、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ
４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６
２ポリペプチドの存在を同定した後であれば、培養液を無血清培地に置換しても
よい。好ましくは、培地を約６日間インキュベートし、次いで条件培地を収集す
る。次いで、発現されたＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲ
Ｏ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２
７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲ
Ｏ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５
５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２を含む培地を濃縮して
、選択した方法にとって精製することができる。
【０２５５】 また、エピトープタグＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲ
Ｏ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２
７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲ
Ｏ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５
５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２は、宿主ＣＨＯ細胞に
おいて発現させてもよい。ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、Ｐ
ＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９
２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、Ｐ
ＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５
５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２はｐＲＫ５ベクター
からサブクローニングした。サブクローン挿入物は、次いで、ＰＣＲを施してバ
キュロウイルス発現ベクター中のポリ-ｈｉｓタグ等の選択されたエピトープタ
グを持つ枠に融合できる。ポリ-ｈｉｓタグＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２挿
入物は、次いで、安定なクローンの選択のためのＤＨＦＲ等の選択マーカーを含
むＳＶ４０誘導ベクターにサブクローニングできる。最後に、ＣＨＯ細胞をＳＶ
４０誘導ベクターで（上記のように）形質移入した。発現を確認するために、上
記のように標識化を行ってもよい。発現されたポリ-ｈｉｓタグＰＲＯ３８１、
ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１
７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、
ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４
３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又
はＰＲＯ２２６２を含む培養培地は、次いで濃縮し、Ｎｉ２＋-キレートアフィ
ニティクロマトグラフィー等の選択された方法により精製できる。 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１４１０及びＰＲＯ１３０３は安定発現法でＣＨＯ細胞
において発現された。ＣＨＯ細胞における安定な発現は以下の方法を用いて実施
された。タンパク質は、それに対応するタンパク質の可溶化形態及び／又はポリ
-Ｈｉｓタグ形態のコード化配列（例えば、細胞外ドメイン）がＩｇＧ１のヒン
ジ、ＣＨ２及びＣＨ２ドメインを含む定常領域配列に融合したＩｇＧ作成物（イ
ムノアドヘシン）として発現された。
【０２５６】 ＰＣＲ増幅に続いて、対応するＤＮＡを、Ausubel等, Current Protocols of
Molecular Biology, Unit 3.16, John Wiley and Sons (1997)に記載されたよう
な標準的技術を用いてＣＨＯ発現ベクターにサブクローニングした。ＣＨＯ発現
ベクターは、対象とするＤＮＡの５’及び３’に適合する制限部位を有し、ｃＤ
ＮＡの便利なシャトル化ができるように作成される。ベクターは、Lucas等, Nuc
l. Acids res. 24: 9, 1774-1779 (1996) に記載されたようにＣＨＯ細胞での発
現を用い、対象とするｃＤＮＡ及びジヒドロフォレートレダクターゼ（ＤＨＦＲ
）の発現の制御にＳＶ４０初期プロモーター／エンハンサーを用いる。ＤＨＦＲ
発現は、形質移入に続くプラスミドの安定な維持のための選択を可能にする。 所望のプラスミドＤＮＡの12マイクログラムを、市販の形質移入試薬Superfec
t(登録商標)(Quiagen), Dosper(登録商標)及びFugene(登録商標)（Boehringer M
annheim）約一千万のＣＨＯ細胞に導入した。細胞は、上掲のLucas等に記載され
ているように成長させた。約3ｘ10-７細胞を、下記のような更なる成長及び生産
のためにアンプル中で凍結させた。 プラスミドＤＮＡを含むアンプルを水槽に配して解凍し、ボルテックスにより
混合した。内容物を10mLの媒質を含む遠心管にピペットして、1000rpmで５分間
遠心分離した。上清を吸引して細胞を10mLの選択培地（0.2μm濾過ＰＳ２０、5%
の0.2μm透析濾過ウシ胎児血清を添加）中に懸濁させた。次いで細胞を90mLの選
択培地を含む100mlスピナーに分けた。1-2日後、細胞を150mLの選択培地を満た
した250mLスピナーに移し、３７℃でインキュベートした。さらに2-3日後、250m
L、500mL及び2000mLのスピナーを3ｘ10５細胞/mLで播種した。細胞培地を遠心分
離により新鮮培地に交換し、生産培地に再懸濁させた。任意の適切なＣＨＯ培地
を用いてもよいが、実際には1992年6月16日に発行の米国特許第5,122,469号に記
載された生産培地を使用した。3Lの生産スピナーを1.2ｘ10６細胞/mLで播種した
。０日目に、細胞数とｐＨを測定した。１日目に、スピナーをサンプリングし、
濾過空気での散布を実施した。２日目に、スピナーをサンプリングし、温度を３
３℃に変え、500g/Lのグルコース及び0.6mLの10%消泡剤（例えば35%ポリジメチ
ルシロキサンエマルション、Dow Corning 365 Medical Grade Emulsion）の30mL
とした。生産を通して、ｐＨは7.2近傍に調節し維持した。１０日後、又は生存
率が70%を下回るまで、細胞培地を遠心分離で回収して0.22μmフィルターを通し
て濾過した。濾過物は、４℃で貯蔵するか、即座に精製用カラムに添加した。
【０２５７】 ポリ-Ｈｉｓタグ作成物について、タンパク質はNi２＋-NTAカラム(Qiagen)を
用いて精製した。精製の前に、イミダゾールを条件培地に５ｍＭの濃度まで添加
した。条件培地を、0.3MのＮａＣｌ及び5mMイミダゾールを含む20mMのＨｅｐｅ
ｓ, pH7.4バッファーで平衡化した6mlのNi２＋-NTAカラムに4-5ml/分の流速で４
℃においてポンプ供給した。負荷後、カラムをさらに平衡バッファーで洗浄し、
タンパク質を0.25Mイミダゾールを含む平衡バッファーで溶離した。高度に精製
されたタンパク質は、続いて10mMのＨｅｐｅｓ、0.14MのＮａＣｌ及び4%のマン
ニトールを含む貯蔵バッファーpH6.8中で25mlのG25 Superfine（Pharmacia）を
用いて脱塩し、−８０℃で貯蔵した。 イムノアドヘシン（Ｆｃ含有）作成物を以下のようにして条件培地から精製し
た。条件培地を、20mMのリン酸ナトリウムバッファー, pH6.8で平衡化した5mlの
プロテインＡカラム（Pharmacia）に添加した。添加後、カラムを平衡バッファ
ーで強く洗浄した後、100mMのクエン酸, pH3.5で溶離した。溶離したタンパク質
は、1mlの画分を275μlの1Mトリスバッファー, pH9を含む管に回収することによ
り即座に中性化した。高度に精製されたタンパク質は、続いてポリ-Ｈｉｓタグ
タンパク質について上記した貯蔵バッファー中で脱塩した。均一性はＳＤＳポリ
アクリルアミドゲルで試験し、エドマン(Edman)分解によりＮ-末端アミノ酸配列
決定した。
【０２５８】 実施例２４ 酵母菌でのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、
ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３
５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、
ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１
０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の発現 以下の方法は、酵母菌中でのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の組換え発現を
記載する。 第１に、ＡＤＨ２／ＧＡＰＤＨプロモーターからのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２
６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、Ｐ
ＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２
９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、Ｐ
ＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２
２６２の細胞内生産又は分泌のための酵母菌発現ベクターを作成する。ＰＲＯ３
８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、Ｐ
ＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２
９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、Ｐ
ＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０
３８又はＰＲＯ２２６２をコードするＤＮＡ及びプロモーターを選択したプラス
ミドの適当な制限酵素部位に挿入してＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１
４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、
ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１
３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、
ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の細胞内
発現を導く。分泌のために、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２をコードするＤＮ
Ａを選択したプラスミドに、ＡＤＨ２／ＧＡＰＤＨプロモーター、ＰＲＯ３８１
、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ
１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５
、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ
４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８
又はＰＲＯ２２６２シグナルポリペプチド又は他の哺乳類シグナルペプチドをコ
ードするＤＮＡ、又は、例えば酵母菌アルファ因子分泌シグナル／リーダー配列
、もしくはインベルターゼ分泌シグナル/リーダー配列、及び（必要ならば）Ｐ
ＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８
０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲ
Ｏ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５
４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲ
Ｏ２０３８又はＰＲＯ２２６２の発現のためのリンカー配列とともにクローニン
グすることができる。
【０２５９】 酵母菌株ＡＢ１１０等の酵母菌は、次いで上記の発現プラスミドで形質転換し
、選択された発酵培地中で培養できる。形質転換した酵母菌上清は、１０％トリ
クロロ酢酸での沈降及びＳＤＳ−ＰＡＧＥによる分離で分析し、次いでクマシー
ブルー染色でゲルの染色をすることができる。 続いて組換えＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５
５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲ
Ｏ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４
４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲ
Ｏ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２は、発酵培地から遠心分離によ
り酵母菌細胞を除去し、次いで選択されたカートリッジフィルターを用いて培地
を濃縮することによって単離及び精製できる。ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、
ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３
４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、
ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４
４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２
を含む濃縮物は、選択されたカラムクロマトグラフィー樹脂を用いてさらに精製
してもよい。
【０２６０】 実施例２５ バキュロウイルス感染昆虫細胞でのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４
１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、Ｐ
ＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３
０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、Ｐ
ＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の発現 以下の方法は、バキュロウイルス感染昆虫細胞中における組換え発現を記載す
る。 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２をコードする配列は、バキュロウイルス発現
ベクターに含まれるエピトープタグの上流に融合させた。このようなエピトープ
タグは、ポリ-Hisタグ及び免疫グロブリンタグ（ＩｇＧのＦｃ領域など）を含む
。ｐＶＬ１３９３（Navogen）などの市販されているプラスミドから誘導される
プラスミドを含む種々のプラスミドを用いることができる。簡単には、ＰＲＯ３
８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、Ｐ
ＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２
９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、Ｐ
ＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０
３８又はＰＲＯ２２６２又はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の所定部分（膜貫
通タンパク質の細胞外ドメインをコードする配列など）が、５’及び３’領域に
相補的なプライマーでのＰＣＲにより増幅される。５’プライマーは、隣接する
（選択された）制限酵素部位を包含していてもよい。生成物は、次いで、選択さ
れた制限酵素で消化され、発現ベクターにサブクローニングされる。 組換えバキュロウイルスは、上記のプラスミド及びBaculoGold(商品名)ウイル
スＤＮＡ（Pharmingen）を、Spodoptera frugiperda（「Ｓｆ９」）細胞（ATCC
CRL 1711）中にリポフェクチン（GIBCO-BRLから市販）を用いて同時形質移入す
ることにより作成される。２８℃で４−５日インキュベートした後、放出された
ウイルスを回収し、更なる増幅に用いた。ウイルス感染及びタンパク質発現は、
O'Reilley等, Baculovirus expression vectors: A Laboratory Manual, Oxford
: Oxford University Press (1994)に記載されているように実施した。
【０２６１】 次いで、発現されたポリ-HisタグＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４
１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、Ｐ
ＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３
０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、Ｐ
ＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２は、例えば
、Ｎｉ２＋-キレートアフィニティクロマトグラフィーにより以下のように精製
される。抽出物は、Rupert等, Nature, 362:175-179 (1993)に記載されているよ
うに、ウイルス感染した組み換えＳｆ９細胞から調製した。簡単には、Ｓｆ９細
胞を洗浄し、超音波処理用バッファー（25mlのＨｅｐｅｓ、pH7.9；12.5mMのＭ
ｇＣｌ２；0.1mMのＥＤＴＡ；10%のグリセロール；0.1%のＮＰ-４０；0.4MのＫ
Ｃｌ）中に再懸濁し、氷上で2回20秒間超音波処理した。超音波処理物を遠心分
離で透明化し、上清をカラム添加用バッファー（50mMリン酸塩、300mMＮａＣｌ
、10%のグリセロール、pH7.8）で50倍希釈し、0.45μｍフィルターで濾過した。
Ｎｉ２＋-ＮＴＡアガロースカラム（Qiagenから市販）を5mlの総容積で調製し、
25mlの水で洗浄し、25mlのカラム添加用バッファーで平衡させた。濾過した細胞
抽出物は、毎分0.5mlでカラムに添加した。カラムを、フラクションコレクター
が作動する点であるＡ２８０のベースラインまで添加用バッファーで洗浄した。
次に、カラムを、結合タンパク質を非特異的に溶離する二次洗浄バッファー（50
mMのリン酸塩；300mMのＮａＣｌ、10%のグリセロール、pH6.0）で洗浄した。Ａ
２８０のベースラインに再度到達した後、カラムを二次洗浄バッファー中で0か
ら500mMのイミダゾール勾配で展開した。1mlの分画を回収し、ＳＤＳ-ＰＡＧＥ
及び銀染色又はアルカリホスファターゼ（Qiagen）を結合させたＮｉ２＋-ＮＴ
Ａでのウェスタンブロットで分析した。溶離したＨｉｓ１０−タグＰＲＯ３８１
、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ
１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５
、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ
４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８
又はＰＲＯ２２６２を含む分画をプールし、カラム添加用バッファーに対し透析
した。
【０２６２】 あるいは、ＩｇＧタグ（又はＦｃタグ）ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲ
Ｏ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３
４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲ
Ｏ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０
７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の精
製は、例えば、プロテインＡ又はプロテインＧカラムクロマトグラフィーを含む
公知のクロマトグラフィー技術を用いて実施できる。 発現は実際には0.5-2Lのスケールであったが、容易により大きな（例えば8L）
調製にスケールアップできる。タンパク質はＩｇＧ作成物（イムノアドヘシン）
として発現され、そこではタンパク質細胞外領域がヒンジ、ＣＨ２及びＣＨ３ド
メイン及び／又はポリ-Ｈｉｓタグ結合体を含むＩｇＧ１定常領域配列に融合し
ている。 ＰＣＲ増幅に続いて、対応するコード化配列をバキュロウイルス発現ベクター
（ＩｇＧ融合物に対するpb.PH.IgG及びポリＨｉｓタグタンパク質に対するpb.PH
.His.c）にサブクローニングし、そのベクター及びBaculogold(登録商標)バキュ
ロウイルスＤＮＡ（Pharmingen）を１０５スポドプテラグルヒペルダ（Spodopte
ra frugiperda）（「Ｓｆ９」）細胞（ATCC CRL 1711）にリポフェクチン（Gibc
o BRL）を用いて同時形質移入した。pb.PH.IgG及びPH.His.cは、市販のバキュロ
ウイルス発現ベクターｐＶＬ１３９３（Pharmingen）の修飾物であり、Ｈｉｓ又
はＦｃタグ配列を含むように修飾されたポリリンカー領域を持つ。細胞を、10%
のＦＢＳ（Hyclone）を添加したHinkのＴＮＭ-ＦＭ培地で成長させた。細胞は、
２８℃で５日間インキュベートした。上清を回収し、続いて上清を10%ＦＢＳを
添加したHinkのＴＮＭ-ＦＨ培地中、Ｓｆ９細胞に約10の感染効率（ＭＯＩ）で
感染させることにより、最初のウイルス増幅に用いた。細胞を２８℃で３日間イ
ンキュベートした。上清を回収し、バキュロウイルス発現ベクターに対する構築
物の発現を、1mlの上清を25mLのヒスチジンタグタンパク質用のＮｉ２＋-ＮＴＡ
ビーズ（QIAGEN）又はＩｇＧタグタンパク質用のプロテインＡセファロースCL-4
Bビーズ（Pharmacia）へバッチ結合で結合させ、次いでクマシーブルー染色によ
り周知の濃度のタンパク質標準と比較するＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析により測定した
。
【０２６３】 第１の増幅ウイルス上清をＥＳＦ-９２１培地（Expression System LLC）中、
成長させたスピナー（５００ｍｌ）により培養させたＳｆ９細胞に、約０．１の
ＭＯＩで感染させるのに使用した。細胞は２８℃で３日間インキュベートした。
上清を回収して濾過した。バッチ結合及びＳＤＳ−ＰＡＧＥを、スピナー培地の
発現が確認されるまで、必要に応じて繰り返した。 形質移入細胞からの条件培地（0.5〜3L）を、遠心分離により細胞を除去し0.2
2ミクロンフィルターを通して濾過することにより回収した。ポリ-Ｈｉｓタグ構
築物については、配列を含むタンパク質をＮｉ２＋-ＮＴＡカラム（Qiagen）を
用いて精製した。精製前に、イミダゾールを条件培地に5mMの濃度まで添加した
。条件培地を、0.3MのＮａＣｌ及び5mMイミダゾールを含む20mMのＨｅｐｅｓ, p
H7.4バッファーで平衡化した6mlのNi2+-NTAカラムに4-5ml/分の流速で４℃にお
いてポンプ供給した。添加後、カラムをさらに平衡バッファーで洗浄し、タンパ
ク質を0.25Mイミダゾールを含む平衡バッファーで溶出した。高度に精製された
タンパク質は、続いて10mMのＨｅｐｅｓ、0.14MのＮａＣｌ及び4%のマンニトー
ルを含む貯蔵バッファー, pH6.8中で25mlのG25 Superfine（Pharmacia）を用い
て脱塩し、−８０℃で貯蔵した。 タンパク質のイムノアドヘシン（Ｆｃ含有）作成物を以下のようにして条件培
地から精製した。条件培地を、20mMのリン酸ナトリウムバッファー, pH6.8で平
衡化した5mlのプロテインＡカラム（Pharmacia）に添加した。添加後、カラムを
平衡バッファーでよく洗浄した後、100mMのクエン酸, pH3.5で溶出した。溶出し
たタンパク質は、1mlの画分を275mLの1Mトリスバッファー, pH9を含む管に回収
することにより即座に中和した。高度に精製されたタンパク質は、引き続きポリ
-Ｈｉｓタグタンパク質について上記した貯蔵バッファー中で脱塩した。ＰＲＯ
ポリペプチドの均一性はＳＤＳポリアクリルアミドゲル（ＰＥＧ）電気泳動及び
エドマン(Edman)分解によるＮ-末端アミノ酸配列決定により評価できる。
【０２６４】 あるいは、修飾バキュロウイルス法をｈｉｇｈ５細胞取り込みに使用してもよ
い。この方法では、所望の配列をコードするＤＮＡは、Ｐｆｕ（Stratagene）等
の適当な系で増幅されても、又はバキュロウイルス発現ベクターの含まれるエピ
トープタグの上流（5'-）に融合させてもよい。このようなエピトープタグは、
ポリ-Ｈｉｓタグ及び免疫グロブリンタグ（ＩｇＧのＦｃ領域等）を含む。種々
のプラスミドを用いることができ、ｐＩＥ１-１（Novagen）等の市販のプラスミ
ドから誘導されたプラスミドを含む。ｐＩＥ１-１及びｐＩＥ１-２ベクターは、
安定に形質転換された昆虫細胞におけるバキュロウイルスｉｅ１プロモーターか
らの組換えタンパク質の構成的発現のために設計される。このプラスミドはマル
チプルクローニング部位の方向のみが異なっており、未感染昆虫細胞におけるｉ
ｅ１媒介遺伝子発現に重要であることが知られている全てのプロモーター配列並
びにｈｒ５エンハンサー成分を含む。ｐＩＥ-１及びｐＩＥ-２はｉｅ翻訳開始部
位を含み、融合タンパク質の製造に使用できる。簡単には、所望の配列又は配列
の所望の部分（膜貫通タンパク質の細胞外ドメインをコードする配列など）を、
５'及び３'領域に相補的なプライマーでのＰＣＲにより増幅する。５'プライマ
ーは隣接する（選択された）制限酵素部位を導入してもよい。生成物は、次いで
、選択された制限酵素で消化して発現ベクターにサブクローニングされる。例え
ば、ｐＩＥｌ-１の誘導体はヒトＩｇＧ（pb.PH.IgG）のＦｃ領域又は８ヒスチジ
ン（pb.PH.His）タグ下流（3'-）を含むことができる。好ましくは、ベクター作
成物は確認のために配列決定される。 Ｈｉｇｈ５細胞は、２７℃、ＣＯ２無し、pen/strep無しの条件下で50%の集密
度まで成長させた。150mmプレート各々について、30μgのＰＲＯポリペプチドを
含むｐＩＥベースベクターを1mlのＥｘ-細胞培地（媒質：Ex-細胞401＋1/100のL
-Ｇｌｕ JRH Biosciences #14401-78P（注：この媒質は軽感受性））と混合し、
別の管において、100μlのセルフェクチン（CellFECTIN(Gibco BRL #10362-010)
(ボルテックスで混合)）を1mlのＥｘ-細胞培地と混合した。２つの溶液を混合し
、室温で１５分間インキュベーションした。8mlのＥｘ-細胞培地を2mlのＤＮＡ
／セルフェクチン混合物に添加し、Ｅｘ-細胞培地で１回洗浄したＨｉ５細胞上
に重層させた。次いでプレートを暗中室温でインキュベートした。次いでＤＮＡ
／セルフェクチン混合物を吸引し、細胞をＥｘ-細胞で１回洗浄して過剰のセル
フェクチンを除去した。30mlの新鮮なＥｘ-細胞培地を添加し、細胞を２８℃で
３日間インキュベートした。上清を回収して、バキュロウイルス感染ベクターで
のＰＲＯポリペプチドの発現を、1mlの上清の25mLのヒスチジンタグタンパク質
用のＮｉ２＋-ＮＴＡビーズ（QIAGEN）又はＩｇＧタグタンパク質用のプロテイ
ンＡセファロースCL-4Bビーズ（Pharmacia）へのバッチ結合、次いでクマシーブ
ルー染色により既知の濃度のタンパク質標準と比較するＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析に
より測定した。
【０２６５】 形質転換細胞からの条件培地（0.5〜3L）を、遠心分離により細胞を除去し0.2
2ミクロンフィルターを通して濾過することにより回収した。ポリ-Ｈｉｓタグ構
築物については、タンパク質作成物をＮｉ２＋-ＮＴＡカラム（Qiagen）を用い
て精製した。精製前に、イミダゾールを条件培地に5mMの濃度まで添加した。条
件培地を、0.3MのＮａＣｌ及び5mMイミダゾールを含む20mMのＨｅｐｅｓ, pH7.4
バッファーで平衡化した6mlのNi2+-NTAカラムに4-5ml/分の流速で４８℃におい
てポンプ供給した。サンプル添加後、カラムをさらに平衡バッファーで洗浄し、
タンパク質を0.25Mイミダゾールを含む平衡バッファーで溶出した。高度に精製
されたタンパク質は、続いて10mMのＨｅｐｅｓ、0.14MのＮａＣｌ及び4%のマン
ニトールを含む貯蔵バッファー, pH6.8中で25mlのG25 Superfine（Pharmacia）
を用いて脱塩し、−８０℃で貯蔵した。 タンパク質のイムノアドヘシン（Ｆｃ含有）作成物を以下のようにして条件培
地から精製した。条件培地を、20mMのリン酸ナトリウムバッファー, pH6.8で平
衡化した5mlのプロテインＡカラム（Pharmacia）に添加した。添加後、カラムを
平衡バッファーでよく洗浄した後、100mMのクエン酸, pH3.5で溶出した。溶出し
たタンパク質は、1mlの画分を275mLの1Mトリスバッファー, pH9を含む管に回収
することにより即座に中和した。高度に精製されたタンパク質は、続いてポリ-
Ｈｉｓタグタンパク質について上述した貯蔵バッファー中で脱塩した。ＰＲＯポ
リペプチドの均一性はＳＤＳポリアクリルアミドゲル及びエドマン(Edman)分解
によるＮ-末端アミノ酸配列決定及び所望又は必要に応じて他の分析手法により
評価できる。 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１４１０、及びＰＲＯ４３５４は、ｈｉｇｈ５細胞を導
入する上記の改変バキュロウイルス法により成功裏に発現された。
【０２６６】 実施例２６ ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２に結合する抗体の調製 この実施例は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７
５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、Ｐ
ＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３
４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、Ｐ
ＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２に特異的に結合できるモノク
ローナル抗体の調製を例示する。 モノクローナル抗体の生産のための技術は、この分野で知られており、例えば
、Goding,上掲に記載されている。用いられ得る抗原は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ
１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８
、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ
１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７
、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲ
Ｏ２２６２を含む、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の精製された融合タンパク
質を含み、細胞表面に組換えＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２を発現する細胞を
含む。抗原の選択は、当業者が過度の実験をすることなくなすことができる。
【０２６７】 Ｂａｌｂ／ｃ等のマウスを、完全フロイントアジュバントに乳化して皮下又は
腹腔内に１−１００マイクログラムで注入したＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、
ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３
４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、
ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４
４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２
抗原で免疫化する。あるいは、免疫原をＭＰＬ−ＴＤＭアジュバント（Ribi Imm
unochemical Researh, Hamilton, MT）に乳化し、動物の後足蹠に注入してもよ
い。免疫化したマウスは、次いで１０から１２日後に、選択したアジュバント中
に乳化した付加的免疫源で追加免疫する。その後、数週間、マウスをさらなる免
疫化注射で追加免疫する。抗-ＰＲＯ３８１、抗-ＰＲＯ１２６９、抗-ＰＲＯ１
４１０、抗-ＰＲＯ１７５５、抗-ＰＲＯ１７８０、抗-ＰＲＯ１７８８、抗-ＰＲ
Ｏ３４３４、抗-ＰＲＯ１９２７、抗-ＰＲＯ３５６７、抗-ＰＲＯ１２９５、抗-
ＰＲＯ１２９３、抗-ＰＲＯ１３０３、抗-ＰＲＯ４３４４、抗-ＰＲＯ４３５４
、抗-ＰＲＯ４３９７、抗-ＰＲＯ４４０７、抗-ＰＲＯ１５５５、抗-ＰＲＯ１０
９６、抗-ＰＲＯ２０３８又は抗-ＰＲＯ２２６２抗体の検出のためのＥＬＩＳＡ
アッセイで試験するために、レトロオービタル出血からの血清試料をマウスから
周期的に採取してもよい。 適当な抗体力価が検出された後、抗体価「ポジティブ」な動物に、ＰＲＯ３８
１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲ
Ｏ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９
５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲ
Ｏ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３
８又はＰＲＯ２２６２静脈内注射の最後の注入をすることができる。３から４日
後、マウスを屠殺し、脾臓を取り出した。次いで脾臓細胞を、ＡＣＴＴから番号
ＣＲＬ１５９７で入手可能なＰ３Ｘ６３ＡｇＵ．１等の選択されたマウス骨髄腫
細胞系に融合させた（３５％ポリエチレングリコールを用いて）。融合によりハ
イブリドーマ細胞が生成され、次いで、ＨＡＴ（ヒポキサンチン、アミノプテリ
ン、及びチミジン）培地を含む９６ウェル組織培養プレートに蒔き、非融合細胞
、骨髄腫ハイブリッド、及び脾臓細胞ハイブリッドの増殖を阻害した。
【０２６８】 ハイブリドーマ細胞は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、Ｐ
ＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９
２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、Ｐ
ＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５
５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２に対する反応性につ
いてのＥＬＩＳＡでスクリーニングされる。所望のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６
９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲ
Ｏ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９
３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲ
Ｏ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２
６２に対するモノクローナル抗体を分泌する「ポジティブ」ハイブリドーマ細胞
の決定は、技術常識の範囲内である。 ポジティブハイブリドーマ細胞を同系のＢａｌｂ／ｃマウスに腹腔内注入し、
抗-ＰＲＯ３８１、抗-ＰＲＯ１２６９、抗-ＰＲＯ１４１０、抗-ＰＲＯ１７５５
、抗-ＰＲＯ１７８０、抗-ＰＲＯ１７８８、抗-ＰＲＯ３４３４、抗-ＰＲＯ１９
２７、抗-ＰＲＯ３５６７、抗-ＰＲＯ１２９５、抗-ＰＲＯ１２９３、抗-ＰＲＯ
１３０３、抗-ＰＲＯ４３４４、抗-ＰＲＯ４３５４、抗-ＰＲＯ４３９７、抗-Ｐ
ＲＯ４４０７、抗-ＰＲＯ１５５５、抗-ＰＲＯ１０９６、抗-ＰＲＯ２０３８又
は抗-ＰＲＯ２２６２モノクローナル抗体を含む腹水を生成させる。あるいは、
ハイブリドーマ細胞を、組織培養フラスコ又はローラーボトルで成長させること
もできる。腹水中に生成されたモノクローナル抗体の精製は、硫酸アンモニウム
沈降、それに続くゲル排除クロマトグラフィ−を用いて行うことができる。ある
いは、抗体のプロテインＡ又はプロテインＧへの親和性に基づくアフィニティク
ロマトグラフィーを用いることもできる。
【０２６９】 材料の寄託 次の細胞系をアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション, １０８０１
ユニバーシティ ブルバード マナッサス、バージニア、２０１１０−２２０９
米国(ＡＴＣＣ)に寄託した： 材料 ATCC寄託番号 寄託日 DNA44194-1317 209808 4/28/98 DNA66520-1536 203226 9/15/98 DNA68874-1622 203277 9/22/98 DNA76396-1698 203471 11/17/98 DNA71169-1709 203467 11/17/98 DNA77652-2505 203480 11/17/98 DNA77631-2537 203651 2/9/99 DNA82307-2531 203537 12/15/98 DNA56049-2543 203662 2/ 9/99 DNA59218-1559 203287 9/29/98 DNA60618-1557 203292 9/29/98 DNA65409-1566 203232 9/15/98 DNA84927-2585 203865 3/23/99 DNA92256-2596 203891 3/ 30/99 DNA83505-2606 132-PTA 5/25/99 DNA92264-2616 203969 4/27/99 DNA73744-1665 203322 10/6/98
【０２７０】 これらの寄託は、特許手続き上の微生物の寄託の国際的承認に関するブダペス
ト条約及びその規則(ブダペスト条約)の規定に従って行われた。これは、寄託の
日付から３０年間、寄託の生存可能な培養が維持されることを保証するものであ
る。寄託物はブダペスト条約の条項に従い、またジェネンテク社とＡＴＣＣとの
間の合意に従い、ＡＴＣＣから入手することができ、これは、どれが最初であろ
うとも、関連した米国特許の発行時又は任意の米国又は外国特許出願の公開時に
、寄託培養物の後代を永久かつ非制限的に入手可能とすることを保証し、米国特
許法第１２２条及びそれに従う特許庁長官規則(特に参照番号８８６ＯＧ６３８
の３７ＣＦＲ第１．１４条を含む)に従って権利を有すると米国特許庁長官が決
定した者に子孫を入手可能とすることを保証するものである。
【０２７１】 本出願の譲受人は、寄託した培養物が、適切な条件下で培養されていた場合に
死亡もしくは損失又は破壊されたならば、材料は通知時に同一の他のものと即座
に取り替えることに同意する。寄託物質の入手可能性は、特許法に従いあらゆる
政府の権限下で認められた権利に違反して、本発明を実施するライセンスである
とみなされるものではない。 上記の文書による明細書は、当業者に本発明を実施できるようにするために十
分であると考えられる。寄託した態様は、本発明のある側面の一つの説明として
意図されており、機能的に等価なあらゆる作成物がこの発明の範囲内にあるため
、寄託された作成物により、本発明の範囲が限定されるものではない。ここでの
物質の寄託は、ここに含まれる文書による説明が、そのベストモードを含む、本
発明の任意の側面の実施を可能にするために不十分であることを認めるものでは
ないし、それが表す特定の例証に対して請求の範囲を制限するものと解釈される
ものでもない。実際、ここに示し記載したものに加えて、本発明を様々に改変す
ることは、前記の記載から当業者にとっては明らかなものであり、添付の請求の
範囲内に入るものである。
【図面の簡単な説明】
【Ｆｉｇ１】 天然配列ＰＲＯ３８１をコードするヌクレオチド配列を含む
ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１）を示す図であり、当該ヌクレオチ
ド配列（配列番号：１）はここでＤＮＡ４４１９４−１３１７と命名されるクロ
ーンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止コド
ンである。
【Ｆｉｇ２】 Ｆｉｇ１に示す配列番号：１のコード化配列から誘導された
天然配列ＰＲＯ３８１のアミノ酸配列（配列番号：２）を示す図である。
【Ｆｉｇ３】 天然配列ＰＲＯ１２６９をコードするヌクレオチド配列を含
むｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：６）を示す図であり、当該ヌクレオ
チド配列（配列番号：６）はここでＤＮＡ６６５２０−１５３６と命名されるク
ローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止コ
ドンである。
【Ｆｉｇ４】 Ｆｉｇ３に示す配列番号：６のコード化配列から誘導された
天然配列ＰＲＯ１２６９のアミノ酸配列（配列番号：７）を示す図である。
【Ｆｉｇ５】 天然配列ＰＲＯ１４１０をコードするヌクレオチド配列を含
むｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：８）を示す図であり、当該ヌクレオ
チド配列（配列番号：８）はここでＤＮＡ６８８７４−１６２２と命名されるク
ローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止コ
ドンである。
【Ｆｉｇ６】 Ｆｉｇ５に示す配列番号：８のコード化配列から誘導された
天然配列ＰＲＯ１４１０のアミノ酸配列（配列番号：９）を示す図である。
【Ｆｉｇ７】 天然配列ＰＲＯ１７５５をコードするヌクレオチド配列を含
むｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１０）を示す図であり、当該ヌクレ
オチド配列（配列番号：１０）はここでＤＮＡ７６３９６−１６９８と命名され
るクローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停
止コドンである。
【Ｆｉｇ８】 Ｆｉｇ７に示す配列番号：１０のコード化配列から誘導され
た天然配列ＰＲＯ１７５５のアミノ酸配列（配列番号：１１）を示す図である。
【Ｆｉｇ９】 天然配列ＰＲＯ１７８０をコードするヌクレオチド配列を含
むｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１２）を示す図であり、当該ヌクレ
オチド配列（配列番号：１２）はここでＤＮＡ７１１６９−１７０９と命名され
るクローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停
止コドンである。
【Ｆｉｇ１０】 Ｆｉｇ９に示す配列番号：１２のコード化配列から誘導さ
れた天然配列ＰＲＯ１７８０のアミノ酸配列（配列番号：１３）を示す図である
。
【Ｆｉｇ１１】 天然配列ＰＲＯ１７８８をコードするヌクレオチド配列を
含むｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１７）を示す図であり、当該ヌク
レオチド配列（配列番号：１７）はここでＤＮＡ７７６５２−２５０５と命名さ
れるクローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び
停止コドンである。
【Ｆｉｇ１２】 Ｆｉｇ１１に示す配列番号：１７のコード化配列から誘導
された天然配列ＰＲＯ１７８８のアミノ酸配列（配列番号：１８）を示す図であ
る。
【Ｆｉｇ１３】 天然配列ＰＲＯ３４３４をコードするヌクレオチド配列を
含むｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２２）を示す図であり、当該ヌク
レオチド配列（配列番号：２２）はここでＤＮＡ７７６３１−２５３７と命名さ
れるクローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び
停止コドンである。
【Ｆｉｇ１４】 Ｆｉｇ１３に示す配列番号：２２のコード化配列から誘導
された天然配列ＰＲＯ３４３４のアミノ酸配列（配列番号：２３）を示す図であ
る。
【Ｆｉｇ１５】 天然配列ＰＲＯ１９２７をコードするヌクレオチド配列を
含むｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２４）を示す図であり、当該ヌク
レオチド配列（配列番号：２４）はここでＤＮＡ８２３０７−２５３１と命名さ
れるクローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び
停止コドンである。
【Ｆｉｇ１６】 Ｆｉｇ１５に示す配列番号：２４のコード化配列から誘導
された天然配列ＰＲＯ１９２７のアミノ酸配列（配列番号：２５）を示す図であ
る。
【Ｆｉｇ１７】 天然配列ＰＲＯ３５６７をコードするヌクレオチド配列を
含むｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２６）を示す図であり、当該ヌク
レオチド配列（配列番号：２６）はここでＤＮＡ５６０４９−２５４３と命名さ
れるクローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び
停止コドンである。
【Ｆｉｇ１８】 Ｆｉｇ１７に示す配列番号：２６のコード化配列から誘導
された天然配列ＰＲＯ３５６７のアミノ酸配列（配列番号：２７）を示す図であ
る。
【Ｆｉｇ１９】 天然配列ＰＲＯ１２９５をコードするヌクレオチド配列を
含むｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２８）を示す図であり、当該ヌク
レオチド配列（配列番号：２８）はここでＤＮＡ５９２１８−１５５９と命名さ
れるクローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び
停止コドンである。
【Ｆｉｇ２０】 Ｆｉｇ１９に示す配列番号：２８のコード化配列から誘導
された天然配列ＰＲＯ１２９５のアミノ酸配列（配列番号：２９）を示す図であ
る。
【Ｆｉｇ２１】 天然配列ＰＲＯ１２９３をコードするヌクレオチド配列を
含むｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３０）を示す図であり、当該ヌク
レオチド配列（配列番号：３０）はここでＤＮＡ６０６１８−１５５７と命名さ
れるクローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び
停止コドンである。
【Ｆｉｇ２２】 Ｆｉｇ２１に示す配列番号：３０のコード化配列から誘導
された天然配列ＰＲＯ１２９３のアミノ酸配列（配列番号：３１）を示す図であ
る。
【Ｆｉｇ２３】 天然配列ＰＲＯ１３０３をコードするヌクレオチド配列を
含むｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３２）を示す図であり、当該ヌク
レオチド配列（配列番号：３２）はここでＤＮＡ６５４０９−１５６６と命名さ
れるクローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び
停止コドンである。
【Ｆｉｇ２４】 Ｆｉｇ２３に示す配列番号：３２のコード化配列から誘導
された天然配列ＰＲＯ１３０３のアミノ酸配列（配列番号：３３）を示す図であ
る。
【Ｆｉｇ２５】 天然配列ＰＲＯ４３４４をコードするヌクレオチド配列を
含むｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３４）を示す図であり、当該ヌク
レオチド配列（配列番号：３４）はここでＤＮＡ８４９２７−２５８５と命名さ
れるクローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び
停止コドンである。
【Ｆｉｇ２６】 Ｆｉｇ２５に示す配列番号：３４のコード化配列から誘導
された天然配列ＰＲＯ４３４４のアミノ酸配列（配列番号：３５）を示す図であ
る。
【Ｆｉｇ２７】 天然配列ＰＲＯ４３５４をコードするヌクレオチド配列を
含むｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３９）を示す図であり、当該ヌク
レオチド配列（配列番号：３９）はここでＤＮＡ９２２５６−２５９６と命名さ
れるクローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び
停止コドンである。
【Ｆｉｇ２８】 Ｆｉｇ２７に示す配列番号：３９のコード化配列から誘導
された天然配列ＰＲＯ４３５４のアミノ酸配列（配列番号：４０）を示す図であ
る。
【Ｆｉｇ２９】 天然配列ＰＲＯ４３９７をコードするヌクレオチド配列を
含むｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：４１）を示す図であり、当該ヌク
レオチド配列（配列番号：４１）はここでＤＮＡ８３５０５−２６０６と命名さ
れるクローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び
停止コドンである。
【Ｆｉｇ３０】 Ｆｉｇ２９に示す配列番号：４１のコード化配列から誘導
された天然配列ＰＲＯ４３９７のアミノ酸配列（配列番号：４２）を示す図であ
る。
【Ｆｉｇ３１】 天然配列ＰＲＯ４４０７をコードするヌクレオチド配列を
含むｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：４６）を示す図であり、当該ヌク
レオチド配列（配列番号：４６）はここでＤＮＡ９２２６４−２６１６と命名さ
れるクローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び
停止コドンである。
【Ｆｉｇ３２】 Ｆｉｇ３１に示す配列番号：４６のコード化配列から誘導
された天然配列ＰＲＯ４４０７のアミノ酸配列（配列番号：４７）を示す図であ
る。
【Ｆｉｇ３３】 天然配列ＰＲＯ１５５５をコードするヌクレオチド配列を
含むｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：４８）を示す図であり、当該ヌク
レオチド配列（配列番号：４８）はここでＤＮＡ７３７４４−１６６５と命名さ
れるクローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び
停止コドンである。
【Ｆｉｇ３４】 Ｆｉｇ３３に示す配列番号：４８のコード化配列から誘導
された天然配列ＰＲＯ１５５５のアミノ酸配列（配列番号：４９）を示す図であ
る。
【Ｆｉｇ３５】 天然配列ＰＲＯ１０９６をコードするヌクレオチド配列を
含むｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：５０）を示す図であり、当該ヌク
レオチド配列（配列番号：５０）はここでＤＮＡ６１８７０と命名されるクロー
ンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止コドン
である。
【Ｆｉｇ３６】 Ｆｉｇ３５に示す配列番号：５０のコード化配列から誘導
された天然配列ＰＲＯ１０９６のアミノ酸配列（配列番号：５１）を示す図であ
る。
【Ｆｉｇ３７】 天然配列ＰＲＯ２０３８をコードするヌクレオチド配列を
含むｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：５２）を示す図であり、当該ヌク
レオチド配列（配列番号：５２）はここでＤＮＡ８３０１４と命名されるクロー
ンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止コドン
である。
【Ｆｉｇ３８】 Ｆｉｇ３７に示す配列番号：５２のコード化配列から誘導
された天然配列ＰＲＯ２０３８のアミノ酸配列（配列番号：５３）を示す図であ
る。
【Ｆｉｇ３９】 天然配列ＰＲＯ２２６２をコードするヌクレオチド配列を
含むｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：５４）を示す図であり、当該ヌク
レオチド配列（配列番号：５４）はここでＤＮＡ８８２７３と命名されるクロー
ンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止コドン
である。
【Ｆｉｇ４０】 Ｆｉｇ３９に示す配列番号：５４のコード化配列から誘導
された天然配列ＰＲＯ２２６２のアミノ酸配列（配列番号：５５）を示す図であ
る。
【手続補正書】
【提出日】平成１４年７月３日（２００２．７．３）
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【発明の名称】 腫瘍治療のための組成物及び方法
【特許請求の範囲】
【発明の詳細な説明】
【０００１】 （発明の分野） 本発明は、腫瘍の診断及び治療のための組成物及び方法に関する。
【０００２】 （発明の背景） 悪性腫瘍（癌）は、米国において心臓疾患に続き第２の主要な死亡原因である
（Boring等, CA Cancel J. Clin., 43: 7 [1993]）。 癌は、正常な組織から誘導されて腫瘍実体を形成する異常な、又は腫瘍形成性
の細胞数の増加、これらの腫瘍形成性腫瘍細胞による隣接組織の侵襲、及び最終
的に血液やリンパ系を介して局所のリンパ節及び離間部位に拡散（転移）する悪
性細胞の生成を特徴とする。癌性状態においては、正常細胞が成長しない条件下
で細胞が増殖する。癌自体は、異なる侵襲及び攻撃性の程度で特徴付けられる広
範な種々の形態で顕現する。 遺伝子発現の変化は制御不能な細胞成長及び脱分化に強く関連しており、全て
の癌に共通する特徴である。或る種の良く研究された癌のゲノムにおいて、通常
は腫瘍抑制遺伝子と呼ばれ、正常には悪性細胞成長又は或る種の優性遺伝子、例
えば悪性成長を促進する用に作用するオンコジーンの過剰発現を防止するように
作用する劣性遺伝子発現の減少を示すことが見出された。これらの遺伝子変化は
、凝集して完全な腫瘍形成性フェノタイプを示す形質の幾つかが移入される原因
であることが明らかとなった（Hunter, Cell 64: 1129 [1991]; Bishop, Cell 6
4: 235-248 [1991]）。
【０００３】 癌細胞における良く知られた遺伝子（例えばオンコジーン）過剰発現のメカニ
ズムは遺伝子増幅である。これは、祖先細胞の染色体において特定遺伝子の多重
コピーが生成されるプロセスである。このプロセスは、遺伝子を含む染色体の領
域の計画性のない複製、次いで複製されたセグメントが染色体へ戻る再組換えを
含む（Alitalo等, Adv. Cancer Res. 47: 235-281 [1986]）。遺伝子の過剰発現
は、遺伝子増幅と並行して起こる、即ち、作成されるコピーの数に比例すると考
えられる。 成長因子及び成長因子レセプターをコードするプロトオンコジーンは、乳癌を
含む、様々なヒトの悪性腫瘍の原因に重要な役割を担っていることが確認されて
いる。例えば、表皮成長因子レセプター(ＥＧＦＲ)に関連した１８５-ｋｄの膜
貫通糖タンパク質レセプター(ｐ１８５ＨＥＲ２、ＨＥＲ２又はｃ-ｅｒｂＢ-２)
をコードするヒトＥｒｂＢ２遺伝子(ｅｒｂＢ２、ｈｅｒ２としても知られてい
る、又はｃ-ｅｒｂＢ-２)は、ヒトの乳癌の約２５％〜３０％で過剰発現されて
いることが見出されている(Slamon等, Science 235:177-182[1987]；Slamon等,
Science 244:707-712[1989])。
【０００４】 プロトオンコジーンの遺伝子増幅は、典型的には癌のより悪性の形態に関わる
事象であり、臨床的結果の予言者として作用しうることが報告されている（Schw
ab等, Genes Chromosome Cancer 1, 181-193 [1990]; Alitalo等, 上掲）。即ち
、ｅｒｂＢ２の過剰発現は、特に腋窩のリンパ節を含む一次疾患を持つ患者にお
いて、不完全な予後の前兆と一般に見なされており（Slamon等, [1987]及び[198
9], 上掲; Ravdin及びChamness, Gene 159: 19-27 [1995]; 及びHynes及びStern
, Biochem Biophys Acta 1198: 165-184 [1994]）、ホルモン療法及びＣＭＦ（
シクロホスファミド、メトトレキセート、及びフルオロウラシル）を含む化学治
療薬に対する感受性又は耐性と関連付けられていた（Baselga等, Oncology 11 (
3 Suppl 1): 43-48 [1997]）。しかしながら、ｅｒｂＢ２過剰発現と不完全な予
後との関連にも関わらず、ＨＥＲ２-ポジティブな患者のタキサンでの処理に臨
床的に反応する可能性は、ＨＥＲ２-ネガティブ患者の３倍も大きかった（上掲
）。組換えヒト化抗-ＥｒｂＢ２（抗-ＨＥＲ２）モノクローナル抗体（マウス抗
-ＥｒｂＢ２抗体４Ｄ５のヒト化型、ｒｈｕＭＡｂ ＨＥＲ２又はHerceptin(商品
名)と呼ばれる）は、広範な従来の抗癌治療を受けたＥｒｂＢ２を過剰発現する
転移性乳癌を持つ患者で臨床的に活性である。（Baselga等, J. Clin. Oncol. 1
4: 737-744[1996]）。 上記に照らして遺伝子増幅に関連する腫瘍の診断及び治療に有用な新規な方法
及び組成物を同定することに明らかな興味がある。
【０００５】 （発明の概要） Ａ．実施態様 本発明は、ヒトを含む哺乳動物における腫瘍細胞成長及び増殖の診断及び治療
のための組成物及び方法に関する。本発明は、腫瘍細胞のゲノムにおいて増幅さ
れる遺伝子の同定に基づく。このような遺伝子増幅は、遺伝子産物の過剰発現に
関連し、腫瘍形成に寄与すると予測される。従って、増幅された遺伝子にコード
されるタンパク質は、或る種の癌の診断及び治療（予防を含む）に有用であると
考えられ、腫瘍治療の予後を予測する手掛かりとして作用する。 一実施態様では、本発明は、ここでＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１
４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、
ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１
３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、
ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプ
チドと命名されるポリペプチドに結合する単離された抗体に関する。一態様では
、単離された抗体は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに特異的に
結合する。他の態様では、抗体はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１
０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲ
Ｏ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０
３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲ
Ｏ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド
を発現する細胞の死を誘発する。多くの場合、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、
ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３
４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、
ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４
４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２
ポリペプチドを発現する細胞は、同じ組織型の正常細胞に比較して当該ポリペプ
チドを過剰に発現する腫瘍細胞である。さらに他の態様では、抗体はモノクロー
ナル抗体であり、それは好ましくは非ヒトの相補性決定領域（ＣＤＲ）及びヒト
フレームワーク領域（ＦＲ）残基を有する。抗体は標識されても固体支持体に固
定化されてもよい。さらに他の態様では、抗体は抗体断片、一本鎖抗体、又はヒ
ト化抗体であって、好ましくはＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに
特異的に結合する。
【０００６】 他の実施態様では、本発明は、製薬的に許容される担体と混合された、好まし
くはＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ
１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７
、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ
４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６
、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに特異的に結合する抗体とを
含む物質の組成物に関する。一態様では、この物質の組成物は抗体の治療的有効
量を含有する。他の態様では、この組成物は、例えば更なる抗体又は細胞毒性又
は化学治療薬であってよい更なる成分を含有する。好ましくは、この組成物は無
菌である。 さらなる実施態様では、本発明は抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗
−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７
８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−Ｐ
ＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４
、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ
１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗
体をコードする単離された核酸分子、及びそのような核酸分子を含むベクター及
び組換え宿主細胞に関する。 またさらなる実施態様では、本発明は抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９
、抗−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ
１７８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗
−ＰＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３
４４、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−Ｐ
ＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６
２抗体の製造方法に関し、当該方法は、その抗体をコードする核酸分子で形質転
換した宿主細胞を当該抗体を発現させるのに十分な条件下で培養し、細胞培地か
ら抗体を回収することを含んでなる。 さらに本発明は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの生物学的及
び／又は免疫学的機能又は活性の一又は複数を阻害するＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１
２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、
ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１
２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、
ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ
２２６２ポリペプチドのアンタゴニストに関する。
【０００７】 さらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１
４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、
ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１
３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、
ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプ
チド、をコードする核酸配列もしくはその相補鎖にハイブリッド形成する単離さ
れた核酸分子に関する。単離された核酸分子は、好ましくはＤＮＡであり、ハイ
ブリッド形成は好ましくは緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。こ
のような核酸分子は、ここで同定される増幅された遺伝子のアンチセンス分子と
して作用でき、また翻って各増幅遺伝子の転写及び／又は翻訳の変調において、
又は増幅反応におけるアンチセンスプライマーとしての用途が見出される。さら
に、このような配列は、リボザイム(ribozyme)及び／又は三重螺旋配列の一部と
して使用することができ、それは翻って増幅遺伝子の調節において使用してもよ
い。 他の実施態様では、本発明は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１
０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲ
Ｏ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０
３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲ
Ｏ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド
を含有すると推測される試料中でＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１
０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲ
Ｏ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０
３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲ
Ｏ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド
の存在を測定する方法を提供し、当該方法は、当該試料を抗−ＰＲＯ３８１、抗
−ＰＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７
８０、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−Ｐ
ＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３
、抗−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ
４４０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は
抗−ＰＲＯ２２６２抗体に曝露し、当該抗体の試料中のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１
２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、
ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１
２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、
ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ
２２６２ポリペプチドへの結合を測定することを含んでなる。他の実施態様では
、本発明は、細胞中でのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲ
Ｏ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２
７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲ
Ｏ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５
５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの存在を
測定する方法を提供し、当該方法は、当該細胞を抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ
１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗
−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５
６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−Ｐ
ＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７
、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲ
Ｏ２２６２抗体に接触させ、抗体の細胞への結合を測定することを含んでなる。
【０００８】 さらに他の実施態様では、本発明は、哺乳動物において腫瘍を診断する方法に
関し、（ａ）哺乳動物から得た組織細胞の試験試料中、及び（ｂ）同じ細胞型の
知られた正常組織細胞の対照試料中におけるＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポ
リペプチドをコードする遺伝子の発現レベルを検出することを含んでなり、対照
試料に比較した試験試料における高いレベルが、当該試験組織細胞を得た哺乳動
物における腫瘍の存在を示す。 他の実施態様においては、本発明は、哺乳類動物において腫瘍を診断する方法に
関し、（ａ）抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗
−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４
３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−Ｐ
ＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４
、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ
１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体を哺乳動物から得た
組織細胞の試験試料と接触させ、そして（ｂ）抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１
２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−
ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６
７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲ
Ｏ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、
抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ
２２６２抗体と試験試料中のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドとの
間の複合体の形成を検出することを含んでなり、複合体の形成が前記哺乳動物に
おける腫瘍の存在を示す。検出は定性的でも定量的でもよく、同じ細胞型の知ら
れた正常組織細胞の対照試料における複合体形成の検出状況とと比較することで
実施してもよい。試験試料中の複合体形成量の増加が、試験試料を得た哺乳動物
における腫瘍の存在を示す。抗体は、好ましくは検出可能な標識を担持する。複
合体形成は、例えば、光学顕微鏡、フローサイトメトリー、蛍光定量法、又はこ
の分野で公知の他の技術によって検出できる。 試験試料は通常、腫瘍性細胞成長又は増殖（例えば癌性細胞）を有すると推測
される個体から得る。
【０００９】 他の実施態様では、本発明は、抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−
ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８
８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲ
Ｏ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、
抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１
５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体
及び担体（例えばバッファー）を適切な包装内に含んでなる癌診断用キットに関
する。このキットは、好ましくは当該抗体が、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、
ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３
４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、
ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４
４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２
ポリペプチドを含有することが推測される試料中のそれらの存在をを検出するた
めに用いられるという説明書を具備する。 さらに他の実施態様では、本発明は腫瘍細胞の成長を阻害する方法に関し、Ｐ
ＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８
０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲ
Ｏ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５
４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲ
Ｏ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドを発現する腫瘍細胞を、ＰＲＯ３８
１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲ
Ｏ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９
５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲ
Ｏ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３
８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの生物学的及び／又は免疫学的活性及び／又
は発現を阻害する薬剤の有効量に曝露することを含んでなり、それにより当該腫
瘍細胞の成長が阻害される。この薬剤は、好ましくは抗−ＰＲＯ３８１、抗−Ｐ
ＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０
、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ
３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗
−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４
０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−
ＰＲＯ２２６２抗体、小さな有機及び無機分子、ペプチド、リンペプチド、アン
チセンス又はリボザイム分子、又は三重螺旋分子である。 特別な態様では、薬剤、例えば抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−
ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８
８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲ
Ｏ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、
抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１
５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体
は細胞死を誘発する。さらなる態様では、腫瘍細胞には、放射線処理、細胞毒性
薬又は化学治療薬がさらに施される。 さらなる実施態様では、本発明は、 容器； 当該容器上のラベル；及び 当該容器内に収容された活性剤を含有する組成物とを具備し、当該組成物が腫
瘍細胞の成長を阻害するのに有効であり、容器上のラベルが当該組成物は前記腫
瘍細胞中で同じ組織型の正常細胞に比較してＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポ
リペプチドの過剰発現を特徴とする状態の治療に有効であることを表示する製造
品に関する。特別な態様では、組成物中の活性剤は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２
６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、Ｐ
ＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２
９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、Ｐ
ＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２
２６２ポリペプチドの活性及び／又は発現を阻害する薬剤である。好ましい態様
では、活性剤は抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、
抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３
４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−
ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５
４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲ
Ｏ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体又はアンチセンス
オリゴヌクレオチドである。
【００１０】 また本発明は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７
５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、Ｐ
ＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３
４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、Ｐ
ＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの生物学的又は
免疫学的活性を阻害する化合物を同定する方法を提供し、候補化合物をＰＲＯ３
８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、Ｐ
ＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２
９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、Ｐ
ＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０
３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドと、２つの成分が相互作用するのに十分な
条件下及び時間で接触させ、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの生
物学的及び／又は免疫学的活性が阻害されるか否かを測定することを含んでなる
。特別な態様では、候補化合物又はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４
１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、Ｐ
ＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３
０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、Ｐ
ＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチ
ドのいずれかが固体支持体に固定化される。他の態様では、非固定化成分が検出
可能な標識を担持している。好ましい態様では、この方法は、（ａ）細胞とスク
リーニングすべき候補化合物とを、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４
１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、Ｐ
ＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３
０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、Ｐ
ＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチ
ドの存在下で、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５
５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲ
Ｏ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４
４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲ
Ｏ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドによって通常誘発
される細胞性反応の誘発に適した条件下で接触させ、そして（ｂ）前記細胞性反
応の誘発を測定して試験化合物が有効なアンタゴニストか否かを決定することを
含んでなる。 他の実施態様では、本発明はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドを
発現する細胞で前記ポリペプチドの発現を阻害する化合物を同定する方法を提供
し、当該細胞を候補化合物と接触させ、前記ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポ
リペプチドの発現が阻害されるか否かを測定することを含んでなる。好ましい態
様では、この方法は、（ａ）細胞とスクリーニングすべき候補化合物とを、ＰＲ
Ｏ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０
、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ
１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４
、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ
２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの発現に適した条件下でで接触させ、
（ｂ）前記ポリペプチド発現の阻害を測定する工程を具備する。
【００１１】 Ｂ． さらなる実施態様 本発明の他の実施態様では、当該発明は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポ
リペプチドをコードする核酸配列を含む単離された核酸分子を提供する。 一態様では、単離された核酸分子は、（ａ）ここに開示する完全長アミノ酸配
列、ここに開示するシグナルペプチドを欠くアミノ酸配列、ここに開示するシグ
ナルペプチド有又は無の膜貫通タンパク質の細胞外ドメイン、又はここに開示す
る完全長アミノ酸配列の特に同定された他の断片を持つＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１
２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、
ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１
２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、
ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ
２２６２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子
の相補鎖に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８
１％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８２％の配列同一性、より好ま
しくは少なくとも約８３％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８４％の
配列同一性、より好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは
少なくとも約８６％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８７％の配列同
一性、より好ましくは少なくとも約８８％の配列同一性、より好ましくは少なく
とも約８９％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、
より好ましくは少なくとも約９１％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約
９２％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９３％の配列同一性、より好
ましくは少なくとも約９４％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９５％
の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９６％の配列同一性、より好ましく
は少なくとも約９７％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９８％の配列
同一性、そして、より好ましくは少なくとも約９９％の配列同一性を有するヌク
レオチド配列を含む。
【００１２】 他の態様では、単離された核酸分子は、（ａ）ここに開示するＰＲＯ３８１、
ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１
７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、
ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４
３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又
はＰＲＯ２２６２ポリペプチドｃＤＮＡコード化配列、ここに開示するシグナル
ペプチドを欠くＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５
５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲ
Ｏ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４
４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲ
Ｏ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドのコード化配列、
ここに開示するシグナルペプチド有又は無のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポ
リペプチドの細胞外ドメインのコード化配列、又はここに開示する完全長アミノ
酸配列の特に同定された他の断片のコード化配列を持つＤＮＡ分子、又は（ｂ）
（ａ）のＤＮＡ分子の相補鎖に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好まし
くは少なくとも約８１％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８２％の配
列同一性、より好ましくは少なくとも約８３％の配列同一性、より好ましくは少
なくとも約８４％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８５％の配列同一
性、より好ましくは少なくとも約８６％の配列同一性、より好ましくは少なくと
も約８７％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８８％の配列同一性、よ
り好ましくは少なくとも約８９％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９
０％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９１％の配列同一性、より好ま
しくは少なくとも約９２％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９３％の
配列同一性、より好ましくは少なくとも約９４％の配列同一性、より好ましくは
少なくとも約９５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９６％の配列同
一性、より好ましくは少なくとも約９７％の配列同一性、より好ましくは少なく
とも約９８％の配列同一性、そして、より好ましくは少なくとも約９９％の配列
同一性を有するヌクレオチド配列を含む。
【００１３】 さらなる態様では、本発明は（ａ）ここに開示するＡＴＣＣに寄託されたヒト
タンパク質ｃＤＮＡの任意のものにコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコ
ードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の相補鎖に対して少なくと
も約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８１％の配列同一性、より好
ましくは少なくとも約８２％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８３％
の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８４％の配列同一性、より好ましく
は少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８６％の配列
同一性、より好ましくは少なくとも約８７％の配列同一性、より好ましくは少な
くとも約８８％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８９％の配列同一性
、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、より好ましくは少なくとも
約９１％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９２％の配列同一性、より
好ましくは少なくとも約９３％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９４
％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性、より好まし
くは少なくとも約９６％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９７％の配
列同一性、より好ましくは少なくとも約９８％の配列同一性、そして、より好ま
しくは少なくとも約９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む単離さ
れた核酸分子に関する。
【００１４】 本発明の他の態様は、膜貫通ドメインが欠失しているか又は膜貫通ドメインが
不活性化されているＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドをコードする
ヌクレオチド配列、又はそのようなコード化ヌクレオチド配列に相補的なヌクレ
オチド配列を含む単離された核酸分子を提供し、そのようなポリペプチドの膜貫
通ドメインはここに開示される。従って、ここに記載されるＰＲＯ３８１、ＰＲ
Ｏ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８
８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲ
Ｏ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９
７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰ
ＲＯ２２６２ポリペプチドの可溶性細胞外ドメインが考慮される。
【００１５】 他の実施態様はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７
５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、Ｐ
ＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３
４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、Ｐ
ＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドコード化配列の
断片、又はその相補鎖に向けられ、それらは、例えば、場合によっては抗−ＰＲ
Ｏ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗
−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９
２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−Ｐ
ＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７
、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ
２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体に対する結合部位を含むポリペプチドをコ
ードするＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、Ｐ
ＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５
６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、Ｐ
ＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０
９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドのコード化断片のハイブ
リッド形成プローブとして、又はアンチセンスオリゴヌクレオチドプローブとし
ての用途が見いだされる。このような核酸断片は、通常は少なくとも約２０ヌク
レオチド長、好ましくは少なくとも約３０ヌクレオチド長、より好ましくは少な
くとも約４０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約５０ヌクレオチド長
、より好ましくは少なくとも約６０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも
約７０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約８０ヌクレオチド長、より
好ましくは少なくとも約９０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約１０
０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約１１０ヌクレオチド長、より好
ましくは少なくとも約１２０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約１３
０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約１４０ヌクレオチド長、より好
ましくは少なくとも約１５０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約１６
０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約１７０ヌクレオチド長、より好
ましくは少なくとも約１８０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約１９
０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約２００ヌクレオチド長、より好
ましくは少なくとも約２５０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約３０
０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約３５０ヌクレオチド長、より好
ましくは少なくとも約４００ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約４５
０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約５００ヌクレオチド長、より好
ましくは少なくとも約６００ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約７０
０ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約８００ヌクレオチド長、より好
ましくは少なくとも約９００ヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも約１０
００ヌクレオチド長であり、ここで「約」という語の内容は参照する長さのプラ
ス又はマイナス１０％のヌクレオチド配列長を指すことを意味する。ＰＲＯ３８
１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲ
Ｏ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９
５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲ
Ｏ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３
８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドコード化ヌクレオチド配列の新規な断片は、
多くの良く知られた配列アラインメントプログラムの任意のものを用いてＰＲＯ
３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、
ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１
２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、
ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２
０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドコード化ヌクレオチド配列と他の公知の
ヌクレオチド配列とを整列させ、いずれのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲ
Ｏ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３
４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲ
Ｏ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０
７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリ
ペプチドコード化ヌクレオチド配列断片が新規であるかを決定することにより、
日常的な手法で同定してもよい。このようなＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポ
リペプチドコード化ヌクレオチド配列は全てここで考慮される。また、これらの
ヌクレオチド分子断片、好ましくは抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗
−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７
８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−Ｐ
ＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４
、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ
１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８抗体又は抗−ＰＲＯ２２６
２抗体に対する結合部位を含むＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド断
片によってコードされるＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲ
Ｏ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２
７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲ
Ｏ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５
５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド断片も考
慮される。
【００１６】 他の実施態様では、本発明は、上記で特定された単離された核酸配列の任意の
ものにコードされる単離されたＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドを
提供する。 或る態様では、本発明は、ここに開示する完全長アミノ酸配列、ここに開示す
るシグナルペプチドを欠くアミノ酸配列、ここに開示するシグナルペプチド有又
は無の膜貫通タンパク質の細胞外ドメイン、又はここに開示する完全長アミノ酸
配列の特に同定された他の断片を持つＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１
４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、
ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１
３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、
ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプ
チドに対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８１％
の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８２％の配列同一性、より好ましく
は少なくとも約８３％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８４％の配列
同一性、より好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少な
くとも約８６％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８７％の配列同一性
、より好ましくは少なくとも約８８％の配列同一性、より好ましくは少なくとも
約８９％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、より
好ましくは少なくとも約９１％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９２
％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９３％の配列同一性、より好まし
くは少なくとも約９４％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９５％の配
列同一性、より好ましくは少なくとも約９６％の配列同一性、より好ましくは少
なくとも約９７％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９８％の配列同一
性、そして、より好ましくは少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸
配列を含む単離されたＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに関する。
【００１７】 さらなる態様では、本発明は、ここに開示するＡＴＣＣに寄託されたヒトタン
パク質ｃＤＮＡの任意のものにコードされるアミノ酸配列に対して少なくとも約
８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８１％の配列同一性、より好まし
くは少なくとも約８２％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８３％の配
列同一性、より好ましくは少なくとも約８４％の配列同一性、より好ましくは少
なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８６％の配列同一
性、より好ましくは少なくとも約８７％の配列同一性、より好ましくは少なくと
も約８８％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約８９％の配列同一性、よ
り好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９
１％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９２％の配列同一性、より好ま
しくは少なくとも約９３％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９４％の
配列同一性、より好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性、より好ましくは
少なくとも約９６％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９７％の配列同
一性、より好ましくは少なくとも約９８％の配列同一性、そして、より好ましく
は少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む単離されたＰＲ
Ｏ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０
、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ
１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４
、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ
２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに関する。
【００１８】 さらなる態様では、本発明は、ここに開示する完全長アミノ酸配列、ここに開
示するシグナルペプチドを欠くアミノ酸配列、ここに開示するシグナルペプチド
有又は無の膜貫通タンパク質の細胞外ドメイン、又はここに開示する完全長アミ
ノ酸配列の特に同定された他の断片を持つＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲ
Ｏ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３
４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲ
Ｏ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０
７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリ
ペプチドと比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なく
とも約８１％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約８２％ポジティブ、より
好ましくは少なくとも約８３％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約８４％
ポジティブ、より好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少
なくとも約８６％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約８７％ポジティブ、
より好ましくは少なくとも約８８％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約８
９％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、より好ましく
は少なくとも約９１％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９２％ポジティ
ブ、より好ましくは少なくとも約９３％ポジティブ、より好ましくは少なくとも
約９４％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９５％ポジティブ、より好ま
しくは少なくとも約９６％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９７％ポジ
ティブ、より好ましくは少なくとも約９８％ポジティブ、そして、より好ましく
は少なくとも約９９％ポジティブのスコアとされるアミノ酸配列を含む単離され
たＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに関する。
【００１９】 特別な実施態様では、本発明は、Ｎ-末端シグナル配列及び／又は開始メチオ
ニンを持たず、上記したようなアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列によ
ってコードされる単離されたＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドを提
供する。それらを製造する方法もここに記載され、それらの方法は、適当なコー
ド化核酸分子を含むベクターを含む宿主細胞をＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、
ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３
４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、
ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４
４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２
ポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、培養培地からＰＲＯ３８１、ＰＲ
Ｏ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８
８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲ
Ｏ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９
７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰ
ＲＯ２２６２ポリペプチドを回収することを含む。 本発明の他の態様は、膜貫通ドメインの欠失した又は膜貫通ドメインが不活性
化された、単離されたＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドを提供する
。それらを製造する方法もここに記載され、それらの方法は、適当なコード化核
酸分子を含むベクターを含む宿主細胞をＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ
１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４
、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ
１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７
、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペ
プチドの発現に適した条件下で培養し、培養培地からＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２
６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、Ｐ
ＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２
９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、Ｐ
ＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２
２６２ポリペプチドを回収することを含む。
【００２０】 さらに他の実施態様では、本発明は、ここで同定されるＰＲＯ３８１、ＰＲＯ
１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８
、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ
１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７
、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲ
Ｏ２２６２ポリペプチドのアゴニストに関する。特別な実施態様では、アゴニス
トは抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ
１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗
−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２
９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−Ｐ
ＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６
、抗−ＰＲＯ２０３８抗体又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体又は小分子である。 さらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１
４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、
ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１
３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、
ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプ
チドのアゴニストを同定する方法に関し、それは、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６
９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲ
Ｏ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９
３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲ
Ｏ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２
６２ポリペプチドを候補分子と接触させ、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲ
Ｏ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３
４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲ
Ｏ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０
７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリ
ペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することを含む。好ましくは、
ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７
８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、Ｐ
ＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３
５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、Ｐ
ＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドである。 さらに他の実施態様では、本発明は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ
１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４
、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ
１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７
、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペ
プチド、又はここに記載するＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドのア
ンタゴニストは抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、
抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３
４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−
ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５
４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲ
Ｏ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８抗体又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体を、担体と組
み合わせて含有する物質の組成物に関する。場合によっては、担体は製薬的に許
容される担体である。 本発明の他の実施態様は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド、又
は上記したようなそのアンタゴニスト、又は抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２
６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−Ｐ
ＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７
、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ
４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗
−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８抗体又は抗−ＰＲ
Ｏ２２６２抗体の、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド、そのアンタ
ゴニスト又は抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗
−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４
３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−Ｐ
ＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４
、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ
１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体に起因する状態の治
療において有用な医薬の調製のための使用に向けられる。
【００２１】 本発明の他の実施態様では、本発明は、ここに記載するポリペプチドの任意の
ものをコードするＤＮＡを含むベクターを提供する。そのようなベクターの任意
のものを含む宿主細胞も提供される。例として、宿主細胞はＣＨＯ細胞、大腸菌
、又はバキュウロウイルス感染昆虫細胞であってよい。ここに記載する任意のポ
リペプチドの製造方法がさらに提供され、それは、宿主細胞を所望のポリペプチ
ドの発現に適した条件下で培養し、細胞培地から所望のポリペプチドを回収する
ことを含む。 他の実施態様では、本発明は、異種ポリペプチド又はアミノ酸配列に融合した
、ここに記載する任意のポリペプチドを含んでなるキメラ分子を提供する。その
ようなキメラ分子の例は、エピトープタグ配列又は免疫グロブリンのＦｃ領域に
融合したここに記載の任意のポリペプチドを含む。 他の実施態様では、本発明は、上記又は下記のポリペプチドの任意のものに特
異的に結合する抗体を提供する。場合によっては、抗体はモノクローナル抗体、
ヒト化抗体、抗体断片又は一本鎖抗体である。 さらに他の実施態様では、本発明は、ゲノム及びｃＤＮＡヌクレオチド配列又
はアンチセンスプローブの単離に有用なオリゴヌクレオチドプローブを提供し、
それらのプローブは上記又は下記のヌクレオチド配列の任意のものから誘導され
うる。
【００２２】 （好適な実施態様の詳細な説明） Ｉ．定義 「遺伝子増幅」及び「遺伝子重複」なる語句は交換可能に用いられ、遺伝子又
は遺伝子断片の複数のコピーが特定の細胞又は細胞系で生成されるプロセスを意
味する。重複された領域（増幅されたＤＮＡの伸展）は、しばしば「単位複製配
列」と呼ばれる。通常は、生成されるメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）の量、
即ち遺伝子発現レベルも、発現された特定遺伝子の作成されたコピー数に比例し
て増加する。 ここで用いられる「腫瘍」は、悪性又は良性に関わらず、全ての腫瘍形成細胞
成長及び増殖、及び全ての前癌性及び癌性細胞及び組織を意味する。 「癌」及び「癌性」という用語は、典型的には調節されない細胞成長を特徴と
する、哺乳動物における生理学的状態を指すか記述する。癌の例には、これらに
限定されるものではないが、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、及び白血病が含
まれる。このような癌のより特定の例には、乳癌、前立腺癌、大腸癌、扁平上皮
細胞癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、胃腸癌、膵臓癌、神経膠芽細胞腫、子宮頸
管癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、肝細胞腫、結腸直腸癌、子宮内膜癌、唾液腺癌
、腎臓癌、肝臓癌、産卵口癌、甲状腺癌、肝癌及び様々な種類の頭部及び頸部の
癌が含まれる。 「治療」とは、疾患の進行を阻害する、もしくは病理を変化させることを意図
して、行う処置のことである。従って、「治療」は治療的処置及び予防的又は保
護的手段の両方を指す。治療が必要なものは、既に疾患に罹っているもの並びに
疾患が防止されるべきものを含む。腫瘍（例えば、癌）治療では、治療薬は直接
的に腫瘍細胞の病理を低下させてもよいし、又は腫瘍細胞を他の治療媒介物、例
えば放射線及び／又は化学治療に対してより敏感にしてもよい。 癌の「病理」は、患者の良好な生存を損なう全ての現象を含む。これは、限定
されるものではないが、異常又は制御不能な細胞成長、転移、隣接細胞の正常機
能の阻害、サイトカイン又は他の分泌生成物の異常レベルでの放出、炎症又は免
疫反応の抑制又は悪化などを含む。
【００２３】 治療の目的とされる「哺乳動物」は、哺乳類に分類される任意の動物を意味し
、ヒト、家畜用及び農場用動物、動物園、スポーツ用、又はペット動物、例えば
イヌ、ウマ、ネコ、ウシ、ブタ、ヒツジなどを含む。好ましくは、哺乳動物はヒ
トである。 ここで用いられる「担体」は製薬的に許容される担体、賦形剤、又は安定化剤
を含み、それらは、用いられる用量及び濃度でそれに曝露される細胞又は哺乳動
物に対して非毒性である。生理学的に許容される担体は、ｐＨ緩衝水溶液である
ことが多い。生理学的に許容される担体の例は、リン酸塩、クエン酸塩、及び他
の有機酸バッファー；アスコルビン酸を含む酸化防止剤；低分子量（約１０残基
未満）のポリペプチド；タンパク質、例えば血清アルブミン、ゼラチン、または
免疫グロブリン；ポリビニルピロリドン等の親水性ポリマー、グリシン、グルタ
ミン、アスパラギン、アルギニン又はリジン等のアミノ酸；グルコース、マンノ
ース又はデキストラン等の単糖類、二糖類及び他の炭水化物；ＥＤＴＡ等のキレ
ート化剤；マンニトール又はソルビトール等の糖アルコール；ナトリウム等の塩
形成対イオン；及び／又はTWEEN(商品名)、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）
、及びPLURONICS(商品名)等の非イオン性界面活性剤を含む。 一又は複数のさらなる治療薬「と組み合わせて」の投与は、同時（一時）及び
任意の順序での連続投与を含む。 ここで用いられる「細胞毒性薬」なる用語は、細胞の機能を阻害又は抑制する
及び／又は細胞破壊を生ずる物質を意味する。この用語は、放射性同位体（例え
ば、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０及びＲｅ１８６）、化学治療薬、及び細菌、真
菌、植物又は動物由来の酵素的活性毒素といった毒素、又はその断片を含むとさ
れる。
【００２４】 「化学治療薬」は、癌の治療に有用な化合物である。化学治療薬の例は、アド
リアマイシン、ドキソルビシン、エピルビシン、５-フルオロウラシル、シトシ
ンアラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）、シクロホスファミド、チオテパ、ブスルフ
ァン、サイトキシン、タキソイド、例えばパクリタキセル（Taxol(商品名), Bri
stol-Myers Squibb Oncology, Princeton, NJ）及びドキセタキセル（Taxotere,
Rhone-Poulenc Rorer, Antony, France）、トキソテール、メトトレキセート、
シスプラチン、メルファラン、ビンブラスチン、ブレオマイシン、エトポシド、
イフォスファミド、マイトマイシンＣ、マイトキサントロン、ビンクリスチン、
ビノレルビン、カルボプラチン、テニポシド、ダウノマイシン、カルミノマイシ
ン、アミノプテリン、ダクチノマイシン、マイトマイシン、エスペラマイシン（
米国特許第4,675,187号）、５-ＦＵ、６-チオグアニン、６-メルカプトプリン、
アクチノマイシンＤ、ＶＰ-１６、クロランブシル、メルファラン、及び他の関
連するナイトロジェンマスタードを含む。また、この定義に含まれるのは、タモ
キシフェン及びオナプリストンなどの腫瘍へのホルモン作用を調節又は阻害する
ように作用するホルモン様薬剤である。 ここで用いられる際の「成長阻害剤」は、細胞、特にここで同定される任意の
遺伝子を過剰発現する癌細胞の成長を、インビトロ又はインビボで阻害する化合
物又は組成物を意味する。即ち、成長阻害剤は、Ｓ期でそのような遺伝子を過剰
発現する細胞の割合を有意に減少させるものである。成長阻害剤の例は、細胞周
期の進行を（Ｓ期以外の位置で）阻害する薬剤、例えばＧ１停止又はＭ期停止を
誘発する薬剤を含む。古典的なＭ期ブロッカーは、ビンカス（ビンクリスチン及
びビンブラスチン）、タキソール、及びトポＩＩ阻害剤、例えばドキソルビシン
、エピルビシン、ダウノルビシン、エトポシド、及びブレオマイシンを含む。ま
たＧ１停止させるこれらの薬剤は、Ｓ期停止にも波及し、例えば、ＤＮＡアルキ
ル化剤、例えば、タモキシフェン、プレドニゾン、ダカルバジン、メクロレタミ
ン、シスプラチン、メトトレキセート、５-フルオロウラシル、及びａｒａ-Ｃで
ある。さらなる情報は、The Molecular Basis of Cancer, Mendelsohn及びIsrae
l, 編, Chapter 1, 表題「Cell cycle regulation, oncogene, and antineoplas
tic drugs」, Murakami等, (WB Saunders: Philadelphia, 1995)、特にp13に見
出すことができる。 「ドキソルビシン」はアントラサイクリン抗生物質である。ドキソルビシンの
完全な化学名は、(８Ｓ-シス)-１０-[(３-アミノ-２，３，６-トリデオキシ-α-
Ｌ-リキソ-ヘキサピラノシル)オキシ]-７，８，９，１０-テトラヒドロ-６，８
，１１-トリヒドロキシ-８-(ヒドロキシアセチル)-１-メトキシ-５，１２-ナフ
タセンジオンである。
【００２５】 「サイトカイン」なる用語は、１つの細胞集団から放出され、他の細胞に細胞
間メディエータとして作用するタンパク質の一般用語である。このようなサイト
カインの例は、リンホカイン、モノカイン、及び伝統的なポリペプチドホルモン
である。サイトカインに含まれるのは、成長ホルモン、例えばヒト成長ホルモン
、Ｎ-メチオニルヒト成長ホルモン、及びウシ成長ホルモン；副甲状腺ホルモン
；チロキシン；インシュリン；プロインシュリン；レラキシン；プロレラキシン
；糖タンパク質ホルモン、例えば濾胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、甲状腺刺激ホル
モン（ＴＳＨ）、及び黄体化ホルモン（ＬＨ）；肝臓成長因子；線維芽成長因子
；プロラクチン；胎盤ラクトゲン；腫瘍壊死因子-α及び-β；ミューラー阻害因
子；マウス生殖腺刺激ホルモン関連ペプチド；インヒビン；アクチビン；血管内
皮成長因子；インテグリン；トロンボポエチン（ＴＰＯ）；ＮＧＦ-β等の神経
成長因子；血小板成長因子；ＴＧＦ-α及びＴＧＦ-β等のトランスフォーミング
成長因子（ＴＧＦｓ）；インシュリン様成長因子-Ｉ及びＩＩ；エリスロポエチ
ン（ＥＰＯ）；骨誘発因子；インターフェロン-α、-β、及び-γ等のインター
フェロン；コロニー刺激因子（ＣＳＦｓ）、例えばマクロファージ-ＣＳＦ（Ｍ-
ＣＳＦ）；顆粒球-マクロファージ-ＣＳＦ（ＧＭ-ＣＳＦ）；及び顆粒球-ＣＳＦ
（Ｇ-ＣＳＦ）；インターロイキン（ＩＬｓ）、例えばＩＬ-１、ＩＬ-１ａ、Ｉ
Ｌ-２、ＩＬ-３、ＩＬ-４、ＩＬ-５、ＩＬ-６、ＩＬ-７、ＩＬ-８、ＩＬ-９、Ｉ
Ｌ-１１、ＩＬ-１２；腫瘍壊死因子、例えばＴＮＦ-α及びＴＮＦ-β；及びＬＩ
Ｆ及びキットリガンド（ＫＬ）を含む他のポリペプチド因子である。ここで用い
られる際、用語サイトカインは、天然供給源から、又は組換え細胞培養からのタ
ンパク質、及び天然配列サイトカインの生物学的な活性等価物を含む。 この出願で用いられる用語「プロドラッグ」は、親薬剤に比較して腫瘍細胞に
対する細胞毒性が低く、酵素的に活性化又はより活性な親形態に変換される製薬
的活性物質の前駆体又は誘導体形態を意味する。例えば、Wilman, 「Prodrugs i
n Cancer Chemotherapy」, Biochemical Society Transactions, 14, : 375-382
, 615th Meeting, Belfast (1986),及びStella 等, 「Prodrugs: A Chemical Ap
proach to Targeted Drug Delivery」、Directed Drug Delivery, Borchardt等
（編）, pp.147-267, Humana Press (1985)参照。本発明のプロドラッグは、こ
れらに限られないが、ホスファート含有プロドラッグ、チオホスファート含有プ
ロドラッグ、スルファート含有プロドラッグ、ペプチド含有プロドラッグ、Ｄ-
アミノ酸変性プロドラッグ、グリコシル化プロドラッグ、β-ラクタム含有プロ
ドラッグ、任意に置換されたフェノキシアセトアミド含有プロドラッグ又は任意
に置換されたフェニルアセトアミド含有プロドラッグ、より活性のある細胞毒の
ない薬剤に転換可能な５-フルオロシトシン及び他の５-フルオロウリジンプロド
ラッグを含む。限定するものではないが、本発明で使用されるプロドラッグ形態
に誘導体化可能な細胞毒性薬の例には、前記の化学療法剤が含まれる。
【００２６】 ここに開示されるポリペプチド又はそのアンタゴニストの「有効量」とは、腫
瘍性細胞成長、腫瘍成長又は癌細胞成長の阻害に関しては、標的細胞の成長を或
る程度阻害できる量である。この用語は、標的細胞の成長阻害、細胞分裂停止及
び／又は細胞毒性効果及び／又はアポトーシスを誘起することのできる量を含む
。腫瘍性細胞成長、腫瘍成長又は癌細胞成長の阻害の目的のためのＰＲＯ３８１
、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ
１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５
、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ
４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８
又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドのアンタゴニストの「有効量」は、経験的に日
常的手法で決定できる。 「治療的有効量」は、腫瘍の治療に関しては、次の効果：（１）遅延化及び完
全な成長停止を含む、腫瘍成長の或る程度の阻害；（２）腫瘍細胞数の減少；（
３）腫瘍サイズの縮小；（４）腫瘍細胞の末梢器官への浸潤の阻害（即ち、減少
、遅延化又は完全な停止）；（５）転移の阻害（即ち、減少、遅延化又は完全な
停止）；（６）抗腫瘍免疫反応の促進、これは、腫瘍の退行又は拒絶をもたらし
てもよいが、必ずしも必要ではない；及び／又は（７）疾患に伴う徴候の１つ又
は複数の或る程度の軽減の１つ又は複数を誘起することのできる量を意味する。
腫瘍の治療の目的のためのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、Ｐ
ＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９
２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、Ｐ
ＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５
５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドのアン
タゴニストの「治療的有効量」は、経験的に日常的手法で決定できる。 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２アンタゴニストの「成長阻害量」は、細胞、
特に腫瘍、例えば癌細胞の成長をインビトロ又はインビボで阻害できる量である
。腫瘍性細胞成長の阻害の目的のためのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ
１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４
、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ
１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７
、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２アンタ
ゴニストの「成長阻害量」は、経験的に日常的手法で決定できる。 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２アンタゴニストの「細胞毒性量」は、細胞、
特に腫瘍、例えば癌細胞をインビトロ又はインビボで破壊できる量である。腫瘍
性細胞成長の阻害の目的のためのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１
０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲ
Ｏ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０
３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲ
Ｏ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２アンタゴニス
トの「細胞毒性量」は、経験的に日常的手法で決定できる。
【００２７】 ここで使用される際の「ＰＲＯ３８１」、「ＰＲＯ１２６９」、「ＰＲＯ１４
１０」、「ＰＲＯ１７５５」、「ＰＲＯ１７８０」、「ＰＲＯ１７８８」、「Ｐ
ＲＯ３４３４」、「ＰＲＯ１９２７」、「ＰＲＯ３５６７」、「ＰＲＯ１２９５
」、「ＰＲＯ１２９３」、「ＰＲＯ１３０３」、「ＰＲＯ４３４４」、「ＰＲＯ
４３５４」、「ＰＲＯ４３９７」、「ＰＲＯ４４０７」、「ＰＲＯ１５５５」、
「ＰＲＯ１０９６」、「ＰＲＯ２０３８」又は「ＰＲＯ２２６２」ポリペプチド
又はタンパク質という用語は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド及
びＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド変異体（ここで更に詳細に定義
する）を含む。ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５
５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲ
Ｏ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４
４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲ
Ｏ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドは、ヒト組織型又
は他の供給源といった種々の供給源から単離してもよく、あるいは組換え又は合
成方法によって調製してもよい。
【００２８】 「天然配列ＰＲＯ３８１」、「天然配列ＰＲＯ１２６９」、「天然配列ＰＲＯ
１４１０」、「天然配列ＰＲＯ１７５５」、「天然配列ＰＲＯ１７８０」、「天
然配列ＰＲＯ１７８８」、「天然配列ＰＲＯ３４３４」、「天然配列ＰＲＯ１９
２７」、「ＰＲＯ３５６７」、「天然配列ＰＲＯ１２９５」、「天然配列ＰＲＯ
１２９３」、「天然配列ＰＲＯ１３０３」、「天然配列ＰＲＯ４３４４」、「天
然配列ＰＲＯ４３５４」、「天然配列ＰＲＯ４３９７」、「天然配列ＰＲＯ４４
０７」、「天然配列ＰＲＯ１５５５」、「天然配列ＰＲＯ１０９６」、「天然配
列ＰＲＯ２０３８」又は「天然配列ＰＲＯ２２６２」は、天然由来のＰＲＯ３８
１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲ
Ｏ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９
５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲ
Ｏ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３
８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドポリペプチドと同一のアミノ酸配列を有する
ポリペプチドを含む。このようなＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１
０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲ
Ｏ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０
３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲ
Ｏ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド
は、自然から単離することもできるし、組換え又は合成手段により生産すること
もできる。「天然配列」ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲ
Ｏ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２
７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲ
Ｏ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５
５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドという用
語には、特に、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５
５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲ
Ｏ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４
４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲ
Ｏ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの自然に生じる切
断又は分泌形態（例えば、細胞外ドメイン配列）、自然に生じる変異形態(例え
ば、選択的にスプライシングされた形態)及びＰＲＯ２０１、ＰＲＯ２９２、Ｐ
ＲＯ３２７、ＰＲＯ１２６５、ＰＲＯ３４４、ＰＲＯ３４３、ＰＲＯ３４７、Ｐ
ＲＯ３５７、ＰＲＯ７１５、ＰＲＯ１０１７、ＰＲＯ１１１２、ＰＲＯ５０９、
ＰＲＯ８５３又はＰＲＯ８８２ポリペプチドの自然に生じる対立遺伝子変異体が
含まれる。本発明の一実施態様では、天然配列ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、
ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３
４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、
ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４
４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２
ポリペプチドは、各々図２（配列番号：２）、図４（配列番号：７）、図６（配
列番号：９）、図８（配列番号：１１）、図１０（配列番号：１３）、図１２（
配列番号：１８）、図１４（配列番号：２３）、図１６（配列番号：２５）、又
は図１８（配列番号：２７）、図２０（配列番号：２９）、図２２（配列番号：
３１）、図２４（配列番号：３３）、図２６（配列番号：３５）、図２８（配列
番号：４０）、図３０（配列番号：４２）、図３２（配列番号：４７）、図３４
（配列番号：４９）、図３６（配列番号：５１）、図３８（配列番号：５３）又
は図４０（配列番号：５５）のアミノ酸配列を含む成熟又は完全長のＰＲＯ３８
１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲ
Ｏ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９
５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲ
Ｏ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３
８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドである。また、各々図２（配列番号：２）、
図４（配列番号：７）、図６（配列番号：９）、図８（配列番号：１１）、図１
０（配列番号：１３）、図１２（配列番号：１８）、図１４（配列番号：２３）
、図１６（配列番号：２５）、又は図１８（配列番号：２７）、図２０（配列番
号：２９）、図２２（配列番号：３１）、図２４（配列番号：３３）、図２６（
配列番号：３５）、図２８（配列番号：４０）、図３０（配列番号：４２）、図
３２（配列番号：４７）、図３４（配列番号：４９）、図３６（配列番号：５１
）、図３８（配列番号：５３）又は図４０（配列番号：５５）に開示したＰＲＯ
３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、
ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１
２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、
ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２
０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドは、そこにアミノ酸位置１として表示し
たメチオニン残基で開始するように示されているが、各々図２（配列番号：２）
、図４（配列番号：７）、図６（配列番号：９）、図８（配列番号：１１）、図
１０（配列番号：１３）、図１２（配列番号：１８）、図１４（配列番号：２３
）、図１６（配列番号：２５）、又は図１８（配列番号：２７）、図２０（配列
番号：２９）、図２２（配列番号：３１）、図２４（配列番号：３３）、図２６
（配列番号：３５）、図２８（配列番号：４０）、図３０（配列番号：４２）、
図３２（配列番号：４７）、図３４（配列番号：４９）、図３６（配列番号：５
１）、図３８（配列番号：５３）又は図４０（配列番号：５５）におけるアミノ
酸位置１から上流又は下流のいずれかに位置する他のメチオニン残基がＰＲＯ３
８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、Ｐ
ＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２
９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、Ｐ
ＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０
３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの開始アミノ酸残基として用いられること
も考えられ可能である。
【００２９】 ここに開示するポリペプチドの「細胞外ドメイン」又は「ＥＣＤ」は、膜貫通
及び細胞質ドメインを実質的に有しないポリペプチドの形態を意味する。通常、
ポリペプチドＥＣＤは、それらの膜貫通及び／又は細胞質ドメインを１％未満、
好ましくはそのようなドメインを０．５％未満しか持たない。本発明のポリペプ
チドについて同定された任意の膜貫通ドメインは、疎水性ドメインのその型を同
定するために当該分野において日常的に使用される基準に従い同定されることが
理解されるであろう。膜貫通ドメインの厳密な境界は変わり得るが、最初に同定
され添付した図面に示されるドメインのいずれかの末端から約５アミノ酸を越え
ない可能性が高い。従って、本発明の一実施態様では、本発明のポリペプチド細
胞外ドメインは、成熟アミノ酸配列のアミノ酸１〜Ｘを含み、ここでＸは細胞外
ドメイン／膜貫通ドメイン境界のいずれかの末端から５を越えないアミノ酸内の
任意のアミノ酸である。 ここに開示する種々のＰＲＯポリペプチドの「シグナルペプチド」の適切な位
置は、添付の図面に示す。しかし、注記するように、シグナルペプチドのＣ-末
端境界は変化しうるが、ここで最初に定義したようにシグナルペプチドＣ-末端
境界のいずれかの側で約５アミノ酸未満である可能性が最も高く、シグナルペプ
チドのＣ-末端境界は、そのような型のアミノ酸配列成分を同定するのに日常的
に使用される基準に従って同定しうる（例えば、Nielsen等, Prot. Eng. 10: 1-
6 (1997)及びvon Heinje等, Nucl. Acids. Res. 14: 4683-4690 (1986)）。さら
に、幾つかの場合には、分泌ポリペプチドからのシグナルペプチドの切断は完全
に均一ではなく、一以上の分泌種をもたらすことも認められる。シグナルペプチ
ドがここに定義されるシグナルペプチドのＣ-末端境界の何れかの側の約５アミ
ノ酸未満内で切断されるこれらの成熟ポリペプチド、及びそれらをコードするポ
リヌクレオチドは、本発明で考慮される。
【００３０】 「ＰＲＯ３８１ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１２６９ポリペプチド変異体
」、「ＰＲＯ１４１０ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１７５５ポリペプチド変
異体」、「ＰＲＯ１７８０ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１７８８ポリペプチ
ド変異体」、「ＰＲＯ３４３４ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１９２７ポリペ
プチド変異体」、「ＰＲＯ３５６７ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１２９５ポ
リペプチド変異体」、「ＰＲＯ１２９３ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１３０
３ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ４３４４ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ４
３５４ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ４３９７ポリペプチド変異体」、「ＰＲ
Ｏ４４０７ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１５５５ポリペプチド変異体」、「
ＰＲＯ１０９６ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ２０３８ポリペプチド変異体」
又は「ＰＲＯ２２６２ポリペプチド変異体」とは、上記又は下記に定義されるよ
うに、ここに開示されるＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲ
Ｏ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２
７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲ
Ｏ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５
５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド、ここに
開示されたシグナルペプチドを欠くＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４
１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、Ｐ
ＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３
０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、Ｐ
ＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチ
ド配列、シグナルペプチド有無のここに開示されたＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６
９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲ
Ｏ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９
３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲ
Ｏ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２
６２ポリペプチドの細胞外ドメイン又はここに開示されたＰＲＯ３８１、ＰＲＯ
１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８
、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ
１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７
、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲ
Ｏ２２６２ポリペプチドの任意の他の断片と、少なくとも約８０％のアミノ酸配
列同一性を有する活性なＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲ
Ｏ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２
７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲ
Ｏ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５
５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドを意味す
る。このようなＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５
５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲ
Ｏ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４
４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲ
Ｏ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド変異体には、例え
ば、完全長天然アミノ酸配列のＮ-又はＣ-末端において一又は複数のアミノ酸残
基が付加、もしくは欠失されたＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドが
含まれる。通常、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７
５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、Ｐ
ＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３
４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、Ｐ
ＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド変異体は、ここ
に開示される完全長天然配列ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド、こ
こに開示されたシグナルペプチドを欠く完全長天然配列ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１
２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、
ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１
２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、
ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ
２２６２ポリペプチド配列、シグナルペプチド有無のここに開示されたＰＲＯ３
８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、Ｐ
ＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２
９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、Ｐ
ＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０
３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの細胞外ドメイン又はここに開示されたＰ
ＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８
０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲ
Ｏ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５
４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲ
Ｏ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの任意の他の断片と、少なくとも約
８０％のアミノ酸配列同一性、好ましくは少なくとも約８１％のアミノ酸配列同
一性、より好ましくは少なくとも約８２％のアミノ酸配列同一性、より好ましく
は少なくとも約８３％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８４
％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８５％のアミノ酸配列同
一性、より好ましくは少なくとも約８６％のアミノ酸配列同一性、より好ましく
は少なくとも約８７％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８８
％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８９％のアミノ酸配列同
一性、より好ましくは少なくとも約９０％のアミノ酸配列同一性、より好ましく
は少なくとも約９１％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９２
％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９３％のアミノ酸配列同
一性、より好ましくは少なくとも約９４％のアミノ酸配列同一性、より好ましく
は少なくとも約９５％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９６
％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９７％のアミノ酸配列同
一性、より好ましくは少なくとも約９８％のアミノ酸配列同一性、そして、より
好ましくは少なくとも約９９％のアミノ酸配列同一性を有している。通常は、Ｐ
ＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８
０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲ
Ｏ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５
４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲ
Ｏ２０３８又はＰＲＯ２２６２変異体ポリペプチドは、少なくとも約１０アミノ
酸長、より多くは少なくとも約２０アミノ酸長、より多くは少なくとも約３０ア
ミノ酸長、より多くは少なくとも約４０アミノ酸長、より多くは少なくとも約５
０アミノ酸長、より多くは少なくとも約６０アミノ酸長、より多くは少なくとも
約７０アミノ酸長、より多くは少なくとも約８０アミノ酸長、より多くは少なく
とも約９０アミノ酸長、より多くは少なくとも約１００アミノ酸長、より多くは
少なくとも約１５０アミノ酸長、より多くは少なくとも約２００アミノ酸長、よ
り多くは少なくとも約３００アミノ酸長、又はそれ以上である。
【００３１】 以下に示すように、表１はALIGN-2配列比較コンピュータプログラムの完全な
ソースコードを与える。このソースコードは、UNIX(登録商標)オペレーティング
システムでの使用のために日常的にコンパイルされ、ALIGN-2配列比較コンピュ
ータプログラムを与える。 さらに、表２Ａ-Ｄは、ALIGN-2配列比較コンピュータプログラムを用いた％ア
ミノ酸配列同一性（表２Ａ-２Ｂ）及び％核酸配列同一性（表２Ｃ-２Ｄ）を決定
するために下記の方法を使用する仮説的な例を示し、「ＰＲＯ」は対象とする仮
説的ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ
１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７
、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ
４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６
、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２のアミノ酸配列を示し、「比較タンパク質
」は対象とする「ＰＲＯ」ポリペプチドが比較されるポリペプチドのアミノ酸配
列を示し、「ＰＲＯ-ＤＮＡ」は対象とする仮説的ＰＲＯ３８１-、ＰＲＯ１２６
９-、ＰＲＯ１４１０-、ＰＲＯ１７５５-、ＰＲＯ１７８０-、ＰＲＯ１７８８-
、ＰＲＯ３４３４-、ＰＲＯ１９２７-、ＰＲＯ３５６７-、ＰＲＯ１２９５-、Ｐ
ＲＯ１２９３-、ＰＲＯ１３０３-、ＰＲＯ４３４４-、ＰＲＯ４３５４-、ＰＲＯ
４３９７-、ＰＲＯ４４０７-、ＰＲＯ１５５５-、ＰＲＯ１０９６-、ＰＲＯ２０
３８-又はＰＲＯ２２６２-コード化核酸配列を示し、「比較ＤＮＡ」は対象とす
る「ＰＲＯ-ＤＮＡ」核酸分子が比較される核酸分子のヌクレオチド配列を示し
、「Ｘ」、「Ｙ」及び「Ｚ」は各々異なる仮説的アミノ酸残基を示し、「Ｎ」、
「Ｌ」及び「Ｖ」は各々異なる仮説的ヌクレオチドを示す。
【００３２】
【００３３】
【００３４】
【００３５】
【００３６】
【００３７】
【００３８】
【００３９】
【００４０】
【００４１】
【００４２】
【００４３】
【００４４】
【００４５】
【００４６】
【００４７】
【００４８】
【００４９】
【００５０】
【００５１】
【００５２】
【００５３】 ここに定義されるＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド配列に対する
「パーセント(％)アミノ酸配列同一性」は、配列を整列させ、最大のパーセント
配列同一性を得るために必要ならば間隙を導入し、如何なる保存的置換も配列同
一性の一部と考えないとした、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２配列のアミノ酸
残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基のパーセントとして定義される。パ
ーセントアミノ酸配列同一性を決定する目的のためのアラインメントは、当業者
の技量の範囲にある種々の方法、例えばBLAST、BLAST-2、ALIGN、ALIGN-2又はMe
galign(DNASTAR)ソフトウエアのような公に入手可能なコンピュータソフトウエ
アを使用することにより達成可能である。当業者であれば、比較される配列の全
長に対して最大のアラインメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを
含む、アラインメントを測定するための適切なパラメータを決定することができ
る。しかし、ここでの目的のためには、％アミノ酸配列同一性値は、以下に記載
するように、ALIGN-2プログラム用の完全なソースコードが表１に与えられてい
る配列比較プログラムALIGN-2を用いて得られる。ALIGN-2配列比較コンピュータ
プログラムはジェネンテク社によって作成され、表１に示したソースコードは米
国著作権事務所, Washington D.C., 20559に使用者用書類とともに提出され、米
国著作権登録番号TXU510087の下で登録されている。ALIGN-2はジェネンテク社、
South San Francisco, Californiaを通して公的に入手可能であり、また表１に
与えたソースコードからコンパイルしてもよい。ALIGN-2プログラムは、UNIX(登
録商標)オペレーティングシステム、好ましくはデジタルUNIX(登録商標)V4.0Dで
の使用のためにコンパイルされる。全ての配列比較パラメータは、ALIGN-2プロ
グラムによって設定され変動しない。
【００５４】 ここでの目的のためには、与えられたアミノ酸配列Ａの、与えられたアミノ酸
配列Ｂとの、又はそれに対する％アミノ酸配列同一性（あるいは、与えられたア
ミノ酸配列Ｂと、又はそれに対して或る程度の％アミノ酸配列同一性を持つ又は
含む与えられたアミノ酸配列Ａと言うこともできる）は次のように計算される： 分率Ｘ／Ｙの１００倍 ここで、Ｘは配列アラインメントプログラムALIGN-2のＡ及びＢのアラインメン
トによって同一であると一致したスコアのアミノ酸残基の数であり、ＹはＢの全
アミノ酸残基数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと異なる
場合、ＡのＢに対する％アミノ酸配列同一性は、ＢのＡに対する％アミノ酸配列
同一性とは異なることは理解されるであろう。この方法を用いた％アミノ酸配列
同一性の計算の例として、表２Ａ-Ｂは、「比較タンパク質」と称されるアミノ
酸配列の「ＰＲＯ」と称されるアミノ酸配列に対する％アミノ酸配列同一性の計
算方法を示す。
【００５５】 特に断らない限りは、ここでの全ての％アミノ酸配列同一性値は上記のように
ALIGN-2配列比較コンピュータプログラムを用いて得られる。しかしながら、％
アミノ酸配列同一性は、配列比較プログラムNCBI-BLAST2（Altschul等, Nucleic
Acids Res. 25: 3389-3402 (1997)）を用いて決定してもよい。NCBI-BLAST2配
列比較プログラムは、http://ww.ncbi.nlm.nih.govからダウンロードできる。NC
BI-BLAST2は幾つかの検索パラメータを使用し、それら検索パラメータの全ては
初期値に設定され、例えば、unmask＝可、鎖＝全て、予測される発生＝10、最小
低複合長＝15/5、マルチパスｅ-値＝0.01、マルチパスの定数＝25、最終ギャッ
プアラインメントのドロップオフ＝25、及びスコアリングマトリクス＝BLOSUM62
を含む。
【００５６】 アミノ酸配列比較にNCBI-BLAST2が用いられる状況では、与えられたアミノ酸
配列Ａの、与えられたアミノ酸配列Ｂとの、又はそれに対する％アミノ酸配列同
一性（あるいは、与えられたアミノ酸配列Ｂと、又はそれに対して或る程度の％
アミノ酸配列同一性を持つ又は含む与えられたアミノ酸配列Ａと言うこともでき
る）は次のように計算される： 分率Ｘ／Ｙの１００倍 ここで、Ｘは配列アラインメントプログラムNCBI-BLAST2のＡ及びＢのアライン
メントによって同一であると一致したスコアのアミノ酸残基の数であり、ＹはＢ
の全アミノ酸残基数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと異
なる場合、ＡのＢに対する％アミノ酸配列同一性は、ＢのＡに対する％アミノ酸
配列同一性とは異なることは理解されるであろう。 さらに、％アミノ酸配列同一性値は、WU-BLAST-2コンピュータプログラム（Al
tschul等, Methods in Enzymology 266: 460-480 (1996)）を用いて決定しても
よい。殆どのWU-BLAST-2検索パラメータは初期値に設定される。初期値に設定さ
れない、即ち調節可能なパラメータは以下の値に設定する：オーバーラップスパ
ン＝1、オーバーラップフラクション＝0.125、ワード閾値（Ｔ）＝11、及びスコ
アリングマトリクス＝BLOSUM62。ここでの目的のために、％アミノ酸配列同一性
値は、（ａ）天然ＰＲＯポリペプチドから誘導された配列を有する対象とするＰ
ＲＯポリペプチドのアミノ酸配列と、対象とする比較アミノ酸配列（即ち、対象
とするＰＲＯポリペプチドが比較されるＰＲＯポリペプチド変異体であってもよ
い配列）との間の、WU-BLAST-2によって決定した一致する同一アミノ酸残基の数
を、（ｂ）対象とするＰＲＯポリペプチドの残基の総数で除した商によって決定
される。例えば、「アミノ酸配列Ｂに対して少なくとも８０％のアミノ酸配列同
一性を持つ又は持っているアミノ酸配列Ａを含んでなるポリペプチド」という表
現では、アミノ酸配列Ａが対象とする比較アミノ酸配列であり、アミノ酸配列Ｂ
が対象とするＰＲＯポリペプチドのアミノ酸配列である。
【００５７】 「ＰＲＯ３８１ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１２６９ポリペプチド変異体
」、「ＰＲＯ１４１０ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１７５５ポリペプチド変
異体」、「ＰＲＯ１７８０ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１７８８ポリペプチ
ド変異体」、「ＰＲＯ３４３４ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１９２７ポリペ
プチド変異体」、「ＰＲＯ３５６７ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１２９５ポ
リペプチド変異体」、「ＰＲＯ１２９３ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１３０
３ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ４３４４ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ４
３５４ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ４３９７ポリペプチド変異体」、「ＰＲ
Ｏ４４０７ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ１５５５ポリペプチド変異体」、「
ＰＲＯ１０９６ポリペプチド変異体」、「ＰＲＯ２０３８ポリペプチド変異体」
及び「ＰＲＯ２２６２ポリペプチド変異体」、又は「ＰＲＯ３８１変異体核酸配
列」、「ＰＲＯ１２６９変異体核酸配列」、「ＰＲＯ１４１０変異体核酸配列」
、「ＰＲＯ１７５５変異体核酸配列」、「ＰＲＯ１７８０変異体核酸配列」、「
ＰＲＯ１７８８変異体核酸配列」、「ＰＲＯ３４３４変異体核酸配列」、「ＰＲ
Ｏ１９２７変異体核酸配列」、「ＰＲＯ３５６７変異体核酸配列」、「ＰＲＯ１
２９５変異体核酸配列」、「ＰＲＯ１２９３変異体核酸配列」、「ＰＲＯ１３０
３変異体核酸配列」、「ＰＲＯ４３４４変異体核酸配列」、「ＰＲＯ４３５４変
異体核酸配列」、「ＰＲＯ４３９７変異体核酸配列」、「ＰＲＯ４４０７変異体
核酸配列」、「ＰＲＯ１５５５変異体核酸配列」、「ＰＲＯ１０９６変異体核酸
配列」、「ＰＲＯ２０３８変異体核酸配列」及び「ＰＲＯ２２６２変異体核酸配
列」は、以下に定義するような活性なＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１
４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、
ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１
３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、
ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２ポリペプ
チドをコードする核酸分子を意味し、ここに開示するＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２
６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、Ｐ
ＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２
９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、Ｐ
ＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２
２６２ポリペプチド配列、ここに開示するシグナルペプチドを欠くＰＲＯ３８１
、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ
１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５
、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ
４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８
及びＰＲＯ２２６２ポリペプチド配列、ここに開示するシグナルペプチド有又は
無のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ
１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７
、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ
４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６
、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２ポリペプチド細胞外ドメイン、又はここに
開示するＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、Ｐ
ＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５
６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、Ｐ
ＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０
９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２ポリペプチド配列の任意の他の断片を
コードする核酸配列に対して少なくとも約８０％の核酸配列同一性を有する。通
常は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲ
Ｏ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６
７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲ
Ｏ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９
６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２変異体ポリヌクレオチドは、ここに開示
する完全長天然配列ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２ポリペプチド配列、ここに
開示するシグナルペプチドを欠く完全長天然配列ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９
、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ
３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３
、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ
４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６
２ポリペプチド配列、ここに開示するシグナルペプチド有又は無のＰＲＯ３８１
、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ
１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５
、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ
４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８
及びＰＲＯ２２６２ポリペプチド細胞外ドメイン、又はここに開示する完全長Ｐ
ＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８
０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲ
Ｏ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５
４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲ
Ｏ２０３８及びＰＲＯ２２６２ポリペプチド配列の任意の他の断片をコードする
核酸配列と少なくとも約８０％の核酸配列同一性、好ましくは少なくとも約８１
％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８２％の核酸配列同一性、よ
り好ましくは少なくとも約８３％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも
約８４％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８５％の核酸配列同一
性、より好ましくは少なくとも約８６％の核酸配列同一性、より好ましくは少な
くとも約８７％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８８％の核酸配
列同一性、より好ましくは少なくとも約８９％の核酸配列同一性、より好ましく
は少なくとも約９０％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９１％の
核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９２％の核酸配列同一性、より好
ましくは少なくとも約９３％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９
４％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９５％の核酸配列同一性、
より好ましくは少なくとも約９６％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくと
も約９７％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９８％の核酸配列同
一性、そして、より好ましくは少なくとも約９９％の核酸配列同一性を有してい
る。変異体は、天然のヌクレオチド配列を含まない。
【００５８】 通常は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、
ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３
５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、
ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１
０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２変異体ポリヌクレオチドは、少なく
とも約３０ヌクレオチド長、より多くは少なくとも約６０ヌクレオチド長、より
多くは少なくとも約９０ヌクレオチド長、より多くは少なくとも約１２０ヌクレ
オチド長、より多くは少なくとも約１５０ヌクレオチド長、より多くは少なくと
も約１８０ヌクレオチド長、より多くは少なくとも約２１０ヌクレオチド長、よ
り多くは少なくとも約２４０ヌクレオチド長、より多くは少なくとも約２７０ヌ
クレオチド長、より多くは少なくとも約３００ヌクレオチド長、より多くは少な
くとも約４５０ヌクレオチド長、より多くは少なくとも約６００ヌクレオチド長
、より多くは少なくとも約９００ヌクレオチド長、又はそれ以上である。
【００５９】 ここに同定されるＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２ポリペプチド-コード化核
酸配列に対して同定されている「パーセント(％)核酸配列同一性」は、配列を整
列させ、最大のパーセント配列同一性を得るために必要ならば間隙を導入し、如
何なる保存的置換も配列同一性の一部と考えないとした、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ
１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８
、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ
１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７
、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲ
Ｏ２２６２ポリペプチド-コード化配列のヌクレオチドと同一である候補配列中
のヌクレオチドのパーセントとして定義される。パーセント核酸配列同一性を決
定する目的のためのアラインメントは、当業者の技量の範囲にある種々の方法、
例えばBLAST、BLAST-2、ALIGN、ALIGN-2又はMegalign(DNASTAR)ソフトウエアの
ような公に入手可能なコンピュータソフトウエアを使用することにより達成可能
である。当業者であれば、比較される配列の全長に対して最大のアラインメント
を達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、アラインメントを測定する
ための適切なパラメータを決定することができる。しかし、ここでの目的のため
には、％核酸配列同一性値は、以下に記載するように、ALIGN-2プログラム用の
完全なソースコードが表１に与えられている配列比較プログラムALIGN-2を用い
て得られる。ALIGN-2配列比較コンピュータプログラムはジェネンテク社によっ
て作成され、表１に示したソースコードは米国著作権庁, Washington D.C., 205
59に使用者用書類とともに提出され、米国著作権登録番号TXU510087の下で登録
されている。ALIGN-2はジェネンテク社、South San Francisco, Californiaを通
して公的に入手可能であり、また図２Ａ-Ｐに与えたソースコードからコンパイ
ルしてもよい。ALIGN-2プログラムは、UNIX(登録商標)オペレーティングシステ
ム、好ましくはデジタルUNIX(登録商標)V4.0Dでの使用のためにコンパイルされ
る。全ての配列比較パラメータは、ALIGN-2プログラムによって設定され変動し
ない。
【００６０】 ここでの目的のためには、与えられた核酸配列Ｃの、与えられた核酸配列Ｄと
の、又はそれに対する％核酸配列同一性（あるいは、与えられた核酸配列Ｄと、
又はそれに対して或る程度の％核酸配列同一性を持つ又は含む与えられたアミノ
酸配列Ｃと言うこともできる）は次のように計算される： 分率Ｗ／Ｚの１００倍 ここで、Ｗは配列アラインメントプログラムALIGN-2のＣ及びＤのアラインメン
トによって同一であると一致したスコアのヌクレオチドの数であり、ＺはＤの全
ヌクレオチド数である。核酸配列Ｃの長さが核酸配列Ｄの長さと異なる場合、Ｃ
のＤに対する％核酸配列同一性は、ＤのＣに対する％核酸配列同一性とは異なる
ことは理解されるであろう。この方法を用いた％核酸配列同一性の計算の例とし
て、表２Ｃ-Ｄは、「比較ＤＮＡ」と称される核酸配列の「ＰＲＯ-ＤＮＡ」と称
される核酸配列に対する％核酸配列同一性の計算方法を示す。 特に断らない限りは、ここでの全ての％核酸配列同一性値は上記のようにALIG
N-2配列比較コンピュータプログラムを用いて得られる。しかしながら、％核酸
配列同一性は、配列比較プログラムNCBI-BLAST2（Altschul等, Nucleic Acids R
es. 25: 3389-3402 (1997)）を用いて決定してもよい。NCBI-BLAST2配列比較プ
ログラムは、http://ww.ncbi.nlm.nih.govからダウンロードできる。NCBI-BLAST
2は幾つかの検索パラメータを使用し、それら検索パラメータの全ては初期値に
設定され、例えば、unmask＝可、鎖＝全て、予測される発生＝10、最小低複合長
＝15/5、マルチパスｅ-値＝0.01、マルチパスの定数＝25、最終ギャップアライ
ンメントのドロップオフ＝25、及びスコアリングマトリクス＝BLOSUM62を含む。
【００６１】 配列比較にNCBI-BLAST2が用いれれる状況では、与えられた核酸配列Ｃの、与
えられた核酸配列Ｄとの、又はそれに対する％核酸配列同一性（あるいは、与え
られた核酸配列Ｄと、又はそれに対して或る程度の％核酸配列同一性を持つ又は
含む与えられた核酸配列Ｃと言うこともできる）は次のように計算される： 分率Ｗ／Ｚの１００倍 ここで、Ｗは配列アラインメントプログラムNCBI-BLAST2のＣ及びＤのアライン
メントによって同一であると一致したスコアのヌクレオチドの数であり、ＺはＤ
の全ヌクレオチド数である。核酸配列Ｃの長さが核酸配列Ｄの長さと異なる場合
、ＣのＤに対する％核酸配列同一性は、ＤのＣに対する％核酸配列同一性とは異
なることは理解されるであろう。 さらに、％核酸配列同一性値は、WU-BLAST-2コンピュータプログラム（Altsch
ul等, Methods in Enzymology 266: 460-480 (1996)）を用いて決定してもよい
。殆どのWU-BLAST-2検索パラメータは初期値に設定される。初期値に設定されな
い、即ち調節可能なパラメータは以下の値に設定する：オーバーラップスパン＝
1、オーバーラップフラクション＝0.125、ワード閾値（Ｔ）＝11、及びスコアリ
ングマトリクス＝BLOSUM62。ここでの目的のために、％核酸配列同一性値は、（
ａ）天然配列ＰＲＯポリペプチド-コード化核酸から誘導された配列を有する対
象とするＰＲＯポリペプチド-コード化配列の核酸配列と、対象とする比較核酸
分子（即ち、対象とするＰＲＯポリペプチド-コード化核酸分子の配列が比較さ
れる変異体ポリヌクレオチドであってもよい配列）との間の、WU-BLAST-2によっ
て決定した一致する同一ヌクレオチドの数を、（ｂ）対象とするＰＲＯポリペプ
チド-コード化核酸のヌクレオチドの総数で除した商によって決定される。例え
ば、「核酸配列Ｂに対して少なくとも８０％のアミノ酸配列同一性を持つ又は持
っている核酸配列Ａを含んでなる単離された核酸分子」という表現では、核酸配
列Ａが対象とする比較核酸配列であり、核酸配列Ｂが対象とするＰＲＯポリペプ
チド-コード化核酸分子の核酸配列である。
【００６２】 他の実施態様では、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２変異体ポリヌクレオチド
は、活性なＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、
ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３
５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、
ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１
０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドをコードする核酸分子
であり、好ましくは厳しいハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で、各々図２
（配列番号：２）、図４（配列番号：７）、図６（配列番号：９）、図８（配列
番号：１１）、図１０（配列番号：１３）、図１２（配列番号：１８）、図１４
（配列番号：２３）、図１６（配列番号：２５）、又は図１８（配列番号：２７
）、図２０（配列番号：２９）、図２２（配列番号：３１）、図２４（配列番号
：３３）、図２６（配列番号：３５）、図２８（配列番号：４０）、図３０（配
列番号：４２）、図３２（配列番号：４７）、図３４（配列番号：４９）、図３
６（配列番号：５１）、図３８（配列番号：５３）又は図４０（配列番号：５５
）に示すＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、Ｐ
ＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５
６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、Ｐ
ＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０
９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドをコードするヌクレオチ
ド配列にハイブリッド形成できる。ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４
１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、Ｐ
ＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３
０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、Ｐ
ＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２変異体ポリ
ペプチドは、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５
、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ
３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４
、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ
１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２変異体ポリヌクレオチドにコード
されるものであってもよい。
【００６３】 上記のように実施されるアミノ酸配列同一性比較の文脈における「ポジティブ
（陽性）」という用語は、比較された配列において同一であるアミノ酸残基ばか
りでなく類似の性質を有するものも含む。対象とするアミノ酸残基に対してポジ
ティブ値をスコアされるアミノ酸残基は、対象とするアミノ酸残基と同一である
か、又は対象とするアミノ酸残基の（下記の表３で特定するように）好ましい置
換とされるものである。 ここでの目的のために、与えられたアミノ酸配列Ａの、与えられたアミノ酸配
列Ｂとの、又はそれに対する％ポジティブ値（あるいは、与えられたアミノ酸配
列Ｂと、又はそれに対して或る程度の％ポジティブを持つ又は含む与えられたア
ミノ酸配列Ａと言うこともできる）は次のように計算される： 分率Ｘ／Ｙの１００倍 ここで、Ｘは配列アラインメントプログラムALIGN-2のＡ及びＢのアラインメン
トによってポジティブであるとのスコアのアミノ酸残基の数であり、ＹはＢの全
アミノ酸残基数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと異なる
場合、ＡのＢに対する％ポジティブは、ＢのＡに対する％ポジティブとは異なる
ことは理解されるであろう。
【００６４】 「単離された」とは、ここで開示された種々のポリペプチドを記述するために
使用するときは、その自然環境の成分から同定され分離され及び／又は回収され
たポリペプチドを意味する。好ましくは、単離されたポリペプチドはそれに自然
に付随する全ての狭雑物を伴わない。その自然環境の狭雑成分とは、そのポリペ
プチドの診断又は治療への使用を典型的には妨害する物質であり、酵素、ホルモ
ン、及び他のタンパク質様又は非タンパク質様溶質が含まれる。好ましい実施態
様において、ポリペプチドは、(１)スピニングカップシークエネーターを使用す
ることにより、少なくとも１５残基のＮ末端あるいは内部アミノ酸配列を得るの
に充分なほど、あるいは、(２) 非還元あるいは還元条件下でのＳＤＳ-ＰＡＧＥ
を行い、クーマシーブルーあるいは好ましくは銀染色によって、均一になるまで
精製される。単離されたポリペプチドには、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポ
リペプチドの自然環境の少なくとも１つの成分が存在しないため、組換え細胞由
来のポリペプチドが含まれる。しかしながら、通常は、単離されたポリペプチド
は少なくとも１つの精製工程により調製される。 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドをコードする「単離された」核
酸分子、又は抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗
−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４
３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−Ｐ
ＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４
、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ
１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体をコードする「単離
された」核酸は、同定され、ＰＲＯ３８１-、ＰＲＯ１２６９-、ＰＲＯ１４１０
-、ＰＲＯ１７５５-、ＰＲＯ１７８０-、ＰＲＯ１７８８-、ＰＲＯ３４３４-、
ＰＲＯ１９２７-、ＰＲＯ３５６７-、ＰＲＯ１２９５-、ＰＲＯ１２９３-、ＰＲ
Ｏ１３０３-、ＰＲＯ４３４４-、ＰＲＯ４３５４-、ＰＲＯ４３９７-、ＰＲＯ４
４０７-、ＰＲＯ１５５５-、ＰＲＯ１０９６-、ＰＲＯ２０３８-又はＰＲＯ２２
６２-コード化核酸又は抗−ＰＲＯ３８１-、抗−ＰＲＯ１２６９-、抗−ＰＲＯ
１４１０-、抗−ＰＲＯ１７５５-、抗−ＰＲＯ１７８０-、抗−ＰＲＯ１７８８-
、抗−ＰＲＯ３４３４-、抗−ＰＲＯ１９２７-、抗−ＰＲＯ３５６７-、抗−Ｐ
ＲＯ１２９５-、抗−ＰＲＯ１２９３-、抗−ＰＲＯ１３０３-、抗−ＰＲＯ４３
４４-、抗−ＰＲＯ４３５４-、抗−ＰＲＯ４３９７-、抗−ＰＲＯ４４０７-、抗
−ＰＲＯ１５５５-、抗−ＰＲＯ１０９６-、抗−ＰＲＯ２０３８-又は抗−ＰＲ
Ｏ２２６２-コード化核酸の天然源に通常付随している少なくとも１つの狭雑核
酸分子から分離された核酸分子である。好ましくは、単離された核酸はそれに自
然に付随する全ての成分を伴わない。単離されたＰＲＯ３８１-、ＰＲＯ１２６
９-、ＰＲＯ１４１０-、ＰＲＯ１７５５-、ＰＲＯ１７８０-、ＰＲＯ１７８８-
、ＰＲＯ３４３４-、ＰＲＯ１９２７-、ＰＲＯ３５６７-、ＰＲＯ１２９５-、Ｐ
ＲＯ１２９３-、ＰＲＯ１３０３-、ＰＲＯ４３４４-、ＰＲＯ４３５４-、ＰＲＯ
４３９７-、ＰＲＯ４４０７-、ＰＲＯ１５５５-、ＰＲＯ１０９６-、ＰＲＯ２０
３８-又はＰＲＯ２２６２-コード化核酸分子又は抗−ＰＲＯ３８１-、抗−ＰＲ
Ｏ１２６９-、抗−ＰＲＯ１４１０-、抗−ＰＲＯ１７５５-、抗−ＰＲＯ１７８
０-、抗−ＰＲＯ１７８８-、抗−ＰＲＯ３４３４-、抗−ＰＲＯ１９２７-、抗−
ＰＲＯ３５６７-、抗−ＰＲＯ１２９５-、抗−ＰＲＯ１２９３-、抗−ＰＲＯ１
３０３-、抗−ＰＲＯ４３４４-、抗−ＰＲＯ４３５４-、抗−ＰＲＯ４３９７-、
抗−ＰＲＯ４４０７-、抗−ＰＲＯ１５５５-、抗−ＰＲＯ１０９６-、抗−ＰＲ
Ｏ２０３８-又は抗−ＰＲＯ２２６２-コード化核酸分子は、天然に見出される形
態あるいは設定以外のものである。ゆえに、単離された核酸分子は、天然の細胞
中に存在するＰＲＯ３８１-、ＰＲＯ１２６９-、ＰＲＯ１４１０-、ＰＲＯ１７
５５-、ＰＲＯ１７８０-、ＰＲＯ１７８８-、ＰＲＯ３４３４-、ＰＲＯ１９２７
-、ＰＲＯ３５６７-、ＰＲＯ１２９５-、ＰＲＯ１２９３-、ＰＲＯ１３０３-、
ＰＲＯ４３４４-、ＰＲＯ４３５４-、ＰＲＯ４３９７-、ＰＲＯ４４０７-、ＰＲ
Ｏ１５５５-、ＰＲＯ１０９６-、ＰＲＯ２０３８-又はＰＲＯ２２６２-コード化
核酸分子又は抗−ＰＲＯ３８１-、抗−ＰＲＯ１２６９-、抗−ＰＲＯ１４１０-
、抗−ＰＲＯ１７５５-、抗−ＰＲＯ１７８０-、抗−ＰＲＯ１７８８-、抗−Ｐ
ＲＯ３４３４-、抗−ＰＲＯ１９２７-、抗−ＰＲＯ３５６７-、抗−ＰＲＯ１２
９５-、抗−ＰＲＯ１２９３-、抗−ＰＲＯ１３０３-、抗−ＰＲＯ４３４４-、抗
−ＰＲＯ４３５４-、抗−ＰＲＯ４３９７-、抗−ＰＲＯ４４０７-、抗−ＰＲＯ
１５５５-、抗−ＰＲＯ１０９６-、抗−ＰＲＯ２０３８-又は抗−ＰＲＯ２２６
２-コード化核酸分子とは区別される。しかし、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９
、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ
３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３
、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ
４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６
２ポリペプチド又は抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１
０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲ
Ｏ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、
抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４
３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−
ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体をコードする
単離された核酸分子は、例えば、核酸分子が天然細胞のものとは異なった染色体
位置にある、通常はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドを発現する又
は抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１
７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−
ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９
３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲ
Ｏ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、
抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体を発現する細胞に含まれるＰＲ
Ｏ３８１-、ＰＲＯ１２６９-、ＰＲＯ１４１０-、ＰＲＯ１７５５-、ＰＲＯ１７
８０-、ＰＲＯ１７８８-、ＰＲＯ３４３４-、ＰＲＯ１９２７-、ＰＲＯ３５６７
-、ＰＲＯ１２９５-、ＰＲＯ１２９３-、ＰＲＯ１３０３-、ＰＲＯ４３４４-、
ＰＲＯ４３５４-、ＰＲＯ４３９７-、ＰＲＯ４４０７-、ＰＲＯ１５５５-、ＰＲ
Ｏ１０９６-、ＰＲＯ２０３８-又はＰＲＯ２２６２-核酸分子又は抗−ＰＲＯ３
８１-、抗−ＰＲＯ１２６９-、抗−ＰＲＯ１４１０-、抗−ＰＲＯ１７５５-、抗
−ＰＲＯ１７８０-、抗−ＰＲＯ１７８８-、抗−ＰＲＯ３４３４-、抗−ＰＲＯ
１９２７-、抗−ＰＲＯ３５６７-、抗−ＰＲＯ１２９５-、抗−ＰＲＯ１２９３-
、抗−ＰＲＯ１３０３-、抗−ＰＲＯ４３４４-、抗−ＰＲＯ４３５４-、抗−Ｐ
ＲＯ４３９７-、抗−ＰＲＯ４４０７-、抗−ＰＲＯ１５５５-、抗−ＰＲＯ１０
９６-、抗−ＰＲＯ２０３８-又は抗−ＰＲＯ２２６２-コード化核酸分子を含む
。
【００６５】 「コントロール配列」という用語は、特定の宿主生物において作用可能に結合
したコード配列を発現するために必要なＤＮＡ配列を指す。例えば原核生物に好
適なコントロール配列は、プロモーター、場合によってはオペレータ配列、及び
リボソーム結合部位を含む。真核生物の細胞は、プロモーター、ポリアデニル化
シグナル及びエンハンサーを利用することが知られている。 核酸は、他の核酸配列と機能的な関係にあるときに「作用可能に結合し」てい
る。例えば、プレ配列あるいは分泌リーダーのＤＮＡは、ポリペプチドの分泌に
関与するプレタンパク質として発現されているなら、そのポリペプチドのＤＮＡ
に作用可能に結合している；プロモーター又はエンハンサーは、配列の転写に影
響を及ぼすならば、コード化配列に作用可能に結合している；又はリボソーム結
合部位は、もしそれが翻訳を容易にするような位置にあるなら、コード化配列と
作用可能に結合している。一般的に、「作用可能に結合している」とは、結合し
たＤＮＡ配列が近接しており、分泌リーダーの場合には近接していて翻訳枠があ
っていることを意味する。しかし、エンハンサーは必ずしも近接している必要は
ない。結合は簡便な制限酵素サイトにおけるライゲーションにより行われる。そ
のような部位が存在しない場合は、従来の手法に従って、合成オリゴヌクレオチ
ドアダプターあるいはリンカーが使用される。 「抗体」という用語は最も広い意味において使用され、例えば、単一の抗−Ｐ
ＲＯ３８１-、抗−ＰＲＯ１２６９-、抗−ＰＲＯ１４１０-、抗−ＰＲＯ１７５
５-、抗−ＰＲＯ１７８０-、抗−ＰＲＯ１７８８-、抗−ＰＲＯ３４３４-、抗−
ＰＲＯ１９２７-、抗−ＰＲＯ３５６７-、抗−ＰＲＯ１２９５-、抗−ＰＲＯ１
２９３-、抗−ＰＲＯ１３０３-、抗−ＰＲＯ４３４４-、抗−ＰＲＯ４３５４-、
抗−ＰＲＯ４３９７-、抗−ＰＲＯ４４０７-、抗−ＰＲＯ１５５５-、抗−ＰＲ
Ｏ１０９６-、抗−ＰＲＯ２０３８-又は抗−ＰＲＯ２２６２モノクローナル抗体
(アゴニスト、アンタゴニスト、及び中和抗体を含む)、多エピトープ特異性を持
つ抗−ＰＲＯ３８１-、抗−ＰＲＯ１２６９-、抗−ＰＲＯ１４１０-、抗−ＰＲ
Ｏ１７５５-、抗−ＰＲＯ１７８０-、抗−ＰＲＯ１７８８-、抗−ＰＲＯ３４３
４-、抗−ＰＲＯ１９２７-、抗−ＰＲＯ３５６７-、抗−ＰＲＯ１２９５-、抗−
ＰＲＯ１２９３-、抗−ＰＲＯ１３０３-、抗−ＰＲＯ４３４４-、抗−ＰＲＯ４
３５４-、抗−ＰＲＯ４３９７-、抗−ＰＲＯ４４０７-、抗−ＰＲＯ１５５５-、
抗−ＰＲＯ１０９６-、抗−ＰＲＯ２０３８-又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体組成物
、一本鎖抗−ＰＲＯ３８１-、抗−ＰＲＯ１２６９-、抗−ＰＲＯ１４１０-、抗
−ＰＲＯ１７５５-、抗−ＰＲＯ１７８０-、抗−ＰＲＯ１７８８-、抗−ＰＲＯ
３４３４-、抗−ＰＲＯ１９２７-、抗−ＰＲＯ３５６７-、抗−ＰＲＯ１２９５-
、抗−ＰＲＯ１２９３-、抗−ＰＲＯ１３０３-、抗−ＰＲＯ４３４４-、抗−Ｐ
ＲＯ４３５４-、抗−ＰＲＯ４３９７-、抗−ＰＲＯ４４０７-、抗−ＰＲＯ１５
５５-、抗−ＰＲＯ１０９６-、抗−ＰＲＯ２０３８-又は抗−ＰＲＯ２２６２抗
体、及び抗−ＰＲＯ３８１-、抗−ＰＲＯ１２６９-、抗−ＰＲＯ１４１０-、抗
−ＰＲＯ１７５５-、抗−ＰＲＯ１７８０-、抗−ＰＲＯ１７８８-、抗−ＰＲＯ
３４３４-、抗−ＰＲＯ１９２７-、抗−ＰＲＯ３５６７-、抗−ＰＲＯ１２９５-
、抗−ＰＲＯ１２９３-、抗−ＰＲＯ１３０３-、抗−ＰＲＯ４３４４-、抗−Ｐ
ＲＯ４３５４-、抗−ＰＲＯ４３９７-、抗−ＰＲＯ４４０７-、抗−ＰＲＯ１５
５５-、抗−ＰＲＯ１０９６-、抗−ＰＲＯ２０３８-又は抗−ＰＲＯ２２６２抗
体の断片を包含している（下記参照）。ここで使用される「モノクローナル抗体
」という用語は、実質的に均一な抗体の集団、すなわち、構成する個々の抗体が
、少量存在しうる自然に生じる可能性のある突然変異を除いて同一である集団か
ら得られる抗体を称する。
【００６６】 ハイブリッド形成反応の「緊縮性」は、当業者によって容易に決定され、一般
的にプローブ長、洗浄温度、及び塩濃度に依存する経験的な値である。一般に、
プローブが長くなると適切なアニーリングのための温度が高くなり、プローブが
短くなると温度は低くなる。ハイブリッド形成は、一般的に、相補鎖がその融点
より低い環境に存在する場合における変性ＤＮＡの再アニールする能力に依存す
る。プローブとハイブリッドされる側の配列との所望される相同性のレベルが高
い程、使用できる相対温度が高くなる。その結果、より高い相対温度は、反応条
件をより緊縮させる傾向にあるが、低い温度は緊縮性を低下させる。ハイブリッ
ド形成反応における緊縮性の更なる詳細及び説明は、Ausubel等, Current Proto
cols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers, (1995)を参照の
こと。 ここで定義される「緊縮条件」又は「高緊縮性条件」は、（１）洗浄のために
低イオン強度及び高温度、例えば、５０℃において０．０１５Ｍの塩化ナトリウ
ム／０．００１５Ｍのクエン酸ナトリウム／０．１％のドデシル硫酸ナトリウム
を用いるもの；（２）ハイブリッド形成中にホルムアミド等の変性剤、例えば、
４２℃において５０％（v/v）ホルムアミドと０．１％ウシ血清アルブミン／０
．１％フィコール／０．１％のポリビニルピロリドン／５０ｍＭのｐＨ６．５の
リン酸ナトリウムバッファー、及び７５０ｍＭの塩化ナトリウム、７５ｍＭクエ
ン酸ナトリウムを用いるもの；（３）４２℃における５０％ホルムアミド、５ｘ
ＳＳＣ（０．７５ＭのＮａＣｌ、０．０７５Ｍのクエン酸ナトリウム）、５０ｍ
Ｍのリン酸ナトリウム（ｐＨ６．８）、０．１％のピロリン酸ナトリウム、５ｘ
デンハード液、超音波処理サケ精子ＤＮＡ（５０μｇ／ｍｌ）、０．１％ＳＤＳ
、及び１０％のデキストラン硫酸と、４２℃における０．２ｘＳＳＣ（塩化ナト
リウム／クエン酸ナトリウム）中の洗浄及び５５℃での５０％ホルムアミド、次
いで５５℃におけるＥＤＴＡを含む０．１ｘＳＳＣからなる高緊縮性洗浄を用い
るものによって同定される。 「中程度の緊縮条件」は、Sambrook等, Molecular Cloning: A Laboratory Ma
nual, New York: Cold Spring Harbor Press, 1989に記載されているように同定
され、上記の緊縮性より低い洗浄溶液及びハイブリッド形成条件（例えば、温度
、イオン強度及び％ＳＤＳ）の使用を含む。中程度のストリンジェントな条件の
例は、２０％ホルムアミド、５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭのＮａＣｌ、１５ｍＭのク
エン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．６）、５ｘデンハ
ード液、１０％デキストラン硫酸、及び２０ｍｇ／ｍｌの変性剪断サケ精子ＤＮ
Ａを含む溶液中の３７℃での終夜インキュベーション、次いで１ｘＳＳＣ中約３
５℃−５０℃でのフィルターの洗浄といった条件である。当業者であれば、プロ
ーブ長などの因子に適合させる必要に応じて、どのようにして温度、イオン強度
等を調節するかを認識するであろう。 「エピトープタグ」なる用語は、ここで用いられるときは、「タグポリペプチ
ド」に融合したＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５
５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲ
Ｏ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４
４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲ
Ｏ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド含んでなるキメラ
ポリペプチドを指す。タグポリペプチドは、その抗体が産生され得るエピトープ
を提供するに十分な数の残基を有しているが、それに融合したポリペプチドの活
性を阻害しないよう充分に短い。また、タグポリペプチドは、好ましくは、抗体
が他のエピトープと実質的に交差反応をしないようにかなり独特である。適切な
タグポリペプチドは、一般に、少なくとも６のアミノ酸残基、通常は約８〜約５
０のアミノ酸残基(好ましくは約１０〜約２０の残基)を有する。
【００６７】 ここで意図している「活性な」及び「活性」とは、天然又はＰＲＯ３８１、Ｐ
ＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７
８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、Ｐ
ＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３
９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又は
ＰＲＯ２２６２ポリペプチドの生物学的及び／又は免疫学的活性を保持するＰＲ
Ｏ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０
、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ
１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４
、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ
２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの形態を意味し、ここで「生物学的」
活性とは、天然又はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドによって生ず
る（阻害性又は増進性の）生物学的機能であって、天然又はＰＲＯ３８１、ＰＲ
Ｏ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８
８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲ
Ｏ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９
７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰ
ＲＯ２２６２ポリペプチドが有する抗原性エピトープに対して抗体を生成する能
力を除くものを意味し、「免疫学的」活性とは、天然又はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ
１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８
、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ
１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７
、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲ
Ｏ２２６２ポリペプチドが有する抗原性エピトープに対して抗体を生成する能力
を意味する。 ここに開示されるスクリーニングアッセイによって同定できる抗体又は他のア
ンタゴニスト分子（例えば、有機又は無機小分子、ペプチド等）の文脈における
「生物学的活性」は、それらの分子がここに同定される増幅された遺伝子にコー
ドされるペプチドと結合又は複合体形成する能力、又はコード化ポリペプチドと
他の細胞性タンパク質との相互作用を妨害する能力、又はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ
１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８
、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ
１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７
、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲ
Ｏ２２６２ポリペプチドの転写又は翻訳を妨害する能力を指す。好ましい生物学
的活性は、標的細胞の成長阻害である。他の好ましい生物学的活性は、標的腫瘍
細胞の死をもたらす細胞毒性活性である。 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの文脈における「生物学的活性
」という用語は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７
５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、Ｐ
ＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３
４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、Ｐ
ＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドが腫瘍形成細胞
成長又は制御されない細胞成長を誘発する能力を意味する。 「免疫学的活性」という語は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１
０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲ
Ｏ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０
３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲ
Ｏ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド
の少なくとも１つのエピトープとの免疫学的交差反応性を意味する。
【００６８】 ここで用いられる「免疫学的交差反応性」とは、候補ポリペプチドが、この活
性を持つＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、Ｐ
ＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５
６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、Ｐ
ＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０
９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの定性的生物学的活性を
、活性が周知のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５
５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲ
Ｏ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４
４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲ
Ｏ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに対して生じたポ
リクローナル抗血清と競合的に阻害できることを意味する。そのような抗血清は
、例えばヤギ又はウサギに、完全フロイントアジュバント中の周知の活性類似物
を皮下注射し、次いで不完全フロイント中で腹膜内又は皮下に追加免疫すること
により従来の方法で調製される。免疫学的交差反応性は好ましくは「特異的」で
あり、これは同定される免疫学的交差反応性分子（例えば抗体）の対応するＰＲ
Ｏ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０
、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ
１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４
、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ
２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに対する結合親和性が、その分子の他
の任意の知られた天然ポリペプチドに対する結合親和性より有意に高い（好まし
くは少なくとも約２倍、より好ましくは少なくとも約４倍、さらにより好ましく
は少なくとも約８倍、最も好ましくは少なくとも約１０倍高い）ことを意味する
。
【００６９】 「アンタゴニスト」なる用語は最も広い意味で用いられ、ここに開示した天然
ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７
８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、Ｐ
ＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３
５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、Ｐ
ＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの生物学的活性又はその転写又は
翻訳を全体的又は部分的に阻止、阻害、又は中和する任意の分子を含む。好適な
アンタゴニスト分子は特に、アンタゴニスト抗体又は抗体断片、断片、ペプチド
、有機小分子、アンチセンス核酸などを含む。ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、
ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３
４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、
ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４
４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２
ポリペプチドのアンタゴニストの同定方法は、候補アンタゴニスト分子と接触さ
せ、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ
１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７
、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ
４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６
、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに通常付随する一又は複数の
生物学的活性の変化を測定することを含みうる。 「小分子」は、ここで約５００ダルトン未満の分子量を有すると定義される。
【００７０】 「抗体」（Ａｂｓ）及び「免疫グロブリン」（Ｉｇｓ）は同じ構造的特徴を持
つ糖タンパク質である。抗体は特定の抗原に対する結合特異性を示すが、免疫グ
ロブリンは抗体及び抗原特異性を持たない他の抗体様分子の両方を含む。後者の
種類のポリペプチドは、例えば、リンパ系では低レベルで産生され、ミエローマ
において産生レベルが増加する。「抗体」という用語は最も広い意味で使用され
、限定されることなく、無傷のモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、少な
くとも２つの無傷の抗体から形成される多重特異的抗体（例えば二重特異的抗体
）、及びそれらが所望の生物学的活性を有している限り抗体断片を包含する。 「天然抗体」及び「天然免疫グロブリン」は、通常、２つの同一の軽(Ｌ)鎖及
び２つの同一の重(Ｈ)鎖からなる、約１５０,０００ダルトンの異種四量体糖タ
ンパク質である。各軽鎖は一つの共有ジスルフィド結合により重鎖に結合してお
り、異なる免疫グロブリンアイソタイプ重鎖中のジスルフィド結合の数は相違す
る。また各重鎖と軽鎖は、規則的に離間した部位との間で鎖内ジスルフィド架橋
を有している。各重鎖は、多くの定常ドメインに続いて可変ドメイン(ＶＨ)を一
端に有する。各軽鎖は、一端に可変ドメイン(ＶＬ)を、他端に定常ドメインを有
し；軽鎖の定常ドメインは重鎖の第一定常ドメインと整列し、軽鎖の可変ドメイ
ンは重鎖の可変ドメインと整列している。特定のアミノ酸残基が、軽鎖及び重鎖
可変ドメイン間の界面を形成すると考えられている。
【００７１】 「可変」という用語は、可変ドメインのある部位が、抗体の中で配列が広範囲
に異なるという事を意味し、その特定の抗原に対する各特定の抗体の結合及び特
異性に利用される。しかしながら、可変性は抗体の可変ドメインにわたって一様
には分布していない。軽鎖及び重鎖の可変ドメインの両方の高頻度可変領域又は
相補性決定領域(ＣＤＲｓ)と呼ばれる３つのセグメントに濃縮される。可変ドメ
インのより高度に保存された部分はフレームワーク領域(ＦＲ)と呼ばれる。天然
の重鎖及び軽鎖の可変ドメインは、βシート構造を結合し、ある場合にはその一
部を形成するループ結合を形成する、３つのＣＤＲにより連結されたβシート配
置を主にとる４つのＦＲ領域をそれぞれ含んでいる。各鎖のＣＤＲは、ＦＲ領域
により近接して結合せしめられ、他の鎖のＣＤＲと共に、抗体の抗原結合部位の
形成に寄与している(Kabat等, NIH Publ. No.91-3242, Vol.I, 647-669頁(1991)
を参照のこと)。定常ドメインは、抗体の抗原への結合に直接関連しているもの
ではないが、種々のエフェクター機能、例えば抗体依存性細胞毒性活性での抗体
の関与を示す。 ここで使用される場合、「高頻度可変領域」なる用語は、抗原結合において重
要な抗体のアミノ酸残基を意味する。高頻度可変領域は、「相補性決定領域」又
は「ＣＤＲ」からのアミノ酸残基(すなわち、軽鎖可変ドメインの残基２４−３
４(Ｌ１)、５０−５６(Ｌ２)及び８９-９７(Ｌ３)及び重鎖可変ドメインの３１
−３５(Ｈ１)、５０−６５(Ｈ２)及び９５−１０２(Ｈ３)；Kabat等, Sequences
of Proteins of Immunological Interest,５版, Public Health Service, Nati
onal Institute of Health, Bethesda, MD.[1991])及び／又は「高頻度可変ルー
プ」からの残基(すなわち、軽鎖可変ドメインの残基２６−３２(Ｌ１)、５０−
５２(Ｌ２)及び９１−９６(Ｌ３)及び重鎖可変ドメインの残基２６−３２(Ｈ１)
、５３−５５(Ｈ２)及び９６−１０１(Ｈ３);Chothia及びLesk J.Mol.Biol. 196
:901-917 [1987])を含む。「フレームワーク」又は「ＦＲ」残基はここに定義し
た高頻度可変領域残基以外の可変ドメイン残基である。
【００７２】 「抗体断片」は、未変性の抗体の一部、好ましくは未変性の抗体の抗原結合又
は可変領域を含む。抗体断片の例は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ(ａｂ')２、及びＦ
ｖ断片；ダイアボディ(diabody)；直鎖状抗体（Zapata等, Protein Eng., 8(10)
: 1057-1062 [1995]）；一本鎖抗体分子；及び抗体断片から形成される多重特異
的抗体を含む。 抗体のパパイン消化は、「Ｆａｂ」断片と呼ばれ、各々単一の抗原結合部位を
持つ２つの同一な抗原結合断片、及び、その名称が容易に結晶化する能力を反映
している残りの「Ｆｃ」断片を生成する。ペプシン処理により、２つの抗原結合
部位を有するが、交差結合抗原であり得るＦ(ａｂ')２断片が生成される。 「Ｆｖ」は、完全な抗原認識及び結合部位を含む最小抗体断片である。この領
域は、緊密に非共有的に結合した１つの重鎖と１つの軽鎖の可変ドメインの二量
体からなる。この配置では、ＶＨ−ＶＬ二量体の表面における抗原結合部位を決
定するために各可変ドメインの３つのＣＤＲが相互作用する。正確には、６つの
ＣＤＲが抗体に抗原結合特異性を与える。しかし、単一の可変ドメイン（又は抗
原特異的な３つのＣＤＲしか含まないＦｖの半分）でさえも抗原を認識し結合す
る能力を持つが、結合部位全体よりは親和性が低い。 また、Ｆａｂ断片は軽鎖の定常ドメイン及び重鎖の第１の定常ドメイン（ＣＨ
１）も含む。Ｆａｂ断片は、抗体ヒンジ領域からの１つ又は複数のシステインを
含む重鎖ＣＨ１ドメインのカルボキシル末端における数個の残基の付加によりＦ
ａｂ断片と相違する。Ｆａｂ'-ＳＨは、ここにおいて、定常ドメインのシステイ
ン残基が遊離のチオール基を持つＦａｂ'の記号である。Ｆ(ａｂ')２抗体断片は
、元々、それらの間にヒンジシステインを持つＦａｂ'断片の対として生成され
た。抗体断片の他の化学的結合も知られている。 任意の脊椎動物種からの抗体（免疫グロブリン）の「軽鎖」は、それらの定常
ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（κ）及びラムダ（λ）と呼ばれる
２つの明らかに異なる型の１つに分類できる。 重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、免疫グロブリンは異なるクラ
スに分けられる。免疫グロブリンには５つの主要なクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、Ｉ
ｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭがあり、これらの幾つかは、更にサブクラス（アイソ
タイプ）、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ及びＩｇＡ
２に分けられる。異なるクラスの免疫グロブリンに対応する重鎖定常ドメインは
、各々α、δ、ε、γ、及びμと呼ばれる。異なるクラスの免疫グロブリンのサ
ブユニット構造及び三次元配置は良く知られている。
【００７３】 ここで用いられる「モノクローナル抗体」なる用語は、実質的に均一な抗体の
集団、即ち、集団を構成する個々の抗体が少量存在する起こりうる自然発生突然
変異体以外は同一であるような集団から得られる抗体を意味する。モノクローナ
ル抗体は高度に特異的であり、単一の抗原部位に向けられている。さらに、通常
は、異なる決定基（エピトープ）に対して作られた様々な抗体を含む従来の（ポ
リクローナル）抗体調製物とは違い、各モノクローナル抗体は抗原上の単一の決
定基に対して向けられている。それらの特異性に加えて、モノクローナル抗体は
、ハイブリドーマ培養によって合成され、他の免疫グロブリンに汚染されていな
い点において有利である。「モノクローナル」という修飾語は、実質的に均一な
抗体集団から得られという抗体の特徴を示すものであって、ある特定の方法によ
る抗体の生産を必要とすることを意味するためのものではない。例えば、本発明
に従って使用されるモノクローナル抗体は、Kohler等, Nature, 256: 495 [1975
]によって最初に記載されたハイブリドーマ法により作成してもよいし、組換え
ＤＮＡ法（例えば、米国特許第4,816,567号参照）により作成してもよい。また
「モノクローナル抗体」はファージ抗体ライブラリから、例えば、Clackson等,
Nature, 352: 624-628 [1991]及び Marks等, J. Mol. Biol., 222: 581-597 (19
91)に記載された技術を用いて単離してもよい。 ここで、モノクローナル抗体は特に、「キメラ」抗体（免疫グロブリン）を含
み、それは、重鎖及び／又は軽鎖の一部が特定の種から誘導された又は特定の抗
体クラス又はサブクラスに属する抗体の対応する配列と同一又は相同であるが、
鎖の残りの部分は他の種から誘導された又は他の抗体クラス又はサブクラスに属
する抗体、並びにそれらが所望の生物学的活性を示す限りにおいてそれらの抗体
の断片の対応する配列と同一又は相同である（米国特許第4,816,567号；Morriso
n等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81: 6851-6855 [1984]）。
【００７４】 非ヒト（例えばマウス）抗体の「ヒト化」型は、非ヒト免疫グロブリンから誘
導された最小配列を含有する特定のキメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖又
はそれらの断片（例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ'、Ｆ(ａｂ')２あるいは抗体の
他の抗原結合性配列）である。大部分において、ヒト化抗体はヒト免疫グロブリ
ン（レシピエント抗体）であって、そのレシピエントＣＤＲ由来の残基が、マウ
ス、ラット又はウサギなどのヒト以外の種のＣＤＲ（ドナー抗体）に由来する所
望の特異性、親和性及び容量を持つ残基で置換されている。ある場合は、ヒト免
疫グロブリンのＦｖＦＲ残基が対応する非ヒト残基で置換される。さらに、ヒト
化抗体は、レシピエント抗体にも、移植されるＣＤＲ又は枠配列にも見られない
残基を含んでもよい。これらの修飾は、抗体の性能をさらに精密かつ最適化する
ために施される。一般にヒト化抗体は、ＣＤＲ領域の全て又は実質上全てが非ヒ
ト免疫グロブリンのものに対応し、ＦＲ領域の全て又は実質上全てがヒト免疫グ
ロブリン配列のものである少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実
質的に全部を含有するであろう。また、最適なヒト化抗体は、免疫グロブリン定
常領域（Ｆｃ）、典型的にはヒト免疫グロブリンのものの少なくとも一部も含有
するであろう。さらなる詳細については、Jones等, Nature 321: 522-525 (1986
)；Reichmann等, Nature 332: 323-329 (1988)；及びPresta, Curr. Op. Struct
. Biol. 2: 593-596 (1992)を参照のこと。ヒト化抗体は、抗体の抗原結合領域
が、関心のある抗原でマカクザルを免疫化することにより生産された抗体から由
来するPRIMATIZED(商品名)抗体を含む。
【００７５】 「一本鎖Ｆｖ」又は「ｓＦｖ」抗体断片は、抗体のＶＨ及びＶＬドメインを含
み、これらのドメインは単一のポリペプチド鎖に存在する。好ましくは、Ｆｖポ
リペプチドはＶＨ及びＶＬドメイン間にポリペプチドリンカーを更に含み、それ
はｓＦｖが抗原結合に望まれる構造を形成するのを可能にする。ｓＦｖの概説に
ついては、The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg
及びMoore編, Springer-Verlag, New York, pp. 269-315 (1994)のPluckthunを
参照のこと。 「ダイアボディ」なる用語は、二つの抗原結合部位を持つ小さい抗体断片を指
し、その断片は同一のポリペプチド鎖(ＶＨ−ＶＬ)内で軽鎖可変ドメイン(ＶＬ)
に重鎖可変ドメイン(ＶＨ)が結合している。非常に短いために同一鎖上で二つの
ドメインの対形成を不可能にするリンカーを使用して、ドメインを他の鎖の相補
ドメインと強制的に対形成させ、二つの抗原結合部位を形成する。ダイアボディ
ーは、例えば、ＥＰ４０４０９７；ＷＯ９３／１１１６１；及びHollingerら, P
roc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6444-6448 (1993)に更に詳細に記載されている
。 「単離された」抗体とは、その自然環境の成分から同定され分離され及び／又
は回収されたものを意味する。その自然環境の狭雑成分とは、抗体の診断又は治
療への使用を妨害する物質であり、酵素、ホルモン、及び他のタンパク質様又は
非タンパク質様溶質が含まれる。好ましい実施態様において、抗体は、(１)ロー
リー(Lowry)法によって決定した場合９５重量％以上の、最も好ましくは９９重
量％の抗体まで、（２）スピニングカップシークエネーターを使用することによ
り、少なくとも１５のＮ末端あるいは内部アミノ酸配列の残基を得るのに充分な
程度まで、あるいは（３）非還元あるいは還元条件下でのＳＤＳ-ＰＡＧＥを行
い、クーマシーブルーあるいは好ましくは銀染色によって、均一になるまで精製
されうる。単離された抗体には、組換え細胞内のインサイツの抗体が含まれるが
、これは抗体の自然環境の少なくとも１つの成分が存在しないからである。しか
しながら、通常は、単離された抗体は少なくとも１つの精製工程により調製され
る。
【００７６】 「標識」という語は、ここで用いられる場合、「標識化」抗体を作製するため
に、抗体に直接的又は間接的に結合させる検出可能な化合物又は組成物を意味す
る。標識はそれ自身によって検出可能でもよく（例えば、放射性同位体標識又は
蛍光標識）、あるいは、酵素標識の場合には、検出可能な基質化合物又は組成物
の化学的変換を触媒してもよい。検出可能な標識を提供しうる放射性ヌクレオチ
ドは、例えば、Ｉ-１３１、Ｉ-１２３、Ｉ-１２５、Ｙ-９０、Ｒｅ-１８８、Ｒ
ｅ-１８６、Ａｔ-２１１、Ｃｕ-６７、Ｂｉ-２１２、及びＰｄ-１０９を含む。
標識は、毒素のような非検出性の物質でもよい。 「固相」とは、本発明の抗体が接着できる非水性マトリクスを意味する。ここ
に包含される固相の例は、部分的又は全体的にガラス（例えば、径の調整された
ガラス）、ポリサッカリド（例えばアガロース）、ポリアクリルアミド、ポリス
チレン、ポリビニルアルコール及びシリコーンで形成されたものを含む。或る実
施態様では、前後関係に応じて、固相はアッセイ用プレートのウェル；その他で
は精製用カラム（例えばアフィニティクロマトグラフィカラム）を含むことがで
きる。また、この用語は、米国特許第4,275,149号に記載されたような別々の粒
子の不連続な固相も含む。 「リポソーム」は、哺乳動物への薬物（例えばＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９
、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ
３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３
、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ
４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６
２ポリペプチド又はそれらに対する抗体、場合によっては化学治療薬）輸送に有
用な、脂質、リン脂質及び／又は界面活性剤を含む種々のタイプの小胞体である
。リポソームの成分は、通常は細胞膜の脂質配向に類似した２層構造に配列され
る。 ここで用いる「イムノアドヘシン」という用語は、免疫グロブリン定常ドメイ
ンのエフェクター機能を持つ異種タンパク質（「アドヘシン」）の結合特異性を
付与した抗体様分子を指す。構造的には、イムノアドヘシンは抗体の抗原認識及
び結合部位以外の所望の結合特異性を持つアミノ酸配列（即ち「異種」）と免疫
グロブリン定常ドメイン配列との融合物である。イムノアドヘシン分子のアドへ
シン部分は、典型的には少なくともレセプター又はリガンドの結合部位を含む近
接アミノ酸配列を含む。イムノアドヘシンの免疫グロブリン定常ドメイン配列は
、ＩｇＧ-１、ＩｇＧ-２、ＩｇＧ-３、又はＩｇＧ-４サブタイプ、ＩｇＡ（Ｉｇ
Ａ-１及びＩｇＡ-２を含む）、ＩｇＥ、ＩｇＤ又はＩｇＭなどの任意の免疫グロ
ブリンから得ることができる。
【００７７】 ＩＩ. 本発明の組成物と方法 Ａ．完全長ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５
、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ
３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４
、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ
１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２ポリペプチド 本発明は、本出願においてＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２と称されるポリペ
プチドをコードする、新規に同定され単離されたヌクレオチド配列を提供する。
特に、以下の実施例で更に詳細に開示するように、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６
９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲ
Ｏ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９
３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲ
Ｏ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２
６２ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。異なる発現ラウンド
で生成されたタンパク質は異なるＰＲＯ番号が与えられるが、ＵＮＱ番号は任意
の与えられたＤＮＡ及びコードされたタンパク質に独特であり変化しない。しか
しながら、単純化のために、本明細書では、ここに開示される核酸配列によりコ
ードされるタンパク質並びに前述のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４
１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、Ｐ
ＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３
０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、Ｐ
ＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２の定義に含
まれる更なる天然相同体及び変異体は、それらの起源又は調製方法に関わらず「
ＰＲＯ３８１」、「ＰＲＯ１２６９」、「ＰＲＯ１４１０」、「ＰＲＯ１７５５
」、「ＰＲＯ１７８０」、「ＰＲＯ１７８８」、「ＰＲＯ３４３４」、「ＰＲＯ
１９２７」、「ＰＲＯ３５６７」、「ＰＲＯ１２９５」、「ＰＲＯ１２９３」、
「ＰＲＯ１３０３」、「ＰＲＯ４３４４」、「ＰＲＯ４３５４」、「ＰＲＯ４３
９７」、「ＰＲＯ４４０７」、「ＰＲＯ１５５５」、「ＰＲＯ１０９６」、「Ｐ
ＲＯ２０３８」又は「ＰＲＯ２２６２」と呼ばれる。 下記の実施例に開示するように、ｃＤＮＡクローンは、既知のＰＲＯ１０９６
、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２を除いて、ＡＴＣＣに寄託されている。ク
ローンの実際のヌクレオチド配列は、この分野での日常的方法を用いて寄託され
たクローンを配列決定することにより当業者により容易に決定される。ここに記
載したＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲ
Ｏ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６
７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲ
Ｏ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９
６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド及びコード化核酸について
、本出願人は、現時点で入手可能な配列情報で最も同定可能なリーディングフレ
ームがどれと考えられるかを特定した。
【００７８】 Ｂ．ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲ
Ｏ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６
７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲ
Ｏ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９
６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２変異体 ここに記載した完全長天然配列ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１
０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲ
Ｏ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０
３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲ
Ｏ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２ポリペプチド
に加えて、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、
ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３
５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、
ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１
０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２変異体も調製できると考えられる。
ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７
８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、Ｐ
ＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３
５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、Ｐ
ＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２変異体は、公知のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６
９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲ
Ｏ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９
３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲ
Ｏ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２
６２ＤＮＡに適当なヌクレオチド変化を導入することにより、及び／又は所望の
ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７
８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、Ｐ
ＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３
５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、Ｐ
ＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２ポリペプチドを合成することにより調製できる
。当業者は、適切なアミノ酸変化がＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４
１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、Ｐ
ＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３
０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、Ｐ
ＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２ポリペプチ
ドの翻訳後プロセスを変えうること、例えばグリコシル化部位の数の変化又は膜
固着特性の改変を理解するであろう。 天然完全長配列ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７
５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、Ｐ
ＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３
４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、Ｐ
ＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２もしくは、ここに記載したＰ
ＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８
０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲ
Ｏ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５
４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲ
Ｏ２０３８又はＰＲＯ２２６２の種々のドメインにおける変異は、例えば、米国
特許第5,364,934号に記載されている保存的及び非保存的変異についての任意の
技術及び指針を用いてなすことができる。変異は、結果として天然配列ＰＲＯ３
８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、Ｐ
ＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２
９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、Ｐ
ＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０
３８又はＰＲＯ２２６２と比較してＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４
１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、Ｐ
ＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３
０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、Ｐ
ＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２のアミノ酸
配列が変化するようなＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２をコードする一又は複数
のコドンの置換、欠失又は挿入であってよい。場合によっては、変異は少なくと
も１つのアミノ酸のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の一又は複数のドメインの
任意の他のアミノ酸による置換である。いずれのアミノ酸残基が所望の活性に悪
影響を与えることなく挿入、置換又は欠失されるかの指針は、ＰＲＯ３８１、Ｐ
ＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７
８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、Ｐ
ＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３
９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又は
ＰＲＯ２２６２の配列を相同性の知られたタンパク質分子の配列と比較し、相同
性の高い領域内でなされるアミノ酸配列変化を最小にすることによって見出され
る。アミノ酸置換は、一のアミノ酸を類似した構造又は化学特性を持つ他のアミ
ノ酸で置換した結果、例えばロイシンのセリンでの置換、即ち保存的アミノ酸置
換とすることができる。挿入及び欠失は、場合によっては１から５のアミノ酸の
範囲内とすることができる。許容される変異は、配列においてアミノ酸の挿入、
欠失又は置換を系統的に作成し、得られた変異体を完全長又は成熟天然配列によ
って発揮される活性について試験することにより決定される。
【００７９】 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２ポリペプチドの断片がここに提供される。こ
のような断片はＮ-末端又はＣ-末端で切断されていてもよいし、例えば完全長又
は天然タンパク質と比較した場合に内部残基を欠いていてもよい。或る種の断片
はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの所望の生物活性に対して必須
ではないアミノ酸残基を欠く。 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２断片は多くの一般的な方法の任意のものによ
って調製することができる。所望のペプチド断片を化学的に合成してもよい。他
のアプローチ法は、酵素消化により、例えば特定のアミノ酸残基により定まる部
位でタンパク質を切断することが知られている酵素でタンパク質を処理するか、
適当な制限酵素でＤＮＡを消化させることによりＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９
、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ
３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３
、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ
４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６
２断片を産生し、所望の断片を単離することを含む。さらに他の好適な技術は、
ポリメラーゼ連鎖反応法(ＰＣＲ)により、所望のポリペプチド断片をコードする
ＤＮＡ断片を単離し増幅することを含む。ＤＮＡ断片の所望の末端を定めるオリ
ゴヌクレオチドを、ＰＣＲにおいて５'及び３'プライマーとして使用する。好ま
しくは、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、Ｐ
ＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５
６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、Ｐ
ＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０
９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド断片は、ＰＲＯ３８１、
ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１
７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、
ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４
３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又
はＰＲＯ２２６２ポリペプチドと少なくとも１つの生物学的及び／又は免疫学的
活性を共有する。 特別の実施態様では、対象とする保存的置換を、好ましい置換という見出しで
表３に示す。このような置換が生物学的活性の変化をもたらす場合、表３に例示
的置換と名前を付け、又は以下にアミノ酸分類を参照して更に記載するような、
より大幅な変化が導入され生成物がスクリーニングされる。
【００８０】
【００８１】 ポリペプチドの機能及び免疫学的同一性の実質的な修飾は、（ａ）置換領域の
ポリペプチド骨格の構造、例えばシート又はへリックス構造、（ｂ）標的部位の
電荷又は疎水性、又は（ｃ）側鎖の嵩を維持しながら、それらの効果において有
意に異なる置換基を選択することにより達成される。天然に生じる残基は共通の
側鎖特性に基づいてグループに分けられる： （１）疎水性：ノルロイシン, met ala, val, leu, ile; （２）中性の親水性：cys, ser, thr; （３）酸性：asp, glu; （４）塩基性：asn, gln, his, lys, arg; （５）鎖配向に影響する残基：gly, pro; 及び （６）芳香族：trp, tyr, phe 非保存的置換は、これらの分類の一つのメンバーを他の分類のメンバーに交換
することを必要とするであろう。また、そのように置換された残基は、保存的置
換部位、又はより好ましくは残された（非保存）部位に導入されうる。
【００８２】 変異は、オリゴヌクレオチド媒介（部位特異的）突然変異誘発、アラニンスキ
ャンニング、及びＰＣＲ突然変異誘発等のこの分野で周知の技術を用いてなすこ
とができる。部位特異的突然変異誘発［Carter等, Nucl. Acids Res., 13: 4331
(1986); Zoller等, Nucl. Acids Res., 10: 6487 (1987)］、カセット突然変異
誘発［Wells等, Gene, 34: 315 (1985)］、制限的選択突然変異誘発［Wells等,
Philos. Trans. R. Soc. London SerA, 317: 415 (1986)］又は他のこの分野で
知られた技術をクローニングしたＤＮＡに実施して、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２
６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、Ｐ
ＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２
９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、Ｐ
ＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２
２６２変異体ＤＮＡを作成することもできる。 また、隣接配列に沿って一又は複数のアミノ酸を同定するのにスキャンニング
アミノ酸分析を用いることができる。中でも好ましいスキャンニングアミノ酸は
、比較的小さく、中性のアミノ酸である。そのようなアミノ酸は、アラニン、グ
リシン、セリン、及びシステインを含む。アラニンは、ベータ炭素を越える側鎖
を排除し変異体の主鎖構造を変化させにくいので、この群の中で典型的に好まし
いスキャンニングアミノ酸である［Cunningham及びWells, Science, 244: 1081-
1085 (1989)］。また、アラニンは最もありふれたアミノ酸であるため典型的に
は好ましい。さらに、それは埋もれた及び露出した位置の両方に見られることが
多い［Creighton, The Proteins, (W.H. Freeman & Co., N.Y.); Chothia, J. M
ol. Biol., 150: 1 (1976)］。アラニン置換が十分な量の変異体を生じない場合
は、アイソテリック(isoteric)アミノ酸を用いることができる。
【００８３】 Ｃ．ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲ
Ｏ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６
７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲ
Ｏ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９
６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２の修飾 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２の共有結合的修飾は本発明の範囲内に含まれ
る。共有結合的修飾の一型は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの
標的とするアミノ酸残基を、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の選択された側鎖
又はＮ-又はＣ-末端残基と反応できる有機誘導体化試薬と反応させることを含む
。二官能性試薬での誘導体化が、例えばＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ
１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４
、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ
１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７
、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２を水不
溶性支持体マトリクスあるいは抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−Ｐ
ＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８８
、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ
１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、抗
−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１５
５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体の
精製方法に用いるため、又はその逆に用いるための表面に架橋させるのに有用で
ある。通常用いられる架橋剤は、例えば、１，１-ビス(ジアゾアセチル)-２-フ
ェニルエタン、グルタルアルデヒド、Ｎ-ヒドロキシスクシンイミドエステル、
例えば４-アジドサリチル酸、３，３’-ジチオビス(スクシンイミジルプロピオ
ネート)等のジスクシンイミジルエステルを含むホモ二官能性イミドエステル、
ビス-Ｎ-マレイミド-１，８-オクタン等の二官能性マレイミド、及びメチル-３-
[(ｐ-アジドフェニル)ジチオ]プロピオイミダート等の試薬を含む。 他の修飾は、グルタミニル及びアスパラギニル残基の各々対応するグルタミル
及びアスパルチル残基への脱アミノ化、プロリン及びリシンのヒドロキシル化、
セリル又はトレオニル残基のヒドロキシル基のリン酸化、リシン、アルギニン、
及びヒスチジン側鎖のα-アミノ基のメチル化[T.E. Creighton, Proteins: Stru
cture and Molecular Properties, W.H. Freeman & Co., San Francisco, pp.79
-86 (1983)]、Ｎ-末端アミンのアセチル化、及び任意のＣ末端カルボキシル基の
アミド化を含む。
【００８４】 本発明の範囲内に含まれるＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの共
有結合的修飾の他の型は、ポリペプチドの天然グリコシル化パターンを変更する
ことを含む。「天然グリコシル化パターンの変更」とは、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ
１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８
、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ
１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７
、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲ
Ｏ２２６２に見出される１つ又は複数の炭水化物部分の欠失（存在するグリコシ
ル化部位の除去又は化学的及び／又は酵素的手段によるグリコシル化の削除によ
る）、及び／又はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７
５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、Ｐ
ＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３
４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、Ｐ
ＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２に存在しない１つ又は複数の
グリコシル化部位の付加を意味する。さらに、この語句は、存在する種々の炭水
化物部分の性質及び比率の変化を含む、天然タンパク質のグリコシル化の定性的
変化を含む。
【００８５】 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドへのグリコシル化部位の付加は
、アミノ酸配列の変更によって達成されうる。この変更は、例えば、ＰＲＯ３８
１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲ
Ｏ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９
５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲ
Ｏ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３
８又はＰＲＯ２２６２への一又は複数のセリン又はスレオニン残基の付加、又は
これによる置換によってもなされる(Ｏ-結合グリコシル化部位の場合)。場合に
よっては、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、
ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３
５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、
ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１
０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２アミノ酸配列はＤＮＡレベルでの変
化によって、特に所望のアミノ酸に翻訳されるコドンが産生されるように予め選
んだ塩基でＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、
ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３
５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、
ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１
０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドをコードしているＤＮ
Ａを突然変異させることによって変更される。 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド上の炭水化物部分の数を増加さ
せる他の手段は、ポリペプチドへのグリコシドの化学的又は酵素的結合による。
これらの方法は1987年9月11日公開の国際特許出願第WO 87/05330号及びAplin及
びWriston, CRC Crit. Rev. Biochem., pp259-306 (1981)に記載されている。 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド上に存在する炭水化物部分の除
去は、化学的又は酵素的あるいはグリコシル化の標的となるアミノ酸残基をコー
ドするコドンの突然変異的置換によりなされる。例えば、化学的脱グリコシル化
技術は、この分野で知られており、例えば、Hakimuddin等, Arch. Biochem Biop
hys., 259:52 (1987)及びEdge等, Anal. Biochem., 118:131 (1981)により記載
されている。ポリペプチド上の炭水化物部分の酵素的開裂は、Thotakura等, Met
h. Enzymol., 138:350 (1987)に記載されているように種々のエンド-及びエキソ
-グリコシダーゼを使用して達成することができる。
【００８６】 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の共有結合的修飾の他の型は、ＰＲＯ３８１
、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ
１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５
、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ
４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８
又はＰＲＯ２２６２ポリぺプチドの、種々の非タンパク質様ポリマー、例えばポ
リエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、又はポリオキシアルキレン
の一つへの、米国特許第4,640,835号；第4,496,689号；第4,301,144号；第4,670
,417号；第4,791,192号又は第4,179,337号に記載された方法での結合を含む。 また、本発明のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７
５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、Ｐ
ＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３
４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、Ｐ
ＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２は、他の異種ポリペプチド又
はアミノ酸配列に融合したＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、Ｐ
ＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９
２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、Ｐ
ＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５
５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２を含むキメラ分子を
形成する方法で修飾してもよい。
【００８７】 一実施態様では、このようなキメラ分子は、抗-タグ抗体が選択的に結合でき
るエピトープを提供するタグポリペプチドとＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２と
の融合を含む。エピトープタグは、一般的にはＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、
ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３
４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、
ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４
４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２
のアミノ-又はカルボキシル-末端に位置する。このようなＰＲＯ３８１、ＰＲＯ
１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８
、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ
１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７
、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲ
Ｏ２２６２のエピトープタグ形態の存在は、タグポリペプチドに対する抗体を用
いて検出することができる。また、エピトープタグの提供は、抗タグ抗体又はエ
ピトープタグに結合する他の型の親和性マトリクスを用いたアフィニティ精製に
よってＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲ
Ｏ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６
７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲ
Ｏ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９
６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２を容易に精製できるようにする。種々の
タグポリペプチド及びそれら各々の抗体はこの分野で良く知られている。例とし
ては、ポリ-ヒスチジン（poly-his）又はポリ-ヒスチジン-グリシン（poly-his-
gly）タグ；flu HAタグポリペプチド及びその抗体１２ＣＡ５［Field等, Mol. C
ell. Biol., 8:2159-2165 (1988)］；c-mycタグ及びそれに対する８Ｆ９、３Ｃ
７、６Ｅ１０、Ｇ４、Ｂ７及び９Ｅ１０抗体［Evan等, Molecular and Cellular
Biology, 5:3610-3616 (1985)］；及び単純ヘルペスウイルス糖タンパク質Ｄ（
gD）タグ及びその抗体［Paborsky等, Protein Engineering, 3(6):547-553 (199
0)］を含む。他のタグポリペプチドは、フラッグ(Flag)-ペプチド［Hopp等, Bio
Technology, 6:1204-1210 (1988)］；ＫＴ３エピトープペプチド［Martin等, Sc
ience, 255:192-194 (1992)］；α-チューブリンエピトープペプチド［Skinner
等, J. Biol. Chem., 266:15163-15166 (1991)］；及びＴ７遺伝子１０タンパク
質ペプチドタグ［Lutz-Freyermuth等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87:6393-6
397 (1990)］を含む。 これに換わる実施態様では、キメラ分子はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の
免疫グロブリン又は免疫グロブリンの特定領域との融合体を含んでもよい。キメ
ラ分子の二価形態（「イムノアドヘシン」とも呼ばれる）については、そのよう
な融合体はＩｇＧ分子のＦｃ領域であり得る。Ｉｇ融合体は、好ましくはＩｇ分
子内の少なくとも１つの可変領域に換えてＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲ
Ｏ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３
４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲ
Ｏ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０
７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリ
ペプチドの可溶化（膜貫通ドメイン欠失又は不活性化）形態を含む。特に好まし
い実施態様では、免疫グロブリン融合体は、ＩｇＧ１分子のヒンジ、ＣＨ２及び
ＣＨ３、又はヒンジ、ＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３領域を含む。免疫グロブリン融
合体の製造については、1995年6月27日発行の米国特許第5,428,130号を参照のこ
と。
【００８８】 Ｄ．ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲ
Ｏ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６
７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲ
Ｏ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９
６、ＰＲＯ２０３８及びＰＲＯ２２６２ポリペプチドの調製 以下の説明は、主として、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２核酸を含むベクタ
ーで形質転換又は形質移入された細胞を培養することによりＰＲＯ３８１、ＰＲ
Ｏ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８
８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲ
Ｏ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９
７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰ
ＲＯ２２６２を生産する方法に関する。もちろん、当該分野において良く知られ
ている他の方法を用いてＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲ
Ｏ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２
７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲ
Ｏ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５
５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２を調製することもでき
ると考えられる。例えば、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、Ｐ
ＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９
２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、Ｐ
ＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５
５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２配列、又はその一部
は、固相技術を用いた直接ペプチド合成によって生産してもよい［例えば、Stew
art等, Solid-Phase Peptide Synthesis, W.H. Freeman Co., San Francisco, C
A (1969)；Merrifield, J. Am. Chem. Soc., 85:2149-2154 (1963)参照］。手動
技術又は自動によるインビトロタンパク質合成を行ってもよい。自動合成は、例
えば、アプライド・バイオシステムズ・ペプチド合成機（Foster City, CA）を
用いて、製造者の指示により実施してもよい。ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、
ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３
４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、
ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４
４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２
の種々の部分を、別々に化学的に合成し、化学的又は酵素的方法を用いて結合さ
せてＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ
１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７
、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ
４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６
、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２を製造してもよい。
【００８９】 ａ．ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲ
Ｏ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６
７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲ
Ｏ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９
６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドをコードするＤＮＡの単離 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２をコードするＤＮＡは、ＰＲＯ３８１、ＰＲ
Ｏ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８
８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲ
Ｏ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９
７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰ
ＲＯ２２６２ｍＲＮＡを保有し、それを検出可能なレベルで発現すると考えられ
る組織から調製されたｃＤＮＡライブラリから得ることができる。従って、ヒト
ＰＲＯ３８１、ヒトＰＲＯ１２６９、ヒトＰＲＯ１４１０、ヒトＰＲＯ１７５５
、ヒトＰＲＯ１７８０、ヒトＰＲＯ１７８８、ヒトＰＲＯ３４３４、ヒトＰＲＯ
１９２７、ヒトＰＲＯ３５６７、ヒトＰＲＯ１２９５、ヒトＰＲＯ１２９３、ヒ
トＰＲＯ１３０３、ヒトＰＲＯ４３４４、ヒトＰＲＯ４３５４、ヒトＰＲＯ４３
９７、ヒトＰＲＯ４４０７、ヒトＰＲＯ１５５５、ヒトＰＲＯ１０９６、ヒトＰ
ＲＯ２０３８又はヒトＰＲＯ２２６２ＤＮＡは、実施例に記載されるように、ヒ
トの組織から調製されたｃＤＮＡライブラリから簡便に得ることができる。また
ＰＲＯ３８１-、ＰＲＯ１２６９-、ＰＲＯ１４１０-、ＰＲＯ１７５５-、ＰＲＯ
１７８０-、ＰＲＯ１７８８-、ＰＲＯ３４３４-、ＰＲＯ１９２７-、ＰＲＯ３５
６７-、ＰＲＯ１２９５-、ＰＲＯ１２９３-、ＰＲＯ１３０３-、ＰＲＯ４３４４
-、ＰＲＯ４３５４-、ＰＲＯ４３９７-、ＰＲＯ４４０７-、ＰＲＯ１５５５-、
ＰＲＯ１０９６-、ＰＲＯ２０３８-又はＰＲＯ２２６２-コード化遺伝子は、ゲ
ノムライブラリから又はオリゴヌクレオチド合成により得てもよい。 ライブラリは、対象となる遺伝子あるいはその遺伝子によりコードされるタン
パク質を同定するために設計された(ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１
４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、
ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１
３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、
ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプ
チドに対する抗体又は少なくとも約２０−８０塩基のオリゴヌクレオチド等の)
プローブによってスクリーニングできる。選択されたプローブによるｃＤＮＡ又
はゲノムライブラリのスクリーニングは、例えばSambrook等, Molecular Clonin
g: A Laboratory Manual(New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 19
89)に記載されている標準的な手順を使用して実施することができる。ＰＲＯ３
８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、Ｐ
ＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２
９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、Ｐ
ＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０
３８又はＰＲＯ２２６２をコードする遺伝子を単離する他の方法はＰＣＲ法を使
用するものである［Sambrook等,上掲；Dieffenbach等, PCR Primer：A Laborato
ry Manual(Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1995)］。
【００９０】 下記の実施例は、ｃＤＮＡライブラリのスクリーニング技術を記載している。
プローブとして選択されたオリゴヌクレオチド配列は、充分な長さで、疑陽性が
最小化されるよう充分に明瞭でなければならない。オリゴヌクレオチドは、スク
リーニングされるライブラリ内のＤＮＡとのハイブリッド形成時に検出可能であ
るように標識されていることが好ましい。標識化の方法は当該分野において良く
知られており、３２Ｐ標識されたＡＴＰのような放射線標識、ビオチン化あるい
は酵素標識の使用が含まれる。中程度の緊縮性及び高度の緊縮性を含むハイブリ
ッド形成条件は、上掲のSambrook等に与えられている。 このようなライブラリースクリーニング法において同定された配列は、GenBan
k等の公共データベース又は他の個人の配列データベースに寄託され利用可能と
されている他の周知の配列と比較及びアラインメントすることができる。分子の
所定領域内又は完全長配列に渡っての（アミノ酸又はヌクレオチドレベルのいず
れかでの）配列同一性は、この分野で知られここに記載する方法を用いて決定で
きる。 タンパク質コード化配列を有する核酸は、初めてここで開示された推定アミノ
酸配列を使用し、また必要ならば、ｃＤＮＡに逆転写されなかったｍＲＮＡの生
成中間体及び先駆物質を検出する上掲のSambrook等に記述されているような従来
のプライマー伸展法を使用して選択したｃＤＮＡ又はゲノムライブラリのスクリ
ーニングにより得られる。
【００９１】 ｂ．宿主細胞の選択及び形質転換 宿主細胞を、ここに記載したＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２生産のための発
現又はクローニングベクターで形質移入又は形質転換し、プロモーターを誘導し
、形質転換体を選択し、又は所望の配列をコードする遺伝子を増幅するために適
当に改変された常套的栄養培地で培養する。培養条件、例えば培地、温度、ｐＨ
等々は、過度の実験をすることなく当業者が選ぶことができる。一般に、細胞培
養の生産性を最大にするための原理、プロトコール、及び実用技術は、Mammalia
n Cell Biotechnology: a Practical Approach, M. Butler編 (IRL Press, 1991
)及びSambrook等, 上掲に見出すことができる。 原核細胞形質移入及び真核細胞形質移入の方法、例えば、ＣａＣｌ２、ＣａＰ
Ｏ４、リポソーム媒介及びエレクトロポレーションが当業者に知られている。用
いられる宿主細胞に応じて、その細胞に対して適した標準的な方法を用いて形質
転換はなされる。一般に上掲のSambrook等に記載された塩化カルシウムを用いる
カルシウム処理又はエレクトロポレーションが、原核生物に対して用いられる。
アグロバクテリウム・トゥメファシエンスによる感染が、Shaw等, Gene, 23:315
(1983)及び1989年6月29日公開のWO 89/05859に記載されているように、或る種
の植物細胞の形質転換に用いられる。このような細胞壁のない哺乳動物細胞に対
しては、Graham及びvan der Eb, Virology, 52:456-457 (1978)のリン酸カルシ
ウム沈降法を使用することができる。哺乳動物細胞の宿主系形質転換の一般的な
態様は米国特許第4,399,216号に記載されている。酵母菌中への形質転換は、典
型的には、Van Solingen等, J. Bact., 130:946 (1977)及びHsiao等, Proc. Nat
l. Acad. Sci. (USA), 76:3829 (1979)の方法に従って実施される。しかしなが
ら、ＤＮＡを細胞中に導入する他の方法、例えば、核マイクロインジェクション
、エレクトロポレーション、無傷の細胞、又はポリカチオン、例えばポリブレン
、ポリオルニチン等を用いる細菌プロトプラスト融合法もまた用いることもでき
る。哺乳動物細胞を形質転換するための種々の技術については、Keown等, Metho
ds in Enzymology, 185:527-537 (1990)及び Mansour等, Nature, 336:348-352
(1988)を参照のこと。
【００９２】 ここに記載のベクターにおいてＤＮＡをクローン化あるいは発現するために適
切な宿主細胞は、原核生物、酵母菌、又は高等真核細胞である。適切な原核生物
は、限定するものではないが、真正細菌、例えばグラム陰性又はグラム陽性生物
体、例えば大腸菌のような腸内細菌科を含む。種々の大腸菌株、例えば、大腸菌
Ｋ１２株ＭＭ２９４（ATCC31,446）；大腸菌Ｘ１７７６（ATCC31,537）；大腸菌
株Ｗ３１１０（ATCC27,325）及び大腸菌Ｋ５７７２（ATCC53,635）が公衆に利用
可能である。他の適した原核生物宿主細胞は、例えば、大腸菌(Escherichia)、
例えば大腸菌(E. coli)、エンテロバクター、エルウィニア(Erwinia)、クレブシ
エラ、プロテウス、サルモネラ、例えばネズミチフス菌、セラチア、例えば霊菌
、及び赤痢菌等の腸内細菌科、並びに枯草菌及びビー・リシェニフォルミス(B.
licheniformis)等の桿菌（例えば、1989年4月12日に発行されたDD266,710に開示
されたビー・リシェニフォルミス４１Ｐ）、緑膿菌等のシュードモナス、及びス
トレプトマイセスである。これらの例は例示的であり限定するものではない。大
腸菌株Ｗ３１１０は、組み換えＤＮＡ生産発酵の共通の宿主株であるので好まし
い宿主又は親宿主である。好ましくは、宿主細胞は最小量のタンパク質分解酵素
を分泌する。例えば、株Ｗ３１１０は宿主に内因性のタンパク質をコードする遺
伝子において遺伝子変異をもたらすために修飾してもよく、そのような宿主の例
は、完全な遺伝子型ｔｏｎＡを有する大腸菌Ｗ３１１０株１Ａ２；完全な遺伝子
型ｔｏｎＡ ｐｔｒ３を有する大腸菌Ｗ３１１０株９Ｅ４；完全な遺伝子型ｔｏ
ｎＡ ｐｔｒ３ ｐｈｏＡ Ｅ１５（ａｒｇＦ-ｌａｃ）１６９ ｄｅｇＰ ｏｍｐＴ
ｋａｎｒを有する大腸菌Ｗ３１１０株２７Ｃ７(ATCC 55,244)；完全な遺伝子型
ｔｏｎＡ ｐｔｒ３ ｐｈｏＡ Ｅ１５（ａｒｇＦ-ｌａｃ）１６９ ｄｅｇＰ ｏｍ
ｐＴ ｋａｎｒを有する大腸菌Ｗ３１１０株３７Ｄ６；株３７Ｄ６の非カナマイ
シン耐性ｄｅｇＰ欠失変異体である大腸菌Ｗ３１１０株４０Ｂ４；及び1990年8
月7日に発行された米国特許第4,946,783号に記載された変異体周辺質プロテアー
ゼを有する大腸菌株を含む。あるいは、インビトロのクローニング法、例えばＰ
ＣＲ又は他の核酸ポリメラーゼ反応が適している。
【００９３】 原核生物に加えて、糸状菌又は酵母菌のような真核微生物は、ＰＲＯ３８１-
、ＰＲＯ１２６９-、ＰＲＯ１４１０-、ＰＲＯ１７５５-、ＰＲＯ１７８０-、Ｐ
ＲＯ１７８８-、ＰＲＯ３４３４-、ＰＲＯ１９２７-、ＰＲＯ３５６７-、ＰＲＯ
１２９５-、ＰＲＯ１２９３-、ＰＲＯ１３０３-、ＰＲＯ４３４４-、ＰＲＯ４３
５４-、ＰＲＯ４３９７-、ＰＲＯ４４０７-、ＰＲＯ１５５５-、ＰＲＯ１０９６
-、ＰＲＯ２０３８-又はＰＲＯ２２６２-コード化ベクターのための適切なクロ
ーン化又は発現宿主である。サッカロミセス・セレヴィシアは、通常用いられる
下等真核生物宿主微生物である。他に、シゾサッカロミセスポンベ(Schizosacch
aromyces prombe)（Beach及びNurse, Nature, 290: 140 [1981]; 1985年5月2日
発行のEP 139,383）；クルベロミセスホスツ(Kluveromyces hosts)（米国特許第
4,943,529号; Fleer等, Bio/Technology, 9: 968-975 (1991)）、例えばケーラ
クチス(K. lactis)（MW98-8C, CBS683, CBS4574; Louvencourt等, J. Bacteriol
. 737 [1983]）、ケーフラギリス(K. fragilis)（ATCC 12,424）、ケーブルガリ
クス(K. bulgaricus)（ATCC 16,045）、ケーウィケラミイ(K. wickeramii)（ATC
C 24,178）、ケーワルチイ(K. waltii)（ATCC 56,500）、ケードロソフィラルム
(K. drosophilarum)（ATCC 36,906; Vanden Berg等, Bio/Technology, 8: 135 (
1990)）、ケーテモトレランス(K. themotolerans)及びケーマルキシアナス(K. m
arxianus)；ヤロウィア(yarrowia)（EP 402,226）；ピッチャパストリス(Pichia
pastoris)（EP 183,070; Sreekrishna等, J. Basic Microbiol, 28: 265-278 [
1988]）；カンジダ；トリコデルマレーシア(reesia)（EP 244,234）；アカパン
カビ（Case等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 76: 5259-5263 [1979]）；シュワ
ニオマイセス(Schwanniomyces)、例えばシュワニオマイセスオクシデンタリス(o
ccidentalis)（1990年10月31日発行のEP 394,538）；及び糸状真菌、例えば、ニ
ューロスポラ、ペニシリウム、トリポクラジウム(Tolypocladium)（1991年1月10
日発行のWO 91/00357）；及びコウジ菌宿主、例えば偽巣性コウジ菌（Ballance
等, Biochem. Biophys. Res. Commun., 112: 284-289 [1983]; Tilburn等, Gene
, 26: 205-221 [1983]; Yelton等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81: 1470-147
4 [1984]）及びクロカビ（Kelly及びHynes, EMBO J., 4: 475-479 [1985]）が含
まれる。ここで好ましいメチロトロピック(Methylotropic)酵母は、これらに限
られないが、ハンセヌラ(Hansenula)、カンジダ、クロエケラ(Kloeckera)、ピチ
ア(Pichia)、サッカロミセス、トルロプシス(Torulopsis)、及びロドトルラ(Rho
dotorula)からなる属から選択されるメタノールで成長可能な酵母を含む。この
酵母の分類の例示である特定の種のリストは、C. Anthony, The Biochemistry o
f Methylotrophs, 269 (1982)に記載されている。 グリコシル化されたＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の発現に適切な宿主細胞
は、多細胞生物から誘導される。無細胞の例としては、ショウジョウバエＳ２及
びスポドスペラＳｆ９等の昆虫細胞並びに植物細胞が含まれる。有用な哺乳動物
宿主細胞系の例は、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）及びＣＯＳ細胞を含
む。より詳細な例は、ＳＶ４０によって形質転換されたサル腎臓ＣＶ１株 (COS-
7, ATCC CRL 1651);ヒト胚腎臓株（293又は懸濁培養での増殖のためにサブクロ
ーン化された293細胞、Graham等, J. Gen Virol., 36:59 (1977)）;チャイニー
ズハムスター卵巣細胞／-ＤＨＦＲ(CHO), （Urlaub及びChasin, Proc. Natl. Ac
ad. Sci. USA, 77:4216 (1980)）；マウスのセルトリ細胞（TM4, Mather, Biol.
Reprod., 23:243-251 (1980)）；ヒト肺細胞 (W138, ATCC CCL 75)；ヒト肝細
胞 (Hep G2, HB 8065)；及びマウス乳房腫瘍細胞 (MMT 060562, ATTC CCL51)を
含む。適切な宿主細胞の選択は、この分野の技術常識内にある。
【００９４】 ｃ．複製可能なベクターの選択及び使用 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７
８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、Ｐ
ＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３
５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、Ｐ
ＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２をコードする核酸(例えば、ｃＤＮＡ又はゲノ
ムＤＮＡ)は、クローニング(ＤＮＡの増幅)又は発現のために複製可能なベクタ
ー内に挿入される。様々なベクターが公的に入手可能である。ベクターは、例え
ば、プラスミド、コスミド、ウイルス粒子、又はファージの形態とすることがで
きる。適切な核酸配列が、種々の手法によってベクターに挿入される。一般に、
ＤＮＡはこの分野で周知の技術を用いて適当な制限エンドヌクレアーゼ部位に挿
入される。ベクター成分としては、一般に、これらに制限されるものではないが
、一又は複数のシグナル配列、複製開始点、一又は複数のマーカー遺伝子、エン
ハンサーエレメント、プロモーター、及び転写終結配列を含む。これらの成分の
一又は複数を含む適当なベクターの作成には、当業者に知られた標準的なライゲ
ーション技術を用いる。 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２は直接組換え的に生産されるだけではなく、
シグナル配列あるいは成熟タンパク質あるいはポリペプチドのＮ末端に特異的切
断部位を有する他のポリペプチドである異種性ポリペプチドとの融合ペプチドと
しても生産される。一般に、シグナル配列はベクターの成分であるか、ベクター
に挿入されるＰＲＯ３８１-、ＰＲＯ１２６９-、ＰＲＯ１４１０-、ＰＲＯ１７
５５-、ＰＲＯ１７８０-、ＰＲＯ１７８８-、ＰＲＯ３４３４-、ＰＲＯ１９２７
-、ＰＲＯ３５６７-、ＰＲＯ１２９５-、ＰＲＯ１２９３-、ＰＲＯ１３０３-、
ＰＲＯ４３４４-、ＰＲＯ４３５４-、ＰＲＯ４３９７-、ＰＲＯ４４０７-、ＰＲ
Ｏ１５５５-、ＰＲＯ１０９６-、ＰＲＯ２０３８-又はＰＲＯ２２６２-コード化
ＤＮＡの一部である。シグナル配列は、例えばアルカリホスファターゼ、ペニシ
リナーゼ、ｌｐｐあるいは熱安定なエンテロトキシンIIリーダーの群から選択さ
れる原核生物シグナル配列であってよい。酵母の分泌に関しては、シグナル配列
は、例えば酵母インベルターゼリーダー、アルファ因子リーダー(酵母菌属(Sacc
haromyces)及びクルイベロマイシス(Kluyveromyces)α因子リーダーを含み、後
者は米国特許第5,010,182号に記載されている)、又は酸ホスフォターゼリーダー
、白体(C.albicans)グルコアミラーゼリーダー(1990年4月4日発行のEP 362,179)
、又は1990年11月15日に公開された国際特許出願第WO 90/13646号に記載されて
いるシグナルであり得る。哺乳動物細胞の発現においては、同一あるいは関連す
る種の分泌ポリペプチド由来のシグナル配列、並びにウイルス分泌リーダーのよ
うな他の哺乳動物のシグナル配列をタンパク質の直接分泌に使用してもよい。
【００９５】 発現及びクローニングベクターは共に一又は複数の選択された宿主細胞におい
てベクターの複製を可能にする核酸配列を含む。そのような配列は多くの細菌、
酵母菌及びウイルスに対してよく知られている。プラスミドｐＢＲ３２２に由来
する複製開始点は大部分のグラム陰性細菌に好適であり、２μプラスミド開始点
は酵母菌に適しており、様々なウイルス開始点(ＳＶ４０、ポリオーマ、アデノ
ウイルス、ＶＳＶ又はＢＰＶ)は哺乳動物細胞におけるクローニングベクターに
有用である。 発現及びクローニングベクターは、典型的には、選べるマーカーとも称される
選択遺伝子を含む。典型的な選択遺伝子は、(a)アンピシリン、ネオマイシン、
メトトレキセートあるいはテトラサイクリンのような抗生物質あるいは他の毒素
に耐性を与え、(b)栄養要求性欠陥を補い、又は(c)例えばバシリに対する遺伝子
コードＤ-アラニンラセマーゼのような、複合培地から得られない重要な栄養素
を供給するタンパク質をコードする。 哺乳動物細胞に適切な選べるマーカーの他の例は、ＤＨＦＲあるいはチミジン
キナーゼのように、ＰＲＯ３８１-、ＰＲＯ１２６９-、ＰＲＯ１４１０-、ＰＲ
Ｏ１７５５-、ＰＲＯ１７８０-、ＰＲＯ１７８８-、ＰＲＯ３４３４-、ＰＲＯ１
９２７-、ＰＲＯ３５６７-、ＰＲＯ１２９５-、ＰＲＯ１２９３-、ＰＲＯ１３０
３-、ＰＲＯ４３４４-、ＰＲＯ４３５４-、ＰＲＯ４３９７-、ＰＲＯ４４０７-
、ＰＲＯ１５５５-、ＰＲＯ１０９６-、ＰＲＯ２０３８-又はＰＲＯ２２６２-コ
ード化核酸を取り込むことのできる細胞の同定を可能にするものである。野生型
ＤＨＦＲを用いた場合の好適な宿主細胞は、Urlaub 等により, Proc. Natl. Aca
d. Sci. USA, 77:4216 (1980)に記載されているようにして調製され増殖維持さ
れたＤＨＦＲ活性に欠陥のあるＣＨＯ細胞系である。酵母菌中での使用に好適な
選択遺伝子は酵母菌プラスミドＹＲｐ７に存在するｔｒｐ１遺伝子である［Stin
chcomb等, Nature, 282：39(1979)；Kingman等, Gene, 7：141(1979)；Tschempe
r等, Gene, 10：157(1980)］。ｔｒｐ１遺伝子は、例えば、ＡＴＣＣ第４４０７
６号あるいはＰＥＰ４-１のようなトリプトファン内で成長する能力を欠く酵母
菌の突然変異株に対する選択マーカーを提供する［Jones, Genetics, 85:12 (19
77)］。
【００９６】 発現及びクローニングベクターは、通常、ＰＲＯ３８１-、ＰＲＯ１２６９-、
ＰＲＯ１４１０-、ＰＲＯ１７５５-、ＰＲＯ１７８０-、ＰＲＯ１７８８-、ＰＲ
Ｏ３４３４-、ＰＲＯ１９２７-、ＰＲＯ３５６７-、ＰＲＯ１２９５-、ＰＲＯ１
２９３-、ＰＲＯ１３０３-、ＰＲＯ４３４４-、ＰＲＯ４３５４-、ＰＲＯ４３９
７-、ＰＲＯ４４０７-、ＰＲＯ１５５５-、ＰＲＯ１０９６-、ＰＲＯ２０３８-
又はＰＲＯ２２６２コード化核酸配列に作用可能に結合し、ｍＲＮＡ合成を制御
するプロモーターを含む。種々の可能な宿主細胞により認識される好適なプロモ
ーターが知られている。原核生物宿主での使用に好適なプロモーターはβ-ラク
タマーゼ及びラクトースプロモーター系［Cahng等, Nature, 275:615 (1978)；
Goeddel等, Nature, 281:544 (1979)］、アルカリホスファターゼ、トリプトフ
ァン(trp)プロモーター系［Goeddel, Nucleic Acids Res., 8:4057 (1980); EP
36,776］、及びハイブリッドプロモーター、例えばｔａｃプロモーター［deBoer
等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 80:21-25 (1983)］を含む。細菌系で使用す
るプロモータもまたＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２をコードするＤＮＡと作用
可能に結合したシャイン・ダルガーノ(S.D.)配列を有する。 酵母菌宿主と共に用いて好適なプロモーター配列の例としては、３-ホスホグ
リセラートキナーゼ［Hitzeman 等, J. Biol. Chem., 255:2073 (1980)］又は他
の糖分解酵素［Hess 等, J. Adv. Enzyme Reg., 7:149 (1968)；Holland, Bioch
emistry, 17：4900(1978)］、例えばエノラーゼ、グリセルアルデヒド-３-リン
酸デヒドロゲナーゼ、ヘキソキナーゼ、ピルビン酸デカルボキシラーゼ、ホスホ
フルクトキナーゼ、グルコース-６-リン酸イソメラーゼ、３-ホスホグリセレー
トムターゼ、ピルビン酸キナーゼ、トリオセリン酸イソメラーゼ、ホスホグルコ
ースイソメラーゼ、及びグルコキナーゼが含まれる。
【００９７】 他の酵母菌プロモーターとしては、成長条件によって転写が制御される付加的
効果を有する誘導可能なプロモーターであり、アルコールデヒドロゲナーゼ２、
イソチトクロムＣ、酸ホスファターゼ、窒素代謝と関連する分解性酵素、メタロ
チオネイン、グリセルアルデヒド-３-リン酸デヒドロゲナーゼ、及びマルトース
及びガラクトースの利用を支配する酵素のプロモーター領域がある。酵母菌での
発現に好適に用いられるベクターとプロモータはEP 73,657に更に記載されてい
る。 哺乳動物の宿主細胞におけるベクターからのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、
ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３
４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、
ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４
４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２
転写は、例えば、ポリオーマウィルス、伝染性上皮腫ウィルス(1989年7月5日公
開のUK 2,211,504)、アデノウィルス(例えばアデノウィルス２)、ウシ乳頭腫ウ
ィルス、トリ肉腫ウィルス、サイトメガロウィルス、レトロウィルス、Ｂ型肝炎
ウィルス及びサルウィルス４０(SV40)のようなウィルスのゲノムから得られるプ
ロモーター、異種性哺乳動物から得られるプロモーター、例えばアクチンプロモ
ーター又は免疫グロブリンプロモーター、及び熱衝撃プロモーターから得られる
プロモーターによって、このようなプロモーターが宿主細胞系に適合し得る限り
制御される。
【００９８】 より高等の真核生物によるＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２をコードするＤＮ
Ａの転写は、ベクター中にエンハンサー配列を挿入することによって増強され得
る。エンハンサーは、通常は約１０から３００塩基対で、プロモーターに作用し
てその転写を増強するＤＮＡのシス作動性因子である。哺乳動物遺伝子由来の多
くのエンハンサー配列が現在知られている(グロビン、エラスターゼ、アルブミ
ン、α-フェトプロテイン及びインスリン)。しかしながら、典型的には、真核細
胞ウィルス由来のエンハンサーが用いられるであろう。例としては、複製起点の
後期側のＳＶ４０エンハンサー(１００−２７０塩基対)、サイトメガロウィルス
初期プロモーターエンハンサー、複製起点の後期側のポリオーマエンハンサー及
びアデノウィルスエンハンサーが含まれる。エンハンサーは、ＰＲＯ３８１、Ｐ
ＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７
８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、Ｐ
ＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３
９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又は
ＰＲＯ２２６２コード化配列の５'又は３'位でベクター中にスプライシングされ
得るが、好ましくはプロモーターから５'位に位置している。 また真核生物宿主細胞(酵母菌、真菌、昆虫、植物、動物、ヒト、又は他の多
細胞生物由来の有核細胞)に用いられる発現ベクターは、転写の終結及びｍＲＮ
Ａの安定化に必要な配列も含む。このような配列は、真核生物又はウィルスのＤ
ＮＡ又はｃＤＮＡの通常は５'、ときには３'の非翻訳領域から取得できる。これ
らの領域は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５
、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ
３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４
、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ
１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２をコードするｍＲＮＡの非翻訳部
分にポリアデニル化断片として転写されるヌクレオチドセグメントを含む。 組換え細胞培養でのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の合成に適応化するのに
適切なさらに他の方法、ベクター及び宿主細胞は、Gething等, Nature, 293:620
-625 (1981); Mantei等, Nature, 281:40-46 (1979); EP 117,060; 及びEP 117,
058に記載されている。
【００９９】 ｄ．遺伝子増幅／発現の検出 遺伝子の増幅及び/又は発現は、ここで提供された配列に基づき、適切に標識
されたプローブを用い、例えば、従来よりのサザンブロット法、ｍＲＮＡの転写
を定量化するノーザンブロット法［Thomas, Proc. Natl. Acad. Sci. USA,77:52
01-5205 (1980)］、ドットブロット法(ＤＮＡ分析)、又はインサイツハイブリッ
ド形成法によって、直接的に試料中で測定することができる。あるいは、ＤＮＡ
二本鎖、ＲＮＡ二本鎖及びＤＮＡ-ＲＮＡハイブリッド二本鎖又はＤＮＡ-タンパ
ク二本鎖を含む、特異的二本鎖を認識することができる抗体を用いることもでき
る。次いで、抗体を標識し、アッセイを実施することができ、ここで二本鎖は表
面に結合しており、その結果二本鎖の表面での形成の時点でその二本鎖に結合し
た抗体の存在を検出することができる。 あるいは、遺伝子の発現は、遺伝子産物の発現を直接的に定量する免疫学的な
方法、例えば細胞又は組織切片の免疫組織化学的染色及び細胞培養又は体液のア
ッセイによって、測定することもできる。試料液の免疫組織化学的染色又はアッ
セイに有用な抗体は、モノクローナルでもポリクローナルでもよく、任意の哺乳
動物で調製することができる。簡便には、抗体は、天然配列ＰＲＯ３８１、ＰＲ
Ｏ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８
８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲ
Ｏ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９
７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰ
ＲＯ２２６２ポリペプチドに対して、又はここで提供されるＤＮＡ配列をベース
とした合成ペプチドに対して、又はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４
１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、Ｐ
ＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３
０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、Ｐ
ＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ＤＮＡに融
合し特異的抗体エピトープをコードする外因性配列に対して調製され得る。
【０１００】 ｅ．ポリペプチドの精製 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の形態は、培地又は宿主細胞の溶解液から回
収することができる。膜結合性であるならば、適切な洗浄液(例えばトリトン-X1
00)又は酵素的切断を用いて膜から引き離すことができる。ＰＲＯ３８１、ＰＲ
Ｏ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８
８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲ
Ｏ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９
７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰ
ＲＯ２２６２の発現に用いられる細胞は、凍結融解サイクル、超音波処理、機械
的破壊、又は細胞溶解剤などの種々の化学的又は物理的手段によって破壊するこ
とができる。 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２を、組換え細胞タンパク又はポリペプチドか
ら精製することが望ましい。適切な精製手順の例である次の手順により精製され
る：すなわち、イオン交換カラムでの分画；エタノール沈殿；逆相ＨＰＬＣ；シ
リカ又はカチオン交換樹脂、例えばＤＥＡＥによるクロマトグラフィー；クロマ
トフォーカシング；ＳＤＳ-ＰＡＧＥ；硫酸アンモニウム沈殿；例えばセファデ
ックスＧ-７５を用いるゲル濾過;ＩｇＧのような狭雑物を除くプロテインＡセフ
ァロースカラム；及びＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２のエピトープタグ形態を
結合させる金属キレート化カラムである。この分野で知られ、例えば、Deutcher
, Methods in Enzymology, 182 (1990)；Scopes, Protein Purification: Princ
iples and Practice, Springer-Verlag, New York (1982)に記載された多くのタ
ンパク質精製方法を用いることができる。選ばれる精製過程は、例えば、用いら
れる産生方法及び特に産生されるＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１
０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲ
Ｏ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０
３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲ
Ｏ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の性質に依存
する。
【０１０１】 Ｅ．ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲ
Ｏ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６
７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲ
Ｏ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９
６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドをコードする遺伝子の腫瘍
組織及び細胞系での増幅 この発明は或る種の癌細胞で増幅される遺伝子の同定及び特徴付けに基づいて
いる。 原核生物及び真核生物ゲノムに２つの見掛け上は矛盾する要件が課されている
。一方は、遺伝情報としてのＤＮＡのその最初の形態での保存及び繁殖であり、
複数の世代を通して安定な遺伝を確保する。他方では、細胞又は生物は、永続す
る環境変化に対して適用しなければならない。適応メカニズムは遺伝子物質の質
的又は量的改変を含みうる。質的改変は、コード化配列が変化して構造的及び／
又は機能的に異なるタンパク質を生ずるＤＮＡ変異を含む。遺伝子増幅は量的改
変であり、それにより実際の完全なコード化配列、即ち遺伝子の数が増加し、転
写に利用できるテンプレート数の増加、翻訳可能な転写物の数の増加、及び最終
的には増幅された遺伝子にコードされるタンパク質の量の増加をもたらす。 遺伝子増幅の現象及びそこに存在するメカニズムは、幾つかの原核及び真核生
物細胞培養系でインビトロ実験されている。遺伝子増幅の最も特徴づけられた例
は、種々の濃度の細胞毒性薬メトトレキセート（ＭＴＸ）を含有する培地での真
核細胞の培養を含む。ＭＴＸは葉酸類似物であり酵素デヒドロフォレートレダク
ターゼ（ＤＨＦＲ）のブロックによりＤＮＡ合成を妨害する。低濃度のＭＴＸに
最初に曝露すると殆どの細胞（＞99.9%）が死亡する。少量の細胞は生き残り、
多量のＤＨＦＲ-ＲＮＡ及びタンパク質を生産することによりＭＴＸ濃度を増加
させても成長できる。この過剰生産の基礎は単一のＤＨＦＲ遺伝子の増幅である
。遺伝子のさらなるコピーは、小さく過剰な染色体（二重微小）の形態で染色体
外コピーとして、又は一体化染色体コピーとして見られる。
【０１０２】 遺伝子増幅は、細胞毒性薬（細菌に対する抗生物質及び真核生物に対する化学
治療薬）への耐性の進行及び腫瘍形成性形質転換において最も普通に起こる。自
発的事象としての又はウイルス又は化学／環境侵襲による真核生物の形質転換は
典型的にその細胞の遺伝物質における変化を伴う。ヒト悪性腫瘍で観察される最
も通常の遺伝的変化の１つはｐ５３タンパク質の突然変異である。ｐ５３は、静
止期（Ｇ１）から複製期（Ｓ）への細胞の移行を制御し、ＤＮＡ損傷の存在下で
この移行を阻害する。言い換えれば、ｐ５３変異不全の主な結果の一つは、ＤＮ
Ａ損傷の蓄積及び遺伝、即ち遺伝的変化である。腫瘍形成細胞における遺伝的変
化の通常の型は、点変異に加えて、増幅及び全体的、構造的変化、例えば転座で
ある。 ＤＮＡ配列の増幅は、ＤＨＦＲ実験系で例示したように特定の機能的要件を示
す。従って、悪性におけるある種のオンコジーンの増幅は悪性形質転換及び形質
転換フェノタイプの維持のプロセスにおけるこれらの遺伝子の原因となる役割を
示す。この仮説が最近の研究で支持されている。例えば、ｂｃｌ-２タンパク質
はある型の非ホジキンリンパ腫において増幅されることが見いだされた。このタ
ンパク質はアポトーシスを阻害して腫瘍形成細胞の蓄積を進行させる。成長因子
レセプターの遺伝子ファミリのメンバーが種々の型の癌で増幅されることが見い
だされ、これらのレセプターの過剰発現が、腫瘍細胞の制限された量の利用可能
な成長因子に対する感受性を低下させる。例としては、アンドロゲン欠乏治療の
間の再発前立腺癌におけるアンドロゲンレセプターの増幅、及び乳癌における成
長因子レセプター相同体ＥＲＢ２の増幅を含む。最近、細胞間シグナル伝達及び
細胞周期進行の制御に関係する遺伝子が悪性形質転換の間に増幅を受けうる。こ
れは、種々の上皮及びリンパ腫瘍形成におけるｂｃｌ-Ｉ及びｒａｓ遺伝子の増
幅によって例示される。
【０１０３】 これらの初期の研究は、これらの方法が悪性形質転換に重要な遺伝子の同定が
可能であるため、腫瘍形成において増幅されたＤＮＡ配列の同定の可能性を示す
。ＥＲＢ２の場合も、形質転換タンパク質が腫瘍治療のための新規で特異的な標
的を示すので、治療的立場からの可能性を示す。 増幅されたゲノム配列を示すのに幾つかの異なる技術を使用できる。癌細胞か
ら調製した染色体展開の古典的な細胞遺伝学的分析は、転座、欠失及び逆位とい
った全体構造変化を同定するには十分である。増幅ゲノム領域は、それらが高い
コピー数を有する広い領域を含むか染色体外物質として存在する場合にのみ可視
化される。細胞遺伝学は特定の腫瘍形成を持つ特定の染色体変化の一貫した関係
を示すための第１の技術だが、操作可能なＤＮＡ配列の同定及び単離には不十分
である。より最近に開発された技術の競合ゲノムハイブリッド形成（ＣＧＨ）は
腫瘍形成におけるゲノム増幅の広範な現象を例示する。腫瘍及び正常ＤＮＡは正
常細胞の分裂中期に同時にハイブリッド形成し、腫瘍に高頻度で存在するＤＮＡ
配列についての画像分析で全ゲノムをスクリーニングする（WO 93/18,186; Gray
等, Radiation Res. 137: 275-289 [1994]）。スクリーニング法として、このタ
イプの分析は、種々のヒト腫瘍における再発アンプリコン（増幅ＤＮＡの伸展）
の多数を明らかにした。ＣＧＨは古典的細胞遺伝学的分析よりＤＮＡの増幅伸展
の同定において感度が高いが、それは標準的な分子遺伝学技術によりアンプリコ
ン内のコード化配列の迅速な同定及び単離ができない。
【０１０４】 遺伝子増幅の検出に最も感度の良い方法はポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）ベ
ースのアッセイである。これらのアッセイは極めて少量の腫瘍ＤＮＡを出発材料
として用い、精巧で感度が良く、配列決定などの更なる分析に利用できるＤＮＡ
を提供し、高容量スループット分析に適している。 上記のアッセイは相互に排他的ではなく、腫瘍形成における増幅の同定にしば
しば組み合わせて使用される。細胞遺伝学的分析及びＣＧＨは増幅領域の全ゲノ
ムの概観のためのスクリーニング法を代表し、ＰＣＲベースのアッセイはコード
化配列、即ち増幅領域の遺伝子を最終的に同定するのに最も適している。 本発明により、このような遺伝子は定量的ＰＣＲ（S. Gelmini等, Clin, Chem
. 43: 752 [1997]）により、乳、肺、大腸、前立腺、脳、肝臓、腎臓、膵臓、脾
臓、胸腺、精巣、卵巣、子宮など、腫瘍、又は腫瘍細胞系を含む種々の原発腫瘍
からのＤＮＡを健常ドナーからのプールしたＤＮＡと比較することにより同定さ
れる。定量的ＰＣＲは、TaqＭan装置（ABI）を用いて実施された。遺伝子特異的
プライマー及び蛍光発生プローブは、ＤＮＡのコード化配列に基づいて設計され
る。
【０１０５】 ヒト肺癌細胞系は、Ａ５４９(ＳＲＣＣ７６８)、Ｃａｌｕ-１(ＳＲＣＣ７６９
)、Ｃａｌｕ-６(ＳＲＣＣ７７０)、Ｈ１５７(ＳＲＣＣ７７１)、Ｈ４４１(ＳＲ
ＣＣ７７２)、Ｈ４６０(ＳＲＣＣ７７３)、ＳＫＭＥＳ-１(ＳＲＣＣ７７４)、Ｓ
Ｗ９００(ＳＲＣＣ７７５)、Ｈ５２２(ＳＲＣＣ８３２)、及びＨ８１０(ＳＲＣ
Ｃ８３３)、を含み、全てＡＴＣＣから入手可能である。原発ヒト肺腫瘍細胞は
通常は腺癌、扁平上皮細胞癌、大細胞癌、非-小細胞癌、小細胞癌、及び気管支
肺胞癌から誘導され、例えば、ＳＲＣＣ７２４（「AdenoCa」と略記される腺癌
）（ＬＴ１）、ＳＲＣＣ７２５(「SqCCa」と略記される扁平上皮細胞癌)(ＬＴ１
ａ)、ＳＲＣＣ７２６(腺癌)(ＬＴ２)、ＳＲＣＣ７２７(腺癌)(ＬＴ３)、ＳＲＣ
Ｃ７２８（腺癌）(ＬＴ４)、ＳＲＣＣ７２９(扁平上皮細胞癌)(ＬＴ６)、ＳＲＣ
Ｃ７３０(腺／扁平上皮細胞癌)(ＬＴ７)、ＳＲＣＣ７３１(腺癌)(ＬＴ９)、ＳＲ
ＣＣ７３２（扁平上皮細胞癌）(ＬＴ１０)、ＳＲＣＣ７３３（扁平上皮細胞癌）
(ＬＴ１１)、ＳＲＣＣ７３４(腺癌)(ＬＴ１２)、ＳＲＣＣ７３５(腺／扁平上皮
細胞癌)(ＬＴ１３)、ＳＲＣＣ７３６（扁平上皮細胞癌）(ＬＴ１５)、ＳＲＣＣ
７３７（扁平上皮細胞癌）(ＬＴ１６)、ＳＲＣＣ７３８(扁平上皮細胞癌)(ＬＴ
１７)、ＳＲＣＣ７３９(扁平上皮細胞癌)(ＬＴ１８)、ＳＲＣＣ７４０(扁平上皮
細胞癌)(ＬＴ１９)、ＳＲＣＣ７４１(肺細胞癌、「LCCa」と略記)(ＬＴ２１)、
ＳＲＣＣ８１１(腺癌)(ＬＴ２２)、ＳＲＣＣ８２５（腺癌）（ＬＴ８）、ＳＲＣ
Ｃ８８６（腺癌）（ＬＴ２５）、ＳＲＣＣ８８７(扁平上皮細胞癌)(ＬＴ２６)、
ＳＲＣＣ８８８(腺-BAC癌)(ＬＴ２７)、ＳＲＣＣ８８９（扁平上皮細胞癌）(Ｌ
Ｔ２８)、ＳＲＣＣ８９０（扁平上皮細胞癌）(ＬＴ２９)、ＳＲＣＣ８９１(腺癌
)(ＬＴ３０)、ＳＲＣＣ８９２(扁平上皮細胞癌)(ＬＴ３１)、ＳＲＣＣ８９４（
腺癌）(ＬＴ３３)を含む。また、ＳＲＣＣ１１２５［HF-000631］、ＳＲＣＣ１
１２７［HF-000641］、ＳＲＣＣ１１２９［HF-000643］、ＳＲＣＣ１１３３［HF
-000840］、ＳＲＣＣ１１３５［HF-000842］、ＳＲＣＣ１２２７［HF-001291］
、ＳＲＣＣ１２２９［HF-001293］、ＳＲＣＣ１２３０［HF-001294］、ＳＲＣＣ
１２３１［HF-001295］、ＳＲＣＣ１２３２［HF-001296］、ＳＲＣＣ１２３３［
HF-001297］、ＳＲＣＣ１２３５［HF-001299］、及びＳＲＣＣ１２３６［HF-001
300］と称されるヒト肺腫瘍も含まれる。
【０１０６】 大腸癌細胞系は、例えば、ＡＴＣＣ細胞系ＳＷ４８０(腺癌、ＳＲＣＣ７７６)
、ＳＷ６２０(結腸腺癌のリンパ節転移、ＳＲＣ７７７)、Ｃｏｌｏ３２０(癌、
ＳＲＣＣ７７８)、ＨＴ２９（腺癌、ＳＲＣＣ７７９）、ＨＭ７(ＡＴＣＣ大腸腺
癌細胞系高ムチン産生変異体、ＳＲＣＣ７８０、Robert Warren博士, UCSFから
得た)、ＣａＷｉＤｒ(腺癌、ＳＲＣＣ７８１)、ＨＣＴ１１６(癌、ＳＲＣＣ７８
２)、ＳＫＣＯ１(腺癌、ＳＲＣＣ７８３)、ＳＷ４０３(腺癌、ＳＲＣＣ７８４)
、ＬＳ１７４Ｔ(癌、ＳＲＣＣ７８５)、Ｃｏｌｏ２０５(癌、ＳＲＣＣ８２８)、
ＨＣＴ１５（癌、ＳＲＣＣ８２９）、ＨＣＣ２９９８(癌、ＳＲＣＣ８３０)、及
びＫＭ１２(癌、ＳＲＣＣ８３１)を含む。原発結腸腫瘍は、ＣＴ２(ＳＲＣＣ７
４２)、ＣＴ３(ＳＲＣＣ７４３)、ＣＴ８(ＳＲＣＣ７４４)、ＣＴ１０(ＳＲＣＣ
７４５)、ＣＴ１２(ＳＲＣＣ７４６)、ＣＴ１４(ＳＲＣＣ７４７)、ＣＴ１５(Ｓ
ＲＣＣ７４８)、ＣＴ１６(ＳＲＣＣ７４９)、ＣＴ１７(ＳＲＣＣ７５０)、ＣＴ
１（ＳＲＣＣ７５１）、ＣＴ４(ＳＲＣＣ７５２)、ＣＴ５(ＳＲＣＣ７５３)、Ｃ
Ｔ６(ＳＲＣＣ７５４)、ＣＴ７(ＳＲＣＣ７５５)、ＣＴ９(ＳＲＣＣ７５６)、Ｃ
Ｔ１１(ＳＲＣＣ７５７)、ＣＴ１８(ＳＲＣＣ７５８) 、ＣＴ１９(腺癌、ＳＲＣ
Ｃ９０６)、ＣＴ２０(腺癌、ＳＲＣＣ９０７)、ＣＴ２１(腺癌、ＳＲＣＣ９０８
)、ＣＴ２２(腺癌、ＳＲＣＣ９０９)、ＣＴ２３(腺癌、ＳＲＣＣ９１０)、ＣＴ
２４(腺癌、ＳＲＣＣ９１１)、ＣＴ２５(腺癌、ＳＲＣＣ９１２)、ＣＴ２６(腺
癌、ＳＲＣＣ９１３)、ＣＴ２７(腺癌、ＳＲＣＣ９１４)、ＣＴ２８(腺癌、ＳＲ
ＣＣ９１５)、ＣＴ２９(腺癌、ＳＲＣＣ９１６)、ＣＴ３０(腺癌、ＳＲＣＣ９１
７)、ＣＴ３１(腺癌、ＳＲＣＣ９１８)、ＣＴ３２(腺癌、ＳＲＣＣ９１９)、Ｃ
Ｔ３３(腺癌、ＳＲＣＣ９２０)、ＣＴ３５(腺癌、ＳＲＣＣ９２１)、及びＣＴ３
６(腺癌、ＳＲＣＣ９２２)と称される結腸腺癌を含む。また、ＳＲＣＣ１０５１
［HF-000499］、ＳＲＣＣ１０５２［HF-000539］、ＳＲＣＣ１０５３［HF-00057
5］、ＳＲＣＣ１０５４［HF-000698］、ＳＲＣＣ１１４２［HF-000762］、ＳＲ
ＣＣ１１４４［HF-000789］、ＳＲＣＣ１１４６［HF-000795］及びＳＲＣＣ１１
４８［HF-000811］と称されるヒト結腸腫瘍中心も含まれる。
【０１０７】 ヒト乳癌細胞系は、例えば、ＨＢＬ１００(ＳＲＣＣ７５９)、ＭＢ４３５ｓ(
ＳＲＣＣ７６０)、Ｔ４７Ｄ(ＳＲＣＣ７６１)、ＭＢ４６８(ＳＲＣＣ７６２)、
ＭＢ１７５(ＳＲＣＣ７６３)、ＭＢ３６１(ＳＲＣＣ７６４)、ＢＴ２０(ＳＲＣ
Ｃ７６５)、ＭＣＦ７(ＳＲＣＣ７６６)及びＳＫＢＲ３（ＳＲＣＣ７６７）、及
びＳＲＣＣ１０５７［HF-000545］と称されるヒト乳房腫瘍中心を含む。また、
ＳＲＣＣ１０９４、ＳＲＣＣ１０９５、ＳＲＣＣ１０９６、ＳＲＣＣ１０９７、
ＳＲＣＣ１０９８、ＳＲＣＣ１０９９、ＳＲＣＣ１１００及びＳＲＣＣ１１０１
と称されるヒト乳房腫瘍、及びＳＲＣ８９３［ＬＴ３２］と称されるヒト乳房-m
et-肺-ＮＳ腫瘍も含まれる。 ヒト腎臓腫瘍中心は、ＳＲＣＣ９８９［HF-000611］及びＳＲＣＣ１０１４［H
F-000613］を含む。 ヒト精巣腫瘍中心はＳＲＣＣ１００１［HF-000733］そして精巣腫瘍辺縁はＳ
ＲＣＣ９９９［HF-000716］を含む。 ヒト副甲状腺腫瘍はＳＲＣＣ１００２［HF-000831］及びＳＲＣＣ１００３［H
F-000832］を含む。
【０１０８】 Ｆ．組織分布 ここでの遺伝子増幅アッセイの結果は、種々のヒト組織でのｍＲＮＡ発現の測
定などのさらなる実験により確認できる。 上記したように、種々の組織における遺伝子増幅及び／又は遺伝子発現は、ｍ
ＲＮＡの転写の定量化のための従来のサザンブロット、ノーザンブロット（Thom
as, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 77: 5201-5205 [1980]）、ドットブロット（
ＤＮＡ分析）、又はインサイツハイブリッド形成により、ここに提供する配列に
もとづいて適切な標識プローブを用いて測定できる。あるいは、ＤＮＡ二重鎖、
ＲＮＡ二重鎖、及びＤＮＡ-ＲＮＡハイブリッド二重鎖又はＤＮＡ-タンパク質二
重鎖を含む特定の二重鎖を認識する抗体を用いてもよい。 あるいは、種々の組織における遺伝子発現は、遺伝子産物を直接定量化するた
めの、細胞培地又は体液のアッセイ及び組織断片の免疫組織化学的染色などの免
疫的方法によっても測定できる。免疫組織化学的染色及び／又は試料液のアッセ
イに有用な抗体は、モノクローナルでもポリクローナルでもよく、任意の哺乳動
物から調製される。便利には、抗体はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１
４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、
ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１
３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、
ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプ
チドに対して、又はここに提供するＤＮＡ配列に基づく合成ペプチドに対して、
又はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ
１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７
、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ
４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６
、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ＤＮＡに融合し特異的抗体エピトープをコ
ードする細胞外配列に対して調製される。抗体を生成する一般的技術、及びノー
ザンブロット及びインサイツハイブリッド形成の特定のプロトコールは以下に提
供する。
【０１０９】 Ｇ．染色体マッピング 与えられた遺伝子の増幅が機能的に関連する場合は、その遺伝子は、腫瘍生存
に重要でない隣接ゲノム領域より多く増幅すべきである。これを試験するために
、例えば放射性ハイブリッド分析により、遺伝子を特定染色体にマッピングでき
る。次いで、増幅レベルを特定した位置及び隣接ゲノム領域において測定する。
遺伝子がマッピングされたゲノム領域での選択的又は優先的増幅は、観察された
遺伝子増幅が腫瘍成長又は生存を促進する可能性と一致する。染色体マッピング
はフレームワーク及びエピセンターマッピングの両方を含む。さらなる詳細は、
例えば、Stewart等, Genome Research 7, 422-433 (1997)を参照。
【０１１０】 Ｈ．抗体結合実験 遺伝子増幅実験の結果は、腫瘍（癌）細胞上でのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６
９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲ
Ｏ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９
３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲ
Ｏ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２
６２ポリペプチドの発現を阻害する抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗
−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７
８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−Ｐ
ＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４
、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ
１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗
体の能力が試験される抗体結合実験によって更に確認できる。例示的な抗体は、
ポリクローナル、モノクローナル、ヒト化、二重特異性、及びへテロ抱合体抗体
を含み、その調製は以下に記載する。 抗体結合実験は、競合的結合アッセイ、直接及び間接サンドウィッチアッセイ
、及び免疫沈降アッセイなどの既知のアッセイ法で実施してよい。Zola, Monocl
onal Antibodies: A Manual of Techniques, pp.147-158 (CRC Press, Inc., 19
87)。
【０１１１】 競合的結合アッセイは、標識標準物の、限られた量の抗体との結合について試
験分析物と競合する能力による。試験試料中の（腫瘍細胞で増幅された遺伝子に
コードされる）標的タンパク質の量は、抗体に結合し始める標準物の量に逆比例
する。結合し始める標準物の量の測定を促進するために、抗体は好ましくは競合
の前又は後に固定化し、抗体に結合した標準品及び分析物が未結合で残っている
標準物及び分析物から容易に分離できるようにする。 サンドウィッチアッセイは２つの抗体の使用を含み、各々が検出すべきタンパ
ク質の異なる免疫原部分、又はエピトープに結合できる。サンドウィッチアッセ
イにおいて試験試料分析物は固体支持体上に固定化された第１の抗体に結合し、
その後第２の抗体が分析物に結合し、よって不溶性の３成分複合体が形成される
。例えば米国特許第4,376,110号参照。第２の抗体は検出可能部分で標識され（
直接サンドウィッチアッセイ）、あるいは検出可能部分で標識された抗-免疫グ
ロブリン抗体を用いて測定してもよい（間接サンドウィッチアッセイ）。例えば
、サンドウィッチアッセイの一形態はＥＬＩＳＡアッセイであり、この場合の検
出可能部分は酵素である。 免疫組織化学のために、腫瘍試料は新鮮でも凍結したものでもよく、パラフィ
ンに包埋して、例えばホルマリン等の保存剤で固定してもよい。
【０１１２】 Ｉ．細胞ベースの腫瘍アッセイ 細胞ベースアッセイ及び腫瘍（例えば、癌）の動物モデルを用いて、遺伝子増
幅アッセイの知見を確認し、ここでの遺伝子増幅と腫瘍形成細胞成長の進行及び
病理との関係をさらに理解することができる。ここで同定された遺伝子産物の腫
瘍又は癌の進行及び病理における役割は、ここで遺伝子を増幅すると同定された
原発腫瘍細胞又は細胞系を用いて試験することができる。このような細胞は、例
えば、上記した乳房、大腸及び肺癌細胞及び細胞系を含む。 異なる方法では、特定の腫瘍に含まれることが知られた細胞型の細胞をここの
ｃＤＮＡで形質移入し、これらのｃＤＮＡの過剰成長誘発能力を分析する。適当
な細胞は、例えば、Ｂ１０４-1-１細胞株（ｎｅｕプロトオンコジーンで形質移
入された安定なＮＩＨ-３Ｔ３細胞系）及びｒａｓ-形質移入ＮＩＨ-３Ｔ３細胞
等の安定な腫瘍細胞系を含み、これらは所望の遺伝子で形質移入し、そして腫瘍
形成的成長を観察できる。このような形質移入細胞系は、次いで、形質転換細胞
の成長に対する細胞分裂停止又は細胞毒性活性の発揮により、又は抗体依存性細
胞性細胞毒性（ＡＤＣＣ）の媒介により、ポリ−又はモノクローナル抗体又は抗
体組成物の腫瘍形成細胞成長を阻害する能力を試験するのに使用できる。ここに
同定した遺伝子のコード化配列で形質移入した細胞は、さらに、癌治療用の候補
薬の同定に使用できる。 さらに、（下記のような）トランスジェニック動物の腫瘍に由来する初代培養
は、ここでの細胞ベースアッセイに使用できるが、安定な細胞系が好ましい。ト
ランスジェニック動物から連続細胞系を誘導する技術はこの分野で良く知られて
いる（Small等, Mol. Cell. Biol. 5: 642-648 [1985]参照）。
【０１１３】 Ｊ．動物モデル 種々の良く知られた動物モデルは、腫瘍の進行及び原因に関しここで同定され
た遺伝子の役割を更に理解するために利用でき、さらに抗体、及び小分子アゴニ
ストを含む天然ポリペプチドの他のアゴニストを含む候補治療薬の有効性を試験
するために使用することができる。これらのモデルのインビボ性質により、特に
ヒト患者における反応を予測できる。腫瘍及び癌（例えば、乳癌、大腸癌、前立
腺癌、肺癌など）の動物モデルは、非組換え及び組換え（トランスジェニック）
動物の両方を含む。非組換え動物モデルは、例えば、齧歯類、例えばマウスモデ
ルを含む。このようなモデルは、標準的な技術、例えば、皮下注射、尾部静脈注
射、脾臓移植、腹膜内移植、腎被膜下移植、又はオルトピン(orthopin)移植、例
えば大腸組織に移植された大腸癌細胞により、腫瘍細胞を同系マウスに導入する
ことにより作成される。（1997年9月18日に発行されたＰＣＴ公報WO 97/33551参
照。） 癌遺伝子の研究におそらく最もしばしば用いられる動物種は、免疫不全マウス
、特にヌードマウスである。低下／形成不全を持つヌードマウスがヒト腫瘍異種
移植の宿主としての役割を演じるという観察は、この目的のための広い用途を導
いた。常染色体劣性ｎｕ遺伝子が、例えば、ＡＳＷ、Ａ／Ｈｅ、ＡＫＲ、ＢＡＬ
Ｂ／ｃ、Ｂ１０．ＬＰ、Ｃ１７、Ｃ３Ｈ、Ｃ５７ＢＬ、Ｃ５７、ＣＢＡ、ＤＢＡ
、ＤＤＤ、Ｉ／ｓｔ、ＮＣ、ＮＦＲ、ＮＦＳ、ＮＦＳ／Ｎ、ＮＺＢ、ＮＺＣ、Ｎ
ＺＷ、Ｐ、ＲＩＩＩ及びＳＪＬを含むヌードマウスの極めて多数の異なる共通遺
伝子系統に導入された。さらに、ヌードマウス以外の遺伝的な免疫不全を持つ広
範な他の動物が生育され、腫瘍異種移植のレシピエントとして用いられた。さら
なる詳細については、The Nude Mouse in Oncology Research, E. Boven 及び B
. Winograd 編, CRC Press, Inc., 1991を参照。
【０１１４】 これらの動物に導入される細胞は、周知の腫瘍／癌細胞系、例えば上記列挙し
た腫瘍細胞系、及び、例えばＢ１０４-１-１細胞系（ｎｅｕプロトオンコジーン
で形質移入された安定ＮＩＨ-３Ｔ３細胞系）；ｒａｓ-形質移入ＮＩＨ-３Ｔ３
細胞：Ｃａｃｏ-２（ATCC HTB-37）、中程度に良く分化したグレードＩＩヒト大
腸腺癌細胞系、ＨＴ-２９（ATCC HTB-38）から、あるいは腫瘍及び癌から誘導す
ることができる。腫瘍又は癌細胞の試料は、手術を受けている患者から、液体窒
素中での凍結及び保存を含む標準的な条件を用いて得ることができる（Karmali
等, Br. J. Cancer 48, 689-696 [1983]）。 腫瘍細胞は、ヌードマウスなどの動物に、種々の手法によって導入できる。マ
ウスの皮下（ｓ．ｃ．）空間は、腫瘍移植に非常に好ましい。腫瘍は、固体ブロ
ックとして、トロチャー(trochar)を用いてニードル生検として、細胞懸濁物と
してｓ．ｃ．移植できる。固体ブロック又はトロチャー移植のために、適切な大
きさの腫瘍組織断片がｓ．ｃ．空間に導入される。細胞懸濁物は、原発腫瘍又は
安定な腫瘍細胞系から新たに調製され、皮下注射される。また腫瘍細胞は、皮下
移植として注射することもできる。この位置において、移植細胞が皮膚結合組織
の下層とｓ．ｃ．組織との間に着床される。Boven及びWinograd (1991), 上掲。 乳癌の動物モデルは、例えば、ラット神経芽腫細胞（それからｎｅｕ癌遺伝子
が最初に単離される）、又はｎｅｕ形質転換ＮＩＨ-３Ｔ３細胞をヌードマウス
に移植することにより、基本的にはDrebin等, PNAS USA 83, 9129-9133 (1986)
に記載されているように生成される。
【０１１５】 同様に、大腸癌の動物モデルは、大腸癌細胞を動物、例えばヌードマウスに継
代し、これらの動物における腫瘍の発現を導くことにより生成される。ヌードマ
ウスにおけるヒト大腸癌の同所性移植モデルは、例えば、Wang等, Cancer Resea
rch 54, 4726-4728 (1994)及びToo等, Cancer Research 55, 681-684 (1995)に
記載されている。このモデルは、いわゆるAntiCancer, Inc. (San Diego, Calif
ornia)から市販の「METAMOUSE」に基づく。 動物に生じた腫瘍は、取り出してインビトロで培養することができる。インビ
トロ培地からの細胞は、次いで動物に継代することができる。これらの腫瘍は、
さらなる試験及び薬物スクリーニングの標的として提供され得る。あるいは、継
代から得られる腫瘍は単離でき、継代前細胞及び１又はそれ以上の継代後に単離
した細胞のＲＮＡを、対象とする遺伝子の識別可能な発現について分析する。こ
のような継代技術は、周知の腫瘍又は癌細胞系で実施することができる。 例えば、Ｍｅｔｈ Ａ、ＣＭＳ４、ＣＭＳ５、ＣＭＳ２１、及びＷＥＨＩ-１６
４がＢＡＬＢ／ｃ雌マウスの線維肉腫に化学的に導入され（DeLeo等, J. Exp. M
ed. 146, 720 [1977]）、それは、種々の薬剤の抗-腫瘍活性の研究のための高度
に制御可能なモデル系を提供する（Palladino等, J. Immunol. 138, 4023-4032
[1987]）。簡便には、腫瘍細胞は細胞培地中でインビトロで成長させる。動物に
注射する前に、細胞系は洗浄してバッファー中に約１０ｘ１０６から１０ｘ１０ ７ 細胞／ｍｌの細胞密度で懸濁する。次いで動物を１０から１００μｌの細胞懸
濁物で皮下感染し、腫瘍が現れるまで１から３週間放置する。
【０１１６】 さらに、最も完全に研究された実験的腫瘍の一つであるマウスのルイス肺（３
ＬＬ）癌腫は、研究用腫瘍モデルとして用いることができる。この腫瘍モデルに
おける有効性は、肺の小細胞癌腫（ＳＣＣＬ）と診断されたヒト患者の治療にお
ける有利な効果と相関していた。この腫瘍は、影響を受けたマウスからの腫瘍断
片又は培養により維持された細胞を注射することで正常マウスに導入でき（Zupi
等, Br. J. Cancer 41: suppl. 4: 309 [1980]）、証拠は、腫瘍がたった一つの
細胞の注射から開始され、極めて高い割合で感染した腫瘍細胞が生存することを
示している。この腫瘍モデルに関する更なる情報については、Zacharski, Haemo
stasis 16, 300-320 [1986]を参照のこと。 移植された腫瘍の動物モデルにおける試験化合物の有効性を評価する一つの方
法は、治療前後での腫瘍の大きさを測定することである。伝統的に、移植した腫
瘍の大きさは、二又は三次元のスライドキャリパーで測定される。二次元に制限
された測定は、腫瘍の大きさを正確に反映せず、従って、通常は数式を用いて対
応する容積に換算される。しかしながら、腫瘍の大きさの測定は極めて不正確で
ある。候補薬の治療効果は、治療-誘発性の成長遅延及び特異的な成長遅延とし
てより良く記述できる。腫瘍成長の記述における他の重要な変数は、腫瘍容積倍
加時間である。Rygaard及びSpang-Thomsen, Proc. 6th Int. Workshop on Immun
e-Deficient Animals, Wu及びSheng編, Basel, 1989, 301によって報告されたプ
ログラムなどの、腫瘍成長の計算及び記述のためのコンピュータプログラムも利
用可能である。しかし、処置後の壊死及び炎症反応が実際には少なくとも初期に
腫瘍の大きさを増大させ得ることを注記しておく。従って、これらの変化は、形
態学的方法及びフローサイトメトリー分析を組み合わせて、注意深く観察する必
要がある。
【０１１７】 組換え（トランスジェニック）動物モデルは、ここに同定された遺伝子のコー
ド部分を、トランスジェニック動物作成のための標準的技術を用いて、対象とす
る動物のゲノムに導入することにより加工できる。トランスジェニック操作の標
的として提供できる動物は、限定されないが、マウス、ラット、ウサギ、モルモ
ット、ブタ、ヒツジ、ヤギ、及び非-ヒト霊長類、例えばヒヒ、チンパンジー及
びサルを含む。これらの動物に導入遺伝子を導入するのにこの分野で知られた技
術は、全核マイクロインジェクション（Hoppe及びWanger, 米国特許第4,873,191
号）；胚系列へのレトロウイルス媒介遺伝子転移（例えば、Van der Putten等,
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82, 6148-615 [1985]）；胚性肝細胞での遺伝子標
的化（Thompson等, Cell 56, 313-321 [1989]）；胚のエレクトロポレーション
（Lo, Mol. Cel. Biol. 3, 1803-1814 [1983]）；精子媒介遺伝子転移（Lavitra
no等, Cell 57, 717-73 [1989]）を含む。概説のためには、例えば、米国特許第
4,736,866号を参照のこと。 本発明の目的のために、トランスジェニック動物は、その一部にのみ導入遺伝
子を有するもの（「モザイク動物」）を含む。導入遺伝子は、単一の導入遺伝子
として、又はコンカテマー、例えば頭部対頭部又は頭部対尾部の直列型として組
み込まれる。特定の細胞型への導入遺伝子の選択的導入も、例えば、Lasko等, P
roc. Natl. Acad. Sci. USA 89, 6232-636 (1992)の技術に従って可能である。 トランスジェニック動物における導入遺伝子の発現は、標準的技術によって監
視できる。例えば、導入遺伝子の組み込みの確認にサザンブロット分析又はＰＣ
Ｒ増幅が用いられる。次いで、ｍＲＮＡ発現のレベルは、インサイツハイブリッ
ダイゼーション、ノーザンブロット分析、ＰＣＲ、又は免疫組織化学などの技術
を用いて分析できる。動物は、腫瘍又は癌発生の徴候についてさらに調べられる
。
【０１１８】 あるいは、動物の胚性細胞に導入されたＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲ
Ｏ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３
４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲ
Ｏ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０
７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリ
ペプチドをコードする変更ゲノムＤＮＡと、そのポリペプチドをコードする内在
性遺伝子との間の相同的組換えによって、ここに同定するＰＲＯ３８１、ＰＲＯ
１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８
、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ
１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７
、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲ
Ｏ２２６２ポリペプチドをコードする欠陥又は変更遺伝子を有する「ノックアウ
ト」動物を作成することができる。例えば、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポ
リペプチドをコードするｃＤＮＡは、確立された技術に従って当該ポリペプチド
をコードするゲノムＤＮＡのクローニングに使用できる。特にＰＲＯ３８１、Ｐ
ＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７
８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、Ｐ
ＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３
９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又は
ＰＲＯ２２６２ポリペプチドをコードするゲノムＤＮＡの一部を欠失したり、組
み込みを確認するために使用する選択可能なマーカーをコードする遺伝子等の他
の遺伝子で置換することができる。典型的には、ベクターは変異の無いフランキ
ングＤＮＡ(５'と３'末端の両方)を数キロベース含む［例えば、相同的組換えベ
クターについてはThomas and Capecchi, Cell, 51: 503 (1987)を参照のこと］
。ベクターは胚性幹細胞系に(例えばエレクトロポレーションによって)導入し、
導入されたＤＮＡが内在性ＤＮＡと相同的に組換えられた細胞を選択する［例え
ば、Li等, Cell,69:915 (1992)参照］。選択された細胞は次に動物(例えばマウ
ス又はラット)の胚盤胞内に注入され、キメラ集合体を形成する［例えば、Bradl
ey, Teratocarcinomas and Embryonic Stem Cells: A Practical Approach, E.
J. Robertson, ed. (IRL, Oxford, 1987), pp. 113-152参照］。その後、キメラ
性胚を適切な偽妊娠の雌性乳母に移植し、「ノックアウト」動物を作ると言われ
る。胚細胞に相同的に組換えられたＤＮＡを有する子孫は標準的な技術により同
定され、それらを利用して動物の全細胞が相同的に組換えられたＤＮＡを含む動
物を繁殖させることができる。ノックアウト動物は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２
６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、Ｐ
ＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２
９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、Ｐ
ＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２
２６２ポリペプチドが存在しないことによるある種の病理的状態及び病理的状態
の進行に対して防御する能力によって特徴付けられる。
【０１１９】 ここに同定されるポリペプチドに特異的に結合する抗体、及び他の候補薬の有
効性も、自然発生の動物腫瘍の治療において調べることができる。このような研
究のための適切な標的は、ネコ口腔扁平上皮癌（ＳＣＣ）である。ネコ口腔ＳＣ
Ｃは高度に浸潤性の悪性腫瘍で、ネコに最も普通に見られる口腔悪性腫瘍であり
、この種に報告される口腔腫瘍の６０％以上を占める。それは、離れた部位には
殆ど転移しないが、この転移の低い発生率は単にこの腫瘍を持つネコの短い生存
期間を反映しているにすぎない。これらの腫瘍は通常手術できないが、主にネコ
の口腔の解剖学的形状による。現在では、この腫瘍の有効な治療法は存在しない
。研究に入る前に、各々のネコに完全な臨床検査、生体組織検査を施し、コンピ
ュータ断層撮影（ＣＴ）によりスキャンした。舌下口腔扁平上皮細胞腫瘍を持つ
と診断されたネコは研究から排除した。舌はこの腫瘍のために麻痺し始め、治療
によりこの腫瘍が消滅した後でも、動物は自分で餌を取ることができないであろ
う。各々のネコを長期に渡って繰り返し治療する。治療期間中、毎日及び引き続
き行われる再チェックの時点で腫瘍の写真を撮影した。治療の後、各ネコに再度
ＣＴスキャンを施した。ＣＴスキャン及び胸部レントゲンは、その後８週間ごと
に評価した。データは、対照群と比較した生存数、反応性及び毒性における相違
について評価した。ポジティブ反応は、腫瘍の縮小、好ましくは生存の質の向上
又は生存期間の延長を必要とする。 さらに、他の自発的動物腫瘍、例えばイヌ、ネコ、及びヒヒの線維肉腫、腺癌
、リンパ腫、クロンドローマ(chrondroma)、平滑筋肉腫も試験できる。これらの
イヌ及びネコでの乳腺癌は、その発現及び挙動がヒトのものに極めて類似してい
るので、好ましいモデルである。しかし、このモデルの使用は動物におけるこの
型の腫瘍の発生比率によって制限される。
【０１２０】 Ｋ．候補薬についてのスクリーニングアッセイ 候補薬のスクリーニングアッセイは、ここで同定される遺伝子にコードされる
ポリペプチドと結合又は複合体を」形成する化合物、あるいはコードされるポリ
ペプチドと他の細胞性タンパク質との相互作用を阻害する化合物を同定するため
に計画される。このようなスクリーニングアッセイは、化学的ライブラリの高ス
ループットスクリーニングに利用可能なアッセイ、特に小分子候補薬の同定に適
したものにするアッセイを含む。小分子とは、合成有機又は無機化合物を含むと
考え、それらは、ペプチド、好ましくは可溶性ペプチド、（ポリ）ペプチド-免
疫グロブリン融合体、特に、限定されないが、ポリ-及びモノクローナル抗体及
び抗体断片、一本鎖抗体、抗-イディオタイプ抗体、及びそれらの抗体又は断片
のキメラ又はヒト化形、並びにヒト抗体及び抗体断片を含む抗体を含んでいる。
アッセイは、種々の形式で実施でき、この分野で良く特徴付けられたタンパク質
-タンパク質結合アッセイ、生化学的スクリーニングアッセイ、イムノアッセイ
及び細胞ベースのアッセイを含む。 全てのアッセイは、それらが候補薬をここで同定される核酸にコードされるポ
リペプチドと、それら２成分が相互作用するのに十分な時間接触させることで共
通している。
【０１２１】 結合アッセイにおいて、相互作用は結合であり、形成された複合体は単離され
るか、又は反応混合物中で検出される。特別な実施態様では、ここに同定された
遺伝子にコードされるポリペプチドのレセプター即ち候補薬が、共有又は非共有
結合により固相、例えばマイクロタイタープレートに固定化される。非共有結合
は、一般的に固体表面をポリペプチドの溶液で被覆し乾燥させることにより達成
される。あるいは、固定化すべきペプチドに特異的な固定化抗体、例えばモノク
ローナル抗体を、そのペプチドを固体表面に固着させるために用いることができ
る。アッセイは、固定化成分、例えば固着成分を含む被覆表面に、検出可能な標
識で標識されていてもよい非固定化成分を添加することにより実施される。反応
が完了したとき、未反応成分を例えば洗浄により除去し、固体表面に固着した複
合体を検出する。最初の非固定化成分が検出可能な標識を有している場合、表面
に固定化された標識の検出は複合体形成が起こったことを示す。最初の非固定化
成分が標識を持たない場合は、複合体形成は、例えば、固定化された複合体に特
異的に結合する標識抗体によって検出できる。
【０１２２】 候補化合物がここで同定される遺伝子にコードされる特定のＰＲＯ３８１、Ｐ
ＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７
８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、Ｐ
ＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３
９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又は
ＰＲＯ２２６２ポリペプチドと相互作用するが結合しない場合、その相互作用は
、タンパク質−タンパク質相互作用を検出するために良く知られた方法によって
アッセイすることができる。そのようなアッセイは、架橋、共免疫沈降、及び密
度勾配遠心又はクロマトグラフィカラムを通す共精製などの伝統的な手法を含む
。さらに、タンパク質−タンパク質相互作用は、Fields及び共同研究者等［Fiel
ds及びSong, Nature 340, 245-246 (1989); Chien等, Proc. Natl. Acad. Sci.
USA 88: 9578-9582 (1991)］に記載された酵母菌ベースの遺伝子系を用いること
により、Chevray及びNathans［Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 5789-5793 (19
91)］に開示されているように観察することができる。酵母菌ＧＡＬ４などの多
くの転写活性化因子は、２つの物理的に別個のモジュラードメインからなり、一
方はＤＮＡ結合ドメインとして作用し、他方は転写活性化ドメインとして機能す
る。以前の文献に記載された酵母菌発現系（一般に「２-ハイブリッド系」と呼
ばれる）は、この特性の長所を利用して、２つのハイブリッドタンパク質を用い
、一方では標的タンパク質がＧＡＬ４のＤＮＡ結合ドメインに融合し、他方では
、候補となる活性化タンパク質が活性化ドメインに融合している。ＧＡＬ１-ｌ
ａｃＺリポーター遺伝子のＧＡＬ４活性化プロモーターの制御下での発現は、タ
ンパク質-タンパク質相互作用を介したＧＡＬ４活性の再構築に依存する。相互
作用するポリペプチドを含むコロニーは、β-ガラクトシダーゼに対する色素生
産性物質で検出される。２-ハイブリッド技術を用いた２つの特定なタンパク質
間のタンパク質-タンパク質相互作用を同定するための完全なキット（MATCHMAKE
R(商品名)）は、Clontechから商業的に入手可能である。この系は、特定のタン
パク質相互作用に含まれるタンパク質ドメインのマッピング、並びにこの相互作
用にとって重要なアミノ酸残基の特定にも拡張することができる。 ここで同定されるＰＲＯ３８１-、ＰＲＯ１２６９-、ＰＲＯ１４１０-、ＰＲ
Ｏ１７５５-、ＰＲＯ１７８０-、ＰＲＯ１７８８-、ＰＲＯ３４３４-、ＰＲＯ１
９２７-、ＰＲＯ３５６７-、ＰＲＯ１２９５-、ＰＲＯ１２９３-、ＰＲＯ１３０
３-、ＰＲＯ４３４４-、ＰＲＯ４３５４-、ＰＲＯ４３９７-、ＰＲＯ４４０７-
、ＰＲＯ１５５５-、ＰＲＯ１０９６-、ＰＲＯ２０３８-又はＰＲＯ２２６２-コ
ード化遺伝子と他の細胞内又は細胞外成分との相互作用を阻害する化合物は、次
のように試験することができる：通常は、増幅された遺伝子の生成物及び細胞内
又は外成分を含む反応混合物を、条件下で２つの生成物が相互作用及び結合する
時間に渡って調製する。試験化合物が結合を阻害する能力を試験するために、反
応は試験化合物有り又は無しで実施する。さらに、第３の反応混合物に偽薬を添
加してポジティブ対照としてもよい。混合物中に存在する試験化合物と細胞内又
は外成分との結合（複合体形成）は上記のように観察する。対照反応において複
合体が形成され、試験化合物を含む反応混合物ではしないことは、試験化合物が
試験化合物とその反応パートナーとの相互作用を妨害することを示す。
【０１２３】 アンタゴニストを検定するために、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１
４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、
ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１
３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、
ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプ
チドを、特定の活性についてスクリーニングする化合物とともに細胞に添加して
もよく、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、Ｐ
ＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５
６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、Ｐ
ＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０
９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド存在下で対象とする活性
を阻害する当該化合物の能力が、当該化合物がＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、
ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３
４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、
ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４
４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２
ポリペプチドのアンタゴニストであることを示す。あるいは、アンタゴニストは
、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド及び潜在的アンタゴニストを、
ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７
８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、Ｐ
ＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３
５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、Ｐ
ＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドレセプター又は組換えレセプター
と、競合的阻害アッセイに適した条件下で結合させることにより検出してもよい
。ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドは、放射活性等で標識でき、レ
セプターに結合したＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド分子の数を潜
在的アンタゴニストの有効性を決定するのに使用できる。レセプターをコードす
る遺伝子は、当業者に知られた多くの方法、例えばリガンドパンニング及びＦＡ
ＣＳソーティングにより同定できる。Coligan等, Current Protocols in Immun.
, 1(2): Chapter 5 (1991)。好ましくは発現クローニングが用いられ、そこでは
ポリアデニル化ＲＮＡがＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲ
Ｏ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２
７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲ
Ｏ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５
５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに反応性
の細胞から調製され、このＲＮＡから生成されたｃＤＮＡライブラリがプールに
分配され、ＣＯＳ細胞又は他のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに
反応性でない細胞の形質移入に使用される。スライドガラスで増殖させた形質移
入細胞を標識したＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７
５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、Ｐ
ＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３
４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、Ｐ
ＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドにエクスポーズ
する。ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲ
Ｏ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６
７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲ
Ｏ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９
６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドは、ヨウ素化又は部位特異
的タンパク質キナーゼの認識部位を含む種々の手段で標識できる。固定及びイン
キュベーションの後、スライドにオートラジオグラフ分析を施す。ポジティブプ
ールを同定し、相互作用サブプール化及び再スクリーニング工程を用いてサブプ
ールを調製して再形質移入し、結果的に推定レセプターをコードする単一のクロ
ーンを生成する。
【０１２４】 レセプター同定の代替的方法として、標識したＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９
、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ
３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３
、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ
４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６
２ポリペプチドをレセプター分子を発現する細胞膜又は抽出調製物に光親和性結
合させることができる。架橋材料はＰＡＧＥにより分離し、Ｘ線フィルムにエク
スポーズする。レセプターを含む標識複合体をゲルから切り出し、ペプチド断片
を分離し、タンパク質マイクロ配列決定を施すことができる。マイクロ配列決定
から得たアミノ酸配列は、推定レセプターをコードする遺伝子を同定するｃＤＮ
Ａライブラリをスクリーニングする縮重オリゴヌクレオチドプローブの設計に用
いられる。 アンタゴニストの他の解析において、レセプターを発現する哺乳動物細胞又は
膜調製物を、候補化合物の存在下でＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４
１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、Ｐ
ＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３
０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、Ｐ
ＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチ
ドとともにインキュベートする。次いで、この相互作用を促進又は阻止する化合
物の活性を測定する。 潜在的なアンタゴニストのより特別な例は、免疫グロブリンとＰＲＯ３８１、
ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１
７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、
ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４
３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又
はＰＲＯ２２６２ポリペプチドとの融合体に結合するオリゴヌクレオチド、特に
、限られないが、ポリペプチド-及びモノクローナル抗体及び抗体断片、一本鎖
抗体、抗-イディオタイプ抗体、及びこれらの抗体又は断片のキメラ又はヒト化
形態、並びにヒト抗体及び抗体断片を含む抗体を含んでいる。あるいは、潜在的
アンタゴニストは、密接に関連したタンパク質、例えば、レセプターを認識する
が効果を与えず、よってＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲ
Ｏ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２
７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲ
Ｏ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５
５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの作用を
競合的に阻害するＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７
５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、Ｐ
ＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３
４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、Ｐ
ＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの変異形態であ
ってもよい。
【０１２５】 他の潜在的なＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５
５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲ
Ｏ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４
４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲ
Ｏ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドアンタゴニストは
、アンチセンス技術を用いて調製されたアンチセンスＲＮＡ又はＤＮＡ作成物で
あり、例えば、アンチセンスＲＮＡ又はＤＮＡは、標的ｍＲＮＡにハイブリッド
形成してタンパク質翻訳を妨害することによりｍＲＮＡの翻訳を直接阻止するよ
うに作用する。アンチセンス技術は、トリプルへリックス形成又はアンチセンス
ＤＮＡ又はＲＮＡを通して遺伝子発現を制御するのに使用でき、それらの方法は
ともに、ポリペプチドヌクレオチドのＤＮＡ又はＲＮＡへの結合に基づく。例え
ば、ここでのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５
、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ
３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４
、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ
１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドをコードするポリヌ
クレオチド配列の５'コード化部分は、約１０から４０塩基対長のアンチセンス
ＲＮＡオリゴヌクレオチドの設計に使用される。ＤＮＡオリゴヌクレオチドは、
転写に含まれる遺伝子の領域に相補的であるように設計され（三重螺旋−Lee等,
Nucl, Acid Res., 6: 3073 (1979); Cooney等, Science, 241: 456 (1988); De
rvan等, Science, 251: 1360 (1991)参照）、それによりＰＲＯ３８１、ＰＲＯ
１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８
、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ
１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７
、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲ
Ｏ２２６２ポリペプチドの転写及び生成を防止する。アンチセンスＲＮＡオリゴ
ヌクレオチドはインビボでｍＲＮＡにハイブリッド形成してｍＲＮＡ分子のＰＲ
Ｏ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０
、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ
１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４
、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ
２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドへの翻訳を阻止する（アンチセンス−
Okano, Neurochem., 56: 560 (1991); Oligodeoxynucleotides as Antisense In
hibitors of Gene Expression (CRC Press: Boca Raton, FL, 1988)）。また上
記のオリゴヌクレオチドは、細胞に輸送され、アンチセンスＲＮＡ又はＤＮＡを
インビボで発現させて、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲ
Ｏ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２
７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲ
Ｏ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５
５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの産生を
阻害することもできる。アンチセンスＤＮＡが用いられる場合、翻訳開始部位、
例えば標的遺伝子ヌクレオチド配列の−１０から＋１０位置の間から誘導される
オリゴデオキシリボヌクレオチドが好ましい。
【０１２６】 アンチセンスＲＮＡ又はＤＮＡは、一般的に少なくとも約５塩基長、約１０塩
基長、約１５塩基長、約２０塩基長、約２５塩基長、約３０塩基長、約３５塩基
長、約４０塩基長、約４５塩基長、約５０塩基長、約５５塩基長、約６０塩基長
、約６５塩基長、約７０塩基長、約７５塩基長、約８０塩基長、約８５塩基長、
約９０塩基長、約９５塩基長、約１００塩基長、又はそれ以上である。 潜在的アンタゴニストは、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの活
性部位、レセプター結合部位、又は成長因子又は他の関連結合部位に結合し、そ
れによりＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、Ｐ
ＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５
６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、Ｐ
ＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０
９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの正常な生物学的活性を
阻害する小分子を含む。小分子の例は、これらに限られないが、小型ペプチド又
はペプチド様分子、好ましくは可溶性ペプチド、及び合成非ペプチド有機又は無
機化合物を含む。 リボザイムは、ＲＮＡの特異的切断を触媒できる酵素的ＲＮＡ分子である。リ
ボザイムは、相補的標的ＲＮＡへの配列特異的ハイブリッド形成、次いでヌクレ
オチド鎖切断的切断により作用する。潜在的ＲＮＡ標的内の特異的リボザイム切
断部位は、既知の技術で同定できる。更なる詳細は、例えば、Rossi, Current B
iology 4: 469-471 (1994)及びＰＣＴ公報、番号WO 97/33551（1997年9月18日発
行）を参照。 転写阻害に用いられる三重螺旋形成における核酸分子は一本鎖でデオキシヌク
レオチドからなる。これらのオリゴヌクレオチドの基本組成は、フーグスチン塩
基対則を介するトリプルヘリックス形成を促進するように設計され、それは一般
に二重鎖の一方の鎖上のプリン又はピリミジンのサイズ変更可能な伸展を必要と
する。さらなる詳細は、例えば、ＰＣＴ公報、番号WO 97/33551, 上掲を参照。 これらの小分子は、上記で議論したスクリーニングアッセイの一又は複数の任
意のものにより及び／又は当業者に良く知られた他の任意のスクリーニング技術
により同定できる。
【０１２７】 Ｌ．腫瘍治療のための組成物及び方法 ここで同定した遺伝子の増幅を伴う腫瘍の治療に有用な組成物は、限定されな
いが、抗体、小有機及び無機分子、ペプチド、ホスホペプチド、アンチセンス及
びリボザイム分子、三重螺旋分子などを含み、標的遺伝子産物の発現及び／又は
活性を阻害するものである。 例えば、アンチセンスＲＮＡ及びＲＮＡ分子は、標的ｍＲＮＡにハイブリッド
形成してタンパク質翻訳を防止することによりｍＲＮＡの翻訳を直接阻止する。
アンチセンスＤＮＡが用いられる場合、翻訳開始部位、例えば標的遺伝子ヌクレ
オチド配列の−１０から＋１０位置の間から誘導されるオリゴデオキシリボヌク
レオチドが好ましい。 リボザイムは、ＲＮＡの特異的切断を触媒できる酵素的ＲＮＡ分子である。リ
ボザイムは、相補的標的ＲＮＡへの配列特異的ハイブリッド形成、次いでヌクレ
オチド鎖切断的切断により作用する。潜在的ＲＮＡ標的内の特異的リボザイム切
断部位は、既知の技術で同定できる。更なる詳細は、例えば、Rossi, Current B
iology 4: 469-471 (1994)及びＰＣＴ公報、番号WO 97/33551（1997年9月18日発
行）を参照。 転写阻害に用いられる三重螺旋形成における核酸分子は一本鎖でデオキシヌク
レオチドからなる。これらのオリゴヌクレオチドの基本組成は、フーグスチン塩
基対則を介する三重螺旋形成を促進するように設計され、それは一般に二重鎖の
一方の鎖上のプリン又はピリミジンのサイズ変更可能な伸展を必要とする。さら
なる詳細は、例えば、ＰＣＴ公報、番号WO 97/33551, 上掲を参照。 これらの分子は上記のスクリーニングアッセイの任意のもの又は任意の組み合
わせにより、及び／又は当業者に知られた任意の他のスクリーニング技術により
同定できる。
【０１２８】 Ｍ．抗体 本発明で最も有望な候補薬剤の幾つかは、ここで同定される増幅遺伝子の生成
又は遺伝子産物を阻害する及び／又は遺伝子産物の活性を低下させる抗体及び抗
体断片である。 １．ポリクローナル抗体 ポリクローナル抗体の調製方法は当業者に知られている。哺乳動物においてポ
リクローナル抗体は、例えば免疫化剤、及び所望するのであればアジュバントを
、一又は複数回注射することで発生させることができる。典型的には、免疫化剤
及び／又はアジュバントを複数回皮下又は腹腔内注射により、哺乳動物に注射す
る。免疫化剤は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７
５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、Ｐ
ＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３
４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、Ｐ
ＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチド又はその融合タ
ンパク質を含みうる。免疫化剤を免疫化された哺乳動物において免疫原性が知ら
れているタンパク質に結合させるのが有用である。このような免疫原タンパク質
の例は、これらに限られないが、キーホールリンペットヘモシアニン、血清アル
ブミン、ウシサイログロブリン及び大豆トリプシンインヒビターが含まれる。使
用され得るアジュバントの例には、フロイント完全アジュバント及びＭＰＬ-Ｔ
ＤＭアジュバント(モノホスホリル脂質Ａ、合成トレハロースジコリノミコラー
ト)が含まれる。免疫化プロトコールは、過度の実験なく当業者により選択され
るであろう。
【０１２９】 ２．モノクローナル抗体 あるいは、抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗
−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４
３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−Ｐ
ＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４
、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ
１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体であってもよい。モ
ノクローナル抗体は、Kohler及びMilstein, Nature, 256:495 (1975)に記載され
ているようなハイブリドーマ法を使用することで調製することができる。ハイブ
リドーマ法では、マウス、ハムスター又は他の適切な宿主動物を典型的には免疫
化剤により免疫化することで、免疫化剤に特異的に結合する抗体を生成するかあ
るいは生成可能なリンパ球を誘発する。また、リンパ球をインビトロで免疫化す
ることもできる。 免疫化剤は、典型的には断片を含むＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１
４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、
ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１
３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、
ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプ
チド、又はそのタンパク質又はその断片の融合タンパク質を含む。一般にヒト由
来の細胞が望まれる場合には末梢血リンパ球(「ＰＢＬ」)が使用されるか、ある
いは非ヒト哺乳動物源が望まれている場合は、脾臓細胞又はリンパ節細胞が使用
される。次いで、ポリエチレングリコール等の適当な融合剤を用いてリンパ球を
不死化細胞系と融合させ、ハイブリドーマ細胞を形成する［Goding, Monoclonal
Antibodies: Principles and Practice, Academic Press, (1986) pp. 59-103
］。不死化細胞系は、通常は、形質転換した哺乳動物細胞、特に齧歯動物、ウシ
、及びヒト由来の骨髄腫細胞である。通常、ラット又はマウスの骨髄腫細胞系が
使用される。ハイブリドーマ細胞は、好ましくは、未融合の不死化細胞の生存又
は成長を阻害する一又は複数の物質を含有する適切な培地で培養される。例えば
、親細胞が、酵素のヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ
(HGPRT又はHPRT)を欠いていると、ハイブリドーマの培地は、典型的には、ヒポ
キサチン、アミノプテリン及びチミジンを含み(「ＨＡＴ培地」)、この物質がＨ
ＧＰＲＴ欠乏性細胞の増殖を阻止する。
【０１３０】 好ましい不死化細胞系は、効率的に融合し、選択された抗体生成細胞による安
定した高レベルの抗体発現を支援し、ＨＡＴ培地のような培地に対して感受性の
ものである。より好ましい不死化細胞系はマウス骨髄腫系であり、これは例えば
カリフォルニア州サンディエゴのSalk Institute Cell Distribution Centerや
ヴァージニア州マナッサスのアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（
ＡＴＣＣ）より入手可能である。ヒトモノクローナル抗体を生成するためのヒト
骨髄腫及びマウス-ヒト異種骨髄腫細胞系も開示されている［Kozbor, J. Immuno
l., 133:3001 (1984)、Brodeur等, Monoclonal Antibody Production Technique
s and Applications, Marcel Dekker, Inc., New York, (1987) pp. 51-63］。 次いでハイブリドーマ細胞が培養される培養培地を、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１
２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、
ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１
２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、
ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ
２２６２に対するモノクローナル抗体の存在の有無に関し分析する。好ましくは
、ハイブリドーマ細胞によって生成されたモノクローナル抗体の結合特異性は免
疫沈降又はラジオイムノアッセイ(ＲＩＡ)や酵素結合免疫測定法(ＥＬＩＳＡ)等
のインビトロ結合検定法によって測定する。このような技術及びアッセイは、当
該分野において公知である。モノクローナル抗体の結合親和性は、例えばMunson
及びPollard, Anal. Biochem., 107:220 (1980)によるスキャッチャード分析法
によって測定することができる。 所望のハイブリドーマ細胞が同定された後、クローンを限界希釈工程によりサ
ブクローニングし、標準的な方法で成長させることができる［Goding, 上掲］。
この目的のための適当な培地には、例えば、ダルベッコの改変イーグル培地及び
ＲＰＭＩ-１６４０倍地が含まれる。あるいは、ハイブリドーマ細胞は哺乳動物
においてインビボで腹水として成長させることもできる。
【０１３１】 サブクローンによって分泌されたモノクローナル抗体は、例えばプロテインＡ
−セファロース法、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー法、ゲル電気泳
動法、透析法又はアフィニティークロマトグラフィー等の従来の免疫グロブリン
精製方法によって培養培地又は腹水液から単離又は精製される。 また、モノクローナル抗体は、組換えＤＮＡ法、例えば米国特許第4,816,567
号に記載された方法により作成することができる。本発明のモノクローナル抗体
をコードするＤＮＡは、常套的な方法を用いて(例えば、マウス抗体の重鎖及び
軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合可能なオリゴヌクレオチドプローブを使
用して)、容易に単離し配列決定することができる。本発明のハイブリドーマ細
胞はそのようなＤＮＡの好ましい供給源となる。ひとたび単離されたら、ＤＮＡ
は発現ベクター内に挿入することができ、これが宿主細胞、例えばサルＣＯＳ細
胞、チャイニーズハムスター卵巣(ＣＨＯ)細胞、あるいは免疫グロブリンタンパ
ク質を生成などしない骨髄腫細胞内に形質移入され、組換え宿主細胞内でモノク
ローナル抗体の合成をすることができる。また、ＤＮＡは、例えば相同マウス配
列に換えてヒト重鎖及び軽鎖定常ドメインのコード配列を置換することにより［
US. Patent No.4,816,567；Morrison等, 上掲］、又は免疫グロブリンコード配
列に非免疫グロブリンポリペプチドのコード配列の一部又は全部を共有結合する
ことにより修飾することができる。このような非免疫グロブリンポリペプチドは
、本発明の抗体の不変ドメインの代わりに置換するか、本発明の抗体の一つの抗
原結合部位の可変ドメインの代わりに置換し、キメラ性二価抗体を産生すること
ができる。このような非免疫グロブリンポリペプチドは、本発明の抗体の不変ド
メインに置換でき、あるいは本発明の抗体の１つの抗原結合部位の可変ドメイン
に置換でき、キメラ性二価抗体を生成する。
【０１３２】 抗体は一価抗体であってもよい。一価抗体の調製方法は当該分野においてよく
知られてる。例えば、一つの方法は免疫グロブリン軽鎖と修飾重鎖の組換え発現
を含む。重鎖は一般的に、重鎖の架橋を防止するようにＦｃ領域の任意のポイン
トで切断される。あるいは、関連するシステイン残基を他のアミノ酸残基で置換
するか欠失させて架橋を防止する。 一価抗体の調製にはインビトロ法がまた適している。抗体の消化による、その
断片、特にＦａｂ断片の生成は、当該分野において知られている慣用的技術を使
用して達成できる。
【０１３３】 ３．ヒト及びヒト化抗体 抗−ＰＲＯ３８１、抗−ＰＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１
７５５、抗−ＰＲＯ１７８０、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−
ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９
３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲ
Ｏ４３９７、抗−ＰＲＯ４４０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、
抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−ＰＲＯ２２６２抗体は、さらにヒト化抗体又はヒト
抗体を含む。非ヒト(例えばマウス)抗体のヒト化形とは、キメラ免疫グロブリン
、免疫グロブリン鎖あるいはその断片(例えばＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ'、Ｆ(ａｂ'
)２あるいは抗体の他の抗原結合サブ配列)であって、非ヒト免疫グロブリンに由
来する最小配列を含むものである。ヒト化抗体はレシピエントの相補性決定領域
(ＣＤＲ)の残基が、マウス、ラット又はウサギのような所望の特異性、親和性及
び能力を有する非ヒト種(ドナー抗体)のＣＤＲの残基によって置換されたヒト免
疫グロブリン(レシピエント抗体)を含む。幾つかの例では、ヒト免疫グロブリン
のＦｖフレームワーク残基は、対応する非ヒト残基によって置換されている。ま
た、ヒト化抗体は、レシピエント抗体にも、移入されたＣＤＲもしくはフレーム
ワーク配列にも見出されない残基を含んでいてもよい。一般に、ヒト化抗体は、
全てあるいはほとんど全てのＣＤＲ領域が非ヒト免疫グロブリンのものに対応し
、全てあるいはほとんど全てのＦＲ領域がヒト免疫グロブリンコンセンサス配列
のものである、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全て
を含む。ヒト化抗体は、最適には免疫グロブリン定常領域(Ｆｃ)、典型的にはヒ
トの免疫グロブリンの定常領域の少なくとも一部を含んでなる［Jones等, Natur
e, 321:522-525 (1986); Riechmann等, Nature, 332:323-329 (1988); 及びPres
ta, Curr. Op Struct. Biol., 2:593-596 (1992)］。
【０１３４】 非ヒト抗体をヒト化する方法はこの分野でよく知られている。一般的に、ヒト
化抗体には非ヒト由来の一又は複数のアミノ酸残基が導入される。これら非ヒト
アミノ酸残基は、しばしば、典型的には「移入」可変ドメインから得られる「移
入」残基と称される。ヒト化は基本的に齧歯動物のＣＤＲ又はＣＤＲ配列でヒト
抗体の該当する配列を置換することによりウィンター(Winter)及び共同研究者［
Jones等, Nature, 321:522-525 (1986)；Riechmann等, Nature, 332:323-327 (1
988)；Verhoeyen等, Science, 239:1534-1536 (1988)］の方法に従って、齧歯類
ＣＤＲ又はＣＤＲ配列をヒト抗体の対応する配列に置換することにより実施され
る。よって、このような「ヒト化」抗体は、無傷のヒト可変ドメインより実質的
に少ない分が非ヒト種由来の対応する配列で置換されたキメラ抗体(米国特許第4
,816,567号)である。実際には、ヒト化抗体は典型的には幾つかのＣＤＲ残基及
び場合によっては幾つかのＦＲ残基が齧歯類抗体の類似する部位からの残基によ
って置換されたヒト抗体である。 また、ヒト抗体は、ファージ表示ライブラリ［Hoogenboom及びWinter, J. Mol
. Biol., 227:381 (1991)；Marks等, J. Mol. Biol., 222:581 (1991)］を含む
この分野で知られた種々の方法を用いて作成することもできる。また、Cole等及
びBoerner等の技術も、ヒトモノクローナル抗体の調製に利用することができる
［Cole等, Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss. p.77(1
985)及びBoerner等, J. Immunol., 147(1)：86-95(1991) ］。同様に、ヒト抗体
はヒト免疫グロブリン座位をトランスジェニック動物、例えば内在性免疫グロブ
リン遺伝子は部分的又は完全に不活性化されたマウスに導入することにより産生
することができる。投与の際に、遺伝子再配列、組立、及び抗体レパートリーを
含むあらゆる観点においてヒトに見られるものに非常に類似しているヒト抗体の
生産が観察される。このアプローチは、例えば米国特許第5,545,807号；同第5,5
45,806号；同第5,569,825号；同第5,625,126号；同第5,633,425号；同第5,661,0
16号、及び次の科学文献：Marks等, Bio/Technology 10, 779-783 (1992); Lonb
erg等, Nature, 368:856-859 (1994); Morrison, Nature, 368：812-13 (1994);
Fishwild等, Nature Biotechnology, 14：845-51 (1996); Neuberger, Nature
Biotechnology, 14：826 (1996); Lonberg及びHuszar, Intern. Rev. Immunol.,
13：65-93 (1995)に記載されている。
【０１３５】 ４．抗体依存性酵素媒介性プロドラッグ治療法(ＡＤＥＰＴ) また、本発明の抗体は、プロドラッグ(例えばペプチジル化学療法剤、国際公
開81/01145号を参照)を活性な抗癌剤に転化させるプロドラッグ活性化酵素に抗
体をコンジュゲートさせることにより、ＡＤＥＰＴにおいて使用することができ
る。例えば国際公開88/07378及び米国特許第4,975,278号を参照されたい。 ＡＤＥＰＴに有用な免疫コンジュゲートの酵素成分には、より活性な細胞毒形
態に転化するように、プロドラッグに作用し得る任意の酵素が含まれる。 限定するものではないが、この発明の方法に有用な酵素には、グリコシダーゼ
、グルコースオキシダーゼ、ヒトリゾチーム、ヒトグルクロニダーゼ、ホスフェ
ート含有プロドラッグを遊離の薬剤に転化するのに有用なアルカリ性ホスファタ
ーゼ；スルファート含有プロドラッグを遊離の薬剤に転化するのに有用なアリー
ルスルファターゼ；非毒性５-フルオロシトシンを抗癌剤５-フルオロウラシルに
転化するのに有用なシトシンデアミナーゼ；プロテアーゼ、例えばセラチアプロ
テアーゼ、サーモリシン、サブチリシン、カルボキシペプチダーゼ（例えば、カ
ルボキシペプチダーゼＧ２及びカルボキシペプチダーゼＡ）及びカテプシン(例
えば、カテプシンＢ及びＬ)で、ペプチド含有プロドラッグを遊離の薬剤に転化
するのに有用なもの；Ｄ-アミノ酸置換基を含有するプロドラッグの転化に有用
なＤ-アラニルカルボキシペプチダーゼ；炭水化物切断酵素、例えばグリコシル
化プロドラッグを遊離の薬剤に転化するのに有用なノイラミニダーゼ及びβガラ
クトシダーゼ；βラクタムで誘導体化された薬剤を遊離の薬剤に転化させるのに
有用なβラクタマーゼ；及びペニシリンアミダーゼ、例えばそれぞれフェノキシ
アセチル又はフェニルアセチル基で、それらのアミン性窒素において誘導体化さ
れた薬剤を遊離の薬剤に転化するのに有用なペニシリンＶアミダーゼ又はペニシ
リンＧアミダーゼが含まれる。あるいは、「アブザイム」としてもまた公知の酵
素活性を有する抗体を、遊離の活性薬剤に本発明のプロドラッグを転化させるた
めに使用することもできる(例えば、Massey, Nature 328:457-458[1987]を参照)
。抗体-アブザイムコンジュゲートは、ここで記載されているようにして、腫瘍
細胞個体群にアブザイムを輸送するために調製することができる。 この発明の酵素は、当該分野においてよく知られている技術、例えば上で検討
したヘテロ二官能性架橋試薬を使用することにより、抗−ＰＲＯ３８１、抗−Ｐ
ＲＯ１２６９、抗−ＰＲＯ１４１０、抗−ＰＲＯ１７５５、抗−ＰＲＯ１７８０
、抗−ＰＲＯ１７８８、抗−ＰＲＯ３４３４、抗−ＰＲＯ１９２７、抗−ＰＲＯ
３５６７、抗−ＰＲＯ１２９５、抗−ＰＲＯ１２９３、抗−ＰＲＯ１３０３、抗
−ＰＲＯ４３４４、抗−ＰＲＯ４３５４、抗−ＰＲＯ４３９７、抗−ＰＲＯ４４
０７、抗−ＰＲＯ１５５５、抗−ＰＲＯ１０９６、抗−ＰＲＯ２０３８又は抗−
ＰＲＯ２２６２抗体に共有的に結合させることができる。あるいは、本発明の抗
体の少なくとも結合領域を本発明の酵素の少なくとも機能的に活性な部位に結合
せしめてなる融合タンパク質を、当該技術においてよく知られている組換えＤＮ
Ａ技術を使用して作成することができる(Neuberger等, Nature 312:604-608[198
4])。
【０１３６】 ５．二重特異性抗体 二重特異性抗体は、少なくとも２つの異なる抗原に対して結合特異性を有する
モノクローナル抗体、好ましくはヒトもしくはヒト化抗体である。本発明の場合
において、結合特異性の一方はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２に対してであり
、他方は任意の他の抗原、好ましくは細胞表面タンパク質又はレセプター又はレ
セプターサブユニットに対してである。 二重特異性抗体を作成する方法は当該技術分野において周知である。伝統的に
は、二重特異性抗体の組換え生産は、二つの重鎖が異なる特異性を持つ二つの免
疫グロブリン重鎖／軽鎖対の同時発現に基づく［Milstein及びCuello, Nature,
305:537-539 (1983)］。免疫グロブリンの重鎖と軽鎖を無作為に取り揃えるため
、これらハイブリドーマ(クアドローマ)は１０種の異なる抗体分子の潜在的混合
物を生成し、その内一種のみが正しい二重特異性構造を有する。正しい分子の精
製は、アフィニティークロマトグラフィー工程によって通常達成される。同様の
手順が1993年5月13日公開のWO 93/08829、及びTraunecker等, EMBO J.,10:3655-
3656 (1991)に開示されている。
【０１３７】 所望の結合特異性(抗体-抗原結合部位)を有する抗体可変ドメインを免疫グロ
ブリン定常ドメイン配列に融合できる。融合は、好ましくは少なくともヒンジ部
、ＣＨ２及びＣＨ３領域の一部を含む免疫グロブリン重鎖定常ドメインとのもの
である。少なくとも一つの融合には軽鎖結合に必要な部位を含む第一の重鎖定常
領域(ＣＨ１)が存在することが望ましい。免疫グロブリン重鎖融合体をコードす
るＤＮＡ、及び望むのであれば免疫グロブリン軽鎖を、別々の発現ベクターに挿
入し、適当な宿主生物に同時形質移入する。二重特異性抗体を作成するための更
なる詳細については、例えばSuresh等, Methods in Enzymology, 121:210(1986)
を参照されたい。 国際公開WO 96/27011号に記載された他のアプローチ法によれば、一対の抗体
分子間の界面を操作して組換え細胞培養から回収されるヘテロ二量体のパーセン
トを最大にすることができる。好適な界面は抗体定常ドメインのＣＨ３ドメイン
の少なくとも一部を含む。この方法では、第１抗体分子の界面からの一又は複数
の小さいアミノ酸側鎖がより大きな側鎖(例えばチロシン又はトリプトファン)と
置換される。大きな側鎖と同じ又はより小さいサイズの相補的「キャビティ」を
、大きなアミノ酸側鎖を小さいもの(アラニン又はスレオニン)と置き換えること
により第２の抗体分子の界面に作り出す。これにより、ホモ二量体のような不要
の他の最終産物に対してヘテロダイマーの収量を増大させるメカニズムが提供さ
れる。 二重特異性抗体は、完全長抗体又は抗体断片（例えば、Ｆ(ａｂ')２二重特異
性抗体）として調製できる。抗体断片から二重特異性抗体を産生する技術もまた
文献に記載されている。例えば、化学結合を使用して二重特異性抗体を調製する
ことができる。Brennan等, Science, 229:81 (1985) は無傷の抗体をタンパク分
解性に切断してＦ(ａｂ')２断片を産生する手順を記述している。これらの断片
は、ジチオール錯体形成剤亜砒酸ナトリウムの存在下で還元して近接ジチオール
を安定化させ、分子間ジスルフィド形成を防止する。産生されたＦａｂ'断片は
ついでチオニトロベンゾアート(ＴＮＢ)誘導体に転換される。Ｆａｂ'-ＴＮＢ誘
導体の一つをついでメルカプトエチルアミンでの還元によりＦａｂ'-チオールに
再転換し、他のＦａｂ'-ＴＮＢ誘導体の等モル量と混合して二重特異性抗体を形
成する。作られた二重特異性抗体は酵素の選択的固定化用の薬剤として使用する
ことができる。
【０１３８】 大腸菌からＦａｂ'フラグメントを直接回収でき、これは化学的に結合して二
重特異性抗体を形成することができる。Shalaby等, J. Exp. Med., 175:217-225
(1992) は完全にヒト化された二重特異性抗体Ｆ(ａｂ')２分子の製造を記述し
ている。各Ｆａｂ'フラグメントは大腸菌から別個に分泌され、インビトロで定
方向化学共役を受けて二重特異性抗体を形成する。このようにして形成された二
重特異性抗体は、正常なヒトＴ細胞及びＥｒｂＢ２レセプターを過剰発現する細
胞に結合可能で、ヒト乳房腫瘍標的に対するヒト細胞障害性リンパ球の細胞溶解
活性の誘因となる。 組換え細胞培養から直接的に二重特異性抗体フラグメントを作成し分離する様
々な方法もまた記述されている。例えば、二重特異性抗体はロイシンジッパーを
使用して生産されている。Kostelny等, J. Immunol. 148(5):1547-1553 (1992)
。Ｆｏｓ及びＪｕｎタンパク質からのロイシンジッパーペプチドを遺伝子融合に
より二つの異なった抗体のＦａｂ'部分に結合させる。抗体ホモダイマーをヒン
ジ領域で還元してモノマーを形成し、ついで再酸化して抗体ヘテロダイマーを形
成する。この方法はまた抗体ホモダイマーの生産に対して使用することができる
。Hollinger等, Proc.Natl.Acad.Sci. USA, 90:6444-6448 (1993)により記述さ
れた「ダイアボディ」技術は二重特異性抗体フラグメントを作成する別のメカニ
ズムを提供した。フラグメントは、同一鎖上の２つのドメイン間の対形成を可能
にするには十分に短いリンカーにより軽鎖可変ドメイン(ＶＬ)に重鎖可変ドメイ
ン(ＶＨ)を結合してなる。従って、一つのフラグメントのＶＨ及びＶＬドメイン
は他のフラグメントの相補的ＶＬ及びＶＨドメインと強制的に対形成させられ、
２つの抗原結合部位を形成する。単鎖Ｆｖ(ｓＦｖ)ダイマーの使用により二重特
異性抗体フラグメントを製造する他の方策もまた報告されている。Gruber等, J.
Immunol. 152:5368 (1994)を参照されたい。
【０１３９】 二価より多い抗体も考えられる。例えば、三重特異性抗体を調製することがで
きる。Tutt等 J. Immunol. 147:60(1991)。 例示的二重特異性抗体は、ここで与えられるタンパク質上の２つの異なるエピ
トープに結合しうる。あるいは、抗-ポリペプチドアームは、Ｔ細胞レセプター
分子（例えばＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ２８又はＢ７）等の白血球上のトリガー分子
、又はＦｃγＲＩ(ＣＤ６４)、ＦｃγＲＩＩ(ＣＤ３２)及びＦｃγＲＩＩＩ(Ｃ
Ｄ１６)等のＩｇＧのＦｃレセプター（ＦｃγＲ）に結合するアームに結合し、
細胞防御メカニズムを特定のタンパク質発現細胞に集中するようにしてもよい。
二重特異性抗体は、特定のポリペプチドを発現する細胞に対する局所的細胞毒性
薬として使用してもよい。これらの抗体は、ポリペプチド結合アーム及び細胞毒
性薬又はキレート化剤、例えばＥＯＴＵＢＥ、ＤＰＴＡ、ＤＯＴＡ、又はＴＥＴ
Ａに結合するアームを有する。他の対象とする二重特異性抗体は、ポリペプチド
に結合し、さらに組織因子（ＴＦ）に結合する。
【０１４０】 ６．ヘテロ結合抗体 ヘテロ結合抗体もまた本発明の範囲に入る。ヘテロ結合抗体は、２つの共有結
合した抗体からなる。このような抗体は、例えば、免疫系細胞を不要な細胞に対
してターゲティングさせるため［米国特許第4,676,980号］及びＨＩＶ感染の治
療のために［WO 91/00360; WO 92/200373; EP 03089］提案されている。この抗
体は、架橋剤に関連したものを含む合成タンパク化学における既知の方法を使用
して、インビトロで調製することができると考えられる。例えば、ジスルフィド
交換反応を使用するか又はチオエーテル結合を形成することにより、免疫毒素を
作成することができる。この目的に対して好適な試薬の例には、イミノチオレー
ト及びメチル-４-メルカプトブチリミデート、及び例えば米国特許第4,676,980
号に開示されているものが含まれる。
【０１４１】 ７．エフェクター機能の設計 本発明の抗体をエフェクター機能について改変し、例えばガンの治療における
抗体の効能を増強することが望ましい。例えば、システイン残基をＦｃ領域に導
入して、この領域における鎖間ジスルフイド結合を形成させる。このようにして
産生されたホモダイマー抗体は改善されたインターナリゼーション能力及び／又
は増加した補体媒介細胞死滅及び抗体依存性細胞障害活性(ＡＤＣＣ)を有しうる
。Caron等, J. Exp. Med. 176:1191-1195 (1992)及びShopes, B. J. Immunol. 1
48:2918-2922 (1992)を参照されたい。抗腫瘍活性が高められたホモダイマー抗
体は、Wolff等, Cancer Research 53:2560-2565(1993)に記載されているような
ヘテロ二官能性架橋剤を使用して調製することもできる。あるいは二重Ｆｃ領域
を有し、よって増強された補体溶解及びＡＤＣＣ能を有しうる抗体を設計するこ
とができる。Stevensonら, Anti-cancer Drug Design 3:219-230 (1989)を参照
。
【０１４２】 ８．免疫複合体 本発明はまた、化学治療薬、毒素（例えば、細菌、真菌、植物又は動物由来の
酵素活性毒素、又はその断片）などの細胞毒性薬、あるいは放射性同位体（即ち
、放射性結合）に結合された抗体を含む免疫複合体にも関する。 このような免疫複合体の生成に有用な化学治療薬は上記した。用いることので
きる酵素活性毒素及びその断片は、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合活
性断片、コレラ毒素、ボツリヌス毒素、（緑膿菌からの）外毒素Ａ鎖、リシンＡ
鎖、アブリンＡ鎖、モデクシン(modeccin)Ａ鎖、アルファ-サルシン、アレウリ
テス・フォーディ(Aleurites fordii)タンパク質、ジアンチン(dianthin)タンパ
ク質、フィトラカ・アメリカーナ(Phytolaca americana)タンパク質（ＰＡＰＩ
、ＰＡＰＩＩ、及びＰＡＰ-Ｓ）、モモルディカ・チャランチア(momordica char
antia)インヒビター、クルシン(curcin)、クロチン(crotin)、サパオナリア・オ
フィシナリス(sapaonaria officinalis)インヒビター、ゲロニン(gelonin)、サ
ポリン、ミトゲリン(mitogellin)、レストリクトシン(restrictocin)、フェノマ
イシン(phenomycin)、エノマイシン(enomycin)及びトリコテセン(tricothecene)
を含む。小分子毒素は例えばカリキアミシン(calicheamicins)、マイタンシノイ
ド(maytansinoids)、パリトキシン及びＣＣ１０６５を含む。様々な放射性ヌク
レオチドが放射性抱合抗体の生成に利用可能である。例として、２１２Ｂｉ、１ ３１ Ｉ、１３１Ｉｎ、９０Ｙ及び１８６Ｒｅを含む。
【０１４３】 抗体及び細胞毒性薬の複合体は、種々の二官能性タンパク質カップリング剤、
例えば、Ｎ-スクシンイミジル-３-(２-ピリジルジチオール)プロピオネート（Ｓ
ＰＤＰ）、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの二官能性誘導体（ジメチ
ルアジピミデートＨＣＬ等）、活性エステル（ジスクシンイミジルスベレート等
）、アルデヒド（グルタルアルデヒド等）、ビス-アジド化合物（ビス(ｐ-アジ
ドベンゾイル)ヘキサンジアミン等）、ビス-ジアゾニウム誘導体（ビス-(ｐ-ジ
アゾニウムベンゾイル)-エチレンジアミン等）、ジイソシアネート（トリエン２
，６-ジイソシアネート等）、及びビス-活性フッ素化合物（１，５-ジフルオロ-
２，４-ジニトロベンゼン等）を用いて作成できる。例えば、リシン免疫毒素は
、Vitetta等, Science 238: 1098 (1987)に記載されたように調製することがで
きる。カーボン-１４-標識１-イソチオシアナトベンジル-３-メチルジエチレン
トリアミン五酢酸（ＭＸ-ＤＴＰＡ）は、放射性ヌクレオチドの抗体への抱合の
ためのキレート剤の例である。WO 94/11026参照。 他の実施態様では、腫瘍の予備標的化で使用するために、抗体は「レセプター
」（ストレプトアビジン等）に結合されてもよく、抗体-レセプター複合体は患
者に投与され、次いで清澄化剤を用いて未結合複合体を循環から除去し、次に細
胞毒性薬（例えば、放射性ヌクレオチド等）に抱合された「リガンド」（例えば
アビジン）を投与する。
【０１４４】 ９．免疫リポソーム また、ここに開示する抗体は、免疫リポソームとして調製してもよい。抗体を
含むリポソームは、Epstein等, Proc. Natl. acad. Sci. USA, 82: 3688 (1985)
; Hwang等, Proc. natl. Acad. Sci. USA, 77: 4030 (1980); 及び米国特許第4,
485,045号及び第4,544,545号に記載されたような、この分野で知られた方法で調
製される。向上した循環時間を持つリポソームは、米国特許第5,013,556号に開
示されている。 特に有用なリポソームは、ホスファチジルコリン、コレステロール及びＰＥＧ
-誘導ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥＧ-ＰＥ）を含む脂質組成物での逆
相蒸発法によって生成される。リポソームは、所定サイズのフィルターを通して
押し出され、所望の径を有するリポソームが生成される。本発明の抗体のＦａｂ
’断片は、Martin等, J. Biol. Chem. 257: 286-288 (1982)に記載されているよ
うに、ジスルフィド交換反応を介してリポソームに抱合され得る。化学治療薬（
ドキソルビシン等）は、場合によってはリポソーム内に包含される。Gabizon等,
J. National Cancer Inst. 81(19) 1484 (1989)参照。
【０１４５】 Ｎ．製薬組成物 ここで同定される増幅遺伝子の産物に特異的に結合するアゴニスト抗体、並び
に上記に開示したスクリーニングアッセイで同定された他の分子は、癌を含む腫
瘍、ウイルス性疾患などの上記で議論した種々の病理学的状態の治療のために、
免疫調節剤として、製薬組成物の形態で投与することができる。 増幅された遺伝子にコードされるタンパク質が細胞内であり、全抗体が阻害剤
として用いられる場合、内在化抗体が好ましい。しかし、リポフェクション又は
リポソームは、抗体又は抗体断片を細胞に導入するのに使用できる。 抗体断片
が用いられる場合、標的タンパク質の結合ドメインに特異的に結合する最小阻害
断片が通常は好ましい。例えば、抗体の可変領域配列に基づいて、標的タンパク
質配列に結合する能力を保持したペプチド分子が設計できる。このようなペプチ
ドは、化学的に合成でき、又は組換えＤＮＡ技術によって生成できる（例えば、
Marasco等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90, 7889-7893 [1993]）。 抗体の治療用製剤は、所望される程度の純度を持つ抗体を、親油性製剤又は水
性溶液の形態で、任意の製薬上許容される担体、賦形剤又は安定化剤と混合する
ことにより調製され保存される（Remington's Pharmaceutical Science 16th ed
ition, Osol, A. Ed. [1980]）。許容される担体、賦形剤、又は安定化剤は、用
いられる用量及び濃度で受容者に非毒性であり、リン酸、クエン酸、及び他の有
機酸などのバッファー；アスコルビン酸及びメチオニンを含む酸化防止剤；防腐
剤（オクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロライド；ヘキサメトニウム
クロライド；ベンズアルコニウムクロライド；ベンズエトニウムクロライド；フ
ェノール；ブチル又はベンジルアルコール；メチル又はプロピルパラベン等のア
ルキルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３-ペン
タノール；及びｍ-クレゾールなど）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチ
ド；血清アルブミン、ゼラチン、又は免疫グロブリン等のタンパク質；ポリビニ
ルピロリドン等の親水性ポリマー；グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒス
チジン、アルギニン、又はリシン等のアミノ酸；グルコース、マンノース、又は
デキストリンを含む単糖類、二糖類、及び他の炭水化物ＥＤＴＡ等のキレート剤
、スクロース、マンニトール、トレハロース又はソルビトールなどの糖；ナトリ
ウムなどの塩形成対イオン；金属錯体（例えば、Ｚｎ-タンパク質錯体）又はト
ゥイーン(TWEEN)（商品名）、プルロニクス(PLURONICS)（商品名）、及びポリエ
チレングリコール（ＰＥＧ）等の非イオン性界面活性剤を含む。
【０１４６】 本発明のスクリーニングアッセイで同定された非-抗体化合物は、同様の方式
で、この分野で知られた標準技術を用いて製剤される。 ここでの製剤は、治療すべき特定の徴候に必要な場合に１以上の活性化合物、
好ましくは互いに悪影響を及ぼさない相補的仮性を持つものも含んでよい。ある
いは、又はそれに加えて、組成物は、細胞毒性薬、サイトカイン又は成長阻害剤
を含んでもよい。これらの分子は、適切には、意図する目的に有効な量の組み合
わせで存在する。 また、活性成分は、例えばコアセルベーション技術により又は界面重合により
調製されたマイクロカプセル、例えば、各々ヒドロキシメチルセルロース又はゼ
ラチン-マイクロカプセル及びポリ（メタクリル酸メチル）マイクロカプセル中
、コロイド状薬物送達系&lt;BR（例えば、リポソーム、アルブミン小球、マイク
ロエマルション、ナノ粒子及びナノカプセル）中、又はマイクロエマルション中
に包括されていてもよい。これらの技術は、Remington's Pharmaceutical Scien
ce 16th edition, Osol, A. Ed. [1980]に開示されている。
【０１４７】 インビボ投与に使用される製剤は無菌でなけらばならない。これは、滅菌濾過
膜を通した濾過により容易に達成される。 徐放性製剤を調製してもよい。徐放性製剤の好適な例は、抗体を含有する固体
疎水性ポリマーの半透性マトリクスを含み、このマトリクスは成形された物品、
例えばフィルム、又はマイクロカプセルの形状である。除放性マトリクスの例は
、ポリエステルヒドロゲル（例えば、ポリ(２-ヒドロキシエチル-メタクリレー
ト)又はポリ(ビニルアルコール））、ポリアクチド（米国特許第3,773,919号）
、Ｌ-グルタミン酸及びγ-エチル-Ｌ-グルタメート、非分解性エチレン-酢酸ビ
ニル、LUPRON DEPOT(商品名)（乳酸-グリコール酸コポリマーと酢酸リュープロ
リドの注射可能な小球）などの分解性乳酸-グリコール酸コポリマー、ポリ-(Ｄ)
-３-ヒドロキシブチル酸を含む。エチレン-酢酸ビニル及び乳酸-グリコール酸な
どのポリマーは分子を１００日に渡って放出することができるが、ある種のヒド
ロゲルはより短時間でタンパク質を放出してしまう。カプセル化された抗体が身
体内に長時間残ると、それらは３７℃の水分に露出されることにより変性又は凝
集し、その結果、生物学的活性の低下及び起こりうる免疫原性の変化をもたらす
。合理的な方法は、含まれる機構に依存する安定化について工夫することができ
る。例えば、凝集機構がチオ−ジスルフィド交換を通した分子間Ｓ-Ｓ結合形成
であると発見された場合、安定化はスルフヒドリル残基の修飾、酸性溶液からの
凍結乾燥、水分含有量の制御、適切な添加剤の付加、及び特異的ポリマーマトリ
クス組成物の開発によって達成されうる。
【０１４８】 Ｏ．治療方法 本発明の抗体及び他の抗腫瘍化合物は、ここで同定される増幅遺伝子の過剰発
現及び／又は活性化を特徴とするものを含む種々の状態の治療に用いてもよいと
考えられる。このような抗体及び、これらに限られないが有機及び無機小分子、
ペプチド、アンチセンス分子等を含む他の化合物で治療される状態又は疾患の例
としては、良性又は悪性腫瘍（例えば、腎臓(renal)、肝臓、腎臓(kidney)、膀
胱、乳房、胃、卵巣、大腸直腸、前立腺、膵臓、肺、外陰部、甲状、肝臓の癌；
肉腫；膠芽細胞腫；及び種々の頭部及び頸部の腫瘍）；白血病及びリンパ悪性疾
患；ニューロン、グリア、星状細胞、視床下部及び他の腺、マクロファージ、上
皮、間質及び胞胚腔の他の疾患；及び炎症、脈管形成及び免疫学的な疾患が含ま
れる。 本発明の抗腫瘍剤、例えば抗体は、哺乳動物、好ましくはヒトに、周知の方法
、例えば、ボーラスとして又は所定時間に渡る連続注入による静脈内投与、筋肉
内、腹膜内、脳脊髄内、皮下、関節間、滑膜内、鞘内、経口、局所、又は吸入経
路などにより投与される。抗体の静脈内投与が好ましい。
【０１４９】 他の治療的養生法を抗癌剤、例えば本発明の抗体の投与と組み合わせてもよい
。例えば、このような抗癌剤で治療される患者は放射線治療を受けてもよい。あ
るいは、又はそれに加えて、患者に化学治療薬を投与してもよい。このような化
学治療薬の調製法及び用量スケジュールは、製造者の指示に従って使用されるか
、熟練した実務者により経験的に決定される。そのような化学治療に対する調製
法及び用量スケジュールはまたChemotherapy Service M.C. Perry編, Williams
& Wilkins, Baltimore, MD (1992)にも記載されている。化学治療薬は、本発明
の抗腫瘍剤、例えば抗体の投与に先立って、又は続いて投与してもよく、あるい
はそれらと同時に投与してもよい。抗体は、タモキシフェン等の抗エストロゲン
化合物又はオナプリストンなどの抗プロゲステロン（EP 616812参照）の、それ
らの分子について知られた用量と組み合わせてもよい。 また、腫瘍関連抗原に対する抗体、例えばＥｒｂＢ２、ＥＧＦＲ、ＥｒｂＢ３
、ＥｒｂＢ４、又は血管内皮因子（ＶＥＧＦ）に結合する抗体を投与することも
好ましい。あるいは、又は加えて、患者に、ここで開示される同一の又は２以上
の異なる抗原に結合する２以上の抗体を一緒に投与してもよい。ときどきは、患
者に一又は複数のサイトカインを投与することも有利である。好ましい実施態様
では、ここでの抗体は、成長阻害剤と同時投与される。例えば、まず成長阻害剤
を投与し、続いて本発明の抗体を投与する。しかしながら、同時投与、又は本発
明の抗体を最初に投与することも考えられる。成長阻害剤についての適切な用量
は現在用いられている量であるが、成長阻害剤とこの抗体との組み合わせ（相乗
）効果により減少させ得る。
【０１５０】 疾患の予防又は治療のための、抗腫瘍剤、例えばここでの抗体の適切な用量は
、上記で定義したような治療される疾患の型、疾患の重篤さ及び経過、予防又は
治療目的で薬剤が投与されるか否か、従前の治療、患者の臨床履歴及び薬剤に対
する反応、及び主治医の裁量に依存する。薬剤は、適切には患者に一回又は一連
の治療に渡って適切に投与される。 例えば、疾患の型及び重篤さに応じて、約１μｇ／ｋｇから１５ｍｇ／ｋｇ（
例えば、０．１−２０ｍｇ／ｋｇ）の抗体が、例えば、１又はそれ以上の別々の
投与あるいは連続注入のいずれにしても、患者に投与するための最初の候補用量
である。典型的な１日の用量は、上記の要因に応じて、約１μｇ／ｋｇから１０
０ｍｇ／ｋｇ又はそれ以上であろう。数日以上に渡る繰り返し投与のためには、
状態に応じて、疾患の徴候に所望の抑制が現れるまで治療が続けられる。しかし
ながら、他の用量計画が有用であることもある。この治療の進行は、従来の技術
及びアッセイによって容易に観察される。
【０１５１】 Ｐ．製造品 本発明の他の実施態様では、上記の疾患の診断又は治療に有用な物質を含む製
造品が提供される。この製造品は容器とラベルとを含んでなる。好適な容器は、
例えば、ビン、バイアル、シリンジ、及び試験管を含む。容器は、ガラス又はプ
ラスチックなどの材料から形成されてよい。容器は、状態を診断し治療するのに
有効な組成物を収容し、無菌のアクセスポートを有し得る（例えば、容器は皮下
注射針で貫通可能なストッパーを有する静脈内溶液バッグ又はバイアルであって
よい）。組成物中の活性剤は通常、ここで同定される遺伝子産物の活性を妨害す
ることのできる抗腫瘍剤、例えば抗体である。容器上又は添付されるラベルは、
組成物が選択した状態の診断又は治療のために使用されることを示す。製造品は
さらに、リン酸緩衝塩水、リンガー液及びデキストロース溶液などの製薬的に許
容されるバッファーを含む第２の容器を具備してもよい。さらに、他のバッファ
ー、希釈剤、フィルター、針、シリンジ、及び使用上の指示を付けたパッケージ
挿入物を含む商業的及び使用者の見地から望ましい他の材料を含んでもよい。
【０１５２】 Ｑ．腫瘍の診断及び予知 或る種の腫瘍で過剰発現される成長レセプター等の細胞表面タンパク質は候補
薬剤又は腫瘍（例えば、癌）治療の優れた標的であるが、同じタンパク質は腫瘍
細胞で増幅された遺伝子にコードされる分泌タンパク質とともに腫瘍の診断及び
予知に用途が見出される。例えば、腫瘍細胞で増幅された遺伝子のタンパク質産
物に対する抗体は腫瘍診断又は予知として使用できる。 例えば、抗体断片を含む抗体は、増幅された遺伝子にコードされるタンパク質
（「マーカー遺伝子産物」）の発現の定性的又は定量的検出に用いることができ
る。抗体は、好ましくは検出可能な、例えば蛍光標識を備え、結合は光学顕微鏡
、フローサイトメトリー、フルオロメトリー、又はこの分野で知られた他の技術
によって観察できる。これらの技術は、増幅された遺伝子が細胞表面タンパク質
、例えば成長因子をコードする場合に特に好ましい。このような結合アッセイは
、上記５節に実質的に記載されたように実施される。 マーカー遺伝子産物に結合する抗体のインサイツ検出は、例えば、免疫蛍光又
は免疫電子顕微鏡によって実施できる。この目的のために、組織学的試料を患者
から取り出し、好ましくは生物学的試料に抗体を重層させることにより、標識抗
体をそれに適用する。この手法はまた、試験される組織におけるマーカー遺伝子
産物の分布も決定できるようにする。当業者には、インサイツ検出のために広範
な組織学的方法が容易に利用できることは明らかであろう。
【０１５３】 以下の実施例は例示するためにのみ提供されるものであって、本発明の範囲を
決して限定することを意図するものではない。 本明細書で引用した全ての特許及び文献の全体を、出典明示によりここに取り
込む。 （実施例） 実施例で言及されている全ての他の市販試薬は、特に示さない限りは製造者の
使用説明に従い使用した。ＡＴＣＣ受託番号により以下の実施例及び明細書全体
を通して特定されている細胞の供給源はアメリカン・タイプ・カルチャー・コレ
クション、１０８０１ユニヴァーシティー・ビルディング、マナッサス、ＶＡ２
０１１０−２２０９である。本出願で言及される全ての元の寄託は、特許手続き
上の微生物の寄託の国際的承認に関するブダペスト条約及びその規則(ブダペス
ト条約)の規定の下でなされた。これは、寄託の日付から３０年間、寄託の生存
可能な培養が維持されることを保証するものである。寄託物はブダペスト条約の
条項に従い、またジェネンテク社とＡＴＣＣとの間の合意に従い、ＡＴＣＣから
入手することができ、これは、どれが最初であろうとも、関連した米国特許の発
行時又は任意の米国又は外国特許出願の公開時に、寄託培養物の後代を永久かつ
非制限的に入手可能とすることを保証し、米国特許法第１２２条及びそれに従う
特許庁長官規則(特に参照番号８８６ＯＧ６３８の３７ＣＦＲ第１．１４条を含
む)に従って権利を有すると米国特許庁長官が決定した者に子孫を入手可能とす
ることを保証するものである。 特に記さない限り、本発明は上記及び以下の教科書に記載されたもののような
組換えＤＮＡ技術の標準的な手法を用いた：Sambrook等, Molecular Cloning: A
Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press N.Y., 1989; Ausubel等, Curr
ent Protocols in Molecular Biology, Green Publishing Associates and Wile
y Interscience, N.Y., 1989; Innis等, PCR Protocols: A Guide to Methods a
nd Applications, Academic Press, Inc., N.Y.., 1990; Harlow等, Antibodies
: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, 198
8; Gait, Oligonucleotide Synthesis, IRL Press, Oxford, 1984; R.I. Freshn
ey, Animal Cell Culture, 1987; Coligan等, Current Protocols in Immunolog
y, 1991。
【０１５４】 実施例１ 新規なポリペプチド及びそれをコードするｃＤＮＡを同定するための細胞外ドメ
イン相同性スクリーニング Swiss-Prot公的データベースからの約９５０の既知の分泌タンパク質からの細
胞外ドメイン（ＥＣＤ）配列（もしあれば、分泌シグナル配列を含む）を、ＥＳ
Ｔデータベースの検索に使用した。ＥＳＴデータベースは、公的データベース（
例えば、Dayhoff、GenBank）及び企業のデータベース（例えば、LIFESEQ(商品名
)、Incyte Pharmaceuticals、Palo Alto, CA）を含む。検索は、コンピュータプ
ログラムBLAST又はBLAST-2（Altschul等, Methods in Enzymology 266: 460-480
(1996)）を用いて、ＥＣＤタンパク質配列のＥＳＴ配列の６フレーム翻訳との
比較として実施した。既知のタンパク質をコードせず、BLASTスコア７０（９０
の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「phrap」（Phil Gree
n, University of Washington, Seattle, WA）で集団化してコンセンサスＤＮＡ
配列を構築した。 この細胞外ドメイン相同性スクリーニングを用いて、phrapを用いて他の同定
されたＥＳＴ配列に対してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。さらに、得られ
たコンセンサスＤＮＡ配列を、しばしば（常にではない）BLAST又はBLAST-2及び
phrapの繰り返しサイクルを用いて伸長し、コンセンサス配列を上で議論したＥ
ＳＴ配列の供給源を用いて可能な限り伸長させた。 上記のように得られたコンセンサス配列に基づいて、次いでオリゴヌクレオチ
ドを合成し、ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定する
ため、及びＰＲＯポリペプチドの完全長コード化配列のクローンを単離するプロ
ーブとして用いるために使用した。正方向及び逆方向ＰＣＲプライマーは一般的
に２０から３０ヌクレオチドの範囲であり、しばしば約１００−１０００ｂｐ長
のＰＣＲ産物を与えるために設計される。プローブ配列は、典型的に４０−５５
ｂｐ長である。幾つかの場合には、コンセンサス配列が約１−１．５ｋｂｐより
大きいときに付加的なオリゴヌクレオチドが合成される。完全長クローンについ
て幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを
、Ausubel等, Current Protocols in Molecular Biology, のように、ＰＣＲプ
ライマー対でのＰＣＲによりスクリーニングした。ポジティブライブラリを、次
いで、プローブオリゴヌクレオチド及びプライマー対の一方を用いて対象とする
遺伝子をコードするクローンの単離するのに使用した。 ｃＤＮＡクローンの単離に用いたｃＤＮＡライブラリは、Invitrogen, San Di
ego, CAからのもの等の市販試薬を用いて標準的な方法によって作成した。ｃＤ
ＮＡは、ＮｏｔＩ部位を含むオリゴｄＴでプライムし、平滑末端でＳａｌＩヘミ
キナーゼアダプターに結合させ、ＮｏｔＩで切断し、ゲル電気泳動でおよそのサ
イズ分類し、そして適切なクローニングベクター（ｐＲＫＢ又はｐＲＫＤ等；ｐ
ＲＫ５ＢはＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Holmes等, Scie
nce, 253: 1278-1280 (1991)参照）に、独特のＸｈｏＩ及びＮｏｔＩ部位におい
て、所定の方向でクローニングした。
【０１５５】 実施例２ シグナルアルゴリズム分析を用いたｃＤＮＡクローンの単離 種々のポリペプチド-コード化核酸配列は、ジェネンテク，インク（South San
Francisco, CA）によって開発された独自の配列発見アルゴリズムを、公的（例
えば、GenBank）及び／又は私的（LIFESEQ(登録商標), Incyte Pharmaceuticals
, Inc., Palo Alto, CA）データベースからのＥＳＴｓ並びに集団化及び構築さ
れたＥＳＴ断片に適用することにより同定した。シグナル配列アルゴリズムは、
考慮している配列又は配列断片の５'-末端の第１の、場合によっては第２のメチ
オニンコドン（ＡＴＧ）を取り囲むＤＮＡヌクレオチドの文字に基づく分泌シグ
ナルスコアを計算する。第１のＡＴＧに続くヌクレオチドは、停止コドンを持た
ない少なくとも３５の不明瞭でないアミノ酸をコードしなければならない。第１
のＡＴＧが必要なアミノ酸を有する場合、第２のものは解析しない。何れも要件
を満たさない場合、候補配列にスコアをつけなかった。ＥＳＴ配列が真正のシグ
ナル配列を含むか否かを決定するために、ＡＴＧコドンを取り囲むＤＮＡ及び対
応するアミノ酸配列を、分泌シグナルに関連することが知られた７つのセンサー
（評価パラメータ）の組を用いてスコアをつけた。このアルゴリズムの使用によ
り、多くのポリペプチド-コード化核酸配列の同定がなされた。
【０１５６】 実施例３ ヒトＰＲＯ３８１をコードするｃＤＮＡクローンの単離 上記実施例１において記述されているように、phrapを用いて他のＥＳＴ配列
に関し、コンセンサスＤＮＡ配列を構築させた。このコンセンサス配列は、ここ
においてＤＮＡ３９６５１と命名する。ＤＮＡ３９６５１コンセンサス配列に基
づいて、オリゴヌクレオチドを：１)所望の配列を含むcDNAライブラリーをPCRに
より同定するために、および２）ＰＲＯ３８１の完全長コード化配列のクローン
を単離ためのプローブとして使用するために合成した。 一組のPCR用プライマー（正方向および逆方向）が合成された： 正方向PCR用プライマー（39651.f1）： 5'-ＣＴＴＴＣＣＴＴＧＣＴＴＣＡＧＣＡＡＣＡＴＧＡＧＧＣ-3'(配列番号：３) 逆方向PCR用プライマー（39651.r1）： 5'-ＧＣＣＣＡＧＡＧＣＡＧＧＡＧＧＡＡＴＧＡＴＧＡＧＣ-3'(配列番号：４) さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブは、以下のヌ
クレオチド配列を持つコンセンサスＤＮＡ３９６５１配列から構築された。 ハイブリダイゼーションプローブ（39651.pl） 5'-ＧＴＧＧＡＡＣＧＣＧＧＴＣＴＴＧＡＣＴＣＴＧＴＴＣＧＴＣＡＣＴＴＣＴ
ＴＴＧＡＴＴＧＧＧＧＣＴＴＴＧ-3'(配列番号：５)
【０１５７】 完全長クローンのソースとして幾つかのライブラリーをスクリーンするために
、上記のごとく同定したＰＣＲプライマー組によりライブラリーから調製したＤ
ＮＡをＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。その後、ポジティブなライブラリ
ーは、オリゴヌクレオチドプローブおよびＰＣＲプライマーの一つを用い、ＰＲ
Ｏ３８１遺伝子をコードするクローンを単離するために用いた。ｃＤＮＡライブ
ラリー構築のためのＲＮＡは、ヒト胎児腎臓組織（ＬＩＢ２２７）から単離した
。 上記のように単離された単離クローンのＤＮＡ配列は、ＤＮＡ４４１９４−１
３１７（図１；配列番号：１）の完全長ＤＮＡ配列を含んでおり；ＰＲＯ３８１
のタンパク質配列をコードするものであった。 ＤＮＡ４４１９４−１３１７の全コード化配列は、図１（配列番号：１）に含
まれている。ＤＮＡ４４１９４−１３１７のクローンは、一つのオープンリーデ
ィングフレーム含み、ヌクレオチド位置１７４−１７６に見かけの翻訳開始部位
及びヌクレオチド位置８０７−８０９の停止シグナルを有していた。予測される
ポリペプチド前駆体は２１１アミノ酸長である。図２（配列番号：２）に示した
完全長ＰＲＯ３８１の分析は、図２に示したような種々の重要なポリペプチドド
メインの存在を明らかにし、ここで重要なポリペプチドドメインに与えた位置は
上記のようにおよそのものである。図２に示した完全長ＰＲＯ３８１配列の分析
により、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミノ酸２０のシグナ
ルペプチド；約アミノ酸１７６〜約アミノ酸１８０の潜在的Ｎ−グリコシル化部
位；約アミノ酸２０８〜約アミノ酸２１２の小胞体標的配列；約アミノ酸７８〜
約アミノ酸１１５、約アミノ酸１１８〜約アミノ酸１３２のＦＫＢＰ型ペプチジ
ループロリルシスートランスイソメラーゼ部位；約アミノ酸１９１〜約アミノ酸
２０４、約アミノ酸１８４〜約アミノ酸２０４、約アミノ酸１４０〜約アミノ酸
１６０のＥＦハンドカルシウム結合ドメイン；約アミノ酸１８３〜約アミノ酸２
０４のＳ−１００/ＩＣaＢＰ型カルシウム結合ドメイン。クローンＤＮＡ４４１
９４−１３１７は1998年4月28日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０
９８０８が付与されている。図２に示されている完全長ＰＲＯ３８１タンパク質
は分子量約24,172ダルトンと推定され、ｐＩは約5.99である。 完全長ＰＲＯ３８１ポリペプチドのアミノ酸配列の解析より、ＦＫＢＰイムノ
フィリンタンパク質と顕著な配列類似性を有することが示唆され、これにより、
ＰＲＯ３８１は新規ＦＫＢＰイムノフィリンホモログである可能性が示される。
さらに特筆すべきは、図２（配列番号：２）に示される完全長配列のＷＵ-ＢＬ
ＡＳＴ２を用いた配列相同性比較分析によるDayhoffデータベースの解析から、
ＰＲＯ３８１アミノ酸配列と以下のDayhoff配列との間の配列同一性が明らかに
なった：AF040252_1, I49669, P_R93551, S71238, CELC05C8_1, CEU27353-1, MI
P_TRYCR, CEZC455_3, FKB4_HUMAN 及び I40718.
【０１５８】 実施例４ ヒトＰＲＯ１２６９をコードするｃＤＮＡクローンの単離 ＤＮＡ６６５２０-１５３６は、上記実施例２に示されている独自のシグナル
配列検索アルゴリズムを適用する事により同定された。上記シグナル配列アルゴ
リズムを利用することで、ＬＩＦＥＳＥＱデータベース（登録商標）からのＥＳ
Ｔクラスター、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター番号101920で表されるものである
が、このクラスターの同定を可能ならしめた。その後、存在する相同性を同定す
るために、このＥＳＴクラスター配列を公的（例えば、GenBank）及び／又は私
的（LIFESEQ(登録商標), Incyte Pharmaceuticals, Inc., Palo Alto, CA）デー
タベースを含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較した。ホモロ
ジーサーチは、コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altschul等, Methods
in Enzymology 266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。既知のタンパク質を
コードせず、BLASTスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物
は、プログラム「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle,
Washington）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られ
たコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６５０９と命名する。 ＤＮＡ５６５０９配列とIncyteＥＳＴ番号103157との間の配列相同性に鑑みて
、IncyteＥＳＴ番号103157を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この
ｃＤＮＡ挿入物の配列を図３（配列番号：６）に示し、ここでＤＮＡ６６５２０
−１５３６と命名する。
【０１５９】 クローンＤＮＡ６６５２０−１５３６は単一のオープンリーディングフレーム
を含み、ヌクレオチド位置２６−２８に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌ
クレオチド位置６１４−６１６の停止コドンで終端する（図３）。予測されるポ
リペプチド前駆体は１９６アミノ酸長である（図４；配列番号：７）。図４に示
す完全長ＰＲＯ１２６９タンパク質は、約２１，７３１の見積もり分子量及び約
８．９７のｐＩを有する。図４（配列番号：７）に示した完全長ＰＲＯ１２６９
配列の分析により、種々の重要なポリペプチドドメインの存在が明らかになり、
それらの重要なポリペプチドドメインに与えられた位置は上記のようにおよその
ものである。図４に示した完全長ＰＲＯ１２６９配列の分析により、以下の存在
が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミノ酸２０のシグナルペプチド；約アミ
ノ酸１１２〜約アミノ酸１１６のＮ-グリコシル化部位。クローンＤＮＡ６６５
２０−１５３６は1998年９月1５日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２
０３２２６が付与された。 図４（配列番号：７）に示した完全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメント分
析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析によ
り、ＰＲＯ１２６９アミノ酸配列とDayhoff配列番号P_W23722との間の有意な配
列同一性が明らかになった。さらに、ＰＲＯ１２６９アミノ酸配列と以下に示す
Dayhoff配列との間に配列相同性が見いだされた：MMTAG7_1, MTV026_16, NAAA_B
PT3, S75616_1, 及びNCP_PIG。
【０１６０】 実施例５ ヒトＰＲＯ１４１０をコードするｃＤＮＡクローンの単離 ＤＮＡ６８８７４-１６２２は、上記実施例２に示されている独自のシグナル
配列検索アルゴリズムを適用する事により同定された。上記シグナル配列アルゴ
リズムを利用することで、ＬＩＦＥＳＥＱデータベース（登録商標）からのＥＳ
Ｔクラスター、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター番号98502で表されるものである
が、このクラスターの同定を可能ならしめた。その後、存在する相同性を同定す
るために、このＥＳＴクラスター配列を公的（例えば、GenBank）及び／又は私
的（LIFESEQ(登録商標), Incyte Pharmaceuticals, Inc., Palo Alto, CA）デー
タベースを含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較した。ホモロ
ジーサーチは、コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altschul等, Methods
in Enzymology 266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。既知のタンパク質を
コードせず、BLASTスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物
は、プログラム「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle,
Washington）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られ
たコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６４５１と命名する。 ＤＮＡ５６４５１配列とIncyteＥＳＴ番号1257046との間の配列相同性に鑑み
て、IncyteＥＳＴ番号1257046を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。
このｃＤＮＡ挿入物の配列を図５（配列番号８）に示し、ここでＤＮＡ６８８７
４-１６２２と命名する。
【０１６１】 クローンＤＮＡ６８８７４-１６２２は単一のオープンリーディングフレーム
を含み、ヌクレオチド位置１５２−１５４に見かけの翻訳開始部位を持ち、そし
てヌクレオチド位置８６６−８６８の停止コドンで終端する（図５）。予測され
るポリペプチド前駆体は２３８アミノ酸長である（図６；配列番号：９）。図６
に示す完全長ＰＲＯ１４１０タンパク質は、約２５，２６２の見積もり分子量及
び約６．４４のｐＩを有する。図６（配列番号：９）に示した完全長ＰＲＯ１４
１０配列の分析により、種々の重要なポリペプチドドメインの存在が明らかにな
り、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられた位置は上記のようにおよ
そのものである。図６に示した完全長ＰＲＯ１４１０配列の分析により、以下の
存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミノ酸２０のシグナルペプチド；約
アミノ酸１９４〜約アミノ酸２２０の膜貫通ドメイン；約アミノ酸１３２〜約ア
ミノ酸１３６のＮ-グリコシル化部位。クローンＤＮＡ６８８７４-１６２２は19
98年９月２２日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３２７７が付与さ
れた。 図６（配列番号：９）に示した完全長配列のWU-BLAST2配列アラインメント分
析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析によ
り、ＰＲＯ１４１０アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列相同性
が見いだされた：I48652, P_R76466, HSMHC3W36A_2, EPB4_HUMAN, P_R14256, EP
A8_MOUSE, P_R77285, P_W13569, AF000560_1,及びASF1_HELAN。
【０１６２】 実施例６ ヒトＰＲＯ１７５５をコードするｃＤＮＡクローンの単離 ＤＮＡ７６３９６-１６９８は、上記実施例２に示されている独自のシグナル
配列検索アルゴリズムを適用する事により同定された。上記シグナル配列アルゴ
リズムを利用することで、ＬＩＦＥＳＥＱデータベース（登録商標）からのＥＳ
Ｔクラスター、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター番号141872で表されるものである
が、このクラスターの同定を可能ならしめた。その後、存在する相同性を同定す
るために、このＥＳＴクラスター配列を公的（例えば、GenBank）及び／又は私
的（LIFESEQ(登録商標), Incyte Pharmaceuticals, Inc., Palo Alto, CA）デー
タベースを含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較した。ホモロ
ジーサーチは、コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altschul等, Methods
in Enzymology 266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。既知のタンパク質を
コードせず、BLASTスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物
は、プログラム「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle,
Washington）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られ
たコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５５７３１と命名する。 ＤＮＡ５５７３１配列とIncyteＥＳＴ番号257323との間の配列相同性に鑑みて
、IncyteＥＳＴ番号257323を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。Incy
teＥＳＴ番号257323は、発生の初期段階において神経細胞前駆体様の性質を示す
、ヒト奇形癌腫由来のhNT2細胞系（Stratagene library 番号STR9372310）から
単離したＲＮＡを用いて構築したライブラリーに由来する。このｃＤＮＡ挿入物
の配列を図７（配列番号１０）に示し、ここでＤＮＡ７６３９６-１６９８と命
名する。あるいは、ＤＮＡ７６３９６の配列は、オリゴヌクレオチドプローブお
よびプライマーを調製し、適切なライブラリー（例えば、STR9372310）から配列
を単離することにより得ることができる。
【０１６３】 ＤＮＡ７６３９６-１６９８の全コード配列は図７（配列番号１０）に含まれ
ている。クローンＤＮＡ７６３９６-１６９８は単一のオープンリーディングフ
レームを含み、ヌクレオチド位置５８−６０に見かけの翻訳開始部位を持ち、そ
してヌクレオチド位置８８６−８８８の停止コドンで終端する（図７）。予測さ
れるポリペプチド前駆体は２７６アミノ酸長である（図８；配列番号：１１）。
図８に示す完全長ＰＲＯ１７５５タンパク質は、約２９，４２６の見積もり分子
量及び約９．４０のｐＩを有する。図８（配列番号：１１）に示した完全長ＰＲ
Ｏ１７５５配列の分析により、種々の重要なポリペプチドドメインの存在が明ら
かになり、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられた位置は上記のよう
におよそのものである。図８に示した完全長ＰＲＯ１７５５配列の分析により、
以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミノ酸３３のシグナルペプチ
ド；約アミノ酸１７８〜約アミノ酸１９８の膜貫通ドメイン；約アミノ酸２１０
〜約アミノ酸２１４のｃＡＭＰおよびｃＧＭＰ依存性プロテインキナーゼリン酸
化サイト；約アミノ酸１１７〜約アミノ酸１２３、約アミノ酸１５４〜約アミノ
酸１６０、約アミノ酸２１４〜約アミノ酸２２０のＮ-ミリストリル化部位；約
アミノ酸１４９〜約アミノ酸１５２の細胞接着配列。クローンＤＮＡ７６３９６
-１６９８は1998年１１月１７日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０
３４７１が付与された。 図８（配列番号：１１）に示した完全長配列のWU-BLAST2配列アラインメント
分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析に
より、ＰＲＯ１７５５アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列相同
性が見いだされた：APG-BRANA, P_R37743, NAU88587_1, YHL1_EBV, P_W31855, C
ET10B10_4, AF039404_1, PRP1_HUMAN, AF038575_1 及びAF053091_1。
【０１６４】 実施例７ ヒトＰＲＯ１７８０をコードするｃＤＮＡクローンの単離 上記実施例１において記述されているように、phrapを用いて他のＥＳＴ配列
に関し、コンセンサスＤＮＡ配列を構築させた。ここでＤＮＡ６３８３７と命名
された、LIFESEQ(登録商標)データ−ベースからのＩｎｃｙｔｅＥＳＴ番号33493
14の配列は、既知のタンパク質をコードせず、BLASTスコア７０又はそれ以上を
持つ配列であった。ＤＮＡ６３８３７配列は、上記にて議論したＥＳＴ配列のソ
ースを可能なかぎり利用するコンセンサス配列を拡張するために、ＢＬＡＳＴを
繰り返し使用しおよびプログラム「phrap」を使用して、伸展したものである。
このコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ６３８３７と命名する。 ＤＮＡ６３８３７コンセンサス配列に基づいて、：１)所望の配列を含むcDNA
ライブラリーをPCRにより同定するために、および２）ＰＲＯ１７８０の完全長
の配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するためにオリゴヌクレ
オチドを合成した。 一組のPCR用プライマー（正方向および逆方向）が合成された： 正方向PCR用プライマー（63837.f1）： 5'-ＴＧＣＣＴＴＴＧＣＴＣＡＣＣＴＡＣＣＣＣＡＡＧＧ-3'(配列番号：１４) 逆方向PCR用プライマー（63837.r1）： 5'-ＴＣＡＧＧＣＴＧＧＴＣＴＣＣＡＡＡＧＡＧＡＧＧＧ-3'(配列番号：１５) さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブは、以下のヌ
クレオチド配列を持つコンセンサスＤＮＡ６３８３７配列から構築された。 ハイブリダイゼーションプローブ（63837.pl） 5'-ＣＣＣＡＡＡＧＡＴＧＴＣＣＡＣＣＴＧＧＣＴＧＣＡＡＡＴＧＴＧＡＡＡＡ
ＴＴＧＴＧＧＡＣＴＧＧ-3'(配列番号：１６)
【０１６５】 完全長クローンのソースとして幾つかのライブラリーをスクリーンするために
、上記のごとく同定したＰＣＲプライマー組によりライブラリーから調製したＤ
ＮＡをＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。その後、ポジティブなライブラリ
ーは、オリゴヌクレオチドプローブおよびＰＣＲプライマーの一つを用い、ＰＲ
Ｏ１７８０遺伝子をコードするクローンを単離するために用いた。ｃＤＮＡライ
ブラリー構築のためのＲＮＡは、ヒト胎児腎臓組織から単離した。 上記のように単離された単離クローンのＤＮＡ配列は、ＤＮＡ７１１６９−１
７０９（図９；配列番号：１２）に対する完全長のＤＮＡ配列を含んでおり；Ｐ
ＲＯ１７８０のタンパク質配列をコードするものであった。 ＤＮＡ７１１６９−１７０９の全コード化配列は、図９（配列番号：１２）に
含まれている。ＤＮＡ７１１６９−１７０９のクローンは、一つのオープンリー
ディングフレーム含み、ヌクレオチド位置６８−７０に見かけの翻訳開始部位及
びヌクレオチド位置１６３７−１６３９の停止シグナルを有していた。予測され
るポリペプチド前駆体は５２３アミノ酸長である。図１０（配列番号：１３）に
示した完全長ＰＲＯ１７８０の分析は、種々の重要なポリペプチドドメインの存
在を明らかにし、ここで重要なポリペプチドドメインに与えた位置は上記のよう
におよそのものである。図１０に示した完全長ＰＲＯ１７８０配列の分析により
、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミノ酸１９のシグナルペプ
チド；約アミノ酸４８３〜約アミノ酸５０４の膜貫通ドメイン；約アミノ酸５２
〜約アミノ酸５６の潜在的Ｎ−グリコシル化部位；約アミノ酸６８〜約アミノ酸
７５および約アミノ酸４２５〜約アミノ酸４３４のチロシンキナーゼリン酸化部
位；約アミノ酸１６〜約アミノ酸２２、約アミノ酸３０１〜約アミノ酸３０７、
約アミノ酸３７０〜約アミノ酸３７６および約アミノ酸４９４〜約アミノ酸５０
０のＮ−ミリストイル化部位；約アミノ酸４９３〜約アミノ酸５１５のロイシン
ジッパーパターン；約アミノ酸２４１〜約アミノ酸２９４のＵＤＰ−グリコシル
化部位。クローンＤＮＡ７１１６９−１７０９は1998年１１月１７日にＡＴＣＣ
に寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３４６７が付与されている。図１０に示され
ている完全長ＰＲＯ１７８０タンパク質は分子量約59,581ダルトンと推定され、
ｐＩは約8.68である。 図１０（配列番号：１３）に示される完全長配列のWU-BLAST2配列アラインメ
ント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分
析により、ＰＲＯ１７８０アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列
相同性が見いだされた：UDA2_RABIT, CGT_HUMAN, UD11_HUMAN, P_R26153, UDB1_
RAT, HSU59209_1, AB010872_1, UDB5_MOUSE, UDB8_HUMAN, およびUD14_HUMAN。
【０１６６】 実施例８ ヒトＰＲＯ１７８８をコードするｃＤＮＡクローンの単離 上記実施例１において記述されているように、phrapを用いて他のＥＳＴ配列
に関し、コンセンサスＤＮＡ配列を構築させた。ＩｎｃｙｔｅＥＳＴ番号296830
4の配列は、既知のタンパク質をコードせず、BLASTスコア７０又はそれ以上を持
つ配列として同定された。さらに、その配列は、上記にて議論したＥＳＴ配列の
ソースを可能なかぎり利用するコンセンサス配列を拡張するために、ＢＬＡＳＴ
を繰り返し使用しおよびプログラム「phrap」を使用して、伸展したものである
。このコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ４９６４８と命名する。ＤＮＡ４９６
４８コンセンサス配列に基づいて、：１)所望の配列を含むcDNAライブラリーをP
CRにより同定するために、および２）ＰＲＯ１７８８の完全長配列のクローンを
単離するためのプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した
。 一組のPCR用プライマー（正方向および逆方向）が合成された： 正方向PCR用プライマー（49648.f1）： 5'-ＣＣＣＴＧＣＣＡＧＣＣＧＡＧＡＧＣＴＴＣＡＣＣ-3'(配列番号：１９) 逆方向PCR用プライマー（49648.r1）： 5'-ＧＧＴＴＧＧＴＧＣＣＣＧＡＡＡＧＧＴＣＣＡＧＣ-3'(配列番号：２０) さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブは、以下のヌ
クレオチド配列を持つコンセンサスＤＮＡ４９６４８配列から構築された。 ハイブリダイゼーションプローブ（49648.pl） 5'-ＣＡＡＣＣＣＣＡＡＧＣＴＴＡＡＣＴＧＧＧＣＡＧＧＡＧＣＴＧＡＧＧＴＧ
ＴＴＴＴＣＡＧＧＣＣ-3'(配列番号：２１)
【０１６７】 完全長クローンのソースとして幾つかのライブラリーをスクリーンするために
、上記のごとく同定したＰＣＲプライマー組によりライブラリーから調製したＤ
ＮＡをＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。その後、ポジティブなライブラリ
ーは、オリゴヌクレオチドプローブおよびＰＣＲプライマーの一つを用い、ＰＲ
Ｏ１７８８遺伝子をコードするクローンを単離するために用いた。ｃＤＮＡライ
ブラリー構築のためのＲＮＡは、ヒト胎児腎臓組織から単離した。 上記のように単離された単離クローンのＤＮＡ配列は、ＤＮＡ７７６５２−２
５０５（図１１；配列番号：１７）の完全長ＤＮＡ配列を含んでおり；ＰＲＯ１
７８８のタンパク質配列をコードするものであった。 ＤＮＡ７７６５２−２５０５の全コード化配列は、図１１（配列番号：１７）
に含まれている。ＤＮＡ７７６５２−２５０５のクローンは、一つのオープンリ
ーディングフレーム含み、ヌクレオチド位置６４−６６に見かけの翻訳開始部位
及びヌクレオチド位置１１２３−１１２５の停止シグナルを有していた。予測さ
れるポリペプチド前駆体は３５３アミノ酸長である。図１２（配列番号：１８）
に示した完全長ＰＲＯ１７８８の解析は、種々の重要なポリペプチドドメインの
存在を明らかにするが、ここで重要なポリペプチドドメインに与えた位置は上記
のようにおよそのものである。図１２に示した完全長ＰＲＯ１７８８配列の分析
により、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミノ酸１６のシグナ
ルペプチド；約アミノ酸２１５〜約アミノ酸２３２および約アミノ酸２８７〜約
アミノ酸３０４の膜貫通ドメイン；約アミノ酸７４〜約アミノ酸７８および約ア
ミノ酸１３７〜約アミノ酸１４１の潜在的Ｎ−グリコシル化部位；約アミノ酸４
５〜約アミノ酸４９のグリコサミノグリカン接着部位；約アミノ酸３１８〜約ア
ミノ酸３２６のチロシンキナーゼリン酸化部位；約アミノ酸１３〜約アミノ酸１
９、約アミノ酸３２〜約アミノ酸３８、約アミノ酸８８〜約アミノ酸９４、約ア
ミノ酸２１４〜約アミノ酸２２０および約アミノ酸２２３〜約アミノ酸２２９の
Ｎ−ミリストイル化部位；約アミノ酸２８４〜約アミノ酸３０６のロイシンジッ
パーパターン。クローンＤＮＡ７７６５２−２５０５は1998年１１月１７日にＡ
ＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３４８０が付与されている。図１２に
示されている完全長ＰＲＯ１７８８タンパク質は分子量約37,847ダルトンと推定
され、ｐＩは約6.80である。 図１２（配列番号：１８）に示される完全長配列のWU-BLAST2配列アラインメ
ント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分
析により、ＰＲＯ１７８８アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列
相同性が見いだされた：AF030435_1; AF062006_1; DMTARTAN_1; GARP_HUMAN; S4
2799; P_R71294; HSU88879_1; DROWHEELER_1; A58532; およびAF068920_1。
【０１６８】 実施例９ ヒトＰＲＯ３４３４をコードするｃＤＮＡクローンの単離 ＤＮＡ７７６３１-２５３７は、上記実施例２に示されている独自のシグナル
配列検索アルゴリズムを適用する事により同定された。上記シグナル配列アルゴ
リズムを利用することで、ＬＩＦＥＳＥＱデータベース（登録商標）からのＥＳ
Ｔクラスターの同定が可能である。続いて、存在する相同性を同定するために、
このＥＳＴクラスター配列を公的（例えば、GenBank）及び／又は私的（LIFESEQ
(登録商標), Incyte Pharmaceuticals, Inc., Palo Alto, CA）データベースを
含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較した。ホモロジーサーチ
は、コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altschul等, Methods in Enzymo
logy 266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。既知のタンパク質をコードせず
、BLASTスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログ
ラム「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle, Washington
）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセン
サス配列を、ここでＤＮＡ５６０９９と命名する。 ＤＮＡ５６０９９配列とIncyteＥＳＴ番号3327089との間の配列相同性に鑑み
て、IncyteＥＳＴ番号3327089を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。
このｃＤＮＡ挿入物の配列は、図１３（配列番号：２２）に示されたおり、ここ
ではＤＮＡ７７６３１−２５３７と表わされる。
【０１６９】 クローンＤＮＡ７７６３１−２５３７は単一のオープンリーディングフレーム
を含み、ヌクレオチド位置４６−４８に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌ
クレオチド位置３１３３−３１３５の停止コドンで終端する（図１３）。予測さ
れるポリペプチド前駆体は１０２９アミノ酸長である（図１４；配列番号：２３
）。図１４に示す完全長ＰＲＯ３４３４タンパク質は、約114,213の見積もり分
子量及び約6.42のｐＩを有する。図１４（配列番号：２３）に示した完全長ＰＲ
Ｏ３４３４配列の分析により、種々の重要なポリペプチドドメインの存在が明ら
かになり、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられた位置は上記のよう
におよそのものである。図１４に示した完全長ＰＲＯ３４３４配列の分析により
、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミノ酸１６のシグナルペプ
チド；約アミノ酸１５４〜約アミノ酸１５８、約アミノ酸３３１〜約アミノ酸３
３５、約アミノ酸６１６〜約アミノ酸６２０、約アミノ酸７８５〜約アミノ酸７
８９および約アミノ酸８９１〜約アミノ酸８９５のｃＡＭＰおよびｃＧＭＰ依存
性プロテインキナーゼリン酸化部位；約アミノ酸９１〜約アミノ酸９７、約アミ
ノ酸１３６〜約アミノ酸１４２、約アミノ酸２２４〜約アミノ酸２３０約アミノ
酸４３５〜約アミノ酸４４１、約アミノ酸４３９〜約アミノ酸４４５、約アミノ
酸４４３〜約アミノ酸４４９、約アミノ酸６６５〜約アミノ酸６７１および約ア
ミノ酸６９８〜約アミノ酸７０４の潜在的Ｎ-ミリストリル化部位；約アミノ酸
３２９〜約アミノ酸３３３、約アミノ酸６３４〜約アミノ酸６３８のアミド化部
位；および約アミノ酸９６〜約アミノ酸１３５のオリゴアデニル酸合成酵素部位
。クローンＤＮＡ７７６３１−２５３７は1999年２月９日にＡＴＣＣに寄託され
、ＡＴＣＣ寄託番号２０３６５１が付与された。 図１４（配列番号：２３）に示した完全長配列のWU-BLAST2配列アラインメン
ト分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析
により、ＰＲＯ３４３４アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列相
同性が見いだされた：VATX_YEAST, P_R51171, POLS_IBDVP, IBDVORF_2, JC5043,
IBDVPIV_1, VE7_HPV11, GEN14220, MUTS_THETH, およびCOAC_CHICK。
【０１７０】 実施例１０ ヒトＰＲＯ１９２７をコードするｃＤＮＡクローンの単離 ＤＮＡ８２３０７−２５３１は、上記実施例２に示されている独自のシグナル
配列検索アルゴリズムを適用する事により同定された。上記シグナル配列アルゴ
リズムを利用することで、ＬＩＦＥＳＥＱデータベース（登録商標）からのＥＳ
Ｔクラスターの同定が可能であり、ＥＳＴクラスター配列番号1913で表される。
続いて、存在する相同性を同定するために、このＥＳＴクラスター配列を公的（
例えば、GenBank）、私的（LIFESEQ(登録商標), Incyte Pharmaceuticals, Inc.
, Palo Alto, CA）ＥＳＴ ＤＮＡデータベース及びさらなる私的（Genentech,
Inc., South San Francisco, CA）ＥＳＴ ＤＮＡデータベースを含む様々な発
現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較した。ホモロジーサーチは、コンピュ
ータプログラムBLAST又はBLAST2（Altshul等, Methods in Enzymology 266: 460
-480 (1996)）を用いて実施した。既知のタンパク質をコードせず、BLASTスコア
７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「phrap」
（Phil Green, University of Washington, Seattle, Washington）で集団化し
てコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。集団化された配列には、ここで「ＤＮＡ
２０１６８」と命名するＧｅｎｅｎｔｅｃｈのデータベースからのＥＳＴが含ま
れる。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ７３８９６と命名す
る。 ＤＮＡ７３８９６配列とIncyteＥＳＴ番号3326981H1（大動脈組織から単離し
たＲＮＡから構築されたライブラリーから得た）との間の配列相同性に鑑みて、
IncyteＥＳＴ番号3326981H1を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。こ
のｃＤＮＡ挿入物の配列は、図１５（配列番号：２４）に示されたおり、ここで
はＤＮＡ８２３０７−２５３１と表わされる。
【０１７１】 クローンＤＮＡ８２３０７−２５３１は単一のオープンリーディングフレーム
を含み、ヌクレオチド位置５１−５３に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌ
クレオチド位置１６９５−１６９７の停止コドンで終端する（図１５）。予測さ
れるポリペプチド前駆体は５４８アミノ酸長である（図１６；配列番号：２５）
。図１６に示す完全長ＰＲＯ１９２７タンパク質は、約63,198ダルトンの見積も
り分子量及び約8.10のｐＩを有する。図１６（配列番号：２５）に示した完全長
ＰＲＯ１９２７配列の分析により、種々の重要なポリペプチドドメインの存在が
明らかになり、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられた位置は上記の
ようにおよそのものである。図１６に示した完全長ＰＲＯ１９２７配列の分析に
より、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミノ酸２３のシグナル
ペプチド；約アミノ酸５〜約アミノ酸９、約アミノ酸８７〜約アミノ酸９１、約
アミノ酸１０３〜約アミノ酸１０７および約アミノ酸４６５〜約アミノ酸４６９
の潜在的Ｎ−グリコシル化部位；及び約アミノ酸６〜約アミノ酸１２、約アミノ
酸１３６〜約アミノ酸１４２、約アミノ酸３７０〜約アミノ酸３７６および約ア
ミノ酸５０９〜約アミノ酸５１５の潜在的Ｎ-ミリストリル化部位。クローンＤ
ＮＡ８２３０７−２５３１は1998年１１月１５日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣ
Ｃ寄託番号２０３５３７が付与された。 図１６（配列番号：２５）に示した完全長配列のWU-BLAST2配列アラインメン
ト分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析
により、ＰＲＯ１９２７アミノ酸配列とDayhoff配列AB000628_1との間に優位な
配列相同性が明らかにされた。相同性はまたＰＲＯ１９２７アミノ酸配列と以下
のさらなるDayhoffデータベースの間にもみられた：HGS_A251, HGS_A197, CELC5
0H11_2, CPXM_BACSU, VF03_VACCC, VF03_VACCV, DYHA_CHLRE, C69084,およびA64
315。
【０１７２】 実施例１１ ヒトＰＲＯ３５６７をコードするｃＤＮＡクローンの単離 上記実施例１において記述されているように、phrapを用いて他のＥＳＴ配列
に関し、コンセンサスＤＮＡ配列を構築させた。このコンセンサス配列は、ここ
ではＤＮＡ５２７１１と表される。ＤＮＡ５２７１１コンセンサス配列およびメ
ルクＥＳＴクローンAA082750に基づいて、メルクＥＳＴクローンAA082750を購入
しその挿入ＤＮＡを入手し、配列決定をした。その全ヌクレオチド配列は、図１
７（配列番号：２６）に示されており、ここではＤＮＡ５６０４９−２５４３と
称する。
【０１７３】 クローンＤＮＡ５６０４９−２５４３は単一のオープンリーディングフレーム
を含み、ヌクレオチド位置９７−９９に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌ
クレオチド位置６３７−６３９の停止コドンで終端する。予測されるポリペプチ
ド前駆体は１８０アミノ酸長である。図１８（配列番号：２７）に示した完全長
ＰＲＯ３５６７配列の解析により、種々の重要なポリペプチドドメインの存在が
明らかになり、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられた位置は上記の
ようにおよそのものである。図１８に示した完全長ＰＲＯ３５６７配列の解析に
より、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミノ酸２５のシグナル
ペプチド；約アミノ酸１４９〜約アミノ酸１６４の膜貫通ドメイン；約アミノ酸
１４１〜約アミノ酸１４５の潜在的Ｎ−グリコシル化部位；約アミノ酸２５〜約
アミノ酸３１および約アミノ酸１３５〜約アミノ酸１４１の潜在的Ｎ-ミリスト
リル化部位；約アミノ酸１６〜約アミノ酸２７の原核細胞膜リポプロテイン脂質
接着部位；約アミノ酸１１２〜約アミノ酸１１５の細胞接着部位；約アミノ酸１
〜約アミノ酸２１のＴｏｎＢ依存性受容体タンパク質シグネチャ−１。クローン
ＤＮＡ５６０４９−２５４３は、1999年２月９日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣ
Ｃ寄託番号２０３６６２が付与された。図１８（配列番号：２７）に示す完全長
ＰＲＯ３５６７タンパク質は、約20,313ダルトンの見積もり分子量及び約8.91の
ｐＩを有する。 図１８（配列番号：２７）に示した完全長配列のWU-BLAST2配列アラインメン
ト分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の解析
により、ＰＲＯ３５６７アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列相
同性が見いだされた：SPC2_CANFA, SPC2_CHICK, SPC2_CAEEL, AF057144_1, YD2B
_SCHPO, S61639, SPC3_YEAST, AMU21992_1, EPU22004_1, およびCMU20539_1。
【０１７４】 実施例１２ ヒトＰＲＯ１２９５をコードするｃＤＮＡクローンの単離 ＤＮＡ５９２１８−１５５９は、上記実施例２に示されている独自のシグナル
配列検索アルゴリズムを適用する事により同定された。上記シグナル配列アルゴ
リズムを利用することで、ＬＩＦＥＳＥＱデータベース（登録商標）からのＥＳ
Ｔクラスターの同定が可能である。次いで、存在する相同性を同定するために、
このＥＳＴクラスター配列を公的（例えば、GenBank）および私的（LIFESEQ(登
録商標), Incyte Pharmaceuticals, Inc., Palo Alto, CA）ＥＳＴ ＤＮＡデー
タベースを含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較した。一又は
それ以上のＥＳＴは胸腺組織ライブラリー由来であった。ホモロジーサーチは、
コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altschul等, Methods in Enzymology
266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。既知のタンパク質をコードせず、BL
ASTスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム
「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle, Washington）で
集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス
配列を、ここではＤＮＡ５６２６２と称する。 ＤＮＡ５６２６２配列とIncyteＥＳＴ番号3743334との間の配列相同性に鑑みて
、このＥＳＴを含むクローンを購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。こ
のｃＤＮＡ挿入物の配列は、図１９（配列番号：２８）に示されたおり、ここで
はＤＮＡ５９２１８−１５５９と表わされる。
【０１７５】 クローンＤＮＡ５９２１８−１５５９は単一のオープンリーディングフレーム
を含み、ヌクレオチド位置２０７−２０９に見かけの翻訳開始部位を持ち、そし
てヌクレオチド位置１０４７−１０４９の停止コドンで終端する（図１９）。予
測されるポリペプチド前駆体は２８０アミノ酸長である（図２０；配列番号：２
９）。図２０に示す完全長ＰＲＯ１２９５タンパク質は、約30,163ダルトンの見
積もり分子量及び約6.87のｐＩを有する。図２０（配列番号：２９）に示した完
全長ＰＲＯ１２９５配列の分析により、種々の重要なポリペプチドドメインの存
在が明らかになり、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられた位置は上
記のようにおよそのものである。図２０に示した完全長ＰＲＯ１２９５配列の解
析により、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミノ酸１８のシグ
ナルペプチド；約アミノ酸２４４〜約アミノ酸２４８のＮ−グリコシル化部位；
および約アミノ酸２７８〜約アミノ酸２８２のミクロボディーＣ末端標的シグナ
ル。クローンＤＮＡ５９２１８−１５５９は1998年９月２９日にＡＴＣＣに寄託
され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３２８７が付与された。 図２０（配列番号：２９）に示した完全長配列のWU-BLAST2配列アラインメン
ト分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析
により、ＰＲＯ１２９５アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列相
同性が見いだされた：AB011099_1, ILVE_MYCTU, ATTECR_2, AF010496_27, P_R15
346, S37191, PER_DROMS, L2MU_ADECCおよびP_W34238。
【０１７６】 実施例１３ ヒトＰＲＯ１２９３をコードするｃＤＮＡクローンの単離 ＤＮＡ６０６１８−１５５７は、上記実施例２に示されている独自のシグナル
配列検索アルゴリズムを適用する事により同定された。上記シグナル配列アルゴ
リズムを利用することで、ＬＩＦＥＳＥＱデータベース（登録商標）からのＥＳ
Ｔクラスター、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター番号115204で表されるものである
が、このクラスターの同定を可能ならしめた。続いて、存在する相同性を同定す
るために、このＥＳＴクラスター配列を公的（例えば、GenBank）及び／又は私
的（LIFESEQ(登録商標), Incyte Pharmaceuticals, Inc., Palo Alto, CA）デー
タベースを含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較した。ホモロ
ジーサーチは、コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altshul等, Methods
in Enzymology 266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。既知のタンパク質を
コードせず、BLASTスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物
は、プログラム「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle,
Washington）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られ
たコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６５２２と称する。 ＤＮＡ５６５２２配列とIncyteＥＳＴ2966119との間の配列相同性に鑑みて、I
ncyteＥＳＴ2966119を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。このｃＤＮ
Ａ挿入物の配列は、図２１（配列番号：３０）に示されたおり、ここではＤＮＡ
６０６１８−１５５７と表わされる。
【０１７７】 クローンＤＮＡ６０６１８−１５５７は単一のオープンリーディングフレーム
を含み、ヌクレオチド位置３７−３９に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌ
クレオチド位置１０６０−１０６２の停止コドンで終端する（図２１）。予測さ
れるポリペプチド前駆体は３４１アミノ酸長である（図２２；配列番号：３１）
。図２２に示す完全長ＰＲＯ１２９３タンパク質は、約38,070ダルトンの見積も
り分子量及び約6.88のｐＩを有する。図２２（配列番号：３１）に示した完全長
ＰＲＯ１２９３配列の分析により、種々の重要なポリペプチドドメインの存在が
明らかになり、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられた位置は上記の
ようにおよそのものである。図２０に示した完全長ＰＲＯ１２９３配列の解析に
より、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミノ酸１９のシグナル
ペプチド；約アミノ酸２３７〜約アミノ酸２６２の膜貫通ドメイン；約アミノ酸
２０５〜約アミノ酸２０９のＮ−グリコシル化部位；約アミノ酸１５１〜約アミ
ノ酸１５４の細胞接着配列；および約アミノ酸１１５〜約アミノ酸１４１のコプ
ロポルフィリノーゲンＩＩＩ酸化酵素と相同性を有するアミノ酸配列ブロック。
クローンＤＮＡ６０６１８−１５５７は1998年９月２９日にＡＴＣＣに寄託され
、ＡＴＣＣ寄託番号２０３２９２が付与された。 図２２（配列番号：３１）に示した完全長配列のWU-BLAST2配列アラインメン
ト分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析
により、ＰＲＯ１２９３アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列相
同性が見いだされた：HSVCD54_1, A33_HUMAN, AF009220_1, HSU82279_1, AF0042
30_1, P_R13272, AF004231_1, AF043644_1, S44125およびHSIGGHC85_1。
【０１７８】 実施例１４ ヒトＰＲＯ１３０３をコードするｃＤＮＡクローンの単離 上記実施例１において記述されているように、phrapを用いて他のＥＳＴ配列
に関し、コンセンサスＤＮＡ配列を構築させた。このコンセンサス配列は、ここ
ではＤＮＡ４７３４７と表される。ＤＮＡ４７３４７コンセンサス配列およびＤ
ＮＡ４７３４７が由来する集合化の範囲内のIncyteＥＳＴとの相同性に基づいて
、IncyteＥＳＴクローン1430305を購入しその挿入ＤＮＡを入手し、全配列決定
をした。その全ヌクレオチド配列は、図２３（配列番号：３２）に示されており
、ここではＤＮＡ６５４０９−１５６６と称する。
【０１７９】 クローンＤＮＡ６５４０９−１５６６は単一のオープンリーディングフレーム
を含み、ヌクレオチド位置１２１−１２３に見かけの翻訳開始部位を持ち、そし
てヌクレオチド位置８６５−８６７の停止コドンで終端する。予測されるポリペ
プチド前駆体は２４８アミノ酸長である。図２４（配列番号：３３）に示した完
全長ＰＲＯ１３０３配列の解析により、種々の重要なポリペプチドドメインの存
在が明らかになり、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられた位置は上
記のようにおよそのものである。図２４に示した完全長ＰＲＯ１３０３配列の解
析により、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミノ酸１７のシグ
ナルペプチド；約アミノ酸２４〜約アミノ酸２８および約アミノ酸１６３〜約ア
ミノ酸１６７の潜在的Ｎ−グリコシル化部位；約アミノ酸５８〜約アミノ酸６４
のセリンプロテアーゼ、トリプシンファミリー、ヒスチジン活性部位；約アミノ
酸４７〜約アミノ酸６４、約アミノ酸１９６〜約アミノ酸２０７、および約アミ
ノ酸２１８〜約アミノ酸２４２のセリンプロテアーゼ、トリプシンファミリー、
ヒスチジンタンパク質ドメイン；約アミノ酸４７〜約アミノ酸６５、および約ア
ミノ酸１９４〜約アミノ酸２０７のクリングルドメインタンパク質部位；および
約アミノ酸２２０〜約アミノ酸２４８のアップルドメイン部位。クローンＤＮＡ
６５４０９−１５６６は、1998年９月１５日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄
託番号２０３２３２が付与された。図２４に示す完全長ＰＲＯ１３０３タンパク
質は、約26,734ダルトンの見積もり分子量及び約7.90のｐＩを有する。 図２４（配列番号：３３）に示した完全長配列のWU-BLAST2配列アラインメン
ト分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の解析
により、ＰＲＯ１３０３アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列相
同性が見いだされた：AB009849_1, P_W08475, AF024605_1, A42048_1, TRY3_RAT
, MMAE00066414, TRY1_RAT, MMAE000663_4, MMAE000665_2,およびMMAE00066412
。
【０１８０】 実施例１５ ヒトＰＲＯ４３４４をコードするｃＤＮＡクローンの単離 上記実施例１において記述されているように、phrapを用いて他のＥＳＴ配列
に関し、コンセンサスＤＮＡ配列を構築させた。このコンセンサス配列をここで
は、ＤＮＡ８０２０３と称する。ＤＮＡ８０２０３コンセンサス配列に基づいて
、：１)所望の配列を含むcDNAライブラリーをPCRにより同定するために、および
２）ＰＲＯ４３４４の完全長配列のクローンを単離するためのプローブとして使
用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。 一組のPCR用プライマー（正方向および逆方向）を合成した： 正方向PCR用プライマー： 5'-ＣＴＴＧＣＴＣＣＴＧＧＣＣＡＴＣＡＡＧＴＣＡＣ-3'(配列番号：３６) 逆方向PCR用プライマー： 5'-ＧＴＴＧＡＡＧＡＡＧＴＣＣＴＣＡＧＴＧＡＡＧＴＣＣＣＡＣ-3'(配列番号
：３７) さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブは、以下のヌ
クレオチド配列を持つコンセンサスＤＮＡ８０２０３配列から構築された。 ハイブリダイゼーションプローブ 5'-ＣＡＧＣＴＧＡＡＧＣＴＧＧＴＧＴＴＣＣＴＣＣＴＡＧＧＧＧＴＧＧＣＡＧ
ＧＡＴＣＣＧ-3'(配列番号：３８)
【０１８１】 完全長クローンのソースとして幾つかのライブラリーをスクリーンするために
、上記のごとく同定したＰＣＲプライマー組によりライブラリーから調製したＤ
ＮＡをＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。その後、ポジティブなライブラリ
ーは、オリゴヌクレオチドプローブおよびＰＣＲプライマーの一つを用い、ＰＲ
Ｏ４３４４遺伝子をコードするクローンを単離するために用いた。ｃＤＮＡライ
ブラリー構築のためのＲＮＡは、ヒト大動脈内皮細胞から単離した。 上記のように単離された単離クローンのＤＮＡ配列は、ＤＮＡ８４９２７−２
５８５（図２５；配列番号：３４）の完全長ＤＮＡ配列を含んでおり；ＰＲＯ４
３４４のタンパク質配列をコードするものであった。 ＤＮＡ８４９２７−２５８５の全コード化配列は、図２５（配列番号：３４）
に含まれている。ＤＮＡ８４９２７−２５８５のクローンは、一つのオープンリ
ーディングフレーム含み、ヌクレオチド位置３５７−３５９に見かけの翻訳開始
部位及びヌクレオチド位置１４９１−１４９３の停止シグナルを有していた。予
測されるポリペプチド前駆体は３７８アミノ酸長である。図２６（配列番号：３
５）に示した完全長ＰＲＯ４３４４の解析は、種々の重要なポリペプチドドメイ
ンの存在を明らかにするが、ここで重要なポリペプチドドメインに与えた位置は
上記のようにおよそのものである。図２６に示した完全長ＰＲＯ４３４４配列の
分析により、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミノ酸３９のシ
グナルペプチド；約アミノ酸３０〜約アミノ酸４９のタイプＩＩ型膜貫通ドメイ
ン；約アミノ酸７９〜約アミノ酸８３、約アミノ酸１０４〜約アミノ酸１０８、
および約アミノ酸１９２〜約アミノ酸１９６のＮ−グリコシル化部位；約アミノ
酸１９４〜約アミノ酸１９８、および約アミノ酸３５２〜約アミノ酸３５６のカ
ゼインキナーゼＩＩリン酸化部位；約アミノ酸１４〜約アミノ酸２０、約アミノ
酸１６０〜約アミノ酸１６６、および約アミノ酸３６７〜約アミノ酸３７３のＮ
−ミリストイル化部位；および約アミノ酸３５〜約アミノ酸４６の原核細胞膜リ
ポプロテイン脂質接着部位。クローンＤＮＡ８４９２７−２５８５は1999年３月
２３日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３８６５が付与されている
。図２６に示されている完全長ＰＲＯ４３４４タンパク質は分子量約42,310ダル
トンと推定され、ｐＩは約9.58である。 図２６（配列番号：３５）に示される完全長配列のWU-BLAST2配列アラインメ
ント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分
析により、ＰＲＯ４３４４アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列
相同性が見いだされた：P_W64558, P_W80212, AF029790_1, P_R57433, AB003748
_1, MMHC425O1814, DMU41449_1, DMSEG0007_10, DMC65G3_4, 及びFNG_DROME。
【０１８２】 実施例１６ ヒトＰＲＯ４３５４をコードするｃＤＮＡクローンの単離 ＤＮＡ９２２５６−２５９６は、上記実施例２に示されている独自のシグナル
配列検索アルゴリズムを適用する事により同定された。上記シグナル配列アルゴ
リズムを利用することで、ＬＩＦＥＳＥＱデータベース（登録商標）からのＥＳ
Ｔクラスター（92909）配列、またここでは「ＤＮＡ１０１９５」とも称する配
列の同定を可能ならしめた。続いて、存在する相同性を同定するために、このＥ
ＳＴクラスター配列を公的（例えば、GenBank）及び私的（LIFESEQ(登録商標),
Incyte Pharmaceuticals, Inc., Palo Alto, CA）データベースを含む様々な発
現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較した。ホモロジーサーチは、コンピュ
ータプログラムBLAST又はBLAST2（Altshul等, Methods in Enzymology 266: 460
-480 (1996)）を用いて実施した。既知のタンパク質をコードせず、BLASTスコア
７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「phrap」
（Phil Green, University of Washington, Seattle, Washington）で集団化し
てコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、
ここでＤＮＡ５６０６３称する。 クラスター配列および配列比較に基づいて、ＤＮＡ９２２６４−２５９６が同
定され全配列決定が行われた。全コード化配列は図２７（配列番号：３９）に含
まれている。
【０１８３】 クローンＤＮＡ９２２５６−２５９６は単一のオープンリーディングフレーム
を含み、ヌクレオチド位置１０８−１１０に見かけの翻訳開始部位を持ち、そし
てヌクレオチド位置８５２−８５４の停止コドンで終端する（図２７）。予測さ
れるポリペプチド前駆体は２４８アミノ酸長である（図２８；配列番号：４０）
。図２８に示す完全長ＰＲＯ４３５４タンパク質は、約28,310ダルトンの見積も
り分子量及び約4.63のｐＩを有する。図２８（配列番号：４０）に示した完全長
ＰＲＯ４３５４配列の分析により、種々の重要なポリペプチドドメインの存在が
明らかになり、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられた位置は上記の
ようにおよそのものである。図２８に示した完全長ＰＲＯ４３５４配列の解析に
より、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミノ酸２１のシグナル
ペプチド；約アミノ酸１０６〜約アミノ酸１１０のcAMP−およびcGMP−依存性プ
ロテインキナーゼリン酸化部位；約アミノ酸３６〜約アミノ酸４０、約アミノ酸
８０〜約アミノ酸８４、約アミノ酸８４〜約アミノ酸８８、約アミノ酸１５８〜
約アミノ酸１６２、約アミノ酸２０２〜約アミノ酸２０６、約アミノ酸２０７〜
約アミノ酸２１１、および約アミノ酸２１３〜約アミノ酸２１７のカゼインキナ
ーゼＩＩリン酸化部位；約アミノ酸１１５〜約アミノ酸１２１のＮ−ミリストイ
ル化部位；および約アミノ酸７０〜約アミノ酸７４のアミド化部位。クローンＤ
ＮＡ９２２５６−２５９６は1999年３月３０日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ
寄託番号２０３８９１が付与された。 図２８（配列番号：４０）に示した完全長配列のWU-BLAST2配列アラインメン
ト分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の解析
により、ＰＲＯ４３５４アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列相
同性が見いだされた：HGS_RF300, CEVK04G11_2, CEC11H1_7, HSU80744_1, CEF09
E8_2, RNAJ2967_1, DDICOI_1, AB020648_1, P_W33887およびA64319。
【０１８４】 実施例１７ ヒトＰＲＯ４３９７をコードするｃＤＮＡクローンの単離 上記実施例１において記述されているように、phrapを用いて他のＥＳＴ配列
に関し、コンセンサスＤＮＡ配列を構築させた。このコンセンサス配列をここで
は、ＤＮＡ７９１９６と称する。ＤＮＡ７９１９６コンセンサス配列に基づいて
、：１)所望の配列を含むcDNAライブラリーをPCRにより同定するために、および
２）ＰＲＯ４３９７の完全長配列のクローンを単離するためのプローブとして使
用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。 一組のPCR用プライマー（正方向および逆方向）が合成された： 正方向PCR用プライマー： 5'-ＡＣＣＴＡＡＣＧＣＴＣＡＡＧＧＡＧＡＴＣＣＡＣＴＴＴＣ-3'(配列番号：
４３) 逆方向PCR用プライマー： 5'-ＧＧＣＴＣＣＡＴＴＣＴＧＧＧＴＣＴＧＡＧＴＴＡＧＧ-3'(配列番号：４４) さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブは、以下のヌ
クレオチド配列を持つコンセンサスＤＮＡ７９１９６配列から構築された。 ハイブリダイゼーションプローブ 5'-ＧＣＣＴＣＡＧＣＴＴＴＣＴＧＣＣＣＣＧＡＣＧＴＧＣＧＣＴＴＣＧＴＴＴ
ＴＴＡＡＧＧ-3'(配列番号：４５)
【０１８５】 完全長クローンのソースとして幾つかのライブラリーをスクリーンするために
、上記のごとく同定したＰＣＲプライマー組によりライブラリーから調製したＤ
ＮＡをＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。その後、ポジティブなライブラリ
ーは、オリゴヌクレオチドプローブおよびＰＣＲプライマーの一つを用い、ＰＲ
Ｏ４３９７遺伝子をコードするクローンを単離するために用いた。ｃＤＮＡライ
ブラリー構築のためのＲＮＡは、ヒト大動脈内皮細胞から単離した。 上記のように単離された単離クローンのＤＮＡ配列は、ＤＮＡ８３５０５−２
６０６（図２９；配列番号：４１）に対する完全長のＤＮＡ配列を含んでおり；
ＰＲＯ４３９７のタンパク質配列をコードするものであった。 ＤＮＡ８３５０５−２６０６の全コード化配列は、図２９（配列番号：４１）
に含まれている。ＤＮＡ８３５０５−２６０６のクローンは、一つのオープンリ
ーディングフレーム含み、ヌクレオチド位置２５４−２５６に見かけの翻訳開始
部位及びヌクレオチド位置１４６０−１４６２の停止シグナルを有していた。予
測されるポリペプチド前駆体は４０２アミノ酸長である。図３０（配列番号：４
２）に示した完全長ＰＲＯ４３９７の解析は、種々の重要なポリペプチドドメイ
ンの存在を明らかにするが、ここで重要なポリペプチドドメインに与えた位置は
上記のようにおよそのものである。図３０に示した完全長ＰＲＯ４３９７配列の
分析により、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミノ酸２７のシ
グナルペプチド；約アミノ酸２０３〜約アミノ酸２０７のＮ−グリコシル化部位
；約アミノ酸１２４〜約アミノ酸１２８、約アミノ酸２０５〜約アミノ酸２０９
、約アミノ酸３５１〜約アミノ酸３５５、および約アミノ酸３６８〜約アミノ酸
３７２のカゼインキナーゼＩＩリン酸化部位；約アミノ酸１８〜約アミノ酸２４
、約アミノ酸３１〜約アミノ酸３７、約アミノ酸１１０〜約アミノ酸１１６、約
アミノ酸１５７〜約アミノ酸１６３、約アミノ酸１６１〜約アミノ酸１６７、約
アミノ酸１６３〜約アミノ酸１６９、および約アミノ酸３６６〜約アミノ酸３７
２のＮ−ミリストイル化部位；および約アミノ酸１０７〜約アミノ酸１１０の細
胞接着部位。クローンＤＮＡ８３５０５−２６０６は1999年５月２５日にＡＴＣ
Ｃに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号１３２−ＰＴＡが付与されている。図３０に示
されている完全長ＰＲＯ４３９７タンパク質は分子量約43,751ダルトンと推定さ
れ、ｐＩは約9.42である。 図３０（配列番号：４２）に示される完全長配列のWU-BLAST2配列アラインメ
ント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分
析により、ＰＲＯ４３９７アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列
相同性が見いだされた：P_W64558, P_W80212, HSGALT2_1, P_R57433, AF100956_
7, HS1033B10_2, AF029792_1, DMU41449_1, DMSEG0007_10, 及びAF092051_1。
【０１８６】 実施例１８ ヒトＰＲＯ４４０７をコードするｃＤＮＡクローンの単離 ＤＮＡ９２２６４−２６１６は、上記実施例２に示されている独自のシグナル
配列検索アルゴリズムを適用する事により同定された。上記シグナル配列アルゴ
リズムを利用することで、ＬＩＦＥＳＥＱデータベース（登録商標）からのＥＳ
Ｔクラスター配列の同定を可能ならしめた。続いて、存在する相同性を同定する
ために、このＥＳＴクラスター配列を公的（例えば、GenBank）及び私的（LIFES
EQ(登録商標), Incyte Pharmaceuticals, Inc., Palo Alto, CA）データベース
を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較した。ホモロジーサー
チは、コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altschul等, Methods in Enzy
mology 266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。既知のタンパク質をコードせ
ず、BLASTスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プロ
グラム「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle, Washingt
on）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。クラスター配列および配
列比較に基づいて、ＤＮＡ９２２６４−２６１６が同定され全配列決定が行われ
た。
【０１８７】 ＤＮＡ９２２６４−２６１６の全コード配列は図３１（配列番号：４６）に含
まれている。クローンＤＮＡ９２２６４−２６１６は単一のオープンリーディン
グフレームを含み、ヌクレオチド位置１０９−１１１に見かけの翻訳開始部位を
持ち、そしてヌクレオチド位置７５７−７５９の停止コドンで終端する（図３１
）。予測されるポリペプチド前駆体は２１６アミノ酸長である（図３２；配列番
号：４７）。図３２に示す完全長ＰＲＯ４４０７タンパク質は、約23,729ダルト
ンの見積もり分子量及び約4.73のｐＩを有する。図３２（配列番号：４７）に示
した完全長ＰＲＯ４４０７配列の分析により、種々の重要なポリペプチドドメイ
ンの存在が明らかになり、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられた位
置は上記のようにおよそのものである。図３２に示した完全長ＰＲＯ４４０７配
列の解析により、以下の存在が明らかになった：約アミノ酸１〜約アミノ酸２５
のシグナルペプチド；約アミノ酸４１〜約アミノ酸５９の膜貫通ドメイン；約ア
ミノ酸１２９〜約アミノ酸１３３、および約アミノ酸１７３〜約アミノ酸１７７
のカゼインキナーゼＩＩリン酸化部位；約アミノ酸１３３〜約アミノ酸１３９の
Ｎ−ミリストイル化部位。クローンＤＮＡ９２２６４−２６１６は１９９９年４
月２７日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３９６９が付与された。 図３２（配列番号：３５）に示した完全長配列のWU-BLAST2配列アラインメン
ト分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の解析
により、ＰＲＯ４４０７アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列相
同性が見いだされた：SC1E6_12, D80003_1, HMGA_SOYBN, DROTRO12_1, HSU91934
_1, GEN14338, AF051945_1, A45644, P_W60213及び P_W33807。
【０１８８】 実施例１９ ヒトＰＲＯ１５５５をコードするｃＤＮＡクローンの単離 ＤＮＡ７３７４４−１６６５は、上記実施例２に示されている独自のシグナル
配列検索アルゴリズムを適用する事により同定された。上記シグナル配列アルゴ
リズムを利用することで、ＬＩＦＥＳＥＱデータベース（登録商標）からのＥＳ
Ｔクラスター配列、ＥＳＴクラスター521、またここでは「ＤＮＡ１０３１６」
とも称する配列の同定を可能ならしめた。その後、存在するであろうホモロジー
を同定するために、このＥＳＴクラスター配列を公的（例えば、GenBank）及び
私的（LIFESEQ(登録商標), Incyte Pharmaceuticals, Inc., Palo Alto, CA）デ
ータベースを含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較した。ホモ
ロジーサーチは、コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altshul等, Method
s in Enzymology 266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。既知のタンパク質
をコードせず、BLASTスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較
物は、プログラム「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle
, Washington）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得ら
れたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６３７４と称する。 ＤＮＡ５６３７４配列とIncyteＥＳＴ2855769との間の配列相同性に鑑みて、I
ncyteＥＳＴ2855769を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。IncyteＥＳ
Ｔ2855769は、女性乳脂肪組織から構築したライブラリーに由来する。このｃＤ
ＮＡ挿入物の配列は、ここではＤＮＡ７３７４４−１６６５と表わされる。
【０１８９】 全コード配列は図３３（配列番号：４８）に含まれている。クローンＤＮＡ７
３７４４−１６６５は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチ
ド位置９０−９２に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置８２
８−８３０の停止コドンで終端する（図３３）。予測されるポリペプチド前駆体
は２４６アミノ酸長である（図３４；配列番号：４９）。図３４に示す完全長Ｐ
ＲＯ１５５５タンパク質は、約26,261ダルトンの見積もり分子量及び約.5.65の
ｐＩを有する。図３４（配列番号：４９）に示した完全長ＰＲＯ１５５５配列の
分析により、種々の重要なポリペプチドドメインの存在が明らかになり、それら
の重要なポリペプチドドメインに与えられた位置は上記のようにおよそのもので
ある。図３４に示した完全長ＰＲＯ１５５５配列の解析により、以下の存在が明
らかになった：約アミノ酸１〜約アミノ酸３１のシグナルペプチド；約アミノ酸
１１〜約アミノ酸３２、および約アミノ酸１９５〜約アミノ酸２１７の膜貫通ド
メイン；約アミノ酸１１１〜約アミノ酸１１５のＮ−グリコシル化部位；約アミ
ノ酸２〜約アミノ酸６、約アミノ酸９８〜約アミノ酸１０２および約アミノ酸１
９１〜約アミノ酸１９５のカゼインキナーゼＩＩリン酸化部位；および約アミノ
酸１４６〜約アミノ酸１５２、および約アミノ酸１９２〜約アミノ酸１９８のＮ
−ミリストイル化部位。クローンＤＮＡ７３７４４−１６６５は1998年１０月６
日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３３２２が付与された。 図３４（配列番号：４９）に示した完全長配列のWU-BLAST2配列アラインメン
ト分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析
により、ＰＲＯ１５５５アミノ酸配列と以下に示すDayhoff配列との間に配列相
同性が見いだされた：YKA4_CAEEL, AB014541_1, HVSX99518_2, SSU63019_1, GEN
14286, MMU68267_1, XP2_XENLA, ICP4_HSV11, P_W40200およびAE001360_1。
【０１９０】 実施例２０ 遺伝子増幅 この実施例は、ＰＲＯ３８１-、ＰＲＯ１２６９-、ＰＲＯ１４１０-、ＰＲＯ
１７５５-、ＰＲＯ１７８０-、ＰＲＯ１７８８-、ＰＲＯ３４３４-、ＰＲＯ１９
２７-、ＰＲＯ３５６７-、ＰＲＯ１２９５-、ＰＲＯ１２９３-、ＰＲＯ１３０３
-、ＰＲＯ４３４４-、ＰＲＯ４３５４-、ＰＲＯ４３９７-、ＰＲＯ４４０７-、
ＰＲＯ１５５５-、ＰＲＯ１０９６-、ＰＲＯ２０３８-又はＰＲＯ２２６２-コー
ド化遺伝子が或る種のヒト肺、大腸及び／又は乳癌及び／又は細胞系のゲノムで
増幅されることを示す。増幅は遺伝子産物の過剰発現を伴い、大腸、肺、乳房及
び他の癌といった或る種の癌において治療的処置の有用な標的であることを示し
ている。治療薬は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに対するアン
タゴニスト、例えばＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに対するマウ
ス-ヒトキメラ、ヒト化又はヒト抗体であってよい。 スクリーニングの出発物質は種々の癌から単離したゲノムＤＮＡである。ＤＮ
Ａは、例えば蛍光光度法で正確に定量化される。ネガティブ対照として、１０の
正常健常個体からＤＮＡを単離し、それをプールして健常個体における遺伝子コ
ピーのアッセイ対照として使用した（ここには、示さず）。５'ヌクレアーゼア
ッセイ（例えばTaqMan（商品名））及び実時間定量的ＰＣＲ（例えば、ABI Priz
m 7700 Sequence Detection System(商品名)(Perkin Elmer, Applied Biosystem
s Division, Foster City, CA)）を、或る種の癌で潜在的に増幅される遺伝子の
発見に使用した。結果は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、Ｐ
ＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９
２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、Ｐ
ＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５
５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２をコードするＤＮＡ
が、スクリーニングに用いられた原発性肺又は結腸癌又は癌細胞系又は乳癌細胞
系で過剰表現されるか否かを決定するのに用いた。原発性肺癌は、表４に示した
型及び段階の腫瘍を持つ個体から得た。表４に列挙した原発性腫瘍及びこの実施
例を通して参照される細胞系の表示に使用した略語の説明は上記に与えた。
【０１９１】 TaqMan(商品名)の結果はデルタ(Δ)Ｃｔ単位で報告した。１単位は１ＰＣＲサ
イクル又は正常に対して約２倍の増幅に相当し、２単位は４倍、３単位は８倍増
幅等々に相当する。定量化はプライマー及びＰＲＯ３８１-、ＰＲＯ１２６９-、
ＰＲＯ１４１０-、ＰＲＯ１７５５-、ＰＲＯ１７８０-、ＰＲＯ１７８８-、ＰＲ
Ｏ３４３４-、ＰＲＯ１９２７-、ＰＲＯ３５６７-、ＰＲＯ１２９５-、ＰＲＯ１
２９３-、ＰＲＯ１３０３-、ＰＲＯ４３４４-、ＰＲＯ４３５４-、ＰＲＯ４３９
７-、ＰＲＯ４４０７-、ＰＲＯ１５５５-、ＰＲＯ１０９６-、ＰＲＯ２０３８-
又はＰＲＯ２２６２-コード化遺伝子から誘導したTaqMan(商品名)蛍光プローブ
を用いて得た。最も独特の核酸配列を含むと思われ、少なくともスプライシング
されたイントロンを持たないと思われるＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ
１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４
、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ
１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７
、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の領域
が、プライマー及びプローブ誘導、例えば３-非翻訳領域のために好ましい。Ｐ
ＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８
０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲ
Ｏ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５
４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲ
Ｏ２０３８又はＰＲＯ２２６２遺伝子増幅分析に使用されるプライマー及びプロ
ーブ（正、逆及びプローブ）の配列は次の通りである：
【０１９２】 ＰＲＯ３８１（ＤＮＡ４４１９４−１３１７） ４４１９４.ｔｍ.ｆ： 5'-ＣＴＴＴＧＡＡＴＡＧＡＡＧＡＣＴＴＣＴＧＧＡＣＡＡＴＴＴ-3' （配列番
号：５６） ４４１９４.ｔｍ.ｐ： 5'-ＴＴＧＣＡＡＣＴＧＧＧＡＡＴＡＴＡＣＣＡＣＧＡＣＡＴＧＡＧＡ-3' （配
列番号：５７） ４４１９４.ｔｍ.ｒ： 5'-ＴＡＧＧＧＴＧＣＴＡＡＴＴＴＧＴＧＣＴＡＴＡＡＣＣＴ-3' （配列番号：
５８） ４４１９４.ｔｍ.ｆ２： 5'-ＧＧＣＴＣＴＧＡＧＴＣＴＣＴＧＣＴＴＧＡ-3' （配列番号：５９） ４４１９４.ｔｍ.ｐ２： 5'-ＴＣＣＡＡＣＡＡＣＣＡＴＴＴＴＣＣＴＣＴＧＧＴＣＣ-3' （配列番号：６
０） ４４１９４.ｔｍ.ｒ２： 5'-ＡＡＧＣＡＧＴＡＧＣＣＡＴＴＡＡＣＡＡＧＴＣＡ-3' （配列番号：６１） ＰＲＯ１２６９（ＤＮＡ６６５２０−１５３６） ６６５２０.ｔｍ.ｆ１： 5'-ＡＡＡＧＧＡＣＡＣＣＧＧＧＡＴＧＴＧ-3' （配列番号：６２） ６６５２０.ｔｍ.ｐ１： 5'-ＡＧＣＧＴＡＣＡＣＴＣＴＣＴＣＣＡＧＧＣＡＡＣＣＡＧ-3' （配列番号：
６３） ６６５２０.ｔｍ.ｒ1： 5'-ＣＡＡＴＴＣＴＧＧＡＴＧＡＧＧＴＧＧＴＡＧＡ-3' （配列番号：６４） ＰＲＯ１４１０（ＤＮＡ６８８７４−１６２２） ６８８７４.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＣＡＧＧＡＣＴＧＡＧＣＧＣＴＴＧＴＴＴＡ-3' （配列番号：６５） ６８８７４.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＣＡＡＡＧＣＧＣＣＡＡＧＴＡＣＣＧＧＡＣＣ-3' （配列番号：６６） ６８８７４.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＣＣＡＧＡＣＣＴＣＡＧＣＣＡＧＧＡＡ-3' （配列番号：６７）
【０１９３】 ＰＲＯ１７５５（ＤＮＡ７６３９６−１６９８） ７６３９６.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＴＣＡＴＧＧＴＣＴＣＧＴＣＣＣＡＴＴＣ-3' （配列番号：６８） ７６３９６.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＣＡＣＣＡＴＴＴＧＴＴＴＣＴＣＴＧＴＣＴＣＣＣＣＡＴＣ-3' （配列番号
：６９） ７６３９６.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＣＣＧＧＣＡＴＣＣＴＴＧＧＡＧＴＡＧ-3' （配列番号：７０） ＰＲＯ１７８０（ＤＮＡ７１１６９−１７０９） ７１１６９.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＣＴＣＴＧＧＴＧＣＣＣＡＣＡＧＴＧＡ-3' （配列番号：７１） ７１１６９.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＣＣＡＴＧＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＣＡＡＧＡＡ-3' （配列番号：７２） ７１１６９.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＣＡＧＧＡＡＡＴＣＴＧＧＡＡＡＣＣＴＡＣＡＧＴ-3' （配列番号：７３） ＰＲＯ１７８８（ＤＮＡ７７６５２−２５０５） ７７６５２.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＴＣＣＣＣＡＴＴＡＧＣＡＣＡＧＧＡＧＴＡ-3' （配列番号：７４） ７７６５２.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＡＧＧＣＴＣＴＴＧＣＣＴＧＴＣＣＴＧＣＴＧＣＴ-3' （配列番号：７５） ７７６５２.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＧＣＣＣＡＧＡＧＴＣＣＣＡＣＴＴＧＴ-3' （配列番号：７６）
【０１９４】 ＰＲＯ３４３４（ＤＮＡ７７６３１−２５３７） ７７６３１.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＧＴＣＣＡＧＣＡＡＧＣＣＣＴＣＡＴＴ-3' （配列番号：７７） ７７６３１.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＣＴＴＣＴＧＧＧＣＣＡＣＡＧＣＣＣＴＧＣ-3' （配列番号：７８） ７７６３１.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＣＡＧＴＴＣＡＧＧＴＣＧＴＴＴＣＡＴＴＣＡ-3' （配列番号：７９） ＰＲＯ１９２７（ＤＮＡ８２３０７−２５３１） ８２３０７.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＣＣＡＧＴＣＡＧＧＣＣＧＴＴＴＴＡＧＡ-3' （配列番号：８０） ８２３０７.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＣＧＧＧＣＧＣＣＣＡＡＧＴＡＡＡＡＧＣＴＣ-3' （配列番号：８１） ８２３０７.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＣＡＴＡＡＡＧＴＡＧＴＡＴＡＴＧＣＡＴＴＣＣＡＧＴＧＴＴ-3' （配列番
号：８２） ＰＲＯ３５６７（ＤＮＡ５６０４９−２５４３） ５６０４９.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＧＧＡＡＡＴＧＧＴＣＴＣＡＡＧＧＧＡＡＡ-3' （配列番号：８３） ５６０４９.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＴＣＡＣＴＴＴＧＡＣＣＣＴＧＴＣＴＴＧＧＡＡＣＧＴＣ-3' （配列番号：
８４） ５６０４９.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＧＧＴＡＧＡＡＴＴＣＣＡＧＣＡＴＴＴＧＧＴＡ-3' （配列番号：８５）
【０１９５】 ＰＲＯ１２９５（ＤＮＡ５９２１８−１５５９） ５９２１８.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＡＧＧＡＣＴＴＧＣＣＣＴＣＡＧＧＡＡ-3' （配列番号：８６） ５９２１８.ｔｍ.r１ 5'-ＣＧＣＡＧＧＡＣＡＧＴＴＧＴＧＡＡＡＡＴＡ-3' （配列番号：８７） ５９２１８.ｔｍ.p１ 5'-ＡＴＧＡＣＧＣＴＣＧＴＣＣＡＡＧＧＣＣＡＣ-3' （配列番号：８８） ＰＲＯ１２９３（ＤＮＡ６０６１８−１５５７） ６０６１８.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＣＣＣＡＣＣＴＧＴＡＣＣＡＣＣＡＴＧＴ-3' （配列番号：８９） ６０６１８.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＡＣＴＣＣＡＧＧＣＡＣＣＡＴＣＴＧＴＴＣＴＣＣＣ-3' （配列番号：９０
） ６０６１８.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＡＡＧＧＧＣＴＧＧＣＡＴＴＣＡＡＧＴＵ-3' （配列番号：９１） ＰＲＯ１３０３（ＤＮＡ６５４０９−１５６６） ６５４０９.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＣＴＧＧＣＣＣＴＣＡＧＡＧＣＡＣＣＡＡＴ-3' （配列番号：９２） ６５４０９.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＴＣＣＴＣＣＡＴＣＡＣＴＴＣＣＣＣＴＡＧＣＴＣＣＡ-3' （配列番号：９
３） ６５４０９.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＣＴＧＧＣＡＧＧＡＧＴＴＡＡＡＧＴＴＣＣＡＡＧＡ-3' （配列番号：９４
）
【０１９６】 ＰＲＯ４３４４（ＤＮＡ８４９２７−２５８５） ８４９２７.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＧＧＧＣＡＡＣＡＧＣＣＴＧＡＧＡＧＴ-3' （配列番号：９５） ８４９２７.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＡＣＴＣＡＧＴＧＴＴＧＡＴＴＣＴＣＴＡＴＣＧＴＧＡＴＧＣＧ-3' （配列
番号：９６） ８４９２７.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＧＡＧＣＡＧＣＡＧＧＣＡＴＣＡＡＴＴＴ-3' （配列番号：９７） ＰＲＯ４３５４（ＤＮＡ９２２５６−２５９６） ９２２５６.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＧＧＣＣＴＧＧＡＧＴＴＧＣＴＧＡＴＡＡ-3' （配列番号：９８） ９２２５６.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＴＴＧＡＧＣＴＴＡＡＧＴＡＧＡＣＣＡＡＧＴＡＴＣＴＡＴＣＣＣＡＣＣＴ
ＡＡＡ-3' （配列番号：９９） ９２２５６.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＧＧＴＧＧＧＣＴＣＴＧＧＧＴＴＡＣＡ-3' （配列番号：１００）
【０１９７】 ＰＲＯ４３９７（ＤＮＡ８３５０５−２６０６） ８３５０５.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＡＧＣＣＧＧＴＴＴＣＣＣＡＧＡＴＴＡＴ-3' （配列番号：１０１） ８３５０５.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＴＧＣＣＧＴＧＴＡＴＧＴＧＧＴＴＣＴＴＣＣＣＴＧ-3' （配列番号：１０
２） ８３５０５.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＧＡＧＡＣＡＧＧＣＡＣＣＴＧＧＴＧＡＴ-3' （配列番号：１０３） ＰＲＯ４４０７（ＤＮＡ９２２６４−２６１６） ９２２６４.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＴＧＴＴＴＣＴＧＣＣＴＧＧＡＣＡＴＣＡ-3' （配列番号：１０４） ９２２６４.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＧＣＴＴＡＣＣＧＴＧＧＣＣＴＧＡＣＴ-3' （配列番号：１０５） ９２２６４.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＴＣＣＴＣＡＧＧＧＴＣＣＡＡＧＴＣＣＣＣＡＴ-3' （配列番号：１０６）
【０１９８】 ＰＲＯ１５５５（ＤＮＡ７３７４４−１６６５） ７３７４４.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＣＣＴＴＧＡＡＡＡＧＧＡＣＣＣＡＧＴＴＴ-3' （配列番号：１０７） ７３７４４.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＡＴＧＡＧＴＣＧＣＡＣＣＴＧＣＴＧＴＴＣＣＣ-3' （配列番号：１０８） ７３７４４.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＴＡＧＣＡＧＣＴＧＣＣＣＴＴＧＧＴＡ-3' （配列番号：１０９） ７３７４４.ｔｍ.ｆ２ 5'-ＡＡＣＡＧＣＡＧＧＴＧＣＧＡＣＴＣＡＴＣＴＡ-3' （配列番号：１１０） ７３７４４.ｔｍ.ｐ２ 5'-ＴＧＣＴＡＧＧＣＧＡＣＧＡＣＡＣＣＣＡＧＡＣＣ-3' （配列番号：１１１
） ７３７４４.ｔｍ.ｒ２ 5'-ＴＧＧＡＣＡＣＧＴＧＧＣＡＧＴＧＧＡ-3' （配列番号：１１２） ＰＲＯ１０９６（ＤＮＡ６１８７０） ６１８７０.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＴＧＧＡＣＣＡＴＧＡＡＧＣＣＡＧＴＴＴ-3' （配列番号：１１３） ６１８７０.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＣＣＴＴＴＴＴＡＧＴＴＧＧＣＴＡＡＣＴＧＡＣＣＴＧＧＡＡＡＧＡＡ-3'
（配列番号：１１４） ６１８７０.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＴＧＡＡＴＡＧＴＣＡＣＴＴＴＧＡＧＧＴＴＡＴＴＧＣ-3' （配列番号：１
１５）
【０１９９】 ＰＲＯ２０３８（ＤＮＡ８３０１４） ８３０１４.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＣＣＴＧＧＣＴＣＣＡＣＣＴＧＴＧＡＴ-3' （配列番号：１１６） ８３０１４.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＡＣＣＴＣＣＣＣＣＴＧＣＴＴＣＣＴＧＣＴＧ-3' （配列番号：１１７） ８３０１４.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＣＣＴＣＡＧＡＣＣＣＣＡＴＧＡＧＴＧＡ-3' （配列番号：１１８） ＰＲＯ２２６２（ＤＮＡ８８２７３） ８８２７３.ｔｍ.ｆ１ 5'-ＧＡＧＧＡＡＴＧＧＣＣＣＡＡＣＡＧＴ-3' （配列番号：１１９） ８８２７３.ｔｍ.ｐ１ 5'-ＴＧＧＣＡＧＣＣＡＣＣＣＴＴＣＡＧＴＧＡＧ-3' （配列番号：１２０） ８８２７３.ｔｍ.ｒ１ 5'-ＣＡＧＣＡＣＡＴＣＡＣＧＴＧＴＣＣＡ-3' （配列番号：１２１） ８８２７３.ｔｍ.ｆ２ 5'-ＧＡＧＧＡＡＴＧＧＣＣＣＡＡＣＡＧＴ-3' （配列番号：１２２） ８８２７３.ｔｍ.ｐ２ 5'-ＴＧＴＣＣＡＴＧＣＣＣＣＴＧＧＴＣＣＡＣ-3' （配列番号：１２３） ８８２７３.ｔｍ.ｒ２ 5'-ＧＡＧＧＴＡＣＡＧＡＧＣＡＧＣＡＣＡＴＣＡ-3' （配列番号：１２４）
【０２００】 ５'ヌクレアーゼアッセイ反応は蛍光ＰＣＲベースの技術であり、実時間での
増幅監視のためのＴａｑＤＮＡポリメラーゼ酵素の５’エキソヌクレアーゼ活性
を使用する。ＰＣＲ反応に典型的な単位複製配列の生成に２つのオリゴヌクレオ
チドプライマーを使用した。第３のオリゴヌクレオチド、又はプローブは、２つ
のＰＣＲプライマーの間に位置するヌクレオチド配列を検出するために設計され
た。プローブはＴａｑＤＮＡポリメラーゼ酵素により非伸展性であり、レポータ
ー蛍光色素及び消光剤蛍光色素で標識される。２つの色素がプローブ上に接近し
て位置する場合、レポーター色素からのレーザー誘導発光は消光色素によって消
光される。増幅反応の間、プローブはＴａｑ ＤＮＡポリメラーゼ酵素によりテ
ンプレート依存的方式で切断される。得られたプローブ断片は溶液中に解離し、
放出されたレポーター色素からのシグナルは第２のフルオロホアからの消光効果
を受けない。レポーター色素の一分子は、新たに合成された各分子について標識
され、非消光レポーター色素の検出がデータの定量的解釈の基礎を提供する。 ５'ヌクレアーゼ法は、ABI Prism 7700TM配列検出などのリアルタイム定量Ｐ
ＣＲ装置で実施される。系は温度サイクル装置、レーザー、電荷結合装置（ＣＣ
Ｄ）カメラ及びコンピュータからなる。系は温度サイクル装置上で９６-ウェル
での試料を増幅させる。増幅中に、レーザー誘導蛍光シグナルは光ファイバーケ
ーブルで９６ウェルにリアルタイムで集められ、ＣＣＤで検出される。系は装置
の実行及びデータの分析のためのソフトウェアを含む。 ５'ヌクレアーゼアッセイデータは、最初はＣｔ又は境界サイクルで表現され
る。これは、レポーターシグナルが蛍光のバックグラウンドレベルを越えて蓄積
されるサイクルとして定義される。ΔＣｔ値は、癌性DNA結果を正常ヒトDNA結果
と比較した場合の、核酸試料における特定の標的配列の出発コピー相対数の定量
的尺度として使用した。 表４は、本発明のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２化合物のスクリーニングに
用いた種々の原発性腫瘍の段階(stage)、Ｔ段階及びＮ段階を記載する。
【０２０１】
【０２０２】 ＤＮＡ調製： ＤＮＡは培養した細胞系、原発性腫瘍、正常ヒト血液から調製した。単離は、
全てQuiagenからの、精製キット、バッファーセット及びプロテアーゼを用い、
製造者の指示と下記に従って実施した。 細胞培養溶解： 細胞を洗浄し、チップ当たり7.5x10８の濃度でトリプシン化し、４℃で５分間
1000rpmで遠心分離してペレット化し、次いで1/2容量のＰＢＳで洗浄し、再遠心
した。ペレットを３回洗浄し、懸濁細胞を回収してＰＢＳで２回洗浄した。次い
で細胞を10mlのＰＢＳに懸濁させた。バッファーＣ１を４℃で平衡化させた。Qu
iagenプロテアーゼ#19155を6.25mlの冷ｄｄＨ２Ｏで最終濃度20mg/mlまで希釈し
て４℃で平衡化させた。10mLのＧ２バッファーを、QuiagenＲＮＡｓｅＡストッ
ク（100mg/ml）を200μg/mlの最終濃度まで希釈して調製した。 バッファーＣ１（10ml、４℃）及びｄｄＨ２Ｏ（40ml、４℃）を、次いで10ml
の細胞懸濁物に添加し、反転させて混合し、氷上で１０分間インキュベートした
。細胞核をBeckmanスイングバケットローターで４℃において2500rpmで１５分間
遠心分離することによりペレット化した。上清を捨て、核をボルテックスしなが
ら2mlのバッファーＣ１（４℃）及び6mlのｄｄＨ２Ｏに懸濁し、１秒後に４℃に
おいて2500rpmで１５分間遠心分離した。次いで核を残りのバッファー中にチッ
プ当たり200μlを用いて再懸濁した。Ｇ２バッファー（10ml）を懸濁した核に添
加しながら緩いボルテックスを適用した。バッファー添加が完了したら、強いボ
ルテックスを３０秒間適用した。Quiagenプロテアーゼ（200μl、上記のように
調製）を添加し、５０℃で６０分間インキュベートした。インキュベーション及
び遠心分離を、溶解物が透明になるまで繰り返した（例えば、さらに30-60分間
インキュベートし、４℃で１０分間3000xgでペレット化する）。
【０２０３】 固体ヒト腫瘍試料の調製及び溶解： 腫瘍試料を秤量し50mlのコニカル管に配して氷上に保持した。加工は調製当た
り250mgの組織未満に制限した（１チップ／調製）。プロテアーゼ溶液を6.25ml
の冷ｄｄＨ２Ｏ中に最終濃度20mg/mlまで希釈することにより新たに調製して４
℃で貯蔵した。ＤＮＡｓｅＡを最終濃度200mg/mlまで希釈することによりＧ２バ
ッファー（20ml）を調製した（100mg/mlのストックから）。エアロゾルの吸入を
避けるために層流ＴＣフード内でポリトロンの大きなチップを用いて、腫瘍組織
を19mlのＧ２バッファー中で６０秒間均一化し、室温に保持した。試料間で、2L
のｄｄＨ２Ｏで、次いでＧ２バッファー（50ml）で各々２ｘ３０秒間スピンさせ
ることによりポリトロンを透明化した。組織がジェネレータチップ上に存在する
場合は、装置を分解して清浄化した。 Quiagenプロテアーゼ（上記の用に調製、1.0ml）を添加し、次いでボルテック
スして５０℃で３時間インキュベートした。インキュベーション及び遠心分離を
、溶解物が透明になるまで繰り返した（例えば、さらに30-60分間インキュベー
トし、４℃で１０分間3000xgでペレット化する）。
【０２０４】 ヒト血液調製及び溶解： 健常なボランティアから標準的な感染薬プロトコールを用いて血液を採りだし
、チップ当たり10mlの試料にクエン酸化した。Quiagenプロテアーゼを6.25mlの
冷ｄｄＨ２Ｏ中に最終濃度20mg/mlまで希釈することにより新たに調製して４℃
で貯蔵した。ＲＮＡｓｅＡを100mg/mlのストックから最終濃度200μg/mlまで希
釈することによりＧ２バッファー（20ml）を調製した。血液（10ml）を50mlのコ
ニカル管に配し、10mlのＣ１バッファー及び30mlのｄｄＨ２Ｏ（ともに４℃で平
衡化したもの）を添加し、反転させて混合して氷上に１０分間保持した。Beckma
nスイングバケットローターで、４℃において2500rpmで１５分間核をペレット化
し、上清を捨てた。ボルテックスしながら、核を2mlのＣ１バッファー（４℃）
及び6mlのｄｄＨ２Ｏ（４℃）中に懸濁させた。ボルテックスはペレットが白く
なるまで繰り返した。次いで核を残りのバッファー中に200μlチップを用いて懸
濁させた。Ｇ２バッファー（10ml）を懸濁核に添加しながら緩くボルテックスし
、次いで３０秒間強くボルテックスした。Quiagenプロテアーゼを添加（200μl
）し、５０℃で６０分間インキュベートした。インキュベーション及び遠心分離
を、溶解物が透明になるまで繰り返した（例えば、さらに30-60分間インキュベ
ートし、４℃で１０分間3000xgでペレット化する）。
【０２０５】 透明化溶解物の精製： （１）ゲノムＤＮＡの単離： ゲノムＤＮＡを10mlのＱＢＴバッファーで平衡化した（Ｍａｘｉチップ調製当
たり１試料）。ＱＦ溶離バッファーを５０℃で平衡化した。試料を３０秒間ボル
テックスし、次いで平衡化チップに負荷して重力により排液した。チップを2x15
mlのＱＣバッファーで洗浄した。ＤＮＡを、30mlのシラン化したオートクレーブ
30mlCorex管に15mlのＱＦバッファー（５０℃）で溶離した。イソプロパノール
（10.5ml）を各試料に添加し、管をパラフィンで被覆し、ＤＮＡが沈殿するまで
繰り返し反転させて混合した。試料を、SS-34ロータで４℃において15,000rpmで
１０分間遠心分離してペレット化した。ペレット位置をマークして上清を捨て、
10mlの70%エタノール（４℃）を添加した。試料を、SS-34ロータで４℃において
10,000rpmで１０分間遠心分離して再度ペレット化した。ペレット位置をマーク
して上清を捨てた。次いで管を乾燥棚の各面に置き、３７℃で１０分間乾燥させ
たが、試料の過剰乾燥には注意した。 乾燥後、ペレットを1.0mlのＴＥ（pH8.5）に溶解し、５０℃に１−２時間置い
た。試料を４℃に終夜保持して溶解を続けた。次いでＤＮＡ溶液を、ツベルクリ
ンシリンジ上に２６ゲージの針を具備する1.5ml管に移した。ＤＮＡを剪断する
ために移行を５ｘ繰り返した。次いで試料を５０℃に１−２時間置いた。
【０２０６】 （２）ゲノムＤＮＡの定量及び遺伝子増幅アッセイのための調製： 各管のＤＮＡレベルを1:20希釈（5μlＤＮＡ＋95μlｄｄＨ２Ｏ）での標準的
なＡ２６０／Ａ２８０分光分析により、Beckman DU640分光光度計の0.1ml石英キ
ュベットを用いて定量した。Ａ２６０／Ａ２８０比率は1.8-1.9の範囲であった
。次いで各ＤＮＡ試料をＴＥ（pH8.5）中に約200ng/mlまで希釈した。最初の材
料が高濃度（約700ng/μl）である場合、材料を５０℃に再懸濁するまで数時間
置いた。 次いで、希釈した材料（20-600ng/ml）に対して、製造者の指示を以下のよう
に改変して蛍光ＤＮＡ定量化を実施した。これは、Hoeffer DyNA Quant 200蛍光
計を約１５分間暖めて実施した。Hoechst色素作業溶液（#H33258、10μl、使用
の１２時間以内に調製）を100mlの1xＴＮＥバッファーに希釈した。2mlキュベッ
トを蛍光計溶液で満たし、機械に配し、機械をゼロ調節した。ｐＧＥＭ３Ｚｆ(
＋)（2μl、ロット#360851026）を2mlの蛍光計溶液に添加して200単位で校正し
た。次いで、さらに２μlのｐＧＥＭ３Ｚｆ(＋)ＤＮＡを試験し、400+/-10単位
で読みを確認した。次いで各試料を少なくとも３回読んだ。３試料が互いに10%
以内であることが見られたとき、それらの平均をとり、この値を定量化値として
用いた。 次いで、蛍光測定で決定した濃度を、各試料をｄｄＨ２Ｏ中に10ng/μlまで希
釈するのに用いた。これは、１回のTaqManプレートアッセイについて全てのテン
プレート試料について同時に行い、500-1000アッセイを実施するのに十分な材料
で行った。試料は、Taqman(商品名)プライマー及びプローブで３回試験し、Ｂ-
アクチン及びＧＡＰＤＨともに正常なヒトＤＮＡを持ちテンプレート対照を持た
ない単一のプレート上にある。希釈した試料を用いたが、試験ＤＮＡから減算し
た正常ヒトＤＮＡのＣＴ値は+/-１Ｃｔであった。希釈した、ロット定性化した
ゲノムＤＮＡを、1.0mlアリコートで−８０℃において保存した。続いて遺伝し
増幅アッセイに使用するアリコートは、４℃で保存した。各1mlのアリコートは
、8-9プレート又は64試験に十分である。
【０２０７】 遺伝子増幅アッセイ： 本発明のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、
ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３
５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、
ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１
０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２化合物を以下の原発腫瘍でスクリー
ニングし、得られたΔＣｔ値を表５Ａ−５Ｂに報告する。
【０２０８】
【０２０９】
【０２１０】
【０２１１】
【０２１２】
【０２１３】
【０２１４】
【０２１５】
【０２１６】
【０２１７】
【０２１８】
【０２１９】
【０２２０】
【０２２１】
【０２２２】
【０２２３】
【０２２４】 ＰＲＯ３４３４ ＰＲＯ３４３４（ＤＮＡ７７６３１−２５３７）を、上記の最初のスクリーニ
ングから選択した腫瘍についてエピセンターマッピングで再試験した。表６は、
ＰＲＯ３４３４（ＤＮＡ７７６３１−２５３７）に関連して用いたエピセンター
マーカーを示す。これらのマーカーは、ＤＮＡ７７６３１に近接して所在してお
り、ＤＮＡ７７６３１が所在する染色体７番領域の増幅状況を評価するために用
いられる。個々のマーカー間の距離はセンチレイ（ｃＲ）で測定し、これは放射
線分解単位であり、２つのマーカー間の分解の１％の機会とほぼ等しい。１ｃＲ
は極めて粗くは２０キロベースと等しい。マーカーｓＷＳＳ９１８はＤＮＡ７７
６３１−２５３７が近くにマッピングされる染色体７の位置の最も近くに見られ
るマーカーである。 表７は、ＤＮＡ７７６３１に関するエピセンターマッピングの結果に対するΔ
Ｃｔ値を示しており、染色体７に沿ったＤＮＡ７７６３１の実際の位置により近
い領域での相対的増幅を示す。
【０２２５】
【０２２６】
【０２２７】 議論と結論： ＰＲＯ３８１（ＤＮＡ４４１９４−１３１７）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ４４１９４−１３１７についてのΔＣｔ値を表５Ａ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的に増幅評点化の閾値として用い、これは２倍の
遺伝子コピーを表す。表５Ａは、（１）原発性肺腫瘍：ＨＦ-０００６４３，Ｈ
Ｆ-０００８４０，ＨＦ-００１２９１，ＨＦ-００１２９４，及びＨＦ-００１２
９６；及び（２）原発性結腸腫瘍：ＨＦ-０００８１１で生じたＰＲＯ３８１を
コードする核酸ＤＮＡ４４１９４−１３１７の有意な増幅を示す。ＤＮＡ４４１
９４−１３１７の増幅が種々の腫瘍で生じたので、それは腫瘍形成又は成長にお
いて有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、ＤＮＡ４４１９４−１３１
７にコードされるタンパク質（ＰＲＯ３８１）に対するアンタゴニスト（例えば
抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測される。
【０２２８】 ＰＲＯ１２６９（ＤＮＡ６６５２０−１５３６）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ６６５２０−１５３６についてのΔＣｔ値を表５Ａ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的には増幅スコアの閾値として用い、これは２倍
の遺伝子コピーを表す。表５Ａは、原発性肺腫瘍：ＬＴ１５、ＬＴ１６、及びＬ
Ｔ１７で生じたＰＲＯ１２６９をコードする核酸ＤＮＡ６６５２０−１５３６の
有意な増幅を示す。ＤＮＡ６６５２０−１５３６の増幅が種々の肺腫瘍で生じた
ので、それは腫瘍形成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果
として、ＤＮＡ６６５２０−１５３６にコードされるタンパク質（ＰＲＯ１２６
９）に対するアンタゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと
予測される。
【０２２９】 ＰＲＯ１４１０（ＤＮＡ６８８７４−１６２２）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ６８８７４−１６２２についてのΔＣｔ値を表５Ａ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的には増幅スコアの閾値として用い、これは２倍
の遺伝子コピーを表す。表５Ａは、（１）原発性肺腫瘍：ＬＴ１３、ＬＴ１５、
およびＬＴ１６；（２）原発性結腸腫瘍：ＣＴ２、ＣＴ３、ＣＴ５、ＣＴ１０、
ＣＴ１１、及びＣＴ１４、及び；（３）結腸細胞系：ＨＴ２９で生じたＰＲＯ１
４１０をコードする核酸ＤＮＡ６８８７４−１６２２の有意な増幅を示す。 ＤＮＡ６８８７４−１６２２の増幅が種々の肺及び結腸腫瘍で生じたので、そ
れは腫瘍形成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、
ＤＮＡ６８８７４−１６２２にコードされるタンパク質（ＰＲＯ１４１０）に対
するアンタゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測され
る。
【０２３０】 ＰＲＯ１７５５（ＤＮＡ７６３９６−１６９８）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ７６３９６−１６９８についてのΔＣｔ値を表５Ａ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的には増幅スコアの閾値として用い、これは２倍
の遺伝子コピーを表す。表５Ａは、（１）原発性肺腫瘍：ＬＴ１６、ＬＴ１８、
およびＬＴ２２；及び（２）原発性結腸腫瘍：ＣＴ２、ＣＴ８、ＣＴ１０、ＣＴ
１２、及びＣＴ１４で生じたＰＲＯ１７５５をコードする核酸ＤＮＡ７６３９６
−１６９８の有意な増幅を示す。 ＤＮＡ７６３９６−１６９８の増幅が種々の肺及び結腸腫瘍で生じたので、そ
れは腫瘍形成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、
ＤＮＡ７６３９６−１６９８にコードされるタンパク質（ＰＲＯ１７５５）に対
するアンタゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測され
る。
【０２３１】 ＰＲＯ１７８０（ＤＮＡ７１１６９−１７０９）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ７１１６９−１７０９についてのΔＣｔ値を表５Ａ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的には増幅スコアの閾値として用い、これは２倍
の遺伝子コピーを表す。表５Ａは、原発性肺腫瘍：ＬＴ４、ＬＴ７、及びＬＴ２
２で生じたＰＲＯ１７８０をコードする核酸ＤＮＡ７１１６９−１７０９の有意
な増幅を示す。 ＤＮＡ７１１６９−１７０９の増幅が種々の肺腫瘍で生じたので、それは腫瘍
形成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、ＤＮＡ７
１１６９−１７０９にコードされるタンパク質（ＰＲＯ１７８０）に対するアン
タゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測される。
【０２３２】 ＰＲＯ１７８８（ＤＮＡ７７６５２−２５０５）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ７７６５２−２５０５についてのΔＣｔ値を表５Ａ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的には増幅スコアの閾値として用い、これは２倍
の遺伝子コピーを表す。表５Ａは、原発性結腸腫瘍：ＣＴ１、ＣＴ３、ＣＴ４、
ＣＴ８、ＣＴ９、ＣＴ１０、ＣＴ１２、及びＬＴ１４で生じたＰＲＯ１７８８を
コードする核酸ＤＮＡ７７６５２−２５０５の有意な増幅を示す。 ＤＮＡ７７６５２−２５０５の増幅が種々の結腸腫瘍で生じたので、それは腫
瘍形成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、ＤＮＡ
７７６５２−２５０５にコードされるタンパク質（ＰＲＯ１７８８）に対するア
ンタゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測される。
【０２３３】 ＰＲＯ３４３４（ＤＮＡ７７６３１−２５３７）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ７７６３１−２５３７についてのΔＣｔ値を表５Ａ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的には増幅スコアの閾値として用い、これは２倍
の遺伝子コピーを表す。表５Ａは、（１）原発性肺腫瘍：ＬＴ１３、ＬＴ１５、
ＬＴ１６、ＨＦ-０００８４２、ＨＦ-００１２９４、ＨＦ-００１２９６、及び
ＨＦ-００１２９９；（２）肺初代培養細胞系：Ａ５４９、Ｃａｌｕ−６、Ｈ１
５７、Ｈ４４１、Ｈ４６０、ＳＫＭＥＳ１、及びＨ８１０；（３）原発性結腸腫
瘍：ＣＴ１５；及び（４）結腸細胞系：ＳＷ６２０、Ｃｏｌｏ３２０、ＨＴ２９
、ＨＣＴ１１６、ＳＷ４０３、ＬＳ１７４Ｔ、及びＨＣＣ２９９８で生じたＰＲ
Ｏ３４３４をコードする核酸ＤＮＡ７７６３１−２５３７の有意な増幅を示す。 増幅は、ＤＮＡ７７６３１−２５３７のエピセンターマッピング（表７）によ
り確認され、（１）原発結腸腫瘍：ＨＦ-０００５３９；及び（２）精巣腫瘍中
心部：ＨＦ-０００７３３及び精巣腫瘍周辺部：ＨＦ-０００７１６において有意
に増幅される結果となった。これに対して、最も近い公知エピセンターマーカー
の増幅は、ＤＮＡ７７６３１より大きな程度で起こらなかった。このことは、Ｄ
ＮＡ７７６３１−２５３７が染色体７番上の特定領域の増幅の原因となる遺伝子
であることを強く示唆している。 ＤＮＡ７７６３１の増幅が結腸及び精巣腫瘍を含む種々の腫瘍で生じたので、
それは腫瘍形成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として
、ＤＮＡ７７６３１−２５３７にコードされるタンパク質（ＰＲＯ３４３４）に
対するアンタゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測さ
れる。
【０２３４】 ＰＲＯ１９２７（ＤＮＡ８２３０７−２５３１）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ８２３０７−２５３１についてのΔＣｔ値を表５Ａ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的に増幅評点化の閾値として用い、これは２倍の
遺伝子コピーを表す。表５Ａは、（１）原発性肺腫瘍：ＬＴ１３、ＬＴ１６、Ｈ
Ｆ-０００８４２、ＨＦ-００１２９４、ＨＦ-００１２９６、及びＨＦ-００１２
９９；及び（２）原発性結腸腫瘍：ＣＴ１５；及び（３）結腸細胞系：Ｃｏｌｏ
３２０、及びＨＣＴ１１６で生じたＰＲＯ１９２７をコードする核酸ＤＮＡ８２
３０７−２５３１の有意な増幅を示す。 ＤＮＡ８２３０７−２５３１の増幅が種々の肺及び結腸腫瘍で生じたので、そ
れは腫瘍形成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、
ＤＮＡ８２３０７−２５３１にコードされるタンパク質（ＰＲＯ１９２７）に対
するアンタゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測され
る。
【０２３５】 ＰＲＯ３５６７（ＤＮＡ５６０４９−２５４３）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ５６０４９−２５４３についてのΔＣｔ値を表５Ａ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的には増幅スコアの閾値として用い、これは２倍
の遺伝子コピーを表す。表５Ａは、結腸細胞系：Ｃｏｌｏ３２０、ＳＷ４０３、
及びＬＳ１７４Ｔで生じたＰＲＯ３５６７をコードする核酸ＤＮＡ５６０４９−
２５４３の有意な増幅を示す。 ＤＮＡ５６０４９−２５４３の増幅が種々の結腸腫瘍で生じたので、それは腫
瘍形成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、ＤＮＡ
５６０４９−２５４３にコードされるタンパク質（ＰＲＯ３５６７）に対するア
ンタゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測される。
【０２３６】 ＰＲＯ１２９５（ＤＮＡ５９２１８−１５５９）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ５９２１８−１５５９についてのΔＣｔ値を表５Ａ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的に増幅評点化の閾値として用い、これは２倍の
遺伝子コピーを表す。表５Ａは、（１）原発性肺腫瘍：ＨＦ-０００６３１及び
ＨＦ-０００８４０；（２）結腸腫瘍中心部：ＨＦ-０００５３９及びＨＦ-００
０６９８；及び（３）乳癌中心部：ＨＦ-０００５４５で生じたＰＲ１２９５を
コードする核酸ＤＮＡ５９２１８−１５５９の有意な増幅を示す。 ＤＮＡ５９２１８−１５５９の増幅が種々の腫瘍で生じたので、それは腫瘍形
成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、ＤＮＡ５９
２１８−１５５９にコードされるタンパク質（ＰＲＯ１２９５）に対するアンタ
ゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測される。
【０２３７】 ＰＲＯ１２９３（ＤＮＡ６０６１８−１５５７）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ６０６１８−１５５７についてのΔＣｔ値を表５Ｂ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的に増幅評点化の閾値として用い、これは２倍の
遺伝子コピーを表す。表５Ｂは、（１）原発性肺腫瘍：ＨＦ-０００８４０；及
び（２）結腸腫瘍中心部：ＨＦ-０００５３９及びＨＦ-０００７９５で生じたＰ
ＲＯ１２９３をコードする核酸ＤＮＡ６０６１８−１５５７の有意な増幅を示す
。 ＤＮＡ６０６１８−１５５７の増幅が種々の肺及び結腸腫瘍で生じたので、そ
れは腫瘍形成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、
ＤＮＡ６０６１８−１５５７にコードされるタンパク質（ＰＲＯ１２９３）に対
するアンタゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測され
る。
【０２３８】 ＰＲＯ１３０３（ＤＮＡ６５４０９−１５６６）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ６５４０９−１５６６についてのΔＣｔ値を表５Ｂ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的に増幅評点化の閾値として用い、これは２倍の
遺伝子コピーを表す。表５Ｂは、（１）原発性肺腫瘍：ＬＴ１３、ＬＴ１５、及
びＬＴ１６；（２）肺細胞系：Ａ５４９；及び（３）結腸腫瘍ＣＴ１６で生じた
ＰＲＯ１３０３をコードする核酸ＤＮＡ６５４０９−１５６６の有意な増幅を示
す。ＤＮＡ６５４０９−１５６６の増幅が種々の腫瘍で生じたので、それは腫瘍
形成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、ＤＮＡ６
５４０９−１５６６にコードされるタンパク質（ＰＲＯ１３０３）に対するアン
タゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測される。
【０２３９】 ＰＲＯ４３４４（ＤＮＡ８４９２７−２５８５）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ８４９２７−２５８５についてのΔＣｔ値を表５Ｂ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的に増幅評点化の閾値として用い、これは２倍の
遺伝子コピーを表す。表５Ｂは、（１）原発性肺腫瘍：ＨＦ-０００８４０；（
２）結腸腫瘍中心部：ＨＦ-０００５３９、ＨＦ-０００５７５及びＨＦ-０００
７９５；及び（３）乳腫瘍中心部ＨＦ-０００５４５で生じたＰＲＯ４３４４を
コードする核酸ＤＮＡ８４９２７−２５８５の有意な増幅を示す。ＤＮＡ８４９
２７−２５８５の増幅が種々の腫瘍で生じたので、それは腫瘍形成又は成長にお
いて有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、ＤＮＡ８４９２７−２５８
５にコードされるタンパク質（ＰＲＯ４３４４）に対するアンタゴニスト（例え
ば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測される。
【０２４０】 ＰＲＯ４３５４（ＤＮＡ９２２５６−２５９６）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ９２２５６−２５９６についてのΔＣｔ値を表５Ｂ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的に増幅評点化の閾値として用い、これは２倍の
遺伝子コピーを表す。表５Ｂは、（１）原発性肺腫瘍：ＨＦ-０００１２９６；
（２）結腸腫瘍中心部：ＨＦ-０００５３９、ＨＦ-０００５７５、ＨＦ-０００
６９８及びＨＦ-０００７６２；及び（３）乳腫瘍中心部ＨＦ-０００５４５；及
び（４）副甲状腺腫瘍ＨＦ-０００８３２で生じたＰＲＯ４３５４をコードする
核酸ＤＮＡ９２２５６−２５９６の有意な増幅を示す。ＤＮＡ９２２５６−２５
９６の増幅が種々の腫瘍で生じたので、それは腫瘍形成又は成長において有意な
役割を果たす可能性が高い。結果として、ＤＮＡ９２２５６−２５９６にコード
されるタンパク質（ＰＲＯ４３５４）に対するアンタゴニスト（例えば抗体）は
、癌治療における有用性を持つと予測される。
【０２４１】 ＰＲＯ４３９７（ＤＮＡ８３５０５−２６０６）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ８３５０５−２６０６についてのΔＣｔ値を表５Ｂ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的に増幅評点化の閾値として用い、これは２倍の
遺伝子コピーを表す。表５Ｂは、原発性肺腫瘍ＨＦ-０００８４０で生じたＰＲ
Ｏ４３９７をコードする核酸ＤＮＡ８３５０５−２６０６の有意な増幅を示す。
ＤＮＡ８３５０５−２６０６の増幅が肺腫瘍で生じたので、それは腫瘍形成又は
成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、ＤＮＡ８３５０５
−２６０６にコードされるタンパク質（ＰＲＯ４３９７）に対するアンタゴニス
ト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測される。
【０２４２】 ＰＲＯ４４０７（ＤＮＡ９２２６４−２６１６）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ９２２６４−２６１６についてのΔＣｔ値を表５Ｂ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的に増幅評点化の閾値として用い、これは２倍の
遺伝子コピーを表す。表５Ｂは、（１）原発性肺腫瘍：ＨＦ-０００８４０、Ｈ
Ｆ-０００８４２及びＨＦ-００１２９６；（２）結腸腫瘍中心部：ＨＦ-０００
５３９、ＨＦ-０００５７５、ＨＦ-０００６９８及びＨＦ-０００７９５；（３
）乳腫瘍中心部ＨＦ−０００５４５；及び（４）副甲状腺腫瘍ＨＦ−０００８３
２で生じたＰＲＯ４４０７をコードする核酸ＤＮＡ９２２６４−２６１６の有意
な増幅を示す。ＤＮＡ９２２６４−２６１６の増幅が種々の腫瘍で生じたので、
それは腫瘍形成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として
、ＤＮＡ９２２６４−２６１６にコードされるタンパク質（ＰＲＯ４４０７）に
対するアンタゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測さ
れる。
【０２４３】 ＰＲＯ１５５５（ＤＮＡ７３７４４−１６６５）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ７３７４４−１６６５についてのΔＣｔ値を表５Ｂ
に報告する。ΔＣｔ＞１は典型的には増幅スコアの閾値として用い、これは２倍
の遺伝子コピーを表す。表５Ｂは、（１）原発性肺腫瘍：ＬＴ１３、ＬＴ１５、
ＬＴ１６、ＨＦ-０００６３１、ＨＦ-０００８４０、及びＨＦ-０００８４２；
（２）肺細胞系：Ａ５４９、Ｃａｌｕ-１、Ｃａｌｕ-６、Ｈ４４１、Ｈ４６０、
及びＳＫＭＥＳ１；（３）原発性結腸腫瘍：ＣＴ１５、ＣＴ１６、ＣＴ１７、及
び結腸腫瘍中心部ＨＦ−０００５３９及びＨＦ−０００５７５；（４）結腸細胞
系：ＳＷ６２０、Ｃｏｌｏ３２０、ＨＣＴ１１６；（５）乳腫瘍中心部ＨＦ-０
００５４５；（６）腎臓腫瘍中心部 ＨＦ-０００６１１；及び（７）精巣腫瘍
周辺部 ＨＦ-０００７１６及び精巣腫瘍中心部ＨＦ-０００７３３で生じたＰＲ
Ｏ１５５５をコードする核酸ＤＮＡ７３７４４−１６６５の有意な増幅を示す。 ＤＮＡ７３７４４−１６６５の増幅が種々の腫瘍で生じたので、それは腫瘍形
成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、ＤＮＡ７３
７４４−１６６５にコードされるタンパク質（ＰＲＯ１５５５）に対するアンタ
ゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測される。
【０２４４】 ＰＲＯ１０９６（ＤＮＡ６１８７０）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ６１８７０についてのΔＣｔ値を表５Ｂに報告する
。ΔＣｔ＞１は典型的に増幅評点化の閾値として用い、これは２倍の遺伝子コピ
ーを表す。表５Ｂは、（１）結腸細胞系：ＳＷ４８０、Ｃｏｌｏ３２０、ＨＴ２
９、ＷｉＤｒ、ＨＣＴ１１６、ＳＫＣＯ１、及びＳＷ４０３；及び（２）乳細胞
系 ＨＢＬ１００ 及びＴ４７Ｄで生じたＰＲＯ１０９６をコードする核酸ＤＮ
Ａ６１８７０の有意な増幅を示す。ＤＮＡ６１８７０の増幅が種々の腫瘍で生じ
たので、それは腫瘍形成又は成長において有意な役割を果たす可能性が高い。結
果として、ＤＮＡ６１８７０にコードされるタンパク質（ＰＲＯ１０９６）に対
するアンタゴニスト（例えば抗体）は、癌治療における有用性を持つと予測され
る。
【０２４５】 ＰＲＯ２０３８（ＤＮＡ８３０１４）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ８３０１４についてのΔＣｔ値を表５Ｂに報告する
。ΔＣｔ＞１は典型的には増幅スコアの閾値として用い、これは２倍の遺伝子コ
ピーを表す。表５Ｂは、（１）原発性肺腫瘍：ＬＴ１ａ、ＬＴ６、ＬＴ７、ＬＴ
８、ＬＴ１２、ＬＴ２６、及びＬＴ２８；（２）乳腫瘍 ＳＲＣＣ１０９８で生
じたＰＲＯ２０３８をコードする核酸ＤＮＡ８３０１４の有意な増幅を示す。 ＤＮＡ８３０１４の増幅が種々の腫瘍で生じたので、それは腫瘍形成又は成長
において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、ＤＮＡ８３０１４にコ
ードされるタンパク質（ＰＲＯ２０３８）に対するアンタゴニスト（例えば抗体
）は、癌治療における有用性を持つと予測される。
【０２４６】 ＰＲＯ２２６２（ＤＮＡ８８２７３）： 種々の腫瘍におけるＤＮＡ８８２７３についてのΔＣｔ値を表５Ｂに報告する
。ΔＣｔ＞１は典型的には増幅スコアの閾値として用い、これは２倍の遺伝子コ
ピーを表す。表５Ｂは、（１）原発性肺腫瘍：ＨＦ-０００８４０、及びＨＦ-０
０１２９６；（２）原発性結腸腫瘍：ＨＦ-０００５３９、ＨＦ-０００５７５及
びＨＦ-０００６９８；（３）乳腫瘍中心部ＨＦ-０００５４５；（４）精巣腫瘍
周辺部 ＨＦ-０００７１６及び精巣腫瘍中心部ＨＦ-０００７３３；及び（５）
副甲状腺腫瘍 ＨＦ-０００８３２で生じたＰＲＯ２２６２をコードする核酸Ｄ
ＮＡ８８２７３の有意な増幅を示す。 ＤＮＡ８８２７３の増幅が種々の腫瘍で生じたので、それは腫瘍形成又は成長
において有意な役割を果たす可能性が高い。結果として、ＤＮＡ８８２７３にコ
ードされるタンパク質（ＰＲＯ２２６２）に対するアンタゴニスト（例えば抗体
）は、癌治療における有用性を持つと予測される。
【０２４７】 実施例２１ ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７
８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、Ｐ
ＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３
５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、Ｐ
ＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２のハイブリダイゼーションプローブとしての使
用 以下の方法は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７
５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、Ｐ
ＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３
４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、Ｐ
ＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドをコードする核
酸配列のハイブリッド形成プローブとしての使用を記述する。 ここに開示されるような完全長又は成熟「ＰＲＯ」ポリペプチド及び／又はそ
の断片のコード化配列を含むＤＮＡは、ヒト組織ｃＤＮＡライブラリ又はヒト組
織ゲノムライブラリにおける相同なＤＮＡ（ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の
天然発生変異体をコードするもの等）のスクリーニングのためのプローブとして
用いられ得る。 ハイブリッド形成及びいずれかのライブラリを含むフィルターの洗浄は、以下
の高緊縮性条件下で実施される。放射性標識ＰＲＯ３８１-、ＰＲＯ１２６９-、
ＰＲＯ１４１０-、ＰＲＯ１７５５-、ＰＲＯ１７８０-、ＰＲＯ１７８８-、ＰＲ
Ｏ３４３４-、ＰＲＯ１９２７-、ＰＲＯ３５６７-、ＰＲＯ１２９５-、ＰＲＯ１
２９３-、ＰＲＯ１３０３-、ＰＲＯ４３４４-、ＰＲＯ４３５４-、ＰＲＯ４３９
７-、ＰＲＯ４４０７-、ＰＲＯ１５５５-、ＰＲＯ１０９６-、ＰＲＯ２０３８-
又はＰＲＯ２２６２-誘導プローブのフィルターへのハイブリッド形成は、50%ホ
ルムアミド、5xＳＳＣ、0.1%ＳＤＳ、0.1%ピロリン酸ナトリウム、50mMリン酸ナ
トリウム、pH6.8、2xデンハード液、及び10%デキストラン硫酸の溶液中で４２℃
で２０時間実施した。フィルターの洗浄は、0.1xＳＳＣ及び0.1%ＳＤＳ水溶液中
で、４２℃で実施した。 その後、完全長天然配列ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、Ｐ
ＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９
２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、Ｐ
ＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５
５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２をコードするＤＮＡ
と所望の配列同一性を持つＤＮＡは、この分野で知られた標準的技術を用いて同
定できる。
【０２４８】 実施例２２ 大腸菌におけるＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５
５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲ
Ｏ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４
４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲ
Ｏ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの発現 この実施例は、大腸菌での組換え発現による非グリコシル化形態のＰＲＯ３８
１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲ
Ｏ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９
５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲ
Ｏ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３
８又はＰＲＯ２２６２の調製を例示する。 対象とするＰＲＯポリペプチドをコードするＤＮＡ配列を、選択したＰＣＲプ
ライマーを用いて最初に増幅した。プライマーは、選択された発現ベクターの制
限酵素部位に対応する制限酵素部位を持たなければならない。種々の発現ベクタ
ーが用いられる。好適なベクターの例は、ｐＢＲ３２２（大腸菌から誘導された
もの；Bolivar等, Gene, 2:95 (1977)参照）であり、アンピシリン及びテトラサ
イクリン耐性についての遺伝子を含む。ベクターは、制限酵素で消化され脱リン
酸される。ＰＣＲ増幅した配列は、次いでベクターに結合させる。ベクターは、
好ましくは抗生物質耐性遺伝子、ｔｒｐプロモーター、ポリｈｉｓリーダー（最
初の６つのＳＴＩＩコドン、ポリｈｉｓ配列、及びエンテロキナーゼ切断部位を
含む）、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、Ｐ
ＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５
６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、Ｐ
ＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０
９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２コード化領域、ラムダ転写ターミネー
ター、及びａｒｇＵ遺伝子を含む。
【０２４９】 ライゲーション混合物は、次いで、上掲のSambrook等に記載された方法を用い
た選択した大腸菌の形質転換に使用される。形質転換体は、それらのＬＢプレー
トで成長する能力により同定され、次いで抗生物質耐性クローンが選択される。
プラスミドＤＮＡが単離され、制限分析及びＤＮＡ配列決定で確認される。 選択されたクローンは、抗生物質を添加したＬＢブロスなどの液体培地で一晩
増殖させることができる。一晩培養液は、続いて大規模培地への植菌に用いられ
る。次に細胞を最適密度で成長させ、その間に発現プロモーターが作動する。 更に数時間の培養の後、細胞を採集して遠心分離できる。遠心分離で得られた
細胞ペレットは、この分野で知られた種々の試薬を用いて可溶化され、ＰＲＯ３
８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、Ｐ
ＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２
９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、Ｐ
ＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０
３８又はＰＲＯ２２６２タンパク質を金属キレート化カラムを用いてタンパク質
を強固に結合させる条件下で精製した。
【０２５０】 ＰＲＯ１７８８及びＰＲＯ１５５５は、以下の手法を用いて、大腸菌において
ポリ-Ｈｉｓタグ形態で成功裏に発現された。ＰＲＯ１７８８又はＰＲＯ１５５
５をコードするＤＮＡを選択したＰＣＲプライマーを用いて最初に増幅した。プ
ライマーは、選択された発現ベクターの制限酵素部位に対応する制限酵素部位、
及び効率的で信頼性のある翻訳開始、金属キレートカラムでの迅速な精製、及び
エンテロキナーゼでのタンパク質分解的除去を与える他の有用な配列を含む。次
いでＰＣＲ増幅された、ポリ-Ｈｉｓタグ配列を発現ベクターに結合させ、それ
を株５２（W3110 fuhA(tonA) lon galE rpoHts(htpRts) clpP(lacIq)）に由来す
る大腸菌宿主の形質転換に使用した。形質転換体は、最初に50mg/mlのカルベニ
シリンを含有するＬＢ中、３０℃で振盪しながら3-5のＯ.Ｄ.６００に達するま
で成長させた。ついで培地をＣＲＡＰ培地（3.57gの（ＮＨ４）２ＳＯ４、0.71g
のクエン酸ナトリウム・2H2O、1.07gのＫＣｌ、5.36gのDifco酵母抽出物、500mL
水中の5.36gのShefield hycase SF、並びに110mMのＭＰＯＳ、pH7.3、0.55%（w/
v）のグルコース及び7mMのＭｇＳＯ４の混合で調製）中に50-100倍希釈し、３０
℃で振盪させながら約20-30時間成長させた。試料を取り出してＳＤＳ-ＰＡＧＥ
により発現を確認し、バルク培地を遠心分離して細胞のペレットとした。細胞ペ
レットは、精製及び再折りたたみまで凍結させた。 0.5から1Lの発酵（6-10gペレット）からの大腸菌ペーストを、7Mのグアニジン
、20mMのトリス、pH8バッファー、10容量（w/v）に再懸濁させた。固体硫酸ナト
リウム及びテトラチオン酸ナトリウムを添加して最終濃度を各々0.1M及び0.02M
とし、溶液を４℃で終夜撹拌した。この工程により、亜硫酸によりブロックされ
たシステイン残基を持つ変性タンパク質がもたらされた。溶液をBeckman Ultrac
entrifuge中で40,000rpmで３０分間濃縮した。上清を金属キレートカラムバッフ
ァー（6Mのグアニジン、20mMのトリス、pH7.4）の3-5容量で希釈し、0.22ミクロ
ンフィルターを通して濾過して透明化した。透明化抽出物を、金属キレートカラ
ムバッファーで平衡化させた5mlのQiagen Ni2+-NTA金属キレートカラムに添加し
た。カラムを50mMのイミダゾール（Calbiochem, Utrol grade）を含む添加バッ
ファー、pH7.4で洗浄した。タンパク質を250mMのイミダゾールを含有するバッフ
ァーで溶離した。所望のタンパク質を含有する画分をプールし、４℃で保存した
。タンパク質濃度は、そのアミノ酸配列に基づいて計算した吸光係数を用いて28
0nmにおけるその吸収により見積もった。
【０２５１】 試料を、20mMのトリス、pH8.6、0.3MのＮａＣｌ、2.5Mの尿素、５ｍＭのシス
テイン、20mMのグリシン及び1mMのＥＤＴＡからなる新たに調製した再折りたた
みバッファー中に徐々に希釈することによりタンパク質を再折りたたみさせた。
リフォールディング容量は、最終的なタンパク質濃度が50〜100マイクログラム/
mlとなるように選択した。リフォールデイング溶液を４℃で12-36時間ゆっくり
撹拌した。リフォールディング反応はＴＦＡを最終濃度0.4%（約３のｐＨ）で添
加することにより停止させた。タンパク質をさらに精製する前に、溶液を0.22ミ
クロンフィルターを通して濾過し、アセトニトリルを最終濃度2-10%で添加した
。再折りたたみされたタンパク質を、Poros R1/H逆相カラムで、0.1%ＴＦＡの移
動バッファーと10〜80%のアセトニトリル勾配での溶出を用いてクロマトグラフ
にかけた。A280吸収を持つ画分のアリコートをＳＤＳポリアクリルアミドゲルで
分析し、均一な再折りたたみされたタンパク質を含有する画分をプールした。一
般的に、多くのタンパク質において正しく再折りたたみされたものは、これらが
最もコンパクトであり、その疎水性内面が逆相樹脂との相互作用から遮蔽されて
いるので、アセトニトリルの最低濃度で溶離される。凝集した種は通常、より高
いアセトニトリル濃度で溶離される。タンパク質の誤って折りたたまれた形態を
所望の形態から除くのに加えて、逆相工程は試料からエンドトキシンも除去する
。 所望の折りたたまれたＰＲＯ１７８８及びＰＲＯ１５５５タンパク質各々を含
有する画分をプールし、溶液に向けた窒素の弱い気流を用いてアセトニトリルを
除去した。タンパク質を、透析又は調製バッファーで平衡化したG25 Superfine
（Pharmacia）樹脂でのゲル濾過及び滅菌濾過により、0.14Mの塩化ナトリウム及
び4%のマンニトールを含む20mMのＨＥＰＥＳ、pH6.8に調製した。
【０２５２】 実施例２３ 哺乳動物細胞におけるＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の発現 この実施例は、哺乳動物細胞での組換え発現によるグリコシル化形態のＰＲＯ
３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、
ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１
２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、
ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２
０３８又はＰＲＯ２２６２の調製を例示する。 発現ベクターとしてベクターｐＲＫ５（1989年3月15日発行のEP 307,247参照
）を用いた。場合によっては、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ＤＮＡを選択し
た制限酵素でｐＲＫ５に結合させ、上掲のSambrook等に記載されたような結合方
法を用いてＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、
ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３
５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、
ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１
０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ＤＮＡの挿入を行う。得られたベク
ターは、ｐＲＫ５-ＰＲＯ３８１、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１２６９、ｐＲＫ５-ＰＲＯ
１４１０、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１７５５、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１７８０、ｐＲＫ５-Ｐ
ＲＯ１７８８、ｐＲＫ５-ＰＲＯ３４３４、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１９２７、ｐＲＫ５
-ＰＲＯ３５６７、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１２９５、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１２９３、ｐＲ
Ｋ５-ＰＲＯ１３０３、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４３４４、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４３５４、
ｐＲＫ５-ＰＲＯ４３９７、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４４０７、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１５５
５、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１０９６、ｐＲＫ５-ＰＲＯ２０３８又はｐＲＫ５-ＰＲＯ
２２６２と呼ばれる。
【０２５３】 一実施態様では、選択された宿主細胞は２９３細胞とすることができる。ヒト
２９３細胞（ATCC CCL 1573）は、ウシ胎児血清及び場合によっては滋養成分又
は抗生物質を添加したＤＭＥＭなどの媒質中で組織培養プレートにおいて成長さ
せて集密化した。約１０μｇのｐＲＫ５-ＰＲＯ３８１、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１２６
９、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１４１０、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１７５５、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１
７８０、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１７８８、ｐＲＫ５-ＰＲＯ３４３４、ｐＲＫ５-ＰＲ
Ｏ１９２７、ｐＲＫ５-ＰＲＯ３５６７、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１２９５、ｐＲＫ５-
ＰＲＯ１２９３、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１３０３、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４３４４、ｐＲＫ
５-ＰＲＯ４３５４、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４３９７、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４４０７、ｐ
ＲＫ５-ＰＲＯ１５５５、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１０９６、ｐＲＫ５-ＰＲＯ２０３８
又はｐＲＫ５-ＰＲＯ２２６２ＤＮＡを約1μgのＶＡ ＲＮＡ遺伝子をコードす
るＤＮＡ［Thimmappaya等, Cell, 31:543 (1982)］］と混合し、５００μｌの1m
Mトリス-ＨＣｌ、0.1mMのＥＤＴＡ、0.227MのＣａＣｌ２に溶解させた。この混
合物に、滴状の、500μlの50mMのＨＥＰＥＳ（pH7.35）、280mMのＮａＣｌ、1.5
mMのＮａＰＯ４を添加し、２５℃で10分間析出物を形成させた。析出物を懸濁し
、２９３細胞に加えて３７℃で約4時間定着させた。培養培地を吸引し、2mlのＰ
ＢＳ中20%グリセロールを３０秒間添加した。２９３細胞は、次いで無血清培地
で洗浄し、新鮮な培地を添加し、細胞を約５日間インキュベートした。 形質移入の約２４時間後、培養液を除去し、培養液（のみ）又は200μCi/mlの ３５ Ｓ-システイン及び200μCi/mlの３５Ｓ-メチオニンを含む培養液で置換した
。１２時間のインキュベーションの後、条件培地を回収し、スピンフィルターで
濃縮し、15%ＳＤＳゲルに添加した。処理したゲルを乾燥させ、ＰＲＯ３８１、
ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１
７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、
ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４
３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又
はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの存在が明らかになる程度の選択された時間にわ
たってフィルムに感光させた。形質転換した細胞を含む培地は、更なるインキュ
ベーションを施し（無血清培地で）、培地を選択されたバイオアッセイで試験し
た。
【０２５４】 これに換わる技術において、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ＤＮＡは、Somp
aryac等, Proc. Natl. Acad. Sci., 12:7575 (1981) に記載されたデキストラン
硫酸法を用いて２９３細胞に一過的に導入される。２９３細胞は、スピナーフラ
スコ内で最大密度まで成長させ、700μgのｐＲＫ５-ＰＲＯ３８１、ｐＲＫ５-Ｐ
ＲＯ１２６９、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１４１０、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１７５５、ｐＲＫ５
-ＰＲＯ１７８０、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１７８８、ｐＲＫ５-ＰＲＯ３４３４、ｐＲ
Ｋ５-ＰＲＯ１９２７、ｐＲＫ５-ＰＲＯ３５６７、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１２９５、
ｐＲＫ５-ＰＲＯ１２９３、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１３０３、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４３４
４、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４３５４、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４３９７、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４
４０７、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１５５５、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１０９６、ｐＲＫ５-ＰＲ
Ｏ２０３８又はｐＲＫ５-ＰＲＯ２２６２ＤＮＡを添加する。細胞は、まずスピ
ナーフラスコから遠心分離によって濃縮し、ＰＢＳで洗浄した。ＤＮＡ−デキス
トラン沈殿物を細胞ペレット上で４時間インキュベートした。細胞を20%グリセ
ロールで90秒間処理し、組織培養培地で洗浄し、組織培養培地、5μｇ/mlウシイ
ンシュリン及び0.1μg/mlウシトランスフェリンを含むスピナーフラスコに再度
導入した。約４日後に、条件培地を遠心分離して濾過し、細胞及び細胞片を除去
した。次いで発現されたＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲ
Ｏ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２
７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲ
Ｏ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５
５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２を含む試料を濃縮し、
透析又はカラムクロマトグラフィー等の選択した方法によって精製した。 他の実施態様では、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２をＣＨＯ細胞で発現させ
ることができる。ｐＲＫ５-ＰＲＯ３８１、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１２６９、ｐＲＫ５
-ＰＲＯ１４１０、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１７５５、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１７８０、ｐＲ
Ｋ５-ＰＲＯ１７８８、ｐＲＫ５-ＰＲＯ３４３４、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１９２７、
ｐＲＫ５-ＰＲＯ３５６７、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１２９５、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１２９
３、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１３０３、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４３４４、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４
３５４、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４３９７、ｐＲＫ５-ＰＲＯ４４０７、ｐＲＫ５-ＰＲ
Ｏ１５５５、ｐＲＫ５-ＰＲＯ１０９６、ｐＲＫ５-ＰＲＯ２０３８又はｐＲＫ５
-ＰＲＯ２２６２ベクターは、ＣａＰＯ４又はＤＥＡＥ-デキストランなどの公知
の試薬を用いてＣＨＯ細胞に形質移入することができる。上記したように、細胞
培地をインキュベートし、培地を培養培地（のみ）又は３５Ｓ-メチオニン等の
放射性標識を含む培地に置換することができる。ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９
、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ
３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３
、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ
４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６
２ポリペプチドの存在を同定した後であれば、培養液を無血清培地に置換しても
よい。好ましくは、培地を約６日間インキュベートし、次いで条件培地を収集す
る。次いで、発現されたＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲ
Ｏ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２
７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲ
Ｏ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５
５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２を含む培地を濃縮して
、選択した方法にとって精製することができる。
【０２５５】 また、エピトープタグＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲ
Ｏ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２
７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲ
Ｏ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５
５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２は、宿主ＣＨＯ細胞に
おいて発現させてもよい。ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、Ｐ
ＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９
２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、Ｐ
ＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５
５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２はｐＲＫ５ベクター
からサブクローニングした。サブクローン挿入物は、次いで、ＰＣＲを施してバ
キュロウイルス発現ベクター中のポリ-ｈｉｓタグ等の選択されたエピトープタ
グを持つ枠に融合できる。ポリ-ｈｉｓタグＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２挿
入物は、次いで、安定なクローンの選択のためのＤＨＦＲ等の選択マーカーを含
むＳＶ４０誘導ベクターにサブクローニングできる。最後に、ＣＨＯ細胞をＳＶ
４０誘導ベクターで（上記のように）形質移入した。発現を確認するために、上
記のように標識化を行ってもよい。発現されたポリ-ｈｉｓタグＰＲＯ３８１、
ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１
７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、
ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４
３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又
はＰＲＯ２２６２を含む培養培地は、次いで濃縮し、Ｎｉ２＋-キレートアフィ
ニティクロマトグラフィー等の選択された方法により精製できる。 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１４１０及びＰＲＯ１３０３は安定発現法でＣＨＯ細胞
において発現された。ＣＨＯ細胞における安定な発現は以下の方法を用いて実施
された。タンパク質は、それに対応するタンパク質の可溶化形態及び／又はポリ
-Ｈｉｓタグ形態のコード化配列（例えば、細胞外ドメイン）がＩｇＧ１のヒン
ジ、ＣＨ２及びＣＨ２ドメインを含む定常領域配列に融合したＩｇＧ作成物（イ
ムノアドヘシン）として発現された。
【０２５６】 ＰＣＲ増幅に続いて、対応するＤＮＡを、Ausubel等, Current Protocols of
Molecular Biology, Unit 3.16, John Wiley and Sons (1997)に記載されたよう
な標準的技術を用いてＣＨＯ発現ベクターにサブクローニングした。ＣＨＯ発現
ベクターは、対象とするＤＮＡの５’及び３’に適合する制限部位を有し、ｃＤ
ＮＡの便利なシャトル化ができるように作成される。ベクターは、Lucas等, Nuc
l. Acids res. 24: 9, 1774-1779 (1996) に記載されたようにＣＨＯ細胞での発
現を用い、対象とするｃＤＮＡ及びジヒドロフォレートレダクターゼ（ＤＨＦＲ
）の発現の制御にＳＶ４０初期プロモーター／エンハンサーを用いる。ＤＨＦＲ
発現は、形質移入に続くプラスミドの安定な維持のための選択を可能にする。 所望のプラスミドＤＮＡの12マイクログラムを、市販の形質移入試薬Superfec
t(登録商標)(Quiagen), Dosper(登録商標)及びFugene(登録商標)（Boehringer M
annheim）約一千万のＣＨＯ細胞に導入した。細胞は、上掲のLucas等に記載され
ているように成長させた。約３ｘ１０７細胞を、下記のような更なる成長及び生
産のためにアンプル中で凍結させた。 プラスミドＤＮＡを含むアンプルを水槽に配して解凍し、ボルテックスにより
混合した。内容物を10mLの媒質を含む遠心管にピペットして、1000rpmで５分間
遠心分離した。上清を吸引して細胞を10mLの選択培地（0.2μm濾過ＰＳ２０、5%
の0.2μm透析濾過ウシ胎児血清を添加）中に懸濁させた。次いで細胞を90mLの選
択培地を含む100mlスピナーに分けた。1-2日後、細胞を150mLの選択培地を満た
した250mLスピナーに移し、３７℃でインキュベートした。さらに2-3日後、250m
L、500mL及び2000mLのスピナーを3ｘ10５細胞/mLで播種した。細胞培地を遠心分
離により新鮮培地に交換し、生産培地に再懸濁させた。任意の適切なＣＨＯ培地
を用いてもよいが、実際には1992年6月16日に発行の米国特許第5,122,469号に記
載された生産培地を使用した。3Lの生産スピナーを1.2ｘ10６細胞/mLで播種した
。０日目に、細胞数とｐＨを測定した。１日目に、スピナーをサンプリングし、
濾過空気での散布を実施した。２日目に、スピナーをサンプリングし、温度を３
３℃に変え、500g/Lのグルコース及び0.6mLの10%消泡剤（例えば35%ポリジメチ
ルシロキサンエマルション、Dow Corning 365 Medical Grade Emulsion）の30mL
とした。生産を通して、ｐＨは7.2近傍に調節し維持した。１０日後、又は生存
率が70%を下回るまで、細胞培地を遠心分離で回収して0.22μmフィルターを通し
て濾過した。濾過物は、４℃で貯蔵するか、即座に精製用カラムに添加した。
【０２５７】 ポリ-Ｈｉｓタグ作成物について、タンパク質はNi２＋-NTAカラム(Qiagen)を
用いて精製した。精製の前に、イミダゾールを条件培地に５ｍＭの濃度まで添加
した。条件培地を、0.3MのＮａＣｌ及び5mMイミダゾールを含む20mMのＨｅｐｅ
ｓ, pH7.4バッファーで平衡化した6mlのNi２＋-NTAカラムに4-5ml/分の流速で４
℃においてポンプ供給した。負荷後、カラムをさらに平衡バッファーで洗浄し、
タンパク質を0.25Mイミダゾールを含む平衡バッファーで溶離した。高度に精製
されたタンパク質は、続いて10mMのＨｅｐｅｓ、0.14MのＮａＣｌ及び4%のマン
ニトールを含む貯蔵バッファーpH6.8中で25mlのG25 Superfine（Pharmacia）を
用いて脱塩し、−８０℃で貯蔵した。 イムノアドヘシン（Ｆｃ含有）作成物を以下のようにして条件培地から精製し
た。条件培地を、20mMのリン酸ナトリウムバッファー, pH6.8で平衡化した5mlの
プロテインＡカラム（Pharmacia）に添加した。添加後、カラムを平衡バッファ
ーで強く洗浄した後、100mMのクエン酸, pH3.5で溶離した。溶離したタンパク質
は、1mlの画分を275μlの1Mトリスバッファー, pH9を含む管に回収することによ
り即座に中性化した。高度に精製されたタンパク質は、続いてポリ-Ｈｉｓタグ
タンパク質について上記した貯蔵バッファー中で脱塩した。均一性はＳＤＳポリ
アクリルアミドゲルで試験し、エドマン(Edman)分解によりＮ-末端アミノ酸配列
決定した。
【０２５８】 実施例２４ 酵母菌でのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、
ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３
５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、
ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１
０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の発現 以下の方法は、酵母菌中でのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０
、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ
１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３
、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ
１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の組換え発現を
記載する。 第１に、ＡＤＨ２／ＧＡＰＤＨプロモーターからのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２
６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、Ｐ
ＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２
９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、Ｐ
ＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２
２６２の細胞内生産又は分泌のための酵母菌発現ベクターを作成する。ＰＲＯ３
８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、Ｐ
ＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２
９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、Ｐ
ＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０
３８又はＰＲＯ２２６２をコードするＤＮＡ及びプロモーターを選択したプラス
ミドの適当な制限酵素部位に挿入してＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１
４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、
ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１
３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、
ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の細胞内
発現を導く。分泌のために、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２をコードするＤＮ
Ａを選択したプラスミドに、ＡＤＨ２／ＧＡＰＤＨプロモーター、ＰＲＯ３８１
、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ
１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５
、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ
４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８
又はＰＲＯ２２６２シグナルポリペプチド又は他の哺乳類シグナルペプチドをコ
ードするＤＮＡ、又は、例えば酵母菌アルファ因子分泌シグナル／リーダー配列
、もしくはインベルターゼ分泌シグナル/リーダー配列、及び（必要ならば）Ｐ
ＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８
０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲ
Ｏ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５
４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲ
Ｏ２０３８又はＰＲＯ２２６２の発現のためのリンカー配列とともにクローニン
グすることができる。
【０２５９】 酵母菌株ＡＢ１１０等の酵母菌は、次いで上記の発現プラスミドで形質転換し
、選択された発酵培地中で培養できる。形質転換した酵母菌上清は、１０％トリ
クロロ酢酸での沈降及びＳＤＳ−ＰＡＧＥによる分離で分析し、次いでクマシー
ブルー染色でゲルの染色をすることができる。 続いて組換えＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５
５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲ
Ｏ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４
４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲ
Ｏ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２は、発酵培地から遠心分離によ
り酵母菌細胞を除去し、次いで選択されたカートリッジフィルターを用いて培地
を濃縮することによって単離及び精製できる。ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、
ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３
４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、
ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４
４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２
を含む濃縮物は、選択されたカラムクロマトグラフィー樹脂を用いてさらに精製
してもよい。
【０２６０】 実施例２５ バキュロウイルス感染昆虫細胞でのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４
１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、Ｐ
ＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３
０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、Ｐ
ＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の発現 以下の方法は、バキュロウイルス感染昆虫細胞中における組換え発現を記載す
る。 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２をコードする配列は、バキュロウイルス発現
ベクターに含まれるエピトープタグの上流に融合させた。このようなエピトープ
タグは、ポリ-Hisタグ及び免疫グロブリンタグ（ＩｇＧのＦｃ領域など）を含む
。ｐＶＬ１３９３（Navogen）などの市販されているプラスミドから誘導される
プラスミドを含む種々のプラスミドを用いることができる。簡単には、ＰＲＯ３
８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、Ｐ
ＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２
９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、Ｐ
ＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０
３８又はＰＲＯ２２６２又はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の所定部分（膜貫
通タンパク質の細胞外ドメインをコードする配列など）が、５’及び３’領域に
相補的なプライマーでのＰＣＲにより増幅される。５’プライマーは、隣接する
（選択された）制限酵素部位を包含していてもよい。生成物は、次いで、選択さ
れた制限酵素で消化され、発現ベクターにサブクローニングされる。 組換えバキュロウイルスは、上記のプラスミド及びBaculoGold(商品名)ウイル
スＤＮＡ（Pharmingen）を、Spodoptera frugiperda（「Ｓｆ９」）細胞（ATCC
CRL 1711）中にリポフェクチン（GIBCO-BRLから市販）を用いて同時形質移入す
ることにより作成される。２８℃で４−５日インキュベートした後、放出された
ウイルスを回収し、更なる増幅に用いた。ウイルス感染及びタンパク質発現は、
O'Reilley等, Baculovirus expression vectors: A Laboratory Manual, Oxford
: Oxford University Press (1994)に記載されているように実施した。
【０２６１】 次いで、発現されたポリ-HisタグＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４
１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、Ｐ
ＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３
０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、Ｐ
ＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２は、例えば
、Ｎｉ２＋-キレートアフィニティクロマトグラフィーにより以下のように精製
される。抽出物は、Rupert等, Nature, 362:175-179 (1993)に記載されているよ
うに、ウイルス感染した組み換えＳｆ９細胞から調製した。簡単には、Ｓｆ９細
胞を洗浄し、超音波処理用バッファー（25mlのＨｅｐｅｓ、pH7.9；12.5mMのＭ
ｇＣｌ２；0.1mMのＥＤＴＡ；10%のグリセロール；0.1%のＮＰ-４０；0.4MのＫ
Ｃｌ）中に再懸濁し、氷上で2回20秒間超音波処理した。超音波処理物を遠心分
離で透明化し、上清をカラム添加用バッファー（50mMリン酸塩、300mMＮａＣｌ
、10%のグリセロール、pH7.8）で50倍希釈し、0.45μｍフィルターで濾過した。
Ｎｉ２＋-ＮＴＡアガロースカラム（Qiagenから市販）を5mlの総容積で調製し、
25mlの水で洗浄し、25mlのカラム添加用バッファーで平衡させた。濾過した細胞
抽出物は、毎分0.5mlでカラムに添加した。カラムを、フラクションコレクター
が作動する点であるＡ２８０のベースラインまで添加用バッファーで洗浄した。
次に、カラムを、結合タンパク質を非特異的に溶離する二次洗浄バッファー（50
mMのリン酸塩；300mMのＮａＣｌ、10%のグリセロール、pH6.0）で洗浄した。Ａ
２８０のベースラインに再度到達した後、カラムを二次洗浄バッファー中で0か
ら500mMのイミダゾール勾配で展開した。1mlの分画を回収し、ＳＤＳ-ＰＡＧＥ
及び銀染色又はアルカリホスファターゼ（Qiagen）を結合させたＮｉ２＋-ＮＴ
Ａでのウェスタンブロットで分析した。溶離したＨｉｓ１０−タグＰＲＯ３８１
、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ
１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５
、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ
４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８
又はＰＲＯ２２６２を含む分画をプールし、カラム添加用バッファーに対し透析
した。
【０２６２】 あるいは、ＩｇＧタグ（又はＦｃタグ）ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲ
Ｏ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３
４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲ
Ｏ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０
７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の精
製は、例えば、プロテインＡ又はプロテインＧカラムクロマトグラフィーを含む
公知のクロマトグラフィー技術を用いて実施できる。 発現は実際には0.5-2Lのスケールであったが、容易により大きな（例えば8L）
調製にスケールアップできる。タンパク質はＩｇＧ作成物（イムノアドヘシン）
として発現され、そこではタンパク質細胞外領域がヒンジ、ＣＨ２及びＣＨ３ド
メイン及び／又はポリ-Ｈｉｓタグ結合体を含むＩｇＧ１定常領域配列に融合し
ている。 ＰＣＲ増幅に続いて、対応するコード化配列をバキュロウイルス発現ベクター
（ＩｇＧ融合物に対するpb.PH.IgG及びポリＨｉｓタグタンパク質に対するpb.PH
.His.c）にサブクローニングし、そのベクター及びBaculogold(登録商標)バキュ
ロウイルスＤＮＡ（Pharmingen）を１０５スポドプテラグルヒペルダ（Spodopte
ra frugiperda）（「Ｓｆ９」）細胞（ATCC CRL 1711）にリポフェクチン（Gibc
o BRL）を用いて同時形質移入した。pb.PH.IgG及びPH.His.cは、市販のバキュロ
ウイルス発現ベクターｐＶＬ１３９３（Pharmingen）の修飾物であり、Ｈｉｓ又
はＦｃタグ配列を含むように修飾されたポリリンカー領域を持つ。細胞を、10%
のＦＢＳ（Hyclone）を添加したHinkのＴＮＭ-ＦＭ培地で成長させた。細胞は、
２８℃で５日間インキュベートした。上清を回収し、続いて上清を10%ＦＢＳを
添加したHinkのＴＮＭ-ＦＨ培地中、Ｓｆ９細胞に約10の感染効率（ＭＯＩ）で
感染させることにより、最初のウイルス増幅に用いた。細胞を２８℃で３日間イ
ンキュベートした。上清を回収し、バキュロウイルス発現ベクターに対する構築
物の発現を、1mlの上清を25mLのヒスチジンタグタンパク質用のＮｉ２＋-ＮＴＡ
ビーズ（QIAGEN）又はＩｇＧタグタンパク質用のプロテインＡセファロースCL-4
Bビーズ（Pharmacia）へバッチ結合で結合させ、次いでクマシーブルー染色によ
り周知の濃度のタンパク質標準と比較するＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析により測定した
。
【０２６３】 第１の増幅ウイルス上清をＥＳＦ-９２１培地（Expression System LLC）中、
成長させたスピナー（５００ｍｌ）により培養させたＳｆ９細胞に、約０．１の
ＭＯＩで感染させるのに使用した。細胞は２８℃で３日間インキュベートした。
上清を回収して濾過した。バッチ結合及びＳＤＳ−ＰＡＧＥを、スピナー培地の
発現が確認されるまで、必要に応じて繰り返した。 形質移入細胞からの条件培地（0.5〜3L）を、遠心分離により細胞を除去し0.2
2ミクロンフィルターを通して濾過することにより回収した。ポリ-Ｈｉｓタグ構
築物については、配列を含むタンパク質をＮｉ２＋-ＮＴＡカラム（Qiagen）を
用いて精製した。精製前に、イミダゾールを条件培地に5mMの濃度まで添加した
。条件培地を、0.3MのＮａＣｌ及び5mMイミダゾールを含む20mMのＨｅｐｅｓ, p
H7.4バッファーで平衡化した6mlのNi2+-NTAカラムに4-5ml/分の流速で４℃にお
いてポンプ供給した。添加後、カラムをさらに平衡バッファーで洗浄し、タンパ
ク質を0.25Mイミダゾールを含む平衡バッファーで溶出した。高度に精製された
タンパク質は、続いて10mMのＨｅｐｅｓ、0.14MのＮａＣｌ及び4%のマンニトー
ルを含む貯蔵バッファー, pH6.8中で25mlのG25 Superfine（Pharmacia）を用い
て脱塩し、−８０℃で貯蔵した。 タンパク質のイムノアドヘシン（Ｆｃ含有）作成物を以下のようにして条件培
地から精製した。条件培地を、20mMのリン酸ナトリウムバッファー, pH6.8で平
衡化した5mlのプロテインＡカラム（Pharmacia）に添加した。添加後、カラムを
平衡バッファーでよく洗浄した後、100mMのクエン酸, pH3.5で溶出した。溶出し
たタンパク質は、1mlの画分を275mLの1Mトリスバッファー, pH9を含む管に回収
することにより即座に中和した。高度に精製されたタンパク質は、引き続きポリ
-Ｈｉｓタグタンパク質について上記した貯蔵バッファー中で脱塩した。ＰＲＯ
ポリペプチドの均一性はＳＤＳポリアクリルアミドゲル（ＰＥＧ）電気泳動及び
エドマン(Edman)分解によるＮ-末端アミノ酸配列決定により評価できる。
【０２６４】 あるいは、修飾バキュロウイルス法をｈｉｇｈ５細胞取り込みに使用してもよ
い。この方法では、所望の配列をコードするＤＮＡは、Ｐｆｕ（Stratagene）等
の適当な系で増幅されても、又はバキュロウイルス発現ベクターの含まれるエピ
トープタグの上流（5'-）に融合させてもよい。このようなエピトープタグは、
ポリ-Ｈｉｓタグ及び免疫グロブリンタグ（ＩｇＧのＦｃ領域等）を含む。種々
のプラスミドを用いることができ、ｐＩＥ１-１（Novagen）等の市販のプラスミ
ドから誘導されたプラスミドを含む。ｐＩＥ１-１及びｐＩＥ１-２ベクターは、
安定に形質転換された昆虫細胞におけるバキュロウイルスｉｅ１プロモーターか
らの組換えタンパク質の構成的発現のために設計される。このプラスミドはマル
チプルクローニング部位の方向のみが異なっており、未感染昆虫細胞におけるｉ
ｅ１媒介遺伝子発現に重要であることが知られている全てのプロモーター配列並
びにｈｒ５エンハンサー成分を含む。ｐＩＥ-１及びｐＩＥ-２はｉｅ翻訳開始部
位を含み、融合タンパク質の製造に使用できる。簡単には、所望の配列又は配列
の所望の部分（膜貫通タンパク質の細胞外ドメインをコードする配列など）を、
５'及び３'領域に相補的なプライマーでのＰＣＲにより増幅する。５'プライマ
ーは隣接する（選択された）制限酵素部位を導入してもよい。生成物は、次いで
、選択された制限酵素で消化して発現ベクターにサブクローニングされる。例え
ば、ｐＩＥｌ-１の誘導体はヒトＩｇＧ（pb.PH.IgG）のＦｃ領域又は８ヒスチジ
ン（pb.PH.His）タグ下流（3'-）を含むことができる。好ましくは、ベクター作
成物は確認のために配列決定される。 Ｈｉｇｈ５細胞は、２７℃、ＣＯ２無し、pen/strep無しの条件下で50%の集密
度まで成長させた。150mmプレート各々について、30μgのＰＲＯポリペプチドを
含むｐＩＥベースベクターを1mlのＥｘ-細胞培地（媒質：Ex-細胞401＋1/100のL
-Ｇｌｕ JRH Biosciences #14401-78P（注：この媒質は軽感受性））と混合し、
別の管において、100μlのセルフェクチン（CellFECTIN(Gibco BRL #10362-010)
(ボルテックスで混合)）を1mlのＥｘ-細胞培地と混合した。２つの溶液を混合し
、室温で１５分間インキュベーションした。8mlのＥｘ-細胞培地を2mlのＤＮＡ
／セルフェクチン混合物に添加し、Ｅｘ-細胞培地で１回洗浄したＨｉ５細胞上
に重層させた。次いでプレートを暗中室温でインキュベートした。次いでＤＮＡ
／セルフェクチン混合物を吸引し、細胞をＥｘ-細胞で１回洗浄して過剰のセル
フェクチンを除去した。30mlの新鮮なＥｘ-細胞培地を添加し、細胞を２８℃で
３日間インキュベートした。上清を回収して、バキュロウイルス感染ベクターで
のＰＲＯポリペプチドの発現を、1mlの上清の25mLのヒスチジンタグタンパク質
用のＮｉ２＋-ＮＴＡビーズ（QIAGEN）又はＩｇＧタグタンパク質用のプロテイ
ンＡセファロースCL-4Bビーズ（Pharmacia）へのバッチ結合、次いでクマシーブ
ルー染色により既知の濃度のタンパク質標準と比較するＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析に
より測定した。
【０２６５】 形質転換細胞からの条件培地（0.5〜3L）を、遠心分離により細胞を除去し0.2
2ミクロンフィルターを通して濾過することにより回収した。ポリ-Ｈｉｓタグ構
築物については、タンパク質作成物をＮｉ２＋-ＮＴＡカラム（Qiagen）を用い
て精製した。精製前に、イミダゾールを条件培地に5mMの濃度まで添加した。条
件培地を、0.3MのＮａＣｌ及び5mMイミダゾールを含む20mMのＨｅｐｅｓ, pH7.4
バッファーで平衡化した6mlのNi2+-NTAカラムに4-5ml/分の流速で４８℃におい
てポンプ供給した。サンプル添加後、カラムをさらに平衡バッファーで洗浄し、
タンパク質を0.25Mイミダゾールを含む平衡バッファーで溶出した。高度に精製
されたタンパク質は、続いて10mMのＨｅｐｅｓ、0.14MのＮａＣｌ及び4%のマン
ニトールを含む貯蔵バッファー, pH6.8中で25mlのG25 Superfine（Pharmacia）
を用いて脱塩し、−８０℃で貯蔵した。 タンパク質のイムノアドヘシン（Ｆｃ含有）作成物を以下のようにして条件培
地から精製した。条件培地を、20mMのリン酸ナトリウムバッファー, pH6.8で平
衡化した5mlのプロテインＡカラム（Pharmacia）に添加した。添加後、カラムを
平衡バッファーでよく洗浄した後、100mMのクエン酸, pH3.5で溶出した。溶出し
たタンパク質は、1mlの画分を275mLの1Mトリスバッファー, pH9を含む管に回収
することにより即座に中和した。高度に精製されたタンパク質は、続いてポリ-
Ｈｉｓタグタンパク質について上述した貯蔵バッファー中で脱塩した。ＰＲＯポ
リペプチドの均一性はＳＤＳポリアクリルアミドゲル及びエドマン(Edman)分解
によるＮ-末端アミノ酸配列決定及び所望又は必要に応じて他の分析手法により
評価できる。 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１４１０、及びＰＲＯ４３５４は、ｈｉｇｈ５細胞を導
入する上記の改変バキュロウイルス法により成功裏に発現された。
【０２６６】 実施例２６ ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１
７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、
ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４
３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、
ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２に結合する抗体の調製 この実施例は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７
５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、Ｐ
ＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３
４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、Ｐ
ＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２に特異的に結合できるモノク
ローナル抗体の調製を例示する。 モノクローナル抗体の生産のための技術は、この分野で知られており、例えば
、Goding,上掲に記載されている。用いられ得る抗原は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ
１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８
、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ
１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７
、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲ
Ｏ２２６２を含む、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２の精製された融合タンパク
質を含み、細胞表面に組換えＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、
ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１
９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、
ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１
５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２を発現する細胞を
含む。抗原の選択は、当業者が過度の実験をすることなくなすことができる。
【０２６７】 Ｂａｌｂ／ｃ等のマウスを、完全フロイントアジュバントに乳化して皮下又は
腹腔内に１−１００マイクログラムで注入したＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、
ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３
４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、
ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４
４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２
抗原で免疫化する。あるいは、免疫原をＭＰＬ−ＴＤＭアジュバント（Ribi Imm
unochemical Researh, Hamilton, MT）に乳化し、動物の後足蹠に注入してもよ
い。免疫化したマウスは、次いで１０から１２日後に、選択したアジュバント中
に乳化した付加的免疫源で追加免疫する。その後、数週間、マウスをさらなる免
疫化注射で追加免疫する。抗-ＰＲＯ３８１、抗-ＰＲＯ１２６９、抗-ＰＲＯ１
４１０、抗-ＰＲＯ１７５５、抗-ＰＲＯ１７８０、抗-ＰＲＯ１７８８、抗-ＰＲ
Ｏ３４３４、抗-ＰＲＯ１９２７、抗-ＰＲＯ３５６７、抗-ＰＲＯ１２９５、抗-
ＰＲＯ１２９３、抗-ＰＲＯ１３０３、抗-ＰＲＯ４３４４、抗-ＰＲＯ４３５４
、抗-ＰＲＯ４３９７、抗-ＰＲＯ４４０７、抗-ＰＲＯ１５５５、抗-ＰＲＯ１０
９６、抗-ＰＲＯ２０３８又は抗-ＰＲＯ２２６２抗体の検出のためのＥＬＩＳＡ
アッセイで試験するために、レトロオービタル出血からの血清試料をマウスから
周期的に採取してもよい。 適当な抗体力価が検出された後、抗体価「ポジティブ」な動物に、ＰＲＯ３８
１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲ
Ｏ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９
５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲ
Ｏ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３
８又はＰＲＯ２２６２静脈内注射の最後の注入をすることができる。３から４日
後、マウスを屠殺し、脾臓を取り出した。次いで脾臓細胞を、ＡＣＴＴから番号
ＣＲＬ１５９７で入手可能なＰ３Ｘ６３ＡｇＵ．１等の選択されたマウス骨髄腫
細胞系に融合させた（３５％ポリエチレングリコールを用いて）。融合によりハ
イブリドーマ細胞が生成され、次いで、ＨＡＴ（ヒポキサンチン、アミノプテリ
ン、及びチミジン）培地を含む９６ウェル組織培養プレートに蒔き、非融合細胞
、骨髄腫ハイブリッド、及び脾臓細胞ハイブリッドの増殖を阻害した。
【０２６８】 ハイブリドーマ細胞は、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、Ｐ
ＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９
２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、Ｐ
ＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５
５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２に対する反応性につ
いてのＥＬＩＳＡでスクリーニングされる。所望のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６
９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲ
Ｏ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９
３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲ
Ｏ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２
６２に対するモノクローナル抗体を分泌する「ポジティブ」ハイブリドーマ細胞
の決定は、技術常識の範囲内である。 ポジティブハイブリドーマ細胞を同系のＢａｌｂ／ｃマウスに腹腔内注入し、
抗-ＰＲＯ３８１、抗-ＰＲＯ１２６９、抗-ＰＲＯ１４１０、抗-ＰＲＯ１７５５
、抗-ＰＲＯ１７８０、抗-ＰＲＯ１７８８、抗-ＰＲＯ３４３４、抗-ＰＲＯ１９
２７、抗-ＰＲＯ３５６７、抗-ＰＲＯ１２９５、抗-ＰＲＯ１２９３、抗-ＰＲＯ
１３０３、抗-ＰＲＯ４３４４、抗-ＰＲＯ４３５４、抗-ＰＲＯ４３９７、抗-Ｐ
ＲＯ４４０７、抗-ＰＲＯ１５５５、抗-ＰＲＯ１０９６、抗-ＰＲＯ２０３８又
は抗-ＰＲＯ２２６２モノクローナル抗体を含む腹水を生成させる。あるいは、
ハイブリドーマ細胞を、組織培養フラスコ又はローラーボトルで成長させること
もできる。腹水中に生成されたモノクローナル抗体の精製は、硫酸アンモニウム
沈降、それに続くゲル排除クロマトグラフィ−を用いて行うことができる。ある
いは、抗体のプロテインＡ又はプロテインＧへの親和性に基づくアフィニティク
ロマトグラフィーを用いることもできる。
【０２６９】 材料の寄託 次の細胞系をアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション, １０８０１
ユニバーシティ ブルバード マナッサス、バージニア、２０１１０−２２０９
米国(ＡＴＣＣ)に寄託した： 材料 ATCC寄託番号 寄託日 DNA44194-1317 209808 4/28/98 DNA66520-1536 203226 9/15/98 DNA68874-1622 203277 9/22/98 DNA76396-1698 203471 11/17/98 DNA71169-1709 203467 11/17/98 DNA77652-2505 203480 11/17/98 DNA77631-2537 203651 2/9/99 DNA82307-2531 203537 12/15/98 DNA56049-2543 203662 2/ 9/99 DNA59218-1559 203287 9/29/98 DNA60618-1557 203292 9/29/98 DNA65409-1566 203232 9/15/98 DNA84927-2585 203865 3/23/99 DNA92256-2596 203891 3/ 30/99 DNA83505-2606 132-PTA 5/25/99 DNA92264-2616 203969 4/27/99 DNA73744-1665 203322 10/6/98
【０２７０】 これらの寄託は、特許手続き上の微生物の寄託の国際的承認に関するブダペス
ト条約及びその規則(ブダペスト条約)の規定に従って行われた。これは、寄託の
日付から３０年間、寄託の生存可能な培養が維持されることを保証するものであ
る。寄託物はブダペスト条約の条項に従い、またジェネンテク社とＡＴＣＣとの
間の合意に従い、ＡＴＣＣから入手することができ、これは、どれが最初であろ
うとも、関連した米国特許の発行時又は任意の米国又は外国特許出願の公開時に
、寄託培養物の後代を永久かつ非制限的に入手可能とすることを保証し、米国特
許法第１２２条及びそれに従う特許庁長官規則(特に参照番号８８６ＯＧ６３８
の３７ＣＦＲ第１．１４条を含む)に従って権利を有すると米国特許庁長官が決
定した者に子孫を入手可能とすることを保証するものである。
【０２７１】 本出願の譲受人は、寄託した培養物が、適切な条件下で培養されていた場合に
死亡もしくは損失又は破壊されたならば、材料は通知時に同一の他のものと即座
に取り替えることに同意する。寄託物質の入手可能性は、特許法に従いあらゆる
政府の権限下で認められた権利に違反して、本発明を実施するライセンスである
とみなされるものではない。 上記の文書による明細書は、当業者に本発明を実施できるようにするために十
分であると考えられる。寄託した態様は、本発明のある側面の一つの説明として
意図されており、機能的に等価なあらゆる作成物がこの発明の範囲内にあるため
、寄託された作成物により、本発明の範囲が限定されるものではない。ここでの
物質の寄託は、ここに含まれる文書による説明が、そのベストモードを含む、本
発明の任意の側面の実施を可能にするために不十分であることを認めるものでは
ないし、それが表す特定の例証に対して請求の範囲を制限するものと解釈される
ものでもない。実際、ここに示し記載したものに加えて、本発明を様々に改変す
ることは、前記の記載から当業者にとっては明らかなものであり、添付の請求の
範囲内に入るものである。
【図面の簡単な説明】
【図１】 天然配列ＰＲＯ３８１をコードするヌクレオチド配列を含むｃＤ
ＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１）を示す図であり、当該ヌクレオチド配
列（配列番号：１）はここでＤＮＡ４４１９４−１３１７と命名されるクローン
である。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止コドンで
ある。
【図２】 図１に示す配列番号：１のコード化配列から誘導された天然配列
ＰＲＯ３８１ポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号：２）を示す図である。
【図３】 天然配列ＰＲＯ１２６９をコードするヌクレオチド配列を含むｃ
ＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：６）を示す図であり、当該ヌクレオチド
配列（配列番号：６）はここでＤＮＡ６６５２０−１５３６と命名されるクロー
ンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止コドン
である。
【図４】 図３に示す配列番号：６のコード化配列から誘導された天然配列
ＰＲＯ１２６９ポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号：７）を示す図である。
【図５】 天然配列ＰＲＯ１４１０をコードするヌクレオチド配列を含むｃ
ＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：８）を示す図であり、当該ヌクレオチド
配列（配列番号：８）はここでＤＮＡ６８８７４−１６２２と命名されるクロー
ンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止コドン
である。
【図６】 図５に示す配列番号：８のコード化配列から誘導された天然配列
ＰＲＯ１４１０ポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号：９）を示す図である。
【図７】 天然配列ＰＲＯ１７５５をコードするヌクレオチド配列を含むｃ
ＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１０）を示す図であり、当該ヌクレオチ
ド配列（配列番号：１０）はここでＤＮＡ７６３９６−１６９８と命名されるク
ローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止コ
ドンである。
【図８】 図７に示す配列番号：１０のコード化配列から誘導された天然配
列ＰＲＯ１７５５ポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号：１１）を示す図であ
る。
【図９】 天然配列ＰＲＯ１７８０をコードするヌクレオチド配列を含むｃ
ＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１２）を示す図であり、当該ヌクレオチ
ド配列（配列番号：１２）はここでＤＮＡ７１１６９−１７０９と命名されるク
ローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止コ
ドンである。
【図１０】 図９に示す配列番号：１２のコード化配列から誘導された天然
配列ＰＲＯ１７８０ポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号：１３）を示す図で
ある。
【図１１】 天然配列ＰＲＯ１７８８をコードするヌクレオチド配列を含む
ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１７）を示す図であり、当該ヌクレオ
チド配列（配列番号：１７）はここでＤＮＡ７７６５２−２５０５と命名される
クローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止
コドンである。
【図１２】 図１１に示す配列番号：１７のコード化配列から誘導された天
然配列ＰＲＯ１７８８ポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号：１８）を示す図
である。
【図１３】 天然配列ＰＲＯ３４３４をコードするヌクレオチド配列を含む
ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２２）を示す図であり、当該ヌクレオ
チド配列（配列番号：２２）はここでＤＮＡ７７６３１−２５３７と命名される
クローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止
コドンである。
【図１４】 図１３に示す配列番号：２２のコード化配列から誘導された天
然配列ＰＲＯ３４３４ポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号：２３）を示す図
である。
【図１５】 天然配列ＰＲＯ１９２７をコードするヌクレオチド配列を含む
ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２４）を示す図であり、当該ヌクレオ
チド配列（配列番号：２４）はここでＤＮＡ８２３０７−２５３１と命名される
クローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止
コドンである。
【図１６】 図１５に示す配列番号：２４のコード化配列から誘導された天
然配列ＰＲＯ１９２７ポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号：２５）を示す図
である。
【図１７】 天然配列ＰＲＯ３５６７をコードするヌクレオチド配列を含む
ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２６）を示す図であり、当該ヌクレオ
チド配列（配列番号：２６）はここでＤＮＡ５６０４９−２５４３と命名される
クローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止
コドンである。
【図１８】 図１７に示す配列番号：２６のコード化配列から誘導された天
然配列ＰＲＯ３５６７ポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号：２７）を示す図
である。
【図１９】 天然配列ＰＲＯ１２９５をコードするヌクレオチド配列を含む
ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２８）を示す図であり、当該ヌクレオ
チド配列（配列番号：２８）はここでＤＮＡ５９２１８−１５５９と命名される
クローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止
コドンである。
【図２０】 図１９に示す配列番号：２８のコード化配列から誘導された天
然配列ＰＲＯ１２９５ポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号：２９）を示す図
である。
【図２１】 天然配列ＰＲＯ１２９３をコードするヌクレオチド配列を含む
ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３０）を示す図であり、当該ヌクレオ
チド配列（配列番号：３０）はここでＤＮＡ６０６１８−１５５７と命名される
クローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止
コドンである。
【図２２】 図２１に示す配列番号：３０のコード化配列から誘導された天
然配列ＰＲＯ１２９３ポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号：３１）を示す図
である。
【図２３】 天然配列ＰＲＯ１３０３をコードするヌクレオチド配列を含む
ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３２）を示す図であり、当該ヌクレオ
チド配列（配列番号：３２）はここでＤＮＡ６５４０９−１５６６と命名される
クローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止
コドンである。
【図２４】 図２３に示す配列番号：３２のコード化配列から誘導された天
然配列ＰＲＯ１３０３ポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号：３３）を示す図
である。
【図２５】 天然配列ＰＲＯ４３４４をコードするヌクレオチド配列を含む
ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３４）を示す図であり、当該ヌクレオ
チド配列（配列番号：３４）はここでＤＮＡ８４９２７−２５８５と命名される
クローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止
コドンである。
【図２６】 図２５に示す配列番号：３４のコード化配列から誘導された天
然配列ＰＲＯ４３４４ポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号：３５）を示す図
である。
【図２７】 天然配列ＰＲＯ４３５４をコードするヌクレオチド配列を含む
ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３９）を示す図であり、当該ヌクレオ
チド配列（配列番号：３９）はここでＤＮＡ９２２５６−２５９６と命名される
クローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止
コドンである。
【図２８】 図２７に示す配列番号：３９のコード化配列から誘導された天
然配列ＰＲＯ４３５４ポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号：４０）を示す図
である。
【図２９】 天然配列ＰＲＯ４３９７をコードするヌクレオチド配列を含む
ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：４１）を示す図であり、当該ヌクレオ
チド配列（配列番号：４１）はここでＤＮＡ８３５０５−２６０６と命名される
クローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止
コドンである。
【図３０】 図２９に示す配列番号：４１のコード化配列から誘導された天
然配列ＰＲＯ４３９７ポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号：４２）を示す図
である。
【図３１】 天然配列ＰＲＯ４４０７をコードするヌクレオチド配列を含む
ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：４６）を示す図であり、当該ヌクレオ
チド配列（配列番号：４６）はここでＤＮＡ９２２６４−２６１６と命名される
クローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止
コドンである。
【図３２】 図３１に示す配列番号：４６のコード化配列から誘導された天
然配列ＰＲＯ４４０７ポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号：４７）を示す図
である。
【図３３】 天然配列ＰＲＯ１５５５をコードするヌクレオチド配列を含む
ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：４８）を示す図であり、当該ヌクレオ
チド配列（配列番号：４８）はここでＤＮＡ７３７４４−１６６５と命名される
クローンである。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止
コドンである。
【図３４】 図３３に示す配列番号：４８のコード化配列から誘導された天
然配列ＰＲＯ１５５５ポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号：４９）を示す図
である。
【図３５】 天然配列ＰＲＯ１０９６をコードするヌクレオチド配列を含む
ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：５０）を示す図であり、当該ヌクレオ
チド配列（配列番号：５０）はここでＤＮＡ６１８７０と命名されるクローンで
ある。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止コドンであ
る。
【図３６】 図３５に示す配列番号：５０のコード化配列から誘導された天
然配列ＰＲＯ１０９６ポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号：５１）を示す図
である。
【図３７】 天然配列ＰＲＯ２０３８をコードするヌクレオチド配列を含む
ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：５２）を示す図であり、当該ヌクレオ
チド配列（配列番号：５２）はここでＤＮＡ８３０１４と命名されるクローンで
ある。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止コドンであ
る。
【図３８】 図３７に示す配列番号：５２のコード化配列から誘導された天
然配列ＰＲＯ２０３８ポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号：５３）を示す図
である。
【図３９】 天然配列ＰＲＯ２２６２をコードするヌクレオチド配列を含む
ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：５４）を示す図であり、当該ヌクレオ
チド配列（配列番号：５４）はここでＤＮＡ８８２７３と命名されるクローンで
ある。また、太字及び下線フォントで示したのは、各々開始及び停止コドンであ
る。
【図４０】 図３９に示す配列番号：５４のコード化配列から誘導された天
然配列ＰＲＯ２２６２ポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号：５５）を示す図
である。
【手続補正２】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】全図
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０】
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考） Ａ６１Ｋ 48/00 Ａ６１Ｐ 35/00 ４Ｂ０６５ Ａ６１Ｐ 35/00 Ｃ０７Ｋ 14/47 ４Ｃ０８４ Ｃ０７Ｋ 14/47 16/18 ４Ｃ０８５ 16/18 19/00 ４Ｃ０８６ 19/00 Ｃ１２Ｍ 1/24 ４Ｈ０４５ Ｃ１２Ｍ 1/24 Ｃ１２Ｎ 1/15 Ｃ１２Ｎ 1/15 1/19 1/19 1/21 1/21 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ 5/10 Ｃ１２Ｑ 1/02 Ｃ１２Ｐ 21/02 1/68 Ａ Ｃ１２Ｑ 1/02 Ｇ０１Ｎ 33/15 Ｚ 1/68 33/50 Ｚ Ｇ０１Ｎ 33/15 33/53 Ｄ 33/50 33/574 Ｚ 33/53 Ｃ１２Ｐ 21/08 33/574 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ // Ｃ１２Ｐ 21/08 5/00 Ｂ (31)優先権主張番号 ６０／１６２，５０６ (32)優先日 平成11年10月29日(1999．10．29) (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (31)優先権主張番号 ＰＣＴ／ＵＳ９９／２８３１３ (32)優先日 平成11年11月30日(1999．11．30) (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (31)優先権主張番号 ＰＣＴ／ＵＳ９９／２８６３４ (32)優先日 平成11年12月１日(1999．12．1) (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (81)指定国 ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ， ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，Ｉ Ｔ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＧＷ，ＭＬ， ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＧＭ，Ｋ Ｅ，ＬＳ，ＭＷ，ＳＤ，ＳＬ，ＳＺ，ＴＺ，ＵＧ，ＺＷ )，ＥＡ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ，ＲＵ， ＴＪ，ＴＭ)，ＡＥ，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ，ＡＵ，ＡＺ， ＢＡ，ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，ＣＡ，ＣＨ，ＣＮ，Ｃ Ｒ，ＣＵ，ＣＺ，ＤＥ，ＤＫ，ＤＭ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ ，ＧＢ，ＧＤ，ＧＥ，ＧＨ，ＧＭ，ＨＲ，ＨＵ，ＩＤ， ＩＬ，ＩＮ，ＩＳ，ＪＰ，ＫＥ，ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，Ｋ Ｚ，ＬＣ，ＬＫ，ＬＲ，ＬＳ，ＬＴ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＤ ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ，ＭＷ，ＭＸ，ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ， ＰＴ，ＲＯ，ＲＵ，ＳＤ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ，ＳＫ，Ｓ Ｌ，ＴＪ，ＴＭ，ＴＲ，ＴＴ，ＴＺ，ＵＡ，ＵＧ，ＵＳ ，ＵＺ，ＶＮ，ＹＵ，ＺＡ，ＺＷ (72)発明者 ガーニー，オースティン，エル． アメリカ合衆国 カリフォルニア 94002， ベルモント，デビー レーン １ (72)発明者 ロイ，マーガレット，アン アメリカ合衆国 カリフォルニア 94123， サン フランシスコ，ウェブスター スト リート 2960 ４号室 (72)発明者 ワタナベ，コリン，ケー． アメリカ合衆国 カリフォルニア 94556， モラガ，コーリス ドライブ 128 (72)発明者 ウッド，ウィリアム，アイ． アメリカ合衆国 カリフォルニア 94010， ヒルズバラ，サウスダウン コート 35 Ｆターム(参考） 2G045 AA34 AA35 BB01 BB10 BB14 BB46 BB50 BB51 CB01 DA13 DA36 FB02 FB03 FB12 GC10 4B024 AA01 AA11 BA45 BA61 BA80 CA04 CA07 CA09 CA20 DA02 DA03 DA06 DA12 EA02 EA04 GA11 GA18 GA19 HA03 HA11 HA13 HA14 4B029 AA08 AA27 BB20 GA02 GB10 4B063 QA01 QA05 QA19 QQ21 QQ42 QQ52 QQ61 QQ89 QR08 QR32 QR35 QR40 QR42 QR56 QR62 QR77 QR80 QS16 QS25 QS34 QX02 QX10 4B064 AG27 AG31 CA02 CA06 CA10 CC01 CC24 CE12 DA01 DA14 4B065 AB01 AC14 BA02 BB01 BD14 CA24 CA25 CA44 CA46 4C084 AA02 AA06 AA07 AA13 AA17 AA19 NA14 ZB26 4C085 AA13 AA14 AA19 BB01 BB11 CC03 CC21 DD62 EE01 EE03 4C086 AA01 AA02 AA03 AA04 EA16 MA01 MA02 MA04 NA14 ZB26 4H045 AA10 AA11 AA20 AA30 BA10 BA41 BA50 CA40 DA76 DA86 EA28 EA51 FA72 FA74 GA26

Claims (70)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項１】 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１
    ７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、
    ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４
    ３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、
    ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに結合する単
    離された抗体。
  2. 【請求項２】 前記ポリペプチドに特異的に結合する請求項１に記載の抗体
    。
  3. 【請求項３】 前記ポリペプチドを発現する細胞の死を誘発する請求項１に
    記載の抗体。
  4. 【請求項４】 前記細胞が前記ポリペプチドを同じ組織型の正常細胞に比較
    して過剰に発現する癌細胞である請求項３に記載の抗体。
  5. 【請求項５】 モノクローナル抗体である請求項１に記載の抗体。
  6. 【請求項６】 非ヒトの相補性決定領域（ＣＤＲ）又はヒトフレームワーク
    領域（ＦＲ）を含む請求項５に記載の抗体。
  7. 【請求項７】 標識された請求項１に記載の抗体。
  8. 【請求項８】 抗体断片又は一本鎖抗体である請求項１に記載の抗体。
  9. 【請求項９】 製薬的に許容される担体と混合された請求項１に記載の抗体
    を含む物質の組成物。
  10. 【請求項１０】 前記抗体の治療的有効量を含有する請求項９に記載の物質
    の組成物。
  11. 【請求項１１】 細胞毒性又は化学治療薬をさらに含有する請求項９に記載
    の物質の組成物。
  12. 【請求項１２】 請求項１に記載の抗体をコードする単離された核酸分子。
  13. 【請求項１３】 請求項１２に記載の核酸分子を含むベクター。
  14. 【請求項１４】 請求項１３に記載のベクターを含む宿主細胞。
  15. 【請求項１５】 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
    １７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
    、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
    ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
    、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドに結合する
    抗体の製造方法において、請求項１４に記載の宿主細胞を前記抗体を発現させる
    のに十分な条件下で培養し、細胞培養物から前記抗体を回収することを含んでな
    る方法。
  16. 【請求項１６】 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
    １７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
    、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
    ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
    、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドのアンタゴ
    ニスト。
  17. 【請求項１７】 前記アンタゴニストが腫瘍細胞成長を阻害する請求項１６
    に記載のアンタゴニスト。
  18. 【請求項１８】 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
    １７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
    、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
    ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
    、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドをコードす
    る核酸配列もしくはその相補鎖にハイブリダイズする単離された核酸分子。
  19. 【請求項１９】 前記ハイブリッド形成が緊縮性のハイブリッド形成及び洗
    浄条件下である請求項１８に記載の単離された核酸分子。
  20. 【請求項２０】 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
    １７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
    、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
    ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
    、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドを含有する
    と推測される試料中で前記ポリペプチドの存在を測定する方法において、当該試
    料を抗-ＰＲＯ３８１、抗-ＰＲＯ１２６９、抗-ＰＲＯ１４１０、抗-ＰＲＯ１７
    ５５、抗-ＰＲＯ１７８０、抗-ＰＲＯ１７８８、抗-ＰＲＯ３４３４、抗-ＰＲＯ
    １９２７、抗-ＰＲＯ３５６７、抗-ＰＲＯ１２９５、抗-ＰＲＯ１２９３、抗-Ｐ
    ＲＯ１３０３、抗-ＰＲＯ４３４４、抗-ＰＲＯ４３５４、抗-ＰＲＯ４３９７、
    抗-ＰＲＯ４４０７、抗-ＰＲＯ１５５５、抗-ＰＲＯ１０９６、抗-ＰＲＯ２０３
    ８又は抗-ＰＲＯ２２６２抗体に曝露し、前記抗体の試料中の前記ポリペプチド
    への結合を測定することを含んでなる方法。
  21. 【請求項２１】 前記試料が、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４
    １０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、Ｐ
    ＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３
    ０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、Ｐ
    ＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチ
    ドを含むと推測される細胞を含有する請求項２０に記載の方法。
  22. 【請求項２２】 前記細胞が癌細胞である請求項２１に記載の方法。
  23. 【請求項２３】 哺乳動物における腫瘍を診断する方法において、（ａ）哺
    乳動物から得た組織細胞の試験試料中、及び（ｂ）同じ細胞型の知られた正常組
    織細胞の対照試料中でのＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲ
    Ｏ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２
    ７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲ
    Ｏ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５
    ５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドをコード
    する遺伝子の発現レベルを検出することを含んでなり、対照試料に比較した試験
    試料における高い発現レベルが、当該試験組織細胞を得た哺乳動物における腫瘍
    の存在を示す方法。
  24. 【請求項２４】 哺乳動物における腫瘍を診断する方法において、（ａ）抗
    -ＰＲＯ３８１、抗-ＰＲＯ１２６９、抗-ＰＲＯ１４１０、抗-ＰＲＯ１７５５、
    抗-ＰＲＯ１７８０、抗-ＰＲＯ１７８８、抗-ＰＲＯ３４３４、抗-ＰＲＯ１９２
    ７、抗-ＰＲＯ３５６７、抗-ＰＲＯ１２９５、抗-ＰＲＯ１２９３、抗-ＰＲＯ１
    ３０３、抗-ＰＲＯ４３４４、抗-ＰＲＯ４３５４、抗-ＰＲＯ４３９７、抗-ＰＲ
    Ｏ４４０７、抗-ＰＲＯ１５５５、抗-ＰＲＯ１０９６、抗-ＰＲＯ２０３８又は
    抗-ＰＲＯ２２６２抗体を哺乳動物から得た組織細胞の試験試料と接触させ、そ
    して（ｂ）前記抗体と試験試料中のＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４
    １０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、Ｐ
    ＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３
    ０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、Ｐ
    ＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチ
    ドとの間の複合体の形成を検出することを含んでなり、複合体の形成が前記哺乳
    動物における腫瘍の存在を示す方法。
  25. 【請求項２５】 前記抗体が検出可能に標識された請求項２４に記載の方法
    。
  26. 【請求項２６】 前記組織細胞の試験試料が、腫瘍性細胞成長又は増殖を有
    すると推測される個体から得られる請求項２４に記載の方法。
  27. 【請求項２７】 抗-ＰＲＯ３８１、抗-ＰＲＯ１２６９、抗-ＰＲＯ１４１
    ０、抗-ＰＲＯ１７５５、抗-ＰＲＯ１７８０、抗-ＰＲＯ１７８８、抗-ＰＲＯ３
    ４３４、抗-ＰＲＯ１９２７、抗-ＰＲＯ３５６７、抗-ＰＲＯ１２９５、抗-ＰＲ
    Ｏ１２９３、抗-ＰＲＯ１３０３、抗-ＰＲＯ４３４４、抗-ＰＲＯ４３５４、抗-
    ＰＲＯ４３９７、抗-ＰＲＯ４４０７、抗-ＰＲＯ１５５５、抗-ＰＲＯ１０９６
    、抗-ＰＲＯ２０３８又は抗-ＰＲＯ２２６２抗体及び担体を適切な包装内に含ん
    でなる癌診断用キット。
  28. 【請求項２８】 前記抗体が、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４
    １０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、Ｐ
    ＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３
    ０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、Ｐ
    ＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチ
    ドを含有することが推測される試料中のそれらの存在を検出するために用いられ
    るという説明書をさらに具備する請求項２７に記載のキット。
  29. 【請求項２９】 腫瘍細胞の成長を阻害する方法において、ＰＲＯ３８１、
    ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１
    ７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、
    ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４
    ３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又
    はＰＲＯ２２６２ポリペプチドを発現する腫瘍細胞を、前記ポリペプチドの生物
    学的活性を阻害する薬剤の有効量に曝露することを含んでなり、それにより前記
    腫瘍細胞の成長が阻害される方法。
  30. 【請求項３０】 前記腫瘍細胞が、同じ組織型の正常細胞に比較して前記ポ
    リペプチドを過剰発現する請求項２９に記載の方法。
  31. 【請求項３１】 前記薬剤が、抗-ＰＲＯ３８１、抗-ＰＲＯ１２６９、抗-
    ＰＲＯ１４１０、抗-ＰＲＯ１７５５、抗-ＰＲＯ１７８０、抗-ＰＲＯ１７８８
    、抗-ＰＲＯ３４３４、抗-ＰＲＯ１９２７、抗-ＰＲＯ３５６７、抗-ＰＲＯ１２
    ９５、抗-ＰＲＯ１２９３、抗-ＰＲＯ１３０３、抗-ＰＲＯ４３４４、抗-ＰＲＯ
    ４３５４、抗-ＰＲＯ４３９７、抗-ＰＲＯ４４０７、抗-ＰＲＯ１５５５、抗-Ｐ
    ＲＯ１０９６、抗-ＰＲＯ２０３８又は抗-ＰＲＯ２２６２抗体である請求項２９
    に記載の方法。
  32. 【請求項３２】 前記抗-ＰＲＯ３８１、抗-ＰＲＯ１２６９、抗-ＰＲＯ１
    ４１０、抗-ＰＲＯ１７５５、抗-ＰＲＯ１７８０、抗-ＰＲＯ１７８８、抗-ＰＲ
    Ｏ３４３４、抗-ＰＲＯ１９２７、抗-ＰＲＯ３５６７、抗-ＰＲＯ１２９５、抗-
    ＰＲＯ１２９３、抗-ＰＲＯ１３０３、抗-ＰＲＯ４３４４、抗-ＰＲＯ４３５４
    、抗-ＰＲＯ４３９７、抗-ＰＲＯ４４０７、抗-ＰＲＯ１５５５、抗-ＰＲＯ１０
    ９６、抗-ＰＲＯ２０３８又は抗-ＰＲＯ２２６２抗体が細胞死を誘発する請求項
    ３１に記載の方法。
  33. 【請求項３３】 前記腫瘍細胞に、放射線処理、細胞毒性薬又は化学治療薬
    をさらに施す請求項２９に記載の方法。
  34. 【請求項３４】 腫瘍細胞の成長を阻害する方法において、ＰＲＯ３８１、
    ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１
    ７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、
    ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４
    ３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又
    はＰＲＯ２２６２ポリペプチドを発現する腫瘍細胞を、前記ポリペプチドの発現
    を阻害する薬剤の有効量に曝露することを含んでなり、それにより前記腫瘍細胞
    の成長が阻害される方法。
  35. 【請求項３５】 前記腫瘍細胞が、同じ組織型の正常細胞に比較して前記ポ
    リペプチドを過剰発現する請求項３４に記載の方法。
  36. 【請求項３６】 前記薬剤が、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４
    １０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、Ｐ
    ＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３
    ０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、Ｐ
    ＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチ
    ドをコードする核酸もしくはその相補鎖にハイブリッド形成するアンチセンスオ
    リゴヌクレオチド、である請求項３４に記載の方法。
  37. 【請求項３７】 前記腫瘍細胞に、放射線処理、細胞毒性薬又は化学治療薬
    をさらに施す請求項３６に記載の方法。
  38. 【請求項３８】 容器； 当該容器上のラベル；及び 当該容器内に収容された活性剤を含有する組成物とを具備し、当該組成物が腫瘍
    細胞の成長を阻害するのに有効であり、容器上のラベルが当該組成物は前記腫瘍
    細胞中での同じ組織型の正常細胞に比較してＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、Ｐ
    ＲＯ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４
    ３４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、Ｐ
    ＲＯ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４
    ０７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポ
    リペプチドの過剰発現を特徴とする状態の治療に有効であることを表示する製造
    品。
  39. 【請求項３９】 前記活性剤が、ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１
    ４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、
    ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１
    ３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、
    ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプ
    チドの生物学的活性及び／又は発現を阻害する請求項３８に記載の製造品。
  40. 【請求項４０】 前記活性剤が抗-ＰＲＯ３８１、抗-ＰＲＯ１２６９、抗-
    ＰＲＯ１４１０、抗-ＰＲＯ１７５５、抗-ＰＲＯ１７８０、抗-ＰＲＯ１７８８
    、抗-ＰＲＯ３４３４、抗-ＰＲＯ１９２７、抗-ＰＲＯ３５６７、抗-ＰＲＯ１２
    ９５、抗-ＰＲＯ１２９３、抗-ＰＲＯ１３０３、抗-ＰＲＯ４３４４、抗-ＰＲＯ
    ４３５４、抗-ＰＲＯ４３９７、抗-ＰＲＯ４４０７、抗-ＰＲＯ１５５５、抗-Ｐ
    ＲＯ１０９６、抗-ＰＲＯ２０３８又は抗-ＰＲＯ２２６２抗体である請求項３９
    に記載の製造品。
  41. 【請求項４１】 前記活性剤が、アンチセンスオリゴヌクレオチドである請
    求項３９に記載の製造品。
  42. 【請求項４２】 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
    １７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
    、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
    ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
    、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの生物学的
    又は免疫学的活性を阻害する化合物を同定する方法において、候補化合物を前記
    ポリペプチドと、２つの成分が相互作用するのに十分な条件下及び時間で接触さ
    せ、前記ポリペプチドの生物学的又は免疫学的活性が阻害されるか否かを測定す
    ることを含んでなる方法。
  43. 【請求項４３】 前記候補化合物が、抗-ＰＲＯ３８１、抗-ＰＲＯ１２６９
    、抗-ＰＲＯ１４１０、抗-ＰＲＯ１７５５、抗-ＰＲＯ１７８０、抗-ＰＲＯ１７
    ８８、抗-ＰＲＯ３４３４、抗-ＰＲＯ１９２７、抗-ＰＲＯ３５６７、抗-ＰＲＯ
    １２９５、抗-ＰＲＯ１２９３、抗-ＰＲＯ１３０３、抗-ＰＲＯ４３４４、抗-Ｐ
    ＲＯ４３５４、抗-ＰＲＯ４３９７、抗-ＰＲＯ４４０７、抗-ＰＲＯ１５５５、
    抗-ＰＲＯ１０９６、抗-ＰＲＯ２０３８又は抗-ＰＲＯ２２６２抗体である請求
    項４２に記載の方法。
  44. 【請求項４４】 前記候補化合物又はＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲ
    Ｏ１４１０、ＰＲＯ１７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３
    ４、ＰＲＯ１９２７、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲ
    Ｏ１３０３、ＰＲＯ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０
    ７、ＰＲＯ１５５５、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリ
    ペプチドが固体支持体に固定化される請求項４２に記載の方法。
  45. 【請求項４５】 非固定化成分が検出可能に標識される請求項４４に記載の
    方法。
  46. 【請求項４６】 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
    １７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
    、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
    ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
    、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの活性を阻
    害する化合物を同定する方法において、（ａ）細胞とスクリーニングすべき候補
    化合物とを、前記ポリペプチドの存在下で、前記ポリペプチドによって通常誘発
    される細胞性反応の誘発に適した条件下で接触させ、そして（ｂ）前記細胞性反
    応の誘発を測定して試験化合物が有効なアンタゴニストか否かを決定することを
    含んでなり、前記細胞性反応の誘発を欠くことが前記化合物が有効なアンタゴニ
    ストであることを示す方法。
  47. 【請求項４７】 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
    １７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
    、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
    ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
    、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドを発現する
    細胞で前記ポリペプチドの発現を阻害する化合物を同定する方法において、前記
    細胞を候補化合物と接触させ、前記ポリペプチドの発現が阻害されるか否かを測
    定することを含んでなる方法。
  48. 【請求項４８】 前記候補化合物がアンチセンスオリゴヌクレオチドである
    請求項４７に記載の方法。
  49. 【請求項４９】 Ｆｉｇ２（配列番号：２）、Ｆｉｇ４（配列番号：７）、
    Ｆｉｇ６（配列番号：９）、Ｆｉｇ８（配列番号：１１）、Ｆｉｇ１０（配列番
    号：１３）、Ｆｉｇ１２（配列番号：１８）、Ｆｉｇ１４（配列番号：２３）、
    Ｆｉｇ１６（配列番号：２５）、Ｆｉｇ１８（配列番号：２７）、Ｆｉｇ２０（
    配列番号：２９）、Ｆｉｇ２２（配列番号：３１）、Ｆｉｇ２４（配列番号：３
    ３）、Ｆｉｇ２６（配列番号：３５）、Ｆｉｇ２８（配列番号：４０）、Ｆｉｇ
    ３０（配列番号：４２）、Ｆｉｇ３２（配列番号：４７）、Ｆｉｇ３４（配列番
    号：４９）、Ｆｉｇ３６（配列番号：５１）、Ｆｉｇ３８（配列番号：５３）、
    及びＦｉｇ４０（配列番号：５５）に示すアミノ酸配列からなる群から選択され
    るアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列と少なくとも８０％の核酸配列同
    一性を持つ単離された核酸。
  50. 【請求項５０】 Ｆｉｇ１（配列番号：１）、Ｆｉｇ３（配列番号：６）、
    Ｆｉｇ５（配列番号：８）、Ｆｉｇ７（配列番号：１０）、Ｆｉｇ９（配列番号
    ：１２）、Ｆｉｇ１１（配列番号：１７）、Ｆｉｇ１３（配列番号：２２）、Ｆ
    ｉｇ１５（配列番号：２４）、Ｆｉｇ１７（配列番号：２６）、Ｆｉｇ１９（配
    列番号：２８）、Ｆｉｇ２１（配列番号：３０）、Ｆｉｇ２３（配列番号：３２
    ）、Ｆｉｇ２５（配列番号：３４）、Ｆｉｇ２７（配列番号：３９）、Ｆｉｇ２
    ９（配列番号：４１）、Ｆｉｇ３１（配列番号：４６）、Ｆｉｇ３３（配列番号
    ：４８）、Ｆｉｇ３５（配列番号：５０）、Ｆｉｇ３７（配列番号：５２）、及
    びＦｉｇ３９（配列番号：５４）に示すヌクレオチド配列からなる群から選択さ
    れるヌクレオチド配列と少なくとも８０％の核酸配列同一性を持つ単離された核
    酸。
  51. 【請求項５１】 Ｆｉｇ１（配列番号：１）、Ｆｉｇ３（配列番号：６）、
    Ｆｉｇ５（配列番号：８）、Ｆｉｇ７（配列番号：１０）、Ｆｉｇ９（配列番号
    ：１２）、Ｆｉｇ１１（配列番号：１７）、Ｆｉｇ１３（配列番号：２２）、Ｆ
    ｉｇ１５（配列番号：２４）、Ｆｉｇ１７（配列番号：２６）、Ｆｉｇ１９（配
    列番号：２８）、Ｆｉｇ２１（配列番号：３０）、Ｆｉｇ２３（配列番号：３２
    ）、Ｆｉｇ２５（配列番号：３４）、Ｆｉｇ２７（配列番号：３９）、Ｆｉｇ２
    ９（配列番号：４１）、Ｆｉｇ３１（配列番号：４６）、Ｆｉｇ３３（配列番号
    ：４８）、Ｆｉｇ３５（配列番号：５０）、Ｆｉｇ３７（配列番号：５２）、及
    びＦｉｇ３９（配列番号：５４）に示すヌクレオチド配列の完全長コード化配列
    からなる群から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも８０％の核酸配列同一
    性を持つ単離された核酸。
  52. 【請求項５２】 ＡＴＣＣ登録番号２０９８０８、２０３２２６、２０３２
    ７７、２０３４７１、２０３４６７、２０３４８０、２０３６５１、２０３５３
    ７、２０３６６２、２０３２８７、２０３２９２、２０３２３２、２０３８６５
    、２０３８９１、１３２-ＰＴＡ、２０３９６９又は２０３３２２ の下で寄託されたＤＮＡの完全長コード化配列と少なくとも８０％の核酸配列同
    一性を持つ単離された核酸。
  53. 【請求項５３】 請求項４９から５２のいずれか一項に記載の核酸を含むベ
    クター。
  54. 【請求項５４】 当該ベクターで形質転換された宿主細胞によって認識され
    るコントロール配列に作用可能に結合した請求項５３に記載のベクター。
  55. 【請求項５５】 請求項５３に記載のベクターを含む宿主細胞。
  56. 【請求項５６】 前記細胞がＣＨＯ細胞である請求項５５に記載の宿主細胞
    。
  57. 【請求項５７】 前記細胞が大腸菌である請求項５５に記載の宿主細胞。
  58. 【請求項５８】 前記細胞が酵母菌細胞である請求項５５に記載の宿主細胞
    。
  59. 【請求項５９】 前記細胞がバキュウロウイルス感染昆虫細胞である請求項
    ５５に記載の宿主細胞。
  60. 【請求項６０】 ＰＲＯ３８１、ＰＲＯ１２６９、ＰＲＯ１４１０、ＰＲＯ
    １７５５、ＰＲＯ１７８０、ＰＲＯ１７８８、ＰＲＯ３４３４、ＰＲＯ１９２７
    、ＰＲＯ３５６７、ＰＲＯ１２９５、ＰＲＯ１２９３、ＰＲＯ１３０３、ＰＲＯ
    ４３４４、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４３９７、ＰＲＯ４４０７、ＰＲＯ１５５５
    、ＰＲＯ１０９６、ＰＲＯ２０３８又はＰＲＯ２２６２ポリペプチドの製造方法
    において、請求項５５に記載の宿主細胞を前記ポリペプチドを発現させるのに十
    分な条件下で培養し、細胞培地から前記ポリペプチドを回収することを含んでな
    る方法。
  61. 【請求項６１】 Ｆｉｇ２（配列番号：２）、Ｆｉｇ４（配列番号：７）、
    Ｆｉｇ６（配列番号：９）、Ｆｉｇ８（配列番号：１１）、Ｆｉｇ１０（配列番
    号：１３）、Ｆｉｇ１２（配列番号：１８）、Ｆｉｇ１４（配列番号：２３）、
    Ｆｉｇ１６（配列番号：２５）、Ｆｉｇ１８（配列番号：２７）、Ｆｉｇ２０（
    配列番号：２９）、Ｆｉｇ２２（配列番号：３１）、Ｆｉｇ２４（配列番号：３
    ３）、Ｆｉｇ２６（配列番号：３５）、Ｆｉｇ２８（配列番号：４０）、Ｆｉｇ
    ３０（配列番号：４２）、Ｆｉｇ３２（配列番号：４７）、Ｆｉｇ３４（配列番
    号：４９）、Ｆｉｇ３６（配列番号：５１）、Ｆｉｇ３８（配列番号：５３）、
    及びＦｉｇ４０（配列番号：５５）に示すアミノ酸配列からなる群から選択され
    るアミノ酸配と少なくとも８０％のアミノ酸配列同一性を持つ単離されたポリペ
    プチド。
  62. 【請求項６２】 Ｆｉｇ２（配列番号：２）、Ｆｉｇ４（配列番号：７）、
    Ｆｉｇ６（配列番号：９）、Ｆｉｇ８（配列番号：１１）、Ｆｉｇ１０（配列番
    号：１３）、Ｆｉｇ１２（配列番号：１８）、Ｆｉｇ１４（配列番号：２３）、
    Ｆｉｇ１６（配列番号：２５）、Ｆｉｇ１８（配列番号：２７）、Ｆｉｇ２０（
    配列番号：２９）、Ｆｉｇ２２（配列番号：３１）、Ｆｉｇ２４（配列番号：３
    ３）、Ｆｉｇ２６（配列番号：３５）、Ｆｉｇ２８（配列番号：４０）、Ｆｉｇ
    ３０（配列番号：４２）、Ｆｉｇ３２（配列番号：４７）、Ｆｉｇ３４（配列番
    号：４９）、Ｆｉｇ３６（配列番号：５１）、Ｆｉｇ３８（配列番号：５３）、
    及びＦｉｇ４０（配列番号：５５）に示すアミノ酸配列からなる群から選択され
    るアミノ酸配列と比較した場合、少なくとも８０％ポジティブのスコアをつけら
    れる単離されたポリペプチド。
  63. 【請求項６３】 ＡＴＣＣ登録番号２０９８０８、２０３２２６、２０３２
    ７７、２０３４７１、２０３４６７、２０３４８０、２０３６５１、２０３５３
    ７、２０３６６２、２０３２８７、２０３２９２、２０３２３２、２０３８６５
    、２０３８９１、１３２-ＰＴＡ、２０３９６９又は２０３３２２の下で寄託さ
    れたＤＮＡの完全長コード化配列によってコードされるアミノ酸配列と少なくと
    も８０％のアミノ酸配列同一性を持つ単離されたポリペプチド。
  64. 【請求項６４】 異種アミノ酸配列に結合した請求項６１から６３のいずれ
    か一項に記載のポリペプチドを含んでなるキメラ分子。
  65. 【請求項６５】 異種アミノ酸配列がエピトープタグ配列である請求項６４
    に記載のキメラ分子。
  66. 【請求項６６】 異種アミノ酸配列が免疫グロブリンのＦｃ領域である請求
    項６４に記載のキメラ分子。
  67. 【請求項６７】 請求項６１から６３のいずれか一項に記載のポリペプチド
    に特異的に結合する抗体。
  68. 【請求項６８】 前記抗体がモノクローナル抗体、ヒト化抗体又は一本鎖抗
    体である請求項６７に記載の抗体。
  69. 【請求項６９】 （ａ）Ｆｉｇ２（配列番号：２）、Ｆｉｇ４（配列番号：
    ７）、Ｆｉｇ６（配列番号：９）、Ｆｉｇ８（配列番号：１１）、Ｆｉｇ１０（
    配列番号：１３）、Ｆｉｇ１２（配列番号：１８）、Ｆｉｇ１４（配列番号：２
    ３）、Ｆｉｇ１６（配列番号：２５）、Ｆｉｇ１８（配列番号：２７）、Ｆｉｇ
    ２０（配列番号：２９）、Ｆｉｇ２２（配列番号：３１）、Ｆｉｇ２４（配列番
    号：３３）、Ｆｉｇ２６（配列番号：３５）、Ｆｉｇ２８（配列番号：４０）、
    Ｆｉｇ３０（配列番号：４２）、Ｆｉｇ３２（配列番号：４７）、Ｆｉｇ３４（
    配列番号：４９）、Ｆｉｇ３６（配列番号：５１）、Ｆｉｇ３８（配列番号：５
    ３）、及びＦｉｇ４０（配列番号：５５）に示すポリペプチドであって付随する
    シグナルペプチドを欠くものをコードするヌクレオチド配列； （ｂ）Ｆｉｇ２（配列番号：２）、Ｆｉｇ４（配列番号：７）、Ｆｉｇ６（配
    列番号：９）、Ｆｉｇ８（配列番号：１１）、Ｆｉｇ１０（配列番号：１３）、
    Ｆｉｇ１２（配列番号：１８）、Ｆｉｇ１４（配列番号：２３）、Ｆｉｇ１６（
    配列番号：２５）、Ｆｉｇ１８（配列番号：２７）、Ｆｉｇ２０（配列番号：２
    ９）、Ｆｉｇ２２（配列番号：３１）、Ｆｉｇ２４（配列番号：３３）、Ｆｉｇ
    ２６（配列番号：３５）、Ｆｉｇ２８（配列番号：４０）、Ｆｉｇ３０（配列番
    号：４２）、Ｆｉｇ３２（配列番号：４７）、Ｆｉｇ３４（配列番号：４９）、
    Ｆｉｇ３６（配列番号：５１）、Ｆｉｇ３８（配列番号：５３）、及びＦｉｇ４
    ０（配列番号：５５）に示すポリペプチドの細胞外ドメインであってそれに付随
    するシグナルペプチドを持つものをコードするヌクレオチド配列；又は （ｃ）Ｆｉｇ２（配列番号：２）、Ｆｉｇ４（配列番号：７）、Ｆｉｇ６（配
    列番号：９）、Ｆｉｇ８（配列番号：１１）、Ｆｉｇ１０（配列番号：１３）、
    Ｆｉｇ１２（配列番号：１８）、Ｆｉｇ１４（配列番号：２３）、Ｆｉｇ１６（
    配列番号：２５）、Ｆｉｇ１８（配列番号：２７）、Ｆｉｇ２０（配列番号：２
    ９）、Ｆｉｇ２２（配列番号：３１）、Ｆｉｇ２４（配列番号：３３）、Ｆｉｇ
    ２６（配列番号：３５）、Ｆｉｇ２８（配列番号：４０）、Ｆｉｇ３０（配列番
    号：４２）、Ｆｉｇ３２（配列番号：４７）、Ｆｉｇ３４（配列番号：４９）、
    Ｆｉｇ３６（配列番号：５１）、Ｆｉｇ３８（配列番号：５３）、及びＦｉｇ４
    ０（配列番号：５５）に示すポリペプチドの細胞外ドメインであってそれに付随
    するシグナルペプチドを欠くものをコードするヌクレオチド配列と少なくとも８
    ０％の核酸配列同一性を持つ単離された核酸。
  70. 【請求項７０】 （ａ）Ｆｉｇ２（配列番号：２）、Ｆｉｇ４（配列番号：
    ７）、Ｆｉｇ６（配列番号：９）、Ｆｉｇ８（配列番号：１１）、Ｆｉｇ１０（
    配列番号：１３）、Ｆｉｇ１２（配列番号：１８）、Ｆｉｇ１４（配列番号：２
    ３）、Ｆｉｇ１６（配列番号：２５）、Ｆｉｇ１８（配列番号：２７）、Ｆｉｇ
    ２０（配列番号：２９）、Ｆｉｇ２２（配列番号：３１）、Ｆｉｇ２４（配列番
    号：３３）、Ｆｉｇ２６（配列番号：３５）、Ｆｉｇ２８（配列番号：４０）、
    Ｆｉｇ３０（配列番号：４２）、Ｆｉｇ３２（配列番号：４７）、Ｆｉｇ３４（
    配列番号：４９）、Ｆｉｇ３６（配列番号：５１）、Ｆｉｇ３８（配列番号：５
    ３）、及びＦｉｇ４０（配列番号：５５）に示すポリペプチドであって付随する
    シグナルペプチドを欠くもの； （ｂ）Ｆｉｇ２（配列番号：２）、Ｆｉｇ４（配列番号：７）、Ｆｉｇ６（配
    列番号：９）、Ｆｉｇ８（配列番号：１１）、Ｆｉｇ１０（配列番号：１３）、
    Ｆｉｇ１２（配列番号：１８）、Ｆｉｇ１４（配列番号：２３）、Ｆｉｇ１６（
    配列番号：２５）、Ｆｉｇ１８（配列番号：２７）、Ｆｉｇ２０（配列番号：２
    ９）、Ｆｉｇ２２（配列番号：３１）、Ｆｉｇ２４（配列番号：３３）、Ｆｉｇ
    ２６（配列番号：３５）、Ｆｉｇ２８（配列番号：４０）、Ｆｉｇ３０（配列番
    号：４２）、Ｆｉｇ３２（配列番号：４７）、Ｆｉｇ３４（配列番号：４９）、
    Ｆｉｇ３６（配列番号：５１）、Ｆｉｇ３８（配列番号：５３）、及びＦｉｇ４
    ０（配列番号：５５）に示すポリペプチドの細胞外ドメインであってそれに付随
    するシグナルペプチドを持つもの；又は （ｃ）Ｆｉｇ２（配列番号：２）、Ｆｉｇ４（配列番号：７）、Ｆｉｇ６（配
    列番号：９）、Ｆｉｇ８（配列番号：１１）、Ｆｉｇ１０（配列番号：１３）、
    Ｆｉｇ１２（配列番号：１８）、Ｆｉｇ１４（配列番号：２３）、Ｆｉｇ１６（
    配列番号：２５）、Ｆｉｇ１８（配列番号：２７）、Ｆｉｇ２０（配列番号：２
    ９）、Ｆｉｇ２２（配列番号：３１）、Ｆｉｇ２４（配列番号：３３）、Ｆｉｇ
    ２６（配列番号：３５）、Ｆｉｇ２８（配列番号：４０）、Ｆｉｇ３０（配列番
    号：４２）、Ｆｉｇ３２（配列番号：４７）、Ｆｉｇ３４（配列番号：４９）、
    Ｆｉｇ３６（配列番号：５１）、Ｆｉｇ３８（配列番号：５３）、及びＦｉｇ４
    ０（配列番号：５５）に示すポリペプチドの細胞外ドメインであってそれに付随
    するシグナルペプチドを欠くもの と少なくとも８０％のアミノ酸配列同一性を持つ単離されたポリペプチド。
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