JP2003511031A - ＩＦＮ−αホモログ - Google Patents

Abstract

(57)【要約】 本発明によって、αインターフェロンホモログ（核酸およびポリペプチドの両方）が提供される。さらに、本発明によって、これらのインターフェロンホモログポリペプチドおよび核酸を含む組成物、このホモログポリペプチドおよび核酸を含む組換え細胞、新しいホモログを作製する方法、この新しいホモログに対する抗体、およびこのホモログを使用する方法が提供される。この核酸またはポリペプチドの配列を含む統合システムがまた、提供される。

Description

【発明の詳細な説明】 【０００１】 （著作権通知） ３７Ｃ．Ｆ．Ｒ．１．７１（ｅ）によって、本特許文書の一部は、著作権保護
を受ける物質を含む。著作権者は、その複製が特許庁の特許ファイルまたは記録
に現れる場合は、特許文書および特許開示のいずれかによる複製に意義を唱えな
いが、そうでなければ、全ての著作権をわずかでも保有する。 【０００２】 （関連出願に対する相互参照） 本出願は、米国特許出願番号０９／１４５，４８３（１９９９年１０月７日出
願）（この開示は、本明細書中で全ての目的のためにその全体が参考文献として
援用される）の一部係属出願であり、そしてその恩恵および優先権を主張する。 【０００３】 （発明の分野） 本発明は、新たなインターフェロン−αホモログの生成に関する。 【０００４】 （発明の背景） インターフェロン−αは、サイトカイン遺伝子の多様ならせん状バンドルスー
パーファミリーのメンバーである（Ｓｐｒａｎｇ，Ｓ．Ｒ．ら（１９９３）Ｃｕ
ｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．３：８１５−８２７）。ヒトインタ
ーフェロン−αは、アミノ酸レベルで８５〜９８％配列同一性を共有する２０を
超える直列複製非対立遺伝子のファミリーによりコードされる（Ｈｅｎｃｏ，Ｋ
．ら（１９８５）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１８５：２２７−２６０）。 【０００５】 インターフェロン−αは、種々の型の細胞増殖を阻害することが示されており
、そして癌（特に、白血病のような血液学的悪性腫瘍）と頻繁に関連する種々の
細胞増殖障害の処置のために特に有用である。これらのタンパク質は、多発性骨
髄腫、慢性リンパ性白血病、低悪性度リンパ腫、カポージ肉腫、慢性骨髄性白血
病、腎細胞癌、膀胱腫瘍および卵巣癌に対して抗増殖活性を示した（Ｂｏｎｎｅ
ｍ，Ｅ．Ｍ．ら（１９８４）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｒｅｓｐｏｎｓｅ Ｍｏｄｉｆｉｅ
ｒｓ ３：５８０；Ｏｌｄｈａｍ，Ｒ．Ｋ．（１９８５）Ｈｏｓｐｉｔａｌ Ｐ
ｒａｃｔｉｃｅ２０：７１）。 【０００６】 インターフェロン−αはまた、種々の型のウイルス感染に対して有用である（
Ｆｉｎｔｅｒ，Ｎ．Ｂ．ら（１９９１）Ｄｒｕｇｓ ４２（５）：７４９）。イ
ンターフェロン−αは、ヒトパピローマウイルス感染、Ｂ型肝炎およびＣ型肝炎
の感染に対して活性を示す（Ｆｉｎｔｅｒ，Ｎ．Ｂ．ら，１９９１，前出；Ｋａ
ｓｈｉｍａ Ｈ．ら（１９８８）Ｌａｒｙｎｇｏｓｃｏｐｅ ９８：３３４；Ｄ
ｕｓｈｅｉｋｏ，Ｇ．Ｍ．ら（１９８６）Ｊ．Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ ３（補遺
２）：Ｓ１９９；Ｄａｖｉｓ，ＧＬら（１９８９）Ｎ．Ｅｎｇｌａｎｄ Ｊ．Ｍ
ｅｄ．３２１：１５０１）。特定の自己免疫疾患および炎症性疾患の病因学にお
けるインターフェロンおよびインターフェロンレセプターの役割も研究されてい
る（Ｂｅｎｏｉｔ，Ｐ．ら（１９９３）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５０（３）：７
０７）。 【０００７】 これらのタンパク質は、多くの疾患の処置における治療的価値を保有するが、
これらは、医薬品としての用途に最適化されてきた。例えば、容量限定毒性、レ
セプター交差反応性よび血清の短い半減期は、これらのサイトカインの多くの臨
床的有用性を有意に減少させる（Ｄｕｓｈｅｉｋｏ，Ｇ．（１９９７）Ｈｅｐａ
ｔｏｌｏｇｙ ２６：１１２Ｓ−１２１Ｓ；Ｖｉａｌ，Ｔ．およびＤｅｓｃｏｔ
ｅｓ，Ｊ．（１９９４）Ｄｒｕｇ Ｅｘｐｅｒｉｅｎｃｅ １０：１１５−１５
０；Ｆｕｎｋｅ，Ｉ．ら（１９９４）Ａｎｎ．Ｈｅｍａｔｏｌ．６８：４９−５
２；Ｓｃｈｏｍｂｕｒｇ，Ａ．ら（１９９３）Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．Ｃｌ
ｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．１１９：７４５−７５５）。インターフェロン投与に伴う多
様かつ重篤な副作用プロフィールとしては、インフルエンザ様症状、疲労、幻覚
を含む神経性障害、発熱、肝臓酵素上昇および白血球減少症が挙げられる（Ｐｏ
ｎｔｚｅｒ，Ｃ．Ｈ．ら（１９９１）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５１：５３０４；
Ｏｌｄｈａｍ，１９８５，前出）。 【０００８】 インターフェロン−α／レセプター相互作用の複雑さ、ならびに種々の治療活
性および予防活性を伴うインターフェロン−α内の大量の天然に存在する配列の
多様性の存在（従って、組換え体の大きな配列空間）は、優性インターフェロン
ホモログの構築のための機会を生じる。 【０００９】 （発明の要旨） 本発明は、新規インターフェロン−α（ＩＦＮ−アルファまたはＩＦＮ−α）
ホモログペプチド、ポリペプチドをコードする核酸、およびその相補的ヌクレオ
チド配列、このポリペプチドおよび核酸のフラグメント、このポリペプチドに対
する抗体、およびそれらの使用、インターフェロン−αホモログ配列の文字列を
含むデータセット、ならびにその文字列を使用するための自動システムを提供す
る。 【００１０】 １つの局面では、本発明は、単離されたインターフェロン−α核酸ホモログま
たは組換えインターフェロン−α核酸ホモログを含む。配列番号１〜配列番号３
５または配列番号７２〜配列番号７８から選択されるポリヌクレオチド配列、な
らびにそれらの相補的ポリヌクレオチド配列が含まれる。配列番号３６〜配列番
号８１または配列番号７９〜配列番号８５から選択されるポリペプチドをコード
するポリヌクレオチド配列、およびそれらの相補的ポリヌクレオチド配列もまた
、本発明の特徴である。同様に、前述のポリヌクレオチド配列のいずれかの実質
的全長にわたって高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレ
オチド配列は、本発明の特徴である。さらに、ヌクレオチドフラグメントがヒト
Ｄａｕｄｉ細胞株ベースの細胞増殖アッセイにおいて抗増殖活性を有するポリペ
プチドをコードする前述のポリヌクレオチド配列のいずれかのヌクレオチドフラ
グメントを含むポリヌクレオチド配列は、本発明の特徴である。同様に、マウス
細胞株／ＥＭＣＶベースのアッセイにおいて抗ウイルス活性を有するポリペプチ
ドをコードする上記および下記の本発明のポリヌクレオチド配列のいずれかのヌ
クレオチドフラグメントを含むポリヌクレオチド配列は、本発明の特徴である。 【００１１】 本発明はまた、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む単離さ
れた核酸または組換え核酸を含み、ここでこのポリペプチドは、以下のアミノ酸
配列を含む：ＣＤＬＰＱＴＨＳＬＧ−Ｘ₁₁−Ｘ₁₂−ＲＡ−Ｘ₁₅−Ｘ₁₆−ＬＬ−Ｘ ₁₉ −ＱＭ−Ｘ₂₂−Ｒ−Ｘ₂₄−Ｓ−Ｘ₂₆−ＦＳＣＬＫＤＲ−Ｘ₃₄−ＤＦＧ−Ｘ₃₈−
Ｐ−Ｘ₄₀−ＥＥＦＤ−Ｘ₄₅−Ｘ₄₆−Ｘ₄₇−ＦＱ−Ｘ₅₀−Ｘ₅₁−ＱＡＩ−Ｘ₅₅−Ｘ ₅₆ −Ｘ₅₇−ＨＥ−Ｘ₆₀−Ｘ₆₁−ＱＱＴＦＮ−Ｘ₆₇−ＦＳＴＫ−Ｘ₇₂−ＳＳ−Ｘ₇₅ −Ｘ₇₆−Ｗ−Ｘ₇₈−Ｘ₇₉−Ｘ₈₀−ＬＬ−Ｘ₈₃−Ｋ−Ｘ₈₅−Ｘ₈₆−Ｔ−Ｘ₈₈−Ｌ−
Ｘ₉₀−ＱＱＬＮ−Ｘ₉₅−ＬＥＡＣＶ−Ｘ₁₀₁−Ｑ−Ｘ₁₀₃−Ｖ−Ｘ₁₀₅−Ｘ₁₀₆−Ｘ ₁₀₇ −Ｘ₁₀₈−ＴＰＬＭＮ−Ｘ₁₁₄−Ｄ−Ｘ₁₁₆−ＩＬＡＶ−Ｘ₁₂₁−ＫＹ−Ｘ₁₂₄−
ＱＲＩＴＬＹＬ−Ｘ₁₃₂−Ｅ−Ｘ₁₃₄−ＫＹＳＰＣ−Ｘ₁₄₀−ＷＥＶＶＲＡＥＩＭ
ＲＳＦＳＦＳＴＮＬＱＫＲＬＲＲＫＥ、またはそれらの保存的置換改変体であっ
て、ここでは、Ｘ₁₁はＮまたはＤであり；Ｘ₁₂はＲ、Ｓ、またはＫであり；Ｘ₁₅ はＬまたはＭであり；Ｘ₁₆はＩ、Ｍ、またはＶであり；Ｘ₁₉はＡまたはＧであり
；Ｘ₂₂はＧまたはＲであり；Ｘ₂₄はＩまたはＴであり；Ｘ₂₆はＰまたはＨであり
；Ｘ₃₄はＨ、ＹまたはＱであり；Ｘ₃₈はＦまたはＬであり；Ｘ₄₀はＱまたはＲで
あり；Ｘ₄₅はＧまたはＳであり；Ｘ₄₆はＮまたはＨであり；Ｘ₄₇はＱまたはＲで
あり；Ｘ₅₀はＫまたはＲであり；Ｘ₅₁はＡまたはＴであり；Ｘ₅₅はＳまたはＦで
あり；Ｘ₅₆はＶまたはＡであり；Ｘ₅₇はＬまたはＦであり；Ｘ₆₀はＭまたはＩで
あり；Ｘ₆₁はＩまたはＭであり；Ｘ₆₇はＬまたはＦであり；Ｘ₇₂はＤまたはＮで
あり；Ｘ₇₅はＡまたはＶであり；Ｘ₇₆はＡまたはＴであり；Ｘ₇₈はＥまたはＤで
あり；Ｘ₇₉はＱまたはＥであり；Ｘ₈₀はＳ、Ｒ、Ｔ、またはＮであり；Ｘ₈₃はＥ
またはＤであり；Ｘ₈₅はＦまたはＬであり；Ｘ₈₆はＳまたはＹであり；Ｘ₈₈はＥ
またはＧであり；Ｘ₉₀はＹ、Ｈ、Ｎであり；Ｘ₉₅はＤ、Ｅ、またはＮであり；Ｘ _10l はＩ、Ｍ、またはＶであり；Ｘ_l03はＥまたはＧであり；Ｘ₁₀₅はＧまたはＷ
であり；Ｘ_l06はＶまたはＭであり；Ｘ_l07はＥ、Ｇ、またはＫであり；Ｘ₁₀₈は
ＥまたはＧであり；Ｘ₁₁₄はＶ、Ｅ、またはＧであり；Ｘ₁₁₆はＳまたはＰであり
；Ｘ_l21はＫまたはＲであり；Ｘ₁₂₄はＦまたはＬであり；Ｘ₁₃₂はＴ、Ｉ、また
はＭであり；Ｘ_l34はＫまたはＲであり；そしてＸ₁₄₀はＡまたはＳである。この
アミノ酸配列の各々の１つの文字は、当業者に公知の標準的な慣習に従って特定
のアミノ酸残基を表す。 【００１２】 上述の配列（例えば、配列番号３６〜配列番号５４に具体化される配列）のい
ずれかを有するポリペプチドはまた、本発明の特徴である。 【００１３】 他の実施形態では、コードされるポリペプチドは、配列番号３６〜配列番号５
４からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み；そして核酸は、配列番号１〜
配列番号１９からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列を含む。 【００１４】 本発明はまた、配列番号３６〜７０および配列番号７２〜７９のいずれかのポ
リペプチドフラグメントを提供する。本発明の１つの局面では、このようなポリ
ペプチドフラグメントは、ヒトＤａｕｄｉ細胞株ベースの細胞増殖アッセイにお
いて抗増殖活性を示すか、もしくはマウス細胞株／ＥＭＣＶベースのアッセイに
おいて抗ウイルス活性を示すか、またはその両方の活性を示す。ヒトＤａｕｄｉ
細胞株ベースの細胞増殖アッセイおよびマウス細胞株／ＥＭＣＶベースのアッセ
イにおける抗ウイルス活性は、以下のより詳細に記載される。なお別の局面では
、本発明は、上記および下記の本発明の任意の核酸のヌクレオチドフラグメント
を含むポリヌクレオチド配列を提供し、ここでヒトＤａｕｄｉ細胞株ベースの細
胞増殖アッセイにおいて抗増殖活性を示すか、もしくはマウス細胞株／ＥＭＣＶ
ベースのアッセイにおいて抗ウイルス活性を示すか、またはその両方の活性を示
すポリペプチドフラグメントをコードするこのヌクレオチドフラグメントは、以
下により詳細に記載される。 【００１５】 本発明はまた、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む単離さ
れた核酸または組換え核酸を含み、ここでこのポリペプチドは、配列番号３６〜
７０のいずれか１つの少なくとも２０連続したアミノ酸を含むアミノ酸配列を含
む。他の実施形態では、本発明のポリペプチドは、１以上のアミノ酸残基（Ｔｙ
ｒまたはＧｌｎ）３４、Ｇｌｙ３７、Ｐｈｅ３８、Ｌｙｓ７１、Ａｌａ７６、Ｔ
ｙｒ９０、Ｉｌｅｌ３２、Ａｒｇｌ３４、Ｐｈｅｌ５２、Ｌｙｓｌ６０およびＧ
ｌｕ１６６を含むアミノ酸配列を含み、ここでこのアミノ酸残基の番号付けは、
配列番号３６のアミノ酸配列における残基の番号付けに対応する。種々の実施形
態では、本発明のコードされるポリペプチドは、配列番号３６〜７０のいずれか
１つの少なくとも３０、少なくとも５０、少なくとも７０、少なくとも７５、少
なくとも１００、少なくとも１１０、少なくとも１２０、少なくとも１３０、少
なくとも１４０、少なくとも１５０、少なくとも１５５、少なくとも１６０また
は少なくとも１６５連続したアミノ酸残基を含む。他の実施形態では、コードさ
れるポリペプチドは、少なくとも１５０、少なくとも１５５、少なくとも１６０
、少なくとも１６３または少なくとも１６５アミノ酸長である。別の実施形態で
は、コードされるポリペプチドは、約１６６アミノ酸長である。なお別の実施形
態では、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３９、配列番号４０、配列番号
４１、配列番号４２、配列番号４５および配列番号４６から選択されるアミノ酸
配を含むポリペプチドをコードする。 【００１６】 他の実施形態では、本発明は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番
号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号１０および配列番号１１
から選択されるポリヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。 【００１７】 他の実施形態では、本明細書中に記載される任意の核酸または本発明によりコ
ードされるポリペプチドまたはそれらのフラグメントは、Ｄａｕｄｉ細胞株ベー
スのアッセイまたはヒトＷＩＳＨ細胞／ＥＭＣＶベースのアッセイにおいて抗増
殖活性を有し得る。他の実施形態では、コードされるポリペプチドは、ヒトＤａ
ｕｄｉ細胞株ベースのアッセイにおいて少なくとも約８．３×１０⁶単位／ミリ
グラムの抗増殖活性を有する（１単位は、抗増殖活性を５０％減少させるために
必要とされるミリグラム（ｍｇ）中のタンパク質の量である）か、またはヒトＷ
ＩＳＨ細胞／ＥＭＣＶベースのアッセイにおいて少なくとも約２．１×１０⁷単
位／ミリグラムの抗ウイルス活性を有する（１単位は、抗ウイルス活性を５０％
減少させるために必要とされるタンパク質の量（ｍｇ）である。）。他の実施形
態では、コードされるポリペプチドは、Ｉ型インターフェロンレセプター、好ま
しくはヒトＩ型インターフェロンレセプター、より好ましくは、ヒト（例えば、
Ｉ型）インターフェロン−αレセプターに結合し得る。 【００１８】 本発明はまた、本明細書中に記載される本発明の任意の核酸を含む細胞または
本明細書中に記載される本発明の任意のポリペプチドを発現する細胞を含む。１
つの実施形態では、本明細書中に記載されるように、これらの細胞は、本発明の
核酸によりコードされるポリペプチドを発現する。 【００１９】 本発明はまた、上記および下記の本発明の任意の核酸を含むベクターを含む。
このベクターは、プラスミド、コスミド、ファージまたはウイルスを含み得；こ
のベクターは、例えば、発現ベクター、クローニングベクター、パッケージング
ベクター、インテグレーションベクターなどであり得る。本発明はまた、本発明
のベクターにより形質転換された細胞を含む。本発明はまた、上記または下記の
本発明の任意の核酸および賦形剤（好ましくは薬学的に受容可能な賦形剤）を含
む組成物を含む。例えば、ベクターの形質転換により生成される、上記および下
記の本発明の任意のポリペプチドまたは核酸を含む細胞およびトランスジェニッ
ク動物は、本発明の特徴である。 【００２０】 本発明はまた、制限エンドヌクレアーゼ、ＲＮＡｓｅまたはＤＮＡｓｅで上記
または下記の本発明の１以上の核酸を消化することにより生成される組成物；な
らびにデオキシリボヌクレオチド三リン酸および核酸ポリメラーゼ（熱安定性ポ
リメラーゼ）の存在下で、上記または下記の１以上の核酸をインキュベートする
ことにより生成される組成物を含む。 【００２１】 本発明はまた、上記または下記の２以上の核酸を含む組成物を含む。この組成
物は、核酸のライブラリーを含み、ここでこのライブラリーは、少なくとも約５
、１０、２０または５０の核酸を含む。 【００２２】 別の局面では、本発明は、上記または下記の任意の核酸によりコードされる単
離されたポリペプチドまたは組換えポリペプチドを含む。１つの実施形態では、
このポリペプチドは、配列番号３６〜配列番号７０または配列番号７９〜配列番
号８５から選択される配列を含み得る。 【００２３】 本発明はまた、ポリヌクレオチド配列によりコードされるタンパク質の少なく
とも５０連続するアミノ酸を含むポリペプチドを含み、このポリヌクレオチド配
列は、以下からなる群より選択される：（ａ）配列番号１〜配列番号３５または
配列番号７２〜配列番号７８；（ｂ）配列番号３６〜配列番号７０または配列番
号７９〜配列番号８５から選択されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチ
ド配列；および（ｃ）ポリヌクレオチド配列（ａ）または（ｂ）の実質的全長に
わたって、高ストリンジェント条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド配
列の相補配列。種々の実施形態では、このポリペプチドは、コードされるタンパ
ク質の少なくとも約７０、１００、１２０、１３０、１４０、１５０、１５５、
１６０、１６５または１６６連続するアミノ酸を含む。 【００２４】 本発明はまた、単離されたまたは組換えポリペプチドを含む。このポリペプチ
ドは、任意の１つの配列番号３６〜７０の少なくとも５０個連続したアミノ酸残
基、ならびにアミノ酸Ａｌａｌ９、（ＴｙｒまたはＧｌｎ）３４，Ｇｌｙ３７，
Ｐｈｅ３８，Ｌｙｓ７ｌ，Ａｌａ７６，Ｔｙｒ９０，Ｉ１ｅ１３２，Ａｒｇｌ３
４，Ｐｈｅｌ５２，Ｌｙｓ１６０，およびＧｌｕ１６６の１つ以上を含むアミノ
酸配列を含む。ここで、このアミノ酸の数は、配列番号３６の数に対応する。種
々の実施形態において、ポリペプチドは、任意の１つの配列番号３６〜７０の少
なくとも約５０，７０，７５，１００，１１０，１２０，１３０，１４０、１５
０，１５５，１６０，１６３，１６５，または１６６個連続したアミノ酸を含む
。より好ましい実施形態において、ポリペプチドは、任意の１つの配列番号３６
，配列番号３７，配列番号３９，配列番号４０，配列番号４１，配列番号４２，
配列番号４５，または配列番号４６の少なくとも約５０，７０，７５，１００，
１１０，１２０，１３０，１４０、１５０，１５５，１６０，１６３，１６５，
または１６６個連続したアミノ酸を含む。他の実施形態において、本発明のポリ
ペプチドは、少なくとも約５０，７０，７５，１００，１１０，１２０，１３０
，１４０、１５０，１５５，１６０，１６３，１６５，または１６６アミノ酸長
であり、または好ましくは１６６アミノ酸長である。より長いポリペプチド（例
えば、精製タグなど）もまた、熟慮される。このようなポリペプチドは、ヒトＤ
ａｕｄｉ細胞株に基づくアッセイにおいて抗増殖性活性および／またはヒトＷＩ
ＳＨ細胞／ＥＭＣＶに基づくアッセイにおいて抗ウイルス性活性を示し得る。 【００２５】 本発明はまた、少なくとも１つの抗原に対して惹起されるポリクローナル抗血
清に特異的に結合するポリペプチドを含み、この少なくとも１つの抗原は、配列
番号３６〜配列番号７０もしくは配列番号７９〜配列番号８５に示されるアミノ
酸配列から選択されるポリペプチド配列またはそれらのフラグメントを含む。特
に、本発明は、少なくとも１つの抗原に対して惹起されるポリクローナル抗血清
に特異的に結合するポリペプチドを含み、この少なくとも１つの抗原は、配列番
号３６〜配列番号７０もしくは配列番号７９〜配列番号８５に示されるアミノ酸
配列から選択されるポリペプチド配列または任意のこれらのアミノ酸配列のフラ
グメントを含み、ここで、このポリクローナル抗血清は、１つ以上の公知のイン
ターフェロン−αポリペプチドまたはタンパク質（例えば、以下のＧｅｎ Ｂａ
ｎｋ^TM受託番号：Ｊ００２１０（α−Ｄ），Ｊ００２０７（α−ａ），Ｘ０２９
５８（α−６），Ｘ０２９５６（α−５），Ｖ００５３３（α−Ｈ），Ｖ００５
４２（α−１４），Ｖ００５４５（ＩＦＮ−１Ｂ），Ｘ０３１２５（α−８），
Ｘ０２９５７（α−１６），Ｖ００５４０（α−２１），Ｘ０２９５５（α−４
ｂ），Ｖ００５３２（α−Ｃ），Ｘ０２９６０（α−７），Ｘ０２９６１（α−
１０偽遺伝子），Ｒ００６７（Ｇｘ−１），Ｉ０１６１４，Ｉ０１７８７，Ｉ０
７８２１，Ｍ１２３５０（α−Ｆ），Ｍ３８２８９，Ｖ００５４９（α−２ａ）
，およびＩ０８３１３（α−Ｃｏｎ１）の１つ以上、ならびにＧｅｎ Ｂａｎｋ
に存在する同様のまたは相同性のインターフェロン−α核酸配列を有するまたは
対応する核酸によってコードされるポリペプチドまたはタンパク質を含む）を用
いて減算される。 【００２６】 上記または以下に記載される任意のポリペプチドは、必要に応じてヒトダウデ
ィ（Ｄａｕｄｉ）細胞株に基づくアッセイにおいて抗増殖性活性および／または
ヒトウィッシュ（ＷＩＳＨ）細胞／ＥＭＣＶに基づくアッセイにおいて抗ウイル
ス性活性を有する。上記または以下に記載される任意のポリペプチドは、ヒトダ
ウディ（Ｄａｕｄｉ）細胞株に基づくアッセイにおいて少なくとも約８．３×１
０⁶ユニット／ｍｇの抗増殖性活性および／またはヒトウィッシュ（ＷＩＳＨ）
細胞／ＥＭＣＶに基づくアッセイにおいて少なくとも約２．１×１０⁷ユニット
／ｍｇ抗ウイルス性活性を有し得る。他の実施形態において、上記または以下に
記載される任意のポリペプチドは、Ｉ型インターフェロンレセプター、好ましく
はヒトＩ型インターフェロンレセプター、より好ましくはヒトインターフェロン
−αレセプターに結合し得る。 【００２７】 他の実施形態において、上記または以下に記載される任意のポリペプチドは、
分泌／局在配列（例えば、シグナル配列、小器官標的配列、膜局在配列など）を
含む。本明細書中に記載される任意のポリペプチドは、精製を容易にする配列（
例えば、エピトープタグ（ＦＬＡＧエピトープなど）、ポリヒスチジンタグ、Ｇ
ＳＴ融合体など）をさらに含み得る。このポリペプチドは、必要に応じてＮ末端
にメチオニンを含む。本明細書に記載の本発明の任意のポリペプチドは、必要に
応じて１つ以上の改変されたアミノ酸（グリコシル化アミノ酸、ＰＥＧ化アミノ
酸、ファルネシル化アミノ酸、アセチル化アミノ酸、ビオチン化アミノ酸カルボ
キシル化アミノ酸、リン酸化アミノ酸、アシル化アミノ酸など）を含む。 【００２８】 本発明はまた、賦形剤（好ましくは薬学的に受容可能な賦形剤）中に本明細書
に記載の任意のポリペプチドを含む組成物を含む。 【００２９】 本発明はまた、本明細書中に記載の本発明の１つ以上のポリペプチドを哺乳動
物に投与することによって生成される抗体または抗血清を含む。ここで、この抗
体または抗血清は、特異的に公知のα−インターフェロンポリペプチドまたはタ
ンパク質（例えば、以下のＧｅｎ Ｂａｎｋ^TM受託番号：Ｊ００２１０（α−Ｄ
），Ｊ００２０７（α−ａ），Ｘ０２９５８（α−６），Ｘ０２９５６（α−５
），Ｖ００５３３（α−Ｈ），Ｖ００５４２（α−１４），Ｖ００５４５（ＩＦ
Ｎ−１Ｂ），Ｘ０３１２５（α−８），Ｘ０２９５７（α−１６），Ｖ００５４
０（α−２１），Ｘ０２９５５（α−４ｂ），Ｖ００５３２（α−Ｃ），Ｘ０２
９６０（α−７），Ｘ０２９６１（α−１０偽遺伝子），Ｒ００６７（Ｇｘ−１
），Ｉ０１６１４，Ｉ０１７８７，Ｉ０７８２１，Ｍ１２３５０（α−Ｆ），Ｍ
３８２８９，Ｖ００５４９（α−２ａ），およびＩ０８３１３（α−Ｃｏｎ１）
の１つ以上、ならびにＧｅｎ Ｂａｎｋに存在する同様のまたは相同性のインタ
ーフェロン−α核酸配列を有するまたは対応する核酸によってコードされるポリ
ペプチドまたはタンパク質を含む）に結合しない。 【００３０】 本発明はまた、配列番号３６〜配列番号７０または配列番号７９〜配列番号８
５より選択される配列を含むポリペプチドに特異的に結合する抗体を含む。この
抗体は、例えば、ポリクローナル、モノクローナル、キメラ、ヒト化、単鎖、Ｆ
ａｂフラグメント、Ｆａｂ発現ライブラリーによって生成されるフラグメントな
どである。 【００３１】 本発明のポリペプチドを生成する方法もまた、包含される。１つのこのような
方法は、細胞集団に本明細書中に記載の核酸を挿入する工程、コードされるポリ
ペプチドを効果的に生成するため調節配列に作動可能に連結される工程、ポリペ
プチドを生成するため培養培地で細胞を培養する工程、および細胞からまたは培
養培地から必要に応じてポリペプチドを単離する工程を包含する。核酸は、ベク
ター（組換え発現ベクターなど）の一部であり得る。 【００３２】 本発明はまた、腫瘍細胞を本明細書中に記載の本発明のポリペプチドと接触さ
せ、それによって腫瘍細胞の増殖を阻害する、腫瘍細胞の増殖を阻害する方法を
包含する。１つの実施形態において、本発明は、腫瘍細胞集団をその腫瘍細胞集
団中で十分に腫瘍細胞の増殖を阻害する有効量の本発明のポリペプチドと接触さ
せ、それによって細胞集団中の腫瘍細胞の増殖を阻害する工程を包含する腫瘍細
胞集団の増殖を阻害する方法を包含する。種々の実施形態において、腫瘍細胞は
、ヒト癌細胞、ヒト白血病細胞、ヒトＴリンパ腫細胞、ヒト黒色腫細胞、本明細
書中に記載の他のヒト癌細胞などであり得る。腫瘍細胞は、インビボ、エキソビ
ボ、またはインビトロ（例えば、培養された細胞）であり得る。 【００３３】 本発明はまた、上および下に記載される本発明の有効量のポリペプチドと１つ
以上の感染された細胞を接触することで、ウイルスによって感染された１つ以上
の細胞中のウイルスの複製を、阻害する方法を包含する。この量は、この１つ以
上の感染された細胞内でウイルス複製を阻害するのに十分であり、従って、１つ
以上の細胞内のウイルスの複製を阻害する。種々の実施形態において、このウイ
ルスは、ＲＮＡウイルス（例えば、ヒト免疫不全ウイルスもしくはＣ型肝炎ウイ
ルス）またはＤＮＡウイルス（例えば、Ｂ型肝炎ウイルス）であり得る。感染さ
れた細胞は、インビボ、エキソビボ、またはインビトロ（例えば、培養された細
胞）であり得る。 【００３４】 本発明はまた、自己免疫障害を処置するのに十分な本明細書中に記載される本
発明の有効量のポリペプチドを患者に投与することによって、このような処置を
必要とする患者において自己免疫障害を処置する方法を包含する。種々の実施形
態において、自己免疫障害は、多発硬化症、慢性関節リウマチ、エリテマトーデ
ス、Ｉ型糖尿病などであり得る。本発明はまた、患者へのインターフェロンの投
与によって処置可能な障害を処置する方法において、この障害を処置するのに十
分な本明細書中に記載される本発明の有効量のポリペプチドを患者に投与する工
程を包含する改良を包含する。インターフェロン−αの投与による処置可能な障
害は、多発硬化症、慢性関節リウマチ、エリテマトーデス、Ｉ型糖尿病、ＡＩＤ
ＳまたはＡＩＤＳ関連複合体などであり得る。 【００３５】 一般的に、本明細書中の配列の変異によって誘導される核酸及びタンパク質は
、本発明の特徴である。同様に、多様性産生または帰納的配列組換え（ＲＳＲ）
方法（例えば、ＤＮＡ混合）によって生成される核酸及びタンパク質は、本発明
の特徴である。本明細書中に記載される核酸を使用する変異方法および組換え方
法は、本発明の特徴である。例えば、本発明の１つの方法は、１つ以上の付加的
核酸（本明細書中に記載される付加的核酸を含むが、それらに限定されない）で
上および下に記載される本発明の１つ以上の核酸配列を帰納的に組替える工程を
包含する。この１つ以上の付加的核酸の各配列は、インターフェロンーアルファ
相同体またはそれらに続くアミノ酸をコードする。この組換え工程は、インビボ
、エキソビボ、インシリコまたはインビトロで必要に応じて実施される。この帰
納的組換えは、組換えインターフェロンーα相同体の少なくとも１つのライブラ
リーを生成する。本発明に含まれるものはまた、この方法で生成される組換えイ
ンターフェロン−α相同体核酸、組換えインターフェロン−α相同体核酸を含む
細胞、この帰納的組換え方法によって生成される核酸ライブラリー、２つ以上の
インターフェロン−α核酸を含む組成物、およびこのようなインターフェロン−
α核酸を含むかまたはこのライブラーを含む細胞集団である。１つの実施形他に
おいて、このライブラリーは、少なくとも１０個のこのような組換え核酸を含む
。 【００３６】 本発明はまた、本明細書中に記載される本発明の核酸を変異する工程を包含す
る改変されたまたは組換えインターフェロン−α相同体核酸を生成する方法を提
供する。 【００３７】 細胞集団に対するヒトインターフェロン２ａまたは他の公知のインターフェロ
ン−αの増殖阻害活性、細胞増殖抑制性活性、または細胞毒性活性のそれぞれに
対して、その細胞集団に対する（例えば、癌細胞）増加した細胞増殖抑制性活性
、または細胞毒性活性核酸を有するインターフェロン−α相同体をコードする核
酸もまた、提供される。 【００３８】 （発明の詳細な説明） （定義） 本明細書中または本明細書中の残りの以下に定義されない限り、本明細書中で
用いられる全ての技術用語または科学用語は、本発明が属する当業者により共通
に理解されるのと同じ意味を有する。 【００３９】 「ポリヌクレオチド配列」は、核酸（Ａ、Ｃ、Ｔ、Ｕ、Ｇなど、または天然に
存在するもしくは人工のヌクレオチドアナログ）、または文脈に依存して核酸を
表する特徴的記号である。所定の核酸または相補的核酸のいずれかは、任意の特
定のポリヌクレオチド配列から決定され得る。 【００４０】 同様に、「アミノ酸配列」は、アミノ酸のポリマー（タンパク質、ポリペプチ
ドなど）、または文脈に依存してアミノ酸ポリマーを表する特徴的記号である。
所定の核酸または相補的核酸のいずれかは、任意の特定のポリヌクレオチド配列
から決定され得る。 【００４１】 核酸、タンパク質、ペプチド、ポリペプチド、または他の成分は、それが通常
関連する成分（他のペプチド、ポリペプチド、タンパク質（ネイティブの配列に
付随し得る複合体（例えば、ポリメラーゼおよびリボゾーム）を含む）、核酸、
細胞、合成試薬、細胞夾雑物、細胞成分など）（例えば、本来由来する細胞にお
いて通常関連する他の成分）から部分的にまたは完全に分離される場合、「単離
」される。核酸、ポリペプチド、または他の成分は、それがその天然の環境の他
の成分から部分的にもしくは完全に回収または分離され、その結果、それが、成
分の組成物、混合物、または収集物に存在する有意な種である（すなわち、１モ
ル濃度基準で、それが組成物の任意の他の別個の種よりも、より豊富である）場
合、単離される。好ましい実施形態では、処方物は、７０％を超える、代表的に
は８０％を超える、または好ましくは９０％を超える単離された種からなる。 【００４２】 １つの局面では、「実質的に純粋」または「単離された」核酸（例えば、ＲＮ
ＡもしくはＤＮＡ）、ポリペプチド、タンパク質または組成物もまた意味し、こ
こで、目的の種（例えば、核酸またはポリペプチド）は、存在する全ての高分子
種の（モル濃度基準で）少なくとも約５０、６０または７０重量％を含む。実質
的に純粋または単離された成分はまた、組成物に存在する全ての高分子種の少な
くとも約８０、９０または９５％を含み得る。単離された目的の種はまた、本質
的な均質性（夾雑物種は、組成物において、従来の検出方法により検出され得な
い）まで精製され得、ここで、この組成物は単一の高分子種の誘導体から本質的
になる。 【００４３】 用語「単離された核酸」は、本発明の核酸が由来する生物の天然に存在するゲ
ノム中の直に近接するもの（すなわち、５’末端のものおよび３’末端のもの）
であるコード配列の両方に直に隣接しない、核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ
）のことを言及し得る。従って、この用語は、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（
ＰＣＲ）または制限エンドヌクレアーゼ処理により生成されるｃＤＮＡまたはゲ
ノムＤＮＡフラグメントを含む。このようなｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡフラグ
メントは、ベクターに取り込まれるか、それが本来由来する生物（例えば、ウイ
ルスを含む）と同じ種もしくは異なる種のゲノムに統合されるか、さらなるコー
ド配列に連結されてキメラポリペプチドをコードするハイブリット遺伝子を形成
するか、あるいは任意の他のＤＮＡ配列から独立する。ＤＮＡは、二重鎖または
一本鎖、センスまたはアンチセンスであり得る。 【００４４】 核酸またはポリペプチドは、それが人工であるかもしくは操作されるか、また
は人工もしくは操作されたタンパク質もしくは核酸に由来する場合、「組換え」
られる。この用語「組換え」は、例えば、細胞、ヌクレオチド、ベクター、また
はポリペプチドに関して用いられる場合、代表的に以下を示す：細胞、ヌクレオ
チドもしくはベクターが、異種（もしくは外来の）核酸の導入またはネイティブ
の核酸の変化により改変されているか、あるいはポリペプチドが、異種アミノ酸
の導入により改変されているか、あるいは細胞が、このように改変された細胞に
由来する。組換え細胞は、細胞のネイティブ（非組換え）の形態において見出さ
れない核酸配列（例えば、遺伝子）を発現するか、または発現下で異常に発現さ
れるもしくは全く発現されないネイティブの核酸配列（例えば、遺伝子）を発現
する。用語「組換え核酸」（例えば、ＤＮＡもしくはＲＮＡ）分子は、例えば、
天然に存在しないか、または配列の少なくとも２つのセグメント（これは、代表
的には共に含まれないか、代表的にはお互いに関連しないか、またはさもなけれ
ば、代表的にはお互いに分離されている）の組換え（ｃｏｍｂａｔａｎｔ）（例
えば、人工組換え）により作製される、ヌクレオチド配列を意味する。組換え核
酸は、異なる供給源に由来するおよび／もしくは人工的に合成された核酸セグメ
ントをお互いに連結するか、またはこの核酸セグメントの組換えにより、形成さ
れる核酸分子を含む。用語「組換え的に産生される」とは、以下のいずれかによ
って通常達成される人工組換えのことをいう：化学合成手段、核酸セグメントの
循環的配列組換え、もしくはヌクレオチドの他の種々の生成方法（例えば、シャ
ッフリング）、または核酸の単離されたセグメントの例えば、当業者に公知の遺
伝子操作技術による操作。「組換え的に発現される」とは、代表的に、インビト
ロでの組換え核酸の産生のための技術、およびインビボ、インビトロ、もしくは
エキソビボ（ここで、細胞は発現され得るかもしくは増殖され得る）での組換え
核酸の細胞への移行のことをいう。「組換えポリペプチド」または「組換えタン
パク質」は、通常、それぞれ、クローンもしくは組換えの、遺伝子もしくは核酸
を生じる、ポリペプチドもしくはタンパク質のことをいう。 【００４５】 「部分配列」もしくは「フラグメント」は、完全な配列までおよび完全な配列
を含む、配列の全体の任意の部分である。 【００４６】 所定のアミノ酸もしくはヌクレオチドポリマーの数は、任意の所定のポリマー
成分（アミノ酸残基、取り込まれるヌクレオチドなど）の位置が、所定のポリマ
ー中の成分の実際の位置よりもむしろ、選択されたアミノ酸もしくはヌクレオチ
ド中の同じ位置を参照することにより設計される場合、選択されたアミノ酸ポリ
マーまたは核酸の「数に対応する」。 【００４７】 ベクターは、選択された核酸、もしくは細胞中の核酸の発現により、細胞形質
導入を容易にするための組成物である。ベクターとしては、例えば、プラスミド
、コスミド、ウイルス、ＹＡＣ、細菌、ポリリジンなどが挙げられる。「発現ベ
クター」は、核酸構築物、であり、これは、組換え的にまたは合成的に生成され
、宿主細胞における特定の核酸の転写を可能にする１組みの特定の核酸エレメン
トを有する。発現ベクターは、プラスミド、ウイルス、または核酸フラグメント
の一部であり得る。発現ベクターは、代表的には、プロモーターに作動可能に連
結した転写される核酸を含む。 【００４８】 「ポリヌクレオチドまたはアミノ酸配列の実質的に全体の長さ」は、少なくと
も約５０％、少なくとも約６０％、一般に約７０％、一般に約８０％、または代
表的には少なくとも約９０％、９５％、９６％、９７％、９８％もしくは９９％
以上の長さのアミノ酸配列または核酸配列のことをいう。 【００４９】 「ヒトα−インターフェロンレセプター」は、αインターフェロンによりヒト
細胞において天然で活性化されるレセプターである。 【００５０】 ある対象に適用される場合、「天然に存在する」とは、対象が天然で見出され
得るという事実をいう。例えば、ウイルスを含む生物に存在する、天然の供給源
から単離され得る、そして実験室においてヒトにより意図的に改変されていない
、ポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列は、天然に存在する。１つの局面で
は、「天然に存在する」核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）分子は、天然に存
在するのと同じ状態で存在する核酸分子である；すなわち、核酸分子は、単離、
組換え、またはクローン化されない。 【００５１】 本明細書中で用いられる場合、「抗体」は、免疫グロブリン遺伝子または免疫
グロブリン遺伝子のフラグメントにより実質的にまたは部分的にコードされる１
つ以上のポリペプチドを含むタンパク質のことをいう。認識される免疫グロブリ
ン遺伝子としては、κ、λ、α、γ、δ、ε、およびμ定常領域遺伝子、および
種々の免疫グロブリン可変領域遺伝子を含む。軽鎖は、κまたはλのいずれかに
分類される。重鎖は、γ、μ、α、δまたはεに分類され、次いで、これらは、
それぞれ、免疫グロブリンクラス、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤおよびＩｇ
Ｅを規定する。代表的な免疫グロブリン（例えば、抗体）構造単位としては、テ
トラマーが挙げられる。各テトラマーは、ポリペプチド鎖の２つの同一の対から
なり、各対は、１つの「軽鎖」（約２５ｋＤ）および１つの「重鎖」（約５０〜
７０ｋＤ）を有する。各鎖のＮ末端は、抗原認識を主に担う、約１００〜１１０
以上のアミノ酸の可変領域を規定する。用語可変軽鎖（ＶＬ）および可変重鎖（
ＶＨ）は、それぞれ、これらの軽鎖および重鎖をいう。抗体は、インタクトな免
疫グロブリンとしてか、または種々のペプチダーゼを用いる消化により産生され
る、多数の十分に特徴付けされたフラグメントとして存在する。従って、例えば
、ペプシンは、抗体の以下を消化する：Ｆ（ａｂ）’２を生成するためのヒンジ
領域中のジスルフィド結合、それ自身がジスルフィド結合によりＶＨ−ＣＨ１に
連結した軽鎖であるＦａｂの二量体。Ｆ（ａｂ）’２は、穏やかな条件下で還元
されて、ヒンジ領域中のジスルフィド連結を破壊し、それによりＦ（ａｂ）’２
二量体をＦａｂ’単量体へと変換し得る。Ｆａｂ’単量体は、本質的に、ヒンジ
領域の一部を有するＦａｂである（他の抗体フラグメントのより詳細な記載につ
いては、Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｗ．Ｅ．ｐａｕｌ編
、Ｒａｖｅｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｎ．Ｙ．（１９９３）を参照のこと）。種々の抗体
フラグメントは、インタクトな抗体の消化に関して定義されるが、当業者は、こ
のようなＦａｂ’フラグメントが、化学的にかまたは組換えＤＮＡ方法論を利用
することによるかのいずれかで、新規に合成され得ることを理解する。従って、
用語抗体はまた、本明細書中で用いられる場合、完全な抗体の修飾により生成さ
れるか、または組換えＤＮＡ方法論を用いて新規に合成されるかのいずれかの抗
体フラグメントを含む。抗体は、短鎖抗体を含み、これは短鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）を
含み、ここで、可変重鎖および可変軽鎖は、共に連結（直接またはペプチドリン
カーを介して）されて、連続したポリペプチドを形成する。 【００５２】 抗体の「抗原結合フラグメント」は、抗原を結合する抗体のペプチドまたはポ
リペプチドフラグメントである。抗原結合部位は、抗体のアミノ酸により形成さ
れ、これは、抗原の結合に、寄与するか、関与するか、または影響する（Ｓｃｏ
ｔｔ，Ｔ．Ａ．およびＭｅｒｃｅｒ，Ｅ．Ｉ．，ＣＯＮＣＩＳＥ ＥＮＣＹＣＬ
ＯＰＥＤＩＡ：ＢＩＯＣＨＥＭＩＳＴＲＹ ＡＮＤ ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ ＢＩ
ＯＬＯＧＹ（ｄｅ Ｇｒｕｙｔｅｒ、第３版、１９９７）［本明細書中以下、「
Ｓｃｏｔｔ，ＣＯＮＣＩＳＥ ＥＮＣＹＣＬＯＰＥＤＩＡ」］およびＷａｔｓｏ
ｎ，Ｊ．Ｄ．ら、ＲＥＣＯＭＢＩＮＡＮＴ ＤＮＡ（第２版、１９９２）［本明
細書中以下、「Ｗａｔｓｏｎ，ＲＥＣＯＭＢＩＮＡＮＴ ＤＮＡ」］を参照のこ
と、これらの各々は、全ての目的のために、その全体が本明細書中で参考として
援用される）。 【００５３】 「免疫原」とは、免疫応答を惹起し得る物質のことをいう。免疫原の例として
は、例えば、抗原、自己抗原（これは、自己免疫疾患の誘導において役割を果た
す）、および癌細胞のおいて発現される腫瘍関連抗原が挙げられる。 【００５４】 「抗原」は、宿主における抗体の形成を惹起し得るか、またはこの物質と反応
性のリンパ球の特定の集団を生成し得る物質である。抗原は、代表的には、宿主
に対して外来の高分子（例えば、タンパク質およびポリサッカリド）である。 【００５５】 用語「免疫アッセイ」としては、抗原に結合または特異的に結合する抗体また
は免疫源を用いるアッセイが挙げられる。免疫アッセイは、代表的には、抗原を
単離、標的化、および／または定量する特定の抗体の特異的結合特性の使用によ
り特徴付けられる。 【００５６】 用語「相同性」は、一般に、２つ以上の構造間の類似性の程度をいう。用語「
相同配列」は、単量体と類似の順序を有する高分子中の領域をいう。核酸配列に
関して用いられる場合、用語「相同性」は、２つ以上の核酸配列（例えば、遺伝
子）またはそのフラグメント間の類似性の度合いをいう。代表的には、２つ以上
の核酸配列の間の類似性の程度は、２つ以上の核酸配列の２つの核酸塩基（また
は他の遺伝子型特性）の組成、順序、または配置の類似性の程度をいう。用語「
相同核酸」は、一般に、ヌクレオチド塩基の組成、配置、または順序における程
度の類似を有するヌクレオチド配列を含む核酸をいう。２つ以上の核酸は、同じ
または異なる種または群の核酸である得る。用語「％相同性」は、核酸配列に関
して用いられる場合、一般に、２つ以上の核酸のヌクレオチド配列間の類似性の
％の程度をいう。 【００５７】 ポリペプチド（またはタンパク質）配列に関して用いられる場合、用語「相同
性」は、２つ以上のポリペプチド（またはタンパク質）配列（例えば、遺伝子）
またはそのフラグメント間の類似性の程度のことをいう。代表的には、２つ以上
のポリペプチド（またはタンパク質）配列間の類似性の程度は、２つ以上のポリ
ペプチド（またはタンパク質）の２つ以上のアミノ酸の組成、順序、または配置
の類似性の程度をいう。２つ以上のポリペプチド（またはタンパク質）は、同じ
種もしくは異なる、種もしくは群のポリペプチド（またはタンパク質）である得
る。用語「％相同性」は、ポリペプチド（またはタンパク質）配列に関して用い
られる場合、一般に、２つ以上のポリペプチド（またはタンパク質）配列のアミ
ノ酸配列間の類似性の％の程度をいう。用語「相同ポリペプチド」または「相同
タンパク質」は、一般に、それぞれ、ポリペプチドまたはタンパク質のことをい
い、これらは、類似するアミノ酸配列および機能を有する。このような相同ポリ
ペプチドまたはタンパク質は、類似するアミノ酸配列および機能を有することに
より関連し得るが、本明細書中に記載される技術を用いて、異なる種または同じ
種から誘導または発生される。 【００５８】 用語「被験体」は、本明細書中で用いられる場合、以下の生物を含むがこれに
限定されない；哺乳動物（例えば、ヒト、非ヒト霊長類（例えば、サル）、マウ
ス、ブタ、ウシ、ヤギ、ウサギ、ラット、モルモット、ハムスター、ウマ、サル
、ヒツジ、または他の非ヒト哺乳動物を含む）；非哺乳動物（例えば、非ヒト脊
椎動物（例えば、トリ（例えば、ニワトリもしくはアヒル）またはサカナ）を含
む）；および非哺乳動物無脊椎動物。 【００５９】 用語「薬学的組成物」は、動物またはヒトを含む被験体における薬学的使用に
適する組成物を意味する。薬学的組成物は、一般に、活性薬剤の有効量および薬
学的に受容可能なキャリアを含む。 【００６０】 用語「有効量」は、所望の結果を生じるのに十分な投薬量または量を意味する
。所望の結果は、レシピエントにおける投薬量または量の客観的または主観的改
善を含み得る。 【００６１】 「予防的処置」は、疾患、病状、または医学的障害の徴候または症候を示さな
いか、または疾患、病状、または障害の初期徴候または症候のみを示す被験体に
行われる処置であり、その結果、処置は、疾患、病状、または医学的障害の発症
の危険性を減少、予防、または低下させる目的で行われる。予防的処置は、疾患
または障害に対する予防的処置として機能する。「予防的活性」は、薬剤（例え
ば、核酸、ベクター、遺伝子、ポリペプチド、タンパク質、物質、その組成物）
の活性であり、この薬剤は、病状、疾患、または障害の徴候または症候を示さな
いか、病状、疾患または障害の初期の徴候または症候のみを示す被験体に行われ
る場合、病状、疾患または障害を発症する被験体の危険性を減少、予防、または
低下する。「予防的に有用な」薬剤または化合物（例えば、核酸またはポリペプ
チド）は、病状、疾患または障害の発症を減少、予防、処置、または低下する際
に有用である薬剤または化合物をいう。 【００６２】 「治療的処置」は、病状、疾患または障害の症候または徴候を示す患者に行わ
れる処置であり、ここで、処置は、病状、疾患または障害のこれらの徴候または
症候を減少または排除する目的のために被験体に行われる。「治療的活性」は、
薬剤（例えば、核酸、ベクター、遺伝子、ポリペプチド、タンパク質、物質また
はその組成物）の活性であり、この薬剤は、このような徴候または症候を被る被
験体に行われる場合に、病状、疾患または障害を排除または減少する。「治療的
に有用な」薬剤または化合物（例えば、核酸または化合物）は、薬剤または化合
物が、病状、疾患または障害のこのような徴候または症候を減少、処置または排
除する際に有用であることを示す。 【００６３】 用語「遺伝子」は、生物学的機能と関連するＤＮＡの任意のセグメントを、広
くはいう。遺伝子は、これらの発現のために必要とされるコード配列および／ま
たは調節配列を含む。遺伝子はまた、例えば、他のタンパク質のための認識配列
を形成する非発現ＤＮＡ核酸セグメントを含む。 【００６４】 一般に、本明細書中で以後使用される命名法および以下に記載される細胞培養
、分子遺伝学、分子生物学、核酸化学、およびタンパク質化学における研究室手
順は、周知の手順であり、そして当業者によって通常使用される。標準的技術（
例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ−Ａ Ｌａ
ｂｏｒａｔｏｙ Ｍａｎｕａｌ（第２版），１−３巻，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ
Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏ
ｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８９（以後「Ｓａｍｂｒｏｏｋ」）およびＣｅｒｒ
ｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｆ
．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌら編，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，ａ ｊｏｉ
ｎｔ ｖｅｎｔｕｒｅ ｂｅｔｗｅｅｎ Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂｒｉｓｈｉｎｇ
Ａｓｓｏｃｉａｔｅ，Ｉｎｃ．ａｎｄ Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ
，Ｉｎｃ．（１９９９年を通しての補遺）（以後「Ａｕｓｕｂｅｌ」））を、組
換え核酸方法、核酸合成、細胞培養方法、および導入遺伝子組み込み（例えば、
エレクトロポレーション、注入、およびリポフェクション）に使用する。一般に
、オリゴヌクレオチド合成および精製工程を、明細書に従って実施する。これら
の技術および手順は、一般に、当該分野の従来の方法および種々の一般的な参考
文献（これらは、本明細書を通して提供される）に従って実施される。それらの
なかの手順は、当業者に周知であると考えられ、そして読者の利便性のための提
供される。 【００６５】 種々のさらなる用語が、本明細書中で定義されるか、またはそうでなければ特
徴付けられる。 【００６６】 （本発明のポリヌクレオチド） （インターフェロン−αホモログ配列） 本発明は、単離されたインターフェロン−αホモログポリペプチドまたは組換
えインターフェロン−αホモログポリペプチド、およびこれらのポリペプチドを
コードする単離されたポリヌクレオチドまたは組換えポリヌクレオチドを提供す
る。 【００６７】 以下により詳細に記載されるように、本発明に従って、新規なインターフェロ
ン−αホモログポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、インターフェ
ロン−αホモログポリペプチドのフラグメントをコードするヌクレオチド配列（
例えば、サブ配列）、および関連する融合ポリペプチドまたはタンパク質をコー
ドするヌクレオチド配列、もしくはこれらの機能的等価物は、集合的に、本明細
書中で、「インターフェロン−αホモログ」、「インターフェロンホモログ核酸
」、「ＩＦＮ−αホモログ」、「ＩＦＮホモログ」、「ＩＦＮ核酸」、「インタ
ーフェロンホモログ」、「インターフェロン核酸」、「組換えインターフェロン
−α」、「組換えインターフェロン−α核酸」、「本発明の核酸」、「本発明の
ポリヌクレオチド」、または「本発明のヌクレオチド」という。先の用語の各々
のポリヌクレオチド、ヌクレオチドおよび核酸フラグメントはまた、本発明のポ
リヌクレオチド、ヌクレオチド、および核酸に含まれ、そして包含されることが
意図される。用語「核酸」は、用語「ヌクレオチド」と互換可能に使用される。 【００６８】 本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドは、シャッフルされたイ
ンターフェロン−α関連配列のライブラリーにおいて発見された。これらのライ
ブラリーメンバーは、ヒト腫瘍細胞株に対する抗増殖活性についてスクリーニン
グされ、そしていくつかの場合において、ウイルス感染ヒト細胞に対する抗ウイ
ルス活性についてアッセイされた。本明細書に提供される配列のサブセットは、
ウイルス感染マウス細胞に対する抗ウイルス活性についてスクリーニングされた
、シャッフルされたライブラリーにおいて発見された。インターフェロンホモロ
グについてのコード配列を、実施例に記載されるように同定した。 【００６９】 簡潔には、シャッフルされた成熟インターフェロン−αコード配列のライブラ
リーを、Ｅ．Ｃｏｌｉ．に導入した。コロニーを、実施例１に記載されるように
ヒトＤａｕｄｉ腫瘍細胞株に対するハイスループットの抗増殖活性アッセイにお
いてスクリーニングし、そして活性なポリペプチドを発現するコロニーを、選択
し、再スクリーニングし、そして発現レベルを決定した。選択されたコロニー由
来のＤＮＡを単離し、そして再シャッフリングして、第二のライブラリーを作製
した。第二のライブラリーをＥ．Ｃｏｌｉに導入し、そしてヒトＤａｕｄｉ細胞
株ベースの細胞増殖アッセイにおける抗増殖活性についてスクリーニングした。
第一および第二のライブラリースクリーンから選択されたコロニーからのＤＮＡ
を、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞に形質導入し、そして安定な細
胞株を生成した。ＣＨＯ発現タンパク質を精製し、定量化し、そして実施例１に
記載されるように、ヒトＤａｕｄｉ細胞株を使用する抗増殖活性について、そし
て必要に応じて、脳心筋炎ウイルス（ＥＭＣＶ）感染ヒトＷＩＳＨ細胞を使用す
る抗ウイルス活性についてアッセイした。例示的なシャッフルされた核酸（これ
は、ヒトＤａｕｄｉ細胞株ベースのアッセイにおいて抗増殖活性を有するインタ
ーフェロン−αホモログポリペプチドをコードする）は、本明細書中において配
列番号１〜配列番号３５として同定され、これらは、それぞれ、本明細書中にお
いて配列番号３６〜配列番号７０として同定される成熟インターフェロン−αホ
モログポリペプチドをコードする。シャッフルされた成熟インターフェロン−α
コード配列のライブラリーをまた、ＥＭＣＶ感染マウス細胞に対するハイスルー
プットの抗ウイルス活性スクリーンにおいてスクリーニングした。例示的なシャ
ッフルされた核酸（これは、マウス細胞／ＥＭＣＶベースのアッセイにおける抗
ウイルス活性を有するポリペプチドをコードする）は、本明細書中で配列番号７
２〜配列番号７８として同定され、これらは、配列番号７９〜配列番号８５とし
て同定される成熟インターフェロンホモログポリペプチドをコードする。 【００７０】 別の局面において、本発明は、単離された核酸または組換え核酸を提供し、こ
れらは、以下の群から選択されるポリヌクレオチド配列を含む：（ａ）配列番号
１〜配列番号３５、またはその相補的ポリヌクレオチド配列；（ｂ）配列番号３
６〜配列番号７２から選択されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配
列、またはその相補的ポリヌクレオチド配列；（ｃ）少なくともストリンジェン
トな、または少なくとも高度にストリンジェントなハイブリザイゼーション条件
（または超高ストリンジェントな、もしくは超超高ストリンジェントなハイブリ
ダイゼーション条件）下で、ポリヌクレオチド配列（ａ）または（ｂ）の全長に
わたって実質的に、あるいは５０、１２０、１３０、１４０、１４５、１５０、
１５５、１６０または１６５ヌクレオチド塩基サブ配列、もしくは（ａ）または
（ｂ）のポリヌクレオチド配列のフラグメントにハイブリダイズするポリヌクレ
オチド配列；および（ｄ）（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のフラグメントを含むポ
リヌクレオチド配列であって、このフラグメントは、ヒトＤａｕｄｉ細胞株ベー
スのアッセイにおける抗増殖活性または抗ウイルス活性を測定するための当該分
野で公知のアッセイにおける抗ウイルス活性を有するポリペプチドの全てまたは
一部をコードする。 【００７１】 別の局面において、本発明は、単離された核酸または組換え核酸を提供し、こ
れらは、以下の群から選択されるポリヌクレオチド配列を含む：（ａ）配列番号
７２〜配列番号７８、またはその相補的ポリヌクレオチド配列；（ｂ）配列番号
７９〜配列番号８５から選択されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド
配列、またはその相補的ポリヌクレオチド配列；（ｃ）少なくともストリンジェ
ントな、または少なくとも高度にストリンジェントなハイブリザイゼーション条
件（または超高ストリンジェントな、もしくは超超高ストリンジェントなハイブ
リダイゼーション条件）下で、ポリヌクレオチド配列（ａ）または（ｂ）の全長
にわたって実質的に、あるいは５０、１２０、１３０、１４０、１４５、１５０
、１５５、１６０または１６５ヌクレオチド塩基サブ配列、もしくは（ａ）また
は（ｂ）のポリヌクレオチド配列のフラグメントにハイブリダイズするポリヌク
レオチド配列；および（ｄ）（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のフラグメントを含む
ポリヌクレオチド配列であって、このフラグメントは、ヒトＤａｕｄｉ細胞株ベ
ースのアッセイにおける抗増殖活性またはマウス細胞株／ＥＭＣＶベースのアッ
セイにおける抗ウイルス活性を有するポリペプチドの全てまたは一部をコードす
る。 【００７２】 本発明はまた、本明細書中で配列番号７１として同定されるアミノ酸を含む成
熟インターフェロン−αホモログポリペプチドおよびヒトＤａｕｄｉ細胞株ベー
スのアッセイにおける抗増殖活性および／またはマウス細胞株／ＥＭＣＶベース
のアッセイにおける抗ウイルス活性を有するポリペプチドまたはこのポリペプチ
ドのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列を含む。 【００７３】 本発明はまた、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む単離さ
れた核酸または組換え核酸を含み、ここで、このポリヌクレオチドは、以下のア
ミノ酸配列を含む：ＣＤＬＰＱＴＨＳＬＧ−Ｘ₁₁−Ｘ₁₂−ＲＡ−Ｘ₁₅−Ｘ₁₆−Ｌ
Ｌ−Ｘ₁₉−ＱＭ−Ｘ₂₂−Ｒ−Ｘ₂₄−Ｓ−Ｘ₂₆−ＦＳＣＬＫＤＲ−Ｘ₃₄−ＤＦＧ−
Ｘ₃₈−Ｐ−Ｘ₄₀−ＥＥＦＤ−Ｘ₄₅−Ｘ₄₆−Ｘ₄₇−ＦＱ−Ｘ₅₀−Ｘ₅₁−ＱＡＩ−Ｘ ₅₅ −Ｘ₅₆−Ｘ₅₇−ＨＥ−Ｘ₆₀−Ｘ₆₁−ＱＱＴＦＮ−Ｘ₆₇−ＦＳＴＫ−Ｘ₇₂−ＳＳ
−Ｘ₇₅−Ｘ₇₆−Ｗ−Ｘ₇₈−Ｘ₇₉−Ｘ₈₀−ＬＬ−Ｘ₈₃−Ｋ−Ｘ₈₅−Ｘ₈₆−Ｔ−Ｘ₈₈ −Ｌ−Ｘ₉₀−ＱＱＬＮ−Ｘ₉₅−ＬＥＡＣＶ−Ｘ₁₀₁−Ｑ−Ｘ₁₀₃−Ｖ−Ｘ₁₀₅−Ｘ_{1 06} −Ｘ₁₀₇−Ｘ₁₀₈−ＴＰＬＭＮ−Ｘ₁₁₄−Ｄ−Ｘ₁₁₆−ＩＬＡＶ−Ｘ₁₂₁−ＫＹ−
Ｘ₁₂₄−ＱＲＩＴＬＹＬ−Ｘ₁₃₂−Ｅ−Ｘ₁₃₄−ＫＹＳＰＣ−Ｘ₁₄₀−ＷＥＶＶＲＡ
ＥＩＭＲＳＦＳＦＳＴＮＬＱＫＲＬＲＲＫＥ、またはその保存的に置換されたバ
リエーション、ここで、Ｘ₁₁は、ＮまたはＤであり；Ｘ₁₂は、Ｒ、Ｓ、またはＫ
であり；Ｘ₁₅は、ＬまたはＭであり；Ｘ₁₆は、Ｉ、Ｍ、またはＶであり；Ｘ₁₉は
、ＡまたはＧであり；Ｘ₂₂は、ＧまたはＲであり；Ｘ₂₄は、ＩまたはＴであり；
Ｘ₂₆は、ＰまたはＨであり；Ｘ₃₄は、Ｈ、ＹまたはＱであり；Ｘ₃₈は、Ｆまたは
Ｌであり；Ｘ₄₀は、ＱまたはＲであり；Ｘ₄₅は、ＧまたはＳであり；Ｘ₄₆は、Ｎ
またはＨであり；Ｘ₄₇は、ＱまたはＲであり；Ｘ₅₀は、ＫまたはＲであり；Ｘ₅₁ は、ＡまたはＴであり；Ｘ₅₅は、ＳまたはＦであり；Ｘ₅₆は、ＶまたはＡであり
；Ｘ₅₇は、ＬまたはＦであり；Ｘ₆₀は、ＭまたはＩであり；Ｘ₆₁は、ＩまたはＭ
であり；Ｘ₆₇は、ＬまたはＦであり；Ｘ₇₂は、ＤまたはＮであり；Ｘ₇₅は、Ａま
たはＶであり；Ｘ₇₆は、ＡまたはＴであり；Ｘ₇₈は、ＥまたはＤであり；Ｘ₇₉は
、ＱまたはＥであり；Ｘ₈₀は、Ｓ、Ｒ、ＴまたはＮであり；Ｘ₈₃は、ＥまたはＤ
であり；Ｘ₈₅は、ＦまたはＬであり；Ｘ₈₆は、ＳまたはＹであり；Ｘ₈₈は、Ｅま
たはＧであり；Ｘ₉₀は、Ｙ、Ｈ、Ｎであり；Ｘ₉₅は、Ｄ、ＥまたはＮであり；Ｘ ₁₀₁ は、Ｉ、ＭまたはＶであり；Ｘ₁₀₃は、ＥまたはＧであり；Ｘ₁₀₅は、Ｇまた
はＷであり；Ｘ_l06は、ＶまたはＭであり；Ｘ_l07は、Ｅ、Ｇ、またはＫであり；
Ｘ₁₀₈は、ＥまたはＧであり；Ｘ₁₁₄は、Ｖ、ＥまたはＧであり；Ｘ₁₁₆は、Ｓま
たはＰであり；Ｘ₁₂₁は、ＫまたはＲであり；Ｘ_l24は、ＦまたはＬであり；Ｘ_{13 2} は、Ｔ、Ｉ、またはＭであり；Ｘ_l34は、ＫまたはＲであり；そしてＸ₁₄₀は、
ＡまたはＳである。このアミノ酸配列の１文字の各々は、当業者に公知の標準的
な実施に従って特定のアミノ酸残基を表す。このようなポリペプチドは、ヒトＤ
ａｕｄｉ細胞株ベースのアッセイにおける抗増殖活性（例えば、少なくとも８．
３×１０⁶単位／ｍｇ）および／またはヒトＷＩＳＨ細胞／ＥＭＣＶベースのア
ッセイにおける抗ウイルス活性（少なくとも約２．１×１０⁷単位／ｍｇ）を有
する。 【００７４】 以下により詳細に記載されるように、本発明のポリヌクレオチドは、以下を含
むがこれらに限定されない種々の適用に有用である：種々の被験体における種々
の疾患、障害、および状態のインビボおよびエキソビボ処置の方法における治療
剤および予後剤として；インビトロ方法（例えば、種々の被験体における種々の
疾患、障害、および状態を検出、診断および処置するための診断方法）における
使用のため；例えば、遺伝子治療における使用のため；疾患、障害または状態の
治療的処置および予防的処置の方法における使用のための治療剤および予後剤と
して；免疫原として；診断アッセイまたはスクリーニングアッセイにおける使用
のため；および相補的な、または部分的に相補的な核酸の存在についての診断プ
ローブとして（ＩＦＮ−αコード核酸の検出のためを含む）。 【００７５】 （本発明のポリヌクレオチドを作製すること） 本発明のポリヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチドを、公知の合成方法に従
って、標準的な固相方法によって調製し得る。代表的に、約２０、３０、４０、
５０、６０、７０、８０、９０および／または１００ヌクレオチド塩基までのフ
ラグメントが、個々に合成され、次いで、連結されて（例えば、酵素的また化学
的連結方法、あるいはポリメラーゼ媒介組換え方法によって）、本質的に任意の
所望の連続した配列を形成する。別の局面において、１００より大きいヌクレオ
チド塩基（例えば、１５０、１８０、２００、２１０、２４０、２７０、３００
、３３０、３６０、３９０、４００、４２０、４５０、４６５、４７４、４７０
、４７５、４８９、４９０、４９５、４９６塩基）のヌクレオチドフラグメント
が、個々に合成され、次いで連結されて（例えば、酵素的また化学的連結方法、
あるいはポリメラーゼ媒介組換え方法によって）、本質的に任意の所望の連続し
た配列を形成する。例えば、本発明のポリヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチ
ド（それらのフラグメント（および明細書中に記載されるもの）を含む）は、例
えば、古典的なホスホラミダイト方法（Ｂｅａｕｃａｇｅら（１９８１）Ｔｅｔ
ｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔｅｒｓ ２２：１８５９−６９）、またはＭａｔｔ
ｈｅｓら（１９８４）ＥＭＢＯ Ｊ．３：８０１−０５によって記載される方法
を使用する化学合成によって調製され得、これは、例えば、代表的に、自動化合
成方法において実施される。ホスホラミダイト方法に従って、オリゴヌクレオチ
ドが、例えば、自動化ＤＮＡ合成機で合成され、精製され、アニールされ、連結
され、そして適切なベクターにクローニングされる。 【００７６】 さらに、本質的に任意の核酸は、以下のような種々の商業的供給源のいずれか
から特注され得る：Ｍｉｄｌａｎｄ Ｃｅｒｔｉｆｉｅｄ Ｒｅａｇｅｎｔ Ｃ
ｏｍｐａｎｙ（ｍｃｒｃ＠ｏｌｉｇｏｓ．ｃｏｍ）、Ｇｒｅａｔ Ａｍｅｒｉｃ
ａｎ Ｇｅｎｅ Ｃｏｍｐａｎｙ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｅｎｃｏ．ｃｏｍ
）、ＥｘｐｒｅｓｓＧｅｎ Ｉｎｃ．（ｗｗｗ．ｅｘｐｒｅｓｓｇｅｎ．ｃｏｍ
）、Ｏｐｅｒｏｎ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｉｎｃ．（Ａｌａｍｅｄａ，Ｃ
Ａ）および多くの他の企業。同様に、ペプチドおよび抗体は、以下のような種々
の供給源のいずれから特注され得る；ＰｅｐｔｉｄｏＧｅｎｉｃ（ｐｋｉｍ＠ｃ
ｃｎｅｔ．ｃｏｍ）、ＨＴＩ Ｂｉｏ−ｐｒｏｄｕｃｔｓ，ｉｎｃ．（ｈｔｔｐ
：／／ｗｗｗ．ｈｔｉｂｉｏ．ｃｏｍ）、ＢＭＡ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌｓ Ｌ
ｔｄ．（英国）、Ｂｉｏ．Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｉｎｃ．，および他の多くの企
業。 【００７７】 本発明の特定のポリヌクレオチドはまた、ｃＤＮＡライブラリー（例えば、代
表的な多様性生成方法（例えば、シャッフリング方法など）におけるのと同じよ
うに相同的な核酸を組換えることによって生成されるライブラリー）を、オリゴ
ヌクレオチドプローブを使用してスクリーニングすることによって得られ得る。
これらのオリゴヌクレオチドプローブは、インターフェロンホモログポリペプチ
ドおよびこれらのポリペプチドのフラグメントをコードするポリヌクレオチドに
ハイブリダイズし得るか、またはこのポリヌクレオチドをＰＣＲ増幅し得る。ｃ
ＤＮＡクローンをスクリーニングおよび単離するための手順は、当該分野で周知
である。このような技術は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ
Ｃｌｏｎｉｎｇ−Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（第２版），第１
−３巻，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏ
ｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８９（本明細書中
以後「Ｓａｍｂｒｏｏｋ」）およびＣｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ
Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌら編，Ｃｕｒ
ｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，ａ ｊｏｉｎｔ ｖｅｎｔｕｒｅ ｂｅｔｗｅ
ｅｎ Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ，Ｉｎｃ．
ａｎｄ Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．（１９９９年を通して
の補遺）（本明細書中以後「Ａｕｓｕｂｅｌ」）。 【００７８】 本明細書中により詳細に記載されるように、本発明のポリヌクレオチドには、
新規な成熟インターフェロン−αホモログをコードする配列、およびそのコード
配列に相補的な配列、ならびにこのようなコード配列およびその相補体の新規フ
ラグメントを含まれる。これらのポリヌクレオチドは、ＲＮＡの形態またはＤＮ
Ａの形態であり得、そしてこれらには、ｍＲＮＡ、ｃＲＮＡ、合成ＲＮＡおよび
ＤＮＡ、ならびにｃＤＮＡが含まれる。これらのポリヌクレオチドは、二本鎖ま
たは一本鎖であり得、そして一本鎖である場合、コード鎖または非コード（アン
チセンス、相補）鎖であり得る。これらのポリヌクレオチドは、必要に応じて、
（ｉ）単離物として、（ｉｉ）さらなるコード配列と組み合わせて（例えば、融
合タンパク質、プレタンパク質、プレプロタンパク質などをコードするように）
、（ｉｉｉ）適切な宿主におけるコード配列の発現に効果的な、非コード配列（
例えば、イントロン）、制御エレメント（例えば、プロモーター）、ターミネー
ターエレメントまたは５’および／もしくは３’非翻訳領域と組み合わせて、な
らびに／あるいは（ｉｖ）インターフェロン−αホモログコード配列が異種核酸
配列または異種遺伝子であるベクターまたは宿主環境下に、インターフェロン−
αホモログのコード配列を含む。配列はまた、核酸の代表的な組成物用処方物と
組み合わせて（これらには、キャリア、緩衝液、アジュバント、賦形剤などの存
在下、が挙げられる）見い出され得る。 【００７９】 それぞれのインターフェロン−αホモログポリペプチドをコードする、用語Ｄ
ＮＡまたはＲＮＡには、適切な宿主細胞中での発現に際して、本発明のインター
フェロン−αホモログポリペプチドの産生を生じる、任意のオリゴデオキシヌク
レオチド配列またはオリゴデオキシリボヌクレオチド配列が含まれる。このＤＮ
ＡまたはＲＮＡは、適切な宿主細胞において、または無細胞（インビトロ）系に
おいて産生され得るか、または合成的（例えば、ＰＣＲのような増幅技術による
）もしくは化学的に生成され得る。 【００８０】 （本発明のポリヌクレオチドの使用） 本発明のポリヌクレオチドは、例えば、以下における種々の用途を有する：本
発明のインターフェロン−αホモログポリペプチドの組換え産生（すなわち、発
現）；治療剤および予防剤（例えば、疾患、障害または状態の治療的処置および
予防的処置の方法における使用のための）として；遺伝子治療方法および関連す
る適用における使用のため；免疫原として；診断アッセイおよびスクリーニング
アッセイにおける使用のため；相補的核酸または部分的に相補的な核酸の存在に
ついての診断プローブ（天然のＩＦＮ−αコード核酸の検出用を含む）として；
さらなる反応（例えば、新規および／または改善したＩＦＮ−αホモログの産生
のためのシャッフリング反応または変異反応）のための基質として、など。 【００８１】 （ポリペプチドの発現） 本発明に従って、新規および／または成熟インターフェロン−αホモログ、イ
ンターフェロン−αタンパク質のフラグメント、関連する融合タンパク質、また
はそれらの機能的等価物をコードするポリヌクレオチド配列は、本明細書中で、
「インターフェロン−αホモログポリペプチド」、「インターフェロン−αホモ
ログタンパク質」または「インターフェロン−αホモログ」、「インターフェロ
ンホモログ」、「ＩＦＮ−αホモログ」、「ＩＦＮホモログ」、「ＩＦＮポリペ
プチド」、「ＩＦＮタンパク質」、「本発明のポリペプチド」または「本発明の
タンパク質」として、集合的に称される。前述の用語の各々のポリペプチドフラ
グメントまたはアミノ酸フラグメントはまた、本発明のポリペプチドまたはタン
パク質に含まれることが意図される。本発明のこのようなポリヌクレオチド配列
は、適切な宿主細胞におけるインターフェロン−αホモログポリペプチドの発現
を指向する組換えＤＮＡ（またはＲＮＡ）分子において使用される。遺伝コード
の固有の縮重に起因して、実質的に同じアミノ酸配列または機能的に等価なアミ
ノ酸配列をコードする他の核酸配列もまた、インターフェロンホモログをクロー
ニングおよび発現するために使用される。 【００８２】 （改変されたコード配列） 当業者に理解されるように、コード配列（例えば、本発明のインターフェロン
−αホモログまたはそのフラグメントをコードするヌクレオチド配列を含む）を
改変し、特定の宿主におけるその発現を増強することが有利であり得る。遺伝コ
ードは、６４の可能なコドンで重複するが、ほとんどの生物は、これらのコドン
のサブセットを優先的に使用する。種において最も頻繁に利用されるコドンを、
最適コドンと呼び、そしてほとんど利用されていないコドンを、稀なコドンまた
は低使用頻度コドンとして分類される（Ｚｈａｎｇ Ｓ．Ｐ．ら（１９９１）Ｇ
ｅｎｅ １０５：６１−７２を参照のこと）。コドンは、宿主の好ましいコドン
使用頻度を反映するよう置換され得る（このプロセスは、「コドン最適化」また
は「種に対するコドン偏向の制御」と呼ばれる）。 【００８３】 特定の原核生物宿主または真核生物宿主に好ましいコドンを含む最適化された
コード配列（Ｍｕｒｒａｙ，Ｅら、（１９８９）Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．
１７：４７７−５０８もまた参照のこと）を調製して、例えば、非最適化配列か
ら産生された転写物と比べて、翻訳率を増加かし得るか、または所望の特性（例
えば、より長い半減期）を有する組換えＲＮＡ転写物を産生し得る。翻訳終止コ
ドンもまた、宿主の優先度を反映するよう改変され得る。例えば、Ｓ．ｃｅｒｅ
ｖｉｓａｅおよび哺乳動物に好ましい終止コドンは、それぞれ、ＵＡＡおよびＵ
ＧＡである。単子葉植物に好ましい終止コドンは、ＵＧＡであり、一方、昆虫お
よびＥ．ｃｏｌｉは、優先的にＵＡＡを終止コドンとして使用する（Ｄａｌｐｈ
ｉｎ Ｍ．Ｅ．ら（１９９６）Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２４：２１６−２
１８）。 【００８４】 本発明のポリヌクレオチド配列は、種々の理由（遺伝子産物のクローニング、
プロセシングおよび／または発現を改変する変更が挙げられるが、これらに限定
されない）のために、インターフェロンホモログコード配列を変更するために操
作され得る。例えば、変更は、新しい制限部位の挿入、グリコシル化パターンの
変更、コドン優先度の変化、スプラシング部位の導入などのために、当該分野で
周知の技術（例えば、部位特異的変異誘発）を使用して導入され得る。 【００８５】 （ベクター、プロモーターおよび発現系） 本発明はまた、本明細書中に広範に記載されるような、１以上の核酸配列を含
む組換え構築物（例えば、本発明のインターフェロン−αホモログまたはそのフ
ラグメントをコードする構築物）を包含する。これらの構築物には、プラスミド
、コスミド、ファージ、ウイルス（レトロウイルスを含む）、細菌人工染色体（
ＢＡＣ）、酵母人工染色体（ＹＡＣ）などのようなベクターが含まれ、本発明の
核酸配列は、順方向または逆方向でこれらに挿入されている。この実施形態の好
ましい局面において、構築物はさらに、この配列に作動可能に連結された調節配
列（例えば、プロモーターが挙げられる）をさらに含む。多くの適切なベクター
およびプロモーターが、当業者に公知であり、そして市販されている。 【００８６】 本発明において有用な分子生物学的技術（ベクターの使用、プロモーターおよ
び多くの他の関連トピックを含む）を記載する一般テキストとしては、Ｊｕｏ，
Ｐ−Ｓ．，Ｃｏｎｃｉｓｅ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａ
ｌ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ １９
９６）；Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎら、Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｂｉ
ｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（第２版 １９９４
）；Ｔｈｅ Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃ
ｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｗａｌｋｅｒ編、１９８８）；Ｈａｌｅ
＆ Ｍａｒｈａｍ、Ｔｈｅ Ｈａｒｐｅｒ Ｃｏｌｌｉｎｓ Ｄｉｃｔｉｏｎａ
ｒｙ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９９１）；ＳｃｏｔｔおよびＭｅｒｃｅｒ、Ｃ
ｏｎｃｉｓｅ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ ｏｆ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ
ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（第３版、１９９７）；Ｂｅｒｇ
ｅｒおよびＫｉｍｍｅｌ、Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉ
ｎｇ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ、
第１５２巻、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，
ＣＡ（本明細書中以降、「Ｂｅｒｇｅｒ」）；Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃ
ｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ−Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（第２版
）、第１−３巻、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒ
ｙ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８９（「
Ｓａｍｂｒｏｏｋ」）ならびにＣｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍ
ｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌら編、Ｃｕｒｒｅ
ｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ａｓｓｏｃ
ｉａｔｅｓ，Ｉｎｃ．とＪｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．の合弁
事業（１９９９年補遺）（「Ａｕｓｕｂｅｌ」）が挙げられる。例えば、本発明
のホモログ核酸の産生のための、インビトロ増幅方法（ポリメラーゼ連鎖反応（
ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、Ｑβ−レプリカーゼ増幅および他のＲ
ＮＡポリメラーゼ媒介技術（例えば、ＮＡＳＢＡ）を含む）を当業者に指向する
に十分な技術の例は、Ｂｅｒｇｅｒ、Ｓａｍｂｒｏｏｋ、およびＡｕｓｕｂｅｌ
、ならびに、Ｍｕｌｌｉｓら、（１９８７）米国特許第４，６８３，２０２号；
米国特許第４，６８３，１９５号（１９９７年７月２８日公布）；ＰＣＲ Ｐｒ
ｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉ
ｃａｔｉｏｎｓ（Ｉｎｎｉｓら編）Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ Ｉｎｃ．Ｓ
ａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ（１９９０）（Ｉｎｎｉｓ）；Ａｒｎｈｅｉｍ ＆ Ｌ
ｅｖｉｎｓｏｎ（１９９０年１０月１日）Ｃ ＆ ＥＮ ３６−４７；Ｔｈｅ
Ｊｏｕｒｎａｌ Ｏｆ ＮＩＨ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（１９９１）３、８１−９４
；Ｋｗｏｈら、（１９８９）Ｐｒｏｃ． Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳ
Ａ ８６、１１７３；Ｇｕａｔｅｌｌｉら、（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ
Ａｃａｄ．Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８７、１８７４；Ｌｏｍｅｌｌら、（１９８９
） Ｊ． Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．３５，１８２６；Ｌａｎｄｅｇｒｅｎら、（１
９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４１、１０７７−１０８０；Ｖａｎ Ｂｒｕｎｔ
（１９９０）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ８、２９１−２９４；ＷｕおよびＷ
ａｌｌａｃｅ（１９８９）Ｇｅｎｅ ４、５６０；Ｂａｒｒｉｎｇｅｒら、（１
９９０）Ｇｅｎｅ ８９、１１７、ならびにＳｏｏｋｎａｎａｎおよびＭａｌｅ
ｋ（１９９５）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １３： ５６３−５６４に見い出
される。 【００８７】 ＰＣＲは、一般に、当該分野で周知の方法（例えば、米国特許第４，６８３，
１９５号および上記の他の参考文献を参照のこと）によって、核酸、ＲＮＡおよ
び／またはＤＮＡの微量の特異的小片が増幅される手段をいう。一般に、目的ま
たはの領域の末端またはそれ以外からの配列情報を、オリゴヌクレオチドプライ
マーの設計のために使用する。このようなプライマーは、増幅されるテンプレー
トの対向する鎖に、配列において同一であるかまたは類似する。この対向する鎖
の５’末端ヌクレオチドは、増幅される材料の末端と合致する。ＰＣＲを使用し
て、特定のＲＮＡ配列またはＤＮＡ配列、組換えＤＮＡ配列またはＲＮＡ配列、
総ゲノムＤＮＡ由来のＤＮＡ配列およびＲＮＡ配列、および総細胞ＲＮＡから転
写されるｃＤＮＡ、バクテリオファージ配列またはプラスミド配列などを増幅し
得る。ＰＣＲは、別の（例えば、既知の）核酸をプライマーとして使用して核酸
試験サンプルを増幅するための、核酸ポリメラーゼ反応方法の一例であるが、こ
の例のみに限定されない。インビトロ増幅された核酸をクローニングする改良さ
れた方法が、Ｗａｌｌａｃｅら、米国特許第５，４２６，０３９号に記載される
。ＰＣＲによって大きな核酸を増幅する改良された方法は、Ｃｈｅｎｇら（１９
９４）Ｎａｔｕｒｅ ３６９：６８４−６８５およびその中の参考文献において
要約され、ここでは、４０ｋｂまでのＰＣＲアンプリコンが生成される。当業者
は、本質的に任意のＲＮＡが、制限消化、逆転写酵素およびポリメラーゼを使用
するＰＣＲ伸長および配列決定に適切な、二本鎖ＤＮＡに変換され得ることを認
識する。Ａｕｓｕｂｅｌ、ＳａｍｂｒｏｏｋおよびＢｅｒｇｅｒ（全て、前出）
を参照のこと。 【００８８】 本発明はまた、本発明のベクターを形質導入された宿主細胞、および組換え技
術による本発明のポリペプチド（そのフラグメントを含む）の産生に関する。宿
主細胞は、一般に、本発明のベクターで操作（すなわち、形質導入、形質転換ま
たはトランスフェクト）され、これらのベクターは、例えば、クローニングベク
ターまたは発現ベクターであり得る。ベクターは、例えば、プラスミド、ウイル
ス粒子、ファージなどの形態であり得る。操作された宿主細胞は、プロモーター
の活性化、形質転換体の選択、またはインターフェロンホモログ遺伝子の増幅の
ために適切なように改変された、従来の栄養培地中で培養され得る。温度、ｐＨ
などのような培養条件は、発現用に選択した宿主細胞で以前に使用されている条
件であり、これは、当業者および本明細書中に引用される参考文献（例えば、Ｆ
ｒｅｓｈｎｅｙ（１９９４）Ｃｕｌｔｕｒｅ ｏｆ Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌｓ
、ａ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｂａｓｉｃ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ、第３版、Ｗｉｌ
ｅｙ−Ｌｉｓｓ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋおよびその中に引用される参考文献を含む）
において明らかである。 【００８９】 本発明のインターフェロンホモログポリペプチドおよびタンパク質はまた、非
動物細胞（例えば、植物、酵母、真菌、細菌など）において産生され得る。Ｓａ
ｍｂｒｏｏｋ、ＢｅｒｇｅｒおよびＡｕｓｕｂｅｌに加えて、細胞培養に関する
詳細は、Ｐａｙｎｅら（１９９２）Ｐｌａｎｔ Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｔｉｓｓｕ
ｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ ｉｎ Ｌｉｑｕｉｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌ
ｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹ；Ｇａｍｂｏｒｇ ａｎ
ｄ Ｐｈｉｌｌｉｐｓ（編）（１９９５）Ｐｌａｎｔ Ｃｅｌｌ，Ｔｉｓｓｕｅ
ａｎｄ Ｏｒｇａｎ Ｃｕｌｔｕｒｅ；Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｍｅｔｈｏ
ｄｓ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｌａｂ Ｍａｎｕａｌ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌ
ａｇ（Ｂｅｒｌｉｎ Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）ならびにＡｔ
ｌａｓおよびＰａｒｋｓ（編）Ｔｈｅ Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｂ
ｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｄｉａ（１９９３）ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，Ｂｏｃａ
Ｒａｔｏｎ，ＦＬに見い出され得る。 【００９０】 本発明のポリヌクレオチドは、ポリペプチドの発現のための任意の種々の発現
ベクターに含まれ得る。このようなベクターには、染色体ＤＮＡ配列、非染色体
ＤＮＡ配列および合成ＤＮＡ配列（例えば、ＳＶ４０の誘導体；細菌プラスミド
；ファージＤＮＡ；バキュロウイルス；酵母プラスミド；プラスミドＤＮＡおよ
びファージＤＮＡの組み合わせ由来のベクター；ウイルスＤＮＡ（例えば、ワク
シニア、アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性狂犬病ウイルス、アデノウイルス
、アデノ随伴ウイルス、レトロウイルスなど））が挙げられる。遺伝物質を細胞
に形質導入し、そして複製が所望される場合には、その関連する宿主において複
製可能かつ生存可能である、任意のベクターが使用され得る。 【００９１】 発現ベクター中の核酸配列は、ｍＲＮＡ合成を指向するための適切な転写制御
配列（プロモーター）に作動可能に連結される。このようなプロモーターの例と
しては、以下が挙げられる：ＬＴＲまたはＳＶ４０プロモーター、Ｅ．ｃｏｌｉ
ｌａｃプロモーターまたはｔｒｐプロモーター、ファージλＰ_Lプロモーター
、および原核生物細胞または真核生物細胞もしくは他のウイルスにおいて遺伝子
の発現を調節することが公知の他のプロモーター。発現ベクターはまた、翻訳開
始のためのリボソーム結合部位、および転写ターミネーターを含む。ベクターは
、必要に応じて、発現を増幅するための適切な配列を含む。さらに、発現ベクタ
ーは、必要に応じて、形質転換された宿主細胞の選択のための表現型形質を提供
するための１以上の選択マーカー遺伝子（例えば、真核生物細胞培養物のための
デヒドロ葉酸レダクターゼまたはネオマイシン耐性、あるいはＥ．ｃｏｌｉにお
けるテトラサイクリン耐性またはアンピシリン耐性）を含む。 【００９２】 本明細書中に記載されるような適切なＤＮＡ配列、ならびに適切なプロモータ
ー配列または制御配列を含むベクターを使用して、適切な宿主を形質転換し、そ
の宿主にタンパク質を発現させるのを可能にし得る。適切な発現宿主の例として
は、以下が挙げられる：細菌細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙ
ｃｅｓおよびＳａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）；真菌細胞（Ｓ
ａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏ
ｒｉｓおよびＮｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｃｒａｓｓａ）；昆虫細胞（Ｄｒｏｓｏｐ
ｈｉｌａおよびＳｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ）；哺乳動物細胞
（例えば、ＣＨＯ、ＣＯＳ、ＢＨＫ、ＨＥＫ２９３またはＢｏｗｅｓ黒色腫）；
植物細胞など。全ての細胞または細胞株が、十分に機能的なインターフェロンホ
モログを産生し得る必要がないことが理解され；例えば、インターフェロンホモ
ログの抗原性フラグメントは、細菌発現系または他の発現系において産生され得
る。本発明は、使用する宿主細胞によって限定されない。 【００９３】 細菌系において、多くの発現ベクターが、インターフェロンホモログに意図さ
れる用途に依存して選択され得る。例えば、多量のインターフェロンホモログま
たはそのフラグメントが、抗体の誘導に必要とされる場合、容易に精製される高
レベルの融合タンパク質発現を指向するベクターが望ましくあり得る。このよう
なベクターとしては、多機能性Ｅ．ｃｏｌｉクローニングおよび発現ベクター（
例えば、ＢＬＵＥＳＣＲＩＰＴ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ））（ここで、インター
フェロンホモログコード配列は、アミノ末端Ｍｅｔおよびその後のβ−ガラクト
シダーゼの７残基についての配列にインフレームでこのベクターに連結され、そ
の結果、ハイブリッドタンパク質が産生される）；ｐＩＮベクター（Ｖａｎ Ｈ
ｅｅｋｅ ＆ Ｓｃｈｕｓｔｅｒ（１９８９）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６４
：５５０３−５５０９）；ｐＥＴベクター（Ｎｏｖａｇｅｎ、Ｍａｄｉｓｏｎ
ＷＩ）などが挙げられる。 【００９４】 同様に、酵母Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅにおいて、
α因子、アルコールオキシダーゼおよびＰＧＨなどの構成的または誘導性プロモ
ーターを含む多くのベクターが、この発明のインターフェロンホモローグタンパ
ク質の産生のために使用され得る。総説については、Ａｕｓｕｂｅｌら（前出）
およびＧｒａｎｔら（１９８７；Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ
１５３：５１６−５４４）を参照のこと。 【００９５】 哺乳動物宿主細胞において、多数の発現系（例えば、ウイルスベースの系）が
使用され得る。アデノウイルスが発現ベクターとして使用され得る場合、コード
配列は、必要に応じて、後期プロモーターおよび３部構成のリーダー配列からな
るアデノウイルス転写／翻訳複合体に連結される。ウイルスゲノムの非必須なＥ
１またはＥ３領域における挿入は、感染した宿主細胞におけるインターフェロン
ホモローグを発現可能な生存可能なウイルスを生じる（ＬｏｇａｎおよびＳｈｅ
ｎｋ（１９８４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８１：３６５５−３
６５９）。さらに、転写エンハンサー（例えば、ラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）
エンハンサー）は、哺乳動物宿主細胞における発現を増加するために使用され得
る。 【００９６】 （付加的な発現エレメント） 特定の開始シグナルは、インターフェロンホモローグコード配列の効率的な翻
訳において助けとなり得る。これらのシグナルは、例えば、ＡＴＧ開始コドンお
よび隣接した配列を含み得る。インターフェロンホモローグコード配列、その開
始コドンおよび上流配列が適切な発現ベクターに挿入される場合、付加的な転写
制御シグナルは必要とはされ得ない。しかし、コード配列（例えば、成熟タンパ
ク質コード配列）またはその一部のみが挿入される場合、ＡＴＧ開始コドンを含
む外因性転写制御シグナルが提供されなければならない。さらに、この開始コド
ンは、全体のインサートの転写を保証するために正確なリーディングフレーム中
に存在しなければならない。外因性転写エレメントおよび開始コドンは、種々の
起源であり得、天然および合成の両方であり得る。発現の効率は、使用される細
胞系に適切なエンハンサーの包含によって増強され得る（Ｓｃｈａｒｆ，Ｄ．ら
（１９９４）Ｒｅｓｕｌｔｓ Ｐｒｏｂｌ．Ｃｅｌｌ Ｄｉｆｆｅｒ．２０：１
２５−６２；Ｂｉｔｔｎｅｒら（１９８７）Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍ
ｏｌ．１５３：５１６−５４４）。 【００９７】 （分泌／局在化配列） 所望の細胞性区画、膜もしくは細胞小器官に対してポリペプチド発現を標的化
するためか、または、細胞質周辺腔もしくは細胞培養培地中にポリペプチドの分
泌を指向するために、例えば、分泌／局在化配列をコードする核酸に対して、こ
の発明のポリヌクレオチドはまたインフレームで融合され得る。このような配列
は、当業者に公知であり、そして分泌リーダーペプチド、細胞小器官標的配列（
例えば、核局在化配列、ＥＲ保持シグナル、ミトコンドリア移行配列、クロロプ
ラスト移行配列）、膜局在化／係留配列（例えば、終止移行配列、ＧＰＩ係留配
列）などである。この発明のこのようなポリヌクレオチドによって発現されるポ
リペプチドは、分泌および／または局在化配列に対応するアミノ酸配列を含み得
る。 【００９８】 （発現宿主） さらなる実施形態において、本発明は、上記の構築物を含む宿主細胞に関する
。宿主細胞は真核細胞（例えば、哺乳動物細胞、酵母細胞、または植物細胞）で
あり得、あるいは、宿主細胞は原核生物（例えば、細菌細胞）であり得る。構築
物の宿主細胞への導入は、リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−
デキストラン媒介トランスフェクション、エレクトロポレーション、または他の
一般的な技術により行なわれ得る（Ｄａｖｉｓ，Ｌ．，Ｄｉｂｎｅｒ，Ｍ．およ
びＢａｔｔｅｙ，Ｉ．（１９８６）Ｂａｓｉｃ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌ
ｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ）。細胞は、この発明の核酸、ポリペプチドをコ
ードする上記核酸を含み得、ここで、上記細胞はポリペプチド（例えば、本明細
書中に記載されるアッセイによって測定されるような抗ウイルスまたは抗増殖性
活性を有するインターフェロン−αホモローグポリペプチド）を発現する。この
発明はまた、本明細書中に記載されるこの発明の任意の核酸を含むベクターを含
み、そしてそのようなベクターによって形質転換された細胞を含む。さらに、例
えば、この発明のベクターの形質転換によって産生される、上記またはこの明細
書全体の、任意のポリペプチドまたは核酸を含む細胞およびトランスジェニック
動物は、この発明のさらなる特徴である。 【００９９】 宿主細胞株は、必要に応じて、挿入された配列の発現を調節するかまたは所望
の様式で発現されたタンパク質をプロセシングするそれらの能力について選択さ
れる。タンパク質のこのような改変は、アセチル化、カルボキシル化、グリコシ
ル化、リン酸化、脂質化およびアシル化を含むがこれらに限定されない。タンパ
ク質の「プレ」または「プレプロ」形態を切断する翻訳後のプロセシングはまた
、正確な挿入、折り畳みおよび／または機能について重要であり得る。ＣＨＯ、
ＨｅＬａ、ＢＨＫ、ＭＤＣＫ、２９３、ＷＩ１３８のような異なった宿主細胞は
、このような翻訳後活性についての特異的な細胞性機構および特徴的な機構を有
し、そして導入された外来タンパク質の正確な改変およびプロセシングを保証す
るために選択され得る。 【０１００】 組換えタンパク質の長期、高収率の産生のために、安定な発現が使用され得る
。例えば、この発明のポリペプチドを安定に発現する細胞株を、複製のウイルス
起点または内因性発現エレメントおよび選択マーカー遺伝子を含む発現ベクター
を使用して形質転換する。ベクターの誘導後、細胞を選択培地に切り換える前に
、濃縮培地で１〜２日間増殖させ得る。選択マーカーの目的は、選択に対して耐
性を与えることであり、そして、その存在が、導入された配列を首尾よく発現す
る細胞の増殖および回収を可能にする。例えば、安定して形質転換された細胞の
耐性集団は、細胞形態に適切な組織培養技術を使用して、増殖され得る。 【０１０１】 この発明のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列で形質転換した宿主細
胞は、必要に応じて、細胞培養物からのコードされたタンパク質の発現および回
収に適切な条件下で培養する。組換え細胞によって産生されたタンパク質または
そのフラグメントは、使用される配列および／またはベクターに依存して分泌さ
れ、膜結合され、または細胞内に含まれ得る。当業者によって理解されるように
、本発明の成熟インターフェロンホモローグをコードするポリヌクレオチドを含
む発現ベクターは、原核生物または真核生物膜を介して成熟ポリペプチドの分泌
を指示するシグナル配列を使用して設計され得る。 【０１０２】 （付加的なポリペプチド配列） 本発明のポリヌクレオチドはまた、例えば、この発明のコードされたポリペプ
チドの精製を容易にするマーカー配列に対してインフレームで融合されたコード
配列を含み得る。このような精製を容易にするドメインとしては、固定された金
属上での精製を可能にするヒスチジン−トリプトファンモジュールのような金属
キレートペプチド、グルタチオン（例えば、ＧＳＴ）に結合する配列、赤血球凝
集素（ＨＡ）タグ（インフルエンザ赤血球凝集素タンパク質由来のエピトープに
対応する；Ｗｉｌｓｏｎ，Ｉ．ら（１９８４）Ｃｅｌｌ ３７：７６７）、マル
トース結合タンパク質配列、ＦＬＡＧＳ伸長／アフィニティー精製系で利用され
るＦＬＡＧエピトープ（Ｉｍｍｕｎｅｘ Ｃｏｒｐ．，Ｓｅａｔｔｌｅ，ＷＡ）
などが挙げられるが、これらに限定されない。精製ドメインとインターフェロン
ホモローグ配列との間のプロテアーゼ切断可能なポリペプチドリンカー配列の包
含は、精製を容易にするのに有用である。本明細書中において記載される組成物
および方法における使用に意図される１つの発現ベクターは、エンテロキナーゼ
切断部位によって分離されるポリヒスチジン領域に融合されるこの発明のポリペ
プチドを含む融合タンパク質の発現を提供する。ヒスチジン残基は、ＩＭＩＡＣ
に対する精製を容易にするが（Ｐｏｒａｔｈら（１９９２）Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅ
ｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｎｄ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ ３：２６３−２８１
に記載されるような、固定化された金属イオンアフィニティークロマトグラフィ
ー）、エンテロキナーゼ切断部位は、融合タンパク質からインターフェロンホモ
ローグポリペプチドを分離するための方法を提供する。ｐＧＥＸベクター（Ｐｒ
ｏｍｅｇａ；Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）はまた、グルタチオンＳ−トランスフェラ
ーゼ（ＧＳＴ）を使用する融合タンパク質として外来ポリペプチドを発現するた
めに使用され得る。一般的に、このような融合タンパク質は可溶性であり、リガ
ンド−アガロースビーズ（例えば、ＧＳＴ−融合の場合におけるグルタチオン−
アガロース）への吸着によって溶解細胞から簡単に精製され得、遊離リガンドの
存在下での溶出が続く。 【０１０３】 （ポリペプチド産生および回収） 適切な宿主株の形質転換および適切な細胞密度への宿主株の増殖後、適切な方
法（例えば、温度変化または化学誘導）によって、選択されたプロモーターは誘
導され、そして細胞はさらなる期間培養される。細胞は、代表的には、遠心分離
によって収集され、物理的または化学的方法によって破壊され、そして得られた
粗抽出物をさらなる精製のために保持した。タンパク質の発現において使用され
る微生物細胞は、任意の簡便な方法（凍結−解凍サイクル、超音波処理、機械的
破壊、もしくは細胞溶解剤の使用、または他の方法を含む）によって破壊され得
、これらの方法は、当業者に周知である。 【０１０４】 記載されるように、多数の参考文献が、多数の細胞（細菌、植物、動物（特に
哺乳動物）および古細菌起源の細胞を含む）の培養および産生のために利用可能
である。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ＡｕｓｕｂｅｌおよびＢｅｒｇｅｒ（すべ
て前出）、ならびに、Ｆｒｅｓｈｎｅｙ（１９９４）Ｃｕｌｔｕｒｅ ｏｆ Ａ
ｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌｓ，ａ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｂａｓｉｃ Ｔｅｃｈｎｉ
ｑｕｅ、第３版、Ｗｉｅｌｙ−Ｌｉｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋおよびそこに引用さ
れた参考文献；Ｄｏｙｌｅ ａｎｄ Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ（１９９７）Ｍａｍｍ
ａｌｉａｎ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ：Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ Ｔｅｃｈｎｉｑ
ｕｅｓ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，ＮＹ；Ｈｕｍａｓｏｎ（１
９７９）Ａｎｉｍａｌ Ｔｉｓｓｕｅ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，第４版、Ｗ．Ｈ
．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ ｃｏｍｐａｎｙ；ならびにＲｉｃｃｉａｒｄｅｌｌ
ｉら（１９８９）Ｉｎ ｖｉｔｒｏ Ｃｅｌｌ Ｄｅｖ．Ｂｉｏｌ．２５：１０
１６−１０２４を参照のこと。植物細胞培養および再分化については、Ｐａｙｎ
ｅら（１９９２）Ｐｌａｎｔ Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｔｉｓｓｕｅ Ｃｕｌｔｕｒ
ｅ ｉｎ Ｌｉｑｕｉｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，
Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹ；ＧａｍｂｏｒｇおよびＰｈｉｌｌｉｐｓ（
編）（１９９５）Ｐｌａｎｔ Ｃｅｌｌ，Ｔｉｓｓｕｅ ａｎｄ Ｏｒｇａｎ
Ｃｕｌｔｕｒｅ；Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｓｐｒｉｎｇｅｒ
Ｌａｂ Ｍａｎｕａｌ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ（Ｂｅｒｌｉｎ Ｈ
ｅｉｄｅｌｂｅｒｇ Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）およびＰｌａｎｔ Ｍｏｌｅｃｕｌａ
ｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９９３）Ｒ．Ｒ．Ｄ．Ｃｒｏｙ編、Ｂｉｏｓ Ｓｃｉｅ
ｎｔｉｆｉｃ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｏｘｆｏｒｄ，Ｕ．Ｋ．ＩＳＢＮ０ １
２ １９８４７０ ６。一般的な細胞培養培地は、ＡｔｌａｓおよびＰａｒｋｓ
（編）Ｔｈｅ Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍ
ｅｄｉａ（１９９３）ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ，ＦＬ．にお
いて開示される。細胞培養についてのさらなる情報は、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉ
ｃｈ，Ｉｎｃ（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）からのＬｉｆｅ Ｓｉｅｎｃｅ Ｒｅ
ｓｅａｒｃｈ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃａｔａｌｏｇｕｅ（１９９８）（
「Ｓｉｇｍａ−ＬＳＲＣＣＣ」）のような市販の文献において見出され、そして
、例えば、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｉｎｃ．（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）
からのＴｈｅ Ｐｌａｎｔ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃａｔａｌｏｇｕｅ ａｎｄ ｓ
ｕｐｐｌｅｍｅｎｔ（１９９７）（「Ｓｉｇｍａ−ＰＣＣＳ」）において見出さ
れる。 【０１０５】 この発明のポリペプチドは、当該分野で周知の多数の方法のいずれかによって
、組換え細胞培養物から回収および精製され得、硫酸アンモニウムまたはエタノ
ール沈殿、酸性抽出、陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラフィー、ホスホ
セルロースクロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、アフィニ
ティークロマトグラフィー（例えば、本明細書中で記載されるタギングシステム
のいずれかを使用する）、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー、および
レクチンクロマトグラフィーを含む。所望のように、成熟タンパク質のコンフィ
ギュレーションを完成する際、タンパク質再折り畳み工程が使用され得る。最後
に、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）が、最終の精製工程で使用され得
る。前記の参考文献に加えて、種々の精製方法が、当該分野で周知であり、Ｓａ
ｎｄａｎａ（１９９７）Ｂｉｏｓｅｐａｒａｔｉｏｎ ｏｆ Ｐｒｅｔｅｉｎｓ
，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．；およびＢｏｌｌａｇら（１９９６
）Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ，第２版、Ｗｉｌｅｙ−Ｌｉｓｓ，ＮＹ；Ｗ
ａｌｋｅｒ（１９９６）Ｔｈｅ Ｐｒｅｔｅｉｎ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ Ｈａｎ
ｄｂｏｏｋ，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，ＮＪ，ＨａｒｒｉｓおよびＡｎｇａｌ
（１９９０）Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ａｐｐｌｉｃａｔｉ
ｏｎｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ ａ
ｔ Ｏｘｆｏｒｄ，Ｏｘｆｏｒｄ，Ｅｎｇｌａｎｄ；ＨａｒｒｉｓおよびＡｎｇ
ａｌ，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ：Ａ Ｐｒ
ａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ ａｔ Ｏｘｆｏｒｄ
，Ｏｘｆｏｒｄ，Ｅｎｇｌａｎｄ；Ｓｃｏｐｅｓ（１９９３）Ｐｒｏｔｅｉｎ
Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ
、第３版、Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｖｅｒｌａｇ，ＮＹ；ＪａｎｓｏｎおよびＲｙｄ
ｅｎ（１９９８）Ｐｒｅｔｅｉｎ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ：Ｐｒｉｎｃｉｐ
ｌｅｓ，Ｈｉｇｈ Ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌ
ｙｃａｔｉｏｎｓ，第２版、Ｗｉｌｅｙ−ＶＣＨ，ＮＹ；ならびにＷａｌｋｅｒ
（１９９８）Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｏｎ ＣＤ−ＲＯＭ，Ｈｕ
ｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，ＮＪ．に開示される方法を含む。 【０１０６】 （インビトロ発現系） 無細胞転写／翻訳系はまた、本発明のＤＮＡまたはＲＮＡを用いてポリペプチ
ドを産生するために使用され得る。いくつかのこのような系が、市販されている
。インビトロ転写および翻訳プロトコルに対する一般的なガイドは、Ｔｙｍｍｓ
（１９９５）Ｉｎ ｖｉｔｒｏ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ａｎｄ Ｔｒａ
ｎｓｌａｔｉｏｎ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕ
ｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，第３７巻、Ｇａｒｌａｎｄ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，
ＮＹ．において見出される。 【０１０７】 （改変されたアミノ酸） この発明のポリペプチドは、１つ以上の改変アミノ酸を含み得る。改変された
アミノ酸の存在は、例えば、（ａ）ポリペプチド血清半減期を増加する、（ｂ）
ポリペプチド抗原性を減少する、（ｃ）ポリペプチド貯蔵安定性を増加する際、
有利であり得る。アミノ酸は、例えば、組換え体産生の間、翻訳と同時かまたは
翻訳後に改変される（例えば、哺乳動物細胞における発現の間のＮ−Ｘ−Ｓ／Ｔ
モチーフにおけるＮ連結グリコシル化）かまたは合成方法によって改変される。 【０１０８】 改変されたアミノ酸の非制限的な例としては、グリコシル化アミノ酸、硫酸化
アミノ酸、プレニル化（例えば、ファルネシル化、ゲラニルゲラニル化）アミノ
酸、アセチル化アミノ酸、アシル化アミノ酸、ＰＥＧ化アミノ酸、ビオチン化ア
ミノ酸、カルボキシル化アミノ酸、リン酸化アミノ酸などが挙げられる。アミノ
酸改変の当業者をガイドするための適切な参考文献が、文献を通して充実してい
る。例示的なプロトコルは、Ｗｌａｋｅｒ（１９９８）Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｒｏ
ｔｏｃｏｌｓ ｏｎ ＣＤ−ＲＯＭ Ｈｕｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｗａｔａ，
ＮＪ．において見出される。 【０１０９】 本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、種々の用途を有し、その用
途としては、例えば以下が挙げられるが、これらに限定されない：本発明の組換
えインターフェロン−αホモログの組換え産生（すなわち、発現）において；種
々の被験体における種々の疾患、障害、および状態のインビボ処置およびエキソ
ビボ処置の方法における治療薬剤および予防薬剤として；種々の被験体（例えば
、哺乳動物）における種々の疾患、障害、および状態（たとえば、癌、ウイルス
に基づく障害、脈管形成に基づく障害）を検出、診断および処置するためのイン
ビトロ方法（例えば、診断方法およびスクリーニング方法）における使用のため
；免疫原として；インビボ、エキソビボ、またはインビトロで本発明の生物学的
な活性なポリペプチドを、被験体の組織、集団または細胞、器官、移植片、身体
系（例えば、器官系、リンパ系、血液系）に送達または投与するための遺伝子治
療方法およびＤＮＡまたはＲＮＡベースの送達方法において；種々の被験体（例
えば、哺乳動物）における種々の疾患、障害、または他の状態（例えば、癌、ウ
イルスに基づく障害、脈管形成に基づく障害）の予防的処置または治療的処置に
おける使用のためのＤＮＡワクチン、多成分ワクチンとして；被験体における免
疫応答を向上または増強させるためのアジュバントとして；多段階ブーストワク
チン接種方法（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡヌクレオチド（例えば、本発明のポ
リペプチドをコードするヌクレオチドまたは他のポリペプチドをコードするヌク
レオチド）の送達による初回刺激ワクチン接種を含む形式）、その後のポリペプ
チド（例えば、本発明のポリペプチドまたは他のポリペプチド）の第２ブースト
の成分として；相補的な核酸または部分的に相補的な核酸の存在についての診断
プローブとして（天然のインターフェロン−αコード核酸の検出を含む）；新規
なおよび／または改良されたインターフェロン−αホモログならびにこのような
ホモログをコードする新規なインターフェロン−α核酸を生成して、例えば、新
規な治療的特性または予防的特性などを導き出すための、さらなる反応（例えば
、シャッフリング反応、変異反応、または他の多様性を生じる反応）の基質とし
て；新規なおよび／または改良された天然に存在するかまたは天然に存在しない
ＩＦＮ−α核酸およびそれにコードされるポリペプチドを同定するための、ポリ
メラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）またはクローニング方法（例えば、消化反応または
連結反応を含む）のため。本発明のインターフェロンホモログをコードするポリ
ヌクレオチド、またはそのポリヌクレオチドの相補体は、必要に応じて細胞に投
与されて、治療的または予防的に有用なプロセスを達成するか、またはインビボ
、エキソビボもしくはインビトロで治療的に有用な産物を発現する。これらの適
用（例えば、遺伝子治療を含むインビボまたはエキソビボ適用を含む）は、それ
によって遺伝子発現が細胞において変化され得る多くの技術を含む。このような
方法としては、例えば、本発明のインターフェロンホモログのような治療的また
は予防的に有用なポリペプチドの発現のための遺伝子の導入が挙げられる。この
ような方法は、例えば、本発明のポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド
を含むレトロウイルスを感染させる工程を包含する。必要に応じて、このレトロ
ウイルスはさらに、さらなる外来性の（例えば、治療的または予防的遺伝子構築
物）配列を含む。１つの局面においては、以下により詳細に記載されるように、
本発明は、被験体（生物または哺乳動物（例えば、ヒト、霊長類、マウス、ブタ
、ウシ、ヤギ、ウサギ、ラット、モルモット、ハムスター、ウマ、ヒツジを含む
）；あるいは鳥（例えば、ニワトリまたはアヒル）もしくは魚のような非哺乳動
物脊椎動物、または無脊椎動物を含む）の１つ以上の細胞に、本明細書中に記載
される本発明の１つ以上核酸を、インビボ、エキソビボ、またはインビトロで投
与することによって、このような処置を必要とする被験体における疾患、障害ま
たは状態を予防的または治療的に処置する遺伝子治療方法を提供する。 【０１１０】 別の局面においては、以下により詳細に記載されるように、本発明は、被験体
（本明細書中で規定される被験体を含む）の１つ以上の細胞に、本明細書中に記
載される本発明の１つ以上のポリペプチドをインビボ、エキソビボ、またはイン
ビトロで投与することによって、このような処置を必要とする被験体における疾
患、障害または状態を予防的または治療的に処置する方法を提供する。 【０１１１】 （ポリペプチド発現） 本発明のインターフェロンホモログポリペプチドをコードするポリヌクレオチ
ドは、当業者に周知の技術を使用する、インビボまたはエキソビボでの治療的適
用または予防的適用のために特に有用である。例えば、培養された細胞は、ポリ
ヌクレオチド（ＤＮＡまたはＲＮＡ）を用いてエキソビボで操作され、次いでこ
の操作された細胞は、患者に戻される。細胞はまた、インビボまたはエキソビボ
でのポリペプチドの発現のために、それぞれインビボまたはエキソビボで操作さ
れ得る。 【０１１２】 生物のインビボまたはエキソビボでの形質転換および発現のために適切な、多
数のウイルスベクターは公知である。このようなベクターとしては、レトロウイ
ルスベクター（Ｍｉｌｌｅｒ（１９９２）Ｃｕｒｒ．Ｔｏｐ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏ
ｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５８：１−２４；ＳａｌｍｏｎｓおよびＧｕｎｚｂｕｒ
ｇ（１９９３）Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ４：１２９−１４１；
Ｍｉｌｌｅｒら（１９９４）Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２
１７：５８１−５９９を参照のこと）およびアデノ随伴ベクター（Ｃａｔｅｒ（
１９９２）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ．３：５３３−５３９；
Ｍｕｚｃｙｚｋａ（１９９２）Ｃｕｒｒ．Ｔｏｐ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｉｍｍ
ｕｎｏｌ．１５８：９７−１２９において総説される）が挙げられる。使用され
る他のウイルスベクターとしては、例えば、Ｊｏｌｌｙ（１９９４）Ｃａｎｃｅ
ｒ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ １：５１−６４；Ｌａｔｃｈｍａｎ（１９９４
）Ｍｏｌｅｃ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２：１７９−１９５；およびＪｏｈａｎ
ｎｉｎｇら（１９９５）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２３：１４９５−１５
０１において一般的に記載されるような、アデノウイルスベクター、ヘルペスウ
イルスベクターおよびシンドビスウイルスベクターが挙げられる。 【０１１３】 遺伝子治療は、慢性感染性疾患（例えば、ＨＩＶ感染、ウイルス性肝炎、単純
ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、Ｂ型肝炎（ＨｅｐＢ）、デング熱ウイルスなど）
、ならびに癌およびアレルギー性疾患を含む非感染性疾患および酵素欠乏症のよ
うな先天性欠損症のいくつかの形態と闘うための方法を提供する。インビボ、エ
キソビボおよびインビトロで核酸を細胞に導入するためのいくつかのアプローチ
が使用されてきた。これらのアプローチとしては、以下が挙げられる：リポソー
ムベースの遺伝子送達（ＤｅｂｓおよびＺｈｕ（１９９３）ＷＯ９３／２４６４
０および米国特許第５，６４１，６６２号；ＭａｎｎｉｎｏおよびＧｏｕｌｄ−
Ｆｏｇｅｒｉｔｅ（１９８８）ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ６（７）：６８２
−６９１；Ｒｏｓｅ、米国特許第５，２７９，８３３号；Ｂｒｉｇｈａｍ（１９
９１）ＷＯ９１／０６３０９；ならびにＦｅｌｇｎｅｒら（１９８７）Ｐｒｏｃ
．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８４：７４１３−７４１４；Ｂｒｉ
ｇｈａｍら（１９８９）Ａｍ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｓｃｉ．２９８：２７８−２８１；
Ｎａｂｅｌら（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４９：１２８５−１２８８；Ｈａ
ｚｉｎｓｋｉら（１９９１）Ａｍ．Ｊ．Ｒｅｓｐ．Ｃｅｌｌ Ｍｏｌｅｃ．Ｂｉ
ｏｌ．４：２０６−２０９；ならびにＷａｎｇおよびＨｕａｎｇ（１９８７）Ｐ
ｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）８４：７８５１−７８５５
）；アデノウイルスベクター媒介遺伝子送達（例えば、癌を処置するため（例え
ば、Ｃｈｅｎら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ
９１：３０５４−３０５７；Ｔｏｎｇら（１９９６）Ｇｙｎｅｃｏｌ．Ｏｎｃ
ｏｌ．６１：１７５−１７９；Ｃｌａｙｍａｎら（１９９５）Ｃａｎｃｅｒ Ｒ
ｅｓ．５：１−６；Ｏ’Ｍａｌｌｅｙら（１９９５）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５
５：１０８０−１０８５；Ｈｗａｎｇら（１９９５）Ａｍ Ｊ．Ｒｅｓｐｉｒ．
Ｃｅｌｌ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１３：７−１６；Ｈａｄｄａｄａら（１９９５）
Ｃｕｒｒ．Ｔｏｐ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９９（Ｐｔ．３）
：２９７−３０６；Ａｄｄｉｓｏｎら（１９９５）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃ
ａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９２：８５２２−８５２６；Ｃｏｌａｋら（１９９５）
Ｂｒａｉｎ Ｒｅｓ．６９１：７６−８２；Ｃｒｙｓｔａｌ（１９９５）Ｓｃｉ
ｅｎｃｅ ２７０：４０４−４１０；Ｅｌｓｈａｍｉら（１９９６）Ｈｕｍａｎ
Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．７：１４１−１４８；Ｖｉｎｃｅｎｔら（１９９６）Ｊ
．Ｎｅｕｒｏｓｕｒｇ．８５：６４８−６５４を参照のこと）、および多くの他
の疾患を処置するため）。レトロウイルスゲノムの一部として治療的ポリヌクレ
オチド配列を有する複製欠損レトロウイルスベクターもまた、特に単純なＭｕＬ
Ｖベクターに関して使用されてきた。例えば、Ｍｉｌｌｅｒら（１９９０）Ｍｏ
ｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．１０：４２３９（１９９０）；Ｋｏｌｂｅｒｇ（１９
９２）Ｊ．ＮＩＨ Ｒｅｓ．４：４３、およびＣｏｒｎｅｔｔａら（１９９１）
Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．２：２１５を参照のこと。リガンド特異的な、カ
チオンベースの輸送系と組み合わせた核酸輸送（ＷｕおよびＷｕ（１９８８）Ｊ
．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６３：１４６２１−１４６２４）もまた使用されてき
た。裸のＤＮＡ発現ベクターもまた記載されている（Ｎａｂｅｌら（１９９０）
前出；Ｗｏｌｆｆら（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４７：１４６５−１４６８
）。一般に、これらのアプローチは、本明細書中のインターフェロンホモログを
コードする核酸を適切なベクターに組み込むことによって、本発明に適応され得
る。 【０１１４】 本発明の核酸を患者に導入することによって本発明に適応され得る、遺伝子治
療プロトコルを記載する一般的なテキストとしては、Ｒｏｂｂｉｎｓ（１９９６
）Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ
，ＮＪおよびＪｏｙｎｅｒ（１９９３）Ｇｅｎｅ Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ：Ａ Ｐ
ｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ，Ｅ
ｎｇｌａｎｄが挙げられる。 【０１１５】 （アンチセンス技術） 本発明の核酸の遺伝子置換核酸としての発現に加えて、この核酸はまた、一旦
、この核酸の発現がもはや細胞内で所望されなくなると、（例えば、本発明の核
酸の発現を下方制御するための）発現のセンスおよびアンチセンス抑制のために
有用である。同様に、本発明の核酸、またはその部分配列もしくはアンチセンス
配列はまた、天然に存在する相同な核酸の発現をブロックするために使用され得
る。種々のセンス技術およびアンチセンス技術は、当該分野において公知であり
、例えば、以下に記載される：ＬｉｃｈｔｅｎｓｔｅｉｎおよびＮｅｌｌｅｎ（
１９９７）Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａ
ｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ ａｔ Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅ
ｒｓｉｔｙ，Ｏｘｆｏｒｄ，Ｅｎｇｌａｎｄ、ならびにＡｇｒａｗａｌ（１９９
６）Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｔｈｅｒｅｐｅｕｔｉｃｓ Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓ
ｓ，ＮＪ、およびそこに引用される参考文献。 【０１１６】 （薬学的組成物） 本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチド（本発明のポリヌクレオチドま
たはポリペプチドを含むベクター、細胞、抗体などを含む）は、適切な薬学的キ
ャリアと組み合わせて、治療的用途および予防的用途のために使用され得る。こ
のような組成物は、治療的または予防的有効量の本発明のポリヌクレオチドまた
はポリペプチド、および薬学的に受容可能なキャリアまたは賦形剤を含む。薬学
的に受容可能なキャリアは、任意の標準的な薬学的キャリア、緩衝液および賦形
剤を包含する。このようなキャリアまたは賦形剤としては、以下が挙げられるが
、これらに限定されない：生理食塩水、緩衝化生理食塩水（例えば、リン酸緩衝
化生理食塩水溶液）、デキストロース、水、グリセロール、エタノール、乳濁液
（例えば、油／水乳濁液または水／油乳濁液）、種々の型の湿潤剤および／また
はアジュバント、ならびにこれらの組合せ。適切な薬学的キャリアおよび薬剤は
、ＲＥＭＩＮＧＴＯＮ’Ｓ ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬ ＳＣＩＥＮＣＥＳ
（Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，第１９版、１９９
５）に記載される。この処方物は、活性薬剤（例えば、ヌクレオチド、ポリペプ
チド、ベクター、細胞など）の投与の様式に適するべきである。核酸、ポリペプ
チド、ベクター、細胞、抗体およびタンパク質を投与する方法は当該分野におい
て周知であり、そして以下でさらに考察される。 【０１１７】 （プローブとしての使用） 代表的には、少なくとも１２塩基、好ましくは、少なくとも１５塩基、より好
ましくは、少なくとも２０、３０または５０塩基を有するポリヌクレオチド（本
明細書中では、オリゴヌクレオチドともいう）の使用もまた意図され、このポリ
ヌクレオチドは、少なくとも高ストリンジェント条件（または超高ストリンジェ
ント条件もしくは超々高ストリンジェント条件）下で、上記のインターフェロン
ホモログポリヌクレオチド配列にハイブリダイズする。このポリヌクレオチドは
、上記のような方法に従って、プローブ、プライマー、センスおよびアンチセン
ス薬剤などとして使用され得る。 【０１１８】 （配列変異） （サイレント変異） 遺伝コードの縮重に起因して、本発明のインターフェロンホモログポリペプチ
ドをコードする多数の核酸配列が生成され得、これらのいくつかは、本明細書中
に明白に開示される核酸配列に対して最小の配列相同性を有し得ることが、当業
者に理解される。 【０１１９】 【表１】 例えば、コドン表（表１）の精査は、コドンＡＧＡ、ＡＧＧ、ＣＧＡ、ＣＧＣ
、ＣＧＧおよびＣＧＵはすべて、アミノ酸アルギニンをコードすることを示す。
従って、アルギニンがコドンによって特定される本発明の核酸中のすべての位置
において、このコドンは、コードされるポリペプチドを変化させることなく、上
記の対応するコドンのうちのいずれかに変更され得る。ＲＮＡ配列中のＵは、Ｄ
ＮＡ配列中のＴに対応することが理解される。 【０１２０】 例として、配列番号１のヌクレオチド１〜１５に対応する核酸配列ＴＧＴ Ｇ
ＡＴ ＣＴＧ ＣＣＴ ＣＡＧを使用すると、この配列のサイレント変異は、Ｔ
ＧＣ ＧＡＣ ＴＴＡ ＣＣＡ ＣＡＡを含み、アミノ酸配列ＣＤＬＰＱをコー
ドする両方の配列は、配列番号３６のアミノ酸１〜５に対応する。 【０１２１】 このような「サイレント変異」は、以下に論じられる「保存的に改変された変
異」の一形式である。当業者は、核酸の各コドン（本来、メチオニンのための唯
一のコドンであるＡＵＧを除く）は、機能的に同一なポリペプチドをコードする
ための標準的な技術によって改変されることを理解する。従って、ポリペプチド
をコードする核酸のサイレント変異はそれぞれ、任意の記載される配列において
暗黙である。本発明は、可能なコドンの選択に基づいて組合せを選択することに
よってなされ得る本発明のポリペプチドをコードする核酸配列の各変異および全
ての可能な変異を提供する。これらの組合せは、本発明のインターフェロンホモ
ログポリペプチドをコードする核酸配列に適用される場合、（例えば、表１に示
されるような）標準的なトリプレット遺伝暗号に従ってなされる。本明細書中の
あらゆる核酸の全てのこのような変異は、特に、遺伝暗号を組み合わせて配列を
考慮して提供され、そして記載される。 【０１２２】 （保存的変異） 特定の核酸配列の「保存的に改変された変異」または単なる「保存的変異」と
は、同一のアミノ酸配列または本質的に同一のアミノ酸配列をコードするこれら
の核酸配列をいうか、あるいは、核酸がアミノ酸配列をコードしない場合は、本
質的に同一な配列をいう。当業者は、コードされる配列の単一の核酸または少し
の割合（典型的には、５％未満、より典型的には４％、３％、２％、または１％
未満）のアミノ酸を変換、付加または削除する個々の置換、欠失または付加は、
「保存的に改変された変異」であり、ここで、変化は、アミノ酸の欠失、アミノ
酸の付加、または化学的に類似のアミノ酸によるアミノ酸の置換を引き起こすこ
とを認識する。 【０１２３】 機能的に類似のアミノ酸を提供する保存的な置換表は、当該分野において周知
である。表２は、お互いに「保存的置換」であるアミノ酸を含む６つの基を示す
。 【０１２４】 【表２】 従って、一覧にされた本発明のポリペプチド配列の「保存的に置換された変異
」または「保存的な置換」は、同じ保存的な置換基の保存的に選択されたアミノ
酸による、少しの割合（典型的には、５％未満、より典型的には４％、３％、２
％、または１％未満）のポリペプチド配列のアミノ酸の置換を含む。 【０１２５】 例えば、本明細書中で配列番号３６として同定されたポリペプチドの保存的に
置換された変異は、上に規定された６つの基に従って、１６６位のアミノ酸ポリ
ペプチドにおいて約８または９個までの残基（すなわち、アミノ酸の約５％）に
「保存的置換」を含む。 【０１２６】 さらなる例において、４つの保存的置換が、配列番号３６のアミノ酸残基１４
１〜１６６位に対応する領域に配置される場合、この領域の保存的に置換された
変異の例、 【０１２７】 【表３】などを、表２に一覧にされた保存的置換を組み合わせて含む（上の例において、
保存的置換は下線で示す）。本明細書中のタンパク質配列の一覧は、上記の置換
表と組み合わせて、全ての保存的に置換されるタンパク質を表す一覧を提供する
。 【０１２８】 最終的に、核酸分子のコードされた活性を変化させない配列の付加（例えば、
非機能的配列の付加）は、塩基核酸の保存的変異である。 【０１２９】 当業者は、開示される核酸構築物の多くの保存的改変は、機能的に同一な構築
物を与えることを理解する。例えば、上で論じられるように、遺伝暗号の縮重に
起因して、「サイレント置換」（すなわち、コードされたポリペプチドに変化を
引き起こさない核酸配列における置換）は、核酸をコードする全ての核酸配列の
与えられた特徴である。同様に、アミノ酸配列の１つのアミノ酸または数個のア
ミノ酸における「保存的アミノ酸置換」は、高度に類似する特徴を有する異なる
アミノ酸によって置換され、また、開示される構築物に高度に類似していること
によってすぐに同定される。各開示される配列のこのような保存的変異は、本発
明の特徴である。 【０１３０】 （核酸ハイブリダイゼーション） 核酸は、典型的には液体中で結合する場合、「ハイブリダイズ」する。核酸は
、種々の良く特徴付けられた物理化学の力（例えば、水素結合、溶媒除去、およ
び塩基スタッキングなど）に起因してハイブリダイズする。核酸のハイブリダイ
ゼーションのための広範囲にわたる手引は、Ｔｉｊｓｓｅｎ（１９９３）Ｌａｂ
ｏｒａｔｏｒｙ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ｉｎ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａ
ｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ−−Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ
ｗｉｔｈ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｐｒｏｂｅｓ、第１部、第２章、「Ｏｖ
ｅｒｖｉｅｗ ｏｆ ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏ
ｎ ａｎｄ ｔｈｅ ｓｔｒａｔｅｇｙ ｏｆ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｐ
ｒｏｂｅ ａｓｓａｙｓ、」（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）、および
Ａｕｓｕｂｅｌ（前記）に見い出され、ＨａｍｅｓおよびＨｉｇｇｉｎｓ（１９
９５）Ｇｅｎｅ Ｐｒｏｂｅｓ １、ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ ａｔ Ｏｘｆｏｒｄ
ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ、Ｏｘｆｏｒｄ Ｅｎｇｌａｎｄ（Ｈａｍｅ
ｓ ａｎｄ Ｈｉｇｇｉｎｓ １）ならびに、ＨａｍｅｓおよびＨｉｇｇｉｎｓ
（１９９５）Ｇｅｎｅ Ｐｒｏｂｅｓ ２、ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ ａｔ Ｏｘｆ
ｏｒｄ ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ、Ｏｘｆｏｒｄ、Ｅｎｇｌａｎｄ（Ｈ
ａｍｅｓ ａｎｄ Ｈｉｇｇｉｎｓ ２）は、オリゴヌクレオチドを含むＤＮＡ
およびＲＮＡの合成、標識化、欠失ならびに定量化について詳細を提供する。 【０１３１】 核酸ハイブリダイゼーション実験（例えば、サザンハイブリダイゼーションお
よびノーザンハイブリダイゼーション）の文脈における「ストリンジェントなハ
イブリダイゼーション洗浄条件」は、配列に依存せず、そして異なる環境的パラ
メーターの下で異なる。核酸のハイブリダイゼーションについての広範囲にわた
る手引書は、Ｔｉｊｓｓｅｎ（１９９３）（前記）、ならびにＨａｍｅｓ ａｎ
ｄ Ｈｉｇｇｉｎｓ１およびＨａｍｅｓ ａｎｄ Ｈｉｇｇｉｎｓ２（前記）で
見い出される。 【０１３２】 通常、本発明の目的のために、「高度にストリンジェントな」ハイブリダイゼ
ーション条件および洗浄条件が選択され、約５℃、または規定されたイオン強度
およびｐＨにおける特定の配列のための熱的融点（Ｔ_m）より少し低い（以下に
示されるように、高度にストリンジェントな条件はまた、比較的な用語において
参照され得る）。Ｔ_mは、（規定されたイオン強度およびｐＨ下で）５０％の試
験配列が完全に合致するプローブにハイブリダイズする温度である。特定のプロ
ーブに対するＴ_mに等しいような非常にストリンジェントな条件が選択される。 【０１３３】 Ｔ_mは、核酸二重鎖の融解温度でありそして核酸の二重鎖が所定の条件下で５
０％変質する温度を示し、そして核酸ハイブリッドの安定性の直接の基準を意味
する。従って、Ｔ_mは、らせんからランダムコイルに変化する際の中間点に対応
する温度と一致し；Ｔ_mは、長さ、ヌクレオチドの組成、およびヌクレオチドの
長い伸展のためのイオン強度に依存する。 【０１３４】 ハイブリダイゼーション後に、ハイブリダイズされない核酸材料は、一連の洗
浄によって除去され、この洗浄のストリンジェンシーは、所望の結果に依存して
調節され得る。低ストリンジェンシーな洗浄条件（例えば、より高い塩およびよ
り低い温度を用いること）は、感受性を増加させるが、非特異的なハイブリダイ
ゼーションシグナルおよび高い骨格シグナルを生成する。より高いストリンジェ
ンシー条件（例えば、より低い塩およびハイブリダイゼーション温度により近い
より高い温度を用いること）は、典型的には特定のシグナルのみを残して、骨格
シグナルを低下させる。Ｒａｐｌｅｙ、Ｒ．およびＷａｌｋｅｒ，Ｊ．Ｍ．編、
Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｍｅｔｈｏｄｓ Ｈａｎｄｂｏｏｋ（Ｈｕｍａｎａ
Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．１９９８）（本明細書中の後の「ＲａｐｌｅｙおよびＷ
ａｌｋｅｒ」）（これは全ての目的のために、本明細書中でその全体が参考とし
て援用される）を参照のこと。） ＤＮＡ−ＤＮＡ二重鎖のＴ_mは、以下の式を用いて推定され得る： Ｔ_m（℃）＝８１．５℃＋１６．６（ｌｏｇ₁₀Ｍ）＋０．４１（％Ｇ＋Ｃ）−
０．７２（％ｆ）−５００／ｎ、 ここで、Ｍは、一価のカチオン（通常はＮａ＋）のモル濃度であり、（％Ｇ＋Ｃ
）は、グアノシン（Ｇ）およびシトシン（Ｃ）ヌクレオチドの百分率であり、（
％ｆ）は、ホルムアミドの百分率であり、そしてｎは、ハイブリッドのヌクレオ
チド塩基の数（すなわち長さ）である。ＲａｐｌｅｙおよびＷａｌｋｅｒ（前記
）を参照のこと。 【０１３５】 ＲＮＡ−ＤＮＡ二重鎖のＴ_mは、以下のように推定され得る： Ｔ_m（℃）＝７９．８℃＋１８．５（ｌｏｇ₁₀Ｍ）＋０．５８（％Ｇ＋Ｃ）−
１１．８（％Ｇ＋Ｃ）²−０．５６（％ｆ）−８２０／ｎ、 ここで、Ｍは、一価のカチオン（通常はＮａ＋）のモル濃度であり、（％Ｇ＋Ｃ
）は、グアノシン（Ｇ）およびシトシン（Ｃ）ヌクレオチドの百分率であり、（
％ｆ）は、ホルムアミドの百分率であり、そしてｎは、ハイブリッドのヌクレオ
チド塩基の数（すなわち長さ）である（同上）。 【０１３６】 式１および２は、典型的に、約１００〜２００ヌクレオチドより長いハイブリ
ッド二重鎖に対してのみ正確である（同上）。 【０１３７】 ５０ヌクレオチドより短い核酸配列のＴ_mは、以下のように算出され得る： Ｔ_m（℃）＝４（Ｇ＋Ｃ）＋２（Ａ＋Ｔ）、 ここで、Ａ（アデニン）、Ｃ、Ｔ（チミン）およびＧは、対応するヌクレオチド
の数である。 【０１３８】 サザンブロットまたはノーザンブロットにおけるフィルター上に１００より多
い相同な残基を有する相同核酸のハイブリダイゼーションのためのストリンジェ
ントなハイブリダイゼーション条件の例は、４２℃で１ｍｇのヘパリンを含む５
０％ホルマリンであり、このハイブリダイゼーションは、一晩中行われる。スト
リンジェントな洗浄条件の例は、６５℃で１５分間の０．２×ＳＳＣ洗浄である
（Ｓａｍｂｒｏｏｋ、ＳＳＣ緩衝液の記述のために前記）。高ストリンジェント
な洗浄は、しばしば、骨格プローブシグナルを除去するために低ストリンジェン
シーによってなされる。低ストリンジェンシー洗浄の例は、４０℃で１５分間の
２×ＳＳＣ洗浄である。 【０１３９】 一般的に、特定のハイブリダイゼーションアッセイにおいて無関係のプローブ
について観察されたシグナルより２．５ｘ〜５ｘ（またはより高い）のノイズ比
に対するシグナルは、特定のハイブリダイゼーションの検出を示す。本発明の文
脈において、２つの配列間の少なくともストリンジェントなハイブリダイゼーシ
ョンの検出は、例えば、本明細書中の配列表に提供される本発明の核酸に対して
比較的強力な構造的類似性または相同性を示す。 【０１４０】 記載される場合、「高度にストリンジェント」な条件が選択され、これは、約
５℃、または規定されたイオン強度およびｐＨにおいて、特定の配列のための熱
的融点（Ｔｍ）より少し低い。目的のヌクレオチド配列（例えば、「プローブ」
）に密接に関連するか、またはこれに同一な標的配列は、高度にストリンジェン
トな条件下で同定され得る。より低いストリンジェンシー条件は、あまり相同で
ない配列に対して適切である。例えば、ＲａｐｌｅｙおよびＷａｌｋｅｒ（前記
）を参照のこと。 【０１４１】 比較的なハイブリダイゼーションが本発明の核酸を同定するために使用され得
、そしてこの比較的なハイブリダイゼーション方法は、本発明の核酸を区別する
ための好ましい方法である。本発明の文脈における２つのヌクレオチド配列間の
高度にストリンジェントなハイブリダイゼーションの検出は、例えば、本明細書
中に配列表で提供される核酸に比較的強い構造的類似性／相同性を示す。２つの
ヌクレオチド配列間の高度にストリンジェントなハイブリダイゼーションは、ス
トリンジェントなハイブリダイゼーション条件によって検出されるより大きな構
造の類似性または相同性、ヌクレオチド塩基組成、配置または順序を示す。具体
的には、本発明の文脈において、高度にストリンジェントなハイブリダイゼーシ
ョンの検出は、例えば、本明細書中に配列表で提供される核酸に対して、強い構
造的類似性または構造的相同性（例えば、ヌクレオチド構造、塩基組成、配置ま
たは順序）を示す。例えば、ストリンジェントな条件下で本明細書中の典型的な
核酸とハイブリダイズする試験核酸を同定することが望ましい。 【０１４２】 従って、ストリンジェントなハイブリダイゼーションの１つの基準は、一覧に
された核酸（例えば、核酸配列 配列番号１〜配列番号３５、および配列番号７
２〜配列番号７８、ならびにそれらに相同なポリヌクレオチド）の１つに、高度
にストリンジェントな条件（または非常にストリンジェントな条件、あるいは超
高度にストリンジェントな条件、もしくは超超高度なストリンジェントな条件）
下でハイブリダイズする能力である。ストリンジェントなハイブリダイゼーショ
ン条件（例えば、高度にストリンジェントな条件、あるいは超高度にストリンジ
ェントな条件、もしくは超超高度なストリンジェントな条件を含む）および洗浄
条件は、任意の試験核酸に対して経験的に容易に決定され得る。 【０１４３】 例えば、高度にストリンジェントな条件および洗浄条件を決定する場合、ハイ
ブリダイゼーション条件および洗浄条件は、選択された基準の設定に合うまで、
（例えば、ハイブリダイゼーションまたは洗浄において、温度を上昇させる、塩
濃度を減少させる、界面活性剤濃度を増大させる、および／または有機溶媒（例
えば、ホルマリン）の濃度を増大させることによって）少しずつ増やされる。例
えば、ハイブリダイゼーション条件および洗浄条件は、配列番号１〜配列番号３
５、配列番号７２〜配列番号７８、およびそれらに相同なポリヌクレオチドから
選択される１以上の核酸配列を含むプローブが、好ましくは、完全に合致する相
同な標的（再び、配列癌号１〜配列番号３５、および配列番号７２〜配列番号７
８、ならびにそれらに相同なポリヌクレオチドから選択される１以上の核酸配列
）に、合致されない標的に対するプローブのハイブリダイゼーションについて観
察されるシグナルノイズ比より少なくとも２．５倍の、そして必要に応じて５倍
以上のシグナルノイズ比で結合するまで少しずつ増大する。この場合、合致され
ない標的は、既知のαインターフェロンに一致する核酸（例えば、本願の提出時
にＧｅｎＢａｎｋ（登録商標）のような一般のデータベースに存在するαインタ
ーフェロン核酸）である。このような合致されない標的核酸の例としては、例え
ば、以下のＧｅｎＢａｎｋ受託番号：Ｊ００２１０（α−Ｄ）、Ｊ００２０７（
α−Ａ）、Ｘ０２９５８（α-６）、Ｘ０２９５６（α−５）、Ｖ００５３３（
α−Ｈ）、Ｖ００５４２（α−１４）、Ｖ００５４５（ＩＦＮ−１Ｂ）、Ｘ０３
１２５（α−８）、Ｘ０２９５７（α−１６）、Ｖ００５４０（α−２１）、Ｘ
０２９５５（α−４ｂ）、Ｖ００５３２（α−Ｃ）、Ｘ０２９６０（α−７）、
Ｘ０２９６１（α−１０ ｐｓｅｕｄｏｇｅｎｅ）、Ｒ００６７（Ｇｘ−１）、
Ｉ０１６１４、Ｉ０１７８７、１０７８２１、Ｍ１２３５０（α−Ｆ）、Ｍ３８
２８９、Ｖ００５４９（α−２ａ）、およびＩ０８３１３（α−Ｃｏｎ１）を有
する核酸が挙げられる。さらなるこのような配列は、当業者によってＧｅｎＢａ
ｎｋで同定され得る。ヒトインターフェロン遺伝子およびタンパク質の命名法は
、Ｄｉａｚら（１９９６）Ｊ．Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ ａｎｄ Ｃｙｔｏｋｉｎ
ｅ Ｒｅｓ．１６：１７９−１８０およびＡｌｌｅｎら（１９９６）Ｊ．Ｉｎｔ
ｅｒｆｅｒｏｎ ａｎｄ Ｃｙｔｏｋｉｎｅ Ｒｅｓ．１６：１８１−１８４で
それぞれ論じられ、これらは各々全ての目的のために本明細書中でその全体が参
考として援用される。 【０１４４】 試験核酸は、それが、完全に一致する相補的標的にハイブリダイズする少なく
とも１／２程度プローブにハイブリダイズする場合に、プローブ核酸に特異的に
ハイブリダイズすると言われる。この場合は、すなわち、完全に一致するプロー
ブが、ＧｅｎＢａｎｋ登録番号Ｊ００２１０（ａｌｐｈａ−Ｄ）、Ｊ００２０７
（Ａｌｐｈａ−Ａ）、Ｘ０２９５８（Ａｌｐｈａ−６）、Ｘ０２９５６（Ａｌｐ
ｈａ−５）、Ｖ００５３３（ａｌｐｈａ−Ｈ）、Ｖ００５４２（ａｌｐｈａ−１
４）、Ｖ００５４５（ＩＦＮ−１Ｂ）、Ｘ０３１２５（ａｌｐｈａ−８）、Ｘ０
２９５７（ａｌｐｈａ−１６）、Ｖ００５４０（ａｌｐｈａ−２１）、Ｘ０２９
５５（ａｌｐｈａ−４ｂ）、Ｖ００５３２（ａｌｐｈａ−Ｃ）、Ｘ０２９６０（
ａｌｐｈａ−７）、Ｘ０２９６１（ａｌｐｈａ−１０偽遺伝子）、Ｒ００６７（
Ｇｘ−１）、Ｉ０１６１４、Ｉ０１７８７、Ｉ０７８２１、Ｍ１２３５０（ａｌ
ｐｈａ−Ｆ）、Ｍ３８２８９、Ｖ００５４９（ａｌｐｈａ−２ａ）、およびＩ０
８３１３（ａｌｐｈａ−Ｃｏｎ１）、またはＧｅｎＢａｎｋに提示される他の類
似のインターフェロンα配列により示される、非一致標的核酸のいずれかへのハ
イブリダイゼーションで観察されるものの少なくとも約２．５倍〜１０倍、代表
的には５倍〜１０倍の高さのシグナル対ノイズ比にて、完全に一致する相補的標
的に結合する条件下で、その完全に一致する相補的標的へのプローブのハイブリ
ダイゼーションの少なくとも１／２の高さのシグナル対ノイズ比で、試験核酸が
プローブにハイブリダイズする場合である。 【０１４５】 超高ストリンジェンシーハイブリダイゼーションおよび洗浄の条件は、ハイブ
リダイゼーションのストリンジェンシーおよび洗浄の条件が、完全に一致する相
補的な標的核酸へのプローブの結合についてのシグナル対ノイズ比が、ＧｅｎＢ
ａｎｋ登録番号Ｊ００２１０（ａｌｐｈａ−Ｄ）、Ｊ００２０７（Ａｌｐｈａ−
Ａ）、Ｘ０２９５８（Ａｌｐｈａ−６）、Ｘ０２９５６（Ａｌｐｈａ−５）、Ｖ
００５３３（ａｌｐｈａ−Ｈ）、Ｖ００５４２（ａｌｐｈａ−１４）、Ｖ００５
４５（ＩＦＮ−１Ｂ）、Ｘ０３１２５（ａｌｐｈａ−８）、Ｘ０２９５７（ａｌ
ｐｈａ−１６）、Ｖ００５４０（ａｌｐｈａ−２１）、Ｘ０２９５５（ａｌｐｈ
ａ−４ｂ）、Ｖ００５３２（ａｌｐｈａ−Ｃ）、Ｘ０２９６０（ａｌｐｈａ−７
）、Ｘ０２９６１（ａｌｐｈａ−１０偽遺伝子）、Ｒ００６７（Ｇｘ−１）、Ｉ
０１６１４、Ｉ０１７８７、Ｉ０７８２１、Ｍ１２３５０（ａｌｐｈａ−Ｆ）、
Ｍ３８２８９、Ｖ００５４９（ａｌｐｈａ−２ａ）、およびＩ０８３１３（ａｌ
ｐｈａ−Ｃｏｎ１）、またはＧｅｎＢａｎｋに提示される他の類似のＩＦＮ−α
により示される、不一致標的核酸のいずれかへのハイブリダイゼーションについ
て観察されるものの少なくとも１０倍高くまで増加される、条件である。完全に
一致する相補的標的核酸のシグナル対ノイズ比の少なくとも１／２のシグナル対
ノイズ比で、このような条件下でプローブにハイブリダイズする標的核酸は、超
高ストリンジェンシー条件下でそのプローブに結合すると言われる。 【０１４６】 同様に、なおより高いレベルのストリンジェンシーは、関連するハイブリダイ
ゼーションアッセイのハイブリダイゼーションおよび／または洗浄の条件を徐々
に増大することにより決定され得る。例えば、完全に一致する相補的な標的核酸
へのプローブの結合についてのシグナル対ノイズ比が、ＧｅｎＢａｎｋ登録番号
Ｊ００２１０（ａｌｐｈａ−Ｄ）、Ｊ００２０７（Ａｌｐｈａ−Ａ）、Ｘ０２９
５８（Ａｌｐｈａ−６）、Ｘ０２９５６（Ａｌｐｈａ−５）、Ｖ００５３３（ａ
ｌｐｈａ−Ｈ）、Ｖ００５４２（ａｌｐｈａ−１４）、Ｖ００５４５（ＩＦＮ−
１Ｂ）、Ｘ０３１２５（ａｌｐｈａ−８）、Ｘ０２９５７（ａｌｐｈａ−１６）
、Ｖ００５４０（ａｌｐｈａ−２１）、Ｘ０２９５５（ａｌｐｈａ−４ｂ）、Ｖ
００５３２（ａｌｐｈａ−Ｃ）、Ｘ０２９６０（ａｌｐｈａ−７）、Ｘ０２９６
１（ａｌｐｈａ−１０偽遺伝子）、Ｒ００６７（Ｇｘ−１）、Ｉ０１６１４、Ｉ
０１７８７、Ｉ０７８２１、Ｍ１２３５０（ａｌｐｈａ−Ｆ）、Ｍ３８２８９、
Ｖ００５４９（ａｌｐｈａ−２ａ）、およびＩ０８３１３（ａｌｐｈａ−Ｃｏｎ
１）、またはＧｅｎＢａｎｋに提示される他の類似のインターフェロンα配列に
より示される不一致標的核酸のいずれかへのハイブリダイゼーションについて観
察されるものの少なくとも１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、または５００倍
以上の高さまで、ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーおよび洗浄の条
件が増大される条件が、同定され得る。完全に一致する相補的標的核酸のシグナ
ル対ノイズ比の少なくとも１／２のシグナル対ノイズ比で、このような条件下で
プローブにハイブリダイズする標的核酸は、超超高ストリンジェンシー条件下で
そのプローブに結合すると言われる。 【０１４７】 高ストリンジェンシー条件、超高ストリンジェンーおよび超超高ストリンジェ
ンシーの条件下で、配列番号１〜配列番号３５および配列番号７２〜配列番号７
８により示される核酸にハイブリダイズする標的核酸が、本発明の特徴である。
このような核酸の例としては、所定の核酸配列と比較して、１つもしくは数個の
、サイレントな核酸置換または保存的核酸置換を含む核酸が挙げられる。 【０１４８】 ストリンジェントな条件下で互いにハイブリダイズしない核酸は、それらがコ
ードするポリペプチドが実質的に同一である場合は、なお実質的に同一である。
これは、例えば、遺伝コードにより許容される最大のコドン縮重を使用して１コ
ピーの核酸が作製された場合、または既知のインターフェロンα配列によりコー
ドされるポリペプチドを使用して差引かれた配列番号３６〜配列番号７０および
配列番号７９〜配列番号８５の１つ以上に対して抗血清が生成された場合に生じ
、その既知のインターフェロンα配列によりコードされるポリペプチドとしては
、例えば、ＧｅｎＢａｎｋにおける以下のインターフェロンα核酸配列によりコ
ードされるポリペプチドが挙げられる：登録番号Ｊ００２１０（ａｌｐｈａ−Ｄ
）、Ｊ００２０７（Ａｌｐｈａ−Ａ）、Ｘ０２９５８（Ａｌｐｈａ−６）、Ｘ０
２９５６（Ａｌｐｈａ−５）、Ｖ００５３３（ａｌｐｈａ−Ｈ）、Ｖ００５４２
（ａｌｐｈａ−１４）、Ｖ００５４５（ＩＦＮ−１Ｂ）、Ｘ０３１２５（ａｌｐ
ｈａ−８）、Ｘ０２９５７（ａｌｐｈａ−１６）、Ｖ００５４０（ａｌｐｈａ−
２１）、Ｘ０２９５５（ａｌｐｈａ−４ｂ）、Ｖ００５３２（ａｌｐｈａ−Ｃ）
、Ｘ０２９６０（ａｌｐｈａ−７）、Ｘ０２９６１（ａｌｐｈａ−１０偽遺伝子
）、Ｒ００６７（Ｇｘ−１）、Ｉ０１６１４、Ｉ０１７８７、Ｉ０７８２１、Ｍ
１２３５０（ａｌｐｈａ−Ｆ）、Ｍ３８２８９、Ｖ００５４９（ａｌｐｈａ−２
ａ）、およびＩ０８３１３（ａｌｐｈａ−Ｃｏｎ１）、またはＧｅｎＢａｎｋに
提示される他の類似のインターフェロンα配列。本発明のポリペプチドの免疫学
的同定に関するさらなる詳細が、下記に見出される。さらに、約１００ヌクレオ
チド未満の配列を含む二重鎖間を区別するために、当業者に公知のＴＭＡＣ１ハ
イブリダイゼーション手順が、使用され得る。例えば、Ｓｏｒｇ，Ｕ．ら、Ｎｕ
ｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（Ｓｅｐｔ．１１，１９９１）１９（１７）
（すべての目的のためにその全体が本明細書中に参考として援用される）。 【０１４９】 １つの局面において、本発明は、配列番号１〜配列番号３５または配列番号７
２〜配列番号７８から選択される核酸における独特な部分配列を含む核酸を提供
する。その独特な部分配列は、既知の任意のインターフェロンα核酸配列に対応
する核酸と比較して独特であり、その既知のインターフェロンα核酸配列として
は、例えば、ＧｅｎＢａｎｋ登録番号Ｊ００２１０（ａｌｐｈａ−Ｄ）、Ｊ００
２０７（Ａｌｐｈａ−Ａ）、Ｘ０２９５８（Ａｌｐｈａ−６）、Ｘ０２９５６（
Ａｌｐｈａ−５）、Ｖ００５３３（ａｌｐｈａ−Ｈ）、Ｖ００５４２（ａｌｐｈ
ａ−１４）、Ｖ００５４５（ＩＦＮ−１Ｂ）、Ｘ０３１２５（ａｌｐｈａ−８）
、Ｘ０２９５７（ａｌｐｈａ−１６）、Ｖ００５４０（ａｌｐｈａ−２１）、Ｘ
０２９５５（ａｌｐｈａ−４ｂ）、Ｖ００５３２（ａｌｐｈａ−Ｃ）、Ｘ０２９
６０（ａｌｐｈａ−７）、Ｘ０２９６１（ａｌｐｈａ−１０偽遺伝子）、Ａ１２
１０９、Ｒ００６７（Ｇｘ−１）、Ｉ０１６１４、Ｉ０１７８７、Ｉ０７８２１
、Ｍ１２３５０（ａｌｐｈａ−Ｆ）、Ｍ３８２８９、Ｖ００５４９（ａｌｐｈａ
−２ａ）、およびＩ０８３１３（ａｌｐｈａ−Ｃｏｎ１）、またはＧｅｎＢａｎ
ｋに提示される他の類似のインターフェロンα配列により示される既知の配列が
挙げられる。このような独特な部分配列は、既知のインターフェロンα核酸配列
のＧｅｎＢａｎｋ登録番号（例えば、Ｊ００２１０（ａｌｐｈａ−Ｄ）、Ｊ００
２０７（Ａｌｐｈａ−Ａ）、Ｘ０２９５８（Ａｌｐｈａ−６）、Ｘ０２９５６（
Ａｌｐｈａ−５）、Ｖ００５３３（ａｌｐｈａ−Ｈ）、Ｖ００５４２（ａｌｐｈ
ａ−１４）、Ｖ００５４５（ＩＦＮ−１Ｂ）、Ｘ０３１２５（ａｌｐｈａ−８）
、Ｘ０２９５７（ａｌｐｈａ−１６）、Ｖ００５４０（ａｌｐｈａ−２１）、Ｘ
０２９５５（ａｌｐｈａ−４ｂ）、Ｖ００５３２（ａｌｐｈａ−Ｃ）、Ｘ０２９
６０（ａｌｐｈａ−７）、Ｘ０２９６１（ａｌｐｈａ−１０偽遺伝子）、Ａ１２
１０９（ａｌｐｈａ−４Ｂ）、Ｒ００６７（Ｇｘ−１）、Ｉ０１６１４、Ｉ０１
７８７、Ｉ０７８２１、Ｍ１２３５０（ａｌｐｈａ−Ｆ）、Ｍ３８２８９、Ｖ０
０５４９（ａｌｐｈａ−２ａ）、およびＩ０８３１３（ａｌｐｈａ−Ｃｏｎ１）
）またはＧｅｎＢａｎｋに提示される他の類似のインターフェロンα配列に対応
する核酸の完全なセットに対して、配列番号１〜配列番号３５または配列番号７
２〜配列番号７８のいずれかを整列することによって、決定され得る。整列は、
デフォルトパラメーターに設定したＢＬＡＳＴアルゴリズムを使用して実施され
得る。任意の独特な部分配列が、例えば、本発明の核酸を同定するためのプロー
ブとして、有用である。 【０１５０】 同様に、本発明は、配列番号３６〜配列番号７０または配列番号７９〜配列番
号８５から選択されるポリペプチドにおける独特なアミノ酸部分配列を含むポリ
ペプチドを包含する。ここで、この独特な部分配列は、既知のインターフェロン
αポリペプチドのアミノ酸部分配列と比較して独特であり、その既知のインター
フェロンαポリペプチドのアミノ酸部分配列としては、ＧｅｎＢａｎｋ登録番号
Ｊ００２１０（ａｌｐｈａ−Ｄ）、Ｊ００２０７（Ａｌｐｈａ−Ａ）、Ｘ０２９
５８（Ａｌｐｈａ−６）、Ｘ０２９５６（Ａｌｐｈａ−５）、Ｖ００５３３（ａ
ｌｐｈａ−Ｈ）、Ｖ００５４２（ａｌｐｈａ−１４）、Ｖ００５４５（ＩＦＮ−
１Ｂ）、Ｘ０３１２５（ａｌｐｈａ−８）、Ｘ０２９５７（ａｌｐｈａ−１６）
、Ｖ００５４０（ａｌｐｈａ−２１）、Ｘ０２９５５（ａｌｐｈａ−４ｂ）、Ｖ
００５３２（ａｌｐｈａ−Ｃ）、Ｘ０２９６０（ａｌｐｈａ−７）、Ｘ０２９６
１（ａｌｐｈａ−１０偽遺伝子）、Ｒ００６７（Ｇｘ−１）、Ｉ０１６１４、Ｉ
０１７８７、Ｉ０７８２１、Ｍ１２３５０（ａｌｐｈａ−Ｆ）、Ｍ３８２８９、
Ｖ００５４９（ａｌｐｈａ−２ａ）、およびＩ０８３１３（ａｌｐｈａ−Ｃｏｎ
１）、またはＧｅｎＢａｎｋに提示される他の類似のインターフェロンαの核酸
配列もしくはポリペプチド配列のいずれかに対応する、既知のインターフェロン
α核酸によりコードされるポリペプチドのアミノ酸部分配列が、挙げられる。こ
こでまた、そのポリペプチドは、既知のインターフェロンαポリペプチド配列（
例えば、ＧｅｎＢａｎｋ登録番号Ｊ００２１０（ａｌｐｈａ−Ｄ）、Ｊ００２０
７（Ａｌｐｈａ−Ａ）、Ｘ０２９５８（Ａｌｐｈａ−６）、Ｘ０２９５６（Ａｌ
ｐｈａ−５）、Ｖ００５３３（ａｌｐｈａ−Ｈ）、Ｖ００５４２（ａｌｐｈａ−
１４）、Ｖ００５４５（ＩＦＮ−１Ｂ）、Ｘ０３１２５（ａｌｐｈａ−８）、Ｘ
０２９５７（ａｌｐｈａ−１６）、Ｖ００５４０（ａｌｐｈａ−２１）、Ｘ０２
９５５（ａｌｐｈａ−４ｂ）、Ｖ００５３２（ａｌｐｈａ−Ｃ）、Ｘ０２９６０
（ａｌｐｈａ−７）、Ｘ０２９６１（ａｌｐｈａ−１０偽遺伝子）、Ｒ００６７
（Ｇｘ−１）、Ｉ０１６１４、Ｉ０１７８７、Ｉ０７８２１、Ｍ１２３５０（ａ
ｌｐｈａ−Ｆ）、Ｍ３８２８９、Ｖ００５４９（ａｌｐｈａ−２ａ）、およびＩ
０８３１３（ａｌｐｈａ−Ｃｏｎ１）（「コントロールポリペプチド」と呼ばれ
る）（この配列が偽遺伝子のような非翻訳配列に対応する場合は、その対応する
ポリペプチドが、核酸配列からアミノ酸配列（リーディングフレームが、相同な
αインターフェロン核酸のリーディングフレームに対応するように選択される）
へのインシリコ翻訳により簡単に作製されることに注意）、またはＧｅｎＢａｎ
ｋに提示される他の類似のインターフェロンαに対応する核酸もしくはポリペプ
チドの配列に対応する核酸によりコードされるポリペプチド）の完全なセットに
対して整列される。 【０１５１】 さらに、本発明は、少なくともストリンジェントもしくは高度にストリンジェ
ントな条件（またはより高いストリンジェンシーの条件）下で、配列番号３６〜
配列番号７０または配列番号７９〜配列番号８５から選択されるポリペプチドに
おける独特な部分配列をコードする独特なコードオリゴヌクレオチドにハイブリ
ダイズする、標的核酸を提供し、ここでこの独特な部分配列は、ＧｅｎＢａｎｋ
に示される既知のインターフェロンαポリペプチド配列のアミノ酸部分配列にか
、またはコントロールポリペプチドのいずれかに対応するポリペプチドに比較し
て、独特である。独特な配列は、上記のように決定される。 【０１５２】 １つの例において、ストリンジェントな条件は、コントロールポリペプチドの
いずれかの対応するコントロール核酸への完全に相補的なオリゴヌクレオチドの
ハイブリダイゼーションについてよりも少なくとも約５〜１０倍高いシグナル対
ノイズ比で、コードオリゴヌクレオチドに対応する完全に相補的なオリゴヌクレ
オチドがそのコードオリゴヌクレオチドにハイブリダイズするように、選択され
る。条件は、使用される特定のアッセイにおいて、例えば、約１５倍、２０倍、
３０倍、５０倍以上高いシグナル対ノイズ比が観察されるように、選択され得る
。この例において、標的核酸は、コードオリゴヌクレオチドへのコントロール核
酸のハイブリダイゼーションと比較して少なくとも２倍高いシグナル対ノイズ比
で、独特のコードオリゴヌクレオチドにハイブリダイズする。また、例えば、約
２．５倍、約５倍、約１０倍、約２０倍、約３０倍、約５０倍以上高いシグナル
対ノイズ比が、選択され得る。特定のシグナルは、関連するアッセイにおいて使
用される標識（例えば、蛍光標識、比色標識、放射性標識など）に依存する。 【０１５３】 別の局面において、本発明は、配列番号３６〜配列番号７０または配列番号７
９〜配列番号８５から選択されるポリペプチドにおける独特な部分配列を含むポ
リペプチドを提供し、ここでこの独特な部分配列は、例えばＧｅｎＢａｎｋに示
されるインターフェロンαポリペプチド配列のような、既知のインターフェロン
αポリペプチドに対応するポリペプチド配列に比較して、独特である。 【０１５４】 （配列組換えのための基質および形式） 本発明のポリヌクレオチドは、種々の組換えおよび反復組換え（例えば、ＤＮ
Ａシャッフリング）反応のため、ならびに所望の特性を有するさらなるインター
フェロンαホモログを生成するための他の多様性生成技術（例えば、Ａｕｓｕｂ
ｅｌ、ＢｅｒｇｅｒおよびＳａｍｂｒｏｏｋ（前出）に示されるような、変異誘
発技術および標準的クローニング方法を含む）のために、基質として有用である
。使用されるスクリーニングプロトコルまたは選択プロトコルに基づいて、種々
の所望の特徴（例えば、増強した抗ウイルス活性、増強した抗増殖活性、増加し
た増殖阻害、特定の標的細胞に対する細胞増殖抑制性活性および／または細胞傷
害活性、減少した免疫原性など）を付与する、組換え（例えば、シャッフリング
された）インターフェロンαホモログポリペプチドが、生成および単離され得る
。 【０１５５】 種々の多様性生成プロトコル（核酸シャッフリングプロトコルを含む）が、当
該分野で利用可能でありかつ完全に記載されている。その手順は、核酸もしくは
核酸セットの１つ以上の改変体、ならびにコードされるタンパク質の改変体を生
成するために、別々に、そして／または組み合わせて、使用され得る。個々にお
よびまとめて、これらの手順は、例えば、新規な特徴および／もしくは改善され
た特徴を有する、核酸、タンパク質、経路、細胞および／または生物の、操作ま
たは迅速な進化のために有用な、多様化した核酸および核酸セット（例えば、核
酸ライブラリーを含む）を生成する、強く広範に適用可能な方法を提供する。 【０１５６】 明確さのために、後の議論の間に区別および分類がなされるが、この技術は、
しばしば、相互に相容れないわけではないことが認識される。実際、種々の方法
が、多様な配列改変体を得るために、単独でかもしくは組み合わせて（並行して
かまたは連続して）、使用され得る。 【０１５７】 本明細書中に記載される多様性生成手順のいずれかの結果は、１つ以上の核酸
の生成であり得、それらの核酸は、所望の特性を有するかまたはその特性を付与
するタンパク質をコードする核酸について、選択またはスクリーニングされ得る
。本明細書中の方法または当業者に利用可能な方法の１つ以上による多様化の後
、生成されるすべての核酸が、所望の活性または特性（例えば、増強した抗ウイ
ルス活性、増強した抗増殖活性、増強した抗脈管形成活性、増加した増殖阻害、
特定の標的細胞に対する細胞増殖抑制性活性および／または細胞傷害活性、減少
した免疫原性など）について選択され得る。増強した抗ウイルス活性、増強した
抗増殖活性、増加した増殖阻害、細胞増殖抑制性活性および／または細胞傷害活
性、減少した免疫原性を有する核酸を決定するための方法としては、本明細書中
に記載される方法が挙げられる。これは、例えば、自動形式または自動化可能な
形式で、当該分野におけるアッセイのいずれかにより検出されうる任意の活性を
同定することを含み得る。種々の関連する特性が（または関連しない特性さえ）
、実務家の裁量にて、並行してかまたは連続して、評価され得る。 【０１５８】 以下の出版物は、種々の多様性生成手順（再帰的な（ｒｅｃｕｒｓｉｖｅ）組
換え手順を含む）を記載し、そして／または本発明の手順および方法における使
用のために改変された核酸配列を生成するための方法は、以下の出版物およびそ
こに引用される参考文献を包含する：Ｓｏｏｎｇ，Ｎ．Ｗ．ら（２０００）’’
Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｒｅｅｄｉｎｇ ｏｆ Ｖｉｒｕｓｅｓ，’’Ｎａｔｕ
ｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ２５：４３６−４３９；Ｓｔｅｍｍｅｒ，Ｗ．ら（１
９９９）’’Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｂｒｅｅｄｉｎｇ ｏｆ ｖｉｒｕｓｅｓ
ｆｏｒ ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ａｎｄ ｏｔｈｅｒ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｐｒｏ
ｐｅｒｔｉｅｓ，’’Ｔｕｍｏｒ Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ４：１−４；Ｎｅｓｓ
ら（１９９９）’’ＤＮＡ Ｓｈｕｆｆｌｉｎｇ ｏｆ ｓｕｂｇｅｎｏｍｉｃ
ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ ｓｕｂｔｉｌｉｓｉｎ，’’Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉ
ｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １７：８９３−８９６；Ｃｈａｎｇら（１９９９）’
’Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｃｙｔｏｋｉｎｅ ｕｓｉｎｇ ＤＮＡ ｆ
ａｍｉｌｙ ｓｈｕｆｆｌｉｎｇ，’’Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏ
ｇ １７：７９３−７９７；Ｍｉｎｓｈｕｌｌ ａｎｄ Ｓｔｅｍｍｅｒ （１
９９９）’’Ｐｒｏｔｅｉｎ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｂｙ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ
ｂｒｅｅｄｉｎｇ，’’Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｃｈｅｍｉ
ｃａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ ３：２８４−２９０；Ｃｈｒｉｓｔｉａｎｓら（１９
９９）’’Ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｙｍｉｄｉｎｅ
ｋｉｎａｓｅ ｆｏｒ ＡＺＴ ｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｉｏｎ ｕｓｉｎ
ｇ ＤＮＡ ｆａｍｉｌｙ ｓｈｕｆｆｌｉｎｇ，’’Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔ
ｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １７：２５９−２６４；Ｃｒａｍｅｒｉら（１９９８）’
’ＤＮＡ ｓｈｕｆｆｌｉｎｇ ｏｆ ａ ｆａｍｉｌｙ ｏｆ ｇｅｎｅｓ
ｆｒｏｍ ｄｉｖｅｒｓｅ ｓｐｅｃｉｅｓ ａｃｃｅｌｅｒａｔｅｓ ｄｉｒ
ｅｃｔｅｄ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ，’’Ｎａｔｕｒｅ ３９１：２８８−２９１
；Ｃｒａｍｅｒｉら（１９９７）’’Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ
ｏｆ ａｎ ａｒｓｅｎａｔｅ ｄｅｔｏｘｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｐａｔｈｗ
ａｙ ｂｙ ＤＮＡ ｓｈｕｆｆｌｉｎｇ，’’Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ
ｎｏｌｏｇｙ １５：４３６−４３８；Ｚｈａｎｇら（１９９７）’’Ｄｉｒｅ
ｃｔｅｄ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ａｎ ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ ｆｕｃｏｓ
ｉｄａｓｅ ｆｒｏｍ ａ ｇａｌａｃｔｏｓｉｄａｓｅ ｂｙ ＤＮＡ ｓｈ
ｕｆｆｌｉｎｇ ａｎｄ ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ，’’Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａ
ｃａｄ Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９４：４５０４−４５０９；Ｐａｔｔｅｎら（１９９
７）’’Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｏｆ ＤＮＡ Ｓｈｕｆｆｌｉｎｇ ｔｏ
Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ ａｎｄ Ｖａｃｃｉｎｅｓ，’’Ｃｕｒｒｅ
ｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ８：７２４−７３
３；Ｃｒａｍｅｒｉら（１９９６）’’Ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ ａｎｄ ｅ
ｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ａｎｔｉｂｏｄｙ−ｐｈａｇｅ ｌｉｂｒａｒｉｅｓ
ｂｙ ＤＮＡ ｓｈｕｆｆｌｉｎｇ，’’Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ
２：１００−１０３；Ｃｒａｍｅｒｉら（１９９６）’’Ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｇ
ｒｅｅｎ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎ ｂｙ ｍｏｌｅｃｕｌａ
ｒ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｕｓｉｎｇ ＤＮＡ ｓｈｕｆｆｌｉｎｇ，’’Ｎａ
ｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １４：３１５−３１９；Ｇａｔｅｓら
（１９９６）’’Ａｆｆｉｎｉｔｙ ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ ｉｓｏｌａｔｉｏｎ
ｏｆ ｌｉｇａｎｄｓ ｆｒｏｍ ｐｅｐｔｉｄｅ ｌｉｂｒａｒｉｅｓ ｔ
ｈｒｏｕｇｈ ｄｉｓｐｌａｙ ｏｎ ａ ｌａｃ ｒｅｐｒｅｓｓｏｒ’ｈｅ
ａｄｐｉｅｃｅ ｄｉｍｅｒ，’’’Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２５５：３７３−
３８６；Ｓｔｅｍｍｅｒ（１９９６）’’Ｓｅｘｕａｌ ＰＣＲ ａｎｄ Ａｓ
ｓｅｍｂｌｙ ＰＣＲ’’Ｔｈｅ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ ｏｆ Ｍｏｌｅ
ｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，ＶＣＨ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒ
ｋ．ｐｐ．４４７−４５７；Ｃｒａｍｅｒｉ ａｎｄ Ｓｔｅｍｍｅｒ （１９
９５）’’Ｃｏｍｂｉｎａｔｏｒｉａｌ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｃａｓｓｅｔｔｅ
ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ ｃｒｅａｔｅｓ ａｌｌ ｔｈｅ ｐｅｒｍｕｔａ
ｔｉｏｎｓ ｏｆ ｍｕｔａｎｔ ａｎｄ ｗｉｌｄｔｙｐｅ ｃａｓｓｅｔｔ
ｅｓ，’’ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １８：１９４−１９５；Ｓｔｅｍｍｅ
ｒら（１９９５）’’Ｓｉｎｇｌｅ−ｓｔｅｐ ａｓｓｅｍｂｌｙ ｏｆ ａ
ｇｅｎｅ ａｎｄ ｅｎｔｉｒｅ ｐｌａｓｍｉｄ ｆｏｒｍ ｌａｒｇｅ ｎ
ｕｍｂｅｒｓ ｏｆ ｏｌｉｇｏｄｅｏｘｙ−ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ
’’Ｇｅｎｅ １６４：４９−５３；Ｓｔｅｍｍｅｒ（１９９５）’’Ｔｈｅ
Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎ，’
’Ｓｃｉｅｎｃｅ ２７０：１５１０；Ｓｔｅｍｍｅｒ（１９９５）’’Ｓｅａ
ｒｃｈｉｎｇ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｓｐａｃｅ，’’Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏ
ｇｙ １３：５４９−５５３；Ｓｔｅｍｍｅｒ（１９９４）’’Ｒａｐｉｄ ｅ
ｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎ ｖｉｔｒｏ ｂｙ ＤＮ
Ａ ｓｈｕｆｆｌｉｎｇ，’’ Ｎａｔｕｒｅ ３７０：３８９−３９１；およ
びＳｔｅｍｍｅｒ（１９９４）’’ＤＮＡ ｓｈｕｆｆｌｉｎｇ ｂｙ ｒａｎ
ｄｏｍ ｆｒａｇｍｅｎｔａｔｉｏｎ ａｎｄ ｒｅａｓｓｅｍｂｌｙ：Ｉｎ
ｖｉｔｒｏ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ ｆｏｒ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｅｖ
ｏｌｕｔｉｏｎ，’’Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９１
：１０７４７−１０７５１。 【０１５９】 ＤＮＡシャフリングおよび他の多様性生成方法に関するさらなる詳細は、以下
の米国特許、ＰＣＴ公開、およびＥＰ公開に見出され得る：Ｓｔｅｍｍｅｒに対
するＵＳＰＮ ５，６０５，７９３（２月２５日，１９９７），’’Ｍｅｔｈｏ
ｄｓ ｆｏｒ Ｉｎ ｖｉｔｒｏ Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ；Ｓｔｅｍｍｅ
ｒらに対する’’ＵＳＰＮ ５，８１１，２３８（９月２２日，１９９８）’’
Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ Ｇｅｎｅｒａｔｉｎｇ Ｐｏｌｙｎｕｃｌｅｏｔｉｄ
ｅｓ ｈａｖｉｎｇ Ｄｅｓｉｒｅｄ Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ｂｙ
Ｉｔｅｒａｔｉｖｅ Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉ
ｏｎ；Ｓｔｅｍｍｅｒらに対する’’ＵＳＰＮ ５，８３０，７２１（１１月３
日，１９９８），’’ＤＮＡ Ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ ｂｙ Ｒａｎｄｏｍ
Ｆｒａｇｍｅｎｔａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｒｅａｓｓｅｍｂｌｙ；Ｓｔｅｍｍｅｒ
に対する’’ＵＳＰＮ ５，８３４，２５２（１１月１０日，１９９８）’’Ｅ
ｎｄ−Ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｙ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｒｅａｃｔｉｏｎ
；Ｍｉｎｓｈｕｌｌに対する’’ＵＳＰＮ ５，８３７，４５８（１１月１７日
，１９９８），’’Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｓ ｆｏ
ｒ Ｃｅｌｌｕｌａｒ ａｎｄ Ｍｅｔａｂｏｌｉｃ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ
；’’ＷＯ ９５／２２６２５，Ｓｔｅｍｍｅｒ ａｎｄ Ｃｒａｍｅｒｉ，’
’Ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ ｂｙ Ｒａｎｄｏｍ Ｆｒａｇｍｅｎｔａｔｉｏｎ
ａｎｄ Ｒｅａｓｓｅｍｂｌｙ；Ｓｔｅｍｍｅｒ ａｎｄ Ｌｉｐｓｃｈｕｔ
ｚ、’’ＷＯ ９６／３３２０７，’’Ｅｎｄ Ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｙ
Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ；’’ＷＯ ９７／２０
０７８、Ｓｔｅｍｍｅｒ ａｎｄ Ｃｒａｍｅｒｉ、’’Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏ
ｒ Ｇｅｎｅｒａｔｉｎｇ Ｐｏｌｙｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ｈａｖｉｎｇ
Ｄｅｓｉｒｅｄ Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ｂｙ Ｉｔｅｒａｔｉｖｅ
Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ；’’ＷＯ ９７
／３５９６６、Ｍｉｎｓｈｕｌｌ ａｎｄ Ｓｔｅｍｍｅｒ，’’Ｍｅｔｈｏｄ
ｓ ａｎｄ Ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｓ ｆｏｒ Ｃｅｌｌｕｌａｒ ａｎｄ
Ｍｅｔａｂｏｌｉｃ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ；’’ＷＯ ９９／４１４０２、
Ｐｕｎｎｏｎｅｎら’’Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｏｆ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｖａｃｃ
ｉｎｅ Ｖｅｃｔｏｒｓ；’’ＷＯ ９９／４１３８３、Ｐｕｎｎｏｎｅｎら，
’’Ａｎｔｉｇｅｎ Ｌｉｂｒａｒｙ Ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ；’’ＷＯ
９９／４１３６９、Ｐｕｎｎｏｎｅｎら，’’Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｖａｃｃｉｎｅ
Ｖｅｃｔｏｒ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ；’’ＷＯ ９９／４１３６８、Ｐｕ
ｎｎｏｎｅｎら，’’Ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｍｏｄｕ
ｌａｔｏｒｙ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ ｏｆ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｖａｃｃｉｎｅ
ｓ；’’ＥＰ ７５２００８、Ｓｔｅｍｍｅｒ ａｎｄ Ｃｒａｍｅｒｉ，’’
ＤＮＡ Ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ ｂｙ Ｒａｎｄｏｍ Ｆｒａｇｍｅｎｔａｔ
ｉｏｎ ａｎｄ Ｒｅａｓｓｅｍｂｌｙ；’’ＥＰ ０９３２６７０、Ｓｔｅｍ
ｍｅｒ’’Ｅｖｏｌｖｉｎｇ Ｃｅｌｌｕｌａｒ ＤＮＡ．Ｕｐｔａｋｅ ｂｙ
Ｒｅｃｕｒｓｉｖｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ；’’
ＷＯ ９９／２３１０７、Ｓｔｅｍｍｅｒら，’’Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｖｉｒｕｓ Ｔｒｏｐｉｓｍ ａｎｄ Ｈｏｓｔ Ｒａｎｇｅ ｂｙ Ｖ
ｉｒａｌ ＧｅｎｏｒｎｅＳｈｕｆｆｌｉｎｇ；’’ＷＯ ９９／２１９７９、
Ａｐｔら，’’Ｈｕｍａｎ Ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ Ｖｅｃｔｏｒｓ；
’’ＷＯ ９８／３１８３７、Ｄｅｌ Ｃａｒｄａｙｒｅら ’’Ｅｖｏｌｕｔ
ｉｏｎ ｏｆ Ｗｈｏｌｅ Ｃｅｌｌｓ ａｎｄ Ｏｒｇａｎｉｓｍｓ ｂｙ
Ｒｅｃｕｒｓｉｖｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ；’’Ｗ
Ｏ ９８／２７２３０、Ｐａｔｔｅｎ ａｎｄ Ｓｔｅｍｍｅｒ，’’Ｍｅｔｈ
ｏｄｓ ａｎｄ Ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｓ ｆｏｒ Ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ
Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ；’’ＥＰ ０９４６７５５、Ｐａｔｔｅｎ ａｎｄ
Ｓｔｅｍｍｅｒ，’’Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｓ
ｆｏｒ Ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ；および’’ＷＯ
９８／１３４８７、Ｓｔｅｍｍｅｒら，’’Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ Ｏｐｔｉ
ｍｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ｂｙ Ｒｅｃｕｒｓｉｖ
ｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｓｈｕｆｆｌｉｎｇ ａｎｄ Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ；’
’ＷＯ ００／００６３２，’’Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ Ｇｅｎｅｒａｔｉｎ
ｇ Ｈｉｇｈｌｙ Ｄｉｖｅｒｓｅ Ｌｉｂｒａｒｉｅｓ，’’ＷＯ００／０９
６７９，’’Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ Ｏｂｔａｉｎｉｎｇ ｉｎ ｖｉｔｒｏ
Ｒｅｃｏｍｂｉｎｅｄ Ｐｏｌｙｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ
Ｂａｎｋｓ ａｎｄ Ｒｅｓｕｌｔｉｎｇ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ，’’ＷＯ９８
／４２８３２ Ａｒｎｏｌｄら，’’Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ ｏｆ Ｐｏ
ｌｙｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ Ｕｓｉｎｇ Ｒａｎｄｏｍ
ｏｒ Ｄｅｆｉｎｅｄ Ｐｒｉｍｅｒｓ，’’ ＷＯ ９９／２９９０２、Ａｒ
ｎｏｌｄら，’’Ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ Ｃｒｅａｔｉｎｇ Ｐｏｌｙｎｕｃｌ
ｅｏｔｉｄｅ ａｎｄ Ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ，’’Ｗ
Ｏ９８／４１６５３、Ｖｉｎｄ，’’Ａｎ ｉｎ ｖｉｔｒｏ Ｍｅｔｈｏｄ
ｆｏｒ Ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ａ ＤＮＡ Ｌｉｂｒａｒｙ，’’
ＷＯ ９８／４１６２２、Ｂｏｒｃｈｅｒｔら，’’Ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ Ｃ
ｏｎｓｔｒｕｃｔｉｎｇ ａ Ｌｉｂｒａｒｙ Ｕｓｉｎｇ ＤＮＡ Ｓｈｕｆ
ｆｌｉｎｇ，’’およびＷＯ９８／４２７２７、Ｐａｔｉ ａｎｄ Ｚａｒｌｉ
ｎｇ，’’Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｌｔｅｒａｔｉｏｎｓ ｕｓｉｎｇ Ｈｏｍｏ
ｌｏｇｏｕｓ Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ’’。 【０１６０】 特定の米国出願は、ＤＮＡシャフリングおよび関連技術、ならびに他の多様性
生成方法を提供し、これには、以下が挙げられる：’’ＳＨＵＦＦＬＩＮＧ Ｏ
Ｆ ＣＯＤＯＮ ＡＬＴＥＲＥＤ ＧＥＮＥＳ’’、Ｐａｔｔｅｎら９月２９日
，１９９８出願（ＵＳＳＮ６０／１０２，３６２），１月２９日，１９９９（Ｕ
ＳＳＮ ６０／１１７，７２９），および９月２８日，１９９９（ＵＳＳＮ０９
／４０７，８００）；’’ＥＶＯＬＵＴＩＯＮ ＯＦ ＷＨＯＬＥ ＣＥＬＬＳ
ＡＮＤ ＯＲＧＡＮＩＳＭＳ ＢＹ ＲＥＣＵＲＳＩＶＥ ＳＥＱＵＥＮＣＥ
ＲＥＣＯＭＢＩＮＡＴＩＯＮ’’，Ｄｅｌ Ｃａｒｄａｙｒｅら７月１５日，
１９９８出願（ＵＳＳＮ０９／１６６，１８８），および７月１５日，１９９９
（ＵＳＳＮ０９／３５４，９２２）；’’ＯＬＩＧＯＮＵＣＬＥＯＴＩＤＥ Ｍ
ＩＥＤＩＡＴＥＤ ＮＵＣＬＥＩＣ ＡＣＩＤ ＲＥＣＯＭＢＩＮＡＴＩＯＮ’
’、Ｃｒａｍｅｒｉら，２月５日， １９９９出願（ＵＳＳＮ６０／１１８，８
１３），６月２４日，１９９９（ＵＳＳＮ６０／１４１，０４９），および９月
２８日，１９９９（ＵＳＳＮ０９／４０８，３９２）；’’ＵＳＥ ＯＦ ＣＯ
ＤＯＮ−ＢＡＳＥＤ ＯＬＩＧＯＮＵＣＬＥＯＴＩＤＥ ＳＹＮＴＨＥＳＩＳ
ＦＯＲ ＳＹＮＴＨＥＴＩＣ ＳＨＵＦＦＬＩＮＧ’’、Ｗｅｌｃｈら，９月２
８日，１９９９出願（ＵＳＳＮ０９／４０８，３９３）；’’ＭＥＴＨＯＤＳ
ＦＯＲ ＭＡＫＩＮＧ ＣＨＡＲＡＣＴＥＲ ＳＴＲＩＮＧＳ， ＰＯＬＹＮＵ
ＣＬＥＯＴＩＤＥＳ ＆ ＰＯＬＹＰＥＰＴＩＤＥＳ ＨＡＶＩＮＧ ＤＥＳＩ
ＲＥＤ ＣＨＡＲＡＣＴＥＲＩＳＴＩＣＳ’’、Ｓｅｌｉｆｏｎｏｖ ａｎｄ
Ｓｔｅｍｍｅｒ，２月５日，１９９９出願（ＵＳＳＮ６０／１１８８５４）およ
び１０月１２日，１９９９（ＵＳＳＮ０９／４１６，３７５）；ＲＥＣＯＭＢＩ
ＮＡＴＩＯＮ ＯＦ ＩＮＳＥＲＴＩＯＮ ＭＯＤＩＦＩＥＤ ＮＵＣＬＥＩＣ
ＡＣＩＤＳ、Ｐａｔｔｅｎら，３月５日，１９９９出願（ＵＳＳＮ６０／１２
２，９４３），７月２日，１９９９（ＵＳＳＮ ６０／１４２，２９９），１１
月１０日，１９９９（ＵＳＳＮ ６０／１６４，６１８），および１１月１０日
，１９９９（ＵＳＳＮ ６０／１６４，６１７）；ならびに’’ＳＩＮＧＬＥ−
ＳＴＲＡＮＤＥＤ ＮＵＣＬＥＩＣ ＡＣＩＤ ＴＥＭＰＬＡＴＥ−ＭＥＤＩＡ
ＴＥＤ ＲＥＣＯＭＢＩＮＡＴＩＯＮ ＡＮＤ ＮＵＣＬＥＩＣ ＡＣＩＤ Ｆ
ＲＡＧＭＥＮＴ ＩＳＯＬＡＴＩＯＮ’’、Ａｆｆｈｏｌｔｅｒ，ＵＳＳＮ ６
０／１８６，４８２、２月２日，２０００出願。 【０１６１】 前述の出願、特許、公開された外国出願および米国特許出願の概説が明らかに
するように、所望の性質を有する新規な核酸を提供するための多様性生成方法（
例えば、核酸のシャフリング（または「再帰的組換え」）は、多くの確立された
方法によって実施され得る。これらの方法の任意が、新規な性質または改善され
た性質を有する新たなαインターフェロンホモログを産生するために、本明細書
中で議論されるαインターフェロンを進化させるために本発明に適合され得る。
このようなインターフェロンを作製する方法とこれらの方法によって産生される
インターフェロン（例えば、ＩＦＮホモログ）はともに、本発明の特徴である。
簡単には、いくつかの異なる一般的なクラスの配列改変方法（例えば、組換え）
は、本発明に適用可能であり、例えば、上記の参考文献に記載される。第１に、
核酸は、上記の参考文献に議論される種々の技術の任意によってインビトロで組
換えられ得、これは、組換えられる核酸のＤＮＡｓｅ消化、続いて、核酸のライ
ゲーションおよび／またはＰＣＲ再アセンブリを包含する。第２に、核酸は、例
えば、組換えが細胞内の核酸間に生じ得ることによってインビボまたはエキソビ
ボで再帰的に組換えられ得る。第３に、ゲノム全体の組換え方法が使用され得、
細胞または他の生物のゲノム全体が、組換えられ、必要に応じて、所望のライブ
ラリー成分（例えば、本発明の経路に対応する遺伝子）とともにゲノム組換え混
合物をスパイクすることを包含する。第４に、関心の標的に対応するオリゴヌク
レオチドが、１つより多いパネルの核酸に対応するオリゴヌクレオチドを含むＰ
ＣＲまたはライゲーション反応において合成されそして再アッセンブルされ、こ
れによって新規な組換え核酸を生成する合成組換え方法が、使用され得る。オリ
ゴヌクレオチドは、標準的なヌクレオチド付加方法によって作製され得か、また
は例えば、トリヌクレオチド合成アプローチによって作製され得る。第５に、組
換えのシリカ（ｓｉｌｉｃｏ）方法において、ホモログ（または非ホモログ）核
酸に対応する配列ストリングを組換えるためのコンピューターにおいて遺伝的ア
ルゴリズムが使用されて行われ得る。得られる組換え配列ストリングは、必要に
応じて、例えば、オリゴヌクレオチド合成／遺伝子再アセンブリ技術とともに、
組換え配列に対応する核酸の合成によって核酸に変換される。任意の先の一般的
な組換えフォーマットは、より様々なセットの組換え核酸を生成するための反復
様式で実施され得る。第６に、多様な核酸または核酸フラグメントの、単一鎖の
鋳型にハイブリダイズし、続いて、全長配列を再生するための重合および／また
はライゲーションをし、必要に応じて、続いて鋳型の分解および得られる改変核
酸の回収によって天然の多様性に接近する方法が使用され得る。上記参考文献は
、これらおよび他の基礎的な組換えフォーマットならびにこれらのフォーマット
の多くの改変を提供する。使用されるフォーマットにかかわらず、本発明の核酸
は、多様なセットの組換え核酸（例えば、ホモログ核酸を含む）を産生するため
に（互いに、または関連する（または関連しない））核酸と組換えられ得る。一
般的に、本明細書中に記載される配列組換え技術は、これらは、配列番号１〜配
列番号３５、および配列番号７２〜配列番号７８の核酸、あるいはそのフラグメ
ントまたは改変体間の組換えを、利用可能なフォーマットで提供し、それによっ
て異なる配列の組換えが所望の結果に影響し得る方法を探索する非常に迅速な方
法を提供する点で、特別な利点を提供する。 【０１６２】 組換えに続いて、産生される任意の核酸は、所望の核酸についてスクリーニン
グし得るかまたは選択され得る。本発明の文脈において、これは、例えば、当該
分野において公知の任意のアッセイによって、自動化フォーマットで検出され得
る任意の活性について試験し同定する工程を包含し得る。さらに、低い免疫原性
、増加した半減期、改善した溶解性、経口アベイラビリティーなどのような有用
な性質もまた、選択され得る。種々のαインターフェロン関連（または非関連）
性質が、任意の利用可能なアッセイを使用してアッセイされ得る。 【０１６３】 ＤＮＡ変異誘発およびシャフリングは、改善された特性を伴うタンパク質、経
路、細胞および生物を操作するのに有用な多様性を作製する、丈夫な（ｒｏｂｕ
ｓｔ）幅広い適用可能な手段を提供する。上記の基礎的なフォーマットに加えて
、シャフリング方法を多様性を生成するための他の技術と組み合わせることがと
きどき望ましい。シャフリング方法とともに（または別々に）、種々の多様性生
成方法が、実施され得、そしてこの結果（すなわち、核酸の多様な集団）は、本
発明のシステムにおいてスクリーニングされ得る。さらなる多様性は、個々のヌ
クレオチドあるいはグループの連続したまたは非連続のヌクレオチドの改変を生
じる方法（すなわち、変異誘発法）によって、導入され得る。多くの変異誘発法
は、上記参考文献に見出され得；変異誘発法に関するさらなる詳細は、以下に列
挙される参考文献に見出され得る。 【０１６４】 多様性を生成する変異誘発方法には、例えば、以下が挙げられる：組換え（Ｐ
ＣＴ／ＵＳ９８／０５２２３；公開番号ＷＯ９８／４２７２７）；部位特異的変
異誘発（Ｌｉｎｇら（１９９７）’’Ａｐｐｒｏａｃｈｅｓ ｔｏ ＤＮＡ ｍ
ｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ：ａｎ ｏｖｅｒｖｉｅｗ，’’Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅ
ｍ．２５４（２）：１５７−１７８；Ｄａｌｅら（１９９６）’’Ｏｌｉｇｏｎ
ｕｃｌｅｏｔｉｄｅ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｒａｎｄｏｍ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉ
ｓ ｕｓｉｎｇ ｔｈｅ ｐｈｏｓｐｈｏｒｏｔｈｉｏａｔｅ ｍｅｔｈｏｄ，
’’Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．５７：３６９−３７４；Ｓｍｉｔｈ（
１９８５）’’Ｉｎ ｖｉｔｒｏ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ，’’Ａｎｎ．Ｒｅ
ｖ．Ｇｅｎｅｔ．１９：４２３−４６２；Ｂｏｔｓｔｅｉｎ ＆ Ｓｈｏｒｔｉ
ｅ（１９８５）’’Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ ａｎｄ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ
ｏｆ ｉｎ ｖｉｔｒｏ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ，’’Ｓｃｉｅｎｃｅ ２
２９：１１９３−１２０１；Ｃａｒｔｅｒ（１９８６）’’Ｓｉｔｅ−ｄｉｒｅ
ｃｔｅｄ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ，’’Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．２３７：１−７
；およびＫｕｎｋｅｌ（１９８７）’’Ｔｈｅ ｅｆｆｉｃｉｅｎｃｙ ｏｆ
ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ
，’’Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ ＆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ
（Ｅｃｋｓｔｅｉｎ，Ｆ．ａｎｄ Ｌｉｌｌｅｙ，Ｄ．Ｍ．Ｊ．編．，Ｓｐｒｉ
ｎｇｅｒ Ｖｅｒｌａｇ，Ｂｅｒｌｉｎ））；ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ ｕｓｉ
ｎｇ ｕｒａｃｉｌ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｔｅｍｐｌａｔｅ（Ｋｕｎｋｅｌ
（１９８５）’’Ｒａｐｉｄ ａｎｄ ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｓｉｔｅ−ｓｐｅ
ｃｉｆｉｃ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ ｗｉｔｈｏｕｔ ｐｈｅｎｏｔｙｐｉｃ
ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ，’’Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ
８２：４８８−４９２；Ｋｕｎｋｅｌら（１９８７）’’Ｒａｐｉｄ ａｎｄ
ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｓｉｔｅ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ
ｗｉｔｈｏｕｔ ｐｈｅｎｏｔｙｐｉｃ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ，’’Ｒｅｓｕ
ｌｔｓ Ｐｒｏｂｌ．Ｃｅｌｌ Ｄｉｆｆｅｒ．１５４，３６７−３８２；およ
びＢａｓｓら（１９８８）’’Ｍｕｔａｎｔ Ｔｒｐ ｒｅｐｒｅｓｓｏｒｓ
ｗｉｔｈ ｎｅｗ ＤＮＡ−ｂｉｎｄｉｎｇ ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｉｅｓ，’
’Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４２：２４０−２４５）；ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄ
ｅ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ（Ｒｅｓｕｌｔｓ Ｐｒｏｂｌ
．Ｃｅｌｌ Ｄｉｆｆｅｒ．１００：４６８−５００（１９８３）；Ｒｅｓｕｌ
ｔｓ Ｐｒｏｂｌ． Ｃｅｌｌ Ｄｉｆｆｅｒ．１５４：３２９−３５０（１９
８７）；Ｚｏｌｌｅｒ ＆ Ｓｍｉｔｈ（１９８２）’’Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅ
ｏｔｉｄｅ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ ｕｓｉｎｇ Ｍ１３
−ｄｅｒｉｖｅｄ ｖｅｃｔｏｒｓ：ａｎ ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ａｎｄ ｇｅ
ｎｅｒａｌ ｐｒｏｃｅｄｕｒｅ ｆｏｒ ｔｈｅ ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｏ
ｆ ｐｏｉｎｔ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ｉｎ ａｎｙ ＤＮＡ ｆｒａｇｍｅｎ
ｔ，’’Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１０：６４８７−６５００；Ｚ
ｏｌｌｅｒ ＆ Ｓｍｉｔｈ（１９８３）’’Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ
−ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ ｏｆ ＤＮＡ ｆｒａｇｍｅｎ
ｔｓ ｃｌｏｎｅｄ ｉｎｔｏ Ｍ１３ ｖｅｃｔｏｒｓ，’’Ｒｅｓｕｌｔｓ
Ｐｒｏｂｌ．Ｃｅｌｌ Ｄｉｆｆｅｒ．１００：４６８−５００；およびＺｏ
ｌｌｅｒ ＆ Ｓｍｉｔｈ（１９８７）’’Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ−
ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ：ａ ｓｉｍｐｌｅ ｍｅｔｈｏｄ
ｓ ｕｓｉｎｇ ｔｗｏ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｒｉｍｅｒ ａ
ｎｄ ａ ｓｉｎｇｌｅ ｓｔｒａｎｄｅｄ ＤＮＡ ｔｅｍｐｌｅｔｅ，’’
Ｒｅｓｕｌｔｓ Ｐｒｏｂｌ．Ｃｅｌｌ Ｄｉｆｆｅｒ．１５４：３２９−３５
０）；ｐｈｏｓｐｈｏｒｏｔｈｉｏａｔｅ−ｍｏｄｉｆｉｅｄ ＤＮＡ ｍｕｔ
ａｇｅｎｅｓｉｓ（Ｔａｙｌｏｒら（１９８５）’’Ｔｈｅ ｕｓｅ ｏｆ ｐ
ｈｏｓｐｈｏｒｏｔｈｉｏａｔｅ−ｍｏｄｉｆｉｅｄ ＤＮＡ ｉｎ ｒｅｓｔ
ｒｉｃｔｉｏｎ ｅｎｚｙｍｅ ｒｅａｃｔｉｏｎｓ ｔｏ ｐｒｅｐａｒｅ
ｎｉｃｋｅｄ ＤＮＡ，’’Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１３：８７４９−
８７６４；Ｔａｙｌｏｒら（１９８５） ’’Ｔｈｅ ｒａｐｉｄ ｇｅｎｅｒ
ａｔｉｏｎ ｏｆ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｍｕ
ｔａｔｉｏｎｓ ａｔ ｈｉｇｈ ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ ｕｓｉｎｇ ｐｈｏｓ
ｐｈｏｒｏｔｈｉｏａｔｅ−ｍｏｄｉｆｉｅｄ ＤＮＡ，’’Ｎｕｃｌ．Ａｃｉ
ｄｓ Ｒｅｓ．１３：８７６５−８７８７（１９８５）；Ｎａｋａｍａｙｅ ＆
Ｅｃｋｓｔｅｉｎ（１９８６）’’Ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ ｏｆ ｒｅｓｔｒ
ｉｃｔｉｏｎ ｅｎｄｏｎｕｃｌｅａｓｅ Ｎｃｉ Ｉ ｃｌｅａｖａｇｅ ｂ
ｙ ｐｈｏｓｐｈｏｒｏｔｈｉｏａｔｅ ｇｒｏｕｐｓ ａｎｄ ｉｔｓ ａｐ
ｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｔｏ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ−ｄｉｒｅｃｔｅ
ｄ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ，’’Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１４：９６
７９−９６９８；Ｓａｙｅｒｓら（１９８８）’’Ｙ−Ｔ Ｅｘｏｎｕｃｌｅａ
ｓｅｓ ｉｎ ｐｈｏｓｐｈｏｒｏｔｈｉｏａｔｅ−ｂａｓｅｄ ｏｌｉｇｏｎ
ｕｃｌｅｏｔｉｄｅ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ，’’Ｎｕｃ
ｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１６：７９１−８０２；およびＳａｙｅｒｓら（１９
８８）’’Ｓｔｒａｎｄ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｃｌｅａｖａｇｅ ｏｆ ｐｈｏ
ｓｐｈｏｒｏｔｈｉｏａｔｅ−ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ＤＮＡ ｂｙ ｒｅａｃ
ｔｉｏｎ ｗｉｔｈ ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ ｅｎｄｏｎｕｃｌｅａｓｅｓ
ｉｎ ｔｈｅ ｐｒｅｓｅｎｃｅ ｏｆ ｅｔｈｉｄｉｕｒｎ ｂｒｏｍｉｄｅ
，’’Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１６：８０３−８１４）；ｍｕｔａｇｅ
ｎｅｓｉｓ ｕｓｉｎｇ ｇａｐｐｅｄ ｄｕｐｌｅｘ ＤＮＡ（Ｋｒａｍｅｒ
ら（１９８４）’’Ｔｈｅ ｇａｐｐｅｄ ｄｕｐｌｅｘ ＤＮＡ ａｐｐｒｏ
ａｃｈ ｔｏ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｍｕｔａ
ｔｉｏｎ ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ，’’Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１
２：９４４１−９４５６；Ｋｒａｍｅｒ ＆ Ｆｒｉｔｚ（１９８７）’’Ｏｌ
ｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ
ｏｆ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ｖｉａ ｇａｐｐｅｄ ｄｕｐｌｅｘ ＤＮＡ，’
’Ｒｅｓｕｌｔｓ Ｐｒｏｂｌ．Ｃｅｌｌ Ｄｉｆｆｅｒ．１５４．３５０−３
６７；Ｋｒａｍｅｒら（１９８８）’’Ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｅｎｚｙｍａｔｉｃ
ｉｎ ｖｉｔｒｏ ｒｅａｃｔｉｏｎｓ ｉｎ ｔｈｅ ｇａｐｐｅｄ ｄｕ
ｐｌｅｘ ＤＮＡ ａｐｐｒｏａｃｈ ｔｏ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ
−ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ，
’’ Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１６：７２０７；およびＦｒｉｔｚら（
１９８８）’’Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｃｏｎｓ
ｔｒｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ：ａ ｇａｐｐｅｄ ｄｕｐｌｅ
ｘ ＤＮＡ ｐｒｏｃｅｄｕｒｅ ｗｉｔｈｏｕｔ ｅｎｚｙｍａｔｉｃ ｒｅ
ａｃｔｉｏｎｓ ｉｎ ｖｉｔｒｏ，’’Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１６
．６９８７−６９９９）。 【０１６５】 さらなる適切な方法としては、以下が挙げられる：点ミスマッチ修復（Ｋｒａ
ｍｅｒら、（１９８４）「Ｐｏｉｎｔ Ｍｉｓｍａｔｃｈ Ｒｅｐａｉｒ」Ｃｅ
ｌｌ ３８：８７９−８８７）、修復欠陥宿主株を使用した変異誘発（Ｃａｒｔ
ｅｒら（１９８５）「Ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｓ
ｉｔｅ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ ｕｓｉｎｇ Ｍ１３ ｖ
ｅｃｔｏｒｓ」Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１３：４４３１−４４４３；お
よびＣａｒｔｅｒ（１９８７）「Ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔ
ｉｄｅ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ ｕｓｉｎｇ Ｍ１３ ｖ
ｅｃｔｏｒｓ」Ｒｅｓｕｌｔｓ Ｐｒｏｂｌ．Ｃｅｌｌ Ｄｉｆｆｅｒ．１５４
：３８２−４０３）、欠失変異誘発（Ｅｇｈｔｅｄａｒｚａｄｅｈ ＆ Ｈｅｎ
ｉｋｏｆｆ（１９８６）「Ｕｓｅ ｏｆ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ
ｔｏ ｇｅｎｅｒａｔｅ ｌａｒｇｅ ｄｅｌｅｔｉｏｎｓ」Ｎｕｃｌ．Ａｃｉ
ｄｓ Ｒｅｓ．１４：５１１５）、制限−選択および制限−精製（Ｗｅｌｌｓら
（１９８６）「Ｉｍｐｏｒｔａｎｃｅ ｏｆ ｈｙｄｒｏｇｅｎ−ｂｏｎｄ ｆ
ｏｒｍａｔｉｏｎ ｉｎ ｓｔａｂｉｌｉｚｉｎｇ ｔｈｅ ｔｒａｎｓｉｔｉ
ｏｎ ｓｔａｔｅ ｏｆ ｓｕｂｔｉｌｉｓｉｎ」Ｐｈｉｌ．Ｔｒａｎｓ．Ｒ．
Ｓｏｃ．Ｌｏｎｄ．Ａ ３１７：４１５−４２３）、総遺伝子合成による変異誘
発（Ｎａｍｂｉａｒら（１９８４）「Ｔｏｔａｌ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ａｎｄ
ｃｌｏｎｉｎｇ ｏｆ ａ ｇｅｎｅ ｃｏｄｉｎｇ ｆｏｒ ｔｈｅ ｒｉ
ｂｏｎｕｃｌｅａｓｅ Ｓ ｐｒｏｔｅｉｎ」Ｓｃｉｅｎｃｅ ２２３：１２９
９−１３０１；ＳａｋａｍａｒおよびＫｈｏｒａｎａ（１９８８）「Ｔｏｔａｌ
ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ａｎｄ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ａ ｇｅｎｅ
ｆｏｒ ｔｈｅ ａ−ｓｕｂｕｎｉｔ ｏｆ ｂｏｖｉｎｅ ｒｏｄ ｏｕｔｅ
ｒ ｓｅｇｍｅｎｔ ｇｕａｎｉｎｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ−ｂｉｎｄｉｎｇ
ｐｒｏｔｅｉｎ（ｔｒａｎｓｄｕｃｉｎｇ）」Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ
．１４：６３６１−６３７２；Ｗｅｌｌｓら（１９８５）「Ｃａｓｓｅｔｔｅ
ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ：ａｎ ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ
ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ａｔ
ｄｅｆｉｎｅｄ ｓｉｔｅｓ」Ｇｅｎｅ ３４：３１５−３２３；およびＧｒｕ
ｎｄｓｔｒｏｅｍら（１９８５）「Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ−ｄｉｒｅ
ｃｔｅｄ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ ｂｙ ｍｉｃｒｏｓｃａｌｅ ‘ｓｈｏｔ
−ｇｕｎ’ ｇｅｎｅ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ」Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．
１３：３３０５−３３１６）、２本鎖切断修復（Ｍａｎｄｅｃｋｉ（１９８６）
「Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｄｏｕｂｌｅ−ｓｔｒ
ａｎｄ ｂｒｅａｋ ｒｅｐａｉｒ ｉｎ ｐｌａｓｍｉｄｓ ｏｆ Ｅｓｃｈ
ｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ：ａ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｓｉｔｅ−ｓｐｅｃｉ
ｆｉｃ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ」Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．
ＵＳＡ，８３：７１７７−７１８１）。多くの上記方法におけるさらなる詳細は
、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．１５４に見出され得
、これはまた、種々の変異誘発方法を用いたトラブルシューティング問題につい
ての有用なコントロールを記載する。 【０１６６】 薬で処理されたオリゴヌクレオチドまたは変性オリゴヌクレオチドを使用した
無作為または半−無作為変異誘発（ＡｒｋｉｎおよびＹｏｕｖａｎ（１９９２）
「Ｏｐｔｉｍｉｚｉｎｇ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｍｉｘｔｕｒｅｓ ｔｏ ｅ
ｎｃｏｄｅ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｓｕｂｓｅｔｓ ｏｆ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ
ｓ ｆｏｒ ｓｅｍｉ−ｒａｎｄｏｍ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ」Ｂｉｏｔｅｃ
ｈｎｏｌｏｇｙ １０：２９７−３００；Ｒｅｉｄｈａａｒ−Ｏｌｓｏｎら（１
９９１）「Ｒａｎｄｏｍ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ｓ
ｅｑｕｅｎｃｅｓ ｕｓｉｎｇ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｃａｓｓｅ
ｔｔｅｓ」Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｖｍｏｌ．２０８：５６４−８６；Ｌｉｍお
よびＳａｕｅｒ（１９９１）「Ｔｈｅ ｒｏｌｅ ｏｆ ｉｎｔｅｒｎａｌ ｐ
ａｃｋｉｎｇ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ ｉｎ ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ ｔ
ｈｅ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ ｓｔａｂｉｌｉｔｙ ｏｆ ａ ｐｒｏｔ
ｅｉｎ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１９：３５９−７６；ＢｒｅｙｅｒおよびＳ
ａｕｅｒ（１９８９）「Ｍｕｔａｔｉｏｎａｌ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｔｈ
ｅ ｆｉｎｅ ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ ｏｆ ｂｉｎｄｉｎｇ ｏｆ ｍｏｎ
ｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｙ ５１Ｆ ｔｏ ｌａｍｂｄａ ｒｅｐｒｅ
ｓｓｏｒ」Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６４：１３３５５−６０）；「Ｗａｌｋ
−Ｔｈｒｏｕｇｈ Ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ「（Ｃｒｅａ，Ｒ．；米国特許第５
，８３０，６５０号および同第５，７９８，２０８号および欧州特許第０５２７
８０９ Ｂ１号）もまた、多様性を生成するために使用され得る。 【０１６７】 本発明の１つの局面において、エラーを起こしがちなＰＣＲが、核酸改変体を
生成するために使用され得る。この技術を使用して、ＰＣＲが、ＤＮＡポリメラ
ーゼのコピー忠実度が低い条件下で実施され、その結果、高い確率の点変異が、
ＰＣＲ産物の全長に沿って得られる。このような技術の例は、上記の参考文献お
よび例えば、Ｌｅｕｎｇら（１９８９）Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ １：１１−１５お
よびＣａｌｄｗｅｌｌら（１９９２）ＰＣＲ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ａｐｐｌｉｃ．
２：２８−３３において見出される。同様に、アセンブリＰＣＲが、小さいＤＮ
Ａフラグメントの混合物由来のＰＣＲ産物のアセンブリを含む過程において、使
用され得る。多数の異なるＰＣＲ反応が、別の反応の産物をプライミングする１
つの反応の産物を用いて、同じバイアルで平行して生じ得る。有性（ｓｅｘｕａ
ｌ）ＰＣＲ変異誘発が使用され、ここで、相同組換えが、インビトロで、異なる
が関連するＤＮＡ配列のＤＮＡ分子との間で、配列相同性に基づくＤＮＡ分子の
無作為フラグメント化、それに引き続くＰＣＲ反応におけるプライマー伸長によ
る交差の固定により生じ得る。このプロセスが、上記参考文献に記載される：例
えば、Ｓｔｅｍｍｅｒ（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．
ＵＳＡ ９１：１０７４７ １０７５１。帰納的集団変異誘発が使用され得、こ
こで、タンパク質変異誘発のためのアルゴリズムが、表現型で関連する変異体の
多様な集団（このメンバーは、アミノ酸配列で異なる）を産生するために使用さ
れる。この方法は、コンビナトリアルカセット変異誘発の連続するラウンドを制
御するフィードバックメカニズムを使用する。このアプローチの例は、Ａｒｋｉ
ｎ ＆ Ｙｏｕｖａｎ（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．
ＵＳＡ ８９：７８１１−７８１５において見出される。 【０１６８】 述べられるように、オリゴヌクレオチドに指向される変異誘発は、目的の任意
の核酸配列において部位特異変異の生成を可能にするプロセスにおいて、使用さ
れ得る。このような技術の例は、上記の参考文献および、例えば、Ｒｅｉｄｈａ
ａｒ−Ｏｌｓｏｎら（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４１：５３−５７、におい
て見出される。同様に、カセット変異誘発が、ネイティブな配列とは異なる合成
オリゴヌクレオチドカセットで２本鎖ＤＮＡ分子の小領域を置き換えるプロセス
において使用され得る。このオリゴヌクレオチドは、例えば、完全かつ／または
部分的に無作為化されたネイティブな配列を含み得る。 【０１６９】 インビボ（またはエキソビボ）の変異誘発が、目的の任意のクローン化された
ＤＮＡにおける無作為変異を生成するプロセスにおいて使用され得、このプロセ
スは、例えば、１つ以上のＤＮＡ修復経路において変異を運ぶＥ．ｃｏｌｉの株
において、ＤＮＡの伝播を含む。これらの「突然変異誘発遺伝子（ｍｕｔａｔｏ
ｒ）」株が、野生型の親の無作為変異速度より高い速度を有する。これらの株の
１つにおいてＤＮＡを伝播することは、結局、ＤＮＡ内にランダムな変異を生成
する。 【０１７０】 指数関数的な全体の変異誘発は、独特かつ機能的な変異体の高い百分率で、コ
ンビナトリアルライブラリーを生成するために使用され得、ここで、残基の小さ
い群が、各変更された位置において、機能的タンパク質を導くアミノ酸を同定す
るために、平行に無作為化される。このような手順の例は、Ｄｅｌｅｇｒａｖｅ
＆ Ｙｏｕｖａｎ（１９９３）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｒｅｓｅａｒｃ
ｈ １１：１５４８−１５５２において見出される。同様に、無作為かつ部位指
向性変異誘発が、使用され得る。このような手順の例は、Ａｒｎｏｌｄ（１９９
３）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ４
：４５０−４５５において見出される。 【０１７１】 変異誘発、ライブラリー構築、および他の多様な生成方法のためのキットもま
た、市販される。例えば、キットは、例えば、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ（例えば、
ＱｕｉｃｋＣｈａｎｇｅ^TM部位指向性変異誘発キット；およびＣｈａｍｅｌｅｏ
ｎ^TM２本鎖、部位指向性変異誘発キット）、Ｂｉｏ／Ｃａｎ Ｓｃｉｅｎｔｉｆ
ｉｃ、Ｂｉｏ−Ｒａｄ（例えば、上記のＫｕｎｋｅｌ方法を使用する）、Ｂｏｅ
ｈｒｉｎｇｅｒ Ｍａｎｎｈｅｉｍ Ｃｏｒｐ．，Ｃｌｏｎｅｔｅｃｈ Ｌａｂ
ｏｒａｔｏｒｉｅｓ，ＤＮＡ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｅｐｉｃｅｎｔｒｅ
Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（例えば、５プライム３プライムキット）；Ｇｅｎ
ｐａｋ Ｉｎｃ，Ｌｅｍａｒｇｏ Ｉｎｃ，Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅ
ｓ（Ｇｉｂｃｏ ＢＲＬ）、Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ、Ｐｈａ
ｒｍａｃｉａ Ｂｉｏｔｅｃｈ、Ｐｒｏｍｅｇａ Ｃｏｒｐ．、Ｑｕａｎｔｕｍ
Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ａｍｅｒｓｈａｍ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏ
ｎａｌ ｐｌｃ（例えば、上記Ｅｃｋｓｔｅｉｎ方法を使用する）、およびＡｎ
ｇｌｉａｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｌｔｄ（例えば、上記Ｃａｒｔｅｒ
／Ｗｉｎｔｅｒ方法を使用する）から利用可能である。 【０１７２】 任意の記載されるシャッフリングまたは変異誘発技術が、ゲノム（例えば、細
菌ゲノム、真菌ゲノム、動物ゲノムまたは植物ゲノム）にさらなる多様性を導入
する手順と組み合わされて使用され得る。例えば、上記方法に加えて、種々の種
への形質転換に適切なキメラ核酸マルチマーを産生する技術が、提案されている
（例えば、Ｓｃｈｅｌｌｅｎｂｅｒｇｅｒ米国特許第５，７５６，３１６号およ
び上記参考文献を参照のこと）。お互いに関して分岐した遺伝子からなる（例え
ば、天然の多様性に由来するかまたは部位指向性変異誘発、エラーが起こりやす
いＰＣＲ、突然変異誘発性の細菌性株を介した経過の適用を通じて、など）この
ようなキメラマルチマーが、適切な宿主に形質転換を起こす場合、これは、ＤＮ
Ａの多様化について核酸の多様性の供給源を提供する。 【０１７３】 宿主の種に形質転換を起こすキメラマルチマーは、インビボ（またはエキソビ
ボ）のシャッフリングプロトコールのための基質として、適切である。あるいは
、部分的な配列類似性または相同性のポリヌクレオチド共有領域の多様性が、宿
主種に形質転換を起こさせ得、そして宿主細胞によりインビボ（またはエキソビ
ボ）で組み換えられ得る。細胞分裂の引き続くラウンドが、ライブラリーを生成
するために使用され得、このメンバーは、モノマー核酸またはプールされた核酸
の、単一で、相同な集団を含む。あるいは、モノマー核酸は、標準的な技術によ
り回復され得、そして記載されたシャッフリングフォーマットのいずれかで繰り
返し組み換えられ得る。 【０１７４】 多様性生成の鎖終結方法もまた、提案されている（たとえば、米国特許第５，
９６５，４０８号および上記参考文献を参照のこと）。このアプローチにおいて
、配列類似性または相同性の１つ以上の遺伝子共有領域に対応する２本鎖ＤＮＡ
が、この遺伝子に特異的なプライマーの存在または非存在下で、組み合わされ、
そして変性される。次いで、この１本鎖ポリヌクレオチドは、ポリメラーゼおよ
び鎖終結試薬（例えば、紫外線、γ線照射もしくはＸ線照射；エチジウムブロマ
イドもしくは他のインターカレーター；ＤＮＡ結合タンパク質（例えば、１本鎖
結合タンパク質、転写活性化因子、もしくはヒストン；多環式芳香族炭化水素；
３価クロムもしくは３価クロム塩；または急速なサーモサイクリングにより媒介
される省略された重合など）の存在下で、アニール化され、そしてインキュベー
トされ、部分的重複分子の産生を生じる。次いで、部分的二重鎖分子（例えば、
部分的に伸長された鎖を含む）が、配列類似性または相同性の変化した程度を共
有するポリヌクレオチドおよびＤＮＡ分子の出発集団に関してキメラであるポリ
ヌクレオチドを生じる複製または部分的複製の引き続くラウンドにおいて、変性
および再アニール化される。必要に応じて、この産物または産物の部分的プール
が、このプロセスにおける１以上の段階で、増幅され得る。鎖の終結方法（上記
に記載されるように）により産生されるポリヌクレオチドは、任意の記載される
フォーマットのいずれかに従って、多様な生成方法（例えば、ＲＳＲ、ＤＮＡシ
ャッフリング）ための適切な基質である。 【０１７５】 多様性が、ＤＮＡシャッフリングを用いた相同性に基づかない方法を使用する
ことにより、さらに増大され得る（これは、上記刊行物に示されるように、そし
て適用は、その正確なフォーマットに依存して、相同または非相同に基づき得る
）。例えば、Ｏｓｔｅｒｍｅｉｅｒら（１９９９）「Ａ ｃｏｍｂｉｎａｔｏｒ
ｉａｌ ａｐｐｒｏａｃｈ ｔｏ ｈｙｂｒｉｄ ｅｎｚｙｍｅｓ ｉｎｄｅｐ
ｅｎｄｅｎｔ ｏｆ ＤＮＡ ｈｏｍｏｌｏｇｙ」Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃ
ｈ．１７：１２０５において記載されるハイブリッド酵素（ＩＴＣＨＹ）の作製
のための増加（ｉｎｃｒｅｍｅｎｔａｌ）短縮が、インビトロ、エキソビボまた
はインビボ多様性の生成方法の１つ以上のラウンドについて、基質として働く最
初の組換えライブラリーを生成するために使用され得る（例えば、ＲＳＲまたは
シャッフリング方法）。 【０１７６】 複数種発現ライブラリーを生成するための方法が記載され（例えば、米国特許
第５，７８３，４３１号；同第５，８２４，４８５号および上記参考文献）、そ
して目的のタンパク質活性を同定するためのそれらの使用が、提案されている（
米国特許第５，９５８，６７２号および上記参考文献）。複数種発現ライブラリ
ーは、一般に、複数の種または株由来のｃＤＮＡ配列またはゲノム配列を含むラ
イブラリーであり、この配列は、発現カセット中、適切な調節配列に作動可能に
連結される。このｃＤＮＡおよび／またはゲノム配列は、必要に応じて無作為に
連結され、さらに多様性を増強する。このベクターは、宿主生物体（例えば、細
菌性種、真核生物細胞）の１つ以上の種における形質転換および発現に適切であ
るシャトルベクターであり得る。いくつかの場合、このライブラリーは、目的の
タンパク質をコードする配列または目的の核酸にハイブリダイズする配列、を予
め選択することによりバイアスをかける。任意のこのようなライブラリーが、本
明細書中に記載される方法のいずれかのための基質として提供され得る。 【０１７７】 いくつかの適用において、シャッフリングの前に、ライブラリー（例えば、増
幅されたライブラリー、ゲノムライブラリー、ｃＤＮＡライブラリー、正規化さ
れたライブラリーなど）もしくは他の基質核酸を予め選択するかもしくは予めス
クリーニングするか、またはその他の方法で、機能的産物をコードする核酸に対
する基質にバイアスをかけることが所望される（シャフリング手順もまた、独立
してこれらの効果を有する）。例えば、抗体操作の場合、任意の記載される方法
による、多様性生成（例えば、ＤＮＡシャッフリング）の前に、インビボ（また
はエキソビボまたはインビトロ）組換え事象を利用することにより、機能的抗原
結合部位を有する抗体に対するシャッフリングプロセスにバイアスをかけること
が可能である。例えば、Ｂ細胞ｃＤＮＡライブラリーに由来する組換えられたＣ
ＤＲは、本明細書中に記載される方法のいずれかに従って、多様性生成（例えば
、ＤＮＡシャッフリング）の前に、増幅され、そしてフレームワーク領域に集め
られる（例えば、Ｊｉｒｈｏｌｔら（１９９８）「Ｅｘｐｌｏｉｔｉｎｇ ｓｅ
ｑｕｅｎｃｅ ｓｐａｃｅ：ｓｈｕｆｆｌｉｎｇ ｉｎ ｖｉｖｏ ｆｏｒｍｅ
ｄ ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｉｔｙ ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ ｒｅｇｉｏｎ
ｓ ｉｎｔｏ ａ ｍａｓｔｅｒ ｆｒａｍｅｗｏｒｋ」Ｇｅｎｅ ２１５：４
７１）。 【０１７８】 ライブラリーが、所望の活性（例えば、結合親和性、酵素活性、抗ウイルス活
性、免疫応答を誘導する能力、抗増殖活性、アジュバント特性など）を有するタ
ンパク質をコードする核酸に対してバイアスをかけられ得る、例えば、特定化さ
れた活性を示すライブラリー由来のクローンを同定した後、このクローンは、Ｄ
ＮＡ変化を導入するための任意の公知の方法（ＤＮＡシャッフリングまたは帰納
的な配列組み換えまたは多様性生成の別の形態を含むがこれらに限定されない）
を使用して、変異誘発され得る。次いで、変異誘発されたホモログを含むライブ
ラリーが、所望の活性についてスクリーニングされ、これは、最初に特定された
活性と同じであるか、または異なり得る。このような手順の例は、米国特許第５
，９３９，２５０号に提示される。所望される活性が、当該分野で公知の任意の
方法により同定され得る。例えば、ＷＯ９９／１０５３９は、遺伝子ライブラリ
ーが、代謝富化細胞から得られる成分と、遺伝子ライブラリーからの抽出物を組
み合わせ、そして所望される活性を示す組み合わせを同定することにより、スク
リーングされ得る。所望される活性を有するクローンが、ライブラリーのサンプ
ルに生物活性基質を挿入し、そして蛍光分析器（例えば、フローサイトメトリ−
デバイス、ＣＣＤ、フルオロメーター、または分光光度計を使用して、所望され
る活性の産物に対応する生物活性蛍光を検出することにより同定され得る。 【０１７９】 ライブラリーはまた、特定される特徴を有する核酸に対してバイアスをかける
（例えば、選択された核酸プローブに対するハイブリダイゼーション）。例えば
、出願ＷＯ ９９／１０５３９は、所望の活性（例えば、酵素活性、例えば、リ
パーゼ、エストラーゼ、プロテアーゼ、グリコシダーゼ、グリコシルトランスフ
ェラーゼ、ホスファターゼ、キナーゼ、オキシゲナーゼ、ペルオキシダーゼ、ヒ
ドロラーゼ、ヒドラターゼ、ニトリラーゼ、トランスアミナーゼ、アミダーゼま
たはアシラーゼ）をコードするポリヌクレオチドが、以下の様式においてゲノム
ＤＮＡ配列の中から同定され得ることを提案する。ゲノムＤＮＡの集団から１本
鎖ＤＮＡ分子が、リガンド結合体化プローブにハイブリダイズされる。このゲノ
ムＤＮＡが、培養されるか、もしくは培養されないいずれかの微生物にか、また
は環境サンプルに由来し得る。あるいは、ゲノムＤＮＡが、多細胞生物体または
その多細胞生物体に由来する組織に由来し得る。 【０１８０】 第２鎖合成は、捕捉媒体からの前放出を伴ってかもしくは伴わずに捕捉におい
て使用されるハイブリダイゼーションプローブから直接的に、または当該分野で
公知の種々の他の戦略によって処理され得る。あるいは、単離された単一鎖ゲノ
ムＤＮＡ集団を、さらにクローニングすることなく断片化し、そしてシャッフリ
ングベースの遺伝子アセンブリプロセスにおいて直接的に使用され得る。このよ
うな方法において、ゲノムライブラリーから誘導される画分集団を、部分的、ま
たはしばしば反対の鎖に対応するほぼ全長ｓｓＤＮＡまたはＲＮＡでアニールす
る。この集団由来の複雑なキメラ遺伝子のアセンブリを、ハイブリダイズしてい
ない画分末端のヌクレアーゼベースの除去、このような画分間の間隙を充填する
ための重合、および引き続く単鎖ライゲーションによって媒介される。この親の
鎖を、消化（ＲＮＡまたはウラシルが含有する場合）、変性条件下での磁気分離
（このような分離に対して誘導性の様式で標識される場合）および他の利用可能
な分離／精製方法によって除去し得る。あるいは、親の鎖は、必要に応じて、キ
メラ鎖と共に同時精製され、そして続くスクリーニング工程およびプロセッシン
グ工程の間に除去される。Ａｆｆｈｏｌｔｅｒの「Ｓｉｎｇｌｅ−ｓｔｒａｎｄ
ｅｄ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｔｅｍｐｌａｔｅ−ｍｅｄｉａｔｅｄ ｒｅ
ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ ａｎｄ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｆｒａｇｍｅｎ
ｔ ｉｓｏｌａｔｉｏｎ」（２０００年３月２日に出願されたＵＳＳＮ６０／１
８６，４８２）ならびにＰａｔｔｅｎおよびＳｔｅｍｍｅｒの「Ｍｅｔｈｏｄｓ
ａｎｄ Ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｓ ｆｏｒ Ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ Ｅｎ
ｇｉｎｅｅｒｉｎｇ」（ＷＯ９８／２７２３０）に記載されるように、単鎖テン
プレートおよびこのテンプレートの一部と結合する目的の核酸を使用するシャッ
フリングがまた、実施され得る。 【０１８１】 １つのアプローチにおいて、単鎖分子を、二重鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）に導き
、そしてｄｓＤＮＡ分子をリガンド媒介結合によって固体支持体に結合する。未
結合のＤＮＡの分離の後に、選択したＤＮＡ分子を支持体から取り外し、そして
適切な宿主細胞に導入し、プローブとハイブリダイズするライブラリー増強配列
を生成する。この様式で生成されたライブラリーは、本明細書中で記載される任
意のシャッフリング反応のために所望の基質を提供する。 【０１８２】 核酸およびポリペプチドを生成する「非確率的」方法は、Ｓｈｏｒｔ，Ｊの「
Ｎｏｎ−Ｓｔｏｃｈａｓｔｉｃ Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｏｆ Ｇｅｎｅｔｉｃ
Ｖａｃｃｉｎｅｓ ａｎｄ Ｅｎｚｙｍｅｓ」（ＷＯ００／４６３４４）に記
載されている。これらの方法（本明細書において以下に概要が説明される、提案
された非確率的ポリヌクレオチドアセンブリならびに遺伝子部位飽和変異誘発お
よび合成ライゲーションポリヌクレオチドアセンブリ法を含む）は、同様に本発
明に適用され得る。 【０１８３】 多様化の前にライブラリーを富化するために適切な上記の任意の技術は、様々
な産生方法によって産生される産物、または産物のライブラリーをスクリーニン
グするために使用され得ることが容易に理解される。 【０１８４】 １以上のさらなる核酸を用いて、本発明の１以上のポリヌクレオチドを反復的
に組換えることによって産生された組換え核酸はまた、本発明の一部を形成する
。１以上のさらなる核酸は、本発明の別のポリヌクレオチドを含み得：必要に応
じて、あるいは、またはさらに、１以上のさらなる核酸は、例えば、天然に存在
するインターフェロン−αもしくはそのサブ配列をコードする核酸、または任意
の相同性インターフェロンα−配列もしくはそのサブ配列、またはインターフェ
ロンβ配列もしくはそのサブ配列（例えば、ＧｅｎＢａｎｋもしくは他の利用可
能な文献に見出されるようなインターフェロンαもしくはインターフェロンβ配
列）、あるいは、例えば、任意の他の相同性または非相同性核酸（上記の特定の
組換え形態、特に、組換えのために相同性を必要としない、合成的またはインシ
リコ（ｉｎ ｓｉｌｉｃ）で実施された形態）を含み得る。 【０１８５】 この組換え工程を、上記を参照してより詳細に記載されるように、インビボ、
エキソビボ、インビトロ、またはインシリコで実施し得る。本発明においてまた
、以下を含む：得られる任意の組換え核酸、本明細書に記載される核酸の多様性
産生、組換え、または反復組換えによって産生される核酸ライブラリーを含む細
胞、ならびにライブラリーを含むか、このような別の核酸を用いて本明細書中に
記載されるような核酸、もしくはさらなる核酸の多様性産生または組換え（また
は反復組換え）から生じる任意の組換え核酸を含む、細胞、ベクター、ウイルス
、プラスミドなどの集団。コンピュータシステムまたはコンピュータ読み取り可
能な媒体中のデータベースに並べた対応する配列は、本発明の特徴である。 【０１８６】 （他のポリヌクレオチド組成物） 本発明はまた、本発明の２以上のポリヌクレオチド（例えば、組換えのための
基質）を含む組成物を含む。この組成物は、組換え核酸のライブラリーを含み得
、ここで、このライブラリーは、少なくとも２、３、５、１０、２０、または５
０以上の核酸を含む。この核酸は、必要に応じて、発現ライブラリーを提供する
発現ベクターにクローニングされる。 【０１８７】 本発明はまた、制限エンドヌクレアーゼ、ＲＮアーゼ、またはＤＮアーゼ（例
えば、上記の特定の組換え形態において実施される）を用いて１以上のポリヌク
レオチドを消化することによって産生される組成物；および機械的手段（例えば
、音波破砕、ボルテックスなど）による本発明の１以上の本発明のポリヌクレオ
チドを断片化または剪断することによって産生される組成物を含み、これはまた
、上記の方法における組換えのための基質を提供するために使用さえ得る。同様
に、本発明の１以上核酸に対応するオリゴヌクレオチドのセットを含む組成物は
、組換え基質として有用であり、そして本発明の特徴である。逆に、これらの断
片化した混合物、剪断した混合物、またはオリゴヌクレオチド合成混合物は、断
片化した核酸セットとして言及される。 【０１８８】 本発明はまた、リボヌクレオチド三リン酸またはデオキシリボヌクレオチド三
リン酸のおよび核酸ポリメラーゼの存在下で、１以上の断片化核酸セットをイン
キュベートすることによって産生された組成物を含む。この得られた組成物は、
上記の多くの組換え形態のために組換え混合物を形成する。この核酸ポリメラー
ゼは、ＲＮＡポリメラーゼ、ＤＮＡポリメラーゼ、またはＲＮＡ特異的ＤＮＡポ
リメラーゼ（例えば、「逆転写酵素」）であり得；このポリメラーゼは、例えば
、耐熱性ＤＮＡポリメラーゼ（例えば、ＶＥＮＴ、ＴＡＱなど）であり得る。 【０１８９】 （インターフェロンホモログポリペプチド） 本発明は、単離されたまたは組換えインターフェロンαホモログポリペプチド
を提供し、これはまた、本明細書において「インターフェロンαホモログ」また
は「インターフェロンホモログ」または「ＩＦＮαホモログ」または「ＩＮＦホ
モログ」と呼ばれる。本発明の単離したまたは組換えインターフェロンホモログ
ポリペプチドは、配列番号３６〜配列番号７０および配列番号７９〜配列番号８
５の選択された配列、およびその保存的に改変された改変体、および例えば、非
ヒトＤａｕｄｉ細胞株ベースのアッセイ（または他の同様のアッセイ）において
抗増殖活性を有する画分、ならびに／または例えば、マウス細胞株／ＥＭＣＶベ
ースのアッセイ（または他の同様のアッセイ）において抗ウイルス活性を有する
画分を含むポリペプチドを含む。本発明に従う、例示的なインターフェロンホモ
ログポリペプチド配列のアライメントを、図１に提供する。互いに対する、また
は公知の天然に存在するインターフェロンαに対する本発明のポリペプチド配列
のアライメントは、公に利用可能なデータベースおよびアライメントプログラム
を使用して当業者によって容易に実施される。 【０１９０】 本発明はまた、配列番号３６−７０または配列番号７１のいずれか１個の少な
くとも約１００、１２０、１３０、１４０、１５０、１５５、１６０、１６３、
１６５、または１６６の連続アミノ酸を含むポリペプチドを含む。１つの局面に
おいて、上記のアミノ酸配列は、アミノ酸Ｌｙｓ１６０およびＧｌｕ１６６を含
み、ここで、この配列のアミノ酸の番号付けは、配列番号３６のものに対応する
。 【０１９１】 いくつかの結果は、ヒトおよび非ヒト供給源由来の、公知の天然に存在するイ
ンターフェロンαおよび他のインターフェロンＩ型（β、δ、ω、およびτイン
ターフェロンを含む）の配列と、本発明の例示的配列（図１）との比較から得ら
れ得る。このような配列は、ＧｅｎＢａｎｋ、およびＰｆａｍ（タンパクシツフ
ァミリー）ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓａｎｇｅｒ．ａｃ．ｕｋ／Ｓｏｆｔｗａｒ
ｅ／Ｐｆａｍ／ｉｎｄｅｘ．ｓｈｔｍｌ．などの種々の供給源から容易に利用可
能である。 【０１９２】 本発明のいくつかのインターフェロンホモログポリペプチド配列において、公
知の天然に存在するヒトまたは非ヒトのインターフェロンＩ型配列の等価な位置
に現れない以下のアミノ酸残基（「グループＩ」残基と表示される）の存在が、
特に注目される。 【０１９３】 （グループＩ：）Ａｓｐ１１；Ｐｒｏ１４；Ａｒｇ５０；Ｐｈｅ５５；Ａｓｐ
７５；Ａｓｎ８０；Ｐｒｏ１１１；Ｌｅｕ１２４；Ｇｌｕ１３４；Ｓｅｒ１４０
、およびＡｌａ１４３；配列番号３６として同定された成熟インターフェロンホ
モログ配列に対応して、番号付けされた残基を有する。 【０１９４】 本発明のいくつかのインターフェロンホモログポリペプチド配列において、公
知の天然に存在するヒトのインターフェロンαサブタイプ配列の等価位置に現れ
ない以下のアミノ酸残基（「グループＩＩ」残基と表示される）の存在がまた、
特に注目される。 【０１９５】 （グループＩＩ：）Ｐｒｏ９；（Ｌｙｓ，Ｓｅｒ）１２；（Ｔｈｒ，Ｖａｌ）
２４；Ｇｌｎ３４；Ａｒｇ４０；Ｓｅｒ４５；Ａｒｇ４７；Ｌｅｕ５６；Ｉｌｅ
６０；Ｐｈｅ６７；Ａｌａ７９，Ｇｌｙ８８；Ｈｉｓ９０；Ａｒｇ９１；Ｇｌｕ
９５；Ｖａｌ１０１；（Ｇｌｙ、Ａｌａ）１０４；Ｖａｌ１１２；Ｇｌｙ１１４
；Ｐｒｏ１１６；Ｌｙｓ１３３；およびＨｉｓ１３６。 【０１９６】 他の実施形態において、このインターフェロンホモログポリペプチドは、配列
番号３６−７０のいずれか１つの、少なくとも２０、５０、１００、１５０、１
５５、もしくは１６０個以上の連続アミノ酸、および／または１以上のアミノ酸
Ａｌａ１９、（ＴｈｒもしくはＧｌｎ）３４、Ｇｌｙ３７、Ｐｈｅ３８、Ｌｙｓ
７１、Ａｌａ７１、Ａｌａ７６、Ｔｙｒ９０、Ｉｌｅ１３２、Ａｒｇ１３４、Ｐ
ｈｅ１５２、Ｌｙｓ１６０、およびＧｌｕ１６６を含み、ここで、アミノ酸の番
号付けは配列番号３６、またはアミノ酸Ｐｒｏ９、（ＬｙｓもしくはＳｅｒ）１
２、（ＴｈｒもしくはＶａｌ）２４、Ｇｌｎ３４、Ａｒｇ４０、Ｓｅｒ４５、Ａ
ｒｇ４７、Ｌｅｕ５６、Ｉｌｅ６０、Ｐｈｅ６７、Ａｌａ７９、Ｇｌｙ８８、Ｈ
ｉｓ９０、Ａｒｇ９１、Ｇｌｕ９５、Ｖａｌ１０１、（Ｇｌｙ、Ａｌａ）１０４
、Ｖａｌ１１２、Ｇｌｙ１１４、Ｐｒｏ１１６、Ｌｙｓ１３３、およびＨｉｓ１
３６の１以上に対応し、ここで、上記のポリペプチド配列中のアミノ酸の番号付
けは、配列番号３６のアミノ酸配列の個々のアミノ酸の番号付けに対応する。従
って、例えば、この実施形態において、インターフェロンポリペプチドは、以下
を含むアミノ酸配列を含む：この配列のアミノ酸位置９のプロリン残基、位置１
２のリジンまたはセリン残基、位置２４のトレオニンまたはバリン残基、位置３
４のグルタミン残基、位置４０のアルギニン残基など。このようなポリペプチド
は、ヒトＤａｕｄｉ細胞株ベースの増殖アッセイ（例えば、少なくとも約８．３
×１０⁶単位／ｍｇ）における抗増殖活性および／またはヒトＷＩＳＨ細胞／Ｅ
ＭＣＶベースのアッセイ（少なくとも約２．１×１０⁷単位／ｍｇ）における抗
ウイルス活性を示し得る。いくらかのこのようなポリペプチドは、ヒトαインタ
ーフェロンレセプターに結合する。いくらかのこのようなポリペプチドは、１６
６アミノ酸長である。別の局面において、このようなポリペプチドは、配列番号
３６〜配列番号５４のグループのいずれかから選択される配列を含み得る。 【０１９７】 本発明の任意のポリペプチドの抗増殖活性は、一般に、細胞もしくはその一部
により増殖させるか、または迅速にかつしばしば繰返して新しい細胞増殖を提供
させる、ポリペプチドの容量もしくは能力に関連する。 【０１９８】 本発明は、さらにポリペプチド（例えば、配列番号３６〜７１または配列番号
７９〜８５のいずれか）またはポリペプチドをコードする核酸（例えば、配列番
号１〜３５または配列番号７２〜７８のいずれか）を含み、ここで、上記ペプチ
ドは、当業者に周知の抗新脈管形成アッセイによって測定されるような抗新脈管
形成活性を有する。 【０１９９】 本発明は、以下をさらに含む： （ａ）上記の１以上のグループＩのアミノ酸残基を含む、任意のインターロイ
キンαポリペプチド； （ｂ）以下の配列の、本文脈中で上記の１以上のグループＩＩアミノ酸残基を
含む任意のインターロイキンαポリペプチド：ヒト様インターロイキン配列（す
なわち、ヒトインターロイキンに対して高いレベルの類似性または相同性を示す
配列）、または添付の配列リストに列挙される任意の配列またはその画分に対し
て高度の類似性または相同性である（すなわち、８０％、９０％、９５％、９６
％、９７％、９８％以上のパーセント配列相同性または配列同一性を有する）配
列； （ｃ）以下の残基の組合せを含む任意のインターフェロンαポリペプチドであ
って、このポリペプチドは、インターフェロンＩ型レセプターと相互作用すると
公知であるか、または提案されているインターフェロンα分子の領域に局在化し
ているか、または隣接している。このような配列の組合せ（モチーフ）は、任意
の公知の天然に存在するヒトまたは非ヒトインターフェロンＩ型の等価な位置に
存在しない： （ｉ）（ＴｙｒもしくはＧｌｎ）３４；およびＩｌｅ１３２もしくはＡｒｇ１
３４；あるいは （ｉｉ）Ａｓｐ７８、Ｇｌｕ７９、または（ＡｓｐもしくはＴｈｒ）８０；お
よびＩｌｅｌ３２もしくはＡｒｇＩ３４。 【０２００】 別の実施形態において、本発明は、配列番号７１に示される配列を含むインタ
ーフェロンαホモログを提供する：ＣＤＬＰＱＴＨＳＬＧ−Ｘ₁₁−Ｘ₁₂−ＲＡ−
Ｘ₁₅−Ｘ₁₆−ＬＬ−Ｘ₁₉−ＱＭ−Ｘ₂₂−Ｒ−Ｘ₂₄−Ｓ−Ｘ₂₆−ＦＳＣＬＫＤＲ−
Ｘ₃₄−ＤＦＧ−Ｘ₃₈−Ｐ−Ｘ₄₀−ＥＥＦＤ−Ｘ₄₅−Ｘ₄₆−Ｘ₄₇−ＦＱ−Ｘ₅₀−Ｘ ₅₁ −ＱＡＩ−Ｘ₅₅−Ｘ₅₆−Ｘ₅₇−ＨＥ−Ｘ₆₀−Ｘ₆₁−ＱＱＴＦＮ−Ｘ₆₇−ＦＳＴ
Ｋ−Ｘ₇₂−ＳＳ−Ｘ₇₅−Ｘ₇₆−Ｗ−Ｘ₇₈−Ｘ₇₉−Ｘ₈₀−ＬＬ−Ｘ₈₃−Ｋ−Ｘ₈₅−
Ｘ₈₆−Ｔ−Ｘ₈₈−Ｌ−Ｘ₉₀−ＱＱＬＮ−Ｘ₉₅−ＬＥＡＣＶ−Ｘ₁₀₁−Ｑ−Ｘ₁₀₃−
Ｖ−Ｘ₁₀₅−Ｘ₁₀₆−Ｘ_I07−Ｘ₁₀₈−ＴＰＬＭＮ−Ｘ₁₁₄−Ｄ−Ｘ₁₁₆−ＩＬＡＶ−
Ｘ₁₂₁−ＫＹ−Ｘ₁₂₄−ＱＲＩＴＬＹＬ−Ｘ₁₃₂−Ｅ−Ｘ₁₃₄−ＫＹＳＰＣ−Ｘ₁₄₀
−ＷＥＶＶＲＡＥＩＭＲＳＦＳＦＳＴＮＬＱＫＲＬＲＲＹＥ、またはそれらの連
続的に置換された改変体、ここで、Ｘ₁₁は、ＮまたはＤであり；Ｘ₁₂はＲ，Ｓ，
またはＫであり；Ｘ₁₅はＬまたはＭであり；Ｘ₁₆はＩ，Ｍ，またはＶであり；Ｘ ₁₉ はＡまたはＧであり；Ｘ₂₂はＧまたはＲであり；Ｘ₂₄はＩまたはＴであり；Ｘ ₂₆ はＰまたはＨであり；Ｘ₃₄はＨ，ＹまたはＱであり；Ｘ₃₈はＦまたはＬであり
；Ｘ₄₀はＱまたはＲであり；Ｘ₄₅はＧまたはＳであり；Ｘ₄₆はＮまたはＨであり
；Ｘ₄₇はＱまたはＲであり；Ｘ₅₀はＫまたはＲであり；Ｘ₅₁はＡまたはＴであり
；Ｘ₅₅はＳまたはＦであり；Ｘ₅₆はＶまたはＡであり；Ｘ₅₇はＬまたはＦであり
；Ｘ₆₀はＭまたはＩであり；Ｘ₆₁はＩまたはＭであり；Ｘ₆₇はＬまたはＦであり
；Ｘ₇₂はＤまたはＮであり；Ｘ₇₅はＡまたはＶであり；Ｘ₇₆はＡまたはＴであり
；Ｘ₇₈はＥまたはＤであり；Ｘ₇₉はＱまたはＥであり；Ｘ₈₀はＳ，Ｒ，Ｔ，また
はＮであり；Ｘ₈₃はＥまたはＤであり；Ｘ₈₅はＦまたはＬであり；Ｘ₈₆はＳまた
はＹであり；Ｘ₈₈はＥまたはＧであり；Ｘ₉₀はＹ，Ｈ，Ｎであり；Ｘ₉₅はＤ，Ｅ
，またはＮであり；Ｘ₁₀₁はＩ，Ｍ，またはＶであり；Ｘ₁₀₃はＥまたはＧであり
；Ｘ₁₀₅はＧまたはＷであり；Ｘ₁₀₆はＶまたはＭであり；Ｘ₁₀₇はＥ，Ｇ，また
はＫであり；Ｘ₁₀₈はＥまたはＧであり；Ｘ₁₁₄はＶ，Ｅ，またはＧであり；Ｘ_{11 6} はＳまたはＰであり；Ｘ₁₂₁はＫまたはＲであり；Ｘ₁₂₄はＦまたはＬであり；
Ｘ₁₃₂はＴ，Ｉ，またはＭであり；Ｘ₁₄₀は、ＡまたはＳであり；あるいは上記配
列番号７１の画分である。別の局面において、配列番号７１のインターフェロン
ホモログポリペプチド、またはそれらの画分は、ヒトＤａｕｄｉ細胞株ベースの
増殖アッセイにおける抗増殖活性（少なくとも約８．３×１０⁶単位／ｍｇ）お
よび／またはヒトＷＩＳＨ細胞／ＥＭＣＶベースアッセイにおける抗ウイルス活
性（少なくとも約２．１×１０⁷単位／ｍｇ）を示す。これらのアッセイの両方
は、以下により詳細に記載されている。このようなポリペプチドは、配列番号３
６〜配列番号５４の群のアミノ酸配列を含み得るか、または配列番号１〜配列番
号１９の群のヌクレオチド配列によってコードされ得る。 【０２０１】 本明細書中に記載されるインターフェロンホモログポリペプチドのフラグメン
トはまた本発明の特徴である。本発明のインターフェロンαホモログフラグメン
トは、代表的に、配列番号３６〜７１または配列番号７９〜８５のうちのいずれ
か１つの、少なくとも約２０、２５または３０個、および代表的には少なくとも
約４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個の連続アミノ酸を含む
インターフェロンホモログポリペプチドを含む。他の実施形態において、このフ
ラグメントは、通常、配列番号３６〜７１または配列番号７９〜８５のうちのい
ずれか１つの、少なくとも１００、１１０、１２０、１２５、１３０、１４０、
１５０、１５５、１５８、１６０、１６２、１６３、１６４、または１６５個の
連続アミノ酸を含む。このようなポリペプチドフラグメントは、ヒトＤａｕｄｉ
細胞株ベースのアッセイにおける抗増殖活性および／またはヒトもしくはマウス
の細胞株／ＥＭＣＶベースのアッセイにおける抗ウイルス活性を有し得る。 【０２０２】 他の実施形態において、本発明は、１６６アミノ酸の長さを有するポリペプチ
ドを提供し、いくつかのそのような実施形態において、このようなポリペプチド
は、ヒトＤａｕｄｉ細胞株ベースのアッセイ（または他の類似のアッセイ）にお
いて抗増殖活性（例えば、少なくとも約８．３×１０⁶単位／ｍｇを含む）を有
し、そして／またはヒトＷＩＳＨ細胞株／ＥＭＣＶベースのアッセイ（または他
の類似のアッセイ）において抗ウイルス活性（例えば、少なくとも約２．１×１
０⁷単位／ｍｇを含む）を有する。 【０２０３】 他の実施形態において、本発明は、以下：（ａ）配列番号１〜配列番号３５も
しくは配列番号７２〜配列番号７８；（ｂ）配列番号３６〜７０もしくは配列番
号７９〜配列番号８５のいずれかから選択される第１のポリペプチドをコードす
るコード化ポリヌクレオチド配列；ならびに（ｃ）少なくとも高度にストリンジ
ェントなハイブリダイゼーション条件（または超高度にストリンジェントな条件
または超超高度にストリンジェントな条件）下で、（ａ）または（ｂ）のポリヌ
クレオチド配列の実質的に全ての長さに渡ってハイブリダイズする相補鎖ポリヌ
クレオチド配列のいずれかを含むコード化ポリヌクレオチド配列によってコード
されるタンパク質の、少なくとも１００、１５０、１５５、または１６０個の連
続アミノ酸を含むポリペプチドを提供する。このようなポリペプチドは、ヒトＤ
ａｕｄｉ細胞株ベースのアッセイ（または他の類似のアッセイ）において抗増殖
活性を有し、そして／またはヒトＷＩＳＨ細胞株／ＥＭＣＶベースのアッセイ（
または他の類似のアッセイ）において抗ウイルス活性を有し得る。本発明のいく
つかのこのようなポリペプチドは、ヒトαインターフェロンレセプターに特異的
に結合する。本発明のポリペプチドおよび核酸は、配列番号３６〜７１のいずれ
かのポリペプチドもしくはそのフラグメント（本明細書中に記載されるアッセイ
において抗ウイルス活性または抗増殖活性を有するものを含む）を含む標的分子
または関連分子の対応する配列、または配列番号１〜３５のいずれかの核酸もし
くはそのフラグメント（本明細書中に記載されるアッセイにおいて抗ウイルス活
性または抗増殖活性を有するものを含む）に、同一である必要はないが、実質的
に同一である。ポリペプチドは、種々の変更、例えば、保存的または非保存的の
いずれかでの挿入、欠失および置換に供され得、ここで、このような変更は、そ
の用途において特定の利点を提供し得る。本発明のポリペプチドは、このポリペ
プチドが天然に存在するインターフェロンポリペプチド分子または既知のインタ
ーフェロンポリペプチド分子における配列と実質的に同一な（以下に規定される
ような）配列を含むかまたはこれらに対してパーセント同一性を有する限り、多
数の様式で改変され得る。 【０２０４】 比較的に短い（約３０残基未満）アミノ酸配列の整列および比較は、代表的に
簡単である。より長い配列の比較は、２つの配列の最適な整列を達成するための
より洗練された方法を必要とし得る。比較ウィンドウを整列するための最適な配
列整列は、ＳｍｉｔｈおよびＷａｔｅｒｍａｎ（１９８１）Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．
Ｍａｔｈ．２：４８２の局所相同性アルゴリズムによってか、Ｎｅｅｄｌｅｍａ
ｎおよびＷｕｎｓｃｈ（１９７０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３の相同
性整列アルゴリズムによってか、ＰｅａｒｓｏｎおよびＬｉｐｍａｎ（１９８８
）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）８５：２４４４の類似
性に関する検索方法によってか、これら：ＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ
およびＴＦＡＳＴＡ（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒ
ｅ Ｐａｃｋａｇｅ Ｒｅｌｅａｓｅ ７．０，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕ
ｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ
）のアルゴリズムのコンピューター化された実装によってか、または検査によっ
て実施され得、そして種々の方法によって作製された最適整列（すなわち、比較
ウィンドウ上で最も高い配列類似性のパーセンテージを生じる）が選択される。 【０２０５】 用語、配列同一性は、比較ウィンドウ上で２つのポリヌクレオチド配列が（す
なわち、１ヌクレオチドずつの基礎に基づいて）同一であることを意味する。用
語「配列同一性のパーセンテージ」または「パーセント配列同一性」は、比較ウ
ィンドウ上で最適に整列される２つの配列を比較すること、両配列において同一
残基が生じる位置の数を決定して一致した位置の数を得ること、一致した位置の
数を比較ウィンドウ中の位置の総数（すなわちウィンドウサイズ）で除算するこ
と、および結果に１００で乗算して配列同一性のパーセンテージを得ることによ
って算出される。１つの局面において、本発明は、配列番号１〜３５もしくは配
列番号７２〜７８のいずれかの核酸またはそのフラグメントと、少なくとも約８
０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％
以上のパーセント配列同一性を有するインターフェロン相同性核酸を提供する。 【０２０６】 ポリペプチドに適用される場合、用語、実質的な同一性は、２つのペプチド配
列が、最適に整列される場合（例えば、デフォルトギャップ重量を用いてプログ
ラムＧＡＰまたはＢＥＳＴＦＩＴによって（以下に詳細に記載される））に、少
なくとも約８０パーセントの配列同一性、好ましくは少なくとも約９０パーセン
トの配列同一性、より好ましくは少なくとも約９５パーセントの配列同一性また
はより多く（例えば、９７、８８、または９９パーセントの配列同一性）を共有
することを意味する。好ましくは同一でない残基位置は、保存的アミノ酸置換で
異なる。保存的アミノ酸置換は、類似の側鎖を有する残基の交換可能性をいう。
例えば、脂肪族側鎖を有するアミノ酸の群は、グリシン、アラニン、バリン、ロ
イシンおよびイソロイシンであり；脂肪族−ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸
の群は、セリンおよびスレオニンであり；アミド含有側鎖を有するアミノ酸の群
は、アスパラギンおよびグルタミンであり；芳香族側鎖を有するアミノ酸の群は
、フェニルアラニン、チロシンおよびトリプトファンであり；塩基性側鎖を有す
るアミノ酸の群は、リジン、アルギニン、およびヒスチジンであり；そして、イ
オウ含有側鎖を有するアミノ酸の群は、システインおよびメチオニンである。好
ましい保存的アミノ酸置換の群は、以下である：バリン−ロイシン−イソロイシ
ン、フェニルアラニン−チロシン、リジン−アルギニン、アラニン−バリン、お
よびアスパラギン−グルタミン。１つの局面において、本発明は、配列番号３６
〜７１もしくは配列番号７９〜８５のいずれかのポリペプチドまたはそのフラグ
メントと、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９
８％、９９％、９９．５％以上のパーセント配列同一性を有するインターフェロ
ン相同性ポリペプチドを提供する。 【０２０７】 パーセント配列同一性および配列類似性を決定するのに適しているアルゴリズ
ムの好ましい例は、ＦＡＳＴＡアルゴリズムであり、これは、Ｐｅａｒｓｏｎ，
Ｗ．Ｒ．およびＬｉｐｍａｎ，Ｄ．Ｊ．、１９８８、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａ
ｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：２４４４に記載される。Ｗ．Ｒ．Ｐｅａｒｓｏ
ｎ，１９９６，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．２６６：２２７−２５８もま
た参照のこと。パーセント同一性を算出するためにＤＮＡ配列のＦＡＳＴＡ整列
に使用される好ましいパラメーターは、最適化され、以下である：ＢＬ５０マト
リックス１５：−５、ｋ−ｔｕｐｌｅ＝２；連結（ｊｏｉｎｉｎｇ）ペナルティ
＝４０、最適化（ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ）＝２８；ギャップペナルティ−１
２、ギャップの長さのペナルティ＝−２；および幅＝１６。 【０２０８】 パーセント配列同一性および配列類似性を決定するのに適しているアルゴリズ
ムの別の好ましい例は、ＢＬＡＳＴアルゴリズムおよびＢＬＡＳＴ ２．０ ア
ルゴリズムであり、これは、Ａｌｔｓｃｈｕｌら、１９７７、Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ
ｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２およびＡｌｔｓｃｈｕｌら、１９９０、
Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−４１０にそれぞれ記載される。ＢＬＡ
ＳＴおよびＢＬＡＳＴ ２．０を本明細書中に記載されるパラメーターを用いて
使用して、本発明の核酸およびタンパク質のパーセント配列同一性を決定する。
ＢＬＡＳＴ分析を実行するためのソフトウェアは、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔ
ｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ｈｔｔ
ｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／）を通じて公に利用可能
である。このアルゴリズムは、問い合わせ配列中の長さＷの短いワードを同定す
ることによって高スコア付け配列対（ＨＳＰ）を最初に同定することを含み、こ
では、データベース配列中で同じ長さのワードと整列した場合に同じポジティブ
に値付けられた閾値スコアＴを、一致するかまたは満たすかのいずれかである。
Ｔは、隣接ワードスコア閾値として参照される（Ａｌｔｓｃｈｕｌら、前出）。
これらの最初の隣接ワードヒットは、これらを含むより長いＨＳＰを見出すため
の検索を開始するための種として作用する。ワードヒットは、累積的整列スコア
が増加し得る限り、各配列に沿って両方向に伸長される。累積スコアは、ヌクレ
オチド配列に関しては、パラメーターＭ（一致する残基対に関する見返りスコア
（ｒｅｗａｒｄ ｓｃｏｒｅ）；常に＞０）およびパラメーターＮ（ミスマッチ
残基に関するペナルティスコア；常に＜０）を用いて算出される。アミノ酸配列
に関しては、スコア付けマトリックスは、累積スコアを算出するために使用され
る。各方向におけるワードヒットの伸長は、以下の場合に停止される：累積アラ
イメントスコアがその最大に達成された値から量Ｘ落ちる場合；累積スコアが、
１つ以上の負のスコア付けの残基整列の蓄積に起因して、０またはそれより下に
行く場合；またはいずれかの配列の末端に達する場合。ＢＬＡＳＴアルゴリズム
パラメーターＷ、Ｔ、およびＸは、整列の感度および速度を決定する。ＢＬＡＳ
ＴＮプログラム（ヌクレオチド配列に関して）は、１１のワード長さ（Ｗ）、１
０の期待値（Ｅ）、Ｍ＝５、Ｎ＝−４および両鎖の比較をデフォルトとして使用
する。アミノ酸配列に関しては、ＢＬＡＳＴＰプログラムは、３のワード長さ、
および１０の期待値（Ｅ）、およびＢＬＯＳＵＭ６２スコア付け行列（Ｈｅｎｉ
ｋｏｆｆおよびＨｅｎｉｋｏｆｆ（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ
．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８９：１０９１５を参照のこと）５０の整列（Ｂ）、１
０の期待値（Ｅ）、Ｍ＝５、Ｎ＝−４、および両鎖の比較をデフォルトとして使
用する。 【０２０９】 ＢＬＡＳＴアルゴリズムはまた、２つの配列間の統計的な類似性分析を実行す
る（例えば、ＫａｒｌｉｎおよびＡｌｔｓｃｈｕｌ（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａ
ｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９０：５８７３−５７８７を参照のこ
と）。ＢＬＡＳＴアルゴリズムによって提供される類似性の１つの測定は、最小
の和可能性（Ｐ（Ｎ））であり、これは、２つのヌクレオチド間または２つのア
ミノ酸間の一致が偶然生じる可能性の指標を提供する。例えば、参照核酸に対す
る試験核酸の比較におけるこの最小の和可能性が、約０．２よりも小さい場合、
より好ましくは約０．０１よりも小さい場合、最も好ましくは約０．００１より
も小さい場合、核酸は、参照配列に類似すると考えられる。 【０２１０】 有用なアルゴリズムの別の例は、ＰＩＬＥＵＰである。ＰＩＬＥＵＰは、漸進
性のペアでの整列を使用して、関連配列の群から複数の配列整列を作成し、関連
およびパーセント配列同一性を示す。整列を作製するために使用されるクラスタ
ー関係を示す系図または樹状図がまた、プロットされる。ＰＩＬＥＵＰは、Ｆｅ
ｎｇおよびＤｏｏｌｉｔｔｌｅ（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅｖｏｌ．３５：３５
１−３６０の漸進性整列方法の平易化を使用する。使用される方法は、Ｈｉｇｇ
ｉｎｓおよびＳｈａｒｐ（１９８９）ＣＡＢＩＯＳ ５：１５１−１５３によっ
て記載される方法と類似する。このプログラムは、３００配列の５，０００ヌク
レオチドまたはアミノ酸の各最大長まで整列され得る。この複数整列手順は、２
つの最も類似した配列のペアでの整列で始まり、２つの整列した配列のクラスタ
ーを産生する。次いで、このクラスターは、次の最も関連する配列または整列さ
れた配列のクラスターに、整列される。２つの配列クラスターは、２つの個々の
配列のペアでの整列の単純な伸長によって整列される。最終的な整列は、一連の
漸進性のペアでの整列によって達成される。このプログラムは、特異的配列およ
び配列比較の領域に対するそのアミノ酸同格物またはヌクレオチド同格物を指定
すること、およびプログラムパラメーターを指定することによって作動される。
ＰＩＬＥＵＰを用いて、参照配列は、以下のパラメーター：デフォルトギャップ
重量（３．００）、デフォルトギャップ長さの重量（０．１０）、および加重さ
れた末端ギャップ用いてパーセント配列同一性関係を決定するために他の試験配
列と比較される。ＰＩＬＥＵＰは、ＧＣＧ配列分析ソフトウェアパッケージ（例
えば、第７版）から得ることができる（Ｄｅｖｅｒｅａｕｘら（１９８４）Ｎｕ
ｃ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１２：３８７−３９５）。 【０２１１】 複数のＤＮＡ配列整列およびアミノ酸配列整列に適しているアルゴリズムの別
の好ましい例は、ＣＬＵＳＴＡＬＷプログラムである（Ｔｈｏｍｐｓｏｎ，Ｊ．
Ｄ．ら（１９９４）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．２２：４６７３−４６８０
）。ＣｌｕｓｔａｌＷは、配列群の間の、多数のペアでの比較を実行し、そして
これらを相同性に基づいて複数の整列に構築する。ＧａｐオープンおよびＧａｐ
伸長ペナルティは、それぞれ、１０および０．０５であった。アミノ酸配列に関
しては、ＢＬＯＳＵＭアルゴリズムがタンパク質重量行列として使用され得る（
ＨｅｎｉｋｏｆｆおよびＨｅｎｉｋｏｆｆ（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ
Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８９：１０９１５−１０９１９）。 【０２１２】 （本発明のポリペプチドの作製） 本発明のインターフェロンホモログポリペプチドを産生および単離するための
組換え方法は、上記される。組換え産生に加えて、このポリペプチドは、固相技
術を使用して直接的なペプチド合成によって産生され得る（Ｓｔｅｗａｒｔら（
１９６９）Ｓｏｌｉｄ−Ｐｈａｓｅ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ、Ｗ
．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ Ｃｏ、Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ；Ｍｅｒｒｉｆｉｅ
ｌｄ，Ｊ．（１９６３）Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．８５：２１４９−２１５
４を参照のこと）。ペプチド合成は、手動の技術を用いてかまたは自動化によっ
て実行され得る。自動化合成は、例えば、製造者らによって提供される指示書に
従ってＡｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ ４３１Ａ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓ
ｙｎｔｈｅｓｉｚｅｒ（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ、Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ、
Ｃａｌｉｆ．）を用いて達成され得る。例えば、サブ配列は、別々に化学合成さ
れても、化学方法を用いて組み合わせて化学合成されてもよく、全長インターフ
ェロンホモログを提供する。上記により詳細に議論されるように、本発明のイン
ターフェロンホモログポリペプチドのフラグメントはまた、本発明の特徴であり
、そして上記の手順を用いることによって合成され得る。 【０２１３】 本発明のポリペプチドは、細胞集団に本発明の核酸を導入すること（ここで、
この核酸は、コード化ポリペプチドを産生するのに効果的な調節配列に作動可能
に連結される）、この細胞を培養培地中で培養してこのポリペプチドを産生する
こと、および必要に応じてこのポリペプチドを細胞または培養培地から単離する
ことによって産生され得る。 【０２１４】 別の局面において、本発明のポリペプチドは、細胞集団に少なくとも１つの本
発明の核酸を含む組換え発現ベクターを導入すること（ここで、少なくとも１つ
の核酸は、コード化ポリペプチドを産生するのに効果的な調節配列に作動可能に
連結される）、この細胞を培養培地中において適切な条件下で培養し、この発現
ベクターによってコードされるポリペプチドを産生すること、そして必要に応じ
てこのポリペプチドを細胞または培養培地から単離することによって産生され得
る。 【０２１５】 （ポリペプチドの使用） （抗体） 本発明の別の局面において、本発明のインターフェロンホモログポリペプチド
は、抗体（これは、例えば、インターフェロンホモログの活性、分布および発現
に関する、例えば、診断的用途、予防的用途および治療的用途を有する）を産生
するために使用される。 【０２１６】 本発明のインターフェロンホモログに対する抗体は、当該分野で周知の方法に
よって生成され得る。このような抗体としては、ポリクローナル抗体、モノクロ
ーナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、単鎖抗体、Ｆａｂフラグメント、および
Ｆａｂ発現ライブラリにより産生されるフラグメントが挙げられるが、これらに
限定されない。抗体、すなわち、レセプター結合をブロックする抗体は、治療的
用途または予防的用途のために特に好ましい。 【０２１７】 抗体誘導のためのインターフェロンホモログポリペプチドは、生物学的活性を
必要としないが、このポリペプチドまたはオリゴペプチドは抗原性でなければな
らない。特定の抗体を誘導するために使用されるペプチドは、少なくとも１０個
のアミノ酸、好ましくは少なくとも１５個または２０個のアミノ酸からなるアミ
ノ酸配列を有し得る。インターフェロンホモログポリペプチドの短い伸長物は、
別のタンパク質（例えば、キーホールリンペットヘモシアニン)、およびキメラ
分子に対して産生された抗体と融合され得る。 【０２１８】 ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体を産生する方法は、当業者に公
知であり、そして多くの抗体が利用可能である。例えば、Ｃｏｌｉｇａｎ（１９
９１）、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ
Ｗｉｌｅｙ／Ｇｒｅｅｎｅ，ＮＹ；およびＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ（１９８
９）、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏ
ｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ；Ｓｔｉｔｅｓら（編）
、Ｂａｓｉｃ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（第４版）、
Ｌａｎｇｅ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｌｏｓ Ａｌｔｏｓ
，ＣＡ、およびその中で引用された参考文献；Ｇｏｄｉｎｇ（１９８６）、Ｍｏ
ｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｐｒｏｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐ
ｒａｃｔｉｃｅ（第２版）、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ
，ＹＮ；およびＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ（１９７５）、Ｎａｔｕｒ
ｅ ２５６：４９５〜４９７を参照のこと。抗体の調製のために適切な他の技術
は、ファージ中の組換え抗体または類似のベクターのライブラリの選択を包含す
る。Ｈｕｓｅら（１９８９）、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４６：１２７５〜１２８１；
およびＷａｒｄら（１９８９）、Ｎａｔｕｒｅ ３４１：５４４〜５４６を参照
のこと。特定のモノクローナル抗体およびポリクローナル抗体、ならびに抗血清
は、通常、少なくとも約０．１μＭ、好ましくは少なくとも約０．０１μＭ以下
、そして最も典型的かつ好ましくは０．００１μＭ以下のＫ_Dと結合する。 【０２１９】 キメラ（ヒト化）抗体を調製するための詳細な方法は、米国特許第５，４８２
，８５６号に見出され得る。ヒト化および他の抗体の産生、ならびに操作技術に
ついてのさらなる詳細は、Ｂｏｒｒｅｂａｅｃｋ（編）（１９９５）、Ａｎｔｉ
ｂｏｄｙ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ、第２版、Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏｍ
ｐａｎｙ，ＮＹ（Ｂｏｒｒｅｂａｅｃｋ）；ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙら、（１９９
６）、Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ
Ａｐｐｒｏａｃｈ，ＩＲＬ（Ｏｘｆｏｒｄ Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ，Ｅｎｇ
ｌａｎｄ（ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ））、およびＰａｕｌ（１９９５）、Ａｎｔｉ
ｂｏｄｙ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒ
ｅｓｓ，Ｔｏｗａｔａ，ＮＪ（Ｐａｕｌ）に見出され得る。 【０２２０】 １つの有用な実施形態において、本発明は、本発明のインターフェロンホモロ
グに対する十分にヒト化された抗体を提供する。ヒト化抗体は、この抗体がヒト
患者における予防薬および治療薬としてインビボおよびエキソビボで使用される
適用において特に望ましい。ヒト抗体は、ヒト免疫グロブリン配列から特徴的に
構成される。本発明のヒト抗体は、広範な方法を使用する際に産生され得る（総
説について、例えば、Ｌａｒｒｉｃｋら、米国特許第５，００１，０６５号、お
よびＢｏｒｒｅｂａｅｃｋ ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙおよびＰａｕｌ、前出を参照
のこと）。一実施形態において、本発明のヒト抗体は、トリオーマ（ｔｒｉｏｍ
ａ）細胞において最初に産生される。この抗体をコードする遺伝子は、次いで、
クローン化され、そして他の細胞（例えば、非ヒト哺乳動物細胞）において発現
される。トリオーマ技術によりヒト抗体を産生するための一般的なアプローチは
、Ｏｓｔｂｅｒｇら（１９８３）、Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ ２：３６１〜３６７，
Ｏｓｔｂｅｒｇ，米国特許第４，６３４，６６４号、およびＥｎｇｅｌｍａｎら
、米国特許第４，６３４，６６６号に記載される。この方法によって得られた抗
体産生細胞株は、それらが３つの細胞（２つのヒト細胞および１つのマウス細胞
）から下行するため、トリオーマと呼ばれる。トリオーマは、ヒト細胞から作製
された従来のハイブリドーマよりも安定な抗体を産生することが見出された。 【０２２１】 （アジュバント） １つの局面において、本発明のインターフェロンホモログポリペプチド、また
はそのフラグメントは、抗原と共に投与された場合、または抗原の送達の後もし
くは前に、抗原に対する免疫応答を刺激、増大、増強または増加させるアジュバ
ントとして有用である。別の局面において、本発明は、本明細書中で記載される
本発明の１つ以上のポリペプチドを被験体に投与するための方法を提供する。 【０２２２】 （治療薬および予防薬） 以下でより詳細に記載されるように、本発明のインターフェロンホモログポリ
ペプチドまたはそのフラグメントは、様々な疾患、障害または医学的状態の予防
的処置および／または治療的処置において有用である。 【０２２３】 例えば、本発明は、本明細書中に記載されるアッセイにおいて抗ウイルス活性
および抗増殖活性の両方を有するインターフェロンαホモログポリペプチド（お
よびこのようなポリペプチドをコードするインターフェロンαホモログ核酸）を
提供する。１つの局面において、本発明は、インターフェロンαホモログポリペ
プチド（およびこのようなポリペプチドをコードするインターフェロンαホモロ
グ核酸）を提供し、ここで、抗ウイルス活性対抗増殖活性の割合は、本明細書中
に記載されるように、他の既知のインターフェロンα（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ
に列挙されるインターフェロンα）の割合より大きい。このようなポリペプチド
（およびこれらをコードする核酸）は、様々な疾患および障害の治療的処置およ
び／または予防的処置（例えば、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、ＨＩＶおよびＨＳＶのた
めの処置レジメン）において有用である。このような処置レジメンにおいて、い
くつかのこのようなポリペプチド（およびこれらをコードする核酸）（例えば、
インターフェロンαホモログ２ＢＡ８）は、既知のインターフェロンα化合物を
越える有意な利点を与える。なぜなら、おそらく、これらは投与されると、既知
のインターフェロンα化合物（例えば、インターフェロンα２ａ）より小さい副
作用を示し、そして高い力価を有し、従って、より低い用量を必要とし得、そし
てより少ない免疫原性効果を生じるためである。 【０２２４】 （配列変形） （保存的に改変された変形体） 本発明のインターフェロンホモログポリペプチドは、配列番号３６〜配列番号
７０および配列番号７９〜配列番号８５として本明細書中に開示されるポリペプ
チド配列の１つ以上の保存的に改変された変形体（または「保存的変形体」もし
くは「保存的置換体」）を含む。このような保存的に改変された変形体は、配列
番号３６〜配列番号７０および配列番号７９〜配列番号８５のいずれかにおいて
、単一のアミノ酸または小さな割合のアミノ酸（典型的には約５％未満、より典
型的には約４％、２％または１％未満）を変化、付加または欠失する、置換体、
付加体または欠失体を含む。 【０２２５】 例えば、配列番号３６として本明細書中で同定される１６６アミノ酸ポリペプ
チドの保存的に改変された変形体（例えば、欠失体）は、少なくとも約１５７ま
たは１５８アミノ酸、好ましくは少なくとも約１５９または１６０アミノ酸、よ
り好ましくは少なくとも約１６２または１３６アミノ酸、さらにより好ましくは
少なくとも１６４または１６５アミノ酸（それぞれ、ポリペプチド配列の約５％
、４％、２％、または１％未満の欠失に対応する）の長さを有する。 【０２２６】 配列番号３６として本明細書中で同定されるポリペプチドの保存的に改変され
た変形体（例えば、「保存的に置換された変形体」）の別の例は、１６６アミノ
酸ポリペプチドの約８残基まで（すなわち、約５％未満）において、表２（前出
）に記載される６個の置換基に従う「保存的置換」を含む。 【０２２７】 例えば、さらなる機能的ドメインがタンパク質のインターフェロンα部分の活
性に対してほとんどかまたは全く影響を有さない場合、またはさらなるドメイン
が、プロテアーゼを用いる処理のような合成後の処理工程によって除去され得る
場合、本発明のインターフェロンホモログポリペプチド配列（保存的に置換され
た配列を含む）は、タンパク質（例えば、ポリＨｉｓセグメント、ＦＬＡＧエピ
トープセグメントなど）を精製するための１つ以上のドメインが付加する際に生
じるようなより大きなポリペプチド配列の一部として存在し得る。 【０２２８】 別の実施形態において、本発明のインターフェロンホモログポリペプチドは、
配列番号７１として本明細書中で同定される以下の配列、またはそれらの保存的
に置換された変形体、またはこの配列番号７１のフラグメントを含む： 【０２２９】 【化１】 ここで、Ｘ₁₁はＮまたはＤであり；Ｘ₁₂はＲ、Ｓ、またはＫであり；Ｘ₁₅はＬま
たはＭであり；Ｘ₁₆はＩ、Ｍ、またはＶであり；Ｘ₁₉はＡまたはＧであり；Ｘ₂₂ はＧまたはＲであり；Ｘ₂₄はＩまたはＴであり；Ｘ₂₆はＰまたはＨであり；Ｘ₃₄ はＨ、ＹまたはＱであり；Ｘ₃₈はＦまたはＬであり；Ｘ₄₀はＱまたはＲであり；
Ｘ₄₅はＧまたはＳであり；Ｘ₄₆はＮまたはＨであり；Ｘ₄₇はＱまたはＲであり；
Ｘ₅₀はＫまたはＲであり；Ｘ₅₁はＡまたはＴであり；Ｘ₅₅はＳまたはＦであり；
Ｘ₅₆はＶまたはＡであり；Ｘ₅₇はＬまたはＦであり；Ｘ₆₀はＭまたはＩであり；
Ｘ₆₁はＩまたはＭであり；Ｘ₆₇はＬまたはＦであり；Ｘ₇₂はＤまたはＮであり；
Ｘ₇₅はＡまたはＶであり；Ｘ₇₆はＡまたはＴであり；Ｘ₇₈はＥまたはＤであり；
Ｘ₇₉はＱまたはＥであり；Ｘ₈₀はＳ、Ｒ、Ｔ、またはＮであり；Ｘ₈₃はＥまたは
Ｄであり；Ｘ₈₅はＦまたはＬであり；Ｘ₈₆はＳまたはＹであり；Ｘ₈₈はＥまたは
Ｇであり；Ｘ₉₀はＹ、Ｈ、Ｎであり；Ｘ₉₅はＤ、Ｅ、またはＮであり；Ｘ₁₀₁は
Ｉ、Ｍ、またはＶであり；Ｘ₁₀₃はＥまたはＧであり；Ｘ_l05はＧまたはＷであり
；Ｘ₁₀₆はＶまたはＭであり；Ｘ_l07はＥ、Ｇ、またはＫであり；Ｘ_l08はＥまた
はＧであり；Ｘ₁₁₄はＶ、Ｅ、またはＧであり；Ｘ₁₁₆はＳまたはＰであり；Ｘ_{12 1} はＫまたはＲであり；Ｘ₁₂₄はＦまたはＬであり；Ｘ₁₃₂はＴ、Ｉ、またはＭで
あり；Ｘ₁₃₄はＫまたはＲであり；そしてＸ₁₄₀はＡまたはＳである。上記のよう
に、配列番号７１の保存的に改変された変形体は、明確に規定されたアミノ酸に
対応する配列番号７１においてＸと命名された位置を除いて、１６６アミノ酸ポ
リペプチド中に、合計約８アミノ酸まで欠失体、挿入体または保存的置換体を含
み得る。 【０２３０】 例として、４個の保存的置換体が配列番号７１のアミノ酸１４１〜１６６に対
応するサブ配列に局在化する場合、このサブ配列の保存的に置換された変形体の
例である ＷＥＶＶＲ ＡＥＩＭＲ ＳＦＳＦＳ ＴＮＬＱＫ ＲＬＲＲＫＥは、ＷＥＶＶ
Ｒ ＳＥＩＭＲ ＳＦＳＹＳ ＴＮＬＱＲ ＲＬＲＲＫＤ、およびＷＥＬＶＲ
ＡＥＩＶＲ ＳＦＳＦＳ ＴＮＬＮＫ ＲＬＲＫＫＥなどを含み、ここで保存的
置換体は下線を引かれている。 【０２３１】 本発明の特徴は、配列番号３６〜７１または配列番号７９〜８５のいずれか１
つの少なくとも２０個、通常は少なくとも２５個、典型的には少なくとも３０、
４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００個の連続したアミノ酸を含む
インターフェロンホモログポリペプチドである。他の実施形態において、ポリペ
プチドは、典型的に、配列番号３６〜７０または配列番号７９〜８５のいずれか
１つの少なくとも約１００、１１０、１２０、１２５、１３０、１４０、１５０
、１５５、１５８、１６０、１６３、１６４、または１６５個の連続したアミノ
酸を含む。 【０２３２】 他の実施形態において、本発明のインターフェロンホモログポリペプチドは、
１つ以上のアミノ酸残基（ＴｙｒまたはＧｌｎ）３４、Ｇｌｙ３７、Ｐｈｅ３８
、Ｌｙｓ７１、Ａｌａ７６、Ｔｙｒ９０、Ｉｌｅ１３２、Ａｒｇ１３４、Ｐｈｅ
１５２、Ｌｙｓ１６０、およびＧｌｕ１６６を含むアミノ酸配列を含み、ここで
、アミノ酸の番号付けは、配列番号３６のアミノ酸配列中のアミノ酸の番号付け
に対応する。好ましい実施形態において、インターフェロンホモログポリペプチ
ドは、配列番号３６〜７０のいずれか１つの少なくとも１５０、１５５または１
６６個の連続するアミノ酸残基を含み、Ｌｙｓ１６０およびＧｌｕ１６６をさら
に含むアミノ酸配列を含み、ここでアミノ酸の番号付けは、配列番号３６のアミ
ノ酸配列中のアミノ酸の番号付けに対応する。いくつかのこのようなポリペプチ
ドはまた、ヒトＤａｕｄｉ細胞株ベースのアッセイにおいて、少なくとも約８．
３×１０⁶ユニット／ｍｇの抗増殖活性を示すか、またはヒトＷＩＳＨ細胞／Ｅ
ＭＣＶベースのアッセイにおいて少なくとも約２．１×１０⁷ユニット／ｍｇの
抗ウイルス活性を示す。 【０２３３】 （免疫反応性によるポリペプチドの定義） 本発明のポリペプチドは他のαインターフェロンホモログと比較して様々な新
しいポリペプチド配列を提供するため、このポリペプチドはまた、例えば、免疫
学的アッセイにおいて認識され得る新しい構造的特徴を提供する。本発明のポリ
ペプチドに特異的に結合する抗血清、ならびにこのような抗血清に結合されたポ
リペプチドの生成は、本発明の特徴である。 【０２３４】 本発明は、配列番号３６〜配列番号７０、配列番号７１および配列番号７９〜
配列番号８５の１つ以上から選択されるアミノ酸配列を含む免疫原に対して生成
された抗体または抗血清と特異的に結合するかまたは特異的に免疫反応するイン
ターフェロンαホモログポリペプチドを含む。他のインターフェロンαポリペプ
チド（例えば、既知のインターフェロンαポリペプチド）との交差反応を回避す
るために、この抗体または抗血清（単数または複数）は、ＧｅｎＢａｎｋ登録番
号Ｊ００２１０（α−Ｄ）、Ｊ００２０７（α−Ａ）、Ｘ０２９５８（Ａ−６）
、Ｘ０２９５６（Ａ−５）、Ｖ００５３３（α−Ｈ）、Ｖ００５４２（α−１４
）、Ｖ００５４５（ＩＦＮ−１Ｂ）、Ｘ０３１２５（α−８）、Ｘ０２９５７（
α−１６）、Ｖ００５４０（α−２１）、Ｘ０２９５５（α−４ｂ）、Ｖ００５
３２（α−Ｃ）、Ｘ０２９６０（α−７）、Ｘ０２９６１（α−１０偽遺伝子）
、Ｒ００６７（Ｇｘ−１）、Ｉ０１６１４、Ｉ０１７８７、Ｉ０７８２１、Ｍ１
２３５０（α−Ｆ）、およびＭ３８２８９、Ｖ００５４９（α−２ａ）、ならび
にＩ０８３１３（α−Ｃｏｎ１）、または任意の他の公知のインターフェロンα
ポリペプチド（典型的に「コントロールαインターフェロンポリペプチド」と称
される）によって表される核酸によってコードされるポリペプチドのような、市
販の公知のαインターフェロンを用いて減算される。この登録番号が核酸に対応
する場合、この核酸によってコードされるポリペプチドが生成され、そして抗体
／抗血清減算目的のために使用される。この核酸が非コード配列（例えば、偽遺
伝子）に対応する場合、この核酸のリーディングフレームに対応するアミノ酸が
生成され（例えば、合成的に）るか、または組換え産生のための開始コドンを含
むように最小改変される。 【０２３５】 １つの代表的な形式において、このイムノアッセイは、以下のうちの１つ以上
に対応する１つ以上のアミノ酸配列を含む１つ以上のポリペプチドに対して惹起
されるポリクローナル抗血清を使用する：配列番号３６〜配列番号７０、配列番
号７１、および配列番号７９〜配列番号８５、またはその実質的な配列（すなわ
ち、提供される全長配列のうちの少なくとも約３０％、４０％、５０％、６０％
、７０％、８０％、９０％、９５％、または９８％以上）。配列番号３６〜配列
番号７０、配列番号７、および配列番号７９〜配列番号８５の１つ以上由来の潜
在的ポリペプチド免疫原の全セットは、以下で集団的に「免疫原性ポリペプチド
」と呼ばれる。得られる抗血清は、必要に応じて、コントロールαインターフェ
ロンポリペプチドおよび／または他の公知のインターフェロンポリペプチドに対
する低い交差反応性を有するように選択され、そして任意のこのような交差反応
性は、イムノアッセイにおけるポリクローナル抗血清の使用の前に、コントロー
ルαインターフェロンポリペプチドのうちの１つ以上を用いる免疫吸収によって
除去される。 【０２３６】 イムノアッセイにおける使用のための抗血清を産生するために、この免疫原性
ポリペプチドのうちの１つ以上が、本明細書中に記載されるように産生および精
製される。例えば、組換えタンパク質は、哺乳動物細胞株において産生され得る
。マウスの近交系（マウスの実質的な遺伝的同一性に起因して結果がより再現性
であるため、このアッセイにおいて使用される）は、標準的なアジュバント（例
えば、フロイントアジュバント）および標準的なマウス免疫化プロトコルと組み
合わせて、免疫原性ポリペプチドで免疫される（抗体の産生、特異的免疫反応性
を決定するために使用され得るイムノアッセイの形式および条件の標準的な説明
については、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ（１９８８）Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，
Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂ
ｏｒ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋを参照のこと）。あるいは
、本明細書中で開示される配列由来の１つ以上の合成ポリペプチドまたは組換え
ポリペプチドは、キャリアタンパク質と結合体化され、そして免疫原として使用
される。 【０２３７】 ポリクローナル血清は収集され、そしてイムノアッセイ（例えば、固体支持体
上に固定された免疫原性ポリペプチドのうちの１つ以上を用いる固相イムノアッ
セイ）において免疫原性ポリペプチドに対して力価測定される。１０⁶以上の力
価を有するポリクローナル抗血清が選択され、プールされ、そしてコントロール
αインターフェロンポリペプチドを用いて引かれ、引かれてプールされて力価測
定されたポリクローナル抗血清を生じる。 【０２３８】 この引かれてプールされて力価測定されたポリクローナル抗血清は、コントロ
ールαインターフェロンポリペプチドに対する交差反応性について試験される。
好ましくは、免疫原性αインターフェロンポリペプチドのうちの少なくとも２つ
（好ましくは、コントロールαインターフェロンポリペプチドのうちの少なくと
も２つと共に）がこの決定において使用され、免疫原性ポリペプチドによって特
異的に結合される抗体を同定する。 【０２３９】 この比較アッセイにおいて、識別力のある結合条件は、引かれて力価測定され
たポリクローナル抗血清について決定され、これは、力価測定されたポリクロー
ナル抗血清の免疫原性αインターフェロンへの結合について、コントロールαイ
ンターフェロンへの結合と比較して少なくとも約５〜１０倍高いシグナル：ノイ
ズ比を生じる。すなわち、この結合反応のストリンジェンシーは、非特異的競合
物（例えば、アルブミンまたは脱脂乳）の添加によって、または塩の状態、温度
などを調整することによって調整される。これらの結合条件は、試験ポリペプチ
ドが、プールされて引かれたポリクローナル抗血清によって特異的に結合される
か否かを決定するための引き続くアッセイにおいて使用される。特に、試験ポリ
ペプチド（これは、識別力のある結合条件下で、コントロールポリペプチドより
も少なくとも２〜５倍高いシグナル：ノイズ比、および免疫原性ポリペプチドと
比較して少なくとも約１／２のシグナル：ノイズ比を示す）は、公知のαインタ
ーフェロンと比較して、免疫原性ポリペプチドと実質的な構造的類似性または相
同性を共有し、従って、これは本発明のポリペプチドである。 【０２４０】 別の例において、競合結合形式におけるイムノアッセイは、試験ポリペプチド
の検出のために使用される。例えば、示されるように、交差反応する抗体は、コ
ントロールαインターフェロンポリペプチドを用いる免疫吸収によって、プール
された抗血清混合物から除去される。次いで、この免疫原性ポリペプチドは固体
支持体に固定され、これは引かれてプールされた抗血清に暴露される。試験タン
パク質は、このプールされて引かれた抗血清への結合について競合するために、
このアッセイに添加される。固定されたタンパク質と比較して、このプールされ
て引かれた抗血清への結合について競合するこの試験タンパク質の能力は、結合
について競合するためにこのアッセイに添加されたこの免疫原性ポリペプチドの
能力と比較される（この免疫原性ポリペプチドは、プールされた抗血清への結合
について、固定された免疫原性ポリペプチドと効率的に競合する）。試験タンパ
ク質についての交差反応性のパーセントは、標準的な計算を使用して算出される
。 【０２４１】 並行アッセイにおいて、プールされて引かれた抗血清への結合に対して競合す
るコントロールタンパク質の能力は、この抗血清への結合について競合する免疫
原性ポリペプチドの能力との比較として決定される。重ねて、コントロールポリ
ペプチドについての交差反応性のパーセントは、標準的な計算を使用して算出さ
れる。この交差反応性のパーセントが、試験ポリペプチドについて少なくとも５
〜１０倍高い場合、この試験ポリペプチドは、このプールされて引かれた抗血清
を特異的に結合するといわれる。 【０２４２】 一般に、免疫吸収されかつプールされた抗血清は、免疫原性ポリペプチドに対
して任意の試験ポリペプチドを比較するために、本明細書中に記載されるような
競合結合イムノアッセイにおいて使用され得る。この比較を行うために、２つの
ポリペプチドが各々広範な濃度でアッセイされ、そして、固定されたタンパク質
への引かれた抗血清の結合の５０％を阻害するために必要な各ポリペプチドの量
が、標準的な技術を使用して決定される。必要とされる試験ポリペプチドの量が
、必要とされる免疫原性ポリペプチドの２倍未満の場合、この量がコントロール
ポリペプチドについて少なくとも約５〜１０倍高ければ、この試験ポリペプチド
は、免疫原性ポリペプチドに対して産生される抗体に特異的に結合するといわれ
る。 【０２４３】 特異性の最終的な決定として、このプールされた抗血清は、免疫吸収において
使用される免疫原性ポリペプチドへの、得られた免疫原性ポリペプチドを引かれ
てプールされた抗血清の結合がほとんどまたは全く検出されなくなるまで、必要
に応じて免疫原性ポリペプチド（コントロールポリペプチドではなく）を用いて
完全に免疫吸着される。次いで、この完全に免疫吸着された抗血清は、試験ポリ
ペプチドとの反応性について試験される。ほとんどまたは全く反応性が観察され
ない場合（すなわち、免疫原性ポリペプチドへの完全に免疫吸着された抗血清の
結合について、２倍以下のシグナル：ノイズ比が観察される場合）、この試験ポ
リペプチドは、免疫原性タンパク質によって誘発される抗血清によって特異的に
結合される。 【０２４４】 （インターフェロンホモログの抗増殖特性） 細胞増殖に対するインターフェロンホモログの効果は、実施例１に記載される
ようなヒトＤａｕｄｉ細胞株ベースのアッセイにおいて試験される。図２は、コ
ントロールインターフェロン、ヒトＩＦＮ−α ２ａおよびコンセンサスヒトＩ
ＦＮ−α（Ｃｏｎ１）と比較した、配列番号３６〜配列番号５４のアミノ酸配列
を含む本発明の例示的インターフェロンホモログの抗増殖活性を示す。このグラ
フは、例示的インターフェロンαホモログのセットについての、インターフェロ
ン試験サンプルのミリグラム（ｍｇ）当たりの活性単位の数（Ｙ軸）を示し、こ
の各々はＸ軸上に名前（クローン名）を用いて指定され、ヒトＩＦＮ−α ２ａ
およびコンセンサスヒトＩＦＮ−αの活性単位と比較される。これらの結果は、
本発明のインターフェロン−αホモログを含む組成物が、腫瘍細胞（ヒト癌細胞
、造血性癌細胞、ヒト白血病細胞、ヒトリンパ腫細胞、および黒色腫細胞が挙げ
られるがこれらに限定されない）の増殖を阻害または減少させるための方法に使
用され得ることを示す。阻害は、インビトロ（例えば、種々の増殖アッセイにお
いて有用である）、エキソビボまたはインビボ（例えば、治療剤または予防剤と
して有用である）で実施され得る。 【０２４５】 本発明のインターフェロン−αホモログは、種々の癌細胞株に対する多様な活
性パターンを示す（例えば、実施例２を参照のこと）。インビトロ細胞株のスク
リーニング（例えば、Ｍｏｎｋｓ，Ａ．ら（１９９１）Ｊ．Ｎａｔ’ｌ Ｃａｎ
ｃｅｒ Ｉｎｓｔ．８３：７５７−７６６において記載される）は、特定の癌細
胞株の選択的な増殖阻害および／または細胞殺傷のために、本発明のインターフ
ェロン−αホモログをアッセイするために使用される。スクリーニングされたヒ
ト癌細胞株（例えば、実施例２、表３を参照のこと）は、白血病、黒色腫、なら
びに肺、結腸、脳、中枢神経系、卵巣、胸部、前立腺、および腎臓の癌を含む。 【０２４６】 癌細胞株スクリーニングにおいて、３つの活性パラメータが決定される：１）
増殖阻害活性の基準であるＧＩ５０（「５０％での増殖阻害」）は、インキュベ
ーション期間の終わりにコントロール細胞（試験サンプルではなく）において観
察されるものと比較して、インターフェロン試験サンプルにおける正味のタンパ
ク質／ポリペプチド増加における５０％の減少によって測定されるように、細胞
増殖が５０％阻害されるインターフェロン試験サンプル（ＩＦＮαホモログまた
はコントロールＩＦＮα）の濃度である；２）細胞増殖抑制活性の基準であるＴ
ＧＩ（「全増殖阻害」）は、特定の細胞株の細胞増殖が完全に阻害されるインタ
ーフェロン試験サンプルの濃度であり、ここで、インキュベーション期間の終わ
りの細胞タンパク質の量は、インキュベーション期間の始めの細胞タンパク質の
量に等しい；および３）細胞傷害活性の基準であるＬＣ５０は、インキュベーシ
ョン期間の始めの量と比較して、インキュベーションの終わりに測定された細胞
タンパク質の量における５０％の減少が観察されるインターフェロン試験サンプ
ルの濃度であり、これは、インターフェロン試験サンプルの添加後の、細胞の正
味の損失を示す。このアッセイおよびデータ分析手順のさらなる詳細は、実施例
２において提供される。 【０２４７】 種々の癌細胞株に対する例示的インターフェロン−αホモログ３ＤＡ１１（配
列番号４０）の活性パラメータは、インターフェロン−α Ｃｏｎ１およびヒト
インターフェロン−α ２ａコントロールと比較して、図３Ａ、３Ｂ、および３
Ｃに示される。 【０２４８】 増殖阻害活性に関して、特に、ホモログ３ＤＡ１１およびコントロールインタ
ーフェロン−α Ｃｏｎ１は、試験された細胞株の大部分に対して有意な活性を
示し、インターフェロン−α Ｃｏｎ１は一般的により高い活性を示し、そして
インターフェロン−α ２ａは一般的により低い全体的な活性を示し、そしてこ
の細胞株のサブセットのみにおいて示す（図３Ａ）。 【０２４９】 対照的に、インターフェロン−Ｃｏｎ１およびヒトインターフェロン−α ２
ａコントロールの両方と比較して、特に、ホモログ３ＤＡ１１の細胞障害活性お
よび細胞増殖抑制活性において明白な差異が観察された。試験された濃度範囲に
おいて、ホモログ３ＤＡ１１は、この胞株の１１の細胞集団に対して有意な細胞
増殖抑制活性を示したが、インターフェロン−Ｃｏｎ１は、細胞株のうち１つの
細胞集団のみに対して活性を示し、これに対して、ホモログ３ＤＡ１１はまた活
性である（図３Ｂ）。一方、ＩＦＮ−α ２ａは、このアッセイにおいて、試験
した細胞株のいずれに対しても活性ではなかった。従って、ホモログ３ＤＡ１１
は、コンセンサスヒトインターフェロン−α（Ｃｏｎ１）およびヒトインターフ
ェロン−α ２ａよりも広い細胞増殖抑制活性プロフィールを有する。 【０２５０】 ホモログ３ＤＡ１１はまた、インターフェロン−Ｃｏｎ１およびヒトインター
フェロン−α ２ａコントロールと比較して有意な細胞傷害活性を示す（図３Ｃ
）。驚いたことに、ホモログ３ＤＡ１１は、この細胞株のうち８つの細胞集団に
対して細胞傷害活性を示したが、一方、このアッセイにおいて用いた濃度範囲に
おいて、インターフェロン−Ｃｏｎ１もインターフェロン−α ２ａコントロー
ルもこの細胞株のいずれの細胞集団に対しても測定可能な活性を示さなかった。
従って、ホモログ３ＤＡ１１はまた、インターフェロン−Ｃｏｎ１およびヒトイ
ンターフェロン−α ２ａよりも広い細胞傷害活性プロフィールを有する。 【０２５１】 図４Ａ〜４Ｄは、本発明の例示的なインターフェロン−αホモログの細胞増殖
抑制活性（ＴＧＩ値によって反映される）を図示する。各図において、特定の癌
細胞株の細胞集団に対する相対的細胞増殖抑制活性（−ｌｏｇ ＴＧＩとして示
される）は、種々のインターフェロン−αホモログおよび２つのコントロールイ
ンターフェロン（インターフェロン−Ｃｏｎ１およびヒトインターフェロン−α
２ａ）についてプロットされる。 【０２５２】 試験された例示的ホモログのうち、ホモログ１Ｄ３（配列番号５４）および３
ＤＡ１１（配列番号４０）（いずれのコントロールインターフェロンでもない）
は、このアッセイの濃度範囲にわたって、白血病細胞株ＲＰＭＩ−８２２６の細
胞集団に対して有意な細胞増殖抑制活性を示した（図４Ａ）。この例において、
１Ｄ３および３ＤＡ１１ホモログは、白血病細胞株の細胞集団に対していずれか
のコントロール（インターフェロン−Ｃｏｎ１またはインターフェロン−α ２
ａ）が示した活性よりも、この細胞集団に対して少なくとも約２５倍高い細胞増
殖抑制活性を示した（少なくとも約１．４ｌｏｇ単位のＴＧＩの差異に対応する
）。 【０２５３】 ホモログ１Ｄ３、２Ｇ５（配列番号４５）、６ＣＧ３（配列番号５２）および
３ＤＡ１１（いずれのコントロールインターフェロンでもない）は、肺癌細胞株
ＮＣＩ−Ｈ２３に対して有意な細胞増殖抑制活性を示した（図４Ｂ）。この例に
おいて、１Ｄ３、２Ｇ５、６ＣＧ３、および３ＤＡ１１ホモログは、肺癌細胞株
の細胞集団に対するインターフェロン−Ｃｏｎ１またはインターフェロン−α
２ａのいずれかの活性よりのも、肺癌細胞株の細胞集団に対して少なくとも約１
２倍高い細胞増殖抑制活性を示した（少なくとも約１．１ｌｏｇ単位のＴＧＩに
おける差異に対応する）。 【０２５４】 ホモログ１Ｄ３、２Ｇ５、および３ＤＡ１１（いずれのコントロールインター
フェロンでもない）は、腎癌細胞株ＡＣＨＮの細胞集団に対して有意な細胞増殖
抑制活性を示す（図４Ｃ）。この例において、１Ｄ３、２Ｇ５、および３ＤＡ１
１ホモログは、腎癌細胞株の細胞集団に対するインターフェロン−Ｃｏｎ１また
はインターフェロン−α ２ａのいずれかの活性よりも、この腎癌細胞株の細胞
集団に対して少なくとも約３５倍高い細胞増殖抑制活性を示す（少なくとも約１
．５５ｌｏｇ単位のＴＧＩにおける差異に対応する）。 【０２５５】 ホモログ１Ｄ３、２Ｇ５、３ＤＡ１１、２ＣＡ５（配列番号４２）および２Ｄ
Ｂ１１（配列番号４１）、ならびにインターフェロン−Ｃｏｎ１コントロール（
インターフェロンα−２ａコントロールではない）は、卵巣癌細胞株ＯＶＣＡＲ
−３の細胞集団に対して有意な細胞増殖抑制活性を示す（図４Ｄ）。この例にお
いて、それぞれ卵巣癌細胞株の細胞集団に対して、ホモログ１Ｄ３は，インター
フェロン−Ｃｏｎ１よりも少なくとも約２倍高い細胞増殖抑制活性を示し（少な
くとも約０．３ｌｏｇ単位のＴＧＩにおける差異に対応する）、そして１Ｄ３、
２Ｇ５、３ＤＡ１１、２ＣＡ５、および２ＤＢ１１ホモログは、インターフェロ
ン−α ２ａよりも少なくとも約４０倍高い細胞増殖抑制活性を示す（少なくと
も約１．６ｌｏｇ単位のＴＧＩにおける差異に対応する）。 【０２５６】 本明細書中に提供される例示的なデータから、本発明のインターフェロン−α
ホモログが、インターフェロン−αＣｏｎ１およびインターフェロンα−２ａの
細胞増殖抑制性活性プロフィールとは有意に異なる、種々の細胞増殖抑制性活性
プロフィールを示したことが明らかである。 【０２５７】 本発明は、ヒトインターフェロン−α２ａまたはコンセンサスヒトインターフ
ェロン−α（Ｃｏｎ１）に対して増加した細胞増殖抑制性活性を有する、インタ
ーフェロン−αホモログを包含する。種々の実施形態において、インターフェロ
ン−αホモログは、ヒトインターフェロン−α２ａが有するより少なくとも約２
倍高い、癌細胞株の細胞の集団の細胞増殖抑制性活性を有する（すなわち、少な
くとも約２倍低いＴＧＩ値を有する）か、または以下から選択される１つ以上の
癌細胞株の細胞の集団に対して、インターフェロン−Ｃｏｎ１より少なくとも２
倍高い細胞増殖抑制活性を有する：白血病細胞株；黒色腫細胞株；肺癌細胞株；
結腸癌細胞株；中枢神経系（ＣＮＳ）癌細胞株；卵巣癌細胞株；乳癌細胞株；前
立腺癌細胞株；および直腸癌細胞株。 【０２５８】 他の実施形態において、インターフェロン−αホモログは、ヒトインターフェ
ロン−α２ａが有するより少なくとも約５倍高い、癌細胞株の細胞集団の細胞増
殖抑制性活性を有する（すなわち、少なくとも約５倍低いＴＧＩ値を有する）か
、または以下から選択される１つ以上の癌細胞株の細胞の集団に対して、インタ
ーフェロン−Ｃｏｎ１より少なくとも約５倍高い細胞増殖抑制活性を有する：白
血病細胞株；黒色腫細胞株；肺癌細胞株；結腸癌細胞株；中枢神経系（ＣＮＳ）
癌細胞株；卵巣癌細胞株；乳癌細胞株；前立腺癌細胞株；および直腸癌細胞株。
他の実施形態において、インターフェロン−αホモログは、ヒトインターフェロ
ン−α２ａが有するより少なくとも約１０倍高い、癌細胞株の細胞集団の細胞増
殖抑制性活性を有する（すなわち、少なくとも約１０倍低いＴＧＩ値を有する）
か、または以下から選択される１つ以上の癌細胞株の細胞の集団に対して、イン
ターフェロン−Ｃｏｎ１より少なくとも１０倍高い細胞増殖抑制活性を有する：
白血病細胞株；黒色腫細胞株；肺癌細胞株；結腸癌細胞株；ＣＮＳ癌細胞株；卵
巣癌細胞株；乳癌細胞株；前立腺癌細胞株；および直腸癌細胞株。 【０２５９】 本発明は、ヒトインターフェロン−α２ａまたはインターフェロン−Ｃｏｎ１
に対して増加した細胞傷害性活性を有する、インターフェロン−αホモログを包
含する。種々の実施形態において、インターフェロン−αホモログは、ヒトイン
ターフェロン−α２ａより少なくとも約２倍高い細胞傷害性活性（すなわち、少
なくとも約２倍低いＬＣ５０値を有する）、少なくとも５倍高い細胞傷害性活性
、または少なくとも１０倍高い細胞傷害性活性を、以下から選択される１つ以上
の癌細胞株の細胞の集団に対して有する：白血病細胞株；黒色腫細胞株；肺癌細
胞株；結腸癌細胞株；ＣＮＳ癌細胞株；卵巣癌細胞株；乳癌細胞株；前立腺癌細
胞株；および直腸癌細胞株。他の実施形態において、インターフェロン−αホモ
ログは、インターフェロン−Ｃｏｎ１より少なくとも約２倍高い細胞傷害性活性
（すなわち、少なくとも約２倍低いＬＣ５０値を有する）、少なくとも約５倍高
い細胞傷害性活性、または少なくとも約１０倍高い細胞傷害性活性を、以下から
選択される少なくとも１つの癌細胞株の細胞の集団に対して有する：白血病細胞
株；黒色腫細胞株；肺癌細胞株；結腸癌細胞株；ＣＮＳ癌細胞株；卵巣癌細胞株
；乳癌細胞株；前立腺癌細胞株；および直腸癌細胞株。 【０２６０】 本発明は、ヒトインターフェロン−α２ａまたはインターフェロン−Ｃｏｎ１
に対して増加した増殖阻害活性を有する、インターフェロン−αホモログを包含
する。種々の実施形態において、インターフェロン−αホモログは、ヒトインタ
ーフェロン−α２ａより少なくとも約２倍高い増殖阻害活性（すなわち、少なく
とも約２倍低いＧＩ５０値を有する）、少なくとも約５倍高い増殖阻害活性、ま
たは少なくとも約１０倍高い増殖阻害活性を、以下から選択される１つ以上の癌
細胞株の細胞の集団に対して有する：白血病細胞株；黒色腫細胞株；肺癌細胞株
；結腸癌細胞株；ＣＮＳ癌細胞株；卵巣癌細胞株；乳癌細胞株；前立腺癌細胞株
；および直腸癌細胞株。他の実施形態において、インターフェロン−αホモログ
は、インターフェロン−Ｃｏｎ１より少なくとも約２倍高い増殖阻害活性（すな
わち、少なくとも約２倍低いＧＩ５０値を有する）、少なくとも約５倍高い増殖
阻害活性、または少なくとも約１０倍高い増殖阻害活性を、以下から選択される
少なくとも１つの癌細胞株の細胞の集団に対して有する：白血病細胞株；黒色腫
細胞株；肺癌細胞株；結腸癌細胞株；ＣＮＳ癌細胞株；卵巣癌細胞株；乳癌細胞
株；前立腺癌細胞株；および直腸癌細胞株。 【０２６１】 インターフェロン（例えば、本明細書中に記載されるインターフェロン−αホ
モログ）は、進展されるか、改変されるか、または組換えられて、種々の活性プ
ロフィールを示し得るという、本明細書中に記載の発見は、種々の特定の疾患ま
たは疾患状態（例えば、種々の癌または関連する状態が挙げられる）の処置のた
めの、変更された特異的なインターフェロンホモログを進展させ、そして作製す
るための機会を提供する。例えば、特定の標的癌細胞型に対して増加した効力を
有するよう最適化された、本発明のインターフェロンホモログはまた、非標的細
胞に対しては減少された毒性を（有利には）有するよう最適化され得、従って、
このホモログが投与される被験体（例えば、患者）においてより低い副作用を生
じ得る。 【０２６２】 本発明は、さらに、被験体（例えば、哺乳動物またはヒト患者）のサブ集団か
ら、または個々の被験体（例えば、哺乳動物またはヒト患者）からさえ採取した
腫瘍細胞に対して、インターフェロンホモログを最適化するための機会を提供し
、個々の被験体に合わせられた治療処置または予防処置を提供する。本発明の最
適化されたインターフェロンホモログは、癌または関連状態、あるいはそうでな
ければ現在利用可能なインターフェロンもしくは他の治療剤に非応答性の他のイ
ンターフェロン治療可能な障害または状態に対して有益な治療剤または予防剤を
提供し得る。 【０２６３】 （インターフェロンホモログの抗ウイルス特性） 本発明のインターフェロンホモログの抗ウイルス活性を、ヒトＷＩＳＨ細胞／
ＥＭＣＶアッセイにおいて、実施例１に記載するように評価した。図２は、配列
番号３６〜配列番号５４のアミノ酸配列を含む、本発明の例示的なインターフェ
ロンホモログの抗ウイルス活性を示す。 【０２６４】 本発明の例示的なＩＦＮ−αホモログのインビトロでの改善された抗ウイルス
活性は、マウスモデル系においてインビボで維持されることが示された。本発明
の２つのＩＮＦ−αホモログ（ＣＨ２．２およびＣＨ２．３と称する（それぞれ
配列番号８４および８５））は、以前に、マウス細胞ベースのアッセイにおける
ヒトＩＦＮ−α２ａと比較して、それぞれ約２０６，０００倍および１３８，０
００倍改善された抗ウイルス活性、ならびに同じアッセイにおいて、ネイティブ
なマウスインターフェロンと比較して有意により高い活性を有することが示され
た（Ｃｈａｎｇら（１９９９）Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１７：７
９３−７９７）。以下の実施例３に記載するように、致死用量の水疱性口内炎ウ
イルス（ＶＳＶ）でチャレンジしたＢａｌｂ／ｃマウスに、種々の用量のＩＦＮ
−αホモログ（ＣＨ２．２およびＣＨ２．３と称する）、ネイティブなマウスイ
ンターフェロンＭｕ−ＩＦＮα４、およびヒトＩＦＮ−α２ａを投与した。イン
ビトロでの高い活性は、観察されたインビボでの活性と十分に相関した（図５）
。ＣＨ２．２ホモログおよびＣＨ２．３ホモログは、マウスを致死量のウイルス
チャレンジから保護する際に十分に有効であった。一方で、同じ投薬量のネイテ
ィブなマウスインターフェロンは部分的に効果的であり、そしてヒトＩＦＮ−α
２ａは、全く効果的ではなかった。これらの結果は、本発明のインターフェロン
ホモログを含む組成物が、ウイルスで感染された被験体においてウイルス複製を
阻害するための方法において使用され得ることを示す。このウイルスとしては、
以下が挙げられるが、これらに限定されない：ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）
、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、およびＢ型
肝炎ウイルス（ＨＢＶ）。阻害は、インビトロ（例えば、種々の抗ウイルスアッ
セイにおいて有用）、エキソビボ（例えば、本明細書中で議論されるエキソビボ
の方法における治療剤または予防剤として有用）、またはインビボ（例えば、本
明細書中で議論されるインビボの方法における治療剤または予防剤として有用）
で実施され得る。 【０２６５】 （自己免疫障害および他の免疫関連障害の処置におけるインターフェロンホモ
ログ） 本発明の組成物を使用して、過剰活性または過少活性の免疫系機能または他の
特徴によって特徴付けられる、種々の免疫系関連障害を、治療的にかまたは予防
的に処置し、これによってこれらの障害を軽減し得る。このような障害としては
、過剰にアレルゲン性の障害および自己免疫障害が挙げられ、例えば、多発性硬
化症、Ｉ型（インスリン依存性）真性糖尿病、全身性エリテマトーデス、筋萎縮
性側索硬化症、クローン病、慢性関節リウマチ、口内炎、アレルギー、乾癬など
である。 【０２６６】 （治療および予防の組成物） １つ以上の本発明のインターフェロンホモログポリペプチドまたは核酸を含む
、治療組成物または予防組成物を、インビトロ、エキソビボ、およびインビボで
の適切な疾患の動物モデルにおいて試験して、効力、組織代謝を確認し、そして
当該分野において周知の方法に従って、投薬量を推定する。特に、投薬量を、既
存のαインターフェロン治療剤または予防剤との、αインターフェロンホモログ
の活性比較（すなわち、関連するアッセイにおいて）によって、決定し得る。１
つの局面において、本発明は、１つ以上の上記本発明のインターフェロンホモロ
グヌクレオチドまたはポリペプチド（またはそのフラグメント）を、動物（以下
にさらに詳細に記載されるような、例えば、ヒト、霊長類、マウス、ブタ、ウシ
、ヤギ、ウサギ、ラット、モルモット、ハムスター、ウマ、ヒツジ；あるいは鳥
類（例えば、ニワトリもしくはアヒル）または魚類のような非哺乳類脊椎動物、
あるいは無脊椎動物が挙げられる）に投与する工程を包含する方法を提供する。
このような組成物は、代表的に、１つ以上の本発明のインターフェロンホモログ
ヌクレオチドまたはポリペプチド（またはそのフラグメント）、および賦形剤（
例えば、薬学的に受容可能な賦形剤が挙げられる）を含む。 【０２６７】 １つの局面において、本発明の組成物は、本発明の１つ以上の核酸（またはそ
のフラグメント）を、制限エンドヌクレアーゼ、ＲＮａｓｅ、またはＤＮａｓｅ
で消化することによって、生成される。 【０２６８】 本発明の別の局面において、１つ以上の上記の核酸を、デオキシリボヌクレオ
チド三リン酸および核酸ポリメラーゼ（例えば、熱安定性ポリメラーゼ）の存在
下でインキュベートすることによって生成される組成物が、提供される。 【０２６９】 本発明はまた、２つ以上の上記核酸を含む組成物を包含する。この組成物は、
核酸のライブラリーを含み得、ここで、このライブラリーは、少なくとも５、１
０、２０、５０、１００、１５０、または２００以上のこのような核酸を含む。 【０２７０】 投与は、分子を導入して最終的に血液または組織細胞と接触させるために通常
使用される、任意の経路による。本発明のインターフェロン−αホモログは、好
ましくは、薬学的に受容可能なキャリアとともに、任意の適切な様式で投与され
る。このようなインターフェロンホモログを、本発明の文脈において患者に投与
するための適切な方法は、利用可能であり、そして１より多い経路を使用して、
特定の組成物を投与し得るが、特定の経路がしばしば、別の経路より即時かつよ
り効果的な反応を提供し得る。 【０２７１】 薬学的に受容可能なキャリアは、部分的には、投与される特定の組成物によっ
て、そしてこの組成物を投与するために使用される特定の方法によって、決定さ
れる。従って、本発明の薬学的組成物の、広範な種々の適切な処方が存在する。 【０２７２】 ポリペプチド組成物は、本明細書中に記載される予防方法、治療方法、および
診断方法のいずれかのために、多数の経路によって投与され得る。この経路とし
ては、経口、静脈内、腹腔内、筋肉内、経皮、皮下、局所、舌下、膣、または直
腸の手段、あるいは吸入による経路が挙げられるが、これらに限定されない。イ
ンターフェロンホモログポリペプチド組成物はまた、リポソームを介して投与さ
れ得る。このような投与経路および適切な処方物は、当業者に一般的に公知であ
る。 【０２７３】 インターフェロンホモログポリペプチドまたは核酸はまた、単独でかまたは他
の適切な成分と組み合わせて、吸入によって投与されるためのエアロゾル処方物
として作製され得る（すなわち、これらは「噴霧」され得る）。エアロゾル処方
物は、加圧された受容可能な推進薬（例えば、ジクロロジフルオロメタン、プロ
パン、窒素など）に入れられ得る。 【０２７４】 非経口投与（例えば、関節内（ｉｎｔｒａａｒｔｉｃｕｌａｒ）（関節内（ｉ
ｎ ｔｈｅ ｊｏｉｎｔ））、静脈内、筋肉内、皮内、腹腔内および皮下経路な
どによる）に適切な処方物は、水性および非水性の、等張性滅菌注射溶液（これ
は、抗酸化剤、緩衝剤、静菌剤、およびこの処方物を意図されるレシピエントの
血液と等張にする溶質を含み得る）、ならびに水性および非水性の滅菌懸濁液（
これは、懸濁剤、可溶化剤、シックニング剤、安定剤、および保存剤を含み得る
）を含む。パッケージされた核酸の処方物は、単回用量または複数用量を密封し
た容器（例えば、アンプルおよびバイアル）で提供され得る。 【０２７５】 非経口投与および静脈内投与は、投与の好ましい方法である。特に、既存のα
インターフェロン治療剤または予防剤に対して既に使用されている投与経路は、
現在使用されている処方物とともに、本発明のαインターフェロンホモログポリ
ペプチドおよび核酸のための好ましい投与経路および処方物である。 【０２７６】 エキソビボまたはインビボでの治療の観点で上記のように、インターフェロン
ホモログ核酸で形質導入された細胞もまた、上記のように、静脈内または非経口
的に投与され得る。被験体（例えば、ヒト患者）への細胞の送達（例えば、静脈
内投与または腹腔内投与を介する、血液への細胞の送達）が慣用的であることが
、認識される。 【０２７７】 本発明の範囲で、被験体（例えば、患者）に投与される本発明のインターフェ
ロンホモログポリペプチドまたは核酸の用量は、適用に依存して、時間が経って
被験体（例えば、患者）において有益な治療的応答または予防的応答をもたらす
か、または病原体による感染を阻害するのに十分である。この用量は、特定のベ
クターまたは処方の効力、および使用される活性インターフェロンホモログおよ
び患者の条件、ならびに処置される患者の体重または表面領域により、決定され
る。この用量のサイズはまた、特定の患者における特定のベクター、処方、導入
される細胞型などの投与に付随する任意の有害な副作用の、実体、性質、および
範囲により決定される。 【０２７８】 本明細書中に記載される本発明の治療的処置法および予防的処置法において、
本発明の有効量のインターフェロンα核酸（例えば、ＤＮＡまたはｍＲＮＡ）（
例えば、核酸投与量）は、一般に、例えば、約０．０５マイクログラム／キログ
ラム（ｋｇ）から約５０ｍｇ／ｋｇ、通常約０．００５〜５ｍｇ／ｋｇの範囲で
ある。しかし、理解されるように、有効量の核酸（例えば、核酸投与量）および
／またはポリペプチド（例えば、ポリペプチド投与量）は、多数の因子に従って
、当業者に明らかである様式で変化し、この因子は、以下を含む：ポリペプチド
の活性または潜在力、投与される任意の核酸構築物（例えば、ベクター、プロモ
ーター、発現系）の活性または潜在能力、処置される疾患または状態（例えば、
特定の癌）、および核酸が送達される被験体。 【０２７９】 いくつかのポリペプチドの送達のために、例えば、このようなポリペプチドを
コードする核酸を送達することにより、例えば、適当なレベルの翻訳および／ま
たは発現が、例えば、約０．００５ｍｇ／ｋｇ〜約５ｍｇ／ｋｇの核酸投与量で
達成される。公知の生物学的活性を有する他のポリペプチド（およびそれらをコ
ードする核酸）についての投与量が、上記の因子に従って、当業者により容易に
決定され得る。特定の疾患に対する公知の他のインターフェロンαに対して用い
られる投与量は、本発明の核酸またはポリペプチドについての投与量まおよび処
置レジメンを決定するためのガイドラインを提供する。有効量のインターフェロ
ンαホモログポリペプチドは、約１マイクログラム〜約１ミリグラム、およびよ
り代表的には、約１マイクログラム〜約１００マイクログラムの範囲であり得る
。 【０２８０】 本明細書中に記載される方法の治療的処置方法および予防的処置方法における
使用のための組成物は、例えば、約０．１マイクログラム／ミリリッター（ｍｌ
）〜約２０ｍｇ／ｍｌの本発明のインターフェロンαホモログ核酸（例えば、Ｄ
ＮＡまたはｍＲＮＡ）の濃縮および薬学的に受容可能なキャリア（例えば、水性
キャリア）を含み得る。 【０２８１】 本明細書中に記載される本発明の治療的処置方法および予防的処置方法におけ
る使用のための組成物は、例えば、上記および本明細書中に記載のような量の本
発明のインターフェロンαホモログポリペプチドの濃縮ならびに薬学的に受容可
能なキャリア（例えば、水性キャリア）を含み得る。 【０２８２】 癌またはウイルス疾患の処置または予防において投与されるべき有効量のベク
ター、細胞型または処方を決定することにおいて、医師は、循環血漿レベル、ベ
クター／細胞／処方／インターフェロンホモログ毒性、この疾患の進行、および
抗ベクター／インターフェロンホモログ抗体の産生を評価する。 【０２８３】 例えば、７０キログラムの患者に投与される用量は、現在使用されるインター
フェロンαの治療タンパク質または予防タンパク質の投与量に等価な範囲であり
、そしてインターフェロンホモログ配列を産生するベクターまたは細胞の用量は
、等価な量のインターフェロンホモログ核酸または発現タンパク質を産生するた
めに算出される。本発明のベクターは、任意の公知の従来の療法（細胞傷害性因
子、ヌクレオチドアナログ（例えば、ＨＩＶ感染の処置のために使用される場合
）、生物学的応答モディファイアーなどを含む）により、癌の処置およびウイル
スで媒介された状態の処置を補い得る。 【０２８４】 投与のために、本発明のインターフェロンホモログおよび形質導入される細胞
が、患者の体積および健康全般に適用されるように、種々の濃度の、インターフ
ェロンホモログポリペプチドまたは核酸、ベクター、あるいは形質導入された細
胞型、のＬＤ−５０、およびインターフェロンホモログポリペプチドまたは核酸
、ベクターあるいは細胞型、の副作用により決定される速度で投与され得る。投
与は、単回または分割した用量を介して、達成され得る。 【０２８５】 被験体（例えば、患者）への組換えαインターフェロン核酸で形質導入された
細胞の導入について、血液サンプルを、注入の前に得て、そして分析のためにと
っておく。１×１０⁶個と１×１０¹²個との間の形質導入された細胞を、６０〜
２００分にわたり静脈内に注入する。脈拍酸素測定により生命徴候および酸素飽
和を厳密にモニターする。血液サンプルを、注入後５分および１時間で得て、そ
して後の分析のためにとっておく。白血球搬出、形質導入および再注入を、１年
間に合計４〜６回の処置のために２〜３ヶ月ごとに必要に応じて繰り返す。最初
の処置後、注入を、臨床医の判断に基づき外来患者で実施し得る。再注入を外来
患者として与える場合、関係者は、治療語後、少なくとも４時間および好ましく
は８時間、モニターする。形質導入された細胞を、確立された方法に従って、再
注入のために調製する。Ａｂｒａｈａｍｓｅｎら（１９９１）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ａ
ｐｈｅｒｅｓｉｓ ６：４８−５３；Ｃａｒｔｅｒら（１９８８）Ｊ．Ｃｌｉｎ
． Ａｒｐｈｅｒｅｓｉｓ ４：１１３−１１７；Ａｅｂｅｒｓｏｌｄら（１９
８８），Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ １１２：１−７；Ｍｕｕｌら（
１９８７）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ １０１：１７１−１８１およ
びＣａｒｔｅｒら（１９８７）Ｔｒａｎｓｆｕｓｉｏｎ ２７：３６２−３６５
を参照のこと。培養において、約２〜４週間の期間後、この細胞を、１×１０⁶
個と１×１０¹²個との間で数を数える。この点で、細胞の増殖特徴は、患者から
患者および細胞型から細胞型で変化する。形質導入された細胞の再注入の約７２
時間前に、アリコートを、表現型および治療的因子または予防的因子を発現する
細胞の百分率の分析のためにとる。 【０２８６】 ベクターまたは形質導入された細胞またはタンパク質処方物の注入を経験した
被験体（例えば、患者）が、熱、悪寒または筋肉痛、を発症する場合、彼／彼女
は、適切な用量のアスピリン、イブプロフェン、アセトアミノフェンまたは他の
痛み／熱制御薬を受ける。熱、筋肉痛、および悪寒のような注入に対する応答を
経験した被験体（例えば、患者）は、アスピリン、アセトアミノフェン、または
例えば、ジフェンヒドラミンのいずれかを今後注入する３０分前に、予め投薬さ
れる。メペリジンは、解熱薬および抗ヒスタミン薬に迅速に応答しない、より重
篤な悪寒および筋肉痛に対して使用される。細胞注入を、反応の重篤度に依存し
て、遅延するか、または続けることを止める。 【０２８７】 （治療的処置方法および予防的処置方法） 本発明はまた、上記方法の１つ以上の核酸またはポリペプチド（または薬学的
に受容可能な賦形剤および１つ以上の核酸またはポリペプチドを含む組成物）を
、インビボまたはエキソビボで、被験体に投与することにより、疾患または障害
を、治療的にかまたは予防的に処置する方法を含む（被験体としては、例えば、
哺乳動物（例えば、ヒト、霊長類、マウス、ブタ、ウシ、ヤギ、ウサギ、ラット
、モルモット、ハムスター、ウマ、ヒツジを含む）；または非哺乳動物脊椎動物
（例えば、トリ（例えば、ニワトリもしくはアヒル）または魚）、または無脊椎
動物）。 【０２８８】 本発明の１つの局面において、エキソビボ方法において、１つ以上の細胞また
は被験体の目的細胞の集合（例えば、腫瘍細胞、腫瘍組織サンプル、器官細胞、
血液細胞、皮膚、肺、心臓、筋肉、脳、粘膜、肝臓、腸、脾臓、胃、リンパ系、
頸、膣、前立腺、口、舌など、の細胞）が、被験体から得られるかまたは除去さ
れ、そしてある量の本発明のポリペプチドと接触され、このポリペプチドは、疾
患、障害、または他の状態を予防的または治療的に処置するのに有効である。次
いで、接触された細胞が、被験体にか、その細胞が得られる部位か、または処置
される被験体における目的の別の部位（例えば、上記の部位を含む）に、戻され
るかまたは送達される。所望の場合、接触される細胞は、標準および周知の移植
技術を使用して、被験体において目的の組織、器官、または系の部位（上記の全
てを含む）に移植されるか、または、例えば、標準的送達技術または輸血技術を
使用して、血液またはリンパ系に送達され得る。 【０２８９】 本発明はまた、１つ以上の細胞または被験体の目的の細胞の集団が、疾患、障
害、または他の状態を予防的または治療的に処置するのに有効な、本発明のポリ
ペプチドの量と、直接または間接的に接触される。直接的接触／投与フォーマッ
トにおいて、このポリペプチドは、代表的に、種々のフォーマット（局所的投与
、注入（例えば、ニードルもしくはシリンジを使用することによる）、または組
織、器官もしくは皮膚の部位へ押し出す、ワクチンもしくは遺伝子銃送達を含む
）のいずれかにより、処置されるべき細胞にかまたは目的の組織部位（例えば、
腫瘍細胞、腫瘍組織サンプル、器官細胞、血液細胞、皮膚、肺、心臓、筋肉、脳
、粘膜、肝臓、腸、脾臓、胃、リンパ系、頸、膣、前立腺、口、舌などの細胞）
に直接投与されるか、または移行される。このポリペプチドは、例えば、筋内、
皮内、皮下（ｓｕｂｄｅｒｍａｌｌｙ）、皮下（ｓｕｂｃｕｔａｎｅｏｕｓｌｙ
）、経口、腹腔内、鞘内、静脈内、もしくは身体の腔内に置かれて（例えば、手
術の間を含む）、送達され得るか、または吸入もしくは膣投与もしくは直腸投与
により送達され得る。 【０２９０】 インビボの間接的な接触／投与フォーマットにおいて、このポリペプチドは、
代表的に、処置されるべき細胞にかまたは目的の組織部位に（上記のそれら（例
えば、皮膚細胞、器官系、リンパ系、または血液細胞系などのような）を含む）
、本発明のポリペプチドを、１つ以上の細胞または細胞の集団（これらから、処
置が容易にされ得る）に直接接触させるかまたは投与することにより、間接的に
投与されるか、または移行される。例えば、被験体の身体内の腫瘍細胞が、十分
量のポリペプチドと、血液もしくはリンパ系、皮膚、または器官、の細胞を接触
させることにより処置され得、その結果、目的の部位（例えば、目的の、組織、
器官もしくは細胞、または身体内の血液もしくはリンパ系）へのポリペプチドの
送達が生じ、そして有効な予防的かつ治療的処置が、結果として生じる。このよ
うな接触、投与、または移行は、代表的に、１つ以上の経路、または上記の投与
の様式により、行われる。 【０２９１】 別の局面において、本発明は、目的の１つ以上の細胞または被験体の目的の細
胞の集団（例えば、腫瘍細胞、腫瘍組織サンプル、器官細胞、血液細胞、皮膚、
肺、心臓、筋肉、脳、粘膜、肝臓、腸、脾臓、胃、リンパ系、頸、膣、前立腺、
口、舌など）が、被験体から得られるか、または除去され、そして疾患、障害、
または他の状態を予防的または治療的に処置するのに有効である目的の生物学的
に活性なポリペプチド（例えば、本発明のポリペプチド）をコードする本発明の
標的核酸配列を含むポリヌクレオチド構築物と、この１つ以上の細胞または細胞
の集団を接触させることにより形質転換される、エキソビボでの方法を提供する
。１つ以上の細胞または細胞の集団が、この核酸配列の発現を制御する十分量の
ポリヌクレオチド構築物およびプロモーターと接触され、その結果、細胞へのポ
リヌクレオチド構築物（およびプロモーター）の取り込みが生じ、そして本発明
の標的核酸配列の十分な発現が、疾患、障害または状態を予防的または治療的に
処置するのに有効な生物学的に活性なポリペプチドの量の産生を結果として生じ
る。このポリヌクレオチド構築物は、本発明の核酸配列、および／あるいは所望
の場合、本発明の別のポリペプチド、サイトカイン、アジュバント、もしくは同
時刺激分子、の少なくとも１つ以上、または目的の他のポリペプチドをコードす
る１つ以上のさらなるヌクレオチド配列、の発現を制御するプロモーター配列（
例えば、ＣＭＶプロモーター配列）を含み得る。 【０２９２】 トランスフェクション後、形質転換された細胞が、被験体にか、組織部位にか
、またはそれらが得られる系もしくは被験体において処置されるべき別の部位（
例えば、腫瘍細胞、腫瘍組織サンプル、器官細胞、血液細胞、皮膚、肺、心臓、
筋肉、脳、粘膜、肝臓、腸、脾臓、胃、リンパ系、頸、膣、前立腺、口、舌など
の細胞）に、戻されるか、送達されるか、または移行される。所望の場合、細胞
を、標準かつ周知の移植技術を使用して被験体における目的の組織、皮膚、器官
または身体系に移植され得るか、または標準的送達技術かまたは輸血技術を使用
した血液またはリンパ系に送達され得る。形質転換される細胞の、このような送
達、投与、または移行は、上記の投与の１つ以上の通路または様式を使用するこ
とにより、代表的に行われる。標的核酸の発現が、天然に生じるかまたは誘導さ
れ得（以下により詳細に記載されるように）、そしてコードされるポリペプチド
の量が、部位または組織系で疾患または状態を処置するために十分にかつ有効に
発現される。 【０２９３】 別の局面において、本発明は、目的の１つ以上の細胞または被験体の細胞の集
団（例えば、上記のそれらの細胞および細胞系および被験体を含む）が、細胞ま
たは細胞の集団を、疾患、障害、または他の状態を予防的または治療的に処置す
るのに有効である目的の生物学的に活性なポリペプチド（例えば、本発明のポリ
ペプチド）をコードする本発明の核酸配列を含むポリヌクレオチド構築物と接触
させること（または１つ以上の上記投与経路もしくは様式を使用して、細胞また
は細胞の集団に投与するかまたは移行すること）により、被験体の身体において
形質転換される。 【０２９４】 ポリヌクレオチド構築物は、（例えば、上記の投与経路または投与様式の１つ
以上を使用して直接接触により）疾患または障害に罹患する細胞に直接投与また
は転移され得る。あるいは、ポリヌクレオチド構築物は、第一に、非疾患細胞（
単数または複数）または他の疾患細胞を、１つ以上の上記の投与経路もしくは様
式を使用して、生物学的に活性なポリペプチドをコードする核酸配列を含む十分
な量のポリヌクレオチド構築物、および核酸配列の発現を制御し、その結果ポリ
ヌクレオチド構築物（およびプロモーター）の細胞（単数または複数）への取り
込みが起こりかつ本発明の核酸配列の十分な発現が疾患もしくは障害を予防的も
しくは治療的に処置するために効果的な量の生物学的に活性なポリペプチドの産
生をもたらすプロモーターと直接接触させて、それにより、このポリヌクレオチ
ド構築物または生じた発現されたポリペプチドが自然にまたは自動的に被験体身
体の最初の送達部位、系、組織または器官から被験体身体の疾患部位、組織、器
官または系へ（例えば血液系またはリンパ系を介して）転移されることにより、
疾患または障害に罹患する細胞（単数または複数）に間接的に投与または転移さ
れ得る。標的核酸の発現は、自然に起こるか、または（以下にさらに詳細に記載
されるように）ある量のコードされたポリペプチドがその部位または組織系にお
いて疾患または状態を処置するのに十分かつ有効に発現されるように誘導され得
る。ポリヌクレオチド構築物は、プロモーター配列（例えば、ＣＭＶプロモータ
ー配列）（核酸配列、および／または所望の場合、本発明の別のポリペプチドの
少なくとも１つ以上をコードする１つ以上のさらなる核酸配列の発現を制御する
）、サイトカイン、アジュバント、もしくは同時刺激（ｃｏ−ｓｔｉｍｕｌａｔ
ｏｒｙ）分子、または他の目的のポリペプチドを含み得る。 【０２９５】 上記のインビボおよびエキソビボの処置方法の各々において、賦形剤および本
発明のポリペプチドまたは核酸を含む組成物は、投与され得るかまたは送達され
得る。１つの局面において、薬学的に受容可能な賦形剤および本発明のポリペプ
チドまたは核酸を含む組成物は、上記の被験体に、疾患または障害を処置するの
に有効な量で投与されるかまたは送達される。 【０２９６】 別の局面において、上記のインビボおよびエキソビボでの処置方法の各々にお
いて、細胞（単数または複数）または被験体に投与されるポリヌクレオチドの量
は、このポリヌクレオチドのこの被験体の１つ以上の細胞への取り込みが起こり
、かつ被験体における免疫応答（免疫原（例えば、抗原）により誘導される免疫
応答を含む）を増強するのに有効な量の生物学的に活性なポリペプチドを産生す
るのに十分な上記核酸配列の発現が起こるのに十分な量であり得る。別の局面に
おいて、各このような方法について、細胞（単数または複数）または被験体に投
与されるポリペプチドの量は、被験体における免疫応答（免疫原（例えば、抗原
））により誘導される免疫応答を含む）を増強するのに十分な量であり得る。 【０２９７】 なお別の局面において、ポリヌクレオチド構築物（またはポリヌクレオチド構
築物を含む組成物）は、生理学的に活性なポリペプチドを被験体に送達するため
に使用されるインビボまたはインビボ処置方法において、そのポリヌクレオチド
構築物の発現は、誘導可能なオン遺伝子およびオフ遺伝子発現系を使用すること
により誘導され得る。このようなオン遺伝子発現系およびオフ遺伝子発現系の例
としては、それぞれ、Ｔｅｔ−Ｏｎ^TM Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｓｙ
ｓｔｅｍおよびＴｅｔ−Ｏｆｆ^TM Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｓｙｓｔ
ｅｍ（例えば、このような各システムの詳細な説明についてはＣｌｏｎｔｅｃｈ
Ｃａｔａｌｏｇ ２０００，１１０〜１１１頁を参照のこと）が挙げられる。
他の制御可能または誘導可能なオン遺伝子発現系およびオフ遺伝子発現系は、当
業者に公知である。このような系を用いて、ポリヌクレオチド構築物の標的核酸
（ｎｕｃｌｅｉｃ）の発現は、正確で可逆的かつ定量的な様式で調節され得る。
標的核酸の遺伝子発現は、例えば、標的核酸を含むポリヌクレオチド構築物を含
有する安定トランスフェクト細胞が、目的の組織部位、器官もしくは系に送達も
しくは転移されるかまたは接触された後に、誘導され得る。（例えば、手術およ
び／または手術後の治癒の完了のための時間を可能にするため；標的核酸を含む
ポリヌクレオチド構築物が処置されるべき部位、細胞、系または組織に到達する
ための時間を可能にするため；この構築物で形質転換された細胞を含有する移植
片が、その上もしくはその中に接合または付着された組織もしくは器官に組み込
まれるようになるための時間を可能にするなどために）標的核酸の発現を遅らせ
るかまたは正確に制御することが有利な処置方法または処置形式において、この
ような系は特に有益である。 【０２９８】 （統合システム） 本発明は、コンピュータ、コンピュータ読み出し可能な媒体および統合システ
ムを提供し、このシステムは、本明細書中のポリペプチドおよび核酸についての
本明細書中の配列情報（例えば、本明細書中に列挙されるそれらの配列およびそ
の種々のサイレントな置換および保存的置換を含む）に対応する文字列を含む。 【０２９９】 当該分野で公知の種々の方法および遺伝アルゴリズム（ＧＯ）を使用して、異
なる文字列間の相同性または類似性を検出し得るか、またはこれらを使用して、
出力ファイルを制御するような他の所望の機能を実行し得、配列などを含む情報
の提示を作成するための基礎を提供し得る。例としてはＢＬＡＳＴ（前出で議論
される）が挙げられる。 【０３００】 従って、種々のストリンジェンシーおよび長さの異なる型の相同性および類似
性は、本明細書中の統合システムで検出および認識され得る。例えば、多くの相
同性決定方法は、生体高分子の配列の比較分析、ワードプロセシングにおけるス
ペルチェック、および種々のデータベースからのデータ検索のために設計されて
きた。天然ポリヌクレオチドにおける４つの主な核酸塩基の間の二重らせん対式
の相補的相互作用を理解して、相補的相同ポリヌクレオチド鎖のアニーリングを
シミュレーションするモデルはまた、代表的には本明細書中の配列に対応する文
字列に対して実行される配列整列または他の操作（例えば、ワードプロセシング
操作、配列または部分配列（ｓｕｂｓｅｑｕｅｎｃｅ）の文字列を含む図、出力
表などの構築）の基礎として使用され得る。配列類似性または相同性を計算する
ためのＧＯを用いるソフトウエアパッケージの例は、ＢＬＡＳＴであり、これは
、本明細書中の配列に対応する文字列を入力することにより本発明に適合され得
る。 【０３０１】 同様に、ワードプロセシングソフトウエアのような標準的なデスクトップアプ
リケーション（例えば、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ Ｗｏｒｄ^TMまたはＣｏｒｅｌ Ｗ
ｏｒｄＰｅｒｆｅｃｔ^TM）およびデータベースソフトウエア（例えば、Ｍｉｃｒ
ｏｓｏｆｔ Ｅｘｃｅｌ^TM、Ｃｏｒｅｌ Ｑｕａｔｔｒｏ Ｐｒｏ^TM）のような
スプレッドシートソフトウエア、またはＭｉｃｒｏｓｏｆｔ Ａｃｃｅｓｓ^TMま
たはＰａｒａｄｏｘ^TMのようなデータベースプログラム）は、本発明のインター
フェロンαホモログ（核酸もしくはタンパク質、またはその両方のいずれか）に
対応する文字列を入力することにより本発明に適合され得る。例えば、統合シス
テムは、例えば、文字列を処理するためのユーザインターフェース（例えば、Ｗ
ｉｎｄｏｗｓ（登録商標）、ＭａｃｉｎｔｏｓｈまたはＬＩＮＵＸシステムのよ
うな標準のオペレーティングシステムにおけるＧＵＩ）と組み合わせて使用され
る適切な文字列情報を有する前述のソフトウエアを備え得る。示されたように、
ＢＬＡＳＴのような特殊化整列プログラムはまた、核酸またはタンパク質（また
は対応する文字列）の整列のために本発明のシステムに組み込まれ得る。 【０３０２】 本発明における分析のための統合システムは、代表的には、配列を整列させる
ためのＧＯソフトウエアを備えたデジタルコンピュータ、ならびに本明細書中の
配列のいずれかを含むソフトウエアシステムに入力されるデータセットを含む。
このコンピュータは、例えば、ＰＣ（Ｉｎｔｅｌ ｘ８６またはＰｅｎｔｉｕｍ
（登録商標）チップ適合ＤＯＳ^TM、ＯＳ２^TMＷＩＮＤＯＷＳ（登録商標）^TMＷＩ
ＮＤＯＷＳ（登録商標） ＮＴ^TM、ＷＩＮＤＯＷＳ（登録商標）９５^TM、ＷＩＮ
ＤＯＷＳ（登録商標）９８^TMＬＩＮＵＸベースマシン、ＭＡＣＩＮＴＯＳＨ^TM、
Ｐｏｗｅｒ ＰＣまたはＵＮＩＸ（登録商標）ベース（例えば、ＳＵＮ^TMワーク
ステーション）マシン）または当業者に公知の他の商業的に一般的なコンピュー
タであり得る。配列を整列させるかそうでなければ操作するためのソフトウエア
が利用可能であるか、または標準的なプログラミング言語（例えば、Ｖｉｓｕａ
ｌｂａｓｉｃ、Ｆｏｒｔｒａｎ、Ｂａｓｉｃ、Ｊａｖａ（登録商標）など）を使
用して当業者により容易に構築され得る。 【０３０３】 任意のコントローラまたはコンピュータは、必要に応じて、しばしば陰極線管
（「ＣＲＴ」）ディスプレイ、フラットパネルディスプレイ（例えば、アクティ
ブマトリックス液晶ディスプレイ、液晶ディスプレイ）または他のディスプレイ
であるモニターを備える。コンピュータ回路は、しばしば多数の集積回路（例え
ば、マイクロプロセッサ、メモリ、インターフェース回路および他の回路）を含
むボックス内に配置される。このボックスはまた、必要に応じて、ハードディス
クドライブ、フロッピー（登録商標）ディスクドライブ、高容量取り外し可能ド
ライブ（例えば、書き込み可能ＣＤ−ＲＯＭ）および他の一般的な周辺要素を備
える。キーボードまたはマウスのような入力デバイスは、必要に応じてユーザか
らの入力、および関連コンピュータシステムで比較されるべき配列またそうでな
ければ処理されるべき配列のユーザ選択を提供する。 【０３０４】 このコンピュータは、代表的には、セットパラメータ領域へのユーザ入力（例
えばＧＵＩ）の形態で、または予めプログラムされた命令（例えば、種々の異な
る特定の操作について予めプログラムされた）の形態のいずれかで、ユーザ命令
を受けるための適切なソフトウエアを含む。次いでこのソフトウエアは、流体方
向よび輸送コントローラの操作を命令すためにこれらの命令を適切な言語に変換
して、所望の操作を実行する。 【０３０５】 ソフトウエアはまた、（例えば、本明細書中の配列または配列の整列に基づい
て）核酸合成または他の操作を制御するための出力要素を含み得、これらは、本
明細書中の配列に対応する文字列を使用して実行される整列または他の操作から
下流で起きる。 【０３０６】 １つの実施形態において、本発明は、１つ以上の配列記録を有するデータベー
スを含むコンピュータまたはコンピュータ読み出し可能媒体を備える統合システ
ムを提供する。各配列記録は、配列番号１〜配列番号８５から選択される核酸ま
たはポリペプチドもしくはタンパク質に対応する１つ以上の文字列を含む。この
統合システムは、１つ以上の配列記録を選択的に調べるための使用を可能にする
入力インターフェースをさらに備える。１つのこのような統合システムにおいて
、コンピュータまたはコンピュータ読み出し可能媒体は、整列命令セットを含み
、この整列命令セットは、文字列を、核酸またはポリペプチドもしくはタンパク
質の配列に対応する１つ以上のさらなる文字列と整列させる。 【０３０７】 １つのこのような統合システムは、以下のうちの少なくとも１つを備える命令
セットを含む：局所的相同性比較決定、相同性整列決定、類似性決定のための検
索、およびＢＬＡＳＴ決定。いくつかの実施形態において、このシステムは、整
列命令セットにより生じる整列を表示する読み出し可能出力要素をさらに備える
。別の実施形態において、コンピュータまたはコンピュータ読み出し可能媒体は
、配列番号１〜配列番号３５または配列番号７２〜配列番号７８から選択される
配列を含む少なくとも１つの核酸配列を、アミノ酸配列に翻訳する命令セットを
さらに備える。命令セットは、コドン利用命令セットまたは試験核酸配列に同一
な配列を決定する命令セットを適用することにより核酸を選択し得る。 【０３０８】 コンピュータシステムを使用してデータベースに記憶されている複数の配列記
録の少なくとも１つに関する情報を提示する方法もまた提供される。配列記録の
各々は、配列番号１〜配列番号８５に対応する少なくとも１つの文字列を含む。
この方法は、配列番号１〜配列番号８５またはその部分配列の１つ以上に対応す
る少なくとも１つの文字列を決定する工程；そのリストの少なくとも１つの文字
列のどれがユーザにより選択されるかを決定する工程；およびこの選択された文
字列の各々を表示するか、またはこの選択された文字列の各々をさらなる文字列
と整列させる工程、を包含する。この方法は、各選択された文字列のさらなる文
字列との整列を表示する工程および／またはそのリストを表示する工程をさらに
包含し得る。 【０３０９】 （キット） さらなる局面において、本発明は、本明細書中の方法、組成物、システムおよ
び装置を具体化したキットを提供する。本発明のキットは、必要に応じて以下の
うちの１つ以上を備える：（１）本明細書中に記載されるような装置、システム
、システム要素または装置要素；（２）本明細書中に記載される方法を実施する
ため、および／もしくは本明細書中の装置または装置要素を操作するため、なら
びに／または本明細書中の組成物を使用するための使用説明書；（３）１つ以上
のαインターフェロンホモログ組成物（例えば、本発明の少なくとも１つのイン
ターフェロンαホモログの核酸またはポリペプチドまたはそのフラグメント、細
胞、ベクターなどを含む組成物）または成分（本発明のインターフェロンαホモ
ログの核酸またはポリペプチドまたはそのフラグメント、細胞、ベクターなど）
；（４）このような成分または組成物を含む、本発明の１つ以上の局面を保持す
るための容器、および（５）パッケージング材料。 【０３１０】 さらなる局面において、本発明は、本明細書中の任意の装置、装置要素、組成
物またはキットの使用、本明細書中の任意の方法またはアッセイの実施、および
／または本明細書中の任意のアッセイまたは方法を実施するための任意の装置ま
たはキットの使用を提供する。 【０３１１】 （実施例） （実施例Ｉ：シャッフリングされたインターフェロン−αライブラリーの調製
およびスクリーニング） 約２０のヒトインターフェロン−α亜種遺伝子のフラグメント（２５〜６０塩
基対（ｂｐ）長）を、ＰＣＲ増幅およびＤＮＡｓｅ処理によって調製し、そして
本質的にＣｒａｍｅｒｉ Ａ．ら（１９９８；Ｎａｔｕｒｅ １５：２８８−２
９１）に記載されるように組換えて、シャッフリングされたインターフェロン−
α成熟コード配列を生成する。発現ライブラリーを、シャッフリングされたイン
ターフェロン−α成熟コード配列をＥ．ｃｏｌｉ分泌ベクターにサブクローニン
グすることによって調製した。シャッフリングされたインターフェロンポリペプ
チドを、Ｅタグ（Ａｍｅｒｓｈａｍ−Ｐｈａｒｍａｃｉａ）にＣ末端で融合した
成熟タンパク質として発現して、細胞膜周辺腔からの定量化および精製を用意に
する。Ｅ．ｃｏｌｉ形質転換体を、ロボット利用コロニーピッカー（Ｑ−Ｂｏｔ
，Ｇｅｎｅｔｉｘ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）を使用してマイクロタイ
タープレートに選び取り、そして周辺質抽出物を調製した。 【０３１２】 周辺質抽出物を、Ｓｃａｒｏｚｚａ，Ａ．Ｍ．ら（１９９２）Ｊ．Ｉｎｔｅｒ
ｆｅｒｏｎ Ｒｅｓ．１２：３５−４２によって記載されるように、ヒトＤａｕ
ｄｉ細胞株上で抗増殖活性についてアッセイした。 【０３１３】 Ｄａｕｄｉアッセイにおいて抗増殖活性を示すクローンを再スクリーニングし
、そして発現レベルを、抗Ｅタグ抗体（Ａｍｅｒｓｈａｍ−Ｐｈａｒｍａｃｉａ
）を使用するウエスタンブロットによって決定した。発現レベルに対して規格化
した最も高い活性を示すクローンを、配列決定のために選択し、そしてこれをま
た、上記に記載されるようなさらなる回数のシャッフリングおよびスクリーニン
グのための基質として利用した。 【０３１４】 シャッフリングの１回目および２回目からの比較的高い抗増殖活性を有するク
ローン（Ｄａｕｄｉアッセイによって）を、ＣＨＯ発現ベクター（ｐＤＥＩ−１
０１１）中にサブクローニングし、ここでＥ−タグ／６−Ｈｉｓタグ（Ａｍｅｒ
ｓｈａｍ−Ｐｈａｒｍａｃｉａ）を、シャッフリングされたインターフェロンの
Ｃ末端に融合する。クローンをＣＨＯ細胞にトランスフェクトし、そして安定な
細胞株を１ｍｇ／ｍｌのＧ４１８で選択した。ＣＨＯ発現された成熟インターフ
ェロンを、抗Ｅタグセファロースラム（Ａｍｅｒｓｈａｍ−Ｐｈａｒｍａｃｉａ
）上で精製し、そしてブラッドフォードアッセイ（Ｂｉｏｒａｄ）によって定量
化した。ＣＨＯ精製されたシャッフリングされたインターフェロンを、Ｄａｕｄ
ｉアッセイによって抗増殖活性についてアッセイし、そして以下に記載されるヒ
トＷＩＳＨ細胞／ＥＭＣＶアッセイを使用して抗ウイルス活性についてアッセイ
した。 【０３１５】 （ヒトＷＩＳＨ細胞／ＥＭＣＶ抗ウイルスアッセイ） ＷＩＳＨ細胞を、６×１０⁴細胞／ウェルの密度で、９６ウェルプレートにお
いて、１０％ウシ胎仔血清、ペニシリン（１００μｇ／ｍｌ）、およびストレプ
トマイシン（１００μｇ／ｍｌ）を補充した１００ｕｌのＲＰＭＩ培地（Ｇｉｂ
ｃｏ−ＢＲＬ）中に播種し、そして３７℃で２７時間インキュベートした。培地
中のインターフェロン−αポリペプチドのサンプル（全容量１００μｌ）をウェ
ルに加え、そして５％ＣＯ₂雰囲気下、３７℃で３時間インキュベートした。Ｅ
ＭＣＶ（脳心筋炎ウイルス）の希釈物を、５０μｌの容量でウェルに加え、そし
て上記のように２４時間インキュベートした。培地を慎重に除去し、そしてウェ
ルを暖かいリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で２回リンスした。ニュートラルレ
ッド（培地中の１：５０希釈物１００μｌ／ウェル）をこのウェルに加え、そし
て上記のように２時間インキュベートした。グルタルアルデヒド（ＰＢＳ中０．
５％５０μｌ／ウェル）を加え、そして上記のように３０分間インキュベートし
た。ウェルをＰＢＳ中で２回洗浄し、そして５０％メタノール、１％酢酸の溶液
１００μｌ／ウェルを加えた。５４０ナノメートル（ｎｍ）での吸光度を、マイ
クロプレートリーダーを使用して測定した。 【０３１６】 図２は、インターフェロンα−２ａおよびインターフェロン−α Ｃｏｎ１と
比較した、本発明の例示的インターフェロンホモログの抗増殖活性および抗ウイ
ルス活性を示す。このグラフは、このグラフは、例示的インターフェロンαホモ
ログのセットについての、ホモログのミリグラム当たりの活性単位の数（Ｙ軸）
を示し、この各々はＸ軸上に「名前」を用いて指定される。 【０３１７】 （実施例２：インビトロの癌細胞株スクリーニング） インビトロの細胞株スクリーニング（例えば、Ｍｏｎｋｓ，Ａ．ら（１９９１
）Ｊ．Ｎａｔ’ｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．８３：７５７−７６６（以下では
「Ｍｏｎｋｓ」）およびｈｔｔｐ：／／ｄｔｐ．ｎｃｉ．ｇｏｖ．／ｂｒａｎｃ
ｈｅｓ／ｂｔｂ／ｉｖｃｌｓｐ．ｈｔｍｌ（この各々は、全ての目的でその全体
が本明細書中に参考として援用される）に記載される）を、特定の癌細胞株の選
択的な増殖阻害および／または細胞殺傷について本発明のインターフェロン−α
ホモログをアッセイするために使用する。使用した６０のヒト癌細胞株（表３）
は、白血病、黒色腫、ならびに肺、結腸、脳、卵巣、胸部、前立腺、中枢神経系
、腎臓系、および腎臓の癌を含む。ヒト腫瘍細胞株を、Ｍｏｎｋｓ」）およびｈ
ｔｔｐ：／／ｄｔｐ．ｎｃｉ．ｇｏｖ．／ｂｒａｎｃｈｅｓ／ｂｔｂ／ｉｖｃｌ
ｓｐ．ｈｔｍｌにおいて要約される手順に従って増殖した。 【０３１８】 表３ 【０３１９】 【表４】 手短に言うと、細胞を、この特定の細胞株の増殖特性に依存して約５，０００
〜約４０，０００細胞／ウェルの範囲の密度で、９６ウェルマイクロタイタープ
レートに播種した。播種の後、試験サンプル（例えば、本発明のインターフェロ
ンホモログまたはコントロールインターフェロン）の添加の前に、このマイクロ
タイタープレートを３７℃で２４時間（ｈ）インキュベートした。２４時間後、
各細胞株の２つのプレートを、トリクロロ酢酸（ＴＣＡ）を用いてインサイチュ
で固定して、試験サンプルの添加の時点（Ｔ₀）での各細胞株の細胞集団の測定
を提供する。残りのプレートに、インターフェロンサンプル（ＣＨＯ細胞上清か
ら親和性精製した）を、１０^-0.8〜１０^-4.8μｇ／ｍｌの範囲の５回の１０倍段
階希釈において加えた。 【０３２０】 サンプルの添加に続いて、このプレートをさらに６日間インキュベートした。
このアッセイを、ＴＣＡの添加によって終結した。 【０３２１】 細胞集団を、定量的タンパク質色素結合アッセイにおいて細胞のタンパク質を
測定することによって決定した。１％酢酸中の０．４％（ｗ／ｖ）スルホローダ
ミンＢ溶液（１００μｌ）を各ウェルに加え、その後、室温で１０分間インキュ
ベートした。未結合の色素を、１％酢酸で５回洗浄することによって除去し、そ
してこのプレートを風乾した。タンパク質結合色素を、１０ミリモル濃度（ｍＭ
）のＴｒｉｓを用いて可溶化し、そして５１５ナノメートル（ｎｍ）での吸光度
を、自動化プレートリーダーで読み取った。 【０３２２】 ７回の吸光度測定を各用量応答アッセイについて行い、これは以下に対応する
：サンプル添加の前（時間ゼロ；Ｔ₀）の細胞タンパク質の量、試験サンプルの
非存在下でのインキュベーション期間の終わりの細胞タンパク質の量（コントロ
ール増殖，Ｃ）、そして５回の測定は、５つの濃度のインターフェロン試験サン
プル各々の存在下でのインキュベーション期間の終わりの細胞タンパク質の量（
５つの濃度レベルでのインターフェロン試験サンプルの存在下での試験増殖，Ｔ _i ）に対応する。これらの測定を、各試験サンプルについての以下の３つのパラ
メータを算出するために使用した： ＧＩ５０（すなわち、「５０％の増殖阻害」）は、インキュベーション期間の
終わりにコントロール細胞（試験サンプルではなく）において観察されるものと
比較して、インターフェロン試験サンプルにおける正味のタンパク質／ポリペプ
チド増加における５０％の減少によって測定されるように、細胞増殖が５０％阻
害されるインターフェロン試験サンプルの濃度である。ＧＩ５０は、［（Ｔ_i−
Ｔ₀）／（Ｃ−Ｔ₀）］×１００＝５０の場合の試験サンプルの濃度として算出さ
れる。図３Ａを参照のこと。 【０３２３】 ＴＧＩ（すなわち、「全増殖阻害」）は、細胞増殖が完全に阻害されるインタ
ーフェロン試験サンプルの濃度であり、ここで、インキュベーション期間の終わ
りの細胞タンパク質の量は、インキュベーション期間の始めの細胞タンパク質の
量に等しい。全増殖阻害（ＴＧＩ）を生じるインターフェロン試験サンプルの濃
度は、Ｔ_i＝Ｔ₀の場合の試験サンプルの濃度として算出される。 【０３２４】 ＬＣ５０は、インキュベーション期間の始めの量と比較して、インキュベーシ
ョンの終わりに測定された細胞タンパク質の量における５０％の減少が観察され
るインターフェロン試験サンプルの濃度であり、これは、インターフェロン試験
サンプルの添加後の、細胞の正味の損失を示す。ＬＣ５０は、［（Ｔ_i−Ｔ₀）／
Ｔ₀］×１００＝−５０の場合の試験サンプルの濃度として算出される。 【０３２５】 特定の試験サンプルについて、試験した濃度範囲で効果が達成されなかったか
または効果が過剰であった場合、このパラメータについての値は、試験した最大
または最小の濃度よりも大きかったかまたは小さかったと表された。 【０３２６】 （実施例３：インビボの効力と関連するＩＦＮ−αホモログのインビトロ活性
） ヒトインターフェロン−α遺伝子のフラグメントをシャッフリングし、そして
Ｃｈａｎｇら（１９９９）Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１７：７９３
−７９７に記載されるようなマウス細胞ベースの抗ウイルスアッセイにおいて活
性についてスクリーニングした。マウス細胞に対してヒトインターフェロン−α
２ａよりも１０⁵倍以上高い抗ウイルス活性を示すインターフェロン−αホモ
ログを、単離した。多くのインターフェロン−αホモログの抗ウイルス活性でさ
え、ネイティブのマウスインターフェロン（Ｍｕ−ＩＦＮ−α ４（Ｃｈａｎｇ
ら，前出）を含む）の抗ウイルス活性を有意に超える。新規なインターフェロン
αホモログを産生するためのヒトインターフェロン−α遺伝子フラグメントの再
帰的配列組換え（例えば、ＤＮＡシャッフリング）、およびマウスインターフェ
ロンレセプターに対するこのようなホモログの引き続くスクリーニングは、わず
かに関連するマウス種に対して最適化された活性を有するインターフェロン−α
ホモログの同定および精製を生じる。 【０３２７】 マウスにおける用量応答研究を、インビトロで観察された高い抗ウイルス活性
がインビボでも維持されているか否かを決定するために実施した。マウスに最適
化されたインターフェロン−αホモログ（本明細書中で、ＣＨ２．２およびＣＨ
２．３（それぞれ、配列番号８４および８５）と名付ける）のうちの２つを、こ
の研究において使用した。ＣＨ２．２およびＣＨ２．３は、インビトロのマウス
細胞抗ウイルスアッセイにおいて、それぞれ、ヒトインターフェロン−α ２ａ
よりも約１３８，０００倍および約２０６，００倍高い活性、ならびにネイティ
ブのマウスインターフェロン−α ４よりも約２．５倍および約１．６倍高い活
性を有することが示された（Ｃｈａｎｇら，前出）。 【０３２８】 Ｂａｌｂ／ｃマウスのグループは、毎日２、１０、または５０μｇの皮下用量
（全容量５０μｌ）で、連続した４日にわたって、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢ
Ｓ）、インターフェロン−αホモログＣＨ２．２、インターフェロン−αホモロ
グＣＨ２．３、マウスＩＦＮ−α ４、またはヒトインターフェロン−α ２ａ
のいずれかの皮下用量を受ける。２日目に、このマウスを、水疱性口内炎ウイル
ス（ＶＳＶ）の致死鼻腔内用量（ＬＣ５０を１０回）に暴露した。データを、２
１日目まで生存したマウスの数として表す。 【０３２９】 図５は、マウス最適化インターフェロン−αホモログ、ＣＨ２．２およびＣＨ
２．３の両方が、ＶＳＶからのマウスの保護において有効であるか、またはネイ
ティブのマウスインターフェロンＭｕ−ＩＦＮα ４よりも有効であることを示
す。試験した濃度において、ヒトＩＦＮ−α ２ａは、このウイルスからのマウ
スの保護においてほぼ完全に無効であった。従って、本発明のインターフェロン
−αホモログのインビボ効力は、インビトロアッセイにおいて観察される抗ウイ
ルス活性と非常に関連する。 【０３３０】 上記の発明は、明確さおよび理解の目的である程度詳細に記載されたが、本開
示の読解から、形式および詳細における種々の変化が、本発明の真の範囲から逸
脱することなくなされ得ることが当業者に明らかである。例えば、上記に記載さ
れる全ての技術、方法、組成物、装置およびシステムは、種々の組み合わせにお
いて使用され得る。本出願に列挙される全ての刊行物、特許、特許出願、または
他の文書は、あたかも個々の刊行物、特許、特許出願、または他の文書の各々が
、全ての目的のために参考として個々に援用されることと同じ程度まで、全ての
目的のためにその全体が本明細書中に参考として援用される。 【０３３１】 本発明の、これらならびに他の目的および特徴は、次の詳細な記述が、添付す
る図と共に読まれる場合、より十分に明らかとなる。 【配列表】 【図面の簡単な説明】 【図１Ａ】 図１Ａ〜１Ｅは、本発明による典型的な成熟インターフェロン相同体ポリペプ
チド配列（配列番号３６〜７０および７９〜８５）の配列を示す。 【図１Ｂ】 図１Ａ〜１Ｅは、本発明による典型的な成熟インターフェロン相同体ポリペプ
チド配列（配列番号３６〜７０および７９〜８５）の配列を示す。 【図１Ｃ】 図１Ａ〜１Ｅは、本発明による典型的な成熟インターフェロン相同体ポリペプ
チド配列（配列番号３６〜７０および７９〜８５）の配列を示す。 【図１Ｄ】 図１Ａ〜１Ｅは、本発明による典型的な成熟インターフェロン相同体ポリペプ
チド配列（配列番号３６〜７０および７９〜８５）の配列を示す。 【図１Ｅ】 図１Ａ〜１Ｅは、本発明による典型的な成熟インターフェロン相同体ポリペプ
チド配列（配列番号３６〜７０および７９〜８５）の配列を示す。 【図２】 図２は、２つの対照化合物（ヒトインターフェロンα−２ａ（「ＩＦＮ−α」
または「２ａ」）およびコンセンサスヒトインターフェロン（「ＩＦＮ−Ｃｏｎ
１」または「Ｃｏｎ１」））のそれぞれの抗増殖活性および抗ウイルス活性に対
する本発明の典型的インターフェロン相同体のヒトＤａｕｄｉ細胞株に基づくア
ッセイにおける抗増殖活性、およびヒトＷＩＳＨ細胞／ＥＭＣＶに基づくアッセ
イにおける抗ウイルス活性をそれぞれ示す。 【図３Ａ】 図３Ａ、図３Ｂ、および図３Ｃは、腫瘍細胞株のパネルに対するインターフェ
ロン−α相同体 ３ＤＡ１１（配列番号４０）および対照インターフェロン（ヒ
トインターフェロンα−２ａ（「２ａ」）およびコンセンサスヒトインターフェ
ロン（「Ｃｏｎ１」））の活性プロファイルを示す。図３Ａは、各それぞれの細
胞株でのＩＦＮ−α相同体 ３ＤＡ１１および各対照ＩＦＮの細胞総増殖阻害活
性を示し、ＧＩ５０値で表わされる。ＧＩ５０値は、インターフェロン−α相同
体または対照ＩＦＮの濃度（μｇ／ｍｌ）であり、その濃度で、特定の細胞株の
増殖が５０％阻害され、その阻害は、インキュベーション期間の終わりにインタ
ーフェロンα相同体または対照ＩＦＮαがあることで正味のタンパク質／ポリペ
プチド増加において５０％の減少によって測定される。 【図３Ｂ】 図３Ａ、図３Ｂ、および図３Ｃは、腫瘍細胞株のパネルに対するインターフェ
ロン−α相同体 ３ＤＡ１１（配列番号４０）および対照インターフェロン（ヒ
トインターフェロンα−２ａ（「２ａ」）およびコンセンサスヒトインターフェ
ロン（「Ｃｏｎ１」））の活性プロファイルを示す。図３Ｂは、細胞株のパネル
の各細胞株でのＩＦＮ−α相同体 ３ＤＡ１１および各対照ＩＦＮの細胞増殖抑
制活性を示す。細胞増殖抑制活性は、細胞の成長および増殖を抑制し得る活性を
指す。細胞増殖抑制活性は、ＩＦＮ−α相同体 ３ＤＡ１１および対照ＩＦＮの
濃度（μｇ／ｍｌ）の反映として評価される。その濃度で、特定の細胞株の細胞
の成長および／または増殖が、インキュベーション期間終了で細胞性タンパク質
の量が、インキュベーション開始での細胞性タンパク質の量と等しいように、完
全に阻害されるかまたは抑制される（「総増殖阻害」または「ＴＧＩ」）。 【図３Ｃ】 図３Ａ、図３Ｂ、および図３Ｃは、腫瘍細胞株のパネルに対するインターフェ
ロン−α相同体 ３ＤＡ１１（配列番号４０）および対照インターフェロン（ヒ
トインターフェロンα−２ａ（「２ａ」）およびコンセンサスヒトインターフェ
ロン（「Ｃｏｎ１」））の活性プロファイルを示す。図３Ｃは、各それぞれの細
胞株におけるＩＦＮ−α相同体 ３ＤＡ１１および各対照ＩＦＮの細胞毒性活性
を示す。薬剤（例えば、ＩＦＮ相同体またはＩＦＮ化合物）の細胞毒性は、その
薬剤が特定の細胞において特異的な破壊活性を有する程度またはそのような作用
の所有である。この用語は、典型的に細胞死の原因となり得る薬剤を指し、そし
て免疫現象による細胞の溶解および選択的に分化細胞を殺す化合物の薬剤を指す
のに特に使用される。図３Ｃにおいて、細胞毒性活性は、ＬＣ５０として示され
る。ＬＣ５０は、インキュベーション期間の開始で観察された正味のタンパク質
増加と比較して、インキュベーションの終了で対照細胞（対照ＩＦＮα）におけ
る正味のタンパク質増加において５０％減少する、ＩＦＮ−α相同体 ３ＤＡ１
１の濃度（μｇ／ｍｌ）であり、引き続く特定のインターフェロンの添加による
細胞の正味の損失を示す。細胞毒性活性は、対照細胞に対して特定の細胞株の細
胞の総数（すなわち、総集団）の５０％が破壊されるかまたは殺されるＩＦＮ−
α相同体 ３ＤＡ１１の濃度として評価され得る。 【図４Ａ】 図４Ａ、４Ｂ、４Ｃおよび４Ｄは、２つの対照インターフェロンα（ヒトイン
ターフェロンα−２ａ（「２ａ」）およびコンセンサスヒトインターフェロン（
「Ｃｏｎ１」））細胞増殖抑制性の活性に対する本発明の選択されたインターフ
ェロン−α相同体の細胞増殖抑制性の活性を、白血病細胞株（ＲＰＭＩ−８２２
６）（図４Ａ）、肺癌細胞株（ＨＣＩ−Ｈ２３）（図４Ｂ）、腎癌細胞株（ＡＣ
ＨＮ）（図４Ｃ）、および卵巣癌細胞株（ＯＶＣＡＲ−３）（図４Ｄ）に対して
それぞれ示す。細胞抑制性活性は、特定のインターフェロンαに対するＴＧＩ値
（すなわち、細胞株の細胞増殖が全く阻害されるインターフェロンαの濃度、こ
こでインキュベーション期間の終了での細胞性タンパク質の量が、インキュベー
ションの開始での細胞性タンパク質の量と等しい）によって示される。 【図４Ｂ】 図４Ａ、４Ｂ、４Ｃおよび４Ｄは、２つの対照インターフェロンα（ヒトイン
ターフェロンα−２ａ（「２ａ」）およびコンセンサスヒトインターフェロン（
「Ｃｏｎ１」））細胞増殖抑制性の活性に対する本発明の選択されたインターフ
ェロン−α相同体の細胞増殖抑制性の活性を、白血病細胞株（ＲＰＭＩ−８２２
６）（図４Ａ）、肺癌細胞株（ＨＣＩ−Ｈ２３）（図４Ｂ）、腎癌細胞株（ＡＣ
ＨＮ）（図４Ｃ）、および卵巣癌細胞株（ＯＶＣＡＲ−３）（図４Ｄ）に対して
それぞれ示す。細胞抑制性活性は、特定のインターフェロンαに対するＴＧＩ値
（すなわち、細胞株の細胞増殖が全く阻害されるインターフェロンαの濃度、こ
こでインキュベーション期間の終了での細胞性タンパク質の量が、インキュベー
ションの開始での細胞性タンパク質の量と等しい）によって示される。 【図４Ｃ】 図４Ａ、４Ｂ、４Ｃおよび４Ｄは、２つの対照インターフェロンα（ヒトイン
ターフェロンα−２ａ（「２ａ」）およびコンセンサスヒトインターフェロン（
「Ｃｏｎ１」））細胞増殖抑制性の活性に対する本発明の選択されたインターフ
ェロン−α相同体の細胞増殖抑制性の活性を、白血病細胞株（ＲＰＭＩ−８２２
６）（図４Ａ）、肺癌細胞株（ＨＣＩ−Ｈ２３）（図４Ｂ）、腎癌細胞株（ＡＣ
ＨＮ）（図４Ｃ）、および卵巣癌細胞株（ＯＶＣＡＲ−３）（図４Ｄ）に対して
それぞれ示す。細胞抑制性活性は、特定のインターフェロンαに対するＴＧＩ値
（すなわち、細胞株の細胞増殖が全く阻害されるインターフェロンαの濃度、こ
こでインキュベーション期間の終了での細胞性タンパク質の量が、インキュベー
ションの開始での細胞性タンパク質の量と等しい）によって示される。 【図４Ｄ】 図４Ａ、４Ｂ、４Ｃおよび４Ｄは、２つの対照インターフェロンα（ヒトイン
ターフェロンα−２ａ（「２ａ」）およびコンセンサスヒトインターフェロン（
「Ｃｏｎ１」））細胞増殖抑制性の活性に対する本発明の選択されたインターフ
ェロン−α相同体の細胞増殖抑制性の活性を、白血病細胞株（ＲＰＭＩ−８２２
６）（図４Ａ）、肺癌細胞株（ＨＣＩ−Ｈ２３）（図４Ｂ）、腎癌細胞株（ＡＣ
ＨＮ）（図４Ｃ）、および卵巣癌細胞株（ＯＶＣＡＲ−３）（図４Ｄ）に対して
それぞれ示す。細胞抑制性活性は、特定のインターフェロンαに対するＴＧＩ値
（すなわち、細胞株の細胞増殖が全く阻害されるインターフェロンαの濃度、こ
こでインキュベーション期間の終了での細胞性タンパク質の量が、インキュベー
ションの開始での細胞性タンパク質の量と等しい）によって示される。 【図５】 図５は、それぞれ本発明の２つの例示的なＩＦＮ−α相同体（「ＩＦＮ−ＣＨ
２．２」および「ＩＦＮ−ＣＨ２．３」で示される）の２μｇ、１０μｇ、およ
び５０μｇの用量、ネズミＩＦＮ−α−４の２μｇ、１０μｇ、および５０μｇ
の用量、ヒトＩＦＮ−α−２ａの２μｇ、１０μｇ、および５０μｇの用量の投
与に引き続いて生存していたマウスの数（６匹のマウスの総数の内）の比較を示
す。図５に示された結果は、ネズミモデル系において、これらの２つの例示的な
ＩＦＮ−α相同体のインビトロでの改良された抗ウイルス活性が、インビボで維
持されそして持続することを示す。リン酸塩緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ）は、対
照として使用された。

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁷ 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考） Ａ６１Ｋ 48/00 Ａ６１Ｐ 1/04 Ａ６１Ｐ 1/02 1/16 1/04 3/10 1/16 17/06 3/10 19/02 17/06 21/00 19/02 25/00 21/00 29/00 １０１ 25/00 31/12 29/00 １０１ 31/14 31/12 31/18 31/14 31/20 31/18 31/22 31/20 35/00 31/22 35/02 35/00 37/02 35/02 37/04 37/02 37/06 37/04 37/08 37/06 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ 37/08 Ａ６１Ｋ 37/02 (81)指定国 ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ， ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，Ｉ Ｔ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＧＷ，ＭＬ， ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＧＭ，Ｋ Ｅ，ＬＳ，ＭＷ，ＭＺ，ＳＤ，ＳＬ，ＳＺ，ＴＺ，ＵＧ ，ＺＷ)，ＥＡ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ， ＲＵ，ＴＪ，ＴＭ)，ＡＥ，ＡＧ，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ， ＡＵ，ＡＺ，ＢＡ，ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，ＢＺ，Ｃ Ａ，ＣＨ，ＣＮ，ＣＲ，ＣＵ，ＣＺ，ＤＥ，ＤＫ，ＤＭ ，ＤＺ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＤ，ＧＥ，ＧＨ， ＧＭ，ＨＲ，ＨＵ，ＩＤ，ＩＬ，ＩＮ，ＩＳ，ＪＰ，Ｋ Ｅ，ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ，ＬＲ，ＬＳ ，ＬＴ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＡ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ， ＭＷ，ＭＸ，ＭＺ，ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，Ｒ Ｕ，ＳＤ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ，ＳＫ，ＳＬ，ＴＪ，ＴＭ ，ＴＲ，ＴＴ，ＴＺ，ＵＡ，ＵＧ，ＵＳ，ＵＺ，ＶＮ， ＹＵ，ＺＡ，ＺＷ (72)発明者 チェン， テディー アメリカ合衆国 カリフォルニア， レッ ドウッド シティー， マックナルティー ウェイ 3652 (72)発明者 ペイトン， フィリップ エイ． アメリカ合衆国 カリフォルニア 94025， メンロー パーク， ラ クエスタ ド ライブ 261 Ｆターム(参考） 4B024 AA01 AA12 BA23 CA02 CA04 HA14 HA17 4C084 AA02 AA03 AA13 BA01 BA08 BA22 CA53 MA13 MA17 MA23 MA52 MA55 MA56 MA60 MA63 MA66 NA14 ZA022 ZA662 ZA672 ZA752 ZA892 ZA942 ZA962 ZB052 ZB092 ZB132 ZB152 ZB262 ZB272 ZB332 ZC352 ZC552 4C085 AA13 AA14 AA16 BB11 BB41 CC22 CC23 GG02 GG03 GG04 GG05 GG06 GG08 4C086 AA01 AA02 EA16 MA01 MA04 NA14 ZA02 ZA66 ZA67 ZA75 ZA89 ZA94 ZA96 ZB05 ZB09 ZB13 ZB15 ZB26 ZB27 ZB33 ZC35 ZC55

Claims (1)

1. 【特許請求の範囲】 【請求項１】 単離された核酸または組換え核酸であって、以下： （ａ）配列番号１〜配列番号３５、またはその相補的なポリヌクレオチド配列
   ； （ｂ）配列番号３６〜配列番号７０から選択されるポリペプチドをコードする
   ポリヌクレオチド配列、またはその相補的なポリヌクレオチド配列； （ｃ）（ａ）または（ｂ）のポリヌクレオチド配列の実質的に全体の長さにわ
   たって、高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド配
   列；および （ｄ）（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のフラグメントを含むポリヌクレオチド配
   列であって、該フラグメントは、ヒトＤａｕｄｉ細胞株ベースのアッセイにおい
   て抗増殖活性を有するポリペプチドをコードする、ポリヌクレオチド配列、 からなる群から選択されるポリヌクレオチド配列を含む、単離された核酸または
   組換え核酸。