JP2003004739A - 遺伝子発現プロファイル解析方法及び装置 - Google Patents
遺伝子発現プロファイル解析方法及び装置Info
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Abstract
(57)【要約】
【課題】 遺伝子発現プロファイルデータから注目する
評価指標データを推定する。 【解決手段】 遺伝子の組み合わせ候補を生成し、生成
された遺伝子の組み合わせを用いて評価指標を推定し、
その推定結果に基づき遺伝子の組み合わせを評価し、そ
の評価に基づき遺伝子の組み合わせを生成することを繰
り返すことによって、設定した評価以上の遺伝子の組み
合わせを求め、その遺伝子の組み合わせを用いて注目す
る評価指標を推定する構成にした。
評価指標データを推定する。 【解決手段】 遺伝子の組み合わせ候補を生成し、生成
された遺伝子の組み合わせを用いて評価指標を推定し、
その推定結果に基づき遺伝子の組み合わせを評価し、そ
の評価に基づき遺伝子の組み合わせを生成することを繰
り返すことによって、設定した評価以上の遺伝子の組み
合わせを求め、その遺伝子の組み合わせを用いて注目す
る評価指標を推定する構成にした。
Description
【0001】
【発明の属する技術分野】この発明は、DNAチップ、
DNAマイクロアレイで計測した遺伝子発現プロファイ
ルデータを解析し、評価指標の推定に有用な解析方法及
び解析装置等に関する。
DNAマイクロアレイで計測した遺伝子発現プロファイ
ルデータを解析し、評価指標の推定に有用な解析方法及
び解析装置等に関する。
【0002】
【従来の技術】従来、病気の分類は被検試料の諸症状や
病変部位の形態学的な差異によってなされていた。例え
ば、胃癌の場合には、癌の深達度・リンパ節転移の有無
・他の臓器への転移の有無などの形態学的な所見によっ
て胃癌の病期(ステージ)を判断していた。しかし、形
態学的な違いによる分類には明確な判断基準がないこと
により、しばしば不正確であり、客観的な分類が困難な
場合が多い。また複数の病理診断医間で判定が異なる場
合も多い。
病変部位の形態学的な差異によってなされていた。例え
ば、胃癌の場合には、癌の深達度・リンパ節転移の有無
・他の臓器への転移の有無などの形態学的な所見によっ
て胃癌の病期(ステージ)を判断していた。しかし、形
態学的な違いによる分類には明確な判断基準がないこと
により、しばしば不正確であり、客観的な分類が困難な
場合が多い。また複数の病理診断医間で判定が異なる場
合も多い。
【0003】全ての細胞はその生物の一そろいの遺伝子
を持っているが、細胞の種類・時期によって発現されて
いる遺伝子の種類・量は異なる。各細胞・組織で発現さ
れている遺伝子の種類・量のパターンを遺伝子発現プロ
ファイルと呼んでいる。各細胞の機能・性質はその時点
で細胞内にある蛋白質の種類と分布によって決定され
る。従って、蛋白質の合成量を計測できる遺伝子発現プ
ロファイルの計測から、その細胞の機能・性質を推定す
ることが可能であると考えられる。
を持っているが、細胞の種類・時期によって発現されて
いる遺伝子の種類・量は異なる。各細胞・組織で発現さ
れている遺伝子の種類・量のパターンを遺伝子発現プロ
ファイルと呼んでいる。各細胞の機能・性質はその時点
で細胞内にある蛋白質の種類と分布によって決定され
る。従って、蛋白質の合成量を計測できる遺伝子発現プ
ロファイルの計測から、その細胞の機能・性質を推定す
ることが可能であると考えられる。
【0004】疾病(特に癌)によって、遺伝子発現プロ
ファイルは正常な細胞の遺伝子発現プロファイルから大
きく変化することが知られている。逆に言えば、遺伝子
発現プロファイルを計測することによって、病気の状態
を遺伝子発現のレベルの面から客観的に分類することが
可能になると考えられる。また、病気に伴う性質(癌の
転移しやすさ、手術後の予後等)も遺伝子発現プロファ
イルの変化から定量的に推定することが可能になると考
えられる。近年、多数の遺伝子をチップ上に固定し、同
時に多数の遺伝子の発現を計測できるDNAチップ・D
NAマイクロアレイが開発されてきており、遺伝子発現
プロファイルを計測することが可能になってきた。
ファイルは正常な細胞の遺伝子発現プロファイルから大
きく変化することが知られている。逆に言えば、遺伝子
発現プロファイルを計測することによって、病気の状態
を遺伝子発現のレベルの面から客観的に分類することが
可能になると考えられる。また、病気に伴う性質(癌の
転移しやすさ、手術後の予後等)も遺伝子発現プロファ
イルの変化から定量的に推定することが可能になると考
えられる。近年、多数の遺伝子をチップ上に固定し、同
時に多数の遺伝子の発現を計測できるDNAチップ・D
NAマイクロアレイが開発されてきており、遺伝子発現
プロファイルを計測することが可能になってきた。
【0005】DNAチップで計測された多数の遺伝子発
現量の変化のデータ解析法として、自己組織化写像を用
いてデータをクラスター化して分類する方法(特開20
00−342299号)や特定の疾病に関するクラス分
けに有効な遺伝子を相関解析から選択し、重み付け票決
スキームでクラス分けする方法(特開2001−017
171号)がある。また、サポートベクトルマシン(S
upport Vector Machine:SV
M)を用いて遺伝子の分類を学習する方法がある(Pr
occedings of National Aca
demy ofScience USA(2000)9
7、第262頁〜第267頁)。
現量の変化のデータ解析法として、自己組織化写像を用
いてデータをクラスター化して分類する方法(特開20
00−342299号)や特定の疾病に関するクラス分
けに有効な遺伝子を相関解析から選択し、重み付け票決
スキームでクラス分けする方法(特開2001−017
171号)がある。また、サポートベクトルマシン(S
upport Vector Machine:SV
M)を用いて遺伝子の分類を学習する方法がある(Pr
occedings of National Aca
demy ofScience USA(2000)9
7、第262頁〜第267頁)。
【0006】疾病に伴う遺伝子発現プロファイルの変化
を計測する場合、被検試料を多量に集めることが困難で
あるので、発現量の変化を計測する遺伝子の数と比較し
て、被検試料の数が非常に少ないという問題がある。被
検試料の数が非常に少ないので、通常の統計的な手法で
は疾病との相関解析が困難である場合が多い。
を計測する場合、被検試料を多量に集めることが困難で
あるので、発現量の変化を計測する遺伝子の数と比較し
て、被検試料の数が非常に少ないという問題がある。被
検試料の数が非常に少ないので、通常の統計的な手法で
は疾病との相関解析が困難である場合が多い。
【0007】
【発明が解決しようとする課題】しかしながら、以上の
ような従来の技術では、各被検試料をクラス分けする方
法はあるが、各被検試料から得られるデータから注目す
る評価指標(例えば、手術後の予後)を定量的に予測で
きないという問題点があった。定量的に予測する場合、
計測した全ての遺伝子の発現プロファイルデータを用い
て予測すると、不必要なデータも含まれているため推定
精度が悪い、遺伝子の数に対して被検試料の数が圧倒的
に少ないため推定に汎用性がないといった問題があっ
た。
ような従来の技術では、各被検試料をクラス分けする方
法はあるが、各被検試料から得られるデータから注目す
る評価指標(例えば、手術後の予後)を定量的に予測で
きないという問題点があった。定量的に予測する場合、
計測した全ての遺伝子の発現プロファイルデータを用い
て予測すると、不必要なデータも含まれているため推定
精度が悪い、遺伝子の数に対して被検試料の数が圧倒的
に少ないため推定に汎用性がないといった問題があっ
た。
【0008】一般に遺伝子と関係する疾病においては複
数の遺伝子が複雑に関係していることが多く、かつ個々
の遺伝子発現データ自体と評価指標とは必ずしも高い相
関を示すわけではないため、相関係数に基づいて選択し
た、遺伝子の発現プロファイルデータを用いた推定では
精度のよい推定ができなかった。したがって、適切な遺
伝子を選択しないとよい推定ができないという問題があ
った。
数の遺伝子が複雑に関係していることが多く、かつ個々
の遺伝子発現データ自体と評価指標とは必ずしも高い相
関を示すわけではないため、相関係数に基づいて選択し
た、遺伝子の発現プロファイルデータを用いた推定では
精度のよい推定ができなかった。したがって、適切な遺
伝子を選択しないとよい推定ができないという問題があ
った。
【0009】この発明は、以上のような課題を解決する
ためになされたもので、各被検試料から得られるデータ
から注目する評価指標を定量的に推定するための適切な
遺伝子を選択し、評価指標を推定する遺伝子発現プロフ
ァイル解析方法及び解析装置等を提供することを目的と
する。
ためになされたもので、各被検試料から得られるデータ
から注目する評価指標を定量的に推定するための適切な
遺伝子を選択し、評価指標を推定する遺伝子発現プロフ
ァイル解析方法及び解析装置等を提供することを目的と
する。
【0010】
【課題を解決するための手段】この発明に係わる遺伝子
発現プロファイル解析装置においては、データを入力す
る入力手段と、遺伝子の組み合わせを生成する遺伝子組
み合わせ手段と、評価指標データを推定するための手段
を構築する第1推定手段構築手段と、評価指標データを
推定する第1推定手段と、生成した遺伝子の組み合わせ
を評価する遺伝子組み合わせ評価手段と、前記遺伝子の
組み合わせと推定法を出力する出力手段とを備えたもの
である。
発現プロファイル解析装置においては、データを入力す
る入力手段と、遺伝子の組み合わせを生成する遺伝子組
み合わせ手段と、評価指標データを推定するための手段
を構築する第1推定手段構築手段と、評価指標データを
推定する第1推定手段と、生成した遺伝子の組み合わせ
を評価する遺伝子組み合わせ評価手段と、前記遺伝子の
組み合わせと推定法を出力する出力手段とを備えたもの
である。
【0011】また、不必要な遺伝子を除いたり、データ
の正規化などを行うデータ前処理手段を備えたものであ
る。
の正規化などを行うデータ前処理手段を備えたものであ
る。
【0012】また、求めた最適の遺伝子の組み合わせを
用いて評価指標データを推定する第2推定手段構築手段
と第2推定手段を備えたものである。
用いて評価指標データを推定する第2推定手段構築手段
と第2推定手段を備えたものである。
【0013】また、前記遺伝子組み合わせ手段における
組み合わせを制約する組み合わせ制約手段を備えたもの
である。
組み合わせを制約する組み合わせ制約手段を備えたもの
である。
【0014】また、前記遺伝子の組み合わせ手段に遺伝
的アルゴリズムを用いたものである。
的アルゴリズムを用いたものである。
【0015】また、前記遺伝子の組み合わせ手段に用い
た前記遺伝的アルゴリズムの組み合わせの評価に評価指
標データの推定誤差と採用する遺伝子数に基づく評価を
用いるものである。
た前記遺伝的アルゴリズムの組み合わせの評価に評価指
標データの推定誤差と採用する遺伝子数に基づく評価を
用いるものである。
【0016】また、前記遺伝子の組み合わせ手段に用い
る前記遺伝的アルゴリズムの遺伝子の組み合わせの変化
法として、遺伝子の採用と非採用を同程度変化させるよ
うにしたものである。
る前記遺伝的アルゴリズムの遺伝子の組み合わせの変化
法として、遺伝子の採用と非採用を同程度変化させるよ
うにしたものである。
【0017】また、前記第2推定手段構築手段として、
誤差逆伝播学習を用いたニューラルネットを用いたもの
である。
誤差逆伝播学習を用いたニューラルネットを用いたもの
である。
【0018】この発明における遺伝子発現プロファイル
解析方法は、遺伝子発現プロファイルと注目する評価指
標データを入力する入力ステップにて、入力データに変
換し、次に、遺伝子組み合わせ候補生成ステップにて、
任意の数の遺伝子組み合わせで構成される1つ以上の遺
伝子の組み合わせ(以下、遺伝子組み合わせ群と称す)
を生成し、次に、推定方法生成ステップにて生成した遺
伝子組み合わせ群を用いて評価指標を推定する方法を生
成し、推定ステップにて生成した推定方法と遺伝子組み
合わせ群を用いて評価指標の推定値を求め、評価指標の
推定値を用いて遺伝子組み合わせ抽出ステップにて評価
指標と関係の深い遺伝子組み合わせ群が1つ以上有れば
それらの遺伝子組み合わせ群を抽出し、抽出した遺伝子
組み合わせ群の推定値群の中で最もよい評価があらかじ
め設定した値よりよくない場合は遺伝子組み合わせ候補
ステップから推定ステップまでを繰り返し、よい場合
は、出力ステップにて抽出された遺伝子組み合わせ群と
推定法を出力することを特徴としている。
解析方法は、遺伝子発現プロファイルと注目する評価指
標データを入力する入力ステップにて、入力データに変
換し、次に、遺伝子組み合わせ候補生成ステップにて、
任意の数の遺伝子組み合わせで構成される1つ以上の遺
伝子の組み合わせ(以下、遺伝子組み合わせ群と称す)
を生成し、次に、推定方法生成ステップにて生成した遺
伝子組み合わせ群を用いて評価指標を推定する方法を生
成し、推定ステップにて生成した推定方法と遺伝子組み
合わせ群を用いて評価指標の推定値を求め、評価指標の
推定値を用いて遺伝子組み合わせ抽出ステップにて評価
指標と関係の深い遺伝子組み合わせ群が1つ以上有れば
それらの遺伝子組み合わせ群を抽出し、抽出した遺伝子
組み合わせ群の推定値群の中で最もよい評価があらかじ
め設定した値よりよくない場合は遺伝子組み合わせ候補
ステップから推定ステップまでを繰り返し、よい場合
は、出力ステップにて抽出された遺伝子組み合わせ群と
推定法を出力することを特徴としている。
【0019】また、入力した遺伝子発現プロファイルを
正規化し、注目する評価指標データと相関の低い遺伝子
発現プロファイルを取り除くことを特徴としている。
正規化し、注目する評価指標データと相関の低い遺伝子
発現プロファイルを取り除くことを特徴としている。
【0020】また、前記出力ステップにて抽出された遺
伝子組み合わせ群と推定法群を用いて遺伝子発現プロフ
ァイルと推定法に対応した評価指標データを推定する方
法を生成する第2推定方法生成ステップで推定方法を生
成し、生成した推定方法を用いて遺伝子発現プロファイ
ルの評価指標データの推定値を得ることを特徴としてい
る。
伝子組み合わせ群と推定法群を用いて遺伝子発現プロフ
ァイルと推定法に対応した評価指標データを推定する方
法を生成する第2推定方法生成ステップで推定方法を生
成し、生成した推定方法を用いて遺伝子発現プロファイ
ルの評価指標データの推定値を得ることを特徴としてい
る。
【0021】また、前記遺伝子組み合わせ群の評価にお
いて遺伝子の機能、遺伝子同士の関連などに関する既知
の知識を用いて、遺伝子の組み合わせに制約を加えて、
遺伝子組み合わせ群の評価指標データ推定値を変化させ
る遺伝子組み合わせ制約ステップを特徴としている。
いて遺伝子の機能、遺伝子同士の関連などに関する既知
の知識を用いて、遺伝子の組み合わせに制約を加えて、
遺伝子組み合わせ群の評価指標データ推定値を変化させ
る遺伝子組み合わせ制約ステップを特徴としている。
【0022】また、前記遺伝子組み合わせ生成方法に遺
伝的アルゴリズムを用いることを特徴としている。
伝的アルゴリズムを用いることを特徴としている。
【0023】また、前記遺伝子組み合わせの評価に評価
指標データの推定誤差と採用する遺伝子数に基づく評価
を用いることを特徴としている。
指標データの推定誤差と採用する遺伝子数に基づく評価
を用いることを特徴としている。
【0024】また、前記遺伝的アルゴリズムにおける遺
伝子の組み合わせの変化法として、遺伝子の採用と非採
用を同程度変化させることを特徴としている。
伝子の組み合わせの変化法として、遺伝子の採用と非採
用を同程度変化させることを特徴としている。
【0025】また、前記評価指標データを推定する推定
法を生成する第2推定方法生成ステップとして、誤差逆
伝播学習を用いたニューラルネットによって推定法を学
習することを特徴としている。
法を生成する第2推定方法生成ステップとして、誤差逆
伝播学習を用いたニューラルネットによって推定法を学
習することを特徴としている。
【0026】また、上記の方法にて出力した遺伝子組み
合わせ群と推定法群を蓄積する際に、少なくとも遺伝子
組み合わせと評価指標と評価指標データの推定法を関連
付けて蓄積するデータベースを用いることを特徴として
いる。
合わせ群と推定法群を蓄積する際に、少なくとも遺伝子
組み合わせと評価指標と評価指標データの推定法を関連
付けて蓄積するデータベースを用いることを特徴として
いる。
【0027】また、前記遺伝子組み合わせ群に対して、
評価指標群及び評価指標の推定法群を関連付けて蓄積す
るデータベースを用いることを特徴としている。
評価指標群及び評価指標の推定法群を関連付けて蓄積す
るデータベースを用いることを特徴としている。
【0028】
【発明の実施の形態】[発明の実施の形態1]この明細
書において、「遺伝子発現プロファイルデータ」とは、
個々の試料、例えば組織、細胞等において発現されてい
る複数の遺伝子の発現パターンを指し、言い換えれば遺
伝子の種類とそのそれぞれの発現量(若しくは発現比
率)から構成されるデータの集合体を意味する。母集団
から選択された遺伝子群に関する発現パターンもこの発
明に言う遺伝子発現プロファイルデータに包含される。
また、「遺伝子発現データ」とは、個々の試料における
任意の遺伝子の発現量(若しくは発現比率)を指す。
書において、「遺伝子発現プロファイルデータ」とは、
個々の試料、例えば組織、細胞等において発現されてい
る複数の遺伝子の発現パターンを指し、言い換えれば遺
伝子の種類とそのそれぞれの発現量(若しくは発現比
率)から構成されるデータの集合体を意味する。母集団
から選択された遺伝子群に関する発現パターンもこの発
明に言う遺伝子発現プロファイルデータに包含される。
また、「遺伝子発現データ」とは、個々の試料における
任意の遺伝子の発現量(若しくは発現比率)を指す。
【0029】この明細書に記載の「評価指標」とは、試
料の性格付けに関連する任意の性質を指し、定性的な指
標、定量的な指標のいずれもが包含される。この発明に
使用される評価指標には特に限定はないが、例えば、疾
病に関連するものでは疾病の名称、原因、進行状況、予
後、余命や発症、再発、転移の可能性等が挙げられる。
また、「評価指標データ」とは、各試料における特定の
評価指標に関するデータを指す。すなわち、各試料が特
定の評価指標に関してどのような数値を有するか、或い
はどのようなクラスに分類されるかを示すデータであ
る。
料の性格付けに関連する任意の性質を指し、定性的な指
標、定量的な指標のいずれもが包含される。この発明に
使用される評価指標には特に限定はないが、例えば、疾
病に関連するものでは疾病の名称、原因、進行状況、予
後、余命や発症、再発、転移の可能性等が挙げられる。
また、「評価指標データ」とは、各試料における特定の
評価指標に関するデータを指す。すなわち、各試料が特
定の評価指標に関してどのような数値を有するか、或い
はどのようなクラスに分類されるかを示すデータであ
る。
【0030】この発明において使用される試料として
は、評価指標データが既知のもの、未知のもののいずれ
もが包含される。例えば、既知の評価指標データをこの
発明に使用し、当該評価指標データの推定に有用な遺伝
子群、並びに該遺伝子群の発現プロファイルデータから
評価指標データを推定する方法を見出すことができる。
また、こうして得られた推定法と評価指標データ未知の
試料における遺伝子発現プロファイルデータから、当該
試料に関する評価指標データを推定することができる。
は、評価指標データが既知のもの、未知のもののいずれ
もが包含される。例えば、既知の評価指標データをこの
発明に使用し、当該評価指標データの推定に有用な遺伝
子群、並びに該遺伝子群の発現プロファイルデータから
評価指標データを推定する方法を見出すことができる。
また、こうして得られた推定法と評価指標データ未知の
試料における遺伝子発現プロファイルデータから、当該
試料に関する評価指標データを推定することができる。
【0031】図1は、この発明の実施の形態1の遺伝子
発現プロファイル解析装置の構成を示すブロック図であ
る。
発現プロファイル解析装置の構成を示すブロック図であ
る。
【0032】図1において、1は遺伝子発現プロファイ
ルデータと注目する評価指標データを入力する入力手
段、2は遺伝子発現プロファイルデータの正規化、注目
する評価指標データとの相関の低い遺伝子データの削除
などを行うデータ前処理手段、3は推定に用いる遺伝子
の組み合わせを選択する遺伝子組み合わせ手段、4は選
択された遺伝子の発現データから評価指標データを推定
する手段を構築する推定手段構築手段、5は第1推定手
段構築手段4で構築された方法により評価指標データを
推定する第1推定手段、6は得られた推定法があらかじ
め設定した基準を満たしているかどうかを評価する遺伝
子組み合わせ評価手段、7は遺伝子の機能・関連などの
既知の情報により遺伝子の組み合わせに制約を設ける組
み合わせ制約手段、8は得られた遺伝子の組み合わせか
ら新たに評価指標データを推定する手段を構築する第2
推定手段構築手段、9は第2推定手段構築手段8で構築
された推定法により評価指標を推定する第2推定手段、
10は遺伝子の組み合わせと評価指標データの推定法を
出力する出力手段である。
ルデータと注目する評価指標データを入力する入力手
段、2は遺伝子発現プロファイルデータの正規化、注目
する評価指標データとの相関の低い遺伝子データの削除
などを行うデータ前処理手段、3は推定に用いる遺伝子
の組み合わせを選択する遺伝子組み合わせ手段、4は選
択された遺伝子の発現データから評価指標データを推定
する手段を構築する推定手段構築手段、5は第1推定手
段構築手段4で構築された方法により評価指標データを
推定する第1推定手段、6は得られた推定法があらかじ
め設定した基準を満たしているかどうかを評価する遺伝
子組み合わせ評価手段、7は遺伝子の機能・関連などの
既知の情報により遺伝子の組み合わせに制約を設ける組
み合わせ制約手段、8は得られた遺伝子の組み合わせか
ら新たに評価指標データを推定する手段を構築する第2
推定手段構築手段、9は第2推定手段構築手段8で構築
された推定法により評価指標を推定する第2推定手段、
10は遺伝子の組み合わせと評価指標データの推定法を
出力する出力手段である。
【0033】ここで、この発明の態様として入力には、
手術で摘出された器官の癌患部試料と正常と判断された
部位試料との各遺伝子の発現比率をDNAマイクロアレ
イで計測したデータ(発現プロファイルデータ)を用い
た。また、被検試料の注目する評価指標として、その被
検試料を得た被験者の予後の存命月数を用いた。但し、
存命月数が60ヶ月(5年)以上は該癌における影響はな
いものとして60ヶ月として取り扱う。第1推定手段構
築手段4と第2推定手段構築手段8、第1推定手段5と
第2推定手段9は同じ手段を用いてもよいし、違う手段
を用いてもよい。
手術で摘出された器官の癌患部試料と正常と判断された
部位試料との各遺伝子の発現比率をDNAマイクロアレ
イで計測したデータ(発現プロファイルデータ)を用い
た。また、被検試料の注目する評価指標として、その被
検試料を得た被験者の予後の存命月数を用いた。但し、
存命月数が60ヶ月(5年)以上は該癌における影響はな
いものとして60ヶ月として取り扱う。第1推定手段構
築手段4と第2推定手段構築手段8、第1推定手段5と
第2推定手段9は同じ手段を用いてもよいし、違う手段
を用いてもよい。
【0034】なお、上記の癌患部試料と正常部位試料に
おける遺伝子発現プロファイルデータと評価指標データ
である存命月数は、この発明に使用される遺伝子発現プ
ロファイルデータ、及び評価指標データのそれぞれの一
例であり、この発明を何ら限定するものではないのは当
然であり、目的の評価指標データを推定するために使用
できる被検試料の遺伝子発現プロファイルデータ、評価
指標データであればよい。
おける遺伝子発現プロファイルデータと評価指標データ
である存命月数は、この発明に使用される遺伝子発現プ
ロファイルデータ、及び評価指標データのそれぞれの一
例であり、この発明を何ら限定するものではないのは当
然であり、目的の評価指標データを推定するために使用
できる被検試料の遺伝子発現プロファイルデータ、評価
指標データであればよい。
【0035】次に、この発明の実施の形態1に係る遺伝
子発現プロファイル解析装置の使用方法について説明す
る。
子発現プロファイル解析装置の使用方法について説明す
る。
【0036】使用方法の手順は、図8のフローチャート
の通りであるので、図8を用いて説明する。まず、入力
ステップS1に各被検試料の遺伝子の発現プロファイル
データと評価指標データである予後の存命月数を入力す
る。
の通りであるので、図8を用いて説明する。まず、入力
ステップS1に各被検試料の遺伝子の発現プロファイル
データと評価指標データである予後の存命月数を入力す
る。
【0037】次に、データ前処理ステップS2で、遺伝
子発現プロファイルデータの正規化、不必要なデータの
削除などを行う。この前処理は入力されたデータに基づ
き適切な方法を選択することができる。
子発現プロファイルデータの正規化、不必要なデータの
削除などを行う。この前処理は入力されたデータに基づ
き適切な方法を選択することができる。
【0038】次に、遺伝子組み合わせ候補生成ステップ
S3で遺伝子の組み合わせを生成する。この実施の形態
1では、遺伝的アルゴリズムを用いて遺伝子の組み合わ
せを生成する。遺伝的アルゴリズムでは、複数の組み合
わせを生成し、その組み合わせの評価を行い、基準を満
たす組み合わせが得られるまで探索を行う。基準を満た
さない場合は、遺伝子の組み合わせの選択・交叉を行
い、新たな遺伝子の組み合わせを生成し、評価・選択を
行う。
S3で遺伝子の組み合わせを生成する。この実施の形態
1では、遺伝的アルゴリズムを用いて遺伝子の組み合わ
せを生成する。遺伝的アルゴリズムでは、複数の組み合
わせを生成し、その組み合わせの評価を行い、基準を満
たす組み合わせが得られるまで探索を行う。基準を満た
さない場合は、遺伝子の組み合わせの選択・交叉を行
い、新たな遺伝子の組み合わせを生成し、評価・選択を
行う。
【0039】遺伝子の組み合わせを表現する方法とし
て、図2のようなビット列を用いた。DNAアレイで計
測した各遺伝子に対応したビットを設け、そのビットが
1である場合、その遺伝子を遺伝子の組み合わせに採用
し、0である場合採用しない。このようなビット列を複
数個用意し(ビット列のセット)、遺伝的アルゴリズム
でビット列の生成・評価を行い、注目する評価指標デー
タ(この実施の形態1では予後の存命月数)を推定する
のに適切な遺伝子の組み合わせを探索する。
て、図2のようなビット列を用いた。DNAアレイで計
測した各遺伝子に対応したビットを設け、そのビットが
1である場合、その遺伝子を遺伝子の組み合わせに採用
し、0である場合採用しない。このようなビット列を複
数個用意し(ビット列のセット)、遺伝的アルゴリズム
でビット列の生成・評価を行い、注目する評価指標デー
タ(この実施の形態1では予後の存命月数)を推定する
のに適切な遺伝子の組み合わせを探索する。
【0040】第1回目のビット列のセットの生成では、
ランダムに各ビット列を生成する。2回目以降のビット
列のセットの生成では、前回のビット列のセットを基に
次のような方法で、ビット列のセットを生成する。ビッ
ト列に対する評価が最も高いいくつかのビット列はその
まま残す。残りのビット列は、前回のビット列のセット
の中から任意の2つのビット列を選択し、交叉によって
新たなビット列を生成する。ここでの交叉は、各ビット
毎にどちらのビット列のビットを選択するか決める一様
交叉を用いる。交叉によって生成したビット列にさらに
突然変異を加えて、新たなビット列を生成する。ここ
で、各ビットをランダムに反転させるような突然変異を
行うと、1の数が約半数になるように変化してしまう。
ランダムに各ビット列を生成する。2回目以降のビット
列のセットの生成では、前回のビット列のセットを基に
次のような方法で、ビット列のセットを生成する。ビッ
ト列に対する評価が最も高いいくつかのビット列はその
まま残す。残りのビット列は、前回のビット列のセット
の中から任意の2つのビット列を選択し、交叉によって
新たなビット列を生成する。ここでの交叉は、各ビット
毎にどちらのビット列のビットを選択するか決める一様
交叉を用いる。交叉によって生成したビット列にさらに
突然変異を加えて、新たなビット列を生成する。ここ
で、各ビットをランダムに反転させるような突然変異を
行うと、1の数が約半数になるように変化してしまう。
【0041】この発明の課題では、遺伝子の採用数は入
力された遺伝子数の半数より非常に少なくないと推定の
汎用性が小さいと考えられるので、採用数が多いビット
列は評価が低い。そこで、突然変異の前後でビット列に
おける1の数が大きく変化しないように、1 変異率を設定するようにした。この2つの確率間に数1
を満たすような関係を導入することによって、1の数を
大きく変化させないようにできる。
力された遺伝子数の半数より非常に少なくないと推定の
汎用性が小さいと考えられるので、採用数が多いビット
列は評価が低い。そこで、突然変異の前後でビット列に
おける1の数が大きく変化しないように、1 変異率を設定するようにした。この2つの確率間に数1
を満たすような関係を導入することによって、1の数を
大きく変化させないようにできる。
【0042】
【数1】
命月数、は係数を表す。
【0043】次に、第1推定方法生成ステップS4で各
遺伝子の組み合わせ毎に推定方法を構築する。推定方法
として、採用した遺伝子の重み付き線形和による推定で
ある数2を採用した。
遺伝子の組み合わせ毎に推定方法を構築する。推定方法
として、採用した遺伝子の重み付き線形和による推定で
ある数2を採用した。
【0044】
【数2】
【0045】次に、第1推定ステップS5で予後の存命
月数を推定する。最小2乗法により予後の存命月数を推
定するための係数を推定する。
月数を推定する。最小2乗法により予後の存命月数を推
定するための係数を推定する。
【0046】次に、遺伝子組み合わせ評価ステップS6
で各遺伝子の組み合わせの評価を行う。推定方法S5で
求めた推定法によって推定した予後の存命月数の誤差と
採用した遺伝子数の2つの観点で遺伝子の組み合わせを
評価した。
で各遺伝子の組み合わせの評価を行う。推定方法S5で
求めた推定法によって推定した予後の存命月数の誤差と
採用した遺伝子数の2つの観点で遺伝子の組み合わせを
評価した。
【0047】
は数3で行った。
【0048】
【数3】
定数である。図3は数3のグラフの一例を示す。図3の
ような評価関数により、望ましくない遺伝子の組み合わ
せを効果的に排除し、有望な組み合わせを幅広く受け入
れることが可能になっている。
ような評価関数により、望ましくない遺伝子の組み合わ
せを効果的に排除し、有望な組み合わせを幅広く受け入
れることが可能になっている。
【0049】
【0050】
【数4】
【0051】図4は、数4の説明図である。数4は、遺
伝子の数に対して被検試料の数が圧倒的に少ないため採
用する遺伝子数が多くなると推定に汎用性がなくなって
しま より小さくすることにより解決されることを見出し、こ
の発 することにより解決した。
伝子の数に対して被検試料の数が圧倒的に少ないため採
用する遺伝子数が多くなると推定に汎用性がなくなって
しま より小さくすることにより解決されることを見出し、こ
の発 することにより解決した。
【0052】数3、数4の評価を組み合わせて各遺伝子
の組み合わせを評価する。組み合わ とのバランスを図ることができ、被検試料の数が極端に
少なく推定誤差をある程度犠牲にする必要がある場合な
どに対話的に遺伝子を抽出することができる。
の組み合わせを評価する。組み合わ とのバランスを図ることができ、被検試料の数が極端に
少なく推定誤差をある程度犠牲にする必要がある場合な
どに対話的に遺伝子を抽出することができる。
【0053】
【数5】
を用いて遺伝子組み合わせ群を抽出する。遺伝子組み合
わせ
わせ
【0054】次に、遺伝子組み合わせ制約ステップS8
で、抽出された遺伝子組み合わせ群の中で制約条件を満
たしているものを抽出する。遺伝子の機能や遺伝子同士
の関連などに関する情報を利用できるならば、遺伝子組
み合わせ制約ステップS8でその情報を入力し、遺伝子
の組み合わせにおける制約条件を生成する。既知の知識
は、複数遺伝子の同時利用、同時利用禁止などの制約と
して表現する。すなわち、遺伝子組み合わせ候補生成ス
テップS3で説明した図2のビット列で遺伝子の組み ト列を用いる。こうすることにより、遺伝的アルゴリズ
ムの探索空間を小さくすることができると同時に、既知
の知識を推定に役立つ部分ビット列として効果的に利用
することができる。
で、抽出された遺伝子組み合わせ群の中で制約条件を満
たしているものを抽出する。遺伝子の機能や遺伝子同士
の関連などに関する情報を利用できるならば、遺伝子組
み合わせ制約ステップS8でその情報を入力し、遺伝子
の組み合わせにおける制約条件を生成する。既知の知識
は、複数遺伝子の同時利用、同時利用禁止などの制約と
して表現する。すなわち、遺伝子組み合わせ候補生成ス
テップS3で説明した図2のビット列で遺伝子の組み ト列を用いる。こうすることにより、遺伝的アルゴリズ
ムの探索空間を小さくすることができると同時に、既知
の知識を推定に役立つ部分ビット列として効果的に利用
することができる。
【0055】遺伝子組み合わせ評価ステップS6で求め
た各遺伝子の組み合わせの評価を比較し、最もよい評価
があらかじめ設定した値よりよければ、遺伝子の組み合
わせの選択を終了し、第2推定方法生成ステップS9に
移る。設定した値以上の遺伝子の組み合わせがなけれ
ば、遺伝子組み合わせ候補生成ステップS3に戻って遺
伝子の組み合わせの生成・推定・評価・選択を繰り返
す。
た各遺伝子の組み合わせの評価を比較し、最もよい評価
があらかじめ設定した値よりよければ、遺伝子の組み合
わせの選択を終了し、第2推定方法生成ステップS9に
移る。設定した値以上の遺伝子の組み合わせがなけれ
ば、遺伝子組み合わせ候補生成ステップS3に戻って遺
伝子の組み合わせの生成・推定・評価・選択を繰り返
す。
【0056】次に、第2推定方法生成ステップS9で
は、求めた最適な遺伝子の組み合わせを用いて予後の存
命月数を推定する手段を構築する。第1推定方法生成ス
テップS4で用いた線形多項式を採用してもよいし、誤
差逆伝播学習を用いたニューラルネットワークを採用し
てもよい。ニューラルネットワークを用いる場合、予め
相関の高い遺伝子の組み合わせに絞り込んだ上で学習す
ることができるため、被検試料データが少ないことに起
因する過学習を防ぐことができると期待される。
は、求めた最適な遺伝子の組み合わせを用いて予後の存
命月数を推定する手段を構築する。第1推定方法生成ス
テップS4で用いた線形多項式を採用してもよいし、誤
差逆伝播学習を用いたニューラルネットワークを採用し
てもよい。ニューラルネットワークを用いる場合、予め
相関の高い遺伝子の組み合わせに絞り込んだ上で学習す
ることができるため、被検試料データが少ないことに起
因する過学習を防ぐことができると期待される。
【0057】次に、第2推定ステップS10では、採用
した推定手段を用いて予後の存命月数を推定する。線形
多項式の場合には、最小2乗法を用いればよいし、ニュ
ーラルネットワークの場合には誤差逆伝播学習則を用い
て係数を学習する。
した推定手段を用いて予後の存命月数を推定する。線形
多項式の場合には、最小2乗法を用いればよいし、ニュ
ーラルネットワークの場合には誤差逆伝播学習則を用い
て係数を学習する。
【0058】最後に出力ステップS11から、求めた最
適な遺伝子の組み合わせ群と予後の存命月数の推定法を
出力する。すなわち、求めた遺伝子の発現プロファイル
データから、求めた推定法により予後の存命月数を推定
することができる。
適な遺伝子の組み合わせ群と予後の存命月数の推定法を
出力する。すなわち、求めた遺伝子の発現プロファイル
データから、求めた推定法により予後の存命月数を推定
することができる。
【0059】図5は、予後の存命月数との相関係数の大
きい順に選んだ25個の遺伝子を用いて予後の存命月数
を線形多項式を用いて推定した結果である。予後の存命
月数の誤差の平均値は10.7ヶ月であり、よい推定は
できなかった。
きい順に選んだ25個の遺伝子を用いて予後の存命月数
を線形多項式を用いて推定した結果である。予後の存命
月数の誤差の平均値は10.7ヶ月であり、よい推定は
できなかった。
【0060】図6は、この発明で求めた最適な遺伝子の
組み合わせの一例で推定した結果である。 予後の存命
月数の誤差の平均値は2.6ヶ月であり、精度のよい推
定ができた。
組み合わせの一例で推定した結果である。 予後の存命
月数の誤差の平均値は2.6ヶ月であり、精度のよい推
定ができた。
【0061】この発明により一度求めた、最適な遺伝子
の組み合わせ群と予後の存命月数の推定法をデータベー
スに蓄積することにより、入力される遺伝子発現プロフ
ァイルを時間の経過とともに増加させることができ、例
えば、第2推定方法生成ステップS9の学習効果を高め
ることができ、データの蓄積が進めば、少量のデータで
精度の高い評価指標の推定値を得ることが可能になる。
の組み合わせ群と予後の存命月数の推定法をデータベー
スに蓄積することにより、入力される遺伝子発現プロフ
ァイルを時間の経過とともに増加させることができ、例
えば、第2推定方法生成ステップS9の学習効果を高め
ることができ、データの蓄積が進めば、少量のデータで
精度の高い評価指標の推定値を得ることが可能になる。
【0062】また、一度データベースに蓄積した遺伝子
組み合わせ群と存命月数に代表される評価指標の推定法
のデータの再利用方法として、特に限定するものではな
いが、例えば、小型のパーソナルコンピュータにインス
トールし、ヒトを含む生物の生体内環境、例えば分化、
成長、老化、代謝のモニタリング、疾病の診断等が挙げ
られる。
組み合わせ群と存命月数に代表される評価指標の推定法
のデータの再利用方法として、特に限定するものではな
いが、例えば、小型のパーソナルコンピュータにインス
トールし、ヒトを含む生物の生体内環境、例えば分化、
成長、老化、代謝のモニタリング、疾病の診断等が挙げ
られる。
【0063】上記のような、この発明により選択された
遺伝子の発現プロファイルを測定する態様としては、特
に限定するものではないが、例えば、被検試料中で発現
されている前記遺伝子由来のmRNA量の測定が挙げら
れる。mRNA量の測定方法には、適切なプローブを使
用するハイブリダイゼーション法やRT−PCR法に代
表される核酸増幅法を利用することができるが、これら
に限定されるものではなく、公知のmRNA定量方法の
いずれもが使用できる。同時に複数のmRNA種の定量
を行う観点からは、前記遺伝子又はその断片が担体上に
固定化されたDNAアレイを使用したハイブリダイゼー
ション法が好適である。ここでDNAアレイとは、1以
上のDNA分子種がそれぞれ担体上のあらかじめ定めら
れた領域に固定化されたものを称する。当該DNAアレ
イに使用される単体には特に限定はなく、例えば、平板
上、膜状、テープ又はひも状、粒子状の担体が使用でき
る。粒子状単体を使用したアレイとしては、個々のビー
ズに特定のDNA分子種が固定化されたマイクロビーズ
アレイが例示される。また、固定化されたDNAと試料
中の核酸とのハイブリッドの形成を直接検出する手段、
例えばハイブリッド形成の有無を電気信号として出力す
る手段を備えたDNAアレイであってもよい。
遺伝子の発現プロファイルを測定する態様としては、特
に限定するものではないが、例えば、被検試料中で発現
されている前記遺伝子由来のmRNA量の測定が挙げら
れる。mRNA量の測定方法には、適切なプローブを使
用するハイブリダイゼーション法やRT−PCR法に代
表される核酸増幅法を利用することができるが、これら
に限定されるものではなく、公知のmRNA定量方法の
いずれもが使用できる。同時に複数のmRNA種の定量
を行う観点からは、前記遺伝子又はその断片が担体上に
固定化されたDNAアレイを使用したハイブリダイゼー
ション法が好適である。ここでDNAアレイとは、1以
上のDNA分子種がそれぞれ担体上のあらかじめ定めら
れた領域に固定化されたものを称する。当該DNAアレ
イに使用される単体には特に限定はなく、例えば、平板
上、膜状、テープ又はひも状、粒子状の担体が使用でき
る。粒子状単体を使用したアレイとしては、個々のビー
ズに特定のDNA分子種が固定化されたマイクロビーズ
アレイが例示される。また、固定化されたDNAと試料
中の核酸とのハイブリッドの形成を直接検出する手段、
例えばハイブリッド形成の有無を電気信号として出力す
る手段を備えたDNAアレイであってもよい。
【0064】さらに、この発明は、上記のように選択さ
れた遺伝子の発現プロファイルの測定に有用なDNAア
レイ並びにmRNA量測定用のキットを提供する。この
発明のDNAアレイは、上記のようにこの発明により選
択された遺伝子、又はその断片が担体上のあらかじめ定
められた領域に固定化されたものである。また、この発
明のキットは選択された遺伝子から転写されるmRNA
をそれぞれ定量可能なものであり、この発明により選択
された遺伝子、又はその断片にハイブリダイズ可能なプ
ローブを含むキット、並びに前記遺伝子、又はその断片
を核酸増幅法によって増幅するための少なくとも1種の
プライマーを含むキットが例示される。これらのキット
は、ハイブリダイゼーション、又は核酸増幅方法を実施
するための試薬類をさらに含むものが好適である。
れた遺伝子の発現プロファイルの測定に有用なDNAア
レイ並びにmRNA量測定用のキットを提供する。この
発明のDNAアレイは、上記のようにこの発明により選
択された遺伝子、又はその断片が担体上のあらかじめ定
められた領域に固定化されたものである。また、この発
明のキットは選択された遺伝子から転写されるmRNA
をそれぞれ定量可能なものであり、この発明により選択
された遺伝子、又はその断片にハイブリダイズ可能なプ
ローブを含むキット、並びに前記遺伝子、又はその断片
を核酸増幅法によって増幅するための少なくとも1種の
プライマーを含むキットが例示される。これらのキット
は、ハイブリダイゼーション、又は核酸増幅方法を実施
するための試薬類をさらに含むものが好適である。
【0065】試料に関する評価指標データを得るための
装置もこの発明により提供される。該装置は下記手段:
(1)この発明の遺伝子発現プロファイル解析方法を用
いて選択された遺伝子の発現プロファイルデータを入力
する手段、(2)この発明の遺伝子発現プロファイル解
析方法を用いて提供される評価指標データの推定法によ
り、手段(1)で得られた遺伝子発現プロファイルから
被検試料における評価指標データを推定する手段、及び
(3)手段(2)で得られた評価指標データを出力する
手段。
装置もこの発明により提供される。該装置は下記手段:
(1)この発明の遺伝子発現プロファイル解析方法を用
いて選択された遺伝子の発現プロファイルデータを入力
する手段、(2)この発明の遺伝子発現プロファイル解
析方法を用いて提供される評価指標データの推定法によ
り、手段(1)で得られた遺伝子発現プロファイルから
被検試料における評価指標データを推定する手段、及び
(3)手段(2)で得られた評価指標データを出力する
手段。
【0066】を備えていることを特徴とする。
【0067】ここで、手段(1)としては、さらに前記
の方法を用いて選択された遺伝子の発現を測定する手段
を備えていてもよく、例えば前記この発明により選択さ
れた遺伝子、及びその断片が担体上の予め定められた領
域に固定化されたDNAアレイを備えたものが例示され
る。この場合、DNAアレイ上でのハイブリダイゼーシ
ョンを実施するための装置、試料由来の核酸とハイブリ
ダイズしたDNAを検出するための装置をさらに備えた
ものが好ましい。手段(3)としては、評価指標データ
をディスプレイ上、印刷物、及び/又は磁気若しくはそ
の他の記憶手段を備えた記憶媒体上に出力可能なものが
挙げられる。
の方法を用いて選択された遺伝子の発現を測定する手段
を備えていてもよく、例えば前記この発明により選択さ
れた遺伝子、及びその断片が担体上の予め定められた領
域に固定化されたDNAアレイを備えたものが例示され
る。この場合、DNAアレイ上でのハイブリダイゼーシ
ョンを実施するための装置、試料由来の核酸とハイブリ
ダイズしたDNAを検出するための装置をさらに備えた
ものが好ましい。手段(3)としては、評価指標データ
をディスプレイ上、印刷物、及び/又は磁気若しくはそ
の他の記憶手段を備えた記憶媒体上に出力可能なものが
挙げられる。
【0068】この発明は、以上説明したように構成され
ているので、以下に示すような効果を奏する。
ているので、以下に示すような効果を奏する。
【0069】データを入力する入力手段と、遺伝子の組
み合わせを生成する遺伝子組み合わせ手段と、評価指標
データを推定するための手段を構築する第1推定手段構
築手段と、評価指標データを推定する第1推定手段と、
生成した遺伝子の組み合わせを評価する遺伝子組み合わ
せ評価手段と、遺伝子の組み合わせと推定法を出力する
出力手段とを備えることにより、適切な遺伝子の組み合
わせを選択することができ、注目する評価指標データを
推定する推定法を得ることができる。
み合わせを生成する遺伝子組み合わせ手段と、評価指標
データを推定するための手段を構築する第1推定手段構
築手段と、評価指標データを推定する第1推定手段と、
生成した遺伝子の組み合わせを評価する遺伝子組み合わ
せ評価手段と、遺伝子の組み合わせと推定法を出力する
出力手段とを備えることにより、適切な遺伝子の組み合
わせを選択することができ、注目する評価指標データを
推定する推定法を得ることができる。
【0070】また、不必要な遺伝子を除いたり、データ
の正規化を行うデータ前処理手段によりデータの前処理
を行うことにより、効率よく遺伝子の組み合わせの生成
・推定・評価を行うことができる。
の正規化を行うデータ前処理手段によりデータの前処理
を行うことにより、効率よく遺伝子の組み合わせの生成
・推定・評価を行うことができる。
【0071】また、求めた最適の遺伝子の組み合わせを
用いて評価指標データを推定する第2推定手段構築手段
と第2推定手段を備えることにより、よりよい推定を得
ることができる。
用いて評価指標データを推定する第2推定手段構築手段
と第2推定手段を備えることにより、よりよい推定を得
ることができる。
【0072】また、遺伝子組み合わせ手段における組み
合わせを制約する組み合わせ制約手段を備えたことによ
り、既存の遺伝子の機能や遺伝子同士の関連などに対す
る知識を利用することができ、より必然性の高い推定法
を得ることができる。
合わせを制約する組み合わせ制約手段を備えたことによ
り、既存の遺伝子の機能や遺伝子同士の関連などに対す
る知識を利用することができ、より必然性の高い推定法
を得ることができる。
【0073】また、遺伝子組み合わせ手段に遺伝的アル
ゴリズムを用いることにより、効率よく最適な遺伝子の
探索を行うことができる。
ゴリズムを用いることにより、効率よく最適な遺伝子の
探索を行うことができる。
【0074】また、遺伝子組み合わせ手段に用いる遺伝
的アルゴリズムの評価に、評価指標データの推定誤差と
採用する遺伝子数に基づく評価を用いることにより、推
定誤差が小さく汎用性のある推定を得ることができる。
的アルゴリズムの評価に、評価指標データの推定誤差と
採用する遺伝子数に基づく評価を用いることにより、推
定誤差が小さく汎用性のある推定を得ることができる。
【0075】また、遺伝子組み合わせ手段に用いる遺伝
的アルゴリズムの遺伝子の組み合わせの変化法として、
遺伝子の採用と非採用を同程度変化させるようにしたの
で、不必要な変化を減少させ、効率よく最適な遺伝子の
組み合わせを探索できる。
的アルゴリズムの遺伝子の組み合わせの変化法として、
遺伝子の採用と非採用を同程度変化させるようにしたの
で、不必要な変化を減少させ、効率よく最適な遺伝子の
組み合わせを探索できる。
【0076】また、第2推定手段構築手段として、誤差
逆伝播学習を用いたニューラルネットを用いたので、よ
り精度の高い推定法を得ることができる。
逆伝播学習を用いたニューラルネットを用いたので、よ
り精度の高い推定法を得ることができる。
【0077】この発明の遺伝子発現プロファイル解析装
置を使用して、目的とする評価指標データを得るために
最適な遺伝子の組み合わせを探索し、同時に、選択され
た遺伝子の発現プロファイルデータから個々の試料にお
ける評価指標データを推定するための推定方法を構築す
ることができる。この発明を利用する態様としては、特
に限定するものではないが、例えばヒトを含む生物の生
体内環境、例えば分化、成長、老化、代謝のモニタリン
グ、疾病の診断等が挙げられる。
置を使用して、目的とする評価指標データを得るために
最適な遺伝子の組み合わせを探索し、同時に、選択され
た遺伝子の発現プロファイルデータから個々の試料にお
ける評価指標データを推定するための推定方法を構築す
ることができる。この発明を利用する態様としては、特
に限定するものではないが、例えばヒトを含む生物の生
体内環境、例えば分化、成長、老化、代謝のモニタリン
グ、疾病の診断等が挙げられる。
【0078】例えば、ヒトの疾病の診断や治療法の選択
においては、当該疾病の特徴を分子レベルで把握するこ
とが有用である。各種の疾病には多数の遺伝子の発現変
動が起こっているが、当該変動はその原因、病状、或い
は個体差によってそのパターンが異なる。すなわち、い
くつかの遺伝子の発現プロファイルデータは各個体にお
ける疾病の性格や病状を反映しており、その解析によっ
て診断、治療に有用な評価指標に関するデータを得るこ
とが可能である。前記評価指標としては、例えば、疾病
の名称、タイプ、原因、進行状況、予後、余命、薬剤に
対する感受性やその副作用、発症、再発、転移の可能性
等がある。この発明により、これらの評価指標の推定に
有用な遺伝子の選択、並びに評価指標データの推定法を
効率よく、かつ高い精度で得ることができる。また、疾
病を有していない個体においても、適切に選択された遺
伝子の発現プロファイルから健康状態や各種疾病の発症
の可能性を評価指標として得ることができる。
においては、当該疾病の特徴を分子レベルで把握するこ
とが有用である。各種の疾病には多数の遺伝子の発現変
動が起こっているが、当該変動はその原因、病状、或い
は個体差によってそのパターンが異なる。すなわち、い
くつかの遺伝子の発現プロファイルデータは各個体にお
ける疾病の性格や病状を反映しており、その解析によっ
て診断、治療に有用な評価指標に関するデータを得るこ
とが可能である。前記評価指標としては、例えば、疾病
の名称、タイプ、原因、進行状況、予後、余命、薬剤に
対する感受性やその副作用、発症、再発、転移の可能性
等がある。この発明により、これらの評価指標の推定に
有用な遺伝子の選択、並びに評価指標データの推定法を
効率よく、かつ高い精度で得ることができる。また、疾
病を有していない個体においても、適切に選択された遺
伝子の発現プロファイルから健康状態や各種疾病の発症
の可能性を評価指標として得ることができる。
【0079】このような解析が有用な疾患としては、特
に限定するものではないが、例えば、癌、糖尿病、肝疾
患、循環器系疾患(心筋梗塞、脳血管障害等)、高血
圧、遺伝性疾患、感染症等が挙げられる。また、寿命、
肥満、禿頭等の評価指標データを得ることもできる。
に限定するものではないが、例えば、癌、糖尿病、肝疾
患、循環器系疾患(心筋梗塞、脳血管障害等)、高血
圧、遺伝性疾患、感染症等が挙げられる。また、寿命、
肥満、禿頭等の評価指標データを得ることもできる。
【0080】上記の他、生理活性物質の探索や薬物代謝
の研究など、生物学、分子生物学、医学、薬学領域にお
ける基礎研究にもこの発明を利用することが可能であ
る。
の研究など、生物学、分子生物学、医学、薬学領域にお
ける基礎研究にもこの発明を利用することが可能であ
る。
【0081】
【実施例】以下、この発明を実施例をもって更に具体的
に説明するが、この発明はこれらの実施例によって限定
されるものではない。
に説明するが、この発明はこれらの実施例によって限定
されるものではない。
【0082】[実施例1] 癌関連遺伝子搭載DNAチ
ップの作製と胃癌検体における遺伝子発現プロファイル
の解析 (1)胃の癌化により発現が変化する遺伝子由来cDN
Aの単離 胃の癌化病変部試料と対照正常部試料とを比較するディ
ファレンシャルディスプレイ法を行い、癌化により発現
量の変化する遺伝子由来cDNAを単離した。
ップの作製と胃癌検体における遺伝子発現プロファイル
の解析 (1)胃の癌化により発現が変化する遺伝子由来cDN
Aの単離 胃の癌化病変部試料と対照正常部試料とを比較するディ
ファレンシャルディスプレイ法を行い、癌化により発現
量の変化する遺伝子由来cDNAを単離した。
【0083】まず、インフォームド・コンセントの得ら
れた低分化腺癌の進行癌患者から摘出された胃の癌化病
変部及び対照正常部のそれぞれから、TRIzolTM
試薬(ギブコBRL社製)を用いて、全RNAを抽出
し、粗RNA試料とした。得られた粗RNA試料のうち
50μg相当量と、最終濃度5mM MgCl2と20
単位のRNase阻害剤(宝酒造社製)と10単位のD
NaseI(宝酒造社製)とを、37℃、30分間反応
させ、ゲノムDNAを除去し、RNA試料を得た。
れた低分化腺癌の進行癌患者から摘出された胃の癌化病
変部及び対照正常部のそれぞれから、TRIzolTM
試薬(ギブコBRL社製)を用いて、全RNAを抽出
し、粗RNA試料とした。得られた粗RNA試料のうち
50μg相当量と、最終濃度5mM MgCl2と20
単位のRNase阻害剤(宝酒造社製)と10単位のD
NaseI(宝酒造社製)とを、37℃、30分間反応
させ、ゲノムDNAを除去し、RNA試料を得た。
【0084】前記RNA試料について、Fluores
cence Differential Displa
yTM Kit Rhodamine version
(宝酒造社製)とEnzyme Set−FDD(宝酒
造社製)とを用いて、キット添付の説明書記載の手順に
従い、下記の通りにRT−PCRを行った。
cence Differential Displa
yTM Kit Rhodamine version
(宝酒造社製)とEnzyme Set−FDD(宝酒
造社製)とを用いて、キット添付の説明書記載の手順に
従い、下記の通りにRT−PCRを行った。
【0085】まず、前記RNA試料200ngと、前記
Fluorescence Differential
DisplayTM Kit Rhodamine
versionに添付された、5’−CG−3’のアン
カー配列を有するローダミンラベル下流プライマーとを
混合して得た混合液を70℃、10分間の熱処理後、急
冷した。この混合液にAMV逆転写酵素とdNTPとを
添加して、55℃、30分の逆転写反応を行い、一本鎖
cDNA試料を得た。
Fluorescence Differential
DisplayTM Kit Rhodamine
versionに添付された、5’−CG−3’のアン
カー配列を有するローダミンラベル下流プライマーとを
混合して得た混合液を70℃、10分間の熱処理後、急
冷した。この混合液にAMV逆転写酵素とdNTPとを
添加して、55℃、30分の逆転写反応を行い、一本鎖
cDNA試料を得た。
【0086】前記一本鎖cDNA試料を鋳型とし、逆転
写反応時と同じローダミンラベル下流プライマーと、前
記キットの24種の上流プライマー(R1乃至R24)
のいずれか1種とを用いて、1.3mM MgCl
2と、基質として各100μMのdATP、dGTP、
dCTP及びdTTPとを含有した反応液中でPCRを
行い、合計24種類の増幅DNA試料を得た。なお、前
記PCRのサーマルプロファイルは、94℃、2分−4
0℃、5分−72℃、5分の処理のあと、94℃、30
秒−40℃、2分−72℃、1分からなる反応を1サイ
クルとして34サイクル、その後、さらに72℃、5分
の処理、とした。
写反応時と同じローダミンラベル下流プライマーと、前
記キットの24種の上流プライマー(R1乃至R24)
のいずれか1種とを用いて、1.3mM MgCl
2と、基質として各100μMのdATP、dGTP、
dCTP及びdTTPとを含有した反応液中でPCRを
行い、合計24種類の増幅DNA試料を得た。なお、前
記PCRのサーマルプロファイルは、94℃、2分−4
0℃、5分−72℃、5分の処理のあと、94℃、30
秒−40℃、2分−72℃、1分からなる反応を1サイ
クルとして34サイクル、その後、さらに72℃、5分
の処理、とした。
【0087】反応終了後の反応液に等量の95%ホルム
アミドを添加し、90℃、2分間熱変性して電気泳動用
サンプルとした。このサンプルを7M尿素変性4%ポリ
アクリルアミドゲル電気泳動に供し、得られたゲル上の
DNA断片泳動パターンを蛍 で読み取り、検出した。その結果、多数のバンドからな
るフィンガープリントが得られ、癌病変部由来試料と対
照正常部由来試料とで強度の異なる複数のバンドが存在
した。
アミドを添加し、90℃、2分間熱変性して電気泳動用
サンプルとした。このサンプルを7M尿素変性4%ポリ
アクリルアミドゲル電気泳動に供し、得られたゲル上の
DNA断片泳動パターンを蛍 で読み取り、検出した。その結果、多数のバンドからな
るフィンガープリントが得られ、癌病変部由来試料と対
照正常部由来試料とで強度の異なる複数のバンドが存在
した。
【0088】ついで、上記のフィンガープリント上に、
前記電気泳動後のポリアクリルアミドゲル板を置き、癌
病変部と対照正常部との間で強度の異なるバンド部分の
ゲル250本を切り出した。ゲルからDNA断片を水抽
出し、Cloning−Sequencing Pri
mer Set for FDD(宝酒造社製)中の各
DNAフラグメントに対応するプライマーを用い、再度
PCRによる増幅を行った。
前記電気泳動後のポリアクリルアミドゲル板を置き、癌
病変部と対照正常部との間で強度の異なるバンド部分の
ゲル250本を切り出した。ゲルからDNA断片を水抽
出し、Cloning−Sequencing Pri
mer Set for FDD(宝酒造社製)中の各
DNAフラグメントに対応するプライマーを用い、再度
PCRによる増幅を行った。
【0089】増幅されたフラグメントをTAクローニン
グ法にてクローン化し、1フラグメントにつき4クロー
ンずつ単離した。ついで、得られた各クローンに含まれ
る核酸について、ダイデオキシ法により、塩基配列を決
定した。得られた塩基配列をParacel Clus
tering packageソフト(Paracel
社製)を用いてアセンブリを行い、形成された各コンテ
ィグ(contig)配列について、塩基配列情報を収
録したデータベースを用いたホモロジー探索を行った。
グ法にてクローン化し、1フラグメントにつき4クロー
ンずつ単離した。ついで、得られた各クローンに含まれ
る核酸について、ダイデオキシ法により、塩基配列を決
定した。得られた塩基配列をParacel Clus
tering packageソフト(Paracel
社製)を用いてアセンブリを行い、形成された各コンテ
ィグ(contig)配列について、塩基配列情報を収
録したデータベースを用いたホモロジー探索を行った。
【0090】以上のようにして得られた遺伝子のうち、
65遺伝子は既に単離、同定された遺伝子であるが、そ
の癌との関連は知られていないことが明らかとなった。
これらの遺伝子名並びにGenBankにおける登録番
号(AccesssionNo.)を表1に示す。
65遺伝子は既に単離、同定された遺伝子であるが、そ
の癌との関連は知られていないことが明らかとなった。
これらの遺伝子名並びにGenBankにおける登録番
号(AccesssionNo.)を表1に示す。
【0091】
【表1】
さらに、上記の遺伝子の他、データベースを用いたホモ
ロジー検索では既知の遺伝子とのホモロジーが見出され
なかった171種の遺伝子断片が得られた。これらの遺
伝子断片の塩基配列をそれぞれ配列表の配列番号1乃至
171に示す。これらの各群の遺伝子の組み合わせは、
いずれも平均誤差2.0〜3.0ヶ月で存命月数を推測
することができた。
ロジー検索では既知の遺伝子とのホモロジーが見出され
なかった171種の遺伝子断片が得られた。これらの遺
伝子断片の塩基配列をそれぞれ配列表の配列番号1乃至
171に示す。これらの各群の遺伝子の組み合わせは、
いずれも平均誤差2.0〜3.0ヶ月で存命月数を推測
することができた。
【0092】(2)DNAアレイの作製
前記(1)記載の、胃の癌化により発現変動することが
見出された各遺伝子由来増幅DNA断片を用い、DNA
アレイ搭載フラグメントを調製した。
見出された各遺伝子由来増幅DNA断片を用い、DNA
アレイ搭載フラグメントを調製した。
【0093】まず、(1)記載の方法でDD法により見
出されたクローンのうち、各コンティグを代表する配列
を含有したクローン、並びにWO98/37187号国
際公開パンフレットに記載された癌関連遺伝子のクロー
ンの計346種類のクローンを鋳型とし、当該プラスミ
ドのマルチクローニングサイトの両端に設定されたプラ
イマーを使用したPCR法により目的のcDNA断片を
増幅した。ついで、増幅されたcDNA断片の塩基配列
分析を行って、目的の断片であることを確認した。ま
た、目的の断片をエタノール沈殿法により回収し、回収
された断片を100mM炭酸緩衝液(pH9.5)に1
μMとなるように溶解した。
出されたクローンのうち、各コンティグを代表する配列
を含有したクローン、並びにWO98/37187号国
際公開パンフレットに記載された癌関連遺伝子のクロー
ンの計346種類のクローンを鋳型とし、当該プラスミ
ドのマルチクローニングサイトの両端に設定されたプラ
イマーを使用したPCR法により目的のcDNA断片を
増幅した。ついで、増幅されたcDNA断片の塩基配列
分析を行って、目的の断片であることを確認した。ま
た、目的の断片をエタノール沈殿法により回収し、回収
された断片を100mM炭酸緩衝液(pH9.5)に1
μMとなるように溶解した。
【0094】この他、ハウスキーピング遺伝子としてβ
−アクチン遺伝子、チューブリンα2、シクロフィリ
ン、グリセルアルデヒド3燐酸デヒドロゲナーゼ、リボ
ゾーマルタンパク質S5、リボゾーマルタンパク質S9
等の遺伝子を、またネガティブ対照として、プラスミド
pUC19をそれぞれ同様に調製した。これらをDNA
チップ作製装置(アフィメトリクス社製)を用いて、ア
ミノ基導入スライドガラス(シグマ社製)にスポット
し、UV照射により固定した。スライドを0.2%SD
S、次いで蒸留水で洗浄乾燥してDNAアレイとした。
−アクチン遺伝子、チューブリンα2、シクロフィリ
ン、グリセルアルデヒド3燐酸デヒドロゲナーゼ、リボ
ゾーマルタンパク質S5、リボゾーマルタンパク質S9
等の遺伝子を、またネガティブ対照として、プラスミド
pUC19をそれぞれ同様に調製した。これらをDNA
チップ作製装置(アフィメトリクス社製)を用いて、ア
ミノ基導入スライドガラス(シグマ社製)にスポット
し、UV照射により固定した。スライドを0.2%SD
S、次いで蒸留水で洗浄乾燥してDNAアレイとした。
【0095】(3)蛍光標識cDNAの調製
遺伝子発現解析には、インフォームド・コンセントの得
られた35名の胃癌患者由来の試料を用いた。これら3
5名の胃癌患者の臨床病理因子の内訳を以下に示す。
られた35名の胃癌患者由来の試料を用いた。これら3
5名の胃癌患者の臨床病理因子の内訳を以下に示す。
【0096】進行度:
進行度1(癌の浸潤程度が浅く、転移の認められない早
期の癌):7名 進行度2(癌が浸潤、近接リンパ節に転移した状態):
8名 進行度3(遠隔リンパ節に広がった状態):4名 進行度4(より遠隔リンパ節に広がるとともに腹膜転
移、肝転移した状態):16名 分化度: 乳頭腺癌(pap):1名 高分化腺癌(tub):4名 中分化腺癌(tub2):11名 低分化腺癌(por):15名 印環細胞癌(sig):2名 粘液癌(muc):2名 深達度(癌浸潤の及んだ最も深い胃壁の層で表す): 粘膜(m):2名 粘膜下層(sm):4名 筋層(mp):5名 しょう膜化組織(ss)若しくはしょう膜を破り腹膜に
露出(se):24名 リンパ節転移 なし:8名 あり:27名 腹膜播種 なし:32名 あり:3名 それぞれの胃癌患者より癌摘出手術等に摘出された組織
から胃癌組織と対照正常胃組織とを取り分けた。つい
で、AGPC(Acid GuanidiumPhen
ol−Chloroform)法により、各組織から個
々に全RNAを摘出した。これらの全RNAのそれぞれ
からOligotex−MAG mRNA Purif
ication Kit(宝酒造社製)を用いてmRN
Aを射精した。
期の癌):7名 進行度2(癌が浸潤、近接リンパ節に転移した状態):
8名 進行度3(遠隔リンパ節に広がった状態):4名 進行度4(より遠隔リンパ節に広がるとともに腹膜転
移、肝転移した状態):16名 分化度: 乳頭腺癌(pap):1名 高分化腺癌(tub):4名 中分化腺癌(tub2):11名 低分化腺癌(por):15名 印環細胞癌(sig):2名 粘液癌(muc):2名 深達度(癌浸潤の及んだ最も深い胃壁の層で表す): 粘膜(m):2名 粘膜下層(sm):4名 筋層(mp):5名 しょう膜化組織(ss)若しくはしょう膜を破り腹膜に
露出(se):24名 リンパ節転移 なし:8名 あり:27名 腹膜播種 なし:32名 あり:3名 それぞれの胃癌患者より癌摘出手術等に摘出された組織
から胃癌組織と対照正常胃組織とを取り分けた。つい
で、AGPC(Acid GuanidiumPhen
ol−Chloroform)法により、各組織から個
々に全RNAを摘出した。これらの全RNAのそれぞれ
からOligotex−MAG mRNA Purif
ication Kit(宝酒造社製)を用いてmRN
Aを射精した。
【0097】上記mRNAを鋳型とし、逆転写酵素を用
いてcDNA合成反応を行った。なお、対照正常胃組織
群の場合、Cy3−dUTP(アマシャム社製)を含む
dNTPを用い、胃癌組織群の場合、Cy5−dUTP
(アマシャム社製)を含むdNTPを用いた。なお、各
検体由来胃癌組織と対照正常胃組織につき2反応ずつ標
識反応を行った。反応液組織を以下に示す。
いてcDNA合成反応を行った。なお、対照正常胃組織
群の場合、Cy3−dUTP(アマシャム社製)を含む
dNTPを用い、胃癌組織群の場合、Cy5−dUTP
(アマシャム社製)を含むdNTPを用いた。なお、各
検体由来胃癌組織と対照正常胃組織につき2反応ずつ標
識反応を行った。反応液組織を以下に示す。
【0098】反応液A:上記mRNA約1μg、300
pmolのオリゴdTプライマー(宝酒造社製)及び最
終的に11.9μlになるようにジエチルピロカーボネ
ート(DEPC,ナカライテスク社製)処理水を添加。
pmolのオリゴdTプライマー(宝酒造社製)及び最
終的に11.9μlになるようにジエチルピロカーボネ
ート(DEPC,ナカライテスク社製)処理水を添加。
【0099】反応液B:5×AMV RTase用緩衝
液(ライフサイエンス社製)4μlと、各0.1mMの
dATP、dCTP、dGTP及び0.065mMのd
TTPと、30UのRNaseインヒビター(宝酒造社
製)と、0.035mMのCy3又はCy5標識dUT
P(アマシャムファルマシア社製)とを混合し、最終容
量6.5μlの溶液を得た。
液(ライフサイエンス社製)4μlと、各0.1mMの
dATP、dCTP、dGTP及び0.065mMのd
TTPと、30UのRNaseインヒビター(宝酒造社
製)と、0.035mMのCy3又はCy5標識dUT
P(アマシャムファルマシア社製)とを混合し、最終容
量6.5μlの溶液を得た。
【0100】反応液Aを70℃で10分間保持した後、
氷俗上で冷却し、反応産物を得た。ついで、前記反応産
物に、反応液Bと約30単位のAMV RTase(ラ
イフサイエンス社製)とを添加し、さらに55℃で30
分間保持した。その後、得られた反応産物に約30単位
のAMV RTaseをさらに添加し、反応液量を20
μlにし、RT反応液を得た。前記RT反応液を42℃
で60分間保持した。ついで、この反応液を70℃で1
0分間保持し、逆転写反応を停止し、室温まで冷却し
た。得られた反応産物を、Centri−sep sp
in Column(アプライド・バイオシステムズ社
製)を用いてゲルろ過した。このようにして得られたC
y3標識cDNA、Cy5cDNAを、同一患者分を混
合してエタノール沈殿濃縮し、ハイブリダイゼーション
緩衝液(6×SSC/0.2%SDS/5×デンハート
液/0.1mg/mlサケ精子DNA)10μlに溶解
して、蛍光標識cDNAを調整した。なお、1×SSC
の組織は、0.15M NaCl、0.015Mクエン
酸ナトリウム、pH7.0である。
氷俗上で冷却し、反応産物を得た。ついで、前記反応産
物に、反応液Bと約30単位のAMV RTase(ラ
イフサイエンス社製)とを添加し、さらに55℃で30
分間保持した。その後、得られた反応産物に約30単位
のAMV RTaseをさらに添加し、反応液量を20
μlにし、RT反応液を得た。前記RT反応液を42℃
で60分間保持した。ついで、この反応液を70℃で1
0分間保持し、逆転写反応を停止し、室温まで冷却し
た。得られた反応産物を、Centri−sep sp
in Column(アプライド・バイオシステムズ社
製)を用いてゲルろ過した。このようにして得られたC
y3標識cDNA、Cy5cDNAを、同一患者分を混
合してエタノール沈殿濃縮し、ハイブリダイゼーション
緩衝液(6×SSC/0.2%SDS/5×デンハート
液/0.1mg/mlサケ精子DNA)10μlに溶解
して、蛍光標識cDNAを調整した。なお、1×SSC
の組織は、0.15M NaCl、0.015Mクエン
酸ナトリウム、pH7.0である。
【0101】(4)ハイブリダイゼーション
前記(2)で作製したDNAアレイ、及び市販のTaK
aRa IntelliGeneTM Human C
ancer CHIP version2.0(ヒト由
来既知遺伝子のうち癌疾患に関連する遺伝子425種類
搭載、宝酒造社製)に、プレハイブリダイゼーション緩
衝液(6×SSC、0.2%SDS、5×デンハート
液、1mg/mlサケ精子DNA)を滴下し、カバーグ
ラスをかけて室温で2時間保持した。その後、カバーグ
ラスを除き、アレイを2×SSCで洗浄し、ついで、
0.2×SSCで洗浄し、風乾した。
aRa IntelliGeneTM Human C
ancer CHIP version2.0(ヒト由
来既知遺伝子のうち癌疾患に関連する遺伝子425種類
搭載、宝酒造社製)に、プレハイブリダイゼーション緩
衝液(6×SSC、0.2%SDS、5×デンハート
液、1mg/mlサケ精子DNA)を滴下し、カバーグ
ラスをかけて室温で2時間保持した。その後、カバーグ
ラスを除き、アレイを2×SSCで洗浄し、ついで、
0.2×SSCで洗浄し、風乾した。
【0102】ついで、前記(3)で調製した標識cDN
A各2本を熱変性した後、1反応分全量を(2)で調製
したDNAアレイに、残り1反応分全量をTaKaRa
IntelliGene(商標)Human Can
cer CHIP version2.0に滴下し、カ
バーグラスをかけて周囲をフィルムで密閉した。これを
65℃で16時間保持した。ついで、カバーグラスを除
いて、アレイを、0.2×SSC/0.1%SDS中、
55℃で30分の洗浄を2回行い、ついで、65℃で5
分洗浄し、さらに、0.05×SSC中、室温で5分洗
浄し、風乾した。
A各2本を熱変性した後、1反応分全量を(2)で調製
したDNAアレイに、残り1反応分全量をTaKaRa
IntelliGene(商標)Human Can
cer CHIP version2.0に滴下し、カ
バーグラスをかけて周囲をフィルムで密閉した。これを
65℃で16時間保持した。ついで、カバーグラスを除
いて、アレイを、0.2×SSC/0.1%SDS中、
55℃で30分の洗浄を2回行い、ついで、65℃で5
分洗浄し、さらに、0.05×SSC中、室温で5分洗
浄し、風乾した。
【0103】風乾後のアレイを、マイクロアレイスキャ
ナー(アフィメトリクス社製)にかけて各スポットの蛍
光シグナルを解析した。測定されたシグナルを発現デー
タ解析ソフトImagene(バイオディスカバリー社
製)で解析し、個々の胃癌患者について、癌組織と対照
正常組織とにおける各遺伝子の発現量を調べた。
ナー(アフィメトリクス社製)にかけて各スポットの蛍
光シグナルを解析した。測定されたシグナルを発現デー
タ解析ソフトImagene(バイオディスカバリー社
製)で解析し、個々の胃癌患者について、癌組織と対照
正常組織とにおける各遺伝子の発現量を調べた。
【0104】(5)遺伝子発現データの解析
各遺伝子の発現変動を、癌組織の対照正常組織に対する
各遺伝子の相対発現比率[癌組織の発現強度シグナル/
対照正常組織の発現強度シグナル]により判定した。こ
の際、比較対照となる癌組織mRNAと対象正常組織m
RNAの質の補正のため、ハウスキーピング遺伝子の発
現量の平均値で補正し、ノーマライゼーションを行っ
た。この結果、35名の胃癌患者における、前記(2)
で作製したDNAアレイ、及びTaKaRa Inte
lliGeneTM HumanCancer CHI
P version2.0 に搭載された合計771種
類の遺伝子発現プロファイルを得た。
各遺伝子の相対発現比率[癌組織の発現強度シグナル/
対照正常組織の発現強度シグナル]により判定した。こ
の際、比較対照となる癌組織mRNAと対象正常組織m
RNAの質の補正のため、ハウスキーピング遺伝子の発
現量の平均値で補正し、ノーマライゼーションを行っ
た。この結果、35名の胃癌患者における、前記(2)
で作製したDNAアレイ、及びTaKaRa Inte
lliGeneTM HumanCancer CHI
P version2.0 に搭載された合計771種
類の遺伝子発現プロファイルを得た。
【0105】前記771種類の遺伝子の35名の胃癌患
者における発現比率と予後の存命月数との相関関係を求
めた。そのヒストグラムを図7に示す。
者における発現比率と予後の存命月数との相関関係を求
めた。そのヒストグラムを図7に示す。
【0106】[実施例2] 遺伝子発現プロファイル解
析 (1)周知の方法を用いた予後の存命月数の推定 評価指標を予後の存命月数とし、35名の被験者由来の
被検試料より前述実施例1−(5)で得られた771種
類の遺伝子発現プロファイルデータと予後の存命月数を
用いた。図7に示したヒストグラムの中から、相関係数
の大きい順に選んだ25個の遺伝子を用いて予後の存命
月数を線形多項式を用いて推定した結果を図5に示す。
予後の存命月数の誤差の平均値は10.7ヶ月であり、
よい推定はできなかった。
析 (1)周知の方法を用いた予後の存命月数の推定 評価指標を予後の存命月数とし、35名の被験者由来の
被検試料より前述実施例1−(5)で得られた771種
類の遺伝子発現プロファイルデータと予後の存命月数を
用いた。図7に示したヒストグラムの中から、相関係数
の大きい順に選んだ25個の遺伝子を用いて予後の存命
月数を線形多項式を用いて推定した結果を図5に示す。
予後の存命月数の誤差の平均値は10.7ヶ月であり、
よい推定はできなかった。
【0107】(2)この発明の方法を用いた予後の存命
月数の推定 評価指標を予後の存命月数とし、35名の被験者由来の
被検試料より前述実施例1−(5)で得られた771種
類の遺伝子発現プロファイルデータと予後の存命月数を
入力データとする。存命月数が60ヶ月(5年)以上は
該癌に影響はないものとして60ヶ月として扱う。入力
された遺伝子発現プロファイルデータは、前処理とし
て、発現比率データの正規化、不必要データの削除を行
った後、各遺伝子を1ビットとして長さ771のビット
列を生成する。遺伝的アルゴリズムで500個のビット
列の生成を行った。1回目の生成では、ランダムに50
0個のビット列を生成した。2回目以降の生成では、最
も評価が高かったビット列を1つ残し、残りのビット列
は前回のビット列のセットから任意の2つのビット列を
選択し、交叉によって新たなビット列を作り、それに突
然変異を加えることによって生成した。交叉は一様交叉
とし、突然変異は、突然変異率の数1を用いて、λ
out=0.1、λin=0.1*n/(771−n)
で設定した。ここで、nは値が1のビットの数を表す。
実測値と予測値との平均誤差と採用した遺伝子数によ
り、各遺伝子組み合わせを評価した。平均誤差評価は、
数3を使用し、それぞれa=0.525186747
5、b=16.50272566、c=0.37655
90625とした。また、採用遺伝子数の評価は数4で
s=0.9、Gin=25である。
月数の推定 評価指標を予後の存命月数とし、35名の被験者由来の
被検試料より前述実施例1−(5)で得られた771種
類の遺伝子発現プロファイルデータと予後の存命月数を
入力データとする。存命月数が60ヶ月(5年)以上は
該癌に影響はないものとして60ヶ月として扱う。入力
された遺伝子発現プロファイルデータは、前処理とし
て、発現比率データの正規化、不必要データの削除を行
った後、各遺伝子を1ビットとして長さ771のビット
列を生成する。遺伝的アルゴリズムで500個のビット
列の生成を行った。1回目の生成では、ランダムに50
0個のビット列を生成した。2回目以降の生成では、最
も評価が高かったビット列を1つ残し、残りのビット列
は前回のビット列のセットから任意の2つのビット列を
選択し、交叉によって新たなビット列を作り、それに突
然変異を加えることによって生成した。交叉は一様交叉
とし、突然変異は、突然変異率の数1を用いて、λ
out=0.1、λin=0.1*n/(771−n)
で設定した。ここで、nは値が1のビットの数を表す。
実測値と予測値との平均誤差と採用した遺伝子数によ
り、各遺伝子組み合わせを評価した。平均誤差評価は、
数3を使用し、それぞれa=0.525186747
5、b=16.50272566、c=0.37655
90625とした。また、採用遺伝子数の評価は数4で
s=0.9、Gin=25である。
【0108】これらに対して重み付けを行い、最終的に
数5で表される評価関数、α=0.9で評価を行った。
数5で表される評価関数、α=0.9で評価を行った。
【0109】評価を繰り返し行い、下記に第1群として
示した24種の遺伝子の組み合わせが得られた。求まっ
た最適な遺伝子の組み合わせで予後推定をした結果を図
6に示す。誤差平均が2.6ヶ月となり、精度のよい推
定ができた。
示した24種の遺伝子の組み合わせが得られた。求まっ
た最適な遺伝子の組み合わせで予後推定をした結果を図
6に示す。誤差平均が2.6ヶ月となり、精度のよい推
定ができた。
【0110】1群(24種)
・"retinoic acid receptor,beta"(GenBank Accession
No. Y00291) ・envoplakin(GenBank Accession No. U53786) ・insulin-like growth factor binding protein(GenB
ank Accession No. M35878) ・proliferating cell nuclear antigen(GenBank Acce
ssion No. M15796) ・platelet-derived growth factor beta polypeptide
(simian sarcoma viral(v-sis)oncogene homolog)(Gen
Bank Accession No. M12783) ・Homo sapiens mRNA for Prer protein(GenBank Acce
ssion No. AJ005579) ・Human CO-029 (GenBank Accession No. M35252) ・配列表の配列番号159に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・"collagen,type VIII,alpha 1"(GenBank Accession
No. X57527) ・frizzled-related protein(GenBank Accession No.
U91903) ・Human cell adhesion protein (vitronectin) recept
or alpha subunit mRNA,complete cds"(GenBank Acces
sion No. M14648) ・GC36 (WO98/37187号国際公開パンフレッ
ト) ・配列表の配列番号84に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・配列表の配列番号95に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・ectodermal-neural cortex (with BTB-like domain)
(GenBank Accession No.AF059611) ・Ric (Drosophila)-like、expressed in many tissues
(GenBank Accession No. Y07566) ・"Homo sapiens MD-1, RP105-associated (MD-1), mRN
A"(GenBank AccessionNo. NM_004271) ・"Homo sapiens cDNA FLJ10986 fis, clone"(GenBank
Accession No. AK001848) ・配列表の配列番号160に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・配列表の配列番号101に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・"tumor necrosis factor receptor superfamily,memb
er 1B"(GenBank Accession No. M32315) ・配列表の配列番号16に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・配列表の配列番号56に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・"integrinalpha L (antigen CD11A (p180),lymphocyt
efunction-associatedantigen 1; alpha polypeptide)"
(GenBank Accession No. AC002310) さらに、上記の第1群の遺伝子の選択とは独立した遺伝
子発現プロファイル解析を実施し、下記に第2群〜第8
群として示した、7通りの遺伝子の組み合わせが得られ
た。これらの各群の遺伝子の組み合わせは、いずれも平
均誤差2.0〜3.0ヶ月で存命月数を推測することが
できた。
No. Y00291) ・envoplakin(GenBank Accession No. U53786) ・insulin-like growth factor binding protein(GenB
ank Accession No. M35878) ・proliferating cell nuclear antigen(GenBank Acce
ssion No. M15796) ・platelet-derived growth factor beta polypeptide
(simian sarcoma viral(v-sis)oncogene homolog)(Gen
Bank Accession No. M12783) ・Homo sapiens mRNA for Prer protein(GenBank Acce
ssion No. AJ005579) ・Human CO-029 (GenBank Accession No. M35252) ・配列表の配列番号159に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・"collagen,type VIII,alpha 1"(GenBank Accession
No. X57527) ・frizzled-related protein(GenBank Accession No.
U91903) ・Human cell adhesion protein (vitronectin) recept
or alpha subunit mRNA,complete cds"(GenBank Acces
sion No. M14648) ・GC36 (WO98/37187号国際公開パンフレッ
ト) ・配列表の配列番号84に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・配列表の配列番号95に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・ectodermal-neural cortex (with BTB-like domain)
(GenBank Accession No.AF059611) ・Ric (Drosophila)-like、expressed in many tissues
(GenBank Accession No. Y07566) ・"Homo sapiens MD-1, RP105-associated (MD-1), mRN
A"(GenBank AccessionNo. NM_004271) ・"Homo sapiens cDNA FLJ10986 fis, clone"(GenBank
Accession No. AK001848) ・配列表の配列番号160に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・配列表の配列番号101に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・"tumor necrosis factor receptor superfamily,memb
er 1B"(GenBank Accession No. M32315) ・配列表の配列番号16に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・配列表の配列番号56に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・"integrinalpha L (antigen CD11A (p180),lymphocyt
efunction-associatedantigen 1; alpha polypeptide)"
(GenBank Accession No. AC002310) さらに、上記の第1群の遺伝子の選択とは独立した遺伝
子発現プロファイル解析を実施し、下記に第2群〜第8
群として示した、7通りの遺伝子の組み合わせが得られ
た。これらの各群の遺伝子の組み合わせは、いずれも平
均誤差2.0〜3.0ヶ月で存命月数を推測することが
できた。
【0111】第2群(25種)
・配列表の配列番号6に記載された塩基配列を有する遺
伝子 ・配列表の配列番号159に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・"caspase 6, apoptosis-related cysteine protease"
(GenBank Accession No. U20536) ・forkhead box C1(GenBank Accession No. AF04869
3) ・chondroitin sulfate proteoglycan 2 (versican)(G
enBank Accession No. U16306) ・cell division cycle 10 (homologous to CDC10 of
S. cerevisiae)(GenBankAccession No. S72008) ・配列表の配列番号161に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・v-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma 2 viral oncogene h
omolog(GenBank Accession No. M54968) ・cyclin D2(GenBank Accession No. D13639) ・vascular endothelial growth factor B (GenBank A
ccession No. U43368) ・配列表の配列番号1に記載された塩基配列を有する遺
伝子 ・connective tissue growth factor(GenBank Accessi
on No. X78947) ・cadherin 18(GenBank Accession No. U59325) ・Human mRNA for SB classII histocompatibility ant
igen alpha-chain(GenBank Accession No. X03100) ・caveolin 2(GenBank Accession No. AF035752) ・EphA2 (GenBank Accession No. M59371) ・"Homo sapiens mRNA for PKU-beta, com"(GenBank A
ccession No. AB004885) ・"Human tissue factor gene, complete cds. 1/1995"
(GenBank Accession No. J02846) ・配列表の配列番号162に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・配列表の配列番号94に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・配列表の配列番号163に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・"guanine nucleotide binding protein (G protein),
alpha activating activity polypeptide, olfactory
type"(GenBank Accession No. U55184) ・kinase insert domain receptor (a type III recept
or tyrosine kinase)(GenBank Accession No. AF03512
1) ・O-6-methylguanine-DNA methyltransferase(GenBank
Accession No. M29971) ・E2F transcription factor 3(GenBank Accession N
o. D38550) 第3群(25種) ・"retinoic acid receptor, beta"(GenBank Accessio
n No. Y00291) ・EphB2 (GenBank Accession No. AF025304) ・Homo sapiens full length insert cDNA clone YP42A
04(GenBank AccessionNo. AF085884) ・配列表の配列番号164に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・GG24 (WO98/37187号国際公開パンフレッ
ト) ・配列表の配列番号122に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・interleukin 8 (GenBank Accession No. M26383) ・wingless-type MMTV integration site family membe
r 2(GenBank AccessionNo. X07876) ・apoptotic protease activating factor(GenBank Ac
cession No. AF013263) ・"laminin, alpha 4"(GenBank Accession No. S7856
9) ・DNA-damage-inducible transcript 3(GenBank Acces
sion No. X92120) ・"pleckstrin homology, Sec7 and coiled/coil domai
ns 2-like"(GenBank Accession No. U59752) ・配列表の配列番号3に記載された塩基配列を有する遺
伝子 ・配列表の配列番号34に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・keratin 19(GenBank Accession No. Y00503) ・"tumor necrosis factor receptor superfamily, mem
ber 5"(GenBank Accession No. X60592) ・thyroid autoantigen 70kD (Ku antigen)(GenBank A
ccession No. Z83840) ・"integrin, beta 8"(GenBank Accession No. M7378
0) ・配列表の配列番号165に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・配列表の配列番号41に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・"collagen, type XI, alpha 2"(GenBank Accession
No. AL031228) ・Homo sapiens KIAA0402 mRNA, partial cds"(GenBan
k Accession No. AB007862) ・v-kit Hardy-Zuckerman 4 feline sarcoma viral onc
ogene homolog(GenBankAccession No. X06182) ・"cadherin 6, K-cadherin (fetal kidney)"(GenBank
Accession No. D31784) ・Ras-related associated with diabetes(GenBank Ac
cession No. L24564) 第4群(24種) ・"integrin, alpha 7"(GenBank Accession No. AF032
108) ・配列表の配列番号166に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・配列表の配列番号36に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・配列表の配列番号52に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・leukocyte antigen related protein(GenBank Acces
sion No. X54890) ・CASP2 and RIPK1 domain containing adaptor with d
eath domain(GenBank Accession No. U84388) ・"superoxide dismutase 1, soluble (amyotrophic la
teral sclerosis 1 (adult))"(GenBank Accession No.
X02317) ・wingless-type MMTV integration site family membe
r 2(GenBank AccessionNo. X07876) ・37 kDa leucine-rich repeat (LRR) protein(GenBan
k Accession No. U32907) ・配列表の配列番号45に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・配列表の配列番号167に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・v-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma 2 viral oncogene h
omolog(GenBank Accession No. M54968) ・v-jun avian sarcoma virus 17 oncogene homolog(G
enBank Accession No. J04111) ・deoxyribonuclease I-like 1(GenBank Accession N
o. X90392) ・配列表の配列番号129に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・配列表の配列番号20に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・cell adhesion molecule with homology to L1CAM (c
lose homologue of L1)(GenBank Accession No. AF002
246) ・"catenin (cadherin-associated protein), beta 1
(88kD)"(GenBank Accession No. X87838) ・配列表の配列番号115に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・配列表の配列番号43に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・"Homo sapiens nibrin (NBS) mRNA, complete cds"
(GenBank Accession No.AF051334) ・配列表の配列番号71に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・"Homo sapiens ubiquitin hydrolyzing enzyme I (UB
H1) mRNA, partial cds"(GenBank Accession No. AF02
2789 52) ・配列表の配列番号85に記載された塩基配列を有する
遺伝子 第5群(24種) ・配列表の配列番号166に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・"Human beta adaptin mRNA, complete cds"(GenBank
Accession No. M34175) ・配列表の配列番号169に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・配列表の配列番号123に記載された塩基配列を有す
る遺伝子(ID No. 123) ・forkhead box C1(GenBank Accession No. AF04869
3) ・insulin-like growth factor binding protein 6 (G
enBank Accession No. M62402) ・cell division cycle 10 (homologous to CDC10 of
S. cerevisiae)(GenBankAccession No. S72008) ・配列表の配列番号45に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・配列表の配列番号54に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・配列表の配列番号86に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・"integrin, alpha 2 (CD49B, alpha 2 subunit of VL
A-2 receptor)"(GenBank Accession No. X17033) ・tyrosine kinase 2(GenBank Accession No. X5463
7) ・"Homo sapiens unknown mRNA, complete cds"(GenBa
nk Accession No. AF047439) ・465 (ID No. 155) ・"Homo sapiens CGI-65 protein mRNA, complete cds"
(GenBank Accession No. AF151823) ・配列表の配列番号170に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・配列表の配列番号101に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・"integrin, alpha 1"(GenBank Accession No. X6874
2) ・Human mRNA for SB classII histocompatibility ant
igen alpha-chain(GenBank Accession No. X03100) ・"ligase IV, DNA, ATP-dependent"(GenBank Accessi
on No. X83441) ・"CDC6 (cell division cycle 6, S. cerevisiae) hom
olog"(GenBank Accession No. U77949) ・配列表の配列番号14に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・配列表の配列番号115に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・plasminogen(GenBank Accession No. L07899) 第6群(23種) ・insulin-like growth factor binding protein 3(Ge
nBank Accession No. M35878) ・"Human transactivator protein (CREB) mRNA, compl
ete cds"(GenBank Accession No. M27691) ・配列表の配列番号6に記載された塩基配列を有する遺
伝子 ・protein tyrosine kinase 2 beta(GenBank Accessio
n No. U43522) ・tissue inhibitor of metalloproteinase 2(GenBank
Accession No. U44385) ・配列表の配列番号21に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・Rho6 protein(GenBank Accession No. U69563) ・"integrin, alpha 3 (antigen CD49C, alpha 3 subun
it of VLA-3 receptor)"(GenBank Accession No. M599
11) ・"ataxia telangiectasia mutated (includes complem
entation groups A, C and D)"(GenBank Accession N
o. U82828) ・cell division cycle 27(GenBank Accession No. S7
8234) ・heat shock protein 75 AF043254) ・"excision repair cross-complementing rodent repa
ir deficiency, complementation group 1 (includes o
verlapping antisense sequence)"(GenBank Accession
No. M13194) ・配列表の配列番号59に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・Homo sapiens mRNA from HIV-associated non-Hodgki
n's lymphoma (clone hl2-253)(GenBank Accession N
o. Y17173 ) ・"Human lactoferrin (HLF2) mRNA, complete cds"(G
enBank Accession No. U07643) ・bone morphogenetic protein 4(GenBank Accession
No. U43842) ・tyrosine-protein kinase receptor tyro3 precurso
r; tyrosine-protein kinase rse; tyrosine-protein k
inase sky; tyrosine-protein kinase dtk(GenBank Ac
cession No. U18934) ・"matrix metalloproteinase 7 (matrilysin, uterin
e)"(GenBank AccessionNo. Z11887) ・"mutS (E. coli) homolog 2 (colon cancer, nonpoly
posis type 1)"(GenBank Accession No. NM_000251) ・配列表の配列番号139に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・AG26 (WO98/37187号国際公開パンフレッ
ト) ・"cyclin-dependent kinase 5, regulatory subunit 1
(p35)"(GenBank Accession No. X80343) ・growth factor receptor-bound protein 10(GenBank
Accession No. D86962) 第7群(22種) ・"retinoic acid receptor, beta"(GenBank Accessio
n No. Y00291) ・"Homo sapiens cDNA FLJ20693 fis, clone"(GenBank
Accession No. AK000700) ・GG24 (WO98/37187号国際公開パンフレッ
ト) ・"ATP-binding cassette, sub-family C (CFTR/MRP),
member 2"(GenBank Accession No. U49248) ・B-cell CLL/lymphoma 2(GenBank Accession No. M14
745) ・junction plakoglobin(GenBank Accession No. Z682
28) ・"Human guanylate binding protein isoform II (GBP
-2) mRNA, complete cds"(GenBank Accession No. M55
543) ・配列表の配列番号171に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・配列表の配列番号34に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・"tumor necrosis factor (TNF superfamily, member
2)"(GenBank AccessionNo. X02910) ・"laminin, beta 1"(GenBank Accession No. NM_0022
91) ・配列表の配列番号63に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・配列表の配列番号22に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・developmentally regulated GTP-binding protein 1
(GenBank Accession No.AF078103) ・keratin 7(GenBank Accession No. AJ238246) ・"mutS (E. coli) homolog 2 (colon cancer, nonpoly
posis type 1)"(GenBank Accession No. NM_000251) ・ubiquitin-conjugating enzyme E2A (RAD6 homolog)
(GenBank Accession No.M74524) ・"collagen, type VI, alpha 3"(GenBank Accession
No. X52022) ・low density lipoprotein-related protein-associat
ed protein 1 (alpha-2-macroglobulin receptor-assoc
iated protein 1)(GenBank Accession No. M63959) ・nidogen (enactin)(GenBank Accession No. M3026
9) ・"cadherin 6, K-cadherin (fetal kidney)"(GenBank
Accession No. D31784) ・"collagen, type III, alpha 1 (Ehlers-Danlos synd
rome type IV, autosomal dominant)"(GenBank Access
ion No. X14420) 第8群(20種) ・insulin-like growth factor binding protein 3 (G
enBank Accession No. M35878) ・"Human transactivator protein (CREB) mRNA, compl
ete cds"(GenBank Accession No. M27691) ・配列表の配列番号6に記載された塩基配列を有する遺
伝子 ・protein tyrosine kinase 2 beta(GenBank Accessio
n No. U43522) ・tissue inhibitor of metalloproteinase 2(GenBank
Accession No. U44385) ・Rho6 protein(GenBank Accession No. U69563) ・"integrin, alpha 3 (antigen CD49C, alpha 3 subun
it of VLA-3 receptor)"(GenBank Accession No. M599
11) ・heat shock protein 75(GenBank Accession No. AF0
43254) ・Homo sapiens mRNA from HIV-associated non-Hodgki
n's lymphoma (clone hl2-253)(GenBank Accession N
o. Y17173) ・"Human cyclin-dependent kinase inhibitor p27kip1
mRNA, complete cds"(GenBank Accession No. U1090
6) ・bone morphogenetic protein 4(GenBank Accession
No. U43842) ・tyrosine-protein kinase receptor tyro3 precurso
r; tyrosine-protein kinase rse; tyrosine-protein k
inase sky; tyrosine-protein kinase dtk(GenBank Ac
cession No. U18934) ・metastasis associated 1(GenBank Accession No. U
35113) ・Human mRNA for SB classII histocompatibility ant
igen alpha-chain(GenBank Accession No. X03100) ・"matrix metalloproteinase 7 (matrilysin, uterin
e)"(GenBank AccessionNo. Z11887) ・"mutS (E. coli) homolog 2 (colon cancer, nonpoly
posis type 1)"(GenBank Accession No. NM_000251 ) ・配列表の配列番号139に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・配列表の配列番号79に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・AG26 (WO98/37187号国際公開パンフレッ
ト) ・"cyclin-dependent kinase 5, regulatory subunit 1
(p35)"(GenBank Accession No. X80343) [実施例3] DNAアレイの作製 実施例2に示された第1群〜第8群のそれぞれの遺伝子
の組み合わせについて、それぞれの遺伝子断片を調製
し、これをスライドグラスに固定化したDNAアレイを
作製した。DNAアレイは第1群〜第8群のそれぞれに
ついて別個に作製した。また、DNA断片の調製〜固定
化の操作は実施例1−(2)に記載の方法で実施した。
伝子 ・配列表の配列番号159に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・"caspase 6, apoptosis-related cysteine protease"
(GenBank Accession No. U20536) ・forkhead box C1(GenBank Accession No. AF04869
3) ・chondroitin sulfate proteoglycan 2 (versican)(G
enBank Accession No. U16306) ・cell division cycle 10 (homologous to CDC10 of
S. cerevisiae)(GenBankAccession No. S72008) ・配列表の配列番号161に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・v-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma 2 viral oncogene h
omolog(GenBank Accession No. M54968) ・cyclin D2(GenBank Accession No. D13639) ・vascular endothelial growth factor B (GenBank A
ccession No. U43368) ・配列表の配列番号1に記載された塩基配列を有する遺
伝子 ・connective tissue growth factor(GenBank Accessi
on No. X78947) ・cadherin 18(GenBank Accession No. U59325) ・Human mRNA for SB classII histocompatibility ant
igen alpha-chain(GenBank Accession No. X03100) ・caveolin 2(GenBank Accession No. AF035752) ・EphA2 (GenBank Accession No. M59371) ・"Homo sapiens mRNA for PKU-beta, com"(GenBank A
ccession No. AB004885) ・"Human tissue factor gene, complete cds. 1/1995"
(GenBank Accession No. J02846) ・配列表の配列番号162に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・配列表の配列番号94に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・配列表の配列番号163に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・"guanine nucleotide binding protein (G protein),
alpha activating activity polypeptide, olfactory
type"(GenBank Accession No. U55184) ・kinase insert domain receptor (a type III recept
or tyrosine kinase)(GenBank Accession No. AF03512
1) ・O-6-methylguanine-DNA methyltransferase(GenBank
Accession No. M29971) ・E2F transcription factor 3(GenBank Accession N
o. D38550) 第3群(25種) ・"retinoic acid receptor, beta"(GenBank Accessio
n No. Y00291) ・EphB2 (GenBank Accession No. AF025304) ・Homo sapiens full length insert cDNA clone YP42A
04(GenBank AccessionNo. AF085884) ・配列表の配列番号164に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・GG24 (WO98/37187号国際公開パンフレッ
ト) ・配列表の配列番号122に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・interleukin 8 (GenBank Accession No. M26383) ・wingless-type MMTV integration site family membe
r 2(GenBank AccessionNo. X07876) ・apoptotic protease activating factor(GenBank Ac
cession No. AF013263) ・"laminin, alpha 4"(GenBank Accession No. S7856
9) ・DNA-damage-inducible transcript 3(GenBank Acces
sion No. X92120) ・"pleckstrin homology, Sec7 and coiled/coil domai
ns 2-like"(GenBank Accession No. U59752) ・配列表の配列番号3に記載された塩基配列を有する遺
伝子 ・配列表の配列番号34に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・keratin 19(GenBank Accession No. Y00503) ・"tumor necrosis factor receptor superfamily, mem
ber 5"(GenBank Accession No. X60592) ・thyroid autoantigen 70kD (Ku antigen)(GenBank A
ccession No. Z83840) ・"integrin, beta 8"(GenBank Accession No. M7378
0) ・配列表の配列番号165に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・配列表の配列番号41に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・"collagen, type XI, alpha 2"(GenBank Accession
No. AL031228) ・Homo sapiens KIAA0402 mRNA, partial cds"(GenBan
k Accession No. AB007862) ・v-kit Hardy-Zuckerman 4 feline sarcoma viral onc
ogene homolog(GenBankAccession No. X06182) ・"cadherin 6, K-cadherin (fetal kidney)"(GenBank
Accession No. D31784) ・Ras-related associated with diabetes(GenBank Ac
cession No. L24564) 第4群(24種) ・"integrin, alpha 7"(GenBank Accession No. AF032
108) ・配列表の配列番号166に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・配列表の配列番号36に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・配列表の配列番号52に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・leukocyte antigen related protein(GenBank Acces
sion No. X54890) ・CASP2 and RIPK1 domain containing adaptor with d
eath domain(GenBank Accession No. U84388) ・"superoxide dismutase 1, soluble (amyotrophic la
teral sclerosis 1 (adult))"(GenBank Accession No.
X02317) ・wingless-type MMTV integration site family membe
r 2(GenBank AccessionNo. X07876) ・37 kDa leucine-rich repeat (LRR) protein(GenBan
k Accession No. U32907) ・配列表の配列番号45に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・配列表の配列番号167に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・v-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma 2 viral oncogene h
omolog(GenBank Accession No. M54968) ・v-jun avian sarcoma virus 17 oncogene homolog(G
enBank Accession No. J04111) ・deoxyribonuclease I-like 1(GenBank Accession N
o. X90392) ・配列表の配列番号129に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・配列表の配列番号20に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・cell adhesion molecule with homology to L1CAM (c
lose homologue of L1)(GenBank Accession No. AF002
246) ・"catenin (cadherin-associated protein), beta 1
(88kD)"(GenBank Accession No. X87838) ・配列表の配列番号115に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・配列表の配列番号43に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・"Homo sapiens nibrin (NBS) mRNA, complete cds"
(GenBank Accession No.AF051334) ・配列表の配列番号71に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・"Homo sapiens ubiquitin hydrolyzing enzyme I (UB
H1) mRNA, partial cds"(GenBank Accession No. AF02
2789 52) ・配列表の配列番号85に記載された塩基配列を有する
遺伝子 第5群(24種) ・配列表の配列番号166に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・"Human beta adaptin mRNA, complete cds"(GenBank
Accession No. M34175) ・配列表の配列番号169に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・配列表の配列番号123に記載された塩基配列を有す
る遺伝子(ID No. 123) ・forkhead box C1(GenBank Accession No. AF04869
3) ・insulin-like growth factor binding protein 6 (G
enBank Accession No. M62402) ・cell division cycle 10 (homologous to CDC10 of
S. cerevisiae)(GenBankAccession No. S72008) ・配列表の配列番号45に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・配列表の配列番号54に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・配列表の配列番号86に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・"integrin, alpha 2 (CD49B, alpha 2 subunit of VL
A-2 receptor)"(GenBank Accession No. X17033) ・tyrosine kinase 2(GenBank Accession No. X5463
7) ・"Homo sapiens unknown mRNA, complete cds"(GenBa
nk Accession No. AF047439) ・465 (ID No. 155) ・"Homo sapiens CGI-65 protein mRNA, complete cds"
(GenBank Accession No. AF151823) ・配列表の配列番号170に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・配列表の配列番号101に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・"integrin, alpha 1"(GenBank Accession No. X6874
2) ・Human mRNA for SB classII histocompatibility ant
igen alpha-chain(GenBank Accession No. X03100) ・"ligase IV, DNA, ATP-dependent"(GenBank Accessi
on No. X83441) ・"CDC6 (cell division cycle 6, S. cerevisiae) hom
olog"(GenBank Accession No. U77949) ・配列表の配列番号14に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・配列表の配列番号115に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・plasminogen(GenBank Accession No. L07899) 第6群(23種) ・insulin-like growth factor binding protein 3(Ge
nBank Accession No. M35878) ・"Human transactivator protein (CREB) mRNA, compl
ete cds"(GenBank Accession No. M27691) ・配列表の配列番号6に記載された塩基配列を有する遺
伝子 ・protein tyrosine kinase 2 beta(GenBank Accessio
n No. U43522) ・tissue inhibitor of metalloproteinase 2(GenBank
Accession No. U44385) ・配列表の配列番号21に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・Rho6 protein(GenBank Accession No. U69563) ・"integrin, alpha 3 (antigen CD49C, alpha 3 subun
it of VLA-3 receptor)"(GenBank Accession No. M599
11) ・"ataxia telangiectasia mutated (includes complem
entation groups A, C and D)"(GenBank Accession N
o. U82828) ・cell division cycle 27(GenBank Accession No. S7
8234) ・heat shock protein 75 AF043254) ・"excision repair cross-complementing rodent repa
ir deficiency, complementation group 1 (includes o
verlapping antisense sequence)"(GenBank Accession
No. M13194) ・配列表の配列番号59に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・Homo sapiens mRNA from HIV-associated non-Hodgki
n's lymphoma (clone hl2-253)(GenBank Accession N
o. Y17173 ) ・"Human lactoferrin (HLF2) mRNA, complete cds"(G
enBank Accession No. U07643) ・bone morphogenetic protein 4(GenBank Accession
No. U43842) ・tyrosine-protein kinase receptor tyro3 precurso
r; tyrosine-protein kinase rse; tyrosine-protein k
inase sky; tyrosine-protein kinase dtk(GenBank Ac
cession No. U18934) ・"matrix metalloproteinase 7 (matrilysin, uterin
e)"(GenBank AccessionNo. Z11887) ・"mutS (E. coli) homolog 2 (colon cancer, nonpoly
posis type 1)"(GenBank Accession No. NM_000251) ・配列表の配列番号139に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・AG26 (WO98/37187号国際公開パンフレッ
ト) ・"cyclin-dependent kinase 5, regulatory subunit 1
(p35)"(GenBank Accession No. X80343) ・growth factor receptor-bound protein 10(GenBank
Accession No. D86962) 第7群(22種) ・"retinoic acid receptor, beta"(GenBank Accessio
n No. Y00291) ・"Homo sapiens cDNA FLJ20693 fis, clone"(GenBank
Accession No. AK000700) ・GG24 (WO98/37187号国際公開パンフレッ
ト) ・"ATP-binding cassette, sub-family C (CFTR/MRP),
member 2"(GenBank Accession No. U49248) ・B-cell CLL/lymphoma 2(GenBank Accession No. M14
745) ・junction plakoglobin(GenBank Accession No. Z682
28) ・"Human guanylate binding protein isoform II (GBP
-2) mRNA, complete cds"(GenBank Accession No. M55
543) ・配列表の配列番号171に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・配列表の配列番号34に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・"tumor necrosis factor (TNF superfamily, member
2)"(GenBank AccessionNo. X02910) ・"laminin, beta 1"(GenBank Accession No. NM_0022
91) ・配列表の配列番号63に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・配列表の配列番号22に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・developmentally regulated GTP-binding protein 1
(GenBank Accession No.AF078103) ・keratin 7(GenBank Accession No. AJ238246) ・"mutS (E. coli) homolog 2 (colon cancer, nonpoly
posis type 1)"(GenBank Accession No. NM_000251) ・ubiquitin-conjugating enzyme E2A (RAD6 homolog)
(GenBank Accession No.M74524) ・"collagen, type VI, alpha 3"(GenBank Accession
No. X52022) ・low density lipoprotein-related protein-associat
ed protein 1 (alpha-2-macroglobulin receptor-assoc
iated protein 1)(GenBank Accession No. M63959) ・nidogen (enactin)(GenBank Accession No. M3026
9) ・"cadherin 6, K-cadherin (fetal kidney)"(GenBank
Accession No. D31784) ・"collagen, type III, alpha 1 (Ehlers-Danlos synd
rome type IV, autosomal dominant)"(GenBank Access
ion No. X14420) 第8群(20種) ・insulin-like growth factor binding protein 3 (G
enBank Accession No. M35878) ・"Human transactivator protein (CREB) mRNA, compl
ete cds"(GenBank Accession No. M27691) ・配列表の配列番号6に記載された塩基配列を有する遺
伝子 ・protein tyrosine kinase 2 beta(GenBank Accessio
n No. U43522) ・tissue inhibitor of metalloproteinase 2(GenBank
Accession No. U44385) ・Rho6 protein(GenBank Accession No. U69563) ・"integrin, alpha 3 (antigen CD49C, alpha 3 subun
it of VLA-3 receptor)"(GenBank Accession No. M599
11) ・heat shock protein 75(GenBank Accession No. AF0
43254) ・Homo sapiens mRNA from HIV-associated non-Hodgki
n's lymphoma (clone hl2-253)(GenBank Accession N
o. Y17173) ・"Human cyclin-dependent kinase inhibitor p27kip1
mRNA, complete cds"(GenBank Accession No. U1090
6) ・bone morphogenetic protein 4(GenBank Accession
No. U43842) ・tyrosine-protein kinase receptor tyro3 precurso
r; tyrosine-protein kinase rse; tyrosine-protein k
inase sky; tyrosine-protein kinase dtk(GenBank Ac
cession No. U18934) ・metastasis associated 1(GenBank Accession No. U
35113) ・Human mRNA for SB classII histocompatibility ant
igen alpha-chain(GenBank Accession No. X03100) ・"matrix metalloproteinase 7 (matrilysin, uterin
e)"(GenBank AccessionNo. Z11887) ・"mutS (E. coli) homolog 2 (colon cancer, nonpoly
posis type 1)"(GenBank Accession No. NM_000251 ) ・配列表の配列番号139に記載された塩基配列を有す
る遺伝子 ・配列表の配列番号79に記載された塩基配列を有する
遺伝子 ・AG26 (WO98/37187号国際公開パンフレッ
ト) ・"cyclin-dependent kinase 5, regulatory subunit 1
(p35)"(GenBank Accession No. X80343) [実施例3] DNAアレイの作製 実施例2に示された第1群〜第8群のそれぞれの遺伝子
の組み合わせについて、それぞれの遺伝子断片を調製
し、これをスライドグラスに固定化したDNAアレイを
作製した。DNAアレイは第1群〜第8群のそれぞれに
ついて別個に作製した。また、DNA断片の調製〜固定
化の操作は実施例1−(2)に記載の方法で実施した。
【0112】上記のDNAアレイを使用して、胃癌試料
における遺伝子発現プロファイルデータの測定を行い、
さらに各試料について存命月数の推定を行うことが可能
であった。
における遺伝子発現プロファイルデータの測定を行い、
さらに各試料について存命月数の推定を行うことが可能
であった。
【0113】
【発明の効果】この発明の装置及び方法を使用すること
により、遺伝子発現プロファイルデータを得た多数の遺
伝子より、目的とする評価指標データを得るために最適
な遺伝子発現プロファイルデータの組み合わせを生成す
ることが可能になる。被検試料中の選択された遺伝子の
遺伝子発現プロファイルデータを測定することにより、
被検体の評価指標データ、例えば、余命、健康状態、疾
病の分類、薬効の評価等を得ることができ、この発明は
生化学、医学の分野において極めて有用である。
により、遺伝子発現プロファイルデータを得た多数の遺
伝子より、目的とする評価指標データを得るために最適
な遺伝子発現プロファイルデータの組み合わせを生成す
ることが可能になる。被検試料中の選択された遺伝子の
遺伝子発現プロファイルデータを測定することにより、
被検体の評価指標データ、例えば、余命、健康状態、疾
病の分類、薬効の評価等を得ることができ、この発明は
生化学、医学の分野において極めて有用である。
【0114】
【配列表】
SEQUENCE LISTING
<110> TAKARA SHUZO CO., LTD.
<110> MITSUBISHI SPACE SOFTWARE CO., LTD.
<120> Method for analysis of gene expression profile and a system theref
or
<130> 01-0078
<160> 171
<210> 1
<211> 540
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 1
gatcaagtcc atacccagca gctatcaagg atttcaaggt ctctccctac atctccctcc 60
acctactcct gttagaggtg ttgaaattgt gctgtaaatg tacgtgcatg gttatagctc 120
caccatttag ttcatgccat tccctcagcc caaattcttc tttccctcat tctttgcctg 180
ttgaaagttt tcttttcatt caaaaccagc agagcgccta ttcctttctg aagtttttcc 240
tgatattccc aggcagagtc actcactcat tccttcaacc atgtacctgt tggtgtcact 300
tgtacctcag tttggtgtgt ttgtcagatt gcatttctgc agacttagtt gttgtcacat 360
ctcttacttt cattagattg taagcacatt aaaggcaagg gctgtatttt catcatatct 420
tctagaagta ctacctaaca caattgccag tacagagtag atgctcaata agttgctgat 480
taaattaaat ttcagaggaa gtaatgtgat aaacaccttt aggtaaagca ctgagacacg 540
【0115】
<210> 2
<211> 536
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 2
gatcaagtcc aacaaaaaca tgaaaagaaa gacacacatg gccaagtaca ttgtccttcc 60
caggaaggta agtaaggttg gtttaacatc caaaaatgca atgaatgtaa ctcaacatat 120
ttctaaacta aaaagaaaaa ccacacaaca atctctaaag tggcagaaaa agcatttgac 180
aaaatccagc atgtatactt gattaacact ctcacagcct aatagaataa aacttcctca 240
agctgataaa ggacatctac aaaaacccta caattaacat gacacttaat aatgaaggtc 300
tgaatgcatt tcttctaaga tcaagaacaa gccaagagta tgttctcact actactaatc 360
aatgttattc tggagattct agccagggca gtaaggcaag aaaaagcaac aagtatagta 420
ataatactgt cttgatgggc agatgacatg tttgtctatg aagaaaattc aatagaatct 480
ttaaagaaac tcttgaaact aacaggtgag tttagcaaag ctatacccta tcaacg 536
【0116】
<210> 3
<211> 511
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 3
ggtattttta gtagagacgg ggtttcaccg tgtcagcgag gatggtctca atcttctgac 60
ctcatgatcc gcccacctca gcctcccaaa gcactgggat tacaggcatg agccactgcg 120
tctggccgaa aaatagctgt ttttttaaaa agccaacatt atgctgaaac atggctaaat 180
ggttaactta cacttaaaat tattcactgg tgtccaataa tacaagccaa aatttgttta 240
tctagctgtt agtcctctcc tacttcttat agtcctgtct gctttgagtc ggtccagtct 300
atttggagaa atcagaccac aatgcttcaa aattactatt acaacaacaa atcagatcac 360
agaacagcca aaccccattc atatggtcaa aaagttacat tttttcttca ttaaacagaa 420
aatagctcaa ctggtcaaaa gaaaacatca gttctttgga gatgaggatt cctctccaca 480
tgtttagaaa tagcacacca ggcaaatcaa g 511
【0117】
<210> 4
<211> 404
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 4
cgagacagaa tctcactctg tcacccaggc tggagtcctg tgatgtgatc tcgtctcact 60
gctacctcca cctcctgggt tcaagcaaat ctcatgcctc agcctcctga gaagctggga 120
ttgtagagat agggtttcac catgttggcc aggctggtct cgaactcctg agctcaggtg 180
atccgcctgc ctcggcctcc caaagcgctg ggattacagg cgtgagccac cgcacccagc 240
tgcaagtttg attttaaaca tgctaaattt gaggtgcttt taggacatcc atgtgagggc 300
atctgggagg cagctgacaa tctggaggtc tggagagtag tcagggttga agacatcaac 360
agaggtgatg gctgaaatct tgggaggagg taagggcaat caag 404
【0118】
<210> 5
<211> 157
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 5
gtaaatgata gcatgatatc aatggcaaat gcggggaaag tagacaaatc gattaccttc 60
tcggtctttg ttgcttctgt ggcaagtcct cccactcatc tctttacatt ttagtcacct 120
aaaaagaata atcataactg aaatcctggc aatcaag 157
【0119】
<210> 6
<211> 364
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 6
cgagaaggag tctcactttg ttgcccaggc tggagtgcag cggtgcaatt tcagctcact 60
gcaacctcca cctcccaggt ttacgcaatt cttgtgcctc agcctcctga gtaggtggga 120
ttacaggtgc ccgccaccac gccctgctta tttttgtatt tttagaagag atagggtttt 180
gccatgttag ccaggctggt ctcgaactcc tgacctcagg tgatctgcct gcctcggccc 240
cccaaagtgc tgggattata ggagtaagcc accgcgcccg gcccaataaa gctcttttta 300
agtgatcatg tctgaactct acagtaatga ggctttacca cattcccatg tgacccgacg 360
tttg 364
【0120】
<210> 7
<211> 625
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 7
ctccacctcc cagcctcaag caatcctacc acctcagccc tccgagtagc tggggctaca 60
ggtgtgttgc acaccagcac gcccggctaa tttttgtacc ccctgtagag acggggtttt 120
gcttttgcca tgttgcccag gctggtctag agctcctggg ctccagcaat ccacctgcct 180
cgggctccca aagtgctggg attacaggca tgagaaacca cactcagcct agtaccccat 240
tccttattat tgttgaataa tatttcattg tatgggcaca ccatgtattt tatctatcca 300
ttcatcagtt gatggacatt tgggttgttt ccactctgga ctattatgaa taatgctcct 360
atgaacattt atgtacaggt ctttgtgtaa catatgtttc catttctctt gggcatatat 420
ctaggagtgg aattcctggg tctttgctta accttttgag aacctgccaa gatgttttcc 480
aaagcagctg taccatttta cattcccacc agaagtgtat aaaggttcca gttactccac 540
atatattatg tctctctttc tttctttctt ttttgataca gagtcttgct ctgtcaccca 600
gaatgaagac agtggggcaa tcaag 625
【0121】
<210> 8
<211> 457
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 8
cgagatgaag tctcactctg ttgcccaggc tggagtgcag tggcactatc tcagctcact 60
gaaacctcca cctcccaggt tcaagcaatt ctcctgcctt agcctcccaa gtagctggga 120
ttacaggtgt gcgccaccat acacggctaa tttttatatt ttgagtagag acagggttcc 180
gccatgttgg ccaggccggt ttcaaactcc tgacctcaag tgatctgccc tcttcagcct 240
ctcaaagtac tgggattata ggcgtgaccc accacaccca gcctcttttt ccttacttag 300
agctaagacc aaacaatgca aggaaacaaa gtttaatatt aatgagcacc gcccacatgg 360
catcaaaccc tgatgacagt tccatgaagc tatgattaca attcctattt tataaatgaa 420
gaaatggaag ctcaaggtcc cttgctcacg gtcacct 457
【0122】
<210> 9
<211> 457
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 9
aggtgaccgt acagttatca gatgataaat tctaatcatg ggacattcgc gtgggtcgtt 60
tgtaattgaa gacagtgcat cctttgtaac cgaagctagt gcaaatgagg acaggagtgg 120
agggacagaa agcggagagg tgtacagctg ctcttcttgc actgtacccc tcatatccgc 180
agccgggatc agtcaagatc tcattcgtga tgcttgggtg ccttgggggc ttgggaagcc 240
agctcaggcc ttgtgatcca ctcggattag tgttgtctgg ggttctcact ttctgactcc 300
tggaggacga aacgccactt gtctgagagg gagtgggagt gattcttgag aatgaaaaca 360
tgatttgggt agtgaagagg tggagaggag aggcagaggg gatgtggaaa agaggtagaa 420
gcagggaagt aagcatgaat aaagagtaaa ttgggcg 457
【0123】
<210> 10
<211> 402
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 10
cggcaagtca aaccagagaa aatggtgaaa cttttaagtg acagctgact cgagacagac 60
ggccctatag ctgaggaccc aggtaaggtt agatgatcaa tgtgtagcgg caccactctg 120
caacggtgcg acttctccag aagttgttcg aggaggaaag agaagtcatt agagtagccc 180
acagtggtgt ctgctgggga aacgccgcag accaacgcaa ggatgggcgt aaacaacccc 240
aagaagagct gggctgcctc ctgtctctgc attcccatca cttctttcct tcttggtttt 300
atccttaacc acgaagagca gttctcaccc ttaatgttga ctcaacattt ccttttgata 360
ataaatactt gcttagcgtc tacttttact gcccgacgtt tg 402
【0124】
<210> 11
<211> 501
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 11
cgtagagacg gggtttcacc atgttagcca ggatggtctt gatctcctga tctcatgatc 60
cacccgcctc ggcctcccaa agtgctggga ttacaggcgt gagccaccgc gcctggccgt 120
gctgggccaa gttttctatt tttagtagag acagagtttc accatgttgg ccaggcttgt 180
ctcgaactct tgacctcaag tgatcctccc tccttggcct cccaaagtgc tgggattgca 240
ggtgtgagcc accatgccca gccagtatct atatatttca aatgagtaag ttaagggaat 300
gaggaattga ggcaggagct agagagcaat ggttcgtaat agtggatggc tctggctggg 360
tggagtatct tcatatgaat cccatgaaaa tgctgaatat tcccaagtac aacctacagg 420
tgacagacaa agcctggcct ttgtacacac gcgcaccact catcacaagg tcccctccta 480
caagccccat gacggtcacc t 501
【0125】
<210> 12
<211> 502
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 12
aggaacactg aatgaagttt attgaagaga aacacgtact gaaaacgttg aagagaaggg 60
aatcacaaca cagagagaaa ctgcaaacgg ccaccacagg acacaggtcc cacacaggtc 120
ccgggccccc tcctcctggg gttcctggca agacgcctca tctgctccta ctcctgctgc 180
agcccccgct gccaactccc tccttcctga gggccccggg gtctgcctct tgccaggaag 240
gtagactctg gcagtgtcca ctggctttag ggagccccct cccaagccca tctgctggga 300
cagggccctg ccctatggcc cgcacaggac agtcacagga cactggaaaa cacagcaggg 360
aacaccctac caggtcaagg aaactgagtc atgagtaaca acaggggtgg aacaccaaag 420
cacaaagctc ctcgggagcc tcaggcaggg cagccccgct ccgtcctggg tccagttctt 480
cctcccacag tcacggtcac ct 502
【0126】
<210> 13
<211> 393
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 13
caaacgtcgg gtaggaatgc tgatcatgat aggtttggtt ttctacagat tctgttccgg 60
tgcctttcct atccaggcac cacctgagaa agttgtcatt tgaggtcgca cttggaagtt 120
acatctgtga agtttctgtc attcgtccag atctgtgtgt gtagcatgtg ctgaggaagc 180
acgtgctggg ctgtgcctca gacagtgcat caccgggcac ccagaggctt gcctggctat 240
tcctgttctg gtgtgtgtgg agtgttgggg aggaacagat gcagatcaac ctgtggctgt 300
tttcccgtct aggttctcac aggtatctcc tgacagaggt acttaacaat ggctctgctg 360
gaaatttcta taaataaaat gtccaaaatg gcg 393
【0127】
<210> 14
<211> 381
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 14
gatcatggtc acaaacacgg gtaaattctg tggattaaag aaagatatct agagatctac 60
aaacacaaat ctaaagaatc cttgatttca ctggaaatca aagatgttga tgaaggtaat 120
catgagctat tgtttttcac tcataaaact ggaggtgaaa gacaaggatt aacgtttcta 180
gcgatggtaa aagtgtaaaa agtatttggc tgcgcggctg gtggtgaata atttttacaa 240
ccttctcaga aaacaatatg gaaacgtcca gcacaagcca gcagagaaag cctgtttgag 300
gcctctgctg tggataggga tgcctgcctg aacacagggg aatcatgtgc atccatgcta 360
gctgcagtca ttttggtaat c 381
【0128】
<210> 15
<211> 266
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 15
cggggggaag tgggaataat tccaaaggaa atttaaaaaa caaatacatg aaatacaaaa 60
ttgtgcagat agtacagtac agggacaaag atcccatagt gggagtcaga ttatctgcac 120
tcaaatctgg ttctgccact tactgacttt ggatgagctt cttaacctcc ctaggcctca 180
attttaagaa ttaagtgaaa caacccaaga aaaatttagc acagtactga gagacagagg 240
cacacacaca agcacagacc atgatc 266
【0129】
<210> 16
<211> 523
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 16
gatccatggt cctttcttag aagcattttt gaacactagg aaggacattg agatgccctg 60
taacctttca gacaactaca cataaaacat gctagatagt tgataactca gtttgttaag 120
cactgagtgt tctctctgct ccacacccag ttctctagac tctagggata cacagataaa 180
taagtatagc tcttgttctt gtatgttatc agtgtgttag gaaatatttg aaaggacatt 240
ttataaacct ctagtttagc atttagtacc caaatgtatt ctctttttct gcacctagta 300
gcaattgaaa atggttaatg cccattttct gagaaaggtc cttgatattc tcagaaaaat 360
tattgttgaa ttcttctttc tgggttaagt aataccagct cattaaacat ttcttcataa 420
aattcctagc tagatatggc aatttataga cctctctatt ccatgagaat gaacagacat 480
tgagacataa ttttatacat cagtatagaa taggagtcac ccg 523
【0130】
<210> 17
<211> 611
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> variation
<222> 165, 486, 503, 504, 512, 584, 599, 609
<223> n is a or c or g or t.
<400> 17
ttttggctcc gtgggacgtt gtaatgtgca cagacatttc caaggaaatt ctaaacagtc 60
acccttccct tttgcattcc cccaaatctt aagtgtatac ataaaaccct gtgtacatat 120
tgttgtggtg ataaaaggga attggttaaa cagtacactt gggtnatgga actttctgtg 180
gccacctacg aaagacaagt taacaaactg tcatggaggg ctgttgttgc ccagccaggg 240
ccgctgcatt ttgacaacat ttccaccctg gccactcagc acatttcatg gaggtcatgt 300
cttttcactg atactttttt gatagttttt atataacaaa atccttattc tatttataac 360
ttaagatgat aaggcactat aaattaatgg cctaaaataa tatatttgtc tgttatcttt 420
tgctatttct acttcacttt aatttttagc tgtaaaattg gtaaatggat tcttacgact 480
atctcncccc cccccccccc ccnnggtttt tnaaatttaa ttaaatggca gaatttcctt 540
tttttaggaa caatgtgtat tttcaattgc acctatttaa aaantaaact caaaatttng 600
catgcccgna a 611
【0131】
<210> 18
<211> 480
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 18
gttttcgcag cacagtctta tccagttcca ttattgggga tgcaaagatg agtaaggaat 60
gaaaacagga caaaacctcc gctcttgatg atcttcattt agccagagag aagtaagaaa 120
agagttaaca tcaatcatga ggtcctggaa ggaagataag ctctgaagtc aaatagacct 180
gggatccacc agtaatgatg gaaatttaga aggtaactta aacctctcag gttcagtttc 240
ctcatctata ggaagcgaat acaaatcatt acaaatacta gcaaactgaa tccagcagca 300
caccataaaa ttaattcacc atgatcaaat gggctttatt cctggggtgc aaatttggtt 360
caacatactc aaatcagtaa atgtgattca ccacataagc agcattaaaa acaaaacaga 420
catgatcatc tcaatagacg tagaataagc ttttgataaa atttaacatc atttcatgac 480
【0132】
<210> 19
<211> 333
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 19
cgagtaaaat agaaattctt taatatacag tgcagttttt ataaagatgc tctgtgtgtt 60
atgctgaacg cacaaacatc cttagaaaat agtaatgtaa aaattcaaaa gggtttcctt 120
attgcagata ttcttggaga tgttaattta tgcatctcct cgaagaggca cagccatcca 180
accatgttct cttttcttta caacagcttc aaacatttct cttctgagat gcatatttgg 240
gaaatgctgg aataaattat atccagtctt tcatatttgc atctatgcaa atctgctgaa 300
aagcttaagt ttattattta cagctgcgaa aac 333
【0133】
<210> 20
<211> 243
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 20
cgtaagagct ggaggtgttt gggaagtgcc tcagacacgc tgttctctag ccatggagta 60
ccatctccta cctacttccc gtcacattcc ctgtgcaaac cccatctgtt ctctaaacct 120
cgctcatgca gtctacccct cctcccagtt cccatgtcgt tgttttctct tccctacagc 180
cttaaccatt tggctcctga attgtaattc tctgcccctg tgtcttctct gtcctgcgaa 240
aac 243
【0134】
<210> 21
<211> 857
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 21
gggtgcagac agggttttac catgttgccc aggctggcct tgaactcctg agctcaaatg 60
agtgctagga ttatagggca tgagacactg tgtacagcca tcattacata atattacatc 120
agtcaattat gtaactaaaa ccaaaaagat tttaagatct cttttcaccc ccaggcaaac 180
caagaacact gataattgag tgaaggaggt catttttaag gaattaggct ccatagtgaa 240
ttcacaaata ttccaaaaga catcaccctc aggccaattt tccaaaagta ctatactatg 300
ctgcctttca aatagcgtaa tattaaaccg atgattccag tatgaatcct ctagaactag 360
aaccacatta gtctaaataa aaacaattta gacaaagtcc ttggttgtcc aacttgttcc 420
ctcaagtcgt tgggatcttt actttctttc tagtcctttt ctaattcagt tgagtaaaaa 480
tcagtttgaa aaattaacca gtcagttact aactataaag ttctgtaaat acttcctatc 540
atcattcact gttttaatca caccaacttg ggaaatcaac acttgtaaca gacacgctat 600
tccaaaaagc aagattcatt tgggctcctt gaaaagaact caaaatgaag agaaagcatt 660
ttcattaact cctaatttac acataagtta atcttttaca gtatattaat gctattttgc 720
atttttgagt agggatttgg ggatgtcgtc aaatagctcc aaactcaaag tgcacctcag 780
cagcagcaga ggcatgagcc tttacacaag tgagtcagag ggaatccatg ctcttgaatg 840
tctagaaccg acgtttg 857
【0135】
<210> 22
<211> 786
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 22
ggggtcagaa atatgtctta ttcacttttc aagacttttt tcctgtgttt ttaaaaaatg 60
aattgaacgg aattgattgg catcacctga atgctgacta ggacattgaa gatcccattt 120
cgtcactcat ctttgtgaga aagacactaa tacgataatg atataaccac cttcattttt 180
gtatgcttag cagatactag accatgcatt cagcaccatc attagtatta tctcatttat 240
gatttttaac aactggaggg tgtaggtact gttatcatcc ctacttaaca cagattgaaa 300
aacttccata agagcccaag ctggtaagct gtggagctga gctagatttc aaattcagat 360
ctgtctgact ccaagtcagt gttctgtcct ataatgttct acagtcactc tcaattagct 420
ggtgagacgt tagaagctac aggtaaaaat ggctagtccc caaagttcta ccaactcaat 480
aagtgcacat aattagtagg gaattagtta ggaataaaag gatgttcaca gcctgggaat 540
ttcaatatct aaaacttccc taggcacctg acctttcctg gctgtaggca ttactcccaa 600
gaccagtaat ccaggaaccc agataatcaa tcacccacag cacagcttcc ttgttgccat 660
caccatggct tttcagagca tctgtcacca tgctttgtca cacaaataga gagtgcagtc 720
ttcaactccg tgaaagttta tttctctgct ctttgctaaa aacagggctc tgtctactgc 780
gaaaac 786
【0136】
<210> 23
<211> 782
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 23
cgtagaaatg gggcctcact aggttgccca ggctggtctc caactcctgg acttaagtga 60
tcctcctgcc tcagcttcct aaaatgttgg gattacaggt gtgagttact atgcccagcc 120
tgaaaatata aagccacaga ttatccacag gctaattagt gaaaacagat tgtggtatat 180
tgtgggactt agtatagaac aaggcttgat tcataaacca gaggaaaatg agagactgat 240
tgttcaataa atgattgact atcaggtaaa tagaatcaga agtgtatgtt gacccctctt 300
tctataccaa aagtatacta atgatttcaa aagttaatgt aataaacaaa taaagcctaa 360
ggaaaataat aagtaaaatt acatgtttat ttatgttcag caattgtaag gaccttgtga 420
acaaataaaa gcaatggaag gcaaaaatta acaactttga cacagcattt ttttatctga 480
atatcataaa tcagaaacaa aattaaaaga caaactgtga ggaaaccgaa taacaaatat 540
ggcaaagaat taaaaccctg aagaagtcat gtagatcaaa gggtaacatt aaaataaaag 600
ctcaataggg aaattgacaa aggggaggaa cataatctat ctaaaaagaa atacagataa 660
ccagcaaaca aatatactca gcctcacaga gaaatgcaaa ttaggtgttt ttttcctatc 720
ctttatttaa agatttttaa aagtgactac tatacccagt ttggtaaggg ggctgcgaaa 780
ac 782
【0137】
<210> 24
<211> 539
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 24
cgtgacggag tctcgcactg ttgccctggc tggagtgcaa tggcgtggtc tcggctcact 60
gcaacctccg cctcccatgt tcacgccatt ctcctgcctc agccttctga gtagctggga 120
ctacgggcgc ccaccaccat gcctggctaa tttttggtgt ttttagtaga gatggggttt 180
caccatgtta gccaggatgg tcttgatctc ctgaccttgt gatccacccg cctcggcctc 240
ccaaagtgct gggattacag gtgtaagcta ccacgcccag ccacaaaaag cctgttttat 300
aataaggtgt tgtacatctc atgtcattta ttgaatactg tactatatta tgtcaaaact 360
gagacaggtt cacaccattg taaggtcaaa aagtcttaag ttgaaccacc caaagtcaag 420
gactgtctat atagcctatt gttcctgttt ctctgaagaa ccctaactag cacagcgtta 480
tccactagat tggatgaaag ataatgtgtc ttggacaaag gtggttgctt gcgaaaacc 539
【0138】
<210> 25
<211> 534
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 25
gttttcgcag taacatacca tgttagttca ttttacaaat gagaaaatgg gttatacagg 60
aagtacataa gttatgcaga gtcacttacg agtggtagta ccgtgtcaag ctctatggct 120
ctagcatctg tgcctaaact cctgtgttac atggcctatc aaataatgag gaaaggaaat 180
ttcaaaaatt gtttgctctt taactggttg gaaaaagaat cacaatgaat cacataaatt 240
ttttctattg gttgttagat atccttctga atctccgtga acaatctctg ccccaaaagt 300
agtgggcatt caattcagaa aagaaagata atttaaaaaa agataaaaca attaccctta 360
gttacacaat tcattgttaa catgttatag ttgttttaag gaacacattt atggctggac 420
atggtagcgc atgcctgtaa tcctggcagt ttgggagagg ctaaggtggg aggttcactt 480
gaggcagatg tttgtgacca gcctaggaaa tgtagtgaga gtgctatctt tacg 534
【0139】
<210> 26
<211> 322
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 26
gttttcgcag cagctgttct gtgtaggtga gagaatgtgt ctttacaggt gggatttctg 60
tttggatgtg tgggaaagga gaaggcatat tgataagcag acaaacagac atatctatgc 120
aaatacgcaa ctgcagaaat aggcgaggag agctagttta ttgcatgaaa tcaataccga 180
agacttggac atccagtcaa gaaaggagag gccaggcacg atggttcaca cttgtaatcc 240
cagcactttg ggaggctggg gcaggtggat tgcctgagct caggattcca agaccagaac 300
attgtaggac cctaactcta cg 322
【0140】
<210> 27
<211> 206
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 27
cgctatcaca ttcaggctat tcttaagcgt ttttctgcca tgatcacatt gtgatgaaga 60
acatgatggt cactagtagg taactttctg tgtcattgcc ttactctcag tgaggtgcta 120
gtggatttac ctacccctgc ttttgcatca ccactgtaaa tctaatagtg aaaaggcaaa 180
tgatgtctca gtatcactgc gaaaac 206
【0141】
<210> 28
<211> 479
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 28
cgaggtagag tcttactctg tcacccaaac tggtgtgtgg tggtaagatc acggctcact 60
gcagcttcaa tctcagcaga ctcaggtaat cctcccacct tagcctccca agtagctggg 120
tccagaggcc cacaccacca cacccaactg attggtattt taggtagaga caggatttca 180
ccatgttgcc caggctggtc ttgaactcct gggctcaagt gatccacctg ctttggcctc 240
ccaaagtgct aggattacac gcataagcca ctgtgcctgg ctgagatttt atctacttgt 300
aacctaacaa attagcatga cagtttcctg ggtgctagca ggaaacctga gattcctgat 360
aagagaaaaa ggacagttta tttctcccag taatgatggt agccagacta ccttcatttt 420
tgcatcagtt ccccagtacc aaaggcaagg tgaaatggga cacttgacac tgcgaaaac 479
【0142】
<210> 29
<211> 877
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 29
cgacactggc agctcttctc tttccctctg aatagagtcc caaaaatttg ccaaagttgc 60
taatctcgtt tccctcttaa agggagcacg ctacaattga acccttctct ccggcttttc 120
agtgttttcc tgatactttc acggacatcc ttaggcaaaa taatttttct ccctccaaat 180
tcagtcttga aaacatcaag gcagaacatg cagctcttgc catttttagc atccatggta 240
taataggcca aaggatttcc cagctcaagt caaagtgaaa tttaaaactg caacatcaaa 300
atcatcttga gttactcctg tgcaaaacaa acaaaaataa aagtattgta gccaatttta 360
acagcttagt aactattaga atatgtgttt ttcacagtct acctgtgcta gatgggatga 420
agggattata acgggggact ttagggaatc ctgcctctct attacataga aaatgcagta 480
tgaataaata ctattcctga cataaagacc ccttggaact aaccagggaa attcatcact 540
aaatatgtgt tcagcacctt ctctgctgca aaaggacaga aagagttaac ttccctccag 600
tgaaaaagaa tcaattttct tttcctccag ggatcaggcc cactttacaa taaactcttt 660
gtttaatgca ccacttacaa ggatggactc cacttaaagc cacaaactcc cgtaaggcat 720
gtatgggttt atctctgtcc tctatctgcc tgcacttcac tcacccatca tccagatcag 780
ttttgatctg ttacatcctc tcgtttgtca gcacttcaac ccaatttggg gggatccaat 840
tgtataattt caagatgtga cctagggctg cgaaaac 877
【0143】
<210> 30
<211> 876
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> variation
<222> 375
<223> n is a or c or g or t.
<400> 30
cgatgtaaaa atgtggagag ggagtacttg gagagggggt gtattttcgt tttgttttgt 60
tttgctttgt ttgtagagat gggggtctca tgttggccag gctggtctca aactcctggc 120
ctcaagcaat ccttccagct tggccttcca aagtgctggg attacaggcg tgagccacca 180
tgccaagcca agaattttaa aaaattagcc aggtgtgttg gtgcacacct gcagtcccag 240
ctcctggctt ggctgaggca ggagtgtcgc atgaacccag gagttcaagg ttacggtgag 300
ctatgatcgc atgtgtactc cagcctggga gcctgggtga cacagttaag accctgtctc 360
ttaaaaaaag aaaanaatta aataaatgct gatggaaaat ctaaatagat ctggacctat 420
cttccttagg cactcatcac atctctattt ttaatttctc caaaggatta tttatggtct 480
tatcttggcc tgaggatact aagtggaagt taacataatg ctgtttgagg aaaaataaaa 540
ataaacaggc acttacagga atctgttacc aacagtatct aaacaactga agccaagtgt 600
tttctggaat catatctaag atttgctgaa ttttctactg tgactgagga gctgcattct 660
tgtgaccaaa aaaagctatt aaaaaagaaa agaaaaccag acacgtacac acaaacttgg 720
gggcagactt gttggcaata tcgatgaaaa tgacctacaa aaagaacttg gactcacaca 780
aggaccatag gagagtggga agaaggaaac cacgcaccgc tctgaagcaa cataaattgc 840
aaaaggaaac aactggagat ttaacactgc gaaaac 876
【0144】
<210> 31
<211> 802
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 31
gttttcgcag cagtagagag ggacagcctg gggaacgctg gggccctgct gaatcccggg 60
ctctccaggc acgaacaggg gcatcccgcg tccacgccgc ggggaggagg gtttcaccgt 120
ctccagggac ttggctcgag gaaattaaac tctaatgagt agctcgagaa atgttccggg 180
atggtggatg agcgatcatc cttaaaagaa aatgctattc tgggagctcc aacctgcaat 240
taacctacag aaggaacctt ttgagaggct ggtgcagcgc ttcggggagg cagattaaga 300
acttagttgg cctggttgaa gctctgtgag gagcaaagca gccctctcca ggtgaactgc 360
ttgactttac cacctgaagg agtatttact gcaagaatta acaaagcagg tgttcctgat 420
ccaagcagaa ccctgttatt tgaagagcct gagaaatctt atcccgttta caaatgtcct 480
gggagtgcat ccaaagtgaa acttgggtgg atgaaccgca tcaaagactt ccagaagcca 540
ctccagtgac cataagataa atgtcagaat cgcataaccc ccaggatcag agatggagtc 600
tcgctctgtc acccagcctg gaatgtagtg gcatcattgt aactcactgc agcctgaaac 660
tccttggctt aagtgatcct cccacctcag cctcccaagt agctggaact ataggcacaa 720
gctaccatgc ctggctattc tttttcgtta atttttttta aactaaggaa tgaagaaaat 780
aaaacattac atgactggta cg 802
【0145】
<210> 32
<211> 783
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> variation
<222> 663, 670, 679, 684, 688, 691, 692, 706, 714, 733,
734, 775, 777
<223> n is a or c or g or t.
<400> 32
cgtagaaaca aggtcttact atgttgccca gggtggtctc caactcctgg gctcaagcaa 60
tcctcctgcc ttggcctctc aaagtgccgg gattacaggt gtgagacact gcacctggcc 120
ccttattttg taactcttat caccattata acaacaccga tggtatcttt ttaatgtcgt 180
cagtctgccc tactaaactg caagctgtgt ggaggcaaga accatgtctg ttcactgctg 240
tatttctagc accaagtgga gcgtctggag cacaggtgag agtaaccatt ataaacggtc 300
ctcaccattg tcccagccat ccagaataac cagctaactt cacagagtta agaggtaaac 360
actttcagat cagttgggtt cacagatgtg caatattgtc agatgaaaag taaattcaac 420
atcttcctgg tttccaaagg cagaatcaag aaaaacctga aaaacaactg cggaccctct 480
gaatttaaac tgacagctaa cttcagattc aaaatttggg aatcacgcct ataaaaccaa 540
gcaaactagt agattgactc tggtatgaaa caccatcatg ggtaacagcc ctgcctccca 600
tctactcaat ctggacaaaa agagggaaac aggcaaatgt gtgtgtcttc tgcttgccct 660
tanttttcan ccttccacnt ttantggnac nnccgaaaac cctggngtga aatngtaacc 720
cggtccaatt ggnngaccct caaggcatgc aagcttggca ctggccgtcg taatngncat 780
caa 783
【0146】
<210> 33
<211> 272
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 33
cgtaaatgcc tgatttgtaa ctgttgatgt ctacttttaa tgaaacaaac aacatgttta 60
atgacaatta cacttccaaa gtgaggagaa acggcaggca gctgccacct aaaaatcagc 120
cctgattctt ttctcaggtc tcaggctggc tttcctctct gataactgca atgctggtct 180
ttggagggga caaaaggaga gcccacaggg tgggaaaccg tctccccata ttgctgtgga 240
gtatgtgtgt ctttaatttc ctggacttga tc 272
【0147】
<210> 34
<211> 684
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> variation
<222> 663, 678
<223> n is a or c or g or t.
<400> 34
acaagggttt tcgcagatga gaagatgaga aaggtcacta gcacgtgtgg cctgccacac 60
agcaggcacc cagtgagggt ggactcaact tccatgaagc ataagaggca tccgtctgtc 120
ccaggccttt gggtgggcac ttgggccttt tggaagtgcc tgatgggttt agggaatttg 180
tcttctctgg aaatcagctg acggctcatg aatttgtgat attttaaagt ctctggctgg 240
gcattttggc tcatgcctgt aatcccagtg ctttgggagg tggaggaggg aggattgctt 300
gaacccagga gttcaagacc agcctgggca acagtgagat cgcgtctcta caaaaatttt 360
tttaaaaaat tagctgggca tcagccaggc gcggtgtctc acgcctgtaa tcccagcact 420
ttgggaggcc gaggcaggcg gatcacgagg tcaggagatc gagaccatcc tggctagcac 480
ggtgaaaaca tgtctctact aaaaatacaa aaattagctg ggcatggtgg tgggcacctg 540
tagtcccagc tgctcgggag gctgaggcgg gagaatggtg tgaacccggg aggcagagct 600
ggcagtgagc cgagatcgcg ccactgcact ccagcctggg cgacagagcg agactccatt 660
cgnaaaaagg atcaccgngt accg 684
【0148】
<210> 35
<211> 536
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 35
gttttcgcag ctactaggta aaactgatct taaggttata gcaggtcatt tcagcagctg 60
gcttgccaga taatccctgg gcaggtgctt gtgccctaag tgcttttctt ttccttttct 120
tcctccctca tctcatgact gtaatttaat tgggtatgac aagataattc caatttatat 180
aatcaatttt cacaatatcc aatgcatcca aaattaattt ttctttatat ttttatgggt 240
tacttgagtt ccatgtactt gttataatgt attgaagttt ataattaatc tttcgaatgt 300
aaacttagga taattagaat gttgaagata tgatgactat attatagaaa tactcattgg 360
gctatgcagt taatatgctt cagacgtggt atgtaaatgt tgatggaaac aatatttcat 420
gtcggttcag attcagtgtt ttattttttg aaacattgca gtggaatttt tatgtttaat 480
tctgttagct ggtaacagaa cttctggggc aattttgttt cagtttgttg taactc 536
【0149】
<210> 36
<211> 619
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 36
ggtagggaat ggtgtcttac tgttgcccag catggtcacg aattcctggc ttcaagtgat 60
cctcctacct cagcctccac cctgcctggg gtctccctga gggctgggac tgagatctgt 120
tgtgtgtact gccatattcc caaaacctaa acgatgcctt gcatggaaca ggggatcagt 180
ggtgatttgt tgaaggaaag actcctgtct gtccccactg tcctggcctc cagacccccc 240
tacctgtgag gggtacagga ccctctgggg aggggccgct ccaacagctg gcttcgttgg 300
taacagtggc tgtaggggtc ttgtcaggtt ctgggtcttc tgagagtaga gggtctccag 360
ccagcatctc aagggtcctg ggggataaag gtgtgtcagg atgccacctt acacccagtc 420
tgtcctgcca aggggtgctg gggaccttag ggttgtttgt ggcaaacatc acctctgtgg 480
catctcttgt gtctgggagg tctgaagaat ggtgttttgg gggaatcagg tgagtttttt 540
ttaaatagga cttgaaaaag catctgaagg gccccagata actttgaggt tcatagagtg 600
ggattatagg gatcgcaac 619
【0150】
<210> 37
<211> 788
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 37
cgatatcagt catgtgggga ttctcagtca ttctttagat caggctagat ttaggacaca 60
acattcagtg atagctcttg acctgagctg ctgatgacca ctgccctggt ctcgcaagag 120
gatcaatctt acatgtggat gacagtgcac aatatgatgg gtaaaccaag gtatcatgaa 180
aaatatgggg ctcttcttcc aaaccaggtt gttcatgctg atgacatcaa catacccaaa 240
tcatgatttg ctggttacaa ataaagcatt gcaaaaacca cactggcctg gaatagcagg 300
gatcatcaca aaactaagaa aagttctggt tattcttcca caaactcagc gcaacattcg 360
attggtaggg cacggtgggg gaccaggaag agatagagat ttagccaaga tatgccccaa 420
agccactgct tttctggact caaaccaggg gattagggaa acaacattcc ccagcttcta 480
tgcaaagagc caaagggaac acagacttaa atatcatgac atgaaagtta cttcacttga 540
tgaaattaca aaatcattgg taattgctga gaatctctca cctctagggt tttacaatgc 600
aaaaccccac cactagagtt aatgcgctat agtcaatctc tcttctatga gggagggttg 660
tcggggagtg ggatatggta ttgcctggga atccctaaag aagacagaga ggcacaaaat 720
gatggagaag ggcaccagag aaacaatctc ctcaaactac aattacttta ttctttggcc 780
gacgtttg 788
【0151】
<210> 38
<211> 481
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 38
gggctcactc atggttagct attttcttat gctcactatt ttcttatgct caattcacaa 60
acttgctttt tatctggttc agatggcaga tagacatgcg tggagaataa ataacatgtc 120
atggaaagag cccttgagtt ggaataagaa aaccttgatt aaaatccaag ctcttaataa 180
cattattaat gacatgaggg gtatgtgttc tttaacctcg ctctctgagt ctgtttccta 240
agatgcaata attacattag ctaatgcatt taaaaaggtg atcactatgt acaagttata 300
tattatgatt agtttgaaag aatggggtat atcttatctc taactttaat cctaagcttc 360
agaaatagaa ttgttcatca gacaagaaca taagggggca actgggacac acaataggtt 420
cacattggcc tcagtgagct acgaatatag aggtaggcaa acagcagaga cggatcgcaa 480
c 481
【0152】
<210> 39
<211> 192
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 39
gttgttgtta caagaagcat gaggacttag attttcattt tataaatttt ttaatcattg 60
gcattaagta gacctgcgaa aatgagaacg aatatatatt aagtaaaatt aagttcaaaa 120
gttagtagta aacaccatgt gacagaagct gggccagtat atatgtaaat ttcacgtgtt 180
taggatcgca ac 192
【0153】
<210> 40
<211> 821
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 40
cggacaaaga tgatttattt tcatacctaa agcactttat aatattctct ggaaaatcta 60
aaatcattct gttatcctaa catttttata ctatcatcat tttagaaaat aaaaggcctg 120
cgttatatac tagaaaaatt tcttcattat atgcaaaata tttatctcct ctagtaaagg 180
agattaaaga acaactgcaa gaggaaggaa ggtcctgaaa gtgtttcatt tggtatctac 240
ctaccccaac cccaagacat aaagacagat aaaggcacta agatgctagt atgtggctag 300
tcctttcaat aacccagtca gtccatacag ataacccatg ggatatattc aagccactct 360
ttgagccatc gatggtcatt atttggttag ttcacccaag gtaaggccat accagctgtt 420
aaaatgatgt agagattaat caacagggct gccacttgcg aatcccctcc aaggatgctg 480
tgcaaagggt ctcattggtc ctgatgagta atcttgtgac tgtacatatt cctgggtgca 540
tgtccacaaa tactgaggta tagcctgcat gccactaaaa ataacaaagg tttcagggct 600
ggagacattg tcaaccacac tgtcatgacc atctatagct ccaggactca gtggtggggg 660
aacaatattt aacggatgtc cctggcagaa gaagcctgtg agtacttcag cctcaaacac 720
atagatcagc ttatctgcag cagagatttt cttggccttc tctgccaggt ttttgaggtt 780
cttggtgaag tatatgccag ctccgtattt tggatcgcaa c 821
【0154】
<210> 41
<211> 669
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 41
gttgcgatcc cctttgacag ttttgtaatg aaggcaggaa gtgaatttga gcaaggcccc 60
cacgtagcca tgtgacccga gcaaggcagc acccgccttg gagccccttt cccgcctgcg 120
agggagacct ggcgtctgcc ccgctgctcg cagagtcacg ttgccggcgg catcaaaggg 180
cgaggaaagg atgaggaagc gctttgtggt ctgaggcagc ccctctgtca tgtggtgctc 240
cctattcctc ctcctcgtct tcctcgtctt ccccctcctc ctcgcgcccg gcaggcaccc 300
tcgctactca ggagttctgt ccatcctcgt tttgtgtggc tgactcagtt ctcgagcccc 360
cttcctccca tgcagaaagg ggacagtgtg gcaacccgcc cccaacctct attcttggtg 420
aatttaaaat gggggttccc agagtgggtg ctggcacccc aggggacacc acacagacca 480
ccaggctgca ggagggagac acaggccgtg ctgtctgtgt tatggagtgc accctttaaa 540
agttccgagg tggtctagcc agggggcggt ggctcacgcc tgtaatccca gcactttggg 600
aggccgaggc gagttcagga gatcgagact attctggctt ggctagcgtg gtgaaacccc 660
gtctctacg 669
【0155】
<210> 42
<211> 398
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 42
gatctgactg ctgttgggat gagagactga aatagaagag tcaaagttga cctggaagtt 60
ataaccctgt ttaaccagga gagttaacat tgacattgat agaagtaagg gtgaacttag 120
atggggagcc cattcataat tgatttttgt tttttcactt gcatgcatag tagtcaaaca 180
atatagaaaa gtattcagtg aaagtctctc tctcgatcta tctctcatct atgcccagtc 240
ccctccttgg agaggatcac tgttaccagt gtctgctaca tccttcctga gaggctgtaa 300
gctaggggtc ggccaactgt gacccatggg ccacatccag cccactacct aattttgcgt 360
gacccttaag ctaagaatgg ggtttatatt tggtgccc 398
【0156】
<210> 43
<211> 424
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> variation
<222> 2
<223> n is a or c or g or t.
<400> 43
cnaatagacc ttgtgcattc tactgctgcc cacgctgctc caactcagtg cccactggaa 60
cctaaatgaa atcccacatc ctaaccacgt gcaactggcc tttgccatct ctctcacccc 120
aacttcttcc aatccccatt ttattcatta tctccagcca tgctggactt tcttctaccc 180
ctttcttcta tgttgaattt atctctctca ggcctttgca ttgttcttct ttctgcgtgg 240
aatgttttga agatcctggc taaaagcagt acctctcgca caaatcattc tgccatgtta 300
ctcgagttta tctttgtcac agccctatga gagcttattt gtgtttactg tctatttatc 360
cccattagaa tataagttcc aaggggttat cttactgact gctgtacccc cgtgcctgta 420
tcga 424
【0157】
<210> 44
<211> 788
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 44
gttctaggtt aatctgagca atctcttcac ttttgtctgt gatgtatttt agcagtgaat 60
tactcctcct ggctaagagc ttcacatctt cagtgttaat tgtggttctt ttcgcatgtc 120
ttgcaaacat ttcaaggtct ttggcaaaat tttcacactg tcggaaagtc agctccgaaa 180
tggccgcaat ggtctgtttg ctgaacttgc atctctttgt ccaatgcaac tttcctcgca 240
aagacaaccc acagtatagt gaactgctgc ctttagcctc gtgttcttgc aacttttctg 300
aaggtttgaa cttctcaaaa gacaaggggc agggtagaca gctgctgcag tgtaactttg 360
tagagaggaa actcccgcgt ctggagctca ttcccgcgtt tcttcagtcc gtcctcttta 420
aggtcgccac tccgggtctt gcttttaagc ctcttcacgg caacgttctc agcctctgac 480
gccccatatg cccggcgctg atgaaaggaa cgaatgggat gcccgcagct accctgacaa 540
gtgattattc ttatgacgat tttgcagaga agaaaattgc gtctgggccc gagtcgatac 600
gatcacaagt tgggcggggc agagattcga acccacatct aaggacgagc tctgggcctg 660
actggtccgc accgcgtccc tgcatcagta acgaggggtc gacgcctcca gggccagcgt 720
tccagagctt cggcccgaac cgcccaccgc gtacgggcgt cacctggaat gtctaatgcc 780
gacgtttg 788
【0158】
<210> 45
<211> 831
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 45
tttttttttt ccccaggaga ggggagacag gaaatctgta tctgctactt ttcataagtc 60
accagcaaat atttttaact ccttttttct ctcaatcttc aaatccaatc aatttccaag 120
acctttagat tccacttttg cagtttctct tcatcacatc accttctttc caatccctct 180
acaattatca agatttcctt tcttcttcag taaccccacc caccaataac ttcttctcat 240
gccaggtctc tcccttactc aatctatcct ataattagca ccaagttatt aggttacaat 300
tccctcatgt gtaacatgga gatagaaatt actgtacagt actgatttga ggattaaaca 360
tgattatatt aaccatctaa catagttctt aacatatagt aggaactcaa taaatgtcac 420
ttctcttttt cttactctct gtgaaatcaa aacagtgacc tggcattcag gggcctctgc 480
aatctaccca gttccctagc tctgtccatc aaatattccc ctagctgtat ggtgcacgtt 540
ccaaccaaac tcatactgtg tgcagtattc tttgacttgg cctggcattt ttatgcagac 600
agatcactgc tcatgctttc catccttaca ttttgagtga cctttccttc catcttccgc 660
ctaagtctta ctgaccctca aaggtttatt atctcaatag ctgctgcctc agaaggcctt 720
tcttaagtgc ttcatacaag tgagaccttc ccctctctct caatcccctg aaaccaatgg 780
actacgctga cagagccttt tggtcagtct ataaatatgt gcctgtatcg a 831
【0159】
<210> 46
<211> 866
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> variation
<222> 859
<223> n is a or c or g or t.
<400> 46
tcgatacagg gcaaactgag ttgatctgca tgagagagtt aacaggcatt tgggggctgg 60
aagctgacag accagagacc gggaaagtct cggaaaaggt tagcagcaga gtgagaggtc 120
aagaagagag cacaagtcag atcctggtta ggaagctccc atagtggcaa atgaccaagg 180
cgtttctagg acagtaatgc ctcatgtcca gccttaaatt gctacctagg ttatgctgtg 240
gtgtcgcctt ttgttaccat caaacctcca ataaaactgc ataacacggc cgggtgcggt 300
ggctcacgcc tgtaatccca gcactttggg aggctgagga gggcagatca cttcaggtca 360
ggagttcaag accagcctgg ccagcatggc gaaaccctgt ctctactaaa aatgcaaaat 420
tagctgggtg tggtggcaca tgcctgtagt cccagctact caggaggctg aggcgggaga 480
attgcttaaa gccaggaagc agaggtggca gtaggccgag atcgcgccac tacattccag 540
cctggacaac agagcaagac tccatctcaa aacaaaagca aaggctgggt gcagtggctc 600
acgcctgtaa tctcataact ttgggtggct gaagcaggcg gatcacatga ggtcaggagt 660
tcgaaaccag cttggccatc atggtgaaac cccttctcta ctaaaaatac aaaaaattag 720
ctgggcatgg tggtgcacgc ctgtagtccc agctacttga gagactgagg caagagaatt 780
gcttgaacct gggagtcaga ggttgcggtg agccgaggtt gtgccattgc actccagcct 840
gggcaacaag agcgagatnc catccg 866
【0160】
<210> 47
<211> 495
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 47
cgaaattcag gcgatttatt gtaaacagga taaccctagc actccaccat actggctgtg 60
tcacatgctc cctctttcac atcaactggt caaaaaagaa gactttctta agaagcctca 120
ggtaactaat aacttagttc cacaaatctc atttactaag cactgcgtaa actgcagtat 180
ctggggtagt ctgttattgc tcatggactg cagcttggac ccatctaaat gaatccatta 240
gtatgcctga gtgatcaaca gcagctctag atccaacctg gaaattggaa aatgctgacg 300
cataccaaac aattgcaggt tcatggaaga ctacatgaga ttgctctcag atctcttcat 360
gtgtcattct cataaaaaag acacttaaat ttcacccatt ttttaaaaaa gagctaaaag 420
ttactcaata gcacataatt ttccacataa aaggtaggtg gatttttatt tactagtaca 480
gtggtggatc gcaac 495
【0161】
<210> 48
<211> 360
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 48
cgggacgtgc agtgacccca cttggcagca gacactcatt tctgatattt ttgtatgcca 60
agtcttgggt aaaacaacta agtgatctct taaggaccca ggttcctttt ttgtccctgt 120
tccttgcccc tcaccaccac tttttccatg tgccaccctc tcataagaac tcagaagccc 180
agggtggagt caaaggggtc ttttaaatcc cctagtggca tatgaaattc tggatgtttg 240
tgaattttcc tggggaaagg gtctatgtgt gccattagat tctggaaggg gtgtgtgacc 300
tcaaaaaaag gttaagaccc actggaccga gtcctcttta aatggaagtg catggatcag 360
【0162】
<210> 49
<211> 468
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 49
ctgatccatg tgatagaaac tagggcagct tatcaatttc atgtggcgta agttagcagt 60
gggtgggctg gagctgaagg atccagtatg gccttgcttt gatgtctggt gcctcaactt 120
ggatgcttca gtcatctggg ggctggcttg agaaggctgg tcctcattca tgactgtaac 180
acttgatagg aggagttgtt ggtagccagc tttgtagcca aactaccaga gctcttaaac 240
aaatcgtaca tcagggagaa agcttaaatc ttgattttaa atgactgttt tgggcattac 300
tttcagaata attattagaa gtgccttgat taaacttaga taactaacgt taaaatatac 360
gaaatcagat agtaaagtgt ttcttgggaa atggttgaag taaccagttt tgatattatg 420
tttgataggt gcaaaaatta gtatttcgcc aggggcggtg gctcacgg 468
【0163】
<210> 50
<211> 404
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 50
cggcagagct ctgttacaga tatgaaaaca aaatgtgaca caatgaagaa gctgcataaa 60
aatactgaaa cctaaggtat ctgtagtata taggatgtac cctggcttac catagaaaag 120
tctttagata gtaaatagca ctaagtctaa aagcaaggag ataagatttc atgttggata 180
ctgtttcaag aactgtattt ggaatattaa aggaaatcct tatgttagta agtttaaaaa 240
accaaacatc atatacaaaa taaaatttta gtatgataaa acctagcttt tcttattttt 300
taaaaggaca tcaaactata taattgctca agagcaaagt ttagtgtttt ggtgagctgt 360
atttcacgtt acttgtagca attatatttg gtgacatgga tcag 404
【0164】
<210> 51
<211> 731
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 51
ctgatccatg accgggtaaa aaatgtcttg aaatcacatc aggctcatca aagacattta 60
tatgatgaga gagacctaga gaaagatgat gaactggaac tgaaaagaag tcttttatgt 120
agagactctg cctatgacag tgaccccgag tatagcactg ttcacaggag caaagtcttg 180
gaaccaaccc aaatgcccat caacgataga ctggatacag aaatgtggaa tgcaccatat 240
gtcctcatct gaaagtctct gcaggatggt ctgactcacg cgagtggttt tgagataagt 300
tgtgttatac ctcaagttag gtaaagtcga gagatgaact aacttaaaaa gtagtgatgt 360
ttacatagaa tctaaattgg aaaagacaat aatatcagca ttagaaagtt tgcctttaag 420
taaaaaaaat tattagccat aataggtttt acattcttcg taatagaata tcctaaagca 480
ataaaacctc cactatgtga actctaagtt ctgaatatcc gaatttttca aatagttctg 540
agttatattt aatttgttct ttactgacta gaacacttcc taatttatca catcattttt 600
aacctcctca aacatactga atatattttt tccaggttta ttgaggtata attgacaaac 660
aaaaattgtg tatgtaaggt gtacaatgtg atgttttgat atgtgaatac atttgatgat 720
tctggcttcc g 731
【0165】
<210> 52
<211> 676
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 52
cgtccagggt tctttatttt tgtctgctgc caatgtcgtc tcgcatgcct gcaccctcgc 60
atgcacgctg cccgcatgcc acgtgccacg ctgtagccac agaccccttg ctcgggcctc 120
acccaaggcc aaactccaaa cacaatcaga accagccaaa gaagcacttc ctgggcacgg 180
ccaccagctc tcccgcctcc agtgtgggcc ggctcctgca gggtccgagg gctgcatctc 240
taccagccag cccagggctc ttcccagggt ctcgcattca agggcaatta cattttaaaa 300
agaaaaacag aaaaaggtta atcacaaaac caaccctcac ttcacagggt ctgtaagtca 360
ctcatagaac tttgctcttc ccgagacagg gtcccttccc cagctcaggc acaacagagt 420
ctggcaggct ctggcaccct gggcctcctc cgggagcctc ccatttgggc agtggagcca 480
taaacgggga tccgagaaga gagtatccac ttttttttta caggaagaag ggactcacag 540
cataaacggg ggtggggggg atcctgattt tgaaaataat ctatttgtag cttctcttct 600
atcaaaacca acacatcctc ttctttctgc caatcctctc ccccacggga cacctctctg 660
gttcgggacc aatcca 676
【0166】
<210> 53
<211> 280
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 53
cgaatgtagg ttgttttatt gtaaatgtca tcaaaatcca gaacagcaga aacatattaa 60
tcagtttgaa attttagaaa tcctttagca cttgaaaaag agtattacaa atgcatctat 120
atcacataga aagtcagcga atacaaacta gacaagcagg acatagttct tttctggcat 180
tccaggataa taagaatatt tatcaattaa aaggtcaata tctgtcttcc tgaaataact 240
ccaaacctga gtcaacacac attcttttcg gattggttcc 280
【0167】
<210> 54
<211> 282
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 54
ggctagtcaa gtgaagcaac aggaatgtag aagaacaaat aaatctgtaa gtagctgtga 60
tcaattagtt gtaaacagca ccgcacttgg accagcctgt ggtcaccctt aacatctatc 120
caaaagctga tgaaagcagc agcctgaagg catcacgtgg tacaagagga gcaggtaggc 180
ctgaaagagc accccacccc aacttcccct ttctttctta ttctctacta tttctcacat 240
ttctttctac tgcctcactg gttcttacac aggattggtt cc 282
【0168】
<210> 55
<211> 317
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 55
ggaaccaatc ccagtgtcca gcaagagggg taaagttaag taaattatgg aagattcaca 60
tggtaaaaca gcatgaagcc attaaaagta ctatttctga agagttcata acatgaaaac 120
atggttatgt gaaaaatggg gcacaacagt ttatatactg tatgaagata aatataaaat 180
atgcggccgg gtgcggtggc tcacgcctgt aatcccagca ctttgggagg ccgaggcggg 240
cggatcacga ggtcaggagg tcgagaccat cctggctaac acggtgaaac cccgtctcta 300
ctaaaaatac aaaaaaa 317
【0169】
<210> 56
<211> 453
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 56
cgagacaggg tctcactctg ttgcccaggc tagagtgcag tggcactatc atggctcact 60
gcaaccttga cttctcaggc taaggtgacc ctcctacctc aacctcttga gtagctggga 120
ctataggtgc acaccactat gcccagctaa tttttgtatc ttttgtagag acagagtttc 180
accacgttgc tcaggctggt ctcgaactcc tgggctcaag tgatccacac acttggtctc 240
ccaaagtgct agaatttcag gtgtgagcca ccacacctgg ccaataccta cttttctttc 300
atgtctccaa ggaggtatca tttccttatg gaaatctttc ctaaccactc aagactcggt 360
taagtgcctc tcctatgtgc ccctgcagca ccattaatga atttccccta tcacagtatg 420
gttatccctc agtatttgtt ggggattggt tcc 453
【0170】
<210> 57
<211> 491
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 57
ggaacccaat ccaaatgtcc gtcaatgata gactggatta agaaaatgtg gcacatatac 60
accatggaat actatgcagc cataaaaaag gatgagttca tgtcctttgt agggacatgg 120
atgaagctgg aaagcatcat tctaagcaaa ctctcgagga cagaaaacca aacactgctt 180
gttctcactc ataggtggga gttgaacaat gagaacactt ggacacaggg tggggaacat 240
cacacagtgg ggcctgtcgt cgggtcgggg gctaggtgag ggatagcatt aggagaaata 300
cctaatgtaa atgacgagtt aatgggtgca acaaaccaac atggcacatg tatacctatg 360
taacaaacct gcacgttgtg cacatgtacc ctagaactta aggtataaaa aaaaacaaca 420
aaacttgggt ctcagtactt agaaaatagt taaccatgat caataaaata tttgccaatt 480
ccttcaactc g 491
【0171】
<210> 58
<211> 255
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 58
atggcccaca aatattcctt ttgaaaatga acccaaatat aaacttaata tgcacagagc 60
aggcacagac atccgcgaaa tgtcactctc gaggatgaac atatacatac tatacacaaa 120
gcaatcaatc atgacgacag agattcaacc aaatctaagt taactgtcga agaaaggtaa 180
agatggtttt attagcttca ttaaactagt aactgcaact agagttatcc tcagtattct 240
aaggggaatg ggttc 255
【0172】
<210> 59
<211> 403
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 59
aatgttcatt actttaaaag cttacattta ggaaactcaa gctttgcttt tctataatgg 60
ttaacttttc catattatca taagaatcaa ctttctgatt aatatttctc ccttttttct 120
taagaagtca atagttcttc atatccacag tcatgagtca tttttgagga catgccagaa 180
ttaccaatgt aactgtgagg caggaaaagt acactcccag ggaagtcaga gtaagcctgt 240
ttccaccgca gcacagcagt gagcacagct aggcagaatt ccagcagagt gcaaatcagc 300
atcagagaga gagttcccag ggcagacaga gcactcagaa tgcttccaac caggctgcta 360
tgcaccaaaa gcttggttaa ccttttctct gtggcgattg atc 403
【0173】
<210> 60
<211> 523
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 60
cgtagagatg gggtttcact tgttggccag gctggtctca aactcctgag ctcaagcgat 60
ccgcccgcct cggcctccca cagtactggg attacaggtg tgagccactg tgcccagcct 120
aaaggtttta attacagaaa atctcaatct tctgcattta aaagatcagt ttgactgttc 180
tgtaaaaagt aagaaaagga cagagaaata ctttaggaag ctattgtagc agtccagaat 240
gagataataa tttgaactac agttcttgat atactttggg tatctgtccc cacccaagtc 300
tcatgttgaa ttagaatctc tagtgctgaa ggtggggcct ggtgggaggt gcctgcatct 360
ggattatggg ggcagatccc tcatggcttg gtgcagtctt cacgatagtg agttcttgtg 420
agatctggtc atttgatagt atgtggcaca ttccccgccc cgccttactc ctgctttcac 480
catgtgatgt gcttgctccc cctttgcctt ccactatgac cga 523
【0174】
<210> 61
<211> 465
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 61
cgaggaaaga tggggtttca ccatgttggc caggatggtc tcgatctctt gaccttgtga 60
tccacccacc tcggcccccc aaagtgctgg gattacaggc gtgagccacc gcgcctggtg 120
taagtctgta tttgtattct aaatgaaatc ttaggacact gaattaaatt tagtaaaagg 180
ctttgaggag ggtaccaatg gggatccaga actcgctaat gctctttaca aagctgacat 240
caggaaagta ggcatacaca ctaggtgtta actatgtaat aatgtaaaat tatttgaaat 300
ggattaatga cactaaattt gaagcaaacc aatatagttt aatgggtttt tttatatttt 360
cataaatatt ttaaaggttt tattgatcat gtttcatgtt gcttctttga cttgtgagta 420
gcatggagag taaagtttgt ggagtaatca agtggctatg accga 465
【0175】
<210> 62
<211> 417
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 62
cgttcaaagt agctaacatt gcctttggtc ttttaataaa tgattctgaa ttgttgagga 60
attctggttt ttttcttctt gttgttgttt tgtttttttt agatagggtc tcaccctgtc 120
acccaggctg gagtacaatg gcacgatccc agcttactgc aacctccgcc tcccaggttc 180
aagcgatcct cccacctcag tctctcgatt gcaggtgtga gccactgtgc cttgctggaa 240
tgctactctt aatataaaac aaatactatg tttactaacc acattcattc ttgggttcac 300
tgtatccttt ttgtcccact agagtctacc ttctgattct ccccttccaa gcaaagagaa 360
tcttgatcct ttactgtcag tcttgattcg agtgaatgag tactggccta tgaccga 417
【0176】
<210> 63
<211> 403
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 63
tcggtcatag gctctctgca gggggaagca catcacacgc tgttggctca ttctggcagt 60
ccaacctggc attgtcttta cacaatcctg catgcaactt tgtattcaca ataatcagga 120
gcatttcatc ttttattccg tagcaatagt ttcagggggt ctgcctacaa tgattattgt 180
aaaaattcaa ataaaacaaa atttttatct tagaaactga aagttcccct gtcatctgaa 240
ccttaaagac aactattgtt aatatattat tatttcaaaa attgtgggcc agcagtggct 300
cacgcctgtg atcccagcac tttgggaagc tgaggtgggc ggatcacttg aggtcgggag 360
ttcgagacca gcctggccaa catggtgaaa ccccgtctct acg 403
【0177】
<210> 64
<211> 400
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 64
cgtcaatagc atttctttcc atttatggta caaacattgt cattaaatac atttataact 60
ctttccataa aggtcctata tttcctggtt cacattactg taaggtctca tattttcatt 120
gtttttgtga aaggtatctc tattttttaa gttgtatctt ttaatttttt tatgatggaa 180
aatttcaaac atacacaaaa gtagagagaa cagtacaatg acccctaggt accatcagca 240
gattcacagc ttatcaattt agagccagtc tcttctattt agggttgcca gataaaatac 300
atgttcttgt ttctgggccc cctactcctt tctctaagtt tatctgtcta cctttgttgt 360
gctagttcaa ctctgtctca atcagtaccc ctatgaccga 400
【0178】
<210> 65
<211> 390
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 65
tcggtcatag caaagaaaga tgagggatag taggacagag gtatattttg tacatagaca 60
atcaaaacaa agataaaagt catgagtatg attacaggcg tggtggctca cgcctgtaat 120
cccagcactt tgggaggccg aggcaggtga atcacctgag gtcaggagtt cgagaccagc 180
ctgactaaca tggtgaaacc ccgtttctac taaaaataca aaaaattagc cagatgtggt 240
ggcgcacgcc tgtcattcca gctacttggg aggctgaggc aggagaattg cttgaatccg 300
ggaagcggag gttgcagtaa gccaagatcg caccattgca ctccagcttg ggcaacaaga 360
gcgaaactcc gtctctaaaa aagaaaaccg 390
【0179】
<210> 66
<211> 307
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 66
tcggtcatag tcacatatgg aattttgaga aaataaagca tgctgtcttt aggaattttt 60
atacttcttt gtctttcttc cttaatattt gcttctagct gctcttggca atgatgaatt 120
gttatgtatg cattaatgtt ttgcagccca aaagttgttc acatttttcc tatataagat 180
ctgtggagtg tgtgtttcaa agagagaact acagaaatgt taaagcagga aaacctgaat 240
gtgatgtgca cattttcatc ccacatggac aatgtatgtg ttttaataaa tggaattttc 300
agattcg 307
【0180】
<210> 67
<211> 678
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> variation
<222> 651, 674
<223> n is a or c or g or t.
<400> 67
tcggtcatag agtgaagaag ttaatgggta aataatctga cactgataac cagtatgaaa 60
ataatagtgt taacagtact ttaaaaatgg cagtggaagc aacccaagtg tccatggatg 120
gatgaatgga ttaacaaaat gtggtatgta catatagtag aatattattt agccttaagg 180
aaggagtctg acataatgct acagtatgaa tgaccttgaa gatactattc taagtgaaat 240
aagccagtca caaaagtata aatactatat gatttcattt atatgaggta cctatctata 300
gaagtcaaat tcagagagaa gtaaagtaga atggtagttg ctaggggttg aaggagaagg 360
ggtaggaaat ttgtatttga agagaacaaa gtttcatttg aggaagatga aaaaattctg 420
gggatggatg gtggtagttg cacaacagtg tgaaaatatt taatacccta gaactgtcac 480
ttaaaatggg taaaatggta aattttatgc tatgtatatt catggccagt aaaagtaata 540
gcaaaaactg cagttacttt tacaccaacc ctaataagca caataaaaag aatttaaaag 600
ggcctggtgt ggttgctcac acctatagtc ccagcacttt gggaggctta ngtgggagga 660
ttgcttgagc ccangaat 678
【0181】
<210> 68
<211> 873
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 68
cgtagagaca gggtcccact atgtcaccca agctggtctc caactcctgg gctcaagcaa 60
ttatctcgtc tcagcctccc aaagtgctga gattacagat gtgagtcacc atgcccagcc 120
ctataacaaa agtttagaga tattagtgat cttctaaatc ctatgataaa cgcccttgaa 180
caaatcaata aaataccaaa tatgaactgt tggcagtttt aaattgcatt ttcaaaatgc 240
agaaactgtt acgttttaag aaggaaatgt tctgcaacct ccttttatca cttgactttt 300
tatatttggc agacagtccc agtaggcaaa gtctggcttc cagaacacag actgttggca 360
tttggatctc ttttatcaaa ggagggcaat ggatgtccat tacaatttag attggaattt 420
cctacaggat tctttgcaac tccttcctgc ttcccagcta gctttgaggg agagcttagc 480
tagaaagtga aatttttgga tggaattctt atctacaagc aagataaaag agtaattagg 540
tagtcctttc atattttagt ggggacatag aaaatgacaa gtcatcttgt aaatcaaaaa 600
caaaaataaa tatgcacagg ataatggaac ttgaatctac ctgacaatat gaaggcacct 660
tgtttgtata aattttgaga taacttaatc cagtaccatg tgctgataaa tcttggataa 720
agagactctt gggaggcaat aggctccgta tttcttaatg ctacatgaca tctattagaa 780
gcttttggtc ttgggaaatt gtggccaatt ttattttcta cagatggcca cacagtatct 840
ccaatcccat agattcttat gcactatgac cga 873
【0182】
<210> 69
<211> 620
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 69
tcgggtcata ggcatgtttc agtacttgat agcaggagat tacctggaag aagtcagaga 60
gccatcttga atgactgtgg agttagctgg ttttattata ctcttgggtg acatttccag 120
ctaataaaat tagaattaaa attataatct tagaagcaag cctctgggaa atatgtaatt 180
aaccttttgg aatttaacaa gcattgtgtg tacctccagt acctatattt aagatgcttt 240
aacctagcat ttgaattgat gccaagatgt gcaagacata gtctctgccc tcaaaggcta 300
ttaagagaca gactatatgt acacagattt ttttaaatta tttaggttta attcataaaa 360
accctagaag aaaacctagg caataccatt caggccattg gcatgggcaa ggacttcatg 420
actaaaacgc caaaagcaat ggcaacaaaa gccaaaatag acaaatggga tctaattaaa 480
ctaaagaggt tctgcacggc agaagaaact accatcagag tgaacaggca acctacggaa 540
tgggaggaaa tttttgcaat ctgctcatct gacaaaggac taatatccag aatccacaaa 600
gaacttaaag aaatttaccg 620
【0183】
<210> 70
<211> 545
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 70
aggagtgcta gggctttatt acaaatggag ttgactgcta gagaggccct tctccaatct 60
ttcttctgta ccttcttccc tcccaaagac atccctctag gggaggtcag taggccatta 120
ggtaggagga aatctggaga gtgaaaaggg gccttgcttt tgtcaaagtc ctctgaaaca 180
accactgagt ctgaaggctg gctccagttg agaatcttct agtggaagag gtttagctct 240
catcttcaag gtccttcatt tctacatcct ggggggcttt tgtcttcttt tgccttttga 300
gctgtggttc actagtcctg gctggctttg aaggggcttc cacttccatg gctgtcttct 360
ctttctgggc aagccggatc tgctggagga gttttctgcg cttcttccct gacagtgtaa 420
tgttggcacg tgcactggac gcccgcttct tgaggtggtg ccgcgtgatc agcccttggt 480
ctatcacagc cccgaccacc cggtgcctca gacgccgctc ccgactcaac acccgccgac 540
gtttg 545
【0184】
<210> 71
<211> 575
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 71
cggtctaaat gatcagttta ttgaatttta gtaatgtaag ttgagatcat gaaacataca 60
atctaattca aaagaagaat cataggtacc aattcaacac cattagcact actttcacaa 120
tagtgacacc ccacttataa cactcttttt tgggtctctg actgtgaaca agattgtgga 180
aggttggttg aggttaggcc taggcattac ggttaagaaa taacagatgc taattagtta 240
gtggggaagt gaagctcatg tttaggcctt ttcataatgt ctttatgcta aataaattaa 300
atgaagtaaa cagccatggc tattgaacta cagaatacat aaaaatacat tctgtgattc 360
acctataaac aaaagagtaa agcagaatgt gtcaaatttt ccatagcagg taaagcatag 420
aaaaaaaatc tagctgatat agttgttatg tttcaacaac ataaaatgaa atgtttctag 480
gatagaagaa attggtacca ttaacatttg gatggttatg gtaccataac attttgatat 540
aatatgcaaa atgccgcctc cccaactatg accga 575
【0185】
<210> 72
<211> 546
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 72
tcggtcatag cactggaaag aaagaagcag ccttaattct cctaacattg ccgtttagat 60
tagttggaga caaattcatt ttccattaag tcttttattc attccacaaa tatttcatga 120
gcatcaaatg ttatgtccaa agcaccatat taagtgtgga gtgtaggcaa agtaaataaa 180
taaataatac cgaaatgata ccaaaaacaa accccccacc accaacaaaa accaaagcag 240
aacaaaccca tttataatag catcaaaaag aatacttagg aataaactta accaaggagg 300
tggaaaactt gtacaaaaag tataaaacat tgctaaaaga aatcaaaggt accaataaat 360
ggaaagatac cctatgtaca tagattggaa aatttaatac tgttaaaatg tcaatactac 420
ccaaaacaat ctataaatct atgtaatctt gatcaaaatc tcagtggcaa ttttgcagaa 480
atagaaaaag ctattctaaa gttcatgtgg aatctcaagg aaccctgaat agtccaaaca 540
atctcg 546
【0186】
<210> 73
<211> 516
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 73
cgcagagatg gggtttcacc atgttggcca ggctggtctc gaactcctga cctctagcta 60
ggttttaatt actaactggc ataactacca tgagcctctc ccacgtttct agcacttaaa 120
aactccagat ttttccctta gaaaactact cagaaaaaaa gtttagctaa ttagttttcc 180
cttgcttgtg aagtaacaaa tgcagtcttt atattttttg tagttctggt ggtcttcgtt 240
ctattccctg ccaatgctag gacctggggg tggagcaggg gtaagggaga agcacccccg 300
acagctggaa gtacctggct gccaccggcg aggctgtggt gtcccctggt gaacacaaac 360
aagttcacag ggttaagatc agatgaggac tcaccatgac tgcgctggaa caggatgaaa 420
gccaatcagc ggccatgcct gaacagaggt cttctttttt aaaagggctc tatatgacca 480
caaaaatgaa caaatgtccc tctcccctat gaccga 516
【0187】
<210> 74
<211> 452
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 74
cgacttgaac aattggttta tttctaaaaa gggtgacatt tataagttgg gctagataag 60
taacaacata gaaaaattat ttcctccgtt aacaagagct aaaacatgtc aaacatatca 120
catacaattc ttctattata tagctatcca gttggaagtt ttttttaaca cttatgtaca 180
gggcactgat ctaaccattt atgtgaatca atttacttaa tcattaataa taacatgagg 240
aatatgtttc aataatgcag aataccagaa aattatagtt ttagcataaa aaaatttttt 300
tttttgagac ggagtctcgc tctgtctccc aggctgaagt gcagtggcgt gatctcggct 360
cactgcaagc tccgcctccc gggttttatg ccattctcct gcctcagctt cccaagtagc 420
tgggactaca gacatgcacc acctatgacc ga 452
【0188】
<210> 75
<211> 419
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 75
tcggtcatag caccccaaaa tgtttttggt tatatgggtt tatatctata gatactagtt 60
tagaaattaa agctgagaat ttaaaaaata cattggagtt tttgggattg ctttttaatg 120
aattaaataa gccaataagt attaacataa ataacatctt ctgaaaaatg actttttcaa 180
aacaaaataa tgagtggcat tgttttacat ttttgcacat cacttcgtgt ctgttaatag 240
gagatagtgg gttttcatgt ctcctttgaa ttcagtgtgt tgcggagttt attcagagat 300
cctttagctg ggcatggtgg agtgtgtctg tagtcccaaa tactcaggaa gctaatgctg 360
gatcgcttga gcccaggagt tcaagagcag cctgggtgac ataatgagac cccatctcg 419
【0189】
<210> 76
<211> 390
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 76
cgtagagatg atgttggcca ggctggtctc aaactcctgg gctcaagcca tctgaccgcc 60
tcagcctccc aaagtgctgg gattacaggt gtaagccacc acgcccagca caagtggact 120
tatttttaac agattcccaa tgcctccagg ataaaatccc aaattctaag cctgtgactc 180
cagatatcac acgagctgat ccttctgcct ccttccctta caattgaatt tattattttt 240
gcactaagag tccttcatga atagcttcca ctttcccttc atgtctgctc aagctgattc 300
accttccctt tcctttcctt tttctctaca tttatctaac ttcctttctt ccttctgggc 360
accgttcaaa ctggatctgc ctatgaccga 390
【0190】
<210> 77
<211> 321
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 77
cgcttattgt tttgtttgtt ttctgtagag atggggtctc accacattgc ccaggctgga 60
ggcttcattt ctaatctttc tatcccctct tcattggctt tgagataccc ctgctgcttc 120
gggctcctga gggccttcag ggccccacat taatgaggca gccacctagc aagtctgaca 180
tggctgtcag tgacccactg ttccagtctc tctccatgtt gcattccacc caacgggaag 240
cagaagacac cgtccggcag ttggaggtgc tctccacata aagcgacttc ccctggtgct 300
tcccagccac cctatgaccg a 321
【0191】
<210> 78
<211> 319
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 78
cgtagaggca gggttttgcc atgttggcca ggttggtctc gaactcctga cctcaggtga 60
tccacccacc tcagcctccc aaaatgttgg gattataagc gtgagccacc acgcccggcc 120
ttatttggta attattttcc ttacggatgc attacttact gccttttata ctttgtttca 180
gcttttttaa aaagttaaag taattactgt atctcaattt caaaaggggg gcaggggtgg 240
ttgtgaaagg aaggtatgta tggctttgac atttggtttt ataaacttac atattgtttg 300
gattctttac tatgaccga 319
【0192】
<210> 79
<211> 772
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 79
cgcaagagtg aaagacacct atttaatggc aaaatagtga tggaaagcag cagaagtaaa 60
accctcattt ttcctataac agacaaatcg cttgaaaatc cagtttaata aaatcccatg 120
atccctctga acaccagctt cctgatcctc atctctaccg atggcttcat tcatattcct 180
tttccatctc atttcctgtt tttttcgttt ctcctatttc tccaaattgt gtttttccca 240
gctcttctgg ctctcttctg cccacttctg aaagtttctt tagttcttct ggttcctgtc 300
tgctgaattc tcctgagagt ctttgctcta attctcccga aggcctccta taaatttctc 360
ttgactctct tctgccagct tctagtagct tcctgcctgt ttctcctgat cttgtgccta 420
attctcctga caggcccttg gcaactgctc ccaaatcgct tctggctttt cctgcttcca 480
cactctgctt tccgcttgct gggctctgca aagcttcccc aaaagcctca tcgtcctcat 540
ctgtctcttt ctcatcctca ctatggtccc actgcttcac caccttctcg ggctcatctc 600
tcactctcct catgtccttc tctcttgtta ttattctatc ttcatacagt gaagcttctc 660
cctcgctttt ttctttgaga ttctccacgt agttggtttt cctcagttct ctgatgatac 720
ccttgttggc atcgtccaag gcactgatga tggcctgctg cgcctcgttg ta 772
【0193】
<210> 80
<211> 474
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 80
acaccacgcc cagccatctc ctctagaatt cttttcatgt cttttgaatc tcctctctct 60
ctcttccata ttcttgcctt tttttttgtt tttatctctt tatcatctcc tctgagtttt 120
gaaacaattc aaacttgtct gttaattcac caatttggca ttttgcagag tttaaattgg 180
ctgttactgc attcactgtg ttttaaaatc tggaactatg ttttgcactt ctaagctatc 240
tttcctgaac acaaatggtt cccttttaga actgctgaca aattaccatg atacaacatc 300
ttaccaaaac tttaagcaaa aattacaaat taaaaatgtt ctaagttttg cttgcctgtt 360
tcttgcagca gctttaacaa ggagacttta ttctgatttt tcagattggt cccttgtctt 420
tataacagct ggctgttcat aaatgtttgg tgaatcttct gtttcctcgt tgta 474
【0194】
<210> 81
<211> 277
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 81
gtagagatgg ggttttgcca tattggctgg gctgggttgg ccaggctggt ctcgaactcc 60
tgacctcaag tgatccgccc accttggccg cccaaagtgc tgggattata ggcgtgagct 120
actgcgcgca gcctggttca tttatacttg acataaatcc aaaagaaggc cacccctgca 180
cgatctccaa gagcctctgt ggaaagctct agtttaaccc taggaaggag aacagctcac 240
ctctggcatg atctcgatct tctcgtaccg acgtttg 277
【0195】
<210> 82
<211> 305
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 82
ggtgatgcag atttcaacag taactctgga aaactgtgaa aaatgttatt taaaaatata 60
tatgtatatg ctactgcaca gtttcaaaga tgtgattcat aaataatgtt ggctgcactg 120
attaatttta taacaattac tgcacttcca agttgatgcg aacacgcagt gactcatact 180
caatattagg cactagtaat atccttcagg cgtactacag ttttatgtta gctgtattgt 240
acatatatat ttttaaatgt atgcatttat acaaactgtg tatattatgt atggggtgtc 300
agatc 305
【0196】
<210> 83
<211> 457
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 83
gatctgacac tggaaggcaa cccactcgca tgtggatgct gaagggcact ttattttgta 60
tcctgaaaag ggcctacaga ggccagtaca aaactctcaa acaaaaggaa gttgactctg 120
ctttgagggg aaggtggcat gccagcacta gcttaaaaag ggaagtgcta gccgggcgtg 180
gtggctcacg cctgcaatcc cagcactttg ggaggccgag gcgggtggat cacgaggtca 240
ggagtttgag accagcctgg ccaacatggt gaaaccccgt atctactaaa aatacgaaaa 300
aaaaattagc cgggtgtggt ggcgggagcc tgtaatccca gctattcagg aggccaaggc 360
aggagaatcg cttgaacctg ggaaggcaga ggttgcagtg agccaagatc gcaccactgc 420
actccagcct gggcaacaag agcgagactc catctcg 457
【0197】
<210> 84
<211> 222
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 84
cgcctctttt acccatcagt ttccacagct accatgctgt cttttagaat catactaatg 60
tcgccaagtc tggcaaaacc atggatatat tctcacacgc agatgtgatg tcaaatctgt 120
ctatcctctg cccccaaact ctccacataa tgaacacttt tcctctgcaa acatgtattt 180
tggtttgtgg aggaactcaa gtcattaatg aggtgtcaga tc 222
【0198】
<210> 85
<211> 217
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 85
gatctgacac taattctatg gctggagcac atcccttaac ctctccgaga ctccattttc 60
tttattataa aattagaatt tggaccagtt ggcctctaaa tgtcttccat ctttgactct 120
ttgtcttttc tgtgcacata aacatcagat ctaatccttg ttagtggcat tattttgaaa 180
acatgggaca gaaacatagg aacaatattc tttatct 217
【0199】
<210> 86
<211> 740
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 86
cgtaaacaat agaaatttat tggccgagca tctcagcctc ccaaagtgct aggattacag 60
gcgtgagcca ccgtacccgg ctggatttac agactttatc tttatttttt caattataaa 120
attattcacc cacttagaac agaaagcaat atggaaaaag gaggaaagaa aggtcttctg 180
tacttggatg gggccaggtt ggggcaagga actggcactg tggagcttag tgcttgctta 240
caggaccagc aggctatgag gcaactgaca tgccccaggg aaagtcatct tgagttgctt 300
cttgatagtg agtgggatac gggtccaagc tgcaaacttc ttaagtcatt ctctaaaaca 360
tccacacttc aggactgcta ttgggtgcta tgttccagta gattgggtga ctcagacctc 420
agcatcacac aatatatcca tgtaacgacc ctgcgcacgt acccctggaa tctttatcct 480
gtcaagccgt cgctttatgg ctcgactgtt tttatctagc tcctctaaca tcttataggg 540
gttgaaggaa agcggtttct cgtggtccac aaagttttcc cagcagtcag caaactctga 600
gagggaagag ggaaaccagc caggccccag gggcagcagc tgcagtgcca ggagctcttg 660
cttcctttcc cctctcttct cttcctctcc ctggacattg ctctgtccgg ggaattctcc 720
ctcccgggtg gtgtcagatc 740
【0200】
<210> 87
<211> 327
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 87
agggtaagat aggtatttgg accacatctg agatagttga cctgggctct atggaacccc 60
ccatcctgcc accagtctca tcgtccatgg atggatttca aggagttggc aaactaaacc 120
tgtaccacct gtggaacaca tgcacttttc taagcaggag gttcagagac aatatcagaa 180
ttttaaagaa gtctgtgata aaaaattatt gacaacaaac aaatgaataa aattagaata 240
tactgcctaa taaataccta ggatcaagta tttttaggat taaatgtggt tatgtaacaa 300
gaaaagctcc ttgcccagtg tcagatc 327
【0201】
<210> 88
<211> 503
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 88
gatctgacac tggagctaac actcataaaa agtgagacag tactttcagt ctgaacctaa 60
gtggattaat ttcctggtaa aacaaacaaa caaacaaaca tttttcagat gatttttaac 120
aggattcaga gtctcacaac atattaaaaa atccaggata caattcaaat ttactcaata 180
tcaaaacaac ctggaaaatc taaacagtac tcaaaggaaa agacaattca ataggcagta 240
acactgaaat gacttagatc gtgaaattat tagacaaata aagtaggtat gaccattctc 300
cactcttgaa attagaaagt tcttgaaatt aggaaagata gaagttctca gcagagaact 360
agaaactgca gaataatcag atagaaattt tagacctgaa aagatgatat gggcccagta 420
gcggaataaa tataacagag aaaagagtca gtgaacctga aggtagatca atagaaagta 480
tacacaatga aatatacatt acg 503
【0202】
<210> 89
<211> 714
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 89
gatctgacac caaaatcact gcctattaaa gaaaaaaatc atagtttgga ctttaccaaa 60
attgaaaata tttgctcttc aaaagtcacc attaagaaaa ataaaaatac aggcacacat 120
gagagatact gcaggtttgg ttttagaaag ccacaataaa gtgaacatgt cagtaaagca 180
agtcacatga atttctggtt tcccagtgct tataaaagtt acgtttacat gacatgtgtg 240
caacagtgtt atgtctaaaa actatgtgtc tgaattaaaa gtgctttact gctaaaagct 300
gcttacacag acgcttgaag tgagcacaca ctgcggggaa aatggcgccg acatacttgc 360
ttgaccaggg tcaccacaaa ccctcaattt gtgaaaaaac acagtatctg tgaagtgcag 420
taaagcaaag cacaataaag ccaggtgttc attcctgtgc aagccacagg caaacaaaat 480
attttcaagt cttagactga tgtccggaat acacaaagac acaaagagct ttcaaagtgc 540
aattgtaaaa aaacaacaaa caaacaaaaa cataaacaaa cagaaaaccc agtttttcaa 600
atgggcaaga gggctggaca caatgggaag cacctataat ctcagtgctt tgggaggcca 660
agcaagagga ttgcttgagg ccaggagttc aagaccagcc tgagcatctc tacg 714
【0203】
<210> 90
<211> 499
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 90
cggagaagga gtttcgctct tattgcacag gctggactgc aatggcgtgt tatcagctca 60
ccgcaacctc tgccactcgg gtccaagaga ttctcctgcc tcagcctccc aagtagctgg 120
gattataggc atgtgccacc atgcccagct aatttttttt ttttttttgt atttttagta 180
gagggagttt cttcatgttc atcaggctgg tctcaaactc ccgacctcag gtgatccact 240
cgcctcagcc taccaaagtg tggggattac aggagtgagc caccgtgcct ggtctgacaa 300
attcattttc tgtttggttt ggtctgctct gtttccaaca agagcctact tcattatctc 360
cccaatatat ctacctagtc catagactgg ctcagagcag gcctttgaca atatttaatt 420
ttatcccaca atggcatttc aattcctttg tcattctgag aaaaatacta acagcatggg 480
aatttggtgc atggatcag 499
【0204】
<210> 91
<211> 499
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 91
cgtgagcaat aaagcttttt aatcacctgg gtgcaggcag actgagtcca aaaaaggagt 60
cagcaaaggg agatggggtg gggcagtttt ataggatttg ggttggtagt gggaaattac 120
ggccaaagtg ggttattctc tagcgggcag gggcgggggt cacaaggtgc tctggtgggg 180
agctcctgag tctaattgtc caggagaagg aatgtcacaa ggctaattga tcagttaagg 240
tggggcagga acaaatcaca gtggtggaat gtcatcagtt aaggcaggaa ttggttattt 300
tcacttcttt tgtggttctt cagttgcttc aggccatctg gatgtatacg tgcaggcttg 360
ggctcagaga cctgacagct ccctaatttg cttctaaata ttctaaggga gaaggaagag 420
ctgtgagaat tgtctttgag aggaatcatt ctctctggag taaatgagac aaatcttctg 480
tgttgtggtc atggatcaa 499
【0205】
<210> 92
<211> 485
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 92
cggagtgctt tcttcttatt gagttttgag agatctttta ctattctgga ttcaggccct 60
ttatcagatt tgtgatttga aaataacatt tcccagactg tcacttggcc tttcattctc 120
ctaagagtat ctcttgaaga acagaagttc ctaattttga tgaagtctaa attataattt 180
ttaaaaatgt ggattgctct ttgcctaaac caaggtcaca gtttctccta tgttttcttc 240
tagggcttct atagttttag gttttatatt cagatatatg atccactttg agttaatttt 300
tacatatggt gtgagatatg gttcaaagtt tatattctga atatatgaat attggattgt 360
tacagaacca tttgttgcaa aggctgtcct tttctcactg cattatcttt gcatgtttgt 420
ggaaaaccat ggaactgtct ttgcatgtga gtagaaaatt aattggctgc ctatgcatgg 480
atcag 485
【0206】
<210> 93
<211> 600
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 93
cgtagagacg gggtttcacc gtgttagcca agatggtctc gatctcctga cctcgtgatc 60
cgcccgtcgt ggcctcccaa agtgctggga ttacaggcgt gagccaccgc gcccggccgg 120
cttacattct tttaaagtca gaagaaaaaa atgaactttt aggtcagaga aaatattttg 180
ttatataata ttgatacgtc atgtttatat caatgcagtt gtaaaatatg ttaaatattt 240
atacatatat ttaacttaca tgtgtgtgaa atatatgtgt gtgtgtaatg tacaagccac 300
aaggcaaaag tgctcagggt ccaagaaagt caaaacgtgc ccctgcaccc gaaaagcacg 360
aaaccttctg gggcagtgat tatggcagag caagttggaa gatggcaggt ggtagacaaa 420
ttgtgaaaaa tatcacattt ctctcaccct gtcaaaggca accccaaagt gaagtcaaaa 480
tagagatgaa atgcagggtc acttcctagc tgcgtgatct tggacaagag agttgaccaa 540
cctgagcctc agtttctcca tggatacaat gggggatgcg ttgcctttcc gaacgtttgc 600
【0207】
<210> 94
<211> 306
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 94
ggtcagctgg agaaagttat gtttttctaa gaatttgtcc acatcatata aatttcaaac 60
gtattgccct atagttattc attagttttt cacttaacat ttgaatgtct acaagaaaag 120
tgatatgttt ccggtttcct gccaaagatt tcaaggttgg cttttacttc tctgagtata 180
gtaagcatgg ttgctttata gtatacgccc ggtaattcca atatttgaag aatctgcgaa 240
gtccatttct tttatttcta gtcacttaca ttcatggaat ctcatatctt catgtgcatg 300
gatcag 306
【0208】
<210> 95
<211> 295
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 95
cgtagagaca gggtttcacc atgtcggcca ggctggtccc gaactcctga cctcaggtaa 60
tcccccacct cggcctccca aagtgctggg attacaggcg tgagccatcg cgcccagtcc 120
tatttcaatt ctttttagtg tgtcaataag tgaaatgagt tttttttaat atgtagaggt 180
tatttcagac tatataatat tttcttttgt ctcttttacc ctactggggc cagaggaagt 240
tcattatcta gaattacagt taagaaagaa gtccagcgat aactgcatgg atcag 295
【0209】
<210> 96
<211> 295
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 96
cgatttcaag gcaaggcacg taatgtggac attatatctt cgtgcaaatt aggattactg 60
gaaagagtat ttttaattaa aattttaaga gacatagagg caaaatgtgt ctgcccatgc 120
acactatgga tctgtcaata caagaaattt gttgaacaag gctaatgtct gaaagcacca 180
tgcaagtttt cagcaccctg attacatttg ttttctcaag agtgcgtttt tatatcctac 240
accctggcgt tcccagtttg taaactgtaa gctttaccct tgtgacatgg atcag 295
【0210】
<210> 97
<211> 254
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 97
acaatggctt ttgtacattt tctcctctcg ataaacctca gaatggtatc catcatacct 60
tctggcagat gaccgtgtct cctttttaga gtaaatggaa gttgccagac agaaacttcc 120
ttgatttcct tccataaaaa tgagaaattt acccacatgg atgccctttt tggggggtct 180
ctcctgctat tgcattgaaa gaagtggccc tcttctttat ccaaggtcaa tccctccacc 240
tgtgcatgga tcag 254
【0211】
<210> 98
<211> 553
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 98
ctttcgtatg ttacaaatat tttcctactc tgccctttaa ttttgtggtg cttaataaag 60
tggaccacat ataaacaaag tttcagtaca ttaaaatttt cctttgtgat ttttacctct 120
tgatgtatga tcactttttt tataatttta tagatttctt ttgagtcatg ctcatatgta 180
agtagcttca agctaattta gaaaattaaa ctatatacag ttaatcatct gccaggaaca 240
aatgtcacag aattctggct tctgttttcc ctaactaaaa tttactggca gaatgtcaac 300
aaaactaaaa tgagagaaga aacacatgcc ccttagcaag tgacatccag tattgctatt 360
caaatgaact ggggtaattc cactagcctg aatgaatttg aagtcagtag tttatacctt 420
ttaactttaa ttcctcacat tgccacactt ctgaatatct tgggcaaagg actttcctgt 480
tcatcattgc aatgttcaat ttgacactgt gagataggaa aggcaggtat catctccctt 540
tgcatggatc aac 553
【0212】
<210> 99
<211> 473
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> variation
<222> 5
<223> n is a or c or g or t.
<400> 99
ggtanagatg gggtttcacc atcttagcca ggatggtctc gatctcctga cctcgtgatc 60
cgcctgcctc tgcctcccaa agtgctggga ttacaggtgt gagccaccac gcccagctaa 120
attattcttt tataaagata aaggatgctg gattccatga tttgcaaaat cacttctagt 180
tctaaaactg taactcaatg aatatctgca atctgaagga tacttgtatt agtgtaagta 240
cctatttcag cagcaaaaga gcaggacatt caaagatttt aatgcccaaa gccactgaaa 300
tatacttgga ccagatctat ttacaggaca ggggctgggt cacacaacta gcatctttaa 360
gccacagact cttagatgta aaatggtcct ttacttttat gggttaccta agtgaacatc 420
cctgtcccaa ttttatgaag tcatccttcc ctagctccat atggaccaat cca 473
【0213】
<210> 100
<211> 386
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 100
cgtagagatg gggcttctcc atgttggcca ggctggtctt gaactcctga ccttaggtga 60
tccacctgcc tcagcctccc aaactgctgg gattacaggc attgagccac agcgcctggc 120
ctacagttga ctttttcaat ttttggatgg gactcagatt atttctgcaa gagtagtgca 180
gttttgctac tgctttatta agaactacat ctctgtaaac acaagcatat ttaaaaatca 240
taatattgtt ttccttaaga aagaaaaact tttaataaga ctgatcagca agaatcacaa 300
catcaaatag gactgattaa tattctctac cagtagttcc taaacctggg tagcttttta 360
aacatataca ctactggacc aatcca 386
【0214】
<210> 101
<211> 610
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 101
cgaattttaa atttttatta aaaatcacag tttttaaaaa tgtccagtga cacaatgtag 60
ctcttctgaa atgaatggaa aacacaacac actgctaacc agtggaggga gctctctgca 120
gggctgggag acctgacaat gcagctgtag cctctgcaag tgaaaatcca ggccgacttg 180
cagtcattgg actgatgtcc aagtgcaatc accatacagc agctacaggc agggctggct 240
gatagggagt atgggagaag gacacgctca gatgaaaaca tgcatgcaac gattttcacc 300
actgaacaca ctgttttctg tgatagaaac tgtcggccct gctgggggac aagatattca 360
cggcctcact agccagtgtg atgccaccag ggcagcctgc ccctgatgct cctttgttac 420
ctgctaaaga aggaccataa ggtaaaaggc accttacctt atggagtgag cccagacccc 480
agggaaaagc ttgggtagaa caatccaagg ggcagcctgg atgtgagaat ccagcccaag 540
ctagctgctc tagaagcctg gaggcctttc ccagcttccc aaatgtagcc cttttcacat 600
gaccaatcca
【0215】
<210> 102
<211> 479
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 102
caaacgtcgg ggctacatga gtatctgtgt tgaatgcggt ctgaaatgat cctatggatt 60
ttcccggctg gttgccacta ctgtacaaca ttcagtgccc acatccatct gtgccattaa 120
gcttttttga gacatgagag atgcctcttc cctgctgtat gacatgcatt tgagaagttg 180
gaaagaaatg acaaaatcag ggagaaaaca tccaagcttc ttacctgtag atagaatcag 240
ccctcacttg gtgcttatta ccagttattc aagaacaata acaacaacaa aattagtaga 300
catccaagaa gcacatatta ggaccaaaga tagcatcaac tgtatttgaa ggaactgtag 360
tttgcgcatt ttatgacatt tttataaagt actgtaattc tttcattgag gggctatgtg 420
atggagacag actaactcat tttgttattt gcattaaaat tattttgggt ctctgttcg 479
【0216】
<210> 103
<211> 279
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 103
tggattggtc cagtgggaag tggagagcaa caagagagaa tggaactccc agccgcaatg 60
aagatttgca gagtgaaagc tgccttcaac gtatcatgaa gccggcgcac catgaggaac 120
actttcaaaa gtcagtaata aatatctcaa atgcacatat tttattgcac ctttaaaatg 180
catacaaaag tgcatttgat tcgttttaaa tacaattatc ttaactcttt tttaacgcca 240
ggattaagcc aattctactc cataaggctt ttgataccg 279
【0217】
<210> 104
<211> 254
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 104
cgctcatcag ccattattag tgttagtgta ttttatgtgt ggcccaagac aattcttctt 60
ccactgtggc ccagagaagc caaaaaagtt ggacactgta gcatgagtgt tttgcacact 120
tagaaacatg catcacctgc acccttttgt ccagacaatt tctggacaat tcgtacaaat 180
gatgtgactt acaacgaacc cccgattttc ttccggggtt ctgtagcctc ctgtgtgcct 240
atgggaccaa tcca 254
【0218】
<210> 105
<211> 465
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 105
cgtttgcatg tattccttct cttttagata attcttcttc ataaaagata cttttctttt 60
ccaaatcagt ctttagtttg gttatctctt gctgatgttc tatgctgcat actcctggtg 120
agtaactaat ttgtttttgc ttcagtccct ccaattcatt ttccagttgc ttagaatagt 180
gctcactctg ttcacgtagc ttcctgtctt tagatgcttc agcagctaga gcttctgtat 240
gaacttccag ctcttttttg gctctttctg ttctgcgcag ttcttgcctt aagctttcaa 300
ctttttgcat caccaggtcc acctcttctt ccttatctcg gacatggcga gcaagtttct 360
gtttttgggt gtgcaattct gttagccgct cattgatctc catgaattcc tgcatggcca 420
gtttcctctg acagtgtgcg tctttcagct ctttggattg gttcc 465
【0219】
<210> 106
<211> 212
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 106
cgctgcagac cacactcttg atctaacact ttaatattac ctcagaggaa tgtcacaagt 60
agactagact ttaaagagac atttgatgaa gtgtctcatt atgttcttgt gaatgaaaga 120
gacacatgag ctgggtaata ctacagtatg tggatttata ttttttctat ctactatacc 180
aaaagaataa taattgactg atgattggtt cc 212
【0220】
<210> 107
<211> 509
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 107
gggaaccaat cccccacaga taccaaggaa caactgcatt gtttttaaag ctaaaaatgt 60
tttcagagtg agttccattt tgcctaccag ataatcaaga tctaatataa agctttagta 120
attgagaaaa tgtggtttgg tgtaacagaa cagaataatg aaaacagacc tacaatacat 180
gacaaagctg actttgtagg ccagttagaa gaaaacagag gagactatca ctatgaccat 240
gaggtaggga agaattttgc atataagaca caaaggatgt agttcttaag gataatcatt 300
aattaatatg actgcactaa aattaagaag ctcttaaagc tcttaaaggt aaaacccaaa 360
tgtccattga aaatataggt cgggcatggt ggctcacgcc tgtaatccca gcactttggg 420
aggccaaggc gggaggatca cgaggtcagg agatcgagac catcctggct aacacgatga 480
aaccccatct ctactaaaaa tacaaaaac 509
【0221】
<210> 108
<211> 427
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 108
ctgcttgatg accggtgaaa catttacttc tcccaccatg ggcgagacct tggatgtgtc 60
ctttacctct ctctttgtca cttctgtcct gaactgccca tgagtgacca ggggcttccg 120
acagaagtgt ctcacaatcc aaccacacag cagaaaggca ttttcctttg gatttgagct 180
ttgtccctgc actgactttt tgtgtcatct cctcttcatt caatgtgaga tactcacctt 240
gattcataga atgttttctc attccaggtt tgtatttttt taatcaccaa aagaagcact 300
tatcataaaa gactgtgatg atgtataact gtgtatttag tttgaaaatc ttcaccttat 360
agaagcaata aacaatattt aggtgtatta tcctgtgaaa tttttataaa tataagactt 420
tattacg 427
【0222】
<210> 109
<211> 326
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 109
cgtacaggat aatgggttgg ctgggtatat atttaataat tctatatgca ggctcaaggc 60
attttccctt aaccctctga agacattatt ccataggctt ctgttgtttc tgcctctttg 120
tgctcttctc ttcctcttca gagttctgca attgcaatgt taggtcttct ttttatttaa 180
cctgcttggt actcactgtg tttcctgaat ttgaggtttc atgttcttca acaattcaag 240
aaaaaatccc agccattacc cctcaaatat tatctttccc caattctatc tcttctctca 300
ttttgtaatt tggatgcaat gcgatc 326
【0223】
<210> 110
<211> 415
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 110
gatcgcattg cataccttcg gggtacaagt cagtttctac actgggtgct gatccttgca 60
cgcgcccttt ctaccatctc acggtgggga tggccgcagg gctgtgcacc cagaagaaga 120
tggctgttag cgtttcggcc ttcataatgg cctgagactt tctttctgta ggtggtctgg 180
agctgtccgg ctggtggccc cctattttgc catttagcga acaaccacag gaattttaaa 240
aacaaaaaca tcccaagatt ttttcatttc aaaatgcttc aaagtccaca ttagatcaga 300
tactccgctg tcggcacatt cagctgaggt tcattacaat cgagactgca atgtgatcta 360
tgtttcatct tgtttttata ataaaaagct tcagggaaca agcccaaagc cctcg 415
【0224】
<210> 111
<211> 567
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> variation
<222> 4
<223> n is a or c or g or t.
<400> 111
cggnaggagt cttactcttt ctcccaggct ggagtgcagt ggcatgatac cagctcactg 60
caatctccac ctcccaggtt caagtgattc tcctgcctca gcctcctgag tagctgggat 120
cacaggtgcc tgccaccacg cccggctaat ttttgtattt ttagtagaga cagagtttca 180
ccatgttggc aaggctggtc tcaaacttct gacctcaagc agttcgcccg cttcagcctc 240
ccaaagtgct gggattacag gagtgagcca ccgcacctgg cctgtaccat tatttgatca 300
acatctgtct tcccccctag actggaagct ccaggtgggc agggaccatg tttgtcctca 360
ccaaggtatg caaggcctgg acacggtagg tactttgtaa atatttgttg actagatgga 420
tggacagaaa atgaatggat ggatgggccc taagctaagt tctgtacatt ttttaaaaaa 480
aatcagattt ccaccccact aatgactaaa cttgggactg tagtttctgt gtccttctgt 540
tttgcccctg cacatggcaa tgcgatc 567
【0225】
<210> 112
<211> 574
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 112
cggattttaa aggaaattaa aacattttca taggccccta agtgttatgg gcttggacac 60
tgtaccctgc ccaggtaaga tcactcgtgg gtaagaacat gaggttctca cccgtaaggc 120
aggattttta tagaaggaag gtaggtcttt caacctatgt cctccttctg ttccacaaag 180
tggaaagcca caagccctac aaaagccttg caagtcccag aggctgcagc cgtatttatt 240
cttcaggcca agactctcag gacagagagc acccatgcac cccgcaggct gcaggccatc 300
tccctgcatt tgggactgtc ctgaggatgg cggcttcatt tttgtccctc ctacctctga 360
gtactcccca ttccttatgt gaagctgagc cttaacccgc acccactgta ttagtccgtt 420
ttcaggcagc tgataaagac acacccaaga ctgggcaatt tacaaaagaa agaggtttaa 480
tggactcaca gttccacatg gctggggagg cctcacaatc atggtggaag gctaaaggca 540
cgtctcacag ggtggcagat aagacaatgc gatc 574
【0226】
<210> 113
<211> 283
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 113
gatcaagtcc cactatcaag gataagccag taagtgtggt ttagcataaa atagcttctt 60
gcttttgcct ccattcatct gttatatttg aaaaacccat agacaacttg atgtgtttgg 120
ggtacttaat tgacatgttt gtaagcagac taagtagtct tgttgtgaag ttcttaacat 180
tgacattctg tgtatttgca catctcaatt tgacatcgaa tttttggtta gttgaaatat 240
aattggtaaa tctttatttt taaaagattt cacggctggg cat 283
【0227】
<210> 114
<211> 596
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 114
caaacgtcgg agataaaggt gtagatgcac cagctgaacg tcttgctctg tttcccattt 60
tacgtataag atgggtgatg gcatgctgca ttcagatccc catgggtgta tttgggattt 120
ggggtggggg attgtgtgta gaaggcagga aagattgccc agcaactctc atttgaattg 180
agggtggaag cggttctcgg gcacagtatg ccaaggccca gggcgtccaa gggacagagc 240
agagatcaca gatgctgaac gggtggggaa ggagcactag gcagggcatt tctgatgaga 300
ctttgatttg ggaggtacga aagttgtatg aggaatcttg ataaactgct tagagtgaat 360
ggagatgagt aggaatcacc accattcaca tactggctct gcaagccact cagcacagct 420
ctgcacctgc tcttatggag gagaagacaa gcagaagaga atgttctgat ctagaagagt 480
tcgtgtaaga gcatgaaggc aacagcactt gagatgtggt gcacatgagc aaaatttcag 540
tttatgtgga atttaagatt aacagattaa aaggtaaaat tctctccctg gtaccc 596
【0228】
<210> 115
<211> 861
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 115
gggcttatca gatgcattgt ggtgatgaac tcatcctgct ctctggagga ctgcctttca 60
tacaccacat tgccttgtac aactgctctg catttgagaa tcatacttaa atgtttacgt 120
ttcaattgcc tgaaagcagg gccagtgtct tatgtcacct ctgacctttt acggaagggg 180
acaagtgagg tagtagctca cacctgtaat cccagtgctt tgggaggccg aggtgggagg 240
atcatttgag gccaggagtt caaagaccag cacctttgac ctgaagaccc tctctcctga 300
tcatccagca atccaggctg ttcggctctt gggctcctga gtattctgca ctctttacct 360
ttttttttaa tcagcacaga gaaaggcaat taccctcaca gtacccgatg aaataagtat 420
ttttaggttg gagtgattac ttagtgagtt ccctgtaatc aaaactggtt tcttttttta 480
aggaagattc acatttctca atctattttc ctttcaaaag agagaaatta gcactttatg 540
ttttaagtat acacattctg cctttctccc ttcactttaa aaaaattcaa gtcctggccc 600
ggatgcagtg gctaacacct gtaatcccaa cattttggga ggccaaggcg ggcggttcac 660
gaggtcagga gatggagacc atcttcgcca actggtaaaa tttcatctct actaaaaata 720
caaaaattag ctagacatgg tggcgctcac ctggaatccc agctactcag gaggctgagg 780
caggagagtc gcttgaaccc gggagtcaga ggttgcagtg agctgagatc atgtgtggca 840
acagagcaag actccggtct c 861
【0229】
<210> 116
<211> 289
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 116
cgaaatttga agtgtctgca ttataattta ctggttcagc atccctaaat ccagaaacca 60
aaatctgaaa tgccctaata agcatctcct ttaaatgctg ccagcactca agaagtttca 120
gattttgaag ctcactggat ttcatttttt ggatttggga tgctcaacct acatatcaca 180
acttgctaat tttccagaaa ccacttacca gcttggaaaa aattctttta tatctgtcat 240
ttcttttttc ccttctggga aaagagtgaa atttctatgg tctgagatc 289
【0230】
<210> 117
<211> 363
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 117
gatcaagtcc acaaggtcat ggatgccagg gaaaaacttc cccctgaaag gcgcacaagc 60
aggcggaacc cagccaataa tgtaaataca ttaggatgca accagaaggt acattgcaaa 120
cccactgctt gaaaggtaat aaattcatat tgagctaata atgtgttagg tgaattgata 180
atgaatttat attaagtgaa tcaattaagt aattctgaat tggcttttga aagtctgcga 240
gaggctgggc accatggctc acacctgtaa tcctagcact ttgggaggcc aaggccagag 300
ggttgcttga gctcaggaat ttgagaccag cctgggcaac atggcaaaac tccatctcca 360
ccg 363
【0231】
<210> 118
<211> 752
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 118
cgactctctt ccgcaacctc cagtcctccc cacaacatac ctagccaagt acacttacat 60
gaactaactt agataatacg aaccacttaa acccagagga gaaactcgtc catcttcatt 120
acctgaatta tctggcatgt tgatattctg ttacttatgg agagcagact aggtgtgaaa 180
agcacacccc agcaacctca gacagatagt cttaagtcat tgcctgggat tgttaactac 240
cttctagata gttctagata gttccttcta gcaggaaggg gagttcagcc tgagggatca 300
ggtttcagta agttcttatg taatactctc tccttggtat gtaaagatgg tgtcactcaa 360
ccaataccag cacacatact ttaagtgatt ttctactaat ggcagtgagt ttaattaaac 420
atccttccac atgcctgcct cgtccctctt gtagcagtca ggatgctcta cggggctggc 480
tgggttagtg ccttgagaca gtgtggacat aggagtggtt catgctggtg tcgtgagggt 540
ccaatctcct cttctgcacc acccaggcaa accaggtgtc tggacaagat gggtttcagt 600
gtttccctaa tctgactttg ctgggatgac ccttgactcc tgaaaccata gaatttcttg 660
tagaagcaaa tttttatggt cgtcattcaa tgacaagaaa tgacctttca ggaaagaatc 720
tgatataatt ggcttttcat acctgcgaaa ac 752
【0232】
<210> 119
<211> 282
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 119
gctcctcttc ttttatcttg tctcttttca tctgaatact gtgatgctga cgagagtatc 60
ttatgctttc ttcagcctgt tgcaatctga accgatgatt ttctgtgcac tgatcctttc 120
tactccggag agaggctctt ttggcacaga tcctgccccg tttagactcc agctgctggc 180
actgccttct gagttctttc acttccaaat tcttatcatc ctgcagcccc accacacagt 240
caatgacttt aagttcctct ggattttcac atggatcgca ac 282
【0233】
<210> 120
<211> 303
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 120
gatcaagtcc cagtacactc attagttaag tgtgacggtg gtcaagtgat gttgctttgt 60
gtgtctgttt tctcttaggt ggttcaggta ccctgaaata aatcctaact tatatgtctg 120
ttgctcattc atctctgtgt gtggagaaag tgatttaaag tgtcctttct ttaagaagga 180
aagagccagg gcatagtggc tcgtatctgt aatcctagca ctttgggagg ctgaggcagg 240
aggattgctt cagtcaggag gttgagactg gcctgggcaa catagtgaaa ccatgtctct 300
acg 303
【0234】
<210> 121
<211> 883
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 121
tcgatacagg cacaaaagga agtcagctca acccaatctt catggaatag ggaagtgtag 60
taagggggaa atgaaggaag acttcctgga gaagagaaat cctgaattga gtttgcagaa 120
gagataaagc atttgtcagg aagataagta gaaaaagagt gttccaggag aggagatagg 180
attttcaaag acattgagat gagagaacaa ggtaagttta aggaaataca tgaggttcaa 240
ttcacctgag actcaagaca gcaaataaac ttctgaaaga tgagattaga caaataggca 300
aagtttagat aatggagaat ctttcatgag tttgaacttt atttatttat gaatgcttta 360
gtgttttttt tttcaaaata ttttaagaag tgaggagtga gtggtacaat cagatacaaa 420
ctgattataa atgtttctgg caacactgtt gagaagggaa ttcagtagag tgtgactgga 480
ggaagggaga tgggttaggg agtagtccag gaagtaatcc aagggagagc aataaacaac 540
gatgggcatg gacaaggaga agatgcatat tgatggactg ttaagagtag tagaactaat 600
ttaatgacca agttaatgtg aaaactgcaa aagaggaagt ccagtaaaac ttctgtttcc 660
agtatgagaa agatttgatg gcaccactca ctaagataca ggtagtgcac agattagaga 720
tgagcagaga agagagatct gctgcaaata tgttaaatgc atccacttgg agaggtccga 780
tgggtggctg cttatggaca ttgtggagtt caggcgagag atttaaatta gagatcttca 840
gctctaatct ttgtgaatcc ttaagaatat gtctaactta ccc 883
【0235】
<210> 122
<211> 260
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 122
gtagagatgc atttttgcca tattgtccag gctggtctcc aactcctggg cttaagcgat 60
ccacccacct cgacctccca aaatgttgga attacaggtg tgagccactg cacccaaccc 120
acgcccattt ttaacaaatg aagaaactga ggcttgcaga ggttagatca tttgcccaaa 180
atcacatgct ggatccagaa ctagagcccc cagtcttgtt attctcaaca ctttttcctc 240
cacactacag ggacttgatc 260
【0236】
<210> 123
<211> 964
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 123
gatctgactg cactaaatag acagttttta atctcaattg gacatctgaa gatttctcaa 60
gctgttgttg gcttcagcag aaacaaattt ttctgctttg ttgattaaac cagtggtctc 120
caccattgct tatcggcctg caacgagctg ttctttttaa ttaaaagtga gccaccacga 180
gagagcaatt aacagctagt aattactgtg ctcttcagaa cggcaacatt ttgcctttca 240
ttccaattat ataatggaca agtgggtttt tgatcttcaa attagtgagc tcttgtcctc 300
cttgtttgga ggcagaattg gcaggttaat gatggcctgt gggggcactc tttcctctga 360
ctgatgtgag gcaagaacgc cttaaaggag gcagtgagag cctttcaaga cccgcagttc 420
cacctttatg ataaagacag agaaagagtc tttattttca gagggttttg atgaggagga 480
aagataggct tacatgtggc ctccaaacag tgccatgtgc ttttccttct tcttatcctc 540
cagcaaaagg tgaccaagtt tcaaaacatg gaaaactgaa agtttcagat gtgcaagatg 600
gctaagttct ggagatccag tggacagact gatgactata gttagcaata ttgtattgca 660
tacttgaaat tttcttaaga atgtagatct taaatgttct caccatgtgt gtgcacgtat 720
gcatacacac aaacacacac tcacacaaga ttactatgtt aggtgattat atatgtcaac 780
tagcttgatt gtggtaatca tttcacaata tatatgtata tcaagttatg tacctcaaat 840
atatacagtt tctatttgca aatgtacacc aataaagctg aaataaaccc aaggaaaact 900
ggaattagat tatgtgatgt tttggtatgc ctttggtaag ggcataaaat accacatgtt 960
ggcg 964
【0237】
<210> 124
<211> 516
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> variation
<222> 509
<223> n is a or c or g or t.
<400> 124
gggacttggg tgtaactgga tcagattttc tggaattcaa gggagaagcc gagatacttc 60
cctcacagaa attgttaata tcaatgctta gctttcttgc cagttcctca tcacttttca 120
gttgttcttc catcgctctt cgcctttttt ctgcctgtct tttttcctct tcttcctcct 180
ctgccaacaa cctctgtatg tattcttcac tggctttgtt ttcttcttcc tcgctggccc 240
gtcgctctgc cgccaccttg cttatttcct cttcatattc tcttctcagt tccccaggtt 300
tactgagcag acgaactggc tgatagtcat cagccacttc ctctgattct tggccagacg 360
ctctaagctt gcactccctg ggatagtgtt tttgaattat cgtccacagt tccacgttga 420
cgaagagaat ttcttcgggt atggtacccg agtccacgac gatacccggc ggcgacagaa 480
gggacagcat aaactcgcct tttcgacgng tcacct 516
【0238】
<210> 125
<211> 297
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 125
cgttctcagg ttcccccttt ggctgctctg cctcactcga agtagcaggt ggagtttcat 60
tctcttgttc ttctacagtg gagacagatt cctctgaact tatgtctggt tctggctttt 120
cttcctcccc ttcagcaagc ttgcttttgg gaggagtttc ccgggtagaa ttcacagttc 180
gacgaatcgg catggtgcta tcttctacct tctaagaaaa gagatggcca taatcaaaca 240
tgcattaaaa aattctcttt tctctctttc tcaaagggcc taactgggtg tcagatc 297
【0239】
<210> 126
<211> 527
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 126
gatcaagtcc cattatagag aatgggttat atggtatttg catataacct acatacatcc 60
tcctgtgtac tttaaatcat ctgaagatga ttacttatac ctaataaaat acctacacat 120
cacttcattt gcatggattc aacatagtgc ttggtgttca gtaaattcaa gttttgcttt 180
tttggaactt tgtggaattt ttctttttct gaatattttt gattggcagt tggttgaagc 240
catggatgca gaacccatgg atatggaggg ctgactgtac ttacttacat atctatctat 300
ctttgagtaa caaactcttt gggggaaaag agggaagtgt attgagcaag agaaggcaaa 360
aaacattaca taatattttg attctgttac cgtgtgtcta tagattgttt cattctaatc 420
aagacctaag aaggtatgat tctgtgactg atttagaatt ctggggtgga aatatcctgg 480
aaccatgttt tttaataaat tctgtctctt ggaaagagtt aacaacg 527
【0240】
<210> 127
<211> 525
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 127
gatcaagtcc ccttatataa aatggcatag tatttgcatg taacctatgc acatcctctc 60
atatacttta aatcatctct aggtgttctt acagtaccta atacaatgta aatgttatgc 120
aatagttgtc atactacatt gggttttttt gttattattt tttatagttt ttcccccaaa 180
tcttttcaat cggcagttgg tagaatccac aaatggagaa cccatggata agcagggttg 240
actgtattaa agtgtttcta acgattttca aatcaaacat tctacggtga tttatttatg 300
ccttgacatc accaggtgat gaaagtctct cacacttctc taccaaatta tctcgtaaag 360
gcaaaagaaa ggaaaaaaac cccataatct aggaggtggt ctaaccataa aaagtaacat 420
ttctataaat tgtatcttga gagttcaagg aaatttgaat tccctctatt ccataatgta 480
tttaaacata aaaatattta cctcttcccc accttcttcc caccg 525
【0241】
<210> 128
<211> 507
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 128
cgtttgggaa gttatttatt tctgaaagtg tcatttatat agtttggatg tcccctccaa 60
ctctcatgtt gagatgtaat acccagtgtt gggggtgggg cctaatggga ggtgtttggg 120
tcatgggagt gggtatccct cgtggcttgg tgttgtccta aaggtagtga gtgaggctct 180
cagaagatct ggtggtttaa agtgtgttca cttcctccat tcttgctctt ccttctgttt 240
tggccatgtg atacgcttgc tttcccttca cattcaagaa gaaaaagttt aattgcttca 300
aagagaataa aatactcagg aatccaactt acaagggacg tgaaggacct cttcaaggag 360
aactacaaac cactgctcag tgaaataaaa taggatacaa acaaatggaa gaacattcca 420
tgctcatgag taggaagaat caatatcgtg aaaatggcca tactgcccaa ggtaatttat 480
agattcaatg ccatccccat caagcag 507
【0242】
<210> 129
<211> 509
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 129
ctgcttgatg agaagaaaga tgtgtgtggc atcccctgag atggtttcct tctcgtttct 60
acaaagtaga taggccttgg tagaaactgc tgtttctcag tagttggacc attttatagc 120
cagattcttc ccactctgga atttggctac aaaaggtagc aaattgttta ccaaggtttg 180
tagcagtatc gcttctcacc agagtgaata aaaaatgaaa gctgtggccg aacatggtgg 240
cttgcgcctg tgatcccagc actttgggag gccaaggtgg gaggattgct tgaggccagg 300
aattcaaaac cagcctgggc aacatagtaa gaccccatct ctacaaaaaa tgaaaaaaat 360
tagccgggta tggtggcgca cacctgtggt cccagctact caggagacta aggtgagagg 420
attgtttgag cccagaagtt caaggctgca gtgagctatg atagtgccac tgtactccag 480
cctgtgtgac tgagcaagaa cctgtctcg 509
【0243】
<210> 130
<211> 501
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 130
cgatcatgag aatcattttt cacttttttt ttttttggag acagagtctt actctgtcat 60
ccagggtgga gtaaagtggc gtgatcttgg ctcactgcaa cctctgcctc ccaggttcaa 120
gcaattttcg cgcctcagcc tcccccgtag ttcagtagtt gggattacag gtgcgcacga 180
ccacccccgg ctaattttta tttatttatt tattttgcat ttttagtaga gacagggctt 240
tgccatgttg cccgggctgg tctcgaactc ctgagctcaa gtgatctacc cgcctcagcc 300
tcccaaagtg ctagaactac aggcatgaac caccgcaccc ggcccatttt tcacttctta 360
agtttttttc cctgaggttt cctatctctt cattagggaa acaatagagc ccaacaggtc 420
agcctacaga cactgttgac aaaaaggact ttagttcaag tcctagttct gccacttgtt 480
agtatatatg acatcaagca g 501
【0244】
<210> 131
<211> 497
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> variation
<222> 3
<223> n is a or c or g or t.
<400> 131
ggnaggatta cacaaggttt aaatgagata ccacatgtca aaacacttag tatatagcac 60
ataattctaa atagtattta ccataattag ccattattgg ccgaggacac acaaggaata 120
cacgattaag ctgaaatagt aatacaaacc taggtctatt ttttggccct aaagacttcc 180
cctttttgtg tctgtttcat gcacatctga ttagtgaact gaagcctcat ggccagccca 240
gcttcaggtg ggtatagaca ccgagccccc acataataat aagctgagcc taataccttc 300
cccagggatg ttcttttgat ctcctggttt cctgacaatt tcggatcgat gattaatggt 360
tagtttactt gatccatggt ccaatttctt caaagtgtca tacgctaaat aactgtatga 420
accaaatagt tctttttact tcagtaactt tgtagtcact atgtgtattt taacaatgta 480
actgtaccat caagcag 497
【0245】
<210> 132
<211> 413
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 132
cgatttctaa actttatgga aaaagccaat gacaatcaat tagccaaaaa cgagacgcca 60
aatcccatct cactccagcg ccatgccctc ttctcaaacg ctcgccggct ctaggacctc 120
tccaccagca cagttctcag gagtcctgct ggtctcccag tgctgttcta agggtccaca 180
tgaaggcagg tcaggcggga ctccccgggc aagcacttct gtacgcggaa agcacgaggc 240
gcaggagcca tggagagccg gtcctttgga gacaggaata cttaagagga ttggcaaacc 300
ggagaaacgc tgggagaggt gccccgcact gcggtggtaa ggcagagtct cagttctcct 360
cgggcttgtc ggctggcggt ccacaaggct gaagcatctt ttccatcaag cag 413
【0246】
<210> 133
<211> 411
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 133
ctgcttgatg atggtaataa ctaacatgta aatctttaat aaacagtgta cattcttaat 60
ctgtccatca actcggtaca gtcagtattg ttgtccgtat ttcacagatt aagacaccag 120
cctagaggcc gagtgcagtg gctcacgcct gtaatcccag cactttggga ggcccaggcg 180
ggtggatcac cttaggtcag gagtttagga taagcctggc catcatggtg aaaccccacc 240
tctactaaaa atataaaatt agccaggtgt ggtggcacgc acctgtaatc ccagctgctc 300
gggaggctga gagaggagaa tcagttgaac cagggaggct gaggttgcag tgagctgaga 360
tcacacacca ctgcactcca gcctgggcga caagagtaaa actccatctc g 411
【0247】
<210> 134
<211> 893
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 134
gggcgaggca gtctcactct gtcgccaggc tggaatgcag tggcacaatc tcagctcacc 60
acaacctcac gattctcctg gctcagcctc ccgagtagct gggactacag gcgtgtgcca 120
ccatgcccag ctaatttttg catttttagc agagacgggg tttcaccata ttggcaagga 180
tggtctcgat ctcttgacct tgtgatccgc ccgccttggc ctcccaaagt gctgggataa 240
caggcgtggg ccactgtacc tggccttttt tttttttgaa acggagtctt attctgtcat 300
ccaggctgca gtgtggcaat ctcgggctca ctgcaacctc cccctcctgg gttcaagcga 360
ttctcctgcc tcagcctcct gagaagctga gactacaggc acgtgccatt aggcccagct 420
aatttttgta tttttagtag agacggggtt ttgccatgtt ggccagggtg gtcttgaatt 480
catgatctca agtgattcgt ccaccttggc ccaaagtgct gggattacag gtgtgagcca 540
ctgtgtccag ccaagacttc ctaaactttt atgctacaat accctactga ctcttcaggg 600
aaagggcagc acaaatgtga tgagttcctg gccataggtc ttatacttct ccaacctcac 660
gtaccctaag aaatctgtct gacaaattga ttgccattac catccttcac catcacatcc 720
taagataact acttccaaaa ggtagttcag gatttaacta ctaccagtct taggacaagt 780
acaagttcag caagaggtta taatgagacc ttatccatgg cagagacaaa gtgaagaaga 840
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【0248】
<210> 135
<211> 858
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 135
ctgcttgatg tcagtttaac aattttatga accagtttct ttaatagtgt tgtggaaact 60
cttagccaga gcaatggtat aatcttaaag ttataagaaa cctgtacttg ttcagagtct 120
cttccatgaa tctccttgaa gacgaaacac tttaggatta tagttgcatg caaaagcttt 180
caggaaagca tcagagtaaa aattatctct ggatgacagg acttaaaatg gctatgataa 240
gaatttatta tgcaatcgac aaggaaattt tattttttgt gacatcagta ttttaacata 300
aaaatcaaaa ttatgactgg taacatcata acaggacata tcagatttgt aggaatttca 360
taccatttct agaacactca ataacatacc caggcaaata taactcaagg aaagttaaac 420
atcattgctt atttgacagt gcttaccgtg taaatttaac atactgaata aggtagttta 480
acatctctct ttttatgagg agagagaaca gattcttttg agatattcta ggaatcccct 540
ggaaactacc gaagttagtt caaggtgaga aagacctaat ggaggctggg catggtggct 600
catacctgta atcccagcat tttgggaggc caaggcaggc agatgtttgc tgaggcagga 660
agcagcctga ccaacatggt gaaaccctgt ctctactaaa ttaaaaaatt agctggacgt 720
ggtggtgcat gcctgtggtc ccggttactc agaaggctga ggcaggaaaa tcgctcgaac 780
ctgggagatg gaggttgtag tgaaccgaaa tcgcaccatt gcattcaagc ctgggcaaca 840
gagccagact ccgtctcg 858
【0249】
<210> 136
<211> 780
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 136
cgtagagacg gggtttcacc atgttggcca ggctggtctc taactccaga gctcaagtga 60
tccacctacc tcggcctccc aaagtgctag gattataggc atgagccacc gggcccggcc 120
tcagcttgca tttttatatt aaaataacct cacaggctgc ttttagttag caacagcttg 180
ggtatttaat agtgtgtttt caaattatga gtagtgttac ccattttgct cttaaaatag 240
gctcagcgct gactctgaaa ctctgtgcct tggagtagca tggtgttttg tgcactcatc 300
ccggaaataa atgttctaaa cacagagtca aagtcgcaaa gaaacaaaga ggaggctgtg 360
gacaagggag gccaagcagc ctgtattcct acataaccat taaagaacaa tttgcgtggc 420
tatataaaat ctaattttaa aaaatattta gaaattttaa gacaaccatt tcaaaaaaac 480
atttaaaaaa ggcattttcc ttttcttgag taaggggagt cctttcaggc ctttgtttta 540
aatttgtcaa agcaacccat gttcatagta aagtaagaat tcatgtgcaa cacaaagcga 600
aaattccgaa tcctgtatgc gccccacccc tagtataatt actattagtg gtttcttgtg 660
cttacaacaa gaaaaacgcc tttcttaata gaagagggct tgcctggtaa gggggcccat 720
gggtcttctg gcgttgggga tgtacaggtt atgttcatgc catgtcaact catcaagcag 780
【0250】
<210> 137
<211> 560
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 137
ctgcttgatg gcaaaagggg agggtggagg gtgggagagg aaatgtcagg gcatgtgctc 60
tgataaaata aaggcaggga aacaagctga attacttgaa attacttgaa ttttcttgtc 120
ttaaaactga aaaaaaaatg tagttacacg ttaaaatctg caaatggttt ttacacctct 180
gattttaaca tgaacttata ctaatgtttg gaatcttatg tcagaaatat aagcagctat 240
gtacttagaa taggttttga atgggagagg tagaacagag agagaattaa gaagggatct 300
gacttataaa agactagaat gtgattagag tgatagaaca taccaatgtt accaagaaat 360
tgacaagctg ctggctttaa gcttatgcaa gtggtagttg ggaaagtagg aggtgtggaa 420
gagggtttgc attttggatt aattcatgca aaatgaagga ggaagcctgg tctaagaaga 480
tactgtcttt caatagaaat gatttctaaa ctgctacaga ttaagaatag ataatctgat 540
tgctgttgtt ttgtttgttc 560
【0251】
<210> 138
<211> 877
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 138
ctgcttgatg gtattgaaag gtgactataa tgagggaaga aaggaggagg taaagagaga 60
agaatttgtc ccagatctgt ttaaagtttc aaaatttaaa aagggaccca ttaaattatg 120
ggaaaatggc tatagagtgt gagcctcctt tgaccatatg ctcaaagacc gtactctgcc 180
acctgccttc caggtagcta ttctagaaac tcagtccttt gtggaaaccc aactaccttt 240
taaaagtctc tttccagatt ccaaaaggac aagagatcag agagtcacat atacgcctct 300
tgttttattt tcttgctttc accggtatta ttgccaagaa aatcgtaggg aaaaacttta 360
aacttttctt ttcagttgat ccctttgaca tcacctctca tgtttaaaat caggaaaaca 420
cacccctaaa atttgcactc tcttccgttt tgaaaaagaa aacccacaca caaatgcaca 480
ctattaccgt ctttcaccct gcgctatatt tccaaagtgt attataatcc agatattgcc 540
ccatctcaaa catgttaagt cagactgtgc tgaaagactt tccagggacg gtcaacaggg 600
tatatgttca gtggctgccc tgaaatcctg gtggggatga ggatcacgct tcatcatcaa 660
aggggatgcc catcccctga taagctccca gtccttttgg aagatttctt tgaatgttaa 720
ttgcattttc agttttgctc atttcccacc ccaatgtttt gtctgcaaca tcgcttacac 780
tggattcttt ctatttttat tcctatcatt aaatggtagt gctgtaaatt ctgcattctg 840
caattaatgt taaataaact gctttaattc attgacg 877
【0252】
<210> 139
<211> 486
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 139
cggagacaga gtttcactct tgttgcccag gctggaatgc aatggtgcga tttcgactca 60
cggtaacctc tgcctcccag gttcaagcga ttctcctgcc tcaaactcct gagtagctgg 120
gattacaggc atgcaccacc atgcccggct aattttgtat ttttagtaga gacgaggttt 180
ctctatgttg gtcagactgg tctcgaactc ctgacctccg gtgatctgcc tgcctcggcc 240
tcccaaagcg ctgggattac gggcttgagc cactgagccc aacgctgttt gtgattgtta 300
aaggaggtac atcctgctct ttcagtatta tattttctta attgctctta aactttctct 360
tatttttgcc ataaatgaaa acaaaatgca ttattactat tcatatcata caccctcctg 420
tatcctaggt gacaggtcaa aaagtgactc acacacacat tattttctag tattggcatc 480
aagcag 486
【0253】
<210> 140
<211> 397
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 140
cgaattaaag agatgaattt attggtaaat agataaaatt aacacctatt ttaatatatc 60
caaacccctt ccttatatat attaggtaaa ttaaaagaaa aaaattatca aagcaatact 120
acagccagct acatcgccaa tttacaaatg agttagtaag taccataagt ttgtttgaat 180
atcaggtgct tcagagtttt tctcaaacag ttacaaaaga gattaggttc ccaatcagtt 240
cacaaaagct aatttaaaga atgtagctta actacagtac tgaggttgtc acacacttaa 300
ctttcggtct cttgcttatt tattcatatc tgaggttcac tgtttctact aggatacatt 360
ccgcccacac ccacaccttg gtccccacat caagcag 397
【0254】
<210> 141
<211> 397
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 141
ctgcttgatg ttaatcatac tgggactaag aggatagaga atggtaggag ctgggatacc 60
cctaaacatt cacattaaaa caaaaaaaac ccaaagctaa aaaacaactg ggcaggagct 120
aaataaaaat ctaattttga gaggctgtat ctggctcagg cctcctactt tgtaacccat 180
ggaatatgtg aaagcatttg aaaaactata gcactgatct cacatgggca gacacactct 240
cagagagatg tggtgggagc catggcgcag tctgcctagg cagtggcagg agcgcagaag 300
actctgattc ctctcctcgg tcctaagacc gaatgtgtgt caggacatgt ggtcagggaa 360
gagaagctat ttaactgaac cagtaatagt agcaccg 397
【0255】
<210> 142
<211> 652
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> variation
<222> 645
<223> n is a or c or g or t.
<400> 142
cgtctattat ttctttatgc ttactctgcc atttattaaa ggagggaaaa tgtgaacgat 60
gaaaatattt acttcaaatt ttgactattt aaactttgga aaacttttcc cggagaatga 120
ctttcttggt tgaggtcaat ttcctgaagg actgagatga ggttaattat gaggcacaca 180
gtgaagtctt aatggcttcc ttaagttcac acctatgaat tcctggagtg gccagagaac 240
atgttactac tccagggtca atggtggaag catgttgatg gaagcatgct gatgaaaaca 300
agaaagactt gtggaaatgc ttagcttgct cctcaaaatg gaaaaaaatt caattctgtc 360
ccaatcatac tggaacaata catatgagac ttcaattgta gaaggtcaac aacttcaggt 420
aaataaccat gaagtcaaca ggatagtcac cataacctca cataatccat taactgtaat 480
acactattca ccaggtcttt ggtttcagtg aagaaagtgg ggcttgtagc aaaggaccca 540
gatacaaaca caaataggga actaaaatgg ttcttcaaag acatgcatta gagtgcacat 600
cagagtgcta aaccaccaag tccttttaat ttgcaagtgg acatnaaagc ag 652
【0256】
<210> 143
<211> 659
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> variation
<222> 6, 648
<223> n is a or c or g or t.
<400> 143
ctgctnaatg ggattggggc caaggagtca gtgcatcgtg gttggtatgg aagatggaat 60
gggaggcaga gcagcttctc ctgttcctta gcctgcgatg tttcagctgt taggaagcaa 120
ttcaggcagg aaagcaagtc tgctccattt aggttagtcc cacatttgct gtttgtttga 180
ctttgagcag gacacagaag tccttcaagc cccacctctc cccctgtgta atgggcagat 240
tttactcgct catccctaac tctccttagc actccagagg cacaggcata aggtacaagt 300
tttgcagctg gaaatgcata aatgtggatc ccagttccag cactttctgg ctgagtagtc 360
ttggatctat cagctcactt ctttgagtat cagcttcttc ctctgctatg tcctggtttc 420
catgttttcc ttgcagagct gcaataaggg tcagagatgc tatagaatgg gtcatagtgc 480
ctagcaggct ggtaaccaat gctagccata ttttcagtct aaagattggg caaatgttgg 540
tctgtccttg gttgaccaac ttcttccttt gagaagcaca tagcatctgt acacacagaa 600
gcgtgtgcat gtgagggatt catacatatc taagaacctt cttgcaangg aagtttacg 659
【0257】
<210> 144
<211> 564
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 144
cgtgttctcc aggtgatttt aggtaggaaa tcagggttga gagtcactgc tttaaaggaa 60
gaaaattaag gagcagtacc ttagaagagg atattaaaca ggggtggagt ttgctctagg 120
acagagtaga acatattctt gttgctctga gatacaagga aacctgacta gatacattta 180
agagatctgg ttgagataca gtggctcttt gctcatagta aaaaagtatt aatgaaatat 240
tttaaaattg ggacttccag caactcagaa ttagttggtc tatgaaaaag taaacacaag 300
gaagacctag aaaatcagta tatagaagtt aagcagtgaa actaaaaggt ttctttttaa 360
atgaatgaat ttgtgttgat atacttgtct tttcttataa ccattattaa agcaattatg 420
aaggctttat ttttaaaaca taaggtaaaa caactgagct aaaatcatga caactctatc 480
agcatttctt tatccacgaa tacacatcac caaaaaatgg cactactgat cgtccgtcca 540
ggggaaataa ttagcatcaa gcag 564
【0258】
<210> 145
<211> 337
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 145
gatccagtac ccagtaaagt gctctcacat gtgttgatag ctggacatct tccataatgc 60
ttctttcact aaaacaaact ccttgcgaat ttaacccata catttgggtt aaattctaca 120
taaaatcatg gaatttaaga gctggaagag ggttggcaat aacctaatct agtctctgtt 180
ttaacaaaga gaaaactaaa ttttaaagat ggtaagtggt caggcgcggt gactcatgcc 240
tgtaatccca gaactttgag aggccaaggt gagtggatca cttgaggtca ggagttcgag 300
accagcttgg ccaacatgat gaaaccccat ctctacg 337
【0259】
<210> 146
<211> 970
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 146
cggtgaaagg aattgaatta gaaagtcaac aatctagaaa cttcaaaatt actgcagcca 60
cctactactt tccaaaaata agcacccatc aaaactagac tctatcattt gttacccatg 120
cgtgttctat tactaatgtt ctcaaatcaa atttgagctt aaaaacagaa aatctacagt 180
ttcgttgacg acccctccca cccccaacta ttccaccctt cagccccatg gcatgttaaa 240
gggaagaaca atgaattctg gttgttacaa gagaatattt ggagcatctg actctttttg 300
ctgtcaacca gggtatcaac ttgaggcatc cataatgact cgactccctg tttgattcct 360
tctctccttt tattctctag aaagcccttc ctggaccctc ttgttggact aaatgacctt 420
tctccacatt cctaaccacc ctgtgcaaac ctctctttga gcacctgcca cattctgttg 480
aaattaagtc ttatcctccc actgtatttt aaagtctttg aggacgatgc ccatttgcaa 540
gtcaccgttg tatgcttggt gcctggcaca aagcaggtga tctgaaattt ctggtggaag 600
tggaagggtc atgtgtatgt tgggcgggtg tgtgtgagaa ggtaaaggac acgtttttca 660
tttgccttta tatagcgacc actcatctta acttcaaccc ctattccaaa tcttcctctg 720
aattgtacaa atttttaatt gttacattct ctgtagatgg gtttggatga cacaggaaac 780
cccttaaagt catctgcaat gttctcagcc ttgagtttga tggattactt ctgtgagtga 840
tggtgagtcg tggcagtaga cagctcatcc aatcccttga gttactgtta cttgagactt 900
tttcgctttc aagaaaaagg aacatgagct aacataagaa aatgcgaaag tcttatatgg 960
gtactggatc 970
【0260】
<210> 147
<211> 317
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 147
gatccagtac ggtcaagcag gcaagatcag attcacaggt aaaacttgct tgatggcact 60
tcaacgtttc ttcctatttc ctgagtggta ttgatgtgtg agagatagaa tgttaaatgg 120
tgaaagaaac tttataagct agtagttcct ttttttggta gtagaacccc agtatatagt 180
acaaaaataa aaaatgtgga tggttgcagt ggctcatacc tgtattcctg gcactttggg 240
aggccaaggc aggcagatca cttgaggtca agagtttgag accagcctgg ccaacatggt 300
gaaatcctgt ctctacg 317
【0261】
<210> 148
<211> 763
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 148
cgatggcagt atttttaatc ttgaaaagaa aaatacaaca cagctcaagg aaggaagaat 60
attctaagac acaccaaatc tagtacttct ctgtgtatga ccaagaaact gttttctgag 120
agtggcttag aagaaaatcc atttactaga accctttctt agaggcagtc atgtgatcca 180
catttgctac ctctgaccta gaggatactg tgtaactggg aacaaaaact tatcagaagg 240
gtttcaaaac tcttttgata ttgctatttt actccctaga gtttagcact tgcaaaaaat 300
gttagtgatt acagagtcag agttgaaaat atatctcaca aggaaagaga catccagcca 360
agaaaacaca aatatttaaa ccatactgaa aaaaagcata acatgttgag attattacca 420
caagataaaa gcccttcttt atagcccaca gtataggaga aatcaacaaa ttctcttggg 480
gaaattatat tccaaagctg accagcagta gtgtaacgca tcacacagca attctcttca 540
aagttctcca gaatatccaa agaagtcatc aagctgtccc aatccaaacg acaaggccct 600
gggcgtatat ggtctattat actatagaca aggtcatcta taacaccctt gggctttgta 660
gagatatcca ttaaattctt ctgagggttt tctccaaaca gttacatctt tcgttttctt 720
agcaactcgc cacttatctt cttcaatgct atggtactgg atc 763
【0262】
<210> 149
<211> 518
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 149
gatccagtac cagcgacaga ctttgcaaac atgcagatgg ttctcacatg tcttccttgt 60
ctcattttca gggcacgtgt cctaggttct ttcgattacg tctctcaagg caaggtttcc 120
agatctctct gtatcctcat gcttcccttt tggatgcacc ttaattttaa aatacctctt 180
tttctcatta attagatcac ttcaagttaa atacaaaaca tggcaagatg gatttaaatt 240
tagagggata taagtataca taagagaaga ccaatctcta cttttaaaaa tgcagttaat 300
taacaataaa gtaaaatata gtgaaggtac tatatgctta tttgaacttt gctgttgtta 360
aggacttgca ttcctctatt aacttttttt aaaaaactcg ttttgaaaac tagcattgga 420
tgtgggtttc caatgatcta gaaacatgta aactacaaca taatcgtttc aagaatttaa 480
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【0263】
<210> 150
<211> 334
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 150
cgcttagctc catagcccca taaccccatt ttttaactga gtcagaccct aactcaagaa 60
ggatgagtta aatgacttct aaagtttcct tctaatcctt tcacagtttg atttgactcc 120
ttctaataaa gtcagtctgg actgataatg tgacccaccc aatactaccc taggagtcaa 180
tagcacagat gagctaaaac ctggtggtct ctcggctccc agtgtgggac tgtcaccagg 240
actatattct tcaccttttt cacaacccag aactgctgct gggcaagcca agaaagcaga 300
aaaaaatcac ttacttgttt tggccaatgc gatc 334
【0264】
<210> 151
<211> 304
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 151
cgctgtatag ctaacagcat agccaatgcc ctgatcttct agccacactg taatttcttg 60
tccttgcatc acaaccccag ctgtagtcat caaagtggaa aaactgacag cattgtctga 120
aagacacagc ttgggaaaat tgctccttgt agctcccctg tcaatgaata ttatcatatt 180
tttctcatgg ataaggttac tgtgtttttt ttgctgggcc gggggtgggg aggcttctac 240
atacttagct actaagcaca ttaccattcc gtttgtggaa tggactaaac gtgacaatgc 300
gatc 304
【0265】
<210> 152
<211> 304
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 152
cggcatacag gccataattt ccatccatga aaatgaaaaa tggcgatgca agctatactt 60
tgtctacaat caccaactag gtgaattctc agtggtctct ttagagtctc tgaacagtta 120
atctttgtag aaatcaatca aaataatcca tggctcgagt tcagtttggc cagcacacca 180
agagcaggtg gttaaaaaca ttcggactca atgcttttca caatacaaat tcagaggatg 240
aatctttaca caaatcccac tacctctatt ctaacagttc tgacttgttt catccaatgc 300
gatc 304
【0266】
<210> 153
<211> 730
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> variation
<222> 2, 10
<223> n is a or c or g or t.
<400> 153
tnacacaggn gatcgcactt gtggggaggt gaggccaggc agctgggaca ttctagaaat 60
gcctttttag aattatggca tttctaaaaa ggtacttcca gaacagttgt ttagatggaa 120
ttcaaagtaa agttcagatt agcttttgag gaaaaaggaa tgctaccgta aatgtgaacc 180
ttaatccagt atactccagc catcctttgg ggatgaataa attttcaggt ttacctaagt 240
cttaacaatt tctttactag ccccttaact gttactttag caggtttgat aaaatgtgct 300
aaaaatatgc atttttgagt ttttaacttt agtgggaagt agatgtttca tcaacttctt 360
tggaaaataa agacactggc atataaacta tatttttttg agacaggatc tcactctgtt 420
gtccaagctg gaatgcagta atgcaaacat ggctcactgt agcctcgacc tcgtgggctc 480
aagcaatcct cccacctcag cctcctgact agtggaacca cagacatgag ctgctgcacc 540
cagctaaaat ggagtatttt taatttctgg gtcttttaaa tgcatttgga ggtctttagt 600
tttacctcac tgaaattagg attttaatta taaataatca aagatgtgaa ccttacagac 660
attttaaagc cattatattt tttctataaa ccctgttctc gtttggagga gaaagaaatt 720
ggaattttcg 730
【0267】
<210> 154
<211> 509
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 154
caattgtacc atctagtttt tttaaattat aattaattaa tttgtttttt gagaccaagt 60
ctcactctgt tgcccaggct ggagtccagt ggcatgatct cagctcactg caacctccgc 120
ctcctgggtt caagcaattc tgtgcctcag cctcccatgt agctgggatt acaggtgtga 180
gcaaccacgc ctggctaatt tttgtatttt tagtagagac caggtttcac tatgttggcc 240
aggctggtct cgaactcctg acctcaggta atccgttcgc cttggcctcc caaagtgccg 300
ggattacagg cgtgagccac agtgcccggc caccatctag tttttaaaca gaaaccacaa 360
gcatctagcc cctgctggag gagaaacttt aatttttcct tccatatatg tgtgtgatgg 420
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ggggttttga actctggacc cgacgtttg 509
【0268】
<210> 155
<211> 487
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 155
gatcgcattg ccacaatcca gcctggatga cagagtgaga ccccatctcc agaaaaaaaa 60
aaagaaatta gctggcgcgt gatggtgtgg ctgagggagg ctcaggtggg aggattgctt 120
gagctcaggt gtctgagact acagtgagct aggctctcct cactgcactc cagcctggaa 180
gatagagcaa gaccctgtct cttaaaaaac aggcaaatta ttgattatag ttcagtgggc 240
taaatcctgt ggtagaaaca ttcatgcata gggtggtgca tccacatcag tcttaggtgg 300
gaggagggtc atggaaggca gatttttggt tgcacttgaa ctgaactttg aaggatgatt 360
aggagtaagc tgggtggggg aagggaagaa cctaccaggc agaaggactg gcataagtaa 420
aggcttattt gtaagaagta gcatggcaca ttaagggaag ttgaggttgt tcagtatgac 480
cctaccg 487
【0269】
<210> 156
<211> 333
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 156
cgtcacacca acactgagaa ggtagtattt tcattttttc tgaggctcag agtttaaata 60
gctttcccga gatcacacat tggcatgctg ggatttgaac ccagagagtc tgaatccaga 120
gtctgaactt cgatcctctg cctcagcctc tcaagtagct gggagagaat ttttaaattt 180
tttgtagaaa cagggtctca ctacattgcc cacactggtc ttgaactcct ggcctcaagc 240
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【0270】
<210> 157
<211> 763
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 157
gatcgcattg tcacaggctt gtccttagtt ggagggtgat ctgtgttggg aaaccttttt 60
agaagaaatt actcttgagc tgagatttat gccctgttta gtgtgtaatc ccagaattac 120
tagtgaaatg ggttggtaaa tagggtaatt ttttttccct cctgaatttg gtggatcttt 180
tagagttgaa tagacagcac tttctgcaac agatggggat ttagacaggg aggacacttt 240
agttgtgctt agtttcttct accatccgtg gcatggaaat aattaggtat tataatgatt 300
taaaggactt aagttcagtc tttttggttc ttttcttttc ataagattct tattaggtac 360
gataaagcat tgattgcaag tacttcttta accatacatg atgatgtatt ttcgtgaaag 420
tagagctgta aaaatctagc ccattcagct gggctcaggg gctcatgcct gtaatcccag 480
cactttggga ggctgaggca gaaggatcac ttgagatcag gagttcaaga ccagcctaag 540
caacatagca agaccccatc tctacagaaa atttaaaaaa ttagctggac atgcccctgt 600
agtcccactc aggagactga ggtgggagga tcacttgagc ccaggaggtc gaggctacag 660
tgagctgtga ttgtgccact gcactccagc ctgagtgaca gagcaagacc ctgtctcaaa 720
aataaaataa atctgactca ttaaattgat ttttaaatac tcg 763
【0271】
<210> 158
<211> 470
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 158
cttgattgcc cattacaaca actgggaggt tagaaaatat atattgatat taagtccctc 60
cccagacaga ttatattaga gtctccagta ggagctttct ccccagggga cattattttg 120
tagccagggc tgagaatcac tgcattaagg acaaatggac tagggagtaa aaagctcaaa 180
agtgggcttg cagatttaga gttgtagatc acatgctgtt tacctctaaa tttatttaat 240
aatttgaaat atgggaaaaa gataattact tagttcaaaa tttaatttag ataaatttcc 300
gctatagctt aaaatgataa ctagtctatg tctcagaata attaattttg gctgggcgtg 360
gtggctcact cctgtaaatc ccagcaccct gggaggccaa ggtgggtgga tcacttgagg 420
tcaggagttc gagaccagcc tgcccaacat ggtgaaaccc cgtctctacg 470
【0272】
<210> 159
<211> 295
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 159
tggattggtc gggtgtggtg gctcatgcct gtaatcccag cactttggga ggcccaggtg 60
ggtggatcac ctaaggtcag gagttcaaga ccagcctgac caacatggag aaaccccatc 120
tctactaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaagc tgtgcatggt ggtgcatccc tgtaatccca 180
gctcctcggg aggctgaggc aggagaatcg cttaaaccag ggagccagag attgcagtga 240
ccaagatcac atcattgcac tccagcctgg gcaacaagag cgaaactcca tctcg 295
【0273】
<210> 160
<211> 295
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 160
gttgcgatcc cagatactcg ggagggtgag gcgggagaat cacttgaacc tgggaggcgg 60
cggttgcagt gagccgatat catcccaccg cactctggcc tgggcaacag tgagactcgg 120
tctc 124
【0274】
<210> 161
<211> 608
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 161
caaacgtcgg ggcattccgg ataggccgag aaagtgttgt gggaagaaag ttagatttac 60
gccgatgaat atgatagtga aatggatttt ggcgtaggtt tggtctaggg tgtagcctga 120
gaatagggga aatcagtgaa tgaagcctcc tatgatggca aatacagctc ctattgatag 180
gacatagtgg aagtgagcta caacgtagta cgtgtcgtgt agtacgatgt ctagtgatga 240
gtttgctaat acaatgccag tcaggccacc tacggtgaaa agaaagatga atcctagggc 300
tcagagcact gcagcagatc atttcatatt gcttccgtgg agtgtggcga gtcagctaaa 360
tactttgacg ccggtgggga tagcgatgat tatggtagcg gaggtgaaat atgctcgtgt 420
gtctacgtct attcctactg taaatatatg gtgtgctcac acgataaacc ctaggaagcc 480
aattgatatc atagctcaga ccatacctat gtatccaaat ggttcttttt ttccggagta 540
gtaagttaca atatgggaga ttattccgaa gcctggtagg ataagaatat aaacttcagg 600
gtgacccg 608
【0275】
<210> 162
<211> 315
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 162
gatctcagac cacagtggaa taaaactgga aatcaactcc aaaaggaacc ttcaaaacca 60
tgcaaataaa tggaaattaa ataacctcct gaattatcat tgggtcaaca gcaaaatcaa 120
gatggaaatt taaaattgaa ctgaacaata atagtgacac aacctatcaa aacctctggg 180
atacagcaaa ggcaatgcta aggggaaagg tcacagccta aatgcctaca tcaaaaagta 240
tgaaagaaca caaatagaca atctaaggtc acacctcaag gaactagaga aacaagaaca 300
aaccaaaccc agccc 315
【0276】
<210> 163
<211> 666
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 163
ctgatccatg ctataaagtg gacgaacctt gcaaacctta cgtgaaatga aaaaagccaa 60
gacccaagag gtcacctata gtatgagtca acttgtatga aatatccaga atagagaaat 120
ccatagagac agaaagcaga cactggtagt tgccaggggt tggagagagg aaagaatggg 180
aagaagactt acatagtgag taaggggttt tactttggag tgatggaaat gcgttggatc 240
tagatagaag tggcggtttt gcacaacgtt gtgaatggac taaatgccac tgaattgttc 300
actttatgta tttattttat ttttatttat ttatttgtag agacggggtc ttgctgcatt 360
gcccaggctg ctgtcaaact cctaagctca cccaggcgca atggctcatg cttgtaatcc 420
cagcactggg aggccaaggt gggcggatca cctgaggtca ggagttcgag accagcatgg 480
ccaacatggc gaagccccgt ctctactaaa attacaacaa ttagtatggt gtggtggtga 540
acgcctgtag tcccagctac ttaggaggct gaggcaggag aatcgcttga accccggagg 600
ccgaaggttg cagtgagccg agatcacgcc actgcactct agcctgggcg acaagagcaa 660
gactcg 666
【0277】
<210> 164
<211> 201
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 164
caaacgtcgg gtcacatggg aatgtggtaa agcctcatta ctgtagagtt cagacatgat 60
cacttaaaaa gagctttatt gggccgggcg cggtggctta ctcctataat cccagcactt 120
tggggggccg aggcaggcag atcacctgag gtcaggagtt cgggaccagc ctggctaaca 180
tggcaaaacc ctatctcttc c 201
【0278】
<210> 165
<211> 340
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 165
gatcaatcgc ccacatcact cgagacgtaa attatggctg aatcatccgc taccttcacg 60
ccaatggcgc ctcaatattc tttatctgcc ccttcctaca catcggacga ggcctatatt 120
acggatcatt tctctactca gaaacctgaa acatcggcat tatcctcctg cttgcaacta 180
tagcaacagc cttcataggc tatgtcctcc cgtgaggcca aatatcattc tgaggggcca 240
cagtaattac aaacttacta tccgccatcc catacattgg gacagaccta gttcaatgaa 300
tctgaggagg ctactcagta gacagtccca ccctcacacg 340
【0279】
<210> 166
<211> 578
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 166
gatcgcattg ctataaagaa ctatctgaga ctgggtaatt tatgaagaaa aagaggttta 60
attgacttac agttccttag gctgtacaag aagcctggct ggggagattt caggaaattt 120
aaaaccatgg cggaaggcga aggggaagca ggcatgtctt atatgacctg agaaggagga 180
ggagagtgca gggggaggtg ctacacactt ttaaacaacc agatctcgtg agaactcact 240
accacaagaa cagcaaggga caactctgtc cccatgatcc agtcacctct caccagaccc 300
ctccaacact ggggattaca attttacatg agatttgggt gaagacacaa atccaaacca 360
tgtcgccatg gttaagccac acatgactgt atataaccta cttgtatcct tgcatatact 420
ttaaataatc tctagattac acattataat acctaataca ggccgggtgt ggtggcccat 480
gcttgtaatc ccagcacttt cagaggccaa ggcaggtgga tcacgaggtc aggagttcaa 540
gaccagcctg gccaacacag tgaaacccca tctctacg 578
【0280】
<210> 167
<211> 143
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 167
gttttcgcag tcctgaacaa aatactaaca aactgaactc agcaatatat gaaatggatt 60
atatgccatg aaaagtagga tttatttaag gaacggcaag gtcggttctt catacaaaaa 120
tcaatttatt acaccatatt aac 143
【0281】
<210> 168
<211> 637
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> variation
<222> 39
<223> n is a or c or g or t.
<400> 168
gatcgcattg ccaagttaaa tccttaagca aaaaagganc aaagctggag gcatcatgct 60
acctgacttc aaaactatac taccaggctt ccagtaacca aaacagcatg atactggtac 120
caaaacagat atatagacca atggaacaga acagaggcct cagaaataac accacacatc 180
tacaatcatc tgatctttga caaacctgac aaaaacaaga aatggggaaa gaattcccta 240
tttaataaat ggtgttggga aaactggcta gccatatgta gaaagctgaa attggatccc 300
ttccttatac cttatacaaa aattaattca agatggatta aagacttaaa tgttagacct 360
aaaaccataa aaaccctaga agaaaaccta ggcgatacct ttcaggacat aggcatgggc 420
aaggacttca tgactaaaac accaaaagtg atggtaacaa aagccaaaag ccaaaataga 480
caaatgggat ctaattaaac taaagagctt ccgcacagca aaagaaacta tcatcagagt 540
gagcagacaa cctaaagagt gggagaaaat ttttgcaatc tacacatttg acaaagggct 600
aatttccaga atctacaaag aacttaaaca aatttac 637
【0282】
<210> 169
<211> 433
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 169
gatcaatcgc atcatcaccc aagctgtcaa aaatgtgaac attcgtggat ttttttctat 60
ttgcaagcca aaaaatgaag actgtcaact tcatggatat tagaagaagg catgagattc 120
ctaggcctga tgaaaaatat ttgatggttc atcacacaaa tggaagcaag agctccatat 180
ctgtatctgt tccccacgtc cactccaagt gacagggatg atcaaagaga cccaactgga 240
tgctttctgc tcagtagatt ttgatcacag ctgaggaatc tcaaggttaa gaaatcccag 300
tgctttggca gggcacggtg gctcacgcct gtaatcccag cacttttgga ggccgaggcg 360
ggcagatcac gaggtcagga gattgagacc atcctggcta acacggtgaa accccgtctc 420
tactaaaaat acg 433
【0283】
<210> 170
<211> 739
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 170
ctgatccatg accgggtaaa aaatgtcttg aaatcacatc aggctcatca aagacattta 60
tatgatgaga gagacctaga gaaagatgat gacctggaac ctgaaaggaa gtcttttatg 120
tagagactct gcctatgaca gtgaccccga gtatagcact gttcacagga gcaaagtctt 180
ggaaccaacc caaatgccca tcaacgatag actggataca gaaatgtgga atgcaccata 240
tgtcctcatc tgaaagtctc tgcaggatgg tctgactcac gcgagtggtt ttgagataag 300
ttgtgttata cctcaggtta ggtaaagtcg agagatgaac taacttaaaa agtagtgatg 360
tttacataga atctaaattg gaaaagacaa taatatcagc attagaaagt ttgcctttaa 420
gtaaaaaaaa ttattagcca taataggttt tacattcttc gtaatagaat atcctaaagc 480
aataaaacct ccactatgtg aactctaagt tctgaatatc cgaatttttc aaatagttct 540
gagttatatt taatttgttc tttactgact agaacacttc ctaatttatc acatcatttt 600
taacctcctt caaacatact gaatatattt ttttccaggg tttattgagg tataattgac 660
aaacaaaaat tgtgtatgta aggtgtacaa tgtgatgttt tgatatgtga aatacatttg 720
atggattctt gggcttcct 739
【0284】
<210> 171
<211> 380
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 171
gatctgacac caagcacagg caacagaagt gaaaataggc aaatgggact atatcagatg 60
taaaatgttt gtgccttaaa taacacaaca attgacagaa tgcaaagaca acctacggaa 120
taagagaaaa tatttgcaaa tgatacatct gatatgtggt taatattgaa aatatataca 180
gaactacaac aacttaacac caaaaaaatc aaataacaca attcaaaaat gggcaaagag 240
cttgaataga cacgtctcca aagaagatat acaaatgaca aacaagcacg tgaaaaaatg 300
ttcattatta atcattaaag aaaagcaatt tgaaaccgca atgagatacc aactcatacc 360
tatcgggatg gctactatcg 380
【図1】この発明の実施の形態1である遺伝子発現プロ
ファイル解析装置の構成を示すブロック図である。
ファイル解析装置の構成を示すブロック図である。
【図2】遺伝的アルゴリズムにおける遺伝子の組み合わ
せの表現方法を説明した説明図である。
せの表現方法を説明した説明図である。
【図3】遺伝的アルゴリズムにおける遺伝子の組み合わ
せの評価関数(予後の存命月数の予測誤差に関する評
価)のグラフの一例を示す説明図である。
せの評価関数(予後の存命月数の予測誤差に関する評
価)のグラフの一例を示す説明図である。
【図4】遺伝的アルゴリズムにおける遺伝子の組み合わ
せの評価関数(採用した遺伝子数に関する評価)の説明
図である。
せの評価関数(採用した遺伝子数に関する評価)の説明
図である。
【図5】従来の方法によって予後の存命月数を推定した
結果を示す説明図である。
結果を示す説明図である。
【図6】この発明の方法によって予後の存命月数を推定
した結果を示す説明図である。
した結果を示す説明図である。
【図7】各遺伝子と予後の存命月数の相関係数の分布を
示した説明図である。
示した説明図である。
【図8】この発明の実施の形態1である遺伝子発現プロ
ファイル解析方法の処理の流れを示すフローチャートで
ある。
ファイル解析方法の処理の流れを示すフローチャートで
ある。
1 入力手段
2 データ前処理手段
3 遺伝子組み合わせ手段
4 第1推定手段構築手段
5 第1推定手段
6 遺伝子組み合わせ評価手段
7 組み合わせ制約手段
8 第2推定手段構築手段
9 第2推定手段
10 出力手段
S1 入力ステップ
S2 データ前処理ステップ
S3 遺伝子組み合わせ候補生成ステップ
S4 第1推定方法生成ステップ
S5 第1推定ステップ
S6 遺伝子組み合わせ評価ステップ
S7 遺伝子組み合わせ抽出ステップ
S8 遺伝子組み合わせ制約ステップ
S9 第2推定方法生成ステップ
S10 第2推定ステップ
S11 出力ステップ
─────────────────────────────────────────────────────
フロントページの続き
(51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考)
G06F 17/30 170 C12N 15/00 ZNAA
G06N 3/12 F
(72)発明者 峰野 純一
滋賀県大津市瀬田三丁目4番1号 寳酒造
株式会社中央研究所内
(72)発明者 向井 博之
滋賀県大津市瀬田三丁目4番1号 寳酒造
株式会社中央研究所内
(72)発明者 浅田 起代蔵
滋賀県大津市瀬田三丁目4番1号 寳酒造
株式会社中央研究所内
(72)発明者 加藤 郁之進
滋賀県大津市瀬田三丁目4番1号 寳酒造
株式会社中央研究所内
(72)発明者 香川 芳範
兵庫県尼崎市塚口本町五丁目4番36号 三
菱スペース・ソフトウエア株式会社関西事
業部内
(72)発明者 谷嶋 成樹
兵庫県尼崎市塚口本町五丁目4番36号 三
菱スペース・ソフトウエア株式会社関西事
業部内
(72)発明者 永野 隆文
東京都千代田区丸の内二丁目2番3号 三
菱電機株式会社内
(72)発明者 山田 訓
東京都千代田区丸の内二丁目2番3号 三
菱電機株式会社内
Fターム(参考) 4B024 AA11 AA19 AA20 CA04 CA09
CA12 CA20 HA14
4B029 AA23 BB20 CC03 FA15
4B063 QA01 QA05 QA19 QQ02 QQ53
QR32 QR56 QR62 QR82 QS16
QS25 QS34 QS39
5B075 ND20 NK02 PR06 QM08 UU19
Claims (40)
- 【請求項1】各試料における遺伝子発現プロファイルデ
ータと注目する評価指標データとを受け取る入力手段
と、入力されたデータから評価指標データ推定のための
遺伝子の組み合わせ候補を生成する遺伝子組み合わせ手
段と、遺伝子の組み合わせ候補の遺伝子発現プロファイ
ルデータから評価指標データを推定する手段を構築する
第1推定手段構築手段と、該第1推定手段構築手段によ
り構築され遺伝子の組み合わせ候補の遺伝子発現プロフ
ァイルデータから評価指標データを推定する第1推定手
段と、前記第1推定手段を用いて前記遺伝子の組み合わ
せ候補を評価し、予め設定された基準を満たしていれば
組み合わせ結果を出力手段に出力し、満たしていなけれ
ば再度前記遺伝子組み合わせ手段に処理を戻す遺伝子組
み合わせ評価手段と、前記遺伝子の組み合わせ結果と評
価指標データを推定する推定法を出力する前記出力手段
とを備え、注目する評価指標と関係の深い遺伝子を抽出
し、評価指標データを推定する推定法を得ることを特徴
とする遺伝子発現プロファイル解析装置。 - 【請求項2】遺伝子発現プロファイルデータを正規化、
及び注目する評価指標と相関の低い遺伝子発現データを
取り除く処理ができるデータ前処理手段を備えたことを
特徴とする請求項1に記載の遺伝子発現プロファイル解
析装置。 - 【請求項3】遺伝子の組み合わせ結果の遺伝子発現プロ
ファイルデータから評価指標データを推定する手段を構
築する第2推定手段構築手段と、該第2推定手段構築手
段により構築され前記遺伝子の組み合わせ結果の遺伝子
発現プロファイルデータから評価指標データを推定する
第2推定手段とを備え、前記遺伝子の組み合わせ結果と
して抽出された遺伝子発現プロファイルデータを受け取
り、前記第2推定手段を利用して評価指標データを推定
できるように構成したことを特徴とする請求項1又は2
に記載の遺伝子発現プロファイル解析装置。 - 【請求項4】遺伝子の組み合わせ手段における組み合わ
せを制約する組み合わせ制約手段を備え、遺伝子の機
能、遺伝子同士の関連に関する既知の知識を利用できる
ことを特徴とする請求項1乃至3のいずれか1項に記載
の遺伝子発現プロファイル解析装置。 - 【請求項5】遺伝子の組み合わせ手段に遺伝的アルゴリ
ズムを用いることを特徴とする請求項1乃至4のいずれ
か1項に記載の遺伝子発現プロファイル解析装置。 - 【請求項6】遺伝子の組み合わせ手段に用いる遺伝的ア
ルゴリズムで遺伝子の組み合わせを評価する指標とし
て、評価指標データの推定誤差と採用する遺伝子数に基
づく指標を用いることを特徴とする請求項5記載の遺伝
子発現プロファイル解析装置。 - 【請求項7】遺伝子の組み合わせ手段に用いる遺伝的ア
ルゴリズムにおける遺伝子の組み合わせの変化法とし
て、遺伝子の採用と非採用を同程度変化させ、採用する
遺伝子数を大きく変化させないことを特徴とする請求項
5又は6に記載の遺伝子発現プロファイル解析装置。 - 【請求項8】第2推定手段構築手段として、誤差逆伝播
学習を用いたニューラルネットワークによって推定法を
学習することを特徴とする請求項4又は7記載の遺伝子
発現プロファイル解析装置。 - 【請求項9】(1) 遺伝子発現プロファイルデータと
評価指標データを入力するステップ、(2) 入力され
たデータから遺伝子の組み合わせ候補を生成し、評価指
標データを推定する方法を生成するステップ、(3)
(2)で生成された方法で評価指標データを推定するス
テップ、及び(4) (3)で得られた遺伝子の組み合
わせ候補の評価指標の推定値を用いて、評価指標と関係
の深い一つ又は複数の遺伝子を抽出するステップを含
む、注目する評価指標と関係の深い一つ又は複数の遺伝
子の組み合わせと、評価指標データを推定する推定法を
得ることを特徴とする遺伝子発現プロファイル解析方
法。 - 【請求項10】(1) 遺伝子発現プロファイルデータ
を正規化するステップ、及び(2) 注目する評価指標
と相関の低い遺伝子発現データを取り除くステップを含
むデータ前処理ステップを含むことを特徴とする請求項
9に記載の遺伝子発現プロファイル解析方法。 - 【請求項11】請求項9又は10に記載の方法を用いて
抽出された、遺伝子の組み合わせと評価指標データと評
価指標データを推定する推定法と遺伝子の組み合わせの
遺伝子発現プロファイルデータを用いて、(1) 抽出
された遺伝子組み合わせとその遺伝子発現プロファイル
データからその評価指標データを推定する推定法を生成
するステップ、及び(2) (1)で生成された推定法
で評価指標データを推定するステップを含み、評価指標
データを推定できることを特徴とする遺伝子発現プロフ
ァイル解析方法。 - 【請求項12】(1) 遺伝子の機能、遺伝子同士の関
連に関する既知の知識を入力するステップ、及び(2)
(1)で入力された既知の知識から遺伝子の組み合わ
せを制約するステップを含む、請求項9乃至11のいず
れか1項に記載の遺伝子発現プロファイル解析方法。 - 【請求項13】遺伝子の組み合わせの生成方法に、遺伝
的アルゴリズムを用いることを特徴とする請求項9乃至
12のいずれか1項に記載の遺伝子発現プロファイル解
析方法。 - 【請求項14】遺伝子の組み合わせを評価する指標とし
て、前記評価指標データの推定誤差と採用する遺伝子の
数に基づく指標を用いることを特徴とする請求項9乃至
13のいずれか1項に記載の遺伝子発現プロファイル解
析方法。 - 【請求項15】遺伝的アルゴリズムにおける遺伝子の組
み合わせの変化法として、遺伝子の採用と非採用を同程
度変化させ、採用する遺伝子数を大きく変化させないこ
とを特徴とする請求項9乃至14のいずれか1項に記載
の遺伝子発現プロファイル解析方法。 - 【請求項16】評価指標データを推定する推定法を生成
する方法として、誤差逆伝播学習を用いたニューラルネ
ットによって推定法を学習することを特徴とする請求項
12又は15に記載の遺伝子発現プロファイル解析方
法。 - 【請求項17】試料数nの被検試料における遺伝子発現
プロファイルデータと、当該試料の評価指標データから
評価指標データの推定に使用できる遺伝子を選択し、当
該選択された遺伝子の発現データから各被検試料の評価
指標データを推定する方法において、評価指標データ推
定のための遺伝子の組み合わせ候補の数をn未満とし、
評価指標データを推定する推定手段により得られる評価
指標データの推定誤差から遺伝子の組み合わせ候補を評
価する、ことを特徴とする評価指標データの推定方法。 - 【請求項18】請求項9乃至17のいずれか1項に記載
の方法を用いて選択された遺伝子、提供される評価指標
データの推定法に基づいて被検試料における評価指標デ
ータを推定する方法であって、(1) 被検試料におけ
る、選択された遺伝子発現プロファイルデータを得る工
程、及び(2) 工程1で得られた遺伝子発現プロファ
イルデータを前記評価指標データの推定法で処理し、被
検試料の評価指標データを推定する工程を包含すること
を特徴とする被検試料の評価指標データ推定方法。 - 【請求項19】工程(1)において、選択された遺伝子
発現プロファイルデータが被検試料中の遺伝子由来のm
RNA量の測定から得られることを特徴とする請求項1
8に記載の評価指標データ推定方法。 - 【請求項20】mRNA量の測定がハイブリダイゼーシ
ョン法又は核酸増幅法により実施される請求項19に記
載の評価指標データ推定方法。 - 【請求項21】mRNA量の測定がDNAアレイを使用
したハイブリダイゼーション法により実施される請求項
20に記載の評価指標データ推定方法。 - 【請求項22】被検試料が被験者由来の癌病変部試料で
あり、評価指標データが前記被験者の予後である請求項
18乃至21のいずれか1項に記載の評価指標データ推
定方法。 - 【請求項23】請求項9乃至17のいずれか1項に記載
の方法を用いて選択された遺伝子、又はその断片が担体
上の予め定められた領域に固定化されていることを特徴
とするDNAアレイ。 - 【請求項24】請求項9乃至17のいずれか1項に記載
の方法を用いて選択された遺伝子、又はその断片にそれ
ぞれハイブリダイズ可能なプローブを含有することを特
徴とするキット。 - 【請求項25】請求項9乃至17のいずれか1項に記載
の方法を用いて選択された遺伝子、又はその断片を核酸
増幅法によってそれぞれ増幅するための少なくとも1種
のプライマーを含有することを特徴とするキット。 - 【請求項26】被検試料における遺伝子発現プロファイ
ルデータより当該試料に関する評価指標データを得るた
めの装置であって、(1) 請求項9乃至17のいずれ
か1項に記載の方法を用いて選択された前記遺伝子発現
プロファイルデータを入力する手段、(2) 請求項9
乃至17のいずれか1項に記載の方法を用いて提供され
る前記評価指標データの推定法により、前記手段(1)
で得られた前記遺伝子発現プロファイルデータから被検
試料における前記評価指標データを推定する手段、及び
(3)前記手段(2)で得られた評価指標データを出力
する手段、を包含することを特徴とする評価指標データ
推定装置。 - 【請求項27】手段(1)が、請求項9乃至17のいず
れか1項に記載の方法を用いて選択された遺伝子の発現
を測定する手段を備えていることを特徴とする請求項2
6に記載の評価指標データ推定装置。 - 【請求項28】手段(1)が、選択された遺伝子、又は
その断片が担体上の予め定められた領域に固定化された
DNAアレイを備えていることを特徴とする請求項27
に記載の評価指標データ推定装置。 - 【請求項29】遺伝子組み合わせの評価に数式 を用いたことを特徴とする請求項1に記載の遺伝子プロ
ファイル解析装置。 - 【請求項30】遺伝子の採用、非採用の決定に数式 を用いたことを特徴とする請求項1に記載の遺伝子プロ
ファイル解析装置。 - 【請求項31】遺伝子組み合わせの評価に数式 を用いたことを特徴とする請求項9に記載の遺伝子プロ
ファイル解析方法。 - 【請求項32】遺伝子の採用、非採用の決定に数式 を用いたことを特徴とする請求項15に記載の遺伝子プ
ロファイル解析方法。 - 【請求項33】請求項1乃至22又は請求項26乃至3
2のいずれか1項に記載の方法又は装置により抽出され
た評価指標と関係の深い遺伝子発現プロファイルデータ
と評価指標データの推定法のデータを蓄積し、それらの
中の少なくとも1つ以上の遺伝子発現プロファイルデー
タ及び評価指標データの推定法のデータを用いて被検試
料の遺伝子発現プロファイルデータを分類する方法。 - 【請求項34】請求項1乃至22又は請求項26乃至3
3のいずれか1項に記載の方法又は装置により抽出され
た評価指標と関係の深い遺伝子発現プロファイルデータ
と評価指標データの推定法のデータと遺伝子の組み合わ
せを蓄積し、それらの中の少なくとも1つ以上の遺伝子
発現プロファイルデータ及び評価指標データの推定法デ
ータを用いて被検試料の遺伝子発現プロファイルデータ
を分類する方法。 - 【請求項35】請求項1乃至22又は請求項26乃至3
3のいずれか1項に記載の方法又は装置を用いて選択さ
れた遺伝子と提供された評価指標データの推定法を蓄積
する際に、少なくとも遺伝子と評価指標データと評価指
標データの推定法を関連付けて蓄積することを特徴とす
るデータベース。 - 【請求項36】遺伝子の組み合わせに対して、評価指標
データ及び評価指標データの推定法を関連付けて蓄積す
ることを特徴とする請求項35に記載のデータベース。 - 【請求項37】請求項35又は36に記載のデータベー
スを備えていることを特徴とする請求項1に記載の遺伝
子プロファイル解析装置。 - 【請求項38】請求項35又は36に記載のデータベー
スを用いることを特徴とする請求項9に記載の遺伝子プ
ロファイル解析方法。 - 【請求項39】評価指標が被検試料を得た被験者の予後
である、請求項1に記載の遺伝子発現プロファイル解析
装置。 - 【請求項40】評価指標が被検試料を得た被験者の予後
である、請求項9に記載の遺伝子発現プロファイル解析
方法。
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---|---|---|---|
JP2001192146A JP2003004739A (ja) | 2001-06-26 | 2001-06-26 | 遺伝子発現プロファイル解析方法及び装置 |
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Publication Number | Publication Date |
---|---|
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---|---|---|---|
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