JP2002543761A - 結核症抗原およびそのための使用の方法 - Google Patents

結核症抗原およびそのための使用の方法

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マイケル ジェイ. ロデス,
レイモンド エル. ホートン,
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Abstract

(57)【要約】 結核の診断および処置のための化合物および方法が開示される。化合物としては、M.tuberculosis抗原Mtb−81およびMtb−67.2、その免疫原性部分およびそのような部分をコードするポリヌクレオチドが挙げられる。そのような組成物は、例えば、M.tuberculosis感染の免疫治療および血清診断のために使用され得る。本発明は、Mtb−81の免疫原性部分、またはその改変体を含む、単離されたポリペプチドであって、その改変体は、Mtb−81特異的抗血清またはT細胞と反応する改変体の能力が実質的に減少されるような、一つ以上の置換、付加、挿入および/または欠失において異なる、ポリペプチドを提供する。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】 (技術分野) 本発明は、一般に、結核の検出および処置に関する。本発明は、より詳細には
、Mycobacterium tuberculosis抗原、またはその部
分もしくは他の改変体の少なくとも一部を含むポリペプチド、およびM.tub
erculosis感染の血清診断および免疫治療のためのこのようなポリペプ
チドの使用に関する。
【0002】 (発明の背景) 結核は、慢性の、感染性疾患であり、一般にMycobacterium t
uberculosisの感染により生じる。結核は発展途上国で主要な疾患で
あり、そして世界中の先進地域で問題が増大しており、毎年約8百万人が新たに
発病し、そして3百万人が死亡する。感染はかなりの期間無症候性であり得るが
、この疾患は、最も一般的には、発熱および痰を伴わない咳を生じる肺の急性炎
症として発現する。処置しないでおくと、M.tuberculosis感染は
、一般には、重篤な合併症および死をもたらす。
【0003】 結核の蔓延を防止するためには、疾患の正確な初期診断が必要である。最も一
般的な診断方法は、皮膚テストである。皮膚テストは、ツベルクリンPPD(精
製されたタンパク質の誘導体)に対する皮内曝露を含む。抗原特異的T細胞応答
は、注射後48〜72時間で注射部位に測定可能な硬結(indubation
)を生じ、これはマイコバクテリア抗原への曝露を示す。しかし、このツベルク
リンテストは、世界中で用いられているが、その感受性および特異性については
問題がある。例えば、カルメット‐ゲラン杆菌(Bacillus Calme
te−Guerin)(BCG)でワクチン接種された個体は感染した個体と区
別され得ない。さらに、結核は、AIDS患者がしばしば発症するが、結核皮膚
テストの感受性は、HIV感染の間低下する。
【0004】 従って、当該分野において結核感染、特にHIV感染個体における結核感染を
検出するための改善された診断方法についての必要性が存在する。本発明は、こ
れらの必要性を満たし、そしてさらに他の関連する利点を提供する。
【0005】 (発明の要旨) 簡潔に述べると、本発明は結核を診断および治療するための組成物および方法
を提供する。特定の局面において、単離されたポリぺプチドが開示され、このポ
リぺプチドは、M.tuberculosis抗原(本明細書中でMtb−81
またはMtb−67.2と呼ばれる)の一方または両方の免疫原性部分を含む。
あるいは、このようなポリぺプチドは、抗原特異的抗血清と反応する改変体の能
力を実質的に減少しないような、1つ以上の置換、欠失、付加および/または挿
入において異なるいずれかの抗原の改変体を含み得る。特定の実施形態において
、ポリぺプチドは、図1A〜1F(配列番号2)または図5(配列番号5)に記
載されるアミノ酸配列を含む。公知のM.tuberculosis抗原と組合
せてこのようなポリぺプチドを含む融合タンパク質がまた、提供される。
【0006】 Mtb−81ポリぺプチドまたはMtb−67.2ポリぺプチドの全てまたは
一部をコードするポリヌクレオチドもまた提供され、図1A〜1F(配列番号1
)または図4(配列番号4)に記載される配列に相補的な少なくとも15の連続
したヌクレオチドを含むアンチセンスポリヌクレオチドも提供される。このよう
なポリヌクレオチドを含む組換え発現ベクター、およびこのようなポリヌクレオ
チドで形質転換されたかまたはトランスフェクトされた宿主細胞もまた、提供さ
れる。
【0007】 さらなる局面では、本発明は、抗体、およびその抗原結合フラグメント(これ
らはMtb−81またはMtb−67.2に特異的に結合する)を提供する。こ
のような抗体は、ポリクローナルまたはモノクローナルであり得る。
【0008】 特定の局面において、本発明は、生物学的サンプル中のM.tubercul
osis感染の存在または非存在を決定するための方法を提供する。特定のこの
ような方法は、以下の工程:(a)生物学的サンプルを上記ポリペプチドまたは
このようなポリぺプチドを発現する抗原提示細胞と接触させる工程;(b)この
サンプルにおいて、生物学的サンプル中のポリぺプチドと抗体との間に形成され
る免疫複合体の量を検出する工程;および(c)ポリぺプチドの量をカットオフ
値と比較する工程、を包含する。生物学的サンプルとしては、全血、血清、痰、
血漿、唾液、脳脊髄液および尿が挙げられるが、これらに限定されない。
【0009】 他の方法は、以下の工程:(a)T細胞を含む生物学的サンプルを、上記のよ
うな単離されたポリぺプチドと接触させる工程;(b)このサンプルにおいて、
ポリぺプチドと特異的に反応するT細胞の量を検出する工程;および(c)検出
されたT細胞の量をカットオフ値と比較する工程、を包含する。
【0010】 なおさらなる方法は、以下の工程:(a)生物学的サンプルにおいて、上記の
ようなポリぺプチドをコードするmRNAの量を検出する工程;および(b)検
出されたポリヌクレオチドの量をカットオフ値と比較する工程、を包含する。特
定の実施形態では、mRNAの量は、例えば、上記のポリぺプチドをコードする
ポリヌクレオチドにハイブリダイズする少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプ
ライマー、またはこのようなポリヌクレオチドの相補体を使用して、ポリメラー
ゼ連鎖反応を介して検出される。他の実施形態では、mRNAの量は、ハイブリ
ダイゼーション技術を用いて検出され、この技術は、上記のようなポリぺプチド
をコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプロー
ブ、またはこのようなポリヌクレオチドの相補体を利用する。
【0011】 他のこのような方法は、以下の工程:(a)生物学的サンプルを、上記のよう
な抗体または抗原結合フラグメントと接触させる工程;および(b)サンプル中
において、抗体またはその抗原結合フラグメントと生物学的サンプル中のタンパ
ク質との間で形成される免疫複合体の量を検出する工程、を包含する。このよう
な免疫複合体は、例えば、ELISAまたは競合アッセイを使用して検出され得
る。
【0012】 関連する局面では、本発明は、患者におけるM.tuberculosis感
染の存在または非存在を決定するための方法を提供する。このような方法は、一
般的に、患者から得られた生物学的サンプルを用いて、生物学的サンプル中のM
.tuberculosis感染の存在または非存在を決定するための上記で提
供される方法のいずれかを使用して実施され得る。
【0013】 関連する局面では、患者におけるM.tuberculosis感染について
の治療をモニタリングする方法が提供される。特定の方法は、以下の工程:(a
)第1の時点で、M.tuberculosisに感染した患者から得られた生
物学的サンプルを、上記のような単離されたポリぺプチドまたは抗原提示細胞と
接触させる工程;(b)このポリぺプチドと、このポリぺプチドに特異的に結合
する、生物学的サンプル中の抗体との間で形成される免疫複合体の量を検出する
工程;(c)第2の時点で得られた生物学的サンプルを使用して、工程(a)お
よび(b)を繰り返す工程であって、ここでこの第2の時点は、M.tuber
culosis感染の治療の少なくとも一部の後である、工程;ならびに(d)
工程(a)において検出された免疫複合体の量を、工程(c)において検出され
た量と比較する工程、を包含する。
【0014】 他の局面では、患者におけるM.tuberculosisの治療をモニタリ
ングするための方法は、以下の工程:(a)第1の時点でM.tubercul
osisに感染した患者から得られた生物学的サンプルにおいて、上記のような
ポリぺプチドをコードするmRNAの量を検出する工程;(b)第2の時点でこ
の患者から得られた生物学的サンプル中のこのようなmRNAの量を検出する工
程であって、ここでこの第2の時点は、M.tuberculosis感染の治
療の少なくとも一部の後である、工程;ならびに(c)工程(a)において検出
されたmRNAの量を工程(b)において検出された量と比較する工程、を包含
する。
【0015】 他のこのような方法は、(a)第1の時点でM.tuberculosisに
感染した患者から得られた生物学的サンプルを、上記のような抗体または抗原結
合フラグメントと接触させる工程;(b)このサンプルにおいて、抗体または抗
原結合フラグメントと生物学的サンプル中のタンパク質との間で形成される免疫
複合体の量を検出する工程;(c)第2の時点で得られた生物学的サンプルを使
用して、工程(a)および(b)を繰り返す工程であって、ここでこの第2の時
点が、M.tuberculosis感染の治療の少なくとも一部の後である、
工程;ならびに(d)工程(a)において検出された免疫複合体の量を工程(c
)において検出された量と比較する工程、を包含する。
【0016】 上記の任意の方法のいずれかにおいて、患者は、HIVに感染していてもよい
【0017】 さらなる局面では、診断キットが提供される。このようなキットは、一般的に
、上記のようなポリぺプチド、ポリヌクレオチドまたは抗体を含む。さらに、こ
のようなキットは、本明細書中に提供されるアッセイでの使用のための、検出試
薬または固体支持体材料を含み得る。
【0018】 本発明はさらに、他の局面において、薬学的組成物を提供し、この薬学的組成
物は、(a)上記のようなMtb−81またはMtb−67.2ポリぺプチド;
このようなポリぺプチドをコードするポリヌクレオチド;このようなポリぺプチ
ドを発現する、抗原提示細胞;またはMtb−81(配列番号2)もしくはMt
b−67.2(配列番号5)に特異的に結合する、抗体もしくはその抗原結合フ
ラグメント;ならびに(b)生理学的に受容可能なキャリア、を含む。
【0019】 さらなる局面では、本発明は、ワクチンを提供し、このワクチンは、以下:(
a)上記のようなMtb−81ポリぺプチドまたはMtb−67.2ポリぺプチ
ド;このようなポリぺプチドをコードするポリヌクレオチド;またはこのような
ポリぺプチドを発現する抗原提示細胞;ならびに(b)非特異的免疫応答エンハ
ンサー、を含む。
【0020】 他の局面において、患者における結核の発症を阻害するための方法がさらに提
供され、この方法は、患者に有効量の、以下:(a)上記のポリぺプチド、(b
)このようなポリぺプチドをコードするポリヌクレオチド、(c)ポリぺプチド
を発現する、抗原提示細胞、または(d)Mtb−81(配列番号2)もしくは
Mtb−67.2(配列番号5)に特異的に結合する、抗体もしくはその抗原結
合フラグメント、を投与する工程を包含し、これにより患者において結核の発症
を阻害する。
【0021】 本発明はさらに、Mtb−81またはMtb−67.2に特異的なT細胞を刺
激および/または増殖させるための方法を提供し、この方法は、T細胞を1つ以
上の以下:(i)上記のポリぺプチド;(ii)このようなポリぺプチドをコー
ドするポリヌクレオチド;および/または(iii)このようなポリぺプチドを
発現する抗原提示細胞と、T細胞の刺激および/または増殖を可能にするのに充
分な条件下でかつT細胞の刺激および/または増殖を可能にするのに充分な時間
、接触させる工程を包含する。このような方法により調製された単離されたT細
胞集団もまた提供され、患者における結核の発症を阻害するための方法もまた提
供され、この方法は、患者に有効量のこのようなT細胞集団を投与する工程を包
含する。
【0022】 関連する局面において、本発明は、患者における結核の発症を阻害するための
方法を提供し、この方法は、以下の工程:(a)1つ以上の以下:(i)上記の
ようなポリぺプチド;(ii)このようなポリぺプチドをコードするポリヌクレ
オチド;または(iii)このようなポリぺプチドを発現する抗原提示細胞、を
用いて患者から単離されるCD4+細胞および/またはCD8+T細胞を、T細
胞が増殖するようにインキュベートする工程;ならびに(b)患者に有効量の増
殖したT細胞を投与する工程であって、それにより患者における結核の発症を阻
害する工程を包含する。
【0023】 さらなる局面において、患者における結核の発症を阻害するための方法が提供
され、この方法は、以下:(a)1つ以上の以下:(i)上記のようなポリぺプ
チド;(ii)このようなポリぺプチドをコードするポリヌクレオチド;または
(iii)このようなポリぺプチドを発現する抗原提示細胞を用いて患者から単
離されたCD4+T細胞および/またはCD8+T細胞を、T細胞が増殖するよ
うに、インキュベートする工程;(b)増殖されたT細胞をクローニングする工
程;ならびに(c)患者に有効量の増殖されたT細胞を投与し、そしてそれによ
り患者における結核の発症を阻害する工程を包含する。
【0024】 本発明のこれらおよび他の局面は、以下の詳細な説明および添付の図面を参照
うして明らかになる。本明細書中に開示される全ての参考文献は、各々が個別に
援用されるように、その全体が参考として援用される。
【0025】 (発明の詳細な説明) 上記のように、本発明は概して、M.tuberculosis感染の診断お
よび治療のための化合物および方法に関する。本発明は、部分的に2つのM.t
uberculosis抗原(Mtb−81およびMtb−67.2)の発見に
基づく。本明細書中に提供される化合物は、Mtb−81ポリぺプチド(これは
、少なくともMtb−81の免疫原性部分またはその改変体を含む)、およびM
tb−67.2ポリぺプチド(これは、Mtb−67.2の少なくとも免疫原性
部分またはその改変体を含む)を含む。Mtb−81は、配列番号2および図2
に記載される配列を有する81kDのM.tuberculosis抗原である
。Mtb−67.2は、配列番号5および図5に記載される配列を有する。この
ようなポリぺプチドの少なくとも一部をコードする核酸配列(またはこのような
核酸配列の相補体)もまた,提供される。本明細書中に提供される化合物はまた
、抗体のような結合剤(すなわち、免疫系タンパク質、またはその抗原結合フラ
グメント)を含む。Mtb−81およびMt67.2のポリぺプチド、ポリヌク
レオチドおよび抗体は、結核検出のための種々の血清診断方法において使用され
得、そしてHIVに感染した患者において増大した感受性を提供し得る。このよ
うな化合物はまた、結核の免疫治療に使用され得る。
【0026】 (Mtb−81およびMtb−67.2ポリヌクレオチド) 本明細書中に記載されるような、Mtb−81またはMtb−67.2ポリぺ
プチドをコードする任意のポリヌクレオチドは、本発明に含まれる。好ましいポ
リヌクレオチドは、少なくとも10個の連続したヌクレオチド、好ましくは少な
くとも15個の連続したヌクレオチド、そしてより好ましくは少なくとも30個
の連続したヌクレオチドを含み、これは、Mtb−81またはMtb−67.2
の一部をコードする。特定の実施形態において、ポリヌクレオチドは、Mtb−
81またはMtb−67.2の免疫原性部分をコードし得る。任意のこのような
配列に相補的な少なくとも15個の連続したヌクレオチドを含むポリヌクレオチ
ドはまた、本発明に含まれる。ポリヌクレオチドは、一本鎖(コードまたはアン
チセンス)または2本鎖であり得、そしてDNA(ゲノム、cDNAまたは合成
)分子またはRNA分子であり得る。さらなるコード配列または非コード配列は
、本発明のポリヌクレオチド内に存在し得るが、存在する必要はなく、そしてポ
リヌクレオチドは、他の分子および/または支持物質に連結され得るが、連結さ
れる必要はない。
【0027】 ポリヌクレオチドは、ネイティブの配列(すなわち、Mtb−81、Mtb−
67.2またはその部分をコードする内因性M.tuberculosis配列
を含み得るか、またはこのような配列の改変体を含み得る。特定のポリヌクレオ
チド改変体は、コードされるポリぺプチドの免疫原性が、ネイティブのMtb−
81またはMtb−67.2と比較して低減されないような、1つ以上の置換、
付加、欠失および/または挿入を含み得る。コードされるポリぺプチドの免疫原
性に対する影響が、本明細書中に記載されるように一般的に評価され得る。改変
体は、Mtb−81、Mtb−67.2またはその部分をコードするネイティブ
ポリヌクレオチド配列に対して、好ましくは少なくとも約70%の同一性、より
好ましくは少なくとも約80%の同一性、そして最も好ましくは、少なくとも約
90%の同一性を示す。同一性パーセントは、当業者に周知のコンピューターア
ルゴリズム(例えば、Megalign)を使用してデフォルトのパラメーター
を用いて、配列を比較することにより容易に決定され得る。特定の改変体は、ネ
イティブ遺伝子またはその部分もしくは相補体に実質的に相同である。このよう
なポリヌクレオチド改変体は、穏やかなストリンジェント条件下で、天然に存在
するDNA配列にハイブリダイズし得る。適切な穏やかなストリンジェント条件
は、5×SSC、0.5%SDS、1.0mM EDTA(pH8.0)の溶液
での前洗浄工程;50℃〜65℃で、5×SSC、一晩ハイブリダイズする工程
;次いで65℃で20分間、0.1%SDSを含有する2×SSC、0.5×S
SCおよび0.2×SSCの各々で2回洗浄する工程を含む。
【0028】 遺伝的コードの縮重の結果として、本明細書中に記載されるようなMtb−8
1ポリぺプチドまたはMtb−67.2ポリぺプチドをコードする多くのヌクレ
オチド配列が存在するということは、当業者に理解される。これらのポリヌクレ
オチドのいくつかは、任意のネイティブ遺伝子のヌクレオチド配列に対して最低
限の相同性を保有する。それにもかかわらず、コドンの使用(usage)にお
ける差異に起因して変化するポリヌクレオチドは、特に本発明に含まれる。
【0029】 ポリヌクレオチドは、任意の種々の技術を使用して調製され得る。例えば、ポ
リヌクレオチドは、M.tuberculosisから調製されたcDNAまた
はゲノムDNAからのポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を介して増幅され得る。
このアプローチのために、配列特異的プライマーは、本明細書中に提供される配
列に基づいて設計され得、そして購入され得るか、または合成され得る。
【0030】 増幅された部分は、周知技術を使用して適切なライブラリー(例えば、M.t
uberculosisゲノムライブラリーまたはcDNAライブラリー)から
、全長遺伝子を単離するために使用され得る。このような技術において、ライブ
ラリーは、増幅に適切な1以上のポリヌクレオチドプローブまたはポリヌクレオ
チドプライマーを使用してスクリーニングされる。好ましくは、ライブラリーは
、より大きい分子を含むようにサイズ選択される。ランダムプライムライブラリ
ーもまた、遺伝子の5’領域および上流領域を同定するために使用され得る。
【0031】 ハイブリダイゼーション技術のために、部分配列が、周知技術を使用して標識
され得る(例えば、32Pを用いるニックトランスレーションまたは末端標識によ
って)。次いで、細菌ライブラリーまたはバクテリオファージライブラリーを、
変性させた細菌コロニーを含むフィルター(またはファージプラークを含む菌叢
)にその標識プローブをハイブリダイズさせることによってスクリーニングする
(例えば、Sambrookら、Molecular Cloning:A L
aboratory Manual,Cold Spring Harbor
Laboratories,Cold Spring Harbor,NY,1
989を参照のこと)。ハイブリダイズしたコロニーまたはプラークを、選択お
よび拡大し、そのDNAをさらなる分析のために単離する。cDNAクローンを
、例えば、その部分配列由来のプライマーおよびベクター由来のプライマーを使
用するPCRによって分析し、付加配列の量を決定し得る。制限地図および部分
配列を作製し、1以上の重複クローンを同定し得る。次いで、完全配列を、標準
的技術(これは、一連の欠失クローンを作製する工程を包含し得る)を使用して
決定し得る。次いで、得られた重複配列を、単一の連続する配列にアセンブルす
る。全長cDNA分子を、周知技術を使用して、適切なフラグメントを連結する
ことによって作製する。
【0032】 あるいは、部分cDNA配列から全長コード配列を得るための、多くの増幅技
術が存在する。このような技術において、増幅は、一般に、PCRを介して行わ
れる。任意の種々の市販のキットを使用して、この増幅工程を行い得る。プライ
マーは、例えば、当該分野で周知のソフトウェアを使用して設計され得る。プラ
イマーは、好ましくは、22〜38ヌクレオチド長であり、少なくとも50%の
GC含量を有し、そして約56℃〜72℃の温度で標的配列にアニールする。こ
の増幅された領域を、上記のように配列決定し得、そして重複配列を、連続する
配列にアセンブルし得る。
【0033】 1つのこのような増幅技術は、逆PCRである(例えば、Trigliaら、
Nucl.Acids Res.16:8186,1988)。逆PCRは、制
限酵素を使用して、遺伝子の既知の領域におけるフラグメントを作製する。次い
で、このフラグメントを、分子内連結によって環状化し、そしてこのフラグメン
トを、その既知領域由来の異なるプライマーを用いるPCRのテンプレートとし
て使用する。代替的アプローチにおいて、部分配列に隣接する配列を、リンカー
配列に対するプライマーおよび既知領域に特異的なプライマーを用いる増幅によ
って、回収し得る。この増幅された配列を、代表的には、同じリンカープライマ
ーおよび既知領域に特異的な第2のプライマーを用いる。2回目の増幅に供する
。この手順の変形型(これは、その既知配列から反対方向への伸長を開始する2
つのプライマーを使用する)が、WO96/38591に記載される。別のこの
ような技術は、「cDNA末端の迅速増幅」すなわちRACEとして公知である
。この技術は、ポリA領域またはベクター配列にハイブリダイズする、内部プラ
イマーおよび外部プライマーの使用を包含し、既知配列の5’側および3’側の
配列を同定する。さらなる技術としては、捕捉PCR(Lagerstromら
、PCR Methods Applic.1:111−19,1991)およ
びウォーキングPCR(Parkerら、Nucl.Acids.Res.19
:3055−60,1991)が挙げられる。増幅を使用する他の方法もまた、
全長cDNA配列を得るために使用され得る。
【0034】 コード領域Mtb−81を含む、ゲノムM.tuberculosis DN
A配列を、図1(配列番号3)に示す。この図において、コードされるアミノ酸
残基もまた示し(配列番号2)、Mtb−81のコード領域(配列番号1)を、
黒色実線によって示す。Mtb−67.2をコードするDNA配列(配列番号4
)を図4に示し、そしてそのコードされるアミノ酸残基を図5(配列番号5)に
示す。これらのコード領域およびそれらの部分、ならびにそれらの全てまたは部
分に相補的な配列は、具体的に本発明に包含される。
【0035】 ポリヌクレオチド改変体は、当該分野で公知の任意の方法(化学合成(例えば
、固相ホスホラミダイト化学合成による)を含む)によって一般的に調製され得
る。ポリヌクレオチド配列における改変は、標準的な変異誘発技術(例えば、オ
リゴヌクレオチド指向性部位特異的変異誘発(Adelmanら、DNA 2:
183,1983を参照のこと)を使用して導入され得る。特定の部分を使用し
て、本明細書中に記載されるような、コードされるポリペプチドを調製し得る。
コード配列または相補配列の部分はまた、遺伝子発現を検出するためのプローブ
またはプライマーとして設計され得る。プローブは、種々のレポーター基(例え
ば、放射性核種および酵素)によって標識され得、そして好ましくは、少なくと
も15ヌクレオチド長、より好ましくは、少なくとも30ヌクレオチド長、そし
てなおより好ましくは、少なくとも50ヌクレオチド長である。上記のように、
プライマーは、好ましくは、22〜38ヌクレオチド長である。
【0036】 任意のポリヌクレオチドをさらに改変して、インビボでの安定性を増加し得る
。可能な改変としては、5’末端および/または3’末端での隣接配列の付加;
骨格中のホスホジエステラーゼ結合に代わる、ホスホロチオエートまたは2’O
メチルの使用;ならびに/または、非通常塩基(例えば、イノシン、クエオシン
およびワイブトシン、ならびにアデニン、シチジン、グアニン、チミンおよびウ
リジンの、アセチル形態、メチル形態、チオ形態、および他の改変形態)の含有
が、挙げられるが、これらに限定されない。
【0037】 本明細書中で使用される場合、ヌクレオチド配列は、確立された組換えDNA
技術を使用して、種々の他のヌクレオチド配列に結合され得る。例えば、ポリヌ
クレオチドは、種々のクローニングベクター(プラスミド、ファージミド、λフ
ァージ誘導体およびコスミドを含む)のいずれかにクローニングされ得る。特定
の目的のベクターとしては、発現ベクター、複製ベクター、プローブ生成ベクタ
ーおよび配列決定ベクターが挙げられる。一般的に、ベクターは、少なくとも1
つの生物において機能的な複製起点、簡便な制限エンドヌクレアーゼ部位および
1以上の選択マーカーを含む。他のエレメントは、所望される用途に依存し、当
業者に明らかである。
【0038】 特定の実施形態において、ポリヌクレオチドは、哺乳動物の細胞内への侵入、
およびその細胞内での発現を可能にするように処方され得る。このようなシィ尾
方は、以下に記載のような、治療目的に特に有用である。当業者は、標的細胞に
おけるポリヌクレオチドの発現を達成するための多くの方法が存在し、そして任
意の適切な方法が使用され得ることを認識する。例えば、ポリヌクレオチドは、
ウイルスベクター(例えば、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、レトロウイ
ルス、あるいはワクシニアウイルスまたは他のポックスウイルス(例えば、トリ
ポックスウイルス)が挙げられるが、限定されない)に組み込まれ得る。DNA
をこのようなベクターに組み込むための技術は、当業者に周知である。レトロウ
イルスベクターはさらに、選択マーカーの遺伝子(形質導入された細胞の同定ま
たは選択を補助する)および/または標的部分(特定の標的細胞上のレセプター
に対するリガンドをコードする遺伝子)を、移入するか、または組み込んで、ベ
クターを標的特異的にし得る。標的化はまた、当業者に公知の方法によって、抗
体を使用して達成され得る。
【0039】 治療目的のための他の処方物としては、コロイド分散系(例えば、高分子複合
体、ナノカプセル、ミクロスフェア、ビーズおよび脂質ベース系(水中油エマル
ジョン、ミセル、混合ミセル、およびリポソーム))が挙げられる。インビトロ
およびインビボにおける送達小胞としての使用のために好ましいコロイド系は、
リポソーム(すなわち、人工膜小胞)である。このような系の調製および使用は
、当該分野で周知である。
【0040】 (MTB−81ポリペプチドおよびMTB−67.2ポリペプチド) 本発明の状況において、Mtb−81ポリペプチドは、本明細書中に記載され
るような、Mtb−81(図1A〜1F;配列番号2)の少なくとも免疫原性部
分、またはそれらの改変体を含む。Mtb−67.2ポリペプチドは、Mtb−
67.2(図5;配列番号5)の少なくとも免疫原性部分、またはそれらの改変
体を含む。本明細書中に記載されるポリペプチドは、任意の長さであり得る。ネ
イティブタンパク質由来のさらなる配列および/または異種配列が、存在し得、
そしてこのような配列は、免疫原性部分または抗原性部分をさらに含み得る(し
かし、必ずしも含む必要はない)。
【0041】 本明細書中で使用される場合、「免疫原性部分」は、B細胞表面抗原レセプタ
ーおよび/またはT細胞表面抗原レセプターによって認識される(すなわち、特
異的に結合される)抗原の部分である。このような免疫原性部分は、一般に、M
tb−81、Mtb−67.2またはいずれかの抗原の改変体の、少なくとも5
アミノ酸残基、好ましくは、少なくとも9アミノ酸残基、より好ましくは、少な
くとも15アミノ酸残基、さらにより好ましくは、少なくとも50アミノ酸残基
を含む。免疫原性部分は、Paul,Fundamental Immunol
ogy,第3版、243−247(Raven Press,1993)および
そこに引用される参考文献に要約されるような周知技術を使用して、同定され得
る。このような技術は、抗原特異的な抗体、抗血清および/あるいはT細胞株ま
たはT細胞クローンと反応する能力についてポリペプチドをスクリーニングする
工程を含む。本明細書中で使用される場合、抗血清および抗体は、それらが抗原
に特異的に結合する(すなわち、これらが、ELISAまたは他の免疫アッセイ
においてその抗原と特異的に反応し、無関係なタンパク質とは検出可能に反応し
ない)場合、「抗原特異的」である。このような抗血清および抗体は、本明細書
中に記載されるように、そして周知技術を使用して調製され得る。Mtb−81
またはMtb−67.2の免疫原性部分は、(例えば、ELISAおよび/また
はT細胞反応性アッセイにおいて)その全長ポリペプチドの反応性よりも実質的
に小さくないレベルで、このような抗血清および/またはT細胞と反応する部分
である。免疫原性部分は、このようなアッセイにおいて、その全長ポリペプチド
の反応性と類似またはそれより大きいレベルで反応し得る。このようなスクリー
ニングは、一般的に、当業者に周知の方法(例えば、HarlowおよびLan
e,Antibodies:A Laboratory Manual,Col
d Spring Harbor Laboratory,1988に記載のよ
うな技術)を使用して行われる。例えば、ポリペプチドを固体支持体に固定し、
そして患者の血清を接触させて、その血清中の抗体をその固定されたポリペプチ
ドに結合させ得る。次いで、結合されなかった血清を除去し、結合された抗体を
、検出試薬(例えば、125I標識化プロテインA)を使用して検出し得る。
【0042】 上記のように、ポリペプチドは、Mtb−81またはMtb−67.2の改変
体であり得る。本明細書中で使用される場合、ポリペプチド「改変体」は、ネイ
ティブMtb−81またはMtb−67.2と、1以上の置換、欠失、付加およ
び/または挿入において異なるポリペプチドであり、その結果、そのポリペプチ
ドの免疫原性が、実質的に消失される。言い換えると、抗原特異的な抗血清また
はT細胞と反応する改変体の能力は、そのネイティブ抗原と比較して、増強され
ても、または変化されなくてもよく、あるいは、そのネイティブ抗原と比較して
、50%未満、そしてより好ましくは、20%未満に減少されてもよい。このよ
うな改変体は、一般に、本明細書中に記載のように、上記ポリペプチド配列の1
つを改変し、この改変ポリペプチドの抗原特異的な抗体または抗血清との反応性
を評価することによって同定され得る。ポリペプチド改変体は、好ましくは、少
なくとも70%、より好ましくは、少なくとも90%、そして最も好ましくは少
なくとも95%の、Mtb−81またはMtb−67.2に対する同一性を示す
【0043】 好ましくは、改変体は、保存的置換を含む。「保存的置換」は、あるアミノ酸
が、類似の特性を有する別のアミノ酸と置換されている置換であり、その結果、
ポリペプチド化学の当業者は、そのポリペプチドの二次構造および疎水性親水性
性質が、実質的に変化されないことを予測する。アミノ酸置換は、一般に、残基
の極性、電荷、可溶性、疎水性、親水性および/または両親媒性性質の類似性に
基づいて作製され得る。例えば、負に荷電したアミノ酸としては、アスパラギン
酸およびグルタミン酸;正に荷電したアミノ酸としては、リジンおよびアルギニ
ンおよび類似の親水性を有する非荷電の極性頭部を有するアミノ酸のグループと
しては、ロイシン、イソロイシンおよびバリン;グリシンおよびアラニン;アス
パラギンおよびグルタミン;ならびにセリン、トレオニン、フェニルアラニンお
よびチロシンが挙げられる。保存的変化を示し得るアミノ酸の他のグループとし
ては、(1)ala、pro、gly、asp、gln、asn、ser、th
r;(2)cys、ser、tyr、thr;(3)val、ile、leu、
met、ala、phe;(4)lys、arg、his;および(5)phe
、tyr、trp、hisが挙げられる。改変体はまた、またはあるいは、非保
存的変化を有し得る。改変体はまた(またはあるいは)、例えば、ポリペプチド
の免疫原性、二次構造および疎水性親水性性質に最小限の影響しか有さないアミ
ノ酸の欠失または付加によって、改変され得る。
【0044】 上記のように、ポリペプチドは、タンパク質のN末端にシグナル(または、リ
ーダー)配列を含み得、これは、翻訳と同時に、または翻訳後に、そのタンパク
質の転移を指向する。このポリペプチドはまた、このポリペプチドの合成、精製
または同定を容易にするために、またはこのポリペプチドの固体支持体への結合
を増強するために、リンカー配列または他の配列(例えば、ポリHis)に結合
体化され得る。例えば、ポリペプチドは、免疫グロブリンFc領域に結合体化さ
れ得る。
【0045】 ポリペプチドは、任意の種々の周知技術を使用して調製され得る。上記のDN
A配列によってコードされる組換えポリペプチドは、当業者に公知の任意の種々
の発現ベクターを使用して、DNA配列から容易に調製され得る。発現は、組換
えポリペプチドをコードするDNA分子を含む発現ベクターで形質転換またはト
ランスフェクトされた、任意の適切な宿主細胞において達成され得る。適切な宿
主細胞としては、原核生物、酵母および高等真核生物の細胞が挙げられる。好ま
しくは、使用される宿主細胞は、E.coli、酵母または哺乳動物細胞株(例
えば、COSまたはCHO)である。組換えタンパク質または組換えポリペプチ
ドを培養培地中に分泌する適切な宿主/ベクター系からの上清は、市販のフィル
ターを使用して、最初に濃縮され得る。濃縮後、この濃縮物を、適切な精製基質
(例えば、アフィニティー基質またはイオン交換樹脂)に適用され得る。最終的
に、1以上の逆相HPLC工程を使用して、組換えポリペプチドをさらに精製し
得る。
【0046】 約100アミノ酸未満、そして一般に、約50アミノ酸未満のアミノ酸を有す
る部分および他の改変体もまた、当業者に周知の技術を使用して、合成手段によ
って生成され得る。例えば、このようなポリペプチドは、任意の市販の固相技術
(例えば、Merrifield固相合成法(ここでは、アミノ酸が連続的に付
加されて、アミノ酸鎖を成長させる))を使用して、合成され得る。Merri
field,J.Am.Chem.Soc.85:2149−2146,196
3を参照のこと。ポリペプチドの自動合成のための装置は、Applied B
ioSystems,Inc.(Foster City,CA)のような供給
者から市販され、そして製造業者の説明書に従って操作され得る。
【0047】 ある特定の実施形態において、ポリペプチドは、本明細書中に記載のポリペプ
チドを含む融合タンパク質であり得る。例えば、このような融合タンパク質は、
1以上の公知のM.tuberculosis抗原、またはこのような抗原の改
変体をさらに含み得る。代表的な公知のM.tuberculosis抗原とし
ては、AndersenおよびHansen,Infect.Immun.57
:2481−2488,1989に記載の38kD抗原(GenBank登録番
号M30046)およびESAT−6(Sorensenら、Infect.I
mmun.63:1710−1717,1995)が挙げられる。融合タンパク
質は、一般に、標準的な技術を使用して調製され得る。例えば、融合タンパク質
は、組換え調製され得る。手短に言うと、このポリペプチド成分をコードするD
NA配列を、別々にアセンブルし得、そして適切な発現ベクターに連結し得る。
1つのポリペプチド成分をコードするDNA配列の3’末端は、ペプチドリンカ
ーを用いてまたは用いずに、第2のポリペプチド成分をコードするDNA配列の
5’末端に、これらの配列のリーディングフレームが同じ相にあるように連結さ
れる。このことが、両方の成分ポリペプチドの生物学的活性を保持する単一の融
合タンパク質への翻訳を可能にする。
【0048】 ペプチドリンカー配列を使用して、この第1ポリペプチド成分および第2ポリ
ペプチド成分を、各ポリペプチドがその二次構造および三次構造にフォールディ
ングすることを確実にするのに十分な距離で引き離し得る。このようなペプチド
リンカー配列は、当該分野で周知の標準的な技術を使用して、その融合タンパク
質に組み込まれる。適切なペプチドリンカー配列は、以下の因子に基づいて選択
され得る:(1)可撓性の伸長された構造を採る、それらの能力;(2)それら
が、第1ポリペプチドおよび第2ポリペプチド上の機能的エピトープと相互作用
し得る二次構造をとることができないこと;および(3)そのポリペプチド機能
的エピトープと反応し得る、疎水性残基または荷電残基の欠失。好ましいペプチ
ドリンカー配列は、Gly、AsnおよびSer残基を含む。他のほぼ中性のア
ミノ酸(例えば、ThrおよびAla)もまた、リンカー配列に使用され得る。
リンカーとして有用に使用され得るアミノ酸配列は、Marateaら、Gen
e 40:39−46,1985;Murphyら、Proc.Natl.Ac
ad.Sci.USA 83:8258−8262,1986;米国特許第4,
935,233号および米国特許第4,751,180号に開示されるアミノ酸
配列が挙げられる。リンカー配列は、一般に、1〜約50アミノ酸長であり得る
。第1のポリペプチドおよび第2のポリペプチドが、機能的ドメインを引き離し
、そして立体障害を防ぐために使用され得る、非必須N末端アミノ酸領域を有す
る場合、リンカー配列は必要とされない。
【0049】 この連結されたDNA配列は、適切な転写または翻訳調節エレメントに作動可
能に連結される。DNAの発現を担う調節エレメントは、第1のポリペプチドを
コードするDNA配列のほんの5’側に位置される。同様に、翻訳を終結するた
めに必要とされる終止コドンおよび転写終結シグナルは、第2のポリペプチドを
コードするDNA配列のほんの3’側に存在する。
【0050】 本発明のポリペプチドを無関係な免疫原性タンパク質と共に含む融合タンパク
質もまた、提供される。好ましくは、この免疫原性タンパク質は、リコール応答
を誘発し得る。このようなタンパク質の例としては、破傷風タンパク質、結核タ
ンパク質および肝炎タンパク質が挙げられる(例えば、Stouteら、New
Engl.J.Med.336:86−91,1997を参照のこと)。
【0051】 一般に、本明細書中に記載されるポリペプチド(融合タンパク質を含む)およ
びポリヌクレオチドが、単離される。「単離された」ポリペプチドまたはポリヌ
クレオチドは、その元の環境から取り出されたものである。例えば、天然に存在
するタンパク質は、それが、天然系における既存の物質のいくらかまたは全てか
ら分離される場合に、単離されている。好ましくは、このようなポリペプチドは
、少なくとも約90%純粋、より好ましくは、少なくとも約95%純粋、そして
最も好ましくは、少なくとも約99%純粋である。ポリヌクレオチドは、例えば
、天然環境の一部でないベクター中にクローニングされている場合、単離されて
いるとみなされる。
【0052】 (結合剤) 本発明は、さらにMtb−81またはMtb−67.2に特異的に結合する薬
剤(例えば、抗体およびその抗原結合フラグメント)を提供する。本明細書中で
使用される場合、抗体またはその抗原結合フラグメントは、それが、Mtb−8
1またはMtb−67.2と検出可能なレベルで反応し(例えば、ELISAに
おいて)、類似の条件下で無関係なタンパク質と検出可能に反応しない場合に、
Mttb−81またはMtb67.2に「特異的に結合する」といわれる。本明
細書中で使用される場合、「結合(する)」とは、「複合体」が形成されるよう
な、2つの別々の分子間(それらの各分子は、溶液中にあり得るか、あるいは細
胞表面または固体支持体上に存在し得る)の非共有結合をいう。結合する能力は
、例えば、その複合体形成いついての結合定数を決定することによって評価され
得る。結合定数は、その複合体の濃度を、その成分濃度の積で除算した場合に得
られる値である。一般に、本発明の文脈において、複合体形成についての結合定
数が、約103L/molを超える場合に、2つの分子は、「結合する」といわ
れる。結合定数は、当該分野で周知の方法を使用して決定され得る。
【0053】 結合剤はさらに、本明細書中に提供される代表的なアッセイを使用して、M.
tuberculosis感染を有する患者および有さない患者間を区別し得る
。言い換えれば、Mtb−81またはMtb−67.2に結合する抗体または他
の結合剤は、M.tuberculosisi感染を有する少なくとも約20%
の患者において、このような感染の存在を示すシグナルを生成し、そして未感染
個体の少なくとも約90%において、このような感染の非存在を示すネガティブ
なシグナルを生成する。一般に、シグナルは、それが、未感染サンプルから得ら
れる平均シグナル+3標準偏差より大きい場合に、陽性であるとみなされる。結
合剤がこの要件を満たすか否かを決定するために、(標準的な診断試験を使用し
て決定されるような)M.tuberculosis感染を有する患者および有
さない患者由来の生物学的サンプル(例えば、血液、血清、血漿、唾液、脳脊髄
液または尿)を、その結合剤に結合するポリペプチドの存在について、本明細書
中に記載のようにアッセイし得る。統計的に有意な数の、感染を有するサンプル
および有さないサンプルがアッセイされるべきであることは、明らかである。各
結合剤は、上記の基準を満足すべきであるが;当業者は、感度を改善するために
結合剤を組み合わせて使用し得ることを認識する。
【0054】 上記の要件を満足する任意の薬剤は、結合剤であり得る。例えば、結合剤は、
リボソーム(ペプチド成分を有するか、または有さない)、RNA分子、あるい
はポリペプチドであり得る。好ましい実施形態において、結合剤は、抗体または
その抗原結合フラグメントである。このような抗体は、ポリクローナルまたはモ
ノクローナルであり得る。さらに、これらの抗体は、単鎖抗体、キメラ抗体、C
DR移植化(CDR−grafted)抗体、またはヒト化抗体であり得る。
【0055】 結合剤は、レポーター基にさらに連結されて、診断アッセイを容易にし得る。
適切なレポーター基は、当業者に明らかであり、これらには、酵素(例えば、西
洋ワサビペルオキシダーゼ)、基質、補因子、インヒビター、色素、コロイド(
例えば、金コロイド)、放射線核種、発光基、蛍光基およびビオチンが挙げられ
る。抗体のレポーター基に対する結合体化は、当業者に公知の標準的な方法を使
用して達成され得る。
【0056】 抗体は、当業者に公知の任意の種々の方法で調製され得る。例えば、Harl
owおよびLane,Antibodies:A Laboratory Ma
nual,Cold Spring Harbor Laboratory,1
988を参照のこと。一般に、抗体は、組換え抗体の産生を可能にするための細
胞培養技術(本明細書中に記載されるか、あるいは適切な細菌宿主または哺乳動
物細胞宿主への抗体遺伝子のトランスフェクションを介する、モノクローナル抗
体の生成を含む)によって、産生され得る。抗体を生成するために、ポリペプチ
ド免疫原は、全長Mtb−81またはMtb−67.2であり得るか、またはい
ずれかの抗原の免疫原性部分であり得る。免疫原性部分が使用される場合、得ら
れる抗体は、M.tuberculosis感染が、全長抗原に対して惹起され
た抗体を使用して示される実質的に全て(すなわち、少なくとも約80%、好ま
しくは少なくとも約90%)の患者において、M.tuberculosis感
染の存在を示す。抗体はまた、全長抗原に対して惹起された抗体を用いて試験し
た場合に陰性であるサンプルの実質的に全てにおいて、M.tuberculo
sis感染の非存在を示す。本明細書中に提供される代表的なアッセイ(例えば
、2抗体サンドイッチアッセイ(two−antibody sandwich
assay))は、一般的に、結核を検出する抗体の能力を評価するために用
いられ得る。
【0057】 1つの技術において、このポリペプチドを含む免疫原を、任意の広範な種々の
哺乳動物(例えば、マウス、ラット、ウサギ、ヒツジおよびヤギ)に最初に注射
し得る。この工程において、本発明のポリペプチドは、改変することなく、免疫
原として作用し得る。あるいは、特に比較的短いポリペプチドに関して、このポ
リペプチドがキャリアタンパク質(例えば、ウシ血清アルブミンまたはキーホー
ルリンペットヘモシアニン)に連結される場合に、優れた免疫応答が誘導され得
る。好ましくは、1つ以上のブースター免疫化を組み込む予め決定された計画に
従って、この免疫原が動物の宿主内に注射され、そしてこの動物を定期的に採血
する。次いで、このポリペプチドに特異的なポリクローナル抗体は、例えば、適
切な固体支持体に結合されたポリペプチドを使用するアフィニティークロマトグ
ラフィーによって、このような抗血清から精製される。
【0058】 目的の抗原性ポリペプチドに特異的なモノクローナル抗体は、例えば、Koh
lerおよびMilstein、Eur.J.Immunol.6:511〜5
19、1976ならびにそれに対する改良の技術を使用して調製され得る。簡潔
に言えば、これらの方法は、所望の特異性(すなわち、目的のポリペプチドとの
反応性)を有する抗体を産生する能力を有する不死細胞株の調製を包含する。こ
のような細胞株は、例えば、上記のような免疫化された動物から得られる脾細胞
から産生され得る。次いで、この脾細胞を、例えば、ミエローマ細胞融合パート
ナーとの融合、好ましくは、免疫化された動物と同系であるパートナーとの融合
によって不死化する。種々の融合技術を使用し得る。例えば、この脾細胞および
ミエローマ細胞は、数分間、非イオン性界面活性剤と合わせられ、次いで、ハイ
ブリッド細胞の増殖を支持するがミエローマ細胞の増殖を支持しない選択培地上
に低密度で播種され得る。好ましい選択技術は、HAT(ヒポキサンチン、アミ
ノプテリン、チミジン)選択を使用する。十分な時間、通常は約1〜2週間の後
、ハイブリッドのコロニーが観察される。単一のコロニーを選択し、そしてこの
ポリペプチドに対する結合活性について試験する。高い反応性および特異性を有
するハイブリドーマが、好ましい。
【0059】 モノクローナル抗体は、増殖するハイブリドーマコロニーの上清から単離され
得る。さらに、種々の技術(例えば、適切な脊椎動物宿主(例えば、マウス)の
腹膜腔へのハイブリドーマ細胞株の注射)が、収量を増大するために使用され得
る。次いで、モノクローナル抗体は、腹水または血液から採取され得る。夾雑物
は、クロマトグラフィー、ゲル濾過、沈殿、および抽出のような従来技術によっ
て抗体から除去され得る。本発明のポリペプチドは、例えば、アフィニティーク
ロマトグラフィー工程における精製プロセスにおいて使用され得る。
【0060】 特定の実施形態において、抗体の抗原結合フラグメントの使用が、好ましい。
このようなフラグメントとしては、Fabフラグメントが挙げられ、これは、標
準的な技術を使用して調製され得る。手短に言えば、免疫グロブリンを、プロテ
インAビーズカラム(HarlowおよびLane,Antibodies:A
Laboratory Manual,Cold Spring Harbo
r Laboratory,1988)上でのアフィニティークロマトグラフィ
ーによってウサギ血清から精製し、そしてパパインで消化してFabフラグメン
トおよびFcフラグメントを生じ得る。このFabフラグメントおよびFcフラ
グメントは、プロテインAビーズカラム上でのアフィニティークロマトグラフィ
ーによって分離され得る。
【0061】 本発明のモノクローナル抗体は、本明細書中に提供される治療方法における使
用のための1以上の治療剤に結合され得る。これに関して、適切な薬剤としては
、放射性核種、分化インデューサー、薬物、毒素、およびそれらの誘導体が挙げ
られる。好ましい放射性核種としては、90Y、123I、125I、131I、186Re、 188 Re、211At、および212Biが挙げられる。好ましい薬物としては、メト
トレキサート、ならびにピリミジンアナログおよびプリンアナログが挙げられる
。好ましい分化インデューサーとしては、ホルボールエステルおよび酪酸が挙げ
られる。好ましい毒素としては、リシン、アブリン、ジフテリア毒素、コレラ毒
素、ゲロニン(gelonin)、Pseudomonas外毒素、Shige
lla毒素、およびヨウシュヤマゴボウ抗ウイルスタンパク質が挙げられる。
【0062】 治療剤は、適切なモノクローナル抗体に対して直接的かまたは間接的(例えば
、リンカー基を介して)のいずれかで結合(例えば、共有結合)され得る。薬剤
と抗体との間の直接的な反応は、各々が他方と反応する能力を有する置換基を有
する場合に可能である。例えば、一方における求核基(アミノ基またはスルフヒ
ドリル基)は、他方におけるカルボニル含有基(例えば、無水物もしくはハロゲ
ン酸)または良好な脱離基(例えば、ハロゲン)を含むアルキル基と反応する能
力を有し得る。
【0063】 あるいは、リンカー基を介して治療剤と抗体とを結合させることが所望され得
る。リンカー基は、結合能を妨害することを避けるために、抗体を薬剤から離す
ためのスペーサーとして機能し得る。リンカー基はまた、薬剤または抗体の置換
基の化学的反応性を増大するように作用し、結合効率を増大し得る。化学的反応
性における増大はまた、そうでなければ、可能でない薬剤、または薬剤の官能基
の使用を容易にし得る。
【0064】 種々の二官能性または多官能性試薬(ホモ−およびヘテロ−官能性の両方(例
えば、Pierce Chemical Co.、Rockford、ILのカ
タログに記載される試薬))がリンカー基として使用され得ることは、当業者に
明らかである。結合は、例えば、アミノ基、カルボキシル基、スルフヒドリル基
、または酸化された炭水化物残基によって影響され得る。このような方法論を記
載する、多くの参考文献(例えば、Rodwellらに対する米国特許第4,6
71,958号)が存在する。
【0065】 治療剤が、本発明の免疫結合体の抗体部分を有さない場合に、より強力である
場合、細胞への内在化の間または細胞への内在化に際して切断され得るリンカー
基を使用することが所望され得る。多くの異なる切断され得るリンカー基が、記
載されている。これらのリンカー基からの薬剤の細胞内放出に関する機構として
は、ジスルフィド結合の還元(例えば、Spitlerに対する米国特許第4,
489,710号)、感光性結合の照射(例えば、Senterらに対する米国
特許第4,625,014号)、誘導体化されたアミノ酸側鎖の加水分解(例え
ば、Kohnらに対する米国特許第4,638,045号)、血清補体媒介加水
分解(例えば、Rodwellらに対する米国特許第4,671,958号)、
および酸触媒化加水分解(例えば、Blattlerらによる米国特許4,56
9,789)による切断が挙げられる。
【0066】 抗体に1つ以上の薬剤を結合することが、所望される。1つの実施形態におい
て、薬剤の複数分子が、1つの抗体分子に結合される。別の実施形態において、
1より多い型の薬剤が、1つの抗体に結合され得る。特定の実施形態に関わらず
、1より多い薬剤を有する免疫結合体は、種々の方法において調製され得る。例
えば、1より多い薬剤は、抗体分子に直接結合され得るか、または複数の結合部
位を提供するリンカーが、使用され得る。あるいは、キャリアが使用され得る。
【0067】 キャリアは、直接的かまたはリンカー基を介してのいずれかの共有結合を含む
、種々の方法において薬剤を保有し得る。適切なキャリアとしては、アルブミン
のようなタンパク質(例えば、Katoらに対する米国特許第4,507,23
4号)、ペプチド、およびアミノデキストランのようなポリサッカリド(例えば
、Shihらに対する米国特許第4,699,784号)が挙げられる。キャリ
アはまた、非共有結合によってか、またはリポソーム小胞内へのような封入によ
って薬剤を保有し得る(例えば、米国特許第4,429,008号および同第4
,873,088号)。放射性核種薬剤に特異的なキャリアとしては、放射性ハ
ロゲン化低分子およびキレート化合物が挙げられる。例えば、米国特許4,73
5,792号は、代表的な放射性ハロゲン化低分子およびそれらの合成を開示す
る。放射性核種のキレートは、金属、または金属酸化物、放射性核種を結合する
ためのドナー原子として窒素原子および硫黄原子を含む化合物を含む、キレート
化合物から形成され得る。例えば、Davisonらに対する米国特許第4,6
73,562号は、代表的なキレート化合物及びそれらの合成を開示する。
【0068】 抗体および免疫結合体に対する種々の投与経路が、使用され得る。代表的には
、投与は、静脈内投与、筋肉内投与または皮下投与である。抗体/免疫結合体の
正確な用量が、使用される抗体、腫瘍上の抗原の密度、および抗体のクリアラン
ス速度に依存して変化することは明白である。
【0069】 (結核を検出するための方法) 一般に、M.tuberculosis感染は、患者から得られた生物学的サ
ンプルにおける、以下の1以上の存在に基づいて患者において検出され得る:(
a)Mtb−81またはMtb−67.2に特異的に結合する抗体;(b)Mt
b−81またはMtb−67.2と特異的に反応するT細胞;(c)Mtb−8
1抗原またはMtb−67.2抗原、あるいは(d)Mtb−81抗原またはM
tb−67.2抗原をコードするmRNA。言い換えると、Mtb−81および
/またはMtb−67.2は、患者におけるM.tuberculosis感染
の存在または非存在を示すためのマーカーとして使用され得る。Mtb−81ポ
リペプチドまたはMtb−67.2ポリペプチド、ならびにこのようなポリペプ
チドをコードするポリヌクレオチドおよびこのようなポリペプチドを発現する抗
原提示細胞が、特異的抗体またはT細胞の存在を検出するために使用され得る。
本明細書中に提供される結合剤は、一般に、生物学的サンプル中のMtb−81
抗原またはMtb−67.2抗原のレベルの検出を可能にする。ポリヌクレオチ
ドプライマーおよびプローブは、Mtb−81またはMtb−67.2をコード
するmRNAのレベルを検出するために使用され得る。
【0070】 本明細書中に提供される診断方法は、感度において既存の方法を超える利点を
有する。特に、本明細書中に提供される方法は、AIDS患者におけるM.tu
berculosis感染を検出するために使用され得る。M.tubercu
losisおよびHIVの同時感染は、このような患者において一般的であるが
、結核は、以前の診断方法を使用して検出することは困難であった。さらに、M
tb−81は、M.tuberculosis感染についての早期段階のマーカ
ーであるようであり、この疾患の早期検出を可能にする。
【0071】 生物学的サンプルは、感染個体における標的物質を含むことが予想される、1
以上のヒトまたは非ヒト動物から得られた任意のサンプルであり得る。例えば、
Mtb−81特異的抗体またはMtb−67.2特異的抗体の存在に基づいてM
.tuberculosis感染を検出するために、任意の抗体含有サンプルが
、使用され得る。このサンプルは、全血、痰、血清、血漿、唾液、脳脊髄液、ま
たは尿である。より好ましくは、そのサンプルは、患者または血液供給から得ら
れる、血液、血清、または血漿サンプルである。
【0072】 本明細書中に提供される方法において、Mtb−81および/またはMtb−
67.2は、1以上の公知のM.tuberculosis抗原と組み合わせて
使用され得るが、必ずしもそうする必要はない。このような実施形態において、
使用される抗体は、好ましくは、相補的である(すなわち、ある成分ポリペプチ
ドは、別の成分ポリペプチドにより検出されなかった感染が存在する、サンプル
におけるその感染を検出する傾向にある)。相補的抗原は、一般に各々のポリペ
プチドを個々に使用して、M.Tuberculosisで感染された既知の一
連の患者から得られた血清サンプルを評価することにより、同定され得る。各々
のポリペプチドで(以下に記載のように)どのサンプルが陽性と試験されるかを
決定した後、2以上のポリペプチドの組み合わせが処方され得、これは、その試
験されたサンプルのほとんどまたは全てにおいて感染を検出し得る。そのような
ポリペプチドは相補的である。
【0073】 サンプル中の抗体を検出するために1以上のポリペプチドを使用するための、
当業者に公知の種々のアッセイ型式が存在する。例えば、HarlowおよびL
ane、Antivbodies:A Laboratory Marual,
Cold Spring Harbor Laboratory,1988(参
考として本明細書に援用される)を参照のこと。好ましい実施形態において、こ
のアッセイは、サンプル由来の抗体に結合し(ポリペプチドとの免疫複合体の形
態で)、そしてサンプルから抗体を取り出すための、固体支持体上に固定された
ポリペプチドの使用を含む。この免疫複合体は、次いで、レポーター基を含む検
出試薬を使用して検出される。適切な検出試薬としては、この複合体に結合し、
そしてレポーター基で標識されたポリペプチドを遊離する(例えば、準競合アッ
セイにおいて)抗体が挙げられる。あるいは、競合アッセイが、使用され得、こ
こで、ポリペプチドに結合する抗体は、レポーター基で標識され、そしてサンプ
ルと固定化抗原のインキュベーション後にその固定化抗原に結合し得る。サンプ
ルの成分が、標識抗体のポリペプチドへの結合を阻害する程度は、サンプルの固
定化ポリペプチドとの反応性を示す。
【0074】 固体支持体は、抗原が付着され得る当業者に公知の任意の固体物質であり得る
。例えば、固体支持体は、マイクロタイタープレートにおける試験ウェルあるい
はニトロセルロースまたは他の適切な膜であり得る。あるいは、その支持体は、
ビーズまたはディスク(例えば、ガラス)、ファイバーグラス、ラテックス、ま
たはプラスチック物質(例えば、ポリスチレン、またはポリ塩化ビニル)であり
得る。その支持体はまた、磁気粒子または光ファイバーセンサー(例えば、米国
特許第5,359,681号に記載のような)であり得る。
【0075】 ポリペプチドは、当業者に公知の種々の技術(これらは、特許および科学文献
に十分に記載されている)を使用して固体支持体に結合され得る。本発明の状況
において、用語「結合される」とは、非共有結合的な会合(例えば、吸着)、お
よび共有結合的接着(これは、支持体上での抗原と官能基との間の直接的な連結
であり得るか、または架橋剤による連結であり得る)の両方をいう。マイクロタ
イタープレート中のウェルへの吸着、または膜への吸着による結合が、好ましい
。このような場合、吸着は、適切な緩衝液中で、ポリペプチドと固体支持体との
適切な時間の間の接触により達成され得る。接触時間は、温度により変化するが
、代表的には、約1時間〜1日の間である。一般に、プラスチックマイクロタイ
タープレート(ポリスチレンまたはポリ塩化ビニル)のウェルを、約10ng〜
約1μgの範囲、そして好ましくは約100ngである、ポリペプチドの量と接
触することが、適切な量の抗原と結合するのに十分である。
【0076】 ポリペプチドの固体支持体への共有結合的接着は、一般に、ポリペプチド上で
支持体と官能基(例えば、ヒドロキシル基またはアミノ基)の両方と反応する二
機能性の試薬をその支持体に最初に反応することにより達成され得る。例えば、
ポリペプチドは、ベンゾキノンを使用して、または支持体のアルデヒド基のポリ
ペプチド上のアミンおよび活性水素のとの縮合によって、適切なポリマーコーテ
ィングを有する支持体に結合され得る(例えば、Pierce Immunot
echnology Catalog and Handbook,1991,
A12−A13を参照のこと)。
【0077】 特定の実施形態において、アッセイは、酵素結合免疫吸着アッセイ(ELIS
A)である。このアッセイは、固体支持体(通常、マイクロタイタープレートの
ウェル)に固定化されたポリペプチド抗原をサンプルと最初に接触させ、その結
果、サンプル中のそのポリペプチドに対する抗体を、固定化されたポリペプチド
に結合させることにより実施され得る。次いで、結合していないサンプルを、固
定化されたポリペプチドから除去し、そして固定化された免疫複合体に結合し得
る検出試薬を添加する。次いで、固体支持体に結合したままの検出試薬の量を、
特定の検出試薬に適切な方法を使用して決定する。
【0078】 より詳細には、一旦、ポリペプチドを上記のように支持体に固定化すると、支
持体上の残りのタンパク質結合部位は代表的に、ブロックされる。当業者に公知
の任意の適切なブロッキング剤(例えば、ウシ血清アルブミンまたはTween
20TM(Sigma Chemical Co.,St.Louis,MO)
)が使用され得る。次いで、固定されたポリペプチドを、サンプルとインキュベ
ートし、そして抗体を抗原に結合させる。サンプルは、適切な希釈剤(例えばリ
ン酸緩衝化生理食塩水(PBS))でインキュベーション前に希釈され得る。一
般に、適切な接触時間(すなわち、インキュベーション時間)は、M.tube
rculosis感染サンプル内で抗体の存在を検出するのに十分な時間である
。好ましくは、接触時間は、結合した抗体と結合していない抗体との間の平衡状
態で達成されるレベルの、少なくとも95%である結合レベルを達成するのに十
分である。当業者は、平衡状態を達成するのに必要な時間が、経時的に生じる結
合レベルをアッセイすることにより容易に決定され得ることを理解する。室温に
おいて、約30分間のインキュベーション時間が一般に十分である。
【0079】 次いで、結合していないサンプルは、適切な緩衝液(例えば、0.1% Tw
een 20TMを含むPBS)で固体支持体を洗浄することにより除去され得る
。次いで、検出試薬は、固体支持体に添加され得る。適切な検出試薬は、固定化
抗体−ポリペプチド複合体に結合し、当業者に公知の任意の種々の方法で検出さ
れ得る、任意の化合物である。好ましくは、検出試薬は、レポーター基に結合体
化された結合剤(例えば、プロテインA、プロテインG、免疫グロブリン、レク
チン、または遊離の抗原など)を含む。好ましいレポーター基としては、酵素(
例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ)、基質、補因子、インヒビター、色素、
コロイド、放射性核種、発光基、蛍光基およびビオチンが挙げられる。レポータ
ー基に対する結合剤の結合体化は、当業者に公知の標準的な方法を使用して達成
され得る。通常の結合剤はまた、多くの商業的供給源(例えば、Zymed L
aboratories,San Francisco,CAおよびPierc
e,Rockford,IL)からの種々のレポーター基に結合体化されて、購
入され得る。
【0080】 次いで、検出試薬を、結合した抗体を検出するのに十分な時間にわたって、固
定化抗体−ポリペプチド複合体と共にインキュベートする。適切な時間量は、一
般に、製造業者の説明書から決定され得るか、または経時的に生じる結合レベル
をアッセイすることにより決定され得る。次いで、結合していない検出試薬を除
去し、そして結合した検出試薬を、レポーター基を使用して検出する。レポータ
ー基を検出するために使用される方法は、レポーター基の性質に依存する。放射
性基については、シンチレーションカウンティングまたはオートラジオグラフィ
ー方法が一般に適切である。分光学的方法は、色素、発光基および蛍光基を検出
するために使用され得る。ビオチンは、異なるレポーター基(通常、放射性基も
しくは蛍光基または酵素)に結合されるアビジンを使用して検出され得る。酵素
レポーター基は、一般に、基質の添加(一般に、特定の時間にわたる)、続いて
その反応産物の分光学的分析または他の分析により検出され得る。
【0081】 サンプル中の抗M.tuberculosis抗体の存在または非存在を決定
するために、固体支持体に結合したままであるレポーター基から検出されるシグ
ナルは一般に、カットオフ値に対応するシグナルに対して比較される。1つの好
ましい実施形態において、カットオフ値は、固定化抗原を、感染していない患者
由来のサンプルとともにインキュベートした場合に得られる平均シグナル+3標
準偏差である。一般に、カットオフ値を超えるシグナルを生じるサンプルが、結
核について陽性であるとみなされる。代替の好ましい実施形態において、カット
オフ値は、Sackettら、Clinical Epidemiology:
A Basic Science for Clinical Medicin
e,Little Brown and Co.,1985、106〜107頁
の方法に従って、Receiver Operator Curveを使用して
決定される。手短に言うと、この実施形態において、カットオフ値は、診断試験
の結果についての各々の可能なカットオフ値に対応する、真の陽性割合(すなわ
ち、感度)および偽陽性の割合(100%−特異性)の対のプロットから決定さ
れ得る。左上隅に最も近いプロットのカットオフ値(すなわち、最大の領域を囲
む値)は、最も正確なカットオフ値であり、そしてこの方法によって決定された
カットオフ値よりも高いシグナルを生じるサンプルは、陽性であるとみなされ得
る。あるいは、カットオフ値は、プロットに沿って左に移動されて偽陽性の割合
を最小化し得るか、または右に移動されて偽陰性の割合を最小化し得る。一般に
、この方法によって決定されたカットオフ値よりも高いシグナルを生じるサンプ
ルは、結核について陽性であるとみなされる。
【0082】 関連する実施形態において、アッセイは、迅速な素通り(flow−thro
ugh)試験形式またはストリップ(strip)試験形式で行われ、ここで、
抗原は、膜(例えば、ニトロセルロース)に固定化される。素通り試験において
、サンプル中の抗体は、サンプルが膜を通過するときに固定化ポリペプチドに結
合する。次いで、検出試薬(例えば、プロテインA−コロイド状金)は、その検
出試薬を含む溶液が膜を流れるときに抗体−ポリペプチド複合体に結合する。次
いで、結合した検出試薬の検出は、上記のように行われ得る。ストリップ試験形
式において、ポリペプチドが結合した膜の一端を、サンプルを含む溶液中に浸す
。そのサンプルは、膜に沿って、検出試薬を含む領域を通って、そして固定化ポ
リペプチドの領域へと移動する。そのポリペプチドにおける検出試薬の濃縮は、
そのサンプル中の抗M.tuberculosis抗体の存在を示す。代表的に
、その部位での検出試薬の濃縮は、視覚的に読取られ得るパターン(例えば、線
)を生じる。このようなパターンが存在しないことは、陰性の結果を示す。一般
に、膜上に固定化されるポリペプチドの量は、生物学的サンプルが、上記のよう
にELISAにおける陽性シグナルを生じるのに十分であるレベルの抗体を含む
場合に視覚的に識別可能なパターンを生じるよう選択される。好ましくは、膜に
固定化されるポリペプチドの量は、約25ng〜約1μg、より好ましくは約5
0ng〜約500ngの範囲である。このような試験は代表的に、ごく少量(例
えば、1滴)の患者の血清または血液を用いて行われ得る。
【0083】 もちろん、本発明のポリペプチドでの使用に適切な、多くの他のアッセイプロ
トコールが存在する。上記の説明は、例示のみであることが意図される。例えば
、上記のプロトコールが、抗体(またはその抗原結合フラグメント)を使用して
生物学的サンプル中のMtb−81および/またはMtb−67.2を検出する
ために容易に改変され得ることは当業者に明らかである。
【0084】 M.tuberculosis感染はまた、あるいは、生物学的サンプル中の
Mtb−81と特異的に反応するT細胞の存在に基づいて検出され得る。特定の
方法では、患者から単離されたCD4+T細胞および/またはCD8+T細胞を含
む生物学的サンプルは、Mtb−81ポリペプチドもしくはMtb−67.2ポ
リペプチド、このようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチドおよび/ま
たはこのようなa1ポリペプチドを発現するAPCとともにインキュベートされ
、そしてT細胞の特異的活性化の存在または非存在が検出される。適切な生物学
的サンプルとしては、単離されたT細胞が挙げられるがこれらに限定されない。
例えば、T細胞は、慣用技術によって(例えば、末梢血リンパ球のFicoll
/Hypaque密度勾配遠心分離法によって)患者から単離され得る。T細胞
は、2〜9日間(代表的に4日間)、37℃にてMtb−81ポリペプチドまた
はMtb−67.2ポリペプチド(例えば、5〜25μg/ml)とともにイン
ビトロでインキュベートされ得る。別のアリコートのT細胞サンプルを、コント
ロールとして役立てるために、Mtb−81ポリペプチドまたはMtb−67.
2ポリペプチドの非存在下でインキュベートすることが所望され得る。CD4+
T細胞に関して、活性化は好ましくは、T細胞の増殖を評価することによって検
出される。CD8+T細胞に関しては、活性化は好ましくは、細胞溶解活性を評
価することによって検出される。疾患のない患者におけるよりも少なくとも2倍
高い増殖レベルおよび/または少なくとも20%高い細胞溶解活性レベルは、M
.tuberculosis感染の存在を示す。
【0085】 上記のように、M.tuberculosis感染はまた、あるいは、生物学
的サンプル中のMtb−81またはMtb−67.2をコードするmRNAレベ
ルに基づいて検出され得る。例えば、少なくとも2つのオリゴヌクレオチドプラ
イマーをポリメラーゼ連鎖反応(PCR)に基づくアッセイにおいて用いて、生
物学的サンプルに由来するMtb−81 cDNAまたはMtb−67.2 c
DNAの一部を増幅し得、ここで、オリゴヌクレオチドプライマーのうちの少な
くとも1つは、Mtb−81またはMtb−67.2をコードするポリヌクレオ
チドに特異的である(すなわち、ハイブリダイズする)。次いで、増幅されたc
DNAが、当該分野で周知の技術(例えば、ゲル電気泳動)を用いて分離され、
そして検出される。同様に、Mtb−81またはMtb−67.2をコードする
ポリヌクレオチドに特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブを
ハイブリダイゼーションアッセイにおいて用いて、生物学的サンプル中でこの抗
原をコードするポリヌクレオチドの存在を検出し得る。
【0086】 アッセイ条件下でのハイブリダイゼーションを可能にするために、オリゴヌク
レオチドのプライマーおよびプローブは、少なくとも10ヌクレオチド、そして
好ましくは少なくとも20ヌクレオチドの長さの、Mtb−81またはMtb−
67.2をコードするポリヌクレオチドの一部に対して少なくとも約60%、好
ましくは少なくとも約75%、そしてより好ましくは少なくとも約90%の同一
性を有するオリゴヌクレオチド配列を含むべきである。本明細書中に記載される
診断方法において通常用いられ得るオリゴヌクレオチドのプライマーおよび/ま
たはプローブは好ましくは、少なくとも10〜40ヌクレオチドの長さである。
PCRに基づくアッセイおよびハイブリダイゼーションアッセイの両方について
の技術は、当該分野で周知である(例えば、Mullisら,Cold Spr
ing Harbor Symp.Quant.Biol.,51:263,1
987;Erlich編,PCR Technology,Stockton
Press,NY,1989を参照のこと)。
【0087】 1つの好ましいアッセイは、RT−PCRを用い、ここでは、PCRは、逆転
写に関連して適用される。代表的に、RNAはサンプル組織から抽出され、そし
て逆転写されてcDNA分子を生成する。少なくとも1つの特異的プライマーを
用いるPCR増幅は、cDNA分子を生成し、このcDNA分子は、例えば、ゲ
ル電気泳動を用いて分離および可視化され得る。増幅は、試験患者およびM.t
uberculosisに感染していない個体から採取された生物学的サンプル
から得られたサンプルについて行われ得る。増幅反応は、2桁の大きさにおよぶ
いくつかのcDNA希釈物について行われ得る。感染していないサンプルのいく
つかの希釈物と比較して2倍以上の、試験患者サンプルの同じ希釈物における発
現増加は代表的に、陽性とみなされる。
【0088】 上記のように、感度を改善するために、複数のM.tuberculosis
マーカーは、所定のサンプル内でアッセイされ得る。複数の抗原が単一のアッセ
イにおいて組み合わされ得ること、または複数のプライマーまたはプローブが同
時に用いられ得ることは明らかである。抗原マーカーの選択は、最適な感度をも
たらす組み合わせを決定する慣用実験に基づき得る。
【0089】 上記で提供される診断方法を用いて、患者における結核治療をモニタリングし
得る。手短には、このようなモニタリングは、上記のようなアッセイを、第1の
時点(治療の少なくとも一部を行う前)で得られた生物学的サンプルを用いて行
い、そして得られた結果を、第2の生物学的サンプル(治療の少なくとも一部の
後に得られる)を用いて行われた類似のアッセイの結果と比較することにより達
成され得る。シグナルの減少をもたらす治療は一般に、M.tuberculo
sis感染のレベルを減少させる際に有効であるとみなされる。
【0090】 (診断キット) 本発明はさらに、上記の診断方法のうちのいずれかにおいて使用するためのキ
ットを提供する。このようなキットは代表的に、診断アッセイを行うに適切な2
以上の構成要素を備える。構成要素は、化合物、試薬、容器および/または器具
であり得る。例えば、キット内の1つの容器は、Mtb−81ポリペプチドまた
はMtb−67.2ポリペプチドを含み得る。このようなポリペプチドは、上記
のように支持体材料に付着されて提供され得る。1以上のさらなる容器は、アッ
セイにおいて使用される要素(例えば、試薬または緩衝液)を封入し得る。この
ようなキットはまた、あるいは、免疫複合体形成の直接的または間接的な検出に
適切なレポーター基を含む上記のような検出試薬を備え得る。
【0091】 あるいは、キットは、生物学的サンプル中のMtb−81またはMtb−67
.2をコードするmRNAレベルを検出するように設計され得る。このようなキ
ットは一般に、Mtb−81またはMtb−67.2をコードするポリヌクレオ
チドにハイブリダイズする、上記のような、少なくとも1つのオリゴヌクレオチ
ドのプローブまたはプライマーを備える。このようなオリゴヌクレオチドは、例
えば、PCRまたはハイブリダイゼーションアッセイにおいて用いられ得る。こ
のようなキット内に存在し得るさらなる構成要素としては、Mtb−81または
Mtb−67.2をコードするポリヌクレオチドの検出を容易にする、第2のオ
リゴヌクレオチドおよび/または診断試薬もしくは容器が挙げられる。
【0092】 なおさらなるキットは、サンプル中の抗原の存在を検出し得る。このようなキ
ットは、Mtb−81またはMtb−67.2に特異的に結合する1以上のモノ
クローナル抗体またはポリクローナル抗体を備え得る。
【0093】 (T細胞) 本発明はさらに、Mtb−81またはMtb−67.2に特異的なT細胞を提
供する。このような細胞は一般に、インビトロまたはエキソビボで、標準的な手
順を用いて調製され得る。例えば、T細胞は、市販の細胞分離システム(例えば
、CellPro Inc.,Bothell WAから入手可能なCEPRA
TETMシステム)を用いて、哺乳動物(例えば、患者)の骨髄、末梢血または骨
髄もしくは末梢血の画分中に存在し得る(またはこれらから単離され得る)(米
国特許第5,240,856号;米国特許第5,215,926号;WO 89
/06280;WO 91/16116およびWO 92/07243もまた参
照のこと)。あるいは、T細胞は、関連するまたは関連しないヒト、非ヒト動物
、細胞株または培養物に由来し得る。
【0094】 T細胞は、Mtb−81ポリペプチドもしくはMtb−67.2ポリペプチド
、このようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチドおよび/またはこのよ
うなポリペプチドを発現する抗原提示細胞(APC)で刺激され得る。刺激は、
このポリペプチドに特異的であるT細胞の生成を可能にするに充分な条件下で、
かつ充分な時間にわたって行われる。好ましくは、Mtb−81またはMtb−
67.2のポリペプチドまたはポリヌクレオチドは、送達ビヒクル(例えば、マ
イクロスフェア)内に存在して、特異的T細胞の生成を容易にする。
【0095】 T細胞は、このT細胞が、Mtb−81でコーティングされたかまたはMtb
−81(もしくはMtb−67.2)をコードする遺伝子を発現する標的細胞を
殺傷する場合、Mtb−81(またはMtb−67.2)に特異的であるとみな
される。T細胞特異性は、種々の標準的な技術のいずれかを使用して評価され得
る。例えば、クロム放出アッセイまたは増殖アッセイでは、陰性コントロールと
比較して2倍を超える、溶解および/または増殖の増加の刺激指数は、T細胞特
異性を示す。このようなアッセイは、例えば、Chenら,Cancer Re
s.54:1065−1070,1994に記載されるように行われ得る。ある
いは、T細胞の増殖の検出は、種々の公知の技術によって達成され得る。例えば
、T細胞増殖は、DNA合成速度の増加を測定することによって(例えば、T細
胞の培養物をトリチウムチミジンでパルス標識し、そしてDNAに取り込まれた
トリチウムチミジンの量を測定することによって)検出され得る。Mtb−81
またはMtb−67.2(200ng/ml〜100μg/ml、好ましくは、
100ng/ml〜25μg/ml)との3〜7日間の接触は、T細胞の増殖の
少なくとも2倍の増加をもたらすはずであり、そして/または2〜3時間の上記
のような接触は、標準的なサイトカインアッセイ(ここでは、サイトカイン(例
えば、TNFまたはIFN−γ)放出レベルの2倍の増加は、T細胞活性化を示
す))を用いて測定した場合、T細胞の活性化をもたらすはずである(Coli
ganら,Current Protocols in Immunology
,第1巻,Wiley Interscience(Greene 1998)
を参照のこと)。Mtb−81またはMtb−67.2のポリペプチド、ポリヌ
クレオチドまたはポリペプチド発現APCに応答して活性化されたT細胞は、C
D4+および/またはCD8+であり得る。Mtb−81特異的T細胞またはMt
b−67.2特異的T細胞は、標準的な技術を用いて増殖され得る。好ましい実
施形態では、T細胞は、患者または関連するもしくは関連しないドナーに由来し
、そして刺激および増殖後に患者に投与される。
【0096】 治療目的のために、Mtb−81またはMtb−67.2に応答して増殖する
CD4+T細胞またはCD8+T細胞は、インビトロまたはインビボのいずれかで
数が増え得る。このようなT細胞のインビトロでの増殖は、種々の方法で達成さ
れ得る。例えば、T細胞は、T細胞増殖因子(例えば、インターロイキン−2)
の添加を伴ってもしくは伴わずにMtb−81もしくはMtb−67.2に、お
よび/またはMtb−81ポリペプチドもしくはMtb−67.2ポリペプチド
を合成する刺激細胞に再曝露され得る。あるいは、Mtb−81またはMtb−
67.2の存在下で増殖する1以上のT細胞は、クローニングによって数が増え
得る。細胞をクローニングするための方法は当該分野で周知であり、そして限界
希釈を含む。
【0097】 (薬学的組成物およびワクチン) 特定の局面では、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、結合剤および/または細
胞は、薬学的組成物またはワクチンに取り込まれ得る。薬学的組成物は、1以上
のこのような化合物および生理学的に受容可能なキャリアを含む。ワクチンは、
1以上のこのような化合物および非特異的免疫応答エンハンサーを含み得る。非
特異的免疫応答エンハンサーは、外因性抗原に対する免疫応答を増強する任意の
物質であり得る。非特異的免疫応答エンハンサーの例としては、アジュバント、
生分解性マイクロスフェア(例えば、ポリ乳酸ガラクチド(polylacti
c galactide))およびリポソーム(この中に化合物が取り込まれる
)が挙げられる。本発明の範囲内の薬学的組成物およびワクチンはまた、生物学
的に活性であっても不活性であってもよい、他の化合物を含み得る。例えば、他
のM.tuberculosis抗原の1以上の免疫原性部分は、融合ポリペプ
チドに取り込まれて、または別個の化合物としてのいずれかで、組成物またはワ
クチン内に存在し得る。
【0098】 薬学的組成物またはワクチンは、上記のように、1つ以上のポリペプチドをコ
ードするDNAを含み得、その結果このポリペプチドは、インサイチュで生成さ
れる。DNAは、当業者に公知の任意の種々の送達系内に存在し得る。この送達
系としては、核酸発現系、細菌およびウイルスの発現系が挙げられる。多くの遺
伝子送達技術、例えば、Rolland,Crit.Rev.Therap.D
rug Carrier Systems 15:143〜198,1998、
およびそこに引用される参考文献により記載される技術が当該分野で周知である
。適切な核酸発現系は、患者における発現のために必要なDNA配列(例えば、
適切なプロモーターおよび停止シグナル)を含む。細菌の送達系は、細胞表面で
ポリペプチドの免疫原性部分を発現する細菌(例えば、Bacillus−Ca
lmette−Guerrin)の投与を包含する。好ましい実施形態において
、DNAは、ウイルス発現系(例えば、ワクシニアもしくは他のポックスウイル
ス、レトロウイルス、またはアデノウイルス)を用いて誘導され得る。これは、
非病原性(欠損)、複製コンピテントなウイルスの使用を含み得る。適切な系が
例えば、以下において開示されている:Fisher−Hochら、Proc.
Natl.Acad.Sci.USA 86:317〜321、1989;Fl
exnerら、Ann.N.Y.Acad.Sci.569:86〜103,1
989;Flexnerら、Vaccine 8:17〜21,1990;米国
特許第4,603,112号、同第4,769,330号および同第5,017
,487号;WO 89/01973;米国特許第4,777,127号;GB
2,200,651;EP 0,345,242号;WO 91/02805
;Berkner、Biotechniques 6:616〜627,198
8;Rosenfeldら、Science 252:431〜434,199
1;Kollsら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 91:2
15〜219,1994;Kass−Eislerら、Proc.Natl.A
cad.Sci.USA 90:11498〜11502,1993;Guzm
anら、Circulation 88:2838〜2848,1993;なら
びにGuzmanら、Cir.Res.73:1202〜1207,1993。
このような発現系にDNAを組み込むための技術は、当業者に周知である。DN
Aはまた、例えば、Ulmerら、Science 259:1745〜174
9,1993およびCohenによる総説、Science 259:1691
〜1692,1993に記載されているように「裸(naked)」であっても
よい。裸のDNAの取りこみは、細胞に効率的に移動される生分解性ビーズへの
DNAコーティングにより増大され得る。
【0099】 当業者に公知の任意の適切なキャリアが本発明の薬学的組成物において使用さ
れ得るが、キャリアの型は、投与の様態に依存して変化する。本発明の組成物は
、例えば、局所投与、経口投与、経鼻投与、静脈投与、頭蓋内投与、腹腔内投与
、皮下投与、または筋肉内投与を含む、投与の任意の適切な様式のために処方さ
れ得る。非経口投与(例えば、皮下注射)のために、キャリアは、好ましくは水
、生理食塩水、アルコール、脂肪、ワックスまたは緩衝液を含む。経口投与のた
めには、任意の上記のキャリアまたは固体キャリア(例えば、マンニトール、ラ
クトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、タル
カム(滑石粉)、セルロース、グルコース、スクロースおよび炭酸マグネシウム
)が用いられ得る。生分解性ミクロスフェア(微粒子)(例えば、ポリラクテー
ト ポリグリコレート)がまた、本発明の薬学的組成物のためのキャリアとして
使用され得る。適切な生分解性ミクロスフェアは、例えば、米国特許第4,89
7,268号および同第5,075,109号において開示されている。
【0100】 このような組成物はまた、緩衝液(例えば、中性の緩衝化生理食塩水またはリ
ン酸緩衝化生理食塩水)、炭水化物(例えば、グルコース、マンノース、スクロ
ースまたはデキストラン)、マンニトール、タンパク質、ポリペプチドまたはア
ミノ酸(例えば、グリシン)、抗酸化剤、キレート剤(例えば、EDTAまたは
グルタチオン)、アジュバント(例えば、水酸化アルミニウム)および/または
保存剤(防腐剤)を含み得る。あるいは、本発明の組成物は、凍結乾燥剤として
処方され得る。化合物はまた、周知の技術を用いてリポソーム内にカプセル化さ
れ得る。
【0101】 任意の種々の非特異的免疫応答エンハンサーが、本発明のワクチンに使用され
得る。例えば、アジュバントが含まれ得る。ほとんどのアジュバントは、抗原を
迅速な異化から防御するように設計された物質(例えば、水酸化アルミニウムま
たは鉱油)および免疫応答の刺激因子(例えば、lipid A(脂質A)、B
ordetella pertussisまたはMycobacterium
tuberculosis由来のタンパク質)を含む。適切なアジュバントは、
例えば、フロイント不完全アジュバント(Freund’s Incomple
te Adjuvant)およびフロイント完全アジュバント(Freund’
s Complete Adjuvant)(Difco Laborator
ies,Detroit,MI),Merck Adjuvant 65(Me
rck and Company,Inc.,Rahway,NJ),ミョウバ
ン,生分解性ミクロスフェア,モノホスホリルリピッドA(monophosp
horyl lipid A)およびquil Aとして市販されている。サイ
トカイン(例えば、GM−CSFまたはインターロイキン−2、インターロイキ
ン−7もしくはインターロイキン−12)がまた、アジュバントとして使用され
得る。
【0102】 本明細書において記載される組成物は、徐放性処方物(すなわち、投与後、化
合物の緩徐な放出をもたらすカプセルまたはスポンジのような処方物)の一部と
して投与され得る。このような処方物は一般に、周知の技術を用いて調製され得
、そして例えば、経口、直腸または皮下移植により、または所望の標的部位への
移植により投与され得る。徐放性処方物は、キャリアマトリックスに分散される
か、および/または速度制御膜に囲まれるレザーバ内に含まれる、ポリペプチド
、ポリヌクレオチドまたは抗体を含み得る。このような処方物内での使用のため
のキャリアは、生体適合性であり、そしてまた生分解性であり得る;好ましくは
、この処方物は比較的一定レベルの活性成分の放出を提供する。徐放性処方物内
に含まれる活性な化合物の量は、移植の部位、放出の速度および予期される期間
、ならびに処置または予防されるべき状態の性質に依存する。
【0103】 任意の種々の送達ビヒクルは、薬学的組成物およびワクチン内で使用され免疫
応答の生成を容易にし得る。送達ビヒクルは、抗原提示細胞(例えば、樹状細胞
およびマクロファージ)を含む。このような細胞は、Mtb−81またはMtb
−67.2をコードするポリヌクレオチド(またはそれらの部分もしくは他の改
変体)でトランスフェクトされ得、その結果Mtb−81またはMtb−67.
2ポリペプチドが、この細胞表面で発現される。このようなトランスフェクショ
ンは、エクスビボで生じ得、次いでこのようなトランスフェクトされた細胞を含
む組成物またはワクチンが、本明細書において開示されるように治療目的で用い
られ得る。あるいは、樹状細胞または他の抗原提示細胞を標的する遺伝子送達ビ
ヒクルは、患者に投与され得、その結果インビボで生じるトランスフェクション
を生じる。樹状細胞のインビボトランスフェクションおよびエキソビボトランス
フェクションは、一般に、当該分野で公知の任意の方法(例えば、WO 97/
24447に記載される方法、またはMahviら、Immunology a
nd cell Biology 75:456〜460,1997に記載され
る遺伝子銃アプローチ)を用いて実施され得る。
【0104】 (結核治療) 本発明のさらなる局面において、本明細書において記載される組成物は、結核
の免疫治療に用いられ得る。このような方法において、薬学的組成物およびワク
チンが、代表的に患者に投与される。本明細書において用いられる場合、「患者
」とは、任意の温血動物、好ましくはヒトをいう。患者は、M.tubercu
losisで感染され得るか、または感染され得ない。従って、上記の薬学的組
成物およびワクチンは、結核の発生を予防するために、または結核に罹患した患
者を処置するために用いられ得る。薬学的組成物およびワクチンは、他の治療剤
での処置の前に、それと同時に、またはその後に投与され得る。
【0105】 特定の実施形態において、免疫療法は、能動的免疫療法であり得る。ここでは
、処置は、免疫応答改善剤(例えば、腫瘍ワクチン、細菌性アジュバントおよび
/またはサイトカイン)の投与でM.tuberculosisに対して反応す
る内因性宿主免疫系のインビボ刺激に依存する。
【0106】 他の実施形態において、免疫療法は、受動的免疫療法であり得る。ここでは、
処置は、確立された免疫応答性(インタクトな宿主免疫系に依存する必要はない
)を有する因子(例えば、効果細胞または抗体)の送達を含む。効果細胞の例と
しては、本明細書に提供されるポリペプチドを発現する、Tリンパ球(例えば、
CD8+細胞傷害性Tリンパ球およびCD4+Tヘルパー腫瘍浸潤性リンパ球)、
キラー細胞(例えば、ナチュラルキラー細胞およびリンホカイン活性化キラー細
胞)、B細胞および抗原提示細胞(例えば、樹状細胞およびマクロファージ)が
挙げられる。本明細書に列挙されるポリペプチドに特異的なT細胞レセプターお
よび抗体レセプターは、養子免疫療法のために他のベクターまたは効果細胞中に
クローニングされ、発現され、そして移入され得る。本明細書に提供されるポリ
ペプチドはまた、受動免疫療法のための抗体または抗イディオタイプ抗体(上記
および米国特許第4,918,164号に記載される)を生成するために用いら
れ得る。
【0107】 効果細胞は、本明細書において記載されるように、インビトロでの増殖により
養子免疫治療のために十分な量が得られ得る。単一の抗原特異的効果細胞を、イ
ンビボでの抗原認識の保持のための数十億まで増殖させるための培養条件は当該
分野で周知である。このようなインビトロの培養条件は代表的に、しばしばサイ
トカイン(例えば、IL−2)および分裂しない支持細胞の存在下で、抗原での
間欠的刺激を用いる。上で述べたように、本明細書において提供される免疫反応
性ポリペプチドは、抗原特異的T細胞培養を急速に増殖するために用いられ、免
疫治療に十分な数の細胞を生成し得る。詳細には、抗原提示細胞(例えば、樹状
細胞、マクロファージまたはB細胞)は、当該分野で周知の標準的技術を用いて
、免疫反応性ポリペプチドでパルスされるか、または1つ以上のポリヌクレオチ
ドでトランスフェクトされ得る。例えば、抗原提示細胞は、組換えウイルスまた
は他の発現系における発現を増大するのに適切なプロモーターを有するポリヌク
レオチドでトランスフェクトされ得る。治療において使用するための培養された
効果細胞は、増殖されそして広範に流通され、そしてインビボで長期間生存され
得なければならない。培養された効果細胞がインビボで増殖されそしてIL−2
を補充された抗原での反復刺激により、長期間、かなり多数生存するように導入
され得ることが研究で示されている(例えば、Cheeverら、Immuno
logical Reviews 157:177、1997を参照のこと)。
【0108】 本明細書において提供されるポリペプチドはまた、Mtb−81反応性T細胞
またはMtb−67.2反応性T細胞を生成および/または単離するために用い
られ得る。次いで、これらは患者に投与され得る。このような技術の1つにおい
て、抗原特異的T細胞株は、開示されたポリペプチドの免疫原性部分に対応する
短いペプチドでのインビボ免疫により生成され得る。得られた抗原特異的CD8 + CTLクローンは、患者から単離され、標準的な組織培養技術を用いて増殖さ
れ、そして患者に戻され得る。
【0109】 ポリペプチドはまた、結核のエキソビボ処置のために用いられ得る。例えば、
免疫系の細胞(例えば、T細胞)は、市販の細胞分離システム(例えば、Cel
lPro Incorporated’s(Bothell,WA)CEPRA
TETMシステム)を用いて、患者の末梢血から単離され得る(米国特許第5,2
40,856号;米国特許第5,215,926号;WO 89/06280;
WO 91/16116およびWO 92/07243を参照のこと)。分離し
た細胞は、抗原特異的T細胞を提供するために、送達ビヒクル(例えば、マイク
ロスフェア)内に含まれる1つ以上の免疫反応性Mtb−81ポリペプチドで刺
激される。次いで、抗原特異的T細胞の集団は標準的技術を用いて増殖され、そ
してこの細胞は、例えば、Changら、Crit.Rev.Oncol.He
matol.22;213,1996により記載されるように患者に戻し投与さ
れ得る。
【0110】 別の実施形態において、同系または異系の樹状細胞は、Mtb−81またはM
tb−67.2の少なくとも免疫原性部分に対応するペプチドでパルスされ得る
。得られた抗原特異的樹状細胞は、患者に移入され得るか、またはT細胞を刺激
して抗原特異的T細胞(次にこれは患者に投与され得る)を提供するのに使用さ
れるかのいずれかであり得る。あるいは、本明細書において列挙されるポリペプ
チドを発現するベクターは、患者から得られた抗原提示細胞に導入され得、そし
て同じ患者への戻し移植(transplant back)のためにエキソビ
ボでクローン的に増殖され得る。トランスフェクトされた細胞は、当該分野で公
知の任意の手段(好ましくは、静脈投与、腔内投与または腹腔内投与による滅菌
形態)を用いて患者に再導入され得る。
【0111】 投与の経路および頻度、ならびに投薬量は、患者間で異なり、そして標準的技
術を用いて容易に確立され得る。概して、薬学的組成物およびワクチンは、注射
(例えば、皮内、筋肉内、静脈内、または皮下)により、経鼻的に(例えば、吸
引により)または経口的に、投与され得る。好ましくは、52週間にわたって1
〜10用量の間が投与され得る。好ましくは、1ヶ月の間隔で6用量が投与され
、そしてブースター(追加)ワクチン接種がその後定期的に投与され得る。交互
のプロトコールが個々の患者に適切であり得る。適切な用量は、上記のように投
与された場合、ワクチン接種されていない患者に比較して、ワクチン接種された
患者で、改善された臨床的結果(例えば、症状の軽減または生存の延長)を導く
免疫応答を生じ得る化合物の量である。一般に、1つ以上のポリペプチドを含む
薬学的組成物およびワクチンについて、用量中に存在する各ポリペプチドの量は
、宿主の体重(kg)あたり、約100μg〜5mgにわたる。適切な用量サイ
ズは、患者の大きさで変化するが、代表的には約0.1mL〜約5mLにわたる
【0112】 以下の実施例は、例示の目的で提供されるものであり、限定の目的ではない。
【0113】 (実施例) (実施例1) (M.tuberculosisタンパク質の調製) この実施例は、HIV陽性個体に存在する抗体を認識するM.tubercu
losisタンパク質の主な特徴を示す。
【0114】 診断方法に適切なM.tuberculosis抗原を同定するため、M.t
uberculosis株H37Rv由来の可溶性粗タンパク質(CSP;Col
orado State Universityから入手)の高分子量領域を2
次元ゲル電気泳動および2次元ウエスタン分析を用いて試験した。この分析のた
めのプローブは、モノクローナル抗体IT57(Infection and
Immunity 60:3925〜3927,1992に概説される)であっ
た。これは、UNPD/World Bank/World Health O
rganization Special Programme for Re
search and Training in Tropical Dise
asesから入手した。この抗体は、この高分子量領域における82kDaのM
.tuberculosis抗原と反応することが公知であったが、タンパク質
抗原の同定は、以前には解明されていなかった(Infection and
Immunity 56:1994〜1998,1988;Infection
and Immunity 60:3925〜3927,1992を参照のこ
と)。
【0115】 CSPを、C18カラム上の逆相クロマトグラフィーにより分離した。CSP
のほぼ75mgを、0.1%トリフルオロ酢酸(TFA)を含む水に溶解し、P
rep LC(Waters,Milford,MA)を用いてC18逆相カラ
ム(22×250mm、The Separations Group,Hes
peria,CA)に注入し、そして10ml/分の流速で0.1%TFA含有
水(溶媒A)およびアセトニトリル(溶媒B)の二元勾配で溶出した。Bの勾配
を60分で0〜100%に増加させた。画分を1分間隔で収集した。
【0116】 各画分をイムノブロット分析により個々に試験し、IT57抗体に対する反応
性を有する画分を同定した。個々のHPLC画分を、製造業者の指示どおり、4
〜20%勾配ゲル(BioRad,Hercules,CA)上でSDS−PA
GEにより分離し、その後ニトロセルロースに転写した。タンパク質をニトロセ
ルロースメンブレン(Hybond C Extra,Amersham,Ar
lington Heights,IL)に転写し、そして0.5M NaCl
を含有するリン酸緩衝化生理食塩水(PBS)(0.05% Tweenを含有
)(PBST)でブロックした。ブロットをPBSで洗浄し、そしてそれぞれ、
1Dおよび2Dゲルについて0.5M NaCl含有PBSTでの1:50稀釈
または1:70稀釈の培養上清でIT−57抗体を用いてプローブした。一晩の
インキュベーション後、ブロットを洗浄し、そしてIgG特異的ロバ抗マウス二
次抗体ECL(Jackson Immuno Research,West
Grove,PA)を用いてプローブした。Pierce ECLプロトコール
(Pierce Super Signal,Rockford,IL)に従っ
てウエスタンを発色させた。
【0117】 抗体IT−57に対する反応性を有する画分38を、上記のようにウエスタン
分析により同定し、そして2D−PAGEおよびウエスタン分析によりさらに評
価した。2D−PAGE分析に関して、画分38を約400μlに濃縮し、そし
て40μlを400μlの再水和溶液(8M 尿素、0.5% CHAPS(w
/w)、15mM DTTおよび0.2%(w/w)Parmalyte pH
3〜10を含む)に添加した。この溶液を、再水和カセットに置き、そして18
cmのpH3〜10のImmobiline Drystrips(Pharm
acia Biotech,Uppsala,Sweden)を一晩水和させた
。この水和したストリップをリンスして、そして以下の勾配:0〜300ボルト
/5分、300〜3500ボルト/6時間および3500の後80,000ボル
ト/時間に従いImmobiline DryStripキットとともにマルチ
ホル(multiphor)II電気泳動システムおよびPharmacia
BiotechのEPS 3500 XL電源を使用して集束させた。
【0118】 1Dコントロールレーンのチューブゲルを、10μlの各画分を10μlのT
ris酢酸平衡緩衝液に添加することによって2%(w/v)DTTおよび2%
(w/v)アガロースを含むESA(Chelmsford,MA)から作製し
た。この溶液を100℃で5分間熱した。分子量標準物のチューブゲルを、2μ
lのBiorad(Hercules,CA)の低範囲銀標準を8μlの水およ
び2%(w/v)DTTおよび2%(w/v)アガロースを含む10μlのTr
is酢酸平衡緩衝液に添加して、そして5分間煮沸することによって作製した。
【0119】 集束させたImmobiline Drystripを、6M 尿素、2%(
w/v)SDSおよび2%(w/v)DTTを含む10ml/ストリップの平衡
緩衝液において平衡化し、そして15分間緩やかに揺れ動かした。この緩衝液を
、デカントし、次いでDrystripを、6M 尿素および2.5% ヨード
アセトアミドを含む10ml/ストリップのTris酢酸平衡緩衝液において平
衡化し、そして15分間緩やかに揺れ動かした。ストリップを、DryStri
pと同一のHPLC画分を含む1cmチューブゲルおよびBioradの低範囲
銀標準物を含む1cmチューブゲルの側面に沿ってESAのInvestiga
tor 10%均質二重ゲルの上部に置いた。このゲルを、下部(アノード)タ
ンクにおいてTris酢酸泳動緩衝液および上部(カソード)タンクにおいてT
risトリシンSDS緩衝液を含む(両方ともESAにより供給された)ESA
Investigator 2D電気泳動システムで20mA/ゲルで一晩泳
動した。
【0120】 1つのゲルを、ニトロセルロースに転写し、そしてIT57抗体を使用して免
疫ブロットした。他のゲルを銀染色した。2D−PAGE免疫ブロット分析に関
して、このタンパク質を、ニトロセルロース膜(Hybond C Extra
,Amersham,Arlington Heights,IL)に転写し、
そして0.05% Tweenを含有するリン酸緩衝化生理食塩水(PBS)(
PBST)中の0.5M NaClでブロックした。ブロットを、PBSで洗浄
し、そしてPBST中0.5M NaCl中の培養上清で70倍希釈したIT−
57抗体を用いてプローブした。一晩インキュベート後、ブロットを洗浄し、そ
してIgG特異的ロバ抗マウス二次抗体ECL(Jackson Immuno
Research,West Grove,PA)でプローブした。ウエスタ
ンをPierce ECLプロトコル(Pierce Super Signa
l,Rockford,IL)に従い現像した。銀染色したゲルに関して、この
ゲルを10%酢酸を含む40%メタノール溶液において1時間より長く、一般的
には一晩固定化した。次いで、このゲルを30%エタノール溶液で3回リンスし
て、その後ナノ純水(nanopure water)中0.02% チオ硫酸
ナトリウムにおいて1分間還元した。還元後、このゲルを、ナノ純水で3回洗浄
(各洗浄につき20秒間)し、その後このゲルをナノ純水中0.2% 硝酸銀お
よび0.02% ホルムアルデヒドにおいて20分間インキュベートした。この
ゲルを、3回洗浄(各洗浄につき20秒間)し、その後ナノ純水中0.05%
ホルムアルデヒドおよび0.0005% チオ硫酸ナトリウムを含む3% 炭酸
ナトリウムにおいて発色させた。このゲルを十分に発色させた後、この化学プロ
セスを、5%酢酸の添加により停止させた。このゲルをナノ純水でリンスし、そ
して0.1%酢酸溶液中で4℃で保存した。
【0121】 免疫ブロット分析を、ニトロセルロース膜をAurodyeForte(Am
ersham Coro.,Arlington Height,IL)総タン
パク質染料で染色することにより銀染色と相関させた。簡潔には、ECLによる
免疫ブロットの現像後、この膜をPBS+0.3% Tweenにおいて5分間
ずつ3回洗浄し、ナノ純水においてリンスし、次いで40mlのAurodye
Forte色素において室温で所望のタンパク質が可視化されるまで緩やかに揺
れ動かしながらインキュベートした。
【0122】 IT−57反応性タンパク質を、ゲルから切り出し、そして100μlのアセ
トニトリルの添加により脱水した。この溶媒を除き、そして1μlの1M DT
Tを含む100μlの50mM重炭酸アンモニウムで置換し、再水和させ、次い
で57℃で1時間インキュベートした。この溶媒を除去し、このゲルを100μ
lのアセトニトリルの添加により脱水した。この溶媒を、室温に平衡化した後、
50mM重炭酸アンモニウム中の55mM ヨードアセトアミドで置換し、そし
て時々ボルテックスしながら室温で45分間暗所でインキュベートした。このゲ
ルを50mM重炭酸アンモニウム、アセトニトリル、50mM重炭酸アンモニウ
ム、およびアセトニトリルで順次洗浄し、その後、スピードバック(speed
vac)コンセントレータにおいて完全に脱水した。6μlの還元的にアルカリ
化したトリプシン(Promega,Madison,WI)を、100μlの
50mM 重炭酸アンモニウムに添加して、生じた懸濁液を37℃で一晩インキ
ュベートした。この上清を取り出し、そしてトリプシン分解ペプチドを100m
M 重炭酸アンモニウムでの1回の洗浄、続いて5%蟻酸を含有する50%アセ
トニトリルの3回の順次の洗浄によって抽出した。この抽出物をプールし、スピ
ードバックで30μl容量に濃縮し、そして質量分析まで−20℃で保存した。
【0123】 トリプシン分解ペプチドのアリコートをC18マイクロキャピラリーカラム(
75μm i.d.×12cm)にロードし、そして12分間かけてアセトニト
リルの濃度を0%から80%まで上昇させながらアセトニトリルおよび0.1M
酢酸を使用してエレクトロスプレーイオン化源を備えた三重四重極質量分析機
(triple quadrupole mass spectrometer
)(TSQ7000;Finnigan MAT,San Jose,CA)中
へと溶出した。質量スペクトルを、300〜1400の原子質量単位の質量範囲
にわたって1.5秒毎に得た。候補ペプチド質量を、トリプシン消化物をコント
ロール消化物と比較することによって同定した。
【0124】 タンパク質抗原を配列決定するために、タンパク質のさらなるアリコートをジ
フェニル分別によって生成した。約5mgのCSPを0.5%トリフルオロ酢酸
(TFA)を含む水に溶解した。このサンプルをVydacジフェニル逆層カラ
ム(カタログ番号219TP5415:The Separations Gr
oup,Hesperia,CA)に注入し、AKTA explorer 1
00分離システム(Amersham Pharmacia Biotech
AB,Uppsala,Sweden)において水中0.5% TFA(緩衝液
A)およびアセトニトリル(緩衝液B)の二元勾配で溶出した。このカラムを3
0%Bにおいて平衡化し、そして直線的勾配を30分の経過にわたって2ml/
分で30%〜65%緩衝液Bで行った。画分を1.5ml間隔で収集し、そして
上記のようにIT57抗体を使用してウエスタンブロットによって分析した。こ
の抗体によって認識されるタンパク質を含む画分は、約50%Bで溶出し、そし
てプールし、そしてSDS−PAGEによって分離した。このゲルを、銀染色し
、そして上記のようにインサイチュで消化した。
【0125】 衝突活性化解離(CAD)分子スペクトルをm/z444および531で(M
+2H)2+イオンで記録した。このCADスペクトルを、新たにか、またはペ
プチド配列タグによって解釈した(Anal Chem.66(24):439
0−99,1994)。444 2+の配列は、Cat Gタンパク質に対応し
、531 2+の配列は、Mtb−81抗原に対応した。使用されたM.tub
erculosisゲノム配列は、刊行された文献(Nature 393(6
685):537−44,1998)由来であった。
【0126】 (実施例2) (Mtb−67.2の調製) 本実施例は、Mtb−67.2の同定および調製を例証する。
【0127】 M.tuberculosis由来のCSPの高分子量領域を、2次元ゲル電
気泳動を使用して試験した。高分子量領域において5つのタンパク質スポットを
同定し、これらを個々に切りだし、酵素的に分解し、そして質量分析に供した(
実施例1に記載のように)。同定したタンパク質のうち1つの配列を決定した。
そしてこれを、本明細書中でMtb−81として規定する。この高分子量領域中
を移動するバンドにおいてMtb−81と共に存在することが明らかである別の
タンパク質が、Mtb−67.2(図5;配列番号5)であることを見出した。
【0128】 (実施例3) (Mtb−81ポリヌクレオチドの調製) 本実施例は、Mtb−81をコードするDNA分子、およびその発現産物の調
製を例証する。
【0129】 E.coliにおける発現のためのMtb−81配列を得るために、PCR分
析を、以下のプライマー(配列番号_および_)でゲノムM.tubercul
osis DNAを用いて行った: PDM−268 5’CTAAGTAGTACTGATCGCGTGTCGG
TGGGC3’ Tm=66℃ PDM−269 5’CAGTGAGAATTCACTAGCGGGCCGC
ATCGTCAC3’ Tm=68℃。
【0130】 PCR反応系は以下を含んでいた: 10μL 10×Pfu緩衝液 1μL 10mM dNTP 2μL 各10μMオリゴヌクレオチド 83μL 滅菌水 1.5μL Pfu DNAポリメラーゼ(Stratagene) 50ng M.tuberculosisゲノムDNA。
【0131】 反応系は、96℃で2分間加熱した;96℃(20秒間)、67℃(15秒間
)、および72℃(5分間)を40回繰り返し;次いで、72℃で5分間インキ
ュベートした。このPCR産物を、ScaIおよびEco RIで消化し、そし
てEco72 IおよびEco RIで消化したpPDM His(Novag
en,Madison,WIの改変pET28ベクター)にクローン化した。配
列を確認し、そしてPCR産物をBL21 pLys S(Novagen,M
adison,WI)に形質転換した。単一コロニーを、カナマイシン(30μ
g/mL)およびクロラムフェニコール(34μg/mL)を含有するLB培地
に植菌した。24mLの一晩培養物を使用し、バフル付きフラスコ(baffl
ed flask)において同一の抗生物質を含有する1リットルの2×YT培
地に植菌した。4リットルを一度に増殖させた。0.35と0.55との間のO
560で、フラスコを最終濃度1mM IPTGで誘導した。この細菌を、さら
に4時間増殖させ、その後収集した。このペレットを、遠心分離し、そして1×
PBSで洗浄し、次いで再び遠心分離した。ペレットを、溶解緩衝液(20mM
Tris(pH8.0)、100mM NaClおよび0.1% DOC)中
に再懸濁し、−20℃で一晩凍結した。
【0132】 次いで、このペレットを解凍しかつ超音波処理し、そして高速遠心分離を使用
して、封入体ペレットおよび可溶性上清に分離した。このMtb−81タンパク
質を、封入体ペレットにおいて見出し、そしてこのタンパク質を20mM Tr
is(pH8.0)、300mM NaCl中0.5% CHAPSで2回洗浄
し、次いで結合緩衝液(20mM Tris、pH8.0、100mM NaC
l、8M尿素)において可溶化した。次いで、このペレットをNickel N
TA樹脂(Qiagen)にバッチ結合し、次いでKontes(VWR)重力
フローカラムに通した。最初の洗浄液は、20mM Tris(pH8.0)、
350mM NaCl、1.0% DOC、10mM イミダゾール、8M尿素
であった。第2の洗浄液は、最初と同じであるが、DOCは除いた。溶出を、段
階的な様式(最初は20mM Tris(pH8.0)、100mM NaCl
、50mM イミダゾール、8mM尿素である)において行った。第2は、イミ
ダゾール濃度を100mMに上昇させた。第3の溶出は、イミダゾールを500
mMに上昇させた。1/2未満の封入体は、Nickelに結合したままではな
く、最初のフロースルーにおいて解離した。このタンパク質は、最も低い濃度の
イミダゾールで溶出し始め、そしてイミダゾール濃度が上昇するにつれてカラム
から徐々に解離した。目的のタンパク質を含む溶出液をプールし、次いで10m
M Tris(pH8.0)に対して透析した。いくつかの透析の変化の後、こ
のタンパク質をVivaspin(IMS)30kD分画コンセントレータにお
いて濃縮し、次いで濾過滅菌した。
【0133】 全タンパク質組成分析およびタンパク質の推定の構造的なクラス(DNAST
AR(Madison,WI)でのタンパク質不定形適用プログラム)の結果を
以下の表Iおよび表IIに示す。
【0134】
【表1】
【0135】
【表2】 発現されたMtb−81は、ウエスタン分析によりマウスモノクロナール抗体
IT−57によって認識されなかった。この反応性の欠如は、E.coli発現
系における限界に起因し得る(例えば、このタンパク質が翻訳後修飾されなかっ
たかもしれず、または不適切に折り畳まれたかもしれない)。あるいは、IT−
57と反応する別のM.tuberculosisタンパク質が未だ同定されて
いないかもしれない。Mtb−81タンパク質は、HIV陽性血清およびM.t
uberculosis陽性血清に対して反応性であった。
【0136】 (実施例4) (Mtb−81を使用する結核の検出) 本実施例は、HIV同時感染を患うかまたは患わない患者におけるM.tub
erculosis感染の血清診断についてのMtb−81の使用を例証する。
【0137】 Mtb−81の反応性を、47人の正常な(M.tuberculosisに
感染していない)個体、HIV陽性かつM.tuberculosis陽性の2
7人の患者、ならびにHIV陰性かつM.tuberculosis陽性の67
人の患者に由来する血清を用いて決定した。正常な個体の血清から得られる平均
シグナル+3標準偏差により定義されるカットオフ(cutoff)値を超える
場合に、サンプルを、M.tuberculosis陽性であると定義した。
【0138】 ELISAを Mtb−81(200ng/ウェル)でコーティングした96
ウェルマイクロタイタープレート(Corning Easiwash)におい
て行った。コーティングは、4℃で一晩であった。次いで、プレートを吸引して
、そして1%(w/v)BSAを含むリン酸緩衝化生理食塩水(PBS)で室温
で2時間ブロックして、続いて0.1% Tween20を含むPBS(PBS
T)で洗浄した。血清(PBSTに1/25に希釈)をウェルに添加して、そし
て室温で30分間インキュベートした。インキュベーション後に、ウェルをPB
STで6回洗浄して、続いて1/20,000希釈のプロテインA HRP結合
体とともに30分間インキュベートした。次いで、プレートを、PBSTで6回
洗浄して、そしてテトラメチルベンジジン(TMB)基質とともにさらに15分
間インキュベートした。この反応を、1N硫酸の添加によって停止させ、そして
プレートを、ELISAプレートリーダーを使用して450nmで読み取った。
このアッセイのカットオフは、陰性集団の平均+この平均の3標準偏差であった
【0139】 結果を図2に示す。HIV陽性かつM.tuberculosis陽性であっ
た27人の患者のうち25人に由来する血清は、カットオフ値を超えるOD450
を有した。正常な血清のいずれもが、このカットオフを超えず、そしてHIV陰
性かつM.tuberculosis陽性の67人の患者のうち37人の患者由
来の血清サンプルは、このカットオフ値を超えた。これらの結果は、M.tub
erculosis感染の血清診断についてのMtb−81の使用を実証する。
【0140】 (実施例5) (Mtb−67.2ポリヌクレオチドの調製) 本実施例は、Mtb−67.2をコードするDNA分子の調製、およびその発
現産物を例証する。
【0141】 E.coliでの発現についてMtb−67.2配列を得るために、以下のプ
ライマー(配列番号 および )を用いてゲノムM.tuberculosis
DNAを使用してPCR分析を行った:
【0142】
【化1】 含まれるPCR反応物: 10μL 10×Pfu緩衝液 1μL 10mM dNTP 2μL 各10μM オリゴヌクレオチド 83μL 滅菌水 1.5μL Pfu DNAポリメラーゼ(Stratagene) 50ng M.tuberculosisゲノムDNA 反応物を、94℃に2分間加熱して;94℃(30秒間)、50℃(145秒
間)、および72℃(3分間)を35回サイクル化して;次いで、72℃で5分
間インキュベートした。PCR産物を、NdeIおよびHindIIIで消化し
て、そしてNdeIおよびHindIIIで消化したpET17b(Novag
en;Madison,WI)中にクローニングした。配列を確認して、そして
PCR産物を、BL21 pLys S(Novagen,Madison,W
I)に形質転換した。1つのコロニーを、アンピシリン(100μg/mL)お
よびクロラムフェニコール(34μg/mL)を含むLB培地に接種した。24
mLの一晩の培養物を使用して、バフル(baffled)フラスコにおいて、
同じ抗生物質を含む1リットルの2×YTブロスに接種した。4リットルを一度
に増殖させた。0.35と0.55との間のOD560で、フラスコを、1mMの
最終濃度のIPTGで誘導した。細菌をさらに4時間増殖させ、その後に回収し
た。プレートを遠心分離して、そして1×PBSで洗浄し、次いで再度遠心分離
した。プレートを溶解緩衝液(20mM Tris(pH8.0).100mM
NaClおよび0.1%DOC)中に再懸濁して、そして−20℃で一晩凍結
した。
【0143】 次いで、ペレットを融解して、そして超音波処理して、そして高速遠心分離を
使用して、封入体ペレットおよび可溶性上清を分離した。Mtb−67.2タン
パク質は、可溶性上清中にあることが見出され、そして結合緩衝液(20mM
Tris(pH8.0),100mM NaCl,8M尿素)中に可溶化した。
次いで、ペレットをNickel NTA樹脂(Qiagen)にバッチ結合さ
せ、次いでKontes(VWR)比重フローカラム(gravity flo
w column)に通した。第1の洗浄は、20mM Tris(pH8.0
)、350mM NaCl、1.0%DOC、10mMイミダゾール、8M尿素
であった。第2の洗浄は、第1と同じであったが、DOCを含まなかった。溶出
を、段階的(step wise)様式で行い、第1は、20mM Tris(
pH8.0)、100mM NaCl、50mMイミダゾール、8mM尿素であ
った。第2は、イミダゾール濃度を100mMまで増大させた。第3の溶出は、
イミダゾールを500mMまで増大させた。目的のタンパク質を含む溶出液をプ
ールして、次いで10mM Tris(pH8.0)に対して透析した。数回の
透析の交換の後に、タンパク質を滅菌濾過した。
【0144】 タンパク質全体の組成分析およびタンパク質の推定構造クラス(DNASTA
R(Madison,WI)におけるProtean適用プログラム)の結果を
、以下の表IIIおよび表IVに示す。
【0145】
【表3】
【0146】
【表4】 発現されたMtb−67.2は、ウエスタン分析によって、マウスモノクロー
ナル抗体IT−57により認識されなかった。この反応性の欠落は、E.col
i発現系における限界に起因し得る(例えば、このタンパク質は、翻訳後修飾さ
れ得ないか、または不適切に折りたたまれ得る)。あるいは、IT−57と反応
する別のM.tuberculosisタンパク質は、不明であり得る。Mtb
−67.2タンパク質は、HIV陽性かつM.tuberculosis陽性の
血清に対して反応性であった。
【0147】 (実施例6) (Mtb−67.2を使用する結核の検出) 本実施例は、HIV同時感染を患うかまたは患わない患者におけるM.tub
erculosis感染の血清診断についてのMtb−67.2の使用を例証す
る。
【0148】 Mtb−67.2の反応性を、47人の正常な(M.tuberculosi
siに感染していない)個体、HIV陽性かつM.tuberculosis陽
性の27人の患者、ならびにHIV陰性かつM.tuberculosis陽性
の67人の患者に由来する血清を用いて決定した。サンプルを、上記のようにM
.tuberculosis陽性として定義した。
【0149】 ELISAを Mtb−67.2(200ng/ウェル)でコーティングした
96ウェルマイクロタイタープレート(Corning Easiwash)に
おいて行った。コーティングは、4℃で一晩であった。次いで、プレートを吸引
して、そして1%(w/v)BSAを含むリン酸緩衝化生理食塩水(PBS)で
室温で2時間ブロックして、続いて0.1% Tween20を含むPBS(P
BST)で洗浄した。血清(PBSTに1/100に希釈)をウェルに添加して
、そして室温で30分間インキュベートした。インキュベーション後に、ウェル
をPBSTで6回洗浄して、次いで1/20,000希釈のプロテインA HR
P結合体とともに30分間インキュベートした。次いで、プレートを、PBST
で6回洗浄して、そしてテトラメチルベンジジン(TMB)基質とともにさらに
15分間インキュベートした。この反応を、1N硫酸の添加によって停止させ、
そしてプレートを、ELISAプレートリーダーを使用して450nmで読み取
った。このアッセイのカットオフは、陰性集団の平均+この平均の3標準偏差で
あった。
【0150】 結果を図3に示す。HIV陽性かつM.tuberculosis陽性であっ
た27人の患者のうち11人に由来する血清は、カットオフ値を超えるOD450
を有した。47人のうち2人の正常な血清が、このカットオフを超え、そしてH
IV陰性かつM.tuberculosis陽性の67人の患者のうち23人の
患者に由来する血清サンプルは、このカットオフ値を超えた。これらの結果は、
M.tuberculosis感染の血清診断についてのMtb−67.2の使
用を実証する。
【0151】 前述から、本発明の特定の実施形態が、例示の目的のために本明細書中に記載
されているが、種々の改変が、本発明の精神および範囲から逸脱することなくな
され得ることが理解される。従って、本発明は、添付の特許請求の範囲以外によ
って制限されない。
【図面の簡単な説明】
【図1A】 図1Aは、Mtb−81をコードするヌクレオチド配列を含むM.tuber
culosisゲノム配列を示す。Mtb−81の推定アミノ酸配列をヌクレオ
チド配列の下に示し、黒の実線で示す。
【図1B】 図1Bは、Mtb−81をコードするヌクレオチド配列を含むM.tuber
culosisゲノム配列を示す。Mtb−81の推定アミノ酸配列をヌクレオ
チド配列の下に示し、黒の実線で示す。
【図1C】 図1Cは、Mtb−81をコードするヌクレオチド配列を含むM.tuber
culosisゲノム配列を示す。Mtb−81の推定アミノ酸配列をヌクレオ
チド配列の下に示し、黒の実線で示す。
【図1D】 図1Dは、Mtb−81をコードするヌクレオチド配列を含むM.tuber
culosisゲノム配列を示す。Mtb−81の推定アミノ酸配列をヌクレオ
チド配列の下に示し、黒の実線で示す。
【図1E】 図1Eは、Mtb−81をコードするヌクレオチド配列を含むM.tuber
culosisゲノム配列を示す。Mtb−81の推定アミノ酸配列をヌクレオ
チド配列の下に示し、黒の実線で示す。
【図1F】 図1Fは、Mtb−81をコードするヌクレオチド配列を含むM.tuber
culosisゲノム配列を示す。Mtb−81の推定アミノ酸配列をヌクレオ
チド配列の下に示し、黒の実線で示す。
【図1G】 図1Gは、Mtb−81をコードするヌクレオチド配列を含むM.tuber
culosisゲノム配列を示す。Mtb−81の推定アミノ酸配列をヌクレオ
チド配列の下に示し、黒の実線で示す。
【図1H】 図1Hは、Mtb−81をコードするヌクレオチド配列を含むM.tuber
culosisゲノム配列を示す。Mtb−81の推定アミノ酸配列をヌクレオ
チド配列の下に示し、黒の実線で示す。
【図1J】 図1Jは、Mtb−81をコードするヌクレオチド配列を含むM.tuber
culosisゲノム配列を示す。Mtb−81の推定アミノ酸配列をヌクレオ
チド配列の下に示し、黒の実線で示す。
【図1K】 図1Kは、Mtb−81をコードするヌクレオチド配列を含むM.tuber
culosisゲノム配列を示す。Mtb−81の推定アミノ酸配列をヌクレオ
チド配列の下に示し、黒の実線で示す。
【図1L】 図1Lは、Mtb−81をコードするヌクレオチド配列を含むM.tuber
culosisゲノム配列を示す。Mtb−81の推定アミノ酸配列をヌクレオ
チド配列の下に示し、黒の実線で示す。
【図1M】 図1Mは、Mtb−81をコードするヌクレオチド配列を含むM.tuber
culosisゲノム配列を示す。Mtb−81の推定アミノ酸配列をヌクレオ
チド配列の下に示し、黒の実線で示す。
【図1N】 図1Nは、Mtb−81をコードするヌクレオチド配列を含むM.tuber
culosisゲノム配列を示す。Mtb−81の推定アミノ酸配列をヌクレオ
チド配列の下に示し、黒の実線で示す。
【図1P】 図1Pは、Mtb−81をコードするヌクレオチド配列を含むM.tuber
culosisゲノム配列を示す。Mtb−81の推定アミノ酸配列をヌクレオ
チド配列の下に示し、黒の実線で示す。
【図1Q】 図1Qは、Mtb−81をコードするヌクレオチド配列を含むM.tuber
culosisゲノム配列を示す。Mtb−81の推定アミノ酸配列をヌクレオ
チド配列の下に示し、黒の実線で示す。
【図2】 図2は、HIVに感染した患者におけるMtb−81の血清反応性を図示する
グラフである。Mtb−81を用いて、示されるように、正常(M.tuber
culosisに感染していない)患者;HIVポジティブかつM.tuber
culosisポジティブの患者;またはHIVネガティブかつM.tuber
culosisポジティブの患者由来の血清における反応性抗体を検出した。O
D450は、抗体結合を示した。(線で示される)カットオフ値上の値を、M.
tuberculosis感染についてポジティブとみなした。
【図3】 図3は、HIVに同時感染した結核患者におけるMtb−67.2の血清反応
性を図示するグラフである。Mtb−67.2を用いて、示されるように、正常
(M.tuberculosisに感染していない)患者;HIVポジティブか
つM.tuberculosisポジティブの患者;またはHIVネガティブか
つM.tuberculosisポジティブの患者由来の血清における反応性抗
体を検出した。OD450は、抗体結合を示した。(線で示される)カットオフ
値上の値を、M.tuberculosis感染についてポジティブとみなした
【図4】 図4は、Mtb−67.2をコードするM.tuberculosisのDN
A配列を示す。
【図5】 図5は、M.tuberculosisのMtb−67.2のアミノ酸配列を
示す。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) A61K 39/395 A61K 48/00 4C085 A61P 31/06 4C086 48/00 31/20 4C087 A61P 31/06 37/00 4H045 31/20 43/00 121 37/00 C07K 14/35 43/00 121 16/12 C07K 14/35 19/00 16/12 C12N 1/15 19/00 1/19 C12N 1/15 1/21 1/19 C12Q 1/02 1/21 1/68 A 5/10 G01N 33/569 F C12Q 1/02 C12P 21/08 1/68 C12R 1:32 G01N 33/569 C12N 15/00 ZNAA // C12P 21/08 5/00 A (C12Q 1/02 A61K 37/02 C12R 1:32) (C12Q 1/68 C12R 1:32) (81)指定国 EP(AT,BE,CH,CY, DE,DK,ES,FI,FR,GB,GR,IE,I T,LU,MC,NL,PT,SE),OA(BF,BJ ,CF,CG,CI,CM,GA,GN,GW,ML, MR,NE,SN,TD,TG),AP(GH,GM,K E,LS,MW,SD,SL,SZ,TZ,UG,ZW ),EA(AM,AZ,BY,KG,KZ,MD,RU, TJ,TM),AE,AG,AL,AM,AT,AU, AZ,BA,BB,BG,BR,BY,CA,CH,C N,CR,CU,CZ,DE,DK,DM,DZ,EE ,ES,FI,GB,GD,GE,GH,GM,HR, HU,ID,IL,IN,IS,JP,KE,KG,K P,KR,KZ,LC,LK,LR,LS,LT,LU ,LV,MA,MD,MG,MK,MN,MW,MX, NO,NZ,PL,PT,RO,RU,SD,SE,S G,SI,SK,SL,TJ,TM,TR,TT,TZ ,UA,UG,US,UZ,VN,YU,ZA,ZW (72)発明者 ホートン, レイモンド エル. アメリカ合衆国 ワシントン 98021, ボゼル, 242エヌディー プレイス サ ウスイースト−2636 Fターム(参考) 4B024 AA01 AA11 AA13 BA31 BA41 CA01 CA03 CA04 CA12 DA02 EA04 HA11 HA12 HA15 4B063 QA01 QA19 QQ03 QQ06 QQ53 QR36 QR48 QR51 QR56 QR77 QS25 QS34 QX07 4B064 AG01 AG27 AG31 CA02 CA10 CA19 CC24 DA01 DA13 DA15 4B065 AA26X AA36Y AA72X AA90X AA91X AA93X AB01 BA02 CA25 CA44 CA45 CA46 4C084 AA02 AA07 BA01 BA02 BA08 BA22 BA23 CA04 DC50 MA01 NA05 NA14 ZB011 ZB351 ZC412 ZC552 ZC752 4C085 AA03 AA13 AA14 AA18 AA19 BA09 CC07 DD61 DD62 DD72 EE05 4C086 AA01 AA02 AA03 EA16 MA01 MA04 NA05 NA14 ZB01 ZB35 ZC41 ZC55 ZC75 4C087 AA01 AA02 AA03 BB43 BB65 CA04 CA12 MA01 NA05 NA14 ZB01 ZB35 ZC41 ZC55 ZC75 4H045 AA10 AA11 AA30 BA10 BA41 CA11 DA76 DA86 EA20 EA31 EA50 EA52

Claims (151)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 Mtb−81(図1A−1F;配列番号2)の免疫原性部分
    、またはその改変体を含む、単離されたポリペプチドであって、該改変体は、M
    tb−81特異的抗血清またはT細胞と反応する該改変体の能力が実質的に減少
    されるような、一つ以上の置換、付加、挿入および/または欠失において異なる
    、ポリペプチド。
  2. 【請求項2】 前記ポリペプチドが、Mtb−81(図1A−1F;配列番
    号2)の少なくとも9個の連続するアミノ酸残基を含む、請求項1に記載のポリ
    ペプチド。
  3. 【請求項3】 前記ポリペプチドが、Mtb−81(図1A−1F;配列番
    号2)の少なくとも15個の連続するアミノ酸残基を含む、請求項1に記載のポ
    リペプチド。
  4. 【請求項4】 前記ポリペプチドが、Mtb−81(図1A−1F;配列番
    号2)の少なくとも50個の連続するアミノ酸残基を含む、請求項1に記載のポ
    リペプチド。
  5. 【請求項5】 図1A−1F(配列番号2)に列挙されたアミノ酸配列を含
    む、ポリペプチド。
  6. 【請求項6】 請求項1に記載のポリペプチドをコードする、単離されたポ
    リヌクレオチド。
  7. 【請求項7】 前記ポリヌクレオチドが、図1A−1F(配列番号1)に列
    挙されたヌクレオチド配列の少なくとも15個の連続するヌクレオチドを含む、
    請求項6に記載のポリヌクレオチド。
  8. 【請求項8】 前記ポリヌクレオチドが、図1A−1F(配列番号1)に列
    挙されたヌクレオチド配列の少なくとも30個の連続するヌクレオチドを含む、
    請求項6に記載のポリヌクレオチド。
  9. 【請求項9】 配列番号1に列挙されたヌクレオチド配列を含む、ポリヌク
    レオチド。
  10. 【請求項10】 請求項9に記載のポリヌクレオチドを含む、発現ベクター
  11. 【請求項11】 請求項10に記載の発現ベクターで形質転換されたか、ま
    たはトランスフェクトされた宿主細胞。
  12. 【請求項12】 図1A−1F(配列番号1)に列挙されるヌクレオチド配
    列と相補的である、少なくとも15個の連続するヌクレオチドを含む、アンチセ
    ンスポリヌクレオチド。
  13. 【請求項13】 請求項12に記載のポリヌクレオチドを含む、発現ベクタ
    ー。
  14. 【請求項14】 請求項13に記載の発現べクターで形質転換されたか、ま
    たはトランスフェクトされた宿主細胞。
  15. 【請求項15】 生物学的サンプルにおいてM.tuberculosis
    の存在または非存在を決定するための方法であって、該方法は以下の工程: (a)該生物学的サンプルを以下と接触させる工程: (i)請求項1に記載の単離されたポリペプチド;または (ii)請求項1に記載のポリペプチドを発現する抗原提示細胞; (b)該生物学的サンプルにおける該ポリペプチドと該ポリペプチドに特異的
    に結合する抗体との間で形成される量の免疫複合体を検出する工程;および (c)検出された免疫複合体の量をカットオフ値と比較して、そしてそれから
    、該生物学的サンプルにおけるM.tuberculosisの存在または非存
    在を決定する工程、 を包含する、方法。
  16. 【請求項16】 前記ポリペプチドが、固体支持体と連結される、請求項1
    5に記載の方法。
  17. 【請求項17】 前記支持体がニトロセルロース、ラテックスまたはプラス
    チック材料を含む、請求項16に記載の方法。
  18. 【請求項18】 請求項15に記載の方法であって、ここで前記検出工程が
    、(a)前記免疫複合体と結合し得る検出試薬とともに該免疫複合体をインキュ
    ベートし、ここで該検出試薬がレポーター基を含む、工程、(b)非結合の該検
    出試薬を除去する工程、および(c)該レポーター基の存在または非存在を検出
    する工程を包含する、方法。
  19. 【請求項19】 請求項18に記載の方法であって、ここで前記検出試薬が
    、抗体または、前記ポリペプチドと特異的に結合する抗体と結合し得る、その抗
    原結合フラグメントを含む、方法。
  20. 【請求項20】 請求項18に記載の方法であって、前記レポーター基が、
    放射性同位元素、蛍光基、発光基、酵素、ビオチン、コロイドおよび色素粒子か
    らなる群から選択される、方法。
  21. 【請求項21】 請求項15に記載の方法であって、ここでレポーター基が
    、前記ポリペプチドと結合されて、そしてここで前記検出工程が、非結合のポリ
    ペプチドを除去する工程、および引き続いて該レポーター基の存在または非存在
    を検出する工程を包含する、方法。
  22. 【請求項22】 請求項15に記載の方法であって、ここで前記生物学的サ
    ンプルが、全血、血清、痰、血漿、唾液、脳脊髄液および尿からなる群から選択
    される、方法。
  23. 【請求項23】 患者におけるM.tuberculosis感染の存在ま
    たは非存在を検出するための方法であって、該方法は以下の工程: (a)該患者から得られた生物学的サンプルを以下; (i)請求項1に記載の単離されたポリペプチド;または (ii)請求項1に記載のポリペプチドを発現する抗原提示細胞; と接触させる工程; (b)該生物学的サンプルにおいて、該ポリペプチドと該ポリペプチドに特異
    的に結合する抗体との間で形成される量の免疫複合体を検出する工程;ならびに (c)検出された免疫複合体の量をカットオフ値と比較して、そしてそれから
    、該患者におけるM.tuberculosis感染の存在または非存在を決定
    する工程、 を包含する、方法。
  24. 【請求項24】 前記患者がHIVに感染している、請求項23に記載の方
    法。
  25. 【請求項25】 患者におけるM.tuberculosis感染の存在ま
    たは非存在を決定するための方法であって、該方法は以下の工程: (a)T細胞を含み、そして該患者から得られた生物学的サンプルを、請求項
    1に記載の単離されたポリペプチドと接触させる工程; (b)該ポリペプチドと特異的に反応するT細胞の量を、該サンプルにおいて
    検出する工程;および (c)検出されたT細胞の量を、カットオフ値と比較して、そしてそれから、
    該患者におけるM.tuberculosisの存在または非存在を決定する工
    程、 を包含する、方法。
  26. 【請求項26】 前記生物学的サンプルが、全血、血清、血漿および脳脊髄
    液からなる群から選択される、請求項25に記載の方法。
  27. 【請求項27】 生物学的サンプルにおいて、M.tuberculosi
    s感染の存在または非存在を決定するための方法であって、該方法は、以下の工
    程: (a)請求項1に記載のポリペプチドをコードするmRNAの量を、生物学的
    サンプルにおいて検出する工程;および (b)検出されたmRNAの量をカットオフ値と比較して、そしてそれから、
    該生物学的サンプルにおけるM.tuberculosis感染の存在または非
    存在を決定する工程、 を包含する、方法。
  28. 【請求項28】 前記検出工程が、ポリメラーゼ連鎖反応を使用して実施さ
    れる、請求項27に記載の方法。
  29. 【請求項29】 前記検出工程が、ハイブリダイゼーションアッセイを使用
    して実施される、請求項27に記載の方法。
  30. 【請求項30】 患者におけるM.tuberculosis感染の存在ま
    たは非存在を決定するための方法であって、該方法は以下の工程: (a)該患者から得られた生物学的サンプルにおいて、請求項1に記載のポリ
    ペプチドをコードするmRNAの量を検出する工程;および (b)検出されたmRNAの量をカットオフ値と比較して、そしてそれから、
    該患者におけるM.tuberculosis感染の存在または非存在を決定す
    る工程、 を包含する、方法。
  31. 【請求項31】 前記検出工程が、ポリメラーゼ連鎖反応を使用して実施さ
    れる、請求項30に記載の方法。
  32. 【請求項32】 前記検出工程が、ハイブリダイゼーションアッセイを使用
    して実施される、請求項30に記載の方法。
  33. 【請求項33】 M.tuberculosisによって感染された患者に
    おける治療をモニタリングするための方法であって、該方法が、以下の工程: (a)M.tuberculosis感染患者から得られた生物学的サンプル
    を、遅れずに第1の時点で以下: (i)請求項1に記載の単離されたポリペプチド;または (ii)請求項1に記載のポリペプチドを発現する抗原提示細胞; を接触させる工程; (b)該生物学的サンプルにおいて、該ポリペプチドと該ポリペプチドと特異
    的に結合する抗体との間で形成される免疫複合体の量を検出する工程; (c)第2の時点において得られた生物学的サンプルを使用して、工程(a)
    および(b)を反復し、ここで、該第2の時点が、M.tuberculosi
    s感染に対する治療の少なくとも一部に従う、工程;および (d)工程(a)において検出された該免疫複合体の量を、工程(c)にて検
    出された該量と比較して、そしてそれから、該患者におけるM.tubercu
    losis感染に対する治療をモニタリングする工程、 を包含する、方法。
  34. 【請求項34】 前記患者が、HIVに感染している、請求項33に記載の
    方法。
  35. 【請求項35】 M.tuberculosisに感染している患者の治療
    をモニタリングするための方法であって、該方法は、以下の工程: (a)該M.tuberculosis感染患者から得られた生物学的サンプ
    ルにおいて、遅れずに第1の時点で、請求項1に記載のポリペプチドをコードす
    るmRNAの量を検出する工程; (b)第2の時点において該患者から得られた生物学的サンプルにおいて、請
    求項1に記載のポリペプチドをコードするmRNAの量を検出する工程であって
    、ここで、該第2の時点が、M.tuberculosis感染に対する治療の
    少なくとも一部に従う、工程;および (c)工程(a)において検出されたmRNAの量を、工程(b)にて検出さ
    れた量と比較して、そしてそれから該患者のM.tuberculosis感染
    に対する治療をモニタリングする、工程、 を包含する、方法。
  36. 【請求項36】 Mtb−81(配列番号2)と特異的に結合する、単離さ
    れた抗体、またはその抗原結合フラグメント。
  37. 【請求項37】 前記抗体が、モノクローナル抗体である、請求項36に記
    載の抗体。
  38. 【請求項38】 生物学的サンプルにおけるM.tuberculosis
    の存在または非存在を決定するための方法であって、該方法は以下の工程: (a)該生物学的サンプルを、請求項36に記載の抗体またはその抗原結合フ
    ラグメントと接触させる工程; (b)該生物学的サンプルにおける、該抗体またはその抗原結合フラグメント
    と、該抗体または該その抗原結合フラグメントによって特異的に結合されるタン
    パク質との間で形成されている免疫複合体の量を検出する工程;および (c)検出された該免疫複合体の量を、カットオフ値と比較して、そしてそれ
    から、該生物学的サンプルにおけるM.tuberculosisの存在または
    非存在を決定する工程、 を包含する、方法。
  39. 【請求項39】 前記抗体、またはその抗原結合フラグメントが、固体支持
    体と連結されている、請求項38に記載の方法。
  40. 【請求項40】 前記支持体が、ニトロセルロース、ラテックスまたはプラ
    スチック材料を含む、請求項39に記載の方法。
  41. 【請求項41】 請求項38に記載の方法であって、ここで前記検出工程が
    、以下の工程: (a)前記免疫複合体と結合し得る検出試薬と共に、該免疫複合体をインキュ
    ベートする工程、ここで該検出試薬が、レポーター基を含む、工程; (b)非結合検出試薬を除去する工程;および (c)該レポーター基の存在または非存在を検出する工程、 を包含する、方法。
  42. 【請求項42】 前記検出試薬が、前記タンパク質と結合し得る、抗体また
    はその抗原結合フラグメントを含む、請求項41に記載の方法。
  43. 【請求項43】 請求項41に記載の方法であって、ここで前記レポーター
    基が、放射性同位元素、蛍光基、発光基、酵素、ビオチン、コロイドおよび色素
    粒子からなる群から選択される、方法。
  44. 【請求項44】 請求項38に記載の方法であって、ここで前記検出工程が
    、以下の工程: (a)前記サンプルを、請求項1に記載のMtb−81ポリペプチドと接触さ
    せる工程;および (b)前記抗体またはその抗原結合フラグメントと結合する該Mtb−81ポ
    リペプチドの阻害のレベルを決定する工程、 を包含する、方法。
  45. 【請求項45】 前記Mtb−81ポリペプチドが、レポーター基を含む、
    請求項44に記載の方法。
  46. 【請求項46】 請求項45に記載の方法であって、ここで前記レポーター
    基が、放射性同位元素、蛍光基、発光基、酵素、ビオチン、コロイドおよび色素
    粒子からなる群から選択される、方法。
  47. 【請求項47】 請求項38に記載の方法であって、ここで前記生物学的サ
    ンプルが、全血、血清、痰、血漿、唾液、脳脊髄液および尿からなる群から選択
    される、方法。
  48. 【請求項48】 患者におけるM.tuberculosis感染の存在ま
    たは非存在を決定するための方法であって、該方法は以下の工程: (a)該患者より得られた生物学的サンプルを、請求項36に記載の抗体また
    はその抗原結合フラグメントと接触させる工程; (b)該生物学的サンプルにおける、該抗体、またはその抗原結合フラグメン
    トとタンパク質との間で形成されている免疫複合体の量を検出する工程;および (c)検出された免疫複合体の量を、カットオフ値と比較して、そしてそれか
    ら、該患者におけるM.tuberculosis感染の存在または非存在を決
    定する工程、 を包含する、方法。
  49. 【請求項49】 請求項48に記載の方法であって、ここで前記生物学的サ
    ンプルが、全血、血清、血漿および脳脊髄液からなる群から選択される、方法。
  50. 【請求項50】 M.tuberculosisによって感染された患者に
    おける治療をモニタリングするための方法であって、該方法が、以下の工程: (a)該M.tuberculosis感染患者から得られた生物学的サンプ
    ルを、第1の時点において、請求項36に記載の抗体または抗原結合フラグメン
    トと接触させる工程; (b)該生物学的サンプルにおいて、該抗体または抗原結合フラグメントとタ
    ンパク質との間で形成される免疫複合体の量を該サンプルにおいて検出する工程
    ; (c)第2の時点において得られた生物学的サンプルを使用して、工程(a)
    および(b)を反復し、ここで、該第2の時点が、M.tuberculosi
    s感染に対する治療の少なくとも一部に従う、工程;および (d)工程(a)において検出された該免疫複合体の量を、工程(c)におい
    て検出された量と比較して、そしてそれから、M.tuberculosisに
    よって感染された患者における治療をモニタリングする工程、 を包含する、方法。
  51. 【請求項51】 診断キットであって、該キットは以下: (a)請求項1に記載のポリペプチド;および (b)固体支持体、 を含む、診断キット。
  52. 【請求項52】 前記ポリペプチドが、前記固体支持体上に固定されている
    、請求項51に記載のキット。
  53. 【請求項53】 前記固体支持体が、ニトロセルロース、ラテックスまたは
    プラスチック材料を含む、請求項52に記載のキット。
  54. 【請求項54】 診断キットであって、該キットは以下: (a)請求項1に記載のポリペプチド;および (b)検出試薬、 を含む、診断キット。
  55. 【請求項55】 診断キットであって、該キットは以下: (a)請求項11に記載のポリヌクレオチド;および (b)検出試薬、 を含む、診断キット。
  56. 【請求項56】 診断キットであって、該キットは以下: (a)請求項36に記載の抗体またはその抗原結合フラグメント;および (b)請求項1に記載のMtb−81ポリペプチド、 を含む、診断キット。
  57. 【請求項57】 請求項1に記載のポリペプチドおよび公知のM.tube
    rculosis抗原を含む、融合タンパク質。
  58. 【請求項58】 薬学的組成物であって、該薬学的組成物は以下: (a)請求項1に記載のポリペプチド;および (b)生理学的に受容可能なキャリア、 を含む、薬学的組成物。
  59. 【請求項59】 ワクチンであって、該ワクチンは以下: (a)請求項1に記載のポリペプチド;および (b)非特異的免疫応答エンハンサー、 を含む、ワクチン。
  60. 【請求項60】 薬学的組成物であって、該薬学的組成物は以下: (a)請求項1に記載のポリペプチドをコードする、ポリヌクレオチド;およ
    び (b)生理学的に受容可能なキャリア、 を含む、薬学的組成物。
  61. 【請求項61】 ワクチンであって、該ワクチンは以下: (a)請求項1に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;および (b)非特異的免疫応答エンハンサー、 を含む、ワクチン。
  62. 【請求項62】 薬学的組成物であって、該薬学的組成物は以下: (a)Mtb−81(配列番号2)と特異的に結合する、抗体またはその抗原
    結合フラグメント;および (b)生理学的に受容可能なキャリア、 を含む、薬学的組成物。
  63. 【請求項63】 薬学的組成物であって、該薬学的組成物は以下: (a)請求項1に記載のポリペプチドを発現する、抗原提示細胞;および (b)生理学的に受容可能なキャリア、 を含む、薬学的組成物。
  64. 【請求項64】 前記抗原提示細胞が、樹状細胞またはマクロファージであ
    る、請求項63に記載の薬学的組成物。
  65. 【請求項65】 ワクチンであって、該ワクチンは以下: (a)請求項1に記載のポリペプチドを発現する抗原提示細胞;および (b)非特異的免疫応答エンハンサー、 を含む、ワクチン。
  66. 【請求項66】 前記抗原提示細胞が、樹状細胞またはマクロファージであ
    る、請求項65に記載のワクチン。
  67. 【請求項67】 患者における結核の発症を抑制するための医薬の製造にお
    ける使用のための、請求項1に記載のポリペプチド。
  68. 【請求項68】 患者における結核の発症を抑制するための医薬の製造にお
    ける使用のための、請求項1に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチ
    ド。
  69. 【請求項69】 患者における結核の発症を抑制するための医薬の製造にお
    ける使用のための、Mtb−81(配列番号2)に特異的に結合する抗体または
    その抗原結合フラグメント。
  70. 【請求項70】 患者における結核の発症を抑制するための医薬の製造にお
    ける使用のための、請求項1に記載のポリペプチドを発現する抗原提示細胞。
  71. 【請求項71】 前記抗原提示細胞が、樹状細胞またはマクロファージであ
    る、請求項70に記載の抗原提示細胞。
  72. 【請求項72】 Mtb−81に対して特異的なT細胞を刺激および/また
    は増殖させるための方法であって、該方法は、該T細胞の刺激および/または増
    殖を可能にするような条件下および充分な一定期間の間、該T細胞と一つ以上の
    以下: (i)請求項1に記載のポリペプチド (ii)そのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;および/ま
    たは (iii)そのようなポリペプチドを発現する抗原提示細胞; を接触させる工程を包含する、方法。
  73. 【請求項73】 請求項72に記載の方法に従って調製されたT細胞を含む
    、単離されたT細胞集団。
  74. 【請求項74】 患者における結核の発症を抑制するための医薬の製造にお
    ける使用のための、請求項73に記載のT細胞集団。
  75. 【請求項75】 患者より単離されて、そして一つ以上の以下: (i)請求項1に記載のポリペプチド; (ii)そのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;または (iii)そのようなポリペプチドを発現する抗原提示細胞; と共にインキュベートされるCD4+および/またはCD8+T細胞であって、そ
    の結果、T細胞が増殖する;該患者における結核の発症を抑制するための医薬の
    製造における使用のための、CD4+および/またはCD8+T細胞。
  76. 【請求項76】 患者における結核の発症を抑制するための方法であって、
    該方法は、以下の工程: (a)該患者より単離されて、そして一つ以上の以下: (i)請求項1に記載のポリペプチド; (ii)そのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;または (iii)そのようなポリペプチドを発現する、抗原提示細胞; と共にインキュベートされているCD4+および/またはCD8+T細胞であって
    、その結果、T細胞が増殖し、そしてここで、該患者における結核の発症を抑制
    するための医薬の製造における使用のために該T細胞がクローン化される、工程
    を包含する、方法。
  77. 【請求項77】 Mtb−67.2(図5;配列番号5)の免疫原性部分を
    含む単離されたポリペプチド、あるいはMtb−67.2特異的抗血清またはT
    細胞と反応する改変体の能力が実質的に減少しないような、一つ以上の置換、付
    加、挿入および/または欠失において異なるその該改変体。
  78. 【請求項78】 前記ポリペプチドが、Mtb−67.2(図5;配列番号
    5)の少なくとも9個の連続するアミノ酸残基を含む、請求項77に記載のポリ
    ペプチド。
  79. 【請求項79】 前記ポリペプチドが、Mtb−67.2(図5;配列番号
    5)の少なくとも15個の連続するアミノ酸残基を含む、請求項77に記載のポ
    リペプチド。
  80. 【請求項80】 前記ポリペプチドが、Mtb−67.2(図5;配列番号
    5)の少なくとも50個の連続するアミノ酸残基を含む、請求項77に記載のポ
    リペプチド。
  81. 【請求項81】 図5(配列番号5)に列挙されているMtb−67.2配
    列を含む、ポリペプチド。
  82. 【請求項82】 請求項77に記載のポリペプチドをコードする、単離され
    たポリヌクレオチド。
  83. 【請求項83】 前記ポリヌクレオチドが、図4(配列番号4)に列挙され
    るMtb−67.2配列の少なくとも15個の連続するヌクレオチドを含む、請
    求項82に記載のポリヌクレオチド。
  84. 【請求項84】 図4(配列番号4)に列挙されているヌクレオチド配列を
    含む、ポリヌクレオチド。
  85. 【請求項85】 請求項84に記載のポリヌクレオチドを含む、発現ベクタ
    ー。
  86. 【請求項86】 請求項85に記載の発現ベクターで形質転換されているか
    、またはトランスフェクトされている、宿主細胞。
  87. 【請求項87】 図4(配列番号4)に列挙されているMtb−67.2配
    列と相補的な、少なくとも15個の連続したヌクレオチドを含む、アンチセンス
    ポリヌクレオチド。
  88. 【請求項88】 請求項87に記載のポリヌクレオチドを含む、発現ベクタ
    ー。
  89. 【請求項89】 請求項88に記載の発現ベクターで、形質転換されている
    か、またはトランスフェクトされている、宿主細胞。
  90. 【請求項90】 生物学的サンプルにおいてM.tuberculosis
    の存在または非存在を決定するための方法であって、該方法は以下の工程: (a)該生物学的サンプルを以下と接触させる工程: (i)請求項77に記載の単離されたポリペプチド;または (ii)請求項77に記載のポリペプチドを発現する抗原提示細胞; (b)該生物学的サンプルにおける該ポリペプチドと該ポリペプチドに特異的
    に結合する抗体との間で形成される免疫複合体の量を検出する工程;および (c)検出された該免疫複合体の量をカットオフ値と比較して、そしてそれか
    ら、該生物学的サンプルにおけるM.tuberculosisの存在または非
    存在を決定する工程、 を包含する、方法。
  91. 【請求項91】 前記ポリペプチドが、固体支持体と連結されている、請求
    項90に記載の方法。
  92. 【請求項92】 前記支持体が、ニトロセルロース、ラテックスまたはプラ
    スチック材料を含む、請求項91に記載の方法。
  93. 【請求項93】 請求項90に記載の方法であって、ここで前記検出工程が
    、 (a)前記免疫複合体と結合し得る検出試薬とともに該免疫複合体をインキュ
    ベートし、ここで該検出試薬がレポーター基を含む、工程、 (b)非結合の検出試薬を除去する工程、および (c)該レポーター基の存在または非存在を検出する工程 を包含する、方法。
  94. 【請求項94】 請求項93に記載の方法であって、ここで前記検出試薬が
    、抗体または、前記ポリペプチドと特異的に結合する抗体と結合し得る、その抗
    原結合フラグメントを含む、方法。
  95. 【請求項95】 請求項93に記載の方法であって、ここで前記レポーター
    基が、放射性同位元素、蛍光基、発光基、酵素、ビオチン、コロイドおよび色素
    粒子からなる群から選択される、方法。
  96. 【請求項96】 請求項90に記載の方法であって、ここでレポーター基が
    、前記ポリペプチドと結合されて、そしてここで前記検出工程が、非結合のポリ
    ペプチドを除去して、そして引き続いて該レポーター基の存在または非存在を検
    出する工程を包含する、方法。
  97. 【請求項97】 請求項90に記載の方法であって、ここで前記生物学的サ
    ンプルが、全血、血清、痰、血漿、唾液、脳脊髄液および尿からなる群から選択
    される、方法。
  98. 【請求項98】 患者におけるM.tuberculosis感染の存在ま
    たは非存在を検出するための方法であって、該方法は以下の工程: (a)該患者から得られた生物学的サンプルを以下; (i)請求項77に記載の単離されたポリペプチド;または (ii)請求項77に記載のポリペプチドを発現する抗原提示細胞; と接触させる工程; (b)該生物学的サンプルにおいて、該ポリペプチドと該ポリペプチドと特異
    的に結合する抗体との間で形成される免疫複合体の量を検出する工程;ならびに (c)検出された免疫複合体の量をカットオフ値と比較して、そしてそれから
    、該患者におけるM.tuberculosis感染の存在または非存在を決定
    する工程、 を包含する、方法。
  99. 【請求項99】 前記患者がHIVに感染している、請求項98に記載の方
    法。
  100. 【請求項100】 患者におけるM.tuberculosis感染の存在
    または非存在を決定するための方法であって、該方法は以下の工程: (a)T細胞を含み、そして該患者から得られた生物学的サンプルを、請求項
    77に記載の単離されたポリペプチドと接触させる工程; (b)該ポリペプチドと特異的に反応するT細胞の量を、該サンプルにおいて
    検出する工程;および (c)検出されたT細胞の量を、カットオフ値と比較して、そしてそれから、
    該患者におけるM.tuberculosisの存在または非存在を決定する工
    程、 を包含する、方法。
  101. 【請求項101】 前記生物学的サンプルが、全血、血清、血漿および脳脊
    髄液からなる群から選択される、請求項100に記載の方法。
  102. 【請求項102】 生物学的サンプルにおいて、M.tuberculos
    is感染の存在または非存在を決定するための方法であって、該方法は、以下の
    工程: (a)請求項77に記載のポリペプチドをコードするmRNAの量を、生物学
    的サンプルにおいて検出する工程;および (b)検出された該mRNAの量をカットオフ値と比較して、そしてそれから
    、該生物学的サンプルにおけるM.tuberculosis感染の存在または
    非存在を決定する工程、 を包含する、方法。
  103. 【請求項103】 前記検出工程が、ポリメラーゼ連鎖反応を使用して実施
    される、請求項102に記載の方法。
  104. 【請求項104】 前記検出工程が、ハイブリダイゼーションアッセイを使
    用して実施される、請求項102に記載の方法。
  105. 【請求項105】 患者におけるM.tuberculosis感染の存在
    または非存在を決定するための方法であって、該方法は以下の工程: (a)該患者から得られた生物学的サンプルにおいて、請求項77に記載のポ
    リペプチドをコードするmRNAの量を検出する工程;および (b)検出された該mRNAの量をカットオフ値と比較して、そしてそれから
    、該患者におけるM.tuberculosis感染の存在または非存在を決定
    する工程、 を包含する、方法。
  106. 【請求項106】 前記検出工程が、ポリメラーゼ連鎖反応を使用して実施
    される、請求項105に記載の方法。
  107. 【請求項107】 前記検出工程が、ハイブリダイゼーションアッセイを使
    用して実施される、請求項105に記載の方法。
  108. 【請求項108】 M.tuberculosisに感染した患者における
    治療をモニタリングするための方法であって、該方法が、以下の工程: (a)M.tuberculosis感染患者から得られた生物学的サンプル
    を、遅れずに第1の時点で以下: (i)請求項77に記載の単離されたポリペプチド;または (ii)請求項77に記載のポリペプチドを発現する抗原提示細胞; を接触させる工程; (b)該生物学的サンプルにおいて、該ポリペプチドと該ポリペプチドに特異
    的に結合する抗体との間で形成される免疫複合体の量を検出する工程; (c)第2の時点において得られた生物学的サンプルを使用して、工程(a)
    および(b)を反復し、ここで、該第2の時点が、M.tuberculosi
    s感染に対する治療の少なくとも一部に従う、工程;および (d)工程(a)において検出された該免疫複合体の量を、工程(c)にて検
    出された免疫複合体の量と比較して、そしてそれから、該患者におけるM.tu
    berculosis感染に対する治療をモニタリングする工程、 を包含する、方法。
  109. 【請求項109】 前記患者が、HIVに感染している、請求項108に記
    載の方法。
  110. 【請求項110】 M.tuberculosisに感染している患者の治
    療をモニタリングするための方法であって、該方法は、以下の工程: (a)M.tuberculosis感染患者から得られた生物学的サンプル
    において、遅れずに第1の時点で、請求項77に記載のポリペプチドをコードす
    るmRNAの量を検出する工程; (b)第2の時点において該患者から得られた生物学的サンプルにおいて、請
    求項77に記載のポリペプチドをコードするmRNAの量を検出する工程であっ
    て、ここで、該第2の時点が、M.tuberculosis感染に対する治療
    の少なくとも一部に従う、工程;および (c)工程(a)において検出されたmRNAの量を、工程(b)にて検出さ
    れた量と比較して、そしてそれから該患者のM.tuberculosis感染
    に対する治療をモニタリングする、工程、 を包含する、方法。
  111. 【請求項111】 Mtb−67.2(配列番号5)と特異的に結合する、
    単離された抗体、またはその抗原結合フラグメント。
  112. 【請求項112】 前記抗体が、モノクローナル抗体である、請求項111
    に記載の抗体。
  113. 【請求項113】 生物学的サンプルにおけるM.tuberculosi
    sの存在または非存在を決定するための方法であって、該方法は以下の工程: (a)該生物学的サンプルを、請求項111に記載の抗体またはその抗原結合
    フラグメントと接触させる工程; (b)該生物学的サンプルにおける、該抗体、またはその抗原結合フラグメン
    トと、該抗体またはその抗原結合フラグメントによって特異的に結合されるタン
    パク質との間で形成されている免疫複合体の量を検出する工程;および (c)検出された該免疫複合体の量を、カットオフ値と比較して、そしてそれ
    から、該生物学的サンプルにおけるM.tuberculosisの存在または
    非存在を決定する工程、 を包含する、方法。
  114. 【請求項114】 前記抗体、またはその抗原結合フラグメントが、固体支
    持体と連結されている、請求項113に記載の方法。
  115. 【請求項115】 前記支持体が、ニトロセルロース、ラテックスまたはプ
    ラスチック材料を含む、請求項114に記載の方法。
  116. 【請求項116】 請求項113に記載の方法であって、ここで前記検出工
    程が、以下の工程: (a)前記免疫複合体と結合し得る検出試薬と共に、免疫複合体をインキュベ
    ートする工程、ここで該検出試薬が、レポーター基を含む、工程; (b)非結合検出試薬を除去する工程;および (c)該レポーター基の存在または非存在を検出する工程、 を包含する、方法。
  117. 【請求項117】 前記検出試薬が、前記タンパク質と結合し得る、抗体ま
    たはその抗原結合フラグメントを含む、請求項116に記載の方法。
  118. 【請求項118】 請求項116に記載の方法であって、ここで前記レポー
    ター基が、放射性同位元素、蛍光基、発光基、酵素、ビオチン、コロイドおよび
    色素粒子からなる群から選択される、方法。
  119. 【請求項119】 請求項113に記載の方法であって、ここで前記検出工
    程が、以下の工程: (a)前記サンプルを、請求項77に記載のMtb−67.2ポリペプチドと
    接触させる工程;および (b)前記抗体またはその抗原結合フラグメントと結合するMtb−67.2
    ポリペプチドの阻害のレベルを決定する工程、 を包含する、方法。
  120. 【請求項120】 前記Mtb−67.2ポリペプチドが、レポーター基を
    含む、請求項119に記載の方法。
  121. 【請求項121】 請求項120に記載の方法であって、ここで前記レポー
    ター基が、放射性同位元素、蛍光基、発光基、酵素、ビオチン、コロイドおよび
    色素粒子からなる群から選択される、方法。
  122. 【請求項122】 請求項113に記載の方法であって、ここで前記生物学
    的サンプルが、全血、血清、痰、血漿、唾液、脳脊髄液および尿からなる群から
    選択される、方法。
  123. 【請求項123】 患者におけるM.tuberculosis感染の存在
    または非存在を決定するための方法であって、該方法は以下の工程: (a)該患者より得られた生物学的サンプルを、請求項111に記載の抗体ま
    たはその抗原結合フラグメントと接触させる工程; (b)該生物学的サンプルにおける、該抗体またはその抗原結合フラグメント
    と、タンパク質との間で形成されている免疫複合体の量を検出する工程;および (c)検出された該免疫複合体の量を、カットオフ値と比較して、そしてそれ
    から、該患者におけるM.tuberculosis感染の存在または非存在を
    決定する工程、 を包含する、方法。
  124. 【請求項124】 請求項123に記載の方法であって、ここで前記生物学
    的サンプルが、全血、血清、血漿、および脳脊髄液からなる群から選択される、
    方法。
  125. 【請求項125】 M.tuberculosisによって感染された患者
    における治療をモニタリングするための方法であって、該方法が、以下の工程: (a)M.tuberculosis感染患者から得られた生物学的サンプル
    を、第1の時点で、請求項111に記載の抗体または抗原結合フラグメントと接
    触させる工程; (b)該生物学的サンプルにおいて、該抗体または抗原結合フラグメントと、
    タンパク質との間で形成される免疫複合体の量を該サンプルにおいて検出する工
    程; (c)第2の時点において得られた該生物学的サンプルを使用して、工程(a
    )および(b)を反復し、ここで、該第2の時点が、M.tuberculos
    is感染に対する治療の少なくとも一部に従う、工程;および (d)工程(a)において検出された免疫複合体の量を、工程(c)にて検出
    された該量と比較して、そしてそれから、M.tuberculosisによっ
    て感染された患者における治療をモニタリングする工程、 を包含する、方法。
  126. 【請求項126】 診断キットであって、該キットは以下: (a)請求項77に記載のポリペプチド;および (b)固体支持体、 を含む、診断キット。
  127. 【請求項127】 前記ポリペプチドが、前記固体支持体上に固定される、
    請求項126に記載のキット。
  128. 【請求項128】 前記固体支持体が、ニトロセルロース、ラテックスまた
    はプラスチック材料を含む、請求項127に記載のキット。
  129. 【請求項129】 診断キットであって、該キットは以下: (a)請求項77に記載のポリペプチド;および (b)検出試薬、 を含む、診断キット。
  130. 【請求項130】 診断キットであって、該キットは以下: (a)請求項87に記載のポリヌクレオチド;および (b)検出試薬、 を含む、診断キット。
  131. 【請求項131】 診断キットであって、該キットは以下: (a)請求項111に記載の抗体またはその抗原結合フラグメント;および (b)請求項77に記載のMtb−67.2ポリペプチド、 を含む、診断キット。
  132. 【請求項132】 請求項77に記載のポリペプチドおよび公知のM.tu
    berculosis抗原を含む、融合タンパク質。
  133. 【請求項133】 薬学的組成物であって、該薬学的組成物は以下: (a)請求項77に記載のポリペプチド;および (b)生理学的に受容可能なキャリア、 を含む、薬学的組成物。
  134. 【請求項134】 ワクチンであって、該ワクチンは以下: (a)請求項77に記載のポリペプチド;および (b)非特異的免疫応答エンハンサー、 を含む、ワクチン。
  135. 【請求項135】 薬学的組成物であって、該薬学的組成物は以下: (a)請求項77に記載のポリペプチドをコードする、ポリヌクレオチド;お
    よび (b)生理学的に受容可能なキャリア、 を含む、薬学的組成物。
  136. 【請求項136】 ワクチンであって、該ワクチンは以下: (a)請求項77に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;およ
    び (b)非特異的免疫応答エンハンサー、 を含む、ワクチン。
  137. 【請求項137】 薬学的組成物であって、該薬学的組成物は以下: (a)Mtb−67.2(配列番号5)と特異的に結合する、抗体またはその
    抗原結合フラグメント;および (b)生理学的に受容可能なキャリア、 を含む、薬学的組成物。
  138. 【請求項138】 薬学的組成物であって、該薬学的組成物は以下: (a)請求項77に記載のポリペプチドを発現する、抗原提示細胞;および (b)生理学的に受容可能なキャリア、 を含む、薬学的組成物。
  139. 【請求項139】 前記抗原提示細胞が、樹状細胞またはマクロファージで
    ある、請求項138に記載の薬学的組成物。
  140. 【請求項140】 ワクチンであって、該ワクチンは以下: (a)請求項77に記載のポリペプチドを発現する抗原提示細胞;および (b)非特異的免疫応答エンハンサー、 を含む、ワクチン。
  141. 【請求項141】 前記抗原提示細胞が、樹状細胞またはマクロファージで
    ある、請求項140に記載のワクチン。
  142. 【請求項142】 患者における結核の発症を抑制するための医薬の製造に
    おける使用のための、請求項77に記載のポリペプチド。
  143. 【請求項143】 患者における結核の発症を抑制するための医薬の製造に
    おける使用のための、請求項77に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレ
    オチド。
  144. 【請求項144】 患者における結核の発症を抑制するための医薬の製造に
    おける使用のための、Mtb−67.2(配列番号5)に特異的に結合する抗体
    またはその抗原結合フラグメント。
  145. 【請求項145】 患者における結核の発症を抑制するための医薬の製造に
    おける使用のための、請求項77に記載のポリペプチドを発現する抗原提示細胞
  146. 【請求項146】 前記抗原提示細胞が、樹状細胞またはマクロファージで
    ある、請求項145に記載の抗原提示細胞。
  147. 【請求項147】 Mtb−67.2に対して特異的なT細胞を刺激および
    /または増殖させるための方法であって、該方法は、T細胞の刺激および/また
    は増殖を可能にするような条件下および充分な時間の間、T細胞と一つ以上の以
    下: (i)請求項77に記載のポリペプチド (ii)そのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;および/ま
    たは (iii)そのようなポリペプチドを発現する抗原提示細胞; を接触させる工程を包含する、方法。
  148. 【請求項148】 請求項147に記載の方法に従って調製されたT細胞を
    含む、単離されたT細胞集団。
  149. 【請求項149】 患者における結核の発症を抑制するための医薬の製造に
    おける使用のための、請求項148に記載のT細胞集団。
  150. 【請求項150】 患者より単離されて、そして一つ以上の以下: (i)請求項77に記載のポリペプチド; (ii)そのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;または (iii)そのようなポリペプチドを発現する抗原提示細胞; と共にインキュベートされるCD4+および/またはCD8+T細胞であって、そ
    の結果、T細胞が増殖する;該患者における結核の発症を抑制するための医薬の
    製造における使用のための、CD4+および/またはCD8+T細胞。
  151. 【請求項151】 患者における結核の発症を抑制するための方法であって
    、該方法は、以下の工程: 患者より単離されて、そして一つ以上の以下: (i)請求項77に記載のポリペプチド; (ii)そのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;または (iii)そのようなポリペプチドを発現する、抗原提示細胞; と共にインキュベートされているCD4+および/またはCD8+T細胞であって
    、その結果、該T細胞が増殖し、そしてここで、該患者における結核の発症を抑
    制するための医薬の製造における使用のために該T細胞がクローン化される、工
    程を包含する、方法。
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