JP2002507387A - 乳癌の免疫療法および診断のための化合物ならびにそれらの使用のための方法 - Google Patents
乳癌の免疫療法および診断のための化合物ならびにそれらの使用のための方法Info
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Abstract
Description
。本発明は、より詳細には、乳房腫瘍組織で優先的に発現されるタンパク質の一
部を少なくとも一部含むポリペプチド、およびそのようなポリペプチドをコード
するポリヌクレオチド分子に関する。そのようなポリペプチドは、乳癌の処置の
ためのワクチンおよび薬学的組成物において使用され得る。さらに、そのような
ポリペプチドおよびポリヌクレオチドは、乳癌の免疫診断において使用され得る
。
患の検出および処置において、進歩が成されてきたが、乳癌は、女性の癌関係の
第二番目の死因のままであり、毎年、米国で180,000人を超える女性が罹
患している。北米の女性に関して、生存中の乳癌に罹る可能性は、現在8人に1
人である。
他の一般に優れた方法は存在しない。その疾患の対応は、現在のところ、早期の
診断(慣用的な乳房のスクリーニング手順を通じて)および積極的な処置の組み
合わせに依存し、その処置は、手術、放射線治療、化学療法、およびホルモン療
法のような、1以上の種々の処置を含み得る。特定の乳癌の処置の過程は、しば
しば、特異的な腫瘍マーカーの分析を含む、種々の予後のパラメーターに基づい
て選択される。例えば、Porter−JordanおよびLippman、B
reast Cancer 8:73−100(1994)を参照のこと。しか
し、確立されたマーカーの使用は、しばしば、解釈が難しい結果を導き、そして
乳癌患者において観察される高い死亡率は、その疾患の処置、診断、および予防
において、改善が必要とされることを示している。
が存在する。本発明は、これらの必要性を満たし、さらに他の関係する利点を提
供する。
において、単離されたポリペプチドを提供し、それは、乳房腫瘍タンパク質また
は保存的置換および/または改変においてのみ異なるそのタンパク質の改変体の
少なくとも免疫原性部分を含む。ここで、乳房腫瘍タンパク質は、以下からなる
群より選択される部分配列を有するポリヌクレオチド分子によりコードされるア
ミノ酸配列を含む;(a)配列番号3、10、17、24、45〜52、および
55〜67,72,73、および89〜94に示されるヌクレオチド配列、(b
)それらのヌクレオチド配列の相補体、および(c)中程度のストリンジェント
条件下で、(a)または(b)の配列にハイブリダイズする配列。
クレオチド分子を提供する。特定の実施態様において、そのようなポリヌクレオ
チド分子は、配列番号3、10、17、24、45〜52、および55〜67,
72,73、および89〜94に提供される部分配列を有する。本発明はさらに
、上記のポリヌクレオチド分子を含む発現ベクター、およびそのような発現ベク
ターで形質転換した、またはトランスフェクトした宿主細胞を提供する。好まし
い実施態様において、その宿主細胞は、E.coli、酵母、および哺乳動物細
胞からなる群より選択される。
融合タンパク質、あるいは、本発明のポリペプチドおよび公知の乳房抗原を含む
融合タンパク質を提供する。
ペプチドをコードするポリヌクレオチド分子、および生理学的に受容可能なキャ
リアを含む薬学的組成物を、少なくとも1以上のそのようなポリペプチドまたは
ポリヌクレオチド分子を非特異的な免疫応答エンハンサーと組み合わせて含むワ
クチンと共に提供する。1以上の上記の融合タンパク質を含む、薬学的組成物お
よびワクチンもまた提供する。
可能なキャリアを含む、乳癌処置のための薬学的組成物を提供する。ここで、そ
のポリペプチドは、乳房腫瘍タンパク質またはその改変体の免疫原性部分を含み
、その乳房腫瘍タンパク質は、以下からなる群より選択される部分配列を有する
ポリヌクレオチド分子によりコードされる;(a)配列番号1、2、4〜9、1
1〜16、18〜23、25〜44,53、54、68〜71、および74〜8
8に示されるヌクレオチド配列、(b)それらのヌクレオチドの相補体、および
(c)中程度のストリンジェント条件下で、(a)または(b)の配列にハイブ
リダイズする配列。本発明はまた、そのようなポリペプチドを非特異的な免疫応
答エンハンサーと組み合わて含む、乳癌の処置のためのワクチンを、配列番号1
、2、4〜9、11〜16、18〜23、25〜44,53、54、68〜71
、および74〜88に提供される部分配列を有する、少なくとも1つのポリヌク
レオチド分子を含む薬学的組成物およびワクチンと共に提供する。
供し、それは、有効量の少なくとも1つの上記の薬学的組成物および/またはワ
クチンを投与する工程を含む。
ットと共に提供する。本発明の1つの特定の局面において、患者内の乳癌を検出
する方法を提供し、それは、以下を含む;(a)患者から採取した生物学的サン
プルを、本発明のポリペプチドの1つに結合し得る、結合剤と接触させる工程;
および(b)そのサンプルにおいて、結合剤に結合したタンパク質またはポリペ
プチドを検出する工程。好ましい実施態様において、結合剤は抗体であり、最も
好ましくは、モノクローナル抗体である。
し、それは、以下を含む;(a)患者から採取した生物学的サンプルを、上記の
ポリペプチドの1つに結合し得る、結合剤と接触させる工程;(b)そのサンプ
ルにおいて、その結合剤に結合するタンパク質またはポリペプチドの量を決定す
る工程;(c)工程(a)および(b)を繰り返す工程;および工程(b)およ
び(c)で検出されたポリペプチドの量を比較する工程。
ましくはモノクローナル抗体、ならびにそのような抗体を含む診断キット、およ
び乳癌の発生を阻害するためにそのような抗体を使用する方法を提供する。
者から生物学的サンプルを採取する工程;(b)そのサンプルを、ポリメラーゼ
連鎖反応において第一および第二のオリゴヌクレオチドプライマーと接触する工
程で、そのオリゴヌクレオチドプライマーの少なくとも1つは、上記のポリペプ
チドの1つをコードするDNA分子に特異的である、工程;および(c)第一お
よび第二のオリゴヌクレオチドプライマーの存在下で増幅するDNA配列を、そ
のサンプルにおいて検出する工程。好ましい実施態様において、少なくとも1つ
のオリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号1〜94からなる群より選択され
る部分配列を有するDNA分子の、少なくとも約10の連続したヌクレオチドを
含む。
れは以下を含む;(a)患者から生物学的サンプルを採取する工程;(b)その
サンプルを、上記のポリペプチドの1つをコードするポリヌクレオチド分子に特
異的なオリゴヌクレオチドプローブと接触させる工程;および(c)そのオリゴ
ヌクレオチドプローブにハイブリダイズするポリヌクレオチド配列を、そのサン
プルにおいて検出する工程。好ましくは、そのオリゴヌクレオチドプローブは、
配列番号1〜94からなる群より選択される部分配列を有するDNA分子の、少
なくとも約15の連続したヌクレオチドを含む。
を含む診断キットを提供する。
なる。本明細書に記載される全ての参考文献は、各々が個々に援用されるように
、その全体が参考として本明細書に援用される。
物および方法に関する。本発明の組成物は、一般的に、乳房腫瘍タンパク質の少
なくとも一部分を含む単離されたポリペプチドである。本発明のポリペプチドに
結合する分子(例えば、抗体またはそのフラグメント)もまた、本発明内に含ま
れる。このような分子は、本明細書中で「結合因子」といわれる。
チド、またはその改変体を開示する。ここで、乳房腫瘍タンパク質は、以下から
なる群より選択される配列を含むポリヌクレオチド分子によってコードされるア
ミノ酸配列を含む:配列番号1〜94に記載されるヌクレオチド配列、このヌク
レオチド配列の相補物、およびそれらの改変体。本明細書中で使用される用語「
ポリペプチド」は、任意の長さのアミノ酸鎖を含み、これらには、全長タンパク
質が含まれ、ここでアミノ酸残基は、共有ペプチド結合によって連結される。従
って、上記の乳房タンパク質のうちの1つの一部分を含むポリペプチドは、完全
にこの部分から構成されてもよいし、またはこの部分は、さらなる配列を含むよ
り大きなポリペプチド内に存在してもよい。このさらなる配列は、天然タンパク
質由来であってもよいし、異種であってもよく、このような配列は、免疫反応性
および/または抗原性であってもよい。
癌に罹患する患者における免疫応答を惹起させ得る部分であり、そして乳癌患者
由来の血清に存在する抗体に結合する。このような免疫原性部分は、一般的に、
少なくとも約5つのアミノ酸残基、より好ましくは、少なくとも約10のアミノ
酸残基、そして最も好ましくは、少なくとも約20のアミノ酸残基を含む。本明
細書中に記載されるタンパク質の免疫原性部分は、抗体結合アッセイで同定され
得る。このようなアッセイは、例えば、HarlowおよびLane,Anti
bodies:A Laboratory Manual,Cold Spri
ng Harbor Laboratory,Cold Spring Har
bor,NY,1988に記載されるように、一般的に当業者に公知の任意の種
々の手段によって行われ得る。例えば、ポリペプチドは、(以下に記載のように
)固体支持体上に固定化され得、そして固定化されたポリペプチドに血清中の抗
体が結合されるように、患者血清と接触される。次いで、非結合血清は取り除か
れ得、そして結合抗体は、例えば、125I標識プロテインAを用いて検出され得 る。あるいは、ポリペプチドは、乳癌患者の血中または他の体液中のポリペプチ
ドを検出することに使用するためのモノクローナル抗体およびポリクローナル抗
体を生成するために使用され得る。公知の配列の抗原の免疫原性部分を調製およ
び同定する方法は、当該分野で周知である、そしてこれらの方法としては、Pa
ul,Fundamental Immunology、第3版、Raven
Press,1993,第243〜247頁に要約される方法が挙げられる。
チド塩基またはリボヌクレオチド塩基の一本鎖または二本鎖ポリマーを意味し、
そしてこれらには、DNA分子および対応するRNA分子(HnRNAおよびm
RNA分子、センス鎖およびアンチセンス鎖の両方を含む)が挙げられ、そして
cDNA、ゲノムDNA、および組換えDNA、ならびに全体的または部分的に
合成されたポリヌクレオチドが含まれる。HnRNA分子はイントロンを含み、
そして一般的に1対1の様式でDNA分子に対応する。mRNA分子は、HnR
NAおよびDNA分子に対応するが、これらからは、イントロンは除外される。
ポリヌクレオチドは、遺伝子全体から構成されてもよいし、そのいずれかの部分
から構成されてもよい。作動可能なアンチセンスポリヌクレオチドは、対応する
ポリヌクレオチドのフラグメントを含み得、そのために「ポリヌクレオチド」の
定義は、このような全ての作動可能なアンチセンスフラグメントを含む。
ドの改変体を含む。本明細書中で使用されるポリペプチド「改変体」は、このポ
リペプチド治療的特性、抗原性特性、および/または免疫原性特性が保持される
ように、保存的置換および/または改変においてのみ、記載されるポリペプチド
とは異なるポリペプチドである。好ましい実施態様において、改変ポリペプチド
は、5以下のアミノ酸の置換、欠失または付加によって同定される配列とは異な
る。このような改変体は、一般的に、上記ポリペプチド配列のうちの1つを改変
し、そして例えば、本明細書中に記載される代表的な手順を用いて改変されたポ
リペプチドの抗原性特性を評価することによって同定され得る。ポリペプチド改
変体は、同定されたポリペプチドに対して、好ましくは、少なくとも約70%の
同一性、より好ましくは、少なくとも約90%の同一性、そして最も好ましくは
、少なくとも約95%の同一性(以下に記載されるように決定される)を示す。
のアミノ酸と置換されている置換をいい、そのために、ペプチド化学の当業者は
実質的に変化されないポリペプチドの二次構造および疎水親水指数特性を予測す
る。一般的に、以下のアミノ酸群は、保存的変更を示す:(1)ala、pro
、gly、glu、asp、gln、asn、ser、thr;(2)cys、
ser、tyr、thr;(3)val、ile、leu、met、ala、p
he;(4)lys、arg、his;および(5)phe、tyr、trp、
his。
性性質、二次構造および疎水親水指数の性質に対して最小の影響を有するアミノ
酸の欠失または付加を含む。例えば、ポリペプチドは、タンパク質のN末端でシ
グナル(またはリーダー)配列と結合され得、このシグナル(またはリーダー)
配列は、翻訳と同時にまたは翻訳後にタンパク質の輸送に指向する。このポリペ
プチドはまた、ポリペプチドの合成、精製もしくは同定を容易にするため(例え
ば、ポリHis)に、または固体支持体へのポリペプチドの結合を増大するため
に、リンカーまたはその他の配列と結合され得る。例えば、ポリペプチドは、イ
ムノグロブリンFc領域に結合され得る。
を有することにおいて記載されたヌクレオチド配列とは異なる配列である。この
ような改変は、標準的な変異誘発技術(例えば、Adelmanら(DNA 2
:183,1983)に教示される、オリゴヌクレオチド指向性部位特異的変異
誘発)を使用して、容易に導入され得る。ヌクレオチド改変体は、天然に存在す
る対立遺伝子改変体または天然には存在しない改変体であり得る。改変ヌクレオ
チド配列は、好ましくは、記載された配列に対して、少なくとも約70%、より
好ましくは、少なくとも約80%、そして最も好ましくは、少なくとも約90%
の同一性(以下に記載されるように決定される)を示す。
DNA配列に対して実質的に相同なDNA配列によってコードされる改変体を含
む。本明細書中で使用される「実質的な相同性」とは、中程度にストリンジェン
トな条件下でハイブリダイズし得るDNA配列をいう。適切な、中程度にストリ
ンジェントな条件は、5×SSC、0.5% SDS、1.0mM EDTA(
pH8.0)の溶液中での予備洗浄;50℃〜65℃、5×SSC、一晩、また
は交叉種(cross−species)相同性の事象においては、0.5×S
SCで45℃でのハイブリダイゼーション;次いで0.1% SDSを含む、2
×、0.5×、および0.2×SSCで、65℃で20分、それぞれ2回洗浄を
含む。このようなハイブリダイズするDNA配列はまた、本発明の範囲内である
。コード縮重に起因して、ハイブリダイズするDNA配列によってコードされる
免疫原性ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列も同様に含まれる。
の対応でアラインするときに2つの配列中のヌクレオチドまたはアミノ酸残基の
配列が同じである場合、「同一」であるといわれる。2つの配列間の比較は、代
表的には、比較ウインドウによって配列を比較して、配列類似性の局所的領域を
同定および比較することによって行われる。本明細書中で使用される「比較ウイ
ンドウ」とは、少なくとも約20の連続する位置、通常は30〜約75、より好
ましくは、40〜約50の連続する位置のセグメントをいう。ここで、配列は、
2つの配列が必要に応じてアラインされた後、同じ数の連続する位置の参照配列
に対して比較され得る。
e of bioinformatics software(DNASTAR
,Inc.,Madison,WI)のMegalignプログラムを用い、デ
フォルトパラメーターを使用して行われ得る。このプログラムは、以下の参考文
献に記載されるいくつかのアラインメントスキームを含む:
較ウインドウによって、2つの最適にアラインされた配列を比較することによっ
て決定される。ここで、比較ウインドウ中のポリヌクレオチド配列の部分は、2
つの配列の最適なアラインメントについて参照配列(これは、付加または欠失を
有さない)と比較して、20%以下、通常は5〜15%、または10〜12%の
付加または欠失(すなわち、ギャップ)を含み得る。このパーセント割合は、位
置の数(ここで、同一の核酸塩基またはアミノ酸残基が両方の配列で生じて、マ
ッチした位置の数を得る)を決定し、参照配列中の位置の総数(すなわち、ウイ
ンドウサイズ)でマッチした位置の数を割り、そして結果に100をかけて配列
同一性のパーセント割合を得ることによって計算される。
た本発明の範囲に含まれる。本明細書に使用される「対立遺伝子」または「対立
遺伝子の配列」は、核酸配列における少なくとも1つの変異に起因し得る、遺伝
子の代替形態である。対立遺伝子は、構造または機能が変化しても変化しなくと
もよい、変化したmRNAまたはポリペプチドを生じ得る。任意の所定の遺伝子
は、対立遺伝子形態を有さないか、1つ以上の対立遺伝子形態を有し得る。対立
遺伝子を生じさせる通常の変異的な変化は、一般的に、ヌクレオチドの自然な欠
失、付加、または置換に起因する。これらの変化のそれぞれの型は、単独でまた
は他との組み合わせで、所定の配列中に1回以上生じ得る。
は、上述のポリペプチドのうちの1つのアミノ酸配列を改変し、そして改変され
たポリペプチドの免疫反応性を評価することにより同定され得る。診断用結合薬
剤を産生するために有用な乳房腫瘍ポリペプチドについては、改変体は、乳癌の
存在または不在を検出する抗体を産生する能力について、改変されたポリペプチ
ドを評価することにより同定され得る。このような改変された配列は、例えば、
本明細書に記載される代表的な手順を用いて、調製および試験され得る。
クレオチド分子が、当該分野で周知である種々の方法のいずれかを用いて乳房腫
瘍組織から単離され得る。本発明の乳房腫瘍タンパク質の1つをコードする遺伝
子(またはその一部)に対応するポリヌクレオチド配列が、以下で詳細に記載さ
れる差し引き(subtraction)技術を用いて乳房腫瘍cDNAライブ
ラリーから単離され得る。このようなDNA配列の例が、配列番号1〜94にお
いて提供される。このようにして、得られた部分的ポリヌクレオチド配列は、当
該分野で周知の技術を用いるポリメラーゼ連鎖反応(PCR)における、全長ポ
リヌクレオチド配列を増幅するためのオリゴヌクレオチドプライマーを設計する
ために用いられ得る(例えば、Mullisら、Cold Spring Ha
rbor Symp.Quant.Biol.、51:263、1987;Er
lich編、PCR Technology、Stockton Press、
NY、1989 を参照のこと)。一旦、ポリペプチドをコードするポリヌクレ
オチド配列が得られると、上述の改変のいずれかが、例えば、Adelmanら
(DNA、2:183、1983)によって教示されるように、オリゴヌクレオ
チド指定部位特異的変異誘発のような標準的な変異誘発技術を用いて容易に導入
され得る。
段により作製され得る。約100より少ないアミノ酸、および一般的に、約50
より少ないアミノ酸を有する合成ポリペプチドが、当業者に周知の技術を用いて
作製され得る。例えば、このようなポリペプチドは、伸長しているアミノ酸鎖に
アミノ酸が順次加えられるMerrifield固相合成法(例えば、Merr
ifield、J.Am.Chem.Soc.85:2149−2146、19
63を参照のこと)のような、商業的に利用可能な固相技術のいずれかを用いて
合成され得る。ポリペプチドの自動合成装置は、Perkin Elmer/A
pplied BioSystems Division(Foster Ci
ty、CA)のような供給業者から市販されており、そして製造業者の使用説明
書に従って操作し得る。
ヌクレオチド配列を発現ベクター中に挿入すること、および適切な宿主において
、このタンパク質を発現することによって、組換えにより産生され得る。当業者
に公知である種々の発現ベクターのいずれかが、本発明の組換えポリペプチドを
発現するために用いられ得る。発現は、組換えポリペプチドをコードするポリヌ
クレオチド分子を含む発現ベクターで形質転換またはトランスフェクトされた任
意の適切な宿主細胞において達成され得る。適切な宿主細胞は、原核生物、酵母
および高等真核生物細胞を含む。好ましくは、用いられる宿主細胞は、E.co
li、酵母またはCHO細胞のような哺乳動物細胞株である。この手法により発
現されるポリヌクレオチド配列は、天然に生じるポリペプチド、天然に生じるポ
リペプチドの一部、またはそれらの他の改変体をコードし得る。
された実質的に純粋な形態で調製される(すなわち、ポリペプチドは、アミノ酸
組成および一次配列分析によって決定した場合に均質である)。好ましくは、こ
のポリペプチドは、少なくとも約90%純粋であり、より好ましくは、少なくと
も約95%純粋であり、そして最も好ましくは、少なくとも約99%純粋である
。以下にさらに詳細に記載される、特定の好ましい実施態様において、実質的に
純粋なポリペプチドは、本明細書に開示された1つ以上の方法において使用する
ための薬学的組成物またはワクチンに組み入れられる。
含む融合タンパク質、またはあるいは本発明のポリペプチドおよび公知の乳房腫
瘍抗原を含む融合タンパク質を、このような融合タンパク質の改変体とともに提
供する。
二のポリヌクレオチドをコードする別々のポリヌクレオチド配列を適切な発現ベ
クター中へ組み立てるために公知の組換えDNA技術を用いて構築される。第一
のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の3’末端は、配列のリーデ
ィングフレームが第一および第二のポリペプチドの両方の生物学的活性を保持す
る単一の融合タンパク質への2つのDNA配列のmRNA翻訳が可能となるよう
に組み合わせて、第二のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の5’
末端にペプチドリンカーと共にまたはペプチドリンカーなしで連結される。
折り畳まれるのを保証するために十分な距離によって第一および第二のポリペプ
チドを隔てるために用いられ得る。このようなペプチドリンカー配列は、当該分
野で周知の標準的な技術を用いて融合タンパク質中に取り込まれる。適切なペプ
チドリンカー配列は、以下の要素に基づいて選択され得る:(1)フレキシブル
な伸長したコンホメーションを採る能力;(2)第一および第二のポリペプチド
上の機能的なエピトープと相互作用し得る二次構造を採ることができないこと;
および(3)ポリペプチドの機能的なエピトープと反応し得る疎水性または荷電
した残基の欠損。好ましいペプチドリンカー配列は、Gly、AsnおよびSe
r残基を含む。ThrおよびAlaのような中性に近い他のアミノ酸もまた、リ
ンカー配列に用いられ得る。リンカーとして有用に用いられ得るアミノ酸配列は
、Marateaら、Gene 40:39−46、1985;Murphyら
、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 83:8258−8262
、1986;米国特許第4,935,233号および米国特許第4,751,1
80号に開示されるアミノ酸配列を含む。リンカー配列は、1から約50アミノ
酸長であり得る。ペプチド配列は、第一および第二のポリペプチドが、機能的ド
メインを分離するため、および立体的な干渉を防ぐために用いられ得る非必須N
末端アミノ酸領域を有する場合、必要とされない。
作動可能に連結される。ポリヌクレオチドの発現を担う調節エレメントは、第一
のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の5’側にのみ位置する。同
様に、翻訳および転写終結シグナルを終了するために必要とされる停止コドンは
、第二のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の3’側にのみ存在す
る。
パク質もまた提供される。好ましくは、免疫原性タンパク質は、リコール(re
call)応答を惹起し得る。このようなタンパク質の例としては、破傷風タン
パク質、結核タンパク質および肝炎タンパク質が挙げられる(例えば、Stou
teら、New Engl.J.Med.、336:86−91(1997)を
参照のこと)。
、乳癌の免疫治療に用いられ得、ここで、このポリペプチドは、乳房腫瘍細胞に
対する患者自身の免疫応答を刺激する。さらなる側面において、本発明は、配列
番号1〜94において提供される配列を有するポリヌクレオチド分子によってコ
ードされる1つ以上の免疫応答性ポリペプチド(または、1つ以上のそのような
ポリペプチドおよび/もしくはそのようなポリペプチドをコードするポリヌクレ
オチドを含む融合タンパク質)を患者における乳癌の免疫治療のために用いるた
めの方法を提供する。本明細書に用いられる、「患者」は、任意の温血動物、好
ましくはヒトをいう。患者は、疾患に罹患していてもよいし、検出可能な疾患を
有さなくともよい。従って、上述の免疫応答性ポリペプチド(または、融合タン
パク質もしくはそのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド分子)は
、乳癌を処置するために用いられ得るか、または乳癌の進行を阻害するために用
いられ得る。ポリペプチドは、原発性腫瘍の外科的除去および/または放射線治
療および従来の化学療法薬物の投与による処置に先だってか、またはそれに続い
てかのいずれかで投与され得る。
学的組成物および/またはワクチン内に存在する。薬学的組成物は、上述の配列
のうちの1つ以上(または、それらの変異体)をそれぞれ含み得る1つ以上のポ
リペプチド、および生理的に受容可能なキャリアを含み得る。ワクチンは、1つ
以上のこのようなポリペプチドおよび非特異的免疫応答エンハンサーを含み得、
ここで、この非特異的免疫応答エンハンサーは、外来抗原に対する免疫応答を誘
発または増強し得る。非特異的免疫応答エンハンサーの例としては、アジュバン
ト、生体分解性ミクロスフェア(例えば、ポリ乳酸ガラクチド(polylac
tic galactide))およびリポソーム(この中に、ポリペプチドが
取り込まれる)が挙げられる。薬学的組成物およびワクチンはまた、組み合わせ
ポリペプチド(すなわち、複数のエピトープを含む単一ポリペプチド)中に組込
まれて、または別々のポリペプチド内に存在してのいずれかで、乳房腫瘍抗原の
他のエピトープを含み得る。
コードするポリヌクレオチドを含み得るため、ポリぺプチドはインサイチュで産
生される。このような薬学的組成物およびワクチンにおいて、ポリヌクレオチド
は、核酸発現系、細菌およびウイルス発現系を含む、当業者に公知の種々の送達
系のいずれかの中に存在し得る。適切な核酸発現系は、患者における発現に必要
なポリヌクレオチド配列(例えば、適切なプロモーター)を含む。細菌送達系は
、細胞表面に存在する乳房腫瘍細胞抗原のエピトープを発現する細菌(例えば、
Bacillus−Calmette−Guerrin)の投与を包含する。好
ましい実施態様において、ポリヌクレオチド分子は、ウイルス発現系(例えば、
痘疹または他のポックスウイルス、レトロウイルス、あるいはアデノウイルス)
を使用して導入され得、この系は、非病原性(欠損)の、複製コンピテント細胞
の使用を含み得る。適切な系は、例えば、Fisher−Hochら,PNAS
86:317−321,1989;Flexnerら,Ann.N.Y.Ac
ad.Sci.569:86−103,1989;Flexnerら,Vacc
ine 8:17−21,1990;米国特許第4,603,112号、同第4
,769,330号、および同第5,017,487号;WO 89/0197
3;米国特許第4,777,127号;GB 2,200,651;EP 0,
345,242;WO 91/02805;Berkner,Biotechn
iques 6:616−627,1988;Rosenfeldら,Scie
nce 252:431−434,1991;Kollsら,PNAS 91:
215−219,1994;Kass−Eislerら,PNAS 90:11
498−11502,1993;Guzmanら,Circulation 8
8:2838−2848,1993;およびGuzmanら,Cir.Res
73:1202−1207,1993に開示される。このような発現系にポリヌ
クレオチドを組み入れるための方法は、当業者に周知である。ポリヌクレオチド
はまた、「裸(naked)」であり得る(例えば、公開されたPCT出願WO
90/11092,およびUlmerら,Science 259:1745
−1749,1993,Cohenによる評論,Science 259:16
91−1692,1993に記載される)。裸のポリヌクレオチドの取り込みは
、ポリヌクレオチドを生分解可能なビーズ上に被覆することによって増加され得
、これは、細胞内に効率的に輸送される。
の免疫治療において現在使用されるそれらと類似し得る。一般的に、薬学的組成
物およびワクチンは、注射(例えば、皮内、筋内、静脈内または皮下)、鼻腔内
(例えば、吸引により)または経口で投与され得る。1から10用量が、3−2
4週間にわたって投与され得る。好ましくは、3ヶ月間隔で4用量を投与し、そ
してその後に、追加免疫投与が定期的に行われ得る。代替のプロトコルは、各患
者に適し得る。適切な用量は、処置患者における乳房腫瘍細胞に対する免疫応答
(細胞性および/または体液性)を生じるのに効果的な、ポリぺプチド分子また
はポリヌクレオチド分子の量である。適切な免疫応答は、基底(すなわち、未処
理)レベルより少なくとも10〜50%上回る。一般的に、1用量に存在する(
または1用量のポリヌクレオチドによってインサイチュで産生される)ポリぺプ
チドの量は、宿主1kgあたり約1pg〜約100mgの範囲にわたり、代表的
には、約10pg〜約1mg、そして好ましくは、約100pg〜約1μgであ
る。適切な用量サイズは、患者のサイズに伴って変化するが、代表的には、約0
.01mL〜約5mLの範囲にわたる。
るが、キャリアの型は投与の様式に依存して変化する。非経口的な投与(例えば
、皮下注射)のためには、キャリアは好ましくは、水、生理食塩水、アルコール
、脂質、ワックスおよび/または緩衝液を含む。経口投与のためには、上記のキ
ャリアまたは固体キャリア(例えば、マンニトール、ラクトース、デンプン、ス
テアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、滑石(talcum)、セル
ロース、グルコース、スクロース、および/または炭酸マグネシウム)のいずれ
かが利用され得る。生分解可能なマイクロスフェア(例えば、ポリ乳酸グリコリ
ド(polylactic glycolide))もまた、本発明の薬学的組
成物のためのキャリアとして利用され得る。適切な生分解可能なマイクロスフェ
アは、例えば、米国特許第4,897,268号および同第5,075,109
号に開示される。
る。例えば、アジュバントが含まれ得る。ほとんどのアジュバントは、迅速な異
化作用から抗原を保護するために設計された物質を含む(例えば、水酸化アルミ
ニウムまたは鉱油、およびリピドA、Bordella pertussisま
たはMycobacterium tuberculosisのような免疫応答
の非特異的な刺激物質)。このようなアジュバントは、例えば、フロイント不完
全アジュバントおよびフロイント完全アジュバント(Difco Labora
tories,Detroit,MI)ならびにメルクアジュバント65(Me
rck and Company,Inc.,Rahway,NJ)として市販
されている。
おいて用いられ得る。養子免疫治療はまた、広範には、能動的免疫治療または受
動的免疫治療のいずれかに分類され得る。能動的免疫治療において、処置は、内
因性の宿主免疫系のインビボでの刺激に依存し、免疫応答改変薬剤(例えば、腫
瘍ワクチン、細菌アジュバント、および/またはサイトカイン)の投与で腫瘍に
反応する。
学的試薬(例えば、エフェクター細胞または抗体)の送達を包含する。この確立
された腫瘍−免疫反応性は、抗腫瘍効果を直接的または間接的に媒介し得、そし
てインタクトの宿主免疫系に必ずしも依存しない。エフェクター細胞の例として
は、Tリンパ球(例えば、CD8+細胞傷害性Tリンパ球、CD4+Tヘルパー
、腫瘍浸潤性リンパ球)、キラー細胞(例えば、ナチュラルキラー細胞、リンフ
ォカイン活性化キラー細胞)、B細胞、または開示された抗原を発現する抗原提
示細胞(例えば、樹状細胞およびマクロファージ)が挙げられる。本明細書に開
示されたポリぺプチドはまた、受動的免疫治療のために、抗体または抗イディオ
タイプ抗体を産生するため(米国特許第4,918,164号と同様)に使用さ
れ得る。
免疫T細胞を増殖することである。単一の抗原特異的なT細胞をインビボでの抗
原認識の保持を伴って数十億数まで拡大するための培養条件は、当該分野で周知
である。これらのインビトロ培養条件は、代表的には、しばしばIL−2のよう
なサイトカインおよび非分裂(non−dividing)フィーダー細胞の存
在下における、抗原を用いた断続的刺激を利用する。上記に記載したように、本
明細書に記載された免疫反応性ポリぺプチドは、免疫治療のための十分数の細胞
数を生成するために、抗原特異的なT細胞培養物を迅速に拡大するために使用さ
れ得る。特に、抗原提示細胞(例えば、樹状細胞、マクロファージまたはB細胞
)は、当該分野に周知の標準的な技術を使用して、免疫反応性ポリぺプチドでパ
ルス(pulse)され得るか、またはポリヌクレオチド配列(複数または単数
)を用いてトランスフェクトされ得る。例えば、抗原提示細胞は、ポリヌクレオ
チド配列を用いてトランスフェクトされ得(ここでこの配列は、発現を増大させ
るために適したプロモーター領域を含む)、そして組換えウイルスまたは他の発
現系の一部として発現され得る。培養T細胞が治療において有効であるためには
、培養T細胞は、増殖し、かつ、広範に分布し得、かつ、インビボで長期生存し
得なければならない。研究は、培養T細胞が、IL−2を補充された抗原での反
復刺激により、インビボで増殖し、かつ、実質的な数において長期生存するよう
に誘導され得ることを明らかにした(例えば、Cheever,M.ら、「Th
erapy With Cultured T Cells:Principl
es Revisited」Immunological Reviews,1
57:177,1997を参照のこと)。
び/または単離するために用いられ得、このT細胞は、次いで、患者に投与され
得る。1つの技術において、抗原特異的なT細胞株は、開示されたポリぺプチド
の免疫原性部分に対応する短いペプチドを用いて、インビボで免疫化することに
よって生成され得る。得られた抗原特異性CD8+ CTLクローンが患者から
単離され得、標準的な組織培養技術を使用して拡大され得、そして患者に戻され
得る。
angら(Crit.Rev.Oncol.Hematol.,22(3),2
13,1996)に記載されるように、自己T細胞のインビトロでの選択的な刺
激および拡大によって腫瘍反応性のT細胞サブセットを生成し、続いて患者に移
入され得る抗原特異的なT細胞を提供するために用いられ得る。T細胞のような
免疫系の細胞は、例えば、CellPro Incorporated’s(B
othell,WA)CEPRATETMシステム(米国特許第5,240,85
6号;米国特許第5,215,926号;WO 89/06280;WO 91
/16116およびWO 92/07243を参照のこと)のような市販の細胞
分離システムを使用して、患者の末梢血から単離され得る。分離された細胞は、
送達ビヒクル(例えば、マクロスフェア)内に含まれる免疫反応性ポリぺプチド
の1つ以上で刺激され、抗原特異性のT細胞を提供する。次いで、腫瘍抗原特異
的なT細胞の集団が、標準的な技術を使用して拡大され、そしてその細胞は患者
に戻し投与される。
セプターがクローン化され得、拡大され得、そして養子免疫治療における使用の
ために、他のベクターまたはエフェクター細胞に移入され得る。
たポリぺプチドの少なくとも免疫原性部分に対応するペプチドでパルスされ得る
。得られた抗原特異的な樹状細胞は、患者に移入され得るか、またはT細胞を刺
激して順に患者に投与され得る抗原特異的なT細胞を提供するために用いられ得
るかのいずれかである。抗原特異的なT細胞を生成するためのペプチドパルスさ
れた樹状細胞の使用、ならびにマウスモデルにおいて腫瘍を根絶するためのこの
ような抗原特異的なT細胞の続く使用が、Cheeverら(Immunolo
gical Reviews,157:177,1997)により示される。
れた幹細胞に導入され得、そして同患者への自己移植のためにインビトロでクロ
ーン増殖され得る。
検出し得る結合薬剤(例えば、抗体またはそれらのフラグメント)を生成するた
めに使用される。本発明の結合薬剤は、一般的に、本明細書に記載した代表的な
手順を含む、当業者に公知の方法を使用して調製され得る。結合薬剤は、本明細
書に記載の代表的なアッセイを使用して、乳癌を有する患者と有さない患者との
間を区別し得る。つまり、乳房腫瘍タンパク質に対して産生された抗体または他
の結合薬剤、あるいはそれらの適切な部分は、その疾患に冒されている患者の少
なくとも約20%において、原発性または転移性の乳癌の存在を示すシグナルを
生成し、ならびに原発性または転移性の乳癌を有さない個体の少なくとも約90
%において、疾患の非存在を示す陰性シグナルを生成する。このような乳房腫瘍
タンパク質の適切な部分は、乳癌が完全長タンパク質を使用して示される実質的
に全て(すなわち、少なくとも約80%、好ましくは少なくとも約90%)の患
者において、原発性または転移性の乳癌の存在を示し、ならびに完全長のタンパ
ク質を用いて試験される場合、陰性である実質的に全てのサンプルにおいて、乳
癌の非存在を示す結合薬剤を生成し得る部分である。以下に記載される代表的な
アッセイ(例えば、2抗体サンドイッチアッセイ(two−antibody
sandwich assay))は、一般的に、転移性のヒト乳房腫瘍を検出
する結合薬剤の能力を評価するために用いられ得る。
本明細書中に記載のように調製されたポリペプチドの能力は、一般に、このポリ
ペプチドに対する1つ以上の抗体を惹起することによって(例えば、本明細書中
に記載の代表的な方法を使用して)、および患者におけるこのような腫瘍を検出
するためのこのような抗体の能力を決定することによって評価され得る。この決
定は、生じた抗体に結合するポリペプチドの存在について、原発性ヒト乳房腫瘍
または転移性乳房腫瘍を有するかあるいは有さない患者由来の生物学的サンプル
をアッセイすることによって行われ得る。このような試験アッセイは、例えば、
下記に示す代表的な手順を用いて実行され得る。このような手順によって、原発
性ヒト乳房腫瘍または転移性ヒト乳房腫瘍の少なくとも20%を検出し得る抗体
を産生するポリペプチドは、原発性ヒト乳房腫瘍または転移性のヒト乳房腫瘍を
検出するためのアッセイに有用であると考えられる。ポリペプチド特異的抗体は
、感度を改善するために単独でまたは組み合せて使用され得る。
乳癌を診断するためまたは患者の疾患の進行をモニタリングするためのマーカー
として使用され得る。1つの実施態様において、患者の乳癌は、患者から得られ
た生物学的サンプルの、あらかじめ決定されたカットオフ値に関する1つ以上の
上記ポリペプチドのレベルについて評価されることによって診断され得る。本明
細書中で使用される場合、適切な「生物学的サンプル」には、血液、血清および
尿が挙げられる。
任意の結合剤を使用して評価され得る。本発明の状況における「結合剤」とは、
上記のようなポリペプチドに結合する任意の薬剤(例えば、化合物または細胞)
である。本明細書で使用される場合、「結合」とは、2つの別々の分子(各分子
が遊離し得るか(すなわち、溶液中)、または細胞もしくは固体支持体の表面上
に存在し得る)間での、「複合体」が形成されるような非共有結合的な会合をい
う。このような複合体は、遊離であり得るかまたは支持物質上に固定化され得る
(共有結合的にもしくは非共有結合的にのいずれかで)。結合能力は、一般に、
複合体の形成に対する結合定数を決定することによって、評価され得る。この結
合定数は、複合体の濃度が成分の濃度の積で除算された場合に得られる値である
。一般に、本発明の状況において、複合体形成についての結合定数が約103L /molを超える場合、2つの成分は「結合」するといわれる。結合定数は、当
業者に周知の方法を用いて決定され得る。
プチド成分を有するかまたは有さないリボソーム、RNA分子あるいはペプチド
であり得る。好ましい実施態様において、この結合パートナーは、抗体であり、
またはそのフラグメントである。このような抗体は、ポリクローナル抗体であり
得るか、またはモノクローナル抗体であり得る。さらに、この抗体は、単鎖抗体
、キメラ抗体、CDR移植抗体、またはヒト化抗体であり得る。抗体は、本明細
書中に記載の方法および当業者に周知の他の方法によって、調製され得る。
用について、当業者に公知の種々のアッセイ様式が存在する。例えば、Harl
owおよびLane、Antibodies:A Laboratory Ma
nual、Cold Spring Harbor Laboratory、1
988を参照のこと。好ましい実施態様において、このアッセイは、サンプルの
残余物中のポリペプチドと結合し、そしてそこからポリペプチドを除去するため
に固体支持体上に固定化される結合パートナーの使用を含む。次いで、この結合
したポリペプチドは、レポーター基を含む第2の結合パートナーを使用して検出
され得る。適切な第2の結合パートナーには、結合のパートナー/ポリペプチド
複合体に結合する抗体が挙げられる。あるいは、ポリペプチドが、レポーター基
で標識され、そしてサンプルと結合パートナーとのインキュベーションの後、固
定化された結合パートナーへの結合を可能にする競合アッセイが利用され得る。
サンプル成分が、標識されたポリペプチドの結合パートナーへの結合を阻害する
程度は、固定化された結合パートナーとのサンプルの反応性を示す。
例えば、固体支持体は、マイクロタイタープレートの試験ウェル、またはニトロ
セルロース膜もしくは他の適切な膜であり得る。あるいは、この支持体は、ビー
ズまたはディスク(例えば、ガラス、ファイバーガラス、ラテックス、またはプ
ラスチック物質(例えば、ポリスチレンもしくはポリ塩化ビニル))であり得る
。この支持体はまた、磁気性粒子または光ファイバーセンサー(fiber o
ptic sensor)(例えば、米国特許第5,359,681号に開示さ
れるようなもの)であり得る。結合剤は、当業者に公知の種々の技術を使用して
固体支持体上に固定化され得、これは特許および科学文献に十分に記載されてい
る。本発明の状況において、用語「固定化」とは、非共有結合的な会合(例えば
、吸着)および共有結合的な付着(これは、抗原と支持体上の官能基との間で直
接結合され得るかまたは架橋剤を用いて結合され得る)の両方をいう。マイクロ
タイタープレートのウェル、または膜への吸着による固定化は好ましい。このよ
うな場合、吸着は、適切な緩衝液中で固体支持体を用いて適切な時間で結合剤に
接触させることによって達成され得る。接触時間は、温度によって変化するが、
代表的には、約1時間から約1日の間である。一般的には、約10ng〜約10
μg、そして好ましくは約100ng〜約1μgの範囲の量の結合剤とプラスチ
ックマイクロタイタープレート(例えば、ポリスチレンまたはポリ塩化ビニル)
のウェルを接触させることは、適切な量の結合剤を固定化するのに十分である。
官能基(例えば、水酸基またはアミノ基)の両方と反応する二官能性試薬と支持
体を最初に反応させることによって達成され得る。例えば、この結合剤は、ベン
ゾキノンを用いるかまたは結合パートナー上のアミンおよび活性水素を用いる支
持体上のアルデヒド基の縮合によってコートする適切なポリマーを有する支持体
に、共有結合的に付着され得る(例えば、Pierce Immunotech
nology Catalog and Handbook、1991、A12
−A13を参照のこと)。
る。本アッセイは、最初に、固体支持体(通常、マイクロタイタープレートのウ
ェル)上で固定化されている抗体をサンプルと接触させて、サンプル内のポリペ
プチドを固定化抗体に結合させることによって実施され得る。次いで、非結合サ
ンプルは固定化ポリペプチド−抗体複合体から除去され、そしてそのポリペプチ
ド上の異なる部位に結合し得る第2の抗体(レポーター基を含む)が添加される
。次いで、固体支持体に結合したままである第2の抗体の量が、特定のレポータ
ー基に関して適切な方法を用いて決定される。
の残りのタンパク質結合部位は、通常ブロックされる。任意の適切なブロック剤
(例えば、ウシ血清アルブミンまたはTween20TM(Sigma Chem
ical Co.,St.Louis,MO))は、当業者に公知である。固定
化抗体は次いで、サンプルとインキュベートされ、そしてポリペプチドをこの抗
体に結合させる。インキュベーションの前に、このサンプルは適切な希釈液(例
えば、リン酸緩衝化生理食塩水(PBS))で希釈され得る。概して、適切な接
触時間(すなわち、インキュベーション時間)は、乳癌を有する個体から得られ
たサンプル内のポリペプチドの存在を検出するのに十分な時間である。好ましく
は、この接触時間は、結合ポリペプチドと非結合ポリペプチドとの間の平衡が少
なくとも約95%で達成される結合レベルを達成するのに十分な時間である。当
業者は、ある時間にわたって起こる結合レベルをアッセイすることによって、平
衡に達するまでに必要な時間が容易に決定され得ることを認識する。室温では、
一般に、約30分間のインキュベーション時間で十分である。
ーター基を含む第2の抗体が次いで、固体支持体に添加され得る。好ましいレポ
ーター基は、酵素(例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ)、基質、補因子、イ
ンヒビター、色素、放射性核種、発光基、蛍光基およびビオチンを含む。レポー
ター基への抗体の結合体化は、当業者に公知の標準方法を使用して達成され得る
。
間、固定化抗体−ポリペプチド複合体とインキュベートされる。適切な量の時間
は、一般に、ある時間にわたって起こる結合のレベルをアッセイすることによっ
て決定され得る。次いで、非結合の第2の抗体は除去され、そして結合した第2
の抗体は、レポーター基を用いて検出される。レポーター基を検出するために使
用される方法は、レポーター基の性質に依存する。放射性基について、一般的に
は、シンチレーション計数法またはオートラジオグラフィー法が適切である。分
光法は、色素、発光基および蛍光基を検出するために使用され得る。ビチオンは
、異なるレポーター基(一般に、放射性もしくは蛍光基または酵素)に結合され
たアビジンを使用して検出され得る。酵素レポーター基は、一般に、基質の添加
(一般には、特定の時間の間)、続いて反応産物の分光分析または他の分析によ
り検出され得る。
ーター基から検出されるシグナルが、一般に、所定のカットオフ値と対応するシ
グナルと比較される。1つの好ましい実施態様において、このカットオフ値は、
固定化抗体を、乳癌を有さない患者由来のサンプルとインキュベートした際に得
られた平均シグナル値である。概して、所定のカットオフ値を3標準偏差上回る
シグナルを生じるサンプルが、乳癌に対して陽性とみなされる。代わりの好まし
い実施態様において、このカットオフ値は、Sackettら、Clinica
l Epidemiology:A Basic Science for C
linical Medicine,Little Brown and Co
.,1985,106〜7頁の方法に従って、レシーバーオペレーターカーブ(
Receiver Operator Carve)を使用して決定される。簡
単に言うと、本実施態様において、このカットオフ値は、診断試験結果について
各可能なカットオフ値に対応する真の陽性割合(すなわち、感度)および偽陽性
割合(100%−特異性)の対のプロットから決定され得る。プロット上の上方
左手角に最も近いカットオフ値(すなわち、最大領域を囲む値)が、最も正確な
カットオフ値であり、そして本方法によって決定されたカットオフ値より高いシ
グナルを生ずるサンプルが陽性と見なされ得る。あるいは、カットオフ値は、偽
陽性割合を最小にするためにプロットに沿って左へシフトされ得るか、または偽
陰性割合を最小にするために右へシフトされ得る。概して、本方法によって決定
されたカットオフ値より高いシグナルを生ずるサンプルが、乳癌に対して陽性と
見なされる。
リップ試験形式で実行される(ここで、抗体は、ニトロセルロースのような膜上
で固定化される)。フロースルー試験では、サンプル内のポリペプチドは、サン
プルが膜を通過するにつれて固定化抗体に結合する。次いで、第2の標識化され
た抗体が、この第2の抗体を含む溶液がその膜を介して流れるにつれて、抗体−
ポリペプチド複合体と結合する。次いで、結合した第2の抗体の検出は、上記の
ように実行され得る。ストリップ試験形式では、抗体が結合される膜の一端をサ
ンプルを含む溶液中に浸す。このサンプルは、膜に沿って、第2の抗体を含む領
域を通って、そして固定化抗体の領域まで移動する。固定化抗体の領域での第2
の抗体の濃度が、乳癌の存在を示す。代表的には、その部位での第2の抗体の濃
度は、視覚的に読みとられ得るパターン(例えば、線)を生成する。このような
パターンを示さないことは陰性の結果を示す。概して、この膜上に固定化される
抗体の量は、生物学的サンプルが、上記の形式において、2抗体サンドイッチア
ッセイにおいて陽性シグナルを生じるのに十分であるレベルのポリペプチドを含
む場合、視覚的に識別可能なパターンを生じるように選択される。好ましくは、
膜上に固定化される抗体の量は、約25ng〜約1μgの範囲であり、そしてよ
り好ましくは、約50ng〜約500ngの範囲である。このような試験は、代
表的には、非常に少ない量の生物学的サンプルを用いて実行され得る。
が存在する。上記の記載は、例示のみを意図する。
として用いられ得る。この実施態様において、乳癌の診断のための上記のような
アッセイは、経時的に実施され得、そして反応性ポリヌクレオチド(単数または
複数)のレベルにおける変化が評価され得る。例えば、このアッセイは、6ヶ月
〜1年の期間、24〜72時間ごとに行われ得、その後は必要な場合に行われ得
る。一般に、乳癌は、結合剤によって検出されるポリペプチドのレベルが、経時
的に増加するような患者において進行している。対照的に、反応性ポリペプチド
のレベルが時間と共に一定に保たれるか、または低下するかのいずれかの場合、
乳癌は、進行していない。
よって調製され得る。例えば、HarlowおよびLane,Antibodi
es:A Laboratory Manual,Cold Spring H
arbor Laboratory,1988を参照のこと。このような技術の
1つに、抗原性ポリペプチドを含有する免疫原が、任意の広範な種々の哺乳動物
(例えば、マウス、ラット、ウサギ、ヒツジ、およびヤギ)の中に初めに注射さ
れる。この工程において、本発明のポリペプチドは、改変することなく免疫原と
して供され得る。あるいは、特に比較的短いポリペプチドに対して、このポリペ
プチドが、キャリアタンパク質(例えば、ウシ血清アルブミンまたはキーホール
リンペットヘモシニアン)と結合される場合、優れた免疫応答が惹起され得る。
この免疫原は、(好ましくは1つ以上の追加免疫を組み入れる、所定のスケジュ
ールに従って)動物宿主中へ注射され、そしてこの動物は定期的に採血される。
次いで、このポリペプチドに対して特異的なポリクローナル抗体は、このような
抗血清から、例えば、適切な固体支持体に結合されたポリペプチドを用いるアフ
ィニティクロマトグラフィーによって精製され得る。
lerおよびMilstein,Eur.J.Immunol.6:511−5
19,1976の技法およびそれに対する改良を利用して調製され得る。手短に
言えば、これらの方法は、所望する特異性(すなわち、目的のポリペプチドとの
反応性)を有する抗体を産生し得る不死化細胞株の調製を含む。このような細胞
株は、例えば、上記のように免疫化された動物から得られた脾臓細胞から調製さ
れ得る。次いで、この脾臓細胞は、例えば、(好ましくは、免疫化された動物と
同質遺伝子的である)ミエローマ細胞融合パートナーとの融合によって不死化さ
れ得る。種々の融合技術が利用され得る。例えば、脾臓細胞およびミエローマ細
胞は、数分間、非イオン性の界面活性剤と組み合わされ得、次にハイブリット細
胞の増殖を支持するがミエローマ細胞の増殖を支持しない選択培地上に低密度で
プレートされ得る。好ましい選択技法は、HAT(ヒポキサンチン、アミノプテ
リン、チミジン)選択を用いる。十分な時間(通常約1〜2週間)の後、ハイブ
リッドのコロニーが観察される。単一コロニーが選択され、そしてポリペプチド
に対する結合活性について試験される。高い反応性および特異性を有するハイブ
リドーマが、好ましい。
得る。さらに、適切な脊椎動物宿主(例えば、マウス)の腹腔内へのハイブリド
ーマ細胞株の注射のような種々の技法が、収量の増加のために利用され得る。次
いで、モノクローナル抗体は、腹水または血液から収集され得る。共雑物は、ク
ロマトグラフィー、ゲルろ過、沈降、および抽出のような従来の技法によってこ
の抗体から除去され得る。本発明のポリペプチドは、例えば、アフィニティクロ
マトグラフィー工程における精製プロセスにおいて用いられ得る。
用いられ得る。この抗体は、それら自身で(例えば、転移を阻止するために)用
いられ得るか、または1つ以上の治療薬と組み合わせられ得る。この点において
、適切な物質として、放射性核種、分化誘導物質、薬物、毒素、およびそれらの
誘導体が挙げられる。好ましい放射性核種として、90Y、123I、125I、131I 、186Re、188Re、211At、および212Biが挙げられる。好ましい薬物とし
て、メトトレキセート、ならびにピリミジンアナログおよびプリンアナログが挙
げられる。好ましい分化誘導物質として、フォルボールエステルおよび酪酸が挙
げられる。好ましい毒素として、リシン、アブリン、ジフテリア毒素、コレラ毒
素、ゲロニン(gelonin)、シュードモナス外毒素、赤痢菌毒素、および
アメリカヤマゴボウ抗ウィルス性タンパク質が挙げられる。
ー基を介して)間接的にかのいずれかで結合(例えば、共有結合)され得る。各
々が、他と反応し得る置換基を有する場合、物質と抗体との間の直接的な反応が
可能である。例えば、アミノ基またはスルフヒドリル基のような求核基は、無水
物または酸ハロゲン化物のようなカルボニル含有基と、あるいは他方では良好な
脱離基(例えば、ハロゲン化物)を有するアルキル基と反応し得る。
う。リンカー基は、結合能力の妨害を避けるために、物質から抗体を離すスペー
サーのように機能し得る。リンカー基はまた、物質または抗体上の置換基の化学
反応性を増大するために供し得、従って結合効率を増大する。化学反応性の増大
はまた、(さもなければ不可能である)物質または物質上の官能基の使用を容易
にし得る。
薬(例えば、これらは、Pierce Chemical Co.,Rockf
ord,ILのカタログに記載されている)が、リンカー基として利用され得る
ことが当業者に明らかである。カップリングは、例えば、アミノ基、カルボキシ
ル基、スルフヒドリル基、または酸化された炭化水素残基を通じてなされ得る。
このような方法論(例えば、Rodwellらに与えられた、米国特許第4,6
71,958号)を記載する多数の参考文献が存在する。
、細胞中への内在化の間か、あるいは内在化の際に切断され得るリンカー基を用
いることが望ましいだろう。多数の異なる切断可能なリンカー基が、記載されて
いる。これらリンカー基からの物質の細胞内放出に関するメカニズムとして、ジ
スルフィド結合の還元(例えば、Spitlerに与えられた、米国特許第4,
489,710号)、感光性結合の照射(例えば、Senterらに与えられた
、米国特許第4,625,014号)、誘導されたアミノ酸側鎖の加水分解(K
ohnらに与えられた、米国特許第4,638,045号)、血清補体を媒介し
た加水分解(Rodwellらに与えられた、米国特許第4,671,958号
)、および酸触媒加水分解(例えば、Blatterらに与えられた、米国特許
第4,569,789号)による切断が挙げられる。
て、物質の複数の分子が、1つの抗体分子に対して結合される。別の実施態様に
おいて、1つ以上のタイプの物質が、1つの抗体分子に対して結合され得る。特
定の実施態様に関係なく、1つ以上の物質を有する免疫複合体が、多様な方法で
調製され得る。例えば、1つ以上の物質が、抗体分子に直接的に結合され得るか
、または付着のための複数の部位を提供するリンカーが用いられ得る。あるいは
、キャリアが用いられ得る。
含む、多様な方法でこの物質を保持し得る。適切なキャリアとして、アルブミン
ようなタンパク質(例えば、Katoらに与えられた、米国特許第4,507,
234号)、アミノデキストランのようなペプチドおよびポリサッカライド(例
えば、Shihらに与えられた、米国特許第4,699,784号)が挙げられ
る。キャリアはまた、非共有結合によるか、またはカプセル化(例えば、リポソ
ーム小胞中(例えば、米国特許第4,429,008号および米国特許第4,8
73,088号))により物質を運び得る。放射性核種物質に特異的なキャリア
として、放射ハロゲン化(radiohalogenated)低分子およびキ
レート化合物が挙げられる。例えば、米国特許第4,735,792号は、代表
的な放射ハロゲン化低分子およびそれらの合成を開示する。放射性核種キレート
は、金属放射性核種、または金属酸化物放射性核種を結合するための供与体原子
として、窒素原子および硫黄原子を含むようなキレート化合物から形成され得る
。例えば、Davisonらに与えられた、米国特許第4,673,562号は
、代表的なキレート化合物およびそれらの合成を開示する。
は、投与は、静脈内、筋肉内、皮下、または切除した腫瘍の床(bed)内であ
る。抗体/免疫複合体の正確な用量は、用いる抗体、腫瘍に対する抗原密度、お
よび抗体のクリアランス速度に依存して変化する。
ヌクレオチド配列、または1つ以上のそれらの部分を含み得る。例えば、少なく
とも2つのオリゴヌクレオチドプライマーが、生物学的サンプル由来の乳癌特異
的cDNAを増幅するために、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)に基づくアッセ
イにおいて利用され得、ここで、少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプライマ
ーが、本発明の乳癌タンパク質をコードするDNA分子に特異的である。次いで
、増幅したcDNAの存在は、ゲル電気泳動のような当該分野で周知の技法を用
いて検出される。同様に、本発明の乳癌タンパク質をコードするDNA分子に特
異的なオリゴヌクレオチドプローブは、生物学的サンプルにおける本発明のポリ
ペプチドの存在を検出するために、ハイブリダイゼーションアッセイにおいて用
いられ得る。
ドプライマー/プローブ」とは、問題のDNA分子に対して、少なくとも約60
%、好ましくは少なくとも約75%、そしてより好ましくは少なくとも約90%
の同一性を有するオリゴヌクレオチド配列を意味する。本発明の診断方法におい
て有用に利用され得るオリゴヌクレオチドプライマーおよび/またはプローブは
、好ましくは少なくとも約10〜40ヌクレオチドを有する。好ましい実施態様
において、このオリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号1〜94から選択さ
れる部分配列を有するDNA分子の少なくとも約10の連続したヌクレオチドを
含有する。好ましくは、本発明の診断方法における使用のためのオリゴヌクレオ
チドプローブは、配列番号1〜94において提供される部分配列を有するDNA
分子の少なくとも約15の連続したオリゴヌクレオチドを含有する。PCRに基
づくアッセイおよびハイブリダイゼーションアッセイの両方に関する技法は、当
該分野において周知である(例えば、Mullisら前述;Ehrlich,前
述を参照のこと)。従って、プライマーまたはプローブは、血液、尿、および/
または乳癌組織を含む生物学的サンプルにおいて乳癌に特異的な配列を検出する
ために用いられ得る。
離を記載する。
て、cDNA合成およびプラスミドクローニングキット(BRL Life T echnologies,Gaithersburg,MD 20897)のた
めのスーパースクリプトプラスミドシステムを用いて、3人の患者由来の乳房腫
瘍ポリA+RNAのプールから構築した。詳細には、乳房腫瘍組織を、ポリトロ ン(polytron)(Kinematica,Switzerland)で
ホモジナイズし、そして全RNAを、製造業者により指示されるようにTriz
ol試薬(BRL Life Technologies)を用いて抽出した。
次いで、ポリA+RNAを、製造業者のプロトコルに従って、Qiagen ol
igotexスピンカラムmRNA精製キット(Qiagen,Santa C
larita,CA 91355)を用いて精製した。第1のcDNA鎖を、N
otI/Oligo−dT18プライマーを用いて合成した。二本鎖cDNAを
合成し、EcoRI/BstX Iアダプター(Invitrogen,Car lsbad,CA)を用いてライゲーションし、そしてNotIで切断した。C
hroma Spin−1000カラム(Clontech,Palo Alt o,CA 94303)でのサイズ分画後、このcDNAを、pCDNA3.1
(Invitrogen,Carlsbad,CA)に連結し、そしてエレクト
ロポレーションによりElectroMax E.coli DH10B細胞(
BRL Life Technologies)に形質転換した。
房組織試料のプールから調製した。このcDNAライブラリーは、独立したコロ
ニー数、インサートを保有するクローンの百分率(パーセンテージ)、平均イン
サートサイズを決定すること、および配列分析により特徴付けられる。乳房腫瘍
ライブラリーは、1.14×107の独立したコロニーを含み、コロニーの90 %より多くが明白なインサートを有しており、そして平均インサートサイズは、
936塩基対であった。正常な乳房cDNAライブラリーは、6×106の独立 したコロニーを含み、コロニーの83%がインサートを有しており、そして平均
インサートサイズは、1015塩基対であった。配列決定分析は、両方のライブ
ラリーが、rRNAおよびミトコンドリアDNAの混入配列が最小限である、m
RNAから合成された良好な複合cDNAクローンを含むことを示した。
〜199、1994)によって記載されたように(いくつかの改変を伴い)、上
記の乳房腫瘍cDNAライブラリーおよび正常乳房cDNAライブラリーを用い
て実行した。詳細には、乳房腫瘍特異的に差し引きされた(subtracte
d)cDNAライブラリーを以下の様に作製した。正常乳房cDNAライブラリ
ー(70μg)をEcoRI、NotIおよびSfuIで消化し、次に、DNA
ポリメラーゼクレノウフラグメントで充填反応を行った。フェノール−クロロホ
ルム抽出およびエタノール沈殿の後、そのDNAを100μlのH2Oに溶解し 、熱変性し、そして100μl(100μg)の光プローブビオチン(Phot
oprobe biotin)(Vector Laboratories,B urlingame,CA),と混合し、得られた混合物に20分間、氷上で2
70Wの太陽灯を照射した。さらなる光プローブビオチン(50μl)を添加し
、そしてビオチン化反応を繰り返した。ブタノールでの5回の抽出後、DNAを
エタノール沈殿し、そして23μlのH2Oに溶解し、ドライバー(drive r)DNAを形成した。
をBamHIおよびXhoIで切断し、フェノールクロロホルム抽出し、そして
Chroma spin−400カラム(Clontech)を通過させた。エ タノール沈殿後、このトレーサーDNAを5μlのH2Oに溶解した。トレーサ ーDNAを15μlのドライバーDNAおよび20μlの2×ハイブリダイゼー
ション緩衝液(1.5M NaCl/10mM EDTA/50 mM HEP
ES pH7.5/0.2%ドデシル硫酸ナトリウム)と混合し、鉱油でオーバ
ーレイし、そして完全に熱変性した。このサンプルを直ちに68℃の水槽に移し
、そして20時間インキュベートした(長期ハイブリダイゼーション[LH])
。次いで、反応混合物をストレプトアビジン処理にかけ、次いでフェノール/ク
ロロホルム抽出を行った。このプロセスをさらに3回、繰り返した。差し引きし
たDNAを沈殿し、12μlのH2Oに溶解し、8μlのドライバーDNAおよ び20μlの2×ハイブリダイゼーション緩衝液と混合し、そして68℃で2時
間のハイブリダイゼーションに供した(短期ハイブリダイゼーション[SH])
。ビオチニル化二本鎖DNAの除去後、差し引きされたcDNAをクロラムフェ
ニコール耐性pBCSK+(Strategene,La Jolla,CA 92037)のBamHI/XhoI部位にライゲーションし、そしてエレクト
ロポレーションによってElectroMax E.coli DH10B細胞 に形質転換し、乳房腫瘍特異的な差し引きcDNAライブラリーを作製した。
ブラリーから無作為に選択された100の独立クローンからプラスミドDNAを
調製し、そしてPerkin Elmer/Applied Biosystem
s DivisionのAutomated Sequencer 373Aモ
デル(Foster City,CA)を用いたDNA配列決定により特徴付け た。38個の異なるcDNAクローンを差し引き乳房腫瘍特異的cDNAライブ
ラリーにおいて見出した。これらのクローンの14について決定された3’cD
NA配列を配列番号1〜14に提供する。これは配列番号15〜28にそれぞれ
に提供される5’cDNA配列と対応する。残りのクローンについて決定された
一本鎖(5’または3’)cDNA配列は、配列番号29〜52に提供する。E
MBLおよびGenBankデータベース(Release97)を用いた遺伝
子バンク(ジーンバンク)での公知の配列とのこれらのcDNA配列の比較は、
配列番号3、10、17、24、および45〜52に提供された配列に対して有
意な相同性がないことを明らかにした。配列番号1、2、4〜9、11〜16、
18〜23、25〜41、43および44に提供される配列は、公知のヒト遺伝
子に対する相同性を少なくともある程度を示すことを見出した。配列番号42の
配列は、公知の酵母遺伝子に対するいくらかの相同性を示すことが見出された。
21の異なるcDNAクローンが乳房腫瘍では過剰発現し、試験されたすべての
正常な組織では低レベルで発現することを見出した。これらのクローンについて
決定された部分的なcDNA配列を、配列番号53〜73に提供する。上記のよ
うな遺伝子バンクの配列と配列番号53、54および68〜71の配列の比較は
、以前に同定されたヒト遺伝子に対するいくらかの相同性を表した。配列番号5
5〜67、72(JJ 9434,7117と呼ばれる)、および73(B53
5Sと呼ばれる)の配列に有意な相同性は見出されなかった。
ay)により分析されたcDNAフラグメントは、上記のように、従来のサブト
ラクションによって得られた2つのサブトラクションライブラリーから得られた
。1つの例では、テスターは、原発性乳房腫瘍に由来した。第2の例では、転移
性の乳房腫瘍を、テスターとして用いた。ドライバーは、正常な乳房からなる。
レイ分析のためのテンプレートとして提示した。DNAチップを、腫瘍組織およ
び正常組織の両方に由来するmRNA由来の蛍光プローブを用いてハイブリダイ
ズすることにより分析した。このデータの分析を、プローブのセットから3つの
群を作製することにより達成した。これらのプローブ群の組成物を、乳房腫瘍/
mets、正常非乳房組織、および転移性乳房腫瘍とよぶ。改変Gemtool
s分析を用いて2つの比較を実施した。第1の比較は、乳房腫瘍における発現増
加を有するテンプレートを同定することであった。第2は、転移性乳房腫瘍にお
いて発現増加を生じる第1の比較において回収されないテンプレートを同定する
ことであった。発現上昇の任意のレベル(正常組織発現の平均に対する腫瘍発現
の平均)を約2.2で設定した。
規な遺伝子配列(本明細書において以降、B534SおよびB538S(配列番
号89,90)という)ならびに、以前に同定された遺伝子とある程度の相同性
を示す6つの配列(配列番号74〜79)を同定した。さらに、転移性乳房腫瘍
における発現上昇を同定するための第2の比較において、5つの新規な配列を同
定し、本明細書において以降B535S(この分析および上記の分析において過
剰発現した)、これをB542S、B543S、P501SおよびB541S(
配列番号73、および91〜94)という。また公知の遺伝子とある程度の相同
性を示す9つの遺伝子(配列番号80〜88)を同定した。クローンB534S
およびB538S(配列番号89,および90)が乳房腫瘍および転移性乳房腫
瘍の両方において過剰発現されることを見出した。
細胞の産生) 本実施例は、1016−F8(配列番号56)としても公知のB511S抗原
を発現する標的細胞を認識するT細胞の産生を例証する。ヒトCD8+T細胞を
以下の様に、B511Sを発現するように操作された組換えワクシニアウイルス
で感染した樹状細胞を用いてインビトロでB511S遺伝子産物へ刺激(pri
me)した(Yeeら、Journal of Immunology(199
6)157(9):4079〜4086も参照のこと)。樹状細胞(DC)を、
50μg/mlのGMCSFおよび30μg/mlのIL−4の存在下で5日間
の分化により末梢血由来単球から産生した。DCを収集し、2×105細胞/ウ ェルの密度で24ウェルプレートのウェルにプレートし、そして5の感染多重度
でワクシニアを発現するB511Sで12時間、感染した。次いで、DCを3μ
g/mlのCD40−リガンドの添加により一晩成熟し、そして10分間100
μWでUV照射した。CD8+T細胞を磁気ビーズを用いて単離し、そしてプラ
イミング培養を、7×105個のCD8+T細胞および1×106個の照射CD8
枯渇化PBMCを用いて個々のウェル(代表的には、24ウェルプレートの24
ウェルプレート中)で開始した;1日目に10ng/mlのIL−7を培養物に
添加した。B511Sおよび同時刺激分子B7.1を用いてレトロウイルスによ
り形質導入された自己の初代線維芽細胞を用いて7〜10日ごとに培養を再刺激
した。培養物に15 I.U.のIL−2を1日目に追加した。このような4回
の刺激サイクルの後、インターフェロンγElispotアッセイ(Lalva
niら J.Experimental Medicine(1997)186
:859〜965参照のこと)を用いて、B511Sで形質導入された自己の線
維芽細胞を特異的に認識するCD8+の能力について、CD8+培養を試験した
。簡略にいえば、個々の微小培養由来のT細胞を、B511Sまたは陰性コント
ロール抗原のEGFPのいずれかを発現するように形質導入した自己線維芽細胞
を含む96ウェルのElispotプレートに添加し、そして37℃で一晩イン
キュベートした;ウェルはまた、10ng/mlのIL−12も含んだ。培養物
が、B511Sで形質導入された線維芽細胞への応答でのみインターフェロンγ
を特異的に産生したことを確認した;このような株をさらに増殖し、そしてまた
B511Sでレトロウイルスにより形質導入された自己B−LCLでの限界希釈
によりクローニングした。細胞株およびクローンがB511で形質導入された自
己B−LCLを特異的に認識し得るが、コントロール抗原EGFPまたはHLA
−A3で形質導入された自己B−LCLは認識しないことを確認した。標的を発
現するB5115を特異的に認識し、そして溶解するこのような実験に由来する
ヒトCTL細胞株の能力を実証する例を図1に示す。
テトラメチルウロニウム ヘキサフルオロホスフェート)活性化を用いるFMO
C化学を使用しPerkin Elmer/Applied Biosyste
ms Divisionのペプチド合成装置430Aで合成し得る。Gly−C
ys−Gly配列は、ペプチドのアミノ末端に付着し、固定化表面またはペプチ
ドの標識に結合する結合体化の方法を提供し得る。固体支持体からのペプチドの
切断は、以下の切断混合物を用いて実行され得る:トリフルオロ酢酸:エタンジ
チオール:チオアニソール:水:フェノール(40:1:2:2:3)。2時間
の切断の後、このペプチドを、冷却したメチル−t−ブチル−エタノール中に沈
殿し得た。次いで、このペプチドペレットを0.1%のトリフルオロ酢酸(TF
A)を含有する水に溶解し、C18逆相HPLCによる精製の前に凍結乾燥し得
た。水(TFA0.1%含有)中での0%〜60%のアセトニトリル(TFA0
.1%含有)の勾配をペプチド溶出のために使用し得た。純粋な画分の凍結乾燥
後に、エレクトロスプレーまたは他のタイプの質量分析法を用い、そしてアミノ
酸分析によりペプチドを特徴付け得た。
載されているが、種々の改変が本発明の精神および範囲から逸脱することなくな
され得ることが理解される。
ローンの溶解比活性を示し、それらは、B511(黒四角)またはHLA−A3
(白四角)を形質導入した自己のLCLについて測定された。
Claims (52)
- 【請求項1】 単離されたポリペプチドであって、該ポリペプチドは、乳房
タンパク質、または保存的置換および/もしくは修飾においてのみ異なる該タン
パク質の改変体の免疫原性部分を含み、ここで該タンパク質は、ポリヌクレオチ
ド分子によってコードされるアミノ酸配列を含み、該ポリヌクレオチド分子は、
以下:(a)配列番号3、10、17、24、45〜52、55〜67、72、
73、および89〜94に列挙されるヌクレオチド配列;(b)該ヌクレオチド
配列の相補体;ならびに(c)中程度のストリンジェントな条件下で(a)また
は(b)の配列にハイブリダイズする配列、からなる群より選択される配列を含
む、単離されたポリペプチド。 - 【請求項2】 請求項1に記載のポリペプチドをコードするヌクレオチド配
列を含む、単離されたポリヌクレオチド分子。 - 【請求項3】 配列番号3、10、17、24、45〜52、55〜67、
72、73、および89〜94に提供される配列を含む、単離されたポリヌクレ
オチド分子。 - 【請求項4】 請求項2および3のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド
分子を含む、発現ベクター。 - 【請求項5】 請求項4に記載の発現ベクターを用いて形質転換した、宿主
細胞。 - 【請求項6】 前記宿主細胞が、E.coli、酵母および哺乳動物細胞株
からなる群より選択される、請求項5に記載の宿主細胞。 - 【請求項7】 請求項1に記載のポリペプチドおよび生理的に受容可能なキ
ャリアを含む、薬学的組成物。 - 【請求項8】 請求項1に記載のポリペプチドおよび非特異的免疫応答エン
ハンサーを含む、ワクチン。 - 【請求項9】 前記非特異的免疫応答エンハンサーがアジュバントである、
請求項8に記載のワクチン。 - 【請求項10】 請求項2および3のいずれか1項に記載のポリヌクレオチ
ド分子ならびに非特異的免疫応答エンハンサーを含む、ワクチン。 - 【請求項11】 前記非特異的免疫応答エンハンサーがアジュバントである
、請求項10に記載のワクチン。 - 【請求項12】 乳癌の処置のための薬学的組成物であって、該組成物は、
ポリペプチドおよび生理的に受容可能なキャリアを含み、該ポリペプチドは、乳
房タンパク質の免疫原性部分を含み、ここで該タンパク質は、ポリヌクレオチド
分子によってコードされるアミノ酸配列を含み、該ポリヌクレオチド分子は、以
下:(a)配列番号1、2、4〜9、11〜16、18〜23、25〜44、5
3、54、68〜71、および74〜88に列挙されるヌクレオチド配列;(b
)該ヌクレオチド配列の相補体;ならびに(c)中程度のストリンジェントな条
件下で(a)または(b)の配列にハイブリダイズする配列、からなる群より選
択される配列を含む、薬学的組成物。 - 【請求項13】 乳癌の処置のためのワクチンであって、該ワクチンは、ポ
リペプチドおよび非特異的免疫応答エンハンサーを含み、該ポリペプチドは、乳
房タンパク質の免疫原性部分を含み、ここで該タンパク質は、ポリヌクレオチド
分子によってコードされるアミノ酸配列を含み、該ポリヌクレオチド分子は、以
下:(a)配列番号1、2、4〜9、11〜16、18〜23、25〜44、5
3、54、68〜71、および74〜88に列挙されるヌクレオチド配列;(b
)該ヌクレオチド配列の相補体;ならびに(c)中程度のストリンジェントな条
件下で(a)または(b)の配列にハイブリダイズする配列、からなる群より選
択される配列を含む、ワクチン。 - 【請求項14】 前記非特異的免疫応答エンハンサーがアジュバントである
、請求項13に記載のワクチン。 - 【請求項15】 乳癌の処置のためのワクチンであって、該ワクチンは、ポ
リヌクレオチド分子および非特異的免疫応答エンハンサーを含み、該ポリヌクレ
オチド分子は、以下:(a)配列番号1、2、4〜9、11〜16、18〜23
、25〜44、53、54、68〜71、および74〜88に列挙されるヌクレ
オチド配列;(b)該ヌクレオチド配列の相補体;ならびに(c)中程度のスト
リンジェントな条件下で(a)または(b)の配列にハイブリダイズする配列、
からなる群より選択される配列を含む、ワクチン。 - 【請求項16】 前記非特異的免疫応答エンハンサーがアジュバントである
、請求項15に記載のワクチン。 - 【請求項17】 患者における乳癌の発達を阻害するための医薬の製造に使
用するための、請求項7または12に記載の薬学的組成物。 - 【請求項18】 患者における乳癌の発達を阻害するための医薬の製造に使
用するための、請求項8、10、13、または15のいずれか1項に記載のワク
チン。 - 【請求項19】 請求項1に記載のポリペプチドを少なくとも1つ含む、融
合タンパク質。 - 【請求項20】 請求項19に記載の融合タンパク質および生理的に受容可
能なキャリアを含む、薬学的組成物。 - 【請求項21】 請求項19に記載の融合タンパク質および非特異的免疫応
答エンハンサーを含む、ワクチン。 - 【請求項22】 前記非特異的免疫応答エンハンサーがアジュバントである
、請求項21に記載のワクチン。 - 【請求項23】 患者における乳癌の発達を阻害するための医薬の製造に使
用するための、請求項20に記載の薬学的組成物。 - 【請求項24】 患者における乳癌の発達を阻害するための医薬の製造に使
用するための、請求項21に記載のワクチン。 - 【請求項25】 患者における乳癌を検出するための方法であって、該方法
は以下の工程: (a)患者からの生物学的サンプルを、ポリペプチドに結合し得る結合剤と接
触させる工程であって、該ポリペプチドは、乳房タンパク質の免疫原性部分を含
み、ここで該タンパク質は、ポリヌクレオチド分子によってコードされるアミノ
酸配列を含み、該ポリヌクレオチド分子は、配列番号1〜94に列挙されるヌク
レオチド配列、該ヌクレオチド配列の相補体、および中程度のストリンジェント
な条件下で配列番号1〜94で提供される配列にハイブリダイズする配列からな
る群より選択される配列を含む、工程;ならびに (b)サンプル中の、該結合剤に結合するタンパク質またはポリペプチドを検
出し、それによって該患者における乳癌を検出する工程、 を包含する、方法。 - 【請求項26】 前記結合剤がモノクローナル抗体である、請求項25に記
載の方法。 - 【請求項27】 前記結合剤がポリクローナル抗体である、請求項26に記
載の方法。 - 【請求項28】 患者における乳癌の進行をモニタリングするための方法で
あって、該方法は以下の工程: (a)患者からの生物学的サンプルを、ポリペプチドに結合し得る結合剤と接
触させる工程であって、該ポリペプチドは、乳房タンパク質の免疫原性部分を含
み、ここで該タンパク質は、ポリヌクレオチド分子によってコードされるアミノ
酸配列を含み、該ポリヌクレオチド分子は、配列番号1〜94に列挙されるヌク
レオチド配列、該ヌクレオチド配列の相補体、および中程度のストリンジェント
な条件下で配列番号1〜94で提供される配列にハイブリダイズする配列からな
る群より選択される配列を含む、工程; (b)該サンプル中の、該結合剤に結合するタンパク質またはポリペプチドの
量を決定する工程; (c)工程(a)および(b)を反復する工程;ならびに (d)工程(b)および(c)において検出されたポリペプチドの量を比較し
て、該患者における乳癌の進行をモニタリングする工程、 を包含する、方法。 - 【請求項29】 ポリペプチドに結合するモノクローナル抗体であって、該
ポリペプチドは、乳房タンパク質、または保存的置換および/もしくは修飾にお
いてのみ異なる該タンパク質の改変体の免疫原性部分を含み、ここで該タンパク
質は、ポリヌクレオチド分子によってコードされるアミノ酸配列を含み、該ポリ
ヌクレオチド分子は、以下:(a)配列番号3、10、17、24、45〜52
、55〜67、72、73、および89〜94に列挙されるヌクレオチド配列;
(b)該ヌクレオチド配列の相補体;ならびに(c)中程度のストリンジェント
な条件下で(a)または(b)の配列にハイブリダイズする配列、からなる群よ
り選択される配列を含む、モノクローナル抗体。 - 【請求項30】 患者における乳癌の発達を阻害するための医薬の製造にお
ける使用のための、請求項29に記載のモノクローナル抗体。 - 【請求項31】 前記モノクローナル抗体が治療用薬剤と結合体化される、
請求項30に記載のモノクローナル抗体。 - 【請求項32】 患者における乳癌を検出するための方法であって、該方法
は以下の工程: (a)患者からの生物学的サンプルを、ポリメラーゼ連鎖反応における少なく
とも2つのオリゴヌクレオチドプライマーと接触させる工程であって、該オリゴ
ヌクレオチドの少なくとも1つは、乳房タンパク質の免疫原性部分を含むポリペ
プチドをコードするポリヌクレオチド分子に特異的であり、ここで該タンパク質
は、ポリヌクレオチド分子によってコードされるアミノ酸配列を含み、該ポリヌ
クレオチド分子は、配列番号1〜94に列挙されるヌクレオチド配列、該ヌクレ
オチド配列の相補体、および中程度のストリンジェントな条件下で配列番号1〜
94の配列にハイブリダイズする配列からなる群より選択される配列を含む、工
程;ならびに (b)サンプル中の、該オリゴヌクレオチドプライマーの存在下で増幅するポ
リヌクレオチド配列を検出し、それにより乳癌を検出する工程、 を包含する、方法。 - 【請求項33】 前記オリゴヌクレオチドプライマーの少なくとも1つが、
配列番号1〜94から選択される配列を含むポリヌクレオチド分子の少なくとも
約10の連続するヌクレオチドを含む、請求項32に記載の方法。 - 【請求項34】 診断用キットであって、以下: (a)請求項29に記載の1つ以上のモノクローナル抗体;および (b)検出試薬、 を含む、キット。
- 【請求項35】 診断用キットであって、以下: (a)ポリヌクレオチド分子によってコードされるポリペプチドに結合する1
つ以上のモノクローナル抗体であって、該ポリヌクレオチド分子は、配列番号1
、2、4〜9、11〜16、18〜23、25〜44、53、54、68〜71
、および74〜88からなる群より選択されるヌクレオチド配列、該配列の相補
体、ならびに中程度のストリンジェントな条件下で配列番号1、2、4〜9、1
1〜16、18〜23、25〜44、53、54、68〜71または74〜88
の配列にハイブリダイズする配列からなる群より選択される配列を含む、モノク
ローナル抗体;ならびに (b)検出試薬、 を含む、キット。 - 【請求項36】 前記モノクローナル抗体が固体支持体に固定されている、
請求項34または35に記載のキット。 - 【請求項37】 前記固体支持体が、ニトロセルロース、ラテックス、また
はプラスチック材料を含む、請求項36に記載のキット。 - 【請求項38】 前記検出試薬が、結合剤に結合体化されたレポーター基を
含む、請求項34または35に記載のキット。 - 【請求項39】 前記結合剤が、抗イムノグロブリン、プロテインG,プロ
テインA、およびレクチンからなる群より選択される、請求項38に記載のキッ
ト。 - 【請求項40】 前記レポーター基が、放射性同位体、蛍光基、発光基、酵
素、ビオチン、および色素粒子からなる群より選択される、請求項38に記載の
キット。 - 【請求項41】 少なくとも2つのオリゴヌクレオチドプライマーを含む診
断用キットであって、該オリゴヌクレオチドプライマーの少なくとも1つは、乳
房タンパク質の免疫原性部分を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチド
分子に特異的であり、該タンパク質はポリヌクレオチド分子によってコードされ
るアミノ酸配列を含み、該ポリヌクレオチド分子は、配列番号1〜94に列挙さ
れるヌクレオチド配列、該ヌクレオチド配列の相補体、および中程度のストリン
ジェントな条件下で配列番号1〜94の配列にハイブリダイズする配列からなる
群より選択される配列を含む、診断用キット。 - 【請求項42】 前記オリゴヌクレオチドプライマーの少なくとも1つが、
配列番号1〜94から選択される配列を含むポリヌクレオチド分子の少なくとも
約10の連続するヌクレオチドを含む、請求項41に記載の診断用キット。 - 【請求項43】 患者における乳癌を検出するための方法であって、該方法
は以下の工程: (a)該患者から生物学的サンプルを得る工程; (b)該生物学的サンプルを、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド分
子に特異的なオリゴヌクレオチドプローブと接触させる工程であって、該ポリペ
プチドは、乳房タンパク質の免疫原性部分を含み、該タンパク質は、ポリヌクレ
オチド分子によってコードされるアミノ酸配列を含み、該ポリヌクレオチド分子
は、配列番号1〜94に列挙されるヌクレオチド配列、該ヌクレオチド配列の相
補体、および中程度のストリンジェントな条件下で配列番号1〜94の配列にハ
イブリダイズする配列からなる群より選択される配列を含む、工程;ならびに (c)該サンプル中の、該オリゴヌクレオチドプローブにハイブリダイズする
ポリヌクレオチド配列を検出し、それにより該患者における乳癌を検出する工程
、 を包含する、方法。 - 【請求項44】 前記オリゴヌクレオチドプローブが、配列番号1〜94か
らなる群より選択される配列を含むポリヌクレオチド分子の少なくとも約15の
連続するヌクレオチドを含む、請求項43に記載の方法。 - 【請求項45】 ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド分子に特異的
なオリゴヌクレオチドプローブを含む診断用キットであって、該ポリペプチドは
、乳房タンパク質の免疫原性部分を含み、該タンパク質は、ポリヌクレオチド分
子によってコードされるアミノ酸配列を含み、該ポリヌクレオチド分子は、配列
番号1〜94に列挙されるヌクレオチド配列、該ヌクレオチド配列の相補体、お
よび中程度のストリンジェントな条件下で配列番号1〜94の配列にハイブリダ
イズする配列からなる群から選択される配列を含む、診断用キット。 - 【請求項46】 前記オリゴヌクレオチドプローブが、配列番号1〜94か
らなる群より選択される配列を含むポリヌクレオチド分子の少なくとも約15の
連続するヌクレオチドを含む、請求項45に記載の診断用キット。 - 【請求項47】 T細胞が増殖するように請求項1に記載の少なくとも1つ
のポリペプチドの存在下でインキュベートした、患者における乳癌を処置するた
めの医薬の製造における使用のための、患者からの末梢血細胞。 - 【請求項48】 前記T細胞が1回以上反復される、請求項47に記載の末
梢血細胞。 - 【請求項49】 患者における乳癌の処置のための組成物であって、請求項
1に記載のポリペプチドの存在下で増殖したT細胞を、薬学的に受容可能なキャ
リアと組み合わせて含む、組成物。 - 【請求項50】 請求項1に記載の少なくとも1つのポリペプチドの存在下
でインキュベートした、患者における乳癌を処置するための医薬の製造における
使用のための、抗原提示細胞。 - 【請求項51】 前記抗原提示細胞が、樹状細胞およびマクロファージ細胞
からなる群より選択される、請求項50に記載の細胞。 - 【請求項52】 患者における乳癌の処置のための組成物であって、請求項
1に記載のポリペプチドの存在下でインキュベートした抗原提示細胞を、薬学的
に受容可能なキャリアと組み合わせて含む、組成物。
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