JP2010239970A - 乳癌の処置および診断のための組成物ならびにそれらの使用方法 - Google Patents

乳癌の処置および診断のための組成物ならびにそれらの使用方法 Download PDF

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Abstract

【課題】乳癌のような癌の治療および診断のための化合物および方法を提供すること。
【解決手段】本願化合物は、１つ以上の乳房腫瘍タンパク質、その免疫原性部分またはこのような部分をコードするポリヌクレオチドを含み得る。あるいは、治療組成物は、乳房腫瘍タンパク質を発現する抗原提示細胞、またはこのようなタンパク質を発現する細胞に特異的なＴ細胞を含み得る。このような組成物は、例えば、乳癌のような疾患の予防および処置にために使用され得る。乳房腫瘍タンパク質、またはこのようなタンパク質をコードするｍＲＮＡを検出する工程に基づく診断方法もまた、提供される。
【選択図】なし

Description

（技術分野）
本発明は、一般に、乳癌の処置のための組成物および方法に関する。本発明は、より詳細には、乳房腫瘍組織で優先的に発現されるタンパク質の少なくとも一部含むポリペプチド、およびそのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド分子に関する。そのようなポリペプチドは、乳癌の処置のためのワクチンおよび薬学的組成物において使用され得る。さらに、そのようなポリペプチドおよびポリヌクレオチドは、乳癌の処置のためのワクチンおよび薬学的組成物において使用され得る。
（発明の背景）
乳癌は、米国および世界中で、女性についての重大な健康問題である。その疾患の検出および処置において、進歩が成されてきたが、乳癌は、女性の癌関係の第二番目の死因のままであり、毎年、米国で１８０，０００人を超える女性が罹患している。北米の女性に関して、生存中の乳癌に罹る可能性は、現在８人に１人である。
現在のところ利用可能である、乳癌の予防または処置のためのワクチンまたは他の一般に優れた方法は存在しない。その疾患の対応は、現在のところ、早期の診断（慣用的な乳房のスクリーニング手順を通じて）および積極的な処置の組み合わせに依存し、その処置は、手術、放射線治療、化学療法、およびホルモン療法のような、１以上の種々の処置を含み得る。特定の乳癌の処置の過程は、しばしば、特異的な腫瘍マーカーの分析を含む、種々の予後のパラメーターに基づいて選択される。例えば、Ｐｏｒｔｅｒ−ＪｏｒｄａｎおよびＬｉｐｐｍａｎ、Ｂｒｅａｓｔ Ｃａｎｃｅｒ ８：７３−１００（１９９４）を参照のこと。しかし、確立されたマーカーの使用は、しばしば、解釈が難しい結果を導き、そして乳癌患者において観察される高い死亡率は、その疾患の処置、診断、および予防において、改善が必要とされることを示している。
Ｐｏｒｔｅｒ−ＪｏｒｄａｎおよびＬｉｐｐｍａｎ、Ｂｒｅａｓｔ Ｃａｎｃｅｒ ８：７３−１００（１９９４）
従って、当該分野において、乳癌の治療および診断の改善された方法の必要性が存在する。本発明は、これらの必要性を満たし、さらに他の関係する利点を提供する。
（発明の要旨）
本発明は、例えば乳癌のような癌の処置および診断のための化合物および方法を提供する。１つの局面において、単離されたポリペプチドを提供し、それは、乳房腫瘍タンパク質またはその改変体の少なくとも一部を含む。特定の部分および他の改変体は免疫原性であり、その結果その改変体がタンパク質特異的抗血清と反応する能力は実質的には減少しない。特定の実施形態について、このポリペプチドは、以下：（ａ）配列番号１〜６１、６３〜１７５、１７８、１８０、１８２〜３１３、３２０〜３２４、３４２、３５３、３６６〜３６８、３７７、３８２、３８５、３８９、３９５、３９７、４００、４０８、４１１、４１３、４１４、４１６、４１７、４１９〜４２３、４２６、４２７、４２９、４３１、４３５〜４３８、４４１、４４３〜４４６、４５０、４５３、４５４および４６３〜４６８に列挙されるヌクレオチド配列；（ｂ）そのヌクレオチド配列の相補体；および（ｃ）（ａ）または（ｂ）の配列の改変体、からなる群から選択されるポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号６２、１７６、１７９、１８１および４６９〜４７３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む腫瘍抗原の少なくとも一部を含む。
関連する局面において、上記のポリペプチドまたはその一部（例えば、乳房腫瘍タンパク質の少なくとも１５個の連続するアミノ酸残基をコードする一部）をコードする、単離されたポリヌクレオチドを提供する。特定の実施形態において、そのようなポリヌクレオチドは、配列番号１〜６１、６３〜１７５、１７８、１８０、１８２〜３１３、３２０〜３２４、３４２、３５３、３６６〜３６８、３７７、３８２、３８５、３８９、３９５、３９７、４００、４０８、４１１、４１３、４１４、４１６、４１７、４１９〜４２３、４２６、４２７、４２９、４３１、４３５〜４３８、４４１、４４３〜４４６、４５０、４５３、４５４および４６３〜４６８ならびにその改変体に提供される配列からなる群から選択される配列を含む。本発明はさらに、上記のポリヌクレオチド分子を含む発現ベクターを、そのような発現ベクターで形質転換した、またはトランスフェクトした宿主細胞と共に提供する。好ましい実施形態において、その宿主細胞は、Ｅ．ｃｏｌｉ、酵母、および哺乳動物細胞からなる群より選択される。
別の局面において、本発明は、第一および第二の本発明のポリペプチドを含む融合タンパク質、あるいは、本発明のポリペプチドおよび公知の乳房腫瘍抗原を含む融合タンパク質を提供する。
本発明はまた、少なくとも１つの上記のポリペプチド、またはそのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、および生理学的に受容可能なキャリアを含む薬学的組成物を、ワクチンと共に提供する。予防的使用または治療的使用のために、免疫賦活薬と組み合わせた、少なくとも１つのそのようなポリペプチドまたはポリヌクレオチドを含む。１以上の上記の融合タンパク質を含む、薬学的組成物およびワクチンもまた提供される。
本発明はさらに、（ａ）乳房腫瘍タンパク質と特異的に結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメント；および（ｂ）生理学的に受容可能なキャリアを含む薬学的組成物を提供する。
さらなる局面において、本発明は、（ａ）上記のポリペプチドを発現する抗原提示細胞および（ｂ）薬学的に受容可能なキャリアもしくは賦形剤を含む薬学的組成物を提供する。抗原提示細胞としては、樹状細胞、マクロファージ、単球、線維芽細胞およびＢ細胞が挙げられる。
関連する局面において、（ａ）上記のポリペプチドを発現する抗原提示細胞および（ｂ）免疫賦活薬を含むワクチンが提供される。
また別の局面において、患者の乳癌の発達を阻害するための方法が提供され、その方法は、少なくとも１つの上記薬学的組成物および／またはワクチンの有効量を投与する工程を包含する。
本発明は、別の局面において、生物学的サンプルから腫瘍細胞を除去するための方法をさらに提供し、その方法は、生物学サンプルを、乳房腫瘍タンパク質と特異的に反応するＴ細胞と接触させる工程を包含し、ここでその接触させる工程は、そのタンパク質を発現する細胞をサンプルから除去することを可能にするための条件下およびそのための充分な時間で実施される。
関連する局面において、患者の癌の発達を阻害するための方法が提供され、その方法は、上記のように処置された生物学的サンプルを患者に投与する工程を包含する。
他の局面において、乳房腫瘍タンパク質に対して特異的なＴ細胞を刺激および／または増殖させるための方法がさらに提供され、その方法は、Ｔ細胞を１つ以上の（ｉ）上記のポリペプチド；（ｉｉ）そのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；および／または（ｉｉｉ）そのようなポリペプチドを発現する抗原提示細胞と、Ｔ細胞の刺激および／または増殖を可能にするための条件下およびそのための充分な時間で、接触させる工程を包含する。上記のように調製されたＴ細胞を含む、単離されたＴ細胞集団もまた、提供される。
さらなる局面において、本発明は、患者の癌の発達を阻害するための方法を提供し、その方法は上記のＴ細胞集団の有効量を患者に投与する工程を包含する。
本発明は、患者の癌の発達を阻害するための方法をさらに提供し、その方法は、以下の工程：（ａ）患者から単離されたＣＤ４+および／またはＣＤ８+Ｔ細胞を１つ以上の（ｉ）乳房腫瘍タンパク質の少なくとも免疫原性部分を含むポリペプチド；（ｉｉ）そのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；および（ｉｉｉ）そのようなポリペプチドを発現する抗原提示細胞と共にインキュベートする工程、ならびに（ｂ）その増殖したＴ細胞の有効量を患者に投与し、それにより患者の癌の発達を阻害する工程、を包含する。増殖した細胞は、患者に投与される前にクローン化されてもいいし、されなくとも良い。
本明細書中に開示されるポリペプチドは、通常、乳癌の診断およびモニタリングにおいて使用され得る。本発明の１つの局面において、患者の癌を検出するっための方法が提供され、その方法は、（ａ）上記ポリペプチドの１つに結合し得る結合剤と、患者から得られた生物学的サンプルを接触させる工程；および（ｂ）その結合剤と結合する一定量のポリペプチドをサンプルにおいて検出する工程；ならびに（ｃ）予め決定されたカットオフ値とポリペプチドの量を比較し、それにより患者における癌の存在または非存在を決定する工程を包含する。好ましい実施形態において、その結合剤は抗体であり、最も好ましくはモノクローナル抗体である。その癌は、乳癌であり得る。
関連する局面において、患者の癌の進行をモニタリングするための方法が提供され、その方法は、（ａ）患者から得られた生物学的サンプルを、上記ポリペプチドの１つと結合し得る結合剤と接触させる工程；（ｂ）サンプルにおいて、その結合剤と結合するポリペプチドの量を検出する工程；（ｃ）後の時点で患者から得られた生物学的サンプルを使用して工程（ａ）および（ｂ）を繰り返す工程；ならびに（ｄ）工程（ｂ）および（ｃ）において検出されたポリペプチドの量を比較する工程を包含する。
関連する局面において、本発明は、本発明のポリペプチドと結合する抗体、好ましくはモノクローナル抗体ならびにそのような抗体を含む診断キット、および乳癌の発達を阻害するためのそのような抗体を使用する方法を提供する。
他の局面において、本発明は、患者の癌の存在または非存在を決定するための方法をさらに提供し、その方法は以下の工程：（ａ）患者から得られた生物学的サンプルを、乳房腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドとハイブリダイズするオリゴヌクレオチドと接触させる工程；（ｂ）そのサンプルにおいて、そのオリゴヌクレオチドとハイブリダイズするポリヌクレオチド、好ましくはｍＲＮＡのレベルを検出する工程；ならびに（ｃ）そのオリゴヌクレオチドとハイブリダイズするポリヌクレオチドのレベルと予め決定されたカットオフ値とを比較して、それによって患者の癌の存在または非存在を検出する工程を包含する。特定の実施形態において、ｍＲＮＡの量は、例えば、上記に列挙されるようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチドまたはそのようなポリヌクレオチドの相補体とハイブリダイズする、少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応によって決定される。他の実施形態において、ｍＲＮＡの量は、上記に列挙されるようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチドまたはそのようなポリヌクレオチドの相補体とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブを使用する、ハイブリダイゼーション技術を使用して検出される。
関連する局面において、上記のオリゴヌクレオチドプローブまたはプライマーを備える診断キットが提供される。
本発明のこれらの局面および他の局面は、以下の詳細な説明に対する参考文献に対して明らかである。本明細書中に開示される全ての参考文献は、各々が個々に援用されたように、その全体が参考として援用される。
（図面の簡単な説明および配列同一性）
図１は、クローンＳＹＮ１８Ｃ６（配列番号４０）のノーザンブロットの結果を示す。
配列番号１は、ＪＢＴ２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２は、ＪＢＴ６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３は、ＪＢＴ７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４は、ＪＢＴ１０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号５は、ＪＢＴ１３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号６は、ＪＢＴ１４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号７は、ＪＢＴ１５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号８は、ＪＢＴ１６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号９は、ＪＢＴ１７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１０は、ＪＢＴ２２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１１は、ＪＢＴ２５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１２は、ＪＢＴ２８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１３は、ＪＢＴ３２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１４は、ＪＢＴ３３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１５は、ＪＢＴ３４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１６は、ＪＢＴ３６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１７は、ＪＢＴ３７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１８は、ＪＢＴ５１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１９は、ＪＢＴＴ１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２０は、ＪＢＴＴ７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２１は、ＪＢＴＴ１１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２２は、ＪＢＴＴ１４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２３は、ＪＢＴＴ１８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２４は、ＪＢＴＴ１９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２５は、ＪＢＴＴ２０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２６は、ＪＢＴＴ２１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２７は、ＪＢＴＴ２２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２８は、ＪＢＴＴ２８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２９は、ＪＢＴＴ２９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３０は、ＪＢＴＴ３３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３１は、ＪＢＴＴ３７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３２は、ＪＢＴＴ３８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３３は、ＪＢＴＴ４７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３４は、ＪＢＴＴ４８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３５は、ＪＢＴＴ５０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３６は、ＪＢＴＴ５１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３７は、ＪＢＴＴ５２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３８は、ＪＢＴＴ５４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３９は、ＳＹＮ１７Ｆ４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４０は、ＳＹＮ１８Ｃ６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４１は、ＳＹＮ１９Ａ２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４２は、ＳＹＮ１９Ｃ８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４３は、ＳＹＮ２０Ａ１２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４４は、ＳＹＮ２０Ｇ６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４５は、ＳＹＮ２０Ｇ６−２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４６は、ＳＹＮ２１Ｂ９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４７は、ＳＹＮ２１Ｂ９−２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４８は、ＳＹＮ２１Ｃ１０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４９は、ＳＹＮ２１Ｇ１０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号５０は、ＳＹＮ２１Ｇ１０−２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号５１は、ＳＹＮ２１Ｇ１１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号５２は、ＳＹＮ２１Ｇ１１−２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号５３は、ＳＹＮ２１Ｈ８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号５４は、ＳＹＮ２２Ａ１０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号５５は、ＳＹＮ２２Ａ１０−２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号５６は、ＳＹＮ２２Ａ１２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号５７は、ＳＹＮ２２Ａ２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号５８は、ＳＹＮ２２Ｂ４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号５９は、ＳＹＮ２２Ｃ２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号６０は、ＳＹＮ２２Ｅ１０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号６１は、ＳＹＮ２２Ｆ２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号６２は、ＳＹＮ１８Ｃ６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号６３は、Ｂ７２３Ｐの決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号６４は、Ｂ７２４Ｐの決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号６５は、Ｂ７７０Ｐの決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号６６は、Ｂ７１６Ｐの決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号６７は、Ｂ７２５Ｐの決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号６８は、Ｂ７１７Ｐの決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号６９は、Ｂ７７１Ｐの決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号７０は、Ｂ７２２Ｐの決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号７１は、Ｂ７２６Ｐの決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号７２は、Ｂ７２７Ｐの決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号７３は、Ｂ７２８Ｐの決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号７４〜８７は、公知の配列に対して相同性を示す単離されたクローンの決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号８８は、１３０５３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号８９は、１３０５７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号９０は、１３０５９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号９１は、１３０６５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号９２は、１３０６７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号９３は、１３０６８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号９４は、１３０７１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号９５は、１３０７２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号９６は、１３０７３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号９７は、１３０７５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号９８は、１３０７８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号９９は、１３０７９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１００は、１３０８１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１０１は、１３０８２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１０２は、１３０９２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１０３は、１３０９７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１０４は、１３１０１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１０５は、１３１０２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１０６は、１３１１９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１０７は、１３１３１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１０８は、１３１３３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１０９は、１３１３５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１１０は、１３１３９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１１１は、１３１４０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１１２は、１３１４６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１１３は、１３１４７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１１４は、１３１４８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１１５は、１３１４９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１１６は、１３１５１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１１７は、１３０５１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１１８は、１３０５２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１１９は、１３０５５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１２０は、１３０５８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１２１は、１３０６２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１２２は、１３０６４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１２３は、１３０８０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１２４は、１３０９３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１２５は、１３０９４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１２６は、１３０９５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１２７は、１３０９６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１２８は、１３０９９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１２９は、１３１００の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１３０は、１３１０３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１３１は、１３１０６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１３２は、１３１０７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１３３は、１３１０８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１３４は、１３１２１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１３５は、１３１２６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１３６は、１３１２９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１３７は、１３１３０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１３８は、１３１３４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１３９は、１３１４１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１４０は、１３１４２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１４１は、１４３７６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１４２は、１４３７７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１４３は、１４３８３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１４４は、１４３８４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１４５は、１４３８７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１４６は、１４３９２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１４７は、１４３９４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１４８は、１４３９８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１４９は、１４４０１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１５０は、１４４０２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１５１は、１４４０５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１５２は、１４４０９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１５３は、１４４１２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１５４は、１４４１４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１５５は、１４４１５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１５６は、１４４１６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１５７は、１４４１９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１５８は、１４４２６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１５９は、１４４２７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１６０は、１４３７５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１６１は、１４３７８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１６２は、１４３７９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１６３は、１４３８０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１６４は、１４３８１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１６５は、１４３８２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１６６は、１４３８８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１６７は、１４３９９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１６８は、１４４０６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１６９は、１４４０７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１７０は、１４４０８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１７１は、１４４１７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１７２は、１４４１８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１７３は、１４４２３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１７４は、１４４２４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１７５は、Ｂ７２６Ｐ−２０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１７６は、Ｂ７２６Ｐ−２０の予想されるアミノ酸配列である。
配列番号１７７は、ＰＣＲプライマーである。
配列番号１７８は、Ｂ７２６Ｐ−７４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１７９は、Ｂ７２６Ｐ−７４の予想されるアミノ酸配列である。
配列番号１８０は、Ｂ７２６Ｐ−７９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１８１は、Ｂ７２６Ｐ−７９の予想されるアミノ酸配列である。
配列番号１８２は、マーマグロビン（ｍａｍｍａｇｌｏｂｉｎ）遺伝子に対して相同性を示す、１９４３９．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１８３は、ヒトケラチン遺伝子に対して相同性を示す、１９４０７．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１８４は、ヒト染色体１７クローンに対して相同性を示す、１９４２８．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１８５は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、Ｂ８０８Ｐ（１９４０８）の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１８６は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、１９４６０．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１８７は、Ｉｇ κＬ鎖に対して相同性を示す、１９４１９．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１８８は、ヒトα−１コラーゲンに対して相同性を示す、１９４１１．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１８９は、ムス筋（ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ）プロテイナーゼ−３に対して相同性を示す、１９４２０．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１９０は、ヒト高運動性グループボックス（ｈｉｇｈ ｍｏｔｉｌｉｔｙ ｇｒｏｕｐ ｂｏｘ）に対して相同性を示す、１９４３２．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１９１は、ヒトプラスミノーゲン活性化剤遺伝子に対して相同性を示す、１９４１２．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１９２は、マイトジェン活性化タンパク質キナーゼに対して相同性を示す、１９４１５．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１９３は、コンドロイチンスルフェートプロテオグリカンタンパク質に対して相同性を示す、１９４０９．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１９４は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、１９４０６．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１９５は、ヒトフィブロネクチンに対して相同性を示す、１９４２１．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１９６は、レチノイン酸レセプターレスポンダー（ｒｅｓｐｏｎｄｅｒ）３に対して相同性を示す、１９４２６．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１９７は、ＭｙＤ８８ｍＲＮＡに対して相同性を示す、１９４２５．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１９８は、ペプチドトランスポーター（ＴＡＰ−１）ｍＲＮＡに対して相同性を示す、１９４２４．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１９９は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、１９４２９．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２００は、ヒト多型上皮ムチンに対して相同性を示す、１９４３５．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２０１は、ヒトＧＡＴＡ−３転写因子に対して相同性を示す、Ｂ８１３Ｐ（１９４３４．１）の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２０２は、ヒトＡＰ−２遺伝子に対して相同性を示す、１９４６１．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２０３は、ＤＮＡ結合調節因子に対して相同性を示す、１９４５０．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２０４は、Ｎａ／Ｈ交換調節補因子に対して相同性を示す、１９４５１．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２０５は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、１９４６２．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２０６は、ヒストンＨＡＳ．ＺのヒトｍＲＮＡに対して相同性を示す、１９４５５．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２０７は、ＰＡＣクローン１７９Ｎ１６に対して相同性を示す、１９４６４．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２０８は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、１９４６４．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２０９は、リポフィリチンＢに対して相同性を示す、１９４１４．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２１０は、染色体１７クローンｈＲＰＫ．２０９＿Ｊ＿２０に対して相同性を示す、１９４１３．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２１１は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、１９４６４．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２１２は、ヒトクローン２４９７６ｎＲＮＡに対して相同性を示す、１９４３７．１の決定されたｍＤＮＡ配列である。
配列番号２１３は、ＰＧ−Ｍコアタンパク質のマウスＤＮＡに対して相同性を示す、１９４４９．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２１４は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、１９４４６．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２１５は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、１９４５２．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２１６は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、１９４８３．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２１７は、ヒトリポフィチンＣに対して相同性を示す、１９５２６．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２１８は、選択されたセメントグランドタンパク質ＸＡＧ−２に対して相同性を示す、１９４８４．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２１９は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、１９４７０．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２２０は、ヒトＨＬＡ−ＤＭ遺伝子に対して相同性を示す、１９４６９．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２２１は、ヒトｐＳ２タンパク質遺伝子に対して相同性を示す、１９４８２．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２２２は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、Ｂ８０５Ｐ（１９４６８．１）の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２２３は、ヒトトロンボスボンジンｍＲＮＡに対して相同性を示す、１９４６７．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２２４は、細胞周期制御に関与するＣＤＣ２遺伝子に対して相同性を示す、１９４９８．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２２５は、ＴＲＥＢタンパク質のヒトｃＤＮＡに対して相同性を示す、１９５０６．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２２６は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、Ｂ８０６Ｐ（１９５０５．１）の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２２７は、Ｉ型上皮ケラチンに対して相同性を示す、１９４８６．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２２８は、糖タンパク質のグルコーストランスポーターに対して相同性を示す、１９５１０．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２２９は、ヒトリシルヒドロキシラーゼ遺伝子に対して相同性を示す、１９５１２．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２３０は、ヒトパルモトイル（ｐａｌｉｍｏｔｏｙｌ）タンパク質チオエステラーゼに対して相同性を示す、１９５１１．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２３１は、ヒトαエノラーゼに対して相同性を示す、１９５０８．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２３２は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、Ｂ８０７Ｐ（１９５０９．１）の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２３３は、染色体１１ｑ１３．３１のクローン１０２Ｄ２４に対して相同性を示す、Ｂ８０９Ｐ（１９５２０．１）の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２３４は、プロゾーム（ｐｒｏｓｏｍｅ）βサブユニットに対して相同性を示す、１９５０７．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２３５は、ヒトプロウロキナーゼ前駆体に対して相同性を示す、１９５２５．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２３６は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、１９５１３．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２３７は、ヒトＰＡＣ１２８Ｍ１９クローンに対して相同性を示す、１９５１７．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２３８は、Ｐ４５０−ＩＩＢに対して相同性を示す、１９５６４．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２３９は、ヒトＧＡＢＡ−Ａレセプターπ（ｐｉ）サブユニットに対して相同性を示す、１９５５３．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２４０は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、Ｂ８１１Ｐ（１９５７５．１）の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２４１は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、Ｂ８１０Ｐ（１９５６０．１）の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２４２は、大動脈カルボキシペチダーゼ様タンパク質に対して相同性を示す、１９５８８．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２４３は、ヒトＢＣＬ−１遺伝子に対して相同性を示す、１９５５１．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２４４は、ヒトプロテアゾーム（ｐｒｏｔｅａｓｏｍｅ）関連ｍＲＮＡに対して相同性を示す、１９５６７．１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２４５は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、Ｂ８０３Ｐ（１９５８３．１）の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２４６は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、Ｂ８１２Ｐ（１９５８７．１）の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２４７は、ヒト染色体１７に対して相同性を示す、Ｂ８０２Ｐ（１９３９２．２）の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２４８は、ヒトニセイン（ｎｉｃｅｉｎ）Ｂ２鎖に対して相同性を示す、１９３９３．２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２４９は、１９３９８．２（ヒトＭＨＣクラスＩＩＤＱαｍＲＮＡ）の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２５０は、ヒトＸｐ２２ＢＡＣ ＧＳＨＢ−１８４Ｐ１４に対して相同性を示す、Ｂ８０４Ｐ（１９３９９．２）の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２５１は、ヒトｉｋＢキナーゼ−ｂ遺伝子に対して相同性を示す、１９４０１．２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２５２は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、２０２６６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２５３は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、Ｂ８２６Ｐ（２０２７０）の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２５４は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、２０２７４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２５５は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、２０２７６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２５６は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、２０２７７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２５７は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、Ｂ８２３Ｐ（２０２８０）の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２５８は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、Ｂ８２１Ｐ（２０２８１）の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２５９は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、Ｂ８２４Ｐ（２０２９４）の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２６０は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、２０３０３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２６１は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、Ｂ８２０Ｐ（２０３１０）の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２６２は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、Ｂ８２５Ｐ（２０３３６）の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２６３は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、Ｂ８２７Ｐ（２０３４１）の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２６４は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、２０９４１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２６５は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、２０９５４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２６６は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、２０９６１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２６７は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、２０９６５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２６８は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、２０９７５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２６９は、ヒトｐ１２０カテニンに対して相同性を示す、２０２６１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２７０は、ヒト膜糖タンパク質４Ｆ２に対して相同性を示す、Ｂ８２２Ｐ（２０２６２）の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２７１は、ヒトＮａ，Ｋ−ＡＴＰａｓｅα１に対して相同性を示す、２０２６５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２７２は、ヒト熱ＨＳ９０，部分的ｃｄｓに対して相同性を示す、２０２６７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２７３は、ヒトｍＲＮＡ ＧＰＩ−アンカータンパク質ｐ１３７に対して相同性を示す、２０２６８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２７４は、ヒト切断刺激因子７７ｋＤａサブユニットに対して相同性を示す、２０２７１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２７５は、ヒトｐ１９０−Ｂに対して相同性を示す、２０２７２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２７６は、ヒトリボホリンに対して相同性を示す、２０２７３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２７７は、ヒトオルニチンアミノトランスフェラーゼに対して相同性を示す、２０２７８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２７８は、ヒトＳ−アデノシルメチオニンシンターゼに対して相同性を示す、２０２７９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２７９は、ヒトｘ不活性化転写に対して相同性を示す、２０２９３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２８０は、ヒトシトクロムｐ４５０に対して相同性を示す、２０３００の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２８１は、ヒト伸長因子−１αに対して相同性を示す、２０３０５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２８２は、ヒト上皮ｅｔｓタンパク質に対して相同性を示す、２０３０６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２８３は、ヒトシグナルトランスデューサｍＲＮＡに対して相同性を示す、２０３０７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２８４は、ヒトＧＡＢＡ−Ａレセプターπ（ｐｉ）サブユニットｍＲＮＡに対して相同性を示す、２０３１３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２８５は、ヒトチロシンホスファターゼに対して相同性を示す、２０３１７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２８６は、ヒトカテプシンＢプロテイナーゼに対して相同性を示す、２０３１８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２８７は、ヒト２−ホスホピルベート−ヒドラターゼ−α−エノラーゼに対して相同性を示す、２０３２０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２８８は、ヒトＥカドヘリンに対して相同性を示す、２０３２１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２８９は、ヒトｈｓｐ８６に対して相同性を示す、２０３２２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２９０は、ヒトｘ不活性化転写物に対して相同性を示す、Ｂ８２８Ｐ（２０３２６）の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２９１は、ヒトクロマチン調節因子（ＳＭＡＲＣＡ５）に対して相同性を示す、２０３３３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２９２は、ヒトスフィンゴリピド活性化剤タンパク質１に対して相同性を示す、２０３３５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２９３は、ヒト肝実質細胞増殖因子活性化剤インヒビター２型に対して相同性を示す、２０３３７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２９４は、ヒト細胞接着分子ＣＤ４４に対して相同性を示す、２０３３８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２９５は、ヒト細胞核因子（エリストイド誘導体）様１に対して相同性を示す、２０３４０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２９６は、ヒトビンキュリンｍＲＮＡに対して相同性を示す、２０９３８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２９７は、ヒト伸長因子ＥＦ−１−αに対して相同性を示す、２０９３９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２９８は、ヒトネスチン遺伝子に対して相同性を示す、２０９４０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２９９は、ヒト膵臓リボヌクレアーゼに対して相同性を示す、２０９４２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３００は、ヒトトランスコバラミンＩに対して相同性を示す、２０９４３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３０１は、ヒトβチューブリンに対して相同性を示す、２０９４４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３０２は、ヒトＨＳ１タンパク質に対して相同性を示す、２０９４６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３０３は、ヒトカテプシンＢに対して相同性を示す、２０９４７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３０４は、ヒト精巣増強遺伝子転写物に対して相同性を示す、２０９４８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３０５は、ヒト伸長因子ＥＦ−１−αに対して相同性を示す、２０９４９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３０６は、ヒトＡＤＰリボシル化因子３に対して相同性を示す、２０９５０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３０７は、トリプトファニル−ｔＲＮＡシンターゼのヒトＩＦＰ５３またはＷＲＳに対して相同性を示す、２０９５１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３０８は、ヒトサイクリン依存性タンパク質キナーゼに対して相同性を示す、２０９５２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３０８は、ヒトα−チューブリンシオフォーム（ｓｉｏｆｏｒｍ）１に対して相同性を示す、２０９５７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３０９は、ヒトチロシンホスファターゼ−６１ｂｐ欠失に対して相同性を示す、２０９５９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３１０は、ヒトチロシンホスファターゼに対して相同性を示す、２０９６６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３１１は、ヒト細胞核因子ＮＦ４５に対して相同性を示す、Ｂ８３０Ｐ（２０９７６）の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３１２は、ヒト欠失−６脂肪酸デサチュラーゼに対して相同性を示す、Ｂ８２９Ｐ（２０９７７）の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３１３は、ヒト細胞核アコニターゼに対して相同性を示す、２０９７８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３１４は、任意の公知の遺伝子に対して有意な相同性を示さない、１９４６５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３１５は、クローン２３１７６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３１６は、クローン２３１４０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３１７は、クローン２３１６６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３１８は、クローン２３１６７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３１９は、クローン２３１７７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３２０は、クローン２３２１７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３２１は、クローン２３１６９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３２２は、クローン２３１６０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３２３は、クローン２３１８２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３２４は、クローン２３２３２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３２５は、クローン２３２０３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３２６は、クローン２３１９８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３２７は、クローン２３２２４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３２８は、クローン２３１４２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３２９は、クローン２３１３８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３３０は、クローン２３１４７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３３１は、クローン２３１４８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３３２は、クローン２３１４９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３３３は、クローン２３１７２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３３４は、クローン２３１５８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３３５は、クローン２３１５６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３３６は、クローン２３２２１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３３７は、クローン２３２２３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３３８は、クローン２３１５５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３３９は、クローン２３２２５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３４０は、クローン２３２２６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３４１は、クローン２３２２８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３４２は、クローン２３２２９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３４３は、クローン２３２３１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３４４は、クローン２３１５４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３４５は、クローン２３１５７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３４６は、クローン２３１５３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３４７は、クローン２３１５９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３４８は、クローン２３１５２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３４９は、クローン２３１６１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３５０は、クローン２３１６２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３５１は、クローン２３１６３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３５２は、クローン２３１６４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３５３は、クローン２３１６５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３５４は、クローン２３１５１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３５５は、クローン２３１５０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３５６は、クローン２３１６８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３５７は、クローン２３１４６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３５８は、クローン２３１７０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３５９は、クローン２３１７１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３６０は、クローン２３１４５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３６１は、クローン２３１７４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３６２は、クローン２３１７５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３６３は、クローン２３１４４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３６４は、クローン２３１７８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３６５は、クローン２３１７９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３６６は、クローン２３１８０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３６７は、クローン２３１８１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３６８は、クローン２３１４３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３６９は、クローン２３１８３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３７０は、クローン２３１８４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３７１は、クローン２３１８５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３７２は、クローン２３１８６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３７３は、クローン２３１８７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３７４は、クローン２３１９０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３７５は、クローン２３１８９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３７６は、クローン２３２０２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３７８は、クローン２３１９１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３７９は、クローン２３１８８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３８０は、クローン２３１９４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３８１は、クローン２３１９６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３８２は、クローン２３１９５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３８３は、クローン２３１９３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３８４は、クローン２３１９９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３８５は、クローン２３２００の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３８６は、クローン２３１９２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３８７は、クローン２３２０１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３８８は、クローン２３１４１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３８９は、クローン２３１３９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３９０は、クローン２３２０４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３９１は、クローン２３２０５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３９２は、クローン２３２０６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３９３は、クローン２３２０７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３９４は、クローン２３２０８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３９５は、クローン２３２０９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３９６は、クローン２３２１０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３９７は、クローン２３２１１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３９８は、クローン２３２１２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３９９は、クローン２３２１４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４００は、クローン２３２１５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４０１は、クローン２３２１６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４０２は、クローン２３１３７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４０３は、クローン２３２１８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４０４は、クローン２３２２０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４０５は、クローン１９４６２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４０６は、クローン１９４３０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４０７は、クローン１９４０７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４０８は、クローン１９４４８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４０９は、クローン１９４４７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４１０は、クローン１９４２６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４１１は、クローン１９４４１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４１２は、クローン１９４５４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４１３は、クローン１９４６３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４１４は、クローン１９４１９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４１５は、クローン１９４３４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４１６は、クローンＢ８２０Ｐの決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４１７は、クローンＢ８２１Ｐの決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４１８は、クローンＢ８２２Ｐの決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４１９は、クローンＢ８２３Ｐの決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４２０は、クローンＢ８２４Ｐの決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４２１は、クローンＢ８２５Ｐの決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４２２は、クローンＢ８２６Ｐの決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４２３は、クローンＢ８２７Ｐの決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４２４は、クローンＢ８２８Ｐの決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４２５は、クローンＢ８２９Ｐの決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４２６は、クローンＢ８３０Ｐの決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４２７は、クローン２６６Ｂ４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４２８は、クローン２２８９２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４２９は、クローン２６６Ｇ３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４３０は、クローン２２８９０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４３１は、クローン２６４Ｂ４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４３２は、クローン２２８８３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４３３は、クローン２２８８２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４３４は、クローン２２８８０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４３５は、クローン２６３Ｇ１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４３６は、クローン２６３Ｇ６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４３７は、クローン２６２Ｂ２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４３８は、クローン２６２Ｂ６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４３９は、クローン２２８６９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４４０は、クローン２１３７４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４４１は、クローン２１３６２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４４２は、クローン２１３４９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４４３は、クローン２１３０９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４４４は、クローン２１０９７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４４５は、クローン２１０９６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４４６は、クローン２１０９４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４４７は、クローン２１０９３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４４８は、クローン２１０９１の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４４９は、クローン２１０８９の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４５０は、クローン２１０８７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４５１は、クローン２１０８５の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４５２は、クローン２１０８４の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４５３は、クローン２ＢＴ１−４０の第１部分ｃＤＮＡ配列である。
配列番号４５４は、クローン２ＢＴ１−４０の第２部分ｃＤＮＡ配列である。
配列番号４５５は、クローン２１０６３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４５６は、クローン２１０６２の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４５７は、クローン２１０６０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４５８は、クローン２１０５３の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４５９は、クローン２１０５０の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４６０は、クローン２１０３６の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４６１は、クローン２１０３７の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４６２は、クローン２１０４８の決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４６３は、Ｂ７２６ＰのコンセンサスＤＮＡ配列である（Ｂ７２６Ｐ−スプライス＿配列＿Ｂ７２６Ｐとして参照される）。
配列番号４６４は、Ｂ７２６Ｐからの第２スプライスの決定されたｃＤＮＡ配列である（２７４９０．配列＿Ｂ７２６Ｐとして参照される）。
配列番号４６５は、Ｂ７２６Ｐからの第３スプライスの決定されたｃＤＮＡ配列である（２７０６８．配列＿Ｂ７２６Ｐとして参照される）。
配列番号４６６は、Ｂ７２６Ｐからの第２スプライスの決定されたｃＤＮＡ配列である（２３１１３．配列＿Ｂ７２６Ｐとして参照される）。
配列番号４６７は、Ｂ７２６Ｐからの第２スプライスの決定されたｃＤＮＡ配列である（２３１０３．配列＿Ｂ７２６Ｐとして参照される）。
配列番号４６８は、Ｂ７２６Ｐからの第２スプライスの決定されたｃＤＮＡ配列である（１９３１０．配列＿Ｂ７２６Ｐとして参照される）。
配列番号４６９は、配列番号４６３の上流ＯＲＦによってコードされる予想されるアミノ酸配列である。
配列番号４７０は、配列番号４６４によってコードされる予想されるアミノ酸配列である。
配列番号４７１は、配列番号４６５によってコードされる予想されるアミノ酸配列である。
配列番号４７２は、配列番号４６６によってコードされる予想されるアミノ酸配列である。
配列番号４７３は、配列番号４６７によってコードされる予想されるアミノ酸配列である。
（発明の詳細な説明）
上記のように、本発明は、一般的に、癌（例えば乳癌）の治療および診断のための組成物および方法に関する。本明細書中に記載される組成物は、乳房腫瘍ポリペプチド、そのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、結合剤（例えば、抗体）、抗原提示細胞（ＡＰＣ）および／または免疫系細胞（例えば、Ｔ細胞）を含み得る。本発明のポリペプチドは、一般的に、乳房腫瘍タンパク質もしくはその改変体の少なくとも一部（例えば、免疫原性部分）を含む。「乳房腫瘍タンパク質」は、本明細書中に提供される代表的なアッセイを使用して決定される場合、正常な組織における発現のレベルよりも少なくとも２倍、および好ましくは少なくとも５倍より大きなレベルにおいて乳房腫瘍細胞中で発現されるタンパク質である。特定の乳房腫瘍タンパク質は、乳癌で苦しむ患者の抗血清と検出可能（例えば、ＥＬＩＳＡまたはウエスタンブロットのような免疫アッセイの範囲内で）に反応する腫瘍タンパク質である。本発明のポリヌクレオチドは、一般的に、そのようなポリペプチドの全てもしくは一部をコードするＤＮＡ配列またはＲＮＡ配列あるいはそのような配列に対して相補的であるＤＮＡ配列またはＲＮＡ配列を含む。抗体は、一般的に、上記のポリペプチドと結合し得る免疫系タンパク質もしくはその抗原結合フラグメントである。抗原提示細胞としては、上記のようなポリペプチドを発現する、樹状細胞、マクロファージ、単球、線維芽細胞およびＢ細胞が挙げられる。そのような組成物内で使用されるＴ細胞は、一般的に、上記のようなポリペプチドに対して特異的であるＴ細胞である。
本発明は、ヒト乳房腫瘍タンパク質の発見に基づいている。特定の腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドの配列が、配列番号１〜１７５、１７８、１８０および１８２〜４６８にて提供される。
（乳房腫瘍タンパク質ポリヌクレオチド）
本明細書中に記載される、乳房腫瘍タンパク質もしくはその一部または他の改変体をコードする任意のポリヌクレオチドが本発明に含まれる。好ましいポリヌクレオチドは、少なくとも１５個の連続ヌクレオチド、好ましくは少なくとも３０個の連続ヌクレオチド、およびより好ましくは少なくとも４５個の連続ヌクレオチドを含み、そのポリヌクレオチドは乳房腫瘍タンパク質の一部をコードする。より好ましくは、ポリヌクレオチドは、乳房腫瘍タンパク質の免疫原性部分をコードする。そのような任意の配列に対するポリヌクレオチド相補体もまた、本発明に含まれる。ポリヌクレオチドは、一本鎖（コードもしくはアンチセンス）または二本鎖であり得、そしてＤＮＡ（ゲノム、ｃＤＮＡもしくは合成）またはＲＮＡ分子であり得る。ＲＮＡ分子としては、ＨｎＲＮＡ分子（イントロンを含み、１対１（ｏｎｅ−ｔｏ−ｏｎｅ）様式におけるＤＮＡ分子に対応する）およびｍＲＮＡ分子（イントロンを含まない）が挙げられる。さらなるコード配列または非コード配列が、本発明のポリヌクレオチドの範囲内に存在してもよいし、しなくともよく、そしてポリヌクレオチドは、他の分子および／または支持材料と連結されてもよく、されなくともよい。
ポリヌクレオチドは、ネイティブな配列（すなわち、乳房腫瘍タンパク質またはその一部をコードする内在性配列）を含み得るか、またはそのような配列の改変体を含み得る。ポリヌクレオチド改変体は、１つ以上の置換、付加、欠失および／または挿入を含み得、その結果、コードされたポリペプチドの免疫原性が、ネイティブな腫瘍タンパク質に対して減少される。コードされたポリペプチドの免疫原性に関する効果は、一般的に、本明細書中に記載されるように評価され得る。改変体は、ネイティブな乳房腫瘍タンパク質またはその一部をコードするポリヌクレオチド配列に対して、好ましくは、少なくとも約７０％同一性、より好ましくは少なくとも約８０％同一性および最も好ましくは少なくとも約９０％同一性を示す。用語「改変体」はまた、外因性起源の相同遺伝子を含む。
２つのヌクレオチド配列またはポリペプチド配列は、以下に記載のように最大の対応でアラインするときに２つの配列中のヌクレオチドまたはアミノ酸残基の配列が同じである場合、「同一」であるといわれる。２つの配列間の比較は、代表的には、比較ウインドウによって配列を比較して、配列類似性の局所的領域を同定および比較することによって行われる。本明細書中で使用される「比較ウインドウ」とは、少なくとも約２０の連続する位置、通常は３０〜約７５、４０〜約５０の連続する位置のセグメントをいう。ここで、配列は、２つの配列が必要に応じてアラインされた後、同じ数の連続する位置の参照配列に対して比較され得る。
比較のための配列の最適なアラインメントは、Ｌａｓｅｒｇｅｎｅ ｓｕｉｔｅ ｏｆ ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ｓｏｆｔｗａｒｅ（ＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）のＭｅｇａｌｉｇｎプログラムを用い、デフォルトパラメーターを使用して行われ得る。このプログラムは、以下の参考文献に記載されるいくつかのアラインメントスキームを含む：
Figure 2010239970
 好ましくは、「配列同一性のパーセント割合」は、少なくとも２０の位置の比較ウインドウによって、２つの最適にアラインされた配列を比較することによって決定される。ここで、比較ウインドウ中のポリヌクレオチド配列またはポリペプチド配列の部分は、２つの配列の最適なアラインメントについて参照配列（これは、付加または欠失を有さない）と比較して、２０％以下、通常は５〜１５％、または１０〜１２％の付加または欠失（すなわち、ギャップ）を含み得る。このパーセント割合は、位置の数（ここで、同一の核酸塩基またはアミノ酸残基が両方の配列で生じて、マッチした位置の数を得る）を決定し、参照配列中の位置の総数（すなわち、ウインドウサイズ）でマッチした位置の数を割り、そして結果に１００をかけて配列同一性のパーセント割合を得ることによって計算される。
あるいは、改変体はまた、ネイティブな遺伝子もしくはその一部または相補体に対して実質的に相同であり得る。そのようなポリヌクレオチド改変体は、中程度のストリンジェントな条件下において、天然に存在するネイティブな乳房腫瘍タンパク質（もしくは相補配列）をコードするＤＮＡ配列とハイブリダイズし得る。適切に中程度のストリンジェントな条件は、５×ＳＳＣ、０．５％ ＳＤＳ、１．０ｍＭ ＥＤＴＡ（ｐＨ８．０）の溶液中での予備洗浄；５０℃〜６５℃、５×ＳＳＣ、一晩のハイブリダイゼーション；次いで０．１％ ＳＤＳを含む、２×、０．５×、および０．２×ＳＳＣで、６５℃で２０分、それぞれ２回洗浄を含む。
遺伝子コードの縮重の結果として、本明細書中に記載されるようなポリペプチドをコードする多くのヌクレオチド配列が存在するということが当業者に理解される。これらのポリヌクレオチドのいくつかが、任意のネイティブな遺伝子のヌクレオチド配列に対して最少の相同性を有する。それにもかかわらず、コドンの使用頻度の差異に起因して変化するポリヌクレオチドが特に本発明により意図される。さらに、本明細書中に提供されるポリヌクレオチド配列を含む遺伝子の対立遺伝子は、本発明の範囲内である。対立遺伝子は、１つ以上の変異（例えば、ヌクレオチドの欠失、付加および／または置換）の結果として変更される内因性遺伝子である。生じたｍＲＮＡおよびタンパク質は、変更された構造または機能を有してもよく、有さなくともよい。対立遺伝子は、標準的な技術（例えば、ハイブリダイゼーション、増幅および／またはデータベース配列比較）を使用して同定され得る。
ポリヌクレオチドは、任意の種々の技術を使用して調製され得る。例えば、ポリヌクレオチドは、以下により詳細に記載されるように、腫瘍関連発現（すなわち、本明細書中で提供される代表的なアッセイを使用して決定された、正常な組織においてより乳房腫瘍において少なくとも５倍多い発現）についてのｃＤＮＡのミクロアレイのスクリーニングによって、同定され得る。このようなスクリーンは、Ｓｙｎｔｅｎｉミクロアレイ（Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を使用し、製造業者の説明書に従って、（そして、本質的に、Ｓｃｈｅｎａら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９３：１０６１４−１０６１９，１９９６およびＨｅｌｌｅｒら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９４：２１５０−２１５５，１９９７に記載されるように）実施され得る。あるいは、ポリペプチドを、本明細書中に記載されるタンパク質を発現する細胞（例えば、乳房腫瘍細胞）から調製されるｃＤＮＡから増幅し得る。このようなポリヌクレオチドは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を介して増幅され得る。このアプローチのために、配列特異的プライマーは、本明細書中に提供される配列に基づいて設計され得、そして購入され得るか、または合成され得る。
増幅された部分は、周知技術を使用して適切なライブラリー（例えば、乳房腫瘍ｃＤＮＡライブラリー）から、全長遺伝子を単離するために使用され得る。このような技術において、ライブラリー（ｃＤＮＡまたはゲノム）は、増幅に適切な１以上のポリヌクレオチドプローブまたはポリヌクレオチドプライマーを使用してスクリーニングされる。好ましくは、ライブラリーは、より大きい分子を含むようにサイズ選択される。ランダムプライムライブラリーもまた、遺伝子の５’領域および上流領域を同定するために使用され得る。ゲノムライブラリーは、イントロンおよび伸長５’配列を得るために好ましい。
ハイブリダイゼーション技術のために、部分配列が、周知技術を使用して標識され得る（例えば、32Ｐを用いるニックトランスレーションまたは末端標識によって）。次いで、細菌ライブラリーまたはバクテリオファージライブラリーを、変性させた細菌コロニーを含むフィルター（またはファージプラークを含む菌叢）にその標識プローブをハイブリダイズさせることによってスクリーニングする（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９８９を参照のこと）。ハイブリダイズしたコロニーまたはプラークを、選択および拡大し、そのＤＮＡをさらなる分析のために単離する。ｃＤＮＡクローンを、例えば、その部分配列由来のプライマーおよびベクター由来のプライマーを使用するＰＣＲによって分析し、付加配列の量を決定し得る。制限地図および部分配列を作製し、１以上の重複クローンを同定し得る。次いで、完全配列を、標準的技術（これは、一連の欠失クローンを作製する工程を包含し得る）を使用して決定し得る。次いで、得られた重複配列を、単一の連続する配列にアセンブルする。全長ｃＤＮＡ分子を、周知技術を使用して、適切なフラグメントを連結することによって作製し得る。
あるいは、部分ｃＤＮＡ配列から全長コード配列を得るための、多くの増幅技術が存在する。このような技術において、増幅は、一般に、ＰＣＲを介して行われる。任意の種々の市販のキットを使用して、この増幅工程を行い得る。プライマーは、例えば、当該分野で周知のソフトウェアを使用して設計され得る。プライマーは、好ましくは、２２〜３０ヌクレオチド長であり、少なくとも５０％のＧＣ含量を有し、そして約６８℃〜７２℃の温度で標的配列にアニールする。この増幅された領域を、上記のように配列決定し得、そして重複配列を、連続する配列にアセンブルし得る。
１つのこのような増幅技術は、逆ＰＣＲである（Ｔｒｉｇｌｉａら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１６：８１８６，１９８８を参照のこと）。逆ＰＣＲは、制限酵素を使用して、遺伝子の既知の領域におけるフラグメントを作製する。次いで、このフラグメントを、分子内連結によって環状化し、そしてこのフラグメントを、その既知領域由来の異なるプライマーを用いるＰＣＲのテンプレートとして使用する。代替的アプローチにおいて、部分配列に隣接する配列を、リンカー配列に対するプライマーおよび既知領域に特異的なプライマーを用いる増幅によって、回収し得る。この増幅された配列を、代表的には、同じリンカープライマーおよび既知領域に特異的な第２のプライマーを用いる２回目の増幅に供する。この手順の変形型（これは、その既知配列から反対方向への伸長を開始する２つのプライマーを使用する）が、ＷＯ９６／３８５９１に記載される。別のこのような技術は、「ｃＤＮＡ末端の迅速増幅」すなわちＲＡＣＥとして公知である。この技術は、ポリＡ領域またはベクター配列とハイブリダイズする、内部プライマーおよび外部プライマーの使用を包含し、既知配列の５’側および３’側の配列を同定する。さらなる技術としては、捕捉ＰＣＲ（Ｌａｇｅｒｓｔｒｏｍら、ＰＣＲ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ａｐｐｌｉｃ．１：１１１−１９，１９９１）およびウォーキングＰＣＲ（Ｐａｒｋｅｒら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．１９：３０５５−６０，１９９１）が挙げられる。増幅を使用する他の方法もまた、全長ｃＤＮＡ配列を得るために使用され得る。
特定の例において、発現配列タグ（ＥＳＴ）データベース（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋから利用可能なデータベース）に提供された配列の分析によって全長ｃＤＮＡ配列を得ることが可能である。重複ＥＳＴについての検索は、一般に、周知のプログラム（例えば、ＮＣＢＩ ＢＬＡＳＴ検索）を使用して実施され得、そしてＥＳＴを使用して、連続した全長配列を製作し得る。全長ＤＮＡ配列はまた、ゲノムフラグメントの分析によって得られ得る。
乳房腫瘍タンパク質の部分をコードするｃＤＮＡ分子の特定の核酸配列は、配列番号１〜１７５、１７８、１８０および１８２〜４６８に提供される。これらの配列の単離は、以下に詳細に記載される。
ポリヌクレオチド改変体は、当該分野で公知の任意の方法（化学合成（例えば、固相ホスホラミダイト化学合成による）を含む）によって一般的に調製され得る。ポリヌクレオチド配列における改変は、標準的な変異誘発技術（例えば、オリゴヌクレオチド指向性部位特異的変異誘発（Ａｄｅｌｍａｎら、ＤＮＡ ２：１８３，１９８３を参照のこと）を使用して導入され得る。ＲＮＡ分子は、乳房腫瘍タンパク質、またはその部分をコードするＤＮＡ配列のインビトロまたはインビボ転写によって生成され得るが、但し、ＤＮＡは、適切なＲＮＡポリメラーゼプロモーター（例えば、Ｔ７またはＳＰ６）を用いて、ベクターに組み込まれる。特定の部分を使用して、本明細書中に記載されるように、コードされたポリペプチドを調製し得る。さらに、またはあるいは、部分を、コードされたポリペプチドが、インビボで生成されるように、患者に投与し得る（例えば、抗原提示細胞（例えば、樹状細胞）を、乳房腫瘍ポリペプチドをコードするｃＤＮＡ構築物でトランスフェクトし、そしてトランスフェクトされた細胞を患者に投与することによって）。
コード配列に相補的な配列（すなわち、アンチセンスポリヌクレオチド）の部分もまた、プローブとして、または遺伝子発現を調節するために、使用され得る。アンチセンスＲＮＡに転写され得るｃＤＮＡ構築物もまた、組織の細胞に導入されて、アンチセンスＲＮＡの産生を容易にし得る。アンチセンスポリヌクレオチドを、本明細書に記載されるように使用して、腫瘍タンパク質の発現を阻害し得る。アンチセンス技術を使用して、三本鎖へリックス形成を介する遺伝子発現を制御し得、この三本鎖へリックス形成は、ポリメラーゼ、転写因子、または調節因子の結合に対して、十分に開かせるダブルへリックスの能力を損なう（Ｇｅｅら，ＨｕｂｅｒおよびＣａｒｒ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｎｄ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃ Ａｐｐｒｏａｃｈｅｓ，Ｆｕｔｕｒａ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．（Ｍｔ．Ｋｉｓｃｏ，ＮＹ；１９９４）を参照のこと）。あるいは、アンチセンス分子は、遺伝子の制御領域（例えば、プロモーター、エンハンサー、または転写開始部位）とハイブリダイズし、そして遺伝子の転写をブロックするように設計されるか；または転写物のリボソームへの結合を阻害することによって翻訳をブロックするように設計され得る。
コード配列の一部分、または相補配列の一部分はまた、プローブまたはプライマーとして、遺伝子発現を検出するように設計され得る。プローブは、種々のレポーター群（例えば、放射性核種および酵素）を用いて標識され得、そして好ましくは、少なくとも１０ヌクレオチド長、より好ましくは、少なくとも２０ヌクレオチド長、およびなおより好ましくは、少なくとも３０ヌクレオチド長である。上記のプライマーは、好ましくは、２２〜３０ヌクレオチド長である。
任意のポリヌクレオチドをさらに改変して、インビボでの安定性を増加し得る。可能な改変としては、５’末端および／または３’末端での隣接配列の付加；骨格中のホスホジエステラーゼ結合に代わる、ホスホロチオエートまたは２’Ｏ−メチルの使用；ならびに／または、非通常塩基（例えば、イノシン、クエオシンおよびワイブトシン、ならびにアデニン、シチジン、グアニン、チミンおよびウリジンの、アセチル形態、メチル形態、チオ形態、および他の改変形態）の含有が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書中に記載されるヌクレオチド配列は、確立された組換えＤＮＡ技術を使用して、種々の他のヌクレオチド配列に結合され得る。例えば、ポリヌクレオチドは、種々のクローニングベクター（プラスミド、ファージミド、λファージ誘導体およびコスミドを含む）のいずれかにクローニングされ得る。特定の目的のベクターとしては、発現ベクター、複製ベクター、プローブ生成ベクターおよび配列決定ベクターが挙げられる。一般的に、ベクターは、少なくとも１つの生物において機能的な複製起点、簡便な制限エンドヌクレアーゼ部位および１以上の選択マーカーを含む。他のエレメントは、所望される用途に依存し、当業者に明らかである。
特定の実施形態において、ポリヌクレオチドは、哺乳動物の細胞内への侵入、およびその細胞内での発現を可能にするように処方され得る。このような処方物は、以下に記載のような、治療目的に特に有用である。当業者は、標的細胞におけるポリヌクレオチドの発現を達成するための多くの方法が存在し、そして任意の適切な方法が使用され得ることを認識する。例えば、ポリヌクレオチドは、ウイルスベクター（例えば、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、レトロウイルス、あるいはワクシニアウイルスまたは他のポックスウイルス（例えば、トリポックスウイルス）が挙げられるが、限定されない）に組み込まれ得る。これらのポリヌクレオチドはまた、裸のプラスミドベクターとして投与され得る。ＤＮＡをこのようなベクターに組み込むための技術は、当業者に周知である。レトロウイルスベクターはさらに、選択マーカーの遺伝子（形質導入された細胞の同定または選択を補助する）および／または標的部分（特定の標的細胞上のレセプターに対するリガンドをコードする遺伝子）を、移入するか、または組み込んで、ベクターを標的特異的にし得る。標的化はまた、当業者に公知の方法によって、抗体を使用して達成され得る。
治療目的のための他の処方物としては、コロイド分散系（例えば、高分子複合体、ナノカプセル、ミクロスフェア、ビーズおよび脂質ベース系（水中油滴型エマルジョン、ミセル、混合ミセル、およびリポソームを含む））が挙げられる。インビトロおよびインビボにおける送達ベシクルとしての使用のために好ましいコロイド系は、リポソーム（すなわち、人工膜ベシクル）である。このような系の調製および使用は、当該分野で周知である。
（乳房腫瘍ポリペプチド）
本発明の文脈において、ポリペプチドは、本明細書中に記載されるように、乳房腫瘍タンパク質またはその改変体の少なくとも免疫原性部分を含み得る。上記のように、「乳房腫瘍タンパク質」は、乳房腫瘍細胞によって発現されるタンパク質である。乳房腫瘍タンパク質であるタンパク質はまた、乳癌を有する患者からの抗血清を用いる免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）において、検出可能に反応する。本明細書に記載されるようなポリペプチドは、任意の長さであり得る。ネイティブタンパク質および／または異種配列由来のさらなる配列が存在し得、そしてそのような配列は、さらに、免疫原性特性または抗原特性を有し得る（しかし、有する必要はない）。
本明細書中で使用される場合、「免疫原性部分」は、Ｂ細胞表面抗原レセプターおよび／またはＴ細胞表面抗原レセプターによって認識される（すなわち、特異的に結合される）タンパク質の部分である。このような免疫原性部分は、一般に、乳房腫瘍タンパク質またはその改変体の、少なくとも５アミノ酸残基、より好ましくは、少なくとも１０アミノ酸残基、なおより好ましくは、少なくとも２０アミノ酸残基を含む。特定の好ましい免疫原性部分は、Ｎ末端リーダー配列および／または膜貫通ドメインが欠失されたペプチドを含む。他の好ましい免疫原性部分は、成熟タンパク質と比較して、少ないＮ末端欠失および／またはＣ末端欠失（例えば、１〜３０アミノ酸、好ましくは５〜１５アミノ酸）を含み得る。
免疫原性部分は、Ｐａｕｌ，Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，第３版、２４３−２４７（Ｒａｖｅｎ Ｐｒｅｓｓ，１９９３）およびそこに引用される参考文献に要約されるような周知技術を使用して、同定され得る。このような技術は、抗原特異的な抗体、抗血清および／あるいはＴ細胞株またはＴ細胞クローンと反応する能力についてポリペプチドをスクリーニングする工程を含む。本明細書中で使用される場合、抗血清および抗体は、それらが抗原に特異的に結合する（すなわち、これらが、ＥＬＩＳＡまたは他の免疫アッセイにおいてそのタンパク質と反応し、無関係なタンパク質とは検出可能に反応しない）場合、「抗原特異的」である。このような抗血清および抗体は、本明細書中に記載されるように、そして周知技術を使用して調製され得る。ネイティブの乳房腫瘍タンパク質の免疫原性部分は、（例えば、ＥＬＩＳＡおよび／またはＴ細胞反応性アッセイにおいて）その全長ポリペプチドの反応性よりも実質的に小さくないレベルで、このような抗血清および／またはＴ細胞と反応する部分である。免疫原性部分は、このようなアッセイにおいて、その全長ポリペプチドの反応性と類似またはそれより大きいレベルで反応し得る。このようなスクリーニングは、一般的に、当業者に周知の方法（例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８８に記載のような技術）を使用して行われる。例えば、ポリペプチドを固体支持体に固定し、そして患者の血清を接触させて、その血清中の抗体をその固定されたポリペプチドに結合させ得る。次いで、結合されなかった血清を除去し、結合された抗体を、例えば、125Ｉ標識化プロテインＡを使用して検出し得る。
上記のように、組成物は、ネイティブの乳房腫瘍タンパク質の改変体を含み得る。本明細書中で使用される場合、ポリペプチド「改変体」は、ネイティブの乳房腫瘍タンパク質と、１以上の置換、欠失、付加および／または挿入において異なるポリペプチドであり、その結果、そのポリペプチドの免疫原性が、実質的には減少されない。言い換えると、抗原特異的な抗血清と反応する改変体の能力は、そのネイティブタンパク質と比較して、増強されても、または変化されなくてもよく、あるいは、そのネイティブタンパク質と比較して、５０％未満、そしてより好ましくは、２０％未満に減少されてもよい。このような改変体は、一般に、本明細書中に記載のように、上記ポリペプチド配列の１つを改変し、この改変ポリペプチドの抗原特異的な抗体または抗血清との反応性を評価することによって同定され得る。好ましい改変体は、１つ以上の部分（例えば、Ｎ末端リーダー配列または膜貫通ドメイン）が取り除かれた改変体を含む。他の好ましい改変体は、小さな部分（例えば、１〜３０アミノ酸、好ましくは５〜１５アミノ酸）が、成熟タンパク質のＮ末端および／またはＣ末端から取り除かれた改変体を含む。
ポリペプチド改変体は、好ましくは、少なくとも約７０％、より好ましくは、少なくとも約９０％、そして最も好ましくは少なくとも約９５％の、同定されたポリペプチドに対する同一性（上記のように決定された）を示す。
好ましくは、改変体は、保存的置換を含む。「保存的置換」は、あるアミノ酸が、類似の特性を有する別のアミノ酸と置換されている置換であり、その結果、ポリペプチド化学の当業者は、そのポリペプチドの二次構造および疎水性親水性性質が、実質的に変化されないことを予測する。アミノ酸置換は、一般に、残基の極性、電荷、可溶性、疎水性、親水性および／または両親媒性性質の類似性に基づいて作製され得る。例えば、負に荷電したアミノ酸としては、アスパラギン酸およびグルタミン酸；正に荷電したアミノ酸としては、リジンおよびアルギニン；および類似の親水性を有する非荷電の極性頭部を有するアミノ酸としては、ロイシン、イソロイシンおよびバリン；グリシンおよびアラニン；アスパラギンおよびグルタミン；ならびにセリン、トレオニン、フェニルアラニンおよびチロシンが挙げられる。保存的変化を示し得るアミノ酸の他のグループとしては、（１）ａｌａ、ｐｒｏ、ｇｌｙ、ｇｌｕ、ａｓｐ、ｇｌｎ、ａｓｎ、ｓｅｒ、ｔｈｒ；（２）ｃｙｓ、ｓｅｒ、ｔｙｒ、ｔｈｒ；（３）ｖａｌ、ｉｌｅ、ｌｅｕ、ｍｅｔ、ａｌａ、ｐｈｅ；（４）ｌｙｓ、ａｒｇ、ｈｉｓ；および（５）ｐｈｅ、ｔｙｒ、ｔｒｐ、ｈｉｓが挙げられる。改変体はまた、またはあるいは、非保存的変化を有し得る。好ましい実施形態において、改変体ポリペプチドは、５以下のアミノ酸の置換、欠失または付加によって、ネイティブの配列とは異なる。改変体はまた（またはあるいは）、例えば、ポリペプチドの免疫原性、二次構造および疎水性親水性性質に最小限の影響しか有さないアミノ酸の欠失または付加によって、改変され得る。
上記のように、ポリペプチドは、タンパク質のＮ末端にシグナル（または、リーダー）配列を含み得、これは、翻訳と同時に、または翻訳後に、そのタンパク質の転移を指向する。このポリペプチドはまた、このポリペプチドの合成、精製または同定を容易にするために、またはこのポリペプチドの固体支持体への結合を増強するために、リンカー配列または他の配列（例えば、ポリＨｉｓ）に結合体化され得る。例えば、ポリペプチドは、免疫グロブリンＦｃ領域に結合体化され得る。
ポリペプチドは、任意の種々の周知技術を使用して調製され得る。上記のＤＮＡ配列によってコードされる組換えポリペプチドは、当業者に公知の任意の種々の発現ベクターを使用して、ＤＮＡ配列から容易に調製され得る。発現は、組換えポリペプチドをコードするＤＮＡ分子を含む発現ベクターで形質転換またはトランスフェクトされた、任意の適切な宿主細胞において達成され得る。適切な宿主細胞としては、原核生物、酵母、高等真核生物の細胞および植物細胞が挙げられる。好ましくは、使用される宿主細胞は、Ｅ．ｃｏｌｉ、酵母または哺乳動物細胞株（例えば、ＣＯＳまたはＣＨＯ）である。組換えタンパク質または組換えポリペプチドを培養培地中に分泌する適切な宿主／ベクター系からの上清は、市販のフィルターを使用して、最初に濃縮され得る。濃縮後、この濃縮物を、適切な精製基質（例えば、アフィニティー基質またはイオン交換樹脂）に適用され得る。最終的に、１以上の逆相ＨＰＬＣ工程を使用して、組換えポリペプチドをさらに精製し得る。
約１００アミノ酸未満、そして一般に、約５０アミノ酸未満のアミノ酸を有する部分および他の改変体もまた、当業者に周知の技術を使用して、合成手段によって生成され得る。例えば、このようなポリペプチドは、任意の市販の固相技術（例えば、Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ固相合成法（ここでは、アミノ酸が連続的に付加されて、アミノ酸鎖を成長させる））を使用して、合成され得る。Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．８５：２１４９−２１４６，１９６３を参照のこと。ポリペプチドの自動合成のための装置は、Ｐｅｒｋｉｎ ＥＬｍｅｒ／Ａｐｐｌｉｅｄ ＢｉｏＳｙｓｔｅｍｓ Ｄｉｖｉｓｉｏｎ（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）のような供給者から市販され、そして製造業者の説明書に従って操作され得る。
ある特定の実施形態において、ポリペプチドは、本明細書中に記載の複数のポリペプチドを含むか、または本明細書に記載の少なくとも１つのポリペプチドおよび関連しない配列（例えば、公知の腫瘍タンパク質）を含む融合タンパク質であり得る。例えば、融合パートナーは、Ｔヘルパーエピトープ（免疫学的融合パートナー）、特にヒトによって認識され得るＴヘルパーエピトープを提供する際に補助し得るか、またはネイティブの組換えタンパク質より高い収量でタンパク質（発現エンハンサー）を発現する際に補助し得る。特定の好ましい融合パートナーは、免疫学的融合パートナーおよび発現増強融合パートナーの両方である。他の融合パートナーは、タンパク質の溶解性を増加するように、またはタンパク質が所望の細胞内コンパートメントに標的化されることを可能にするように選択され得る。なおさらなる融合タンパク質には、親和性タグ（これは、タンパク質の精製を容易にする）が挙げられる。
融合タンパク質は、一般に、標準的な技術（例えば、化学的結合体化）を使用して調製され得る。好ましくは、融合タンパク質は、発現系において、組換えタンパク質として発現され、非融合タンパク質と比較して、増加したレベルの産生を可能にする。手短に言うと、このポリペプチド成分をコードするＤＮＡ配列を、別々にアセンブルし得、そして適切な発現ベクターに連結し得る。１つのポリペプチド成分をコードするＤＮＡ配列の３’末端は、ペプチドリンカーを用いてまたは用いずに、第２のポリペプチド成分をコードするＤＮＡ配列の５’末端に、これらの配列のリーディングフレームが同じ相にあるように連結される。このことが、両方の成分ポリペプチドの生物学的活性を保持する単一の融合タンパク質への翻訳を可能にする。
ペプチドリンカー配列は、各ポリペプチドがその二次構造および三次構造へと折り畳まれるのを保証するために十分な距離で第一および第二のポリペプチド構成要素を隔てるために用いられ得る。このようなペプチドリンカー配列は、当該分野で周知の標準的な技術を用いて融合タンパク質中に組み込まれる。適切なペプチドリンカー配列は、以下の因子に基づいて選択され得る：（１）フレキシブルな伸長したコンホメーションを採る能力；（２）第一および第二のポリペプチド上の機能的なエピトープと相互作用し得る二次構造を採ることができないこと；および（３）ポリペプチドの機能的なエピトープと反応し得る疎水性または荷電した残基の無いこと。好ましいペプチドリンカー配列は、Ｇｌｙ、ＡｓｎおよびＳｅｒ残基を含む。ＴｈｒおよびＡｌａのような中性に近い他のアミノ酸もまた、リンカー配列に用いられ得る。リンカーとして有用に用いられ得るアミノ酸配列は、Ｍａｒａｔｅａら、Ｇｅｎｅ ４０：３９−４６、１９８５；Ｍｕｒｐｈｙら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８３：８２５８−８２６２、１９８６；米国特許第４，９３５，２３３号および米国特許第４，７５１，１８０号に開示されるアミノ酸配列を含む。リンカー配列は、一般的に１から約５０アミノ酸長であり得る。リンカー配列は、第一および第二のポリペプチドが、機能的ドメインを分離するため、および立体的な干渉を防ぐために用いられ得る非必須Ｎ末端アミノ酸領域を有する場合、必要とされない。
連結されたＤＮＡ配列は、適切な転写または翻訳調節エレメントに作動可能に連結される。ＤＮＡの発現を担う調節エレメントは、第一のポリペプチドをコードするＤＮＡ配列の５’側にのみ位置する。同様に、翻訳および転写終結シグナルを終了するために必要とされる停止コドンは、第二のポリペプチドをコードするＤＮＡ配列の３’側にのみ存在する。
本発明のポリペプチドを関係のない免疫原性タンパク質とともに含む融合タンパク質もまた提供される。好ましくは、免疫原性タンパク質は、リコール（ｒｅｃａｌｌ）応答を惹起し得る。このようなタンパク質の例としては、破傷風タンパク質、結核タンパク質および肝炎タンパク質が挙げられる（例えば、Ｓｔｏｕｔｅら、Ｎｅｗ Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．、３３６：８６−９１（１９９７）を参照のこと）。
好ましい実施形態において、免疫学的融合パートナーは、グラム陰性の細菌Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａ Ｂの表面タンパク質である、プロテインＤ（ＷＯ ９１／１８９２６）に由来する。好ましくは、プロテインＤ誘導体は、ほぼ３分の１の最初のタンパク質（例えば、最初のＮ末端１００〜１１０アミノ酸）を含み、そしてプロテインＤ誘導体は、脂質化（ｌｉｐｉｄａｔｅｄ）され得る。特定の好ましい実施形態において、リポタンパク質Ｄ融合パートナーの最初の１０９残基は、さらなる外因性Ｔ細胞エピトープを有するポリペプチドを提供するように、そしてＥ．ｃｏｌｉ中の発現レベルを増加する（従って、発現エンハンサーとして機能する）ように、Ｎ末端に含まれる。脂質テールは、抗原提示細胞への抗原の最適な提示を保証する。他の融合パートナーは、インフルエンザウイルス由来の非構造タンパク質、ＮＳ１（血球凝集素）を含む。代表的に、Ｎ末端の８１アミノ酸が用いられるが、Ｔヘルパーエピトープを含む異なるフラグメントが用いられてもよい。
別の実施形態において、免疫学的融合パートナーは、ＬＹＴＡとして公知のタンパク質、またはその部分（好ましくはＣ末端部分）である。ＬＹＴＡは、アミダーゼＬＹＴＡ（ＬｙｔＡ遺伝子によりコードされる；Ｇｅｎｅ ４３：２６５〜２９２，１９８６）として公知のＮ−アセチル−Ｌ−アラニンアミダーゼを合成するＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来である。ＬＹＴＡは、ペプチドグリカン骨格中の特定の結合を特異的に分解する自己溶解素である。ＬＹＴＡタンパク質のＣ末端ドメインは、コリンまたはいくつかのコリンアナログ（例えば、ＤＥＡＥ）への親和性についての原因である。この性質は、融合タンパク質の発現のために有用なＥ．ｃｏｌｉ Ｃ−ＬＹＴＡ発現プラスミドの開発のために開発された。アミノ酸末端でＣ−ＬＹＴＡフラグメントを含むハイブリッドタンパク質の精製が、記載されている（Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ
１０：７９５〜７９８，１９９２）。好ましい実施形態において、ＬＹＴＡの反復部分は、融合タンパク質に組み込まれ得る。反復部分は、残基１７８で開始するＣ末端領域中に見出される。特に好ましい反復部分は、残基１８８〜３０５を組み込む。
一般に、本明細書に記載されるようなポリペプチド（融合タンパク質を含む）およびポリヌクレオチドが単離される。「単離された」ポリペプチドまたはポリヌクレオチドは、その元来の環境から取り出されたものである。例えば、天然に存在するタンパク質は、それが天然の系中で共存する物質のいくつかまたは全てから分離されている場合、単離されている。好ましくは、このようなポリペプチドは、少なくとも約９０％純粋、より好ましくは少なくとも約９５％純粋、そして最も好ましくは少なくとも約９９％純粋である。ポリヌクレオチドは、例えば、それが天然の環境の一部でないベクターにクローニングされる場合、単離されていると考えられる。
（結合剤）
本発明は、さらに乳房腫瘍タンパク質に特異的に結合する因子（例えば、抗体およびその抗原結合フラグメント）をさらに提供する。本明細書において用いる場合、抗体またはその抗原結合フラグメントは、乳房腫瘍タンパク質と検出可能レベルで反応し（例えば、ＥＬＩＳＡにおいて）、そして類似の条件下で無関係のタンパク質とは検出可能に反応しない場合、乳房腫瘍タンパク質に「特異的に結合する」といわれる。本明細書において用いる場合、「結合（ｂｉｎｄｉｎｇ）」は、「複合体」が形成されるような２つの別々の分子間の非共有結合をいう。結合する能力は、例えば、複合体の形成についての結合定数を決定することにより評価され得る。結合定数は、複合体の濃度を成分濃度の積で割って得られる値である。一般に、２つの化合物は、複合体形成の結合定数が約１０3Ｌ／ｍｏｌを超える場合、本発明の文脈中で「結合している」といわれる。結合定数は、当該分野で周知の方法を用いて決定され得る。
結合剤は、本明細書において提供される代表的アッセイを用いて、ガン（例えば、乳ガン）を有する患者と有さない患者の間でさらに区別され得る。言い換えれば、タンパク質に結合する抗体または他の結合剤は、疾患を有する少なくとも約２０％の患者においてはガンの存在を示すシグナルを生成し、そしてガンを有さない少なくとも約９０％の個体においては疾患の存在しないことを示すネガティブなシグナルを生成する。結合剤がこの要件を満たすか否かを決定するために、ガンを有する患者およびガンを有さない（標準的臨床試験を用いて決定した場合）患者由来の生物学的サンプル（例えば、血液、血清、尿、および／または腫瘍生検）は、この結合剤に結合するポリペプチドの存在について、本明細書に記載のようにアッセイされ得る。疾患を有するサンプルおよび疾患を有さない統計的に有意な数のサンプルをアッセイすべきであることが明白である。それぞれの結合剤は、上記の基準を満たすべきであるが；当業者は、結合剤が感受性を改善する組み合わせで用いられ得ることを認識する。
上記の要件を満たす任意の薬剤が結合剤であり得る。例えば、結合剤はリボソーム（ペプチド成分を伴うかまたは伴わない）、ＲＮＡ分子またはポリペプチドであり得る。好ましい実施形態において、結合剤は、抗体またはその抗原結合フラグメントである。抗体は、当業者に公知の任意の種々の技術により調製され得る。例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８８を参照のこと。一般的に、細胞培養技術（本明細書中に記載のモノクローナル抗体の産生を含む）により、または適切な細菌細胞宿主または哺乳動物細胞宿主への抗体遺伝子のトランスフェクション（組換え抗体の産生を可能にするため）を介して、抗体は産生され得る。１つの技術では、ポリペプチドを含む免疫原は、任意の広範な種々の哺乳動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ、ヒツジ、またはヤギ）にまず注射される。この工程で、本発明のポリペプチドは、改変なしの免疫原として働く。あるいは、特に、相対的に短いポリペプチドについて、このポリペプチドがキャリアタンパク質（例えば、ウシ血清アルブミンまたはキーホールリンペットヘモシアニン）に連結される場合、優れた免疫応答が惹起され得る。この免疫原は、好ましくは所定のスケジュール（１回以上のブースター免疫を組み込む）に従って、動物宿主に注射され、そしてこの動物は、定期的に採血される。次いで、このポリペプチドに特異的なポリクローナル抗体は、例えば、適切な固体支持体に結合しているポリペプチドを用いるアフィニティークロマトグラフィーにより、このような抗血清から精製され得る。
目的の抗原性ポリペプチドについて特異的なモノクローナル抗体は、例えば、ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．６：５１１−５１９、１９７６の技術、ならびにその改良型を使用して調製され得る。手短には、これらの方法は、所望の特異性（すなわち、目的のポリペプチドとの反応性）を有する抗体を産生し得る不死化細胞株の調製を包含する。このような細胞株は、例えば、上記のように、免疫された動物から得られた脾臓細胞から産生され得る。次いで、脾臓細胞は、例えば、ミエローマ細胞融合パートナー（好ましくは、免疫された動物と同系のもの）との融合によって不死化される。種々の融合技術が使用され得る。例えば、脾臓細胞およびミエローマ細胞は、非イオン性界面活性剤と数分間組み合わせられ得、次いで、ハイブリッド細胞の増殖を支持するが、ミエローマ細胞の増殖を支持しない選択培地上で低密度でプレートされる。好ましい選択技術は、ＨＡＴ（ヒポキサンチン、アミノプテリン、チミジン）選択を使用する。十分な時間（通常約１〜２週間）後、ハイブリッドのコロニーが観察される。単一コロニーが選択され、そしてそれらの培養上清が、ポリペプチドに対する結合活性について試験される。高い反応性および特異性を有するハイブリドーマが好ましい。
モノクローナル抗体を、増殖しているハイブリドーマコロニーの上清から単離し得る。さらに、種々の技術（例えば、適切な脊椎動物宿主（例えば、マウス）の腹膜腔へのハイブリドーマ細胞株の注入）が、収量を増大させるために利用され得る。次いで、モノクローナル抗体を、腹水または血液から収集し得る。夾雑物を、通常の技術（例えば、クロマトグラフィー、ゲルろ過、沈殿、および抽出）によって抗体から除去し得る。本発明のポリペプチドを、例えば、アフィニティークロマトグラフィー工程における精製プロセスにおいて使用し得る。
特定の実施形態において、抗体の抗原結合フラグメントの使用が好ましい。このようなフラグメントは、標準的な技術を使用して調製され得るＦａｂフラグメントを含む。手短には、免疫グロブリンを、プロテインＡビーズカラム上のアフィニティークロマトグラフィー（ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、１９８８）によってウサギ血清から精製し得、そしてパパインによって消化して、ＦａｂフラグメントおよびＦｃフラグメントを産生し得る。ＦａｂフラグメントおよびＦｃフラグメントは、プロテインＡビーズカラム上のアフィニティークロマトグラフィーによって分離され得る。
本発明のモノクローナル抗体は、１つ以上の治療薬剤に結合され得る。この点において適切な薬剤は、放射性核種、分化誘導剤、薬物、毒素、およびその誘導体を含む。好ましい放射性核種には、90Ｙ、123Ｉ、125Ｉ、131Ｉ、186Ｒｅ、188Ｒｅ、211Ａｔ、および212Ｂｉが含まれる。好ましい薬物には、メトトレキセート、ならびにピリミジンアナログおよびプリンアナログが含まれる。好ましい分化誘導剤には、ホルボールエステルおよび酪酸が含まれる。好ましい毒素には、リシン、アブリン、ジフテリア毒素、コレラ毒素、ゲロニン（ｇｅｌｏｎｉｎ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ体外毒素、Ｓｈｉｇｅｌｌａ毒素、およびアメリカヤマゴボウ抗ウイルスタンパク質が含まれる。
治療剤は、直接的または間接的に（例えば、リンカー基を介して）適切なモノクローナル抗体と結合体化（例えば、共有結合によって）され得る。薬剤と抗体との間の直接的な反応は、各々が互いに反応し得る置換基を有する場合に可能である。例えば、一方の求核基（例えば、アミノ基またはスルフヒドリル基）は、もう一方の無水物もしくは酸ハロゲン化物のようなカルボニル含有基と、または良好な脱離基（例えば、ハロゲン化物）を含むアルキル基と反応し得る。
あるいは、リンカー基を介して治療剤と抗体とを結合体化させることが所望され得る。リンカー基は、結合の可能性の妨害を回避するために抗体を薬剤から隔てるためのスペーサーとして機能し得る。リンカー基はまた、薬剤または抗体上の置換基の化学的反応性を増加させるために働き得、従って結合体化効率を増大させる。化学的な反応性の増大はまた、薬剤または薬剤上の官能基の使用を容易にし得る（さもなければ可能ではない）。
種々の二官能性または多官能性試薬、ホモ官能性とヘテロ官能性との両方（例えば、Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬのカタログ中に記載されるもの）が、リンカー基として使用され得ることが当業者には明らかである。結合体化は、例えば、アミノ基、カルボキシル基、スルフヒドリル基、または酸化された炭水化物残基を通してもたらされ得た。このような方法論を記載する多数の参考文献（例えば、Ｒｏｄｗｅｌｌらに対する米国特許第４，６７１，９５８号）が存在する。
本発明の免疫結合体の抗体部分がないときに治療剤がより強力である場合、細胞中への内部移行の間に、またはその際に切断可能なリンカー基を使用することが所望であり得る。多数の異なる切断可能なリンカー基が記載されてきた。これらのリンカー基からの薬剤の細胞内放出についての機構は、ジスルフィド結合の還元（例えば、Ｓｐｉｔｌｅｒらへの米国特許第４，４８９，７１０号）、感光性結合の照射（例えば、Ｓｅｎｔｅｒらへの米国特許第４，６２５，０１４号）、誘導体化されたアミノ酸側鎖の加水分解（例えば、Ｋｏｈｎらへの米国特許第４，６３８，０４５号）、血清補体媒介性加水分解（例えば、Ｒｏｄｗｅｌｌらへの米国特許第４，６７１，９５８号）、および酸触媒加水分解（例えば、Ｂｌａｔｔｌｅｒらへの米国特許第４，５６９，７８９号）による切断を含む。
１つより多い薬剤を抗体に結合体化させることが所望され得る。１つの実施形態において、複数の薬剤の分子が１つの抗体分子に結合体化される。別の実施形態において、１つより型の多い薬剤が１つの抗体に結合体化され得る。特定の実施形態に関わらず、１つより多い薬剤を有する免疫結合体は、種々の方法で調製され得る。例えば、１つより多い薬剤が、抗体分子に直接的に結合体抗体分子に直接的に結合体化され得るか、または付着のための複数の部位を提供するリンカーが使用され得る。あるいは、キャリアが使用され得る。
キャリアは、種々の方法（直接的にまたはリンカー基を介するかのいずれかの共有結合を含む）で薬剤を保有し得る。適切なキャリアには、アルブミンのようなタンパク質（例えば、Ｋａｔｏらへの米国特許第４，５０７，２３４号）、ペプチド、およびアミノデキストランのようなポリサッカリド（例えば、Ｓｈｉｈらへの米国特許第４，６９９，７８４号）を含み得る。キャリアはまた、例えばリポソームベシクル内に、非共有結合によって、またはカプセル化によって、薬剤を保有し得る（例えば、米国特許第４，４２９，００８号および同第４，８７３、０８８号）。放射性核種薬剤に特異的なキャリアは、放射性ハロゲン化された低分子およびキレート化合物を含み得る。例えば、米国特許第４，７３５，７９２号は、代表的な放射性ハロゲン化低分子およびそれらの合成を開示する。放射性核種キレートは、金属、または金属酸化物、放射性核種の結合のためのドナー原子として窒素原子および硫黄原子を含むキレート化合物から形成され得る。例えば、Ｄａｖｉｓｏｎらへの米国特許第４，６７３，５６２号は、代表的なキレート化合物およびそれらの合成を開示する。
抗体および免疫結合体についての投与の種々の経路が使用され得る。代表的には、投与は、静脈内、筋肉内、皮下、または切除した腫瘍の基底においてである。抗体／免疫結合体の正確な用量は、使用される抗体、腫瘍上の抗原密度、および抗体のクリアランスの速度に依存して変化することは明白である。
（Ｔ細胞）
免疫治療組成物はまた、あるいは、乳房腫瘍タンパク質に特異的なＴ細胞を含み得る。このような細胞は、一般的に標準的手順を使用して、インビトロまたはエキソビボで調製され得る。例えば、Ｔ細胞は、市販の細胞分離システム（例えば、ＩＳＯＬＥＸＴＭシステム（Ｎｅｘｅｌｌ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ Ｉｎｃ．，Ｉｒｖｉｎｅ，ＣＡから入手可能、米国特許第５，２４０，８５６号；米国特許第５，２１５，９２６号；ＷＯ８９／０６２８０；ＷＯ９１／１６１１６およびＷＯ９２／０７２４３もまた参照のこと））を使用して、哺乳動物（例えば、患者）の骨髄、末梢血あるいは骨髄または末梢血の画分中から単離され得る。あるいは、Ｔ細胞は、関連または無関連のヒト、非ヒト哺乳動物、細胞株または培養物から誘導され得る。
Ｔ細胞は、乳房腫瘍ポリペプチド、乳房腫瘍ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドおよび／またはそのようなポリペプチドを発現する抗原提示細胞（ＡＰＣ）を用いて刺激され得る。このような刺激は、このポリペプチドに特異的であるＴ細胞の生成を可能にする条件下および十分な時間で行われる。好ましくは、乳房腫瘍ポリペプチドまたはポリヌクレオチドは、送達ビヒクル（例えば、ミクロスフェア）中に存在して、特異的Ｔ細胞の生成を容易にする。
Ｔ細胞は、このＴ細胞がポリペプチドで被覆された標的細胞またはこのようなポリペプチドをコードする遺伝子を発現する標的細胞を殺傷する場合に、乳房腫瘍ポリペプチドに特異的であるとみなされる。Ｔ細胞特異性は、任意の種々の標準的技術を使用して評価され得る。例えば、クロム放出アッセイまたは増殖アッセイにおいて、ネガティブコントロールと比較して、溶解および／または増殖において２倍を超える増加の刺激指数は、Ｔ細胞特異性を示す。このようなアッセイは、例えば、Ｃｈｅｎら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５４：１０６５−１０７０，１９９４に記載されるように、実行され得る。あるいは、Ｔ細胞の増殖の検出は、種々の公知の技術によって達成され得る。例えば、Ｔ細胞増殖は、ＤＮＡ合成の速度の増加を測定することによって検出され得る（例えば、トリチウム化チミジンでＴ細胞の培養物をパルス標識し、ＤＮＡに取り込まれたトリチウム化チミジンの量を測定することによって）。３〜７日間の乳房腫瘍ポリペプチド（１００ｎｇ／ｍｌ〜１００μｇ／ｍｌ、好ましくは、２００ｎｇ／ｍｌ〜２５μｇ／ｍｌ）との接触は、Ｔ細胞の増殖において少なくとも２倍の増加をる。２〜３時間の上記のような接触は、標準的なサイトカインアッセイを使用して測定されるように、Ｔ細胞の活性化を生じ、ここで、サイトカイン（例えば、ＴＮＦまたはＩＦＮ−γ）放出のレベルの２倍の増加が、Ｔ細胞の活性化を示す（Ｃｏｌｉｇａｎら、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，第１巻、Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ（Ｇｒｅｅｎｅ １９９８）を参照のこと）。乳房腫瘍ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは乳房腫瘍ポリペプチド発現ＡＰＣに対して応答して活性化されたＴ細胞は、ＣＤ４+および／またはＣＤ８+であり得る。乳房腫瘍特異的Ｔ細胞は、標準的な技術を使用して拡大され得る。好ましい実施形態において、Ｔ細胞は、患者または関連するドナーもしくは無関連のドナーから誘導され、そして刺激および拡大後にその患者に投与される。
治療目的で、乳房腫瘍ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたはＡＰＣに応答して増殖するＣＤ４+Ｔ細胞またはＣＤ８+Ｔ細胞は、インビトロまたはインビボのいずれかで大量に拡大され得る。このようなＴ細胞のインビトロでの増殖は、種々の方法において達成され得る。例えば、Ｔ細胞は、Ｔ細胞増殖因子（例えば、インターロイキン−２）の添加を伴うか、または伴わずに、乳房腫瘍ポリペプチド、またはこのようなポリぺプチドの免疫原正部分に対応する短いペプチド、および／あるいは乳房腫瘍ポリペプチドを合成する刺激細胞に対して再曝露され得る。あるいは、乳房腫瘍ポリペプチドの存在下で増殖する１つ以上のＴ細胞は、クローニングによって数が増加され得る。細胞をクローニングするための方法は、当該分野で周知であり、そしてこれらとしては、限界希釈が挙げられる。
（薬学的組成物およびワクチン）
特定の局面では、本明細書中で開示されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、Ｔ細胞および／または結合剤は、薬学的組成物または免疫原性組成物（すなわち、ワクチン）に取り込まれ得る。薬学的組成物は、１以上のこのような化合物および生理学的に受容可能なキャリアを含む。ワクチンは、１以上のこのような化合物および免疫賦活薬を含み得る。免疫賦活薬は、外因性抗原に対する免疫応答を増強する任意の物質であり得る。免疫賦活薬の例としては、アジュバント、生分解性マイクロスフェア（例えば、ポリ乳酸ガラクチド（ｐｏｌｙｌａｃｔｉｃ
ｇａｌａｃｔｉｄｅ））およびリポソーム（この中に化合物が取り込まれる；Ｆｕｌｌｅｒｔｏｎ、米国特許第４，２３５，８７７号を参照のこと）が挙げられる。ワクチンの調製は、一般に、例えば、Ｍ．Ｆ．ＰｏｗｅｌｌおよびＭ．Ｊ．Ｎｅｗｍａｎ 編、「Ｖａｃｃｉｎｅ Ｄｅｓｉｇｎ（ｔｈｅ ｓｕｂｕｎｉｔ ａｎｄ ａｄｊｕｖａｎｔ ａｐｐｒｏａｃｈ）」，Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ（ＮＹ，１９９５）に記載される。本発明の範囲内の薬学的組成物およびワクチンはまた、生物学的に活性であっても不活性であってもよい、他の化合物を含み得る。例えば、他の腫瘍抗原の１以上の免疫原性部分は、融合ポリペプチドに取り込まれてか、または別個の化合物としてのいずれかで、組成物またはワクチン内に存在し得る。
薬学的組成物またはワクチンは、上記のように、１つ以上のポリペプチドをコードするＤＮＡを含み得、その結果このポリペプチドは、インサイチュで生成される。上記のようにＤＮＡは、当業者に公知の任意の種々の送達系内に存在し得る。この送達系としては、核酸発現系、細菌およびウイルスの発現系が挙げられる。多くの遺伝子送達技術、例えば、Ｒｏｌｌａｎｄ，Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｔｈｅｒａｐ．Ｄｒｕｇ Ｃａｒｒｉｅｒ Ｓｙｓｔｅｍｓ １５：１４３〜１９８，１９９８、およびそこに引用される参考文献により記載される技術が当該分野で周知である。適切な核酸発現系は、患者における発現のために必要なＤＮＡ配列（例えば、適切なプロモーターおよび停止シグナル）を含む。細菌の送達系は、細胞表面上でポリペプチドの免疫原性部分を発現するかまたはこのようなエピトープを分泌する細菌（例えば、Ｂａｃｉｌｌｕｓ−Ｃａｌｍｅｔｔｅ−Ｇｕｅｒｒｉｎ）の投与を包含する。好ましい実施形態において、ＤＮＡは、ウイルス発現系（例えば、ワクシニアもしくは他のポックスウイルス、レトロウイルス、またはアデノウイルス）を用いて誘導され得る。これは、非病原性（欠損）、複製能力のあるウイルスの使用を含み得る。適切な系が、例えば、以下に開示されている：Ｆｉｓｈｅｒ−Ｈｏｃｈら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：３１７〜３２１、１９８９；Ｆｌｅｘｎｅｒら、Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．５６９：８６〜１０３，１９８９；Ｆｌｅｘｎｅｒら、Ｖａｃｃｉｎｅ ８：１７〜２１，１９９０；米国特許第４，６０３，１１２号、同第４，７６９，３３０号および同第５，０１７，４８７号；ＷＯ ８９／０１９７３；米国特許第４，７７７，１２７号；ＧＢ ２，２００，６５１；ＥＰ ０，３４５，２４２号；ＷＯ ９１／０２８０５；Ｂｅｒｋｎｅｒ、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ６：６１６〜６２７，１９８８；Ｒｏｓｅｎｆｅｌｄら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５２：４３１〜４３４，１９９１；Ｋｏｌｌｓら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９１：２１５〜２１９，１９９４；Ｋａｓｓ−Ｅｉｓｌｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：１１４９８〜１１５０２，１９９３；Ｇｕｚｍａｎら、Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ ８８：２８３８〜２８４８，１９９３；ならびにＧｕｚｍａｎら、Ｃｉｒ．Ｒｅｓ．７３：１２０２〜１２０７，１９９３。このような発現系にＤＮＡを組み込むための技術は、当業者に周知である。ＤＮＡはまた、例えば、Ｕｌｍｅｒら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５９：１７４５〜１７４９，１９９３に記載され、そしてＣｏｈｅｎ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５９：１６９１〜１６９２，１９９３によって総説されるように「裸（ｎａｋｅｄ）」であってもよい。裸のＤＮＡの取りこみは、細胞中に効率的に移動される生分解性ビーズ上にＤＮＡをコーティングすることにより増大され得る。
当業者に公知の任意の適切なキャリアが本発明の薬学的組成物において使用され得るが、キャリアの型は、投与の様態に依存して変化する。本発明の組成物は、例えば、局所投与、経口投与、経鼻投与、静脈投与、頭蓋内投与、腹腔内投与、皮下投与、または筋肉内投与を含む、投与の任意の適切な様式のために処方され得る。非経口投与（例えば、皮下注射）のためにキャリアは、好ましくは、水、生理食塩水、アルコール、脂肪、ワックスまたは緩衝液を含む。経口投与のためには、任意の上記のキャリアまたは固体キャリア（例えば、マンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、タルカム（滑石粉）、セルロース、グルコース、スクロースおよび炭酸マグネシウム）が用いられ得る。生分解性ミクロスフェア（微粒子）（例えば、ポリラクテートポリグリコレート）がまた、本発明の薬学的組成物のためのキャリアとして使用され得る。適切な生分解性ミクロスフェアは、例えば、米国特許第４，８９７，２６８号および同第５，０７５，１０９号に開示されている。
このような組成物はまた、緩衝液（例えば、中性の緩衝化生理食塩水またはリン酸緩衝化生理食塩水）、炭水化物（例えば、グルコース、マンノース、スクロースまたはデキストラン）、マンニトール、タンパク質、ポリペプチドまたはアミノ酸（例えば、グリシン）、抗酸化剤、キレート剤（例えば、ＥＤＴＡまたはグルタチオン）、アジュバント（例えば、水酸化アルミニウム）および／または保存剤（防腐剤）を含み得る。あるいは、本発明の組成物は、凍結乾燥剤として処方され得る。化合物はまた、周知の技術を用いてリポソーム内にカプセル化され得る。
任意の種々の免疫賦活薬が、本発明のワクチンに使用され得る。例えば、アジュバントが含まれ得る。ほとんどのアジュバントは、抗原を迅速な異化から防御するように設計された物質（例えば、水酸化アルミニウムまたは鉱油）および免疫応答の刺激因子（例えば、リピドＡ（脂質Ａ）、Ｂｏｒｔｅｄｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓまたはＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ由来のタンパク質）を含む。適切なアジュバントは、例えば、フロイント不完全アジュバント（Ｆｒｅｕｎｄ’ｓ Ｉｎｃｏｍｐｌｅｔｅ Ａｄｊｕｖａｎｔ）およびフロイント完全アジュバント（Ｆｒｅｕｎｄ’ｓ Ｃｏｍｐｌｅｔｅ Ａｄｊｕｖａｎｔ）（Ｄｉｆｃｏ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｄｅｔｒｏｉｔ，ＭＩ）；Ｍｅｒｃｋ Ａｄｊｕｖａｎｔ ６５（Ｍｅｒｃｋ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｉｎｃ．，Ｒａｈｗａｙ，ＮＪ）；アルミニウム塩（例えば、水酸化アルミニウムゲル（ミョウバン）またはリン酸アルミニウム）；カルシウム、鉄、または亜鉛の塩；アシル化したチロシンの不溶性懸濁液；アシル化した糖；カチオンとして（ｃａｔｉｏｎｉｃａｌｌｙ）かまたはアニオンとして（ａｎｉｏｎｉｃａｌｌｙ）誘導される多糖類；ポリフォスファーゼン；生分解性ミクロスフェア、モノホスホリルリピドＡおよびｑｕｉｌ Ａとして市販されている。サイトカイン（例えば、ＧＭ−ＣＳＦまたはインターロイキン−２、インターロイキン−７もしくはインターロイキン−１２）もまた、アジュバントとして使用され得る。
本明細書中で提供されるワクチンにおいて、アジュバンド組成物は、好ましくは、優勢にＴｈ１型の免疫応答を誘導するように設計される。高レベルのＴｈ１型サイトカイン（例えば、ＩＦＮ−γ、ＴＮＦ−α、ＩＬ−２およびＩＬ−１２）は、投与された抗原に対する細胞媒介性免疫応答の誘導を好む傾向にある。対照的に、高レベルのＴｈ２型サイトカイン（例えば、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６およびＩＬ−１０）は、体液性免疫応答の誘導を好む傾向にある。本明細書中に提供されるワクチンの適用に従って、患者は、Ｔｈ１型応答およびＴｈ２型応答を誘導する免疫応答を支持する。応答が優勢にＴｈ１型である好ましい実施形態において、Ｔｈ１型サイトカインのレベルは、Ｔｈ２型サイトカインのレベルよりもはるかに高い程度まで増加する。これらのサイトカインのレベルは、標準的アッセイを使用して容易に評価され得る。サイトカインのファミリーの総説については、ＭｏｓｍａｎｎおよびＣｏｆｆｍａｎ、Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．７：１４５−１７３、１９８９を参照のこと。
Ｔｈ１型優勢の応答を誘発する使用のための好ましいアジュバンドは、例えば、モノホスホリルリピドＡ、好ましくは３−ｄｅ−Ｏ−アシル化モノホスホリルリピドＡ（３Ｄ−ＭＰＬ）とアルミニウム塩との組み合わせを含む。ＭＰＬアジュバンドは、Ｒｉｂｉ ＩｍｍｕｎｏＣｈｅｍ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｃ．（Ｈａｍｉｌｔｏｎ，ＭＴ）から入手可能である（米国特許第４，４３６，７２７号；同第４，８７７，６１１号；同第４，８６６，０３４号および同第４，９１２，０９４号を参照のこと）。ＣｐＧ含有オリゴヌクレオチド（ここで、ＣｐＧジヌクレオチドはメチル化されていない）はまた、Ｔｈ１優勢の応答を誘導する。このようなオリゴヌクレオチドは周知であり、そして例えばＷＯ９６／０２５５５に記載される。別の好ましいアジュバンドは、サポニン、好ましくはＱＳ２１であり、これは単独でか、または他のアジュバンドと組み合わせて使用され得る。例えば、増強された系は、モノホスホリルリピドＡとサポニン誘導体との組み合わせ（例えば、ＷＯ９４／００１５３に記載されるような、ＱＳ２１と３Ｄ−ＭＰＬとの組み合わせ、またはＷＯ９６／３３７３９に記載されるような、Ｑ２１がコレステロールで抑制（ｑｕｅｎｃｈ）される、あまり反応発生的（ｒｅａｃｔｏｇｅｎｉｃ）でない組成物）を含む。他の好ましい処方物は、水の油乳濁液およびトコフェロールを含む。水の油乳濁液中にＱＳ２１、３Ｄ−ＭＰＬおよびトコフェロールを含む特に強力なアジュバンド組成物は、ＷＯ９５／１７２１０に記載されている。本明細書中に提供される任意のワクチンは、抗原、免疫応答エンハンサーおよび適切なキャリアまたは賦形剤の組み合わせを生じる周知の方法を使用して調製され得る。
本明細書において記載される組成物は、徐放性処方物（すなわち、投与後、化合物の緩徐な放出をもたらすカプセル、スポンジ、またはゲル（例えば、多糖類からなる）のような処方物）の一部として投与され得る。このような処方物は一般に、周知の技術を用いて調製され得、そして例えば、経口、直腸または皮下移植によってか、あるいは所望の標的部位への移植によって投与され得る。徐放性処方物は、キャリアマトリックスに分散され、そして／または速度制御膜に囲まれる貯蔵所内に含まれる、ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは抗体を含み得る。このような処方物内での使用のためのキャリアは、生体適合性であり、そしてまた生分解性であり得る；好ましくは、この処方物は比較的一定レベルの活性成分の放出を提供する。徐放性処方物内に含まれる活性な化合物の量は、移植の部位、放出の速度および予期される期間、ならびに処置または予防されるべき状態の性質に依存する。
任意の種々の送達ビヒクルは、薬学的組成物およびワクチン内で使用され、腫瘍細胞を標的とする抗原特異性免疫応答の生成を容易にし得る。送達ビヒクルは、抗原提示細胞（ＡＰＣ）（例えば、樹状細胞、マクロファージ、Ｂ細胞、単球、および有効なＡＰＣであるように操作され得る他の細胞）を含む。このような細胞は、抗原を提示する能力を増大するように、Ｔ細胞応答の活性化および／または維持を改良するように、それ自体で抗腫瘍効果を有するように、そして／あるいは受け手（すなわち、一致するＨＬＡハプロタイプ）と免疫学的に適合性であるように遺伝学的に改変され得るが、改変される必要はない。ＡＰＣは、一般に、種々の生物学的な流体および器官（腫瘍および腫瘍周辺組織を含む）のいずれかから単離され得、そして自己細胞、同種異系細胞、同系細胞、または異種細胞であり得る。
本発明の特定の好ましい実施形態は、抗原提示細胞として、樹状細胞またはその前駆細胞を使用する。樹状細胞は、高度に強力なＡＰＣであり（ＢａｎｃｈｅｒｅａｕおよびＳｔｅｉｎｍａｎ、Ｎａｔｕｒｅ ３９２：２４５−２５１、１９９８）、そして予防的または治療的な抗腫瘍免疫性を誘発するための生理学的アジュバンドとして有効であることが示されてきた（ＴｉｍｍｅｒｍａｎおよびＬｅｖｙ、Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｍｅｄ．５０：５０７−５２９、１９９９を参照のこと）。一般に、樹状細胞は、それらの代表的な形状（インサイチュでは星状、インビトロでは目に見える顕著な細胞質プロセス（樹枝状結晶）を有する）、高い効率で抗原を取り込み、処理し、そして提示するそれらの能力、および未処置の（ｎａｉｖｅ）Ｔ細胞応答を活性化するそれらの能力に基づいて同定され得る。もちろん樹状細胞は、インビボまたはエキソビボで樹状細胞上に通常見出されない特定の細胞表面レセプターまたはリガンドを発現するように操作され得、このような改変樹状細胞は本発明によって意図される。樹状細胞の代替として、分泌小胞抗原装荷樹状細胞（ｓｅｃｒｅｔｅｄ ｖｅｓｉｃｌｅｓ ａｎｔｉｇｅｎ−ｌｏａｄｅｄ ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ ｃｅｌｌｓ）（エキソソーム（ｅｘｏｓｏｍｅ）と呼ばれる）がワクチン内で使用され得る（Ｚｉｔｖｏｇｅｌら、Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄ．４：５９４−６００，１９９８を参照のこと）。
樹状細胞および前駆細胞は、末梢血、骨髄、腫瘍浸潤細胞、腫瘍周辺組織浸潤細胞、リンパ節、脾臓、皮膚、臍帯血、または他の適切な組織もしくは流体から得られ得る。例えば、樹状細胞は、末梢血から収集された単球の培養物に、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−４、ＩＬ−１３および／またはＴＮＦαのようなサイトカインの組み合わせを添加することによってエキソビボで分化され得る。あるいは、末梢血、臍帯血または骨髄から収集されたＣＤ３４陽性細胞は、培養培地にＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−３、ＴＮＦα、ＣＤ４０リガンド、ＬＰＳ、ｆｌｔ３リガンドおよび／または樹状細胞の分化、成熟、および増殖を誘導する他の成分を添加することによって、樹状細胞に分化され得る。
樹状細胞は、「未熟」細胞および「成熟」細胞として都合良く分類され、このことは、２つの充分に特徴付けられた表現型の間を区別する単純な方法を与える。しかしこの学名は、あらゆる可能な分化の中間段階を排除するように解釈されるべきではない。未熟な樹状細胞は、抗原の取り込みおよび処理の高い能力を有するＡＰＣとして特徴付けられ、この能力は、Ｆｃγレセプターおよびマンノースレセプターの高度な発現と相関する。成熟表現型は、代表的に、クラスＩおよびクラスＩＩ ＭＨＣ、接着分子（例えば、ＣＤ５４およびＣＤ１１）ならびに同時刺激性分子（例えば、ＣＤ４０、ＣＤ８０、ＣＤ８６および４−１ＢＢ）のようなＴ細胞活性化の原因である細胞表面分子の高度な発現ではなく、これらのマーカーのより低い発現によって特徴付けられる。
ＡＰＣは、一般に、乳房腫瘍タンパク質（またはその部分もしくは他の改変体）をコードするポリヌクレオチドを用いてトランスフェクトされ得、その結果、乳房腫瘍ポリペプチドまたはその免疫原性部分が細胞表面上に発現される。このようなトランスフェクションはエキソビボで生じ得、次いでこのようなトランスフェクトされた細胞を含む組成物またはワクチンは、本明細書中に記載されるように、治療目的のために使用され得る。あるいは、細胞を提示する樹状または他の抗原を標的とする遺伝子送達ビヒクルが、患者に投与され得、インビボで起こるトランスフェクションを生じる。樹状細胞のインビボおよびエキソビボでのトランスフェクションは、例えば、ＷＯ９７／２７４４４７に記載される方法、またはＭａｈｖｉら、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ
７５：４５６−４６０、１９９７によって記載される遺伝子銃アプローチのような当該分野で公知の任意の方法を使用して一般に実施され得る。樹状細胞の抗原装荷は、樹状細胞または前駆細胞を、乳房腫瘍ポリペプチド、ＤＮＡ（裸のもしくはプラスミドベクター中の）またはＲＮＡ；あるいは抗原発現性組換え細菌またはウイルス（例えば、牛痘、鶏痘、アデノウイルスまたはレンチウイルスのベクター）とインキュベートすることによって達成され得る。装荷の前に、ポリペプチドは、Ｔ細胞補助（例えば、キャリア分子）を提供する免疫学的パートナーに共有結合され得る。あるいは、樹状細胞は、単独でかまたはポリペプチドの存在下で、結合していない免疫学的パートナーと同調（ｐｕｌｓｅ）され得る。
（癌の治療）
本発明のさらなる局面において、本明細書において記載される組成物は、癌（例えば、乳癌）の免疫治療に用いられ得る。このような方法において、薬学的組成物およびワクチンが、代表的に患者に投与される。本明細書において用いられる場合、「患者」とは、任意の温血動物、好ましくはヒトをいう。患者は、癌に感染していてもいなくてもよい。従って、上記の薬学的組成物およびワクチンは、癌の発生を予防するために、または癌に罹患した患者を処置するために用いられ得る。癌は、当該分野で一般に受け入れられている基準（悪性腫瘍の存在を含む）を用いて診断される。薬学的組成物およびワクチンは、初期腫瘍の外科的除去のおよび／または放射線治療剤もしくは従来の化学療法剤の投与の前にか、またはその後に投与され得る。
特定の実施形態において、免疫療法は、能動的免疫療法であり得、この療法において処置は、免疫応答改変剤（例えば、本明細書中で開示されたポリペプチドおよびポリヌクレオチド）の投与で腫瘍に対して反応する内因性宿主免疫系のインビボ刺激に依存する。
他の実施形態において、免疫療法は、受動的免疫療法であり得、この療法において処置は、確立された腫瘍免疫反応性を有する因子（例えば、エフェクター細胞または抗体）の送達（抗腫瘍効果を直接的または間接的に媒介し得、そしてインタクトな宿主免疫系に依存する必要はない）を含む。エフェクター細胞の例としては、上記のようなＴ細胞、本明細書中に提供されるポリペプチドを発現するＴリンパ球（例えば、ＣＤ８+細胞傷害性Ｔリンパ球およびＣＤ４+Ｔヘルパー腫瘍浸潤性リンパ球）、キラー細胞（例えば、ナチュラルキラー細胞およびリンホカイン活性化キラー細胞）、Ｂ細胞および抗原提示細胞（例えば、樹状細胞およびマクロファージ）が挙げられる。本明細書中に列挙されるポリペプチドに特異的なＴ細胞レセプターおよび抗体レセプターは、養子免疫療法のために他のベクターまたはエフェクター細胞中にクローニングされ、発現され、そして移入され得る。本明細書に提供されるポリペプチドはまた、受動免疫療法のための抗体または抗イディオタイプ抗体（上記および米国特許第４，９１８，１６４号に記載される）を生成するために用いられ得る。
エフェクター細胞は、通常、本明細書中に記載されるように、インビトロでの増殖により養子免疫治療のために十分な量で得られ得る。単一の抗原特異的エフェクター細胞を、インビボでの抗原認識の保持しながら数十億まで増殖させるための培養条件は当該分野で周知である。このようなインビトロの培養条件は代表的に、しばしばサイトカイン（例えば、ＩＬ−２）および分裂しない支持細胞の存在下で、抗原での間欠刺激を用いる。上で述べたように、本明細書中で提供される免疫反応性ポリペプチドは、抗原特異的Ｔ細胞培養を急速に増殖するために用いられ、免疫治療に十分な数の細胞を生成し得る。詳細には、抗原提示細胞（例えば、樹状細胞、マクロファージ、単球、繊維芽細胞、またはＢ細胞）は、当該分野で周知の標準的技術を用いて、免疫反応性ポリペプチドでパルスされ得るか、または１つ以上のポリヌクレオチドでトランスフェクトされ得る。例えば、抗原提示細胞は、組換えウイルスまたは他の発現系における発現を増大するのに適切なプロモーターを有するポリヌクレオチドでトランスフェクトされ得る。治療において使用するための培養されたエフェクター細胞は、増殖されかつ広範に流通され得、そしてインビボで長期間生存され得なければならない。培養されたエフェクター細胞が、インビボで増殖し、そしてＩＬ−２を補充された抗原での反復刺激によって、長期間、多数生存しするように誘導され得ることが研究で示されている（例えば、Ｃｈｅｅｖｅｒら、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｒｅｖｉｅｗｓ １５７：１７７、１９９７を参照のこと）。
あるいは、本明細書において列挙されるポリペプチドを発現するベクターは、患者から得られた抗原提示細胞に導入され得、そして同じ患者に戻す移植のためにエキソビボでクローン的に増殖され得る。トランスフェクトされた細胞は、当該分野で公知の任意の手段（好ましくは、静脈投与、腔内投与、腹腔内投与、または腫瘍内投与による滅菌形態）を用いて患者に再導入され得る。
本明細書中に開示される治療的組成物の投与の経路および頻度、ならびに投薬量は、個々人で異なり、そして標準的技術を用いて容易に確立され得る。概して、薬学的組成物およびワクチンは、注射（例えば、皮内、筋肉内、静脈内、または皮下）により、経鼻的に（例えば、吸引により）または経口的に、投与され得る。好ましくは、５２週間にわたって１〜１０用量の間が投与され得る。好ましくは、１ヶ月の間隔で６用量が投与され、そしてブースター（追加）ワクチン接種がその後定期的に与えられ得る。交互のプロトコールが個々の患者に適切であり得る。適切な用量は、上記のように投与された場合、抗腫瘍免疫応答を促進し得、そして基底（すなわち、未処置）レベルより少なくとも１０〜５０％上である、化合物の量である。このような応答は、患者内の抗腫瘍抗体を測定することによってか、または患者の腫瘍細胞を殺傷し得る細胞溶解性エフェクター細胞のワクチン依存性のインビトロでの生成によってモニターされ得る。このようなワクチンはまた、ワクチン接種されていない患者と比較すると、ワクチン接種された患者において、改善された臨床的結果（例えば、より頻繁な症状の軽減、完全もしくは部分的に疾患を有さないか、またはより長く疾患を有さない生存）を導く免疫応答を生じ得るはずである。一般に、１つ以上のポリペプチドを含む薬学的組成物およびワクチンについて、用量中に存在する各ポリペプチドの量は、宿主の体重（ｋｇ）あたり、約１００μｇ〜５ｍｇにわたる。適切な用量サイズは、患者の大きさで変化するが、代表的には約０．１ｍＬ〜約５ｍＬの範囲である。
一般に、適切な投薬量および処置レジメンは、治療的および／または予防的利点を提供するのに十分な量の活性薬剤を提供する。このような応答は、処置されていない患者に比較して、処置された患者において、改善された臨床的結果（例えば、より頻繁な寛解、完全なまたは部分的な、あるいはより長い疾患なしでの生存）を確立することによってモニターされ得る。乳房腫瘍タンパク質に対する既存の免疫応答における増加は、一般的に、改善された臨床的結果と関連する。このような免疫応答は、一般的に、標準的な増殖アッセイ、細胞障害性アッセイまたはサイトカインアッセイを使用して評価され得、これは、処置の前または後に患者から得られるサンプルを使用して行われ得る。
（癌を検出するための方法）
一般的に、癌は、患者から得られた生物学的サンプル（例えば、血液、血清、尿、および／または腫瘍生検）における１つ以上の乳房腫瘍タンパク質および／またはこのようなタンパク質をコードするポリヌクレオチドの存在に基づいて患者において検出され得る。言い換えると、このようなタンパク質は、乳癌のような癌の存在または非存在を示すためのマーカーとして使用され得る。さらに、このようなタンパク質は、他の癌の検出に有用であり得る。本明細書に提供される結合剤が、一般的に、生物学的サンプル中の薬剤に結合する抗原のレベルの検出を可能にする。ポリヌクレオチドプライマーおよびプローブは、腫瘍タンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを検出するために使用され得、これもまた、癌の存在または非存在を示す。一般に、乳房腫瘍の配列は、正常な組織におけるよりも、腫瘍組織において少なくとも３倍高いレベルで存在する。
サンプル中のポリペプチドマーカーを検出するために結合剤を使用するための、当業者に公知の種々のアッセイ型式が存在する。例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｒｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８８を参照のこと。一般的に、患者における癌の存在または非存在は、（ａ）患者から得られた生物学的サンプルを結合剤と接触させる工程；（ｂ）結合剤に結合するポリペプチドのレベルをサンプルにおいて検出する工程；および（ｃ）ポリペプチドのレベルと所定のカットオフ値とを比較する工程によって決定され得る。
好ましい実施形態において、このアッセイは、結合するためおよびサンプルの残りからポリペプチドを除くために固体支持体上に固定化された結合剤の使用を含む。次いで、結合されたポリペプチドは、レポーター基を含み、結合剤／ポリペプチド複合体に特異的に結合する検出試薬を使用して検出され得る。このような検出試薬は、例えば、ポリペプチドまたは抗体に特異的に結合する結合剤あるいは結合剤に特異的に結合する他の薬剤（例えば、抗免疫グロブリン、タンパク質Ｇ、タンパク質Ａまたはレクチン）を含み得る。あるいは、競合アッセイが、使用され得、ここで、ポリペプチドは、レポーター基で標識され、そしてサンプルと結合剤のインキュベーション後にその固定化結合剤に結合し得る。サンプルの成分が、標識ポリペプチドの結合剤への結合を阻害する程度は、サンプルの固定化結合剤との反応性を示す。このようなアッセイにおける使用に適切なポリペプチドは、上記のような、全長乳房腫瘍タンパク質および結合剤が結合するその部分を含む。
固体支持体は、腫瘍タンパク質が付着され得る当業者に公知の任意の物質であり得る。例えば、固体支持体は、マイクロタイタープレートにおける試験ウェルあるいはニトロセルロースまたは他の適切な膜であり得る。あるいは、その支持体は、ビーズまたはディスク（例えば、ガラス）、ファイバーグラス、ラテックス、またはプラスチック物質（例えば、ポリスチレン、またはポリ塩化ビニル）であり得る。その支持体はまた、磁気粒子または光ファイバーセンサー（例えば、米国特許第５，３５９，６８１号に記載のような）であり得る。結合剤は、当業者に公知の種々の技術を使用して固体支持体上に固定化され得、これは特許および科学文献に十分に記載されている。本発明の状況において、用語「固定化」とは、非共有結合的な会合（例えば、吸着）および共有結合的な付着（これは、薬剤と支持体上の官能基との間で直接結合され得るかまたは架橋剤を用いる結合であり得る）の両方をいう。マイクロタイタープレートのウェル、または膜への吸着による固定化は好ましい。このような場合、吸着は、適切な時間、適切な緩衝液中で固体支持体と結合剤とを接触させることによって達成され得る。接触時間は、温度によって変化するが、代表的には、約１時間から約１日の間である。一般的には、約１０ｎｇ〜約１０μｇ、そして好ましくは約１００ｎｇ〜約１μｇの範囲の量の結合剤とプラスチックマイクロタイタープレート（例えば、ポリスチレンまたはポリ塩化ビニル）のウェルを接触させることは、適切な量の結合剤を固定化するのに十分である。
固体支持体への結合剤の共有結合的付着は、一般に、支持体および結合剤上の官能基（例えば、水酸基またはアミノ基）の両方と反応する二官能性試薬と支持体を最初に反応させることによって達成され得る。例えば、この結合剤は、ベンゾキノンを用いるかまたは結合パートナー上のアミンおよび活性水素を用いる支持体上のアルデヒド基の縮合によってコートする適切なポリマーを有する支持体に、共有結合的に付着され得る（例えば、Ｐｉｅｒｃｅ Ｉｍｍｕｎｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｃａｔａｌｏｇ ａｎｄ Ｈａｎｄｂｏｏｋ、１９９１、Ａ１２−Ａ１３を参照のこと）。
特定の実施形態において、このアッセイは、２抗体サンドイッチアッセイである。本アッセイは、最初に、固体支持体（通常、マイクロタイタープレートのウェル）上で固定化されている抗体をサンプルと接触させて、サンプル内のポリペプチドを固定化抗体に結合させることによって実施され得る。次いで、非結合サンプルは固定化ポリペプチド−抗体複合体から除去され、そして検出試薬（好ましくは、そのポリペプチド上の異なる部位に結合し得る第２の抗体（レポーター基を含む））が添加される。次いで、固体支持体に結合したままである検出試薬の量が、特定のレポーター基に関して適切な方法を用いて決定される。
より詳細には、一旦抗体が上記のように支持体上に固定化されると、支持体上の残りのタンパク質結合部位は、典型的にはブロックされる。任意の適切なブロック剤（例えば、ウシ血清アルブミンまたはＴｗｅｅｎ２０TM（Ｓｉｇｍａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ））は、当業者に公知である。固定化抗体は次いで、サンプルとインキュベートされ、そしてポリペプチドをこの抗体に結合させる。インキュベーションの前に、このサンプルは適切な希釈液（例えば、リン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ））で希釈され得る。概して、適切な接触時間（すなわち、インキュベーション時間）は、乳癌を有する個体から得られたサンプル内のポリペプチドの存在を検出するのに十分な時間である。好ましくは、この接触時間は、結合ポリペプチドと非結合ポリペプチドとの間の平衡が少なくとも約９５％で達成される結合レベルを達成するのに十分な時間である。当業者は、ある時間にわたって起こる結合レベルをアッセイすることによって、平衡に達するまでに必要な時間が容易に決定され得ることを認識する。室温では、一般に、約３０分間のインキュベーション時間で十分である。
次いで、非結合サンプルが、適切な緩衝液（例えば、０．１％Ｔｗｅｅｎ２０TMを含むＰＢＳ）を用いて固体支持体を洗浄することによって除去される。レポーター基を含む第２の抗体が次いで、固体支持体に添加され得る。好ましいレポーター基は、上記の基を含む。
次いで、検出試薬が、結合されたポリペプチドを検出するのに十分な量の時間、固定化抗体−ポリペプチド複合体とインキュベートされる。適切な量の時間は、一般に、ある時間にわたって起こる結合のレベルをアッセイすることによって決定され得る。次いで、非結合の検出試薬は除去され、そして結合した検出試薬は、レポーター基を用いて検出される。レポーター基を検出するために使用される方法は、レポーター基の性質に依存する。放射性基について、一般的には、シンチレーション計数法またはオートラジオグラフィー法が適切である。分光法は、色素、発光基および蛍光基を検出するために使用され得る。ビチオンは、異なるレポーター基（一般に、放射性もしくは蛍光基または酵素）に結合されたアビジンを使用して検出され得る。酵素レポーター基は、一般に、基質の添加（一般には、特定の時間の間）、続いて反応産物の分光分析または他の分析により検出され得る。
癌（例えば、乳癌）の存在または非存在を決定するために、固体支持体に結合したままのレポーター基から検出されるシグナルが、一般に、所定のカットオフ値と対応するシグナルと比較される。１つの好ましい実施形態において、癌の検出のためのカットオフ値は、固定化抗体を、癌を有さない患者由来のサンプルとインキュベートした際に得られた平均シグナル値である。概して、所定のカットオフ値を３標準偏差上回るシグナルを生じるサンプルが、癌に対して陽性とみなされる。代わりの好ましい実施形態において、このカットオフ値は、Ｓａｃｋｅｔｔら、Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ：Ａ Ｂａｓｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅ ｆｏｒ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，Ｌｉｔｔｌｅ Ｂｒｏｗｎ ａｎｄ Ｃｏ．，１９８５，１０６〜７頁の方法に従って、レシーバーオペレーターカーブ（Ｒｅｃｅｉｖｅｒ Ｏｐｅｒａｔｏｒ Ｃａｒｖｅ）を使用して決定される。簡単に言うと、本実施形態において、このカットオフ値は、診断試験結果について各可能なカットオフ値に対応する真の陽性割合（すなわち、感度）および偽陽性割合（１００％−特異性）の対のプロットから決定され得る。プロット上の上方左手角に最も近いカットオフ値（すなわち、最大領域を囲む値）が、最も正確なカットオフ値であり、そして本方法によって決定されたカットオフ値より高いシグナルを生ずるサンプルが陽性と見なされ得る。あるいは、カットオフ値は、偽陽性割合を最小にするためにプロットに沿って左へシフトされ得るか、または偽陰性割合を最小にするために右へシフトされ得る。概して、本方法によって決定されたカットオフ値より高いシグナルを生ずるサンプルが、癌に対して陽性と見なされる。
関連の実施形態において、このアッセイは、フロースルー試験形式またはストリップ試験形式で実行される（ここで、結合剤は、ニトロセルロースのような膜上で固定化される）。フロースルー試験では、サンプル内のポリペプチドは、サンプルが膜を通過するにつれて固定化抗体に結合する。次いで、第２の標識化された結合剤が、この第２の結合剤を含む溶液がその膜を介して流れるにつれて、結合剤−ポリペプチド複合体と結合する。次いで、結合した第２の結合剤の検出は、上記のように実行され得る。ストリップ試験形式では、結合剤が結合される膜の一端をサンプルを含む溶液中に浸す。このサンプルは、膜に沿って、第２の結合剤を含む領域を通って、そして固定化結合剤の領域まで移動する。固定化抗体の領域での第２の結合剤の濃度が、癌の存在を示す。代表的には、その部位での第２の結合剤の濃度は、視覚的に読みとられ得るパターン（例えば、線）を生成する。このようなパターンを示さないことは陰性の結果を示す。概して、この膜上に固定化される結合剤の量は、生物学的サンプルが、上記の形式において、２抗体サンドイッチアッセイにおいて陽性シグナルを生じるのに十分であるレベルのポリペプチドを含む場合、視覚的に識別可能なパターンを生じるように選択される。このようなアッセイにおける使用に好ましい結合剤は、抗体およびその抗原結合フラグメントである。好ましくは、膜上に固定化される抗体の量は、約２５ｎｇ〜約１μｇの範囲であり、そしてより好ましくは、約５０ｎｇ〜約５００ｎｇの範囲である。このような試験は、代表的には、非常に少ない量の生物学的サンプルを用いて実行され得る。
もちろん、本発明の腫瘍タンパク質または結合剤との使用に適する多数の他のアッセイ手順が存在する。上記の記載は、例示のみを意図する。例えば、上記手順が、乳房腫瘍ポリペプチドを使用するために容易に改変され得て、生物学的サンプル内でこのようなポリペプチドに結合する抗体を検出し得ることが明かである。このような乳房腫瘍タンパク質特異的抗体の検出は、癌の存在と相関する。
あるいは、癌はまた、生物学的サンプル中の乳房腫瘍タンパク質と特異的に反応するＴ細胞の存在に基づいて検出され得る。特定の方法では、患者から単離されたＣＤ４+Ｔ細胞および／またはＣＤ８+Ｔ細胞を含む生物学的サンプルは、乳房腫瘍ポリペプチド、このようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチドおよび／またはこのようなポリペプチドの少なくとも免疫原性部分を発現するＡＰＣとともにインキュベートされ、そしてＴ細胞の特異的活性化の存在または非存在が検出される。適切な生物学的サンプルとしては、単離されたＴ細胞が挙げられるがこれらに限定されない。例えば、Ｔ細胞は、慣用技術によって（例えば、末梢血リンパ球のＦｉｃｏｌｌ／Ｈｙｐａｑｕｅ密度勾配遠心分離法によって）患者から単離され得る。Ｔ細胞は、２〜９日間（代表的に４日間）、３７℃にてポリペプチド（例えば、５〜２５μｇ／ｍｌ）とともにインビトロでインキュベートされ得る。別のアリコートのＴ細胞サンプルを、コントロールとして役立てるために、乳房腫瘍ポリペプチドの非存在下でインキュベートすることが所望され得る。ＣＤ４+Ｔ細胞に関して、活性化は好ましくは、Ｔ細胞の増殖を評価することによって検出される。ＣＤ８+Ｔ細胞に関しては、活性化は好ましくは、細胞溶解活性を評価することによって検出される。疾患のない患者におけるよりも少なくとも２倍高い増殖レベルおよび／または少なくとも２０％高い細胞溶解活性レベルは、患者における癌の存在を示す。
上記のように、癌はまた、あるいは、生物学的サンプル中の乳房腫瘍をコードするｍＲＮＡレベルに基づいて検出され得る。例えば、少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプライマーをポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）に基づくアッセイにおいて用いて、生物学的サンプルに由来する乳房腫瘍ｃＤＮＡの一部を増幅し得、ここで、オリゴヌクレオチドプライマーのうちの少なくとも１つは、乳房腫瘍をコードするポリヌクレオチドに特異的である（すなわち、ハイブリダイズする）。次いで、増幅されたｃＤＮＡが、当該分野で周知の技術（例えば、ゲル電気泳動）を用いて分離され、そして検出される。同様に、乳房腫瘍をコードするポリヌクレオチドに特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブをハイブリダイゼーションアッセイにおいて用いて、生物学的サンプル中でこの腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドの存在を検出し得る。
アッセイ条件下でのハイブリダイゼーションを可能にするために、オリゴヌクレオチドのプライマーおよびプローブは、少なくとも１０ヌクレオチド、そして好ましくは少なくとも２０ヌクレオチドの長さの、乳房腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドの一部に対して少なくとも約６０％、好ましくは少なくとも約７５％、そしてより好ましくは少なくとも約９０％の同一性を有するオリゴヌクレオチド配列を含むべきである。好ましくは、オリゴヌクレオチドプライマーおよび／またはプローブは、上記に規定されるような、中程度にストリンジェントな条件下で、本明細書中に開示されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズする。本明細書中に記載される診断方法において有用に用いられ得るオリゴヌクレオチドのプライマーおよび／またはプローブは、好ましくは、少なくとも１０〜４０ヌクレオチドの長さである。好ましい実施形態において、オリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号１〜１７５、１７８、１８０および１８２〜４６８に記載される配列を有するＤＮＡ分子の少なくとも１０の連続するヌクレオチド、好ましくは少なくとも１５の連続するヌクレオチドを含む。ＰＣＲに基づくアッセイおよびハイブリダイゼーションアッセイの両方についての技術は、当該分野で周知である（例えば、Ｍｕｌｌｉｓら，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｓｙｍｐ．Ｑｕａｎｔ．Ｂｉｏｌ．，５１：２６３，１９８７；Ｅｒｌｉｃｈ編，ＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｓｔｏｃｋｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ，１９８９を参照のこと）。
１つの好ましいアッセイは、ＲＴ−ＰＣＲを用い、ここでは、ＰＣＲは、逆転写に関連して適用される。代表的に、ＲＮＡは生物学的サンプル（例えば、生検組織）から抽出され、そして逆転写されてｃＤＮＡ分子を生成する。少なくとも１つの特異的プライマーを用いるＰＣＲ増幅は、ｃＤＮＡ分子を生成し、このｃＤＮＡ分子は、例えば、ゲル電気泳動を用いて分離および可視化され得る。増幅は、試験患者および癌に罹患していない個体から採取された生物学的サンプルについて行われ得る。増幅反応は、２桁の大きさにおよぶいくつかのｃＤＮＡ希釈物について行われ得る。癌でないサンプルのいくつかの希釈物と比較して２倍以上の、試験患者サンプルの同じ希釈物における発現増加は、代表的に、陽性とみなされる。
別の実施形態において、開示された組成物は、癌の進行についてのマーカーとして使用され得る。この実施形態において、癌の診断について上記に記載されるようなアッセイは、経時的に実行され得、そして反応性ポリペプチドまたはポリヌクレオチドのレベルの変化を評価し得る。例えば、このアッセイは、６ケ月〜１年の期間の間２４〜７２時間毎に実行され得、そしてその後、必要に応じて実行され得る。一般に、癌は、検出されるこのポリペプチドまたはポリヌクレオチドのレベルが経時的に増大する患者において進行している。対照的に、癌は、反応性ポリペプチドまたはポリヌクレオチドのレベルが一定のままであるか、または時間とともに減少するかのいずれかである場合、進行していない。
特定のインビボ診断アッセイは、腫瘍上で直接実施され得る。１つのこのようなアッセイは、腫瘍細胞を結合剤と接触させる工程を包含する。次いで、結合された結合剤は、レポーター基によって直接的または間接的に検出され得る。このような結合剤はまた、組織学的な用途において使用され得る。あるいは、ポリヌクレオチドプローブは、このような用途において使用され得る。
上記のように、感度を改善するために、複数の乳房腫瘍タンパク質マーカーは、所定のサンプル内でアッセイされ得る。本明細書中に提供される種々のタンパク質に特異的な結合剤が単一のアッセイにおいて組み合わせられ得ることは明かである。さらに、複数のプライマーまたはプローブが同時に用いられ得る。腫瘍タンパク質マーカーの選択は、最適な感度をもたらす組み合わせを決定する慣用実験に基づき得る。さらに、または代替として、本明細書中に提供される腫瘍タンパク質のアッセイは、他の公知の腫瘍抗原に対するアッセイと組み合わせられ得る。
（診断キット）
本発明はさらに、上記の診断方法のうちのいずれかにおいて使用するためのキットを提供する。このようなキットは代表的に、診断アッセイを行うに必要な２以上の構成要素を備える。構成要素は、化合物、試薬、容器および／または器具であり得る。例えば、キット内の１つの容器は、乳房腫瘍タンパク質に特異的に結合するモノクローナル抗体またはそのフラグメントを含み得る。このような抗体またはフラグメントは、上記のように支持体材料に付着されて提供され得る。１以上のさらなる容器は、アッセイにおいて使用される要素（例えば、試薬または緩衝液）を封入し得る。このようなキットはまた、あるいは、抗体結合の直接的または間接的な検出に適切なレポーター基を含む上記のような検出試薬を備え得る。
あるいは、キットは、生物学的サンプル中の乳房腫瘍タンパク質をコードするｍＲＮＡレベルを検出するように設計され得る。このようなキットは一般に、乳房腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズする、上記のような、少なくとも１つのオリゴヌクレオチドのプローブまたはプライマーを備える。このようなオリゴヌクレオチドは、例えば、ＰＣＲまたはハイブリダイゼーションアッセイにおいて用いられ得る。このようなキット内に存在し得るさらなる構成要素としては、乳房腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドの検出を容易にする、第２のオリゴヌクレオチドおよび／または診断試薬もしくは容器が挙げられる。
以下の実施例は、例示の目的のために提示され、そして限定の目的ではない。
（実施例１）
（乳房腫瘍ポリペプチドの単離および特徴付け）
本実施例は、乳房腫瘍ｃＤＮＡライブラリー由来の乳房腫瘍ポリペプチドの単離を記載する。
正常な胸部ｃＤＮＡを用いてサブトラクトされた（ｓｕｂｔｒａｃｔｅｄ）乳房腫瘍由来のｃＤＮＡを含有するｃＤＮＡサブトラクションライブラリーを以下の通りに構築した。全ＲＮＡを、製造業者によって記載された通りにＴｒｉｚｏｌ試薬（Ｇｉｂｃｏ ＢＲＬ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤ）を用いて初代組織から抽出した。ポリＡ＋ＲＮＡを、標準的なプロトコルに従ってオリゴ（ｄＴ）セルロースカラムを用いて精製した。第１鎖ｃＤＮＡを、Ｃｌｏｎｔｅｃｈ ＰＣＲ−Ｓｅｌｅｃｔ ｃＤＮＡ Ｓｕｂｔｒａｃｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）において提供されたプライマーを用いて合成した。ドライバー（ｄｒｉｖｅｒ）ＤＮＡは、３つの原発性乳房腫瘍由来であるテスター（ｔｅｓｔｅｒ）ｃＤＮＡを有する２つの正常な胸部組織由来のｃＤＮＡで構成された。二本鎖ｃＤＮＡを、テスターおよびドライバーの両方について合成し、そして６塩基対ＤＮＡを認識するエンドヌクレアーゼ（ＭｌｕＩ、ＭｓｃＩ、ＰｖｕＩＩ、ＳａｌＩおよびＳｔｕＩ）の組み合わせを用いて消化した。この改変は、Ｃｌｏｎｔｅｃｈ（Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）のプロトコルに従って生成されたｃＤＮＡと比較して、平均ｃＤＮＡサイズを劇的に増加した。この消化したテスターｃＤＮＡを、２つの異なるアダプターと連結し、そしてこのサブトラクションを、Ｃｌｏｎｔｅｃｈのプロトコルに従って実施した。このサブトラクトされたｃＤＮＡを、製造業者のプロトコルに従って２ラウンドのＰＣＲ増幅に供した。得られたＰＣＲ産物を、ＴＡクローニングベクターであるｐＣＲＩＩ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）にサブクローン化し、そしてエレクトロポレーションによってＥｌｅｃｔｒｏＭａｘ Ｅ．ｃｏｌｉ ＤＨ１０Ｂ細胞（Ｇｉｂｃｏ
ＢＲＬ Ｌｉｆｅ，Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）に形質転換した。ＤＮＡを、独立したクローンから単離し、そしてＰｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ／Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ Ｄｉｖｉｓｉｏｎ（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）Ａｕｔｏｍａｔｅｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ Ｍｏｄｅｌ ３７３Ａを用いて配列決定した。
６３の異なるｃＤＮＡクローンを、サブトラクトした乳房腫瘍特異的ｃＤＮＡライブラリーにおいて見出した。このクローンに関して決定された１つの鎖（５’または３’）ｃＤＮＡ配列を、それぞれ配列番号１〜６１、７２および７３において提供する。これらのｃＤＮＡ配列の、ＥＭＢＬおよびＧｅｎＢａｎｋデータベース（Ｒｅｌｅａｓｅ ９７）を用いる遺伝子バンクにおける公知の配列との比較は、配列番号１４、２１、２２、２７、２９、３０、３２、３８、４４、４５、５３、７２および７３において提供される配列と十分な相同性を示さなかった。配列番号１、３、１６、１７、３４、４８、５７、６０および６１の配列が、公知のヒト遺伝子を示すことを見出した。配列番号２、４、２３、３９および５０の配列が、以前に同定された非ヒト遺伝子にいくつかの類似性を示すことを見出した。残りのクローン（配列番号５〜１３、１５、１８〜２０、２４〜２６、２８、３１、３３、３５〜３７、４０〜４３、４６、４７、４９、５１、５２、５４〜５６、５８および５９）は、以前に同定された発現配列タグ（ＥＳＴ）に対して少なくともある程度の相同性を示すことを見出した。
単離されたｃＤＮＡクローンのｍＲＮＡ発現レベルを決定するために、上記の胸部サブトラクション由来のｃＤＮＡクローンを無作為に拾い、そしてコロニーをＰＣＲ増幅した。乳房腫瘍組織、正常な胸部組織および種々の他の正常な組織におけるそれらのｍＲＮＡ発現レベルを、マイクロアレイ技術（Ｓｙｎｔｅｎｉ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を用いて決定した。簡潔には、アレイ様式においてスライド上に整列し、各産物は、アレイにおいて固有の位置を占めた。ｍＲＮＡを、試験するためにこの組織サンプルから抽出し、逆転写し、そして蛍光標識化ｃＤＮＡプローブを、生成した。このマイクロアレイを、標識化ｃＤＮＡを用いてプローブし、スライドをスキャンし、そして蛍光強度を測定した。データを、Ｓｙｎｔｅｎｉ提供のＧＥＭＴＯＯＬＳ Ｓｏｆｔｗａｒｅを用いて分析した。試験された１７のｃＤＮＡクローンのうち配列番号４０、４６、５９および７３のクローンが、乳房腫瘍において過剰発現し、そして試験された全ての正常な組織（胸部、ＰＢＭＣ、結腸、胎児組織、唾液腺、骨髄、肺、膵臓、大腸、脊髄、副腎、腎臓、膵臓、肝臓、胃、骨格筋、心臓、小腸、皮膚、脳およびヒト乳房外皮細胞）において低レベルで発現することを見出した。配列番号４１および４８のクローンが、乳房腫瘍において過剰発現し、そして骨髄を除く試験された全ての他の組織において低レベルで発現することを見出した。配列番号４２のクローンが、乳房腫瘍において過剰発現し、そして骨髄および脊髄を除く試験された全ての他の組織において低レベルで発現することを見出した。配列番号４３のクローンが、乳房腫瘍において過剰発現し、そして脊髄、心臓および小腸を除く試験された全ての他の組織において低レベルで発現することが見出された。配列番号５１のクローンが、乳房腫瘍において過剰発現し、そして大腸を除く試験された全ての他の組織において低レベルで発現することを見出した。配列番号５４のクローンは、乳房腫瘍において過剰発現し、そしてＰＢＭＣ、胃および小腸を除く試験された全ての他の組織において低レベルで発現することを見出した。配列番号５６のクローンは、乳房腫瘍において過剰発現し、そして大腸および小腸、ヒト乳房外皮細胞およびＳＣＩＤマウス継代乳房腫瘍を除く試験された全ての他の組織において低レベルで発現することを見出した。配列番号６０のクローンは、乳房腫瘍において過剰発現し、そして脊髄および心臓を除く試験された全ての他の組織において低レベルで発現することを見出した。配列番号６１のクローンは、乳房腫瘍において過剰発現し、そして小腸を除く試験された全ての他の組織において低レベルで発現することを見出した。配列番号７２のクローンは、乳房腫瘍において過剰発現し、そして結腸および唾液腺を除く試験された全ての他の組織において低レベルで発現することを見出した。
クローンＳＹＮ１８Ｃ６（配列番号４０）のノーザンブロット分析の結果を、図１に示す。ＳＹＮ１８Ｃ６によってコードされた予期されたタンパク質配列を、配列番号６２において提供する。
乳房腫瘍組織において過剰発現するさらなるｃＤＮＡクローンを、以下の通り胸部ｃＤＮＡサブトラクションライブラリーから単離した。胸部サブトラクションライブラリーを、上記のようにテスターとして乳房腫瘍ｃＤＮＡのプールおよびドライバーとして正常な胸部ｃＤＮＡまたは他の正常な組織由来のｃＤＮＡのいずれかのプールを使用するＰＣＲに基づくサブトラクションによって調製した。胸部サブトラクション由来のｃＤＮＡクローンを、無作為に拾い、そしてコロニーをＰＣＲ増幅し、そして乳房腫瘍、正常な胸部および種々の他の正常な組織におけるそれらのｍＲＮＡ発現レベルを、上記のマイクロアレイ技術を用いて決定した。２４の異なるｃＤＮＡクローンが、乳房腫瘍において過剰発現し、そして試験された全ての他の組織（胸部、脳、肝臓、膵臓、肺、唾液腺、胃、結腸、腎臓、骨髄、骨格筋、ＰＢＭＣ、心臓、小腸、副腎、脊髄、大腸、小腸および皮膚）において低レベルで発現することを見出した。これらのクローンについて決定された部分的なｃＤＮＡ配列を、配列番号６３〜８７において提供する。配列番号７４〜８７の、上記の遺伝子バンクにおけるクローンとの配列の比較は、以前に同定されたヒト遺伝子に対して相同性を示した。配列番号６３〜７３の配列に対しては、十分な相同性を見出せなかった。
クローンＢ７２６Ｐ（部分配列を配列番号７１に提供した。）についての３つのＤＮＡアイソフォームを、以下の通り単離した。放射能プローブを、ＢａｍＨＩ／ＸｂａＩ制限消化によってｐＴ７Ｂｌｕｅベクター（Ｎｏｖａｇｅｎ）からＢ７２６Ｐ ＤＮＡを切り出し、そして［α−３２Ｐ］ｄＣＴＰの存在下で一本鎖ＰＣＲにおいて鋳型として得られるＤＮＡを使用することによってＢ７２６Ｐから合成した。このＰＣＲについて使用されるプライマーの配列を、配列番号１７７において提供する。得られる放射能プローブを使用して、方向性ｃＤＮＡライブラリーをプローブし、そしてランダムプライムｃＤＮＡライブラリーを、乳房腫瘍から単離したＲＮＡを使用して作製した。８５のクローンを同定し、切り出し、精製し、そして配列決定した。これらの８５のクローンのうち、３つが、十分なオープンリーディングフレームをそれぞれ含むことを見出した。アイソフォームＢ７２６Ｐ−２０の決定されたｃＤＮＡ配列を、配列番号１７５において提供し、対応する推定のアミノ酸配列を配列番号１７６において提供する。アイソフォームＢ７２６Ｐ−７４の決定されたｃＤＮＡ配列を、配列番号１７８において提供し、対応する推定のアミノ酸配列を配列番号１７９において提供する。アイソフォームＢ７２６Ｐ−７９の決定されたｃＤＮＡ配列を、配列番号１８０に提供し、対応する推定のアミノ酸配列を配列番号１８１に提供する。
標準的な技術を用いるＢ７２６Ｐの全長のクローンを得るための努力は、Ｂ７２６Ｐのさらなる５’配列を示す５つのさらなるクローンの単離につながった。これらのクローンは、同一遺伝子の選択的なスプライス形態であるようである。これらのクローンの決定されたｃＤＮＡ配列を、配列番号４６４〜４６８において提供し、配列番号４６４〜４６７によってコードされる推定のアミノ酸配列を、それぞれ配列番号４７０〜４７３において提供する。標準的なコンピューター技術を用いて、２つの大きなオープンリーディングフレームを含む３，６８１ｂｐ保存ＤＮＡ配列（配列番号４６３）を作製する。下流ＯＲＦは、配列番号１８１の推定のアミノ酸配列をコードした。上流ＯＲＦによってコードされる推定のアミノ酸配列を、配列番号４６９において提供する。
乳房腫瘍組織において過剰発現する個々のクローンのさらなる単離を、上記のｃＤＮＡサブトラクションライブラリー技術を用いて実施した。詳細には、５つの他の正常なヒト組織（脳、肝臓、ＰＢＭＣ、膵臓および正常な胸部）ｃＤＮＡを用いてサブトラクトした乳房腫瘍由来のｃＤＮＡを含むｃＤＮＡサブトラクションライブラリーを、このスクリーニングにおいて利用した。元のサブトラクションから、１７７のクローンを選択して、ＤＮＡ配列決定およびマイクロアレイ分析によってさらに特徴付けした。マイクロアレイ分析は、配列番号１８２〜２５１における配列が、正常ヒト組織よりもヒト乳房腫瘍組織において２倍以上過剰発現したことを実証した。これらのクローンのうち１９のクローン（配列番号１８５、１８６、１９４、１９９、２０５、２０８、２１１、２１４〜２１６、２１９、２２２、２２６、２３２、２３６、２４０、２４１、２４５および２４６を含む）については、以前に同定されたいくつかの発現配列タグ（ＥＳＴ）を除いて十分な相同性を見出せなかった。残りのクローンは、以前に同定された遺伝子、特に配列番号１８１〜１８４、１８７〜１９３、１９５〜１９８、２００〜２０４、２０６、２０７、２０９、２１０、２１２、２１３、２１７、２１８、２２０、２２１、２２３〜２２５、２２７〜２３１、２３３〜２３５、２３７〜２３９、２４２〜２４４および２４７〜２５１に対していくらかの相同性を共有する。
乳房腫瘍組織において過剰発現を示す７０個のクローンのうち、１５個は、正常なヒト組織を超えて、乳房腫瘍において特に良好な発現レベルを示した。以下の１１個のクローンは、既知のいかなる遺伝子とのいかなる有意な相同性も示さなかった。クローン１９４６３．１（配列番号１８５）は、乳房腫瘍の大多数において過剰発現され、そしてまた、試験したＳＣＩＤ乳房腫瘍（実施例２を照会のこと）において過剰発現された；さらに、過剰発現を、正常な乳房組織の大多数において見出した。クローン１９４８３．１（配列番号２１６）は、少数の乳房組織において過剰発現され、試験したいかなる正常組織においても、全く過剰発現されなかった。クローン１９４７０．１（配列番号２１９）が、いくつかの乳房腫瘍においてわずかに過剰発現されることを見出した。クローン１９４６８．１（配列番号２２２）が、試験した乳房組織の大多数においてわずかに過剰発現されることを見出した。クローン１９５０５．１（配列番号２２６）が、乳房組織の５０％において、ならびにＳＣＩＤ腫瘍組織において、わずかに過剰発現されることを見出し、正常な乳房においていくらかの程度の過剰発現を見出した。クローン１５０９．１（配列番号２３２）が、非常に少数の乳房腫瘍において過剰発現されるが、転移性乳房腫瘍組織において特定の程度の過剰発現をされることを見出し、ならびに正常組織において何の有意な過剰発現もないことを見出した。クローン１９５１３．１（配列番号２３６）が、ほんの少数の乳房腫瘍においてわずかに過剰発現されることが示され、正常組織において何の有意な過剰発現も見出さなかった。クローン１９５７５．１（配列番号２４０）は、いくつかの乳房腫瘍において、そしてまた正常乳房において、低レベルの過剰発現を示した。クローン１９５６０．１（配列番号２４２）は、試験した乳房腫瘍の５０％において、ならびにいくつかの正常な乳房組織において、過剰発現された。クローン１９５８３．１（配列番号２４５）は、いくつかの乳房腫瘍においてわずかに過剰発現され、非常に低レベルの過剰発現を正常組織において見出した。クローン１９５８７．１（配列番号２４６）は、いくつかの乳房腫瘍において低レベルの過剰発現を示し、正常組織において何の有意な過剰発現も示さなかった。
クローン１９５２０．１（配列番号２３３）（染色体１１ｑ１３．３１におけるクローン１０２Ｄ２４に対して相同性を示す）は、乳房腫瘍においてそしてＳＣＩＤ腫瘍において、過剰発現されることを見出した。クローン１９５１７．１（配列番号２３７）（ヒトＰＡＣ １２８Ｍ１９クローンに対して相同性を示す）は、試験した乳房腫瘍の大多数においてわずかに過剰発現されることを見出した。クローン１９３９２．２（配列番号２４７）（ヒト第１７染色体に対して相同性を示す）は、試験した乳房腫瘍の５０％において過剰発現されることを示した。クローン１９３９９．２（配列番号２５０）（ヒトＸｐ２２ ＢＡＣ ＧＳＨＢ−１８４Ｐ１４に対して相同性を示す）は、試験した限定数の乳房腫瘍においてわずかに過剰発現されることを示した。
続く研究において、６４個の個々のクローンを、５つの正常組織（脳、肝臓、ＰＢＭＣ、膵臓および正常乳房）由来のｃＤＮＡを差し引いた乳房腫瘍のプール由来のｃＤＮＡを含む、差し引きｃＤＮＡライブラリーから単離した。差し引きｃＤＮＡライブラリーは、以下の改変を伴って、上記のように調製した。５つの６塩基クラスターの組み合わせ（ＭｌｕＩ、ＭｓｃＩ、ＰｖｕＩＩ、ＳａｌＩおよびＳｔｕＩ）を、ＲｓａＩの代わりに、このｃＤＮＡを消化するために使用した。このことは、３００ｂｐから６００ｂｐへの平均インサートサイズの増加を生じた。６４個の単離したクローンを、コロニーＰＣＲ増幅し、そして乳房腫瘍組織、正常乳房、および他の種々の正常組織におけるそれらのｍＲＮＡ発現レベルを、上記のようにマイクロアレイ技術によって試験した。乳房腫瘍組織において過剰発現されることを見出した１１個のクローンの決定したｃＤＮＡ配列を、配列番号４０５〜４１５にて提供する。上記に概説されたような、公のデータベースにおける配列に対するこれらの配列の比較は、配列番号４０８、配列番号４１１、配列番号４１３および配列番号４１４の配列と、以前に単離されたＥＳＴとの間の相同性を明らかにした。配列番号４０５〜４０７、配列番号４０９、配列番号４１０、配列番号４１２、および配列番号４１５の配列は、以前に同定された配列に対していくらかの相同性を示すことを見出した。
さらなる研究において、差し引きｃＤＮＡライブラリーを、上記のＣｌｏｎｔｅｃｈのＰＣＲ差し引きプロトコルを使用して、５つの正常組織（乳房、脳、肺、膵臓およびＰＢＭＣ）由来のｃＤＮＡのプールを差し引いた転移性乳房腫瘍由来のｃＤＮＡから調製した。このライブラリーから単離した９０個のクローンの決定したｃＤＮＡ配列を、配列番号３１５〜４０４にて提供する。上記のような、公のデータベースにおける配列とのこれらの配列の比較は、配列番号３６６の配列に対する何の有意な相同性も明らかにしなかった。配列番号３２０〜３２４、配列番号３４２、配列番号３５３、配列番号３６７、配列番号３６８、配列番号３７７、配列番号３８２、配列番号３８５、配列番号３８９、配列番号３９５、配列番号３９７、および配列番号４００の配列が、以前に単離されたＥＳＴに対していくらかの相同性を示すことを見出した。残りの配列が、以前に同定された遺伝子配列に対して相同性を示すことを見出した。
なおさらなる研究において、差し引きｃＤＮＡライブラリー（２ＢＴと呼ぶ）を、上記の、ＣｌｏｎｔｅｃｈのＰＣＲ差し引きプロトコルを使用して、６個の正常組織（肝臓、脳、胃、小腸、腎臓および心臓）由来のｃＤＮＡのプールを差し引いた、乳房腫瘍由来のｃＤＮＡから調製した。この差し引き物から単離したｃＤＮＡクローンを、上記のようなＤＮＡマイクロアレイ分析に供し、そして得たデータを、４つの改変型Ｇｅｍｔｏｏｌ分析に供した。第１の分析は、２８個の非乳房正常組織と２８個の乳房腫瘍を比較した。少なくとも２．１倍の平均過剰発現を、選択カットオフとして使用した。第２の分析は、２９個の非乳房正常組織と６個の転移性乳房腫瘍を比較した。少なくとも２．５倍の平均過剰発現を、カットオフとして使用した。第３の分析および第４の分析は、２つの後期ＳＣＩＤマウス継代腫瘍と、２つの早期ＳＣＩＤマウス継代腫瘍を比較した。早期継代腫瘍または後期継代腫瘍における２．０倍以上の平均過剰発現を、カットオフとして使用した。さらに、視覚的分析を、２ＢＴクローンについて、マイクロアレイデータに基づいて実施した。この視覚的分析において同定した１３個のクローンの決定したｃＤＮＡ配列を、配列番号４２７〜４３９にて提供する。改変型Ｇｅｍｔｏｏｌ分析を使用して同定した２２個のクローンの決定したｃＤＮＡ配列を、配列番号４４０〜４６２にて提供する。ここで、配列番号４５３および配列番号４５４は、同じクローンの２つの部分的非重複配列を示す。
上記のような、公のデータベースにおける配列との配列番号４３６および配列番号４３７のクローン配列（２６３Ｇ６および２６２Ｂ２と呼ぶ）の比較は、以前に同定された配列に対する何の有意な相同性も明らかにしなかった。配列番号４２７、配列番号４２９、配列番号４３１、配列番号４３５、配列番号４３８、配列番号４４１、配列番号４４３、配列番号４４４、配列番号４４５、配列番号４４６、配列番号４５０、配列番号４５３および配列番号４５４の配列（それぞれ、２６６Ｂ４、２６６Ｇ３、２６４Ｂ４、２６３Ｇ１、２６２Ｂ６、２ＢＴ２−３４、２ＢＴ１−７７、２ＢＴ１−６２、２ＢＴ１−６０，６１．２ＢＴ１−５９、２ＢＴ１−５２および２ＢＴ１−４０と呼ぶ）は、以前に同定された発現配列タグ（ＥＳＴ）に対していくらかの相同性を示した。配列番号４２８、配列番号４３０、配列番号４３２、配列番号４３３、配列番号４３４、配列番号４３９、配列番号４４０、配列番号４４２、配列番号４４７、配列番号４４８、配列番号４４９、配列番号４５１、配列番号４５２、および配列番号４５５〜４６２の配列（それぞれ、クローン２２８９２、２２８９０、２２８８３、２２８８２、２２８８０、２２８６９、２１３７４、２１３４９、２１０９３、２１０９１、２１０８９、２１０８５、２１０８４、２１０６３、２１０６２、２１０６０、２１０５３、２１０５０、２１０３６、２１０３７、および２１０４８と呼ぶ）は、ヒトにおいて以前に同定された遺伝子配列に対していくらかの相同性を示した。
（実施例２）
（ＳＣＩＤ継代腫瘍ＲＮＡを使用するＰＣＲに基づく差し引きにより得た、乳房腫瘍ポリペプチドの単離および特徴付け）
ヒト乳房腫瘍抗原を、以下のようにＳＣＩＤマウス継代乳房腫瘍ＲＮＡを使用するＰＣＲに基づく差し引きによって得た。１１９５年１１月１３日出願の特許出願第０８／５５６，６５９号（米国特許第＿号）に記載されるように、ヒト乳房腫瘍をＳＣＩＤマウスに移植し、そして５回または６回の連続継代において収集した。早期継代ＳＣＩＤ腫瘍と後期継代ＳＣＩＤ腫瘍との間で示差的に発現されることを見出した遺伝子は、期特異的であり得、従って、治療適用および診断適用にて有用であり得る。全ＲＮＡを、１回目の継代および６回目の継代の両方からの瞬間凍結ＳＣＩＤ継代ヒト乳房腫瘍から調製した。
ＰＣＲに基づく差し引きを、本質的に上記のように実施した。第１の差し引き（Ｔ９と呼ぶ）において、１回目の継代腫瘍由来のＲＮＡを、６回目の継代腫瘍ＲＮＡから差し引いて、より攻撃的な（ａｇｇｒｅｓｓｉｖｅ）後期継代特異的な抗原を同定した。この差し引き物から単離しそして配列決定した６４個のクローンのうち、３０個のこれらのクローン（本明細書中で以後、１３０５３、１３０５７、１３０５９、１３０６５、１３０６７、１３０６８、１３０７１〜１３０７３、１３０７５、１３０７８、１３０７９、１３０８１、１３０８２、１３０９２、１３０９７、１３１０１、１３１０２、１３１３１、１３１３３、１３１１９、１３１３５、１３１３９、１３１４０、１３１４６〜１３１４９、および１３１５１と呼ぶ）に対して何の有意な相同性も見出されなかったが、例外としていくつかの以前に同定された発現配列タグ（ＥＳＴ）が相同性を示した。これらのクローンについて決定したｃＤＮＡ配列を、それぞれ、配列番号８８〜１１６にて提供する。配列番号１１７〜１４０の単離したｃＤＮＡ配列は、既知の遺伝子に対して相同性を示した。
第２のＰＣＲに基づく差し引きにおいて、６回目の継代腫瘍由来のＲＮＡを、１回目の継代腫瘍ＲＮＡから差し引いて、複数の継代にわたってダウンレギュレートされた抗原を同定した。単離しそして配列決定した３６個のクローンのうち、１９個のこれらのクローン（本明細書中で以後、１４３７６、１４３７７、１４３８３、１４３８４、１４３８７、１４３９２、１４３９４、１４３９８、１４４０１、１４４０２、１４４０５、１４４０９、１４４１２、１４４１４〜１４４１６、１４４１９、１４４２６、および１４４２７と呼ぶ）に対して、何の有意な相同性も見出さなかったが、例外として、以前に同定されたいくつかの発現配列タグ（ＥＳＴ）が相同性を示した。これらのクローンについて決定したｃＤＮＡ配列を、それぞれ、配列番号１４１〜１５９にて提供する。配列番号１６０〜１７４の単離したｃＤＮＡ配列は、以前に既知であった遺伝子に対して相同性を示すことを見出した。
１回目の継代ＳＣＩＤ腫瘍ＲＮＡおよび６回目の継代ＳＣＩＤ腫瘍ＲＮＡを使用するＰＣＲに基づく差し引きを介して、ヒト乳房腫瘍抗原のさらなる分析を実施した。６３個のクローンが、マイクロアレイ分析により決定した場合に、２倍以上の開きで示差的に発現されること（すなわち、後期継代腫瘍においてよりも早期継代腫瘍において高い発現、またはその反対）を、見出した。これらのクローンのうちの１７個が既知のいかなる遺伝子に対しても何の有意な相同性も示さなかったが、以前に同定された発現配列タグ（ＥＳＴ）とのいくらかの程度の相同性を見出した。これらの１７個を、本明細書中以後で、２０２６６、２０２７０、２０２７４、２０２７６、２０２７７、２０２８０、２０２８１、２０２９４、２０３０３、２０３１０、２０３３６、２０３４１、２０９４１、２０９５４、２０９６１、２０９６５および２０９７５（それぞれ、配列番号２５２〜２６８）と呼ぶ。残りのクローンが、既知の遺伝子に対していくらかの程度の相同性を共有することを見出した。これらのクローンは、上記図面の簡単な説明および配列識別子の節にて同定され、本明細書中で以後、２０２６１、２０２６２、２０２６５、２０２６７、２０２６８、２０２７１、２０２７２、２０２７３、２０２７８、２０２７９、２０２９３、２０３００、２０３０５、２０３０６、２０３０７、２０３１３、２０３１７、２０３１８、２０３２０、２０３２１、２０３２２、２０３２６、２０３３３、２０３３５、２０３３７、２０３３８、２０３４０、２０９３８、２０９３９、２０９４０、２０９４２、２０９４３、２０９４４、２０９４６、２０９４７、２０９４８、２０９４９、２０９５０、２０９５１、２０９５２、２０９５７、２０９５９、２０９６６、２０９７６、２０９７７、および２０９７８と呼ぶ。これらのクローンについて決定したｃＤＮＡ配列を、それぞれ、配列番号２６９〜３１３にて提供する。
クローン２０３１０、２０２８１、２０２６２、２０２８０、２０３０３、２０３３６、２０２７０、２０３４１、２０３２６、および２０９７７（また、それぞれ、Ｂ８２０Ｐ、Ｂ８２１Ｐ、Ｂ８２２Ｐ、Ｂ８２３Ｐ、Ｂ８２４Ｐ、Ｂ８２５Ｐ、Ｂ８２６Ｐ、Ｂ８２７Ｐ、Ｂ８２８Ｐ、およびＢ８２９Ｐとも呼ぶ）を、マイクロアレイ分析を用いて得た結果に基づいて、さらなる分析のために選択した。詳細には、マイクロアレイデータ分析は、試験した正常組織と比較して乳房腫瘍腫瘍ＲＮＡにおいて、これらのクローンの少なくとも２〜３倍の過剰発現を示した。引き続く研究は、クローンＢ８２０Ｐ、Ｂ８２１Ｐ、Ｂ８２２Ｐ、Ｂ８２３Ｐ、Ｂ８２４Ｐ、Ｂ８２５Ｐ、Ｂ８２６Ｐ、Ｂ８２７Ｐ、Ｂ８２８ＰおよびＢ８２９Ｐについての完全なインサート配列の決定をもたらした。伸長したこれらのｃＤＮＡ配列を、それぞれ、配列番号４１６〜４２６にて提供する。
（実施例３）
（ポリペプチドの合成）
ポリペプチドは、ＨＰＴＵ（Ｏ−ベンゾトリアゾール−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチルウロニウム ヘキサフルオロホスフェート）活性化を用いるＦＭＯＣ化学を使用して、Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ／Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ Ｄｉｖｉｓｉｏｎ ４３０Ａペプチド合成装置で合成し得る。Ｇｌｙ−Ｃｙｓ−Ｇｌｙ配列を、ペプチドのアミノ末端に結合させて、ペプチドの、結合、固定化表面への結合、または標識の方法を提供し得る。固体支持体からのこのペプチドの切断は、以下の切断混合物を用いて実行し得る：トリフルオロ酢酸：エタンジチオール：チオアニソール：水：フェノール（４０：１：２：２：３）。２時間の切断の後、このペプチドを、冷却したメチル−ｔ−ブチル−エタノール中に沈殿し得る。次いで、このペプチドペレットを０．１％のトリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）を含有する水に溶解し、Ｃ１８逆相ＨＰＬＣによる精製の前に凍結乾燥し得る。水（０．１％ ＴＦＡ含有）中での０％〜６０％のアセトニトリル（０．１％ ＴＦＡ含有）の勾配を、ペプチド溶出のために使用し得る。純粋な画分の凍結乾燥後に、エレクトロスプレー（ｅｌｅｃｔｒｏｓｐａｒｙ）または他のタイプの質量分析法を用い、そしてアミノ酸分析により、ペプチドを特徴付け得る。
前述により、本発明の特定の実施形態が、例証の目的のために本明細書中に記載されているが、種々の改変が本発明の趣旨および範囲から逸脱することなくなされ得ることが、理解される。

Claims (79)

  1. 単離されたポリペプチドであって、該ポリペプチドは、乳房腫瘍タンパク質、または該タンパク質の改変体の少なくとも１つの免疫原性部分を含み、ここで該腫瘍タンパク質は、以下：
    （ａ）配列番号
    Figure 2010239970
     に列挙される配列；
    （ｂ）中程度にストリンジェントな条件下で、配列番号
    Figure 2010239970
     に記載される配列にハイブリダイズする配列；および
    （ｃ）（ａ）または（ｂ）の配列の相補体、
    からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
  2. 請求項１に記載の単離されたポリペプチドであって、ここで、前記ポリペプチドが、配列番号
    Figure 2010239970
     のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列、または該ポリヌクレオチド配列のいずれかの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
  3. 配列番号１７６、１７９、１８１および４６９〜４７３のいずれか１つに列挙される配列を含む、単離されたポリペプチド。
  4. 単離されたポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドは、乳房腫瘍タンパク質、またはその改変体の少なくとも１５の連続するアミノ酸残基をコードし、該改変体が、該改変体の抗原特異的抗血清と反応する能力が実質的に減少しなように１つ以上の置換、欠失、付加および／または挿入において異なり、ここで、該腫瘍タンパク質が、配列番号
    Figure 2010239970
     のいずれか１つに記載される配列を含むポリヌクレオチド、または該配列のいずれかの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
  5. 単離されたポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドは、乳房腫瘍タンパク質、またはその改変体をコードし、ここで、該腫瘍タンパク質が、配列番号
    Figure 2010239970
     のいずれか１つに記載される配列を含むポリヌクレオチド、または該配列のいずれかの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
  6. 単離されたポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドは、配列番号
    Figure 2010239970
     のいずれか１つに記載される配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
  7. 単離されたポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドは、配列番号
    Figure 2010239970
     のいずれか１つに記載される配列に、中程度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
  8. 請求項４〜７のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドに相補的な、単離されたポリヌクレオチド。
  9. 請求項４〜７のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドを含む発現ベクター。
  10. 請求項９に記載の発現ベクターによって形質転換されたかまたはトランスフェクトされた、宿主細胞。
  11. 請求項８のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドを含む発現ベクター。
  12. 請求項１１に記載の発現ベクターによって形質転換されたかまたはトランスフェクトされた、宿主細胞。
  13. 請求項１に記載のポリペプチドを、生理学的に受容可能なキャリアと組み合わせて含む、薬学的組成物。
  14. 請求項１に記載のポリペプチドを、免疫賦活薬と組み合わせて含む、ワクチン。
  15. 前記免疫賦活薬がアジュバントである、請求項１４に記載のワクチン。
  16. 前記免疫賦活薬がＩ型応答を優性に誘導する、請求項１４に記載のワクチン。
  17. 請求項４に記載のポリヌクレオチドを、生理学的に受容可能なキャリアと組み合わせて含む、薬学的組成物。
  18. 請求項４に記載のポリヌクレオチドを、免疫賦活薬と組み合わせて含む、ワクチン。
  19. 前記免疫賦活薬がアジュバントである、請求項１８に記載のワクチン。
  20. 前記免疫賦活薬がＩ型応答を優性に誘導する、請求項１８に記載のワクチン。
  21. 単離された抗体、またはその抗原結合フラグメントであって、該単離された抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号
    Figure 2010239970
     のいずれか１つに記載されるポリヌクレオチド配列、または該ポリヌクレオチド配列のいずれかの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む乳房腫瘍タンパク質に特異的に結合する、単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
  22. 薬学的組成物であって、該薬学的組成物が、請求項１８に記載の抗体またはそのフラグメントを、生理学的に受容可能なキャリアと組み合わせて含む、薬学的組成物。
  23. 薬学的組成物であって、該薬学的組成物が、請求項１に記載のポリペプチドを発現する抗原提示細胞を、薬学的に受容可能なキャリアまたは賦経剤と組み合わせて含む、薬学的組成物。
  24. 請求項２３に記載の薬学的組成物であって、ここで、前記抗原提示細胞が、樹状細胞またはマクロファージである、薬学的組成物。
  25. ワクチンであって、該ワクチンが、請求項１に記載のポリペプチドを発現する抗原提示細胞を、免疫賦活薬と組み合わせて含む、ワクチン。
  26. 前記免疫賦活薬がアジュバントである、請求項２５に記載のワクチン。
  27. 前記免疫賦活薬がＩ型応答を優性に誘導する、請求項２５に記載のワクチン。
  28. 請求項２５に記載のワクチンであって、ここで、前記抗原提示細胞が、樹状細胞である、ワクチン。
  29. 患者における癌の発達を阻害するための方法であって、該方法が、請求項１に記載のポリペプチドの有効量を患者に投与し、それによって該患者における癌の発達を阻害する工程を包含する、方法。
  30. 患者における癌の発達を阻害するための方法であって、該方法が、請求項４に記載のポリヌクレオチドの有効量を患者に投与し、それによって該患者における癌の発達を阻害する工程を包含する、方法。
  31. 患者における癌の発達を阻害するための方法であって、該方法が、請求項２１に記載の抗体またはその抗原結合フラグメントの有効量を患者に投与し、それによって該患者における癌の発達を阻害する工程を包含する、方法。
  32. 患者における癌の発達を阻害するための方法であって、該方法が、請求項１に記載のポリペプチドを発現する抗原提示細胞の有効量を患者に投与し、それによって該患者における癌の発達を阻害する工程を包含する、方法。
  33. 請求項３２に記載の方法であって、ここで、前記抗原提示細胞が、樹状細胞である、方法。
  34. 請求項２９〜３２のいずれか一項に記載の方法であって、ここで、前記癌が乳癌である、方法。
  35. 請求項１に記載の少なくとも１つのポリペプチドを含む、融合タンパク質。
  36. 請求項３５に記載の融合タンパク質であって、ここで、前記融合タンパク質が、該融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドでトランスフェクトされた宿主細胞において、該融合タンパク質の発現を増加する発現エンハンサーを含む、融合タンパク質。
  37. 請求項３５に記載の融合タンパク質であって、ここで、前記融合タンパク質が、請求項１に記載のポリペプチドには存在しないＴヘルパーエピトープを含む、融合タンパク質。
  38. 請求項３５に記載の融合タンパク質であって、ここで、前記融合タンパク質が、アフィニティタグを含む、融合タンパク質。
  39. 単離されたポリヌクレオチドであって、該単離されたポリヌクレオチドが、請求項３５に記載の融合タンパク質をコードする、単離されたポリヌクレオチド。
  40. 薬学的組成物であって、該薬学的組成物が、請求項３２に記載の融合タンパク質を、生理学的に受容可能なキャリアと組み合わせて含む、薬学的組成物。
  41. 請求項３５に記載の融合タンパク質を、免疫賦活薬と組み合わせて含む、ワクチン。
  42. 前記免疫賦活薬がアジュバントである、請求項４１に記載のワクチン。
  43. 前記免疫賦活薬がＩ型応答を優性に誘導する、請求項４１に記載のワクチン。
  44. 請求項４０に記載のポリヌクレオチドを、生理学的に受容可能なキャリアと組み合わせて含む、薬学的組成物。
  45. 請求項４０に記載のポリヌクレオチドを、免疫賦活薬と組み合わせて含む、ワクチン。
  46. 前記免疫賦活薬がアジュバントである、請求項４５に記載のワクチン。
  47. 前記免疫賦活薬がＩ型応答を優性に誘導する、請求項４５に記載のワクチン。
  48. 患者における癌の発達を阻害するための方法であって、該方法が、請求項４０または４４に記載の薬学的組成物の有効量を患者に投与する工程を包含する、方法。
  49. 患者における癌の発達を阻害するための方法であって、該方法が、請求項４１または４５に記載のワクチンの有効量を患者に投与する工程を包含する、方法。
  50. 生物学的サンプルから腫瘍細胞を除去するための方法であって、該方法が、該生物学的サンプルを、乳房腫瘍タンパク質と特異的に反応するＴ細胞と接触させる工程を包含し、ここで、該腫瘍タンパク質が、以下：
    （ｉ）配列番号１〜１７５、１７８、１８０および１８２〜４６８のいずれか１つに記載のポリヌクレオチド；および
    （ｉｉ）該ポリヌクレオチドの相補体からなる群から選択されるポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を含み、
    ここで、該接触工程が、該サンプルから該抗原を発現する細胞の除去を可能にするのに十分な条件および時間で行われる、方法。
  51. 請求項５０に記載の方法であって、ここで、前記生物学的サンプルが、血液またはその画分である、方法。
  52. 患者における癌の発達を阻害するための方法であって、該方法が、請求項５０に記載の方法で処理される生物学的サンプルを患者に投与する工程を包含する、方法。
  53. 乳房腫瘍細胞タンパク質に特異的なＴ細胞を刺激および／または増殖するための方法であって、該方法が、該Ｔ細胞を以下：
    （ｉ）請求項１に記載のポリペプチド；
    （ｉｉ）このようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；および／または
    （ｉｉｉ）このようなポリペプチドを発現する抗原提示細胞、
    の１つ以上と、該Ｔ細胞の刺激および／または増殖を可能にするのに十分な条件および時間で接触させる工程を包含する、方法。
  54. 単離されたＴ細胞集団であって、該単離されたＴ細胞集団が、請求項５３に記載の方法に従って調製されるＴ細胞を含む、単離されたＴ細胞集団。
  55. 患者における癌の発達を阻害するための方法であって、該方法が、請求項５４に記載のＴ細胞集団の有効量を患者に投与する工程を包含する、方法。
  56. 患者における癌の発達を阻害するための方法であって、該方法が、以下の工程：
    （ａ）患者から単離されたＣＤ４+Ｔ細胞および／またはＣＤ８+Ｔ細胞を、以下：
    （ｉ）請求項１に記載のポリペプチド
    （ｉｉ）このようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；または （ｉｉｉ）このようなポリペプチドを発現する抗原提示細胞
    からなる群から選択される少なくとも１つの成分とともにインキュベートし、その結果、Ｔ細胞が増殖する工程；ならびに
    （ｂ）増殖したＴ細胞の有効量を患者に投与し、それによって患者における癌の発達を阻害する工程、
    を包含する、方法。
  57. 患者における癌の発達を阻害するための方法であって、該方法が、以下の工程：
    （ａ）患者から単離されたＣＤ４+Ｔ細胞および／またはＣＤ８+Ｔ細胞を、以下：
    （ｉ）請求項１に記載のポリペプチド
    （ｉｉ）このようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；または
    （ｉｉｉ）このようなポリペプチドを発現する抗原提示細胞
    からなる群から選択される少なくとも１つの成分とともにインキュベートし、その結果、Ｔ細胞が増殖する工程；
    （ｂ）増殖した少なくとも１つの細胞をクローニングする工程；ならびに
    （ｃ）該クローン化されたＴ細胞の有効量を患者に投与し、それによって患者における癌の発達を阻害する工程、
    を包含する方法。
  58. 患者における癌の存在または非存在を決定するための方法であって、該方法が以下の工程：
    （ａ）患者から得られた生物学的サンプルを、乳房腫瘍タンパク質に結合する結合剤と接触させる工程であって、ここで、該腫瘍タンパク質が、以下：
    （ｉ）配列番号１〜１７５、１７８、１８０および１８２〜４６８のいずれか１つに記載のポリヌクレオチド；および
    （ｉｉ）該ポリヌクレオチドの相補体、
    からなる群から選択されるポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を含む、工程；
    （ｂ）サンプル中において結合剤に結合するポリペプチドの量を検出する工程；および
    （ｃ）該ポリペプチドの量を所定のカットオフ値と比較し、それにより、患者における癌の存在または非存在を決定する工程、
    を包含する、方法。
  59. 前記結合剤が抗体である、請求項５８に記載の方法。
  60. 前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項５９に記載の方法。
  61. 前記癌が乳癌である、請求項５８に記載の方法。
  62. 患者における癌の進行をモニタリングするための方法であって、該方法は以下の工程：
    （ａ）患者から得られた生物学的サンプルを、第１の時点で、乳房腫瘍タンパク質に結合する結合剤と接触させる工程であって、ここで、該腫瘍タンパク質が、配列番号１〜１７５、１７８、１８０および１８２〜４６８のいずれか１つに記載されるポリヌクレオチド配列、または該ポリヌクレオチドのいずれかの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む、工程；
    （ｂ）該サンプル中の、該結合剤に結合するポリペプチドの量を検出する工程；
    （ｃ）引き続く時点で、該患者から得られる生物学的サンプルを使用して、工程（ａ）および（ｂ）を反復する工程；ならびに
    （ｄ）工程（ｃ）において検出されたポリペプチドの量を工程（ｂ）において検出された量と比較して、それにより該患者における癌の進行をモニタリングする工程、
    を包含する、方法。
  63. 前記結合剤が抗体である、請求項６２に記載の方法。
  64. 前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項６３に記載の方法。
  65. 前記癌が乳癌である、請求項６２に記載の方法。
  66. 患者における癌の存在または非存在を決定するための方法であって、該方法が、以下の工程； （ａ）患者から得られた生物学的サンプルを、乳房腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドと接触させる工程であって、ここで、該腫瘍タンパク質が、配列番号１〜１７５、１７８、１８０および１８２〜４６８のいずれか１つに記載されるポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列、または該ポリヌクレオチドのいずれかの相補体を含む、工程；
    （ｂ）該サンプル中において、該オリゴヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドの量を検出する工程；および
    （ｃ）該オリゴヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドの量を、所定のカットオフ値と比較し、そしてそれにより、該患者における癌の存在または非存在を決定する工程、
    を包含する、方法。
  67. 請求項６６に記載に方法であって、ここで、前記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドの量が、ポリメラーゼ連鎖反応を使用して決定される、方法。
  68. 請求項６６に記載に方法であって、ここで、前記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドの量が、ハイブリダイゼーションアッセイを使用して決定される、方法。
  69. 患者における癌の進行をモニタリングするための方法であって、該方法は以下の工程：
    （ａ）患者から得られた生物学的サンプルを、乳房腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドと接触させる工程であって、ここで、該腫瘍タンパク質が、配列番号１〜１７５、１７８、１８０および１８２〜４６８のいずれか１つに記載されるポリヌクレオチド配列、または該ポリヌクレオチドのいずれかの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む、工程；
    （ｂ）該サンプル中の、該オリゴヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドの量を検出する工程；
    （ｃ）引き続く時点で、該患者から得られる生物学的サンプルを使用して、工程（ａ）および（ｂ）を反復する工程；ならびに
    （ｄ）工程（ｃ）において検出されたポリヌクレオチドの量を工程（ｂ）において検出された量と比較して、それにより該患者における癌の進行をモニタリングする工程、
    を包含する、方法。
  70. 請求項６９に記載の方法であって、ここで、前記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドの量が、ポリメラーゼ連鎖反応を使用して決定される、方法。
  71. 請求項６９に記載の方法であって、ここで、前記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドの量が、ハイブリダイゼーションアッセイを使用して決定される、方法。
  72. 診断用キットであって、以下：
    （ａ）請求項２１に記載の１つ以上の抗体；および
    （ｂ）レポーター基を含む検出試薬、
    を含む、診断用キット。
  73. 前記抗体が、固体支持体上に固定される、請求項７２記載のキット。
  74. 前記固体支持体が、ニトロセルロース、ラテックス、またはプラスチック材料を含む、請求項７３に記載のキット。
  75. 前記検出試薬が、抗免疫グロブリン、タンパク質Ｇ、タンパク質Ａまたはレクチンを含む、請求項７２に記載のキット
  76. 請求項７２記載のキットであって、ここで、前記レポーター基が、放射性同位体、蛍光基、発光基、酵素、ビオチン、および色素粒子からなる群より選択される、キット。
  77. オリゴヌクレオチドであって、該オリゴヌクレオチドが、中程度のストリンジェントな条件下で、乳房腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズする１０〜４０の連続するヌクレオチドを含み、ここで、該腫瘍タンパク質が、配列番号
    Figure 2010239970
     のいずれか１つに記載されるポリヌクレオチド配列、または該ポリヌクレオチドのいずれかの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む、オリゴヌクレオチド。
  78. 請求項７７に記載のオリゴヌクレオチドであって、ここで、前記オリゴヌクレオチドが、配列番号
    Figure 2010239970
     のいずれか１つに記載の１０〜４０の連続するオリゴヌクレオチドを含む、オリゴヌクレオチド。
  79. 診断用キットであって、以下：
    （ａ）請求項７７に記載のオリゴヌクレオチド；および
    （ｂ）ポリメラーゼ連鎖反応またはハイブリダイゼーションアッセイにおける使用のための診断試薬、
    を含む、診断用キット。
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