JP2002513588A - 所望の生物学的特性を与えるクローンを発現ライブラリーから同定する新規方法 - Google Patents
所望の生物学的特性を与えるクローンを発現ライブラリーから同定する新規方法Info
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Abstract
Description
ロセスを可能にする。大きくて複雑なヒトゲノムの配列を決定しようとする初期
の試みは、cDNAレパートリーに代表されるように、発現領域に意図的に注力
されてきた(Adams et al., Nature 377 (1995), 3S-174S)。同時に、ほとんど
のヒト遺伝子についての発現配列タグ(EST)がヌクレオチドデータベースに
集められてきた(Wolfsberg et al., Nucl. Acids Res. 25 (1997), 1626-1632
)。しかしながら、機能がこれまでに特定されたのは、これらの配列のごく一部
でしかない(Strachan et al., Nature Genet. 16 (1997), 126-132)。この構
造−機能の不一致への最も直接的な解決法は、ある組織の機能状態とある遺伝子
セットの発現とを直接関連づけることであると考えられる。現在、遺伝子発現の
様々なレベルで、この目標に迫る技術がある。転写レベルでは、複雑なプローブ
(DeRisi et al., Science 278 (1997), 680-686; Schena et al., Science 270
81995), 467-470; Bernard et al., Nucl. Acids Res. 24 (1997), 1435-1442;
Mallo et al., Int. J. Cancer 74 (1997), 35-44)又は短オリゴヌクレオチド
のセット(Velculescu et al., Science 270 (1995), 484-487)とcDNAアレ
イとのハイブリダイゼーション、SAGE配列決定アプローチ(Wodicka et al.
, Nature Biotechnol. 15 (1997), 1359-1367)又はオリゴヌクレオチドアレイ
へのハイブリダイゼーション(Maier et al., Drug Discovery Today 2 (1997),
315-324)によって遺伝子発現パターンが分析されてきた。
(Klose et al., Electrophoresis 16 (1995), 1034-1059)。配列情報を得るの
にタンパク質スポットの質量分析法も使用された(Clauser et al., Proc. Natl
. Acad. Sci. USA 92 (1995), 5072-5076)。哺乳類細胞でクローンcDNAを
発現させ、そのタンパク質産物を細胞タンパク質の2次元電気泳動パターンに適
合させる方法がLeffers et al.(Leffers et al., Electrophoresis 17 (1996),
1713-1719)に記載された。整理されたcDNAライブラリーからプールしたク
ローンがin vitroの転写/翻訳により発現され、2次元電気泳動によって分析さ
れた(Lefkovits et al., Appl. Theor. Electrophor. 5 (1995), 35-42; Behar
et al., Appl. Theor. Electrophor. 5 (1995), 99-105; Lefkovits et al., A
ppl. Theor. Electrophor. 5 (1995), 43-47)。
を導き、再び全ゲノムレベルへ戻すための技術はない。そのような方法は、特に
生物学的材料の大規模分析に重要であろう。
法は、労力と時間がひどくかかり、さらに、不適切に多数の偽陽性クローンを原
理的に与えるものである。従って、本発明の根底にある技術課題は、上記の課題
を克服して、特に哺乳類ゲノムのレベルでのライブラリースクリーンにおける偽
陽性クローンの数を有意に減らす方法を提供することであった。前記技術課題の
解決は、本発明の特許請求で特徴づけられる態様を提供することにより達成され
る。
及び/又は特徴づけするための新規な方法に関する。本発明の方法は、そのクロ
ーンがアレイ形態で配置されている前記発現ライブラリーのクローンの組換えイ
ンサートとともに融合タンパク質として発現されるタグのような、少なくとも1
つの(ポリ)ペプチドの発現について分析する工程を含む。前記(ポリ)ペプチ
ドは、前記インサートにN末端か又はC末端で融合し得る。本発明の方法は、前
記所望の生物学的特性を与えるクローンのインサートによって発現される(ポリ
)ペプチドと特異的に相互作用するリガンドをアレイ形態のクローンの前記ライ
ブラリーの第一レプリカと接触させること、及び前記クローンのライブラリーを
相互作用の発生について分析すること、及び/又は所望の生物学的特性を与える
クローンのインサートに特異的な核酸プローブを用いて、アレイ形態に配置され
た前記クローンのライブラリーの第二レプリカのハイブリダイゼーション又はオ
リゴヌクレオチド・フィンガープリントを実施すること、及び前記クローンのラ
イブラリーを特異的なハイブリダイゼーションの発生について分析することを含
む。最後に、本発明の方法は、工程(a)における少なくとも1つの(ポリ)ペ
プチド発現、及び/又は工程(b)における相互作用、及び/又は工程(c)に
おけるハイブリダイゼーション又はオリゴヌクレオチド・フィンガープリントが
検出され得るクローンを同定することを必要とする。本発明はまた本発明の方法
を実施するのに有用なキットにも関する。
ラリーのクローンを同定及び/又は特徴づけする方法に関する: (a)アレイ形態で配置されている前記発現ライブラリーのクローンの組換え
インサートの発現産物とともに融合タンパク質として発現される少なくとも1つ
の(ポリ)ペプチドの発現について分析すること、 (b)前記所望の生物学的特性を与えるクローンのインサートによって発現さ
れる(ポリ)ペプチドと特異的に相互作用するリガンドを、アレイ形態のクロー
ンの前記ライブラリー又は前記ライブラリーの第一レプリカと接触させること、
及び前記クローンのライブラリーを相互作用の発生について分析すること;及び
/又は、 (c)所望の生物学的特性を与えるクローンのインサートに特異的な核酸プロ
ーブを用いて、アレイ形態に配置されたクローンの前記ライブラリー又は前記第
一レプリカ又は前記ライブラリーの第二レプリカとのハイブリダイゼーション又
はオリゴヌクレオチド・フィンガープリントを実施すること、及び前記クローン
のライブラリーをハイブリダイゼーションの発生について分析すること;及び (d)工程(a)における少なくとも1つの(ポリ)ペプチドの発現、及び/
又は工程(b)における相互作用、及び/又は工程(c)における特異的なハイ
ブリダイゼーション又はオリゴヌクレオチド・フィンガープリントが検出され得
るクローンを同定すること及び/又は特徴づけること。
つの(ポリ)ペプチドをコードする核酸フラグメントとともにオープンリーディ
ングフレームを産生するような、前記発現ライブラリーの製造に使用される発現
ベクターのなかに存在する核酸フラグメントを意味するが、前記オープンリーデ
ィングフレームが発現すると、前記融合タンパク質を生じる。
遺伝物質を含有して発現ライブラリーの一部となる、増殖可能で、本質的にクロ
ーン性の生物学的材料を意味する。典型的には、この用語は細菌性の形質転換細
胞に言及するが、他の形質転換細胞や組換えウイルス性の物質やバクテリオファ
ージに関することもある。「発現ライブラリー」という用語は、当技術分野でよ
く理解されている;例えば、Sambrook et al., "Molecular Cloning, a Laborat
ory Handbook", 2nd edition (1989), CSH Press, Cold Spring Harbor, N. Y.
を参照のこと。好ましくは、発現ライブラリーはインデューサーによって誘導さ
れ得る。インデューサーは当技術分野で知られていて、例えば、IPTGを包含
する。様々なタイプの発現ライブラリーが当技術分野で知られている。これらの
タイプのすべてが本発明に含まれる。好ましいタイプのライブラリーは、エクソ
ントラッピングから生じるライブラリー(即ち、エクソンが捕捉されたライブラ
リー)、又はシャトルベクター(例えば、原核生物及び真核生物のシステム、多
重原核生物及び/又は多重真核生物システムにおいて使用され得るベクター)で
つくられるライブラリーである。さらに、発現ライブラリーは多種多様な供給源
から構築されることがよく知られている。また、本発明は上記の方法におけるす
べての前記供給源の使用を想定する。そのような供給源は、例えば、哺乳動物又
は他の真核生物の細胞、組織、細菌、他の微生物、植物、酵母、血液、又は細胞
系であり得る。
のような非機能的な特性も含むように考えられている。機能的な特性は、例えば
、抗体やフラグメント、又はそれらの誘導体によって与えられるような結合特性
であり得る。別の選択肢では、前記機能的な特性は、酵素活性により提供される
ような、標的分子の代謝回転に関する場合がある。一方、非機能的な特性は、例
えば核酸ハイブリダイゼーションによって検出され得る核酸の一次構造に関する
場合がある。
又は他の手段によって産生又は修飾されたペプチドとポリペプチドの両方に言及
し、所望によりネーティブなタンパク質とほとんど同じようなやり方で、タンパ
ク質の3次元構造をとって、翻訳後にプロセシングを受ける場合もある。
成しない少なくとも2つの(ポリ)ペプチドからなるか又はそれらを含む(ポリ
)ペプチドを意味する。DNAレベルでは、2種又はそれ以上のコード配列が正
しいフレームで融合している。
規則な形態に言及する。好ましいのは規則的な形態、特に、例えば Lehrach et
al., Interdisciplinary Science Reviews 22 (1997), 37-44 に記載されるよう
な高密度グリッドである。
の(ポリ)ペプチドと特異的に相互作用し得る任意のタイプの分子を含む。その
3次元構造に依存して、前記リガンドはまた、組換えインサートにより発現され
る(ポリ)ペプチドと非特異的に相互作用する。典型的なリガンドの例は、抗体
又はホルモン受容体のような他の受容体である。抗体に関して言えば、非特異的
な相互作用の典型的な例は交叉反応である。
異的なハイブリダイゼーションに言及する。ハイブリダイゼーションが特異的か
非特異的であるかは、当技術分野で知られているストリンジェンシー条件次第で
ある。「特異的なハイブリダイゼーション」という用語は、ストリンジェントな
条件に関する。前記ハイブリダイゼーション条件は、例えば Sambrook et al.,
"Molecular Cloning, a Laboratory Handbook", 2nd edition (1989), CSH Pres
s, Cold Spring Harbor, N. Y.; Ausbel, "Current Protocols in Molecular Bi
ology", Green Publishing Associates and Wiley Interscience, N. Y. (1989)
;又は Higgins and Hames (eds) "Nucleic acid hybridization, a practical a
pproach" IRL Press Oxford, Washington DC (1985) に記載されている従来のプ
ロトコールにより決定し得る。特異的なハイブリダイゼーション条件の例は、「
4xSSC及び0.1%SDS、65℃でハイブリダイゼーション、次いで0.
1xSSC及び0.1%SDS、65℃で洗浄」である。他のやり方では、スト
リンジェントなハイブリダイゼーション条件は、例えば「50%ホルムアミド、
4xSSC、42℃」である。非特異的な条件は、例えば「4xSSC及び1%
SDS、50℃でハイブリダイゼーション、次いで同一条件で洗浄」である。
は前記ライブラリーの第一レプリカ及び/又は第二レプリカ及び/又はそれ以上
のレプリカについて実施し得る。前記ライブラリー又は前記第一又は第二又はそ
れ以上のレプリカが2種の異なる工程で使用される場合、工程(a)及び/又は
(b)の間に加えられる、以後の工程に干渉し得る物質は、好ましくは従来のプ
ロトコールにより、以後の工程の実施に先立って、所望により除去し得る。
したあらゆるタイプの同定工程を含む。例えば、組換えインサートとともに融合
タンパク質として発現される(ポリ)ペプチドがグリーン蛍光タンパク質であり
、視覚的に検出可能なラベルで(例、アルカリホスファターゼ、西洋ワサビペル
オキシダーゼ、又はFITC)リガンド又はプローブが標識されていれば、視覚
的な手段によりクローンを同定し得る。さらに、ポジティブ・クローンは、当技
術分野でよく知られているブルー/ホワイト選別法によっを同定し得る。他のや
り方では、核酸プローブが放射活性ラベルで標識されていれば、X腺フィルムへ
の露出は所望のクローンを同定することに役立ち得る。クローンはまた質量分析
法によっても同定され得る。
はDNAの上に数多くのオリゴヌクレオチドをハイブリダイズさせるときに得ら
れるハイブリダイゼーション・パターン(ハイブリダイゼーション/非ハイブリ
ダイゼーション)を分析して得られる配列の、配列依存的で再現可能な、統計的
に有意なパターン又はフィンガープリントを産生することを説明する。
植物及び/又は他の真核生物のゲノムを効率的に分析することに特に適している
が、勿論、他の発現ライブラリー、例えば原核生物や他の微生物由来のゲノムD
NA発現ライブラリーの分析にも適用し得る。この新しい方法は発現ライブラリ
ーのスクリーニングにおける偽陽性クローンのバックグラウンドを顕著に減少さ
せる。特に1つ又はそれ以上のライブラリーのなかにある多数のクローンがスク
リーニングされるときは、結局は所望の生物学的特性を有さないことが判明する
クローンを同定するという時間のかかる作業を回避することが可能になる。当然
ながら、これにより、ゲノム及び/又はタンパク質分析におけるコスト要因も有
意に減少されるだろう。本発明のさらに特別な利点は、所望のクローンについて
ライブラリーをスクリーニングするための核酸プローブとリガンドを研究者が選
択できることである。工程(a)、(b)及び(c)を組み合わせることにより
、本当に所望されるクローンを同定する本発明の方法の信頼性が増すことだろう
。驚くべきことに、形質転換細胞のアレイにおける最初のスポッティングに次い
でコロニーが増殖すると、前記検出可能な(ポリ)ペプチドがアレイ構造に妨害
されずに検出され得ることが、本発明により示し得るのである。このことは、コ
ロニーが約18時間培養されたとしても有効である。
として発現される(ポリ)ペプチドについて言えば、留意すべきは、前記融合タ
ンパク質へ組込まれた1つ又はそれ以上の前記(ポリ)ペプチドの使用を本発明
が想定していることである。付帯の実施例から明らかなように、(ポリ)ペプチ
ドをN末端に融合させれば、原則として、N末端(ポリ)ペプチドと正しいフレ
ーム状態にないインサートは速やかに細胞質内で分解されるので、正しいフレー
ムで発現されるインサートを検出することが可能になる。一方、前記(ポリ)ペ
プチドをC末端に融合させ、前記(ポリ)ペプチドを検出すれば、完全長のイン
サートを選別することが可能になる。また、本発明は、インサートのN末端及び
C末端に融合した1つ又はそれ以上の(ポリ)ペプチドの複合物を想定する。
的材料へ接近し得る形態でクローンを提示すべきことである。クローンが、例え
ば細菌の形質転換細胞であれば、前記形質転換細胞は、好ましくは溶解されるべ
きであろう。そのような溶菌法は当技術分野でよく知られている。
リーにつきスクリーニングを1回だけすればよいことが可能になる。これは、後
の分析、例えば配列決定により個々のクローンについて産生されたデータをこの
スクリーニングに戻して関連づけられるからである。従って、cDNAライブラ
リーのような発現ライブラリーからタンパク質ライブラリーへの速やかな移行が
可能になった。これにより、遺伝子カタログと機能的タンパク質/(ポリ)ペプ
チドカタログとの直接的な連関が創出される。上記に加え、反応を繰り返しスク
リーニングすること又は延長してスクリーニングすることにより、偽陽性クロー
ンを排除する可能性をさらに高めることが可能である。
る。 本発明の方法の好ましい態様では、前記組換えインサートの前記発現産物とと
もに融合タンパク質の一部として発現される前記(ポリ)ペプチドは、抗体又は
フラグメント又はそれらの誘導体、タグ、酵素、ファージタンパク質又はそのフ
ラグメント、又は融合タンパク質である。
でよく知られているか、又は当業者によって容易に設計し得る。例えば、抗体は
、検出可能なように標識されている抗−抗体によって検出され得る。抗体フラグ
メント又はその誘導体に関して言えば、これはF(ab’)2、Fab、Fv又
はscFvフラグメントを包含し得る。例えば、Harlow and Lane, "Antibodies
, A Laboratory Manual", CHS Press (1988), Cold Spring Harbor, N. Y. を参
照のこと。さらに、従来法によりタグが検出され得る。同じことは、例えば特定
の基質と反応させ、例えば発色反応を検出すること、又は前記酵素に特異的な検
出可能に標識された抗体を使用することによって検出され得る酵素にも有効であ
る。抗体はファージ又はそのフラグメントを検出するためにも使用され得る。抗
体のラベルはまた当技術分野でよく知られていて、アルカリホスファターゼ(A
TTPPHOS)、CSPD、西洋ワサビペルオキシダーゼ、FITC及び放射
活性を包含する。また、上記に特定される(ポリ)ペプチドの任意の態様を検出
するのに質量分析法も使用され得る。
ドの発現についての前記分析は、特異的に相互作用する工程(b)のリガンドと
は異なるリガンドを前記(ポリ)ペプチドと接触させ、前記クローンのライブラ
リーを特定の相互作用の出現について分析することによって達成される。工程(
a)で使用されるリガンドは工程(b)で使用されるリガンドと同じクラスであ
ってよいが、リガンドの実際の分子構造は、この2つのリガンドを差別化し得る
ためには、2つの工程で異なるべきである。
ついての前記分析が視覚的な手段によって達成される。有利にも、前記(ポリ)
ペプチドの発現は、蛍光、生物発光又は燐光のような視覚的手段によって検出さ
れ得る。対応するシグナルは、コンピュータ・ユニットに付属し得る写真撮影の
手段により保管され得る。対応するシグナルは、高解像CCD検出システムを用
いて画像化され、イメージファイルとしてコンピュータにセーブされて保管され
、ポジティブ・クローンを記録するカスタムソフトウェアを用いて解析される。
タンパク質の質量分析では、DNA、mRNA及び/又は複雑なハイブリダイゼ
ーションの成果を2−D−PAGEの成果へつなげる架け橋として、タンパク質
アレイが使用される。このことは、アレイ・タンパク質(例えば、チップ、質量
分析ターゲット又はマトリックス)の質量スペクトルをとり、この質量スペクト
ルを2−Dゲル上のスポットから得た質量スペクトルと比較することによってな
される。このアプローチを用いると、細胞の(cDNAライブラリーを介した)
mRNAレパートリーを(遺伝子の活性を最も直接的に反映する)遺伝子発現の
第一レベルとして研究し、細胞、組織、植物、微生物及び/又は生物のタンパク
質全体の分析であるプロテオーム分析に関連づけることができる。
て配列データベースにおいて同定される。しかしながら、わずかな数の既知タン
パク質にこれが限定されていることは明らかである。有利にも、発現ライブラリ
ーのクローンによって発現される各タンパク質が「最小タンパク質識別子」(M
PI)と命名される構造情報の最小セットにより特定されるという本発明のコン
セプトにより、この制限は克服される。MPIの内容、ペプチドマップ、及び追
加の構造データは、明白なタンパク質の同定及び質量分析によるハイスループッ
ト定量という2通りのやり方で最適化し得る。
生物学的サンプルにおいて遺伝子産物を跡付けることが促進される。このように
すれば、タンパク質の認識は、タンパク質が「知られている」(即ち、現在のデ
ータベースに存在している)か又は「知られていない」(即ち、現在のデータベ
ースに存在していない)かによらない。これらのスペクトルは、例えば、1−D
及び2−D電気泳動ゲルから分離したタンパク質のような、他の供給源に由来す
るタンパク質の分析から次いで得られるスペクトルを同定するために使用され得
る。
るmRNA及び遺伝子(cDNA)と結びつける架け橋が提供される。2−Dゲ
ルから採取されるすべてのMPIは、コンピュータをベースとする方法(in sil
ico)によって、組換えタンパク質ライブラリーから得られるMPIと比較され
、逆も真なりである。それにより、何千もの生物学的に活性な遺伝子産物がその
遺伝子に関連づけられる。この関連性は配列情報と無関係であり、従って、他の
生物の機能性プロテオーム分析にも魅力的である。
データを、DNA又はタンパク質の配列から予測されるデータとではなく、質量
分析データと比較するので、タンパク質の同定に信頼性が増すことにある。前者
のアプローチの主な欠点は、基質依存性プロテアーゼの性能、ペプチドの溶解度
、質量分析における最終的なシグナル抑制が考慮されていないことである。
体を用いることによって、2−Dゲルからとった数千もの異なるタンパク質の質
量分析データを研究することが可能になる。さらに、複雑なハイブリダイゼーシ
ョンによってmRNAレベルをプロファイルするために用いられるcDNAマイ
クロアレイを産生する無尽蔵の供給源が提供される。
発生段階の細胞又は組織、微生物、好ましくは細菌、植物又は生物への特異性で
ある。
胞又は組織の、例えばその起源に関する特異性に関する情報を研究者に提供する
特別の比較をなし得る。このことは、あるマーカータンパク質の存在について、
起源の異なる2種の組織を比較することによってなし得る。例えば、ある生物の
発生状況に関し、6日齢のマウス胚のアレイcDNA発現ライブラリーと9日齢
のマウス胚のアレイcDNA発現ライブラリーとの発現プロフィールを比較して
、分化により発現される遺伝子を同定して特徴づけることにより、異なる発生段
階で発現されるタンパク質を解明することが可能である。
は組織、病的な細胞又は組織、又は前処理された細胞又は組織である。 細胞又は組織に組み合わせて使用される「前処理された」という用語は、前記
細胞又は組織が薬物、アクチベータ、又はリガンドなどにさらされたことを意味
する。前記前処理は、原則として、細胞の経路に影響を及ぼし、所望により、前
処理されてない細胞に比較して少なくとも1つの表現型の変化をもたらすもので
ある。前記少なくとも1つの表現型の変化は、本発明の方法を用いて検出される
ことが想定されている。また、病的な組織又は細胞は、健全な組織又は細胞に比
較して表現型の違いを示し、本発明の方法で検出され得ると期待される。
細胞、組換えファージ、形質転換された哺乳類、昆虫、真菌、酵母又は植物の細
胞である。
換えファージは、好ましくはM13又はfdファージに由来し、形質転換された
か又はトランスフェクトされた哺乳類細胞はヒーラ細胞か又はCOS細胞であり
得る。昆虫細胞に関しては、Spodoptera frugiperda 又は Drosophila melanoga
ster の細胞が好ましい。好ましい真菌細胞が Aspergillus 細胞を含むのに対し
、前記酵母細胞は、好ましくは Pichia pastoris 又は Saccharomyces cerevisi
ae に由来する。留意すべきは、本発明では「形質転換された」と「トランスフ
ェクトされた」という用語が、交換可能なように使用されていることである。
施例で説明されるようなE.coli SCS1細胞が使用されることが最も好ましい
。もう1つの最も好ましい態様では、E.coli細胞は、誘導される発現を可能に
する、好ましくはまた前記融合タンパク質の一部としてタグを発現するベクター
、好ましくは以下の実施例で説明されるようなpQE−30NSTベクターへク
ローン化されたライブラリーで形質転換される。しかしながら、当業者は、実施
例で説明されるようなE. coli細胞及び/又はベクターの構造上及び/又は機能
上の特徴についてよく知っているので、本質的に同一の構造上及び/又は機能上
の特徴を示す任意のE. coli細胞及び/又はベクターは本発明に含まれる。
おいて実質的に同一のフォーマットを有する方法に関する。 本発明のこの態様が特に有用であるのは、1つのマスタープレートからレプリ
カを産生し、1:1のスケールで結果を比較することができるからである。一方
、あまり好ましくないが、アレイ形態は、様々なレプリカ上のクローンを明白に
関連づけることが可能である限りにおいて、工程(a)〜(c)の少なくとも2
つにおいてスケールが異なるような、異なるフォーマットをとってもよい。
る。 グリッドは、本明細書の上記考察によれば、発現ライブラリーのクローンの高
密度アレイを可能にすべきである。それはさらに、好ましくは、上記Lehrachに
記載されたグリッドのフォーマットを有すべきである。
レート、シリカウェーハー、チップ、質量分析ターゲット、又はマトリックスの
ディメンジョンを有する。
ることが可能である。さらに、上記のディメンジョンは、多数のクローンを小ス
ケール装置で簡便に分析することを可能にする。
定されている。 固形支持体は、可撓性か不撓性であり得る。この態様は、発現ライブラリーの
アレイ状クローンの簡便な保管と輸送を特に考慮する。特に好ましい態様は、前
記固形支持体に固定されている凍結乾燥クローンに関する。
気ビーズ、シリカウェーハー、ガラス、金属、チップ、質量分析ターゲット又は
マトリックスである方法に関する。
に好ましい。フィルター又は膜に関しては、高いDNA結合能力を有するナイロ
ン膜フィルター(例えば、Hybond N+、アマシャム)の上でDNA又は
DNA含有クローンがスポット/グリッドされ、増殖すること、及び高いタンパ
ク質結合能力を有するポリビニリデンジフルオリド(PVDF)膜フィルター(
例えば、Hybond PVDF、アマシャム)の上でタンパク質又はタンパク
質発現クローンがスポット/グリッドされ、増殖することが特に好ましい。
(ポリ)ペプチド、ファージ又はそのフラグメント、血液、血清、毒素、阻害剤
、医薬品又は医薬品候補物質、非タンパク質又は部分的にタンパク質である受容
体、触媒ポリマー、酵素、核酸、PNA、ウイルス又はその部分、細胞又はその
部分、無機化合物、結合体、色素、組織又は前記リガンドを含む結合体である。
プのリガンドが直接的又は間接的に検出され得るので、所望されるクローンの同
定が可能になる。
はフラグメント又はその誘導体、ホルモン又はそのフラグメント、又は酵素又は
フラグメント又はその誘導体である。
体、ホルモン又は酵素が、そのある部分を欠損するように修飾されてもリガンド
として機能するその能力を本質的に維持し得ることを意味するものである。
なる数で提供され得る。 本発明の方法のさらに好ましい態様では、工程(b)での前記相互作用は特異
的な相互作用である。
に結合する場合であり、例えば抗ヒスチジン抗体は、6x−ヒスチジンタグ、5
x−ヒスチジンタグ、RGS−6x−ヒスチジンタグ、又は1つのタンパク質に
のみ見出されるエピトープと特異的に結合する。
異的な相互作用である。 この状態の例は、同一のDNA配列からはコードされないが、類似の3次元構
造、電荷などを共有し、別のタンパク質上に存在し得るエピトープに抗体が非特
異的に結合する場合である。本発明によって示し得るように、本発明の応用は、
抗体のようなリガンドの選択性又は交叉反応性を決定することであり得る。抗体
が必ずしもタンパク質のライブラリー全体に対して試験されるわけではないので
、タンパク質のマイクロアレイ上で抗体の交叉反応性を検出することは驚くにあ
たらない。潜在可能な抗原のアレイに対して抗体をスクリーニングして共通のエ
ピトープを検出する本発明の方法は、様々な構造バッテリーに直面する、細胞全
体や組織の免疫組織化学や生理学的研究に使用される試薬にとって、特に重要で
あり得る。他のやり方、又は追加的なやり方では、抗原特異性が知られていない
抗体(例えば、リンパ腫のタンパク質)を、タンパク質分子のごく多様なレパー
トリーに対する結合についてスクリーニングし得る。これらタンパク質はいずれ
もアレイ状cDNAライブラリーの単離クローンから発現されるので、対応する
インサートを容易に配列決定して、抗原コード遺伝子を同定することが可能であ
る。本発明によれば、抗体、血清などの結合性及び/又は非特異性を特徴づける
方法を、タンパク質ファミリーに関する相同性の研究、及び/又は結合ドメイン
やエピトープを決定することのために使用することが想定されている。さらに、
この技術は抗原−抗体スクリーニングに限定されず、任意のリガンド−受容体シ
ステムへ適用し得る。
イゼーションはストリンジェントな条件で起こる。他のやり方では、工程(c)
の前記ハイブリダイゼーションは非ストリンジェントな条件で起こることが好ま
しい。
用に関して言えば、特異的/非特異的な相互作用の考察に関連して説明したこと
とほとんど同じことが当てはまる。
グ、FLAG、アルカリホスファターゼ、EpiTagTM、V5タグ、T7タグ
、XpressTMタグ又はStrep−タグ、融合タンパク質、好ましくはGS
T、セルロース結合ドメイン、グリーン蛍光タンパク質、マルトース結合タンパ
ク質又はlacZである。本発明によれば、2種又はそれ以上のタグが融合タン
パク質に含まれ得る。
る。例えば、それはゲノムライブラリーか抗体ライブラリーであり得る。好まし
くは、前記クローンのライブラリーはcDNAライブラリーを含む。
び/又は前記レプリカは、ピッキングロボット及び/又はスポッティングロボッ
ト及び/又はグリッディングロボットによって産生される。
トを配列決定することをさらに含んでなる方法に関する。前記クローンの配列決
定により、多くの場合、本発明の方法で得られる最終的に所望される情報が提供
される。DNA又はRNAの配列決定プロトコールは当技術分野でよく知られて
いて、例えば Sambrook、上記に記載されている。
サートによってコードされる(ポリ)ペプチドを同定することを含む。所望され
るクローンから発現される前記(ポリ)ペプチドの同定は、多種多様な方法によ
り達成され得る。そのような方法は、アフィニティークロマトグラフィー、SD
S−PAGE、ELISA、RIA等のような標準的な生化学の方法として、特
に知られている。(ポリ)ペプチドを十分特徴づければ、医薬応用(例えばペプ
チド模擬体)のために、対応する化学成分を設計し得る。
特性を与えるクローンのインサートの発現産物を製剤化することを含んでなる、
医薬組成物を製造する方法に関する。ここで、前記インサート又は発現産物は上
記に開示した本発明の方法によって同定及び/又は特徴づけされる。
剤用担体の例は当技術分野でよく知られていて、リン酸緩衝化生理食塩水、水、
水中油型エマルジョンのようなエマルジョン、様々なタイプの湿潤剤、無菌溶液
などが含まれる。そのような担体を含んでなる組成物は、よく知られた従来法に
よって製剤化され得る。これら医薬組成物は、好適な用量で被検者へ投与され得
る。好適な組成物の投与は、静脈内、腹腔内、皮下、筋肉内、局所又は皮内投与
といった様々な方法により達成し得る。投与方式は、担当医や種々の臨床要因に
よって決定される。医学上の技術でよく知られているように、ある患者への投与
量は、患者のサイズ、体表面積、年齢、投与される特定の化合物、性、投与の時
間と経路、一般健康状態、同時投与される他の薬剤を包含する多くの要因に依存
する。概して言えば、医薬組成物を定期的に投与する場合の治療方式は、1日に
つき1μg〜10mg単位の範囲にあるべきである。治療方式が連続注入であれ
ば、1分につき体重キログラムあたり、それぞれ1μg〜10mg単位の範囲に
あるべきである。進捗度合いは定期評価によってモニターし得る。用量は変わり
得るが、DNAを静脈内投与するときの好ましい投与量は、DNA分子の約10 6 〜1012コピーである。本発明の組成物は、局所的又は全身的に投与し得る。
投与は概して腸管外、例えば静脈内であろうが、DNAは、例えば内部/外部標
的部位への生物的(biolistic)デリバリー又は動脈内部位へのカテーテルによ
って標的部位へ直接投与してもよい。腸管外投与用の調製物には、無菌の水性又
は非水性溶液、懸濁液及びエマルジョンが含まれる。非水性溶媒の例は、プロピ
レングリコール、ポリエチレングリコール、オリーブ油のような植物油、及びオ
レイン酸エチルのような注射し得る有機エステルである。水性の担体には、水、
アルコール/水溶液、生理食塩水や緩衝化媒質を含むエマルジョン又は懸濁液が
含まれる。腸管外投与の担体には塩化ナトリウム溶液、リンゲルデキストロース
、デキストロース/塩化ナトリウム、乳酸リンゲル、又は固定油が含まれる。静
脈内投与の担体には、体液や栄養補充物、電解質補充物(リンゲルデキストロー
スに基づいたもの)、等が含まれる。例えば抗菌剤、抗酸化剤、キレート剤、及
び不活性ガスといった保存剤や他の添加剤もあってよい。
標準ベクター及び/又は遺伝子デリバリーシステムを用いる組合せのいずれかで
、及び所望により製剤的に許容される担体又は賦形剤とともに投与されることが
想定されている。投与に続き、前記ポリヌクレオチド又はベクターは、被検者の
ゲノムへ安定的に組み込まれ得る。また、ある種の細胞又は組織に特異的であり
、前記細胞に存続するウイルスベクターが使用される場合がある。好適な医薬担
体や賦形剤は当技術分野でよく知られている。本発明により製造される医薬組成
物は様々な種類の疾患(例えばB細胞及び/又はT細胞に関連した免疫欠損や悪
性腫瘍に関連した疾患、悪性/非悪性の細胞/組織の疾患、及び/又は病原微生
物と非病原微生物、疾患抵抗性及び/又はウイルス抵抗性の植物と非抵抗性の植
物といった様々な系統の生物の間にある疾患、及び/又は細胞、組織、生物、微
生物、植物、ウイルス、ファージ、細菌、酵母などの任意の2系統の間にある疾
患)を予防又は治療、又は遅延させるために使用され得る。
遺伝子治療に使用することが可能である。好適な遺伝子デリバリーシステムは、
リポソーム、受容体介在性のデリバリーシステム、裸のDNA、ヘルペスウイル
ス、レトロウイルス、アデノウイルス及びアデノ関連ウイルスといったウイルス
ベクターをとりわけ包含し得る。遺伝子治療のために核酸を体内の特定部位へデ
リバリーすることは、Williams (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88 (1991), 2726
-2729)により記載されるような生物的デリバリーシステムを用いても達成され得
る。
、好ましくは前記細胞の生存中にそのままの状態で残存することが理解されるべ
きである。例えば、適切な調節配列の制御下でポリヌクレオチドを安定的に発現
する細胞系は、当技術分野の当業者によく知られている方法によって工学処理さ
れ得る。宿主細胞は、ウイルスの複製起点を含有する発現ベクターを使用するよ
りは、同一のプラスミドか別個のプラスミドのいずれかにある本発明のポリヌク
レオチドと選択マーカーを用いて形質転換され得る。異種DNAの導入後、工学
処理した細胞を栄養豊富な培地で1〜2日間増殖させた後、選択培地へ移される
。組換えプラスミド内の選択マーカーが選択抵抗性をもたらすので、その染色体
にプラスミドが安定的に組込まれ、クローン化されて細胞系へ拡張し得るフォー
カスを形成するまで増殖する細胞を選択することが可能になる。そのような工学
処理された細胞系はまた、例えばB細胞/T細胞相互作用に関わる化合物を検出
するスクリーニング方法においても特に有用である。
977), 233)、ヒポキサンチンーグアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ(S
zybalska, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 48 (1962), 2026)、及びアデ
ニンホスホリボシルトランスフェラーゼ(Lowy, Cell 22 (1980), 817)(それ
ぞれ、tk-、hgprt-又はaprt-細胞の系)を包含する、数多くの選択
システムが使用され得る。また、代謝拮抗剤への抵抗性は、メトトレキセート抵
抗性をもたらすdhfr(Wigler, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77 (1980), 35
67; O'Hare, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78 (1981), 1527);マイコフェノー
ル酸抵抗性をもたらすgpt(Mulligan, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78 (198
1), 2072);アミノグリコシドG−418抵抗性をもたらすneo(Colberre-G
arapin, J. Mol. Biol. 150 (1981), 1);ヒグロマイシン(Santerre, Gene 30
(1984), 147)又はピューロマイシン(pat、ピューロマイシンN−アセチル
トランスフェラーゼ)抵抗性をもたらすhygroを選択する基礎として使用さ
れ得る。これまでに記載されている追加の選択遺伝子には、例えば、細胞がトリ
プトファンの代わりにインドールを利用することを可能にするtrpB;細胞が
ヒスチジンの代わりにヒスチノールを利用することを可能にするhisD(Hart
man, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85 (1988), 8047);オルニチンデカルボキ
シラーゼ阻害剤の2−(ジフルオロメチル)−DL−オルニチン、DFMOへの
抵抗性をもたらすODC(オルニチンデカルボキシラーゼ)(McConlogue, 1987
, In: Current Communications in Molecular Biology, Cold Spring Harbor La
boratory ed.)がある。
ブラリーの少なくとも2つのレプリカを含んでなるキットにも関する。本発明の
キットは、本発明の方法を実行するのに特に適している。本明細書では、様々な
タイプの可能で好ましい固形支持体を上記に規定した。好ましくは、本発明のキ
ットは、上記に規定したようにさらに少なくとも1種のリガンドを含む。
バイアルのような容器にパッケージされ得る。1つ又はそれ以上の前記成分は、
1つの同一容器に適宜パッケージされ得る。
得る典型的なものであるが、当技術分野の当業者に知られている他の方法も代替
的に使用され得る。
His6−タグ付き融合タンパク質のIPTG誘導発現ベクターであるpQE−
30NSTにおいて構築した。pQE−30NSTは、ファージT5プロモータ
ー及びIPTG誘導組換えタンパク質を発現させる2つのlacオペレーターを
担う、pBR322をベースとする発現ベクターであるpQE−30(Qiag
en)より、以下のようにして構築した;第一工程では、pQE−30の唯一の
PstI部位へ、BGlII及びNotl部位を担う合成オリゴヌクレオチドを
挿入することによりpQE−30Nを産生した。次の工程では、SP6プロモー
ターを担うSP6プロモーターオリゴヌクレオチドを、pQE−30NのBam
HIとSalI部位の間に挿入した後、T7プロモーターを担う第二のオリゴヌ
クレオチドを、HindIIIとNotI部位の間に挿入した。得られたベクタ
ー、pQE−30NSTは、SalIとNotIの突出を有するcDNAのクロ
ーニングに使用し得る。このインサートは、SP6 RNAポリメラーゼを用い
てセンス方向に、T7 RNAポリメラーゼを用いてアンチセンス方向に、in v
itroで転写され得る。
が得られた。 pSE111を担っているE. coli SCS(Stratagene)を宿主株
として使用し、この発現ライブラリーを構築した。pSE111は、pSBET
cから構築した(Schenk et al., BioTechniques 19(2)(1995), 196-198)。p
SBETcはpACYC177をベースとする発現ベクターであり、カナマイシ
ン抵抗遺伝子のargU遺伝子、及び組換えタンパク質を発現させるT7 RN
Aポリメラーゼのプロモーター部位を担う(Schenk et al., BioTechniques 19
(1995), 196ff)。ヘルパープラスミドのpSE111は、lacリプレッサー
遺伝子、及びAGAとAGGのアルギニンコドンを認識する稀なtRNAをコー
ドするargU(dnaY)遺伝子を担うが(Brinkmann et al., Gene 85 (198
9), 109-114)、pSBETから2つの工程で構築した。
pSBETcから切出して、T7プロモーター領域を除去した。 lacIQ遺伝子を含有する1.2kbのEcoRIフラグメントをプラスミ
ドpVH1(Haring et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82 (1985), 6090-60
94)から切出し、工程(i)から得られるプラスミドの唯一のEcoRI部位へ
挿入した。lacIQインサートを2つの可能な配向で有する5.1kbのプラ
スミドが得られたが、lacIQ遺伝子のpSE111転写は、公表されたpS
BETcのマップ(Schenk et al., BioTechniques 19 (1995), 196ff)では時
計方向であった。このプラスミドは、cDNA発現ライブラリーの宿主株として
使用されるE. coli SCS1株(Stratagene)に存在していた。
384穴マイクロタイタープレートへ刺し入れ、ナイロン/ポリビニリデンジフ
ルオリド(PVDF)フィルターの上に高密度でグリッドした。ナイロンフィル
ターをDNAハイブリダイゼーション用に処理し(DNAフィルター)、PVD
Fフィルターは、タンパク質発現を誘導するIPTGを含有する寒天プレート上
に移し、タンパク質検出用に処理した(タンパク質フィルター)。
端配列、RGSH6を認識するモノクローナルRGS・His抗体を用いて、h
Ex1ライブラリーの高密度タンパク質フィルターをスクリーニングした(図1
)。約20%のポジティブ・クローン(シグナル強度1、2又は3)を1〜3へ
分類した。これらのクローンは推定タンパク質発現クローンと考えられた(図1
)。Superscript Plasmid Systemキット(ライフテ
クノロジーズ)を使用するオリゴ(dT)プライミング(Gubler et al., Gene
25 (1983), 263)によって、ヒト胎児脳の組織からhEx1ライブラリーを調製
した。ゲル濾過によりcDNAをサイズで分画し、発現ベクターpQE−30N
TのSalIとNotI部位の間で各分画を連結した。ヘルパープラスミドのp
SE111を担うE. coli SCS1(Stratagene)を宿主株として使
用した。エレクトロポレーションによる形質転換の後で、四角い寒天プレート(
Nunc Bio Assay Dish)上にこのライブラリーをまき、37
℃で一晩増殖させた。自動ロボットシステム(Lehrach et al., Interdisciplin
ary Science Reviews 22 (1997), 37-44)を使用して、アンピシリン100μg
/ml、カナマイシン15μg/ml、2%グルコース及び凍結ミックス(0.
4mM MgSO4、1.5mMNa3−クエン酸、6.8mM (NH4)2SO 4 、3.6%グリセロール、13mM KH2PO4、27mM K2HPO4,[
pH7.0])を含有する2xYT培地を満たした384穴マイクロタイタープ
レート(Genetix)へクローンを刺し入れた。37℃で一晩、マイクロタ
イター穴で細菌を増殖させ、384ピン複製ツール(Genetix)を使用し
て新しいマイクロプレートへ複製した。すべてのコピーを−80℃で冷凍保存し
た。
(Swiss−Prot P04406)のオープンリーディングフレームは1
,008bp、35,922ダルトンであり、HSP90α(Swiss−Pr
ot P07900)のそれは2,199bp、84,542ダルトンである。
ン)セットを、遺伝子特異的cDNAプローブでスクリーニングした。高密度フ
ィルターは、文献のように、ロボットスポッティングにより調製した(Maier et
al., Drug Discovery Today 2 (1997), 315-324; Lehrach et al., Interdisci
plinary Science Reviews 22 (1997), 37-44)。細菌コロニーを、DNA分析用
にはナイロン膜フィルター(Hybond N+、アマーシャム)上に、タンパ
ク質分析用にはポリビニリデンジフルオリド(PVDF)膜フィルター(Hyb
ond PVDF、アマーシャム)上にグリッドした(フィルターフォーマット
:222mmx222mm)。クローンは、フィルターあたり27,648個の
密度で、インクガイドドットを囲むように、同一2検体(デュプリケート)パタ
ーンでスポットした。アンピシリン100μg/ml、カナマイシン15μg/
ml、2%グルコースを含有する四角い2xYT寒天プレート(Nunc Bi
o Assay Dish)上に、高密度フィルターを置いた。
に処理した(Hoheisel et al., J. Mol. Biol. 220 (1991), 903-914)。タンパ
ク質分析に使用するフィルターを30℃で一晩増殖させ、次いで、1mM IP
TGを補充した寒天プレートへ移し、37℃で3時間の誘導で、タンパク質発現
を誘導した。0.5M NaOH、1.5M NaClに浸したブロッティング
ペーパーの上に10分間(5分間x2)、1Mトリス−HCl,pH7.5,1
.5M NaClに5分間、最後に2xSSCに15分間、このフィルターを置
くことにより、発現されたタンパク質をフィルター上に固定した。フィルターを
空気乾燥し、室温保存した。
ゼ基質(JBLサイエンティフィック、サンルイ、オビスポ)を用いるDNAハ
イブリダイゼーションを既報のように実施した(Maier et al., J. Biotechnol.
35 (1994), 191-203)。ジゴキシゲニン標識ハイブリダイゼーションのプロー
ブは、ヒトGAPDHの完全なオープンリーディングフレームを含有するクロー
ンとHSP90αのC末端部分を含有するIMAGEクローン343722号(
GenBank:W69361)のPCR増幅により製造した。
ローンがポジティブであった(表1)(図2a)。2回目のハイブリダイゼーシ
ョンで202個を確認するとともに、さらに35個の追加クローンを検出した(
全体で237個へ増加、表1)。ヒトHSP90αプローブでは56個(0.0
7%)のクローンが同定された。対応するタンパク質フィルターでは、GAPD
HとHSP90αでそれぞれ56個(27%)と14個(25%)のポジティブ
・クローンがRGS・His抗体により認識された。
抗GAPDH血清を既報のようにアフィニティー精製した(Gu et al., BioTech
niques 17 (1994), 257-262)。抗HSP90(トランスダクション・ラボラト
リーズ、レキシントン)は、HSP90αのアミノ酸586〜732に向けられ
ている。乾燥したタンパク質フィルターをエタノールに浸し、TBS−T(20
mM トリス−HCl,pH7.5、0.5M NaCl、0.05% Twe
en 20、0.5% Triton X−100)に浸したペーパータオルで
細菌の残滓を拭き取った。このフィルターをブロッキング緩衝液(非脂肪の乾燥
乳粉末3%/TBS、150mM NaCl、10mMトリス−HCl,pH7
.5)中で1時間ブロックし、5000倍希釈した抗HSP抗体又は抗GAPD
H抗体50ng/mlとともに一晩インキュベートした。TBS−Tでの洗浄を
10分2回、TBSでの洗浄を10分1回した後、アルカリホスファターゼ(A
P)が接合した二次抗体とともにフィルターを1時間インキュベートした。TB
ST−Tで10分3回、TBSで10分1回、AP緩衝液(1mM MgCl2
、0.1Mトリス−HCl,pH9.5)で10分1回洗浄した後、フィルター
を0.5mM Attophos(JBLサイエンティフィック、サンルイ、オ
ビスポ)/AP緩衝液で10分間インキュベートした。長波長UV光でフィルタ
ーを発光させ、高解像CCD検出システムを用いて画像化した(Maier et al.,
Drug Discovery Today 2 (1997), 315-324)。カスタム画像分析ソフトウェアを
用いてポジティブ・クローンを計数した。ポリクローナル抗GAPDH抗体(図
2b)では、39個のクローンがポジティブだった(表2)。これらはいずれも
RGS・His抗体で検出されたが、GAPDH特異的DNAプローブでポジテ
ィブと計数されたのは32個のクローンだけである。しかしながら、2回目のD
NAハイブリダイゼーションでは、計数されなかった7個のクローンのうち5個
が検出された。モノクローナル抗HSP90抗体でスクリーニングすると32個
のポジティブ・クローンが得られ、そのうち28個はHSP90αのDNAプロ
ーブにより検出され、10個はHSP90αのDNAプローブとRGS・His
抗体のいずれでもポジティブであった。2回目の抗HSP90スクリーニングで
は、30個のクローンが確認され、新たに12個のクローンが検出されたが、こ
れらはいずれもHSP90αのDNAプローブでポジティブであった。
する。カテゴリーA〜Eのクローンを、そのcDNAインサートの5’末端の配
列決定(図4)、及びウェスタンブロット(図5)により分析した。以下の実験
プロトコールを実行した。 (A)全般的ポジティブ・クローン DNAプローブ、抗GAPDH及びRGS・His抗体で同定された10個の
GAPDHクローンの配列を決定し、正しい読み枠にGAPDH配列を含有する
ことを見出した。9個のクローンが、5’−UTRのついた完全なGAPDH配
列とベクターアミノ酸(mRNAの5’−UTRとベクターによりコードされる
アミノ酸)に広がる組換えHis6−タグ付きタンパク質を発現した。
ブな10個のクローンは、いずれもHSP90αの配列を正しい読み枠で有して
いた。しかしながら、完全なコーディング領域を供するものは1つもなく、HS
P90α配列の様々なサイズのC末端部分から翻訳されるHis6−タグ付き融
合タンパク質を発現することが示されたのは5個のクローンである。 (B)特異抗体ネガティブ・クローン フィルター上のGAPDH特異抗体にネガティブな7個のGAPDHクローン
の配列が、GAPDHのGenBank配列と重なることが示された。上記クロ
ーンの2つは正しい読み枠でインサートを有し、ウェスタンブロットで抗GAP
DH抗体によって染色されるGAPDHフラグメント(24kD)を発現した(
図5a、B、レーン11、12)。GAPDHインサートは他の5種のクローン
では正しくない読み枠にあり、6.5〜16.7kDのポリペプチド範囲にあっ
て、発現が推定されるペプチドの発現を示唆した(図5a、B、レーン13−1
7)。これらクローンのシグナル強度は、高密度フィルターにRGS・His抗
体でプローブした場合、概して低かった。4種のHSP90αクローンのうち3
つは正しくない読み枠にインサートを有し、抗HSP90抗体と反応しない短ペ
プチドを発現した(図5b、レーン6、8に2つのクローンを示す)。残りのク
ローンは正しい読み枠にインサートを有し、ウェスタンブロット上で計算される
サイズ(56.0kD)のバンドを示し、二回目の高密度フィルタースクリーニ
ングで抗HSP90抗体により検出された。 (C)DNAプローブだけポジティブなクローン 12個の無作為に選択したGAPDHクローンのうち11個は正しくない読み
枠でGAPDHインサートを含有し、恐らくは3.4〜9.1kDの範囲のペプ
チドを発現していることが示された。クローンMPMGp800A1755は、
正しい読み枠でインサートを有したが、5’−UTRの−8位に点突然変異があ
り、停止コドンと推定4.7kDのペプチドをもたらした。DNA配列分析は、
12個のHSP90αクローンのうち11個が正しくない読み枠にインサートを
含み、分子量2.8〜5.4kDと計算されるペプチドを恐らく発現しているこ
とを示した。正しい読み枠にインサートを有し、78.7kDサイズのタンパク
質を発現し、二回目の抗HSP90抗体スクリーニングでポジティブだったのは
、クローンMPMGp800I13115だけである。
出されなかった。 (D)DNAプローブネガティブ・クローン 4個のGAPDHクローンが、DNAプローブの偽陰性を表す正しいインサー
トを有することが示されたが、2回目のDNAハイブリダイゼーション実験で検
出された。2個のクローンは、ヒトポリユビキチン(GenBank D637
91)とヒトHZF10(PIR S47072)の配列を含有していた。
プチドを発現した(図5b、D)。クローンMPMGp800G06207(レ
ーン12)は46bp欠損部分を担うHSP90αインサートを含有し、明らか
にHSP90α・DNAプローブの偽陰性であった。残り3つのクローンでは、
マウス子宮特異的プロリンリッチ酸性タンパク質(GenBank U2848
6;レーン9、10)との配列相同性、又は機能不明のEST配列(レーン11
)に対する同一性がインサートに認められた。 (E)DNAプローブ及び特異抗体ポジティブ(RGS・Hisネガティブ)・
クローン HSP90αのDNAプローブと抗HSP90抗体によって認識されるが、R
GS・His抗体では認識されない10種のクローンの配列を決定し、正しくな
い読み枠で挿入されたHSP90α配列を含有することを見出した。これらのク
ローンから発現されるHis6−タグ付きポリペプチドは、3.2〜6.1kD
の計算量を有するはずであり、ウェスタンブロットでは見出されなかった(図5
b、E)。対照的に、抗HSP90抗体についてはバンドの適合パターンが観察
された。
イシン15μg/ml及び2%グルコースを含有する2xYT培地2mlにおい
て振盪して増殖させた。O.D.600=0.4のときにIPTGを最終濃度が
1mMになるように加え、37℃で3時間、インキュベーションを続けた。細胞
全体のタンパク質抽出液を15%SDS−PAGEにかけた後、Laemmli(Laemm
li, Nature 227 (1970), 680-685)により、クーマシーブルー染色した。
efarファルマシアバイオテク、サンフランシスコ)を用いて、20mMトリ
ス、150mMグリシン、0.1% SDS、10%メタノールにおいて、タン
パク質をPVDF膜(Immobilon P、ミリポア)へ移した。
)及びpQE276(GGCAACCGAGCGTTCTGAAC)を使用し、
アニーリング温度65℃で、PCRによりcDNAインサートを増幅した。我々
の研究所のサービス部門により、pQEプライマーとABIシークエンサー(パ
ーキンエルマー)を用いるダイターミネーターサイクルシークエンス法によりP
CR産物の配列が決定された。
は記載されている(Bussow et al., Nucleic Acids Res. 26 (1998), 5007-5008
)。MRGSとpQE−30(Qiagen)のHis6との間にタンパク質配
列LNDIFEAQKIEWをコードするオリゴヌクレオチドを挿入するために
、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を用いてpQE−BH6を構築して、RGS
−His6エピトープの2つの部分を分離した。
ス抗RGS−His(Qiagen、1:2,000)、マウス抗ウサギGAP
DH(Research Diagnostics社、クローン6C5、1:5
,000)、マウス抗HSP90(トランスダクション・ラボラトリーズ、クロ
ーン68、1:2,000)、ラット抗αチューブリン(セロテック社、クロー
ンYL1/2、1:2,000)。
0倍希釈したF(ab’)2ウサギ抗マウスIgG−HRP(シグマ)とF(a
b’)2ウサギ抗ラットIgG−HRP(セロテック社)であった。
ン100μg/ml及びカナマイシン15μg/mlを含有するSB培地(バク
ト−トリプトン12g/l、酵母抽出物24g/l、17mM KH2PO4、7
2mM K2HPO4、0.4%(v/v)グリセロール)900mlへ一晩培養
物10mlを接種し、OD600が0.8に達するまで37℃で振盪した。イソプ
ロピル−b−D−チオガラクトピラノシド(IPTG)を最終濃度が1mMとな
るように加えた。この培養液を37℃で3.5h振盪し、氷上で4℃に冷却した
。2,100g、10分間の遠心分離により細胞を採取し、リン酸緩衝液(50
mM NaH2PO4、0.3M NaCl,pH8.0)100mlに再懸濁し
、再び遠心分離した。湿重量1gにつき3mlのリゾチーム(0.25mg/m
l)含有溶解緩衝液(50mM トリス、300mM NaCl、0.1mM
EDTA,pH8.0)において、氷上、30分で細胞を溶解した。超音波ホモ
ジェナイザー(Sonifier 250、ブランソン・ウルトラソニックス、
ダンベリー、USA)を用いて、氷上、3x1分間、50%のパワーでDNAを
剪断した。10,000g、30分間の遠心分離により、溶解液を澄明にした。
Ni−NTAアガロース(Qiagen)を加え、4℃、1時間振盪して混合し
た。この混合液をカラムに注ぎ込み、次いで、10倍ベッド量の20mMイミダ
ゾール含有溶解緩衝液で洗浄した。250mMイミダゾール含有溶解緩衝液でタ
ンパク質を溶出し、4℃で一晩、TBS(10mMトリス−HCl、150mM
NaCl,pH7.4)に対して透析した。
タンパク質を発現させた(Bussow et al., Nucleic Acids Res. 26 (1998), 500
7-5008)。IPTG誘導によりHis6−タグ付き融合タンパク質を発現させる
ために、pQE−30NST中にこのライブラリーを指向性にクローン化した。
2mlの中空部分を有する96穴マイクロタイタープレート(StoreBlo
ch,Zinsser)を、アンピシリン100μg/ml及びカナマイシン1
5μg/mlを補充したSB培地100μlで満たした。−80℃に保存した3
84穴ライブラリープレート(Genetix,Christchurch、U
.K.)由来のE.coli SCS1細胞を培養液に接種した。接種には、96個の
鋼製ピン(長さ6cm)が付いた複製装置を用いた。激しく振盪しながら37℃
で一晩増殖させた後、前もって加温した培地900μlをこの培養液へ加え、イ
ンキュベーションを1時間続けた。タンパク質発現を誘導するために、最終濃度
が1mMになるようにIPTGを加えた。遠心分離も含め、以下のあらゆる工程
は、96穴フォーマットにおいてもなされた。1,900g(3,400rpm
)、10分間の遠心分離により細胞を採取し、リン酸緩衝液の再懸濁により洗浄
し、5分間遠心分離して緩衝液A(6Mグアニジウム−HCl、0.1M Na
H2PO4、0.01Mトリス−HCl,pH8.0)150μlに再懸濁して溶
菌させた。4,000rpm、15分間の遠心分離によって細菌の残滓をペレッ
ト化した。真空濾過マニホルド(Multiscreen、ミリポア)上に、空
孔サイズ0.65μmの非タンパク質結合性PVDF膜(Durapore M
ADV N65、ミリポア)を含有する96穴フィルタープレートを通して、上
澄液を濾過した。
)フィルター片(Immobilon P、ミリポア)を96%エタノールに浸
し、蒸留水で1分間濯いだ。湿ったフィルター片5枚をテープで230x230
mmプラスチックトレイ上に固定した。x−y−zの方向に5μm刻みで定位し
得るモーター付きのトランスファースタンプ(Linear Drives,B
asildon,UK)(図6)によりスポッティングをした。これにより、約
300サンプル/cm2の密度の同一2検体パターンでスポットすることが可能
になる。このトランスファースタンプには、4.5mm間隔のバネ上げピンがそ
れぞれ4x4で16個、本体に取り付けられている。この間隔が384穴プレー
トの間隔に適合しているので、このツールにより384穴マイクロタイタープレ
ートからの高密度スポッティングが可能になる。ステンレス鋼製ピンの平滑末端
のチップサイズは250μmである。各トランスファーに先立って、スポッティ
ング装置を30%エタノール浴で洗浄し、次いでファン乾燥して相互汚染を防い
だ。ここで示す実験については、各ピンで4x4のパターンをスポットした。各
パターンには、4個のインクガイドスポットと、それを囲んで同一2検体でスポ
ットされる6個のサンプルが含まれる(全部で12サンプルのスポット、図7A
)。各スポットは、同一のタンパク質サンプルを5回(各5nl)ロードした。
前もってスポッティングの高さを調整したが、この96サンプルのスポッティン
グで5つの同一タンパク質マイクロアレイを産生するのに約20分を要した。
TBST(TBS、0.1% Tween 20)で1分間洗浄し、2%ウシ血
清アルブミン(BSA)/TBSTに60分間ブロックし、2%BSA/TBS
Tにおいてモノクローナル抗体とともに室温で1時間インキュベートした後、T
BSTで10分2回洗浄し、2%BSA/TBSTにおいて二次抗体とともに1
時間インキュベートした。次いで、TBST20mlにおいてフィルターを一晩
洗浄し、CN/DAB溶液(Pierce)2mlにおいて1〜10分間インキ
ュベートして、ポジティブな反応を黒いスポットとして検出した。画像化には冷
却したCCDカメラ(Fuji LHS、Raytest、ドイツ)を用いた。
Fujinon対物レンズ(f:0.8,50mm)を用いて20msの積算時
間で写真を撮った。スポット認識と定量化のために、AIDAパッケージ(Ra
ytest、ドイツ)を用いて画像を分析した。得られたスポット値をExce
lのスプレッドシート(マイクロソフト,USA)へ移し、図7、8、9の図表
を作成した。
−NTA固定化金属アフィニティー・クロマトグラフィー(IMAC)により精
製した後で、PDVFフィルター上に溶液をスポットした(Hochuli et al., J.
Chromatography, 411 (1987), 177-184)。PVDFフィルター膜を使用したの
は、その優れたタンパク質結合能と機械強度(ニトロセルロースに比較して)、
及びこれまでの満足な実績のためである(Bussow et al., Nucleic Acids Res.
26 (1998), 5007-5008)。新しいトランスファースタンプ(図6)はチップサイ
ズ250μmのピンを含むが、これはin situタンパク質発現フィルターの産生
にこれまで用いられてきた450μmピンのほぼ半分のサイズである(Bussow e
t al., Nucleic Acids Res. 26 (1998), 5007-5008)。我々の最初の試験結果と
しての図7、8及び9は、我々のin situフィルターとほとんど同じスポッティ
ング密度を示すが、ピン先端の径が小さくなるほど高密度のスポッティングが可
能になる。222x222mmのin situフィルターは27,648個のクロー
ン(1つのガイドスポットにつき5x5の同一2検体スポッティングパターン)
を供するが、この新しいトランスファースタンプを用いれば、同一の領域に10
0,000個以上のサンプルを置くことが可能である。このことにより、アレイ
サイズ全体を簡便な微視的スライドフォーマット(2,400個の同一2検体に
相当する4,800個のサンプル/25x75mm)へ実質的に減らせる。この
ミニチュア化した組立てにより、フィルターをカバーするのにずっと少ない緩衝
液量で済むので、溶液をインキュベートするときに試薬をごく経済的かつ高濃度
で使用することが可能になる。in situフィルターとは対照的に、マイクロアレ
イ上で得られるシグナルは、鋭い上に十分局在化している。タンパク質チップ製
造への次の工程として、我々は、修飾したガラス表面上への高速ピコリットルス
ポッティング(インクジェッティング)を用いることによりさらに密度を高める
ことを想定している。タンパク質マイクロアレイに代わるアプローチについては
、シラン単層の写真製版(Mooney et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 93 (1
996), 12287-12291)か、ポリスチレンフィルムへのインクジェッティング(Eki
ns, Clin. Chem. 44 (1998), 2015-2030; Silzel et al., Clin. Chem. 44 (199
8), 2036-2043)のいずれかを用いることが報告されている。我々のライブラリ
ースポッティング技術とは対照的に、これらの最新技術は、単一タンパク質(例
えば、BSA、アビジン、又は抗IgGモノクローナル抗体)のパターニングに
よりミニチュア化したイムノアッセイフォーマットを製造することに注目してい
る。
ヒトグリセルアルデヒド−3−リン酸デヒドロゲナーゼ(GAPDH、Swis
s−Prot P04406)、ヒト熱ショックタンパク質90α(HSP90
α、Swiss−Prot P07900)のC末端フラグメント(40.3k
d)及びラット免疫グロブリンH鎖結合タンパク質(BIP、Swiss−Pr
ot P06761)を様々な濃度でスポットすることにより評価した。次いで
、マイクロアレイをモノクローナル抗GAPDH抗体、ウサギ抗マウスIgG−
HRP及びHRP基質CN/DABとともにインキュベートした(図7A)。バ
ックグラウンド以上の明らかに目視できる特定スポットをもたらす最低濃度(検
出閾値)としての検出感度は、10フェムトモル/μlと算定されたが、これは
5x5nlにスポットしたGAPDHの250アトモル又は10pgに相当する
(図7B)。
gen)によりタンパク質エクスプレッサーとして同定された、アレイ状ヒト胎
児脳cDNAライブラリーhEx1(Bussow et al., Nucleic Acids Res. 26 (
1998), 5007-5008)の92クローンの粗溶解液を4つの対照サンプル及びインク
ガイドスポットと並んで同一2検体でスポットした。同一の抗体を使用して、R
GS−His6−タグ付き融合タンパク質の発現についてマイクロアレイをスク
リーニングした(図8A、挿入部分)。同一2検体の相対強度(図7A参照)を
互いにプロットすると、得られた斜線は、この検出法の良好な再現性を示す(図
8A)。従って、同一2検体の平均を全96サンプルについてプロットし、ポジ
ティブ同定の特異性閾値を相対強度7,500に任意設定した(図8B)。以上
の条件では、陰性対照(H1、インサートのないベクターpQE−30NST)
は明らかにネガティブ(相対強度1,500)であり、分割されたRGS−Hi
s6エピトープを特徴とするHSP90αクローン(H2、ベクターpQE−B
H6;相対強度0)でもそれは同様であった。RGS−His6−タグ付きGA
PDHクローン(H3、ベクターpQE−30NST)の溶解液を陽性対照とし
て使用したが、これは相対強度21,000のシグナルをもたらした。ラットB
IPクローン(H4、ベクターpQE−BH6)で得られた明らかにポジティブ
な結果(相対強度15,000)が驚くべきなのは、このクローンが分割された
RGS−His6エピトープも特徴とするからである。この反応性は、BIPの
コンフォメーション特性によるRGS−His6エピトープの部分的な再構成に
より説明できるかもしれない。
ヒト遺伝子のGenBankエントリーとの相同性を示す(Bussow,学位論文、
化学部、ベルリン自由大学(1998))。これらインサートの読み枠(RF)
を、ベクターにコードされるRGS−His6タグ配列に関連して調べた。正し
い読み枠(RF+)でクローン化されていたのが34インサート(63%)であ
るのに対し、正しくない読み枠(RF−)のものは20個(37%)であり、こ
れらのクローンでは予測されるタンパク質の発現は期待し得なかった。しかしな
がら、全92個のクローンは、モノクローナル抗体RGS−Hisとの明らかに
ポジティブなシグナルによりin situフィルター上のタンパク質エクスプレッサ
ーとして元々選択されたものである[強度レベル2及び3、(Bussow,学位論文
、化学部、ベルリン自由大学(1998))]。マイクロアレイ上では、タンパ
ク質エクスプレッサーとして同定される読み枠が正しくないクローンの数は70
%減少し、依然ポジティブとして確定されたRF(−)クローンは6個だけであ
る(図8B)。このことは、この新しいマイクロアレイ技術が、正しくない読み
枠のクローンを排除する優れた能力によりin situフィルター法より進歩してい
ることを示す。一方、明らかに特異性の閾値以下でこのスクリーニングでは見落
とされることになるRF(+)クローンが1つだけあったが、これはマイクロタ
イターの穴において発現したタンパク質の量が不十分であったためだろう。この
ことにより、配列決定及び/又はタンパク質の特徴づけにより確定される「ポジ
ティブ」にのみ基づいている我々のアプローチの本質が再び強調される。
ニングの偽陰性率は2%以下である(全54クローンにつき1個の非検出RF(
+)クローン)。正しくない読み枠でタンパク質を発現している偽陽性クローン
の率は、in situフィルター法の37%に比較して11%まで減少した(Bussow
,学位論文、化学部、ベルリン自由大学(1998))。これにより、タンパク
質マイクロアレイは、ごく高感度のタンパク質発現スクリーニングにとって経済
的なツールとなる。
特徴づけるタンパク質マイクロアレイを、ヒトのタンパク質であるGAPDH、
HSP90α及びαチューブリンについて、モノクローナル抗体を用いてスクリ
ーニングした。抗GAPDH抗体がその標的抗原のみを検出した(H3、図9A
)のに対し、抗HSP90αは選択的にその標的抗原を認識した(H2、図9B
)ものの、少なくとも2個の他のクローン(H10、60Sリボソームタンパク
質L18AとH3、GAPDH)とやや交叉反応性を示した。抗体の交叉反応性
は、抗αチューブリンのスクリーニングでずっと顕著であった(図9C)。試験
セット内の2個のRF(+)αチューブリンクローン(F9とA4)が特異的に
認識され、RF(−)クローン(C7)だけが検出されないままだったのに対し
、他の9個のクローンは任意の特異性閾値より高い抗αチューブリン反応性を示
した。これらクローンのうち2つ(B1及びB12)は未知の遺伝子を表し、G
1はRF(−)βチューブリンのクローンである。H3は図8のGAPDH陽性
対照クローンであり(上記参照)、おそらくはタンパク質発現のレベルが例外的
に高いために、ある程度は非特異的に交叉反応するようである(図9B及び9C
)。驚くべきことに、閾値以上の他のクローン(5個)はいずれも正しい読み枠
でリボソームタンパク質を発現する(E5、RPL3;H10、RPL18A;
E6及びD8、RPS2;F7、RPS3A)。抗αチューブリン反応性を示さ
なかったのは試験セットの唯一の追加リボソームタンパク質(E3、RPS25
)だけである。抗αチューブリン抗体(YL1/2、(Kilmartin et al., J. C
ell Biol. 93 (1982), 576-582))により認識されるエピトープは、チロシン化
αチューブリンのカルボキシ末端残基を含む直線状の配列として同定された(We
hland et al., EMBO J. 3 (1984), 1295-1300)。この著者らによれば、ジペプ
チド研究により決定されるような最少配列条件は、終端から2番目の位置に陰電
荷の側鎖があり、フリーのカルボン酸基を必ず有する芳香族の残基がこれに続く
ことである。我々のマイクロアレイ上で交差反応するリボソームタンパク質で上
記の要件を満たすものはないので、他の(例えば構造上の)エピトープがこの抗
原特異性を模倣しているのかもしれない。
グオプションの評価を示す。クローンカテゴリーは図3に同じ。括弧内の数は第
二スクリーニングでの数を表す。
グオプションの評価を示す。クローンカテゴリーは図2に同じ。括弧内の数は第
二スクリーニングでの数を表す。
パク質発現クローンのRGS−Hisの検出を示す。同一2検体(デュプリケー
ト)でアレイ状態にある27,648個のクローンを示すフィルターをRGS・
His抗体でスクリーニングし、His−6タグのついた組換えタンパク質を発
現するクローンを検出した。
でアレイ状態にある27,648個のcDNAクローンを表すDNAフィルター
をGAPDH特異的DNAプローブでスクリーニングしたもの。(b)(a)と
同一のクローンを表す同一のタンパク質フィルターを抗GAPDH抗体でスクリ
ーニングしたもの。対応するフィルター部分が示されている。
ゴリーを示すベン図である。各円は、個々のプローブにより同定されたクローン
の組合せを表す。共通部分のクローンは複数のプローブによって検出された。
の配列並置を示す。GAPDHとHSP90αのオープンリーディングフレーム
を空白のボックスとして示す。各ラインは、それぞれのクローンに存在すると予
測される配列の長さを示し、より太い部分は、実際に配列を決定して完全長のm
RNAに並置されたフラグメントを示す。文字A〜Eは図3のカテゴリーを示す
。
0α(b)に対する特異抗体によって検出されたクローンのタンパク質産物を示
す。上部のボックスのシェードと数字は、高密度フィルター上のシグナル強度を
示す。細胞のタンパク質全体をクーマシーブルーで染色した。クローンのカテゴ
リーは図3と同じである。
ンパク質溶液トランスファーのトランスファースタンプを示す。各16個のバネ
上げステンレス鋼のピンがPOM(ポリオキシメチレン、ポリホルムアルデヒド
、ポリアセテート)本体に取り付けられている。ピン間距離は4.5mmである
。付着末端のチップサイズは250μmと測定された。
モル濃度(100ピコモル/μl〜1フェムトモル/μl)の精製ヒトGAPD
H(同一2検体:19−24及び43−48)、ヒトbHSP90α(同一2検
体:7−12及び31−36)及びラットbBIP(同一2検体:13−18及
び37−42)を2つの同一系列の同一2検体としてスポットし(5x5nl)
、モノクローナル抗GAPDH抗体を用いて検出した。A:PVDFフィルター
膜上のスポットアレイ(128検体/1.9x1.9cm、4x4垂直式の同一
2検体スポッティングパターン、黒い同一2検体はガイドスポット、指定通りに
同一2検体を計数);B:A(ガイドスポットを除く)の同一2検体の相対平均
強度。同一2検体の番号(Aと同じ)、スポットタンパク質の名称と量、及び検
出閾値を示す。
いてマイクロアレイ上に検出された、アレイ状hEx1ライブラリーのクローン
に由来するRGS−His6−タグ付き融合タンパク質のハイスループット発現
を示す。92クローンの粗濾過溶解液を96穴マイクロタイタープレートからス
ポットしたが、このうち4穴に対照タンパク質が含まれる(H1、インサートの
ないベクターpQE−30NST;H2、bHSP90α、クローンN1517
0、ベクターpQE−BH6;H3、GAPDH、クローンD215、ベクター
pQE−30NST;H4、bBIP、ベクターpQE−BH6)。A:同一2
検体の相対強度を斜線で示す、検出の再現性;挿入部分:PVDFフィルター膜
上のスポットアレイ(図7と同様に、下の二重ガイドスポットは方向付けのもの
);B:図7と同様の図。インサートのリーディングフレームが知られている場
合の(+)か(−)を示す(特異性の閾値は相対強度7,500に任意設定した
)。
ンから発現されるRGS−His6−タグ付き融合タンパク質の同一マイクロア
レイに対する3種のモノクローナル抗体の特異性試験を示す。A:モノクローナ
ル抗GAPDH(H3、GAPDH、クローンD215、ベクターpQE−30
NST);B:モノクローナル抗HSP90α(H2、bHSP90α、クロー
ンN15170、ベクターpQE−BH6;H10、60Sリボソームタンパク
質、L18A;H3、GAPDH、クローンD215、ベクターpQE−30N
ST);C:モノクローナル抗αチューブリン(F9及びA4、RF(+)αチ
ューブリンクローン;C7、RF(−)αチューブリンクローン;B1及びB1
2、未知の遺伝子;H3、GAPDH、クローンD215、ベクターpQE−3
0NST;G1、RF(−)βチューブリンクローン;E5、RPL3リボソー
ムタンパク質、L3;H10、RPL18Aリボソームタンパク質、L18A;
E6及びD8、RPS2リボソームタンパク質、S2;F7、RPS3Aリボソ
ームタンパク質、S3A;E3、RPS25リボソームタンパク質、S25);
特異性の閾値は相対強度25,000に任意設定した。
Claims (27)
- 【請求項1】 以下の工程を含んでなる、所望の生物学的特性を与える発現
ライブラリーのクローンを同定及び/又は特徴づけする方法: (a)アレイ形態で配置されている前記発現ライブラリーのクローンの組換え
インサートの発現産物とともに融合タンパク質として発現される少なくとも1つ
の(ポリ)ペプチドの発現について分析すること;及び (b)前記所望の生物学的特性を与えるクローンのインサートによって発現さ
れる(ポリ)ペプチドと特異的に相互作用するリガンドを、アレイ形態のクロー
ンの前記ライブラリー又は前記ライブラリーの第一レプリカと接触させること、
及び前記クローンのライブラリーを相互作用の発生について分析すること;及び
/又は、 (c)所望の生物学的特性を与えるクローンのインサートに特異的な核酸プロ
ーブを用いて、アレイ形態に配置されたクローンの前記ライブラリー又は前記第
一レプリカ又は前記ライブラリーの第二レプリカとのハイブリダイゼーション又
はオリゴヌクレオチド・フィンガープリントを実施すること、及び前記クローン
のライブラリーをハイブリダイゼーションの発生について分析すること;及び (d)工程(a)における少なくとも1つの(ポリ)ペプチドの発現、及び/
又は工程(b)における相互作用、及び/又は工程(c)における特異的なハイ
ブリダイゼーション又はオリゴヌクレオチド・フィンガープリントが検出され得
るクローンを同定すること及び/又は特徴づけること。 - 【請求項2】 前記組換えインサートの前記発現産物とともに融合タンパク
質の一部として発現される前記(ポリ)ペプチドが、抗体又はフラグメント又は
それらの誘導体、タグ、酵素、ファージタンパク質又はそのフラグメント、又は
融合タンパク質である、請求項1に記載の方法。 - 【請求項3】 工程(a)における(ポリ)ペプチドの発現についての前記
分析が、特異的に相互作用する工程(b)のリガンドとは異なるリガンドを前記
(ポリ)ペプチドと接触させること、及び前記クローンのライブラリーを特定の
相互作用の出現について分析することによって達成される、請求項1又は2に記
載の方法。 - 【請求項4】 工程(a)の(ポリ)ペプチドの発現についての前記分析が
視覚的な手段、好ましくは質量分析法によって達成される、請求項1〜3のいず
れか1項に記載の方法。 - 【請求項5】 前記所望の生物学的特性が、細胞、組織又は発生段階の細胞
又は組織、微生物、好ましくは細菌、植物又は生物への特異性である、請求項1
〜4のいずれか1項に記載の方法。 - 【請求項6】 前記細胞又は組織が、正常な細胞又は組織、病的な細胞又は
組織、又は前処理された細胞又は組織である、請求項5に記載の方法。 - 【請求項7】 前記クローンが細菌の形質転換細胞、組換えファージ、形質
転換された哺乳類、昆虫、真菌、酵母又は植物の細胞である、請求項1〜6のい
ずれか1項に記載の方法。 - 【請求項8】 前記アレイ形態が工程(a)〜(c)において実質的に同一
のフォーマットを有する、請求項1〜7のいずれか1項に記載の方法。 - 【請求項9】 前記アレイ形態がグリッド形態である、請求項1〜8のいず
れか1項に記載の方法。 - 【請求項10】 前記グリッドが、マイクロタイタープレート、シリカウェ
ーハー、チップ、質量分析ターゲット、又はマトリックスのディメンジョンを有
する、請求項9に記載の方法。 - 【請求項11】 前記クローンが固形支持体に固定されている、請求項1〜
10のいずれか1項に記載の方法。 - 【請求項12】 前記固形支持体がフィルター、膜、磁気ビーズ、シリカウ
ェーハー、ガラス、金属、チップ、質量分析ターゲット又はマトリックスである
、請求項11に記載の方法。 - 【請求項13】 前記リガンドの少なくとも1つが、(ポリ)ペプチド、フ
ァージ又はそのフラグメント、血液、血清、毒素、阻害剤、医薬品又は医薬品候
補物質、非タンパク質又は一部タンパク質である受容体、触媒ポリマー、酵素、
核酸、PNA、ウイルス又はその部分、細胞又はその部分、無機化合物、結合体
、色素、組織又は前記リガンドの結合体である、請求項1〜12のいずれか1項
に記載の方法。 - 【請求項14】 前記(ポリ)ペプチドが抗体又はフラグメント又はその誘
導体、ホルモン又はそのフラグメント、又は酵素又はフラグメント又はその誘導
体である、請求項13に記載の方法。 - 【請求項15】 工程(b)での前記相互作用が特異的な相互作用である、
請求項1〜14のいずれか1項に記載の方法。 - 【請求項16】 工程(b)での前記相互作用が非特異的な相互作用である
、請求項1〜14のいずれか1項に記載の方法。 - 【請求項17】 工程(c)での前記ハイブリダイゼーションがストリンジ
ェントな条件で起こる、請求項1〜16のいずれか1項に記載の方法。 - 【請求項18】 工程(c)での前記ハイブリダイゼーションが非ストリン
ジェントな条件で起こる、請求項1〜16のいずれか1項に記載の方法。 - 【請求項19】 前記タグが、c−myc、His−タグ、FLAG、アル
カリホスファターゼ、EpiTagTM、V5タグ、T7タグ、XpressTMタ
グ又はStrep−タグ、融合タンパク質、好ましくはGST、セルロース結合
ドメイン、グリーン蛍光タンパク質、マルトース結合タンパク質又はlacZで
ある、請求項2〜18のいずれか1項に記載の方法。 - 【請求項20】 前記クローンのライブラリーがcDNAライブラリーを含
む、請求項1〜19のいずれか1項に記載の方法。 - 【請求項21】 前記ライブラリー及び/又は前記レプリカの前記アレイ形
態が自動化装置によって産生される、請求項1〜20のいずれか1項に記載の方
法。 - 【請求項22】 前記自動化装置がピッキングロボット及び/又はスポッテ
ィングロボット及び/又はグリッディングロボットである、請求項21に記載の
方法。 - 【請求項23】 前記所望されるクローンの核酸インサートを配列決定する
ことをさらに含んでなる、請求項1〜22のいずれか1項に記載の方法。 - 【請求項24】 所望されるクローンのインサートによってコードされる(
ポリ)ペプチドを同定すること及び/又は特徴づけることをさらに含んでなる、
請求項1〜22のいずれか1項に記載の方法。 - 【請求項25】 所望によりベクターに含まれるインサート、又は所望の生
物学的特性を与える所望されるクローンのインサートの発現産物を製剤化するこ
とを含んでなる、医薬組成物を製造する方法であって、前記インサート又は発現
産物が請求項1〜24のいずれか1項に記載の方法により同定される及び/又は
特徴づけられる前記方法。 - 【請求項26】 請求項25に記載の方法によって製造される医薬組成物。
- 【請求項27】 固形支持体に固定している請求項1〜22のいずれか1項
に記載されるような発現ライブラリーの少なくとも2つのレプリカを含んでなる
キット。
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