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Die
vorliegende Erfindung betrifft neue Markersequenzen für
neurodegenerative Erkrankungen und deren diagnostische Verwendung
samt einem Verfahren zum Screenen von potentiellen Wirkstoffen für
neurodegenerative Erkrankungen mittels dieser Markersequenzen. Ferner
betrifft die Erfindung eine diagnostische Vorrichtung enthaltend
solche Markersequenzen für neurodegenerative Erkrankungen,
insbesondere ein Proteinbiochip und dessen Verwendung.
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Proteinbiochips
gewinnen eine zunehmende industrielle Bedeutung in der Analytik
und Diagnostik sowie in der Pharmaentwicklung. Proteinbiochips haben
sich als Screeninginstrumente etabliert.
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Hierbei
wird die schnelle und hochparallele Detektion einer Vielzahl spezifisch
bindender Analysemoleküle in einem einzigen Experiment
ermöglicht. Zur Herstellung von Proteinbiochips ist es
erforderlich, die benötigten Proteine zur Verfügung
zu haben. Hierzu haben sich insbesondere Protein-Expressionsbibliotheken etabliert.
Die Hochdurchsatz-Klonierung von definierten offenen Leserahmen
ist eine Möglichkeit (Heyman, J. A., Cornthwaite,
J., Foncerrada, L., Gilmore, J. R., Gontang, E., Hartman, K. J.,
Hernandez, C. L., Hood, R., Hull, H. M., Lee, W. Y., Marcil, R.,
Marsh, E. J., Mudd, K. M., Patino, M. J., Purcell, T. J., Rowland,
J. J., Sindici, M. L. and Hoeffler, J. P. (1999) Genome-scale cloning
and expression of individual open reading frames using topoisomerase
I-mediated ligation. Genome Res, 9, 383–392; Kersten,
B., Feilner, T., Kramer, A., Wehrmeyer, S., Possling, A., Witt,
I., Zanor, M. I., Stracke, R., Lueking, A., Kreutzberger, J., Lehrach,
H. and Cahill, D. J. (2003) Generation of Arabidopsis protein chip
for antibody and serum screening. Plant Molecular Biology, 52, 999–1010; Reboul,
J., Vaglio, P., Rual, J. F., Lamesch, P., Martinez, M., Armstrong,
C. M., Li, S., Jacotot, L., Bertin, N., Janky, R., Moore, T., Hudson,
J. R., Jr., Hartley, J. L., Brasch, M. A., Vandenhaute, J., Boulton,
S., Endress, G. A., Jenna, S., Chevet, E., Papasotiropoulos, V.,
Tolias, P. P., Ptacek, J., Snyder, M., Huang, R., Chance, M. R.,
Lee, H., Doucette-Stamm, L., Hill, D. E. and Vidal, M. (2003) C.
elegans ORFeome version 1.1: experimental verification of the genome
annotation and resource for proteome-scale protein expression. Nat Genet,
34, 35–41.; Walhout, A. J., Temple, G.
F., Brasch, M. A., Hartley, J. L., Lorson, M. A., van den Heuvel, S.
and Vidal, M. (2000) GATEWAY recombinational cloning: application
to the cloning of large numbers of open reading frames or ORFeomes.
Methods Enzymol, 328, 575–592). Allerdings hängt
ein solcher Ansatz stark mit dem Fortschritt der Genom-Sequenzierungsprojekte
und der Annotierung dieser Gensequenzen zusammen. Darüber
hinaus ist die Bestimmung der exprimierten Sequenz aufgrund differenzieller
Spleißvorgänge nicht immer eindeutig. Dieses Problem
kann durch die Anwendung von cDNA-Expressionsbibliotheken umgangen werden
(Büssow, K., Cahill, D., Nietfeld, W., Bancroft,
D., Scherzinger, E., Lehrach, H. and Walter, G. (1998) A method
for global protein expression band antibody screening on high-density
filters of an arrayed cDNA library. Nucleic Acids Research, 26,
5007–5008; Büssow, K., Nordhoff,
E., Lübbert, C., Lehrach, H. and Walter, G. (2000) A human
cDNA library for high-throughput protein expression screening. Genomics,
65, 1–8; Holz, C., Lueking, A., Bovekamp,
L., Gutjahr, C., Bolotina, N., Lehrach, H. and Cahill, D. J. (2001)
A human cDNA expression library in yeast enriched for open reading
frames. Genome Res, 11, 1730–1735; Lueking,
A., Holz, C., Gotthold, C., Lehrach, H. and Cahill, D. (2000) A
system for dual protein expression in Pichia pastoris and Escherichia
coli, Protein Expr. Purif., 20, 372–378). Hierbei
wird die cDNA eines bestimmten Gewebes in einen bakteriellen oder
einen eukaryotischen Expressionsvektor, wie z. B. Hefe, einkloniert.
Die für die Expression verwendeten Vektoren zeichnen sich
im Allgemeinen dadurch aus, dass sie induzierbare Promotoren tragen, mit
denen sich der Zeitpunkt der Proteinexpression steuern lässt.
Darüber hinaus weisen Expressionsvektoren Sequenzen für
so genannte Affinitätsepitope oder -proteine auf, die zum
einen den spezifischen Nachweis der rekombinanten Fusions-Proteine
mittels eines gegen das Affinitätsepitop gerichteten Antikörpers
erlauben, zum anderen wird die spezifische Aufreinigung über
Affinitätschromatographie (IMAC) ermöglicht.
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Beispielsweise
wurden die Genprodukte einer cDNA-Expressionsbibliothek aus humanem
fötalem Hirngewebe in dem bakteriellen Expressionssystem
Escherichia coli im Hochdichte-Format auf einer Membran angeordnet
und konnten erfolgreich mit unterschiedlichen Antikörpern
gescreent werden. Es konnte gezeigt werden, dass der Anteil an Volllänge-Proteinen
bei mindestens 66% liegt. Die rekombinanten Proteine aus Expressionsbibliotheken
konnten darüber hinaus im Hochdurchsatz exprimiert und
aufgereinigt werden (
Braun P., Hu, Y., Shen, B., Halleck,
A., Koundinya, M., Harlow, E. and LaBaer, J. (2002) Proteome-scale
purification of human proteins from bacteria. Proc Natl Acad Sci
USA, 99, 2654–2659;
Büssow (2000)
supra; Lueking, A., Horn, M., Eickhoff, H., Büssow, K.,
Lehrach, H. and Walter, G. (1999) Protein microarrays for gene expression and
antibody screening. Analytical Biochemistry, 270, 103–111).
Solche Proteinbiochips auf der Basis von cDNA-Expressionsbibliotheken
sind insbesondere Gegenstand der
WO
99/57311 und
WO 99/57312 .
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Ferner
sind neben Antigen-präsentierenden Proteinbiochips ebenfalls
Antikörper-präsentierende Anordnungen beschrieben
(Lal et al (2002) Antibody arrays: An embryonic but rapidly
growing technology, DDT, 7, 143–149; Kusnezow
et al. (2003), Antibody microarrays: An evaluation of production
parameters, Proteomics, 3, 254–264).
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Es
besteht jedoch ein hohes Bedürfnis indikationsspezifische
diagnostische Vorrichtungen, wie einen Proteinbiochip, bereitzustellen.
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Markersequenzen
und deren diagnostische Verwendung für die neurodegenerative
Erkrankungen, insbesondere in der Ausführungsform eines
Proteinbiochips sowie diesbezügliche Tests für
das Screening von Wirkstoffen sind im Stand der Technik nicht beschrieben.
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Die
Aufgabe der vorliegenden Erfindung ist daher die Bereitstellung
von Markersequenzen und deren diagnostische Verwendung.
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Die
Bereitstellung von spezifischen Markersequenzen erlaubt eine sichere
Diagnose und Stratifizierung von Patienten mit neurodegenerativen
Erkrankungen, insbesondere mittels eines Proteinbiochips.
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Daher
betrifft die Erfindung die Verwendung von Markersequenzen zur Diagnose
von neurodegenerativen Erkrankungen, wobei mindestens eine Markersequenz
einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1–288
oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils
einer Teilsequenz oder Fragment davon (nachstehend: erfindungsgemäße
Markersequenzen) an einem zu untersuchenden Patienten bestimmt wird.
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Die
erfindungsgemäßen Markersequenzen konnten mittels
differentiellem Screenen von Proben von gesunden Probanden mit Patientenproben
mit neurodegenerativen Erkrankungen identifiziert werden.
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Der
Begriff „neurodegenerative Erkrankungen” umfasst
eine Gruppe von meist langsam fortschreitenden, erblichen oder sporadisch
auftretenden Erkrankungen des Nervensystems. Hauptmerkmal ist der
fortschreitende Verlust von Nervenzellen, der zu verschiedenen neurologischen
Symptomen, die zu Demenz und Bewegungsstörungen führen.
Die Erkrankungen können in unterschiedlichen Lebensaltern
auftreten und rufen charakteristische histologische Schädigungsmuster
hervor. Beschrieben sind insbesondere Morbus Alzheimer, Morbus Parkinson,
Amyotrophische Lateralsklerose (ALS), Morbus Huntington ('s Chorea)
als auch Morbus Pick (Definition z. B. nach Pschyrembel,
de Gruyter, 261. Auflage (2007), Berlin).
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In
einer weiteren Ausführungsform werden daher mindestens
2 bis 5 oder 10, vorzugsweise 30 bis 50 Markersequenzen oder 50
bis 100 oder mehr Markersequenzen an einem zu untersuchenden Patienten
bestimmt.
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In
einer weiteren Ausführungsform der Erfindung können
die erfindungsgemäßen Markersequenzen ebenfalls
mit bekannten Biomarkern für diese Indikation kombiniert,
ergänzt oder erweitert werden.
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In
einer bevorzugten Ausführungsform erfolgt die Bestimmung
der Markersequenzen außerhalb des menschlichen Körpers
und die Bestimmung erfolgt in einer ex vivo/in vitro Diagnose.
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In
einer weiteren Ausführungsform der Erfindung betrifft die
Erfindung die Verwendung von Markersequenzen als Diagnostika, wobei
mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus
der Gruppe SEQ 1–288 oder jeweils ein dafür kodierendes
Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon ist.
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Ferner
betrifft die Erfindung ein Verfahren zur Diagnose von neurodegenerativen
Erkrankungen, wobei a.) mindestens eine Markersequenz einer cDNA
ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1–288 oder jeweils
ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz
oder Fragment davon auf einem festen Träger aufgebracht wird
und b.) mit Körperflüssigkeit oder Gewebeauszug
eines Patienten in Kontakt gebracht wird und c.) der Nachweis einer
Wechselwirkung der Körperflüssigkeit oder Gewebeauszug
mit den Markersequenzen aus a.) erfolgt.
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Daher
betrifft die Erfindung ebenfalls Diagnostika zur Diagnose von neurodegenerativen
Erkrankungen jeweils ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1–288
oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer
Teilsequenz oder Fragment davon.
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Der
Nachweis einer solchen Wechselwirkung kann beispielsweise durch
eine Sonde, insbesondere durch einen Antikörper erfolgen.
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Daher
betrifft die Erfindung ebenfalls die Aufgabe eine diagnostische
Vorrichtung oder einen Assay, insbesondere einen Proteinbiochip,
bereitzustellen, der für die neurodegenerativen Erkrankungen
eine Diagnose oder Untersuchung erlaubt.
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Ferner
betrifft die Erfindung ein Verfahren zum Stratifizieren, insbesondere
zur Risikostratifizierung und/oder Therapiesteuerung eines Patienten
mit neurodegenerativen Erkrankungen, wobei mindestens eine Markersequenz
einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1–288
oder jeweils ein dafür kodierendes Protein an einem zu
untersuchenden Patienten bestimmt wird.
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Ferner
umfasst ist die Stratifizierung der Patienten mit neurodegenerativen
Erkrankungen in neue oder etablierte Subgruppen der neurodegenerativen
Erkrankungen, sowie die sinnvolle Auswahl von Patientengruppen für
die klinische Entwicklung von neuen Therapeutika. Der Begriff Therapiesteuerung
umfasst ebenfalls die Einteilung von Patienten in Responder und
Nicht-Responder bezüglich einer Therapie oder dessen Therapieverlauf.
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„Diagnose” im
Sinne dieser Erfindung bedeutet die positive Feststellung der neurodegenerativen
Erkrankungen mittels der erfindungsgemäßen Markersequenzen
sowie die Zuordnung der Patienten zu den neurodegenerativen Erkrankungen.
Der Begriff der Diagnose umfasst die medizinische Diagnostik und
diesbezügliche Untersuchungen, insbesondere die in-vitro
Diagnostik und Labordiagnostik, ebenfalls Proteomics und Nukleinsäureblots.
Weitere Untersuchungen können zur Absicherung und zum Ausschluss
anderer Krankheiten vonnöten sein. Daher umfasst der Begriff
Diagnose ebenfalls die Differentialdiagnose neurodegenerativer Erkrankungen
mittels der erfindungsgemäßen Markersequenzen
sowie die Prognose der neurodegenerativen Erkrankungen.
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„Stratifizieren
(auch: Stratifikation) oder Therapiesteuerung” im Sinne
dieser Erfindung bedeutet, dass das erfindungsgemäße
Verfahren Entscheidungen zur Behandlung und Therapie des Patienten
erlaubt, sei es Hospitalisierung des Patienten, Einsatz, Wirkung
und/oder Dosierung eines oder mehrerer Arzneimittel, eine therapeutische
Maßnahme oder die Überwachung eines Krankheitsverlaufes
sowie Therapieverlauf bzw. Ätiologie oder Klassifizierung
einer Erkrankung, z. B. in einen neuen oder bestehenden Subtyp oder
die Differenzierung von Krankheiten und dessen Patienten.
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In
einer weiteren Ausführungsform der Erfindung umfasst der
Begriff „Stratifizierung” insbesondere die Risikostratifizierung
mit der Prognose eines „outcome” eines nachteiligen
gesundheitlichen Ereignisses.
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Im
Rahmen dieser Erfindung wird unter „Patient” ein
beliebiger Proband – Mensch oder Säugetier – verstanden,
mit der Maßgabe, dass der Proband auf neurodegenerative
Erkrankungen untersucht wird.
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Der
Begriff „Markersequenzen” im Sinne dieser Erfindung
bedeutet, dass die cDNA oder das jeweils daraus erhältliche
Polypeptid oder Protein signifikant für neurodegenerative
Erkrankungen sind. Beispielsweise können die cDNA oder
das jeweils daraus erhältliche Polypeptid oder Protein
eine Wechselwirkung mit Substanzen aus der Körperflüssigkeit
oder Gewebeauszug eines Patienten mit neurodegenerativen Erkrankungen aufweisen
(z. B. Antigen (Epitop)/Antikörper (Paratop) Wechselwirkung).
Im Sinne der Erfindung bedeutet „wobei mindestens eine
Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ
1–288 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein
oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon an einem zu untersuchenden
Patienten bestimmt wird”, dass eine Wechselwirkung zwischen
der Körperflüssigkeit oder Gewebeauszuges eines Patienten
und den erfindungsgemäßen Markersequenzen nachgewiesen
wird. Eine solche Wechselwirkung ist z. B. eine Bindung, insbesondere
eine bindende Substanz an mindestens einer erfindungsgemäßen Markersequenz
oder im Fall einer cDNA die Hybridisierung mit einer geeigneten
Substanz unter gewählten Bedingungen, insbesondere stringenten
Bedingungen (z. B. wie üblich definiert in J. Sambrook,
E. F. Fritsch, T. Maniatis (1989), Molecular cloning: A laboratory
manual, 2nd Edition, Cold Spring Habor Laboratory Press, Cold Spring
Habor, USA oder Ausubel, "Current Protocols in Molecular
Biology", Green Publishing Associates and Wiley Interscience,
N. Y. (1989)). Ein Beispiel für stringente Hybridisierungsbedingungen
ist: Hybridisierung in 4 × SSC bei 65°C (alternativ
in 50% Formamid und 4 × SSC bei 42°C), gefolgt
von mehreren Waschschritten in 0,1 × SSC bei 65°C
für insgesamt etwa eine Stunde. Ein Beispiel für
wenig stringente Hybridisierungsbedingungen ist Hybridisierung in
4 × SSC bei 37°C, gefolgt von mehreren Waschritten
in 1 × SSC bei Raumtemperatur.
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Solche
Substanzen sind erfindungsgemäß Bestandteil einer
Körperflüssigkeit, insbesondere Blut, Vollblut,
Blutplasma, Blutserum, Patientenserum, Urin, Cerebrospinalflüssigkeit,
Synovialflüssigkeit oder eines Gewebeauszuges des Patienten.
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In
einer weiteren Ausführungsform der Erfindung können
jedoch die erfindungsgemäßen Markersequenzen in
einer signifikant höheren oder niedrigeren Expressionsrate
oder Konzentration vorliegen, dass auf die neurodegenerative Erkrankungen
hinweist. Hierbei wird mittels Proteomics oder Nukleinsäureblots
die relativen Expressionsraten krank/gesund der erfindungsgemäßen
Markersequenzen für neurodegenerative Erkrankungen bestimmt.
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Die
Markersequenzen verfügen in einer weiteren Ausführungsform
der Erfindung über ein Erkennungssignal, welches an die
zu bindende Substanz adressiert ist (z. B. Antikörper,
Nukleinsäure). Erfindungsgemäß bevorzugt
ist für ein Protein das Erkennungssignal ein Epitop und/oder
Paratop und/oder Hapten und für eine cDNA eine Hybridisierungs-
oder Bindungsregion.
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Die
erfindungsgemäßen Markersequenzen sind Gegenstand
der Tabelle A und können durch den jeweilig zitierten Datenbankeintrag
(auch mittels Internet: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)
eindeutig identifiziert werden (siehe in Tabelle A: dort Accession
No.).
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Erfindungsgemäß umfassen
die Markersequenzen auch solche Modifikationen der cDNA-Sequenz und
der entsprechenden Aminosäuresequenz, wie chemische Modifikation,
wie Citrullinierung, Acetylierung, Phosphorylierung, Glykosilierung
oder polyA-Strang und weiteren dem Fachmann einschlägig
bekannte Modifikationen.
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In
einer weiteren Ausführungsform der Erfindung sind ebenfalls
Teilsequenzen oder Fragmente der erfindungsgemäßen
Markersequenzen umfasst. Insbesondere solche Teilsequenzen, die
eine Identität von 95%, 90%, insbesondere 80% oder 70%
mit den erfindungsgemäßen Markersequenzen aufweisen.
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In
einer weiteren Ausführungsform kann die jeweilige Markersequenz
in unterschiedlichen Mengen in einen oder mehreren Bereichen auf
einem festen Träger repräsentiert sein. Dies erlaubt
eine Variation der Sensitivität. Die Bereiche können
jeweils eine Gesamtheit von Markersequenzen aufweisen, d. h. eine
genügende Zahl an verschiedenen Markersequenzen, insbesondere
2 bis 5 oder 10 oder mehr und ggfs. weiteren Nukleinsäuren
und/oder Proteinen, insbesondere Biomarker. Bevorzugt sind jedoch
mindestens 96 bis 25.000 (numerisch) oder mehr aus verschiedenen
oder gleichen Markersequenzen und weiteren Nukleinsäuren
und/oder Proteinen, insbesondere Biomarker. Weiterhin bevorzugt
sind mehr als 2.500, besonders bevorzugt 10.000 oder mehr verschiedene
oder gleiche Markersequenzen und ggfs. weiteren Nukleinsäuren
und/oder Proteinen, insbesondere Biomarker.
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Ein
weiterer Gegenstand der Erfindung betrifft eine Anordnung von Markersequenzen
enthaltend mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt
aus der Gruppe SEQ 1–288 oder jeweils ein dafür
kodierendes Protein. Vorzugsweise enthält die Anordnung
mindestens 2 bis 5 oder 10, vorzugsweise 30 bis 50 Markersequenzen
oder 50 bis 100 oder mehr Markersequenzen.
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Im
Rahmen dieser Erfindung bedeutet „Anordnung” synonym „Array” und
sofern dieser „Array” zur Identifizierung von
Substanzen an Markersequenzen verwendet wird, ist hierunter ein „Assay” oder
eine diagnostische Vorrichtung zu verstehen. In einer bevorzugten
Ausführungsform ist die Anordnung derart gestaltet, dass
die auf der Anordnung repräsentierten Markersequenzen in
Form eines Gitters auf einem festen Träger vorliegen. Ferner
sind solche Anordnungen bevorzugt, die eine hochdichte (high-density)
Anordnung von Proteinbindern erlauben und die Markersequenzen gespottet
werden. Solche hochdichte gespotteten Anordnungen sind beispielsweise
in der
WO 99/57311 und
WO 99/57312 offenbart und
können vorteilhaft in einem robotergestützten
automatisierten High-Throughput Verfahren zur Anwendung kommen.
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Im
Rahmen dieser Erfindung umfasst jedoch der Begriff „Assay” oder
diagnostische Vorrichtung ebenfalls solche Ausführungsformen
einer Vorrichtung, wie ELISA, Bead-based Assay, Line Assay, Western
Blot, immunchromatographische Verfahren (z. B. so genannte Lateral
Flow Immunoassays) oder ähnliche immunologische Single-
oder Multiplex-Nachweisverfahren. Ein Proteinbiochip im Sinne dieser
Erfindung ist die systematische Anordnung von Proteinen auf einem
festen Träger.
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Die
Markersequenzen der Anordnung sind auf einen festen Träger
fixiert, vorzugsweise jedoch gespottet oder immobilisiert gar aufgedruckt,
d. h. reproduzierbar aufgebracht. Ein oder mehrere Markersequenzen
können mehrfach in der Gesamtheit aller Markersequenzen
präsent sein und in unterschiedlichen Mengen bezogen auf
einen Spot vorliegen. Ferner können die Markersequenzen
auf dem festen Träger standardisiert sein (z. B. mittels
serieller Verdünnungsreihen von z. B. Humanglobulinen als
interne Kalibratoren zur Datennormalisierung und quantitativen Auswertung).
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Daher
betrifft die Erfindung einen Assay oder Proteinbiochip bestehend
aus einer Anordnung enthaltend erfindungsgemäße
Markersequenzen.
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In
einer weiteren Ausführungsform liegen die Markersequenzen
als Clone vor. Solche Clone können beispielsweise mittels
einer erfindungsgemäßen cDNA-Expressionsbibliothek
erhalten werden (Büssow et al. 1998 (supra)).
In einer bevorzugten Ausführungsform werden solche Expressionsbibliotheken
enthaltend Clone mittels Expressionsvektoren aus einer exprimierenden
cDNA Bibliothek bestehend aus den cDNA Markersequenzen erhalten.
Diese Expressionsvektoren enthalten vorzugsweise induzierbare Promotoren.
Die Induktion der Expression kann z. B. mittels eines Induktors,
solche wie IPTG, erfolgen. Geeignete Expressionsvektoren sind beschrieben
in Terpe et al. (Terpe T Appl Microbiol Biotechnol. 2003
Jan; 60(5): 523–33).
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Expressionsbibliotheken
sind dem Fachmann bekannt, diese können nach Standardwerken,
wie Sambrook et al, "Molecular Cloning, A laboratory
handbook, 2nd edition (1989), CSH press, Cold Spring Harbor, New
York hergestellt werden. Weiterhin bevorzugt sind solche
Expressionsbibliotheken, die gewebespezifisch sind (z. B. humanes
Gewebe, insbesondere humane Organe). Ferner sind erfindungsgemäß ebenfalls
solche Expressionsbibliotheken mit eingeschlossen, die mittels exontrapping
erhalten werden können. Statt Expressionsbibliothek kann
synonym von einer Expressionsbank gesprochen werden.
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Weiterhin
bevorzugt sind Proteinbiochips oder entsprechende Expressionsbibliotheken,
die keine Redundanz aufweisen (so genannte: Uniclone
®-Bibliothek)
und nach den Lehren der
WO 99/57311 und
WO 99/57312 beispielsweise
hergestellt werden können. Diese bevorzugten Uniclone-Bibliotheken
weisen einen hohen Anteil an nicht-fehlerhaften vollständig
exprimierten Proteinen einer cDNA-Expressionsbibliothek auf.
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Im
Rahmen dieser Erfindung können die Clone ebenfalls nicht
abschließend solche sein, wie transformierte Bakterien,
rekombinante Phagen oder transformierte Zellen von Säugern,
Insekten, Pilzen, Hefen oder Pflanzen.
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Die
Clone werden auf einen festen Träger fixiert, gespottet
oder immobilisiert.
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Daher
betrifft die Erfindung eine Anordnung, wobei die Markersequenzen
als Clone vorliegen.
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Zusätzlich
können die Markersequenzen in der jeweiligen Form in Form
eines Fusionsproteins vorliegen, welches beispielsweise mindestens
ein Affinitätsepiptop oder ”Tag” enthält.
Der Tag kann ein solcher sein wie wie c-myc, His-Tag, Arg-tag, FLAG,
alkalische Phosphatase, V5-Tag, T7-Tag oder Strep-Tag, HAT-tag,
NusA, S-tag, SBP-tag, Thioredoxin, DsbA, ein Fusionsprotein, vorzugsweise
eine Cellulose-bindende Domäne, grünfluoreszierendes
Protein, Maltose bindendes Protein, calmodulin-bindendes Protein,
Glutathione S-transferase oder lacZ enthalten.
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In
sämtlichen Ausführungsformen umfasst der Begriff ”fester
Träger” Ausführungen wie einen Filter, eine
Membran, ein magnetisches oder Fluorophor-markiertes Kügelchen,
ein Silizium-Wafer, Glas, Metall, Kunststoff, ein Chip, ein massenspektrometrisches
Target oder eine Matrix. Ein Filter ist jedoch erfindungsgemäß bevorzugt.
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Als
Filter ist weiterhin PVDF, Nitrocellulose oder Nylon bevorzugt (z.
B. Immobilon P Millipore, Protran Whatman, Hybond N+ Amersham).
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In
einer weiteren bevorzugten Ausführungsform der erfindungsgemäßen
Anordnung entspricht diese einem Gitter, dass die Größenordnung
einer Mikrotiterplatte (8–12 Wells Streifen, 96 Wells,
384 Wells oder mehr), eines Silizium-Wafers, eines Chips, eines
massenspektrometrischen Targets oder einer Matrix besitzt.
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In
einer weiteren Ausführungsform betrifft die Erfindung einen
Assay oder Proteinbiochip zum Identifizieren und Charakterisieren
einer Substanz für neurodegenerative Erkrankungen, dadurch
gekennzeichnet, dass eine erfindungsgemäße Anordnung
oder Assay mit a.) mindestens einer zu untersuchenden Substanz in Kontakt
gebracht wird und b.) ein Bindungserfolg nachgewiesen wird.
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Ferner
betrifft die Erfindung ein Verfahren zum Identifizieren und Charakterisieren
einer Substanz für neurodegenerative Erkrankungen, dadurch
gekennzeichnet, dass eine erfindungsgemäße Anordnung
oder Assay mit a.) mindestens einer zu untersuchenden Substanz in
Kontakt gebracht wird und b.) ein Bindungserfolg nachgewiesen wird.
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Die
zu untersuchende Substanz kann ein beliebiges natives oder nicht-natives
Biomolekül, ein synthetisches chemisches Molekül,
eine Mischung oder eine Substanzbibliothek sein.
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Nachdem
die zu untersuchende Substanz eine Markersequenz kontaktiert, erfolgt
die Auswertung des Bindungserfolges, die beispielsweise unter Verwendung
mit handelsüblicher Image-Analyse Software (GenePix Pro
(Axon Laboratories), Aida (Ragtest), ScanArray (Packard Bioscience)
erfolgt.
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Die
Visualisierung erfindungsgemäßer Protein-Protein-Wechselwirkungen
(z. B. Protein an Markersequenz, wie Antigen/Antikörper)
oder entsprechende „Mittel zum Nachweis des Bindungserfolges” kann
beispielsweise mittels Fluoresenzmarkierung, Biotiniylierung, Radio-Isotopen-Markierung
oder kolloidale Gold- oder Latex-Partikel-Markierung in üblicher
Weise erfolgen. Ein Nachweis von gebundenen Antikörpern
erfolgt mit Hilfe von sekundären Antikörpern,
die mit handelsüblichen Reportermolekülen markiert
sind (z. B. Cy-, Alexa-, Dyomics, FITC- oder ähnliche Fluoreszenzfarbstoffe,
kolloidale Gold- oder Latex-Partikel), oder mit Reporter-Enzymen
wie alkalischer Phosphatase, Meerrettichperoxidase, usw. und den
entsprechenden colorimetrischen, fluoreszenten oder chemolumineszenten
Substraten. Eine Auslesung erfolgt z. B. mittels eines Microarray-Laserscanners,
einer CCD-Kamera oder visuell.
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In
einer weiteren Ausführungsform betrifft die Erfindung ein
Arzneimittel/Wirkstoff oder Prodrug für neurodegenerative
Erkrankungen entwickelt und erhältlich durch den Einsatz
des erfindungsgemäßen Assays oder Proteinbiochip.
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Daher
betrifft die Erfindung ebenfalls die Verwendung einer erfindungsgemäßen
Anordnung oder einem Assay zum Screenen von Wirkstoffen für
neurodegenerative Erkrankungen.
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Daher
betrifft die Erfindung in einer weiteren Ausführungsform
ebenfalls ein Target zur Behandlung und Therapie von neurodegenerativen
Erkrankungen, jeweils ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1–288
oder jeweils ein dafür kodierendes Protein.
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In
einer weiteren Ausführungsform betrifft die Erfindung ebenfalls
die Verwendung der erfindungsgemäßen Markersequenzen,
vorzugsweise in Form einer Anordnung, als Affinitätsmaterial
zur Durchführung einer Apherese bzw. iwS. einer Blutwäsche,
wobei Substanzen aus Körperflüssigkeiten eines
Patienten mit neurodegenerativen Erkrankungen, wie Blut oder Plasma,
an die erfindungsgemäßen Markersequenzen binden und
folglich der Körperflüssigkeit selektiv entzogen
werden können.
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Beispiele und Figuren:
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Zehn
oder mehr Patientenproben wurden individuell gegen eine cDNA Expressionsbibliothek
gescreent. Die neurodegenerative Erkrankungen – spezifischen
Expressionsklone wurden ermittelt durch einen Vergleich mit zehn
oder mehr gesunden Proben. Die Identität der Markersequenzen
wurde durch DNA-Sequenzierung ermittelt.
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In
1 wird
das differentielle Screenen zwischen zwei Proteinbiochips aus jeweils
einer cDNA-Expressionsbank eines Patienten und einem gesunden Probanden
gezeigt. Die differentiellen Clone werden mittels Fluoresenzmarkierung
nachgewiesen und bioinformatorisch ausgewertet. Tabelle A:
| seq | Klone | Blast | Gene_ID | Prot_ID | Accession
No |
| 1 | 00800_505_L13 | coagulation
factor XIII, A1 polypeptide | 2162 | BAD92089 | NM_000129 |
| 2 | 00800_506_B02 | zinc
fingers and homeoboxes 2 | 22882 | NP_055758 | NM_006446 |
| 3 | 00800_506_F12 | ZFP-36
for a zinc finger protein | 55552 | NP_001073962 | NT_011295 |
| 4 | 00800_506_M11 | F-box
protein 44 | 93611 | AAK77940 | NM_001014765 |
| 5 | 00800_506_O02 | sperm
associated antigen 7 | 9552 | NP_004881 | NM_004890 |
| 6 | 00800_507_L17 | Alveolar
soft part sarcoma chromosome region, candidate 1 | 79058 | NP_076988 | XM_001132706 |
| 7 | 00800_507_M15 | exostoses
(multiple) 1 | 2131 | NP_000118 | NM_000127 |
| 8 | 00800_508_J10 | chromosome
14 open reading frame 121 | 90668 | NP_612369 | NM_138360 |
| 9 | 00800_510_M10 | multiple
EGF-like-domains 6 | 1953 | NP_001400 | NM_001409 |
| 10 | 00800_512_E02 | inhibitor
of growth family, member 4, isoform CRA d | 51147 | EAW88765 | NM_016162 |
| 11 | 00800_512_J11 | brain
creatine kinase | 1152 | NP_001814 | NM_001823 |
| 12 | 00800_512_M14 | dystonin
isoform 1 | 667 | NP_899236 | NM_183380 |
| 13 | 00800_513_A21 | no
Hit | | | NM_172231 |
| 14 | 00800_513_M06 | myeloid/lymphoid
or mixed-lineage leukemia | 4301 | EAW60521 | NM_005937 |
| 15 | 00800_513_N07 | no
Hit | | | NT_011630 |
| 16 | 00800_514_C09 | kinesin
family member 5B, isoform CRA a | 3799 | EAW85976 | NM_004521 |
| 17 | 00800_514_C12 | neuro-oncological
ventral antigen 1 | 4857 | NP_002506 | NM_002516 |
| 18 | 00800_514_E19 | proteasome
(prosome, macropain) activator subunit 1 | 5720 | NP_006254 | NM_006263 |
| 19 | 00800_514_N08 | MYC-associated
zinc finger protein | 4150 | EAW79999 | NM_002383 |
| 20 | 00800_517_F04 | Src
homology 2 domain containing adaptor protein B | 6461 | AAH94765 | NT_008413 |
| 21 | 00800_518_D04 | hairy
and enhancer of split 5 | 388585 | NP_001010926 | NM_001010926 |
| 22 | 00800_518_F05 | sperm
acrosomal protein | 9552 | AAC39888 | NM_004890 |
| 23 | 00800_518_K18 | kelch-like
21 | 9903 | BAA32314 | NM_014851 |
| 24 | 00800_518_M24 | paralemmin
isoform 2 | 5064 | NP_001035224 | NM_001040134 |
| 25 | 00800_518_N11 | paralemmin
isoform 1 | 5064 | NP_002570 | NM_002579 |
| 26 | 00800_518_O10 | no
Hit | | | NM_004838 |
| 27 | 00800_519_B21 | queuine
tRNA-ribosyltransferase 1 | 81890 | EAW84142 | NM_031209 |
| 28 | 00800_519_F02 | inhibitor
of growth family, member 4 | 51147 | NP_057246 | NM_024946 |
| 29 | 00800_519_I01 | microtubule-associated
protein 1 light chain 3 alpha | 84557 | NP_115903 | NM_032514 |
| 30 | 00800_519_I19 | STIP1
homology and U-box containing protein 1 | 10273 | NP_005852 | NM_005861 |
| 31 | 00800_519_J13 | alpha-2-glycoprotein
1, zinc-binding | 563 | NP_001176 | NM_001185 |
| 32 | 00800_519_K23 | glutamate
receptor, ionotropic, N-methyl D-aspartate-like 1A | 81488 | NP_056347 | NM_001018097 |
| 33 | 00800_519_O15 | myosin,
light polypeptide 6B, alkali, smooth muscle and non-muscle | 140465 | NP_002466 | NM_002475 |
| 34 | 00800_520_A13 | no
Hit | | | |
| 35 | 00800_520_I21 | chromosome
14 open reading frame 121 | 90668 | NP_612369 | NM_138360 |
| 36 | 00800_520_J09 | Y
box binding protein 1 | 4904 | AAH18393 | |
| 37 | 00800_523_F21 | SNF8,
ESCRT-II complex subunit, homolog | 11267 | NP_009172 | NM_007241 |
| 38 | 00800_523_G13 | no
Hit | | | NM_006003 |
| 39 | 00800_523_I07 | ribosomal
protein L4 | 6124 | NP_000959 | NM_000968 |
| 40 | 00800_524_C02 | casein
kinase 1, epsilon | 1454 | NP_001885 | NW_927628 |
| 41 | 00800_524_E08 | cyclin-dependent
kinase inhibitor 1C | 1028 | NP_000067 | NM_000076 |
| 42 | 00800_524_I01 | fatty
acid desaturase 3 | 3995 | NP_068373 | NM_021727 |
| 43 | 00800_524_N03 | hypothetical
protein FLJ39378 | 353116 | Q5EBL4 | NM_178314 |
| 44 | 00800_524_N07 | Y
box binding protein 1 | 4904 | NP_004550 | NM_004559 |
| 45 | 00800_524_N17 | paralemmin | 5064 | NP_002570 | NM_001040134 |
| 46 | 00800_524_N18 | ankyrin
3 | 288 | NP_001140 | NT_008583 |
| 47 | 00800_525_A19 | phosphogluconate
dehydrogenase | 5226 | NP_002622 | NW_923572 |
| 48 | 00800_525_J04 | no
hit | | | NM_002504 |
| 49 | 00800_526_C01 | ribosomal
protein S12 | 6206 | NP_001007 | NM_001016 |
| 50 | 00800_526_D09 | heat
shock 105 kDa/110 kDa protein 1 | 10808 | NP_006635 | NM_006644 |
| 51 | 00800_526_G11 | Src
homology 2 domain containing adaptor protein B | 6461 | AAH94765 | NT_008413 |
| 52 | 00800_526_K09 | zinc
finger protein 646 | 9726 | NP_055514 | NM_014699 |
| 53 | 00800_528_A14 | ribosomal
protein L7a | 6130 | NP_000963 | NM_000972 |
| 54 | 00800_528_C10 | ribosomal
protein L29 | 6159 | NP_000983 | NM_000992 |
| 55 | 00800_528_D24 | phosphoinositide-3-kinase
interacting protein 1 | 113791 | NP_443112 | NM_052880 |
| 56 | 00800_528_H06 | heterogeneous
nuclear ribonucleoprotein A1 | 3178 | AAI03708 | NM_031157 |
| 57 | 00800_529_G16 | alveolar
soft part sarcoma chromosome region | 79058 | NP_076988 | XM_001132706 |
| 58 | 00800_529_H16 | NME1-NME2
protein | 654364 | NP_001018146 | NM_002512 |
| 59 | 00800_529_M18 | stathmin-like
4 | 81551 | NP_110422 | NM_030795 |
| 60 | 00800_530_I04 | axin
1 | 8312 | NP_003493 | NM_003502 |
| 61 | 00800_530_J21 | hepatocellular
carcinoma-associated antigen HCA25a | | AAM46782 | NT_025215 |
| 62 | 00800_530_O13 | DEAD
(Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 56 | 54606 | EAW61093 | NM_019082 |
| 63 | 00800_532_G22 | no
Hit | | | NM_002824 |
| 64 | 00800_532_K20 | plasticity
related gene 2a | 79948 | XP_001129992 | XM_001129992 |
| 65 | 00800_532_L06 | serine/arginine
repetitive matrix 2 | 23524 | EAW85479 | NM_016333 |
| 66 | 00800_532_L19 | 6-phosphogluconolactonase | 25796 | NP_036220 | NM_012088 |
| 67 | 00800_532_N03 | protein
phosphatase 1, regulatory | 5514 | NP_002705 | NM_002714 |
| 68 | 00800_533_B02 | fibroblast
growth factor binding protein 3 | 143282 | NP_689642 | NM_152429 |
| 69 | 00800_533_E20 | STIP1
homology and U-box containing protein 1 | 10273 | NP_005852 | NM_005861 |
| 70 | 00800_533_F22 | leucine
rich repeat containing 47 | 57470 | NP_065761 | NM_020710 |
| 71 | 00800_533_P23 | cyclin
L2 isoform A | 81669 | NP_112199 | XM_001126014 |
| 72 | 00800_534_C03 | no
Hit | | | NT_011362 |
| 73 | 00800_534_E07 | OTU
domain containing 5 | 55593 | NP_060072 | NM_017602 |
| 74 | 00800_534_F19 | ribosomal
protein S21 | 6227 | NP_001015 | NM_001024 |
| 75 | 00800_536_B04 | high
mobility group nucleosomal binding domain 3 | 9324 | NP_004233 | NM_017489 |
| 76 | 00800_536_F02 | no
Hit | | | NM_002660 |
| 77 | 00800_536_F06 | no
hit | | | NW_924796 |
| 78 | 00800_536_L08 | suppressor
of Ty 6 homolog | 6830 | NP_003161 | NM_003170 |
| 79 | 00800_536_P23 | protein
kinase, cAMP-dependent, regulatory, type I | 5575 | NP_002726 | NM_002735 |
| 80 | 00800_537_O01 | WD
repeat domain 34 | 89891 | NP_443076 | NM_001006 |
| 81 | 00800_537_P04 | ribosomal
protein L5 | 6125 | NP_000960 | NM_000969 |
| 82 | 00800_538_F11 | no
Hit | | | NT_011255 |
| 83 | 00800_538_H19 | NGFI-A
binding protein 2 | 4665 | NP_005958 | NM_005967 |
| 84 | 00800_538_I01 | family
with sequence similarity 59 | 64762 | NP_073588 | NM_022751 |
| 85 | 00800_538_J23 | ribosomal
protein S10 | 6204 | NP_001005 | NM_001014 |
| 86 | 00800_539_G02 | no
Hit | | | |
| 87 | 00800_540_H17 | ribosomal
protein L11 | 6135 | AAX11430 | |
| 88 | 00800_540_K16 | no
Hit | | | NW_927173 |
| 89 | 00800_540_O08 | eukaryotic
translation initiation factor 2A | 83939 | NP_114414 | NM_032025 |
| 90 | 00800_541_G08 | no
Hit | | | NM_080390 |
| 91 | 00800_541_G12 | STIP1
homology and U-box containing protein 1 | 10273 | NP_005852 | NM_005861 |
| 92 | 00800_541_H05 | Iron-sulfur
cluster assembly 2 homolog | 122961 | Q86U28 | NM_194279 |
| 93 | 00800_541_H07 | MYC-associated
zinc finger protein | 4150 | NP_002374 | NM_002383 |
| 94 | 00800_541_H09 | myosin,
light chain 6, alkali, smooth muscle and non-muscle | 4637 | AAH06781 | NM_002475 |
| 95 | 00800_541_J21 | ribosomal
protein S21 | 6227 | NP_001015 | NM_001024 |
| 96 | 00800_541_P01 | coenzyme
Q4 homolog | 51117 | NP_057119 | NM_016035 |
| 97 | 00800_541_P05 | brain
creatine kinase | 1152 | NP_001814 | NM_001823 |
| 98 | 00800_542_A05 | low
density lipoprotein receptor-related protein associated protein | 4043 | NP_002328.1 | NM_002337 |
| 99 | 00800_542_B07 | plasticity-related
gene 2 | 79948 | NP_079164 | XM_001129992 |
| 100 | 00800_542_C01 | staufen,
RNA binding protein, homolog 1 | 6780 | NP_001032405 | NM_001037328 |
| 101 | 00800_542_E06 | MYC-associated
zinc finger protein | 4150 | NP_002374 | NM_002383 |
| 102 | 00800_542_E08 | block
of proliferation 1 | 23246 | NP_056016 | XM_001126255 |
| 103 | 00800_542_J05 | dopamine
receptor interacting protein | 85406 | NP_115740 | NM_032364 |
| 104 | 00800_544_E09 | no
Hit | | | NT_017795 |
| 105 | 00800_544_F15 | junction
plakoglobin | 3728 | NP_002221 | NM_021991 |
| 106 | 00800_544_H24 | opioid
growth factor receptor | 11054 | NP_031372 | NM_007346 |
| 107 | 00800_544_O14 | microtubule-associated
protein 1 light chain 3 alpha | 84557 | NP_115903 | NM_032514 |
| 108 | 00800_545_A07 | CREB
binding protein isoform a | 1387 | NP_004371 | NM_004380 |
| 109 | 00800_545_C01 | no
Hit | | | NT_010393 |
| 110 | 00800_545_I22 | methylcrotonoyl-Coenzyme
A carboxylase 1 | 56922 | NP_064551 | NM_020166 |
| 111 | 00800_545_J02 | B-cell
CLL/lymphoma 11A | 53335 | NP_612569 | NM_138559 |
| 112 | 00800_545_O17 | No
Hit | | | NM_004838 |
| 113 | 00800_545_O21 | No
Hit | | | XM_938104 |
| 114 | 00800_546_A08 | No
Hit | | | NT_011726 |
| 115 | 00800_546_O15 | nuclear
mitotic apparatus protein 1 | 4926 | NP_006176 | NM_006185 |
| 116 | 00800_548_A24 | ankyrin
repeat and sterile alpha motif domain containing 6 | 203286 | NP_775822 | NM_173551 |
| 117 | 00800_548_F15 | Ras
and Rab interactor 3 | 79890 | NP_079108 | NM_024832 |
| 118 | 00800_548_I20 | brain
creatine kinase | 1152 | NP_001814 | NM_001823 |
| 119 | 00800_548_J09 | Y
box binding protein 1 | 4904 | NP_004550 | NM_004559 |
| 120 | 00800_548_J12 | 5-kinase
phosphatidylinositol-4-phosphate | 23396 | AAH11138 | NM_012398 |
| 121 | 00800_548_J13 | Y
box binding protein 1 | 4904 | NP_004550 | NM_004559 |
| 122 | 00800_548_P22 | dihydrouridine
synthase 1-like | 64118 | EAW89743 | NM_022156 |
| 123 | 00800_549_G08 | IQ
motif and WD repeats 1 | 55827 | NP_001017977 | NM_018442 |
| 124 | 00800_549_K24 | signal
recognition particle 14 kDa | 6727 | BAB69067 | |
| 125 | 00800_549_N17 | ataxin
7-like 3 | 56970 | NP_001092303 | XR_018762 |
| 126 | 00800_550_A02 | ubiquitin-fold
modifier conjugating enzyme | 51506 | NP_057490 | NM_016406 |
| 127 | 00800_550_A18 | hypothetical
protein LOC727910 | 727910 | XP_001126126 | XM_001126126 |
| 128 | 00800_550_B21 | histone
deacetylase 5 | 10014 | NP_005465 | NM_005474 |
| 129 | 00800_550_C21 | histone
deacetylase 5 | 10014 | NP_005465 | NM_005474 |
| 130 | 00800_550_I19 | melanoma
antigen family D, 1 | 9500 | NP_008917 | NM_006986 |
| 131 | 00800_550_M13 | hypothetical
protein LOC653784 | 653784 | NP_001078834 | NT_022135 |
| 132 | 00800_551_L21 | STIP1
homology and U-box containing protein 1 | 10273 | NP_005852 | NM_005861 |
| 133 | 00800_552_D16 | phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase | 23396 | AAH11138 | NM_012398 |
| 134 | 00800_552_K12 | no
Hit | | | NM_006003 |
| 135 | 00800_552_O09 | endosulfine
alpha | 2029 | NP_996929 | NM_004436 |
| 136 | 00800_552_O19 | ADP-ribosylation
factor 1 | 375 | NP_001649 | NM_001658 |
| 137 | 00800_553_D08 | eukaryotic
translation initiation factor 3 | 8663 | AAX07826 | XM_001132509 |
| 138 | 00800_553_G12 | peroxiredoxin
1 | 5052 | NP_002565 | NM_181697 |
| 139 | 00800_553_K08 | ADP-ribosylation
factor 6 | 382 | AAV38671 | NM_001658 |
| 140 | 00800_554_C02 | No
Hit | | | NM_006244 |
| 141 | 00800_554_E05 | FK506
binding protein 3 | 2287 | NP_002004 | NM_002013 |
| 142 | 00800_554_G09 | nuclear
mitotic apparatus protein 1 | 4926 | NP_006176 | NM_006185 |
| 143 | 00800_554_N09 | coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain
containing 2 | 51142 | NP_057223 | NM_016139 |
| 144 | 00800_554_N13 | chromosome
6 open reading frame 153 | 88745 | NP_149103 | NM_033112 |
| 145 | 00800_555_O13 | brain
creatine kinase | 1152 | NP_001814 | NM_001823 |
| 146 | 00800_556_C20 | no
Hit | | | NM_001894 |
| 147 | 00800_556_E06 | no
Hit | | | NT_004487 |
| 148 | 00800_556_F16 | melanoma
antigen family D, 1 | 9500 | BAB84918 | |
| 149 | 00800_556_I22 | microtubule-associated
protein tau | 4137 | NP_058525 | NM_016841 |
| 150 | 00800_556_K10 | eukaryotic
translation initiation factor 3, subunit J | 8669 | NP_003749 | NM_003758 |
| 151 | 00800_556_N09 | praja
1 | 64219 | NP_660095 | NM_001032396 |
| 152 | 00800_556_N16 | cysteine-rich
protein 2 | 1397 | NP_001303 | NM_001312 |
| 153 | 00800_556_N22 | no
Hit | | | NM_006353 |
| 154 | 00800_557_C15 | signal
recognition particle 14 kDa | 6727 | NP_003125 | NM_003134 |
| 155 | 00800_557_I16 | eomesodermin
homolog | 8320 | NP_005433 | NM_005442 |
| 156 | 00800_557_L11 | no
Hit | | | NM_182924 |
| 157 | 00800_558_M02 | STIP1
homology and U-box containing protein 1 | 10273 | NP_005852 | NM_005861 |
| 158 | 00800_558_P17 | no
Hit | | | NM_006244 |
| 159 | 00800_559_N19 | pleckstrin
homology domain interacting protein | 55023 | NP_060404 | NM_017934 |
| 160 | 00800_560_A10 | high-mobility
group nucleosomal binding domain 2 | 3151 | NP_005508 | NM_005517 |
| 161 | 00800_562_H11 | no
Hit | | | NT_113901 |
| 162 | 00800_562_L16 | sperm
associated antigen 7 | 9552 | NP_004881 | NM_004890 |
| 163 | 00800_563_J13 | 6-phosphogluconolactonase | 25796 | NP_036220 | NM_012088 |
| 164 | 00800_564_H21 | no
Hit | | | NM_023926 |
| 165 | 00800_564_J03 | plasticity-related
gene 2 | 79948 | XP_001129992 | XM_001129992 |
| 166 | 00800_565_A24 | cysteine-rich
protein 2 | 1397 | NP_001303 | NM_001312 |
| 167 | 00800_565_H12 | no
Hit | | | NT_019197 |
| 168 | 00800_565_N03 | MYC-associated
zinc finger protein | 4150 | NP_001036004 | NM_002383 |
| 169 | 00800_566_E12 | no
Hit | | | NM_032019 |
| 170 | 00800_566_K09 | zinc
finger protein 579 | 163033 | NP_689813 | NM_152600 |
| 171 | 00800_566_K12 | acetylserotonin
O-methyltransferase-like | 8623 | NP_004183 | NM_004192 |
| 172 | 00800_567_K12 | coiled-coil
domain containing 128 | 129285 | AAI11060 | NM_152994 |
| 173 | 00800_568_B24 | no
Hit | | | |
| 174 | 00800_568_M18 | MYC-associated
zinc finger protein | 4150 | NP_002374 | NM_002383 |
| 175 | 00800_569_H21 | leucine
rich repeat containing 47 | 57470 | NP_065761 | NM_020710 |
| 176 | 00800_570_H05 | no
Hit | | | NT_035014 |
| 177 | 00800_570_K04 | zinc
finger and SCAN domain containing 18 | 65982 | NP_076415 | NM_023926 |
| 178 | 00800_572_F05 | FK506
binding protein 3, 25 kDa | 2287 | NP_002004 | NM_002013 |
| 179 | 00800_572_G10 | high-mobility
group nucleosomal binding domain 2 | 3151 | NP_005508 | NM_005517 |
| 180 | 00800_573_E07 | nucleotide
binding protein 2 | 10101 | NP_036357 | NM_012225 |
| 181 | 00800_573_L22 | leucine
rich repeat containing 47 | 57470 | NP_065761 | NM_020710 |
| 182 | 00800_574_C10 | ankyrin
repeat domain 13B | 124930 | EAW51201 | NM_152345 |
| 183 | 00800_574_J16 | neurocan | 1463 | BAE06086 | NT_022221 |
| 184 | 00800_575_E03 | no
Hit | | | NM_015144 |
| 185 | 00800_577_A10 | no
Hit | | | NM_016372 |
| 186 | 00800_577_C12 | TNF
receptor-associated factor 4 | 9618 | NP_004286 | NM_004295 |
| 187 | 00800_577_E02 | hypothetical
protein LOC728621 | 728621 | NP_001074319 | NT_032977 |
| 188 | 00800_577_I10 | signal
recognition particle 14 kDa | 6727 | NP_003125 | NM_003134 |
| 189 | 00800_577_J13 | serine/threonine
kinase 25 | 10494 | NP_006365 | NM_006374 |
| 190 | 00800_577_L03 | plasticity
related gene 2a | 79948 | AAR10818 | XM_001129992 |
| 191 | 00800_577_P05 | MyoD
family inhibitor | 4188 | BAF83424 | NM_005586 |
| 192 | 00800_578_A04 | huntingtin
interacting protein 1 related | 9026 | XP_001132864 | XM_001132864 |
| 193 | 00800_578_E04 | no
Hit | | | NM_002714 |
| 194 | 00800_578_I17 | stathmin-like
4 | 81551 | AAH11520 | NM_030795 |
| 195 | 00800_578_I19 | inhibitor
of growth family, member 4 | 51147 | AAH13038 | NM_016162 |
| 196 | 00800_578_J10 | no
Hit | | | NM_022751 |
| 197 | 00800_578_L20 | microtubule-associated
protein 1 light chain 3 beta | 81631 | AAH67797 | NM_032514 |
| 198 | 00800_578_N23 | stathmin-like
4 | 81551 | AAH11520 | NM_030795 |
| 199 | 00800_578_O22 | E2F
transcription factor 1 | 1869 | AAH50369 | |
| 200 | 00800_578_P05 | MYC-associated
zinc finger protein | 4150 | NP_001036004 | NW_926539 |
| 201 | 00800_579_A01 | B-cell
CLL/lymphoma 11A | 53335 | CAC17723 | NM_022898 |
| 202 | 00800_579_C17 | CASK
interacting protein 2 | 57513 | NP_065804 | NM_020753 |
| 203 | 00800_579_I17 | no
hit | | | NM_004712 |
| 204 | 00800_579_M01 | methylcrotonoyl-Coenzyme
A carboxylase 1 | 56922 | BAD92974 | NM_020166 |
| 205 | 00800_579_P10 | Glutamate
receptor, ionotropic, N-methyl D-aspartate-like 1A | 81488 | AAH01510 | NM_001018097 |
| 206 | 00800_580_A12 | polymerase
(RNA) I polypeptide D, 16 kDa | 51082 | AAH15319 | NM_152705 |
| 207 | 00800_580_B18 | POU
class 6 homeobox 2 | 11281 | AAC83404 | NM_002702 |
| 208 | 00800_580_P08 | MYC-associated
zinc finger protein | 4150 | NP_001036004 | NM_002383 |
| 209 | 00800_581_E11 | EPF
autoantibody-reactive epitope-human | 0 | A42856 | XM_001129232 |
| 210 | 00800_581_G07 | ubiquitin-conjugating
enzyme E2S | 27338 | AAH66948 | XM_001129232 |
| 211 | 00800_581_L04 | selenoprotein
O | 83642 | AAH01099 | NM_031454 |
| 212 | 00800_581_L20 | zinc
finger Protein 12 | 7559 | NP_057349 | NM_016265 |
| 213 | 00800_582_B01 | zinc
finger protein 358 | 140467 | NP_060553 | XR_018227 |
| 214 | 00800_582_E09 | STIP1
homology and U-box containing protein 1 | 10273 | NP_005852 | NT_037887 |
| 215 | 00800_582_I09 | ferritin,
heavy polypeptide 1 | 2495 | AAI05803 | NM_002032 |
| 216 | 00800_582_K06 | no
hit | | | NM_001262 |
| 217 | 00800_582_L08 | no
hit | | | NM_005736 |
| 218 | 00800_582_M15 | RAB11B,
member RAS oncogene family | 9230 | CAG38733 | NM_004218 |
| 219 | 00800_582_O11 | ATPase,
class II, type 9A | 10079 | AAI10593 | NM_006045 |
| 220 | 00800_583_B14 | No
Hit | | | NM_005984 |
| 221 | 00800_583_E07 | smoothelin | 6525 | NP_599031 | NM_134269 |
| 222 | 00800_583_G19 | ribosomal
protein L5 | 6125 | AAI09371 | NM_000969 |
| 223 | 00800_583_L04 | no
Hit | | | NM_018649 |
| 224 | 00800_583_M21 | No
hit | | | NT_011362 |
| 225 | 00800_583_M23 | no
hit | | | NM_014077 |
| 226 | 00800_584_B24 | creatine
kinase, brain | 1152 | CAG47064 | NM_001823 |
| 227 | 00800_584_D17 | no
hit | | | NM_002613 |
| 228 | 00800_584_H13 | praja
1 isoform b | 64219 | NP_001027568 | NM_001032396 |
| 229 | 00800_584_M08 | ribosomal
protein L5 | 6125 | BAD96324 | NM_000969 |
| 230 | 00800_584_O14 | zinc
finger protein 768 | 79724 | NP_078947 | NM_024671 |
| 231 | 00800_585_E17 | no
hit | | | NW_927762 |
| 232 | 00800_585_H10 | zinc
finger, FYVE domain containing 27 | 118813 | AAH30621 | NM_001002261 |
| 233 | 00800_585_K02 | protein
kinase N1 isoform 1 | 5585 | NP_998725 | NM_002741 |
| 234 | 00800_585_K18 | no
hit | | | NT_016354 |
| 235 | 00800_586_C23 | no
Hit | | | |
| 236 | 00800_586_G15 | pim-3
oncogene | 415116 | AAI41856 | NM_001001852 |
| 237 | 00800_586_M11 | RNA
binding motif protein 10 | 8241 | AAH00681 | NM_152856 |
| 238 | 00800_586_P22 | no
Hit | | | NM_006841 |
| 239 | 00800_587_P09 | glutathione
peroxidase 4 | 2879 | NP_001034936 | NM_002085 |
| 240 | 00800_589_A19 | GLI-Kruppel
family member HKR1 | 284459 | NP_861451 | NM_003434 |
| 241 | 00800_589_A21 | GLI-Kruppel
family member HKR1 | 284459 | NP_861451 | NM_003434 |
| 242 | 00800_589_F10 | PIP5K1C
protein | 23396 | AAH11138 | NM_012398 |
| 243 | 00800_589_J08 | no
hit | | | NM_005851 |
| 244 | 00800_589_L09 | no
hit | | | NT_011109 |
| 245 | 00800_589_N14 | unnamed
protein product | 0 | BAF84534 | NM_002751 |
| 246 | 00800_590_A24 | ribosomal
protein L8 | 6132 | AAH00047 | NM_024040 |
| 247 | 00800_590_B11 | nuclear
receptor coactivator 5 | 57727 | Q9HCD5 | NM_020967 |
| 248 | 00800_590_C08 | CDC42
binding protein kinase alpha 8476 | 8476 | BAD92205 | NM_006035 |
| 249 | 00800_590_H19 | ADP-ribosylation
factor 6 | 382 | CAG46737 | NM_001658 |
| 250 | 00800_590_O04 | Y
box binding protein 1 | 4904 | AAH18393 | NM_004559 |
| 251 | 00800_591_L23 | phosphatidylinositol-4-phosphate5-kinase | 23396 | AAH11138 | NM_012398 |
| 252 | 00800_592_I16 | myosin,
light polypeptide 6B, alkali, smooth muscle and non-muscle | 140465 | NP_002466 | NM_002475 |
| 253 | 00800_592_K11 | no
hit | | | NM_013271 |
| 254 | 00800_592_O24 | elongation
protein 3 homolog | 55140 | CAH10573 | NM_018091 |
| 255 | 00800_594_C21 | no
hit | | | NM_004968 |
| 256 | 00800_594_G16 | hypothetical
protein LOC338758 | 338758 | XP_936452 | XM_944677 |
| 257 | 00800_594_I15 | AMP-regulated
phosphoprotein, 21 kD | 10777 | AAH36399 | NM_016300 |
| 258 | 00800_595_L06 | diphosphomevalonate
decarboxylase | 4597 | BAD92466 | NW_926561 |
| 259 | 00800_595_P16 | no
hit | | | NM_005861 |
| 260 | 00800_596_A14 | creatine
kinase, brain | 1152 | CAG47064 | NM_001823 |
| 261 | 00800_596_B10 | coiled-coil
domain containing 128 | 129285 | AAI11060 | NM_152994 |
| 262 | 00800_596_F13 | lectin,
galactoside-binding, soluble, 3 | 3958 | AAH68068 | NM_002306 |
| 263 | 00800_596_M11 | no
hit | | | NT_011387 |
| 264 | 00800_596_N16 | cyclin
L2 | 81669 | AAH71622 | XM_001126014 |
| 265 | 00800_597_B17 | creatine
kinase, brain | 1152 | CAG47064 | NM_001823 |
| 266 | 00800_597_K23 | no
hit | | | XM_001128735 |
| 267 | 00800_597_L02 | zinc
finger protein 358 | 140467 | NP_060553 | NM_018083 |
| 268 | 00800_597_N16 | no
hit | | | NT_011515 |
| 269 | 00800_598_H18 | creatine
kinase, brain | 1152 | CAG47064 | NM_001823 |
| 270 | 00800_598_L08 | no
Hit | | | NM_006160 |
| 271 | 00800_598_M20 | No
hit | | | NW_927173 |
| 272 | 00800_599_B23 | gon-4-like | 54856 | AAH64933 | NT_004487 |
| 273 | 00800_599_I11 | N-ethylmaleimide-sensitive
factor attachment protein, alpha | 8775 | NP_003818 | NM_003827 |
| 274 | 00800_599_J14 | praja
1 | 64219 | NP_001027568 | NM_001032396 |
| 275 | 00800_599_K21 | caspase
6, apoptosis-related cysteine peptidase | 839 | NP_001217 | NM_001226 |
| 276 | 00800_599_L11 | hypothetical
protein FLJ40448 | 339059 | AAI11770 | NT_010542 |
| 277 | 00800_600_C16 | TRPC4-associated
protein isoform a | 26133 | NP_056453 | NM_199368 |
| 278 | 00800_600_E13 | myosin,
light polypeptide 6B, alkali, smooth muscle and non-muscle | 140465 | NP_002466 | NM_002475 |
| 279 | 00800_600_G02 | no
hit | | | NT_010755 |
| 280 | 00800_600_J10 | islet
cell autoantigen 1, 69 kDa | 3382 | AAA02564 | NM_004968 |
| 281 | 00800_600_L06 | paralemmin | 5064 | NP_001035224 | NM_001040134 |
| 282 | 00800_600_N08 | CASP8
associated protein 2 | 9994 | AAH42577 | NM_012115 |
| 283 | 00800_601_D06 | no
hit | | | NM_005861 |
| 284 | 00800_601_E12 | cytokine
induced protein 29 kDa | 84324 | NP_149073 | NM_033082 |
| 285 | 00800_601_O11 | no
hit | | | NM_001012508 |
| 286 | 00800_601_P03 | family
with sequence similarity 50, member A | 9130 | EAW72704 | NM_004699 |
| 287 | 00800_602_G10 | no
hit | | | NM_020764 |
| 288 | 00800_602_H07 | nuclear
receptor coactivator 6 | 23054 | NP_054790 | |
-
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Zitierte Patentliteratur
-
- - WO 99/57311 [0004, 0036, 0042]
- - WO 99/57312 [0004, 0036, 0042]
-
Zitierte Nicht-Patentliteratur
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