EP2222880A2 - Markersequenzen für neurodegenerative erkrankungen und deren verwendung - Google Patents

Markersequenzen für neurodegenerative erkrankungen und deren verwendung

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EP2222880A2
EP2222880A2 EP08864285A EP08864285A EP2222880A2 EP 2222880 A2 EP2222880 A2 EP 2222880A2 EP 08864285 A EP08864285 A EP 08864285A EP 08864285 A EP08864285 A EP 08864285A EP 2222880 A2 EP2222880 A2 EP 2222880A2
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EP
European Patent Office
Prior art keywords
neurodegenerative diseases
marker
marker sequences
case
sequence
Prior art date
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Withdrawn
Application number
EP08864285A
Other languages
English (en)
French (fr)
Inventor
Heike GÖHLER
Helmut E. Meyer
Katrin Marcus
Axel Kowald
Florian Tribl
Manfred Gerlach
Peter Riederer
Angelika Lueking
Christian Scheer
Jens Beator
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Protagen GmbH
Original Assignee
Protagen GmbH
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Filing date
Publication date
Application filed by Protagen GmbH filed Critical Protagen GmbH
Publication of EP2222880A2 publication Critical patent/EP2222880A2/de
Withdrawn legal-status Critical Current

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    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6893—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids related to diseases not provided for elsewhere
    • G01N33/6896—Neurological disorders, e.g. Alzheimer's disease
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2500/00—Screening for compounds of potential therapeutic value
    • G01N2500/02—Screening involving studying the effect of compounds C on the interaction between interacting molecules A and B (e.g. A = enzyme and B = substrate for A, or A = receptor and B = ligand for the receptor)
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/28—Neurological disorders
    • G01N2800/2835—Movement disorders, e.g. Parkinson, Huntington, Tourette
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/56—Staging of a disease; Further complications associated with the disease

Definitions

  • the present invention relates to novel marker sequences for neurodegenerative diseases and their diagnostic use, including a method for screening potential drugs for neurodegenerative diseases by means of these marker sequences. Furthermore, the invention relates to a diagnostic device containing such marker sequences for neurodegenerative diseases, in particular a protein biochip and its use.
  • Protein biochips are gaining increasing industrial importance in analytics and diagnostics as well as in pharmaceutical development. Protein biochips have become established as screening tools.
  • expression vectors have sequences for so-called affinity epitopes or proteins, which on the one hand allow the specific detection of the recombinant fusion proteins by means of an antibody directed against the affinity epitope, on the other hand, the specific purification via affinity chromatography (IMAC) allows.
  • affinity epitopes or proteins which on the one hand allow the specific detection of the recombinant fusion proteins by means of an antibody directed against the affinity epitope, on the other hand, the specific purification via affinity chromatography (IMAC) allows.
  • the gene products of a cDNA expression library of human fetal brain tissue in the bacterial expression system Escherichia coli in high density format were placed on a membrane and successfully screened with different antibodies. It could be shown that the proportion of full-length proteins is at least 66%.
  • the recombinant proteins from expression libraries could be expressed and purified at high throughput (Braun P., Hu, Y., Shen, B., Halleck, A., Koundinya, M., Harlow, E. and LaBaer, J.
  • Antibody arrays An embryonic but growing technology, DDT, 7, 143-149, Kusnezow et al., (2003) Antibody microarrays: An evaluation of production parameters, proteomics, 3, 254-264).
  • indication-specific diagnostic devices such as a protein biochip.
  • the object of the present invention is therefore the provision of marker sequences and their diagnostic use.
  • the invention relates to the use of marker sequences for the diagnosis of neurodegenerative diseases, wherein at least one marker sequence of a cDNA selected from the group SEQ 1-927 or in each case a protein coding therefor or in each case a partial sequence or fragment thereof (hereinafter: marker sequences according to the invention) to or from a patient to be examined is determined.
  • the marker sequences according to the invention could be identified by differential screening of samples from healthy subjects with patient samples with neurodegenerative diseases.
  • neurodegenerative diseases ⁇ comprises a group of usually slowly progressive, hereditary or sporadic diseases of the nervous system.
  • Main feature is the progressive loss of nerve cells leading to various neurological symptoms leading to dementia and movement disorders.
  • the diseases can occur and call at different ages characteristic histological damage patterns. Described are in particular Alzheimer's disease, Parkinson's disease, Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS), Huntington's Disease ('s Chorea) and Morbus Pick (definition, for example, Pschyrembel, de Gruyter, 261st Edition (2007), Berlin), according to the invention, however, are preferred Alzheimer's, Parkinson's disease, Huntington's disease.
  • the invention relates to the diagnosis of neurodegenerative diseases, preferably Parkinson's disease, wherein at least one marker sequence of a cDNA selected from the group SEQ 1 - 293 or a protein coding therefor or in each case a partial sequence or fragment thereof to or from one to determined by the examining patient.
  • neurodegenerative diseases preferably Parkinson's disease
  • a marker sequence selected from the group SEQ 1 - 20, 21 - 40, 41 - 60, 61 - 80, 81 - 100, 101 - 120, 121 - 140, 141 - 160, 161 - 180, 181 - 200, 201-220, 221-240, 241-260, 261-280, 281-293 or in each case a protein coding therefor or in each case a partial sequence or fragment thereof.
  • the invention relates to the diagnosis of neurodegenerative diseases, preferably Alzheimer's disease, wherein at least one marker sequence of a cDNA selected from the group SEQ 294 - 664 or a protein coding therefor or in each case a partial sequence or fragment thereof to or from one to determined by the examining patient.
  • a marker sequence selected from the group SEQ 294-320, 321-340, 341-360, 361-380, 381-400, 401-420, 421-440, 441-460, 461-480, 481-500, 501-520, 521-540, 541-560, 561-580, 581-600, 601-620, 621-640, 641-664, or in each case a protein coding therefor or in each case a partial sequence or fragment thereof.
  • the invention relates to the diagnosis of neurodegenerative diseases, preferably Huntington's disease, wherein at least one marker sequence of a cDNA selected from the group SEQ 665-927 or a protein coding therefor or in each case a partial sequence or fragment thereof to or from one to determined by the examining patient.
  • neurodegenerative diseases preferably Huntington's disease
  • marker sequence selected from the group SEQ 665-680, 681-700, 701-720, 721-740, 741-760, 761-780, 781-800, 801-820, 821-840, 841-860, 861-880, 881-900, 901-927 or in each case a protein coding therefor or in each case a partial sequence or fragment thereof.
  • At least 2 to 5 or 10 preferably 30 to 50 marker sequences or 50 to 100 or more marker sequences are determined on or from a patient to be examined, in particular those in each case from the group SEQ 1 - 293, 294 - 664, 665 -927.
  • the marker sequences according to the invention can also be combined, supplemented or extended with known biomarkers for this indication.
  • the determination of the marker sequences takes place outside the human body and the determination takes place in an ex vivo / in vitro diagnosis.
  • the invention relates to the use of marker sequences as diagnostic agents, wherein at least one marker sequence of a cDNA selected from the group SEQ 1-927 in particular those in each case from the group SEQ 1 - 293, 294 - 664, 665-927 or in each case is a protein coding therefor or in each case a partial sequence or fragment thereof.
  • the invention relates to a method for the diagnosis of neurodegenerative diseases, wherein a.) At least one marker sequence of a cDNA selected from the group SEQ 1-927 in particular those each from the group SEQ 1 - 293, 294 - 664, 665-927 or one each b.) is brought into contact with body fluid or tissue extract of a patient and c.) the detection of an interaction of the body fluid or tissue extract with the marker sequences from a.) Is carried out ,
  • the invention also relates to diagnostic agents for the diagnosis of neurodegenerative diseases in each case selected from the group SEQ 1-927, in particular those in each case from the group SEQ 1 - 293, 294 - 664, 665-927 or in each case a protein coding therefor or in each case a partial sequence or fragment from that.
  • the detection of such an interaction can be carried out for example by a probe, in particular by an antibody.
  • the invention also has the object of providing a diagnostic device or an assay, in particular a protein biochip, which allows a diagnosis or examination for the neurodegenerative diseases.
  • the invention relates to a method for stratifying, in particular for risk stratification and / or therapy control of a patient with neurodegenerative diseases, wherein at least one marker sequence of a cDNA selected from the group SEQ 1-927 in particular those in each case from the group SEQ 1 - 293, 294 - 664 , 665-927 or in each case a protein coding therefor is determined on or from a patient to be examined. Also included is the stratification of patients with neurodegenerative diseases into new or established subgroups of neurodegenerative diseases, as well as the judicious selection of patient groups for the clinical development of new therapeutics.
  • therapy control also includes the classification of patients into responders and non-responders with regard to a therapy or its course of therapy.
  • Diagnosis in the sense of this invention means the positive determination of the neurodegenerative diseases by means of the marker sequences according to the invention as well as the assignment of the patients to the neurodegenerative diseases.
  • diagnosis includes medical diagnostics and related investigations, in particular in vitro diagnostics and laboratory diagnostics Proteomics and Nucleic Acid Blobs Further investigations may be needed to secure and exclude other diseases Therefore, the term diagnosis also includes the differential diagnosis of neurodegenerative diseases by means of the marker sequences of the invention as well as the prognosis of neurodegenerative diseases.
  • Stratification also: stratification or therapy control
  • stratification means that the method according to the invention allows decisions for the treatment and therapy of the patient, be it hospitalization of the patient, use, effect and / or dosage of one or more drugs, a therapeutic measure or the monitoring of a disease course as well as the course of therapy or etiology or classification of a disease, for example into a new or existing subtype or the differentiation of diseases and their patients.
  • the term "stratification" includes in particular the
  • patient is understood to mean any subject - human or mammal - with the proviso that the subject is examined for neurodegenerative diseases.
  • marker sequences in the sense of this invention means that the cDNA or the respective polypeptide or protein obtainable therefrom are significant for neurodegenerative diseases
  • the cDNA or the respectively obtainable polypeptide or protein can interact with substances from the body fluid or tissue extract of a
  • "at least one marker sequence of a cDNA selected from the group SEQ 1-927 or in each case a protein coding for it or in each case a partial sequence or Fragment of it to or from a patient to be examined is determined "that an interaction between the body fluid or tissue extract of a patient and the marker sequences of the invention is detected.
  • Such an interaction is eg a bond, in particular a binding substance on at least one marker sequence according to the invention or in the case of a cDNA the hybridization with a suitable substance under selected conditions, in particular stringent conditions (eg as defined in J. Sambrook, EF Fritsch, T. Maniatis (1989), Molecular cloning: A laboratory manual, 2nd Edition, CoId Spring Habor Laboratory Press, CoId Spring Habor, USA or Ausubel, "Current Protocols in Molecular Biology", Green Publishing Associates and Wiley Interscience, NY (1989)).
  • stringent conditions eg as defined in J. Sambrook, EF Fritsch, T. Maniatis (1989), Molecular cloning: A laboratory manual, 2nd Edition, CoId Spring Habor Laboratory Press, CoId Spring Habor, USA or Ausubel, "Current Protocols in Molecular Biology", Green Publishing Associates and Wiley Interscience, NY (1989)).
  • stringent hybridization conditions hybridization in 4 x SSC at 65 ° C (alternatively in 50% formamide and 4X SSC at 42 ° C), followed by several washes in 0.1 x SSC at 65 ° C for a total of approximately one hour.
  • An example of less stringent hybridization conditions is hybridization in 4 x SSC at 37 ° C, followed by several washing steps in 1 x SSC at room temperature.
  • such substances are constituents of a body fluid, in particular blood, whole blood, blood plasma, blood serum, patient serum, urine, cerebrospinal fluid, synovial fluid or a tissue extract of the patient.
  • the marker sequences according to the invention may be present in a significantly higher or lower expression rate or concentration, which points to the neurodegenerative diseases.
  • the relative expression rates ill / healthy of the marker sequences according to the invention for neurodegenerative diseases is determined by means of proteomics or nucleic acid blots.
  • the marker sequences have, in another embodiment of the invention, a recognition signal which is addressed to the substance to be bound (e.g., antibody, nucleic acid).
  • the recognition signal for a protein is preferably an epitope and / or paratope and / or hapten and, for a cDNA, a hybridization or binding region.
  • the marker sequences according to the invention are the subject of Table A and can be identified unambiguously by the respectively cited database entry (also by means of the Internet: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) (see Table A: Accession No. there).
  • the marker sequences also include such modifications of the cDNA sequence and the corresponding amino acid sequence, such as chemical modification, such as citrullination, acetylation, phosphorylation, glycosylation or polyA strand and other modifications known to those skilled in the art.
  • chemical modification such as citrullination, acetylation, phosphorylation, glycosylation or polyA strand and other modifications known to those skilled in the art.
  • partial sequences or fragments of the marker sequences according to the invention are also included. In particular, those partial sequences which have an identity of 95%, 90%, in particular 80% or 70% with the marker sequences according to the invention.
  • the respective marker sequence may be represented in different amounts in one or more regions on a solid support.
  • the regions may each comprise a total of marker sequences, i. a sufficient number of different marker sequences, in particular 2 to 5 or 10 or more and optionally further nucleic acids and / or proteins, in particular biomarkers.
  • at least 96 to 25,000 (numerically) or more are preferred from different or identical marker sequences and further nucleic acids and / or proteins, in particular biomarkers.
  • Also preferred are more than 2,500, more preferably 10,000 or more different or identical marker sequences and, if appropriate, further nucleic acids and / or proteins, in particular biomarkers.
  • Another object of the invention relates to an array of marker sequences containing at least one marker sequence of a cDNA selected from the group SEQ 1-927, in particular those in each case from the group SEQ 1 - 293, 294 - 664, 665-927 or in each case a protein coding therefor.
  • the array contains at least 2 to 5 or 10, preferably 30 to 50 marker sequences or 50 to 100 or more marker sequences.
  • “arrangement” synonymously means “array” and insofar as this "array” is used to identify substances on marker sequences, this is to be understood as meaning an “assay” or a diagnostic device.
  • the arrangement is designed such that those represented on the assembly Marker sequences in the form of a grid on a solid support. Further, such arrangements are preferred which allow a high density array of protein binders and spotting the marker sequences. Such high density spotted assemblies are disclosed, for example, in WO 99/57311 and WO 99/57312, and may be advantageously used in a robotic automated high throughput method.
  • test or diagnostic device also encompasses such embodiments of a device as ELISA, bead-based assay, line assay, Western blot, immunochromatographic methods (eg, so-called lateral flow immunoassays) or similar immunological single or Multiplex detection method
  • a protein biochip in the sense of this invention is the systematic arrangement of proteins on a solid support.
  • the marker sequences of the assembly are fixed to a solid support, but preferably spotted or immobilized even printed, i. applied reproducibly.
  • One or more marker sequences may be present several times in the totality of all marker sequences and be present in different amounts relative to one spot. Further, the marker sequences may be standardized on the solid support (e.g., by serial dilution series of, e.g., human globulins as internal calibrators for data normalization and quantitative evaluation).
  • the invention relates to an assay or protein biochip consisting of an array containing marker sequences according to the invention.
  • the marker sequences are present as clones.
  • Such clones can be obtained, for example, by means of a cDNA expression library according to the invention (Büssow et al., 1998 (supra)).
  • expression libraries containing clones are obtained by means of expression vectors from an expressing cDNA library consisting of the cDNA marker sequences.
  • These expression vectors preferably contain inducible promoters. The induction of expression can be done, for example, by means of an inducer, such as IPTG. Suitable expression vectors are described in Terpe et al. (Terpe T Appl Microbiol Biotechnol 2003 Jan; 60 (5): 523-33).
  • Expression libraries are known to the person skilled in the art, these can be prepared according to standard works, such as Sambrook et al., Molecular Cloning, Laboratory Handbook, 2nd edition (1989), CSH press, Gold Spring Harbor, New York Further preferred are expression libraries which are tissue-specific.
  • expression libraries which can be obtained by exon trapping are also included in the scope of the invention, and instead of the expression library, it is possible to speak of an expression bank synonymously.
  • UnicloneO library protein biochips or corresponding expression libraries which have no redundancy
  • UnicloneO library protein biochips or corresponding expression libraries which have no redundancy
  • WO 99/57311 and WO 99/57312 preferred Uniclone libraries have a high content of non-defective, fully expressed proteins of a cDNA expression library.
  • the clones may not be such as transformed bacteria, recombinant phage or transformed cells of mammals, insects, fungi, yeasts or plants.
  • the clones are fixed on a solid support, spotted or immobilized. Therefore, the invention relates to an arrangement wherein the marker sequences are present as clones.
  • the marker sequences may be in the form of a fusion protein containing, for example, at least one affinity epitope or "tag".
  • the tag may be one such as c-myc, His-tag, Arg-tag, FLAG, alkaline phosphatase, V5 tag, T7 tag or Strep tag, HAT tag, NusA, S-tag, SBP tag , Thioredoxin, DsbA, a fusion protein, preferably a cellulosic binding domain, green fluorescent protein, maltose binding protein, calmodulin binding protein, glutathione S-transferase or lacZ.
  • solid support includes embodiments such as a filter, a membrane, a magnetic or fluorophore-labeled bead, a silicon wafer, glass, metal, plastic, a chip, a mass spectrometric target, or a matrix.
  • a filter is preferred according to the invention.
  • the filter is PVDF, nitrocellulose or nylon (e.g., Immobilon P Millipore, Protran Whatman, Hybond N + Amersham).
  • this corresponds to a grid having the size of a microtiter plate (8-12 wells strips, 96 wells, 384 wells or more), a silicon wafer, a chip, a mass spectrometric target or a matrix.
  • the invention relates to an assay or protein biochip for identifying and characterizing a substance for neurodegenerative diseases, characterized in that an arrangement or assay according to the invention with a.) At least one Binding substance is brought into contact and b.) A binding success is detected.
  • the invention relates to a method for identifying and characterizing a substance for neurodegenerative diseases, characterized in that an arrangement or assay according to the invention is brought into contact with a.) At least one substance to be investigated and b.) A binding success is detected.
  • the substance to be assayed may be any native or non-native biomolecule, synthetic chemical molecule, mixture or substance library.
  • the evaluation of the binding success is carried out, for example, using commercially available image analysis software (GenePix Pro (Axon Laboratories), Aida (Raytest), ScanArray (Packard Bioscience).
  • the visualization of protein-protein interactions according to the invention can be, for example, by fluorescence labeling, biotinization, radio-isotopic labeling or colloidal gold or latex particle labeling
  • Bound antibodies are detected by secondary antibodies labeled with commercially available reporter molecules (eg Cy, Alexa, Dyomics, FITC or similar fluorescent dyes, colloidal gold or latex particles), or with reporter enzymes such as alkaline phosphatase, horseradish peroxidase, etc., and the corresponding colorimetric, fluorescent, or chemiluminescent substrates, for example, by means of a microarray laser scanner, a CCD camera, or visually.
  • the invention relates to a drug / drug or prodrug developed for neurodegenerative diseases and obtainable by the use of the assay or protein biochip according to the invention.
  • the invention also relates to the use of an inventive arrangement or an assay for screening drugs for neurodegenerative diseases.
  • the invention also relates to a target for the treatment and therapy of neurodegenerative diseases, each selected from the group SEQ 1-927, in particular those each from the group SEQ 1 - 293, 294 - 664, 665-927 or one each for it coding protein.
  • the invention likewise relates to the use of the marker sequences according to the invention, preferably in the form of an arrangement, as an affinity material for carrying out apheresis or, respectively, for the same.
  • a blood wash wherein substances from body fluids of a patient with neurodegenerative diseases, such as blood or plasma, bind to the marker sequences of the invention and thus the body fluid can be selectively withdrawn.
  • Ten or more patient samples were individually screened against a cDNA expression library.
  • the neurodegenerative disease-specific expression clones were determined by comparison with ten or more healthy samples.
  • the identity of the marker sequences was determined by DNA sequencing.
  • FIG. 1 shows the differential screening between two protein biochips from in each case one cDNA expression bank of a patient and one healthy subject.
  • the Differential clones are detected by fluorescence labeling and evaluated bioinformatorisch.
  • NM_ _000972 307.
  • NT_ 077661 351.
  • NM_ _005861 308.
  • NM_ 001614 352.
  • NM_ _032025 309. NT_ _034880 353.
  • NT_ _008413 311.
  • NM _018023 355.
  • NM_ _005861 325.
  • NT_ _032977 369.
  • NT_ 004350 438 NM_ 016525 482.
  • NM_ JL82923 452.
  • NM_ _018011 496.
  • NM_ _002949 593.
  • NM_ _184041 705.
  • NM_ _002383 851.
  • NM _024040 895.
  • NM_ _031454 852.
  • NM_ _006035 896.

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Abstract

Die vorliegende Erfindung betrifft neue Markersequenzen für neurodegenerative Erkrankungen und deren diagnostische Verwendung samt einem Verfahren zum Screenen von potentiellen Wirkstoffen für neurodegenerative Erkrankungen mittels dieser Markersequenzen. Ferner betrifft die Erfindung eine diagnostische Vorrichtung enthaltend solche Markersequenzen für neurodegenerative Erkrankungen, insbesondere ein Proteinbiochip und dessen Verwendung.

Description

Markersequenzen für neurodegenerative Erkrankungen und deren Verwendung
Beschreibung
Die vorliegende Erfindung betrifft neue Markersequenzen für neurodegenerative Erkrankungen und deren diagnostische Verwendung samt einem Verfahren zum Screenen von potentiellen Wirkstoffen für neurodegenerative Erkrankungen mittels dieser Markersequenzen. Ferner betrifft die Erfindung eine diagnostische Vorrichtung enthaltend solche Markersequenzen für neurodegenerative Erkrankungen, insbesondere ein Proteinbiochip und dessen Verwendung.
Proteinbiochips gewinnen eine zunehmende industrielle Bedeutung in der Analytik und Diagnostik sowie in der Pharmaentwicklung. Proteinbiochips haben sich als Screeninginstrumente etabliert.
Hierbei wird die schnelle und hochparallele Detektion einer Vielzahl spezifisch bindender Analysemoleküle in einem einzigen Experiment ermöglicht. Zur Herstellung von Proteinbiochips ist es erforderlich, die benötigten Proteine zur Verfügung zu haben. Hierzu haben sich insbesondere Protein-Expressionsbibliotheken etabliert. Die Hochdurchsatz- Klonierung von definierten offenen Leserahmen ist eine Möglichkeit (Heyman, J. A. , Cornthwaite, J., Foncerrada, L., Gilmore, J. R., Gontang, E., Hartman, K.J., Hernandez, CL. , Hood, R., HuIl, H. M., Lee, W. Y., Marcil, R., Marsh, E. J., Mudd, K.M., Patino, M. J., Purcell, T. J., Rowland, J. J., Sindici, M. L. and Hoeffler, J. P. (1999) Genome-scale cloning and expression of individual open reading frames using topoisomerase I-mediated ligation. Genome Res, 9, 383-392; Kersten, B., Feilner, T., Kramer, A., Wehrmeyer, S., Possling, A., Witt, I., Zanor, M.I., Stracke, R., Lueking, A., Kreutzberger, J., Lehrach, H. and Cahill, D. J. (2003) Generation of Arabidopsis protein Chip for antibody and serum Screening. Plant Molecular Biology, 52, 999-1010; Reboul, J., Vaglio, P., Rual, J. F., Lamesch, P., Martinez, M. , Armstrong, CM. , Li, S., Jacotot, L., Bertin, N., Janky, R., Moore, T., Hudson, J. R., Jr., Hartley, J. L., Brasch, M. A., Vandenhaute, J., Boulton, S., Endress, G. A., Jenna, S., Chevet, E., Papasotiropoulos, V., Tolias, P.P., Ptacek, J., Snyder, M., Huang, R., Chance, M. R., Lee, H., Doucette-Stamm, L., Hill, D.E. and Vidal, M. (2003) C. elegans ORFeome version 1.1: experimental verification of the genome annotation and resource for proteome-scale protein expression. Nat Genet, 34, 35-41.; Walhout, A. J., Temple, G. F., Brasch, M. A., Hartley, J. L., Lorson, M. A., van den Heuvel, S. and Vidal, M. (2000) GATEWAY recombinational cloning: application to the cloning of large numbers of open reading frames or ORFeomes. Methode Enzymol, 328, 575-592) . Allerdings hängt ein solcher Ansatz stark mit dem Fortschritt der Genom-Sequenzierungsprojekte und der Annotierung dieser Gensequenzen zusammen. Darüber hinaus ist die Bestimmung der exprimierten Sequenz aufgrund differenzieller Spleißvorgänge nicht immer eindeutig. Dieses Problem kann durch die Anwendung von cDNA-
Expressionsbibliotheken umgangen werden (Büssow, K. , Cahill, D., Nietfeld, W., Bancroft, D., Scherzinger, E., Lehrach, H. and Walter, G. (1998) A method for global protein expression and antibody Screening on high-density filters of an arrayed cDNA library. Nucleic Acids Research, 26, 5007-5008; Büssow, K., Nordhoff, E., Lübbert, C, Lehrach, H. and Walter, G. (2000) A human cDNA library for high-throughput protein expression Screening. Genomics, 65, 1-8; Holz, C, Lueking, A., Bovekamp, L., Gutjähr, C, Bolotina, N., Lehrach, H. and Cahill, D. J. (2001) A human cDNA expression library in yeast enriched for open reading frames. Genome Res, 11, 1730-1735; Lueking, A., Holz, C, Gotthold, C, Lehrach, H. and Cahill, D. (2000) A System for dual protein expression in Pichia pastoris and Escherichia coli, Protein Expr. Purif., 20, 372- 378) . Hierbei wird die cDNA eines bestimmten Gewebes in einen bakteriellen oder einen eukaryotischen Expressionsvektor, wie z.B. Hefe, einkloniert. Die für die Expression verwendeten Vektoren zeichnen sich im Allgemeinen dadurch aus, dass sie induzierbare Promotoren tragen, mit denen sich der Zeitpunkt der Proteinexpression steuern lässt. Darüber hinaus weisen Expressionsvektoren Sequenzen für so genannte Affinitätsepitope oder -proteine auf, die zum einen den spezifischen Nachweis der rekombinanten Fusions-Proteine mittels eines gegen das Affinitätsepitop gerichteten Antikörpers erlauben, zum anderen wird die spezifische Aufreinigung über Affinitätschromatographie (IMAC) ermöglicht.
Beispielsweise wurden die Genprodukte einer cDNA- Expressionsbibliothek aus humanem fötalem Hirngewebe in dem bakteriellen Expressionssystem Escherichia coli im Hochdichte- Format auf einer Membran angeordnet und konnten erfolgreich mit unterschiedlichen Antikörpern gescreent werden. Es konnte gezeigt werden, dass der Anteil an Volllänge-Proteinen bei mindestens 66% liegt. Die rekombinanten Proteine aus Expressionsbibliotheken konnten darüber hinaus im Hochdurchsatz exprimiert und aufgereinigt werden (Braun P., Hu, Y., Shen, B., Halleck, A., Koundinya, M., Harlow, E. and LaBaer, J. (2002) Proteome-scale purification of human proteins from bacteria. Proc Natl Acad Sex U S A, 99, 2654- 2659; Büssow (2000) supra; Lueking, A., Hörn, M., Eickhoff, H., Büssow, K., Lehrach, H. and Walter, G. (1999) Protein microarrays for gene expression and antibody Screening. Analytical Biochemistry, 270, 103-111) . Solche Proteinbiochips auf der Basis von cDNA-Expressionsbibliotheken sind insbesondere Gegenstand der WO 99/57311 und WO 99/57312.
Ferner sind neben Antigen-präsentierenden Proteinbiochips ebenfalls Antikörper-präsentierende Anordnungen beschrieben (LaI et al (2002) Antibody arrays : An embryonic but rapidly growing technology, DDT, 7, 143-149; Kusnezow et al . (2003), Antibody microarrays: An evaluation of produetion parameters, Proteomics, 3, 254-264) . Es besteht jedoch ein hohes Bedürfnis indikationsspezifische diagnostische Vorrichtungen, wie einen Proteinbiochip, bereitzustellen.
Markersequenzen und deren diagnostische Verwendung für die neurodegenerative Erkrankungen, insbesondere in der Ausführungsform eines Proteinbiochips sowie diesbezügliche Tests für das Screening von Wirkstoffen sind im Stand der Technik nicht beschrieben.
Die Aufgabe der vorliegenden Erfindung ist daher die Bereitstellung von Markersequenzen und deren diagnostische Verwendung.
Die Bereitstellung von spezifischen Markersequenzen erlaubt eine sichere Diagnose und Stratifizierung von Patienten mit neurodegenerativen Erkrankungen, insbesondere mittels eines Proteinbiochips .
Daher betrifft die Erfindung die Verwendung von Markersequenzen zur Diagnose von neurodegenerativen Erkrankungen, wobei mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 927 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon (nachstehend: erfindungsgemäße Markersequenzen) an oder von einem zu untersuchenden Patienten bestimmt wird.
Die erfindungsgemäßen Markersequenzen konnten mittels differentiellem Screenen von Proben von gesunden Probanden mit Patientenproben mit neurodegenerativen Erkrankungen identifiziert werden.
Der Begriff „neurodegenerative Erkrankungen λλ umfasst eine Gruppe von meist langsam fortschreitenden, erblichen oder sporadisch auftretenden Erkrankungen des Nervensystems. Hauptmerkmal ist der fortschreitende Verlust von Nervenzellen, der zu verschiedenen neurologischen Symptomen, die zu Demenz und Bewegungsstörungen führen. Die Erkrankungen können in unterschiedlichen Lebensaltern auftreten und rufen charakteristische histologische Schädigungsmuster hervor. Beschrieben sind insbesondere Morbus Alzheimer, Morbus Parkinson, Amyotrophische Lateralsklerose (ALS) , Morbus Huntington ('s Chorea) als auch Morbus Pick (Definition z.B. nach Pschyrembel, de Gruyter, 261. Auflage (2007), Berlin), erfindungsgemäß bevorzugt sind jedoch Morbus Alzheimer, Morbus Parkinson, Morbus Huntington.
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform betrifft die Erfindung die Diagnose von neurodegenerativen Erkrankungen, vorzugsweise Morbus Parkinson, wobei mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 293 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon an oder von einem zu untersuchenden Patienten bestimmt wird.
Weiterhin bevorzugt ist eine Markersequenz ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 20, 21 - 40, 41 - 60, 61 - 80, 81 - 100, 101 - 120, 121 - 140, 141 - 160, 161 - 180, 181 - 200, 201 - 220, 221 - 240, 241 - 260, 261 - 280, 281 - 293 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon.
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform betrifft die Erfindung die Diagnose von neurodegenerativen Erkrankungen, vorzugsweise Morbus Alzheimer, wobei mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 294 - 664 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon an oder von einem zu untersuchenden Patienten bestimmt wird.
Weiterhin bevorzugt ist eine Markersequenz ausgewählt aus der Gruppe SEQ 294 - 320, 321 - 340, 341 - 360, 361 - 380, 381 - 400, 401 - 420, 421 - 440, 441 - 460, 461 - 480, 481 - 500, 501 - 520, 521 - 540, 541 - 560, 561 - 580, 581 - 600, 601 - 620., 621 - 640, 641 - 664 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon. In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform betrifft die Erfindung die Diagnose von neurodegenerativen Erkrankungen, vorzugsweise Morbus Huntington, wobei mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 665 - 927 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon an oder von einem zu untersuchenden Patienten bestimmt wird.
Weiterhin bevorzugt ist eine Markersequenz ausgewählt aus der Gruppe SEQ 665 - 680, 681 - 700, 701 - 720, 721 - 740, 741 - 760, 761 - 780, 781 - 800, 801 - 820, 821 - 840, 841 - 860, 861 - 880, 881 - 900, 901 - 927 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon.
In einer weiteren Ausführungsform werden daher mindestens 2 bis 5 oder 10, vorzugsweise 30 bis 50 Markersequenzen oder 50 bis 100 oder mehr Markersequenzen an oder von einem zu untersuchenden Patienten bestimmt, insbesondere solche jeweils aus der Gruppe SEQ 1 - 293, 294 - 664, 665-927.
In einer weiteren Ausführungsform der Erfindung können die erfindungsgemäßen Markersequenzen ebenfalls mit bekannten Biomarkern für diese Indikation kombiniert, ergänzt oder erweitert werden.
In einer bevorzugten Ausführungsform erfolgt die Bestimmung der Markersequenzen außerhalb des menschlichen Körpers und die Bestimmung erfolgt in einer ex vivo / in vitro Diagnose.
In einer weiteren Ausführungsform der Erfindung betrifft die Erfindung die Verwendung von Markersequenzen als Diagnostika, wobei mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 927 insbesondere solche jeweils aus der Gruppe SEQ 1 - 293, 294 - 664, 665-927 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon ist. Ferner betrifft die Erfindung ein Verfahren zur Diagnose von neurodegenerativen Erkrankungen, wobei a.) mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 927 insbesondere solche jeweils aus der Gruppe SEQ 1 - 293, 294 - 664, 665-927 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon auf einem festen Träger aufgebracht wird und b.) mit Körperflüssigkeit oder Gewebeauszug eines Patienten in Kontakt gebracht wird und c.) der Nachweis einer Wechselwirkung der Körperflüssigkeit oder Gewebeauszug mit den Markersequenzen aus a.) erfolgt.
Daher betrifft die Erfindung ebenfalls Diagnostika zur Diagnose von neurodegenerativen Erkrankungen jeweils ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 927 insbesondere solche jeweils aus der Gruppe SEQ 1 - 293, 294 - 664, 665-927 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon.
Der Nachweis einer solchen Wechselwirkung kann beispielsweise durch eine Sonde, insbesondere durch einen Antikörper erfolgen.
Daher betrifft die Erfindung ebenfalls die Aufgabe eine diagnostische Vorrichtung oder einen Assay, insbesondere einen Proteinbiochip, bereitzustellen, der für die neurodegenerativen Erkrankungen eine Diagnose oder Untersuchung erlaubt .
Ferner betrifft die Erfindung ein Verfahren zum Stratifizieren, insbesondere zur Risikostratifizierung und / oder Therapiesteuerung eines Patienten mit neurodegenerativen Erkrankungen, wobei mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 927 insbesondere solche jeweils aus der Gruppe SEQ 1 - 293, 294 - 664, 665-927 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein an oder von einem zu untersuchenden Patienten bestimmt wird. Ferner umfasst ist die Stratifizierung der Patienten mit neurodegenerativen Erkrankungen in neue oder etablierte Subgruppen der neurodegenerativen Erkrankungen, sowie die sinnvolle Auswahl von Patientengruppen für die klinische Entwicklung von neuen Therapeutika. Der Begriff Therapiesteuerung umfasst ebenfalls die Einteilung von Patienten in Responder und Nicht-Responder bezüglich einer Therapie oder dessen Therapieverlauf.
„Diagnose" im Sinne dieser Erfindung bedeutet die positive Feststellung der neurodegenerativen Erkrankungen mittels der erfindungsgemäßen Markersequenzen sowie die Zuordnung der Patienten zu den neurodegenerativen Erkrankungen. Der Begriff der Diagnose umfasst die medizinische Diagnostik und diesbezügliche Untersuchungen, insbesondere die in-vitro Diagnostik und Labordiagnostik, ebenfalls Proteomics und Nukleinsäureblots . Weitere Untersuchungen können zur Absicherung und zum Ausschluss anderer Krankheiten vonnöten sein. Daher umfasst der Begriff Diagnose ebenfalls die Differentialdiagnose neurodegenerativer Erkrankungen mittels der erfindungsgemäßen Markersequenzen sowie die Prognose der neurodegenerativen Erkrankungen.
„Stratifizieren (auch: Stratifikation) oder Therapiesteuerung" im Sinne dieser Erfindung bedeutet, dass das erfindungsgemäße Verfahren Entscheidungen zur Behandlung und Therapie des Patienten erlaubt, sei es Hospitalisierung des Patienten, Einsatz, Wirkung und / oder Dosierung eines oder mehrerer Arzneimittel, eine therapeutische Maßnahme oder die Überwachung eines Krankheitsverlaufes sowie Therapieverlauf bzw. Ätiologie oder Klassifizierung einer Erkrankung, z.B. in einen neuen oder bestehenden Subtyp oder die Differenzierung von Krankheiten und dessen Patienten.
In einer weiteren Ausführungsform der Erfindung umfasst der Begriff „Stratifizierung" insbesondere die
Risikostratifizierung mit der Prognose eines „outcome" eines nachteiligen gesundheitlichen Ereignisses. Im Rahmen dieser Erfindung wird unter „Patient" ein beliebiger Proband - Mensch oder Säugetier - verstanden, mit der Maßgabe, dass der Proband auf neurodegenerative Erkrankungen untersucht wird.
Der Begriff „Markersequenzen" im Sinne dieser Erfindung bedeutet, dass die cDNA oder das jeweils daraus erhältliche Polypeptid oder Protein signifikant für neurodegenerative Erkrankungen sind. Beispielsweise können die cDNA oder das jeweils daraus erhältliche Polypeptid oder Protein eine Wechselwirkung mit Substanzen aus der Körperflüssigkeit oder Gewebeauszug eines Patienten mit neurodegenerativen Erkrankungen aufweisen (z.B. Antigen (Epitop) / Antikörper (Paratop) Wechselwirkung) . Im Sinne der Erfindung bedeutet „wobei mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 927 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon an oder von einem zu untersuchenden Patienten bestimmt wird", dass eine Wechselwirkung zwischen der Körperflüssigkeit oder Gewebeauszuges eines Patienten und den erfindungsgemäßen Markersequenzen nachgewiesen wird. Eine solche Wechselwirkung ist z.B. eine Bindung, insbesondere eine bindende Substanz an mindestens einer erfindungsgemäßen Markersequenz oder im Fall einer cDNA die Hybridisierung mit einer geeigneten Substanz unter gewählten Bedingungen, insbesondere stringenten Bedingungen (z.B. wie üblich definiert in J. Sambrook, E. F. Fritsch, T. Maniatis (1989), Molecular cloning: A laboratory manual, 2nd Edition, CoId Spring Habor Laboratory Press, CoId Spring Habor, USA oder Ausubel, "Current Protocols in Molecular Biology", Green Publishing Associates and Wiley Interscience, N. Y. (1989)). Ein Beispiel für stringente Hybridisierungsbedingungen ist: Hybridisierung in 4 x SSC bei 65°- C (alternativ in 50% Formamid und 4 X SSC bei 42° C), gefolgt von mehreren Waschschritten in 0,1 x SSC bei 65°C für insgesamt etwa eine Stunde. Ein Beispiel für wenig stringente Hybridisierungsbedingungen ist Hybridisierung in 4 x SSC bei 37° C, gefolgt von mehreren Waschritten in 1 x SSC bei Raumtemperatur .
Solche Substanzen sind erfindungsgemäß Bestandteil einer Körperflüssigkeit, insbesondere Blut, Vollblut, Blutplasma, Blutserum, Patientenserum, Urin, Cerebrospinalflüssigkeit , Synovialflüssigkeit oder eines Gewebeauszuges des Patienten.
In einer weiteren Ausführungsform der Erfindung können jedoch die erfindungsgemäßen Markersequenzen in einer signifikant höheren oder niedrigeren Expressionsrate oder Konzentration vorliegen, dass auf die neurodegenerative Erkrankungen hinweist. Hierbei wird mittels Proteomics oder Nukleinsäureblots die relativen Expressionsraten krank / gesund der erfindungsgemäßen Markersequenzen für neurodegenerative Erkrankungen bestimmt.
Die Markersequenzen verfügen in einer weiteren Ausführungsform der Erfindung über ein Erkennungssignal, welches an die zu bindende Substanz adressiert ist (z.B. Antikörper, Nukleinsäure) . Erfindungsgemäß bevorzugt ist für ein Protein das Erkennungssignal ein Epitop und / oder Paratop und / oder Hapten und für eine cDNA eine Hybridisierungs- oder Bindungsregion .
Die erfindungsgemäßen Markersequenzen sind Gegenstand der Tabelle A und können durch den jeweilig zitierten Datenbankeintrag (auch mittels Internet: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) eindeutig identifiziert werden (siehe in Tabelle A: dort Accession No.) .
Erfindungsgemäß umfassen die Markersequenzen auch solche Modifikationen der cDNA-Sequenz und der entsprechenden Aminosäuresequenz, wie chemische Modifikation, wie Citrullinierung, Acetylierung, Phosphorylierung, Glykosilierung oder polyA-Strang und weiteren dem Fachmann einschlägig bekannte Modifikationen. In einer weiteren Ausführungsform der Erfindung sind ebenfalls Teilsequenzen oder Fragmente der erfindungsgemäßen Markersequenzen umfasst. Insbesondere solche Teilsequenzen, die eine Identität von 95%, 90 %, insbesondere 80% oder 70 % mit den erfindungsgemäßen Markersequenzen aufweisen.
In einer weiteren Ausführungsform kann die jeweilige Markersequenz in unterschiedlichen Mengen in einen oder mehreren Bereichen auf einem festen Träger repräsentiert sein. Dies erlaubt eine Variation der Sensitivität . Die Bereiche können jeweils eine Gesamtheit von Markersequenzen aufweisen, d.h. eine genügende Zahl an verschiedenen Markersequenzen, insbesondere 2 bis 5 oder 10 oder mehr und ggfs. weiteren Nukleinsäuren und/oder Proteinen, insbesondere Biomarker. Bevorzugt sind jedoch mindestens 96 bis 25.000 (numerisch) oder mehr aus verschiedenen oder gleichen Markersequenzen und weiteren Nukleinsäuren und/oder Proteinen, insbesondere Biomarker. Weiterhin bevorzugt sind mehr als 2.500, besonders bevorzugt 10.000 oder mehr verschiedene oder gleiche Markersequenzen und ggfs. weiteren Nukleinsäuren und/oder Proteinen, insbesondere Biomarker.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung betrifft eine Anordnung von Markersequenzen enthaltend mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 927, insbesondere solche jeweils aus der Gruppe SEQ 1 - 293, 294 - 664, 665-927 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein. Vorzugsweise enthält die Anordnung mindestens 2 bis 5 oder 10, vorzugsweise 30 bis 50 Markersequenzen oder 50 bis 100 oder mehr MarkerSequenzen.
Im Rahmen dieser Erfindung bedeutet „Anordnung" synonym „Array" und sofern dieser „Array" zur Identifizierung von Substanzen an Markersequenzen verwendet wird, ist hierunter ein „Assay" oder eine diagnostische Vorrichtung zu verstehen. In einer bevorzugten Ausführungsform ist die Anordnung derart gestaltet, dass die auf der Anordnung repräsentierten Markersequenzen in Form eines Gitters auf einem festen Träger vorliegen. Ferner sind solche Anordnungen bevorzugt, die eine hochdichte (high-density) Anordnung von Proteinbindern erlauben und die Markersequenzen gespottet werden. Solche hochdichte gespotteten Anordnungen sind beispielsweise in der WO 99/57311 und WO 99/57312 offenbart und können vorteilhaft in einem robotergestützten automatisierten High-Throughput Verfahren zur Anwendung kommen.
Im Rahmen dieser Erfindung umfasst jedoch der Begriff „Assay" oder diagnostische Vorrichtung ebenfalls solche Ausführungsformen einer Vorrichtung, wie ELISA, Bead-based Assay, Line Assay, Western Blot, immunchromatographische Verfahren (z.B. so genannte Lateral Flow Immunoassays) oder ähnliche immunologische Single- oder Multiplex- Nachweisverfahren. Ein Proteinbiochip im Sinne dieser Erfindung ist die systematische Anordnung von Proteinen auf einem festen Träger.
Die Markersequenzen der Anordnung sind auf einen festen Träger fixiert, vorzugsweise jedoch gespottet oder immobilisiert gar aufgedruckt, d.h. reproduzierbar aufgebracht. Ein oder mehrere Markersequenzen können mehrfach in der Gesamtheit aller Markersequenzen präsent sein und in unterschiedlichen Mengen bezogen auf einen Spot vorliegen. Ferner können die Markersequenzen auf dem festen Träger standardisiert sein (z.B. mittels serieller Verdünnungsreihen von z.B. Humanglobulinen als interne Kalibratoren zur Datennormalisierung und quantitativen Auswertung) .
Daher betrifft die Erfindung einen Assay oder Proteinbiochip bestehend aus einer Anordnung enthaltend erfindungsgemäße Markersequenzen .
In einer weiteren Ausführungsform liegen die Markersequenzen als Clone vor. Solche Clone können beispielsweise mittels einer erfindungsgemäßen cDNA-Expressionsbibliothek erhalten werden (Büssow et al. 1998 (supra) ) . In einer bevorzugten Ausführungsform werden solche Expressionsbibliotheken enthaltend Clone mittels Expressionsvektoren aus einer exprimierenden cDNA Bibliothek bestehend aus den cDNA Markersequenzen erhalten. Diese Expressionsvektoren enthalten vorzugsweise induzierbare Promotoren. Die Induktion der Expression kann z.B. mittels eines Induktors, solche wie IPTG, erfolgen. Geeignete Expressionsvektoren sind beschrieben in Terpe et al. (Terpe T Appl Microbiol Biotechnol. 2003 Jan; 60(5) :523-33) .
Expressionsbibliotheken sind dem Fachmann bekannt, diese können nach Standardwerken, wie Sambrook et al, "Molecular Cloning, A laboratory handbook, 2nd edition (1989) , CSH press, Gold Spring Harbor, New York hergestellt werden. Weiterhin bevorzugt sind solche Expressionsbibliotheken, die gewebespezifisch sind (z.B. humanes Gewebe, insbesondere humane Organe) . Ferner sind erfindungsgemäß ebenfalls solche Expressionsbibliotheken mit eingeschlossen, die mittels exon- trapping erhalten werden können. Statt Expressionsbibliothek kann synonym von einer Expressionsbank gesprochen werden.
Weiterhin bevorzugt sind Proteinbiochips oder entsprechende Expressionsbibliotheken, die keine Redundanz aufweisen (so genannte: UnicloneO-Bibliothek) und nach den Lehren der WO 99/57311 und WO 99/57312 beispielsweise hergestellt werden können. Diese bevorzugten Uniclone- Bibliotheken weisen einen hohen Anteil an nicht-fehlerhaften vollständig exprimierten Proteinen einer cDNA-Expressionsbibliothek auf.
Im Rahmen dieser Erfindung können die Clone ebenfalls nicht abschließend solche sein, wie transformierte Bakterien, rekombinante Phagen oder transformierte Zellen von Säugern, Insekten, Pilzen, Hefen oder Pflanzen.
Die Clone werden auf einen festen Träger fixiert, gespottet oder immobilisiert. Daher betrifft die Erfindung eine Anordnung, wobei die Markersequenzen als Clone vorliegen.
Zusätzlich können die Markersequenzen in der jeweiligen Form in Form eines Fusionsproteins vorliegen, welches beispielsweise mindestens ein Affinitätsepiptop oder "Tag" enthält. Der Tag kann ein solcher sein wie wie c-myc, His-Tag, Arg-tag, FLAG, alkalische Phosphatase, V5-Tag, T7-Tag oder Strep-Tag, HAT-tag, NusA, S-tag, SBP-tag, Thioredoxin, DsbA, ein Fusionsprotein, vorzugsweise eine Cellulose-bindende Domäne, grünfluoreszierendes Protein, Maltose bindendes Protein, calmodulin-bindendes Protein, Glutathione S- transferase oder lacZ enthalten.
In sämtlichen Ausführungsformen umfasst der Begriff "fester Träger" Ausführungen wie einen Filter, eine Membran, ein magnetisches oder Fluorophor-markiertes Kügelchen, ein Silizium-Wafer, Glas, Metall, Kunststoff, ein Chip, ein massenspektrometrisches Target oder eine Matrix. Ein Filter ist jedoch erfindungsgemäß bevorzugt.
Als Filter ist weiterhin PVDF, Nitrocellulose oder Nylon bevorzugt (z.B. Immobilon P Millipore, Protran Whatman, Hybond N+ Amersham) .
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform der erfindungsgemäßen Anordnung entspricht diese einem Gitter, dass die Größenordnung einer Mikrotiterplatte (8-12 Wells Streifen, 96 Wells, 384 Wells oder mehr) , eines Silizium- Wafers, eines Chips, eines massenspektrometrischen Targets oder einer Matrix besitzt.
In einer weiteren Ausführungsform betrifft die Erfindung einen Assay oder Proteinbiochip zum Identifizieren und Charakterisieren einer Substanz für neurodegenerative Erkrankungen, dadurch gekennzeichnet, dass eine erfindungsgemäße Anordnung oder Assay mit a.) mindestens einer zu untersuchenden Substanz in Kontakt gebracht wird und b.) ein Bindungserfolg nachgewiesen wird.
Ferner betrifft die Erfindung ein Verfahren zum Identifizieren und Charakterisieren einer Substanz für neurodegenerative Erkrankungen, dadurch gekennzeichnet, dass eine erfindungsgemäße Anordnung oder Assay mit a.) mindestens einer zu untersuchenden Substanz in Kontakt gebracht wird und b.) ein Bindungserfolg nachgewiesen wird.
Die zu untersuchende Substanz kann ein beliebiges natives oder nicht-natives Biomolekül, ein synthetisches chemisches Molekül, eine Mischung oder eine Substanzbibliothek sein.
Nachdem die zu untersuchende Substanz eine Markersequenz kontaktiert, erfolgt die Auswertung des Bindungserfolges, die beispielsweise unter Verwendung mit handelsüblicher Image- Analyse Software (GenePix Pro (Axon Laboratories) , Aida (Raytest), ScanArray (Packard Bioscience) erfolgt.
Die Visualisierung erfindungsgemäßer Protein-Protein- Wechselwirkungen (z.B. Protein an Markersequenz, wie Antigen/Antikörper) oder entsprechende „Mittel zum Nachweis des Bindungserfolges" kann beispielsweise mittels Fluoresenzmarkierung, Biotiniylierung, Radio-Isotopen- Markierung oder kolloidale Gold- oder Latex-Partikel- Markierung in üblicher Weise erfolgen. Ein Nachweis von gebundenen Antikörpern erfolgt mit Hilfe von sekundären Antikörpern, die mit handelsüblichen Reportermolekülen markiert sind (z.B. Cy-, Alexa-, Dyomics, FITC- oder ähnliche Fluoreszenzfarbstoffe, , kolloidale Gold- oder Latex- Partikel) , oder mit Reporter-Enzymen wie alkalischer Phosphatase, Meerrettichperoxidase, usw. und den entsprechenden colorimetrischen, fluoreszenten oder chemolumineszenten Substraten. Eine Auslesung erfolgt z.B. mittels eines Microarray-Laserscanners, einer CCD-Kamera oder visuell . In einer weiteren Ausführungsform betrifft die Erfindung ein Arzneimittel / Wirkstoff oder Prodrug für neurodegenerative Erkrankungen entwickelt und erhältlich durch den Einsatz des erfindungsgemäßen Assays oder Proteinbiochip.
Daher betrifft die Erfindung ebenfalls die Verwendung einer erfindungsgemäßen Anordnung oder einem Assay zum Screenen von Wirkstoffen für neurodegenerative Erkrankungen.
Daher betrifft die Erfindung in einer weiteren Ausführungsform ebenfalls ein Target zur Behandlung und Therapie von neurodegenerativen Erkrankungen, jeweils ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 927, insbesondere solche jeweils aus der Gruppe SEQ 1 - 293, 294 - 664, 665-927oder jeweils ein dafür kodierendes Protein.
In einer weiteren Ausführungsform betrifft die Erfindung ebenfalls die Verwendung der erfindungsgemäßen Markersequenzen, vorzugsweise in Form einer Anordnung, als Affinitätsmaterial zur Durchführung einer Apherese bzw. iwS . einer Blutwäsche, wobei Substanzen aus Körperflüssigkeiten eines Patienten mit neurodegenerativen Erkrankungen, wie Blut oder Plasma, an die erfindungsgemäßen Markersequenzen binden und folglich der Körperflüssigkeit selektiv entzogen werden können.
Beispiele und Figuren:
Zehn oder mehr Patientenproben wurden individuell gegen eine cDNA Expressionsbibliothek gescreent. Die neurodegenerative Erkrankungen -spezifischen Expressionsklone wurden ermittelt durch einen Vergleich mit zehn oder mehr gesunden Proben. Die Identität der Markersequenzen wurde durch DNA-Sequenzierung ermittelt.
In Figur 1 wird das differentielle Screenen zwischen zwei Proteinbiochips aus jeweils einer cDNA-Expressionsbank eines Patienten und einem gesunden Probanden gezeigt. Die differentiellen Clone werden mittels Fluoresenzmarkierung nachgewiesen und bioinformatorisch ausgewertet.
Tabelle A SEQ ID / Acc. No.
1. NM _001823 39. NM_ 138559 77. NM_ _004559
2. NM_ _000969 40. NM 001409 78. NM _001018097
3. NM_ _152429 41. NM_ 032514 79. XM 001126014
4. NM_ 000968 42. NM_ 002306 80. NM_ ^001016
5. NM _024671 43. NM 002579 81. XM_ "001126126
6. NM_ _001040134 44. NM 020764 82. NM_ ^020166
7. NM_ _001024 45. NM_ _006045 83. NM_ 031454
8. NT_ _011515 46. 84. NM_ 002383
9. NM_ _001823 47. NM_ 004890 85. NM 004699
10. NM_ _004521 48. NM_ 173551 86. NM_ JL83380
11. NM_ _032514 49. NM_ 006035 87. NM_ "_014851
12. NM_ _004559 50. NM_ _019082 88. NM_ _020710
13. NW _927762 51. NM_ _004436 89.
14. NM_ _002660 52. NM_ _001002261 90. NT_ _037887
15. NW_ _927173 53. NM _001040134 91. NW_ ^926539
16. NM _022751 54. NM _181697 92. NM_ ]θO1262
17. NM _017489 55. NM_ ^001018097 93. NM_ 003758
18. NM_ _003170 56. NM_ ^002032 94. XM 001129232
19. NM_ _032364 57. NM_ _004968 95. NM _003434
20. NM _004890 58. NM_ _152705 96. NM _001006
21. NM _020753 59. XM _944677 97. NM _002741
22. NM_ [θOO969 60. NM _004712 98. NW_ [926561
23. NT_ "011109 61. NM_ _018091 99. NM^ _000127
24. NM_ _002383 62. NM_ _004559 100. NM_ 004192
25. NM _004218 63. NT^ _022135 101. NM^ _023926
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135. NM_ _001658 179. NM_ _021991 223. XM _001129992
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141. NM _005984 185. NM 002013 229. NM _016372
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419. NT _033903 463. NT _032977 507. NM __001614
420. NM _001618 464. NW _923651 508. NM _005998
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422. NT 011651 466. NM 182810 510. NM __177967 511. NM _004429 555. NW _926918 599. NM _012398
512. NM_ _181471 556. NM_ 030907 600. NM_ _000034
513. NM _004788 557. NM_ 001810 601. NM_ 182810
514. NM_ _001034024 558. NW_ "924884 602. NM_ [θO5891
515. XM_ _001127831 559. NT [θO7592 603. NM [θ3218O
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521. NM_ 002778 565. NM _004615 609. NM_ 152992
522. NM_ _005146 566. NM 002095 610. NM_ [θO4181
523. NM_ _001009813 567. NM _002741 611. NM_ [198901
524. NM_ _005586 568. NM _023009 612. NW_ [927384
525. NM _001959 569. NM 001961 613. NM_ [θ32447
526. NM_ _014780 570. NM 004870 614. NM 019843
527. XM_ _001128413 571. NM_ _001958 615. NT 011726
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529. NM _001033677 573. NM_ 016645 617. NT_ 010966
530. NM_ _032932 574. NM_ _006841 618. XM_ _001133009
531. NM_ _006223 575. NM_ [θO58O5 619. NM_ [θ3351O
532. NM_ _032451 576. NM 032119 620. NM [θOO136
533. XM _936897 577. NT_ _006238 621. NT 011387
534. NM_ _016175 578. NM_ _170750 622. NM_ 001794
535. NM _004544 579. NM [θl4713 623. NT_ [θ37887
536. NM_ _001183 580. NM _016292 624. NT_ [011520
537. NM_ _005918 581. NM _001678 625. NM_ [oonoi
538. NM _018061 582. NW_ _922496 626. NM_ [203462
539. NT_ _030188 583. NM_ 006642 627. NW 926528
540. NM_ _178012 584. NM_ 019613 628. NM 005801
541. NM _001614 585. XM_ 943869 629. NM_ 001614
542. NM_ _007368 586. NT_ 024871 630. NT_ _010663
543. NM _182810 587. NM_ 173519 631. NT_ _113906
544. NM _005334 588. NM_ 207356 632. NM_ _001002
545. NM_ _016841 589. NM_ 178012 633. NT_ _032977
546. NM_ _001002 590. NM_ 184041 634. XM_ _001129992
547. NW_ _922162 591. NM_ _184041 635. NM_ _022756
548. NM_ _001961 592. NM_ _005726 636. NM_ 018723
549. NM_ _002949 593. NT_ 029419 637. NM_ _004445
550. NM_ _005998 594. NM_ _001006938 638. NM _005053
551. NM_ _184041 595. NM_ _178012 639. NM_ _014713
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818. NM 006045 862. NM 002743 906. NM 198155 907. NT__037887
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921. NM 024888
922. NM_ _006963
923. NM__ 018083
924. NM_ 000967
925. NM _006003
926. NM_ _016264
927. NM 000975

Claims

Patentansprüche
1. Verwendung von Markersequenzen zur Diagnose von neurodegenerativen Erkrankungen, insbesondere Morbus Alzheimer, Morbus Parkinson, Amyotrophische Lateralsklerose (ALS), Morbus Huntington ('s Chorea) und/oder Morbus Pick, wobei mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 927 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon an oder von einem zu untersuchenden Patienten bestimmt wird.
2. Verwendung von Markersequenzen zur Diagnose von neurodegenerativen Erkrankungen, insbesondere Morbus Parkinson, wobei mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 293 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon an oder von einem zu untersuchenden Patienten bestimmt wird.
3. Verwendung von Markersequenzen zur Diagnose von neurodegenerativen Erkrankungen, insbesondere Morbus Alzheimer, wobei mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 294 - 664 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon an oder von einem zu untersuchenden Patienten bestimmt wird.
4. Verwendung von Markersequenzen zur Diagnose von neurodegenerativen Erkrankungen, insbesondere Morbus Huntington ('s Chorea) und/oder Morbus Pick, wobei mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 665 - 927 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon an oder von einem zu untersuchenden Patienten bestimmt wird.
5. Verwendung der Markersequenzen zur Diagnose von neurodegenerativen Erkrankungen nach einem der Ansprüche 1 bis 4, dadurch gekennzeichnet, mindestens 2 bis 5 oder 10, vorzugsweise 30 bis 50 Markersequenzen oder 50 bis 100 oder mehr Markersequenzen an oder von einem zu untersuchenden Patienten bestimmt wird.
6. Verwendung der Markersequenzen zur Diagnose von neurodegenerativen Erkrankungen nach einem der Ansprüche 1 bis 5, dadurch gekennzeichnet, dass die Bestimmung mittels in-vitro Diagnose erfolgt.
7. Verwendung einer Markersequenz einer cDNA jeweils ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 927 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon als Diagnostikum.
8. Verwendung der Markersequenzen zur Diagnose von neurodegenerativen Erkrankungen nach einem der vorhergehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, dass die Markersequenzen auf einem festen Träger aufgebracht werden, insbesondere einen Filter, eine Membran, ein magnetisches oder Fluorophor-markiertes Kügelchen, ein Silizium-Wafer, Glas, Metall, Kunststoff, ein Chip, ein massenspektrometrisches Target oder eine Matrix.
9. Verfahren zur Diagnose von neurodegenerativen Erkrankungen, wobei a.) mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 927 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon auf einem festen Träger aufgebracht wird und b.) mit Körperflüssigkeit oder Gewebeauszug eines Patienten in Kontakt gebracht wird und c.) der Nachweis einer Wechselwirkung der Körperflüssigkeit oder Gewebeauszug mit den Markersequenzen aus a.) erfolgt.
10. Verfahren zum Stratifizieren, insbesondere zur Risikostratifizierung, oder zur Therapiesteuerung eines Patienten mit neurodegenerativen Erkrankungen, wobei mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 927 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon an oder von einem zu untersuchenden Patienten bestimmt wird.
11. Verfahren nach Anspruch 10, wobei das Stratifizieren oder die Therapiesteuerung Entscheidungen zur Behandlung und Therapie des Patienten, insbesondere Hospitalisierung des Patienten, Einsatz, Wirkung und / oder Dosierung eines oder mehrerer Arzneimittel, eine therapeutische Maßnahme oder die Überwachung eines Krankheitsverlaufes sowie Therapieverlauf, Ätiologie oder Klassifizierung einer Erkrankung samt Prognose umfasst .
12. Anordnung von Markersequenzen enthaltend mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 927 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein.
13. Anordnung nach Anspruch 12, dadurch gekennzeichnet, dass mindestens 2 bis 5 oder 10, vorzugsweise 30 bis 50 Markersequenzen oder 50 bis 100 oder mehr Markersequenzen enthalten sind.
14. Anordnung nach Anspruch 12, dadurch gekennzeichnet, dass die Markersequenzen als Clone vorliegen.
15. Assay, Proteinbiochip bestehend aus einer Anordnung nach Anspruch 12, dadurch gekennzeichnet, dass die Markersequenzen auf einem festen Träger aufgebracht sind.
16. Verwendung einer Anordnung nach einem der Ansprüche 12 bis 14 oder einem Assay nach Anspruch 15 zum Identifizieren und Charakterisieren einer Substanz für neurodegenerative Erkrankungen enthaltend Mittel zum Nachweis eines Bindungserfolges, dadurch gekennzeichnet, dass eine Anordnung oder Assay mit a.) mindestens einer zu untersuchenden Substanz in Kontakt gebracht wird und b.) ein Bindungserfolg nachgewiesen wird.
17. Verwendung einer Anordnung nach einem der Ansprüche 12 bis 14 oder einem Assay nach Anspruch 15 zum Screenen von Wirkstoffen für neurodegenerative Erkrankungen.
18. Diagnostika zur Diagnose von neurodegenerativen Erkrankungen, jeweils ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 927 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon.
19. Target zur Behandlung und Therapie von neurodegenerativen Erkrankungen, jeweils ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 927 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon.
20. Verwendung einer Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 927 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon als Affinitätsmaterial zur Durchführung einer Apherese oder Blutwäsche für Patienten mit neurodegenerativen Erkrankungen.
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Families Citing this family (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2009030226A2 (de) * 2007-09-03 2009-03-12 Protagen Ag Markersequenzen für rheumatoide arthritis und deren verwendung
US20130029864A1 (en) * 2009-10-01 2013-01-31 Protagen Aktiengesellschaft Biomarkers for alzheimer's disease
EP2441848A1 (de) * 2010-10-12 2012-04-18 Protagen AG Markersequenzen für systemischer Lupus Erythematodes und deren Verwendung
EP2487251A1 (de) 2011-02-13 2012-08-15 Protagen AG Markersequenzen für die Diagnose von Prostatakarzinom und deren Verwendung
CN108034707B (zh) * 2017-12-06 2019-01-08 北京泱深生物信息技术有限公司 Spag7基因在制备老年痴呆诊断制剂中的应用

Family Cites Families (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE1073770T1 (de) 1998-04-30 2002-07-04 Max Planck Gesellschaft Neuartiges Verfahren zur Identifizierung von Klonen mit einer gewünschten Biologischen Eigenschaft, ausgehend von einer Expressionsgenbank (2001/06)
WO1999057312A1 (en) 1998-04-30 1999-11-11 MAX-PLANCK-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. New method for the selection of clones of an expression library involving rearraying
US7960334B2 (en) * 2003-03-12 2011-06-14 Ramot At Tel-Aviv University Ltd. Use of ADNF III polypeptides for treating mental diseases and disorders, including schizophrenia
US20040229225A1 (en) * 2003-05-16 2004-11-18 Jose Remacle Determination of a general three-dimensional status of a cell by multiple gene expression analysis on micro-arrays
JP2005132738A (ja) * 2003-10-28 2005-05-26 Protein Express:Kk アルツハイマー病のタンパク質分子レベルにおける検出方法
WO2005054508A2 (en) * 2003-12-01 2005-06-16 Ipsogen Gene expression profiling of colon cancer by dna microarrays and correlation with survival and histoclinical parameters
EP2251695B1 (de) * 2003-12-23 2013-07-17 Mount Sinai Hospital Corporation Mit endometrialer krankheit assoziierte marker
EP1711632A4 (de) * 2004-01-19 2009-03-11 Technion Res & Dev Foundation Diagnostischer test für parkinson
GB0512401D0 (en) * 2005-06-17 2005-07-27 Randox Lab Ltd Method

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* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
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