EP2622350A2 - Markersequenzen für multiple sklerose und deren verwendung - Google Patents

Markersequenzen für multiple sklerose und deren verwendung

Info

Publication number
EP2622350A2
EP2622350A2 EP11779356.2A EP11779356A EP2622350A2 EP 2622350 A2 EP2622350 A2 EP 2622350A2 EP 11779356 A EP11779356 A EP 11779356A EP 2622350 A2 EP2622350 A2 EP 2622350A2
Authority
EP
European Patent Office
Prior art keywords
homo sapiens
protein
multiple sclerosis
marker sequences
seq
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Withdrawn
Application number
EP11779356.2A
Other languages
English (en)
French (fr)
Inventor
Angelika Lueking
Axel Kowald
Heike GÖHLER
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Protagen GmbH
Original Assignee
Protagen GmbH
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Protagen GmbH filed Critical Protagen GmbH
Priority to EP11779356.2A priority Critical patent/EP2622350A2/de
Publication of EP2622350A2 publication Critical patent/EP2622350A2/de
Withdrawn legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/46—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
    • C07K14/47—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
    • C07K14/4701—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals not used
    • C07K14/4713—Autoimmune diseases, e.g. Insulin-dependent diabetes mellitus, multiple sclerosis, rheumathoid arthritis, systemic lupus erythematosus; Autoantigens
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6854—Immunoglobulins
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/28—Neurological disorders
    • G01N2800/285—Demyelinating diseases; Multipel sclerosis

Definitions

  • the present invention relates to novel marker sequences for multiple sclerosis and their diagnostic use, including a method for screening potential drugs for multiple sclerosis disorders by means thereof
  • the invention relates to a
  • diagnostic device containing such marker sequences for multiple sclerosis, in particular a protein biochip and its use.
  • Protein biochips are gaining an increasing industrial
  • Protein biochips require the necessary proteins to be available. In particular,
  • GATEWAY recombinational cloning application to the cloning of large numbers of open reading frames or ORFeems. Methods Enzymol, 328, 575-592).
  • ORFeems open reading frames
  • Methods Enzymol, 328, 575-592 are strongly related to the progress of genome sequencing projects and the annotation of these gene sequences.
  • determination of the expressed sequence is due
  • the cDNA of a particular tissue in a bacterial or a eukaryotic expression vector, such as yeast, is cloned.
  • the vectors used for the expression are generally characterized by the fact that they carry inducible promoters, with which the timing of protein expression can be controlled.
  • expression vectors have sequences for so-called
  • Affinity epitopes or proteins on the one hand for the specific detection of the recombinant fusion proteins by means of a directed against the affinity epitope
  • Antibody on the other hand becomes the specific one
  • the object of the present invention is to provide improved marker sequences and their diagnostic
  • the invention relates to the use of
  • Marker sequences for the diagnosis of multiple sclerosis wherein at least one marker sequence of a cDNA selected from the group SEQ 1-308 or in each case a protein coding therefor or in each case a partial sequence or fragment thereof
  • marker sequences according to the invention to or from a patient to be examined.
  • an improved bioinformatic evaluation is strained and the samples are particularly preferably taken from the cerebrospinal fluid (CSF).
  • CSF cerebrospinal fluid
  • specially selected samples are used that meet the high sensitivity of a protein biochip.
  • multiple sclerosis (MS), also encephalomyelitis disseminata) refers to an autoimmune inflammatory /
  • demyelinating and degenerative disease of central nervous system disease (definition, for example, according to Pschyrembel, de Gruyter, 261st edition (2007), Berlin).
  • Essential to the invention is that the samples are not taken from conventional blood banks, but from MS patients
  • the complex sample selection method allows, for example, a sufficient advantageous delimitation of diseases such as MS symptom-like neuroborelliosis. Furthermore, false-positive results are excluded, on the one hand due to the strict bioinformatory evaluation (see examples) and by comparing the results on a protein biochip according to the invention with eg sera from Neuroborelliosis patients who do not have multiple sclerosis
  • the invention therefore also relates to such indication-specific protein biochips according to the invention for the diagnosis of
  • Sclerosis patients can be normalized and in this way false-positive proteins can be removed. Remaining non-false positive proteins can be reassembled on a protein biochip, called rearraying. This also allows the exclusion of autoantibodies that are positive for E. coli. This is another qualitative
  • the marker sequences according to the invention can also be combined, supplemented or extended with known biomarkers for this indication.
  • the determination of the marker sequences takes place outside the human body and the determination is made in an ex vivo / in vitro diagnosis.
  • the invention relates to the use of marker sequences as diagnostics, wherein at least one marker sequence of a cDNA is selected from the group SEQ 1-308 or in each case a protein coding therefor or in each case a partial sequence or fragment thereof.
  • the invention relates to a method for the diagnosis of multiple sclerosis, where a.) At least one marker sequence of a cDNA selected from the group SEQ 1-308 or a protein coding therefor, or a partial sequence or fragment thereof is applied to a solid support and b .) with body fluid or tissue extract one
  • the invention also relates to diagnostics for
  • the detection of such an interaction can, for example, by a probe, in particular by an antibody
  • the invention also relates to the task of providing a diagnostic device or an assay, in particular a protein biochip, which allows a diagnosis or examination for multiple sclerosis. Furthermore, the invention relates to a method for
  • Stratify in particular for risk stratification and / or therapy control of a patient with multiple sclerosis, wherein at least one marker sequence of a cDNA selected from the group SEQ 1 - 308 or in each case a protein coding therefor is determined on a patient to be examined.
  • therapy control also includes the classification of patients into responders and non-responders with regard to a therapy or its course of therapy.
  • Diagnosis in the sense of this invention means the positive finding of multiple sclerosis by means of
  • Marker sequences of the invention and the assignment of patients to the disease of multiple sclerosis.
  • diagnosis includes medical diagnostics and
  • diagnosis also includes the
  • the term "stratification" includes in particular the
  • patient means any subject - human or mammal - with the proviso that the subject is being examined for multiple sclerosis.
  • marker sequences in the sense of this invention means that the cDNA or the respective polypeptide or protein obtainable therefrom are significant for multiple sclerosis
  • the cDNA or the respectively obtainable polypeptide or protein can interact with substances from the body fluid or tissue extract of a Patients with multiple sclerosis (eg antigen
  • At least one marker sequence of a cDNA selected from the group SEQ 1-308 or in each case a protein coding for it or in each case a partial sequence or fragment thereof on a patient to be examined is determined" that an interaction between the body fluid or tissue extract of a patient and the marker sequences according to the invention is detected.
  • Such an interaction is, for example, a bond, in particular a binding substance on at least one marker sequence according to the invention or, in the case of a cDNA, the hybridization with a suitable substance under selected conditions, in particular stringent
  • Hybridization conditions are: hybridization in 4 x SSC at 65 ° C (alternatively in 50% formamide and 4X SSC at 42 ° C), followed by several washes in 0.1 x SSC at 65 ° C for a total of about one hour.
  • An example of less stringent hybridization conditions is hybridization in 4 x SSC at 37 ° C, followed by several washes in 1 x SSC at room temperature. Such substances are part of a component according to the invention
  • Body fluid in particular blood, whole blood, blood plasma, blood serum, patient serum, urine, cerebrospinal fluid, synovial fluid or a tissue extract of the patient.
  • the marker sequences according to the invention may be present in a significantly higher or lower expression rate or concentration, which points to multiple sclerosis.
  • the relative expression rates sick / healthy of the invention may be present in a significantly higher or lower expression rate or concentration, which points to multiple sclerosis.
  • the marker sequences for multiple sclerosis.
  • the marker sequences have a recognition signal which is addressed to the substance to be bound (for example antibodies,
  • the recognition signal is preferably an epitope and / or paratope and / or hapten and, for a cDNA, a hybridization or hybridization protein
  • the marker sequences of the invention are the subject of Table A and can by the respective cited
  • the invention also relates to the full-length sequences of the markers according to the invention and as defined in Table A on the known database entry, hereinafter called SEQ -308a (cDNA) or SEQ ID-308b (protein).
  • SEQ. 1-308 again represent partial sequences, at least with high homology.
  • marker sequences SEQ 1-308 are according to the invention.
  • marker sequences also include such modifications of the cDNA sequence and the corresponding
  • Amino acid sequence such as chemical modification, such as
  • marker sequences In particular, those partial sequences which have an identity of 95%, 90%, in particular 80% or 70% with the marker sequences according to the invention.
  • Partial sequences are also those sequences which have 50 to 100 nucleotides, 70-120 nucleotides of a sequence of SEQ 1-308, or peptides obtainable therefrom.
  • Marker sequences are functionally defined and include those sequences which have the same inventive diagnostic function.
  • Marker sequence can be represented in different amounts in one or more areas on a solid support. This allows a variation of the sensitivity.
  • the regions may each comprise a total of marker sequences, i. a sufficient number of different marker sequences, in particular 2 to 5 or 10 or more and optionally further nucleic acids and / or proteins, in particular biomarkers.
  • Biomarkers Further preferred are more than 2,500, more preferably 10,000 or more different or the same
  • Marker sequences and optionally other nucleic acids and / or proteins, in particular biomarkers are optionally other nucleic acids and / or proteins, in particular biomarkers.
  • Another object of the invention relates to an array of marker sequences containing at least one marker sequence a cDNA selected from the group SEQ 1-308 or in each case a protein coding therefor.
  • the group SEQ 1-308 or in each case a protein coding therefor.
  • “arrangement” synonymously means “array” and insofar as this "array” is used to identify substances on marker sequences, this is to be understood as meaning an “assay” or a diagnostic device.
  • the arrangement is designed such that those represented on the assembly
  • Marker sequences are in the form of a grid on a solid support. Furthermore, such arrangements are preferred which include a high density array of protein binders
  • Such high density spotted assemblies are disclosed, for example, in WO 99/57311 and WO 99/57312, and may be advantageously used in a robotic automated high throughput method.
  • test or diagnostic device also includes such
  • Embodiments of a device such as ELISA, bead-based assay, line assay, Western blot, immunochromatographic
  • Invention is the systematic arrangement of proteins on a solid support.
  • the marker sequences of the assembly are fixed to a solid support, but preferably spotted or immobilized imprinted, ie applied reproducible.
  • One or more marker sequences can be present multiple times in the totality of all marker sequences and be present in different amounts relative to one spot.
  • the marker sequences can be standardized on the solid support (eg by serial dilution series of eg
  • the invention relates to an assay or protein biochip consisting of an array containing marker sequences according to the invention.
  • the marker sequences are present as clones.
  • Such clones can be obtained, for example, by means of a cDNA expression library according to the invention (Büssow et al., 1998 (supra)).
  • such expression libraries become
  • Obtained marker sequences are obtained. These expression vectors preferably contain inducible promoters. The induction of
  • Expression can e.g. by means of an inductor, such as IPTG.
  • IPTG inductor
  • Suitable expression vectors are described in Terpe et al. (Terpe T Appl Microbiol Biotechnol 2003 Jan; 60 (5): 523-33).
  • Expression libraries are known to the person skilled in the art, these can be prepared according to standard works, such as Sambrook et al., Molecular Cloning, Laboratory Handbook, 2nd edition (1989), CSH press, Cold Spring Harbor, New York Further preferred are such expression libraries
  • tissue specific eg human tissue, in particular human organs
  • expression libraries are also included according to the invention, which can be obtained by exon trapping. Instead of expression library can be spoken synonymously from an expression bank.
  • protein biochips or corresponding expression libraries which have no redundancy (so-called: Uniclone® library) and can be prepared, for example, according to the teachings of WO 99/57311 and WO 99/57312. These preferred Uniclone libraries have a high content of non-defective, fully expressed proteins of a cDNA expression library.
  • the clones may not be such as transformed bacteria, recombinant phage or transformed cells of mammals, insects, fungi, yeasts or plants.
  • the clones are fixed on a solid support, spotted or immobilized.
  • the invention relates to an arrangement, wherein the
  • Marker sequences are present as clones.
  • the marker sequences may be in the form of a fusion protein in the particular form
  • At least one affinity epipope or "tag” contains.
  • the tag may be one such as c-myc, His-tag, Arg-tag, FLAG, alkaline phosphatase, V5 tag, T7 tag or Strep tag, HAT tag, NusA, S-tag, SBP tag , Thioredoxin, DsbA, a fusion protein, preferably a cellulose-binding one
  • solid support includes embodiments such as a filter, a membrane, a magnetic or fluorophore-labeled bead
  • Silicon wafer, glass, metal, plastic, a chip, a mass spectrometric target or a matrix Silicon wafer, glass, metal, plastic, a chip, a mass spectrometric target or a matrix.
  • a filter is preferred according to the invention.
  • the filter is PVDF, nitrocellulose or nylon (e.g., Immobilon P Millipore, Protran Whatman, Hybond N + Amersham).
  • nitrocellulose e.g., Immobilon P Millipore, Protran Whatman, Hybond N + Amersham.
  • this corresponds to a grid having the order of a microtiter plate (8-12 wells strips, 96 wells, 384 wells or more), a silicon wafer, a chip, a mass spectrometric target or a matrix.
  • the invention relates to an assay or protein biochip for identifying and
  • Characterizing a substance for multiple sclerosis characterized in that an arrangement or assay according to the invention is brought into contact with a.) At least one substance to be investigated and b.) A binding success is detected.
  • the invention relates to a method for identifying and characterizing a substance for multiple sclerosis, characterized in that an arrangement or assay according to the invention is brought into contact with a.) At least one substance to be investigated and b.) A binding success
  • the substance to be tested may be any native or non-native biomolecule, a synthetic chemical
  • Antigen / antibody or corresponding "means for detecting the binding success" can, for example, by means of
  • reporter enzymes such as alkaline
  • a readout is e.g. by means of a microarray laser scanner, a CCD camera or visually.
  • the invention relates to a drug / prodrug or prodrug developed for multiple sclerosis and obtainable through the use of the
  • the invention also relates to the use of an arrangement according to the invention or an assay for the screening of drugs for multiple sclerosis.
  • the invention also relates to a target for the treatment and therapy of multiple sclerosis, each selected from the group SEQ 1-308 or in each case a protein coding therefor.
  • the invention also relates to the use of the invention
  • Marker sequences preferably in the form of an arrangement, as
  • Affinity material for performing an apheresis or iwS. a blood wash wherein substances from body fluids of a patient with multiple sclerosis, such as blood or plasma, bind to the marker sequences of the invention and thus the body fluid can be selectively withdrawn.
  • Ten or more patient samples were individually screened against a cDNA expression library. Multiple sclerosis specific expression clones were identified by comparison with ten or more healthy samples. The identity of the marker sequences was determined by DNA sequencing.
  • FIG. 1 shows the differential screening between two protein biochips from in each case one cDNA expression bank of a patient and one healthy subject.
  • Differential clones are detected by fluorescence labeling and evaluated bioinformatorisch.
  • bioinformatic analyzes In the context of biomarker identification various bioinformatic analyzes are carried out. For each serum, microarray reactivities against about 2000 measured different antigens. These data are used for a ranking of the spotted antigens regarding their
  • Intensity data performed.
  • an internal standard is used, which is spotted on each chip. Since a p-value is calculated for each antigen, methods for correcting the multiple testing are used. As a very conservative approach, a Bonferroni correction is performed and, in addition, the less restrictive False Discovery Rate (FDR) is calculated according to Benjamini & Hochberg.
  • FDR False Discovery Rate
  • the data are used to classify the sera.
  • different multivariate methods are used. These are methods from the statistical
  • Threshold method which is suitable for both classification and visual representation of the data. To avoid overfitting, a 10-fold cross-validation of the data is performed.
  • RNA exonuclease 1 homologue [Homo sapiens]
  • Plasminogen activator inhibitor 1 RNA-binding gi
  • tubulointerstitial nephritis antigen-like 1 [Homo gi
  • rho guanine nucleotide exchange factor 7 isoform a gi
  • gi 5902122 gi 197381953 spectrin beta chain brain 2 [Homo sapiens] gi 23618848 gi 56676380 protein SYS1 homolog isoform a [Homo sapiens] gi 83641870 gi 262331549 nucleophosmin isoform 3 [Homo sapiens] gi 541 12429 gi 541 12428 dedicator of cytokinesis protein 7 [ Homo sapiens] dnaJ homologous subfamily B member 1 [Homo gi
  • angio-associated migratory cell protein [Homo gi
  • nuclease-sensitive element-binding protein 1 [Homo gi
  • ubiquitin-associated protein 1 isoform 1 [Homo gi
  • nuclease-sensitive element-binding protein 1 [Homo gi
  • Immunoglobulin heavy chain variable region [Homo gi
  • gi 22027541 gi 22027540 programmed cell death protein 7 [Homo sapiens] ubiquitin-60S ribosomal protein L40 precursor gi
  • 34147354 Homo sapiens
  • amyloid beta A4 protein isoform b precursor [Homo gi
  • tumor necrosis factor receptor superfamily member gi
  • CD97 Homo sapiens CD97 molecule (CD97); transcript gi 117978489 gi
  • glial fibrillary acidic protein isoform 1 [Homo gi
  • HLA class II histocompatibility antigen DQ beta 1 gi 1150418002 gi 1150418001 chain precursor [Homo sapiens]
  • 28610150 [Homo sapiens] gi 1 19703755 gi 1 19703754 laminin; beta 2 precursor [Homo sapiens].
  • Homo sapiens protein tyrosine phosphatase Homo sapiens protein tyrosine phosphatase
  • Cytoplasmic FMR1 interacting protein 2 [Homo gi
  • interleukin-23 subunit alpha precursor [Homo gi
  • dysbindin domain-containing protein 2 isoform b gi 11 15299754 gi 11 15299753 [Homo sapiens]
  • metastasis-associated protein MTA1 [Homo gi
  • TNFAIP3-interacting protein 2 isoform 1 [Homo gi
  • interleukin-12 subunit alpha precursor [Homo gi
  • interleukin-12 subunit beta precursor [Homo gi
  • neurofascin isoform 4 precursor [Homo sapiens]
  • gi 17158044 gi 17158043 ribosomal protein S6 [Homo sapiens]
  • DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptides 50 gi
  • gi 166063995 gi 166063994 general transcription factor INA [Homo sapiens] gi 72534684 gi 166197669 phospholipase D family, member 3 [Homo sapiens] gi 14591909 gi 71772259 ribosomal protein L5 [Homo sapiens]
  • GIY-YIG domain containing 2 isoform 1 [Homo gi 113129004 gi
  • nucleoside diphosphate kinase B [Homo sapiens] ubiquitin-conjugating enzyme E2M (UBC12 gi
  • SH2 domain-containing adapter protein B [Homo gi
  • heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 [Homo gi
  • nuclease-sensitive element-binding protein 1 [Homo gi
  • A-kinase anchor protein 1 precursor [Homo gi 14502015 gi 1109637793 sapiens]
  • endoplasmic reticulum protein 29 isoform 1 gi
  • GTP-binding protein PTD004 isoform 2 [Homo gi
  • chromosome 12 open reading frame 51 [Homo gi 1157885806 gi 1157885805 sapiens]
  • interleukin enhancer binding factor 2 [Homo gi
  • DEAD (Asp-Glu-Ala-As) box polypeptides 19 isoform gi
  • RNA binding protein [Homo sapiens] trinucleotides repeat containing 4, isoform CRA_a gi
  • F-box and leucine-rich repeat protein 15 [Homo gi
  • gi 122937289 gi 122937288 kinesin family member 18B [Homo sapiens] gi 155029542 gi 155029541 BEN domain containing 7 isoform 1 [Homo sapiens] guanine nucleotide-binding protein, beta-1 subunit gi
  • B-cell CLL / lymphoma 1 1 B isoform 2 [Homo gi 112597635 gi 112597634 sapiens]
  • cyclin-dependent kinase inhibitor 2C (p18, inhibits gi
  • ADP-ribosylation factor-like protein 16 [Homo gi
  • myosin, heavy polypeptide 9, non-muscle [Homo gi 112667788 gi

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Diabetes (AREA)
  • Rehabilitation Therapy (AREA)
  • Rheumatology (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Abstract

Die vorliegende Erfindung betrifft neue Markersequenzen für Multiple Sklerose und deren diagnostische Verwendung samt einem Verfahren zum Screenen von potentiellen Wirkstoffen für Multiple Sklerose - Erkrankungen mittels dieser Markersequenzen. Ferner betrifft die Erfindung eine diagnostische Vorrichtung enthaltend solche Markersequenzen für Multiple Sklerose, insbesondere ein Proteinbiochip und dessen Verwendung.

Description

Markersequenzen für Multiple Sklerose und deren Verwendung
Beschreibung
Die vorliegende Erfindung betrifft neue Markersequenzen für Multiple Sklerose und deren diagnostische Verwendung samt einem Verfahren zum Screenen von potentiellen Wirkstoffen für Multiple Sklerose - Erkrankungen mittels dieser
MarkerSequenzen . Ferner betrifft die Erfindung eine
diagnostische Vorrichtung enthaltend solche Markersequenzen für Multiple Sklerose, insbesondere einen Proteinbiochip und dessen Verwendung.
Proteinbiochips gewinnen eine zunehmende industrielle
Bedeutung in der Analytik und Diagnostik sowie in der
Pharmaentwicklung . Proteinbiochips haben sich als
Screeninginstrumente etabliert.
Hierbei wird die schnelle und hochparallele Detektion einer Vielzahl spezifisch bindender Analysemoleküle in einem
einzigen Experiment ermöglicht. Zur Herstellung von
Proteinbiochips ist es erforderlich, die benötigten Proteine zur Verfügung zu haben. Hierzu haben sich insbesondere
Protein-Expressionsbibliotheken etabliert. Die Hochdurchsat z- Klonierung von definierten offenen Leserahmen ist eine
Möglichkeit (Heyman, J.A., Cornthwaite, J., Foncerrada, L . , Gilmore, J.R., Gontang, E., Hartman, K.J., Hernandez, C.L., Hood, R., Hull, H.M., Lee, W.Y., Marcil, R., Marsh, E.J., Mudd, K.M., Patino, M.J., Purcell, T.J., Rowland, J.J.,
Sindici, M.L. and Hoeffler, J.P. (1999) Genome-scale cloning and expression of individual open reading frames using
topoisomerase I-mediated ligation. Genome Res, 9, 383-392;
Kersten, B., Feilner, T., Kramer, A., Wehrmeyer, S., Possling, A., Witt, I., Zanor, M.I., Stracke, R., Lueking, A., Kreut zberger , J., Lehrach, H. and Cahill, D.J. (2003)
Generation of Arabidopsis protein chip for antibody and serum Screening. Plant Molecular Biology, 52, 999-1010; Reboul, J., Vaglio, P., Rual, J.F., Lamesch, P., Martinez, M., Armstrong,
C. M., Li, S., Jacotot, L., Bertin, N . , Janky, R., Moore, T., Hudson, J.R., Jr . , Hartley, J.L., Brasch, M.A., Vandenhaute, J., Boulton, S., Endress, G.A., Jenna, S., Chevet, E.,
Papasotiropoulos , V., Tolias, P.P., Ptacek, J., Snyder, M., Huang, R., Chance, M.R., Lee, H., Doucette-Stamm, L., Hill,
D. E. and Vidal, M. (2003) C. elegans ORFeome ersion 1.1:
experimental verification of the genome annotation and
resource for proteome-scale protein expression. Nat Genet , 34, 35-41.; Walhout, A.J., Temple, G.F., Brasch, M.A., Hartley, J.L., Lorson, M.A., van den Heuvel, S. and Vidal, M. (2000)
GATEWAY recombinational cloning: application to the cloning of large numbers of open reading frames or ORFeomes. Methods Enzymol , 328, 575-592) . Allerdings hängt ein solcher Ansatz stark mit dem Fortschritt der Genom-Sequenzierungsprojekte und der Annotierung dieser Gensequenzen zusammen. Darüber hinaus ist die Bestimmung der exprimierten Sequenz aufgrund
differenzieller Spleißvorgänge nicht immer eindeutig. Dieses Problem kann durch die Anwendung von cDNA-
Expressionsbibliotheken umgangen werden (Büssow, K., Cahill, D., Nietfeld, W., Bancroft, D., Scherzinger, E., Lehrach, H. and Walter, G. (1998) A method for global protein expression and antibody Screening on high-density filters of an arrayed cDNA library. Nucleic Acids Research, 26, 5007-5008; Büssow, K., Nordhoff, E., Lübbert, C, Lehrach, H. and Walter, G.
(2000) A human cDNA library for high-throughput protein expression Screening. Genomics, 65, 1-8; Holz, C, Lueking, A., Bovekamp, L., Gut jähr, C, Bolotina, N., Lehrach, H. and Cahill, D.J. (2001) A human cDNA expression library in yeast enriched for open reading frames. Genome Res, 11, 1730-1735; Lueking, A., Holz, C, Gotthold, C, Lehrach, H. and Cahill, D. (2000) A System for dual protein expression in Pichia pastoris and Escherichia coli, Protein Expr. Purif. , 20, 372- 378) . Hierbei wird die cDNA eines bestimmten Gewebes in einen bakteriellen oder einen eukaryotischen Expressionsvektor, wie z.B. Hefe, einkloniert. Die für die Expression verwendeten Vektoren zeichnen sich im Allgemeinen dadurch aus, dass sie induzierbare Promotoren tragen, mit denen sich der Zeitpunkt der Proteinexpression steuern lässt. Darüber hinaus weisen Expressionsvektoren Sequenzen für so genannte
Affinitätsepitope oder -proteine auf, die zum einen den spezifischen Nachweis der rekombinanten Fusions-Proteine mittels eines gegen das Affinitätsepitop gerichteten
Antikörpers erlauben, zum anderen wird die spezifische
Aufreinigung über Affinitätschromatographie (IMAC) ermöglicht.
Beispielsweise wurden die Genprodukte einer cDNA- Expressionsbibliothek aus humanem fötalem Hirngewebe in dem bakteriellen Expressionssystem Escherichia coli im Hochdichte- Format auf einer Membran angeordnet und konnten erfolgreich mit unterschiedlichen Antikörpern gescreent werden. Es konnte gezeigt werden, dass der Anteil an Volllänge-Proteinen bei mindestens 66% liegt. Die rekombinanten Proteine aus
Expressionsbibliotheken konnten darüber hinaus im
Hochdurchsatz exprimiert und aufgereinigt werden (Braun P., Hu, Y., Shen, B., Halleck, A., Koundinya, M., Harlow, E. and LaBaer, J. (2002) Proteome-scale purification of human
proteins from bacteria. Proc Natl Acad Sei U S A, 99, 2654- 2659; Büssow (2000) supra; Lueking, A., Horn, M., Eickhoff, H., Büssow, K., Lehrach, H. and Walter, G. (1999) Protein microarrays for gene expression and antibody Screening.
Analytical Biochemistry, 21Q, 103-111) . Solche Proteinbiochips auf der Basis von cDNA-Expressionsbibliotheken sind
insbesondere Gegenstand der WO 99/57311 und WO 99/57312. Ferner sind neben Antigen-präsentierenden Proteinbiochips ebenfalls Antikörper-präsentierende Anordnungen beschrieben (Lal et al (2002) Antibody arrays : An embryonic but rapidly growing technology, DDT, 7, 143-149; Kusnezow et al . (2003), Antibody microarrays: An evaluation of production parameters, Proteomics, 3, 254-264) .
Es besteht jedoch ein hohes Bedürfnis indikationsspezifische diagnostische Vorrichtungen, wie einen Proteinbiochip,
bereitzustellen .
Die Aufgabe der vorliegenden Erfindung ist die Bereitstellung von verbesserten Markersequenzen und deren diagnostische
Verwendung zur Behandlung von Multiple Sklerose.
Die Bereitstellung von spezifischen MarkerSequenzen erlaubt eine sichere Diagnose und Stratifizierung von Patienten mit Multiple Sklerose, insbesondere mittels eines Proteinbiochips. Daher betrifft die Erfindung die Verwendung von
MarkerSequenzen zur Diagnose von Multiple Sklerose, wobei mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 308 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon
(nachstehend: erfindungsgemäße Markersequenzen) an oder von einem zu untersuchenden Patienten bestimmt wird.
Die erfindungsgemäßen MarkerSequenzen konnten mittels
differentiellem Screenen von Proben und zwar gesunder Probanden mit Patientenproben mit Multiple Sklerose identifiziert werden.
Hierbei konnten erstmals mittels Proteinbiochips (siehe
Beispiele) diese erfindungsgemäßen Markersequenzen
identifiziert werden.
Im Stand der Technik konnten zwar bereits MarkerSequenzen für Multiple Sklerose mit Hilfe eines Proteinbiochip identifiziert werden, siehe WO2009030225. Vorliegend wird jedoch
erfindungsgemäß eine verbesserte bioinformatorische Auswertung angestrengt und die Proben werden besonders bevorzugt aus dem Liquor cerebrospinalis (CSF) entnommen. Ferner werden speziell ausgesuchte Proben verwendet, die der hohen Empfindlichkeit eines Proteinbiochips entgegenkommen.
Der Begriff „Multiple Sklerose ((MS), auch Encephalomyelitis disseminata) " betrifft eine autoimmun-entzündliche /
demyelinisierende und degenerative Erkrankung des Erkrankung des Zentralnervensystems (Definition z.B. nach Pschyrembel, de Gruyter, 261. Auflage (2007), Berlin).
Erfindungswesentlich ist, dass die Proben nicht aus üblichen Blutbanken entnommen werden, sondern von MS-Patienten
sorgfältig ausgewählt wurden, die z.B. HIV und HCV negativ sind und insbesondere auf Infektionskrankheiten getestet wurden. Das aufwändige Probeselektionsverfahren erlaubt z.B. eine hinreichende vorteilhafte Abgrenzung von Erkrankungen wie eine zur MS Symptom-ähnlichen Neuroborelliose . Weiterhin werden falsch-positive Ergebnisse ausgeschlossen, zum einen aufgrund der strengen bioinformatorischen Auswertung (siehe Beispiele) als auch durch den Vergleich der Ergebnisse auf einem erfindungsgemäßen Proteinbiochip mit z.B. Seren von Neuroborelliose-Patienten, die keine Multiple Sklerose
aufweisen .
Weiterhin erfolgt im Unterschied zur WO2009030225 die
Herstellung der Proteinbiochips mittels Normalisierung von mindestens 1.000, vorzugsweise 2.000 verschiedenen oder mehr Autoantigenen des Menschen, die nicht indikationsspezifisch für Multiple Sklerose sind. Solche Autoantigene können z.B. aus anderen Körperflüssigkeiten von Patienten anderer
Krankheiten gewonnen werden (z.B. Pankreaskrebs , Rheumatoide Arthritis, Prostata etc.) .
Daher betrifft die Erfindung auch solche erfindungsgemäßen indikationsspezifischen Proteinbiochips zur Diagnose von
Multiple Sklerose, wobei in einem weiteren Schritt, die auf dem Proteinbiochip repräsentierte Proteine oder
MarkerSequenzen mit Autoantikörpern aus Nicht-Multiple
Sklerose Patienten normalisiert werden und auf diese Weise falsch-positive Proteine entfernt werden können. Verbleibende nicht-falsch-positive Proteine können auf einem Proteinbiochip neu zusammengestellt werden, so genanntes Rearraying. Dies erlaubt ebenfalls den Ausschluss von Autoantikörpern, die auf E. coli positiv sind. Dies ist eine weitere qualitative
Verbesserung, da Autoantikörper ausgeschlossen werden können, die z.B. gegen E. coli Darmbakterien im Menschen gerichtet sind. Infolge dessen können vorteilhaft bei einem verbesserten Signal/Rausch Verhältnis neue Markersequenzen identifiziert werden .
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform werden daher mindestens 2 bis 5 oder 10, vorzugsweise 30 bis 50
MarkerSequenzen oder 50 bis 100 oder mehr MarkerSequenzen an oder von einem zu untersuchenden Patienten bestimmt. In einer weiteren Ausführungsform der Erfindung können die erfindungsgemäßen MarkerSequenzen ebenfalls mit bekannten Biomarkern für diese Indikation kombiniert, ergänzt oder erweitert werden. In einer bevorzugten Ausführungsform erfolgt die Bestimmung der MarkerSequenzen außerhalb des menschlichen Körpers und die Bestimmung erfolgt in einer ex vivo / in vitro Diagnose.
In einer weiteren Ausführungsform der Erfindung betrifft die Erfindung die Verwendung von MarkerSequenzen als Diagnostika, wobei mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 308 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon ist .
Ferner betrifft die Erfindung ein Verfahren zur Diagnose von Multiple Sklerose, wobei a.) mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 308 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon auf einem festen Träger aufgebracht wird und b.) mit Körperflüssigkeit oder Gewebeauszug eines
Patienten in Kontakt gebracht wird und c.) der Nachweis einer Wechselwirkung der Körperflüssigkeit oder Gewebeauszug mit den MarkerSequenzen aus a.) erfolgt.
Daher betrifft die Erfindung ebenfalls Diagnostika zur
Diagnose von Multiple Sklerose jeweils ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 308 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon.
Der Nachweis einer solchen Wechselwirkung kann beispielsweise durch eine Sonde, insbesondere durch einen Antikörper
erfolgen . Daher betrifft die Erfindung ebenfalls die Aufgabe eine diagnostische Vorrichtung oder einen Assay, insbesondere einen Proteinbiochip, bereitzustellen, der für die Multiple Sklerose eine Diagnose oder Untersuchung erlaubt. Ferner betrifft die Erfindung ein Verfahren zum
Stratifizieren, insbesondere zur Risikostratifizierung und / oder Therapiesteuerung eines Patienten mit Multiple Sklerose, wobei mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 308 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein an einem zu untersuchenden Patienten bestimmt wird.
Ferner umfasst ist die Stratifizierung der Patienten mit
Multiple Sklerose in neue oder etablierte Subgruppen der
Multiple Sklerose, sowie die sinnvolle Auswahl von
Patientengruppen für die klinische Entwicklung von neuen
Therapeutika. Der Begriff Therapiesteuerung umfasst ebenfalls die Einteilung von Patienten in Responder und Nicht-Responder bezüglich einer Therapie oder dessen Therapieverlauf.
„Diagnose" im Sinne dieser Erfindung bedeutet die positive Feststellung der Multiple Sklerose mittels der
erfindungsgemäßen MarkerSequenzen sowie die Zuordnung der Patienten zur Erkrankung an Multiple Sklerose. Der Begriff der Diagnose umfasst die medizinische Diagnostik und
diesbezügliche Untersuchungen, insbesondere die in-vitro Diagnostik und Labordiagnostik, ebenfalls Proteomics und
Nukleinsäureblots . Weitere Untersuchungen können zur
Absicherung und zum Ausschluss anderer Krankheiten vonnöten sein. Daher umfasst der Begriff Diagnose ebenfalls die
Differentialdiagnose von Multiple Sklerose mittels der
erfindungsgemäßen MarkerSequenzen sowie die Prognose der
Multiple Sklerose. „Stratifizieren (auch: Stratifikation) oder Therapiesteuerung" im Sinne dieser Erfindung bedeutet, dass das erfindungsgemäße Verfahren Entscheidungen zur Behandlung und Therapie des
Patienten erlaubt, sei es Hospitalisierung des Patienten, Einsatz, Wirkung und / oder Dosierung eines oder mehrerer Arzneimittel, eine therapeutische Maßnahme oder die
Überwachung eines Krankheitsverlaufes sowie Therapieverlauf bzw. Ätiologie oder Klassifizierung einer Erkrankung, z.B. in einen neuen oder bestehenden Subtyp oder die Differenzierung von Krankheiten und dessen Patienten.
In einer weiteren Ausführungsform der Erfindung umfasst der Begriff „Stratifizierung" insbesondere die
Risikostratifizierung mit der Prognose eines „outcome" eines nachteiligen gesundheitlichen Ereignisses. Im Rahmen dieser Erfindung wird unter „Patient" ein beliebiger Proband - Mensch oder Säugetier - verstanden, mit der Maßgabe, dass der Proband auf Multiple Sklerose untersucht wird.
Der Begriff „MarkerSequenzen" im Sinne dieser Erfindung bedeutet, dass die cDNA oder das jeweils daraus erhältliche Polypeptid oder Protein signifikant für Multiple Sklerose sind. Beispielsweise können die cDNA oder das jeweils daraus erhältliche Polypeptid oder Protein eine Wechselwirkung mit Substanzen aus der Körperflüssigkeit oder Gewebeauszug eines Patienten mit Multiple Sklerose aufweisen (z.B. Antigen
(Epitop) / Antikörper (Paratop) Wechselwirkung) . Im Sinne der Erfindung bedeutet „wobei mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 308 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon an einem zu untersuchenden Patienten bestimmt wird", dass eine Wechselwirkung zwischen der Körperflüssigkeit oder Gewebeauszuges eines Patienten und den erfindungsgemäßen MarkerSequenzen nachgewiesen wird. Eine solche Wechselwirkung ist z.B. eine Bindung, insbesondere eine bindende Substanz an mindestens einer erfindungsgemäßen Markersequenz oder im Fall einer cDNA die Hybridisierung mit einer geeigneten Substanz unter gewählten Bedingungen, insbesondere stringenten
Bedingungen (z.B. wie üblich definiert in J. Sambrook, E.F. Fritsch, T. Maniatis (1989), Molecular cloning: A laboratory manual, 2nd Edition, Cold Spring Habor Laboratory Press, Cold Spring Habor, USA oder Ausubel, "Current Protocols in
Molecular Biology", Green Publishing Associates and Wiley Interscience , N.Y. (1989)). Ein Beispiel für stringente
Hybridisierungsbedingungen ist: Hybridisierung in 4 x SSC bei 65° C (alternativ in 50% Formamid und 4 X SSC bei 42° C) , gefolgt von mehreren Waschschritten in 0,1 x SSC bei 65°C für insgesamt etwa eine Stunde. Ein Beispiel für wenig stringente Hybridisierungsbedingungen ist Hybridisierung in 4 x SSC bei 37° C, gefolgt von mehreren Waschschritten in 1 x SSC bei Raumtemperatur . Solche Substanzen sind erfindungsgemäß Bestandteil einer
Körperflüssigkeit, insbesondere Blut, Vollblut, Blutplasma, Blutserum, Patientenserum, Urin, Cerebrospinalflüssigkeit , Synovialflüssigkeit oder eines Gewebeauszuges des Patienten.
In einer weiteren Ausführungsform der Erfindung können jedoch die erfindungsgemäßen Markersequenzen in einer signifikant höheren oder niedrigeren Expressionsrate oder Konzentration vorliegen, dass auf die Multiple Sklerose hinweist. Hierbei wird mittels Proteomics oder Nukleinsäureblots die relativen Expressionsraten krank / gesund der erfindungsgemäßen
MarkerSequenzen für Multiple Sklerose bestimmt. Die MarkerSequenzen verfügen in einer weiteren Ausführungsform der Erfindung über ein Erkennungssignal, welches an die zu bindende Substanz adressiert ist (z.B. Antikörper,
Nukleinsäure) . Erfindungsgemäß bevorzugt ist für ein Protein das Erkennungssignal ein Epitop und / oder Paratop und / oder Hapten und für eine cDNA eine Hybridisierungs- oder
Bindungsregion .
Die erfindungsgemäßen MarkerSequenzen sind Gegenstand der Tabelle A und können durch den jeweilig zitierten
Datenbankeintrag (auch mittels Internet:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) eindeutig identifiziert werden (siehe in Tabelle A: dort Accession No . ) , siehe ebenfalls das zugehörige Sequenzprotokoll.
Daher betrifft die Erfindung ebenfalls die Volllängesequenzen der erfindungsgemäßen Marker und zwar wie in Tabelle A über den bekannten Datenbankeintrag definiert, nachstehend SEQ la- 308a (cDNA) bzw. SEQ lb-308b (Protein) genannt.
Weiterhin umfasst sind daher ebenfalls analoge
Ausführungsformen von SEQ la-308a zu den MarkerSequenzen SEQ 1-308, wie z.B. in den Ansprüchen dargelegt, da die
erfindungsgemäßen SEQ 1-308 wiederum Teilsequenzen, zumindest mit hoher Homologie, darstellen. Die spezifischen
MarkerSequenzen SEQ 1-308 sind jedoch erfindungsgemäß
bevorzugt . Erfindungsgemäß umfassen die MarkerSequenzen auch solche Modifikationen der cDNA-Sequenz und der entsprechenden
Aminosäuresequenz, wie chemische Modifikation, wie
Citrullinierung, Acetylierung, Phosphorylierung,
Glykosilierung oder polyA-Strang und weiteren dem Fachmann einschlägig bekannte Modifikationen. In einer weiteren Ausführungsform der Erfindung sind ebenfalls Teilsequenzen oder Fragmente der erfindungsgemäßen
MarkerSequenzen umfasst. Insbesondere solche Teilsequenzen, die eine Identität von 95%, 90 %, insbesondere 80% oder 70 % mit den erfindungsgemäßen MarkerSequenzen aufweisen.
Teilsequenzen sind ebenfalls solche Sequenzen, die 50 bis 100 Nukleotide, 70-120 Nukleotide einer Sequenz der SEQ 1-308 aufweisen, oder davon erhältliche Peptide.
„Teilsequenzen oder Fragmente" der erfindungsgemäßen
MarkerSequenzen sind funktionell definiert und umfassen solche Sequenzen, die die gleiche erfindungsgemäße diagnostische Funktion aufweisen.
In einer weiteren Ausführungsform kann die jeweilige
Markersequenz in unterschiedlichen Mengen in einen oder mehreren Bereichen auf einem festen Träger repräsentiert sein. Dies erlaubt eine Variation der Sensitivität . Die Bereiche können jeweils eine Gesamtheit von Markersequenzen aufweisen, d.h. eine genügende Zahl an verschiedenen Markersequenzen, insbesondere 2 bis 5 oder 10 oder mehr und ggfs. weiteren Nukleinsäuren und/oder Proteinen, insbesondere Biomarker.
Bevorzugt sind jedoch mindestens 96 bis 25.000 (numerisch) oder mehr aus verschiedenen oder gleichen Markersequenzen und weiteren Nukleinsäuren und/oder Proteinen, insbesondere
Biomarker. Weiterhin bevorzugt sind mehr als 2.500, besonders bevorzugt 10.000 oder mehr verschiedene oder gleiche
MarkerSequenzen und ggfs. weiteren Nukleinsäuren und/oder Proteinen, insbesondere Biomarker.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung betrifft eine Anordnung von MarkerSequenzen enthaltend mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 308 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein. Vorzugsweise enthält die
Anordnung mindestens 2 bis 5 oder 10, vorzugsweise 30 bis 50 MarkerSequenzen oder 50 bis 100 oder mehr MarkerSequenzen .
Im Rahmen dieser Erfindung bedeutet „Anordnung" synonym „Array" und sofern dieser „Array" zur Identifizierung von Substanzen an Markersequenzen verwendet wird, ist hierunter ein „Assay" oder eine diagnostische Vorrichtung zu verstehen. In einer bevorzugten Ausführungsform ist die Anordnung derart gestaltet, dass die auf der Anordnung repräsentierten
MarkerSequenzen in Form eines Gitters auf einem festen Träger vorliegen. Ferner sind solche Anordnungen bevorzugt, die eine hochdichte (high-density ) Anordnung von Proteinbindern
erlauben und die Markersequenzen gespottet werden. Solche hochdichten gespotteten Anordnungen sind beispielsweise in der WO 99/57311 und WO 99/57312 offenbart und können vorteilhaft in einem robotergestützten automatisierten High-Throughput Verfahren zur Anwendung kommen.
Im Rahmen dieser Erfindung umfasst jedoch der Begriff „Assay" oder diagnostische Vorrichtung ebenfalls solche
Ausführungsformen einer Vorrichtung, wie ELISA, Bead-based Assay, Line Assay, Western Blot, immunchromatographische
Verfahren (z.B. so genannte Lateral Flow Immunoassays) oder ähnliche immunologische Single- oder Multiplex- Nachweisverfahren . Ein Proteinbiochip im Sinne dieser
Erfindung ist die systematische Anordnung von Proteinen auf einem festen Träger.
Die MarkerSequenzen der Anordnung sind auf einen festen Träger fixiert, vorzugsweise jedoch gespottet oder immobilisiert gar aufgedruckt, d.h. reproduzierbar aufgebracht. Eine oder mehrere MarkerSequenzen können mehrfach in der Gesamtheit aller Markersequenzen präsent sein und in unterschiedlichen Mengen bezogen auf einem Spot vorliegen. Ferner können die MarkerSequenzen auf dem festen Träger standardisiert sein (z.B. mittels serieller Verdünnungsreihen von z.B.
Humanglobulinen als interne Kaiibratoren zur
Datennormalisierung und quantitativen Auswertung) .
Daher betrifft die Erfindung einen Assay oder Proteinbiochip bestehend aus einer Anordnung enthaltend erfindungsgemäße MarkerSequenzen .
In einer weiteren Ausführungsform liegen die Markersequenzen als Clone vor. Solche Clone können beispielsweise mittels einer erfindungsgemäßen cDNA-Expressionsbibliothek erhalten werden (Büssow et al . 1998 (supra) ) . In einer bevorzugten Ausführungsform werden solche Expressionsbibliotheken
enthaltend Clone mittels Expressionsvektoren aus einer
exprimierenden cDNA Bibliothek bestehend aus den cDNA
MarkerSequenzen erhalten. Diese Expressionsvektoren enthalten vorzugsweise induzierbare Promotoren. Die Induktion der
Expression kann z.B. mittels eines Induktors, solche wie IPTG, erfolgen. Geeignete Expressionsvektoren sind beschrieben in Terpe et al . (Terpe T Appl Microbiol Biotechnol. 2003 Jan; 60(5) : 523-33) . Expressionsbibliotheken sind dem Fachmann bekannt, diese können nach Standardwerken, wie Sambrook et al, "Molecular Cloning, A laboratory handbook, 2nd edition (1989), CSH press, Cold Spring Harbor, New York hergestellt werden. Weiterhin bevorzugt sind solche Expressionsbibliotheken, die
gewebespezifisch sind (z.B. humanes Gewebe, insbesondere humane Organe) . Ferner sind erfindungsgemäß ebenfalls solche Expressionsbibliotheken mit eingeschlossen, die mittels exon- trapping erhalten werden können. Statt Expressionsbibliothek kann synonym von einer Expressionsbank gesprochen werden. Weiterhin bevorzugt sind Proteinbiochips oder entsprechende Expressionsbibliotheken, die keine Redundanz aufweisen (so genannte: Uniclone®-Bibliothek ) und nach den Lehren der WO 99/57311 und WO 99/57312 beispielsweise hergestellt werden können. Diese bevorzugten Uniclone- Bibliotheken weisen einen hohen Anteil an nicht-fehlerhaften vollständig exprimierten Proteinen einer cDNA-Expressionsbibliothek auf.
Im Rahmen dieser Erfindung können die Clone ebenfalls nicht abschließend solche sein, wie transformierte Bakterien, rekombinante Phagen oder transformierte Zellen von Säugern, Insekten, Pilzen, Hefen oder Pflanzen.
Die Clone werden auf einen festen Träger fixiert, gespottet oder immobilisiert.
Daher betrifft die Erfindung eine Anordnung, wobei die
MarkerSequenzen als Clone vorliegen. Zusätzlich können die Markersequenzen in der jeweiligen Form in Form eines Fusionsproteins vorliegen, welches
beispielsweise mindestens ein Affinitätsepiptop oder "Tag" enthält. Der Tag kann ein solcher sein wie wie c-myc, His-Tag, Arg-tag, FLAG, alkalische Phosphatase, V5-Tag, T7-Tag oder Strep-Tag, HAT-tag, NusA, S-tag, SBP-tag, Thioredoxin, DsbA, ein Fusionsprotein, vorzugsweise eine Cellulose-bindende
Domäne, grünfluoreszierendes Protein, Maltose bindendes
Protein, calmodulin-bindendes Protein, Glutathione S- transferase oder lacZ enthalten. In sämtlichen Ausführungsformen umfasst der Begriff "fester Träger" Ausführungen wie einen Filter, eine Membran, ein magnetisches oder Fluorophor-markiertes Kügelchen, ein
Silizium-Wafer , Glas, Metall, Kunststoff, ein Chip, ein massenspektrometrisches Target oder eine Matrix. Ein Filter ist jedoch erfindungsgemäß bevorzugt.
Als Filter ist weiterhin PVDF, Nitrocellulose oder Nylon bevorzugt (z.B. Immobilon P Millipore, Protran Whatman, Hybond N+ Amersham) . In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform der
erfindungsgemäßen Anordnung entspricht diese einem Gitter, dass die Größenordnung einer Mikrotiterplatte (8-12 Wells Streifen, 96 Wells, 384 Wells oder mehr), eines Silizium- Wafers, eines Chips, eines massenspektrometrischen Targets oder einer Matrix besitzt.
In einer weiteren Ausführungsform betrifft die Erfindung einen Assay oder Proteinbiochip zum Identifizieren und
Charakterisieren einer Substanz für Multiple Sklerose, dadurch gekennzeichnet, dass eine erfindungsgemäße Anordnung oder Assay mit a.) mindestens einer zu untersuchenden Substanz in Kontakt gebracht wird und b.) ein Bindungserfolg nachgewiesen wird .
Ferner betrifft die Erfindung ein Verfahren zum Identifizieren und Charakterisieren einer Substanz für Multiple Sklerose, dadurch gekennzeichnet, dass eine erfindungsgemäße Anordnung oder Assay mit a.) mindestens einer zu untersuchenden Substanz in Kontakt gebracht wird und b.) ein Bindungserfolg
nachgewiesen wird. Die zu untersuchende Substanz kann ein beliebiges natives oder nicht-natives Biomolekül, ein synthetisches chemisches
Molekül, eine Mischung oder eine Substanzbibliothek sein.
Nachdem die zu untersuchende Substanz eine Markersequenz kontaktiert, wird die Auswertung des Bindungserfolges
durchgeführt, die beispielsweise unter Verwendung mit
handelsüblicher Image-Analyse Software (GenePix Pro (Axon Laboratories), Aida (Raytest), ScanArray (Packard Bioscience) erfolgen kann. Die Visualisierung erfindungsgemäßer Protein-Protein- Wechselwirkungen (z.B. Protein an Markersequenz, wie
Antigen/Antikörper ) oder entsprechende „Mittel zum Nachweis des Bindungserfolges" kann beispielsweise mittels
Fluoresenzmarkierung, Biotiniylierung, Radio-Isotopen- Markierung oder kolloidale Gold- oder Latex-Partikel- Markierung in üblicher Weise erfolgen. Ein Nachweis von gebundenen Antikörpern erfolgt mit Hilfe von sekundären
Antikörpern, die mit handelsüblichen Reportermolekülen
markiert sind (z.B. Cy-, Alexa-, Dyomics, FITC- oder ähnliche Fluoreszenzfarbstoffe, , kolloidale Gold- oder Latex- Partikel), oder mit Reporter-Enzymen wie alkalischer
Phosphatase, Meerrettichperoxidase, usw. und den
entsprechenden colorimetrischen, fluores zenten oder
chemolumines zenten Substraten. Eine Auslesung erfolgt z.B. mittels eines Microarray-Laserscanners , einer CCD-Kamera oder visuell .
In einer weiteren Ausführungsform betrifft die Erfindung ein Arzneimittel / Wirkstoff oder Prodrug für Multiple Sklerose entwickelt und erhältlich durch den Einsatz des
erfindungsgemäßen Assays oder Proteinbiochip. Daher betrifft die Erfindung ebenfalls die Verwendung einer erfindungsgemäßen Anordnung oder einem Assay zum Screenen von Wirkstoffen für Multiple Sklerose.
Daher betrifft die Erfindung in einer weiteren Ausführungsform ebenfalls ein Target zur Behandlung und Therapie von Multiple Sklerose, jeweils ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 308 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein.
In einer weiteren Ausführungsform betrifft die Erfindung ebenfalls die Verwendung der erfindungsgemäßen
Markersequenzen, vorzugsweise in Form einer Anordnung, als
Affinitätsmaterial zur Durchführung einer Apherese bzw. iwS . einer Blutwäsche, wobei Substanzen aus Körperflüssigkeiten eines Patienten mit Multiple Sklerose, wie Blut oder Plasma, an die erfindungsgemäßen Markersequenzen binden und folglich der Körperflüssigkeit selektiv entzogen werden können.
Beispiele und Figuren:
Zehn oder mehr Patientenproben wurden individuell gegen eine cDNA Expressionsbibliothek gescreent. Die Multiple Sklerose - spezifischen Expressionsklone wurden ermittelt durch einen Vergleich mit zehn oder mehr gesunden Proben. Die Identität der MarkerSequenzen wurde durch DNA-Sequenzierung ermittelt.
In Figur 1 wird das differentielle Screenen zwischen zwei Proteinbiochips aus jeweils einer cDNA-Expressionsbank eines Patienten und einem gesunden Probanden gezeigt. Die
differentiellen Clone werden mittels Fluoresenzmarkierung nachgewiesen und bioinformatorisch ausgewertet.
Im Rahmen der Biomarkeridentifizierung werden verschiedene bioinformatische Analysen durchgeführt. Für jedes Serum werden mittels Microarray Reaktivitäten gegen ca. 2000 unterschiedliche Antigene gemessen. Diese Daten werden für ein Ranking der gespotteten Antigene bzgl. ihrer
Differenzierungsfähigkeit zwischen gesunden und erkrankten Seren benutzt. Diese Auswertung wird mittels des nicht
parametrischen Mann-Whitney Tests auf normalisierten
Intensitätsdaten durchgeführt. Zur Normalisierung wird ein interner Standard benutzt, der auf jedem Chip mitgespottet wird. Da für jedes Antigen ein p-Wert berechnet wird, werden Methoden zur Korrektur des multiples Testens eingesetzt. Als sehr konservativer Ansatz wird eine Bonferroni Korrektur durchgeführt und zusätzlich wird die weniger restriktive False Discovery Rate (FDR) nach Benjamini & Hochberg berechnet.
Desweiteren werden die Daten zur Klassifikation der Seren benutzt. Hierbei kommen unterschiedliche multivariate Methoden zum Einsatz. Dies sind Methoden aus den statistischen
Lernverfahren wie Support Vector Machines (SVM), Neuronale Netze oder Klassifikationsbäume, sowie eine
Schwellenwertmethode, welche sowohl zur Klassifikation als auch zur visuellen Repräsentation der Daten geeignet ist. Zur Vermeidung von Overfitting wird eine lOfache Cross- Validierung der Daten durchgeführt.
Tabelle A: (gi Accession Nummer mit Geltung vom 1.10.2010)
SEQ 1 b-308b SEQ 1 a-308a
gi Acc Protein gi Acc cDNA NAME
gi 157266266 gi|157266265 WD repeat-containing protein 86 [Homo sapiens]
DDB1 - and CUL4-associated factor 6 isoform b gi|63252909
gi|63252910 [Homo sapiens]
gi 18699734 gi 20357519 uridine-cytidine kinase 2 [Homo sapiens]
calcium/calmodulin-dependent 3',5'-cyclic gi|260436978 nucleotide Phosphodiesterase 1 B isoform 1 [Homo gi|4505677 sapiens]
gi 51477716 gi 51477715 alpha-mannosidase 2x [Homo sapiens] pyrroline-5-carboxylate reductase 1 , mitochondrial gi|24797096
gi|24797097 isoform 1 [Homo sapiens]
gi 61676188 gi|195963314 E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 [Homo sapiens] gi 307951 19 gi 307951 18 F-box only protein 18 isoform 2 [Homo sapiens] gi 33469964 gi|33469963 splicing factor 4 [Homo sapiens]
gi 83035136 gi|217272875 F-box only protein 31 [Homo sapiens]
gi 6005747 gi 54792140 E3 ubiquitin-protein ligase RING2 [Homo sapiens] lipid phosphate phosphatase-related protein type 4 gi|261278365
gi|33636722 isoform 1 [Homo sapiens]
gi 145199237 gi|145199236 RNA exonuclease 1 homolog [Homo sapiens]
adipocyte plasma membrane-associated protein gi|41327713
gi|24308201 [Homo sapiens]
DNA replication licensing factor MCM2 [Homo gi|33356546
gi|33356547 sapiens]
zinc finger and BTB domain-containing protein 5 gi|209413745
gi|7662074 [Homo sapiens]
downregulated in renal cell Carcinoma [Homo gi|1 15583673
gi|6005924 sapiens]
pyruvate dehydrogenase E1 component subunit gi|291084749 alpha, somatic form, mitochondrial isoform 1 gi|4505685 precursor [Homo sapiens]
gi 20070228 gi 39725676 nucleobindin-1 precursor [Homo sapiens]
hematological and neurological expressed 1 -like gi|46361989
gi|21700763 protein [Homo sapiens]
general transcription factor 3C Polypeptide 6 [Homo gi|221 139831
gi 119923927 sapiens]
nuclear pore complex protein Nup133 [Homo gi|26051234
gi|26051235 sapiens]
NFU1 iron-sulfur Cluster scaffold homolog, gi|50593020
gi|50593021 mitochondrial isoform 2 [Homo sapiens]
gamma-tubulin complex component 4 [Homo gi|38454193
gi|38454194 sapiens]
gi 5902122 gi 197381953 spectrin beta chain, brain 2 [Homo sapiens] gi 62739181 gi|62739180 rhotekin isoform c [Homo sapiens]
cyclin-D-binding Myb-like transcription factor 1 gi|215599980
gi|215599981 isoform b [Homo sapiens]
gi 134288890 gi 148596939 DIS3-like exonuclease 2 [Homo sapiens]
SR-related CTD-associated factor 1 [Homo gi|32698749
gi I32698750 sapiens]
gi 4501887 gi 1 1038618 actin, cytoplasmic 2 [Homo sapiens]
gi 47581 12 gi|93588182 spliceosome RNA helicase BAT1 [Homo sapiens] gi 58331 179 gi 58331 178 rho GTPase-activating protein 39 [Homo sapiens] gi 274771 1 1 gi|1 19393888 pre-mRNA-splicing factor SLU7 [Homo sapiens] gi 145309326 gi 145309325 laminin subunit gamma-1 precursor [Homo sapiens] gi 4507145 gi 231 1 1044 sorting nexin-4 [Homo sapiens] CMP-N-acetylneuraminate-beta-1 ,4-galactoside gi|284055255 gi|284055254 alpha-2,3-sialyltransferase isoform a
DNA replication licensing factor MCM2 [Homo gi|33356546
gi|33356547 sapiens]
gi 13259508 gi|13259507 dynactin 1 isoform 2 [Homo sapiens]
gi 24797103 gi 24797102 RAS guanyl releasing protein 2 [Homo sapiens] gi 20070228 gi 39725676 nucleobindin 1 [Homo sapiens]
gi 4502101 gi|4502100 annexin I [Homo sapiens]
gi 16975484 gi 92091602 centaurin delta 2 isoform b [Homo sapiens] gi 21707902 gi|21707901 CTTN protein [Homo sapiens]
gi 29788785 gi 34222261 tubulin, beta [Homo sapiens]
charged multivesicular body protein 4b [Homo gi|40549398
gi|28827795 sapiens]
g 149363636 gi 149363635 plexin-B2 precursor [Homo sapiens]
Plasminogen activator inhibitor 1 RNA-binding gi|66346680
gi|66346681 protein isoform 2 [Homo sapiens]
charged multivesicular body protein 4a [Homo gi|40548421
gi|40548422 sapiens]
gi 3005715 gi 3005714 protein 4.1 -G [Homo sapiens]
gi 22035672 gi 87196331 thioredoxin reductase 2 precursor [Homo sapiens] gi 4506723 gi|70609888 ribosomal protein S3a [Homo sapiens]
gi 34485727 gi|153792638 NCK-associated protein 1 -like [Homo sapiens] gi 6912602 gi 38569401 arfaptin-2 [Homo sapiens]
gi 4506685 gi|14591910 40S ribosomal protein S13 [Homo sapiens] gi 18104948 gi 78190465 60S ribosomal protein L21 [Homo sapiens] g 167466201 gi|167466200 WAS protein family homolog 1 [Homo sapiens] stress-70 protein, mitochondrial precursor [Homo gi|156071496
gi|24234688 sapiens]
hypothetical protein LOC1 16328 isoform 2 [Homo gi|307574659 gi|307574658 sapiens]
gi 4506619 gi|78190466 60S ribosomal protein L24 [Homo sapiens] gi 94536842 gi 94536841 ribose 5-phosphate isomerase A [Homo sapiens] gi 4505753 gi|31543395 phosphoglycerate mutase 1 [Homo sapiens]
tubulointerstitial nephritis antigen-like 1 [Homo gi|210147465
gi 11 1545918 sapiens]
cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, gi 1163644320
gi 1163644321 mitochondrial [Homo sapiens]
gi 34526674 gi 34526673 unnamed protein product [Homo sapiens]
rho guanine nucleotide exchange factor 7 isoform a gi|166064031
gi|4505573 [Homo sapiens]
gi 5902122 gi 197381953 spectrin beta chain, brain 2 [Homo sapiens] gi 23618848 gi 56676380 protein SYS1 homolog isoform a [Homo sapiens] gi 83641870 gi 262331549 nucleophosmin isoform 3 [Homo sapiens] gi 541 12429 gi 541 12428 dedicator of cytokinesis protein 7 [Homo sapiens] dnaJ homolog subfamily B member 1 [Homo gi|5453690 gi|5453689 sapiens]
X-ray repair cross-complementing protein 5 [Homo gi|10863945 gi 1195963391 sapiens]
gi 16753215 gi 94538348 profilin-2 isoform a [Homo sapiens]
gi 149363636 gi 149363635 plexin-B2 precursor [Homo sapiens]
chromosome transmission fidelity protein 18 gi|27501458 gi 1157951660 homolog [Homo sapiens]
gi 205277463 gi 306518580 transketolase [Homo sapiens]
gi 21396500 gi 3001 16295 HIRA interacting protein 3 [Homo sapiens] gi 71565154 gi 71565153 alcohol dehydrogenase class-3 [Homo sapiens] elongation factor Tu, mitochondrial precursor gi|34147630 gi 1169658370 [Homo sapiens]
membrane-associated progesterone receptor gi|5729875 gi|216547928 component 1 [Homo sapiens]
gi 50592996 gi 50592995 tubulin beta-3 chain [Homo sapiens]
gi 5802966 gi 58530846 destrin isoform a [Homo sapiens]
serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial gi|19923315 gi|261862340 isoform 1 precursor [Homo sapiens]
gi 31982933 gi 33946335 DNA-binding protein inhibitor ID-2 [Homo sapiens] ubiquitin-40S ribosomal protein S27a precursor gi|4506713 gi|294459919 [Homo sapiens]
gi 16753227 gi 67189547 60S ribosomal protein L6 [Homo sapiens] gi 50592996 gi 50592995 tubulin beta-3 chain [Homo sapiens]
angio-associated migratory cell protein [Homo gi|55743075 gi|96322659 sapiens]
gi 13569962 gi 1 16014337 ras-related protein Rab-1 B [Homo sapiens] gi 78395056 gi 78395055 C15orf23 protein [Homo sapiens]
gi 45439359 gi 45439358 triple functional domain protein [Homo sapiens] disks large-associated protein 4 isoform a [Homo gi|34335253 gi|25491 1094 sapiens]
nuclease-sensitive element-binding protein 1 [Homo gi|34098946 gi 1109134359 sapiens]
nasal embryonic luteinizing hormone-releasing gi 1195972909 gi 1195972908 hormone factor isoform a [Homo sapiens]
ubiquitin-associated protein 1 isoform 1 [Homo gi|8394499 gi|283945567 sapiens]
stress-70 protein, mitochondrial precursor [Homo gi|24234688 gi|296080701 sapiens]
probable ATP-dependent RNA helicase DDX5 gi|4758138 gi|221 139768 [Homo sapiens]
disks large-associated protein 4 isoform b [Homo gi|34335251 gi 1109891935 sapiens]
gi 1 1342680 gi 197245402 beta-centractin [Homo sapiens]
gi 5453832 gi 169234641 hypoxia up-regulated protein 1 precursor [Homo sapiens]
nuclease-sensitive element-binding protein 1 [Homo gi|34098946 gi 1109134359 sapiens]
gi 154090959 gi 154090958 WASH complex subunit FAM21 B [Homo sapiens] gi 4506913 gi 209693454 beta-sarcoglycan [Homo sapiens]
Immunoglobulin heavy chain variable region [Homo gi|247425318 gi|247425317 sapiens]
gi 5031701 gi 95104789 follistatin-like 3 (secreted glycoprotein)
gi 13375616 gi 34304362 fatty acid desaturase 3 [Homo sapiens]
gi 13376888 gi 34147389 transmembrane protein 121 [Homo sapiens] gi 17986283 gi 17986282 tubulin alpha-1 A chain [Homo sapiens]
cyclin-dependent kinase 2-associated protein 2 gi|5031669 gi|39725675 [Homo sapiens]
gi 14249132 gi 270309185 protein BEX2 isoform 3 [Homo sapiens]
gi 22027541 gi 22027540 programmed cell death protein 7 [Homo sapiens] ubiquitin-60S ribosomal protein L40 precursor gi|4507761 gi|77539056 [Homo sapiens]
gi 19353009 gi 19353008 Similar to Elongation factor 2b [Homo sapiens] dysbindin domain-containing protein 1 isoform 2 gi 11 10815842 gi|34147354 [Homo sapiens]
elongation factor Ts, mitochondrial isoform 2 gi 1171846268 gi|291084495 precursor [Homo sapiens]
gi 4557325 gi 48762938 apolipoprotein E precursor [Homo sapiens]
amyloid beta A4 protein isoform b precursor [Homo gi|41406055 gi|228008404 sapiens].
tumor necrosis factor receptor superfamily; member gi|23510421 gi|23510420 6 isoform 2 precursor [Homo sapiens]
gi 15718706 gi 122056469 caspase 8 isoform B precursor [Homo sapiens] gi 1 19575060 Homo sapiens CD24 molecule (CD24)
Homo sapiens CD97 molecule (CD97); transcript gi 117978489 gi|68508947 variant 1
chromodomain helicase DNA binding protein 3 gi|52630326 gi 1158420733 [Homo sapiens]
eukaryotic translation elongation factor 1 gamma gi|4503481 gi|83656774 [Homo sapiens]
gi 1 16063573 gi 160420313 filamin A; alpha isoform 1 [Homo sapiens].
glial fibrillary acidic protein isoform 1 [Homo gi|4503979 gi 11961 15280 sapiens]
HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 gi 1150418002 gi 1150418001 chain precursor [Homo sapiens]
interferon alpha-inducible protein 27, mitochondrial gi|55925614 gi|55925613 isoform 2 [Homo sapiens]
gi 10835145 gi 27894305 interleukin 1 ; beta proprotein [Homo sapiens]
interleukin-7 receptor subunit alpha precursor gi|28610151 gi|28610150 [Homo sapiens] gi 1 19703755 gi 1 19703754 laminin; beta 2 precursor [Homo sapiens].
gi 5031877 gi 27436949 Lamin B1 [Homo sapiens]
gi 82534351 gi 189409155 microtubule-associated protein tau isoform 1 gi 4505241 gi 98991774 protein Mpv17 [Homo sapiens]
interferon-induced GTP-binding protein Mx1 [Homo gi|222136617 gi|222136616 sapiens]
neurofilament; light Polypeptide 68kDa [Homo gi 1105990539 gi 1197927150 sapiens]
nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic 3 gi|27886561 gi|27886560 isoform 1 [Homo sapiens]
gi 205360954 gi 205360953 polycystin-1 isoform 1 precursor [Homo sapiens] gi 32171249 gi 38505192 prostaglandin-H2 D-isomerase [Homo sapiens]
Homo sapiens protein tyrosine Phosphatase;
gi|18641347 gi 11 15385975 receptor type; C (PTPRC); transcript variant 1 gi 4506367 gi 209915550 ras-related protein Rab-3A [Homo sapiens] gi 4506701 gi 71772514 40S ribosomal protein S23 [Homo sapiens] gi 4506841 gi 561 19169 C-C motif chemokine 2 precursor [Homo sapiens] gi 19557702 gi 157266286 surfeit 6 [Homo sapiens]
DNA-directed RNA Polymerase III subunit RPC3 gi|21359969 gi|141801742 [Homo sapiens]
gi 5803227 gi 21464103 14-3-3 protein theta [Homo sapiens]
protein kinase C and casein kinase Substrate in gi|148747351 gi|296841089 neurons 2 [Homo sapiens]
gi 1 1321634 gi 125987597 CD2-associated protein [Homo sapiens]
E3 ubiquitin-protein ligase makorin-1 isoform 1 gi|223468620 gi|223468619 [Homo sapiens]
gi 243081 13 gi 291 190751 KIF1 binding protein [Homo sapiens].
Cytoplasmic FMR1 interacting protein 2 [Homo gi|82617630 gi|82617629 sapiens]
HERV-W_7q21 .2 provirus ancestral Env polyprotein gi|48949851 gi|48949850 precursor [Homo sapiens]
interleukin-23 subunit alpha precursor [Homo gi|7706702 gi|28144902 sapiens]
dysbindin domain-containing protein 2 isoform b gi 11 15299754 gi 11 15299753 [Homo sapiens]
gi 70887780 gi 70887779 Homo sapiens sperm associated antigen 16
partitioning defective 3 homolog B isoform b [Homo gi 11 19120897 gi 11 19120896 sapiens]
gi 209969690 gi 209969689 hypothetical protein LOC1 19032 [Homo sapiens] gi 187960086 gi 187960086 cytochrome P450 4V2 [Homo sapiens]
g 6978649 gi 242246959 choline/ethanolamine kinase [Homo sapiens] gi 4506649 gi 76496470 60S ribosomal protein L3 isoform a [Homo sapiens]
SWI/SNF related, matrix associated, actin gi|27545326 gi|55956799 dependentregulator of chromatin, subfamily b, member 1 [Homo sapiens]
metastasis-associated protein MTA1 [Homo gi|1 15527080 gi 11 15527079 sapiens]
gi 56788399 gi 56788398 Gl:56788398
TNFAIP3-interacting protein 2 isoform 1 [Homo gi|239787092 gi 1239787091 sapiens]
gi 541 12429 gi 541 12428 dedicator of cytokinesis protein 7 [Homo sapiens] gi 4504603 gi 150593016 Interferon betal
gi 4504605 gi 4504604 Interferon omega
gi 10834984 gi |224831235 Interleukin IL-6
gi 10835141 gi 24430216 Interleukin IL-10
interleukin-12 subunit alpha precursor [Homo gi|24430218
gi|24430219 sapiens]
interleukin-12 subunit beta precursor [Homo gi|24497437
gi|24497438 sapiens]
brain-derived neurotrophic factor isoform b gi|219842281
gi|25306235 preproprotein [Homo sapiens]
gi 4758020 gi 209574322 ciliary neurotrophic factor [Homo sapiens] gi 10834978 gi|28610153 interleukin-8 precursor [Homo sapiens]
gi 89903008 gi 237858673 neurofascin isoform 4 precursor [Homo sapiens] gi 17158044 gi 17158043 ribosomal protein S6 [Homo sapiens]
Ankyrin repeat and SAM domain-containing protein gi|51476647 gi|51476646 6
splicing factor, arginine/serine-rich 7 [Homo gi|72534660 gi 1197209865 sapiens]
gi 13128968 gi 13128967 dual specificity Phosphatase 26 [Homo sapiens] proteasome (prosome, macropain) subunit, beta gi|22538467 gi|22538466 type, 4 [Homo sapiens]
gi 15055539 gi 70609878 ribosomal protein S2 [Homo sapiens]
DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box Polypeptide 50 gi|13129006 gi|13129005 [Homo sapiens]
gi 4506663 gi 72377361 ribosomal protein L8 [Homo sapiens]
suppression of tumorigenicity 13 (colon Carcinoma) gi|19923193 gi 121237722 (Hsp70 interacting protein) (ST13)
gi 4506649 gi 76496470 ribosomal protein L3 isoform a [Homo sapiens] gi 4506743 gi 4506742 ribosomal protein S8 [Homo sapiens]
gi 5031877 gi 27436949 lamin B1 [Homo sapiens]
gi 94536842 gi 94536841 ribose 5-phosphate isomerase A [Homo sapiens] gi 17157993 gi 141803509 olfactomedin 2 [Homo sapiens]
radical S-adenosyl methionine domain containing 1 gi|892291 1 gi|8922910 [Homo sapiens]
gi 4826724 gi 17105402 zygin 1 isoform 1 [Homo sapiens]
gi 6806913 gi 187960101 centaurin, alpha 1 [Homo sapiens]
gi 5454058 gi 5454057 ST3 beta-galactoside alpha-2,3-sialyltransferase 4 [Homo sapiens]
SUMO1 /sentrin/SMT3 specific protease 2 [Homo gi|54607091 gi|54607090 sapiens]
gi 166063995 gi 166063994 general transcription factor INA [Homo sapiens] gi 72534684 gi 166197669 phospholipase D family, member 3 [Homo sapiens] gi 14591909 gi 71772259 ribosomal protein L5 [Homo sapiens]
gi 1 1415026 gi 15431299 ribosomal protein L18a [Homo sapiens]
GIY-YIG domain containing 2 isoform 1 [Homo gi 113129004 gi|30089943 sapiens]
gi 62414289 gi 240849334 vimentin [Homo sapiens]
MYC-associated zinc finger protein isoform 1 gi|1 10347461 gi| 1 10347460 [Homo sapiens]
gi 4758648 gi 187761329 kinesin family member 5B [Homo sapiens] gi 4502337 gi 38372939 alpha-2-glycoprotein 1 , zinc-binding [Homo sapiens] gi 6912642 gi 142383813 sex comb on midleg 1 isoform 2 [Homo sapiens] gi 4503065 gi 62241006 crystallin, mu isoform 1 [Homo sapiens]
gi 4505409 gi 66392201 nucleoside diphosphate kinase B [Homo sapiens] ubiquitin-conjugating enzyme E2M (UBC12 gi|4507791 gi 1150417997 homolog, yeast)
gi 7657015 gi 187936926 hypothetical protein LOC51493 [Homo sapiens]
28S ribosomal protein S1 1 , mitochondrial isoform a gi 116554609 gi 116554608 [Homo sapiens]
serine/threonine-protein Phosphatase 2A activator gi|2972561 1 gi|30065641 isoform b [Homo sapiens]
ST3 beta-galactoside alpha-2,3-sialyltransferase 2 gi|5902082 gi|151 101481 [Homo sapiens]
gi 29893564 gi 34222264 microspherule protein 1 isoform 1 [Homo sapiens]
60S ribosomal export protein NMD3 [Homo gi 119923796 gi 1142359942 sapiens]
gi 4506661 gi 18390348 ribosomal protein L7a [Homo sapiens]
gi 16579885 gi 16579884 60S ribosomal protein L4 [Homo sapiens] gi 40548389 gi 66346686 dickkopf homolog 3 precursor [Homo sapiens]
acidic (leucine-rich) nuclear phosphoprotein 32 gi|5453880 gi|221219065 family, member A [Homo sapiens]
transcription factor HIB 90 kDa subunit isoform 3 gi|22035558 gi 1148833509 [Homo sapiens]
gi 4506617 gi 78000184 ribosomal protein L17 [Homo sapiens]
gi 27545323 gi 168229166 chondroitin polymerizing factor [Homo sapiens] gi 62750347 gi 62750346 histone deacetylase 5 isoform 1 [Homo sapiens] gi 100913206 gi 100913205 ATP-dependent RNA helicase A [Homo sapiens]
SH2 domain-containing adapter protein B [Homo gi|106879210 gi 1106879209 sapiens]
gi 18152783 gi 18490985 60S ribosomal protein L10-like [Homo sapiens] gi 15431301 gi 72187675 ribosomal protein L7 [Homo sapiens] 24-dehydrocholesterol reductase precursor [Homo gi|13375618 gi|1 14155130 sapiens]
heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 [Homo gi|14043070 gi|83641894 sapiens]
gi 22202633 gi 88999578 prefoldin subunit 5 isoform alpha [Homo sapiens] actin-related protein 2/3 complex subunit 1 A gi|22907052 gi|300360513 isoform 1 [Homo sapiens]
D-3-phosphoglycerate dehydrogenase [Homo gi|23308577 gi|217272837 sapiens]
nuclease-sensitive element-binding protein 1 [Homo gi|34098946 gi 1109134359 sapiens]
A-kinase anchor protein 1 precursor [Homo gi 14502015 gi 1109637793 sapiens]
gi 4502027 gi 215982788 albumin preproprotein [Homo sapiens]
gi 4506631 gi 15812218 60S ribosomal protein L30 [Homo sapiens] gi 4506667 gi 49087144 60S acidic ribosomal protein PO [Homo sapiens] gi 4508007 gi 197382778 zinc finger protein 174 isoform a [Homo sapiens] gi 5031851 gi 44889961 stathmin isoform a [Homo sapiens]
chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3 gi|52630322 gi 1158420732 isoform 2 [Homo sapiens]
LON peptidase N-terminal domain and ring finger 1 gi|87080813 gi|87080812 [Homo sapiens]
gi 9945439 gi 90193629 septin-5 [Homo sapiens]
endoplasmic reticulum protein 29 isoform 1 gi|5803013 gi|77628146 precursor [Homo sapiens]
gi 168229248 gi 168229247 asparagine synthetase [Homo sapiens]
protein tyrosine Phosphatase, non-receptor type 5 gi|90652861 gi|90652860 (striatum-enriched) isoform b [Homo sapiens]
GTP-binding protein PTD004 isoform 2 [Homo gi|58761502 gi|58761501 sapiens]
DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C, member 2 gi|94538370 gi|94538369 isoform 1 [Homo sapiens]
synovial sarcoma translocation gene on
gi|10047104 gi 11 10227859 chromosome 18-like 2 [Homo sapiens]
gi 9951915 gi 239937553 S-adenosylhomocysteine hydrolase [Homo sapiens] gi 4507729 gi 68299771 tubulin, beta 2 [Homo sapiens]
gi 5031875 gi 153281091 lamin A/C isoform 2 [Homo sapiens]
gi 41393561 gi 41393560 leucine aminopeptidase 3 [Homo sapiens]
chromosome 12 open reading frame 51 [Homo gi 1157885806 gi 1157885805 sapiens]
gi 1 19624431 0 hCG2041 192 [Homo sapiens]
spectrin, beta, non-erythrocytic 1 isoform 1 [Homo gi|1 12382250 gi 11 12382249 sapiens]
gi 93141029 gi 93141028 paralemmin isoform 2 [Homo sapiens]
gi 4501867 gi 4641 1 160 aconitase 2 precursor [Homo sapiens] gi 88758580 gi 221554513 cyclin L2 isoform A [Homo sapiens]
gi 5901922 gi 39995072 cell division cycle 37 protein [Homo sapiens] gi 21624607 gi 23510452 coactosin-like 1 [Homo sapiens]
interleukin enhancer binding factor 2 [Homo gi|24234747 gi|24234746 sapiens]
gi 160420328 gi 160420327 iron-sulfur Cluster assembly 2 [Homo sapiens]
DEAD (Asp-Glu-Ala-As) box Polypeptide 19 isoform gi|6005743 gi|62241020 1 [Homo sapiens]
gi 15010818 gi 15010817 JKTBP1 delta6 [Homo sapiens]
gi 4502847 gi 186972139 cold inducible RNA binding protein [Homo sapiens] trinucleotide repeat containing 4, isoform CRA_a gi|71 164894 gi|71 164893 [Homo sapiens]
gi 4758206 gi 187608704 dual specificity Phosphatase 2 [Homo sapiens] gi 5730009 gi 1 15387097 ret finger protein [Homo sapiens]
gi 7657689 gi 21327683 YME1 -Iike 1 isoform 3 [Homo sapiens]
CDK5 regulatory subunit associated protein 3 gi|28872792 gi|28872791 [Homo sapiens]
gi 15147333 gi 189458899 tripartite motif-containing 37 protein [Homo sapiens] gi 29826319 gi 29826318 adducin 1 (alpha) isoform a [Homo sapiens]
F-box and leucine-rich repeat protein 15 [Homo gi|190194416 gi|190194415 sapiens]
gi 4758272 gi 46389548 endosulfine alpha isoform 3 [Homo sapiens] gi 166795250 gi 166795249 kinesin family member 2C [Homo sapiens]
widely-interspaced zinc finger motifs [Homo gi|151301 15 gi|151301214 sapiens]
gi 46048234 gi 194294559 nucleolar protein 8 [Homo sapiens]
gi 219842250 gi 219842249 periphilin 1 isoform 8 [Homo sapiens]
huntingtin interacting protein-1 -related [Homo gi|48762942 gi|48762941 sapiens]
protein Phosphatase 1 , catalytic subunit, alpha gi|4506003 gi|45827796 isoform 1 [Homo sapiens]
amyloid precursor-like protein 1 isoform 1 precursor gi|67782338 gi|67782337 [Homo sapiens]
gi 17402896 gi 17402895 RAD51 homolog C isoform 1 [Homo sapiens] gi 5453629 gi 34335254 dynactin 2 [Homo sapiens]
gi 1 1968182 gi 14165467 ribosomal protein S18 [Homo sapiens]
gi 122937289 gi 122937288 kinesin family member 18B [Homo sapiens] gi 155029542 gi 155029541 BEN domain containing 7 isoform 1 [Homo sapiens] guanine nucleotide-binding protein, beta-1 subunit gi|1 1321585 gi|20357526 [Homo sapiens]
B-cell CLL/lymphoma 1 1 B isoform 2 [Homo gi 112597635 gi 112597634 sapiens]
cyclin-dependent kinase inhibitor 2C (p18, inhibits gi|4502751 gi 117981697 CDK4), isoform CRA_b [Homo sapiens] myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia 4 gi|7662046 gi|7662045 [Homo sapiens]
gi 37537687 gi 37537686 zinc finger protein 444 [Homo sapiens]
gi 133922582 gi 133922581 zinc finger protein 358 [Homo sapiens]
inhibitor of growth family, member 4 isoform 3 gi|189083826 gi 1189083825 [Homo sapiens]
gi 1 10224479 gi 1 10224478 prosaposin isoform c preproprotein [Homo sapiens] gi 21264343 gi 21264342 scaffold attachment factor B [Homo sapiens] gi 14670375 gi 14670374 SCG10-like-protein [Homo sapiens]
gi 12545395 gi 94721348 islet cell autoantigen 1 [Homo sapiens]
ADP-ribosylation factor-like protein 16 [Homo gi|91 199552 gi|91 199551 sapiens]
gi 21614499 gi 161702984 ezrin [Homo sapiens]
DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily B, member 1 gi|5453690 gi|5453689 [Homo sapiens]
gi 20070228 gi 39725676 nucleobindin 1 [Homo sapiens]
myosin, heavy Polypeptide 9, non-muscle [Homo gi 112667788 gi|225703132 sapiens]
gi 5902158 gi 215422343 ring finger protein 1 13A [Homo sapiens]
v-akt murine thymoma viral oncogene homolog 1 gi|6224101 1 gi|62241010 [Homo sapiens]
gi 2773491 1 gi 27734910 DAZ interacting protein 1 -like [Homo sapiens]
glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase [Homo gi|7669492 gi|83641890 sapiens]
gi 7657514 gi 21314660 GTP-binding protein RHO6 [Homo sapiens]
protein kinase, cAMP-dependent, regulatory, type I, gi|38257139 gi|38257138 beta [Homo sapiens]
gi 23503295 gi 26787971 casein kinase 2, beta Polypeptide [Homo sapiens] gi 20128774 gi 47519746 mitogen-activated protein kinase 1 1 [Homo sapiens] gi 4759274 gi 215422360 thioredoxin-like 1 [Homo sapiens]
ATP synthase, H+ transporting, mitochondrial F1 gi|32189394 gi|50345985 complex, beta subunit precursor [Homo sapiens]

Claims

Patentansprüche
Verwendung der MarkerSequenzen zur Diagnose von
Multiple Sklerose, wobei mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 308 und / oder SEQ la-308a oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon an oder von einem zu untersuchenden Patienten bestimmt wird.
Verwendung der MarkerSequenzen zur Diagnose von
Multiple Sklerose nach Anspruch 1, wobei die Probe von einem zu untersuchenden Patienten aus Liquor
cerebrospinalis (CSF) gewonnen wird.
3. Verwendung der MarkerSequenzen zur Diagnose von
Multiple Sklerose nach Anspruch 1 oder 2, dadurch gekennzeichnet, dass mindestens 2 bis 5 oder 10, vorzugsweise 30 bis 50 Markersequenzen oder 50 bis 100 oder mehr MarkerSequenzen an oder von einem zu
untersuchenden Patienten bestimmt wird.
Verwendung der MarkerSequenzen zur Diagnose von
Multiple Sklerose nach Anspruch 1, dadurch
gekennzeichnet, dass die Bestimmung mittels in-vitro Diagnose erfolgt.
Verwendung einer Markersequenz einer cDNA jeweils ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 308 und / oder SEQ la-308a oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon als Diagnostikum . Verwendung der MarkerSequenzen zur Diagnose von
Multiple Sklerose nach einem der vorhergehenden
Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, dass die
MarkerSequenzen auf einem festen Träger aufgebracht werden, insbesondere einen Filter, eine Membran, ein magnetisches oder Fluorophor-markiertes Kügelchen, ein Silizium-Wafer , Glas, Metall, Kunststoff, ein Chip, ein massenspektrometrisches Target oder eine Matrix.
Verfahren zur Diagnose von Multiple Sklerose, wobei a. ) mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 308 und / oder SEQ la-308a oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon auf einem festen Träger aufgebracht wird und
b. ) mit Körperflüssigkeit oder Gewebeauszug eines
Patienten in Kontakt gebracht wird und
c. ) der Nachweis einer Wechselwirkung der
Körperflüssigkeit oder Gewebeauszug mit den
MarkerSequenzen aus a.) erfolgt.
Verfahren zur Diagnose von Multiple Sklerose nach
Anspruch 7, wobei in einem weiteren Schritt
repräsentierte Markersequenzen, insbesondere Proteine, mit Autoantikörpern aus Nicht-Multiple Sklerose
Patienten normalisiert werden. 9. Verfahren zum Stratifizieren, insbesondere zur
Risikostratifizierung, oder zur Therapiesteuerung eines Patienten mit Multiple Sklerose, wobei mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 308 und / oder SEQ la-308a oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon an einem zu untersuchenden Patienten bestimmt wird.
10. Verfahren nach Anspruch 7, wobei das Stratifizieren
oder die Therapiesteuerung Entscheidungen zur
Behandlung und Therapie des Patienten, insbesondere Hospitalisierung des Patienten, Einsatz, Wirkung und / oder Dosierung eines oder mehrerer Arzneimittel, eine therapeutische Maßnahme oder die Überwachung eines Krankheitsverlaufes sowie Therapieverlauf, Ätiologie oder Klassifizierung einer Erkrankung samt Prognose umfasst .
11. Anordnung von MarkerSequenzen enthaltend mindestens
eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 308 und / oder SEQ la-308a oder jeweils ein dafür kodierendes Protein.
12. Anordnung nach Anspruch 11, dadurch gekennzeichnet, dass mindestens 2 bis 5 oder 10, vorzugsweise 30 bis 50 MarkerSequenzen oder 50 bis 100 oder mehr
MarkerSequenzen enthalten sind.
13. Anordnung nach Anspruch 11, dadurch gekennzeichnet, dass die Markersequenzen als Clone vorliegen.
14. Assay, Proteinbiochip bestehend aus einer Anordnung
nach Anspruch 11, dadurch gekennzeichnet, dass die MarkerSequenzen auf einem festen Träger aufgebracht sind .
15. Verwendung einer Anordnung nach einem der Ansprüche 11 bis 13 oder einem Assay nach Anspruch 14 zum
Identifizieren und Charakterisieren einer Substanz für Multiple Sklerose enthaltend Mittel zum Nachweis eines Bindungserfolges, dadurch gekennzeichnet, dass eine Anordnung oder Assay mit a.) mindestens einer zu untersuchenden Substanz in Kontakt gebracht wird und b.) ein Bindungserfolg nachgewiesen wird.
16. Verwendung einer Anordnung nach einem der Ansprüche 11 bis 13 oder einem Assay nach Anspruch 14 zum Screenen von Wirkstoffen für Multiple Sklerose.
17. Diagnostika zur Diagnose von Multiple Sklerose, jeweils ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 308 und / oder SEQ la-308a oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon.
18. Target zur Behandlung und Therapie von Multiple
Sklerose, jeweils ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 308 und / oder SEQ la-308a oder jeweils ein dafür
kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon.
19. Verwendung einer Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1 - 308 und / oder SEQ la-308a oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon als
Affinitätsmaterial zur Durchführung einer Apherese oder Blutwäsche für Patienten mit Multiple Sklerose.
EP11779356.2A 2010-10-01 2011-10-04 Markersequenzen für multiple sklerose und deren verwendung Withdrawn EP2622350A2 (de)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP11779356.2A EP2622350A2 (de) 2010-10-01 2011-10-04 Markersequenzen für multiple sklerose und deren verwendung

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP10186327A EP2437060A1 (de) 2010-10-01 2010-10-01 Markersequenzen für Multiple Sklerose und deren Verwendung
PCT/EP2011/067285 WO2012042062A2 (de) 2010-10-01 2011-10-04 Markersequenzen für multiple sklerose und deren verwendung
EP11779356.2A EP2622350A2 (de) 2010-10-01 2011-10-04 Markersequenzen für multiple sklerose und deren verwendung

Publications (1)

Publication Number Publication Date
EP2622350A2 true EP2622350A2 (de) 2013-08-07

Family

ID=43479664

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
EP10186327A Withdrawn EP2437060A1 (de) 2010-10-01 2010-10-01 Markersequenzen für Multiple Sklerose und deren Verwendung
EP11779356.2A Withdrawn EP2622350A2 (de) 2010-10-01 2011-10-04 Markersequenzen für multiple sklerose und deren verwendung

Family Applications Before (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
EP10186327A Withdrawn EP2437060A1 (de) 2010-10-01 2010-10-01 Markersequenzen für Multiple Sklerose und deren Verwendung

Country Status (3)

Country Link
US (1) US20130244897A1 (de)
EP (2) EP2437060A1 (de)
WO (1) WO2012042062A2 (de)

Families Citing this family (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US10261086B2 (en) * 2013-01-10 2019-04-16 Amrita Vishwa Vidyapeetham Differential cerebrospinal fluid reactivity to PFDN5-alpha for detection of B-cell acute lymphoblastic leukemia
US10975440B2 (en) 2015-04-20 2021-04-13 Cellecta, Inc. Experimentally validated sets of gene specific primers for use in multiplex applications
US11655510B2 (en) 2015-04-20 2023-05-23 Cellecta, Inc. Experimentally validated sets of gene specific primers for use in multiplex applications
EP3586866A1 (de) * 2018-06-28 2020-01-01 Universität Zürich Immunodominante proteine und fragmente bei multipler sklerose
WO2020036926A1 (en) 2018-08-17 2020-02-20 Cellecta, Inc. Multiplex preparation of barcoded gene specific dna fragments

Family Cites Families (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE69921982T2 (de) 1998-04-30 2005-12-29 MAX-PLANCK-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. Neuartiges verfahren zur identifizierung von klonen mit einer gewünschten biologischen eigenschaft, ausgehend von einer expressionsgenbank
EP1073771B1 (de) 1998-04-30 2004-12-01 Max-Planck-Gesellschaft Zur Förderung Der Wissenschaften E.V. Neue methode zur selektion von klonen einer expressionsbibliothek mittels "rearraying"
US6783969B1 (en) * 2001-03-05 2004-08-31 Nuvelo, Inc. Cathepsin V-like polypeptides
DE102006027259A1 (de) * 2006-06-09 2007-12-13 Protagen Ag Protein-Biochip zum differentiellen Screenen von Protein-Protein-Wechselwirkungen
JP2010510528A (ja) * 2006-11-22 2010-04-02 ライフ テクノロジーズ コーポレーション 自己免疫疾患のバイオマーカー
DE102008007422A1 (de) * 2007-02-01 2008-08-07 Protagen Ag Stratifizierung und Therapiesteuerung eines Patienten mittels Proteinbiochips
MX2009011007A (es) * 2007-04-12 2009-12-04 Apitope Int Nv Biomarcadores para esclerosis multiple.
DE102007041657A1 (de) 2007-09-03 2009-03-05 Protagen Ag Markersequenzen für Multiple Sklerose und deren Verwendung
WO2010065940A1 (en) * 2008-12-04 2010-06-10 The Regents Of The University Of California Materials and methods for determining diagnosis and prognosis of prostate cancer

Non-Patent Citations (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
DATABASE Geneseq [online] 12 August 2004 (2004-08-12), "Reference mRNA sequences for marker probe #257.", XP002736769, retrieved from EBI accession no. GSN:ADP10580 Database accession no. ADP10580 *
DATABASE Geneseq [online] 14 May 2009 (2009-05-14), "Rheumatoid arthritis diagnostic marker cDNA, SEQ ID 356.", XP002736764, retrieved from EBI accession no. GSN:AWJ03585 Database accession no. AWJ03585 *
DATABASE Geneseq [online] 18 November 2004 (2004-11-18), "Tumour-associated antigenic target (TAT) cDNA DNA325537, SEQ ID NO:3355.", XP002736768, retrieved from EBI accession no. GSN:ACN39298 Database accession no. ACN39298 *
DATABASE Geneseq [online] 19 January 1991 (1991-01-19), "Sequence of plasmid pDS781/RBSII,6xHis.", XP002736767, retrieved from EBI accession no. GSN:AAQ06305 Database accession no. AAQ06305 *
DATABASE Geneseq [online] 23 September 2010 (2010-09-23), "Human plexin B2 (PLXNB2) gene, SEQ:59", XP002736766, retrieved from EBI accession no. GSN:AYJ37336 Database accession no. AYJ37336 *
DATABASE Geneseq [online] 25 February 2003 (2003-02-25), "Human cDNA #149 differentially expressed in activated vascular tissue.", XP002736770, retrieved from EBI accession no. GSN:ABX63149 Database accession no. ABX63149 *
DATABASE Geneseq [online] 27 March 2001 (2001-03-27), "Human breast and ovarian cancer associated antigen gene SEQ ID 92", XP002736771, retrieved from EBI accession no. GSN:AAF21705 Database accession no. AAF21705 *
DATABASE Geneseq [online] 4 September 2008 (2008-09-04), "Human DNA SEQ ID:269.", XP002736763, retrieved from EBI accession no. GSN:ASP99928 Database accession no. ASP99928 *
DATABASE Geneseq [online] 5 February 2009 (2009-02-05), "Human Nucleobindin 1 cDNA, SEQ: 544.", XP002736762, retrieved from EBI accession no. GSN:ATZ64391 Database accession no. ATZ64391 *
DATABASE Geneseq [online] 8 May 2002 (2002-05-08), "Human cDNA for novel secreted protein, SEQ ID 447.", XP002736765, retrieved from EBI accession no. GSN:ABK34678 Database accession no. ABK34678 *
See also references of WO2012042062A2 *

Also Published As

Publication number Publication date
US20130244897A1 (en) 2013-09-19
WO2012042062A2 (de) 2012-04-05
WO2012042062A3 (de) 2012-06-21
EP2437060A1 (de) 2012-04-04

Similar Documents

Publication Publication Date Title
WO2011039289A1 (de) Markersequenzen für pankreaskrebserkrankungen, pankreaskarzinom und deren verwendung
EP2627782A2 (de) Markersequenzen für systemischer lupus erythematodes und deren verwendung
EP2791681A2 (de) Verfahren zur identifizierung von markersequenzen für gynäkologisches malignom
EP2622350A2 (de) Markersequenzen für multiple sklerose und deren verwendung
US20130217591A1 (en) Marker Sequences for Inflammatory Prostate Diseases, Prostate Carconoma and Their Use
EP2884278A2 (de) Markersequenzen für rheumatoide Arthritis und deren Verwendung
EP2831275A1 (de) Markersequenzen für rheumatoide arthritis
DE102007062847A1 (de) Markersequenzen für neurodegenerative Erkrankungen und deren Verwendung
EP2627783A2 (de) Markersequenzen für multiple sklerose und deren verwendung
EP3147663A2 (de) Markersequenzen für multiple sklerose und deren verwendung
WO2013072393A2 (de) Neues verfahren zur identifizierung von spezifischen markersequenzen für prostatakrebs
WO2012107596A2 (de) Markersequenzen für die diagnose von prostatakarzinom und deren verwendung
EP2644704A1 (de) Markersequenzen für Rheumatoide Arthritis
EP2275568A1 (de) Markersequenzen für Adipositas und deren Verwendung

Legal Events

Date Code Title Description
PUAI Public reference made under article 153(3) epc to a published international application that has entered the european phase

Free format text: ORIGINAL CODE: 0009012

17P Request for examination filed

Effective date: 20130502

AK Designated contracting states

Kind code of ref document: A2

Designated state(s): AL AT BE BG CH CY CZ DE DK EE ES FI FR GB GR HR HU IE IS IT LI LT LU LV MC MK MT NL NO PL PT RO RS SE SI SK SM TR

DAX Request for extension of the european patent (deleted)
PUAG Search results despatched under rule 164(2) epc together with communication from examining division

Free format text: ORIGINAL CODE: 0009017

17Q First examination report despatched

Effective date: 20150311

17Q First examination report despatched

Effective date: 20150324

17Q First examination report despatched

Effective date: 20150330

B565 Issuance of search results under rule 164(2) epc

Effective date: 20150330

STAA Information on the status of an ep patent application or granted ep patent

Free format text: STATUS: EXAMINATION IS IN PROGRESS

STAA Information on the status of an ep patent application or granted ep patent

Free format text: STATUS: THE APPLICATION IS DEEMED TO BE WITHDRAWN

18D Application deemed to be withdrawn

Effective date: 20161124