EP2791681A2 - Verfahren zur identifizierung von markersequenzen für gynäkologisches malignom - Google Patents

Verfahren zur identifizierung von markersequenzen für gynäkologisches malignom

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Publication number
EP2791681A2
EP2791681A2 EP12816261.7A EP12816261A EP2791681A2 EP 2791681 A2 EP2791681 A2 EP 2791681A2 EP 12816261 A EP12816261 A EP 12816261A EP 2791681 A2 EP2791681 A2 EP 2791681A2
Authority
EP
European Patent Office
Prior art keywords
homo sapiens
protein
sequences
malignancy
gynecological
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Withdrawn
Application number
EP12816261.7A
Other languages
English (en)
French (fr)
Inventor
Angelika LÜKING
Axel Kowald
Annabel HÖPNER
Peter Schulz-Knappe
Christian Scheer
Heidelinde Fiegl
Günter Daxenbichler
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Protagen GmbH
Original Assignee
Protagen GmbH
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Protagen GmbH filed Critical Protagen GmbH
Priority to EP12816261.7A priority Critical patent/EP2791681A2/de
Publication of EP2791681A2 publication Critical patent/EP2791681A2/de
Withdrawn legal-status Critical Current

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Classifications

    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • G01N33/57411—Specifically defined cancers of cervix

Definitions

  • the present invention relates to a method for
  • diagnostic devices containing marker sequences for gynecological malignancy, in particular an assembly and a protein array and their use. Furthermore, the
  • Protein arrays are gaining increasing industrial importance in analytics and diagnostics as well as in pharmaceutical development. Protein arrays have become established as screening tools.
  • Protein arrays make it necessary to have the required proteins available.
  • protein expression libraries have been established for this purpose. High throughput z cloning of defined open reading frames is one
  • Affinity epitopes or proteins on the one hand for the specific detection of the recombinant fusion proteins by means of a directed against the affinity epitope
  • Antibody on the other hand becomes the specific one
  • antibody-presenting arrays are also described (Lal et al (2002) Antibody arrays: An embryonic but growing technology, DDT, 7, 143-149, Kusnezow et al., (2003) Antibody microarrays: An evaluation of production parameters, proteomics, 3, 254-264).
  • Cervical or cervical cancer is a malignant tumor of the cervix (cervix uteri). It is the second most common malignant tumor in women worldwide. Histologically, the majority of cases are squamous cell carcinoma. The most common cause of cervical cancer is infection with certain types of human papillomavirus (HPV). The cervical carcinoma initially causes no pain, only occasionally occur slight spotting. Only when the tumor grows larger and decays with ulceration, it comes to meaty, sweet-smelling discharge. In the early stages is the
  • Cervical cancer is most commonly diagnosed between the ages of 45 and 55 years, but precursors can occur in 20 to 30-year-old women.
  • the mean age of first diagnosis of cervical carcinoma has dropped by 14 years in the last 25 years and is currently around 52 years. In the
  • the age distribution was changed because the diagnosis was much more common in women between 25 and 35 years of age than in women over 65 years of age.
  • the disease can also occur during pregnancy.
  • the incidence is 1.2 per 10,000 pregnancies. It is believed that a large part of the
  • Cervical cancer is caused by the human papillomavirus (HPV).
  • HPV human papillomavirus
  • An early detection test is the Papa test. However, only 2 to 8 percent of HIV-infected women develop cell changes that are a precursor to cancer or even a carcinoma.
  • tissue pieces These are either by a targeted sampling from a noticeable in colposcopy area on the cervix, a conization after repeated conspicuous Papa test or obtained a scraping on suspicion of a change in the cervical canal.
  • US 2005/221342 Al discloses SEQ ID. No. 538 of the present invention and generally also the use of this sequence, but not the specific application in gynecologic malignancy.
  • gynecological malignancies especially cervical carcinoma is an early diagnosis for the rest Disease course and prognosis crucial.
  • Gynecological malignancy especially for cervical carcinoma. It is the object of the present invention to provide improved means for early detection and therapy control in gynecological malignancy.
  • the invention relates to a method for the identification of marker sequences for gynecological malignancy, characterized in that a. Marker sequence candidates for gynecological malignancy
  • Identifying proteins that interact with the serum (marker sequence candidates), and b. the interaction of one or more marker sequence candidates from a. is determined with the serum of patients with gynecologic malignancy compared to the interaction of / the marker sequence candidate from a. with the serum of patients with benign
  • Marker sequences are identified as having a different interaction with the serum of gynecological malignant patients than with serum from Patients with benign changes and serum from healthy controls.
  • the method of the invention identifies marker sequences that are more specific, e.g. because they are also suitable for the discrimination of gynecologic malignancy of benign changes of the tissue (benign change). Furthermore, those with the aid of the method according to the invention
  • the invention also relates to the
  • the invention provides marker sequences for gynecological malignancy obtainable by a method according to the invention and selected from
  • Sequences comprising SEQ ID o. 1-1467 and partial sequences of SEQ ID No. 1-1467 with at least 90%, preferably 95% of the length of the sequences SEQ ID NO. 1 - 1467 and homologs of SEQ ID No. 1- 1467 and their partial sequences with an identity of at least 95%, preferably 98% or more to the
  • the invention also provides an arrangement comprising one or more marker sequences according to the invention.
  • the invention also provides a protein array comprising one or more marker sequences according to the invention.
  • the invention also provides a diagnostic agent comprising one or more marker sequences according to the invention and
  • the invention also provides a test kit comprising one or more marker sequences according to the invention and
  • the invention is also an inventive
  • the invention also provides an inventive
  • the invention is also an inventive
  • the invention also provides a test kit according to the invention, characterized in that 2 or 3, preferably 4 or 5, particularly preferably 7 or 8 or more different marker sequences for gynecological malignancy are used simultaneously.
  • the invention also provides the use of one or more marker sequences according to the invention, one
  • Protein arrays Protein arrays, a diagnostic agent according to the invention or a test kit according to the invention for early detection, diagnosis, prognosis, therapy control and / or aftercare
  • the invention also provides the use of one or more marker sequences according to the invention, one
  • Protein arrays a diagnostic agent according to the invention or a test kit according to the invention for distinguishing gynecological malignancy from benign changes.
  • the invention also provides the use of one or more marker sequences according to the invention, one
  • Protein arrays Protein arrays, a diagnostic agent according to the invention or a test kit according to the invention for individualized
  • the invention also provides the use of one or more marker sequences according to the invention, one
  • Protein arrays a diagnostic agent according to the invention or a test kit according to the invention for detecting and / or determining the amount of one or more autoantibodies associated with gynecological malignancy,
  • the invention also provides the use of one or more marker sequences according to the invention, one
  • Protein arrays Protein arrays, a diagnostic agent of the invention or a test kit according to the invention for the analysis of
  • Autoantibodies and / or for monitoring changes in autoantibody profiles for example in body fluids such as serum, tissue or tissue extracts of the patient.
  • the invention also provides the use of one or more marker sequences according to the invention, one
  • Protein arrays Protein arrays, a diagnostic agent of the invention or a test kit according to the invention for the screening of substances (drugs) for gynecological malignancy.
  • the invention also relates to a target for the treatment and / or therapy of gynecological malignancy, wherein the target is obtained from the marker sequences according to the invention SEQ ID No. 1-1467 and partial sequences of SEQ ID No. 1-1467 with at least 90%, preferably 95% of the length of the sequences SEQ ID NO. 1 - 1467 and homologs of SEQ ID No. 1-1467 and theirs
  • Nucleic acid and / or protein sequences is selected.
  • the invention also provides a method for
  • one or more marker sequence (s) selected from the group comprising the sequences SEQ ID NO. 1 - 1467 and
  • the invention relates to the use of one or more marker sequence (s) for gynecological malignoma for
  • the invention relates to the use of one or more gynecological marker sequence (s) according to the invention
  • the invention relates to the use of one or more gynecological marker sequence (s) according to the invention
  • Malignant are associated, for example, in body fluid or tissue of a patient.
  • the invention also relates to the marker sequence for gynecological malignoma selected from the sequences
  • SEQ ID No. 1 - 489 comprising SEQ ID No. 1 - 489 and partial sequences of SEQ ID No. 1-489 with at least 90%, preferably 95% of the length of the sequences SEQ ID NO. 1 - 489 and homologs of SEQ ID No. 1-489 and their partial sequences with an identity of at least 95%, preferably 98% or more, to the corresponding ones
  • the invention relates to an arrangement of one or more marker sequence (s) for gynecological malignancy on a support for the early detection, diagnosis, prognosis and / or therapy control in gynecological malignancy wherein the
  • Marker sequence (s) for gynecological malignancy is / are selected from the group of proteins SEQ ID No. 979-1467 and the proteins encoded by sequences SEQ ID NO. 1-978 and encoded by partial sequences of SEQ ID NO. 1-978 with at least 90%, preferably 95% or more of the length of the sequences SEQ ID No. 1-978 and encoded by homologues of SEQ ID NO. 1-978 and their partial sequences with an identity of at least 95%, preferably 98% or more to the
  • the invention relates to an arrangement according to the invention, wherein the marker sequence (s) for gynecological malignancy is / are applied to a solid carrier, in particular a filter, a membrane, a magnetic or fluorophore-labeled bead, a silicon wafer, glass, metal, Plastic, a chip, a mass spectrometric target or a matrix.
  • a solid carrier in particular a filter, a membrane, a magnetic or fluorophore-labeled bead, a silicon wafer, glass, metal, Plastic, a chip, a mass spectrometric target or a matrix.
  • the invention relates to an arrangement according to the invention or an inventive use of one or more marker sequence (s) for gynecological malignancy, wherein the marker sequence (s) for gynecological malignancy is / are present as clone (s).
  • the subject of the invention is also an assay or
  • Protein biochip comprising an arrangement according to the invention or one or more marker sequence (s) for gynecological malignancy according to the invention.
  • the invention also provides a diagnostic (test kit) for the early detection and / or diagnosis of gynecological
  • An assay or protein array according to the invention or one or more gynecological malignoma marker sequence (s) selected from the group comprising SEQ ID Nos. 1-1467 and partial sequences of SEQ ID Nos. 1-1467 with at least 90%, preferably 95% of the length of the sequences SEQ ID No. 1 - 1467 and homologs of SEQ ID No. 1-1467 and theirs
  • the invention also provides a method for
  • gynecologic malignancy by comparative analysis of signals resulting from contact of the marker sequence candidates with body fluid or tissue extract of a patient with gynecologic malignancy and Body fluid or tissue extract of a patient without gynecological malignancy,
  • Gynecological malignancy using a protein array d. Selection of marker sequences for gynecologic malignancy, characterized in that they include
  • the invention relates to an arrangement of marker sequences for gynecological malignancy on a support for early detection, diagnosis, prognosis, therapy control with one or more different marker sequences for gynecological malignoma selected from the group of the proteins SEQ ID No. 979 to 1467 and / or partial sequences of these proteins and / or encoded by sequences SEQ ID no. 1 - 489 (clone sequences, cDNA) and / or encoded by sequences SEQ ID. No.
  • RNA sequences and / or encoded by partial sequences of SEQ ID. No. 1-978.
  • proteins SEQ ID No. 979 to 1467 and / or partial sequences of these proteins and / or proteins encoded by sequences SEQ ID NO. 1 - 489 and / or proteins encoded by sequences SEQ ID. No. 490-978 are proteins SEQ ID No. 979 to 1467 and / or partial sequences of these proteins and / or proteins encoded by sequences SEQ ID NO. 1 - 489 and / or proteins encoded by sequences SEQ ID. No. 490-978
  • the invention thus provides a panel of marker sequences for gynecologic malignancies that can be used as part of an individualized diagnosis and therapy to treat different patients, patient groups, cohorts, population groups, variants of gynecological Malignoma, etc. specifically and individually adjusted
  • the invention also provides the use of one or more marker sequences for gynecological malignoma selected from the group comprising SEQ ID o. 1-1467 and partial sequences of SEQ ID No. 1-1467 with at least 90%, preferably 95% of the length of the sequences SEQ ID No. 1 - 1467 and homologs of SEQ ID No. 1- 1467 and their partial sequences with an identity of at least 95%, preferably 98% or more to the corresponding nucleic acid and / or
  • Protein sequences in particular of the proteins SEQ ID No. 979 to 1467 and / or partial sequences of these proteins and / or encoded by sequences SEQ ID no. 1 - 489 and / or encoded by sequences SEQ ID. No. 490-978 and / or coded by
  • the arrangement / use according to the invention comprises 2 or 3, preferably 4 or 5, more preferably 7 or 8 or more different marker sequences for gynecological malignancy.
  • the arrangement / use can be 9 or 10 or more
  • the invention thus also relates to an arrangement / use where at least 2 to 5 or 10, preferably 30 to 50, marker sequences for gynecological malignancy or 50 to 100 or more marker sequences for
  • a preferred embodiment of the invention relates to an arrangement / use, characterized in that the
  • Marker sequences for gynecological malignancy are applied to a solid support, in particular a filter, a membrane, a bead, for example a magnetic or fluorophore-labeled bead, a silicon wafer, glass, metal, plastic, a chip, a mass spectrometric target or a matrix ,
  • a filter or a bead is preferred according to the invention.
  • the filter is PVDF, nitrocellulose or nylon (e.g., Immobilon P Millipore, Protran Whatman, Hybond N + Amersham).
  • the invention relates to the use of
  • Marker sequences for gynecological malignancy for the diagnosis of gynecological malignancy, wherein at least one marker sequence for gynecological malignoma of a DNA, in particular cDNA selected from the group SEQ ID No. 1-489 or RNA selected from the group 490-978 or a partial sequence or a homologous sequence thereof on or to a patient to be examined.
  • marker sequences for gynecological malignancy also called marker sequences according to the invention
  • the marker sequences according to the invention for gynecological malignancy could by means of differential screening of samples and healthy subjects with patient samples with
  • Protein array (see examples) can be identified.
  • gynecologic malignancy includes a group of diseases that may be precursors to gynecologic malignancy and their establishment as gynecological
  • Malignancy Included are malignant diseases of the genital tract in women, especially malignant diseases of the
  • Cervix such as cervical carcinoma, in particular invasive cervical carcinoma (definition eg according to Pschyrembel, de Gruyter, 263th edition (2012), Berlin). Variants of gynecologic malignancy and stages of gynecologic malignancy are also defined in the Pschyrembel. In a further embodiment of the invention (eg
  • Marker sequences for gynecological malignancy may also be combined, augmented or augmented with known biomarkers for this indication. However, at least 50%, preferably 60%, more preferably 70% or more
  • the arrangement according to the invention, the assay and protein array according to the invention and the use according to the invention represent at least 75%, preferably 80% or 85%, particularly preferably 90% or 95% of marker sequences according to the invention.
  • the determination of the marker sequences for gynecological malignancy outside the human body and the determination is carried out in an ex vivo / in vitro diagnosis.
  • the invention also relates to an assay or protein array comprising an arrangement / use according to the invention.
  • the invention relates to a diagnostic device and / or an assay, in particular a protein array for
  • the invention also relates to the use of a
  • the invention also provides a diagnostic (test kit) for the early detection and / or diagnosis of gynecological
  • Malignancy and / or prognosis and / or prediction of the risk of metastasis formation in gynecological malignant comprising, for example, an inventive arrangement preferably on a support or an assay according to the invention or
  • the invention is also a
  • test kit for therapy monitoring and / or follow-up in gynecological malignancy.
  • the invention relates to the use of marker sequences for
  • gynecological malignancy as a diagnostic agent, wherein at least one marker sequence of a cDNA selected from the group SEQ ID no. 1-489 (clone sequences) or SEQ ID No. 490-978 (RNA) or one each by SEQ ID No. 1-978 is a coded protein or a partial sequence or fragment thereof.
  • the invention also provides a method for
  • the invention relates to a method for the early detection and diagnosis of gynecological malignancy wherein a. ) at least one marker sequence for gynecological malignancy of a cDNA selected from the group SEQ ID No. 1-489 (clone sequences) or SEQ ID No. 490-978 (RNA) or a
  • Partial sequence of SEQ ID. No. 1-978 is applied to a carrier and b. ) is brought into contact with body fluid or tissue extract of a patient and c.) the detection of an interaction of the body fluid or tissue extract with the marker sequences from a.).
  • One or more marker sequences for gynecologic malignancy are used in a diagnostic and / or diagnostic procedure.
  • the detection of an interaction of the body fluid or the tissue extract with the marker sequences or sequences for gynecological malignancy can be done for example by a probe, in particular by an antibody.
  • the invention also provides a method for
  • a particular embodiment of the invention relates to the method, wherein the stratifying or
  • Surveillance of disease progression and therapy, etiology or classification of a disease including prognosis includes.
  • the invention relates to a method for
  • Nucleic acid for example cDNA selected from the group SEQ ID no. 1-489 (clone sequences) or SEQ ID No. 490-978 (RNA) or in each case a protein encoded thereby or in each case a partial sequence of SEQ ID No. 1 - 978 on one too
  • the invention relates to a method for stratifying, in particular for risk stratification and / or therapy control of a
  • gynecological malignancy wherein at least one marker sequence of a DNA, cDNA selected from the group SEQ ID no. 1-489 (clone sequences) or SEQ ID No. 490-978 (RNA or DNA) or a subsequence thereof is used to detect, identify, monitor, and monitor autoantibodies and / or autoantibody profiles associated with gynecologic malignancy in the patient.
  • Autoantibody profiles include the amount of one or more
  • Therapy control also includes the classification of
  • Diagnosis in the sense of this invention means the positive detection of gynecological malignancy by means of
  • Marker sequences according to the invention for gynecological malignancy and the assignment of patients to gynecological malignancy includes medical diagnostics and related investigations, in particular in vitro diagnostics and laboratory diagnostics, also proteomics and
  • diagnosis also includes the
  • Stratification also: stratification or therapy control
  • stratification means that, for example, the methods according to the invention allow decisions for the treatment and therapy of the patient, be it hospitalization of the patient, use, effect and / or dosage of one or more drugs, a therapeutic one Measure or the monitoring of a course of disease as well as course of therapy or etiology or classification of a disease, eg in a new or existing subtype or the differentiation of diseases and their patients.
  • the term "stratification" includes in particular the
  • Prognosis means the prediction of disease progression, for example the prediction of recurrence-free survival, overall survival, the risk of metastasis formation.
  • patient is understood to mean any subject - human or mammal - with the proviso that the test person is being examined for gynecological malignancy.
  • patient is understood to mean any female subject.
  • healthy or “control” or “healthy control person” is any subject,
  • marker sequence for gynecological malignancy in the sense of this invention means that the nucleic acid, for example DNA, in particular cDNA or RNA or the
  • Body fluid or tissue extract of a patient with gynecological malignancy e.g., antigen (epitope) / antibody (paratope) interaction.
  • gynecological malignancy e.g., antigen (epitope) / antibody (paratope) interaction.
  • marker sequences for gynecologic malignancy may also be distinguished by the fact that they interact with substances from the body fluid or tissue extract of patients with gynecological malignancy, because these substances no longer or at least occur in a significantly smaller amount / concentration in gynecological malignancy or
  • Gynecological malignancies may also be present in healthy volunteers, but their amount varies
  • the marker sequences for gynecological malignancy are therefore biomarkers for gynecological malignancy.
  • the marker sequences for gynecological malignancy are therefore biomarkers for gynecological malignancy.
  • Gynecological malignancies can thus map a profile of substances from body fluid and tissue extract, such as an autoantibody profile for gynecological malignancy.
  • composition and / or the amount or concentration are specific for
  • the gynecological malignancy marker sequence is an antigen or part of an antigen or encodes an antigen or part of an antigen.
  • the marker sequence for gynecologic malignancy recognizes / binds
  • Autoantibodies present (or enhanced) to a lesser extent (or no longer) in the course of the development, establishment and therapy of gynecologic malignancy (hereafter referred to as "autoantibodies for gynecological malignancy”.) Autoantibodies are secreted by the body against endogenous antigens, for example arise in gynecological malignancy, educated. Autoantibodies are being targeted by the body
  • gynecological malignancy are formed and / or upregulated or downregulated in their expression.
  • Autoantibodies associated with gynecological malignancy can be detected using the methods of the invention and marker sequences for gynecologic malignancy and thus serve as an indication for gynecological malignancy. The detection and monitoring of the amount of autoantibodies for
  • Gynecological malignancy in the patient can be used for early detection, diagnosis and / or therapy monitoring / therapy control.
  • These autoantibody profiles associated with gynecologic malignancy can be sufficiently characterized even when using a marker sequence for gynecological malignancy. In other cases, two or more marker sequences for gynecologic malignancy will be necessary to associate with an autoantibody profile
  • the autoantibodies associated with gynecologic malignancy may be detected with gynecologic malignant marker sequences derived from another individual, for example, from a commercial cDNA library, or may be compared to a gold standard.
  • the autoantibodies for gynecologic malignancy may include
  • Autoantibodies can be formed by the patient many years before the onset of the first disease symptoms. This would be an early detection, diagnosis and also prognosis and
  • Devices and means thus allow for very early intervention compared to known methods, which significantly improves prognosis and survival rates.
  • the invention also provides for the detection and monitoring of gynecologic malignancy at any stage of development and treatment, as well as gynecologic malignancy follow-up monitoring.
  • the agents according to the invention also allow easy handling, e.g. at home, by the patient himself and the cost-effective routine care
  • Marker sequence for gynecological malignancy sufficient, while in other cases, at least two or more marker sequences for gynecological malignancy must be used together or in combination to a meaningful
  • gynecological malignant for example in the serum / plasma has the advantage over other biomarkers of a high Stability and shelf life and good traceability. Also, the presence of autoantibodies is not subject to a circadian rhythm, so sampling is independent of time of day, food intake, and the like. In addition, autoantibodies associated with gynecologic malignancy with the help of the corresponding
  • Antigens / autoantigens in known assays e.g. ELISA or Western Blot can be detected and the results are checked.
  • Marker sequence for gynecological malignancy is selected "that an interaction is detected
  • Interaction is e.g. a binding, in particular a binding substance to at least one marker sequence for
  • gynecologic malignancy or, in the case where the marker sequence for gynecologic malignancy is a nucleic acid, for example a cDNA, hybridization with a suitable
  • Hybridization conditions are: hybridization in 4 x SSC at 65 ° C (alternatively in 50% formamide and 4X SSC at 42 ° C), followed by several washes in 0.1 x SSC at 65 ° C for a total of about one hour.
  • An example of less stringent hybridization conditions is hybridization in 4 x SSC at 37 ° C, followed by several washes in 1 x SSC
  • Tissue extraction of a patient and the marker sequences for gynecological malignancy is preferably a protein-protein interaction.
  • Such substances for example antigens, autoantigens,
  • Autoantibodies associated with gynecological malignancy are part of a body fluid according to the invention.
  • blood especially blood, whole blood, blood plasma, blood serum,
  • Synovial fluid or a tissue extract for example from tumor tissue of the patient.
  • the invention relates to Synovial fluid or a tissue extract, for example from tumor tissue of the patient.
  • the marker sequences for gynecologic malignancy or the substances recognized by these marker sequences may be present at a significantly higher or lower expression rate or concentration, indicating gynecological malignancy.
  • Nucleic acid blots the relative expression rates ill / healthy of the marker sequences according to the invention for
  • the protein is preferred for a protein Detection signal an epitope and / or paratope and / or hapten and cDNA for a hybridization or
  • RNA RNA sequences for gynecological malignancy according to the invention.
  • the invention also encompasses the full-length sequences of the gynecological malignoma marker sequences according to the invention as defined above the known database entry according to Table A and in the Sequence Listing, hereinafter called SEQ. 1-1467. Furthermore, therefore, also include analog
  • the marker sequences also include such modifications of the nucleic acid sequence, in particular cDNA sequence and the corresponding amino acid sequence, such as chemical modification, such as citrullination, acetylation, phosphorylation, glycosylation or polyA strand and other modifications known to those skilled in the art.
  • the invention also relates to homologues of the marker sequences for gynecological malignancy and homologues of the partial sequences, For example, fragments of marker sequences for
  • Gynecological malignant marker sequences of at least 70% or 80%, preferably 90% or 95%, more preferably 96% or 97% or more, for example 98% or 99%.
  • Gynecological malignant marker sequences of at least 70% or 80%, preferably 90% or 95%, more preferably 96% or 97% or more, for example 98% or 99%.
  • At least 95%, preferably at least 97%, particularly preferably at least 99%, of the homology in the sequence region in which the antigen-antibody or antigen-autoantibody interaction takes place are for gynecological malignant antigen.
  • the invention also subsequences of
  • Partial sequences also include fragments of the marker sequences according to the invention, partial sequences are those nucleic acids or proteins / peptides which are opposite to the complete nucleic acid or the
  • shortened complete protein / peptide The deletion may be at or near the end and / or within the sequence.
  • partial sequences and / or fragments comprising 50 to 100 nucleotides, 70 to 120 nucleotides of a complete sequence, for example of SEQ ID-1467, are included. Homologs of partial sequences and fragments are also included according to the invention.
  • the marker sequences are for gynecologic malignancy
  • marker sequences for gynecological malignancy which differ from the sequences SEQ ID 1-1-1467 in that they contain one or more insertions, the insertions
  • nucleotides / amino acids for example 1 to 100 or more nucleotides / amino acids, preferably 5 to 50, particularly preferably 10 to 20
  • Nucleotides / amino acids are long and the sequences but otherwise identical or homologous to the sequences 1-1467. Preference according to the invention are partial sequences with
  • the regions may each comprise a total of gynecological malignant marker sequences, i. a sufficient number of different marker sequences for gynecological malignancy, in particular 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 or 10 or more different and optionally further nucleic acids and / or proteins, in particular biomarkers.
  • marker sequences for gynecological malignancy and optionally further nucleic acids and / or proteins, in particular biomarkers on the carrier
  • nucleic acids and / or proteins in particular biomarkers on the carrier.
  • array synonymously means “array”, and insofar as this "array” is used to identify substances on marker sequences for gynecological malignancy, this is preferably to be understood as meaning an "assay” or a diagnostic device.
  • the arrangement is such
  • Arrangements are preferred which allow a high-density arrangement of marker sequences for gynecological malignancy, for example protein binders.
  • the marker sequences for gynecologic malignancy are spotted.
  • Such high density spotted assemblies are disclosed, for example, in WO 99/57311 and WO 99/57312, and may be advantageously used in a robotic automated high throughput method.
  • the term "assay" or diagnostic device also includes such
  • Embodiments of a device such as ELISA, bead-based assay, line assay, Western blot, immunochromatographic
  • Methods e.g., so-called lateral flow immunoassays or similar immunological single or multiplex detection methods.
  • a “protein array” (also protein biochip) in the sense of this
  • the invention is the systematic arrangement of gynaecologic malignoma marker sequences on a solid support, wherein the gynecological malignoma marker sequences are proteins or peptides or portions thereof.
  • the marker sequences for gynecological malignancy of the assembly are fixed to a solid support, but preferably spotted or immobilized even printed, ie
  • One or more marker sequences for gynecological malignancy may be present multiple times in the totality of all marker sequences for gynecological malignancy and be present in different amounts relative to one spot. Furthermore, the marker sequences for
  • the marker sequences for gynecological malignancy are clones.
  • Such clones can be obtained, for example, by means of a cDNA expression library according to the invention (Büssow et al., 1998
  • Expression vectors obtained from an expressing cDNA library consisting of the cDNA marker sequences.
  • Expression vectors preferably contain inducible
  • Promoters Induction of expression may be e.g. by means of an inductor, such as IPTG.
  • an inductor such as IPTG.
  • Expression libraries are known to the person skilled in the art, these can be prepared according to standard works, such as Sambrook et al., Molecular Cloning, Laboratory Handbook, 2nd edition (1989), CSH press, Cold Spring Harbor, New York Further preferred are such expression libraries.
  • expression libraries which can be obtained by exon trapping are also included in the invention.
  • Uniclone® library protein arrays or corresponding expression libraries which have no redundancy
  • Uniclone® library protein arrays or corresponding expression libraries which have no redundancy
  • the clones may not be such as transformed bacteria, recombinant phage or transformed cells of mammals, insects, fungi, yeasts or plants.
  • the clones are fixed on a solid support, spotted or immobilized. Therefore, the invention relates to a
  • marker sequences for gynecological malignancy in the respective form may be present in the form of a fusion protein, which may include at least one
  • the day may be one such as c-myc, his-tag, arg-tag, FLAG, alkaline
  • Phosphatase V5 tag, T7 tag or strep tag, HAT tag, NusA, S tag, SBP tag, thioredoxin, DsbA, a fusion protein,
  • green fluorescent protein maltose binding protein, Calmodulin-binding protein, glutathione S-transferase or lacZ.
  • this invention corresponds to a grid that the order of a microtiter plate (8-12 wells strips, 96 wells, 384 wells or more), one
  • the arrangement is on a bead or a small plate.
  • the invention relates to an assay or protein array for identification and
  • Malignancy characterized in that an arrangement or assay according to the invention is brought into contact with a.) At least one substance to be investigated and b.) A binding success is detected.
  • the substance to be investigated may be any native or non-native biomolecule, a (synthetic) chemical molecule, a natural product, a mixture or a
  • Substance library After the substance under investigation has contacted a marker sequence for gynecological malignancy, the
  • Binding results interactions such as protein-protein interactions (e.g., protein to marker sequence for
  • gynecological malignancy such as antigen / antibody
  • corresponding "means for detecting binding success” can be performed, for example, by fluorescence labeling, biotinization, radioisotope labeling or colloidal gold or latex particle labeling in a conventional manner using secondary antibodies labeled with commercial reporter molecules (eg Cy, Alexa, Dyomics, FITC or similar fluorescent dyes, colloidal gold or latex particles), or reporter enzymes such as alkaline
  • a readout is e.g. by means of a microarray laser scanner, a CCD camera or visually.
  • the invention relates to a drug / drug or prodrug for gynecological malignancy developed and obtainable by the use of a marker sequence according to the invention, an inventive arrangement, a use according to the invention, a
  • the invention is also the use of a
  • Marker sequence for gynecological malignoma selected from the group of proteins SEQ ID No. 979-1467, partial sequences of these proteins and those coding for these proteins Sequences, the sequences SEQ ID No. 1 - 489 and SEQ ID. No. 490-978 and partial sequences of SEQ ID No 1 - 978 as well as of SEQ ID No. 1 - 978 coded proteins as
  • the invention therefore relates to the use of the marker sequences according to the invention, preferably in the form of an arrangement, as an affinity material for carrying out a blood wash in a broader sense, substances from body fluids of a patient with gynecological malignancy, such as blood or plasma, binding to the marker sequences according to the invention and consequently to the body fluid selectively can be withdrawn.
  • the examples are performed using the UNIarray technology platform based on quantitative analysis of autoantibody profiles in serum of gynecological malignant patients.
  • the aim is to systematically identify antigens associated with gynecological malignancy and autoantigens associated with gynecological malignancies (so-called biomarkers), which provide early detection of
  • Marker sequences for gynecological malignancy by means of bioinformatic analysis.
  • the candidates for gynecological malignancy marker sequences are evaluated as discriminating between different subjects (e.g., healthy / unhealthy) / patient groups (e.g., low / high risk of metastasis) / cohorts (e.g., particular history).
  • the marker sequence candidates will be on a
  • Biochip applied and validated.
  • the data analysis takes place via statistical analyzes, for example
  • This biochip includes one or more
  • Cohort II Clinical findings: gynecological malignancy ⁇ negative group (control group), age-matched. Patients are selected after inclusion and
  • Anti-estrogen therapy adjuvant chemotherapy or adjuvant aromatase inhibitor therapy.
  • biochips are used for diagnosis, predicting the course of therapy and predicting metastasis
  • Example 4 For the development of a protein biochip for the diagnosis of gynecological malignancy, the results of the
  • Example 5 In the development of a protein biochip for predicting the
  • gynecologic malignancies which interact with autoantibodies for gynecologic malignancy, which are suitable as an indicator of metastasis.
  • bioinformatics analyzes are carried out. For each serum, microarray reactivities of about 2000 different antigens are measured. These data are used for a ranking of the spotted antigens regarding their
  • Intensity data are performed.
  • an internal standard is used, which is spotted on each chip. Since a p-value is calculated for each antigen, methods for correcting the multiple testing are used. As a very conservative approach, a Bonferroni correction is performed and, in addition, the less restrictive False Discovery Rate (FDR) is calculated according to Benjamini & Hochberg.
  • FDR False Discovery Rate
  • SVM Support Vector Machines
  • Threshold method which is suitable for both classification and visual representation of the data. To avoid overfitting, for example, a 10-fold cross-validation of the data is performed.
  • the erfindungsgermä call sequences are listed in the attached sequence listing.
  • the clone sequences (cDNA) SEQ ID no. 1 - 489, the RNA sequences SEQ ID. No. 490-978 and the protein sequences SEQ ID No. 979-1467).
  • gi 1282847377 NM_080592.3 apoptosis-related protein 3 isoform b [Homo sapiens]
  • isoform 1 [Homo sapiens] gi 1116014343 NM_001624.2 absentee in melanoma 1 protein
  • domain family B member 1 isoform a [Homo sapiens]
  • taxl-binding protein 3 isoform 1 [Homo sapiens] gi
  • IIF subunit 1 [Homo sapiens]
  • sirtuin-7 [Homo sapiens] gi 116554603 NM_016070.2 28S ribosomal protein S23, mitochondrial [Homo sapiens] gi 1210147465 NM_022164.2 tubulointerstitial nephritis antigen-like isoform 1 precursor [Homo sapiens] gi 1282400941 NM_022737.2 lipid phosphate phosphatase-related protein type 2 isoform 1 [Homo sapiens] gi 1154426254 NM_032361.2 THO complex subunit 3 [Homo sapiens]
  • regulator 3 isoform 2 [Homo sapiens]
  • transcription factor 1 isoform 3 [Homo sapiens]
  • transcription factor HIB 50 kDa subunit [Homo sapiens]
  • mitochondrial precursor [Homo sapiens]
  • nGAP isoform 1 [Homo sapiens]
  • RNA polymerase I I -associated protein 1 [Homo sapiens] 649 gi 187829711 NM_014417.3 bcl-2-binding component 3 isoform 4 [Homo sapiens]
  • RNA-binding protein 4B [Homo sapiens]
  • neuropathy target esterase isoform b [Homo sapiens]
  • B receptor subunit 1 isoform b precursor [Homo sapiens]
  • inhibitor 1 isoform a [Homo sapiens]
  • DNA ligase 3 isoform beta precursor [Homo sapiens] gi
  • a isoform b [Homo sapiens] gi 1219879812 NM_002696.2 DNA-directed RNA polymerase
  • mitochondrial isoform 2 precursor [Homo sapiens]

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Abstract

Die vorliegende Erfindung betrifft ein Verfahren zur Identifizierung von Markersequenzen für gynäkologisches Malignom, die mit Hilfe dieses Verfahrens identifizierten Markersequenzen und deren diagnostische Verwendung, diagnostische Vorrichtungen enthaltend Markersequenzen für gynäkologisches Malignom insbesondere eine Anordnung und einen Proteinarray sowie deren Verwendung. Ferner betrifft die Erfindung Verfahren zum Screenen von potentiellen Wirkstoffen zur Behandlung und Prävention von gynäkologischem Malignom mittels dieser Markersequenzen.

Description

Verfahren zur Identifizierung von Markersequenzen für gynäkologisches Malignom
Beschreibung
Die vorliegende Erfindung betrifft ein Verfahren zur
Identifizierung von Markersequenzen für gynäkologisches
Malignom, die mit Hilfe dieses Verfahrens identifizierten Markersequenzen und deren diagnostische Verwendung,
diagnostische Vorrichtungen enthaltend Markersequenzen für gynäkologisches Malignom insbesondere eine Anordnung und einen Proteinarray sowie deren Verwendung. Ferner betrifft die
Erfindung Verfahren zum Screenen von potentiellen Wirkstoffen zur Behandlung und Prävention von gynäkologischem Malignom mittels dieser Markersequenzen.
Proteinarrays gewinnen eine zunehmende industrielle Bedeutung in der Analytik und Diagnostik sowie in der Pharmaentwicklung . Proteinarrays haben sich als Screeninginstrumente etabliert.
Hierbei wird die schnelle und hochparallele Detektion einer Vielzahl spezifisch bindender Analysemoleküle in einem
einzigen Experiment ermöglicht. Zur Herstellung von
Proteinarrays ist es erforderlich, die benötigten Proteine zur Verfügung zu haben. Hierzu haben sich insbesondere Protein- Expressionsbibliotheken etabliert. Die Hochdurchsat z- Klonierung von definierten offenen Leserahmen ist eine
Möglichkeit (Heyman, J.A., Cornthwaite, J., Foncerrada, L., Gilmore, J.R., Gontang, E., Hartman, K.J., Hernandez, C.L., Hood, R., Hull, H.M., Lee, W.Y., Marcil, R., Marsh, E.J., Mudd, K.M., Patino, M.J., Purcell, T.J., Rowland, J.J.,
Sindici, M.L. and Hoeffler, J.P. (1999) Genome-scale cloning and expression of individual open reading frames using topoisomerase I-mediated ligation. Genome Res, 9, 383-392; Kersten, B., Feilner, T., Kramer, A., Wehrmeyer, S., Possling, A., Witt, I., Zanor, M.I., Stracke, R., Lueking, A.,
Kreut zberger, J., Lehrach, H. and Cahill, D.J. (2003)
Generation of Arabidopsis protein chip for antibody and serum Screening. Plant Molecular Biology, 52, 999-1010; Reboul, J., Vaglio, P., Rual, J.F., Lamesch, P., Martinez, M., Armstrong,
C. M., Li, S., Jacotot, L., Bertin, . , Janky, R., Moore, T., Hudson, J.R., Jr . , Hartley, J.L., Brasch, M.A., Vandenhaute, J., Boulton, S., Endress, G.A., Jenna, S., Chevet, E.,
Papasotiropoulos , V., Tolias, P.P., Ptacek, J., Snyder, M., Huang, R., Chance, M.R., Lee, H., Doucette-Stamm, L., Hill,
D. E. and Vidal, M. (2003) C. elegans ORFeome version 1.1:
experimental verification of the genome annotation and
resource for proteome-scale protein expression. Nat Genet, 34, 35-41.; Walhout, A.J., Temple, G.F., Brasch, M.A., Hartley, J.L., Lorson, M.A., van den Heuvel, S. and Vidal, M. (2000) GATEWAY recombinational cloning: application to the cloning of large numbers of open reading frames or ORFeomes. Methods Enzymol, 328, 575-592) . Allerdings hängt ein solcher Ansatz stark mit dem Fortschritt der Genom-Sequenzierungspro ekte und der Annotierung dieser Gensequenzen zusammen. Darüber hinaus ist die Bestimmung der exprimierten Sequenz aufgrund
differenzieller Spleißvorgänge nicht immer eindeutig. Dieses Problem kann durch die Anwendung von cDNA-
Expressionsbibliotheken umgangen werden (Büssow, K., Cahill, D., Nietfeld, W., Bancroft, D., Scherzinger, E., Lehrach, H. and Walter, G. (1998) A method for global protein expression and antibody Screening on high-density filters of an arrayed cDNA library. Nucleic Acids Research, 26, 5007-5008; Büssow, K., Nordhoff, E., Lübbert, C, Lehrach, H. and Walter, G. (2000) A human cDNA library for high-throughput protein expression Screening. Genomics, 65, 1-8; Holz, C., Lueking, A., Bovekamp, L., Gut ähr, C., Bolotina, N., Lehrach, H. and Cahill, D.J. (2001) A human cDNA expression library in yeast enriched for open reading frames. Genome Res, 11, 1730-1735; Lueking, A., Holz, C., Gotthold, C., Lehrach, H. and Cahill, D. (2000) A System for dual protein expression in Pichia pastoris and Escherichia coli, Protein Expr . Purif., 20, 372- 378) . Hierbei wird die cDNA eines bestimmten Gewebes in einen bakteriellen oder einen eukaryotischen Expressionsvektor, wie z.B. Hefe, einkloniert. Die für die Expression verwendeten Vektoren zeichnen sich im Allgemeinen dadurch aus, dass sie induzierbare Promotoren tragen, mit denen sich der Zeitpunkt der Proteinexpression steuern lässt. Darüber hinaus weisen Expressionsvektoren Sequenzen für so genannte
Affinitätsepitope oder -proteine auf, die zum einen den spezifischen Nachweis der rekombinanten Fusions-Proteine mittels eines gegen das Affinitätsepitop gerichteten
Antikörpers erlauben, zum anderen wird die spezifische
Aufreinigung über Affinitätschromatographie (IMAC) ermöglicht.
Beispielsweise wurden die Genprodukte einer cDNA- Expressionsbibliothek aus humanem fötalem Hirngewebe in dem bakteriellen Expressionssystem Escherichia coli im Hochdichte- Format auf einer Membran angeordnet und konnten erfolgreich mit unterschiedlichen Antikörpern gescreent werden. Es konnte gezeigt werden, dass der Anteil an Volllänge-Proteinen bei mindestens 66% liegt. Die rekombinanten Proteine aus
Expressionsbibliotheken konnten darüber hinaus im
Hochdurchsatz exprimiert und aufgereinigt werden (Braun P., Hu, Y., Shen, B., Halleck, A., Koundinya, M., Harlow, E. and LaBaer, J. (2002) Proteome-scale purification of human proteins from bacteria. Proc Natl Acad Sei U S A, 99, 2654- 2659; Büssow (2000) supra; Lueking, A., Horn, M., Eickhoff, H., Büssow, K., Lehrach, H. and Walter, G. (1999) Protein microarrays for gene expression and antibody Screening.
Analytical Biochemistry, 270, 103-111). Solche Proteinbiochips auf der Basis von cDNA-Expressionsbibliotheken sind
insbesondere Gegenstand der WO 99/57311 und WO 99/57312.
Ferner sind neben Antigen-präsentierenden Proteinarrays ebenfalls Antikörper-präsentierende Anordnungen beschrieben (Lal et al (2002) Antibody arrays : An embryonic but rapidly growing technology, DDT, 7, 143-149; Kusnezow et al . (2003), Antibody microarrays: An evaluation of produetion parameters, Proteomics, 3, 254-264).
Das Zervixkarzinom (Carcinoma cervicis uteri), auch
Kollumkarzinom oder Gebärmutterhalskrebs genannt, ist ein bösartiger (maligner) Tumor des Gebärmutterhalses (Cervix uteri) . Es ist weltweit der zweithäufigste bösartige Tumor bei Frauen. Histologisch handelt es sich in der Mehrheit der Fälle um ein Plattenepithelkarzinom. Die häufigste Ursache für ein Zervixkarzinom ist eine Infektion mit bestimmten Typen des humanen Papillomvirus (HPV) . Das Zervixkarzinom verursacht zunächst keine Schmerzen, nur gelegentlich treten leichte Schmierblutungen auf. Erst wenn der Tumor größer wird und mit Geschwürbildung zerfällt, kommt es zu fleischwasserfarbigem, süßlich riechendem Ausfluss. Im Frühstadium ist die
vollständige Entfernung der Veränderung durch eine Konisation ausreichend. Im fortgeschrittenen Stadium werden die
Entfernung der ganzen Gebärmutter mit umliegendem Gewebe und manchmal auch weiterer Organe notwendig.
In der weltweiten Todesursachenstatistik der gynäkologischen Malignome steht besonders das in das umgebende Gewebe hineinwuchernde (invasive) Zervixkarzinom damit auf Rang eins, mit einer Sterblichkeit (Letalität) von über 60 %. Jährlich erkranken in Deutschland etwa über 6000 Frauen neu an einem Zervixkarzinom, etwa 1800 sterben daran. Die 5-Jahres- Überlebenswahrscheinlichkeit der Patientinnen beträgt etwa 60 %.
Das Zervixkarzinom wird am häufigsten im Alter von 45 bis 55 Jahren diagnostiziert, doch Vorstufen können schon bei 20- bis 30-jährigen Patientinnen auftreten. Das mittlere Alter bei der Erstdiagnose des Zervixkarzinoms sank in den letzten 25 Jahren um 14 Jahre und liegt derzeit bei etwa 52 Jahren. In der
Altersverteilung findet man einen Gipfel zwischen dem 35. und 54. Lebensjahr sowie einen weiteren Anstieg ab dem 65.
Lebensjahr. 2003 zeigte die Erkrankungshäufigkeit eine
veränderte Altersverteilung, weil die Diagnose deutlich häufiger bei Frauen in einem Alter zwischen 25 und 35 Jahren gestellt wurde als bei Frauen, die über 65 Jahre alt waren. Die Erkrankung kann auch in der Schwangerschaft auftreten. Die Inzidenz beträgt hier 1,2 pro 10.000 Schwangerschaften. Man geht davon aus, dass ein großer Teil der
Gebärmutterhalskarzinome von den humanen Papillomviren (HPV) verursacht wird. Eine Untersuchung zur Früherkennung ist der Papa-Test. Jedoch entwickeln sich nur bei 2 bis 8 Prozent der HIV-infizierten Frauen Zellveränderungen, die ein Vorstadium für eine Krebserkrankung darstellen oder sogar anschließend ein Karzinom.
Die Diagnose eines Zervixkarzinoms kann nur durch
histologische Untersuchung von Gewebestücken gestellt werden. Diese werden entweder durch eine gezielte Probenentnahme aus einem bei der Kolposkopie auffälligen Bereich am Muttermund, eine Konisation nach wiederholt auffälligem Papa-Test oder eine Ausschabung bei Verdacht auf eine im Gebärmutterhalskanal befindliche Veränderung gewonnen.
Michael E. Hudson et al . (PNAS (2007) Bd. 104, Nr. 44, Seiten 17494 - 17499) beschreibt die Identifizierung von Markern für Zervixkarzinom mit Hilfe von Protein Microarrays. Hierbei werden die Seren von Krebspatientinnen mit denen von Gesunden verglichen, um Proteine zu identifizieren, die abweichend exprimiert werden. Es wurde gezeigt, dass 49 Proteine in dem Gewebe von Krebspatientinnen im Vergleich zu den Gesunden abweichend exprimiert werden, d.h. mit Hilfe dieser Studie wurden entsprechende Marker im Gewebe der Patientinnen
identifiziert, die als Tumor-assoziierte Autoantigene
bezeichnet werden. Mit diese Studie wurden aber keine Marker zum Nachweis dieser abweichend exprimierten Proteine bzw. der Tumor-assoziierten Autoantigene im Serum bereitgestellt (siehe Seite 17498, Spalte 2, vorletzter Abschnitt).
Karen S. Anderson et al . (Journal of Proteom Research (2011) Bd. 10, Nr. 1, Seiten 85 - 96) offenbart den Nachweis von Autoantikörpern gegen Tumor-assoziierte Proteine mit Hilfe von Protein Mikroarrays . Die dabei verwendeten Protein Mikroarrays werden dadurch hergestellt, dass full-length Klone der cDNAs, die für potentiell Tumor-assoziierte Antigene kodieren auf den Träger geprintet, exprimiert und dann mit den Seren von
Brustkrebs Patientinnen und Kontrollpersonen vergleichend getestet werden.
US 2005/221342 AI offenbart SEQ ID. No . 538 der vorliegenden Erfindung und allgemein auch die Verwendung diese Sequenz, jedoch nicht die spezifische Anwendung bei gynäkologischem Malignom. Bei gynäkologischen Malignomen, insbesondere Zervixkarzinom ist eine frühzeitige Diagnose für den weiteren Krankheitsverlauf und die Prognose entscheidend.
Es besteht deshalb ein Bedürfnis an indikationsspezifischen diagnostischen Vorrichtungen und Verfahren für
gynäkologisches Malignom, insbesondere für Zervixkarzinom. Es ist die Aufgabe der vorliegenden Erfindung verbesserte Mittel zur Früherkennung und Therapiesteuerung bei gynäkologischem Malignom bereit zu stellen.
Gegenstand der Erfindung ist ein Verfahren zur Identifizierung von Markersequenzen für gynäkologisches Malignom dadurch gekennzeichnet, dass a. Markersequenz-Kandidaten für gynäkologisches Malignom
dadurch identifiziert werden, dass ein Träger, auf dem mindestens 1.000 unterschiedliche Proteine immobilisiert sind, mit einer Serumprobe einer Patientin mit
gynäkologischem Malignom in Kontakt gebracht wird und
Proteine identifiziert werden, die mit dem Serum eine Wechselwirkung zeigen (Markersequenz-Kandidaten) , und b. die Wechselwirkung von einem oder mehreren Markersequenz- Kandidaten aus a. mit dem Serum von Patientinnen mit gynäkologischem Malignom bestimmt wird im Vergleich zu der Wechselwirkung des / der Markersequenz-Kandidaten aus a. mit dem Serum von Patientinnen mit benignen
Veränderungen und der Wechselwirkung des / der Markersequenz-Kandidaten aus a. mit dem Serum von gesunden Kontrollpersonen, und c. Markersequenzen dadurch identifiziert werden, dass sie mit dem Serum von Patientinnen mit gynäkologischem Malignom eine andere Wechselwirkung zeigen als mit dem Serum von Patientinnen mit benignen Veränderungen und dem Serum von gesunden Kontrollpersonen.
Beispielsweise erfolgt dabei die vergleichende Auswertung der Daten der Wechselwirkung aus b. mittels statistischer Analyse, z.B. wie in den Beispielen beschrieben.
Mit Hilfe dieses Verfahrens können Markersequenzen für
gynäkologisches Malignom identifiziert werden, die
hochspezifisch sind. Markersequenzen, die mit diesem Verfahren gefunden werden, ermöglichen zum Einen die frühzeitige
Erkennung von gynäkologischem Malignom z.B. von dessen
Vorstufen und zum Anderen die Unterscheidung von
gynäkologischem Malignom bzw. dessen Vorstufen von benignen Veränderungen. Dadurch ist eine frühzeitige Diagnose und ggf. eine gezielte Behandlung sowie eine deutlich verbesserte
Prognose möglich. Im Gegensatz zu den im Stand der Technik von Hudson et al . (2007, Supra) und Anderson et al . (2011, Supra) beschriebenen Experimenten, werden mit Hilfe des
erfindungsgemäßen Verfahrens Markersequenzen identifiziert, die spezifischer sind, z.B. weil sie auch zur Diskriminierung von gynäkologischem Malignom von gutartigen Veränderungen des Gewebes (benigne Veränderung) geeignet sind. Des Weiteren sind die mit Hilfe des erfindungsgemäßen Verfahrens
identifizierbaren Markersequenzen nicht nur zur Untersuchung von Gewebeschnitten oder Biopsiematerial von Patientinnen geeignet sondern auch zur Analyse von Körperflüssigkeiten wie z.B. Serum. Dadurch ist eine schnelle und kostengünstige
Verwendung bzw. Anwendung der erfindungsgemäßen
Markersequenzen möglich.
Gegenstand der Erfindung sind auch die mit dem
erfindungsgemäßen Verfahren identifizierten Markersequenzen für gynäkologisches Malignom. Gegenstand der Erfindung sind Markersequenzen für gynäkologisches Malignom erhältlich durch ein erfindungsgemäßes Verfahren und ausgewählt aus den
Sequenzen umfassend SEQ ID o. 1 - 1467 und Teilsequenzen von SEQ ID No . 1 - 1467 mit mindestens 90 %, vorzugsweise 95 % der Länge der Sequenzen SEQ ID No. 1 - 1467 und Homologen von SEQ ID No . 1- 1467 und deren Teilsequenzen mit einer Identität von mindestens 95%, vorzugsweise 98 % oder mehr zu den
entsprechenden Nukleinsäure- und/oder Proteinsequenzen und Sequenzen kodiert durch SEQ ID No . 1 - 489, Teilsequenzen davon sowie deren Homologe.
Gegenstand der Erfindung ist auch eine Anordnung umfassend eine oder mehrere erfindungsgemäße Markersequenzen.
Gegenstand der Erfindung ist auch ein Proteinarray umfassend eine oder mehrere erfindungsgemäße Markersequenzen.
Gegenstand der Erfindung ist auch ein Diagnostikum umfassend eine oder mehrere erfindungsgemäße Markersequenzen und
gegebenenfalls weitere Zusatz- und/oder Hilfsstoffe.
Gegenstand der Erfindung ist auch ein Test Kit umfassend eine oder mehrere erfindungsgemäße Markersequenzen und
gegebenenfalls weitere Zusatz- und/oder Hilfsstoffe.
Gegenstand der Erfindung ist auch eine erfindungsgemäße
Anordnung dadurch gekennzeichnet, dass 2 oder 3, vorzugsweise 4 oder 5, besonders bevorzugt 7 oder 8 oder mehr
unterschiedliche Markersequenzen für gynäkologisches Malignom gleichzeitig verwendet werden.
Gegenstand der Erfindung ist auch ein erfindungsgemäßer
Proteinarray dadurch gekennzeichnet, dass 2 oder 3,
vorzugsweise 4 oder 5, besonders bevorzugt 7 oder 8 oder mehr unterschiedliche Markersequenzen für gynäkologisches Malignom gleichzeitig verwendet werden.
Gegenstand der Erfindung ist auch ein erfindungsgemäßes
Diagnostikum dadurch gekennzeichnet, dass 2 oder 3,
vorzugsweise 4 oder 5, besonders bevorzugt 7 oder 8 oder mehr unterschiedliche Markersequenzen für gynäkologisches Malignom gleichzeitig verwendet werden.
Gegenstand der Erfindung ist auch ein erfindungsgemäßer Test Kit dadurch gekennzeichnet, dass 2 oder 3, vorzugsweise 4 oder 5, besonders bevorzugt 7 oder 8 oder mehr unterschiedliche Markersequenzen für gynäkologisches Malignom gleichzeitig verwendet werden.
Gegenstand der Erfindung ist auch die Verwendung einer oder mehrerer erfindungsgemäßer Markersequenzen, einer
erfindungsgemäßen Anordnung, eines erfindungsgemäßen
Proteinarrays , eines erfindungsgemäßen Diagnostikums oder eines erfindungsgemäßen Test Kits zur Früherkennung, Diagnose, Prognose, Therapiesteuerung und/oder Nachsorge bei
gynäkologischem Malignom. Gegenstand der Erfindung ist auch die Verwendung einer oder mehrerer erfindungsgemäßer Markersequenzen, einer
erfindungsgemäßen Anordnung, eines erfindungsgemäßen
Proteinarrays, eines erfindungsgemäßen Diagnostikums oder eines erfindungsgemäßen Test Kits zur Unterscheidung von gynäkologischem Malignom von benignen Veränderungen.
Gegenstand der Erfindung ist auch die Verwendung einer oder mehrerer erfindungsgemäßer Markersequenzen, einer
erfindungsgemäßen Anordnung, eines erfindungsgemäßen
Proteinarrays, eines erfindungsgemäßen Diagnostikums oder eines erfindungsgemäßen Test Kits zur individualisierten
Diagnostik und/oder Therapie bei einzelnen Patienten,
Patientengruppen, Kohorten, Bevölkerungsgruppen, Varianten von gynäkologischem Malignom, Stadien von gynäkologischem
Malignom.
Gegenstand der Erfindung ist auch die Verwendung einer oder mehrerer erfindungsgemäßer Markersequenzen, einer
erfindungsgemäßen Anordnung, eines erfindungsgemäßen
Proteinarrays , eines erfindungsgemäßen Diagnostikums oder eines erfindungsgemäßen Test Kits zum Nachweis und/oder zur Bestimmung der Menge von einem oder mehreren Autoantikörpern die mit gynäkologischem Malignom assoziiert sind,
beispielsweise in Körperflüssigkeit oder Gewebe eines
Patienten . Gegenstand der Erfindung ist auch die Verwendung einer oder mehrerer erfindungsgemäßer Markersequenzen, einer
erfindungsgemäßen Anordnung, eines erfindungsgemäßen
Proteinarrays, eines erfindungsgemäßen Diagnostikums oder eines erfindungsgemäßen Test Kits zur Analyse von
Autoantikörperprofilen von Patienten, insbesondere zur
qualitativen und/oder quantitativen Analyse von
Autoantikörpern und/oder zur Überwachung von Veränderungen von Autoantikörperprofilen, beispielsweise in Körperflüssigkeiten wie Serum, Gewebe oder Gewebeauszügen des Patienten. Gegenstand der Erfindung ist auch die Verwendung einer oder mehrerer erfindungsgemäßer Markersequenzen, einer
erfindungsgemäßen Anordnung, eines erfindungsgemäßen
Proteinarrays, eines erfindungsgemäßen Diagnostikums oder eines erfindungsgemäßen Test Kits zum Screenen von Substanzen (Wirkstoffen) für gynäkologisches Malignom. Gegenstand der Erfindung ist auch ein Target zur Behandlung und / oder Therapie von gynäkologischem Malignom, wobei das Target aus den erfindungsgemäßen Markersequenzen SEQ ID No . 1- 1467 und Teilsequenzen von SEQ ID No . 1 - 1467 mit mindestens 90 %, vorzugsweise 95 % der Länge der Sequenzen SEQ ID No. 1 - 1467 und Homologen von SEQ ID No . 1- 1467 und deren
Teilsequenzen mit einer Identität von mindestens 95%,
vorzugsweise 98 % oder mehr zu den entsprechenden
Nukleinsäure- und/oder Proteinsequenzen ausgewählt wird. Gegenstand der Erfindung ist auch ein Verfahren zur
Früherkennung, Diagnose, Prognose, Therapiesteuerung und/oder Nachsorge bei gynäkologischem Malignom wobei
a. ) eine oder mehrere Markersequenz (en) ausgewählt aus der Gruppe umfassend die Sequenzen SEQ ID No. 1 - 1467 und
Teilsequenzen von SEQ ID No . 1 - 1467 mit mindestens 90 %, vorzugsweise 95 % der Länge der Sequenzen SEQ ID No . 1 - 1467 und Homologen von SEQ ID No . 1- 1467 und deren Teilsequenzen mit einer Identität von mindestens 95%, vorzugsweise 98 % oder mehr zu den entsprechenden Nukleinsäure- und/oder
Proteinsequenzen und Sequenzen kodiert durch SEQ ID No. 1 -
489, Teilsequenzen davon sowie deren Homologe auf einen Träger aufgebracht wird/werden,
b. ) mit Körperflüssigkeit oder Gewebeauszug eines Patienten in Kontakt gebracht wird/werden und
c.) der Nachweis einer Wechselwirkung der Körperflüssigkeit oder des Gewebeauszugs mit der/den Markersequenz (en) für gynäkologisches Malignom aus a.) erfolgt.
Die Erfindung betrifft die Verwendung von einer oder mehreren Markersequenz (en) für gynäkologisches Malignom zur
Früherkennung, Diagnose, Prognose und/oder Therapiesteuerung bei gynäkologischem Malignom, wobei die Markersequenz (en) für gynäkologisches Malignom ausgewählt wird/werden aus den
Sequenzen SEQ ID o. 1 - 978 und Teilsequenzen von SEQ ID No . 1 - 978 mit mindestens 90 %, vorzugsweise mindestens 95 % der Länge von SEQ ID No. 1 - 978 und Homologen von SEQ ID No. 1 - 978 und deren Teilsequenzen mit einer Identität von mindestens 95 %, vorzugsweise mindestens 98 % oder mehr zu den
entsprechenden Sequenzen und Proteinen/Peptiden kodiert durch die Sequenzen SEQ ID No . 1 - 978, kodiert durch die
Teilsequenzen und die Homologen und Sequenzen kodiert durch SEQ ID No . 1 - 489, Teilsequenzen davon sowie deren Homologe.
Die Erfindung betrifft die Verwendung von einer oder mehreren erfindungsgemäßen Markersequenz (en) für gynäkologisches
Malignom zur individualisierten Diagnostik und/oder Therapie bei einzelnen Patienten, Patientengruppen, Kohorten,
Bevölkerungsgruppen, Varianten von gynäkologischem Malignom, Stadien von gynäkologischem Malignom.
Die Erfindung betrifft die Verwendung von einer oder mehreren erfindungsgemäßen Markersequenz (en) für gynäkologisches
Malignom zum Nachweis und/oder zur Bestimmung der Menge von einem oder mehreren Autoantikörpern die mit gynäkologischem
Malignom assoziiert sind, beispielsweise in Körperflüssigkeit oder Gewebe eines Patienten.
Gegenstand der Erfindung sind auch die Markersequenz für gynäkologisches Malignom ausgewählt aus den Sequenzen
umfassend SEQ ID No . 1 - 489 und Teilsequenzen von SEQ ID No . 1 - 489 mit mindestens 90 %, vorzugsweise 95 % der Länge der Sequenzen SEQ ID No. 1 - 489 und Homologen von SEQ ID No . 1- 489 und deren Teilsequenzen mit einer Identität von mindestens 95%, vorzugsweise 98 % oder mehr zu den entsprechenden
Sequenzen und Proteinen/Peptiden kodiert durch die Sequenzen SEQ ID o. 1 - 489, kodiert durch deren Teilsequenzen und die entsprechenden Homologen dieser Sequenzen.
Gegenstand der Erfindung ist eine Anordnung von einer oder mehreren Markersequenz (en) für gynäkologisches Malignom auf einem Träger zur Früherkennung, Diagnose, Prognose und/oder Therapiesteuerung bei gynäkologischem Malignom wobei die
Markersequenz (en) für gynäkologisches Malignom ausgewählt wird/werden aus Gruppe der Proteine SEQ ID No . 979 bis 1467 und der Proteine kodiert durch Sequenzen SEQ ID No. 1 - 978 und kodiert durch Teilsequenzen von SEQ ID No. 1 - 978 mit mindestens 90 %, vorzugsweise 95% oder mehr der Länge der Sequenzen SEQ ID No . 1-978 und kodiert durch Homologe von SEQ ID No. 1 - 978 und deren Teilsequenzen mit einer Identität von mindestens 95 %, vorzugsweise 98 % oder mehr zu den
entsprechenden Sequenzen.
Gegenstand der Erfindung ist eine erfindungsgemäße Anordnung, wobei die Markersequenz (en) für gynäkologisches Malignom auf einen festen Träger aufgebracht wird/werden, insbesondere einen Filter, eine Membran, ein magnetischen oder Fluorophor- markierten Kügelchen, einen Silizium-Wafer , Glas, Metall, Kunststoff, einen Chip, ein massenspektrometrisches Target oder eine Matrix.
Gegenstand der Erfindung ist eine erfindungsgemäße Anordnung oder eine erfindungsgemäße Verwendung von einer oder mehreren Markersequenz (en) für gynäkologisches Malignom, wobei die Markersequenz (en) für gynäkologisches Malignom als Klon(e) vorliegt/vorliegen .
Gegenstand der Erfindung ist auch ein Assay oder
Proteinbiochip umfassend eine erfindungsgemäße Anordnung oder eine oder mehrere erfindungsgemäße Markersequenz (en) für gynäkologisches Malignom.
Gegenstand der Erfindung ist auch ein Diagnostikum (Test Kit) zur Früherkennung und/oder Diagnose von gynäkologischem
Malignom und/oder Prognose und/oder Vorhersage des Risikos der Metastasenbildung bei gynäkologischem Malignom und/oder zur Therapieüberwachung und/oder zur Nachsorge bei gynäkologischem Malignom umfassend
a. eine erfindungsgemäße Anordnung oder einen
erfindungsgemäßen Assay oder Proteinarray, oder eine oder mehrere Markersequenz (en) für gynäkologisches Malignom ausgewählt aus der Gruppe umfassend SEQ ID o. 1 - 1467 und Teilsequenzen von SEQ ID No . 1 - 1467 mit mindestens 90 %, vorzugsweise 95 % der Länge der Sequenzen SEQ ID No . 1 - 1467 und Homologen von SEQ ID No . 1- 1467 und deren
Teilsequenzen mit einer Identität von mindestens 95%, vorzugsweise 98 % oder mehr zu den entsprechenden
Nukleinsäure- und/oder Proteinsequenzen und Sequenzen kodiert durch SEQ ID No. 1 - 489, Teilsequenzen davon sowie deren Homologe, und
b. gegebenenfalls weitere Zusatz- und Hilfsstoffe.
Gegenstand der Erfindung ist auch ein Verfahren zur
Identifizierung von Markersequenzen für gynäkologisches
Malignom umfassend die Schritte
a. Bereitstellung von Sequenzen auf einem Array,
b. Identifizierung von Markersequenz Kandidaten für
gynäkologisches Malignom durch vergleichende Analyse der Signale, die bei Kontakt der Markersequenz Kandidaten mit Körperflüssigkeit oder Gewebeauszug eines Patienten mit gynäkologischem Malignom und Körperflüssigkeit oder Gewebeauszug eines Patienten ohne gynäkologischem Malignom gemessen werden,
c. Charakterisierung der Markersequenz Kandidaten für
gynäkologisches Malignom mit Hilfe eines Proteinarrays , d. Auswahl von Markersequenzen für gynäkologisches Malignom, die dadurch gekennzeichnet sind, dass sie ein
unterschiedliches Signal bei Patienten mit gynäkologischem Malignom und Patienten ohne gynäkologischem Malignom liefern (Markersequenz (en) für gynäkologisches Malignom) . Die Erfindung betrifft eine Anordnung von Markersequenzen für gynäkologisches Malignom auf einem Träger zur Früherkennung, Diagnose, Prognose, Therapiesteuerung bei mit einer oder mehreren verschiedenen Markersequenzen für gynäkologisches Malignom ausgewählt aus der Gruppe der Proteine SEQ ID No . 979 bis 1467 und/oder Teilsequenzen dieser Proteine und/oder kodiert durch Sequenzen SEQ ID No. 1 - 489 (Klon Sequenzen, cDNA) und/oder kodiert durch Sequenzen SEQ ID. No . 490 - 978 (RNA Sequenzen) und/oder kodiert durch Teilsequenzen von SEQ ID. No. 1 - 978. Im Rahmen dieser Erfindung wurde für die Proteine SEQ ID No . 979 bis 1467 und/oder Teilsequenzen dieser Proteine und/oder Proteine kodiert durch Sequenzen SEQ ID No. 1 - 489 und/oder Proteine kodiert durch Sequenzen SEQ ID. No . 490 - 978
und/oder kodiert durch Teilsequenzen von SEQ ID. No . 1 - 978 erstmals eine Verwendung für gynäkologisches Malignom gefunden und in der erfindungsgemäßen Anordnung umgesetzt. Die
Erfindung stellt damit ein Panel von Markersequenzen für gynäkologisches Malignom zur Verfügung, die Rahmen einer individualisierten Diagnostik und Therapie verwendet werden können, um bei unterschiedlichen Patienten, Patientengruppen, Kohorten, Bevölkerungsgruppen, Varianten von gynäkologischem Malignom u.s.w. gezielt und individuell angepasst
gynäkologisches Malignom zu diagnostizieren und die Therapie zu überwachen.
Gegenstand der Erfindung ist auch die Verwendung von einer oder mehreren Markersequenzen für gynäkologisches Malignom ausgewählt aus der Gruppe umfassend SEQ ID o. 1 - 1467 und Teilsequenzen von SEQ ID No . 1 - 1467 mit mindestens 90 %, vorzugsweise 95 % der Länge der Sequenzen SEQ ID No . 1 - 1467 und Homologen von SEQ ID No . 1- 1467 und deren Teilsequenzen mit einer Identität von mindestens 95%, vorzugsweise 98 % oder mehr zu den entsprechenden Nukleinsäure- und/oder
Proteinsequenzen, insbesondere der Proteine SEQ ID No . 979 bis 1467 und/oder Teilsequenzen dieser Proteine und/oder kodiert durch Sequenzen SEQ ID No. 1 - 489 und/oder kodiert durch Sequenzen SEQ ID. No . 490 - 978 und/oder kodiert durch
Teilsequenzen von SEQ ID. No . 1 - 978 für Diagnose und
Therapie von gynäkologischem Malignom, insbesondere zur
Früherkennung von gynäkologischem Malignom, zur Diagnose von gynäkologischem Malignom, zur Prognose, beispielsweise des Risikos der Metastasenbildung, Therapiesteuerung,
beispielsweise Vorhersage und Überwachung des Ansprechens auf ein Arzneimittel oder eine Therapie (Vorhersage der
Sensitivität oder Resistenz), Nachsorge. Die Erfindung
betrifft insbesondere auch den Nachweis und die Bestimmung der Menge von mindestens zwei verschiedenen Autoantikörpern bei einem Patienten wobei entsprechend mindestens zwei
verschiedene erfindungsgemäße Markersequenzen für
gynäkologisches Malignom (als Antigene) verwendet werden.
In bevorzugten Ausführungsformen der Erfindung umfasst die erfindungsgemäße Anordnung/Verwendung 2 oder 3, vorzugsweise 4 oder 5, besonders bevorzugt 7 oder 8 oder mehr unterschiedliche Markersequenzen für gynäkologisches Malignom. Die Anordnung/Verwendung kann 9 oder 10 oder mehr
Markersequenzen für gynäkologisches Malignom umfassen,
beispielsweise 10 bis 50, vorzugsweise 50 bis 100 oder mehr. Erfindungsgemäß umfasst sind auch Anordnungen/Verwendungen, die für Patienten individuell hergestellt werden,
beispielsweise im Rahmen der individualisierten
(personalisierten) Medizin. Gegenstand der Erfindung ist somit auch eine Anordnung/Verwendung wobei mindestens 2 bis 5 oder 10, vorzugsweise 30 bis 50 Markersequenzen für gynäkologisches Malignom oder 50 bis 100 oder mehr Markersequenzen für
gynäkologisches Malignom an oder zu einem zu untersuchenden Patienten bestimmt werden.
Eine bevorzugte Ausführungsform der Erfindung betrifft eine Anordnung/Verwendung, dadurch gekennzeichnet, dass die
Markersequenzen für gynäkologisches Malignom auf einem festen Träger aufgebracht werden, insbesondere einem Filter, einer Membran, einem bead, beispielsweise einem magnetischen oder Fluorophor-markierten Kügelchen, einem Silizium-Wafer , Glas, Metall, Kunststoff, einem Chip, einem massenspektrometrisches Target oder einer Matrix. Ein Filter oder ein bead ist jedoch erfindungsgemäß bevorzugt.
Als Filter ist weiterhin PVDF, Nitrocellulose oder Nylon bevorzugt (z.B. Immobilon P Millipore, Protran Whatman, Hybond N+ Amersham) .
Eine weitere Ausführungsform betrifft eine
Anordnung/Verwendung, dadurch gekennzeichnet, dass die
Markersequenzen für gynäkologisches Malignom als Klone
vorliegen . Daher betrifft die Erfindung die Verwendung von
MarkerSequenzen für gynäkologisches Malignom zur Diagnose von gynäkologischem Malignom, wobei mindestens eine Markersequenz für gynäkologisches Malignom einer DNA, insbesondere cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ ID No . 1-489 oder RNA ausgewählt aus der Gruppe 490 - 978 oder einer Teilsequenz oder einer Homologen Sequenz davon an oder zu einem zu untersuchenden Patienten bestimmt wird.
Die Bereitstellung von Markersequenzen für gynäkologisches Malignom (auch erfindungsgemäße Markersequenzen genannt) erlaubt eine sichere Diagnose und Stratifizierung von
Patienten mit gynäkologischem Malignom insbesondere mittels eines Proteinarrays (auch Proteinbiochip genannt).
Die erfindungsgemäßen Markersequenzen für gynäkologisches Malignom konnten mittels differentiellem Screenen von Proben und zwar gesunder Probanden mit Patientenproben mit
gynäkologischem Malignom identifiziert werden. Hierbei konnten diese erfindungsgemäßen Markersequenzen erstmals mittels
Proteinarray (siehe Beispiele) identifiziert werden. Der Begriff „ gynäkologisches Malignom" umfasst eine Gruppe von Erkrankungen, die Vorstufen zu gynäkologischem Malignom sein können und deren Etablierung als gynäkologischem
Malignom. Umfasst sind maligne Erkrankungen des Genitaltraktes bei Frauen, insbesondere maligne Erkrankungen des
Gebärmutterhalses wie Zervixkarzinom, insbesondere invasives Zervixkarzinom (Definition z.B. nach Pschyrembel, de Gruyter, 263. Auflage (2012), Berlin). Varianten von gynäkologischem Malignom und Stadien des gynäkologischen Malignoms sind ebenfalls im Pschyrembel definiert. In einer weiteren Ausführungsform der Erfindung (z.B.
Anordnung, Verwendung) können die erfindungsgemäßen
Markersequenzen für gynäkologisches Malignom ebenfalls mit bekannten Biomarkern für diese Indikation kombiniert, ergänzt oder erweitert werden. Dabei sind jedoch mindestens 50 %, vorzugsweise 60 %, besonders bevorzugt 70 % oder mehr
erfindungsgemäße Markersequenzen vertreten, beispielsweise in der erfindungsgemäßen Anordnung. In besonders bevorzugten Ausführungsformen der Erfindung, insbesondere der
erfindungsgemäßen Anordnung, dem erfindungsgemäßen Assay und Proteinarray sowie der erfindungsgemäßen Verwendung sind mindestens 75 %, vorzugsweise 80 % oder 85 %, besonders bevorzugt 90 % oder 95 % erfindungsgemäße Markersequenzen vertreten . In einer bevorzugten Ausführungsform erfolgt die Bestimmung der Markersequenzen für gynäkologisches Malignom außerhalb des menschlichen Körpers und die Bestimmung erfolgt in einer ex vivo / in vitro Diagnose.
Gegenstand der Erfindung ist auch ein Assay oder Proteinarray umfassend eine erfindungsgemäße Anordnung/Verwendung. Die Erfindung betrifft eine diagnostische Vorrichtung und/oder einen Assay, insbesondere einen Proteinarray der für
gynäkologisches Malignom eine Früherkennung, Diagnose,
Prognose, Stratifizierung und/oder Untersuchung erlaubt. Die Erfindung betrifft auch die Verwendung einer
erfindungsgemäßen Anordnung oder eines erfindungsgemäßen
Assays oder Proteinarrays zur Analyse von
Autoantikörperprofilen von Patienten, insbesondere zur
quantitativen Analyse und/oder zur Überwachung von
Veränderungen von Autoantikörperprofilen von Patienten. Gegenstand der Erfindung ist auch ein Diagnostikum (Test Kit) zur Früherkennung und/oder Diagnose von gynäkologischem
Malignom und/oder Prognose und/oder Vorhersage des Risikos der Metastasenbildung bei gynäkologischem Malignom umfassend beispielsweise eine erfindungsgemäße Anordnung vorzugsweise auf einem Träger oder einen erfindungsgemäßen Assay oder
Proteinarray und gegebenenfalls weitere Zusatz- und
Hilfsstoffe. Gegenstand der Erfindung ist auch ein
entsprechendes Diagnostikum (Test Kit) zur Therapieüberwachung und/oder Nachsorge bei gynäkologischem Malignom.
In einer weiteren Ausführungsform der Erfindung betrifft die Erfindung die Verwendung von Markersequenzen für
gynäkologisches Malignom als Diagnostika, wobei mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ ID No. 1-489 (Klon Sequenzen) oder SEQ ID No . 490 - 978 (RNA) oder jeweils ein durch SEQ ID No . 1-978 kodiertes Protein oder jeweils eine Teilsequenz oder Fragment davon ist.
Gegenstand der Erfindung ist auch ein Verfahren zur
Früherkennung und Diagnose von gynäkologischem Malignom wobei a.) eine oder mehrere Markersequenzen für gynäkologisches
Malignom ausgewählt aus der Gruppe der Proteine SEQ ID No . 979 bis 1467 und/oder Teilsequenzen dieser Proteine und/oder kodiert durch Sequenzen SEQ ID No. 1 - 489 und/oder kodiert durch Sequenzen SEQ ID. No . 490 - 978 und/oder kodiert durch Teilsequenzen von SEQ ID No . 1 - 978 auf einem Träger
aufgebracht werden und
b. ) mit Körperflüssigkeit oder Gewebeauszug eines Patienten in Kontakt gebracht werden und
c. ) der Nachweis einer Wechselwirkung der Körperflüssigkeit oder Gewebeauszug mit den Markersequenzen für gynäkologisches
Malignom aus a.) erfolgt. Ferner betrifft die Erfindung ein Verfahren zur Früherkennung und Diagnose von gynäkologischem Malignom wobei a. ) mindestens eine Markersequenz für gynäkologisches Malignom einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ ID No . 1-489 (Klon Sequenzen) oder SEQ ID No . 490 - 978 (RNA) oder eine
Teilsequenz von SEQ ID. No . 1-978 auf einen Träger aufgebracht wird und b. ) mit Körperflüssigkeit oder Gewebeauszug eines Patienten in Kontakt gebracht wird und c.) der Nachweis einer Wechselwirkung der Körperflüssigkeit oder Gewebeauszug mit den Markersequenzen aus a.) erfolgt.
Eine besondere Ausführungsform der Erfindung betrifft
Verfahren zur Früherkennung und Diagnose von gynäkologischem Malignom, wobei die Wechselwirkung nach c.) ein
Autoantikörperprofil assoziiert mit gynäkologischem Malignom des Patienten oder einer Kohorte oder einer Bevölkerungsgruppe oder eines bestimmten Krankheitsverlaufs (Prognose) oder eines bestimmten Ansprechens auf eine Therapie/Arzneimittel
abbildet . In einem Verfahren zur Diagnose und/oder in einem Diagnostikum werden ein oder mehrere Markersequenzen für gynäkologisches Malignom verwendet. In einer bevorzugten Ausführungsform werden mindestens 2, beispielsweise 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, vorzugsweise 15 bis 20 Markersequenzen oder 30 bis 50 oder 100 oder mehr Markersequenzen für gynäkologisches Malignom
zusammen oder in Kombination verwendet, beispielsweise direkt nacheinander oder parallel.
Der Nachweis einer Wechselwirkung der Körperflüssigkeit oder des Gewebeauszugs mit der oder den Markersequenzen für gynäkologisches Malignom kann beispielsweise durch eine Sonde, insbesondere durch einen Antikörper erfolgen.
Gegenstand der Erfindung ist auch ein Verfahren zum
Stratifizieren, insbesondere zur Risikostratifizierung, oder zur Therapiesteuerung eines Patienten mit gynäkologischem
Malignom, wobei mit Hilfe einer oder mehrerer Markersequenzen für gynäkologisches Malignom ausgewählt aus der Gruppe der Proteine SEQ ID No . 979 bis 1467 und/oder Teilsequenzen dieser Proteine und/oder kodiert durch Sequenzen SEQ ID No. 1 - 489 und/oder kodiert durch Sequenzen SEQ ID. No . 490 - 978
und/oder kodiert durch Teilsequenzen von SEQ ID No. 1 - 978 das Autoantikörperprofil assoziiert mit gynäkologischem
Malignom eines Patienten bestimmt und gegebenenfalls überwacht wird. Eine besondere Ausführungsform der Erfindung betrifft das Verfahren, wobei das Stratifizieren oder die
Therapiesteuerung Entscheidungen zur Behandlung und Therapie des Patienten, insbesondere Hospitalisierung des Patienten, Einsatz, Wirkung und / oder Dosierung eines oder mehrerer Arzneimittel, eine therapeutische Maßnahme oder die
Überwachung eines Krankheitsverlaufes sowie Therapieverlauf, Ätiologie oder Klassifizierung einer Erkrankung samt Prognose umfasst .
Ferner betrifft die Erfindung ein Verfahren zum
Stratifizieren, insbesondere zur Risikostratifizierung oder Therapiesteuerung eines Patienten mit gynäkologischem
Malignom, wobei mindestens eine Markersequenz einer
Nukleinsäure, beispielsweise cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ ID No. 1-489 (Klon Sequenzen) oder SEQ ID No . 490 - 978 (RNA) oder jeweils ein dadurch kodiertes Protein oder jeweils eine Teilsequenz von SEQ ID No . 1 - 978 an einem zu
untersuchenden Patienten bestimmt wird. Ferner betrifft die Erfindung ein Verfahren zum Stratifizieren, insbesondere zur Risikostratifizierung und / oder Therapiesteuerung eines
Patienten mit gynäkologischem Malignom, wobei mindestens eine Markersequenz einer DNA, cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ ID No. 1-489 (Klon Sequenzen) oder SEQ ID No . 490 - 978 (RNA bzw. DNA) oder jeweils eine Teilsequenz davon verwendet wird um Autoantikörper und/oder Autoantikörperprofile assoziiert mit gynäkologischem Malignom bei dem Patienten nachzuweisen, zu identifizieren, zu überwachen. Autoantikörperprofile umfassen die Menge an einem oder
mehreren Autoantikörpern deren Vorkommen/Expression mit der Entstehung und/oder Etablierung von gynäkologischem Malignom einhergehen .
Ferner umfasst ist die Stratifizierung der Patienten mit gynäkologischem Malignom in neue oder etablierte Subgruppen der Patienten mit gynäkologischem Malignom, sowie die
sinnvolle Auswahl von Patientengruppen für die klinische
Entwicklung von neuen Therapeutika. Der Begriff
Therapiesteuerung umfasst ebenfalls die Einteilung von
Patienten in Responder und Nicht-Responder bezüglich einer Therapie oder dessen Therapieverlauf.
„Diagnose" im Sinne dieser Erfindung bedeutet die positive Feststellung von gynäkologischem Malignom mittels der
erfindungsgemäßen Markersequenzen für gynäkologisches Malignom sowie die Zuordnung der Patienten zu gynäkologischem Malignom. Der Begriff der Diagnose umfasst die medizinische Diagnostik und diesbezügliche Untersuchungen, insbesondere die in-vitro Diagnostik und Labordiagnostik, ebenfalls Proteomics und
Nukleinsäureblots . Weitere Untersuchungen können zur
Absicherung und zum Ausschluss anderer Krankheiten vonnöten sein. Daher umfasst der Begriff Diagnose ebenfalls die
Differentialdiagnose von gynäkologischem Malignom mittels der erfindungsgemäßen Markersequenzen für gynäkologisches Malignom sowie die Prognose von gynäkologischem Malignom, insbesondere die Vorhersage des Risikos der Metastasenbildung.
„Stratifizieren (auch: Stratifikation) oder Therapiesteuerung" im Sinne dieser Erfindung bedeutet, dass beispielsweise die erfindungsgemäßen Verfahren Entscheidungen zur Behandlung und Therapie des Patienten erlauben, sei es Hospitalisierung des Patienten, Einsatz, Wirkung und / oder Dosierung eines oder mehrerer Arzneimittel, eine therapeutische Maßnahme oder die Überwachung eines Krankheitsverlaufes sowie Therapieverlauf bzw. Ätiologie oder Klassifizierung einer Erkrankung, z.B. in einen neuen oder bestehenden Subtyp oder die Differenzierung von Krankheiten und dessen Patienten.
In einer weiteren Ausführungsform der Erfindung umfasst der Begriff „Stratifizierung" insbesondere die
Risikostratifizierung mit der Prognose eines „outcome" eines nachteiligen gesundheitlichen Ereignisses. „Prognose" bedeutet die Vorhersage des Krankheitsverlaufs, beispielsweise die Vorhersage des Rezidiv-freien Überlebens, des Gesamtüberlebens, des Risikos der Metastasenbildung.
Im Rahmen dieser Erfindung wird unter „Patient" ein beliebiger Proband - Mensch oder Säugetier - verstanden, mit der Maßgabe, dass der Proband auf gynäkologisches Malignom untersucht wird. Unter dem Begriff „Patientin" wird ein beliebiger weiblicher Proband verstanden. Unter „gesund" bzw. „Kontrolle" bzw „gesunde Kontrollperson" wird ein beliebiger Proband,
vorzugsweise ein weiblicher Proband verstanden, der kein gynäkologisches Malignom und keine benigne Veränderung hat bzw. bei dem dieses mit den bekannten Standardverfahren (siehe z.B. Pschyrembl, Supra) nicht nachgewiesen werden können.
Der Begriff „Markersequenz für gynäkologisches Malignom" im Sinne dieser Erfindung bedeutet, dass die Nukleinsäure, beispielsweise DNA, insbesondere cDNA oder RNA oder die
Aminosäuresequenz oder das jeweils daraus erhältliche
Polypeptid oder Protein oder die durch die Nukleinsäuren kodierten Aminosäuren (Protein, Peptid) signifikant
(spezifisch) für gynäkologisches Malignom sind.
Markersequenzen für gynäkologisches Malignom können
Nukleinsäuresequenzen und Aminosäuresequenzen sein, wobei auch Modifikationen umfasst sind.
„für gynäkologisches Malignom" bedeutet, dass beispielsweise die cDNA oder das jeweils daraus erhältliche Polypeptid oder Protein eine Wechselwirkung mit Substanzen aus der
Körperflüssigkeit oder Gewebeauszug eines Patienten mit gynäkologischem Malignom aufweisen (z.B. Antigen (Epitop) / Antikörper (Paratop) Wechselwirkung) . Diese Substanzen aus der Körperflüssigkeit oder Gewebeauszug treten entweder nur oder zumindest verstärkt bei gynäkologischem Malignom auf
beziehungsweise werden exprimiert, wohingegen diese Substanzen bei Patienten oder Personen ohne gynäkologischem Malignom nicht oder zumindest in geringerem Maße (geringere Menge, geringere Konzentration) vorhanden sind. Markersequenzen für gynäkologisches Malignom können sich andererseits auch dadurch auszeichnen, dass sie eine Wechselwirkung mit Substanzen aus der Körperflüssigkeit oder Gewebeauszug von Patienten mit gynäkologischem Malignom eingehen, weil diese Substanzen nicht mehr oder zumindest in deutlich geringerer Menge/Konzentration bei gynäkologischem Malignom auftreten beziehungsweise
exprimiert werden, wohingegen diese Substanzen bei Patienten bzw. Personen ohne gynäkologischem Malignom in deutlich höherem Maße vorhanden sind. Markersequenzen für
gynäkologisches Malignom können auch in gesunden Probanden vorhanden sein, jedoch verändert sich ihre Menge
(Konzentration) beispielsweise bei der Entstehung, Etablierung und Therapie von gynäkologischem Malignom. Die Markersequenzen für gynäkologisches Malignom sind deshalb Biomarker für gynäkologisches Malignom. Die Markersequenzen für
gynäkologisches Malignom können auf diese Weise ein Profil von Substanzen aus Körperflüssigkeit und Gewebeauszug abbilden, beispielsweise ein Autoantikörperprofil für gynäkologisches Malignom.
„Autoantikörperprofil für gynäkologisches Malignom" umfasst somit einerseits die Zusammensetzung (ein oder mehrerer
Autoantikörper ) und anderseits die Menge/Konzentration
einzelner Autoantikörper . Dabei sind die Zusammensetzung und /oder die Menge bzw. Konzentration spezifisch für
gynäkologisches Malignom.
In einer besonders bevorzugten Ausführungsform der Erfindung ist die Markersequenz für gynäkologisches Malignom ein Antigen oder ein Teil eines Antigens oder kodiert für ein Antigen oder für einen Teil eines Antigens.
In einer besonders bevorzugten Ausführungsform erkennt /bindet die Markersequenz für gynäkologisches Malignom an
Autoantikörper , die im Verlauf der Entstehung, Etablierung und Therapie von gynäkologischem Malignom (verstärkt) vorhanden sind oder in geringerem Maße (oder nicht mehr) vorhanden sind (nachfolgend „Autoantikörper für gynäkologisches Malignom"). Autoantikörper werden vom Körper gegen körpereigene Antigene, die beispielsweise bei gynäkologischem Malignom entstehen, gebildet. Autoantikörper werden von Körper gegen
unterschiedliche Substanzen und Pathogene gebildet. Im Rahmen der vorliegenden Erfindung werden insbesondere die
Autoantikörper für gynäkologisches Malignom detektiert, die beim Auftreten und im Laufe der Entstehung von
gynäkologischem Malignom gebildet werden und/oder in ihrer Expression hoch- beziehungsweise herunterreguliert werden. Autoantikörper assoziiert mit gynäkologischem Malignom können mit Hilfe der erfindungsgemäßen Verfahren und Markersequenzen für gynäkologisches Malignom nachgewiesen werden und somit als Indikation für gynäkologisches Malignom dienen. Der Nachweis und die Überwachung der Menge an Autoantikörpern für
gynäkologisches Malignom im Patienten kann zur Früherkennung, Diagnose und/oder Therapieüberwachung/Therapiesteuerung verwendet werden. Diese Autoantikörperprofile assoziiert mit gynäkologischem Malignom können bereits bei Verwendung von einer Markersequenz für gynäkologisches Malignom ausreichend charakterisiert werden. In anderen Fällen werden zwei oder mehr Markersequenzen für gynäkologisches Malignom notwendig sein, um ein Autoantikörperprofil assoziiert mit
gynäkologischem Malignom, abzubilden.
In bevorzugten Ausführungsformen der Erfindung können die Autoantikörper assoziiert mit gynäkologischem Malignom mit Markersequenzen für gynäkologisches Malignom nachgewiesen werden, die sich von einem anderen Individuum ableiten, weil sie beispielsweise aus einer kommerziellen cDNA-Bank stammen oder sie können mit einem Gold Standard verglichen werden. In anderen bevorzugten Ausführungsformen der Erfindung können die Autoantikörper für gynäkologisches Malignom mit
Markersequenzen für gynäkologisches Malignom nachgewiesen werden, die sich von dem gleichen Individuum ableiten (Autoantigen) , weil sie beispielsweise aus einer eigens für den Patienten oder eine Gruppe von Patienten (beispielsweise im Rahmen der individualisierten Medizin) hergestellten cDNA- Bank stammen. Autoantikörper können bereits viele Jahre vor Auftreten der ersten Krankheitssymptome vom Patienten gebildet werden. Damit wäre eine Früherkennung, Diagnose und auch Prognose und
(vorbeugende) Behandlung bereits Jahre vor dem sichtbaren Krankheitsausbruch möglich. Die erfindungsgemäßen
Vorrichtungen und Mittel (Anordnung, Array, Proteinbiochip, Diagnostikum, Test Kit) und Verfahren ermöglichen somit ein im Vergleich zu bekannten Verfahren sehr frühes Eingreifen, was die Prognose und Überlebensraten deutlich verbessert. Da sich die Autoantikörperprofile assoziiert mit gynäkologischem Malignom während der Etablierung und Behandlung/Therapie von gynäkologischem Malignom verändern, ermöglicht die Erfindung auch den Nachweis und die Überwachung von gynäkologischem Malignom in jedem Stadium der Entstehung und Behandlung sowie die Überwachung im Rahmen der Nachsorge bei gynäkologischem Malignom. Die erfindungsgemäßen Mittel erlauben auch eine einfache Handhabung, z.B. zu Hause, durch den Patienten selbst und die kostengünstige routinemäßige Vorsorge zur
Früherkennung sowie die Nachsorge.
Insbesondere durch die Verwendung von Antigenen als
spezifische Markersequenz für gynäkologisches Malignom, die sich von bereits bekannten Sequenzen, z.B. aus kommerziellen cDNA Banken, ableiten, können Probanden (Personen) getestet und gegebenenfalls vorhandene Autoantikörper assoziiert mit gynäkologischem Malignom in diesen Probanden nachgewiesen werden, auch wenn bei diesen Probanden die entsprechenden Autoantigene (noch) nicht bekannt sind. Verschiedene Patienten können unterschiedliche
Autoantikörperprofile assoziiert mit gynäkologischem Malignom aufweisen, beispielsweise unterscheiden sich verschiedene Kohorten oder Bevölkerungsgruppen. Jeder Patient kann dabei ein oder mehrere verschiedene Autoantikörper assoziiert mit gynäkologischem Malignom im Laufe der Entstehung von
gynäkologischem Malignom und des Fortschreitens der
Erkrankung des gynäkologischen Malignoms, d.h. ebenfalls verschiedene Autoantikörperprofile, bilden. Außerdem kann sich die Zusammensetzung und/oder die Menge der gebildeten
Autoantikörper assoziiert mit gynäkologischem Malignom im Laufe der gynäkologischem Malignom Entstehung und des
Fortschreitens der Krankheit verändern, so dass eine
quantitative Auswertung notwendig wird. Auch die
Therapie/Behandlung von gynäkologischem Malignom führt zu Veränderungen in der Zusammensetzung und/oder der Menge an Autoantikörpern assoziiert mit gynäkologischem Malignom. Die große Auswahl an erfindungsgemäßen Markersequenzen für gynäkologisches Malignom ermöglichen die individuelle
Zusammenstellung von Markersequenzen für gynäkologisches
Malignom in einer Anordnung für einzelne Patienten, Gruppen von Patienten, bestimmte Kohorten, Bevölkerungsgruppen und so weiter. Im Einzelfall kann deshalb die Verwendung einer
Markersequenz für gynäkologisches Malignom ausreichen, während in anderen Fällen mindestens zwei oder mehr Markersequenzen für gynäkologisches Malignom zusammen oder in Kombination verwendet werden müssen um ein aussagekräftiges
Autoantikörperprofil zu erstellen.
Der Nachweis von Autoantikörpern assoziiert mit
gynäkologischem Malignom beispielsweise im Serum/Plasma hat gegenüber anderen Biomarkern den Vorteil einer hohen Stabilität und Lagerfähigkeit und einer guten Nachweisbarkeit. Auch unterliegt die Anwesenheit von Autoantikörpern keinem circardianen Rhythmus, so dass die Probennahme unabhängig von Tageszeit, Nahrungsaufnahme und dergleichen ist. Daneben können Autoantikörper assoziiert mit gynäkologischem Malignom mit Hilfe der korrespondierenden
Antigene/Autoantigene in bekannten Assays wie z.B. ELISA oder Western-Blot nachgewiesen werden und auf dieses die Ergebnisse überprüft werden. Im Sinne der Erfindung bedeutet „wobei mindestens eine
Markersequenz für gynäkologisches Malignom ausgewählt wird", dass eine Wechselwirkung nachgewiesen wird. Eine solche
Wechselwirkung ist z.B. eine Bindung, insbesondere eine bindende Substanz an mindestens eine Markersequenz für
gynäkologisches Malignom oder im Fall, dass die Markersequenz für gynäkologisches Malignom eine Nukleinsäure, beispielsweise eine cDNA ist, die Hybridisierung mit einer geeigneten
Substanz unter gewählten Bedingungen, insbesondere stringenten Bedingungen (z.B. wie üblich definiert in J. Sambrook, E.F. Fritsch, T. Maniatis (1989), Molecular cloning: A laboratory manual, 2nd Edition, Cold Spring Habor Laboratory Press, Cold Spring Habor, USA oder Ausubel, "Current Protocols in
Molecular Biology", Green Publishing Associates and Wiley Interscience, N.Y. (1989)). Ein Beispiel für stringente
Hybridisierungsbedingungen ist: Hybridisierung in 4 x SSC bei 65° C (alternativ in 50% Formamid und 4 X SSC bei 42° C) , gefolgt von mehreren Waschschritten in 0,1 x SSC bei 65°C für insgesamt etwa eine Stunde. Ein Beispiel für wenig stringente Hybridisierungsbedingungen ist Hybridisierung in 4 x SSC bei 37° C, gefolgt von mehreren Waschritten in 1 x SSC bei
Raumtemperatur . Die Wechselwirkung zwischen der Körperflüssigkeit oder
Gewebeauszuges eines Patienten und den Markersequenzen für gynäkologisches Malignom ist vorzugsweise eine Protein-Protein Wechselwirkung . Solche Substanzen, beispielsweise Antigene, Autoantigene,
Autoantikörper assoziiert mit gynäkologischem Malignom, sind erfindungsgemäß Bestandteil einer Körperflüssigkeit,
insbesondere Blut, Vollblut, Blutplasma, Blutserum,
Patientenserum, Urin, Cerebrospinalflüssigkeit ,
Synovialflüssigkeit oder eines Gewebeauszuges, beispielsweise aus Tumorgewebe des Patienten. Die Erfindung betrifft
insbesondere die Verwendung dieser Körperflüssigkeiten und Gewebeauszüge für Früherkennung, Diagnose, Prognose,
Therapiesteuerung und Nachsorge. In einer weiteren Ausführungsform der Erfindung können jedoch die Markersequenzen für gynäkologisches Malignom bzw. die von diesen Markersequenzen erkannten Substanzen, beispielsweise Autoantikörper assoziiert mit gynäkologischem Malignom, in einer signifikant höheren oder niedrigeren Expressionsrate oder Konzentration vorliegen, was auf gynäkologisches Malignom hinweist. Hierbei werden mittels Proteomics oder
Nukleinsäureblots die relativen Expressionsraten krank / gesund der erfindungsgemäßen Markersequenzen für
gynäkologisches Malignom bzw. die von diesen Markersequenzen erkannten Substanzen bestimmt.
Die Markersequenzen für gynäkologisches Malignom verfügen in einer weiteren Ausführungsform der Erfindung über ein
Erkennungssignal, welches an die zu bindende Substanz
adressiert ist (z.B. Antikörper, Nukleinsäure).
Erfindungsgemäß bevorzugt ist für ein Protein das Erkennungssignal ein Epitop und / oder Paratop und / oder Hapten und für eine cDNA eine Hybridisierungs- oder
Bindungsregion .
Die erfindungsgemäßen Markersequenzen für gynäkologisches Malignom sind Gegenstand der Tabelle A (RNA) und des
Sequenzprotokolls und können durch den jeweilig zitierten Datenbankeintrag (auch mittels Internet:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) eindeutig identifiziert werden (mittels Accession No . ) . Daher umfasst die Erfindung ebenfalls die Volllängesequenzen der erfindungsgemäßen Markersequenzen für gynäkologisches Malignom und zwar wie über den bekannten Datenbankeintrag gemäß Tabelle A sowie im Sequenzprotokoll definiert, nachstehend SEQ 1 - 1467 genannt. Weiterhin umfasst sind daher ebenfalls analoge
Ausführungsformen von SEQ 1 -1467 zu den Markersequenzen für gynäkologisches Malignom SEQ 1-1467, wie z.B. in den
Ansprüchen dargelegt, da die erfindungsgemäßen SEQ 1-1467 wiederum Teilsequenzen, zumindest mit hoher Homologie, darstellen. Die Markersequenzen für gynäkologisches Malignom SEQ 1-1467 sind jedoch erfindungsgemäß bevorzugt.
Erfindungsgemäß umfassen die Markersequenzen auch solche Modifikationen der Nukleinsäuresequenz, insbesondere cDNA- Sequenz und der entsprechenden Aminosäuresequenz, wie chemische Modifikation, wie Citrullinierung, Acetylierung, Phosphorylierung, Glykosilierung oder polyA-Strang und weiteren dem Fachmann einschlägig bekannte Modifikationen.
Die Erfindung betrifft auch Homologe der Markersequenzen für gynäkologisches Malignom und Homologe der Teilsequenzen, beispielsweise Fragmente von Markersequenzen für
gynäkologisches Malignom. Homologe sind beispielsweise
Nukleinsäure- und/oder Proteinsequenzen, insbesondere Homologe von SEQ ID No . 1 - 1467, die eine Identität mit den
Markersequenzen für gynäkologisches Malignom von mindestens 70 % oder 80 %, vorzugsweise 90 % oder 95 %, besonders bevorzugt 96 % oder 97 % oder mehr, beispielsweise 98 % oder 99 % aufweisen. In einer besonders bevorzugten Ausführungsform der Erfindung beträgt für den Fall, dass es sich bei den
Markersequenzen für gynäkologisches Malignom um Antigene handelt, die Homologie im Sequenzbereich in dem die Antigen- Antikörper- beziehungsweise Antigen-Autoantikörper- Wechselwirkung stattfindet mindestens 95 %, vorzugsweise mindestens 97 %, besonders bevorzugt mindestens 99 %. Gegenstand der Erfindung sind auch Teilsequenzen der
Markersequenzen für gynäkologisches Malignom. Teilsequenzen umfassen auch Fragmente der erfindungsgemäßen Markersequenzen, Teilsequenzen sind solche Nukleinsäuren oder Proteine/Peptide, die gegenüber der vollständigen Nukleinsäure oder dem
vollständigen Protein/Peptid verkürzt sind. Die Deletion kann sich dabei an dem oder den Ende und/oder innerhalb der Sequenz befinden. Umfasst sind beispielsweise Teilsequenzen und/oder Fragmente die 50 bis 100 Nukleotide, 70-120 Nukleotide einer vollständigen Sequenz aufweisen, beispielsweise von SEQ 1- 1467. Homologe von Teilsequenzen und Fragmenten sind ebenfalls erfindungsgemäß umfasst. In einer besonderen Ausführungsform sind die Markersequenzen für gynäkologisches Malignom
gegenüber den Sequenzen 1 - 1467 so weit verkürzt, dass sie nur noch aus der/den Bindungsstellen für den betreffenden Autoantikörper assoziiert mit gynäkologischem Malignom
bestehen. Erfindungsgemäß umfasst sind auch Markersequenzen für gynäkologisches Malignom, die sich von den Sequenzen SEQ ID o. 1 - 1467 dadurch unterscheiden, dass sie ein oder mehrere Insertionen beinhalten, wobei die Insertionen
beispielsweise 1 bis 100 oder mehr Nukleotide/Aminosäuren, vorzugsweise 5 bis 50, besonders bevorzugt 10 bis 20
Nukleotide/Aminosäuren lang sind und die Sequenzen aber ansonsten identisch oder homolog zu den Sequenzen 1 - 1467 sind. Erfindungsgemäß bevorzugt sind Teilsequenzen mit
mindestens 90 %, vorzugsweise mindestens 95 % der Länge der betreffenden Sequenzen.
In einer weiteren Ausführungsform kann die jeweilige
Markersequenz für gynäkologisches Malignom in
unterschiedlichen Mengen in einem oder mehreren Bereichen auf dem Träger repräsentiert sein. Dies erlaubt eine Variation der Sensitivität . Die Bereiche können jeweils eine Gesamtheit von Markersequenzen für gynäkologisches Malignom aufweisen, d.h. eine genügende Zahl an verschiedenen Markersequenzen für gynäkologisches Malignom, insbesondere 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 oder 10 oder mehr verschiedene und gegebenenfalls weitere Nukleinsäuren und/oder Proteinen, insbesondere Biomarker.
In einer besonders bevorzugten Ausführungsform der Erfindung sind mindestens 96 bis 25.000 (numerisch) oder mehr
verschiedene oder gleiche Markersequenzen für gynäkologisches Malignom und gegebenenfalls weitere Nukleinsäuren und/oder Proteinen, insbesondere Biomarker auf dem Träger
repräsentiert. Weiterhin bevorzugt sind mehr als 2.500, besonders bevorzugt 10.000 oder mehr verschiedene oder gleiche Markersequenzen für gynäkologisches Malignom und
gegebenenfalls weitere Nukleinsäuren und/oder Proteine, insbesondere Biomarker auf dem Träger repräsentiert. Im Rahmen dieser Erfindung bedeutet „Anordnung" synonym „Array" und sofern dieser „Array" zur Identifizierung von Substanzen an Markersequenzen für gynäkologisches Malignom verwendet wird, ist hierunter vorzugsweise ein „Assay" oder eine diagnostische Vorrichtung zu verstehen. In einer
bevorzugten Ausführungsform ist die Anordnung derart
gestaltet, dass die auf der Anordnung repräsentierten
Markersequenzen für gynäkologisches Malignom in Form eines Gitters auf einem Träger vorliegen. Ferner sind solche
Anordnungen bevorzugt, die eine hochdichte (high-density ) Anordnung von Markersequenzen für gynäkologisches Malignom, beispielsweise Proteinbindern erlauben. Vorzugsweise werden die Markersequenzen für gynäkologisches Malignom gespottet. Solche hochdichte gespotteten Anordnungen sind beispielsweise in der WO 99/57311 und WO 99/57312 offenbart und können vorteilhaft in einem robotergestützten automatisierten High- Throughput Verfahren zur Anwendung kommen. Im Rahmen dieser Erfindung umfasst jedoch der Begriff „Assay" oder diagnostische Vorrichtung ebenfalls solche
Ausführungsformen einer Vorrichtung, wie ELISA, Bead-based Assay, Line Assay, Western Blot, immunchromatographische
Verfahren (z.B. so genannte Lateral Flow Immunoassays ) oder ähnliche immunologische Single- oder Multiplex- Nachweisverfahren .
Ein „Proteinarray" (auch Proteinbiochip) im Sinne dieser
Erfindung ist die systematische Anordnung von Markersequenzen für gynäkologisches Malignom auf einem festen Träger, wobei die Markersequenzen für gynäkologisches Malignom Proteine oder Peptide oder Teile davon sind. Die Markersequenzen für gynäkologisches Malignom der Anordnung sind auf einen festen Träger fixiert, vorzugsweise jedoch gespottet oder immobilisiert gar aufgedruckt, d.h.
reproduzierbar aufgebracht. Ein oder mehrere Markersequenzen für gynäkologisches Malignom können mehrfach in der Gesamtheit aller Markersequenzen für gynäkologisches Malignom präsent sein und in unterschiedlichen Mengen bezogen auf einen Spot vorliegen. Ferner können die Markersequenzen für
gynäkologisches Malignom auf dem festen Träger standardisiert sein (z.B. mittels serieller Verdünnungsreihen von z.B.
Humanglobulinen als interne Kaiibratoren zur
Datennormalisierung und quantitativen Auswertung) .
In einer weiteren Ausführungsform liegen die Markersequenzen für gynäkologisches Malignom als Klone vor. Solche Klone können beispielsweise mittels einer erfindungsgemäßen cDNA- Expressionsbibliothek erhalten werden (Büssow et al . 1998
( supra ) ) . In einer bevorzugten Ausführungsform werden solche Expressionsbibliotheken enthaltend Klone mittels
Expressionsvektoren aus einer exprimierenden cDNA Bibliothek bestehend aus den cDNA Markersequenzen erhalten. Diese
Expressionsvektoren enthalten vorzugsweise induzierbare
Promotoren. Die Induktion der Expression kann z.B. mittels eines Induktors, solche wie IPTG, erfolgen. Geeignete
Expressionsvektoren sind beschrieben in Terpe et al . (Terpe T Appl Microbiol Biotechnol. 2003 Jan; 60 ( 5 ) : 523-33 ) .
Expressionsbibliotheken sind dem Fachmann bekannt, diese können nach Standardwerken, wie Sambrook et al, "Molecular Cloning, A laboratory handbook, 2nd edition (1989), CSH press, Cold Spring Harbor, New York hergestellt werden. Weiterhin bevorzugt sind solche Expressionsbibliotheken, die gewebespezifisch sind (z.B. humanes Gewebe, insbesondere humane Organe, beispielsweise aus Gewebe aus Eierstock und Gebärmutter. Ferner sind erfindungsgemäß ebenfalls solche Expressionsbibliotheken mit eingeschlossen, die mittels exon- trapping erhalten werden können. Statt Expressionsbibliothek kann synonym von einer Expressionsbank gesprochen werden.
Weiterhin bevorzugt sind Proteinarrays oder entsprechende Expressionsbibliotheken, die keine Redundanz aufweisen (so genannte: Uniclone®-Bibliothek ) und nach den Lehren der WO 99/57311 und WO 99/57312 beispielsweise hergestellt werden können. Diese bevorzugten Uniclone- Bibliotheken weisen einen hohen Anteil an nicht-fehlerhaften vollständig exprimierten Proteinen einer cDNA-Expressionsbibliothek auf.
Im Rahmen dieser Erfindung können die Klone ebenfalls nicht abschließend solche sein wie transformierte Bakterien, rekombinante Phagen oder transformierte Zellen von Säugern, Insekten, Pilzen, Hefen oder Pflanzen.
Die Klone werden auf einen festen Träger fixiert, gespottet oder immobilisiert. Daher betrifft die Erfindung eine
Anordnung/Verwendung, wobei die Markersequenzen für
gynäkologisches Malignom als Klone vorliegen.
Zusätzlich können die Markersequenzen für gynäkologisches Malignom in der jeweiligen Form in Form eines Fusionsproteins vorliegen, welches beispielsweise mindestens ein
Affinitätsepitop oder "Tag" enthält. Der Tag kann ein solcher sein wie wie c-myc, His-Tag, Arg-tag, FLAG, alkalische
Phosphatase, V5-Tag, T7-Tag oder Strep-Tag, HAT-tag, NusA, S- tag, SBP-tag, Thioredoxin, DsbA, ein Fusionsprotein,
vorzugsweise eine Cellulose-bindende Domäne,
grünfluoreszierendes Protein, Maltose bindendes Protein, Calmodulin-bindendes Protein, Glutathione S-transferase oder lacZ enthalten.
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform der
erfindungsgemäßen Anordnung/Verwendung entspricht diese einem Gitter, dass die Größenordnung einer Mikrotiterplatte (8-12 Wells Streifen, 96 Wells, 384 Wells oder mehr) , eines
Silizium-Wafers, eines Chips, eines massenspektrometrischen Targets oder einer Matrix besitzt.
In einer weiteren besonders bevorzugten Ausführungsform der Erfindung befindet sich die Anordnung auf einem bead oder einem kleinen Plättchen.
In einer weiteren Ausführungsform betrifft die Erfindung einen Assay oder Proteinarray zum Identifizieren und
Charakterisieren einer Substanz (beispielsweise auch Hit, LeitSubstanz , Kandidat, Wirkstoff) für gynäkologisches
Malignom, dadurch gekennzeichnet, dass eine erfindungsgemäße Anordnung oder Assay mit a.) mindestens einer zu untersuchenden Substanz in Kontakt gebracht wird und b.) ein Bindungserfolg nachgewiesen wird.
Die zu untersuchende Substanz kann ein beliebiges natives oder nicht-natives Biomolekül, ein (synthetisches) chemisches Molekül, ein Naturstoff, eine Mischung oder eine
Substanzbibliothek sein. Nachdem die zu untersuchende Substanz eine Markersequenz für gynäkologisches Malignom kontaktiert hat, erfolgt die
Auswertung des Bindungserfolges, beispielsweise unter
Verwendung mit handelsüblicher Image-Analyse Software (GenePix Pro (Axon Laboratories), Aida (Raytest), ScanArray (Packard Bioscience) .
Die Visualisierung erfindungsgemäßer Bindungen,
Bindungserfolge, Wechselwirkungen wie Protein-Protein- Wechselwirkungen (z.B. Protein an Markersequenz für
gynäkologisches Malignom, wie Antigen/Antikörper ) oder entsprechende „Mittel zum Nachweis des Bindungserfolges" kann beispielsweise mittels Fluoresenzmarkierung, Biotiniylierung, Radio-Isotopen-Markierung oder kolloidale Gold- oder Latex- Partikel-Markierung in üblicher Weise erfolgen. Ein Nachweis von gebundenen Antikörpern erfolgt mit Hilfe von sekundären Antikörpern, die mit handelsüblichen Reportermolekülen markiert sind (z.B. Cy-, Alexa-, Dyomics, FITC- oder ähnliche Fluoreszenzfarbstoffe, , kolloidale Gold- oder Latex- Partikel), oder mit Reporter-Enzymen wie alkalischer
Phosphatase, Meerrettichperoxidase, usw. und den
entsprechenden colorimetrischen, fluoreszenten oder
chemolumineszenten Substraten. Eine Auslesung erfolgt z.B. mittels eines Microarray-Laserscanners , einer CCD-Kamera oder visuell.
In einer weiteren Ausführungsform betrifft die Erfindung ein Arzneimittel / Wirkstoff oder Prodrug für gynäkologischem Malignom entwickelt und erhältlich durch den Einsatz einer erfindungsgemäßen Markersequenz, einer erfindungsgemäßen Anordnung, einer erfindungsgemäßen Verwendung, eines
erfindungsgemäßen Assays.
Gegenstand der Erfindung ist auch die Verwendung einer
Markersequenz für gynäkologisches Malignom ausgewählt aus der Gruppe der Proteine SEQ ID No . 979 bis 1467, Teilsequenzen dieser Proteine und den für diese Proteine kodierenden Sequenzen, den Sequenzen SEQ ID No . 1 - 489 und SEQ ID. No . 490 - 978 und Teilsequenzen von SEQ ID No 1 - 978 sowie der von SEQ ID No . 1 - 978 kodierten Proteine als
Affinitätsmaterial zur Durchführung einer Apherese oder
Blutwäsche für Patienten mit gynäkologischem Malignom. Die
Erfindung betrifft somit die Verwendung der erfindungsgemäßen Markersequenzen, vorzugsweise in Form einer Anordnung, als Affinitätsmaterial zur Durchführung einer Blutwäsche im weiteren Sinne, wobei Substanzen aus Körperflüssigkeiten eines Patienten mit gynäkologischem Malignom, wie Blut oder Plasma, an die erfindungsgemäßen Markersequenzen binden und folglich der Körperflüssigkeit selektiv entzogen werden können.
Die nachfolgenden Beispiele dienen der Erläuterung der
Erfindung ohne die Erfindung jedoch auf die Beispiele
einzuschränken.
Die Durchführung der Beispiele erfolgt unter Verwendung der UNIarray Technologieplattform auf Basis quantitativer Analysen der Autoantikörperprofile im Serum von Patientinnen mit gynäkologischem Malignom. Dadurch sollen systematisch Antigene assoziiert mit gynäkologischem Malignom und Autoantigene assoziiert mit gynäkologischem Malignom (sogenannte Biomarker) identifiziert werden, die eine Früherkennung von
gynäkologischem Malignom ermöglichen und/oder auf eine
bestimmte Verlaufsform hindeuten (prognostische Relevanz). Beispiel 1
Zunächst erfolgt die Identifizierung von Kandidaten für
Markersequenzen für gynäkologisches Malignom.
In der ersten Phase werden dazu 50 Serumproben von
Patientinnen mit gynäkologischem Malignom auf einem MACROarray (umfasst etwa 10.000 unterschiedliche, rekombinante, humane Proteine) untersucht. Dabei werden Kandidaten für
Markersequenzen für gynäkologisches Malignom identifiziert.
Beispiel 2 In der anschließenden Testphase werden diese Kandidaten für Markersequenzen für gynäkologisches Malignom an Serumproben von 100 Patientinnen mit gynäkologischem Malignom und 100 Patientinnen mit benignen Veränderungen bzw. 100 gesunden Kontroll-Patientinnen vergleichend analysiert und
charakterisiert. Dadurch diese vergleichende Analyse werden vorwiegend Markersequenzen identifiziert, die mit
Autoantikörpern assoziiert mit gynäkologischem Malignom
Wechselwirken.
Beispiel 3: Die Auswahl besonders signifikanter Biomarker (
Markersequenzen für gynäkologisches Malignom) erfolgt mittels bioinformatischer Analyse. Die Kandidaten für Markersequenzen für gynäkologisches Malignom werden dahingehend ausgewertet, ob sie zwischen verschiedenen Probanden (z.B. gesund/nicht gesund) /Patientengruppen (z.B. niedriges/hohes Risiko der Metastasenbildung) /Kohorten (z.B. bestimmte Vorgeschichte) diskriminieren .
Dazu werden die Markersequenzkandidaten werden auf einen
Biochip aufgebracht und validiert. Die Datenauswertung erfolgt über statistische Analysen, beispielsweise
Schwellenwertanalyse, Support Vector Machine Alogrithm (SVM). Der Probenverbrauch für die Validierung beträgt nur 50 μΐ / Probe. In einem ersten Ansatz werden auf diese Weise Kohorten der Kategorie I und II ausgewählt. Der erhaltene Biochip ist für gynäkologisches Malignom
spezifisch. Dieser Biochip umfasst ein oder mehrere
Markersequenzen für gynäkologisches Malignom und erkennt
Autoantikörper assoziiert mit gynäkologischem Malignom. Kohorte I: Klinischer Befund: gynäkologisches Malignom¬ positive Gruppe (CASE-Gruppe; verifiziert über
histopathologischen Befund der Biopsie) .
Kohorte II: Klinischer Befund: gynäkologisches Malignom¬ negative Gruppe (Kontroll-Gruppe), Alters-gematched . Patientinnen werden ausgewählt nach Einschluß- und
Ausschlusskriterien
Einschlusskriterien
Histologisch gesichertes gynäkologisches Malignom
Histologisch gesicherte, nicht-neoplastische Veränderung - Gesunde altersgematchte Kontrolle
Zum Zeitpunkt der Diagnose (vor der Operation)
- Vor bzw. während neoad uvanter und adjuvanter
Antiöstrogentherapie, adjuvanter Chemotherapie oder adjuvanter Aromataseinhibitortherapie .
Ausschlusskriterien
Alter unter 18 Jahren
Bereits erfolgte Tumorbehandlung
Entsprechende Biochips werden für Diagnose, Voraussage des Therapieverlaufs und Vorhersage der Metastasenbildung
entwickelt.
Beispiel 4: Für die Entwicklung eines Proteinbiochips für die Diagnose von gynäkologischem Malignom, werden die Ergebnisse der
Autoantikörperanalyse mit dem goldenen Standard der Diagnose verglichen und die identifizierten Markersequenzen werden validiert (Markersequenzen für gynäkologisches Malignom) . Die Ergebnisse werden dann mit anderen klinischen Charakteristika von gynäkologischem Malignom, beispielsweise Tumorgröße und Malignität korreliert.
Beispiel 5: Bei der Entwicklung eines Proteinbiochips zur Voraussage des
Therapieverlaufs wird ein bestimmtes Autoantikörperprofil bzw. ein bestimmtes Signal des Proteinbiochips mit dem Ansprechen des gynäkologischen Malignoms auf eine bestimmte Therapie korreliert. Darüber hinaus werden Änderungen des
Autoantikörperprofils validiert - auch bezüglich verschiedener Behandlungsoptionen (Continuous time modelling) .
Beispiel 6:
Bei der Entwicklung eines Proteinbiochips für die Prädiktion der Metastasenbildung werden Markersequenzen für
gynäkologisches Malignom ausgewählt, die mit Autoantikörpern für gynäkologisches Malignom Wechselwirken, die als Indikator für Metastasenbildung geeignet sind. Durch den Vergleich von Autoantikörpern zum Zeitpunkt der Diagnose von Patientinnen mit und ohne Metastasenbildung können Patientinnen
identifiziert werden, die ein hohes Metastaserisiko haben.
Im Rahmen der Identifizierung und Validierung von
Markersequenzen für gynäkologisches Malignom können
bioinformatische Analysen durchgeführt werden. Für jedes Serum können dazu mittels Microarray Reaktivitäten gegen ca. 2000 unterschiedliche Antigene gemessen werden. Diese Daten werden für ein Ranking der gespotteten Antigene bzgl. ihrer
Differenzierungsfähigkeit zwischen gesunden und erkrankten Seren benutzt. Diese Auswertung kann mittels des nicht
parametrischen Mann-Whitney Tests auf normalisierten
Intensitätsdaten durchgeführt werden. Zur Normalisierung wird ein interner Standard benutzt, der auf jedem Chip mitgespottet wird. Da für jedes Antigen ein p-Wert berechnet wird, werden Methoden zur Korrektur des multiples Testens eingesetzt. Als sehr konservativer Ansatz wird eine Bonferroni Korrektur durchgeführt und zusätzlich wird die weniger restriktive False Discovery Rate (FDR) nach Benjamini & Hochberg berechnet.
Des Weiteren werden die Daten zur Klassifikation der Seren benutzt. Hierbei kommen unterschiedliche multivariante
Methoden zum Einsatz. Dies sind Methoden aus den statistischen Lernverfahren wie Support Vector Machines (SVM), Neuronale Netze oder Klassifikationsbäume, sowie eine
Schwellenwertmethode, welche sowohl zur Klassifikation als auch zur visuellen Repräsentation der Daten geeignet ist. Zur Vermeidung von Overfitting wird beispielsweise eine lOfache Cross-Validierung der Daten durchgeführt.
Die erfindungsgermäßen Sequenzen sind im anliegenden Sequenzprotokoll aufgeführt. Die Klonsequenzen (cDNA) SEQ ID No. 1 - 489, die RNA Sequenzen SEQ ID. No . 490 - 978 und die Proteinsequenzen SEQ ID No . 979 - 1467) .
Tabelle A:
Daten zu Markersequenzen für gynäkologisches Malignom (RNA) SEQ ID No. 490 - 978.
SEQ Accession Alias RNA Blast ID No Accession
No .
490 gi 122114640 NM_032924.3 zinc finger protein 3 isoform
2 [Homo sapiens]
491 gi 27881505 NM_007189.1 ATP-binding cassette sub- family F member 2 isoform a [Homo sapiens]
492 gi 194306637 NM_144985.3 cadherin-24 isoform 2 [Homo sapiens ]
493 gi 261337182 NM_182905.4 WAS protein family homolog 1
[Homo sapiens]
494 gi 16877437 BC016965.1 NLRP1 protein [Homo sapiens]
495 gi 16332363 NM_033489.1 cyclin-dependent kinase IIB isoform 5 [Homo sapiens]
496 gi 24797087 NM_002617.3 peroxisome biogenesis factor
10 isoform 2 [Homo sapiens]
497 gi 51477699 NM_00100389 mediator of RNA Polymerase II
1.1 transcription subunit 15
isoform a [Homo sapiens]
498 gi 215272336 NM 018667.3 sphingomyelin
Phosphodiesterase 3 [Homo sapiens ]
499 gi 39644878 BC009967.2 SCYL1 protein [Homo sapiens]
500 gi 156071525 NM 133171.3 engulfment and cell motility protein 2 [Homo sapiens]
501 gi 145553975 NM 024657.3 MORC family CW-type zinc
finger protein 4 isoform a [Homo sapiens]
502 gi 45387948 NM_133368.1 RING finger and SPRY domain- containing protein 1
precursor [Homo sapiens]
503 gi 44681483 NM_152562.2 cell division cycle- associated protein 2 [Homo sapiens ]
504 gi 169216540 XM_00171719 PREDICTED: hypothetical
3.1 protein [Homo sapiens]
505 gi 19584557 AL713796.1 hypothetical protein [Homo sapiens ]
506 gi 55925573 NM_203404.1 AMP deaminase 2 isoform 3
[Homo sapiens]
507 gi 7020062 AK000158.1 unnamed protein product [Homo sapiens ]
508 gi 41352717 NM_004416.2 protein deltex-1 [Homo
sapiens ]
509 gi 190014575 NM_002775.4 serine protease HTRA1
precursor [Homo sapiens] 510 gi 42544228 NM 021138.3 TNF receptor-associated
factor 2 [Homo sapiens] gi 1171543867 NM_000375.2 uroporphyrinogen-I I I synthase
[Homo sapiens]
gi 124307874 NM_006955.1 zinc finger protein 33B [Homo sapiens ]
gi 142476323 NM_003627.4 large neutral amino acids
transporter small subunit 3 [Homo sapiens]
gi 1156071506 NM_014245.3 RING-box protein 2 isoform 1
[Homo sapiens]
gi 144680137 NM_152414.3 class E basic helix-loop- helix protein 22 [Homo sapiens ]
gi 1154759282 NM_014603.2 cerebellar degeneration- related protein 2-like [Homo sapiens ]
gi 1156415993 NM_016037.3 probable U3 small nucleolar
RNA-associated protein 11
[Homo sapiens]
gi 1282847377 NM_080592.3 apoptosis-related protein 3 isoform b [Homo sapiens] gi 1216547614 NM_019046.2 ankyrin repeat domain- containing protein 16 isoform a [Homo sapiens]
gi 154607103 NM_020187.2 chromosome 3 open reading
frame 37 [Homo sapiens] gi 157013271 NM_00100886 magnesium transporter NIPA2
0.1 isoform a [Homo sapiens] gi|55770871 NM_00100710 lethal ( 3 ) malignant brain
2.1 tumor-like protein 3 isoform b [Homo sapiens]
gi 1215599550 NM_033201.2 hypothetical protein LOC89927 isoform 1 [Homo sapiens] gi|37537683 NM_007139.2 zinc finger protein 92
isoform 1 [Homo sapiens] gi 1116014343 NM_001624.2 absent in melanoma 1 protein
[Homo sapiens]
gi 153832030 NM_004489.4 G protein pathway suppressor
2 [Homo sapiens]
gi 118765732 NM_003081.2 synaptosomal-associated
protein 25 isoform SNAP25A [Homo sapiens]
gi 1195976813 NM_007117.2 prothyroliberin precursor
[Homo sapiens]
gi 1164519060 NM_014690.4 hypothetical protein LOC9715 isoform b [Homo sapiens] gi 1291327486 NM_201569.2 protein SMG7 isoform 4 [Homo sapiens ]
gi 140787998 NM_012446.2 single-stranded DNA-binding protein 2 [Homo sapiens]
28416939 NM_016038.2 ribosome maturation protein
SBDS [Homo sapiens]
188528682 NM 021216.4 endothelial zinc finger
protein induced by tumor necrosis factor alpha [Homo sapiens ]
222080063 NM 032478.3 39S ribosomal protein L38, mitochondrial precursor [Homo sapiens ]
186910285 NM_024570.2 ribonuclease H2 subunit B
isoform 1 [Homo sapiens]
87298934 NM_024712.3 engulfment and cell motility protein 3 [Homo sapiens]
300068963 NM 031207.4 putative hydroxypyruvate
isomerase isoform 1 [Homo sapiens ]
226437572 NM 032360.3 acyl-CoA-binding domain- containing protein 6 [Homo sapiens ]
119943095 NM_032364.5 dnaJ homolog subfamily C
member 14 [Homo sapiens]
333805595 NM_152652.2 zinc finger protein 48
isoform 1 [Homo sapiens]
18375500 NM_001641.2 DNA- ( apurinic or apyrimidinic site) lyase [Homo sapiens]
214010180 NM_00114227 amyloid-like protein 2
6.1 isoform 2 [Homo sapiens]
104487001 NM_00104071 receptor-type tyrosine- 2.1 protein Phosphatase delta isoform 5 precursor [Homo sapiens ]
32528305 NM 002913.3 replication factor C subunit
1 isoform 1 [Homo sapiens]
41281488 NM_014761.2 IST1 homolog [Homo sapiens] 7023276 AK001786.1 unnamed protein product [Homo sapiens ]
217330575 NM_007225.2 neurexophilin-3 precursor
[Homo sapiens]
163310748 NM_00111272 LIM and calponin homology
0.1 domains-containing protein 1 isoform e [Homo sapiens]
221219021 NM 015157.2 pleckstrin homology-like
domain family B member 1 isoform a [Homo sapiens]
150456423 NM_015348.1 transmembrane protein 131
[Homo sapiens]
62339397 NM 014604.2 taxl-binding protein 3 isoform 1 [Homo sapiens] gi|66393092 AY995135.1 phospholipase C epsilon 1
[Homo sapiens]
gi|229576807 NM_020959.2 anoctamin-8 [Homo sapiens] gi I 10863994 NM_021188.1 zinc finger protein 410
isoform b [Homo sapiens] gi I 205277444 NM_021805.2 Single Ig IL-l-related
receptor [Homo sapiens] gi|205360980 NM_024557.3 protein RIC-3 isoform a [Homo sapiens ]
gi I 194018548 NM_030629.2 C-Maf-inducing protein
isoform Tc-mip [Homo sapiens] gi|339895851 NM 001626.4 RAC-beta serine/threonine- protein kinase isoform 1
[Homo sapiens]
148613860 NM 015548.3 bullous pemphigoid antigen 1 isoform leA precursor [Homo sapiens ]
4826685 NM_004939.1 ATP-dependent RNA helicase
DDX1 [Homo sapiens]
196115280 NM_002055.3 glial fibrillary acidic
protein isoform 1 [Homo sapiens ]
156104890 NM_002096.2 general transcription factor
IIF subunit 1 [Homo sapiens]
167466172 NM_005346.4 heat shock 70 kDa protein
1A/1B [Homo sapiens]
212276187 NM_002893.3 histone-binding protein RBBP7 isoform 2 [Homo sapiens]
88853067 NM_002911.3 regulator of nonsense
transcripts 1 [Homo sapiens]
218083729 NM_00114268 zinc finger MYM-type protein
4.1 5 isoform 3 [Homo sapiens]
219879804 NM 006700.2 TRAF-type zinc finger domain- containing protein 1 [Homo sapiens ]
18379335 NM 006711.2 RNA-binding protein with
serine-rich domain 1 [Homo sapiens ]
68161542 NM_007074.2 coronin-ΙΑ [Homo sapiens] 110227862 NM 016097.3 immediate early response 3- interacting protein 1 [Homo sapiens ]
253970487 NM 018677.3 acetyl-coenzyme A synthetase, cytoplasmic isoform 1 [Homo sapiens ]
52353964 NM 020170.3 nicalin precursor [Homo
sapiens ] 573 gi 116174741 NM_020223.2 dentin matrix protein 4 [Homo sapiens ]
574 gi 187761323 NM_00112721 shootin-1 isoform a [Homo
1.1 sapiens ]
575 gi 38372934 NM_021948.3 brevican core protein isoform
1 [Homo sapiens]
576 gi 150378519 NM_032530.1 zinc finger protein 594 [Homo sapiens ]
577 gi 81174548 NM_00103716 STAT3-interacting protein as
3.1 a repressor [Homo sapiens]
578 gi 83921601 NM_00103798 putative sodium-coupled
4.1 neutral amino acid
transporter 10 isoform a
[Homo sapiens]
579 gi 222831659 NM 198475.2 hypothetical protein
LOC284069 precursor [Homo sapiens ]
580 gi 46519152 020690.4 ANKHD1-EIF4EBP3 protein [Homo sapiens ]
581 gi 166362736 00111413 erythrocyte membrane protein band 4.2 isoform 2 [Homo sapiens ]
582 gi 153266933 NM 002082.3 G protein-coupled receptor kinase 6 isoform B [Homo sapiens ]
583 gi 89903006 NM_002084.3 glutathione peroxidase 3
precursor [Homo sapiens]
584 gi 161353442 NM 004550.4 NADH dehydrogenase
[ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial isoform 1 precursor [Homo sapiens ]
585 gi 23110924 NM_002798.1 proteasome subunit beta type- 6 precursor [Homo sapiens]
586 gi 75750485 NM_004773.2 zinc finger HIT domain- containing protein 3 [Homo sapiens ]
587 gi 215422360 NM_004786.2 thioredoxin-like protein 1
[Homo sapiens]
588 gi 156071502 NM_006694.3 protein JTB precursor [Homo sapiens ]
589 gi 6996927 NM_006792.2 mortality factor 4 [Homo
sapiens ]
590 gi 28373191 NM 007002.2 proteasomal ubiquitin
receptor ADRMl precursor
[Homo sapiens]
591 gi 33188444 NM 012090.3 microtubule-actin cross- linking factor 1 isoform a [Homo sapiens]
gi|34147578 NM_014338.3 phosphatidylserine
decarboxylase proenzyme [Homo sapiens ]
gi 124308114 NM_015649.1 interferon regulatory factor
2-binding protein 1 [Homo sapiens ]
gi 1115430234 NM_00104820 E3 ubiquitin-protein ligase
1.1 UHRF1 isoform 1 [Homo
sapiens ]
gi 156676370 NM_013291.2 cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 [Homo sapiens]
gi 17706711 NM_016538.1 NAD-dependent deacetylase
sirtuin-7 [Homo sapiens] gi 116554603 NM_016070.2 28S ribosomal protein S23, mitochondrial [Homo sapiens] gi 1210147465 NM_022164.2 tubulointerstitial nephritis antigen-like isoform 1 precursor [Homo sapiens] gi 1282400941 NM_022737.2 lipid phosphate phosphatase- related protein type 2 isoform 1 [Homo sapiens] gi 1154426254 NM_032361.2 THO complex subunit 3 [Homo sapiens ]
gi|34304353 NM_183244.1 Phosphatase and actin
regulator 3 isoform 2 [Homo sapiens ]
gi 1194380673 AK295603.1 unnamed protein product [Homo sapiens ]
gi 166882523 NM_00101867 protein
6.1 farnesyltransferase/geranylge ranyltransferase type-1 subunit alpha isoform b [Homo sapiens ]
gi 138788318 NM_005275.2 guanine nucleotide-binding protein-like 1 [Homo sapiens] gi 1194688131 NM_002129.3 high mobility group protein
B2 [Homo sapiens]
gi 1156119624 NM_002215.2 inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain Hl isoform a
[Homo sapiens]
gi 1167614503 NM_002291.2 laminin subunit beta-1
precursor [Homo sapiens] gi 1205277382 NM_020998.3 hepatocyte growth factor-like protein precursor [Homo sapiens ]
gi 124430150 NM_002802.2 26S protease regulatory subunit 4 [Homo sapiens]
610 gi 5803186 NM_006755.1 transaldolase [Homo sapiens]
611 gi 31377804 NM_003425.2 zinc finger protein 45 [Homo sapiens ]
612 gi 62739174 NM_003610.3 mRNA export factor [Homo
sapiens ]
613 gi 109452590 NM 003849.2 succinyl-CoA ligase [GDP- forming] subunit alpha, mitochondrial precursor [Homo sapiens ]
614 gi 187960106 003910.3 protein BUD31 homolog [Homo sapiens ]
615 gi 117938253 00107744 bcl-2-associated
transcription factor 1 isoform 3 [Homo sapiens]
616 gi 86788141 NM 130442.2 engulfment and cell motility protein 1 isoform 2 [Homo sapiens ]
617 gi 260656006 NM 021102.3 kunitz-type protease
inhibitor 2 isoform a
precursor [Homo sapiens]
618 gi 4884170 AL049924.1 hypothetical protein [Homo sapiens ]
619 gi 194385125 AK298842.1 unnamed protein product [Homo sapiens ]
620 gi 41352716 NM_015902. E3 ubiquitin-protein ligase
UBR5 [Homo sapiens]
621 gi 22035561 NM_018310. transcription factor HIB 50 kDa subunit [Homo sapiens]
622 gi 122939166 NM 019613. WD repeat domain
phosphoinositide-interacting protein 3 [Homo sapiens]
623 gi 151301034 NM 020151.3 stAR-related lipid transfer protein 7, mitochondrial precursor [Homo sapiens]
624 gi 20127622 NM_024102.2 methylosome protein 50 [Homo sapiens ]
625 gi 75677352 NM_031921.4 ATPase family AAA domain- containing protein 3B [Homo sapiens ]
626 gi 221139702 NM_031925.2 transmembrane protein 120A
[Homo sapiens]
627 gi 238550193 NM_032298.2 synaptotagmin-3 [Homo
sapiens ]
628 gi 226437633 NM_032590.4 lysine-specific demethylase
2B isoform a [Homo sapiens]
629 gi 201025403 NM 174908.3 coiled-coil domain-containing protein 50 short isoform [Homo sapiens]
630 gi 34335395 NM_032515.3 bcl-2-related ovarian killer protein [Homo sapiens]
631 gi 28872801 NM 001212.3 complement component 1 Q
subcomponent-binding protein, mitochondrial precursor [Homo sapiens ]
632 gi 189339250 NM 000387.4 mitochondrial
carnitine/acylcarnitine carrier protein [Homo
sapiens ]
633 gi 149999367 NM_004394.2 death-associated protein 1
[Homo sapiens]
634 gi 55956920 NM 004499.3 heterogeneous nuclear
ribonucleoprotein A/B isoform b [Homo sapiens]
635 gi 62632770 NM_00101505 DNA-3-methyladenine
4.1 glycosylase isoform c [Homo sapiens ]
636 gi 76150622 NM 006170.2 putative ribosomal RNA
methyltransferase NOP2 [Homo sapiens ]
637 gi 33239449 NM_002592.2 proliferating cell nuclear antigen [Homo sapiens]
638 gi 77539056 NM_003333.3 ubiquitin-60S ribosomal
protein L40 precursor [Homo sapiens ]
639 gi 190684674 NM_006297.2 DNA repair protein XRCC1
[Homo sapiens]
640 gi 52630422 NM_003581.2 cytoplasmic protein NCK2
isoform A [Homo sapiens]
641 gi 197276633 NM_003707.2 ruvB-like 1 [Homo sapiens]
642 gi 226958573 NM_004841.3 ras GTPase-activating protein nGAP isoform 1 [Homo sapiens]
643 gi 50428923 NM_004854.3 carbohydrate sulfotransferase
10 [Homo sapiens]
644 gi 259013555 NM_004860.3 fragile X mental retardation syndrome-related protein 2 [Homo sapiens]
645 gi 53729351 NM_005112.4 WD repeat-containing protein
1 isoform 2 [Homo sapiens] 646 gi 6807758 AL137297.1 hypothetical protein [Homo sapiens ]
647 gi 14149701 NM 015528.1 E3 ubiquitin-protein ligase
RNF167 precursor [Homo sapiens ]
648 gi 24430138 NM 015540.2 RNA Polymerase I I-associated protein 1 [Homo sapiens] 649 gi 187829711 NM_014417.3 bcl-2-binding component 3 isoform 4 [Homo sapiens]
650 gi 22547135 NM_015956.2 39S ribosomal protein L4, mitochondrial isoform a [Homo sapiens ]
651 gi 187936926 NM_014306.4 tRNA-splicing ligase RtcB
homolog [Homo sapiens]
652 gi 116063563 NM_018218.2 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40 [Homo sapiens]
653 gi 260166617 NM_018127.6 zinc Phosphodiesterase ELAC protein 2 isoform 1 [Homo sapiens ]
654 gi 242247074 NM_00100987 bromodomain-containing
7.2 protein 9 isoform 2 [Homo sapiens ]
655 gi 110349768 NM_024296.3 coiled-coil domain-containing protein 28B [Homo sapiens]
656 gi 227500152 NM 024333.2 fibronectin type III and SPRY domain-containing protein 1 [Homo sapiens]
657 gi 33337995 AF173977.1 MSTP107 [Homo sapiens]
658 gi 31377666 NM 031490.2 Ion protease homolog 2,
peroxisomal [Homo sapiens]
659 gi 206597512 NM 015242.4 arf-GAP with Rho-GAP domain,
ANK repeat and PH domain- containing protein 1 isoform a [Homo sapiens]
660 gi 45387954 NM_205767.1 protein QIL1 [Homo sapiens]
661 gi 148596939 NM_152383.4 DIS3-like exonuclease 2 [Homo sapiens ]
662 gi 42794621 NM_203374.1 zinc finger protein 784 [Homo sapiens ]
663 gi 113424118 XM_370711.5 PREDICTED: similar to FRAS1 related extracellular matrix protein 2 [Homo sapiens]
664 gi 45446741 NM_001354.4 aldo-keto reductase family 1 member C2 isoform 1 [Homo sapiens ]
665 gi 100913205 NM_001357.3 ATP-dependent RNA helicase A
[Homo sapiens]
666 gi 215276985 NM_145740.3 glutathione S-transferase AI
[Homo sapiens]
667 gi 31657145 NM 033453.2 inosine triphosphate
pyrophosphatase isoform a [Homo sapiens]
668 gi 89276761 NM 032940.2 DNA-directed RNA Polymerase
II subunit RPB3 [Homo
sapiens ] 110618252 NM 005035.3 DNA-directed RNA Polymerase, mitochondrial precursor [Homo sapiens ]
42794609 NM_002939.3 ribonuclease inhibitor [Homo sapiens ]
157266329 NM_001033.3 ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit [Homo sapiens ]
71051615 NM_000374.3 uroporphyrinogen
decarboxylase [Homo sapiens]
45269143 NM_012289.3 kelch-like ECH-associated
protein 1 [Homo sapiens]
194294518 NM_00113010 oxysterols receptor LXR-alpha
2.1 isoform c [Homo sapiens]
7706336 NM_016057.1 coatomer subunit zeta-1 [Homo sapiens ]
122114657 NM_015037.2 hypothetical protein LOC23053 isoform 1 [Homo sapiens]
150456431 NM_00109943 serine/threonine-protein
6.1 kinase ULK3 [Homo sapiens]
118572609 NM_016183.3 mRNA turnover protein 4
homolog [Homo sapiens]
116812574 NM_016258.2 YTH domain family protein 2 isoform 1 [Homo sapiens]
21327682 NM 032630.2 cyclin-dependent kinase 2- interacting protein isoform 2 [Homo sapiens]
62526025 NM_00101484 protein CutA isoform 3 [Homo
0.1 sapiens ]
68533248 NM_018476.3 protein BEX1 [Homo sapiens] 94818878 NM_00104045 rhomboid domain-containing
7.1 protein 2 isoform b [Homo
sapiens ]
83779009 NM 024077.3 selenocysteine Insertion
sequence-binding protein 2 [Homo sapiens]
208431768 NM 031450.3 basophilic leukemia expressed protein BLES03 isoform 2
[Homo sapiens]
32306518 NM_031492.2 RNA-binding protein 4B [Homo sapiens ]
40317613 NM 138777.2 ribosome-recycling factor, mitochondrial isoform 1 precursor [Homo sapiens]
194473692 NM 138340.4 abhydrolase domain-containing protein 3 [Homo sapiens]
34304361 015102.2 nephrocystin-4 [Homo sapiens] 49169840 00100179 hypothetical protein 5.1 LOC414919 [Homo sapiens]
691 gi 89276783 NM_001617.2 beta-adducin isoform a [Homo sapiens ]
692 gi 148539875 NM_001619.3 beta-adrenergic receptor
kinase 1 [Homo sapiens]
693 gi 33591068 NM_000386.2 bleomycin hydrolase [Homo
sapiens ]
694 gi 55770843 NM_001903.2 catenin alpha-1 [Homo
sapiens ]
695 gi 40288196 NM_005257.3 transcription factor GATA-6
[Homo sapiens]
696 gi 85838503 NM_005318.3 histone Hl .0 [Homo sapiens]
697 gi 194294499 NM 005341.2 zinc finger and BTB domain- containing protein 48 [Homo sapiens ]
698 gi 170014687 NM 000414.2 peroxisomal multifunctional enzyme type 2 isoform 2 [Homo sapiens ]
699 gi 33356546 NM_004526.2 DNA replication licensing
factor MCM2 [Homo sapiens]
700 gi 29826281 NM_177983.1 protein Phosphatase IG [Homo sapiens ]
701 gi 68216257 NM_000981.3 60S ribosomal protein L19
[Homo sapiens]
702 gi 197209833 NM_005066.2 splicing factor, proline- and glutamine-rich [Homo sapiens]
703 gi 86991437 NM_00103946 serine/arginine-rich splicing
5.1 factor 5 [Homo sapiens]
704 gi 170014702 NM_003023.4 SH3 domain-binding protein 2 isoform a [Homo sapiens]
705 gi 40806158 NM 003250.4 thyroid hormone receptor
alpha isoform 2 [Homo
sapiens ]
706 gi 31543803 NM 006528.2 tissue factor pathway
inhibitor 2 precursor [Homo sapiens ]
707 gi 219842276 NM_005439.2 myeloid leukemia factor 2
[Homo sapiens]
708 gi 201860299 NM_003977.2 AH receptor-interacting
protein [Homo sapiens]
709 gi 209862763 NM_014806.2 iporin [Homo sapiens]
710 gi 124378038 NM_014866.1 protein transport protein
Secl6A [Homo sapiens]
711 gi 31652256 NM_005461.3 transcription factor MafB
[Homo sapiens]
712 gi 32307182 NM_006379.2 semaphorin-3C precursor [Homo sapiens ]
713 gi 32454736 NM 033278.2 tripartite motif-containing protein 3 [Homo sapiens]
714 gi 260656035 NM_006702. neuropathy target esterase isoform b [Homo sapiens]
715 gi 21758255 AK098275.1 unnamed protein product [Homo sapiens ]
716 gi 197313761 NM_012137. N (G) , N (G) -dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1 isoform 1 [Homo sapiens]
717 gi 223468619 NM 013446.3 E3 ubiquitin-protein ligase makorin-1 isoform 1 [Homo sapiens ]
718 gi 11385647 AF273045.1 CTCL tumor antigen sel4-3
[Homo sapiens]
719 gi 196115157 NM_00113101 cipl-interacting zinc finger
8.1 protein isoform 4 [Homo
sapiens ]
720 gi 55953121 NM_015705.4 small G protein signaling
modulator 3 [Homo sapiens]
721 gi 7020524 AK000437.1 unnamed protein product [Homo sapiens ]
722 gi 217035104 NM_018198.3 dnaJ homolog subfamily C
member 11 [Homo sapiens]
723 gi 34147349 NM_024042.2 meteorin precursor [Homo
sapiens ]
724 gi 117320542 NM_00107749 proline-rich protein 3
7.1 isoform b [Homo sapiens]
725 gi 113204623 NM_032193.3 ribonuclease H2 subunit C
[Homo sapiens]
726 gi 20270302 NM_138769.1 mitochondrial Rho GTPase 2
[Homo sapiens]
727 gi 16445355 NM 033415.2 armadillo repeat-containing protein 6 isoform 2 [Homo sapiens ]
728 gi 62244043 NM_00101444 OCIA domain-containing
6.1 protein 2 isoform 1 [Homo sapiens ]
729 gi 333609247 NM 153269.2 hypothetical protein
LOC140680 isoform 1 [Homo sapiens ]
730 gi 21389514 NM_144726.1 RING finger protein 145
isoform 2 [Homo sapiens]
731 gi 197276595 NM 006129.3 bone morphogenetic protein 1 isoform 3 precursor [Homo sapiens ]
732 gi 169790898 NM_00112263 cyclin-dependent kinase
0.1 inhibitor IC isoform b [Homo sapiens ]
733 gi 66346646 NM 001908.3 cathepsin B preproprotein [Homo sapiens]
38201713 NM_001419.2 ELAV-like protein 1 [Homo
sapiens ]
46411186 NM 005234.3 nuclear receptor subfamily 2 group F member 6 [Homo sapiens ]
167000329 NM 021903.2 gamma-aminobutyric acid type
B receptor subunit 1 isoform b precursor [Homo sapiens]
27502382 NM_172316.1 homeobox protein Meis2
isoform h [Homo sapiens] 51317374 NM_005008.2 NHP2-like protein 1 [Homo
sapiens ]
20072756 BC027470.1 PCDHGC3 protein [Homo
sapiens ]
25777611 NM 002809.2 26S proteasome non-ATPase
regulatory subunit 3 [Homo sapiens ]
125987582 NM 080840.2 receptor-type tyrosine- protein Phosphatase alpha isoform 2 precursor [Homo sapiens ]
21536317 NM_006268.3 zinc finger protein ubi-d4
[Homo sapiens]
194306565 NM_007370.4 replication factor C subunit
5 isoform 1 [Homo sapiens]
55925647 NM_000994.3 60S ribosomal protein L32
[Homo sapiens]
42476326 NM_003025.2 endophilin-A2 isoform 1 [Homo sapiens ]
56699493 NM_003179.2 synaptophysin [Homo sapiens] 83281440 NM 003755.3 eukaryotic translation
initiation factor 3 subunit G [Homo sapiens]
331284175 NM_00107726 nuclear receptor corepressor
1.3 2 isoform 2 [Homo sapiens] 33519473 NM 005831.3 calcium-binding and coiled- coil domain-containing protein 2 [Homo sapiens]
40068460 NM_007284.3 twinfilin-2 [Homo sapiens] 19913459 BC026067.1 WDSOF1 protein [Homo sapiens] 155030235 NM_00110041 ribonuclease 3 isoform 2
2.1 [Homo sapiens]
46370087 NM_013306.3 sorting nexin-15 isoform A
[Homo sapiens]
109134346 NM_00104239 coiled-coil domain-containing
9.1 protein 41 [Homo sapiens]
50409706 NM 016638.2 ADP-ribosylation factor-like protein 6-interacting protein
4 isoform 2 [Homo sapiens]
756 gi 19913437 NM_015994.2 V-type proton ATPase subunit
D [Homo sapiens]
757 gi 85362736 NM_00103914 hypothetical protein LOC54976
0.1 [Homo sapiens]
758 gi 21750404 AK091925.1 unnamed protein product [Homo sapiens ]
759 gi 157388940 NM_017998.2 hypothetical protein LOC55071
[Homo sapiens]
760 gi 189095252 NM_00108042 protein BEX4 [Homo sapiens]
5.2
761 gi 46559760 NM_032512.2 PDZ domain-containing protein
4 [Homo sapiens]
762 gi 198041727 NM_00113477 kinesin light chain 2 isoform
4.1 2 [Homo sapiens]
763 gi 55749441 NM_00100693 transcription elongation
5.1 factor A protein-like 4 [Homo sapiens ]
764 gi 18027791 AF318350.1 unknown [Homo sapiens]
765 gi 116235475 NM_032856.2 WD repeat-containing protein
73 [Homo sapiens]
766 gi 91176336 NM_138383.2 MTSSl-like protein [Homo
sapiens ]
767 gi 156523245 NM_145239.2 proline-rich transmembrane protein 2 [Homo sapiens]
768 gi 209571529 NM_182527.2 calcium-binding protein 7
[Homo sapiens]
769 gi 195947381 NM_178314.3 RILP-like protein 1 [Homo
sapiens ]
770 gi 34147601 NM_004309.3 rho GDP-dissociation
inhibitor 1 isoform a [Homo sapiens ]
771 gi 23110949 NM_001909.3 cathepsin D preproprotein
[Homo sapiens]
772 gi 168480109 NM_005225.2 transcription factor E2F1
[Homo sapiens]
773 gi 188497702 NM_004186.3 semaphorin-3F precursor [Homo sapiens ]
774 gi 109150415 NM_012293.1 peroxidasin homolog precursor
[Homo sapiens]
775 gi 115430228 NM_005132.2 meiotic recombination protein
REC8 homolog [Homo sapiens]
776 gi 24497575 NM_006066.2 alcohol dehydrogenase [NADP+]
[Homo sapiens]
777 gi 5453837 NM_006396.1 Sjoegren syndrome/scleroderma autoantigen 1 [Homo sapiens]
778 gi 6005793 NM 007213.1 PRA1 family protein 2 [Homo sapiens ]
gi 1209870093 NM_012437.4 SNARE-associated protein
Snapin [Homo sapiens] gi 1148664189 NM_014333.3 cell adhesion molecule 1
isoform 1 [Homo sapiens] gi 118496982 NM_015526.1 CAP-Gly domain-containing
linker protein 3 [Homo sapiens ]
gi 1238624145 NM_017455.3 neuroplastin isoform a
precursor [Homo sapiens] gi 1148833501 NM_016403.3 protein CWC15 homolog [Homo sapiens ]
gi 110438635 AK025958.1 unnamed protein product [Homo sapiens ]
gi 158761526 NM_018181.4 zinc finger protein 532 [Homo sapiens ]
gi 18922734 NM_018255.1 elongator complex protein 2 isoform 2 [Homo sapiens] gi 141327716 NM_022104.3 phosphorylated CTD- interacting factor 1 [Homo sapiens ]
gi 140068484 NM_022834.3 von Willebrand factor A
domain-containing protein 1 isoform 1 precursor [Homo sapiens ]
gi 1215820629 NM_032355.3 vacuolar fusion protein MONI homolog A isoform a [Homo sapiens ]
gi 1126090574 NM_00103950 serine protease 53 precursor
3.2 [Homo sapiens] gi 124307878 NM_001378.1 cytoplasmic dynein 1
intermediate chain 2 [Homo sapiens ]
gi 1153791534 NM_021078.2 histone acetyltransferase
KAT2A [Homo sapiens]
gi 173747843 NM_002311.3 DNA ligase 3 isoform beta precursor [Homo sapiens] gi|38045911 NM_000269.2 nucleoside diphosphate kinase
A isoform b [Homo sapiens] gi 1219879812 NM_002696.2 DNA-directed RNA Polymerase
II subunit RPB7 [Homo
sapiens ]
gi 156790298 NM_002779.3 PH and SEC7 domain-containing protein 1 [Homo sapiens] gi 121359853 NM_004582.2 geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta [Homo sapiens ]
gi 1194394229 NM_003313.3 GDP-L-fucose synthase [Homo sapiens ]
799 gi 221136767 NM_000371.3 transthyretin precursor [Homo sapiens ]
800 gi 193211615 NM_003634.2 protein NipSnap homolog 1
isoform 1 [Homo sapiens]
801 gi 21396488 NM 004793.2 Ion protease homolog,
mitochondrial precursor [Homo sapiens ]
802 gi 24234719 NM 005494.2 dnaJ homolog subfamily B
member 6 isoform b [Homo sapiens ]
803 gi 86792514 NM 005700.3 dipeptidyl peptidase 3 [Homo sapiens ]
804 gi 34335235 NM_006651.3 complexin-1 [Homo sapiens]
805 gi 116805324 NM 170713.2 ras association domain- containing protein 1 isoform C [Homo sapiens]
806 gi 114796625 NM_013356.2 monocarboxylate transporter 3
[Homo sapiens]
807 gi 95089415 NM_012478.3 WW domain-binding protein 2
[Homo sapiens]
808 gi 51094102 NM_019082.2 probable ATP-dependent RNA helicase DDX56 [Homo sapiens]
809 gi 33859677 NM_017879.1 zinc finger protein 416 [Homo sapiens ]
810 gi 24432025 NM_032775.2 kelch-like protein 22 [Homo sapiens ]
811 gi 126273571 NM_144586.5 Iy6/PLAUR domain-containing protein 1 isoform a [Homo sapiens ]
812 gi 149363677 NM_199287.2 coiled-coil domain-containing protein 137 [Homo sapiens]
813 gi 148763344 NM_033529.2 cyclin-dependent kinase IIA isoform 4 [Homo sapiens]
814 gi 38372924 NM_198589.1 basigin isoform 2 precursor
[Homo sapiens]
815 gi 40804467 NM_000723.3 voltage-dependent L-type
calcium Channel subunit beta- 1 isoform 1 [Homo sapiens]
816 gi 40549399 NM_001894.4 casein kinase I isoform
epsilon [Homo sapiens]
817 gi 34486089 NM_004152.2 Ornithine decarboxylase
antizyme 1 [Homo sapiens]
818 gi 189458830 NM 002880.3 RAF proto-oncogene
serine/threonine-protein kinase [Homo sapiens]
819 gi 71164880 NM 001011.3 40S ribosomal protein S7
[Homo sapiens] 320 gi 71164876 NM_001014.3 40S ribosomal protein S10
[Homo sapiens]
321 gi 48255969 NM_002969.3 mitogen-activated protein
kinase 12 [Homo sapiens]
322 gi 56117849 NM_007158.4 cold shock domain-containing protein El isoform 2 [Homo sapiens ]
323 gi 149158693 NM_080702.2 large proline-rich protein
BAG6 isoform b [Homo sapiens]
324 gi 75992939 NM_004651.3 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 11 [Homo sapiens]
325 gi 156071485 NM_003680.3 tyrosyl-tRNA synthetase,
cytoplasmic [Homo sapiens]
326 gi 195972858 NM_004228.5 cytohesin-2 isoform 2 [Homo sapiens ]
327 gi 49472826 NM_006324.2 craniofacial development
protein 1 [Homo sapiens]
328 gi 61744459 NM_017588.2 WD repeat-containing protein
5 [Homo sapiens]
329 gi 31543548 NM_007273.3 prohibitin-2 isoform 2 [Homo sapiens ]
330 gi 27374999 NM_007285.6 gamma-aminobutyric acid
receptor-associated protein- like 2 [Homo sapiens]
331 gi 38146101 NM_013274.2 DNA Polymerase lambda isoform a [Homo sapiens]
332 gi 171906572 NM_014063.6 drebrin-like protein isoform a [Homo sapiens]
333 gi 17978480 NM_080413.1 vacuolar protein sorting- associated protein 16 homolog isoform 3 [Homo sapiens]
334 gi 34147350 NM_023940.2 ras-like protein family
member IIB [Homo sapiens]
335 gi 190194415 NM_024326.3 F-box/LRR-repeat protein 15
[Homo sapiens]
336 gi 16604251 NM_052860.1 zinc finger protein 300
isoform 2 [Homo sapiens]
337 gi 115511029 NM_138441.2 protein MB21D1 [Homo sapiens]
338 gi 23510412 NM_052948.2 rho GTPase-activating protein
33 isoform 1 [Homo sapiens]
339 gi 223890145 NM_182498.3 zinc finger protein 428 [Homo sapiens ]
340 gi 58761495 NM_00101172 heterogeneous nuclear
4.1 ribonucleoprotein Al-like 2
[Homo sapiens]
341 gi 34530768 AK124865.1 unnamed protein product [Homo sapiens ]
342 gi 197100212 NM 001610.2 lysosomal acid Phosphatase isoform 1 precursor [Homo
sapiens ]
34452697 NM_004924.3 alpha-actinin-4 [Homo
sapiens ]
17017985 NM 001861.2 cytochrome c oxidase subunit
4 isoform 1, mitochondrial precursor [Homo sapiens]
197245333 NM 005273.3 guanine nucleotide-binding protein G ( I ) /G ( S ) /G ( T ) subunit beta-2 [Homo sapiens]
21071025 NM_005319.3 histone Hl.2 [Homo sapiens] 188497749 NM_033500.2 hexokinase-1 isoform HKI-td
[Homo sapiens]
250083 S37374.1 HSJlb [Homo sapiens]
219842228 NM_004537.4 nucleosome assembly protein
1-like 1 [Homo sapiens]
45439320 NM_005038.2 peptidyl-prolyl cis-trans
isomerase D [Homo sapiens]
207029438 NM_00113525 histone-binding protein RBBP4
6.1 isoform c [Homo sapiens]
171543894 NM_002973.3 ataxin-2 [Homo sapiens]
51477701 NM_00100380 SWI/SNF-related matrix- 1.1 associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 3 isoform 2 [Homo sapiens]
54607088 NM_00100591 semaphorin-3B isoform 2
4.1 precursor [Homo sapiens] 21582063S NM 014714.3 intraflagellar transport
protein 140 homolog [Homo sapiens ]
45643136 NM 006791.2 mortality factor 4-like
protein 1 isoform 1 [Homo sapiens ]
115511037 NM_00100995 single-stranded DNA-binding
5.2 protein 3 isoform c [Homo
sapiens ]
194248096 NM_013333.3 epsin-1 isoform c [Homo
sapiens ]
223941871 NM 017825.2 poly (ADP-ribose)
glycohydrolase ARH3 [Homo sapiens ]
268370292 NM 020442.4 valyl-tRNA synthetase,
mitochondrial isoform 2 precursor [Homo sapiens]
53831987 NM_020659.2 protein tweety homolog 1
isoform 1 [Homo sapiens] 165932369 NM 024582.4 protocadherin Fat 4 precursor [Homo sapiens]
563 gi 52145308 NM_032808.5 leucine-rich repeat neuronal
6A [Homo sapiens]
564 gi 150417982 NM_001606.4 ATP-binding cassette sub- family A member 2 isoform a [Homo sapiens]
>65 gi 71565153 NM_000671.3 alcohol dehydrogenase class-3
[Homo sapiens]
>66 gi 156523967 NM_001618.3 poly [ADP-ribose] Polymerase
1 [Homo sapiens]
>67 gi 49249971 NM 152296.3 sodium/potassium-transporting
ATPase subunit alpha-3 [Homo sapiens ]
S68 gi 82546842 NM 004327.3 breakpoint Cluster region
protein isoform 1 [Homo sapiens ]
>69 gi 20149593 NM_007355.2 heat shock protein HSP 90- beta [Homo sapiens]
S70 gi 27436949 NM_005573.2 lamin-Bl isoform 1 [Homo
sapiens ]
S 71 gi 61742795 NM_005581.3 basal cell adhesion molecule isoform 1 precursor [Homo sapiens ]
S 72 gi 121256637 NM_000918.3 protein disulfide-isomerase precursor [Homo sapiens] > 73 gi 209529732 NM 139032.2 mitogen-activated protein
kinase 7 isoform 2 [Homo sapiens ]
S74 gi 257196241 NM 001063.3 serotransferrin precursor
[Homo sapiens]
> 75 gi 124028528 NM_004819.2 symplekin [Homo sapiens] S 76 gi 253735771 NM 004723.3 rho guanine nucleotide
exchange factor 2 isoform 3 [Homo sapiens]
S 77 gi 115298667 NM 004814.2 U5 small nuclear
ribonucleoprotein 40 kDa protein [Homo sapiens]
578 gi 148922919 NM_014856.2 DENN domain-containing
protein 4B [Homo sapiens]
579 gi 222080097 NM_017450.2 brain-specific angiogenesis inhibitor 1-associated protein 2 isoform 1 [Homo sapiens ]
580 gi 38455426 NM_006430.2 T-complex protein 1 subunit delta [Homo sapiens]
581 gi 300192932 NM_006796.2 AFG3-like protein 2 [Homo sapiens ]
582 gi 166795249 NM 006845.3 kinesin-like protein KIF2C [Homo sapiens]
883 gi 21396479 NM_007367.2 RNA-binding protein Raly
Short isoform [Homo sapiens]
884 gi 150010638 NM_015276.1 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 22 [Homo sapiens]
885 gi 82659108 NM_020765.2 E3 ubiquitin-protein ligase
UBR4 [Homo sapiens]
886 gi 151101234 NM 012461.2 TERFl-interacting nuclear
factor 2 isoform 2 [Homo sapiens ]
887 gi 134284354 NM 012336.3 nuclear prelamin A
recognition factor isoform a [Homo sapiens]
888 gi 50726984 NM_016337.2 ena/VASP-like protein [Homo sapiens ]
889 gi 37622893 NM_194460.1 RING finger protein 126 [Homo sapiens ]
890 gi 20521787 AB033013.2 KIAA1187 protein [Homo
sapiens ]
891 gi 112789552 NM_020820.3 phosphatidylinositol 3,4,5- trisphosphate-dependent Rae exchanger 1 protein [Homo sapiens ]
892 gi 224549001 NM_032905.4 splicing factor 45 [Homo
sapiens ]
893 gi 209862908 NM_00113605 transmembrane protein
3.1 adipocyte-associated 1
isoform 1 [Homo sapiens]
894 gi 197102773 NM 007099.3 low molecular weight
phosphotyrosine protein
Phosphatase isoform b [Homo sapiens ]
895 gi 239937553 NM_000687.2 adenosylhomoeysteinase
isoform 1 [Homo sapiens]
896 gi 18201904 NM_000175.2 glucose-6-phosphate isomerase isoform 2 [Homo sapiens]
897 gi 169259765 NM_001514.5 transcription initiation
factor IIB [Homo sapiens]
898 gi 187761305 NM_002134.3 heme oxygenase 2 [Homo
sapiens ]
899 gi 10434001 AK022548.1 unnamed protein produet [Homo sapiens ]
900 gi 24797084 NM_002265.4 importin subunit beta-1 [Homo sapiens ]
901 gi 156631004 NM 002812.4 26S proteasome non-ATPase
regulatory subunit 8 [Homo sapiens ]
902 gi 154759258 NM 003127.2 spectrin alpha chain, brain isoform 2 [Homo sapiens] gi|38505154 NM_003195.4 transcription elongation
factor A protein 2 isoform a [Homo sapiens]
gi 1141801911 NM_003295.2 translationally-controlled tumor protein [Homo sapiens] gi 121396499 NM_003609.2 HIRA-interacting protein 3
[Homo sapiens]
gi 183367070 NM_003753.3 eukaryotic translation
initiation factor 3 subunit D [Homo sapiens]
gi 183367079 NM_003801.3 glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein [Homo sapiens]
gi|33469915 NM_003906.3 80 kDa MCM3-associated
protein [Homo sapiens] gi 152486264 NM_006029.4 paraneoplastic antigen Mal
[Homo sapiens]
gi|34365370 BX641004.1 hypothetical protein [Homo sapiens ]
gi 1215490016 NM_012286.2 mortality factor 4-like
protein 2 [Homo sapiens] gi 1148727367 NM_015695.2 bromodomain and PHD finger- containing protein 3 [Homo sapiens ]
gi 1193788635 NM_032687.3 cysteine and histidine-rich protein 1 isoform 2 [Homo sapiens ]
gi 150345274 NM_016185.2 hematological and
neurological expressed 1 protein isoform 1 [Homo sapiens ]
gi 156788357 NM_020243.4 mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog [Homo sapiens ]
gi|32455272 NM_006648.3 serine/threonine-protein
kinase WNK2 [Homo sapiens] gi 1119964727 NM_152783.3 D-2-hydroxyglutarate
dehydrogenase, mitochondrial precursor [Homo sapiens] gi 1114520614 NM_001954.4 epithelial discoidin domain- containing receptor 1 isoform 1 precursor [Homo sapiens] gi 162241006 NM_001888.2 mu-crystallin homolog isoform
1 [Homo sapiens]
gi 1206725516 NM_000801.3 peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A isoform a [Homo sapiens] 921 gi 4505488 NM_002539.1 Ornithine decarboxylase [Homo sapiens ]
922 gi 38679891 NM 006223.2 peptidyl-prolyl cis-trans
isomerase NIMA-interacting 4 isoform 1 [Homo sapiens]
923 gi 194018536 NM 002766.2 phosphoribosyl pyrophosphate synthase-associated protein 1 [Homo sapiens]
924 gi 78217389 NM_001004.3 60S acidic ribosomal protein
P2 [Homo sapiens]
925 gi 197927095 NM_001030.4 40S ribosomal protein S27
[Homo sapiens]
926 gi 54792063 NM 003352.4 small ubiquitin-related
modifier 1 isoform a
precursor [Homo sapiens]
927 gi 31083149 NM 003502.2 axin-1 isoform a [Homo
sapiens ]
928 gi 153792767 NM_021195.4 claudin-6 [Homo sapiens]
929 gi 151108508 NM 014859.4 rho GTPase-activating protein
44 [Homo sapiens]
930 gi 22907051 NM 006409.2 actin-related protein 2/3
complex subunit 1A isoform 1
[Homo sapiens]
931 gi 54112115 NM_006802.2 splicing factor 3A subunit 3
[Homo sapiens]
932 gi 209413761 NM_017586.2 calcium Channel flower
homolog isoform a [Homo sapiens ]
933 gi 209954817 NM_014921.4 latrophilin-1 isoform 2
precursor [Homo sapiens]
934 gi 14591905 NM_012423.2 60S ribosomal protein L13a
[Homo sapiens]
935 gi 38570153 NM_012279.2 zinc finger protein 346 [Homo sapiens ]
936 gi 44680150 NM 014335.2 EP300-interacting inhibitor of differentiation 1 [Homo sapiens ]
937 gi 166197689 NM_00111409 ephexin-1 isoform 2 [Homo
0.1 sapiens ]
938 gi 75677342 NM_015544.2 transmembrane protein 98
[Homo sapiens]
939 gi 27414496 NM 014153.2 zinc finger CCCH domain- containing protein 7A [Homo sapiens ]
940 gi 8922866 NM_018322.1 hypothetical protein LOC55776
[Homo sapiens]
941 gi 142383690 NM 022756.4 chromatin modification- related protein MEAF6 [Homo sapiens ]
942 gi 186928845 NM_032476.3 28S ribosomal protein S6, mitochondrial [Homo sapiens]
943 gi 41872402 NM_201398.1 FAD synthase isoform 2 [Homo sapiens ]
944 gi 197304706 NM_032350.5 hypothetical protein LOC84310
[Homo sapiens]
945 gi 56786146 NM_001801.2 cysteine dioxygenase type 1
[Homo sapiens]
946 gi 55750040 NM_001940.3 atrophin-1 [Homo sapiens]
947 gi 194097322 NM_004092.3 enoyl-CoA hydratase,
mitochondrial precursor [Homo sapiens ]
948 gi 160420313 NM_001456.3 filamin-A isoform 1 [Homo
sapiens ]
949 gi 89276752 NM_198252.2 gelsolin isoform b [Homo
sapiens ]
950 gi 49472820 NM_001539.2 dnaJ homolog subfamily A
member 1 [Homo sapiens]
951 gi 62388891 NM_002266.2 importin subunit alpha-2
[Homo sapiens]
952 gi 194440683 NM 002337.2 alpha-2-macroglobulin
receptor-associated protein precursor [Homo sapiens]
953 gi 93141028 NM_00104013 paralemmin isoform 2 [Homo
4.1 sapiens ]
954 gi 103485495 NM 002768.2 charged multivesicular body protein la isoform 2 [Homo sapiens ]
955 gi 313760623 NM 000442.4 platelet endothelial cell
adhesion molecule precursor [Homo sapiens]
956 gi 47132588 NM 002741.3 serine/threonine-protein
kinase Nl isoform 2 [Homo sapiens ]
957 gi 25777601 NM 002808.3 26S proteasome non-ATPase
regulatory subunit 2 [Homo sapiens ]
958 gi 30581139 NM 006263.2 proteasome activator complex subunit 1 isoform 1 [Homo sapiens ]
959 gi 104487294 NM 130853.2 receptor-type tyrosine- protein Phosphatase S isoform 3 precursor [Homo sapiens]
960 gi 71772428 NM_001021.3 40S ribosomal protein S17
[Homo sapiens]
961 gi 156416002 NM 004168.2 succinate dehydrogenase
[ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial
precursor [Homo sapiens] gi|118582263 NM_006924.4 serine/arginine-rich splicing factor 1 isoform 1 [Homo sapiens ]
gi 38181628 BC061586.1 TMSB4X protein [Homo sapiens] gi 37594440 NM 003437.2 zinc finger protein 136 [Homo sapiens ]
gi 83281439 NM 003757.2 eukaryotic translation
initiation factor 3 subunit I [Homo sapiens]
gi 23397695 NM 152925.1 copine-1 isoform a [Homo
sapiens ]
gi 153791496 NM_014675.3 rootletin [Homo sapiens] gi 299829176 NM 006989.5 ras GTPase-activating protein
4 isoform 1 [Homo sapiens] gi 221307564 NM 005805.4 26S proteasome non-ATPase
regulatory subunit 14 [Homo sapiens ]
gi 138175804 NM 006334.3 noelin isoform 2 [Homo
sapiens ]
gi 142379276 NM_006541.3 glutaredoxin-3 [Homo sapiens] gi 40805821 NM_007263.3 coatomer subunit epsilon
isoform a [Homo sapiens] gi 254911095 NM_00104248 disks large-associated
6.2 protein 4 isoform c [Homo
sapiens ]
gi 194328807 NM_012267.4 hsp70-binding protein 1 [Homo sapiens ]
gi 42716281 NM_013242.2 transcription factor IIB
[Homo sapiens]
gi 54792141 NM_019845.2 protein reprimo [Homo
sapiens ]
gi 209915598 NM_032853.3 PWWP domain-containing
protein MUM1 [Homo sapiens] gi 50086623 NM 033547.3 integrator complex subunit 4
[Homo sapiens]

Claims

Patentansprüche
Verfahren zur Identifizierung von Markersequenzen für gynäkologisches Malignom dadurch gekennzeichnet, dass
Markersequenz-Kandidaten für gynäkologisches Malignom dadurch identifiziert werden, dass ein Träger, auf dem mindestens 1.000 unterschiedliche Proteine
immobilisiert sind, mit einer Serumprobe einer
Patientin mit gynäkologischem Malignom in Kontakt gebracht wird und Proteine identifiziert werden, die mit dem Serum eine Wechselwirkung zeigen
(Markersequenz-Kandidaten) , und die Wechselwirkung von einem oder mehreren
Markersequenz-Kandidaten aus a. mit dem Serum von Patientinnen mit gynäkologischem Malignom bestimmt wird im Vergleich zu der Wechselwirkung des / der Markersequenz-Kandidaten aus a. mit dem Serum von Patientinnen mit benignen Veränderungen und der Wechselwirkung des / der Markersequenz-Kandidaten aus a. mit dem Serum von gesunden Kontrollpersonen, und
Markersequenzen dadurch identifiziert werden, dass sie mit dem Serum von Patientinnen mit gynäkologischem Malignom eine andere Wechselwirkung zeigen als mit dem Serum von Patientinnen mit benignen Veränderungen und dem Serum von gesunden Kontrollpersonen.
2. Verfahren nach Anspruch 1 dadurch gekennzeichnet, dass für den Vergleich die Auswertung der Daten der
Wechselwirkung mittels statistischer Analyse
durchgeführt wird.
3. Markersequenz für gynäkologisches Malignom erhältlich durch ein Verfahren nach einem der Ansprüche 1 oder 2 und ausgewählt aus den Sequenzen umfassend SEQ ID o. 1 - 1467 und Teilsequenzen von SEQ ID No . 1 - 1467 mit mindestens 90 %, vorzugsweise 95 % der Länge der
Sequenzen SEQ ID No. 1 - 1467 und Homologen von SEQ ID No . 1- 1467 und deren Teilsequenzen mit einer Identität von mindestens 95%, vorzugsweise 98 % oder mehr zu den entsprechenden Nukleinsäure- und/oder Proteinsequenzen und Sequenzen kodiert durch SEQ ID No. 1 - 489,
Teilsequenzen davon sowie deren Homologe.
4. Anordnung von Markersequenzen für gynäkologisches
Malignom umfassend eine oder mehrere Markersequenzen nach Anspruch 3.
5. Proteinarray umfassend eine oder mehrere
Markersequenzen nach Anspruch 3.
6. Diagnostikum umfassend eine oder mehrere
Markersequenzen nach Anspruch 3 und gegebenenfalls weitere Zusatz- und/oder Hilfsstoffe.
7. Test Kit umfassend eine oder mehrere Markersequenzen nach Anspruch 3 und gegebenenfalls weitere Zusatz- und/oder Hilfsstoffe.
8. Anordnung nach Anspruch 4, Proteinarray nach Anspruch 5, Diagnostikum nach Anspruch 6, Test Kit nach Anspruch 7, dadurch gekennzeichnet, dass 2 oder 3, vorzugsweise 4 oder 5, besonders bevorzugt 7 oder 8 oder mehr unterschiedliche Markersequenzen für gynäkologisches Malignom gleichzeitig verwendet werden.
Verwendung einer oder mehrerer Markersequenzen nach Anspruch 3, einer Anordnung nach Anspruch 4 oder 8, eines Proteinarrays nach Anspruch 5 oder 8, eines Diagnostikums nach Anspruch 6 oder 8 oder eines Test Kits nach Anspruch 7 oder 8 zur Früherkennung,
Diagnose, Prognose, Therapiesteuerung und/oder
Nachsorge bei gynäkologischem Malignom.
Verwendung einer oder mehrerer Markersequenzen nach Anspruch 3, einer Anordnung nach Anspruch 4 oder 8, eines Proteinarrays nach Anspruch 5 oder 8, eines Diagnostikums nach Anspruch 6 oder 8 oder eines Test Kits nach Anspruch 7 oder 8 zur Unterscheidung von gynäkologischem Malignom von benignen Veränderungen.
Verwendung einer oder mehrerer Markersequenzen nach Anspruch 3, einer Anordnung nach Anspruch 4 oder 8, eines Proteinarrays nach Anspruch 5 oder 8, eines Diagnostikums nach Anspruch 6 oder 8 oder eines Test Kits nach Anspruch 7 oder 8 zur individualisierten Diagnostik und/oder Therapie bei einzelnen Patienten, Patientengruppen, Kohorten, Bevölkerungsgruppen, Varianten von gynäkologischem Malignom, Stadien von gynäkologischem Malignom.
Verwendung einer oder mehrerer Markersequenzen nach Anspruch 3, einer Anordnung nach Anspruch 4 oder 8, eines Proteinarrays nach Anspruch 5 oder 8, eines Diagnostikums nach Anspruch 6 oder 8 oder eines Test Kits nach Anspruch 7 oder 8 zum Nachweis und/oder zur Bestimmung der Menge von einem oder mehreren
Autoantikörpern die mit gynäkologischem Malignom assoziiert sind, beispielsweise in Körperflüssigkeit oder Gewebe eines Patienten.
13. Verwendung einer oder mehrerer Markersequenzen nach
Anspruch 3, einer Anordnung nach Anspruch 4 oder 8, eines Proteinarrays nach Anspruch 5 oder 8, eines Diagnostikums nach Anspruch 6 oder 8 oder eines Test Kits nach Anspruch 7 oder 8 zur Analyse von
Autoantikörperprofilen von Patienten, insbesondere zur qualitativen und/oder quantitativen Analyse von
Autoantikörpern und/oder zur Überwachung von
Veränderungen von Autoantikörperprofilen,
beispielsweise in Körperflüssigkeiten wie Serum, Gewebe oder Gewebeauszügen des Patienten.
14. Verwendung einer oder mehrerer Markersequenzen nach
Anspruch 3, einer Anordnung nach Anspruch 4 oder 8, eines Proteinarrays nach Anspruch 5 oder 8, eines Diagnostikums nach Anspruch 6 oder 8 oder eines Test Kits nach Anspruch 7 oder 8 zum Screenen von Substanzen (Wirkstoffen) für gynäkologisches Malignom.
15. Target zur Behandlung und / oder Therapie von
gynäkologischem Malignom ausgewählt aus einer der
Markersequenzen nach Anspruch 3.
16. Verfahren zur Früherkennung, Diagnose, Prognose,
Therapiesteuerung und/oder Nachsorge bei
gynäkologischem Malignom wobei
a.) eine oder mehrere Markersequenz (en) ausgewählt aus der Gruppe umfassend die Sequenzen SEQ ID o. 1 - 1467 und Teilsequenzen von SEQ ID No . 1 - 1467 mit mindestens 90 %, vorzugsweise 95 % der Länge der
Sequenzen SEQ ID No. 1 - 1467 und Homologen von SEQ ID No . 1- 1467 und deren Teilsequenzen mit einer Identität von mindestens 95%, vorzugsweise 98 % oder mehr zu den entsprechenden Nukleinsäure- und/oder Proteinsequenzen und Sequenzen kodiert durch SEQ ID No. 1 - 489,
Teilsequenzen davon sowie deren Homologe auf einen Träger aufgebracht wird/werden,
b. ) mit Körperflüssigkeit oder Gewebeauszug eines Patienten in Kontakt gebracht wird/werden und
c. ) der Nachweis einer Wechselwirkung der
Körperflüssigkeit oder des Gewebeauszugs mit der/den Markersequenz (en) für gynäkologisches Malignom aus a.) erfolgt .
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