JP2002506971A - C−mycコーディング領域決定基結合タンパク質(crd−bp)およびその核酸配列 - Google Patents

C−mycコーディング領域決定基結合タンパク質(crd−bp)およびその核酸配列

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Abstract

(57)【要約】 ヒト患者における癌の存在または非存在を診断する方法が開示されている。1つの実施態様において、該方法は、患者の組織をCRD−BP発現レベルについて調べ、その発現レベルを対照レベルと比較する段階を含む。本発明はまた、癌性組織における機能的CRD−BPのレベルを排除または低下させる段階を含む、癌細胞成長を抑制する方法である。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】 (関連出願の相互参照) 本出願は、1998年3月9日に出願された米国仮出願番号第60/077,
372号の優先権を主張する。第60/077,372号は、本明細書に完全に
示したと同様に、参照して本明細書の記載の一部とする。
【0002】 (連邦後援研究または開発に関する供述) 本発明は、以下の機関により与えられた米国政府支援のもとでなされた:NI
H許可番号:CA63676;CA07175;CA23076。米国は本発明
に対して所定の権利を有するものである。
【0003】 (発明の背景) c−mycタンパク質は、Maxとヘテロダイマーを形成する、転写因子のヘ
リックス−ループ−ヘリックス/ロイシンジッパー(HLH/LZ)ファミリ
ーの一員である(1−3)。一般に、トランス活性化Myc:Maxヘテロダイ
マーは増殖中の細胞中に見られ、一方、トランス抑制Mad:Maxヘテロダイ
マーは分化した細胞中に見られる。c−mycタンパク質レベルは、細胞増殖、
分化および新生物形質転換に影響を及ぼし、これはおそらくMyc:Maxない
しMad:Maxヘテロダイマー間の平衡に影響を及ぼすことによる(4)。c
mycタンパク質が過剰発現されるか、または不適切な時に誘導される場合、
この平衡は撹乱され、細胞増殖および分化は乱される。例えば、c−myc過剰
発現は細胞分化を防止または遅延させる(5、6)。またそれは、血清不足細胞
が、細胞周期のG期に入るのを遮断し、その代わりにそれらをアポトーシスを
受けるように誘導する(7)。c−myc過剰発現はまた、バーキットリンパ腫
を有する実験動物およびヒト患者における腫瘍形成にも関与する(8、9)。異
常c−myc発現のこれらおよび他の有害な結果は、c−myc遺伝子調節の全
態様を理解する重要性を強調する。
【0004】 本明細書で使用した略称は以下の通りである:HLH/LZ、ヘリックス−
ループ−ヘリックス/ロイシンジッパー;AURE、AU−リッチ エレメント
;UTR、非翻訳領域;CRD、コーディング領域決定基;CRD−BP、コー
ディング領域決定基結合タンパク質;DTT、ジチオトレイトール;EGTA、
エチレングリコールビス(2アミノエチルエーテル)−N,N’(四酢酸);P
MSF、フェニルメチル−スルホニルフルオリド;S130、後ポリソーム上清
;SDS、硫酸ドデシルナトリウム;RSW、リボソーム塩洗浄物;PCR、複
製連鎖反応;bp、塩基対;EST、発現配列標識;RACE、cDNA末端の
迅速な増幅;BAC、細菌人工染色体;GCG、遺伝学コンピューターグループ
;IP、免疫沈降;mRNP、メッセンジャーリボ核タンパク質;hnRNPK
、異質核内リボ核タンパク質K;HRP、セイヨウワサビペルオキシダーゼ;H
SP−90、熱ショックタンパク質−90;MOPS、モルフォリンプロパンス
ルホン酸;KH、K相同性;ORF、オープンリーディングフレーム;FMR、
家族性精神遅滞;FMRP、FMR RNA結合タンパク質;hKOC、ヒト癌
で過剰発現されるヒトKHドメインタンパク質;PAG、ポリアクリルアミドゲ
ル;PAGE、ポリアクリルアミドゲル電気泳動;ECL、増強された化学発光
【0005】 c−mycタンパク質は、リン酸化、タンパク質:タンパク質相互作用、およ
びその半減期の変化により調節される(10−12)。c−myc mRNAレ
ベルは、転写および転写後調節され、c−myc mRNAの安定性の変化は、
c−mycタンパク質レベルの大きな変動をもたらし得る。c−myc mRN
Aの半減期は、通常、僅か10−20分間であるが、必要時には3−6倍に延長
できる。例えば、c−myc mRNAは、複製中の胎児げっ歯類肝細胞では比
較的安定であり、豊富なc−myc mRNAを産生する。それは成長していな
い成体肝細胞でははるかに安定性が低く、c−myc mRNAをほとんどまた
は全く含まない(13、14)。しかし、部分的肝切除後に成体肝細胞が複製す
る場合には、数倍アップレギュレートされ、安定化される(15、16)。
【0006】 c−myc mRNAの2つのシス作用配列エレメントは、その内因性不安定
性およびおそらくその転写後調節:3’−非翻訳領域(3’−UTR)のAU−
リッチエレメント(AURE)および180ヌクレオチドのコーディング領域決
定基(CRD)、にも寄与する。CRDはHLH/LZドメインの一部をコード
化し、mRNAコーディング領域の3’末端に位置する。4回の観察により、ど
のようにc−myc CRDがAUREとは独立して機能し、c−myc mR
NA発現に影響を及ぼすのかが示される。(i)そのCRDが欠失したc−my mRNAは、野生型c−myc mRNAよりも安定である(17−20)
。(ii)CRDは、培養した筋芽細胞が融合して筋管を形成する場合に起こる
転写後のc−myc mRNAのダウンレギュレーションに必要である(20、
21)。(iii)β−グロビンmRNAのコーディング領域内のフレーム中へ
のc−myc CRDの挿入により、通常は非常に安定なβ−グロビンmRNA
は不安定化する(22)。(iv)c−myc CRDは、部分的肝切除後に肝
再生を受けたトランスジェニックマウスにおけるc−myc mRNAレベルの
アップおよびダウンレギュレートに必要である(13、15、16、23−25
)。要約すると、c−myc CRDは、動物および培養細胞のc−myc
RNAの安定性に影響を及ぼす。
【0007】 我々は、培養細胞由来のポリソームを含む無細胞mRNA崩壊系を使用して、
c−myc mRNAの安定性およびCRDの機能を詳細に調査した。ポリソー
ムは、崩壊のための基質(mRNA)並びにmRNAの安定性に影響を及ぼす少
なくともいくつかの酵素および補因子の両方を含む。ポリソームは、適切な緩衝
系で様々な時間の間インキュベートし、c−mycなどのポリソームmRNAの
崩壊速度を、ハイブリダイゼーションアッセイにより監視する。この系は、無傷
細胞におけるmRNA崩壊の多くの態様を反映する(26−29)。例えば、細
胞中で不安定なmRNAは、インビトロ(in vitro)で比較的不安定で
あり;細胞中で安定なmRNAはインビトロで安定である(26)。標準的な反
応において、ポリソーム会合c−myc mRNAは、おそらくエキソヌクレア
ーゼにより迅速に3’から5’方向に分解された(29)。反応物に、c−my CRDに対応する180ヌクレオチドのセンスストランド競合体RNAを補
充した場合、別の崩壊経路が活性化された。このCRD RNAは、c−myc CRD内にヌクレオチド鎖切断開裂を誘導し、その結果、c−myc mRN
Aは8倍不安定化された(30)。これらの効果は、c−mycに特異的である
ようである。他の競合体RNAはc−myc mRNAを不安定化せず、また、
c−myc CRD競合体RNAは、試験した他のmRNAを不安定化しなかっ
た。
【0008】 これらの観察に基づき、我々は、タンパク質がc−myc CRDに結合する
と仮定した。我々はさらに、このタンパク質はCRDをエンドヌクレアーゼ攻撃
から遮蔽し、CRD競合体RNAがmRNAでタンパク質を滴定し、および、非
保護c−myc CRDはその後エンドヌクレアーゼにより攻撃されることを示
唆した。このモデルと一致して、我々は、インビトロで強力にc−myc CR
32P−RNAプローブに結合するタンパク質を検出した(30)。このタン
パク質、すなわちc−mycコーディング領域決定基結合タンパク質(CRD−
BP)を続いて精製して均一にした(31)。その後、我々は、CRD−BPは
発生的に調節され、胎児および新生児ラットでは発現されるが、成体動物では発
現されないことを見い出した(32)。
【0009】 (発明の要約) 下記の例に、我々は、RNA結合タンパク質ファミリーの新規なメンバーであ
る、マウスCRD−BP cDNAのクローニングを報告する。我々はまた、C
RD−BPはインビトロでリボソームに結合でき、細胞抽出物中のほとんどのC
RD−BPは、細胞質に位置し、ポリソームおよびリボソームに会合しているこ
とを示す。これらの観察は、ポリソームc−myc mRNAをヌクレオチド鎖
切断攻撃から遮蔽するCRD−BPの役割と一致し、これは、CRD−BPはc
myc mRNAを保存するのを助け、c−MYCタンパク質の製造に使用で
きることを意味する。我々は、CRD−BP発現の遮断により、非常に迅速なc
myc mRNAの破壊、および次いで、細胞からのc−MYCタンパク質の
枯渇が起こると信じる。
【0010】 我々はまた、CRD−BPはげっ歯類由来の胎児組織だけでなく、実験室で成
長させた癌細胞系にも豊富に発現されることを示した(32)。これに対し、C
RD−BPは、成体げっ歯類由来の組織では検出できない(32)。我々は、こ
れらの後者の観察は、CRD−BPは腫瘍胎児性タンパク質、すなわち、胎児お
よび出生後の生命の癌細胞に発現されるが、出生後の生命の正常(非癌性)組織
には発現されないタンパク質であるという考えと一致し得ると信じる。そうであ
れば、CRD−BPは、癌組織に存在するが、出生後の生命の正常組織には存在
しない。
【0011】 癌性組織におけるCRD−BPの特異的で限定された発現は、CRD−BPが
、ヒト癌の可能性ある診断/予後マーカーであることを意味し得る。さらに、C
RD−BPは、c−myc mRNAが急速に破壊されるのを保護するようであ
り、またc−MYCタンパク質は細胞成長に必須であるので、CRD−BPの癌
細胞からの排除は、その成長の停止またはさらにはその死にもつながり得る。
【0012】 本発明は、ヒト患者における癌の存在または非存在を診断する方法であって、
患者の組織をCRD−BP発現レベルについて調べ、その発現レベルを対照と比
較するか、または患者の血清をCRD−BPに対する抗体について調べ、その抗
体レベルを正常対照(好ましくは年齢が適合し、性が適合したもの)のレベルと
比較する段階を含む。好ましくは、組織のCRD−BP発現レベルの対照は、試
験組織と同じ起源由来の非癌性組織である。例えば、乳房アッセイは、好ましく
は、乳房組織対照を有する。本発明の好ましい実施態様において、癌は、乳癌、
大腸癌および膵臓癌からなる群から選択される。
【0013】 本発明の別の好ましい実施態様において、CRD−BPの検出は、生検組織を
ホモジナイズし、粗タンパク質抽出物を得る段階を含む。その後、その抽出物を
CRD−BPレベルについて調べる。
【0014】 本発明はまた、ヒト患者における癌の段階を決定する定量法であって、患者の
組織をCRD−BP発現レベルについて調べ、その発現レベルを疾病予後と関連
づける段階を含む。
【0015】 本発明はまた、癌細胞成長を抑制する方法であって、癌性細胞のCRD−BP
レベルを排除または低下させる段階を含む。
【0016】 本発明の利点は、ヒト癌の診断法が開示されることである。
【0017】 本発明の別の利点は、癌細胞成長の抑制法が開示されることである。
【0018】 本発明の他の目的、利点および特徴は、当業者が明細書、特許請求の範囲およ
び図面を考察した後に明らかとなるであろう。
【0019】 (発明の詳細な説明) A.一般的 c−myc mRNAの半減期は、細胞がその成長速度を変化させるか、また
は分化する場合に調節される。c−myc mRNA分子内の2つの配列が、そ
の半減期を決定し、一方は3’−非翻訳領域にあり、他方はコーディング領域に
ある。細胞質タンパク質であるコーディング領域決定基結合タンパク質(CRD
−BP)は、インビトロでc−mycコーディング領域安定性決定基に結合する
【0020】 無細胞mRNA崩壊系を使用した観察に基づき、我々は、CRD−BPは、m
RNAに結合すると、mRNAをヌクレオチド鎖切断攻撃から遮蔽し、よってm
RNA半減期を延長することを提示する。ここで、我々は、4つのhnRNP
K−相同性ドメイン、RGG RNA結合ドメイン、および核内移行および核外
移行シグナルを含む、577アミノ酸タンパク質である、マウスCRD−BPの
クローニングおよびさらなる特徴づけを記載する。CRD−BPは、あるヒト癌
に過剰発現されるヒトタンパク質に類似している。組換えマウスCRD−BPは
、インビトロで特異的にc−myc CRD RNAに結合し、ヒトCRD−B
Pに対する抗体と反応する。インビトロで翻訳されたCRD BPはc−myc mRNAの非存在下でリボソームに結合し、細胞溶解液中のCRD−BPの多
くがリボソームと会合している。
【0021】 我々はまた、本発明のために提案した方法を以下に述べる。1つの実施態様に
おいて、我々は、ヒト患者における癌の存在または非存在を診断する方法を提案
するものであって、患者の組織をCRD−BP発現レベルについて調べ、その結
果を対照サンプルと比較する、および/または患者の血清を、CRD−BPに対
する抗体について調べ、その抗体レベルを正常対照(好ましくは年齢が適合し、
性が適合したもの)のレベルと比較する段階を含む。好ましくは、組織のCRD
−BP発現レベルの対照サンプルは、同起源由来の非癌性組織である。例えば、
試験乳房組織サンプルのCRD−BPレベルを、非癌性であることが知られてい
る乳房組織のCRD−BPレベルと比較する。
【0022】 この検査は、粗タンパク質抽出物をCRD−BPレベルについて、好ましくは
2抗体サンドイッチアッセイ、抗原競合アッセイ、抗体捕獲アッセイ、または、
粗タンパク質抽出物の、CRD−BPに対する抗体を用いた免疫ブロットにより
調べる形をとり得る。また、組織サンプル中の細胞を、直接、CRD−BPの存
在または非存在について、組織切片をCRD−BPに対する抗体でプローブする
ことを含む免疫学的方法により、または組織切片をCRD−BPに特異的な核酸
プローブでプローブすることを含むインサイツ(in situ)ハイブリダイ
ゼーション法により調べ得る。
【0023】 別の実施態様において、本発明は、癌疾患予後の決定法である。患者の組織サ
ンプルのCRD−BP発現レベルを調べ、これらのCRD−BPレベルを疾患予
後に関連づける。
【0024】 本発明はまた、患者の血清中の抗CRD−BP抗体を同定および定量するため
の、免疫学的アッセイにおけるCRD−BPの使用である。好ましくは、標準的
な免疫学的アッセイで組換えCRD−BPを使用する。本発明はまた、癌患者由
来の血清中のCRD−BP自体を同定および定量するための、抗CRD−BP抗
体の使用である。
【0025】 我々は、CRD−BPのある発現レベルを、ある癌に直接関連づけることがで
き、それ故、その予見となることを見出すことを予期する。
【0026】 我々はまた、癌性細胞からのCRD−BPレベルを排除または低下させること
により、癌細胞成長を抑制する方法を提案する。好ましくは、この方法は、細胞
に競合体RNAを与えることにより、またはCRD−BPの、c−myc mR
NA CRDへの結合を遮断する阻害剤の使用による。
【0027】 「CRD−BP」により、我々は、好ましくは、配列番号2および下記の参考
文献30、31および32で本明細書に記載したタンパク質を意味する。
【0028】 CRD−BP抗体を得る1つの典型的な方法は、大量の組換えCRD−BPを
、細菌細胞、酵母細胞またはバキュロウイルス感染昆虫細胞のいずれかで製造す
ることであろう。その後、このタンパク質を、ウサギ、ヒツジまたはヤギに注射
して、ポリクローナル抗体を製造する。エピトープ特異的抗体もまた、免疫原と
して合成ペプチド(8−15アミノ酸)を使用することにより製造できる。これ
らは当業者に公知の慣用的な技術である。
【0029】 B.臨床サンプル中のCRD−BPの検出 我々は、CRD−BPが癌胎児性タンパク質であり得ると仮定した。この仮定
は、CRD−BPは、胎児ラット組織では発現されるが、正常な成体ラット組織
では発現されないという我々の知見に基づく。それはまた、新生物の組織培養細
胞系にも発現される。
【0030】 我々は、CRD−BPは正常な成体組織よりも腫瘍組織に有意により豊富であ
ることを例で下記に示す。それ故、我々は、生検標本におけるCRD−BPの存
在は、標本が腫瘍細胞を含むことを示すとみている。我々は、CRD−BPの存
在は新形成の指標であり、予後および診断指標であるとみている。
【0031】 多くの可能性あるCRD−BP検出スキームが存在する。最善のスキームは、
以下の変数に依存する:腫瘍組織に発現されるCRD−BPの量、CRD−BP
に対する抗体の特異性および結合力、および抗体のCRD−BP以外の他のタン
パク質との交差反応性の程度。下記は、いくつかの可能性ある検出スキームの概
要である。
【0032】 おそらく、抗体がCRD−BPに特異的であることを確約することが最善であ
ろう。我々は、CRD−BPペプチドに対する抗体の製造により、またはウエス
タンブロット時にCRD−BPのみと反応し、どんな他の細胞性タンパク質と反
応しないモノクローナル抗体の使用によりそうすることができる。
【0033】 1.タンパク質抽出物を使用したCRD−BPの検出:生検組織をホモジナイズ し、粗タンパク質抽出物を調製する(提示) a.抗原または抗体を固体支持体に結合させる例示的検出スキーム i.2抗体サンドイッチアッセイ:1つのCRD−BPエピトープを認識するモ
ノクローナル抗体を、マイクロタイターウェルなどの固体支持体に結合させる。
サンドイッチアッセイは、各抗体がCRD−BPの異なるエピトープに対するも
のである限り、2つのポリクローナル抗体を用いて実施される。組織の抽出物を
加え、抽出物中のCRD−BPを抗体に結合させる。その後、異なるCRD−B
Pエピトープを認識する第二のモノクローナルを加える。第二抗体は、125
またはHで標識できる。その後、結合した標識抗体の量により、第一抗体に付
着したCRD−BPの量の測定ができる。
【0034】 別法として、標識第二抗体を定量化に使用できる。この第二抗体を、セイヨウ
ワサビペルオキシダーゼなどの酵素またはビオチンなどのプローブで標識できる
。その後、結合した第二抗体の量が、標準的なアッセイにより検出され、それに
より組織抽出物中のCRD−BP量の測定ができる。
【0035】 ii.抗原競合アッセイ:抗CRD−BP抗体をマイクロタイターウェルなどの
固体支持体に結合させる。その後、組織抽出物を、精製し放射標識されたCRD
−BPと混合する。組織が十分なCRD−BPを含む場合、このCRD−BPは
限定されている抗体への結合について標識CRD−BPと競合する。従って、抽
出物中のCRD−BPの量は、マイクロタイターウェルに結合した標識CRD−
BPの量に反比例する。我々はヒトCRD−BPコーディング領域の核酸配列を
知っている。それ故、我々は、細菌、酵母または昆虫細胞を使用して、高度に精
製された放射標識CRD−BPを調製できる。
【0036】 プロキプカプ(Prokipcak)(参考文献31)は、1つのCRD−
BP精製法を開示する。我々はまた、添加したエピトープを活用するより容易な
精製スキームを想定する。細菌、酵母、またはバキュロウイルス感染細胞中で非
修飾CRD−BPを製造する代わりに、我々は、「エピトープ標識」CRD−B
Pを生成するCRD−BP相補的DNAを設計する分子技術を使用できる。我々
は細胞中で標識CRD−BPを発現でき、その後、標識を活用して全ての他の細
胞タンパク質からCRD−BPを分離する単一のアフィニティー段階でCRD−
BPを精製できる。
【0037】 iii.抗体捕獲アッセイ:組織抽出物をマイクロタイターウェルに結合させる
。抗体を加え、結合した抗体の量を決定する。抗体は標識しても標識しなくても
よい。標識しない場合、結合した量は、上記したように、抗−抗体抗体を使用し
、それらをペルオキシダーゼまたはビオチン標識により検出して間接的に決定す
る。
【0038】 b.免疫ブロット(ウエスタンブロット)によるCRD−BPの例示的検出 組織抽出物を、変性ゲル中で電気泳動し、タンパク質をニトロセルロースまた
はPVDF膜に写す。その後、膜を抗CRD−BP抗体でプローブし、結合した
抗体の量を、標識抗−抗体抗体を使用して、任意の様々な検出技術により決定す
る。ウエスタンブロットの欠点は、抽出タンパク質または抗体を固体支持体に結
合させるアッセイよりもより時間がかかることである。利点は、特異的な相互作
用がより容易に識別され、人為的結果が排除されることである。ウエスタンブロ
ットにおけるCRD−BPの存在は、ゲルの〜68キロダルトン領域のバンドに
より示される。
【0039】 我々は、アッセイは、計深棒または比色定量アッセイを使用できる程まで単純
化され得るとみている。
【0040】 2.免疫組織化学による細胞中のCRD−BPの検出 典型的な方法において、生検組織を薄切片に切断し、固定し、その後、標準的
な免疫組織化学技術を使用して分析した。検出系は、組織中のCRD−BP量に
依存する。この技術は組織抽出物を使用した技術よりも時間がかかるが、免疫組
織化学は稀な異常細胞を同定できる。例えば、生検標本は、主に正常細胞をほん
の少しのパッチの新生物細胞と共に含み得る。新生物細胞がCRD−BPを発現
する場合、それらは、CRD−BP特異的抗体を使用して免疫組織化学により可
視化され得る。
【0041】 3.インサイツハイブリダイゼーションによる細胞中のCRD−BPの検出 典型的な方法において、生検組織を薄切片に切断し、固定し、その後、CRD
−BP DNAまたはRNAプローブを用いる標準的なインサイツハイブリダイ
ゼーション技術を使用して分析した。免疫組織化学の場合と同様に、インサイツ
ハイブリダイゼーション技術の利点は、大多数の正常細胞の真ん中で稀な癌性細
胞を検出できることである。
【0042】 C.患者の血清におけるCRD−BPまたはCRD−BP抗体の検出 CRD−BPは細胞質タンパク質である。それ故、それはほとんどの条件下で
免疫細胞に曝露されない。しかし、それがヒト腫瘍細胞で過剰発現される場合、
およびこれらの細胞が溶解を受けるか、または何らかの理由でタンパク質が細胞
から漏出する場合、CRD−BP自体が患者の血清で検出され得て、および/ま
たはCRD−BPに対する抗体が腫瘍を有する患者に生じ得る。少量の患者血清
中におけるCRD−BPまたは該抗体の検出により、よって、癌の迅速かつ簡便
なスクリーンが提供される。前章はCRD−BP検出法の概要を述べた。抗CR
D−BP抗体を検出する戦略は、生検成分由来の抽出物中のCRD−BP自体を
検出する技術と類似した技術を活用し得る。多くの抗体検出法がある。患者血清
中の抗CRD−BP抗体の検出に適切な技術のいくつかを下記に要約する。
【0043】 i.2抗体サンドイッチアッセイ CRD−BP自体は、標準的な技術を使用して、細菌、酵母または昆虫細胞中
で製造される。その後、この組換えCRD−BPを、マイクロタイターウェルな
どの固体支持体に結合させる。患者の血清を加え、血清中の抗CRD−BP抗体
をCRD−BPに結合させる。その後、プレートを十分に洗浄し、第二抗ヒト血
清を加える。第二抗体は125Iまたは3Hでまたは蛍光標識で標識できる。そ
の後、結合した標識抗体の量により、プレート上の組換えCRD−BPに付着し
た抗CRD−BP抗体の量の測定ができる。別法として、標識した第二抗体を定
量化に使用できる。この第二抗体は、セイヨウワサビペルオキシダーゼなどの酵
素、またはビオチンなどのプローブで標識できる。結合した第二抗体の量は、そ
の後、標準的なアッセイにより検出され、これにより、患者の血清中の抗CRD
−BP抗体の量の測定ができる。
【0044】 ii.抗原捕獲アッセイ 患者由来の血清を、マイクロタイターウェルなどの固体支持体に付着させる。
その後、放射標識組換えCRD−BPを加える。非結合CRD−BPをプレート
から洗浄して除去し、結合した抗原の量を測定する。放射標識CRD−BPは、
インビボで、細菌または酵母中、35Sを使用して標識できるか、またはインビ
トロで放射ヨウ素化できる。
【0045】 D.癌細胞からCRD−BPを排除することによる癌の処置 本発明の基本的な考えは、主に、CRD−BPは細胞のc−myc mRNA
を安定化させる、およびCRD−BPは出生後に腫瘍細胞で発現されるが、正常
細胞では発現されないという、2つの概念に基づく。結果として、c−myc
mRNAは、腫瘍細胞で過剰発現されるかまたは不適切に発現される。CRD−
BPが排除できれば、その後c−myc mRNAは不安定化される。c−my mRNAが腫瘍細胞の成長または生存に必須である場合、腫瘍細胞は成長を
停止するかまたは死滅する。CRD−BPが腫瘍細胞でより豊富に発現される場
合に選択性が確約される。
【0046】 2つのアプローチが、CRD−BPのc−myc mRNAとの相互作用を妨
げるのに好ましい。
【0047】 1.ジェネティック・エンジニアリング 我々がc−myc mRNAを我々の無細胞mRNA崩壊系で不安定化させた
方法は、過剰の競合体RNAを反応物に加えることであった。RNAはc−my mRNAコーディング領域決定基(CRD)の180ヌクレオチドを含む。
競合体RNAは、c−myc mRNAからCRD−BPを滴定すると考えられ
ている。結果として、c−myc mRNAのCRDは、CRD−BPにより遮
蔽されず、mRNAはリボヌクレアーゼにより迅速に分解される。
【0048】 無傷細胞で類似の戦略を活用するために、患部組織または器官でc−myc
mRNA CRD RNAを過剰発現させるジェネティック・エンジニアリング
技術を適用することが必要であろう。組織または器官でCRD競合体RNAを発
現できるDNAを導入してもよい。別法として、リボヌクレアーゼ耐性で、長時
間持続形のCRD RNA自体を導入することが可能であり得る。標的癌細胞は
CRD−BPを発現するが、非癌細胞はそれを発現しない場合に、特異性が達成
されることを注記することは重要である。これらの条件下で、競合体CRD R
NAは、癌細胞のみに有害な効果を及ぼす。
【0049】 2.CRD−BPの、c−myc mRNA CRDへの結合を遮断する阻害剤 の使用 我々は、CRD−BPは、c−myc mRNAの特定の区域、すなわち、C
RD RNA区域を認識できるように折り畳むと推定する。細胞のc−myc
mRNAとの相互作用能を阻害するために、CRD−BPに結合するペプチドま
たは核酸類似体または他の化合物を設計できる。これは、細胞に侵入でき、ウイ
ルス由来タンパク質および核酸と相互作用できる抗ウイルス化合物を設計するこ
とを願う製薬会社により考えられている戦略に類似している。HIV感染患者に
使用されるプロテアーゼ阻害剤は、特異的なウイルスがコード化する産物に指向
した医薬の例である。
【0050】 (例) A.実験方法 細胞系および細胞成分分画の調製 全細胞系は、アメリカンタイプカルチャーコレクション(ロックビル、メリー
ランド)から得た。M562ヒト赤白血病細胞を、10%仔ウシ血清とペニシリ
ン/ストレプトマイシン混合物を含むRPMI−1640培地で培養した。NI
H/3T3細胞を、10%仔ウシ血清および抗生物質を含むDMEM(4.5g
/L グルコース)中で成長させた。全抗生物質および血清は、ギブコ/BRL
ライフテクノロジー(Gibco/BRL Life Technologie
s)から得た。
【0051】 細胞成分分画は、以下のように調製した。細胞収集後の全段階は4℃で行った
。細胞を、1リットルスピナフラスコ中で、3−5×10細胞/mlの密度ま
で成長させた。それらを収集し、低速遠心分離により集め、血清非含有の冷F1
2培地で3回洗浄した。細胞ペレットを、100mM EGTA、100mg/
ml PMSF、およびアプロチニン、ロイペプチン、およびペプスタチンAの
それぞれ2mg/ml(全てシグマ(Sigma)から)を含む、緩衝液A(1
mM酢酸カリウム、1.5mM酢酸マグネシウム、2mM DTT、10mMト
リス−Cl、pH7.4)中、1.5×10細胞/mlの密度で再懸濁した。
細胞を、30−40ストロークのダウンスホモジナイザーで溶解し、溶解物を1
0分間、20,000×gで遠心分離して、核および他の細胞小器官をペレット
化した。上清(S20)を、緩衝液Aに溶かした30%(w/v)スクロースの
クッション上に重層し、2.5時間、130,000×gで遠心分離してポリソ
ームをペレット化した。スクロースクッション上の上清(S130)を収集し、
ポリソームペレットを、PMSF、ロイペプチン、ペプスタチンA、およびアプ
ロチニンを含む緩衝液A中に再懸濁した。S20ペレット(粗核)を緩衝液A中
で1回洗浄し、遠心分離し、上清中の核洗浄成分を収集し、保存した。その後、
ペレット化し洗浄した核を、300μlの緩衝液B(1.5mM MgCl2、
140mM NaCl、20%グリセロール、10mMトリス−Cl、pH8.
0)に再懸濁し、2.7mlの緩衝液C(5.0%SDS、10%グリセロール
、5%β−メルカプトエタノール、62.5mMトリス−Cl、pH6.8)を
加えることにより溶解した。その後、抽出物を10回、18ゲージ針に通過させ
、15分間煮沸した。組織培養細胞または網状赤血球翻訳反応物のいずれかから
リボソーム塩洗浄物(RSW)を単離するために、ポリソームのアリコートを、
20分間4℃で、緩衝液A中1M NaClと共にインキュベートし、次いで、
2.5時間、130,000×gで遠心分離して、塩で洗浄されたポリソームを
再度ペレット化した(26)。グリセロールを、スクロースクッション上の上清
(RSW)に対して10%まで加え、塩で洗浄したポリソームを、プロテアーゼ
阻害剤を含む緩衝液A中に再懸濁した。全画分を−70℃で貯蔵した。
【0052】 タンパク質精製および小配列決定。ヒトc−myc CRD−BPを、記載し
た通り、K562細胞RSWから精製した(31)。異なるRSW単離物からの
CRD−BPの2つの独立した調製物を、この研究のために小配列決定した。第
一の配列は、ウィスコンシン大学バイオテクノロジーセンターのタンパク質配列
およびペプチド合成施設で決定した(マデイソン、ウィスコンシン)。第二配列
は、第一配列とは異なり、重複せず、エール大学のケック(Keck)研究室で
決定された(ニューヘーブン、コネチカット(New Haven,CT))。
第二配列は、PCRプライマー調製のために使用した。
【0053】マウスCRD−BP cDNAのクローニング 1.CRD−BP cDNAのクローニング。我々は、初めに、ヒトCRD−
BP cDNAを調製し、その配列を使用してマウスCRD−BP cDNAを
同定した。DNAオリゴマーを、ウィスコンシン大学バイオテクノロジーセンタ
ーの核酸配列およびオリゴマー合成施設(マデイソン、ウィスコンシン)により
、またはギブコ−BRLライフテクノロジーズ(グランドアイランド、ニューヨ
ーク(Grand Island,NY))により合成した。K562(ヒト)
細胞cDNAλライブラリー(クロンテック、パロアルト、カリフォルニア(C
lontech,Palo Alto,CA))を、初めに、第二CRD−BP
ペプチド配列の15アミノ酸に基づく45bpのDNA配列を増幅するために、
変性PCRによりスクリーニングした。以下のプライマーを使用した:
【0054】
【化1】
【0055】 および
【0056】
【化2】
【0057】 。条件は、30サイクル、94℃で30秒間、45℃で30秒間、72℃で1分
間、AMPLITAQ DNAポリメラーゼ(パーキンエルマー(Perkin Elmer))であった。この反応および続く反応からのPCR産物を、配列
決定のために、直接、pT7−Blue(ノバゲン(Novagen)、マデイ
ソン、ウィスコンシン)にサブクローニングし、これは、製造業者の推奨に従っ
て、ABI プリズム アンプリタック FS ダイ ターミネーター リアク
ション キット(ABI Prism AmpliTaq FS Dye Te
rminator Reaction kit)(アプライドバイオシステムズ
社(Applied Biosystems,Inc.))を使用してPCRに
より実施した。予期される15アミノ酸配列をコード化する45bp産物をこの
ように単離した。その後、同cDNAライブラリーを、45bp配列の中間部由
来のCRD−BP特異的コーディングプライマー
【0058】
【化3】
【0059】 とλ特異的プライマー
【0060】
【化4】
【0061】 と共に非変性PCRに、以下の条件下で使用した:30サイクル、94℃で30
秒間、50℃で30秒間、72℃で3分間、AMPLITAQ DNAポリメラ
ーゼ。この段階により227bpのcDNAが製造された。その後、同ライブラ
リーをプレーティングし、二重にニトロセルロースフィルターに写し、プローブ
として227bpの32P−DNAを用いたハイブリダイゼーションによりスク
リーニングした。この段階により、精製CRD−BPの配列決定により得られた
ペプチドの両方をコード化するオープンリーディングフレームをもつ1069b
pの部分ヒトCRD−BP cDNAが製造された。このcDNAは、コーディ
ング領域の5’部分、5’−UTR、またはほとんどの3’−UTRを含まなか
った。
【0062】 3’末端領域のクローニングを完了させるために、cDNA末端の3’の迅速
な増幅(3’−RACE)を実施した。オリゴマーNot(dT)
【0063】
【化5】
【0064】 およびSuperscript II(ギブコ−BRL)を、製造業者の推奨に
従って使用して、0.5μgのK562細胞ポリ(A)+mRNAを逆転写した
。その後、cDNA鋳型を、5’および3’プライマーとして、それぞれ、オリ
ゴマーCRD−BP1
【0065】
【化6】
【0066】 およびNotアダプトマー
【0067】
【化7】
【0068】 と共にベント(VENT) DNAポリメラーゼ(ニューイングランドバイオラ
ブズ(New England Biolabs))を使用して増幅した。条件
は、94℃で1分間の1サイクル、次いで、94℃で30秒間、60℃で30秒
間、72度で1.5分間の35サイクルであった。
【0069】 2.マウスCRD−BP cDNAのクローニング。上記のように製造した部分
ヒトCRD−BP cDNAを使用して、NCBI ブラスト(Blast)プ
ログラムを使用するESTデータベースでマウスCRD−BP cDNAを同定
した。2つのESTの大きい方、すなわちAA073514が、ゲノムシステム
ズ社(Genome Systems,Inc.)(セントルイス、ミズーリ)
から得られ、配列決定した。それがコード化するアミノ酸配列は、我々のヒトC
RD−BPの配列と99%同一であり、これは、それがマウスCRD−BPに対
応することを示す。それは、全3’−UTRおよびほとんどのコーディング領域
を含んだ。5’配列を伸長するために、5’−RACEを、製造業者の指示に従
って、アドヴァンテージ クレンタック DNA ポリメラーゼ(ADVANT
AGE KlenTag DNA Polymerase)(クロンテック(C
lontech))を使用して17日目のマウス胚マラトン−レディ cDNA ライブラリー(Marathon−Ready cDNA Library)
(クロンテック)で実施した。一次反応において、「タッチダウンPCR」を、
5’および3’プライマーとして、それぞれ、オリゴマーAP1(クロンテック
)およびCRD−BP2
【0070】
【化8】
【0071】 を用いて実施した。条件は、94℃で1分間の1サイクル、94℃で10秒間、
72℃で7.5分間の5サイクル、94℃で10秒間、70℃で7.5分間の5
サイクル、94℃で10秒間、68℃で7.5分間の20サイクル、94℃で1
0秒間、60℃で20秒間、68℃で7.5分間の10サイクルであった。DN
Aバンドを、1%アガロースゲルから切出し、第二PCRを、それらと共に、入
れ子状態の5’および3’プライマーを使用して実施した[それぞれ、オリゴマ
ーAP2(クロンテック)およびCRD−BP3
【0072】
【化9】
【0073】 ]。条件は、94℃で1分間の1サイクル、次いで、94℃で15秒間、60℃
で30秒間、68℃で5分間の25サイクルであった。得られたクローンは翻訳
開始部位または任意の5’−UTRを含まなかったので、マウスBACライブラ
リーは、プライマーCRD−BP4
【0074】
【化10】
【0075】 およびCRD−BP5
【0076】
【化11】
【0077】 を用いてPCRによりCRD BP遺伝子についてスクリーニングした。マウス
CRD−BP遺伝子を含むBACクローンは、ゲノムシステムズ社から得た。残
りのコーディング領域および5’UTRの少なくとも一部は、プライマーとして
オリゴマーCRD BP6
【0078】
【化12】
【0079】 を使用して、このBACクローンから配列決定した。配列比較は、ジェネティク
スコンピューターグループ(Genetics Computer Group
)(GCG)ベストフィットおよびGapアルゴリズムを使用して作成した。理
論的翻訳は、GCG翻訳プログラムを用いて行った。
【0080】マウスCRD−BPのインビトロ翻訳 。マウスCRD−BP cDNAの一部を
、pSPUTK(ストラタジーン、ラ・ホーヤ、カリフォルニア(Strata
gene,La Jolla,CA))にサブクローニングし、以下のように翻
訳クローンpSPUTK−CRD−BPを創製した:1塩基変異(下線)を、5
’プライマー
【0081】
【化13】
【0082】 に作成し、サブクローニングのためにNcoI部位を製造した。変異により、ア
スパラギンからアスパラギン酸に変化する。3’プライマー
【0083】
【化14】
【0084】 は、CRD−BP 3’−UTR由来であった。条件は、94℃で1分間の1サ
イクル、次いで、94℃で30秒間、55℃で30秒間、68℃で3分間の25
サイクルであった。pSPUTK−CRD−BP、pSPUTK−ルシフェラー
ゼ、またはpSPUTKベクター鋳型を転写し、製造業者の指示に従って、Tn
T(登録商標)結合網状赤血球ライセートシステム(TnT(登録商標) Co
upled Reticulocyte Lysate System)(プロ
メガ(Promega))を使用して翻訳した。
【0085】 免疫沈降、免疫ブロット、およびゲル遅延アッセイ。60Sリボソームサブユ
ニットの免疫沈降(IP)を、本質的に前記した通りに実施した(33)。簡潔
には、ヒト抗Pタンパク質血清(イミュノビジョン(Immunovision
))または正常なヒト血清を、タンパク質G−プラスセファロースビーズ(Pr
otein G−Plus Sepharose beads)(オンコジーン
サイエンス(Oncogene Science))にコンジュゲート(複合体
化)させた。抗Pタンパク質血清は、3つの大リボソームサブユニットタンパク
質(P−38kDa、P−19kDa、P−17kDa;参考文献34)
を認識する。K562ポリソームは、20mM EDTAと共に4℃で20分間
インキュベートすることにより、mRNPおよびリボソームサブユニットに解離
した。その後、タンパク質G−プラスセファロース複合抗体を、穏やかに混合し
ながら、4℃で16時間、IP緩衝液(100mM KCl、5mM EDTA
、1mM DTT、0.5%トリトンX−100、100μg/ml PMSF
、0.5%アプロチニン、および2μg/mlの各ロイペプチンおよびペプスタ
チンA、10mM HEPES、pH7.3)中で10μlの解離したポリソー
ムと共にインキュベートした。ビーズを3回20分間、各4℃で、IP緩衝液中
で洗浄した。結合したタンパク質は、緩衝液D(2.3%SDS、10%グリセ
ロール、62.5mMトリス−Cl、pH6.8)中にビーズを再懸濁し、ビー
ズを95℃で5分間インキュベートすることにより溶出した。
【0086】 免疫ブロットは、前記した通りに実施した(32)。CRD−BP用には、一
次抗体は、精製ヒトタンパク質に対して生じたトリ抗CRD−BP IgYであ
り(31、32)、第二検出抗体は、セイヨウワサビペルオキシダーゼ(HRP
)複合ウサギ抗トリIgY(プロメガ)であった。リボソームPタンパク質用に
は、ヒト抗Pタンパク質血清(上記参照)は一次抗体であり、第二検出抗体は、
HRP複合ヤギ抗ヒトIgG(プロメガ)であった。熱ショックタンパク質−9
0(HSP90)用には、一次抗体は、ウサギ抗マウスHSP−90ポリクロー
ナルIgG(アラン・ポーランド(Alan Poland)博士からの親切な
贈り物)であり、第二検出抗体はHRP複合ヤギ抗ウサギIgG(シグマ)であ
った。ブロットは、標準(アマーシャム(Amersham))またはスーパー
シグナルULTRA(ピアス(Pierce))試薬のいずれかを使用して、増
強された化学発光(ECL)により展開した。異なるバンドが、免疫前の抗体、
正常なヒト血清、または二次抗体のみを用いて検出されなかった(データは示し
ていない)。注記する場合、ブロットは、2%SDS、100mMβ−メルカプ
トエタノール、50mM K2HPO4、pH6.8中、50℃で30分間で剥
がし、その後、5%乾燥脱脂乳を含む緩衝液中で十分に洗浄して、SDSおよび
β−メルカプトエタノールを除去した。ゲル遅延アッセイは、前記した通りに実
施した(31、32)。
【0087】 スクロース勾配遠心分離およびリボソームRNA分析。全方法を4℃で実施し
た。CRD−BPのリボソームサブユニットとの会合を分析するために、K56
2細胞ポリソーム(50μl)または細胞質溶解物(S20;150μl)のア
リコートを、20mM EDTAの最終濃度にした。成分を穏やかに混合し、氷
上に20分間置き、緩衝液E(100mM KCl、10mM酢酸カリウム、5
mM EDTA、1mM DTT、5mM HEPES、pH7.3)中線形5
−30%スクロース勾配10ml上に重層し(33)、ベックマンSW41.1
ローター中で4時間4℃で38,000rpm(178,000×g)で遠心分
離した。遠心分離後、500μlの画分を、勾配の上部から連続的にピペッティ
ングした。チューブの底のペレットを、5%スクロースを含む緩衝液E500μ
lに再懸濁した。タンパク質を、免疫ブロットの前にメタノールおよびクロロホ
ルムで沈降させた。各画分由来のRNAを、製造業者の指示に従って、トリゾー
ル(TRIzol)試薬(ギブコ/BRL)を使用して単離し、10mM酢酸ナ
トリウム、1mM EDTA、40mM MOPS、pH7.0を含む1%アガ
ロースゲル中で電気泳動した。リボソームRNAバンドは、臭化エチジウム(0
.05μg/ml)での染色により可視化した。
【0088】 組換え35S標識CRD−BPまたはルシフェラーゼは、網状赤血球抽出物中
で合成され、僅かな修飾を加えて本質的には前記した通りに(35)、スクロー
ス勾配遠心分離により分析した。反応物(100μl)を氷上で冷やし、25m
M酢酸カリウム、1.5mM酢酸マグネシウム、1mM DTT、20mMトリ
ス−Cl、pH7.2を含む20−40%線形スクロース勾配4ml上に重層し
、ベックマン(Beckman)SW60ローター中で5時間、4℃で、133
,000×gで遠心分離した。画分を勾配の上端から連続的にピペッティングし
、各5μlを10%SDS−PAG中で電気泳動した。全長CRD−BPおよび
ルシフェラーゼタンパク質を、イメージクアントプログラム(ImageQua
nt program)(モレキュラーダイナミクス(Molecular D
ynamics))を使用してリンイメージャー分析(PhosphorIma
geranalysis)により定量化した。各画分由来のリボソームRNAを
抽出し、1%アガロースゲル中で電気泳動し、臭化エチジウムで染色して可視化
した。
【0089】 B.結果 新規なKH−ドメインRNA結合タンパク質である、CRD−BPをコード化 するcDNAのクローニング 。2つの高度に精製したCRD−BPの調製物を、
別々の実験で、ヒトK562細胞のポリソームから単離した。各調製物の小配列
を決定すると、各々から、異なった重複していない配列が得られ、第一のものか
らは
【0090】
【化15】
【0091】 で、第二のものからは
【0092】
【化16】
【0093】 であった。小文字は、大文字よりも確信性の低い残基を示す。その後、K562 cDNAライブラリーを、第二ペプチドのアミノおよびカルボキシ末端に基づ
く変性プライマーを使用してPCRによりスクリーニングした(実験方法)。4
5bp産物が製造され、サブクローニングし、配列決定すると、第二アミノ酸配
列をコード化することが判明した。続くPCR増幅およびライブラリースクリー
ニングにより、小配列決定により得られた両方のペプチド配列を含むオープンリ
ーディングフレーム(ORF)を含む1069bpの部分ヒトcDNAが同定さ
れた。
【0094】 我々のマウスCRD−BPの特性および発達調節の分析を続けるために、その
後、我々は、ヒトcDNA配列を活用して、推定マウスCRD−BP cDNA
を単離した(実験方法)。少なくとも一部の5’−UTR、完全なコーディング
領域、および完全な3’−UTRを含むクローンを得て、配列決定した(図1)
。2つのインフレームAUG開始コドンが、cDNAの5’末端付近に存在する
。我々は、下流AUGを翻訳開始部位として試験的に示した。なぜなら、それは
翻訳開始シグナルとして好ましい配列内に包埋されているからである(36)。
これに対し、上流AUGは、好ましい翻訳開始モチーフ内にはない。
【0095】 ネズミcDNAの予測配列は、数個のKHドメインおよび1つのRGGボック
スを含み、これらはいくつかのRNA結合タンパク質に見られる特徴的なモチー
フである。2対の反復として並べられた4つのKHドメインがある(図1、二重
下線)。各反復対は、約30残基離れており、2対の反復は78残基離れている
。予測RGGボックス(囲まれている)はKHドメインの上流に位置する。2つ
の予測核外移行シグナル(オーバーライン)がある。一方は、家族性精神遅滞に
関連している、FMR RNA結合タンパク質(FMRP)に見られるものと類
似している(37−39)。他方は、HIV Revタンパク質のものと類似し
ている。予測核局在化シグナル(下線)もある。
【0096】 CRD−BPのRGG、核外移行、およびKHドメイン領域は、数個の他のR
NA結合タンパク質に見られるものと類似している(図2)。さらに、ヒトおよ
びネズミCRD−BP配列は、ヒト癌に過剰発現されるヒトKHドメインタンパ
ク質の頭字語である、hKOCと呼ばれるヒトcDNAに類似している(図2)
。hKOCオープンリーディングフレームは、ヒト膵臓癌組織における過剰発現
に基づきクローン化された未知の機能のタンパク質をコード化する(40)。マ
ウスCRD−BPコーディング領域は、核酸およびタンパク質配列レベルで、そ
れぞれ、ヒトCRD−BPのコーディング領域に88.8%および99.1%同
一である。比較するために、マウスCRD−BPは、核酸およびタンパク質レベ
ルで、それぞれ、hKOCコーディング領域に66.6%および74.0%同一
である。これらの比較および下記に提示したデータに基づき、我々は、我々のc
DNAは、CRD−BPをコード化し、ヒトKOCのマウス相同体ではないと結
論づける。追加の証拠(下記に提示)により、CRD−BPおよびhKOCは、
RNA結合タンパク質を含むKHドメインの新規なサブファミリーの一員である
ことが示唆される。
【0097】インビトロで合成したCRD−BPと細胞由来CRD BPとの比較 。我々のネ
ズミcDNAクローンが、期待する特性のc−myc mRNA結合タンパク質
をもつ全長CRD−BPをコード化するかを決定するために、我々は、タンパク
質をインビトロで合成し、免疫ブロットおよびゲル遅延アッセイにより分析した
。網状赤血球転写/翻訳反応は、pSPUTKベクターにサブクローニングした
CRD−BP cDNAを用いプログラムされた。サブクローン中のCRD−B
P配列は、図1で翻訳開始部位として示したAUGで始まった。このサブクロー
ンは、上流インフレームAUGを含まなかった。翻訳抽出物を、SDS−PAG
Eにより分画し、抗CRD−BP抗体を用いて免疫ブロットすることにより分析
した。cDNA翻訳からの〜68kDaのタンパク質が、抗CRD−BP抗体に
より認識され、ヒト(K562)およびマウス(NIH/3T3)細胞由来の真
正CRD−BPの位置の近くまで移動した(図3、レーン1−3)。免疫反応性
バンドが、pSPUTKベクターを用いて(図3、レーン4)またはルシフェラ
ーゼcDNAを用いて(データは示していない)プログラムされた抽出物を含む
対照レーンでは観察されず、このことは、抗体は、特異的にCRD−BPを検出
したが、内因性網状赤血球タンパク質は検出しないことを示す。それ故、我々の
cDNAはCRD−BPをコード化する。K562およびNIH/3T3 RS
Wレーンに見られる交差反応性バンド(p85)は、以前に観察されたタンパク
質である(32)。その実体および機能は不明である。p85はc−myc C
RD RNAには結合せず(32)、それはCRD−BPと比較した場合、異な
る亜細胞画分に局在化する(下記参照)。
【0098】 ゲル遅延アッセイを実施して、組換えCRD−BPがc−myc CRD R
NAに特異的に結合できるかを決定した。以前の実験で、我々は、ほとんどの組
換えCRD−BPが、網状赤血球リボソームと共分画することを注記した(下記
参照)。それ故、ゲル遅延アッセイは、細胞由来または網状赤血球翻訳反応物由
来のRSWを使用して実施した。RSWを、c−myc CRD32P−RNA
と共にインキュベートし、RNA/タンパク質複合体を、非変性ゲル電気泳動に
より遊離32P−RNAから分離した。RNA/タンパク質複合体は、K562
細胞由来およびCRD−BP cDNAを用いてプログラムされた翻訳抽出物由
来のタンパク質で観察された(図4A、それぞれレーン1および2)。これらの
複合体は、ゲルの類似または同一の位置に移動した。RNA/タンパク質複合体
は、ルシフェラーゼ(Luc)、ベクター、またはmRNA非含有(なし)対照
反応物由来のタンパク質では観察されなかった(図4A、レーン3−5)。それ
故、インビトロで合成されたCRD−BPは、その細胞由来対応物と同様、イン
ビトロでc−myc CRD RNAと会合する。
【0099】 以前の研究により、細胞由来CRD−BPは、我々が試験した他のRNAには
結合しないことが示され、これは、それがc−myc CRD RNAにかなり
の特異性を有することが示唆される(30、31)。競合アッセイを実施して、
組換えCRD−BPが類似の特異性を示すかを決定した。RNA−タンパク質結
合反応は、プローブとしてc−myc CRD 32P−RNAと、タンパク質
源としてRSWを含んだ。反応物に、競合体RNAを全く補充しないか、または
200倍モル過剰の非標識c−myc CRD RNAまたはβ−グロビンRN
Aを補充した。CRD BP/CRD 32P−RNA複合体は、過剰の非標識
CRD RNAにより競合されたが、β−グロビンRNAにより競合されなかっ
た(図4B)。この結果により、さらに、このcDNAは機能的c−myc
RD−BPをコード化することが確認される。
【0100】 組換えCRD−BPと網状赤血球抽出物のリボソームとの共分画。上記したよ
うに、以前の実験により、高い比率の組換えCRD−BPが、網状赤血球ポリソ
ームと共沈降することが示された。網状赤血球はノザンブロットにより測定した
ところ、c−myc mRNAを全く含まないので、この知見を確認することは
重要であった。それ故、CRD−BPは、FMRP(33)と同様、我々がその
天然mRNAリガンドであると信じる物質の非存在下でさえも、リボソームに親
和性を有することが可能であった。35S標識CRD−BPおよびルシフェラー
ゼを、網状赤血球抽出物中で合成し、各抽出物を、スクロース勾配で沈降させた
。画分を集め、リボソーム含量についてゲル電気泳動により、およびタンパク質
についてゲル電気泳動およびリンイメージャー分析によりアッセイした。全ての
ルシフェラーゼが勾配の上端近くで沈降したが(図5、白丸)、95%以上のC
RD−BPが、モノソームおよびリボソームサブユニットと共沈降した(黒丸)
。それ故、CRD BPは、インビトロで、c−myc mRNAの非存在下で
、リボソームおよびリボソームサブユニットに結合できる。
【0101】 CRD−BPの細胞質への局在化およびリボソームおよびリボソームサブユニ ットとの共分画 。CRD−BPは、主に、K562細胞抽出物の細胞質画分に位
置し、その多くはポリソームと会合している(参考文献31およびデータは示し
ていない)。この観察は、mRNA結合タンパク質としてのその推定上の役割と
一致する。しかし、K562細胞あたりのCRD−BPの量は、少なくとも10
00倍はc−myc mRNAの量を超える(31)。数個の要因が、これらの
細胞における「過剰」のCRD−BPを説明できる:i)CRD−BPは、c− myc 以外の他のmRNAと会合し得る。ii)その一部は、FMRPのケース
と同様、リボソームおよび/またはリボソームサブユニットと会合し得る(33
)。CRD−BPないし細胞のリボソームとの間の会合は、網状赤血球リボソー
ムと新規に合成されたCRD−BPとの会合と一致する(図5)。CRD−BP
が細胞のc−myc mRNAと結合するかを決定するための実験が進行中であ
る。どれぐらいが細胞リボソームおよびリボソームサブユニットと共分画し、お
よび、存在する場合どれぐらいが核と共分画するかを決定するために、対数的に
成長しているK562細胞を収集し、溶解し、6画分に分割した(実験方法)。
各画分の等しい細胞等価体を、抗CRD−BP抗体を用いた免疫ブロットにより
分析した。全細胞CRD−BPの少なくとも95%が、ポリソーム画分にあり、
このCRD−BPの90%以上が、1モル塩洗浄物に溶出された(図6A、RS
W)。核または後ポリソーム上清を含む画分にはCRD−BPはほとんどまたは
全く検出されなかった(図6A、それぞれ核およびS130)。これらの画分に
おけるCRD−BPの非存在は、サンプル調製中の識別不可能なタンパク質の加
水分解により説明され得る。なぜならHSP−90は全画分で検出されたからで
ある(図6B)。いくつかのp85が、核およびポリソーム画分の両方に検出さ
れた。この結果は、下記に提示した結果と併せて、CRD−BPおよび交差反応
性p85は、細胞に共局在化せず、機能的に異なるタンパク質であることをさら
に確認する。
【0102】 少なくともいくつかのCRD−BPがリボソームサブユニットと会合している
ことを決定するために、K562細胞ポリソームを、遠心分離により精製し、そ
の後、リボソームサブユニットおよび遊離mRNPに、ポリソームを解離する、
20mM EDTAを含む緩衝液中に再懸濁した。その後、EDTAで処理した
ポリソームを、スクロース勾配で分画した。各勾配画分とチューブの底のペレッ
ト中の成分を、リボソームRNA含量についてゲル電気泳動により、およびCR
D−BPについて免疫ブロットにより分析した。小リボソームサブユニットは、
主に画分6−11に沈降し、一方、大サブユニットは画分10−14にあった(
図7、パネルAおよびB)。CRD−BPはサブユニットと共沈降し、また、ペ
レット化成分にも検出され、これは、非解離のポリソームおよびモノソームを含
むと予期される(図7C)。それ故、CRD−BPは、K562細胞のリボソー
ムサブユニットと共分画する。CRD−BP/サブユニット会合の性質は不明で
ある。CRD−BPの広い分画範囲の観点から、我々は、次から次へと画分の相
対CRD−BPレベルを定量することを試みなかった。
【0103】 ゲル遅延およびRNA−タンパク質結合実験からのデータにより、p85は、
c−myc CRD RNAには結合しないことが示される(31、32)。図
7Cはまた、ポリソームと共ペレット化するp85の小部分は、解離したリボソ
ームサブユニットには結合しないことを示す。むしろ、それは勾配の上端で沈降
する(図7C)。類似の結果が、EDTAで処理した粗細胞質溶解物(S20)
を使用して得られた(データは示していない)。要約すると、p85は、ポリク
ローナル抗CRD−BP抗体とは反応するが、c−myc CRD RNAとは
結合せず(30、31)、細胞溶解物のCRD−BPとは共分画しない。
【0104】 独立した方法を使用して、CRD−BPとリボソームサブユニットとの会合を
確かめるために、免疫沈降(IP)実験を、大(60S)サブユニットと会合し
たタンパク質と特異的に反応する、Pタンパク質抗体を使用して実施した。K5
62細胞ポリソームは、20mM EDTAの存在下でサブユニットに解離し、
抗P抗体血清または正常ヒト血清で免疫沈降した。その後、免疫沈降タンパク質
を、Pタンパク質およびCRD−BPに対する抗体を使用して免疫ブロットする
ことにより分析した。抗Pタンパク質抗体は、予期された通り、3つの60Sタ
ンパク質(P、P、およびP)を免疫沈降させた(図8A、レーンI)。
これらのタンパク質のいずれも、正常ヒト血清により免疫沈降されなかった(レ
ーンN)。抗Pタンパク質抗体はまたCRD−BPを免疫沈降させた(図8B、
レーンI)。これらの知見により、CRD−BPはK562細胞抽出物のリボソ
ームサブユニットと会合することが確認される。
【0105】 C.議論 CRD−BPは、そのコーディング領域をヌクレオチド鎖切断攻撃から遮蔽す
ることにより、c−myc mRNAを安定化すると考えられている(22、3
0、31)。これに関して、それは、トランスフェリン受容体mRNAの3’−
UTRに結合し保護する鉄応答タンパク質に類似し得る(41に論評)。しかし
、CRD−BPは、鉄応答タンパク質および多くの他のmRNA結合タンパク質
とは少なくとも2つの点で異なる。(i)ほとんどの該タンパク質は、3’−U
TR内で結合するが、CRD−BPはc−myc mRNAコーディング領域に
結合する。それは、インビトロでは、いずれのc−myc非翻訳領域由来のRN
A基質にも結合しない(30)。c−fos mRNAのコーディング領域もま
た、タンパク質結合部位であるmRNA半減期決定基を含む(42)。おそらく
mycおよびfos mRNAコーディング領域決定基の機能およびそのそれ
ぞれの結合タンパク質は、mycおよびfosタンパク質発現の調節に関連する
。(ii)c−myc CRD−BPは、発達的に調節され、胎児および新生児
の生活では豊富に発現されるが、成体動物では発現されない(32)。おそらく
、CRD−BPは、胚/胎児発達に特別な役割を有する。
【0106】 CRD−BPは、4つのKHドメインおよびRGGボックスを含み、それは、
ポリソームおよびリボソームサブユニットと共分画する。これらの知見は、その
機能がある点で翻訳および/またはmRNA代謝に関連しているRNA結合タン
パク質であることと一致する。CRD−BPはまた、c−myc mRNAの非
存在下で、リボソームと共分画する(図5)。おそらく、それは無傷細胞でc− myc mRNAおよびリボソームの両方に結合する。そうであれば、それは、
任意の非保護c−myc mRNA分子への結合に必要な場合に使用される貯蔵
庫として翻訳リボソームを有し得る。CRD−BPはまた、推定核局在配列およ
び2つの推定核外移行配列を含む(図1および2)。我々は、CRD−BPが、
核ないし細胞質間を往復するかを知らない。しかし、往復する場合、細胞質でそ
のほとんどの時間を細胞の成長に費やすようである。なぜなら、それは定常状態
で核にほとんど検出されないからである。(図6)
【0107】 上記したCRD−BPの独特な特徴と一致して、CRD−BPおよびhKOC
タンパク質は、KHドメイン含有RNA結合タンパク質の独特なサブファミリー
を示すようである。FUSE結合タンパク質を含む他の推定RNA結合タンパク
質、P−エレメント体細胞阻害剤、およびC. elegansM88.5は、
4つのKHドメインを含む点でCRD−BPに似ている(43)。しかし、これ
らのタンパク質の数個の構造的特徴は、CRD−BPおよびhKOCとは異なる
。P−エレメント体細胞阻害剤およびFUSE結合タンパク質のKHドメインは
、そのアミノ末端に向けて位置し、均一に空間配置された4つの単位反復として
組織化される。これらのタンパク質はまた、そのアミノおよびカルボキシ末端に
、グリシンリッチまたはグルタミンリッチ伸展を含む。M88.5の4つのKH
ドメインの全体の組織化は、CRD−BPおよびhKOCに最も類似している。
それは、83アミノ酸離れた2対のKHドメインを含む。しかし、CRD−BP
およびhKOCとは対照的に、M88.5のアミノ末端は、グルタミンリッチで
あり、RGGボックスがない。FUSE結合タンパク質は、RGGボックスに似
た配列を含むが、この配列は、第3ないし第4KHドメイン間に位置し、これは
、CRD−BPおよびhKOCタンパク質にはない。最終的に、これらの他のタ
ンパク質のKHドメインのコア配列は、CRD−BPまたはhKOCのものとは
非常に異なる。
【0108】 数個の構造的および機能的類似性がまた、CRD−BP、ないしFMR1遺伝
子によりコード化されるタンパク質であるFMRP間に認められ、その変異は、
ほとんどの共通形の遺伝性精神遅滞に関与している(44、45)。両方のタン
パク質が、KHドメインおよびRGGボックス(37、38)並びに核内移行お
よび核外移行シグナル(39)を含む。両方のタンパク質が、リボソームおよび
おそらく同様にmRNAと会合する(33、49、46)。どちらのタンパク質
も細胞生存には必要ではない。なぜなら、FMRPを発現できない個体は、生存
するが、完全に正常な成体動物は、免疫ブロットおよび/またはゲル遅延アッセ
イにより検出可能なレベルでCRD−BPを発現しないからである(32)。F
MRPないしCRD−BP間には、特にその発現パターンにいくつかの有意な差
もある。両方共、胎児生活中では豊富に発現されるが、FMRPのみが成体組織
に検出される(47−49)。
【0109】 CRD−BPの構造的特徴およびその発達調節パターンにより、それは以下の
理由から癌胎児性タンパク質であり得ることが示唆される:(i)それは胎児お
よび出生後の生活でのみ豊富に発現される(32)。(ii)現在データベース
中のマウスCRD−BP ESTは全て、胎児組織または胚幹細胞を含む細胞系
由来である。これらは、AA073173(13日目の胚心臓組織由来)、AA
619650およびAA399833(移植前の胚盤胞由来)、AA07351
4(レチノイン酸で処理したP19胚癌細胞系由来)、D76662およびD7
6781(F9胚癌細胞系由来)を含む。(iii)CRD−BPは、多くの細
胞系で発現され、全て新生物性または新生物前である。それは、K562、He
La、および3T3細胞で高レベルで(図3および4で、データは示していない
)、HL60、ヒト前骨髄球性白血病細胞、およびH4IIE、ラット肝細胞腫
細胞などの他の系で低レベルで発現される(データは示していない)。(iv)
膵臓癌およびいくつかの他の腫瘍で過剰発現されるhKOCタンパク質と類似し
ているが、同一ではない(図2および参考文献40)。CRD−BPが癌胎児性
タンパク質である場合、生物の初期の発達に影響を及ぼす、および/または発癌
に影響を及ぼす、RNA結合タンパク質の増加中のリストに加わるだろう。例え
ば、Elavタンパク質の変異は、Drosophila発育に影響を及ぼし(
50−53に論評)、一方、他のRNA結合タンパク質遺伝子の変異により、男
性不妊症または精神遅滞が生じる(44)。
【0110】 D.臨床サンプル中のCRD−BPの検出 ヒト腫瘍組織は、UW−マデイソン臨床癌センター(UW−Madison
Clinical Cancer Center)の医者および外科医により提
供された。組織をホモジナイズし、粗細胞質抽出物を調製した。その後、抽出物
を、ケンドリック研究所(Kendrick Laboratories)(マ
デイソン、ウィスコンシン)で2次元ゲル電気泳動により分画した。2次元で電
気泳動後、タンパク質をPVDF膜に写し、我々の研究室に戻した。
【0111】 CRD−BPは、膜を、マウスCRD−BPに対する抗体と共にインキュベー
トすることにより可視化した。これらの抗体は、ヒトCRD−BPと交差反応す
る。
【0112】 知見は以下の通りである:
【0113】 1.我々は、ヒト乳癌、大腸癌および膵臓癌組織で豊富なCRD−BPを検出
する。我々は、他の非造血癌と類似の結果を見出すことを予期する。
【0114】 2.かなり少量のCRD−BPが、1つの正常ヒト乳房組織サンプルで検出さ
れる。
【0115】 3.CRD−BPが、数個のヒト白血病サンプルで検出される。
【0116】 これらの研究からの我々の結論は、CRD−BPは、非白血病ヒト癌で過剰発
現されるというものである。
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ベター・デー・エイチ(Ledbetter,D.H.)、遺伝性疾患の代謝基
礎、シー・アール・スクライバー(C.R.Scriver)、エー・ベアウデ
ット(A.Beaudet)、ダブリュー・エス・スライ(W.S.Sly)、
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.)、チボデアウ・エー(Thibodeau,A.)、トレンブレイ・エス(
Tremblay,S.)、コーテ・エフ(Cote,F.)、デビィズ・デー
(Devys,D.)、マンデル・ジェイ・エル(Mandel,J.L.)、
およびロウセアウ・エフ、Hum.Molec.Gen.4:783−789、
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eene,J.D.)、J.Cell Science 109:579−58
9、1996。
【配列表】
【図面の簡単な説明】
【図1A】 マウスCRD−BP cDNAおよび予測タンパク質配列(それぞれ配列番号
1および2)。核局在化および核外移行シグナルに似たペプチド配列が、それぞ
れ、一重下線およびオーバーラインにより示される。RGGボックスおよびKH
ドメインに似たペプチド配列は、それぞれ、ボックスおよび二重下線により示さ
れる。アスタリスクは、翻訳終止部位を示し、ポリアデニル化シグナルは一重線
で示される。我々は、図に示した翻訳開始部位が正しいか、または唯一の開始部
位であるとは結論的に実証しなかった。5’−UTRは、転写開始部位が図で示
されていないので、不完全であり得る。
【図1B】 マウスCRD−BP cDNAおよび予測タンパク質配列(それぞれ配列番号
1および2)。核局在化および核外移行シグナルに似たペプチド配列が、それぞ
れ、一重下線およびオーバーラインにより示される。RGGボックスおよびKH
ドメインに似たペプチド配列は、それぞれ、ボックスおよび二重下線により示さ
れる。アスタリスクは、翻訳終止部位を示し、ポリアデニル化シグナルは一重線
で示される。我々は、図に示した翻訳開始部位が正しいか、または唯一の開始部
位であるとは結論的に実証しなかった。5’−UTRは、転写開始部位が図で示
されていないので、不完全であり得る。
【図1C】 マウスCRD−BP cDNAおよび予測タンパク質配列(それぞれ配列番号
1および2)。核局在化および核外移行シグナルに似たペプチド配列が、それぞ
れ、一重下線およびオーバーラインにより示される。RGGボックスおよびKH
ドメインに似たペプチド配列は、それぞれ、ボックスおよび二重下線により示さ
れる。アスタリスクは、翻訳終止部位を示し、ポリアデニル化シグナルは一重線
で示される。我々は、図に示した翻訳開始部位が正しいか、または唯一の開始部
位であるとは結論的に実証しなかった。5’−UTRは、転写開始部位が図で示
されていないので、不完全であり得る。
【図1D】 マウスCRD−BP cDNAおよび予測タンパク質配列(それぞれ配列番号
1および2)。核局在化および核外移行シグナルに似たペプチド配列が、それぞ
れ、一重下線およびオーバーラインにより示される。RGGボックスおよびKH
ドメインに似たペプチド配列は、それぞれ、ボックスおよび二重下線により示さ
れる。アスタリスクは、翻訳終止部位を示し、ポリアデニル化シグナルは一重線
で示される。我々は、図に示した翻訳開始部位が正しいか、または唯一の開始部
位であるとは結論的に実証しなかった。5’−UTRは、転写開始部位が図で示
されていないので、不完全であり得る。
【図2A】 RNA結合タンパク質の様々なコンセンサス配列を有するCRD−BP配列(
配列番号3−30)。他のRNA結合タンパク質のRGGドメイン(A)(配列
番号3−9)核外移行シグナル(B)(配列番号10−16)、およびKHドメ
イン(C)(配列番号17−30)に対するマウスCRD−BP(mCRD−B
P)の配列が示される。図2に関して、ボックスで囲んだ残基は、コンセンサス
配列残基との同一性または保存を示す。タンパク質のGenbank受託番号は
、以下の通りである:hKOC、U97188;hnRNPK、S74678;
フィブリラリン(fibrillarin)、X56597;ヌクレオリン(n
ucleolin)、M60858/J05584;FMRP、S65791;
Rev、X58781。
【図2B】 RNA結合タンパク質の様々なコンセンサス配列を有するCRD−BP配列(
配列番号3−30)。他のRNA結合タンパク質のRGGドメイン(A)(配列
番号3−9)核外移行シグナル(B)(配列番号10−16)、およびKHドメ
イン(C)(配列番号17−30)に対するマウスCRD−BP(mCRD−B
P)の配列が示される。図2に関して、ボックスで囲んだ残基は、コンセンサス
配列残基との同一性または保存を示す。タンパク質のGenbank受託番号は
、以下の通りである:hKOC、U97188;hnRNPK、S74678;
フィブリラリン、X56597;ヌクレオリン、M60858/J05584;
FMRP、S65791;Rev、X58781。
【図2C−1】 RNA結合タンパク質の様々なコンセンサス配列を有するCRD−BP配列(
配列番号3−30)。他のRNA結合タンパク質のRGGドメイン(A)(配列
番号3−9)核外移行シグナル(B)(配列番号10−16)、およびKHドメ
イン(C)(配列番号17−30)に対するマウスCRD−BP(mCRD−B
P)の配列が示される。図2に関して、ボックスで囲んだ残基は、コンセンサス
配列残基との同一性または保存を示す。タンパク質のGenbank受託番号は
、以下の通りである:hKOC、U97188;hnRNPK、S74678;
フィブリラリン、X56597;ヌクレオリン、M60858/J05584;
FMRP、S65791;Rev、X58781。
【図2C−2】 RNA結合タンパク質の様々なコンセンサス配列を有するCRD−BP配列(
配列番号3−30)。他のRNA結合タンパク質のRGGドメイン(A)(配列
番号3−9)核外移行シグナル(B)(配列番号10−16)、およびKHドメ
イン(C)(配列番号17−30)に対するマウスCRD−BP(mCRD−B
P)の配列が示される。図2に関して、ボックスで囲んだ残基は、コンセンサス
配列残基との同一性または保存を示す。タンパク質のGenbank受託番号は
、以下の通りである:hKOC、U97188;hnRNPK、S74678;
フィブリラリン、X56597;ヌクレオリン、M60858/J05584;
FMRP、S65791;Rev、X58781。
【図3】 組換えおよび細胞由来CRD−BPの同時移動を示す免疫ブロットアッセイ。
リボソーム塩洗浄物(RSW)を、K562およびNIH/3T3細胞ポリソー
ムから、およびCRD−BP DNAまたはベクターDNAによってプログラム
された網状赤血球転写/翻訳反応から単離したポリソームから調製した。K56
2またはNIH/3T3 RSWの約7.5×10細胞等価体または50μl
の翻訳反応物から回収したRSWの3%を、10%SDS−PAGで電気泳動し
、膜に写し、これを、抗CRD−BP IgY抗体と共にインキュベートし、そ
の後、HRP−コンジュゲート抗IgY抗体と共にインキュベートした。シグナ
ルは、スーパーシグナル化学発光試薬を用いて展開した。CRD−BPおよび交
差反応性タンパク質(p85)の位置が示される。前以て染色した分子量マーカ
ーの位置は、kDaで右に示す。
【図4A】 組換えCRD BPのc−myc CRD RNAへの特異的結合を示すゲル
遅延アッセイ。(A)RSWは、K562細胞ポリソームから、およびCRD−
BP cDNA、ルシフェラーゼ cDNA(Luc)、またはベクターDNA
によってプログラムされた転写/翻訳反応から調製した。各RSWの等量(2μ
l)を、50,000cpmの合成c−myc CRD 32P−RNAと共に
インキュベートした。RNA/タンパク質複合体は、6%非変性PAGで電気泳
動することにより遊離(非結合)プローブから分離した。「なし」は、全くタン
パク質を加えていないゲル遅延反応を示す。CRD−BP/CRD複合体(結合
)および非結合(遊離)RNAの位置は、左に示す。(B)競合アッセイ。示さ
れるRSWは、緩衝液(なし)または200倍モル過剰の非標識合成c−myc CRD RNAまたはβ−グロビンRNAの存在下または非存在下で、c− yc CRD32P−RNAと共にインキュベートした。その後、RNA/タン
パク複合体を、6%非変性PAGで分離した。CRD−BP/CRD複合体(結
合)および非結合(遊離)RNAの位置は、左に示す。
【図4B】 組換えCRD BPのc−myc CRD RNAへの特異的結合を示すゲル
遅延アッセイ。(A)RSWは、K562細胞ポリソームから、およびCRD−
BP cDNA、ルシフェラーゼ cDNA(Luc)、またはベクターDNA
によってプログラムされた転写/翻訳反応から調製した。各RSWの等量(2μ
l)を、50,000cpmの合成c−myc CRD 32P−RNAと共に
インキュベートした。RNA/タンパク質複合体は、6%非変性PAGで電気泳
動することにより遊離(非結合)プローブから分離した。「なし」は、全くタン
パク質を加えていないゲル遅延反応を示す。CRD−BP/CRD複合体(結合
)および非結合(遊離)RNAの位置は、左に示す。(B)競合アッセイ。示さ
れるRSWは、緩衝液(なし)または200倍モル過剰の非標識合成c−myc CRD RNAまたはβ−グロビンRNAの存在下または非存在下で、c− yc CRD 32P−RNAと共にインキュベートした。その後、RNA/タ
ンパク複合体を、6%非変性PAGで分離した。CRD−BP/CRD複合体(
結合)および非結合(遊離)RNAの位置は、左に示す。
【図5】 組換えCRD−BPと網状赤血球リボソームおよびリボソームサブユニットと
の共分画。放射標識組換えCRD−BP(黒丸)およびルシフェラーゼ(LUC
;白丸)は、別々の網状赤血球翻訳アッセイで合成した。その後、各抽出物を、
20−40%の線形スクロース勾配による沈降により分画した。各勾配画分の等
量を、放射標識タンパク質について、10%SDS−PAG中での電気泳動およ
びリンイメージャーでの定量化により分析した。CRD−BPおよびルシフェラ
ーゼの量は、任意の単位で与える。リボソームサブユニット、モノソーム、およ
びポリリボソームの位置は、A260の測定により、および各画分の一部を、ア
ガロースゲルで電気泳動することにより決定して18Sおよび28S rRNA
を同定した。
【図6A】 内因性CRD−BPとK562細胞ポリソームとの共分画および核におけるC
RD−BPの欠失。亜細胞画分を、対数的に成長しているK562細胞から調製
した(実験方法)。各画分の等しい細胞の等価体(6×10)を、10%SD
S−PAGで分離し、ニトロセルロース膜に写し、(A)抗CRD−BP Ig
Yまたは(B)抗HSP−90 IgGと共にインキュベートし、その後、セイ
ヨウワサビペルオキシダーゼ(HRP)複合二次抗体と共にインキュベートした
。免疫反応性タンパク質は、ECL試薬を使用して可視化した。分子量マーカー
の位置は、kDaで左に示す。
【図6B】 内因性CRD−BPとK562細胞ポリソームとの共分画および核におけるC
RD−BPの欠失。亜細胞画分を、対数的に成長しているK562細胞から調製
した(実験方法)。各画分の等しい細胞の等価体(6×10)を、10%SD
S−PAGで分離し、ニトロセルロース膜に写し、(A)抗CRD−BP Ig
Yまたは(B)抗HSP−90 IgGと共にインキュベートし、その後、セイ
ヨウワサビペルオキシダーゼ(HRP)複合二次抗体と共にインキュベートした
。免疫反応性タンパク質は、ECL試薬を使用して可視化した。分子量マーカー
の位置は、kDaで左に示す。
【図7A】 CRD−BPとK562細胞由来のリボソームサブユニットとの共分画。対数
的に成長しているK562細胞由来のポリソームを、緩衝液中に再懸濁し、その
後、20mM EDTA中でインキュベートし、リボソームサブユニット(60
Sおよび40S)を互いにおよびmRNPから解離した。サブユニットのアリコ
ートを、EDTAを含む線形5−30%スクロース勾配中で遠心分離した。画分
1は、勾配の上端であり、画分18は、最後の勾配画分であり、画分19は、遠
心チューブの底から再懸濁したペレットである。パネルA:260nmにおける
各画分の吸光度。パネルB:各画分のアリコートから単離したRNAを、1%ア
ガロースゲル中で電気泳動し、これは、臭化エチジウムで染色し、UV光下で写
真撮影した。大および小リボソームサブユニット由来の28Sおよび18S r
RNAの位置はそれぞれ左に示す。パネルC:各画分のアリコートを、抗CRD
−BP IgYを使用した免疫ブロットにより分析した。免疫反応性タンパク質
を、ECL試薬を使用して可視化した。分子量マーカーの位置は、左にkDaで
示す。CRD−BPおよび交差反応性p85は、右に示す。
【図7B】 CRD−BPとK562細胞由来のリボソームサブユニットとの共分画。対数
的に成長しているK562細胞由来のポリソームを、緩衝液中に再懸濁し、その
後、20mM EDTA中でインキュベートし、リボソームサブユニット(60
Sおよび40S)を互いにおよびmRNPから解離した。サブユニットのアリコ
ートを、EDTAを含む線形5−30%スクロース勾配中で遠心分離した。画分
1は、勾配の上端であり、画分18は、最後の勾配画分であり、画分19は、遠
心チューブの底から再懸濁したペレットである。パネルA:260nmにおける
各画分の吸光度。パネルB:各画分のアリコートから単離したRNAを、1%ア
ガロースゲル中で電気泳動し、これは、臭化エチジウムで染色し、UV光下で写
真撮影した。大および小リボソームサブユニット由来の28Sおよび18S r
RNAの位置はそれぞれ左に示す。パネルC:各画分のアリコートを、抗CRD
−BP IgYを使用した免疫ブロットにより分析した。免疫反応性タンパク質
を、ECL試薬を使用して可視化した。分子量マーカーの位置は、左にkDaで
示す。CRD−BPおよび交差反応性p85は、右に示す。
【図7C】 CRD−BPとK562細胞由来のリボソームサブユニットとの共分画。対数
的に成長しているK562細胞由来のポリソームを、緩衝液中に再懸濁し、その
後、20mM EDTA中でインキュベートし、リボソームサブユニット(60
Sおよび40S)を互いにおよびmRNPから解離した。サブユニットのアリコ
ートを、EDTAを含む線形5−30%スクロース勾配中で遠心分離した。画分
1は、勾配の上端であり、画分18は、最後の勾配画分であり、画分19は、遠
心チューブの底から再懸濁したペレットである。パネルA:260nmにおける
各画分の吸光度。パネルB:各画分のアリコートから単離したRNAを、1%ア
ガロースゲル中で電気泳動し、これは、臭化エチジウムで染色し、UV光下で写
真撮影した。大および小リボソームサブユニット由来の28Sおよび18S r
RNAの位置はそれぞれ左に示す。パネルC:各画分のアリコートを、抗CRD
−BP IgYを使用した免疫ブロットにより分析した。免疫反応性タンパク質
を、ECL試薬を使用して可視化した。分子量マーカーの位置は、左にkDaで
示す。CRD−BPおよび交差反応性p85は、右に示す。
【図8A】 抗Pタンパク質抗体を用いた免疫沈降により決定した、CRD−BPと60S
リボソームサブユニットとの共分画。EDTA解離K562細胞ポリソームのア
リコートを、抗Pタンパク質抗体(I)または正常ヒト血清(N)と共にインキ
ュベートした。抗体−抗原複合体を免疫沈降(IP’d)し、免疫沈降したタン
パク質を、抗Pタンパク質IgG(パネルA)または抗CRD−BP IgY(
パネルB)を使用して免疫ブロットし、分析した。免疫反応性タンパク質は、E
CL試薬を使用して可視化した。Pタンパク質(P、P、およびP)およ
びCRD−BPの位置は、右に示す。前以て染色した分子量マーカーの位置は、
左にkDaで示す。H鎖は、膜上のIgG H鎖との交差反応性を示す。
【図8B】 抗Pタンパク質抗体を用いた免疫沈降により決定した、CRD−BPと60S
リボソームサブユニットとの共分画。EDTA解離K562細胞ポリソームのア
リコートを、抗Pタンパク質抗体(I)または正常ヒト血清(N)と共にインキ
ュベートした。抗体−抗原複合体を免疫沈降(IP’d)し、免疫沈降したタン
パク質を、抗Pタンパク質IgG(パネルA)または抗CRD−BP IgY(
パネルB)を使用して免疫ブロットし、分析した。免疫反応性タンパク質は、E
CL試薬を使用して可視化した。Pタンパク質(P、P、およびP)およ
びCRD−BPの位置は、右に示す。前以て染色した分子量マーカーの位置は、
左にkDaで示す。H鎖は、膜上のIgG H鎖との交差反応性を示す。
【手続補正書】
【提出日】平成13年6月18日(2001.6.18)
【手続補正1】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正内容】
【特許請求の範囲】
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) A61P 35/00 A61P 35/00 C07K 16/28 C07K 16/28 (81)指定国 EP(AT,BE,CH,CY, DE,DK,ES,FI,FR,GB,GR,IE,I T,LU,MC,NL,PT,SE),OA(BF,BJ ,CF,CG,CI,CM,GA,GN,GW,ML, MR,NE,SN,TD,TG),AP(GH,GM,K E,LS,MW,SD,SL,SZ,UG,ZW),E A(AM,AZ,BY,KG,KZ,MD,RU,TJ ,TM),AL,AM,AT,AU,AZ,BA,BB ,BG,BR,BY,CA,CH,CN,CU,CZ, DE,DK,EE,ES,FI,GB,GE,GH,G M,HR,HU,ID,IL,IN,IS,JP,KE ,KG,KP,KR,KZ,LC,LK,LR,LS, LT,LU,LV,MD,MG,MK,MN,MW,M X,NO,NZ,PL,PT,RO,RU,SD,SE ,SG,SI,SK,SL,TJ,TM,TR,TT, UA,UG,UZ,VN,YU,ZW Fターム(参考) 2G045 AA26 AA29 AA35 BB10 BB14 BB20 BB24 BB29 BB46 BB51 CB01 CB17 DA13 FB02 FB03 FB05 GC12 4B063 QA01 QA13 QA18 QQ02 QQ53 QR55 QS34 4C085 AA14 BB11 4H045 AA10 AA11 BA10 CA40 DA76 EA20 EA50 FA72 FA74 【要約の続き】

Claims (20)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 a)患者の組織をCRD−BP発現レベルについて調べ;そ
    して b)段階(a)の結果を、同起源由来の非癌性組織の発現レベルと比較する 各段階を含んでなる、非癌性組織と比較して増加した患者組織のCRD−BRレ
    ベルが癌の診断となる、ヒト患者における癌の存在または非存在を診断する方法
  2. 【請求項2】 CRD−BPの検出が、生検組織をホモジナイズし、粗タン
    パク質抽出物を得て、その抽出物をCRD−BPレベルについて調べる段階を含
    んでなる、請求項1の方法。
  3. 【請求項3】 検出が2抗体サンドイッチアッセイを介してなされる、請求
    項2の方法。
  4. 【請求項4】 検出が抗原競合アッセイを介してなされる、請求項2の方法
  5. 【請求項5】 検出が抗体捕獲アッセイを介してなされる、請求項3の方法
  6. 【請求項6】 CRD−BPの検出が免疫ブロットを介してなされる、請求
    項2の方法。
  7. 【請求項7】 CRD−BPの検出が、細胞中で免疫学的方法またはインサ
    イツ(in situ)ハイブリダイゼーション法を介して起こる、請求項1の
    方法。
  8. 【請求項8】 癌が、乳癌、大腸癌および膵臓癌からなる群から選択される
    、請求項1の方法。
  9. 【請求項9】 患者の組織が乳房組織である、請求項1の方法。
  10. 【請求項10】 非癌性組織が乳房組織である、請求項9の方法。
  11. 【請求項11】 患者の組織が大腸組織である、請求項1の方法。
  12. 【請求項12】 非癌性組織が大腸組織である、請求項11の方法。
  13. 【請求項13】 組織が膵臓組織である、請求項1の方法。
  14. 【請求項14】 非癌性組織が膵臓組織である、請求項13の方法。
  15. 【請求項15】 a)患者の組織をCRD−BP発現レベルについて調べ、
    そして b)その発現レベルを疾病予後と関連づける 各段階を含んでなる、ヒト患者における癌の期を決定する方法。
  16. 【請求項16】 a)患者の血清をCRD−BPにさらし、抗CRD−BP
    抗体が存在するかを決定する 段階を含んでなる、患者の血清における抗CRD−BP抗体の存在または非存在
    を決定する方法。
  17. 【請求項17】 a)患者の血清をCRD−BP抗体にさらし、CRD−B
    Pが存在するかを決定する 段階を含んでなる、患者の血清におけるCRD−BP自体の存在または非存在を
    決定する方法。
  18. 【請求項18】 癌性細胞でのCRD−BPのレベルを排除または低下させ
    る段階を含んでなる、癌細胞成長を抑制する方法。
  19. 【請求項19】 c−myc mRNAを急速な破壊から保護するCRD−
    BPの能力が、細胞に競合体RNAを与えることによる、請求項18の方法。
  20. 【請求項20】 c−myc mRNAを急速な破壊から保護するCRD−
    BPの能力が、CRD−BPのc−myc mRNA CRDへの結合を遮断す
    る阻害剤の使用を介して減少または排除される、請求項18の方法。
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