JP2002355049A - 循環器疾患の遺伝的要因を判定するための方法及びこれに使用されるオリゴヌクレオチド - Google Patents
循環器疾患の遺伝的要因を判定するための方法及びこれに使用されるオリゴヌクレオチドInfo
- Publication number
- JP2002355049A JP2002355049A JP2001167331A JP2001167331A JP2002355049A JP 2002355049 A JP2002355049 A JP 2002355049A JP 2001167331 A JP2001167331 A JP 2001167331A JP 2001167331 A JP2001167331 A JP 2001167331A JP 2002355049 A JP2002355049 A JP 2002355049A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- sequence
- seq
- site
- primer
- bases
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
(57)【要約】
【課題】循環器疾患の遺伝的要素を有するか否かを判定
しうる方法を提供する。 【解決手段】ヒトナトリウム利尿ペプチドＡ型受容体遺
伝子における多型を分析することからなる循環器疾患の
遺伝的要因を判定するための方法。
しうる方法を提供する。 【解決手段】ヒトナトリウム利尿ペプチドＡ型受容体遺
伝子における多型を分析することからなる循環器疾患の
遺伝的要因を判定するための方法。
Description
【０００１】
【発明が属する技術分野】本発明は循環器疾患の遺伝的
要因を検出するための方法及びこれに使用されるオリゴ
ヌクレオチドに関する。
要因を検出するための方法及びこれに使用されるオリゴ
ヌクレオチドに関する。
【０００２】
【従来の技術】循環器疾患の発病には、いくつかの遺伝
的因子と生活習慣等の非遺伝的因子とが関わっていると
考えられる。従って、循環器疾患を発病する可能性の高
い遺伝的因子が明らかになれば、発病のメカニズムの解
明に大きな役割を果たすと共に、その遺伝的因子の判定
により循環器疾患に罹患する可能性の高い患者に対し、
生活習慣等の非遺伝的因子を最小限とする指導を行い、
発病の危険性を著しく低下させ得ると考えられる。本発
明の発明者は、２２個のエキソンを有するヒトナトリウ
ム利尿ペプチドＡ型受容体遺伝子のエキソン３における
多型が、循環器疾患の発症に関連することを見出し、本
発明を完成させた。
的因子と生活習慣等の非遺伝的因子とが関わっていると
考えられる。従って、循環器疾患を発病する可能性の高
い遺伝的因子が明らかになれば、発病のメカニズムの解
明に大きな役割を果たすと共に、その遺伝的因子の判定
により循環器疾患に罹患する可能性の高い患者に対し、
生活習慣等の非遺伝的因子を最小限とする指導を行い、
発病の危険性を著しく低下させ得ると考えられる。本発
明の発明者は、２２個のエキソンを有するヒトナトリウ
ム利尿ペプチドＡ型受容体遺伝子のエキソン３における
多型が、循環器疾患の発症に関連することを見出し、本
発明を完成させた。
【０００３】
【発明が解決しようとする課題】従って、本発明の目的
は、ヒトナトリウム利尿ペプチドＡ型受容体遺伝子の多
型の分析により循環器疾患の遺伝的要因を判定する方法
を提供することにある。
は、ヒトナトリウム利尿ペプチドＡ型受容体遺伝子の多
型の分析により循環器疾患の遺伝的要因を判定する方法
を提供することにある。
【０００４】
【課題を解決するための手段】第１に、本発明は、下記
の方法に関する。 （１） 試料から核酸を抽出し、配列表の配列番号１に
示されるヒトナトリウム利尿ペプチドＡ型受容体遺伝子
のエキソン３（配列中、ｓはｇまたはｃを表す）の塩基
番号１０２の部位を含む配列を増幅し、得られた増幅産
物を分析することにより塩基番号１０２の部位がｇかｃ
かを決定することを含む循環器疾患の遺伝的要因を判定
するための方法。配列番号１に示す配列は、ヒトナトリ
ウム利尿ペプチドＡ型受容体遺伝子のエキソン３の全配
列であり、本発明の方法においては、該配列の塩基番号
１０２の塩基がｇであるかｃであるかを検出し、ｃ／ｃ
である場合及びｃアレルを有する場合に循環器疾患に罹
患する可能性が高いと判断する。また、本発明は下記の
オリゴヌクレオチドに関する。 （２） 配列番号１の配列（配列中、ｓはｇまたはｃを
表す）の一部であって、配列番号１の塩基番号１０２の
部位を含んで連続する少なくとも１０塩基の配列にハイ
ブリダイズし得る（１）の方法においてプローブとして
使用されるオリゴヌクレオチド。 （３） 配列番号１の配列（配列中、ｓはｇまたはｃを
表す）の一部であって、配列番号１の塩基番号１０２の
部位を含んで連続する少なくとも１０塩基の配列を増幅
するためのフォワードプライマーまたはリバースプライ
マーとして機能し得る（１）の方法に使用されるオリゴ
ヌクレオチド。 （４） 配列番号１の配列（配列中、ｓはｇまたはｃを
表す）の一部であって、配列番号１の塩基番号１０２の
部位を含んで連続する少なくとも１０塩基の配列を、１
塩基または数塩基の置換、欠失、付加を導入することに
より、１０２の部位がｇまたはｃのいずれか一方である
場合にのみ特定の制限酵素による認識配列が生じるよう
に増幅するためのフォワードプライマーまたはリバース
プライマーとして機能し得る（１）の方法に使用される
オリゴヌクレオチド。 （５）（１）の方法に使用されるフォワードプライマー
とリバースプライマーとして機能する一組のオリゴヌク
レオチドであって、フォワードプライマーまたはリバー
スプライマーの一方が配列番号１の配列（配列中、ｓは
ｇまたはｃを表す）の一部であって、配列番号１の塩基
番号１０２の部位を含んで連続する配列にハイブリダイ
ズすることができ、他方が配列番号１の配列の他の部分
にハイブリダイズすることができる一組のオリゴヌクレ
オチド。さらに、本発明は、少なくとも、（２）のオリ
ゴヌクレオチドの一またはそれ以上が基板に固定化され
ている（１）の方法に使用されるＤＮＡチップに関す
る。
の方法に関する。 （１） 試料から核酸を抽出し、配列表の配列番号１に
示されるヒトナトリウム利尿ペプチドＡ型受容体遺伝子
のエキソン３（配列中、ｓはｇまたはｃを表す）の塩基
番号１０２の部位を含む配列を増幅し、得られた増幅産
物を分析することにより塩基番号１０２の部位がｇかｃ
かを決定することを含む循環器疾患の遺伝的要因を判定
するための方法。配列番号１に示す配列は、ヒトナトリ
ウム利尿ペプチドＡ型受容体遺伝子のエキソン３の全配
列であり、本発明の方法においては、該配列の塩基番号
１０２の塩基がｇであるかｃであるかを検出し、ｃ／ｃ
である場合及びｃアレルを有する場合に循環器疾患に罹
患する可能性が高いと判断する。また、本発明は下記の
オリゴヌクレオチドに関する。 （２） 配列番号１の配列（配列中、ｓはｇまたはｃを
表す）の一部であって、配列番号１の塩基番号１０２の
部位を含んで連続する少なくとも１０塩基の配列にハイ
ブリダイズし得る（１）の方法においてプローブとして
使用されるオリゴヌクレオチド。 （３） 配列番号１の配列（配列中、ｓはｇまたはｃを
表す）の一部であって、配列番号１の塩基番号１０２の
部位を含んで連続する少なくとも１０塩基の配列を増幅
するためのフォワードプライマーまたはリバースプライ
マーとして機能し得る（１）の方法に使用されるオリゴ
ヌクレオチド。 （４） 配列番号１の配列（配列中、ｓはｇまたはｃを
表す）の一部であって、配列番号１の塩基番号１０２の
部位を含んで連続する少なくとも１０塩基の配列を、１
塩基または数塩基の置換、欠失、付加を導入することに
より、１０２の部位がｇまたはｃのいずれか一方である
場合にのみ特定の制限酵素による認識配列が生じるよう
に増幅するためのフォワードプライマーまたはリバース
プライマーとして機能し得る（１）の方法に使用される
オリゴヌクレオチド。 （５）（１）の方法に使用されるフォワードプライマー
とリバースプライマーとして機能する一組のオリゴヌク
レオチドであって、フォワードプライマーまたはリバー
スプライマーの一方が配列番号１の配列（配列中、ｓは
ｇまたはｃを表す）の一部であって、配列番号１の塩基
番号１０２の部位を含んで連続する配列にハイブリダイ
ズすることができ、他方が配列番号１の配列の他の部分
にハイブリダイズすることができる一組のオリゴヌクレ
オチド。さらに、本発明は、少なくとも、（２）のオリ
ゴヌクレオチドの一またはそれ以上が基板に固定化され
ている（１）の方法に使用されるＤＮＡチップに関す
る。
【０００５】また、本発明は、少なくとも、（２）〜
（５）のオリゴヌクレオチドの一またはそれ以上、及び
／または上記ＤＮＡチップを含む（１）の方法に使用さ
れるキットに関する。なお、上記において、オリゴヌク
レオチドは適宜標識されたものであってもよい。
（５）のオリゴヌクレオチドの一またはそれ以上、及び
／または上記ＤＮＡチップを含む（１）の方法に使用さ
れるキットに関する。なお、上記において、オリゴヌク
レオチドは適宜標識されたものであってもよい。
【０００６】
【発明の実施の形態】本発明において、「循環器疾患の
遺伝的要因を判定する」とは、被験者が循環器疾患の発
症の危険性が高いことを示す対立遺伝子型を有するか否
かを判定することを意味する。すなわち、本発明の方法
においては、該配列の塩基番号１０２の塩基がｇである
かｃであるかを検出し、特に、遺伝子型がｃ／ｃである
場合及びｃアレルを有する場合に循環器疾患が発症する
可能性が高いと判定される。また、本発明において「循
環器疾患」には、本態性高血圧症、脳梗塞、心筋梗塞及
び狭心症等の虚血性心疾患等が含まれる。上記、本発明
の判定方法において、ヒトナトリウム利尿ペプチドＡ型
受容体遺伝子（以下、場合よりＮＰＲＡ遺伝子と記す）
における多型の分析は、例えば多型を含む部分の配列を
増幅し、対立遺伝子型を分析することからなる。また、
ゲノムＤＮＡの分析であっても、ｃＤＮＡまたはｍＲＮ
Ａの分析であってもよい。本発明において使用される試
料は、任意の生物学的試料、例えば血液、毛髪、組織
片、尿等であり得る。
遺伝的要因を判定する」とは、被験者が循環器疾患の発
症の危険性が高いことを示す対立遺伝子型を有するか否
かを判定することを意味する。すなわち、本発明の方法
においては、該配列の塩基番号１０２の塩基がｇである
かｃであるかを検出し、特に、遺伝子型がｃ／ｃである
場合及びｃアレルを有する場合に循環器疾患が発症する
可能性が高いと判定される。また、本発明において「循
環器疾患」には、本態性高血圧症、脳梗塞、心筋梗塞及
び狭心症等の虚血性心疾患等が含まれる。上記、本発明
の判定方法において、ヒトナトリウム利尿ペプチドＡ型
受容体遺伝子（以下、場合よりＮＰＲＡ遺伝子と記す）
における多型の分析は、例えば多型を含む部分の配列を
増幅し、対立遺伝子型を分析することからなる。また、
ゲノムＤＮＡの分析であっても、ｃＤＮＡまたはｍＲＮ
Ａの分析であってもよい。本発明において使用される試
料は、任意の生物学的試料、例えば血液、毛髪、組織
片、尿等であり得る。
【０００７】（増幅）多型を含む部分の増幅は、例えば
ＰＣＲによって行われるが、他の公知の増幅方法、例え
ばＮＡＳＢＡ、ＬＣＲ、ＲＣＲ等で行ってもよい。プラ
イマーの選択は、例えば、多型部分を含む１０塩基以上
の配列を増幅するように行い得る。増幅される配列は、
１０〜１００塩基、好ましくは１０〜５０塩基であり得
る。また、プライマーは、試料が一の対立遺伝子型の場
合にのみ増幅されるように、フォワードプライマー（以
下、Ｆプライマーと記す）またはリバースプライマー
（以下、Ｒプライマーと記す）の一方が多型部位にハイ
ブリダイズするように選択してもよい。プライマーは必
要に応じて蛍光，ＲＩ等の適当な手段により標識され得
る。
ＰＣＲによって行われるが、他の公知の増幅方法、例え
ばＮＡＳＢＡ、ＬＣＲ、ＲＣＲ等で行ってもよい。プラ
イマーの選択は、例えば、多型部分を含む１０塩基以上
の配列を増幅するように行い得る。増幅される配列は、
１０〜１００塩基、好ましくは１０〜５０塩基であり得
る。また、プライマーは、試料が一の対立遺伝子型の場
合にのみ増幅されるように、フォワードプライマー（以
下、Ｆプライマーと記す）またはリバースプライマー
（以下、Ｒプライマーと記す）の一方が多型部位にハイ
ブリダイズするように選択してもよい。プライマーは必
要に応じて蛍光，ＲＩ等の適当な手段により標識され得
る。
【０００８】（多型の分析）多型の分析は、公知の方法
を適宜選択して行い得る。分析方法の例を下記に示す。 ａ．ハイブリダイゼーション 多型の分析は、一の対立遺伝子型に特異的なプローブと
のハイブリダイゼーションにより行うことができる。プ
ローブは、必要に応じて、蛍光，ＲＩ等の適当な手段に
より標識され得る。プローブは、例えば多型部分を含む
１０塩基以上、好ましくは１０〜１００塩基、より好ま
しくは１０〜５０塩基の配列にハイブリダイズし得るオ
リゴヌクレオチドである。また、多型部位がプローブの
ほぼ中心部に存在するようにプローブを選択するのが好
ましい。本発明において、ハイブリダイゼーション条件
は、対立遺伝子型を区別するのに十分な条件である。例
えば、試料が一の対立遺伝子型の場合にはハイブリダイ
ズするが、他の対立遺伝子型の場合にはハイブリダイズ
しないような条件、例えばストリンジェントな条件であ
る。本発明の方法においては、プローブの一端を基板上
に固定化してなるＤＮＡチップを用いてもよい。
を適宜選択して行い得る。分析方法の例を下記に示す。 ａ．ハイブリダイゼーション 多型の分析は、一の対立遺伝子型に特異的なプローブと
のハイブリダイゼーションにより行うことができる。プ
ローブは、必要に応じて、蛍光，ＲＩ等の適当な手段に
より標識され得る。プローブは、例えば多型部分を含む
１０塩基以上、好ましくは１０〜１００塩基、より好ま
しくは１０〜５０塩基の配列にハイブリダイズし得るオ
リゴヌクレオチドである。また、多型部位がプローブの
ほぼ中心部に存在するようにプローブを選択するのが好
ましい。本発明において、ハイブリダイゼーション条件
は、対立遺伝子型を区別するのに十分な条件である。例
えば、試料が一の対立遺伝子型の場合にはハイブリダイ
ズするが、他の対立遺伝子型の場合にはハイブリダイズ
しないような条件、例えばストリンジェントな条件であ
る。本発明の方法においては、プローブの一端を基板上
に固定化してなるＤＮＡチップを用いてもよい。
【０００９】ｂ．制限酵素断片長多型を利用する方法 多型の分析は、制限断片長多型を利用して行うこともで
きる。この方法は、多型部位がいずれの遺伝子型をとる
かによって、制限酵素により切断されるか否かが異なっ
てくる制限酵素で試料核酸を消化し、消化物の断片の大
きさを調べることにより、該制限酵素で試料核酸が切断
されたか否かを調べ、それによって試料の多型を分析す
る方法である。この場合、もとの配列に制限部位がなく
ても、増幅工程で１もしくは数塩基が置換されるように
プライマーを選択し、上記配列においてｓがｇかｃのい
ずれか一方である場合に、増幅産物において制限部位が
提供されるようにしてもよい。 ｃ．配列決定 多型の分析を、増幅産物の配列決定により行ってもよ
い。配列決定は、例えばジデオキシ法、Maxam-Gilbert
法等の公知の方法により行い得る。 ｄ．変性勾配ゲル電気泳動 試料ＤＮＡまたはＲＮＡの増幅産物を変性勾配ゲル電気
泳動にかけることにより分析することもできる。 ｅ．その他 ＳＳＣＰ（single-strand conformation polymorphis
m）法、Allele SpecificPCR法等を多型の分析に使用す
ることもできる。
きる。この方法は、多型部位がいずれの遺伝子型をとる
かによって、制限酵素により切断されるか否かが異なっ
てくる制限酵素で試料核酸を消化し、消化物の断片の大
きさを調べることにより、該制限酵素で試料核酸が切断
されたか否かを調べ、それによって試料の多型を分析す
る方法である。この場合、もとの配列に制限部位がなく
ても、増幅工程で１もしくは数塩基が置換されるように
プライマーを選択し、上記配列においてｓがｇかｃのい
ずれか一方である場合に、増幅産物において制限部位が
提供されるようにしてもよい。 ｃ．配列決定 多型の分析を、増幅産物の配列決定により行ってもよ
い。配列決定は、例えばジデオキシ法、Maxam-Gilbert
法等の公知の方法により行い得る。 ｄ．変性勾配ゲル電気泳動 試料ＤＮＡまたはＲＮＡの増幅産物を変性勾配ゲル電気
泳動にかけることにより分析することもできる。 ｅ．その他 ＳＳＣＰ（single-strand conformation polymorphis
m）法、Allele SpecificPCR法等を多型の分析に使用す
ることもできる。
【００１０】本発明は、上記多型の分析方法により分析
した結果を、所望により他の多型分析、及び／または他
の検査結果と合わせて、循環器疾患に罹患する可能性を
判断することを含む循環器疾患の診断方法にも関する。
また、本発明は、本態性高血圧症、脳梗塞、心筋梗塞、
狭心症等の循環器疾患がナトリウム利尿ペプチドＡ型受
容体に関連するものであるか否かを判定することを含む
診断方法をも提供する。上記方法において、いくつかの
ヒトナトリウム利尿ペプチドＡ型受容体遺伝子の多型分
析を組み合わせて利用することも可能である。さらに、
上記方法において循環器疾患に関連する他の多型分析を
組み合わせて利用することも可能である。また、本発明
は、上記診断方法による診断の結果に基づいて、さらに
精密な検査を行うこと、投与すべき医薬を決定するこ
と、循環器疾患の治療を行うこと、及び／または食餌内
容等の生活習慣の改善を指導することを含む循環器疾患
の予防または治療方法をも提供する。
した結果を、所望により他の多型分析、及び／または他
の検査結果と合わせて、循環器疾患に罹患する可能性を
判断することを含む循環器疾患の診断方法にも関する。
また、本発明は、本態性高血圧症、脳梗塞、心筋梗塞、
狭心症等の循環器疾患がナトリウム利尿ペプチドＡ型受
容体に関連するものであるか否かを判定することを含む
診断方法をも提供する。上記方法において、いくつかの
ヒトナトリウム利尿ペプチドＡ型受容体遺伝子の多型分
析を組み合わせて利用することも可能である。さらに、
上記方法において循環器疾患に関連する他の多型分析を
組み合わせて利用することも可能である。また、本発明
は、上記診断方法による診断の結果に基づいて、さらに
精密な検査を行うこと、投与すべき医薬を決定するこ
と、循環器疾患の治療を行うこと、及び／または食餌内
容等の生活習慣の改善を指導することを含む循環器疾患
の予防または治療方法をも提供する。
【００１１】上記本発明の方法においては、プライマー
として、配列番号１の配列（配列中、ｓはｇまたはｃを
表す）の一部であって、配列番号１の塩基番号１０２の
部位を含んで連続する少なくとも１０塩基、好ましくは
１０〜５０塩基、例えば１５〜３０塩基の配列を増幅す
るためのＦプライマーまたはＲプライマーとして機能し
得るオリゴヌクレオチド、またはＦプライマーとＲプラ
イマーからなる一組のプライマーであって、Ｆプライマ
ーまたはＲプライマーの一方が配列番号１の配列（配列
中、ｓはｇまたはｃを表す）の一部であって、配列番号
１の塩基番号１０２の部位を含んで連続する少なくとも
１０塩基、好ましくは１０〜５０塩基、例えば１５〜３
０塩基の配列にハイブリダイズし、他方が配列番号１の
配列の他の部分の少なくとも１０塩基、好ましくは１０
〜５０塩基、例えば１５〜３０塩基の配列にハイブリダ
イズする一組のプライマーを使用することができる。
として、配列番号１の配列（配列中、ｓはｇまたはｃを
表す）の一部であって、配列番号１の塩基番号１０２の
部位を含んで連続する少なくとも１０塩基、好ましくは
１０〜５０塩基、例えば１５〜３０塩基の配列を増幅す
るためのＦプライマーまたはＲプライマーとして機能し
得るオリゴヌクレオチド、またはＦプライマーとＲプラ
イマーからなる一組のプライマーであって、Ｆプライマ
ーまたはＲプライマーの一方が配列番号１の配列（配列
中、ｓはｇまたはｃを表す）の一部であって、配列番号
１の塩基番号１０２の部位を含んで連続する少なくとも
１０塩基、好ましくは１０〜５０塩基、例えば１５〜３
０塩基の配列にハイブリダイズし、他方が配列番号１の
配列の他の部分の少なくとも１０塩基、好ましくは１０
〜５０塩基、例えば１５〜３０塩基の配列にハイブリダ
イズする一組のプライマーを使用することができる。
【００１２】この場合、ＰＣＲ条件は、例えば下記のも
のであり得る。 プライマー濃度：０．１〜１．０μＭ ＭｇＣｌ２濃度：０．７〜１．５μＭ ｄＮＴＰ濃度：各１００〜２００μＭ 至適酵素量：０．５〜２．５Ｕ／５０μｌ 鋳型ゲノムＤＮＡ量：５０〜５００ｎｇ サイクル数：２５〜３５サイクル denature温度：９４℃〜９９℃ denature時間：２０〜３０秒 annealing温度：５５〜６５℃ annealing時間：２０〜６０秒間 extension温度：７２〜７５℃ extension時間：２０〜１８０秒間 アガロースゲル濃度：０．４〜２．０％
のであり得る。 プライマー濃度：０．１〜１．０μＭ ＭｇＣｌ２濃度：０．７〜１．５μＭ ｄＮＴＰ濃度：各１００〜２００μＭ 至適酵素量：０．５〜２．５Ｕ／５０μｌ 鋳型ゲノムＤＮＡ量：５０〜５００ｎｇ サイクル数：２５〜３５サイクル denature温度：９４℃〜９９℃ denature時間：２０〜３０秒 annealing温度：５５〜６５℃ annealing時間：２０〜６０秒間 extension温度：７２〜７５℃ extension時間：２０〜１８０秒間 アガロースゲル濃度：０．４〜２．０％
【００１３】上記プライマーとしてのオリゴヌクレオチ
ドは、配列番号１の配列の一部に相補的な配列を有して
いてもよく、また、上記プライマーとして機能し得る限
り、該配列において１または数個の置換、欠失及び／ま
たは付加を含んでいてもよい。上記方法においては、プ
ローブとして配列番号１の配列（配列中、ｓはｇまたは
ｃを表す）の一部であって、配列番号１の塩基番号１０
２の部位を含んで連続する少なくとも１０塩基、好まし
くは１０〜５０塩基、例えば１５〜３０塩基の配列にハ
イブリダイズするオリゴヌクレオチドを使用することが
できる。該オリゴヌクレオチドは、配列番号１の配列の
目的とする部位と相補的な配列を有していてもよく、ま
たプローブとして機能し得る限り、即ち、目的の対立遺
伝子型の配列とハイブリダイズするが、他の対立遺伝子
型の配列とはハイブリダイズしない条件下でハイブリダ
イズする限り、該配列において１または数個の置換、欠
失及び／または付加を含んでいてもよい。このプローブ
は、一端を各々基板に固定してなるＤＮＡチップとして
用いることもできる。この場合、ＤＮＡチップには、一
の対立遺伝子型（即ちｓがｇまたはｃ）に対応するプロ
ーブのみが固定されていても、両方の対立遺伝子型に対
応するプローブが固定されていてもよい。ＤＮＡチップ
には、本発明で検出できる多型と異なる多型を分析する
ためのプローブも共に固定され得る。
ドは、配列番号１の配列の一部に相補的な配列を有して
いてもよく、また、上記プライマーとして機能し得る限
り、該配列において１または数個の置換、欠失及び／ま
たは付加を含んでいてもよい。上記方法においては、プ
ローブとして配列番号１の配列（配列中、ｓはｇまたは
ｃを表す）の一部であって、配列番号１の塩基番号１０
２の部位を含んで連続する少なくとも１０塩基、好まし
くは１０〜５０塩基、例えば１５〜３０塩基の配列にハ
イブリダイズするオリゴヌクレオチドを使用することが
できる。該オリゴヌクレオチドは、配列番号１の配列の
目的とする部位と相補的な配列を有していてもよく、ま
たプローブとして機能し得る限り、即ち、目的の対立遺
伝子型の配列とハイブリダイズするが、他の対立遺伝子
型の配列とはハイブリダイズしない条件下でハイブリダ
イズする限り、該配列において１または数個の置換、欠
失及び／または付加を含んでいてもよい。このプローブ
は、一端を各々基板に固定してなるＤＮＡチップとして
用いることもできる。この場合、ＤＮＡチップには、一
の対立遺伝子型（即ちｓがｇまたはｃ）に対応するプロ
ーブのみが固定されていても、両方の対立遺伝子型に対
応するプローブが固定されていてもよい。ＤＮＡチップ
には、本発明で検出できる多型と異なる多型を分析する
ためのプローブも共に固定され得る。
【００１４】本発明は、上記で説明したプライマー、上
記プローブとしてのオリゴヌクレオチド及び／または上
記ＤＮＡチップを含む循環器疾患診断用キットにも関す
る。キットは、さらに制限断片長多型法に使用される制
限酵素、ポリメラーゼ、ヌクレオシド三リン酸、標識の
ための手段、緩衝液等、本発明の方法を実施するのに必
要な他の要素を含んでいてもよい。なお、本発明に使用
されるプライマー及びプローブは市販のＤＮＡ合成機等
により合成することができる。また、本発明において、
ハイブリダイゼーションは、Sambrook，J．Fritsch，E.
F.，Maniatis T.（1989）Molecular Cloning．A labora
tory manual，第２版，Cold Spring Harbor Laboratory
Press，Cold Spring Harbor，New Yorkの記載を参考に
行うことができる。また、ＰＣＲ法は、下記の文献を参
考に行うことができる：PCR Technology，J.A．Ehrlich
編，Stockholm Press，New York（1989）; Molecular M
ethods for Virus Detection，D.L．Wiedbrauk及びD.
H．Farkas編，Academic Press，New York(1995)．Nucle
ic AcidHybridisation，B.D．Hames及びS.J．Higgins
編，IRL Press，Oxford，Washington DC(1985)）。本明
細書において、塩基番号は添付の配列表に基づく。
記プローブとしてのオリゴヌクレオチド及び／または上
記ＤＮＡチップを含む循環器疾患診断用キットにも関す
る。キットは、さらに制限断片長多型法に使用される制
限酵素、ポリメラーゼ、ヌクレオシド三リン酸、標識の
ための手段、緩衝液等、本発明の方法を実施するのに必
要な他の要素を含んでいてもよい。なお、本発明に使用
されるプライマー及びプローブは市販のＤＮＡ合成機等
により合成することができる。また、本発明において、
ハイブリダイゼーションは、Sambrook，J．Fritsch，E.
F.，Maniatis T.（1989）Molecular Cloning．A labora
tory manual，第２版，Cold Spring Harbor Laboratory
Press，Cold Spring Harbor，New Yorkの記載を参考に
行うことができる。また、ＰＣＲ法は、下記の文献を参
考に行うことができる：PCR Technology，J.A．Ehrlich
編，Stockholm Press，New York（1989）; Molecular M
ethods for Virus Detection，D.L．Wiedbrauk及びD.
H．Farkas編，Academic Press，New York(1995)．Nucle
ic AcidHybridisation，B.D．Hames及びS.J．Higgins
編，IRL Press，Oxford，Washington DC(1985)）。本明
細書において、塩基番号は添付の配列表に基づく。
【００１５】
【実施例】以下、本発明を実施例によりさらに詳細に説
明する。しかしながら、これらは本発明を限定するもの
ではない。 実施例１ エキソン３の多型と循環器疾患との関連について調べる
ため、本態性高血圧と診断された患者３００名、脳梗塞
と診断された患者１３８名、心筋梗塞と診断された患者
１８７名及び健常人１１４名を年齢を一致させて選択し
た。各被験者の末梢血を採取し、標準方法（例えばSamb
rook，J．Fritsch，E.F.，Maniatis T.（1989）Molecul
ar Cloning．A laboratory manual，第２版，ColdSprin
g Harbor Laboratory Press，Cold Spring Harbor，New
Yorkに記載）により、ゲノムＤＮＡを抽出し、下記に
示す方法によりナトリウム利尿ペプチドＡ型受容体遺伝
子のエキソン３の多型部位を増幅した。200ngの上記ゲ
ノムＤＮＡ、下記の配列を有する濃度10 pmol/μｌのＦ
プライマー溶液及びＲプライマー溶液各々0.8μｌ、ヌ
クレオチド三リン酸（Takara社製造）各々２５mM、２．
５ｍＭのＭｇＣｌ２４μl、TaqＤＮＡポリメラーゼ（Ta
kara社製）０．２Ｕ／４０μl、水２５．０μl及び１０
倍緩衝液（Takara社製）４μlの混合物計４０μｌの系
にて、ＰＣＲ装置（PerkinElmer GeneAmp9700）を用い
て増幅した。ＰＣＲ条件は、９５℃で３分間、続いて９
８℃２５秒間、６３℃で１分間、７２℃で１分間のサイ
クルを３０サイクル、その後、７２℃で１０分間の後、
４℃に保温とした。
明する。しかしながら、これらは本発明を限定するもの
ではない。 実施例１ エキソン３の多型と循環器疾患との関連について調べる
ため、本態性高血圧と診断された患者３００名、脳梗塞
と診断された患者１３８名、心筋梗塞と診断された患者
１８７名及び健常人１１４名を年齢を一致させて選択し
た。各被験者の末梢血を採取し、標準方法（例えばSamb
rook，J．Fritsch，E.F.，Maniatis T.（1989）Molecul
ar Cloning．A laboratory manual，第２版，ColdSprin
g Harbor Laboratory Press，Cold Spring Harbor，New
Yorkに記載）により、ゲノムＤＮＡを抽出し、下記に
示す方法によりナトリウム利尿ペプチドＡ型受容体遺伝
子のエキソン３の多型部位を増幅した。200ngの上記ゲ
ノムＤＮＡ、下記の配列を有する濃度10 pmol/μｌのＦ
プライマー溶液及びＲプライマー溶液各々0.8μｌ、ヌ
クレオチド三リン酸（Takara社製造）各々２５mM、２．
５ｍＭのＭｇＣｌ２４μl、TaqＤＮＡポリメラーゼ（Ta
kara社製）０．２Ｕ／４０μl、水２５．０μl及び１０
倍緩衝液（Takara社製）４μlの混合物計４０μｌの系
にて、ＰＣＲ装置（PerkinElmer GeneAmp9700）を用い
て増幅した。ＰＣＲ条件は、９５℃で３分間、続いて９
８℃２５秒間、６３℃で１分間、７２℃で１分間のサイ
クルを３０サイクル、その後、７２℃で１０分間の後、
４℃に保温とした。
【００１６】プライマー配列 Ｆプライマー：cccacagtactagggaatagtcagc （配列
番号：２） Ｒプライマー：taggaaggatggaggctggcagagg （配列
番号：３） 得られたＰＣＲ産物をエタノール沈殿により精製し、dr
y upペレットにした後、制限酵素溶液（１０ｘ緩衝液
（第一化学）５μl、水４４μl及び制限酵素TaqI（第一
化学）１μlと反応させ、１．５％アガロースゲル電気
泳動にかけた。制限酵素Taq Iの認識配列はtcgaであ
り、上記配列番号１の配列の塩基番号１０２の部位の塩
基がcである場合は切断され、gである場合は切断されな
い。上記の方法により、各試料を分析したところ、下記
の表に示す結果が得られた。表中、ｇは上記配列番号１
の配列の塩基番号１０２の部位がｇである遺伝子型を意
味し、ｃは、該塩基がｃである遺伝子型を意味する。な
お、被験者は全て日本人である。
番号：２） Ｒプライマー：taggaaggatggaggctggcagagg （配列
番号：３） 得られたＰＣＲ産物をエタノール沈殿により精製し、dr
y upペレットにした後、制限酵素溶液（１０ｘ緩衝液
（第一化学）５μl、水４４μl及び制限酵素TaqI（第一
化学）１μlと反応させ、１．５％アガロースゲル電気
泳動にかけた。制限酵素Taq Iの認識配列はtcgaであ
り、上記配列番号１の配列の塩基番号１０２の部位の塩
基がcである場合は切断され、gである場合は切断されな
い。上記の方法により、各試料を分析したところ、下記
の表に示す結果が得られた。表中、ｇは上記配列番号１
の配列の塩基番号１０２の部位がｇである遺伝子型を意
味し、ｃは、該塩基がｃである遺伝子型を意味する。な
お、被験者は全て日本人である。
【００１７】
【表１】
【００１８】従って、配列番号１の塩基番号１０２の遺
伝子型がｃ／ｃである場合及びｃアレルを有する場合に
循環器疾患の発症の危険性が高いと判定することができ
る。
伝子型がｃ／ｃである場合及びｃアレルを有する場合に
循環器疾患の発症の危険性が高いと判定することができ
る。
【００１９】
【発明の効果】本発明の方法により、循環器疾患の遺伝
的要素を有するか否かが判定でき、これにより循環器疾
患の危険性を予測することができる。さらに、その結果
に基づき、食餌内容等の生活習慣の改善により循環器疾
患の環境的要因を最低限に押さえる指導を行い、循環器
疾患の予防または治療を行うことができる。
的要素を有するか否かが判定でき、これにより循環器疾
患の危険性を予測することができる。さらに、その結果
に基づき、食餌内容等の生活習慣の改善により循環器疾
患の環境的要因を最低限に押さえる指導を行い、循環器
疾患の予防または治療を行うことができる。
【配列表】 SEQUENCE LISTING 〈110〉 Nihon university 〈120〉 Method for determining genetic factor of circulatory organ disea se and nucleotides used therefor 〈130〉 PANU007 〈160〉 3 〈210〉 1 〈211〉 114 〈212〉 DNA 〈221〉 exon 〈400〉 1 gct gcc aaa atc att aca tat aaa gac cca gat aat ccc gag tac ttg 48 gaa ttc ctg aag cag tta aaa cac ctg gcc tat gag cag ttc aac ttc 96 acc ats gag gat ggc ctg 114 〈210〉 2 〈211〉 25 〈212〉 DNA 〈213〉 Artificial Sequence 〈400〉 2 cccacagtac tagggaatag tcagc 25 〈210〉 3 〈211〉 25 〈212〉 DNA 〈213〉 Artificial Sequence 〈400〉 3 taggaaggat ggaggctggc agagg 25
Claims (7)
- 【請求項１】 試料から核酸を抽出し、配列表の配列番
号１に示されるヒトナトリウム利尿ペプチドＡ型受容体
遺伝子のエキソン３（配列中、ｓはｇまたはｃを表す）
の塩基番号１０２の部位を含む配列を増幅し、得られた
増幅産物を分析することにより塩基番号１０２の部位が
ｇかｃかを決定することを含む循環器疾患の遺伝的要因
を判定するための方法。 - 【請求項２】 配列番号１の配列（配列中、ｓはｇまた
はｃを表す）の一部であって、配列番号１の塩基番号１
０２の部位を含んで連続する少なくとも１０塩基の配列
にハイブリダイズし得る請求項１記載の方法においてプ
ローブとして使用されるオリゴヌクレオチド。 - 【請求項３】 配列番号１の配列（配列中、ｓはｇまた
はｃを表す）の一部であって、配列番号１の塩基番号１
０２の部位を含んで連続する少なくとも１０塩基の配列
を増幅するためのフォワードプライマーまたはリバース
プライマーとして機能し得る請求項１記載の方法に使用
されるオリゴヌクレオチド。 - 【請求項４】 配列番号１の配列（配列中、ｓはｇまた
はｃを表す）の一部であって、配列番号１の塩基番号１
０２の部位を含んで連続する少なくとも１０塩基の配列
を、１塩基または数塩基の置換、欠失、付加を導入する
ことにより、１０２の部位がｇまたはｃのいずれか一方
である場合にのみ特定の制限酵素による認識配列が生じ
るように増幅するためのフォワードプライマーまたはリ
バースプライマーとして機能し得る請求項１記載の方法
に使用されるオリゴヌクレオチド。 - 【請求項５】 請求項１の方法に使用されるフォワード
プライマーとリバースプライマーとして機能する一組の
オリゴヌクレオチドであって、フォワードプライマーま
たはリバースプライマーの一方が配列番号１の配列（配
列中、ｓはｇまたはｃを表す）の一部であって、配列番
号１の塩基番号１０２の部位を含んで連続する配列にハ
イブリダイズすることができ、他方が配列番号１の配列
の他の部分にハイブリダイズすることができる一組のオ
リゴヌクレオチド。 - 【請求項６】 少なくとも、請求項２に記載のオリゴヌ
クレオチドの一またはそれ以上が基板に固定化されてい
る請求項１の方法に使用されるＤＮＡチップ。 - 【請求項７】 少なくとも、請求項２〜５に記載のオリ
ゴヌクレオチドの一またはそれ以上、及び／または請求
項６に記載のＤＮＡチップを含む請求項１の方法に使用
されるキット。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2001167331A JP4111482B2 (ja) | 2001-06-01 | 2001-06-01 | 循環器疾患の遺伝的要因を判定するための方法及びこれに使用されるオリゴヌクレオチド |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2001167331A JP4111482B2 (ja) | 2001-06-01 | 2001-06-01 | 循環器疾患の遺伝的要因を判定するための方法及びこれに使用されるオリゴヌクレオチド |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2002355049A true JP2002355049A (ja) | 2002-12-10 |
| JP4111482B2 JP4111482B2 (ja) | 2008-07-02 |
Family
ID=19009730
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2001167331A Expired - Lifetime JP4111482B2 (ja) | 2001-06-01 | 2001-06-01 | 循環器疾患の遺伝的要因を判定するための方法及びこれに使用されるオリゴヌクレオチド |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| JP (1) | JP4111482B2 (ja) |
-
2001
- 2001-06-01 JP JP2001167331A patent/JP4111482B2/ja not_active Expired - Lifetime
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| JP4111482B2 (ja) | 2008-07-02 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US20090111976A1 (en) | Identification of the gene and mutation responsible for progressive rod-cone degeneration in dog and a method for testing same | |
| JP6346557B2 (ja) | Ｈｌａ−ａ＊３１：０１アレルの検出方法 | |
| JP6053681B2 (ja) | イヌの緑内障を診断する方法及びキット | |
| KR102543907B1 (ko) | 치주질환 위험도 평가용 유전자 마커 | |
| JP4111481B2 (ja) | 心筋梗塞の遺伝的要因を判定するための方法及びこれに使用されるオリゴヌクレオチド | |
| KR102158713B1 (ko) | Gba 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커 | |
| KR102158721B1 (ko) | Rnf144a 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커 | |
| KR102158715B1 (ko) | Olfml2a 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커 | |
| KR102063486B1 (ko) | Rnf213 단일염기다형성과 한국인 모야모야병 발병 위험도의 연관성 | |
| Kato et al. | Evaluation of the atrial natriuretic peptide gene in stroke | |
| JP4111482B2 (ja) | 循環器疾患の遺伝的要因を判定するための方法及びこれに使用されるオリゴヌクレオチド | |
| JP4657757B2 (ja) | 肺高血圧症発症関連遺伝子を用いた肺高血圧症の診断および治療 | |
| JP2004097086A (ja) | エンドセリン１遺伝子中の多型を利用した高血圧症の遺伝子診断およびこれに用いるための核酸分子 | |
| CN105765077B (zh) | 测定抗甲状腺药物诱导的粒细胞缺乏症风险的检测方法以及测定用试剂盒 | |
| JP2002238577A (ja) | 脳動脈瘤感受性遺伝子 | |
| JP2001522586A (ja) | 慢性閉塞性気道疾患に対する診断法および治療法 | |
| KR102158725B1 (ko) | Mink1 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커 | |
| KR102158716B1 (ko) | Arhgap32 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커 | |
| JP4041701B2 (ja) | 高血圧症又は蛋白尿関連疾患に対する易罹患性の判定方法 | |
| KR102158723B1 (ko) | Spcs3 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커 | |
| KR102158719B1 (ko) | Loc102724084 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커 | |
| JP5594655B2 (ja) | 網膜色素線条症の原因変異を判定するための方法及びこれに使用されるオリゴヌクレオチド | |
| JP2002306165A (ja) | 正常眼圧緑内障を含む開放隅角緑内障の関連遺伝子 | |
| JP2002521063A (ja) | ヒトｃｃｒ−２遺伝子多型性 | |
| JP4502570B2 (ja) | 遺伝子多型解析を用いたＩｇＡ腎症診断およびＩｇＡ腎症診断用キット |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20060104 |
|
| A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20060303 |
|
| A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20070904 |
|
| A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20071102 |
|
| A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20071229 |
|
| A911 | Transfer of reconsideration by examiner before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20080206 |
|
| TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
| A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20080403 |
|
| A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20080407 |
|
| R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
| FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20110418 Year of fee payment: 3 |
|
| FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20120418 Year of fee payment: 4 |
|
| FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20130418 Year of fee payment: 5 |
|
| FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20130418 Year of fee payment: 5 |
|
| FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20140418 Year of fee payment: 6 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |