JP2001511003A - 表皮成長因子レセプターのレベルに関連した疾患または病状の酵素的核酸治療 - Google Patents

表皮成長因子レセプターのレベルに関連した疾患または病状の酵素的核酸治療

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Abstract

(57)【要約】 EGFR RNAを切断する酵素的核酸分子。

Description

【発明の詳細な説明】 表皮成長因子レセプターのレベルに関連した疾患または病状の酵素的核酸治療発明の背景 本発明は、癌の治療のための治療組成物および方法に関する。 本発明は、EGFR発現レベルに関連する疾患または病状、例えば癌の治療ま たは診断のための治療組成物および方法に関する。以下の概要は完全であること を意味するものではなく、その後に記載される本発明の理解のためにのみ提供さ れる。この概要は、以下に記載される研究のいずれも、本発明に対する先行技術 であると認めるものではない。 表皮成長因子レセプター(EGFR)は、細胞外”リガンド”結合ドメイン、 膜貫通領域およびチロシンキナーゼ活性を有する細胞内ドメインからなる170 kDaの膜貫通糖蛋白質である(Kung,et al.,1994)。成長因 子がEGFRに結合すると、リガンド−レセプター複合体のダウンレギュレーシ ョンであるレセプターおよび他の蛋白質基質の自己リン酸化が生じ、最終的には DNA合成および細胞分裂が生ずる。外部リガンド結合ドメインは、EGFによ り刺激されるが、TGFα,アンフィレグリンおよびいくつかのウイルス性成長 因子によっても刺激される(Modjtahedi&Dean,1994)。 EGFR遺伝子(c−erbB1)は、第7染色体に位置しており、鳥類にお いて悪性腫瘍を誘導するトリ急性赤芽球症ウイルスオンコジン(v−erbB) とホモロジーを有する。v−erbB遺伝子は、細胞外リガンド結合ドメインを 欠失したトランケート型産物をコードする。EGFRのチロシンキナーゼドメイ ンは、v−erbBトランスフォーミング蛋白質と97%のホモロジーを有する ことが見いだされている(Downward,et al.,1984)。 EGFRは、正常組織における対応物と比較して、多くの悪性腫瘍ヒト組織中 で過剰発現されている(概要はKhazaie,et al.,1993を参照 )。レセプターの遺伝子は、多くの癌細胞中において増幅されかつ過剰発現され ている。EGFRの過剰発現はしばしば成長因子EGFおよびTGFαの共発現 を伴い、このことは、成長の制御のためのオートクライン経路が腫瘍の発達の 主要な部分を担っているかもしれないことを示唆する(Sporn&Rober ts,1985)。 成長因子およびそのレセプターは、ヒト脳腫瘍の発達において役割を果たして いるかもしれない。脳腫瘍の生検において、EGFRをコードする遺伝子の過剰 発現、増幅、欠失および構造的再配列の発生率が高いことが見いだされている( Ostrowski,et al.,1994)。実際、多形性神経芽細胞腫の 腫瘍におけるEGFR遺伝子の増幅は、これまでに知られている最も一致した遺 伝的変更の1つであり、EGFRは約40%の悪性神経膠腫中で過剰発現されて いる(Black,1991)。また、神経芽細胞腫の50%において、EGF R遺伝子の増幅に伴って成長因子であるEGFおよびTNFαの少なくとも一方 または両方のmRNAが共発現されていることが示されている(Ekstran d,et al.,1991)。 増幅された遺伝子はしばしば再配列され、ポリモルフィズムと関連しており、 異常な蛋白質産物をもたらす(Wong,et al.,1994)。これまで に特徴決定された再配列は、通常は細胞外ドメインの一部の欠失を示し、このた め、より小さいサイズのEGFR蛋白質が生成される。3種類の欠失変異体EG Fレセプター遺伝子が神経芽細胞腫腫瘍において同定されている。タイプI変異 体は、リガンド結合部位を含む外部ドメインのほとんどを欠失しており、タイプ II変異体は、膜に隣接するドメイン中に欠失を有するが、なおリガンドに結合 することができ、最も一般的であり神経芽細胞腫の17%に見いだされるタイプ IIIは、EGFRのドメインIおよびIIにわたる267アミノ酸の欠失を有 する。 神経芽細胞腫に加えて、異常なEGFR発現はまた多くの扁平上皮癌および乳 癌で報告されている(Kungetal,1994;Modjtahedi&D ean,1994により概説されている)。EGFRを過剰発現する腫瘍を有す る多くの患者は、そうでないものより予後が悪い(Khazaie, et a l.,1993)。したがって、EGFRレセプターの異常な発現を阻害または 低下しうる治療戦略は、抗癌剤の可能性を有するものとして非常に興味深い。発明の概要 本発明は、細胞成長応答に必要なRNA種の切断に向けられたリボザイム、す なわち酵素的核酸分子に関する。特に、本発明は、表皮成長因子のレセプター( EGFR)をコードするRNAを切断しうるリボザイムの選択および機能を記載 する。そのようなリボザイムは、1つまたはそれ以上の癌において腫瘍細胞の過 増殖を阻害するために用いることができる。 本発明においては、EGFR RNAを切断するリボザイムが記載される。当 業者は、記載される例から、細胞増殖に必要な標的RNAを切断する他のリボザ イムを容易に設計することができ、これらも本発明の範囲内であることを理解す るであろう。このようなRNAは、正常EGFR遺伝子を有するヒトにおけるE GFRに対して少なくとも90%のホモロジーを有するであろう。 ”阻害”とは、EGFRの活性またはEGFRをコードするRNAのレベルが 、核酸の不在下で観察されるものより低下することを意味する。特に、リボザイ ムによる阻害は、好ましくはmRNAの同一の部位に結合しうるがそのRNAを 切断できない不活性なRNA分子の存在下で観察されるレベルより低い。 “酵素的核酸分子”とは、基質結合領域において特定の遺伝子標的に対する相 補性を有し、かつその標的中のRNAを特異的に切断する作用をする酵素的活性 をも有する核酸分子を意味する。すなわち、酵素的核酸分子はRNAを分子間切 断し、このことにより標的RNA分子を不活性化することができる。この相補性 は、標的RNAに酵素的核酸分子を十分にハイブリダイズさせ、切断を起こさせ るように作用する。100%の相補性が好ましいが、50−75%程度の低い相 補性も本発明において有用である。 酵素的核酸との用語は、当該技術分野において用いられているように、リボザ イム、触媒的RNA、酵素的RNA、触媒的DNA、ヌクレオザイム、DNAザ イム、RNA酵素、エンドリボヌクレアーゼ、ミニザイム、リードザイム、オリ ゴザイム、またはDNA酵素などの用語と交換可能なように用いられる。これら の用語のすべては、酵素的活性を有する核酸分子を記述する。 EGFRに”均等な”RNAとは、ヒトを含む種々の動物の癌に伴う天然に生 ずるRNA分子を含むことを意味する。 ”相補性”とは、伝統的なワトソン−クリックまたは他の非伝統的なタイプの 塩基対相互作用(例えば、フーグスティーン型)のいずれかにより、他のRNA 配列と水素結合を形成しうる核酸を意味する。 現在のところ、天然に生ずる酵素的RNAの7個の基本的変種が知られている 。それぞれの酵素的RNAは、生理学的条件下で、トランスでRNAホスホジエ ステル結合の加水分解を触媒することができる(したがって、他のRNA分子を 切断しうる)。表Iはこれらのリボザイムの性質のいくつかをまとめたものであ る。一般に、酵素的核酸は、まず標的RNAに結合することにより作用する。こ の結合は、酵素的核酸の、標的RNAを切断させる作用をする分子の酵素的部分 に近接して保持された標的結合部分により行われる。すなわち、酵素的核酸は、 まず標的RNAを認識し、次いで相補的塩基対形成により標的RNAに結合し、 適正な部位にいったん結合すると、酵素的に作用して標的RNAを切断する。そ のような標的RNAの戦略的切断は、それがコードする蛋白質の合成を指令する 能力を破壊するであろう。酵素的核酸はそのRNA標的に結合して切断させたの ち、そのRNAから離脱して他の標的を探し、新たな標的に反復的に結合して切 断することができる。 治療を行うのに必要なリボザイムの濃度がより低いため、リボザイムの酵素的 性質は他の技術に比べて利点がある。この利点は、リボザイムが酵素的に作用す る能力を有することを反映している。すなわち、1個のリボザイム分子が多数の 標的RNAの分子を切断することができる。さらに、リボザイムは特異性の高い 阻害剤であり、その阻害の特異性は標的RNAへの結合の塩基対形成のメカニズ ムのみならず、標的RNAの切断のメカニズムにも依存する。切断部位の近くに おける1つのミスマッチもしくは塩基置換を選択して、リボザイムの触媒活性を 完全に排除することができる。 エンドヌクレアーゼ酵素的活性を有する核酸分子は、ヌクレオチド塩基配列特 異的様式で、他の別個のRNA分子を繰り返し切断することができる。このよう な酵素的RNA分子は、事実上すべてのRNA転写産物を標的とすることができ 、インビトロで有効な切断を行うことができる(Zaug,et al.,32 4,Nature 429,1986;Uhlenbeck,1987 Nat ure 328,596;Kim,et al.,84 Proc.Natl. Ac ad.Sci.USA 8788,1987;Dreyfus,1988,Ei nstein Quart.J.Bio.Med.,6,92;Haselof f and Gerlach,334 Nature 585,1988;Ce ch,260 JAMA 3030,1988;およびJefferies,e t al.,17 Nucleic Acids Research 1371 ,1989)。 トランス切断リボザイムは、その配列特異性のため、ヒト疾患の治療剤として 有望である(Usman&McSwiggen,1995Ann.Rep.Me d.Chem.30,285−294;ChristoffersenandM arr,1995J.Med.Chem.38,2023−2037)。リボザ イムは、細胞性RNAのバックグラウンド中で特定のRNA標的を切断するよう に設計することができる。そのような切断事象は、RNAを非機能性にし、その RNAからの蛋白質発現を排除する。このようにして、疾患状態に関連する蛋白 質の合成を選択的に阻害することができる。 EGFR RNA中の特定の部位を切断するリボザイムは、癌および他の病状 などの疾患を治療する新規な治療法である。本出願人は、リボザイムがEGFR の活性を阻害しうること、および、リボザイムの触媒活性がその阻害的効果に必 要であることを示す。当業者は、EGFR RNAのこれらの部位を切断する他 のリボザイムを容易に設計することができ、これらも本発明の範囲内であること が、記載されている例から明らかであることを見いだすであろう。 本発明の好ましい態様の1つにおいては、酵素的核酸分子はハンマーヘッドま たはヘアピンのモチーフで形成されるが、デルタ肝炎ウイルス、グループIイン トロン、グループIIイントロン、またはRNaseP RNA(RNAガイド配 列に伴う)またはNeurospora VS RNAのモチーフで形成されて もよい。このようなハンマーヘッドモチーフの例は、Dreyfus(上掲)、 Rossi et al,1992,AIDS Research and H uman Retroviruses,8,183に記載され;ヘアピンモチー フの例は、Hampel et al.,EP0360257,Hampel and Tritz,1989 Biochemistry 28,4929, Feldstein et al.,1989,Gene 82,53,Has eloff and Gerlach,1989,Gene,82,43および Hampel et al.,1990,Nucleic Acids Res .18,299に記載され;デルタ肝炎ウイルスモチーフの例は、Perrot ta and Been,1992 Biochemistry,31 16に 記載され;RNasePモチーフの例は、Guerrier−Takada e t al.,1983 Cell,35 849,Forster and A ltman,1990,Science 249,783;Li and Al tman,1996,Nucleic Acids Res.24,835に記 載され;Neurospora VS RNAリボザイムモチーフは、Coll ins(Seville and Collins,1990 Cell 61 ,685−696;Saville and Collins,1991 Pr oc.Natl.Acad.Sci.,USA 88,8826−8830;C ollins and Olive,1993 Biochemistry 3 2,2795−2799,Guo and Collins,1995,EMB O.J.14,363)により記載され;グループIIイントロンの例は、Gr iffin et al.,1995,Chem.Biol.2,761;Mi chels and Pyle,1995,Biochemistry 34, 2965;Pyle et al.,国際公開WO96/22689により記載 され;グループIイントロンの例は、Cech et al.,米国特許第4, 987,071号により記載されている。これらの特定のモチーフは本発明にお いて限定的なものではなく、当業者は、本発明の酵素的核酸分子(またはそのよ うな分子の多数のフラグメント)において重要なすべては、それが1またはそれ 以上の標的遺伝子RNA領域に対して相補的な特異的基質結合部位またはアーム を有し、かつその基質結合部位内またはその周囲にその分子にRNA切断活性を 付与するヌクレオチド配列(酵素的部分)を有することであることを認識するで あろう。 ”酵素的部分”とは、RNA基質の切断に必須のリボザイムの部分を意味する 。 ”基質結合アーム”とは、その基質の部分に相補的な(すなわち、これと塩基 対形成可能な)リボザイムの部分を意味する。一般に、そのような相補性は10 0%であるが、所望ならばより低くてもよい。例えば、14塩基中の10塩基が 塩基対形成することができる。そのようなアームは、図1−3に一般に示されて おり、以下に議論される。すなわち、これらのアームは、相補的塩基対形成相互 作用によりリボザイムと標的RNAとを一緒にすることが意図されるリボザイム 中の配列を含む。例えば、標準的ハンマーヘッドリボザイムのステムIおよびI II中のリボザイム配列は、基質結合ドメインを形成する(図1を参照)。 好ましい態様においては、本発明は、所望の標的のRNAに対して高度の特異 性を示す一群の酵素的切断剤を製造する方法を提供する。酵素的核酸分子は、好 ましくは、1つまたはいくつかの酵素的核酸により疾患または病状の特異的治療 が与えられるように、EGFR蛋白質をコードする標的mRNAの高度に保存さ れた配列領域を標的とする。このような酵素的核酸分子は、必要に応じて特定の 細胞に外来的に輸送することができる。あるいは、リボザイムは、特定の細胞に 輸送されるDNA/RNAベクターから発現させることができる。 100ヌクレオチドを越える長さの核酸の合成は自動化された方法によっては 困難であり、そのような分子の療法経費は著しい。本発明においては、小型の酵 素的核酸モチーフ(例えばアンチセンスオリゴヌクレオチド、ハンマーヘッドま たはヘアピンリボザイム)を外来的輸送に用いる。これらの分子の構造が簡単で あることは、核酸がmRNA構造の標的領域内へ侵入する能力を高める。しかし 、これらの核酸分子は、細胞内で真核生物プロモーターから発現させることもで きる(例えば、Izant and Weintraub,1985,Scie nce 229,345;McGarry and Lindquist,19 86,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 83,399;Sul lenger−Scanlon,et al.,1991,Proc.Natl .Acad.Sci.,USA,88,10591−5;Kashani−Sa bet,et al.,1992,Antisense Res.Dev.,2 ,3−15;Dropulic,et al.,1992,J.Virol,6 6,1432−41;Weerasinghe,et al.,1991,J. Virol,65,5531−4;Ojwang,et al.,1992,P roc.Natl.Acad.Sci.,USA,89,10802−6;Ch en, et al.,1992,Nucleic Acids Res.,20,45 81−9;Sarver,et al.,1990,Science,247, 1222−1225;Thompson,et al.,1995,Nucle ic Acids Res.23,2259)。当業者は、適当なDNA/RN Aベクターから、任意の核酸を真核生物細胞中で発現させうることを理解するで あろう。このような核酸の活性は、リボザイムにより一次転写産物からそれらを 放出させることにより増加させることができる(Draper et al., PCT WO93/23569,およびSullivan et al.,PC T WO94/02595(いずれもこの内容のすべてを本明細書の一部として ここに引用する);Ohkawa,et al.,1992,Nuceleic Acids Symp.Ser.27,15−6;Taira,et al. 1991,Nucleic Acids Res.,19,5125−30;V entura,et al.,1993,Nucleic Acids Res .,21,3249−55;Chowrira et al.,1994 J. Biol.Chem.,269,25856)。 このような核酸は、上述の疾患および病状、ならびに細胞もしくは組織におけ るEGFRのレベルに関連する他のいずれの疾患または病状の予防にも有用であ る。 ”関連する”とは、EGFR RNAレベルの減少、したがってそれぞれの蛋 白質活性のレベルの減少が、疾患または病状の症状をある程度軽減させるであろ うことを意味する。 リボザイムは直接加えることもできるが、カチオン性脂質とともに複合させる か、リポソーム中に封入するか、または他の方法により標的細胞に輸送すること ができる。核酸または核酸複合体は、バイオポリマーに取り込ませてまたは取り 込ませずに、注射、注入ポンプまたはステントを用いて関連する組織にエクスビ ボまたはインビボで局所的に投与することができる。好ましい態様においては、 リボザイムは表IIIおよびIVに示される配列に相補的な結合アームを有する。こ のようなリボザイムの例も、表IIIおよびIVに示される。このようなリボザイム の例は、本質的にこれらの表において定義される配列からなる。 ”本質的に・・からなる”とは、活性なリボザイムが、標的部位における切断 が生ずるように、例に示されるものと均等な酵素的中心またはコアならびにmR NAに結合しうる結合アームを含むことを意味する。そのような切断を妨害しな い他の配列が存在していてもよい。 すなわち、第1の観点において、本発明は、EGFR遺伝子から発現されたR NAの切断により遺伝子発現および/または細胞増殖を阻害するリボザイムを特 徴とする。これらの化学的にまたは酵素的に合成されたRNA分子は、その標的 mRNAのアクセス可能な領域に結合する基質結合ドメインを含む。RNA分子 はまたRNAの切断を触媒するドメインを含む。RNA分子は、好ましくはハン マーヘッドまたはヘアピンモチーフのリボザイムである。リボザイムは、標的m RNAに結合した際にこれを切断し、翻訳および蛋白質蓄積を防ぐ。標的遺伝子 が発現されないため、細胞増殖が阻害される。 好ましい態様においては、酵素的RNA分子はEGFR mRNAを切断し、 細胞増殖を阻害する。このようなリボザイムは、癌の予防および/または治療に 有用である。リボザイムは直接加えてもよく、またはカチオン性脂質と複合させ てもよく、リポソーム中に封入してもよく、または他の方法により、平滑筋細胞 に輸送される。RNAまたはRNA複合体は、バイオポリマー中に取り込ませて または取り込ませずに、カテーテル、注入ポンプ、またはステントを用いて関連 する組織に局所的に投与することができる。同様に輸送されたリボザイムはまた 、EGFRの上昇したレベルに関連するある種の癌、特に、多形性神経芽細胞腫 の増殖の阻害にも有用である。本明細書に記載される方法を用いて、EGFRを 切断しこのことにより腫瘍細胞増殖を阻害する他の酵素的RNA分子を得て、上 述のようにして用いることができる。特定の例は、以下の表および図において提 供される。 本発明の別の観点においては、標的RNA分子を切断し、EGFR活性を阻害 するリボザイムは、DNAまたはRNAベクター中に挿入された転写ユニットか ら発現される。組み換えベクターは、好ましくはDNAプラスミドまたはウイル スベクターである。リボザイムを発現するウイルスベクターは、アデノ関連ウイ ルス、レトロウイルス、アデノウイルスまたはアルファウイルスを基に構築する ことができるが、これらに限定されない。好ましくは、リボザイムを発現しうる 組み換えベクターを上述のように輸送し、標的細胞中に存在させる。あるいは、 リボザイムを過渡的に発現させるウイルスベクターを用いることができる。この ようなベクターは、必要に応じて繰り返し投与することができる。いったん発現 すれば、リボザイムは標的mRNAを切断する。リボザイム発現ベクターの輸送 は、全身投与(例えば静脈内または筋肉内投与)により、患者から外植した標的 細胞に投与した後に患者に再導入することにより、または所望の標的細胞に導入 するための他の任意の方法により行うことができる(概説は、Couture and Stinchcomb,1996,TIG.12,510を参照)。 ”患者”とは、外植された細胞のドナーまたはレシピエントである生物または 細胞それ自身を意味する。”患者”はまた、酵素的核酸分子をそれに投与するこ とができる生物を表す。好ましくは、患者は哺乳動物または哺乳動物細胞である 。より好ましくは、患者はヒトまたはヒト細胞である。 ”ベクター”とは、所望の核酸を輸送するために用いられる、核酸および/ま たはウイルスに基づく任意の技術を意味する。 これらのリボザイムは、別々に、または他の薬剤と組み合わせてもしくは結合 させて、上述した疾患または病状の治療に用いることができる。例えば、当業者 には明らかなように、EGFRレベルに関連した疾患または病状を治療するため には、患者を治療してもよく、または他の適当な細胞を処置してもよい。 さらに別の態様においては、記載されるリボザイムは、上述した病状または疾 患を治療するために、他の既知の治療と組み合わせて用いることができる。例え ば、記載されるリボザイムは、1つまたはそれ以上の既知の治療剤と組み合わせ て用いて、癌を治療することができる。 好ましい態様においては、リボザイムは表IIIおよびIV(配列番号1−8 23および1759−1870)の配列に相補的な結合アームを有する。そのよ うなリボザイムの例も、表IIIおよびIV(配列番号824−1758)に示 されている。そのような切断を妨害しない他の配列が存在していてもよい。 本発明の他の特徴および利点は、以下の本発明の好ましい態様の記載および特 許請求の範囲から明らかであろう。好ましい態様の記載 最初に図面を簡単に説明する。図面 図1は、当該技術分野において知られているハンマーヘッドリボザイムドメイ ンの図解的描写である。ステムIIは2塩基対以上の長さでありうる。 図2aは、当該技術分野において知られているハンマーヘッドリボザイムドメ インの図解的描写であり;図2bは、Uhlenbeck(1987,Natu re,327,596−600)により基質および酵素部分に分割されたハンマ ーヘッドリボザイムの図解的描写であり;図2cは、HaseloffおよびG erlach(1988,Nature,334,585−591)により2つ の部分に分割されたハンマーヘッドを示す同様の図解的描写であり;そして図2 dはJeffries and Symons(1989,Nucl.Acid s Res.,17,1371−1371)により2つの部分に分割されたハン マーヘッドを示す同様の図解的描写である。 図3は、ヘアピンリボザイムの一般的構造の図解的描写である。ヘリックス2 (H2)は少なくとも4塩基対(すなわち、nは1、2、3または4)にて提供 され、ヘリックス5は任意に2以上の長さの塩基(好ましくは3−20塩基、す なわち、mは1−20またはそれ以上)にて提供されうる。ヘリックス2および ヘリックス5は1つまたはそれ以上の塩基により共有結合していてもよい(すな わち、rは1塩基以上)。また、ヘリックス1、4または5を2以上の塩基対に より延長することにより(例えば、4−20塩基対)リボザイム構造を安定化し てもよく、好ましくはこれは蛋白質結合部位である。各々の例においては、各N およびN’は独立にいずれかの通常の塩基または修飾塩基であり、そして各ダッ シュは潜在的塩基対相互作用を表す。これらのヌクレオチドは、糖、塩基または リン酸部分で修飾されていてもよい。完全な塩基対形成はヘリックス内において 必要ではないが、これが好ましい。ヘリックス1および4は、いくつかの塩基対 形成が維持される限り任意の大きさであってよい(すなわち、oおよびpは各々 独立に0から任意の数、例えば20である)。必須塩基は構造中において特定の 塩基として示されるが、当業者は1つまたはそれ以上が顕著な影響なしに化学的 に修飾(脱塩基、塩基、糖および/またはリン酸修飾)または他の塩基により置 換されていてもよいことを認識するであろう。ヘリックス4は2つの別々の分子 から、すなわち接続ループを用いずに形成することができる。接続ループが存在 する場合には、これは、塩基、糖またはリン酸が修飾されていてもいなくてもよ いリボヌクレオチドでありうる。”q”は2塩基以上である。接続ループは非ヌ クレオチドリンカー分子で置き換えられていてもよい。Hは塩基A、U、または Cを意味する。Yはピリミジン塩基を意味する。” ”は共有結合を意味す る。 図4は、当該技術分野において知られているデルタ肝炎ウイルスリボザイムド メインの一般的構造の描写である。 図5は、自己切断VS RNAリボザイムドメインの一般的構造の描写である 。 図6は、EGFR RNAを標的とするアミノリボザイムのインビトロRNA 切断活性を示す。 a:切断反応のオートラジオグラフ。反応は、以下に記載されるように、50m M Tris・HCl(pH7.5),10mM MgCl2の存在下で37℃ で実施した。反応時間(分)がレーンの上に示されている。S0は、時間0にお けるリボザイムを加えないTris・HCl緩衝液中の無傷の基質を表す。S1 は、時間60分におけるTris・HCl緩衝液中の無傷の基質を表す。+Cは 、切断産物のみの陽性対象を示す。バンドSは無傷の基質、バンドPは切断産物 、バンドDは分解を表す。 b:切断の時間経過。オートラジオグラフィーからのバンドは、スキャニングデ ンシトメトリーで定量化し、残存基質の割合を時間に対してプロットした。 差込:半対数プロットを用いて、基質の半減期を求めた(t1/2=0.693/ k)。 c:非相補的基質RNAに対するEGFRリボザイムの反応を示すオートラジオ グラフ。40nMのリボザイムを、50mM Tris・HCl(pH7.5) ,10mM MgCl2の存在下で37℃で1nMの基質に加えた。バンドSは 無傷の基質、バンドPは切断産物を表す。反応時間は分で与えられる(特にこと わらない限り)。Cはリボザイムを加えない無傷の基質を表す。+Cは切断産物 を 表す。 図7は、EGFRリボザイムが、多数ターンオーバー反応において、その標的 基質に対して示した切断反応の時間経過を示すオートラジオグラフの代表的な例 である。 a:300nMの5’[32P]標識基質RNAを用いた、10nMのリボザイム のインビトロ活性。 b:1μMの5’[32P]標識基質RNAを用いた、10nMのリボザイムのイ ンビトロ活性。反応は、以下に記載されるように、50mM Tris・HCl (pH7.5),10mM MgCl2の存在下で37℃で実施した。反応時間 (分)は、レーンの上に示される。Cはリボザイムを加えないTris・HCl 緩衝液中の無傷の基質を表す。バンドSは無傷の基質、バンドPは切断産物を表 す。 c:EGFRリボザイムにより示されたハンマーヘッド切断反応の速度論。反応 の初速(Vo,nM/min)が基質濃度に対してプロットされている。リボザ イム濃度は10nMであり、一方、基質濃度は指示されるように変化させた。 差込:このデータのイーディー・ホフステー・プロット。 図8は化学的に修飾されたアミノハンマーヘッドリボザイムの一般的構造を示 す。 図9は、化学的に修飾されたC−アリルハンマーヘッドリボザイムの一般的構 造を示す。標的部位 有用なリボザイムの標的は、Draper et al.,WO93/235 69;Sullivan et al.,WO93/23057;Thomps on et al.,WO94/02595;Draper et al.,W 095/04818;McSwiggen et al.,米国特許5,525 ,468(この内容のすべてを本明細書の一部としてここに引用する)に開示さ れているようにして決定することができる。本明細書ではこれらの文書で提供さ れているガイドラインを繰り返さずに、以下にこれらの方法の特定の例を提供す るが、これは当業者を制限するものではない。このような標的に対するリボザイ ム は、これらの出願において記載されているように設計し、そして記載されている ように合成して、インビトロおよびインビボで試験する。また、そのようなリボ ザイムを、これらの出願において記載されているように最適化し、輸送すること ができる。 コンピューター折りたたみアルゴリズムを使用して、ヒトEGFR RNAの 配列を、最適リボザイム標的部位についてスクリーニングした。ハンマーヘッド またはヘアピンリボザイム切断部位を同定した。これらの部位は表IIIおよびIV に示される(これらの表中、全ての配列は5’から3’である。表中、ヌクレオ チド塩基位置は、示されるタイプのリボザイムにより切断されるべき部位として 示されている。 ハンマーヘッドまたはヘアピンリボザイムを、結合しうるように設計し、コン ピューター折りたたみ(Jaeger et al.,1989 Proc.N atl.Acad.Sci.USA,86,7706)により別々に分析して、 リボザイム配列が適切な二次構造に折りたたまれるかどうかを評価した。結合ア ームと触媒コアとの間に好ましくない分子内相互作用を有するリボザイムは考慮 から除外する。種々の結合アームの長さを選択して活性を最適化することができ る。一般に、各アームに少なくとも5塩基あれば、標的RNAに結合するか、さ もなくばそれと相互作用することができる。 ハンマーヘッドまたはヘアピンモチーフのリボザイムを、mRNAメッセージ 中の種々の部位にアニーリングするように設計した。結合アームは上述の標的部 位配列に相補的である。リボザイムは化学的に合成した。用いた合成方法は、U sman et al.,1987 J.Am.Chem,Soc.,109, 7845;Scaringe et al.,1990 Nucleic Ac ids Res.,18,5433およびWincott et al.,19 95 Nucleic Acids Res.23,2677−2684に記載 される通常のRNA合成の方法にしたがい、慣用の核酸保護基およびカップリン グ基、例えば5’末端にジメトキシトリチル、および3’末端にホスホルアミダ イトを用いる。小スケール合成は、394合成機(Applied Biosy stems,Inc.)で、改変した2.5μmolスケールプロトコルを用い て、アルキルシリル保護ヌクレオチドについては5分間のカップリング工程を、 2’−O−メチル化ヌクレオチドについては2.5分間のカップリング工程を用 いて行った。表IIは、合成サイクルにおいて用いた試薬の量および接触時間の概 要を示す。ポリマー結合5’−ヒドロキシルに対して6.5倍過剰(0.1Mを 163μL=16.3μmol)のホスホルアミダイトおよび24倍過剰のS− エチルテトラゾール(0.25Mを238μL=59.5μmol)をそれぞれ のカップリングサイクルにおいて用いた。394合成機(Applied Bi osystems,Inc.)での平均カップリング収率は、トリチル画分の比 色定量により決定して、97.5−99%であった。394合成機(Appli ed Biosystems,Inc.)での他のオリゴヌクレオチド合成試薬 :脱トリチル化溶液は、塩化メチレン中2%TCA(ABI)であり;キャッピ ングはTHF中16%N−メチルイミダゾール(ABI)およびTHF中10% 無水酢酸/10%2,6−ルチジン(ABI)で行った;酸化溶液は、THF中 16.9mM I2,49mMピリジン,9%水(ミリポア)である。B&J合 成等級アセトニトリルは試薬瓶から直接用いた。S−エチルテトラゾール溶液( アセトニトリル中0.25M)は、American Internation al Chemical,Inc.から入手した固体から作成した。 RNAの脱保護は以下のようにして行った。ポリマー結合オリゴリボヌクレオ チド(トリチルオフ)を合成カラムから4mLのガラスねじ蓋バイアルに移し、 メチルアミン(MA)の溶液に65℃で10分間懸濁した。−20℃に冷却した 後、上清をポリマー支持体から除去した。支持体を1.0mLのEtOH:Me CN:H2O/3:1:1で3回洗浄し、ボルテックスし、次に上清を最初の上 清に加えた。オリゴリボヌクレオチドを含む合わせた上清を乾燥して白色粉末と した。 塩基を脱保護したオリゴリボヌクレオチドを無水TEA・HF/NMP溶液( 1.5mL N−メチルピロリドン、750μL TEAおよび1.0mL T EA・3HFで1.4M HF濃度とした溶液250μL)に懸濁し、65℃に 1.5時間加熱した。得られた、完全に脱保護されたオリゴマーを、50mM TEAB(9mL)で急冷し、次に陰イオン交換脱塩した。 脱保護したオリゴマーの陰イオン交換脱塩のためには、予め50mM TEA B(10mL)で洗浄したQiagen500(登録商標)陰イオン交換カート リッジ(Qiagen Inc.)にTEAB溶液を負荷した。負荷したカート リッジを50mM TEAB(10mL)で洗浄した後、RNAを2M TEA B(10mL)で溶出し、乾燥して白色粉末とした。 不活性ハンマーヘッドリボザイムは、G5をUで、A14をUで置き換えること により合成した(番号は、Hertel,et al.,1992,Nucle ic Acids Res.,20,3252による)。 平均段階カップリング収率は>98%であった(Wincott et al .,1995 Nucleic Acids Res.23,2677−268 4)。 ヘアピンリボザイムは2つの部分で合成し、アニーリングして活性リボザイム を再構築する(Chowrira and Burke,1992,Nucle ic.Acids Res.,20,2835−2840)。リボザイムはまた 、バクテリオファージT7 RNAポリメラーゼを用いてDNAテンプレートか ら合成される(Milligan and Uhlenbeck,1989,M ethods Enzymol.180,51)。 リボザイムは、ヌクレアーゼ耐性基、例えば、2’−アミノ、2’−C−アリ ル、2’−フルオロ、2’−O−メチル、2’−Hヌクレオチド塩基修飾で修飾 することにより、安定性を高めるようにおよび/または触媒活性を高めるように 修飾する(総説については、Usman and Cedergren,199 2,TIBS 17,34;Usman et al.,1994 Nucle ic Acids Symp.Ser.31,163;Burgin et a l.,1996 Biochemistry 6,14090を参照されたい) 。リボザイムは一般的な方法を使用してゲル電気泳動で精製するか、または高速 液体クロマトグラフィー(HPLC;Wincottら(上掲)(このすべてを 本明細書の一部としてここに引用する)を参照されたい)で精製し、そして水に 再懸濁する。 本研究において有用な、化学的に合成したリボザイムの配列は、表IIIおよびI V に示される。当業者は、これらの配列が、活性に影響を及ぼすためにリボザイム の酵素的部分(結合アームを除くすべて)が変更されているはるかに多くのその ような配列の代表例にすぎないことを理解するであろう。例えば、ハンマーヘッ ドリボザイムのステムーループII配列を、最小で2つの塩基対形成したステム構 造を形成しうる限り任意の配列を含むように変更(置換、削除、および/または 挿入)することができる。同様に、表IVに挙げられるヘアピンリボザイムのステ ムーループIV配列(5’−CACGUUGUG−3’)は、最小で2つの塩基対 形成したステム構造を形成しうる限り、任意の配列を含むように変更(置換、削 除、および/または挿入)することができる。好ましくは、これらの位置には2 00塩基未満が挿入される。表IIIおよびIVに挙げられる配列は、リボヌクレオ チドまたは他のヌクレオチドまたは非ヌクレオチドで形成することができる。そ のようなリボザイム(酵素活性を有するもの)は、表に具体的に記載されるリボ ザイムと均等である。リボザイム活性の最適化 リボザイム活性はDraperら(上掲)に記載されているようにして最適化 することができる。ここでは詳細は繰り返さないが、これらには、リボザイム結 合アーム(ステムIおよびIII、図2cを参照されたい)の長さの変更、または 血清リボヌクレアーゼによる分解を防止し、および/またはその酵素活性を増強 させる修飾(塩基、糖および/またはリン酸)を有するリボザイムの化学的合成 (例えば、Eckstein et al.,国際公開WO92/07065; Perrault,et al.,1990,Nature 344,565; Pieken et al.,1991,Science 253,314;U sman and Cedergren,1992,Trends in Bi ochem.Sci.17,334;Usman,et al.,国際公開WO 93/15187;Rossi,et al.,国際公開WO91/03162 ;Sproat,米国特許5,334,711;ならびにBeigelman et al.(上掲)を参照されたい:これらはすべて酵素的RNA分子の塩基 、リン酸および/または糖部分に行うことができる種々の化学修飾を記載しする )が含まれる。細胞におけるこれらの活性を増強させる修飾、およびステムII塩 基 の除去によるRNAの合成時間の短縮および化学物質の必要性の減少が望ましい (これらの刊行物のすべてを本明細書の一部としてここに引用する)。 ”増強された酵素的活性”とは、その活性が触媒的活性およびリボザイム安定 性の両方の反映であるような、細胞および/またはインビボで測定された活性を 含むことを意味する。本発明においては、これらの性質の積は、インビボで全R NAリボザイムと比較して、増加するかまたは顕著に(10倍未満)減少してい ない。 酵素的活性を維持または増強する化学的修飾を有する酵素的核酸が提供される 。このような核酸はまた、一般に非修飾核酸よりヌクレアーゼに対して耐性が高 い。この観点において、”修飾された塩基”とは、1’位のアデニン、グアニン 、シトシン、およびウラシルまたはこれらの均等物以外のヌクレオチド塩基を意 味する。このような塩基は、酵素の触媒的コアにおいて、ならびに基質結合領域 において用いることができる。特に、本発明は、ピリジン−4−オン、ピリジン −2−オン、フェニル、シュードウラシル、2,4,6−トリメトキシベンゼン 、3−メチルウラシル、ジヒドロウラシル、ナフチル、6−メチルウラシルおよ びアミノフェニルから選択される塩基置換を有する修飾されたリボザイムを特徴 とする。上述したように、コアにおける置換はインビトロ活性を減少させるかも しれないが、安定性を高める。すなわち、細胞および/またはインビボにおいて 、活性は顕著に低下しないであろう。本明細書において例示されるように、その ようなリボザイムは、全体の活性が10倍減少したとしても、細胞および/また はインビボにおいて有用である。そのようなリボザイムは、本明細書においては 、全RNAリボザイムの酵素的活性を”維持”するといわれる。 Sullivanら(上掲)は、酵素的RNA分子の輸送の一般的な方法を記 載する。リボザイムは、当業者に知られている種々の方法によって細胞に投与す ることができる。例えば、リポソーム中への封入、イオントホレシス、またはヒ ドロゲル、シクロデキストリン、生物分解性ナノカプセルおよび生物接着性微小 球のような他のベヒクル中への取り込みが挙げられるが、これらに限定されない 。適応症によっては、リボザイムは、上述のベヒクルとともにもしくはベヒクル なしで、エクスビボで直接細胞または組織に輸送することができる。あるいは、 R NA/ベヒクルの組合せ物を、直接注射、またはカテーテル、注入ポンプもしく はステントの使用により局所的に輸送する。別の輸送経路には、静脈内、筋肉内 、皮下もしくは関節注射、エアゾール吸入、経口(錠剤または丸剤形態)、局所 、全身、眼、腹腔内および/または鞘内輸送が含まれるが、これらに限定されな い。リボザイム輸送および投与のさらに詳細な説明は、Sullivanら(上 掲)およびDraperら(上掲)に提供されており、これらを本明細書の一部 としてここに引用する。 細胞内に高濃度のリボザイムを蓄積させるもう1つの手段は、リボザイムをコ ードする配列をDNAまたはRNA発現ベクター中に取り込ませることである。 リボザイム配列の転写は、真核生物RNAポリメラーゼI(polI)、RNA ポリメラーゼII(polII)またはRNAポリメラーゼIII(polIII)のプロ モーターから行われる。polIIもしくはpolIIIプロモーターからの転写産 物は、全ての細胞で高レベルで発現されるであろう;あるタイプの細胞中のある polIIプロモーターのレベルは、近くに存在する遺伝子制御配列(エンハンサ ー、サイレンサー等)の性質に依存するであろう。原核生物RNAポリメラーゼ 酵素が適当な細胞内で発現する限り、原核生物RNAポリメラーゼプロモーター も使用される(Elroy−Stein and Moss,1990,Pro c.Natl.Acad.Sci.USA,87,6743−7;Gao an d Huang,1993,Nucleic Acids Res.,21,2 867−72;Lieber,et al.,1993,Methods En zymol.,217,47−66;Zhou,et al.,1990 Mo l.Cell.Biol.,10,4529−37)。数人の研究者は、このよ うなプロモーターから発現されたリボザイムが咄乳動物細胞で機能しうることを 示している(例えば、Kashani−Sabet,et al.,1992, Antisense Res.Dev.,2,3−15;Ojwang et al.,1992,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89,1 0802−6;Chen,et al.,1992 Nucleic Acid s Res.,20,4581−9;Yu et al.,1993 Proc .Natl.Acad.Sci.USA,90,6340−4;L’Huill ier et al.,1992 EMBO J.11,4411−8;Lisziew icz et al.,1993,Proc.Natl.Acad.Sci.U .S.A.,90,8000−4;Thompson et al.,1995 Nucleic Acids Res.23,2259;Sullenger &Cech,1993,Science,262,1566)。上記のリボザイ ム転写ユニットは、哺乳動物細胞中に導入するために、種々のベクター中に組み 込ませることができる。例えば、プラスミドDNAベクター、ウイルスDNAベ クター(例えば、アデノウイルスまたはアデノ関連ウイルスベクター)またはウ イルスRNAベクター(例えば、レトロウイルスまたはアルファウイルスベクタ ー)が挙げられるが、これらに限定されない(概説については、Couture and Stinchcomb,1996(上掲)を参照)。 本発明の好ましい態様においては、EGFRをコードするmRNAを切断する リボザイムを発現する転写ユニットを、プラスミドDNAベクターまたはアデノ ウイルスもしくはアデノ関連ウイルスDNAウイルスベクターまたはレトロウイ ルスRNAベクター中に挿入する。ウイルスベクターは遺伝子を伝達するために 用いられており、過渡的または長期遺伝子発現をもたらしている(Zabner ,et al.,1993 Cell 75,207;Carter,1992 Curr.Opi.Biotech.3,533)。アデノウイルスベクター は組換えアデノウイルス粒子として輸送される。DNAは、単独でまたはベヒク ル(RNAについて上記で説明したような)と複合体を形成させて輸送すること ができる。組み換えアデノウイルスまたはAAV粒子は、例えば、インビボでの インキュベーションまたは吸入により、またはエクスビボで細胞もしくは組織に 直接適用することにより、治療部位に局所的に投与される。レトロウイルスベク ターもまた、哺乳動物細胞においてリボザイムを発現させるために用いられてい る(Ojwang et al.,1992(上掲);Thompson et al.,1995(上掲);Couture and Stinchcomb ,1996(上掲))。 別の好ましい態様においては、リボザイムは適当なリポソームベヒクル中で、 EGFR発現の部位(例えば腫瘍細胞)に投与される。実施例 実施例1:ヒトEGFR RNA中の潜在的リボザイム切断部位の同定 コンピュータ折り畳みアルゴリズムを用いて、ヒトEGFR RNAの配列を 、アクセス可能部位についてスクリーニングした。二次折り畳み構造を形成しな いmRNA領域およびハンマーヘッドおよび/またはヘアピンリボザイム切断の 可能性のある部位を同定した。これらの切断部位の配列は表IIIおよびIVに 示される。実施例2:ヒトEGFR RNA中のリボザイム切断部位の選択 コンピュータに基づくRNA折り畳みアルゴリズムにより予測された部位が、 EGFR RNAのアクセス可能部位と対応するか否かを試験するため、20個 のハンマーヘッド部位を選択して分析した。リボザイム標的部位は、ヒトEGF Rのゲノム配列(GenBank Accession No.X00588) を分析することにより選択し、折り畳みに基づいて部位に優先順位をつけた。各 標的(図2Cを参照)に結合することができるハンマーヘッドリボザイムを設計 し、コンピュータフォールディングにより個々に分析して(Christoff ersen,et al.,1994 J.Mol.Struc.Theoch em,311,273;Jaeger,et al.,1989,Proc.N atl.Acad.Sci.USA,86,7706))、リボザイム配列が適 当な二次構造に折り畳まれるかどうかを評価した。結合アームと触媒的コアとの 間に望ましくない分子間相互作用を有するリボザイムは考慮から除外した。以下 に記載されるように、活性の最適化のために結合アームの長さを変化させること を選択することができる。一般に、各アームに少なくとも5塩基あれば標的RN Aと結合するかさもなくば相互作用することができる。実施例3:EGFR RNAの有効な切断のためのリボザイムの化学合成および 精製 ハンマーヘッドまたはヘアピンモチーフのリボザイムを、mRNAメッセージ 中の種々の部位にアニーリングするように設計した。結合アームは上述の標的部 位配列に相補的である。リボザイムは化学的に合成した。用いた合成方法は、U sman et al.,1987 J.Am.Chem,Soc.,109, 7845およびScaringe et al.,1990 Nucleic Acids Res.,18,5433およびWincottら(上掲)に記載 される通常のRNA合成の方法にしたがい、慣用の核酸保護基およびカップリン グ基、例えば5’末端にジメトキシトリチル、および3’末端にホスホルアミダ イトを用いた。平均段階カップリング収率は>98%であった。不活性リボザイ ムは、G5をUで、およびA14をUで置き換えることにより合成した(番号は、 Hertel,et al.,1992,Nucleic Acids Res .,20,3252による)。ヘアピンリボザイムは2つの部分で合成し、アニ ーリングして活性なリボザイムを再構築した(Chowrira and Bu rke,1992,Nucl.Acids Res.,20,2835−284 0)。リボザイムはまた、バクテリオファージT7 RNAポリメラーゼを用い てDNAテンプレートから合成した(Milligan and Uhlenb eck,1989,Methods Enzymol.180,51)。全ての リボザイムは、ヌクレアーゼ耐性基、例えば、2’−アミノ、2’−C−アリル 、2’−フルオロ、2’−O−メチル、2’−Hで修飾することにより安定性を 高めるように修飾した(総説については、Usman and Cedergr en,1992,TIBS 17,34を参照されたい)。リボザイムは一般的 な方法を使用してゲル電気泳動で精製するか、または高速液体クロマトグラフィ ー(HpLc;wincottら(上掲)(この全内容を本明細書の一部として ここに引用する)を参照されたい)で精製し、そして水に再懸濁した。本研究に おいて用いた化学的に合成されたリボザイムの配列は以下の表IIIおよびIV に示される。実施例4:EGFR RNA標的のリボザイム切断 ヒトEGFR RNAを標的とした20個のハンマーヘッド型リボザイムを設 計し、合成して、インビトロで切断活性を試験した。標的配列およびEGFRm RNA中のヌクレオチドの位置は表IIIに示される。すべてのハンマーヘッド リボザイムは、7ヌクレオチド長さの結合アーム(ステムIおよびIII;図2 Cを参照)を有するように合成した。HHリボザイムがヒトEGFR RNAを 切断する相対的能力は、図6および7にまとめられている。 リボザイム切断アッセイのための、完全長または部分的完全長の、内部標識し た標的RNAは、[α−32P]CTPの存在下でのインビトロ転写により調製し 、スピンクロマトグラフィーによりG50セファデックスカラムを通し、さらに 精製することなく基質RNAとして用いた。あるいは、基質は、T4ポリヌクレ オチドキナーゼ酵素を用いて5’−32P−末端標識した。アッセイは、リボザイ ム切断緩衝液(5OmM Tris・HCl,pH7.5(37℃),10mM MgCl2)中の2X濃度の精製リボザイムをあらかじめ暖めることにより実 施し、切断反応は2Xリボザイムミックスを、やはり切断緩衝液中であらかじめ 暖めた等量の基質RNA(最大1−5nM)に加えることにより開始させた。初 期スクリーニングとして、アッセイは、最終濃度40nMまたは1mMのリボザ イム、すなわち、リボザイム過剰条件を用いて37℃で1時間実施した。等量の 95%ホルムアミド,20mM EDTA,0.05%ブロモフェノールブルー および0.05%キシレンシアノールを加えることにより、反応を停止させ、次 に試料を95℃で2分間加熱し、急冷し、変性ポリアクリルアミドゲルに負荷し た。基質RNAおよびリボザイム切断により生じた特定のRNA切断産物は、ゲ ルのオートラジオグラフィーにより可視化した。切断のパーセンテージは、無傷 の基質を表すバンドおよび切断産物を表すバンドのPhosphorImage r(登録商標)による定量により判定した。 1回ターンオーバ一反応:別法として、切断反応は、50mM Tris・H ClpH7.5および10M MgCl2中で37℃で実施した。保存の間に形 成しうる集塊を破壊するため、非標識リボザイムおよび5’末端標識基質を、標 準的な切断緩衝液(50mM Tris・HCl,pH7.5)中で90℃に2 分間加熱し、37℃の反応温度に15分間平衡化することにより、別々に変性さ せ再生させた。次に、各RNA溶液を最終濃度10mM MgCl2に調節し、 37℃でさらに15分間インキュベートした。切断反応は、リボザイムと基質試 料を最終容量100μl中で必要な濃度となるように混合することにより開始し た。リボザイム濃度は40nMであり、基質濃度は1nMであった。また、2倍 (2nM)および半分(0.5nM)の基質濃度を用いて反応を繰り返し、反応 が実際に1回ターンオーバー条件下で行われたことを確認した。10μlのアリ コートを0−120分間の間の適当な時間間隔で取り出し、等量のホルムアミド 負荷緩衝液(9:1(v:v)ホルムアミド:1xTBE)を加えることにより 反応を停止し、ドライアイス上で凍結した。生成物および基質を変性20%ポリ アクリルアミド(7M尿素)ゲル電気泳動で分離した。切断の割合を判定するた めに、基質および生成物のバンドを湿潤ゲルのオートラジオグラフィーにより位 置決定し、これらのオートラジオグラムのデンシトメトリにより定量した。オー トラジオグラフィーは、マッキントッシュコンピュータに接続したAGFAフォ ーカススキャナを用いてスキャンし、画像はTIFFファイルとして保存した。 Programme NIH Image 1.58(Division of Computing and Research Technology,N IH,Bethesda,USA)を用いて、バンド強度をプロットし定量した 。さらに、適切なバンドをゲルから切り出し、ゲルから切り出した断片のシンチ レーション計数により定量した(Packard Tricarb 2000C A液体シンチレーション分析器)。 反応速度定数(k)は、残存基質の量の時間に対する半対数プロットの傾きか ら求めた。活性の半減期t1/2は、0.693/kと計算された。各速度定数は 、二重の実験から決定した。 上述の条件下で示された切断の特異性を示すために、ヒトEGFR mRNA 上の別の部位に関連する異なる基質を用いて実験を繰り返した。すべての条件は 上述したとおりであったが、ただし、試料をより長い時間、すなわち、2時間で はなく24時間にわたって間隔的に取り出した。 多数ターンオーバー反応:リボザイムRPI.4782の速度論的性質を、5 ’32P標識基質を用いる多数ターンオーバーの初期速度から求めたイーディー ・ホフステープロットから判定した。切断反応は、50mM Tris・HCl ,pH7.5および10mM MgCl2中で37℃で行った。100nMのリ ボザイムの保存溶液および500nM−2μMの基質RNAは、50mM Tr is・HCl,pH7.5中で調製し、別々に0℃で2分間あらかじめ加熱し、 37℃で15分間冷却した。これらの各溶液に最終濃度10mMでMgCl2を 加えた後、さらに37℃で15分間インキュベートした。切断反応は、最終容量 100μl、10nMのリボザイム濃度および100nM−1μMの基質濃度で 実施した。リボザイム保存溶液を基質に加えることにより反応を開始させた。0 −120分間の間の一定の時間間隔で10μlのアリコートを取り出し、等量の ホルムアミド負荷緩衝液を加えることにより反応を停止し、ドライアイス上で凍 結した。無傷の基質および切断の生成物を20%ポリアクリルアミド/7M尿素 変性ゲルで電気泳動により分離し、オートラジオグラフィーにより検出した。各 時点における切断の程度は、得られたオートラジオグラムのスキャニングデンシ トメトリーにより定量化した。8つの基質濃度で反応の初期速度を測定し、イー ディー・ホフステープロットを用いてKcat値およびKm値を求めた。 図6および7に示されるように、EGFR RNAを標的とするアミノハンマ ーヘッドリボザイム(RPI.4782)は、その標的RNAを配列特異的様式 で切断し、切断速度は基質濃度に関して飽和速度論に適合しているようであった 。切断速度は、低い基質濃度において一次であったが、基質の濃度が増加するに つれて、反応速度は横ばいになり、このことはリボザイムが有効に基質で飽和し たことを示唆する。これらの結果は、切断反応が真に触媒的であり、したがって 、ミカエリス・メンテン速度式を用いる分析が可能であることを示す。イーディ ー・ホフステープロットから、速度論パラメータKmおよびKcatを求めた。 リボザイムは、87nMのKm値および1.2min-1のKcat値を示した。 1回ターンオーバー条件下において、リボザイムRPI.4782は、その標 的配列の急速な切断を示し、基質の半減期はわずか7分間であった。このリボザ イムの高い活性は、Beigelmanら(1995c)の知見と一致する。彼 らは、RPI.4782と同様の様式で修飾したリボザイムが、ほぼ野生型と同 じ活性を示し、基質の半減期がわずか3分間であったことを報告している。切断 はBeigelmanら(1995c)により示されたものよりわずかに遅かっ たが、これらの知見は、リボザイムRPI.4782がその標的を非常に効率的 に切断しうることを明確に示す。 異なる、非相補的基質配列を用いて実験を繰り返したところ、切断産物は認め られず(図3.3)、この分子の配列特異性が示された。 アミノリボザイム(RPI.4782)の活性をより精密に評価するために、 速度論パラメータであるKmおよびkcatを多数ターンオーバー条件下で測定 した。結果は、切断反応が真に触媒的であり、ターンオーバー速度(Kcat) が1.2min-1であり、Km値が87nMであることを示した(図6および7 )。これらの結果は、ハンマーヘッドリボザイムについて報告されている典型的 な値、すなわち1−2min-1のKcatおよび、20−200nMのKm(K umar,et al.,1996)の範囲内に入る。しかし、多くの因子、例 えば塩基配列、基質結合アームの長さおよび種々の化学的修飾がこれらの速度論 パラメータに影響しうるため、直接の比較は困難である(Fedor&Uhle nbeck,1992)。実施例5:EGFRリボザイムのウシ胎児血清中における安定性 化学的に修飾されたリボザイムの安定性を評価するために、100%ウシ胎児 血清(Gibco,Paisley,U.K.)中で37℃で比較安定性実験を 行った。5’および内部[32P]標識リボザイムの分解プロファイルを、5’− 末端[32P]標識ホスホジエステル(PO)、ホスホロチオエート(PS)オ リゴデオキシヌクレオチドおよび非修飾RNAのものと比較した。 合成/標識: 37merのPOおよびPSオリゴヌクレオチドは、自動化DNA合成機(モ デル392,Applied Biosystems,Warrington, U.K.)で標準的なホスホルアミド化学(2.2.1節)を用いて合成した。 化学的に修飾した37merのリボザイム(アミノハンマーヘッドリボザイム; 図8)および15merの非修飾全RNA基質は、上述のように合成した。リボ ザイムおよびオリゴヌクレオチドは、先に記載したように、[32P]ATPで放 射性標識し、20%ポリアクリルアミドゲルで精製した。 分解実験条件: 放射性標識リボザイム/オリゴヌクレオチドは、100μlのFCS中で最終 濃度200nMで37℃でインキュベートした。10μlのアリコートを一定時 間間隔で取り出し、80%ホルムアミド,10mM EDTA(pH8.0), 0.25%キシレンシアノール,0.25%ブロモフェノールブルーを含む負荷 緩衝液と混合し、ゲルに負荷する前に−20℃で凍結した。分解プロファイルは 、 20%ポリアクリルアミド(7M尿素)ゲル電気泳動およびオートラジオグラフ ィーにより分析した。 100%ウシ胎児血清(FCS)において比較安定性実験を行って、5’末端 標識および内部標識アミノリボザイムの分解プロファイルを、5’末端標識非修 飾RNA基質、ホスホジエステル(PO)およびホスホロチオエート(PS)オ リゴデオキシヌクレオチドのものと比較した。アミノリボザイムの化学的修飾に より、非修飾基質に比べてヌクレアーゼ耐性が実質的に増加した。内部標識リボ ザイムの半減期(t50%)は約20時間であるのに対し、基質は、RNAを血清 に加え、混合し、反応を停止するのに要した時間の間に完全に分解した(t50% <1分間)。内部標識リボザイム(図3.6a)と5’末端標識リボザイムでは 分解のパターンが明らかに異なるにもかかわらず、分解の速度論が著しく類似し ていたことは興味深い(いずれもt50%は約20時間)。 リボザイム分解とオリゴデオキシヌクレオチド分解の比較も行った。化学的に 修飾したリボザイムは、FCS中において、POオリゴヌクレオチドまたはPS オリゴヌクレオチドのいずれよりもより安定であるように見えた。およその半減 期はそれぞれ10分間および5時間であった。しかし、見かけ上の分解産物は、 遊離リン酸の位置に移動したことに注目すべきである。このことは、脱リン酸化 ([32P]標識の除去)が生じ、時間とともに遊離リン酸濃度が累進的に増加し たことを示唆する。 しかし、この実験の知見が、リボザイムに適用された化学的修飾がきわめて安 定な構造を生じたことを示していることは疑いがない。この実験の条件下におい ては、アミノリボザイムはウシ胎児血清中におけるヌクレアーゼ媒介性分解に対 して最も安定であることが立証された。実施例6:リボザイム取り込み実験 細胞培養技術: U87−MG細胞株は、European Cell Culture Co llection,Porton Down,U.K.から購入した。これらの ヒト神経芽細胞腫星状腫瘍細胞は、元々等級3の悪性神経膠腫から外植技術によ り誘導されたものである(Poten,et al.,1968)。A431細 胞は、外陰癌腫から誘導され、EGFRを他の細胞株より10−50倍高いレベ ルで発現する(Ullrich,et al.,1984)。 細胞株U87−MGおよびRaw264.7は、10%(v/v)ウシ胎児血 清(FBS),1%ペニシリン/ストレプトマイシンおよび1%(v/v)L− グルタミン(すべてGibco,Paisley,U.K.から供給された)を 補充したダルベッコ改変イーグル培地(DMEM)中で維持した。安定性および 取り込み実験においては、ウシ胎児血清を加えない同じ培地を用いた。A431 細胞は、グルタミンを最終濃度2%(v/v)で加えた以外は同じ条件で維持し た。CaCo−2細胞は、DMEM,10%FBS,1%非必須アミノ酸,1% ペニシリン/ストレプトマイシン,および1%L−グルタミン中で、Vanes sa Mooreにより培養およびプレートされた。 細胞は、75cm3プラスチック組織培養フラスコ(Falcon,U.K. )中で25mlのそれぞれの培地で培養した。培養物は空気中5%CO2の加湿 (95%)雰囲気下で37℃でインキュベートした。保存培養物は、培地を48 時間ごとに交換し、コンフルエントになった時(約4日後)に継代(1:5)す ることにより維持した。継代は、以下の方法を用いて行った。 培地を除去し、細胞を10mlのリン酸緩衝化食塩水(PBS)で洗浄した。 次に、5mlの2xトリプシン/EDTA(PBS中、0.25%(w/v)ト リプシン,0.2%エチレンジアミン四酢酸ニナトリウム,pH7.2)を加え 、フラスコを37℃で5分間インキュベートした。フラスコをたたいて細胞単層 を底から移動させ、新鮮な培地を加えてトリプシンを中和した。細胞を必要に応 じて分割し、最終容量25mlとなるように培地を加えた。 長期保存のためには、以下のようにして凍結保存培養物を調製した。 保存培養物を上述したようにトリプシン処理し、10mlのDMEM培地を加 えて中和した。次に細胞懸濁液を15ml万能管(Falcon,U.K.)に 移し、350回転/分で3分間遠心分離した。上清をデカントし、細胞ペレット を1mlの凍結培地(10%DMSO,90%熱不活性化ウシ胎児血清)に再懸 濁し、2mlのねじ蓋クリオバイアル(cryovial)(Costar,U .K.)に移した。次にアンプルを液体窒素フリーザーの凍結先端部中に4−6 時 間置き、その後液体窒素(−196℃)細胞バンクに移した。必要な場合には、 37℃で急速に解凍し、DMEM培地で漸次希釈した後、25cm3のフラスコ (Falcon,U.K.)中に播種することにより、細胞を回収した。 保存培養物の生存細胞密度は、トリパンブルー排除試験を用いて、血球計数器 により測定した。100μlのトリパンブルー(4mg/ml)を400μlの 細胞懸濁液と混合した(1:1.25希釈)。少量のトリパンブルー細胞懸濁液 をNeubauer血球計数器(Weber Scientific Inte rnational Ltd,U.K.)の深さ0.1mm、面積1/400m m2の計数チャンバに移した。細胞は、血球計数器の5つの大きな升目中で光学 顕微鏡を用いて計数した。生存細胞はトリパンブルー染料を取り込まないが、死 亡細胞は取り込むため、生存(非染色)細胞の数を計数した。細胞密度は、次の 等式を用いて計算した。 細胞/ml=平均計数/升目×104×1.25(トリパンブルーの希釈率) 細胞結合(cell association)実験: リボザイムのU87−MG神経芽細胞腫細胞株中への取り込みのメカニズムを 調べるために、一連の実験を行った。特に記載しない限り、これらの実験ではす べて以下の一般的実験方法を用いた。 合成/標識: 取り込み実験において用いる前に、37merのリボザイムを先に記載したよ うに(2.3.2節)32Pで内部標識し、20%非変性ポリアクリルアミドゲル 電気泳動で精製した。[14C]マンニトール(比活性56mCi/mmol) は、Amersham(Amersham,U.K.)から購入した。 取り込み実験方法: U87−MG細胞はプラスチックの24−ウエルプレート(Falcon,U .K.)で培養した。コンフルエントの保存培養物をトリプシン処理し、保存懸 濁液の細胞密度をDMEM培地で0.5x105細胞ml-1に希釈した。各ウエ ルに2mlの希釈細胞懸濁液を播種して、最終濃度を1x105/ウエルとした 。プレートを空気中5%CO2の加湿(95%)雰囲気下で37℃でインキュベ ートした。約20−24時間後、細胞単層はコンフルエントに達し、取り込み実 験 に使用可能であった。次に培地を除去し、単層をPBSで2回注意深く洗浄して (2x1mlx5min)、血清の痕跡を除去した。洗浄液を吸引し、放射性標 識リボザイムを含む200μlの無血清DMEM培地で置き換えた。PBSおよ び無血清培地はともに、使用前に37℃で1時間平衡化した。実験の間、プレー トは、特に記載しない限り、37℃で乾燥雰囲気下でインキュベートした。所望 の時間インキュベートした後、頂部の培地を注意深く回収し、その放射活性含有 量を液体シンチレーション計数(LSC)により評価した。次に細胞を氷冷PB S/アジ化ナトリウム(0.05%(w/v)NaN3/PBS)で3回洗浄し て(3x0.5mlx5min)、それ以後の細胞代謝を阻害し、細胞表面にゆ るく会合しているリボザイムを除去した。洗浄液を回収し、その放射活性含有量 をLSCにより判定した。蒸留水中の3%(v/v)Triton X100( Aldrich Chemical Company,Gillingham, UK)0.5mlとともに室温で1時間振盪することにより、細胞単層を可溶化 した。ウエルをTriton X−100でさらに2回洗浄して(2x0.5m l)、すべての細胞が回収されたことを確実にし、細胞画分の放射活性含有量を LSCにより判定した。特に指示しない限り、すべての実験は最終濃度0.01 μMの32P内部標識リボザイムで実施し、60分間インキュベートした。 アミノリボザイムの取り込みを、異なる細胞株において比較した。結果は、こ れらのリボザイムの細胞結合は、腸上皮細胞における0.325±0.021n g/105細胞からマクロファージ細胞株における1.09±0.207ng/ 105細胞の範囲であったことを示す。 リボザイムが細胞膜を貫通する能力および侵入のメカニズムは、リボザイムを 治療剤として開発するうえで重要な問題である。オリゴデオキシヌクレオチドが 細胞に入るメカニズムはよく証明されており(概要についてはAkhtar&J uliano,1991を参照)、液相、吸着性およびレセプター媒介性エンド サイトーシスの関与が含まれる。取り込みのメカニズムおよび程度は、多くの因 子、例えばオリゴヌクレオチドのタイプおよび長さおよび試験する細胞株に依存 する。しかし、これに対し、リボザイムおよびリボヌクレオチドについては、細 胞取り込みのメカニズムはこれまでに記載されていない。リボザイムRPI.4 782の神経膠腫細胞中への取り込みの手段を調べるために、ヒト神経膠腫由来 細胞株U87−MGにおいて、一連の細胞結合実験を行った。 リボザイムRPI.4782のU87−MG細胞への細胞結合は、約2時間継 続する急速な初期相、および続くより遅い第二相の、二相性であるように見えた 。オリゴヌクレオチドの細胞結合は、取り込みプロセスおよび発散プロセスの両 方を表す動的プロセスであることが示されている(Jaroszewski&C ohen,1990)。したがって、第二相で見られたプラトーは、リボザイム の取り込みとエキソサイトーシスとの平衡を表しているのかもしれない。リボザ イムRPI.4782の取り込みは温度に強く依存し、これは活性(activ e)プロセスが関与していることを示唆する。さらに、代謝阻害剤であるアジ化 ナトリウムおよび2−デオキシグルコースは、細胞結合を有意に66%阻害し、 リボザイム取り込みがまたエネルギー依存性でもあることを示した。 このリボザイムのU87−MG細胞における細胞結合のエネルギーおよび温度 依存性は、活性プロセスに特徴的なものであり、取り込みのメカニズムがエンド サイトーシスを介するものであることを示す。しかし、これらの知見は、液相エ ンドサイトーシスが関与しているかまたはレセプター媒介性エンドサイトーシス が関与しているかを区別できない。これは、いずれのメカニズムもこれらのパラ メータに影響されるからである(Beltinger,et al.,1994 )。内在化の経路を評価するために、液相マーカーである[14C]マンニトー ルの取り込みを測定して、U87−MG細胞におけるピノサイトーシスの程度を 判定した。これらの細胞におけるピノサイトーシスの基底速度は、試験した時間 の全体にわたりきわめて低いままであり、したがって、この細胞株におけるリボ ザイム取り込みの有意な割合を占めることはありそうにない。 リボザイムRPI.4782がレセプター媒介性エンドサイトーシスによりU 87−MG細胞に取り込まれるか否かを調べるために、自己競合実験を行った。 リボザイム取り込みは、非標識リボザイムとの競合により有意に阻害されること がわかった。このことは、細胞結合が濃度依存性であることを示し、主要な取り 込みメカニズムはレセプター媒介性エンドサイトーシスを介するものであること を示唆する。 レセプター媒介性エンドサイトーシスには、特異的膜蛋白質である細胞表面レ セプターを介する分子の内在化が関与する。したがって、トリプシンまたはプロ ナーゼ(登録商標)等の蛋白質分解酵素を用いて、膜蛋白質が取り込みを媒介す る程度を判定することができる(Beck,et al.,1996;Shoj i,et al.,1991;Wu−pong,et al.,1994)。腸 CaCo−2細胞におけるオリゴヌクレオチドの細胞結合を調べる研究において 、Beckら(1996)は、細胞表面をプロナーゼで洗浄すると取り込みが5 0%低下することを報告しており、一方、Rauscher Red 5−1. 5赤白血病細胞においては、オリゴヌクレオチド取り込みの60%がトリプシン感 受性であることが報告されている(Wu−Pong,et al.,1994) 。リボザイム取り込みをさらに特性決定するためには、エンドサイトーシス阻害 剤であるフェニルアルシンオキシドおよびエンドソームアルカリ化剤であるクロ ロキンおよびモネンシンの影響を研究することができる(Loke,et al .,1989;Wu−Pong,et al.,1994)。 特異的結合部位がリボザイムRPI.4782のU87−MG細胞中への取り 込みに関与しているか否かを判定するためには、競合剤、例えばオリゴヌクレオ チド、ATPおよび、硫酸デキストランおよびヘパリン等の他のポリアニオンが リボザイム取り込みに及ぼす影響を評価するための競合実験が必要である。リボ ザイムRPI.4782のU87−MG細胞への細胞結合はまた、pH依存性で あることが判明した。実際、pHを8から5に下げると、細胞結合が有意に増加 した。低pH条件下において、細胞結合の増加がリボザイムの分配係数の増加に よるものであるか否かを決定するために、pHがリボザイム分配係数に及ぼす影 響を調べることはこれまでに行われていない。低pHにおける細胞結合の増加は 、Goodarziら(1991)およびKitajimaら(1992)の研 究と一致する。彼らは、オリゴヌクレオチドの細胞結合もまた酸性条件下で増加 することを見いだした。増強された結合は、pH4.5付近で機能する34kD aの膜蛋白質レセプターの存在のためであろうと仮定されている(Goodar zi,et al.,1991)。さらに、リジンのα−アミノ基、アルギニン のグアニジウム基およびヒスチジンのプロトン化イミダゾールが、潜在的オリゴ ヌ クレオチド結合部位であることが示唆されている(Blackburn,et al.,1990)。pKa6.5を有するヒスチジンは、pH7.2−5.0 の範囲にわたってプロトン化が可能である。したがって、pH5.0におけるリ ボザイムRPI.4782のU87−MG細胞に対する増強された親和性は、結 合部位に存在するヒスチジン残基のプロトン化のためでありうる。 一般に、これらの観察は、リボザイムの細胞取り込みの経路には活性な細胞プ ロセスが関与することを示唆しており、取り込みの主要なメカニズムがレセプタ ー媒介性エンドサイトーシスを介するものであることを示す。実施例7:U87−MG細胞におけるリボザイムの安定性 取り込み実験から得られた結果が、無傷の37merリボザイムの細胞結合を 表し、分解されたリボザイムまたは遊離[32P]標識を表すものでないことを確 実にするために、U87細胞とともにインキュベートしたときのこのリボザイム の安定性を試験した。 先に記載したように、U87−MG細胞を24ウエルプレート上に播種し、播 種の約24時間後に用いた。内部[32P]標識リボザイムRPI.4782を2 00μlの無血清培地に加えて、最終濃度を10nMとした。4時間の間の種々 の時点で頂部溶液の10μlのアリコートを回収し、等量のホルムアミド負荷緩 衝液(9:1(v/v)ホルムアミド:1xTBE)と混合し、−20℃で保存 した。ゲルに負荷する前に、試料を100℃で5分間加熱し、7M尿素/20% アクリルアミドゲルで分離した。バンドは湿潤ゲルのオートラジオグラフィーに より検出した。 比較の目的で、5’標識リボザイムRPI.4782、5’末端標識全RNA 15mer基質および5’末端標識37merPOおよびPSオリゴデオキシヌ クレオチドの安定性プロファイルもまた同じ条件下で測定した。 取り込み実験から得られた知見が無傷の37merリボザイムの細胞結合を表 し、thatofより短い分解されたフラグメントまたは遊離の[32P]標識を 表すものではないことを確実にするために、U87−MG細胞に暴露したときの 5’一末端および内部[32P]標識リボザイムの分解を試験した。比較の目的で 、非修飾RNA基質の安定性プロファイルも同じ条件下で測定した。化学的 に修飾したリボザイムは、4時間のインキュベーションの間、ほぼ無傷で残った 。内部標識試料からは分解が明らかではなかったのに対し、5’−末端標識リボ ザイムは120分後にある程度の分解を示した。このことは、後者の場合には5 ’脱リン酸化が生じたことを示す。しかし、これに対し、非修飾RNA基質は、 U87−MG細胞単層とともにインキュベーションしたとき10分間以内に完全 に分解された。リボザイムは、上述した化学的修飾により、細胞ヌクレアーゼか ら明らかに保護された。リボザイム活性の最適化 Sullivanら(上掲)は、酵素的RNA分子の輸送のための一般的な方 法を記載する。上述の実施例に示されるデータは、多様なカチオン性脂質が活性 なリボザイムを平滑筋細胞に輸送しうることを示す。上述の実施例において実施 された実験と類似した実験を用いて、いずれの脂質がリボザイムの特定の細胞へ の最適な輸送を与えるかを判定する。他のそのような輸送方法が当該技術分野に おいて知られており、本発明において用いることができる。 平滑筋細胞の増殖はまた、化学的に安定化させたリボザイムの直接添加により 阻害することができる。おそらく、取り込みは、細胞膜を横切る陰イオン性核酸 の受動的拡散を介する。この場合、リガンドをリボザイムに直接カップリングさ せることにより効率は非常に高まるであろう。次に、レセプター媒介性取り込み によりリボザイムを細胞に輸送する。このようなコンジュゲートされた外転(a bducts)を用いて、リボザイム切断活性に必要なホスホジエステル結合を 変更することなく、細胞取り込みを数桁増加させることができる。 あるいは、リボザイムは、当業者に知られる種々の方法により細胞に投与する ことができ、これにはリポソーム中への封入、イオントホレシス、またはヒドロ ゲル、シクロデキストリン、生分解性ナノカプセル、および生物接着性微小球等 の他のベヒクル中への取り込みが含まれるが、これらに限定されない。 RNA/ベヒクルの組み合わせ物を、直接注入により、またはカテーテル、注 入ポンプまたはステントの使用により、局所的に輸送する。輸送の別の経路とし ては、筋肉内注射、エアロゾル吸入、経口(錠剤または丸薬の形態)、局所、全 身、眼、腹膜内および/または鞘内輸送が挙げられるが、これらに限定されない 。リボザイムの輸送および投与のより詳細な記載は、Sullivanら(上掲 )およびDraperら(上掲)(本明細書の一部としてここに引用されている )に提供されている。 本明細書において記載される化学的修飾、リボザイム配列およびリボザイムモ チーフは、非限定的例を意味するものであり、当業者は、標準的な技術を用いて リボザイムのヌクレアーゼ安定性を増強させるために他の修飾(塩基、糖および リン酸修飾)を容易に生成することができ、したがってこれらも本発明の範囲内 であることを容易に理解するであろう。EGFRを標的とするリボザイムの使用 多くの癌においてEGFRの過剰発現が報告されている(上述を参照)。すな わち、EGFR発現の阻害(例えば、リボザイムを用いて)は、多くの癌の細胞 増殖をインビトロおよびインビボで減少させることができ、その増殖可能性を減 少させることができる。 リボザイムはその触媒的活性および増加した部位特異性(上述を参照)を有し ており、癌の治療のための強力かつ安全な治療的分子であるようである。本発明 においては、リボザイムが平滑筋細胞増殖およびストロメリシン遺伝子発現を阻 害することが示される。記載される実施例から、同じリボザイムを同様の様式で 癌細胞に輸送してその増殖を妨害しうることが当業者には明らかであろう。これ らのリボザイムを現存する癌治療とともに用いることができる。 神経膠腫は、脳から発生する最も一般的な原発性腫瘍であり、実際、悪性神経 膠腫は毎年癌による死亡の約2.5%を占める(Bruner,1994)。こ れらの神経膠腫は、形態学的におよび生物学的に異質であり、いくつかの細胞タ イプに由来する新生物を含む。星状細胞腫は原発性腫瘍のうち最も大きな単一の 群を形成し(75−90%)、これはまた乏突起神経膠腫、脳室上衣細胞腫およ び混合神経膠腫を含む(Bruner,1994)。区別しうる組織学的特性の ため、星状細胞腫は未分化のレベルに分類される。今日最も広く用いられている ものは、3層の分類システムを含み(Ringertz,1950)、星状細胞 腫は小分類の星状細胞腫、未分化星状細胞腫および神経芽細胞腫に分けられる。 最も悪性でありしばしば発生する形態である多形性神経芽細胞腫(GBM)は 、すべての原発性脳腫瘍の約3分の1を占める(Wong,et al.,19 94)。この腫瘍は、元の細胞が不明瞭なままであるほど未分化であるが、細胞 の細胞質中で星状細胞の組織学的マーカーであるグリア繊維性酸性蛋白質(GF AP)を同定することができるため、ほとんどの例は一般に星状細胞から生ずる と考えられている。 神経芽細胞腫の組織学的形態は、高度に可変性であることができ、”多形性” との名前が確認される。 多形性神経芽細胞腫の特徴は腫瘍壊死である。個々の細胞は高い核/細胞質比 を有する小さいものであるか、または非常に大きくかつ豊富な好酸性細胞質を有 する奇怪なものであるかもしれない。小さい細胞は、より増殖性であり、より攻 撃的な進行を示す。実際、ある神経芽細胞腫は、小さい未分化細胞の集団が髄芽 細胞腫等の初期神経板外胚葉腫瘍を刺激するほど、非常に高度に細胞性である。 これらの小さい細胞はしばしば腫瘍壊死形成の領域のまわりに凝縮して、特徴的 な”偽観兵式状配列(pseudopalisades)”を形成するように見 える。これらはまた、脳に広範囲に浸透して、多病巣性神経膠腫の外観を与える 傾向を有する。 癌研究および治療の多くの分野での進歩にもかかわらず、多形性神経芽細胞腫 はほとんど常に致命的なものであることが判明しており、中央生存率は1年未満 であり、5年生存率は5.5%またはそれ以下である(Martuza,et al.,1991)。現在のところ、神経芽細胞腫を有する患者の結果を実質的 に変化させる治療様式はない。このタイプの腫瘍の特徴、例えばその侵襲性、免 疫系に認識されることを回避しながら局所的および遠所に広がる能力、放射線に 対して比較的耐性であること、および高い局所再発率は、慣用的な治療の成功を 制限している。したがって、多形性神経芽細胞腫の有効な治療は大きな挑戦であ る。 悪性神経膠腫の治療技術において用いられている現在の治療の方法を簡単に概 説する。 外科手術: 多形性神経芽細胞腫腫瘍の治療の基本は外科手術である。顕微手術技術、手術 中超音波吸弘電気生理学的モニタリングおよびレーザーの使用により、外科手術 方法は安全かつ正確になった(Kornblith,et al.,1993) 。外科手術は多形性神経芽細胞腫を有する患者の生存率を向上させるが、腫瘍に 陥入された大脳皮質を表現する(eloquent)領域を外科的に除去できな いことが、そのような切除技術の価値を低くしている。 放射線療法: 悪性神経膠腫、例えば多形性神経芽細胞腫は、放射線療法に対して驚くべき耐 性を示し、したがって、この形の治療の有効性は限定されている。周囲の影響さ れていない脳の感受性が、安全に加えることができる用量を60Gyに制限する (Leibel,et al.,1994)。この用量は、大部分の患者におい て原発性腫瘍を完全に根絶するのに必要なレベルよりかなり低い。さらに、全脳 放射線療法は、局所的腫瘍再発を予防しない。より局所的な形の放射線療法、例 えば放射性増感剤および放射線外科手術の技術の有効な使用が現在のところ検討 されている。 化学療法: 化学療法は、癌の治療において外科手術および放射線治療に加えて有効である ことが示されている。しかし、残念ながら、化学療法は大分類の星状細胞腫を有 する患者の生存率には限定された影響しか有しなかった。1993年に発行され た報告は、外科手術および放射線に化学療法を加えることがこれらの患者におい て中央生存期間を9.4から12か月に改善したと判定した(Fine,et al.,1993)。 一般に、比較的脂肪溶解性でありイオン化していないニトロソウレア薬剤;例 えば、カルムスチン、ロムスチン、セムスチンおよびニムスチンは、悪性星状細 胞腫の治療のための最も活性の高い単一化学療法剤であることが証明されている (Lesser&Grossman,1994)。新たな薬剤が次々に神経芽細 胞腫を有する患者での臨床試験に入っているが、これまでのところいずれも患者 の寿命を実質的に延長していない。無数の生理学的および生物学的因子、例えば 血液脳関門、異種でありかつ耐性の腫瘍細胞集団、および許容しえない毒性が、 これらの薬剤の有効性を制限している。 血管脳関門の透過不可能を克服するために多様な投与経路が用いられてきた。 化学療法剤を含浸した生分解性ポリマーを組み込んだ独特の輸送系が報告されて いる(Brem,et al.,1991)。これらのポリマーは切除部位に局 所的に配置され、ポリマーが分解するにつれて薬剤がゆっくり放出される。また 、腫瘍内への直接注入も、全身への暴露なしに最も高い用量を腫瘍部位に輸送す る手段として有用であろう。 免疫治療: 多形性神経芽細胞腫は、免疫学的指向性療法の適当な標的である。これまでの 研究により、GBMを有する患者からの血清は、体液性応答をほとんどまたは全 く刺激しないことが示されている。したがって、現実的なアプローチは、神経芽 細胞腫患者においてより強い免疫応答を刺激することである。このアプローチは 理論的には有望であるように見えるが、これまでに臨床的に免疫応答を刺激する 有効な手段は同定されていない。最も有望な達成手段は、リンホカイン活性化キ ラー(LAK)細胞およびインターロイキン2を使用するものであるが、これは 腫瘍特異的細胞回帰がないことおよびLAK細胞の輸送の困難さおよび毒性によ り制限されている。 癌の分子的基礎の理解の前進は、今や癌細胞と特異的に相互作用する分子を設 計することを可能とした。したがって、GBMの治療のための最も有望な治療様 式は、特定の細胞の性質または挙動を変更するために遺伝的介入を利用する、分 子に基づいた技術とともに存在するであろう。 実際、多形性神経芽細胞腫腫瘍は、ほとんど転移せず、直接輸送技術によりア クセス可能であり、MRIおよびCTスキャンにより精密に監視することができ るため、このタイプの治療の理想的な候補である。また、腫瘍細胞は急速に分裂 し、このため、レトロウイルス等の薬剤が細胞に感染して遺伝子を合成し、腫瘍 細胞の破壊をひきおこすことが可能である(Kornblith,et al. ,1993)。 悪性神経膠腫に関する多くの詳細な細胞遺伝学研究が行われてきており、一般 に生ずる異常性を明らかにした(Bigner&Vogelstein,199 0)。例えば、約80%の悪性神経膠腫は、第7染色体の1つまたはそれ以上の コピーを獲得しており、約60%は第10染色体の欠失を示す。さらに、最も共 通する遺伝的異常の1つは、DM染色体の存在である。DM染色体とは、対にな っているがセントロメアを欠失している染色体の小部分を表す。これは、遺伝子 増幅の核型の現れである。そのようなDMの存在は、50%以上の神経芽細胞腫 に見いだされており、いくつかの腫瘍は細胞あたり50−100コピーのDMを 有する(Ostrowski,et al.,1994)。このことは、癌細胞 における遺伝子増幅がある量の蛋白質を増加させる鍵となる方法であることを示 す。 研究は、多くの遺伝子、例えば表皮成長因子レセプター(EGFR);c−m yc,ros−1,myb,およびgliの遺伝子が神経芽細胞腫腫瘍において 増幅されていることを示す(Ostrowski,et al.,1−994; Wong,et al.,1994)。したがって、多形性神経芽細胞腫の治療 における新規な形態の治療の将来の開発のための多くの標的領域が存在する。 診断用途 本発明のリボザイムは、診断道具として用いて、疾患細胞内の遺伝的浮動およ び突然変異を試験するか、または細胞内におけるEGFR RNAの存在を検出 するために用いることができる。リボザイム活性と標的RNAの構造との間の密 接な関係により、分子の任意の領域において、標的RNAの塩基対形成および三 次構造を変化させる突然変異の検出が可能である。本発明に記載される多重リボ ザイムを用いることにより、RNAの構造およびインビトロでのならびに細胞お よび組織における機能に重要なヌクレオチド変化を位置づけることができる。リ ボザイムによる標的RNAの切断を用いて、遺伝子発現を阻害し、疾患の進行に おける特定の遺伝子産物の役割(本質的な)を特定することができる。このよう にして、他の遺伝的標的を疾患の重要な媒介物として特定することができる。こ のような実験は、コンビナトリアル治療(例えば、異なる遺伝子を標的とする多 重リボザイム、既知の小分子阻害剤と結合させたリボザイム、またはリボザイム および/または他の化学的もしくは生物学的分子の組合せによる断続的治療)の 可能性を与えることにより、疾患進行のよりよい治療をもたらすであろう。本発 明のリボザイムの他のインビトロの用途は当該技術分野においてよく知られてお り、これにはEGFR関連病状に関連するmRNAの存在の検出が含まれる。こ のようなRNAは、標準的な方法論を用いてリボザイムで処理した後の切断生成 物の存在を判定することにより検出される。 特定の例においては、野生型または突然変異型の標的RNAのみを切断しうる リボザイムをアッセイに用いる。第1のリボザイムを用いて試料中に存在する野 生型RNAを同定し、第2のリボザイムを用いて試料中の変異型RNAを同定す る。反応対照として、野生型および変異型RNAの両方の合成基質を両方のリボ ザイムで切断して、反応における相対的なリボザイム効率および”非標的”RN A種の切断がないことを示すことができる。合成基質からの切断生成物はまた、 試料集団中の野生型および変異型RNAの分析のためのサイズマーカーを生成す るためにも役立つ。すなわち、それぞれの分析は、2つのリボザイム、2つの基 質および1つの未知試料を必要とし、これらを組み合わせて6つの反応とする。 切断生成物の存在は、RNAse保護アッセイを用いて判定し、それぞれのRN Aの全長および切断フラグメントをポリアクリルアミドゲルの1つのレーンで分 析することができる。標的細胞における変異型RNAの発現および所望の表現型 の変化の推定上のリスクを見抜くためには、結果を定量することが絶対的に必要 というわけではない。その蛋白質生成物が表現型(すなわちEGFR)の発現に 関与すると示唆されるmRNAの発現はリスクの確立に適切である。類似した比 活性のプローブを両方の転写産物用に用いる場合には、RNAレベルの質的比較 が適切であり、初期診断費用を軽減するであろう。RNAレベルを質的に比較し ようと量的に比較しようと、突然変異型対野生型の比がより高いことはリスクが より高いことと相関関係があろう。 他の態様は、以下の特許請求の範囲の範囲内である。表1 天然に存在するリボザイムの特徴グループIイントロン ・サイズ:約150〜1000以上のヌクレオチド。 ・標的配列中の切断部位の5’側に隣接してUを必要とする。 ・切断部位の5’側で4〜6個のヌクレオチドと結合する。 ・反応メカニズム:グアノシンの3’−OHによって攻撃し、3’−OHおよび 5’ グアノシンを有する切断産物を生成する。 ・活性構造の折り畳みおよび維持を助けるために、ある場合には、蛋白質の 補因子がさらに必要とされる[1]。 ・このクラスには300以上の種類が知られている。テトラヒメナ・サーモフィ ラのrRNA、真菌ミトコンドリア、葉緑体、ファージT4、らん藻類、その 他において、介在配列として見出されている。 ・主要な構造上の特徴は、系統発生比較、突然変異原性および生化学的研究によ っ てほぼ確立されている[2,3]。 ・1つのリボザイムに対して完全な力学的フレームワークが立証されている[4 ,5,6,7]。 ・リボザイムの折り畳みおよび基質ドッキングに関する研究が進行中である[8 ,9,10]。 ・重要な残基の化学修飾の検討は十分確立されている[11,12]。 ・このリボザイムは、結合部位が小さい(4〜6ヌクレオチド)ために標的RN A切断に対して非特異的になる場合があるが、テトラヒメナのグループIイン トロンを用いて、「欠損」β−ガラクトシダーゼのメッセージに新しいβ−ガ ラクシダーゼ配列を結合することによってこの欠損が修復されている[13] 。RNaseP RNA(MIRNA) ・サイズ:約290〜400のヌクレオチド。 ・偏在するリボ核蛋白質酵素のRNA部分。 ・tRNA前駆体を切断し、成熟tRNAを形成する[14]。 ・反応メカニズム:恐らくはM2+−OHによって攻撃し、3’−OHおよび5’ リン酸を有する切断産物を生成する。 ・RNasePは原核生物および真核生物全体に見出されている。このRNAサ ブ ユニットは、細菌、酵母、げっ歯類および霊長類から配列決定されている。 ・内因性RNasePを治療応用に活用することは、外部ガイド配列(EGS) と標的RNAのハイブリダイゼーションによって可能である[15,16]。 ・リン酸と2’OHとの接触の重要性が最近判明した[17,18]。グループIIイントロン ・サイズ:1000以上のヌクレオチド。 ・標的RNAのトランス切断であることが最近実証された[19,20]。 ・配列要求性は完全には決定されていない。 ・反応メカニズム:内部アデノシンの2’−OHが3’−OH、および 3’−5’および2’−5’分岐点(branch point)を含む 「ラリアット(lariat)」RNAを有する切断産物を生成する。 ・RNAの切断および結合に加えてDNA切断への関与が実証された唯一の天然 リボザイム[21,22]。 ・主要な構造上の特徴は、系統発生比較によってほぼ確立されている[23]。 ・2’OH接触の重要性が判明しはじめている[24]。 ・力学的フレームワークは検討中である[25]。Neurospora VS RNA ・サイズ:約144ヌクレオチド。 ・ヘアピン標的RNAのトランス切断であることが最近実証された[26]。 ・配列要求性は完全には決定されていない。 ・反応メカニズム:2’−OHが切れやすい結合の5’側を攻撃し、2’,3’ −サイクリックリン酸および5’−OH末端を有する切断産物を生成する。 ・結合部位および構造上の要求性は完全には決定されていない。 ・このクラスは1種しか知られていない。Neurospora VS RNA に見出 されている。ハンマーヘッド・リボザイム(参考文献については本文を参照のこと) ・サイズ:約13〜40ヌクレオチド。 ・切断部位の5’側に隣接した標的配列UHを必要とする。 ・切断部位の両側で可変数のヌクレオチドと結合する。 ・反応メカニズム:2’−OHによって切れやすい結合の5’側を攻撃し、2’ ,3’−サイクリックリン酸および5’−OH末端を有する切断産物を生成す る。 ・このクラスには14種が知られている。RNAを感染体として利用する多くの 植物病原体(ウィルソイド:virusoids)に見出されている。 ・2つの結晶構造を含め、本質的な構造上の特徴がほぼ明確にされている。 ・(インビトロ選択による工学的処理に対し)ごくわずかなライゲーション活性 が示された。 ・2つ又はそれ以上のリボザイムに対して完全な力学的フレームワークが確立さ れている。 ・重要な残基の化学修飾検討は十分確立されている。ヘアピン・リボザイム ・サイズ:約50ヌクレオチド。 ・切断部位の3’側に隣接した標的配列GUCを必要とする。 ・切断部位の5’側で4〜6のヌクレオチドと、切断部位の3’側で可変数のヌ クレオチドと結合する。 ・反応メカニズム:2’−OHによって切れやすい結合の5’側を攻撃し、2’ ,3’−サイクリックリン酸および5’−OH末端を有する切断産物を生成す る。 ・このクラスには3種が知られている。RNAを感染体として利用する3種の植 物病原体(タバコ・リングスポット・ウィルス,アラビス・モザイク・ウィル スおよびチコリー黄色斑ウィルスのサテライトRNA)に見出されている。 ・本質的な構造上の特徴がほぼ明確にされている[27,28,29,30]。 ・(切断活性に加えて)ライゲーション活性があるためにこのリボザイムはイン ビトロ選択による工学処理が可能である[31]。 ・1つのリボザイムに対して完全な力学的フレームワークが確立されている [32]。 ・重要な残基の化学修飾検討が着手された[33,34]。デルタ肝炎ウィルス(HDV)リボザイム ・サイズ:約60ヌクレオチド。 ・標的RNAのトランス切断であることが実証されている[35]。 ・結合部位および構造上の要求性は完全には決定されていないが、切断部位の5 ’ 側の配列は要求されない。折りたたまれたリボザイムはシュードノット構造を 含む[36]。 ・反応メカニズム:2’−OHによって切れやすい結合の5’側を攻撃し、2’ ,3’−サイクリックリン酸および5’−OH末端を有する切断産物を生成す る。 ・このクラスは2種しか知られていない。ヒトHDVに見出されている。 ・環状のHDVは活性があり、ヌクレアーゼ安定性が増加している[37]。 表2 2.5μmolRNA合成サイクル *待ち時間には輸送の間の接触時間を含めない。 表III:ヒトEGF−Rハンマーヘッドリボザイムおよび標的配列 ”X”は、HHリボザイムのステムII領域を表す(Hertel et al.,1992 Nucleic Acids Res.20,3252)。ステムIIの長さは≧2塩基対でありうる。 表IV:ヒトEGF−Rヘアピンリボザイムおよび標的配列
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (81)指定国 EP(AT,BE,CH,DE, DK,ES,FI,FR,GB,GR,IE,IT,L U,MC,NL,PT,SE),AU,CA,JP,M X (72)発明者 フェル,パトリシア イギリス国バーミンガム ビー47・6エイ チジー,ワイトホール,スリー・オーク ス・ロード 41 (72)発明者 マクスウィゲン,ジェームズ・エイ アメリカ合衆国コロラド州80301,ボール ダー,フランクリン・ドライブ 4866

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1.表皮成長因子レセプター(EGFR)遺伝子に由来するRNAを特異的に切 断する酵素的核酸分子。 2.前記核酸分子がヘアピンモチーフのものである、請求項1記載の酵素的核酸 分子。 3.前記核酸分子がハンマーヘッドモチーフのものである、請求項1記載の酵素 的核酸分子。 4.前記核酸分子が2塩基対以上の長さのステムII領域を含む、請求項3記載 の酵素的核酸分子。 5.前記核酸分子の結合アームが配列番号1−823のいずれかに相補的な配列 を含む、請求項3記載の酵素的核酸分子。 6.前記核酸分子の結合アームが配列番号1759−1870のいずれかに相補 的な配列を含む、請求項2記載の酵素的核酸分子。 7.前記核酸ヘアピンモチーフが、配列番号1647−1758として示される リボザイム配列のいずれかから本質的になる、請求項2記載の酵素的核酸分子。 8.前記核酸ハンマーヘッドモチーフが、配列番号824−1646として示さ れるリボザイム配列のいずれかから本質的になる、請求項3記載の酵素的核酸分 子。 9.前記核酸分子が、デルタ肝炎ウイルス、VS核酸、グループIイントロン、 グループIIイントロン、またはRNaseP核酸のモチーフのものである、請 求項1記載の酵素的核酸分子。 10.前記核酸が、前記RNAに相補的な12−100塩基を含む、請求項1記 載の酵素的核酸分子。 11.前記核酸が、前記mRNAに相補的な14−24塩基を含む、請求項1記 載の酵素的核酸分子。 12.請求項1記載の酵素的核酸分子を含む哺乳動物細胞。 13.前記細胞がヒト細胞である、請求項12記載の細胞。 14.請求項1記載の酵素的核酸分子の少なくとも1つをコードする核酸配列を 、 該酵素的核酸分子の発現を可能とする様式で含む発現ベクター。 15.請求項14記載の発現ベクターを含む哺乳動物細胞。 16.前記細胞がヒト細胞である、請求項15記載の細胞。 17.患者に請求項1記載の酵素的核酸分子を投与する工程を含む、癌の治療方 法。 18.患者に請求項14記載の発現ベクターを投与する工程を含む、癌の治療方 法。 19.癌を治療する方法であって、 a) 患者から細胞を単離し; b) 前記細胞に請求項1または14記載の酵素的核酸分子を投与し;そして c) 前記細胞を前記患者に再導入する の各工程を含む方法。 20.請求項1記載の酵素的核酸分子を含む医薬組成物。 21.EGFRのレベルに関連する病状を有する患者を治療する方法であって、 前記患者に請求項1記載の酵素的核酸分子を投与することを含む方法。 22.EGFRのレベルに関連する病状を有する患者を治療する方法であって、 前記患者の細胞を請求項1記載の核酸分子と接触させることを含み、かつ1つま たはそれ以上の薬剤治療の使用をさらに含むことを特徴とする方法。 23.前記核酸分子が少なくとも5個のリボース残基を含み、前記核酸が5’末 端ヌクレオチドの少なくとも3つにおいてホスホロチオエート結合を含み、前記 核酸が前記核酸の4位に2’−C−アリル修飾を含み、前記核酸が少なくとも1 0個の2’−O−メチル修飾を含み、かつ前記核酸が3’末端修飾を含む、請求 項3記載の酵素的核酸分子。 24.前記核酸が前記3’末端に3’−3’結合反転リボース部分を含む、請求 項22記載の酵素的核酸。 25.前記核酸分子が、少なくとも5個のリボース残基を含み、前記核酸分子が 5’末端ヌクレオチドの少なくとも3個においてホスホロチオエート結合を含み 、前記核酸が前記核酸分子の4位および/または7位において2’−アミノ修飾 を 含み、前記核酸分子が少なくとも10個の2’−O−メチル修飾を含み、かつ前 記核酸が3’末端修飾を含む、請求項3記載の酵素的核酸分子。 26.前記核酸分子が少なくとも5個のリボース残基を含み、前記核酸分子が5 ’末端ヌクレオチドの少なくとも3個においてホスホロチオエート結合を含み、 前記核酸分子が前記核酸分子の4位および/または7位において脱塩基置換を含 み、前記核酸が少なくとも10個の2’−O−メチル修飾を含み、かつ前記核酸 分子が3’−末端修飾を含む、請求項3記載の酵素的核酸分子。 27.前記核酸分子が少なくとも5個のリボース残基を含み、前記核酸が5’末 端ヌクレオチドの少なくとも3個においてホスホロチオエート結合を含み、前記 核酸分子が前記核酸分子の4位および/または7位において6−メチルウリジン 置換を含み、前記核酸分子が少なくとも10個の2’−O−メチル修飾を含み、 かつ前記核酸分子が3’末端修飾を含む、請求項3記載の酵素的核酸分子。
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