JP2001510989A

JP2001510989A - 新規コーディング配列

Info

Publication number: JP2001510989A
Application number: JP52147698A
Authority: JP
Inventors: ブラック，マイケル・テレンス; ホッジソン，ジョン・エドワード; ノールズ，デイビッド・ジャスティン・チャールズ; ロネット，マイケル・アーサー; ニコラス，リチャード・オークリー; レイド，ロバート・エイチ・ジュニア; ザーフォス，フィリップ・エヌ
Original assignee: SmithKline Beecham Corp
Current assignee: SmithKline Beecham Corp
Priority date: 1996-11-01
Filing date: 1997-10-27
Publication date: 2001-08-07
Also published as: WO1998019689A1; EP1007069A1

Abstract

(57)【要約】本発明は、新規に同定されたポリヌクレオチドおよびかかるポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド;かかるポリヌクレオチドおよびポリペプチドの使用、ならびにかかるポリヌクレオチドおよびポリペプチドの製造および本発明ポリヌクレオチドで形質転換された組み換え宿主細胞に関する。また本発明は、かかるポリヌクレオチドまたはポリペプチドの生合成または作用の阻害、ならびに治療におけるかかる阻害剤の使用にも関する。

Description

【発明の詳細な説明】新規コーディング配列発明の分野本発明は、新規に同定されたポリヌクレオチドおよびポリペプチド、ならびにそれらの製造および使用、ならびにそれらの変種、アゴニストおよびアンタゴニスト、ならびにそれらの使用に関する。詳細には、これらの点および他の点において、本発明は、表１に示す新規ポリヌクレオチドおよびポリペプチドに関する。発明の背景ストレプトコッカス属(Streptococci)は医学的に重要な微生物属を形成しており、ヒトにおいて、中耳炎、肺炎および髄膜炎を包含するいくつかのタイプの疾病を引き起こすことが知られている。ストレプトコッカス属の単離から１００年以上も経過しているため、ストレプトコッカス・ニューモニアエ(Streptococcus pneumoniae)は、より詳細な研究がなされた微生物の１つである。例えば、事実、ＤＮＡが遺伝物質であるという初期の見解の大部分は、この微生物を用いたGr iffithならびに、Avery、MacleodおよびMcCartyの研究において述べられた。ストレプトコッカス・ニューモニアエに関する研究は膨大であるにも関わらず、この微生物の毒性に関しては多くの疑問が残されている。病原性に関連したある種のストレプトコッカスの因子、例えば、きょう膜多糖、ペプチドグリカン、ニューモリシン、ＰｓｐＡ成分、因子Ｈ結合成分、オートリシン、ノイラミニダーゼ、ペプチドパーメアーゼ、過酸化水素、ＩｇＡ１プロテアーゼが同定されているが、それらがすべてではない。さらに、哺乳動物宿主における感染中のかかる遺伝子の一時的発現および疾病の進行についてはほどんどわかっていない。感染の異なる段階において、詳細には感染が確立された場合に細菌遺伝子のセットが発現している可能性があることを見出すことは、病気の発生を妨害しうる新規抗生物質のスクリーニングおよび特徴づけのための重要な情報を提供する。既知蛋白に関する十分な理解のほかに、かかるアプローチにより以前未確認であった標的が同定されるであろう。グラム陽性およびグラム陰性細菌における多数のｍＲＮＡに関しては、開始ヌクレオチドとしてＧＵＧが用いられる。いくつかの細菌種のスタートコドン中のＮＴＧコドン頻度に関する統計は、 http://biochem.otago.ac.nz:800/Transterm/home page.htmlによりオンラインで利用可能である。ビー・ズブチリス(B．subtilis)の開始コドンに関する議論はVellanoweth，RL ．1993、Bacillus subtilis and other Gram Positive Bacteria，Biochemistry ，Physiology and Molecular Genetics，Sonenshein，Hoch，Losick Eds．Amer ．Soc．Microbiol，Washington DC．p．699-711中にある。Vellenworthは、ビー・ズブチリスとグラム陰性生物との間の大きな相違は開始コドンの選択にあることを示している。配列決定されたイー・コリ（E．coli）の遺伝子の９１％はＡＵＧから開始する。対照的に、ビー・ズブチリスおよび他のクロストリジウム科の約３０％の遺伝子はＵＵＣまたはＧＵＧから開始する。そのうえ、ＣＵＧはビー・ズブチリスにおけるスタートコドンとして機能する。ＡＵＧ開始コドンのＧＵＧまたはＵＵＧへの変異は、しばしば、ビー・ズブチリスおよびイー・コリにおける発現低下を引き起こす。一般的には、翻訳効率はＡＵＧ開始コドンのほうが高い。しかしながら、強力なシャイン−ダルガルノリボソーム結合部位は弱い開始コドンをほとんど完全に補償しうる。グラム陽性生物において発現レベルの変動を有する遺伝子はＡＴＧ以外の開始コドンを有することが報告されている(V ellanoweth，RL．1993、Bacillus subtilis and other Gram Positive Bacteria ，Biochemistry，Physiology and Molecular Genetics，Sonenshein，Hoch，Los ick Eds．Amer．Soc．Microbiol，Washington DC．p．699-711)。本発明において、ＧＵＧ開始コドンを有する遺伝子由来のＯＲＦ配列およびそれらから発現される蛋白、抗微生物化合物のスクリーニングに用いられるそれらに相捕的な配列が提供される。抗微生物化合物のスクリーニングに使用でき、さらに感染、機能不全および疾病の発生におけるかかる配列の役割を調べるために使用できるポリペプチドおよびポリヌクレオチド配列に対する必要性が明らかに存在する。それゆえ、感染、機能不全または疾病の予防、改善または修正において役割を果たしうるかかる配列の同定および特徴づけに対する必要性もある。本発明ポリペプチドは、表１に示す既知蛋白に対して相同性のあるアミノ酸配列を有する。発明の概要表１に示す配列からなる群より選択されるアミノ酸配列と、既知アミノ酸配列または表１に示す蛋白アイデンティティ（identities）のごとき他の蛋白の配列との間の相同性により、新規ポリペプチドであると同定されたポリペプチドを提供するのが本発明の１の目的である。新規ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、詳細にはストレプトコッカス・ニユーモニアエ（Streptococcus pneumoniae）のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供することが本発明のさらなる目的である。本発明の特に好ましい具体例において、ポリヌクレオチドは、表１に示す配列からなる群より選択される配列を含むポリペプチド、またはこれらの配列の変種をコードする領域を含む。本発明のもう１つの特に好ましい具体例において、表１に示す配列からなる群より選択されるアミノ酸配列、またはこれらの配列の変種を含むストレプトコッカス・ニューモニアエ由来の新規蛋白がある。本発明のもう１つの態様によれば、寄託株中に含まれるストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００９９３株により発現されうる成熟ポリペプチドをコードする単離核酸分子が提供される。本発明のさらなる態様は、本発明ポリペプチド、詳細にはストレプトコッカス・ニューモニアエのポリペプチドをコードしている単離核酸分子であって、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡを包含する単離核酸分子が提供される。本発明のさらなる具体例は、生物学的、診断学的、予防的、臨床的もしくは治療的に有用なその変種、およびそれらを含む組成物を包含する。本発明のもう１つの態様によれば、治療または予防を目的とした、特に遺伝学的免疫を目的とした、本発明ポリヌクレオチドの使用が提供される。本発明のこの態様の特に好ましい具体例には、本発明ポリペプチドの天然の対立遺伝子変種およびそれによりコードされるポリペプチドがある。本発明のもう１つの態様は、ストレプトコッカス・ニューモニアエの新規ポリペプチドならびに生物学的、診断学的、予防的、臨床的もしくは治療的に有用なその変種、およびそれらを含んでなる組成物が提供される。本発明の特に好ましい具体例には、それらの遺伝子の天然の対立遺伝子によりコードされるポリペプチドの変種がある。本発明の好ましい具体例において、上記ポリペプチドの製造方法が提供される。本発明のさらに別の態様によれば、例えば、抗体を含め、抗菌剤として有用なかかるポリペプチドの阻害物質が提供される。本発明の特定の好ましい具体例によれば、本発明ポリペプチドおよびポリヌクレオチドの評価、疾病の治療、例えば中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、静脈洞炎、膿胸および心内膜炎、最も詳細には例えば脳脊髄液の感染のごとき髄膜炎の治療、遺伝学的変異のアッセイ、ならびに細菌、特にストレプトコッカス・ニューモニアエ細菌に対する免疫学的応答を生起するための生物への本発明ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの投与のための、製品、組成物および方法が提供される。本発明のこの態様および他の態様のある種の好ましい具体例によれば、本発明ポリヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションするポリヌクレオチドが提供される。本発明のある種の好ましい具体例において、本発明ポリペプチドに対する抗体が提供される。本発明の他の具体例において、本発明ポリペプチドまたはポリヌクレオチドに結合、あるいは相互作用して、それらの活性を阻害または活性化する化合物の同定方法が提供され、該方法は、化合物とポリペプチドまたはポリヌクレオチドとの間の結合あるいは他の相互作用を可能にする条件下で、本発明ポリペプチドまたはポリヌクレオチドをスクリーニングすべき化合物と接触させて、化合物との結合あるいは他の相互作用を評価し（かかる結合または相互作用は、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドと化合物との結合あるいは相互作用に応答して検出可能なシグナルを提供することのできる第２の化合物に関連している）、次いで、化合物とポリペプチドまたはポリヌクレオチドとの結合または相互作用から生じるシグナルの存在または不存在を検出することにより、化合物がポリペプチドまたはポリヌクレオチドに結合あるいは相互作用して、それらの活性を活性化または阻害するかどうかを決定することを含む。本発明のさらにもう１つの態様によれば、本発明ポリペプチドおよびポリヌクレオチドのアゴニストおよびアンタゴニスト、好ましくは、静菌剤または殺菌剤でもあるアゴニストおよびアンタゴニストが提供される。本発明のさらなる態様において、細胞に、または多細胞生物に投与するための、本発明ポリヌクレオチドまたはポリペプチドを含む組成物が提供される。開示した本発明の精神および範囲内での種々の変更および修飾は、以下の記載を読むこと、および本明細書のその他の部分を読むことにより、当業者に容易に明らかとなろう。用語以下の説明は、本明細書、とりわけ実施例において汎用される特定の用語の理解を容易にするために示すものである。「疾病」は細菌感染を意味するが、好ましくは、中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、静脈洞炎、膿胸および心内膜炎ならびに脳脊髄液の感染のごときストレプトコッカスの感染を意味する。「宿主細胞」は外来性ポリヌクレオチド配列により形質転換もしくはトランスフェクションされた、または形質転換またはトランスフェクションすることのできる細胞である。当該分野にて周知であるように「同一性」は、配列を比較して測定されるような、二つまたはそれ以上のポリペプチド配列間または二つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列間の関係である。当該分野において、「同一性」とはまた、時には、かかる配列の２つの鎖の間の合致により決定されるような２つのポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列間の関連性の程度をも意味する。「同一性」および「類似性」はともに既知方法により容易に算出できる(Computational Molec u1ar Biology，Lesk,A.M.編、オックスフォード・ユニバーシティー・プレス、ニューヨーク、1988年；Biocomputing：Informatics and Genome Projects，Smi th,D.W.編、アカデミック・プレス、ニューヨーク、1993年;Computer Analysis of Sequence Data,パートI,Griffin,A.M.およびGriffin,H.G.編、ヒューマナ・プレス、ニュージャージー、1994年；Sequence Analysis in Molecu1ar Biology ，von Heinje,G.、アカデミック．プレス、1987年；およびSequence Analysis P rimer，Gribskov,M.およびDevereux,J.編、Ｍストックトン・プレス、ニューヨーク、1991年；およびCarillo,H.,およびLipman,D.,SIAM J.，Applied Math.，4 8:1073(1988)があるがこれらに限らない)。同一性を決定するための好ましい方法は、試験する２つの配列間で最も良く適合するように設計される。同一性および類似性を測定する方法は、公に利用できるコンピュータープログラムに集成されている。二つの配列間の同一性および類似性を測定する好ましいコンピュータープログラム法は、ＧＣＧプログラムパッケージ(Devereux,J．ら、Nucleic Aci ds Research 12(1):387(1984)、BLASTP、BLASTNおよびFASTA（Atschul,S.F．ら、J.Molec.Biol.215:403-410（1990））)を包含するが、これらに限定されるものではない。BLAST XプログラムはＮＣＢＩおよび他のソースから公に利用できる（BLAS TManual，Altschul，S.，et al.，NCBI NLM NIH Bethesda，MD 20894 ；Altshul，S.，et al.，J．Mol．Biol．215:403-410(1990)）。一例として、配列番号：１の対照ヌクレオチド配列に対して、例えば少なくとも９５％の同一性を有するヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドを挙げると、そのポリヌクレオチド配列が配列番号：１の対照ヌクレオチド酸配列のヌクレオチド１００個ごとに５個までのヌクレオチドの変化を含みうることを除き、そのポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は対照配列と同一である。言い換えると、対照酸配列に対して少なくとも９５％同一であるヌクレオチド配列を有するポリペプチドを得るためには、対照配列中の５％までのヌクレオチドが欠失または別のヌクレオチドと置換されていてもよく、あるいは対照配列中の全ヌクレオチドのうち５％までの数のヌクレオチドが対照配列に挿入されたものであってもよい。対照配列のこれらの変異は、対照ヌクレオチド配列の５’または３’末端位置に存在していてもよく、あるいはそれらの末端位置の間のいずれかの位置に存在していてもく、対照配列のヌクレオチドに散在していてもよく、あるいは対照配列内の１個またはそれ以上の一連の群となっていてもよい。同様に、配列番号：２の対照アミノ酸配列に対して少なくとも例えば９５％の同一性を有するアミノ酸配列を有するボリペプチドを例に挙げると、そのポリペプチド配列が配列番号：２の対照アミノ酸配列のアミノ酸１００個ごとに５個までのアミノ酸の変化を含みうることを除き、そのポリペプチドのアミノ酸配列は対照配列と同一である。言い換えると、対照アミノ酸配列に対して少なくとも９５％同一であるアミノ酸配列を有するポリペプチドを得るためには、対照配列中のアミノ酸の５％までが欠失または他のアミノ酸と置換していてもよく、あるいは対照配列中の全アミノ酸のうち５％までの数のアミノ酸が対照配列中に挿入されたものであってもよい。対照配列におけるこれらの変化は、対照アミノ酸配列のアミノまたはカルボキシ末端位置に存在してもよく、あるいはそれらの末端間のいずれかの位置に存在してもよく、対照配列中に散在していてもよく、あるいは対照配列内で１個またはそれ以上の一連の群をなしていてもよい。「単離」とは、「人の手によって」天然の状態から変化させられた、すなわち、天然物の場合、その本来の環境から変化または除去あるいはその両方が行われたことを意味する。例えば、天然において生体に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、「単離」されていないが、その天然状態で共存する物質から分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、本明細書に用いる用語としての「単離」がなされている。「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、一般に、修飾されていないＲＮＡもしくはＤＮＡ、または修飾されたＲＮＡもしくはＤＮＡであってよい、ポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌクレオチドをも意味する。従って、「ポリヌクレオチド」は、とりわけ一本鎖および二本鎖ＤＮＡ、一本鎖および二本鎖領域の混合物または一本鎖、二本鎖および三本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、一本鎖および二本鎖ＲＮＡ、ならびに一本鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、一本鎖もしくはより典型的には二本鎖もしくは三本鎖、または一本鎖および二本鎖領域の混合物であってもよいＤＮＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子を包含するがこれらに限らない。さらに、本明細書で用いる「ポリヌクレオチド」は、ＲＮＡもしくはＤＮＡまたはＲＮＡとＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を意味する。かかる領域における鎖は同一の分子または異なる分子由来のものでよい。この領域はこれらの分子の一つまたはそれ以上またはすべてを含んでいてもよいが、より典型的にはいくつかの分子の一領域のみを含む。三重らせん領域の分子の一つは、オリゴヌクレオチドであることがしばしばである。本明細書で用いる場合、「ポリヌクレオチド」なる用語は、一つまたはそれ以上の修飾した塩基を含有する、前記したＤＮＡまたはＲＮＡを包含する。このように、安定性または他の理由で修飾された骨格を有するＤＮＡまたはＲＮＡも、本明細書が意図するろところの「ポリヌクレオチド」である。さらに、イノシン等の普通でない塩基、またはトリチル化塩基等の修飾塩基を含むＤＮＡまたはＲＮＡ（二つの例だけを示す）も、本明細書での用語ポリペプチドである。当業者に既知の多くの有用な目的を提供するＤＮＡおよびＲＮＡに、非常に多くの修飾がなされていることは、明らかであろう。「ポリヌクレオチド」なる用語は、本明細書で用いる場合、ポリヌクレオチドのこのような化学的、酵素的または代謝的に修飾した形態、ならびにウイルス、とりわけ単純型細胞および複雑型細胞を含む、細胞に特徴的なＤＮＡおよびＲＮＡの化学的形態を包含する。「ポリヌクレオチド」は、しばしば、オリゴヌクレオチド（複数でも可）と称される短鎖ポリヌクレオチドを包含する。本明細書で用いる「ポリペプチド」は、ペプチド結合により直鎖で互いに結合している２個またはそれ以上のアミノ酸を含むペプチドまたは蛋白をいうのに用いる。「ポリペプチド」は、当該分野で通常例えばペプチド、オリゴペプチドおよびオリゴマーとも称される短鎖、および多くの型があり、当該分野で一般的に蛋白と称する長鎖の両方を意味する。ポリペプチドは、遺伝子によりコードされる２０種のアミノ酸以外のアミノ酸を含んでいてもよい。「ポリペプチド」は、プロセッシングおよび他の翻訳後修飾のような自然の工程により、ならびに化学修飾によるものを包含する。かかる修飾は基礎的なテキストおよびさらに詳細な論文ならびに多数の研究文献にも詳しく記載されており、これらは当業者に周知である。同じタイプの修飾がポリペプチド中にいくつかの部位に同程度または種々の程度で存在してもよいことが理解されるであろう。修飾は、ペプチド骨格、アミノ酸側鎖、およびアミノもしくはカルボキシ末端を包含するポリペプチドのいずれの場所にあってもよい。修飾としては、例えば、アセチル化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホスホチジルイノシトールの共有結合、架橋結合、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合架橋形成、シスチン形成、ピログルタミン酸塩形成、ホルミル化、ガンマー−カルボキシル化、糖鎖形成、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨード化、メチル化、ミリストイル化、酸化、蛋白加水分解プロセッシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化などの転移ＲＮＡ媒介の蛋白へのアミノ酸付加、およびユビキチネーションがある。例えば、Proteins-Structure and Molecular Properties、第２版、T.E.Creighton、W.H.Freeman and Company、ニューヨーク（1993）に記載されている。例えば、Posttranslational Covalent Modification of Proteins、B.C .Johnson編、アカデミック・プレス、ニューヨーク（1983）のWold,F.，Posttra nslational Protein Modifications:Perspective and Prospects、1〜12頁；Sei fterら、Meth.Enzymol．182:626-646（1990）およびRattanら、Protein Synthes is:Posttranslational Modifications and Aging，Ann．N．Y．Acad．Sci．663: 48-62(1992)参照。ポリペプチドは分枝状あるいは分枝ありまたはなしの環状であってもよい。環状、分枝状、および分枝状かつ環状のポリペプチドは、翻訳後の天然プロセスから生じるものであってもよく、同様に全く合成的な方法により製造されるものであってもよい。本明細書で用いる「変種」なる用語は、対照ポリヌクレオチドまたはポリペプチドとは各々異なるポリヌクレオチドまたはポリペプチドであるが、本質的な特性は保持している。典型的なポリヌクレオチドの変種は、別の対照ポリヌクレオチドとはヌクレオチド配列が異なる。変種のヌクレオチド配列の変化は、対照ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドのアミノ酸配列を変化させるものであってもよく、変化させないものであってもよい。以下に論じるように、ヌクレオチドの変化は結果的に、対照配列によりコードされるポリペプチドにおけるアミノ酸置換、付加、欠失、融合および末端切断を招く。典型的なポリペプチドの変種は、別の対照ポリペプチドとはアミノ酸配列が異なる。一般的には、差異は、対照ポリペプチドおよび変種の配列が、全体的に非常に類似しており、多くの領域で同一なものに限られる。変種および対照ポリペプチドは、１またはそれ以上の置換、付加、欠失が任意の組み合わせで起こることにより、アミノ酸配列が変化し得る。置換または挿入されたアミノ酸残基は、遺伝学的コードによりコードされたものであってもなくてもよい。ポリヌクレオチドまたはポリペプチドの変種は、例えば対立遺伝子変種のような自然発生的なものでもよく、または自然発生することが知られていない変種でもよい。ポリヌクレオチドおよびポリペプチドの非自然発生変種は、突然変異技術または直接的合成、および当業者に知られた他の組み換え法により製造できる。発明の説明本明細書に示される各ポリヌクレオチドおよびポリペプチドを、抗微生物化合物の発見および開発において使用してもよい。適当な開始コドンおよび終止コドンを伴う配列が発現されると、コードされたポリペプチドを抗微生物薬剤スクリーニングのための標的として使用することができる。さらに、好ましくはコードされる蛋白のアミノ末端領域またはシャイン−ダルガルノ領域をコードするＤＮＡ配列を用いてアンチセンス配列を構築し、目的コーディング配列の発現を制御することもできる。さらにそのうえ、本明細書に開示する多くの配列はコーディング配列の上流および下流の領域も提供する。これらの配列は細菌遺伝子発現の制御のための調節エレメントの源として有用である。便利には、制限酵素の作用により、あるいは化学合成によりかかる配列を単離し、例えばプロモーター同定株中に導入する。これらの株は、制限部位の下流に存在するリポーター構造遺伝子配列を含んでおり、その結果、プロモーターが導入された場合、リポーター遺伝子が発現されるであろう。各配列を上記のごとく使用してもよいが、本発明は、特に有用な標的遺伝子を同定するためのいくつかの手段を提供する。これらのアプローチの最初のものは、関連生物中の配列の合致を検索する適当なデータベースを用いる。よって、ホモログが存在する場合、この遺伝子のストレプトコッカス様形態は類似の役割を果たす可能性があるだろう。例えば、別の生物の細胞表面蛋白に相同的であると確認されたストレプトコッカスの蛋印まワクチン候補として有用であろう。本明細書開示の配列に関してかかる相同性が確認された場合、それらをコーディング配列とともに報告する。本明細書に示す各ＤＮＡ配列を抗微生物化合物の発見および開発に用いてもよい。各配列は適当な開始コドンおよび終止コドンを伴った読み枠（ＯＲＦ）を含むので、コードされた蛋白が発現された場合、抗微生物薬剤スクリーニングのための標的として役立つ可能性がある。さらに、コードされる蛋白のアミノ末端領域をコードするＤＮＡ配列を用いてアンチセンス配列を構築し、目的コーディング配列の発現を制御すこともできる。さらにそのうえ、本明細書に開示する多くの配列はコーディング配列の上流および下流の領域も提供する。これらの配列は細菌遺伝子発現の制御のための調節エレメントの源として有用である。便利には、かかる配列を制限酵素の作用により単離するか、あるいは化学合成し、例えばプロモーター同定株中に導入する。これらの株は制限部位の下流に存在するリポーター構造遺伝子配列を含んでおり、その結果、プロモーターが導入された場合にリポーター遺伝子が発現されるであろう。細菌は遺伝子発現レベルを、特に微妙な程度に調節する多くの方法を有しており、これらの遺伝子に関して、この目的のためにリボソーム結合部位と開始コドンとの相互作用が用いられると考えられる。特に、病原性遺伝子は発病プロセスにおいて遺伝子発現の調節を受けるので、かかる遺伝子は抗微生物薬剤の発見のための重要な標的であるとも考えられる。それゆえ、本発明は、ＧＴＧ（ＧＵＧ）開始コドンを有するＯＲＦ配列およびそれより発現される蛋白標的を提供する。各配列を上記のごとく使用してもよいが、本発明は、特に有用な標的遺伝子を同定するためのいくつかの手段を提供する。これらのアプローチの最初のものは、関連生物中の配列の合致を検索する適当なデータベースを用いる。よって、ホモログが存在する場合、この遺伝子のストレプトコッカス様形態は類似の役割を果たす可能性があるだろう。例えば、別の生物の細胞表面蛋白に相同的であると確認されたストレプトコッカスの蛋白はワクチン候補として有用であろう。本明細書に開示の配列に関してかかる相同性が確認された場合、それらをコーディング配列とともに報告する。ＯＲＦ遺伝子発現近年の方法は、細菌における一時的遺伝子発現の評価に使用できるようになっており、特に、研究室的条件および感染条件における生存性について適用されている。多くの方法を用いて生存そのものに必要な遺伝子、または感染の確立／維持に必要な遺伝子を同定することができる。これらの方法の１つによる未知ＯＲＦの同定によってその機能に関するさらなる情報が得られ、スクリーニング標的としてさらに開発すべきＯＲＦの選択が可能になる。簡単に説明すると、これらの方法は以下のものを包含する：１）シグナチャータグ化突然変異法（Signature Tagged Mutagenesis，STM）この技法は、Henselら、Science269:400-403（1995）に記載されており、その内容を出典明示により本明細書の一部とする。シグナチャータグ化突然変異誘発は、所定感染モデルにおける感染の確立／維持に必要な遺伝子を同定するものである。この技法は、種々の手段（例えばトランスポゾン）により、標的生物にランダムに突然変異を誘発し、独特なＤＮＡ配列タグを突然変異部位に非常に近接して挿入することに基づく。細菌性突然変異体および感染宿主から回収した細菌の混合集団からのタグは、増幅、放射性標識化およびハイブリダイゼーション分析により検出される。毒性を減じた突然変異体は、感染宿主から回収した細菌のプールのタグの欠如により表される。ストレプトコッカス・ニューモニエ（Streptococcus pneumoniae）においては、トランスポゾンシステムはあまり発達していないので、タグ化突然変異体を作るためのより有効な方法は、その内容を出典明示により本明細書の一部とする、 Morrisonら、J.Bacteriol.159:870（1984）に記載される挿入-複製突然変異法を用いる。２）インビボ発現法（In Vivo Expression Technology，IVET）この技術はCamilliら、Proc.Nat’l.Acad.Sci.USA．91:2634-2638（1994）およびMahanら、Infectious Agents and Diseases 2:263-268（1994）に記載されており、各々の内容を出典明示により本明細書の一部とする。IVETは、実験培養と比較した場合、感染において重要な役割を有する、感染中にアップレギュレーションする遺伝子を同定する。この技法により同定される配列は感染の確立/維持に重要な役割を有する。この技法では、標的生物のランダムな染色体フラグメントは、プラスミドベクターのプロモーター不含リポーター遺伝子の上流でクローン化される。プールを宿主に導入し、感染後の種々の時間に細菌を回収し、リポーター遺伝子発現の存在を評価できる。発現したリポーター遺伝子の上流に担持される染色体フラグメントは、感染中に正常なアップレギュレーションをうけるプロモーターまたは遺伝子部分を担持するはずである。組換え酵素遺伝子の上流を配列決定すると、アップレギュレーションされた遺伝子を同定できる。３）引き算ディスプレイこの技法は、その内容を出典明示により本明細書の一部とする、Chuangら、J. Bacteriol.175:2026-2036（1993）に記載されている。この方法はランダムプライムＲＴ−ＰＣＲを用いてｍＲＮＡの存在を同定することにより、生体に発現する遺伝子を同定する。感染前および感染後のプロフィールを比較することにより、感染中にアップレギュレーションおよびダウンレギュレーションされる遺伝子を同定でき、ＲＴ−ＰＣＲ生成物が配列決定され、ライブラリー配列に適合させられる。４）トランスポゾン突然変異誘発による条件致死変異体の発生この技法は、de Lorenzo，V.ら、Gene 123:17-24（1993）；Neuwald,A.F.ら、 Gene 125:69-73(1993)およびTakiff,H.E.ら、J.Bacteriol.174:1544-1553(1992) に記載されており(その内容を出典明示により本明細書の一部とする)、発現が細胞の生存に必須である遺伝子を同定する。この技法では、一方向または両方向でトランスポゾンから外側への転写を提供する、調節可能なプロモーターを担持するトランスポゾンを得る。これらのトランスポゾンを標的生物にランダムに挿入し、続いてプロモーター活性のインデューサーの存在下で挿入突然変異体を単離すると、発現が細胞の生存に必須である遺伝子のコーディング領域とプロモーターとを分離するインサートが回収されることが確認される。このインサートは生存できないので、引き続いてインデューサー不含のレプリカ平板法でかかるインサートを同定する。トランスポゾンに隣接する領域の配列決定により挿入部位を同定し、分断された遺伝子を同定する。インデューサー不存在下での成長中の細胞の過程／形態の変化を正確にモニターし、遺伝子の可能な機能に関する情報を得る。このようなモニター観察には、フローサイトメトリー（細胞分割、溶解、酸化還元能、ＤＮＡ複製）、ＤＮＡ、ＲＮＡ、蛋白、脂質、ペプチドグリカンへの放射性化学的標識前駆体の取り込み、既知の細胞性ストレスに反応するリポーター酵素遺伝子融合物のモニター等がある。５）化学的突然変異法による条件致死突然変異体の発生この技法は、出典明示により本明細書の一部とする、Beckwith，J．Methods i n Enzymology 204:3-18（1991）に記載されている。この技法では標的生物のランダム化学的突然変異を誘発し、生理学的温度（許容温度）とは異なる温度で増殖させ、続いてレプリカ平板法を行い、異なる温度（例えばｔｓ同定のためには４２℃、ｃｓ同定のためには２５℃）で増殖させ、その時成長できなかった単離物（条件付き突然変異体）を同定する。前記のように、非許容温度での増殖における変化を正確にモニターし、突然変異遺伝子の機能に関する情報を得る。標的生物からのライブラリーにより条件致死突然変異を相補し、相補的遺伝子を配列決定することにより、ライブラリー配列と適合させることができる。これらの技法の各々は、特定の適用に応じて有利であったり、不利であったりする。当業者は意図する特定の使用目的に最も関連する研究法を選択する。例えば、いくつかの遺伝子は感染に必須であると認識されているが、実際には感染の開始にのみ必要であり、そのためそれらの産物は、確立された慢性の感染の治療のために開発された抗細菌物質にとってはそれほど魅力的な標的ではない。６）ＲＴ−ＰＣＲ細菌のメッセンジャーＲＮＡ、好ましくはストレプトコッカス・ニューモニアエのものを、細菌感染した組織、例えば４８時間ネズミ・肺感染の組織から単離し、ランダムヘキサヌクレオチドでプライムしたＲＮＡサンプルの逆転写により、続いて遺伝子特異的プライマー対でのＰＣＲにより、ｍＲＮＡ種の各々の量を評価する。得られたＰＣＲ生成物の定量化により特定のｍＲＮＡ種の存在および量を決定し、感染した組織に転写された細菌遺伝子に関する情報を得る。遺伝子転写の分析は、感染の種々の時間で実施でき、細菌による発病における遺伝子制御に関する詳細な知識を得ることができ、遺伝子産物が新規な抗菌物質をスクリーニングする標的に相当することが明快に理解できるようになる。使用ＰＣＲプライマーの遺伝子特異的特性のために、細菌性ｍＲＮＡ調製物は遊離の哺乳動物ＲＮＡである必要はないことが理解されるべきである。これにより研究者は、感染組織から簡単かつ迅速にＲＮＡを調製して、細菌中で非常に短時間しか生育できない（半減期２分程度）細菌性ｍＲＮＡ種を得ることができる。最適には、ＴＲＩゾール（ギブコ−ＢＲＬ）を非常に短時間存在させ、機械的に破壊することにより、細菌性ｍＲＮＡを感染ネズミ肺組織から調製し、続いてＴＲＩゾール試薬の製造者の指示に従ってプロセッシングし、ＤＮＡａｓｅ処理して夾雑ＤＮＡを除去する。好ましくは、適宜標識した配列特異的オリゴヌクレオチドプローブを用いてノーザンをプロービングすることにより検出されるようなストレプトコッカス・ニューモニアエの１６ＳリボソームＲＮＡ、好ましくはストレプトコッカス・ニューモニアエの１６ＳリボソームＲＮＡの最大量を得る条件を見出すことによりプロセッシングが最適化される。典型的には、最適には８から２５サイクルで終了するＰＣＲ反応における各ＰＣＲプライマー対には５’色素標識プライマーを用いる。ＰＣＲ生成物は６％ポリアクリルアミドゲルで分離し、GeneScanner（ＡＢＩ製）を用いて検出および定量する。これらの各手法は個々の適用により有利または不利なものとなりうる。当業者は個々の使用目的に最適のアプローチを選択するであろう。本発明のＯＲＦに適用する場合、これらの技法を用いると、感染中に発現する細菌性蛋白の種類、抗細菌治療に利用できる阻害物質の直接的同定が可能になる。本発明は、後でさらに詳細に説明する新規ポリペプチドおよびポリヌクレオチドに関する。詳細には、本発明は、ストレプトコッカス・ニューモニアエのポリペプチドおよびポリヌクレオチドに関し、それらは表１に示す既知ポリペプチドに対するアミノ酸配列相同性により関連づけられる。本発明は特に、表１に示す配列からなる群より選択されるヌクレオチド配列およびアミノ酸配列を有する化合物に関し、また、寄託株中のＤＮＡのヌクレオチド配列およびそれらによりコードされるアミノ酸配列に関する。寄託材料寄託は、特許手続き上の微生物寄託の国際承認に関するブダペスト条約の条件下で行われている。特許が発行されると何らの制限または条件もなく、最終的には株は分譲される。寄託は当業者の便宜のためにのみ提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ. １１２条のもとに要求されるような、寄託が実施可能要件であることを承認するものではない。ストレプトコッカス・ニューモニアエ細菌株含む寄託物は、ナショナル・コレクション・オブ・インダストリアル・アンド・マリン・バクテリア・リミテッド（ＮＣＩＭＢ）、スコットランド、アバディーンＡＢ２１ＲＹ、マーカー・ドライブ２３ストリートに１９９６年４月１１日に寄託され、ＮＣＩＭＢ受託番号４０７９４を付された。そのストレプトコッカス・ニューモニアエ細菌クローン寄託菌を、以下、「寄託細菌株」または「寄託細菌株のＤＮＡ」と称する。寄託材料は、寄託により「ＮＣＩＭＢ４０７９４」と称される。寄託材料に含まれるポリヌクレオチドの配列、ならびにそれによりコードされるポリペプチドのアミノ酸配列は、本明細書の配列の記載と矛盾する事象において支配的である。寄託材料を製造、使用または販売するためにはライセンスが必要であるが、そのようなライセンスはここで付与されるものではない。寄託株は、表１に示すポリヌクレオチドを含む全長の遺伝子を含む。寄託株中に含まれるポリヌクレオチドの配列ならびにそれらによりコードされるアミノ酸配列は、本明細書の配列の記載と矛盾する事象において支配的である。ポリペプチド本発明ポリペプチドは表１に示すポリペプチド(詳細には、成熟ポリペプチド) 、ならびにポリペプチドおよびフラグメント、詳細には本発明ポリペプチドの生物学的活性を有するものを包含し、さらに表１に示す配列からなる群より選択されるポリペプチド配列に対して少なくとも７０％、好ましくは表１に示す配列からなる群より選択されるポリペプチド配列に対して少なくとも８０％の同一性を有するポリペプチドおよびフラグメント、より好ましくは表１に示す配列からなる群より選択されるポリペプチド配列に対して少なくとも９０％の類似性を有し (より好ましくは、少なくとも９０％の同一性を有し)、さらにより好ましくは表１に示す配列からなる群より選択されるポリペプチド配列に対して少なくとも９５％の類似性を有する（さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一性を有する）ポリペプチドおよびフラグメント、さらに通常には少なくとも３０個、より好ましくは少なくとも５０個のアミノ酸を含むかかるポリペプチドの部分を包含する。また本発明はＸ−（Ｒ₁）_n−（Ｒ₂）−（Ｒ₃）_n−Ｙで示されるポリペプチドを包含し、式中、アミノ末端においてＸは水素であり、カルボキシル末端においてＹは水素または金属であり、Ｒ₁およびＲ₃はアミノ酸残基、ｎは１ないし２０００の整数であり、Ｒ₂は本発明アミノ酸配列、特に表１に示す群より選択されるアミノ酸配列である。上記Ｒ₂において、アミノ末端残基が左にあってＲ₁に結合し、カルボキシ末端残基が右にあってＲ₃に結合する。いずれかのＲ基（Ｒは１個よりも多い）により示されるアミノ酸残基の伸長部分はヘテロポリマーであってもホモポリマーであってもよく、好ましくはヘテロポリマーである。好ましい具体例において、ｎは１ないし１０００または２０００の整数である。フラグメントは、前述のポリペプチドのアミノ酸配列のすべてではなく一部に対して全く同一であるアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。ポリペプチドについては、フラグメントは「独立して存在（free standing）」しているか、または一部分もしくは領域を形成することにより、大型のポリペプチド内に含まれていてもよく、最も好ましくは単一の連続した領域、すなわち大型の単一ポリペプチドとして含まれる。好ましいフラグメントは、表１のアミノ酸配列の一部分を有する末端切断されたポリペプチド、またはそれらの変種を包含するが、その例としてはアミノ末端を含む一連の残基を切断、またはカルボキシル末端を含む一連の残基を切断したものがある。宿主、とりわけストレプトコッカス・ニューモニアエにおける、本発明のポリペプチドの分解形態もまた好ましい。また、構造的または機能的属性により特徴づけられたフラグメント、例えばアルファーヘリックスおよびアルファーヘリックス形成領域、ベータシートおよびベータシート形成領域、ターンおよびターン形成領域、コイルおよびコイル形成領域、親水性領域、疎水性領域、アルファー両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、可変領域、表面形成領域、基質結合領域、および高抗原性指標領域を含むフラグメントなども好ましい。本発明ポリペプチドの活性を媒介し、あるいは活性を改善し、望ましくない活性を減じられたフラグメントである生物学的に活性のあるフラグメントも好ましい。動物、とりわけヒトにおいて抗原的または免疫原的なフラグメントもまた含まれる。個体、特にヒトにおけるストレプトコッカス・ニューモニアエの生存に必須の機能、あるいは疾病を開始または維持する能力を付与する酵素の受容体またはドメインを含むフラグメントが特に好ましい。本発明ポリペプチドのフラグメントである変種を、ペプチド合成による対応全長ポリペプチドの製造に使用してもよく、それゆえ、これらの変種を全長のポリペプチド製造のための中間体として用いてもよい。本発明ポリヌクレオチドのフラグメントである変種を用いて本発明の全長のポリヌクレオチドを合成してもよい。アミノ酸に関する標準的１文字および３文字表記に加えて、「Ｘ」または「Ｘａａ」なる語もまた、本発明のあるポリペプチドを記載するのに用いられる。「Ｘ」および「Ｘａａ」は、２０種の天然に存在するいずれかのアミノ酸がポリペプチド配列のそのように指定される位置にあってもよいことを意味する。ポリヌクレオチド当該分野で知られた合成化学的手法により、あるいは本明細書開示の特定の配列から構築されたプローブを用いてＤＮＡ調合物を探索することによりストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００９９３株から本明細書開示のヌクレオチド配列を得ることができる。別法として、細菌遺伝子源由来の配列のＰＣＲによるクローニングプロセスにおいて、開示配列由来のオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーとして作用させることもできる。かかる配列は病原体の感染段階および感染タイプの診断にも有用であることが認識される。蛋白をコードしている本発明ポリヌクレオチド配列を得るために、イー・コリまたはいくつかの他の適切な宿主におけるストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００９９３の染色体ＤＮＡのクローンの典型的なライブラリーを、部分的配列に由来する、好ましくは１７量体またはそれ以上の長さの放射性標識化オリゴヌクレオチドを用いてプローブする。プローブのＤＮＡに同一であるＤＮＡを担持するクローンは厳密な条件を用いて区別できる。元の配列から設計した配列決定プライマーを用いてこのように同定した個々のクローンを配列決定することにより、両方向で配列が伸長できるようになり、全遺伝子配列を決定できる。便利には、このような配列決定はプラスミドクローンから調製した変性二本鎖ＤＮＡを用いて実施する。適切な技法については、Maniatis,T.、Fitsch,F.F.およびSa mbrookら、Molecular Cloning，A Laboratory Manual、第２版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラトリー・プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨーク（1989）に記載されている（Screening By Hybridization 1.90 およびSequencing Denatured Double-Stranded DNA Templates 13.70参照）。そのうえ、本発明のもう１つの態様は、表１の配列からなる群より選択される推定アミノ酸配列を有する本発明ポリペプチドをコードする単離ポリヌクレオチドおよびそれらに密接に関連したポリヌクレオチドならびにそれらの変種に関する。表１に示すポリヌクレオチド配列のごとき本明細書に提供される情報を用いて、出発物質ストレプトコッカス・ニューモニアエ0100993細胞からの染色体ＤＮＡフラグメントをクローニングおよび配列決定するために用いるような標準的なクローニングおよびスクリーニングを用いて、ポリペプチドをコードする本発明ポリヌクレオチドを得て、次いで、全長のクローンを得てもよい。本発明ポリヌクレオチド配列、例えば表１に示す配列を得るために、典型的にはイー・コリ(E .coli)またはいくつかの他の適切な宿主におけるストレプトコッカス・ニューモニアエ0100993の染色体ＤＮＡのクローンの典型的なライブラリーを、部分的配列に由来する、好ましくは１７量体またはそれ以上の長さの放射性標識オリゴヌクレオチドにてプローブする。プローブのＤＮＡに同一であるＤＮＡを担持するクローンは厳密な条件を用いて区別できる。元の配列から設計した配列決定プライマーを用いてこのように同定した個々のクローンを配列決定することにより、両方向で配列が伸長できるようになり、全遺伝子配列を決定できる。便利には、このような配列決定はプラスミドクローンから調製した変性二本鎖ＤＮＡを用いて実施する。適切な技法については、Maniatis,T.、Fitsch,F.F.およびSambrook ら、Molecular Cloning，A Laboratory Manual、第２版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラトリー・プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨーク（1989）に記載されている（Screening By Hybridization 1.90およびSeq uencing Denatured Double-Stranded DNA Templates 13.70参照）。本発明の典型例において、表１に示すポリヌクレオチドが、ストレプトコッカス・ニューモニアエ0100993由来のＤＮＡライブラリー中に見いだされた。表１に示すＤＮＡ配列は、少なくとも表１に示すアミノ酸残基数とほぼ同数のアミノ酸を有する蛋白をコードしている読み枠を含む。各読み枠(ＯＲＦという) のＤＮＡのスタートコドンおよびストップコドンは、表１に示す各ポリヌクレオチドの最初の３個のヌクレオチドおよび最後の３個のヌクレオチドである。本発明の特定のポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、表１に示す既知蛋白に対して構造的に関連している。これらの蛋白は、既知蛋白のなかでも表１に示すホモログに対して最大の相同性を示す。本発明は、表１のコーディング配列に対して全長にわたり同一であるポリヌクレオチド配列を提供する。成熟ポリペプチドのコーディング配列またはそれらのフラグメント、ならびにその他のコーディング配列を有する読み枠中の成熟ポリペプチドのコーディング配列またはそのフラグメント、例えばリーダーまたは分泌配列、プレ、プロ、プレプロ蛋白配列をコードする配列も本発明により提供される。ポリヌクレオチドは、例えば、転写された非翻訳配列、終止シグナル、リボソーム結合部位、ｍＲＮＡを安定化する配列、イントロン、ポリアデニル化シグナル等の転写非翻訳配列、および付加アミノ酸をコードする付加コーディング配列等の非コーディング５'および３'配列等の非コーディング配列をも含有しうるが、これらに限定するのではない。例えば、融合ポリペプチドの精製を促すマーカー配列をコードすることもできる。本発明のある好ましい態様において、マーカー配列は、ｐＱＥベクター(Qiagen，Inc.)中に提供されるようなへキサ−ヒスチジンペプチド（Gentzら、Proc．Natl．Acad．Sci.，USA，86:821-824(1989) に記載される）またはＨＡタグ（Wilsonら、Cell，37:767（1984））である。本発明のポリヌクレオチドはまた、構造遺伝子および遺伝子発現を調節する天然の配列をも含むが、これらに限定するものではない。また本発明は式：Ｘ−（Ｒ₁）_n−（Ｒ₂）−（Ｒ₃）_n−Ｙで示されるポリヌクレオチドを包含し、式中、分子のの５’末端においてＸは水素であり、３’末端においてＹは水素または金属であり、Ｒ₁およびＲ₃は核酸残基、ｎは１ないし３０００の整数であり、Ｒ₂は本発明核酸配列、特に、表１に示す群より選択される核酸配列である。上記Ｒ₂のポリヌクレオチドにおいて、その５’末端残基は左にあってＲ₁に結合し、その３’末端残基は右にあってＲ₃ に結合する。いずれかのＲ基（Ｒは１個よりも多い）により示される核酸残基の伸長部分はヘテロポリマーであってもホモポリマーであつてもよく、好ましくはヘテロポリマーである。好ましい具体例において、ｎは１ないし１０００、または２０００または３０００の間の整数である。上記した本明細書の用語「ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチド」は、本発明ポリペプチド配列をコードする配列を含むポリヌクレオチドを包含し、詳細には、細菌のポリペプチド、より詳細には表１に示すアミノ酸配列を有するストレプトコッカス・ニューモニアエのポリペプチドをコードする配列を含むポリヌクレオチドを包含する。該用語は、コーディング配列および／または非コーディング配列を含んでいてもよいさらなる領域を伴った、ポリペプチドをコードしている単一の連続領域または不連続領域（例えば、組み込まれたファージまたは配列の挿入または配列の編集により分断されたもの）を含むポリヌクレオチドを包含する。さらに本発明は、表１の推定アミノ酸配列を有するポリペプチドの変種をコードする上記ポリヌクレオチドの変種にも関する。本発明ポリヌクレオチドのフラグメントである変種を用いて本発明の全長ポリヌクレオチドを合成してもよい。さらに特に好ましい具体例は、表１のポリペプチドのアミノ酸配列を有する変種をコードするポリヌクレオチドであり、その中には、いくつか、少しの、５ないし10、１ないし５、１ないし３、２、１または０個のアミノ酸残基を置換、欠失または付加を任意の組み合わせで施したアミノ酸配列を有する。中でもとりわけ好ましいものは、かかるポリヌクレオチドの特性および活性を変化させないサイレント置換、付加および欠失である。本発明のさらに好ましい具体例は、表１に示すアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドに対して、その全長にわたり少なくとも７０％の同一性があるポリヌクレオチド、およびかかるポリヌクレオチドに対して相補的なポリヌクレオチドである。あるいはまた、寄託株のポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドに対してその全長にわたり少なくとも８０％同一である領域を含むポリヌクレオチド、およびそれに対して相補的なポリヌクレオチドが最も非常に好ましい。この点に関して、全長で少なくとも９０％同一であるポリヌクレオチドがとりわけ好ましく、中でも少なくとも９５％の同一性を有するものが特に好ましく、さらに少なくとも９５％の同一性を有するものの中でも少なくとも９７％であるのがより好ましく、中でも少なくとも９８％および少なくとも９９％であるのが特に好ましく、さらに少なくとも９９％であるのがより好ましい。好ましい具体例は、表１のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするボリヌクレオチドに対して少なくとも５０％の同一性を有するポリヌクレオチドであって、エス・ニューモニアエ以外の原核生物種から得られるポリヌクレオチド；ならびに表１のアミノ酸配列に対して少なくとも５０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、エス・ニューモノアエ以外の原核生物種から得られるポリヌクレオチドからなる群より選択されるポリヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチドである。好ましい具体例は、表１のＤＮＡによりコードされる成熟ポリペプチドと実質的に同じ生物学的機能または活性を保持するポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドである。本発明はさらに本明細書上述の配列にハイブリダイズするポリヌクレオチドに関する。この点に関して、本発明は特に厳密な条件で本明細書上述のポリヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドに関する。本明細書で用いる「厳密な条件」および「厳密なハイブリダイゼーション条件」なる用語は、配列間の同一性が少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％である場合のみに起こるハイブリダイゼーションを意味する。厳密なハイブリダイゼーション条件の例としては、５０％ホルムアミド。５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭＮａＣｌ、１５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．６）、５ｘデンハーツ溶液、１０％硫酸デキストラン、および２０μｇ／ｍｌの変性し、剪断されたサケ精子ＤＮＡを含有する溶液中、４２℃で一晩インキュベーションし、続いて約６５℃で０.１ｘＳＳＣ中でフィルターを洗浄するものである。ハイブリダイゼーションおよび洗浄条件は周知であり、Sambrookら、Molecular Cloning,A La boratory Manual、第２版；コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨーク（1 989）、とりわけその第１１章に実例が示されている。本発明はまた、厳密なハイブリダイゼーション条件下で、表１に示すポリヌクレオチド配列に関する完全遺伝子を含む適当なライブラリーを、上記ポリヌクレオチド配列またはそのフラグメントの配列を有するプローブでスクリーニングし、ＤＮＡ配列を単離することにより得ることのできるポリヌクレオチド配列を必須として含むポリヌクレオチドをも提供する。かかるポリヌクレオチドを得るために有用なフラグメントには、例えば本明細書の別の箇所において説明するプローブおよびプライマー等がある。本発明のポリヌクレオチドアッセイに関してここでさらに論じるが、例えば上述の本発明のポリヌクレオチドを、ポリペプチドをコードするｃＤＮＡ全長およびゲノムクローンを単離するための、そして表１に示すポリヌクレオチドに対して高度な配列類似性を有するその他の遺伝子のｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離するための、ＲＮＡ、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡ用のハイブリダイゼーションプローブとして使用することができる。このようなプローブは通常少なくとも１５塩基を含む。好ましくはこのようなプローブは少なくとも３０塩基を有し、少なくとも５０塩基を有していてもよい。とりわけ好ましいプローブは少なくとも３０塩基を有し、５０塩基またはそれ以下である。例えば、表１に示すポリヌクレオチドを含む、あるいは表１に示すポリヌクレオチドに含まれる各遺伝子のコーディング領域は、表１に示すＤＮＡ配列を用いてオリゴヌクレオチドプローブを合成してスクリーニングすることにより単離できる。次いで、本発明の遺伝子の配列に相補的な配列を有する標識オリゴヌクレオチドを、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡのライブラリーのスクリーニングに用い、プローブがライブラリーのいずれのメンバーにハイブリダイゼーションするのかを決定する。本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、例えば、疾病とりわけヒトの疾病の治療法および診断法の発見のための研究試薬および材料として使用でき、とりわけポリヌクレオチドアッセイに関連して本明細書でさらに論じる。表１に示すポリヌクレオチド配列またはポリペプチド配列由来のオリゴヌクレオチドである本発明ポリヌクレオチドを本明細書記載の方法に使用してもよいが、好ましくはＰＣＲに使用して、本明細書で同定したポリヌクレオチドの全体または一部が感染した組織に転写されるかどうかを決定する。かかる配列が、病原体が達成した感染段階および感染型の診断にも有用であることが理解される。また本発明は、さらなるアミノもしくはカルボキシル末端アミノ酸、または成熟ポリペプチドに内在するアミノ酸を加えた成熟蛋白であるポリペプチドをコードできるポリヌクレオチドも提供する（例えば成熟形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）。このような配列は、前駆体から成熟形態への蛋白のプロセッシングに役割を担い、蛋白の輸送を可能にし、蛋白の半減期を延長もしくは短縮し、またはとりわけアッセイもしくは製造のための蛋白の操作を容易にすることができる。一般的にインビボの場合、付加アミノ酸は、細胞性酵素によりプロセッシングされ、成熟蛋白から取り除かれる。１またはそれ以上のプロ配列と融合した成熟形態のポリペプチドを有する前駆蛋白は、ポリペプチドの不活性形態でありうる。プロ配列が除去されると、通常にはこのような不活性前駆体が活性化される。プロ配列のいくつかまたはすべてを活性化の前に除去できる。通常、このような前駆体はプロ蛋白と称される。核酸塩基に関する標準記号Ａ、Ｇ、Ｃ、Ｔ／Ｕに加えて、また「Ｎ」なる語を、本発明の特定のポリヌクレオチドを記載するのに用いることができる。「Ｎ」は、隣接するヌクレオチド位置と一緒になって作用する場合、正確な読み枠を読中で読まれる場合で、Ｎがそのような読み枠において未成熟終止コドンを形成する効果を有する塩基でないことが好ましい場合を除き、４種のＤＮＡ塩基またはＲＮＡ塩基のいずれかがＤＮＡまたはＲＮＡ配列のその指定位置にあることを意味する。要するに、本発明のポリヌクレオチドは成熟蛋白、リーダー配列を加えた成熟蛋白（プレ蛋白と称することができる）、プレ蛋白のリーダー配列ではない１またはそれ以上のプロ配列を有する成熟蛋白の前駆体、またはリーダー配列および１またはそれ以上のプロ配列を有するプロ蛋白の前駆体であるプレプロ蛋白をコードしていてもよく、プロ配列は通常ポリペプチドの活性および成熟形態を生成するプロセッシング段階で除去される。ベクター、宿主細胞、発現本発明はまた、ポリヌクレオチドまたは本発明のポリヌクレオチドを含むベクター、本発明ベクターで遺伝子操作される宿主細胞および組換え技法による本発明のポリペプチドの製造にも関する。本発明ＤＮＡ構築物に由来するＲＮΛを用い、無細胞翻訳系を用いてこのような蛋白を製造できる。組換え体を製造するために、宿主細胞を遺伝子操作して、発現系もしくはそれらの一部、または本発明のポリヌクレオチドを組み込むことができる。ポリヌクレオチドの宿主細胞への導入は、例えば、Davisら、Basic Methods in Molecula r Biology（1986）;Sambrookら、Molecular Cloning;A Laboratory Manual、第２版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラトリー・プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨーク（1989）のように、多くの標準的な実験マニュアルに記載される方法により行うことができ、例えばリン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デキストラン媒介トランスフェクション、トランスベクション、マイクロインジェクション、陽イオン脂質媒介トランスフェクション、エレクトロポレーション、トランスダクション、スクレープ負荷、バリスティック導入および感染等がある。適当な宿主の代表的なものには、細菌細胞、例えばストレプトコッカス属（St reptococci）、スタフィロコッカス属（Staphylococci）、エンテロコッカス属（Enterococci）、イー・コリ（E.coli）、ストレプトミセス（Streptomyces）およびバチルス・ズブチリス（Bacillus subtiis）細胞；真菌細胞、例えば酵母細胞およびアスペルギルス属（Aspergillus）細胞;昆虫細胞、例えばドロソフィラＳ２（Drosophila S2）およびスポドプテラＳｆ９（Spodoptera Sf9）細胞；動物細胞、例えばＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ、Ｃ１２７、３Ｔ３、ＢＨＫ、２９３およびボウズ（Bows）黒色腫細胞；ならびに植物細胞等がある。本発明のポリペプチドを製造するために非常に多くの発現系を使用できる。このようなベクターには、染色体、エピソームおよびウイルス由来のベクター、例えば細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入エレメント由来、酵母染色体エレメント由来、例えばバキュロウイルス、パポバウイルス、例えばＳＶ４０、ワクシニアウイルス、アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性狂犬病ウイルスおよびレトロウイルス等のウイルス由来のベクター、ならびにそれらを組み合わせたものに由来するベクター、例えばプラスミドおよびバクテリオファージの遺伝学的エレメント由来のベクター、例えばコスミドおよびファージミド等がある。発現系の構築物は発現を制御および引き起こす調節領域を含有していてもよい。この点に関して、一般的には、宿主中にポリヌクレオチドを保持、伸長または発現するのに、および／またはポリペプチドを発現するのに適した任意の系またはベクターを発現に使用できる。周知のおよび通常的な種々の任意の技術により、適当なＤＮＡ配列を発現系に挿入してもよく、例えばSambrookら、Molecular Cloning，A Laboratory Manual（上述）に記載されている。翻訳蛋白を、小胞体内腔、ペリプラスミックスペースまたは細胞外環境へ分泌させるために、適当な分泌シグナルを発現するポリペプチドに組み込むことができる。これらのシグナルはポリペプチドに本来的なものであってもく、あるいは異種性のシグナルでもよい。本発明のポリペプチドは周知の方法により、組換え細胞培養物から回収および精製でき、その方法には、例えば硫酸アンモニウムまたはエタノール沈殿、酸抽出、陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、親和性クロマトグラフィー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよびレクチンクロマトグラフィー等がある。高速液体クロマトグラフィーを精製に用いるのが最も好ましい。ポリペプチドが単離および／または精製中に変性した場合、再び活性なコンホーメーションにするために、蛋白再生のための周知の技法を用いることができる。診断アッセイ本発明はまた診断試薬として使用するための本発明ポリヌクレオチドの使用にも関する。真核生物とりわけ哺乳動物、特にヒトにおけるかかるポリヌクレオチドの検出は、疾患の診断のための診断法を提供する。本発明遺伝子を含む生物に感染した真核生物（本明細書において「個体」とも称する）とりわけ哺乳動物、特にヒトを種々の方法によりＤＮＡレベルで検出できる。診断用の核酸は、感染した個体の細胞および組織、例えば骨、血液、筋肉、軟骨および皮膚より得ることができる。ゲノムＤＮＡを直接検出に使用してもよく、あるいは分析の前にＰＣＲもしくはその他の増幅法を用いることにより酵素的に増幅できる。ＲＮＡまたはｃＤＮＡもまた同じ方法で用いることができる。増幅法を用いると、真核生物とりわけ哺乳動物、特にヒトに存在する原核生物株を、原核生物遺伝子の遺伝子型の分析により特徴づけすることができる。対照配列の遺伝子型と比較した場合の増幅産物の大きさの変化により、欠失および挿入を検出できる。点突然変異は、増幅ＤＮＡを標識本発明ポリヌクレオチド配列にハイブリダイズさせることにより同定できる。完全に対合した配列はＲＮアーゼ消化により、または融解温度の差により、誤対合二重らせんから区別できる。変性剤含有または不含ゲル中のＤＮＡフラグメントの電気泳動の移動度の変化を検出することにより、または直接的なＤＮＡの配列決定により、ＤＮＡ配列の差を検出してもよい。例えばMeyersら、Science，230:1242（1985）参照。また、特異的な位置での配列の変化を、ヌクレアーゼ保護アッセイ、例えばＲＮアーゼおよびＳ１保護または化学的切断法によつて明らかにしてもよい。例えばCottonら、 Proc．Natl．Acad．Sci.，USA，85:4397-4401（1985）参照。本発明の遺伝子の突然変異または多型性を担持する細胞を、種々の技術により、ＤＮＡレベルで、例えばセロタイピングすることにより検出してもよい。例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いて突然変異を検出することができる。ＲＴ−ＰＣＲは自動検出系、例えばGeneScan等と組み合わせて用いるのがとりわけ好ましい。ＲＮＡまたはｃＤＮＡを同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲに用いてもよい。例を挙げると、本発明ポリペプチドをコードする核酸に相補的なＰＣＲプライマーは、突然変異を同定および分析するのに用いることができる。これらのプライマーを、とりわけ、個体由来の試料から単離された本発明ＤＮＡの増幅に用いてもよい。プライマーを用いて、感染個体から単離された遺伝子を増幅してもよく、次いで、該遺伝子をＤＮＡ配列を調べるための種々の技法に供してもよい。このように、ＤＮＡ配列における突然変異を検出し、感染の診断および感染性物質のセロタイピングおよび／または分類に使用することができる。本発明はまた、疾患、好ましくは細菌感染、より好ましくはストレプトコッカス・ニューモニアエによる感染、および最も好ましくは疾病の診断方法を提供し、該方法は、表１の配列を有するポリヌクレオチドのの発現レベルの上昇を個体由来の試料から検出することを特徴とする。本発明ポリヌクレオチドの発現の増加または低下は、ポリヌクレオチドの定量法として当該分野でよく知られたいずれかの方法、例えば増幅、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮアーゼ保護、ノーザンブロッティングおよびその他のハイブリダイゼーション法を用いて測定できる。さらに、正常対照組織サンプルと比較して、本発明ポリペプチドの過剰発現を検出するための本発明診断アッセイを用いて、例えば感染の存在を検出してもよい。宿主由来のサンプル中の蛋白レベルを決定するために用いることができるアッセイ技法は、当業者に周知である。かかるアッセイ法には、ラジオイムノアッセイ、競争結合アッセイ、ウェスタンブロット分析およびＥＬＩＳＡアッセイ等がある。抗体本発明のポリペプチドもしくはそれらの変種、またはそれらを発現する細胞を免疫源として用いて、かかるポリペプチドに免疫特異的な抗体を得ることができる。本明細書で用いる「抗体」には、モノクローナルおよびポリクローナル抗体、キメラ、一本鎖、サル化抗体およびヒト化抗体、ならびにＦａｂフラグメントが包含され、さらに免疫グロブリン発現ライブラリーの産物等のＦａｂフラグメントも包含される。本発明のポリペプチドに対して生じる抗体は、ポリペプチドまたはエピトープが付いたフラグメント、アナログまたは細胞を、好ましくはヒトはでない動物に通常の実験法を用いて投与することにより得ることができる。連続的細胞系培養により産生される抗体を提供する、当業者周知の技術を用いて、モノクローナル抗体を調製することができる。例としては、Kohler，G.およびMilstein，C.，Na ture，256:495-497（1975）；Kozborら、Immunology Today，4:72（1983）；Col eら、Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy，Alan R Liss，Inc．、77-96 頁（1985）に記載されるような種々の技法がある。一本鎖抗体の産生のために記載された技術（米国特許第４９４６７７８号）を適用して、本発明ポリペプチドに対する一本鎖抗体を得ることができる。また、トランスジェニックマウスまたはその他の生物、例えばその他の哺乳動物を用いてヒト化抗体等の抗体を発現させてもよい。別法として、ファージディスプレイ技法を用いて、抗−ポリペプチドを有することにつきスクリーニングされたヒト・リンパ球のＰＣＲ増幅されたｖ−遺伝子のレパートリーから、本発明ポリペプチドを認識することについてスクリーニングされたヒトから、あるいは無処理のライブラリーから、ポリペプチドに対する結合活性を有する抗体遺伝子を選別することもできる(McCafferty，J．ら、Natu re 348:552-554（1990）；Marks，J.ら、Biotechnology 10:779-783（1992）)。これらの抗体の親和性はチェインシャフリング（chain shuffling）により改善することもできる（Clackson，T.ら、Nature 352:624-628（1991））。二つの抗原結合ドメインが存在する場合、各ドメインは「二特異性」抗体と称する異なるエピトープに対して指向される。上記抗体を用いてポリペプチドを発現するクローンを単離または同定してもよく、上記抗体を親和性クロマトグラフィーにより精製することができる。従って、とりわけ本発明ポリペプチドに対する抗体を疾病の治療に用いてもよい。ポリペプチド変種には抗原的、エピトープ的または免疫学的に等価な変種等があり、本発明の特定の態様である。本明細書で用いる「抗原的に等価な誘導体」なる用語は、本発明により蛋白またはポリペプチドに対して生成した場合、病原体と哺乳動物宿主との間の即時的な身体的相互作用を妨害する特定の抗体により特異的に認識されるポリペプチドまたはその同等物を包含する。本明細書で用いる「免疫学的に等価な誘導体」なる用語は、脊椎動物において抗体を産生させるのに適した処方を用いた場合、抗体が病原体と哺乳動物宿主との間の即時的な身体的相互作用を妨害するように作用するペプチドまたはその等価物を包含する。ポリペプチド、例えば抗原的、免疫学的に等価な誘導体、またはそれらの融合蛋白は、マウスまたはその他の動物例えばラットもしくはニワトリを免疫するための抗原として使用できる。融合蛋白はポリペプチドに安定性を付与できる。抗原は、例えば抱合することにより、免疫原性キャリヤ蛋白、例えばウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）またはキーホール・リンペット・ヘモシアニン（keyhole limp et haemocyanin：ＫＬＨ）に結合することができる。あるいはまた、蛋白もしくはポリペプチド、またはそれらに抗原的もしくは免疫学的に等価なポリペプチドの多重コピーを含む多重抗原ペプチドは、免疫原性を改良するための十分な抗原性を有しているので、キャリヤーを使用しなくてすむ。好ましくは、抗体またはそれらの変種を、個体における免疫原性を減じるために修飾する。例えば、個体がヒトである場合、最も好ましくは、抗体は「ヒト化」されており；この場合、ハイブリドーマ由来の抗体の相補性決定領域がヒト・モノクローナル抗体に移植されており、例えばJones,P.ら、Nature 321:522-525 （1986）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273（1991）に記載されている。本発明のポリヌクレオチドを遺伝学的免疫において使用する場合、例えばプラスミドＤＮＡの筋肉への直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Genet.1:363（1992）；Ma nthorpeら、Hum.Gene Ther.4:419（1963））、特異的蛋白キャリヤーとＤＮＡとの複合体の送達（Wuら、J.Biol.Chem.264:16985（1989））、リン酸カルシウムとのＤＮＡ共沈（Benvenisty & Reshef、PNAS 83:9551（1986））、種々の形態のリポソーム中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243:375（1989））、微粒子爆撃(Tangら、Nature 356:152(1992);Eisenbraunら、DNA Cell Bio1.12:791 (1993))およびクローン化レトロウイルスベクターを用いたインビボ感染(Seeger ら、PNAS 81:5849（1984）)等の適切な送達方法を用いるのが好ましい。アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセイおよび分子本発明ポリペプチドを用いて、例えば、細胞、無細胞標品、化学ライブラリー、および天然産物混合物中における小型分子基質およびリガンドの結合を評価してもよい。これらの基質およびリガンドは天然基質およびリガンドであってもよく、構造上または機能上の模倣物であってもよい。例えば、Coligan et al.,Cur rent Protocols in Immunology l(2):Chapter５(1991)参照。また本発明は、本発明ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの作用を増強（アゴニスト）または阻害（アンタゴニスト）する化合物、詳細には、静菌性および／または殺菌性化合物を同定するための、化合物のスクリーニング方法をも提供する。該スクリーニング方法は高処理量の方法である。例えば、アゴニストまたはアンタゴニストをスクリーニングするために、合成反応混合物、膜、細胞エンベロープもしくは細胞壁のごとき細胞コンパートメント、または本発明ポリペプチドおよび標識基質もしくはかかるポリペプチドのリガンドを含むそれらの調合物を、本発明ポリペプチドのアゴニストまたはアンタゴニストである可能性のある候補化合物の不存在下または存在下でインキュベーションする。候補分子が本発明ポリペプチドにアゴナイズまたはアンタゴナイズする能力は、標識化リガンドの結合の低下またはこのような基質からの生成物の産生の低下に反映される。結合しても影響を及ぼさない分子、すなわち本発明ポリペプチドの効果を誘導しない分子は、最も良好なアンタゴニストである可能性がある。結合性が良好で、基質からの生成物の生成速度を高める分子はアゴニストである。基質からの生成物の生成速度またはレベルはリポーターシステムを用いることにより強調できる。この点に関して有用なリポーターシステムには、生成物に転換される比色測定用標識化基質、本発明ポリヌクレオチドまたはポリペプチド活性の変化に応答するリポーター遺伝子、および当該分野で周知の結合アッセイ等があるが、これらに限定するものではない。本発明ポリペプチドのアンタゴニストについてのアッセイのもう１っの例は競争アッセイであり、競争阻害アッセイに適した条件下で、かかるポリペプチドおよび潜在的アンタゴニストを、かかるポリペプチドに結合する化合物、天然基質またはリガンド、あるいは基質またはリガンドの模倣物と混合する。例えば放射活性または比色測定用化合物により本発明ポリペプチドを標識し、結合分子に結合した、または生成物に変換されたかかるポリペプチド分子の数を正確に決定して、潜在的なアンタゴニストの効果を評価できる。潜在的アンタゴニストには、本発明ポリペプチドに結合し、そのことによりその活性を阻害し消失させる小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドおよび抗体などがある。また、潜在的アンタゴニストは、密接に関連した蛋白または抗体のごとき小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドであってもよく、それらは結合分子の同じ部位に結合するが、本発明ポリペプチドにより誘導される活性を誘導せず、それゆえかかるポリペプチドを結合から排除することによりその作用を妨害する。潜在的アンタゴニストには、ポリペプチドの結合部位に結合し、およびそれを占領し、それにより細胞性結合分子への結合を妨害して、正常の生物学的活性を妨害する小型分子等がある。小型分子の例としては、小型有機分子、ペプチド、ペプチド様分子等があるが、これらに限定するものではない。その他の潜在的アンタゴニストにはアンチセンス分子等がある（これらの分子についての記載に関してはOkano,J.，Neurochem.56:560（1991）；Oligodeoxy-nucleotides as Anti sense Inhibitors of Gene Expression，ＣＲＣプレス、ボッカラートン、フロリダ州（1988）参照）。好ましい潜在的アンタゴニストには、本発明ポリペプチドに関連した化合物および本発明ポリペプチドの変種等がある。本明細書に示す各ＤＮＡ配列を、抗細菌化合物の発見および開発に使用してもよい。コードされている蛋白は、発現した場合、抗細菌剤のスクリーニングのための標的として使用されうる。さらに、コードされている蛋白のアミノ末端領域または各ｍＲＮＡのシャイン−ダルガルノ配列または他の翻訳容易化配列をコードしているＤＮＡ配列を用いてアンチセンス配列を構築し、目的コーディング配列の発現を制御することもできる。また本発明は、感染の続発症に関与する病因および哺乳動物宿主間の最初の身体的相互作用を妨害するための本発明ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは阻害物質の使用を提供する。とりわけ本発明分子を、内在デバイス上の哺乳動物細胞外マトリックス蛋白または傷における細胞外マトリックス蛋白への細菌の付着、詳細にはグラム陽性細菌の付着の防止；例えば、哺乳動物チロシンキナーゼのホスホリレーションを開始することによる、蛋白により媒介される哺乳動物細胞への侵入のブロック（Rosenshine et al.，Infect．Immunol．60:2211(1992)）；哺乳動物細胞外マトリックス蛋白と細菌蛋白との間の、組織ダメージを媒介する細菌付着のブロック；内在デバイスの移植または他の外科的方法以外により開始される、感染における通常の病状の進行のブロックに使用することができる。本発明アンタゴニストおよびアゴニストを、例えば、疾病の抑制および治療に用いてもよい。ヘリコバクター・ピロリ（Helicobacter pylori）（本明細書中、エッチ・ピロリともいう）菌は、胃癌、潰瘍、胃炎を発病している世界中の人々の３分の１以上の胃に感染している（国際癌研究機関（International Agency for Researc h on Cancer）（1994）Schistomoses，Liver Flukes and Helicobacter Pylori （International Agency for Research on Cancer，Lyon，France;http：／／ww w．uicc．ch／ecp／ecp2904．htm））。さらに、この国際癌研究機関は、最近になって、ヘリコバクター・ピロリと胃腺癌の間の因果関係を認識し、その細菌をグループＩ（限定的）発癌物質と分類した。本発明により提供されるスクリーニング法を用いて見出される本発明の好ましい抗菌化合物（本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドのアゴニストおよびアンタゴニスト）、特に広スペクトルの抗生物質は、ヘリコバクター・ピロリ感染の治療に有用である。このような治療はヘリコバクター・ピロリ誘発性癌、例えば胃腸癌の出現を減少させる。かかる治療はまた胃潰瘍および胃炎も治癒する。ワクチン本発明の別の態様は、個体とりわけ哺乳動物における免疫学的反応を誘導する方法に関し、該方法は、感染、詳細には細菌感染、最も詳細にはストレプトコッカス・ニューモニアエ感染から個体を防御するための抗体および／またはＴ細胞免疫応答を生じさせるに十分な本発明ポリペプチドまたはそのフラグメントもしくは変種を個体に接種することを特徴とする。かかる免疫学的応答が細菌の複製を遅らせる方法も提供される。本発明のさらにもう１つの態様は、個体における免疫学的応答の誘導方法に関し、該方法は、疾病が個体においてすでに確立されているか否かにかかわらず、インビボで本発明ポリヌクレオチドまたはポリペプチド、またはそのフラグメントもしくは変種を発現させるためにかかるポリヌクレオチドまたはポリペプチド、またはそのフラグメントもしくは変種の発現を指令する核酸ベクターをかかる個体に送達して、例えば、抗体および／またはＴ細胞免疫応答（例えば、サイトカイン産生Ｔ細胞または細胞毒性Ｔ細胞）を生じさせる免疫学的応答を誘導し、該個体を疾病から防御する抗体を産生させることを特徴とする。迅速に遺伝子を所望細胞中に投与する方法としては、粒子上にコーディングすること等がある。かかる核酸ベクターはＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾核酸、またはＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドを含んでいてもよい。本発明のさらなる態様は、免疫学的反応を宿主内に誘導できる、または誘導されたた宿主に導入した場合、本発明ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされる蛋白に対する免疫学的反応を該宿主に誘導する免疫学的組成物に関し、その組成物は組換えポリヌクレオチドまたはそれによりコードされる蛋白を含み、該ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされている蛋白に対する抗原をコードし発現するＤＮＡを含む。免疫学的応答を治療的または予防的に用いてもよく、また免疫学的応答はＣＴＬまたはＣＤ４⁺Ｔ細胞から生じるような抗体免疫または細胞性免疫の形態であってもよい。本発明ポリペプチドまたはそれらのフラグメントを、それ自身は抗体を産生しないが、第１の蛋白を安定化し、免疫原的および保護特性を有する融合蛋白を産生する能力のある共存蛋白（co-protein）と融合させてもよい。好ましくは、かかる融合組換え蛋白は、抗原補蛋白、例えばモフィルス・インフルエンザエ（He mophilus influenzae）由来のリポ蛋白Ｄ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）またはベーターガラクトシダーゼのごとき共存蛋白、蛋白を可溶化してそれらの産生および精製を促進する比較的大きな共存蛋白等を含む。さらに、共存蛋白は免疫系において普遍的な刺激を提供するという意味で、アジュバントとして作用することができる。共存蛋白は第１の蛋白のアミノまたはカルボキシいずれの末端に結合していてもよい。本発明は、本発明ポリペプチドまたはポリヌクレオチドおよびSato Y.ら、Sci ence 273:352(1966)に記載されているような免疫刺激ＤＮＡ配列を含む組成物、とりわけワクチン組成物、および方法を提供する。また、本発明は、ストレプトコッカス・ニューモニアエに感染した動物モデルにおいて、かかる遺伝的免疫化実験に用られるＤＮＡ構築物中の細菌細胞表面蛋白の不変領域をコードすることが示されている、説明したポリヌクレオチドまたはそれらの個々のフラグメントを用いる方法を提供し、これらはとりわけ予防的または治療的免疫反応を刺激することができる蛋白エピトープを同定するのに有用である。この研究は、哺乳動物、とりわけヒトにおける細菌感染とりわけストレプトコッカス・ニューモニアエ感染の予防薬または治療的処置の開発のために、感染に抵抗しこれを一掃するのに成功した動物の必須器官から特に価値あるモノクローナル抗体をうまく調製することを可能にすると思われる。ポリペプチドを宿主接種用抗原として用いて、例えば損傷組織への細菌の付着を阻害することにより細菌の侵入に対して防御する特異的抗体を得てもよい。組織損傷の例としては、例えば機械的、化学的もしくは熱的ダメージにより、または内在デバイスの埋め込みにより引き起こされた皮膚または結合組織の創傷、または粘膜、例えば口、乳腺、尿道または膣の創傷等がある。また本発明は、適切な担体と一緒になった免疫原性組換え蛋白を含有するワクチン処方を包含する。蛋白は胃で分解されうるので、非経口的に、例えば皮下、筋肉内、静脈内または皮膚内等に投与するのが好ましい。非経口投与に適した処方には、抗酸化剤、緩衝液、静細菌剤、および処方を個体の体液（好ましくは血液）と等張にする溶質を含有していてもよい水性または非水性滅菌注射液、および懸濁化剤または増粘剤を含有していてもよい水性または非水性滅菌懸濁液等がある。処方は１回投与または多回投与用容器、例えばシールしたアンプルおよびバイアルに入れてよく、使用直前に滅菌液体担体の添加のみを必要とする凍結乾燥状態として保存してもよい。ワクチン処方は処方の免疫原性を高めるアジュバント系を含有していてもよく、例えば水中油系または当該分野で周知のその他の系等がある。投与量はワクチンの特異的活性に依存し、通常の実験法により容易に決定できる。本発明を特定の蛋白、例えば表１に示す蛋白に関して説明したが、本発明は天然に存在する蛋白および、実質的に組換え蛋白の免疫原特性に影響しない付加、欠失または置換を施した類似の蛋白のフラグメントを包含することが理解されよう。組成物、キットおよび投与本発明はまた、上述のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、またはそれらのアゴニストもしくはアンタゴニストを含む組成物にも関する。本発明ポリペプチドを、細胞、組織もしくは生物に用いられる未滅菌もしくは滅菌済み担体と混合して、例えば対象への投与に適した医薬的担体と混合して用いることができる。このような組成物は、例えば溶媒添加物または治療上有効量の本発明ポリペプチド、および医薬的に許容できる担体または賦形剤を含む。このような担体には生理食塩水、緩衝化生理食塩水、デキストロース、水、グリセロール、エタノールおよびそれらの組み合わせ等があるが、これらに限定するものではない。処方は投与法に適したものにすべきである。さらに本発明は、１またはそれ以上の上記本発明組成物成分を充填した１またはそれ以上の容器を含む診断用および医薬用パックおよびキットにも関する。本発明ポリペプチドおよびその他の化合物を、単独で、あるいは治療用化合物等のその他の化合物と組み合わせて用いてもよい。いずれかの有効かつ便利な方法、例えば、とりわけ局所、経口、経膣、静脈内、腹膜腔内、筋肉内、皮下、鼻腔内、または皮膚内の経路で医薬組成物を投与してもよい。治療において、または予防薬として、活性作用剤を注射用組成物として、例えば好ましくは等張の滅菌水性分散物として個体に投与できる。別法として、組成物を局所適用用、例えば軟膏、クリーム、ローション、眼軟膏、点眼液、点耳液、洗口剤、含浸包帯および縫合用の糸、ならびにエアロゾール等の形態に処方してもよく、適当な慣用的な添加物、例えば保存剤、薬物の浸透を補助する溶媒、ならびに軟膏およびクリームには軟化剤を含有していてもよい。かかる局所用処方は、適合した慣用的な担体、例えばクリームまたは軟膏基剤、およびローションにはエタノールまたはオレイルアルコールを含有していてもよい。このような担体は重量で処方の約１％から約９８％であってよく、より通常には重量で処方の約８０％までとする。哺乳動物とりわけヒトに投与するために、活性作用剤の１日あたりの投与量は、０.０１ｍｇ／ｋｇから１０ｍｇ／ｋｇであり、典型的には約１ｍｇ／ｋｇである。医者はあらゆる場合、個体に最も適した実際の投与量を決定し、年齢、体重および特に個体の反応性に応じて変化させる。上述の投与量は、平均的なケースの典型例である。もちろん、高用量および低用量の範囲が適合する個々の例もあり、かかる例は本発明の範囲内である。内在デバイスには外科的インプラント、補てつデバイスおよびカテーテル等があり、即ち個体の体内に導入され、長時間その位置に存在するものである。このようなデバイスには、例えば人工関節、心臓弁、ペースメーカー、血管移植片、血管カテーテル、脳脊髄液シャント、尿道カテーテル、継続的歩行可能腹膜透析（continuous ambulatory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カテーテル等がある。本発明の組成物を注射により投与し、内在デバイスの挿入の直前に、関連細菌に対する全身的な効果を得てもよい。手術後、デバイスが体内に存在する期間中、処置を続けてもよい。さらに、外科的手技中に広げるカバーに用いて、細菌性創傷感染、とりわけストレプトコッカス・ニューモニアエの創傷感染を防御することもできる。多くの整形外科医は、補てつ関節を有するヒトについては、菌血症を生じうる歯科的処置の前に抗生物質予防法を考慮すべきであると考えている。遅延性の重篤な感染は、時々補てつ関節を失うに至る深刻な合併症であり、有意性のある罹病率および死亡率を伴う。それゆえ、この状況において、予防的な抗生物質に代わるものとして、活性物質の使用を拡張することが可能である。上述の治療に加え、一般的には本発明組成物を創傷の治療薬として使用して、創傷組織において曝露されたマトリックス蛋白に細菌が付着するのを防いでもよく、歯科治療においては抗生物質による予防法に代えて、またはそれと組み合わせて予防的に使用してもよい。別法として、本発明の組成物を用いて挿入直前の内在デバイスを浸してもよい。創傷または内在デバイスを浸すためには、活性作用剤は１μｇ／ｍｌから１０ｍｇ／ｍｌの濃度であるのが好ましい。ワクチン組成物を便宜的に注射可能な形態にする。慣用的なアジュバントを用いて免疫反応を高めてもよい。ワクチン化に適した単位投与量は、抗原０.５〜５μｇ／ｋｇであり、このような投与量は１〜３週間隔で１〜３回投与するのが好ましい。本発明化合物については、指示した投与量範囲では、適切な個体への投与を妨げるような不利な毒性効果は観察されない。本明細書に開示した各文献を、参照によりその全体が本明細書に記載されているものとみなす。本願が優先権を主張しているいずれの特許出願も、参照によりその全体が本明細書に記載されているものとみなす。表本発明の好ましいポリペプチドおよびポリヌクレオチドの具体例に関する特定の適切なデータを表１および表２にまとめる。本発明の特定の好ましいポリヌクレオチド（「アッセンブリー」として表示）およびそれらによりコードされる本発明ポリペプチドに関する特徴づけのデータを提供する配列検索結果を表１に示す。表１の各ポリヌクレオチドについて、かかるポリヌクレオチド中の各ＯＲＦによりコードされる各ポリペプチドに最も近いホモログを示す。相同性の決定は、表１の配列と権利消滅して利用可能な配列との比較に基づく（ホモログ名については「説明」の項目参照）。有意なホモログが検出されない場合、用語「不明」を「説明」の項目の次に示す。本発明ＯＲＦによりコードされる好ましいポリペプチド、詳細にはかかるＯＲＦを用いて得られるかまたはかかるＯＲＦにより全体的にコードされる全長蛋白は、示されたホモログの機能のなかでも生物学的機能を有する蛋白である。表１に示す各ホモログを決定するために用いた分析はBlastPおよび／またはBlastXおよび／または MPSearchであり、それぞれよく知られたものであった。各ＯＦＲによりコードされるアミノ酸配列も表１に示す。「アッセンブリーＩＤ」番号は、ポリヌクレオチド配列をＯＲＦおよびこれらのＯＲＦによりコードされるポリペプチドと関係づけ、さらにかかる配列を表１および表２に示す他の関連情報と関係づけるための便利な方法である。「ＯＲＦ予想」の項目の次に、ＯＲＦ配列の始めと終わりのヌクレオチドを示す（それぞれ「開始」および「終了」と表示）。示されたポリペプチド上の翻訳方向を、順方向なら「Ｆ」、逆方向なら「Ｒ」（逆とは、示された鎖が逆向けに翻訳される）と表示する。各アミノ酸配列の長さを「長さ」の欄に示す。これらのデータの下に、ＯＲＦによりコードされるアミノ酸配列を示す。ポリヌクレオチドが１のＯＲＦを含む場合、「ＯＲＦ数」の欄に数字１を表示する。ＯＲＦが２つの場合、その欄に数字１および２を表示する（等）。いての情報を表２に示す。各ＯＲＦについて、スタートコドンおよびストップコドンの位置も示す（「スタート」および「ストップ」と表示されたヌクレオチドコードを掲載した欄を参照）。各スタートコドンおよびストップコドンについてのトリプレットコドン配列も示す。これらのコドンは、例えばスタートコドンについてはＧＴＧおよびＣＡＣのように、それぞれセンス方向またはアンチセンス方向で示されうる。「長さ」の欄は各ポリヌクレオチドアッセンブリーの長さを開示する。示されたポリヌクレオチド上の翻訳方向を、順方向なら「Ｆ」、逆方向なら「Ｒ」（逆とは、示された鎖が逆向けに翻訳される）と表示する。上記のごとく、「アッセンブリーＩＤ」番号は、表１のＯＲＦに付された番号であり、表１および表２のデータを関係づける。実施例下記実施例は標準的方法を用いて行われ、該標準的方法は、詳細に説明する場合を除き、当業者によく知られた常套的なものである。実施例は説明であって、本発明を限定するものではない。実施例１ストレプトコッカス・ニューモニアエ中の毒性遺伝子をコードするＤＮＡの単離上記のごとく、本明細書開示の各ＤＮＡは、インタクト（intact）な読み枠を含んでいるという事実により、抗微生物化合物の同定のためのスクリーニングに多かれ少なかれ有用である。スクリーニングの開発に好ましいＤＮＡ配列を選択するための有用なアプローチは、挿入−複製変異法(insertion-duplication mut agenesis)による評価である。Morrison et al.，J．Bacteriol．159:870(1984) により開示されたこの系を下記のごとく適用する：簡単に説明すると、ストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００９９３株の任意のＤＮＡフラグメントを、酵素的（制限エンドヌクレアーゼ消化による）または物理的（超音波処理による剪断による）に得て、ついで、ゲル分画し、Ｔ４ＤＮＡポリメラーゼを用いて末端修復する。そのようにして得られたＤＮＡフラグメントが２００〜４００塩基対の範囲であることが好ましく、かかるサイズは均質な組み換えを確実にし、イー・コリ中の典型的なライブラリーを保証する。ついで、Hensel et al.，Science 269:400-403(1995)に記載されたような適当にタグを付したプラスミドにフラグメントを挿入する。多くのプラスミドをこの目的に使用できるが、特に有用なプラスミドはPearce et al.，Mol．Microbiol．9 :1037(1993)に記載されたｐＪＤＣ９であり、それはポリリンカークローニング部位の１つにＤＮＡ配列を取り込むことによりすでに修飾されており、ｅｒｍ遺伝子を担持していて、イー・コリまたはエス・ニューモニアエ(S.pneumoniae)のいずれかにおけるエリスロマイシン選択を容易となる。とりわけ、ニューモコッカス肺炎のネズミモデルにおいてセロタイプおよび毒性に基づいて選択された適当なエス・ニューモニアエ株にタグを付したプラスミドを導入する。１７種のアミノ酸コンピテンス因子が存在し（Havastein et al.，Proc．Nat' l．Acad．Sci．USA 92:11140-44(1995)）、これらをこのプロトコルにうまく使用して形質転換頻度を上昇させてもよいことが理解される。形質転換体の割合を分析して均質な組み込みを証明し、安定性をチェックする。複製領域が短い（２００〜４００ｂｐ）ので、望ましくないレベルの復帰突然変異が最少化されるが、有意な復帰突然変異の割合が認められる場合には、培養中の形質転換体の増殖期間中および／または動物中での増殖期間中において抗生物質選択圧を維持することにより復帰突然変異の割合を変化させてもよい。エス・ニューモニアエ形質転換体をマウス、例えばSwissおよび／またはC57Bl/ 6への摂取用にプールする。予備実験を行って最適なプールの複雑性および摂取レベルを確立する。特に有用なモデルはVeber et al．(J．Antimicrobiol．Chem other．32:432(1993)）により記載されており、該モデルでは１０⁵ｃｆｕの摂取サイズが口から気管へと導入される。例えば、Swissマウスでは発症に３〜４日、C57 B1/6マウスでは８〜１０日かかり、株の相違が観察される。血流感染を媒介する遺伝子を評価する場合には腹腔内投与も可能である。感染モデルのパラメーターの最適化後、通常には数千株を含む変異株バンクについて毒性テストを行う。He nsel et al.，Science269:400-403(1995)に記載のように、「インプット（input ）」および「回収された（recovered）」プールからの標識タグをプローブとして使用するハイブリダイゼーション分析により、毒性が弱まった変異株を同定する。エス・ニューモニアエＤＮＡをコロニーブロットまたはドットブロットし、組み込まれたプラスミドに隣接するＤＮＡをイー・コリにおけるプラスミドレスキュー(plasmid rescue)（Morrison et al.，J．Bacteriol．159:870(1984)）によりクローン化し、配列決定する。配列決定後、ＤＮＡを本明細書記載のヌクレオチド配列と比較し、適当なＯＲＦを同定し、例えばノックアウトの研究(knock-o ut studies)により機能を確認する。選択蛋白を提供する発現ベクターを調製し、抗微生物剤の同定のための適当なスクリーニングに用いる。別法として、組み込まれたプラスミドに隣接する制限フラグメントを用いてゲノムライブラリーをプローブして全長のクローン化された毒性遺伝子を単離し、ノックアウトの研究または他の方法によりその機能を確認することができ、ついで、遺伝子を発現させ、上記のごとくスクリーニングに使用する。

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁷ 識別記号ＦＩテーマコート゛(参考）Ａ６１Ｐ 11/00 Ａ６１Ｐ 27/16 27/02 31/04 27/16 37/04 31/04 Ｃ０７Ｋ 14/315 37/04 16/12 Ｃ０７Ｋ 14/315 Ｃ１２Ｎ 1/15 16/12 1/19 Ｃ１２Ｎ 1/15 1/21 1/19 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ 1/21 Ｇ０１Ｎ 33/15 Ｚ 5/10 33/50 ＺＣ１２Ｐ 21/02 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡＧ０１Ｎ 33/15 5/00 Ａ 33/50 Ａ６１Ｋ 37/02 (72)発明者ブラック，マイケル・テレンスアメリカ合衆国19425ペンシルベニア州チェスター・スプリングズ、ミルハウス・ウェイ502番 (72)発明者ホッジソン，ジョン・エドワードアメリカ合衆国19355ペンシルベニア州マルバーン、ラップ・ロード260番 (72)発明者ノールズ，デイビッド・ジャスティン・チャールズイギリス、アールエイチ１・６エルワイ、サリー、レッドヒル、クロンクス・ヒル・ロード45番、ダウンズビュー・ハウス (72)発明者ロネット，マイケル・アーサーアメリカ合衆国19426ペンシルベニア州カレッジビル、ビクトリア・サークル18番 (72)発明者ニコラス，リチャード・オークリーアメリカ合衆国19426ペンシルベニア州カレッジビル、カーメン・ドライブ355番 (72)発明者レイド，ロバート・エイチ・ジュニアアメリカ合衆国19401ペンシルベニア州イースト・ノリトン、ペイサー・レイン８番 (72)発明者ザーフォス，フィリップ・エヌアメリカ合衆国19403ペンシルベニア州ノリスタウン、ヨークタウン・ノース1907 番

Claims

【特許請求の範囲】１．（ａ）表１のアミノ酸配列を含むポリペプチドコードしているポリヌクレオチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチド；（ｂ）寄託株のエス・ニューモニアエ中に含まれる遺伝子により発現される成熟ポリペプチドをコードしており、配列決定されて表１のポリヌクレオチド配列が得られたポリヌクレオチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチド；（ｃ）表１のアミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；（ｄ）（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のポリヌクレオチドに対して相捕的なポリヌクレオチド；および（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）のポリヌクレオチドの少なくとも１５個の連続した塩基を含むポリヌクレオチドからなる群より選択されるポリヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチド。２．ポリヌクレオチドがＤＮＡである請求項１のポリヌクレオチド。３．ポリヌクレオチドがＲＮＡである請求項１のポリヌクレオチド。４．表１に示す核酸配列からなる群より選択される核酸配列を含む請求項２のポリヌクレオチド。５．表１に示すアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項２のポリヌクレオチド。６．請求項１のポリヌクレオチドを含むベクター。７．請求項６のベクターを含む宿主細胞。８．請求項７の宿主細胞から上記ＤＮＡによりコードされているポリペプチドを発現させることを含む、ポリペプチドの製造方法。９．ポリペプチドまたはフラグメントの製造方法であって、該ポリペプチドまたはフラグメントの生成に十分な条件下で請求項７の宿主を培養することを含む方法。１０．表１に示すアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド。１１．表１に示すアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド。１２．請求項１０のポリペプチドに対する抗体。１３．請求項１０のポリペプチドの活性または発現についてのアンタゴニストまたはアゴニスト。１４.治療上有効量の請求項１０のポリペプチドを個体に投与することを含む、個体の疾病の治療または予防方法。１５．治療上有効量の請求項１３のアンタゴニストを個体に投与することを含む、細菌ポリペプチドの阻害を必要とする個体の治療方法。１６．個体における請求項１０のポリペプチドの発現または活性に関連した疾病の診断方法であって、（ａ）該ポリペプチドをコードしている核酸配列を決定すること、および／または（ｂ）個体由来の試料中の該ポリペプチドの存在または量について分析することを含む方法。１７．請求項１０のポリペプチドと相互作用して、その活性を阻害または活性化する化合物の同定方法であって、化合物とポリペプチドとの間の相互作用を可能にする条件下で、ポリペプチドとスクリーニングすべき化合物とを接触させて化合物の相互作用を評価し（かかる相互作用はポリペプチドと化合物との相互作用に応答した検出可能シグナルを提供しうる第２の成分に関連したものである）、次いで、化合物とポリペプチドとの相互作用により生じるシグナルの存在または不存在を検出することにより、化合物がポリペプチドと相互作用して、その活性を活性化または阻害するかどうかを決定することを含む方法。１８．哺乳動物における免疫学的応答を誘導する方法であって、抗体および／またはＴ細胞免疫応答を生じさせて動物を疾病から防御するに十分な請求項１０のストレプトコッカスのポリペプチドまたはそのフラグメントもしくは変種を哺乳動物に接種することを含む方法。１９．哺乳動物における免疫学的応答を誘導する方法であって、請求項１０のストレプトコッカスのポリペプチドまたはそのフラグメントもしくは変種をインビボで発現させて、抗体および／またはＴ細胞免疫応答を生じさせる免疫学的応答を誘導して該動物を疾病から防御するするために、請求項１０のストレプトコッカスのポリペプチドまたはそのフラグメントもしくは変種の発現を指令する核酸ベクターを送達することを含む方法。２０．表１の最初の１０個のポリヌクレオチド配列からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド。２１．請求項２０のポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドを含むポリペプチド。２２．該ヌクレオチドが（ａ）表１のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに対して少なくとも９０％の同一性を有するポリヌクレオチド；（ｂ）寄託株のエス・ニューモニアエ中に含まれる遺伝子により発現される成熟ポリペプチドをコードしており、配列決定されて表１のポリヌクレオチド配列が得られたポリヌクレオチドに対して少なくとも９０％の同一性を有するポリヌクレオチド；（ｃ）表１のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；（ｄ）（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のポリヌクレオチドに対して相捕的なポリヌクレオチド；および（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）のポリヌクレオチドの少なくとも１５個の連続した塩基を含むポリヌクレオチドからなる群より選択される、請求項１の単離ポリヌクレオチド。２３．該ヌクレオチドが（ａ）表１のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに対して少なくとも９５％の同一性を有するポリヌクレオチド；（ｂ）寄託株のエス・ニューモニアエ中に含まれる遺伝子により発現される成熟ポリペプチドをコードしており、配列決定されて表１のポリヌクレオチド配列が得られたポリヌクレオチドに対して少なくとも９５％の同一性を有するポリヌクレオチド；（ｃ）表１のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；（ｄ）（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のポリヌクレオチドに対して相捕的なポリヌクレオチド；および（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）のポリヌクレオチドの少なくとも１５個の連続した塩基を含むポリヌクレオチドからなる群より選択される、請求項１の単離ポリヌクレオチド。２４．（ａ）表１のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに対して少なくとも５０％の同一性を有するポリヌクレオチドであって、エス・ニューモニアエ以外の原核生物種から得られるポリヌクレオチド；（ｂ）表１のアミノ酸配列に対して少なくとも５０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、エス・ニューモニアエ以外の原核生物種から得られるポリヌクレオチド；および（ｃ）（ａ）または（ｂ）のポリヌクレオチドに対して相捕的なポリヌクレオチドからなる群より選択されるポリヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチド。２５．表１に示すアミノ酸配列の１つを有する、単離されたストレプトコッカスのポリペプチド。２６．請求項１のアミノ酸配列の１つをコードする単離核酸および厳密な条件下でそれにハイブリダイゼーションしうる核酸配列。２７．請求項２６の核酸配列を含む組み換えベクターおよびそれを用いて形質転換またはトランスフェクションされた宿主細胞。２８．候補化合物を請求項１のポリペプチドと接触させ、ついで、該ポリペプチドの生物学的活性を阻害しうる化合物を選択することを含む、抗微生物化合物の同定方法。２９．請求項２８の方法により同定される抗微生物化合物。３０．表１に示すアミノ酸配列の１つを有する、単離されたストレプトコッカスのポリペプチド。３１．請求項３０のアミノ酸配列の１つをコードする単離核酸および厳密な条件下でそれにハイブリダイゼーションしうる核酸配列。３２．請求項３１の核酸配列を含む組み換えベクターおよびそれを用いて形質転換またはトランスフェクションされた宿主細胞。３３．候補化合物を請求項３０のポリペプチドと接触させ、ついで、該ポリペプチドの生物学的活性を阻害しうる化合物を選択することを含む、抗微生物化合物の同定方法。３４．請求項３３の方法により同定される抗微生物化合物。