JP2001502886A

JP2001502886A - Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒｐｙｌｏｒｉのタンパク質、特に膜タンパク質、それらの調製および使用

Info

Publication number: JP2001502886A
Application number: JP10508651A
Authority: JP
Inventors: ナップ，ベルンハルト; フント，エリカ; シュミット，カール―ハインツ
Original assignee: カイロンベーリングゲーエムベーハーアンドカンパニー
Priority date: 1996-07-26
Filing date: 1997-07-25
Publication date: 2001-03-06
Also published as: DE19630390A1; CA2259924A1; WO1998004702A2; WO1998004702A3; EP0918864A2

Abstract

(57)【要約】本発明は、新規なタンパク質、特に膜タンパク質、あるいは膜に固く会合されるタンパク質、Helicobacter pylori（H．pylori）由来のタンパク質、および表１a〜１cの配列番号１、２、３、６、10、11、12、14、15、16、17、18、および19から選択されるペプチド配列の１つ、または最小５アミノ酸の長さを有するそれらの一部もしくはホモログを含むタンパク質、ならびにそれらの調製物、および薬学的組成物、特にワクチン、または診断薬剤としての使用に関する。これらのデータに基づいて、これらをコードする遺伝子および関連するタンパク質はまた、配列番号20、21、22、23、24、25、26、および27に示されるように単離された。

Description

【発明の詳細な説明】 Helicobacter pyloriのタンパク質、特に膜タンパク質、それらの調製および使用発明の技術分野本発明は、新規タンパク質、特に膜タンパク質、または膜に堅固に会合されており、Helicobacter pylori（H．pylori）に由来し、そして表１a〜１cの配列番号１、２、３、６、10、11、12、14、15、16、17、18、もしくは19から選択されるペプチド配列の１つ、または最小５アミノ酸の長さを有するその一部もしくはホモログを含むタンパク質、ならびにそれらの調製物、および薬学的組成物、特にワクチン、または診断薬剤としての使用に関する。これらのデータに基づいて、これらおよび関連するタンパク質をコードする遺伝子はまた、配列番号20、21 、22、23、24、25、26、および27に示されるように単離された。発明の背景 Helicobacter pyloriは、ヒトの胃の粘膜にコロニー形成する、グラム陰性の微好気の螺旋状細菌である。細菌は、慢性の活性胃炎および消化性潰瘍（特に十二指腸潰瘍）の原因であり、そして胃のガンの発症において役割を果たす；従って、Helicobacter pyloriは、重要なヒト病原体である。そのヘリックス形状および運動性（４〜６の鞭毛に起因する）は、粘液と粘膜との間の境界層（実質的に中性のpHである）に達するために、細菌が胃の粘膜を介して移動することを可能にする。アンモニウムイオン（細菌性ウレアーゼによる尿素の酵素的切断の間に産生される）は、攻撃的な胃酸から病原体を保護する。細菌は、特異的な付着因子を用いて、胃の内皮細胞に付着する。粘膜の慢性コロニー形成の結果は、炎症性顆粒球、および引き続いて単球の上皮の侵入（次いで炎症媒介物として組織破壊に寄与する）であり得る。感染は、局所および全身の両方の体液性免疫応答を刺激するが、これらの免疫応答は病原体を効果的に排除し得ない。免疫化は、感染性疾患を予防する従来の方法である。それゆえ、H．pylori感染を制御することに関するこの選択を試験することは重要である。ワクチンの開発は、病原性または病原体を排除する目的のためのヒト免疫系に到達し得る構造について重大な要因を同定することに関与する。この性質の抗原は、細菌の外膜に存在すると仮定されている。従って、19,600Da（P．Doigら、1 992，J．of Bacteriology 174，2539-2547）、20,000Da（D.G．Evansら、1993， J．of Bacteriology 175，674-683）、および63,000Da（C．Lingwoodら、1993， Infection and Immunity 61，2474-2478）の付着因子は、外膜に位置し、その付着因子は、粘膜表面への細菌の付着を予防する抗体を導入することを目的とする実験的なワクチンの候補物である。さらに、外膜は、30,000Da(M.A．Tufanoら、1994，Infection and Immunity 6 2，1392-1399)，48,000Da、49,000Da、50,000Da、67,000Da（M.M．Exnerら、199 5，Infection and Immunity 63，1567-1572）および31,000Da（P．Doigら、1995 ，J．of Bacterilology 177，5447-5452）の分子量のポーリン（porin）、また7 7,000Da、50,000Da、および48,000Daの分子量のイオン調節化外膜タンパク質（D ．J．Worstら、1995，Infection and Immunity 63，4161-4165）、59,000Daおよび25,000Daの分子量の赤血球結合抗原（J．Huangら、1992，J．of Gen．Microbi ol．138，1503-1513）、ならびにラミニン、コラーゲンIおよびIV、フィブロネクチン、およびビトロネクチンに結合するタンパク質（I．Kondoら、1993，Euro pean J．Gastroenterol．Hepatol．5，63-67）を有する。さらに、19,000Da（E. B．Drouetら、1991，J，of Clinical Microbiology 29，1620-1624）、50,000Da （M．M．Exnerら、1995，Infection and Immunity 63，1567-1572）、および30, 000Da タンパク質、また20,000Daのリポタンパク質（M，Kostrzynskaら、1994，J．of Bacteriology 176，5938-5948）、ならびに51,000Da、60,000Da、および80,000D a株特異的に表面に配置された抗原（P．DoigおよびT.J．Trust，1994，Infectio n and Immunity 62，4526-4533）が、記載されている。20,000Da（HpaA）（Evan sら）および20,000Da（lpp20）（M．Kostrzynskaら）の分子量のタンパク質の遺伝子は、現在単離されている。N-末端タンパク質配列データは、19,600Da（P．D oigら、1992）および63,000Da（C．Lingwoodら）の分子量の付着因子、48,000Da 、49,000Da、50,000Da、67,000Da（M.M．Exnerら）、30,000Da（M.A．Tufano，1 994）、および31,000Da（P．Doigら、1995）の分子量のタンパク質、ならびに50 ,000Daのタンパク質（M.M．Exnerら、1995）について開示されている。発明の要旨本発明の最初の局面によると、表１a〜１cの配列番号１、２、３、６、10、11 、12、14、15、16、17、18、および19から選択されるペプチド配列の１つ、または最小５アミノ酸の長さを有するそれの一部もしくはホモログを含むHelicobact er pylori（H．pylori）由来のタンパク質が提供される。好ましくは、タンパク質のペプチド配列は、N-末端配列である。本発明の最初の局面によるタンパク質は、好ましくは、表１aの配列番号１を有するペプチド配列を含み、そして約250kDの分子量を有するか、または好ましくは表１aの配列番号２を有するペプチド配列を含みそして約110kDの分子量を有するか、または好ましくは表１aの配列番号３を有するペプチド配列を含みそして約100kDの分子量を有するか、または好ましくは表１aの配列番号６を有するペプチド配列を含みそして約60kDの分子量を有するか、または好ましくは表１bの配列番号10を有するペプチド配列を含みそして約42kDの分子量を有するか、または好ましくは表１bの配列番号11を有するペプチド配列を含みそして約42kDの分子量を有するか、または好ましくは表１bの配列番号12を有するペプチド配列を含みそして約32kD〜約36kDの分子量を有するか、または好ましくは表１cの配列番号14を有するペプチド配列を含みそして約30kDの分子量を有するか、または好ましくは表１cの配列番号15を有するペプチド配列を含みそして約28kDの分子量を有するか、または好ましくは表１cの配列番号16を有するペプチド配列を含みそして約28kDの分子量を有するか、または好ましくは表１cの配列番号17を有するペプチド配列を含みそして約25kDの分子量を有するか、または好ましくは表１ cの配列番号18を有するペプチド配列を含みそして約25kDの分子量を有するか、または好ましくは表１cの配列番号19を有するペプチド配列を含みそして約17kD の分子量を有する。本発明の最初の局面によるタンパク質は、好ましくは膜タンパク質または膜に堅固に会合されているタンパク質である。より好ましくは、このタンパク質は、本発明の第２の局面において、本発明最初の局面によるタンパク質が提供される。これは、以下の手順工程に従って得られ得る：（a）差次的可溶化によってタンパク質を単離する工程；（b）ゲル電気泳動法によって、工程（a）に従って単離されたタンパク質を分離する工程；および（c）工程（b）に従って分離されたタンパク質を単離する工程。次的可溶化によって得られ得る。タンパク質はまた、１つ以上のSDSポリアクリルアミドゲル電気泳動による分離によって、好ましくは異なるポリアクリルアミド含量を有するいくつかのSDSポリアクリルアミドゲル電気泳動（より好ましくはゲル電気泳動のポリアクリルアミドゲル含量が、約８％、10％、または16％である）によって得られ得る。本発明の第３の局面において、表１a〜１cの配列番号１、２、３、６、10、11 、12、14、15、16、17、18、および19に記載のアミノ酸を有するか、または最小５アミノ酸の長さを有するその一部もしくはホモログを有するペプチドが提供される。本発明の第４の局面において、本発明の第１もしくは第２の局面による１つ以上のタンパク質に対する抗体、および／または本発明の第３の局面による１つ以上のペプチドに対する抗体が提供される。本発明の第５の局面において、本発明の第１もしくは第２の局面による１つ以上のタンパク質をコードするポリヌクレオチドまたは本発明の第３の局面による１つ以上のペプチドをコードするポリヌクレオチドが提供される。本発明の第６の局面において、本発明の第１または第２の局面によるタンパク質を調製するためのプロセスが提供され、これは以下の手順工程が行われることによって特徴づけられる：（a）差次的可溶化によってタンパク質を単離する工程；（b）ゲル電気泳動法によって、工程（a）に従って単離されたタンパク質を分離する工程；および（c）工程（b）に従って分離されたタンパク質を単離する工程。って単離されることによって特徴づけられる。本発明の第７の局面において、本発明の第３の局面によるペプチドを調製するためのプロセスが提供される。これは、化学的ペプチド合成が行われることによって特徴づけられる。本発明の第８の局面において、本発明の第１もしくは第２の局面によるタンパク質または本発明の第３の局面によるペプチドを調製するためのプロセスが提供される。これは本発明の第５の局面によるポリヌクレオチドが発現されることによって特徴づけられる。本発明の第９の局面において、本発明の第１もしくは第２の局面による１つ以上のタンパク質、本発明の第３の局面による１つ以上のペプチド、本発明の第４の局面による１つ以上の抗体、または本発明の第５の局面による１つ以上のポリヌクレオチドの、薬学的組成物または診断薬剤を調製するための使用が提供される。本発明の第10の局面において、本発明の第１もしくは第２の局面による１つ以上のタンパク質、および／または本発明の第３の局面による１つ以上のペプチド、または本発明の第４の局面による１つ以上の抗体、または本発明の第５の局面による１つ以上のポリヌクレオチド、またはそれらの発現産物を含む薬学的組成物が提供される。好ましくは、この薬学的組成物は、ワクチンとして使用される。本発明の第11の局面において、本発明の第１もしくは第２の局面による１つ以上のタンパク質、および／または本発明の第３の局面による１つ以上のペプチド、または本発明の第４の局面による１つ以上の抗体、または本発明の第５の局面による１つ以上のポリヌクレオチド、またはそれらの発現産物を含む診断薬剤が提供される。本発明の第12の局面において、配列番号21、22、23、24、25、26、および27から推定されるペプチド配列の１つ、または最小５アミノ酸の長さを有するそれの一部もしくはホモログを含むH．pylori由来のタンパク質が提供される。本発明の第13の局面において、配列番号21、22、23、24、25、26、または27から推定されるアミノ酸配列を有するペプチド、または最小５アミノ酸の長さを有するそれらの一部もしくはホモログを有するペプチドが提供される。本発明の第14の局面において、配列番号20のペプチド配列またはそれらのホモログのC-末端領域から選択されるペプチドが提供される。好ましくは、このペプチドは、RPDKFNLAHIEKEFEVWNWDYRAおよびEKHQKMMKDMHGKDMHHTKKKK、またはそれらの一部もしくはホモログから選択される。本発明の第15の局面において、本発明の第12の局面による１つ以上のタンパク質および／または本発明の第13または第14の局面による１つ以上のペプチドに対する抗体が提供される。本発明の第16の局面において、本発明の第12の局面による１つ以上のタンパク質または本発明の第13または第14の局面による１つ以上のペプチドをコードするポリヌクレオチドが提供される。本発明の第17の局面において、本発明の第15または第16の局面によるポリヌクレオチドで形質転換された宿主細胞が提供される。本発明の第18の局面において、本発明の第17の局面による宿主細胞から発現された発現産物が提供される。本発明の第19の局面において、本発明の第12の局面による１つ以上のタンパク質、および／または本発明の第13もしくは第14の局面による１つ以上のペプチド、または本発明の第15の局面による１つ以上の抗体、または本発明の第16の局面による１つ以上のポリヌクレオチド、またはそれらの１つ以上の発現産物を含む薬学的組成物が提供される。好ましくは、この薬学的組成物は、ワクチンとして使用される。より好ましくは、薬学的組成物がヌクレオチド配列を含む場合に、この薬学的組成物はDNAワクチンとして使用される。本発明の第20の局面において、本発明の第12の局面による１つ以上のタンパク質、および／または本発明の第13もしくは第14の局面による１つ以上のペプチド、または本発明の第15の局面による１つ以上の抗体、または本発明の第16の局面による１つ以上のポリヌクレオチド、またはそれらの発現産物を含む診断薬剤が提供される。本発明の第21の局面において、本発明の第12の局面による１つ以上のタンパク質、または本発明の第13もしくは第14の局面による１つ以上のペプチド、または本発明の第15の局面による１つ以上の抗体または本発明の第16の局面による１つ以上のポリヌクレオチド、あるいはそれらの発現産物の、薬学的組成物または診断薬剤を調整するための使用が提供される。発明の詳細な説明および最良の様式本出願は、合計で19のタンパク質、詳細には、膜タンパク質または膜に固く会合するタンパク質（特に完全な膜タンパク質）の単離および決定を記載する。これらのタンパク質は、17kD〜約250kDの範囲の分子量である（表１a〜１c）。用語膜タンパク質は、一般的に、完全および末梢性の膜タンパク質ならびに膜貫通タンパク質を意味することが理解される。完全な膜タンパク質は、細胞質膜に、部分的または全体的に挿入されるタンパク質である。対称的に、末梢性膜タンパク質は、膜の表面に接着するのみである。膜貫通タンパク質は、膜を完全に通過する（例えば、B．Albertsら（編）、Membrane Proteinsin“Molecular Biology of the Cell”，第２版、Garland Publishlng，Inc.，New York & London，284 -287，1989を参照のこと）。２つの配列が、７つの場合（配列番号２および３、５および６、７および８、10および11、13および14、15および16、ならびに17および18）において１つのバンドで同定された。一方、さらなる５つの場合（配列番号１、４、９、12、および19）において、１つのバンドで１つの配列が同定され得たのみであった。同定された19のペプチド配列からの６つのN-末端配列は、初期の研究において既に記載されている；これらは、ウレアーゼAおよびウレアーゼB(B.E．Dunnら、1990，J Biolog．Chem．265，9464-9469)、細胞外酵素Ｓ様タンパク質（C．Lingwoodら）、50kDの膜タンパク質、ならびにポーリンhopBおよびhopC（M.M．Exnerら）の配列であった。これまでに単離されているこれらの抗原の唯一の遺伝子は、ウレアーゼAおよびウレアーゼB（A．Labigneら、1991， J．Bacteriol．173，1920-1931）の遺伝子である。本発明に記載されている19の配列の間の分子量、19,600Da（P．Doigら、1992）、48,000Da、67,000Da（M.M． Exnerら、1995）、および31,000Da（P．Doigら、1995）の膜タンパク質のN-末端配列（既に記載されている）は見つけられ得なかった。従って、配列番号14に記載されるタンパク質は、31,000Daの分子量を有するタンパク質（P．Doigら、199 5）にも属し得なかった。表１a〜１cに記載の19のアミノ末端タンパク質配列の残りの13のアミノ末端タンパク質配列は、記載されていない。これらの配列は、以前に同定されていないHelicobacter pyloriタンパク質に属し得ることが予想される。ンパク質を示し得たことは、驚きであった。これらのタンパク質は、おそらく、外膜の完全なタンパク質または膜に堅固に会合されているタンパク質である。それゆえ、それらは、ワクチンまたは診断薬剤を開発するための候補物としての使用に特に適切である。本発明は、タンパク質、詳細には膜タンパク質または膜に堅固に会合されてい完全膜タンパク質(表１a〜１cに記載の配列番号１、２、３、６、10、11、12、1 4、15、17、18、または19から選択されるペプチド配列の１つ、または好ましくは、これらのタンパク質のN-末端配列を構成するこれらのペプチド配列を有する最小５、好ましくは６アミノ酸の最小の長さを有するそれらの一部もしくはホモログを含む)を記載する。配列番号１、２、３、６、10、11、12、14、15、16、および19を有する配列から選択される少なくとも10の連続したアミノ酸を示す新規のペプチドが特に好ましい。さらに、明確に特定されるアミノ酸の連続した配列を含むこれらの一部が特に好ましい。本発明の「配列の一部（単数または複数）」の文脈における用語「一部」は、Ｔ細胞またはＢ細胞のエピトープを形成し得るアミノ酸の配列を意味することが、本明細書中で定義される。このようなアミノ酸配列は、通常、最小約４〜８アミノ酸である。本発明の文脈における用語「ホモログ（単数または複数）」は、 H．pyloriの異なる株の同じタンパク質またはペプチドを意味するが、同じ機能を示すことが本明細書中に定義される。従って、実際のアミノ酸配列は、H．pyl oriの異なる株由来のホモログタンパク質またはペプチドの間で同一であり得るが、アミノ酸配列間の差異は、株特異的差異を示すに過ぎない；ホモログの機能は同一である。特定の実施態様において、表１aの配列番号１を有するペプチド配列を含むタンパク質は約250kDの分子量を有し、表１aの配列番号２を有するペプチド配列を含むタンパク質は約110kDの分子量を有し、表１aの配列番号３を有するペプチド配列を含むタンパク質は約100kDの分子量を有し、表１aの配列番号６を有するペプチド配列を含むタンパク質は約60kDの分子量を有し、表１bの配列番号10を有するペプチド配列を含むタンパク質は約42kDの分子量を有し、表１bの配列番号1 1を有するペプチド配列を含むタンパク質は約42kDの分子量を有し、表１bの配列番号12を有するペプチド配列を含むタンパク質は約32kD〜約36kDの分子量を有し、表１cの配列番号14を有するペプチド配列を含むタンパク質は約30kDの分子量を有し、表１cの配列番号15を有するペプチド配列を含むタンパク質は約28kDの分子量を有し、表１cの配列番号16を有するペプチド配列を含むタンパク質は約2 8kDの分子量を有し、表１cの配列番号17を有するペプチド配列を含むタンパク質は約25kDの分子量を有し、表１cの配列番号18を有するペプチド配列を含むタンパク質は約25kDの分子量を有し、そして表１cの配列番号19を有するペプチド配列を含むタンパク質は約17kDの分子量を有する。一般的に入手可能なH．Pylori株ATCC番号43504は、例えば、タンパク質を単離する場合の出発物質として、特に、以下の手順工程を実施することが可能であるものと使用される：用いて、Blaserらの方法（1983，Infect．Immun．42，276-284）に従って、タンパク質を単離する工程、（b）ゲル電気泳動法、好ましくはSDSポリアクリルアミドゲル電気泳動の手段（特に異なるポリアクリルアミド含量（詳細には約８、10、または16％のポリアクリルアミド）を有するポリアクリルアミドから作成されたものを使用して）によって、工程（a）に従って単離されたタンパク質を分離する工程、および（c）公知の方法、例えば、溶出または膜での単離によって、工程（b）に従って分離されたタンパク質を単離する工程。本発明に従ってタンパク質を単離および特徴づける目的のために、タンパク質は、Blaserらの方法（上記を参照のこと）を用いて、まず第一に得られた。細菌（ガラスビーズホモジナイザーにおいて破壊されている）は、5000gでの遠心分離によって、インタクトな細菌から分離された；次いで、上清は100,000gで遠心に、完全な膜タンパク質を含む）が遠心分離され除去される。ペレットは蒸留水に再懸濁され、そしてSDSポリアクリルアミドゲル電気泳動（PAGE）によって分ンパク質を分離するための非常に効果的な方法であることが見いだされた。これについて、ゲルは、メチオニン残基の酸化を防ぐために、メチオニンで前処理された。泳動後、タンパク質は、きわめて不溶性のタンパク質の転写を達成するために、陽極緩衝液に添加された0.005% SDSにより、SDSゲルからPVDF膜（Immobil のタンパク質のバンドは、各々の場合についてPVDF膜から切り出され、そしてエドマンアミノ酸分解は、477A液相シーケンサー（Applied Biosystems，Inc．(AB I)）において、アミノ酸配列を決定するために実施された。１つのバンドで泳動される（例えば、等電点電気泳動または２次元ゲル電気泳動の手段により）タンパク質をさらに分画することが可能であるが、これは、明確な配列分析のために必要ではない。なぜなら、この配列は、１つのバンドで泳動されるタンパク質の異なるタンパク質含有量に基づいて明確に割り当てられ得るからである。配列表にXaaと標識されるアミノ酸は、以下のように説明され得る：同一でないアミノ酸は、最初の配列決定の工程における不純物、分析不可能なアミノ酸（例えば、CysまたはTrp）、溶出プログラムにおいて失われる修飾可能なアミノ酸、または基本的に低配列収量のために決定するのが困難なアミノ酸（例えば、SerまたはThr）による妨害によって引き起こされ得る。異なるバンドはまた、異なる量で、非常に類似した分子量の２つのタンパク質を含み得る。次いで、これは２つの配列を生じ、次いでまた、個々のアミノ酸の異なる頻度により明確に決定されなければならない。本発明はまた、表１a〜１cの配列番号１、２、３、６、10、11、12、14、16、 17、18、もしくは19に記載の配列によって示されるペプチド、または最小５アミノ酸の長さ、特に６アミノ酸を有するそれらの一部もしくはホモログを記載する。これらは、例えば、周知の化学的ペプチド合成(Barani，G.およびMerrifield ，R.B．“The Peptides;Analysis，Synthesis and Biology”(Gross E.,編)、第２巻、Academic Press，1980，Johannes Meyenhofer Verlag;Bodanszky，M.およびBodanszky，A．“The practice of peptide synthesis”，Springer Verlag， 1984）によって調製され得る。配列番号１、２、３、６、10、11、12、14、15、 16、および19を有する配列から選択される、少なくとも10の連続したアミノ酸を有する新規のペプチドが特に好ましい。さらに、特に、配列番号12、14、および 15からの配列の場合のように、明確に決定されたアミノ酸の連続した配列を含むこれらのペプチドが好ましい。本出願はまた、当業者に周知の方法（例えば、B.A．Diamondら(1981)，The Ne w England Journal of Medicine，1344-1349を参照のこと）によって調製され得る抗体、および１つ以上の新規のタンパク質またはペプチドに対して指向される抗体を記載する。当業者はまた、J．Sambrookら（1989，”Molecular Cloning，A Laboratory M anual”第２版、Cold Spring Harbor Laboratory，Cold Spring Harbor，N.Y）から、新規のタンパク質またはペプチドをコードするポリヌクレオチドを調整する方法に精通している。特に、当業者は、遺伝コードに基づいて、配列表に記載のペプチドをコードするヌクレオチド配列を知っている。特に、Helicobacter p yloriにおける異なるコドンの使用頻度についての規則に従って、最も頻繁に生じるヌクレオチド配列が好ましい。これらのヌクレオチド配列は、例えば、化学ポリヌクレオチド合成（例えば、E．UhlmannおよびA．Peyman(1990)，Chemical Reviews，543-584，第90巻、第４号を参照のこと）の手段によって調製され得る。例えば、これらの規則に従って調製されているオリゴヌクレオチドは、公知の方法（J．Sambrookら、1989，“Molecular Cloning，A Laboratory Manual”，第２版、Cold Spring Harbor Laboratory，Cold Spring Harbor，NY）を用いて、Helicobacter pylori遺伝子ライブラリーをスクリーニングするために使用され得る。さらに、基準として配列データを得て、抗血清を得るために使用されるペプチドが合成され得る。次いで、遺伝子発現ライブラリーは、これらの抗血清を用いてスクリーニングされ得る。次いで、これらの異なるスクリーニング方法から得られるクローンは、挿入されたDNAフラグメントを単離しそして配列決定することによって、タンパク質のN-末端の配列決定されたタンパク質セグメントをコードするDNA配列セグメントを同定するために、使用され得る。挿入されたDNAフラグメントが、任意の特定のタンパク質をコードする完全な遺伝子を含まない場合、これらのDNAフラグメントは、他の遺伝子ライブラリーをスクリーニングすることによって、完全な遺伝子を単離するために使用され得る。次いで、この様式で完全に単離された遺伝子が、当該分野に従って、対応するタンパク質を得るために種々の周知の系において発現され得る。配列番号５、７、８、10、12、および15のN-末端配列から推定されるオリゴヌクレオチドを用いて、配列番号５、８、10、12、および15に対応する遺伝子が単離され、そして配列番号20（カタラーゼ）、24（50kDの膜タンパク質）、25（42 kDのタンパク質）、26（36/35/32kDのタンパク質）、および23（28kDのタンパク質）として特定される。HopCをコードする遺伝子は、オリゴヌクレオチド７を用いて単離され得なかった。しかし、オリゴヌクレオチド７は、配列番号21（HopX ）として特定される相同の遺伝子とハイブリダイズする。このファミリーに所属する２つのさらなる遺伝子が単離され得、そして配列番号21（HopY）および配列番号22（HopZ）として特定される。別のアプローチは、例えば、配列番号27の同定を可能にする、インターネット上のH．pyloriの完全なゲノム配列への最近のアクセスによって得られる。新規のタンパク質、ペプチド、抗体、およびポリヌクレオチド、ならびにそれらの発現産物が、当業者に公知の方法に従って、薬学的組成物（特にワクチン）または診断薬剤を調製するために、現在使用され得る。一方において、可能な場合、全てのH．pylori株において生じ、また他方において、感染防御抗体の形成についてもたらされるタンパク質のこれらの領域は、ワクチンを調製するのに特に適している。細菌の表面から突出する領域に与えられることが、特に好ましい。このようなワクチンは、予防薬（感染を予防するため）または治療薬（感染後の疾患を処置するため）のいずれかであり得る。これらのワクチンは、抗原、または通常「薬学的に受容可能なキャリア」と組み合わせた抗原を含む。これは、それ自身が組成物を受ける個体に有害な抗体の産生を誘導しない任意のキャリアを含む。適切なキャリアは、代表的には、大きなゆっくりと代謝される巨大分子（例えば、タンパク質、多糖類、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、ポリマー性アミノ酸、アミノ酸コポリマー、脂質凝集体（例えば、オイル滴またはリポソーム））、および不活性ウイルス粒子である。このようなキャリアは、当業者に周知である。さらに、これらのキャリアは、免疫刺激剤（「アジュバント」）として機能し得る。さらに、抗原は、細菌性トキソイド（例えば、ジフテリア、破傷風、コレラ、H．pyloriなどの病原体由来のトキソイド）に結合され得る。組成物の効果を増大させる好ましいアジュバントは、以下を含むがこれらに限定されない：（１）アルミニウム塩（alum）（例えば、水酸化物アルミニウム、リン酸アルミニウム、硫酸アルミニウムなど）；（２）水中油エマルジョン処方物（ムラミルペプチド（以下を参照のこと）または細菌細胞壁成分のような他の特定の免疫刺激剤を有するかまたは有さない）。例えば、（a）110Y型微小流動化装置（Microfluidics，Newton，MA）のような微小流動化装置を用いてサブミクロン粒子に処方された、MF59（５％Squalene、0.5％Tween 80，および0.5％Sp an 85（必要に応じて種々の量のMTP-PE（以下を参照のこと）を含むが、必要とされない）を含むがこれに限定されないPCT公開第WO 90/14837号に記載されるこれらの処方物、（b）サブミクロンエマルジョンまたは作製するためのボルテックスされた巨大な粒子サイズのエマルジョンのいずれかに微小流動された、SAF （10％Squalane、0.4％Tween 80、５％pluronicブロック化ポリマーL121を含む）、およびthr-MDP（以下を参照のこと）、ならびに（c）２％Squalene、0.2％T ween 80、およびモノリン脂質A（MPL）、トレハロースジミコール酸（TDM）、および細胞壁骨格（CWS）、好ましくはMPL+CWS（DetoxTM）からなる群由来の１つ以上の細菌細胞壁成分を含むRibiTMアジュバント系（RAS）（Ribi Immunochem， Hamilton，MT）；（３）使用され得るStimulonTM（Cambridge Bioscience，Worc ester，MA）またはISCOM（免疫刺激複合体）のようなものから作製される粒子のようなサポニンアジュバント；（４）完全フロイントアジュバント（CFA）および不完全フロイントアジュバント（IFA）；（５）インターロイキン（例えば、IL-1、IL-2、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-12など）、インターフェロン（例えば、γインターフェロン）、マクロファージコロニー刺激因子（M-CSF）、腫瘍壊死因子（TNF）などのようなサイトカイン；ならびに（６）組成物の有効性を増大させるために、免疫刺激剤として作用する他の物質。alumおよびMF59が好ましい。上記のように、ムラミルペプチドは、N-アセチル-ムラミル-Ｌ-スレオニル-Ｄ -イソグルタミン（thr-MDP）、N-アセチル-ノルムラミル-１-アラニル-ｄ-イソグルタミン（nor-MDP）、N-アセチルムラミル-１-アラニル-ｄ-イソグルタミニル-１-アラニン-２-（1'-2'-ジパルミトイル-sn-グリセロ-３-ヒドロキシホスホリロキシ）-エチルアミン（MTP-PE）などを含むがこれらに限定されない。免疫原生組成物（例えば、抗原、薬学的に受容可能なキャリア、およびアジュバント）は、代表的には、希釈剤（例えば、水、生理食塩水、グリセロール、エタノールなど）を含む。さらに、補助物質（例えば、湿潤剤または乳化剤、pH緩衝化物質など）が、このようなビヒクル中に存在し得る。代表的には、免疫原生組成物は、液体溶液または懸濁物のいずれかのような注射剤として調製される；注射前の、その中の溶液または懸濁物に適切な固体形態、液体ビヒクルもまた調製され得る。調製物はまた、薬学的に受容可能なキャリアの下で上記で議論されたように、アジュバント効果を増大させるために、リポソーム中に乳化または包膜化され得る。ワクチンとして使用される免疫原性組成物は、免疫学的に有効な量の抗原ポリペプチド、ならびに必要に応じて、他の上記の成分のいずれかを含む。「免疫学的に有効な量」は、その量の個体への投与（一回用量または一連の部分のいずれかで）が、処置または予防に有効であることを意味する。この量は、処置されるべき個体の健康および体調、処置されるべき個体の分類群（例えば、非ヒト霊長類、霊長類など）、個体の免疫系の抗体を合成する能力、所望される保護の程度、ワクチンの処方、医学的状況の処置医の評価、および他の関連する要因に依存して変化する。量は、日常的な試行を介して決定され得る、比較的広範な範囲に落ち着くことが期待される。免疫原生組成物は、通常非経口的に（例えば、皮下または静脈内のいずれかの注射によって）投与される。投与の他の様式に適したさらなる処方物としては、口腔および肺の処方物、坐薬、ならびに経皮的塗布が挙げられる。投薬処置は、単回用量スケジュールまたは複数回用量スケジュールであり得る。ワクチンは、他の免疫調節剤と組み合わせて投与され得る。それゆえ、本発明は、１つ以上の新規なタンパク質、および／または１つ以上の新規なペプチド、または１つ以上の新規な抗体、または１つ以上の新規なポリヌクレオチド、または１つ以上の新規なポリヌクレオチドの発現産物を含む、薬学的組成物、特にワクチン、ならびに診断薬剤を記載する。例えば、本発明によって、DNAワクチンはポリヌクレオチドに基づいて調製され得るか、または診断薬剤はポリメラーゼ連鎖反応に基づいて調製され得る（PC R診断）か、または免疫試験（例えば、ウエスタンブロット試験または酵素免疫試験（ELISA））は、抗体に基づいて調製され得る。さらに、新規なタンパク質もしくはペプチド、またはそれらの免疫原性部分は、特に、それらが明瞭に決定されたアミノ酸の連続した配列を含み、最小５アミノ酸の長さ、好ましくは６アミノ酸を有する場合、そして特に、配列番号１、２、３、６、10、11、12、14、 15、16、および19を有する新規なペプチドならびに配列番号20、21、22、23、24 、25、26、および27のDNA配列によってコードされるペプチドまたはタンパク質（少なくとも10の連続するアミノ酸）の場合、免疫する哺乳動物のための抗原として使用され得る。この文脈において、H．pyloriカタラーゼに特異的な２つのC -末端領域C1およびC2（実施例６を参照のこと）はまた、免疫源として使用され得る。免疫化によって形成される抗体、または組換えDNA法によって調製される抗体（例えば、Winter G.およびMilstein C.(1991)Nature，293-299,第349巻を参照のこと）は、特に、粘膜表面への細菌の付着を阻害し得、細菌を除去する目的のマクロファージを誘引し得、そして細菌を溶解させる目的の補体系を活性化させ得る。以下の実施例は、本発明の明確化を意図される。実施例実施例１： Helicobacter pyloriの培養 H．pylori株ATCC43504を、微小好気条件下で（Beton & DickinsonからのBBL J ar/Campy Pak Plus）、５％ウマ血液を含むColumbia寒天プレートで継代した（4 8時間インキュベーション、37℃）。３つのプレートを、500mlフロースポイラー（flow-spoiler）フラスコ（100mlのColumbia培地、７％FCS）に播種する際に洗い落とした；インキュベーション（BBL Jar/Campy Pak Plus；48時間、37℃、90 rpm）の間、OD₅₉₀は0.3から2.0に上昇した。細菌を、10,000rpmでの遠心分離によって収集し、そして生理的塩化ナトリウム溶液で２回洗浄した。実施例２： Helicobacter pyloriの外膜タンパク質の単離び外膜タンパク質を有する外膜タンパク質画分の調製を、Blaserらの方法を用いて行った。この方法において、細菌培養物を後期対数増殖期に収集し、10mM Tri ologie und Analytik(IMA)，Germany）中で、４℃にてガラスビーズとともに、4 000rpmで15分間破壊する。その後、ガラスビーズを濾過によって除去し、そして細菌懸濁物を、インタクトな細胞を除去するために、5000gで20分間遠心分離する。細胞壁を、100,000gで60分間、および４℃にて遠心分離することによって上清を除いてペレット化する。得られたペレットを、７mM EDTA中の１％ Sarkos ４℃にて遠心分離することによってペレット化し、そしてペレットを滅菌蒸留水に再懸濁する；次いで、上清を-20℃で保存する。実施例３： SDSポリアクリルアミドゲル電気泳動およびブロッティングゲル調製および電気泳動を、BioRad（Munich）Protean II xiスラブセル装置で行った。使用した化学物質、およびポリアクリルアミドモノマー（0.8％ビスアクリルアミドを含む30％溶液として）を、Oxford GlycoSystems（Oxford，UK ）から入手した。10％の標準ゲルに加えて、８％および16％のポリアクリルアミド含有量を含むゲルもまた、それぞれ、高分子量および低分子量の範囲の分離を行うために特別に使用した。ゲルの厚さは１mmであった。ゲルの調製に使用される過硫酸アンモニウムの所望されない酸化特性を排除するために、ゲルの全てのウェルを、50pM L-メチオニン／μｌを含む溶液で満たし、そして一晩放置した。溶液を次の日に吸い出した後、そして各ウェルを各場合において10μｌのこの溶液に再び１回満たした後、予備的な電気泳動を開始する。この予備的処理は、タンパク質のメチオニン残基が酸化されるのを防ぎ、それにより必要ならば実施されるべきBrCNでのタンパク質切断（Met切断部位）を可能にする。膜タンパク質画分出発物質を、63mmol/l Tris緩衝液（pH6.8）中の 1.5％SDS、2.5％メルカプトエタノール、５％グリセロール、およびブロモフェノールブルーに溶解させ、そしてSDSポリアクリルアミドゲル電気泳動によって分画する。 BioRad（Munich）Trans Blot SD装置で、改変された条件下で行う。タンパク質転移を完全にするために、0.005％SDSを陽極緩衝液に添加し、それによりゲル中のSDSの迅速すぎる低下を相殺する。陽極側での６つのフィルター紙（この緩衝液で浸漬する）の使用を、この点について至適な結果を与えることを見いだす。次いで、ブロットを、R．Westermeierのプロトコル（Elektrophorese Praktik um(Electrophresis Laboratory Manual)VCH Verlag Weinheim，1990，ISBN 3-52 7-28172-X）を用いて、アミドブラックで染色した。実施例４： N-末端エドマン分解エドマンアミノ酸分解、およびPTHアミノ酸の決定を、オンライン120A HPLCアナライザーを有する477 A液相シーケンサー（ABI）において行った。分析のために、各場合において、４つのトラックからの対応するバンドをPVDF 膜に切り出し、そして洗浄工程の後に、ABIによって推奨されるように、配列決定した。配列決定工程の数は、５〜25であった（配列決定のために入手可能な物質の量に依存する）。 CysおよびTrp PTHアミノ酸は、選択された条件下では検出され得ない。実施例５：サザンブロット分析を介して遺伝子ライブラリーをスクリーニングするため、およびDNAフラグメントを同定するためのオリゴヌクレオチドの推定以下のオリゴヌクレオチドを、配列番号５、７、８、10、12、および15の得られたN-末端配列から推定した：オリゴヌクレオチドを、Helicobacter pyloriの種特異的コドン使用頻度（19 の公知のH．pylori遺伝子から決定されている）を用いて、ならびに塩基アデニン（A）、シトシン（C）およびチミン（T）と安定に塩基対合し得る塩基イノシン（I）（各場合において２本の水素架橋を有する）を用いて推定した。推定を行う場合、コドンの縮重を可能な限り低く保った。実施例６：配列番号５、７、８、10、12、および15のペプチド配列から推定されるオリゴヌクレオチドを用いる遺伝子の単離および特徴付け配列番号５、７、８、10、12、および15のペプチド配列から推定されているオリゴヌクレオチドを、Boehringer Mannheimによって製造されたキット（DIG Oli gonucleotide 3'-End Labelling Kit）を用いてジゴキシゲニン（DIG）で標識し、そしてStratageneによって製造されたキット（Predigested ZAP Express^TM Ba mHI/CIAP Vector Cloning Kit）を用いて調製されているH．pylori遺伝子ライブラリーを32℃にて標準的な条件下でスクリーニングするのに使用した。オリゴヌクレオチド１、３、および６を用いて、配列番号５、８、および15のペプチド配列をコードする配列を含むDNAフラグメントを有するクローンを同定することが可能であった。オリゴヌクレオチド２は、配列番号７の相同配列をコードするDN Aフラグメントとハイブリダイズした。オリゴヌクレオチド４および５を用いて、そのDNAフラグメントが配列番号10 および12をコードしないクローンを単離することが唯一可能であった。このことは、これらのオリゴヌクレオチドおよびλZAP発現遺伝子ライブラリーから単離されているクローンを、サザンブロット分析に使用した理由である。サザンブロット分析、オリゴヌクレオチドとハイブリダイズするがスクリーニングから得られたDNAフラグメントとはハイブリダイズしないDNAフラグメントの明確な同定を可能にした。これらのDNAフラグメントとともに、各場合において、１つのサブ遺伝子ライブラリーを、λZAP発現ベクターにおいて調製し、そして各サブ遺伝子ライブラリーを、オリゴヌクレオチド４および５でスクリーニングした。このことは、配列番号10および12の配列をコードするDNAフラグメントを有するクローンの同定を可能にした。制限酵素Sau3AI、AluI、およびHaeIIIを用いるH．pylori DNAの部分消化は、ベクターλTriplex（Clontech）における遺伝子ライブラリーを確立するために使用したDNAを生じた。これらの遺伝子ライブラリーを、標準的な方法を用いて上記のDNAフラグメントの完全な遺伝子を単離するための開始物質として使用した。配列番号20は、H．pyloriのカタラーゼをコードするDNA配列を記載する。ヌクレオチド領域337〜378は、オリゴヌクレオチド１とのハイブリダイゼーション部位を記載する。H．pyloriのカタラーゼ遺伝子は、1996年に、Stefan Odenbreit 載されており、それゆえ新規ではない。しかし、Escherichia coli、Bacillus f irmus、B．subtilis A、B．subtilis B、ラット、マウス、ウシ、ヒト、Staphyl ococcus violaceus、Haemophilus influenzae、B．fragilis、Pseudomonas mira bilis、B．pertussis、およびP．syringaeのカタラーゼのアミノ酸配列と、H．p yloriのアミノ酸配列とを比較した場合、２つのC-末端領域C1（RDPKFNLAHIEKEFE VWNWDYRA）およびC2（EKHQKMMKDMHGKDMHHTKKKK）を同定することが可能である。これらの領域は、H．pyloriカタラーゼに特異的である。これらの２つのペプチドを、標準的な技術を用いて合成し、KLHにカップリングさせ、そしてウサギを免疫化するのに使用した。これらのウサギは、２つのペプチドに対する抗体を生じた。この抗体は、ウエスタンブロット分析において、組換え技術によって産生されたH．pyloriカタラーゼと反応した。これらのH．pyloriカタラーゼ特異的領域は、おそらく、自己免疫反応の複合問題を回避するワクチンを開発するため、またはH．pyloriカタラーゼと特異的に反応する診断薬剤の開発に使用され得る。配列番号21は、オリゴヌクレオチド２とのハイブリダイゼーションによって同定されたヌクレオチド配列を記載する。このオリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド1240〜1284の配列とハイブリダイズした。これは、ポーリンHopC（Exnerら、1 995）に相同であり、そして公開されたアミノ末端配列EDDGGFFTVGYQLGQVMQDVQNP Gと１、２、３、４、９、10、11，12、14、18、および22の位置で同一である配列をコードする。ポーリンHopA、HopB、HopC、およびHopDは、20のN-末端アミノ酸の９位で同一のアミノ酸を有する（Exnerら、1995）。これらの位置のうちの８つにおいて、本明細書に記載される配列においてもまた同一の位置が存在する：９番目の位置において、保存されたアミノ酸の交換が存在する（Val→Ile）。従って、本明細書に記載されるタンパク質はこの群のポーリンの同等の部分であると仮定され得る；それゆえ、このタンパク質をHopXと称した。相同性データに基づいて、そして決定したN-末端配列に基づいて、そして核酸配列から推定したN-末端タンパク質配列の疎水性に基づいて、推定したタンパク質はシグナル配列を有すると結論し得る。428アミノ酸を有する成熟タンパク質は、47.3kDの分子量および10.0の等電点を有する。さらなるオープンリーディングフレームが、HopXをコードする遺伝子の上流に見い出された。このさらなるオープンリーディングフレームは、HopXに相同である（34％の同一性）タンパク質をコードする。それゆえ、これをHopYと称した。今日までに見いだされた遺伝子領域は、このタンパク質の361のC-末端アミノ酸をコードする。未だ未知の遺伝子領域は、現在、標準的な技術を用いて単離している。従って、本発明者らは、直列に連結される、少なくとも２つのポーリンをコードするH．pyloriの遺伝子領域を同定した。配列番号22は、スクリーニングプロセスの間に付随して単離しそして配列決定したヌクレオチド配列を記載する。推定したアミノ酸配列は、HopX（33％の同一性）およびHopY（28％の同一性）との高い相同性を示すタンパク質の392のC−末端残基をコードする。それゆえ、これをHopZと称した。このタンパク質のN-末端部分をコードする遺伝子領域を、現在単離している。配列番号23は、今までに記載されていないタンパク質をコードするDNA配列を記載する。ヌクレオチド領域696〜767は、オリゴヌクレオチド６とのハイブリダイゼーション部位を記載する。決定されているN-末端タンパク質配列（最初の２つの位置のアミノ酸を明白に決定できなかった）に基づいて、そして核酸から推定したN-末端タンパク質配列の疎水性に基づいて、推定したタンパク質は、17アミノ酸のシグナル配列を有すると結論し得る。231アミノ酸の成熟タンパク質は、26.4kDの分子量および10.3の等電点を有する。従って、分子量は、SDSゲル電気泳動によって決定された28kDの分子量と非常に近い。推定したアミノ酸配列は、タンパク質HopX、HopY、およびHopZの配列と相同であり、GCG Bestfit Progra mmeで決定した同一性の値はそれぞれ、41％、38％、および41％である。従って、28kDのタンパク質はまた、ポーリンまたはポーリン様タンパク質のファミリーの一部であるようである。配列番号24は、非熱変性性の50kDの膜タンパク質をコードするDNA配列を記載する。このタンパク質は、Exnerら（1995）によって最初に記載され、このタンパク質のN-末端配列が決定された。次いで、本発明者らによって記載されるアプローチを用いて、本発明者らは、配列番号８で、Exnerら（1995）によって記載された配列と同一であるN-末端配列を示し得た。次いで、オリゴヌクレオチド３（これは、実施例５に例示される方法を用いて推定し、そして上記の方法を用いてH．pylori遺伝子ライブラリーをスクリーニングするのに使用した）の助けを借りて、50kDの膜タンパク質をコードするDNAフラグメントを同定し得た。次いで、他の標準的な方法を用いて、配列番号24（これは、56.3kDの分子量および9. 75の等電点を有する499アミノ酸の成熟タンパク質をコードする）に記載した核酸配列を決定し得た。N-末端配列決定手順のデータおよびN-末端配列の疎水性に起因して、29アミノ酸のシグナル配列を仮定する。アミノ酸残基236〜254は、膜貫通領域として作用するに十分大きな疎水性領域を含む。このようなデータに基づいて、そしてエピトープ分析のための標準的な方法を用いて、細菌の表面に示され得る領域を同定し得る。このような領域は、ワクチンまたは診断薬剤の開発に使用され得る。配列番号25は、オリゴヌクレオチド４とのハイブリダイゼーションの手段によって同定した2825bpのサイズのDNA配列を記載する。オリゴヌクレオチド４は、配列番号10から推定した。オリゴヌクレオチド４は、配列番号25の記載された配列のヌクレオチド領域897〜923とハイブリダイズした。このタンパク質はシグナル配列を有さない。配列番号25のコード領域は、43.6kDの分子量および5.0の等電点を有する399アミノ酸のタンパク質をコードする。BLASTPプログラム（S.F． Altschulら、1990，J．Mol．Biol．215，403-410）を用いる相同な配列についての検索は、延長因子TUとしてH．pyloriの42kDの抗原を同定した。同一性の最大のパーセンテージ（89％）を、Wolinella succinogenes（W．Ludwigら、1993，A ntonie van Leeuwenhoek 64，285-305）由来の延長因子TUで見いだした。配列番号26は、オリゴヌクレオチド５とハイブリダイズする2182bpのサイズの DNA配列を記載する。オリゴヌクレオチド５は配列番号12から推定した。オリゴヌクレオチド５は、524位から始まる遺伝子ライブラリーのSau3AIフラグメント（１〜575位）とハイブリダイズした。異なるDNAライブラリーの特異的なオリゴヌクレオチドでのスクリーニングは、配列番号26に記載される完全な遺伝子の単離を可能にした。配列番号12からのアミノ酸と同一であるアミノ酸配列を、配列番号26から推定し得る。タンパク質配列決定および推定されるN-末端配列の疎水性の両方は、抗原がシグナル配列を有すると結論するのを可能にする。成熟タンパク質は、36.1kDの分子量および9.95の等電点を有する328アミノ酸残基からなる。相同なタンパク質は、BLASTPプログラム（S.F．Altschulら、1990）を用いて同定されなかった。配列番号20〜26に記載される配列は、H．pylori株ATCC 43504の抗原をコードするヌクレオチド配列を示す。しかし、H．pyloriについては、同一の抗原間の異種性は種々の株間で存在し得ることが知られている。それゆえ、本発明者らは、配列番号21〜26に記載される配列のみでなく、本明細書中に記載される配列と相同である他のH．pylori株の配列もまたさらに請求する。実施例７ゲノム配列へのアクセスを用いた、表１a〜１cに列挙されるペプチド配列に対応するH．pylori由来の遣伝子の同定および単離 The Institute for Genomic Reserch（TIGR）は、1997年６月24日に、H．pylo ri由来のDNA配列を公開した。この新たな情報は、インターネット上で「www.tig r.org」でアクセスされ得る。TBLASTNプログラム（Altschulら、1997，Nucleic Acids Research 25（印刷中））を用いて、表１a〜１cに列挙されるペプチド配列を、H．pylori株26695の全ての６つのリーディングフレームから推定されるアミノ酸配列データに整列し得る。ゲノムDNA配列にアクセスすると、整列したアミノ酸配列に対応するDNA配列を、GCG（Genetic Computer Group）プログラムを用いて同定し得る。このアプローチは、例えば、配列番号19について示される。配列番号19の配列は、TBLASTNプログラムを用いて、非常に類似の配列に整列した。配列番号27は、ゲノム配列の843212位と843691位との間に配置されたH．pyl ori遺伝子（26695株）のコード領域からの核酸配列および推定アミノ酸配列を記載する。このタンパク質はシグナル配列を有さない。配列番号19のN-末端配列は、アミノ酸残基１〜15の推定アミノ酸配列のN-末端領域に高度に相同である。１つの異なるアミノ酸残基のみが、４位に存在する：整列化によって見いだされるヌクレオチド配列は、N-末端配列決定によって決定されたAsn残基の代わりにこの位置にSer残基をコードする。このことは、株特異的差異によって説明され得る。配列番号27中の同定した核酸配列は、18.2kDの分子量および7.2の等電点を有する159アミノ酸残基のタンパク質をコードする。この分子量は、SDSポリアクリルアミドゲル電気泳動から決定された17kDの分子量と非常に近い。BLASTPプログラム（S.F．Altschulら、1990）を用いての相同配列についての検索は、17kD の抗原が、異なる細菌由来の「ヒドロキシミリストール（hydroxymyristol）（アシルキャリアタンパク質）デヒドラターゼ」に非常に相同であることを示す。

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁷ 識別記号ＦＩテーマコート゛(参考）Ａ６１Ｋ 39/395 Ａ６１Ｋ 48/00 48/00 Ａ６１Ｐ 1/04 Ａ６１Ｐ 1/04 35/00 35/00 Ｃ０７Ｋ 14/205 Ｃ０７Ｋ 14/205 16/12 16/12 Ｃ１２Ｐ 21/08 Ｃ１２Ｐ 21/08 Ｇ０１Ｎ 33/53 ＤＧ０１Ｎ 33/53 Ａ６１Ｋ 37/02

Claims

【特許請求の範囲】１．Helicobacter pylori（H．pylori）由来のタンパク質であって、表１a〜１c の配列番号１、２、３、６、10、11、12、14、15、16、17、18、および19から選択されるペプチド配列の１つ、または最小５アミノ酸の長さを有するそれらの一部もしくはホモログを含む、タンパク質。２．前記ペプチド配列がN-末端配列であることによって特徴づけられる、請求項１に記載のタンパク質。３．請求項１または２に記載のタンパク質であって、表１aの配列番号１を有するペプチド配列を含むタンパク質が約250kDの分子量を有し、表１aの配列番号２を有するペプチド配列を含むタンパク質が約110kDの分子量を有し、表１aの配列番号３を有するペプチド配列を含むタンパク質が約100kDの分子量を有し、表１a の配列番号６を有するペプチド配列を含むタンパク質が約60kDの分子量を有し、表１bの配列番号10を有するペプチド配列を含むタンパク質が約42kDの分子量を有し、表１bの配列番号11を有するペプチド配列を含むタンパク質が約42kDの分子量を有し、表１bの配列番号12を有するペプチド配列を含むタンパク質が約32k d〜約36kDの分子量を有し、表１cの配列番号14を有するペプチド配列を含むタンパク質が約30kDの分子量を有し、表１cの配列番号15を有するペプチド配列を含むタンパク質が約28kDの分子量を有し、表１cの配列番号16を有するペプチド配列を含むタンパク質が約28kDの分子量を有し、表１cの配列番号17を有するペプチド配列を含むタンパク質が約25kDの分子量を有し、表１cの配列番号18を有するペプチド配列を含むタンパク質が約25kDの分子量を有し、そして表１cの配列番号19を有するペプチド配列を含むタンパク質が約17kDの分子量を有することによって特徴づけられる、タンパク質。４．前記タンパク質が膜タンパク質であるか、または膜と堅固に会合されていることによって特徴づけられる、請求項１〜３のいずれか１つに記載のタンパク質。ク質であることによって特徴づけられる、請求項１〜４のいずれか１つに記載のタンパク質。６．請求項１〜５のいずれか１つに記載のタンパク質であって、以下の手順工程：（a）差次的可溶化（differential solubilization）によってタンパク質を単離する工程；（b）ゲル電気泳動法によって工程（a）で単離されたタンパク質を分離する工程；および（c）工程（b）で分離されたタンパク質を単離する工程、によって得られ得る、タンパク質。によって特徴づけられる、請求項６に記載のタンパク質。８．１つ以上のSDSポリアクリルアミドゲル電気泳動による分離によって得られ得ることによって特徴づけられる、請求項６または７に記載のタンパク質。９．異なるポリアクリルアミド含量を有するいくつかのSDSポリアクリルアミドゲル電気泳動によって得られ得ることによって特徴づけられる、請求項８に記載のタンパク質。１０．前記ポリアクリルアミドゲル含量が、約８％、10％、または16％であることによって特徴づけられる、請求項８または９に記載のタンパク質。１１．表１a〜１cの配列番号１、２、３、６、10、11、12、14、15、16、17、18 、または19に記載のアミノ酸を有するか、または最小５アミノ酸の長さを有するそれらの一部もしくはホモログを有する、ペプチド。１２．請求項１〜１０のいずれか１つに記載の１つ以上のタンパク質および／または請求項１１に記載の１つ以上のペプチドに対する、抗体。１３．請求項１〜１０のいずれか１つに記載の１つ以上のタンパク質または請求項１１に記載の１つ以上のペプチドをコードする、ポリヌクレオチド。１４．請求項１〜５のいずれか１つに記載のタンパク質を調製するプロセスであって、以下の手順工程：（a）差次的可溶化によって該タンパク質を単離する工程；（b）工程（a）で単離されたタンパク質をゲル電気泳動法によって分離する工程；および（c）工程（b）で分離されたタンパク質を単離する工程、が行われることによって特徴づけられる、プロセス。によって特徴づけられる、請求項１４に記載のプロセス。１６．化学的ペプチド合成が行われることによって特徴づけられる、請求項１１に記載のペプチドを調製するプロセス。１７．請求項１３に記載のポリヌクレオチドが発現されることによって特徴づけられる、請求項１〜１０のいずれか１つに記載のタンパク質または請求項１１に記載のペプチドを調製するプロセス。１８．薬学的組成物または診断薬剤を調製するための、請求項１〜１０のいずれか１つに記載の１つ以上のタンパク質、請求項１１に記載の１つ以上のペプチド、請求項１２に記載の１つ以上の抗体、または請求項１３に記載の１つ以上のポリヌクレオチドの使用。１９．請求項１〜１０のいずれか１つに記載の１つ以上のタンパク質、および／または請求項１１に記載の１つ以上のペプチド、または請求項１２に記載の１つ以上の抗体、または請求項１３に記載の１つ以上のポリヌクレオチド、あるいはそれらの発現産物を含む、薬学的組成物。２０．前記薬学的組成物がワクチンとして使用されることによって特徴づけられる、請求項１９に記載の薬学的組成物。２１．請求項１〜１０のいずれか１つに記載の１つ以上のタンパク質、および／もしくは請求項１１に記載の１つ以上のペプチド、請求項１２に記載の抗体、または請求項１３に記載の１つ以上のポリヌクレオチド、あるいはそれらの発現産物を含む、診断薬剤。２２．配列番号21、22、23、24、25、26、および27から推定されるペプチド配列の１つ、または最小５アミノ酸の長さを有するそれらの一部もしくはホモログを含む、H．pylori由来のタンパク質。２３．配列番号21、22、23、24、25、26、または27から推定されるペプチド配列の１つ、または最小５アミノ酸の長さを有するそれらの一部もしくはホモログを有する、ペプチド。２４．配列番号20のペプチド配列またはそのホモログのC-末端領域から選択される、ペプチド。２５．前記ペプチドが、RDPKFNLAHIEKEFEVWNWDYRAおよびEKHQKMMKDMHGKDMHHTKKK K、またはそれらの一部もしくはホモログから選択される、請求項２４に記載のペプチド。２６．請求項２２に記載の１つ以上のタンパク質および／または請求項２３〜２５のいずれか１つに記載の１つ以上のペプチドに対する、抗体。２７．請求項２２に記載の１つ以上のタンパク質または請求項２３〜２５のいずれか１つに記載の１つ以上のペプチドをコードする、ポリヌクレオチド。２８．請求項１３または２７に記載のポリヌクレオチドで形質転換された、宿主細胞。２９．請求項２８に記載の宿主細胞から発現される、発現産物。３０．請求項２２に記載の１つ以上のタンパク質、および／もしくは請求項２３〜２５のいずれか１つに記載の１つ以上のペプチド、または請求項２６に記載の１つ以上の抗体、または請求項２７に記載の１つ以上のポリヌクレオチド、あるいはそれらの１つ以上の発現産物を含む、薬学的組成物。３１．前記薬学的組成物がワクチンとして使用されることによって特徴づけられる、請求項３０に記載の薬学的組成物。３２．前記薬学的組成物がヌクレオチド配列を含む場合に、該薬学的組成物がDN Aワクチンとして使用されることによって特徴づけられる、請求項３０または３１に記載の薬学的組成物。３３．請求項２２に記載の１つ以上のタンパク質、および／または請求項２３〜２５のいずれか１つに記載の１つ以上のペプチド、もしくは請求項２６に記載の１つ以上の抗体、または請求項２７に記載の１つ以上のポリヌクレオチド、またはそれらの１つ以上の発現産物を含む、診断薬剤。３４．請求項２２に記載の１つ以上のタンパク質、請求項２３〜２５のいずれか１つに記載の１つ以上のペプチド、請求項２６に記載の１つ以上の抗体、または請求項２７に記載の１つ以上のポリヌクレオチド、またはそれらの１つ以上の発現産物の、薬学的組成物または診断薬剤としての使用。