JP2001017187A - C型肝炎ウイルス細胞培養系、c型肝炎ウイルス−rna−構築物、細胞培養系または構築物の使用、c型肝炎ウイルス−rna−構築物の細胞培養に適合した突然変異体を獲得する方法、c型肝炎ウイルス−全長ゲノム、c型肝炎ウイルス−部分ゲノム、または任意のc型肝炎ウイルス−構築物の突然変異体の製法、細胞培養に適合したc型肝炎ウイルス−構築物、その突然変異体、c型肝炎ウイルス−全長ゲノムの突然変異体、c型肝炎ウイルス粒子またはウイルス様粒子、およびこれで感染した細胞 - Google Patents

C型肝炎ウイルス細胞培養系、c型肝炎ウイルス−rna−構築物、細胞培養系または構築物の使用、c型肝炎ウイルス−rna−構築物の細胞培養に適合した突然変異体を獲得する方法、c型肝炎ウイルス−全長ゲノム、c型肝炎ウイルス−部分ゲノム、または任意のc型肝炎ウイルス−構築物の突然変異体の製法、細胞培養に適合したc型肝炎ウイルス−構築物、その突然変異体、c型肝炎ウイルス−全長ゲノムの突然変異体、c型肝炎ウイルス粒子またはウイルス様粒子、およびこれで感染した細胞

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Abstract

(57)【要約】 【課題】 HCV−RNA又はHCV−抗原を直接、信
頼できるかつ実験室で通常の簡単な方法で検出できる細
胞培養系を提供する。 【解決手段】 HCV特異的RNA断片である5′NT
R、NS3、NS4A、NS4B、NS5A、NS5B
および3′NTRならびに付加的に少なくとも1つの選
択可能なマーカー遺伝子(選択遺伝子)を有するHCV
−RNA−構築物を感染させたヒト肝細胞からなるC型
肝炎ウイルス(HCV)細胞培養系を使用する。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明は、導入されたHCV
−特異的遺伝子材料を含有する、つまりHCV−特異的
遺伝子材料がトランスフェクションされている主に真核
細胞を包含するC型肝炎ウイルス(HCV)細胞培養系
に関する。
【0002】
【従来の技術】C型肝炎ウイルス(HCV)は世界的規
模での慢性及び急性の肝疾患の主要な原因である。たい
ていのHCV感染は認識できる臨床的症状なしで進行
し、感染者の80〜90%が持続的なウイルスキャリア
となり、この持続的ウイルスキャリアの50%が多様な
症状の慢性肝炎になる。この慢性感染者の約20%が1
0〜20年の経過において肝硬変に進行し、その結果第
1次肝細胞ガンが生じることがある。この慢性のC型肝
炎は今日では肝臓移植が主な感染原因である。原因療法
はまだ存在しない。現在提供可能な若干の治療法はイン
ターフェロン−アルファの又はインターフェロン−アル
ファとプリン−ヌクレオシド類似体のリバビリンとから
の組み合わせの高い用量での投与である。全治療者の約
60%がこの治療法に効果を示すだけであり、その際
に、全ての事例の半分以上が治療の中止後に新たなウイ
ルス血症に至る。
【0003】工業国においても、罹患率が高く、慢性感
染の深刻な結果及び原因療法がないために、HCV−特
異的化学療法の発展が製薬学の研究及び開発の重大な目
標である。この際の主要な問題は、今まで、真核細胞中
でのウイルス−複製及び発病の研究を可能にする適当な
細胞培養系がなかったことである。
【0004】血中及び組織中でのわずかなウイルス量の
ため、適当な細胞培養系又は動物モデル(今日までチン
パンジーが唯一可能な試験動物である)がないため、並
びにウイルス様の粒子を製造する有効な系もないため、
HCV−粒子の分子組成は今日まで詳細には研究もしく
は解明されていない。現在存在する結果は次のようにま
とめることができる:HCVは、50〜60nmの粒子
直径及び1.03〜1.1g/mlの平均密度を有する
外被を有するプラス鎖のRNAウイルスである。これは
最初に1989年に分子的にクローニングされ、特性決
定された(Chooet al., 1989: Science, 244, 359-36
2)。このHCV−RNAは約9.6kb(=9600
ヌクレオチド)の長さ及び正の極性を有し、約3010
個のアミノ酸の線状ポリタンパク質をコードする唯一の
オープンリーディングフレーム(ORF = open reading f
rame)を有する(Rice 1996, in Virology, B. N. Fiel
ds,D. M. Knipe, P. M. Howley, Eds. (Lippincott-Rav
en, Philadelphia, PA, 1996), vol. 1, pp. 931-960;
Clarke 1997, J. Gen. Virol. 78, 2397; and Bartensc
hlager 1997, Intervirology 40, 378 and Fig. 1 A参
照)。ウイルス複製においてこのポリタンパク質は細胞
の及びウイルスのプロテアーゼによって成熟した、機能
的に活性のタンパク質の形に分解される。
【0005】ポリタンパク質の中で、タンパク質は次の
ように配列されている(アミノ末端からカルボキシ末端
へ):Core-E1-E2-p7-NS2-NS3-NS4
A-NS4B-NS5A-NS5B。このコア−タンパク
質(Core-Protein)はヌクレオキャプシドの主成分であ
る。糖タンパク質E1及びE2は膜貫通タンパク質であ
り、ウイルス外被の主成分である。このタンパク質は宿
主細胞へのウイルスの付着の際におそらく重要な役割が
あると考えられる。この3種のタンパク質のコア、E1
及びE2はウイルス粒子を構築し、従って構造タンパク
質として表される。タンパク質p7の機能は未だに明ら
かではない。タンパク質NS2はおそらくNS2−3プ
ロテアーゼの接触ドメインであり、これはタンパク質N
S2とNS3との間のプロセシング(Prozesierung)に
関与している。タンパク質NS3は2つの機能を有して
おり、つまり、アミノ末端のドメインにおいてポリタン
パク質プロセシングに不可欠のプロテアーゼ活性を有
し、かつカルボキシ末端のドメインにおいてはおそらく
ウイルスRNAの複製の際に重要な役割があると考えら
れるNTPase/ヘリカーゼ−機能を有する。タンパ
ク質NS4AはNS3−プロテアーゼのコファクターで
ある。タンパク質NS4Bの機能はわかっていない。
【0006】このオープンリーディングフレームは、
5′末端に約340個のヌクレオチドの長さの翻訳され
ない領域(NTR=non-translated region)があり、
これは内部のリボソームエントリー位置(IRES=in
ternal ribosome entry site)として機能し、3′末端
には約230個のヌクレオチドの長さのNTRがあり、
これは高い可能性でゲノム複製にとって重要である。こ
のような3′NTRはPCT/US96/14033の
特許出願の対象である。ポリタンパク質のアミノ末端区
域中の構造タンパク質は、宿主細胞のシグナルペプチダ
ーゼにより分解される。非−構造タンパク質(NS)2
〜(NS)5Bは2つのウイルス酵素によって、つまり
NS2−3及びNS3/4Aプロテイナーゼによってプ
ロセシングされる。このNS3/4Aプロテイナーゼは
NS3のカルボキシ末端の向こう側の全ての分解にとっ
て必要である。NS4Bの役割は未だ明らかではない。
NS5Aは高度にリン酸化されたタンパク質であり、イ
ンターフェロンに対する多様なHCV−遺伝子型の耐性
に関与していると考えられ(Enomoto et al. 1995, J.
Clin. Invest. 96, 224; Enomoto et al. 1996, N. Eng
l. J. Med. 334, 77;Gale Jr. et al. 1997, Virology
230, 217; Kaneko et al. 1994, Biochem. Biophys. Re
s. Commun. 205, 320; Reed et al., 1997, J. Virol.
71, 7187参照)、NS5BはRNA依存性のRNAポリ
メラーゼとして同定された。
【0007】この認識をもとにして、RT−PCR(=
逆転写ポリメラーゼ連結反応)を用いた患者の血清中で
のHCV特異的抗体の検出に基づくか又はHCV特異的
RNAの検出に基づく診断系が開発され、この診断系は
通常の及び/又は規定に従い全ての保存血液において適
用しなければならない。
【0008】Genoms 1989の最初の記載以来、PCR法
を用いてHCVの多数の部分配列及び完全配列がクロー
ニングされ、特性決定された。この配列の比較は、ウイ
ルスゲノムの特にNS5B−遺伝子の領域内での高い変
異性を示し、これは最終的に6つの遺伝子系に分類さ
れ、これらはさらにサブタイプa、b及びcに細分化さ
れる。ゲノムの分散はゲノムにわたって均質に分布して
いない。従って、5′NTR及び3′NTRの一部は高
い確率で維持されているが、一方で特定のコードする配
列、特にコートタンパク質E1及びE2は現在きわめて
著しく変化している。
【0009】クローニングされ、特性決定されたHCV
ゲノムの部分配列及び完全配列はさらに見込みのある抗
ウイルス性治療薬のための適当な攻撃標的として研究さ
れた。この場合、このような攻撃標的として考えられる
3つのウイルス性酵素が発見された。これらは(1)N
S3/4Aプロテアーゼ複合体、(2)NS3ヘリカー
ゼ及び(3)NS5B RNA−依存性RNAポリメラ
ーゼである。NS3/4Aプロテアーゼ複合体及びNS
3ヘリカーゼはすでに結晶化され、その3次元的構造に
関して解明することができており(Kim et al., 1996,
Cell, 87, 343;Yem et al., 1998, Protein Science,
7, 837; Love et al., 1996, Cell, 87,311; Kim et a
l., 1998, Structure, 6, 89; Yao et al., Nature Str
ucturalBiology, 4, 463, Cho et al., 1998, J. Biol.
Chem., 273, 15045)、NS5B RNA依存性RNA
ポリメラーゼの解明が今日までなお成功していない。
【0010】
【発明が解決しようとする課題】この酵素を用いた重要
な攻撃標的は慢性HCV感染の治療法の開発のために定
義されているにもかかわらず、かつ「合理的ドラックデ
ザイン」を用いて並びに「高いスループットスクリーニ
ング」を用いて世界的に適当な阻害剤を集中的に探して
いるにもかかわらず、この治療法の発展は著しい欠乏に
直面している、つまり、HCV−RNA又はHCV−抗
原を直接、信頼できるかつ実験室で通常の簡単な方法で
検出できる細胞培養系又は簡単な動物モデルの欠乏に直
面している。このような細胞培養系の不足は、HCV−
複製の理解が今日までなおも不備でありかつかなりの部
分で未だ仮説であることに対する主要な原因である。
【0011】専門分野の解釈によると、HCVとフラビ
ウイルス及びペスチウイルスとの間に狭い進化的関連が
あり、多様な細胞系において簡単に複製することができ
かつこの場合比較的高い収率が示されている自律複製R
NAについて説明されているにもかかわらず(Khromykh
et al., 1997, J. Virol. 71, 1497; Behrens et al.,
1998, J. Virol. 72, 2364; Moser et al., 1998, J.
Virol. 72, 5318参照)、HCVを用いた同様な試験は
今まで成果がなかった。
【0012】HCV含有の高力価の(hochtitrig)患者
の血清で感染させることができる細胞系又は初代細胞培
養は多様な刊行物から公知であるが(Lanford et al. 1
994,Virology 202, 606; Shimizu et al. 1993, Proced
ings of the National Academy of Sciences, USA, 90,
6037-6041; Mizutani et al. 1996, Journal of Virol
ogy, 70, 7219-7223; M. Ikeda et al. 1998, Virus Re
s. 56, 157; Fournier et al. 1998, J. Gen. Virol. 7
9, 2376及びそこで引用された文献, Ito et al. 1996,
Journal of General Virology, 77, 1043-1054)、ウイ
ルス感染された細胞系又は細胞培養はHCV−RNA又
はHCV−抗原は直接検出されなかった。この細胞中の
ウイルス性のRNAはノーザンブロット(RNAの定量
的検出のための標準的方法)においても検出できず、ウ
ェスタンブロットにおいて又は免疫沈降を用いてもウイ
ルス性タンパク質は検出できない。著しく煩雑でかつ間
接的方法を用いて、HCV複製を証明することができた
にすぎない。この不利な状況は、この公知のウイルス感
染した細胞系又は細胞培養中での複製が全く不十分であ
ることを明らかに示している。
【0013】さらに、Yoo et al. (1995, Journal of V
irology, 69, 32-38)及び Dash etal., (1997, America
n Journal of Pathology, 151, 363-373)の刊行物か
ら、肝癌細胞系を、クローニングされたHCV−ゲノム
のインビトロ転写を用いて得られた合成HCV−RNA
でトランスフェクションできることが公知である。この
2つの文献においてこの著者は、ウイルス性HCV−ゲ
ノムがプラス鎖−RNAであり、このRNAは細胞中へ
導入した後に直接mRNAとして機能し、これにリボソ
ームが付着し、翻訳プロセスの進行においてウイルスタ
ンパク質を形成し、このタンパク質から最終的に新規の
HCV−粒子が形成される(できる)という基本思想か
ら出発している。このウイルス複製、つまり新規に形成
されたHCV−ウイルスもしくはそのRNAは、RT−
PCRを用いて検出された。しかしながら、実施された
RT−PCRの発表された結果は、記載されたHCV−
トランスフェクションされた肝癌細胞内でHCV複製の
効率は著しくわずかであり、見込みのある抗ウイルス療
法を用いた意図的な影響による複製率における変動を質
的に、ましてや定量的に測定するためにはいずれの場合
も不十分である。さらに、先行技術において、高保存
3′NTR(hochkonservierte 3' NTR)はウイルス複
製のために不可欠であることは公知であり(Yanagi et
al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 96, 2291-95, 199
9)、このことはHCV−ゲノムの確かな3′末端を知
らずに試験したためもっぱら短縮された3′NTRを有
するHCV−ゲノムを使用したYoo et al.及びDash et
al.の主張と明らかに矛盾している。
【0014】
【課題を解決するための手段】この課題の解決策は、冒
頭に記載した種類の細胞培養系を提供することにあり、
その際、真核細胞はヒト細胞、特に市販の肝癌細胞系か
ら由来するが、同様に相応する初代細胞培養から得るこ
とができる肝癌細胞であり、その際、導入されたHCV
−特異的遺伝子材料がHCV−RNA−構築物であり、
この構築物は主にHCV−特異的RNA−断片5′NT
R,NS3,NS4A,NS4B,NS5A,NS5B
及び3′NTRを、有利に前記の順序で、及び少なくと
も1つの選択可能なマーカー遺伝子(選択遺伝子)を包
含する。「NTR」は本願明細書中で「非翻訳領域」を
意味し、これは当業者に概念並びに略語として公知及び
周知である。「HCV−RNA−構築物」の概念は本願
明細書において完全なHCV−ゲノムを含有する構築物
でも、単にそのHCV−ゲノムの一部、つまりHCV−
サブゲノムを含有する構築物でもある。
【0015】実際に著しく有利である本発明による細胞
培養系の有利な変異形は、DSMACC2394の番号
の元で(実験室記号HuBl9−13)DSMZ(Deut
sche Sammlung von Mikrooranismen und Zellkulturen
GmbH in Braunschwieg, Deutschland)に寄託されてい
る。
【0016】本発明による細胞培養系を用いて初めて、
HCV−RNAは細胞内で、自律的に及び十分に大量に
複製及び発現され、その結果、HCV−RNA−量並び
にHCV−特異的タンパク質の定量的測定を通常の、信
頼できる正確な生化学的測定方法を用いて実施すること
ができるインビトロ系が提供される。つまり、抗ウイル
ス性医薬の開発及び検査のために必要なほぼ信頼できる
細胞ベース(cell-based)の複製系が提供される。この
試験系は有効なHCV特異的な治療法のための潜在的攻
撃標的を同定し、かつHCV化学療法剤を開発及び評価
することを可能にする。
【0017】本発明は、少なくとも5′及び3′非翻訳
領域(NTR)及び非構造タンパク質(NS)3〜5B
を包含し、さらに選択可能なマーカー遺伝子(選択遺伝
子)を有するHCV−RNA−構築物で細胞をトランス
フェクションした場合に、HCV−RNAの有効な複製
が細胞中で行われるという意想外な認識に基づく。構造
遺伝子が複製の進行のためにあまり重要でなく、他方で
このトランスフェクションされた細胞がHCV−RNA
と結合した選択可能なマーカー遺伝子(選択遺伝子)に
より媒介される永続的な選択圧力を被る場合にのみHC
V−RNAの有効な複製が引き起こされることは明らか
である。マーカー遺伝子(選択遺伝子)は従って、一方
でHCV−RNAを生産複製する細胞の選択を誘発さ
せ、他方でRNA−複製の効率を著しく高めると考えら
れる。
【0018】本発明の対象は、HCV−特異的RNA−
断片5′NTR,NS3,NS4A,NS4B,NS5
A,NS5B及び3′NTRを、有利に前記の順序で包
含し、さらに選択可能なマーカー遺伝子(選択遺伝子)
を包含するセルフリーのHCV−RNA−構築物でもあ
る。
【0019】5′NTRもしくはNS3もしくはNS4
AもしくはNS4BもしくはNS5AもしくはNS5B
もしくは3′NTRの概念は、本願明細書において、先
行技術においてHCVゲノムのそれぞれ該当する機能的
断片についてのヌクレオチド配列として記載されている
各ヌクレオチド配列を表す。
【0020】このようなHCV−RNA−構築物の提供
が、初めて細胞培養中でのHCV−複製、HCV−発病
及びHCV−進化の詳細な分析を可能にする。HCV特
異的なウイルス性RNAは、完全なゲノムとして又はサ
ブゲノムとして、任意の量で意図的に製造でき、RNA
−構築物を操作し、ひいてはHCV−機能を遺伝学的レ
ベルで研究及び解明する可能性が生じる。
【0021】治療法のための主要な攻撃標的として現在
研究されている全てのHCV−酵素、つまりNS3/4
Aプロテアーゼ、NS3ヘリカーゼ及びNS5Bポリメ
ラーゼは本発明によるHCV−RNA−構築物中に含ま
れているため、該当する全ての研究のために使用するこ
とができる。
【0022】実地での適用において著しく良好であるH
CV−RNA−構築物の実施態様は、配列表の配列番号
1によるヌクレオチド配列を包含することを特徴とす
る。実地での使用のために同等に良好な特性を有する他
の実施態様は、配列表の配列番号2又は配列番号3又は
配列番号4又は配列番号5又は配列番号6又は配列番号
7又は配列番号8又は配列番号9又は配列番号10又は
配列番号11によるヌクレオチド配列を包含することを
特徴とする。
【0023】本発明によるHCV−サブゲノム−構築物
は、先行技術において今まで未知のヌクレオチド配列、
つまり次に記載するヌクレオチド配列(a)〜(i)の
グループから選択されるヌクレオチド配列を有する3′
NTRを備えることができる。
【0024】
【外2】
【0025】本発明によるHCV−RNA−構築物中に
含まれる選択可能なマーカー遺伝子(選択遺伝子)は有
利に耐性遺伝子、特に抗生物質耐性遺伝子である。
【0026】これは、例えば抗生物質耐性遺伝子の場合
には該当する抗生物質を細胞培地に添加することによっ
て、この構成物でトランスフェクションされた細胞が、
トランスフェクションされていない細胞から容易に選択
することができるという利点を有する。「抗生物質」と
は本願明細書中ではトランスフェクションされていない
宿主細胞又はHCV−RNAをわずかな効率でしか複製
していない細胞の生存及び成長を阻害する物質、特に細
胞毒、例えばピューロマイシン、ハイグロマイシン、ゼ
オシン(Zeocin)、ブレオマイシン又はブラストサイジ
ンであると解釈される。
【0027】実地において著しく良好であるとされた特
に良好な選択可能なマーカー遺伝子(選択遺伝子)もし
くは耐性遺伝子は、ネオマイシンホスホトランスフェラ
ーゼ遺伝子である。
【0028】抗生物質耐性遺伝子の他のものは、例えば
HAT−選択を用いて実施することができるチミジン−
キナーゼ−遺伝子である。
【0029】選択可能なマーカー遺伝子(選択遺伝子)
もしくは有利なは耐性遺伝子もしくは特に有利な抗生物
質耐性遺伝子のHCV−RNA−構築物中の位置は、有
利にHCV5′NTRの後方に、つまり5′NTRの下
流にもしくはHCV−読み枠の上流にある。しかしなが
ら、3′NTRの領域内又はHCV−ゲノム又はHCV
−サブゲノムの他の部位、例えばポリタンパク質の範囲
内にあることも考えられる。
【0030】本発明によるHCV−RNA−構築物のも
う一つの実施態様において、選択可能なマーカー遺伝子
(選択遺伝子)、特に抗生物質耐性遺伝子は、リボザイ
ムを介してもしくはリボザイムに対する認識部位を介し
てHCV−RNAもしくはHCV−ゲノム配列又はサブ
ゲノム配列と結合している。
【0031】このために、HCV−RNAを産生複製す
るような細胞の選択を行うことにより、そこから得られ
た細胞クローンは耐性遺伝子をHCV−サブゲノム配列
のリボザイム媒介性分解により分離することができるこ
とが、つまりクローニングにより組み込まれたリボザイ
ムの活性化によるか、又はリボザイムに対する認識部位
を有する構築物の場合には細胞中へリボザイムを(例え
ばリボザイム構築物のトランスフェクション又は相応す
るリボザイムが導入されたウイルス性発現ベクターでの
感染により)導入することにより分離できることが有利
である。このように、確かな感染性ウイルス粒子の形成
が可能である耐性遺伝子を有する確かなHCV−ゲノム
−構築物が得られる。
【0032】本発明によるHCV−RNA−構築物のも
う一つの有利な実施態様は、構築物が少なくとも1つの
組み込まれたリポーター遺伝子を有することにより優れ
ている。
【0033】リポーター遺伝子とは、このリポーター遺
伝子の存在で目的生物中へ導入することにより容易に及
び一般的に簡単な生化学的又は組織化学的方法で検出可
能である、つまり少量であっても実験室で通常の測定方
法を用いて簡単でかつ確実に検出及び定量化することが
できるタンパク質をコードするような遺伝子であると解
釈される。
【0034】HCV−RNA−構築物のこの変異形は、
この構築物の複製の程度がリポーター遺伝子産物によっ
て簡単にかつ迅速に実験室で通常の方法により測定でき
るという利点を有する。
【0035】このリポーター遺伝子は、ルシフェラーゼ
遺伝子のグループ、CAT−遺伝子(クロラムフェニコ
ール−アセチル−トランスフェラーゼ−遺伝子)、la
cZ−遺伝子(ベータ−ガラクトシダーゼ遺伝子)、G
FP−遺伝子(緑色−蛍光−タンパク質−遺伝子)、G
US−遺伝子(グルクロニダーゼ遺伝子)又はSEAP
−遺伝子(分泌−アルカリ性−ホスファターゼ−遺伝子
(Sezernerte-Alkalische-Phosphatase-Gen))からの遺
伝子が有利である。このリポーター遺伝子もしくはその
産物、つまり相応するリポータータンパク質は、例えば
蛍光、化学ルミネッセンス、比色法又は免疫法(例えば
ELISA)を用いて測定することができる。
【0036】リポーター遺伝子として、代理マーカー遺
伝子(Surrogatmarkergen)も挙げられる。この遺伝子
は本願明細書において、細胞タンパク質、核酸又は一般
にウイルス複製に依存するバリエーションの影響下にあ
るような機能をコードし、かつその結果HCVもしくは
HCV−RNA−構築物を増幅する細胞中で抑制又は活
性化される遺伝子と解釈される。つまり、この機能の低
下もしくは活性化は、ウイルス複製用のもしくはHCV
−RNA−構築物の複製用の代用マーカーである。
【0037】リポーター遺伝子及び選択可能なマーカー
遺伝子(選択遺伝子)の位置は、両方の遺伝子産物から
形成される融合タンパク質を発現するように選択するこ
とができる。この場合、両方の遺伝子がHCV−RNA
−構築物中に配置されており、両方の発現されたタンパ
ク質は、プロテアーゼ(例えばユビキチン)の切断部位
又は自己切断するペプチド(例えばピコルナウイルスの
2A−タンパク質)を介して融合されていて、後になっ
てタンパク質分解により再び分離されるという有利な可
能性が生じる。
【0038】同様に、この両方の位置は、両方の遺伝子
産物が別々に発現されるように相互に隔てられていても
よい(例えば次の順序:マーカー遺伝子もしくは耐性遺
伝子−内部のリボソーム結合部位−リポーター遺伝
子)。
【0039】リポーター遺伝子の場合には、リポーター
遺伝子がHCV−ゲノム又はHCV−サブゲノムのオー
プンリーディングフレーム中へクローニングにより導入
されていて、つまりタンパク質分解のプロセシングによ
って活性形に変換されるような実施態様が特に有利であ
る。
【0040】全てのバリエーションにおける本発明によ
る細胞培養系は多様な目的のために使用することができ
る。これは次のことを包含する: ・ 抗ウイルス性に作用する物質の探索。これは例え
ば、直接又は間接的にウイルス増加に影響する有機化合
物(例えばウイルス性プロテアーゼ、NS3−ヘリカー
ゼ、NS5B RNA依存性RNAポリメラーゼの阻害
剤)、HCV−RNA−構築物内の任意の標的配列(例
えば5′NTR)にハイブリダイズし、ウイルス増加に
直接又は間接的に影響するアンチセンスオリゴヌクレオ
チド(例えば任意のHCV−RNA−配列を分解し、そ
れによりウイルス複製を妨害するHCV−ポリタンパク
質又はリボエンザイムの翻訳の減少に基づく)。
【0041】・ 細胞培養中での抗ウイルス性に作用す
る各種の物質の評価。このような物質は例えば単離生成
された酵素に関して「合理的ドラックデザイン(ration
al drug design)」を用いて並びに「高いスループット
スクリーニング(high-throughput screening)」を用
いて見出すことができる。評価とは、特に相応する物質
の阻害特性の測定並びにその作用メカニズムの決定であ
ると解釈される。
【0042】・ HCV特異的抗ウイルス療法のための
ウイルス性又は細胞性の起源の新規の攻撃標的の同定。
例えば細胞タンパク質がウイルス増殖のために重要であ
る場合には、この細胞タンパク質の阻害によってウイル
ス増殖に影響を及ぼすことができる。このような補助的
因子の探索は本発明による系を用いて可能である。
【0043】・ 耐性測定のための使用。HCV−ゲノ
ムの高い突然変異誘発率に基づき治療法に対する耐性が
生じることがある。このような耐性は物質の臨床的認可
の際に重要であり、本発明による細胞培養系を用いて測
定できる。HCV−RNA−構築物もしくはHCV−ゲ
ノム又はサブゲノムを複製する細胞系は、相応する物質
の濃度を増加させながらインキュベートし、ウイルスR
NAの複製を導入したリポーターにより又はウイルス性
の核酸又はタンパク質の定性的又は定量的測定により決
定する。HCV−RNAの(例えばRT−PCRを用い
た)再クローニング及び配列分析により治療的耐性に原
因のあるヌクレオチド−もしくはアミノ酸交換率を算出
することができる。
【0044】・ 診断薬の開発及び/又は評価のための
確かなウイルスタンパク質(抗原)の製造。本発明によ
る細胞培養系は細胞培養中でのHCV−抗原の発現を可
能にする。この抗原は、特に診断検出法の構築のために
も使用できる。
【0045】・ 特に治療法及びワクチンの開発及び製
造のため並びに診断目的のためのHCVウイルス及びウ
イルス様粒子の製造。本発明による細胞培養系を用いて
製造することができる特に細胞培養に適合した完全なH
CV−ゲノムは、細胞培養中で高い効率で複製すること
ができる。このゲノムはHCVの全ての機能を有してお
り、従って感染性のウイルスを製造できる。
【0046】想定される本発明によるHCV−RNA−
構築物は、その全てのバリエーションにおいて多方面の
目的のために使用することができる。これには特に次の
ことが属する: ・ 弱毒化C型肝炎ウイルス又はHCV様粒子の構築及
びその細胞培養中での製造:偶然又は意図的に引き起こ
された突然変異、例えば点突然変異、欠失又は挿入によ
り、弱毒化HCV粒子又はHCV様粒子を製造すること
ができる、つまり完全に複製能力を有するが、病原性は
少ないか又は失っているウイルスもしくはウイルス様粒
子を製造することができる。このような弱毒化HCV粒
子又はHCV様粒子は特にワクチンとして使用可能であ
る。
【0047】・ 例えば遺伝子治療における肝細胞特異
的遺伝子輸送体として使用するための外来遺伝子を組み
込まれたHCV−RNA−構築物の構築。HCVの優れ
た向肝細胞性及びそのゲノムの一部を異種配列に置き換
えできるという理由から、例えば構造タンパク質を治療
上有効な遺伝子に置き換えたHCV−RNA−構築物を
製造できる。こうして得られたHCV−RNA−構築物
は欠損するHCV機能、例えば構造タンパク質を構成的
に又は誘導可能に発現する細胞内へ有利にトランスフェ
クションによって導入される。「トランス相補性(Tran
skomplementation)」の概念のもとで当業者に公知のこ
の技術により、HCV−RNA−構築物が組み込まれた
ウイルス粒子を製造することができる。こうして得られ
た粒子は有利に肝細胞に感染させるために使用すること
ができる。この細胞内で治療上有効な外来遺伝子を発現
させ、それにより治療作用を発揮させる。
【0048】・ 生産的なウイルスの増加が行われる許
容細胞の探索。この目的のために、完全な感染性ウイル
スの形成が可能である前記のHCV−RNA−ゲノム構
築物の一つを使用するか、又はこれらの構築物は前記の
HCV−サブゲノム−構築物の一つを使用し前記の例に
従って欠損する機能を構成的に又は誘導可能に発現する
細胞系中へトランスフェクションされる。この全ての場
合に、付加的にHCV−配列に耐性遺伝子及び/又はリ
ポーター遺伝子を有するウイルス粒子が生じる。HCV
を複製することができる細胞を探索するために、この細
胞をこうして製造されたウイルスで感染させ、抗生物質
により選択するか又はHCV−RNA−構築物に依存し
てリポーター遺伝子の発現の検出を調査する。HCV−
RNA−構築物を複製する場合、抗生物質耐性もしくは
リポーター遺伝子の発現は検出可能であるため、こうし
て見出された細胞は許容性でなければならない。このよ
うに、ほぼ任意の細胞系又は初代細胞がその許容性につ
いて試験され、探索される。
【0049】本発明による細胞培養系は、HCV−RN
A−複製の範囲内で偶然に生じるか又はこの構築物中へ
意図的に導入される突然変異に基づき、複製効率の向上
を引き起こすHCV−RNA−構築物の探索を可能にす
る。HCV−RNA−構築物の複製を変化させるこのよ
うな突然変異は、当業者には適合突然変異(adaptiveMu
tationen)として公知である。本発明は従って、細胞培
養に適した突然変異体を獲得する方法でもあり、その
際、この突然変異体はオリジナルのHCV−RNA−構
築物と比べて高められた複製効率を有する。本発明はさ
らに、オリジナルのHCV−RNA−全長ゲノム又はH
CV−RNA−部分ゲノム又はHCV−RNA−構築物
と比較して高められた複製効率を有するHCV−RNA
−全長ゲノム又はHCV−RNA−部分ゲノム又は任意
のHCV−RNA−構築物の突然変異体の製造方法を並
びにオリジナルの構築物、部分ゲノム又は全長ゲノムと
比較して高められた複製効率を有するHCV−RNA−
構築物、HCV−全長ゲノム及びHCV−部分ゲノムを
包含する。
【0050】突然変異体がHCV−RNA−構築物に比
べて高められた複製効率を有する本発明によるHCV−
RNA−構築物の細胞培養に適合した突然変異体を獲得
するための本発明による方法は、導入されたHCV−特
異的遺伝子材料が請求項2から8までのいずれか1項記
載の選択遺伝子を有するHCV−RNA−構築物である
請求項1記載の細胞培養系を、選択遺伝子に応じた選択
培地上/中で培養し、成長した細胞クローンを収穫し、
この細胞クローンからHCV−RNA−構築物を単離す
ることを特徴とする。
【0051】この製造方法の有利な実施態様において、
単離されたHCV−RNA−構築物は新たに少なくとも
1回継代される、つまり請求項1による細胞培養系の細
胞に導入され、導入されたHCV−特異的遺伝子材料が
選択遺伝子を有する単離されたHCV−RNA−構築物
である請求項1によるその際得られた細胞培養系を選択
遺伝子に応じた選択培地上/中で培養し、成長した細胞
クローンを収穫し、このクローンからHCV−RNA−
構築物を単離する。
【0052】この変更された方法を用いて適合突然変異
の程度ひいては複製効率の程度は該当するHCV−RN
A−構築物中でなお高めることができる。
【0053】オリジナルのHCV−全長ゲノム又はHC
V−部分ゲノム又はHCV−RNA−構築物と比較して
高められた複製効率を有するHCV−全長ゲノム又はH
CV−部分ゲノム又は任意のHCV−RNA−構築物の
突然変異体を製造する本発明による方法は、前記の2つ
の製造方法を用いて、HCV−RNA−構築物の細胞培
養に適合した突然変異体を製造し、これを細胞から単離
し、先行技術において公知の方法でクローニングし、配
列決定し、オリジナルのHCV−RNA−構築物のヌク
レオチド配列及びアミノ酸配列と比較して、突然変異の
種類、数、及び位置を決定し、かつこの突然変異を意図
的な突然変異誘発又は該当する突然変異を有する配列断
片の置換により、(単離された)HCV−全長ゲノム又
はHCV−部分ゲノム又は任意のHCV−RNA−構築
物中へ導入することを特徴とする。
【0054】実際に複製を変化させる及び特に複製を向
上させる突然変異の検出もしくは照合のために、特定の
ヌクレオチド置換及び/又はアミノ酸置換をオリジナル
のHCV−RNA−構築物内へ導入し、これを再び細胞
培養中へ導入する試験を実施することができる。導入さ
れた突然変異が実際に複製を向上させる場合には、選択
可能なマーカー遺伝子を有するHCV−RNA−構築物
の場合に、人工的に突然変異誘発された構築物において
耐性の細胞クローンの数が未処理の構築物の際よりも明
らかに高くなる。
【0055】高められた複製効率を有する本発明による
細胞培養に適合したHCV−RNA−構築物は、ヌクレ
オチド置換及び/又はアミノ酸置換により請求項2から
8のいずれか1項記載のHCV−RNA−構築物から誘
導可能であり、2つの前記製造方法を用いて得ることが
できることを特徴とする。
【0056】この細胞培養に適合したHCV−RNA−
構築物は、高められた複製効率を有する任意のHCV−
RNA−構築物又はHCV−全長ゲノム又は部分ゲノム
を製造するために使用することができる。この場合、選
択可能な耐性遺伝子を有する構築物並びにこのような耐
性遺伝子なしのもしくは選択可能なリポーター遺伝子
(例えばルシフェラーゼ)を有する構築物を製造するこ
とができる、それというのも細胞培養に適合したHCV
−RNA−構築物の高い複製効率に基づき、この複製を
選択されていない細胞中でも検出することができるため
である。
【0057】オリジナルのHCV−RNA−構築物又は
オリジナルのHCV−全長ゲノムと比較して高められた
複製効率を有する、HCV−RNA−構築物又はHCV
−全長ゲノム又はHCV−部分ゲノムの本発明による細
胞培養に適合した突然変異体は、細胞培養に適合したH
CV−RNA−構築物中に、配列分析及び配列比較によ
り、突然変異の種類及び数を決定し、この突然変異をH
CV−RNA−構築物中へ、特に請求項2から8までの
いずれか1項記載のHCV−RNA−構築物中へ意図的
な突然変異誘発によるか又は該当する突然変異を有する
配列断片の置換により導入する方法により得られること
を特徴とする。
【0058】高いか又は著しく高い複製効率及び実地の
適用のために著しく良好な適性を有する特に有利なHC
V−RNA−構築物、HCV−全長ゲノム及びHCV−
部分ゲノムのグループは、これが表3に記載した全ての
アミノ酸置換もしくはヌクレオチド置換及び/又は次の
1以上のアミノ酸置換:1283 arg −> gl
y、 1383 glu −> ala、1577 l
ys −> arg、1609 lys −> gl
u、1936 pro −> ser、2163 gl
u −> gly、2330 lys −>glu、2
442 ile −>val(この数はHCV−単離体
con1のポリタンパク質のアミノ酸位置に関する、表
1参照)を有することを特徴とする。
【0059】配列表に示される配列の個々の特性 配列番号:1 名称:I389/Core−3′/wt 構造(ヌクレオチド位置): 1. 1〜341:HCVの5′非翻訳領域 2. 342〜1193:HCVのコアタンパク質−ネ
オマイシンホスホトランスフェラーゼ融合タンパク質;
選択可能なマーカー 3. 1202〜1812:脳心筋炎ウイルスの内部の
リボソーム結合部位;その下流に位置するHCVオープ
ンリーディングフレームの翻訳を可能にする 4. 1813〜10842:コアから非構造タンパク
質5BまでのHCVポリタンパク質 5. 1813〜2385:HCVコアタンパク質;構
造タンパク質 6. 2386〜2961:コートタンパク質1(エン
ベロープタンパク質1);構造タンパク質 7. 2962〜4050:コートタンパク質2(エン
ベロープタンパク質2);構造タンパク質 8. 4051〜4239:タンパク質p7 9. 4240〜4890:非構造タンパク質2(NS
2);HCVのNS2−3プロテアーゼ 10. 4891〜6783:非構造タンパク質3(N
S3);HCVのNS3プロテアーゼ/ヘリカーゼ 11. 6784〜6945:非構造タンパク質4A
(NS4A);NS3プロテアーゼのコファクター 12. 6946〜7728:非構造タンパク質4B
(NS4B) 13. 7729〜9069:非構造タンパク質5A
(NS5A) 14. 9070〜10842:非構造タンパク質5B
(NS5B);RNA依存性RNAポリメラーゼ 15. 10846〜11076:HCVの3′非翻訳
領域 配列番号:2 名称:I337/NS2−3′/wt 構造(ヌクレオチド位置): 1. 1〜341:HCVの5′非翻訳領域 2. 342〜1181:HCVのコアタンパク質−ネ
オマイシンホスホトランスフェラーゼ融合タンパク質;
選択可能なマーカー 3. 1190〜1800:脳心筋炎ウイルスの内部の
リボソーム結合部位;その下流に位置するHCVオープ
ンリーディングフレームの翻訳を可能にする 4. 1801〜8403:非構造タンパク質2から非
構造タンパク質5BまでのHCVポリタンパク質 5. 1801〜2451:非構造タンパク質2(NS
2);HCVのNS2−3プロテアーゼ 6. 2452〜4344:非構造タンパク質3(NS
3);HCVのNS3プロテアーゼ/ヘリカーゼ 7. 4345〜4506:非構造タンパク質4A(N
S4A);NS3プロテアーゼのコファクター 8. 4507〜5289:非構造タンパク質4B(N
S4B) 9. 5290〜6630:非構造タンパク質5A(N
S5A) 10. 6631〜8403:非構造タンパク質5B
(NS5B);RNA依存性RNAポリメラーゼ 11. 8407〜8637:HCVの3′非翻訳領域 配列番号:3 名称:I389/NS3−3′/wt 構造(ヌクレオチド位置) 1. 1〜341:HCVの5′非翻訳領域 2. 342〜1193:HCVのコアタンパク質−ネ
オマイシンホスホトランスフェラーゼ融合タンパク質;
選択可能なマーカー 3. 1202〜1812:脳心筋炎ウイルスの内部の
リボソーム結合部位;その下流に位置するHCVオープ
ンリーディングフレームの翻訳を可能にする 4. 1813〜7767:非構造タンパク質3から非
構造タンパク質5BまでのHCVポリタンパク質 5. 1813〜3708:非構造タンパク質3(NS
3);HCVのNS3プロテアーゼ/ヘリカーゼ 6. 3709〜3870:非構造タンパク質4A(N
S4A);NS3プロテアーゼのコファクター 7. 3871〜4653:非構造タンパク質4B(N
S4B) 8. 4654〜5994:非構造タンパク質5A(N
S5A) 9. 5995〜7767:非構造タンパク質5B(N
S5B);RNA依存性RNAポリメラーゼ 10. 7771〜8001:HCVの3′非翻訳領域 配列番号:4 名称:I337/NS3−3′/wt 構造(ヌクレオチド位置) 1. 1〜341:HCVの5′非翻訳領域 2. 342〜1181:HCVのコアタンパク質−ネ
オマイシンホスホトランスフェラーゼ融合タンパク質;
選択可能なマーカー 3. 1190〜1800:脳心筋炎ウイルスの内部の
リボソーム結合部位;その下流に位置するHCVオープ
ンリーディングフレームの翻訳を可能にする 4. 1801〜7758:非構造タンパク質3から非
構造タンパク質5BまでのHCVポリタンパク質 5. 1801〜3696:非構造タンパク質3(NS
3);HCVのNS3プロテアーゼ/ヘリカーゼ 6. 3697〜3858:非構造タンパク質4A(N
S4A);NS3プロテアーゼのコファクター 7. 3859〜4641:非構造タンパク質4B(N
S4B) 8. 4642〜5982:非構造タンパク質5A(N
S5A) 9. 5983〜7755:非構造タンパク質5B(N
S5B);RNA依存性RNAポリメラーゼ 10. 7759〜7989:HCVの3′非翻訳領域 配列番号:5 名称:I389/NS2−3′/wt 構造(ヌクレオチド位置) 1. 1〜341:HCVの5′非翻訳領域 2. 342〜1193:HCVのコアタンパク質−ネ
オマイシンホスホトランスフェラーゼ融合タンパク質;
選択可能なマーカー 3. 1202〜1812:脳心筋炎ウイルスの内部の
リボソーム結合部位;その下流に位置するHCVオープ
ンリーディングフレームの翻訳を可能にする 4. 1813〜8418:非構造タンパク質2から非
構造タンパク質5BまでのHCVポリタンパク質 5. 1813〜2463:非構造タンパク質2(NS
2);HCVのNS2−3プロテアーゼ 6. 2464〜4356:非構造タンパク質3(NS
3);HCVのNS3プロテアーゼ/ヘリカーゼ 7. 4357〜4518:非構造タンパク質4A(N
S4A);NS3プロテアーゼのコファクター 8. 4519〜5301:非構造タンパク質4B(N
S4B) 9. 5302〜6642:非構造タンパク質5A(N
S5A) 10. 6643〜8415:非構造タンパク質5B
(NS5B);RNA依存性RNAポリメラーゼ 11. 8419〜8649:HCVの3′非翻訳領域 配列番号:6 名称:I389/NS3−3′/9−13F 構造(ヌクレオチド位置) 1. 1〜341:HCVの5′非翻訳領域 2. 342〜1193:HCVのコアタンパク質−ネ
オマイシンホスホトランスフェラーゼ融合タンパク質;
選択可能なマーカー 3. 1202〜1812:脳心筋炎ウイルスの内部の
リボソーム結合部位;その下流に位置するHCVオープ
ンリーディングフレームの翻訳を可能にする 4. 1813〜7767:細胞培養に適合した突然変
異体9−13Fの非構造タンパク質3から非構造タンパ
ク質5BまでのHCVポリタンパク質 5. 1813〜3708:非構造タンパク質3(NS
3);HCVのNS3プロテアーゼ/ヘリカーゼ 6. 3709〜3870:非構造タンパク質4A(N
S4A);NS3プロテアーゼのコファクター 7. 3871〜4653:非構造タンパク質4B(N
S4B) 8. 4654〜5994:非構造タンパク質5A(N
S5A) 9. 5995〜7767:非構造タンパク質5B(N
S5B);RNA依存性RNAポリメラーゼ 10. 7771〜8001:HCVの3′非翻訳領域 配列番号:7 名称:I389/core−3′/9−13F 構造(ヌクレオチド位置) 1. 1〜341:HCVの5′非翻訳領域 2. 342〜1193:HCVのコアタンパク質−ネ
オマイシンホスホトランスフェラーゼ融合タンパク質;
選択可能なマーカー 3. 1202〜1812:脳心筋炎ウイルスの内部の
リボソーム結合部位;その下流に位置するHCVオープ
ンリーディングフレームの翻訳を可能にする 4. 1813〜10842:細胞培養に適合した突然
変異体9−13Fのコアから非構造タンパク質5Bまで
のHCVポリタンパク質 5. 1813〜2385:HCVコアタンパク質;構
造タンパク質 6. 2386〜2961:コートタンパク質1(エン
ベロープタンパク質1);構造タンパク質 7. 2962〜4050:コートタンパク質2(エン
ベロープタンパク質2);構造タンパク質 8. 4051〜4239:タンパク質p7 9. 4240〜4890:非構造タンパク質2(NS
2);HCVのNS2−3プロテアーゼ 10. 4891〜6783:非構造タンパク質3(N
S3);HCVのNS3プロテアーゼ/ヘリカーゼ 11. 6784〜6945:非構造タンパク質4A
(NS4A);NS3プロテアーゼのコファクター 12. 6946〜7728:非構造タンパク質4B
(NS4B) 13. 7729〜9069:非構造タンパク質5A
(NS5A) 14. 9070〜10842:非構造タンパク質5B
(NS5B);RNA依存性RNAポリメラーゼ 15. 10846〜11076:HCVの3′非翻訳
領域 配列番号:8 名称:I389/NS3−3′/5.1 構造(ヌクレオチド位置) 1. 1〜341:HCVの5′非翻訳領域 2. 342〜1193:HCVのコアタンパク質−ネ
オマイシンホスホトランスフェラーゼ融合タンパク質;
選択可能なマーカー 3. 1202〜1812:脳心筋炎ウイルスの内部の
リボソーム結合部位;その下流に位置するHCVオープ
ンリーディングフレームの翻訳を可能にする 4. 1813〜7767:細胞培養に適合した突然変
異体5.1の非構造タンパク質3から非構造タンパク質
5BまでのHCVポリタンパク質 5. 1813〜3708:非構造タンパク質3(NS
3);HCVのNS3プロテアーゼ/ヘリカーゼ 6. 3709〜3870:非構造タンパク質4A(N
S4A);NS3プロテアーゼのコファクター 7. 3871〜4653:非構造タンパク質4B(N
S4B) 8. 4654〜5994:非構造タンパク質5A(N
S5A) 9. 5995〜7767:非構造タンパク質5B(N
S5B);RNA依存性RNAポリメラーゼ 10. 7771〜8001:HCVの3′非翻訳領域 配列番号:9 名称:I389/core−3′/5.1 構造(ヌクレオチド位置) 1. 1〜341:HCVの5′非翻訳領域 2. 342〜1193:HCVのコアタンパク質−ネ
オマイシンホスホトランスフェラーゼ融合タンパク質;
選択可能なマーカー 3. 1202〜1812:脳心筋炎ウイルスの内部の
リボソーム結合部位;その下流に位置するHCVオープ
ンリーディングフレームの翻訳を可能にする 4. 1813〜10842:細胞培養に適合した突然
変異体5.1のコアから非構造タンパク質5BまでのH
CVポリタンパク質 5. 1813〜2385:HCVコアタンパク質;構
造タンパク質 6. 2386〜2961:コートタンパク質1(エン
ベロープタンパク質1);構造タンパク質 7. 2962〜4050:コートタンパク質2(エン
ベロープタンパク質2);構造タンパク質 8. 4051〜4239:タンパク質p7 9. 4240〜4890:非構造タンパク質2(NS
2);HCVのNS2−3プロテアーゼ 10. 4891〜6783:非構造タンパク質3(N
S3);HCVのNS3プロテアーゼ/ヘリカーゼ 11. 6784〜6945:非構造タンパク質4A
(NS4A);NS3プロテアーゼのコファクター 12. 6946〜7728:非構造タンパク質4B
(NS4B) 13. 7729〜9069:非構造タンパク質5A
(NS5A) 14. 9070〜10842:非構造タンパク質5B
(NS5B);RNA依存性RNAポリメラーゼ 15. 10846〜11076:HCVの3′非翻訳
領域 配列番号:10 名称:I389/NS3−3′/19 構造(ヌクレオチド位置) 1. 1〜341:HCVの5′非翻訳領域 2. 342〜1193:HCVのコアタンパク質−ネ
オマイシンホスホトランスフェラーゼ融合タンパク質;
選択可能なマーカー 3. 1202〜1812:脳心筋炎ウイルスの内部の
リボソーム結合部位;その下流に位置するHCVオープ
ンリーディングフレームの翻訳を可能にする 4. 1813〜7767:細胞培養に適合した突然変
異体19の非構造タンパク質3から非構造タンパク質5
BまでのHCVポリタンパク質 5. 1813〜3708:非構造タンパク質3(NS
3);HCVのNS3プロテアーゼ/ヘリカーゼ 6. 3709〜3870:非構造タンパク質4A(N
S4A);NS3プロテアーゼのコファクター 7. 3871〜4653:非構造タンパク質4B(N
S4B) 8. 4654〜5994:非構造タンパク質5A(N
S5A) 9. 5995〜7767:非構造タンパク質5B(N
S5B);RNA依存性RNAポリメラーゼ 10. 7771〜8001:HCVの3′非翻訳領域 配列番号:11 名称:I389/core−3′/19 構造(ヌクレオチド位置) 1. 1〜341:HCVの5′非翻訳領域 2. 342〜1193:HCVのコアタンパク質−ネ
オマイシンホスホトランスフェラーゼ融合タンパク質;
選択可能なマーカー 3. 1202〜1812:脳心筋炎ウイルスの内部の
リボソーム結合部位;その下流に位置するHCVオープ
ンリーディングフレームの翻訳を可能にする 4. 1813〜10842:細胞培養に適合した突然
変異体19のコアから非構造タンパク質5BまでのHC
Vポリタンパク質 5. 1813〜2385:HCVコアタンパク質;構
造タンパク質 6. 2386〜2961:コートタンパク質1(エン
ベロープタンパク質1);構造タンパク質 7. 2962〜4050:コートタンパク質2(エン
ベロープタンパク質2);構造タンパク質 8. 4051〜4239:タンパク質p7 9. 4240〜4890:非構造タンパク質2(NS
2);HCVのNS2−3プロテアーゼ 10. 4891〜6783:非構造タンパク質3(N
S3);HCVのNS3プロテアーゼ/ヘリカーゼ 11. 6784〜6945:非構造タンパク質4A
(NS4A);NS3プロテアーゼのコファクター 12. 6946〜7728:非構造タンパク質4B
(NS4B) 13. 7729〜9069:非構造タンパク質5A
(NS5A) 14. 9070〜10842:非構造タンパク質5B
(NS5B);RNA依存性RNAポリメラーゼ 15. 10846〜11076:HCVの3′非翻訳
領域 本発明を以下に実施例ならびにそれに付属する表および
図に基づいて詳細に説明する。挙げられる図は以下のこ
とを示す。
【0060】図1A:本発明によるHCV−RNA−構
築物の構造 一番上に、完全な親HCVゲノムの構造の略図をポリタ
ンパク質内の分割産物コア、E1、E2、p7、NS
2、NS3、NS4A、NS4B、NS5AおよびNS
5Bのための遺伝子の位置、ならびに5′および3′非
翻訳領域(5′NTRおよび3′NTR)(水平のバー
として示した)、およびサブゲノム構築物の製造のため
に選択される両方の位置、すなわちNS5B RNAポ
リメラーゼの“GDD触媒ドメイン”の位置(GDD)
およびHCV−IRESの3′境界部の位置(ヌクレオ
チド位置1〜377もしくは1〜389)(ゲノム略図
の上方に示した)と一緒に与えた。ゲノム略図の下方の
数字は相当するヌクレオチド位置を示している。
【0061】前記略図の下に、5′HCV−IRES、
ネオマイシンホスホトランスフェラーゼ遺伝子(Neo
R)、EMCV−IRES(E−I)およびNS2もし
くはNS3から確かな3′末端までのHCV配列からな
る本発明による2つの改変したHCV−RNA構築物
(サブゲノム)の略図を示している。NS5Bポリメラ
ーゼGDDモチーフを含む10アミノ酸の欠失位置をそ
れぞれ三角形(Δ)で印す。
【0062】図1B:トランスフェクションして継代培
養されたHuh−7細胞クローンにおける複製されたプ
ラス鎖RNAの検出のための変性ホルムアルデヒド−ア
ガロースゲル電気泳動の結果 HCV特異的RNAの位置(矢印)および28S rR
NAの位置をレーン12の右側に示し、RNAマーカー
(M)のサイズ(ヌクレオチド数)をレーン1の左側に
示した。
【0063】図1C:選択された大部分の細胞クローン
において導入されたレプリコンDNAが存在しないこと
を証明するための引き続きのサザンブロットによるPC
R試験の結果 レーン1およびレーン2はポジティブコントロールを示
し、レーン13はネガティブコントロールを示してい
る。レーン1の左に示された数字はヌクレオチドマーカ
ー分子のサイズを明示している。
【0064】図2A:HCV−RNA構築物を有する細
胞クローン(9−13)における導入されたレプリコン
DNA(プラスミド分子I377/NS3−3′/wt)
の高感度の排除のための引き続きのサザンブロットによ
るPCR試験の結果 レーン7〜レーン11は細胞クローン9−13の全DN
Aを添加しない構築物I377/NS3−3′/wtのD
NA分子の検量の結果を表し、かつレーン2〜レーン6
はPCR前にその都度1μgの9−13DNAを添加し
た(DNA調製におけるPCRのインヒビターの排除の
ため)同一のプラスミド分子を表す。レーン13はネガ
ティブコントロール(DNAプローブ無しでのPCR)
を表す。レーン1は細胞クローン9−13の全DNA1
μgを使用して得られた結果を示している。
【0065】図2B:HCVのプラス鎖RNAおよびマ
イナス鎖RNAの定量のためのノーザンブロット試験の
結果 矢印はレプリコンRNAの位置を印している。“プラ
ス”および“マイナス”の移行はゲル上に載せられたR
NAコントロールの正(プラス)の極性もしくは負(マ
イナス)の極性を表す。“マイナス鎖”および“プラス
鎖”は放射性RNAプローブの特異性を表す。
【0066】図2C:HCV−RNA複製のダクチノマ
イシンに対する耐性を証明するための細胞内で複製され
たHCV−RNAの放射性標識後のホルムアルデヒド−
アガロースゲル電気泳動の結果 図3A:代謝放射性標識後の免疫沈降による選択された
細胞クローンにおけるHCV特異抗原の検出 レーン7〜レーン9は確かなサイズマーカー(Huh−
7細胞中でのHCV−RNA構築物の一過性発現後に得
られた)を表し、同定されたHCVタンパク質はレーン
1の左端に印し、分子量(キロダルトン)はレーン9の
右側に示した。
【0067】図3B:HCV抗原の細胞内での所在の検
出のための免疫蛍光試験の結果 図4:5′HCV−IRES、ネオマイシンホスホトラ
ンスフェラーゼ遺伝子(NeoR)、異種の、例えば脳
心筋炎ウイルスのIRES−エレメント(E−I)、完
全なHCV読み枠および確実な3′NTRからなる、本
発明による選択可能なHCV−RNA構築物(完全なゲ
ノム)の構造の略図 図5:ポリタンパク質をコードするヌクレオチド配列内
に挿入された抗生物質耐性遺伝子(単シストロン性RN
A)(A)および3′NTR内に挿入された抗生物質耐
性遺伝子(2シストロン性RNA)(B)を有するHC
V−RNA構築物の構造の略図 図6:NS3からNS5BまでのHCVレプリコンの一
部として挿入されたリポーター遺伝子を有するHCV−
RNA構築物の構造(A)(そのリポータータンパク質
は最終的にはウイルスまたは細胞のプロテアーゼによっ
てポリタンパク質から分離され、かつ選択可能なマーカ
ー遺伝子(選択遺伝子)もしくは耐性遺伝子は同時トラ
ンスフェクションによって細胞中に導入される)、耐性
遺伝子およびリポーター遺伝子(例えばネオマイシンホ
スホトランスフェラーゼおよび緑色蛍光タンパク質のた
めの遺伝子)からなる融合遺伝子の一部として挿入され
たリポーター遺伝子を有するHCV−RNA構築物の構
造(B)、耐性遺伝子およびリポーター遺伝子(例えば
ネオマイシンホスホトランスフェラーゼおよび緑色蛍光
タンパク質のための遺伝子)からなるレプリコンの一部
として挿入されたリポーター遺伝子を有するHCV−R
NA構築物の構造(C)(これらはプロテアーゼによっ
て分解できるかまたは自己分解(自己触媒)活性を有す
るアミノ酸配列(斜線の範囲)をコードするヌクレオチ
ド配列中を介して結合している)、自体の内部のリボソ
ーム結合部位(IRES)から発現される独立の遺伝子
(ここでは緑色蛍光タンパク質)として挿入されたリポ
ーター遺伝子を有するHCV−RNA構築物の構造
(D)(耐性遺伝子(ここではネオマイシンホスホトラ
ンスフェラーゼ遺伝子)は自体の内部のリボソーム結合
部位(IRES)から独立して同様に発現される)(複
シストロン性構築物)の略図 図7:耐性遺伝子がリボザイムもしくはリボザイムのた
めの認識部位を介してHCV−RNA配列と結合してい
るHCV−RNA構築物の構造の略図太い線はHCVの
5′および3′のNTRを意味し、E−Iは耐性遺伝子
の発現のために必須の異種の内部リボソーム結合部位で
あり、灰色の正方形はリボザイムもしくはリボザイムの
認識部位を意味する。
【0068】図8:耐性遺伝子および組み込まれた外来
遺伝子を有するHCV−RNA構築物の構造の略図 図9:全RNAとインビトロ転写物との比感染力(形成
した細胞コロニーの数として示した)の比較のための方
法プロセス HCV−RNAを相応のRNA構築物のインビトロ転写
によって製造し、260nmでの光学密度(OD260
nm)の測定によって定量した。これらの分子の規定さ
れた数をナイーヴHuh−7細胞の全RNAの一定量と
混合し、かつこれらの混合物をエレクトロポレーション
を使用してナイーヴHuh−7細胞中に導入した。それ
に並行して、図1に記載される方法によって製造された
細胞クローンの全RNAを従来の技術において公知の方
法で単離し、かつそれに含有されるHCV−RNAの量
をHCV特異的なRNAプローブを使用するノーザンブ
ロットおよび引き続きのホスホイメージャー(Phosphoi
mager)による定量によって決定する。全RNAの規定
された量をインビトロ転写物と類似にネイティブなHu
h−7細胞中にトランスフェクションさせた。次いで両
方のバッチ中の細胞はG418選択を実施し、かつ形成
したコロニーの数を、固定およびクーマシーブリリアン
トブルーでの染色の後に計数することによって決定し
た。トランスフェクション効率の決定のために、各トラ
ンスフェクションバッチにルシフェラーゼの発現を可能
にするプラスミド1μgを添加した。トランスフェクシ
ョンした細胞のアリコートを24時間後に収穫し、かつ
各細胞溶解物中のルシフェラーゼ活性を決定した。コロ
ニーの数はその都度ルシフェラーゼ発現に基づいて規格
化した。
【0069】図10:9−13クローンの配列分析 HCV−RNA構築物I377/NS3−3′のトラン
スフェクションによって生じる細胞クローン9−13の
全RNAを従来の技術において公知の方法を使用して単
離し、かつヌクレオチド位置59〜9386までのHC
V−RNA構築物を“長距離RT−PCR(long-dista
nce RT-PCR)”を使用してプライマーS59およびA9
413の使用下に増幅させた。PCR断片をクローニン
グし、かつ11個のクローン(9−13A〜Kと呼ぶ)
を完全に配列決定し、その際、クローンDおよびクロー
ンI、クローンEおよびクローンGならびにクローンH
およびクローンJは同一であると証明された。再クロー
ニングされたHCV−RNAと親構築物の間のNS3−
5B領域におけるアミノ酸差異の位置はそれぞれのクロ
ーンにおいて太い垂線で印した。各クローンを制限酵素
SfiIで消化し、かつそれぞれの断片を親構築物に挿
入した。これらのクローンをそれぞれのHuh−7細胞
にトランスフェクションし、該細胞を図1に記載のよう
に選択した。各構築物によって得られる細胞クローンの
数は各構築物の右隣に印した。
【0070】図11A:リポーター遺伝子の使用による
複製アッセイの原理 この図の上方部分においては、HCV5′NTR(ヌク
レオチド位置1〜389)、ルシフェラーゼ遺伝子(l
uc)、脳心筋炎ウイルスのIRES、HCVNS3−
5Bおよび3′NTRからなるHCV−DNA構築物I
389/Luc/NS3−3′が示されている。不活性化
するアミノ酸の交換が導入されたNS5B RNAポリ
メラーゼの活性中心の位置は“GND”で示した。複製
能力のあるHCV−RNA構築物もしくは欠失HCV−
RNA構築物をコードするプラスミドをScaIで消化
し、かつT7RNAポリメラーゼによるインビトロ転写
において使用した。鋳型DNAの除去後に、それぞれの
HCV−RNA構築物をエレクトロポレーションによっ
てナイーヴHuh−7細胞中に導入し、これらを規則的
な間隔で収穫した。
【0071】図11B:親HCV−RNA構築物I389
/Luc/NS3−3′/wt(wt)または以下の変
異体:不活性RNA(318DN)、変異体9−13F
もしくは変異体5.1でトランスフェクションした細胞
におけるルシフェラーゼ活性の比較 細胞を、トランスフェクション後の6時間(示されてい
ない)、24時間、48時間、72時間、96時間、1
20時間、144時間および168時間に収穫し、かつ
ルシフェラーゼ活性を発光測定的に決定した。
【0072】図12:選択可能なHCV全長ゲノム(構
築物I389/core−3′/5.1およびI389/co
re−3′/9−13F) (A)全長構築物の略図。制限酵素SfiIのための2
つの示される認識部位間の範囲は高度に適合したRNA
変異体5.1または9−13Fの配列に相当する。
【0073】(B)Aに示される構築物I389/cor
e−3′/5.1のインビトロ転写されたRNA各0.
1μgでHUH7細胞にトランスフェクションした後に
得られるコロニーの数。代表的な試験の結果を挙げてい
る。
【0074】(C)相応のインビトロ転写物のトランス
フェクション後に得られるG418耐性細胞クローンに
おける自律的に複製されるHCV−全長RNAの検出。
図はneo−耐性遺伝子およびHCV5′NTRに対す
るプローブとハイブリダイズしたノーザンブロットのオ
ートラジオグラムを示している。レーン1およびレーン
2に示されるコントロールは、ナイーヴHuh−7細胞
からの全RNAと混合された挙げられるインビトロ転写
物の各108分子に相当する。ネガティブコントロール
はナイーヴHuh−7細胞(レーン3)からの全RNA
を専ら有している。レーン4〜9は、インビトロ転写さ
れたI389/core−3′/5.1−RNAもしくは
389/core−3′/9−13F−RNAでトラン
スフェクションした後に得られたG418耐性細胞クロ
ーンからの全RNA3〜10μgを含有している。選択
のために使用されるG418濃度をその都度挙げてい
る。示される5個の細胞クローンは高度に適合したRN
A変異体5.1(レーン4〜8)を有し、1個の細胞ク
ローンは適合したRNA変異体9−13F(レーン9)
を有している。
【0075】図13:1つのリポーター遺伝子を有する
HCV−RNA構築物。(A)2シストロン性HCV−
RNA構築物。リポーター遺伝子を別々のIRESを使
用して翻訳した。(B)単シストロン性HCV−RNA
構築物。リポーター遺伝子産物をHCVタンパク質との
融合タンパク質として発現させた。2つの成分をウイル
スのプロテアーゼもしくは細胞のプロテアーゼのための
融合された2つのタンパク質成分のタンパク質分解によ
る分離を可能にする認識配列を介して結合させる。示さ
れる例ではリポーター遺伝子産物およびそれぞれのHC
Vタンパク質をユビキチン(Ub)のための認識配列を
介して融合させた。
【0076】図14:耐性遺伝子に付加的に、挿入され
た外来遺伝子を有している3シストロン性のHCV−全
長RNA構築物。
【0077】図15:耐性遺伝子がHCV成分を有する
融合タンパク質として発現する単シストロン性HCV−
RNA構築物。耐性遺伝子(RG)は融合タンパク質と
して活性であるか、または該遺伝子を、耐性遺伝子産物
がHCV成分の細胞性もしくはウイルス性のプロテアー
ゼによって分解されるように、HCV成分を有するタン
パク質分解可能な配列と融合する。示される例では、耐
性遺伝子を、ユビキチン(Ub)をコードする配列を介
してそれぞれのHCV成分と融合させた。
【0078】
【実施例】例1:HCV−RNA−構築物の製造(A)RT−PCRを用いた完全HCV−コンセンサス
ゲノムの合成およびクローニング 慢性に感染した患者の肝臓から、HCV−ゲノム、つま
りHCV−RNAを以下の通りに単離した:肝臓約10
0mgからChomczynskiおよびSacci(1987, Anal. Bioch
em. 162, 15)の方法により完全RNAを単離した。単離
したこのRNA1μgを用いて、プライマーA6103
(GCTATCAGCCGGTTCATCCACTG
C)またはA9413(CAGGATGGCCTATT
GGCCTGGAG)を有し、かつエキスパンドリバー
ストランスクリプターゼ(expand reverse transcriptas
e)システム(Boehringer Mannheim、ドイツ)を用いた
逆転写を製造元の指示に従って実施した。この逆転写
(RT)生成物を用いて、ポリメラーゼ連鎖反応(PC
R=polymerase chain reaction)を、エキスパンドロン
グテンプレート(expand long template)システム(Boeh
ringer Mannheim、ドイツ)の使用下で実施し、その
際、ジメチルスルホキシド2%の含有率を有する緩衝液
を使用した。42℃で1時間の後、この反応バッチの1
/8を、プライマーA6103およびS59(TGTC
TTCACGCAGAAAGCGTCTAG)、または
A9413およびS4542(GATGAGCTCGC
CGCGAAGCTGTCC)とともに第一のPCRの
サイクルにおいて使用した。40サイクル後に、この反
応バッチの1/10を、プライマーS59およびA49
19(AGCACAGCCCGCGTCATAGCAC
TCG)、またはS4542およびA9386(TTA
GCTCCCCGTTCATCGGTTGG)とともに
第二のPCRのサイクルにおいて使用した。30サイク
ル後に分離用アガロースゲル電気泳動を用いてPCR生
成物を精製し、かつその際に溶離した断片をベクターp
CR2.1(Invitrogen)またはpBSKII(Strata
gene)中でライゲーションした。それぞれの断片からの
4つのクローンを分析し、かつ配列決定し、かつコンセ
ンサス配列を確認した。この目的のためにDNA配列を
相互に比較した。断片の1つの配列が残りのものと異な
る位置を、不所望の突然変異と見なした。配列が多義性
である場合、該当する領域の自体オーバーラップしてい
る比較的短いPCR断片を増幅し、かつ複数のクローン
を配列決定した。このようにしてそれぞれの断片中の数
多くの潜在的な突然変異を同定し、ひいては単離物−特
異的なコンセンサス配列を確定することができた。確定
されたこのコンセンサス配列もしくはこのゲノムは、世
界的に普及している遺伝子型1bに属する。3′末端に
おける翻訳されなかった領域(=3′NTR)が通常の
PCRにより得られ、その際、従来技術において公知の
「X−テール(X-tails)」(Tanaka et al., 1995, Bioc
hem.Biophys. Res. Commum. 215, 744およびRice,PC
T/US96/14033)の最後の24のヌクレオチ
ドを覆うアンチセンス−プライマーを使用した。PCR
を用いてT7プロモーターの鎖の下流の5′−末端(=
5′NTR)における確立された非翻訳領域を発生さ
せ、その際、一方では短縮したT7プロモーター(TA
A TAC GAC TCA CTA TAG)および
HCVの第一の88のヌクレオチドに相当するオリゴヌ
クレオチドを使用し、かつ他方ではゲノムの5′断片の
1つを有する前記のプラスミドを使用した。非コンセン
サス交換の数が極めて少ないサブゲノム断片から、完全
HCV−コンセンサスゲノムを構成し、かつ改変したp
BR322−ベクターに挿入した。部位特異的突然変異
(site-directed mutagenesis)を用いてコンセンサス配
列からの差異を排除した。確定された3′末端を有する
「ラン−オフ(run-off)」転写を製造するために、単離
物の3′−NTR(末端TGTを有する)をAGTに変
性し(Kolykhalov etal., 1996, J. Virol. 70, 3363に
よる遺伝子型3=クローン’WS’の配列による)、か
つさらに付加的なヌクレオチド交換を位置9562にお
いて行い、AT塩基対を3′NTR(Kolyhalov et a
l., ibid.)の3′末端におけるヘアピン構造中に保持
した。酵素Sca1のための内部の制限部位を排除する
ために、さらにいわゆる発現しない(silent)ヌクレオチ
ド交換を行った。適合した5′NTRおよび3′NTR
を有する全長のゲノムの連結後に、完全HCV配列を調
査した。その際、不所望のヌクレオチド交換は発見され
なかった。
【0079】このようにして製造したHCVゲノムは、
定義によれば向肝性(hepatotrop)であるべきである。
【0080】(B)選択可能なHCV−サブゲノム構築
物の合成 (A)に記載したコンセンサスゲノムの使用下に、抗生
物質耐性遺伝子のネオマイシン−ホスホトランスフェラ
ーゼ(NPT)および内部のリボソーム結合部位(IR
ES)の2つの配列を有するHCV−サブゲノム−構築
物を製造した。このために使用した生化学的なプロセス
技術は、当業者に公知であり、かつ周知である(次の文
献を参照のこと:Sambrook, J., E.F. Fritsch, T. Man
iatis, 1989, Molecularcloning: a laboratory manua
l., 2nd ed., Cold Spring Harbour Laboratory, Cold
Spring Harbor, N.Y.; Ausubel et al. (eds.), 1994,
Current Protocols in Molecular Biology, Vol. 1-3,
John Willey & Sons Inc.,New York)。抗生物質耐性遺
伝子を直接5′NTRの後ろに挿入し、このことにより
2シストロンのRNAが得られた(図1Aを参照のこ
と)。しかしまた抗生物質耐性遺伝子はHCV−サブゲ
ノム−構築物の別の部位、例えばポリタンパク質をコー
ドするヌクレオチド配列の内部にもまた同様に良好に挿
入することができ、このことにより単シストロンのRN
Aが得られる(図5Aを参照のこと)か、または3′N
TR中に挿入する(図5Bを参照のこと)。IRES−
エレメントは一方では両方のHCV−IRES−変異体
ヌクレオチド1−377またはヌクレオチド1−389
の1つであり、かつ他方ではNS2またはNS3に関す
る遺伝子の鎖の下流にゲノムの確かな3′末端までHC
V配列の翻訳を制御するエンゼファロマイオカルディテ
ィス(Enzephalomyocarditis)ウイルスのIRESであ
る。
【0081】前記の両方のHCV−IRES−変異体を
以下の通りに確認した:HCV−IRESの3′境界部
の欠失分析法(Reynolds et al., 1995, EMBOJ. 14, 60
10)に基づいて、5′NTRの種々の断片をNPT遺伝
子と融合し、かつT7 RNAポリメラーゼ遺伝子を含
有しているプラスミドとの同時トランスフェクションに
基づいて、形成されたコロニーの最大数に関して分析し
た。1−377および1−389のHCV配列で最良の
結果が得られた。HCVポリタンパク質のAUG出発コ
ードは位置342に存在し、ひいてはIRES配列中に
含有されているので、HCV−カプシドタンパク質(コ
アタンパク質(Core-Proeins))の12個もしくは16個
のアミノ酸とネオマイシンホスホトランスフェラーゼと
が融合する(図1Aを参照のこと)。
【0082】従ってこの改変されたHCV−サブゲノム
−構築物は名称I377/NS2−3′(またはI377/N
S3−3′)およびI389/NS2−3′(またはI389
/NS3−3′)を有していた。これらは図1Aに図示
されている。
【0083】これらの改変された親HCV−サブゲノム
−構築物I377/NS2−3′(またはI377/NS3−
3′)およびI389/NS2−3′(またはI389/NS
3−3′)のインビトロ−転写を用いて、ヒトの肝細胞
の種々の細胞系および一次細胞培養をトランスフェクシ
ョンした。
【0084】すべてのトランスフェクション実験に並行
するネガティブコントロールとして、それぞれの改変親
HCV−サブゲノム−構築物に対して、1つの相応して
改変したが、しかしサブゲノムは読み枠中で、NS5B
RNAポリメラーゼの活性中心を含む10個のアミノ
酸の欠失を有していることにより親サブゲノムから区別
される欠損サブゲノムを構成した(Behrens et al., 19
96, EMBO J. 15, 12;およびLohmann et al., 1997, J.
Virol. 71, 8416)。
【0085】(C)選択可能なHCV−ゲノム−構築物
の合成 5′末端でルシフェラーゼ遺伝子の断片および完全EM
CV−IRESと結合しているNS2−3′サブゲノム
構築物を、NcoIおよびSpeIで制限し、かつ分離
用アガロースゲル電気泳動を用いて精製した。このよう
にして得られたベクターを3ファクターライゲーション
において、NcoI/NotI−HCV−断片を用いて
HCV−ゲノムのヌクレオチド位置342〜1968に
相応して、およびNotI/SpeI−断片を用いてヌ
クレオチド位置1968〜9605に相応してライゲー
ションした。その後、完全HCV−読み枠および3′N
TRがルシフェラーゼ遺伝子断片およびEMCV−IR
ESの下流に存在している得られた構築物を、PmeI
およびSpeIで制限し、かつ同様に制限したI38 9
NS3−3′/wt−サブゲノム構築物ベクターを用い
てライゲーションした。選択可能なこのHCV−ゲノム
構築物が図4に記載されている。
【0086】(D)HCV−RNA−構築物に相応した
インビトロ転写物の製造 前記の精製したプラスミドDNAを、ScaIを用いて
直線状にし、かつフェノール/クロロホルム−抽出およ
びイソプロパノール−沈殿後に次の成分の使用下にイン
ビトロ−転写反応で使用した:HEPES80mM、p
H7.5、MgCl2 12.5mM、スペルミジン2
mM、ジチオトレイトール40mM、それぞれのNTP
から2mM、RNasin 1ユニット/μl、制限D
NA50μg/mlおよびT7 RNAポリメラーゼ約
2ユニット/μl。37℃で2時間後にT7ポリメラー
ゼの半量を添加し、かつ反応バッチをさらに2時間イン
キュベーションした。DNAの除去のために、該混合物
を酸性フェノールで抽出し(U. Kedzierski, J.C. Port
e, 1991, Bio Techniques 10, 210)、イソプロパノー
ルで沈殿し、ペレットを水中に溶解し、かつDNase
(DNAμgあたり2ユニット)とともに37℃で60
分間インキュベーションした。酸性フェノール、酸性フ
ェノール/クロロホルムおよびクロロホルムを用いたそ
の後の抽出およびイソプロパノール−沈殿の後、溶解し
たRNAを光学密度測定により定量化し、かつその不確
定性をホルムアルデヒド−アガロースゲル電気泳動によ
り調査した。
【0087】例2:肝癌細胞系Huh−7を用いたトラ
ンスフェクション実験 すべてのトランスフェクション実験において、それぞれ
の鋳型DNAをあらかじめ除去して、該DNAがトラン
スフェクションした細胞に導入され、かつHCVの複製
とは無関係にこれらにネオマイシン耐性を媒介すること
ができるということを回避することに慎重に注意を払っ
た。従ってインビトロ−転写(例1D)に引き続き、D
NAμgあたり、DNase2ユニットを用いて反応混
合物を37℃で60分間処理し、かつ酸性フェノール、
酸性フェノール/クロロホルムおよびクロロホルムを用
いて抽出した。トランスフェクションのための使用前
に、ホルムアルデヒドアガロースゲル電気泳動を用いて
沈殿したRNAを分析した。
【0088】高度に分化したヒト肝癌細胞系Huh−7
を用いて3つの別々のトランスフェクション実験を実施
した(Nakabayashi et al., 1982, Cancer Res. 42, 38
58)。その際、エレクトロポレーションを用いてその都
度RNA15μgを8×10 6HuH−7−細胞中に導
入し、かつこれらの細胞を引き続き直径10cmの培養
皿に播種した。播種の24時間後に、ネオマイシン(=
G418)を最終濃度1mg/mlで添加した。培地を
週に2回交換した。3〜5週間後に小さいコロニーが認
識され、これを単離し、かつ同一の培養条件下で継代し
た。
【0089】第一の実験の経過において得られた細胞ク
ローンを単離し、かつ継代培養した。この手順において
ほとんどのクローンが死滅し、かつ最終収率は親HCV
サブゲノム構築物でトランスフェクションされていた細
胞クローンがわずか9および欠損HCV−ゲノム−構築
物、つまり欠損NS2−3′HCV−RNAでトランス
フェクションされていた細胞クローン1(クローン8−
1)であった。短縮された倍増時間および不規則に形成
された細胞が時折出現すること以外に、これらの9の細
胞クローンと1の細胞クローン(クローン8−1)又は
親Huh−7細胞の間には安定した形態学的な相違は見
られなかった。
【0090】機能性HCV−ゲノム構築物に関する主な
基準は、正確な大きさを有するウイルスRNAの形成お
よびG418−耐性を転写されたか、もしくは媒介され
た可能性のある(組み込まれた)プラスミドDNAの不
在である。
【0091】Huh−7−細胞中でHCV−RNAを決
定するために、全RNAを単離し、かつ慣用のノーザン
ブロット法を用いてプラス鎖−特異的なリボプローブ(R
ibosonde)(RNA−プローブ)の使用下に分析した。
このためにChomczynskiおよびSacci, 1987, Anal. Bioc
hem. 162, 156の方法によりそれぞれの細胞クローンか
ら全RNAを単離し、変性ホルムアルデヒド−アガロー
スゲル電気泳動法を用いて全RNA含有率0.5〜1×
106細胞に相当するRNA10μgを分離した(図1
Bのレーン3〜12)。確かな配列を有するサイズマー
カーとして、I38 9/NS2−3′/wtまたはI389
NS3−3′/wtレプリコンRNAに相応する109
のインビトロ−複写を同時に分離した(レーン1もしく
はレーン2)。分離したRNAをナイロンメンブランに
移し、かつヌクレオチド377〜ヌクレオチド1の完全
NPT−遺伝子およびHCV−IRESに対して相補性
に放射性標識したプラス鎖−特異的なRNA−プローブ
を用いてハイブリダイゼーションした。HCV−特的な
RNA(矢印)および28SrRNAの位置は、レーン
12の右側に記載されており、RNAマーカーの大きさ
(ヌクレオチドの数)は、レーン1の左側に記載されて
いる。RNAマーカーの断片は、HCV配列を有してお
り、かつ従ってリボプローブとハイブリダイゼーション
する。この分析の結果は図1Bに記載されている。
【0092】欠損HCV−ゲノム−構築物を用いてトラ
ンスフェクションしたクローン8−1を例外として、す
べての細胞クローンは正確な長さの均質なHCV−RN
Aを産出した(NS2−3′の場合、約8640のヌク
レオチドおよびNS3−3′レプリコンの場合、約79
70のヌクレオチド)。この調査は、機能性レプリコン
もしくは機能性HCV−ゲノム−構築物が、G418耐
性を転写するということの指標である。G418耐性
が、Huh−7宿主細胞のゲノムに組み込まれており、
かつ細胞プロモーターのコントロール下で転写されるプ
ラスミドDNAに起因するということを排除するため
に、NPT遺伝子特異的なPCRを用いてそれぞれのク
ローンからDNAを調査した。この場合、選択されたH
uh−7−細胞クローンから、10mMTris、pH
7.5、1mM EDTA、0.5%SDS中のプロテ
インキナーゼK(40μg/ml、1h、37℃)を用
いた消化および引き続きフェノール、フェノール/クロ
ロホルムを用いた抽出およびイソプロパノール沈殿によ
りDNAを単離した。DNA沈殿物を10mMTris
(pH7.5)および1mM EDTA中に溶解し、か
つRnaseAを用いて1時間インキュベーションし
た。フェノール/クロロホルム抽出およびエタノール沈
殿に引き続き、4〜8×104細胞に相応するDNA1
μgを、NPT−遺伝子−特異的なプライマー(5′−
TCAAGACCGACCTG TCCGGTGCCC
−3′および5′−CTTGAGCCTGGCGAAC
AGTTCGGC−3′)の使用下にPCRを用いて分
析し、かつ379のヌクレオチドからなるDNA断片が
得られた。PCR生成物の特異性をサザンブロット法を
用いて検出し、その際、NPT遺伝子に相応するジゴキ
シゲニン標識したDNA断片を使用した。ポジティブコ
ントロールとして、107のプラスミド分子またはネオ
マイシン耐性遺伝子を用いて安定にトランスフェクショ
ンされたBHK細胞系からのDNA1μgを用いてPC
R法を実施し、かつネガティブコントロールとして、同
一であるがしかしDNAを添加しなかった反応試薬を用
いてPCRを実施した。
【0093】この調査の結果は図1Cに記載されてい
る。レーン1および2は、ポジティブコントロールを表
し、レーン13は、ネガティブコントロールを表す。レ
ーン1の左側の数の表示は、ヌクレオチド−マーカー−
分子の大きさを表している。NS2−3′レプリコン/
NS2−3′HCV−ゲノム−構築物を用いたトランス
フェクションによる細胞に由来するクローン7−3(図
1C、レーン3)中、および欠損HCV−ゲノム−構築
物を用いたトランスフェクションによる細胞に由来する
クローン8−1(図1C、レーン12)中以外には、い
ずれの細胞クローンでもNPT−DNAを検出できなか
った。この調査は、ほとんどのクローンのG418耐性
が複製されたHCV−RNAにより媒介されたというこ
とのためのさらなる指標である。しかしこの結果とは無
関係に、正確な大きさを有するHCV−RNAを組み込
まれたプラスミドDNAから製造することはあり得な
い。というのもインビトロ転写のために使用されるプラ
スミドは、真核生物プロモーターもポリアデニル化シグ
ナルも有していないからである。従ってクローン7−3
の場合、耐性はおそらくHCV−RNA−構築物もしく
は複製するHCV−RNAによっても、組み込まれたN
PT DNA配列によっても媒介される可能性は極めて
高く、その一方でクローン8−1の細胞の耐性はもっぱ
ら導入されたプラスミドDNAに起因する。
【0094】G418耐性が自律的に複製するHCV−
RNAにより媒介されていることを証明するためにクロ
ーン9−13(図1B、レーン11)をさらに試験し
た。NPT−遺伝子の導入されたコピーを有するクロー
ン8−1をあらゆるところでネガティブコントロールと
して使用した。クローン9−13中のNPT−DNAの
存在を徹底的に排除するという目的で、40000以下
の細胞中のNPT−遺伝子−コピー1000未満の検出
を可能にするPCRを実施した。このPCRの結果は図
2Aに記載されている。このPCRの場合、詳細には以
下の通りに行った:その都度106〜102のプラスミド
分子(I377/NS3−3′/wt)を、直接(レーン
7〜11)またはその都度1μgの9−13DNAの添
加後(レーン2〜6)に試験で使用した。増幅したDN
A断片の特異性を、NPT−特異的なプローブの使用下
にサザンブロットを用いて決定した。DNA−プローブ
を有していないPCRを、ネガティブコントロールとし
て実施した(レーン12)。
【0095】この高感度な方法を用いても細胞クローン
9−13のDNAμg中にプラスミドDNAは検出され
なかった(レーン1)。これらの細胞中のHCV−プラ
ス鎖およびマイナス鎖のRNAの量を評価するために、
プラス鎖およびマイナス鎖特異的な放射性標識したリボ
プローブ(Ribosonde)(=RNAプローブ)の使用下に
ノーザンブロット法を用いて全RNAの希釈系列を分析
した。このために、その都度、細胞クローン9−13お
よび8−1から単離された全RNA8μg、4μgまた
は2μgを、ノーザンブロット法で公知量のプラス鎖ま
たはマイナス鎖極性(コントロールRNA)を有する類
似のインビトロ転写と並行して分析し、かつ引き続きハ
イブリダイゼーションした。ハイブリダイゼーション
は、完全NPT遺伝子およびHCV−IRESを覆うプ
ラス鎖特異的リボプローブ(上部の図版の「プラス
鎖」)を用いるか、またはNS3−配列に対して相補的
なマイナス鎖特異的なRNAプローブ(下部の図版の
「マイナス鎖」)を用いて実施した。矢印はレプリコン
RNAの位置を標識している。この分析の結果は図2B
に記載されている。
【0096】プラス鎖の場合、約108コピー/全RN
Aμgが検出され、これは細胞あたり1000〜500
0のHCV−RNA−分子に相当するが、その一方でマ
イナス鎖RNAの量は5〜10倍低かった。この結果
は、マイナス鎖RNAは、プラス鎖分子の合成のための
装入物として使用される複製中間体もしくは中間コピー
であるという仮定と一致する。
【0097】反応は実質的にウイルスRNAに依存した
RNAポリメラーゼにより触媒されるので、HCV−R
NAの合成は、DNA鋳型からのRNA合成を選択的に
抑制するが、しかしRNA鋳型からのRNA合成を抑制
しない抗生物質であるダクチノマイシンに対して耐性で
あるべきである。この推測を裏付けるために、[3H]
ウリジンを用いて細胞をダクチノマイシンの存在下でイ
ンキュベーションし、放射性標識したRNAを抽出し、
変性アガロースゲル電気泳動を用いて分離し、かつ[3
H]感光板の使用下に市販のバイオ−イメージャー(Bio
-Imager)を用いて分析した。このためにその都度、クロ
ーン9−13および8−1の細胞約5×105をCi[3
H]ウリジン100μを用いてダクチノマイシン(Da
ct)の不在下(−)または4μg/mlの存在下
(+)に16時間インキュベーションした。この標識反
応に引き続き、全RNAを調整し、かつホルムアルデヒ
ド−アガロースゲル電気泳動を用いて分析した。両方の
第一のレーン中で、全RNAの1/10が表示されてい
るのみである。放射性標識したRNAを、BAS−25
00バイオ−イメージャー(フジ(Fuji)社)を用いて目
視できるようにした。
【0098】この分析の結果は図2Cに記載されてい
る。NS5Bポリメラーゼのインヒビタープロフィール
との一致において(Behrens et al., 1996, EMBOJ. 15,
12およびLohmann et al., 1997, J. Virol. 71, 841
6)、HCV RNAの複製はダクチノマイシンにより
影響を受けることはないが、その一方で細胞RNAの合
成は抑制された。ウイルスRNAの同一性を確認するた
めに、複製した配列の再クローニングのためにRT−P
CRを実施した。再クローニングしたRNAの配列分析
は、クローン9−13中のRNAがHCV−特異的であ
り、かつHCV−構築物I377/NS3−3′/wtの
転写した転写物と一致することを示した。
【0099】ウイルスタンパク質の分析のために該当す
る細胞をまず代謝的に[35S]メチオニン/システイン
を用いて放射性に標識し、引き続き溶解し、かつその
後、免疫沈降を用いてHCV特異的なタンパク質を細胞
−溶解産物から単離した。この分析の結果は図3Aに記
載されている。その際、詳細には以下の通りに行った:
細胞クローン9−13(wt)および8−1(Δ)の細
胞を、当業者に公知であり、かつ市販のタンパク質標識
混合物(例えばNEN Life Science)を用いて16時間処
理することにより代謝的に放射性標識した。非変性条件
下(例えばBartenschlager et al., 1995, J. Virol, 6
9, 7519による)または3つの異なった抗血清の使用下
(3/4, 5A, 5B、レーン1〜12の上部の末端における
標識による)に免疫沈降(IP)を用いて、HCV特異
タンパク質を細胞−溶解産物から分離した。トリシンS
DS−PAGEを用いて免疫複合体を分析し、かつオー
トラジオグラフ法を用いて目視できるようにした。確定
された大きさのマーカーを得るために、相同レプリコン
構築物I377/NS3−3′/wtをワクシニアウイル
スT7−ハイブリッド系を用いてHuh−7細胞中で一
過性発現させた。その際に得られた生成物をサイズマー
カー(レーン7〜9)として、クローン9−13および
8−1の細胞と並行して処理した。同定されたHCVタ
ンパク質は、レーン1の左の端に標識されており、分子
量(キロダルトン)は、レーン9の右側の端に記載され
ている。使用されるNS3/4特異的な抗血清(′3/
4′)は、有利にはNS4AおよびNS4Bと反応し、
これはNS3の下位表示(Unterrepraesentation)につな
がることがわかる。
【0100】すべてのウイルス抗原は明確に検出可能で
あり、かつその見かけの分子量は、2シストロンのHC
V−RNA−構築物の一過性発現により本来のHuh−
7細胞中で確認された分子量に対する差異を示さなかっ
た。ウイルス抗原の細胞内分布を決定するために、NS
3およびNS5A特異的な抗血清の使用下に免疫蛍光法
−検出反応を実施した(例えばBartenschlager et al.,
1995, J. Vitol, 69,7519による)。このためにクロー
ン9−13(wt)および8−1(Δ)の細胞を、播種
の24時間後にメタノール/アセトンを用いてカバーガ
ラス上に固定し、かつポリクローナルNS3またはNS
5A特異的な抗血清とともにインキュベーションした。
結合した抗体を市販のFITC−共役した抗ウサギ抗血
清を用いて目視できるようにした。非特異的な蛍光シグ
ナルの抑制のために、細胞を色素「エバンスブルー(Eva
ns Blue)」で色分けした。
【0101】この検出の結果は図3Bに記載されてい
る。両方の抗血清を用いて細胞質中の強い蛍光を検出す
ることができた。NS5A特異的な抗血清はさらに弱い
細胞核の蛍光につながり、このことは、この抗原の少な
くとも少量が細胞核にも達したことを暗示している。し
かし細胞質中のウイルス抗原の一般に優勢な存在は、H
CV−RNA複製が、多くのRNAウイルスの場合に該
当するように、細胞質中で行われていることに関する著
しい指標である。
【0102】これらの結果は、ここに記載されている試
験バッチを用いてHCVのための細胞培養系の構築が成
功しており、その効率はすべて従来公知のサイズのオー
ダーに勝っており、かつ通例の、かつ実証済みの生化学
的方法で初めてウイルス性の核酸およびタンパク質の検
出を可能にしたことを明らかに裏付けている。この効率
は初めてHCVの発病学の完全に詳細な調査、種々のH
CV−機能の発生学的分析およびウイルス−/宿主細胞
の相互作用の精密な研究を可能にし、このことにより抗
ウイルス治療法の開発のための手がかりを定義すること
ができる。
【0103】例3:HCVゲノム構築物を用いたHuh
−7細胞のトランスフェクション 例2に記載したようにHuh−7細胞をトランスフェク
ションし、かつ選択したが、しかしその際、ここで完全
なウイルスゲノムを有している選択可能な構築物を使用
した。得られた細胞クローンを例2と同様にしてHCV
−DNAの不在下にPCRを用いて調査し、かつその
後、HCV−RNAの産生複製を、ダクチノマイシンの
存在下にノーザンブロット、[3H]ウリジン標識、ウ
イルスタンパク質もしくは抗原の検出を用いて、有利に
はウエスタンブロット、免疫沈降法または免疫蛍光法を
用いて検出した。例2に記載されているバッチとは対照
的に、ここに記載されている構築物を用いて、さらに完
全で、かつ極めて感染力の高いウイルスが得られるが、
これは該部位(例2中)に記載されているサブゲノム構
築物の場合、該当しない。細胞および細胞培養上清中に
存在しているこれらのウイルスは、例えば超遠心分離、
免疫沈降またはポリエチレングリコールを用いた沈殿に
より濃縮し、かつすべての外因性、つまりウイルス粒子
中に構築されていない核酸を、ヌクレアーゼ(RNas
e、DNase、単球菌ヌクレアーゼ)を用いたインキ
ュベーションにより消化する。このようにして、保護ウ
イルス粒子中に含有されていないすべての汚染性の核酸
を除去することができる。保護されたウイルスRNAを
ヌクレアーゼのインキュベーション後に、例えばプロテ
イナーゼKを用いたインキュベーションを用いてSDS
含有緩衝液中でフェノールおよびフェノール/クロロホ
ルムを用いた抽出により単離し、かつHCV特異的なプ
ライマーの使用下にノーザンブロットまたはRT−PC
Rを用いて検出する。この試験バッチでも前記のHCV
コンセンサスゲノムと選択マーカーとの組み合わせはウ
イルスRNA、ウイルスタンパク質ひいてはHCV粒子
の効果的な生産にとって決定的である。
【0104】例4:耐性遺伝子がリボザイムもしくはリ
ボザイムのための認識部位を介してHCV−サブゲノム
−配列と結合しているHCV−RNA構築物の製造およ
び適用 例1または例3によりHCV−RNA−構築物を製造
し、その際、抗生物質耐性遺伝子がリボザイムもしくは
リボザイムのための認識部位を介してHCV−RNA−
配列と結合している。このような構築物は、図7に図示
されている。Huh−7細胞は、例えば例2に記載され
ているように、これらのHCV−RNA−構築物でトラ
ンスフェクションされている。細胞へのトランスフェク
ション後に、まず、相応する抗生物質を用いた選択を行
う。その際に得られる細胞クローン中で、単一クローン
性リボザイムが活性化されるか、またはリボザイムのた
めの認識部位を有する構築物の場合、リボザイムが細胞
中に導入される(例えばリボザイム構築物のトランスフ
ェクションまたはその中で相応するリボザイムが使用さ
れたウイルス発現ベクターを用いた感染による)。両方
の場合においてリボザイム媒介された分解により耐性遺
伝子はHCV−RNA配列から分離される。その結果
は、HCV−ゲノム−構築物の場合、耐性遺伝子を有し
ていない確立されたHCV−ゲノムであり、これは確立
された感染性ウイルス粒子の形成のための能力がある。
HCV−サブゲノム−構築物の場合、耐性遺伝子を有し
ていないHCV−レプリコンが生じる。
【0105】例5:別々のルシフェラーゼ−トランスフ
ェクション構築物を用いたHCV−RNA−構築物の同
時トランスフェクション 例1(A)または例3または例4によりHCV−RNA
−構築物を製造する。これと並行して、ルシフェラーゼ
遺伝子を含むトランスフェクション構築物を製造し、そ
の際、HCV−プロテアーゼ−(例えばNS3−プロテ
アーゼ−)分割部位に関してコードする第一のヌクレオ
チド配列を用いて、このルシフェラーゼ遺伝子と、その
他のタンパク質またはその他のタンパク質の一部をコー
ドする第二のヌクレオチド配列とが結合している。HC
V−RNA−構築物およびトランスフェクション構築物
を、任意の宿主細胞、有利には肝癌細胞、特にHuh−
7−細胞に導入する。これは例2に記載の方法で行うこ
とができる。改変されたルシフェラーゼ遺伝子の生成物
は、その中でルシフェラーゼが外来成分との融合に基づ
いて不活性化するルシフェラーゼ−融合タンパク質であ
る。高いHCV−複製を有するトランスフェクションし
た細胞中で、HCV−プロテアーゼのための切断部位を
有する融合タンパク質を分離し、ひいては発光測定(lum
inometrischeMessung)により決定することができるルシ
フェラーゼの活性型を遊離する。HCV−RNA−構築
物の複製を抑制すると、融合タンパク質は分離せず、か
つ活性ルシフェラーゼは遊離しない。従って、ルシフェ
ラーゼの定量的な測定はHCV−サブゲノム−構築物の
複製のための尺度である。ルシフェラーゼ遺伝子の代わ
りに、同様にして修飾されているその他のリポーター遺
伝子も同様に使用することができるので、このリポータ
ー遺伝子がHCV−サブゲノム−構築物の成分ではなく
ても、その発現はウイルス複製に依存する。HCV−タ
ンパク質または核酸により不活性化または活性化される
細胞タンパク質もまたいわゆる代理マーカー(Surrogatm
arker)として使用することができる。この場合、この代
理マーカーの発現もしくは活性化は、ウイルスDNAの
複製のための尺度である。
【0106】例6:遺伝子治療のために肝癌細胞特異的
な遺伝子輸送体として使用するための導入された外来遺
伝子を有するHCV−サブゲノム−構築物の製造 この組み換え型および選択可能なHCV−サブゲノム−
構築物を、トランス相補性ヘルパー細胞系、つまり誘発
可能な、または構造的に欠けている機能を発現する細胞
系(例えば構造タンパク質)にトランスフェクションす
る。機能的なHCV−サブゲノム−構築物を有する細胞
クローンを相応する選択により確立することができる。
宿主細胞により発現したウイルス−構造タンパク質は、
その中へHCV−サブゲノム−構築物のRNAを導入す
るウイルス粒子の形成を可能にする。その結果はつまり
単一クローンした外来遺伝子も含めて本発明によるHC
V−サブゲノム−構築物を含有し、かつこれを感染によ
りその他の細胞に移すことができるウイルス様粒子であ
る。このような構築物の例は図8に記載されている。こ
こに記載した、組み込まれた外来遺伝子を有する本発明
によるHCV−サブゲノム−構築物を直接発現ベクター
として使用する可能性もまた生じる。その場合、前記の
方法と同様に行うが、しかしトランス相補性の因子を発
現する細胞系をトランスフェクションすることが異なっ
ている。この場合、HCV−構築物は単に発現ベクター
として使用されるのみである。
【0107】例7:細胞培養に適合したHCV−RNA
−構築物の製造 (A)単離法 適合した突然変異の測定および細胞培養に適合したHC
V−RNA−構築物の製造のために、以下の通りに行っ
た:細胞をHCV−RNA−構築物を用いて例1および
2に記載されているようにトランスフェクションし、か
つG418−耐性細胞クローンを製造した。複製能力
(これはこの関連において、トランスフェクションした
HCV−RNAもしくはHCV−RNA−構築物1μg
あたりに得られるG418−耐性細胞クローンの数と解
釈する)の測定のために模範的に9−13(図1B、レ
ーン11)と称する細胞クローンの1つからの全RNA
を単離し、かつその中に含有されているHCV−RNA
の量を図2Bに記載されているようにノーザンブロット
を用いて測定した。引き続き、HCV−RNAを約10
9分子含有している全RNAの10μgをエレクトロポ
レーションによりナイーヴHuh−7細胞に導入した
(図9)。これと並行してナイーヴHuh−7細胞から
単離した全RNAを用いて10μgの全RNA量に満た
した類似のneo−HCV−RNAのインビトロ転写1
9を、ナイーヴHuh−7細胞にトランスフェクショ
ンした。G418を用いた選択後に、両方のバッチ中の
細胞コロニーの数を測定し、これをRNAμgあたりの
コロニー形成単位(colony formingunits(cfu))で表し
た。選択媒体中、G418 500μg/mlの濃度の
場合、単離した全RNA中に含有されているHCV−R
NAにより得られたコロニーの数はHCV−RNAμg
あたり約100000cfuであった。これに対してイ
ンビトロ転写された同量のHCV−RNAを用いてわず
か30〜50コロニーが得られたのみであった。この結
果は、細胞コロニーから単離されたHCV−RNAの特
異的な感染力が、類似のインビトロ転写の感染力よりも
約1000〜10000倍高いことを証明している。方
法論的プロセスは図9に記載されている。
【0108】「長距離RT−PCR(long-distance RT-
PCR)」を用いて、9−13細胞の全RNAからのHCV
−RNAを増幅し、PCR−増幅物をクローニングし、
かつ数多くのクローンを配列決定した。この再クローニ
ングしたRNAの配列と、本来ナイーヴHuh−7細胞
に導入されたRNAの配列との比較は、再クローニング
したRNAが全HCV−配列にわたって分布している数
多くのアミノ酸交換を占有していることを明らかにした
(図10)。この再クローニングした突然変異体のSf
iI−断片を、本来のレプリコン構築物の類似のSfi
I−断片との交換でこの中に導入し、かつそれぞれの突
然変異体のRNAをナイーヴHuh−7細胞に導入し
た。次いでG418を用いた選択後に、それぞれのHC
V−RNA−突然変異体に関して形成されたコロニーの
数を測定した。出発RNAではRNAμgあたりわずか
30〜50のコロニーが得られたのみであったが、再ク
ローニングした変異体の2つの場合にはコロニー数が明
らかにより高かった(図10)。HCV−RNA−構築
物9−13Iおよび9−13Cの場合、特異的感染力は
RNAμgあたり100〜1000cfuであり、かつ
9−13Fレプリコンの場合、それどころかRNAμg
あたり1000〜10000であった。この結果は、突
然変異体9−13I、9−13Cおよび特に9−13F
が複製能力の明らかな上昇につながることを示してい
る。これに対してすべてのその他のHCV−RNA−構
築物(9−13A、B、G、HおよびK)は、もはや複
製能力がなく、従って致命的な突然変異を有していた。
【0109】9−13F−構築物中のアミノ酸交換のい
ずれが複製の増加につながるかという問いへの回答のた
めに、交換を単独で、または組み合わせて出発−HCV
−RNA−構築物に導入し、かつ相応するRNAをナイ
ーヴHuh−7細胞に導入する。これらのRNAを用い
たトランスフェクションの結果は、第1表にまとめられ
ている。ここから本実施例では高い複製能力が複数の突
然変異により制限されていることが明らかである。HC
V−RNA−断片NS5AおよびNS4B中のアミノ酸
交換が大いに貢献している。NS3−領域における個々
の交換もまた、おそらくこの個別交換の相助作用に基づ
いて貢献している。この調査は、neo−HCV−RN
A−構築物でトランスフェクションされた細胞のG41
8−選択により、明らかにより高い複製能力を有するH
CV−RNAを富化した。ここに記載された試験バッチ
を用いて極めて異なった複製効率を有するHCV−RN
A−構築物を選択することができる。その中/上でHC
V−RNA−構築物含有細胞が選択のために培養される
選択媒体中の抗生物質濃度が高いほど、細胞が成長する
ことができるためには適応突然変異の程度、ひいては該
当するHCV−RNA−構築物中での複製効率は高くな
くてはならない。低い抗生物質濃度での選択を実施する
と、よりわずかな適合突然変異およびよりわずかな高い
複製効率を有する細胞もまた生き残り、かつ増殖するこ
とができる。
【0110】複数の適合突然変異を有する従来記載され
ていたHCV−RNA−構築物9−13Fは、疑う余地
なく親HCV−RNAより高い複製効率を有していた。
さらに高い複製を有するHCV−RNAを細胞培養中で
得るために、選択された細胞クローンの全RNA中に含
有されていたHCV−RNAを数回、ナイーヴHuh−
7細胞中で継代した。この選択された細胞クローンは、
5−15と呼ばれ、HCV−RNA−構築物I389/N
S3−3′を用いたトランスフェクションにより得られ
る(図1)。これは十分に、22のヌクレオチドの分だ
け短いHCV−IRESを有するHCV−RNA−構築
物を用いたトランスフェクションにより製造された細胞
クローン9−13に相当する(I377/NS3−3′、
図1)。細胞クローン5−15から単離された全RNA
10μgを、エレクトロポレーションを用いてナイーヴ
HuH−7細胞に導入し、かつG418 1mg/ml
を用いて細胞を選択した。このようにして得られた細胞
クローンから、再度、全RNAを単離し、ナイーヴHu
h−N7細胞中にトランスフェクションし、かつ同様に
して選択した。この工程を合計して4回繰り返した。4
回目の継代の後で、細胞クローンから全RNAを単離
し、かつ「長距離RT−PCR」を用いてneo−HC
V−RNAを増幅した。増幅したDNA−断片を制限酵
素SfiIで消化し、かつSfiI制限された出発構築
物I389/NS3−3′に挿入した。合計して100を
越えるDNA−クローンが得られ、かつまず制限消化を
用いて分析した。インビトロで転写した約80のこれら
のクローンのRNAをその都度ナイーヴHuh−7に導
入し、かつG418 500mg/mlを用いて選択し
た。調査した80のneo−HCV−RNA−変異体か
ら、大部分が複製欠陥であることが判明した。しかし
5.1および19と呼ばれる2つの突然変異体の場合、
RNAマイクログラムあたりの「コロニー形成単位」と
呼ばれる特異的な感染力は、極めて明らかに増大した
(第2表)。細胞培養中でのRNAの複数回の継代によ
り、明らかに、その複製効率が、複数のサイズオーダー
の突然変異(いわゆる「適合突然変異」)に基づいて本
来患者からクローンしたRNAのものよりも高いHCV
−RNAを製造することができる。
【0111】(B)改変方法。
【0112】(A)により製造し、かつ同定された適合
突然変異を、わずかに複製能力のあるHCV−RNA−
構築物中に移すことができ、かつこの構築物の複製の著
しい向上につながる。この向上は極めて高いので、これ
により明白に、選択可能なマーカー遺伝子をもはや有し
ていないHCV−RNAを細胞培養中で複製することが
できる。図12は、HCV−RNAの複製効率の比較を
示しており、これは出発配列または適応配列9−13F
もしくは5.1に相応していた。容易な測定のために、
neo−遺伝子を除去し、かつルシフェラーゼのための
遺伝子により交換した。ネガティブコントロールとし
て、再び、NS5B RNA−ポリメラーゼの不活性化
突然変異に基づいて複製欠陥のあるHCV−RNA−構
築物を使用した。トランスフェクションの24時間後に
すでに、欠損RNAと9−13Fもしくは5.1−構築
物の間のルシフェラーゼ活性における明らかな違いが認
識される一方で、欠損RNA(318DN)と、適合突
然変異を有してない出発−RNA−構築物(wt)との
間にはほとんど違いを見ることはできない。全観察時間
の間、最も高いルシフェラーゼ活性ひいては最も高い
5.1−RNAを有する複製が得られた。この調査は、
このRNAの高い複製効率を証明するのみではなく、適
応HCV−RNA−構築物を用いて、そのために選択可
能な遺伝子の存在がもはや必要ではない細胞培養系を構
築することが可能であることもまた示している。出発構
築物と、突然変異体9−13F、5.1および19の間
のヌクレオチド−およびアミノ酸の違いの包括的な概要
は、第3表に示されている。
【0113】例8:細胞培養に適合したHCV−RNA
−全長ゲノムの製造 例1〜7では常に、p7もしくはNS2までを含むコア
の全構造タンパク質領域が欠けているサブゲノムのHC
V−RNAを使用した。この例8では、適合したNS3
−5B−配列を用いて細胞培養中のHCV−全長ゲノム
を複製することが可能であることを示している。この目
的のために、まず例7に従って製造され、高度に適合し
たHCV−RNA5.1のSfiI−断片を、選択可能
なHCV−全長ゲノムにトランスフェクションした(図
12)。このHCV−ゲノムをナイーヴHuh−7細胞
にトランスフェクションし、かつ異なったG418−濃
度で選択した。(G418濃度の)選択強度に依存し
て、異なった大きさの細胞クローンの数が得られた(図
12B)。これと比較して、適合突然変異を受けなかっ
た未変化のHCV−全長ゲノムではクローンは得られ
ず、またNS5B RNA−ポリメラーゼにおける不活
性化突然変異に基づいて複製欠陥のあるネガティブコン
トロールでも同様であった。生じた細胞クローンが実際
に自律的に複製するHCV−全長構築物を有しているこ
とに対する証明のために、全RNAを複数の細胞クロー
ンから単離し、かつノーザンブロットを用いて分析し
た。すべての細胞クローンにおいてHCV−全長RNA
は明確に検出可能であった(図12)。これにより細胞
培養に適合したHCV−配列を用いて、高い効率で、お
よび自律的に細胞系で複製するHCV−全長ゲノムを製
造することができる、つまり本発明による系を用いて適
合したHCV−全長ゲノムを製造することが可能である
ことが明確に証明される。さらにこのクローンは、完全
なHCV−配列、つまりウイルス粒子の形成のために必
要な構造タンパク質もまた有しているので、この系を用
いて大量の感染ウイルス粒子を細胞培養中で製造するこ
とが可能である。これらのウイルスの検出のために、細
胞不含で、複製HCV−全長ゲノムを有する細胞の上清
をナイーヴHuh−7細胞に添加し、かつこうして感染
させた細胞をG418で選択する。前記の条件下で成長
するそれぞれの細胞クローンは、感染した細胞に起因す
る。しかし複製するHCV−全長ゲノムを有する細胞の
細胞培養上清中のウイルスは、従来技術で公知の種々の
方法、例えば超遠心分離またはマイクロ透析(Mikrodial
yse)で富化し、かつ生成し、かつ次いでナイーヴ細胞の
感染のために使用することができる。この方法で、本発
明によるHCV−細胞培養系を用いて、細胞中で高い効
率で複製し、かつ感染性のウイルスを産出する細胞培養
に適合したHCV−全長ゲノムを製造することができる
ことが明確に示されている。これらは同様に試験動物、
有利にはチンパンジーの感染により検出することができ
る。
【0114】例9:リポーター遺伝子を有するHCV−
全長−構築物およびHCV−サブゲノム−構築物の製造 HCV−RNA−構築物を製造したが、その際、抗生物
質耐性遺伝子の代わりにリポーター遺伝子を挿入する
(図13)。その際、リポーター遺伝子もしくはリポー
ター遺伝子産物の量もしくは活性に基づいて複製を決定
することができる。リポーター遺伝子は、有利にはルシ
フェラーゼ遺伝子の群、CAT−遺伝子(クロラムフェ
ニコール−アセチル−トランスフェラーゼ−遺伝子)、
lacZ−遺伝子(β−ガラクトシダーゼ遺伝子)、G
FP−遺伝子(緑色蛍光タンパク質(green fluorescenc
e protein)遺伝子)、GUS−遺伝子(グルクロニダー
ゼ遺伝子)またはSEAP−遺伝子(分泌された(sezer
nierte)アルカリ性ホスファターゼ遺伝子)からの遺伝
子である。これらのリポーター遺伝子もしくはこれらの
産物、つまり相応するリポータータンパク質を、例えば
蛍光法、化学発光法、比色法により、または免疫学的方
法(例えば固相酵素免疫測定法、ELISA)を用いて
測定することができる。リポーター遺伝子は、固有のI
RESにより発現させるか、またはそのままで活性であ
るか、もしくはタンパク質分解により分解可能なアミノ
酸配列によりHCV−タンパク質と結合している融合タ
ンパク質の形で発現させることができるので、これは細
胞性またはウイルス性(HCV)プロテアーゼによりタ
ンパク質から分離される。
【0115】例10:遺伝子治療のための肝細胞特異的
な遺伝子輸送体としてまたは発現ベクターとしての使用
のための導入された外来遺伝子を有するHCV−全長−
構築物の製造 構築物(図14)を細胞内に導入し、かつここでその他
の細胞の感染のために使用することができるHCV−ウ
イルス粒子を形成させる。ウイルス粒子は外来遺伝子を
有するRNAを包んでいてもよいので、この外来遺伝子
によりコードされたタンパク質の産生のためにこのよう
にして感染させた細胞中で外来遺伝子を使用することが
できる。構築物でトランスフェクションされた細胞は、
同様に外来遺伝子を発現する。
【0116】例11:耐性遺伝子産出がHCV−割合を
有する融合タンパク質として発現する単シストロンのH
CV−RNA−構築物の製造 特定の調査にとって、HCV−RNA−構築物が異種I
RES−エレメントを有していない場合には有利であ
る。このような調査は例えばインターフェロン耐性の決
定である。HCV−RNA−構築物を有する細胞をイン
ターフェロン−αまたはインターフェロン−βを用いて
インキュベーションすると、これはHCV−RNAの複
製の減少につながる。作用機構の解明のために、HCV
−RNA−構築物が異種IRESを有していないことが
必要である。というのもさもないとインターフェロン媒
介された抑制がHCV−複製の抑制により媒介されるの
か、または異種IRESの抑制により媒介されるのか決
定することができないからである。従って、耐性遺伝子
がHCV−タンパク質と融合する構築物を製造する。
(図15)。融合タンパク質がそのままで活性である
か、または細胞性またはウイルス性(HCV−)プロテ
アーゼによりここから分離するように耐性遺伝子産物が
タンパク質分解により分解可能なアミノ酸配列によりH
CV−タンパク質と結合している。
【0117】
【表1】
【0118】
【表2】
【0119】
【表3】
【0120】
【表4】
【0121】記載は、出発−HCV−RNA−配列Co
n1(EMBL−遺伝子バンク(Genbank)No.AJ2
38799)および細胞培養に適合したHCV−RNA
の配列との間のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列の
違いである。数はHCV−単離物Con1のヌクレオチ
ド位置およびアミノ酸位置に関する。
【0122】
【外3】
【0123】
【外4】
【0124】
【外5】
【0125】
【外6】
【0126】
【外7】
【0127】
【外8】
【0128】
【外9】
【0129】
【外10】
【0130】
【外11】
【0131】
【外12】
【0132】
【外13】
【0133】
【外14】
【0134】
【外15】
【0135】
【外16】
【0136】
【外17】
【0137】
【外18】
【0138】
【外19】
【0139】
【外20】
【0140】
【外21】
【0141】
【外22】
【0142】
【外23】
【0143】
【外24】
【0144】
【外25】
【0145】
【外26】
【0146】
【外27】
【0147】
【外28】
【0148】
【外29】
【0149】
【外30】
【0150】
【外31】
【0151】
【外32】
【0152】
【外33】
【0153】
【外34】
【0154】
【外35】
【0155】
【外36】
【図面の簡単な説明】
【図1】Aは本発明によるHCV−RNA−構築物の構
造を示している。Bはトランスフェクションして継代培
養されたHuh−7細胞クローンにおける複製されたプ
ラス鎖RNAの検出のための変性ホルムアルデヒド−ア
ガロースゲル電気泳動の結果を示している。Cは選択さ
れた大部分の細胞クローンにおいて導入されたレプリコ
ンDNAが存在しないことを証明するための引き続きの
サザンブロットによるPCR試験の結果を示している。
【図2】AはHCV−RNA構築物を有する細胞クロー
ン(9−13)における導入されたレプリコンDNA
(プラスミド分子I377/NS3−3′/wt)の高感
度の排除のための引き続きのサザンブロットによるPC
R試験の結果を示している。BはHCVのプラス鎖RN
Aおよびマイナス鎖RNAの定量のためのノーザンブロ
ット試験の結果を示している。CはHCV−RNA複製
のダクチノマイシンに対する耐性を証明するための細胞
内で複製されたHCV−RNAの放射性標識後のホルム
アルデヒド−アガロースゲル電気泳動の結果を示してい
る。
【図3】Aは代謝放射性標識後の免疫沈降による選択さ
れた細胞クローンにおけるHCV特異抗原の検出を示し
ている。BはHCV抗原の細胞内での所在の検出のため
の免疫蛍光試験の結果を示している。
【図4】図4は5′HCV−IRES、ネオマイシンホ
スホトランスフェラーゼ遺伝子(NeoR)、異種の完
全なHCV読み枠および確実な3′NTRからなる、本
発明による選択可能なHCV−RNA構築物(完全なゲ
ノム)の構造の略図である。
【図5】図5はポリタンパク質をコードするヌクレオチ
ド配列内に挿入された抗生物質耐性遺伝子(単シストロ
ン性RNA)(A)および3′NTR内に挿入された抗
生物質耐性遺伝子(2シストロン性RNA)(B)を有
するHCV−RNA構築物の構造の略図である。
【図6】図6はNS3からNS5BまでのHCVレプリ
コンの一部として挿入されたリポーター遺伝子を有する
HCV−RNA構築物の構造(A)、耐性遺伝子および
リポーター遺伝子からなる融合遺伝子の一部として挿入
されたリポーター遺伝子を有するHCV−RNA構築物
の構造(B)、耐性遺伝子およびリポーター遺伝子から
なるレプリコンの一部として挿入されたリポーター遺伝
子を有するHCV−RNA構築物の構造(C)、自体の
内部のリボソーム結合部位(IRES)から発現される
独立の遺伝子として挿入されたリポーター遺伝子を有す
るHCV−RNA構築物の構造(D)の略図である
【図7】図7は耐性遺伝子がリボザイムもしくはリボザ
イムのための認識部位を介してHCV−RNA配列と結
合しているHCV−RNA構築物の構造の略図である。
【図8】図8は耐性遺伝子および導入された外来遺伝子
を有するHCV−RNA構築物の構造の略図である。
【図9】図9は全RNAとインビトロ転写物との比感染
力の比較のための方法プロセスを示している。。
【図10】図10は9−13クローンの配列分析を示し
ている。
【図11】Aはリポーター遺伝子の使用による複製アッ
セイの原理を示している。Bは親HCV−RNA構築物
389/Luc/NS3−3′/wt(wt)または以
下の変異体:不活性RNA(318DN)、変異体9−
13Fもしくは変異体5.1でトランスフェクションし
た細胞におけるルシフェラーゼ活性の比較を示してい
る。
【図12】図12は選択可能なHCV全長ゲノム(構築
物I389/core−3′/5.1およびI389/cor
e−3′/9−13F)を示しており、Aは全長構築物
の略図であり、BはAに示される構築物I389/cor
e−3′/5.1のインビトロ転写されたRNA各0.
1μgでHUH7細胞にトランスフェクションした後に
得られるコロニーの数を示しており、Cは相応のインビ
トロ転写物のトランスフェクション後に得られるG41
8耐性細胞クローンにおける自律的に複製されるHCV
−全長RNAの検出を示している。
【図13】図13は1つのリポーター遺伝子を有するH
CV−RNA構築物を示しており、Aは2シストロン性
HCV−RNA構築物を示し、Bは単シストロン性HC
V−RNA構築物を示している。
【図14】図14は耐性遺伝子に付加的に、挿入された
外来遺伝子を有している3シストロン性のHCV−全長
RNA構築物を示している。
【図15】図15は耐性遺伝子がHCV成分を有する融
合タンパク質として発現する単シストロン性HCV−R
NA構築物を示している。
フロントページの続き Fターム(参考) 4B024 AA01 BA33 CA04 CA11 DA02 EA04 GA12 HA01 4B065 AA90X AA96Y AB01 BA03 CA24 CA44 CA45 (54)【発明の名称】 C型肝炎ウイルス細胞培養系、C型肝炎ウイルス−RNA−構築物、細胞培養系または構築物の 使用、C型肝炎ウイルス−RNA−構築物の細胞培養に適合した突然変異体を獲得する方法、C 型肝炎ウイルス−全長ゲノム、C型肝炎ウイルス−部分ゲノム、または任意のC型肝炎ウイルス −構築物の突然変異体の製法、細胞培養に適合したC型肝炎ウイルス−構築物、その突然変異 体、C型肝炎ウイルス−全長ゲノムの突然変異体、C型肝炎ウイルス粒子またはウイルス様粒 子、およびこれで感染した細胞

Claims (19)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 導入されたHCV−特異的遺伝子材料を
    含有する、主に真核細胞を包含するC型肝炎ウイルス
    (HCV)細胞培養系において、真核細胞がヒト肝癌細
    胞であり、かつ導入されたHCV−特異的遺伝子材料が
    HCV−特異的RNA−断片5′NTR,NS3,NS
    4A,NS4B,NS5A,NS5B及び3′NTRお
    よび付加的に選択可能なマーカー遺伝子(選択遺伝子)
    を包含するHCV−RNA−構築物であることを特徴と
    するC型肝炎ウイルス(HCV)細胞培養系。
  2. 【請求項2】 HCV−特異的RNA−断片5′NT
    R,NS3,NS4A,NS4B,NS5A,NS5B
    及び3′NTRおよび付加的に選択可能なマーカー遺伝
    子(選択遺伝子)を包含することを特徴とするHCV−
    RNA−構築物。
  3. 【請求項3】 配列表の配列番号1から配列番号11ま
    でのいずれか1つに記載されたヌクレオチド配列を包含
    する請求項2記載のHCV−RNA−構築物。
  4. 【請求項4】 3′NTRが以下に記載するヌクレオチ
    ド配列(a)〜(i): 【外1】 の群から選択されるヌクレオチド配列を有する請求項2
    記載のHCV−RNA−構築物。
  5. 【請求項5】 HCV−RNA−構築物が請求項2から
    4までの少なくともいずれか1項記載の構築物である請
    求項1記載の細胞培養系。
  6. 【請求項6】 HCV−RNA−構築物を含有する細胞
    がドイツ微生物保存機関(DSMZ:ブラウンシュバイ
    ク、BRD在)に寄託番号DSM ACC2394(研
    究所記号 HuBl 9−13)として寄託されている請求項
    1記載の細胞培養系。
  7. 【請求項7】 特にHCV−感染の治療のための治療剤
    および/または診断剤の製造および/または評価および
    /またはテストのための、請求項1または請求項5から
    6までのいずれか1項記載の細胞培養系および/または
    請求項2から4までのいずれか1項記載のHCV−RN
    A−構築物の使用。
  8. 【請求項8】 HCV−感染に対するワクチンの製造の
    ための、請求項1または請求項5から6までのいずれか
    1項記載の細胞培養系および/または請求項2から4ま
    でのいずれか1項記載のHCV−RNA−構築物の使
    用。
  9. 【請求項9】 遺伝子治療のための肝細胞特異的輸送体
    の製造のための、請求項2から4までのいずれか1項記
    載のHCV−RNA−構築物の使用。
  10. 【請求項10】 組み込まれた外来遺伝子を有し、この
    外来遺伝子の発現に好適である標的細胞中にこの外来遺
    伝子を導入するために好適である、請求項2から4まで
    のいずれか1項記載のHCV−RNA−構築物。
  11. 【請求項11】 請求項2から4までのいずれか1項記
    載のHCV−RNA−構築物の細胞培養に適合した突然
    変異体であって、HCV−RNA−構築物に比べて高め
    られた複製効率を有する突然変異体、を獲得する方法に
    おいて、導入されたHCV−特異的遺伝子材料が請求項
    2から4までのいずれか1項記載の選択遺伝子を有する
    HCV−RNA−構築物である請求項1記載の細胞培養
    系を、選択遺伝子に応じた選択培地上/中で培養し、成
    長した細胞クローンを収穫し、この細胞クローンからH
    CV−RNA−構築物またはその部分を単離することを
    特徴とする、前記HCV−RNA−構築物の細胞培養に
    適合した突然変異体を獲得する方法。
  12. 【請求項12】 単離されたHCV−RNA−構築物を
    新たに少なくとも1回継代し、すなわち単離されたHC
    V−RNA−構築物を請求項1記載の細胞培養系の細胞
    に導入し、導入されたHCV−特異的遺伝子材料が選択
    遺伝子を有する単離されたHCV−RNA−構築物であ
    る請求項1に記載のその際得られた細胞培養系を選択遺
    伝子に応じた選択培地上/中で培養し、成長した細胞ク
    ローンを収穫し、この細胞クローンからHCV−RNA
    −構築物を単離する、請求項11記載の方法。
  13. 【請求項13】 オリジナルのHCV−全長ゲノム又は
    HCV−部分ゲノム又はHCV−RNA−構築物と比較
    して高められた複製効率を有するHCV−全長ゲノム又
    はHCV−部分ゲノム又は任意のHCV−構築物の突然
    変異体を製造する方法において、請求項11または請求
    項12に記載の方法を用いてHCV−RNA−構築物の
    細胞培養に適合した突然変異体を製造し、これを単離
    し、これらの突然変異体のヌクレオチド配列およびアミ
    ノ酸配列を決定し、オリジナルのHCV−RNA−構築
    物のヌクレオチド配列及びアミノ酸配列と比較して、核
    酸突然変異およびアミノ酸突然変異の種類、数、及び位
    置を決定し、かつこの突然変異を意図的な突然変異誘発
    により、または該当する突然変異を有する配列断片の置
    換により、(単離された)HCV−全長ゲノムまたはH
    CV−部分ゲノムまたは任意のHCV−RNA−構築物
    中へ導入する、ことを特徴とする、前記突然変異体の製
    法。
  14. 【請求項14】 高められた複製効率を有する細胞培養
    に適合したHCV−RNA−構築物において、ヌクレオ
    チド突然変異及び/又はアミノ酸突然変異により請求項
    2から4までのいずれか1項記載のHCV−RNA−構
    築物から誘導可能であり、かつ請求項11から13まで
    のいずれか1項記載の方法により得ることができること
    を特徴とする、高められた複製効率を有する細胞培養に
    適合したHCV−RNA−構築物。
  15. 【請求項15】 次に記載するアミノ酸置換、すなわ
    ち:1283 arg −> glyおよび/または1
    383 glu −> alaおよび/または1577
    lys −> argおよび/または1609 ly
    s −> gluおよび/または1936 pro −
    > serおよび/または2163 glu −> g
    lyおよび/または2330 lys −>gluおよ
    び/または2442 ile −>valを1個または
    それ以上有する、請求項14記載の細胞培養に適合した
    HCV−RNA−構築物。
  16. 【請求項16】 表3に記載されたヌクレオチド置換お
    よび/またはアミノ酸置換の1つまたはそれ以上を有
    し、この際表3は該請求項に包含される、請求項14ま
    たは15記載の細胞培養に適合したHCV−RNA−構
    築物。
  17. 【請求項17】 オリジナルのHCV−RNA−構築物
    またはオリジナルのHCV−全長ゲノムと比較して高め
    られた複製効率を有するHCV−RNA−構築物または
    HCV−全長ゲノムの細胞培養に適合した突然変異体に
    おいて、請求項13記載の細胞培養に適合したHCV−
    RNA−構築物中で配列分析および配列比較により、こ
    れらの突然変異の種類および数を決定し、かつこれらの
    突然変異を意図的な突然変異誘発により、または該当す
    る突然変異を有する配列断片の置換により、HCV−R
    NA−構築物中に、特に請求項2から4までのいずれか
    1項記載のHCV−RNA−構築物中に、または(単離
    された)HCV−RNA−全長ゲノム中に導入すること
    を特徴とする、HCV−RNA−構築物またはHCV−
    全長ゲノムの細胞培養に適合した突然変異体。
  18. 【請求項18】 請求項11から13までのいずれか1
    項記載の方法で得られることを特徴とする、C型肝炎ウ
    イルス粒子またはウイルス様粒子。
  19. 【請求項19】 請求項18記載のC型肝炎ウイルス粒
    子またはウイルス様粒子に感染した細胞。
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