JP2000510330A - 癌の診断および予後のための方法 - Google Patents
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Abstract
Description
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1. 癌に苦しむ患者の予後を決定する方法であって、患者由来の試料中のp Rb2/p130遺伝子の発現レベルを決定する、ここにおいてpRb2/p1 30発現の減少したレベルは好ましくない予後の指標である、ことを含む前記方 法。 2. pRb2/p130遺伝子の発現レベルの決定が、当該遺伝子のRNA 転写物の相対数を決定することを含む、請求項1に記載の方法。 3. pRb2/p130遺伝子の発現レベルの決定が、pRb2/p130 タンパク質の相対レベルを決定することを含む、請求項1に記載の方法。 4. pRb2/p130タンパク質のレベルを、試料をpRb2/p130 タンパク質に結合する抗体と接触させることによって決定する、請求項3に記載 の方法。 5. 放射線療法または化学療法による患者の治療の前に、試料を患者から得 る、請求項1に記載の方法。 6. 癌が婦人科系の癌である、請求項1に記載の方法。 7. 癌が子宮内膜癌である、請求項6に記載の方法。 8. 試料が子宮内膜組織を含む、請求項7に記載の方法。 9. 子宮内膜組織が腫瘍を含む、請求項8に記載の方法。 10. 癌が卵巣癌である、請求項6に記載の方法。 11. 癌が非小細胞肺癌である、請求項1に記載の方法。 12. 組織における癌性疾患状態を検出する方法であって、当該組織の試料中 のpRb2/p130遺伝子の発現レベルを決定する、ここにおいてpRb2/ p130発現の減少したレベルは癌の存在の指標である、ことを含む前記方法。 13. pRb2/p130遺伝子の発現レベルの決定が、当該遺伝子のRNA 転写物の相対数を決定することを含む、請求項12に記載の方法。 14. pRb2/p130遺伝子の発現レベルの決定が、pRb2/p130 タンパク質の相対レベルを決定することを含む、請求項12に記載の方法。 15. pRb2/p130タンパク質のレベルを、試料をpRb2/p130 タンパク質に結合する抗体と接触させることによって決定する、請求項14に記 載の方法。 16. 癌が婦人科系の癌である、請求項12に記載の方法。 17. 癌が子宮内膜癌である、請求項16に記載の方法。 18. 癌が卵巣癌である、請求項16に記載の方法。 19. 癌が非小細胞肺癌である、請求項12に記載の方法。 20. 癌の危険性のある個体、または治療後に癌の再発の危険性のある個人を 同定する方法であって、 個体から試料化された組織中のpRb2/p130の発現レベルを決定し;そ して 試料組織中のpRb2/p130発現レベルを正常なpRb2/p130発現 レベルと比較する ことを含む前記方法。 21. pRb2/p130遺伝子の発現レベルの決定が、当該遺伝子のRNA 転写物の相対数を決定することを含む、請求項20に記載の方法。 22. pRb2/p130遺伝子の発現レベルの決定が、pRb2/p130 タンパク質の相対レベルを決定することを含む、請求項20に記載の方法。 23. pRb2/p130タンパク質のレベルを、試料をpRb2/p130 タンパク質に結合する抗体と接触させることによって決定する、請求項22に記 載の方法。 24. 癌が婦人科系の癌である、請求項20に記載の方法。 25. 癌が子宮内膜癌である、請求項24に記載の方法。 26. 癌が卵巣癌である、請求項24に記載の方法。 27. 癌が非小細胞肺癌である、請求項20に記載の方法。 28. 癌を等級付けする方法であって、 癌を病む患者からの組織の試料中のpRb2/p130遺伝子の発現のレベル を決定する、ここにおいて、発現のレベルは癌の等級の指標となることを含む前 記方法。 29. pRb2/p130遺伝子の発現レベルの決定が、試料組織中の当該遺 伝子のRNA転写物の相対数を決定することを含む、請求項28に記載の方法。 30. pRb2/p130遺伝子の発現レベルの決定が、試料組織中のpRb 2/p130タンパク質の相対レベルを決定することを含む、請求項28に記載 の方法。 31. 試料組織中の当該タンパク質のレベルを、pRb2/p130タンパク 質に結合する抗体を前記試料組織と接触させる免疫測定によって決定する、請求 項30に記載の方法。 32. 癌が婦人科系の癌である、請求項28に記載の方法。 33. 癌が子宮内膜癌である、請求項32に記載の方法。 34. 癌が卵巣癌である、請求項32に記載の方法。 35. 癌が非小細胞肺癌である、請求項28に記載の方法 36. 癌が扁平上皮細胞または腺癌である、請求項35に記載の方法。 37. 本質的にpRb2/p130遺伝子のイントロンもしくはプロモーター 領域、またはその少なくとも15ヌクレオチドセグメントからなるDNAセグメ ント。 38. 本質的にpRb2/p130イントロン1、またはその少なくとも15 ヌクレオチドセグメントからなる、請求項37に記載のDNAセグメント。 39. 本質的にSEQ ID NO:66からなる、請求項38に記載のDN Aセグメント。 40. 本質的にpRb2/p130イントロン2、またはその少なくとも15 ヌクレオチドセグメントからなる、請求項37に記載のDNAセグメント。 41. 本質的にSEQ ID NO:67からなる、請求項40に記載のDN Aセグメント。 42. 本質的にpRb2/p130イントロン3、またはその少なくとも15 ヌクレオチドセグメントからなる、請求項37に記載のDNAセグメント。 43. 本質的にSEQ ID NO:48からなる、請求項42に記載のDN Aセグメント。 44. 本質的にpRb2/p130イントロン4、またはその少なくとも15 ヌクレオチドセグメントからなる、請求項37に記載のDNAセグメント。 45. 本質的にSEQ ID NO:49からなる、請求項44に記載のDN Aセグメント。 46. 本質的にpRb2/p130イントロン5、またはその少なくとも15 ヌクレオチドセグメントからなる、請求項37に記載のDNAセグメント。 47. 本質的にSEQ ID NO:50からなる、請求項46に記載のDN Aセグメント。 48. 本質的にpRb2/p130イントロン6、またはその少なくとも15 ヌクレオチドセグメントからなる、請求項37に記載のDNAセグメント。 49. 本質的にSEQ ID NO:51からなる、請求項48に記載のDN Aセグメント。 50. 本質的にpRb2/p130イントロン7、またはその少なくとも15 ヌクレオチドセグメントからなる、請求項37に記載のDNAセグメント。 51. 本質的にSEQ ID NO:52からなる、請求項50に記載のDN Aセグメント。 52. 本質的にpRb2/p130イントロン8、またはその少なくとも15 ヌクレオチドセグメントからなる、請求項37に記載のDNAセグメント。 53. 本質的にSEQ ID NO:53からなる、請求項52に記載のDN Aセグメント。 54. 本質的にpRb2/p130イントロン9、またはその少なくとも15 ヌクレオチドセグメントからなる、請求項37に記載のDNAセグメント。 55. 本質的にSEQ ID NO:54からなる、請求項54に記載のDN Aセグメント。 56. 本質的にpRb2/p130イントロン10、またはその少なくとも1 5ヌクレオチドセグメントからなる、請求項37に記載のDNAセグメント。 57. 本質的にSEQ ID NO:55からなる、請求項56に記載のDN Aセグメント。 58. 本質的にpRb2/p130イントロン11、またはその少なくとも1 5ヌクレオチドセグメントからなる、請求項37に記載のDNAセグメント。 59. 本質的にSEQ ID NO:56からなる、請求項58に記載のDN Aセグメント。 60. 本質的にpRb2/p130イントロン12、またはその少なくとも1 5ヌクレオチドセグメントからなる、請求項37に記載のDNAセグメント。 61. 本質的にSEQ ID NO:57からなる、請求項60に記載のDN Aセグメント。 62. 本質的にpRb2/p130イントロン13、またはその少なくとも1 5ヌクレオチドセグメントからなる、請求項37に記載のDNAセグメント。 63. 本質的にSEQ ID NO:58からなる、請求項63に記載のDN Aセグメント。 64. 本質的にpRb2/p130イントロン14、またはその少なくとも1 5ヌクレオチドセグメントからなる、請求項37に記載のDNAセグメント。 65. 本質的にSEQ ID NO:59からなる、請求項64に記載のDN Aセグメント。 66. 本質的にpRb2/p130イントロン15、またはその少なくとも1 5ヌクレオチドセグメントからなる、請求項37に記載のDNAセグメント。 67. 本質的にSEQ ID NO:60からなる、請求項66に記載のDN Aセグメント。 68. 本質的にpRb2/p130イントロン16、またはその少なくとも1 5ヌクレオチドセグメントからなる、請求項37に記載のDNAセグメント。 69. 本質的にSEQ ID NO:61からなる、請求項68に記載のDN Aセグメント。 70. 本質的にpRb2/p130イントロン17、またはその少なくとも1 5ヌクレオチドセグメントからなる、請求項37に記載のDNAセグメント。 71. 本質的にSEQ ID NO:62からなる、請求項70に記載のDN Aセグメント。 72. 本質的にpRb2/p130イントロン18、またはその少なくとも1 5ヌクレオチドセグメントからなる、請求項37に記載のDNAセグメント。 73. 本質的にSEQ ID NO:63からなる、請求項72に記載のDN Aセグメント。 74. 本質的にpRb2/p130イントロン19、またはその少なくとも1 5ヌクレオチドセグメントからなる、請求項37に記載のDNAセグメント。 75. 本質的にSEQ ID NO:64からなる、請求項74に記載のDN Aセグメント。 76. 本質的にpRb2/p130イントロン20、またはその少なくとも1 5ヌクレオチドセグメントからなる、請求項37に記載のDNAセグメント。 77. 本質的にSEQ ID NO:65からなる、請求項76に記載のDN Aセグメント。 78. 本質的にpRb2/p130イントロン21、またはその少なくとも1 8ヌクレオチドセグメントからなる、請求項37に記載のDNAセグメント。 79. 本質的にSEQ ID NO:68からなる、請求項78に記載のDN Aセグメント。 80. SEQ ID NO:113に示されたプロモーター領域またはそのセ グメントの少なくとも15ヌクレオチドからなるクレーム1のDNAセグメント 。 81. pRb2/p130イントロンのセグメントであって、当該イントロン 中のスプライシングシグナルジヌクレオチドを除いたものに実質的に相補的なヌ クレオチド配列を有するDNAセグメントから本質的になる、少なくとも15ヌ クレオチドの増幅プライマー。 82. プライマーが約15ないし約30ヌクレオチドを含む、請求項81に記 載の増幅プライマー。 83. プライマーが約18ないし約27ヌクレオチドを含む、請求項82に記 載の増幅プライマー。 84. 前記プライマーが、SEQ ID NO:113に示されたプロモータ ー領域、あるいは、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49、S EQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:5 2、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID N O:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ I D NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60、SE Q ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63 、 SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO: 66、SEQ ID NO:67およびSEQ ID NO:68からなるグル ープから選択されるヌクレオチド配列を有するイントロンに実質的に相補的なヌ クレオチド配列を有する、請求項81に記載の増幅プライマー。 85. 前記プライマーが、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO: 70、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:78、S EQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:8 1、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ ID N O:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:86、SEQ I D NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SE Q ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92 、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SEQ ID NO :95、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SE Q ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO: 103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:10 8、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:111およびSEQ ID NO:112からなるグループから選択さ れるヌクレオチド配列を有する、請求項81に記載の増幅プライマー。 86. ヒトpRb2/p130遺伝子のエキソン中の多型性をまたは突然変異 を同定する方法であって、 (a)増幅条件下において、エキソンを含むゲノムDNAの試料をプライマー 対で処理し、ここにおいて、前記プライマー対は、前記エキソン上流のプロモー ター領域もしくはイントロンにハイブリダイズする第1プライマーおよび前記エ キソン下流の3’−非コード領域もしくはイントロンにハイブリダイズする第2 プライマーを含み、前記処理は、前記エキソンを含む増幅産物を産生する; (b)前記増幅産物のヌクレオチド配列を決定して、前記エキソンのヌクレオ チド配列を提供し;そして (c)工程(b)において得られた前記エキソンの配列を、対応する野生型エ キソンの配列と比較する ことを含む、前記方法。 87. 前記プライマー対の各プライマーが、3’−非コード領域、SEQ I D NO:113に示されたプロモーター領域、あるいは、SEQ ID NO :48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、 SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO: 59、SEQ ID NO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:67およ びSEQ ID NO:68からなるグループから選択されるヌクレオチド配列 を有するイントロンに実質的に相補的なヌクレオチド配列を有する、請求項86 に記載の方法。 88. 前記プライマー対の各プライマーが、SEQ ID NO:69、SE Q ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72 、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO :75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、 SEQ ID NO:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO: 86、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、S EQ ID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:9 7、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID N O: 100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:10 5、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:110、 SEQ ID NO:111およびSEQ ID NO:112からなるグルー プから選択されるヌクレオチド配列を有する、請求項86に記載の方法。 89. ヒトpRb2/p130遺伝子のエキソン中の多型性をまたは突然変異 を同定する方法であって、 (a)前記エキソンを含むゲノムDNAの試料、前記エキソン上流のプロモー ター領域もしくはイントロンにハイブリダイズする第1プライマーおよび前記エ キソン下流の3’−非コード領域もしくはイントロンにハイブリダイズする第2 プライマーを含むプライマー対、1種類またはそれ以上のデオキシヌクレオチド 三リン酸の混合物、および前記プライマー対を放射性標識することの可能な化合 物、およびDNAポリメラーゼ、をポリメラーゼ連鎖反応溶液中で混合すること によって、ポリメラーゼ連鎖反応混合物を形成し; (b)前記混合物を複数回のポリメラーゼ連鎖反応熱サイクルにかけてpRb 2/p130増幅産物を産生し; (c)前記pRb2/p130増幅産物を変性し; (d)前記変性pRb2/p130増幅産物を電気泳動により分離し; (e)工程(d)の電気泳動により分離された産物をフィルムに曝露して、写 真画像を作成し;そして (e)前記pRb2/p130増幅産物の写真画像中のバンドの移動度を、対 応する野生型エキソンについての電気泳動により分離された増幅産物と比較する 、ことを含む、前記方法。 90. 前記プライマー対の各プライマーが、3’−非コード領域、SEQ I D NO:113に示されたプロモーター領域、あるいは、SEQ ID NO :48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、 SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO: 59、SEQ ID NO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:67およ びSEQ ID NO:68からなるグループから選択されるヌクレオチド配列 を有するイントロンに実質的に相補的なヌクレオチド配列を有する、請求項89 に記載の方法。 91. 前記プライマー対の各プライマーが、SEQ ID NO:69、SE Q ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72 、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO :75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、 SEQ ID NO:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO: 86、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、S EQ ID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:9 7、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID N O:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SE Q ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO: 105、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:11 0、SEQ ID NO:111およびSEQ ID NO:112からなるグ ループから選択されるヌクレオチド配列を有する、請求項89に記載の方法。 92. ヒトpRb2/p130遺伝子のエキソンを含むヒト染色体試料中の突 然変異を同定する方法であって、 (a)前記エキソンを含む染色体試料、前記エキソン上流のプロモーター領域 もしくはイントロンにハイブリダイズする第1プライマーおよび前記エキソン下 流の3’−非コード領域もしくはイントロンにハイブリダイズする第2プライマ ーを含むプライマー対、少なくとも1種類の標識されたデオキシヌクレオチド三 リン酸を含む1種類またはそれ以上のデオキシヌクレオチド三リン酸の混合物、 およびDNAポリメラーゼ、を緩衝液中で混合することによって混合物を形成し (b)前記混合物をpRb2/p130増幅産物を産生するために十分な温度 と時間にさらし;そして (c)前記標識に特異的な蛍光色素結合体でpRb2/p130増幅産物を可 視化し;そして (d)工程aで得られた可視化pRb2/p130増幅産物を、対応する野生 型エキソンについての可視化増幅産物と比較する ことを含む、前記方法。 93. 前記プライマー対の各プライマーが、3’−非コード領域、SEQ I D NO:113に示されたプロモーター領域、あるいは、SEQ ID NO :48、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、 SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO: 59、SEQ ID NO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:67およ びSEQ ID NO:68からなるグループから選択されるヌクレオチド配列 を有するイントロンに実質的に相補的なヌクレオチド配列を有する、請求項92 に記載の方法。 94. 前記プライマー対の各プライマーが、SEQ ID NO:69、SE Q ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72 、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO :75、SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:83、S EQ ID NO:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:8 6、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID N O:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQ I D NO:92、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、SE Q ID NO:95、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97 、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO :100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:102、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:1 05、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:107、SEQ I D NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:110 、SEQ ID NO:111およびSEQ ID NO:112からなるグル ープから選択されるヌクレオチド配列を有する、請求項92に記載の方法。 95. 前記染色体試料が、前記エキソンを含む、脱水され変性された染色体試 料である、請求項92に記載の方法。 96. ヒトpRb2/p130遺伝子のエキソン中の突然変異を検出するため のキットであって、 1またはそれ以上の容器を受容するためのキャリヤー; ヒトDNAの試料を乾燥し、脱水し、そして変性するためのスライドガラスを 保持することの可能な、1またはそれ以上のサブ容器を含む第1容器; 緩衝液、標識混合物、請求項41に記載のプライマー、およびヒトDNAの試 料を増幅することの可能なポリメラーゼからなる反応混合物を含む第2容器手段 ; 前記標識混合物に特異的な蛍光色素結合体を含む第3容器手段;並びに 染色化合物を含む第4容器手段 を含む前記キット。
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