ES2825050T3 - Fago antibacteriano, péptidos de fago y métodos de uso de los mismos - Google Patents

Abstract

Un bacteriófago aislado designado como F44/10 que tiene un genoma que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 560.

Description

DESCRIPCIÓN

Fago antibacteriano, péptidos de fago y métodos de uso de los mismos

1. Listado de secuencias

La presente solicitud contiene un listado de secuencias que se ha enviado en formato ASCII a través de la red de EFS. Dicha copia en ASCII, creada en septiembre 14 de 2011, se llama 16395US1.txt y tiene un tamaño de 3.295.858 bytes.

2. Solicitud relacionada

Esta solicitud reivindica la prioridad de la solicitud provisional de los Estados Unidos No. 61/384.015, presentada el 17 de septiembre de 2010.

3. Campo de la invención

La presente invención está dirigida al campo de la terapia con fagos para el tratamiento y control de infecciones bacterianas. En particular, la presente invención está dirigida al nuevo bacteriófago F387/08, F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10, F125/10, polipéptidos aislados de los mismos, composiciones que comprenden una o más de el nuevo bacteriófago y/o polipéptidos aislados; y métodos para el tratamiento y prevención de infecciones bacterianas causadas por, por ejemplo, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Escherichia coli y/o Pseudomonas aeruginosa, ya sea solas o en combinación con otras terapias, por ejemplo, antibióticos u otras terapias con fagos.

4. Antecedentes

Los bacteriófagos (fagos) son virus que específicamente infectan y lisan las bacterias. La terapia con fagos, un método para usar virus de fagos completos para el tratamiento de enfermedades infecciosas bacterianas, se introdujo en la década de 1920 por Félix d'Herelle. Inicialmente, la terapia con fagos se investigó vigorosamente y se realizaron numerosos estudios para evaluar el potencial de la terapia con fagos para el tratamiento de infecciones bacterianas en humanos y animales. El éxito temprano impulsó el desarrollo de múltiples preparaciones comerciales de fagos. Por ejemplo, en 1940, Eli Lilly Company produjo 7 productos de fagos para uso humano, incluidas preparaciones de fagos para tratar diferentes enfermedades causadas por Staphylococcus sp., E. coli y otras bacterias patógenas. Estas preparaciones se usaron, por ejemplo, para tratar infecciones que causan abscesos, heridas purulentas, vaginitis, infecciones agudas del tracto respiratorio superior e infecciones mastoideas.

Sin embargo, con el desarrollo de antibióticos en la década de 1940, el interés en la terapéutica basada en fagos disminuyó en el mundo occidental. Uno de los factores más importantes que contribuyeron a esta disminución fue la falta de protocolos de prueba y métodos de producción estandarizados. El hecho de no desarrollar estándares en toda la industria para las pruebas de terapias con fagos interfirió con la documentación de los resultados del estudio, lo que llevó a una falta de eficacia percibida, así como a problemas de credibilidad con respecto al valor de la terapia con fagos. Además, los problemas relacionados con la producción de muestras/especímenes de fagos complicaron el estudio inicial y la investigación. Inicialmente se utilizaron diversos estabilizantes y conservantes en intentos de aumentar la viabilidad de las terapias con fagos. Sin embargo, debido a que la biología tanto del fago como de los diversos estabilizadores era poco conocida, muchos de los ingredientes agregados en un intento por prolongar la viabilidad de las preparaciones de fagos demostraron ser tóxicos para los humanos o tener un impacto negativo en el almacenamiento a largo plazo. Otro problema en la producción de fagos esta relacionada con el grado de pureza de las preparaciones comerciales del fago. En ese momento, las preparaciones de la terapia con fagos generalmente consistían en lisados crudos de bacterias huésped que se habían tratado con el fago de interés. Por lo tanto, muchas preparaciones contenían lo que ahora se reconoce que son componentes bacterianos no deseados, por ejemplo, endotoxinas. En consecuencia, los eventos adversos se asociaron a menudo con las preparaciones, particularmente en pacientes que las recibieron por vía intravenosa. Sin embargo, en Europa del Este y en la antigua Unión Soviética, donde el acceso a los antibióticos era limitado, el desarrollo y uso de la terapia con fagos continuó de forma conjunta o en lugar de los antibióticos.

Con el aumento de cepas resistentes a los antibióticos de muchas bacterias, sin embargo, el interés en las terapias basadas en fagos ha regresado en el mundo occidental. Aunque se pueden desarrollar nuevas clases de antibióticos, la posibilidad de que las bacterias eventualmente desarrollen resistencia a los nuevos medicamentos ha intensificado la búsqueda de medios no quimioterapéuticos para controlar, prevenir y tratar infecciones bacterianas. Existen tres estrategias principales basadas en fagos para utilizar la terapia con fagos en un entorno clínico: 1) administrar fagos virulentos; 2) utilizar endolisinas o lisinas purificadas codificadas por bacteriófagos; 3) utilizar proteínas estructurales de fagos como inhibidores metabólicos de enzimas bacterianas clave, como las enzimas que sintetizan peptidoglicano.

El documento WO2003080823 divulga un panel de bacteriófagos que comprende un primer bacteriófago mutante vir capaz de infectar y lisar una primera cepa de bacterias, y un segundo mutante vir capaz de infectar y lisar una segunda cepa de bacterias. Una composición farmacéutica incluye un panel de bacteriófagos. Un método para identificar un bacteriófago adecuado para matar una bacteria obteniendo una muestra de la bacteria de un paciente o sitio infectado con la bacteria, identificando una o más características de sensibilidad a fagos de la bacteria, comparando las características de la etapa de identificación con el intervalo de huéspedes conocidos de cada biblioteca de bacteriófagos, la biblioteca de bacteriófagos incluye un primer bacteriófago mutante vir capaz de infectar y lisar una primera cepa de bacterias, y un segundo mutante vir capaz de infectar y lisar una segunda cepa de bacterias, e identificar uno o más bacteriófagos del panel adecuado para matar la bacteria. Sin embargo, el documento WO2003080823 no divulga un bacteriófago que tenga un genoma que comprenda una secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 1 o la SEQ ID NO: 560, una proteína aislada de un bacteriófago F391/08, una composición farmacéutica que incluye dicho bacteriófago o un método para diagnosticar un agente causante de una infección bacteriana que comprende una etapa de poner en contacto dicho bacteriófago o proteína aislada con el agente causal.

El documento WO2002076483 se refiere a una composición que comprende bacteriófagos y endotoxinas y a un medicamento que contiene dicha composición. El documento de la técnica anterior se refiere además al uso de dicho medicamento para tratar enfermedades bacterianas, infecciones fúngicas y/o inflamaciones. La composición de la técnica anterior también se puede usar como agente de limpieza y/o desinfectante. Sin embargo, el documento WO2002076483 no divulga un bacteriófago que tiene un genoma que comprende una secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 1 o la SEQ ID NO: 560, una proteína aislada de un bacteriófago F391/08, una composición farmacéutica que incluye dicho bacteriófago o un método para diagnosticar un agente causante de una infección bacteriana que comprende una etapa de poner en contacto dicho bacteriófago o proteína aislada con el agente causal.

El documento WO2010041970 está dirigido a polipéptidos aislados y quiméricos de origen bacteriófago que tienen actividad antibiótica y su uso en el tratamiento y control de infecciones bacterianas. Específicamente, se dirige al uso de un nuevo polipéptido antibacteriano derivado del bacteriófago F87s/06 y sus constructos quiméricos, y su uso para el tratamiento y control de infecciones causadas por bacterias Gram positivas, incluido Staphylococcus aureus. Sin embargo, el documento WO2010041970 no divulga un bacteriófago que tenga un genoma que comprende una secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 1 o la SEQ ID NO: 560, una proteína aislada de un bacteriófago F391/08, una composición farmacéutica que incluye dicho bacteriófago o un método para diagnosticar un agente causante de una infección bacteriana que comprende una etapa de poner en contacto dicho bacteriófago o proteína aislada con el agente causal.

El documento US20100172918 se refiere a una proteína de lisina originada a partir de bacteriófagos, más precisamente a una proteína de lisina que no daña a humanos y animales que comprenden células eucarióticas debido a su especificidad a las bacterias y tiene una amplia actividad antibacteriana, y una composición farmacéutica para la prevención y el tratamiento de enfermedades infecciosas causadas por bacterias que comprenden dicha proteína de lisina como ingrediente activo. Sin embargo, el documento US20100172918 no divulga un bacteriófago que tenga un genoma que comprenda una secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 1 o la SEQ ID NO: 560, una proteína aislada de un bacteriófago F391/08, una composición farmacéutica que incluye dicho bacteriófago o un método para diagnosticar un agente causante de una infección bacteriana que comprende una etapa de poner en contacto dicho bacteriófago o proteína aislada con el agente causal.

El documento WO2010 / 011960 A2 divulga una lisina con actividad antimicrobiana contra S. aureus y su uso en el tratamiento de infecciones bacterianas. El documento WO2010/011960 A2 no divulga un bacteriófago que comprenda la SEQ ID NO: 560 ni describe el uso de tal bacteriófago.

El documento WO2008/001342 A1 divulga un plásmido pSOFLysK que codifica la actividad antiestafilocócica y la lisina codificada por dicho plásmido, y el uso de dicha lisina en el tratamiento y diagnóstico de infecciones por estafilococos. El documento WO2008/001342 A1 no divulga un bacteriófago que comprenda la SEQ ID NO: 560 ni describe el uso de tal bacteriófago.

Por lo tanto, existe la necesidad de desarrollar nuevos bacteriófagos y productos de fagos como posibles agentes terapéuticos y/o profilácticos para su uso in vivo contra bacterias patógenas. En particular, existe la necesidad de un bacteriófago capaz de lisar bacterias nosocomiales, incluyendo Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Escherichia coli y/o Pseudomonas aeruginosa. Ya que la mayoría de fagos y péptidos de fago estudiados hasta la fecha exhiben actividad dirigida específicamente contra las especies (o subespecies) de bacterias a partir de las cuales se aislan, las nuevas terapias basadas en fagos pueden encontrar un uso particular en el entorno hospitalario, dirigiéndose selectivamente a los patógenos nosocomiales sin afectar la flora circundante normal.

5. Resumen de la invención.

La presente invención está dirigida a bacteriófagos aislados y a polipéptidos antibacterianos aislados de origen bacteriófago para el tratamiento, prevención o manejo de afecciones asociadas con la infección por bacterias Gram positivas o Gram negativas. En particular, los bacteriófagos o polipéptidos aislados de la invención se pueden usar en composiciones farmacéuticas para el tratamiento, profilaxis o manejo de la infección por patógenos nosocomiales, por ejemplo, bacterias Gram negativas que incluyen pero no se limitan a Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, y Pseudomonas aeruginosa y bacterias Gram positivas que incluyen pero no se limitan a Staphylococcus aureus. En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas de la invención son de uso en el tratamiento de afecciones asociadas con cepas de bacterias resistentes a los antibióticos, por ejemplo, cepas resistentes a la meticilina de Staphylococcus aureus (MRSA). En realizaciones particulares, los bacteriófagos o polipéptidos aislados de la invención se usan para el tratamiento tópico de la infección por patógenos nosocomiales en un sujeto que lo necesite. En otras realizaciones, los bacteriófagos o polipéptidos aislados de la invención se usan para el diagnóstico del agente infeccioso en una muestra (por ejemplo, tejido, sangre, orina, muestra de esputo) derivada de un paciente. En otras realizaciones, los bacteriófagos o polipéptidos aislados de la invención se usan como un desinfectante profiláctico o antiinfeccioso para la preparación de superficies sólidas, incluyendo la piel u otras superficies epidérmicas.

En una realización, la invención proporciona un bacteriófago aislado, F44/10, que tiene un genoma que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 560 y que presenta actividad antibacteriana contra una o más cepas de Staphylococcus aureus.

La solicitud también describe bacterias aisladas infectadas con uno o más bacteriófagos de la invención. También se describe en este documento, una K. pneumoniae aislada infectada con un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste de la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 1. También se describe en este documento una A. baumannii aislada infectada con un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 2. También se describe en este documento una E. co liaislada infectado con un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 3. También se describe en este documento una P. aeruginosa aislada infectada con uno o más bacteriófagos que tienen un genoma que comprende o consiste de la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 4. En todavía otras realizaciones más, la invención proporciona un S. aureus aislada infectada con uno o más bacteriófagos que tienen un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 560. También se describe en este documento una K. pneumoniae aislada infectada con uno o más bacteriófagos que tienen un genoma que comprende o consiste de la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 781. También se describe en este documento una S. aureus aislado infectado con uno o más bacteriófagos que tienen un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 1074.

También se describe en este documento, polipéptidos aislados de los bacteriófago F387/08, F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10 y/o F125/10, cuyos polipéptidos exhiben actividad antibacteriana contra uno o más especies o cepas de bacterias Gram positivas o Gram negativas, por ejemplo, K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa y/o S. aureus. Los polipéptidos descritos aquí aislados o derivados de F387/08 y F3910/08 exhiben actividad antibacteriana o antimicrobiana, por ejemplo, actividad de destrucción lítica, contra al menos K. pneumoniae, aquellas aisladas o derivadas de F394/08, contra al menos A. baumannii; aquellos aislados o derivados de F488/08, contra al menos E. coli; aquellas aislados o derivados de F510/08 contra al menos P. aeruginosa y aquellos aislados o derivados de F44/10 y F125/10 contra al menos S. aureus

Se describe en este documento, un polipéptido de la invención comprende o consiste en una lisina aislada, o un fragmento de la misma (por ejemplo, un dominio CHAP) que exhibe actividad antibacteriana contra una o más especies o cepas de bacterias, por ejemplo, bacterias Gram positivas, tal como S. aureus y/o bacterias Gram negativas, tales como K. pneumoniae A. baumannii, E. coli, y/o P. aeruginosa. En ejemplos específicos, el polipéptido de la invención es una proteína de lisina aislada, por ejemplo, una endolisina o lisina de la cola, que comprende o consiste de la secuencia de aminoácidos SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 556, SEQ ID NO: 557, SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO: 1216, o SEQ ID NO: 1261. Las funciones pronosticadas de dichas proteínas de lisina incluyen, por ejemplo, una proteína viriónica similar a Ig (SEQ ID NO: 20), hidrolasa de la pared celular (SEQ ID NO: 80), N-acetilmuramoil-L-alanina amidasa (SEQ ID NO: 192), lisozima soluble (SEQ ID) NO: 282), lisozima similar a T4 (SeQ ID NO: 547), endolisina (SEQ ID NO: 556), proteína similar a Rz1 lambda (SEQ ID NO: 557), endolisina (SEQ ID NO: 598), endolisina ( SEQ ID NO: 1216), y lisina de la cola (SEQ ID NO: 1261).

También se describe en este documento, un polipéptido de la invención comprende un fragmento, variante o derivado de la SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 556, SEQ ID NO: 557, SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO: 1216, o SEQ ID NO: 1261, en las que dicho fragmento, variante o derivado tiene actividad antibacteriana o actividad antimicrobiana, por ejemplo, actividad de destrucción lítica, contra una o mas cepas de K. pneumoniae A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa y/o S. aureus. En ejemplos específicos, la variante, fragmento o derivado de la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 20 y/o la SEQ ID NO: 80 exhibe actividad antibacteriana o antimicrobiana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica) contra uno o más cepas de K. pneumoniae, por ejemplo, contra el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 1. En otros ejemplos, la variante, fragmento o derivado de la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 192 exhibe actividad antibacteriana o antimicrobiana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica) contra una o más cepas de A. baumannii, por ejemplo, contra el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 2. En otros ejemplos, la variante, fragmento o derivado de la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 282 exhibe actividad antibacteriana o antimicrobiana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica) contra una o más cepas de E. coli, por ejemplo, contra el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 3. En otros ejemplos, la variante, fragmento o derivado de la secuencia de aminoácidos de las SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 556, y/o SEQ ID NO: 557 exhibe actividad antibacteriana o antimicrobiana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica) contra una o más cepas de P. aeruginosa, por ejemplo, contra el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 4. En otros ejemplos, la variante, el fragmento o el derivado de la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO: 1216, y/o SEQ ID NO: 1261 exhibe actividad antibacteriana o antimicrobiana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica) contra una o más cepas de S. aureus, por ejemplo, contra el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 560 o SEQ ID NO: 1074.

También se describe en este documento, el polipéptido aislado del dominio CHAP de la SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 556, SEQ ID NO: 557, o SEQ ID NO: 598. En todavía otras realizaciones, un polipéptido de la invención comprende un fragmento, variante o derivado del dominio CHAP de la SEQ ID NO: 20, SEQ. ID NO: 80, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 556, SEQ ID NO: 557, o SEQ ID NO: 598, en las que dicho fragmento, variante o derivado tiene Actividad antibacteriana o actividad antimicrobiana, por ejemplo, actividad de destrucción lítica, contra al menos una o más cepas de K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa y/o S. aureus

También se describe en este documento, una proteína aislada de la cola (por ejemplo, componente de la cola, proteína de la fibra de la cola, proteína de medición de la cinta del largo de la cola, proteína de la cola asociada a la adsorción, proteína mayor de la cola, proteína mayor de la funda de la cola, subunidad de la porción de la placa base), o fragmento de las mismas, que tiene una función biológica asociada con el bacteriófago del cual se deriva, por ejemplo, actividad antimicrobiana o antibacteriana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica), cuya función está dirigida contra al menos una o más especies o cepas de K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa y/o S. aureus

También se describe en este documento, una proteína aislada de la cola que comprende o consiste en la secuencia de aminoácidos SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NOs: 32-35, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO:235, SEQ ID NOs: 239-245, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NOs: 433-437, SEQ ID NOs: 489-496, SEQ ID NO: 544, SEQ ID NO: 545, SEQ ID NO: 549, SEQ ID NO: 551, SEQ ID NO: 629, SEQ ID NO: 686, SEQ ID NO: 789, SEQ ID NOs: 796-800, SEQ ID NO: 806, SEQ ID NO: 854, SEQ ID NOS: 999-1004, SEQ ID NOs: 1053-1060, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1217, SEQ ID NO: 1250, o SEQ ID NO: 1266. También se describe en este documento, un fragmento, variante o derivado de la SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NOS: 32-35, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO: 235, SEQ ID NOS: 239-245, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NOS: 433-437, SEQ ID NOS: 489-496, SEQ ID NO: 544, SEQ ID NO: 545, SEQ ID NO: 549, SEQ ID NO: 551, SEQ ID NO: 629, SEQ ID NO: 686, SEQ ID NO: 789, SEQ ID NOs: 796-800, SEQ ID NO: 806, SEQ ID NO: 854, SEQ ID NOS: 999-1004, SEQ ID NOS: 1053-1060, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1217, SEQ ID NO: 1250, or SEQ ID NO: 1266, en el que dicho fragmento, variante o derivado exhibe una función biológica asociada con el bacteriófago del cual se deriva, por ejemplo, la actividad antimicrobiana o antibacteriana (por ejemplo, la actividad de destrucción lítica), cuya función está dirigida contra una o más cepas de K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa y/o S. aureus.

Las funciones pronosticadas de dichas proteínas de la cola incluyen, por ejemplo, una proteína de la cola de unión al receptor (SEQ ID NO: 15), proteina mayor de la cola (SEQ ID nO: 26 y la SeQ ID NO: 1077), la proteína menor de la cola meor (SEQ ID NO: 27), proteína de la punta de la cola formadora de poros (SEQ ID NO: 30), proteína de la cola (SEQ ID NOs: 32-33), proteina menor de la cola (SEQ ID NO: 34), proteína de la cola del fago (SEQ ID NO: 35), proteína de la vaina de la cola (SEQ ID NO: 180), proteína de medición de la cinta de la cola (SEQ ID NO: 183), proteína de la cola (SEQ ID NO: 185), proteína de la fibra de la cola (SEQ ID NO: 190), proteína del tubo de la cola (SEQ ID NO: 231), monómero de la vaina de la cola (SEQ ID NO: 232), estabilizador de la vaina de la cola y proteína de terminación (SEQ ID NO: 235), fibras cortas de la cola (SEQ ID NO: 239), pasador de cola que completa la porción de la placa base (SEQ ID NOS: 240-241), encaje de la fibra de cola que completa la proción de la placa base (SEQ ID NO: 242), subunidad de la porción de la placa base (SEQ ID NO: 243), iniciador de la porción de la placa base (SEQ ID NO: 244), porción de la placa base (SEQ ID NO: 245), subunidad del cubo de la placa base y lisozima de la cola, dispositivo de punción celular (SEQ ID NO: 248), terminación de la porción de la placa base (SEQ ID NO: 249), terminación de la cola y proteína estabilizadora de la vaina (SEQ ID NO: 252), ensamble de fibra de cola larga y corta chaperona (SEQ ID nO: 254), proteína de la fibra de la cola (SEQ ID NO: 433), proteína de la fibra de cola (SEQ ID NO: 434), fibra de cola larga del conector de bisagra (SEQ iD NO: 435), bisagra de fibra de cola (SEQ ID NO: 436), subunidad de fibra de cola proximal (SEQ ID NO: 437), iniciador del tubo de cola de la placa base (SEQ ID NO: 489), placa base (SEQ ID NO: 490), subunidad de cubo de la placa base, determinador de longitud de la cola (SEQ ID NO: 491), subunidad del cubo distal de la placa base (SEQ ID NO: 492), subunidad del cubo de placa base (SEQ ID NO: 493), catalizador de ensamblaje de cubo de placa base (SEQ ID NO: 494), subunidad del cubo de placa base (SEQ ID NO: 495), subunidad de la porción de placa de base (SEQ ID NO: 496), proteína tubular de la cola (SEQ ID NOS: 544-545), proteína de la fibra de la cola (SEQ ID NO: 549 y SEQ ID NO: 551), proteina mayor de la vaina de la cola (SEQ ID NO: 629 y SEQ ID NO: 1250), proteina mayor de la cola (SEQ ID NO: 686), proteína del tubo de la cola (SEQ ID NO: 789), fibritina (SEQ ID NO: 796), fibras cortas de la cola (S^eQ ID NO: 797), pasador de la cola de terminación de la porción de placa base (SEQ ID NO: 798), subunidad de la porción de placa base y pasador de cola (SEQ ID NO: 799), conector de fibra de cola de la porción de placa base (sEq ID NO: 800), subunidad del cubo de placa base y lisozima (SEQ ID NO: 806), lisozima (SEQ ID NO: 854), holina (SEQ ID NO: 999 y SEQ ID NO: 1217), catalizador de ensamblaje de la fibra de cola larga distal (SEQ ID NO: 1000), proteína de fibra de cola en forma de L (SEQ ID NO: 1001), conector de bisagra del conector distal de fibra de cola larga (SEQ ID NO: 1002), conector de bisagra del conector proximal de fibra de cola larga (SEQ ID NO: 1003), subunidad proximal de fibra de cola larga (SEQ ID NO: 1004), iniciador del tubo de cola de placa base (SEQ ID NO: 1053), tapa del tubo de cola de la placa base (SEQ ID NO: 1054), subunidad del cubo de placa base, determinador de longitud de cola (SEQ ID NO: 1055), subunidad del cubo distal de placa base (SEQ iD NO: 1056), subunidad del cubo de placa base (SEQ ID NOS: 1057 y 1059), catalizador de ensamblaje del cubo de placa base (SEQ ID NO: 1058), subunidad de la porción de placa de base (SEQ ID NO: 1060), y proteína de placa base (SEQ ID NO: 1266).

También se describe en este documento, una variante, fragmento o derivado de la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 15, la SEQ ID NO: 26, la SEQ ID NO: 27, la SEQ ID NO: 30 o la SEQ ID NOS.: 32-35, que muestra una función biológica asociada con el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 1, por ejemplo, actividad antimicrobiana o antibacteriana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica), cuya función está dirigida contra una o más cepas de K. pneumoniae. También se describe en este documento, una variante, fragmento o derivado de la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, o SEQ ID NO: 190, que exhibe una función asociada con el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 2, por ejemplo, actividad antimicrobiana o antibacteriana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica), cuya función está dirigida contra una o más cepas de A. baumannii.

También se describe en este documento, una variante, fragmento o derivado de la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, la SEQ ID NO: 235, las SEQ ID NO: 239-245, la SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NOS: 433-437, SEQ ID NOS: 489-495, o SEQ ID NO: 496, que exhibe una función biológica asociado con el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 3, por ejemplo, actividad antimicrobiana o antibacteriana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica), cuya función está dirigida contra una o más cepas de E. coli. También se describe en este documento, una variante, fragmento o derivado de la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 544, la SEQ ID NO: 545, la SEQ ID NO: 549, o la SEQ ID NO: 551, que exhibe una función biológica asociada con el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste de la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 4, por ejemplo, actividad antimicrobiana o antibacteriana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica), cuya función está dirigida contra una o más cepas de P. aeruginosa. En otras realizaciones, la invención abarca una variante, fragmento o derivado de la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 629 o la SEQ ID NO: 686, que exhibe una función biológica asociada con el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 560, por ejemplo, actividad antimicrobiana o antibacteriana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica), cuya función está dirigida contra una o más cepas de S. aureus. También se describe en este documento, una variante, fragmento o derivado de la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 789, las SEQ ID NO: 796-800, la SEQ ID NO: 806, la SEQ ID NO: 854, la SEQ ID NO: 999-1004, o SEQ ID NO: 1053-1060, que exhibe una función biológica asociada con el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste de la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 781, por ejemplo, actividad antimicrobiana o antibacteriana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica), cuya función está dirigida contra una o más cepas de K. pneumoniae. También se describe en este documento, una variante, fragmento o derivado de la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 1077, la SEQ ID NO: 1217, la SEQ ID NO: 1250, o la SEQ ID NO: 1266, que presenta una función biológica asociada con el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste de la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 1074, por ejemplo, actividad antimicrobiana o antibacteriana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica), cuya función está dirigida contra una o más cepas de S. aureus

En ciertas realizaciones, la invención proporciona polipéptidos aislados que exhiben actividad antimicrobiana o antibacteriana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica) contra una o más cepas de bacterias, por ejemplo, bacterias Gram positivas (por ejemplo, S. aureus), bacterias Gram negativas (por ejemplo, K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli y P. aeruginosa) o bacterias no clasificadas como Gram-positivas o Gram-negativas, en las que los polipéptidos aislados tienen una secuencia de aminoácidos con al menos el 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, o mayor identidad de secuencia con una segunda secuencia de aminoácidos de la misma longitud (es decir, que consiste en el mismo número de residuos), cuya segunda secuencia de aminoácidos es de la SEQ ID NO: 15, s Eq ID NO: 20, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NOs: 32-35, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO: 235, SEQ ID NO: 239 -245, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NOs: 433-437, SEQ ID NOs: 489­ 496, SEQ ID NO: 544, SEQ ID NO: 545, SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 549, SEQ ID NO: 551, SEQ ID NO: 556, SEQ ID NO: 557, SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO : 629, SEQ ID NO: 686, SEQ ID NO: 789, SEQ ID NOs: 796-800, SEQ ID NO: 806, SEQ ID NO: 854, SEQ ID NOs: 999-1004, SEQ ID NOs: 1053-1060, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1216, SEQ ID NO: 1217, SEQ ID n°: 1250, SEQ ID NO: 1261, SEQ ID NO: 1266, y/o un fragmento de las mismas.

También se describe en este documento, polipéptidos aislados que comprenden o consisten en la secuencia de aminoácidos de cualquiera de las SEQ ID NO: 5-176, SEQ ID NO: 177-223, SEQ ID NO: 224-506, SEQ ID NO: 507 559, SEQ ID NOS: 561-780, SEQ ID NOS: 782-1073, y SEQ ID NOS: 1075-1300. En otras realizaciones, se proporcionan polipéptidos aislados de la invención fusionados de forma recombinante o conjugados químicamente (por ejemplo, conjugación covalente o no covalente) con agentes terapéuticos (por ejemplo, polipéptidos heterólogos o moléculas pequeñas).

La invención también abarca polinucleótidos que codifican los polipéptidos de la invención. También se describe en este documento, un ácido nucleico aislado que comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica el polipéptido de cualquiera de las SEQ ID NO: 5-176, SEQ ID NO: 177-223, SEQ ID NO: 224-506, SEQ ID NO: 507-559, SEQ ID NOs: 561-780, SEQ ID NOs: 782-1073, y SEQ ID NOs: 1075-1300. También se describe en este documento, un ácido nucleico aislado que comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica el polipéptido de cualquiera de las SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NOs: 32-35, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO: 235, SEQ ID NO: 239-245, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NOs: 433-437, SEQ ID NOs: 489-496, SEQ ID NO: 544, SEQ ID NO: 545, SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 549, SEQ ID NO: 551, SEQ ID NO: 556, SEQ ID NO: 557, SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO: 629, SEQ ID NO: 686, SEQ ID NO: 789, SEQ ID NOs: 796-800, SEQ ID NO: 806, SEQ ID NO: 854, SEQ ID NOs: 999-1004, SEQ ID NOs: 1053-1060, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1216, SEQ ID NO: 1217, SEQ ID NO: 1250, SEQ ID NO: 1261, o SEQ ID NO: 1266, o fragmento activo, variante o derivado de las mismas, polipéptido o fragmento activo, variante o derivado exhibe una función biológica asociada con el bacteriófago del cual se aísla y/o se deriva, por ejemplo, actividad antimicrobiana o antibacteriana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica). La invención también se refiere a un vector que comprende uno o más de dichos ácidos nucleicos. En una realización específica, dicho vector es un vector de expresión. La invención proporciona además células huésped que contienen un vector que comprende uno o más polinucleótidos, uno o más que codifican los polipéptidos de la invención.

La presente invención abarca métodos para la producción de polipéptidos de la invención o fragmentos activos de los mismos, en particular para uso en composiciones farmacéuticas, es decir, composiciones antimicrobianas. Por ejemplo, los polipéptidos de la invención se pueden aislar directamente de cultivos celulares (por ejemplo, cultivos de células bacterianas) infectados con el bacteriófago F387/08, F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10 y/o F125/10. Alternativamente, los polipéptidos de la presente invención pueden derivarse por medios recombinantes usando vectores de expresión que comprenden la secuencia de ácido nucleico que codifica los polipéptidos de la invención, por ejemplo, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO : 27, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NOs: 32-35, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO : 192, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO: 235, SEQ ID NOs: 239-245, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO : 254, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NOs: 433-437, SEQ ID NOs: 489-496, SEQ ID NO: 544, SEQ ID NO: 545, SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 549, SEQ. ID NO: 551, SEQ ID NO: 556, SEQ ID NO: 557, SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO: 629, SEQ ID NO: 686, SEQ ID NO: 789, SEQ ID NO: 796-800, SEQ ID NO: 806, SEQ ID NO: 854, SEQ ID NOs: 999-1004, SEQ ID NOs: 1053-1060, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1216, SEQ ID NO: 1217, SEQ ID NO: 1250, SEQ ID NO: 1261, o SEQ ID NO: 1266, o fragmentos activos, derivados o variantes de los mismos. Los polipéptidos de la invención o fragmentos de los mismos pueden producirse mediante cualquier método conocido en la técnica para la producción de un polipéptido, en particular, mediante síntesis química o mediante técnicas de expresión recombinante.

También se describe en este documento, un método para producir de forma recombinante una proteína de fago, por ejemplo, una proteína de lisina, una proteína de la cola o un fragmento activo, variante o derivado de la misma, comprendiendo dicho método: (i) cultivar bajo condiciones adecuadas para la expresión de dicha proteína en un medio, una célula huésped que contiene un vector que comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica la secuencia de aminoácidos SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 32­ 35, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 192, SEC. ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO: 235, SEQ ID NOs: 239-245, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 433-437, SEQ ID NOs: 489-496, SEQ ID NO: 544, SEQ ID NO: 545, SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 549, SEQ ID NO: 551, SEQ ID NO: 556, SEQ ID NO: 557, SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO: 629, SEQ ID NO: 686, SEQ ID NO: 789, SEQ ID NOs: 796-800, SEQ ID NO: 806, SEQ ID NO: 854, SEQ ID NOs: 999-1004, o SEQ ID NOs: 1053-1060, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1216, SEQ ID NO: 1217, SEQ ID NO: 1250, SEQ ID NO: 1261, o SEQ ID NO: 1266, o fragmento de las mismas; y (ii) recuperación de dicha proteína de dicho medio. En ciertas realizaciones, la secuencia de ácido nucleico que codifica el polipéptido de la invención está unida operativamente a un promotor heterólogo.

La invención también abarca métodos para el diagnóstico del agente causante en una presentación clínica de infección bacteriana. El bacteriófago aislado o polipéptidos de la invención se pueden usar para ayudar en la determinación de especies de bacterias en una muestra de paciente estableciendo la susceptibilidad de las bacterias en la muestra al bacteriófago y/o polipéptidos de la invención. Dichos métodos incluyen además métodos de evaluación de la actividad antibacteriana del bacteriófago aislado y/o polipéptidos de la invención. La actividad antibacteriana del bacteriófago o los polipéptidos de la invención, o la susceptibilidad de una muestra desconocida a dicha actividad, puede evaluarse mediante cualquier método conocido en la técnica y/o descrito en este documento. En ciertas realizaciones, la actividad antibacteriana y/o la susceptibilidad se evalúan cultivando bacterias conocidas y/o muestras de tejido, sangre, líquido o hisopo del paciente de acuerdo con técnicas estándar (por ejemplo, en cultivo líquido o en placas de agar), poniendo en contacto el cultivo con bacteriófagos y/o polipéptidos de la invención y controlando el crecimiento celular después de dicho contacto. Por ejemplo, en un cultivo líquido, las bacterias (por ejemplo, K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa y/o S. aureus) pueden crecer hasta una densidad óptica ("OD") representativa de un punto medio en el crecimiento exponencial del cultivo; el cultivo se expone a una o más concentraciones de uno o más bacteriófagos y/o polipéptidos de la invención y la OD se controla en relación con un cultivo de control. La OD disminuida con respecto a un cultivo de control es representativa de un bacteriófago y/o polipéptido que exhibe actividad antibacteriana (por ejemplo, que exhibe actividad de destrucción lítica) contra la muestra o especie bacteriana analizada y/o la cepa en el cultivo. De manera similar, se puede permitir que se formen colonias bacterianas en una placa de agar, se expone la placa a un bacteriófago o polipéptido de la invención, y el crecimiento subsiguiente de las colonias se evalúa con respecto a las placas de control. La disminución del tamaño de las colonias, o la disminución del número total de colonias, indica un bacteriófago y/o polipéptido con actividad antibacteriana contra la muestra analizada y/o la especie o cepa cultivada.

La presente invención también se refiere a composiciones farmacéuticas que comprenden o consisten en un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 560. En ciertas realizaciones, la composición farmacéutica de la invención comprende un bacteriófago que tiene el genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 560, además de uno o más bacteriófagos. El uno o más bacteriófagos pueden ser uno o más bacteriófagos de la invención (por ejemplo, tienen un genoma que comprende o consiste en una secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 560, SEQ ID NO: 781, o SEQ ID NO: 1074), una o más cepas de la misma, o puede ser uno o más bacteriófagos conocidos en la técnica distintos de un bacteriófago que tiene un genoma de acuerdo con la SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 560, SEQ ID NO: 781, o SEQ ID NO: 1074. Además, el uno o más bacteriófagos en la composición farmacéutica de la invención pueden dirigirse a la misma o diferente especie o cepas de bacterias. En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas que comprenden uno o más bacteriófagos de la invención comprenden además uno o más polipéptidos de la invención y/u otros productos de fagos como se describe en el presente documento o se conocen en la técnica.

También se describe en este documento, composiciones farmacéuticas que comprenden polipéptidos, o fragmentos activos de los mismos, en particular aquellos que tienen actividad antimicrobiana y/o antibacteriana, aislados de bacteriófagos que tienen un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO : 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 560, SEQ ID NO: 781, y/o SEQ ID NO: 1074. También se describe en este documento, las composiciones farmacéuticas que comprenden uno o más polipéptidos que tienen una secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 32-35., SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEC. ID NO: 235, SEQ ID NO: 239-245, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 433-437, SEQ ID NO: 489-496, SEQ ID NO: 544, SEQ ID NO: 545, SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 549, SEQ ID NO: 551, SEQ ID NO: 556, SEQ ID NO: 557, SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO: 629, SEQ ID NO: 686, SEQ ID NO: 789, SEQ ID NOs: 796- 800, SEQ ID NO: 806, SEQ ID NO: 854, SEQ ID NOs: 999-1004, SEQ ID NOs: 1053-1060, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1216, SEQ ID NO: 1217, SEQ ID NO: 1250, SEQ ID NO: 1261, o SEQ ID NO: 1266. También se describe en este documento, unas composiciones farmacéuticas que comprenden un polipéptido que es una variante, derivado o fragmento de la SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NOs: 32-35, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO: 235, SEQ ID NOs: 239-245, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NOs: 433-437, SEQ ID NOs: 489-496, SEQ ID NO: 544, SEQ ID NO: 545, SEQ ID NO : 547, SEQ ID NO: 549, SEQ ID NO: 551, SEQ ID NO: 556, SEQ ID NO: 557, SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO: 629, SEQ ID NO: 686, SEC. ID NO: 789, SEQ ID NO: 796-800, SEQ ID NO: 806, SEQ ID NO: 854, SEQ ID NOs: 999-1004, SEQ ID NOs: 1053-1060, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO : 1216, SEQ ID NO: 1217, SEQ ID NO: 1250, SEQ ID NO: 1261, o SEQ ID NO: 1266, en el que la variante, derivado o fragmento retiene una función biológica del polipéptido del cual se deriva, por ejemplo, actividad antimicrobiana o antibacteriana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica), preferiblemente contra una o más cepas de K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa y/o S. aureus

Las composiciones farmacéuticas de la invención pueden comprender adicionalmente un vehículo, excipiente o estabilizador farmacéuticamente aceptable. En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas de la invención son composiciones antibióticas (ya que exhiben actividad antibacteriana) o composiciones terapéuticas para el tratamiento, prevención y/o mejora de los síntomas de una enfermedad o trastorno asociado con la infección por bacterias en un sujeto que lo requiera. En realizaciones específicas, las composiciones farmacéuticas de la invención son composiciones antibacterianas o composiciones terapéuticas para el tratamiento, prevención y/o mejora de los síntomas de una enfermedad o trastorno asociado con la infección por K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa y/o S. aureus. En ciertas realizaciones, el sujeto que recibe una composición farmacéutica de la invención es un mamífero (por ejemplo, bovino, ovino, caprino, equino, primate (por ejemplo, humano), roedor, lagomorfo o aviar (por ejemplo, pollo, pato, ganso)).

La presente invención proporciona métodos para el tratamiento o prevención de la infección bacteriana que comprenden administrar a un sujeto que lo necesite una composición farmacéutica que comprende uno o más productos de bacteriófagos o fagos (por ejemplo, un polipéptido de bacteriófago aislado o un fragmento activo, variante o derivado del mismo), opcionalmente además de uno o más de otros bacteriófagos u otros productos de fagos, como se describe en el presente documento. En el contexto de la presente invención, "tratamiento" se refiere tanto al tratamiento terapéutico como a las medidas profilácticas o preventivas, en las que el objetivo es eliminar, disminuir, reducir la gravedad, retardar la progresión o retrasar o prevenir los síntomas o la causa subyacente (por ejemplo, infección bacteriana) asociada con la afección o trastorno patológico. Las composiciones farmacéuticas descritas en este documento se pueden usar en el tratamiento o manejo de infecciones asociadas con cualquier infección bacteriana, incluyendo, pero sin limitarse a, K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa y/o S. aureus, así como, en ciertas realizaciones, S. epidermidis, S. auricularis, S. capitis, S. haemolyticus, S. hominis, S. saprophyticus, S. simulans, S. xylosis, M. luteus, B. subtilis, B. pumilus, E. faecalis, E. hirae, E. faecium, E. avium, y combinaciones de los mismos. En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas se pueden usar para tratar afecciones o trastornos asociados con infecciones bacterianas que incluyen, pero no se limitan a, endoftalmitis postoperatoria, endocarditis, infecciones del sistema nervioso central, neumonía, osteomilelitis, infecciones por heridas (por ejemplo, úlceras en pies diabetes), mastitis, septicemia, intoxicación alimentaria, meningitis, infecciones de la piel, abscesos, síndrome de choque tóxico, bacteriemia y/u otras afecciones asociadas con infecciones bacterianas nosocomiales.

En ciertas realizaciones, la invención proporciona el uso de un bacteriófago o un producto de fago aislado (por ejemplo, un polipéptido de fago aislado o un fragmento activo, variante o derivado del mismo) como una terapia de agente único. En otras realizaciones, la invención proporciona el uso de un bacteriófago o producto de fago (por ejemplo, un polipéptido de fago aislado o fragmento activo, variante o derivado del mismo), en combinación con un tratamiento estándar o experimental para la infección bacteriana. Dicha terapia de combinación puede mejorar la eficacia del tratamiento estándar o experimental. Ejemplos de agentes terapéuticos que son particularmente útiles en combinación con un bacteriófago y/o polipéptido de la invención son agentes antiinflamatorios, agentes antibióticos quimioterapéuticos estándar (por ejemplo, penicilina, penicilinas sintéticas, bacitracina, meticilina, nafcilina, oxacilina, cloxacilina, vancomicina, teicoplanina, clindamicina, co-trimoxazol, cefalosporina, polimixina, cefaclor, cefadroxil, nafato de cefamandol, cefazolina, cefixima, cefmetazol, cefonioide, cefoperazona, ceforanida, cefotanme, cefotaxima, cefotetano, cefoxitina, cefpodoxima proxetil, ceftazidima, ceftizoxima, ceftriaxona, moxalactama de cefriaxona, cefuroxima, cefalexina, cefalosporina C, sal sódica de cefalosporina C, cefalotina, sal sódica de cefalotina, cefapirina, cefradina, cefuroximeaxetil, dihidrato de cefalotina, moxalactam, mafato de loracarbef, y agentes quelantes), agentes anestésicos locales y/o corticosteroides. En otra realización más, las composiciones de la presente invención se pueden combinar con uno o más productos de bacteriófagos o fagos conocidos en la técnica. Las terapias de combinación abarcadas por la invención pueden formularse en una única composición farmacéutica o pueden administrarse en composiciones separadas, pero como parte de un régimen de tratamiento global.

Las composiciones farmacéuticas de la invención pueden administrarse mediante cualquier método conocido en la técnica adecuado para la administración de un compuesto antibacteriano, por ejemplo, mediante administración oral o parenteral (por ejemplo, inhalación, intramuscular, intravenosa o epidérmica). En realizaciones preferidas, las composiciones farmacéuticas de la invención se administran tópicamente, por ejemplo, en una formulación tópica. Las composiciones de la invención pueden usarse tópicamente para tratar y/o prevenir infecciones nosocomiales comunes, tales como infecciones en sitios de incisión quirúrgica o asociadas con catéteres o drenajes. En otras realizaciones, las composiciones de la invención se usan para tratar infecciones bacterianas de la piel o capas dérmicas superiores (por ejemplo, infecciones de úlceras diabéticas del pie o carbúnculos).

Las composiciones farmacéuticas de la presente invención también pueden usarse para usos tradicionalmente no terapéuticos tales como agentes antibacterianos en cosméticos, o en aerosoles o soluciones para uso en superficies sólidas para prevenir la colonización de bacterias (es decir, como desinfectantes).

También se describen en este documento métodos para seleccionar péptidos para determinar su actividad antibacteriana. El método comprende seleccionar secuencias de aminoácidos contiguas de al menos 6, 10, 15, 20 o 25 residuos de longitud que están codificados por los marcos de lectura abiertos de la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 560, SEQ ID NO: 781, o SEQ ID NO: 1074, para actividad antibacteriana, dicha actividad antibacteriana medida por la capacidad de los péptidos para inhibir el crecimiento bacteriano, por ejemplo, en agar o en cultivo líquido.

5.1 Definiciones

Como se usa en el presente documento, el término "fragmento" se refiere a un péptido o polipéptido que comprende una secuencia de aminoácidos de al menos 5 residuos de aminoácidos contiguos, al menos 10 residuos de aminoácidos contiguos, al menos 15 residuos de aminoácidos contiguos, al menos 20 residuos de aminoácidos contiguos, al menos 25 residuos de aminoácidos contiguos, al menos 40 residuos de aminoácidos contiguos, al menos 50 residuos de aminoácidos contiguos, al menos 60 residuos de aminoácidos contiguos, al menos 70 residuos de aminoácidos contiguos, al menos 80 ácidos amínicos contiguos residuos, al menos 90 residuos de aminoácidos contiguos, al menos 100 residuos de aminoácidos contiguos, al menos 125 residuos de aminoácidos contiguos, al menos 150 residuos de aminoácidos contiguos, al menos 175 residuos de aminoácidos contiguos, al menos 200 residuos de aminoácidos contiguos, o al menos 250 residuos de aminoácidos contiguos de la secuencia de aminoácidos de una proteína. En una realización específica, el fragmento es un fragmento funcional porque retiene al menos una función de la proteína a partir de la cual se aísla (por ejemplo, la actividad antimicrobiana o antibacteriana (por ejemplo, la destrucción de las células líticas)).

Como se usa en el presente documento, los términos "productos bacteriófagos activos" y "productos bacteriófagos" se refieren a polipéptidos, o fragmentos, variantes o derivados de los mismos, aislados de un bacteriófago de la invención, cuyo polipéptido, o fragmento, variante o derivado del mismo, exhibe una función o actividad biológica asociada con el bacteriófago a partir del cual se aisló o derivó (por ejemplo, actividad antimicrobiana o antibacteriana (por ejemplo, destrucción de células líticas)).

Como se usa en el presente documento, el término "aislado" en el contexto de un péptido, polipéptido o proteína de fusión se refiere a un péptido, polipéptido o proteína de fusión que está sustancialmente libre de material celular o proteínas contaminantes de la fuente celular o tisular de la que se deriva, o sustancialmente libre de precursores químicos u otros químicos cuando se sintetiza químicamente. La expresión "sustancialmente libre de material celular" incluye preparaciones de un péptido, polipéptido o proteína de fusión en la que el péptido, polipéptido o proteína de fusión se separa de los componentes celulares de las células a partir de las cuales se aísla o produce de forma recombinante. Por lo tanto, un péptido, polipéptido o proteína de fusión que está sustancialmente libre de material celular incluye preparaciones de un péptido, polipéptido o proteína de fusión que tienen menos de aproximadamente 30%, 20%, 10% o 5% (en peso seco) de proteína heteróloga (también denominada en este documento como una "proteína contaminante"). Cuando el péptido, polipéptido o proteína de fusión se produce de forma recombinante, también está preferiblemente sustancialmente libre de medio de cultivo, es decir, el medio de cultivo representa menos de aproximadamente 20%, 10% o 5% del volumen de la preparación de proteína. Cuando el péptido, polipéptido o proteína de fusión se produce por síntesis química, preferiblemente está sustancialmente libre de precursores químicos u otros productos químicos, es decir, está separado de los precursores químicos u otros productos químicos que participan en la síntesis del péptido, polipéptido o proteína de fusión. Por consiguiente, tales preparaciones de un péptido, polipéptido, proteína de fusión o anticuerpo tienen menos de aproximadamente 30%, 20%, 10%, 5% (en peso seco) de precursores químicos o compuestos distintos del péptido, polipéptido o proteína de fusión de interes.

Como se usa en el presente documento, el término "aislado" en el contexto de las moléculas de ácido nucleico se refiere a una primera molécula de ácido nucleico que se separa de otras moléculas de ácido nucleico que están presentes en la fuente natural de la primera molécula de ácido nucleico. Además, una molécula de ácido nucleico "aislada", tal como una molécula de ADNc, está sustancialmente libre de otro material celular o medio de cultivo cuando se produce mediante técnicas recombinantes, o sustancialmente libre de precursores químicos u otros productos químicos cuando se sintetiza químicamente y puede estar libre de otros ADNc u otras moléculas de ADN genómico, por ejemplo, cuando se ha aislado de otros clones en una biblioteca de ácidos nucleicos.

El término "purificado" significa que el péptido, el polipéptido, la proteína de fusión o la molécula de ácido nucleico ha aumentado considerablemente en concentración por cualquier proceso de purificación, incluidos, pero no se limita a cromatografía en columna, HPLC, precipitación, electroforesis, etc., eliminando así de manera parcial, sustancial, casi completa o completamente las impurezas, como los precursores u otras sustancias químicas involucradas en la preparación del péptido, polipéptido, proteína de fusión o molécula de ácido nucleico. Un experto en la técnica apreciará la cantidad de purificación necesaria para un uso dado. Por ejemplo, la proteína aislada destinada a uso en composiciones terapéuticas destinadas a la administración a seres humanos generalmente debe ser de alta pureza de acuerdo con los estándares regulatorios y los buenos procesos de fabricación.

Como se usa en el presente documento, el término "derivado" en el contexto de polipéptidos se refiere a un polipéptido que comprende una secuencia de aminoácidos que se ha alterado por la introducción de sustituciones, eliminaciones o adiciones de residuos de aminoácidos. El término "derivado" como se usa en el presente documento también se refiere a un polipéptido que se ha modificado, es decir, por la unión covalente de cualquier tipo de molécula al polipéptido. Por ejemplo, pero no a modo de limitación, un polipéptido puede modificarse, por ejemplo, por glicosilación, acetilación, pegilación, fosforilación, amidación, derivación por grupos protectores/bloqueadores conocidos, escisión proteolítica, enlace a un ligando celular u otra proteína, etc. Un polipéptido derivado puede producirse mediante modificaciones químicas utilizando técnicas conocidas por los expertos en la técnica, que incluyen, pero no se limita a escisión química específica, acetilación, formilación, síntesis metabólica de tunicamicina, etc. Además, un polipéptido derivado puede contener uno o más aminoácidos no clásicos. Un derivado polipeptídico posee una función similar o idéntica al polipéptido del que se derivó. El término "derivado" como se usa en referencia a un polipéptido "derivado" de un organismo también puede referirse al aislamiento de un polipéptido directamente de dicho organismo (por ejemplo, células bacterianas o fagos).

Como se usa en el presente documento, el término "célula huésped" se refiere a la célula sujeto particular transfectada con una molécula de ácido nucleico y la progenie o progenie potencial de una célula de este tipo que contiene la molécula de ácido nucleico o una versión cromosómicamente integrada de la misma. La progenie de una célula de este tipo puede no ser idéntica a la célula progenitora transfectada con la molécula de ácido nucleico debido a mutaciones o influencias ambientales que pueden ocurrir en generaciones sucesivas o la integración de la molécula de ácido nucleico en el genoma de la célula huésped. Para la expresión de proteínas y polipéptidos bacteriófagos, la célula huésped preferiblemente no es de la misma especie o cepa a partir de la cual se aisló o cultivó el bacteriófago.

Como se usa en el presente documento, el término "en combinación" se refiere al uso de más de un agente profiláctico y/o terapéutico. El uso del término "en combinación" no restringe el orden en el que se administran agentes profilácticos y/o terapéuticos a un sujeto con una enfermedad o trastorno. Se puede administrar un primer agente profiláctico o terapéutico antes (por ejemplo, 5 minutos, 15 minutos, 30 minutos, 45 minutos, 1 hora, 2 horas, 4 horas, 6 horas, 12 horas, 24 horas, 48 horas, 72 horas, 96 horas, 1 semana, 3 semanas, 3 semanas, 4 semanas, 5 semanas, 6 semanas, 8 semanas, o 12 semanas antes), concomitantemente con o posteriormente a (por ejemplo, 5 minutos, 15 minutos, 30 minutos, 45 minutos). 1 hora, 2 horas, 4 horas, 6 horas, 12 horas, 24 horas, 48 horas, 72 horas, 96 horas, 1 semana, 2 semanas, 3 semanas, 4 semanas, 5 semanas, 6 semanas, 8 semanas, o 12 semanas después) de la administración de un segundo agente profiláctico o terapéutico (diferente del primer agente profiláctico o terapéutico) a un sujeto que lo necesite, por ejemplo, un sujeto con una enfermedad o trastorno.

Como se usa en el presente documento, los términos "ácidos nucleicos" y "secuencias de nucleótidos" incluyen moléculas de ADN y/o ARN monocatenarias y bicatenarias, o combinaciones de las mismas. Como se usa en este documento, el término "codificado por el ácido nucleico" se refiere a una secuencia de aminoácidos que resulta de la traducción de la secuencia directa, inversa, complementaria o complementaria inversa de la secuencia de ácido nucleico referenciada utilizando el código genético estándar (es decir, tripletes de codón estándar) como es bien conocido en la técnica.

Como se usa en el presente documento, los términos "agente profiláctico" y "agentes profilácticos" se refieren a bacteriófagos y/o polipéptidos de la invención, que pueden usarse en la prevención, tratamiento, manejo o mejora de uno o más síntomas de una enfermedad o trastorno, en particular, una enfermedad o trastorno asociado con una infección bacteriana.

Como se usa en este documento, los términos "agente terapéutico" y "agentes terapéuticos" se refieren a bacteriófagos y/o polipéptidos de la invención que pueden usarse en la prevención, tratamiento, manejo o mejora de uno o más síntomas de una enfermedad o trastorno, en particular, una enfermedad o trastorno asociado con una infección bacteriana.

Como se usa en el presente documento, el término "cantidad terapéuticamente eficaz" se refiere a esa cantidad de un agente terapéutico suficiente para dar como resultado una mejora de uno o más síntomas de una enfermedad o trastorno, en particular, una enfermedad o trastorno asociado con una infección bacteriana.

Como se usa en el presente documento, los términos "tratar", "tratamiento" y "que trata" se refieren a la mejora de uno o más síntomas de una enfermedad o trastorno, en particular, una enfermedad o trastorno asociado con una infección bacteriana, que resulta de la administración de uno o más bacteriófagos y/o polipéptidos de la invención. Como se señaló anteriormente, "tratamiento" y los términos relacionados se refieren tanto al tratamiento terapéutico como a las medidas profilácticas o preventivas, en las que el objetivo es eliminar, disminuir, reducir la gravedad, retardar la progresión o retrasar o prevenir los síntomas o la causa subyacente (por ejemplo, infección bacteriana) asociada con la afección o trastorno patológico.

Como se usa en este documento, los términos "actividad antibacteriana" y "actividad antimicrobiana" con referencia a un bacteriófago, proteína aislada de bacteriófago (o variante, derivado o fragmento de la misma), o producto de bacteriófago, se usan de manera intercambiable para referirse a la capacidad de matar y/o inhibir el crecimiento o la reproducción de un microorganismo, en particular, las bacterias de la especie o cepa que infecta al bacteriófago. En ciertas realizaciones, la actividad antibacteriana o antimicrobiana se evalúa cultivando bacterias, por ejemplo, bacterias Gram positivas (por ejemplo, S. aureus), bacterias Gram negativas (por ejemplo, K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli y/o P. aeruginosa) o bacterias no clasificadas como Gram positivas o Gram negativas, de acuerdo con técnicas estándar (por ejemplo, en cultivo líquido o en placas de agar), poniendo en contacto el cultivo con un bacteriófago o polipéptido de la invención y controlando el crecimiento celular después de dicho contactando. Por ejemplo, en un cultivo líquido, las bacterias pueden crecer hasta una densidad óptica ("OD") representativa de un punto medio en el crecimiento exponencial del cultivo; el cultivo se expone a una o más concentraciones de uno o más bacteriófagos o polipéptidos de la invención, y la OD se controla con respecto a un cultivo de control. La OD disminuida con respecto a un cultivo de control es representativa de un bacteriófago o polipéptido que exhibe actividad antibacteriana (por ejemplo, exhibe actividad de destrucción lítica). De manera similar, se puede permitir que se formen colonias bacterianas en una placa de agar, la placa expuesta a un bacteriófago o polipéptido de la invención, y el crecimiento subsiguiente de las colonias evaluadas en relación con las placas de control. La disminución del tamaño de las colonias, o la disminución del número total de colonias, indica un bacteriófago o polipéptido con actividad antibacteriana.

Como se usa en el presente documento, un "dominio CHAP" se refiere a un dominio amidasa conservado que se encuentra en varias hidrolasas de peptidoglicano codificadas por fagos y significa "amidohidrolasas/peptidasas dependientes de cisteína, histidina". Véase, por ejemplo, Rigden D, et. al., Trends Biochem Sci. 28 de mayo de 2003 (5): 230-4. Se encuentra en una superfamilia de amidasas, incluyendo GSP amidasa y hidrolasas de peptidoglicano. La familia incluye al menos dos tipos diferentes de actividades de escisión de peptidoglicanos: actividad de L-muramoil-L-alanina amidasa y D-alanil-glicil endopeptidasa. Los dominios CHAP generalmente contienen residuos conservados de cisteína e histidina e hidrolizan sustratos que contienen Y-glutamilo. Se cree que estos residuos de cisteína son esenciales para la actividad de varias de estas amidasas, y sus grupos tiol parecen funcionar como los nucleófilos en los mecanismos catalíticos de todas las enzimas que contienen este dominio. Los dominios CHAP se encuentran a menudo en asociación con otros dominios que escinden el peptidoglicano, por ejemplo, actuando de manera cooperativa para escindir sustratos especializados. Véase también, Bateman A, et al., Trends Biochem Sci. Mayo 28 de 2003 (5): 234-7.

6. Breve descripción de las Figuras.

Figuras 1A-1B: Esquema de la organización del genoma de F391/08, que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 1. Los marcos de lectura abiertos ("ORF") predichos en el genoma de aproximadamente 113 kb están representados por flechas y numerados en negro. La dirección de una flecha indica la dirección de la transcripción. Código de color: negro, ORF para cuyos productos se podría realizar una asignación funcional con base en las funciones conocidas de proteínas homologas; Gris, ORF que codifican productos que son similares a proteínas de función desconocida; Vacío, ORF que codifican proteínas que no comparten una homología significativa con las proteínas en las bases de datos disponibles. Los o Rf asignados funcionalmente también se enumeran en la Figura. La información en la Figura también se incluye en forma tabular en la Figura 2.

Figuras 2A-2II: Características del genoma del bacteriófago F391/08, incluidos los productos génicos y la asignación de funciones putativas. La Figura incluye una lista de los ORF del genoma y proporciona a cada ORF (i) su posición dentro del genoma, (ii) la secuencia de aminoácidos codificada, (iii) una lista de proteínas homólogas y dominios conservados dentro de su polipéptido codificado y (iv) una asignación de función putativa. Los ORF 1-172 enumerados en la Figura 2 codifican las secuencias de aminoácidos de la SEQ ID NO: 5-176, respectivamente.

Figura 3: Esquema de la organización del genoma de F394/08, que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 2. Los marcos de lectura abiertos ("ORF") predichos en el genoma de aproximadamente 31 kb están representados por flechas y numerados en negro. La dirección de una flecha indica la dirección de la transcripción. Código de color: negro, ORF para cuyos productos se podría realizar una asignación funcional con base en las funciones conocidas de proteínas homólogas; Gris, ORF que codifican productos que son similares a proteínas de función desconocida; Vacío, ORF que codifican proteínas que no comparten una homología significativa con las proteínas en las bases de datos disponibles. Los ORF asignados funcionalmente también se enumeran en la Figura. La información en la Figura también se incluye en forma tabular en la Figura 4.

Figuras 4A-4K: características del genoma del bacteriófago F394/08, incluidos los productos génicos y la asignación de funciones putativas. La Figura incluye una lista de los ORF del genoma y proporciona a cada ORF (i) su posición dentro del genoma, (ii) la secuencia de aminoácidos codificada, (iii) una lista de proteínas homólogas y dominios conservados dentro de su polipéptido codificado y (iv) una asignación de función putativa. Los ORF 1-47 enumerados en la Figura 4 codifican las secuencias de aminoácidos de la SEQ ID NO: 177-223, respectivamente.

Figuras 5A-5B: Esquema de la organización del genoma de F488/08, que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 3. Los marcos de lectura abiertos ("ORF") predichos en el genoma de aproximadamente 167 kb están representados por flechas y numerados en negro. La dirección de una flecha indica la dirección de la transcripción. Código de color: negro, ORF para cuyos productos se podría realizar una asignación funcional con base en las funciones conocidas de proteínas homólogas; Gris, ORF que codifican productos que son similares a proteínas de función desconocida; Vacío, ORF que codifican proteínas que no comparten una homología significativa con las proteínas en las bases de datos disponibles. Los o Rf asignados funcionalmente también se enumeran en la Figura. La información en la Figura también se incluye en forma tabular en la Figura 6.

Figuras 6A-6DDD: características del genoma del bacteriófago F488/08, incluidos los productos génicos y la asignación de funciones putativas. La Figura incluye una lista de los ORF del genoma y proporciona a cada ORF (i) su posición dentro del genoma, (ii) la secuencia de aminoácidos codificada, (iii) una lista de proteínas homólogas y dominios conservados dentro de su polipéptido codificado, y (iv) una asignación de función putativa. Los ORF 1-283 enumerados en la Figura 6 codifican las secuencias de aminoácidos de las SEQ ID NO: 224-506, respectivamente.

Figura 7: Esquema de la organización del genoma de F510/08, que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 4. Los marcos de lectura abiertos ("ORF") predichos en el genoma de aproximadamente 43 kb están representados por flechas y numerados en negro. La dirección de una flecha indica la dirección de la transcripción. Código de color: negro, ORF para cuyos productos se podría realizar una asignación funcional con base en las funciones conocidas de proteínas homólogas; Gris, ORF que codifican productos que son similares a proteínas de función desconocida; Vacío, ORF que codifican proteínas que no comparten una homología significativa con las proteínas en las bases de datos disponibles. Los ORF asignados funcionalmente también se enumeran en la Figura. La información en la Figura también se incluye en forma tabular en la Figura 8.

Figuras 8A-8S: Características del genoma del bacteriófago F510/08, incluidos los productos génicos y la asignación de funciones putativas. La Figura incluye una lista de los ORF del genoma y proporciona a cada ORF (i) su posición dentro del genoma, (ii) la secuencia de aminoácidos codificada, (iii) una lista de proteínas homólogas y dominios conservados dentro de su polipéptido codificado, y (iv) una asignación de función putativa. Los ORF 1-53 enumerados en la Figura 8 codifican las secuencias de aminoácidos de las SEQ ID NO: 507-559, respectivamente.

Figura 9: Esquema de la organización del genoma de F44/10, que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 560. Los marcos de lectura abiertos ("ORF") predichos en el genoma de aproximadamente 137 kb están representados por flechas y numerados en negro. La dirección de una flecha indica la dirección de la transcripción. Código de color: negro, ORF para cuyos productos se podría realizar una asignación funcional con base en las funciones conocidas de proteínas homólogas; Gris, ORF que codifican productos que son similares a proteínas de función desconocida; Vacío: ORF que codifican proteínas que no comparten una homología significativa con las proteínas en las bases de datos disponibles. Los ORF asignados funcionalmente también se enumeran en la Figura. La información en la Figura también se incluye en forma tabular en la Figura 10.

Figuras 10A-10QQ: características del genoma del bacteriófago F44/10, incluidos los productos génicos y la asignación de funciones putativas. La Figura incluye una lista de los ORF del genoma y proporciona a cada ORF (i) su posición dentro del genoma, (ii) la secuencia de aminoácidos codificada, (iii) una lista de proteínas homologas y dominios conservados dentro de su polipéptido codificado y (iv) una asignación de función putativa. Los ORF 1-216, incluyendo los ORF 1a, 1b, 82a, 82b, 82c, 114a y 114b, enumerados en la Figura 10 codifican las secuencias de aminoácidos de SEQ ID NO: 561-780, respectivamente.

Figura 11: Esquema de la organización del genoma de F387/08, que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 781. Los marcos de lectura abiertos ("ORF") predichos en el genoma de aproximadamente 167 kb están representados por flechas y numerados en negro. La dirección de una flecha indica la dirección de la transcripción. Código de color: negro, ORF para cuyos productos se podría realizar una asignación funcional con base en las funciones conocidas de proteínas homólogas; Gris, ORFs que codifican productos que son similares a proteínas de función desconocida; Vacío, ORF que codifican proteínas que no comparten una homología significativa con las proteínas en las bases de datos disponibles. Los ORF asignados funcionalmente también se enumeran en la Figura. La información en la Figura también se incluye en forma tabular en la Figura 12.

Figuras 12A-12AZ: Características del genoma del bacteriófago F387/08, incluidos los productos génicos y la asignación de funciones putativas. La Figura incluye una lista de los ORF del genoma y proporciona a cada ORF (i) su posición dentro del genoma, (ii) la secuencia de aminoácidos codificada, (iii) una lista de proteínas homólogas y dominios conservados dentro de su polipéptido codificado y (iv) una asignación de función putativa. Los ORF 1-292 enumerados en la Figura 12 codifican las secuencias de aminoácidos de las SEQ ID NO: 782-1073, respectivamente.

Figuras 13A-13B: Esquema de la organización del genoma de F125/10, que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 1074. Los marcos de lectura abiertos ("ORF") predichos en el genoma de aproximadamente 145 kb están representados por flechas y numerados en negro. La dirección de una flecha indica la dirección de la transcripción. Código de color: negro, ORF para cuyos productos se podría realizar una asignación funcional en función de las funciones conocidas de proteínas homólogas; Gris, ORF que codifican productos que son similares a proteínas de función desconocida; Vacío, ORF que codifican proteínas que no comparten una homología significativa con las proteínas en las bases de datos disponibles. Los ORF asignados funcionalmente también se enumeran en la Figura. La información en la Figura también se incluye en forma tabular en las Figuras 14A-14ZZZ

Figuras 14A-14ZZZ: características del genoma del bacteriófago F125/10, incluidos los productos génicos y la asignación de funciones putativas. La Figura incluye una lista de los ORF del genoma y proporciona a cada ORF (i) su posición dentro del genoma, (ii) la secuencia de aminoácidos codificada, (iii) una lista de proteínas homólogas y dominios conservados dentro de su polipéptido codificado y (iv) una asignación de función putativa. Los ORF 1 b-221, 1a enumerados en esta Figura codifican las secuencias de aminoácidos de las SEQ ID NO: 1075-1300, respectivamente, que incluyen 36a y 36b, 68a y 68b, y 153a y 153b.

6.1 Descripción detallada

La presente invención está dirigida a bacteriófagos aislados, y sus productos polipeptídicos aislados, que tienen actividad antibacteriana contra una o más especies o cepas de los patógenos nosocomiales Klebsiella pneumoniae, Acinetobacterbaumannii, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa y S. aureus. En una realización, se proporcionan bacteriófagos o polipéptidos aislados que exhiben actividad antimicrobiana y/o antibacteriana contra cepas de S. aureus resistentes a meticilina (MRSA). Además, el bacteriófago y los polipéptidos descritos aquí pueden exhibir actividad antibacteriana o antimicrobiana contra una o más especies o cepas de bacterias patógenas que incluyen, pero no se limitan a, S. epidermidis, S. auricularis, S. capitis, S. haemolyticus, S hominis, S. saprophyticus, S. simulans, S. xylosis, Micrococcus luteus, Bacilus subtilis, B. pumilus, E. hirae y E. avium.

También se describe en este documento, un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 1. Un ejemplo específico es el bacteriófago aislado F391/08, que se dirige a un número de cepas de la especie Klebsiella, incluyendo K. neumonía y K. oxytoca. En la Figura 1 se proporciona una organización esquemática del genoma de F391/08, que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 1. Los marcos de lectura abiertos (ORF) en el genoma de F391/08 se proporcionan en la Figura 2. También se proporcionan las posiciones de los ORF dentro del genoma, las secuencias de aminoácidos codificadas por los ORF, proteínas homólogas o similares y los dominios conservados dentro del polipéptido codificado, y la asignación de funciones putativas. Los ORF 1-172 enumerados en la Figura 2 codifican las secuencias de aminoácidos de las SEQ ID NO: 5-176, respectivamente.

También se describe en este documento, un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 781. Un ejemplo específico de acuerdo con esta realización es el bacteriófago aislado F387/08, que se dirige a un número de cepas de especies Klebsiella, incluyendo K. neumonía y K. oxytoca. En la Figura 11 se proporciona una organización esquemática del genoma de F387/08, que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 781. Los marcos de lectura abiertos (ORF) en el genoma de F387/08 se proporcionan en la Figura 12. También se proporcionan las posiciones de los ORF dentro del genoma, las secuencias de aminoácidos codificadas por los OrF, proteínas homólogas o similares y los dominios conservados dentro del polipéptido codificado, y la asignación de funciones putativas. Los ORF 1-292 enumerados en la Figura 12 codifican las secuencias de aminoácidos de las SEQ ID NO: 782-1073, respectivamente.

Klebsiella pneumoniae es una bacteria Gram negativa, no móvil, con forma de bastón, que se encuentra en la flora normal de la boca, la piel y los intestinos. Como un anaerobio facultativo encapsulado, la bacteria también se encuentra naturalmente en el suelo y alrededor del 30% de las cepas pueden fijar nitrógeno en condiciones anaeróbicas. Clínicamente, es el miembro más importante del género Klebsiella de Enterobacteriaceae, y también está estrechamente relacionado con el K. oxitoca. Las infecciones por Klebsiella tienden a ocurrir en personas con un sistema inmunitario debilitado debido a una dieta inadecuada, por ejemplo, en alcohólicos y diabéticos. Klebsiella también es un patógeno oportunista para pacientes con enfermedad pulmonar crónica, patogenicidad entérica, atrofia de la mucosa nasal y rinoescleroma. Aparecen nuevas cepas resistentes a los antibióticos de K. pneumoniae, y se encuentra cada vez más como una infección nosocomial, por ejemplo, debido al contacto con instrumentos contaminados.

También se describe en este documento, un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 2. Un ejemplo específico de acuerdo con esta realización es el bacteriófago aislado F394/08, que se dirige a un número de cepas de la especie Accinetobacter, incluyendo A. baumanni, A. calcoaceticus, y A. lwoffi. En la Figura 3 se proporciona una organización esquemática del genoma de F394/08, que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 2. Los marcos de lectura abiertos (ORF) en el genoma de F394/08 se proporcionan en la Figura 4. También se proporcionan las posiciones de los ORF dentro del genoma, las secuencias de aminoácidos codificadas por los ORF, proteínas homólogas o similares y los dominios conservados dentro del polipéptido codificado, y la asignación de funciones putativas. Los ORF 1-47 enumerados en la Figura 4 codifican las secuencias de aminoácidos de las SEQ ID NOs: 177-223, respectivamente.

Acinetobacter baumannii es una especie de bacteria que causa una serie de infecciones clínicas graves, particularmente en individuos con sistemas inmunológicos comprometidos. A. baumannii es un bacilo Gram negativo aerobio pleomórfico que se aísla comúnmente del entorno hospitalario y de los pacientes hospitalizados. La bacteria a menudo entra en el cuerpo a través de heridas abiertas, catéteres o tubos respiratorios. A. baumannii usualmente coloniza ambientes acuáticos y a menudo se cultiva a partir de esputo o secreciones respiratorias, heridas y orina de pacientes hospitalizados. En un entorno hospitalario, A. baumannii comunmente coloniza soluciones de irrigación y soluciones intravenosas. También se sabe que es resistente a los múltiples antibióticos y el número de infecciones nosocomiales causadas por A. baumannii ha aumentado en los últimos años.

También se describe en este documento, un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 3. Un ejemplo específico de acuerdo con esta realización es el bacteriófago aislado F488/08, que se dirige a un número de cepas de la especie Escherichia, incluyendo E. coli. En la Figura 5 se proporciona una organización esquemática del genoma de F488/08, que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 3. Los marcos de lectura abiertos (ORF) en el genoma de F488/08 se proporcionan en la Figura 6. También se proporcionan las posiciones de los ORF dentro del genoma, las secuencias de aminoácidos codificadas por los ORF, proteínas homólogas o similares y los dominios conservados dentro del polipéptido codificado, y la asignación de funciones putativas. Los ORF 1-283 enumerados en la Figura 6 codifican las secuencias de aminoácidos de las SEQ ID NOs: 224-506, respectivamente.

Escherichia coli es una bacteria Gram negativa en forma de bastón que se encuentra comúnmente en el intestino delgado de los mamíferos, y que comprende el anaeróbico facultativo primario del tracto gastrointestinal humano. La mayoría de las cepas de E. coli son inofensivas y pueden formar parte de la flora normal del intestino, donde pueden beneficiar a sus huéspedes, por ejemplo, al producir vitamina K2 y/o al impedir el establecimiento de bacterias patógenas en los intestinos. Ciertas cepas virulentas de E. coli sin embargo, puede causar intoxicación alimentaria, que se manifiesta típicamente como un ataque de diarrea. Las cepas más virulentas, como O157:H7, pueden causar enfermedades graves e incluso la muerte en los ancianos, los muy jóvenes o los inmunocomprometidos. Las cepas como O157:H7, así como O121 y O104:H21, producen toxinas potencialmente letales. Cepas virulentas de E. coli también puede causar gastroenteritis, infecciones del tracto urinario y meningitis neonatal, así como, en casos más raros, síndrome hemolítico-urémico (SHU), peritonitis, mastitis, septicemia y neumonía Gram negativa. Además, si las bacterias E. coli escapan del tracto intestinal a través de una perforación (por ejemplo, de un apéndice roto y una úlcera o un error quirúrgico) y entran en el abdomen, generalmente causan peritonitis que puede ser mortal sin tratamiento oportuno. La E. coli asociada a la mucosa intestinal también se observan en mayor número en las enfermedades inflamatorias del intestino, la enfermedad de Crohn y la colitis ulcerosa.

Antibióticos que pueden usarse para tratar infección por E. coli incluye amoxicilina y otras penicilinas semisintéticas, muchas cefalosporinas, carbapenemas, aztreonam, trimetoprim-sulfametoxazol, ciprofloxacina, nitrofurantoína y los aminoglucósidos. No obstante, como organismos Gram negativos, E. coli es resistente a muchos antibióticos que son efectivos contra los organismos Gram positivos y la resistencia a los antibióticos es un problema creciente. La resistencia a los antibióticos betalactámicos, por ejemplo, se ha convertido en un problema particular en las últimas décadas, ya que las cepas de bacterias que producen betalactamasas de espectro extendido se vuelven más comunes. Estas enzimas beta-lactamasas pueden hacer que muchas, si no todas, las penicilinas y/o cefalosporinas sean terapéuticamente ineficaces. Las cepas de E. coli productoras de beta-lactamasas de espectro extendido que son resistentes a una variedad de antibióticos dan como resultado infecciones que son particularmente difíciles de tratar.

También se describe en este documento, un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 4. Un ejemplo específico de acuerdo con esta realización es el bacteriófago aislado F510/08, que se dirige a un número de cepas de la especie Pseudomonomas, incluyendo P. aeruginosa. Se proporciona una organización esquemática del genoma de F510/08, que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 4, en la Figura 7. Los marcos de lectura abiertos (ORF) en el genoma de F510/08 se proporcionan en la Figura 8. También se proporcionan las posiciones de los ORF dentro del genoma, las secuencias de aminoácidos codificadas por los ORF, proteínas homólogas o similares y los dominios conservados dentro del polipéptido codificado, y la asignación de funciones putativas. Los ORF 1-53 enumerados en la Figura 8 codifican las secuencias de aminoácidos de las SEQ ID NO: 507-559, respectivamente.

Pseudomonas aeruginosa es una bacteria común Gram negativa en forma de bastón que se encuentra en el suelo, el agua, la flora de la piel y la mayoría de los entornos artificiales. Prospera no solo en atmósferas normales, sino también con poco oxígeno como un anaerobio facultativo, y puede infectar tejidos dañados o individuos infectados inmunocomprometidos. Cuando tales colonizaciones ocurren en órganos corporales críticos como los pulmones, el tracto urinario y los riñones, los resultados pueden ser fatales. Debido a que prospera en las superficies, esta bacteria también se encuentra sobre y en los equipos médicos, incluidos los catéteres, lo que causa infecciones cruzadas en hospitales y clínicas. P. aeruginosa es uno de los patógenos nosocomiales oportunistas más relevantes, y se ha estimado que una de cada diez infecciones hospitalarias adquiridas proviene de Pseudomonas. P. aeruginosa es también la causa más común de infecciones por quemaduras y el colonizador más frecuente de dispositivos médicos, como los catéteres.

En algunas realizaciones, la invención proporciona un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 560. Un ejemplo específico de acuerdo con esta realización es el bacteriófago aislado F44/10, que se dirige a un número de cepas de la especie Staphylococcus, incluyendo S. aureus. Se proporciona una organización esquemática del genoma de F44/10, que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 560, en la Figura 9. Los marcos de lectura abiertos (ORF) en el genoma de F44/10 se proporcionan en la Figura 10. También se proporcionan las posiciones de los ORF dentro del genoma, las secuencias de aminoácidos codificadas por los ORF, proteínas homólogas o similares y los dominios conservados dentro del polipéptido codificado, y la asignación de funciones putativas. Los ORF 1-216, que incluyen 1a, 1b, 82a, 82b, 82c, 114a y 114b, enumerados en la Figura 10, codifica las secuencias de aminoácidos de las SEQ ID NO: 561-780, como se indica en la Figura.

También se describe en este documento, un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 1074. Un ejemplo específico de acuerdo con esta realización es el bacteriófago aislado F125/10, que se dirige a un número de cepas de la especie Staphylococcus, incluyendo S. aureus. Se proporciona una organización esquemática del genoma de F125/10, que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 1074, en la Figura 13. Los marcos de lectura abiertos (ORF) en el genoma de F125/10 se proporcionan en la Figura 14. También se proporcionan las posiciones de los ORF dentro del genoma, las secuencias de aminoácidos codificadas por los ORF, proteínas homólogas o similares y los dominios conservados dentro del polipéptido codificado, y la asignación de funciones putativas. Los ORF 1-221, que incluyen 1a, 1b, 36a, 36b, 68a, 68b, 153a y 153b, enumerados en la Figura 14, codifican las secuencias de aminoácidos de las SEQ ID NO: 1075­ 1300, como se indica en la Figura.

Staphylococcus aureus es un anaerobio facultativo esférico Gram positivo, que crece como racimos similares a uvas con un color dorado característico, y la causa más común de infecciones por estafilococos. Con frecuencia es parte de la flora de la piel humana y es responsable de una variedad de infecciones, que incluyen espinillas, carbuncos, síndrome de piel escaldada, neumonía, gastroenteritis, meningitis, osteomielitis, endocarditis, síndrome de choque tóxico, bacteriemia y sepsis. Sigue siendo una de las cinco causas más comunes de infecciones nosocomiales, a menudo causando infecciones postoperatorias en la herida. Se ha estimado que alrededor de 50.000 pacientes en hospitales estadounidenses contraen una infección por estafilococos. De particular preocupación son las cepas de Staphylococcus aureus resistentes a la meticilina (MRSA). El MRSA siguió siendo poco frecuente en el ámbito hospitalario hasta la década de 1990, cuando se produjo una explosión en la prevalencia del MRSA en los hospitales, donde ahora se considera endémico, especialmente en el Reino Unido. Johnson A. P., et al., J. Antimicrobial Chemotherapy, 48 (1): 143-144 (2001). S. aureus ha probado ser una bacteria muy resistente, y se demostró en un estudio que podría sobrevivir con el poliéster durante casi tres meses, siendo el poliéster el material principal utilizado en las cortinas de privacidad del hospital. Neely, A.N., et al., J. Clin. Microbiol., 38 (2): 724-726 (2000).

Los siguientes organismos se depositaron el 16 de septiembre de 20011, con NCIMB Limited, ubicado en el Edificio Ferguson, Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen, AB21 9YA, Escocia Reino Unido, bajo las disposiciones del Tratado de Budapest para el Reconocimiento Internacional del Depósito de Microorganismos para el Propósito del Procedimiento de Patente ("Tratado de Budapest") y el NCIMB ha asignado los números de acceso NCIMB correspondientes de la siguiente manera: cepa huésped Pseudomonas aeruginosa 433/07 B2, NCIMB 41861; cepa huésped Staphylococcus aureus 743/06 B1, NCIMB 41862; cepa huésped Acinetobacter baumannii 1305/05 B3, NCiMb 41863; Pseudomonas aeruginosa fago F770/05, n C im B 41864; Acinetobacter baumannii fago F1245/05, NCIMB 41865; Staphylococcus aureus fago F125/10, NCIMB 41866; Staphylococcus aureus fago F44/10, NCIMB 41866; y Pseudomonas aeruginosa fago F510/08, NCIMB 41868.

En ciertas realizaciones, el bacteriófago de la invención comprende o consiste en un genoma que tiene una identidad de secuencia de al menos 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% o al menos 99% con la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 560, SEQ ID NO: 781, o SEQ ID NO: 1074, cuyo bacteriófago exhibe al menos una actividad biológica, por ejemplo, actividad antimicrobiana o antibacteriana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica), de uno o más de los bacteriófagos F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F387/08, FF44/10, y F125/10. Alternativamente o además, el bacteriófago de la invención puede tener un genoma que comprende un fragmento funcional de la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 560, SEQ ID NO: 781, o SEQ ID NO: 1074, incluyendo las secuencias de cualquiera de los marcos de lectura abiertos descritos en las Figs. 2, 4, 6, 8, 10, 12 y/o 14.

La invención también describe bacterias aisladas infectadas con uno o más de los bacteriófagos de la invención. También se describe en este documento, K. neumoniae aislada infectada con un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 1 y/o la SEQ ID NO: 781. Se describen en este documento A. baumannii aislada infectada con un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 2. También se describen en este documento, E. coli aislada infectada con un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 3. También se describen en este documento, P. aeruginosa infectada con un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 4. En ciertas realizaciones, la invención proporciona S. aureus aislada infectada con un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 560 y/o la SEQ ID NO: 1074.

La invención describe métodos de producción y aislamiento de un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 560, SEQ ID NO: 781, o SEQ ID NO: 1074. También se describe en este documento, la invención proporciona un método para producir y/o aislar un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la s Eq ID NO: 1 y/o la SEQ ID NO: 781 que comprende (i) obtener un cultivo de K. pneumoniae, (ii) que lo infecta con el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 1 y/o la SEQ ID NO: 781; (iii) cultivar hasta que se observe una lisis significativa del cultivo; y (iv) aislar del cultivo el bacteriófago. También se describe en este documento, un método para producir y/o aislar un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 2 que comprende (i) obtener un cultivo de A. baumannii, (ii) que lo infecta con el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 2; (iii) cultivar hasta que se observe una lisis significativa del cultivo; y (iv) aislar del cultivo el bacteriófago. También se describe en este documento, un método para producir y/o aislar un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 3 que comprende (i) obtener un cultivo de E. coli, (ii) infectarlo con el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 3; (iii) cultivar hasta que se observe una lisis significativa del cultivo; y (iv) aislar del cultivo el bacteriófago. También se describe en este documento, un método para producir y/o aislar un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 4 que comprende (i) obtener un cultivo de P. aeruginosa, (ii) infectarlo con el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 4; (iii) cultivar hasta que se observe una lisis significativa del cultivo; y (iv) aislar del cultivo el bacteriófago.

En todavía realizaciones adicionales, la invención proporciona un método para producir y/o aislar un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la s Eq ID NO: 560 y/o la SEQ ID NO: 1074 que comprende (i) obtener un cultivo de S. aureus, (ii) infectarlo con el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 560 y/o la SEQ ID NO: 1074; (iii) cultivar hasta que se observe una lisis significativa del cultivo; y (iv) aislar del cultivo el bacteriófago.

El bacteriófago puede aislarse de una muestra bacteriana utilizando cualquier método descrito en el presente documento o conocido en la técnica (véase, por ejemplo, Carlson, "Working with bacteriophage: common techniques and methodological approaches," en, Kutter y Sulakvelidze (Eds) Bacteriophage: Biology and Applications, 5a ed. CRC Press (2005)).

También se describen en este documento polipéptidos aislados de bacteriófagos de la invención. Los polipéptidos aislados pueden ser proteínas de bacteriófagos de longitud completa o pueden ser fragmentos, variantes o derivados de las proteínas de bacteriófagos siempre que el fragmento, variante o derivado muestre al menos una actividad biológica asociada con el bacteriófago o polipéptido del que se deriva. En ciertas realizaciones, los polipéptidos de la invención se aíslan del bacteriófago F387/08 o F391/08 (que típicamente infecta K. pneumoniae), F394/08 (que típicamente infecta A. baumannii), bacteriófago F488/08 (que típicamente infecta E. coli), el bacteriófago F510/08 (que típicamente infecta a P. aeruginosa) o el bacteriófago F44/10 o F125/40 (que típicamente infecta a S. aureus).

El polipéptido descrito aquí es una lisina aislada de un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o que consta de la SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4. SEQ ID NO: 560, SEQ ID NO: 781, o SEQ ID NO: 1074 (por ejemplo, el bacteriófago F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10, F387/08 o F125/10, respectivamente). El polipéptido descrito aquí es una lisina, por ejemplo, una endolisina o lisina de la cola, que tiene la secuencia de aminoácidos que comprende o que consta de la Se Q ID NO: 20, SEQ ID NO: 80, SEQ ID No : 192, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 556, SEQ ID NO: 557, SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO: 1216, o SEQ ID NO: 1261. Las funciones pronosticadas de dichas lisinas incluyen, por ejemplo, una proteína viriónica similar a Ig (SEQ ID NO: 20), hidrdolasa de la pared celular (SEQ ID NO: 80), endolisina; N-acetilmuramoil-L-alanina amidasa (SEQ ID NO: 192), lisozima soluble (SEQ ID NO: 282), lisozima similar a T4 (SEQ ID NO: 547), endolisina (SEQ ID NO: 556), proteína similar a Rz1 lambda (SEQ ID NO: 557), endolisina (SEQ ID NO: 598), endolisina (SEQ ID NO: 1216) y lisina de la cola (SEQ ID NO: 1261).

El polipéptido aislado descrito aquí es un fragmento, variante o derivado de una endolisina o lisina aislada de un bacteriófago de la invención, cuyo fragmento, variante o derivado exhibe al menos una actividad biológica, preferiblemente actividad antibacteriana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica), de la endolisina, lisina o bacteriófago a partir de la cual se aísla o se deriva. Por consiguiente, también se describe en este documento, polipéptidos aislados que son fragmentos, variantes o derivados de endolisinas o lisinas aisladas de bacteriófagos de la invención, cuyos fragmentos, variantes o derivados exhiben actividad antibacteriana o antimicrobiana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica) contra uno o más de K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa, o S. aureus. Los polipéptidos aislados son fragmentos, variantes o derivados de endolisinas o lisinas aisladas de bacteriófagos de la invención que exhiben actividad antibacteriana o antimicrobiana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica) contra una o más especies de bacterias distintas de K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa, o S. aureus. En ciertas realizaciones, el polipéptido de la invención comprende o consiste en la secuencia de aminoácidos SEQ ID NO: 20 y/o SEQ ID NO: 80, o un fragmento, variante o derivado del mismo, cuyo polipéptido exhibe actividad antibacteriana o antimicrobiana contra una o más cepas de K. pneumoniae, por ejemplo, contra el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 1. En otras realizaciones, el polipéptido de la invención comprende o consiste en la secuencia de aminoácidos SEQ ID NO: 192, o un fragmento, variante o derivado del mismo, cuyo polipéptido exhibe actividad antibacteriana o antimicrobiana contra una o más cepas de A. baumannii, por ejemplo, contra el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 2. El polipéptido descrito aquí comprende o consiste en la secuencia de aminoácidos SEQ ID NO: 282, o un fragmento, variante o derivado del mismo, cuyo polipéptido exhibe actividad antibacteriana o antimicrobiana contra una o más cepas de E. coli, por ejemplo, contra el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 3. El polipéptido descrito aquí comprende o consiste en la secuencia de aminoácidos SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 556, SEQ ID NO: 557, o un fragmento, variante o derivado del mismo, cuyo polipéptido exhibe actividad antibacteriana o antimicrobiana contra una o más cepas de P. aeruginosa, por ejemplo, contra el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 4. El polipéptido descrito aquí comprende o consiste en la secuencia de aminoácidos SEQ ID NO: 598, o un fragmento, variante o derivado del mismo, cuyo polipéptido exhibe actividad antibacteriana o antimicrobiana contra una o más cepas de S. aureus, por ejemplo, contra el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 560. El polipéptido descrito aquí comprende o consiste en la secuencia de aminoácidos SEQ ID NO: 1216 y/o SEQ ID NO: 1261, o un fragmento, variante o derivado del mismo, cuyo polipéptido exhibe actividad antibacteriana o antimicrobiana contra una o más cepas de S. aureus, por ejemplo, contra el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 1074.

El polipéptido descrito aquí comprende o consiste en un dominio CHAP aislado de una endolisina o lisina del bacteriófago F387/08, F391/08, f 394/08, F488/08, F510/08, F44/10, o F125/10. Se ha demostrado que los dominios CHAP aislados retienen la actividad antibacteriana, por ejemplo, la actividad de destrucción lítica, de la endolisina o lisina de la que se derivan; los dominios CHAP pueden identificarse y aislarse por métodos rutinarios en la técnica (véase, por ejemplo, Rigden et al., 2003, Trends Biochem. Sci. 28: 230-234; Bateman et al., 2003, Trends Biochem. Sci. 28: 234-237). El polipéptido descrito aquí comprende o consiste en un dominio CHAP aislado de un polipéptido que tiene una secuencia de aminoácidos de SEQ iD NO: 20, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 282. SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 556, SEQ ID NO: 557, SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO: 1216 o SEQ ID NO: 1261. También se describe en este documento, un fragmento, variante o derivado de un dominio CHAP aislado de una endolisina o lisina del bacteriófago bacteriófago F387/08, F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10, F125/10, cuyo fragmento, variante, o derivado exhibe al menos una actividad biológica, por ejemplo, la destrucción lítica de células, del dominio CHAP del que se derivó.

Un polipéptido descrito aquí comprende o consiste en una proteína de la cola (por ejemplo, componente de la cola, proteína de la fibra de la cola, proteína de la cola asociada a la adsorción, proteína de medición de la cinta del largo de la cola, subunidad de porción de la placa de base), o fragmento, variante, o un derivado del mismo, aislado de un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o que consta de la SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 560, SEQ ID NO: 781, o SEQ ID NO: 1074 (por ejemplo,el bacteriófago F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10, F387/08 o F125/10 respectivamente), en donde la proteína de la cola, o fragmento, la variante, o derivado de la misma, tiene una función biológica asociada con el bacteriófago del cual se deriva, por ejemplo, la actividad antimicrobiana o antibacteriana (por ejemplo, la actividad de destrucción lítica). La actividad antimicrobiana o antibacteriana de la proteína de la cola descrita aquí se dirige contra al menos una o más especies o cepas de K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa y S. aureus. El polipéptido descrito aquí es una proteína de la cola que tiene la secuencia de aminoácidos que comprende o que consta de la SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NOs: 32-35, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO: 235, SEQ ID NOs: 239-245, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NOs: 433-437, SEQ ID NO: 489-496, SEQ ID NO: 544, SEQ ID NO: 545, SEQ ID NO: 549, SEQ ID NO: 551, SEQ ID NO: 629; SEQ ID NO: 686, SEQ ID NO: 789, SEQ ID NOs: 796-800, SEQ ID NO: 806, SEQ ID NO: 854, SEQ ID NOs: 999-1004, SEQ ID NO: 1053-1060, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1217, SEQ ID NO: 1250, o SEQ ID NO: 1266. El polipéptido aislado descrito aquí es un fragmento, variante o derivado de la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID nO: 15, SEQ ID NO: 26, SeQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NOs: 32-35, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO: 235, SEQ ID NOs: 239-245, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NOs: 433-437, SEQ ID NOs: 489-496, SEQ ID NO: 544, SEQ ID NO: 545, SEQ ID NO: 549, SEQ ID NO: 551, SEQ ID NO: 629; SEQ ID NO: 686, SEQ ID NO: 789, SEQ ID NOs: 796-800, SEQ ID NO: 806, SEQ ID NO: 854, SEQ ID NOs: 999-1004, SEQ ID NO: 1053-1060, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1217, SEQ ID NO: 1250, o SEQ ID NO: 1266, cuyo fragmento, variante o derivado exhibe al menos una actividad o función biológica del bacteriófago del cual se aísla o deriva, por ejemplo, actividad antimicrobiana o antibacteriana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica). El al menos una actividad o función biológica del fragmento, variante o derivado descrito aquí se dirige contra una o más cepas de K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa y S. aureus

Las funciones pronosticadas de dichas proteínas de la cola incluyen, por ejemplo, una proteína de la cola de unión al receptor (SEQ ID NO: 15), la proteina mayor de la cola (SEQ ID NO: 26), la proteina menor de la cola (SEQ ID NO: 27), proteína de la punta de la cola que forma poro (SEQ ID NO: 30), proteína de la cola (SEQ ID NO: 32-33), proteina menor de la cola (SEQ ID NO: 34), proteína de la cola del fago (SEQ ID NO: 35), proteína de la vaina de la cola (SEQ ID NO: 180), proteína para medir la cinta de la cola (SEQ ID NO: 183), proteína de la cola (SEQ ID NO: 185), proteína de la fibra de la cola (SEQ ID NO: 190), proteína del tubo de la cola (SeQ ID NO: 231), monómero de la vaina de la cola (SEQ ID NO: 232), estabilizador de la vaina de la cola y proteína de terminación (SEQ ID NO: 235), fibras corta de la cola (SEQ ID nO: 239), pasador de cola de terminación de la porción de placa base (SEQ ID NOs: 240-241), encaje de la fibra de cola que completa la proción de la placa base (SEQ ID NO: 242), subunidad de la porción de la placa base (SEQ ID NO: 243), iniciador de la porción de la placa base (SEQ ID NO: 244), porción de la placa base (SEQ ID NO: 245), subunidad del cubo de la placa base y lisozima de la cola, dispositivo de punción celular (SEQ ID NO: 248), terminación de la porción de la placa base (SEQ ID NO: 249), terminación de la cola y proteína estabilizadora de la vaina (SEQ ID NO: 252), ensamble de fibra de cola larga y corta chaperona (SEQ ID NO: 254), proteína de la fibra de la cola (SEQ ID NO: 433), proteína de la fibra de cola (SeQ ID NO: 434), fibra de cola larga del conector de bisagra (SEQ iD NO: 435), bisagra de fibra de cola (SEQ ID NO: 436), subunidad de fibra de cola proximal (SEQ ID NO: 437), iniciador del tubo de cola de la placa base (SEQ ID NO: 489), placa base (SEQ ID NO: 490), subunidad de cubo de la placa base, determinador de longitud de la cola (SEQ ID NO: 491), subunidad del cubo distal de la placa base (SEQ ID NO: 492), subunidad del cubo de placa base (SEQ ID NO: 493), catalizador de ensamblaje de cubo de placa base (SEQ ID NO: 494), subunidad del cubo de placa base (SEQ ID NO: 495), subunidad de la porción de placa de base (sEq ID NO: 496), proteína tubular de la cola (SEQ ID NOS: 544-545), proteína de la fibra de la cola (SEQ ID NO: 549 y SEQ ID NO: 551), proteina mayor de la vaina de la cola (SEQ ID NO: 629 y SEQ ID NO: 1250), proteina mayor de la cola (SEQ ID NO: 686), proteína del tubo de la cola (SEQ ID NO: 789), fibritina (SEQ ID NO: 796), fibras cortas de la cola (SEQ ID NO: 797), pasador de la cola de terminación de la porción de placa base (SEQ ID NO: 798), subunidad de la porción de placa base y pasador de cola (SEQ ID NO: 799), conector de fibra de cola de la porción de placa base (SEQ ID NO: 800), subunidad del cubo de placa base y lisozima (SEQ ID NO: 806), lisozima (SeQ ID NO: 854), holina (SEQ ID NO: 999); catalizador de ensamblaje de la fibra de cola larga distal (SeQ ID NO: 1000), proteína de fibra de cola en forma de L (SEQ ID NO: 1001), conector de bisagra del conector distal de fibra de cola larga (SEQ ID NO: 1002), conector de bisagra del conector proximal de fibra de cola larga (SEQ ID NO: 1003), subunidad proximal de fibra de cola larga (SEQ ID NO: 1004), iniciador del tubo de cola de placa base (SEQ ID NO: 1053), tapa del tubo de cola de la placa base (SEQ ID NO: 1054), subunidad del cubo de placa base, determinador de longitud de cola (SEQ ID NO: 1055), subunidad del cubo distal de placa base (SEQ ID nO: 1056), subunidad del cubo de placa base (SeQ ID NOS: 1057 y 1059), catalizador de ensamblaje del cubo de placa base (SEQ ID NO: 1058), subunidad de la porción de placa de base (SEQ ID NO: 1060); proteina mayor de la cola (SEQ ID NO: 1077); holina (SEQ ID NO: 1217); proteína mayor de la vaina de la cola (sEq ID NO: 1250); y proteína de placa de base (SEQ ID NO: 1266).

También se describe en este documento, una variante, fragmento o derivado de la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, o SEQ ID NOs: 32-35, que muestra una función biológica asociada con el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 1, por ejemplo, actividad antimicrobiana o antibacteriana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica), cuya función está dirigida contra una o más cepas de K. pneumoniae. También se describe en este documento, una variante, fragmento o derivado de la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 789, SEQ ID NO: 796-800, SEQ ID NO: 806, SEQ ID NO: 854, SEQ ID NOs: 999-1004, o SEQ ID NOs: 1053-1060, que exhibe una función biológica asociada con el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 781, por ejemplo, actividad antimicrobiana o antibacteriana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica), cuya función está dirigida contra una o más cepas de K. pneumoniae. También se describe en este documento, una variante, fragmento o derivado de la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, o SEQ ID NO: 190, que exhibe una función asociada con el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 2, por ejemplo, actividad antimicrobiana o antibacteriana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica), cuya función está dirigida contra una o más cepas de A. baumannii.

También se describe en este documento, una variante, fragmento o derivado de la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO: 235, SEQ ID NOs: 239-245, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NOs: 433-437, SEQ ID NOs: 489-495, o SEQ ID NO: 496, que exhibe una función biológica asociada con el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 3, por ejemplo, actividad antimicrobiana o antibacteriana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica), cuya función está dirigida contra una o más cepas de E. coli. En ciertas realizaciones, la invención abarca una variante, fragmento o derivado de la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 544, SEQ ID NO: 545, SEQ ID NO: 549, o SEQ ID NO: 551, que exhibe una función asociada con el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 4, por ejemplo, actividad antimicrobiana o antibacteriana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica), cuya función está dirigida contra una o más cepas de P. aeruginosa. También se describe en este documento, una variante, fragmento o derivado de la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 629 o SEQ ID NO: 686, que exhibe una función biológica asociada con el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 560, por ejemplo, actividad antimicrobiana o antibacteriana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica), cuya función está dirigida contra una o más cepas de S. aureus. También se describe en este documento, una variante, fragmento o derivado de la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1216, SEQ ID NO: 1217, SEQ ID NO: 1250, SEQ ID NO: 1261, o SEQ ID NO: 1266, que exhibe una función biológica asociada con el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 1074, por ejemplo, actividad antimicrobiana o antibacteriana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica), cuya función es está dirigida contra una o más cepas de S. aureus

El polipéptido aislado descrito aquí es una variante de un polipéptido bacteriófago, cuya variante comprende o consiste en una secuencia de aminoácidos que tiene al menos 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% o mayor identidad de secuencia con una segunda secuencia de aminoácidos de la misma longitud (es decir, que consiste en el mismo número de residuos), cuya segunda secuencia de aminoácidos es la SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NOs: 32-35, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO: 235, SEQ ID NOs: 239-245, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NOs: 433-437, SEQ ID NOs: 489-496, SEQ ID NO: 544, SEQ ID NO: 545, SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 549, SEQ ID NO: 551, SEQ ID NO: 556, SEQ ID NO: 557, SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO: 629, SEQ ID NO: 686, SEQ ID NO: 789, SEQ ID NOs: 796-800, SEQ ID NO: 806, SEQ ID NO: 854, SEQ ID NOs: 999-1004, SEQ ID NOs: 1053-1060, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1216, SEQ ID NO: 1217, SEQ ID NO: 1250, SEQ ID NO: 1261, SEQ ID NO: 1266 y/o un fragmento de la misma, y en el que la variante presenta al menos una función o actividad biológica del bacteriófago del que se derivó (por ejemplo, actividad antimicrobiana o antibacteriana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica)) contra una o más cepas de bacterias, por ejemplo, bacterias Gram positivas (por ejemplo, S. aureus), bacterias Gram negativas (por ejemplo, K. pneumoniae, A baumannii, E. coli, P. aeruginosa) o bacterias no clasificadas como Gram positivas o Gram negativas.

También se describe en este documento, un polipéptido aislado que tiene una secuencia de aminoácidos de cualquiera de las SEQ ID NO: 5-176, SEQ ID NO: 177-223, SEQ ID NO: 224-506, SEQ ID NO: 507-559, SEQ ID NO: 561-780, SEQ ID NO: 782-1073, y SEQ ID NO: 1075-1300 y sus fragmentos biológicos activos. También se describe en este documento, el polipéptido variante de la invención exhibe al menos una actividad biológica asociada con el polipéptido o bacteriófago a partir del cual se aisló o derivó, por ejemplo, la actividad lítica dirigida contra al menos una o más cepas de K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa y/o S. aureus.

También se describe en este documento, una secuencia de ácido nucleico aislada que codifica la secuencia de aminoácidos de una de las SEQ ID NOs: 5-176, SEQ ID NOs: 177-223, SEQ ID NOs: 224-506, SEQ ID NOs: 507-559, SEQ ID NOs: 561-780, SEQ ID NOs: 782-1073, y SEQ ID NOs: 1075-1300 y fragmentos activos de la misma. En otras realizaciones, la invención proporciona la secuencia de ácido nucleico que codifica cualquiera de los marcos de lectura abiertos identificados en las Figs. 2, 4, 6, 8, 10, 12 y/o 14.

Los polipéptidos descritos aquí se fusionan de forma recombinante o se conjugan químicamente (incluyendo conjugaciones tanto covalentes como no covalentes) con agentes terapéuticos, por ejemplo, polipéptidos heterólogos o moléculas pequeñas, para generar proteínas de fusión o polipéptidos quiméricos. La fusión no necesariamente tiene que ser directa, sino que puede ocurrir a través de secuencias enlazadoras o mediante conjugación química. Los ejemplos no limitantes de agentes terapéuticos a los que se pueden conjugar los polipéptidos de la invención son las citotoxinas peptídicas o no peptídicas (que incluyen antimicrobianos y/o antibióticos), moléculas trazadoras/marcadoras (por ejemplo, radionúclidos y fluoróforos) y otros compuestos antibióticos o antibacterianos conocido en la técnica.

6.2 Composiciones antibioticas

El bacteriófago aislado o los polipéptidos de la presente invención se pueden administrar solos o incorporados en una composición farmacéutica para el uso en el tratamiento o la profilaxis de infecciones bacterianas, por ejemplo, infecciones causadas por bacterias que incluyen, pero no se limitan a, K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa y S. aureus. Los polipéptidos se pueden combinar con un portador, excipiente o estabilizador farmacéuticamente aceptable. Los ejemplos de vehículos, excipientes y estabilizadores farmacéuticamente aceptables incluyen, pero no se limitan a, reguladores tales como fosfato, citrato y otros ácidos orgánicos; antioxidantes incluyendo ácido ascórbico; polipéptidos de bajo peso molecular; proteínas, como la albúmina de suero y la gelatina; polímeros hidrófilos tales como polivinilpirrolidona; aminoácidos tales como glicina, glutamina, asparagina, arginina o lisina; monosacáridos, disacáridos y otros carbohidratos que incluyen glucosa, manosa o dextrinas; agentes quelantes tales como EDTA; alcoholes de azúcar tales como manitol o sorbitol; contraiones formadores de sal como el sodio; y/o surfactantes no iónicos como TWEENMR, polietilenglicol (PEG) y PLURONICSMR. Las composiciones farmacéuticas de la presente invención (por ejemplo, composiciones antibacterianas) también pueden incluir un lubricante, un agente humectante, un edulcorante, un agente saborizante, un emulsionante, un agente de suspensión y un conservante, por ejemplo, además de los ingredientes anteriores.

Los bacteriófagos y/o polipéptidos de la presente invención también pueden combinarse con uno o más agentes terapéuticos y/o profilácticos útiles para el tratamiento de la infección bacteriana como se divulga en el presente documento y/o se conoce en la técnica (por ejemplo, una o más lisinas). Las composiciones farmacéuticas de la invención pueden comprender, por lo tanto, dos o más bacteriófagos aislados de la invención (con actividad antibacteriana contra la misma o diferentes especies o cepas bacterianas), la combinación de un bacteriófago y un polipéptido de la invención o la combinación de un bacteriófago y/o polipéptido de la invención y un bacteriófago y/o polipéptido conocido en la técnica. En realizaciones específicas, los componentes terapéuticos de una combinación se dirigen a dos o más especies o cepas de bacterias o muestran una actividad enzimática diferente. Por ejemplo, las lisinas en general exhiben una actividad de amidasa, endopeptidasa, muramidasa o glucosamidasa. Por consiguiente, la combinación de lisinas que exhiben diferentes actividades puede proporcionar una mejora sinérgica a la actividad terapéutica de la composición farmacéutica de la invención.

En algunas realizaciones, se combinan varios bacteriófagos diferentes para proporcionar un "cóctel de fagos". En algunas realizaciones, el cóctel de fagos comprende al menos 2 fagos, al menos 3 fagos, al menos 4 fagos, al menos 5 fagos, al menos 6 fagos, al menos 7 fagos, al menos 8 fagos, al menos 9 fagos, al menos 10 fagos, o más. En algunas realizaciones, el cóctel de fagos comprende 2-20 fagos, 2-15 fagos, 2-10 fagos, 3-8 fagos o 4-6 fagos.

En algunas realizaciones, al menos un fago del cóctel es un fago con actividad antibacteriana contra al menos una bacteria Gram negativa, que incluye pero no se limita a Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Escherichia coli y Pseudomonas aeruginosa y/o en contra de al menos una bacteria grampositiva que incluye pero no se limita a Staphylococcus aureus. Se describe en este documento, al menos un fago del cóctel es F391/08, que tiene un genoma que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 1 y que exhibe actividad antibacteriana contra uno o más cepas de Klebsiella pneumoniae. También se describe en este documento, al menos un fago del cóctel es F394/08, que tiene un genoma que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 2 y que exhibe actividad antibacteriana contra una o más cepas de Acinetobacter baumannii. También se describe en este documento, al menos un fago del cóctel es F488/08, que tiene un genoma que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 3 y que exhibe actividad antibacteriana contra una o más cepas de Escherichia coli. También se describe en este documento, al menos un fago del cóctel es F510/08, que tiene un genoma que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 4 y exhibe actividad antibacteriana contra una o más cepas de Pseudomonas aeruginosa. En ciertas realizaciones, al menos un fago del cóctel es F44/10, que tiene un genoma que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 560 y que exhibe actividad antibacteriana contra una o más cepas de Staphylococcus aureus. También se describe en este documento, al menos un fago del cóctel es F387/08, que tiene un genoma que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 781 y exhibe actividad antibacteriana contra una o más cepas de Klebsiella pneumoniae. También se describe en este documento, al menos un fago del cóctel es F125/10, que tiene un genoma que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 1074 y que exhibe actividad antibacteriana contra una o más cepas de Staphylococcus aureus.

También se describe en este documento, al menos un fago del cóctel es F170/08, que tiene un genoma como se divulga en el documento WO 2010/090542, y exhibe actividad antibacteriana contra una o más cepas de Enterococcus faecalis o faecium. También se describe en este documento, al menos un fago del cóctel es F168/08, que tiene un genoma como se divulga en el documento WO 2010/090542 y exhibe actividad antibacteriana contra una o más cepas de Enterococcus faecalis o faecium. También se describe en este documento, al menos un fago del cóctel es F770/05, que tiene un genoma como se divulga en el documento WO 2010/090542, y que exhibe actividad antibacteriana contra una o más cepas de Pseudomonas aeruginosa. En ciertas realizaciones, al menos un fago del cóctel es F1245/05, que tiene un genoma como se divulga en el documento WO 2010/ 090542, y que exhibe actividad antibacteriana contra una o más cepas de Acinetobacter baumannii.

También se describe en este documento, un cóctel que comprende un fago que tiene actividad biológica contra Acinetobacter. Por ejemplo, el cóctel puede comprender F394/08 y/o F1245/05, exhibiendo actividad antibacteriana contra una o más cepas de Acinetobacter baumannii. El cóctel de fagos descrito aquí comprende al menos un fago que exhibe actividad antibacteriana contra una o más cepas de Acinetobacter baumannii y al menos un fago que exhibe actividad antibacteriana contra una bacteria diferente. Por ejemplo, el cóctel de fagos comprende F394/08 y/o F1245/05 en combinación con al menos otro fago seleccionado de F391/08, F488/08, F510/08, F44/10, F387/08, F170/08, F168/08, F770/05 y F125/10. El cóctel de fagos descrito aquí comprende al menos un fago que exhibe actividad antibacteriana contra una o más cepas de Klebsiella pneumonia y al menos un fago que exhibe actividad antibacteriana contra una bacteria diferente. Por ejemplo, el cóctel de fagos comprende F391/08 y/o F387/08 en combinación con al menos otro fago seleccionado de F394/08, F488/08, F510/08, F44/10, F1245/05, F170/08, F168/08, F770/05 y F125/10. El cóctel de fagos descrito aquí comprende al menos un fago que exhibe actividad antibacteriana contra una o más cepas de Escherichia coli y al menos un fago que exhibe actividad antibacteriana contra una bacteria diferente. Por ejemplo, el cóctel de fagos comprende F488/08 en combinación con al menos otro fago seleccionado de F391/08, F510/08, F44/10, F394/08, F387/08, F170/08, F168/08, F1245/05, F770/05 y F125/10.

El cóctel de fagos descrito aquí puede comprender al menos un fago que exhibe actividad antibacteriana contra una o más cepas de Pseudomonas aeruginosa y al menos un fago que exhibe actividad antibacteriana contra una bacteria diferente. Por ejemplo, el cóctel de fagos comprende F510/08 y/o F770/05 en combinación con al menos otro fago seleccionado de F391/08, F394/08, F488/08, F44/10, F387/08, F170/08, F168/08, F1245/05 y F125/10. En ciertas realizaciones, el cóctel de fagos comprende al menos un fago que exhibe actividad antibacteriana contra una o más cepas de Staphylococcus aureus y al menos un fago que exhibe actividad antibacteriana contra una bacteria diferente. Por ejemplo, en algunas realizaciones, el cóctel de fagos comprende F44/10 y/o F125/10 en combinación con al menos otro fago seleccionado de F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F387/08, F170/08, F168/08, F770/05 y F1245/05. También se describe en este documento que, el cóctel de fagos comprende al menos un fago que exhibe actividad antibacteriana contra una o más cepas de Enterococcus faecalis o faecium y al menos un fago que exhibe actividad antibacteriana contra una bacteria diferente. Por ejemplo, el cóctel de fagos comprende F170/08 y/o F168/08 en combinación con al menos otro fago seleccionado de F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10, F387/08, F770/05, F1245/05 y F125/10.

También se describe en este documento que, el cóctel de fagos comprende al menos cuatro (4) fagos seleccionados del grupo que consiste en F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10, F387/08, F170/08, F168/08, F770/05, F1245/05 y F125/10. Por ejemplo, el cóctel de fagos comprende F391/08, F394/08, F488/08 y F510/08. Por ejemplo, el cóctel de fagos comprende F44/10, F387/08, F170/08 y F168/08. Por ejemplo, el cóctel de fagos comprende F391/08, F394/08, F770/05 y F1245/05. Por ejemplo, el cóctel de fagos comprende F391/08, F394/08, F510/08 y/o F44/10. Por ejemplo, el cóctel de fagos comprende F391/08, F394/08, F44/10 y/o F387/08. Por ejemplo, el cóctel de fagos comprende F391/08, F394/08, F387/08 y/o F170/08. Por ejemplo, el cóctel de fagos comprende F391/08, F394/08, F170/08 y F168/08. Por ejemplo, el cóctel de fagos comprende F391/08, F394/08, F168/08 y/o F770/05. Por ejemplo, el cóctel de fagos comprende F391/08, F394/08, F770/05 y F1245/05.

También se describe en este documento, un cóctel de fagos que comprende F125/10, F391/08, F394/08 y F488/08. También se describe en este documento, un cóctel de fagos que comprende F125/10, F394/08, F488/08 y F510/08. En ciertas realizacines, el cóctel de fagos comprende F125/10, F488/08, F510/08 y F44/10. En ciertas realizaciones, el cóctel de fagos comprende F125/10, F44/10, F387/08 y F170/08. También se describe en este documento, un cóctel de fagos que comprende F125/10, F170/08, F168/08 y F770/05. También se describe en este documento, un cóctel de fagos comprende F125/10, F770/05, F1245/05 y F391/08. En ciertas realizaciones, el cóctel de fagos comprende F125/10, F510/08, F44/10, y F387/08. También se describe en este documento, un cóctel de fagos que comprende F125/10, F387/08, F170/08, F168/08. También se describe en este documento, un cóctel de fagos comprende F125/10, F168/08, F770/05 y F1245/05. También se describe en este documento, un cóctel de fagos que comprende F125/10, F1245/05, F391/08 y F394/08.

En ciertas realizaciones, el cóctel de fagos comprende F394/08, F488/088, F510/08 y/o F44/10. En ciertas realizaciones, el cóctel de fagos comprende F394/08, F488/088, F44/10 y/o F387/08. También se describe en este documento, un cóctel de fagos que comprende F394/08, F488/088, F387/08 y/o F170/08. También se describe en este documento, un cóctel de fagos que comprende F394/08, F488/088, F170/08 y/o F168/08. En ciertas realizaciones, el cóctel de fagos comprende F394/08, F488/088, F168/08 y/o F770/05. También se describe en este documento, un cóctel de fagos que comprende F394/08, F488/088, FF770/05 y/o F1245/05. También se describe en este documento, un cóctel de fagos que comprende F394/08, F488/088, F1245/05 y/o F391/08. En ciertas realizaciones, el cóctel de fagos comprende F488/08, F510/08, F44/10 y/o F387/08. También se describe en este documento, un cóctel de fagos que comprende F488/08, F510/08, F387/08 y/o F170/08. También se describe en este documento, un cóctel de fagos que comprende F488/08, F510/08, F170/08 y/o F168/08. También se describe en este documento, un cóctel de fagos comprende F488/08, F510/08, F168/08 y/o F770/05. También se describe en este documento, un cóctel de fagos que comprende F488/08, F510/08, F770/05 y/o F1245/05. También se describe en este documento, un cóctel de fagos que comprende F488/08, F510/08, F1245/05 y/o F391/08. También se describe en este documento, un cóctel de fagos que comprende F488/08, F510/08, F391/08 y/o F394/08.

También se describe en el presente documento un cóctel de fagos que comprende F387/08, F170/08, F168/08 y/o F770/05. También se describe en el presente documento un cóctel de fagos que comprende F387/08, F170/08, F770/05 y/o F1245/05. También se describe en el presente documento un cóctel de fagos que comprende F387/08, F170/08, F1245/05 y/o F391/08. También se describe en el presente documento un cóctel de fagos que comprende F387/08, F170/08, F391/08 y/o F394/08. También se describe en el presente documento un cóctel de fagos que comprende F387/08, F170/08, F394/08 y/o F488/08. También se describe en el presente documento un cóctel de fagos que comprende F387/08, F170/08, F488/08 y/o F510/08. En ciertas realizaciones, el cóctel de fagos comprende F387/08, F170/08, F510/08 y/o F44/10. En ciertas realizaciones, el cóctel de fagos comprende F387/08, F170/08, F44/10 y/o F387/08. También se describe en el presente documento un cóctel de fagos que comprende F387/08, F170/08, F387/08 y/o F170/08. También se describe en el presente documento un cóctel de fagos que comprende F387/08, F170/08, F170/08 y/o F168/08. También se describe en el presente documento un cóctel de fagos que comprende F387/08, F170/08, F168/08 y/o F770/05. También se describe en el presente documento un cóctel de fagos que comprende F387/08, F170/08, F770/05 y/o F1245/05. También se describe en el presente documento un cóctel de fagos que comprende F387/08, F170/08, F1245/05 y/o F391/08. También se describe en el presente documento un cóctel de fagos que comprende F387/08, F170/08, F391/08 y/o F394/08. También se describe en el presente documento un cóctel de fagos que comprende F387/08, F170/08, F394/08 y/o F488/08. También se describe en el presente documento un cóctel de fagos que comprende F387/08, F170/08, F488/08 y/o F510/08. En ciertas realizaciones, el cóctel de fagos comprende F387/08, F170/08, F510/08 y/o F44/10.

En algunas realizaciones, el cóctel de fagos comprende F510/08, F44/10, F387/08 y/o F170/08. En algunas realizaciones, el cóctel de fagos comprende F510/08, F44/10, F170/08 y/o F168/08. En algunas realizaciones, el cóctel de fagos comprende F510/08, F44/10, F168/08 y/o F770/05. En algunas realizaciones, el cóctel de fagos comprende F510/08, F44/10, F770/05 y/o F1245/05. En algunas realizaciones, el cóctel de fagos comprende F510/08, F44/10, F1245/05 y/o F391/08. En algunas realizaciones, el cóctel de fagos comprende F510/08, F44/10, F391/08 y/o F394/08. En algunas realizaciones, el cóctel de fagos comprende F510/08, F44/10, F394/08 y/o F488/08.

En algunas realizaciones, el fago comprende F44/10, F387/08, F170/08 y/o F168/08. En algunas realizaciones, el fago comprende F44/10, F387/08, F168/08 y/o F770/05. En algunas realizaciones, el fago comprende F44/10, F387/08, F770/05 y/o F1245/05. En algunas realizaciones, el fago comprende F44/10, F387/08, F1245/05 y/o F391/08. En algunas realizaciones, el fago comprende F44/10, F387/08, F391/08 y/o F394/08. En algunas realizaciones, el fago comprende F44/10, F387/08, F394/08 y/o F488/08. En algunas realizaciones, el fago comprende F44/10, F387/08, F488/08 y/o F510/08.

En algunas realizaciones, la composición del cóctel de fagos puede o no implicar fagos seleccionados para una semivida in vivo, por ejemplo, como se divulga en el documento US 5.688.501.

También se describe en este documento, un cóctel que comprende uno o más polipéptidos aislados de uno o más fagos, y/o un fragmento, variante o derivado del mismo, en particular un polipéptido, fragmento, variante o derivado del mismo que tiene actividad antibacterianas o antimicrobianas. El polipéptido, o fragmento, variante o derivado del mismo descrito aquí comprende o consiste en una lisina (o un fragmento de la misma, por ejemplo, un dominio CHAP) y/o una proteína de la cola. El polipéptido descrito aquí corresponde a un polipéptido, fragmento, variante o derivado aislado del mismo, como se divulga en el presente documento y/o en el documento WO 2010/090542. En algunas realizaciones, el cóctel se administra en ausencia de un polipéptido aislado, tal como en ausencia de una liasa.

Otros ejemplos de otros agentes terapéuticos que pueden usarse en combinación con el polipéptido de la invención incluyen, pero no se limita a agentes antibióticos estándar, agentes antiinflamatorios, agentes antivíricos, agentes anestésicos locales y corticosteroides. En algunas realizaciones, el cóctel se administra en ausencia de un antibiótico.

Los antibióticos estándar que pueden usarse con composiciones farmacéuticas que comprenden un bacteriófago y/o polipéptido de la invención que incluyen, pero no se limita a, amikacina, gentamicina, kanamicina, neomicina, metilmicina, paromomicina, rodostreptomicina, estreptomicina, tobramicina, apramicina, rifamicina, naftomicina, mupirocina, geldanamicina, ansamitocina, carbacefemos, imipenem, meropenem, ertapenem, faropenem, doripenem, panipenem/betamipron, biapenem, PZ-601, cefalosporinas, cefacetril, cefadroxil, cefalexina, cefaloglicina, cefalonio, cefaloridina, cefalotina, cefapirina, cefatrizina, cefazaflur, cefazedona, cefazolina, cefradina, cefroxadina, ceftezol, cefaclor, cefonicida, cefprozil, cefuroxima, cefuzonam, cefmetazol, cefotetano, cefoxitina, cefcapeno, cefdaloxima, cefdinir, cefditoren, cefetamet, cefixima, cefmenoxima, cefteram, ceftibuten, ceftiofur, ceftioleno, ceftizoxima, ceftriaxona, cefoperazona, ceftazidime, latamoxef, cefclidina, cefepime, cefluprenam, cefoselis, cefozopran, cefpirome, cefquinome, flomoxef, ceftobiprol, azitromicina, claritromicina, diritromicina, eritromicina, roxitromicina, aztreonam, penicilina y derivados de penicilina, actinomicina, bacitracina, colistina, polimixina B, cinoxacina, flumequina, ácido nalidíxico, ácido oxolínico, ácido piromídico, ácido pipemidico, rosoxacina, ciprofloxacina, enoxacina, fleroxacina, lomefloxacina, nadifloxacina, norfloxacina, ofloxacina, pefloxacina, rufloxacina, balofloxacina, gatifloxacina, grepafloxacina, levofloxacina, moxifloxacina, pazufloxacina, esparfloxacina, temafloxacina, tosufloxacina, clinafloxacina, garenoxacina, gemifloxacina, estifloxacina, trovalfloxacina, prulifloxacina, acetazolamida, benzolamida, bumetanida, celecoxib, clortalidona, clopamida, diclorfenamida, dorzolamida, etoxizolamida, furosemida, hidroclorotiazida, indapamida, mafendida, mefrusida, metolazona, probenecid, sulfacetamida, sulfadimetoxina, sulfadoxina, sulfanilamidas, sulfametoxazol, sulfasalazina, sultiame, sumatriptan, xipamida, tetraciclina, clortetraciclina, oxitetraciclina, doxiciclina, limeciclina, meclociclina, metaciclina, minociclina, rolitetraciclina, meticilina, nafcilina, oxacilina, cloxacilina, vancomicina, teicoplanina, clindamicina, cotrimoxazol, y cualquier combinación de los mismos en cantidades que sean efectivas para mejorar en forma aditiva o sinérgicamente el efeecto terapéutico del bacteriófago y/o el polipéptido de la invención para una infección dada.

Los anestésicos locales que pueden usarse en composiciones farmacéuticas de la presente invención incluyen tetracaína, clorhidrato de tetracaína, lidocaína, clorhidrato de lidocaína, clorhidrato de dimetisoquinina, dibucaína, clorhidrato de dibucaína, butambenpicrato y clorhidrato de pramoxina. Un ejemplo de concentración de anestésico local es de aproximadamente 0,025% hasta aproximadamente 5% en peso de la composición total.

Los corticoesteroides que pueden ser útiles en combinación con los polipéptidos, bacteriófagos y/o composiciones farmacéuticas de la invención incluyen betametasona, dipropionato, fluocinolona, actinida, valerato de betametasona, triancinolona actinida, propionato de clobetasol, desoximetasona, diacetato de diflorasona amcinonida flurandrenolida, valerato de hidrocortisona, butirato de hidrocortisona y desonida. Un ejemplo de concentración de corticosteroide es de aproximadamente 0,01% hasta aproximadamente 1% en peso de la composición total.

En ciertas realizaciones, una formulación que comprende un bacteriófago y/o polipéptido de la invención comprende además regulador SM (Tris-HCl 0,05 M (pH 7,4-7,5); NaCl 0,1 M; MgSO410 mM). En otras realizaciones, la formulación comprende además regulador SM y MgCh 10 mM. En aún otras realizaciones más, la formulación comprende además tampón SM y aproximadamente 20% o aproximadamente 30% de etanol.

Las composiciones farmacéuticas que comprenden un bacteriófago y/o polipéptido de la presente invención pueden ser formuladas en una dosis unitaria o en una formulación multidosis. Las formulaciones adecuadas pueden seleccionarse del grupo que consiste en ungüentos, soluciones, suspensiones o emulsiones, extractos, polvos, gránulos, aerosoles, pastillas, tabletas o cápsulas; y adicionalmente puede incluir un agente dispersante o un agente estabilizante.

Las composiciones farmacéuticas de la invención se pueden administrar por inhalación, en forma de supositorio o pesario, tópicamente (por ejemplo, en forma de loción, solución, crema, ungüento o polvo para espolvorear), epidérmicamente o transdérmicamente (por ejemplo, mediante el uso de un parche para la piel), por vía oral (por ejemplo, como una tableta, que puede contener excipientes como almidón o lactosa), como una cápsula, óvulo, elixires, soluciones o suspensiones (conteniendo cada uno opcionalmente saborizantes, agentes colorantes y/o excipientes), o pueden inyectarse por vía parenteral (por ejemplo, por vía intravenosa, intramuscular o subcutánea). Para la administración parenteral, las composiciones pueden usarse en forma de una solución acuosa estéril que puede contener otras sustancias, por ejemplo, suficientes sales o monosacáridos para hacer que la solución sea isotónica con la sangre. Para la administración bucal o sublingual, las composiciones se pueden administrar en forma de tabletas o pastillas que se pueden formular de una manera convencional. En una realización preferida, un bacteriófago y/o polipéptido de la presente invención se administra tópicamente, ya sea como un agente único, o en combinación con otros tratamientos con antibióticos, como se divulga en el presente documento o se conoce en la técnica.

Un bacteriófago y/o polipéptido de la presente invención también se puede administrar por vía dérmica o transdérmica. Para la aplicación tópica en la piel, el bacteriófago y/o los polipéptidos de la presente invención se pueden combinar con uno o una combinación de vehículos, que pueden incluir, pero no se limitan a un líquido acuoso, un líquido de base alcohólica, un gel soluble en agua, una loción, una pomada, una base líquida no acuosa, una base de aceite mineral, una mezcla de aceite mineral y vaselina, lanolina, liposomas, portadores de proteínas como la albúmina sérica o gelatina, caramelo de celulosa en polvo, y combinaciones de los mismos. Un modo tópico de administración puede incluir un frotis, un aerosol, un vendaje, un parche de liberación prolongada, un paño absorbente de líquidos y combinaciones de los mismos. El bacteriófago y/o polipéptido de la invención se puede aplicar a un parche, toallita, vendaje, etc., ya sea directamente o en un portador o portadores. Los parches, toallitas, vendajes, etc., pueden ser húmedos o secos, en donde el fago y/o el polipéptido (por ejemplo, una lisina) está en forma liofilizada en el parche. Los vehículos de composiciones tópicas pueden comprender vehículos semisólidos y similares a gel que incluyen un espesante de polímero, agua, conservantes, tensioactivos activos o emulsionantes, antioxidantes, protectores solares y un sistema de solvente o disolvente mixto. La Patente de Estados Unidos No. 5.863.560 divulga una serie de diferentes combinaciones de portadores que pueden ayudar en la exposición de la piel a un medicamento. El portador puede o no implicar una formulación de liberación controlada, por ejemplo, como se divulga en el documento US 2008/0260697. El portador puede o no involucrar fagos adsorbidos en una matriz, por ejemplo, como se divulga en cualquiera de los documentos US 2008/0038322, US 2008/0138311, US 2009/0130196, EP 1812025, EP 1817043 y EP 1833. 497. En algunas realizaciones, el vehículo puede o no implicar una formulación viscosa, por ejemplo, un gel, por ejemplo, como se divulga en el documento US 2009/0191254.

Para la administración intranasal o por inhalación, el bacteriófago y/o polipéptido de la invención se administra convenientemente en forma de un inhalador de polvo seco o una presentación de aspersión en aerosol de un recipiente presurizado, bomba, pulverizador o nebulizador con el uso de un propelente adecuado, por ejemplo, diclorodifluoro metano, difluorometano, triclorofluorometano, diclorotetrafluoroetano, un hidrofluoroalcano tal como 1,1,1,2-tetra fluoroetano (HFA 134AMR) o 1,1,1,2,3,3,3-heptafluoropropano (HFA 227EAMR), dióxido de carbono u otro gas adecuado. En el caso de un aerosol presurizado, la unidad de dosificación puede determinarse proporcionando una válvula para suministrar una cantidad medida. El recipiente, la bomba, el rociador o el nebulizador presurizados pueden contener una solución o suspensión del compuesto activo, por ejemplo, usando una mezcla de etanol y el propelente como disolvente, que puede contener adicionalmente un lubricante, por ejemplo, trioleato de sorbitán. Las cápsulas y los cartuchos (hechos, por ejemplo, de gelatina) para usar en un inhalador o insuflador pueden formularse para contener una mezcla en polvo del bacteriófago y/o polipéptido de la invención y una base en polvo adecuada, como lactosa o almidón.

Para la administración en forma de supositorio o pesario, las composiciones terapéuticas pueden aplicarse tópicamente en forma de gel, hidrogel, loción, solución, crema, pomada o polvo para espolvorear. Las composiciones de la invención también pueden administrarse por vía ocular. Para uso oftálmico, las composiciones de la invención se pueden formular como suspensiones micronizadas en solución salina estéril isotónica, ajustada al pH o, preferiblemente, como soluciones en solución salina estéril isotónica, ajustada al pH, opcionalmente en combinación con un conservante tal como cloruro de benzalconio. Alternativamente, pueden formularse en un ungüento tal como vaselina.

Las dosis y las concentraciones de fármaco deseadas de las composiciones farmacéuticas de la presente invención pueden variar dependiendo del uso particular. La determinación de la dosis apropiada o la vía de administración está dentro de los conocimientos de un médico ordinario. Los experimentos con animales pueden proporcionar una guía confiable para la determinación de dosis efectiva en terapia humana. Un experto en la técnica puede realizar el escalamiento de las dosis efectiva entre especies siguiendo los principios descritos por Mordenti, J. y Chappell, W. "The use of interspecies scaling in toxicokinetics" in Toxicokinetics and New Drug Development, Yacobi et al., Eds., Pergamon Press, Nueva York 1989, pp42-96.

6.3 Uso terapéutico

Los bacteriófagos y polipéptidos de la presente invención tienen actividad contra una pluralidad de cepas de K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa y/o S. aureus, por ejemplo, como se divulga en las Tablas 1-7, en los Ejemplos a continuación. Por lo tanto, las composiciones de la presente invención pueden encontrar uso en métodos de prevención y/o tratamiento de infecciones asociadas con K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa y/o S. aureus, tanto en humanos como en animales. En otras realizaciones, las composiciones de la presente invención se pueden usar para tratar infecciones asociadas con especies o cepas relacionadas de estas bacterias, que incluyen, pero sin limitarse a, S. epidermidis, S. auricularis, S. capitis, S. haemolyticus, S. hominis, S. saprophyticus, S. simulans, S. xylosis, Micrococcus luteus, Bacilus subtilis, B. pumilus, E. hirae.

En realizaciones específicas, el sujeto que recibe una composición farmacéutica de la invención es un mamífero (por ejemplo, bovino, ovino, caprino, equino, primate (por ejemplo, humano), roedor, lagomorfo o aviar (por ejemplo, pollo, pato, ganso )). En el contexto de la presente invención, "tratamiento" se refiere al tratamiento terapéutico, en el que el objetivo es eliminar, disminuir, reducir la gravedad, mejorar, disminuir la progresión o prevenir los síntomas o la causa subyacente (por ejemplo, infección bacteriana) asociada con la condición o trastorno patológico. "Tratamiento" se refiere tanto al tratamiento terapéutico como a las medidas profilácticas o preventivas, en las que el objetivo es eliminar, disminuir, disminuir la severidad, retardar la progresión o retrasar o prevenir los síntomas o la causa subyacente (por ejemplo, infección bacteriana) asociada con la condición o trastorno patológico. También se contempla que un bacteriófago y/o polipéptido de la invención actúe como una medida profiláctica o preventiva, evitando la aparición de una infección causada por una o más bacterias.

K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa y S. aureus son responsable de muchas infecciones oportunistas graves, particularmente en individuos con sistemas inmunitarios comprometidos. Las composiciones farmacéuticas de la presente invención se contemplan para tratar cualquier infección asociada con K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa y/o S. aureus, o asociado con otras especies o cepas de bacterias, que incluyen, entre otras, infecciones de la piel (incluidas, pero no se limitan, úlceras en la piel, carbuncos, llagas y úlceras diabéticas de los pies), infecciones en y alrededor de las heridas, Infecciones postquirúrgicas, infecciones asociadas a catéteres y drenajes quirúrgicos, e infecciones de la sangre.

La úlcera del pie diabético es una de las principales complicaciones de la diabetes mellitus, que se presenta en aproximadamente el 15% de todos los pacientes diabéticos y que produce aproximadamente el 85% de todas las amputaciones de la parte inferior de las piernas (Brem, et al., J. Clinical Invest., 2007, 117 (5): 1219-1222). La diabetes mellitus impide los pasos normales del proceso de curación de la herida. Las úlceras diabéticas crónicas que no cicatrizan a menudo se tratan con terapia de reemplazo de matriz extracelular, terapia avanzada para heridas húmedas, sustitutos de tejidos o tejidos con bioingeniería, factores de crecimiento, desbridamiento, revascularización arterial y/o terapia con heridas por presión negativa (Blume et.al, Diabetes Care, 2008, 31: 631-636). Las úlceras pueden infectarse con bacterias oportunistas, que exacerban aún más la enfermedad. En consecuencia, las úlceras del pie en la diabetes también suelen requerir antibióticos, por ejemplo, contra Staphylococcus, así como otras bacterias anaeróbicas, como la Klebsiella pneumonía, Escherchia coli y/o Pseudomonas aeruginosa.

Una o más composiciones de la presente invención encuentran uso en el tratamiento de la úlcera del pie diabético. Por ejemplo, un fago o polipéptido aislado de la invención se puede usar para el tratamiento de infecciones asociadas con úlcera del pie diabético, en un sujeto que lo necesite. En realizaciones particulares, la composición utilizada para tratar la úlcera del pie diabético es una composición tópica, formulada para administración tópica, por ejemplo, una composición para la aplicación directa a una úlcera, herida, lesión y/o úlcera asociada con la úlcera del pie diabético.

En ciertas realizaciones, la composición para uso con respecto a la úlcera del pie diabético comprende F44/10 aislada, que tiene un genoma que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 560 y que exhibe actividad antibacteriana contra una o más cepas de Staphylococcus aureus. en algunas realizaciones, se usa una composición que comprende un polipéptido aislado del bacteriófago F44/10, o un fragmento, variante o derivado del mismo, cuyo polipéptido, fragmento, variante o derivado exhibe actividad antibacteriana contra una o más especies o cepas de S. aureus. En ciertas realizaciones de este tipo, el polipéptido, o fragmento, variante o derivado del mismo, es una lisina, un dominio CHAP o una proteína de la cola, que exhibe actividad antibacteriana contra una o más especies o cepas de S. aureus. En ciertas realizaciones, la composición para el uso con respecto a la úlcera del pie diabético comprende F125/10 aislado, que tiene un genoma que comprende la secuencia de ácido nucleico de la s Eq ID NO: 1074 y exhibe actividad antibacteriana contra una o más cepas de Staphylococcus aureus. En algunas realizaciones, se utiliza una composición que comprende un polipéptido aislado del bacteriófago F125/10, o un fragmento, variante o derivado del mismo, cuyo polipéptido, fragmento, variante o derivado exhibe actividad antibacteriana contra una o más especies o cepas de S. aureus. En ciertas realizaciones de este tipo, el polipéptido, o fragmento, variante o derivado del mismo, es una lisina, un dominio CHAP o una proteína de la cola, que exhibe actividad antibacteriana contra una o más especies o cepas de S. aureus

En ciertas realizaciones, se usa una composición que comprende un cóctel de fagos, por ejemplo, cuando el cóctel de fagos comprende al menos un fago que exhibe actividad antibacteriana contra una o más cepas de Staphylococcus aureus y al menos un fago que exhibe actividad antibacteriana contra bacterias diferentes. En realizaciones particulares, el cóctel de fagos comprende F44/10 y/o F125/10 en combinación con al menos otro fago seleccionado de F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F387/08, F170/08, F168/08, F770/05, y F1245/05. En realizaciones particularmente preferidas, el cóctel de fagos comprende F44/10 y/o F125/10 en combinación con uno, dos, tres o más de otros fagos seleccionados de F391/08, F387/08, F488/08, F510/08 y/o F770/05.

Se describe en este documento, una composición para uso con respecto a la úlcera del pie diabético comprende F391/08 y/o F387/08 aislados, que tienen un genoma que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 1 o la SEQ ID NO: 781 respectivamente, y que exhibe actividad antibacteriana contra una o más cepas de Klebsiella pneumoniae. Se describe en este documento, se utiliza una composición que comprende un polipéptido aislado del bacteriófago F391/08 y/o F387/08, o un fragmento, variante o derivado del mismo, cuyo polipéptido, fragmento, variante o derivado exhibe actividad antibacteriana contra una o más especies o cepas de K. pneumoniae. En ciertas realizaciones de este tipo, el polipéptido, o fragmento, variante o derivado del mismo, es una lisina, un dominio CHAP o una proteína de la cola, que exhibe actividad antibacteriana contra una o más especies o cepas de K. pneumoniae. En ciertas realizaciones, se utiliza una composición que comprende un cóctel de fagos, por ejemplo, cuando el cóctel de fagos comprende al menos un fago que exhibe actividad antibacteriana contra una o más cepas de Klebsiella pneumoniae y al menos un fago que exhibe actividad antibacteriana contra bacterias diferentes. Se describe en este documento que, el cóctel de fagos comprende F391/08 y/o F387/08 en combinación con al menos otro fago seleccionado de F394/08, F488/08, F510/08, F44/10, F170/08, F168/08, F770/05, F1245/05, y F125/10. Se describe en este documento que, el cóctel de fagos comprende F391/08 y/o F387/08 en combinación con uno, dos, tres o más de otros fagos seleccionados de F44/10, F488/08, F510/08 y/o F770/05.

Se describe en este documento, una composición para uso con respecto a la úlcera del pie diabético que comprende F488/08 aislado, que tiene un genoma que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 3 y que exhibe actividad antibacteriana contra una o más cepas de Escherichia coli. También se describe en este documento que, se usa una composición que comprende un polipéptido aislado del bacteriófago F488/08, o un fragmento, variante o derivado del mismo, cuyo polipéptido, fragmento, variante o derivado exhibe actividad antibacteriana contra una o más especies o cepas de E. coli. El polipéptido, o fragmento, variante o derivado del mismo descrito aquí, es una lisina, un dominio CHAP o una proteína de la cola, que exhibe actividad antibacteriana contra una o más especies o cepas de Escherichia coli. Se describe en este documento, se utiliza una composición que comprende un cóctel de fagos, por ejemplo, en el que el cóctel de fagos comprende al menos un fago que exhibe actividad antibacteriana contra una o más cepas de Escherichia coli y al menos un fago que exhibe actividad antibacteriana contra una bacteria diferente. En realizaciones particulares, el cóctel de fagos comprende F488/08 en combinación con al menos otro fago seleccionado de F394/08, F510/08, F44/10, F170/08, F168/08, F770/05, F1245/05, F391/08 F387/08, y F125/10. En realizaciones particularmente preferidas, el cóctel de fagos comprende F488/08 en combinación con uno, dos, tres o más de otros fagos seleccionados de F391/08, F387/08, F44/10, F125/10, F510/08 y/o F770/05.

Se describe en este documento que, la composición para uso con respecto a la úlcera del pie diabético comprende F510/08 y/o F770/05 aislados, que tienen un genoma que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 4 o como se divulga en el documento WO 2010/090542, respectivamente, y que exhibe actividad antibacteriana contra una o más cepas de Pseudomonas aeruginosa. Se describe en este documento que, se usa una composición que comprende un polipéptido aislado del bacteriófago F510/08 y/o F770/05, o un fragmento, variante o derivado del mismo cuyo polipéptido, fragmento, variante o derivado exhibe actividad antibacteriana contra una o más especies o cepas de P. aeruginosa. Se describe en este documento que, el polipéptido, o fragmento, variante o derivado del mismo, es una lisina, un dominio CHAP o una proteína de la cola, que exhibe actividad antibacteriana contra una o más especies o cepas de Pseudomonas aeruginosa. Se describe en este documento que, se utiliza una composición que comprende un cóctel de fagos, por ejemplo, en el que el cóctel de fagos comprende al menos un fago que exhibe actividad antibacteriana contra una o más cepas de Pseudomonas aeruginosa y al menos un fago que exhibe actividad antibacteriana contra una bacteria diferente. Se describe en este documento, un cóctel de fagos que comprende F510/08 y/o F770/05 en combinación con al menos otro fago seleccionado de F394/08, F488/08, F44/10, F170/08, F168/08, F1245/05, F391/08, F387/08, y F125/10. Se describe en este documento, un cóctel de fagos que comprende F510/08 y/o F770/05 en combinación con uno, dos, tres o más de otros fagos seleccionados de F44/10, F488/08, F391/08 y/o F387/08.

K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa y S. aureus también se asocia con infecciones que involucran sistemas de órganos que tienen un alto contenido de fluido, y se contempla que los bacteriófagos y/o polipéptidos de la invención tienen un uso terapéutico en la prevención y el tratamiento de estas infecciones. Por ejemplo, las composiciones farmacéuticas de la invención se pueden usar para la prevención o el tratamiento de infecciones del tracto respiratorio, del líquido cefalorraquídeo, del fluido peritoneal y del tracto urinario. Las composiciones de la invención también se pueden usar para prevenir y/o tratar la neumonía nosocomial, infecciones asociadas con diálisis peritoneal ambulatoria continua (CAPD), bacteriemia asociada a catéter y meningitis nosocomial.

En una realización preferida, se usa un bacteriófago y/o polipéptido de la invención profilácticamente en un entorno hospitalario, particularmente para prevenir infecciones asociadas con heridas, úlceras y aberturas en la piel, por ejemplo, debido a un cateterismo y cualquier otro procedimiento o dispositivo médico.

En ciertas realizaciones, un bacteriófago y/o polipéptido de la invención se usa como un agente único para tratar o prevenir infecciones asociadas con K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa y/o S. aureus, y/u otras especies bacterianas. En otras realizaciones de la invención, un bacteriófago y/o polipéptido de la invención se usa en combinación con otros agentes, incluidos otros bacteriófagos (por ejemplo, que se dirigen a una especie o cepa diferente de bacterias), o con antibióticos que se dirigen a la misma o diferentes tipos de bacterias, incluidas las bacterias seleccionadas de cualquier bacteria Gram positiva, cualquier bacteria Gram negativa y cualquier otro grupo de bacterias que no esté clasificada como Gram positiva o Gram negativa. Las composiciones de la invención también se pueden usar en combinación con cualquier otro medio para tratar una infección bacteriana conocida por un experto en la técnica.

La invención también contempla métodos de prevención y métodos de tratamiento de una infección causada por bacterias que incluyen, pero no se limitan a, K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa y/o S. aureus que comprende administrar a un mamífero que lo necesite una composición que comprende una lisina que comprende o consiste en la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 20, SEQ ID No : 80, SEQ ID NO: 192, Se Q ID NO: 282, SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 556, SEQ ID NO: 557, SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO: 1216, SEQ ID NO: 1261, o un fragmento, variante o derivado del mismo, en el que el fragmento, variante o derivado exhibe actividad antibacteriana o antimicrobiana contra las especies de bacterias a partir de las cuales se aisló el bacteriófago original. En un ejemplo específico de acuerdo con esta realización, la invención proporciona métodos para prevenir o tratar una infección causada por una bacteria que incluye, pero no se limita a, K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa y/o S. aureus, que comprende administrar a un mamífero que lo necesite una composición que comprende un dominio CHAP aislado de una lisina, o un fragmento, variante o derivado del mismo que muestra al menos una actividad biológica del dominio CHAP del cual se aisló (por ejemplo, eliminación lítica de células).

En ciertas realizaciones, la invención proporciona métodos para prevenir y/o tratar una infección causada por bacterias que incluyen, pero no se limitan a, K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa y/o S. aureus, que comprende administrar a un mamífero que lo necesite una composición que comprende una proteína de la cola que comprende o consiste en la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, SEC. ID NO: 32-35, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO: 235, SEQ ID ID NO: 239-245, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NOs: 433-437, SEQ ID NOs: 489-496, SEQ ID NO : 544, SEQ ID NO: 545, SEQ ID NO: 549, SEQ ID NO: 551, SEQ ID NO: 629, o SEQ ID NO: 686, SEQ ID NO: 789, SEQ ID NO: 796-800, SEQ ID NO: 806, SEQ ID NO: 854, SEQ ID NOs: 999-1004, SEQ ID NOs: 1053-1060, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1217, SEQ ID NO: 1250, SEQ ID NO: 1266, o un fragmento, variante o derivado del mismo, en el que el fragmento, variante o derivado exhibe una actividad biológica asociada con el bacteriófago con el que se derivó.

En otras realizaciones más, la invención proporciona métodos para prevenir y/o tratar una infección causada por bacterias que incluyen, pero no se limitan a, K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa y/o S. aureus, que comprende administrar a un mamífero que lo necesite una composición que comprende un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 560, SEQ ID NO: 781 y/o SEQ ID NO: 1074. Las combinaciones de las lisinas (o fragmentos, variantes o derivados de las mismas como se divulga anteriormente) y proteínas de la cola (o fragmentos, variantes o derivados de las mismas) como se describió anteriormente, también se contemplan opcionalmente con uno o más bacteriófagos de la invención o con otros tratamientos, tales como antibióticos, así como métodos de tratamiento y/o métodos para prevenir una infección bacteriana usando una o más de las combinaciones descritas en este documento.

Como se usa en el presente documento, el término "en combinación" se refiere al uso de más de un agente profiláctico y/o terapéutico. El uso del término "en combinación" no restringe el orden en el que se administran agentes profilácticos y/o terapéuticos a un sujeto con una enfermedad o trastorno. Se puede administrar un primer agente profiláctico o terapéutico antes (por ejemplo, 5 minutos, 15 minutos, 30 minutos, 45 minutos, 1 hora, 2 horas, 4 horas, 6 horas, 12 horas, 24 horas, 48 horas, 72 horas). 96 horas, 1 semana, 3 semanas, 3 semanas, 4 semanas, 5 semanas, 6 semanas, 8 semanas, o 12 semanas antes), concomitantemente con o posteriormente a (o por ejemplo, 5 minutos, 15 minutos, 30 minutos, 45 minutos). 1 hora, 2 horas, 4 horas, 6 horas, 12 horas, 24 horas, 48 horas, 72 horas, 96 horas, 1 semana, 2 semanas, 3 semanas, 4 semanas, 5 semanas, 6 semanas, 8 semanas, o 12 semanas después) la administración de un segundo agente profiláctico o terapéutico (diferente del primer agente profiláctico o terapéutico) a un sujeto con una enfermedad o trastorno.

6.4 Uso desinfectante y anti-infectivo

Los patógenos bacterianos con mayor frecuencia se infectan en un sitio de membrana mucosa (por ejemplo, sistema respiratorio superior e inferior, intestinal, urogenital, ocular y similares). Las membranas mucosas en sí mismas son a menudo el reservorio, a veces el único reservorio, para muchas bacterias patógenas que se encuentran en el ambiente (por ejemplo, neumococos, estafilococos y estreptococos). Hay muy pocos antiinfecciosos diseñados para controlar el estado de portador de bacterias patógenas. Sin embargo, los estudios han demostrado que al reducir o eliminar este reservorio en entornos como hospitales y hogares de ancianos, la incidencia de infecciones por estas bacterias se reducirá notablemente. La prevención de las infecciones nosocómicas implica la limpieza rutinaria y repetida de las superficies afectadas.

Los bacteriófagos y/o polipéptidos de la presente invención se pueden usar en composiciones antiinfecciosas para controlar el crecimiento de bacterias (por ejemplo, bacterias Gram positivas (por ejemplo, S. aureus), bacterias Gram negativas (por ejemplo, K . pneumoniae, A. baumannii, E. coli y P. aeruginosa), o bacterias no clasificadas como Gram positivas o Gram negativas), para prevenir o reducir la incidencia de infecciones nocosomiales. Además del uso en composiciones para la aplicación a membranas mucosas, un bacteriófago y/o polipéptido de la presente invención también puede incorporarse en formulaciones tales como geles, cremas, pomadas o aerosoles para controlar o prevenir la colonización de bacterias en las superficies corporales (por ejemplo, piel y membranas mucosas (por ejemplo, para la esterilización de áreas quirúrgicos o de las manos y la piel expuesta de los profesionales de la salud y/o pacientes) y otras superficies sólidas (por ejemplo, electrodomésticos, mostradores y, en particular, equipos hospitalarios).

6.5 Uso en nanotecnología

El bacteriófago y/o polipéptidos de la presente invención también pueden usarse en nanotecnología, por ejemplo, en el desarrollo de dispositivos a nanoescala. La combinación de nanotecnología y biología molecular ha llevado a una nueva generación de dispositivos basados en nanoescala, como los conductores a nanoescala. Los sistemas biológicos funcionan en base a la estructura de macromoléculas, principalmente proteínas y ácidos nucleicos, que están organizados estructuralmente en la nanoescala. Por consiguiente, las macromoléculas biológicas pueden encontrar uso en aplicaciones a nanoescala. En particular, las proteínas con estructuras altamente organizadas pueden usarse en el desarrollo de dispositivos a nanoescala.

Se describe en este documento, un polipéptido que comprende o consiste en una proteína de la cola (por ejemplo, componente de la cola, proteína de la fibra de la cola, proteína de la cola asociada a la adsorción, proteína de medición de la cinta del largo de la cola, subunidad de porción de la placa base), o fragmento, variante, o un derivado del mismo, aislado de un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o que consiste en la SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 560, SEQ ID NO: 781, o SEQ ID NO: 1074 (por ejemplo, el bacteriófago F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10, F387/08 o F125/10, respectivamente), se pueden usar en aplicaciones nanotecnológicas. Por ejemplo, las proteínas de la cola de las fibras de la cola del fago pueden tener estructuras altamente organizadas y pueden encontrar uso en conductores a nanoescala. Dichos conductores pueden usarse, por ejemplo, para depositar oro y/u otros iones.

En realizaciones específicas, el polipéptido de la invención usado en nanoteconología es una proteína de la cola aislada que comprende o consiste en la secuencia de aminoácidos SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 27. 30, SEQ ID NOs: 32-35, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO: 235, SEQ ID NOs: 239-245, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NOs: 433-437, SEQ ID NOs: 489-496, SEQ ID NO: 544, SEQ ID NO: 545, SEQ ID NO: 549, SEQ ID NO: 551, SEQ ID NO: 629, SEQ ID NO: 686, SEQ ID NO: 789, SEQ ID NOs: 796-800, SEQ ID NO: 806, SEQ ID NO: 854, SEQ ID NOs: 999-1004, SEQ ID NOs: 1053-1060, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1217, SEQ ID NO: 1250, o SEQ ID NO : 1266. El polipéptido descrito aquí comprende un fragmento, variante o derivado de la SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 3235, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEC. ID NO: 190, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO: 235, SEQ ID NOs: 239-245, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 252, SEQ. ID NO: 254, SEQ ID NOs: 433-437, SEQ ID NOs: 489­ 496, SEQ ID NO: 544, SEQ ID NO: 545, SEQ ID NO: 549, SEQ ID NO: 551, SEQ ID NO: 629, SEQ ID NO: 686, SEQ ID NO: 789, SEQ ID NOs: 796-800, SEQ ID NO: 806, SEQ ID NO: 854, SEQ ID NOs: 999-1004, SEQ ID NO: 1053­ 1060, SEC. ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1217, SEQ ID NO: 1250, o SEQ ID NO: 1266, en donde dicho fragmento, variante o derivado posee una estructura altamente organizada. Tales polipéptidos encuentran uso, por ejemplo, en conductores a nanoescala, como se describió anteriormente.

6.6 Métodos de diagnóstico

La presente invención también abarca métodos de diagnóstico para determinar el agente causante en una infección bacteriana. En ciertas realizaciones, el diagnóstico del agente causante en una presentación de infección bacteriana se realiza (i) cultivando muestras de tejido, sangre o fluido de un paciente de acuerdo con técnicas estándar; (ii) poner en contacto el cultivo con uno o más bacteriófagos y/o polipéptidos de la invención; y (iii) controlar el crecimiento celular y/o la evidencia de lisis después de dicho contacto. Debido a que la actividad del bacteriófago y/o sus productos aislados (por ejemplo, polipéptidos o fragmentos biológicamente activos, variantes o derivados de los mismos) tiende a ser específica de una especie o cepa, susceptibilidad o falta de susceptibilidad a uno o más bacteriófagos y/o los polipéptidos de la invención pueden ser indicativos de la especie o cepa de bacterias infecciosas. Por ejemplo, la disminución en el crecimiento de los cultivos de prueba después de ponerse en contacto con un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 1 o 781, o con un polipéptido aislado del mismo o derivado de ella, puede ser indicativo de que la muestra de prueba comprende K. pneumoniae. Similarmente, un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 2, o un producto polipeptídico aislado del mismo o derivado del mismo, puede usarse para identificar la infección por A. baumannii; un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 3, o un producto polipeptídico aislado del mismo o derivado del mismo, puede usarse para identificar la infección por E. coli mientras que el que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 4, o un producto polipeptídico aislado del mismo o derivado del mismo, se puede usar para identificar la infección por P. aeruginosa, y el que tenga un genoma que comprenda o consista en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 560 o 1074, o un producto polipeptídico aislado del mismo o derivado del mismo, se puede usar para identificar la infección por S. aureus

Adicionalmente, en algunas realizaciones, los bacteriófagos y/o polipéptidos de la presente invención se pueden usar en biosensores en el alcance de los diagnósticos. Como se usa en este documento, "biosensor" se refiere a un dispositivo analítico para la detección de un analito que combina un componente biológico con un componente detector fisicoquímico. En particular, las proteínas involucradas en el reconocimiento de receptores bacterianos pueden usarse en el desarrollo de biosensores de diagnóstico.

Un polipéptido descrito aquí que comprende o consiste en una proteína de la cola (por ejemplo, componente de la cola, proteína de la fibra de la cola, proteína de la cola asociada a la adsorción, proteína de medición de la cinta del largo de la cola, subunidad de porción de la placa base), o fragmento, variante, o un derivado del mismo, aislado de un bacteriófago que tiene un genoma que comprende o que consiste en la SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 560, SEQ ID NO: 781, SEQ ID NO: 1074 (por ejemplo, el bacteriófago F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10, F387/08 o F125/10 respectivamente), se pueden usar en aplicaciones de biosensores. Por ejemplo, una proteína de la cola del fago puede reconocer específicamente una o más especies y/o cepas bacterianas, y por lo tanto puede encontrar uso en el diagnóstico de biosensores. La detección de una determinada especie y/o cepa bacteriana, por uno o más bacteriófagos y/o polipéptidos de la invención, puede indicar la especie o cepa de bacterias infecciosas.

El polipéptido descrito aquí usado en aplicaciones de biosensores es una proteína de cola aislada que comprende o consiste en la secuencia de aminoácidos SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO : 30, SEQ ID NOs: 32-35, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO : 235, SEQ ID NOs: 239-245, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NOs: 433-437, SEQ ID NOs: 489-496, SEQ ID NO: 544, SEQ ID NO: 545, SEQ ID NO: 549, SEQ ID NO: 551, SEQ ID NO: 629, SEQ ID NO: 686, SEQ ID NO: 789, SEQ ID NOs: 796-800, SEQ ID NO: 806, SEQ ID NO: 854, SEQ ID NOs: 999-1004, SEQ ID NOs: 1053-1060, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1217, SEQ ID NO: 1250, o SEQ ID NO: 1266. En otras realizaciones, el polipéptido de la invención comprende un fragmento, variante o derivado de la SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 32 -35, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO: 235, SEQ ID NO: 239-245, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NOs: 433-437, SEQ ID NOs: 489-496, SEQ ID NO: 544, SEQ ID NO: 545, SEQ ID NO: 549, SEQ ID NO: 551, SEQ ID NO: 629, SEQ ID NO: 686, SEQ ID NO: 789, SEQ ID NOs: 796-800, SEQ ID NO: 806, SEQ ID NO: 854, SEQ ID NOs: 999-1004, SEQ ID NOs: 1053-1060, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1217, SEQ ID NO: 1250, o SEQ ID NO: 1266, en la que dicho fragmento, variante o derivado es capaz de reconocer específicamente una bacteria, por ejemplo, una especie específica y/o una o más cepas específicas de las bacterias. Dichos polipéptidos encuentran uso, por ejemplo, en biosensores para detectar bacterias específicas y/o diagnosticar ciertas infecciones, como se divulgó anteriormente.

En general, la proteína de la cola del fago para su uso en un biosensor detectará sus bacterias huésped, o una o más especies específicas y/o cepas específicas de las bacterias huésped. Por consiguiente, en ciertas realizaciones, la invención abarca una proteína de la cola correspondiente a la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 15, la SEQ ID NO: 26, la SEQ ID NO: 27, la SEQ ID NO: 30 o las SEQ ID NOs: 32-35, o una variante, fragmento o derivado del mismo, que reconoce y puede detectar una o más cepas de K. pneumoniae. Dicha detección puede ser indicativa de una infección por K. pneumoniae. En ciertas realizaciones, la invención abarca una proteína de la cola correspondiente a la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 180, la SEQ ID NO: 183, la SEQ ID NO: 185, o la SEQ ID NO: 190, o una variante, fragmento o derivado de la misma, que reconoce y puede detectar una o más cepas de A. baumannii. Tal detección puede ser indicativa de una infeccion por A. baumannii. En ciertas realizaciones, la invención abarca una proteína de la cola correspondiente a la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, l SEQ ID NO: 235, SEQ ID NOs: 239-245, SEQ ID NO: 248, la SEQ. ID NO: 249, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NOs: 433-437, SEQ ID NOs: 489-495, o SEQ ID NO: 496, o una variante, fragmento o derivado del mismo, que reconoce y puede detectar una o más cepas de E. coli. Esta detección puede ser indicativa de una infección por E. coli.

Se describe en este documento, una proteína de la cola correspondiente a la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 544, SEQ ID NO: 545, SEQ ID NO: 549, o SEQ ID NO: 551, o una variante, fragmento o derivado del mismo, que reconoce y puede detectar una o más cepas de P. aeruginosa. Dicha detección puede ser indicativa de una infección por P. aeruginosa. También se describe en este documento, una proteína de la cola correspondiente a la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 629, SEQ ID NO: 686, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1217, SEQ ID NO: 1250, o SEQ ID NO: 1266, o una variante, fragmento o derivado del mismo, que reconoce y puede detectar una o más cepas de S. aureus.Tal detección puede ser indicativa de una infeccion por S. aureus. También se describe en este documento, una proteína de la cola correspondiente a la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 789, SEQ ID NOs: 796-800, SEQ ID NO: 806, SEQ ID NO: 854, SEQ ID NOs: 999-1004. o SEQ ID NOs: 1053-1060, o una variante, fragmento o derivado del mismo, que reconoce y puede detectar una o más cepas de K. pneumoniae. Dicha detección puede ser indicativa de a Infección por K. pneumoniae.

En algunas realizaciones, la invención abarca el uso de más de una proteína de la cola, por ejemplo, una combinación de dos o más de las proteínas de la cola proporcionadas anteriormente, en un biosensor para detectar más de una especie y/o cepa bacteriana. El biosensor también puede comprender proteínas adicionales y/u otros agentes para detectar bacterias iguales o diferentes.

6.7 Variantes de aminoácidos

Se pueden crear variantes de la secuencia de aminoácidos de los polipéptidos de la invención. En algunas realizaciones, pueden ser variantes de sustitución, inserción y/o eliminación. Las variantes de eliminación carecen de uno o más residuos de la proteína nativa que normalmente no son esenciales para la función (por ejemplo, actividad antimicrobiana o antibacteriana). Los mutantes de inserción típicamente implican la adición de material en un punto no terminal en el polipéptido. Las variantes sustitutivas típicamente implican el intercambio de un aminoácido por otro en uno o más sitios dentro del polipéptido, y pueden diseñarse para modular una o más propiedades del polipéptido, como la estabilidad frente a la escisión proteolítica, preferiblemente sin la pérdida (o pérdida sustancial) de otras funciones o propiedades. Las sustituciones de este tipo son preferiblemente conservadoras, es decir, un aminoácido se reemplaza por uno de forma y carga similares. Las sustituciones conservadoras son bien conocidas en la técnica e incluyen, por ejemplo, los cambios de: alanina por serina; arginina por lisina; asparagina por glutamina o histidina; aspartato por glutamato; cisteína por serina; glutamina por la asparagina; glutamato por aspartato; glicina por prolina; histidina por asparagina o glutamina; isoleucina por leucina o valina; leucina por valina o isoleucina; lisina por arginina; metionina por leucina o isoleucina; fenilalanina por tirosina, leucina por metionina; serina por treonina; treonina por serina; triptófano por tirosina; tirosina por triptófano o fenilalanina; y valina por isoleucina o leucina.

Una vez que las áreas generales del gen se identifican como que codifican una actividad antibacteriana particular, por ejemplo, como una lisina como se describió en el presente documento, se puede emplear mutagénesis puntual para identificar con mayor particularidad qué residuos de aminoácidos son importantes en la actividad antibacteriana. Por lo tanto, un experto en la técnica podrá generar, por ejemplo, cambios de una sola base en la cadena de ADN para dar como resultado un codón alterado y/o una mutación de sentido erróneo que conserva la función deseada.

Preferiblemente, la mutación de los aminoácidos de una proteína crea una molécula de segunda generación equivalente o incluso mejorada. Por ejemplo, ciertos aminoácidos pueden ser sustituidos por otros aminoácidos en una estructura proteica sin pérdida de función detectable o sustancial (por ejemplo, actividad antibacteriana o antimicrobiana). Al realizar tales cambios, se puede considerar el índice hidropático de los aminoácidos. La importancia del índice de aminoácidos hidropáticos para conferir una función biológica interactiva a una proteína se entiende en general en la técnica. Se acepta que el carácter hidropático relativo del aminoácido contribuye a la estructura secundaria de la proteína resultante, que a su vez define la interacción de la proteína con otras moléculas, por ejemplo, la interacción con un peptidoglicano dentro de la capa externa de una bacteria Gram positiva. A cada aminoácido se le ha asignado un índice hidropático sobre la base de sus características de hidrofobicidad y carga; por ejemplo: isoleucina (+4,5); valina (+4,2); leucina (+3,8); fenilalanina (+2,8); cisteína/cistina (+2,5); metionina (+1,9); alanina (+1,8); glicina (-0,4); treonina (-0,7); serina (-0,8); triptófano (-0,9); tirosina (-1,3); prolina (-1,6); histidina (-3,2); glutamato (-3,5); glutamina (-3,5); aspartato (-3,5); asparagina (-3,5); lisina (-3,9); y arginina (-4,5). También se entiende en la técnica que la sustitución de aminoácidos similares se puede realizar de manera eficaz sobre la base de la hidrofilicidad. Al igual que la hidrofobicidad, se han asignado valores de hidrofilicidad a cada aminoácido: arginina (+3,0); lisina (+3,0); aspartato (+3,0 ± 1); glutamato (+3,0 ± 1); serina (+0,3); asparagina (+0,2); glutamina (+0,2); glicina (0); treonina (-0,4); prolina (-0,5 ± 1); alanina (-0,5); histidina (-0,5); cisteína (-1,0); metionina (-1,3); valina (-1,5); leucina (-1,8); isoleucina (-1,8); tirosina (-2,3); fenilalanina (-2,5) y triptófano (-3,4). Las moléculas equivalentes se pueden obtener mediante la sustitución de un aminoácido por otro donde sus índices hidropático y/o de hidrofilicidad están dentro de 2, preferiblemente ± 1, o más preferiblemente ± 5 entre sí.

Se describe en este documento, péptidos aislados que comprenden 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10 o más modificaciones de aminoácidos (por ejemplo, inserción, sustitución, eliminación, etc.) en relación con una secuencia de aminoácidos divulgada en el presente documento. En realizaciones preferidas, la mutación o mtaciones se realizan de tal manera que la actividad biológica del polipéptido particular se retiene o se retiene sustancialmente. Por ejemplo, la presente invención abarca polipéptidos aislados del bacteriófago F387/08, F391/08, F394/08, F488/08, F510AD68, f44/10 y/o F125/10, que están mutados para comprender 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10 o más modificaciones de aminoácidos en relación con una secuencia de aminoácidos enumerada en el presente documento, y que muestran actividad antibacteriana contra una o más especies o cepas de bacterias Gram positivas o Grama negativas, por ejemplo, contra K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa y/o S. aureus. Los polipéptidos descritos aquí derivados de F387/08 o F391/08 exhiben actividad antibacteriana o antimicrobiana, por ejemplo, actividad de destrucción lítica, contra al menos K. pneumoniae, aquellas derivadas de F394/08 contra al menos A. baumannii; aquellas derivados de F488/08 contra al menos E. coli, los derivados de F510/08 contra al menos P. aeruginosa, y los derivados de F44/10 o F125/10 contra al menos. S. aureus

6.8 Polinucleótidos que codifican los polipéptidos de la invención

La invención proporciona polinucleótidos que comprenden una secuencia de nucleótidos que codifica un polipéptido de la invención. La invención también abarca polinucleótidos que se hibridan bajo condiciones de hibridación de alta rigurosidad, intermedia o de menor rigurosidad, por ejemplo, como se definió anteriormente, con polinucleótidos que codifican un polipéptido de la invención y que codifican polipéptidos modificados que tienen antibióticos y/u otra actividad biológica.

Los polinucleótidos pueden obtenerse, y la secuencia de nucleótidos de los polinucleótidos puede determinarse, por cualquier método conocido en la técnica. Por ejemplo, un polinucleótido que codifica un polipéptido de la invención puede generarse a partir de ácido nucleico a partir de una fuente adecuada (por ejemplo, el bacteriófago F37/08, F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10 y/o F125/10). Las secuencias de nucleótidos pueden aislarse de genomas de fagos mediante métodos de rutina conocidos en la técnica (véase, por ejemplo, Carlson, "Working with bacteriophage: common techniques and methodological approaches," En, Kutter y Sulakvelidze (Editores) Bacteriophage: Biology and Applications, 5ta ed. CRC Press (2005)). Si una fuente que contiene un ácido nucleico que codifica un polipéptido particular no está disponible, pero la secuencia de aminoácidos del polipéptido de la invención es conocida, un ácido nucleico que codifica el polipéptido puede sintetizarse químicamente y clonarse en vectores de clonación replicables utilizando cualquier método bien conocido en el arte.

Una vez que se determina la secuencia de nucleótidos del polipéptido de la invención, la secuencia de nucleótidos del polipéptido puede manipularse usando métodos bien conocidos en la técnica para la manipulación de secuencias de nucleótidos, por ejemplo, técnicas de ADN recombinante, mutagénesis dirigida al sitio, PCR, etc. (véanse, por ejemplo, las técnicas descritas en Sambrook et al., 1990, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 2d Ed., Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY y Ausubel et al., eds., 1998, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, NY), para generar polipéptidos que tienen diferente secuencia de aminoácidos, por ejemplo, para crear sustituciones, eliminaciones y/o inserciones de aminoácidos.

En algunas realizaciones, se proporciona una secuencia de nucleótidos que codifica uno o más ORF de las Figuras 2, 4, 6, 8, 10, 12 y 14. En algunas realizaciones, se proporciona una secuencia de nucleótidos que codifica una variante, fragmento o derivado de uno o más ORF de las Figuras 2, 4, 6, 8, 10, 12 y 14, en la que la variante, fragmento o derivado exhibe actividad antibacteriana o antimicrobiana (por ejemplo, actividad de destrucción lítica) contra una o más cepas de K. pneumoniae, por ejemplo, contra el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 1 o SEQ ID NO: 781; y/o una contra o mas cepas de A. baumannii, por ejemplo, contra el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 2; y/o contra una o más cepas de E. coli, por ejemplo, contra el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 3; contra una o más cepas de P. aeruginosa, por ejemplo, contra el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 4; y/o contra una o más cepas de S. aureus, por ejemplo, contra el bacteriófago que tiene un genoma que comprende o consiste en la secuencia de ácido nucleico SEQ ID NO: 560 o SEQ ID NO: 1074.

6.9 Expresión recombinante de moléculas de la invención

Una vez que se ha obtenido una secuencia de ácido nucleico que codifica una molécula de la invención (por ejemplo, un polipéptido), el vector para la producción de las moléculas puede producirse mediante tecnología de ADN recombinante usando técnicas bien conocidas en el arte. Los métodos que son bien conocidos por los expertos en la técnica pueden usarse para construir vectores de expresión que contienen las secuencias codificantes para las moléculas de la invención y señales de control de transcripción y traducción apropiadas. Estos métodos incluyen, por ejemplo, técnicas de ADN recombinante in vitro, técnicas sintéticas y recombinación genética in vivo. (Véase, por ejemplo, las técnicas descritas en Sambrook et al., 1990, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 2d Ed., Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY y Ausubel et al., Eds., 1998, Current Procols en Molecular Biology, John Wiley & Sons, NY).

La presente invención proporciona vectores de expresión que codifican los polipéptidos de la invención. Un vector de expresión que comprende la secuencia de nucleótidos de una molécula identificada por los métodos de la invención puede transferirse a una célula huésped mediante técnicas convencionales (por ejemplo, electroporación, transfección liposomal y precipitación con fosfato de calcio) y las células transfectadas se cultivan luego mediante técnicas convencionales para producir las moléculas de la invención. En realizaciones preferidas, la célula huésped es distinta de la especie de las bacterias progenitoras a partir de las que se derivó el bacteriófago que comprende la secuencia. En realizaciones específicas, la expresión de las moléculas de la invención está regulada por un promotor específico constitutivo, inducible o tisular. En realizaciones específicas, el vector de expresión es pQE-30 (Qiagen) o pET-29 (a) (Novagen).

Las células huésped utilizadas para expresar las moléculas identificadas por los métodos de la invención pueden ser células bacterianas (preferiblemente no susceptibles a la proteína del bacteriófago o variante, derivado o fragmento de la misma de la invención). Se puede utilizar una variedad de sistemas de vectores de expresión del huésped para expresar las moléculas identificadas por los métodos de la invención. Dichos sistemas de expresión del huésped representan vehículos mediante los cuales las secuencias codificantes de las moléculas de la invención pueden producirse y posteriormente purificarse, pero también representan células que, cuando se transforman o transfectan con las secuencias codificantes de nucleótidos apropiadas, expresan las moléculas de la invención in situ. Estos incluyen, pero no se limitan a, microorganismos tales como bacterias que no son susceptibles a la proteína o variante, derivado o fragmento del bacteriófago de la invención (por ejemplo, B. subtilis) transformados con ADN de bacteriófago recombinante, ADN de plásmido o vectores de expresión de ADN de cósmido que contienen secuencias de codificación para las moléculas identificadas por los métodos de la invención; levadura (por ejemplo, Saccharomyces pichia) transformada con vectores de expresión de levadura recombinantes que contienen secuencias que codifican las moléculas identificadas por los métodos de la invención; sistemas de células de insecto infectados con vectores de expresión de virus recombinantes (por ejemplo, baculovirus) que contienen las secuencias que codifican las moléculas identificadas por los métodos de la invención; sistemas de células vegetales infectados con vectores de expresión de virus recombinantes (por ejemplo, virus del mosaico de la coliflor (CaMV) y virus del mosaico del tabaco (TMV) o transformados con vectores de expresión de plásmidos recombinantes (por ejemplo, plásmido Ti) que contienen secuencias que codifican las moléculas identificadas por los métodos de la invención o sistemas células de mamíferos (por ejemplo, células COS, CHO, BHK, 293, 293T, 3T3, células linfáticas (véase el documento U.S.5.807.715), células Per C.6 (células retinianas humanas desarrolladas por Crucell) que albergan constructos de expresión recombinante que contienen promotores derivado del genoma de células de mamíferos (por ejemplo, promotor de metalotioneína) o de virus de mamíferos (por ejemplo, el promotor tardío de adenovirus; el promotor de 7,5 K del virus vacuna) que contiene secuencias que codifican las moléculas identificadas por los métodos de la invención.

En sistemas bacterianos no susceptibles a la proteína de bacteriófago, o variante, derivado o fragmento de la misma de la invención, pueden seleccionarse ventajosamente varios vectores de expresión dependiendo del uso pretendido para la molécula que se está expresando. Por ejemplo, cuando se debe producir una gran cantidad de dicha proteína, para la generación de composiciones farmacéuticas de un polipéptido, pueden ser deseables vectores que dirigen la expresión de altos niveles de productos de proteínas de fusión que se purifican fácilmente. Tales vectores incluyen, pero no están limitados, al vector de expresión de E. coli pUR278 (Ruther et al., 1983, EMBO J. 2: 1791), en el que la secuencia de la proteína se puede ligar individualmente en el vector en marco con la región de codificación dellacZ para que se produzca una proteína de fusión; vectores pIN (Inouye e Inouye, 1985, Nucleic Acids Res. 13: 3101-3109; Van Heeke & Schuster, 1989, J. Biol. Chem. 24: 5503-5509) y similares. Los vectores pGEX también pueden usarse para expresar polipéptidos faráneos como proteínas de fusión con glutatión S-transferasa (GST). En general, tales proteínas de fusión son solubles y pueden purificarse fácilmente a partir de células lisadas mediante adsorción y unión a una matriz de perlas de glutatión-agarosa, seguido de la elución en presencia de glutationa libre. Los vectores pGEX están diseñados para incluir sitios de escisión de proteasa de trombina o el factor Xa de modo que el producto génico objetivo clonado pueda liberarse de la fracción g St .

En un sistema de insectos, el virus de la polihedrosis nuclear Autographa californica (AcNPV) se utiliza como un vector para expresar genes foráneos. El virus crece preferiblemente en células de Spodoptera frugiperda. La secuencia codificante del polipéptido puede clonarse individualmente en regiones no esenciales (por ejemplo, el gen de la polihedrina) del virus y colocarse bajo el control de un promotor de AcNPV (por ejemplo, el promotor de la polihedrina).

Una vez que una molécula de la invención (es decir, polipéptidos) se ha expresado de forma recombinante, se puede purificar mediante cualquier método conocido en la técnica para la purificación de polipéptidos, por ejemplo, mediante cromatografía (por ejemplo, cromatografía de intercambio iónico, afinidad y exclusión por tamaño), centrifugación, solubilidad diferencial o mediante cualquier otra técnica estándar para la purificación de polipéptidos o anticuerpos.

A los expertos en la técnica se les ocurrirán ciertos modificaciones y mejoras tras la lectura de la descripción anterior.

7. Ejemplos

A menos que se indique lo contrario, los bacteriófagos de la invención se aislaron, procesaron y analizaron de acuerdo con los siguientes métodos.

7.1.1 Purificación del fágo

Las preparaciones de reserva de bacteriófagos aislados de muestras clínicas se prepararon de acuerdo con los protocolos descritos en Carlson, "Working with bacteriophage: common techniques and methodological approaches," En, Kutter y Sulakvelidze (Eds) Bacteriophage: Biology and Applications, 5a ed. Press CRC (2005).

Las preparaciones de reserva de bacteriófagos se concentraron por precipitación con PEG de acuerdo con el protocolo descrito en Carlson y Yamamoto et al., 2004, PNAS 101: 6415-6420. Brevemente, la preparación de reserva se incubó en NaCl 1 M durante una hora a 4°C con agitación. A continuación, se añadió gradualmente PEG 8000 (AppliChem, Cheshire, MA) hasta una concentración final del 10% (p/v). La composición se incubó luego durante la noche a 4°C. Después del período de incubación, la composición se centrifugó a 10.000 x g durante 30 minutos a 4°C. El sedimento se resuspendió luego en regulador SM (Tris-HCl 0,05 M a pH 7,4, NaCl 0,1 M, MgSO410 mM) con gelatina al 1% p/v y se centrifugó nuevamente a 1.000 rpm a 4°C durante 10 minutos. El sobrenadante que contenía el fago suspendido se guardó para purificación adicional. El sobrenadante se purificó utilizando un gradiente de CsCl de acuerdo con los métodos de Carlson.

Se eliminó el CsCl de la reserva de fagos purificada y concentrada mediante diálisis. Se preparó una membrana de diálisis, una membrana tubular de celulosa regenerada de alto grado Cellu.Sep H1 (Cellu.Sep, River Street, EE.UU.), de acuerdo con las instrucciones del fabricante. La diálisis implicó una primera incubación de 30 minutos en Tris-HCl 100 mM y NaCl 3 M (pH 7,4) a 4°C. Esto fue seguido por una segunda incubación de 30 minutos en Tris-HCl 100 mM y NaCl 0,3 M (pH 7,4) a 4°C. Después de la diálisis, el fago suspendido se retiró del interior de la bolsa de diálisis y se almacenó a 4°C.

7.1.2 Extracción del ADN del fago

A 5 mL de las muestras de bacteriófagos purificados y concentrados se les añadió EDTA 20 mM a pH 8,0, SDS al 0,5% (p/v) y proteinasa K a una concentración final de 40 pg/mL. La mezcla se incubó a 56°C durante una hora. Se realizaron extracciones sucesivas en fenol:cloroformo:alcohol en proporciones de 25:24:1 hasta que la interfaz entre las fases acuosa y orgánica fue clara. La fase acuosa se trató luego con un volumen igual de cloroformo y se centrifugó a 13.000 x g durante 10 minutos a 4°C. La fase acuosa se eliminó una vez más y el ADN se precipitó agregando dos volúmenes de etanol absoluto e incubando durante treinta minutos a 20°C. Las muestras se centrifugaron a 11.000 x g durante 30 minutos a 4°C. El sedimento se lavó con etanol al 70% a temperatura ambiente y se resuspendió en 50 pL de agua ultra pura (Gibco, California). La concentración de ADN se determinó midiendo la absorbancia a 260 nm en un espectrofotómetro ND-1000. La integridad del ADN del fago aislado se analizó mediante electroforesis en un gel de agarosa al 1%.

7.1.3 Análisis de genomas de fago

La secuenciación del genoma del bacteriófago permitió la identificación de posibles marcos de lectura abiertos (ORF) dentro del genoma. Los ORF putativos del bacteriófago se utilizaron para buscar en la base de datos de colección de nucleótidos del NCBI las secuencias de ADN homólogas utilizando el programa BLASTN (véase, por ejemplo, Zhang et al., 2000, J. Comput. Biol. 7: 203-214).

7.2 Ejemplo 1: Bacteriófago F391/08

La comparación de los ORF putativos del genoma del bacteriófago F391/08 con las secuencias en la base de datos de nucleótidos del NCBI reveló que solo pequeñas porciones del genoma (< 11% de cobertura del genoma) exhibían una homología con secuencias conocidas. Se proporciona una organización esquemática del genoma de F391/08 en la Figura 1. Los ORF de F391/08, sus secuencias codificadas de aminoácidos y las proteínas homólogas conocidas se proporcionan en la Figura 2. La predicción de orfs se realizó mediante la integración de los resultados obtenidos con los programas GeneMark.hmm y MetaGeneAnnotator (Besemer, J. y Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920; Noguchi, H. et al., 2008. Res Res., 15: 387-396). Las búsquedas de homología de proteínas se realizaron con el programa BLASTP (Altschul, S. F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402) utilizando la base de datos de secuencias de proteínas no redundantes del NCBI. Los dominios de proteína conservada se predijeron utilizando el BLAST especializado de NCBI (Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240). orfs cuyos productos presentaron homología con la misma proteína o proteínas se indican con el mismo número con la adición de una letra minúscula, en la Figura 2. La identificación de genes putativos de ARN de transferencia (ARNt) se llevó a cabo utilizando el programa tRNAscan-SE (Lowe, T.M. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 955-964).

La Tabla 1 a continuación proporciona los resultados de las pruebas de manchas que evaluaron el rango del huésped y la actividad del bacteriófago F391/08 contra 100 cepas de Klebsiella sp. (86 cepas de K. pneumoniae; 12 cepas de K. oxytoca; y 2 cepas de Klebsiella sp.) aisladas de muestras clínicas. Cada mancha contenía 5 pL de suspensión de bacteriófagos con los títulos indicados, preparados a partir de un lisado purificado con CsCl. La sensibilidad de cada cepa al fago se evaluó en función de una escala relativa que va desde halos de lisis turbios (+) hasta claros (++++). Las manchas que se originan en placas de fagos aisladas se indican como (pfu) y la resistencia a la infección por fagos se indica como (-). También se indica el porcentaje de cepas que muestran un fenotipo de sensibilidad particular.

Tabla 1

7.3 Ejemplo 2: Bacteriófago F394/08

La comparación de los ORF putativos del genoma del bacteriófago F394/08 con las secuencias en la base de datos de nucleótidos del NCBI no reveló homologías significativas con secuencias conocidas, diferentes de las observadas para pequeñas porciones del genoma (< 1% de cobertura del genoma). Se proporciona una organización esquemática del genoma de F394/08 en la Figura 3. Los ORF de F394/08, sus secuencias codificadas de aminoácidos y las proteínas homólogas conocidas se proporcionan en la Figura 4. La predicción de orfs se realizó mediante la integración de los resultados obtenidos con los programas GeneMark.hmm y MetaGeneAnnotator (Besemer, J. y Borodovsky, M.

1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920; Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387-396). Las búsquedas de homología de proteínas se realizaron con el programa BLASTP (Altschul, S. F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402) utilizando la base de datos de secuencias de proteínas no redundantes de NCBI. Los dominios de proteína conservada se predijeron utilizando el BLAST especializado del NCBI (Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240). orfs cuyos productos presentaron homología con la misma proteína o proteínas se indican con el mismo número con la adición de una letra minúscula, en la Figura 4. La identificación de genes putativos de ARN de transferencia (ARNt) se llevó a cabo utilizando el programa tRNAscan-SE (Lowe, T.M. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 955-964).

La Tabla 2 a continuación proporciona los resultados de las pruebas de manchas que evaluaron el rango del huésped y la actividad del bacteriófago F394/08 contra 100 cepas de Acinetobacter sp. cepas (93 cepas A. baumannii; 6 cepas de A. calcoaceticus; y 1 cepa de A. Iwoffi) aisladas de muestras clínicas. Cada mancha contenía 5 pL de suspensión de bacteriófagos con los títulos indicados, preparados a partir de un lisado purificado con CsCl. La sensibilidad de cada cepa al fago se evaluó en función de una escala relativa que va desde halos de lisis turbios (+) a claros (++++). Las manchas que se originan en placas de fagos aisladas se indican como (pfu) y la resistencia a la infección por fagos se indica como (-). También se indica el porcentaje de cepas que muestran un fenotipo de sensibilidad particular.

Tabla 2

7.4 Ejemplo 3: Bacteriófago F488/08

La comparación de los ORF putativos del genoma del bacteriófago F488/08 con las secuencias en la base de datos de nucleótidos del NCBI reveló que aproximadamente el 94% del ADN del fago F488/08 es altamente similar al del fago RB14 de Enterobacterias, con identidades de ORF individuales que varían de 70 a 100%. Se proporciona una organización esquemática del genoma de F488/08 en la Figura 5. Los ORF de F488/08, sus secuencias codificadas de aminoácidos y las proteínas homólogas conocidas se proporcionan en la Figura 6. La predicción de orfs se realizó mediante la integración de los resultados obtenidos con los programas GeneMark.hmm y MetaGeneAnnotator (Besemer, J. y Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920; Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387­ 396). Las búsquedas de homología de proteínas se realizaron con el programa BLASTP (Altschul, S. F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402) utilizando la base de datos de secuencias de proteínas no redundantes del NCBI. Los dominios de proteína conservada se predijeron utilizando el BLAST especializado del NCBI (Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240). orfs cuyos productos presentaron homología con la misma proteína o proteínas se indican con el mismo número con la adición de una letra minúscula, en la Figura 4. La identificación de genes putativos de ARN de transferencia (ARNt) se llevó a cabo utilizando el programa tRNAscan-SE (Lowe, T.M. y otros, 1997. Nucleic Acids Res., 25: 955-964).

La Tabla 3 a continuación proporciona los resultados de las pruebas de manchas que evaluaron el rango del huésped y la actividad del bacteriófago F488/08 contra cepas 100 de Escherichia coli (ECO) aisladas de muestras clínicas. Cada mancha contenía 5 pL de suspensión de bacteriófagos con los títulos indicados, preparados a partir de un lisado purificado por cromatografía de intercambio iónico. La sensibilidad de cada cepa al fago se evaluó en función de una escala relativa que va desde halos de lisis turbios (+) a claros (++++). Las manchas que se originan en placas de fagos aisladas se indican como (pfu) y la resistencia a la infección por fagos se indica como (-). También se indica el porcentaje de cepas que muestran un fenotipo de sensibilidad particular.

Tabla 3

7.5 Ejemplo 4: Bacteriófago F510/08

La comparación de los ORF putativos del genoma del bacteriófago F510/08 con las secuencias en la base de datos de nucleótidos del NCBI reveló que aproximadamente el 95% del ADN del fago F510/08 es altamente similar al del fago de LUZ19 de Pseudomonas, con identidades de ORF individuales que varían de 89 a 97%. Se proporciona una organización esquemática del genoma de F510/08 en la Figura 7. Los ORF de F510/08, sus secuencias codificadas de aminoácidos y las proteínas homólogas conocidas se proporcionan en la Figura 8. La predicción de orfs se realizó mediante la integración de los resultados obtenidos con los programas GeneMark.hmm y MetaGeneAnnotator (Besemer, J. y Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920; Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387­ 396). Las búsquedas de homología de proteínas se realizaron con el programa BLASTP (Altschul, S. F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402) utilizando la base de datos de secuencias de proteínas no redundantes del NCBI. Los dominios de proteína conservada se predijeron utilizando el BLAST especializado en NCBI (Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240). orfs cuyos productos presentaron homología con la misma proteína o proteínas se indican con el mismo número con la adición de una letra minúscula, en la Figura 8. La identificación de genes putativos de ARN de transferencia (ARNt) se llevó a cabo utilizando el programa tRNAscan-SE (Lowe, T.M. y otros, 1997. Nucleic Acids Res., 25: 955-964).

La Tabla 4 a continuación proporciona los resultados de las pruebas de manchas que evaluaron el rango del huésped y la actividad del bacteriófago F510/08 contra 100 cepas de Pseudomonas aeruginosa (PSA) aisladas de muestras clínicas. Cada mancha contenía 5 pL de suspensión de bacteriófagos con los títulos indicados, preparados a partir de un lisado purificado con CsCl. La sensibilidad de cada cepa al fago se evaluó en función de una escala relativa que va desde halos de lisis turbios (+) a claros (++++). Las manchas que se originan en placas de fagos aisladas se indican como (pfu) y la resistencia a la infección por fagos se indica como (-). También se indica el porcentaje de cepas que muestran un fenotipo de sensibilidad particular.

Tabla 4

7.6 Ejemplo 5: Bacteriófago F44/10

La comparación de los ORF putativos del genoma del bacteriófago F44/10 con las secuencias en la base de datos de nucleótidos del NCBI reveló que aproximadamente el 81% del ADN del fago F44/10 es altamente similar al del fago K de Staphylococcus, con identidades de ORF individuales que varían de 80 a 99%. Se proporciona una organización esquemática del genoma de F44/10 en la Figura 9. Los o Rf de F44/10, sus secuencias codificadas de aminoácidos y proteínas homólogas conocidas se proporcionan en la Figura 10. La predicción de orfs se realizó mediante la integración de los resultados obtenidos con los programas GeneMark.hmm y MetaGeneAnnotator (Besemer, J. y Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920; Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387-396). Las búsquedas de homología de proteínas se realizaron con el programa BLASTP (Altschul, S. F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402) utilizando la base de datos de secuencias de proteínas no redundantes del NCBI. Los dominios de proteína conservada se predijeron utilizando el BLAST especializado de NCBI (Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240). orfs cuyos productos presentaron homología con la misma proteína o proteínas se indican con el mismo número con la adición de una letra minúscula, en la Figura 10. Como se informó anteriormente para el fago K de Staphylococcus, el gen putativo de polimerasa (orf114a, orf114b) puede contener una secuencia similar a un intrón. (O'Flaherty et al., 2004). La identificación de genes putativos de ARN de transferencia (ARNt) se llevó a cabo utilizando el programa tRNAscan-SE (Lowe, T.M. y otros, 1997. Nucleic Acids Res., 25: 955-964).

La Tabla 5 a continuación proporciona los resultados de las pruebas de manchas que evaluaron el rango del huésped y la actividad del bacteriófago F44/10 contra cepas 100 cepas de Staphylococcus aureus (STA) aisladas de muestras clínicas. Cada mancha contenía 5 pL de suspensión de bacteriófagos con los títulos indicados, preparados a partir de un lisado purificado con CsCl. La sensibilidad de cada cepa al fago se evaluó en función de una escala relativa que va desde halos de lisis turbios (+) a claros (++++). Las manchas que se originan en placas de fagos aisladas se indican como (pfu) y la resistencia a la infección por fagos se indica como (-). También se indica el porcentaje de cepas que muestran un fenotipo de sensibilidad particular.

Tabla 5

7.7 Ejemplo 6: Bacteriófago F387/08

La comparación de los ORF putativos del genoma del bacteriófago F387/08 con las secuencias en la base de datos de nucleótidos del NCBI no reveló homologías significativas con secuencias conocidas distintas de porciones pequeñas del genoma (< 12% de cobertura del genoma). Se proporciona una organización esquemática del genoma de F387/08 en la Figura 11. Los orfs funcionalmente asignados se indican a la derecha y en las Figs. 11B-C. Se realizaron búsquedas de homología de ADN con el programa BLASTN (Zhang, Z. et al., 2000. J. Comput. Biol., 7: 203-214), utilizando la base de datos de colección de nucleótidos del NCBI.

Los ORF de F387/08, sus secuencias codificadas de aminoácidos y las proteínas homólogas conocidas se proporcionan en la Figura 12. La predicción de orfs se realizó mediante la integración de los resultados obtenidos con los programas GeneMark.hmm y MetaGeneAnnotator (Besemer, J. y Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920; Noguchi, H. et al., 2008. Res Res. ., 15: 387-396). Las búsquedas de homología de proteínas se realizaron con el programa BLASTP (Altschul, S. F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402) utilizando la base de datos de secuencias de proteínas no redundantes del NCBI. Los dominios de proteína conservados se predijeron utilizando el BLAST especializado del NCBI (Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240).

La Tabla 6 a continuación proporciona los resultados de las pruebas de manchas que evaluaron el rango del huésped y la actividad del bacteriófago F387/08 contra 100 cepas de Klebsiella sp. (86 cepas de K. pneumoniae strains; 12 cepas de K. oxytoca; y 2 cepas de Klebsiella sp.) aisladas de muestras clínicas. Cada mancha contenía 5 pL de suspensión de bacteriófagos con los títulos indicados, preparados a partir de un lisado purificado con CsCl. La sensibilidad de cada cepa al fago se evaluó en función de una escala relativa que va desde halos de lisis turbios (+) a claros (++++). Las manchas que se originan en placas de fagos aisladas se indican como (pfu) y la resistencia a la infección por fagos se indica como (-). También se indica el porcentaje de cepas que muestran un fenotipo de sensibilidad particular.

Tabla 6

7.8 Ejemplo 7: Bacteriófago F125/10

La comparación de los ORF putativos del genoma del bacteriófago F125/10 con las secuencias en la base de datos de nucleótidos del NCBI reveló que aproximadamente el 87% del ADN del fago F125/10 es altamente similar al del fago A5W de Staphylococcus, con identidades de ORF individuales que varían de 77 a 99%. Se proporciona una organización esquemática del genoma de F125/10 en la Figura 13. Los ORF de F125/10, sus secuencias codificadas de aminoácidos y proteínas homólogas conocidas se proporcionan en la Figura 14. La predicción de orfs se realizó mediante la integración de los resultados obtenidos con los programas GeneMark.hmm y MetaGeneAnnotator (Besemer, J. y Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920; Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387­ 396). Las búsquedas de homología de proteínas se realizaron con el programa BLASTP (Altschul, S. F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402) utilizando la base de datos de secuencias de proteínas no redundantes del NCBI. Los dominios de proteína conservada se predijeron utilizando el BLAST especializado en NCBI (Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240). orfs cuyos productos presentaron homología con la misma proteína o proteínas se indican con el mismo número con la adición de una letra minúscula, en la Figura 14. Como se informó anteriormente para el fago K de Staphylococcus (O'Flaherty et al., 2004, J. of Bacteriology 186 (9): 2862-2871), y el fago Twort (Landthaler et al., 2002, Nucleic Acids Research 30 (9): 1935-1943), se encontraron intrones que interrumpían los genes implicados en el metabolismo del ADN; y el gen de la subunidad larga de la terminasa putativa (orf153a, orf153b) pueden contener una secuencia similar al intrón (orf154*).

La Tabla 7 a continuación proporciona los resultados de las pruebas de manchas que evaluaron el rango del huésped y la actividad del bacteriófago F125/10 contra 98 cepas de Staphylococcus aureus (STA) aisladas de muestras clínicas. Cada mancha contenía 5 pL de suspensión de bacteriófagos con los títulos indicados, preparados a partir de un lisado purificado con CsCl. La sensibilidad de cada cepa al fago se evaluó en función de una escala relativa que va desde halos de lisis turbios (+) a claros (++++). Las diluciones de fagos que se originan a partir de placas de fagos aisladas se indican como (pfu) y la resistencia a la infección por fagos se indica como (-). También se indica el porcentaje de cepas que muestran un fenotipo de sensibilidad particular.

Tabla 7

Claims (9)

REIVINDICACIONES

1. Un bacteriófago aislado designado como F44/10 que tiene un genoma que comprende la secuencia de ácido nucleico de la SEQ ID NO: 560.

2. Una composición farmacéutica que comprende el bacteriófago de la reivindicación 1 y un vehículo farmacéuticamente aceptable.

3. La composición farmacéutica de la reivindicación 2, que comprende además una o más cepas adicionales de un bacteriófago efectivo contra Staphylococcus aureus o una o más cepas adicionales de bacteriófagos efectivas contra bacterias distintas de Staphylococcus aureus.

4. Una cantidad terapéuticamente eficaz de la composición farmacéutica de cualquiera de las reivindicaciones 2-3 para uso en el tratamiento o prevención de una infección bacteriana en un sujeto que la necesite;

en la que dicha infección bacteriana es una infección por Staphylococcus aureus,

en la que la infección es una infección nosocomial, preferiblemente una neumonía nosocomial; o

en la que la infección es una infección del tracto respiratorio; y/o

en la que el sujeto es un mamífero, preferiblemente un humano.

5. Un método para diagnosticar el agente causante de una infección bacteriana que comprende:

(i) cultivar una muestra de tejido de un paciente;

(ii) poner en contacto el cultivo de la etapa (i) con el bacteriófago de la reivindicación 1, y

(iii) controlar la evidencia de crecimiento o lisis del cultivo

en el que la evidencia de lisis del cultivo indica que el cultivo comprende una especie o cepa de bacterias que se sabe que son susceptibles al bacteriófago o polipéptido usado en la etapa (ii);

preferiblemente, en la que la muestra de tejido es una muestra de sangre, orina, esputo, biopsia de tejido o hisopo recolectado de dicho paciente.

6. Un método in vitro para reducir o inhibir la colonización o el crecimiento de Staphylococcus aureus en una superficie sólida que comprende poner en contacto dicha superficie con el bacteriófago de la reivindicación 1, preferiblemente en el que dicha superficie es la superficie de un aparato hospitalario o una pieza de equipo hospitalario, preferiblemente un aparato quirúrgico o pieza de equipo quirúrgico.

7. El bacteriófago de la reivindicación 1, para uso en la reducción o inhibición de una infección asociada con la colonización o crecimiento de Staphylococcus aureus en una membrana mucosa en contacto con la misma; preferiblemente en la que dicha membrana mucosa es la piel o una membrana mucosa de un mamífero, o la piel o una membrana mucosa de un ser humano.

8. Una cantidad terapéuticamente eficaz de la composición farmacéutica de cualquiera de las reivindicaciones 2-3, para uso de acuerdo con la reivindicación 4, caracterizada porque la composición se administra por inhalación o por vía nasal,

preferiblemente como un inhalador de polvo seco o un atomizador en aerosol, y/o preferiblemente suministrados desde una bomba, pulverizador, nebulizador, inhalador o insuflador presurizados.9

9. El bacteriófago de la reivindicación 1, para uso de acuerdo con la reivindicación 7, en el que dicha membrana mucosa es una membrana mucosa del tracto respiratorio superior o inferior.