JP6058540B2 - 抗菌性ファージ、ファージペプチド、及びそれらの使用方法 - Google Patents

抗菌性ファージ、ファージペプチド、及びそれらの使用方法 Download PDF

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Description

１．配列表
本願は配列表を含み、これは、ＥＦＳ−Ｗｅｂを介してＡＳＣＩＩフォーマットで提出されており、参照することによってその全体が本明細書に組み込まれる。２０１１年９月１４日に作成された前記ＡＳＣＩＩのコピーは、１６３９５ＵＳ１．ｔｘｔと名付けられ、３２９５８５８バイトのサイズである。
２．関連出願
本願は、２０１０年９月１７日に出願された米国仮出願第６１／３８４，０１５号明細書に対する優先権を主張するものであり、前記明細書の内容は、参照することによってその全体が本明細書に組み込まれる。
３．発明の分野
本発明は、細菌感染を治療及び制御するためのファージ療法の分野を対象とする。特に、本発明は、新規なバクテリオファージＦ３８７／０８、Ｆ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ１２５／１０、その単離されたポリペプチド、新規なバクテリオファージの１又は２以上及び／又は単離されたポリペプチドを含む組成物、並びに、単独の、又は他の療法、例えば抗生物質若しくは他のファージ療法と組み合わされた、例えば黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）、クレブシエラ・ニューモニエ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、アシネトバクター・バウマニ（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ）、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ．ｃｏｌｉ）、及び／又は緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）が引き起こす細菌感染を治療及び予防するための方法を対象とする。
４．背景
バクテリオファージ（ファージ）は、細菌に特異的に感染し、それを溶解するウイルスである。ファージ療法は、細菌感染性疾患を治療するための、ファージウイルス全体を使用する方法であり、１９２０年代にFelix d'Herelleによって導入された。当初は、ファージ療法は積極的に調べられ、ヒト及び動物における細菌感染の治療のためのファージ療法の可能性を判定するために、多くの研究が行われた。初期の成功によって、複数の市販ファージ調製物の開発が促された。例えば、１９４０年に、Eli Lilly Company社はヒト用の７つのファージ産物を作製し、それには、ブドウ球菌属菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．）、大腸菌、及び他の病原性細菌により生じる様々な疾病を治療するためのファージ調製物が含まれる。これらの調製物は、例えば、膿瘍、傷の化膿、膣炎、急性・慢性上気道感染症、及び乳様突起感染の原因となる感染の治療に使用された。
しかし、１９４０年代に抗生物質が開発されると、西欧諸国では、ファージに基づいた治療法への関心は減少した。この減少の原因となる最も重要な要因の１つは、標準化された試験プロトコル及び産生方法が欠如していることであった。ファージ治療法を試験するための業界全体での標準を開発できなかったことにより、研究結果のドキュメンテーションが妨げられ、その結果、効力が十分でないとの認識、及びファージ療法の価値に関する信用問題が生じた。さらに、ファージ試料／標本の産生に関する問題が、当初の研究及び調査を困難にした。ファージ治療法の寿命を増大させるために、当初は、様々な安定剤及び防腐剤が使用された。しかし、ファージと様々な安定剤との生物学があまり理解されていなかったため、ファージ調製物の寿命を伸ばすために添加される材料の多くは、ヒトに対して毒性であるか、又は長期の保存に対して悪影響を与えることが証明された。ファージの産生における別の問題は、ファージの市販調製物の純度レベルに関していた。当時、ファージ療法調製物は、一般的に、所望のファージで処理されている宿主細菌の生溶解物からなるものであった。したがって、多くの調製物は、現在では望ましくない細菌成分であると認識されているもの、例えばエンドトキシンを含有していた。したがって、この調製物は、特にこの調製物を静脈内に投与される患者において、有害事象を伴うことが多かった。それにもかかわらず、抗生物質の利用が制限されていた東ヨーロッパ及びかつてのソビエト連邦において、ファージ療法の開発及び使用は、抗生物質と組み合わせて、又は抗生物質に代わって続けられた。
しかし、抗生物質耐性の多くの細菌株が増えると、西欧諸国において、ファージに基づいた治療法への関心は回復した。新規なクラスの抗生物質が開発可能であっても、最終的には細菌が新規な薬剤に対する耐性を発現するであろうと見込まれるため、細菌感染を制御、予防、及び治療するための非化学療法的手段に対する探求が強まった。臨床環境においてファージ療法を使用するための、ファージに基づいた３つの主な戦略が存在し、それは、１）ビルレントファージの投与、２）バクテリオファージによってコードされるエンドリシン又は精製リシンの使用、３）ペプチドグリカンを合成する酵素などの鍵となる細菌酵素の代謝阻害剤としての、ファージの構造タンパク質の使用である。
したがって、病原細菌に対してインビボで使用するための、有力な治療及び／又は防止剤としての、新規なバクテリオファージ及びファージ産物の開発が望まれている。特に、黄色ブドウ球菌、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、及び／又は緑膿菌を含む院内病原菌を溶解し得るバクテリオファージが望まれている。これまでに研究されたほとんどのファージ及びファージペプチドが示す活性は、それが単離される細菌の種（又は亜種）に対して特異的であることが多く、ファージに基づいた新規な療法は、通常の環境細菌叢に影響することなく院内感染病原菌を選択的に標的化する、病院内での特定の使用を見出し得る。
５．発明の概要
本発明は、グラム陽性細菌又はグラム陰性細菌による感染に関連する状態を治療、予防、又は管理するための、単離されたバクテリオファージ、及びバクテリオファージ由来の単離された抗菌性ポリペプチドを対象とする。特に、本発明の単離されたバクテリオファージ又はポリペプチドは、院内感染病原体、例えば、これらに限定されないが、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、及び緑膿菌を含むグラム陰性細菌、並びにこれに限定されないが、黄色ブドウ球菌を含むグラム陽性細菌による感染を治療、防止、又は管理するための医薬組成物において使用することができる。ある実施形態において、本発明の医薬組成物は、抗生物質耐性の細菌株、例えば黄色ブドウ球菌のメチシリン耐性株（ＭＲＳＡ、methicillin resistant strains of Staphylococcus aureus）による感染に関連する状態の治療に有用である。特定の実施形態において、本発明の単離されたバクテリオファージ又はポリペプチドは、それを必要とする対象における院内感染病原体による感染の局所的治療に使用される。他の実施形態において、本発明の単離されたバクテリオファージ又はポリペプチドは、患者に由来する試料（例えば、組織、血液、尿、唾液の試料）における感染性作用物質の診断に使用される。他の実施形態において、本発明の単離されたバクテリオファージ又はポリペプチドは、皮膚又は他の表皮表面を含む固体表面の調製のための防止用殺菌剤又は抗感染薬として使用される。
ある実施形態において、本発明は、配列番号１（図１５Ａ〜１５ＩＩＩ）の核酸配列を含むゲノムを有し、クレブシエラ・ニューモニエの１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、単離されたバクテリオファージＦ３９１／０８を提供する。他の実施形態において、本発明は、配列番号２（図１６Ａ〜１６Ｑ）の核酸配列を含むゲノムを有し、アシネトバクター・バウマニの１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、単離されたバクテリオファージＦ３９４／０８を提供する。さらに他の実施形態において、本発明は、配列番号３（図１７Ａ〜１７ＫＫＫＫ）の核酸配列を含むゲノムを有し、大腸菌の１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、単離されたバクテリオファージＦ４８８／０８を提供する。さらに他の実施形態において、本発明は、配列番号４（図１８Ａ〜１８Ｘ）の核酸配列を含むゲノムを有し、緑膿菌の１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、単離されたバクテリオファージＦ５１０／０８を提供する。さらなる実施形態において、本発明は、配列番号５６０の核酸配列（図１９Ａ〜１９ＵＵＵ）を含むゲノムを有し、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、単離されたバクテリオファージＦ４４／１０を提供する。さらなる実施形態において、本発明は、配列番号７８１の核酸配列（図２０Ａ〜２０ＫＫＫＫ）を含むゲノムを有し、クレブシエラ・ニューモニエの１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、単離されたバクテリオファージＦ３８７／０８を提供する。さらなる実施形態において、本発明は、配列番号１０７４の核酸配列（図２１Ａ〜２１ＺＺＺ）を含むゲノムを有し、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、単離されたバクテリオファージＦ１２５／１０を提供する。
本発明はまた、１又は２以上の本発明のバクテリオファージに感染した、単離された細菌も包含する。特定の実施形態において、本発明は、配列番号１の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに感染した、単離されたクレブシエラ・ニューモニエを提供する。他の実施形態において、本発明は、配列番号２の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに感染した、単離されたアシネトバクター・バウマニを提供する。さらに他の実施形態において、本発明は、配列番号３の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに感染した、単離された大腸菌を提供する。さらに他の実施形態において、本発明は、配列番号４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有する１又は２以上のバクテリオファージに感染した、単離された緑膿菌を提供する。さらに他の実施形態において、本発明は、配列番号５６０の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有する１又は２以上のバクテリオファージに感染した、単離された黄色ブドウ球菌を提供する。さらなる実施形態において、本発明は、配列番号７８１の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有する１又は２以上のバクテリオファージに感染した、単離されたクレブシエラ・ニューモニエを提供する。さらなる実施形態において、本発明は、配列番号１０７４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有する１又は２以上のバクテリオファージに感染した、単離された黄色ブドウ球菌を提供する。
本発明は、バクテリオファージＦ３８７／０８、Ｆ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、及び／又はＦ１２５／１０から単離されたポリペプチドを包含し、このポリペプチドは、グラム陽性細菌又はグラム陰性細菌、例えばクレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌、及び／又は黄色ブドウ球菌の１又は２以上の種又は株に対する抗菌活性を示す。特定の実施形態において、Ｆ３８７／０８及びＦ３９１０／０８から単離されたか又はこれらに由来する本発明のポリペプチドは、少なくともクレブシエラ・ニューモニエに対する抗菌活性又は抗微生物活性、例えば溶解死滅活性を示し、Ｆ３９４／０８から単離されたか又はこれらに由来する本発明のポリペプチドは、少なくともアシネトバクター・バウマニに対する抗菌活性又は抗微生物活性を示し、Ｆ４８８／０８から単離されたか又はこれらに由来する本発明のポリペプチドは、少なくとも大腸菌に対する抗菌活性又は抗微生物活性を示し、Ｆ５１０／０８から単離されたか又はこれらに由来する本発明のポリペプチドは、少なくとも緑膿菌に対する抗菌活性又は抗微生物活性を示し、Ｆ４４／１０及びＦ１２５／１０から単離されたか又はこれらに由来する本発明のポリペプチドは、少なくとも黄色ブドウ球菌に対する抗菌活性又は抗微生物活性を示す。
ある実施形態において、本発明のポリペプチドは、細菌、例えば、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、及び／又は緑膿菌などのグラム陽性細菌、例えば黄色ブドウ球菌及び／又はグラム陰性細菌の１又は２以上の種又は株に対する抗菌活性を示す、単離されたリシン又はその断片（例えば、ＣＨＡＰドメイン）を含むか又はそれからなる。特定の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号２０、配列番号８０、配列番号１９２、配列番号２８２、配列番号５４７、配列番号５５６、配列番号５５７、配列番号５９８、配列番号１２１６、又は配列番号１２６１のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、単離されたリシンタンパク質、例えば、エンドリシン又は尾部リシンである。前記リシンタンパク質の予測される機能には、例えば、Ｉｇ様ビリオンタンパク質（配列番号２０）、細胞壁加水分解酵素（配列番号８０）、Ｎ−アセチルムラモイル−Ｌ−アラニンアミダーゼ（配列番号１９２）、可溶性リゾチーム（配列番号２８２）、Ｔ４様リゾチーム（配列番号５４７）、エンドリシン（配列番号５５６）、ラムダＲｚ１様タンパク質（配列番号５５７）、エンドリシン（配列番号５９８）、エンドリシン（配列番号１２１６）、及び尾部リシン（配列番号１２６１）が含まれる。
他の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号２０、配列番号８０、配列番号１９２、配列番号２８２、配列番号５４７、配列番号５５６、配列番号５５７、配列番号５９８、配列番号１２１６、又は配列番号１２６１の断片、バリアント、又は誘導体を含み、前記断片、バリアント、又は誘導体は、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌、及び／又は黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対する抗菌活性又は抗微生物活性、例えば溶解死滅活性を有する。この実施形態に従った特定の例において、配列番号２０及び／又は配列番号８０のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体は、クレブシエラ・ニューモニエの１又は２以上の株に対する、例えば、配列番号１の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに対する、抗菌活性又は抗微生物活性（例えば、溶解死滅活性）を示す。この実施形態に従った他の例において、配列番号１９２のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体は、アシネトバクター・バウマニの１又は２以上の株に対する、例えば、配列番号２の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに対する、抗菌活性又は抗微生物活性（例えば、溶解死滅活性）を示す。この実施形態に従った他の例において、配列番号２８２のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体は、大腸菌の１又は２以上の株に対する、例えば、配列番号３の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに対する、抗菌活性又は抗微生物活性（例えば、溶解死滅活性）を示す。この実施形態に従った他の例において、配列番号５４７、配列番号５５６、及び／又は配列番号５５７のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体は、緑膿菌の１又は２以上の株に対する、例えば、配列番号４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに対する、抗菌活性又は抗微生物活性（例えば、溶解死滅活性）を示す。この実施形態に従った他の例において、配列番号５９８、配列番号１２１６、及び／又は配列番号１２６１のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体は、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対する、例えば、配列番号５６０又は配列番号１０７４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに対する、抗菌活性又は抗微生物活性（例えば、溶解死滅活性）を示す。
特定の実施形態において、本発明の単離されたポリペプチドは、配列番号２０、配列番号８０、配列番号１９２、配列番号２８２、配列番号５４７、配列番号５５６、配列番号５５７、又は配列番号５９８のＣＨＡＰドメインを含むか又はそれからなる。さらに他の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号２０、配列番号８０、配列番号１９２、配列番号２８２、配列番号５４７、配列番号５５６、配列番号５５７、又は配列番号５９８のＣＨＡＰドメインの断片、バリアント、又は誘導体を含み、前記断片、バリアント、又は誘導体は、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌、及び／又は黄色ブドウ球菌の少なくとも１又は２以上の株に対する抗菌活性又は抗微生物活性、例えば溶解死滅活性を有する。
他の実施形態において、本発明のポリペプチドは、それが由来するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を有する、単離された尾部タンパク質（例えば、尾部成分、尾部繊維タンパク質、尾部長巻尺タンパク質、吸着に関連する尾部タンパク質、主要尾部タンパク質、主要尾鞘タンパク質、基盤ウェッジサブユニット）又はその断片を含むか又はそれからなり、前記機能は、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌、及び／又は黄色ブドウ球菌の少なくとも１又は２以上の種又は株に対するものである。
特定の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号１５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３２〜３５、配列番号１８０、配列番号１８３、配列番号１８５、配列番号１９０、配列番号２３１、配列番号２３２、配列番号２３５、配列番号２３９〜２４５、配列番号２４８、配列番号２４９、配列番号２５２、配列番号２５４、配列番号４３３〜４３７、配列番号４８９〜４９６、配列番号５４４、配列番号５４５、配列番号５４９、配列番号５５１、配列番号６２９、配列番号６８６、配列番号７８９、配列番号７９６〜８００、配列番号８０６、配列番号８５４、配列番号９９９〜１００４、配列番号１０５３〜１０６０、配列番号１０７７、配列番号１２１７、配列番号１２５０、又は配列番号１２６６のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、単離された尾部タンパク質である。他の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号１５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３２〜３５、配列番号１８０、配列番号１８３、配列番号１８５、配列番号１９０、配列番号２３１、配列番号２３２、配列番号２３５、配列番号２３９〜２４５、配列番号２４８、配列番号２４９、配列番号２５２、配列番号２５４、配列番号４３３〜４３７、配列番号４８９〜４９６、配列番号５４４、配列番号５４５、配列番号５４９、配列番号５５１、配列番号６２９、配列番号６８６、配列番号７８９、配列番号７９６〜８００、配列番号８０６、配列番号８５４、配列番号９９９〜１００４、配列番号１０５３〜１０６０、配列番号１０７７、配列番号１２１７、配列番号１２５０、又は配列番号１２６６の断片、バリアント、又は誘導体を含み、前記断片、バリアント、又は誘導体は、それが由来するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示し、前記機能は、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌、及び／又は黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対するものである。
前記尾部タンパク質の予測される機能には、例えば、受容体結合尾部タンパク質（配列番号１５）、主要尾部タンパク質（配列番号２６及び配列番号１０７７）、微量尾部タンパク質（配列番号２７）、孔形成尾先端タンパク質（配列番号３０）、尾部タンパク質（配列番号３２〜３３）、微量尾部タンパク質（配列番号３４）、ファージ尾部タンパク質（配列番号３５）、尾鞘タンパク質（配列番号１８０）、尾部巻尺タンパク質（配列番号１８３）、尾部タンパク質（配列番号１８５）、尾部繊維タンパク質（配列番号１９０）、尾管タンパク質（配列番号２３１）、尾鞘モノマー（配列番号２３２）、尾鞘安定化及び完成タンパク質（配列番号２３５）、短い尾部繊維（配列番号２３９）、基盤ウェッジ完成尾針（配列番号２４０〜２４１）、基盤ウェッジ完成尾部繊維ソケット（配列番号２４２）、基盤ウェッジサブユニット（配列番号２４３）、基盤ウェッジイニシエーター（配列番号２４４）、基盤ウェッジ（配列番号２４５）、基盤ハブサブユニット及び尾部リゾチーム、細胞貫通デバイス（配列番号２４８）、基盤ウェッジ完成（配列番号２４９）、尾部完成及び鞘安定化タンパク質（配列番号２５２）、シャペロンの長い尾部繊維及び短い尾部繊維のアセンブリ（配列番号２５４）、尾部繊維タンパク質（配列番号４３３）、尾部繊維タンパク質（配列番号４３４）、ヒンジコネクタの長い尾部繊維（配列番号４３５）、尾部繊維ヒンジ（配列番号４３６）、近位尾部繊維サブユニット（配列番号４３７）、基盤−尾管イニシエーター（配列番号４８９）、基盤（配列番号４９０）、基盤ハブサブユニット、尾部長決定部（配列番号４９１）、基盤遠位ハブサブユニット（配列番号４９２）、基盤ハブサブユニット（配列番号４９３）、基盤ハブアセンブリ触媒（配列番号４９４）、基盤ハブサブユニット（配列番号４９５）、基盤ウェッジサブユニット（配列番号４９６）、尾管タンパク質（配列番号５４４〜５４５）、尾部繊維タンパク質（配列番号５４９及び配列番号５５１）、主要尾鞘タンパク質（配列番号６２９及び配列番号１２５０）、主要尾部タンパク質（配列番号６８６）、尾管タンパク質（配列番号７８９）、フィブリチン（配列番号７９６）、短い尾部繊維（配列番号７９７）、基盤ウェッジ完成尾針（配列番号７９８）、基盤ウェッジサブユニット及び尾針（配列番号７９９）、基盤ウェッジ尾部繊維コネクタ（配列番号８００）、基盤ハブサブユニット及びリゾチーム（配列番号８０６）、リゾチーム（配列番号８５４）、ホリン（配列番号９９９及び配列番号１２１７）、遠位の長い尾部繊維アセンブリ触媒（配列番号１０００）、Ｌ型尾部繊維タンパク質（配列番号１００１）、長い尾部繊維遠位コネクタのヒンジコネクタ（配列番号１００２）、長い尾部繊維近位コネクタのヒンジコネクタ（配列番号１００３）、長い尾部繊維近位サブユニット（配列番号１００４）、基盤尾管イニシエーター（配列番号１０５３）、基盤尾管キャップ（配列番号１０５４）、基盤ハブサブユニット、尾部長決定部（配列番号１０５５）、基盤遠位ハブサブユニット（配列番号１０５６）、基盤ハブサブユニット（配列番号１０５７及び１０５９）、基盤ハブアセンブリ触媒（配列番号１０５８）、基盤ウェッジサブユニット（配列番号１０６０）、並びに基盤タンパク質（配列番号１２６６）が含まれる。
ある実施形態において、本発明は、配列番号１の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、配列番号１５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、又は配列番号３２〜３５のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体を包含し、前記機能は、クレブシエラ・ニューモニエの１又は２以上の株に対するものである。他の実施形態において、本発明は、配列番号２の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、配列番号１８０、配列番号１８３、配列番号１８５、又は配列番号１９０のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体を包含し、前記機能は、アシネトバクター・バウマニの１又は２以上の株に対するものである。
ある実施形態において、本発明は、配列番号３の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、配列番号２３１、配列番号２３２、配列番号２３５、配列番号２３９〜２４５、配列番号２４８、配列番号２４９、配列番号２５２、配列番号２５４、配列番号４３３〜４３７、配列番号４８９〜４９５、又は配列番号４９６のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体を包含し、前記機能は、大腸菌の１又は２以上の株に対するものである。ある実施形態において、本発明は、配列番号４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、配列番号５４４、配列番号５４５、配列番号５４９、又は配列番号５５１のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体を包含し、前記機能は、緑膿菌の１又は２以上の株に対するものである。さらに他の実施形態において、本発明は、配列番号５６０の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、配列番号６２９又は配列番号６８６のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体を包含し、前記機能は、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対するものである。さらに他の実施形態において、本発明は、配列番号７８１の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、配列番号７８９、配列番号７９６〜８００、配列番号８０６、配列番号８５４、配列番号９９９〜１００４、又は配列番号１０５３〜１０６０のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体を包含し、前記機能は、クレブシエラ・ニューモニエの１又は２以上の株に対するものである。さらに他の実施形態において、本発明は、配列番号１０７４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、配列番号１０７７、配列番号１２１７、配列番号１２５０、又は配列番号１２６６のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体を包含し、前記機能は、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対するものである。
ある実施形態において、本発明は、細菌の１又は２以上の株、例えば、グラム陽性細菌（例えば、黄色ブドウ球菌）、グラム陰性細菌（例えば、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌及び緑膿菌）、又はグラム陽性細菌にもグラム陰性細菌にも分類されない細菌に対する抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、単離されたポリペプチドを提供し、前記単離されたポリペプチドは、同一の長さの（すなわち、同数の残基からなる）第２のアミノ酸配列に対して少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又はそれ以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を有し、前記第２のアミノ酸配列は、配列番号１５、配列番号２０、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３２〜３５、配列番号８０、配列番号１８０、配列番号１８３、配列番号１８５、配列番号１９０、配列番号１９２、配列番号２３１、配列番号２３２、配列番号２３５、配列番号２３９〜２４５、配列番号２４８、配列番号２４９、配列番号２５２、配列番号２５４、配列番号２８２、配列番号４３３〜４３７、配列番号４８９〜４９６、配列番号５４４、配列番号５４５、配列番号５４７、配列番号５４９、配列番号５５１、配列番号５５６、配列番号５５７、配列番号５９８、配列番号６２９、配列番号６８６、配列番号７８９、配列番号７９６〜８００、配列番号８０６、配列番号８５４、配列番号９９９〜１００４、配列番号１０５３〜１０６０、配列番号１０７７、配列番号１２１６、配列番号１２１７、配列番号１２５０、配列番号１２６１、配列番号１２６６のもの、及び／又はその断片である。
本発明はさらに、配列番号５〜１７６、配列番号１７７〜２２３、配列番号２２４〜５０６、配列番号５０７〜５５９、配列番号５６１〜７８０、配列番号７８２〜１０７３、及び配列番号１０７５〜１３００のいずれかのアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、単離されたポリペプチドを提供する。他の実施形態において、治療用作用物質（例えば、異種ポリペプチド又は小分子）に組換えによって融合しているか又は化学的に結合している（例えば、共有結合又は非共有結合）、本発明の単離されたポリペプチドが提供される。
本発明はまた、本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを包含する。特定の実施形態において、本発明は、配列番号５〜１７６、配列番号１７７〜２２３、配列番号２２４〜５０６、配列番号５０７〜５５９、配列番号５６１〜７８０、配列番号７８２〜１０７３、及び配列番号１０７５〜１３００のいずれかのポリペプチドをコードする核酸配列を含む、単離された核酸を提供する。他の実施形態において、本発明は、配列番号１５、配列番号２０、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３２〜３５、配列番号８０、配列番号１８０、配列番号１８３、配列番号１８５、配列番号１９０、配列番号１９２、配列番号２３１、配列番号２３２、配列番号２３５、配列番号２３９〜２４５、配列番号２４８、配列番号２４９、配列番号２５２、配列番号２５４、配列番号２８２、配列番号４３３〜４３７、配列番号４８９〜４９６、配列番号５４４、配列番号５４５、配列番号５４７、配列番号５４９、配列番号５５１、配列番号５５６、配列番号５５７、配列番号５９８、配列番号６２９、配列番号６８６、配列番号７８９、配列番号７９６〜８００、配列番号８０６、配列番号８５４、配列番号９９９〜１００４、配列番号１０５３〜１０６０、配列番号１０７７、配列番号１２１６、配列番号１２１７、配列番号１２５０、配列番号１２６１、又は配列番号１２６６のいずれかのポリペプチド、又はその活性断片、バリアント、若しくは誘導体をコードする核酸配列を含む、単離された核酸を提供し、前記ポリペプチド、又は活性断片、バリアント、若しくは誘導体は、それが単離される及び／又は由来するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す。本発明はまた、１又は２以上の前記核酸を含むベクターにも関するものである。特定の一実施形態において、前記ベクターは、発現ベクターである。本発明はさらに、１又は２以上が本発明のポリペプチドをコードする１又は２以上のポリヌクレオチドを含むベクターを含有する宿主細胞を提供する。
本発明は、特に、医薬組成物、すなわち抗微生物組成物において使用するための、本発明のポリペプチド又はその活性断片を産生するための方法を包含する。例えば、本発明のポリペプチドは、バクテリオファージＦ３８７／０８、Ｆ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、及び／又はＦ１２５／１０に感染した細胞培養物（例えば、細菌細胞培養物）から直接単離することができる。或いは、本発明のポリペプチドは、本発明のポリペプチド、例えば、配列番号１５、配列番号２０、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３２〜３５、配列番号８０、配列番号１８０、配列番号１８３、配列番号１８５、配列番号１９０、配列番号１９２、配列番号２３１、配列番号２３２、配列番号２３５、配列番号２３９〜２４５、配列番号２４８、配列番号２４９、配列番号２５２、配列番号２５４、配列番号２８２、配列番号４３３〜４３７、配列番号４８９〜４９６、配列番号５４４、配列番号５４５、配列番号５４７、配列番号５４９、配列番号５５１、配列番号５５６、配列番号５５７、配列番号５９８、配列番号６２９、配列番号６８６、配列番号７８９、配列番号７９６〜８００、配列番号８０６、配列番号８５４、配列番号９９９〜１００４、配列番号１０５３〜１０６０、配列番号１０７７、配列番号１２１６、配列番号１２１７、配列番号１２５０、配列番号１２６１、又は配列番号１２６６、又はその活性断片、誘導体、若しくはバリアントをコードする核酸配列を含む発現ベクターを使用して、組換え手段によって得ることができる。本発明のポリペプチド又はその断片は、当技術分野において知られている、ポリペプチドを産生するためのいかなる方法によっても、特に、化学合成によって、又は組換え発現技術によって産生することができる。
特定の実施形態において、本発明は、ファージタンパク質、例えば、リシンタンパク質、尾部タンパク質、又はその活性断片、バリアント、若しくは誘導体を組換えによって産生するための方法であって、（ｉ）培地内で前記タンパク質を発現させるために適した条件下で、配列番号１５、配列番号２０、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３２〜３５、配列番号８０、配列番号１８０、配列番号１８３、配列番号１８５、配列番号１９０、配列番号１９２、配列番号２３１、配列番号２３２、配列番号２３５、配列番号２３９〜２４５、配列番号２４８、配列番号２４９、配列番号２５２、配列番号２５４、配列番号２８２、配列番号４３３〜４３７、配列番号４８９〜４９６、配列番号５４４、配列番号５４５、配列番号５４７、配列番号５４９、配列番号５５１、配列番号５５６、配列番号５５７、配列番号５９８、配列番号６２９、配列番号６８６、配列番号７８９、配列番号７９６〜８００、配列番号８０６、配列番号８５４、配列番号９９９〜１００４、又は配列番号１０５３〜１０６０、配列番号１０７７、配列番号１２１６、配列番号１２１７、配列番号１２５０、配列番号１２６１、又は配列番号１２６６のアミノ酸配列又はその断片をコードする核酸配列を含むベクターを含有する宿主細胞を培養すること、及び（ii）前記培地から前記タンパク質を回収することを含む方法に関する。ある実施形態において、本発明のポリペプチドをコードする核酸配列は、異種プロモーターに作動可能に連結している。
本発明はまた、細菌感染の臨床所見において原因物質を診断する方法も包含する。本発明の単離されたバクテリオファージ又はポリペプチドは、本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドに対する試料内の細菌の感受性を明らかにすることにより、患者の試料における細菌種の決定に役立たせるために使用することができる。このような方法はさらに、本発明の単離されたバクテリオファージ及び／又はポリペプチドの抗菌活性の評価方法を包含する。本発明のバクテリオファージ若しくはポリペプチドの抗菌活性、又はこのような活性に対する未知の試料の感受性を、当技術分野において知られている、及び／又は本明細書に記載するいかなる方法によっても判定することができる。ある実施形態において、抗菌活性及び／又は感受性は、既知の細菌及び／又は患者の組織、血液、体液、若しくはスワブの試料を標準的な技術（例えば、液体培養における、又は寒天プレート上での）に従って培養し、培養物を本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドと接触させ、前記接触の後の細胞の増殖をモニタリングすることによって判定される。例えば、液体培養において、細菌（例えば、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌、及び／又は黄色ブドウ球菌）は、培養物の指数関数的な増殖の中間点の典型的である光学密度（「ＯＤ、optical density」）まで増殖し得、培養物は、本発明の１又は２以上のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドの１又は２以上の濃度に曝され、ＯＤが対照培養物と比較してモニタリングされる。バクテリオファージ及び／又はポリペプチドが、培養物内の試験試料又は細菌の種及び／若しくは株に対して抗菌活性を示す（例えば、溶解死滅活性を示す）と、典型的に、対照培養物と比較してＯＤが減少する。同様に、細菌コロニーが寒天プレート上で形成され得、プレートは、本発明のバクテリオファージ又はポリペプチドに曝され、その後のコロニーの増殖が対照プレートと比較して評価される。コロニーのサイズの減少、又はコロニーの総数の減少は、バクテリオファージ及び／又はポリペプチドが試験試料及び／又は培養された種若しくは株に対して抗菌活性を有することを示す。
本発明はまた、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５６０、配列番号７８１、又は配列番号１０７４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを含むか又はそれからなる医薬組成物を対象とする。ある実施形態において、本発明の医薬組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５６０、配列番号７８１、又は配列番号１０７４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージと、１又は２以上の他のバクテリオファージとを含む。１又は２以上の他のバクテリオファージは、本発明の１若しくは２以上のバクテリオファージ（例えば、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５６０、配列番号７８１、又は配列番号１０７４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するもの）、その１若しくは２以上の株であり得るか、又は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５６０、配列番号 ７８１、若しくは配列番号１０７４に従ったゲノムを有するバクテリオファージ以外の、当技術分野において知られている１若しくは２以上のバクテリオファージであり得る。さらに、本発明の医薬組成物における１又は２以上のバクテリオファージは、同一の又は異なる細菌種又は細菌株を標的化し得る。ある実施形態において、本発明の１又は２以上のバクテリオファージを含む医薬組成物はさらに、本発明の１若しくは２以上のポリペプチド及び／又は本明細書において記載されるか若しくは当技術分野において知られているような他のファージ産物を含む。
ある実施形態において、本発明は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５６０、配列番号７８１、及び／又は配列番号１０７４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージから単離されたポリペプチド又はその活性断片、特に抗微生物活性及び／又は抗菌活性を有するポリペプチド又はその活性断片を含む医薬組成物を提供する。特定の実施形態において、本発明の医薬組成物は、配列番号１５、配列番号２０、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３２〜３５、配列番号８０、配列番号１８０、配列番号１８３、配列番号１８５、配列番号１９０、配列番号１９２、配列番号２３１、配列番号２３２、配列番号２３５、配列番号２３９〜２４５、配列番号２４８、配列番号２４９、配列番号２５２、配列番号２５４、配列番号２８２、配列番号４３３〜４３７、配列番号４８９〜４９６、配列番号５４４、配列番号５４５、配列番号５４７、配列番号５４９、配列番号５５１、配列番号５５６、配列番号５５７、配列番号５９８、配列番号６２９、配列番号６８６、配列番号７８９、配列番号７９６〜８００、配列番号８０６、配列番号８５４、配列番号９９９〜１００４、配列番号１０５３〜１０６０、配列番号１０７７、配列番号１２１６、配列番号１２１７、配列番号１２５０、配列番号１２６１、又は配列番号１２６６のアミノ酸配列を有する１又は２以上のポリペプチドを含む。他の実施形態において、本発明の医薬組成物は、配列番号１５、配列番号２０、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３２〜３５、配列番号８０、配列番号１８０、配列番号１８３、配列番号１８５、配列番号１９０、配列番号１９２、配列番号２３１、配列番号２３２、配列番号２３５、配列番号２３９〜２４５、配列番号２４８、配列番号２４９、配列番号２５２、配列番号２５４、配列番号２８２、配列番号４３３〜４３７、配列番号４８９〜４９６、配列番号５４４、配列番号５４５、配列番号５４７、配列番号５４９、配列番号５５１、配列番号５５６、配列番号５５７、配列番号５９８、配列番号６２９、配列番号６８６、配列番号７８９、配列番号７９６〜８００、配列番号８０６、配列番号８５４、配列番号９９９〜１００４、配列番号１０５３〜１０６０、配列番号１０７７、配列番号１２１６、配列番号１２１７、配列番号１２５０、配列番号１２６１、又は配列番号１２６６のバリアント、誘導体、又は断片であるポリペプチドを含み、前記バリアント、誘導体、又は断片は、それが由来するポリペプチドの生物学的機能、例えば、好ましくはクレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌、及び／又は黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対する、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を保持するものである。
本発明の医薬組成物は、薬学的に許容される担体、賦形剤、又は安定剤をさらに含み得る。ある実施形態において、本発明の医薬組成物は、それを必要とする対象において細菌による感染に関連する疾患又は障害の症状を治療、予防、及び／又は改善するための、抗生物質組成物（それらが抗菌活性を示すという点で）又は治療用組成物である。特定の実施形態において、本発明の医薬組成物は、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌、及び／又は黄色ブドウ球菌による感染に関連する疾患又は障害の症状を治療、予防、及び／又は改善するための、抗菌組成物又は治療用組成物である。ある実施形態において、本発明の医薬組成物を投与される対象は、哺乳動物（例えば、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ウマ、霊長類（例えば、ヒト）、齧歯動物、ウサギ、又はトリ（例えば、ニワトリ、アヒル、ガチョウ））である。
本発明は、細菌感染を治療又は予防する方法であって、それを必要とする対象に、１又は２以上のバクテリオファージ又はファージ産物（例えば、単離されたバクテリオファージポリペプチド、又はその活性断片、バリアント、若しくは誘導体）を含む医薬組成物を、場合によって、本明細書に記載の１又は２以上の他のバクテリオファージ又は他のファージ産物に加えて投与することを含む方法を提供する。本発明との関連で、「治療」は、治療的処置及び防止的又は予防的手段を指し、その目的は、病的状態又は障害に関連する症状又は根本的原因（例えば、細菌感染）を排除し、低減し、その重症度を低下させ、その進行を遅らせ、又はそれを遅延若しくは予防することである。本発明の医薬組成物は、これらに限定されないが、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌、及び／又は黄色ブドウ球菌、並びにある実施形態において、表皮ブドウ球菌、スタフィロコッカス・アウリクラーリス、スタフィロコッカス・カピティス、スタフィロコッカス・ヘモリチカス、スタフィロコッカス・ホミニス、腐性ブドウ球菌、スタフィロコッカス・シムランス、スタフィロコッカス・キシローサス、ミクロコッカス・ルテウス（Ｍ．ｌｕｔｅｕｓ）、枯草菌（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、バチルス・プミルス（Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ）、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・ヒラエ、エンテロコッカス・フェシウム、エンテロコッカス・アビウム、及びその組合せを含むあらゆる細菌感染に関連する感染の治療又は管理に使用することができる。ある実施形態において、医薬組成物は、これらに限定されないが、術後眼内炎、心内膜炎、中枢神経系の感染、肺炎、骨髄炎、創傷感染（例えば、糖尿病性の足潰瘍）、乳腺炎、敗血症、食中毒、髄膜炎、皮膚感染、膿瘍、毒素性ショック症候群、菌血症、並びに／又は院内病原菌の感染に関連する他の状態を含む、細菌感染に関連する状態又は障害の治療に使用することができる。
ある実施形態において、本発明は、単剤療法としてのバクテリオファージ又は単離されたファージ産物（例えば、単離されたファージポリペプチド、又はその活性断片、バリアント、若しくは誘導体）の使用を提供する。他の実施形態において、本発明は、細菌感染の標準的な又は実験的な治療と組み合わせた、バクテリオファージ又はファージ産物（例えば、単離されたファージポリペプチド、又はその活性断片、バリアント、若しくは誘導体）の使用を提供する。このような組合せ療法は、標準的な又は実験的な治療の有効性を増強し得る。本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドとの組合せにおいて特に有用な治療用作用物質の例は、抗炎症剤、標準的な化学療法抗生物質剤（例えば、ペニシリン、合成ペニシリン、バシトラシン、メチシリン、ナフシリン、オキサシリン、クロキサシリン、バンコマイシン、テイコプラニン、クリンダマイシン、コトリモキサゾール、セファロスポリン、ポリミキシン、セファクロル、セファドロキシル、セファマンドールナファート、セファゾリン、セフィキシム、セフメタゾール、セフォニオイド、セフォペラゾン、セフォラニド、セフォタム、セフォタキシム、セフォテタン、セフォキシチン、セフポドキシムプロキセチル、セフタジジム、セフチゾキシム、セフトリアキソン、セフリアキソンモキサラクタム、セフロキシム、セファレキシン、セファロスポリンＣ、セファロスポリンＣナトリウム塩、セファロチン、セファロチンナトリウム塩、セファピリン、セフラジン、セフロキシムアキセチル、セファロチン二水和物、モキサラクタム、ロラカルベフマファート、及びキレート剤）、局所麻酔剤、及び／又はコルチコステロイドである。さらに別の実施形態において、本発明の組成物は、当技術分野において知られている１又は２以上のバクテリオファージ又はファージ産物と組み合わせることができる。本発明に包含される組合せ療法は、単一の医薬組成物に製剤され得るか、又は別の組成物で、しかし治療レジメン全体の一部として、投与され得る。
本発明の医薬組成物は、抗菌化合物の投与、例えば、経口又は非経口（例えば、吸入、筋肉内、静脈内、又は表皮）投与に適した、当技術分野において知られているいかなる方法によっても投与することができる。好ましい実施形態において、本発明の医薬組成物は、局所的に、例えば、局所製剤で投与される。本発明の組成物は、外科切開部位での感染又はカテーテル若しくはドレーンに関連する感染などの一般的な院内感染を治療及び／又は予防するために局所的に使用することができる。他の実施形態において、本発明の組成物は、皮膚又は真皮上層の細菌感染（例えば、糖尿病性の足潰瘍又はようの感染）を治療するために使用される。
本発明の医薬組成物はまた、化粧品における、又は細菌のコロニー形成を予防するために固体表面に使用するための（すなわち、殺菌剤として）スプレー若しくは溶液における抗菌剤などの、従来非治療的である使用に用いることができる。
本発明はまた、抗菌活性についてペプチドをスクリーニングするための方法も対象とする。一実施形態において、本方法は、抗菌活性について配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５６０、配列番号７８１、又は配列番号１０７４の核酸配列のオープンリーディングフレームによってコードされる、少なくとも６、１０、１５、２０、又は２５残基の長さの連続するアミノ酸配列をスクリーニングすることを含み、前記抗菌活性は、例えば寒天又は液体培養における細菌の増殖を阻害するペプチドの能力によって測定される。
５．１ 定義
本明細書において使用される場合、「断片」という用語は、タンパク質のアミノ酸配列の少なくとも５個の連続するアミノ酸残基、少なくとも１０個の連続するアミノ酸残基、少なくとも１５個の連続するアミノ酸残基、少なくとも２０個の連続するアミノ酸残基、少なくとも２５個の連続するアミノ酸残基、少なくとも４０個の連続するアミノ酸残基、少なくとも５０個の連続するアミノ酸残基、少なくとも６０個の連続するアミノ酸残基、少なくとも７０個の連続するアミノ酸残基、少なくとも８０個の連続するアミノ酸残基、少なくとも９０個の連続するアミノ酸残基、少なくとも１００個の連続するアミノ酸残基、少なくとも１２５個の連続するアミノ酸残基、少なくとも１５０個の連続するアミノ酸残基、少なくとも１７５個の連続するアミノ酸残基、少なくとも２００個の連続するアミノ酸残基、又は少なくとも２５０個の連続するアミノ酸残基からなるアミノ酸配列を含むペプチド又はポリペプチドを指す。特定の実施形態において、断片は、それが単離されるタンパク質の少なくとも１つの機能（例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解による細胞の死滅））を保持しているという点で、機能的な断片である。
本明細書において使用される場合、「活性があるバクテリオファージ産物」及び「バクテリオファージ産物」という用語は、本発明のバクテリオファージから単離されたポリペプチド、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を指し、前記ポリペプチド、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体は、それが単離されたか又は由来するバクテリオファージに関連する生物学的機能又は活性（例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解による細胞の死滅））を示す。
本明細書において使用される場合、ペプチド、ポリペプチド、又は融合タンパク質との関連における「単離された」という用語は、それが由来する細胞源若しくは組織源の細胞物質若しくは汚染タンパク質（contaminating protein）をほとんど有さないか、又は、化学合成された場合には化学的前駆体若しくは他の化学物質をほとんど有さない、ペプチド、ポリペプチド、又は融合タンパク質を指す。「細胞物質をほとんど有さない」という表現には、ペプチド、ポリペプチド、又は融合タンパク質が、それが単離されるか又は組換えによって産生される細胞の細胞成分から分離されている、ペプチド、ポリペプチド、又は融合タンパク質の調製物が含まれる。したがって、細胞物質をほとんど有さないペプチド、ポリペプチド、又は融合タンパク質には、約３０％、２０％、１０％、又は５％（乾燥重量）未満の異種タンパク質（本明細書においては「汚染タンパク質」とも呼ばれる）を有するペプチド、ポリペプチド、又は融合タンパク質の調製物が含まれる。ペプチド、ポリペプチド、又は融合タンパク質が組換えによって産生される場合には、これはまた、好ましくは、培養培地をほとんど有さず、すなわち、培養培地は、タンパク質調製物の容積の約２０％、１０％、又は５％未満に相当する。ペプチド、ポリペプチド、又は融合タンパク質が化学合成によって産生される場合には、これは、好ましくは、化学的前駆体又は他の化学物質をほとんど有さず、すなわち、これは、ペプチド、ポリペプチド、又は融合タンパク質の合成に関与する化学的前駆体又は他の化学物質から分離されている。したがって、ペプチド、ポリペプチド、融合タンパク質、又は抗体のこのような調製物は、約３０％、２０％、１０％、５％（乾燥重量）未満の、所望のペプチド、ポリペプチド、又は融合タンパク質以外の化学的前駆体又は化合物を有する。
本明細書において使用される場合、第１の核酸分子との関連における「単離された」という用語は、第１の核酸分子の天然源に存在する他の核酸分子から分離されている核酸分子を指す。さらに、ｃＤＮＡ分子などの「単離された」核酸分子は、他の細胞物質を、若しくは組換え技術によって産生された場合には培養培地をほとんど有さないか、又は、化学合成された場合には化学的前駆体若しくは他の化学物質をほとんど有さず、かつ、他のｃＤＮＡ又は他のゲノムＤＮＡ分子を有さない可能性があり、例えば、核酸ライブラリーにおける他のクローンから単離されている。
「精製された」という用語は、ペプチド、ポリペプチド、融合タンパク質、又は核酸分子の濃度が、これらに限定されないが、カラムクロマトグラフィー、ＨＰＬＣ、沈降、電気泳動などを含む、ペプチド、ポリペプチド、融合タンパク質、又は核酸分子の調製に関与する前駆体又は他の化学物質などの不純物を部分的に、実質的に、ほとんど完全に、又は完全に取り除くためのあらゆる精製プロセスによって、ある程度増大していることを意味する。当業者には、所定の使用に必要な精製の量が理解されよう。例えば、ヒトへの投与を目的とした治療用組成物において使用するための単離されたタンパク質は、通常、規制基準及び適正製造基準に従った高い純度でなくてはならない。
本明細書において使用される場合、ポリペプチドとの関連における「誘導体」という用語は、アミノ酸残基の置換、欠失、又は付加の導入によって改変されているアミノ酸配列を含むポリペプチドを指す。本明細書において使用される「誘導体」という用語はまた、修飾されているポリペプチド、すなわち、ポリペプチドへのあらゆるタイプの分子の共有結合による付着によって修飾されているポリペプチドを指す。例えば、これらに限定されないが、ポリペプチドは、例えば、既知の保護基／ブロック基、タンパク質分解による切断、細胞リガンド又は他のタンパク質への連結などによる、グリコシル化、アセチル化、ペグ化、リン酸化、アミド化、誘導体化により修飾することができる。誘導ポリペプチドは、これらに限定されないが、特異的化学的切断、アセチル化、ホルミル化、ツニカマイシンの代謝合成などを含む、当業者に知られている技術を使用した化学的修飾によって産生することができる。さらに、誘導ポリペプチドは、１又は２以上の従来にないアミノ酸を含有し得る。ポリペプチド誘導体は、それが由来するポリペプチドと類似又は同一の機能を有する。生物に「由来する」ポリペプチドに関連して使用される「由来する」という用語はまた、前記生物（例えば、細菌細胞又はファージ）からの直接的なポリペプチドの単離を指し得る。
本明細書において使用される場合、「宿主細胞」という用語は、核酸分子でトランスフェクトされた特定の対象細胞、及び、前記核酸分子又はその染色体に組み込まれた形態を含有する、このような細胞の子孫又は潜在的な子孫を指す。このような細胞の子孫は、引き続き起こる核酸分子の生成又は宿主細胞のゲノム内への核酸分子の組込みにおいて生じ得る、突然変異又は環境の影響のため、核酸分子でトランスフェクトされた親細胞とは同一ではない可能性がある。バクテリオファージのタンパク質及びポリペプチドが発現するためには、宿主細胞は好ましくは、バクテリオファージが単離又は培養された種又は株と同一の種又は株のものではない。
本明細書において使用される場合、「組み合わせて」という用語は、２以上の防止用及び／又は治療用作用物質の使用を指す。「組み合わせて」という用語の使用は、防止用及び／又は治療用作用物質を疾患又は障害を有する対象に投与する順序を制限するものではない。第１の防止用又は治療用作用物質は、第２の防止用又は治療用作用物質（第１の防止用又は治療用作用物質とは異なる）の投与の前に（例えば、５分前、１５分前、３０分前、４５分前、１時間前、２時間前、４時間前、６時間前、１２時間前、２４時間前、４８時間前、７２時間前、９６時間前、１週間前、２週間前、３週間前、４週間前、５週間前、６週間前、８週間前、又は１２週間前）、前記投与と同時に、又は前記投与の後に（例えば、５分後、１５分後、３０分後、４５分後、１時間後、２時間後、４時間後、６時間後、１２時間後、２４時間後、４８時間後、７２時間後、９６時間後、１週間後、２週間後、３週間後、４週間後、５週間後、６週間後、８週間後、又は１２週間後）、それを必要とする対象、例えば疾患又は障害を有する対象に投与することができる。
本明細書において使用される場合、「核酸」及び「ヌクレオチド配列」という用語には、一本鎖及び二本鎖のＤＮＡ分子及び／若しくはＲＮＡ分子、又はその組合せが含まれる。本明細書において使用される場合、「核酸によってコードされる」という用語は、当技術分野において周知の標準的な遺伝暗号（すなわち、標準的なコドントリプレット）を使用する参照核酸配列のフォワード配列、リバース配列、相補的配列、又は逆相補的配列の翻訳の結果生じるアミノ酸配列を指す。
本明細書において使用される場合、「防止用作用物質（単数）」及び「防止用作用物質（複数）」という用語は、疾患又は障害、特に、細菌感染に関連する疾患又は障害の１又は２以上の症状の予防、治療、管理、又は改善において使用することができる、本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドを指す。
本明細書において使用される場合、「治療用作用物質（単数）」及び「治療用作用物質（複数）」という用語は、疾患又は障害の、特に細菌感染に関連する疾患又は障害の１又は２以上の症状の予防、治療、管理、又は改善において使用することができる、本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドを指す。
本明細書において使用される場合、「治療有効量」という用語は、疾患又は障害の、特に細菌感染に関連する疾患又は障害の１又は２以上の症状を改善させるために十分な治療用作用物質の量を指す。
本明細書において使用される場合、「治療する（treat）」、「治療（treatment）」、及び「治療すること（treating）」という用語は、本発明の１又は２以上のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドの投与の結果生じる、疾患又は障害、特に細菌感染に関連する疾患又は障害の１又は２以上の症状の改善を指す。上記で述べたように、「治療」及び関連する用語は、治療的処置及び防止的又は予防的手段を指し、その目的は、病的状態又は障害に関連する症状又は根本的原因（例えば、細菌感染）を排除し、低減し、その重症度を低下させ、その進行を遅らせ、又はそれを遅延若しくは予防することである。
本明細書において使用される場合、バクテリオファージ、単離されたバクテリオファージタンパク質（又は、そのバリアント、誘導体、若しくは断片）、又はバクテリオファージ産物に関連する「抗菌活性」及び「抗微生物活性」という用語は、ほぼ同じ意味で使用され、微生物の、特にバクテリオファージが感染する種又は株の細菌を死滅させる能力及び／又は微生物の増殖若しくは繁殖を阻害する能力を指す。ある実施形態において、抗菌活性又は抗微生物活性は、標準的な技術（例えば、液体培養における、又は寒天プレート上での）に従って、細菌、例えば、グラム陽性細菌（例えば、黄色ブドウ球菌）、グラム陰性細菌（例えば、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、及び／又は緑膿菌）、又はグラム陽性細菌にもグラム陰性細菌にも分類されない細菌を培養し、培養物を本発明のバクテリオファージ又はポリペプチドと接触させ、前記接触の後の細胞の増殖をモニタリングすることによって判定される。例えば、液体培養において、細菌は、培養物の指数関数的な増殖の中間点の典型である光学密度（「ＯＤ」）まで増殖し得、培養物は、本発明の１又は２以上のバクテリオファージ又はポリペプチドの１又は２以上の濃度に曝され、ＯＤが対照培養物と比較してモニタリングされる。バクテリオファージ又はポリペプチドが抗菌活性を示す（例えば、溶解死滅活性を示す）と、典型的に、対照培養物と比較してＯＤが減少する。同様に、細菌コロニーが寒天プレート上で形成され得、プレートは、本発明のバクテリオファージ又はポリペプチドに曝され、その後のコロニーの増殖が対照プレートと比較して評価される。コロニーのサイズの減少、又はコロニーの総数の減少は、バクテリオファージ又はポリペプチドが抗菌活性を有することを示す。
本明細書において使用される場合、「ＣＨＡＰドメイン」は、ファージにコードされるいくつかのペプチドグリカン加水分解酵素において見られる保存されたアミダーゼドメインを指し、「システイン・ヒスチジン依存性アミド加水分解酵素／ペプチダーゼ」の略である。例えば、Rigden D, et. al., Trends Biochem Sci. 2003 May 28(5): 230-4を参照されたい。これは、ＧＳＰアミダーゼ及びペプチドグリカン加水分解酵素を含む、アミダーゼのスーパーファミリーにおいて見られる。このファミリーには、少なくとも２つの異なるタイプのペプチドグリカン切断活性、すなわちＬ−ムラモイル−Ｌ−アラニンアミダーゼ活性及びＤ−アラニルグリシルエンドペプチダーゼ活性が含まれる。ＣＨＡＰドメインは通常、保存されたシステイン残基及びヒスチジン残基を含有し、γ−グルタミルを含有する基質を加水分解する。これらのシステイン残基は、これらのアミダーゼのうちいくつかの活性に必須であると考えられ、それらのチオール基は、このドメインを含有する全ての酵素の触媒メカニズムにおいて求核試薬として機能すると思われる。ＣＨＡＰドメインは、ペプチドグリカンを切断する他のドメインを伴って見られることが多く、例えば、特殊な基質を切断するために協働的に作用する。また、Bateman A, et al., Trends Biochem Sci. 2003 May 28(5): 234-7を参照されたい。
配列番号１の核酸配列を含む、Ｆ３９１／０８ゲノムの構成の概略図である。約１１３ｋｂゲノム内で予測されるオープンリーディングフレーム（「ＯＲＦ、open reading frame」）は、矢印で表され、黒字の数字が付してある。矢印の方向は、転写の方向を示す。色分け：黒は、相同タンパク質の既知の機能に基づいて機能を割り当てることができた産物のＯＲＦであり、灰色は、未知の機能を有するタンパク質に類似の産物をコードするＯＲＦであり、空白は、利用可能なデータベースにおけるタンパク質との有意な相同性を有さないタンパク質をコードするＯＲＦである。機能を割り当てられたＯＲＦもまた、図面内にリストされている。図面内の情報はまた、図２の表形式にも含まれる。 遺伝子産物と推定機能の割り当てとを含む、バクテリオファージＦ３９１／０８ゲノムの特徴を示す図である。図面には、ゲノムのＯＲＦのリストが含まれ、各ＯＲＦについて、（ｉ）ゲノム内でのその位置、（ii）コードされるアミノ酸配列、（iii）そのコードされるポリペプチド内での相同タンパク質及び保存されたドメインのリスト、並びに（iv）推定機能の割り当てが提供されている。図２においてリストされているＯＲＦ１〜１７２はそれぞれ、配列番号５〜１７６のアミノ酸配列をコードする。 配列番号２の核酸配列を含む、Ｆ３９４／０８ゲノムの構成の概略図である。約３１ｋｂゲノム内で予測されるオープンリーディングフレーム（「ＯＲＦ」）は、矢印で表され、黒字の数字が付してある。矢印の方向は、転写の方向を示す。色分け：黒は、相同タンパク質の既知の機能に基づいて機能を割り当てることができた産物のＯＲＦであり、灰色は、未知の機能を有するタンパク質に類似の産物をコードするＯＲＦであり、空白は、利用可能なデータベースにおけるタンパク質との有意な相同性を有さないタンパク質をコードするＯＲＦである。機能を割り当てられたＯＲＦもまた、図面内にリストされている。図面内の情報はまた、図５の表形式にも含まれる。 遺伝子産物と推定機能の割り当てとを含む、バクテリオファージＦ３９４／０８ゲノムの特徴を示す図である。図面には、ゲノムのＯＲＦのリストが含まれ、各ＯＲＦについて、（ｉ）ゲノム内でのその位置、（ii）コードされるアミノ酸配列、（iii）そのコードされるポリペプチド内での相同タンパク質及び保存されたドメインのリスト、並びに（iv）推定機能の割り当てが提供されている。図４においてリストされているＯＲＦ１〜４７はそれぞれ、配列番号１７７〜２２３のアミノ酸配列をコードする。 配列番号３の核酸配列を含む、Ｆ４８８／０８ゲノムの構成の概略図である。約１６７ｋｂゲノム内で予測されるオープンリーディングフレーム（「ＯＲＦ」）は、矢印で表され、黒字の数字が付してある。矢印の方向は、転写の方向を示す。色分け：黒は、相同タンパク質の既知の機能に基づいて機能を割り当てることができた産物のＯＲＦであり、灰色は、未知の機能を有するタンパク質に類似の産物をコードするＯＲＦであり、空白は、利用可能なデータベースにおけるタンパク質との有意な相同性を有さないタンパク質をコードするＯＲＦである。機能を割り当てられたＯＲＦもまた、図面内にリストされている。図面内の情報はまた、図６の表形式にも含まれる。 遺伝子産物と推定機能の割り当てとを含む、バクテリオファージＦ４８８／０８ゲノムの特徴を示す図である。図面には、ゲノムのＯＲＦのリストが含まれ、各ＯＲＦについて、（ｉ）ゲノム内でのその位置、（ii）コードされるアミノ酸配列、（iii）そのコードされるポリペプチド内での相同タンパク質及び保存されたドメインのリスト、並びに（iv）推定機能の割り当てが提供されている。図６においてリストされているＯＲＦ１〜２８３はそれぞれ、配列番号２２４〜５０６のアミノ酸配列をコードする。 配列番号４の核酸配列を含む、Ｆ５１０／０８ゲノムの構成の概略図である。約４３ｋｂゲノム内で予測されるオープンリーディングフレーム（「ＯＲＦ」）は、矢印で表され、黒字の数字が付してある。矢印の方向は、転写の方向を示す。色分け：黒は、相同タンパク質の既知の機能に基づいて機能を割り当てることができた産物のＯＲＦであり、灰色は、未知の機能を有するタンパク質に類似の産物をコードするＯＲＦであり、空白は、利用可能なデータベースにおけるタンパク質との有意な相同性を有さないタンパク質をコードするＯＲＦである。機能を割り当てられたＯＲＦもまた、図面内にリストされている。図面内の情報はまた、図８の表形式にも含まれる。 遺伝子産物と推定機能の割り当てとを含む、バクテリオファージＦ５１０／０８ゲノムの特徴を示す図である。図面には、ゲノムのＯＲＦのリストが含まれ、各ＯＲＦについて、（ｉ）ゲノム内でのその位置、（ii）コードされるアミノ酸配列、（iii）そのコードされるポリペプチド内での相同タンパク質及び保存されたドメインのリスト、並びに（iv）推定機能の割り当てが提供されている。図８においてリストされているＯＲＦ１〜５３はそれぞれ、配列番号５０７〜５５９のアミノ酸配列をコードする。 配列番号５６０の核酸配列を含む、Ｆ４４／１０ゲノムの構成の概略図である。約１３７ｋｂゲノム内で予測されるオープンリーディングフレーム（「ＯＲＦ」）は、矢印で表され、黒字の数字が付してある。矢印の方向は、転写の方向を示す。色分け：黒は、相同タンパク質の既知の機能に基づいて機能を割り当てることができた産物のＯＲＦであり、灰色は、未知の機能を有するタンパク質に類似の産物をコードするＯＲＦであり、空白は、利用可能なデータベースにおけるタンパク質との有意な相同性を有さないタンパク質をコードするＯＲＦである。機能を割り当てられたＯＲＦもまた、図面内にリストされている。図面内の情報はまた、図１０の表形式にも含まれる。 遺伝子産物と推定機能の割り当てとを含む、バクテリオファージＦ４４／１０ゲノムの特徴を示す図である。図面には、ゲノムのＯＲＦのリストが含まれ、各ＯＲＦについて、（ｉ）ゲノム内でのその位置、（ii）コードされるアミノ酸配列、（iii）そのコードされるポリペプチド内での相同タンパク質及び保存されたドメインのリスト、並びに（iv）推定機能の割り当てが提供されている。図１０においてリストされているＯＲＦ１ａ、１ｂ、８２ａ、８２ｂ、８２ｃ、１１４ａ、及び１１４ｂを含むＯＲＦ１〜２１６はそれぞれ、配列番号５６１〜７８０のアミノ酸配列をコードする。 配列番号７８１の核酸配列を含む、Ｆ３８７／０８ゲノムの構成の概略図である。約１６７ｋｂゲノム内で予測されるオープンリーディングフレーム（「ＯＲＦ」）は、矢印で表され、黒字の数字が付してある。矢印の方向は、転写の方向を示す。色分け：黒は、相同タンパク質の既知の機能に基づいて機能を割り当てることができた産物のＯＲＦであり、灰色は、未知の機能を有するタンパク質に類似の産物をコードするＯＲＦであり、空白は、利用可能なデータベースにおけるタンパク質との有意な相同性を有さないタンパク質をコードするＯＲＦである。機能を割り当てられたＯＲＦもまた、図面内にリストされている。図面内の情報はまた、図１２の表形式にも含まれる。 遺伝子産物と推定機能の割り当てとを含む、バクテリオファージＦ３８７／０８ゲノムの特徴を示す図である。図面には、ゲノムのＯＲＦのリストが含まれ、各ＯＲＦについて、（ｉ）ゲノム内でのその位置、（ii）コードされるアミノ酸配列、（iii）そのコードされるポリペプチド内での相同タンパク質及び保存されたドメインのリスト、並びに（iv）推定機能の割り当てが提供されている。図１２においてリストされているＯＲＦ１〜２９２はそれぞれ、配列番号７８２〜１０７３のアミノ酸配列をコードする。 配列番号１０７４の核酸配列を含む、Ｆ１２５／１０ゲノムの構成の概略図である。約１４５ｋｂゲノム内で予測されるオープンリーディングフレーム（「ＯＲＦ」）は、矢印で表され、黒字の数字が付してある。矢印の方向は、転写の方向を示す。色分け：黒は、相同タンパク質の既知の機能に基づいて機能を割り当てることができた産物のＯＲＦであり、灰色は、未知の機能を有するタンパク質に類似の産物をコードするＯＲＦであり、空白は、利用可能なデータベースにおけるタンパク質との有意な相同性を有さないタンパク質をコードするＯＲＦである。機能を割り当てられたＯＲＦもまた、図面内にリストされている。図面内の情報はまた、図１４Ａ〜１４ＺＺＺの表形式にも含まれる。 遺伝子産物と推定機能の割り当てとを含む、バクテリオファージＦ１２５／１０ゲノムの特徴を示す図である。図面には、ゲノムのＯＲＦのリストが含まれ、各ＯＲＦについて、（ｉ）ゲノム内でのその位置、（ii）コードされるアミノ酸配列、（iii）そのコードされるポリペプチド内での相同タンパク質及び保存されたドメインのリスト、並びに（iv）推定機能の割り当てが提供されている。図においてリストされている、３６ａ及び３６ｂ、６８ａ及び６８ｂ、並びに１５３ａ及び１５３ｂを含むＯＲＦ１ｂ〜２２１、１ａはそれぞれ、配列番号１０７５〜１３００のアミノ酸配列をコードする。 バクテリオファージＦ３９１／０８のゲノムのヌクレオチド配列（配列番号１）。 バクテリオファージＦ３９４／０８のゲノムのヌクレオチド配列（配列番号２）。 バクテリオファージＦ４８８／０８のゲノムのヌクレオチド配列（配列番号３）。 バクテリオファージＦ５１０／０８のゲノムのヌクレオチド配列（配列番号４）。 バクテリオファージＦ４４／１０のゲノムのヌクレオチド配列（配列番号５６０）。 バクテリオファージＦ３８７／０８のゲノムのヌクレオチド配列（配列番号７８１）。 バクテリオファージＦ１２５／１０のゲノムのヌクレオチド配列（配列番号１０７４）。
６．１詳細な説明
本発明は、院内感染病原体であるクレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上の種又は株に対する抗菌活性を有する、単離されたバクテリオファージ及びその単離されたポリペプチド産物を対象とするものである。一実施形態において、黄色ブドウ球菌のメチシリン耐性株（ＭＲＳＡ）に対する抗微生物活性及び／又は抗菌活性を示す単離されたバクテリオファージ又はポリペプチドが提供される。さらに、本発明のバクテリオファージ及びポリペプチドは、これらに限定されないが、表皮ブドウ球菌、スタフィロコッカス・アウリクラーリス、スタフィロコッカス・カピティス、スタフィロコッカス・ヘモリチカス、スタフィロコッカス・ホミニス、腐性ブドウ球菌、スタフィロコッカス・シムランス、スタフィロコッカス・キシローサス、ミクロコッカス・ルテウス、枯草菌、バチルス・プミルス、エンテロコッカス・ヒラエ、及びエンテロコッカス・アビウムを含む病原性細菌の１又は２以上の種又は株に対する抗菌活性又は抗微生物活性を示し得る。
一実施形態において、本発明は、配列番号１の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを提供する。この実施形態に従った具体的な例は、クレブシエラ・ニューモニエ及びクレブシエラ・オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）を含むクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）種の多くの株を標的化する、単離されたバクテリオファージＦ３９１／０８である。配列番号１の核酸配列を含むＦ３９１／０８ゲノムの概略構成図は、図１に示されている。Ｆ３９１／０８ゲノム内のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ、open reading frame）は、図２に示されている。ゲノム内のＯＲＦの位置、このＯＲＦによってコードされるアミノ酸配列、相同な又は類似のタンパク質、及びコードされるポリペプチド内の保存ドメイン、並びに推定機能の割り当ても示されている。図２においてリストされているＯＲＦ１〜１７２はそれぞれ、配列番号５〜１７６のアミノ酸配列をコードする。
いくつかの実施形態において、本発明は、配列番号７８１の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを提供する。この実施形態に従った具体的な例は、クレブシエラ・ニューモニエ及びクレブシエラ・オキシトカを含むクレブシエラ種の多くの株を標的化する、単離されたバクテリオファージＦ３８７／０８である。配列番号７８１の核酸配列を含むＦ３８７／０８ゲノムの概略構成図は、図１１に示されている。Ｆ３８７／０８ゲノム内のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）は、図１２に示されている。ゲノム内のＯＲＦの位置、このＯＲＦによってコードされるアミノ酸配列、相同な又は類似のタンパク質、及びコードされるポリペプチド内の保存ドメイン、並びに推定機能の割り当ても示されている。図１２においてリストされているＯＲＦ１〜２９２はそれぞれ、配列番号７８２〜１０７３のアミノ酸配列をコードする。
クレブシエラ・ニューモニエは、口腔、皮膚、及び腸の通常の細菌叢において見られる、グラム陰性の非運動性のロッド形状の細菌である。カプセル化された通気嫌気性菌として、この細菌はまた、土壌中に天然に生じ、株の約３０％が嫌気性条件で窒素を固定し得る。臨床的に、これは、エンテロバクター科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）のクレブシエラ属の最も重要なメンバーであり、また、クレブシエラ・オキシトカに密接に関連する。クレブシエラ属の感染は、不適切な食事で免疫系が弱まった人々において、例えばアルコール依存症者及び糖尿病患者において生じる傾向がある。クレブシエラ属はまた、慢性肺疾患、腸内病原性、鼻粘膜萎縮、及び鼻硬腫を有する患者にとって日和見性の病原体である。クレブシエラ・ニューモニエの新たな抗生物質耐性株が出現しており、例えば汚染した機器（instrument）との接触に起因する院内感染としてますます見出されている。
いくつかの実施形態において、本発明は、配列番号２の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを提供する。この実施形態に従った具体的な例は、アシネトバクター・バウマニ、アシネトバクター・カルコアセチカス（Ａ．ｃａｌｃｏａｃｅｔｉｃｕｓ）、及びアシネトバクター・イオフィ（Ａ．Ｉｗｏｆｆｉ）を含むアシネトバクター（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）種の多くの株を標的化する、単離されたバクテリオファージＦ３９４／０８である。配列番号２の核酸配列を含むＦ３９４／０８ゲノムの概略構成図は、図３に示されている。Ｆ３９４／０８ゲノム内のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）は、図４に示されている。ゲノム内のＯＲＦの位置、このＯＲＦによってコードされるアミノ酸配列、相同な又は類似のタンパク質、及びコードされるポリペプチド内の保存ドメイン、並びに推定機能の割り当ても示されている。図４においてリストされているＯＲＦ１〜４７はそれぞれ、配列番号１７７〜２２３のアミノ酸配列をコードする。
アシネトバクター・バウマニは、特に免疫系に障害を有する個体において多くの重篤な臨床感染を生じさせる細菌種である。アシネトバクター・バウマニは、院内環境及び入院患者から通常は単離される、多形性の、好気性のグラム陰性桿菌である。この細菌は、身体の開いた傷、カテーテル、又は呼吸管に侵入することが多い。アシネトバクター・バウマニは、通常、水域環境にコロニー形成し、入院患者の痰又は呼吸器分泌物、傷、及び尿から培養されることが多い。病院内では、アシネトバクター・バウマニは、一般に、かん流溶液及び静脈内注射用溶液にコロニー形成する。これはまた、複数の抗生物質に耐性であることが知られており、アシネトバクター・バウマニが引き起こす院内感染の数は近年増大している。
いくつかの実施形態において、本発明は、配列番号３の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを提供する。この実施形態に従った具体的な例は、大腸菌を含むエシェリキア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）種の多くの株を標的化する、単離されたバクテリオファージＦ４８８／０８である。配列番号３の核酸配列を含むＦ４８８／０８ゲノムの概略構成図は、図５に示されている。Ｆ４８８／０８ゲノム内のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）は、図６に示されている。ゲノム内のＯＲＦの位置、このＯＲＦによってコードされるアミノ酸配列、相同な又は類似のタンパク質、及びコードされるポリペプチド内の保存ドメイン、並びに推定機能の割り当ても示されている。図６においてリストされているＯＲＦ１〜２８３はそれぞれ、配列番号２２４〜５０６のアミノ酸配列をコードする。
大腸菌は、ヒト胃腸管の第一の通性嫌気性菌を含む、哺乳動物の腸管下部で一般に見られる、グラム陰性のロッド状の細菌である。ほとんどの大腸菌株は無害であり、消化管の通常の細菌叢の一部を形成し得、そこでそれらは、例えば、ビタミンＫ２を生産することによって及び／又は腸内での病原細菌の確立を予防することによって、それらの宿主に利益をもたらし得る。しかし、大腸菌のあるビルレント（virulent）株は、食品汚染を生じさせ得、典型的には下痢の発作として現れる。Ｏ１５７：Ｈ７などのさらにビルレントな株は、重篤な病気、さらには高齢者、非常に若い者、又は免疫不全の者において死亡を生じさせ得る。Ｏ１５７：Ｈ７並びにＯ１２１及びＯ１０４：Ｈ２１などの株は、致命的な可能性のある毒素を生産する。大腸菌のビルレント株はまた、胃腸炎、尿路の感染、及び新生児の胃腸炎、並びに稀なケースでは、溶血性尿毒症症候群（ＨＵＳ、haemolytic-uremic syndrome）、腹膜炎、乳腺炎、敗血症、及びグラム陰性菌肺炎を生じさせ得る。さらに、大腸菌細菌が穿孔（例えば、破裂した虫垂、及び潰瘍、又は手術ミスによる）を通って腸管から出て腹部に侵入すると、これらは通常、すぐに治療しないと致命的となり得る腹膜炎を生じさせる。腸粘膜関連大腸菌はまた、炎症性腸疾患、クローン病、及び潰瘍性大腸炎においてますます多く観察されている。
大腸菌感染を治療するために使用することができる抗生物質には、アモキシシリン並びに他の半合成ペニシリン、多くのセファロスポリン、カルバペネム、アズトレオナム、トリメトプリムスルファメトキサゾール、シプロフロキサシン、ニトロフラントイン、及びアミノグリコシドが含まれる。それでも、グラム陰性生物として、大腸菌は、グラム陽性生物に対して効果的な多くの抗生物質に耐性であり、抗生物質耐性は、ますます問題となっている。β−ラクタム抗生物質に対する耐性は、例えば、基質特異性拡張型β−ラクタマーゼを生産する細菌の株がさらに一般的になっているため、ここ数十年で特に問題となっている。これらのβ−ラクタマーゼ酵素は、全てではないが多くのペニシリン及び／又はセファロスポリン治療法を無効にし得る。多くの抗生物質に耐性の、基質特異性拡張型β−ラクタマーゼを生産する大腸菌株は、治療が特に困難な感染をもたらす。
いくつかの実施形態において、本発明は、配列番号４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを提供する。この実施形態に従った具体的な例は、緑膿菌を含むシュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）種の多くの株を標的化する、単離されたバクテリオファージＦ５１０／０８である。配列番号４の核酸配列を含むＦ５１０／０８ゲノムの概略構成図は、図７に示されている。Ｆ５１０／０８ゲノム内のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）は、図８に示されている。ゲノム内のＯＲＦの位置、このＯＲＦによってコードされるアミノ酸配列、相同な又は類似のタンパク質、及びコードされるポリペプチド内の保存ドメイン、並びに推定機能の割り当ても示されている。図８においてリストされているＯＲＦ１〜５３はそれぞれ、配列番号５０７〜５５９のアミノ酸配列をコードする。
緑膿菌は、土壌、水、皮膚微生物叢、及びほとんどの人工環境において見られる、一般的な、グラム陰性のロッド形状の細菌である。これは、通常の大気だけではなく、通性嫌気性菌のように低酸素下でも増殖し、損傷した組織又は免疫障害を有する個体に感染し得る。このようなコロニー形成が、肺、尿路、及び腎臓などの重大な体内器官において生じると、致命的な結果となることがある。この細菌は表面で増殖するため、カテーテルを含む医療用設備上及び医療用設備内でも見られ、病院及び診療所における交差感染の原因となる。緑膿菌は、最も重要な、日和見性の院内感染病原体の１つであり、１０の院内感染のうち１回は、シュードモナス菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）によるものであると推定されている。緑膿菌はまた、火傷での感染の最も一般的な原因であり、カテーテルなどの医療機器に最も頻繁にコロニー形成するものである。
いくつかの実施形態において、本発明は、配列番号５６０の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを提供する。この実施形態に従った具体的な例は、黄色ブドウ球菌を含むスタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）種の多くの株を標的化する、単離されたバクテリオファージＦ４４／１０である。配列番号５６０の核酸配列を含むＦ４４／１０ゲノムの概略構成図は、図９に示されている。Ｆ４４／１０ゲノム内のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）は、図１０に示されている。ゲノム内のＯＲＦの位置、このＯＲＦによってコードされるアミノ酸配列、相同な又は類似のタンパク質、及びコードされるポリペプチド内の保存ドメイン、並びに推定機能の割り当ても示されている。図１０においてリストされている、１ａ、１ｂ、８２ａ、８２ｂ、８２ｃ、１１４ａ、及び１１４ｂを含むＯＲＦ１〜２１６は、図に示されているように、配列番号５６１〜７８０のアミノ酸配列をコードする。
いくつかの実施形態において、本発明は、配列番号１０７４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを提供する。この実施形態に従った具体的な例は、黄色ブドウ球菌を含むスタフィロコッカス種の多くの株を標的化する、単離されたバクテリオファージＦ１２５／１０である。配列番号１０７４の核酸配列を含むＦ１２５／１０ゲノムの概略構成図は、図１３に示されている。Ｆ１２５／１０ゲノム内のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）は、図１４に示されている。ゲノム内のＯＲＦの位置、このＯＲＦによってコードされるアミノ酸配列、相同な又は類似のタンパク質、及びコードされるポリペプチド内の保存ドメイン、並びに推定機能の割り当ても示されている。図１４においてリストされている、１ａ、１ｂ、３６ａ、３６ｂ、６８ａ、６８ｂ、１５３ａ、及び１５３ｂを含むＯＲＦ１〜２２１は、図に示されているように、配列番号１０７５〜１３００のアミノ酸配列をコードする。
黄色ブドウ球菌は、金色の特徴を有するブドウ状の塊として成長する、グラム陽性の球状の通性嫌気性菌であり、ブドウ球菌感染の最も一般的な原因である。これはヒトの皮膚の細菌叢の一部であることが多く、吹き出物、よう、熱傷様皮膚症候群、肺炎、胃腸炎、髄膜炎、骨髄炎、心内膜炎、毒素性ショック症候群、菌血症、及び敗血症を含む様々な感染の原因となる。これは依然として、院内感染の５つの最も一般的な原因の１つであり、術後創傷感染の原因であることが多い。米国の病院における約５万人の患者がブドウ球菌感染に罹患していると推定されている。メチシン耐性の黄色ブドウ球菌株（ＭＲＳＡ、methicillin-resistant Staphylococcus aureus strain）が特に懸念されている。ＭＲＳＡは、病院内でＭＲＳＡの流行が爆発した１９９０年代までは病院内で頻発しておらず、当時は、特に英国において、これは風土病であると考えられていた。Johnson A.P., et al., J. Antimicrobial Chemotherapy, 48（1）: 143-144 （2001）。黄色ブドウ球菌は非常に丈夫な細菌であることが明らかにされており、１つの研究において、ほぼ３カ月にわたり、病院のプライバシーカーテンに使用される主な材料であるポリエステル上で生存し得ることが示された。Neely, A.N., et al., J. Clin. Microbiol., 38（2）: 724-726 （2000）。
以下の生物が、２０１１年９月１６日に、特許手続上の微生物の寄託の国際承認に関するブダペスト条約（ブダペスト条約）の規定の下で、Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen, AB21 9YA, Scotland UKに位置するNCIMB Limited社に寄託され、NCIMB社は、以下の対応するＮＣＩＭＢ受託番号を割り当てており:宿主株緑膿菌４３３／０７ Ｂ２、ＮＣＩＭＢ４１８６１；宿主株黄色ブドウ球菌７４３／０６ Ｂ１、ＮＣＩＭＢ４１８６２；宿主株アシネトバクター・バウマニ１３０５／０５ Ｂ３、ＮＣＩＭＢ４１８６３；緑膿菌ファージＦ７７０／０５、ＮＣＩＭＢ４１８６４；アシネトバクター・バウマニファージＦ１２４５／０５、ＮＣＩＭＢ４１８６５；黄色ブドウ球菌ファージＦ１２５／１０、ＮＣＩＭＢ４１８６６；黄色ブドウ球菌ファージＦ４４／１０、ＮＣＩＭＢ４１８６７；及び緑膿菌ファージＦ５１０／０８、ＮＣＩＭＢ４１８６８、これらの全ては、参照することによって本明細書に組み込まれる。
ある実施形態において、本発明のバクテリオファージは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５６０、配列番号７８１、又は配列番号１０７４の核酸配列と少なくとも８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は少なくとも９９％の配列同一性を有するゲノムを含むか又は前記ゲノムからなり、前記バクテリオファージは、バクテリオファージＦ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、Ｆ３８７／０８、ＦＦ４４／１０、及びＦ１２５／１０の１又は２以上の、少なくとも１つの生物学的活性、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す。或いは、又はさらに、本発明のバクテリオファージは、図２、４、６、８、１０、１２、及び／又は１４において記載されるいずれかのオープンリーディングフレームの配列を含む、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５６０、配列番号７８１、又は配列番号１０７４の核酸配列の機能的断片を含むゲノムを有し得る。
本発明はまた、本発明のバクテリオファージの１又は２以上に感染した、単離された細菌を提供する。ある実施形態において、本発明は、配列番号１及び／又は配列番号７８１の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに感染した、単離されたクレブシエラ・ニューモニエを提供する。他の実施形態において、本発明は、配列番号２の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに感染した、単離されたアシネトバクター・バウマニを提供する。ある実施形態において、本発明は、配列番号３の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに感染した、単離された大腸菌を提供する。ある実施形態において、本発明は、配列番号４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに感染した、単離された緑膿菌を提供する。ある実施形態において、本発明は、配列番号５６０及び／又は配列番号１０７４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに感染した、単離された黄色ブドウ球菌を提供する。
本発明は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５６０、配列番号７８１、又は配列番号１０７４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを産生及び単離する方法を提供する。ある実施形態において、本発明は、配列番号１及び／又は配列番号７８１の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを産生及び／又は単離する方法であって、（ｉ）クレブシエラ・ニューモニエの培養物を得ること、（ii）この培養物を配列番号１及び／又は配列番号７８１の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに感染させること、（iii）培養物の十分な溶解が観察されるまで培養すること、及び（iv）培養物からバクテリオファージを単離することを含む方法を提供する。他の実施形態において、本発明は、配列番号２の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを産生及び／又は単離する方法であって、（ｉ）アシネトバクター・バウマニの培養物を得ること、（ii）この培養物を配列番号２の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに感染させること、（iii）培養物の十分な溶解が観察されるまで培養すること、及び（iv）培養物からバクテリオファージを単離することを含む方法を提供する。さらに他の実施形態において、本発明は、配列番号３の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを産生及び／又は単離する方法であって、（ｉ）大腸菌の培養物を得ること、（ii）この培養物を配列番号３の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに感染させること、（iii）培養物の十分な溶解が観察されるまで培養すること、及び（iv）培養物からバクテリオファージを単離することを含む方法を提供する。さらに他の実施形態において、本発明は、配列番号４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを産生及び／又は単離する方法であって、（ｉ）緑膿菌の培養物を得ること、（ii）この培養物を配列番号４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに感染させること、（iii）培養物の十分な溶解が観察されるまで培養すること、及び（iv）培養物からバクテリオファージを単離することを含む方法を提供する。
さらなる実施形態において、本発明は、配列番号５６０及び／又は配列番号１０７４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを生産及び／又は単離する方法であって、（ｉ）黄色ブドウ球菌の培養物を得ること、（ii）この培養物を配列番号５６０及び／又は配列番号１０７４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに感染させること、（iii）培養物の十分な溶解が観察されるまで培養すること、並びに（iv）培養物からバクテリオファージを単離することを含む方法を提供する。
バクテリオファージは、本明細書において記載されるか又は当技術分野において知られているいかなる方法を使用しても、細菌試料から単離することができる（例えば、参照することによってその全体が本明細書に組み込まれる、Carlson, "Working with bacteriophages: common techniques and methodological approaches," In, Kutter and Sulakvelidze (Eds) Bacteriophages: Biology and Applications, 5thed. CRC Press (2005)を参照されたい）。
本発明はまた、本発明のバクテリオファージから単離されたポリペプチドを提供する。単離されたポリペプチドは、完全長のバクテリオファージタンパク質であり得るか、又は、バクテリオファージタンパク質の断片、バリアント、若しくは誘導体が、それが由来するバクテリオファージ若しくはポリペプチドに関連する少なくとも１つの生物学的活性を示す限りにおいて、前記断片、バリアント、若しくは誘導体であり得る。ある実施形態において、本発明のポリペプチドは、バクテリオファージＦ３８７／０８又はＦ３９１／０８（これは、典型的には、クレブシエラ・ニューモニエに感染する）、Ｆ３９４／０８（これは、典型的には、アシネトバクター・バウマニに感染する）、バクテリオファージＦ４８８／０８（これは、典型的には、大腸菌に感染する）、バクテリオファージＦ５１０／０８（これは、典型的には、緑膿菌に感染する）、又はバクテリオファージＦ４４／１０若しくはＦ１２５／４０（これは、典型的には、黄色ブドウ球菌に感染する）から単離される。
特定の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５６０、配列番号７８１、又は配列番号１０７４（例えば、それぞれバクテリオファージＦ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ３８７／０８、又はＦ１２５／１０）を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージから単離されたリシンである。特定の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号２０、配列番号８０、配列番号１９２、配列番号２８２、配列番号５４７、配列番号５５６、配列番号５５７、配列番号５９８、配列番号１２１６、又は配列番号１２６１を含むか又はそれからなるアミノ酸配列を有するリシン、例えばエンドリシン又は尾部リシンである。前記溶解の予測される機能には、例えば、Ｉｇ様ビリオンタンパク質（配列番号２０）、細胞壁加水分解酵素（配列番号８０）、エンドリシン、Ｎ−アセチルムラモイル−Ｌ−アラニンアミダーゼ（配列番号１９２）、可溶性リゾチーム（配列番号２８２）、Ｔ４様リゾチーム（配列番号５４７）、エンドリシン（配列番号５５６）、ラムダＲｚ１様タンパク質（配列番号５５７）、エンドリシン（配列番号５９８）、エンドリシン（配列番号１２１６）、及び尾部リシン（配列番号１２６１）が含まれる。
他の実施形態において、本発明の単離されたポリペプチドは、本発明のバクテリオファージから単離されたエンドリシン又はリシンの断片、バリアント、又は誘導体であり、前記断片、バリアント、又は誘導体は、それが単離されるか又は由来するエンドリシン、リシン、又はバクテリオファージの少なくとも１つの生物学的活性、好ましくは抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す。したがって、ある実施形態において、本発明は、本発明のバクテリオファージから単離されたエンドリシン又はリシンの断片、バリアント、又は誘導体である、単離されたポリペプチドを提供し、前記断片、バリアント、又は誘導体は、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌、又は黄色ブドウ球菌の１又は２以上に対する抗菌活性又は抗微生物活性（例えば、溶解死滅活性）を示す。他の実施形態において、単離されたポリペプチドは、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌、又は黄色ブドウ球菌以外の細菌の１又は２以上の種に対する抗菌活性又は抗微生物活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、本発明のバクテリオファージから単離されたエンドリシン又はリシンの断片、バリアント、又は誘導体である。ある実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号２０及び／又は配列番号８０のアミノ酸配列、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を含むか又はそれからなり、前記ポリペプチドは、クレブシエラ・ニューモニエの１又は２以上の株に対する、例えば、配列番号１の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに対する、抗菌活性又は抗微生物活性を示す。他の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号１９２のアミノ酸配列、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を含むか又はそれからなり、前記ポリペプチドは、アシネトバクター・バウマニの１又は２以上の株に対する、例えば、配列番号２の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに対する、抗菌活性又は抗微生物活性を示す。さらに他の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号２８２のアミノ酸配列、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を含むか又はそれからなり、前記ポリペプチドは、大腸菌の１又は２以上の株に対する、例えば、配列番号３の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに対する、抗菌活性又は抗微生物活性を示す。さらに他の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号５４７、配列番号５５６、配列番号５５７のアミノ酸配列、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を含むか又はそれからなり、前記ポリペプチドは、緑膿菌の１又は２以上の株に対する、例えば、配列番号４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに対する、抗菌活性又は抗微生物活性を示す。さらなる実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号５９８のアミノ酸配列、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を含むか又はそれからなり、前記ポリペプチドは、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対する、例えば、配列番号５６０の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに対する、抗菌活性又は抗微生物活性を示す。さらなる実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号１２１６及び／又は配列番号１２６１のアミノ酸配列、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を含むか又はそれからなり、前記ポリペプチドは、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対する、例えば、配列番号１０７４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに対する、抗菌活性又は抗微生物活性を示す。
ある実施形態において、本発明のポリペプチドは、バクテリオファージＦ３８７／０８、Ｆ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、又はＦ１２５／１０のエンドリシン又はリシンから単離されたＣＨＡＰドメインを含むか又はそれからなる。単離されたＣＨＡＰドメインは、それが由来するエンドリシン又はリシンの抗菌活性、例えば溶解死滅活性を保持していることが明らかにされており、ＣＨＡＰドメインは、当技術分野における通常の方法によって同定及び単離することができる（例えば、それぞれが、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる、Rigden et al., 2003, Trends Biochem. Sci. 28:230-234、Bateman et al., 2003, Trends Biochem. Sci. 28:234-237を参照されたい）。特定の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号２０、配列番号８０、配列番号１９２、配列番号２８２、配列番号５４７、配列番号５５６、配列番号５５７、配列番号５９８、配列番号１２１６、又は配列番号１２６１のアミノ酸配列を有するポリペプチドから単離されたＣＨＡＰドメインを含むか又はそれからなる。他の実施形態において、本発明は、バクテリオファージバクテリオファージＦ３８７／０８、Ｆ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、ＦＦ４４／１０、Ｆ１２５／１０のエンドリシン又はリシンから単離されたＣＨＡＰドメインの断片、バリアント、又は誘導体を提供し、前記断片、バリアント、又は誘導体は、それが由来するＣＨＡＰドメインの少なくとも１つの生物学的活性、例えば溶解による細胞の死滅を示す。
ある実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５６０、配列番号７８１、又は配列番号１０７４を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージ（例えば、それぞれ、バクテリオファージＦ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ３８７／０８、又はＦ１２５／１０）から単離された尾部タンパク質（例えば、尾部成分、尾部繊維タンパク質、吸着に関連する尾部タンパク質、尾部長巻尺タンパク質、基盤ウェッジサブユニット）、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を含むか又はそれからなり、前記尾部タンパク質、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体は、それが由来するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を有する。特定の実施形態において、尾部タンパク質の抗微生物活性又は抗菌活性は、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌、及び黄色ブドウ球菌の少なくとも１又は２以上の種又は株に対するものである。特定の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号１５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３２〜３５、配列番号１８０、配列番号１８３、配列番号１８５、配列番号１９０、配列番号２３１、配列番号２３２、配列番号２３５、配列番号２３９〜２４５、配列番号２４８、配列番号２４９、配列番号２５２、配列番号２５４、配列番号４３３〜４３７、配列番号４８９〜４９６、配列番号５４４、配列番号５４５、配列番号５４９、配列番号５５１、配列番号６２９、配列番号６８６、配列番号７８９、配列番号７９６〜８００、配列番号８０６、配列番号８５４、配列番号９９９〜１００４、配列番号１０５３〜１０６０、配列番号１０７７、配列番号１２１７、配列番号１２５０、又は配列番号１２６６を含むか又はそれからなるアミノ酸配列を有する尾部タンパク質である。他の実施形態において、本発明の単離されたポリペプチドは、配列番号１５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３２〜３５、配列番号１８０、配列番号１８３、配列番号１８５、配列番号１９０、配列番号２３１、配列番号２３２、配列番号２３５、配列番号２３９〜２４５、配列番号２４８、配列番号２４９、配列番号２５２、配列番号２５４、配列番号４３３〜４３７、配列番号４８９〜４９６、配列番号５４４、配列番号５４５、配列番号５４９、配列番号５５１、配列番号６２９、配列番号６８６、配列番号７８９、配列番号７９６〜８００、配列番号８０６、配列番号８５４、配列番号９９９〜１００４、配列番号１０５３〜１０６０、配列番号１０７７、配列番号１２１７、配列番号１２５０、又は配列番号１２６６のアミノ酸配列の断片、バリアント、又は誘導体であり、前記断片、バリアント、又は誘導体は、それが単離されるか又は由来するバクテリオファージの少なくとも１つの生物学的活性又は機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す。好ましい実施形態において、断片、バリアント、又は誘導体の少なくとも１つの生物学的活性又は機能は、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対するものである。
前記尾部タンパク質の予測される機能には、例えば、受容体結合尾部タンパク質（配列番号１５）、主要尾部タンパク質（配列番号２６）、微量尾部タンパク質（配列番号２７）、孔形成尾先端タンパク質（配列番号３０）、尾部タンパク質（配列番号３２〜３３）、微量尾部タンパク質（配列番号３４）、ファージ尾部タンパク質（配列番号３５）、尾鞘タンパク質（配列番号１８０）、尾部巻尺タンパク質（配列番号１８３）、尾部タンパク質（配列番号１８５）、尾部繊維タンパク質（配列番号１９０）、尾管タンパク質（配列番号２３１）、尾鞘モノマー（配列番号２３２）、尾鞘安定化及び完成タンパク質（配列番号２３５）、短い尾部繊維（配列番号２３９）、基盤ウェッジ完成尾針（配列番号２４０〜２４１）、基盤ウェッジ完成尾部繊維ソケット（配列番号２４２）、基盤ウェッジサブユニット（配列番号２４３）、基盤ウェッジイニシエーター（配列番号２４４）、基盤ウェッジ（配列番号２４５）、基盤ハブサブユニット及び尾部リゾチーム、細胞貫通デバイス（配列番号２４８）、基盤ウェッジ完成（配列番号２４９）、尾部完成及び鞘安定化タンパク質（配列番号２５２）、シャペロンの長い尾部繊維及び短い尾部繊維のアセンブリ（配列番号２５４）、尾部繊維タンパク質（配列番号４３３）、尾部繊維タンパク質（配列番号４３４）、ヒンジコネクタの長い尾部繊維（配列番号４３５）、尾部繊維ヒンジ（配列番号４３６）、近位尾部繊維サブユニット（配列番号４３７）、基盤−尾管イニシエーター（配列番号４８９）、基盤（配列番号４９０）、基盤ハブサブユニット、尾部長決定部（配列番号４９１）、基盤遠位ハブサブユニット（配列番号４９２）、基盤ハブサブユニット（配列番号４９３）、基盤ハブアセンブリ触媒（配列番号４９４）、基盤ハブサブユニット（配列番号４９５）、基盤ウェッジサブユニット（配列番号４９６）、尾管タンパク質（配列番号５４４〜５４５）、尾部繊維タンパク質（配列番号５４９及び配列番号５５１）、主要尾鞘タンパク質（配列番号６２９）、主要尾部タンパク質（配列番号６８６）、尾管タンパク質（配列番号７８９）、フィブリチン（配列番号７９６）、短い尾部繊維（配列番号７９７）、基盤ウェッジ完成尾針（配列番号７９８）、基盤ウェッジサブユニット及び尾針（配列番号７９９）、基盤ウェッジ尾部繊維コネクタ（配列番号８００）、基盤ハブサブユニット及びリゾチーム（配列番号８０６）、リゾチーム（配列番号８５４）、ホリン（配列番号９９９）、遠位の長い尾部繊維アセンブリ触媒（配列番号１０００）、Ｌ型尾部繊維タンパク質（配列番号１００１）、長い尾部繊維遠位コネクタのヒンジコネクタ（配列番号１００２）、長い尾部繊維近位コネクタのヒンジコネクタ（配列番号１００３）、長い尾部繊維近位サブユニット（配列番号１００４）、基盤尾管イニシエーター（配列番号１０５３）、基盤尾管キャップ（配列番号１０５４）、基盤ハブサブユニット、尾部長決定部（配列番号１０５５）、基盤遠位ハブサブユニット（配列番号１０５６）、基盤ハブサブユニット（配列番号１０５７及び１０５９）、基盤ハブアセンブリ触媒（配列番号１０５８）、基盤ウェッジサブユニット（配列番号１０６０）、主要尾部タンパク質（配列番号１０７７）、ホリン（配列番号１２１７）、主要尾鞘タンパク質（配列番号１２５０）、並びに基盤タンパク質（配列番号１２６６）が含まれる。
ある実施形態において、本発明は、配列番号１の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、配列番号１５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、又は配列番号３２〜３５のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体を包含し、前記機能は、クレブシエラ・ニューモニエの１又は２以上の株に対するものである。ある実施形態において、本発明は、配列番号７８１の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、配列番号７８９、配列番号７９６〜８００、配列番号８０６、配列番号８５４、配列番号９９９〜１００４、又は配列番号１０５３〜１０６０のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体を包含し、前記機能は、クレブシエラ・ニューモニエの１又は２以上の株に対するものである。他の実施形態において、本発明は、配列番号２の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、配列番号１８０、配列番号１８３、配列番号１８５、又は配列番号１９０のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体を包含し、前記機能は、アシネトバクター・バウマニの１又は２以上の株に対するものである。
ある実施形態において、本発明は、配列番号３の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、配列番号２３１、配列番号２３２、配列番号２３５、配列番号２３９〜２４５、配列番号２４８、配列番号２４９、配列番号２５２、配列番号２５４、配列番号４３３〜４３７、配列番号４８９〜４９５、又は配列番号４９６のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体を包含し、前記機能は、大腸菌の１又は２以上の株に対するものである。ある実施形態において、本発明は、配列番号４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、配列番号５４４、配列番号５４５、配列番号５４９、又は配列番号５５１のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体を包含し、前記機能は、緑膿菌の１又は２以上の株に対するものである。ある実施形態において、本発明は、配列番号５６０の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、配列番号６２９又は配列番号６８６のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体を包含し、前記機能は、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対するものである。ある実施形態において、本発明は、配列番号１０７４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに関連する生物学的機能、例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性）を示す、配列番号１０７７、配列番号１２１６、配列番号１２１７、配列番号１２５０、配列番号１２６１、又は配列番号１２６６のアミノ酸配列のバリアント、断片、又は誘導体を包含し、前記機能は、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対するものである。
ある実施形態において、本発明の単離されたポリペプチドは、バクテリオファージポリペプチドのバリアントであり、前記バリアントは、同一の長さの（すなわち、同数の残基からなる）第２のアミノ酸配列に対して少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又はそれ以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むか又は前記アミノ酸配列からなり、前記第２のアミノ酸配列は、配列番号１５、配列番号２０、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３２〜３５、配列番号８０、配列番号１８０、配列番号１８３、配列番号１８５、配列番号１９０、配列番号１９２、配列番号２３１、配列番号２３２、配列番号２３５、配列番号２３９〜２４５、配列番号２４８、配列番号２４９、配列番号２５２、配列番号２５４、配列番号２８２、配列番号４３３〜４３７、配列番号４８９〜４９６、配列番号５４４、配列番号５４５、配列番号５４７、配列番号５４９、配列番号５５１、配列番号５５６、配列番号５５７、配列番号５９８、配列番号６２９、配列番号６８６、配列番号７８９、配列番号７９６〜８００、配列番号８０６、配列番号８５４、配列番号９９９〜１００４、配列番号１０５３〜１０６０、配列番号１０７７、配列番号１２１６、配列番号１２１７、配列番号１２５０、配列番号１２６１、配列番号１２６６、及び／又はその断片であり、前記バリアントは、細菌、例えば、グラム陽性細菌（例えば、黄色ブドウ球菌）、グラム陰性細菌（例えば、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌）、又はグラム陽性細菌ともグラム陰性細菌とも分類されない細菌）の１又は２以上の株に対して、それが由来するバクテリオファージの少なくとも１つの生物学的機能又は活性（例えば、抗微生物活性又は抗菌活性（例えば、溶解死滅活性））を示す。
ある実施形態において、本発明は、配列番号５〜１７６、配列番号１７７〜２２３、配列番号２２４〜５０６、配列番号５０７〜５５９、配列番号５６１〜７８０、配列番号７８２〜１０７３、及び配列番号１０７５〜１３００のいずれかのアミノ酸配列を有する、単離されたポリペプチド、及びその活性な生物学的断片を提供する。好ましい実施形態において、本発明のバリアントポリペプチドは、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌、及び／又は黄色ブドウ球菌の少なくとも１又は２以上の株に対して、それが単離されたか又は由来する（例えば、溶解作用）ポリペプチド又はバクテリオファージに関連する少なくとも１つの生物学的活性を示す。
他の実施形態において、本発明は、配列番号５〜１７６、配列番号１７７〜２２３、配列番号２２４〜５０６、配列番号５０７〜５５９、配列番号５６１〜７８０、配列番号７８２〜１０７３、及び配列番号１０７５〜１３００のうちの１つのアミノ酸配列をコードする、単離された核酸配列、及びその活性断片を提供する。他の実施形態において、本発明は、図２、４、６、８、１０、１２、及び／又は１４において同定されているいずれかのオープンリーディングフレームをコードする核酸配列を提供する。
ある実施形態において、本発明のポリペプチドは、融合タンパク質又はキメラポリペプチドを生成するために、治療用作用物質、例えば、異種ポリペプチド又は小分子に組換えによって融合しているか又は化学的に結合している（共有結合と非共有結合とを含む）。融合は必ずしも直接的である必要はないが、リンカー配列を介して、又は化学結合を介して生じ得る。本発明のポリペプチドが結合し得る治療用作用物質の非限定的な例は、ペプチド性又は非ペプチド性の細胞毒素（抗微生物剤及び／又は抗生物質を含む）、トレーサー／マーカー分子（例えば、放射性核種及びフルオロフォア）、及び当技術分野において知られている他の抗生物質化合物又は抗菌化合物である。
６．２ 抗生物質組成物
本発明の単離されたバクテリオファージ又はポリペプチドは、単独で投与することができるか、又は、細菌感染、例えば、これらに限定されないが、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌、及び黄色ブドウ球菌を含む細菌が引き起こす感染の治療若しくは防止において使用するための医薬組成物内に組み込むことができる。ポリペプチドは、薬学的に許容される担体、賦形剤、又は安定剤と組み合わせることができる。薬学的に許容される担体、賦形剤、及び安定剤の例には、これらに限定されないが、リン酸塩、クエン酸塩、及び他の有機酸などの緩衝液、アスコルビン酸を含む酸化防止剤、低分子量ポリペプチド、血清アルブミン及びゼラチンなどのタンパク質、ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー、グリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニン、若しくはリジンなどのアミノ酸、グルコース、マンノース、若しくはデキストリンを含む単糖、二糖、及び他の炭水化物、ＥＤＴＡなどのキレート剤、マンニトール若しくはソルビトールなどの糖アルコール、ナトリウムなどの塩形成対イオン、並びに／又はＴＷＥＥＮ（商標）、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ、polyethylene glycol）、及びＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標）などの非イオン性界面活性剤が含まれる。本発明の医薬組成物（例えば、抗菌組成物）にはまた、例えば上記の材料に加え、潤滑剤、湿潤剤、甘味料、香料、乳化剤、懸濁剤、及び防腐剤も含まれ得る。
本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドはまた、本明細書において記載される、及び／又は当技術分野において知られている、細菌感染の治療に有用な１又は２以上の治療用作用物質及び／又は防止用作用物質（例えば、１又は２以上のリシン）と組み合わせることができる。したがって、本発明の医薬組成物は、本発明の２以上の単離されたバクテリオファージ（同一の又は異なる細菌種又は細菌株に対する抗菌活性を有する）、本発明のバクテリオファージとポリペプチドとの組合せ、又は、本発明のバクテリオファージ及び／若しくはポリペプチドと当技術分野において知られているバクテリオファージ及び／若しくはポリペプチドとの組合せを含み得る。特定の実施形態において、組合せの治療用成分は、２以上の細菌種若しくは細菌株を標的化するか、又は、異なる酵素活性を示す。例えば、リシンは、通常、アミダーゼ活性、エンドペプチダーゼ活性、ムラミダーゼ活性、又はグルコサミダーゼ活性の１つを示す。したがって、異なる活性を示すリシンの組合せによって、本発明の医薬組成物の治療的活性が相乗的に増強され得る。
いくつかの実施形態において、多くの異なるバクテリオファージは、「ファージカクテル」を提供するために組み合わされる。いくつかの実施形態において、ファージカクテルは、少なくとも２のファージ、少なくとも３のファージ、少なくとも４のファージ、少なくとも５のファージ、少なくとも６のファージ、少なくとも７のファージ、少なくとも８のファージ、少なくとも９のファージ、少なくとも１０のファージ、又はそれ以上を含む。いくつかの実施形態において、ファージカクテルは、２〜２０のファージ、２〜１５のファージ、２〜１０のファージ、３〜８のファージ、又は４〜６のファージを含む。
いくつかの実施形態において、カクテルの少なくとも１のファージは、限定はしないがクレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、及び緑膿菌を含む少なくとも１のグラム陰性細菌に対する、並びに／又は限定はしないが黄色ブドウ球菌を含む少なくとも１のグラム陽性細菌に対する抗菌活性を有するファージである。ある実施形態において、カクテルの少なくとも１のファージは、配列番号１の核酸配列を含むゲノムを有し、クレブシエラ・ニューモニエの１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、Ｆ３９１／０８である。ある実施形態において、カクテルの少なくとも１のファージは、配列番号２の核酸配列を含むゲノムを有し、アシネトバクター・バウマニの１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、Ｆ３９４／０８である。ある実施形態において、カクテルの少なくとも１のファージは、配列番号３の核酸配列を含むゲノムを有し、大腸菌の１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、Ｆ４８８／０８である。ある実施形態において、カクテルの少なくとも１のファージは、配列番号４の核酸配列を含むゲノムを有し、緑膿菌の１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、Ｆ５１０／０８である。ある実施形態において、カクテルの少なくとも１のファージは、配列番号５６０の核酸配列を含むゲノムを有し、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、Ｆ４４／１０である。ある実施形態において、カクテルの少なくとも１のファージは、配列番号７８１の核酸配列を含むゲノムを有し、クレブシエラ・ニューモニエの１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、Ｆ３８７／０８である。ある実施形態において、カクテルの少なくとも１のファージは、配列番号１０７４の核酸配列を含むゲノムを有し、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、Ｆ１２５／１０である。
ある実施形態において、カクテルの少なくとも１のファージは、国際公開第２０１０／０９０５４２号パンフレットにおいて開示されているゲノムを有し、エンテロコッカス・フェカリス又はエンテロコッカス・フェシウムの１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、Ｆ１７０／０８である。ある実施形態において、カクテルの少なくとも１のファージは、国際公開第２０１０／０９０５４２号パンフレットにおいて開示されているゲノムを有し、エンテロコッカス・フェカリス又はエンテロコッカス・フェシウムの１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、Ｆ１６８／０８である。ある実施形態において、カクテルの少なくとも１のファージは、国際公開第２０１０／０９０５４２号パンフレットにおいて開示されているゲノムを有し、緑膿菌の１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、Ｆ７７０／０５である。ある実施形態において、カクテルの少なくとも１のファージは、国際公開第２０１０／０９０５４２号パンフレットにおいて開示されているゲノムを有し、アシネトバクター・バウマニの１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、Ｆ１２４５／０５である。
いくつかの好ましい実施形態において、カクテルは、アシネトバクターに対する生物学的活性を有するファージを含む。例えば、カクテルは、アシネトバクター・バウマニの１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、Ｆ３９４／０８及び／又はＦ１２４５／０５を含み得る。ある実施形態において、ファージカクテルは、アシネトバクター・バウマニの１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す少なくとも１のファージ及び異なる細菌に対する抗菌活性を示す少なくとも１のファージを含む。例えば、いくつかの実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３９４／０８及び／又はＦ１２４５／０５を、Ｆ３９１／０８、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ１６８／０８、Ｆ７７０／０５、及びＦ１２５／１０から選択される少なくとも１の他のファージと組み合わせて含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、クレブシエラ・ニューモニエの１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す少なくとも１のファージ及び異なる細菌に対する抗菌活性を示す少なくとも１のファージを含む。例えば、いくつかの実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３９１／０８及び／又はＦ３８７／０８を、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ１２４５／０５、Ｆ１７０／０８、Ｆ１６８／０８、Ｆ７７０／０５、及びＦ１２５／１０から選択される少なくとも１の他のファージと組み合わせて含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、大腸菌の１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す少なくとも１のファージ及び異なる細菌に対する抗菌活性を示す少なくとも１のファージを含む。例えば、いくつかの実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ４８８／０８を、Ｆ３９１／０８、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ３９４／０８、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ１６８／０８、Ｆ１２４５／０５、Ｆ７７０／０５、及びＦ１２５／１０から選択される少なくとも１の他のファージと組み合わせて含む。
ある実施形態において、ファージカクテルは、緑膿菌の１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す少なくとも１のファージ及び異なる細菌に対する抗菌活性を示す少なくとも１のファージを含む。例えば、いくつかの実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ５１０／０８及び／又はＦ７７０／０５を、Ｆ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ１６８／０８、Ｆ１２４５／０５、及びＦ１２５／１０から選択される少なくとも１の他のファージと組み合わせて含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す少なくとも１のファージ及び異なる細菌に対する抗菌活性を示す少なくとも１のファージを含む。例えば、いくつかの実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ４４／１０及び／又はＦ１２５／１０を、Ｆ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ１６８／０８、Ｆ７７０／０５、及びＦ１２４５／０５から選択される少なくとも１の他のファージと組み合わせて含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、エンテロコッカス・フェカリス又はエンテロコッカス・フェシウムの１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す少なくとも１のファージ及び異なる細菌に対する抗菌活性を示す少なくとも１のファージを含む。例えば、いくつかの実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ１７０／０８及び／又はＦ１６８／０８を、Ｆ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ３８７／０８、Ｆ７７０／０５、Ｆ１２４５／０５、及びＦ１２５／１０から選択される少なくとも１の他のファージと組み合わせて含む。
ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ１６８／０８、Ｆ７７０／０５、Ｆ１２４５／０５、及びＦ１２５／１０からなる群から選択される少なくとも４のファージを含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８、及びＦ５１０／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ４４／１０、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、及びＦ１６８／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ７７０／０５、及びＦ１２４５／０５を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ５１０／０８、及び／又はＦ４４／１０を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ４４／１０、及び／又はＦ３８７／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ３８７／０８、及び／又はＦ１７０／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ１７０／０８、及びＦ１６８／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ１６８／０８、及び／又はＦ７７０／０５を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ７７０／０５、及びＦ１２４５／０５を含む。
ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ１２５／１０、Ｆ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、及びＦ４８８／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ１２５／１０、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８、及びＦ５１０／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ１２５／１０、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、及びＦ４４／１０を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ１２５／１０、Ｆ４４／１０、Ｆ３８７／０８、及びＦ１７０／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ１２５／１０、Ｆ１７０／０８、Ｆ１６８／０８、及びＦ７７０／０５を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ１２５／１０、Ｆ７７０／０５、Ｆ１２４５／０５、及びＦ３９１／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ１２５／１０、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ３８７／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ１２５／１０、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ１６８／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ１２５／１０、Ｆ１６８／０８、Ｆ７７０／０５、及びＦ１２４５／０５を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ１２５／１０、Ｆ１２４５／０５、Ｆ３９１／０８、及びＦ３９４／０８を含む。
ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８８、Ｆ５１０／０８、及び／又はＦ４４／１０を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８８、Ｆ４４／１０、及び／又はＦ３８７／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８８、Ｆ３８７／０８、及び／又はＦ１７０／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８８、Ｆ１７０／０８、及び／又はＦ１６８／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８８、Ｆ１６８／０８、及び／又はＦ７７０／０５を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８８、ＦＦ７７０／０５、及び／又はＦ１２４５／０５を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８８、Ｆ１２４５／０５、及び／又はＦ３９１／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、及び／又はＦ３８７／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、Ｆ３８７／０８、及び／又はＦ１７０／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、Ｆ１７０／０８、及び／又はＦ１６８／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、Ｆ１６８／０８、及び／又はＦ７７０／０５を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、Ｆ７７０／０５、及び／又はＦ１２４５／０５を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、Ｆ１２４５／０５、及び／又はＦ３９１／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、Ｆ３９１／０８、及び／又はＦ３９４／０８を含む。
ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ１６８／０８、及び／又はＦ７７０／０５を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ７７０／０５、及び／又はＦ１２４５／０５を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ１２４５／０５、及び／又はＦ３９１／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ３９１／０８、及び／又はＦ３９４／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ３９４／０８、及び／又はＦ４８８／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ４８８／０８、及び／又はＦ５１０／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ５１０／０８、及び／又はＦ４４／１０を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ４４／１０、及び／又はＦ３８７／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ３８７／０８、及び／又はＦ１７０／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ１７０／０８、及び／又はＦ１６８／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ１６８／０８、及び／又はＦ７７０／０５を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ７７０／０５、及び／又はＦ１２４５／０５を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ１２４５／０５、及び／又はＦ３９１／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ３９１／０８、及び／又はＦ３９４／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ３９４／０８、及び／又はＦ４８８／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ４８８／０８、及び／又はＦ５１０／０８を含む。ある実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ５１０／０８、及び／又はＦ４４／１０を含む。
いくつかの実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ３８７／０８、及び／又はＦ１７０／０８を含む。いくつかの実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ１７０／０８、及び／又はＦ１６８／０８を含む。いくつかの実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ１６８／０８、及び／又はＦ７７０／０５を含む。いくつかの実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ７７０／０５、及び／又はＦ１２４５／０５を含む。いくつかの実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ１２４５／０５、及び／又はＦ３９１／０８を含む。いくつかの実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ３９１／０８、及び／又はＦ３９４／０８を含む。いくつかの実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ３９４／０８、及び／又はＦ４８８／０８を含む。
いくつかの実施形態において、ファージは、Ｆ４４／１０、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、及び／又はＦ１６８／０８を含む。いくつかの実施形態において、ファージは、Ｆ４４／１０、Ｆ３８７／０８、Ｆ１６８／０８、及び／又はＦ７７０／０５を含む。いくつかの実施形態において、ファージは、Ｆ４４／１０、Ｆ３８７／０８、Ｆ７７０／０５、及び／又はＦ１２４５／０５を含む。いくつかの実施形態において、ファージは、Ｆ４４／１０、Ｆ３８７／０８、Ｆ１２４５／０５、及び／又はＦ３９１／０８を含む。いくつかの実施形態において、ファージは、Ｆ４４／１０、Ｆ３８７／０８、Ｆ３９１／０８、及び／又はＦ３９４／０８を含む。いくつかの実施形態において、ファージは、Ｆ４４／１０、Ｆ３８７／０８、Ｆ３９４／０８、及び／又はＦ４８８／０８を含む。いくつかの実施形態において、ファージは、Ｆ４４／１０、Ｆ３８７／０８、Ｆ４８８／０８、及び／又はＦ５１０／０８を含む。
いくつかの実施形態において、ファージカクテル組成物は、例えば参照することによってその内容が本明細書に組み込まれる米国特許第５，６８８，５０１号明細書において開示されているような、インビボでの半減期が増大するように選択されるファージを伴っていてもいなくてもよい。
いくつかの実施形態において、カクテルは、１又は２以上のファージから単離された１又は２以上のポリペプチド、及び／又はその断片、バリアント、若しくは誘導体、特に、抗菌活性又は抗微生物活性を有するポリペプチド、その断片、バリアント、若しくは誘導体を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチド、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体は、リシン（又はその断片、例えばＣＨＡＰドメイン）及び／又は尾部タンパク質を含むか又はそれからなる。さらに具体的な実施形態において、ポリペプチドは、本明細書において、及び／又は参照することによってその内容が本明細書に組み込まれる国際公開第２０１０／０９０５４２号パンフレットにおいて記載されているような、単離されたポリペプチド、その断片、バリアント、又は誘導体に対応する。いくつかの実施形態において、カクテルは、単離されたポリペプチドの非存在下で、例えばリアーゼの非存在下で投与される。
本発明のポリペプチドと組み合わせて使用することができる他の治療用作用物質の他の例には、これらに限定されないが、標準的な抗生物質剤、抗炎症剤、抗ウイルス剤、局所麻酔剤、及びコルチコステロイドが含まれる。いくつかの実施形態において、カクテルは、抗生物質の非存在下で投与される。
本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドを含む医薬組成物と共に使用することができる標準的な抗生物質には、所与の感染に対する本発明のバクテリオファージ又はポリペプチドの治療効果を相加的に又は相乗的に増強するのに有効な量の、これらに限定されないが、アミカシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、パロモマイシン、ロドストレプトマイシン、ストレプトマイシン、トブラマイシン、アプラマイシン、リファマイシン、ナフトマイシン、ムピロシン、ゲルダナマイシン、アンサミトシン、カルバセフェム、イミペネム、メロペネム、エルタペネム、ファロペネム、ドリペネム、パニペネム／ベタミプロン、ビアペネム、ＰＺ−６０１、セファロスポリン、セファセトリル、セファドロキシル、セファレキシン、セファログリシン、セファロニウム、セファロリジン、セファロチン、セファピリン、セファトリジン、セファザフルール、セファゼドン、セファゾリン、セフラジン、セフロキサジン、セフテゾール、セファクロル、セフォニシド、セフプロジル、セフロキシム、セフゾナム、セフメタゾール、セフォテタン、セフォキシチン、セフカペン、セフダロキシム、セフジニル、セフジトレン、セフェタメト、セフィキシム、セフメノキシム、セフテラム、セフチブテン、セフチオフル、セフチオレン、セフチゾキシム、セフトリアキソン、セフォペラゾン、セフタジジム、ラタモキセフ、セフクリジン、セフェピム、セフルプレナム、セフォセリス、セフォゾプラン、セフピロム、セフキノム、フロモキセフ、セフトビプロール、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、ジリスロマイシン、エリスロマイシン、ロキシスロマイシン、アズトレオナム、ペニシリン及びペニシリン誘導体、アクチノマイシン、バシトラシン、コリスチン、ポリミキシンＢ、シノキサシン、フルメキン、ナリジクス酸、オキソリン酸、ピロミド酸、ピペミド酸、ロソキサシン、シプロフロキサシン、エノキサシン、フレロキサシン、ロメフロキサシン、ナジフロキサシン、ノルフロキサシン、オフロキサシン、ペフロキサシン、ルフロキサシン、バロフロキサシン、ガチフロキサシン、グレパフロキサシン、レボフロキサシン、モキシフロキサシン、パズフロキサシン、スパルフロキサシン、テマフロキサシン、トスフロキサシン、クリナフロキサシン、ガレノキサシン、ゲミフロキサシン、スチフロキサシン、トロバルフロキサシン、プルリフロキサシン、アセタゾールアミド、ベンゾールアミド、ブメタニド、セレコキシブ、クロルタリドン、クロパミド、ジクロルフェンアミド、ドルゾラミド、エトキシゾラミド、フロセミド、ヒドロクロロチアジド、インダパミド、マフェンジド、メフルシド、メトラゾン、プロベネシド、スルファセタミド、スルファジメトキシン、スルファドキシン、スルファニルアミド、スルファメトキサゾール、スルファサラジン、スルチアム、スマトリプタン、キシパミド、テトラサイクリン、クロルテトラサイクリン、オキシテトラサイクリン、ドキシサイクリン、リメサイクリン、メクロサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、ロリテトラサイクリン、メチシリン、ナフシリン、オキサシリン、クロキサシリン、バンコマイシン、テイコプラニン、クリンダマイシン、コトリモキサゾール、並びにそのあらゆる組合せが含まれる。
本発明の医薬組成物において使用することができる局所麻酔には、テトラカイン、塩酸テトラカイン、リドカイン、塩酸リドカイン、塩酸ジメチソキン、ジブカイン、塩酸ジブカイン、ブタンベンピクレート、及び塩酸プラモキシンが含まれる。局所麻酔の例示的な濃度は、組成物全体の約０．０２５重量％〜約５重量％である。
本発明のポリペプチド、バクテリオファージ、及び／又は医薬組成物との組合せにおいて有用であり得るコルチコステロイドには、ベタメタゾン、ジプロピオネート、フルオシノロン、アクチニド、吉草酸ベタメタゾン、トリアムシノロンアクチニド、プロピオン酸クロベタゾール、デスオキシメタゾン、二酢酸ジフロラゾン、アムシノニド、フルランドレノリド、吉草酸ヒドロコルチゾン、酪酸ヒドロコルチゾン、及びデソニドが含まれる。コルチコステロイドの例示的な濃度は、組成物全体の約０．０１重量％〜約１重量％である。
ある実施形態において、本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドを含む製剤はさらに、ＳＭ緩衝液（０．０５Ｍ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．４〜７．５）、０．１Ｍ ＮａＣｌ、１０ｍＭ ＭｇＳＯ４）を含む。他の実施形態において、製剤はさらに、ＳＭ緩衝液及び１０ｍＭ ＭｇＣｌ２を含む。さらに他の実施形態において、製剤はさらに、ＳＭ緩衝液及び約２０％又は約３０％のエタノールを含む。
本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドを含む医薬組成物は、単回用量製剤又は複数回用量製剤に製剤することができる。適切な製剤は、軟膏剤、液剤、懸濁剤若しくは乳剤、エキス剤、散剤、顆粒剤、スプレー剤、トローチ剤、錠剤、又はカプセル剤からなる群から選択され得、さらに分散剤又は安定剤を含んでもよい。
本発明の医薬組成物は、吸入によって、坐剤若しくはペッサリーの形態で、局所的に（例えば、ローション剤、液剤、クリーム剤、軟膏剤、又は散布剤の形態で）、表皮上に若しくは経皮的に（例えば、皮膚パッチを用いて）、経口的に（例えば、デンプン又は乳糖などの賦形剤を含有し得る錠剤として）、カプセル剤、卵形剤、エリキシル剤、液剤、若しくは懸濁剤として（それぞれ、香料、着色料、及び／又は賦形剤を含有していてもよい）投与することができるか、又は、それらは、非経口的に（例えば、静脈内、筋肉内、又は皮下）注射することができる。非経口投与では、組成物は、他の物質を含有し得る、例えば、溶液を血液と等張にするために十分な塩又は単糖を含有し得る、無菌水性溶液の形態で使用することができる。口腔投与又は舌下投与では、組成物は、従来の様式で製剤され得る錠剤又はトローチ剤の形態で投与することができる。好ましい実施形態において、本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドは、単一の作用物質として、又は本明細書において記載されるか若しくは当技術分野において知られている他の抗生物質治療と組み合わせて、局所的に投与される。
本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドはまた、皮膚上に又は経皮的に投与することができる。皮膚への局所的投与では、本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドは、１つの担体又は担体の組合せと組み合わせることができ、前記担体には、これらに限定されないが、水性液体、アルコールベースの液体、水溶性ゲル、ローション、軟膏、非水性液体基剤、鉱油基剤、鉱油とワセリンとの混和物、ラノリン、リポソーム、血清アルブミン又はゼラチンなどのタンパク質担体、粉末セルロースカーメル、及びその組合せが含まれる。送達の局所的様式には、塗抹剤、スプレー、包帯、徐放性パッチ、液体を吸収させたワイプ（wipe）、及びその組合せが含まれ得る。本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドは、直接的に、又は担体（１又は２以上）内で、パッチ、ワイプ、包帯などに塗布することができる。パッチ、ワイプ、包帯などは、湿っていても乾燥していてもよく、ファージ及び／又はポリペプチド（例えば、リシン）は、凍結乾燥された形態でパッチ上に存在する。局所的組成物の担体は、ポリマー濃縮剤、水、防腐剤、界面活性剤、又は、乳化剤、酸化防止剤、日焼け止め、及び溶媒系若しくは混合溶媒系を含む、半固体の及びゲル様の媒体を含み得る。米国特許第５，８６３，５６０号明細書は、医薬品への皮膚の曝露に役立ち得る、担体の多くの異なる組合せを開示しており、その内容は、本明細書に組み込まれる。担体は、例えば参照することによってその内容が本明細書に組み込まれる米国特許出願第２００８／０２６０６９７号明細書において開示されているような、制御放出製剤を伴っていてもいなくてもよい。担体は、例えば参照することによってその内容が本明細書に組み込まれる米国特許出願第２００８／００３８３２２号明細書、米国特許出願第２００８／０１３８３１１号明細書、米国特許出願第２００９／０１３０１９６号明細書、欧州特許第１８１２０２５号明細書、欧州特許第１８１７０４３号明細書、及び欧州特許第１８３３４９７号明細書のいずれか１において記載されているような、マトリックス上に吸着したファージを伴っていてもいなくてもよい。いくつかの実施形態において、担体は、例えば参照することによってその内容が本明細書に組み込まれる米国特許出願第２００９／０１９１２５４号明細書において開示されているような、粘性製剤、例えばゲルを伴っていてもいなくてもよい。
鼻腔内投与又は吸入による投与では、本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドは、乾燥粉末吸入剤の形態で、又は適切な推進剤を使用する加圧容器、ポンプ、スプレー、若しくは噴霧器から出るエアロゾルスプレーの形態で都合良く送達され、前記推進剤は、例えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、１，１，１，２−テトラフルオロエタン（ＨＦＡ １３４Ａ．ＴＭ．）若しくは１，１，１，２，３，３，３−ヘプタフルオロプロパン（ＨＦＡ ２２７ＥＡ．ＴＭ．）などのヒドロフルオロアルカン、二酸化炭素、又は他の適切なガスである。加圧エアロゾルのケースでは、投薬単位は、一定量を送達するためのバルブを提供することにより決定することができる。加圧容器、ポンプ、スプレー、又は噴霧器は、例えば、溶媒としてエタノールと推進剤との混合物を使用する、活性化合物の溶液又は懸濁液を含有し得、前記溶媒はさらに、潤滑剤、例えばソルビタントリオレエートを含有し得る。吸入剤又は吹送剤において使用するためのカプセル及びカートリッジ（例えばゼラチンで作製される）は、本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドと、乳糖又はデンプンなどの適切な粉末基剤との粉末混合物を含有するように製剤することができる。
坐剤又はペッサリーの形態での投与では、治療用組成物は、ゲル、ヒドロゲル、ローション、溶液、クリーム、軟膏、又は散布剤の形態で、局所的に塗布することができる。本発明の組成物はまた、眼内経路で投与することができる。眼科的使用では、本発明の組成物は、等張の、ｐＨ調整された、無菌の生理食塩水内の、微粉化された懸濁液として、又は、好ましくは、等張の、ｐＨ調整された、無菌の生理食塩水内の、溶液として、製剤することができ、これは、塩化ベンジルアルコニウムなどの防腐剤と組み合わされてもよい。或いは、それらは、ワセリンなどの軟膏内に製剤することができる。
本発明の医薬組成物の投薬量及び所望の薬剤濃度は、特定の使用に応じて変化し得る。投与の適切な投薬量又は経路の決定は、当業者の技術の範囲内である。動物実験によって、ヒトの治療における有効な用量を決定するための信頼性のあるガイダンスを得ることができる。有効な用量の種間スケーリングは、Mordenti, J. and Chappell, W. "The use of interspecies scaling in toxicokinetics" in Toxicokinetics and New Drug Development, Yacobi et al., Eds., Pergamon Press, New York 1989, pp42-96によって記載されている原理に従って、当業者が行うことができる。
６．３ 治療的使用
本発明のバクテリオファージ及びポリペプチドは、例えば下記の実施例中の表１〜７において記載されているように、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌、及び／又は黄色ブドウ球菌の複数の株に対して活性を有する。したがって、本発明の組成物は、ヒトと動物とにおいて、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌、及び／又は黄色ブドウ球菌に関連する感染を予防及び／又は治療する方法において使用を見出すことができる。他の実施形態において、本発明の組成物は、これらに限定されないが、表皮ブドウ球菌、スタフィロコッカス・アウリクラーリス、スタフィロコッカス・カピティス、スタフィロコッカス・ヘモリチカス、スタフィロコッカス・ホミニス、腐性ブドウ球菌、スタフィロコッカス・シムランス、スタフィロコッカス・キシローサス、ミクロコッカス・ルテウス、枯草菌、バチルス・プミルス、エンテロコッカス・ヒラエを含むこれらの細菌の関連種又は関連株に関連する感染を治療するために使用することができる。
特定の実施形態において、本発明の医薬組成物を投与される対象は、哺乳動物（例えば、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ウマ、霊長類（例えば、ヒト）、齧歯動物、ウサギ、又はトリ（例えば、ニワトリ、アヒル、ガチョウ））である。本発明との関連で、「治療」は、治療的処置を指し、その目的は、病的状態又は障害に関連する症状又は根本的原因（例えば、細菌感染）を排除し、低減し、その重症度を低下させ、それを改善し、その進行を遅らせ、又はそれを予防することである。「治療」は、治療的処置と防止的又は予防的手段を指し、その目的は、病的状態若しくは障害に関連する症状又は根本的原因（例えば、細菌感染）を排除し、低減し、その重症度を低下させ、その進行を遅らせ、又はそれを遅延若しくは予防することである。本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドが防止的又は予防的手段として作用し、１又は２以上の細菌が引き起こす感染の発病を予防することも企図される。
クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌、及び黄色ブドウ球菌は、特に、免疫系の障害を有する個体において、多くの重篤な日和見感染の原因である。本発明の医薬組成物は、これらに限定されないが、皮膚の感染（これらに限定されないが、皮膚潰瘍、よう、床ずれ、及び糖尿病性の足潰瘍を含む）、創傷内及び創傷周辺の感染、術後感染、カテーテル及び外科用ドレーンに関連する感染、並びに血液の感染を含む、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌、及び／若しくは黄色ブドウ球菌に関連する、又は他の細菌種若しくは細菌株に関連する、いかなる感染も治療することが企図される。
糖尿病性の足潰瘍は、全糖尿病患者の約１５％で生じ、全ての下腿切断の約８５％の原因である、糖尿病の主要な合併症の１つである（Brem, et al., J. Clinical Invest., 2007, 117(5):1219-1222）。糖尿病は、創傷治癒プロセスの正常なステップを妨げる。非治癒性の慢性的な糖尿病性の潰瘍は、細胞外マトリックス置換療法、先進湿潤創傷療法、生物工学的に設計された代用組織又は皮膚、増殖因子、壊死組織切除、動脈血行再建術、及び／又は陰圧創傷療法で治療されることが多い（Blume et.al, Diabetes Care, 2008, 31: 631-636）。潰瘍は、日和見細菌に感染し得、前記細菌はさらに状態を悪化させ得る。したがって、糖尿病における足潰瘍はまた、例えばブドウ球菌並びに他の嫌気性細菌、例えばクレブシエラ・ニューモニエ、大腸菌、及び／又は緑膿菌に対する抗生物質を要することが多い。
本発明の１又は２以上の組成物は、糖尿病性の足潰瘍の治療における使用を見出す。例えば、本発明の単離されたファージ又はポリペプチドは、それを必要とする対象における糖尿病性の足潰瘍に関連する感染の治療に使用することができる。特定の実施形態において、糖尿病性の足潰瘍を治療するために使用される組成物は、局所的投与のために製剤された局所的組成物、例えば、糖尿病性の足潰瘍に関連する潰瘍、創傷、損傷、及び／又は痛みに直接的に適用するための組成物である。
ある実施形態において、糖尿病性の足潰瘍に関する使用のための組成物は、配列番号５６０の核酸配列を含むゲノムを有し、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、単離されたＦ４４／１０を含む。いくつかの実施形態において、バクテリオファージＦ４４／１０から単離されたポリペプチド、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を含む組成物が使用され、前記ポリペプチド、断片、バリアント、又は誘導体は、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の種又は株に対する抗菌活性を示す。あるこのような実施形態において、ポリペプチド、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体は、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の種又は株に対する抗菌活性を示す、リシン、ＣＨＡＰドメイン、又は尾部タンパク質である。ある実施形態において、糖尿病性の足潰瘍に関する使用のための組成物は、配列番号１０７４の核酸配列を含むゲノムを有し、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、単離されたＦ１２５／１０を含む。いくつかの実施形態において、バクテリオファージＦ１２５／１０から単離されたポリペプチド、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を含む組成物が使用され、前記ポリペプチド、断片、バリアント、又は誘導体は、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の種又は株に対する抗菌活性を示す。あるこのような実施形態において、ポリペプチド、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体は、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の種又は株に対する抗菌活性を示す、リシン、ＣＨＡＰドメイン、又は尾部タンパク質である。
ある実施形態において、ファージカクテルを含む組成物が使用され、例えば、ファージカクテルは、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す少なくとも１のファージ及び異なる細菌に対する抗菌活性を示す少なくとも１のファージを含む。特定の実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ４４／１０及び／又はＦ１２５／１０を、Ｆ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、Ｆ３８７／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ１６８／０８、Ｆ７７０／０５、及びＦ１２４５／０５から選択される少なくとも１の他のファージと組み合わせて含む。特に好ましい実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ４４／１０及び／又はＦ１２５／１０を、Ｆ３９１／０８、Ｆ３８７／０８、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、及び／又はＦ７７０／０５から選択される１、２、３、又はそれ以上の他のファージと組み合わせて含む。
ある実施形態において、糖尿病性の足潰瘍に関する使用のための組成物は、それぞれ配列番号１又は配列番号７８１の核酸配列を含むゲノムを有し、クレブシエラ・ニューモニエの１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、単離されたＦ３９１／０８及び／又はＦ３８７／０８を含む。いくつかの実施形態において、バクテリオファージＦ３９１／０８及び／又はＦ３８７／０８から単離されたポリペプチド、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を含む組成物が使用され、前記ポリペプチド、断片、バリアント、又は誘導体は、クレブシエラ・ニューモニエの１又は２以上の種又は株に対する抗菌活性を示す。あるこのような実施形態において、ポリペプチド、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体は、クレブシエラ・ニューモニエの１又は２以上の種又は株に対する抗菌活性を示す、リシン、ＣＨＡＰドメイン、又は尾部タンパク質である。ある実施形態において、ファージカクテルを含む組成物が使用され、例えば、ファージカクテルは、クレブシエラ・ニューモニエの１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す少なくとも１のファージ及び異なる細菌に対する抗菌活性を示す少なくとも１のファージを含む。特定の実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３９１／０８及び／又はＦ３８７／０８を、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ１７０／０８、Ｆ１６８／０８、Ｆ７７０／０５、Ｆ１２４５／０５、及びＦ１２５／１０から選択される少なくとも１の他のファージと組み合わせて含む。特に好ましい実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ３９１／０８及び／又はＦ３８７／０８を、Ｆ４４／１０、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、及び／又はＦ７７０／０５から選択される１、２、３、又はそれ以上の他のファージと組み合わせて含む。
ある実施形態において、糖尿病性の足潰瘍に関する使用のための組成物は、配列番号３の核酸配列を含むゲノムを有し、大腸菌の１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、単離されたＦ４８８／０８を含む。いくつかの実施形態において、バクテリオファージＦ４８８／０８から単離されたポリペプチド、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を含む組成物が使用され、前記ポリペプチド、断片、バリアント、又は誘導体は、大腸菌の１又は２以上の種又は株に対する抗菌活性を示す。あるこのような実施形態において、ポリペプチド、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体は、大腸菌の１又は２以上の種又は株に対する抗菌活性を示す、リシン、ＣＨＡＰドメイン、又は尾部タンパク質である。ある実施形態において、ファージカクテルを含む組成物が使用され、例えば、ファージカクテルは、大腸菌の１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す少なくとも１のファージ及び異なる細菌に対する抗菌活性を示す少なくとも１のファージを含む。特定の実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ４８８／０８を、Ｆ３９４／０８、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ１７０／０８、Ｆ１６８／０８、Ｆ７７０／０５、Ｆ１２４５／０５、Ｆ３９１／０８ Ｆ３８７／０８、及びＦ１２５／１０から選択される少なくとも１の他のファージと組み合わせて含む。特に好ましい実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ４８８／０８を、Ｆ３９１／０８、Ｆ３８７／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ１２５／１０、Ｆ５１０／０８、及び／又はＦ７７０／０５から選択される１、２、３、又はそれ以上の他のファージと組み合わせて含む。
ある実施形態において、糖尿病性の足潰瘍に関する使用のための組成物は、それぞれ配列番号４の又は国際公開第２０１０／０９０５４２号パンフレットにおいて開示されている核酸配列を含むゲノムを有し、緑膿菌の１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す、単離されたＦ５１０／０８及び／又はＦ７７０／０５を含む。いくつかの実施形態において、バクテリオファージＦ５１０／０８及び／又はＦ７７０／０５から単離されたポリペプチド、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を含む組成物が使用され、前記ポリペプチド、断片、バリアント、又は誘導体は、緑膿菌の１又は２以上の種又は株に対する抗菌活性を示す。あるこのような実施形態において、ポリペプチド、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体は、緑膿菌の１又は２以上の種又は株に対する抗菌活性を示す、リシン、ＣＨＡＰドメイン、又は尾部タンパク質である。ある実施形態において、ファージカクテルを含む組成物が使用され、例えば、ファージカクテルは、緑膿菌の１又は２以上の株に対する抗菌活性を示す少なくとも１のファージ及び異なる細菌に対する抗菌活性を示す少なくとも１のファージを含む。特定の実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ５１０／０８及び／又はＦ７７０／０５を、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ１７０／０８、Ｆ１６８／０８、Ｆ１２４５／０５、Ｆ３９１／０８、Ｆ３８７／０８、及びＦ１２５／１０から選択される少なくとも１の他のファージと組み合わせて含む。特に好ましい実施形態において、ファージカクテルは、Ｆ５１０／０８及び／又はＦ７７０／０５を、Ｆ４４／１０、Ｆ４８８／０８、Ｆ３９１／０８、及び／又はＦ３８７／０８から選択される１、２、３、又はそれ以上の他のファージと組み合わせて含む。
クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌、及び黄色ブドウ球菌はまた、流体含有量の高い器官系への感染にも関連し、本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドは、これらの感染の予防及び治療における治療的使用を有することが企図される。例えば、本発明の医薬組成物は、気道、脳脊髄液、腹水、及び尿路の感染の予防又は治療に使用することができる。本発明の組成物はまた、院内肺炎、持続的携帯型腹膜透析（ＣＡＰＤ、continuous ambulatory peritoneal dialysis）、カテーテルに関連する細菌尿、及び院内髄膜炎の予防及び／又は治療に使用することができる。
好ましい実施形態において、本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドは、特に、創傷、潰瘍、並びに、例えば、カテーテル挿入及びあらゆる他の医療処置又は医療機器による皮膚開口部に関連する感染を予防するために、病院内で防止的に使用される。
ある実施形態において、本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドは、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌及び／若しくは黄色ブドウ球菌、及び／又は他の細菌種に関連する感染を治療又は予防するための単剤として使用される。本発明の他の実施形態において、本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドは、他のバクテリオファージ（例えば、異なる細菌種又は細菌株を標的化するもの）を含む他の作用物質と、又はあらゆるグラム陽性細菌、あらゆるグラム陰性細菌、及びグラム陽性細菌ともグラム陰性細菌とも分類されないあらゆる他の細菌群から選択される細菌を含む同一の又は異なる種類の細菌を標的化する抗生物質と組み合わせて使用される。本発明の組成物はまた、当業者に知られている細菌感染を治療するためのいかなる他の手段とも組み合わせて使用することができる。
また、本発明によって、これらに限定されないが、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌、及び／又は黄色ブドウ球菌を含む細菌が引き起こす感染を予防する方法及び治療する方法であって、それを必要とする哺乳動物に、配列番号２０、配列番号８０、配列番号１９２、配列番号２８２、配列番号５４７、配列番号５５６、配列番号５５７、配列番号５９８、配列番号１２１６、又は配列番号１２６１のアミノ酸配列、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を含むか又はそれからなる、リシンを含む組成物を投与することを含み、前記断片、バリアント、又は誘導体は、親バクテリオファージが単離された細菌種に対する抗菌活性又は抗微生物活性を示す方法も企図される。この実施形態に従った特定の例において、本発明は、これらに限定されないが、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌及び／又は黄色ブドウ球菌を含む細菌が引き起こす感染を予防する方法又は治療する方法であって、それを必要とする哺乳動物に、リシンの単離されたＣＨＡＰドメイン、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を含む組成物を投与することを含み、前記断片、バリアント、又は誘導体は、それが単離されたＣＨＡＰドメインの少なくとも１つの生物学的活性（例えば、溶解による細胞の死滅）を示す方法を提供する。
ある実施形態において、本発明は、これらに限定されないが、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌及び／又は黄色ブドウ球菌を含む細菌が引き起こす感染を予防する方法及び／又は治療する方法であって、それを必要とする哺乳動物に、配列番号１５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３２〜３５、配列番号１８０、配列番号１８３、配列番号１８５、配列番号１９０、配列番号２３１、配列番号２３２、配列番号２３５、配列番号２３９〜２４５、配列番号２４８、配列番号２４９、配列番号２５２、配列番号２５４、配列番号４３３〜４３７、配列番号４８９〜４９６、配列番号５４４、配列番号５４５、配列番号５４９、配列番号５５１、配列番号６２９、又は配列番号６８６、配列番号７８９、配列番号７９６〜８００、配列番号８０６、配列番号８５４、配列番号９９９〜１００４、配列番号１０５３〜１０６０、配列番号１０７７、配列番号１２１７、配列番号１２５０、配列番号１２６６のアミノ酸配列、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を含むか又はそれからなる、尾部タンパク質を含む組成物を投与することを含み、前記断片、バリアント、又は誘導体は、それが由来したバクテリオファージに関連する生物学的活性を示す方法を提供する。
さらに他の実施形態において、本発明は、これらに限定されないが、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌及び／又は黄色ブドウ球菌を含む細菌が引き起こす感染を予防する方法及び／又は治療する方法であって、それを必要とする哺乳動物に、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５６０、配列番号７８１、及び／又は配列番号１０７４の核酸配列を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージを含む組成物を投与することを含む方法を提供する。本発明の１若しくは２以上のバクテリオファージ又は抗生物質などの他の治療薬を場合によって有する、リシン（又は、上記のその断片、バリアント、若しくは誘導体）と、尾部タンパク質（又は上記に記載のその断片、バリアント、若しくは誘導体）の組合せ、並びに／又は本明細書に記載の組合せの１又は２以上を使用した細菌感染の治療方法及び予防方法も企図される。
本明細書において使用される場合、「組み合わせて」という用語は、２以上の防止用及び／又は治療用作用物質の使用を指す。「組み合わせて」という用語の使用は、防止用及び／又は治療用作用物質を疾患又は障害を有する対象に投与する順序を制限するものではない。第１の防止用又は治療用作用物質は、第２の防止用又は治療用作用物質（第１の防止用又は治療用作用物質とは異なる）の投与の前に（例えば、５分前、１５分前、３０分前、４５分前、１時間前、２時間前、４時間前、６時間前、１２時間前、２４時間前、４８時間前、７２時間前、９６時間前、１週間前、２週間前、３週間前、４週間前、５週間前、６週間前、８週間前、又は１２週間前）、前記投与と同時に、又は前記投与の後に（例えば、５分後、１５分後、３０分後、４５分後、１時間後、２時間後、４時間後、６時間後、１２時間後、２４時間後、４８時間後、７２時間後、９６時間後、１週間後、２週間後、３週間後、４週間後、５週間後、６週間後、８週間後、又は１２週間後）、疾患又は障害を有する対象に投与することができる。
６．４ 殺菌剤及び抗感染的使用
細菌性病原体は、粘膜部位（例えば、上気道及び下気道粘膜、腸粘膜、泌尿生殖器粘膜、眼の粘膜など）で最も多く感染する。粘膜それ自体は、環境において見られる多くの病原性細菌（例えば、肺炎球菌、ブドウ球菌、及び連鎖球菌）の保有宿主であることが多く、保有宿主であるだけのことが時々ある。保菌者の病原性細菌の状態を制御するために設計された抗感染薬は非常にわずかしか存在していない。しかし、研究によって、病院及び養護施設などの環境におけるこの保有宿主を低減させるか又はなくすことによってこれらの細菌による感染の発生が顕著に低減することが示されている。院内感染の予防は、感染表面の通常の及び繰り返しの洗浄を伴う。
本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドは、院内感染の発生を予防するか又は低減させるために、細菌（例えば、グラム陽性細菌（例えば、黄色ブドウ球菌）、グラム陰性細菌（例えば、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、及び緑膿菌）、又はグラム陽性細菌ともグラム陰性細菌とも分類されない細菌）の増殖を制御するための抗感染組成物において使用することができる。粘膜に塗布するための組成物における使用に加え、本組込みのバクテリオファージ及び／又はポリペプチドはまた、体表（例えば、皮膚及び粘膜）（例えば、手術領域、又は医療従事者及び／若しくは患者の手及び皮膚露出部の滅菌のため）及び他の固体表面（例えば、器具、カウンター、及び特に病院設備（hospital equipment））での細菌のコロニー形成を制御又は予防するための、ゲル剤、クリーム剤、軟膏剤、又はスプレー剤などの製剤内に組み込むことができる。
６．５ ナノテクノロジーにおける使用
本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドはまた、ナノテクノロジーにおいて、例えばナノスケールのデバイスの開発において使用することができる。ナノテクノロジーと分子生物学との組み合わせによって、ナノスケールコンダクタなどの新世代のナノスケールベースのデバイスがもたらされている。生物系は、ナノスケールで構造的に組織される、高分子、主にタンパク質及び核酸の構造に基づいて機能する。したがって、生物学的高分子は、ナノスケールでの適用における使用を見出し得る。特に、高度に組織された構造を有するタンパク質は、ナノスケールデバイスの開発において使用することができる。
いくつかの実施形態において、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５６０、配列番号７８１、又は配列番号１０７４を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージ（例えば、それぞれ、バクテリオファージＦ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ３８７／０８、又はＦ１２５／１０）から単離された、尾部タンパク質（例えば、尾部成分、尾部繊維タンパク質、吸着に関連する尾部タンパク質、尾部長巻尺タンパク質、基盤ウェッジサブユニット）、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を含むか又はそれからなる本発明のポリペプチドは、ナノテクノロジー用途において使用することができる。例えば、ファージの尾部繊維の尾部タンパク質は、高度に組織された構造を有し得、ナノスケールコンダクタにおける使用を見出し得る。このようなコンダクタは、例えば、金及び／又は他のイオンを蒸着させるために使用することができる。
具体的な実施形態において、ナノテクノロジーにおいて使用される本発明のポリペプチドは、配列番号１５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３２〜３５、配列番号１８０、配列番号１８３、配列番号１８５、配列番号１９０、配列番号２３１、配列番号２３２、配列番号２３５、配列番号２３９〜２４５、配列番号２４８、配列番号２４９、配列番号２５２、配列番号２５４、配列番号４３３〜４３７、配列番号４８９〜４９６、配列番号５４４、配列番号５４５、配列番号５４９、配列番号５５１、配列番号６２９、配列番号６８６、配列番号７８９、配列番号７９６〜８００、配列番号８０６、配列番号８５４、配列番号９９９〜１００４、配列番号１０５３〜１０６０、配列番号１０７７、配列番号１２１７、配列番号１２５０、又は配列番号１２６６のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、単離された尾部タンパク質である。他の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号１５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３２〜３５、配列番号１８０、配列番号１８３、配列番号１８５、配列番号１９０、配列番号２３１、配列番号２３２、配列番号２３５、配列番号２３９〜２４５、配列番号２４８、配列番号２４９、配列番号２５２、配列番号２５４、配列番号４３３〜４３７、配列番号４８９〜４９６、配列番号５４４、配列番号５４５、配列番号５４９、配列番号５５１、配列番号６２９、配列番号６８６、配列番号７８９、配列番号７９６〜８００、配列番号８０６、配列番号８５４、配列番号９９９〜１００４、配列番号１０５３〜１０６０、配列番号１０７７、配列番号１２１７、配列番号１２５０、又は配列番号１２６６の断片、バリアント、又は誘導体を含み、前記断片、バリアント、又は誘導体は、高度に組織された構造を有する。このようなポリペプチドは、上記のように、例えばナノスケールコンダクタにおける使用を見出す。
６．６ 診断方法
本発明はまた、細菌感染における原因物質を決定するための診断方法も包含する。ある実施形態において、細菌感染の所見における原因物質の診断は、（ｉ）患者の組織、血液、又は体液の試料を標準的な技術に従って培養すること、（ii）培養物を本発明の１又は２以上のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドと接触させること、並びに（iii）前記接触の後の細胞の増殖及び／又は溶解のエビデンス（evidence）をモニタリングすることによって行われる。バクテリオファージ及び／又はその単離された産物（例えば、ポリペプチド、又はその生物学的に活性な断片、バリアント、若しくは誘導体）の活性は、種又は株に特異的である傾向があるため、本発明の１又は２以上のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドに対する感受性又は感受性の欠如は、感染性細菌の種又は株の存在を示し得る。例えば、配列番号１若しくは７８１の核酸配列を含むか若しくはそれからなるゲノムを有するバクテリオファージ、又はその単離された又はそこに由来するポリペプチドに接触させた後に、試験培養物の増殖が減少することは、試験試料がクレブシエラ・ニューモニエを含むことの指標であり得る。同様に、配列番号２の核酸配列を含むか若しくはそれからなるゲノムを有するバクテリオファージ、又はその若しくはそれに由来する単離されたポリペプチド産物は、アシネトバクター・バウマニによる感染を同定するために使用することができ、配列番号３の核酸配列を含むか若しくはそれからなるゲノムを有するバクテリオファージ、又はその若しくはそれに由来する単離されたポリペプチド産物は、大腸菌による感染を同定するために使用することができ、一方、配列番号４の核酸配列を含むか若しくはそれからなるゲノムを有するバクテリオファージ、又はその若しくはそれに由来する単離されたポリペプチド産物は、緑膿菌による感染を同定するために使用することができ、配列番号５６０又は１０７４の核酸配列を含むか若しくはそれからなるゲノムを有するバクテリオファージ、又はその若しくはそれに由来する単離されたポリペプチド産物は、黄色ブドウ球菌による感染を同定するために使用することができる。
さらに、いくつかの実施形態において、本発明のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドは、診断法の目的でバイオセンサーにおいて使用することができる。本明細書において使用される場合、「バイオセンサー」は、生物学的構成要素と物理化学的検出器構成要素とを組み合わせる、分析物の検出のための分析デバイスを指す。特に、細菌受容体の認識に関与するタンパク質は、診断用バイオセンサーの開発において使用することができる。
いくつかの実施形態において、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５６０、配列番号７８１、配列番号１０７４を含むか又はそれからなるゲノムを有するバクテリオファージ（例えば、それぞれ、バクテリオファージＦ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ３８７／０８、又はＦ１２５／１０）から単離された尾部タンパク質（例えば、尾部成分、尾部繊維タンパク質、吸着に関連する尾部タンパク質、尾部長巻尺タンパク質、基盤ウェッジサブユニット）、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を含むか又はそれからなる本発明のポリペプチドは、バイオセンサー用途において使用することができる。例えば、ファージの尾部タンパク質は、１又は２以上の細菌種及び／又は細菌株を特異的に認識し得、したがって、バイオセンサー診断法における使用を見出し得る。本発明の１又は２以上のバクテリオファージ及び／又はポリペプチドによるある細菌種及び／又は細菌株の検出は、感染性細菌の種又は株を示し得る。
具体的な実施形態において、バイオセンサー用途において使用される本発明のポリペプチドは、配列番号１５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３２〜３５、配列番号１８０、配列番号１８３、配列番号１８５、配列番号１９０、配列番号２３１、配列番号２３２、配列番号２３５、配列番号２３９〜２４５、配列番号２４８、配列番号２４９、配列番号２５２、配列番号２５４、配列番号４３３〜４３７、配列番号４８９〜４９６、配列番号５４４、配列番号５４５、配列番号５４９、配列番号５５１、配列番号６２９、配列番号６８６、配列番号７８９、配列番号７９６〜８００、配列番号８０６、配列番号８５４、配列番号９９９〜１００４、配列番号１０５３〜１０６０、配列番号１０７７、配列番号１２１７、配列番号１２５０、又は配列番号１２６６のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、単離された尾部タンパク質である。他の実施形態において、本発明のポリペプチドは、配列番号１５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３２〜３５、配列番号１８０、配列番号１８３、配列番号１８５、配列番号１９０、配列番号２３１、配列番号２３２、配列番号２３５、配列番号２３９〜２４５、配列番号２４８、配列番号２４９、配列番号２５２、配列番号２５４、配列番号４３３〜４３７、配列番号４８９〜４９６、配列番号５４４、配列番号５４５、配列番号５４９、配列番号５５１、配列番号６２９、配列番号６８６、配列番号７８９、配列番号７９６〜８００、配列番号８０６、配列番号８５４、配列番号９９９〜１００４、配列番号１０５３〜１０６０、配列番号１０７７、配列番号１２１７、配列番号１２５０、又は配列番号１２６６の断片、バリアント、又は誘導体を含み、前記断片、バリアント、又は誘導体は、細菌、例えば、細菌の特異的な種及び／又は１若しくは２以上の特異的な株を特異的に認識し得る。このようなポリペプチドは、例えば、上記のように、特異的な細菌を検出するため及び／又はある感染を診断するためのバイオセンサーにおける使用を見出す。
通常、バイオセンサーにおいて使用するためのファージの尾部タンパク質は、その宿主細菌、又は宿主細菌の１若しくは２以上の特異的な種及び／若しくは特異的な株を検出する。したがって、ある実施形態において、本発明は、クレブシエラ・ニューモニエの１又は２以上の株を認識し検出し得る、配列番号１５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、又は配列番号３２〜３５のアミノ酸配列、又はそのバリアント、断片、若しくは誘導体に対応する尾部タンパク質を包含する。このような検出は、クレブシエラ・ニューモニエ感染の指標であり得る。ある実施形態において、本発明は、アシネトバクター・バウマニの１又は２以上の株を認識し検出し得る、配列番号１８０、配列番号１８３、配列番号１８５、又は配列番号１９０のアミノ酸配列、又はそのバリアント、断片、若しくは誘導体に対応する尾部タンパク質を包含する。このような検出は、アシネトバクター・バウマニ感染の指標であり得る。ある実施形態において、本発明は、大腸菌の１又は２以上の株を認識し検出し得る、配列番号２３１、配列番号２３２、配列番号２３５、配列番号２３９〜２４５、配列番号２４８、配列番号２４９、配列番号２５２、配列番号２５４、配列番号４３３〜４３７、配列番号４８９〜４９５、又は配列番号４９６のアミノ酸配列、又はそのバリアント、断片、若しくは誘導体に対応する尾部タンパク質を包含する。このような検出は、大腸菌感染の指標であり得る。
ある実施形態において、本発明は、緑膿菌の１又は２以上の株を認識し検出し得る、配列番号５４４、配列番号５４５、配列番号５４９、又は配列番号５５１のアミノ酸配列、又はそのバリアント、断片、若しくは誘導体に対応する尾部タンパク質を包含する。このような検出は、緑膿菌感染の指標であり得る。ある実施形態において、本発明は、黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株を認識し検出し得る、配列番号６２９、配列番号６８６、配列番号１０７７、配列番号１２１７、配列番号１２５０、又は配列番号１２６６のアミノ酸配列、又はそのバリアント、断片、若しくは誘導体に対応する尾部タンパク質を包含する。このような検出は、黄色ブドウ球菌感染の指標であり得る。ある実施形態において、本発明は、クレブシエラ・ニューモニエの１又は２以上の株を認識し検出し得る、配列番号７８９、配列番号７９６〜８００、配列番号８０６、配列番号８５４、配列番号９９９〜１００４、又は配列番号１０５３〜１０６０のアミノ酸配列、又はそのバリアント、断片、若しくは誘導体に対応する尾部タンパク質を包含する。このような検出は、クレブシエラ・ニューモニエ感染の指標であり得る。
いくつかの実施形態において、本発明は、２以上の尾部タンパク質、例えば、２以上の細菌種及び／又は細菌株を検出するためのバイオセンサーにおける上記で提供される尾部タンパク質の２以上の組み合わせの使用を包含する。バイオセンサーはまた、同一の又は異なる細菌を検出するためのさらなるタンパク質及び／又は他の作用物質を含み得る。
６．７ アミノ酸のバリアント
本発明のポリペプチドのアミノ酸配列バリアントが生成し得る。いくつかの実施形態において、これらは、置換バリアント、挿入バリアント、及び／又は欠失バリアントであり得る。欠失バリアントは、機能（例えば、抗微生物活性又は抗菌活性）に典型的には必須ではない、天然タンパク質の１又は２以上の残基を欠く。挿入突然変異体は、典型的には、ポリペプチド内の末端以外の点に材料が付加されている。置換バリアントは、典型的には、ポリペプチド内の１又は２以上の部位での、１つのアミノ酸の別のアミノ酸への交換を伴い、好ましくは他の機能又は特性を喪失（又は実質的に喪失）することなく、タンパク質溶解による切断に対する安定性などの、ポリペプチドの１又は２以上の特性を変化させるように設計され得る。この種類の置換は、好ましくは保存的なものであり、すなわち、１つのアミノ酸が、類似の形状及び電荷を有する１つのアミノ酸で置き換えられる。保存的置換は、当技術分野において周知であり、例えば、アラニンからセリンへの変化、アルギニンからリジンへの変化、アスパラギンからグルタミン又はヒスチジンへの変化、アスパラギン酸からグルタミン酸への変化、システインからセリンへの変化、グルタミンからアスパラギンへの変化、グルタミン酸からアスパラギン酸への変化、グリシンからプロリンへの変化、ヒスチジンからアスパラギン又はグルタミンへの変化、イソロイシンからロイシン又はバリンへの変化、ロイシンからバリン又はイソロイシンへの変化、リジンからアルギニンへの変化、メチオニンからロイシン又はイソロイシンへの変化、フェニルアラニンからチロシン、ロイシン、又はメチオニンへの変化、セリンからスレオニンへの変化、スレオニンからセリンへの変化、トリプトファンからチロシンへの変化、チロシンからトリプトファン又はフェニルアラニンへの変化、及びバリンからイソロイシン又はロイシンへの変化が含まれる。
遺伝子の全体的な領域が、本明細書において記載されるリシンなどのように特定の抗菌活性をコードすると同定されると、点突然変異を採用して、どのアミノ酸残基が抗菌活性において重要であるかを非常に詳細に同定することができる。したがって、当業者であれば、ＤＮＡ鎖において単一の塩基の変化を例えば生じさせて、所望の機能を保存した、改変したコドン及び／又はミスセンス突然変異を得ることができよう。
好ましくは、タンパク質のアミノ酸の突然変異によって、同等の、又はそれどころか改良された、第２世代の分子が生じる。例えば、あるアミノ酸は、機能（例えば、抗菌活性又は抗微生物活性）の検出可能又は実質的な喪失を伴うことなく、タンパク質構造において、他のアミノ酸に置換され得る。このような変化を生じさせるために、アミノ酸のハイドロパシー指標が考慮され得る。タンパク質に対する相互作用的な生物学的機能の付与におけるハイドロパシーアミノ酸指標の重要性は、当技術分野において一般に理解されている。アミノ酸の相対的なハイドロパシーの性質が、得られるタンパク質の二次構造に影響することが認められており、前記二次構造は、タンパク質と他の分子との相互作用、例えばグラム陽性細菌の外層内のペプチドグリカンとの相互作用を規定する。各アミノ酸は、それらの疎水性及び電荷特徴に基づいてハイドロパシー指標を割り当てられており、例えば、イソロイシン（＋４．５）、バリン（＋４．２）、ロイシン（＋３．８）、フェニルアラニン（＋２．８）、システイン／シスチン（＋２．５）、メチオニン（＋１．９）、アラニン（＋１．８）、グリシン（−０．４）、スレオニン（−０．７）、セリン（−０．８）、トリプトファン０．９）、チロシン（−１．３）、プロリン（−１．６）、ヒスチジン（−３．２）、グルタミン酸（−３．５）、グルタミン（−３．５）、アスパラギン酸（−３．５）、アスパラギン（−３．５）、リジン（−３．９）、及びアルギニン（−４．５）である。当技術分野において、類似のアミノ酸の置換が親水性に基づいて効果的に生じ得ることも理解されている。疎水性と同様に、親水性の値は各アミノ酸に割り当てられており、アルギニン（＋３．０）、リジン（＋３．０）、アスパラギン酸（＋３．０±１）、グルタミン酸（＋３．０±１）、セリン（＋０．３）、アスパラギン（＋０．２）、グルタミン（＋０．２）、グリシン（０）、スレオニン（−０．４）、プロリン（−０．５±１）、アラニン（−０．５）、ヒスチジン（−０．５）、システイン（−１．０）、メチオニン（−１．３）、バリン（−１．５）、ロイシン（−１．８）、イソロイシン（−１．８）、チロシン（−２．３）、フェニルアラニン（−２．５）、及びトリプトファン（−３．４）である。同等の分子は、１つのアミノ酸を別のアミノ酸に置換することによって得ることができ、それらのハイドロパシー指標及び／又はそれらの親水性指標は、互いの±２以内、好ましくは±１以内、又は最も好ましくは±５以内である。
ある実施形態において、本発明は、本明細書において開示されるアミノ酸配列と比較して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０、又はそれ以上のアミノ酸修飾（例えば挿入、置換、欠失など）を含む、単離されたペプチドを包含する。好ましい実施形態において、突然変異（１又は２以上）は、特定のポリペプチドの生物学的活性が保持されるか又は実質的に保持されるように行われる。例えば、本発明は、本明細書においてリストされるアミノ酸配列と比較して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０、又はそれ以上のアミノ酸修飾を含むように突然変異されており、かつ、例えばクレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、緑膿菌、及び／又は黄色ブドウ球菌に対するなどのグラム陽性細菌又はグラム陰性細菌の１又は２以上の種又は株に対する抗菌活性を示す、バクテリオファージＦ３８７／０８、Ｆ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０６８、ＦＦ４４／１０、及びＦ１２５／１０から単離されたポリペプチドを包含する。特定の実施形態において、Ｆ３８７／０８又はＦ３９１／０８に由来する本発明のポリペプチドは、少なくともクレブシエラ・ニューモニエに対する抗菌活性又は抗微生物活性、例えば、溶解死滅活性を示し、Ｆ３９４／０８に由来する本発明のポリペプチドは、少なくともアシネトバクター・バウマニに対する抗菌活性又は抗微生物活性を示し、Ｆ４８８／０８に由来する本発明のポリペプチドは、少なくとも大腸菌に対する抗菌活性又は抗微生物活性を示し、Ｆ５１０／０８に由来する本発明のポリペプチドは、少なくとも緑膿菌に対する抗菌活性又は抗微生物活性を示し、Ｆ４４／１０又はＦ１２５／１０に由来する本発明のポリペプチドは、黄色ブドウ球菌に対する抗菌活性又は抗微生物活性を示す。
６．８ 本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド
本発明は、本発明のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを提供する。本発明はまた、本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド並びに抗生物質活性及び／又は他の生物学的活性を有する修飾ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに、例えば上記に定義したような、高度のストリンジェンシー、中程度又は低度のストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドも包含する。
当技術分野において知られているいかなる方法によっても、ポリヌクレオチドを得ることができ、このポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定することができる。例えば、本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドは、適切な源（例えば、バクテリオファージＦ３８７／０８、Ｆ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８、Ｆ５１０／０８、ＦＦ４４／１０、及び／又はＦ１２５／１０）の核酸から生成することができる。ヌクレオチド配列は、当技術分野において知られている通常の方法によってファージゲノムから単離することができる（例えば、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる、Carlson, "Working with bacteriophages: common techniques and methodological approaches," In, Kutter and Sulakvelidze (Eds) Bacteriophage: Biology and Applications, 5thed. CRC Press (2005)を参照されたい）。特定のポリペプチドをコードする核酸を含有する源が入手不可能であっても、本発明のポリペプチドのアミノ酸配列が知られている場合、ポリペプチドをコードする核酸を化学的に合成し、当技術分野において周知のあらゆる方法を使用して、複製可能なクローニングベクター内にクローニングすることができる。
本発明のポリペプチドのヌクレオチド配列が決定されると、ポリペプチドのヌクレオチド配列は、ヌクレオチド配列を操作するための、当技術分野において周知の方法、例えば、組換えＤＮＡ技術、部位特異的突然変異生成、ＰＣＲなど（例えば、双方とも、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる、Sambrook et al., 1990, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 2d Ed., Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY、及びAusubel et al., eds., 1998, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, NYにおいて記載されている技術を参照されたい）を使用して操作し、異なるアミノ酸配列を有するポリペプチドを生成して、例えばアミノ酸の置換、欠失、及び／又は挿入を生じさせることができる。
いくつかの実施形態において、図２、４、６、８、１０、１２、及び１４の１又は２以上のＯＲＦをコードするヌクレオチド配列が提供される。いくつかの実施形態において、図２、４、６、８、１０、１２、及び１４の１又は２以上のＯＲＦのバリアント、断片、又は誘導体をコードするヌクレオチド配列が提供され、前記バリアント、断片、又は誘導体は、クレブシエラ・ニューモニエの１若しくは２以上の株に対する、例えば、配列番号１若しくは配列番号７８１の核酸配列を含むか若しくはそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに対する、及び／又はアシネトバクター・バウマニの１若しくは２以上の株に対する、例えば、配列番号２の核酸配列を含むか若しくはそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに対する、及び／又は大腸菌の１若しくは２以上の株に対する、例えば、配列番号３の核酸配列を含むか若しくはそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに対する、緑膿菌の１若しくは２以上の株に対する、例えば、配列番号４の核酸配列を含むか若しくはそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに対する、及び／又は黄色ブドウ球菌の１又は２以上の株に対する、例えば、配列番号５６０若しくは配列番号１０７４の核酸配列を含むか若しくはそれからなるゲノムを有するバクテリオファージに対する、抗菌活性又は抗微生物活性（例えば、溶解死滅活性）を示す。
６．９ 本発明の分子の組換え発現
本発明の分子（例えば、ポリペプチド）をコードする核酸配列が得られると、分子を産生するためのベクターを、当技術分野において周知の技術を使用して、組換えＤＮＡ技術によって産生することができる。当業者に周知の方法を使用して、本発明の分子のコード配列並びに適切な転写及び翻訳制御シグナルを含有する発現ベクターを構築することができる。これらの方法には、例えば、インビトロでの組換えＤＮＡ技術、合成技術、及びインビボでの遺伝子組換えが含まれる。（例えば、Sambrook et al., 1990, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 2d Ed., Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY、及びAusubel et al. eds., 1998, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, NYにおいて記載されている技術を参照されたい）。
本発明は、本発明のポリペプチドをコードする発現ベクターを提供する。本発明の方法によって同定された分子のヌクレオチド配列を含む発現ベクターは、従来の技術（例えば、エレクトロポレーション、リポソームトランスフェクション、及びリン酸カルシウム沈殿）によって宿主細胞に移すことができ、その後、トランスフェクトされた細胞を従来の技術によって培養して、本発明の分子を産生する。好ましい実施形態において、宿主細胞は、配列を含むバクテリオファージが由来する親細菌種以外のものである。特定の実施形態において、本発明の分子の発現は、構成的プロモーター、誘導性プロモーター、又は組織特異的プロモーターによって制御される。特定の実施形態において、発現ベクターは、ｐＱＥ−３０（Qiagen社製）又はｐＥＴ−２９（ａ）（Novagen社製）である。
本発明の方法によって同定される分子を発現させるために使用される宿主細胞は、いずれかの細菌細胞（好ましくは、本発明のバクテリオファージタンパク質又はそのバリアント、誘導体若しくは断片に感受性ではない）であり得る。様々な宿主発現ベクター系を、本発明の方法によって同定される分子を発現させるために利用することができる。このような宿主発現系は、本発明の分子のコード配列を産生し、その後精製し得る媒体に相当するが、適切なヌクレオチドコード配列で形質転換又はトランスフェクトされた場合に本発明の分子をｉｎ ｓｉｔｕで発現し得る細胞にも相当する。これらの宿主発現系には、これらに限定されないが、本発明の方法によって同定される分子についてのコード配列を含有する組換えバクテリオファージＤＮＡ発現ベクター、プラスミドＤＮＡ発現ベクター、若しくはコスミドＤＮＡ発現ベクターで形質転換された、本発明のバクテリオファージタンパク質若しくはそのバリアント、誘導体、断片に感受性ではない細菌（例えば、枯草菌）などの微生物、本発明の方法によって同定される分子をコードする配列を含有する組換え酵母発現ベクターで形質転換された酵母（例えば、サッカロミセス・ピチア（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ Ｐｉｃｈｉａ））、本発明の方法によって同定される分子をコードする配列を含有する組換えウイルス発現ベクター（例えば、バキュロウイルス）に感染した昆虫細胞系、組換えウイルス発現ベクター（例えば、カリフワラーモザイクウイルス（ＣａＭＶ、cauliflower mosaic virus）及びタバコモザイクウイルス（ＴＭＶ、tobacco mosaic virus）に感染しているか若しくは本発明の方法によって同定される分子をコードする配列を含有する組換えプラスミド発現ベクター（例えば、Ｔｉプラスミド）で形質転換された植物細胞系、又は、哺乳動物細胞のゲノムに由来するプロモーター（例えば、メタロチオネインプロモーター）若しくは哺乳動物ウイルスに由来するプロモーター（例えば、アデノウイルス後期プロモーター、ワクシニアウイルス７．５Ｋプロモーター）を含有する組換え発現構築物を有する、哺乳動物細胞系（例えば、ＣＯＳ細胞、ＣＨＯ細胞、ＢＨＫ細胞、２９３細胞、２９３Ｔ細胞、３Ｔ３細胞、リンパ球（米国特許第５，８０７，７１５号明細書を参照されたい）、本発明の方法によって同定される分子をコードする配列を含有するＰｅｒ Ｃ．６細胞（Crucell社によって開発されたヒト網膜細胞）が含まれる。
本発明のバクテリオファージタンパク質又はそのバリアント、誘導体若しくは断片に感受性ではない細菌系において、多くの発現ベクターが、発現させようとする分子のための使用に応じて、有利に選択され得る。例えば、大量のこのようなタンパク質が産生される場合、ポリペプチドの医薬組成物を生成するために、精製が容易な、高いレベルの融合タンパク質産物の発現を指示するベクターが望ましい場合がある。このようなベクターには、これらに限定されないが、大腸菌発現ベクターｐＵＲ２７８（Ruther et al., 1983, EMBO J. 2:1791）、ｐＩＮベクター（Inouye & Inouye, 1985, Nucleic Acids Res. 13:3101-3109、Van Heeke & Schuster, 1989, J. Biol. Chem. 24:5503-5509）などが含まれ、前者では、タンパク質配列は、ｌａｃＺコード領域と共にベクター内にインフレームで個別にライゲーションされ得、その結果、融合タンパク質が産生される。ｐＧＥＸベクターもまた、異種ポリペプチドをグルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ、glutathione S-transferase）と共に融合タンパク質として発現させるために使用することができる。通常、このような融合タンパク質は可溶性であり、マトリックスグルタチオン−アガロースビーズに吸着及び結合させ、その後、遊離グルタチオンの存在下で溶出することによって、溶解細胞から容易に精製することができる。ｐＧＥＸベクターは、トロンビン切断部位又は因子Ｘａプロテアーゼ切断部位を含むように設計され、その結果、クローニングされた標的遺伝子産物がＧＳＴ部分から放出され得る。
昆虫系において、オートグラファ・カリフォルニカ（Ａｕｔｏｇｒａｐｈａ ｃａｌｉｆｏｒｎｉｃａ）核多角体病ウイルス（ＡｃＮＰＶ、Autographa californica nuclear polyhedrosis virus）が、外来遺伝子を発現するためのベクターとして使用される。このウイルスは好ましくは、スポドプテラ・フルギペルダ（Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ）細胞内で増殖する。ポリペプチドをコードする配列を、ウイルスの必須でない領域（例えば、ポリヘドリン遺伝子）内に個別にクローニングし、ＡｃＮＰＶプロモーター（例えば、ポリヘドリンプロモーター）の制御下に置くことができる。
本発明の分子（すなわち、ポリペプチド）が組換えによって発現されると、これは、ポリペプチドの精製のための、当技術分野において知られているいかなる方法によっても、例えば、クロマトグラフィー（例えば、イオン交換アフィニティークロマトグラフィー、及びサイズ排除カラムクロマトグラフィー）、遠心分離、溶解度の差、又はポリペプチド若しくは抗体を精製するためのいかなる他の標準的な技術によっても精製することができる。
上記の記載を読むことで、当業者は、ある修飾及び改良を行うことができよう。全てのこのような修飾及び改良は、簡潔性及び読み易さを目的として、本明細書においては取り除かれているが、以下の特許請求の範囲内に適正に含まれることを理解されたい。
［実施例］
７．実施例
本明細書において記載される以下の実施例及び実施形態が例示のみを目的としていることと、それに照らした様々な修飾又は変更が、当業者にとって示唆的であり、本願の趣旨及び範囲並びに添付の特許請求の範囲内に含まれるものであることとが理解される。本明細書において引用される全ての刊行物、特許、及び特許出願は、全ての目的で、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる。
別段の指示がない限り、本発明のバクテリオファージは、以下の方法に従って、単離、処理、及び分析されたものである。
７．１．１ ファージの精製
臨床試料から単離されたバクテリオファージのストック調製物を、Carlson, "Working with bacteriophages: common techniques and methodological approaches," In, Kutter and Sulakvelidze (Eds) Bacteriophage: Biology and Applications, 5thed. CRC Press (2005)において記載されているプロトコルに従って調製した（"Carlson," は、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる）。
バクテリオファージのストック調製物を、Carlson and Yamamoto et al., 2004, PNAS 101:6415-6420において記載されているプロトコルに従って、ＰＥＧを用いた沈殿によって濃縮した。簡潔に述べると、ストック調製物を１ＭのＮａＣｌにおいて１時間にわたり４℃で撹拌しながらインキュベートした。次に、ＰＥＧ８０００（AppliChem社製、Ｃｈｅｓｈｉｒｅ、ＭＡ）を、１０％（ｗ／ｖ）の最終濃度まで徐々に添加した。次に、組成物を一晩４℃でインキュベートした。インキュベーション期間の後、組成物を１００００×ｇで３０分間にわたり４℃で遠心分離した。次に、沈殿物を、１％ｗ／ｖのゼラチンを有するＳＭ緩衝液（ｐＨ７．４の０．０５Ｍ Ｔｒｉｓ−ＨＣＬ、０．１Ｍ ＮａＣｌ、１０ｍＭ ＭｇＳＯ４）内に、再懸濁し、１０００ｒｐｍで、４℃で１０分間にわたり再び遠心分離した。懸濁したファージを含有する上清を、さらに精製するために保存した。Carlsonにおける方法に従って、ＣｓＣｌ勾配を用いて上清を精製した。
ＣｓＣｌを、透析によって、精製及び濃縮したファージストックから取り除いた。透析膜Cellu.Sep H1 High Grade Regenerated Cellulose Tubular Membrane（Cellu.Sep社製、Ｒｉｖｅｒ Ｓｔｒｅｅｔ、ＵＳＡ）を、製造者の指示に従って調製した。透析は、４℃で、１００ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ及び３Ｍ ＮａＣｌ（ｐＨ７．４）にて３０分間、第１のインキュベーションを行った。この後、４℃で、１００ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ及び０．３Ｍ ＮａＣｌ（ｐＨ７．４）にて３０分間、第２のインキュベーションを行った。透析の後、懸濁したファージを透析容器の内部から取り除き、４℃で保管した。
７．１．２ ファージＤＮＡの抽出
５ｍｌの精製及び濃縮したバクテリオファージ試料に、ｐＨ８．０ ２０ｍＭ ＥＤＴＡ、０．５％（ｐ／ｖ） ＳＤＳ、及び最終濃度４０μｇ／ｍｌのプロテイナーゼＫを添加した。混合物を５６℃で１時間インキュベートした。水相と有機相との間の界面がばっきりするまで、比率が２５：２４：１のフェノール：クロロホルム：アルコールにおいて連続抽出を行った。次に、水相を等容積のクロロホルムで処理し、１３，００００×ｇで１０分間、４℃で遠心分離した。水相をもう一度取り除き、２倍の容積の無水エタノールを添加し、３０分間、２０℃でインキュベートすることによってＤＮＡを沈殿させた。次に、試料を１１，０００×ｇで３０分間、４℃で遠心分離した。ペレットを、７０％エタノールを使用して室温で洗浄し、５０μｌの超純水（Gibco社製、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）内に再懸濁した。ＤＮＡ濃度を、ND-1000分光光度計で、２６０ｎｍでの吸光度を測定することによって決定した。単離されたファージＤＮＡの完全性を、１％アガロースゲル上で電気泳動することによって分析した。
７．１．３ ファージゲノムの分析
バクテリオファージゲノムの配列決定によって、ゲノム内の潜在的なオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の同定が可能となった。バクテリオファージの推定ＯＲＦを用いて、ＢＬＡＳＴＮプログラムを用いて相同ＤＮＡ配列についてＮＣＢＩヌクレオチドコレクションデータベースをサーチした（例えば、Zhang et al., 2000, J. Comput. Biol. 7:203-214を参照されたい）。
７．２ 実施例１：バクテリオファージＦ３９１／０８
バクテリオファージＦ３９１／０８ゲノムの推定ＯＲＦと、ＮＣＢＩヌクレオチドデータベース内の配列との比較によって、ゲノムのわずかな部分のみ（１１％以下のゲノムカバー率）が既知の配列との相同性を示すことが明らかになった。Ｆ３９１／０８ゲノムの概略構成図は、図１に示されている。Ｆ３９１／０８のＯＲＦ、それがコードするアミノ酸配列、及び既知の相同タンパク質を、図２に示す。ＧｅｎｅＭａｒｋ．ｈｍｍプログラム及びＭｅｔａＧｅｎｅＡｎｎｏｔａｔｏｒプログラム（Besemer, J. and Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920、Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387-396）で得られた結果を組み込むことにより、ｏｒｆの予測を行った。ＮＣＢＩ非冗長タンパク質配列データベースを用いて、ＢＬＡＳＴＰプログラム（Alschul, S.F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402）を用いてタンパク質相同性のサーチを行った。タンパク質の保存ドメインを、ＮＣＢＩに特殊化したＢＬＡＳＴ（Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240）を用いて予測した。同一の１又は２以上のタンパク質との相同性を産物が示したｏｒｆは、図２において、小文字を付された同一の数字で示される。推定運搬ＲＮＡ遺伝子（ｔＲＮＡ、transfer RNA）の同定を、ｔＲＮＡｓｃａｎ−ＳＥプログラム（Lowe, T.M. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 955-964）を用いて行った。
以下の表１は、臨床試料から単離された１００のクレブシエラ種株（８６のクレブシエラ・ニューモニエ株、１２のクレブシエラ・オキシトカ株、及び２のクレブシエラ種株）に対するバクテリオファージＦ３９１／０８の宿主範囲及び活性を判定したスポット試験の結果を示す。各スポットは、ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液を含有するものであった。ファージに対する各株の感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までの相対スケールに基づいて判定した。単離されたファージプラークに由来するスポットを（ｐｆｕ）で示し、ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。特定の感受性表現型を示す株のパーセンテージも示す。
Figure 0006058540
７．３ 実施例２：バクテリオファージＦ３９４／０８
バクテリオファージＦ３９４／０８ゲノムの推定ＯＲＦと、ＮＣＢＩヌクレオチドデータベース内の配列との比較によって、ゲノムのわずかな部分（１％以下のゲノムカバー率）で観察されたもの以外の既知の配列との有意な相同性が無いことが明らかになった。Ｆ３９４／０８ゲノムの概略構成図は、図３に示されている。Ｆ３９４／０８のＯＲＦ、それがコードするアミノ酸配列、及び既知の相同タンパク質を、図４に示す。ＧｅｎｅＭａｒｋ．ｈｍｍプログラム及びＭｅｔａＧｅｎｅＡｎｎｏｔａｔｏｒプログラム（Besemer, J. and Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920、Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387-396）で得られた結果を組み込むことにより、ｏｒｆの予測を行った。ＮＣＢＩ非冗長タンパク質配列データベースを用いて、ＢＬＡＳＴＰプログラム（Alschul, S.F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402）を用いてタンパク質相同性のサーチを行った。タンパク質の保存ドメインを、ＮＣＢＩに特殊化したＢＬＡＳＴ（Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240）を用いて予測した。同一の１又は２以上のタンパク質との相同性を産物が示したｏｒｆは、図４において、小文字を付された同一の数字で示される。推定運搬ＲＮＡ遺伝子（ｔＲＮＡ）の同定を、ｔＲＮＡｓｃａｎ−ＳＥプログラム（Lowe, T.M. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 955-964）を用いて行った。
以下の表２は、臨床試料から単離された１００のアシネトバクター種株（９３のアシネトバクター・バウマニ株、６のアシネトバクター・カルコアセチカス株、及び１のアシネトバクター・イオフィ株）に対するバクテリオファージＦ３９４／０８の宿主範囲及び活性を判定したスポット試験の結果を示す。各スポットは、ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液を含有するものであった。ファージに対する各株の感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までの相対スケールに基づいて判定した。単離されたファージプラークに由来するスポットを（ｐｆｕ）で示し、ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。特定の感受性表現型を示す株のパーセンテージも示す。
Figure 0006058540
７．４ 実施例３：バクテリオファージＦ４８８／０８
バクテリオファージＦ４８８／０８ゲノムの推定ＯＲＦと、ＮＣＢＩヌクレオチドデータベース内の配列との比較によって、ファージＦ４８８／０８のＤＮＡの約９４％が腸内細菌ファージＲＢ１４のＤＮＡに非常に類似しており、個々のＯＲＦの同一性が７０〜１００％であることが明らかになった。Ｆ４８８／０８ゲノムの概略構成図は、図５に示されている。Ｆ４８８４／０８のＯＲＦ、それがコードするアミノ酸配列、及び既知の相同タンパク質を、図６に示す。ＧｅｎｅＭａｒｋ．ｈｍｍプログラム及びＭｅｔａＧｅｎｅＡｎｎｏｔａｔｏｒプログラム（Besemer, J. and Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920、Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387-396）で得られた結果を組み込むことにより、ｏｒｆの予測を行った。ＮＣＢＩ非冗長タンパク質配列データベースを用いて、ＢＬＡＳＴＰプログラム（Alschul, S.F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402）を用いてタンパク質相同性のサーチを行った。タンパク質の保存ドメインを、ＮＣＢＩに特殊化したＢＬＡＳＴ（Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240）を用いて予測した。同一のタンパク質（１又は２以上）との相同性を産物が示したｏｒｆは、図４において、小文字を付された同一の数字で示される。推定運搬ＲＮＡ遺伝子（ｔＲＮＡ、transfer RNA）の同定を、ｔＲＮＡｓｃａｎ−ＳＥプログラム（Lowe, T.M. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 955-964）を使用して行った。
以下の表３は、臨床試料から単離された１００の大腸菌（ＥＣＯ）株に対するバクテリオファージＦ４８８／０８の宿主範囲及び活性を判定したスポット試験の結果を示す。各スポットは、イオン交換クロマトグラフィーによって精製した溶解物から調製された、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液を含有するものであった。ファージに対する各株の感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までの相対スケールに基づいて判定した。単離されたファージプラークに由来するスポットを（ｐｆｕ）で示し、ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。特定の感受性表現型を示す株のパーセンテージも示す。
Figure 0006058540
７．５ 実施例４：バクテリオファージＦ５１０／０８
バクテリオファージＦ５１０／０８ゲノムの推定ＯＲＦと、ＮＣＢＩヌクレオチドデータベース内の配列との比較によって、ファージＦ５１０／０８のＤＮＡの約９５％がシュードモナスファージＬＵＺ１９のＤＮＡに非常に類似しており、個々のＯＲＦの同一性が８９〜９７％であることが明らかになった。Ｆ５１０／０８ゲノムの概略構成図は、図７に示されている。Ｆ５１０／０８のＯＲＦ、それがコードするアミノ酸配列、及び既知の相同タンパク質を、図８に示す。ＧｅｎｅＭａｒｋ．ｈｍｍプログラム及びＭｅｔａＧｅｎｅＡｎｎｏｔａｔｏｒプログラム（Besemer, J. and Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920、Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387-396）で得られた結果を組み込むことにより、ｏｒｆの予測を行った。ＮＣＢＩ非冗長タンパク質配列データベースを用いて、ＢＬＡＳＴＰプログラム（Alschul, S.F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402）を用いてタンパク質相同性のサーチを行った。タンパク質の保存ドメインを、ＮＣＢＩに特殊化したＢＬＡＳＴ（Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240）を用いて予測した。同一の１又は２以上のタンパク質との相同性を産物が示したｏｒｆは、図８において、小文字を付された同一の数字で示される。推定運搬ＲＮＡ遺伝子（ｔＲＮＡ）の同定を、ｔＲＮＡｓｃａｎ−ＳＥプログラム（Lowe, T.M. et al., 1997. NucleicAcids Res., 25: 955-964）を使用して行った。
以下の表４は、臨床試料から単離された１００の緑膿菌（ＰＳＡ、Pseudomonas aeruginosa）株に対するバクテリオファージＦ５１０／０８の宿主範囲及び活性を判定したスポット試験の結果を示す。各スポットは、ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液を含有するものであった。ファージに対する各株の感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までの相対スケールに基づいて判定した。単離されたファージプラークに由来するスポットを（ｐｆｕ）で示し、ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。特定の感受性表現型を示す株のパーセンテージも示す。
Figure 0006058540
７．６ 実施例５：バクテリオファージＦ４４／１０
バクテリオファージＦ４４／１０ゲノムの推定ＯＲＦと、ＮＣＢＩヌクレオチドデータベース内の配列との比較によって、ファージＦ４４／１０のＤＮＡの約８１％がスタフィロコッカスファージＫのＤＮＡに非常に類似しており、個々のＯＲＦの同一性が８０〜９９％であることが明らかになった。Ｆ４４／１０ゲノムの概略構成図は、図９に示されている。Ｆ４４／１０のＯＲＦ、それがコードするアミノ酸配列、及び既知の相同タンパク質を、図１０に示す。ＧｅｎｅＭａｒｋ．ｈｍｍプログラム及びＭｅｔａＧｅｎｅＡｎｎｏｔａｔｏｒプログラム（Besemer, J. and Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920、Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387-396）で得られた結果を組み込むことにより、ｏｒｆの予測を行った。ＮＣＢＩ非冗長タンパク質配列データベースを用いて、ＢＬＡＳＴＰプログラム（Alschul, S.F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402）を用いてタンパク質相同性のサーチを行った。タンパク質の保存ドメインを、ＮＣＢＩに特殊化したＢＬＡＳＴ（Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240）を用いて予測した。同一の１又は２以上のタンパク質との相同性を産物が示したｏｒｆは、図１０において、小文字を付された同一の数字で示される。スタフィロコッカスファージＫについて以前に報告されているように、推定ポリメラーゼ遺伝子（ｏｒｆ１１４ａ、ｏｒｆ１１４ｂ）は、イントロン様配列を含有し得る（O’Flaherty et al., 2004）。推定運搬ＲＮＡ遺伝子（ｔＲＮＡ）の同定を、ｔＲＮＡｓｃａｎ−ＳＥプログラム（Lowe, T.M. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 955-964）を使用して行った。
以下の表５は、臨床試料から単離された１００の黄色ブドウ球菌（ＳＴＡ）株に対するバクテリオファージＦ４４／１０の宿主範囲及び活性を判定したスポット試験の結果を示す。各スポットは、ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液を含有するものであった。ファージに対する各株の感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までの相対スケールに基づいて判定した。単離されたファージプラークに由来するスポットを（ｐｆｕ）で示し、ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。特定の感受性表現型を示す株のパーセンテージも示す。
Figure 0006058540
７．７ 実施例６：バクテリオファージＦ３８７／０８
バクテリオファージＦ３８７／０８ゲノムの推定ＯＲＦと、ＮＣＢＩヌクレオチドデータベース内の配列との比較によって、ゲノムのわずかな部分（１２％以下のゲノムカバー率）以外の既知の配列との有意な相同性が無いことが明らかになった。Ｆ３８７／０８ゲノムの概略構成図は、図１１に示されている。機能を割り当てられたｏｒｆは、右側及び図１１Ｂ〜Ｃに示されている。ＤＮＡ相同性サーチを、ＮＣＢＩヌクレオチドコレクションデータベースを使用して、ＢＬＡＳＴＮプログラム（Zhang, Z. et al., 2000. J. Comput. Biol., 7: 203-214）を使用して行った。
Ｆ３８７／０８のＯＲＦ、それがコードするアミノ酸配列、及び既知の相同タンパク質を、図１２に示す。ＧｅｎｅＭａｒｋ．ｈｍｍプログラム及びＭｅｔａＧｅｎｅＡｎｎｏｔａｔｏｒプログラム（Besemer, J. and Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920、Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387-396）で得られた結果を組み込むことにより、ｏｒｆの予測を行った。ＮＣＢＩ非冗長タンパク質配列データベースを用いて、ＢＬＡＳＴＰプログラム（Alschul, S.F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402）を用いてタンパク質相同性のサーチを行った。タンパク質の保存ドメインを、ＮＣＢＩに特殊化したＢＬＡＳＴ（Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240）を用いて予測した。
以下の表６は、臨床試料から単離された１００のクレブシエラ種株（８６のクレブシエラ・ニューモニエ株、１２のクレブシエラ・オキシトカ株、及び２のクレブシエラ種株）に対するバクテリオファージＦ３８７／０８の宿主範囲及び活性を判定したスポット試験の結果を示す。各スポットは、ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液を含有するものであった。ファージに対する各株の感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までの相対スケールに基づいて判定した。単離されたファージプラークに由来するスポットを（ｐｆｕ）で示し、ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。特定の感受性表現型を示す株のパーセンテージも示す。
Figure 0006058540
７．８ 実施例７：バクテリオファージＦ１２５／１０
バクテリオファージＦ１２５／１０ゲノムの推定ＯＲＦと、ＮＣＢＩヌクレオチドデータベース内の配列との比較によって、ファージＦ１２５／１０のＤＮＡの約８７％がスタフィロコッカスファージＡ５ＷのＤＮＡに非常に類似しており、個々のＯＲＦの同一性が７７〜９９％であることが明らかになった。Ｆ１２５／１０ゲノムの概略構成図は、図１３に示されている。Ｆ１２５／１０のＯＲＦ、それがコードするアミノ酸配列、及び既知の相同タンパク質を、図１４に示す。ＧｅｎｅＭａｒｋ．ｈｍｍプログラム及びＭｅｔａＧｅｎｅＡｎｎｏｔａｔｏｒプログラム（Besemer, J. and Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920、Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387-396）で得られた結果を組み込むことにより、ｏｒｆの予測を行った。ＮＣＢＩ非冗長タンパク質配列データベースを用いて、ＢＬＡＳＴＰプログラム（Alschul, S.F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402）を用いてタンパク質相同性のサーチを行った。タンパク質の保存ドメインを、ＮＣＢＩに特殊化したＢＬＡＳＴ（Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240）を用いて予測した。同一の１又は２以上のタンパク質との相同性を産物が示したｏｒｆは、図１４において、小文字を付された同一の数字で示される。スタフィロコッカスファージＫ（O’Flaherty et al., 2004, J. of Bacteriology 186(9):2862-2871）及びファージＴｗｏｒｔ（Landthaler et al., 2002, Nucleic Acids Research 30(9):1935-1943）について以前に報告されているように、ＤＮＡ代謝に関与するイントロン中断遺伝子が見出され、推定ターミナーゼ大サブユニット遺伝子（ｏｒｆ１５３ａ、ｏｒｆ１５３ｂ）は、イントロン様配列（ｏｒｆ１５４＊）を含有し得る。
以下の表７は、臨床試料から単離された９８の黄色ブドウ球菌（ＳＴＡ）株に対するバクテリオファージＦ１２５／１０の宿主範囲及び活性を判定したスポット試験の結果を示す。各スポットは、ＣｓＣｌ精製溶解物から調製された、示された力価を有する５μｌのバクテリオファージ懸濁液を含有するものであった。ファージに対する各株の感受性を、混濁（＋）な溶解斑から澄明（＋＋＋＋）な溶解斑までの相対スケールに基づいて判定した。単離されたファージプラークに由来するファージ希釈を（ｐｆｕ）で示し、ファージ感染に対する耐性を（−）で示す。特定の感受性表現型を示す株のパーセンテージも示す。
Figure 0006058540

Claims (21)

  1. 配列番号４の核酸配列を含む、緑膿菌に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有する、精製されたバクテリオファージ。
  2. 請求項１に記載のバクテリオファージ及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物。
  3. 緑膿菌に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有することが知られているバクテリオファージの１又は２以上のさらなる株、及び／又は緑膿菌以外の細菌に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有することが知られているバクテリオファージの１又は２以上のさらなる株をさらに含む、請求項２に記載の医薬組成物。
  4. Ｆ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ３８７／０８、Ｆ１２５／１０、Ｆ１７０／０８、Ｆ１６８／０８、Ｆ７７０／０５、及びＦ１２４５／０５からなる群から選択される少なくとも３のさらなる精製されたファージをさらに含み、
    前記Ｆ３９１／０８ファージが配列番号１の核酸配列を含み、
    前記Ｆ３９４／０８ファージが配列番号２の核酸配列を含み、
    前記Ｆ４８８／０８ファージが配列番号３の核酸配列を含み、
    前記Ｆ４４／１０ファージが配列番号５６０の核酸配列を含み、
    前記Ｆ３８７／０８ファージが配列番号７８１の核酸配列を含み、
    前記Ｆ１２５／１０ファージが配列番号１０７４の核酸配列を含む、
    請求項２に記載の医薬組成物。
  5. 少なくとも３のさらなる精製されたファージが、Ｆ４４／１０、Ｆ１２５／１０、Ｆ３９１／０８、Ｆ３８７／０８、Ｆ４８８／０８、及びＦ７７０／０５からなる群から選択される、請求項４に記載の医薬組成物。
  6. Ｆ５１０／０８に加えてＦ４４／１０、及び／又はＦ１２５／１０を含む、請求項４に記載の医薬組成物。
  7. 局所的投与のために製剤されている、請求項４〜６のいずれかに記載の医薬組成物。
  8. 請求項２〜７のいずれかに記載の医薬組成物の有効量を含む、それを必要とする対象における緑膿菌の細菌感染の治療剤又は発生の低減剤であって、
    前記感染が、院内感染であり、及び／又は
    前記対象が哺乳動物である、治療剤又は低減剤。
  9. 哺乳動物がヒトである、請求項８に記載の治療剤又は低減剤。
  10. 細菌感染の原因物質を診断するためのデータを収集する方法であって、
    （ｉ）患者の組織試料を培養するステップ、
    （ii）ステップ（ｉ）の培養物を請求項１に記載のバクテリオファージと接触させるステップ、
    （iii）培養物の増殖又は溶解のエビデンスをモニタリングするステップ
    を含み、前記培養物の溶解があるというエビデンスから、前記培養物が緑膿菌を含むことを示す、
    方法。
  11. 組織試料が、患者から回収された血液、尿、唾液、損傷した皮膚、組織生検又はスワブ試料である、請求項１０に記載の方法。
  12. 請求項１に記載のバクテリオファージを含む、表面と接触した場合の、前記表面における緑膿菌のコロニー形成又は増殖の低減剤又は阻害剤。
  13. 表面が、病院装置、又は病院設備の部品である、請求項１２に記載の低減剤又は阻害剤。
  14. 病院装置、又は病院設備の部品が、手術用装置、又は手術用設備の部品である、請求項１３に記載の低減剤又は阻害剤。
  15. 表面が、哺乳動物の皮膚、損傷した皮膚、若しくは粘膜、又はヒトの皮膚、損傷した皮膚、若しくは粘膜である、請求項１２に記載の低減剤又は阻害剤。
  16. 感染が皮膚の感染であり、及び／又は
    感染が火傷、損傷した皮膚、又は糖尿病性の足潰瘍に伴う感染であり、及び又は
    医薬組成物が局所的に投与される、請求項８に記載の治療剤又は低減剤。
  17. 感染が、肺の感染である請求項８に記載の治療剤又は低減剤。
  18. 医薬組成物が吸入により投与され、及び／又は
    吸入による投与にポンプ、スプレー、若しくは噴霧器が使用され、及び／又は
    吸入による投与のための前記医薬組成物が乾燥粉末又はエアロゾルスプレーを含む、請求項１７に記載の治療剤又は低減剤。
  19. 感染が尿路又は腎臓の感染である、請求項８に記載の治療剤又は低減剤。
  20. 医薬組成物がカテーテルによって投与される、請求項１９に記載の治療剤又は低減剤。
  21. 医薬組成物が、
    （ｉ）緑膿菌の細菌感染を治療するための抗生物質、
    （ii）緑膿菌に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有することが知られている、１又は２以上のさらなるバクテリオファージ、及び
    （iii）緑膿菌以外の細菌に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有することが知られている、１又は２以上のさらなるバクテリオファージ
    の少なくとも１つをさらに含む、請求項８に記載の治療剤又は低減剤。
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