BR112013006400B1 - Composição farmacêutica e seu uso, métodos relacionados a uma infecção bacteriana - Google Patents

Abstract

FAGOS ANTIBACTERIANOS, PEPTÍDEOS FÁGICOS E MÉTODOS DE UTILIZAÇÃO DOS MESMOS. A presente invenção é dirigida ao campo da terapia fágica para o trtamento e controlo de infecções bacterianas. Em particular, a presente invenção é dirigida aos novos bacteriófagos F387/08, F391/08, F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10 e F125/10, seus polipeptídeos isolados, composições compreendendo um ou mais dos novos bacteriófagos e/ou polipeptídeos isolados, assim como aos métodos para o tratamento e prevenção de infecções bacterianas utilizando os mesmos, sozinhos ou em combinação com outras terapias antibacterianas,e. g., antibióticos e/ou outras terapias

Description

1. LISTAGEM DE SEQUÊNCIAS

O presente pedido contém uma Listagem de Sequências que foi submetida em formato ASCII através da EFS-Web e é aqui incorporada por referência na sua totalidade. A referida cópia ASCII, criada a 14 de Setembro de 2011, é denominada 16399US1.txt e tem 3295858 bytes de tamanho.

2. PEDIDO RELACIONADO

Este pedido reivindica a prioridade do Pedido Provisório U.S. N° 61/384015, apresentado a 17 de Setembro de 2010, cujos conteúdos são aqui incorporados por referência na sua totalidade.

3. CAMPO DA INVENÇÃO

A presente invenção é dirigida ao campo da terapia fágica para o tratamento e controlo de infecções bacterianas. Em particular, a presente invenção é dirigida aos novos bacteriófagos F387/08, F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10, F125/10, seus polipeptídeos isolados, composições compreendendo um ou mais dos novos bacteriófagos e/ou polipeptídeos isolados; e métodos para o tratamento e prevenção de infecções bacterianas causadas por, e. g., Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Escherichia coli e/ou Pseudomonas aeruginosa, isoladamente ou em combinação com outras terapias, e. g., antibióticos ou outras terapias fágicas.

4. ANTECEDENTES

Os bacteriófagos (fagos) são vírus que especificamente infectam e lisam bactérias. A terapia fágica, um método de utilização de vírus fágicos completos para o tratamento de doenças infecciosas bacterianas, foi introduzida na década de 1920 por Felix d'Herelle. Inicialmente, a terapia fágica foi vigorosamente investigada e foram realizados numerosos estudos para avaliar o potencial da terapia fágica para o 5 tratamento de infecção bacteriana em humanos e animais. O sucesso inicial levou ao desenvolvimento de múltiplas preparações fágicas comerciais. Por exemplo, em 1940 a Eli LiTIy- Company-produziu 7 produtos fágicos para utilização humana, incluindo preparações fágicas para o tratamento de 10 diferentes doenças causadas por Staphylococcus sp., E. coll e outras bactérias patogênicas. Estas preparações foram utilizadas, por exemplo, para tratar infecções que causam abcessos, feridas purulentas, vaginite, infecções do trato respiratório superior crónicas e agudas, e infecções da 15 mastóide.

Contudo, com o desenvolvimento dos antibióticos na década de 1940, o interesse em terapêuticas baseadas em fagos declinou no mundo Ocidental. Um dos fatores mais importantes que contribuiram para este declinio foi a falta 20 de protocolos de teste estandardizados e de métodos de produção. A incapacidade para desenvolver padrões variados na indústria, para testar terapias fágicas, interferiu com a documentação de resultados de estudo, conduzindo a uma falta observada de eficácia, assim como problemas de 25 credibilidade relativamente ao valor da terapia fágica. Além disso, os problemas relacionados com a produção de amostras/especimenes de fagos complicaram o estudo e a investigação iniciais. Foram utilizados, inicialmente, diversos estabilizadores e conservantes em tentativas para 30 aumentar a viabilidade da terapêutica fágica. Contudo, uma vez que a biologia dos fagos e dos vários estabilizadores era pouco compreendida, muitos dos ingredientes adicionados numa tentativa de prolongar a viabilidade das preparações fágicas provaram ser tóxicas para humanos ou terem um 5 impacto negativo no armazenamento a longo prazo. Um outro problema na produção de fagos relacionou-se com o grau de pureza das preparações comerciais do fago. Na altura, as preparações de terapia fágica consistiam, geralmente, em lisados crus de bactérias hospedeiras que. tinham sido 10 tratadas com o fago de interesse. Assim, muitas preparações continham aquilo que é agora reconhecido como sendo componentes bacterianos indesejados, e.g., endotoxinas. Desta forma, os efeitos adversos foram frequentemente associados com as preparações, particularmente em doentes 15 que as recebem intravenosamente. Não obstante, na Europa

Oriental e antiga União Soviética, onde o acesso a antibióticos era limitado, o desenvolvimento e a utilização de terapia fágica continuou conjuntamente com os antibióticos ou no lugar destes.

Contudo, com o aumento das estirpes resistentes a antibióticos de muitas bactérias, o interesse em terapêuticas baseadas em fagos voltou ao mundo Ocidental. Embora novas classes de antibióticos possam ser desenvolvidas, a perspectiva de que as bactérias irão 25 eventualmente desenvolver resistência aos novos fármacos intensificou a procura de meios não quimioterapêuticos para controlar, prevenir e tratar infecções bacterianas. Existem três importantes estratégias baseadas em fagos para a utilização de terapia fágica num ambiente clinico: 1) 30 administração do fago virulento; 2) utilização de endolisinas ou lisinas purificadas codificadas por bacteriófago 3) utilização de proteinas estruturais fágicas como inibidores metabólicos de enzimas bacterianas chave, tal como enzimas que sintetizam peptidoglicanos.

Deste modo, existe uma necessidade para desenvolver novos bacteriófagos e produtos fágicos, como potenciais agentes terapêuticos e/ou profilácticos para utilização in vivo—con-t-ra—bae-téri~as p'a’tugenicas . Em” particular, existe uma necessidade de bacteriófagos capazes de lisar bactérias 10 nosocomiais, incluindo Styphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Escherichia coli e/ou Pseudomonas aeruginosa. Uma vez que a maioria dos fagos e peptideos fágicos estudados até à data apresentam atividade dirigida especificamente contra a espécie (ou subespécies) de bactérias a partir das quais são isolados, as novas terapias baseadas em fagos podem ter particular utilização no ambiente hospitalar, direcionando-se seletivamente para patogêneos nosocomiais- sem -afetarem a flora circundante normal.

5. SUMÁRIO DA INVENÇÃO

A presente invenção é dirigida a bacteriófagos isolados e a polipeptideos antibacterianos isolados da origem bacteriófaga para o tratamento, prevenção ou gestão das condições associadas com infecção por bactérias Gram- 25 positivas ou Gram-negativas. Em particular, o bacteriófago ou polipeptideos isolados da invenção podem ser utilizados em composições farmacêuticas para o tratamento, profilaxia ou gestão de infecção por patogêneos nosocomiais, e. g., bactérias Gram-negativas incluindo, mas não limitadas a, 30 Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Escherichia coli e Pseudomonas aeruginosa; e bactérias Gram-positivas incluindo, mas não limitadas a, Staphylococcus aureus. Em determinadas formas de realização, as composições farmacêuticas da invenção têm utilização no tratamento de 5 estados associados com infecção por estirpes resistentes a antibióticos de bactérias, e. g. , estirpes resistentes a meticilina de Staphylococcus aureus (MRSA). Em formas de r e a-l-i z-a ção—par ti~c u l"a~res7 δ bacterio fago ou polipeptideos isolados da invenção são utilizados para o tratamento 10 tópico de infecção por patogêneos nosocomiais num indivíduo com a sua necessidade. Noutras formas de realização, o bacteriófago ou polipeptideos isolados da invenção são utilizados para o diagnóstico do agente infeccioso numa amostra (e. g., amostra de tecido, sangue, urina, 15 expectoração) derivada de um doente. Noutras formas de realização, o bacteriófago ou polipeptideos isolados da invenção são utilizados como um desinfetante profiláctico ou anti-infeccioso para a preparação de superficies sólidas, incluindo pele ou outras superficies epidérmicas.

Em determinadas formas de realização, a invenção proporciona um bacteriófago isolado, F391/08, que tem um genoma compreendendo a sequência de ácido nucleico de SEQ ID N° : 1 (FIGS. 15A-15III) e que apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Klebsiella 25 pneumoniae. Noutras formas de realização, a invenção proporciona um bacteriófago isolado, F394/08, que tem um genoma compreendendo a sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 2 (FIGS. 16A-16Q) e que apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Acinetobacter 30 baumannii. Ainda noutras formas de realização, a invenção proporciona um bacteriófago isolado, F488/08, que tem um genoma compreendendo a sequência de ácido nucleico de SEQ ID N° : 3 (FIGS. 17A-17KKKK) e que apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Escherichia coli. Contudo, ainda noutras formas de realização, a invenção proporciona um bacteriófago isolado, F510/08, que tem um genoma compreendendo a sequência de ácido nucleico clê SEQ-ID—N'°“: 4 fFTGS. 18A-18X) e que apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Pseudomonas aeruginosa. Contudo, ainda em formas de realização adicionais, a invenção proporciona um bacteriófago isolado, F44/10, que tem um genoma compreendendo a sequência de ácido nucleico de SEQ ID N° : 560 (FIGS. 19A-19UUU) e que apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Staphylococcus aureus. Contudo, ainda em formas de realização adicionais, a invenção proporciona um bacteriófago isolado, F387/08, que tem um genoma compreendendo a sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 781 (FIGS. 20A-20KKKK) e que apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Klebsiella pneumoniae. Contudo, ainda em formas de realização adicionais, a invenção proporciona um bacteriófago isolado, F125/10, que tem um genoma compreendendo a sequência de ácido nucleico de SEQ ID N° : 1074 (FIGS. 21A-21ZZZ) e que apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Staphylococcus aureus.

A invenção também abrange bactérias isoladas infectadas com um ou mais bacteriófagos da invenção. Em formas de realização especificas, a invenção proporciona 30 uma K. pneumoniae isolada infectada com um bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 1. Noutras formas de realização, a invenção proporciona um A. baumannii isolado infectado com um bacteriófago que tem um genoma 5 compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 2. Ainda noutras formas de realização, a invenção proporciona uma E. coli isolada infectada com um bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 3. Ainda 10 noutras formas de realização, a invenção proporciona uma P. aeruginosa isolada infectada com um ou mais bacteriófagos que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 4. Contudo, ainda noutras formas de realização, a invenção 15 proporciona um S. aureus isolado infectado com um ou mais bacteriófagos que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 560. Contudo, ainda em formas de realização adicionais, a invenção proporciona uma K. pneumoniae isolada infectada com um ou mais bacteriófagos que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico de SEQ ID N° : 781. Contudo, ainda em formas de realização adicionais, a invenção proporciona um S. aureus isolado infectado com um ou mais bacteriófagos que tem um 25 genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 1074.

A presente invenção abrange polipeptideos isolados dos bacteriófagos F387/08, F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10 e/ou F125/10, cujos polipeptideos apresentam 30 atividade antibacteriana contra uma ou mais espécies ou estirpes de bactérias Gram-positivas ou Gram-negativas, e. g., K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa e/ou S. aureus. Em formas de realização especificas, os polipeptideos da invenção isolados ou derivados de F387/08 5 e F3910/08 apresentam atividade antibacteriana ou antimicrobiana, e. g., atividade de morte litica contra, pelo menos, K. pneumoniae; aqueles isolados ou derivados de F394/08, contra, pelo menos, A. baumannii; aqueles isolados ou derivados de F488/08, contra, pelo menos, E. coli; aqueles isolados ou derivados de F510/08 contra, pelo menos, P. aeruginosa; e aqueles isolados ou derivados de F44/10 e F125/10 contra, pelo menos, S. aureus.

Em determinadas formas de realização, um polipeptideo da invenção compreende ou consiste de uma lisina isolada, 15 ou seu fragmento (e. g. , um dominio CHAP), que apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais espécies ou estirpes de bactérias, e. g., bactérias Gram-positivas, tal como S. aureus; e/ou bactérias Gram-negativas, tais como K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli e/ou P. aeruginosa. Em 20 formas de realização especificas, o polipeptideo da invenção é uma proteina de lisina isolada, e. g. , uma endolisina ou lisina da cauda, compreendendo ou consistindo da sequência de aminoácidos SEQ ID N° : 20, SEQ ID N° : 80, SEQ ID N°: 192, SEQ ID N°: 282, SEQ ID N°: 547, SEQ ID N°: 556, SEQ ID N°: 557, SEQ ID N°: 598, SEQ ID N°: 1216 ou SEQ ID N° : 1261. As funções previstas das referidas proteínas de lisina incluem, por exemplo, uma proteina viriónica de tipo Ig (SEQ ID N°: 20), hidrolase de parede celular (SEQ ID N°: 80), N-acetilmuramoil-L-alanina 30 amidase (SEQ ID N°: 192), lisozima solúvel (.SEQ ID N°: 282), lisozima de tipo T4 (SEQ ID N° : 547), endolisina (SEQ ID N° : 556), proteína de tipo Rzl lambda (SEQ ID N°: 557), endolisina (SEQ ID N°: 598), endolisina (SEQ ID N°: 1216) e lisina da cauda (SEQ ID N° : 1261).

Noutras formas de realização, um polipeptídeo da invenção compreende um fragmento, variante ou derivado de SEQ ID N°: 20, SEQ ID N° : 80, SEQ ID N°:192, SEQ _I.D-N°-:—2 8-2-j SEQ-'I’D^N^V'S^T; SEQ^D N0 : 55 6, SEQ ID N°: 557, SEQ ID N°: 598, SEQ ID N°: 1216 ou SEQ ID N° : 1261, em que o referido fragmento, variante ou derivado tem atividade antibacteriana ou atividade antimicrobiana, e. g., atividade de morte lítica, contra uma ou mais estirpes de K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa e/ou S. aureus. Em exemplos específicos, de acordo com esta forma de realização, a variante, fragmento ou derivado da sequência de aminoácidos de SEQ ID N°: 20 e/ou SEQ ID N° : 80 apresenta atividade antibacteriana ou antimicrobiana (e. g. , atividade de morte lítica) contra uma ou mais estirpes de K. pneumoniae, por exemplo, contra o bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N° : 1. Noutros exemplos, de acordo com esta forma de realização, a variante, fragmento ou derivado da sequência de aminoácidos de SEQ ID N° : 192 apresenta atividade antibacteriana ou antimicrobiana (e. g., atividade de morte lítica) contra uma ou mais estirpes de A. baumannii, por exemplo, contra o bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 2. Noutros exemplos, de acordo com esta forma de realização, a variante, fragmento ou derivado da sequência de aminoácidos de SEQ ID N° : 282 apresenta atividade antibacteriana ou antimicrobiana (e. g., atividade de morte litica) contra uma ou mais estirpes de E. coll, por exemplo, contra o bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 3. Noutros exemplos, de acordo com esta forma de realização, a variante, fragmento ou derivado da sequência —de am-inoácidos de SEQ'TD- N°1 5'4'7; SEQ TTD N° : 556 e /ou SEQ ID N°: 557 apresenta atividade antibacteriana ou antimicrobiana (e. g. , atividade de morte litica) contra uma ou mais estirpes de P. aeruginosa, por exemplo, contra o bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N° : 4 . Noutros exemplos, de acordo com esta forma de realização, a variante, fragmento ou derivado da sequência de aminoácidos de SEQ ID N°: 598, SEQ ID N°: 1216 e/ou SEQ ID N°: 1261 apresenta atividade antibacteriana ou antimicrobiana (e. g., atividade de morte litica) contra uma ou mais estirpes de S. aureus, por exemplo, contra o bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 560 ou SEQ ID N°: 1074.

Em formas de realização especificas, o polipeptideo isolado da invenção compreende ou consiste do dominio CHAP de SEQ ID N°: 20, SEQ ID N°: 80, SEQ ID N°: 192, SEQ ID N°: 282, SEQ ID N°: 547, SEQ ID N°: 556, SEQ ID N°: 557 ou SEQ ID N°: 598. Contudo, ainda em outras formas de realização, um polipeptideo da invenção compreende um fragmento, variante ou derivado do dominio CHAP de SEQ ID N° : 20, SEQ ID N° : 80, SEQ ID N° : 192, SEQ ID N°: 282, SEQ ID N°: 547, SEQ ID N°: 556, SEQ ID N°: 557 ou SEQ ID N°: 598, em que o referido fragmento, variante ou derivado tem atividade antibacteriana ou atividade antimicrobiana, e. g., atividade de morte litica, contra, pelo menos, uma ou mais 5 estirpes de K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa e/ou S. aureus.

Noutras formas de realização, um polipeptideo da -i-nvenç-ão—compreende—ou—coπsrste—de—uma prot'e’rna da ca’U'da isolada (e. g., componente da cauda, proteina da fibra da 10 cauda, proteina de medida do comprimento da cauda, proteina da cauda associada à adsorção, proteina principal da cauda, proteina principal da bainha da cauda, subunidade da cunha da placa de base) , ou seu fragmento, que tem uma função biológica associada ao bacteriófago do qual é derivada, e. 15 g., atividade antimicrobiana ou antibacteriana (e. g. , atividade de morte litica), cuja função é dirigida contra, pelo menos, uma ou mais espécies ou estirpes de K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa e/ou S. aureus.

Em formas de realização especificas, o polipeptideo da invenção é uma proteina isolada da cauda compreendendo ou consistindo da sequência de aminoácidos SEQ ID N°: 15, SEQ ID N°: 796-800, SEQ ID N°: 806, SEQ ID N°: 854, SEQ ID N°: 999-1004, SEQ ID N° : 1053-1060, SEQ ID N°: 1077, SEQ ID N°: 1217, SEQ ID N° : 1250 ou SEQ ID N°: 1266.

Noutras formas de realização, um polipeptideo da invenção 5 compreende um fragmento, variante ou derivado de SEQ ID N°: 15, SEQ ID N°: 26, SEQ ID N°: 27, SEQ ID N°: 30, SEQ ID N°: 32-35, SEQ ID N°: 180, SEQ ID N°: 183, antimicrobiana ou antibacteriana (e. g., atividade de morte litica), cuja função é dirigida contra uma ou mais estirpes de K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa e/ou S. aureus.

As funções previstas das referidas proteinas da cauda 25 incluem, por exemplo, uma proteina da cauda de ligação a receptor (SEQ ID N°: 15), proteina principal da cauda (SEQ ID N°: 26 e SEQ ID N°: 1077), proteina menor da cauda (SEQ ID N°: 27), proteina da ponta da cauda de formação de poro (SEQ ID N°: 30), proteina da cauda (SEQ ID N°: 32-33), proteina menor da cauda (SEQ ID N°: 34), proteina da cauda do fago (SEQ ID N°: 35), proteína da bainha da cauda (SEQ ID N°: 180), proteína de medida da fita da cauda (SEQ ID N° : 183), proteína da cauda (SEQ ID N° : 185), proteína da fibra da cauda (SEQ ID N° : 190), proteína do 5 tubo da cauda (SEQ ID N°: 231), monómero da bainha da cauda (SEQ ID N°: 232) proteína de acabamento e estabilizadora da bainha da cauda (SEQ ID N°: 235), fibras curtas da cauda (SEQ ID N° : 239), pino da cauda de acabamento da cunha’'clar placa de base (SEQ ID N° : 240-241), encaixe da fibra da 10 cauda de acabamento da cunha da placa de base (SEQ ID N°: 242), subunidade da cunha da placa de base (SEQ ID N°: 243), iniciador da cunha da placa de base (SEQ ID N°: 244), cunha da placa de base (SEQ ID N° : 245), subunidade central da placa de base e lisozima da cauda, 15 dispositivo de perfuração celular (SEQ ID N°: 248), acabamento da cunha da placa de base (SEQ ID N° : 249), proteína estabilizadora da cauda e de acabamento da bainha (SEQ ID N°: 252), conjunto chaperone da fibra curta e longa da cauda (SEQ ID N°: 254), proteína da fibra da cauda 20 (SEQ ID N°: 433), proteína da fibra da cauda (SEQ ID N°: 434), fibra longa da cauda do ligador da charneira (SEQ ID N°: 435), charneira da fibra da cauda (SEQ ID N° : 436), subunidade proximal da fibra da cauda (SEQ ID N°: 437), iniciador do tubo da cauda-placa de base 25 (SEQ ID N°: 489), placa de base (SEQ ID N°: 490), subunidade central da placa de base, determinador do comprimento da cauda (SEQ ID N°: 491), subunidade central distal da placa de base (SEQ ID N° : 492), subunidade central da placa de base (SEQ ID N° : 493), catalisador do 30 conjunto central da placa de base (SEQ ID N° : 494), subunidade central da placa de base (SEQ ID N°: 495), subunidade da cunha da placa de base (SEQ ID N° : 496), proteina tubular da cauda (SEQ ID N°: 544-545), proteina da fibra da cauda (SEQ ID N°: 549 e SEQ ID N°: 551), proteina 5 principal da bainha da cauda (SEQ ID N° : 629 e SEQ ID N°: 1250), proteina principal da cauda (SEQ ID N° : 686), proteina do tubo da cauda (SEQ ID N°: 789), fibritina (SEQ ID N° : 796), fibras curtas da cauda (SEQ^ID^N’0-:-7’9‘7T,’ pino da cauda de acabamento da cunha da placa de base (SEQ ID N° : 798), pino da cauda e subunidade da cunha da placa de base (SEQ ID N° : 799), ligador da fibra da cauda da cunha da placa de base (SEQ ID N° : 800), subunidade central da placa de base e lisozima (SEQ ID N°: 806), lisozima (SEQ ID N°: 854), holina (SEQ ID N°: 999 e SEQ ID N°: 1217), catalisador do conjunto distal da fibra longa da cauda (SEQ ID N°: 1000), proteina em forma de L da fibra da cauda (SEQ ID N° : 1001), ligador da charneira do ligador distal da fibra longa da cauda (SEQ ID N°: 1002), ligador da charneira do ligador proximal da fibra longa da cauda (SEQ ID N°: 1003), subunidade proximal da fibra longa da cauda (SEQ ID N° : 1004), iniciador do tubo da cauda da placa de base (SEQ ID ,N°: 1053), tampa do tubo da cauda da placa de base (SEQ ID N°: 1054), subunidade central da placa de base, determinador do comprimento da cauda (SEQ ID N°: 1055), subunidade central distal da placa de base (SEQ ID N°: 1056), subunidade central da placa de base (SEQ ID N° : 1057 e 1059), catalisador do conjunto central da placa de base (SEQ ID N°: 1058), subunidade da cunha da placa de base (SEQ ID N°: 1060) e proteina da placa de base

Em determinadas formas de realização, a invenção abrange uma variante, fragmento ou derivado da sequência de aminoácidos de SEQ ID N° : 15, SEQ ID N° : 26, SEQ ID N°: 27, SEQ ID N°: 30 ou SEQ ID N°: 32-35, que apresenta uma função 5 biológica associada ao bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 1, e. g., atividade antimicrobiana ou antibacteriana (e. g., atividade de morte TftTcãJ”) cuja função é dirigida contra uma ou mais estirpes de K. pneumoniae. Noutras formas de realização, a invenção abrange uma variante, fragmento ou derivado da sequência de aminoácidos de SEQ ID N° : 180, SEQ ID N° : 183, SEQ ID N°: 185 ou SEQ ID N°: 190, que apresenta uma função biológica associada ao bacteriófago que tem um genoma 15 compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 2, e. g. , atividade antimicrobiana ou antibacteriana (e. g., atividade de morte litica), cuja função é dirigida contra uma ou mais estirpes de A. baumannii.

Em determinadas formas de realização, a invenção abrange uma variante, fragmento ou derivado da sequência de aminoácidos de SEQ ID N°: 231, SEQ ID N°: 232, SEQ ID N°: 235, SEQ ID N°: 239-245, SEQ ID N°: 248, SEQ ID N°: 249, SEQ ID N°: 252, SEQ ID N°: 254, SEQ ID N°: 433-437, SEQ ID N°: 489-495 ou SEQ ID N°: 496, que apresenta uma função biológica associada ao bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 3, e. g., atividade antimicrobiana ou antibacteriana (e. g., atividade de morte litica), cuja função é dirigida contra uma ou mais estirpes de E. coli. Em determinadas formas de realização, a invenção abrange uma variante, fragmento ou derivado da sequência de aminoácidos de SEQ ID N°: 544, SEQ ID N°: 545, SEQ ID N°: 549 ou SEQ ID N° : 551, que 5 apresenta uma função biológica associada ao bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 4, e. g., atividade ãTTtímicro&iana ou antibacteriana fêl g~T, a'tivTdarie-de mórfê litica) , cuja função é dirigida contra uma ou mais estirpes 10 de P. aeruginosa. Ainda noutras formas de realização, a invenção abrange uma variante, fragmento ou derivado da sequência de aminoácidos de SEQ ID N°: 629 ou SEQ ID N°: 686, que apresenta uma função biológica associada ao bacteriófago que tem um genoma compreendendo 15 ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N° : 560, e. g., atividade antimicrobiana ou antibacteriana (e. g. , atividade de morte litica), cuja função é dirigida contra uma ou mais estirpes de S. aureus. Ainda noutras formas de realização, a invenção abrange uma variante, 20 fragmento ou derivado da sequência de aminoácidos de SEQ ID N°: 789, SEQ ID N°: 796-800, SEQ ID N°: 806, SEQ ID N°: 854, SEQ ID N° : 999-1004 ou SEQ ID N°: 1053- 1060, que apresenta uma função biológica associada ao bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo 25 da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 781, e. g., atividade antimicrobiana ou antibacteriana (e. g., atividade de morte litica), cuja função é dirigida contra uma ou mais estirpes de K. pneumoniae. Ainda noutras formas de realização, a invenção abrange uma variante, fragmento 30 ou derivado da sequência de aminoácidos de SEQ ID N°: 1077, SEQ ID N°: 1217, SEQ ID N°: 1250 ou SEQ ID N°: 1266, que apresenta uma função biológica associada ao bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 1074, e. gr., atividade antimicrobiana ou antibacteriana (e. g., atividade de morte litica), cuja função é dirigida contra uma ou mais estirpes de S. aureus.

Emdeterm in adasformas de realização a invenção- proporciona polipeptideos isolados que apresentam atividade 10 antimicrobiana ou antibacteriana (e. g. , atividade de morte litica) contra uma ou mais estirpes de bactérias, e. g. , bactérias Gram-positivas (e. g., S. aureus), bactérias Gram-negativas (e. g. , K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, e P. aeruginosa) ou bactérias não classificadas 15 como Gram-positivas ou Gram-negativas, em que os polipeptideos isolados têm uma sequência de aminoácidos com, pelo menos, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%,- 91%, 92%, 93%., 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, ou uma identidade de sequência maior com uma segunda 20 sequência de aminoácidos do mesmo comprimento (i.e., consistindo do mesmo número de residues), cuja segunda sequência de aminoácidos é de SEQ ID N°: 15, SEQ ID N°: 20, SEQ ID N° : 26, SEQ ID N° : 27 , SEQ ID N°: 30, SEÇ ) ID N° : 32- 35, SEQ ID N°: 80, SEQ ID N°: 180, SEQ ID N° : 183, SEQ ID N° : 185, SEQ ID N° : 190, SEQ ID N° : 192, SEQ ID N° : 231, SEQ ID N° : 232, SEQ ID N° : 235, SEQ ID N° : 239-245, SEQ : ID N °: 248, SEQ ID N° : 249, SEQ ID N° : 252, SEQ ID N° : 254, SEQ ID N° : 282, SEQ ID N° : 433-437, SEQ ID N° : 489-496, SEQ ID N° : 544, SEQ ID N° : 545, SEQ ID N° : 547, SEQ ID N° : 549, SEQ ID N°: 551, SEQ ID N°: 556, SEQ ID N°: 557, SEQ ID N°: 598, SEQ ID N°: 629, SEQ ID N°: 686, SEQ ID N°: 789, SEQ ID N°: 796-800, SEQ ID N°: 806, SEQ ID N°: 854, SEQ ID N°: 999-1004, SEQ ID N° : 1053-1060, 5 SEQ ID N°: 1077, SEQ ID N°: 1216, SEQ ID N°: 1217, SEQ ID N°: 1250, SEQ ID N° : 1261, SEQ ID N°: 1266 e/ou urn seu fragmento. Aj.nve.n.ç.g_o—p.r.o.p.o.rc.j_o.n.a—a-i-nci-a—po-1-i-peptí-deos—i-so-l-ados compreendendo ou consistindo da sequência de aminoácidos de qualquer uma de SEQ ID N° : 5-176, SEQ ID N° : 177-223, SEQ ID N°: 224-506, SEQ ID N°: 507-559, SEQ ID N°:■561-780, SEQ ID N°: 782-1073 e SEQ ID N°: 1075-1300. Noutras formas de realização, são proporcionados polipeptideos isolados da invenção fundidos recombinantemente ou conjugados quimicamente (e. g., conjugação covalente ou não covalente) a agentes terapêuticos (e. g., polipeptideos heterólogos ou pequenas moléculas).

A invenção abrange também polinucleótidos que codificam os polipeptideos da invenção. Numa forma de 20 realização especifica, a invenção proporciona um ácido nucleico isolado compreendendo uma sequência de ácido nucleico que codifica o polipeptideo de qualquer de SEQ ID N°: 5-176, SEQ ID N°: 177-223, SEQ ID N°: 224-506, SEQ ID N°: 507-559, SEQ ID N°: 561-780, SEQ ID N°: 782- 1073, e SEQ ID N° : 1075-1300. Noutras formas de realização, a invenção proporciona um ácido nucleico isolado compreendendo uma sequência de ácido nucleico que codifica o polipeptideo de qualquer de SEQ ID N°: 15, SEQ ID N°: 20, SEQ ID N°: 26, SEQ ID N°: 27, SEQ ID N°: 30, SEQ ID N°: 32- 30 35, SEQ ID N°: 80, SEQ ID N°: 180, SEQ ID N°: 183, SEQ ID N° : 185, SEQ ID N°: 190, SEQ ID N° : 192, SEQ ID N° : 231, SEQ ID N°: 232, SEQ ID N° : 235, SEQ ID N° : 239-245, SEQ ID N °: 248, SEQ ID N° : 249, SEQ ID N° : 252, SEQ ID N°: 254, SEQ ID N° : 282, SEQ ID N° : 433-437, SEQ ID N°: 489-496, SEQ ID N° : 544, SEQ ID N° : 545, SEQ ID N°: 547, SEQ ID N° : 549, SEQ ID N° : 551, SEQ ID N°: 556, SEQ ID N° : 557, SEQ ID N° : 5 98, SEQ I'D N°‘: 629ç SEQ -I-D- -N°- —68-6-,- SEQ ID N° : 789, SEQ ID N° : 7 96-800, SEQ ID N° : 806, SEQ ID N° : 854, SEQ ID N°: 999-1004, SEQ ID N° : 1053 -1060, SEQ ID N° : 1077, SEQ ID N° : 1216, SEQ ID b Io : 1217, SEQ ID N° : 1250, SEQ ID N°: 1261 ou SEQ ID N° : 1266, ou seu fragmento, variante ou derivado ativo, cujo polipeptideo ou fragmento, variante ou derivado ativo apresenta uma função 15 biológica associada ao bacteriófago a partir do qual é isolado e/ou derivado, e. g. , atividade antimicrobiana ou antibacteriana (e. g. , atividade de morte litica) . A invenção também se refere a um vetor compreendendo um ou mais dos referidos ácidos nucleicos. Numa forma de 20 realização especifica, o referido vetor é um vetor de expressão. A invenção proporciona ainda células hospedeiras contendo um vetor compreendendo um ou mais polinucleótidos, um ou mais que codificam os polipeptideos da invenção.

A presente invenção abrange métodos para a produção de 25 polipeptideos da invenção ou dos seus fragmentos ativos, em particular para utilização em composições farmacêuticas, i. e., composições antimicrobianas. Por exemplo, os polipeptideos da invenção podem ser isolados diretamente de culturas celulares (e. g., culturas celulares bacterianas) 30 infectadas com bacteriófago F387/08, F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10 e/ou F125/10. Alternativamente, os polipeptideos da presente invenção podem ser derivados por meios recombinantes utilizando vetores de expressão compreendendo sequências de ácido nucleico que codificam polipeptideos da invenção, e. g-, SEQ ID N°: 15, SEQ ID N° : 20, SEQ ID N°: 26, SEQ ID N ° : 27 , SEQ ID N°: 30, SEQ ID N° : 32-35 , SEQ ID N°: 80, SEQ ID N°: 180, SEQ ID N° : 183, SEQ- ID ~N‘G-—1’85—’ - -S-EQ—I-D-N-°--μ -1-9-0-, SEQ ID N° : 192, SEQ ID N°: 231, SEQ ID N°: 232, SEQ ID N° : 235, SEQ ID N°: 239-245 f SEQ ID N°: 248, SEQ ID N° : 249, SEQ ID N°: 252, SEQ ID N°: 254, SEQ ID N° : 282, SEQ ID N°: 433-437, SEQ ID N°: 489-496, SEQ ID N° : 544, SEQ ID N°: 545, SEQ ID N°: 547, SEQ ID N° : 549, SEQ ID N°: 551, SEQ ID N°: 556, SEQ ID N° : 557, SEQ ID N°: 598, SEQ ID N°: 629, SEQ ID N° : 686, SEQ ID N°: 789, SEQ ID N°: 796-800, SEQ ID N° : 806, SEQ ID N°: 854, SEQ ID N°: 999-1004, SEQ ID N° : 1053- 1060, SEQ ID N°: 1077, SEQ ID N°: 1216, SEQ ID N° : 1217, SEQ ID N°: 1250, SEQ ID N°: 1261 ou 20 SEQ ID N° : 1266, ou seus fragmentos, deriva dos ou variantes ativos. Os polipeptideos da invenção ou os seus fragmentos podem ser produzidos por qualquer método conhecido na técnica para a produção de um polipeptideo, em particular, por sintese quimica ou por técnicas de expressão 25 recombinante.

Em formas de realização especificas, a invenção refere-se a um método para produzir recombinantemente uma proteina fágica, e. g., uma proteina de lisina, uma proteina da cauda, ou um seu fragmento, variante ou 30 derivado ativo, compreendendo o referido método: (i) cultivar sob condições adequadas para a expressão da referida proteina num meio, uma célula hospedeira contendo um vetor compreendendo uma sequência de ácido nucleico que codifica a sequência de aminoácidos SEQ ID N° : 15, 5 SEQ ID N°: 20, SEQ ID N°: 26, SEQ ID N°: 27, SEQ ID N° : 30, SEQ ID N°: 32-35, SEQ ID N°: 80, SEQ ID N°: 180, SEQ IP N° : 183, SEQ ID N° : 185, SEQ ID N° : 190, SEQ ID N° : 192, SEQ ID N° : 231, SEQ ID N° : 232, SEQ ID N° : 235, SEQ ID N° 239-245, SEQ ID N° : 248, 10 SEQ ID N° : 249, SEQ ID N° : 252, SEQ ID N° : 254, SEQ ID N°: 282, SEQ ID N°: 433-437, SEQ ID N°: 489-496, SEQ ID N° : 544, SEQ ID N° : 545, SEQ ID N° : 547 SEQ ID N° : 549, SEQ ID N° : 551, SEQ ID N° : 556 SEQ ID N° : 557, SEQ ID N° : 598, SEQ ID N° : 629 15 SEQ ID N°: 686, SEQ ID N°: 789, SEQ ID N°: 796-800, SEQ ID N°: 806, SEQ ID N°: 854, SEQ ID N°: 999-1004 ou SEQ ID N°: 1053-1060, SEQ ID N°: 1077, SEQ ID N°: 1216, SEQ ID N°: 1217, SEQ ID N°: 1250, SEQ ID N°: 1261 ou SEQ ID N° : 1266, ou seus fragmentos; e (ii) recuperar a 20 referida proteina a partir do referido meio. Em determinadas formas de realização, a sequência de ácido nucleico que codifica o polipeptideo da invenção está ligada operativamente a um promotor heterólogo.

A invenção abrange também métodos para o diagnóstico 25 do agente causador da infecção bacteriana numa apresentação clinica. O bacteriófago ou polipeptideos isolados da invenção podem ser utilizados para ajudar na determinação de espécies de bactérias numa amostra do doente, por estabelecimento da susceptibilidade das bactérias na 30 amostra ao bacteriófago e/ou polipeptideos da invenção.

Tais métodos abrangem ainda métodos de avaliação da atividade antibacteriana do bacteriófago e/ou polipeptideos isolados da invenção. A atividade antibacteriana do bacteriófago ou polipeptideos da invenção, ou a susceptibilidade de uma amostra desconhecida a tal atividade, pode ser avaliada por qualquer método conhecido na técnica e/ou aqui descrito. Em determinadas formas de realização, a atividade e/ou susceptibilidade antibacterianas são avaliadas através do cultivo de bactérias conhecidas e/ou amostras de tecido, sangue, fluido ou esfregaço do doente de acordo com as técnicas padrão (e. g., em cultura liquida ou em placas de ágar), contacto da cultura com o bacteriófago e/ou polipeptideos da invenção e monitorização do crescimento celular após o referido contacto. Por exemplo, numa cultura liquida, as bactérias (e. g., K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa e/ou S. aureus) podem ser cultivados até uma densidade óptica ("OD") representativa de um ponto médio no crescimento exponencial da cultura; a cultura é exposta a uma ou mais concentrações de um ou mais bacteriófagos e/ou polipeptideos da invenção e a OD é monitorizada relativamente a uma cultura de controlo. Uma OD diminuida relativamente a uma cultura de controlo é representativa de um bacteriófago e/ou polipeptideo que apresenta atividade antibacteriana (e. g., apresentando atividade de morte litica) contra a amostra testada ou espécies e/ou estirpes bacterianas na cultura. De modo semelhante, pode ser permitida a formação de colônias bacterianas numa placa de ágar, a placa exposta a um bacteriófago ou polipeptideo da invenção, e o crescimento subsequente das colônias avaliado relativamente às placas de controlo. 0 tamanho diminuído das colônias, ou números totais diminuídos de colônias, indicam um bacteriófago e/ou polipeptideo com atividade antibacteriana contra a amostra testada e/ou espécies ou 5 estirpes cultivadas.

A presente invenção é também dirigida a composições farmacêuticas compreendendo ou consistindo de um bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 1, SEQ ID N°: 2, 10 SEQ ID N°: 3, SEQ ID N°: 4, SEQ ID N°: 560, SEQ ID N°: 781 ou SEQ ID N°: 1074. Em determinadas formas de realização, a composição farmacêutica da invenção compreende um bacteriófago que tem o genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 1, SEQ ID N°: 2, 15 SEQ ID N°: 3, SEQ ID N°: 4, SEQ ID N°: 560, SEQ ID N°: 781 ou SEQ ID N°: 1074, para além de um ou mais outros bacteriófagos. O, um ou mais outros bacteriófagos, pode ser um ou mais bacteriófagos da invenção (e. gr., que tem um genoma compreendendo ou consistindo de uma sequência de 20 ácido nucleico de SEQ ID N°: 1, SEQ ID N°: 2, SEQ ID N°: 3, SEQ ID N°: 4, SEQ ID N°: 560, SEQ ID N°: 781 ou SEQ ID N°: 1074), uma ou mais estirpes dos mesmos, ou pode ser um ou mais bacteriófagos conhecidos na técnica, à exceção de um bacteriófago que tem um genoma de acordo com 25 SEQ ID N°: 1, SEQ ID N°: 2, SEQ ID N°: 3, SEQ ID N°: 4, SEQ ID N°: 560, SEQ ID N°: 781 ou SEQ ID N°: 1074. Além disso, o, um ou mais bacteriófagos, na composição farmacêutica da invenção pode ser dirigido à mesma ou a diferentes espécies ou estirpes de bactérias. Em determinadas formas de realização, as composições farmacêuticas compreendendo um ou mais bacteriófagos da invenção compreendem ainda um ou mais polipeptideos da invenção e/ou outros produtos fágicos como aqui descritos ou conhecidos na técnica.

Em determinadas formas de realização, a invenção proporciona composições farmacêuticas compreendendo polipeptideos, ou seus fragmentos ativos, em particular -aquelas que têm atividade antimicrobiana e/ou antibacteriana, isolados de bacteriófagos que têm um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 1, SEQ ID N°: 2, SEQ ID N°: 3, SEQ ID N°: 4, SEQ ID N°: 560, SEQ ID N° : 781 e/ou SEQ ID N°: 1074. Em formas de realização especificas, as composições farmacêuticas da invenção compreendem um ou mais polipeptideos que tem uma sequência de aminoácidos de SEQ ID N°: 15, SEQ ID N°: 20, SEQ ID N°: 26, SEQ ID N°: 27, SEQ ID N°: 30, SEQ ID N°: 32-35, SEQ ID N°: 80, -SEQ ID N° : 180, SEQ ID N°: ’183, SEQ ID N° : 185, SEQ ID N°: 190, SEQ ID N°: 192, SEQ ID N°: 231, SEQ ID N°: 232, SEQ ID N°: 235, SEQ ID N°: 239-245, SEQ ID N°: 248, SEQ ID N°: 249, SEQ ID N°: 252, SEQ ID N°: 254, SEQ ID N° : 282, SEQ ID N°: 433-437, SEQ ID N°: 489-496, SEQ ID N°: 544, SEQ ID N°: 545, SEQ ID N°: 547, SEQ ID N°: 549, SEQ ID N°: 551, SEQ ID N°: 556, SEQ ID N°: 557, SEQ ID N° : 598, SEQ ID N°: 629, SEQ ID N°: 686, SEQ ID N°: 789, SEQ ID N°: 796-800, SEQ ID N°: 806, SEQ ID N°: 854, SEQ ID N°: 999-1004., SEQ ID N° : 105-3-1060, SEQ ID N° : 1077, SEQ ID N°: 1216, SEQ ID N°: 1217, SEQ ID N°: 1250, SEQ ID N°: 1261 ou SEQ ID N°: 1266. Noutras formas de realização, as composições farmacêuticas da invenção compreendem um polipeptideo que é uma variante, derivado ou fragmento de SEQ ID N° : 15, SEQ ID N°: 20, SEQ IE ) N °: 26, SEQ ID N° : 27, SEQ ID N° : 30, SEQ ID N° 32-35, SEQ ID N° : 80, SEQ ID N° : 180, SEQ ID N° : 183, SEQ ID N° : 185, SEQ ID N° : 190, SEQ ID N° : 192, SEQ ID N° : 231, SEQ ID N° : 232, SEQ ID N° : 235, SEQ” ’I'D" tl°T ~2~3~9~2457 ~ SEQ ID N°: 248, SEQ ID N° : 249, SEQ ID N° : 252, SEQ ID N° : 254, SEQ ID N° : 282, SEQ ID N° : 433-437, SEQ ID N° : 489-496, SEQ ID N° : 544, SEQ ID N° : 545, SEQ ID N° : 547, SEQ ID N° : 549, SEQ ID N° : 551, SEQ ID N° : 556, SEQ ID N° : 557, SEQ ID N° : 598, SEQ ID N° : 629, SEQ ID N° : 686, SEQ ID N° : 789, SEQ ID N' o . 796-800, SEQ ID N° : 806, SEQ ID N° : 854, SEQ ID N° : 999- -1004, SEQ ID N° : 1053 -1060, SEQ ID N° : 1077, SEQ ID N° : 1216, SEQ : ID N O . 1217, SEQ ID N° : 1250, SEQ ID N‘ 1261 ou SEQ ID N° : : 1266 f em que a variante, derivado ou fragmento retém uma função biológica do polipeptideo do qual é derivado, e. g., 20 atividade antimicrobiana ou antibacteriana (e. g., atividade de morte litica), de um modo preferido, contra uma ou mais estirpes de K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa e/ou S. aureus.

As composições farmacêuticas da invenção podem 25 compreender adicionalmente um veiculo, excipiente ou estabilizador farmaceuticamente aceitável. Em determinadas formas de realização, as composições farmacêuticas da invenção são composições antibióticas (visto que apresentam atividade antibacteriana) ou composições terapêuticas para 30 o tratamento, prevenção e/ou melhoria de sintomas de uma doença ou distúrbio associado com infecção por bactérias, num individuo com a sua necessidade. Em formas de realização especificas, as composições farmacêuticas da invenção são composições antibacterianas ou composições 5 terapêuticas para o tratamento, prevenção e/ou melhoria de sintomas de uma doença ou distúrbio associada com infecção por K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa eT/ou S. aureus. Em determinadas formas de realização, o individuo que recebe uma composição farmacêutica da invenção é um mamifero (e. g. , bovino, ovino, caprino, equino, primata (e. g., humano), roedor, lagomorfos ou aves aviárias (e. g. , galinha, pato, ganso)).

A presente invenção proporciona métodos para o tratamento ou prevenção de infecção bacteriana compreendendo a administração a um individuo, com a sua necessidade, de uma composição farmacêutica compreendendo um ou mais bacteriófagos ou produtos fágicos (e. g. , um polipeptideo bacteriófago isolado ou um seu fragmento, variante ou derivado ativo), opcionalmente para além de um 20 ou mais outros bacteriófagos ou outros produtos fágicos, como aqui descritos. No contexto da presente invenção, o "tratamento" refere-se ao tratamento terapêutico e profiláctico ou a medidas preventivas, em que o objectivo é eliminar, atenuar, diminuir a gravidade, retardar a 25 progressão ou atrasar ou prevenir os sintomas ou a causa subjacente (e. g., infecção bacteriana) associada com o estado ou distúrbio patológico. As composições farmacêuticas da presente invenção podem ser utilizadas no tratamento ou gestão de infecções associadas com qualquer 30 infecção bacteriana, incluindo, mas não limitadas a, K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa e/ou S. aureus, assim como, em determinadas formas de realização, S. epidermidis, S. auricularis, S. capitis, S. haemolyticus, S. hominis, S. saprophyticus, S. simulans, S. 5 xylosis, M. luteus, B. subtilis, B. pumilus, E. faecalis, E. hirae, E. faecium, E. avium, e suas combinações. Em determinadas formas de realização, as composições farmacêuticas podem ser utilizados para tratar estados ou distúrbios associados com infecções bacterianas incluindo, 10 mas não limitadas a, endoftalmite pós-operatória, endocardite, infecções do sistema nervoso central, pneumonia, osteomielite, infecções de feridas (e. g. , úlceras do pé diabético), mastite, septicemia, intoxicação alimentar, meningite, infecções da pele, abcessos, sindrome 15 do choque tóxico, bacteremia e/ou outros estados associados com as infecções bacterianas nosocomiais.

Em determinadas formas de realização, a invenção proporciona a utilização de um bacteriófago ou um produto fágico isolado (e. g., um polipeptideo fágico isolado ou um 20 seu fragmento, variante ou derivado ativo) como uma terapia de agente único. Noutras formas de realização, a invenção proporciona a utilização de um bacteriófago, ou produto fágico (e. g. , um polipeptideo fágico isolado ou um seu fragmento, variante ou derivado ativo), em combinação com 25 um tratamento experimental ou padrão para a infecção bacteriana. Tal terapia de combinação pode aumentar a eficácia do tratamento experimental ou padrão. Os exemplos de agentes terapêuticos que são particularmente úteis em combinação com um bacteriófago e/ou polipeptideo da 30 invenção são agentes anti-inflamatórios, agentes antibióticos quimioterapêuticos padrão (e. g. , penicilina, penicilinas sintéticas, bacitracina, meticilina, nafcilina, oxacilina, cloxacilina, vancomicina, teicoplanina, clindamicina, cotrimoxazole, cefalosporina, polimixina, 5 cefaclor, cefadroxil, nafato de cefamandole, cefazolina, cefixima, cefmetazole, cefonicid, cefoperazona, ceforanida, cefotanme, cefotaxima, cefotetan, cefoxitina, proxetilo de Cêfpõdõjfimaí ceftazidima, ceftizoxima, ceftriaxona, moxalactama de cefriaxona, cefuroxima, cefalexina, 10 cefalosporina C, sal de sódio de cefalosporina C, cefalotina, sal de sódio de cefalotina, cefapirina, cefradina, cefuroxima axetil, di-hidratecefalotina, moxalactama, mafato de loracarbef e agentes quelantes), agentes anestésicos locais e/ou corticosteróides. Contudo, 15 ainda noutra forma de realização, as composições da presente invenção podem ser combinadas com um ou mais bacteriófagos ou produtos fágicos conhecidos na técnica. As terapias de combinação abrangidas pela invenção podem ser formuladas numa única composição farmacêutica ou podem ser 20 administradas em composições separadas, mas como parte de um regime de tratamento global.

As composições farmacêuticas da invenção podem ser administradas por qualquer método conhecido na técnica, adequado para administração de um composto antibacteriano, 25 e. g., por distribuição oral ou parentérica (e. g. , inalação, intramuscular, intravenosa ou epidérmica). Em formas de realização preferidas, as composições farmacêuticas da invenção são administradas topicamente, e. g. , numa formulação tópica. As composições da invenção 30 podem ser utilizadas topicamente para tratar e/ou prevenir infecções nosocomiais comuns, tais como infecções em locais de do incisão cirúrgica ou associadas com cateteres ou drenos. Noutras formas de realização, as composições da invenção são utilizadas para tratar infecções bacterianas da pele ou das camadas dérmicas superiores (e. g. , infecções de úlceras do pé diabético ou carbúnculos).

As composições farmacêuticas da presente invenção podem também ser utilizadas para utilizações não terapêuticas tradicionais, tal como agentes antibacterianos em cosméticos, ou em pulverizadores ou soluções para utilização em superficies sólidas para prevenir a colonização de bactérias (i. e., como desinfetantes).

A presente invenção é também dirigida a métodos para o rastreio de peptideos com atividade antibacteriana. Numa forma de realização, o método compreende o rastreio de sequências de aminoácidos contiguas de, pelo menos, 6, 10, 15, 20 ou 25 residues de comprimento que são codificadas pelas grelhas de leitura aberta da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 1, SEQ ID N°: 2, SEQ ID N°: 3, SEQ ID N°: 4, SEQ ID N°: 560, SEQ ID N°: 781 ou SEQ ID N° : 1074, para atividade antibacteriana, sendo a referida atividade antibacteriana medida pela capacidade dos peptideos para inibir o crescimento bacteriano, e. g. , em cultura de ágar ou liquida.

5.1 DEFINIÇÕES

Como aqui utilizado, o termo "fragmento" refere-se a um peptideo ou polipeptideo compreendendo uma sequência de aminoácidos de, pelo menos, 5 residues de aminoácidos contíguos, pelo menos, 10 residues de aminoácidos contíguos, pelo menos, 15 residues de aminoácidos • contíguos, pelo menos, 20 resíduos de aminoácidos • contíguos, pelo menos, 25 resíduos de aminoácidos • contíguos, pelo menos, 40 resíduos de aminoácidos contíguos, pelo menos, 50 resíduos de aminoácidos contíguos, pelo menos, 60 resíduos de aminoácidos contíguos, pelo menos, 70 resíduos de aminoácidos contíguos, pelo menos, 80 resíduos de aminoácidos contíguos, pelo menos, 90 resíduos de aminoácidos contíguos, pelo menos, 100 resíduos de aminoácidos contíguos, pelo menos, 125 resíduos de aminoácidos contíguos, pelo menos, 150 resíduos de aminoácidos contíguos, pelo menos, 175 resíduos de aminoácidos contíguos, pelo menos, 200 resíduos de aminoácidos contíguos ou, pelo menos, 250 resíduos de aminoácidos contíguos da sequência de aminoácidos de uma proteina. Numa forma de realização especifica, o fragmento é i im fragmento funcional visto que retém, pelo menos, uma função da proteina a partir da qual é isolado ( e. g. , atividade antimicrobiana ou antibacteriana (e. g. , , morte cellular litica)). Como aqui utilizadas, as expressões "produtos bacteriófagos ativos" e "produtos bacteriófagos" referem-se a polipeptideos, ou seus fragmentos, variantes ou derivados, isolados a partir de um bacteriófago da invenção, cujo polipeptideo, ou seu fragmento, variante ou derivado, apresenta uma função biológica ou atividade associada ao bacteriófago a partir do qual foi isolado ou derivado (e. gr., atividade antimicrobiana ou antibacteriana (e. gr., morte celular litica)). um peptideo, polipeptideo ou proteina de fusão, refere-se a um peptideo, polipeptideo ou proteina de fusão que está substancialmente livre de material celular ou proteinas contaminantes da célula ou fonte de tecido da qual foi derivado, ou substancialmente livre de precursores quimicos ou outros quimicos, quando sintetizados quimicamente. A expressão "substancialmente livre de material celular" inc!uT preparaçõe"s de um peptideo, polipeptideo ou proteina de fusão em que o peptideo, polipeptideo ou proteina de fusão é separado de componentes celulares das células das quais é isolado ou produzido recombinantemente. Assim, um peptideo, polipeptideo ou proteina de fusão que está substancialmente livre de material celular inclui preparações de um peptideo, polipeptideo ou proteina de fusão que tem menos do que cerca de 30%, 20%, 10%, ou 5% (em peso seco) de proteina heteróloga (também aqui referida como "proteina contaminante"). Quando o peptideo, polipeptideo ou proteina de fusão é produzido recombinantemente, também está, de um modo preferido, substancialmente livre de meio de cultura, i. e., o meio de cultura representa menos do que cerca de 20%, 10%, ou 5% do volume da preparação de proteina. Quando o peptideo, polipeptideo ou proteina de fusão é produzido por sintese quimica, está, de um modo preferido, substancialmente livre de precursores quimicos ou outros quimicos, i. e., está separado de precursores quimicos ou outros quimicos que estão envolvidos na sintese do peptideo, polipeptideo ou proteína de fusão. Desta forma, tais preparações de um peptideo, polipeptideo, proteína de fusão ou anticorpo têm menos do que cerca de 30%, 20%, 10%, 5% (em peso seco) de precursores quimicos ou compostos diferentes do peptideo, polipeptideo ou proteina de fusão de interesse.

Como aqui utilizado, o termo "isolado" no contexto de moléculas de ácidos nucleicos refere-se a uma primeira 5 molécula de ácido nucleico que é separada de outras moléculas de ácidos nucleicos que estão presentes na fonte natural da primeira molécula de ácido nucleico. Além disso, uma ínõXeculã de ãcTdo nucleico "isolada", tal como uma molécula de ADNc, está substancialmente livre de outro 10 material celular ou meio de cultura quando produzido por técnicas recombinantes, ou substancialmente livre de precursores quimicos ou outros quimicos quando sintetizado quimicamente e pode estar livre de outros ADNc ou outras moléculas de ADN genómico, e. g. , nos casos em que foi 15 isolado de outros clones numa biblioteca de ácidos nucleicos.

O termo "purificado" significa que o peptideo, polipeptideo, proteina dé fusão ou molécula de ácido nucleico foi, dentro de certa medida, aumentado em 20 concentração por qualquer processo de purificação, incluindo mas não limitado a, cromatografia de coluna, HPLC, precipitação, eletroforese, etc., removendo assim parcialmente, substancialmente, quase totalmente, ou totalmente as impurezas, tais como precursores ou outros 25 quimicos envolvidos na preparação do peptideo, polipeptideo, proteina de fusão ou molécula de ácido nucleico. Uma especialista na técnica saberá qual a quantidade de purificação necessária para uma determinada utilização. Por exemplo, a proteina isolada pretendida para 30 utilização em composições terapêuticas pretendidas para administração a humanos, deve ser vulgarmente de elevada pureza de acordo com padrões reguladores e bons processos de fabrico.

Como agui utilizado, o termo "derivado" no contexto de polipeptideos refere-se a um polipeptideo que compreende uma sequência de aminoácidos que foi alterada através da introdução de substituições, deleções ou adições de -resíduos dê aminoácidos. O termo "derivado" como aqui utilizado, também se refere a um polipeptideo que foi modificado, i. e. , pela ligação covalente de qualquer tipo de molécula ao polipeptideo. Por exemplo, mas não a titulo limitativo, um polipeptideo pode ser modificado, e. g. , por glicosilação, acetilação, pegilação, fosforilação, amidação, derivatização por grupos de protecção/bloqueamento conhecidos, clivagem proteolitica, ligação a um ligando celular ou a outra proteina, etc. Um polipeptideo derivado pode ser produzido por modificações quimicas utilizando técnicas conhecidas dos especialistas na técnica, incluindo, mas não limitadas a, clivagem quimica especifica, acetilação, formilação, sintese metabólica de tunicamicina, etc. Além disso, um polipeptideo derivado pode conter um ou mais aminoácidos não clássicos. Um polipeptideo derivado possui uma função semelhante ou idêntica ao do polipeptideo a partir do qual foi derivado. 0 termo "derivado" como utilizado em referência a um polipeptideo "derivado" de um organismo pode também referir-se ao isolamento de um polipeptideo diretamente do referido organismo (e. g., células bacterianas ou fago).

Como aqui utilizada, a expressão "célula hospedeira" refere-se à célula particular em causa, transfectada com uma molécula de ácido nucleico e à progenia ou potencial progenia de tal célula que contém a molécula de ácido nucleico ou uma sua versão integrada cromossomicamente. A progenia de tal célula pode não ser idêntica à célula parental transfectada com a molécula de ácido nucleico, devido a mutações ou influências ambientais que podem ocorrer em gerações seguintes ou integração da molécula de ácido nucleico no genoma da célula hospedeira. Para a expressão de proteínas e polipeptideos bacteriófagos, a célula hospedeira é, de um modo preferido, não da mesma espécie ou estirpe da qual o bacteriófago foi isolado ou cultivado.

Como aqui utilizada, a expressão "em combinação" refere-se à utilização de mais do que um agente profiláctico e/ou terapêutico. A utilização da expressão "em combinação" não restringe a ordem pela qual os agentes profilácticos e/ou terapêuticos são administrados a um indivíduo com uma doença ou distúrbio. Um primeiro agente profiláctico ou terapêutico pode ser administrado antes (e. g., 5 minutos, 15 minutos, 30 minutos, 45 minutos, 1 hora, 2 horas, 4 horas, 6 horas, 12 horas, 24 horas, 48 horas, 72 horas, 96 horas, 1 semana, 2 semanas, 3 semanas, 4 semanas, 5 semanas, 6 semanas, 8 semanas ou 12 semanas antes), concomitantemente ou subsequentemente (e. g., 5 minutos, 15 minutos, 30 minutos, 45 minutos, 1 hora, 2 horas, 4 horas, 6 horas, 12 horas, 24 horas, 48 horas, 72 horas, 96 horas, 1 semana, 2 semanas, 3 semanas, 4 semanas, 5 semanas, 6 semanas, 8 semanas ou 12 semanas após) a administração de um segundo agente profiláctico ou terapêutico (diferente do primeiro agente profiláctico ou terapêutico) a um individuo com a sua necessidade, e. g., um individuo com uma doença ou distúrbio.

Como aqui utilizadas, as expressões "ácidos nucleicos" e "sequências nucleotidicas" incluem moléculas de ADN e/ou ARN de cadeia simples ou cadeia dupla, ou suas combinações. Como aqui utilizada, a expressão "codificada pelo ácido ~ nucleico" refere-se a uma sequência de aminoácidos que resulta da tradução da sequência para-a-frente, reversa, 10 complementar ou reversa-complementar da sequência de ácido nucleico referenciada, utilizando o código genético padrão (i. e., codões tripletos padrão) como bem conhecido na técnica.

Como aqui utilizadas, as expressões "agente 15 profiláctico" e "agentes profilácticos" referem-se ao bacteriófago e/ou polipeptideos da invenção que podem ser utilizados na prevenção, tratamento, gestão ou melhoria de um ou mais sintomas de uma doença ou distúrbio, em particular, uma doença ou distúrbio associado com uma 20 infecção bacteriana.

Como aqui utilizadas, as expressões "agente terapêutico" e "agentes terapêuticos" referem-se ao bacteriófago e/ou polipeptideos da invenção que podem ser utilizados na prevenção, tratamento, gestão ou melhoria de 25 um ou mais sintomas de uma doença ou distúrbio, em particular, de uma doença ou distúrbio associado com uma infecção bacteriana.

Como aqui utilizada, a expressão "quantidade terapeuticamente eficaz" refere-se àquela quantidade de um 30 agente terapêutico suficiente para resultar em melhoria de um ou mais sintomas de uma doença ou distúrbio, em particular, de uma doença ou distúrbio associado com uma infecção bacteriana.

Como aqui utilizados, os termos "trata", "tratamento" 5 e "tratar" referem-se à melhoria de um ou mais sintomas de uma doença ou distúrbio, em particular, de uma doença ou distúrbio associado com uma infecção bacteriana, que r-esui-t-a—da-■aximi'nistr"ã’ça’õ— de um ou mais bacteriófagos e/ou polipeptideos da invenção. Como acima assinalado, 10 "tratamento" e termos relacionados referem-se ao tratamento terapêutico e profiláctico ou a medidas preventivas, em que o objective é eliminar, atenuar, diminuir a gravidade, retardar a progressão, ou atrasar ou prevenir os sintomas ou causa subjacente (e. g., infecção bacteriana) associada 15 com o estado ou distúrbio patológico.

Como aqui utilizadas, as expressões "atividade antibacteriana" e "atividade antimicrobiana" com referência a um bacteriófago, proteina bacteriófaga isolada (ou sua variante, derivado ou fragmento) , ou produto bacteriófago, 20 são utilizadas indiscriminadamente para referir a capacidade para matar e/ou inibir o crescimento ou reprodução de um microrganismo, em particular, de bactérias da espécie ou estirpe daquela que o bacteriófago infecta. Em detérminadas formas de realização, a atividade 25 antibacteriana ou antimicrobiana é avaliada pelo cultivo das bactérias, e. g., bactérias Gram-positivas (e. g., S. aureus), bactérias Gram-negativas (e. g., K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli e/ou P. aeruginosa) ou bactérias não classificadas como Gram-positivas ou Gram-negativas, de 30 acordo com as técnicas padrão (e. g., em cultura liquida ou em placas de ágar), contacto da cultura com um bacteriófago ou polipeptideo da invenção e monitorização do crescimento celular após o referido contacto. Por exemplo, numa cultura liquida, as bactérias podem ser cultivadas até uma 5 densidade óptica ("OD") representativa de um ponto médio no crescimento exponencial da cultura; a cultura é exposta a uma ou mais concentrações de um ou mais bacteriófagos ou polipeptideos da invenção, e a OD é monitorizada relativamente a uma cultura de controlo. Uma OD diminuida 10 relativamente a uma cultura de controlo é representativa de um bacteriófago ou polipeptideo que apresenta atividade antibacteriana (e. g. , apresenta atividade de morte litica) . De modo semelhante, pode ser permitida a formação de colônias bacterianas numa placa de ágar, a placa exposta 15 a um bacteriófago ou polipeptideo da invenção, e o crescimento subsequente das colônias avaliado relativamente a placas de controlo. O tamanho diminuido das colônias, ou números totais diminuídos de colônias, indicam um bacteriófago ou polipeptideo com atividade antibacteriana.

Como aqui utilizada, a expressão "dominio CHAP" refere-se a um dominio conservado de amidase encontrado em diversas peptidoglicano hidrolases codificadas por fago e significa "amido-hidrolases/peptidases dependentes de cisteina e histidina". Ver, e. g. , Rigden D, et al., Trends 25 Biochem Sei. Maio de 2003, 28(5): 230-4. É encontrado numa superfamilia de amidases, incluindo GSP amidase e peptidoglicano hidrolases. A familia inclui, pelo menos, dois tipos diferentes de atividades de divagem de peptidoglicanos: atividade de L-muramoil-L-alanina amidase 30 e D-alanil-glicilo endopeptidase. Os domínios CHAP geralmente contêm resíduos conservados de cisteina e histidina e hidrolisam substratos contendo y-glutamilo. Crê-se que estes resíduos de cisteina sejam essenciais para a atividade de diversas destas amidases e os seus grupos 5 tiol parecem funcionar como nucleófilos nos mecanismos catalíticos de todas as enzimas contendo este domínio. Os domínios CHAP são frequentemente encontrados em associação com outros domínios que clivam peptidoglicanos, e. g., actuando de modo cooperativo para clivar substratos 10 especializados. Ver também, Bateman A, et al., Trend Biochem Sei. Maio de 2003, 28(5): 234-7.

6. BREVE DESCRIÇÃO DAS FIGURAS

FIGS. 1A-1B: Diagrama esquemático da organização do genoma de F391/08, compreendendo a sequência de ácido 15 nucleico de SEQ ID N°: 1. As grelhas de leitura aberta ("ORF") previstas no genoma de aproximadamente 113 kb são representadas por setas e numeradas a preto. O sentido de uma seta indica o sentido da transcrição. Código de cor: Preto - ORF para cujos produtos pôde ser feita uma 20 atribuição funcional baseada em funções conhecidas de proteínas homólogas; Cinzento - ORF que codificam produtos que são semelhantes a proteínas de função desconhecida; Branco - ORF que codificam proteínas que não partilham homologia significativa com proteínas disponíveis em bases 25 de dados. As ORF com atribuição funcional estão também listadas na figura. A informação na figura é também incluída na forma de tabela na FIG. 2.

FIGS. 2A-2II: Características do genoma do bacteriófago F391/08, incluindo produtos génicos e 30 atribuição de funções putativas. A figura inclui uma lista das ORF do genoma e proporciona para cada ORF (i) a sua posição dentro do genoma, (ii) a sequência de aminoácidos codificada, (iii) uma lista de proteinas homólogas e de dominios conservados dentro do seu polipeptideo codificado e (iv) uma atribuição da função putativa. As ORF 1-172 listadas na FIG. 2 codificam as sequências de aminoácidos de SEQ ID N°: 5-176, respectivamente.

Fig. 3: Diagrama esquemático da organização do genoma de F394/08, compreendendo a sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 2. As grelhas de leitura aberta ("ORF") previstas no genoma de aproximadamente 31 kb são representadas por setas e numeradas a preto. O sentido de uma seta indica o sentido da transcrição. Código de cor: Preto - ORF para cujos produtos pôde ser feita uma atribuição funcional baseada em funções conhecidas de proteinas homólogas; Cinzento - ORF que codificam produtos que são semelhantes a proteinas de função desconhecida; Branco - ORF que codificam proteinas que não partilham homologia significativa com proteinas disponíveis em bases de dados. As ORF com atribuição funcional estão também listadas na figura. A informação na figura é também incluida na forma de tabela na FIG. 4.

FIGS. 4A-4K: Características do genoma do bacteriófago F394/08, incluindo produtos génicos e atribuição de funções putativas. A figura inclui uma lista das ORF do genoma e proporciona para cada ORF (i) a sua posição dentro do genoma, (ii) a sequência de aminoácidos codificada, (iii) uma lista de proteinas homólogas e de dominios conservados dentro do seu polipeptideo codificado e (iv) uma atribuição da função putativa. As ORF 1-47 listadas na FIG. 4 codificam as sequências de aminoácidos de SEQ ID N°: 177- 223, respectivamente.

FIGS. 5A-5B: Diagrama esquemático da organização do genoma de F488/08, compreendendo a sequência de ácido 5 nucleico de SEQ ID N°: 3. As grelhas de leitura aberta ("ORF") previstas no genoma de aproximadamente 167 kb são representadas por setas e numeradas a preto. O sentido de uma seta indica o sentido da transcrição. Código de cor: Preto - ORF para cujos produtos pôde ser feita uma 10 atribuição funcional baseada em funções conhecidas de proteinas homólogas; Cinzento - ORF que codificam produtos que são semelhantes a proteinas de função desconhecida; Branco - ORF que codificam proteinas que não partilham homologia significativa com proteinas disponíveis em bases 15 de dados. As ORF com atribuição funcional estão também listadas na figura. A informação na figura é também incluida na forma de tabela na FIG. 6.

FIGS. 6A-6DDD: Características do genoma do bacteriófago F488/08, incluindo produtos génicos e 20 atribuição de funções putativas. A figura inclui uma lista das ORF do genoma e proporciona para cada ORF (i) a sua posição dentro do genoma, (ii) a sequência de aminoácidos codificada, (iii) uma lista de proteinas homólogas e de dominios conservados dentro do seu polipeptideo codificado 25 e (iv) uma atribuição da função putativa. As ORF 1-283 listadas na FIG. 6 codificam as sequências de aminoácidos de SEQ ID N°: 224-506, respectivamente.

Fig. 7: Diagrama esquemático da organização do genoma de F510/08, compreendendo a sequência de ácido nucleico de 30 SEQ ID N°: 4. As grelhas de leitura aberta ("ORF") previstas no genoma de aproximadamente 43 kb são representadas por setas e numeradas a preto. 0 sentido de uma seta indica o sentido da transcrição. Código de cor: Preto - ORF para cujos produtos pôde ser feita uma 5 atribuição funcional baseada em funções conhecidas de proteinas homólogas; Cinzento - ORF que codificam produtos que são semelhantes a proteinas de função desconhecida; Branco - ORTT^qüe codificam proteinas que não partilham homologia significativa com proteinas disponíveis em bases 10 de dados. As ORF com atribuição funcional estão também listadas na figura. A informação na figura é também incluida na forma de tabela na FIG. 8.

FIGS. 8A-8S: Características do genoma do bacteriófago F510/08, incluindo produtos génicos e atribuição de funções 15 putativas. A figura inclui uma lista das ORF do genoma e proporciona para cada ORF (i) a sua posição dentro do genoma, (ii) a sequência de aminoácidos codificada, (iii) uma lista de proteinas homólogas e de dominios conservados dentro do seu polipeptideo codificado e (iv) uma atribuição 20 da função putativa. As ORF 1-53 listadas na FIG. 8 codificam as sequências de aminoácidos de SEQ ID N°: 507- 559, respectivamente.

Fig. 9: Diagrama esquemático da organização do genoma de F44/10, compreendendo a sequência de ácido nucleico de 25 SEQ ID N° : 560. As grelhas de leitura aberta ("ORF") previstas no genoma de aproximadamente 137 kb são representadas por setas e numeradas a preto. O sentido de uma seta indica o sentido da transcrição. Código de cor: Preto - ORF para cujos produtos pôde ser feita uma 30 atribuição funcional baseada em funções conhecidas de proteinas homólogas; Cinzento - ORF que codificam produtos que são semelhantes a proteinas de função desconhecida; Branco - ORF que codificam proteinas que não partilham homologia significativa com proteinas disponíveis em bases 5 de dados. As ORF com atribuição funcional estão também listadas na figura. A informação na figura é também incluida na forma de tabela na FIG. 10.

FIGS. 10A-10QQ: Características do genoma do bacteriófago F44/10, incluindo produtos génicos e 10 atribuição de funções putativas. A figura inclui uma lista das ORF do genoma e proporciona para cada ORF (i) a sua posição dentro do genoma, (ii) a sequência de aminoácidos codificada, (iii) uma lista de proteinas homólogas e de domínios conservados dentro do seu polipeptideo codificado 15 e (iv) uma atribuição da função putativa. As ORF 1-216, incluindo ORF la, 1b, 82a, 82b, 82c, 114a e 114b, listadas na FIG. 10 codificam as sequências de aminoácidos de SEQ ID N°: 561-780, respectivamente.

Fig. 11: Diagrama esquemático da organização do genoma 20 de F387/08, compreendendo a sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 781. As grelhas de leitura aberta ("ORF") previstas no genoma de aproximadamente 167 kb são representadas por setas e numeradas a preto. O sentido de uma seta indica o sentido da transcrição. Código de cor: 25 Preto - ORF para cujos produtos pôde ser feita uma atribuição funcional baseada em funções conhecidas de proteinas homólogas; Cinzento - ORF que codificam produtos que são semelhantes a proteinas de função desconhecida; Branco - ORF que codificam proteinas que não partilham 30 homologia significativa com proteinas disponíveis em bases de dados. As ORF com atribuição funcional estão também listadas na figura. A informação na figura é também incluida na forma de tabela na FIG. 12.

FIGS. 12A-12AZ: Características do genoma do 5 bacteriófago F387/08, incluindo produtos génicos e atribuição de funções putativas. A figura inclui uma lista das ORF do genoma e proporciona para cada ORF (i) a sua posição dentro do genoma, (ii) a sequência de aminoácidos codificada, (iii) uma lista de proteinas homólogas e de 10 dominios conservados dentro do seu polipeptideo codificado e (iv) uma atribuição da função putativa. As ORF 1-292 listadas na FIG. 12 codificam as sequências de aminoácidos de SEQ ID N°: 782-1073, respectivamente.

FIGS. 13A-13B: Diagrama esquemático da organização do 15 genoma de F125/10, compreendendo a sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 1074. As grelhas de leitura aberta ("ORF") previstas no genoma de aproximadamente 145 kb são representadas por setas e numeradas a preto. O sentido de uma seta indica o sentido da transcrição. Código de cor: 20 Preto - ORF para cujos produtos pôde ser feita uma atribuição funcional baseada em funções conhecidas de proteinas homólogas; Cinzento - ORF que codificam produtos que são semelhantes a proteinas de função desconhecida; Branco - ORF que codificam proteinas que não partilham 25 homologia significativa com proteinas disponiveis em bases de dados. As ORF com atribuição funcional estão também listadas na figura. A informação na figura é também incluida na forma de tabela nas FIGS. 14A-14ZZZ.

FIGS. 14A-14ZZZ: Características do genoma do bacteriófago F125/10, incluindo produtos génicos e atribuição de funções putativas. A figura inclui uma lista das ORF do genoma e proporciona para cada ORF (i) a sua posição dentro do genoma, (ii) a sequência de aminoácidos codificada, (iii) uma lista de proteinas homólogas e de 5 dominios conservados dentro do seu polipeptideo codificado e (iv) uma atribuição da função putativa. As ORF lb-221, la listadas nesta figura codificam as sequências de aminoácidos de SEQ ID N°: 1075-1300, respectivamente, incluindo 36a e 36b, 68a e 68b, e 153a e 153b.

FIGS. 15A-15III: A sequência nucleotidica do genoma do bacteriófago F391/08 (SEQ ID N°: 1) .

FIGS. 16A-16Q: A sequência nucleotidica do genoma do bacteriófago F394/08 (SEQ ID N° : 2).

FIGS. 17A-17KKKK: A sequência nucleotidica do genoma 15 do bacteriófago F488/08 (SEQ ID N°: 3).

FIGS. 18A-18X: A sequência nucleotidica do genoma do bacteriófago F510/08 (SEQ ID N°: 4).

TIGS. 19A-T9UUUT A sequência nucleotidica do genoma do bacteriófago F44/10 (SEQ ID N°: 560).

FIGS. 20A-20KKKK: A sequência nucleotidica do genoma do bacteriófago F387/08 (SEQ ID N°: 781).

FIGS. 21A-21ZZZ: A sequência nucleotidica do genoma do bacteriófago F125/10 (SEQ ID N°: 1074).

6.1 DESCRIÇÃO DETALHADA

A presente invenção é dirigida a bacteriófagos isolados, e aos seus produtos polipeptidicos isolados, que têm atividade antibacteriana contra uma ou mais espécies ou estirpes, dos patogêneos nosocomiais -Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, Pseudomonas 30 aeruginosa e S. aureus. Numa forma de realização, são proporcionados bacteriófagos ou polipeptideos isolados que apresentam atividade antimicrobiana e/ou antibacteriana contra estirpes resistentes a meticilina de S. aureus (MRSA). Além disso, o bacteriófago e polipeptideos da 5 invenção podem apresentar atividade antibacteriana ou antimicrobiana contra uma ou mais espécies ou estirpes de bactérias patogênicas incluindo, mas não limitadas a, S. epidermidis, S. auricularis, S. capitis, S. haemolyticus, S. hominis, S. saprophyticus, S. simulans, S. xylosis, Micrococcus luteus, Bacilus subtilis, B. pumilus, E. hirae e E. avium.

Nalgumas formas de realização, a invenção proporciona um bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 1.

Um exemplo especifico, de acordo com esta forma de realização, é o bacteriófago F391/08 isolado, que se direciona a uma variedade de estirpes de espécies de Klebsiella, incluindo K. pneumoniae e K. oxytoca. Uma organização esquemática do genoma de F391/08, compreendendo a sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 1, é proporcionada na FIG. 1. As grelhas de leitura aberta (ORF) no genoma F391/08 são proporcionadas na FIG 2. São também proporcionadas as posições da ORF dentro do genoma, as sequências de aminoácidos codificadas pelas ORF, proteinas 25 homólogas ou semelhantes e dominios conservados dentro do polipeptideo codificado, e a atribuição de funções putativas. As ORF 1-172 listadas na FIG. 2 codificam as sequências de aminoácidos de SEQ ID N°: 5-176, respectivamente.

Nalgumas formas de realização, a invenção proporciona um bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 781. Um exemplo especifico, de acordo com esta forma de realização, é o bacteriófago F387/08 isolado, que 5 se direciona a uma variedade de estirpes de espécies de Klebsiella, incluindo K. pneumoniae e K. oxytoca. Uma organização esquemática do genoma de F387/08, compreendendo a sequên-c±a dê áciclõ nucleico de SEQ ID N° : 781, é proporcionada na FIG. 11. As grelhas de leitura aberta 10 (ORF) no genoma F387/08 são proporcionadas na FIG 12. São também proporcionadas as posições da ORF dentro do genoma, as sequências de aminoácidos codificadas pelas ORF, proteinas homólogas ou semelhantes e dominios conservados dentro do polipeptideo codificado, e a atribuição de 15 funções putativas. As ORF 1-292 listadas na FIG. 12 codificam as sequências de aminoácidos de SEQ ID N°: 782- 1073, respectivamente.

A Klebsiella pneumoniae é uma bactéria Gram-nagativa, sem mobilidade, em forma de bastonete, encontrada na flora 20 normal da boca, pele e intestinos. Como um anaeróbio facultativo, encapsulado, a bactéria também ocorre naturalmente no solo e cerca de 30% das estirpes podem fixar azoto em condições anaeróbias. Clinicamente, é o membro mais importante do género Klebsiella de 25 Enterobacteriaceae e está também intimamente relacionado com K. oxytoca. As infecções por Klebsiella tendem a ocorrer em pessoas com um sistema imune enfraquecido devido a dieta imprópria, e. g., em alcoólicos e diabéticos. A Klebsiella é também um patogêneo oportunista para doentes 30 com doença pulmonar crónica, patogenicidade entérica, atrofia da mucosa nasal e rinoscleroma. Estão a surgir novas estirpes resistentes a antibióticos de K. pneumoniae e é crescentemente encontrada como uma infecção nosocomial, por exemplo, devido ao contacto com instrumentos contaminados.

Nalgumas formas de realização, a invenção proporciona um bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou Consistindo da sequencia de áciclo nucleico de^SE’Q-I'D-N'O-?~2T Um exemplo especifico, de acordo com esta forma de 10 realização, é o bacteriófago F394/08 isolado, que se direciona a uma variedade de estirpes de espécies de Acinetobacter, incluindo A. baumanni, A. calcoaceticus e A. iwoffi. Uma organização esquemática do genoma de F394/08, compreendendo a sequência de ácido nucleico de 15 SEQ ID N°: 2, é proporcionada na FIG. 3. As grelhas de leitura aberta (ORF) no genoma F394/08 são proporcionadas na FIG 4 . São também proporcionadas as posições da ORF dentro do genoma, - as sequências de aminoácidos codificadas pelas ORF, proteinas homólogas ou semelhantes e dominios 20 conservados dentro do polipeptideo codificado, e a atribuição de funções putativas. As ORF 1-47 listadas na FIG. 4 codificam as sequências de aminoácidos de SEQ ID N°: 177-223, respectivamente.

O Acinetobacter baumannii é uma espécie de bactéria 25 que provoca uma variedade de infecções clinicas graves, particularmente em indivíduos com sistemas imunes comprometidos. O A. baumannii é um bacilo Gram-nagativo aeróbio pleomórfico que é geralmente isolado a partir do ambiente hospitalar e de doentes hospitalizados. A bactéria entra frequentemente nas feridas abertas do corpo, cateteres ou tubos de respiração. 0 A. baumannii geralmente coloniza ambientes aquáticos e é frequentemente cultivado a partir de expectoração ou secreções respiratórias, feridas e urina de doentes hospitalizados. Num ambiente hospitalar, 5 o A. baumannii coloniza geralmente soluções de irrigação e soluções intravenosas. É também conhecido por ser resistente a múltiplos antibióticos e o número de infecções hosocomfãis causadas põr 'AE~baumanni aumentou nos úTtTmõs' anos.

Nalgumas formas de realização, a invenção proporciona um bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 3. Um exemplo especifico, de acordo com esta forma de realização, é o bacteriófago F488/08 isolado, que se 15 direciona a uma variedade de estirpes de espécies de Escherichia, incluindo E. coli. Uma organização esquemática do genoma de F488/08, compreendendo a sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 3, é proporcionada na FIG. 5. As grelhas de leitura aberta (ORF) no genoma F488/08 são proporcionadas na FIG 6. São também proporcionadas as posições da ORF dentro do genoma, as sequências de aminoácidos codificadas pelas ORF, proteinas homólogas ou semelhantes e dominios conservados dentro do polipeptideo codificado, e a atribuição de funções putativas. As ORF 1- 283 listadas na FIG. 6 codificam as sequências de aminoácidos de SEQ ID N°: 224-506, respectivamente.

A Escherichia coli é uma bactéria Gram-negativa em forma de bastonete que é geralmente encontrada no intestino grosso de mamíferos, sendo o principal anaeróbio 30 facultativo do trato gastrointestinal humano. A maioria das estirpes de E. coli são inofensivas e podem formar parte da flora normal do intestino, onde podem beneficiar os seus hospedeiros, e. g. , produzindo vitamina K2 e/ou prevenindo o estabelecimento de bactérias patogênicas nos intestinos.

Contudo, determinadas estirpes virulentas de E. coli podem causar intoxicação alimentar, manifestando-se tipicamente como uma crise de diarreia. As estirpes mais virulentas, tãl como 0TS7: H7/. podem causar doença grave e mesmo morte em pessoas idosas, bebés ou imunocomprometidos. Estirpes, 10 tal como 0157 :H7, assim como 0121 e 0104 :H21, produzem toxinas potencialmente letais. As estirpes virulentas de E. coli podem também causar gastroenterite, infecções do trato urinário e meningite neonatal, assim como, em casos mais raros, sindrome hemolitica-urémica (HUS), peritonite, 15 mastite, septicemia e pneumonia Gram-nagativa. Além disso, se as bactérias E. coli escaparem do trato intestinal através de uma perfuração (por exemplo, a partir de um apêndice perfurado, úlcera ou um erro cirúrgico) e entrarem no abdómen, estas causam geralmente peritonite gue pode ser 20 fatal na ausência de tratamento imediato. As E. coli associadas à mucosa intestinal são também observadas em números crescentes nas doenças inflamatórias intestinais, doença de Crohn e colite ulcerosa.

Os antibióticos que podem ser utilizados para tratar 25 infecção por E. coli incluem a amoxicilina, assim como outras penicilinas semi-sintéticas, muitas cefalosporinas, carbapenemos, aztreonam, trimetoprim-sulfametoxazole, ciprofloxacina, nitrofurantoina e aminoglicósidos. Não obstante, como organismos Gram-nagativos, as E. coli são 30 resistentes a muitos antibióticos que são eficazes contra organismos Gram-positivos e sendo a resistência a antibióticos um problema crescente. A resistência aos antibióticos beta-lactamas, por exemplo, transformou-se num problema particular nas últimas décadas, uma vez que se 5 tornam mais comuns estirpes de bactérias que produzem beta- lactamases de largo espectro. Estas enzimas beta-lactamases podem tornar ineficazes muitas, se não todas, as pêrTiciTinas ê7õu cefalosporinas. As estirpes de E. coli produtoras de beta-lactamases de largo espectro, que são 10 resistentes a uma gama de antibióticos, resultam em infecções que são particularmente dificeis de tratar.

Nalgumas formas de realização, a invenção proporciona um bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico de SEQ ID N° : 4.

Um exemplo especifico, de acordo com esta forma de realização, é o bacteriófago F510/08 isolado, que se direciona a uma variedade de estirpes de espécies de Pseudomonas, incluindo P. aeruginosa. Uma organização esquemática do genoma de F510/08, compreendendo a sequência 20 de ácido nucleico de SEQ ID N°: 4, é proporcionada na FIG. 7. As grelhas de leitura aberta (ORF) no genoma F510/08 são proporcionadas na FIG 8. São também proporcionadas as posições da ORF dentro do genoma, as sequências de aminoácidos codificadas pelas ORF, proteinas homólogas ou 25 semelhantes e dominios conservados dentro do polipeptideo codificado, e a atribuição de funções putativas. As ORF 1- 53 listadas na FIG. 8 codificam as sequências de aminoácidos de SEQ ID N°: 507-559, respectivamente.

A Pseudomonas aeruginosa é uma bactéria Gram-nagativa 30 comum em forma de bastonete encontrada no solo, água, flora da pele e na maioria dos ambientes criados pelo homem. Prospera não apenas em atmosferas normais, mas também com pouco oxigénio como um anaeróbio facultativo, e pode infectar tecidos danificados ou indivíduos 5 immunocomprometidos. Quando tais colonizações ocorrem em órgãos críticos do corpo, tais como pulmões, trato urinário e rins, o resultado pode ser fatal. Uma vez que prospera em superficies, esta bactéria é também encontrada sobre e dentro de equipamento médico, incluindo cateteres, causando 10 infecções cruzadas em hospitais e clinicas. A P. aeruginosa é um dos patogêneos nosocomiais oportunistas mais relevantes e foi estimado que uma em dez infecções adquiridas em hospitais é partir de Pseudomonas. A P. aeruginosa é também a causa mais comum de infecções de 15 lesões por queimadura e o colonizador mais frequente de dispositivos médicos, tal como cateteres.

Nalgumas formas de realização, a invenção proporciona um bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico de 20 SEQ ID N° : 560. Um exemplo especifico, de acordo com esta forma de realização, é o bacteriófa go F44/10 isolado, que se direciona a uma variedade de estirpes de espécies de Staphylococcus, incluindo S. aureus. Uma organização esquemática do genoma de F44/10, compreendendo a sequência 25 de ácido nucleico de SEQ ID N° : 560, é proporcionada na FIG. 9. As grelhas de leitura aberta (ORF) no genoma F44/10 são proporcionadas na FIG 10. São também proporcionadas as posições da ORF dentro do genoma, as sequências de aminoácidos codificadas pelas ORF, proteinas homólogas ou 30 semelhantes e dominios conservados dentro do polipeptideo codificado, e a atribuição de funções putativas. As ORF 1- 216, incluindo la, 1b, 82a, 82b, 82c, 114a e 114b, listadas na FIG. 10, codificam as sequências de aminoácidos de SEQ ID N°: 561-780, como indicado na Figura.

Nalgumas formas de realização, a invenção proporciona um bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico de SEQ-I'D—N0-: rOVlT” Um exemplo especifico, de acordo com esta forma de realização, é o bacteriófago F125/10 isolado, que 10 se direciona a uma variedade de estirpes de espécies de Staphylococcus, incluindo S. aureus. Uma organização esquemática do genoma de F125/10, compreendendo a sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 1074, é proporcionada na FIG. 13. As grelhas de leitura aberta (ORF) no genoma 15 F125/10 são proporcionadas na FIG 14. São também proporcionadas as posições da ORF dentro do genoma, as sequências de aminoácidos codificadas pelas ORF, proteínas homólogas ou semelhantes e dominios conservados dentro do polipeptideo codificado, e a atribuição de funções putativas. As ORF 1-221, incluindo la, lb, 36a, 36b, 68a, 68b, 153a e 153b, listadas na FIG. 14, codificam as sequências de aminoácidos de SEQ ID N°: 1075-1300, como indicado na Figura.

O Staphylococcus aureus é um anaeróbio facultativo 25 Gram-positivo, esférico, que cresce como aglomerados de tipo cacho de uva, com uma cor dourada característica, e é a causa mais comum de infecções estafilocócicas. É frequentemente parte da flora da pele humana e responsável por uma gama de infecções, incluindo borbulhas, carbúnculos, sindrome de pele escaldada, pneumonia, gastroenterite, meningite, osteomielite, endocardite, sindrome de choque tóxico, bacteremia e sepsia. Permanece uma das cinco causas mais comuns de infecções nosocomiais, provocando frequentemente infecções pós-operatórias de feridas. Foi estimado que cerca de 50000 doentes em hospitais Americanos contraem uma infecção estafilocócica. De particular preocupação são as estirpes de Staphylococcus a-ureus~~res~isCên^es "ã lheticilina (MRSA) . As MRSA permaneciam uma ocorrência rara no ambiente hospitalar até à década de 1990, quando ocorreu uma explosão na prevalência de MRSA nos hospitais, onde é agora considerada endémica, especialmente no Reino Unido. Johnson A.P., et al., J. Antimicrobial Chemotherapy, 48(1): 143-144 (2001). 0 S. aureus provou ser uma bactéria muito resiliente e foi mostrado num estudo que poderia sobreviver em poliéster durante quase três meses, sendo o poliéster o principal material utilizado em cortinas de privacidade hospitalar. Neely, A.N., et al., J. Clin. Microbiol., 38(2): 724-726 (2000).

Os seguintes organismos foram depositados em 16 de Setembro de 20011, na NCIMB Limited, localizada no Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen, AB21 9YA, Escócia, Reino Unido, sob as disposições do Tratado de Budapeste para o Reconhecimento Internacional do Depósito de Microrganismos para Efeitos de Procedimento em Matéria de Patentes ("Tratado de Budapeste") e a NCIMB atribuiu os números de acesso NCIMB correspondentes como se segue: estirpe hospedeira de Pseudomonas aeruginosa 433/07 B2, NCIMB 41861; estirpe hospedeira de Staphylococcus aureus 743/06 Bl, NCIMB 41862; estirpe hospedeira de Acinetobacter baumannii 1305/05 B3, NCIMB 41863; fago de Pseudomonas aeruginosa F770/05, NCIMB 41864; fago de Acinetobacter baumannii F1245/05, NCIMB 41865; fago de Staphylococcus aureus F125/10, NCIMB 41866; fago de Staphylococcus aureus 5 F44/10, NCIMB 41867; e fago de Pseudomonas aeruginosa F510/08, NCIMB 41868, todos os quais são aqui incorporados por referência. Em determinadas formas de realização, o bacteriófago da invenção compreende ou consiste de um genoma que tem uma 10 identidade da sequência de, pelo menos, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% ou de, pelo menos, 99% com a sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 1, SEQ ID N° : 2, SEQ ID N° : 3, SEQ ID N°: 4, SEQ ID N°: 560, SEQ ID N° : 781 ou SEQ ID N°: 1074, cujo bacteriófago apresenta, pelo menos, 15 uma atividade biológica, e. g., atividade antimicrobiana ou antibacteriana (e. g., atividade de morte litica), de um ou mais dos bacteriófagos F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F387/08, FF44/10 e F125/10. Alternativamente ou além disso, o bacteriófago da invenção pode ter um genoma compreendendo 20 um fragmento funcional da sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 1, SEQ ID N° : 2, SEQ ID N°: 3, SEQ ID N°: 4, SEQ ID N°: 560, SEQ ID N°: 781 ou SEQ ID N°: 1074, incluindo as sequências de qualquer das grelhas de leitura aberto descritas nas FIGS. 2, 4, 6, 8, 10, 12 e/ou 14. 25 A invenção também proporciona bactérias isoladas infectadas com um ou mais bacteriófagos da invenção. Em determinadas formas de realização, a invenção proporciona K, pneumoniae isolada infectada com um bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de 30 ácido nucleico de SEQ ID N°: 1 e/ou SEQ ID N°: 781. Em determinadas formas de realização, a invenção proporciona A. baumannii isolado infectado com um bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico de SEQ IDN°: 2. Em determinadas formas de 5 realização, a invenção proporciona E. coli isolada infectada com um bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 3. Em determinadas formas de realização, a invenção proporciona P. aeruginosa isolada infectada a com 10 um _ bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico de SEQ ID N° : 4 . Em determinadas formas de realização, a invenção proporciona S. aureus isolado infectado com um bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência 15 de ácido nucleico de SEQ ID N° : 560 e/ou SEQ ID N°: 1074.

A invenção proporciona métodos de produção e isolamento de um bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 1, SEQ ID N°: 2, SEQ ID N°: 3, SEQ ID N°: 4, SEQ ID N°: 560, SEQ ID N° : 781 ou SEQ ID N° : 1074. Em determinadas formas de realização, a invenção proporciona um método de produção e/ou isolamento de um bacteriófago que tem um genoma que compreende ou consiste da sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 1 e/ou SEQ ID N°: 781, 25 compreendendo (i) obter uma cultura de K. pneumoniae, (ii) infectá-la com o bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 1 e/ou SEQ ID N° : 781; (iii) cultivar até ser observada lise significativa da cultura; e (iv) isolar da 30 cultura o bacteriófago. Noutras formas de realização, a invenção proporciona um método de produção e/ou isolamento de um bacteriófago que tem um genoma que compreende ou consiste da sequência de ácido nucleico de SEQ ID N° : 2, compreendendo (i) obter uma cultura de A. baumannii, (ii) 5 infectá-la com o bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 2; (iii) cultivar até ser observada lise significativa da cultura; e (iv) isolar da cultura o bacteriófago. Ainda noutras formas de realização, a 10 invenção proporciona um método de produção e/ou isolamento de um bacteriófago que tem um genoma que compreende ou consiste da sequência de ácido nucleico de SEQ ID N° : 3, compreendendo (i) obter uma cultura de E. coli, (ii) infectá-la com o bacteriófago que tem um genoma 15 compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico de SEQ ID N° : 3; (iii) cultivar até ser observada lise significativa da cultura; e (iv) isolar da cultura o bacteriófago. Contudo, ainda em outras formas de realização, a invenção proporciona um método de produção 20 e/ou isolamento de um bacteriófago que tem um genoma que compreende ou consiste da sequência de ácido nucleico de SEQ ID N° : 4, compreendendo (i) obter uma cultura de P. aeruginosa, (ii) infectá-la com o bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de 25 ácido nucleico de SEQ ID N°: 4; (iii) cultivar até ser observada lise significativa da cultura; e (iv) isolar da cultura o bacteriófago. Contudo, ainda em formas de realização adicionais, a invenção proporciona um método de produção e/ou isolamento 30 de um bacteriófago que tem um genoma que compreende ou consiste da sequência de ácido nucleico de SEQ ID N° : 560 e/ou SEQ ID N° : 1074, compreendendo (i) obter uma cultura de S. aureus, (ii) infectá-la com o bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 560 e/ou SEQ ID N°: 1074; (iii) cultivar até ser observada lise significativa da cultura; e (iv) isolar da cultura o bacteriófago.

O bacteriófago pode ser isolado a partir de uma amostra bacteriana utilizando qualquer método aqui descrito ou conhecido na técnica (ver, e. g. , Carlson, "Working with bacteriophage: common techniques and methodological approaches", Em Kutter e Sulakvelidze (Eds) Bacteriophage: Biology and Applications, 5a ed. CRC Press (2005); aqui incorporado por referência na sua totalidade).

A invenção também proporciona polipeptideos isolados a partir do bacteriófago da invenção. Os polipeptideos isolados podem ser proteinas bacteriófagas de tamanho total ou podem ser fragmentos, variantes ou derivados das proteinas bacteriófagas desde que o fragmento, variante ou derivado apresente, pelo menos, uma atividade biológica associada ao bacteriófago ou polipeptideo do qual é derivado. Em determinadas formas de realização, os polipeptideos da invenção são isolados do bacteriófago F387/08 ou F391/08 (que infectam tipicamente K. pneumoniae), F394/08 (que infecta tipicamente A. baumannii), bacteriófago F488/08 (que infecta tipicamente E. coli), bacteriófago F510/08 (que infecta tipicamente P. aeruginosa) ou bacteriófago F44/10 ou F125/40 (que infectam tipicamente S. aureus).

Em formas de realização especificas, o polipeptideo da invenção é uma lisina isolada a partir de um bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo de SEQ ID N° : 1, SEQ ID N°: 2, SEQ ID N°: 3, SEQ ID N°: 4, SEQ ID N° : 560, SEQ IE ) N°: 781 ou SEQ ID N°: 1074 (e. g. , bacteriófago F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10, F387/08 ou F125/10, respectivamente). Em formas de realização especificas, o polipeptideo da invenção é uma Tfisina, õ~. g~T, uma endolisina ou lisina da cauda, que tem a sequência de aminoácidos compreendendo ou consistindo de SEQ ID N°: 20, SEQ ID N°: 80, SEQ ID N°: 192, SEQ ID N°: 282, SEQ ID N°: 547, SEQ ID N°: 556, SEQ ID N°: 557, SEQ ID N°: 598, SEQ ID N°: 1216 ou SEQ ID N°: 1261. As funções previstas das referidas lisinas incluem, por exemplo uma proteina viriónica de tipo Ig (SEQ ID N°: 20), hidrolase da parede celular (SEQ ID N° : 80), endolisina; N-acetilmuramoil-L-alanina amidase (SEQ ID N° : 192), lisozima solúvel (SEQ ID N° : 282), lisozima de tipo T4 (SEQ ID N° : 547)/ endolisina (SEQ ID N°: 556), proteina de tipo Rzl lambda (SEQ ID N°: 557), endolisina (SEQ ID N°: 598), endolisina (SEQ ID N° : 1216) e lisina da cauda (SEQ ID N° : 1261).

Noutras formas de realização, o polipeptideo isolado da invenção é um fragmento, variante ou derivado de uma endolisina ou lisina isolada a partir de um bacteriófago da invenção, cujo fragmento, variante ou derivado apresenta, pelo menos, uma atividade biológica, de um modo preferido, atividade antibacteriana (e. g. , atividade de morte litica), da endolisina, lisina ou bacteriófago da qual foi isolado ou derivado. Desta forma, em determinadas formas de realização, a invenção proporciona polipeptideos isolados que são fragmentos, variantes ou derivados de endolisinas ou lisinas isoladas a partir de bacteriófagos da invenção, cujos fragmentos, variantes ou derivados apresentam atividade antibacteriana ou antimicrobiana (e. g. , 5 atividade de morte litica) contra uma ou mais de K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa ou S. aureus. Noutras formas de realização, os polipeptideos isolados são fragmentos, variantes ou derivados de endolisinas ou lisinas isoladas a partir de bacteriófagos 10 da invenção que apresentam atividade antibacteriana ou antimicrobiana (e. g. , atividade de morte litica) contra uma ou mais espécies de bactérias à exceção de K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa ou S. aureus. Em determinadas formas de realização, o polipeptideo da invenção compreende ' ou consiste da sequência de aminoácidos SEQ ID N°: 20 e/ou SEQ ID N°: 80, ou um seu fragmento, variante ou derivado, cujo polipeptideo apresenta atividade antibacteriana ou antimicrobiana contra uma ou mais estirpes de 20 K. pneumoniae, e. g., contra o bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N° : 1. Noutras formas de realização, o polipeptideo da invenção compreende ou consiste da sequência de aminoácidos SEQ ID N°: 192, ou um seu 25 fragmento, variante ou derivado, cujo polipeptideo apresenta atividade antibacteriana ou antimicrobiana contra uma ou mais estirpes de A. baumannii, e. g., contra o bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 2. Contudo, ainda 30 noutras formas de realização, o polipeptideo da invenção compreende ou consiste da sequência de aminoácidos SEQ ID N°: 282, ou um seu fragmento, variante ou derivado, cujo polipeptideo apresenta atividade antibacteriana ou antimicrobiana contra uma ou mais estirpes de E. coli, 5 e. g., contra o bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N° : 3. Contudo, ainda noutras formas de realização, ©—po-l-i-pept-rdeu da- invenção compreende ou consiste da sequência de aminoácidos SEQ ID N°: 547, SEQ ID N°: 556, 10 SEQ ID N°: 557, ou um seu fragmento, variante ou derivado, cujo polipeptideo apresenta atividade antibacteriana ou antimicrobiana contra uma ou mais estirpes de P. aeruginosa, e. g., contra o bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido 15 nucleico SEQ ID N° : 4 . Contudo, ainda noutras formas de realização adicionais, o polipeptideo da invenção compreende ou consiste da sequência de aminoácidos SEQ ID N°: 598, ou um seu fragmento, variante ou derivado, cujo polipeptideo apresenta atividade antibacteriana ou 20 antimicrobiana contra uma ou mais estirpes de S. aureus, e. g., contra o bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 560. Contudo, ainda noutras formas de realização adicionais, o polipeptideo da invenção compreende ou 25 consiste da sequência de aminoácidos SEQ ID N° : 1216 e/ou SEQ ID N°: 1261, ou um seu fragmento, variante ou derivado, cujo polipeptideo apresenta atividade antibacteriana ou antimicrobiana contra uma ou mais estirpes de S. aureus, e. g., contra o bacteriófago que tem um genoma 30 compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 1074.

Em determinadas formas de realização, o polipeptideo da invenção compreende ou consiste de um dominio CHAP isolado a partir de uma endolisina ou lisina do 5 bacteriófago F387/08, F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10 ou F125/10. Foi demonstrado que os dominios CHAP isolados retêm a atividade antibacteriana, e. g. , atividade dê morte litica, da endolisina ou lisina da qual são derivados; Os dominios CHAP podem identificados e isolados 10 por métodos de rotina na técnica (ver, e. g. , Rigden et al., 2003, Trends Biochem. Sei. 28:230-234; Bateman et al., 2003, Trends Biochem. Sei. 28:234-237, cada um dos quais é aqui incorporado por referência na sua totalidade). Em formas de realização especificas, o polipeptideo da 15 invenção compreende ou consiste de um dominio CHAP isolado a partir de um polipeptideo que tem uma sequência de aminoácidos de SEQ ID N°: 20, SEQ ID N°: 80, SEQ ID N° : 192, - SEQ ID N° : 282, SEQ ID N° : 547, SEQ ID N° : 556, SEQ ID N° : 557, SEQ ID N° : 598, SEQ ID N° : 1216 ou SEQ ID N° : 1261 . Noutras formas de realização, a invenção proporciona um fragmento, variante ou derivado de um dominio CHAP isolado a partir de uma endolisina ou lisina do bacteriófago F387/08, F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10, F125/10, cujo fragmento, 25 variante ou derivado apresenta, pelo menos, uma atividade biológica, e. g., morte celular litica, do dominio CHAP do qual foi derivado.

Em determinadas formas de realização, um polipeptideo da invenção compreende ou consiste de uma proteina da cauda 30 (e. g. , componente da cauda, proteina da fibra da cauda, proteina da cauda associada à adsorção, proteina de medida da fita do comprimento da cauda, subunidade da cunha da placa de base), ou seu fragmento, variante ou derivado, isolada a partir de um bacteriófago que tem um genoma 5 compreendendo ou consistindo de SEQ ID N°: 1, SEQ ID N°: 2, SEQ ID N°: 3, SEQ ID N°: 4, SEQ ID N°: 560, SEQ ID N°: 781 ou SEQ ID N°: 1074 (e. g. , bacteriófago F391/08, F394/08, F-4'8'87'OH; F510/08, F4471’0", F387/Õ8 ou F125/10, respectivamente) , em que a proteina da cauda, ou o seu 10 fragmento, variante ou derivado, tem uma função biológica associada ao bacteriófago a partir do qual é derivado, e. g., atividade antimicrobiana ou antibacteriana (e. g., atividade de morte litica). Em formas de realização especificas, a atividade antimicrobiana ou antibacteriana 15 da proteina da cauda é dirigida contra, pelo menos, uma ou mais espécies ou estirpes de K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa e S. aureus. Em formas de realização especificas, o polipeptideo da invenção é uma proteina da cauda que tem a sequência de aminoácidos compreendendo ou 20 consistindo de SEQ ID N°: 15, SEQ ID N°: 26, SEQ ID N°: 27, SEQ ID N°: 30, SEQ ID N°: 32-35, SEQ ID N°: 180, SEQ ID N°: 183, SEQ ID N°: 185, SEQ ID N°: 190, SEQ ID N°: 231, SEQ ID N°: 232, SEQ ID N°: 235, SEQ ID N°: 239-245, SEQ ID N°: 248, SEQ ID N°: 249, 25 SEQ ID N°: 252, SEQ ID N°: 254, SEQ ID N°: 433-437, SEQ ID N°: 489-496, SEQ ID N°: 544, SEQ ID N°: 545, SEQ ID N°: 549, SEQ ID N°: 551, SEQ ID N°: 629; SEQ ID N°: 686, SEQ ID N°: 789, SEQ ID N°: 796-800, SEQ ID N°: 806, SEQ ID N°: 854, SEQ ID N°: 999-1004, 30 SEQ ID N°: 1053-1060, SEQ ID N°: 1077, SEQ ID N°: 1217, SEQ ID N° : 1250 ou SEQ ID N°: 1266. Noutras formas de realização, o polipeptideo isolado da invenção é um fragmento, v.ari ante ou derivado da sequência de aminoácidos de SEQ ID N °: 15, SEQ ID N°: 26, SEQ ID N°: 27, SEQ ID N° : 30, SEQ ID N°: 32-35, SEQ ID N°: 180, SEQ ID N° : 183, SEQ ID N°: 185, SEQ ID N°: 190, SEQ ID N° : 231, SEQ ID N°: 232, SEQ ID N°: 235, SEQ ID N° : 239- 245, SEQ ID N°: 248, SEQ ID N°: 249, SEQ ID N° : 252, SEQ ID N°: 254, SEQ ID N °: 433-437, SEQ ID N° : 489- 496, SEQ ID N°: 544, SEQ ID N°: 545, SEQ ID N° : 549, SEQ ID N°: 551, SEQ ID N°: 629; SEQ ID N° : 686, SEQ ID N°: 789, SEQ ID N °: 796-800, SEQ ID N° : 806, SEQ ID N°: 854, SEQ ID N° : 999-1004, SEQ ID N° : 1053 -1060, SEQ ID N°: 1077, SEQ ID N°: 1217, SEQ ID N° : 1250 ou SEQ ID N°: 1266, cujo fragmento, variante ou derivado apresenta, pelo menos, uma atividade ou função biológica do bacteriófago a partir do qual foi isolado ou derivado, e. g. , atividade antimicrobiana ou antibacteriana (e. g., atividade de morte litica). Em formas de realização preferidas, a, pelo menos uma, atividade ou função biológica do fragmento, variante ou derivado é dirigida contra uma ou mais estirpes de K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa e S. aureus.

As funções previstas das referidas proteinas da cauda incluem, por exemplo, uma proteina da cauda de ligação a receptor (SEQ ID N°: 15), proteina principal da cauda (SEQ ID N°: 26), proteina menor da cauda (SEQ ID N°: 27), proteina da ponta da cauda de formação de poro (SEQ ID N°: 30), proteina da cauda (SEQ ID N° : 32-33), proteína menor da cauda (SEQ ID N° : 34), proteina da cauda do fago (SEQ ID N°: 35), proteina da bainha da cauda (SEQ ID N°: 180), proteína de medida da fita cauda (SEQ ID N°: 183), proteína da cauda (SEQ ID N°: 185), proteína da fibra da cauda (SEQ ID N° : 190), proteína do tubo da cauda (SEQ ID N°: 231), monómero da bainha da cauda (SEQ ID N°: 232), proteína de acabamento e estabilizadora -da~~bainha da cauda (SEQ ID N° : 235), fibras curtas da cauda (SEQ ID N° : 239) , pino da cauda de acabamento da cunha da placa de base (SEQ ID N° : 240-241), encaixe da fibra da cauda de acabamento da cunha da placa de base (SEQ ID N°: 242), subunidade da cunha da placa de base (SEQ ID N°: 243), iniciador da cunha da placa de base (SEQ ID N° : 244), cunha da placa de base (SEQ ID N° : 245), subunidade central da placa de base e lisozima da cauda, dispositivo de perfuração celular (SEQ ID N° : 248), acabamento da cunha da placa de base (SEQ ID N° : 249), proteína estabilizadora da bainha e acabamento da cauda (SEQ ID N°: 252), conjunto chaperone da fibra longa e curta da cauda (SEQ ID N°: 254), proteína da fibra da cauda (SEQ ID N°: 433), proteína da fibra da cauda (SEQ ID N°: 434), fibra longa da cauda do ligador da charneira (SEQ ID N° : 435), charneira da fibra da cauda (SEQ ID N°: 436), subunidade proximal da fibra da cauda (SEQ ID N°: 437), iniciador do tubo da cauda-placa de base (SEQ ID N°: 489), placa de base (SEQ ID N°: 490), subunidade central da placa de base, determinador do comprimento da cauda (SEQ ID N° : 491) , subunidade central distai da placa de base (SEQ ID N° : 492), subunidade central da placa de base (SEQ ID N°: 493), catalisador do conj unto central da placa de base (SEQ ID N° : 494) , subunidade central da' placa de base (SEQ ID N° : 495) , subunidade da cunha da placa de base (SEQ ID N° : 496) , proteina tubular da cauda (SEQ ID N°: 544-545), proteina da 5 fibra da cauda (SEQ ID N°: 549 e SEQ ID N°: 551), proteina principal da bainha da cauda (SEQ ID N°: 629); proteina principal da cauda (SEQ ID N°: 686); proteina do tubo da caudã^'’(’SEQ~I lTTrol^789); fibrZtirTa (SEQ ID N° : 796); fibras curtas da cauda (SEQ ID N° : 797); pino da cauda de 10 acabamento da cunha da placa de base (SEQ ID N°: 798); pino da cauda e subunidade da cunha da placa de base (SEQ ID N° : 799); ligador da fibra da cauda da cunha da placa de base (SEQ ID N°: 800); subunidade central da placa de base e lisozima (SEQ ID N°: 806); lisozima (SEQ ID N°: 854); holina (SEQ ID N° : 999); catalisador do conjunto distai da fibra longa da cauda (SEQ ID N° : 1000); Proteina em forma de L da fibra da cauda (SEQ ID N°: 1001); ligador da■charneira do ligador distai da fibra longa da cauda (SEQ ID N° : 1002); ligador da charneira do ligador 20 proximal da fibra longa da cauda (SEQ ID N° : 1003); subunidade proximal da fibra longa da cauda (SEQ ID N°: 1004); iniciador do tubo da cauda da placa de base (SEQ ID N°: 1053); tampa do tubo da cauda da placa de base (SEQ ID N°: 1054); subunidade central da placa de 25 base, determinador do comprimento da cauda (SEQ ID N°: 1055); subunidade central distai da placa de base (SEQ ID N°: 1056); subunidade central da placa de base (SEQ ID N° : 1057 e 1059); catalisador do conjunto central da placa de base (SEQ ID N°: 1058); subunidade da cunha da 30 placa de base (SEQ ID N°: 1060); proteina principal da cauda (SEQ ID N° : 1077); holina (SEQ ID N°: 1217); proteina principal da bainha da cauda (SEQ ID N°: 1250); e proteina da placa de base (SEQ ID N°: 1266).

Em determinadas formas de realização, a invenção 5 abrange uma variante, fragmento ou derivado da sequência de aminoácidos de SEQ ID N° : 15, SEQ ID N°: 26, SEQ ID N°: 27, SEQ ID N°: 30 ou SEQ ID N° : 32-35, que apresenta uma função b-i-oiógi-ca—a~sacrci“adã ãõbacterióf ago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 1, e. g., atividade antimicrobiana ou antibacteriana (e. g. , atividade de morte litica), cuja função é dirigida contra uma ou mais estirpes de K. pneumoniae. Em determinadas formas de realização, a invenção abrange uma variante, fragmento ou derivado da sequência de aminoácidos de SEQ ID N°: 789, SEQ ID N°: 796- 800, SEQ ID N°: 806, SEQ ID N°: 854, SEQ ID N°: 999-1004 ou SEQ ID N°: 1053-1060, que apresenta uma função biológica associada ao bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N° : 781, e. g., atividade antimicrobiana ou antibacteriana (e. g. , atividade de morte litica), cuja função é dirigida contra uma ou mais estirpes de K. pneumoniae. Noutras formas de realização, a invenção abrange uma variante, fragmento ou derivado da sequência de aminoácidos de SEQ ID N°: 180, SEQ ID N°: 183, SEQ ID N°: 185 ou SEQ ID N°: 190, que apresenta uma função biológica associada ao bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 2, e. g., atividade antimicrobiana ou antibacteriana (e. g., 30 atividade de morte litica), cuja função é dirigida contra uma ou mais estirpes de A. baumannii. Em determinadas formas de realização, a invenção abrange uma variante, fragmento ou derivado da sequência de aminoácidos de SEQ ID N°: 231, SEQ ID N° : 232, 5 SEQ ID N°: 235, SEQ ID N°: 239-245, SEQ ID N° : 248, SEQ ID N°: 249, SEQ ID N °: 252, SEQ ID N° : 254, SEQ ID N°: 433-437, SEQ ID N° : : 489-495 ou SEQ ID N° : 496, Apresenta uma função biológica associada ao bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo 10 da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 3, e. g., atividade antimicrobiana ou antibacteriana (e. g. , atividade de morte litica), cuja função é dirigida contra uma ou mais estirpes de E. coli. Em determinadas formas de realização, a invenção abrange uma variante, fragmento ou 15 derivado da sequência de aminoácidos de SEQ ID N°: 544, SEQ ID N°: 545, SEQ ID N° : 549 ou SEQ ID N° : 551, que apresenta uma função biológica associada ao bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 4, e. g. , atividade antimicrobiana ou antibacteriana (e. g. , atividade de morte litica), cuja função é dirigida contra uma ou mais estirpes de P. aeruginosa. Em determinadas formas de realização, a invenção abrange uma variante, fragmento ou derivado da sequência de aminoácidos de SEQ ID N°: 629 ou 25 SEQ ID N°: 686, que apresenta uma função biológica associada ao bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 560, e. g., atividade antimicrobiana ou antibacteriana (e. g., atividade de morte litica), cuja função é dirigida 30 contra uma ou mais estirpes de S. aureus. Em determinadas formas de realização, a invenção abrange uma variante, fragmento ou derivado da sequência de aminoácidos de SEQ ID N°: 1077, SEQ ID N°: 1216, SEQ ID N°: 1217, SEQ ID N°: 1250, SEQ ID N°: 1261 ou SEQ ID N°: 1266, que 5 apresenta uma função biológica associada ao bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N° : 1074, e. g. , atividade antimicrobiana ou antibacteriana (e. g., atividade de morte litica), cuja função é dirigida contra uma ou mais estirpes 10 de S. aureus.

Em determinadas formas de realização, o polipeptideo isolado da invenção é uma variante de um polipeptideo bacteriófago, cuja variante compreende ou consiste de uma sequência de aminoácidos que tem, pelo menos, 60%, 65%, 15 70%, 75%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou uma identidade de sequência maior com uma segunda sequência de aminoácidos do mesmo comprimentc > (i. e., consistindo do mesmo número de residues), cu j a segunda sequência de aminoácidos é SEQ ID N°: 15, SEQ ID N°: 20, SEQ ID N°: : 26, SEQ > ID N°: 27, SEQ ID N°: 30, SEQ ID N°: 32-35, SEQ ! ID N° : 80, SEQ ID N°: 180, SEQ ID N°: 183, SEQ ID N° : 185, SEQ ID N°: 190, SEQ ID N°: 192, SEQ ID N° : 231, SEQ ID N°: 232, SEQ ID N°: 235, SEQ ID N°: 23- ■245, SEQ ID N°: 248, SEQ ID N°: 249, SEQ ID N° : 252, SEQ ID N°: 254, SEQ ID N°: 282, SEQ ID N °: 433- 437, SEQ ID N°: 489-496, SEQ ID N°: 544, SEQ ID N° : 545, SEQ ID N°: 547, SEQ ID N°: 549, SEQ ID N° : 551, SEQ ID N°: 556, SEQ ID N°: 557, SEQ ID N° : 598, 30 SEQ ID N°: 629, SEQ ID N°: 686, SEQ ID N° : 789 SEQ ID N°: 796-800, SEQ ID N° : 806, SEQ ID N°: 854, SEQ ID N°: 999-1004, SEQ ID N°: 1053-1060, SEQ ID N°: 1077, SEQ ID N°: 1216, SEQ ID N°: 1217, SEQ ID N°: 1250, SEQ ID N°: 1261, SEQ ID N°: 1266 e/ou um seu fragmento, e em que a variante apresenta, pelo menos, uma função biológica ou atividade do bacteriófago do qual foi derivado (e. g., atividade antimicrobiana ou antibacteriana (e. g. , atividade de morte litica)) contra uma ou mais estirpes de bactérias, e. g. , bactérias Gram-positivas (e. g. , S. aureus}, bactérias Gram-negativas (e. g., K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa) ou bactérias não classificadas como Gram-positivas ou Gram-negativas.

Em determinadas formas de realização, a invenção proporciona uma polipeptideo isolado que tem uma sequência de aminoácidos de qualquer de SEQ ID N°: 5-176, SEQ ID N°: 177-223, SEQ ID N° : 224-506, SEQ ID N°: 507-559, SEQ ID N°: 561-780, SEQ ID N°: 782-1073 e SEQ ID N° : 1075- 1300 e seus fragmentos biológicos ativos. Em formas de realização preferidas, o polipeptideo variante da invenção apresenta, pelo menos, uma atividade biológica associada com o polipeptideo ou bacteriófago a partir do qual foi isolado ou derivado, e. g., atividade litica dirigida contra, pelo menos, uma ou mais estirpes de K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa e/ou S. aureus.

Noutras formas de realização, a invenção proporciona uma sequência de ácido nucleico isolada que codifica a sequência de aminoácidos de um de SEQ ID N° : 5-176, SEQ ID N°: 177-223, SEQ ID N°: 224-506, SEQ ID N°: 507-559, SEQ ID N°: 561-780, SEQ ID N° : 782-1073 e SEQ ID N°: 1075- 1300 e seus fragmentos ativos. Noutras formas de realização, a invenção proporciona a sequência de ácido nucleico que codifica qualquer das grelhas de leitura aberta identificadas nas FIGS. 2, 4, 6, 8, 10, 12 e/ou 14.

Em determinadas formas de realização, os polipeptideos 5 da presente invenção são fundidos recombinantemente ou conjugados quimicamente (incluindo conjugações covalentes e não covalentes) a agentes terapêuticos, e. g. , polipeptideos heterólogos ou moléculas pequenas, para produzir proteinas de fusão ou polipeptideos quiméricos. A 10 fusão não necessita necessariamente deser direta, mas pode ocorrer através de sequências ligantes ou através de conjugação quimica. Os exemplos não limitativos de agentes terapêuticos aos quais os polipeptideos da invenção podem estar conjugados são citotoxinas peptidicas ou não 15 peptidicas (incluindo antimicrobianas e/ou antibióticas), moléculas traçadoras/marcadoras (e. g. , radionuclides e fluoróforos) e outros compostos antibióticos ou antibacterianos conhecidos na técnica.

6.2 COMPOSIÇÕES ANTIBIÓTICAS

O bacteriófago ou polipeptideos isolados da presente invenção podem ser administrados sozinhos ou incorporados numa composição farmacêutica para a utilização no tratamento ou profilaxia de infecções bacterianas, e. g., infecções causadas por bactérias, incluindo, mas não 25 limitadas a, K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa e S. aureus. Os polipeptideos podem ser combinados com um veiculo, excipiente ou estabilizador farmaceuticamente aceitável. Os exemplos de veiculos, excipientes e estabilizadores farmaceuticamente aceitáveis 30 incluem, mas não estão limitados a, tampões, tais como fosfato, citrato e outros ácidos orgânicos; antioxidantes incluindo ácido ascórbico; polipeptideos de baixo peso molecular; proteinas, tais como albumina sérica e gelatina; polimeros hidrofilicos, tal como polivinilpirrolidona; 5 aminoácidos, tais como glicina, glutamina, asparagina, arginina ou lisina; monossacáridos, dissacáridos e outros hidratos de carbono, incluindo glucose, manose ou dextrinas; agentes quelantes, tal como EDTA; álcoois de açúcar, tais como manitol ou sorbitol; contra-iões 10 formadores de sal, tal como sódio; e/ou agentes tensioativos não iónicos, tais como TWEEN™, polietilenoglicol (PEG) e PLURONICS™. As composições farmacêuticas da presente invenção (e. g. , composições antibacterianas) podem também incluir um lubrificante, um 15 agente molhante, um edulcorante, um agente aromatizante, um emulsionante, um agente de suspensão e um conservante, e. g., para além dos ingredientes acima. O bacteriófago e/ou polipeptideos da presente invenção podem também ser combinados com um ou mais agentes 20 terapêuticos e/ou profilácticos úteis para o tratamento de infecção bacteriana, como aqui descritos e/ou conhecidos na técnica (e. g. uma ou mais lisinas) . As composições farmacêuticas da invenção podem assim compreender dois ou mais bacteriófagos isolados da invenção (com atividade 25 antibacteriana contra as mesmas ou diferentes espécies ou estirpes bacterianas), a combinação de um bacteriófago e um polipeptideo da invenção ou a combinação de um bacteriófago e/ou polipeptideo da invenção e um bacteriófago e/ou polipeptideo conhecido na técnica. Em formas de realização 30 especificas, os componentes terapêuticos de uma combinação 72/133 direcionam-se para duas ou mais espécies ou estirpes de bactérias ou apresentam atividades enzimáticas diferentes. Por exemplo, as lisinas, em geral, apresentam uma das seguintes atividade de amidase, endopeptidase, muramidase 5 ou glucosamidase. Desta forma, a combinação de lisinas que apresentam atividades diferentes pode proporcionar aumento sinérgico à atividade terapêutica da composição farmacêutica da invenção.

Nalgumas formas de realização, é combinada uma variedade de bacteriófagos diferentes para proporcionar um "cocktail fágico." Nalgumas formas de realização, o cocktail fágico compreende, pelo menos, 2 fagos, pelo menos, 3 fagos, pelo menos, 4 fagos, pelo menos, 5 fagos, pelo menos, 6 fagos, pelo menos, 7 fagos, pelo menos, 8 15 fagos, pelo menos, 9 fagos, pelo menos, 10 fagos ou mais.

Nalgumas formas de realização, o cocktail fágico compreende 2-20 fagos, 2-15 fagos, 2-10 fagos, 3-8 fagos ou 4-6 fagos.

Nalgumas formas de realização, pelo menos, um fago do cocktail é um fago com atividade antibacteriana contra, 20 pelo menos, uma bactéria Gram-negativa, incluindo, mas não limitada a, Klebsiella pneumoniae, Acinetoba cter baumannii, Escherichia coli e Pseudomonas aeruginosa; e/ou contra, pelo menos, uma bactéria Gram-positiva, incluindo, mas não limitada a, Staphylococcus aureus. Em determinadas formas 25 de realização, pelo menos, um fago do cocktail é F391/08, que tem um genoma compreendendo a sequência de ácido nucleico de SEQ ID N° : 1 e que apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Klebsiella pneumoniae. Em determinadas formas de realização, pelo 30 menos, um fago do cocktail é F394/08, que tem um genoma compreendendo a sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 2 e que apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Acinetobacter baumannii. Em determinadas formas de realização, pelo menos, um fago do cocktail é F488/08, 5 que tem um genoma compreendendo a sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 3 e que apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Escherichia co-l-i-.- Em- determrnada^s’ formas’ de reaíização, pelo menos, um fago do cocktail é F510/08, que tem um genoma compreendendo 10 a sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 4 e que apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Pseudomonas aeruginosa. Em determinadas formas de realização, pelo menos, um fago do cocktail é F44/10, que tem um genoma compreendendo a sequência de ácido 15 nucleico de SEQ ID N°: 560 e que apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Staphylococcus aureus. Em determinadas formas de realização, pelo menos, um fago do cocktail é F387/08, que tem um genoma compreendendo a sequência de ácido nucleico 20 de SEQ ID N° : 781 e que apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Klebsiella pneumoniae. Em determinadas formas de realização, pelo menos, um fago do cocktail é F125/10, que tem um genoma compreendendo a sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 1074 e que 25 apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Staphylococcus aureus.

Em determinadas formas de realização, pelo menos, um fago do cocktail é F170/08, que tem um genoma como divulgado no documento WO 2010/090542 e que apresenta 30 atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de

Enterococcus faecalis ou faecium. Em determinadas formas de realização, pelo menos, um fago do cocktail é F168/08, que tem um genoma como divulgado no documento WO 2010/090542, e que apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Enterococcus faecalis ou faecium. Em determinadas formas de realização, pelo menos, um fago do cocktail é F770/05, que tem um genoma como divulgado no documento WO 2010/090542, e que apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Pseudomonas aeruginos. Em determinadas formas de realização, pelo menos, um fago do cocktail é F1245/05, que tem um genoma como divulgado no documento WO 2010/090542, e que apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Acinetobacter baumannii.

Nalgumas formas de realização preferidas, o cocktail compreende um fago que tem atividade biológica contra Acinetobacter. Por exemplo, o cocktail pode compreender F394/08 e/ou F1245/05, apresentando atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Acinetobacter baumannii. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende, pelo menos, um fago apresentando atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Acinetobacter baumannii e, pelo menos, um fago apresentando atividade antibacteriana contra uma bactéria diferente. Por exemplo, nalgumas formas de realização, o cocktail fágico compreende F394/08 e/ou F1245/05 em combinação com, pelo menos, um outro fago selecionado de F391/08, F488/08, F510/08, F44/10, F387/08, F170/08, F168/08, F770/05 e F125/10. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende, pelo menos, um fago apresentando atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Klebsiella pneumoniae e, pelo menos, um fago apresentando atividade antibacteriana contra uma bactéria diferente. Por exemplo, nalgumas formas de realização, o cocktail fágico 5 compreende F391/08 e/ou F387/08 em combinação com, pelo menos, um outro fago selecionado de F394/08, F488/08, F510/08, F44/10, F1245/05, F170/08, F168/08, F770/05 e F125/10. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende, pelo menos, um fago apresentando 10 atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Escherichia coli e, pelo menos, um fago apresentando atividade antibacteriana contra uma bactéria diferente. Por exemplo, nalgumas formas de realização, o cocktail fágico compreende F488/08 em combinação com, pelo menos, um outro 15 fago selecionado de F391/08, F510/08, F44/10, F394/08, F387/08, F170/08, F168/08, F1245/05, F770/05 e F125/10.

Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende, pelo menos, um fago apresentando atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de 20 Pseudomonas aeruginosa e, pelo menos, um fago apresentando atividade antibacteriana contra uma bactéria diferente. Por exemplo, nalgumas formas de realização, o cocktail fágico compreende F510/08 e/ou F770/05 em combinação com, pelo menos, um outro fago selecionado de F391/08, F394/08, 25 F488/08, F44/10, F387/08, F170/08, F168/08, F1245/05 e F125/10. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende, pelo menos, um fago apresentando atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Staphylococcus aureus e, pelo menos, um fago apresentando atividade antibacteriana contra uma bactéria diferente. Por exemplo, nalgumas formas de realização, o cocktail fágico compreende F44/10 e/ou F125/10 em combinação com, pelo menos, um outro fago selecionado de F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F387/08, F170/08, F168/08, F770/05 e F1245/05. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende, pelo menos, um fago apresentando atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Enterococcus faecalis ou .faecium e, pelo menos, um fago apresentando atividade antibacteriana contra uma bactéria diferente. Por exemplo, nalgumas formas de realização, o cocktail fágico compreende F170/08 e/ou F168/08 em combinação com, pelo menos, um outro fago selecionado de F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10, F387/08, F770/05, F1245/05 e F125/10.

Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende, pelo menos, quatro (4) fagos selecionados do grupo consistindo de F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10, F387/08, F170/08, F168/08, F770/05, F1245/05 e F125/10. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F391/08, F394/08, F488/08 e F510/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F44/10, F387/08, F170/08 e F168/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F391/08, F394/08, F770/05 e F1245/05. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F391/08, F394/08, F510/08 e/ou F44/10. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F391/08, F394/08, F44/10 e/ou F387/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F391/08, F394/08, F387/08 e/ou F170/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F391/08, F394/08, F170/08 e F168/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F391/08, F394/08, F168/08 e/ou F770/05. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F391/08, F394/08, F770/05 e F1245/05.

Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F125/10, F391/08, F394/08 e F488/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F125/10, F394/08, F488/08 e F510/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F125/10, F488/08, F510/08 e F44/10. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F125/10, F44/10, F387/08 e F170/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F125/10, F170/08, F168/08 e F770/05. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F125/10, F770/05, F1245/05 e F391/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F125/10, F510/08, F44/10, F387/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F125/10, F387/08, F170/08, F168/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F125/10, F168/08, F770/05 e F1245/05. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F125/10, F1245/05, F391/08 e F394/08.

Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F394/08, F488/088, F510/08 e/ou F44/1Ò. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F394/08, F488/088, F44/10 determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F394/08, F488/088, F387/08 e/ou F170/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F394/08, F488/088, F170/08 e/ou F168/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F394/08, F488/088, F168/08 e/ou F770/05. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F394/08, F488/088, FF770/05 e/ou F1245/05. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F394/08, F488/088, F1245/05 e/ou F391/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F488/08, F510/08, F44/10 e/ou F387/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F488/08, F510/08, F387/08 e/ou F170/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F488/08, F510/08, F170/08 e/ou F168/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F488/08, F510/08, F168/08 e/ou F770/05. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico 20 compreende F488/08, F510/08, F770/05 e/ou F1245/05. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F488/08, F510/08, F1245/05 e/ou F391/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico ' compreende F488/08, F510/08, F391/08 e/ou F394/08.

Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F387/08, F170/08, F168/08 e/ou F770/05.

Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F387/08, F170/08, ’ F770/05 e/ou F1245/05. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F387/08, F170/08, F1245/05 e/ou F391/08. Em - determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F387/08, F170/08, F391/08 e/ou F394/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F387/08, F170/08, F394/08 e/ou F488/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F387/08, F170/08, F488/08 e/ou F510/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F387/08, F170/08, F510/08 e/ou F44/10. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F387/08, F17O/O8, F44/10 e/ou F38 7/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F387/08, F170/08, F387/08 e/ou F170/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F387/08, F170/08, F170/08 e/ou F168/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F387/08, F170/08, F168/08 e/ou F770/05. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F387/08, F170/08, F770/05 e/ou F1245/05. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F387/08, F170/08, F1245/05 e/ou F391/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F387/08, F170/08, F391/08 e/ou F394/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F387/08, F170/08, F394/08 e/ou F4 8 8/08. Em 25 determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F387/08, F170/08, F488/08 e/ou F510/08. Em determinadas formas de realização, o cocktail fágico compreende F387/08, F170/08, F510/08 e/ou F44/10.

Nalgumas formas de compreende de F510/08, realização, o cocktail fágico F44/10, F387/08 e/ou F170/08. Nalgumas formas de realização, o cocktail fágico compreende F510/08, F44/10, F170/08 e/ou F168/08. Nalgumas formas de realização, o cocktail fágico compreende F510/08, F44/10, F168/08 e/ou F770/05. Nalgumas formas de realização, o 5 cocktail fágico compreende F510/08, F44/10, F770/05 e/ou F1245/05. Nalgumas formas de realização, o cocktail fágico compreende F510/08, F44/10, F1245/05 e/ou F391/08. Nalgumas formas de realização, o cocktail fágico compreende F510/08, F44/10, F391/08 e/ou F394/08. Nalgumas formas de 10 realização, o cocktail fágico compreende F510/08, F44/10, F394/08 e/ou F488/08.

Nalgumas formas de realização, o fago compreende F44/10, F387/08, F170/08 e/ou F168/08. Nalgumas formas de realização, o fago compreende F44/10, F387/08, F168/08 e/ou 15 F770/05. Nalgumas formas de realização, o fago compreende F44/10, F387/08, F770/05 e/ou F1245/05. Nalgumas formas de realização, o fago compreende F44/10, F387/08, F1245/05 e/ou F391/08. Nalgumas formas de realização, o fago compreende F44/10, F387/08, F391/08 e/ou F394/08. Nalgumas 20 formas de realização, o fago compreende F44/10, F387/08, F394/08 e/ou F488/08. Nalgumas formas de realização, o fago compreende F44/10, F387/08, F488/08 e/ou F510/08. Nalgumas formas de realização, a composição do cocktail fágico pode ou não pode envolver fagos 25 selecionados para semi-vida in vivo aumentada, e. g., como divulgado no documento U.S. 5688501, cujos conteúdos são aqui incorporados por referência.

Nalgumas formas de realização, o cocktail compreende um ou mais polipeptideos isolados de um ou mais fagos e/ou 30 um seu fragmento, variante ou derivado, em particular um polipeptideo, seu fragmento, variante ou derivado que tem atividade antibacteriana ou antimicrobiana. Nalgumas formas de realização, o polipeptideo, ou seu fragmento, variante ou derivado, compreende ou consiste de uma lisina (ou seu fragmento, e. g. , um dominio CHAP) e/ou uma proteina da cauda. Em formas de realização mais especificas, o polipeptideo corresponde a um polipeptideo isolado, fragmento, variante ou derivado, como aqui descrito e/ou no documento WO 2010/090542, cujos conteúdos são aqui incorporados por referência. Nalgumas formas de realização, o cocktail é administrado na ausência de um polipeptideo isolado, tal como na ausência de uma liase.

Outros exemplos de outros agentes terapêuticos que podem ser utilizados em combinação com o polipeptideo da invenção incluem, mas não estão limitados a, agentes antibióticos padrão, agentes anti-inflamatórios, agentes antivirais, agentes anestésicos locais e corticosteróides. Nalgumas formas de realização, o cocktail é administrado na ausência de um antibiótico.

Os antibióticos padrão que podem ser utilizados com as composições farmacêuticas compreendendo um bacteriófago e/ou polipeptideo da invenção incluem, mas não estão limitados a, amicacina, gentamicina, canamicina, neomicina, netilmicina, paromomicina, rodostreptomicina, estreptomicina, tobramicina, apramicina, rifamicina, naftomicina, mupirocina, geldanamicina, ansamitocina, carbacefemos, imipenemo, meropenemo, ertapenemo, faropenemo, doripenemo, panipenemo/betamipron, biapenemo, PZ-601, cefalosporinas, cefacetril, cefadroxil, cefalexina, cefaloglicina, cefalónio, cefaloridina, cefalotina, cefapirina, cefatrizina, cefazaflur, cefazedona, cefazolina, cefradina, cefroxadina, ceftezole, cefaclor, cefonicid, cefprozil, cefuroxima, cefuzonam, cefmetazole, cefotetano, cefoxitina, cefcapeno, cefdaloxima, cefdinir, cefditoreno, cefetamet, cefixima, cefmenoxima, cefteram, ceftibuteno, , ceftiofur, ceftioleno, ceftizoxima, ceftriaxona, cefoperazona, ceftazidima, latamoxef, cefclidina, cefepima, cefluprenam, cefoselis, cefozopran, cefpiroma, cefquinoma, flomoxef, ceftobiprole, azitromicina, claritromicina, diritromicina, eritromicina, roxitromicina, aztreonam, derivados de pencilina e penicilina, actinomicina, bacitracina, colistina, polimixina B, cinoxacina, flumequina, ácido nalidixico, ácido oxolinico, ácido piromidico, ácido pipemidico, rosoxacina, ciprofloxacina, enoxacina, fleroxacina, lomefloxacina, nadifloxacina, norfloxacina, ofloxacina, pefloxacina, rufloxacina, balofloxacina, gatifloxacina, grepafloxacina, levofloxacina, moxifloxacina, pazufloxacina, esparfloxacina, temafloxacina, tosufloxacina, clinafloxacina, garenoxacina, gemifloxacina, estifloxacina, trovalfloxacina, prulifloxacina, acetazolamida, benzolamida, bumetanida, celecoxib, clorotalidona, clopamida, diclorfenamida, dorzolamida, etoxizolamida, furosemida, hidroclorotiazida, indapamida, mafendida, mefrusida, metolazona, probenecid, sulfacetamida, sulfadimetoxina, sulfadoxina, sulfanilamidas, sulfametoxazole, sulfasalazina, sultiame, sumat riptano, xipamida, ~ tetr acid ina, c lor one trade Tina, oxitetracidina, doxiciclina, limeciclina, meclociclina, metaciclina, minociclina, rolitetraciclina, meticilina, nafcilina, oxacilina, cloxacilina, vancomicina, teicoplanina, clindamicina, cotrimoxazole, e qualquer sua combinação em quantidades que são eficazes para aumentar de forma aditiva ou sinérgica o efeito terapêutico do bacteriófago e/ou polipeptideo da invenção para uma determinada infecção.

Os anestésicos locais que podem ser utilizados em composições farmacêuticas da presente invenção incluem tetracaina, cloridrato de tetracaina, lidocaina, cloridrato de lidocaina, cloridrato de dimetisoquina, dibucaina, cloridrato de dibucaina, butambenpicrato e cloridrato de pramoxina. Uma concentração exemplificativa do anestésico local é cerca de 0,025% até cerca de 5% em peso da composição total.

Os corticosteróides que podem ser úteis em combinação com os polipeptideos, bacteriófago e/ou composições farmacêuticas da invenção incluem betametasona, dipropionato, fluocinolona, actinida, valerato de betametasona, actinida de triamcinolona, propionato de clobetasol, desoximetasona, diacetato de diflorasona, ancinonida, flurandrenolida, valerato de hidrocortisona, butirato de hidrocortisona e desonida. Uma concentração exemplificativa do corticosteróide é cerca de 0,01% até cerca de 1% em peso da composição total.

Em determinadas formas de realização, uma formulação compreendendo um bacteriófago e/ou polipeptideo da invenção compreende ainda tampão SM (0,05 M de Tris-HCl (pH 7,4- 7,5); 0, 1 M de NaCl; 10 mM de MgSCú) . Noutras formas de realização, a formulação compreende ainda tampão SM e 10 mM de MgCl2. Ainda noutras formas de realização, a formulação compreende ainda tampão SM e cerca de 20% ou cerca de 30% de etanol.

As composições farmacêuticas compreendendo um bacteriófago e/ou polipeptideo da presente invenção podem 5 ser formuladas numa formulação de dose unitária ou multi- dose. As formulações adequadas podem ser selecionadas do grupo consistindo de unguentos, soluções, suspensões ou emulsões, extratos, pós, granulados, pulverizadores, pastilhas, comprimidos ou cápsulas; e podem adicionalmente 10 incluir um agente de dispersão ou um agente estabilizador.

As composições farmacêuticas da invenção podem ser administradas por inalação, na forma de um supositório ou pessário, topicamente (e. g., na forma de uma loção, solução, creme, unguento ou pó de polvilhação), epi- ou 15 transdermicamente (e. g. , por utilização de um adesivo dérmico) , oralmente (e. g. , como um comprimido que pode conter excipientes, tais como amido ou lactose), como uma cápsula, óvulo, elixires, soluções ou suspensões (cada contendo, opcionalmente, agentes aromatizantes, corantes 20 e/ou excipientes), ou podem ser injectadas parentericamente (e. g., intravenosamente, intramuscularmente ou subcutaneamente). Para administração parentérica, as composições podem ser utilizadas na forma de uma solução aquosa estéril que podem conter outras substâncias, por 25 exemplo sais ou monossacáridos suficientes para tornar a solução isotónica ao sangue. Para administração bucal ou sublingual, as composições podem ser administradas na forma de comprimidos ou pastilhas que podem ser formulados de um modo convencional. Numa forma de realização preferida, um 30 bacteriófago e/ou polipeptideo da presente invenção é administrado topicamente, como um único agente ou em combinação com outros tratamentos antibióticos, como aqui descritos ou conhecidos na técnica.

Um bacteriófago e/ou polipeptideo da presente invenção 5 pode também ser administrado dermicamente ou transdermicamente. Para aplicação tópica à pele, o bacteriófago e/ou polipeptideos da presente invenção podem s.er.—combinados—com um- veiculo ou uma combinação de veiculos, que podem incluir, mas não estão limitados a, um 10 liquido aquoso, um liquido de base álcoolica, um gel hidrossolúvel, uma loção, um unguento, uma base liquida não aquosa, uma base de óleo mineral, uma mistura de óleo mineral e vaselina, lanolina, lipossomas, veiculos proteicos, tais como albumina sérica ou gelatina, celulose 15 carmel em pó e suas combinações. Um modo de distribuição tópica pode incluir um esfregaço, pulverizador, ligadura, um penso de libertação temporizada, um toalhete absorvido com liquido e suas combinações! 0 bacteriófago e/ou polipeptideo da invenção pode ser aplicado a um penso, um 20 toalhete, uma ligadura, etc., diretamente ou num(ns) veiculo(s). Os pensos, toalhetes, ligaduras, etc., podem ser estar úmidos ou secos, em que o fago e/ou polipeptideo (e. g., uma lisina) está num forma liofilizada no penso. Os veiculos de composições tópicas podem compreender veiculos 25 semi-sólidos e de tipo gel que incluem um espessante polimérico, água, conservantes, tensioativos ou emulsionantes, antioxidantes, protectores solares e um solvente ou sistema de solvente misto. A Patente U.S. N° 5863560 divulga uma variedade de diferentes combinações de 30 veiculo que podem ajudar na exposição da pele a um medicamento, e os seus conteúdos são aqui incorporados. 0 veiculo pode ou não envolver uma formulação de libertação controlada, e. g., como divulgada no documento U.S. 2008/0260697, cujos conteúdos são aqui incorporados 5 por referência. O veiculo pode ou não envolver o fago adsorvido numa matriz, e. g., como descrito em qualquer documento U.S. 2008/0038322, U.S. 2008/0138311, U.S. 2009/0130196, EP 1812025, EP 1817043 e EP 1833497, cujos conteúdos são aqui incorporados por referência. Nalgumas 10 formas de realização, o veiculo pode ou não envolver uma formulação viscosa, e. g., um gel, e. g., como divulgado no documento U.S. 2009/0191254, cujos conteúdos são aqui incorporados por referência.

Para administração por inalação ou intranasal, o 15 bacteriófago e/ou polipeptideo da invenção é convenientemente distribuído na forma de um inalador de pó seco ou uma apresentação pulverizadora de aerossol a partir de um recipiente pressurizado, bomba, pulverizador ou nebulizador com a utilização de um propulsor adequado, 20 e. g., diclorodifluorometano, triclorofluorometano, diclorotetra-fluoroetano, um hidrofluoroalcano, tais como 1,1,1,2-tetrafluoroetano (HFA 134A.TM.) ou 1,1,1,2,3,3,3- heptafluoropropano (HFA 227EA.TM.), dióxido de carbono ou outro gás adequado. No caso de um aerossol pressurizado, a 25 unidade de dosagem pode ser determinada através do fornecimento de uma válvula para distribuir uma quantidade calibrada. O recipiente pressurizado, bomba, pulverizador ou nebulizador pode conter uma solução ou suspensão do composto ativo, e. g., utilizando uma mistura de etanol e 30 propulsor como solvente, que pode adicionalmente conter um lubrificante, e. gr., trioleate de sorbitano. As cápsulas e cartuchos (feitos, por exemplo, a partir de gelatina) para utilização num inalador ou insuflador podem ser formuladas para conter uma mistura em pó do bacteriófago e/ou 5 polipeptideo da invenção e uma base em pó adequada, tais como lactose ou amido.

Para administração na forma de um supositório ou pessário, as composições terapêuticas podem ser aplicadas topicamente na forma de um gel, hidrogel, loção, solução, 10 creme, unguento ou pó de polvilhação. As composições da invenção podem também ser administradas pela via ocular. Para utilização oftálmica, as composições da invenção podem ser formuladas como suspensões micronizadas em soro fisiológico estéril, isotónico, com pH ajustado ou, de um 15 modo preferido, como soluções em soro fisiológico estéril, isotónico, com pH ajustado, opcionalmente em combinação com um conservante, tal como cloreto de benzalcónio. Alternativamente, podem ser formuladas num unguento, tal como vaselina.

As dosagens e as concentrações farmacológicas desejadas das composições farmacêuticas da presente invenção podem variar dependendo da utilização particular. A determinação da dosagem ou da via apropriada de administração está dentro das capacidades de um médico 25 comum. A experimentação animal pode proporcionar orientação fidedigna para a determinação de doses eficazes em terapia humana. A gradação interespécies de doses eficazes pode ser realizada por um especialista na técnica, seguindo os princípios descritos por Mordenti, J. e Chappell, W. "The 30 use of interspecies scaling in toxicokinetics" em Toxicokinetics and New Drug Developmewnt, Yacobi et al., Eds., Pergamon Press, Nova Iorque 1989, pp42-96.

6.3 UTILIZAÇÃO TERAPÊUTICA

O bacteriófago e polipeptideos da presente invenção têm atividade contra um pluralidade de estirpes de K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa e/ou S. aureus, e. g., como descrito nas Tabelas 1-7, nos exemplos abaixo. Deste modo, as composições da presente invenção podem ter utilização nos métodos de prevenção e/ou tratamento de infecções associadas com K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa e/ou S. aureus em humanos e animais. Noutras formas de realização, as composições da presente invenção podem ser utilizadas para tratar infecções associadas com espécies ou estirpes relacionadas destas bactérias, incluindo, mas não limitadas a, S. epidermidis, S. auricularis, S. capitis, S. haemolyticus, S. hominis, S. saprophyticus, S. simulans, S. xylosis, Micrococcus luteus, Bacilus subtilis, B. pumilus, E. hirae.

Em formas de realização especificas, o individuo que recebe uma composição farmacêutica da invenção é um mamifero (e. g. , bovino, ovino, caprino, equino, primata (e. g., humano), roedor, lagomorfos ou aves aviárias (e. g., galinha, pato, ganso)). No contexto da presente invenção, o "tratamento" refere-se ao tratamento terapêutico, em que o objective é eliminar, atenuar, diminuir a gravidade, melhorar, retardar a progressão ou prevenir os sintomas ou a causa subjacente (e. g. , infecção bacteriana) associada ao estado ou distúrbio patológico. O "tratamento" refere-se ao tratamento terapêutico e às medidas profilácticas ou preventivas, em que o objective é eliminar, atenuar, diminuir a gravidade, retardar a progressão ou atrasar ou prevenir os sintomas ou a causa subjacente (e. g., infecção bacteriana) associada ao estado 5 ou distúrbio patológico. Está também contemplado que um bacteriófago e/ou polipeptideo da invenção actua como uma medida profiláctica ou preventiva, para prevenir o inicio da infecção provocada por uma ou mais bactérias. K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa e S. aureus são responsáveis por muitas infecções oportunistas graves, particularmente em indivíduos com sistemas imunes comprometidos. As composições farmacêuticas da presente invenção são contempladas para tratar qualquer infecção associada com K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa e/ou S. aureus, ou associada com outras espécies ou estirpes de bactérias, incluindo, mas não limitadas a, infecções da pele (incluindo, mas não limitadas a, úlceras dérmicas, carbúnculos, escaras e úlceras do pé diabético) , infecções em feridas e em torno das mesmas, infecções pós-operatórias, infecções associadas com cateteres e drenos cirúrgicos, e infecções do sangue.

A úlcera do pé diabético é uma das principais complicações da diabetes mellitus, ocorrendo em cerca de 15% de todos os doentes diabéticos e resultando em cerca de 85% de todas as amputações da perna. (Brem, et al., J. Clinical Invest., 2007, 117(5):1219-1222) . A diabetes mellitus dificulta os passos normais do processo de cicatrização de ferida. As úlceras diabéticas crónicas não cicatrizantes são tratadas frequentemente com terapia de substituição da matriz extracelular, terapia avançada de ferida em ambiente úmido, substitutos bio-concebidos de tecido ou pele, fatores de crescimento, desbridamento, revascularização arterial e/ou terapia de ferida de pressão negativa. (Blume et al., Diabetes Care, 2008, 31: 631-636).

As úlceras podem ficar infectadas com bactérias oportunistas, o que exacerba mais o estado. Desta forma, as úlceras do pé na diabetes também requerem frequentemente antibióticos, e. g., contra Staphylococcus, assim como outras bactérias anaeróbias, tais como Klebsiella 10 pneumonia, Escherchia coli e/ou Pseudomonas aeruginosa.

Uma ou mais composições da presente invenção têm utilização no tratamento da úlcera do pé diabético. Por exemplo, um fago ou polipeptideo isolado da invenção pode ser utilizado para o tratamento de infecções associadas com 15 úlcera do pé diabético, num individuo com a sua necessidade. Em formas de realização particulares, a composição utilizada para tratar a úlcera do pé diabético é uma composição tópica, formulada para administração tópica, e. g. , uma composição para aplicação direta numa úlcera, 20 ferida, lesão e/ou irritação associada com a úlcera do pé diabético.

Em determinadas formas de realização, a composição para utilização relativamente à úlcera do pé diabético compreende F44/10 isolado, que tem um genoma compreendendo 25 a sequência de ácido nucleico de SEQ ID N° : 560 e que apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Staphylococcus aureus. Nalgumas formas de realização, é utilizada uma composição compreendendo um polipeptideo isolado a partir do bacteriófago F44/10, ou um 30 seu fragmento, variante ou derivado, cujo polipeptideo, fragmento, variante ou derivado apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais espécies ou estirpes de S. aureus. Em determinadas dessas formas de realização, o polipeptideo, ou o seu fragmento, variante ou derivado, é 5 uma lisina, um domínio CHAP ou uma proteína da cauda, apresentando atividade antibacteriana contra uma ou mais espécies ou estirpes de S. aureus. Em determinadas formas de realização, a composição para utilização relativamente à úlcera do pé diabético compreende F125/10 isolado, que tem 10 um genoma compreendendo a sequência de ácido nucleico de SEQ ID N° : 1074 e que apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Staphylococcus aureus. Nalgumas formas de realização, é utilizada uma composição compreendendo um polipeptideo isolado a partir do bacteriófago F125/10, ou um seu fragmento, variante ou derivado, cujo polipeptideo, fragmento, variante ou derivado apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais espécies ou estirpes de S. aureus. Em determinadas dessas formas de realização, o polipeptideo, ou o seu 20 fragmento, variante ou derivado, é uma lisina, um domínio CHAP ou uma proteína da cauda, apresentando atividade antibacteriana contra uma ou mais espécies ou estirpes de S. aureus.

Em determinadas formas de realização, é utilizada uma composição compreendendo um cocktail fágico, e. g. , nos casos em que o cocktail fágico compreende, pelo menos, um fago apresentando atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Staphylococcus aureus e, pelo menos, um fago apresentando atividade antibacteriana contra uma bactéria diferente. Em formas de realização particulares, o cocktail fágico compreende F44/10 e/ou F125/10 em combinação com, pelo menos, um outro fago selecionado de F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F387/08, F170/08, F168/08, F770/05 e F1245/05. Em formas de realização particularmente preferidas, o cocktail fágico compreende F44/10 e/ou F125/10 em combinação com um, dois, três ou mais outros fagos selecionados de F391/08, F387/08, F488/08, F510/08 e/ou F770/05.

Em determinadas formas de realização, a composição 10 para utilização relativamente à úlcera do pé diabético compreende F391/08 e/ou F387/08 isolados, que têm um genoma compreendendo a sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 1 ou SEQ ID N° : 781, respectivamente, e que apresentam atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de 15 Klebsiella pneumoniae. Nalgumas formas de realização, é utilizada uma composição compreendendo um polipeptideo isolado a partir do bacteriófago F391/08 e/ou F387/08, ou um seu fragmento, variante ou derivado, cujo polipeptideo, fragmento, variante ou derivado apresenta atividade 20 antibacteriana contra uma ou mais espécies ou estirpes de K. pneumoniae. Em determinadas dessas formas de realização, o polipeptideo, ou o seu fragmento, variante ou derivado, é uma lisina, um dominio CHAP ou uma proteina da cauda, apresentando atividade antibacteriana contra uma ou mais 25 espécies ou estirpes de K. pneumoniae. Em determinadas formas de realização, é utilizada uma composição compreendendo um cocktail fágico, e. g., nos casos em que o cocktail fágico compreende, pelo menos, um fago apresentando atividade antibacteriana contra uma ou mais 30 estirpes de Klebsiella pneumoniae e, pelo menos, um fago apresentando atividade antibacteriana contra uma bactéria diferente. Em formas de realização particulares, o cocktail fágico compreende F391/08 e/ou F387/08 em combinação com, pelo menos, um outro fago selecionado de F394/08, F488/08, F510/08, F44/10, F170/08, F168/08, F770/05, F1245/05 e F125/10. Em formas de realização particularmente preferidas, o cocktail fágico compreende F391/08 e/ou F387/08 em combinação com um, dois, três ou mais outros fagos selecionados de F44/10, F488/08, F510/08 e/ou F770/05.

Em determinadas formas de realização, a composição para utilização relativamente à úlcera do pé diabético compreende F488/08 isolado, que tem um genoma compreendendo a sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 3 e que 15 apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Escherichia coli. Nalgumas formas de realização, é utilizada uma composição compreendendo um polipeptideo isolado a partir do bacteriófago F488/08, ou um seu fragmento, variante ou derivado, cujo polipeptideo, 20 fragmento, variante ou derivado apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais espécies ou estirpes de E. coli. Em determinadas dessas formas de realização, o polipeptideo, ou o seu fragmento, variante ou derivado, é uma lisina, um dominio CHAP ou uma proteina da cauda, 25 apresentando atividade antibacteriana contra uma ou mais espécies ou estirpes de Escherichia coli. Em determinadas formas de realização, é utilizada uma composição compreendendo um cocktail fágico, e. g., nos casos em que o cocktail fágico compreende, pelo menos, um fago apresentando atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Escherichia coli e, pelo menos, urn fago apresentando atividade antibacteriana contra uma bactéria diferente. Em formas de realização particulares, o cocktail fágico compreende F488/08 em combinação com, pelo menos, um 5 outro fago selecionado de F394/08, F510/08, F44/10, F170/08, F168/08, F770/05, F1245/05, F391/08 F387/08 e F125/10. Em formas de realização particularmente preferidas, o cocktail fágico compreende F488/08 em combinação com um, dois, três ou mais outros fagos 10 selecionados de F391/08," F387/08, F44/10, F125/10, F510/08 e/ou F770/05.

Em determinadas formas de realização, a composição para utilização relativamente à úlcera do pé diabético compreende F510/08 e/ou F770/05 isolados, que têm um genoma 15 compreendendo a sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 4 ou como divulgada no documento WO 2010/090542, respectivamente, e que apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Pseudomonas aeruginosa. Nalgumas formas de realização, é utilizada uma composição 20 compreendendo um polipeptideo isolado a partir do bacteriófago F510/08 e/ou F770/05, ou um seu fragmento, variante ou derivado, cujo polipeptideo, fragmento, variante ou derivado apresenta atividade antibacteriana contra uma ou mais espécies ou estirpes de P. aeruginosa.

Em determinadas dessas formas de realização, o polipeptideo, ou o seu fragmento, variante ou derivado, é uma lisina, um dominio CHAP ou uma proteina da cauda, apresentando atividade antibacteriana contra uma ou mais espécies ou estirpes de Pseudomonas aeruginosa. Em 30 determinadas formas de realização, é utilizada uma composição compreendendo um cocktail fágico, e. g. , nos casos em que o cocktail fágico compreende, pelo menos, um fago apresentando atividade antibacteriana contra uma ou mais estirpes de Pseudomonas aeruginosa e, pelo menos, um 5 fago apresentando atividade antibacteriana contra uma bactéria diferente. Em formas de realização particulares, o cocktail fágico compreende F510/08 e/ou F770/05 em combinação com, pelo menos, um outro fago selecionado de F394/08, F488/08, F44/10, F170/08, F168/08, F1245/05, F391/08, F387/08 e F125/10. Em formas de realização particularmente preferidas, o cocktail fágico compreende F510/08 e/ou F770/05 em combinação com um, dois, três ou mais outros fagos selecionados de F44/10, F488/08, F391/08 e/ou F387/08. K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa e S. aureus estão também associados a infecções que envolvem sistemas de órgãos que têm um conteúdo elevado de fluido, e está contemplado que õ bacteriófago e/ou polipeptideos da invenção têm utilização terapêutica na prevenção e 20 tratamento destas infecções. Por exemplo, as composições farmacêuticas da invenção podem ser utilizados para a prevenção ou tratamento das infecções do trato respiratório, do liquido cefalorraquidiano, do fluido peritoneal e do trato urinário. As composições da invenção 25 podem também ser utilizadas para prevenir e/ou tratar pneumonia nosocomial, infecções associadas com diálise peritoneal ambulatória continua (CAPD), bacterimia associada a cateter e meningite nosocomial.

Numa forma de realização preferida, um bacteriófago 30 e/ou polipeptideo da invenção é utilizado profilaticamente em ambiente hospitalar, particularmente para prevenir infecções associadas com feridas, úlceras e aberturas na pele, e. g., devido a cateterização e quaisquer outros processos ou dispositivos médicos. 5 Em determinadas formas de realização, um bacteriófago e/ou polipeptideo da invenção é utilizado como um único agente para o tratamento ou prevenção de infecções associadas com K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa e/ou S. aureus, e/ou outras espécies 10 bacterianas. Noutras formas de realização da invenção, um bacteriófago e/ou polipeptideo da invenção é utilizado em combinação com outros agentes, incluindo outro bacteriófago (por exemplo, que se direciona a uma espécie ou estirpe diferente de bactéria) , ou com antibióticos que se 15 direcionam a tipos iguais ou diferentes de bactérias, incluindo bactérias selecionadas de quaisquer bactérias Gram-positivas, quaisquer bactérias Gram-negativas e quaisquer outros grupos de bactérias que não são classificados como Gram-positivas ou Gram-negativas. As 20 composições da invenção podem também ser utilizadas em combinação com quaisquer outros meios de tratamento de infecção bacteriana conhecidos do especialista na técnica.

Estão também contemplados pela invenção métodos de prevenção e métodos de tratamento de uma infecção provocada 25 por bactérias, incluindo, mas não limitadas a, K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa e/ou S. aureus, compreendendo a administração a um mamifero, com a sua necessidade, de uma composição compreendendo uma lisina compreendendo ou consistindo da sequência de 30 aminoácidos de SEQ ID N°: 20, SEQ ID N°: 80, SEQ ID N°: 192, SEQ ID N° : 282, SEQ ID N°: 547, SEQ ID N°: 556, SEQ ID N° : 557, SEQ ID N°: 598, SEQ ID N°: 1216, SEQ ID N°: 1261, ou um seu fragmento, variante ou derivado, em que o fragmento, variante ou 5 derivado apresenta atividade antibacteriana ou antimicrobiana contra a espécie de bactéria da qual o bacteriófago parental foi isolado. Num exemplo especifico, de acordo com esta forma de realização, a invenção proporciona métodos de prevenção ou tratamento de uma 10 infecção provocada por bactérias, incluindo, mas não limitadas a, K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa e/ou S. aureus, compreendendo a administração a um mamifero, com a sua necessidade, de uma composição compreendendo um dominio CHAP isolado de uma lisina, ou um 15 seu fragmento, variante ou derivado que apresenta, pelo menos, uma atividade biológica do dominio CHAP do qual foi isolado (e. g. , morte celular litica). Em determinadas formas de realização, a invenção proporciona métodos de prevenção e/ou tratamento de uma 20 infecção provocada por bactérias, incluindo, mas não limitadas a, K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa e/ou S. aureus, compreendendo a administração a um mamifero, com a sua necessidade, de uma composição compreendendo uma proteina da cauda compreendendo ou 25 consistindo da sequência de aminoácidos de SEQ ID N°: 15, SEQ ID N°: 26, SEQ ID N°: 27, SEQ ID N°: 30, SEQ ID N°: 32- 35, SEQ ID N°: 180, SEQ ID N°: 183, SEQ ID N°: 185, SEQ ID N°: 190, SEQ ID N°: 231, SEQ ID N°: 232, SEQ ID N°: 235, SEQ ID N°: 239-245, SEQ ID N°: 248, 30 SEQ ID N°: 249, SEQ ID N°: 252, SEQ ID N°: 254, SEQ ID N°: 433-437, SEQ ID N°: 489-496, SEQ ID N°: 544, SEQ ID N°: 545, SEQ ID N°: 549, SEQ ID N°: 551, SEQ ID N°: 629 ou SEQ ID N°: 686, SEQ ID N°: 789, SEQ ID N°: 796-800, SEQ ID N°: 806, SEQ ID N°: 854, SEQ ID N°: 999-1004, SEQ ID N°: 1053-1060, SEQ ID N°: 1077, SEQ ID N°: 1217, SEQ ID N°: 1250, SEQ ID N°: 1266, ou urn seu fragmento, variante ou derivado, em que o fragmento, variante ou derivado apresenta uma atividade biológica associada ao bacteriófago do qual foi derivado.

Ainda noutras formas de realização, a invenção proporciona métodos de prevenção e/ou tratamento de uma infecção provocada por bactérias, incluindo, mas não limitadas a, K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa e/ou S. aureus, compreendendo a administração a um mamifero, com a sua necessidade, de uma composição compreendendo bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo. da sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 1, SEQ ID N°: 2, SEQ ID N° : 3, SEQ ID N°: 4, SEQ ID N°: 560, SEQ ID N°: 781 e/ou SEQ ID N°: 1074. As combinações das lisinas (ou seus fragmentos, variantes ou derivados, como acima descritos) e de proteinas da cauda (ou seus fragmentos, variantes ou derivados, como acima descritos), opcionalmente com um ou mais bacteriófagos da invenção ou com outros tratamentos, tal como antibióticos, estão também contempladas, assim como métodos de tratamento e/ou métodos de prevenção de uma infecção bacteriana utilizando uma ou mais das combinações aqui descritas.

Como aqui utilizada, a expressão "em combinação" refere-se à utilização de mais do que um agente profiláctico e/ou terapêutico. A utilização da expressão "em combinação" não restringe a ordem pela qual os agentes profilácticos e/ou terapêuticos são administrados a um individuo com uma doença ou distúrbio. Um primeiro agente profiláctico ou terapêutico pode ser administrado antes (e. 5 g. , 5 minutos, 15 minutos, 30 minutos, 45 minutos, 1 hora, 2 horas, 4 horas, 6 horas, 12 horas, 24 horas, 48 horas, 72 horas, 96 horas, 1 semana, 2 semanas, 3 semanas, 4 semanas, 5 semanas, 6 semanas, 8 semanas ou 12 semanas antes), concomitantemente ou subsequentemente (e. g., 5 minutos, 15 10 minutos, 30 minutos, 45 minutos, 1 hora, 2 horas, 4 horas, 6 horas, 12 horas, 24 horas, 48 horas, 72 horas, 96 horas, 1 semana, 2 semanas, 3 semanas, 4 semanas, 5 semanas, 6 semanas, 8 semanas ou 12 semanas após) a administração de um segundo agente profiláctico ou terapêutico (diferente do 15 primeiro agente profiláctico ou terapêutico) a um individuo com uma doença ou distúrbio.

6.4 UTILIZAÇÃO ANTI-INFECCIOSA E DESINFETANTE

Os patogêneos bacterianos infectam muito frequentemente num local de membrana mucousa (e. g., 20 respiratória superior e inferior, intestinal, urogenital, ocular e semelhantes) . As próprias membranas mucousas são frequentemente o reservatório, por vezes o único reservatório, para muitas bactérias patogênicas encontradas no ambiente (e. g., pneumococos, estafilococos e estreptococos). Existem muito poucos anti-infecciosos que são concebidos para controlo do modo de transporte de bactérias patogênicas. Contudo, os estudos mostraram que por redução ou eliminação deste reservatório nos ambientes, tais como hospitais e clinicas, a incidência das infecções por estas bactérias será acentuadamente reduzida. A prevenção de infecções nosocomiais envolve a limpeza repetida e de rotina de superficies afetadas.

O bacteriófago e/ou polipeptideos da presente invenção pode ser utilizado em composições anti-infecciosas para controlar o crescimento de bactérias (e. g., bactérias Gram-positivas (e. g., S. aureus), bactérias Gram-negativas (e. g. , K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli e P. aeruginosa) ou bactérias não classificadas como Gram- positivas ou Gram-negativas), de modo a prevenir ou reduzir a incidência de infecções nosocomiais. Para além da utilização em composições para aplicação a membranas mucosas, um bacteriófago e/ou polipeptideo da presente incorporação pode também ser incorporado em formulações, tais como géis, cremes, unguentos ou pulverizadores para controlar ou prevenir a colonização de bactérias em superficies corporais (e. g. , pele e membranas mucosas) (e. g., para esterilização de campos cirúrgicos ou das mãos e pele exposta de trabalhadores de cuidados de saúde e/ou doentes) e outras superficies sólidas (e. g. , aparelhos, bancadas e, em particular, equipamento hospitalar).

6.5 UTILIZAÇÃO EM NANOTECNOLOGIA

O bacteriófago e/ou polipeptideos da presente invenção também podem ser utilizados em nanotecnologia, e. g. , no desenvolvimento de dispositivos à nanoescala. A combinação da nanotecnologia e da biologia molecular conduziu a uma nova geração de dispositivos baseados em nanoescala, tal como condutores de nanoescala. Os sistemas biológicos funcionam com base na estrutura de macromoléculas, principalmente proteinas e ácidos nucleicos, que estão organizados estruturalmente à nanoescala. Desta forma, as macromoléculas biológicas podem ter utilização em aplicações à nanoescala. Em particular, as proteinas com estruturas altamente organizadas podem ser utilizadas no desenvolvimento de dispositivos à nanoescala.

Nalgumas formas de realização, um polipeptideo da invenção compreendendo ou consistindo de uma proteina da cauda (e. g. , componente da cauda, proteina da fibra da cauda, proteina da cauda associada à adsorção, proteina de medida da fita do comprimento da cauda, subunidade da cunha da placa de base), ou seu fragmento, variante ou derivado, isolado a partir de um bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo de SEQ ID N°: 1, SEQ ID N°: 2, SEQ ID N°: 3, SEQ ID N°: 4, SEQ ID N°: 560, SEQ ID N°: 781 ou SEQ ID N°: 1074 (e. g. , bacteriófago F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10, F387/08 ou F125/10, respectivamente), pode ser utilizado em aplicações nanotecnológicas. Por exemplo, as proteinas da cauda das fibras da cauda do fago podem ter estruturas altamente organizadas e podem ter utilização em condutores à nanoescala. Tais condutores podem ser utilizados, e. g. , para depositar ouro e/ou outros iões.

Em formas de realização especificas, o polipeptideo da invenção utilizado em nanotecnologia é uma proteina da cauda isolada compreendendo ou consistindo da sequência de aminoácidos SEQ ID N°: 15, SEQ ID N°: 26, SEQ ID N° : 27, SEQ ID N°: 30, SEQ ID N°: 32-35, SEQ ID N°: 180, SEQ ID N°: 183, SEQ ID N°: 185, SEQ ID N°: 190, SEQ ID N°: 231, SEQ ID N°: 232, SEQ ID N°: 235, SEQ ID N°: 239-245, SEQ ID N°: 248, SEQ ID N°: 249, SEQ ID N°: 252, SEQ ID N°: 254, SEQ ID N°: 433-437, SEQ ID N°: 489-496, SEQ ID N°: 544, SEQ ID N°: 545, SEQ ID N°: 549, SEQ ID N°: 551, SEQ ID N°: 629, SEQ ID N°: 686, SEQ ID N°: 789, SEQ ID N°: 796-800, SEQ ID N°: 806, SEQ ID N°: 854, SEQ ID N° : 999-1004, 5 SEQ ID N°: 1053-1060, SEQ ID N°: 1077, SEQ ID N° : 1217, SEQ ID N°: 1250 ou SEQ ID N°: 1266. Noutras formas de realização, o polipeptideo da invenção compreende um fragmento, variante ou derivado de SEQ ID N°: 15, SEQ ID N°: 26, SEQ ID N°: 27, SEQ ID N°: 30, SEQ ID N°: 32- 35, SEQ ID N°: 180, SEQ ID N°: 183, SEQ ID N°: 185, SEQ ID N°: 190, SEQ ID N°: 231, SEQ ID N°: 232, SEQ ID N°: 235, SEQ ID N°: 239-245, SEQ ID N°: 248, SEQ ID N° : 249, SEQ ID N° : 252, SEQ ID N° : 254, SEQ ID N° : 433-437, SEQ ID N° : 489-496, SEQ ID N° : 544, 15 SEQ ID N° : 545, SEQ ID N° : 549, SEQ ID N° : 551, SEQ ID N° : 629, SEQ ID N° : 686, SEQ ID N° : 789, SEQ ID N° : 796-800, SEQ ID N °: 806, SEQ ID N° : 854, SEQ ID N° : 999-1004, SEQ : ID 1 1053-1060, SEQ : ID N Io : 1077, SEQ ID N°: 1217, SEQ ID N°: 1250 ou SEQ ID N°: 1266, em que 20 o referido fragmento, variante ou derivado possui uma estrutura altamente organizada. Tais polipeptideos têm utilização, e. g., em condutores à nanoescala, como acima descrito.

6.6 MÉTODOS DE DIAGNÓSTICO

A presente invenção abrange também métodos de diagnóstico para determinar o agente causador numa infecção bacteriana. Em determinadas formas de realização, o diagnóstico de um agente causador numa apresentação de infecção bacteriana é realizado por (i) cultivo de amostras de tecido, sangue ou fluidos de um doente de acordo com técnicas padrão; (ii) contacto da cultura com um ou mais bacteriófagos e/ou polipeptideos da invenção; e (iii) monitorização do crescimento celular e/ou evidência de lise após o referido contacto. Uma vez que a atividade do bacteriófago e/ou dos seus produtos isolados (e. g. , polipeptideos, ou fragmentos, variantes biologicamente ativos, ou seus derivados) tende a ser especifico de espécie ou estirpe, a susceptibilidade, ou a falta de susceptibilidade, a um ou mais bacteriófagos e/ou polipeptideos da invenção pode ser indicativa da espécie ou estirpe da bactéria infecciosa. Por exemplo, o crescimento negativo de culturas de teste após contacto com um bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 1 ou 781, ou com um seu polipeptideo isolado ou derivado dai, pode ser indicativo da amostra de teste compreendendo K. pneumoniae. De modo semelhante, um bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N° : 2, ou um seu produto polipeptidico isolado ou derivado dai, pode ser utilizado para identificar infecção por A. baumannii; um bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N° : 3, ou um seu produto polipeptidico isolado ou derivado dai, pode ser utilizado para identificar infecção por E. coli; enquanto que tendo um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N° : 4, ou um seu produto polipeptidico isolado ou derivado dai, pode ser utilizado para identificar infecção por P. aeruginosa; e aquele tendo um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 560 ou 1074 , ou um seu produto polipeptídico isolado ou derivado dai, pode ser utilizado para identificar infecção por S. aureus.

Adicionalmente, nalgumas formas de realização, o bacteriófago e/ou polipeptideos da presente invenção pode ser utilizado em biossensores no âmbito do diagnóstico. Como aqui utilizado, "biossensor" refere-se a um dispositivo analitico para a detecção de um analito que combina um componente biológico com um componente detector fisico-quimico. Em particular, as proteinas envolvidas no reconhecimento de receptores bacterianos podem ser utilizadas no desenvolvimento de biossensores de diagnóstico.

Nalgumas formas de realização, um polipeptideo da invenção compreendendo ou consistindo de uma proteina da cauda (e. g. , componente da cauda, proteina da fibra da cauda, proteina da cauda associada à adsorção, proteina de medida da fita do comprimento da cauda, subunidade da cunha da placa de base) , ou seu fragmento, variante ou derivado, isolado a partir de um bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo de SEQ ID N°: 1, SEQ ID N°: 2, SEQ ID N°: 3, SEQ ID N°: 4, SEQ ID N°: 560, SEQ ID N°: 781, SEQ ID N° : 1074 (e. g. , bacteriófago F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10, F387/08 ou F125/10, respectivamente), pode ser utilizado em aplicações de biossensor. Por exemplo, uma proteina da cauda do fago pode reconhecer especificamente uma ou mais espécies e/ou estirpes bacterianas e, assim, pode ter utilização no diagnóstico de biossensor. A detecção de uma determinada espécie e/ou estirpe bacteriana, através de um ou mais bacteriófagos e/ou polipeptideos da invenção, pode indicar a espécie ou estirpe de bactérias infecciosas.

Em formas de realização especificas, o polipeptideo da invenção utilizado em aplicações de biossensor é uma proteina da cauda isolada compreendendo ou consistindo da sequência de aminoácidos SEQ ID N°: 15, SEQ ID N°: 26, SEQ ID N°: N°: 27, 180, SEQ ID N°: SEQ ID N° 30, 183, SEQ ID N° SEQ ID N° 32-35, : 185, SEQ ID N°: 190, SEQ ID N° 231, SEQ ID N°: 232, SEQ ID N° : de aminoácidos SEQ ID N°: 15, SEQ ID N°: 26, SEQ ID N°: 235, SEQ ID N°: 239-245, SEQ ID N°: 248, SEQ ID N°: 249, SEQ ID N° 252, SEQ ID N°: 254, SEQ ID N°: 433-437, SEQ ID N° 489-496, SEQ ID N°: 544, SEQ ID N°: 545, SEQ ID N° 549, SEQ ID N°: 551, SEQ ID N°: 629, SEQ ID N° 686, SEQ ID N°: 789, SEQ ID N°: 796-800, SEQ ID N°: 806, SEQ ID N°: 854, SEQ ID N°: 999-1004, SEQ ID N°: 1053-1060, SEQ ID N°: 1077, SEQ ID N°: 1217, SEQ ID N°: 1250 ou SEQ ID N°: 1266.

Noutras formas de realização, o polipeptideo da invenção compreende um fragmento, variante ou derivado de SEQ ID N°: 15, SEQ ID N°: 26, SEQ ID N°: 27, SEQ ID N°: 30, SEQ ID N°: 32-35, SEQ ID N°: 180, SEQ ID N°: 183, SEQ ID N°: 185, SEQ ID N°: 190, SEQ ID N°: 231, SEQ ID N°: 232, SEQ ID N°: 235, SEQ ID N°: 239-245, SEQ ID N°: 248, SEQ ID N°: 249, SEQ ID N°: 252, SEQ ID N°: 254, SEQ ID N°: 433-437, SEQ ID N°: 489-496, SEQ ID N°: 544, SEQ ID N°: 545, SEQ ID N°: 549, SEQ ID N°: 551, SEQ ID N°: 629, SEQ ID N°: 686, SEQ ID N°: 789, SEQ ID N 0: 796-800, SEQ ID N°: 806, SEQ I'D N°: 854, SEQ ID N°: 999-1004, SEQ ID N°: 1053-1060, SEQ ID N°: 1077, SEQ ID N°: 1217, SEQ ID N°: 1250 ou SEQ ID N°: SEQ ID N° : SEQ ID N° : SEQ ID N°: SEQ ID N°: SEQ ID N° : SEQ ID N°: SEQ ID N°: SEQ ID N°: Noutras fo compreende SEQ ID N°: SEQ ID N°: SEQ ID N°: SEQ ID N°: SEQ ID N°: SEQ ID N°: SEQ ID N°: SEQ ID N°: SEQ ID N°: SEQ ID N°: SEQ ID N°: SEQ ID N°: 190, SEQ ID N°: 231, SEQ ID N°: 232, 235, SEQ ID N°: 239-245, SEQ ID N°: 248, 249, SEQ ID N°: 252, SEQ ID N°: 254, 433-437, SEQ ID N°: 489-496, SEQ ID N°: 544, 545, SEQ ID N°: 549, SEQ ID N°: 551, 629, SEQ ID N°: 686, SEQ ID N°: 789, 796-800, SEQ ID N°: 806, SEQ ID N°: 854, 999-1004, SEQ ID N°: 1053-1060, SEQ ID N°: 1077, 1217, SEQ ID N°: 1250 ou SEQ ID N°: 1266. rmas de realização, o polipeptideo da invenção um fragmento, variante ou derivado de 15, SEQ ID N°: 26, SEQ ID N°: 27, SEQ ID N°: 30, 32-35, SEQ ID N°: 180, SEQ ID N°: 183, 185, SEQ ID N°: 190, SEQ ID N°: 231, 232, SEQ ID N°: 235, SEQ ID N°: 239-245, 248, SEQ ID N°: 249, SEQ ID N°: 252, 254, SEQ ID N°: 433-437, SEQ ID N°: 489-496, 544, SEQ ID N°: 545, SEQ ID N°: 549, 551, SEQ ÍD N°: 629, SEQ ID N°: 686, 789, SEQ ID N°: 796-800, SEQ ID N°: 806, 854, SEQ ID N°: 999-1004, SEQ ID N°: 1053-1060, 1077, SEQ ID N°: 1217, SEQ ID N°: 1250 ou 1266, em que o referido fragmento, variante ou derivado é capaz de reconhecer especificamente uma bactéria, e. g. , uma espécie especifica e/ou uma ou mais estirpes especificas das bactérias. Tais polipeptideos têm utilização, e. g., em biossensores para detectar bactérias 5 especificas e/ou diagnosticar determinadas infecções, como acima descrito.

Geralmente, a proteina da cauda do fago para utilização num biossensor irá detectar a sua bactéria hospedeira, ou uma ou mais espécies especificas e/ou 10 estirpes especificas da bactéria hospedeira. Desta forma, em determinadas formas de realização, a invenção abrange uma proteina da cauda que corresponde à sequência de aminoácidos de SEQ ID N°: 15, SEQ ID N°: 26, SEQ ID N°: 27, SEQ ID N°: 30 ou SEQ ID N°: 32-35, ou uma sua variante, fragmento ou derivado, que reconhece e pode detectar uma ou mais estirpes de K. pneumoniae. Tal detecção pode ser indicativa de uma infecção de K. pneumoniae. Em determinadas formas de realização, a invenção abrange uma proteina da cauda que corresponde à sequência de 20 aminoácidos de SEQ ID N°: 180, SEQ ID N° : 183, SEQ ID N°: 185 ou SEQ ID N°: 190, ou uma sua variante, fragmento ou derivado, que reconhece e pode detectar uma ou mais estirpes de A. baumannii. Tal detecção pode ser indicativa de uma infecção de A. baumannii. Em determinadas 25 formas de realização, a invenção abrange uma proteina da cauda que corresponde à sequência de aminoácidos de SEQ ID N°: 231, SEQ ID N°: 232, SEQ ID N°: 235, SEQ ID N°: 239-245, SEQ ID N°: 248, SEQ ID N°: 249, SEQ ID N°: 252, SEQ ID N°: 254, SEQ ID N°: 433-437, 30 SEQ ID N°: 489-495 ou SEQ ID N°: 496, ou uma sua variante, fragmento ou derivado, que reconhece e pode detectar uma ou mais estirpes de E. coli. Tal detecção pode ser indicativa de uma infecção de E. coli.

Em determinadas formas de realização, a invenção 5 abrange uma proteina da cauda que corresponde à sequência de aminoácidos de SEQ ID N° : 544, SEQ ID N° : 545, SEQ IP N°: 549 ou SEQ IP N° : 551, ou uma sua variante, fragmento ou derivado, que reconhece e pode detectar uma ou mais estirpes de P. aeruginosa. Tal detecção pode ser indicativa de uma infecção de P. aeruginosa. Em determinadas formas de realização,- a invenção abrange uma proteina da cauda que corresponde à sequência de aminoácidos de SEQ ID N° : 629, SEQ ID N° : 686, SEQ ID N°: 1077, SEQ ID N°: 1217, SEQ ID N°: 1250 ou 15 SEQ ID N° : 1266, ou uma sua variante, fragmento ou derivado, que reconhece e pode detectar uma ou mais estirpes de S. aureus. Tal detecção pode ser indicativa de uma infecção de S. aureus. Em determinadas formas de realização, a invenção abrange uma proteina da cauda que corresponde à sequência de aminoácidos de SEQ ID N°: 789, SEQ ID N°: 796-800, SEQ ID N°: 806, SEQ ID N°: 854, SEQ ID N°: 999-1004 ou SEQ ID N°: 1053-1060, ou uma sua variante, fragmento ou derivado, que reconhece e pode detectar uma ou mais estirpes de K. pneumoniae. Tal detecção pode ser indicativa de uma infecção de K. pneumoniae.

Nalgumas formas de realização, a invenção abrange a utilização de mais do que uma proteina da cauda, e. g., uma combinação de duas ou mais das proteinas da cauda 30 proporcionadas acima, num biossensor para detectar mais do que uma espécie e/ou estirpes bacterianas. O biossensor pode também compreender proteinas adicionais e/ou outros agentes para detectar a mesma bactéria ou diferentes bactérias.

6.7 VARIANTES DE AMINOÁCIDOS

Podem ser criadas variantes de sequência de aminoácidos dos polipeptideos da invenção. Nalgumas formas de realização, podem ser variantes de substituição, inserção e/ou deleção. As variantes de deleção carecem de 10 um ou mais residuos da proteina nativa que são tipicamente não essenciais para a função (e. g. , atividade antibacteriana ou antimicrobiana) . Os mutantes de inserção envolvem tipicamente a adição de material num ponto não terminal no polipeptideo. As variantes de substituição 15 envolvem tipicamente a troca de um aminoácido por outro num ou mais locais dentro do polipeptideo, e podem ser concebidas para modular uma ou mais propriedades do polipeptideo, tal como estabilidade contra clivagem proteolitica, de um modo preferido, sem a perda (ou perda 20 substancial) de outras funções ou propriedades. As substituições deste tipo são, de um modo preferido, conservadoras, isto é, um aminoácido é substituido por outro com forma e carga semelhantes. As substituições conservadoras são bem conhecidas na técnica e incluem, por 25 exemplo, as alterações de: alanina para serina; arginina para lisina; asparagina para glutamina ou histidina; aspartato para glutamato; cisteina para serina; glutamina para asparagina; glutamato para aspartato; glicina para prolina; histidina para asparagina ou glutamina; isoleucina 30 para leucina ou valina; leucina para valina ou isoleucina; lisina para arginina; metionina para leucina ou isoleucina; fenilalanina para tirosina, leucina ou metionina; serina para treonina; treonina para serina; triptofano para tirosina; tirosina para triptofano ou fenilalanina; e 5 valina para isoleucina ou leucina.

Assim que são identificadas as áreas gerais do gene como codificantes de uma atividade antibacteriana particular, e. g. , como uma lisina, como aqui descrito, pode ser utilizada mutagénese dirigida para identificar com 10 maior particularidade que residuos de aminoácidos são importantes na atividade antibacteriana. Assim, um especialista na técnica será capaz de produzir, por exemplo, alterações de uma única base na cadeia de ADN para resultar num codão alterado e/ou uma mutação de sentido 15 alterado que preserva a função desejada.

De um modo preferido, a mutação dos aminoácidos de uma proteina cria uma molécula de segunda geração equivalente, ou mesmo melhorada. Por exemplo, determinados aminoácidos podem ser substituídos por outros aminoácidos numa 20 estrutura proteica sem perda detectável ou substancial de função (e. g. , atividade antibacteriana ou antimicrobiana). Ao fazer-se tais alterações, pode ser considerado o indice hidropático dos aminoácidos. A importância do indice hidropático aminoacidico para conferir função biológica 25 interactiva numa proteina é geralmente compreendida na técnica. É aceite que o carácter hidropático relativo do aminoácido contribui para a estrutura secundária da ~ proteina resultante que," pôr suã "vez, define a interacção da proteina com outras moléculas, por exemplo, interacção 30 com um peptidoglicano dentro do revestimento externo de uma bactéria Gram-positiva. Foi atribuído a cada aminoácido um indice hidropático com base nas suas características de hidrofobicidade e carga; por exemplo: isoleucina (+4,5); valina (+4,2); leucina (+3,8); fenilalanina (+2,8); 5 cisteína/cistina (+2,5); metionina (+1,9); alanina (+1,8); glicina (-0,4); treonina (-0,7); serina (-0,8); triptofano 0,9); tirosina (-1,3); prolina (-1,6); histidina (-3,2); glutamato (-3,5); glutamina (-3,5); aspartato (- 3,5); asparagina (-3,5); lisina (-3,9); e arginina (-4,5).

É também compreendido na técnica que a substituição de aminoácidos semelhantes pode ser feita eficazmente com base na hidrofilicidade. Tal como a hidrofobicidade, foram atribuídos valores de hidrofilicidade a cada aminoácido: arginina (+3,0); lisina (+3,0); aspartato (+3,0±l); glutamato (+3,0±l); serina (+0,3); asparagina (+0,2); glutamina (+0,2); glicina (0); treonina (-0,4); prolina (- 0,5±l); alanina (-0,5); histidina (-0,5); cisteína (-1,0); metionina (-1,3); valina (-1,5); leucina (-1,8); isoleucina (-1,8); tirosina (-2,3); fenilalanina (-2,5) e triptofano (-3,4). Podem ser obtidas moléculas equivalentes por substituição de um aminoácido por outro em que os seus índices hidropático e/ou de hidrofilicidade estão dentro de ±2, de um modo preferido, ±1 ou, de um modo muito preferido, ±5 de cada um.

Em determinadas formas de realização, a invenção abrange peptídeos isolados que compreendem 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ou 10, ou mais modificações de aminoácidos (e. g., inserção, substituição, deleção, etc.) relativamente a uma sequência de aminoácidos aqui 30 divulgada. Em formas de realização preferidas, a(s) mutação(ões) é(são) feita(s) de modo que a atividade biológica do polipeptideo particular seja retida ou substancialmente retida. Por exemplo, a presente invenção abrange polipeptideos isolados a partir do bacteriófago F387/08, F391/08, F394/08, F488/08, F510/068, F44/10 e/ou F125/10, que são mutados para compreender 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ou 10, ou mais modificações de aminoácidos relativamente a uma sequência de aminoácidos aqui listada, e que apresentam atividade antibacteriana contra uma ou mais espécies ou estirpes de bactéria Gram-positiva ou Gram-negativa, e. g. , contra K. pneumoniae, A. baumannii, E. coli, P. aeruginosa e/ou S. aureus. Em formas de realização especificas, os polipeptideos da invenção derivados de F387/08 ou F391/08 apresentam atividade antibacteriana ou antimicrobiana, e. g., atividade de morte litica, contra, pelo menos, K. pneumoniae; aqueles derivados de F394/08 contra, pelo menos, A. baumannii; aqueles derivados de F488/08 contra, pelo menos, E. coli; aqueles derivados de F510/08 contra, pelo menos, P. aeruginosa e aqueles derivados de F44/10 ou F125/10 contra, pelo menos, S. aureus.

6.8 POLINUCLEÓTIDOS QUE CODIFICAM POLIPEPTIDEOS DA INVENÇÃO

A invenção proporciona polinucleótidos compreendendo uma sequência nucleotidica que codifica um polipeptideo da invenção. A invenção abrange também polinucleótidos que hibridam sob condições de hibridação de restringência elevada, intermédia ou baixa, e. g., como definido supra, com polinucleótidos que codificam um polipeptideo da invenção e que codificam polipeptideos modificados que têm atividade biológica antibiótico e/ou outra.

Os polinucleótidos podem ser obtidos, e a sequência nucleotidica dos polinucleótidos determinada, através de qualquer método conhecido na técnica. Por exemplo, um 5 polinucleótido que codifica um polipeptideo da invenção pode ser produzido a partir de ácido nucleico de uma fonte adequada (e. g.r bacteriófago F387/08, F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10 e/ou F125/10). As sequências nucleotidicas podem ser isoladas a partir de genomas 10 fágicos por métodos de rotina conhecidos na técnica (ver, e. g. , Carlson, "Working with bacteriophage: common techniques and methodological approaches", Em, Kutter e Sulakvelidze (Eds) Bacteriophage: Biology and Applications, 5a ed. CRC Press (2005); aqui incorporado por referência na 15 sua totalidade). Se uma fonte contendo um ácido nucleico que codifica um polipeptideo particular não estiver disponível, mas a sequência de aminoácidos do polipeptideo da invenção for conhecida, um ácido nucleico que codifica o polipeptideo pode ser quimicamente sintetizado e clonado em 20 vetores de clonagem replicáveis utilizando qualquer método bem conhecido na técnica.

Uma vez determinada a sequência nucleotidica do polipeptideo da invenção, a sequência nucleotidica do polipeptideo pode ser manipulada utilizando métodos bem 25 conhecidos na técnica para a manipulação de sequências nucleotidicas, e. g., técnicas de ADN recombinante, mutagénese dirigida, PCR, etc. (ver, por exemplo, as técnicas descritas em Sambrook et al.r 1990, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 2a Ed., Cold Spring Harbor 30 Laboratory, Cold Spring Harbor, NI e Ausubel et al., eds., 1998, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, NI, que são ambos aqui incorporados por referência na sua totalidade), para produzir polipeptideos que têm uma sequência de aminoácidos diferente, por exemplo para criar substituições, deleções e/ou inserções de aminoácidos.

Nalgumas formas de realização, é proporcionada uma sequência nucleotidica que codifica uma ou mais ORF das Figuras 2, 4, 6, 8, 10, 12 e 14. Nalgumas formas de realização, é proporcionada uma sequência nucleotidica que codifica uma variante, fragmento ou derivado de uma ou mais ORF das Figuras 2, 4, 6, 8, 10, 12 e 14, em que a variante, fragmento ou derivado apresenta atividade antibacteriana ou antimicrobiana (e. g. , atividade de morte litica) contra uma ou mais estirpes de K. pneumoniae, por exemplo, contra o bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 1 ou SEQ ID N° : 781; e/ou um contra uma ou mais estirpes de A. baumannii, por exemplo, contra o bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N° : 2; e/ou contra uma ou mais estirpes de E. coli, por exemplo, contra o bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 3; contra uma ou mais estirpes de P. aeruginosa, por exemplo, contra o bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 4; e/ou contra uma ou mais estirpes de S. aureus, por exemplo, contra o bacteriófago que tem um genoma compreendendo ou consistindo da sequência de ácido nucleico SEQ ID N°: 560 ou SEQ ID N°: 1074.

6.9 EXPRESSÃO RECOMBINANTE DE MOLÉCULAS DA INVENÇÃO

Uma vez obtida uma sequência de ácido nucleico que codifica uma molécula da invenção (e. g., um polipeptideo), o vetor para a produção das moléculas pode ser produzido por tecnologia de ADN recombinante utilizando técnicas bem 5 conhecidas no campo técnico. Os métodos que são bem conhecidos dos especialistas na técnica podem ser utilizados para construir vetores de expressão contendo as sequências codificantes para as moléculas da invenção e sinais de controlo de transcrição e tradução apropriados. 10 Estes métodos incluem, por exemplo, técnicas de ADN recombinante in vitro, técnicas sintéticas e recombinação genética in vivo. (Ver, por exemplo, as técnicas descritas em Sambrook et al., 1990, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 2a Ed. , Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring 15 Harbor, NI e Ausubel et al., eds., 1998, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, NI).

A presente invenção proporciona vetores de expressão que codificam os' polipeptideos da invenção. Um vetor de expressão compreendendo a sequência nucleotidica de uma 20 molécula identificada pelos métodos da invenção pode ser transferido a uma célula hospedeira por técnicas convencionais (e. g., eletroporação, transfecção lipossomal e precipitação com fosfato de cálcio) e as células transfectadas são depois cultivadas por técnicas 25 convencionais para produzir as moléculas da invenção. Em formas de realização preferidas, a célula hospedeira é diferente da espécie da bactéria parental a partir da qual foi derivado- o bacteriófago compreendendo a sequência. Em formas de realização especificas, a expressão das moléculas 30 da invenção é regulada por um promotor constitutivo, indutivel ou específico de tecido. Em formas de realização específicas, o vetor de expressão é pQE-30 (Qiagen) ou pET- 29(a) (Novagen).

As células hospedeiras utilizadas para expressar as moléculas identificadas pelos métodos da invenção podem ser células bacterianas (de um modo preferido, não susceptíveis à proteína bacteriófaga, ou sua variante, derivado ou fragmento da invenção). Pode ser utilizada uma variedade de sistemas de vetor de expressão em hospedeiro para expressar as moléculas identificadas pelos métodos da invenção. Tais sistemas de expressão em hospedeiro representam veículos através dos quais as sequências codificantes das moléculas da invenção podem ser produzidas e, subsequentemente, purificadas, mas também representam células que podem, quando transformadas ou transfectadas com as sequências codificantes nucleotídicas apropriadas, expressar as moléculas da invenção in situ. Estes incluem, mas não estão limitados a, microrganismos, tal como bactérias que não são susceptíveis à proteína do bacteriófago, ou sua variante, derivado ou fragmento da invenção (e. g., B. subtilis) transformados com vetores de expressão de ADN recombinante de bacteriófago, ADN plasmídico ou ADN de cosmídeo, contendo sequências codificantes para as moléculas identificadas pelos métodos da invenção; levedura (e. g. , Saccharomyces Pichia) transformada com vetores de expressão de levedura recombinante contendo sequências que codificam as moléculas identificadas pelos métodos da invenção; sistemas de célula de insecto' infectados com vetores de expressão de vírus recombinante (e. g. , baculovírus) contendo as sequências que codificam as moléculas identificadas pelos métodos da invenção; sistemas de célula vegetal infectados com vetores de expressão de virus recombinante (e. g. , virus do mosaico da couve-flor (CaMV) e virus do mosaico do tabaco (TMV)) ou transformados com 5 vetores de expressão de plasmideo recombinante (e. g. , plasmideo Ti) contendo sequências que codificam as moléculas identificadas pelos métodos da invenção; ou sTstêmãs celulares de mamifero (e. g., células COS, CHO, BHK, 293, 293T, 3T3, células linfóticas (ver documento U.S. 5807715), células Per C.6 (células retinianas humanas desenvolvidas pela Crucell) albergando construções de expressão recombinante contendo promotores derivados do genoma de células de mamifero (e. g. , promotor da metalotioneina) ou de virus de mamiferos (e. g., o promotor 15 tardio de adenovirus; o promotor 7,5K do virus vacinia) contendo sequências que codificam as moléculas identificadas pelos métodos da invenção.

Em sistemas bacterianos não susceptíveis à proteina bacteriófaga, ou sua variante, derivado ou fragmento da 20 invenção, podem ser vantajosamente selecionados uma variedade de vetores de expressão dependendo da utilização pretendida para a molécula a ser expressa. Por exemplo, quando é para ser produzida uma grande quantidade de tal proteina, para a produção de composições farmacêuticas de 25 um polipeptideo, podem ser desejáveis vetores que dirigem a expressão de niveis elevados de produtos de fusão proteicos que são prontamente purificados. Tais vetores incluem, mas não estão limitados, ao vetor de expressão de E. coli pUR278 (Ruther et al., 1983, EMBO J. 2:1791), em que a 30 sequência proteica pode ser ligada individualmente no vetor, em grelha com a região codificante lac Z de modo que seja produzida uma proteina de fusão; vetores pIN (Inouye & Inouye, 1985, Nucleic Acids Res. 13:3101-3109; Van Heeke e Schuster, 1989, J. Biol. Chem. 24:5503-5509); e semelhantes. Os vetores pGEX também podem ser utilizados para expressar polipeptideos estranhos como proteinas de fusão com glutationo S-transferase (GST). Em geral, tais proteinas de fusão são solúveis e podem ser facilmente purificadas a partir das células lisadas por adsorção e 10 ligação a uma matriz de esferas de glutationo-agarose, seguida por eluição na presença de glutationo livre. Os vetores pGEX são concebidos para incluir locais de clivagem da trombina ou protease do fator Xa, de modo que o produto génico alvo clonado possa ser libertado a partir da unidade 15 GST.

Num sistema de insecto, é utilizado o virus da poli- hedrose nuclear de Autographa californica (AcNPV) como um vetor para expressar genes estranhos. 0 virus cresce, de um modo preferido, em células de Spodoptera frugiperda. A 20 sequência codificante do polipeptideo pode ser clonada individualmente em regiões não essenciais (e. g., o gene da poli-hedrina) do virus e colocada sob controlo de um promotor AcNPV (e. g., o promotor da poli-hedrina).

Assim que uma molécula da invenção (i. e., polipeptideos) foi expressa recombinantemente, esta pode ser purificada por qualquer método conhecido na técnica para a purificação de polipeptideos, por exemplo, através de cromatografia (e. g., cromatografia em coluna de permuta iónica, de afinidade e de exclusão de tamanho), 30 centrifugação, solubilidade diferencial, ou através de qualquer outra técnica padrão para a purificação de polipeptideos ou anticorpos.

Determinadas modificações e melhorias irão ocorrer aos especialistas na técnica após leitura da descrição anterior. Deve ser compreendido que todas essas modificações e melhorias foram removidas daqui por questões de concisão e legibilidade, mas estão apropriadamente dentro do âmbito das seguintes reivindicações.

7 . EXEMPLOS

É compreendido que os seguintes exemplos e formas de realização aqui descritos são apenas para fins ilustrativos e que várias modificações ou alterações à luz dos mesmos, serão sugestivos para especialistas na técnica e estão incluidos dentro do espirito e alcance deste pedido, e do âmbito das reivindicações anexas. Todas as publicações, patentes e pedidos de patente aqui citados são aqui incorporados por referência na sua totalidade, para todos os fins.

Salvo indicação em contrário, os bacteriófagos da invenção foram isolados, processados e analisados de acordo com os seguintes métodos.

7.1.1 PURIFICAÇÃO DE FAGO

Preparações stock de bacteriófagos isolados a partir de amostras clinicas foram preparadas de acordo com 25 protocolos descritos em Carlson, "Working with bacteriophage: common techniques and methodological approaches," Em, Kutter e Sulakvelidze (Eds) Bacteriophage: • Biology and' Applications, 5a'ed. CRC 'Press (2005) ("Carlson", aqui incorporado por referência na sua 30 totalidade).

As preparações stock de bacteriófagos foram concentradas por precipitação com PEG, de acordo com o protocolo descrito em Carlson e Yamamoto et al., 2004, PNAS 101:6415-6420. Resumidamente, a preparação stock foi 5 incubada em NaCl a 1 M durante uma hora a 4 °C com agitação. Em seguida, foi adicionado gradualmente PEG 8000 (AppliChem, Cheshire, MA) a uma concentração final de 10% (p/v) . A composição foi depois incubada, de um dia para o outro, a 4 °C. Após o periodo de incubação, a composição 10 foi centrifugada a 10000 x g durante 30 minutos a 4 °C. O sedimento foi depois ressuspenso em tampão SM (0,05 M Tris- HCL a pH 7,4, NaCl a 0,1 M, MgSO4 a 10 mM) com gelatina a 1% p/v e novamente centrifugada a 1000 rpm a 4 °C durante 10 minutos. O sobrenadante contendo o fago suspenso foi 15 conservado para purificação adicional. O sobrenadante foi purificado utilizando um gradiente de CsCl de acordo com os métodos em Carlson.

O CsCl foi removido do stock de fagos purificado e concentrado por diálise. Uma membrana de diálise, Cellu.Sep 20 Hl High Grade Regenerated Cellulose Tubular Membrane (Cellu.Sep, River Street, EUA), foi preparada de acordo com as instruções do fabricante. A diálise envolveu uma primeira incubação de 30 minutos em 100 mM Tris-HCl e NaCl de 3 M (pH 7,4) a 4 °C. Isto foi seguido por uma segunda 25 incubação de 30 minutos em 100 mM Tris-HCl e NaCl a 0,3 M (pH 7,4) a 4 °C. Após a diálise, o fago suspenso foi removido do interior do saco de diálise e armazenado a 4 °C.

7.1.2 EXTRAÇÃO DE ADN FÁGICO

A 5 mL das amostras de bacteriófago purificado e concentrado, foram adicionados EDTA a 20 mM pH 8,0, SDS a 0,5% (p/v) e proteinase K a uma concentração final de 40 pg/mL. A mistura foi incubada a 56 °C durante uma hora. Foram realizadas extracções sucessivas em 5 fenol:clorofórmio:álcool a proporções de 25:24:1 até a interface entre as fases aquosas e orgânicas estar limpida. A fase aquosa foi depois tratada com um volume igual de clorofórmio e centrifugada a 130000 x g durante 10 minutos a 4 °C. A fase aquosa foi novamente removida e o ADN foi 10 precipitado por adição de dois volumes de etanol absoluto e incubação durante trinta minutos a 20 °C. As amostras foram depois centrifugadas a 11000 x g durante 30 minutos a 4 °C. O precipitado foi lavado com etanol a 70% à temperatura ambiente e ressuspenso em 50 pL de água ultra-pura (Gibco, 15 Califórnia) . A concentração de ADN foi determinada por medição da absorvência a 260 nm num espectrofotômetro ND- 1000. A integridade do ADN fágico isolado foi analisada por eletroforese em gel de agarose a 1%.

7.1.3 ANÁLISE DOS GENOMAS FÁGICOS

A sequenciação do genoma do bacteriófago permitiu a identificação de potenciais grelhas de leitura aberta (ORF) dentro do genoma. As ORF putativas do bacteriófago foram utilizadas para pesquisar a base de dados da coleção de nucleótidos de NCBI para sequências de ADN homólogo utilizando o programa BLASTN (ver, e. g., Zhang et al., 2000, J. Comput. Biol. 7:203-214).

7.2 EXEMPLO 1: Bacteriófago F391/08

A comparação das ORF putativas do genoma do bacteriófago F391/08 com as sequências na base de dados de 30 nucleótidos de NCBI revelou que apenas pequenas porções do genoma (^11% de cobertura do genoma) apresentava homologia com sequências conhecidas. Uma organização esquemática do genoma de F391/08 é proporcionada na FIG. 1. As ORF de F391/08, suas sequências de aminoácidos codificadas e 5 proteinas homólogas conhecidas são proporcionadas na FIG. 2. A previsão de orf foi realizada por integração dos resultados obtidos com programas GeneMark.hmm e MetaGeneAnnotator (Besemer, J. e Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920; Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387-39,6). As pesquisas de homologia de proteina foram realizadas com o programa BLASTP (Alschul, S.F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402) utilizando a base de dados de sequências de proteina não redundantes de NCBI. Os dominios conservados de proteina 15 foram previstos utilizando BLAST especializada de NCBI (Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240) . As orf cujos produtos apresentaram homologia com a(s) mesma(s) proteina(s) são indicadas com o mesmo número com a adição de uma letra minúscula, na FIG. 2. A 20 identificação de genes putativos de ARN de transferência (ARNt) foi realizada utilizando o programa tRNAscan-SE (Lowe, T.M. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 955-964).

A Tabela 1 abaixo proporciona os resultados de testes de mancha que avaliaram a gama de hospedeiro e a atividade 25 do bacteriófago F391/08 contra 100 estirpes de Klebsiella sp. (86 estirpes de K. pneumoniae; 12 estirpes de K. oxytoca; e 2 estirpes de Klebsiella sp.) isoladas de amostras clinicas. Cada mancha continha 5 μL de suspensão do bacteriófago com os titulos indicados, preparada a 30 partir de um lisado purificado de CsCl. A sensibilidade de cada estirpe ao fago foi avaliada com base numa escala relativa que varia desde halos de lise túrbidos (+) até limpidos (++++). As manchas originárias de placas fágicas isoladas são indicadas como (pfu) e a resistência à 5 infecção por fago é indicada como (-) . A percentagem de estirpes que apresentam um fenótipo sensivel particular é também indicada. Tabela 1

7.3 EXEMPLO 2: Bacteriófago F394/08

A comparação das ORF putativas do genoma do bacteriófago F394/08 com as sequências na base de dados de nucleótidos de NCBI não revelou homologias significativas com sequências conhecidas, à exceção daquelas observadas para pequenas porções do genoma (<1% de cobertura do genoma). Uma organização esquemática do genoma de F394/08 é proporcionada na FIG. 3. As ORF de F394/08, suas sequências de aminoácidos codificadas e proteinas homólogas conhecidas são proporcionadas na FIG. 4. A previsão de orf foi realizada por integração dos resultados obtidos com programas GeneMark.hmm e MetaGeneAnnotator (Besemer, J. e Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920; Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387-396) . As pesquisas de homologia de proteina foram realizadas com o programa BLASTP (Alschul, S.F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402) utilizando a base de dados de sequências de proteina não redundantes de NCBI. Os dominios 5 conservados de proteina foram previstos utilizando BLAST especializada de NCBI (Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240). As orf cujos produtos apresentaram homologia com a(s) mesma(s) proteina(s) são indicadas com o mesmo número com a adição de uma letra 10 minúscula, na FIG. 4. A identificação de genes putativos de ARN de transferência (ARNt) foi realizada utilizando o programa tRNAscan-SE (Lowe, T.M. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 955-964).

A Tabela 2 abaixo proporciona os resultados de testes 15 de mancha que avaliaram a gama de hospedeiro e a atividade do bacteriófago F394/08 contra 100 estirpes de Acinetobacter sp. (93 estirpes de A. baumannii; 6 estirpes de A. calcoaceticus; e 1 estirpe de A. Iwoffi) isoladas de amostras clinicas. Cada mancha continha 5 pL de suspensão 20 do bacteriófago com os títulos indicados, preparada a partir de um lisado purificado de CsCl. A sensibilidade de cada estirpe ao fago foi avaliada com base numa escala relativa que varia desde halos de lise túrbidos (+) até límpidos (++++). As manchas originárias de placas fágicas 25 isoladas são indicadas como (pfu) e a resistência à infecção por fago é indicada como (-) . A percentagem de estirpes que apresentam um fenótipo sensível particular é também indicada. Tabela 2

7.4 EXEMPLO 3: Bacteriófago F488/08

A comparação das ORF putativas do genoma do bacteriófago F488/08 com as sequências na base de dados de 5 nucleótidos de NCBI revelou que aproximadamente 94% do ADN do fago F488/08 é altamente semelhante àquele do fago RB14 de enterobactérias, com identidades de ORF individuais que variam desde 70 a 100%. Uma organização esquemática do . genoma de F488/08 é proporcionada na FIG. 5. As ORF de 10 F4884/08, suas sequências de aminoácidos codificadas e proteinas homólogas conhecidas são proporcionadas na FIG. 6. A previsão de orf foi realizada por integração dos resultados obtidos com programas GeneMark.hmm e MetaGeneAnnotator (Besemer, J. e Borodovsky, M. 1999. 15 Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920; Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387-396). As pesquisas de homologia de proteina foram realizadas com o programa BLASTP (Alschul, S.F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402) utilizando a base de dados de sequências de proteina não 20 redundantes de NCBI. Os dominios conservados de proteina foram previstos utilizando BLAST especializada de NCBI (Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240). As orf cujos produtos apresentaram homologia com a(s) mesma(s) proteina(s) são indicadas com o mesmo número com a adição de uma letra minúscula, na FIG. 4. A identificação de genes putativos de ARN de transferência (ARNt) foi realizada utilizando o programa tRNAscan-SE (Lowe, T.M. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 955-964).

A Tabela 3 abaixo proporciona os resultados de testes de mancha que avaliaram a gama de hospedeiro e a atividade do bacteriófago F488/08 contra 100 estirpes de Escherichia coli (ECO) isoladas de amostras clinicas. Cada mancha continha 5 μL de suspensão do bacteriófago com os titulos indicados, preparada a partir de um lisado purificado por cromatografia de troca iónica. A sensibilidade de cada estirpe ao fago foi avaliada com base numa escala relativa que varia desde halos de lise túrbidos (+) até limpidos (++++). As manchas originárias de placas fágicas isoladas são indicadas como (pfu) e a resistência à infecção por fago é indicada como (-) . A percentagem de estirpes que apresentam um fenótipo sensivel particular é também indicada. Tabela 3

7.5 EXEMPLO 4: Bacteriófago F510/08

A comparação das ORF putativas do genoma do bacteriófago F510/08 com as sequências na base de dados de nucleótidos de NCBI revelou que aproximadamente 95% do ADN 5 do fago F510/08 é altamente semelhante àquele do fago LUZ19 de Pseudomonas, com identidades de ORF individuais que variam desde 89 a 97%. Uma organização esquemática do .genoma—de--F5-l-0-/-0-8-'é ""pTppbrciõhãda na FIG. 7. As ORF de F510/08, suas sequências de aminoácidos codificadas e 10 proteinas homólogas conhecidas são proporcionadas na FIG. 8. A predição dos orfs foi realizada por integração dos resultados obtidos com programas GeneMark.hmm e MetaGeneAnnotator (Besemer, J. e Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920; Noguchi, H. et al., 15 2008. DNA Res., 15: 387-396). As pesquisas de homologia de proteina foram realizadas com o programa BLASTP (Alschul, S.F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402) utilizando a base de dados de sequências de proteina não redundantes de NCBI. Os dominios conservados de proteina 20 foram previstos utilizando BLAST especializada de NCBI (Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240). As orf cujos produtos apresentaram homologia com a(s) mesma(s) proteina(s) são indicadas com o mesmo número com a adição de uma letra minúscula, na FIG. 8. A 25 identificação de genes putativos de ARN de transferência (ARNt) foi realizada utilizando o programa tRNAscan-SE (Lowe, T.M. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 955-964).

A Tabela 4 abaixo proporciona os resultados de testes de mancha que avaliaram a gama de hospedeiro e a atividade 30 do bacteriófago F510/08 contra 100 estirpes de Pseudomonas aeruginosa (PSA) isoladas de amostras clinicas. Cada mancha continha 5 μL de suspensão do bacteriófago com os titulos indicados, preparada a partir de um lisado purificado de CsCl. A sensibilidade de cada estirpe ao fago foi avaliada 5 com base numa escala relativa que varia desde halos de lise túrbidos (+) até limpidos (++++). As manchas originárias de placas fágicas isoladas são indicadas como (pfu) e a resistência à infecção por fago é indicada como (-) . A percentagem de estirpes que apresentam um fenótipo sensivel 10 particular é também indicada. Tabela 4

7.6 EXEMPLO 5: Bacteriófago F44/10

A comparação das ORF putativas do genoma do bacteriófago F44/10 com as sequências na base de dados de 15 nucleótidos de NCBI revelou que aproximadamente 81% do ADN do fago F44/10 é altamente semelhante àquele do fago K de Staphylococcus, com identidades de ORF individuais que variam desde 80 a 99%. Uma organização esquemática do genoma de F44/10 é proporcionada na FIG. 9. As ORF de 20 F44/10, suas sequências de aminoácidos codificadas e proteinas homólogas conhecidas são proporcionadas na FIG. 10. A predição dos orfs foi realizada por integração dos resultados obtidos com programas GeneMark.hmm e MetaGeneAnnotator (Besemer, J. e Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920; Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387-396). As pesquisas de homologia de proteina foram realizadas com o programa BLASTP (Alschul, S.F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402) utilizando a base de dados de sequências de proteina não redundantes de NCBI. Os dominios conservados de proteina foram previstos utilizando BLAST especializada de NCBI (Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240) . As orf cujos produtos apresentaram homologia com a(s) mesma(s) proteina(s) são indicadas com o mesmo número com a adição de uma letra minúscula, na FIG. 10. Como previamente descrito para o fago K de Staphylococcus, o gene putativo da polimerase (orfll4a, orfll4b) pode conter uma sequência de tipo intrão. (O'Flaherty et al., 2004). A identificação de genes putativos de ARN de transferência (ARNt) foi realizada utilizando o programa tRNAscan-SE (Lowe, T.M. et al., 1997. Nucleic Acids Res ., 25: 955- 964) .

A Tabela 5 abaixo proporciona os resultados de testes de mancha que avaliaram a gama de hospedeiro e a atividade do bacteriófago F44/10 contra 100 estirpes de Staphylococcus aureus (STA) isoladas de amostras clinicas. Cada mancha continha 5 μL de suspensão do bacteriófago com os titulos indicados, preparada a partir de um lisado purificado de CsCl. A sensibilidade de cada estirpe ao fago foi avaliada com base numa escala relativa que varia desde halos de lise túrbidos ( + ) até limpidos (++ + + ) . As manchas originárias de placas fágicas isoladas são indicadas como (pfu) e a resistência à infecção por fago é indicada como (-) . A percentagem de estirpes gue apresentam um fenótipo sensivel particular é também indicada. Tabela 5

7.7 EXEMPLO 6: Bacteriófago F387/08

A comparação das ORF putativas do genoma do bacteriófago -F387/.08 com as sequências na. base de dados de nucleótidos de NCBI não revelou homologias significativas 10 com sequências conhecidas, à exceção de pequenas, porções, do genoma 12% de cobertura do genoma). Uma organização esquemática do genoma de F387/08 é proporcionada na FIG. 11. As orf funcionalmente atribuídas são indicadas à direita e nas FIG. 11B-C. As pesquisas de homologia de ADN 15 foram realizadas com o programa BLASTN (Zhang, Z. et al., 2000. J. Comput. Biol., 7: 203-214), utilizando a base de dados da coleção de nucleótidos de NCBI.

As ORF de F387/08, suas sequências de aminoácidos codificadas e proteinas homólogas conhecidas são 20 proporcionadas na FIG. 12. A previsão de orf foi realizada por integração dos resultados obtidos com programas GeneMark.hmm e MetaGeneAnnotator (Besemer, J. e Borodovsky, M. 1999. Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920; Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387-396). As pesquisas de homologia de proteina foram realizadas com o programa BLASTP (Alschul, S.F. et al., 1997. Nucleic Acids Res., 25: 3389-33402) utilizando a base de dados de sequências de proteina não redundantes de NCBI. Os dominios conservados de proteina foram previstos utilizando BLAST especializada 10 de NCBI (Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240).

A Tabela 6 abaixo proporciona os resultados de testes de mancha que avaliaram a gama de hospedeiro e a atividade do bacteriófago F387/08 contra 100 estirpes de Klebsiella 15 sp. (86 estirpes de K. pneumoniae; 12 estirpes de K. oxytoca; e 2 estirpes de Klebsiella sp. ) isoladas de amostras clinicas. Cada mancha continha 5 μL de suspensão do bacteriófago com os titulos indicados, preparada a partir de um lisado purificado de CsCl. A sensibilidade de 20 cada estirpe ao fago foi avaliada com base numa escala relativa que varia desde halos de lise túrbidos (+) até limpidos (++++). As manchas originárias de placas fágicas isoladas são indicadas como (pfu) e a resistência à infecção por fago é indicada como (-) . A percentagem de 25 estirpes que apresentam um fenótipo sensivel particular é também indicada. Tabela 6

7.8 EXEMPLO 7: Bacteriófago F125/10

A comparação das ORF putativas do genoma do bacteriófago F125/10 com as sequências na base de dados de 5 nucleótidos de NCBI revelou que aproximadamente 87% do ADN do fago F125/10 é altamente semelhante àquele do fago A5W de Staphylococcus, com identidades de ORF individuais que variam desde 77 a 99%. Uma organização esquemática do genoma de F125/10 é proporcionada na FIG. 13. As ORF de F125/10, suas sequências de aminoácidos codificadas e proteinas homólogas conhecidas são proporcionadas na FIG. 14. A previsão de orf foi realizada por integração dos resultados obtidos com programas GeneMark.hmm e MetaGeneAnnotator (Besemer, J. e Borodovsky, M. 1999.

Nucleic Acids Res., 27: 3911-3920; Noguchi, H. et al., 2008. DNA Res., 15: 387-396). As pesquisas de homologia de proteina foram realizadas com o programa BLASTP (Alschul, S.F. et al., 1997. Nucleic Acids Res ., 25: 3389-33402) utilizando a base de dados de sequências de proteina não redundantes de NCBI. Os dominios conservados de proteina foram previstos utilizando BLAST especializada de NCBI (Marchler-Bauer, A. et al., 2007. Nucleic Acids Res. 35: 237-240). As orf cujos produtos apresentaram homologia com a(s) mesma(s) proteína(s) são indicadas com o mesmo número com a adição de uma letra minúscula, na FIG. 14. Como 5 previamente descrito para o fago K de Staphylococcus (O'Flaherty et al., 2004, J. of Bacteriology 186(9):2862- 28.7-1-)-, e fago Twort (Landthaler et al., 2002, Nucleic Acids Research 30(9):1935-1943), foram encontrados intrões que interrompem genes envolvidos no metabolismo do ADN; e o 10 gene putativo da subunidade grande da terminase (orfl53a, orfl53b) pode conter uma sequência de tipo . intrão (orfl54*) .

A Tabela 7 abaixo proporciona os resultados de testes de mancha que avaliaram a gama de hospedeiro e a atividade 15 do bacteriófago F125/10 contra 98 estirpes de Staphylococcus aureus (STA) isoladas de amostras clinicas. Cada mancha continha 5 pL de suspensão do bacteriófago com os titulos indicados, preparada a partir de um lisado purificado de CsCl. A sensibilidade de cada estirpe ao fago 20 foi avaliada com base numa escala relativa que varia desde halos de lise. túrbidos ( + ) até limpidos (++ + +) . As diluições fágicas originárias de placas fágicas isoladas são indicadas como (pfu) e a resistência à infecção por fago é indicada como (-) . A percentagem de estirpes que 25 apresentam um fenótipo sensivel particular é também indicada. Tabela 7

Claims (7)

1. Composição farmacêutica caracterizada pelo fato de compreender um bacteriófago designado de F44/10 que tem um genoma que compreende a sequência de ácido nucleico de SEQ ID N°: 560, e um veículo farmaceuticamente aceitável.

2. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 1, caracterizada pelo fato de compreender um bacteriófago que tem um genoma que compreende a sequência de ácido nucleico de SEQ ID N° : 560 eficaz contra Staphylococcus aureus.

3. Composição farmacêutica caracterizada pelo fato de compreender um bacteriófago designado de F44/10 que tem um genoma que compreende a sequência de ácido de SEQ ID N°: 560, em que a referida composição é formulada para aplicação tópica.

4. Uso de uma quantidade terapeuticamente eficaz da composição farmacêutica, conforme definida em qualquer uma das reivindicações 1, 2 e 3, caracterizado pelo fato de ser para a preparação de um medicamento para tratar ou prevenir uma infecção bacteriana em um indivíduo em necessidade do mesmo, em que a referida infecção bacteriana é uma infecção causada por Staphylococcus aureus; e/ou em que a infecção é uma infecção nosocomial, uma infecção da pele, pulmões, trato urinário, ou rins, e/ou uma infecção associada com um ferimento por queimadura ou úlcera do pé diabético; e/ou em que o indivíduo é um mamífero, preferencialmente um humano, e/ou em que a composição é administrada topicamente.

5. Método para diagnosticar o agente causador de uma infecção bacteriana caracterizado pelo fato de compreender: (i) cultivar uma amostra de tecido de um paciente; (ii) contactar a cultura da etapa (i) com a composição farmacêutica conforme definido na reivindicação 1; e (iii) monitorar para evidências de crescimento ou lise da cultura, em que as evidências de lise da cultura indicam que a cultura compreende uma espécie ou estirpe de bactéria que é conhecida por ser susceptível ao bacteriófago ou polipeptídeo utilizado na etapa (ii); preferencialmente, em que a amostra de tecido é uma amostra de sangue, urina, expectoração, biopsia de tecido ou exsudado recolhidos a partir do referido paciente.

6. Método para reduzir ou inibir a colonização ou crescimento de bactérias em uma superfície sólida caracterizado pelo fato de compreender contactar a referida superfície com a composição farmacêutica conforme definido na reivindicação 1, em que a referida superfície é a superfície de um aparelho hospitalar ou uma peça de equipamento hospitalar, preferencialmente um aparelho cirúrgico ou peça de equipamento cirúrgico.

7. Uso da composição farmacêutica, conforme definida na reivindicação 1, caracterizado pelo fato de ser para a preparação de um medicamento para reduzir ou inibir a colonização ou crescimento de bactérias em uma superfície em contato com as mesmas; preferencialmente em que a referida superfície é a pele ou uma membrana mucosa de um mamífero, ou a pele ou uma membrana mucosa de um humano.

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