ES2327972T3 - Derivados de aminofenil como nuevos inhibidores de histona deacetilasa. - Google Patents

Derivados de aminofenil como nuevos inhibidores de histona deacetilasa. Download PDF

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Abstract

Un compuesto de fórmula (I), ** ver fórmula** las formas N-óxido, las sales de adición farmacéuticamente aceptables y sus formas isoméricas estereoquímicas, en el que n es un número entero con valor 0, 1 ó 2 y cuando n es 0, entonces se espera que sea un enlace directo; m es un número entero con valor 1 ó 2; X es N o CH; Y es O, S o NR 8 ; donde R 8 es hidrógeno, alquilo C 1-6, alquil C 1-6-oxi-alquilo C 1-6, cicloalquilo C 3-6, cicloalquil C 3-6-metilo, fenil- alquilo C1-6, -C(=O)-CHR 9 R 10 o -S(=O)2-N(CH3)2; donde cada R 9 y R 10 es independientemente hidrógeno, amino, alquilo C 1-6 o amino-alquilo C 1-6; y cuando Y es NR 8 y R 2 está en la posición 7 del indolilo, entonces R 2 y R 8 juntos pueden formar el radical bivalente -(CH 2) 2- (a-1) o -(CH2)3- (a-2); R 1 es hidrógeno, alquilo C1-6, hidroxi-alquilo C1-6, ciano-alquilo C1-6, alquil C1-6-sulfonilo, alquil C1-6-carbonilo, o mono- o di-(alquil C1-6)-aminosulfonilo; R 2 es hidrógeno, hidroxi, amino, halo, alquilo C 1-6, ciano, alquenilo C 2-6, polihalo-alquilo C 1-6, nitro, fenilo, alquil C 1-6-carbonilo, hidroxicarbonilo, alquil C 1-6-carbonilamino, alquil C 1-6-oxi, o mono- o di-(alquil C 1-6)amino; R 3 es hidroxi o amino; R 4 es hidrógeno, tienilo, furanilo o fenilo y cada tienilo, furanilo o fenilo puede estar opcionalmente sustituido con halo, amino, nitro, ciano, hidroxi, fenilo, alquilo C1-6, (di-alquil C1-6)-amino, alquilo C1-6-oxi, fenil-alquil C1-6oxi, hidroxi-alquilo C1-6, alquil C1-6-oxicarbonilo, hidroxicarbonilo, alquil C1-6-carbonilo, polihalo-alquil C1-6-oxi, polihalo-alquilo C1-6, alquil C1-6-sulfonilo, hidroxicarbonil-alquilo C1-6, alquil C1-6-carbonilamino, aminosulfonilo, aminosulfonil-alquilo C 1-6, isoxazolilo, aminocarbonilo, fenil-alquenilo C 2-6, fenil-alquinilo C 3-6 o piridinil-C 3-6 alquinilo; R 5 , R 6 y R 7 son cada uno independientemente hidrógeno, amino, nitro, furanilo, halo, alquilo C1-6, alquil C1-6-oxi, trifluorometilo, tienilo, fenilo, alquil C1-6- carbonilamino, aminocarbonil-alquilo C1-6 o -C*-CH2-R 11 .

Description

Derivados de aminofenil como nuevos inhibidores de histona deacetilasa.
Esta invención se refiere a compuestos que tienen actividad enzimática inhibidora de histona desacetilasa (HDAC). También está relacionada con procesos para su preparación, con las composiciones que los comprenden, así como su uso, tanto in vitro como in vivo, para inhibir HDAC y como una medicina, por ejemplo, como una medicina para inhibir afecciones proliferativas, tales como el cáncer y la psoriasis.
Se sabe que las histonas nucleares son componentes integrales y dinámicos de la maquinaria responsable de regular la transcripción de genes y otros procesos del ADN plantilla tal como la replicación, reparación, recombinación y segregación de los cromosomas. Son objeto de modificaciones post-traslación, incluyendo a la acetilación, fosforilación, metilación, ubiquitinación y ADP-ribosilación.
La(s) histona(s) desacetilasa(s), denominada(s) en este documento "HDAC", son enzimas que catalizan la eliminación de la modificación de acetilo en residuos de lisina de proteínas, incluyendo las histonas nucleosómicas nucleares H2A, H2B, H3 y H4. Junto con la(s) histona(s) acetiltransferasa(s), llamadas en este documento "HAT", las HDAC regulan el nivel de acetilación de las histonas. El equilibrio de acetilación de las histonas nucleosómicas desempeña un papel importante en la transcripción de muchos genes. La hipoacetilación de histonas tiene que ver con la estructura de cromatina condensada que causa la represión de la transcripción de los genes, mientras que las histonas acetiladas tienen que ver con una estructura de cromatina más abierta y la activación de la transcripción.
Se han descrito once HDAC estructuralmente relacionadas y se dividen en dos clases. Las HDAC clase I consisten en HDAC 1, 2, 3, 8 y 11 mientras que las HDAC clase II consisten en HDAC 4, 5, 6, 7, 9 y 10. Los miembros de una tercera clase de HDAC no están estructuralmente relacionados con las HDAC clase I y clase II. Las HDAC clase I/II funcionan por mecanismos dependientes del cinc, mientras que la HDAC clase III depende del NAD.
Además de las histonas, también han sido sustrato para la acetilación otras proteínas, en factores de transcripción particulares tales como p53, GATA-1 y E2F; receptores nucleares tales como el receptor de glucocorticoides, los receptores de tiroides, los receptores de estrógenos; y proteínas reguladoras del ciclo celular tales como las pRb. La acetilación de proteínas se ha relacionado con la estabilización de proteínas, tal como la estabilización de p53, el reclutamiento de cofactores y la mayor unión del ADN. p53 es un supresor tumoral que puede inducir a la detención del ciclo celular o a la apoptosis como respuesta a una variedad de señales de estrés, tal como el daño al ADN. El objetivo principal para la detención de ciclo celular inducida por p53 parece ser el gen p21. Junto con su activación por p53, se ha identificado que p21, en virtud de su asociación con complejos de quinasa dependientes de ciclina/ciclina que causan la detención del ciclo celular tanto como en fases G1 como G2, su regulación durante la senectud, y su interacción con el antígeno nuclear celular proliferante.
El estudio de inhibidores de las HDAC indica que desempeñan un papel importante en la detención del ciclo celular, la diferenciación celular, la apoptosis y la inversión de fenotipos transformados.
El inhibidor de tricostatina A (TSA), por ejemplo, causa la detención del ciclo celular tanto en la fase G1 como en la G2, devuelve el fenotipo transformado de diferentes líneas celulares, e induce la diferenciación de células de leucemia Friend y otras. Se ha descubierto que la TSA (y el ácido hidroxámico suberoilanilida, SAHA) inhibe el crecimiento celular, induce la diferenciación terminal, y previene la formación de tumores en ratones (Finnin et al., Nature, 401: 188-193, 1999).
También se ha descubierto que la Tricostatina A es útil en el tratamiento de la fibrosis, p.ej la fibrosis hepática y cirrosis hepática. (Geerts et al., solicitud de patente europea EP 0 827742, publicada el 11 de marzo de 1998).
El farmacóforo para los inhibidores de HDAC consiste en un dominio de unión metálico, que se relaciona con el sitio activo que contiene cinc de las HDAC, un dominio enlazante, y un dominio de reconocimiento superficial o región cubierta, que está interacciona con residuos en el borde del sitio activo.
También se ha descubierto que los inhibidores de las HDAC inducen la expresión de los genes p21. La activación transcripcional del gen p21 por estos inhibidores está promovida por la remodelación de la cromatina, siguiendo la acetilación de las histonas H3 y H4 en la región promotora de p21. Esta activación de p21 ocurre de una manera independiente de p53 y así los inhibidores de HDAC están operativos en células con genes de p53 transformados, el sello de numerosos tumores.
Además, los inhibidores de HDAC pueden tener actividades indirectas tales como el aumento de las respuestas inmunes del huésped y la inhibición de la angiogenesis tumoral y así pueden suprimir el crecimiento de tumores primarios e impedir la metástasis (Mai et al., Medicinal Research Reviews, 25: 261-309, 2005).
En vista de lo anterior, los inhibidores de HDAC pueden tener un gran potencial en el tratamiento de enfermedades o afecciones de células proliferativas, incluyendo los tumores con genes p53 mutados.
\newpage
La solicitud de patente EP1472216 publicada el 14 de agosto de 2003 describe hidroxamatos bicíclicos como inhibidores de histona desacetilasa.
Las solicitudes de patente EP1485099, EP1485348, EP1485353, EP1485354, EP1485364, EP1485365, EP
1485370, EP1485378 publicadas el 18 de Sep., 2003, entre otras, describen ácidos piperazinil-pirimidinil-hidroxámicos sustituidos como inhibidores de histona desacetilasa; además el documento EP1485365 describe a R306465.
La solicitud de patente EP1492534, publicada el 9 de octubre de 2003, describe compuestos de ácido carbámico que comprenden un enlace de piperazina, como inhibidores de HDAC.
La solicitud de patente EP1501508, publicada el 13 de noviembre de 2003, describe benzamidas, como inhibidores de histona desacetilasa.
La solicitud de patente EP1495002, publicada el 23 de octubre de 2003, describe compuestos de piperazinil-fenil-benzamida sustituidos, como inhibidores de histona desacetilasa.
La solicitud de patente EP1501508, publicada el 13 de noviembre de 2003, describe benzamidas, como inhibidores de histona desacetilasa.
La solicitud de patente WO04/009536, publicada el 29 de enero de 2004, describe derivados que contienen un enlzante de alquilo entre el grupo arilo y el hidroxamato, como inhibidores de histona desacetilasa.
La solicitud de patente EP1525199, publicada el 12 de febrero de 2004, describe hidroxamatos bicíclicos sustituidos con (hetero)arilalquenilo, como inhibidores de histona desacetilasa.
La solicitud de patente EP1572626, publicada el 24 de junio de 2004, describe derivados (2-amino-fenil)-amídicos de ácidos arilen-carboxílicos como agentes farmacológicos.
La solicitud de patente EP1581484, publicada el 29 de julio de 2004, describe derivados de derivados de N-hidroxi-benzamida con actividad anti-inflamatoria y antitumoral.
La solicitud de patente EP1585735, publicada el 29 de julio de 2004, describe derivados de hidroxamato de arilo sustituidos como inhibidores de histona desacetilasa.
La solicitud de patente EP1592667, publicada el 19 de agosto de 2004, describe derivados O-fenilendiamínicos monoacilados como agentes farmacológicos.
La Solicitud de patente EP1590340, publicada el 19 de agosto de 2004, describe derivados diaminofenilénicos como inhibidores de histona desacetilasa.
La solicitud de patente EP1592665, publicada el 26 de agosto de 2004, describe derivados benzamídicos como inhibidores de histona desacetilasa.
La solicitud de patente WO04/072047, publicada el 26 de agosto de 2004, describe índoles, bencimidazoles y naftimidazoles como inhibidores de histona desacetilasa.
La solicitud de patente EP1608628, publicada el 30 Sep. de 2004, describe hidroxamatos unidos a sistemas de anillo heterocíclicos no aromáticos como inhibidores de histona desacetilasa.
La solicitud de patente EP1613622, publicada el 14 de octubre de 2004, describe derivados de oxima, como inhibidores de histona desacetilasa.
La solicitud de patente EP1611088, publicada el 28 de octubre de 2004, describe derivados de hidroxamato como inhibidores de histona desacetilasa.
La solicitud de patente WO05/028447, publicada el 31 de marzo de 2005, describe benzimidazoles como inhibidores de histona desacetilasa.
Las solicitudes de patente WO05/030704 y WO05/030705, publicadas el 7 de abril de 2005, describen benzamidas como inhibidores de histona desacetilasa.
La solicitud de patente WO05/040101, publicada el 6 de mayo de 2005, describe hidroxamatos conectados de acilurea y conectados de sulfonilurea como inhibidores de histona desacetilasa.
La solicitud de patente WO05/040161, también publicada el 6 de mayo de 2005, describe hidroxamatos unidos a biarilo como inhibidores de histona desacetilasa.
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La solicitud de patente WO05/075469, publicada el 18 de agosto de 2005, describe ácidos tiazolil-hidroxámicos y ácidos tiadiazolil-hidroxámicos como inhibidores de histona desacetilasa.
La solicitud de patente WO05/086898, publicada el 22 de septiembre de 2005, describe ácidos hidroxámicos heteropentacíclicos como inhibidores de histona desacetilasa.
La solicitud de patente WO05/092899, publicada el 6 de octubre de 2005, describe alquenilbenzamidas como histona desacetilasas.
Los compuestos de la presente invención se diferencian de la técnica anterior en su estructura, en su actividad farmacológica y/o su potencia farmacológica.
El problema que se soluciona es proporcionar inhibidores de histona desacetilasa con alta actividad enzimática y celular que tienen mayor biodisponibilidad y/o potencia in vivo.
Los nuevos compuestos de la presente invención solucionan el anterior problema descrito. Los compuestos de la presente invención muestran una actividad celular útil. Tienen una alta capacidad para activar el gen p21, tanto a nivel celular como in vivo. Pueden tener un perfil farmacocinético deseable y una baja afinidad para las enzimas P450, lo que reduce el riesgo de la interacción adversa fármaco-fármaco lo que permite también un margen de seguridad más amplio. Las ventajosas características de los presentes compuestos son la estabilidad metabólica, la solubilidad y/o la capacidad de inducción de p21. Más en particular, los compuestos de la presente invención tienen una mayor solubilidad en soluciones acuosas y/o tienen mayores capacidades inductoras del promotor p21 in vivo.
Esta invención se refiere a compuestos de fórmula (I):
\vskip1.000000\baselineskip
1
las formas N-óxido, las sales de adición farmacéuticamente aceptables y sus formas isoméricas estereoquímicas, en las que
n es un número entero con valor 0, 1 ó 2, y, cuando n es 0, entonces se espera que sea un enlace directo;
m es un número entero con valor 1 ó 2;
X es N o CH;
Y es O, S o NR^{8}; donde
R^{8} es hidrógeno, alquilo C_{1-6}, alquil C_{1-6}-oxi-alquilo C_{1-6}, cicloalquilo C_{3-6}, cicloalquil C_{3-6}-metilo, fenil- alquilo C_{1-6}, -C(=O)-CHR^{9}R^{10} o -S(=O)_{2}-N(CH_{3})_{2};
donde
cada R^{9} y R^{10} es independientemente hidrógeno, amino, alquilo C_{1-6} o amino-alquilo C_{1-6}; y
cuando Y es NR^{8} y R^{2} está en la posición 7 del indolilo, entonces R^{2} y R^{8} juntos pueden formar el radical bivalente
-(CH_{2})_{2}-
(a-1) o
-(CH_{2})_{3}-
(a-2);
R^{1} es hidrógeno, alquilo C_{1-6}, hidroxi-alquilo C_{1-6}, ciano-alquilo C_{1-6}, alquil C_{1-6}-sulfonilo, alquil C_{1-6}-carbonilo, o mono- o di-(alquil C_{1-6})-aminosulfonilo;
R^{2} es hidrógeno, hidroxi, amino, halo, alquilo C_{1-6}, ciano, alquenilo C_{2-6}, polihalo-alquilo C_{1-6}, nitro, fenilo, alquil C_{1-6}-carbonilo, hidroxicarbonilo, alquil C_{1-6}-carbonilamino, alquil C_{1-6}-oxi, o mono- o di-(alquil C_{1-6})amino;
R^{3} es hidroxi o amino;
R^{4} es hidrógeno, tienilo, furanilo o fenilo y cada tienilo, furanilo o fenilo puede estar opcionalmente sustituido con halo, amino, nitro, ciano, hidroxi, fenilo, alquilo C_{1-6}, (di-alquil C_{1-6})-amino, alquilo C_{1-6}-oxi, fenil-alquil C_{1-6}-oxi, hidroxi-alquilo C_{1-6}, alquil C_{1-6}-oxicarbonilo, hidroxicarbonilo, alquil C_{1-6}-carbonilo, polihalo-alquil C_{1-6}-oxi, polihalo-alquilo C_{1-6}, alquil C_{1-6}-sulfonilo, hidroxicarbonil-alquilo C_{1-6}, alquil C_{1-6}-carbonilamino, aminosulfonil-alquilo C_{1-6}, isoxazolilo, aminocarbonilo, fenil-alquenilo C_{2-6}, fenil-alquinilo C_{3-6} o piridinil-C_{3-6} alquinilo;
R^{5}, R^{6} y R^{7} son cada uno independientemente hidrógeno, amino, nitro, furanilo, halo, alquilo C_{1-6}, alquil C_{1-6}-oxi, trifluorometilo, tienilo, fenilo, alquil C_{1-6}- carbonilamino, aminocarbonil-alquilo C_{1-6} o -C\equivC-CH_{2}-R^{11}.
La expresión "inhibidor de histona desacetilasa" se usa para identificar un compuesto que es capaz de interaccionar con una histona desacetilasa e inhibir su actividad, más particularmente, su actividad enzimática. La inhibición de la actividad enzimática de la histona desacetilasa significa reducir la capacidad de una histona desacetilasa de quitar un grupo acetilo de una histona. Preferentemente, tal inhibición es específica, es decir el inhibidor de histona desacetilasa reduce la capacidad de una histona desacetilasa de quitar un grupo acetilo de una histona a una concentración que es inferior que la concentración del inhibidor que se requiere para producir algún otro efecto biológico no relacionado.
Según se usa en las definiciones anteriores y posteriores, halo significa fluoro, cloro, bromo y yodo; alquilo C_{1-2} define radicales hidrocarbonados saturados de cadena lineal que tienen 1 ó 2 átomos de carbono, tales como, por ejemplo, metilo o etilo; alquilo C_{1-6} define alquilo C_{1-2} y radicales hidrocarbonados saturados de cadena lineal y ramificada que tienen de 3 a 6 átomos de carbono, tales como, por ejemplo, propilo, butilo, 1-metiletilo, 2-metilpropilo, pentilo, 2-metilbutilo, hexilo, 2-metilpentilo y similares; polihaloalquilo C_{1-6} define alquilo C_{1-6} que contiene tres sustituyentes halo idénticos o diferentes, por ejemplo trifluorometilo; alquenilo C_{2-6} define radicales hidrocarbonados de cadena lineal y ramificada que contienen un doble enlace y que tienen de 2 a 6 átomos de carbono, tales como, por ejemplo, etenilo, 2-propenilo, 3-butenilo, 2-pentenilo, 3-pentenilo, 3-metil-2-butenilo, y similares; alquinilo C_{3-6} define radicales hidrocarbonados de cadena lineal y ramificada que contienen un triple enlace y que tienen de 3 a 6 átomos de carbono, tales como, por ejemplo, 2-propinilo, 3-butinilo, 2-butinilo, 2-pentinilo, 3-pentinilo, 3-hexinilo, y similares; cicloalquilo C_{3-7} incluye grupos hidrocarbonados cíclicos que tienen de 3 a 7 carbonos, tales como ciclopropilo, ciclobutilo, ciclopentilo, ciclopentenilo, ciclohexilo, ciclohexenilo, cicloheptilo y similares.
Las sales de adición farmacéuticamente aceptables abarcan sales de adición de ácido farmacéuticamente aceptables y sales de adición de base farmacéuticamente aceptables. Las sales de adición de ácido farmacéuticamente aceptables, como se menciona más arriba, se supone que comprenden las formas de la sal de adición de ácido no tóxicas terapéuticamente activas que los compuestos de fórmula (I) son capaces de formar. Los compuestos de fórmula (I) que tienen propiedades básicas pueden ser convertidos en sus sales de adición de ácido farmacéuticamente aceptables tratando dicha forma básica con un ácido apropiado. Los ácidos apropiados comprenden, por ejemplo, ácidos inorgánicos tales como los ácidos hidrohálicos, p.ej ácido clorhídrico o bromhídrico; sulfúrico; nítrico; fosfórico y otros ácidos similares; o ácidos orgánicos tales como, por ejemplo, acético trifluoroacético, propanoico, hidroxiacético, láctico, pirúvico, oxálico, malónico, succínico (es decir, ácido butanodioico), maleico, fumárico, málico, tartárico, cítrico, metanosulfónico, etanosulfónico, bencenosulfónico, p-toluenosulfónico, ciclámico, salicílico, p-amino-salicílico, pamoico y otros ácidos similares.
Los compuestos de fórmula (I) que tienen propiedades ácidas pueden ser convertidos en sus sales de adición de base farmacéuticamente aceptables tratando dicha forma ácida con una base orgánica o inorgánica adecuado. Las formas de sal básica apropiadas comprenden, por ejemplo, las sales de amonio, sales metálicas alcalinas y alcalino-térreas, p.ej sales de litio, sodio, potasio, magnesio, calcio y otras similares, sales con bases orgánicas, p.ej benzatina, N-metil-D-glucamina, sales de hidrabamina, y sales con aminoácidos tales como, por ejemplo, arginina, lisina y otras similares.
La expresión "sales de adición de ácido o base" también comprende los hidratos y las formas de adición de disolvente, que los compuestos de fórmula (I) son capaces de formar. Los ejemplos de tales formas son p.ej hidratos, alcoholatos y otros similares.
La expresión "formas estereoquímicamente isoméricas de los compuestos de fórmula (I)", según se usa en este documento, define a todos los compuestos posibles combinados de los mismos átomos unidos por la misma secuencia de enlaces, pero que tienen estructuras tridimensionales diferentes, que no son intercambiables, que los compuestos de la fórmula (I) pueden poseer. A menos que se mencione o indique de otra manera, la designación química de un compuesto abarca la mezcla de todas las formas estereoquímicamente isoméricas posibles, que dicho compuesto puede poseer. Dicha mezcla puede contener todos los diastereómeros y/o enantiómeros de la estructura molecular básica de dicho compuesto. Todas las formas estereoquímicamente isoméricas de los compuestos de fórmula (I), tanto en la forma pura como en mezcla, se requieren que estén dentro del ámbito de la presente invención.
Las formas de N-óxido de los compuestos de fórmula (I) se supone que comprenden a aquellos compuestos de fórmula (I) en los que uno o varios átomos de nitrógeno son oxidados al llamado N-óxido, en particular aquellos N-óxidos en los que uno o varios de los nitrógenos de piperidina, piperazina o piridazinilo están N-oxididados.
Algunos compuestos de la fórmula (I) pueden existir también en sus formas tautoméricas. Tales formas, aunque no se indique explícitamente en la fórmula anterior, se requieren que estén incluidas dentro del ámbito de la presente invención.
Siempre que se use en este documento, la expresión "compuestos de fórmula (I)" se supone que incluyen también las sales de adición farmacéuticamente aceptables y todas las formas estereoisoméricas.
Según se usa en este documento, la expresión "histona desacetilasa" y el término "HDAC" se refieren a cualquiera de una familia de enzimas que eliminan los grupos acetilo de los grupos \varepsilon-amino de residuos lisina en el extremo N-terminal de una histona. A menos que se indique de otra forma por el contexto, el término "histona" se supone que se refiere a cualquier proteína histona, incluyendo H1, H2A, H2B, H3, H4 y H5, de cualquier especie. Las proteínas HDAC humanas o los productos génicos, incluyen, pero sin limitación, a HDAC-1, HDAC-2, HDAC-3, HDAC-4, HDAC-5, HDAC-6, HDAC-7, HDAC-8, HDAC-9, HDAC-10 y HDAC-11. La histona desacetilasa también puede ser derivada a partir de una fuente protozoaria o fúngica.
Los compuestos de fórmula (I) y sus sales farmacéuticamente aceptables y N-óxidos y sus formas estereoquímicamente isoméricas pueden prepararse de manera convencional. Los materiales de partida y algunos intermedios son compuestos conocidos y están comercialmente disponibles o pueden prepararse según procedimientos de reacción convencionales generalmente conocidos en la técnica o como se describe en las solicitudes de patente EP1485099, EP1485348, EP1485353, EP1485354, EP1485364, EP1485365, EP1485370 y EP1485378. Algunos métodos de preparación serán descritos en este documento de aquí en adelante más detalladamente. Otros métodos para obtener los compuestos finales de fórmula (I) son descritos en los ejemplos.
Los compuestos de fórmula (I) se pueden preparar haciendo reaccionar un intermedio de fórmula (II) donde M representa hidrógeno o un álcali metálico, por ejemplo, de sodio o litio, con un compuesto de fórmula (III), en presencia de una base tal como, por ejemplo, trietilamina y hexafluorofosfato de benzotriazol-1-iloxi-tripirrolidino-fosfonio (PyBOP). Dicha reacción se lleva a cabo en un solvente apropiado tal como, por ejemplo, tetrahidrofurano o diclorometano, o una mezcla de estos.
Los compuestos de fórmula (I) y algunos intermedios pueden tener al menos un centro estereogénico en su estructura. Este centro estereogénico puede estar presente en una configuración R o S.
Los compuestos de fórmula (I), según se preparan en los procesos arriba descritos, son generalmente mezclas racémicas de enantiómeros, que pueden ser separados entre sí siguiendo procedimientos de resolución conocidos por la técnica. Los compuestos racémicos de fórmula (I) pueden ser convertidos en las correspondientes formas diastereoméricas salinas por la reacción con un ácido quiral adecuado. Dichas formas diastereoméricas salinas son separadas posteriormente, por ejemplo, por cristalización selectiva o fraccionaria y los enantiómeros son liberados a partir de ahí por un álcali. Una manera alternativa de separar las formas enantioméricas de los compuestos de fórmula (I) implica la cromatografía líquida usando una fase estacionaria quiral. Dichas formas estereoquímicamente isoméricas puras también pueden obtenerse a partir de las formas estereoquímicamente isoméricas puras correspondientes a partir de los materiales de partida apropiados, a condición de que la reacción ocurra estereoespecíficamente. Preferentemente, si se desea el estereoisómero específico, dicho compuesto sería sintetizado por métodos de preparación estereoespecíficos. Estos métodos emplearán ventajosamente materiales de partida enantioméricamente puros.
Los compuestos de fórmula (I), las sales de adición de ácido farmacéuticamente aceptables y sus formas estereoisoméricas tienen propiedades farmacológicas valiosas porque tienen un efecto inhibitorio de histona desacetilasa (HDAC).
Esta invención proporciona compuestos de fórmula (I) para inhibir el crecimiento anormal de células, incluyendo células transformadas, administrando una cantidad eficaz de un compuesto de la invención. El crecimiento anormal de células se refiere al crecimiento de células independiente de los mecanismos reguladores normales (p.ej, la pérdida de inhibición por contacto). Esto incluye la inhibición del crecimiento de tumores, directamente causando la detención del crecimiento, la diferenciación terminal y/o la apoptosis de las células cancerígenas e, indirectamente, inhibiendo la neovascularización de tumores.
Esta invención también proporciona compuestos de fórmula (I) para inhibir el crecimiento de tumores administrando una cantidad eficaz de un compuesto de la presente invención, a un sujeto, p.ej un mamífero (y más particularmente un ser humano) en necesidad de tal tratamiento. En particular, esta invención proporciona compuestos de fórmula (I) para inhibir el crecimiento de tumores mediante la administración de una cantidad eficaz de los compuestos de la presente invención. Los ejemplos de tumores que pueden ser inhibidos, pero sin limitación, son cáncer de pulmón (p.ej adenocarcinoma e incluyendo cáncer de pulmón de células no pequeñas), cánceres pancreáticos (carcinoma, p.ej pancreático, tal como, por ejemplo carcinoma pancreático exocrino), cánceres de colon (p.ej carcinomas colorectal, tal como, por ejemplo, adenocarcinoma de colon y adenoma de colon), cáncer de próstata incluyendo la enfermedad avanzada, tumores hematopoyéticos de linaje linfoide (p.ej., leucemia linfocítica aguda, linfoma de células B, linfoma de Burkitt), leucemias mieloides (por ejemplo, leucemia mielogenosa aguda (AML)), cáncer de tiroides folicular, síndrome mielodisplásico (MDS), tumores de origen mesenquimal (p.ej fibrosarcomas y rabdomiosarcomas), melanomas, teratocarcinomas, neuroblastomas, gliomas, tumor benigno de la piel (p.ej queratoacantomas), carcinoma de mama (p.ej, cáncer de mama avanzado), carcinoma de riñón, carcinoma de ovario, carcinoma de vejiga y carcinoma epidérmico.
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El compuesto según la invención puede ser usado con otros fines terapéuticos, por ejemplo:
a)
el reconocimiento de tumores con radioterapia administrando el compuesto según la invención antes, durante o después de la irradiación del tumor para tratar el cáncer;
b)
tratar artropatías y afecciones osteopatológicas tales como artritis reumatoide, osteoartritis, artritis juvenil, gota, poliartritis, artritis psoriática, espondilitis anquilosante y lupus eritematoso sistémico;
c)
inhibir la proliferación de células de músculo liso incluyendo desórdenes proliferativos vasculares, aterosclerosis y restenosis;
d)
tratar afecciones inflamatorias y afecciones dérmicas tales como colitis ulcerativa, enfermedad de Crohn, rinitis alérgica, enfermedad de injerto contra huésped, conjuntivitis, asma, ARDS, enfermedad de Behcets, rechazo de trasplantes, urticaria, dermatitis alérgica, alopecia areata, esclerodermia, exantema, eczemas, dermatomiositis, acné, diabetes, lupus eritematoso sistémico, enfermedad de Kawasaki, esclerosis múltiple, enfisema, fibrosis quística y bronquitis crónica;
e)
tratar endometriosis, fibroides uterinas, sangrado uterino disfuncional e hiperplasia endometrial;
f)
tratar la vascularización ocular incluyendo la vasculopatía que afecta a los vasos retinales y coroidales;
g)
tratar una disfunción cardíaca;
h)
inhibir afecciones inmunodepresivas tales como el tratamiento de las infecciones por VIH;
i)
tratar la disfunción renal;
j)
suprimir los desórdenes endocrinos;
k)
inhibir la disfunción de la gluconeogénesis;
l)
tratar una neuropatología, por ejemplo, la enfermedad de Parkinson o un neuropatología que causa un desorden cognoscitivo, por ejemplo, la enfermedad de Alzheimer o enfermedades neuronales relacionadas con poliglutamina;
m)
tratar desórdenes psiquiátricos, por ejemplo, esquizofrenia, trastorno bipolar, depresión, ansiedad y psicosis;
n)
inhibir una patología neuromuscular, por ejemplo, esclerosis lateral amilotrófica;
o)
tratar la atrofia muscular espinal;
p)
tratar otras afecciones patológicas susceptibles al tratamiento por la expresión potenciadora de un gen;
q)
realzar la terapia génica;
r)
inhibir la adipogenesis;
s)
tratar parasitosis tales como la malaria.
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Por lo tanto, la presente invención describe los compuestos de fórmula (I) para uso como un fármaco así como el uso de estos compuestos de fórmula (I) para la fabricación de un medicamento para tratar una o varias de las afecciones arriba mencionadas.
Los compuestos de fórmula (I), las sales de adición de ácido farmacéuticamente aceptables y sus formas estereoisoméricas pueden tener valiosas propiedades diagnósticas en las cuales pueden ser usados para detectar o identificar una HDAC en una muestra biológica que comprende la detección o la medición de la formación de un complejo entre un compuesto marcado y una HDAC.
Los métodos de detección o identificación pueden usar compuestos que sean marcados mediante el marcaje de agentes tales como radioisótopos, enzimas, sustancias fluorescentes, sustancias luminosas, etc. Los ejemplos de radioisótopos incluyen ^{125}I, ^{131}I, ^{3}H y ^{14}C. Las enzimas se hacen, por lo general, detectables por su conjugación con el sustrato apropiado que, a su vez, cataliza una reacción detectable. Los ejemplos de esto incluyen, por ejemplo, beta-galactosidasa, beta-glucosidasa, fosfatasa alcalina, peroxidasa y malato deshidrogenasa, preferentemente peroxidasa de rábano picante. Las sustancias luminosas incluyen, por ejemplo, luminol, derivados de luminol, luciferina, aecuorina y luciferasa.
Las muestras biológicas pueden ser definidas como tejido del cuerpo o fluidos del cuerpo. Los ejemplos de fluidos del cuerpo son fluido cerebroespinal, sangre, plasma, suero, orina, esputo, saliva y otros similares.
En vista de sus propiedades farmacológicas útiles, los compuestos objeto pueden ser formulados en varias formas farmacéuticas con el fin de su administración.
Para preparar las composiciones farmacéuticas de esta invención, se combina una cantidad eficaz de un compuesto particular, en forma de sal de adición de base o de ácido, como ingrediente activo en mezcla con un vehículo farmacéuticamente aceptable, cuyo vehículo puede tomar una amplia variedad de formas, según la forma de preparación deseada para la administración. Estas composiciones farmacéuticas están deseablemente en forma de dosis unitaria adecuadas, preferentemente, para la administración oral, rectal, percutánea o inyección parenteral. Por ejemplo, en la preparación de las composiciones en la forma de administración oral, puede ser empleado cualquiera de los medios farmacéuticos habituales, tal como, por ejemplo, agua, glicoles, aceites, alcoholes y otros similares en el caso de preparaciones líquidas orales tales como suspensiones, jarabes, elixires y soluciones; o vehículos sólidos tales como almidones, azúcares, caolín, lubricantes, aglomerantes, agentes desintegrantes y otros similares en el caso de polvos, píldoras, cápsulas y pastillas.
A causa de su facilidad en la administración, las pastillas y las cápsulas representan la forma de unidad de administración oral más ventajosa, en cuyo caso son obviamente empleados vehículos farmacéuticos sólidos. Para composiciones parenterales, el vehículo comprenderá por lo general agua estéril, al menos en gran parte, aunque puedan ser incluidos otros ingredientes para ayudar a la solubilidad, por ejemplo. Pueden prepararse soluciones inyectables, por ejemplo, en las que el vehículo comprenda solución salina, solución de glucosa o una mezcla de solución de glucosa y salina. También pueden prepararse suspensiones inyectables en cuyo caso pueden ser empleados vehículos líquidos apropiados, agentes de suspensión y otros similares. En las composiciones adecuadas para la administración percutánea, el vehículo comprende opcionalmente un agente que potencia la penetración y/o un agente humectante adecuado, opcionalmente combinado con aditivos adecuados de cualquier naturaleza en proporciones menores, cuyos aditivos no causan ningún efecto deletéreo significativo en la piel. Dichos aditivos pueden facilitar la administración a la piel y/o pueden ser provechosos para preparar las composiciones deseadas. Estas composiciones pueden ser administradas de varios modos, p.ej, como un parche transdérmico, tal como una crema o como un
ungüento.
Sobre todo, es ventajoso formular las composiciones farmacéuticas anteriormente mencionadas en formas de administración unitaria para facilitar la administración y por la uniformidad de la dosis. La forma de administración unitaria según se usa en la memoria descriptiva y las reivindicaciones en este documento se refiere a unidades físicamente discretas adecuadas como dosis unitarias, conteniendo cada unidad una cantidad predeterminada del ingrediente activo, calculada para producir el efecto terapéutico deseado, conjuntamente con el vehículo farmacéutico requerido. Los ejemplos de tales formas de administración unitaria son comprimidos (incluyendo comprimidos revestidos o marcados), cápsulas, píldoras, paquetes en polvo, obleas, soluciones inyectables o suspensiones, cucharaditas, cucharadas y otros similares, y sus múltiplos segregados.
Los expertos en la técnica podrían determinar fácilmente la cantidad eficaz a partir de los resultados de los ensayos presentados más adelante. En general, se contempla que una cantidad terapéuticamente eficaz estaría entre 0,005 mg/kg de peso corporal y 100 mg/kg, y en particular entre 0,005 mg/kg de peso corporal y 10 mg/kg. Puede ser apropiado administrar la dosis requerida como dos, tres, cuatro o más subdosis en intervalos apropiados a lo largo del día. Dichas subdosis pueden ser formuladas como formas de administración unitarias, por ejemplo, conteniendo entre 0,5 y 500 mg, y en particular entre 10 mg y 500 mg del ingrediente activo por forma de administración unitaria.
Como otro aspecto de la presente invención, se presenta una combinación de un inhibidor de HDAC con otro agente anticáncer, sobre todo para su uso como un fármaco, más expresamente en el tratamiento del cáncer o enfermedades relacionadas.
Para el tratamiento de las susodichas afecciones, los compuestos de la invención pueden ser ventajosamente empleados en combinación con uno o varios agentes farmacológicos distintos, más particularmente, con otros agentes anticáncer. Los ejemplos de agentes anticáncer son:
-
compuestos de coordinación de platino, por ejemplo, cisplatin, carboplatin u oxaliplatin;
-
compuestos de taxano, por ejemplo, paclitaxel o docetaxel;
-
inhibidores de topoisomerasa como compuestos de camptotecin, por ejemplo, irinotecan o topotecan;
-
inhibidores de topoisomerasa II como derivados antitumorales de podofilotoxina, por ejemplo, etoposido o teniposido;
-
alcaloides de la vinca antitumorales, por ejemplo, vinblastina, vincristina o vinorelbina;
-
derivados de nucleósidos antitumorales, por ejemplo, 5-fluorouracil, gemcitabina o capecitabina;
-
agentes alquilantes, tales como mostaza de nitrógeno o nitrosourea, por ejemplo, ciclofosfamida, clorambucil, carmustina o lomustina;
-
derivados de antraciclina antitumorales, por ejemplo, daunorubicin, doxorubicin, idarubicin o mitoxantrona;
-
anticuerpos de HER2, por ejemplo, trastuzumab;
-
antagonistas del receptor de estrógeno o moduladores del receptor de estrógeno selectivos, por ejemplo, tamoxifen, toremifeno, droloxifeno, faslodex o raloxifeno;
-
inhibidores de aromatasa tales como exemestano, anastrozol, letrazol y vorozol;
-
agentes diferenciantes tales como retinoides, vitamina D y agentes bloqueantes del metabolismo del ácido retinoico (RAMBA), por ejemplo, accutano;
-
inhibidores de ADN metil-transferasa, por ejemplo, azacitidina;
-
inhibidores de quinasa, por ejemplo, flavoperidol, imatinib mesilato o gefitinib;
-
inhibidores de farnesiltransferasa;
-
otros inhibidores de HDAC
-
inhibidores de la ruta de ubiquitina-proteasoma, por ejemplo, Velcade; o
-
Yondelis.
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La expresión "compuesto de coordinación de platino" se usa en este documento para denotar cualquier crecimiento de células tumorales que inhiban al compuesto de coordinación de platino que proporciona el platino en la forma de un ión.
La expresión "compuestos de taxano" indica una clase de compuestos que tienen el sistema de anillo de taxano y que están relacionados o se obtienen a partir de extractos de ciertas especies de árboles tejo (Taxus).
La expresión "inhibidores de topisomerasa" se usa para indicar enzimas que son capaces de cambiar la topología del ADN en células eucariótas. Son críticos para las funciones celulares importantes y la proliferación de células. Hay dos clases de topoisomerasas en las células eucarióticas, a saber, tipo I y tipo II. La topoisomerasa I es una enzima monomérica de aproximadamente 100.000 de peso molecular. La enzima se une al ADN e introduce una ruptura monocatenaria pasajera, desenrolla la doble hélice (o permite que se desenrolle) y posteriormente resella la ruptura antes de disociar la cadena de ADN. La topisomerasa II tiene un mecanismo de acción similar que implica la inducción de rupturas de la cadena de ADN o la formación de radicales libres.
La expresión "compuestos de camptotecin" se usa para indicar los compuestos que están relacionados o son derivados a partir del compuesto de camptotecin madre que es un alcaloide insoluble en agua derivado del árbol chino Camptothecin acuminata y el árbol indio Nothapodytes foetida.
La expresión "compuestos de podofilotoxina" se usa para indicar a los compuestos que están relacionados o son derivados de la podofilotoxina madre, que es extraída a partir de la planta mandrágora.
La expresión "alcaloides de la vinca antitumorales" se usa para indicar a los compuestos que están relacionados o son derivados de extractos de la planta vincapervinca (Vinca rosea).
La expresión "agentes alquilantes" abarca a un grupo diverso de productos químicos que tienen el rasgo común de que tienen la capacidad de contribuir, en afecciones fisiológicas, con grupos alquilo a macromoléculas biológicamente vitales tales como el ADN. Con la mayor parte de los agentes más importantes como las mostazas de nitrógeno y las nitrosoureas se generan restos alquilantes activos in vivo después de complejas reacciones de degradación, algunas de las cuales son enzimáticas. Las acciones farmacológicas más importantes de los agentes alquilantes son aquellas que perturban los mecanismos fundamentales ocupados en la proliferación de células en la síntesis del ADN particular y la división celular. La capacidad de los agentes alquilantes de interferir en la función del ADN y la integridad en los tejidos proliferantes proporciona rápidamente la base para sus aplicaciones terapéuticas y para muchas de sus propiedades tóxicas.
La expresión "derivados de antraciclina antitumorales" comprende a los antibióticos obtenidos a partir del hongo Strep. peuticus var. caesius y sus derivados, caracterizados por tener una estructura de anillo de tetraciclina con un azúcar inusual, daunosamina, unido por un enlace glucosídico.
La amplificación de la proteína del receptor del factor de crecimiento epidérmico humano 2 (HER 2) en carcinomas de mama primarios se ha demostrado que guarda correlación con un deficiente pronóstico clínico para ciertos pacientes. El Trastuzumab es un anticuerpo kappa de IgG1 monoclónico humanizado derivado de ADN recombinante muy purificado que se une con afinidad alta y precisión a la esfera extracelular del receptor HER2.
Muchos cánceres de mama tienen receptores de estrógenos y el crecimiento de estos tumores puede ser estimulado por los estrógenos. Los términos "antagonistas del receptor de estrógeno" y los "moduladores del receptor de estrógeno selectivos" son usados para indicar a los inhibidores competitivos del estradiol que se unen al receptor de estrógeno (ER). Los moduladores del receptor de estrógeno selectivos, cuando se unen al ER, inducen un cambio de la forma tridimensional del receptor, modulando su unión al elemento resposable del estrógeno (ERE) en el ADN.
En mujeres postmenopáusicas, la fuente principal del estrógeno circulante es la conversión de andrógenos suprarrenales y ováricos (androestendiona y testosterona) en estrógenos (estrona y estradiol) por la enzima aromatasa en tejidos periféricos. La privación de estrógenos por la inhibición de aromatasa o la inactivación es un tratamiento eficaz y selectivo para algunos pacientes postmenopáusicos con cáncer de mama hormonal dependiente.
La expresión "agente antiestrógeno" se usa en este documento para incluir no sólo a antagonistas del receptor de estrógeno y moduladores del receptor de estrógeno selectivos sino también a inhibidores de aromatasa como se comenta antes.
La expresión "agentes diferenciadores" abarca a compuestos que, de varios modos, pueden inhibir la proliferación de células e inducir a la diferenciación. Se sabe que la vitamina D y los retinoides desempeñan un papel principal en la regulación del crecimiento y la diferenciación de una amplia variedad de tipos de células normales y malignas. Los agentes bloqueantes del metabolismo del ácido retinoico (los RAMBA) aumentan los niveles del ácido retinoico endógeno inhibiendo el catabolismo mediado por la citocromo P450 de ácidos retinoicos.
Los cambios de la metilación del ADN están entre las anormalidades más comunes en la neoplasia humana. La hipermetilación dentro de los promotores de genes seleccionados tiene que ver por lo general con la inactivación de los genes implicados. La expresión "inhibidores de la ADN metil-transferasa" se usa para indicar a los compuestos que actúan a través de la inhibición farmacológica de la ADN metil-transferasa y la reactivación de la expresión del gen supresor del tumor.
La expresión "inhibidores de quinasa" comprende a potentes inhibidores de quinasas que están implicados en la progresión del ciclo celular y la muerte celular programada (apoptosis).
La expresión "inhibidores de farnesiltransferasa" se usa para indicar a los compuestos que fueron diseñados para prevenir la farnesilación de Ras y otras proteínas intracelulares. Se ha demostrado que tienen efectos en la proliferación de célula malingnas y en la supervivencia.
La expresión "otros inhibidores de HDAC" comprende, pero no está limitada a:
-
carboxilatos, por ejemplo, butirato, ácido cinnámico, ácido 4-fenilbutirato o valproico;
-
ácidos hidroxámicos, por ejemplo, ácido suberoilanilida-hidroxámico (SAHA), análogos de SAHA que contienen piperazina, hidroxamato de biarilo A-161906 y sus análogos de carbozoliléter, tetrahidropiridina y tetralona, aril-N-hidroxicarboxamidas bicíclicas, piroxamida, CG-1521, PXD-101, sulfonamida ácido hidroxámico, LAQ-824, LBH-589, tricostatin (TSA), oxamflatin, scriptaid, moléculas tricíclicas relacionadas con scriptaid, ácido m-carboxi cinnámico, ácido bishidroxámico (CBHA), ácidos hidroxamicos tipo CBHA, análogo del ácido trapoxin-hidroxámico, CRA-024781, R306465 y ácidos benzoilo y heteroaril-hidroxámico relacionados, aminosuberatos y malonildiamidas;
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tetrapéptidos cíclicos, por ejemplo, trapoxin, apidicin, depsipeptido, compuestos relacionados con spiruchostatin, RedFK-228, tetrapéptidos cíclicos que contienen sulfhidrilo (SCOP), tetrapéptidos cíclicos que contienen ácido hidroxámico (CHAP), TAN-174S y azumamidas;
-
benzamidas, por ejemplo, MS-275 o CI-994, o
-
depudecin.
La expresión "inhibidores de la ruta de ubiquitina-proteasoma" se usa para indentificar a los compuestos que inhiben la destrucción dirigida de proteínas celulares en el proteasoma, incluyendo las proteínas reguladoras del ciclo celular.
Para el tratamiento del cáncer los compuestos según la presente invención pueden ser administrados a un paciente como se describe antes, junto con irradiación. La irradiación significa la radiación de ionización y, en particular, de rayos gamma, sobre todo la que se emite con aceleradores lineales o radionucléidos que son de uso común hoy en día. La irradiación del tumor por radionucléidos puede ser externa o interna.
La presente invención también está relacionada con una combinación, según la invención, de un agente anticáncer y un inhibidor de HDAC según la invención.
La presente invención también está relacionada con una combinación, según la invención, para uso en terapia médica, por ejemplo, para inhibir el crecimiento de células tumorales.
La presente invención también está relacionada con unas combinaciones, según la invención, para inhibir el crecimiento de células tumorales.
La presente invención también está relacionada con compuestos de fórmula (I) para inhibir el crecimiento de células tumorales en un sujeto humano que comprende administrar al sujeto una cantidad eficaz de una combinación según la invención.
Esta invención proporciona además compuestos de fórmula (I) para inhibir el crecimiento anormal de células, incluyendo células transformadas, administrando una cantidad eficaz de una combinación según la invención.
El otro agente farmacológico y el inhibidor de HDAC pueden ser administrados simultáneamente (p.ej, en composiciones separadas o unitarias) o secuencialmente en cualquier orden. En el último caso, los dos compuestos serán administrados en un período y en una cantidad y manera que sean suficientes para asegurar que es conseguido un efecto sinérgico o ventajoso. Será apreciado que el método preferido y el orden de administración y las cantidades de dosis respectivas y regímenes para cada componente de la combinación dependerán del otro agente farmacológico particular e inhibidor de HDAC administrado, su ruta de administración, el tumor particular tratado y el huésped particular tratado. El método óptimo y el orden de administración y las cantidades de las dosis y el régimen pueden ser fácilmente determinados por los expertos en la técnica usando métodos convencionales y a la vista de la información dispuesta en este documento.
El compuesto de coordinación de platino es ventajosamente administrado en una dosis de 1 a 500 mg por metro cuadrado (mg/m^{2}) del área de superficie de cuerpo, por ejemplo entre 50 y 400 mg/m^{2}, en particular para cisplatin en una dosis de aproximadamente 75 mg/m^{2} y para carboplatin en aproximadamente 300 mg/m^{2} por curso del tratamiento.
El compuesto de taxano es ventajosamente administrado en una dosis entre 50 y 400 mg por metro cuadrado (mg/m^{2}) del área de superficie de cuerpo, por ejemplo entre 75 y 250 mg/m^{2}, en particular para paclitaxel en una dosis entre aproximadamente 175 y 250 mg/m^{2} y para docetaxel entre aproximadamente 75 y 150 mg/m^{2} por curso del tratamiento.
El compuesto de camptotecin es ventajosamente administrado en una dosis entre 0,1 y 400 mg por metro cuadrado (mg/m^{2}) del área de superficie de cuerpo, por ejemplo entre 1 y 300 mg/m^{2}, en particular para irinotecan en una dosis entre aproximadamente 100 y 350 mg/m^{2} y para topotecan entre aproximadamente 1 y 2 mg/m^{2} por curso del tratamiento.
El derivado de podofilotoxina antitumoral se administra ventajosamente en una dosis entre 30 y 300 mg por metro cuadrado (mg/m^{2}) del área de superficie de cuerpo, por ejemplo entre 50 y 250 mg/m^{2}, en particular, para etoposido en una dosis entre aproximadamente 35 y 100 mg/m^{2} y para teniposido entre aproximadamente 50 y 250 mg/m^{2} por curso del tratamiento.
El alcaloid de la vinca antitumoral se administra ventajosamente en una dosis entre 2 y 30 mg por metro cuadrado (mg/m^{2}) del área de superficie de cuerpo, en particular para vinblastina en una dosis entre aproximadamente 3 y 12 mg/m^{2}, para vincristina en una dosis entre aproximadamente 1 y 2 mg/m^{2}, y para vinorelbina en una dosis entre aproximadamente 10 y 30 mg/m^{2} por curso del tratamiento.
El derivado de nucleósido antitumoral se administra ventajosamente en una dosis entre 200 y 2500 mg por metro cuadrado (mg/m^{2}) del área de superficie de cuerpo, por ejemplo entre 700 y 1500 mg/m^{2}, en particular para 5-FU en una dosis entre 200 y 500 mg/m^{2}, para gemcitabina en una dosis entre aproximadamente 800 y 1200 mg/m^{2} y para capecitabina entre aproximadamente 1000 y 2500 mg/m^{2} por curso del tratamiento.
Los agentes alquilantes tales como la mostaza de nitrógeno o nitrosourea son ventajosamente administrados en una dosis entre 100 y 500 mg por metro cuadrado (mg/m^{2}) del área de superficie de cuerpo, por ejemplo entre 120 y 200 mg/m^{2}, en particular, para ciclofosfamida en una dosis entre aproximadamente 100 y 500 mg/m^{2}, para clorambucil en una dosis entre aproximadamente 0,1 y 0,2 mg/kg, para carmustina en una dosis entre aproximadamente 150 y 200 mg/m^{2}, y para lomustina en una dosis entre aproximadamente 100 y 150 mg/m^{2} por curso del tratamiento.
El derivado de antraciclina antitumoral se administra ventajosamente en una dosis entre 10 y 75 mg por metro cuadrado (mg/m^{2}) del área de superficie de cuerpo, por ejemplo entre 15 y 60 mg/m^{2}, en particular para doxorubicin en una dosis entre aproximadamente 40 y 75 mg/m^{2}, para daunorubicin en una dosis entre aproximadamente 25 y 45 mg/m^{2}, y para idarubicin en una dosis entre aproximadamente 10 y 15 mg/m^{2} por curso del tratamiento.
El Trastuzumab se administra ventajosamente en una dosis entre 1 y 5 mg por metro cuadrado (mg/m^{2}) del área de superficie de cuerpo, en particular entre 2 y 4 mg/m^{2} por curso del tratamiento.
El agente antiestrógeno se administra ventajosamente en una dosis entre aproximadamente 1 y 100 mg diariamente según el agente particular y la condición tratada. El Tamoxifen se administra ventajosamente oralmente en una dosis entre 5 y 50 mg, preferentemente entre 10 y 20 mg dos veces al día, siguiendo la terapia durante el tiempo suficiente para conseguir y mantener un efecto terapéutico. El Toremifeno se administra ventajosamente oralmente en una dosis de aproximadamente 60 mg una vez al día, siguiendo la terapia durante el tiempo suficiente para conseguir y mantener un efecto terapéutico. El Anastrozol se administra ventajosamente oralmente en una dosis de aproximadamente 1 mg una vez al día. El Droloxifeno se administra ventajosamente oralmente en una dosis entre aproximadamente 20 y 100 mg una vez al día. El Raloxifeno se administra ventajosamente oralmente en una dosis de aproximadamente 60 mg una vez al día. El Exemestano se administra ventajosamente oralmente en una dosis de aproximadamente 25 mg una vez al día.
Estas dosis pueden ser administradas por ejemplo una vez, dos veces o más por curso del tratamiento, que puede ser repetido por ejemplo cada 7,14, 21 ó 28 días.
En vista de sus propiedades farmacológicas útiles, los componentes de las combinaciones según la invención, es decir el otro agente farmacológico y el inhibidor de HDAC, pueden ser formulados en varias formas farmacéuticas con fines de administración. Los componentes pueden ser formulados por separado en composiciones farmacéuticas individuales o en una composición farmacéutica unitaria que contiene ambos componentes.
La presente invención, por lo tanto, también está relacionada con una composición farmacéutica que comprende al otro agente farmacológico y el inhibidor de HDAC junto con uno o varios vehículos farmacéuticos.
La presente invención también está relacionada con una combinación según la invención en la forma de una composición farmacéutica que comprende a un agente anticáncer y un inhibidor de HDAC según la invención junto con uno o varios vehículos farmacéuticos.
La presente invención está relacionada además con el uso de una combinación según la invención en la fabricación de una composición farmacéutica para inhibir el crecimiento de células tumorales.
La presente invención está relacionada además con un producto que contiene como primer ingrediente activo un inhibidor de HDAC según la invención y como segundo ingrediente activo un agente anticáncer, como una preparación combinada para uso simultáneo, separado o secuencial en el tratamiento de pacientes que sufren de cáncer.
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Parte experimental
En lo sucesivo, el término "K_{2}CO_{3}" significa carbonato de potasio, "CH_{2}Cl_{2}" significa diclorometano, "MgSO_{4}" significa sulfato de magnesio, "DIPE" significa éter diisopropílico, "THF" significa tetrahidrofurano, "EtOAc" significa acetato de etilo, "DMF" significa N, N-dimetilformamida, "DMSO" significa sulfóxido de dimetilo, "Et_{3}N" significa trietilamina, "NaBH_{4}" significa tetrahidroborato (-1) sódico, "NaBH_{3}CN" significa cianoborohidruro, "PyBOP" significa hexafluorofosfato de benzotriazol-1-iloxi-tripirrolidino-fosfonio, "DIPEA" significa N-etil-N-(1-metiletil)-2-propanamina, "NH_{4}OH" significa hidróxido de amonio, "CH_{3}OH" significa metanol, "NH_{4}HCO_{3}" significa bicarbonato de amonio y "M.P." significa punto de fusión.
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A. Preparación de intermedios Ejemplo A1 a) Preparación del intermedio 1
2
Se añadió una solución de 2-[2-(5-cloro-1H-indol-3-il)etil]-1H-isoindol-1,3(2H)-diona (0,017 mol) en DMF (17 ml) a temperatura ambiente a una suspensión de hidruro sódico (0,034 mol) en DMF (11 ml) en corriente de N_{2}. La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 1 hora. Se añadió 1-yodopropano (0,034 mol) gota a gota. La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante dos horas, se vertió sobre H_{2}O y NaCl, y se extrajo con EtOAc. La capa orgánica se lavó con H_{2}O, se secó (MgSO_{4}), se filtró y el disolvente se eliminó, lo cual produjo 7,77 g del
intermedio 1.
b) Preparación del intermedio 2
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3
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Se agitó y se calentó a reflujo una mezcla del intermedio 1 (0,021 mol) e hidrazina/H2O (0,106 mol) en etanol (100 ml) durante 2 horas, posteriormente se enfrió hasta temperatura ambiente, se vertió sobre H_{2}O y se extrajo con CH_{2}Cl_{2}. Se separó la capa orgánica, se secó (MgSO_{4}), se filtró y el disolvente se evaporó para dar 5 g (100%) del intermedio 2.
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Ejemplo A2 a) Preparación del intermedio 3
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4
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Se añadió una solución de éster etílico del ácido 2-(metilsulfonil)-5-pirimidincarboxílico (0,094 mol) en acetonitrilo (40 ml) a 10ºC a una suspensión de 4-piperidinmetanol (0,083 mol) y K_{2}CO_{3} (0.172 mol) en acetonitrilo (200 ml) en corriente de N_{2}. La mezcla se calentó hasta temperatura ambiente, posteriormente se agitó 4 horas, se vertió sobre H_{2}O y se extrajo con EtOAc. Se separó la capa orgánica, se secó (MgSO_{4}), se filtró y el disolvente se evaporó. El residuo (23 g) se cristalizó en acetonitrilo/éter dietílico. La capa madre se evaporó y el residuo obtenido se purificó por cromatografía en columna sobre gel de sílice (eluyente: CH_{2}Cl_{2}/CH_{3}OH/NH_{4}OH 97/3/0,1: 20-45 \mum). Las fracciones puras se recogieron y el disolvente se evaporó para dar 4.6 g (20%) (p. f.: 129ºC) del intermedio 3.
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b) Preparación del intermedio 4
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5
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Se añadió DMSO (0,127 mol) a -78ºC a una solución de dicloruro de etanodioilo (0,061 mol) en CH_{2}Cl_{2} (110 ml) en corriente de N_{2}. La mezcla se agitó durante 15 minutos. Se añadió una solución del intermedio 3 (0,051 mol) en CH_{2}Cl_{2} (200 ml). La mezcla se agitó a -78ºC durante 1 hora y 30 minutos. Se añadió Et_{3}N (0.26 mol) gota a gota. La mezcla se agitó a -78ºC durante 15 minutos, posteriormente se enfrió hasta temperatura ambiente durante 2 horas y 30 minutos. Se añadió H2O. La mezcla se extrajo con CH_{2}Cl_{2}. La capa orgánica se separó, se secó (MgSO_{4}), se filtró y el disolvente se evaporó. El residuo (14 g) se purificó por cromatografía en columna sobre gel de sílice (eluyente: ciclohexano/EtOAc 70/30; 20-45 \mum). Las fracciones puras se recogieron y el disolvente se evaporó para dar 7.6 g (57%) del intermedio 4.
c) Preparación del intermedio 5
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6
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Se añadieron NaBH_{3} (0,034 mol) y ácido acético (0,023 mol) a una solución del intermedio 2 (0,021 mol) y del intermedio 4 (0,021 mol) en CH_{3}OH (500 ml) en corriente de N_{2}. La mezcla se agitó durante 72 horas, se vertió en una solución de K_{2}CO_{3} al 10% y se extrajo con EtOAc. La capa orgánica se separó, se secó (MgSO_{4}), se filtró y el disolvente se evaporó. El residuo (10,4 g) se purificó por cromatografía en columna sobre gel de sílice (eluyente: CH_{2}Cl_{2}/CH_{3}OH/NH_{4}OH 97/3/0,1: 15-40 \mum). Las fracciones puras se recogieron y el disolvente se evaporó para dar 5.5 g (54%) del intermedio 5.
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d) Preparación del intermedio 6
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7
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Se agitó una mezcla del intermedio 5 (0,001 mol) e hidróxido sódico (0,004 mol) en etanol (50 ml) y se calentó a reflujo durante 5 horas, posteriormente se enfrió hasta temperatura ambiente y se evaporó hasta sequedad. El residuo se disolvió en éter dietílico. El precipitado se filtró y se secó para dar 0.407 g (85%) (p. f.: > 260ºC) del intermedio 6 como una sal sódica (.Na).
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Ejemplo 3A a) Preparación del intermedio 7
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8
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Se agitó una mezcla de éster etílico del ácido 2-[4-(aminometil)-1-piperidinil]-5-pirimidincarboxílico (0,0076 mol) y 1-metil-1H-indol-3-carboxaldehído (0,0114 mol) en CH_{3}OH (80 ml) y se calentó a reflujo durante 15 horas, posteriormente se enfrió hasta temperatura ambiente. Se añadió NaBH_{4} (0,012 mol) en porciones. La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante la noche, se vertió en H_{2}O y se extrajo con EtOAc. La capa orgánica se separó, se secó (MgSO_{4}), se filtró y el disolvente se evaporó. El residuo (3.2 g) se purificó por cromatografía en columna sobre gel de sílice (eluyente: CH_{2}Cl_{2}/CH_{3}OH/NH_{4}OH 95/6/0,5: 15-40 \mum). Las fracciones puras se recogieron y el disolvente se evaporó para dar 1.6 g (53%) del intermedio 7.
b) Preparación del intermedio 8
9
Se agitó una mezcla del intermedio 7 (0,0037 mol) e hidróxido sódico (0,0074 mol) en etanol (60 ml) a 50ºC durante 15 horas, posteriormente se enfrió hasta temperatura ambiente y el disolvente se evaporó hasta sequedad para dar 1.5 g (100%) del intermedio 8 como una sal sódica (.Na).
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Ejemplo A4 a) Preparación del intermedio 9
10
Se añadió hidruro sódico (0,0026 mol, al 60% en aceite) en porciones a una solución de 5-fluoro-1H-indol-3-carboxaldehído (0,0024 mol) en DMF (8 ml) en corriente de N_{2}. La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 30 minutos. Se añadió 1-yodopropano (0,0029 mol) gota a gota. La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 2 horas y se vertió sobre agua helada. El precipitado se filtró, se lavó con H2O y se secó para dar 0,44 g (88%) del intermedio 9.
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Ejemplo A5 a) Preparación del intermedio 10
11
Se agitó una mezcla de éster etílico del ácido 2-[4-(aminometil)-1-piperidinil]-5-pirimidincarboxílico (0,0053 mol), intermedio 9 (0,008 mol) y MgSO_{4} (1,5 g) en CH_{3}OH (100 ml) y se calentó a reflujo durante la noche en una corriente de N_{2}, posteriormente se enfrió hasta 5ºC. Se añadió NaBH_{4} (0,0091 mol). La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 4 horas, se vertió sobre H_{2}O y se extrajo con CH_{2}Cl_{2}. La capa orgánica se separó, se secó (MgSO_{4}), se filtró y el disolvente se evaporó. El residuo (3.4 g) se purificó por cromatografía en columna sobre gel de sílice (eluyente: CH_{2}Cl_{2}/CH_{3}OH/NH_{4}OH 97/3/0,5; 15-40 \mum). Las fracciones puras se recogieron y el disolvente se evaporó para dar 1.3 g (54%) del intermedio 10.
b) Preparación del intermedio 11
12
Se agitó una mezcla del intermedio (0,0029 mol) e hidróxido sódico (0,0057 mol) en etanol (50 ml) a 60ºC durante la noche, posteriormente se enfrió hasta temperatura ambiente y el disolvente se evaporó para dar 0,8 g (54%) del intermedio 11 como una sal sódica (.Na).
Ejemplo A6 a) Preparación del intermedio 12
13
Se añadió una solución de 4-piperidinmetanol (0,033 mol) en CH_{2}Cl_{2} (80 ml) a temperatura ambiente a una solución de éster metílico del ácido 2-cloro-5-pirimidincarboxílico (0,066 mol) en DIPEA (0,083 mol) en CH_{2}Cl_{2} (100 ml) en corriente de N_{2}. La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 3 horas y 30 minutos, se vertió sobre agua helada y se extrajo con CH_{2}Cl_{2}. La capa orgánica se separó, se secó (MgSO_{4}), se filtró y el disolvente se evaporó. El residuo se disolvió en pentano. El precipitado se filtró y se secó para dar 7,88 g (95%) del intermedio 12.
b) Preparación del intermedio 13
14
Se añadió DMSO (0,058 mol) gota a gota a -78ºC a una solución de dicloruro de etanodiolilo (0,0278 mol) en CH_{2}Cl_{2} (50 ml) en corriente de N2. La mezcla se agitó durante 15 minutos. Se añadió una solución del intermedio 12 (0,023 mol) en CH2Cl2 (200 ml) gota a gota. La mezcla se agitó a -78ºC durante 1 hora, se vertió sobre H_{2}O y se extrajo con CH_{2}Cl_{2}. La capa orgánica se separó, se secó (MgSO_{4}), se filtró y el disolvente se evaporó. El residuo se cristalizó en éter dietílico. El precipitado se filtró y secó para dar 3,06 g (54%) del intermedio 13.
c) Preparación del intermedio 14
15
Se añadió NaBH_{3}CN (0,019 mol) en porciones a 5ºC a una solución del intermedio 13 (0,0125 mol) y 1-H-indol-3-etanamina (0,0125 mol) en CH_{3}OH (250 ml) en corriente de N_{2}. Se añadió ácido acético (1 ml). La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 48 horas. Se añadió K_{2}CO_{3} al 10%. La mezcla se extrajo con CH_{2}Cl_{2}. La capa orgánica se separó, secó (MgSO_{4}), filtró y el disolvente se evaporó. El residuo (5 g) se purificó por cromatografía en columna sobre gel de sílice (eluyente: CH_{2}Cl_{2}/CH_{3}OH/NH_{4}OH 96/4/0,3; 15-40 \mum). Las fracciones puras se recogieron y el disolvente se evaporó para dar 3 g (60%) del intermedio 14.
d) Preparación del intermedio 15
16
Se agitó una mezcla del intermedio 14 (0,0064 mol) y hidróxido sódico (0,025 mol) en etanol (80 ml) durante la noche a 80ºC, posteriormente se enfrió a temperatura ambiente y se evaporó. El residuo se disolvió en éter dietílico. El precipitado se filtró y secó para dar 2 g (78%) del intermedio 15 como una sal sódica (.Na).
Ejemplo A7 a) Preparación del intermedio 16
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17
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Se agitó una mezcla de éster etílico del ácido 2-[4-(aminometil)-1-piperidinil]-5-pirimidincarboxílico (0,0049 mol), metanosulfonato de 1H-indol-3-etanol (0,0054 mol) y K2CO3 (0,01 mol) en acetonitrilo (20 ml) y se calentó a reflujo durante la noche, posteriormente se enfrió, se vertió en agua helada y se extrajo con CH_{2}Cl_{2}. La capa orgánica se separó, secó (MgSO_{4}), filtró y el disolvente se evaporó. El residuo (2.2 g) se purificó por cromatografía en columna sobre gel de sílice (eluyente: CH_{2}Cl_{2}/CH_{3}OH/NH_{4}OH 96/4/0,2; 15-40 \mum). Las fracciones puras se recogieron y el disolvente se evaporó para dar 0.442 g (22%) del intermedio 16.
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b) Preparación del intermedio 17
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18
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Se añadió cloruro de metanosulfonilo (0,0018 mol) gota a gota a temperatura ambiente a una solución del intermedio 16 (0,0012 mol) y Et_{3}N (0,0036 mol) en CH_{2}Cl_{2} (15 ml). La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante la noche, se vertió sobre H_{2}O y se extrajo con CH_{2}Cl_{2}. La capa orgánica se separó, secó (MgSO_{4}), filtró y el disolvente se evaporó para dar 0,6 g (100%) del intermedio 17.
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c) Preparación del intermedio 18
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19
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Se agitó una mezcla del intermedio 17 (0,012 mol) e hidróxido sódico (0,036 mol) en etanol (40 ml) a 60ºC durante 5 horas, posteriormente se evaporó hasta sequedad. El residuo se disolvió en éter dietílico. La mezcla se evaporó a sequedad para dar 0,6 g (100%) del intermedio 18 como una sal sódica (.Na).
Ejemplo A8 a) Preparación del intermedio 19
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20
Se añadió cloruro de propanoilo (0,0018 mol) a 0ºC a una solución del intermedio 16 (0,0012 mol) en Et_{3}N (0,5 ml) y CH_{2}Cl_{2} (15 ml). La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante la noche, se vertió sobre agua helada y se extrajo con CH_{2}Cl_{2}. La capa orgánica se lavó agua, se secó (MgSO_{4}), filtró y el disolvente se evaporó para dar 0,56 g (100%) del intermedio 19. Este producto se utilizó directamente en el siguiente paso de reacción.
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b) Preparación del intermedio 20
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21
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Se agitó una mezcla del intermedio 19 (0,0012 mol) e hidróxido sódico (0,15 g) en etanol (50 ml) a 60ºC durante 6 horas, posteriormente se enfrió hasta temperatura ambiente y se evaporó. El residuo se disolvió en éter dietílico. La mezcla se evaporó hasta sequedad para dar 0,55 g (100%) del intermedio 20 como una sal sódica (.Na). Este producto se utilizó directamente en el siguiente paso de reacción.
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B. Preparación de los compuestos Ejemplo B1 Preparación del compuesto 1
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Se añadió Et_{3}N (0,0037 mol) a temperatura ambiente a una solución del intermedio 6 (0,0008 mol), monoclorhidrato de 1,2-bencenodiamina (0,0019 mol) y PyBOP (0,0017 mol) en THF (40 ml) y CH_{2}Cl_{2} (40 ml). La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 2 días, se vertió sobre agua helada y se extrajo con CH2Cl2. La capa orgánica se separó, secó (MgSO_{4}), filtró y el disolvente se evaporó. El residuo (1.2 g) se purificó por cromatografía en columna sobre gel de sílice (eluyente: CH_{2}Cl_{2}/CH_{3}OH/NH_{4}OH de 98/2/0,2 a 90/10/1; 3,5 \mum). Las fracciones puras se recogieron y el disolvente se evaporó para dar 0,049 g (11%) (p. f.: 80ºC) del compuesto 1.
Ejemplo B2 Preparación del compuesto 2
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23
Se añadió Et_{3}N (0,0108 mol) a temperatura ambiente a una solución del intermedio 8 (0,0025 mol) y monoclorhidrato de 1,2-bencenodiamina (0,0058 mol) y PyBOP (0,005 mol) en DMF/tamis (50 ml). La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 48 horas, se vertió sobre H2O y se filtró. El filtrado se extrajo con EtOAc, posteriormente se lavó tres veces con H_{2}O, se secó (MgSO_{4}), filtró y el disolvente se eliminó. El residuo (1,8 g) se purificó por cromatografía en columna sobre gel de sílice (eluyente: CH_{2}Cl_{2}/CH_{3}OH/NH_{4}OH 95/5/0,5; 15-40 \mum). Las fracciones puras se recogieron y el disolvente se evaporó. El residuo obtenido (0,262 g, 22%) se cristalizó en acetonitrilo/DIPE. El precipitado se filtró y secó para dar 0,106 g (p. f.: 142ºC) del compuesto 2.
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Ejemplo B3 Preparación del compuesto 3
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Se añadió Et_{3}N (0,01 mol) a temperatura ambiente a una solución del intermedio 15 (0,0025 mol), monoclorhidrato de 1,2-bencenodiamina (0,0057 mol) y PyBOP (0,005 mol) en THF (15 ml) y CH_{2}Cl_{2} (15 ml). La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 48 horas, se vertió en H2O y se extrajo con CH_{2}Cl_{2}. La capa orgánica se separó, secó (MgSO_{4}), filtró y el disolvente se evaporó. El residuo (0,13 g) se purificó por cromatografía en columna sobre gel de sílice (eluyente: CH_{3}OH/NH_{4}HCO_{3} 60/40; 5 \mum). Las fracciones puras se recogieron y el disolvente se evaporó para dar 0,07 g (p. f.: 95ºC) del compuesto 4.
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Ejemplo B4 Preparación del compuesto 4
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25
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Se añadió Et_{3}N (0,01 mol) a temperatura ambiente a una solución del intermedio 15 (0,0025 mol), monoclorhidrato de 1,2-bencenodiamina (0,0057 mol) y PyBOP (0,005 mol) en THF (15 ml) y CH2Cl2 (15 ml). La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 48 horas, se vertió sobre agua y se extrajo con CH_{2}Cl_{2}. La capa orgánica se separó, secó (MgSO_{4}), filtró y el solvente se evaporó. El residuo (0,13 g) se purificó por cromatografía en columna sobre gel de sílice (eluyente: CH_{2}Cl_{2}/CH_{3}OH/NH_{4}OH 92/8/0.5; 15-40 \mum). Las fracciones puras se recogieron y el solvente se evaporó. Esta fracción (0,13 g) se purificó por cromatografía en fase inversa sobre gel de sílice (eluyente: CH_{3}OH/NH_{4}HCO_{3} 60/40; 5 \mum). Las fracciones puras se recogieron y el solvente se evaporó para dar 0,07 g (p. f.: 95ºC) del compuesto 4.
Ejemplo B5 Preparación del compuesto 5
26
Se añadió Et_{3}N (0,6 mol) a una solución del intermedio 18 (0,001 mol), monoclorhidrato de 1,2-bencenodiamina (0,0024 mol) y PyBOP (0,002 mol) en THF (5 ml) y CH_{2}Cl_{2} (5 ml). La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 72 horas, se vertió sobre H_{2}O y se extrajo con CH_{2}Cl_{2}. La capa orgánica se separó, secó (MgSO_{4}), filtró y el disolvente se evaporó. El residuo (1,5 g) se purificó por cromatografía en columna sobre gel de sílice (eluyente: CH_{2}Cl_{2}/CH_{3}OH/NH_{4}OH 98/2/0,2; 15-40 \mum). Las fracciones puras se recogieron y el disolvente se evaporó para dar 0,027 g (5%) (p. f.: 105ºC) del compuesto 5.
Ejemplo B6 Preparación del compuesto 6
27
Se añadió Et_{3}N (0,0048 mol) a una solución del intermedio 20 (0,0012 mol), monoclorhidrato de 1,2-bencenodiamina (0,0027 mol) y PyBOP (0,0024 mol) en CH_{2}Cl_{2} (5 ml) y THF (5 ml). La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 48 horas, se vertió sobre agua y se extrajo con CH2Cl2. La capa orgánica se separó, secó (MgSO_{4}), filtró y el disolvente se evaporó. El residuo (1,5 g) se purificó por cromatografía en columna sobre gel de sílice (eluyente: EtOAc/CH_{3}OH/NH_{4}OH 97/3/0,5; 15-40 \mum). Las fracciones puras se recogieron y el disolvente se evaporó para dar 0,16 g (25%) del compuesto 6.
La Tabla F-1 enumera los compuestos que se prepararon de acuerdo con uno de los Ejemplos anteriores.
TABLA F-1
28
C. Ejemplos farmacológicos
El ensayo in vitro para la inhibición de histona desacetilasa (véase el ejemplo C.1) mide la inhibición de la actividad enzimática de HDAC obtenida con los compuestos de fórmula (I).
La actividad celular de los compuestos de fórmula (I) fue determinada en células tumorales A2780 usando un ensayo colorimétrico para observar la toxicidad en la célula o la supervivencia (Mosmann Tim, Journal of Immunological Methods 65: 55-63, 1983) (véase el ejemplo C.2).
La solubilidad de un compuesto mide la capacidad de un compuesto de permanecer en la solución. En un primer método, se mide la capacidad de un compuesto para permanecer en una solución acuosa bajo dilución (véase el ejemplo C.3.a). Las soluciones madre de DMSO son diluidas con un disolvente tampón acuoso solo en varias etapas consecutivas. En este método, entonces las mezclas se escanean posteriormente en el escáner de solubilidad BD Gentest para determinar la aparición de precipitación. En un segundo método, la solubilidad de un compuesto a diferentes pH puede ser medida con el uso de un detector de nitrógeno quimioluminescente (véase el ejemplo C.3.b).
La permeabilidad de un fármaco expresa su capacidad de moverse de un medio a otro o a través de éste. Expresamente su capacidad de moverse por la membrana intestinal en la corriente sanguínea y/o a partir de la corriente sanguínea hacia su objetivo. La permeabilidad (véase el ejemplo C.4) puede ser medida por la formación de una bicapa fosfolipídica de membrana artificial inmovilizada en un filtro. En el ensayo de la membrana artificial inmovilizada en un filtro, se forma un "sandwich" con una placa de microtítulo de 96 pocillos y una placa de filtro de 96 pocillos, tal que cada compuesto se divide bien en dos cámaras con una solución donadora en el fondo y una solución aceptadora encima, separadas por un disco de microfiltro de 125 \mum (poros 0,45 \mum), revestido con una solución de dodecano al 2% (p/v) de dioleoilfosfatidil-colina, bajo ciertas condiciones en las que las bicapas multi-lamminares forman dentro canales de filtro cuando el sistema se pone en contacto con una solución reguladora acuosa. La permeabilidad de los compuestos por esta membrana artificial se mide en cm/s. El objetivo es buscar la penetración de los fármacos a través de una membrana artificial paralela a 2 pH diferentes: 4,0 y 7,4. La detección del compuesto se hace con espectrometría UV a una longitud de onda óptima entre 250 y 500 nm.
El metabolismo de los fármacos significa que un compuesto endobiótico o xenobiótico soluble en lípidos es enzimáticamente transformado en (a) metabolitos polar, soluble en agua y excretable. El órgano principal para el metabolismo del fármaco es el hígado. Los productos metabólicos son a menudo menos activos que el fármaco parenteral o inactivo. Sin embargo, algunos metabolitos pueden tener mayor actividad o efectos tóxicos. Así, el metabolismo del fármaco puede incluir tanto procesos de "intoxicación" como de "desintoxicación". Uno de los sistemas enzimáticos principales que determinan la capacidad del organismo en las transacciones con fármacos y productos químicos se representa por las monooxigenasas citocromo P450, que son enzimas dependientes del NADPH. La estabilidad metabólica de los compuestos puede ser determinada in vitro con el uso de tejido humano subcelular (véase el ejemplo C.5.a.). En este caso, la estabilidad metabólica de los compuestos se expresa como el % del fármaco metabolizado después de una incubación de 15 minutos de estos compuestos con microsomas. La cuantificación de los compuestos fue determinada por análisis LC-MS.
Se ha demostrado que una amplia variedad de agentes antitumorales activa a la proteína p21, incluyendo a agentes perjudiciales para el ADN e inhibidores de la histona desacetilasa. Los agentes perjudiciales del ADN activan el gen p21 a través del supresor tumoral p53, mientras que los inhibidores de histona desacetilasa activan transcripcionalmente el gen p21 vía el factor de transcripción Sp1. Así, los agentes perjudiciales de ADN activan al promotor p21 a través del elemento sensible p53 mientras que los inhibidores de histona desacetilasa activan al promotor p21 a través de los sitios sp1 (localizados en la región de -60 bp a +40 bp con respecto al cuadro TATA) conduciendo ambos a una mayor expresión de la proteína p21. Cuando el promotor p21 en unas células consiste en un fragmento promotor de 1300 bp de p21 que no comprende elementos sensibles de p53 no es, en consecuencia, sensible a los agentes perjudiciales del ADN.
La capacidad de los compuestos para inducir p21 puede ser evaluada mediante una prueba de la capacidad de los compuestos para inducir p21 como consecuencia de la inhibición de HDAC a nivel celular. Las células pueden ser establemente transfectadas con un vector de expresión que contiene un fragmento promotor de 1300bp de p21 que no comprende los elementos sensibles a p53 y en el que un aumento de la expresión del gen reportero, comparado con los niveles de control, identifica si el compuesto tiene capacidad de inducción con p21. El gen reportero es una proteína fluorescente y la expresión del gen reportero se mide como la cantidad de luz de neón emitida (véase el ejemplo C.6).
Los inhibidores de HDAC específicos no deben inhibir a otras enzimas como las abundantes proteínas CYP P450. Las proteínas CYP P450 (expresadas en E. coli) 3A4, 2D6 en 2C9 convierten sus sustratos específicos en una molécula fluorescente. La proteína CYP3A4 convierte al 7-benciloxi-trifluorometil-coumarin (BFC) en 7-hidroxi-trifluorometil-coumarin. La proteína CYP2D6 convierte a 3-[2-(N,N-dietil-N-metilamino)etil-7-metoxi-4-metilcoumarin (AMMC) en hidrocloruro de 3-[2-(N,N-dietilamino)etil-7-hidroxi-4-metilcoumarin y la proteína CYP2C9 convierte 7-metoxi-4-trifluorometil-coumarin (MFC) en 7-hidroxi-trifluorometil-coumarin. Los compuestos que inhiben la reacción enzimática causarán una disminución de la señal fluorescente.
Ejemplo C.1 Ensayo in vitro para la inhibición de histona desacetilasa con sustrato marcado con fluorescente
Se usó el ensayo de actividad fluorescente de HDAC/kit de detección de fármacos de Biomol (Nº. de cat. AK-500-0001). El ensayo de actividad fluorescente de HDAC está basado en el sustrato "Fluor de Lys" (abreviatura de "Fluorogenic Histone deAcetilase Lysyl") y la combinación del revelador. El sustrato Fluor de Lys comprende una cadena lateral de lisina acetilada. La desacetilación del sustrato sensibiliza al sustrato de modo que, en la segundo etapa, el tratamiento con el revelador Fluor de Lys produzca un fluoróforo.
Se incubaron extractos nucleares de HeLa (proveedor: Biomol) a 60 \mug/ml con 75 \muM de sustrato. El sustrato Fluor de Lys fue añadido en un tampón que contenía Tris 25 mM, NaCl 137 mM, KCl 2,7 mM y MgCl_{2}.6H_{2}O 1 mM a pH 7,4. Después de 30 minutos, fue añadido 1 volumen del revelador. El fluoróforo fue excitado con luz a 355 nm y la luz emitida (450 nm) se detectó en un lector de placas fluorométrico. Para cada experimento, fueron realizados en paralelo los controles (que contenían extracto nuclear de HeLa y tampón), una incubación en blanco (que contenía el tampón pero ningún extracto nuclear de HeLa) y las muestras (que contenían el compuesto disuelto en DMSO y más diluido en tampón y extracto nuclear HeLa). En el primer caso, los compuestos fueron probados a una concentración de 10^{-5} M. Cuando los compuestos mostraron actividad a 10^{-5}M, se realizó una curva respuesta frente a la concentración en la que los compuestos fueron probados a concentraciones entre 10^{-5} M y 10^{-9} M. Toda la muestra fue probada 4 veces. En cada prueba, el valor en blanco fue sustraído tanto del control como de los valores de la muestra. La muestra control representaba el 100% de la desacetilatión del sustrato. Para cada muestra, la fluorescencia fue expresada como un porcentaje del valor medio de los controles. Cuando se obtuvieron los valores de IC_{50} apropiados (la concentración del fármaco, tenía que reducir la cantidad de metabolitos al 50% del control) estos fueron calculados usando el análisis de protrozos para los datos clasificados. En este documento, los efectos de los compuestos de prueba son expresados como pIC_{50} (valor del log negativo del valor de IC_{50}) (véase la Tabla F-2).
Ejemplo C.2 Determinación de la actividad antiproliferativa en células A2780
Todos los compuestos probados fueron disueltos en DMSO y fueron hechas otras diluciones en el medio de cultivo. Las concentraciones de DMSO finales nunca excedieron el 0,1% (v/v) en los ensayos de proliferación de células. Los controles contenían células A2780 y DMSO sin compuesto y los blancos contenían DMSO, pero ninguna célula. Fue disuelto MTT en 5 mg/ml en PBS. Fue preparado un tampón de glicina que comprendía glicina 0,1 M y NaCl 0,1 M almacenado en un tampón a pH 10,5 con NaOH (1 N) (todos los reactivo eran de Merck).
Fueron cultivadas células de carcinoma ovárico humanas A2780 (por amabilidad del doctor T. C. Hamilton [Fox Chase Cancer Centre, Pensilvania, EE.UU.) en medio RPMI 1640 suplementado con L-glutamina 2 mM, gentamicina a 50 \mug/ml y suero de ternero fetal al 10%.
Las células fueron rutinariamente mantenidas como cultivos en monocapas a 37ºC en una atmósfera de CO_{2} al 5% humedecida. Las células fueron repasadas una vez por semana usando una solución de tripsina/EDTA en una proporción divisoria 1:40. Todos los medios y los suplementos fueron obtenidos de Life Technologies. Las células estaban sin ninguna contaminación de micoplasma como se determina usando el kit Gen-Probe Mycoplasma Tissue Culture (proveedor: BioMerieux).
Las células fueron sembradas en placas de 96 pocillos de cultivo de NUNCTM (Proveedor: Life Technologies) y se les permitió adherirse al plástico durante la noche. Las densidades usadas para la puesta en placa era 1500 células por pocillo en un volumen total de 200 \mul de medio. Después de la adherencia de las células a las placas, el medio fue cambiado y los fármacos y/o los disolventes fueron añadidos a un volumen final de 200 \mul. A los cuatro días siguientes de la incubación, el medio fue sustituido por 200 \mul de medio recién preparado y la densidad de las células y la viabilidad fue evaluada usando un ensayo MTT. A cada pocillo, fueron añadidos 25 \mul de solución MTM y las células fueron incubadas durante 2 horas más a 37ºC. El medio fue aspirado con cuidado después y el producto MTT-formazan azul fue solubilizado por la adición de 25 \mul de tampón de glicina seguido de 100 \mul de DMSO. Las placas de microprueba fueron agitadas durante 10 minutos en un agitador de microplacas y fue medida la absorbancia a 540 nm usando un espectrofotómetro de 96 pocillos Emax (Proveedor: Sopachem). En cada experimento, los resultados para cada condición experimental son la media de 3 pocillos repetidos. Para el rastreo inicial, los compuestos fueron probados a una concentración fija única de 10^{-6} M. Para los compuestos activos, los experimentos fueron repetidos para establecer las completas curvas respuesta frente a la concentración. Para cada experimento, los controles (que no contenían ningún fármaco) y una incubación en blanco (que no contenía ninguna célula o fármaco) fueron realizados en paralelo. El valor del blanco fue restado de todos los valores de control y muestra. Para cada muestra, el valor medio para el crecimiento de las células (en unidades de absorbancia) fue expresado como el porcentaje del valor medio para el crecimiento de las células del control. Cuando era apropiado, los valores de IC_{50} (la concentración del fármaco tenía que reducir el crecimiento de las células en un 50% del control) fueron calculados usando el análisis de protrozos para los datos clasificados (Finney, D. J., Probit Analyses, 2ª Ed. Capítulo 10, "Graded Responses", Cambridge University Press, Cambridge 1962). En este documento, los efectos de los compuestos de prueba son expresados como pIC_{50} (el valor del log negativo del valor de IC_{50}) (véase la Tabla F-2).
Ejemplo C.3 Solubilidad C.3.a. Solubilidad cinética en medios acuosos
Se obtuvieron disoluciones madre en DMSO a partir de 5000-9,8 \muM (diluciones ½) en DMSO en una placa de disolución madre de 96 pocillos (200 \mul por pocillo). Después de cada dilución, las muestras se mezclaron. Las alícuotas de estas disoluciones de DMSO (2 \mul) se transfirieron entonces a otras 2 placas de tampón de 96 pocillos, que contienen 200 \mul por pocillo de tampón acuoso. Cada una de las placas contiene tampón acuoso pH 7,4 o tampón acuoso pH 4,0. Después de la última dilución, las placas de tampón se mezclaron, y las muestras se estabilizaron a temperatura ambiente durante ½ hora. La dilución se realizó por duplicado para cada compuesto, para excluir errores ocasionales. Las mezclas se escanearon entonces en el Escáner de Solubilidad BD Gentest en busca de la aparición de precipitación. La cinética de la solubilidad se calculó por interpolación, basándose en la ausencia/presencia de precipitado en las mezclas. La clasificación se llevó a cabo en 3 clases.
Los compuestos con solubilidad elevada obtuvieron una puntuación de 3, y tienen una solubilidad mayor o igual a 50 \muM. Los compuestos con solubilidad media obtuvieron una puntuación de 2, y tienen una solubilidad mayor que 10 \muM y menor que 50 \muM. Los compuestos con baja solubilidad obtuvieron una puntuación de 1, y para estos compuestos la solubilidad es menor o igual a 10 \muM.
Se ensayaron tres compuestos, y tuvieron una puntuación de 1 a ambos valores de pH en el ensayo.
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C.3.b. Solubilidad a pH 2,3
La solubilidad de un compuesto, a pH 2,3, también puede ser medida con el uso de un detector de nitrógeno quimioluminescente (véase la Tabla F-2).
Ejemplo C.4 Análisis de permeabilidad de la membrana artificial en paralelo
Fueron diluidas las muestras madre (alícuotas de 10 \mul de una solución madre 5 mM en DMSO al 100%) en una placa de pocillos profundos o placa de premezcla que contenía 2 ml de un sistema tampón acuoso a pH 4 o pH 7,4 (Concentrado de Solución del Sistema de PSR4 (pION)). Antes de que las muestras fueran añadidas a la placa de referencia, fueron añadidos a los pocillos 150 \mul del tampón y fue realizada una medida UV del blanco. A partir de entonces, el tampón fue desechado y la placa fue usada como placa de referencia. Todas las medidas fueron hechas en placas resistentes a UV (proveedor: Costar o Greiner).
Después de la medida del blanco de la placa de referencia, fueron añadidos a la placa de referencia 150 \mul de las muestras diluidas y fueron añadidos a la placa donadora 1200 \mul de las muestras diluidas. Una placa de filtro aceptadora I (proveedor: Millipore, tipo:MAIP N45) fue revestida de 4 \mul de la solución artificial formadora de membrana (1,2-Dioleoil-sn-Glicer-3-Fosfocolina en Dodecano conteniendo 2,6-Di-terc-butil-4-metilfenol al 0,1% y fue colocada encima de la placa donadora 1 para formar un "sandwich". El tampón (200 \mul) fue dispensado en los pocillos aceptadores en la parte superior. El sandwich fue cubierto con una tapa y fue almacenado durante 18 h a temperatura ambiente en oscuridad.
Una medida en blanco de la placa aceptadora 2 fue realizada por la adición de 150 \mul de tampón a los pocillos, seguido de una medida UV. Después de la medida en blanco de la placa aceptadora 2, el tampón fue desechado y 150 \mul de la solución aceptadora fueron transferidos de la placa de filtro aceptadora I a la placa aceptadora 2. Después, la placa de filtro aceptadora I fue retirada del sandwich. Después de la medida del blanco de la placa donadora 2 (véase más arriba), 150 \mul de la solución donadora fueron transferidos de la placa donadora 1 a la placa donadora 2. Los espectros UV de la placa donadora 2, placa aceptadora 2 y los pocillos de placa de referencia fueron explorados (con un SpectraMAX 190). Todos los espectros fueron tratados para calcular la permeabilidad con el Software PSR4p Command. Todos los compuestos fueron medidos por triplicado. Se usaron carbamazepina, griseofulvin, acicloguanisina, atenolol, furosemida y clorotiazida como estándares en cada experimento. Los compuestos fueron clasificados en 3 categorías por tener una permeabilidad baja (efecto medio < 0,5 x 10^{-6} cm/s; puntuación 1), una permeabilidad media (1 x 10^{-6} cm/s>
efecto medio > 0,5 x 10^{-6} cm/s; puntuación 2) o una permeabilidad alta (> 1 x 10^{-6} cm/s; puntuación 3).
Ejemplo C.5 Estabilidad metabólica
Se hicieron preparaciones de tejido subcelulares según Gorrod et al. (Xenobiotica 5: 453-462, 1975) por separación centrífuga después de una homogeneización mecánica del tejido. El tejido hepático fue aclarado en tampón Tris-HCl 0,1 M helado (pH 7,4) para lavar la sangre en exceso. El tejido fue entonces secado, transferido, pesado y cortado groseramente con tijeras quirúrgicas. Los pedazos de tejido fueron homogeneizados en 3 volúmenes de tampón fosfato 0,1 M helado (pH 7,4) usando o bien un Potter-S (Braun, Italia) equipado con una manivela de Teflón o bien un homogeneizador Omni-mix de Sorvall, durante 7 x 10 segundos. En ambos casos, el matraz fue mantenido en hielo durante el proceso de homogeneización.
Los homogenados de tejido se centrifugaron a 9000 x g durante 20 minutos a 4ºC usando una centrifugadora Sorvall o Ultracentrifugadora Beckman. El sobrenadante resultante fue almacenado a -80ºC y se denominó "S9".
La fracción S9 puede ser centrifugada más a 100,000 x g durante 60 minutos (4ºC) usando una ultracentrifugadora Beckman. Ell sobrenadante resultante fue aspirado con cuidado, dividido en alícuotas y fue denominado "citosol". El pelete fue suspendido de nuevo en tampón fosfato 0,1 M (pH 7,4) en un volumen final de 1 ml por 0,5 g de peso de tejido original y fue denominado "microsomas".
Todas las fracciones subcelulares fueron divididas en alícuotas, fueron inmediatamente congeladas en nitrógeno líquido y almacenadas a -80ºC hasta su uso.
Para las muestras que se probaron, la mezcla de incubación contenía PBS (0,1M), compuesto (5 \muM), microsomas (1 mg/ml) y un sistema de generación de NADPH (glucosa-6-fosfato 0,8 mM, cloruro de magnesio 0,8 mM y 0,8 unidades de glucosa-6-fosfato deshidrogenasa). Las muestras de control contenían el mismo material pero los microsomas fueron sustituidos por microsomas inactivados con calor (10 minutos a 95 grados Celsius). La recuperación de los compuestos en las muestras de control era siempre del 100%.
Las mezclas fueron preincubadas durante 5 minutos a 37 grados Celsius. La reacción fue comenzada en el punto de tiempo cero (t=0) por la adición de NADP 0,8 mM y las muestras fueron incubadas durante 15 minutos (t=15). La reacción fue terminada por la adición de 2 volúmenes de DMSO. Entonces, las muestras se centrifugaron durante 10 minutos a 900 x g y los sobrenadantes fueron almacenados a temperatura ambiente durante no más de 24 h antes del análisis. Todas las incubaciones fueron realizadas por duplicado. El análisis de los sobrenadantes fue realizado con análisis LC-MS. La elución de las muestras fue realizada en MS C18 de Xterra (50 x 4,6 mm, 5 \mum, Waters, EE.UU). Fue usado un sistema HPLC 2790 de Alliance (Proveedor: Waters, EE.UU.). La elución se realizó con tampón A (acetato de amonio 25 mM (pH 5,2) en H_{2}O/acetonitrilo (95/5)), siendo el disolvente B acetonitrilo y el disolvente C metanol a un caudal de 2,4 ml/min. El gradiente empleado aumentaba la concentración de la fase orgánica desde 0% a más del 50% de B y al 50% de C en 5 minutos hasta el 100% de B en 1 minuto de modo lineal y la concentración de la fase orgánica fue mantenida estacionaria durante 1,5 minutos más. El volumen de inyección total de las muestras fue 25 \mul.
Un espectrómetro de masas con triple quadrupolo de Quattro (proveedor: Micromass, Manchester, Reino Unido) ajustado y una fuente ESI fue usada como detector. La fuente y la temperatura de desolvatación fueron puestas a 120 y 350ºC, respectivamente y fue usado nitrógeno como nebulizador y gas secante. Los datos fueron adquiridos en el modo de exploración positivo (reacción de ión única). El voltaje del cono fue puesto a 10 V y el tiempo de espera era 1 segundo.
La estabilidad metabólica fue expresada como el % de metabolismo del compuesto después de 15 minutos de incubación en presencia de microsomas activados (E (act)) (% de metabolismo = 100% - ((corriente iónica total (TIC) x E(act) x a t = 15) / TIC de E (act) a t = 0) x 100). Los compuestos que tenían un porcentaje de metabolismo menor del 20% fueron definidos como metabólicos muy estables y fueron dados una puntuación de 3. Los compuestos que tenían un metabolismo entre el 20 y el 70% fueron definidos como intermediamente estables y fueron dados una puntuación de 2. Los compuestos que mostraron un porcentaje de metabolismo más alto que 70 fueron definidos como metabólicos poco estables y fueron dados una puntuación de 1. Siempre eran incluidos tres compuestos de referencia cuando se realizaba una proyección de estabilidad metabólica. El Verapamil fue incluido como un compuesto con una estabilidad metabólica baja (% metabolismo=73%). La Cisaprida fue incluida como un compuesto con una estabilidad metabólica media (% metabolismo = 45%) y el propanol fue incluido como un compuesto con una estabilidad metabólica de intermedia a alta (metabolismo del 25%). Estos compuestos de referencia fueron usados para validar el ensayo de estabilidad metabólica. Dos compuestos fueron probados y tenían una puntuación de 3 y una puntuación de 2 respectivamente.
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Ejemplo C.6 Capacidad de inducción de p21
Fueron cultivadas células A2780 (ATCC) en medio RPMI 1640 suplementado con FCS al 10%, L-glutamina 2 mM y gentamicina a 37ºC en una incubadora humedecida con CO_{2} al 5%. Todas las soluciones del cultivo celular son proporcionadas por Gibco-BRL (Gaithersburg, Md.). Otros materiales fueron proporcionados por Nunc.
El ADN genómico fue extraído de células A2780 proliferantes y fue usado como plantilla para el aislamiento por PCR anidada del promotor p21. La primera amplificación fue realizada durante 20 ciclos a una temperatura de hibridación de 55ºC usando el par de oligonucleótidos GAGGGCGCGGTGCTTGG y TGCCGCCGCTCT
CTCACC con ADN genómico como plantilla. El fragmento de 4,5 kilobytes que resulta y que contiene los fragmentos de -4551 a +88 con relación al cuadro TATA fue amplificado de nuevo con los oligonucleótidos TCGGGTACC
GAGGGCGCGGTGCTTGG y ATACTCGAGTGCCGCCGCTCTCTCACC durante 20 ciclos con hibridación a 88ºC lo que causaba un fragmento de 4,5 kilobytes y posteriormente con el par de oligonucleótidos TCGGGTA
CCGGTAGATGGGAGCGGATAGACACATC y ATACTCGAGTGCCGCCGCTCTCTCACC durante 20 ciclos con hibridación a 88ºC lo que causaba un fragmento de 1,3 kilobytes que contiene el fragmento de -1300 a +88 con relación al cuadro TATA. Los sitios de restricción XhoI y KpnI presentes en los oligonucleótidos (secuencia subrayada) fueron usados para la subclonación.
El reportero de luciferasa fue quitado del pGL3-básico y fue sustituido por el reportero ZsGreen (a partir del plásmido pZsGreen1-N1) en los sitios de restricción KpnI y XbaI. El pGL3-básico-ZsGreen-1300 fue construido vía la introducción del fragmento de 1,3 kilobytes arriba mencionado de la región promotora p21 humana en pGL3-basic-ZsGreen en los sitios XhoI y KpnI. Todas las enzimas de restricción son proporcionadas por Boehringer Manheim (Alemania). Las células A2780 fueron puestas en placas en una placa de 6 pocillos a una densidad de 2 x 10^{5} células, incubadas durante 24 horas, y transfectadas con 2 \mug de pGL3-basic-ZsGreen-1300 y 0,2 \mug del vector pSV2neo usando Lipofectamina 2000 (Invitrogen, Bruselas, Bélgica) como se describe por el fabricante. Las células transfectadas fueron seleccionadas durante 10 días con G418 (Gibco-BRL, Gaithersburg, Md.) y fueron cultivadas suspensiones de células solas. Después de tres semanas, fueron obtenidos clones individuales.
Los clones seleccionados de A2780 fueron ampliados y sembrados a 10000 células por pocillo en placas de 96 pocillos. 24 horas después de la siembra, las células fueron tratadas durante unas 24 horas adicionales con los compuestos (que afectan a los sitios sp1 en la región promotora proximal p21). Posteriormente, las células fueron fijadas con PFA al 4% durante 30' y fueron contrateñidas con tinte de Hoechst. La activación del promotor p21 que conduce a la producción de ZsGreen y así a la generación de fluorescencia, fue supervisada por Ascent Fluoroskan (Thermo Labsystems, Bruselas, Bélgica).
Para cada experimento, los controles (que no contenían ningún fármaco) y una incubación en blanco (que no contenía ninguna célula o fármaco) fueron realizados en paralelo. El valor en blanco fue sustraído de todos los valores de control y muestra. Para cada muestra, el valor para la inducción de p21 fue expresado como el porcentaje del valor para el p21 presente en el control. Un porcentaje de inducción más alto que el 130% fue definido como una inducción significativa.
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Ejemplo C.7 Capacidad inhibitoria de P450
Todos los compuestos probados fueron disueltos en DMSO (5 mM) y se hizo una dilución adicional a 5 x 10^{-4} M en acetonitrilo. Otras diluciones fueron hechas en tampón de ensayo (tampón fosfato NaK 0,1M, pH 7,4) y la concentración del disolvente final nunca fue más alta que el 2%.
El ensayo para la proteína CYP3A4 comprende por pocillo 15 pmol de P450/mg de proteína (en tampón fosfato NaK 0,01M + KCl al 1,15%), un sistema de generación de NADPH (glucosa-6-fosfato 3,3 mM, 0,4 U/ml de glucosa-6-fosfato deshidrogenasa, NADP 1,3 mM y MgCl_{2}.6H_{2}O 3,3 m; en tampón de ensayo) y el compuesto en un volumen de ensayo total de 100 \mul. Después de una preincubación de 5 minutos a 37ºC la reacción enzimática fue comenzada con la adición de 150 \muM del sustrato sonda fluorescente BFC en tampón de ensayo. Después de una incubación de 30 minutos a temperatura ambiente la reacción fue terminada después de la adición de 2 volúmenes de acetonitrilo. Las determinaciones fluorescentes fueron realizadas a una longitud de onda de excitación de 405 nm y una longitud de onda de emisión de 535 nm. El Ketoconazol (valor IC_{50} = 3 x 10^{-8} M) fue incluido como el compuesto de referencia en este experimento. El ensayo para la proteína CYP2D6 comprende por pocillo 6 pmol de P450/mg de proteína (en tampón fosfato NaK 0,01M + KCl al 1,15%), un sistema de generación de NADPH (glucosa-6-fosfato 0,41 mM, 0,4 U/ml de glucosa-6-fosfato deshidrogenasa, NADP 0,0082 mM y MgCl_{2}.6H_{2}O 0,41 mM en tampón de ensayo) y el compuesto en un volumen de ensayo total de 100 \mul. Después de una preincubación de 5 minutos a 37ºC la reacción enzimática fue comenzada con la adición de 3 \muM del sustrato sonda fluorescente AMMC en tampón de ensayo. Después de una incubación de 45 minutos a temperatura ambiente la reacción fue terminada después de la adición de 2 volúmenes de acetonitrilo. Las determinaciones fluorescentes fueron realizadas a una longitud de onda de excitación de 405 nm y una longitud de onda de emisión de 460 nm. La Quinidina (valor IC_{50} < 5 x 10^{-8}M) fue incluida como el compuesto de referencia en este experimento.
El ensayo para la proteína CYP2C9 comprende por pocillo 15 pmol de P450/mg de proteína (en en tampón fosfato NaK 0,01M + KCl al 1,15%), un sistema de generación de NADPH (glucosa-6-fosfato 3,3 mM, 0,4 U/ml de glucosa-6-fosfato deshidrogenasa, NADP 1,3 mM y MgCl_{2}.6H_{2}O 3,3 mM en tampón de ensayo) y el compuesto en un volumen de ensayo total de 100 \mul. Después de una preincubación de 5 minutos a 37ºC la reacción enzimática fue comenzada con la adición de 200 \muM del sustrato sonda fluorescente MFC en tampón de ensayo. Después de una incubación de 30 minutos a temperatura ambiente la reacción fue terminada después de la adición de 2 volúmenes de acetonitrilo. Las determinaciones fluorescentes fueron realizadas a una longitud de onda de excitación de 405 nm y una longitud de onda de emisión de 535 nm. El Sulfafenazol (valor IC_{50} = 6,8 x 10^{-7}M) fue incluido como el compuesto de referencia en este experimento.
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Con fines de rastreo inicial, los compuestos fueron probados a una concentración fija única de 1 x 10^{-5} M. Para los compuestos activos, los experimentos fueron repetidos para establecer las curvas respuesta completa frente a la concentración. Para cada experimento, los controles (que no contenían ningún fármaco) y una incubación en blanco (que no contenía ninguna enzima o fármaco) fueron realizados en paralelo. Todos los compuestos fueron analizado por cuadruplicado. El valor en blanco fue restado de todos los valores de control y muestra. Para cada muestra, el valor medio de la actividad de P450 de la muestra (en unidades de fluorescencia relativas) fue expresado como el porcentaje del valor medio de la actividad de P450 del control. El porcentaje de inhibición fue expresado como el 100% menos el valor medio de la actividad de P450 de la muestra. Cuando fue apropiado, fueron calculados los valores de IC_{50} (la concentración del fármaco tenía que reducir la actividad de P450 al 50% del control).
La Tabla F-2 muestra en una lista los resultados de los compuestos que fueron probados según los ejemplos C.1, C.2 y C.3.b (un espacio en blanco indica que no hay disponible ningún valor para el compuesto en cuestión)
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TABLA F-2
29
D. Ejemplo de composición: Comprimidos revestidos de película Preparación del núcleo del comprimido
Una mezcla de 100 g de un compuesto de fórmula (I), 570 g de lactosa y 200 g de almidón se mezcla bien y a partir de entonces se humedece con una solución de dodecilsulfato de sodio de 5 g y 10 g de polivinil-pirrolidona en aproximadamente 200 ml de agua. La mezcla en polvo mojada se tamiza, se seca y se tamiza otra vez, Entonces se añaden 100 g de celulosa microcristalina y 15 g de aceite vegetal hidrogenado. Se mezcla todo bien y se prensa como comprimidos, dando 10,000 comprimidos, comprendiendo cada uno 10 mg de un compuesto de fórmula (I).
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Revestimiento
A una solución de 10 g de metilcelulosa en 75 ml de etanol desnaturalizado se añade una solución de 5 g de etilcelulosa en 150 ml de diclorometano. Entonces se añaden 75 ml de diclorometano y 2,5 ml de 1,2,3-propanotriol, 10 g de polietilenglicol son fundidos y disueltos en 75 ml de diclorometano. La solución última se añade a la primera y luego se añaden 2,5 g de octadecanoato de magnesio, 5 g de polivinilpirrolidona y 30 ml de suspensión de color concentrada y todo se homogeniza. Los núcleos del comprimido se revisten con la mezcla así obtenida en un aparato de revestimiento.

Claims (10)

1. Un compuesto de fórmula (I),
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30
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las formas N-óxido, las sales de adición farmacéuticamente aceptables y sus formas isoméricas estereoquímicas, en el que
n es un número entero con valor 0, 1 ó 2 y cuando n es 0, entonces se espera que sea un enlace directo;
m es un número entero con valor 1 ó 2;
X es N o CH;
Y es O, S o NR^{8}; donde
R^{8} es hidrógeno, alquilo C_{1-6}, alquil C_{1-6}-oxi-alquilo C_{1-6}, cicloalquilo C_{3-6}, cicloalquil C_{3-6}-metilo, fenil- alquilo C_{1-6}, -C(=O)-CHR^{9}R^{10} o -S(=O)_{2}-N(CH_{3})_{2};
donde
cada R^{9} y R^{10} es independientemente hidrógeno, amino, alquilo C_{1-6} o amino-alquilo C_{1-6}; y
cuando Y es NR^{8} y R^{2} está en la posición 7 del indolilo, entonces R^{2} y R^{8} juntos pueden formar el radical bivalente
-(CH_{2})_{2}-
(a-1) o
-(CH_{2})_{3}-
(a-2);
R^{1} es hidrógeno, alquilo C_{1-6}, hidroxi-alquilo C_{1-6}, ciano-alquilo C_{1-6}, alquil C_{1-6}-sulfonilo, alquil C_{1-6}-carbonilo, o mono- o di-(alquil C_{1-6})-aminosulfonilo;
R^{2} es hidrógeno, hidroxi, amino, halo, alquilo C_{1-6}, ciano, alquenilo C_{2-6}, polihalo-alquilo C_{1-6}, nitro, fenilo, alquil C_{1-6}-carbonilo, hidroxicarbonilo, alquil C_{1-6}-carbonilamino, alquil C_{1-6}-oxi, o mono- o di-(alquil C_{1-6})amino;
R^{3} es hidroxi o amino;
R^{4} es hidrógeno, tienilo, furanilo o fenilo y cada tienilo, furanilo o fenilo puede estar opcionalmente sustituido con halo, amino, nitro, ciano, hidroxi, fenilo, alquilo C_{1-6}, (di-alquil C_{1-6})-amino, alquilo C_{1-6}-oxi, fenil-alquil C_{1-6}-oxi, hidroxi-alquilo C_{1-6}, alquil C_{1-6}-oxicarbonilo, hidroxicarbonilo, alquil C_{1-6}-carbonilo, polihalo-alquil C_{1-6}-oxi, polihalo-alquilo C_{1-6}, alquil C_{1-6}-sulfonilo, hidroxicarbonil-alquilo C_{1-6}, alquil C_{1-6}-carbonilamino, aminosulfonilo, aminosulfonil-alquilo C_{1-6}, isoxazolilo, aminocarbonilo, fenil-alquenilo C_{2-6}, fenil-alquinilo C_{3-6} o piridinil-C_{3-6} alquinilo;
R^{5}, R^{6} y R^{7} son cada uno independientemente hidrógeno, amino, nitro, furanilo, halo, alquilo C_{1-6}, alquil C_{1-6}-oxi, trifluorometilo, tienilo, fenilo, alquil C_{1-6}- carbonilamino, aminocarbonil-alquilo C_{1-6} o -C\equivC-CH_{2}-R^{11}.
\vskip1.000000\baselineskip
2. Un compuesto de acuerdo con la reivindicación donde:
a)
n es 0 ó 1;
b)
m es 1 ó 2;
c)
X es N o CH;
d)
Y es NR^{8} donde R^{8} es hidrógeno, alquilo C_{1-6}, cicloalquilo C_{3-6} o cicloalquil C_{3-6}-metilo;
e)
R^{1} es hidrógeno, alquilo C_{1-6}, hidroxi-alquilo C_{1-6}, alqui C_{1-6}-carbonilo o alquil C_{1-6}-sulfonilo;
f)
R^{2} es hidrógeno o halo;
g)
R^{3} es amino;
h)
R^{4} es hidrógeno o tienilo; y
i)
R^{5}, R^{6} y R^{7} son hidrógeno.
\vskip1.000000\baselineskip
3. Un compuesto de acuerdo con la reivindicación 1 donde:
a)
n es 1;
b)
m es 1;
c)
X es N;
d)
Y es NR^{8} donde R^{8} es metilo;
e)
R^{1} es hidrógeno;
f)
R^{2} es hidrógeno o halo;
g)
R^{3} es amino;
h)
R^{4} es hidrógeno o tienilo; y
i)
R^{5}, R^{6} y R^{7} son cada uno hidrógeno.
\vskip1.000000\baselineskip
4. Un compuesto de acuerdo con la reivindicación 1 donde el compuesto es el compuesto No.2, a saber, el compuesto de fórmula:
\vskip1.000000\baselineskip
100
\vskip1.000000\baselineskip
5. Una composición farmacéutica que comprende a vehículos farmacéuticamente aceptables y como ingrediente activo una cantidad terapéuticamente eficaz de un compuesto según se reivindica en cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4.
6. Un proceso de preparar una composición farmacéutica según se reivindica en la reivindicación 5, en el que los vehículos farmacéuticamente aceptables y un compuesto según se reivindica en cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4 son profundamente mezclados.
7. Un compuesto según se reivindica en cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4 para uso como una medicina.
8. El uso de un compuesto según se reivindica en cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4 para la fabricación de un medicamento para el tratamiento de enfermedades proliferativas.
9. Una combinación de un agente anticáncer y un inhibidor de HDAC según se reivindica en cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4.
\newpage
10. Un proceso para preparar un compuesto según se reivindica en la reivindicación 1, caracterizado por hacer reaccionar un intermedio de fórmula (II), donde M es hidrógeno o un metal alcalino, con un compuesto de fórmula (III), en presencia de una base:
31
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