ES2280516T3 - Expresion de la proteinasa k recombinante de tritirachium album en levadura. - Google Patents

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Abstract

Procedimiento para la obtención de proteinasa K recombinante que consta de los pasos siguientes: a) la transformación de una célula hospedante con un vector que contiene un DNA que codifica al compuesto previo zimógeno de la proteinasa K, este DNA está fusionado en la parte ascendente (upstream) de la secuencia codificadora con una secuencia del marco de lectura, que codifica a un péptido de señal y está bajo el control de un promotor adecuado para la célula hospedante, b) la expresión del compuesto zimógeno previo de la proteinasa K, c) la secreción y la activación autocatalítica de la proteinasa K, caracterizado porque la célula hospedante es una célula de levadura elegida entre el grupo formado por la especie Pichia, la especie Hansenula, la especie Saccharomyces y la especie Schizosaccharomyces y el hospedante de expresión secreta la proteína en forma soluble.

Description

Expresión de la proteinasa K recombinante de Tritirachium album en levadura.
La presente invención se refiere a un procedimiento para la obtención de proteinasa K recombinante en forma soluble y activa en cantidades interesantes desde el punto de vista económico.
La proteinasa K (E. C. 3.4.21.64, también conocida como endopeptidasa K) es una endopeptidasa extracelular, que se sintetiza a partir del hongo Tritirachium album Limber. Pertenece al grupo de las serinaproteasas provistas de la tríada catalítica típica Asp^{39}-His^{69}-Ser^{224} (Jany, K.D. y col., FEBS Letters, vol. 199(2), 139-144, 1986). La secuencia de la cadena peptídica, que tiene una longitud de 279 aminoácidos (Gunkel, F.A. y Gassen, H.G., Eur. J. Biochem., vol. 179(1), 185-194, 1989) y la estructura tridimensional (Betzel, C. y col., Eur. J. Biochem., vol. 178(1), 155-71, 1988) presentan una gran homología con las subtilisinas bacterianas, por lo cual que considera que la proteinasa K pertenece también al grupo de la subtilisinas (Pahler, A. y col., EMBO J., vol. 3(6), 1311-1314, 1984; Jany, K. D. y Mayer, B., Biol. Chem. Hoppe-Seyler, vol. 366(5), 485-492, 1985. La proteinasa K se conoció por su capacidad de hidrolizar la queratina nativa y, de este modo, de permitir al hongo el crecimiento en la queratina como única fuente de C y de N (Ebeling, W. y col., Eur. J. Biochem., vol. 47(1), 91-97, 1974). Por su actividad específica de más de 30 U/mg, la proteinasa K es una de las endopeptidasas más activas que se conocen (Betzel, C. y col., FEBS Lett., vol. 197(1-2), 105-110, 1986) e hidroliza de modo inespecífico las proteínas tanto nativas como desnaturalizadas.
La proteinasa K del Tritirachium album Limber se traduce en el hospedante natural como preproteína. En 1989 Gunkel, F.A. y Gassen, H.G., Eur. J. Biochem., vol. 179(1), 185-194, 1989, descifraron la secuencia del cDNA del gen que codifica a la proteinasa K. Según ellos, el gen de la preproteinasa K se compone de 2 exones y codifica a una secuencia de señal que tiene una longitud de 15 aminoácidos, a una prosecuencia que tiene una longitud de 90 aminoácidos y a una proteinasa K madura, que tiene una longitud de 279 aminoácidos. Un intrónproteinasa, que tiene una longitud de 63 bp, se encuentra en la región de la prosecuencia. Durante la translocación, el prepéptido se descompone en el retículo endoplasmático (ER). Actualmente se sabe todavía muy poca cosa sobre el proceso ulterior que conduce a la proteinasa K madura, previa descomposición del propéptido.
La proteinasa K madura consta, por tanto, de 279 aminoácidos. La estructura compacta se estabiliza con dos puentes disulfuro y dos iones calcio fijados. Esto explica que la proteinasa K tenga una estabilidad muy superior a la de otras subtilisinas en valores extremos de pH, temperaturas elevadas, sustancias caotrópicas y detergentes (Dolashka, P. y col., Int. J. Pept. Protein. Res., vol. 40(5), 465-471, 1992). La proteinasa K se caracteriza por una elevada termoestabilidad (hasta 65ºC, Bajorath y col., Eur. J. Biochem., vol. 176, 441-447, 1988) y un amplio intervalo de pH (pH 7,5-12,0, Ebeling, W. y col., Eur. J. Biochem., vol. 47(1), 91-97, 1974). La actividad se incrementa en presencia de sustancias desnaturalizantes, por ejemplo la urea o el SDS (Hilz, H. y col., J. Biochem., vol. 56(1), 103-108, 1975; Jany, K.D. y Mayer, B., Biol. Chem. Hoppe-Seyler, vol. 366(5), 485-492, 1985).
Las propiedades recién mencionadas hacen que la proteinasa K sea especialmente interesante para aquellas aplicaciones biotecnológicas, en las que se requiera una degradación proteica inespecífica. Cabe mencionar en especial el aislamiento de ácidos nucleicos (DNA o RNA) del extracto en bruto y la preparación de sondas para el análisis del DNA (Goldenberger, D. y col., PCR Methods Appl., vol. 4(6), 368-370, 1995; US 5,187,083; US 5,346,999). Hay otras aplicaciones en el ámbito analítico de las proteínas, p.ej. la elucidación de la estructura.
La proteinasa K se obtiene a nivel comercial en grandes cantidades por fermentación del hongo Tritirachium album Limber (p.ej. CBS 348.55, Merck cepa nº 2429 o cepa nº ATCC 22563). Sin embargo, la producción de la proteinasa K resulta suprimida por la glucosa o por aminoácidos libres. Por otro lado, los medios que contienen proteínas inducen la expresión de las proteasas, por lo tanto tendrán que utilizarse como proteínas fuentes de nitrógeno únicamente la BSA, la leche en polvo o la harina de soja. La secreción de la proteasa se inicia cuando la fase estacionaria ha alcanzado su madurez (Ebeling, W. y col., Eur. J. Biochem., vol. 47(1), 91-97, 1974).
Por lo tanto, como el Tritirachium album Limber es poco indicado para la fermentación a escala industrial y, además, resulta difícil su manipulación genética, se han emprendido varios intentos para lograr una sobreexpesión de la proteinasa K recombinante en otras células hospedantes. Sin embargo, debido a la expresión deficiente, a la formación de "cuerpos de inclusión" inactivos o a los problemas de naturalización, en dichos ensayos no se ha detectado una actividad significativa (Gunkel, F.A. y Gassen, H.G., Eur. J. Biochem., vol. 179(1), 185-194, 1989; Samal, B.B. y col., Adv. Exp. Med. Biol., vol. 379, 95-104), 1996).
El Tritirachium album Limber es un hongo de crecimiento lento, que segrega al medio cantidades pequeñas de proteasas. Es un inconveniente el tiempo de ciclo, más lento que el de las levaduras y la densidad óptica reducida que puede conseguirse en el fermentador. Es conocido además, que el T. album además de la proteinasa K produce otras proteasas, que podrían contaminar la preparación (Samal, B.B. y col., Enzyme Microb. Technol., vol. 13, 66-70, 1991).
En principio es posible la expresión de la proteinasa K en la E. coli, pero no se realiza en forma soluble, sino en los llamados "cuerpos de inclusión", a partir de los cuales es necesario solubilizar y renaturalizar después la enzima adoptando determinadas medidas. El inconveniente de este método estriba en que durante la solubilización y la renaturalización se pierde mucha proteína.
Es, pues, objetivo de la presente invención el desarrollo de un procedimiento para la obtención de la proteinasa K recombinante en cantidades económicamente interesantes.
Ahora se ha encontrado de modo sorprendente que es posible expresar y secretar una proteinasa K recombinante en calidad de compuesto previo zimógeno en forma soluble en levaduras, teniendo lugar una activación autocatalítca que conduce a la proteinasa K activa. Otro objeto de la invención es la purificación de la proteinasa K activa del líquido sobrenadante del medio.
Es, pues, objeto de la invención un procedimiento para la obtención de proteinasa K recombinante que consta de los pasos siguientes:
a) la transformación de una célula hospedante con un vector que contiene un DNA que codifica al compuesto previo zimógeno de la proteinasa K, este DNA está fusionado en la parte ascendente (upstream) de la secuencia codificadora con una secuencia del marco de lectura, que codifica a un péptido de señal y está bajo el control de un promotor adecuado para la célula hospedante,
b) la expresión del compuesto zimógeno previo de la proteinasa K,
c) la secreción y la activación autocatalítica de la proteinasa K,
d) el aislamiento y la purificación de la proteinasa K,
caracterizado porque la célula hospedante es una célula de levadura elegida entre el grupo formado por la especie Pichia, la especie Hansenula, la especie Saccharomyces y la especie Schizosaccharomyces y el hospedante de expresión secreta la proteína en forma soluble.
Es especialmente preferido según la invención el uso de la Pichia pastoris como célula hospedante.
Se ha constatado además que es ventajoso para el procedimiento de la presente invención que la célula hospedante se transforme con un DNA que codifica al compuesto previo zimógeno y que la proteinasa K se active autocatalíticamente en un momento posterior, durante o inmediatamente después de su secreción al medio de cultivo.
Utilizando la Pichia pastoris como célula hospedante, se clona el gen, que codifica al compuesto previo zimógeno de la proteinasa K, con preferencia en los vectores siguientes: pPICZ, pPICZ\alpha, pGAPZ, pGAPZ\alpha, pPICZ\alphaA y pPIC9K. En este caso son especialmente preferidos los vectores: pPICZ\alphaA y pPIC9K. Según la invención es preferido en particular el vector pPICZ\alphaA. Los vectores recién nombrados son productos comerciales (Invitrogen).
Según el procedimiento de la invención para la obtención de la proteinasa K recombinante es también preferido que la expresión de la proteinasa K o del compuesto previo zimógeno de la proteinasa K se induzca con metanol (vectores pPIC). Otra posibilidad consiste en la inducción de la expresión con el fosfato de glicerina-aldehído (vectores pGAP).
En el procedimiento de la invención para la obtención de la proteinasa K recombinante se inicia la secreción de la proteína con preferencia mediante la fusión N-terminal del péptido de señal del factor \alpha del Saccharomyces cerevisiae. Esto significa por ejemplo en el caso de la vectores recién mencionados, caracterizados por \alpha, que estos poseen la secuencia de nucleótidos del péptido de señal del factor \alpha del Saccharomyces cerevisiae. Entonces, durante la traducción se genera una proteína de fusión del péptido de señal en su extremo N y la proteína deseada. Otro posible péptido de señal sería la secuencia de señal natural de la proteinasa K.
Ha demostrado ser especialmente favorable que para la obtención de la proteinasa K recombinante se transforme la célula hospedante de Pichia pastoris con el vector de expresión pPICZ\alphaA y pPIC9K, que contienen un DNA que codifica al compuesto previo zimógeno, y que el gen esté bajo el control del promotor AOX1 y también del terminador AOX1.
Es también objeto de la presente invención un vector que contiene un DNA que codifique al compuesto previo zimógeno de la proteinasa K, este está fusionado en una posición ascendente (upstream) de la secuencia codificadora con una secuencia del marco de lectura, que codifica aun péptido de señal idóneo y el gen codificador está bajo el control de un promotor idóneo para la célula hospedante y eventualmente de un terminador; este vector deberá ser idóneo para la transformación de esta célula hospedante. Según la invención, la célula hospedante es una levadura que se elige entre el grupo formado por la especie Pichia, la especie Hansenula, la especie Saccharomyces y la especie Schizosaccharomyces.
Por lo tanto es también objeto de la invención un vector recombinante que contiene una o más copias del DNA recombinante definido anteriormente. El vector es con preferencia un plásmido, que posee un promotor fuerte para la célula hospedante y un péptido de señal idóneo para la célula hospedante con vistas a la secreción de proteínas. Es también imaginable la fusión del péptido de señal nativo de la preproteinasa K en el extremo N del propéptido, p.ej. el representado en la SEQ. ID. NO. 21 (secuencia de señal 1-15 (15 aminoácidos); prosecuencia 16-104 (90 aminoácidos); secuencia de la proteinasa K madura 106-384 (279 aminoácidos)). Para la construcción del vector de expresión se aplican métodos que los expertos ya conocen y se han descrito por ejemplo en Sambrook y col., 1989.
Otro objeto de la presente invención es una célula hospedante transformada con uno de los vectores mencionados, dicha célula hospedante es una levadura elegida entre el grupo formado por: la especie Pichia, la especie Hansenula p. ej. la Hansenula polymorfa, la especie Saccharomyces y la especie Schizosaccharomyces. Como célula hospedante es especialmente preferida la Pichia pastris. Es especialmente preferido que se integren varios vectores (cada uno con una copia del gen ppK) en el genoma.
Para la purificación de la proteinasa K se eliminan en un primer paso las células de levadura mediante microfiltración o centrifugación. La solución transparente resultante contiene a la proteasa. A continuación se realiza un cambio de tampón mediante una ultrafiltración, con el fin de fijar el producto sobre un intercambiador catiónico, por ejemplo de SP-Sepharose o SP-Sephadex (Pharmacia) o SP-Toyopearl (Tosoh Corporation). Después de la elución se efectúa un nuevo cambio de tampón mediante ultrafiltración y fijación sobre un intercambiador aniónico, por ejemplo de DEAE-Sepharose o Q-Sepharose (Pharmacia) o DEAE-Fraktogel (Merck). Después de una nueva elución se traslada la proteasa pura mediante ultrafiltración a un sistema tampón estable (Protein Purification, Principles and Practice, Robert K. Scopes, editorial Springer, 1982). Sin embargo, los técnicos podrán aplicar también otros métodos de purificación, que pertenezcan al estado de la técnica.
Con el procedimiento de la invención se logra de modo sorprendente obtener la proteinasa K recombinante, dicha enzima se produce en un célula hospedante heteróloga y es soluble y activa. Para la expresión de la proteinasa K y posterior secreción de la enzima al medio de cultivo es especialmente ventajoso el hecho de que se evita que la proteinasa K despliegue un efecto muy tóxico en el citosol de la célula hospedante. Se garantiza además la correcta formación de los puentes disulfuro, que en el medio reductor del citosol no se produciría sin más. Es, pues, una ventaja decisiva del procedimiento de la invención que se proporciona un camino para la producción de una proteinasa K recombinante, soluble y activa. Es muy sorprendente y no se explica, que las proteínas de superficie de las células hospedantes de la invención no se hidrolicen con la proteinasa K secretada. Con la hidrólisis que cabría esperar de las proteínas de superficie, causada por la proteinasa K, se interferiría en el ciclo vital de la proteinasa K.
Con el procedimiento de la invención se obtiene una proteinasa K homogénea y, por ejemplo, es indicada en alto grado para las aplicaciones analíticas y diagnósticas. El compuesto previo zimógeno de la invención de la proteinasa K puede contener otras modificaciones en el extremo N, a saber, secuencias que facilitan la purificación de la proteína buscada ("affinity tags"). El compuesto previo zimógeno puede contener además secuencias, que aumenten la eficacia de la traducción, que incrementen la eficacia de plegamiento y/o incluso secuencias que conducen a la secreción de la proteína deseada en medio de cultivo (presecuencia natural y otros péptidos de señal).
En el sentido de la invención se entiende con preferencia por proteinasa K tanto la secuencia descrita en la SEQ. ID. NO. 1 por Gassen y col., (1989), como otras variantes de la proteinasa K de Tritirachium album Limber, como la secuencia de aminoácidos publicada por Ch. Betzel y col., Biochemistry 40, 3080-3088, 2001, y en especial la proteinasa T (Samal, B.B. y col., Gene, vol. 85(2), 329-333, 1989; Samal, B.B. y col., Adv. Exp. Med. Biol., vol. 379, 95-104, 1996) y la proteinasa R (Samal, B.B. y col., Mol. Microbiol., vol. 4(10), 1789-1792, 1990; US 5,278,062) y así como las variantes generadas por métodos recombinantes (por ejemplo las descritas en WO 96/28556). La SEQ. ID. NO. 1 comprende una prosecuencia (1-90; 90 aminoácidos) y la secuencia de la proteinasa K madura (91-368; 279 aminoácidos). La secuencia de aminoácidos de la proteinasa K descrita por Betzel y col., Biochemistry 40, 3080-3088, 2001, presenta en particular en la posición 207 de la proteasa activa un resto aspartato en lugar de un resto
serina.
En el sentido de la invención, la proproteinasa K significa en especial una proteinasa K, cuyo extremo N está unido a una prosecuencia del tipo SEQ. ID. NO. 1. En el caso de la subtilisina E, muy afín a la proteinasa K, y de las variantes correspondientes, la prosecuencia tiene una influencia esencial en el repliegue y en la formación de la proteasa activa (Ikemura, H. y col., Biol. Chem., vol. 262(16), 7859-7864, 1987). Se sospecha en particular que la prosecuencia actúa como chaperón intramolecular (Inouye, M., Enzyme, vol. 45, 314-321, 1991). Después del repliegue tiene lugar el procesado hasta la proteasa subtilisina madura, para ello el propéptido se descompone autocatalíticamente (Ikemura, H. y Inouye, M., J. Biol. Chem., vol. 263(26), 12959-12963, 1988). Este proceso tiene lugar a nivel intramolecular en el caso de la subtilisina E (Samal, B.B. y col., Gene, vol. 85(2), 329-333, 1989; Volkov, A. y Jordan, F., J. Mol. Biol., vol. 262, 595-599, 1996), la subtilisina BPN' (Eder, J. y col., Biochemistry, vol. 32, 18-26, 1993), la papaína (Vernet, T. y col., J. Biol. Chem., vol. 266(32), 21451-21457, 1991) y la termolisina (Marie-Claire, C.; J. Biol. Chem., vol. 273(10), 5697-5701, 1998).
Para la función de chaperón parece que son necesarias únicamente determinadas regiones del núcleo de la prosecuencia, por lo general regiones hidrófobas, dado que las mutaciones permanecen invariables en cuanto a la actividad en un amplio intervalo (Kobayashi, T. y Inouye, M., J. Mol. Biol., vol. 226, 931-933, 1992). Es conocido además que los propéptidos son intercambiables entre diversas variantes de subtilisina. Por ejemplo, en la subtilisina BPN' se reconoce también la prosecuencia de la subtilisina E (Hu, Z. y col., J. Biol. Chem., vol. 271(7), 3375-3384, 1996).
Es, pues, preferida la prosecuencia de una longitud de 90 aminoácidos del tipo SEQ. ID. NO. 1, así como otras variantes, que llevan a cabo una función que favorece el plegamiento. Es también preferido un propéptido que se añade de forma exógena para el plegamiento de la proteinasa K madura y que desempeña las funciones mencionadas.
La ventaja principal del procedimiento de la invención es, pues, que el hospedante de expresión secreta la proteinasa K recombinante soluble y activa al medio de cultivo. Por otro lado, el hospedante de expresión empleado para el procedimiento de la invención no resulta dañado por la proteasa muy activa e inespecífica ni tampoco influido negativamente de otras maneras, es decir, en particular que el crecimiento continúa sin problemas y no se observa una mayor lisis celular. Además, el hospedante de expresión de la invención se manipula con mayor facilidad que el Tritirachium album y se caracteriza por tener una mayor velocidad de crecimiento.
Descripción de las figuras
Figura 1
Plásmido de expresión pPICPK-1. Una secuencia, que codifica a la proforma zimógena de la proteinasa K, clonada en el vector de partida pPICZ\alphaA (Invitrogen).
Figura 2
Plásmido de expresión pPICPK-2. Una secuencia, que codifica a la proforma zimógena de la proteinasa K, clonada en el vector de partida pPIC9K (Invitrogen).
Ejemplos Ejemplo 1 Síntesis del gen
Se genera el gen de la proteinasa K madura de Tritirachium album Limber, sin secuencia de señal y sin intrón, mediante síntesis genética. Como material de partida se emplea una secuencia, de una longitud de 368 aminoácidos (sin péptido de señal nativo), de Gunkel y Gassen, 1989. Con la retrotraducción de la secuencia de aminoácidos se obtiene una secuencia de ácido nucleico optimizada con codón tanto para la expresión en E. coli como en levaduras. La secuencia de aminoácidos se representa en la SEQ. ID. NO. 1, la secuencia de nucleótidos en la SEQ. ID.
NO. 2.
Para la síntesis se divide el gen en 18 fragmentos de oligonucleótidos de hebra opuesta complementaria, sentido e inversos, en orden alternante (SEQ. ID. NO. 3-20). En los extremos 5' y 3' se cuelga en cada caso una región de una longitud por lo menos de 15 bp, solapada en cada caso con los oligonucleótidos vecinos. En los extremos 5' y 3' del gen sintético se cuelgan, fuera de la región codificadora, sitios de reconocimiento de endonucleasas de restricción con vistas a la posterior expresión en vectores de expresión. Para la clonación del gen de la proproteína se emplea como cebador 5' un oligonucleótido presentado en la SEQ. ID. NO. 3, que contiene un sitio de rotura de EcoRI. La SEQ. ID. NO. 20 es del cebador 3' con un sitio de rotura de HindIII. El cebador 3' contiene un codón de paro adicional, además del codón de paro natural, para tener una seguridad segura de la traducción.
Los oligonucleótidos se unen entre sí mediante una reacción PCR y se amplifica el gen resultante. Para ello se divide el gen en primer lugar en tres fragmentos, cada uno con 6 oligonucleótidos y, en un segundo ciclo PCR, se unen entre sí los tres fragmentos.
El fragmento 1 se compone de los oligonucleótidos tales como los que se representan en las SEQ. ID. NO. 3-8, el fragmento 2 se compone de oligonucleótidos tales como los que se representan en las SEQ. ID. NO. 9-14 y fragmento tres se compone de oligonucleótidos tales como los representados en las SEQ. ID. NO. 15-20.
Para la PCR se aplican los parámetros siguientes:
Reacción PCR 1 (generación de los tres fragmentos)
arranque caliente:
5 min 95ºC
30 ciclos que constan de:
2 min 95ºC
2 min 42ºC
1,5 min 72ºC
y fin de la extensión:
7 min 72ºC.
Reacción PCR2 (unión de los fragmentos en un todo)
arranque caliente:
5 min 95ºC
6 ciclos (sin cebador en posición final) que constan de:
1,5 min 95ºC
2 min 48ºC
2 min 72ºC
adición del cebador en posición final y
25 ciclos (con los cebadores en posición final) que constan de:
1,5 min 95ºC
1,5 min 60ºC
2 min 72ºC
y fin de la extensión:
7 min 72ºC.
\vskip1.000000\baselineskip
Ejemplo 2 Clonación del fragmento sintético de proteinasa K procedente de la síntesis genética
Se deposita en un gel de agarosa el material obtenido en la reacción PCR y en el gel de agarosa (kit Geneclean II de Bio 101, Inc., CA, EE.UU.) se aísla el fragmento PCR que tiene una longitud aprox. de 1130 bp. Se rompe el fragmento con las endonucleasas de restricción EcoRI y HindIII (Roche Diagnostics GmbH, Alemania) a 37ºC durante 1 hora. Al mismo tiempo se rompe el plásmido pUC18 (Roche Diagnostocs GmbH, Alemania) con las endonucleasas de restricción EcoRI y HindIII a 37ºC durante 1 hora, se purifica la mezcla por electroforesis a través de gel de agarosa y se aísla el fragmento del vector, que tiene una longitud de 2635 bp. A continuación se ligan el fragmento PCR y el fragmento de vector mediante una ligasa T4 de DNA. Para ello se pipetean 1 \mul (20 ng) de fragmento de vector y 3 \mul (100 ng) de fragmento PCR, 1 \mul 10 x tampón de ligasa (Maniatis y col., 1989, B. 27), 1 \mul de ligasa T4 de DNA, 4 \mul de H_{2}O estéril bidestilada, se mezclan con cuidado y se incuban a 16ºC durante una noche.
Se investiga el gen clonado mediante análisis de restricción y mediante secuenciación múltiple de ambas hebras.
Ejemplo 3 Construcción del vector
En primer lugar tiene que aislarse de nuevo el gen sintético del plásmido pUC. A tal fin se incuba 1 \mug de DNA plásmido con la endonucleasa de retricción HindIII (Roche Diagnostics GmbH) con arreglo a las instrucciones del fabricante y a continuación se inactiva la endonucleasa de restricción por calentamiento a 65ºC durante 20 min. Seguidamente se llenan las proyecciones de DNA formadas con la polimerasa de Klenow siguiendo las instrucciones del fabricante (Roche Diagnostics GmbH) y después se inactiva la polimerasa de Klenow por incubación a 75ºC durante 10 min. Finalmente se corta el fragmento del vector, ahora linealizado, del plásmido pUC ya mencionado con la endonucleasa de restricción EcoRI (Roche Diagnostics GmbH) con arreglo a las instrucciones del fabricante, la mezcla de la restricción se aplica sobre un gel de agarosa al 1% y se separan los fragmentos por tamaños conectando la corriente eléctrica (100 V/150 mA). El fragmento que tiene un tamaño de unos 1120 bp y contiene el gen de la proproteinasa K (gen ppk) se aísla en el gel de agarosa (kit de extracción en gel QIAquick de Qiagen).
Se corta el vector pPICZ\alphaA (Invitrogen) con la endonucleasa de restricción Asp718I (Roche Diagnostics GmbH) siguiendo las instrucciones del fabricante y se inactiva la endonucleasa de restricción por calentamiento de la mezcla incubada a 65ºC durante 20 min. Seguidamente se llenan las proyecciones de DNA formadas con la polimerasa de Klenow siguiendo las instrucciones del fabricante (Roche Diagnostics GmbH) y después se inactiva la polimerasa de Klenow por incubación a 75ºC durante 10 min. Finalmente se corta el fragmento del vector, ahora linealizado, del plásmido pPICZ\alphaA con la endonucleasa de restricción EcoRI (Roche Diagnostics GmbH) con arreglo a las instrucciones del fabricante, la mezcla de la restricción se aplica sobre un gel de agarosa al 1% y se separan los fragmentos por tamaños conectando la corriente eléctrica (100 V/150 mA). El fragmento que tiene un tamaño de unos 3550 bp y contiene el gen del vector se aísla en el gel de agarosa (kit de extracción en gel QIAquick de Qiagen).
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Los fragmentos así obtenidos se ligan entre sí por el método estándar (Sambrook y col., 1989). En este vector, el gen ppk está controlado por el promotor AOX 1 (promotor de la alcoholoxidasa 1 de la Pichia pastoris, inducible con metanol) y se clona con esta estrategia de clonación en el marco de lectura correcto, detrás del péptido de señal del factor \alpha del Saccharomyces cerevisiae. Se investiga el fragmento de gen insertado de este modo mediante análisis de restricción y secuenciación para determinar si su secuencia de bases es impecable. El vector de expresión así formado, que contiene al gen ppk, que codifica a la proproteinasa K, se llama pPICPK-1 (ver figura 1).
A continuación se clona también el gen ppk en el pPIC9K (Invitrogen). Para ello se ha cortado el vector pPICPK-1 con las endonucleasas de restricción PmeI y NotI (Roche Diagnostics GmbH) siguiendo las instrucciones del fabricante, se separan los fragmentos de la mezcla de retricción por tamaños en un gel de agarosa al 1% y en este gel (kit de extracción en gel QIAquick de Qiagen) se aísla el fragmento que tiene un tamaño de 1960 bp y contiene la parte 3' de la región del promotor AOX1, la secuencia del péptido de señal del factor \alpha y el gen ppk. Al mismo tiempo se corta el vector pIC9K con las endonucleasas de restricción PmeI y NotI (Roche Diagnostics GmbH) siguiendo las instrucciones del fabricante, se separan los fragmentos de la mezcla de restricción por tamaños en un gel de agarosa al 1% y se aísla en el gel (kit de extracción en gel QIAquick de Qiagen) el fragmento del vector que tiene un tamaño de aprox. 8450 bp.
A continuación se ligan entre sí los fragmentos así obtenidos por un método estándar (Sambrook y col., 1989). En este vector, el gen ppk está también bajo el control del promotor AOX 1 (promotor de la alcoholoxidasa 1 de la Pichia pastoris, inducible con metanol). El vector pPIC9K se diferencia del vector pPICZ\alphaA por el marcador de selección y por las tres posibilidades de integración, que los expertos ya conocen, en el genoma de la Pichia en cada caso después de la linealización del vector antes de la transformación, durante la integración del pICZ\alphaA en el lugar AOX1-Locus. El fragmento de gen insertado se investiga a continuación mediante análisis de restricción y secuenciación para comprobar que su secuencia de bases es impecable.
El vector de expresión así generado, que contiene el gen ppk que codifica a la proteinasa K, se llama pPICPK-2 (ver figura 2).
Ejemplo 4 Transformación del pPICPK-1 en la Pichia pastoris
Para la transformación del pPICPK-1 en la Pichia pastoris X-33 y su posterior integración en el genoma se linealiza en primer lugar el vector con PmeI (Roche Diagnostics GmbH). La transformación se realiza mediante electroporación con el Gene Pulser II (Biorad).
Para ello se inocula una colonia de la cepa salvaje de la Pichia pastoris en 5 ml del medio YPD (con arreglo al catálogo de Invitrogen) y se incuba a 30ºC durante una noche con agitación. Después se inocula el cultivo de la noche en una proporción 1 : 2000 en 200 ml de medio YPD fresco (según el catálogo de Invitrogen) y se incuba a 30ºC durante una noche con agitación, hasta alcanzar una densidad óptica OD_{600} de 1,3-1,5. Se centrifugan las células (1500 x g/5 minutos) y se suspende de nuevo el culote en 200 ml de agua estéril, enfriada con hielo (0ºC). Se centrifugan de nuevo las células (1500 x g/5 minutos) y se suspenden de nuevo en 100 ml de agua estéril, enfriada con hielo (0ºC). Se centrifugan las células de nuevo y se suspenden en 10 ml de sorbita 1M (ICN) enfriada con hielo (0ºC). Se mantienen las células así obtenidas sobre hielo y se emplean inmediatamente para la transformación.
Se tratan 80 \mul de células con aprox. 1 \mug del DNA del vector pPICPK linealizado y se transfiere la totalidad de la mezcla a una cubeta de electroporación enfriada con hielo (0ºC) y se incuba sobre hielo durante 5 minutos más. A continuación se introduce la cubeta en el Gene Pulser II (Biorad) y se realiza la transformación a 1 kV, 1 k\Omega y 25 \muF. Después de la electroporación se trata la mezcla con 1 ml de sorbita 1 M (ICN) y seguidamente se extiende 100-150 \mul sobre una placa de agar YPDS (con arreglo al catálogo de Invitrogen) con 100 \mug/ml de Zeocina™ (Invitrogen). Después se incuban las placas a 30ºC durante 2-4 días.
Se inoculan los clones en placas de retícula MD (minimal dextrose) y se continúa su análisis.
Se sacan los clones desarrollados, se resuspenden en 20 \mul de agua estéril, se tratan con 17,5 U de Lyticase (Roche Diagnostics GmbH) (1 hora, 37ºC) y se analiza directamente mediante PCR si es correcta la integración del cassette de expresión del ppk.
Los clones, que durante la transformación han integrado el cassette de expresión completo en el genoma, se utilizan seguidamente para los ensayos de expresión.
Ejemplo 5 Transformación del pPICPK-2 en la Pichia pastoris
Para la transformación del pICPK-2 en la Pichia pastoris GS115 y posterior integración en el genoma se linealiza en primer lugar el vector para la variante 1 con el PmeI (Roche Diagnostics GmbH) para su integración en el lugar AOXI y para la variante II con el SaII (Roche Diagnostics GmbH) para su integración en el lugar His4. La transforman se realiza mediante electroporación con el Gene Pulser II (Biorad).
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Para ello se inocula una colonia de la cepa salvaje de la Pichia pastoris GS115 en 5 ml de medio YPD (según el catálogo de Invitrogen) y se incuba a 30ºC durante una noche, con agitación. A continuación se inocula el cultivo de la noche en proporción 1 : 2000 en 200 ml de medio YPD fresco (con arreglo al catálogo de Invitrogen) y se incuba a 30ºC durante una noche, con agitación, hasta alcanzar una OD_{600} de 1,3-1,5. Se centrifugan las células (1500 x g/5 minutos) y se resuspende el culote en 200 ml de agua estéril, enfriada con hielo (0ºC). Se centrifugan de nuevo las células (1500 x g/5 minutos) y se resuspenden en 100 ml de agua estéril, enfriada con hielo (0ºC). Se centrifugan de nuevo las células y se resuspenden en 10 ml de sorbita 1 M (ICN) enfriada con hielo (0ºC). Se centrifugan de nuevo las células y se resuspenden en 0,5 ml de sorbita 1 M (ICN) enfriada con hielo (0ºC).
Se tratan 80 \mul de las células con aprox. 1 \mug del DNA del vector pICPK-2 linealizado, se transfiere la totalidad de la mezcla a una cubeta de electroporación enfriada con hielo (0ºC) y se incuba sobre hielo durante 5 minutos más. A continuación se coloca la cubeta en el Gene Pulser II (Biorad) y se efectúa la transformación a 1 kV, 1 k \Omega y 25 \muF. Después de la electroporación se trata la mezcla con 1 ml de sorbita 1 M (ICN) y seguidamente se extienden 100-150 \mul sobre placas de agar MM (minimal medium según el catálogo de Invitrogen) sin histidina. A continuación se incuban las placas a 30ºC durante 2-4 días. Los clones de Pichia pastoris GS115, que por mutación poseen un gen His4 defectuoso (histidinoldeshidrogenasa), solamente conseguirán crecer en esta placa, si han integrado el vector pPICPK-2, que como inserto posee el gen His4 capaz de ejercer su función y, por tanto, elimina la deficiencia en la biosíntesis de la histidina.
Se inoculan los clones sobre placas con una retícula MD (= minimal dextrose) y se continúa su análisis. Se sacan los clones desarrollados, se resuspenden en 20 \mul de agua estéril, se tratan con 17,5 U de Lyticase (Roche Diagnostics GmbH) (37ºC, 1 hora) y se comprueba directamente mediante la PCR si el cassette de expresión ppk se ha integrado correctamente.
Los clones, que durante la transformación han integrado el cassette de expresión completo en el genoma, se utilizan después para los ensayos de expresión.
Ejemplo 6 Expresión de la proteinasa K
Se inoculan los clones positivos en 10 ml del medio BMGY (con arreglo al catálogo de Invitrogen) y se incuban a 30ºC durante una noche, con agitación. A continuación se determina la OD a 600 nm y se inocula en 10 ml de medio BMMY (según el catálogo de Invitrogen) de tal manera que resulte una OD_{600} de 1. El medio BMMY (según el catálogo de Invitrogen) contiene metanol (Mallinckrodt Baker B. V.), que induce la expresión de la proteinasa K a través del promotor AOX 1.
Se incuban los contenidos de los matraces a 30ºC con incubación, se toman muestras cada 24 horas, se determina la OD_{600}, se realiza un ensayo de actividad para determinar la expresión de la proteinasa K y en cada caso se añade metanol del 0,5% (Mallinckrodt Baker B. V.) para continuar la inducción. Los ensayos de expresión duran 168 horas.
Ejemplo 7 Ensayo de actividad de la proteinasa K recombinante secretada
Para el ensayo de actividad de la proteinasa K se necesita CaCl_{2} x 2H_{2}O (Merck, nº catálogo 102382), DMSO (Merck, nº catálogo 109678), el sustrato Suc-Ala-Ala-Pro-Phe-pNA (Roche Diagnostics, nº catálogo 0716766) y Tris-Base (Roche Diagnostics nº catálogo 0153265).
Las soluciones tienen las composiciones siguientes:
solución 1: 50 mmoles/l Tris-Base; 10 mmoles/l CaCl_{2}, pH 8,2 solución 2: 125 mg de Suc-Ala-Ala-Pro-Phe-pNA disueltos en 1 ml de DMSO
Se centrifugan las células (5 min a 10000 rpm en una centrífuga Eppendorf de sobremesa) y se diluye el líquido sobrenadante en proporción 1 : 500 en la solución 1.
Se pipetean 2 ml de la solución 1 a una cubeta y se tratan con 0,02 ml de la solución 2. Se mezclan ambas soluciones y se mantienen a una temperatura de reacción constante de 25ºC. Se inicia la reacción por adición de 0,05 ml del líquido sobrenandante diluido del modo recién indicado y nuevo mezclado, se miden los cambios de absorción a 405 nm y se determina el valor \DeltaA/min de la región lineal. La evaluación se realiza con arreglo a la fórmula siguiente:
actividad = \frac{2,07}{\varepsilon \ x \ 1 \ x \ 0,05} \ \Delta A/min \ [U/ml \ de \ solución \ de \ muestra]
en la que
2,07 = volumen de muestra
\varepsilon_{405} = 10,4 [mmoles^{-1} x 1 x cm^{-1}]
1 = grosor de capa de la cubeta
0,05 = volumen de la muestra añadida.
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<110> Roche Diagnostics GmbH
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<120> Expresión de la proteinasa K recombinante de Titirachium album en levaduras
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<130> 5441/00/DE
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<140>
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<141>
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<160> 21
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<170> PatentIn Ver. 2.1
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<210> 1
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<211> 369
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<212> PRT
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<213> Tritirachium album Limber
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<400> 1
1
2
3
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<210> 2
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<211> 1124
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<212> DNA
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<213> Tritirachium album Limber
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<400> 2
4
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<210> 3
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<211> 79
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<212> DNA
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<213> secuencia artificial
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<223> Descripción de la secuencia artificial: cebador
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<400> 3
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<210> 4
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<211> 80
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<212> DNA
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<400> 4
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<210> 5
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<212> DNA
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<211> 70
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<212> DNA
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<213> secuencia artificial
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<212> DNA
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<213> secuencia artificial
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<211> 80
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<212> DNA
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<211> 384
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<212> PRT
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<213> Tritirachium album Limber
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<400> 21
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23
24

Claims (9)

1. Procedimiento para la obtención de proteinasa K recombinante que consta de los pasos siguientes:
a) la transformación de una célula hospedante con un vector que contiene un DNA que codifica al compuesto previo zimógeno de la proteinasa K, este DNA está fusionado en la parte ascendente (upstream) de la secuencia codificadora con una secuencia del marco de lectura, que codifica a un péptido de señal y está bajo el control de un promotor adecuado para la célula hospedante,
b) la expresión del compuesto zimógeno previo de la proteinasa K,
c) la secreción y la activación autocatalítica de la proteinasa K,
caracterizado porque la célula hospedante es una célula de levadura elegida entre el grupo formado por la especie Pichia, la especie Hansenula, la especie Saccharomyces y la especie Schizosaccharomyces y el hospedante de expresión secreta la proteína en forma soluble.
2. Procedimiento según la reivindicación 1, en el que la célula hospedante es la Pichia pastoris.
3. Procedimiento según una de las reivindicaciones 1 y 2, en el que se induce la expresión del compuesto previo zimógeno de la proteinasa K con metanol.
4. Procedimiento según una de las reivindicaciones de 1 a 3, en el que la secreción de la proteína se inicia con la fusión de un péptido de señal en el extremo N.
5. Procedimiento según una de las reivindicaciones de 1 a 4, en el que se inicia la secreción de la proteína por la fusión en el extremo N de un péptido de señal del factor \alpha del Saccharomyces cerevisiae.
6. Vector que contiene un DNA que codifica al compuesto previo zimógeno de la proteinasa K, este DNA está fusionado en una posición ascendente (upstream) de la secuencia codificadora con una secuencia del marco de lectura, que codifica a un péptido de señal idóneo, y el gen codificador está controlado por un promotor adecuado para la célula hospedante y este vector es apropiado para la transformación de células de levadura, dichas células de levadura se eligen entre el grupo formado por la especie Pichia, la especie Hansenula, la especie Saccharomyces y la especie Schizosaccharomyces.
7. Vector según la reivindicación 6, caracterizado porque es idóneo para la transformación de la Pichia pastoris.
8. Célula hospedante elegida entre el grupo formado por la Pichia sp., Hansenula sp., Saccharomyces sp. y Schizosaccharomyces sp., transformada con un vector según una de las reivindicaciones 6 ó 7, dicha célula hospedante es una levadura.
9. Célula hospedante según la reivindicación 8, dicha célula hospedante es la Pichia pastoris.
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