EP1224472A1 - Procede pour identifier des proteines specifiques de cellules - Google Patents

Procede pour identifier des proteines specifiques de cellules

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EP1224472A1
EP1224472A1 EP01974224A EP01974224A EP1224472A1 EP 1224472 A1 EP1224472 A1 EP 1224472A1 EP 01974224 A EP01974224 A EP 01974224A EP 01974224 A EP01974224 A EP 01974224A EP 1224472 A1 EP1224472 A1 EP 1224472A1
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EP
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cell
cells
protein
specific
combination patterns
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EP01974224A
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Walter Schubert
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MPB Meltec Patent und Beteiligungs GmbH
Original Assignee
MELTEC MULTI EPITOPE LIGAND TE
Meltec Multi-Epitope-Ligand-Technologies GmbH
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Publication date
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    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1072—Differential gene expression library synthesis, e.g. subtracted libraries, differential screening
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
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    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins

Definitions

  • the invention relates to a method for identifying cell-specific proteins.
  • lymphocytes express specific combinations of proteins, also called protein combination patterns or PKM for short, which are responsible for binding to endothelial cells of the blood vessels of the brain and muscle tissue.
  • protein combination patterns also called protein combination patterns or PKM for short, which are responsible for binding to endothelial cells of the blood vessels of the brain and muscle tissue.
  • PKM protein combination patterns
  • these specific combinations are constant on an individual basis and always have the same binding functions.
  • the specific protein combination patterns therefore appear to be an interindividual constant lymphocyte binding code of the cell surface for organ-specific endothelial cell surfaces, which represents a cell-specific target structure.
  • Cell-specific target structures can consequently have very specific protein combination patterns.
  • Invasive tumor cells also have specific protein combination patterns on their cell surfaces, which lead to targeted, ie organ-selective invasion behavior.
  • Such protein combination patterns therefore represent target structures for possible drugs.
  • Methods for identifying target structures are known from the prior art, which are based on the analysis of gene expression profiles of diseased tissues or cells in comparison to gene expression profiles of healthy tissues or cells, both protein expression profiles and expression profiles of messenger ribonucleic acid (mRNA ) To provide information about the appearance of new proteins, misregulated or abnormally modified proteins in diseased tissues or cells (e.g. in: F. Lottsspeich / H.Zorbas; Bioanalytik; Spektrum Akademischer Verlag; Heidelberg, 1998).
  • mRNA messenger ribonucleic acid
  • cell homogenates which are usually based on thousands or millions of cells, since expression profiles of the type mentioned above can only be created with the aid of these cell sets.
  • the cells are in an open form so that the proteins or mRNA molecules can be extracted and separated using biochemical processes.
  • a disadvantage of these known methods is that they are not suitable for identifying protein combination patterns, since the individual protein components of such a protein combination pattern are completely separated by the generation of cell homogenates and by the subsequent extraction processes, and the essential information regarding their cell and tissue topological position get lost. By destroying the cell compartments, no information regarding the combinations of proteins within these cell compartments and their relative topological relationship can be obtained.
  • Another disadvantage of the known methods is that no analysis can be carried out at the single cell level, so that differences between the individual cells with regard to their protein combination patterns cannot be determined.
  • protein combination patterns of individual cells or cell membranes from different cell or tissue samples can be compared.
  • those marker molecules can be identified which, for example, bind to a specific protein combination pattern or to a specific region of such a protein combination pattern of a first object which originates from a first tissue or cell sample and which do not simultaneously bind to a second object, that of a second tissue or cell sample comes.
  • those molecular regions (molecules or molecular complexes) of the protein combination pattern can now be found or selected and subsequently characterized using a sample portion of the first tissue and / or cell sample, which are bound by the identified marker molecules. In this way it is possible to detect both the molecular composition of a protein combination pattern, the arrangement of the molecules within the protein combination pattern and the arrangement of the protein combination pattern within a tissue or a cell.
  • the object of the invention is therefore to further develop and provide a method of the type mentioned above, further processed by the identified and highly complex protein combination pattern and thus facilitating the development of highly selective pharmaceuticals.
  • a method for identifying cell-specific proteins which comprises the following steps: (a) Determination of cell-specific protein combination patterns of n cells; (b) comparison of the protein combination pattern of healthy and pathologically or physiologically modified cells of a cell type or comparison of the protein combination pattern of cells of different cell types with the same clinical picture; (d) subtracting the corresponding proportions of the protein combination patterns compared in process step (b) from healthy and pathologically or physiologically modified cells of a cell type and determining a resulting cell-specific protein; or (c2) subtraction of the non-matching portions of the protein combination patterns compared in method step (b) from rows of different cell types with the same clinical picture and determination of a resulting cell-specific protein; and (d) molecular and spatial identification of the resulting cell-specific protein.
  • the inhibiting substance can be an antibody.
  • the cell-specific protein combination patterns to be processed according to the invention are determined with the aid of the methods described in DE 197 09 348 02 and DE 100 01 685 A1 for determining, identifying and mapping cell-specific target structures.

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Abstract

L'invention concerne un procédé permettant d'identifier des protéines spécifiques de cellules, qui comprend les étapes suivantes : a) déterminer des modèles de combinaison de protéines de n cellules, spécifiques de cellules ; b) comparer les modèles de combinaison de protéines de cellules saines et modifiées pathologiquement ou physiologiquement d'un type de cellule ou comparer les modèles de combinaison de protéines de cellules de type cellulaire différent, à schéma pathologique identique ; c) soustraire les parties concordantes des modèles de combinaison de protéines comparés à l'étape b) de cellules saines et modifiées pathologiquement ou physiologiquement d'un type de cellule et déterminer une protéine spécifique de cellules, qui en résulte ; ou c2) soustraire les parties non concordantes des modèles de combinaison de protéines comparées à l'étape b) de cellules de type cellulaire différent, à schéma pathologique identique et en dériver une protéine spécifique de cellules qui en résulte ; et d) identifier de manière moléculaire et spatiale la protéine spécifique de cellules qui en résulte.
EP01974224A 2000-09-04 2001-08-31 Procede pour identifier des proteines specifiques de cellules Ceased EP1224472A1 (fr)

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