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Die vorliegende Endung betrifft allgemein
Gensequenzen, die für
Flavonoid 3'-Hydroxylasen
oder Fragmente oder Derivate davon kodieren, und deren Verwendung
zur Manipulation der Pigmentiening in Pflanzen und anderen Organismen.
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Die Pflanzenindustrie ist bestrebt,
neue und unterschiedliche Blütenpflanzensorten
zu entwickeln. Ein wirksamer Weg, um solche neuen Sorten zu erzeugen,
besteht in der Manipulation der Blütenfarbe. Mit Hilfe klassischer
Züchtungsverfahren
wurde recht erfolgreich ein großes
Farbspektrum für
die meisten gewerblichen Blumensorten erzeugt. Dieser Ansatz ist
jedoch durch die Beschränkungen
des Genpools einer bestimmten Spezies beschränkt und aus diesem Grund steht
bei einer einzelnen Sorte selten das volle Farbspektrum zur Verfügung. Zudem
mangelt es herkömmlichen
Züchtungsverfahren
an Genauigkeit. Der ästhetische
Reiz einer Blüte
ist eine Kombination aus vielen Faktoren, wie der Form, dem Geruch
und der Farbe; die Veränderung
einer Eigenschaft durch Hybridisierung erfolgt häufig auf Kosten einer ebenso
wertvollen anderen Eigenschaft. Die Fähigkeit, präzise Farbveränderungen
in Schnittblumen- und Zierpflanzensorten zu erzeugen, würde in einem
Industriezweig, der einen schnellen Produktumsatz aufweist und wo
Neuheit eine wichtige Markteigenschaft ist, entscheidende gewerbliche
Möglichkeiten
bieten.
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Die Blütenfarbe geht im Wesentlichenauf
zwei Pigmenttypen zurück:
Flavonoide und Carotinoide. Flavonoide tragen zu einer Reihe Farben
von Gelb bis Rot und Blau bei. Carotinoide verleihen einen Orange-
oder Gelbstich und bilden üblicherweise
das Hauptpigment in gelben und orangen Blüten. Die Flavonoidmoleküle, welche
den Hauptbeitrag zur Blütenfarbe
leisten, sind die Anthocyanine, welche glycosylierte Derivate von
Cyanidin, Delphinidin, Petunidin, Peonidin, Malvidin und Pelargonidin
sind und sich in der Vakuole befinden. Die verschiedenen Anthocyanine
können
zu deutlichen Farbunterschieden führen. Die Blütenfarbe
wird auch durch die Co-Pigmentierung mit farblosen Flavonoiden,
Metallkomplexierung, Glycosylierung, Acylierung und den vakuolären pH-Wert
(Forkmann, 1991) beeinflusst.
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Dem Biosyntheseweg der Flavonoidpigmente
(im Folgenden als „Flavonoidweg"
bezeichnet) ist allgemein bekannt und in 1 gezeigt
(Ebel und Hahlbrock, 1988; Hahlbrock und Grisebach, 1979; Wiering
und De Vlaming, 1984; Schram et al, 1984; Stafford, 1990). Der erste
durchlaufende Schritt in dem Syntheseweg umfasst die Kondensierung
von drei Molekülen
Malonyl-CoA mit einem Molekül
p-Coumaroyl-CoA.
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Diese Reaktion wird durch das Enzym
Chalconsynthase (CHS) katalysiert. Das Produkt aus dieser Reaktion,
2',4,4',6'-Tetrahydroxychalcon, wird normalerweise schnell durch
das Enzym Chalconflavanon-Isomerase (CHI) isomerisiert, so dass
Naringenin entsteht. Naringenin wird anschließend in der 3-Position des
mittleren Rings durch Flavanon 3-Hydroxylase
(F3H) hydroxyliert, so dass Dihydrokaempferol (DHK) entsteht.
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Das Hydroxylierungsmuster am B-Ring
von DHK spielt eine Schlüsselrolle
bei der Bestimmung der Blütenblattfarbe.
Der B-Ring kann entweder an der 3'- oder sowohl an der 3'- und 5'-Position
hydroxyliert werden, so dass Dihydroquercetin (DHQ) bzw. Dihydromyricetin
(DHM) entstehen. Die zwei an diesem Synthesewege beteiligten Schlüsselenzyme
sind Flavonoid 3'-Hydroxylase und Flavonoid 3',5'-Hydroxylase, beide
aus der Cytochrom P450-Klasse. Cytochrom P450-Enzyme sind in der
Natur weit verbreitet und Gene aus Vertebraten, Insekten, Hefen,
Pilzen, Bakterien und Pflanzen wurden isoliert und sequenziert.
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Flavonoid 3'-Hydroxylase bewirkt,
dass aus DHK DHQ und aus Naringenin Eriodictyol entsteht. Die Reduktion
und Glycosylierung von DHQ erzeugt die Cyanidin-Glycosid- und Peonidin-Glycosid-Pigmente,
welche in vielen Pflanzensorten (beispielsweise Rose, Gartennelke
und Chrysanthemum) zu einer roten und rosa Blütenfarbe beitragen. Die Synthese
dieser Anthocyanine kann auch zu anderen Blütenfarben führen. Beispielsweise enthalten
blaue Kornblumen Cyanin. Die Fähigkeit,
die Aktivität
der Flavonid 3'-Hydroxylase
oder anderer Enzyme, die an dem Flavonoidweg beteiligt sind, in
Blütenpflanzen
zu kontrollieren, würde
ein Mittel zur Manipulierung der Blütenblattfarbe bereitstellen.
Verschiedenfarbige Versionen einer einzigen Sorte ließen sich
so herstellen und in einigen Fällen
könnte
eine einzige Sorte ein breiteres Farbspektrum erzeugen.
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Die WO 90/12084 beschreibt ein Verfahren
zur Herstellung von Pflanzen, die ein oder mehrere gewünschte phenotypische
Züge zeigen.
Bei diesem Verfahren wird ein Nukleinsäurefragment, welches für ein endogenes
Gen des Flavonoid-Biosynthesewegs kodiert, insbesondere Chalconsynthase,
in eine Zelle eingeführt.
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Erfindungsgemäß wurden die für Flavonoid
3'-Hydroxylase kodierenden Gensequenzen identifiziert und kloniert.
Diese rekombinanten Sequenzen erlauben die Modulierung der Hydroxylierung
von Substraten, wie DHK und Naringenin, was zu einer Modifizierung
der Anthocyaninzusammensetzung führt
und damit ein Mittel zur Veränderung
der Blütenblattfarbe
bereitstellt. Das Vorliegen von Flavonoid 3'-Hydroxylase würde erlauben,
dass man den Stoffwechselweg von DHK zu Anthocyaninderivaten von
Anthocyaninen, wie Cyanidin und Peonidin, umleitet und dadurch durch
die Modulierung des 3'-Hydroxylie rungsgrads ein Mittel zur Veränderung
der Blütenblattfarbe
bereitstellt. Entsprechend betrifft die vorliegende Erfindung die
Veränderung
der Flavonoid 3'-Hydroxylase-Aktivität in Pflanzen, wobei man den
vorhandenen Aktivitätsgrad
der Flavonoid 3'-Hydroxylase durch Einführen der erfindungsgemäßen Sequenzen
erhöht
oder verringert. Die Verringerung des Flavonoid 3'-Hydroxylase-Aktivitätsgrad kann
auch als Niederregulierung bezeichnet werden. Die vorliegende Erfindung
erstreckt sich ferner über
Blütenpflanzen
hinaus auf Obst- und Gemüsepflanzen
und auf Blätter,
beispielsweise von Zierpflanzen.
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Ein Aspekt der vorliegenden Endung
betrifft ein Nukleinsäure-Isolat,
das eine Nukleotidsequenz enthält,
die für
eine Sequenz kodiert oder zu dieser komplementär ist, welche für das Flavonoid
3'-Hydroxylase-Enzym (im Folgenden als 3'-Hydroxylase bezeichnet)
oder ein funktionales Derivat des Enzyms, wie hiernach beschrieben,
kodiert.
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Die vorliegende Erfindung betrifft
somit ein isoliertes Nukleinsäuremolekül, umfassend
eine Sequenz von Nukleotiden, kodierend für ein Flavonoid 3'-Hydroxylase-Enzym
oder ein Derivat davon mit Flavonoid 3'-Hydroxylase-Aktivität, oder
die dazu komplementäre
Sequenz, wobei die Sequenz umfasst:
die Nukleotidsequenz, umfassend
die
Nukleotidsequenz gemäß 5 oder einen Teil davon, kodierend für ein Protein
mit Flavonoid 3'-Hydroxylase-Aktivität, oder eine Sequenz, welche
wenigstens 55%-ige Ähnlichkeit
mit der Sequenz gemäß 5 aufweist;
oder die dazu komplementäre Sequenz,
oder
eine Sequenz, welche mit der Nukleotidsequenz gemäß 5 oder einer Sequenz, welche wenigstens
55% Ähnlichkeit
hierzu aufweist oder einer dazu komplementären Sequenz unter folgenden
Bedingungen hybridisiert: 20 Formamid, 6 × SSC, 1% w/v SDS bei 42°C und 16
Stunden, gefolgt von Waschen in 6 × SSC, 1% w/v SDS bei 65°C und 1 Stunde;
oder
die dazu komplementäre
Sequenz;
oder die Antisense-Sequenzen davon. Solche Moleküle werden
auch bereitgestellt.
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Der Begriff „Nukleinsäure-Isolat" steht für eine Gensequenz
in einem nicht natürlich
vorkommenden Zustand. Allgemein bedeutet dies, dass sie aus ihrem
natürlichen
Zustand isoliert wurde oder in einer nicht natürlich vorkommenden Umgebung
synthetisiert oder hergestellt wurde. Insbesondere umfasst dies
Nukleinsäuremoleküle, die
in vitro gebildet oder erhalten wurden; einschließlich genomische
DNA-Fragmente, rekombinante oder synthetische Moleküle sowie
Nukleinsäuren
in Kombination mit heterologen Nukleinsäuren. Der Begriff erstreckt
sich auch auf die genomische DNA oder cDNA oder Teile davon, welche
für 3'-Hydroxylase oder
Teile davon in umgekehrter Orientierung in Bezug auf ihren oder
weitere Promotoren kodieren. Er erstreckt sich ferner auf natürlich vorkommende
Sequenzen, die in Bezug auf andere Nukleinsäuresequenzen wenigstens teilweise
gereinigt wurden.
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Der Begriff „Gensequenzen° wird hier
in seiner allgemeinsten Bedeutung verwendet und umfasst alle aufeinander
folgenden Reihen von Nukleotidbasen, die direkt oder über eine
komplementäre
Basenreihe für die
Aminosäuresequenz
einer 3'-Hydroxylase stehen. Solche Aminosäuresequenzen können eine
full-length 3'-Hydroxylase oder eine aktive verkürzte Form davon sein oder sie
können
einem bestimmten Bereich, wie einem Nterminalen, C-terminalen oder
einem inneren Bereich des Enzyms entsprechen. Die hier betrachteten Nukleinsäuresequenzen
umfassen auch Oligonukleotide, die sich als genetische Sonden oder
als „Antisense"-Moleküle eignen
und fähig
sind, die Expression des entsprechenden Gens in einer Pflanze zu
regulieren. Ein „Antisense-Molekül", wie
hier verwendet, umfasst auch ein Genkonstrukt, welches das strukturelle
genomische oder cDNA-Gen oder einen Teil davon in umgekehrter Orientierung
in Bezug auf seinen oder weitere Promotoren umfasst.
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In einer Ausführungsform werden die für 3'-Hydroxylase
oder verschiedene funktionale Derivate davon kodierenden Nukleinsäuresequenzen
zur Verringerung der Aktivität
einer endogenen 3'-Hydroxylase verwendet oder alternativ wird die
für dieses
Enzym oder verschiedene Derivate oder Teile davon kodierende Nukleinsäuresequenz
in der Antisense-Orientierung verwendet, um die Aktivität der 3'-Hydroxylase
zu verringern. Obwohl es nicht beabsichtigt ist, die vorliegende
Erfindung auf eine bestimmte Theorie zu beschränken, ist es möglich, dass
ein Antisense-3'-Hydroxylase-Transkript oder ein Fragment oder Teil
davon (beispielsweise ein Oligonukleotidmolekül) einen Doppelstrang mit der
gesamten oder einem Teil der natürlich
vorkommenden mRNA, die für
das Enzym spezifisch ist, bildet und damit die Anreicherung oder
die Translation der mRNA zu dem aktiven Enzym unterbindet. In einer
weiteren Alternative könnten
Ribozyme verwendet werden, um Zielnukleinsäuresequenzen zu inaktivieren.
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Die hier beschriebene Veränderung
der Flavonoid 3'-Hydroxylase-Aktivität betrifft eine Erhöhung oder Verringerung
der Aktivität
um bis zu 30% oder vorzugsweise 30 bis 50%, oder weiter bevorzugt
50 bis 75% und insbesondere bevorzugt 75% oder mehr über oder
unter dem normalen endogenen oder bestehenden Aktivitätsgrad.
Der Aktivitätsgrad
lässt sich
leicht mit Hilfe einer modifizierten Version des von Stotz und Forkmann
(1982) beschriebenen Verfahrens ermitteln (siehe Beispiel 1).
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Die erfindungsgemäßen Nukleinsäuren können Ribonukleinsäure oder
Desoxyribonukleinsäure,
einsträngig
oder doppelsträngig,
sowie lineare oder kovalent geschlossene kreisförmige Moleküle sein. Vorzugsweise ist das
Nukleinsäuremolekül cDNA.
Wie oben erwähnt,
erstreckt sich die vorliegende Erfindung auf Nukleinsäuremoleküle, welche
unter gering, vorzugsweise mittel und am meisten bevorzugt hoch
stringenten Bedingungen mit den erfindungsgemäßen Nukleinsäuremolekülen hybridisieren
und insbesondere mit den in 5 gezeigten
Nukleotidsequenzen. In einer am meisten bevorzugten Ausführungsform
erstreckt sich die vorliegende Erfindung auf ein Nukleinsäuremolekül mit einer
in 5 gezeigten Nukleotidsequenz oder
ein Molekül,
welches wenigstes 55 %, bevorzugt wenigstens 65 bis 70% und insbesondere
bevorzugt über
85% Ähnlichkeit
mit der in 5 gezeigten Sequenz auf
Nukleotid- oder Aminosäuresequenzebene
aufweist und worin die Nukleinsäure
für eine
Sequenz kodiert oder komplementär
dazu ist, welche für
ein Enzym mit 3'-Hydroxylase-Aktivität kodiert. Es sei jedoch erwähnt, dass
Nukleotid- oder Aminosäuresequenzen Ähnlichkeiten unterhalb
der oben angegebenen Prozentangaben aufweisen und dennoch für 3'-Hydroxylase-Aktivität kodieren
können.
Die vorliegende Erfindung kann mit Nukleinsäuremolekülen in Form von Oligonukleotidprimern oder
Sonden durchgeführt
werden, die fähig
sind, an einen Teil der oben betrachteten Nukleinsäuremoleküle zu hybridisieren
und insbesondere an solchen, die in 5 gezeigt
sind, und zwar unter gering, vorzugsweise mittel und am meisten
bevorzugt hoch stringenten Bedingungen. Vorzugsweise entspricht
der Teil dem 5'- oder 3'-Ende des Gens. Der Einfachheit halber steht
hier das 5'-Ende für
einen Bereich, der im Wesentlichen zwischen dem Startcodon der Strukturgensequenz
und einem zentralen Bereich des Gens liegt, und das 3'-Ende steht
für einen
Bereich, der im Wesentlichen zwischen einem zentralen Bereich des
Gens und dem Stopcodon der Strukturgensequenz liegt. Daher ist klar,
dass Oligonukleotide oder Sonden an das 5'-Ende oder das 3'-Ende oder an einen
Bereich, den das 5'- und 3'-Ende gemeinsam haben, hybridisieren
können.
Bevorzugte Oligonukleotide sind in Beispiel 1 gezeigt.
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Die Nukleinsäure oder ihre komplementäre Form
kann für
das Full-Length-Enzym oder einen Teil oder ein Derivat davon kodieren.
Mit „Derivat"
ist jede einzelne oder mehrfache Aminosubstitution, Deletion und/oder
Addition in Bezug auf das natürlich
vorkommende Enzym gemeint, welches 3'-Hydroxylase-Aktivität besitzt.
In dieser Hinsicht umfasst die Nukleinsäure alle natürlich vorkommenden
Nukleinsäuresequenzen,
die für
3'-Hydroxylase kodieren, oder kann eine oder mehrere Nukleotidsubstitution,
Deletion und/oder Addition bezüglich
der natürlich
vorkommenden Sequenz enthalten.
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Die erfindungsgemäße Nukleinsäure oder ihre komplementäre Form
kann auch für
einen „Teil"
der 3'-Hydroxylase mit Hydroxylase-Aktivität kodieren. Inaktive Teile
können
als Oligonukleotid-Sonden, Primer für Polymerase-Kettenreaktionen
oder in verschiedenen Mutationsverfahren oder zur Erzeugung von
Antisense-Molekülen
verwendet werden.
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Aminosäureinsertionsderviate der erfindungsgemäßen 3'-Hydroxylase
umfassen Amino- und/oder Carboxyl-terminale
Fusionen sowie Intrasequenzinsertionen von einzelnen oder mehreren
Aminosäuren.
Aminosäuresequenz-Insertionsvarianten
sind solche, worin ein oder mehrere Aminosäurereste an einer vorbestimmten
Stelle in dem Protein eingefügt
werden, obwohl Zufallsinsertionen mit einem geeigneten Screening des
resultierenden Produkts auch möglich
sind. Deletionsvarianten sind durch die Entfernung von ein oder mehreren
Aminosäuren
aus der Sequenz gekennzeichnet. Substitutions-Aminosäurevarianten sind solche, worin
wenigstens ein Rest aus der Sequenz entfernt und ein anderer Rest
an seiner Stelle eingefügt
wurde. Übliche
Substitutionen sind solche, die gemäß umseitiger Tabelle 1 hergestellt
wurden.
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Dort wo die 3'-Hydroxylase durch
Aminosäuresubstitution
derivatisiert wurde, wurden die Aminosäuren im allgemeinen durch andere
Aminosäuren
mit ähnlichen
Eigenschaften, wie der Hydrophobie, der Hydrophilie, der Elektronegativität, sperrigen
Seitengruppen und dergleichen, ersetzt. Aminosäuresubstitutionen betreffen
typischerweise einzelne Reste. Aminosäureinsertionen erfolgen üblicherweise
in einer Größenordnung von
1 bis 10 Aminosäureresten
und Deletionen betreffen 1 bis 20 Reste. Vorzugsweise werden Deletionen oder
Insertionen bei benachbarten Paaren durchgeführt, d.h. eine Deletion von
zwei Resten oder eine Insertion von zwei Resten.
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Die oben genannten Aminosäurevarianten
lassen sich leicht durch aus dem Stand der Technik bekannte Peptidsyntheseverfahren,
wie der Festphasenpeptidsynthese (Merrifield, 1964) und dergleichen,
oder durch rekombinante DNA-Manipulationen herstellen. Verfahren
zur Erzeugung von Substitutionsmutationen an bestimmten Stellen
in der DNA mit bekannten oder teilweise bekannten Sequenzen sind
allgemein bekannt und umfassen beispielsweise die M13-Mutagenese.
Die Manipulation von DNA-Sequenzen
zum Herstellen von Proteinvarianten, in Form von Substitions-, Insertions- oder Deletionsvarianten,
sind zweckmäßigerwiese, z.
B. in Sambrook et al (1989) beschrieben.
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TABELLE
1
Geeignete Reste für
Aminosäuresubstitutionen
Ursprünglicher
Rest | Beispiele
der Substitution |
Ala | Ser |
Arg | Lys |
Asn | Gln;
His |
Asp | Glu |
Cys | Ser |
Gln | Asn |
Glu | Asp |
Gly | Pro |
His | Asn;
Gln |
Ile | Leu;
Val |
Leu | Ile;
Val |
Lys | Arg;
Gln; Glu |
Met | Leu;
Ile |
Phe | Met;
Leu; Tyr |
Ser | Thr |
Thr | Ser |
Trp | Tyr |
Tyr | Trp;
Phe |
Val | Ile;
Leu |
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Weitere Beispiele rekombinanter oder
synthetischer Mutanten und Derivate der erfindungsgemäßen 3'-Hydroxylase
umfassen einzelne oder mehrfache Substitutionen, Deletionen und/oder
Additionen von beliebigen Molekülen,
die mit dem Enzym assoziiert sind, wie Kohlenhydrate, Lipide und/oder
Proteine oder Polypeptide.
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Die Begriffe „Analoge" und „Derivate"
erstreckt sich auf jedes funktionale chemische Äquivalent der 3'-Hydroxylase
und auch auf jedes oben beschriebene Aminosäurederivat. Der Einfachheit
halber bezieht sich „3'-Hydroxylase"
hierin auch auf alle Mutanten, Derivate, Analoge, Homologe oder
Fragmente davon.
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Die vorliegende Erfindung wird an
Hand von Nukleinsäuresequenzen,
die von Petunia abstammen, beschrieben, da dies das derzeit praktischste
und am meisten bevorzugte Ausgangsmaterial ist. Der Fachmann wird
jedoch sofort erkennen, dass ähnliche
Sequenzen aus einer Anzahl von Quellen, wie anderen Pflanzen oder
bestimmten Mikro organismen, isoliert werden können. Beispiele anderer Pflanzen
umfassen Gartennelke, Chrysanthemum, Rose, Mais, Löwenmaul,
Tabak, Kornblume, Pelargonium und Winde, sind jedoch nicht auf diese
beschränkt.
Alle derartigen Nukleinsäuresequenzen,
die direkt oder indirekt für
ein Enzym des Flavonoidwegs und insbesondere für die 3'-Hydroxylase kodieren sind, unabhängig von
ihrem Ursprung, von vorliegender Erfindung umfasst.
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Die hier betrachteten Nukleinsäuremoleküle können in
beiden Orientierungen alleine oder in Kombination mit einem Vektormolekül, beispielsweise
einem Expressionsvektor, vorliegen. Der Begriff Vektormolekül wird in
seinem breitesten Sinn verwendet und umfasst alle Zwischenvehikel
für Nukleinsäuremoleküle, die
den Transfer der Nukleinsäure
in die Pflanzenzelle und/oder die Integration in das Pflanzengenom
erleichtern können.
Ein Zwischenvehikel kann beispielsweise an die Verwendung bei der
Elektroporation, dem Mikroprojektilbeschuss, dem Agrobacterium-vermittelten
Transfer oder der Insertion mittels DNA- oder RNA-Viren angepasst
sein. Das Zwischenvehikel und/oder das darin enthaltene Nukleinsäuremolekül müssen gegebenenfalls stabil
in das Pflanzengenom integriert werden oder auch nicht. Solche Vektormoleküle können auch
in prokaryontischen Zellen repliziert und/oder exprimiert werden.
Vorzugsweise sind die Vektormoleküle oder Teile davon fähig, in
das Pflanzengenom zu integrieren. Vorzugsweise ist der Vektor ein
binärer
oder ein viraler Vektor. Besonders bevorzugt ist der Vektor und
das Nukleinsäure-Isolat
pCGP809, wie hier in Beispiel 1 beschrieben. Das Nukleinsäuremolekül kann zudem
eine Promotorsequenz enthalten, die fähig ist, die Expression des
Nukleinsäuremoleküls in einer
Pflanze zu steuern. Das Nukleinsäuremolekül und der
Promotor kann auch durch jedes beliebige Mittel, wie die oben beschriebenen,
in die Zelle eingeführt
werden.
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Erfindungsgemäß kann eine für 3'-Hydroxylase
kodierende Nukleinsäuresequenz
oder ein Derivat oder Teil davon, wie hier beschrieben, in beiden
Orientierungen in eine Pflanzenzelle eingeführt und exprimiert werden,
wodurch ein Mittel bereitgestellt wird, um entweder DHK und/oder
andere geeignete Substrate, falls sie in der Pflanzenzelle synthetisiert
werden, letztlich in Anthrocyaninderivate von Anthocyanidinen, wie
Cyanidin und/oder Peonidin, umzuwandeln oder alternativ eine solche
Umwandlung von Metaboliten durch Verringern oder Hemmen der endogenen
oder bestehenden 3'-Hydroxylase-Aktivität zu unterbinden.
Die Produktion von Anthocyaninen trägt zur Erzeugung einer roten
oder blauen Blütenfarbe
bei. Die Expression der Nukleinsäuresequenz
einer der beiden Orientierungen in der Pflanze kann konstitutiv,
induzierbar oder in Abhängigkeit vom
Entwicklungsstadium sein und kann auch gewebespezifisch erfolgen.
Das Wort Expression wird hier in seiner breitesten Bedeutung verwendet
und umfasst die Produktion von RNA oder sowohl RNA als auch Protein.
Es erstreckt sich auch auf die teilweise Expression eines Nukleinsäuremoleküls.
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Erfindungsgemäß wird ein Verfahren zur Herstellung
einer transgenen Pflanze bereitgestellt, die fähig ist 3'-Hydroxylase oder
aktive Mutanten oder Derivate davon zu produzieren, wobei das Verfahren
das stabile Transformieren einer Zelle oder einer geeigneten Pflanze
mit einem hier zuvor beschriebenen Nukleinsäuremolekül unter Bedingungen umfasst,
die eine eventuelle Expression des Nukleinsäuremoleküls erlauben, so dass eine transgene
Pflanze aus der Zelle entsteht und man die transgene Pflanze für eine Zeit
und unter Bedingungen kultiviert, die ausreichen, um die Expression
der Nukleinsäure
zu ermöglichen.
Die transgene Pflanze kann daher erhöhte 3'-Hydroxylaseaktivitätsspiegel in Bezug auf die
Menge, die in einer vergleichbaren nichttransgenen Pflanze exprimiert
wird, erzeugen. Vorzugsweise wird die Expression des Nukleinsäuremoleküls in Abhängigkeit
vom Entwicklungsstadium gesteuert.
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Ein weiterer Aspekt der vorliegenden
Erfindung betrifft ein Verfahren zur Herstellung einer transgenen Pflanze,
welche die endogene oder bestehende 3'-Hydroxylase-Aktivität verringert,
wobei das Verfahren das stabile Transformieren einer Zelle aus einer
geeigneten Pflanze mit einem hier zuvor beschriebenen Nukleinsäuremolekül, das Regenerieren
einer transgenen Pflanze aus der Zelle und, falls erforderlich,
die Aufzucht der transgenen Pflanze unter Bedingungen umfasst, die
ausreichen, um die Expression der Nukleinsäure zu ermöglichen. Vorzugsweise wird
die Expression des Nukleinsäuremoleküls in Abhängigkeit
vom Entwicklungsstadium gesteuert.
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Noch ein weiterer erfindungsgemäßer Aspekt
betrifft ein Verfahren zur Herstellung einer genetisch modifizierten
Pflanze mit verringerter endogener oder bestehender 3'-Hydroxylaseaktivität, wobei
das Verfahren das Verändern
des 3'-Hydroxylase-Gens umfasst, indem man die endogenen Sequenzen
durch homologe Rekombination aus einem wie hier zuvor beschriebenen
Nukleinsäuremolekül, welches
auf geeignete Weise verändert
und in die Pflanzenzelle eingeführt
wird, modifiziert, und man die genetisch veränderte Pflanze aus der Zelle,
welche im Vergleich zu dem endogenen oder bestehenden Aktivitätsspiegel
eine veränderte
Flavonoid 3'-Hydroxylase-Aktivität
zeigt, regeneriert.
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In einer bevorzugten Ausführungsform
betrifft die vorliegende Erfindung ein Verfahren zur Herstellung einer
transgenen Blütenpflanze
mit veränderten
Blütenstand-Eigenschaften,
wobei das Verfahren das stabile Transformieren einer Zelle einer
geeigneten Pflanze mit einer erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenz,
das Regenerieren einer transgenen Pflanze aus der Zelle und das
Aufziehen der transgenen Pflanze für eine Zeit und unter Bedingungen
umfasst, welche die Expression der Nukleinsäuresequenz zu dem 3'-Hydroxylase-Enzym
erlauben. Alternativ umfasst das Verfahren das stabile Transformieren
einer Zelle einer geeigneten Pflanze mit der erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenz
oder seiner komplementären
Sequenz, das Regenerieren einer transgenen Pflanze aus der Zelle
und das Aufziehen der transgenen Pflanze für eine Zeit und unter Bedingungen,
die ausreichen, um den Aktivitätsgrad
der endogenen oder existenten 3'-Hydroxylase zu verändern. Vorzugsweise
liegt der geänderte
Spiegel unter dem endogenen oder existenten Spiegel der 3'-Hydroxylase-Aktivität in einer
vergleichbaren nicht-transgenen Pflanze. Ohne die vorliegende Erfindung
beschränken
zu wollen, besagt eine Theorie zum Wirkmechanismus, dass man zum
Verringern der Aktivität
der endogenen 3'-Hydroxylase die Expression der eingeführten Nukleinsäuresequenz
oder seiner komplementären
Sequenz benötigt.
Es kann jedoch sein, dass man die Expression der eingeführten Gensequenz
oder seiner komplementären
Sequenz nicht benötigt,
um die gewünschte
Wirkung zu erzielen: nämlich
bei einer Blütenpflanze mit
veränderten
Blütenstand-Eigenschaften.
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In einer verwandten Ausführungsform
betrifft die vorliegende Erfindung ein Verfahren zur Herstellung einer
Blütenpflanze,
die veränderte
Blütenstand-Eigenschaften
zeigt, wobei das Verfahren das Verändern des 3'-Hydroxylase-Gens
durch die Modifikation der endogenen Sequenzen mittels homologer
Rekombination aus einem in geeigneter Weise veränderten erfindungsgemäßen Nukleinsäuremolekül, welches
in die Pflanzenzelle eingeführt
wurde, und die Regeneration der genetisch veränderten Pflanze aus der Zelle
umfasst.
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Das erfindungsgemäße Nukleinsäuremolekül kann in Abhängigkeit
vom Entwicklungsstadium gesteuert sein oder auch nicht. Vorzugsweise
werden bei dem veränderten
Blütenstand
rote Blüten
oder andere Farbschattierungen, je nach physiologischen Bedingungen
der Empfängerpflanze,
erzeugt. Mit „Empfängerpflanze"
ist eine Pflanze gemeint, die ein Substrat für das 3'-Hydroxylase-Enzym
oder das 3'-Hydroxylase-Enzym selbst herstellen kann und die geeigneten
physiologischen Eigenschaften und den Genotyp besitzt, die (der) für die Entwicklung
der gewünschten
Farbe erforderlich sind (ist). Dazu gehören Petunia, Gartennelke, Chrysanthemum,
Rose, Löwenmaul,
Tabak, Kornblume, Pelargonium, Lisianthus und Purpur-Trichterwinde.
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Die vorliegende Erfindung betrifft
ein Verfahren zur Herstellung einer transgenen Pflanze, welche,
wie zuvor beschrieben, fähig
ist, ein rekombinantes für
3'-Hydroxylase kodierendes Gen zu exprimieren oder welche eine Nukleinsäuresequenz
enthält,
die im Wesentlichen komplementär
zu dem gesamten mRNA-Molekül oder
einem Teil davon ist und gegebenenfalls bei Bedarf transkribiert
werden kann, um die 3'-Hydroxylase zu regulieren, wobei das Verfahren
das stabile Transformieren einer Zelle einer geeigneten Pflanze
mit dem erfindungsgemäßen Nukleinsäure-Isolat,
gegebenenfalls unter Bedingungen, die eine eventuelle Expression des
Nukleinsäure-Isolats
ermöglichen,
und das Regenerieren einer transgenen Pflanze aus der Zelle umfasst.
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Der Fachmann wird sofort die verschiedenen
Anwendungen der erfindungsgemäßen Verfahren
erkennen, wie das Erhöhen
oder Verringern der Expression des natürlicherweise in der Zielpflanze
vorliegenden Enzyms, so dass verschiedene Farbschattierungen, wie
verschiedene Rotschattierungen, entstehen.
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Die vorliegende Erfindung betrifft
daher alle transgenen Pflanzen, welche die gesamte oder einen Teil der
erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenz
umfassen, und/oder ein beliebiges Homolog oder eine verwandte Form
davon oder Antisense-Formen einer dieser und insbesondere solche
transgenen Pflanzen, die veränderte
Blütenstand-Eigenschaften zeigen.
Die transgenen Pflanzen können,
wie zuvor beschrieben, ein eingeführtes Nukleinsäuremolekül mit einer
Nukleotidsequenz enthalten, die für die Sequenz einer 3'-Hydroxylase
kodiert oder komplementär
dazu ist. Im allgemeinen wird die Nukleinsäure stabil in das Pflanzengenom eingefügt, obwohl
die vorliegende Erfindung auch das Einführen der 3'-Hydroxylase-Nukleotidsequenz
in eine autonom replizierende Nukleinsäuresequenz, wie einen DNA-
oder RNA-Virus, der sich in der Pflanzenzelle vermehren kann, umfasst.
Die Erfindung betrifft auch Samen solcher transgenen Pflanzen. Solche
Samen, insbesondere wenn sie farbig sind, sind nützliche Eigenschaftsmarker
für Pflanzen.
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Ein weiterer Aspekt der vorliegenden
Erfindung betrifft rekombinante Formen der 3'-Hydroxylase. Die rekombinanten Formen
des Enzyms bilden Ausgangsmaterial für Forschungsarbeiten, um beispielsweise
aktivere Enzyme zu entwickeln, und können bei der Entwicklung von
in vitro-Systemen zur Herstellung farbiger Verbindungen nützlich sein.
Die vorliegende Erfindung betrifft auch ein Verfahren zur Herstellung
einer rekombinanten Flavonoid 3'-Hydroxylase oder einem Derivat
davon mit Flavonoid 3'-Hydroxylase-Aktivität, wobei eine
Zelle stabil mit der erfindungsgemäßen Nukleinsäure unter
Bedingungen transformiert wird, die eine eventuelle Expression der
Nukleinsäure
zulassen.
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Die hier beschriebenen Gensequenzen
können
zur Herstellung eines Genkonstrukts verwendet werden, dass fähig ist,
ein 3'-Hydroxylase-Enzym zu exprimieren oder eine endogene 3'-Hydroxylase
in einer Pflanze nieder zu regulieren.
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Die vorliegende Erfindung wird unter
Bezug auf nachstehende nicht-beschränkende Figuren und das Beispiel
weiter beschrieben.
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In den Figuren:
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1 ist
eine schematische Darstellung des Biosynthesewegs der Flavonoidpigmente.
Enzyme, die am ersten Teil des Synthesewegs beteiligt sind, sind
wie folgt angegeben: PAL = Phenylalanin-Ammoniak-Lyase; C4H = Cinnamat-4-Hydroxylase;
4CL = 4-Coumarat:
CoA-Ligaset CHS = Chalcon-Synthase; CHI = Chalcon-Flavanon-Isomerase;
F3H = Flavanon-3-Hydroxylase; DFR = Dihydroflavonol-4-Reduktase;
UFGT = UDP-Glucose:
Flavonoid-3-O-Glucosyl-Transferase. Die letzteren Schritte betreffen
Umwandlungen, welche in P. hybrida-Blüten erfolgen, und umfassen:
1 = Addition eines Rhamnosezuckers an den Glycosylrest von Cyanidin-3-Glucosid
und Delphinidin-3-Glucosid;
2 = Acylierung und 5-O-Glucosylierung; 3 = 3'-Methylierung; 4 =
5'-Methylierung;
5 = 3',5'-Methylierung.
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2(A) ist
eine schematische Darstellung von DNA-Fragmenten, die als Sonden
für die
cDNA-Bank Nr.1 verwendet werden, um Cytochrom P450-Homologe nachzuweisen.
P450: verbreiteter Cytochrom P450-cDNA-Klon mit der Häm-Bindungsdomäne (Häm), dargestellt
durch das dunkel getönte
Kästchen; pCGP142:
ein 980-bp-Fragment wurde mittels PCR mit den Oligos 1 und 2 und
der pCGP142-DNA als Templat gewonnen; pCGP147: ein 1,3-kb-Fragment
wurde durch einem SaII-EcoRI-Verdau aus pCGP147 isoliert; pCGP158:
ein 900-bp-Fragment wurde mittels PCR mit den Oligos 3 und 4 und
der pCGP158-DNA als Templat gewonnen; pCGP160: ein 600-bp-Fragment
wurde durch einem PstI-EcoRV-Verdau aus pCGP160 isoliert; pCGP454:
das Fragment wurde mittels PCR mit den Oligos 3 und 5 und der pCGP454-DNA
als Templat gewonnen. Alle gereinigten Fragmente wurden mit 32P-dCTP, wie in Beispiel 1 beschrieben,
markiert.
-
2(B) bis (H) zeigen Teile der Nukleotidsequenzen
und die entsprechenden vorausgesagten Aminosäuretranslationsprodukte für die cDNA-Inserts
von (i) pCGP142, (ü)
pCGP147, (iii) pCGP158, (iv) pCGP160 und (v) pCGP454. Die Bereiche,
die als Sonden für
die cDNA-Bank Nr.1 verwendet wurden, um die jeweiligen Klone zu
isolieren, sind durch Pfeile angedeutet.
-
3(A) bis (D) zeigen die Nukleotidsequenz und die
vorausgesagte Aminosäuresequenz
für das
cDNA-Insert aus pCGP602. Zwei Sonden, welche die Sequenzen zwischen
den internen HincII-EcoRV- und EcoRV-HindIII-Bindungsstellen umfassen,
wurden verwendet, um die verwandten Sequenzen in einer Gruppe von
Cytochrom P450-Homologen nachzuweisen.
-
4(A) und 4(B) zeigen Teile der Nukleotidsequenz
der cDNA-Inserts von 4(A): 1) pCGP161; 2) pCGP162; 3) pCGP163; 4)
pCGP165; 5) pCGP166; 6) pCGP167 und 4(B): 7 pCGP168; 8) pCGP169;
9) pCGP171 und 10) pCGP173. Eine Mischsonde, die cDNA-Inserts aller dieser
Klone enthielt, wurde verwendet, um die cDNA-Bank Nr.2 nach verwandten
Sequenzen zu screenen.
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5 zeigt
die Nukleotidsequenz und vorausgesagte Aminosäuresequenz für das cDNA-Insert
aus pCGP619.
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6 zeigt
das Diagramm einer Restriktionsenzymkarte für pCGP619. Teilabschnitte des
cDNA-Inserts sind durch dickere Linien mit stumpfen Enden (in Gegensatz
zu Pfeilen) angedeutet. Diese wurden in M13-mp18 und -mp19 subkloniert
und mit Oligonukleotidprimersequenzen, wie angegeben, sequenziert,
so dass man überlappende
Sequenzdaten erlangte. Das Ausmaß und die Orientierung der
aus jedem subklonierten Stück
gewonnenen Sequenzinformation ist durch Linien mit Pfeilköpfen gezeigt.
Primer –40
wurde verwendet, falls nicht anders angegeben. 190 = Primersequenz
190; 191 = Primersequenz 191; polyT = polyT-Oligonukleotid wurde
als Primen verwendet; ds seq = die Sequenz wurde mit doppelsträngiger DNA
gelesen; ATG steht für
das Methionin-Startcodon
und die gesamte Länge
des Klons in Rasenpaaren ist auch angegeben.
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7 zeigt
einen 3'-Hydroxylasetest von Hefeextrakten mit 3H-Naringenin
als Substrat. Die Autoradiographie zeigt die Umwandlung von 3H-Naringenin in das 3'-hydroxylierte Derivat
Eriodictyol durch ein Hefeextrakt, das mit dem Plasmid pCGP621 (1,2)
transformiert wurde. In nicht-transformierter Hefe (C) wurde keine 3'-Hydroxylase-Aktivität nachgewiesen.
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8 zeigt
die Nukleotidsequenz und die vorausgesagte Aminosäuresequenz
für das
Insert aus pCGP635. Diese Sequenzen können als Sonden zur Isolierung
putativer Rosen-3'-Hydroxylase-cDNA-Klone verwendet werden.
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9 zeigt
die Nukleotidsequenz und vorausgesagte Aminosäuresequenz für das Insert
aus pCGP772. Diese Sequenzen können
als Sonden zur Isolierung von putativen Gartennelken-3'-Hydroxylase-cDNA-Klonen
verwendet werden.
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10 zeigt
die Nukleotidsequenz und vorausgesagte Aminosäuresequenz für das Insert
aus pCGP773. Diese Sequenzen können
als Sonden zur Isolierung von putativen Gartennelken-3'-Hydroxylase-cDNA-Klonen
verwendet werden.
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11 zeigt
einen Teil einer Nukleotidsequenz und der vorausgesagten Aminosäuresequenz
für das Insert
pCGP854. Diese Sequenzen wurden als Sonde verwendet, um einen putativen
3'-Hydroxylase-cDNA-Klon zu selektieren. Unterstrichene Aminosäuren zeigen
solche des cDNA-Inserts von pCGP619 zwischen den Positionen 971
und 1091.
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Der deaktivierte Mikroorganismus
Agrobacferium fumefaciens-Stamm AGL0, der das Plasmid pCGP809 enthält, wurde
am 24. März
1993 bei den Australian Government Analytical Laboratories, 1 Suakin Street,
Pymble, New South Wales, 2037, Australien hinterlegt und erhielt
eine Hinterlegungsnummer.
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BEISPIEL 1
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ISOLIERUNG VON MIT 3'-HYDROXYLASE
VERWANDTEN NUKLEINSÄURESEQUENZEN
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1. Material und Methoden
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Chemische Enzyme und Radioisotope
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Eriodictyol stammte von der Carl
Roth KG und Naringenin von Sigma. [3H]-Naringenin (5,7 Ci/mmol) stammte
von Amersham. Alle Enzyme wurden von gewerblichen Quellen bezogen
und gemäß den Herstellerempfehlungen
verwendet.
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Bakterienstämme
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Es wurden folgende Escherichia coli-Stämme verwendet:
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DHSα supE44, Δ(lacZYA-ArgF)U169, ∅80lacZΔM15, hsdR17
(rk-, mk+), recA1,
endA1, gyrA96, thi-1, relA1, deoR. (Hanahan, 1983 und BRL, 1986).
-
XL1-Blue supE44, hsdR17 (rk-, mk+), recA1,
endA1, gyrA96, thi-1, relA1, lac–,
[F'proAB, lacIq, lacZ ΔM15, Tn10(tetr)]
(Bullock et al, 1987).
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PLK-F' recA, hsdR17 (rk-,
mk+), mcrA–,
mcrB–,
lac–,
supE44, galK2, galT22, metBI, [F'proAB, lacIq, lacZΔM15, Tn10(tetr)] (Stratagene).
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SOLR e14– (mcrA), Δ(mcrCB-hsdSMR-mrr)171,
sbcC, recB, recJ, umuC:: Tn5(kanr), uvrC,
lac, gyrA96, thi-1, relA1, [F'proAB, lacIqZΔM15], Su– (nichtunterdrückend) (Stratagene).
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Der inaktivierte Agrobacterium tumefaciens-Stamm
AGLO (Lazo et al., 1991) stammte von R. Ludwig (Abteilung für Biologie,
Universität
von Californien, Santa Cruz).
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Der Klonierungsvektor pBluescript
stammte von Stratagene.
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Transformation von E. coli
und A. fumefaciens
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Die Transformation von Zellen des
E. coli-Stamms DH5a erfolgt nach dem Verfahren von Inoue et al. (1990).
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Das Plamid pCGP809 wurde in den Agrobacterium
tumefaciens-Stamm AGLO durch Zugeben von 5 mg Plasmid-DNA zu 100
ml kompetenter AGLO-Zellen, die durch Beimpfen einer 50-ml-MG/L-
(Garfinkel und Nester, 1980) Kultur hergestellt und 16 Stunden unter
Schütteln
bei 28°C
aufgezogen worden wurden, eingeführt.
Die Zellen wurden dann pelletiert und wieder in 0,5 ml 85%igem (v/v)
100 mM CaCl2/15% (v/v) Glycerol suspendiert.
Das DNA-Agrobacterium-Gemisch wurde durch zweiminütige Inkubation
in flüssigen
Stickstoff eingefroren und dann ließ man es durch Inkubation bei
37°C und
5 min auftauen. Das DNA/Bakterien-Gemisch wurde dann für weitere
10 min auf Eis gelegt. Die Zellen wurden dann mit 1 ml MG/L-Medium
gemischt und unter Schütteln
bei 28°C
16 Stunden inkubiert. Zellen von A. tumefaciens, die das pCGP809
trugen, wurden auf MG/L-Agarplatten, welche 100 mg/ml Gentamycin
enthielten, selektiert. Das Vorliegen von pCGP809 wurde durch Southern-Analyse
von DNA, die aus den Gentamycin-resistenten Transformanten gewonnen
wurden, bestätigt.
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Pflanzenmaterial
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Samen des Petunia F1-Hybrids „Old Glory
Blue" (OGB) stammten von Ball Seed, USA.
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Chrysanthemum morifolium-Sorten stammten
von Baguley Flower und Plant Growers, Victoria.
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Blüten von Dianthus caryophyllus
cv. Laguna und Rosa hybrida cv. Kardinal stammten von Van Wyk und
Son Flower Supply, Victoria.
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Die Pflanzen wurden in speziellen
Wachstumsräumen
mit einem 14-Stunden-Tag und einer Lichtintensität von mindestens 10.000 Lux
und einer Temperatur von 22 bis 26°C kultiviert.
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Für
die Petunia-Blütenentwicklung
wurden die fünf
nachstehenden Stufen definiert:
Stufe 1: Nicht pigmentiert,
geschlossene Knospe (< 25
mm lang).
Stufe 2: Pigmentiert, geschlossene Knospe (25–35 mm lang).
Stufe
3: Dunkelviolette Knospe mit hervorkommender Corolla (> 35 mm lang)
Stufe
4: Dunkelviolette geöffnete
Blüte vor
dem Aufspringen der Antheren (> 50
mm lang.)
Stufe 5: Vollständig
geöffnete
Blüte mit
aufgesprungenen Antheren.
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Die Stufen der Chrysanthemum-Blütenentwicklung
waren wie folgt:
Stufe 0: Keine sichtbare Blütenknospe.
Stufe
1: Blütenknospe
sichtbar: Florett vollständig
durch Brakteen bedeckt.
Stufe 2: Blütenknospenöffnung: die Spitzen der Floretts
sichtbar.
Stufe 3: Floretts dicht überlappend.
Stufe 4: Die
Spitzen fast aller Floretts exponiert; äußere Floretts öffnen sich,
jedoch keines davon horizontal.
Stufe 5: Äußere Floretts horizontal.
Stufe
6: Blüte
erreicht ihre Reife.
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Die Stufen der Dianthus caryophyllus-Blütenentwicklung
wurden wie folgt definiert:
Stufe 1: Keine sichtbare Blütenknospe.
Stufe
2: Blütenknospen öffnen sich:
die Spitzen der Floretts werden sichbar.
Stufe 3: Die Spitzen
fast aller Floretts sind exponiert; die äußeren Floretts öffnen sich,
keines davon horizontal.
Stufe 4: Äußere Floretts sind horizontal.
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Die Stufen der Rosa hybrida-Blütenentwicklung
wurde wie folgt definiert:
Stufe 1: Nicht pigmentiert, fest
geschlossene Knospe (10–12
mm hoch; 5 mm breit)
Stufe 2: Pigmentiert, fest geschlossene
Knospe (15 mm hoch; 9 mm breit).
Stufe 3: Pigmentiert, geschlossene
Knospe; Kelchblätter
beginnen gerade sich zu öffnen
(20–25
mm hoch; 13–15
mm breit).
Stufe 4: Blütenknospe
beginnt sich zu öffnen;
Blütenblätter sind
stark pigmentiert; die Kelchblätter
haben sich getrennt (Knospe ist 25–30 mm hoch und 18 mm breit).
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Stufe 5: Die Kelchblätter sind
vollständig
entfaltet; etwas gerollt. Die Blütenblätter sind
stark pigmentiert und entfaltet (die Knospe ist 30–33 mm hoch
und 20 mm breit).
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Konstruktion der cDNA-Bank
Nr.1
-
20 g des Stufe 3 bis 4 Petunia cv.-OGB-Blütengewebes
wurden in 100 ml PEB (200 mM Tris-HCl (pH 8,6), 60 mM KCl, 30 mM
MgCl2, 25 mM EGTA), welches 10 mM Vanadyl-Ribonucleosid-Komplex
enthielt, homogenisiert. Die Zelldebris wurden durch Filtration
des Homogenats durch steriles Miracloth (Calbiochem) entfernt. Das
Filtrat wurde oben auf einen Stufengradienten aus 6 ml PEB, enthaltend
25% (w/v) Sucrose, 250 Einheiten InhibitAce (5-Prime 3-Prime), und
6 ml PEB, enthaltend 50% (w/v) Sucrose und 250 Einheiten InhibitAce,
in Ultra-ClearTMQuick-SealTM-Zentrifugenröhrchen (Beckmann)
gegeben. Die Röhrchen
wurden 3,5 Stunden bei 26.000 Upm in einem 70Ti-Rotor zentrifugiert.
Membran-gebundene Polysomen wurden aus der 25% Sucrose / 50% Sucrose-Zwischenschicht gewonnen
und zu einer 4 M Guanidium-isothiocyanat-Lösung zugegeben. RNA wurde aus
den denaturierten Polysomen durch Pelletieren durch ein 5,7 M CsCl-Kissen
isoliert, wie beschrieben von Turpen und Griffith (1986).
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Ein Uni-ZAPTM-XR-Vector-Kit
(Stratagene) wurde zur Konstruktion einer direktionalen cDNA-Bank
in λZAP
mit 25 μg
der polysomalen RNA als Templat verwendet. Die primäre Bank,
welche 250.000 Plaque-formende Einheiten (pfu) enthielt, wurde durch
Wachsen über
Nacht auf NZY-Platten (Sambrook et al., 1989) amplifiziert und der
amplifizierte Phagenstamm wurde in PSB (100 mM NaCl, 8 mM MgSO4, 50 mM Tris-HCl (pH 7,5), 0,01% (w/v) Gelatine),
wie von Sambrook et al. (1989) beschrieben, eluiert.
-
Konstruktion der cDNA-Bank
Nr.2
-
Gesamt-RNA wurde aus dem Blütenblattgewebe
von P. hybrida cv. OGB-Blüten
der Stufe 3 bis 4 nach dem Verfahren von Turpen und Griffith (1986)
isoliert. Poly(A)+-RNA wurde durch drei
Zyklen Oligo-dT-Cellulose-Chromatographie (Aviv und Leder, 1972)
aus der Gesamt-RNA selektiert.
-
2 μg
Poly(A)+-RNA wurden in einem 20 μl-Volumen,
enthaltend 1 × SuperscriptTM-Reaktionspuffer,
10 mM Dithiothreitol (DTT), 500 μM
dATP, 500 μM
dGTP, 500 μM
dTTP, 500 μM
5-Methy-dCTP, 0,75 μg
Oligonukleotid Nr.6 und 2 μl
SuperscriptTM- Reverse Transkriptase (BRL), revers
transkribiert. Das Reaktionsgemisch wurde bei 37°C 50 min, bei 44°C 10 min
inkubiert und dann auf Eis gelegt.
-
Das Reaktionsgemisch für den zweiten
Strang (140 μl)
wurde zu der Reaktion des ersten Strangs hinzugegeben. Das Reaktionsgemisch
für den
zweiten Strang bestand aus 21 μM
Tns-HCl, 104 mM KCl, 5,3 mM MgCl2, 171 μM β-NAD, 11,4
mM (NH4)2SO4, 214 μM
dATP, 642 μM
dCTP, 214 μM
dGTP, 214 μM
dTTP, 4 mM DTT, 10 μCi 32PdCTP (3000 Ci/mmol), 15 Einheiten E. coli-DNA-Ligase,
40 Einheiten DNA-Polymerase (Boehringer) und 0,8 Einheiten RNAse
H. Das Endgemisch wurde 150 min bei 16°C inkubiert. Um bei der doppelsträngigen cDNA
stumpfe Enden zu erzeugen, wurden 10 Einheiten T4-DNA-Polymerase
zugegeben und die Reaktion weitere 15 min bei 16°C fortgesetzt. Die Reaktion
wurde dann gestoppt und die cDNA durch Phenol/Chloroform-Extraktion und anschließender Chloroform-Extraktion
und Ethanol-Präzipitation
gereinigt.
-
EcoRI-Adaptoren (Promega) wurden
mit der cDNA ligiert und dann erfolgte eine Kinasereaktion, wobei die
vom Hersteller empfohlenen Bedingungen verwendet wurden. Die Enzyme
wurden durch Wärme
(70°C, 20
min) denaturiert und die DNA wurde durch Phenol/Chloroform-Extraktion
und Ethanol-Präzipitation
gereinigt. Die cDNA wurde mit 50 Einheiten Xhol (Boehringer) in
einem Reaktionsvolumen von 100 μl
verdaut, wobei die vom Hersteller empfohlenen Bedingungen verwendet
wurden. Das Enzym wurde durch Wärme
inaktiviert (70°C,
20 min) und das Gemisch durch eine S400-Spinn-Säule (Pharmacia), welche in
STE-Puffer (Sambrook et al., 1989) äquilibriert worden war, gegeben.
-
Das Eluat wurde mit Phenol/Chloroform
extrahiert und mit Ethanol präzipitiert.
Nach der Mikrozentrifugation bei 4°C und für 30 min wurde das cDNA-Pellet
mit 70% (v/v) Ethanol gespült,
luftgetrocknet und wieder in 10 μl
TE-Puffer (10 mM Tris-HCl (pH 7,5), 1 mM EDTA) suspendiert.
-
Eine NA-45-Membran (Schleicher und
Schnell) wurde verwendet, um cDNA in einem Größenbereich von 1,3 bis 2,5
kb aus einer 7,5-μl-Probe
zu isolieren, die mittels Elektrophorese auf einem 1%igem (w/v)
Agarosegel aufgetrennt worden war.
-
Die nach Größe aufgetrennte cDNA wurde
mit 1 μg
mit EcoRI/Xhol/CIAP behandeltem λZAPII-Vektor (Stratagene)
in 5 μl
Reaktionspuffer, bestehend aus 50 mM Tris-HCl (pH 7,0), 10 mM MgCl2, 10 mM DTT, 1 mM ATP und 2 Einheiten T4-DNA-Ligase,
ligiert. Die Reaktion dauerte 2 Tage bei 4°C.
-
Nachdem man es 2 Stunden bei Raumtemperatur
stehengelassen hatte, wurde das Ligations-Reaktionsgemisch mit dem
Packagene-System (Promega) verpackt. Die Gesamtzahl der Rekombinanten
betrug 270.000 pfu.
-
Eine Menge von 150.000 pfu der verpackten
cDNA wurde nach dem Transfizieren der PLK-F'-Zellen mit einer Dichte
von 10.000 pfu pro 15-cm-Durchmesser-Platte ausplattiert. Die Platten
wurden 8 Stunden bei 37°C
inkubiert und dann über
Nacht bei 4°C
gelagert. Mit Hilfe von Colony/Plaque-ScreenTM-Filtern
(DuPont) wurden Duplikatabzüge
genommen und wie vom Hersteller empfohlen behandelt.
-
Konstruktion der cDNA-Bank
Nr.3
-
Gesamt-RNA wurde aus dem Blütenblattgewebe
von Chrysanthemum morifolium cv. dunkelrosa Pompom (Bezugsnummer
5999), Blüten
der Stufen 1, 2 und 3, wieder nach dem Verfahren von Turpen und
Griffith (1986) isoliert. Poly(A)+-RNA wurde
aus der Geamt-RNA, wie bei P. hybrida, durch drei Zyklen Oligo-dT-Cellulose-Chromatographie
(Aviv und Leder, 1972) selektiert. 2 μg Poly(A)+-RNA
wurden als Templat für
die cDNA-Synthese
verwendet, wie oben für
P. hybrida beschrieben.
-
Nach der Fraktionierung und Ligierung
wurde das cDNA-Reaktionsgemisch mit Hilfe des Packagene-Systems
(Promega) verpackt. Die Gesamtzahl der Rekombinationen betrug 37.000
pfu.
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Ein Menge von 300.000 pfu (der amplifizierten
Bank) verpackte cDNA wurde nach dem Transfizieren von XL1-Blue-Zellen
in einer Dichte von 20.000 pfu pro 15-cm-Durchmesser-Platte ausplattiert.
Die Platten wurden 8 Stunden bei 37°C inkubiert und dann über Nacht
bei 4°C
gelagert. Dublikatabzüge
wurden auf Colony/Plaque-ScreenTM-Filter
(DuPont) genommen und wie vom Hersteller empfohlen behandelt.
-
Herstellung von PCR-Templaten
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1. Plasmid-DNA
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DNA wurde nach einem alkalischen
Lyseverfahren (Sambrook et al., 1989) isoliert. Plasmid-DNA wurde
weiter durch Auftrennung auf einem CsCl-Gradienten gereinigt. Diese
DNA wurde als Templat für
die PCR verwendet.
-
2. Genomische Chrysanthemum-DNA
-
Zur Isolierung von Gesamt-DNA wurden
5 g Chrysanthemum-Blütenblattgewebe
in flüssigem
Stickstoff eingefroren und in einem kalten Mörser mit einem Stempel zu einem
feinen Pulver gemahlen. Das gemahlene Gewebe wurde in 5 ml Phenol
: Chloroform und anschließend
in 5 ml NTMES-Puffer (0,01 M NaCl; 0,1 M Tris pH 8,5; 5 mM MgCl2; 1 mM EDTA; 1% SDS) extrahiert. Die wässrige Phase
wurde erneut mit 5 ml Phenol : Chloroform extrahiert, und die wässrige Phase
wurde nach der Zentrifugation aufgefangen. Die DNA wurde aus dieser
Lösung
nach der Zugabe von 0,5 ml 3 M NaAc, pH 5,8 und zwei Volumen Ethanol
aufgewickelt. Das erhaltene Pellet wurde erneut in 2 ml TE-Puffer
suspendiert, und vor dem Einsatz in der PCR wurde die Konzentration
bestimmt.
-
3. Dianthus-cDNA
-
Gesamt-RNA wurde aus dem Blütenblattgewebe
von D, caryophyllus cv. Laguna, Stufe 3-Blüten isoliert, wieder nach dem
Verfahren von Turpen und Griffith (1986). Poly(A)+-RNA wurde durch Oligotex-dT-30 (Takana,
Japan) nach den Herstellerangaben selektiert und 2 μg wurden
mit SupercriptTM-Reverse-Transkriptase wie
vom Hersteller empfohlen revers transkribiert. Die cDNA wurde in
10 ml TE-Puffer gelöst.
Für PCR-Reaktionen wurden
5 ml als Templat verwendet. Die Bedingungen für die PCR sind unten beschrieben.
-
4. Rosa-cDNA
-
Gesamt-RNA wurde aus den Knospen
der Rosa hybrida cv. Kardinal, Stufe 1 hergestellt. Bei dieser Stufe
waren die Knospen 1,0–1,2
cm hoch und etwa 0,5 cm breit. Sie waren vollständig geschlossen und es wurde
kein Pigment sichtbar, wenn man die Kelchblätter entfernte.
-
Gefrorenes Gewebe (1–3 g) wurde
mit einem Mörser
und Stempel in flüssigem
Stickstoff gemahlen, in 25 ml vorgekühlten Puffer A [0,2 M Borsäure, 10
mM EDTA (Natriumsalz) (pH 7,6)] gegeben und kurz homogenisiert.
Das Extrakt wurde auf einem Rotationsschüttler gemischt, bis es Raumtemperatur
erreichte und ein gleiches Volumen Phenol/Chloroform (1 : 1 v/v), äquilibriert
mit Puffer A, wurde zugegeben. Nach weiteren 10 min Mischen wurde
das RNA-Präparat
bei 10.000 × g
10 min bei 20°C
zentrifugiert. Die obere wässrige Schicht
wurde zurückbehalten
und die Phenolgrenzschicht wie oben neu extrahiert. Die wässrigen
Phasen wurden vereint und auf 0,1 M Natriumacetat (pH 6,0) eingestellt,
2,5 Volumen 95%iges Ethanol wurden zugegeben und das Gemisch über Nacht
bei –20°C gelagert.
-
Das Präparat wurde bei 10.000 × g 10 min
bei 4°C
zentrifugiert, das Pellet sanft in 20 ml Puffer B [25 mM Borsäure, 1,25
mM EDTA (Natriumsalz), 0,1 M NaCl (pH 7,6)] gelöst und 0,4 Volumen 2-Butoxyethanol (2BE)
wurden zugegeben. Diese Lösung
wurde 30 min auf Eis inkubiert. Dann wurde sie bei 10.000 × g 10 min bei
0°C zentrifugiert
und der Überstand
wurde vorsichtig aufgefangen. Nach der Zugabe von 1,0 Volumen 2BE und
der Inkubation auf Eis für
weitere 30 min wurde der Überstand
wieder bei 10.000 × g
10 min bei 0°C
zentrifugiert. Das erhaltene Pellet wurde sanft mit Puffer A : 2BE
(1 : 1 v/v), dann mit 70% (v/v) Ethanol, 0,1 M Kaliumacetat und
schließlich
mit 95%igem Ethanol gewaschen. Das Pellet wurde an der Luft getrocknet
und in 1 ml mit Diethylpyrocarbonat (DEPC) behandeltem Wasser gelöst. Dieses
wurde auf 3 M Lithiumchlorid eingestellt, 60 min auf Eis gelassen
und bei 10.000 × g
10 min bei 0°C
zentrifugiert. Das Pellet wurde zweimal mit 3 M LiCl und dann mit
70%-igem Ethanol, 0,1 M Kaliumacetat gewaschen. Das erhaltene RNA-Pellet
wurde in 400 ml mit DEPC behandeltem Wasser gelöst und mit einem gleichen Volumen
Phenol/Chloroform extrahiert. Das RNA-Gemisch wurde dann bei 10.000 × g 5 min
bei 20°C
zentrifugiert, die wässrige
Phase wurde aufgefangen und auf 0,1 M Natriumacetat gebracht und
ein weiteres 2,5-faches Volumen an 95%-igem Ethanol wurde zugegeben.
Nach 30 min Inkubation auf Eis wurde das Gemisch bei 13.000 Upm
(5.000 × g)
20 min bei 20°C
zentrifugiert und das RNA-Pellet
wurde wieder sanft in 400 ml mit DEPC behandeltem Wasser suspendiert.
-
Poly(A)+-RNA
wurde aus der Gesamt-RNA durch Oligotex-dT-30 (Takana, Japan) nach
dem Protokoll des Herstellers selektiert.
-
Doppelsträngige cDNA wurde aus 2 mg Poly(A)+-RNA synthetisiert, wobei das gleiche Verfahren
wie oben zur Herstellung der Petunia-cDNA-Bank Nr.2 beschrieben
verwendet wurde. Die cDNA wurde in 10 ml TE-Puffer gelöst.
-
Synthese der Oligonukleotide
-
Oligonukleotide und Primer wurden
auf einem Applied Biosystems PCR-Mate-DNA-Synthetisierer nach den vom Hersteller
empfohlenen Verfahren synthetisiert. Die synthetisierten Oligonukleotide
und Primer, 5'-3', waren wie folgt:
Die Grundlage für das Entwerten
von Oligo 5 war wie folgt: Aminosäuresequenzen aus der putativen
Häm-Bindungsdomäne eines
Avocado-Cytochrom P450 (Bozal et al., 1990) und die korrespondierenden,
von den zwei Petunia-Cytochrom P450-Homologen, pCGP142 und pCGP147,
kodierten Sequenzen wurden aligned:
Die Konsensus-Aminosäurensequenz
in der Häm-Bindungsregion
von Cytochrom P450 der drei Pflanzen kann daher wie folgt gesehen
werden:
P F G A(S) G R(K) R I(G) C P G
-
Mögliche
Permutationen der Nukleotidsequenz, die für die Aminosäuren in
der Häm-Bindungsdomäne der drei
Cytochrom P450-Moleküle
kodieren könnten,
lassen sich wie folgt ableiten:
-
X steht für Nukleotidpositionen, in denen
alle vier Nukleotide (A, C, G und T) verwendet werden können. Oligo
5 wurde entworfen, um eine Untergruppe der von den drei Pflanzencytochromen-P450
abstammenden Konsensus-Sequenz zu ergänzen. Desoxyinosin (1) wurde
hauptsächlich
verwendet, wenn die Basendegenerierung größer als drei war. Die erhaltene
Oligonukleotidsequenz ist oben gezeigt.
-
Polymerase-Kettenreaktionen
-
1. Amplifikation der klonierten
Cytochrom P450-Sequenzen
-
Zur Amplifikation der klonierten
Petunia-Cytochrom P450-Sequenzen enthielten PCR-Mischungen 100 ng Plasmidtemplat, 10
mM Tns-HCl (pH 8,3), 50 mM KCl, 1,25 mM MgCl2,
0,2 mM jedes dNTPs, 1,0 Oligo 1 μM
jedes Primers und 0,5 Einheiten AmpliTaq-DNA-Polymerase (Cetus). Die Reaktionsmischungen
(100 μl) wurden
30 Zyklen unterworfen, und zwar jeweils 1 min bei 95°C, 1 min
bei 42°C
und 2 min bei 72°C.
-
2. Amplifikation der mit
Petunia-3'-Hydroxylase verwandten Dianthus-Sequenzen
-
Die PCR-Mischungen enthielten 100
ng cDNA-Templat, 10 mM Tris-HCl (pH 8,3), 50 mM KCl, 1,5 mM MgCl2, 0,001% (w/v) Gelatine, 0,2 mM jedes dNTPs,
1,0 μM jedes
Primers und 5 Einheiten AmpliTaq-DNA-Polymerase (Cetus). Die Reaktionsmischungen
(100 ml) wurden zunächst
Zyklen aus 3 min bei 95°C,
1 min bei 55°C
und 1 min bei 72°C
und dann weiteren 39 Zyklen von jeweils 1 min bei 95°C, 55°C und 72°C unterworfen. Die
amplifizierten Produkte wurden in einem Gel aus niederschmelzender
Seaplaque-Agarose
(FMC) gereinigt. Das Gemisch wurde erwärmt, bis die Agarose geschmolzen
war, und dann mit TE-gesättigtem
Phenol extrahiert. Die wässrige
Phase wurde dann mit Phenol/Chloroform extrahiert und die amplifizierten
Produkte mit Ethanol präzipitiert.
Nach der Gelreinigung wurden die amplifizierten Produkte direkt
in den ddT-maß-geschneiderten pBluescript-Vektor
kloniert, wie von Holton und Graham (1991) beschrieben.
-
3. Amplifikation von mit
Petunia-3'-Hydroxylase verwandten Chrysanthemum-Sequenzen
-
Chrysanthemum-Reaktionsmischungen
enthielten 200 ng genomisches DNA-Templat, 10 mM Tris-HCl (pH 8,3),
50 mM KCl, 2,5 mM MgCl2, 0,001% (w/v) Gelatine,
0,2 mM jedes dNTPs, 1,0 μM
jedes Primers und 5 Einheiten AmpliTaq-DNA-Polymerase (Cetus). Reaktionsvolumen
von 50 ml wurden 35 Zyklen von jeweils 90 s bei 95°C, 55°C und 72°C unterworfen.
Die amplifizierten Produkte wurden auf einem Gel mit Geneclean (Bio
101 Inc.) gereinigt und direkt in den ddT-maßgeschneiderten pBluescript-Vektor,
wie von Holton und Graham (1991) beschrieben, kloniert.
-
4. Amplifikation von mit
Petunia-3'-Hydroxylase verwandten Rosa-Sequenzen
-
Rosa-Reaktionsmischungen enthielten
1 μl einer
10-fach-Verdünnung
einer wie oben beschrieben hergestellten ds cDNA, 10 mM Tris-HCl
(pH 8,3), 50 mM KCl, 2,5 mM MgCl2, 0,001%
(w/v) Gelatine, 0,2 mM jedes dNTPs, 1,0 μM jedes Primers und 5 Einheiten
AmpliTaq-DNA-Polymerase (Cetus). Reaktionsvolumen von 50 ml wurden
30 Zyklen mit jeweils 1 min bei 95°C, 1 min bei 55°C und 3 min
bei 72°C
umgesetzt. Amplifizierten Produkte wurden auf einem Gel mit Geneclean
(Bio 101 Inc.) gereinigt und direkt in den ddT-maßgeschneiderten
pBluescript-Vektor, wie von Holton und Graham (1991) beschrieben,
kloniert.
-
Screening von cDNA-Banken
-
Plaque-Abzüge der cDNA-Bank Nr.2 wurde
im Doppel hybridisiert und wie folgt gewaschen: hochstringente Bedingungen
(Hybridisierung: 50% (v/v) Formamid, 6 × SSC, 1% (w/v) SDS 16 h bei
42°C und
Waschungen: 2 × SSC,
1% SDS, 2 × 15
min bei 65°C
und anschließend
0,2 × SSC,
1% SDS, 2 × 15
min bei 65°C) wurde
verwendet, um Abkömmlingskolonien
nachzuweisen und gering stringente Bedingungen (Hybridisierung:
20% Formamid, 6 × SSC,
1% SDS, 16 h bei 42°C
und Waschungen: 6 × SSC,
1% SDS, 1 h bei 65°C) wurden
verwendet, um verwandte Sequenzen nachzuweisen.
-
Abzüge der cDNA-Bank Nr.3 wurden
wie folgt hybridisiert und gewaschen: für das primäre Screening mit dem Petunia-3'-Hydoxylase-cDNA-EcoRI-Xhol-Insert
aus pCGP619 (siehe 6)
waren die Hybridisierungsbedingungen: 20% (v/v) Formamid, 1 M NaCl,
10% (w/v) Dextransulfat, 16 h bei 37°C, und die Waschbedingungen
waren: 0,1 × SSC,
1% (w/v) SDS bei Raumtemperatur. Für das sekundäre Screening
mit dem EcoRI-Xhol-Insert aus pCGP854 wurden die gleichen Bedingungen
verwendet, außer
dass die Hybridisierungsreaktion 16 h bei 42°C erfolgte.
-
32P-Markierung
DNA-Sonden
-
DNA-Fragmente (50 bis 100 ng) wurden
radioaktiv mit 50 μCi
[α-32P]-dCTP mit Hilfe eines Oligolabelling-Kits
(Bresatec) markiert. Nicht eingebautes [α-32P]-dCTP
wurde mittels Chromatographie auf einer Sephadex-G-50 (Fine) Säule entfernt.
-
DNA-Sequenzanalyse
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Die DNA-Sequenzierung erfolgte im
Wesentlichennach dem Verfahren von Sanger et al. (1977) mit Hilfe
des Sequenase-Enzyms (USB, Version 2.1). Die vollständige Sequenz
der Klone pCGP602 und pCGP619 wurde durch Zusammentragen der Sequenz
aus verschiedenen M13-mp18 und -mp19- (Norrander et al., 1983; Yanisch-Perron,
1985) Subklonen, die durch übliche
Klonierungsverfahren gewonnen wurden (Sambrook et al., 1989) bestimmt.
Für mache
Bereiche war es erforderlich spezifische Oligonukleotid-Primer zu synthetisieren,
um überlappende
Sequenzdaten zu erhalten, einschließlich der Primer –40, 190
191 und poly-T.
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Eine Restriktionskarte von pCGP619
mit den Positionen mehrerer dieser Sequenzen ist in 6 gezeigt.
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Homologierecherchen gegen Genbank,
SWISS-PROT und die EMBL-Datenbanken wurden mit den FASTA- und TFASTA-Programmen
(Pearson und Lipman, 1988) durchgeführt.
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3'-Hydroxylase-Assay
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Die 3'-Hydroxylase-Enzymaktivität wurde
mit einer abgewandelten Version des von Stotz und Forkmann (1982)
beschriebenen Verfahrens gemessen. Die Assay-Reaktionsmischung enthielt üblicherweise
100 μl Hefeextrakt,
5 μl 50
mM NADPH in Assay-Puffer (100 mM Kaliumphosphat (pH 8,0), 1 mM EDTA
und 20 mM 2-Mercaptoethanol) und 10 μCi [3H]-Naringenin
und wurde mit Assay-Puffer auf ein Endvolumen von 210 μl gebracht.
Nach der Inkubation für
2 bis 16 h bei 23°C
wurde die Reaktionsmischung mit 0,5 ml Ethylacetat extrahiert. Die
Ethylacetatphase wurde unter Vakuum getrocknet und dann wieder in
10 μl Ethylacetat
suspendiert. Die titrierten Flavonoidmoleküle wurden auf dünnschichtigen
Zelluloseplatten (Merck Artikel 5577, Deutschland) mit einem Chloroform
: Essigsäure
: Wasser- (10 : 9 : 1 v/v) Lösungsmittelsystem
aufgetrennt. Nach der Abschluss der Chromatographie wurden die TLC-Platten
mit 7% 2,5-Diephenyloxazol in Diethylether besprüht. Die Reaktionsprodukte wurden
durch Autoradiographie lokalisiert und durch Vergleich mit nicht-radioaktiven
Naringenin- und Eriodictyol-Eichproben, welche man neben den Reaktionsprodukten
laufen ließ und
unter UV-Licht sichtbar machte, identifiziert.
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Konstruktion von pCGP621
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Ein 1,8-kb-EcoRI-Xhol-Fragment, welches
das gesamte cDNA-Insert von pCGP619 enthielt, wurde mit einem 8-kb-EcoRI-SaII-Fragment
aus pYHCC101 (Tanaka et al., 1988) ligiert. Das erhaltene Plasmid, pCGP621,
enthielt das pCGP919-cDNA-Fragment, ligiert in sense-Orientiening
hinter dem Hefe-Glyeraldehyd-3-phosphatdehydrogenase-Promotor.
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Hefetransformation
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Der Hefestamm G-1315 (Mat α, trpl) (Ashikari
et al., 1989) wurde gemäß Ito et
al. (1983) mit pCGP621 transformiert. Die Transformanten wurden
durch ihre Fähigkeit
G-1315 wieder in die Tryptophan-Prototrophie zu bringen, selektiert.
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Herstellung von Hefeextrakten
zur Untersuchung der 3'-Hydroxylase-Aktivität
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Ein einzelnes Isolat aus G-1315/pCGP621
wurde verwendet, um 20 ml YNBC [1,2% (w/v) Hefe-Stickstoff-Base
ohne Aminosäuren
(Difco), 2% (w/v) Glucose und 0,3% (w/v) Gasaminosäure (Difco)]
zu beimpfen, die anschließend
2 Tage bei 30°C
inkubiert wurden. Zellen wurden durch Zentrifugation gewonnen, einmal
mit TE-Puffer gewaschen, einmal mit Puffer A [10 mM Tris-HCl (pH
7,5), 0,65 M Sorbitol, 0,1 mM DTT, 0,1 mM EDTA] gewaschen und dann
in Puffer B [10 mM Tris-HCl, (pH 7,5), 1,2 M Sorbitol, 0,1 mM DTT,
0,1 mM EDTA], enthaltend Zymolyase (0,1 mg/ml) (Seikagakukogyo,
Japan), neu suspendiert. Nach der Inkubation für 1 h bei 30°C wurden
die Zellen durch Zentrifugation pelletiert und wieder in 400 μl Puffer
A suspendiert. Die Zellsuspension wurde dann mit Glaskügelchen
(Durchmesser = 0,4 mm) 2 min gevortexed und eine 100-μl-Probe wurde
auf die Aktivität
untersucht.
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Konstruktion von pCGP293
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Der binäre Expressionsvektor pCGP293
stammte von dem binären
Ti-Vektor pCGN1559 ab (McBride und Summerfelt, 1990). Das Plamid
pCGN1559 wurde mit KpnI verdaut und die überhängenden 3'-Enden wurden mit
T4-DNA-Polymerase gemäß üblichen
Protokollen (Sambrook et al., 1989) entfernt. Der Vektor wurde dann
weiter mit Xbal verdaut und der erhaltene 5'-Überhang wurde mit dem Klenow-Fragment
der DNA-Polymerase
1 repariert. Der Vektor wurde dann wieder ligiert, wobei man pCGP67
erhielt. Ein 1,97-kb-PstI-Fragment, welches den Mac-Promotor, den
mas-Terminator und verschiedene Klonierungsstellen (Comai et al., 1990)
enthielt, wurde aus pCGP40 isoliert und in die PstI-Stelle von pCGP67
eingefügt,
wobei pCGP293 entstand.
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Das Plasmid pCGP40 wurde konstruiert,
indem man das GUS-Gen (Jefferson et al., 1987) als ein BamHI-SacI-Fragment
aus pCGN7334 entfernte und es mit dem BamHI-SacI-Fragment aus pBluescribe M13– ersetzte,
welches die Multicloning site enthielt. Das Plasmid pCGN7334 (erhalten
von Calgene Inc., CA, USA) wurde durch Einführen des Fragments mit der
Mac-GUS-mas-Gen-Fusion in die Xhol-Stelle von pCGN7329 (Comai et
al., 1990) hergestellt.
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Konstruktion von pCGP809
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Das Plasmid pCGP809 wurde durch Klonieren
des cDNA-Inserts aus pCGP619 in sense-Orientierung hinter den Mac-Promotor
(Comai et al., 1990) von pCGP293 hergestellt. Das 1,8-kb-BamHI-KpnI-Fragment, welches
das cDNA-Insert enthielt, wurde aus pCGP619 isoliert und mit einem
BamHI-KpnI-Verdau von pCGP293 ligiert. Das richtige Einfügen des
Inserts in pCGP809 wurde durch Restriktionsanalyse der aus Gentamycin-resistenten
Transformanten isolierter DNA erreicht.
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Petunia-Transformation
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a. Pflanzenmaterial
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Petunia hybrida (Skr4 × Sw63)-Samen
wurden 10 min in 1,25% (w/v) Natriumhypochlorit sterilisiert und
dreimal mit sterilem Wasser gespült.
Sterilisierte Samen wurden in 100 mg/l Gibberellinsäure- (GA3) Lösung
16 bis 20 h eingeweicht. Man ließ sie dann 2 Wochen auf 10%
(w/v) MS- (Murashige und Skoog, 1962) Medium, welches mit 1% (v/v)
Sucrose und 0,8% (w/v) Difco-Bacto-Agar angereichert war, keimen.
Junge Keimlinge wurden für
3 Wochen auf MS-Medium, welches mit 3% (w/v) Sucrose angereichert
war, übertragen, bevor
sie in Jiffy-Peat-Pellets (Jiffy Products Ltd., Norwegen) gesetzt
wurden, welche 2 bis 3 Wochen unter Nebel und Beleuchtung (135 μE. Quecksilberhalogenlicht,
22°C) gehalten
wurden. Die jungen Pflanzen wurden dann in einem Wachstumsschrank überführt (68 μE. kaltes
weiße
Fluoreszenzlicht, 25°C).
Zur Cokultivierung wurden junge Blätter geerntet und 2 min in
1,3% (w/v) Natriumhypochlorit sterilisiert und anschließend dreimal
mit sterilem Wasser gespült.
Das Blattgewebe wurde dann in 25-mm2-Vierecke
geschnitten und 24 h auf MS-Medium, angereichert mit 0,05 mg/l Kinetin
und 1,0 mg/l 2,4-Dichlorphenoxyessigsäure (2,4-D), vorkultiviert.
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b. Cokultivierung von Agrobacterium-
und Petunia-Gewebe
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Der Agrobacterium tumefaciens-Stamm
AGLO (Lazo et al., 1991), der den binären Vektor pCGP809 enthielt,
wurde bei 4°C
auf MG/L- (Garfinkel und Nester, 1980) Agarplatten mit 100 mg/l
Gentamycin gehalten. Eine einzige Kolonie wurde über Nacht in Flüssigmedium,
welches 1% (w/v) Bacto-Pepton, 0,5% (w/v) Bacto-Hefeextrakt und
1% (w/v) NaCl enthielt, aufgezogen. Eine Endkonzentration von 5 × 108 Zellen/ml wurde am nächsten Tag durch Verdünnen in
flüssigem
MS-Medium, welches 3% (w/v) Sucrose (BPM) enthielt, hergestellt.
Die Blattscheiben wurden 5 min in BPM, welches AGLO/pCGP809 enthielt,
eingetaucht. Die Blattscheiben wurden dann trockengetupft und 4
Tage auf Cokultivierungsmedium gelegt. Das Cokultivierungsmedium
bestand aus SH-Medium
(Schenk und Hilderbrandt, 1972), welches mit 0,05 mg/l Kinetin und
1,0 mg/l 2,4-D angereichert war, und enthielt eine über das
Cokultivierungsmedium ausgebreitete Versorgungsschicht aus Tabakzellsuspension
mit einem oben auf die Tabakzellsuspension aufgelegtem Filterpapier.
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c. Gewinnung der transgenen
Petunia-Pflanzen
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Nach der Cokultivierung wurden die
Blattscheiben in Selektionsmedium, welches aus frischem, mit 3% (w/v)
Sucrose, 2 mg/l a-Benzylaminopurin (BAP), 100 mg/l Kanamycin, 350
mg/l Cefotaxin, 0,3% (w/v) Gelrite-Gellan-Gummi (Schweizerhall)
angereichertem MS-Medium bestand, übertragen. Nach 3 Wochen wurden die
regenerierenden Explantate in frisches Medium übertragen. Vereinzelte Triebe,
die die Kanamycinselektion überlebten,
wurden isoliert und auf BPM, welches 100 mg/l Kanamycin und 350
mg/l Cefotaxin zur Wurzelinduktion enthielt, übertragen. Alle Kulturen wurden
für eine
16-stündige
Photoperiode (60 μE.
kaltes weißes
fluoreszierendes Licht) bei 23 ± 2°C gehalten. Sobald die Wurzeln
eine Länge
von 2–3
cm erreichten, wurden die transgenen Petunia-Pflänzchen in autoklaviertes Debco-51410/2-Substrat
in 8-cm-Röhrchen gesetzt.
Nach 4 Wochen wurden die Pflanzen in 15-cm-Töpfe umgetopft, wobei das gleiche
Substart verwendet wurde und sie wurden bei 23°C unter einer 14-stündigen Photoperiode
(300 μE.
Quecksilberhalogenlicht) gehalten.
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2. Ergebnisse
-
Isolierung von Cytochrom
P450-Homologen aus der cDNA-Bank Nr.1
-
Die Isolierung von fünf Petunia-cDNA-Klonen
mit ähnlichen
Sequenzbereichen zu dem Cytochrom P450-Enzym wurde zuvor beschrieben
(Intemationale Patentanmeldung Nr. PCT/AU92/00334). Teilsequenzen
dieser Klone, die als pCGP142, pCGP147, pCGP158, pCGP160 und pCGP454
bezeichnet werden, sind in 2 gezeigt.
Eine Mischsonde aus 32P-markierten DNA-Fragmenten,
welche die kodierenden Bereiche dieser fünf Cytochrom P450-Homologe
enthielt (siehe 2A und B) wurde zum Screenen von 50.000 Rekombinanten
der cDNA-Bank Nr.1 nach verwandten Sequenzen verwendet. Insgesamt
152 hybridisierende Klone wurden unter niederstringenten Hybridisierungs- und Waschbedingungen
nachgewiesen. Weitere 13 verschiedene Cytochrom P450-Homologe wurden durch
Sequenzanalyse der aus den hybridisierenden Klonen isolierten DNA
identifiziert.
-
Einer dieser Klone, der als pCGP174
bezeichnet wird, entspricht, wie man zeigen konnte, der HfI-Stelle
von Petunia (siehe die internationale Patentanmeldung Nr. PCT/AU92/00334).
Die Nukleotidsequenz einer Full-length-Version dieses Klons, pCGP602,
isoliert aus der cDNA-Bank Nr.2, ist in 3 gezeigt.
10 der weiteren 13 bei dem Screening isolierten Cytochrom P450-Homologe,
pCGP161, pCGP162, pCGP163, pCGP165, pCGP166, pCGP167, pCGP168, pCGP169,
pCGP171 und pCGP173, wurden als MischSonden zum Screenen der cDNA-Bank
Nr.2 nach weiteren Cytochrom P450-Homologen verwendet (siehe nächster Abschnitt).
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Isolierung des Cytochrom
P450-Homologen pCGP690 aus Petunia
-
Eine Mischsonde aus 32P-markierten
cDNA-Inserts von pCGP161, pCGP162, pCGP163, pCGP165, pCGP166, pCGP167,
pCGP168, pCGP169, pCGP171 und pCGP173 (4)
wurde verwendet, um 1,5 × 105 Rekombinanten der cDNA-Bank Nr.2 zu screenen.
Bei wenigstringenter Hybridisierung und Waschen in 2 × SSC und
1% SDS bei 65°C
wurden über
200 hybridisierende Klone nachgewiesen. 25 dieser Klone hybridisierten
an Sonden, die interne HincII-EcoRV- und EcoRV-HindIII-Fragmente
von pCGP602 enthielten (3), und zwar
unter niedrigstringenten Bedingungen, nicht jedoch unter hochstringenten
Bedingungen. Die Sequenzanalyse dieser Gruppe von Klonen zeigte,
dass 17 davon Abkömmlinge
von pCGP602 waren (zuvor wurde gezeigt, dass dies dem Hf1-Stelle
von Petunia entspricht – internationale
Patentanmeldung Nr. PCT/AU92/ 00334) und sechs Abkömmlinge
eines weiteren Petunia-cDNA-Klons waren, der von dem Hf2-Stelle
kodiert wird (Internationale Patentanmeldung Nr. PCT/AU92/00334).
Ein Klon zeigte keine Sequenzhomologie zur Cytochromen P450 und
einer, der als pCGP619 bezeichnet wurde, zeigte 57% bzw. 39% Sequenzhomologie
zu pCGP602 auf Nukleotid- und Aminosäureebene. Die vollständige Nukleotidsequenz und
abgeleitete Aminosäuresequenz
der pCGP619-cDNA ist in 5 gezeigt
und die Restriktionskarte, welche die Sequenzierungsstrategie zeigt,
ist in 6 dargestellt.
-
Expression von pCGP619-cDNA
in Hefe
-
Das cDNA-Insert von pCGP619 wurde
in sense -Orientierung hinter den Glyceraldehyd-3-Phosphat-dehydrogenase-Promotor in
dem Hefevektor pYHCC101 ligiert. Das erhaltene Konstrukt, das als pCGP621
bezeichnet wurde, wurde dann in den Hefestamm G-1315 transformiert (Ashikari et al.,
1989). Die 3'-Hydroxylase-Aktivität wurde in Extrakten aus G-1315/
pCGP621 nachgewiesen, nicht jedoch in Extrakten aus nichttransgener
Hefe (7). Daraus lässt sich
schließen,
dass das cDNA-Insert aus pCGP619 für eine 3'-Hydroxylase kodiert.
-
Expression einer 3'-Hydroxylase-cDNA
in Petunia
-
Das als pCGP809 bezeichnete binäre Plasmidkonstrukt
wurde mit Hilfe eines Agrobacterium-vermitteltem Gentransfers in
das F1-Petunia-Hybrid Skr4 × Sw63 eingeführt. Blätterscheiben
aus Skr4 × Sw63
wurden mit AGL0/ pCGP809 cokultiviert und die Integration des pCGP619-cDNA-Inserts
in das Skr4 × Sw63-Genom
wurde durch Southern-Analyse von Pflanzen bestätigt, die nach der Kanamycin-Selektion
gewonnen wurden.
-
Die Expression der eingeführten 3'-Hydroxylase-cDNA
in das Skr4 × Sw63-Hybrid
hatte eine sichtbare Wirkung auf die Blütenfarbe. In Teilen der Blütenblätter des
Skr4 × Sw63 änderte sich
die Farbe von hellrosa zu rot. Die beobachtete Farbveränderung
lässt sich
mit Hilfe der Zahlen der Royal Horticultural Society's Colour Chart
als eine Verschiebung von 55D-56C/D nach 54A-55A beschreiben. Andere
biochemische und physiologische Bedingungen werden das jeweilige
Ergebnis beeinflussen und die Nennung einer spezifischen Farbveränderung,
die durch die Expression der 3'-Hydroxylase-cDNA in transgenen Pflanzen
erreicht wird, ist nicht dahingehend zu verstehen, dass sie die
möglich
Bandbreite der Farbveränderungen,
die beobachtet werden können,
beschränkt.
-
Erzeugung von Mutanten und
Derivaten von Flavonoid-3'-Hydroxylase
-
Mit üblichen hier zuvor beschriebenen
Mutationsverfahren lässt
sich eine Reihe Mutanten, Derivaten und Teilen von Flavonoid-3'-Hydroxylase
gewinnen, welche erfindungsgemäß geeignet
sind. Für
spezifische Beschreibungen und Protokolle solcher Mutationsverfahren
wird praktischerweise auf Sambrook et al. (1989) Bezug genommen.
-
Beispiele von Mutanten, Derivaten
und Teilen von 3'-Hydroxylase, welche isolierbar sind und hierin
betrachtet werden, umfassen folgende:
-
Nachweis verwandter Sequenzen
in anderen Pflanzensorten neben Petunia
-
Mit üblichen Southern-Analysetechniken
wurde ein „Gärtnerei-Blot"
aus DNA hergestellt, die aus einer Vielfalt Pflanzensorten, einschließlich Apfel,
Gartennelke, Kornblume, Purpur-Trichterwinde und Rose ausgewählt war,
um nach genetischen Sequenzen zu screenen, die mit der Petunia-3'-Hydroxylase
verwandt sind. Die Ergebnisse zeigen deutlich das Vorliegen verwandter
genetischer Sequenzen in allen untersuchten Pflanzen. Der Gärtnerei-Blot
umfasste die Bahnen 1 bis 5, welche etwa 10 mg DNA von jeder der
oben genannten Sorten enthielt. Die verwendete DNA-Sonde war ein
HindIII-EcoRV-Fragment
aus pCGP619. Southern-Analysen wurde mit einer Reihe Stringenzbedingungen
durchgeführt.
Geeignete Stringenzbedingungen, die das Vorliegen einer Anzahl ähnlicher
Sequenzen in jeder Sorte zeigten, waren die Inkubation über Nacht
in 50% Formamid, 1 M NaCl, 1% SDS, 10% Dextransulfat bei 42°C und anschließend 3 × 30 Minuten
Waschen in 2 × SSC,
1% SDS bei 60°C.
-
Isolierung von zu Cytochrom
P450 homologen PCR-Produkten aus Rosa
-
Doppelsträngige Rosenblütenblatt-cDNA,
synthetisiert wie in Material und Methoden beschrieben, wurde als
Templat zur Amplifizierung von Sequenzen verwendet, die mit der
Petunia-3'-Hydroxylase verwandt sind, wobei die Oligonukleotide
7 und 190 verwendet wurden. Ein PCR-Produkt aus etwa 400 bp wurde
in pBluescript ligiert und eines der gewonnenen Plasmide wurde als
pCGP635 bezeichnet. Die Nukleotidsequenz und abgeleitete Aminosäuresequenz
des pCGP635-Inserts sind in 8 gezeigt.
Dieses Insert zeigt eine 60%ige Ähnlichkeit
auf Nukleotidebene zu der Petunia-pCGP619-cDNA.
-
Isolierung von zu Cytochrom
P450 homologen PCR-Produkten aus Dianthus
-
Einzelsträngige Gartennelkenblütenblatt-cDNA,
synthetisiert wie beschrieben in Material und Methoden, wurde als
Templat zur Amplifizierung von mit Petunia-3'-Hydroxylase verwandten
Sequenzen verwendet, wobei die Oligonukleotide 7 und 190 eingesetzt
wurden. Ein PCR-Produkt mit etwa 400 bp wurde in pBluescript ligiert.
Die Sequenzanalyse der rekombinanten Plasmide zeigte, dass zwei
verschiedene Cytochrom P450-Homologe
amplifiziert und kloniert wurden. Die repräsentativen Klone dieser zwei
Moleküle
wurden als pCGP772 und pCGP773 bezeichnet. Die Nukleotidsequenz
und abgeleitete Aminosäuresequenz
für die
Inserts sind jeweils in
9 und
10 gezeigt. Ein Vergleich der abgeleiteten
Aminosäurensequenzen
mit denen anderer Cytochrome P450 ergab folgende Ergebnisse:
-
Isolierung eines zu Cytochrom
P450 homologen PCR-Produkts aus Chrysanthemum
-
Genomische Chrysanthemum-DNA, isoliert
wie in Material und Methoden beschrieben, wurde als Templat zur
Amplifizierung von mit Petunia-3'-Hydroxylase verwandten Sequenzen
verwendet, wobei die Oligonukleotide 7 und 190 eingesetzt wurden.
Ein PCR-Produkt von etwa 400 bp wurde in das ddT-maßgeschneiderte
pBluescript ligiert und eines der gewonnenen rekombinanten Plasmide
wurde als pCGP854 bezeichnet. Die Nukleotidsequenz und die abgeleitete
Aminosäuresequenz
von 120 dieser Basenpaare sind in 11 gezeigt.
Diese Sequenz wurde mit der des Petunia-cDNA-Klons pCGP619 verglichen, wie in 5 gezeigt, und zeigte 73% bzw. 65% Ähnlichkeit
auf DNA- und Aminosäureebene
zu dem Sequenzstück
zwischen Position 971 und 1091.
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Isolierung eines Chrysanthemum-Blütenblatt-cDNA-Klons
mit Sequenzähnlichkeit
zu der Petunia-3'-Hydroxylase
-
Das cDNA-Insert aus pCGP619 wurden
zum Screenen der cDNA-Bank Nr.3 nach verwandten Sequenzen verwendet.
Es wurden die in Material und Methoden beschrie benen Hydridisierungs-
und Waschbedingungen verwendet und 64 hybridisierende Klone wurden
nachgewiesen. 12 dieser Klone hybridisierten auch mit dem Insert
aus pCGP854. Die Sequenzanalyse eines putativen full-length-Klons,
der sowohl an die pCGP619- als auch die pCGP854-Sonde hybridisierte,
zeigte, dass er eine identische Sequenz zu der in 11 gezeigten PCR-Produktsequenz umfasste
und daher für
eine putative Chrysanthemum3'-Hydroxylase kodiert.
-
Expression eines Chrysanthemum-Blütenblatt-cDNA-Klons
in Hefe
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Der Blütenblatt-cDNA-Klon kann in
sense-Orientierung hinter dem Glyeraldehyd-3-phosphatdehydrogenase-Promotor in den
Hefevektor pYHCC101 ligiert werden. Das erhaltene Produkt wird dann
in den Hefestamm G-1315 transformiert (Ashikari et al., 1989). Die
Aktivität
der 3'-Hydroxylase kann in Extrakten von G-1315 plus Konstrukt,
nicht jedoch in Extrakten nicht-transgener Hefe nachgewiesen werden.
Aus diesem Ergebnis lässt
sich schließen,
dass das cDNA-Insert für
eine 3'-Hydroxylase kodiert.
-
Der Fachmann wird erkennen, dass
die hier beschriebene Erfindung auf zahlreiche Arten verändert und
modifiziert werden kann, die hier nicht ausdrücklich beschrieben sind. Es
versteht sich, dass die Erfindung all diese Variationen und Modifikationen
umfasst. Die Erfindung umfasst auch alle Schritte, Merkmale, Zusammensetzungen
und Verbindungen, auf die in dieser Beschreibung Bezug genommen
wird oder die beschrieben sind, einzeln oder gemeinsam, sowie jegliche
und alle Kombinationen aus zwei oder mehreren dieser Schritte oder
Merkmale.
-
Literaturstellen
-
Ashikari, T., Kiuchi-Goto, N., Tanaka,
Y., Shibano, Y., Amachi, T., und Yoshizumi, H. Appl. Microbiol. Biotechnol.
30: 515–520,
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