DE69232699T2 - Über chirale phosphoratome gebundene oligonukleotide - Google Patents

Über chirale phosphoratome gebundene oligonukleotide

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Claims (37)

1. Sequenzspezifisches Oligonukleotid, das mindestes 10 Einheiten aufweist, die miteinander verbunden und komplementär zu mindestens einem Teil einer Sequenz einer Target-RNA oder -DNA sind, wobei mindestens drei der Nukleosid-Einheiten durch entweder im wesentlichen ausschließlich Rp- oder im wesentlichen ausschließlich Sp- Phosphorthioat, -Alkylphosphonat, -Phosphotriester oder -Phosporamidat miteinander verbunden sind, mit der Maßgabe, daß, wenn das Oligonukleotid durch ausschließlich Phosphorthioat-Verknüpfungen miteinander verbunden ist, dann das Oligonukleotid weniger als alle Nukleosid-Einheiten miteinander durch entweder ausschließlich Rp- oder ausschließlich Sp-Verknüpfungen verbunden aufweist.
2. Oligonukleotid nach Anspruch 1, wobei die Phosphat-Verknüpfungen aus der Gruppe, bestehend aus chiralem Sp-Phosphorthioat, chiralem Rp- Phosphorthioat, chiralem Sp-Alkylphosphonat, chiralem Rp- Alkylphosphonat, chiralem Sp-Phosphoamidat, chiralem Rp- Phosphoamidat, chiralem Sp-Phosphotriester und chiralem Rp- Phosphotriester, ausgewählt sind.
3. Oligonukleotid, umfassend mindestens 10 Nukleosid-Einheiten, die miteinander durch Phosphat-Verknüpfungen verbunden sind, wobei: mindestens eine der Nukleosid-Einheiten eine nicht-natürlich vorkommende Nukleosid-Einheit ist, die an der 2'-Position einen Substituenten aufweist, der aus der Gruppe, bestehend aus OH, C&sub1;&submin;&sub1;&sub2; Alkyl, substituiertem C&sub1;&submin;&sub1;&sub2; Alkyl, F, Cl, Br, CN, CF&sub3;, OCF&sub3;, OCN, O-Alkyl, substituiertem O-Alkyl, S-Alkyl, substituiertem S-Alkyl, SOMe, SO&sub2;Me, ONO&sub2;, NO&sub2;, N&sub3;, NH&sub2;, NH-Alkyl, substituiertem NH-Alkyl, OCH&sub2;CH=CH&sub2;, OCH=CH&sub2;, OCH&sub2;CCH, OCCH, Aralkyl, Heteroaralkyl, Heterocycloalkyl, Poly-Alkylamino, substituiertem Silyl, einem RNA-spaltenden Rest, einer Gruppe, welche die pharmakodynamischen Eigenschaften eines Oligonukleotids verbessert, oder einer Gruppe, welche die pharmakokinetischen Eigenschaften eines Oligonukleotids verbessert, ausgewählt ist; und
mindestens zwei der Einheiten durch chirale Phosphat-Verknüpfungen verbunden sind.
4. Oligonukleotid nach Anspruch 3, worin die chiralen Phosphat- Verknüpfungen aus der Gruppe, bestehend aus chiralem Sp- Phosphorthioat, chiralem Rp-Phosphorthioat, chiralem Sp- Alkylphosphonat, chiralem Rp-Alkylphosphonat, chiralem Sp- Phosphoamidat, chiralem Rp-Phosphoamidat, chiralem Sp- Phosphotriester und chiralem Rp-Phosphotriester, ausgewählt sind.
5. Oligonukleotid nach Anspruch 3, worin jede der Phosphat- Verknüpfungen eine chirale Phospat-Verknüpfung ist.
6. Oligonukleotid gemäß irgendeinem der Ansprüche 1 bis 5, umfassend eine Vielzahl von Nukleosid-Einheiten, die miteinander durch ausschließlich Sp-Phosphotriester-Verknüpfungen oder ausschließlich Rp-Phosphotriester-Verknüpfungen verbunden sind.
7. Oligonukleotid gemäß irgendeinem der Ansprüche 1 bis 5, umfassend eine Vielzahl von Nukleosid-Einheiten, die miteinander durch ausschließlich Sp-Phosphoramidat-Verknüpfungen oder ausschließlich Rp-Phosphoramidat-Verknüpfungen verbunden sind.
8. Oligonukleotid gemäß irgendeinem der Ansprüche 1 bis 5, umfassend mindestens 10 Nukleosid-Einheiten, die miteinander durch ausschließlich Sp-Alkylphosphonat-Verknüpfungen oder ausschließlich Rp- Alkylphosphonat-Verknüpfungen verbunden sind.
9. Oligonukleotid nach Anspruch 8, wobei die Alkylphosphonat- Verknüpfungen Methylphosphonat-Verknüpfungen sind.
10. Oligonukleotid gemäß irgendeinem der Ansprüche 1 bis 9 für die Verwendung in der Medizin.
11. Verfahren zum Synthetisieren des Oligonukleotids nach Anspruch 1, umfassend die Schritte:
(a) Auswählen eines ersten Synthons mit der Struktur:
(b) Auswählen eines zweiten Synthons mit der Struktur:
(c) Inkontaktbringen des zweiten Synthons mit dem ersten Synthon in der Gegenwart einer Base, um einen nukleophilen Angriff eines 5'- Phosphats des ersten Synthons an einer 3'-Position des zweiten Synthons zu bewirken, unter Erhalten eines neuen ersten Synthons über eine Inversion der Konfiguration an der 3'-Position des zweiten Synthons; und
(d) Behandeln des neuen ersten Synthons mit einem Reagens zur Entfernung der blockierenden Gruppe RF;
wobei:
Q O oder CH&sub2; ist;
RD Methyl, O-Alkyl, S-Alkyl, Amino oder substituiertes Amino ist;
RE O oder S ist;
RF H oder eine labile blockierende Gruppe ist;
RX H, OH oder eine Zucker-derivatisierende Gruppe ist;
BX eine natürlich vorkommende oder synthetische Nukleosidbase oder blockierte Nukleosidbase ist;
L eine Abgangsgruppe ist oder L und BX zusammen ein 2-3'- oder 6-3'- Pyrimidin- oder 8-3'-Purin-Cyclo-Nukleosid sind; und
Y eine stabile blockierende Gruppe, ein Festkörperträger, ein Nukleotid auf einem Festkörperträger oder ein Oligonukleotid auf einem Festkörperträger ist.
12. Verfahren nach Anspruch 11, wobei L aus der Gruppe, bestehend aus Halogen, Alkylsulfonyl, substituiertem Alkylsulfonyl, Arylsulfonyl, substituiertem Arylsulfonyl, Heterocyclosulfonyl und Trichloracetimidat, ausgewählt ist.
13. Verfahren nach Anspruch 11, wobei L aus der Gruppe, bestehend aus Chlor, Fluor, Brom, Iod, p-(2,4-Dinitroanilin)-benzolsulfonyl, Benzolsulfonyl, Methylsulfonyl (Mesylat), p-Methylbenzolsulfonyl (Tosylat), p-Brombenzolsulfonyl, Trifluormethylsulfonyl (Triflat), Trichloracetimidat, Acyloxy, 2,2,2-Trifluorethansulfonyl, Imidazolsulfonyl und 2,4,6-Trichlorphenyl, ausgewählt ist.
14. Verfahren nach Anspruch 11, wobei die Base aus der Gruppe, bestehend aus Natriumhydrid, Methylmagnesiumchlorid, t- Butylmagnesiumchlorid und Methylmagnesiumfluorid, ausgewählt ist.
15. Verfahren nach Anspruch 11, wobei RF eine säurelabile blockierende Gruppe ist.
16. Verfahren nach Anspruch 11, wobei Y eine hydrogenolyseempfindliche blockierende Gruppe ist.
17. Verfahren nach Anspruch 11, wobei RF aus der Gruppe, bestehend aus t-Butyl, Dimethoxytrityl und Tetrahydropyranyl, ausgewählt ist.
18. Verfahren nach Anspruch 11, wobei das neue erste Synthon die Struktur:
aufweist.
19. Verfahren nach Anspruch 11, ferner umfassend das Inkontaktbringen des ersten Synthons mit der Base in einem Lösungsmittel, das aus der Gruppe, bestehend aus Acetonitril, Tetrahydrofuran und Dioxan, ausgewählt ist.
20. Verfahren nach Anspruch 11, wobei das Reagens, das zum Entfernen der blockierenden Gruppe RF verwendet wird, eine Säure ist, die aus der Gruppe, bestehend aus Trichloressigsäure, Essigsäure und Trifluormethansulfonsäure, ausgewählt ist.
21. Verbindung mit der Struktur:
wobei:
Q O oder CH&sub2; ist;
RD O, S, Methyl, O-Alkyl, S-Alkyl, Amino oder substituiertes Amino ist;
RE O oder S ist;
RF H oder eine blockierende Gruppe ist;
RX H, OH oder eine Zucker-derivatisierende Gruppe ist;
BX eine Nukleosidbase oder eine blockierte Nukleosidbase ist; und
L eine Abgangsgruppe ist oder L und BX zusammen ein 2-3'- oder 6-3'- Pyrimidin- oder 8-3'-Purin-Cyclo-Nukleosid sind.
22. Verbindung nach Anspruch 21, wobei L aus der Gruppe, bestehend aus Halogen, Alkylsulfonyl, substituiertem Alkylsulfonyl, Arylsulfonyl, substituiertem Arylsulfonyl, Heterocyclosulfonyl und Trichloracetimidat, ausgewählt ist.
23. Verbindung nach Anspruch 21, wobei L aus der Gruppe, bestehend aus Chlor, Fluor, Brom, Iod, p-(2,4-Dinitroanilin)-benzolsulfonyl, Benzolsulfonyl, Methylsulfonyl (Mesylat), p-Methylbenzolsulfonyl (Tosylat), p-Brombenzolsulfonyl, Trifluormethylsulfonyl (Triflat), Trichloracetimidat, Acyloxy, 2,2,2-Trifluorethansulfonyl, Imidazolsulfonyl und 2,4,6-Trichlorphenyl, ausgewählt ist.
24. Verbindung nach Anspruch 21, wobei RX H, OH, Alkyl, Alkenyl, Alkinyl, substituiertes Alkyl, Alkenyl, Alkinyl, F, Cl, Br, CN, CF&sub3;, OCF&sub3;, OCN, O- Alkyl, O-Alkenyl, O-Alkinyl, substituiertes O-Alkyl, substituiertes O- Alkenyl, substituiertes O-Alkinyl, S-Alkyl, S-Alkenyl, S-Alkinyl, substituiertes S-Alkyl, substituiertes S-Alkenyl, substituiertes S-Alkinyl, SOMe, SO&sub2;Me, ONO&sub2;, NO&sub2;, N&sub3;, NH&sub2;, NH-Alkyl, NH-Alkenyl, NH-Alkinyl, substituiertes NH-Alkyl, substituiertes NH-Alkenyl, substituiertes NH- Alkinyl, OCH&sub2;CH=CH&sub2;, OCH=CH&sub2;, OCH&sub2;CCH, OCCH, Aralkyl, Aralkenyl, Aralkinyl, Heteroaralkyl, Heteroaralkenyl, Heteroaralkinyl, Heterocycloalkyl, Poly(alkylamino), substituiertes Silyl, ein RNA- spaltender Rest, eine Gruppe, welche die pharmakodynamischen Eigenschaften eines Oligonukleotids verbessert, oder eine Gruppe, welche die pharmakokinetischen Eigenschaften eines Oligonukleotids verbessert, ist.
25. Verbindung nach Anspruch 21, wobei RF aus der Gruppe, bestehend aus H, t-Butyl, Dimethoxytrityl und Tetrahydropyranyl, ausgewählt ist.
26. Verbindung nach Anspruch 21, wobei Q O ist.
27. Verbindung nach Anspruch 21 mit Sp-Stereochemie.
28. Verbindung nach Anspruch 21 mit Rp-Stereochemie.
29. Enzymatisches Verfahren zum Synthetisieren des Oligonukleotids nach Anspruch 2, wobei das Oligonukleotid mindestes 10 Nukleosid-Einheiten aufweist, die durch entweder im wesentlichen ausschließlich Sp- oder im wesentlichen ausschließlich Rp-Phosphor-Interzucker-Verknüpfungen miteinander verbunden sind, umfassend die Schritte:
Kombinieren eines Sequenzprimers und eines Templates;
Hinzugeben eines Überschusses aller vier Nukleosid-5'-O-Triphosphate, die einen gewünschten 5'-Phosphat-Rest aufweisen; wobei das Triphosphat eines der im wesentlichen ausschließlich Rp- oder ausschließlich Sp-Triphosphate ist;
Hinzugeben von Polymerase, die wirksam für das Verlängern des Primers ist, um ein Oligonukleotid zu bilden, das komplementär zu dem Templat ist; und
Disassoziieren des entstehenden Oligonukleotids von dem Primer und von dem Templat.
30. Verfahren nach Anspruch 29, wobei mindestens ein Schritt eine Vielzahl von Malen wiederholt wird, die ausreicht, um die Ausbeute des sequenzspezifischen Phosphorthioat-Oligonukleotids zu fördern.
31. Enzymatisches Verfahren zum Synthetisieren des Oligonukleotids nach Anspruch 2, wobei das Oligonukleotid mindestes 10 Nukleosid-Einheiten aufweist, die durch entweder im wesentlichen ausschließlich Sp- Phosphor-Interzucker-Verknüpfungen oder im wesentlichen ausschließlich Rp-Phosphor-Interzucker-Verknüpfungen miteinander verbunden sind, umfassend die Schritte:
Vereinigen eines Sequenzprimers und eines Templates;
Hinzugeben eines Überschusses einer racemischen Mischung aller vier Nukleosid-5'-O-(Triphosphate), die einen gewünschten 5'-Phosphat-Rest aufweisen;
Hinzugeben eines ausgewählten Metallions, das wirksam ist, die bevorzugte Einfügung von entweder Rp- oder Sp-Triphosphaten zu fördern;
Hinzugeben von Polymerase, die wirksam für das Verlängern des Primers ist, um ein Oligonukleotid zu bilden, das komplementär zu dem Templat ist; und
Disassoziieren des entstehenden Oligonukleotids von dem Primer und von dem Templat.
32. Verfahren nach Anspruch 31, wobei das Metallion Magnesium ist.
33. Verfahren nach Anspruch 31, wobei das Metallion Mangan ist.
34. Verfahren nach Anspruch 29 oder Anspruch 31, ferner umfassend die Schritte:
Prähybridisieren des Templats und des Primers durch Erwärmen des Templats und des Primers miteinander; und
Abkühlen der Templat-und-Primer-Mischung vor der Zugabe der Triphosphate.
35. Verfahren nach Anspruch 29 oder Anspruch 31, wobei die Polymerase T7-DNA-Polymerase, modifizierte T7-DNA-Polymerase I, T7-RNA- Polymerase, T4-Bakteriophagen-Polymerase, modifizierte T4-DNA- Polymerase, M. luteus-Polymerase, DNA-poly-Klenow-Fragment- Polymerase, E. coli-RNA-Polymerase oder E. coli-DNA-Polymerase ist.
36. Verfahren nach Anspruch 29 oder Anspruch 31, wobei die Disassozierung von dem Primer mittels Pst-1-Restriktions-Endonuklease, BamH1-Restriktions-Endonuklease, SmaI-Restriktions-Endonuklease oder HinD-III-Restriktions-Endonuklease erreicht wird.
37. Verfahren nach Anspruch 29 oder Anspruch 31, wobei die Disassozierung durch DNAse-I-Verdauung erreicht wird.
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Families Citing this family (44)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5457189A (en) * 1989-12-04 1995-10-10 Isis Pharmaceuticals Antisense oligonucleotide inhibition of papillomavirus
US5965722A (en) * 1991-05-21 1999-10-12 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense inhibition of ras gene with chimeric and alternating oligonucleotides
US5359052A (en) * 1991-08-05 1994-10-25 Polish Academy Of Sciences Chalcophospholanes useful in the synthesis of oligonucleoside phosphorothioates, phosphorodithioates and related selenates
US5646267A (en) * 1991-08-05 1997-07-08 Polish Academy Of Sciences Method of making oligonucleotides and oligonucleotide analogs using phospholanes and enantiomerically resolved phospholane analogues
US6001982A (en) * 1993-07-29 1999-12-14 Isis Pharmaceuticals, Inc. Synthesis of oligonucleotides
US6645943B1 (en) 1994-10-25 2003-11-11 Hybridon, Inc. Method of down-regulating gene expression
WO1996019572A1 (en) * 1994-12-22 1996-06-27 Hybridon, Inc. Synthesis of stereospecific oligonucleotide phosphorothioates
US5962674A (en) * 1995-06-01 1999-10-05 Hybridon, Inc. Synthesis of oligonucleotides containing alkylphosphonate internucleoside linkages
US6531589B1 (en) 1995-06-01 2003-03-11 Hybridon, Inc. Base protecting groups and synthons for oligonucleotide synthesis
US6140482A (en) * 1995-06-01 2000-10-31 Hybridon, Inc. Primary phosphoramidate internucleoside linkages and oligonucleotides containing the same
WO1996039414A1 (en) * 1995-06-01 1996-12-12 Hybridon, Inc. Novel base protecting groups for oligonucleotide synthesis
JPH10510433A (ja) * 1995-06-06 1998-10-13 アイシス・ファーマシューティカルス・インコーポレーテッド 高いキラル純度のホスホロチオエート結合を有するオリゴヌクレオチド
US5739311A (en) * 1995-06-07 1998-04-14 Gen-Probe Incorporated Enzymatic synthesis of phosphorothioate oligonucleotides using restriction endonucleases
KR19990022596A (ko) * 1995-06-07 1999-03-25 다니엘 엘. 캐시앙, 헨리 엘. 노르호프 효소적으로 절단 가능한 주형 및 시발체 기제 올리고뉴클레오티드의 합성
US5932450A (en) * 1995-06-07 1999-08-03 Gen-Probe Incorporated Enzymatic synthesis of oligonucleotides using digestible templates
US5652126A (en) * 1995-06-07 1997-07-29 Gen-Probe Incorporated Use of restriction endonuclease sequences for cleaving phosphorothioate oligonucleotides
US5916777A (en) * 1995-06-07 1999-06-29 Gen-Probe Incorporated Enzymatic synthesis of oligonucleotides using 3'-ribonucleotide primers
WO1999005160A2 (en) * 1997-07-25 1999-02-04 Hybridon, Inc. Oligonuclotides having 3' terminal stereospecific phosphorothioates
US6867289B1 (en) * 1998-10-26 2005-03-15 Board Of Regents, The University Of Texas Systems Thio-modified aptamer synthetic methods and compositions
WO2002092006A2 (en) * 2001-05-16 2002-11-21 Micrologix Biotech, Inc. Nucleic acid-based compounds and methods of use thereof
US20030162190A1 (en) * 2001-11-15 2003-08-28 Gorenstein David G. Phosphoromonothioate and phosphorodithioate oligonucleotide aptamer chip for functional proteomics
CA2502610A1 (en) 2002-10-16 2005-01-13 Board Of Regents Of The University Of Texas System Bead bound combinatorial oligonucleoside phosphorothioate and phosphorodithioate aptamer libraries
US20090186343A1 (en) * 2003-01-28 2009-07-23 Visigen Biotechnologies, Inc. Methods for preparing modified biomolecules, modified biomolecules and methods for using same
EP1635765B1 (de) 2003-05-23 2013-07-17 Board Of Regents, The University Of Texas System Strukturbasiertes und kombinatorisch ausgewähltes oligonucleosid-phosphorothioat und phosphorodithioat aptamer targeting ap-1 transkriptionsfaktoren
US7772390B1 (en) 2006-07-18 2010-08-10 The Regents Of The University Of California Lipid mediated nucleic acid synthesis
ES2911034T3 (es) 2006-08-08 2022-05-17 Univ Bonn Rheinische Friedrich Wilhelms Estructura y uso de oligonucleótidos 5' fosfato
US9738680B2 (en) 2008-05-21 2017-08-22 Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn 5′ triphosphate oligonucleotide with blunt end and uses thereof
CN102282155B (zh) 2008-12-02 2017-06-09 日本波涛生命科学公司 磷原子修饰的核酸的合成方法
US9744183B2 (en) 2009-07-06 2017-08-29 Wave Life Sciences Ltd. Nucleic acid prodrugs and methods of use thereof
US20150025122A1 (en) * 2009-10-12 2015-01-22 Larry J. Smith Methods and Compositions for Modulating Gene Expression Using Oligonucleotide Based Drugs Administered in vivo or in vitro
DK2620428T3 (da) 2010-09-24 2019-07-01 Wave Life Sciences Ltd Asymmetrisk hjælpegruppe
EP2508530A1 (de) 2011-03-28 2012-10-10 Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn Reinigung von triphosphorylierten Oligonucleotiden mit Einfang-Tags
DK2734208T3 (en) 2011-07-19 2017-06-19 Wave Life Sciences Ltd PROCEDURES FOR SYNTHESIS OF FUNCTIONALIZED NUCLEIC ACIDS
JP2013198425A (ja) * 2012-03-24 2013-10-03 Kanagawa Univ オリゴヌクレオチドの製造方法
CN104684923B (zh) 2012-07-13 2018-09-28 株式会社新日本科学 手性核酸佐剂
RU2015104762A (ru) 2012-07-13 2018-08-31 Уэйв Лайф Сайенсес Лтд. Хиральный контроль
EP2872485B1 (de) 2012-07-13 2020-12-16 Wave Life Sciences Ltd. Asymmetrische hilfsgruppe
EP2712870A1 (de) 2012-09-27 2014-04-02 Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn Neuartige RIG-I-Liganden und Herstellungsverfahren dafür
JPWO2015108047A1 (ja) 2014-01-15 2017-03-23 株式会社新日本科学 免疫誘導活性を有するキラル核酸アジュバンド及び免疫誘導活性剤
US10322173B2 (en) 2014-01-15 2019-06-18 Shin Nippon Biomedical Laboratories, Ltd. Chiral nucleic acid adjuvant having anti-allergic activity, and anti-allergic agent
WO2015108048A1 (ja) 2014-01-15 2015-07-23 株式会社新日本科学 抗腫瘍作用を有するキラル核酸アジュバンド及び抗腫瘍剤
PT3094728T (pt) * 2014-01-16 2022-05-19 Wave Life Sciences Ltd Desenho quiral
MA43072A (fr) 2015-07-22 2018-05-30 Wave Life Sciences Ltd Compositions d'oligonucléotides et procédés associés
AU2016334232B2 (en) 2015-10-09 2022-05-26 Wave Life Sciences Ltd. Oligonucleotide compositions and methods thereof

Family Cites Families (14)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5506212A (en) 1990-01-11 1996-04-09 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides with substantially chirally pure phosphorothioate linkages
US5212295A (en) 1990-01-11 1993-05-18 Isis Pharmaceuticals Monomers for preparation of oligonucleotides having chiral phosphorus linkages
US5635488A (en) 1991-10-15 1997-06-03 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compounds having phosphorodithioate linkages of high chiral purity
US5852188A (en) 1990-01-11 1998-12-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides having chiral phosphorus linkages
US5620963A (en) 1991-10-15 1997-04-15 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides for modulating protein kinase C having phosphorothioate linkages of high chiral purity
US5512668A (en) * 1991-03-06 1996-04-30 Polish Academy Of Sciences Solid phase oligonucleotide synthesis using phospholane intermediates
US5359052A (en) 1991-08-05 1994-10-25 Polish Academy Of Sciences Chalcophospholanes useful in the synthesis of oligonucleoside phosphorothioates, phosphorodithioates and related selenates
US5646267A (en) 1991-08-05 1997-07-08 Polish Academy Of Sciences Method of making oligonucleotides and oligonucleotide analogs using phospholanes and enantiomerically resolved phospholane analogues
US5576302A (en) 1991-10-15 1996-11-19 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides for modulating hepatitis C virus having phosphorothioate linkages of high chiral purity
US5607923A (en) 1991-10-15 1997-03-04 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides for modulating cytomegalovirus having phosphorothioate linkages of high chiral purity
US5599797A (en) 1991-10-15 1997-02-04 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides having phosphorothioate linkages of high chiral purity
DE69629112T2 (de) 1995-05-26 2004-04-22 Genta Inc., San Diego Verfahren zur synthese von phosphororganischen verbindungen
DE69622571T2 (de) 1995-09-01 2003-03-27 Polska Akademia Nauk- Centrum Badan Molekularnych I Makromolekularnych, Iodz Zusammensetzungen und verfahrenen zur synthese von organophosphorus derivaten
US5856465A (en) 1996-05-24 1999-01-05 Polska Akademia Nauk Centrum Badan Molekularnych I Makromolekularnych Compositions and methods for the synthesis of chirally pure organophosphorus nucleoside derivatives

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