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Die
Erfindung betrifft L.-tarentolae-Wirtszellen, die bei der Produktion
rekombinanter Proteine nützlich sind.
Insbesondere betrifft die Erfindung L.-tarentolae-Wirtszellen, die
bei der Überexpression
rekombinanter Proteine, speziell Enzyme, verwendet werden können.
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ALLGEMEINER STAND DER TECHNIK
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Rekombinationstechnik
wurde erfolgreich benutzt, um heterologe DNA, die für Gene kodiert,
in eine Reihe von Pro- und Eukaryoten zu übertragen. Gegenwärtig gibt
es eine Auswahl von Expressionssystemen, aus denen für die Produktion
jedes gegebenen Proteins, einschließlich prokaryotischer und eukaryotischer Wirte,
ausgewählt
werden kann. Die Auswahl eines geeigneten Expressionssystems wird
häufig
nicht nur von der Fähigkeit
der Wirtszelle abhängen,
adäquate
Ausbeuten des gesuchten Proteins in einem aktiven Zustand zu produzieren,
sondern kann in großem
Umfang auch von der geplanten Verwendung des Proteins bestimmt sein.
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Die
genomische oder episomale Integration des Gens für das gesuchte Protein, zusammen
mit adäquaten
Elementen, wie etwa Promotern, Polyadenylierungsstellen, 3'- und 5'- untranslatierten
Regionen (UTRs), können
heterologe Genexpression vermitteln. Diese Technik wurde erfolgreich
auf eine Reihe von Zelltypen angewendet, wie etwa Bakterien, Hefe,
fädige
Pilze, Kulturen von Zellen oder vollständigen Insekten- und Säugetierorganismen.
Jedes dieser Expressionssysteme ist mit spezifischen Nutzen und
Defiziten hinsichtlich Proteinausbeute, Qualität und Kosten assoziiert, und
es gibt keinen universellen Wirt für die Proteinexpression.
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Ein
Proteinexpressionswirt muss mehreren Kriterien genügen:
Der
Wirt sollte auf billigen Medien einfach zu kultivieren und mit molekularbiologischen
Standardprozeduren leicht zu handhaben sein. Außerdem sollte der Wirt aktive
Proteine in großen
Mengen produzieren und die Extraktion der letztgenannten erlauben.
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Die
Kinetoplastiden sind primitive begeißelte Protozoen, die in terrestrischen
und aquatischen Lebensräumen
zu finden sind. Einige von ihnen verursachen Erkrankungen in Organismen,
die von Pflanzen zu Wirbeltieren reichen. Die evolutionäre Position
der Kinetoplastiden und die systematische Struktur der Gruppe sind
anderswo beschrieben (z. B. Adoutte and Philippe, 1993). Zwei große Untergruppen
der Kinetoplastiden sind Leishmania und Trypanosomatidae. Die Kinetoplastiden
waren für
die Untersuchung fundamentaler molekularer und zellulärer Phänomene,
wie etwa RNA-Edierung (Stuart, 1991), trans-Spleißen von
mRNA (Perry and Agabian, 1991), Glycosylphosphatidylinositol-Verankerung
von Proteinen (Krakow et al., 1986), Antigenvariation (Gorst and
Rudenko, 1994), und Telomerorganisation (Blackburn, 1991) besonders
wertvoll. Ein anderes, unter Eukaryoten einmaliges Merkmal der Trypanosomatidae
sind die polycistronischen Transkriptionseinheiten. In diesen Einheiten
wird eine Reihe von Genen in Tandemstrukturen angeordnet und durch
RNA-Polymerase als einzelnes 50-100-kb-Transkript transkribiert
((Myler et al., 1999; Teixeira, 1998)). Ein solches Transkript wird
dann in Einzelgen-mRNAs durch die Zugabe eines Miniexons, das eine
Capstruktur trägt,
am 5'-Ende durch
einen Prozess, der als trans-Spleißen bekannt ist, gefolgt von
Polyadenylierung und Spalten des 3'-Endes, verarbeitet. Genexpression und
deren Kontrolle scheint in Kinetoplastiden signifikant von denen
anderer Euka ryoten abzuweichen. In wenigen Fällen, z. B. Trypanosoma brucei,
wurden phasenspezifische Promoter, wie etwa VSG- und PARP-Promoter,
identifiziert (Barry et al., 1998; Hotz et al., 1998). Im Gegensatz
zu allen anderen bisher beschriebenen Eukaryoten rekrutieren diese
Promoter RNA-Polymerase I und nicht RNA-Polymerase II für Protein
kodierende Gene (Teixeira, 1998). Im Fall von Leishmania-Spezies
mit Ausnahme des ribosomalen RNA-Promoters wurden keine Elemente,
die einem Promoter ähneln,
identifiziert, und gemäß einem
aktuellen Modell ist die Initiation der Transkription in Leishmania
mit RNA-Polymerase II ein zufälliger
Prozess. Infolge einer solchen Genorganisation findet der Großteil der
Genregulation auf einem posttranskriptionalen Level statt (Teixeira,
1998).
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Seit
den frühen
neunziger Jahren wurde ein signifikanter Fortschritt hinsichtlich
der Etablierung einer Methodologie der umgekehrten Genetik für die Kinetoplastiden-Forschung
erzielt. Zum ersten Mal wurde über Vektoren
berichtet, die die vorübergehende
Expression fremder Gene in Trypanosoma cruzi erlaubten (Lu and Buck,
1991). Durch die Bereitstellung des Transfervektors mit einem NEO-Gen
als einem Arzneimittelresistenz-Marker wurde die Transformation
stabil gemacht und nacheinander für mehrere andere Spezies berichtet (Coburn
et al., 1991). Der Transfer von DNA-Konstrukten wurde durch Elektroporation
oder mit Partikelkanone ausgeführt
(Beverley and Clayon, 1993; Sbicego et al., 1998). Es wurde gezeigt,
dass Kinetoplastiden in der Lage sind, sowohl fremde als auch vom
Genom abgeleitete Plasmide zu replizieren (Coburn et al., 1991;
Patnaik et al., 1994; ten Asbroek et al., 1993) (Papadopoulou et
al., 1994). Es wurde nachgewiesen, dass ein oder beide Allele eines
funktionellen Gens durch homologe Rekombination deletiert werden
konnten und dass neue Gene in das Genom integriert werden konnten
(Cruz et al., 1991; Ray and Hines, 1995). Es wurden eine Reihe von
Verfahren entwickelt, die die Expression von zytosolischen oder
sekretierten Proteinen in Leishmania and Trypanosomatidae erlaubten.
Diese Konstrukte könnten
grob in drei Kategorien eingeteilt werden:
- A)
Episomale Plasmide, die im Falle von Leishmania, keine definierten
Promoter, oder im Falle von Trypanosoma bruci, phasenspezifische
Promoter tragen (LeBowitz et al., 1990) (La Flamme et al., 1996)
- B) Konstrukte, die in aktiv transkribierte Gencluster integriert
sind (Tubulingene, RNA-Gene der kleinen ribosomalen Untereinheit,
RNA-Gene der großen
ribosomalen Untereinheit) (Misslitz A. et al., 1999; Tobin and Wirth,
1992; Wirtz et al., 1999).
- C) Integration fremder Polymerasegene in einen aktiv transkribierten
Genort und Transkription des interessierenden Gens durch diese Polymerase
(speziell T7- oder
T3-Polymerase) (Wirtz et al., 1994).
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Unter
Verwendung dieser Ansätze
wurden mehrere Gene exprimiert und es wurde nachgewiesen, dass deren
Produkte funktionell aktiv sind:
- • p53 in
Leishmania donovani (Zhang et al., 1995)
- • Interferon-gamma
in Leishmania major (Tobin and Wirth, 1992).
- • Luciferase
in Trypanosoma brucei (Biebinger et al., 1997)
- • T7-
und T3-Polymerase in Trypanosoma brucei (Wirtz et al., 1994)
- • Therapeutische
Proteine in Leishmania major ( WO
00/58483 )
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Der
Stand der Technik beinhaltet auch Veröffentlichungen, die sich mit
Verfahren zur In-vitro-Kultivierung einer Reihe von Kinetoplastiden
beschäftigen,
einschließlich
Wachstum auf festen (Platten) und flüssigen Medien (Kolben oder
Fermentern) (Alfonzo et al., 1998). In den meisten Fällen enthielten
die Medien eine Auswahl essentieller Aminosäuren und Spurenelementen, angereichert
mit bovinem Kälberserum
oder bovinem Blut (Beverley and Clayon, 1993; Hill and Fahey, 1987).
Es wurde nachgewiesen, dass mehrere Spezies in Abwesenheit von Serum
auf einfachem, nicht synthetischem Medium wuchsen. Die am besten
beschriebenen und untersuchten dieser Spezies, wie Leishmania tarentolae
Parrot (Geckoparasit), Tarentola mauritanica und Tarentola annulais
(Elwasila, 1988); oder Crithidia fasciulata Leger Parasit der Mücke Culex
pipiens (Leger 1902), konnten auf Hirn-Herz-Glucose-Medium (BHI)
(Alfonzo et al., 1998) oder Luria-Bertani-Medium (LB) kultiviert
werden. Es wurde auch nachgewiesen, dass diese Spezies gut in großen Fermentern
wachsen. Leishmania tarentolae konnte die Dichte von 2 × 108 Zellen je ml in der späten stationären Phase in 15-l-Standardfermentern
mit der Ausbeute von 10 g Zelltrockenmasse je 1 l Kultur erreichen
(Alfonzo et al., 1998).
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Andere
Spezies der Kinetoplastiden - speziell Spezies von Trypanosomatidae
und Leishmania - haben sich jedoch bei der Expression heterologer
Proteine aufgrund der assoziierten Gesundheitsrisiken, der niedrigen
Wachstumsraten oder ungebräuchlicher,
teuer Kulturmedien nicht als nützlich
erwiesen.
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Ein
ideales Expressions- und Freisetzungssystem ist eines, das im Wesentlichen
keine Proteasen, Toxine und große
Mengen anderer endogen synthetisierter und sekretierter Proteine
des Wirts produziert, und das in der Lage ist, hohe Proteinexpressionslevel
zu erreichen.
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Auf
dem Stand der Technik wurden alle Versuche und Untersuchungen mit
pathogenen Spezies in vitro oder in vivo durchgeführt, und
es wurden keine Versuche gemacht, die rekombinanten Proteine zu
isolieren.
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Versuche
haben gezeigt, dass die gesuchte heterologe Proteinexpression mit
nicht pathogenen Spezies von Kinetoplastiden etabliert werden kann,
insbesondere aus Leishmania tarentolae, Crithidia fasciculata, Wallaceina
inconstans (früher
Proteomonas inconstans), Leptomonas collos, Leptomonas sp. Cfm,
Leptomonas sp. Nfm oder Leptomonas seymouri.
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Die
oben beschriebenen Spezies zeigten, verglichen mit anderen Kinetoplastiden,
auf billigen Medien höhere
Wachstumsraten und bewiesen daher die Nützlichkeit als Wirte für die Proteinproduktion.
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Aufgabe
der vorliegenden Erfindung ist es daher, ein neues Expressions-
und Freisetzungssystem und/oder einen Proteinexpressionswirt nicht
pathogener Kinetoplastiden bereitzustellen, das bei der Überexpression
rekombinanter Proteins, speziell Enzyme, verwendet werden kann.
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Die
Aufgabe wird gemäß Anspruch
1 mit nicht pathogenen Leishmania-tarentolae-Wirtszellen erreicht, die
eine Nukleinsäuresequenz
umfassen, die ein heterologes Protein kodiert.
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Speziell
mit:
Leishmania tarentolae Parrot ATCC-Nummer 30143 und Crithidia
fasciculate Leger, ATCC-Nummer 12857 (American Type Culture Collection
Number).
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Unter
heterologem Protein ist ein Protein zu verstehen, das für die Wirtzelle
nicht native ist, oder ein natives Protein, in dem Modifikationen
vorgenommen wurden, um die native Sequenz zu verändern. In einer bevorzugten
Ausführungsform
ist das Protein ein heterologes Enzym. Daher ist eine kodierende
heterologe Nukleinsäuresequenz
mit einer geeigneten Promotersequenz, und gegebenenfalls mit posttranskriptionalen Signalsequenzen
operabel verknüpf,
die in der Lage sind, die Expression der Nukleinsäuresequenz
in den gewählten
Wirtszellen zu steuern.
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Organismen
der Kinetoplastiden-Ordnung, wie die nicht pathogenen Spezies Leishmania
tarentolae, Crithidia fasciculata, Wallaceina inconstans, Leptomonas
collos., Leptomonas sp. Cfm, Leptomonas sp. Nfm oder Leptomonas
seymouri, haben eine einzige Organelle, die Kinetoplast genannt
wird, ein Appendix ihres einzigen Mitochondrions, das nahe des Basalkörpers der
Geißel
liegt, die ein Netzwerk von tausenden von kleinen ineinander greifenden
zirkulärer
DNAs enthält.
Kinetoplastiden haben eine Größe von 50
bis 400 Mikron. Kinetoplastiden gehören zu den ältesten Eukaryoten, deren rRNA-Linie
weiter zurückreicht
als die von Tieren, Pflanzen und sogar Pilzen (Beverley, 1996).
Kinetoplastiden-Spezies parasitisieren in einem sehr diversen Wirtsspektrum,
das von Pflanzen bis zu Menschen reicht. Viele Repräsentanten
der Kinetoplastiden wurden isoliert und für einen längeren Zeitraum in Kultur erhalten.
Die Kultivierung konnte sowohl auf vollständig oder teilweise definierten
flüssigen
und festen Medien durchgeführt
werden (Melo, 1981). Kinetoplastiden, die in einem flüssigen Medium
gewachsen werden, bilden Suspensionen, während das Plattieren auf festen Medien
zur Bildung von Kolonien führt
(Hill and Fahey, 1987).
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Für die Ziele
der vorliegenden Erfindung ist "nicht
pathogen" durch
die Klassifizierung der besagten Organismen der Biologische Sicherheitsstufe
1 gemäß der Richtlinien
des US-Ministeriums für
Gesundheit und Sozialdienste (U.S. department of Health and Human
Services) (HHS Publication No. (CDCD 93-8395) oder unter http://www.niehs.nih.gov/odhsb/biosafe/bio.htm
definiert.
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Die
Transformation der ausgewählten
Spezies erfolgte unter Verwendung von DNA-Mengen, die zwischen 1
bis 100 μg
lagen, und die Selektion mit adäquaten
Plattierungstechniken und Bedingungen für eine antibiotische Selektion
oder mit Limited-Dilution-Techniken. Die Transformationsleistung
variieren, abhängig von
den ausgewählten
Spezies, stark, wobei die höchste
für Leishmania-Spezies
erreicht wurde und sich 10-4/Zelle näherte (Kapler
et al., 1990), (Coburn et al., 1991). Eine einzige Zelle kann mehrere
Expressionskonstrukte erhalten, vorausgesetzt, dass sie alle verschiedene
Selektionsmarker tragen (Wirtz et al., 1999). Die Expressionslevel
variieren signifikant, abhängig
vom Wirt und dem gewählten
Konstrukt, wobei die episomalen Plasmide am unteren Ende der Skala
liegen, aber dennoch in der Lage sind, rekombinantes Protein von bis
zu 1 des gesamten zellulären
Proteins zu bilden (LeBowitz et al., 1990).
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Die
Ergebnisse zeigen eindeutig, dass die ausgewählten pathogenen Spezies in
der Lage sind, ein heterologes Protein zu exprimieren und zu sekretieren.
Es versteht sich somit, dass diese Fähigkeit nicht auf einen einzigen
Stamm beschränkt
ist, sondern vielmehr eine Charakteristik dieser Speziesgruppe als
Ganzes ist. Der Fachmann wird erkennen, dass andere Stämme dieser
Spezies auch für
die Expression heterologer Proteine verwendet werden können. Viele
Stämme
sind für
die Allgemeinheit verfügbar.
Zum Beispiel Leishmania tarentolae Parrot ATCC-Nummer 30143 und
Crithidia fasciculata Leger ATCC-Nummer 12857.
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Der
Fachmann wird auch erkennen, dass die erfolgreiche Transformation
der Wirtsspezies, die hier beschrieben sind, nicht auf die Verwendung
von Vektoren, Promotern und Selektionsmarkern beschränkt ist, die
hier spezifisch durch Beispiele illustriert sind. Es sind auch jene
Techniken eingeschlossen, die in Verbindung mit den Wirtszellen
der vorliegenden Erfindung nützlich
sind.
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Der
Begriff "nützlich" beinhaltet, ist
aber nicht beschränkt
auf Techniken, die ein Hygromycin-Phosphotransferasegen (HYG) in Kombination
mit Hygromycin, ein Neomycin-Phosphotransferasegen (NEO) in Kombination
mit G418, das Produkt des Streptoalloteichushindustanusgens BLE
(BLE) in Kombination mit Phleomycin und das Streptothricin-Acetyltransferase
(SAT) kodierende Gen in Kombination mit Nourseothricin umfassen,
die für
die Selektion rekombinanter Klone verwendet werden. Zusätzlich beinhaltet
er, ist aber nicht beschränkt
auf die intergenischen 5'-
und 3'-Regionen
der aktiv transkribierten Gene des Wirts, wie etwa der Calmodulin-,
Dihydrofolatreductase-Thymidylatsynthase- und Cysteinproteinasegene.
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Die
Erfindung stellt einen Vektor bereit, der in der Lage ist, nicht
pathogene Kinetoplastiden, insbesondere die L.-tarentolae-Spezies,
zu transformieren, wobei die Nukleinsäure für ein gesuchtes Protein kodiert, das
von 5'- und 3'-UTRs eines aktiv
transkribierten L.-tarentolae-Gens flankiert ist, einschließlich Signale
für das wirksame
trans-Spleißen
und die Polyadenylierung, und die gegebenenfalls einen Selektionsmarker
enthält.
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Das
Vektorsystem kann ein einzelner Vektor oder ein Plasmid oder ein
System aus zwei oder mehreren Vektoren oder Plasmiden sein, die
zusammen die gesamte DNA enthalten, die in die Wirtszelle übertragen werden
soll. Die Vektoren oder Plasmide können lineare oder geschlossene
zirkuläre
Moleküle
sein.
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Gemäß einer
bevorzugten Ausführungsform
dieser Erfindung umfasst das Vektorsystem bevorzugt eine linearisierte
Plasmidnukleinsäure
und eine heterologe Nukleinsäure,
die für
ein interessierendes Protein kodiert, flankiert von intergenischen
Regionen eines aktiv translatierten Wirtsproteins, das mit einem
Resistenzmarkergen operabel verknüpft ist, das von Segmenten
eines aktiv transkribierten Wirtsgens flankiert ist. Solche Gene
beinhalten, sind aber nicht beschränkt auf RNA-Gene der kleinen
ribosomalen Untereinheit, RNA-Gene der großen ribosomalen Untereinheit, α- oder β-Tubulingene,
das Calmodulingen oder das gp63-Gen. Das Konstrukt wird in die aktiv
transkribierten Cluster integriert, wie etwa die RNA-Gencluster
der kleinen ribosomalen Untereinheit, die RNA-Gencluster der großen ribosomalen
Untereinheit, die alpha- oder beta-Tubulingencluster, durch homologe
Rekombination und Selektion mit dem geeigneten Antibiotikum.
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Gemäß einer
anderen bevorzugten Ausführungsform
dieser Erfindung umfasst das Vektorsystem bevorzugt eine linearisierte
Plasmidnukleinsäure
und eine heterologe Nukleinsäure,
die für
ein interessierendes Protein kodiert, flankiert von intergenischen
Regionen eines aktiv translatierten Wirtsproteins, das mit einem Resistenzmarkergen
operabel verknüpft
ist und von DNA-Fragmenten
aus einem untranslatierten Spacer des rRNA- Genclusters flankiert ist. Das Gen,
das für
das interessierende Protein kodiert, wird eingeleitet mit dem ribosomalen
RNA-Genpromoter und in einigen Fällen
mit regulatorischen Elementen, einschließlich, aber nicht beschränkt auf
Tet- oder Lac-Repressor-Response-Elementen. Das Konstrukt wird in
einen untranskribierten Spacer der rRNA-Genregion durch homologe
Rekombination und Selektion mit den geeigneten Antibiotika integriert.
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Gemäß einer
anderen bevorzugten Ausführungsform
dieser Erfindung umfasst das Vektorsystem bevorzugt eine episomal
verfügbare
zirkuläre
Plasmidnukleinsäure
und eine heterologe Nukleinsäure,
die für
ein interessierendes Protein kodiert, flankiert von intergenischen
Regionen eines aktiv translatierten Wirtsproteins, das mit einem
Resistenzmarker operabel verknüpft
ist. Das Konstrukt wird in dem Organismus episomal unter dem Druck
der antibiotischen Selektion erhalten und Transkripte können durch
Zufallsinitiation und „runaround"-Transkription erzeugt
werden.
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Gemäß einer
anderen bevorzugten Ausführungsform
dieser Erfindung umfasst das Vektorsystem bevorzugt eine episomal
verfügbare
zirkuläre
Plasmidnukleinsäure
und eine heterologe Nukleinsäure,
die für
ein interessierendes Protein kodiert, flankiert von intergenischen
Regionen eines aktiv translatierten Wirtsproteins, das mit einem
Resistenzmarker operabel verknüpft
ist. Die Nukleinsäure,
die für
das interessierende Protein kodiert, wird entweder mit einem ribosomalen
Promoter und dessen regulatorischen Elementen oder mit einem Promoter
für eine
fremde RNA-Polymerase, einschließlich, aber nicht beschränkt auf
T7, T3 usw. eingeleitet. Das Konstrukt wird in dem Organismus episomal
unter dem Druck der antibiotischen Selektion gehalten und Transkripte
werden im Fall des ribosomalen RNA- Genpromoters durch RNA-Polymerase I
erzeugt. Im Fall von anderen Promotern (T7, T3 usw.) wird die Transkription
von fremder Polymerase gesteuert, die in das Genom integriert ist.
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Gemäß einer
anderen bevorzugten Ausführungsform
der vorliegenden Erfindung wird der Wirt mit drei Vektoren transformiert,
wobei einer das Gen für
eine fremde RNA-Polymerase
(zum Beispiel T7- oder T3-Polymerase) mit intergenischen Regionen
eines aktiv exprimierten Wirtsproteins beinhaltet, das mit einem
Resistenzmarkergen operabel verknüpft ist und von Segmenten eines
aktiv transkribierten Wirtsgens flankiert wird. Dieses Konstrukt
wird in ein aktiv transkribiertes Gencluster des Wirts durch homologe
Rekombination integriert.
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Das
andere Plasmid umfasst die heterologe DNA, die für einen Tet-Repressor mit intergenischen
Regionen eines aktiv exprimierten Wirtsproteins kodiert, und beinhaltet
einen Promoter, bevorzugt einen T3- oder davor einen abgeschwächten T7-Promoter.
Dieses modifizierte Tet-Regressorgen ist mit einem Antibiotikarestistenz-Markergen operabel
verknüpft
und das gesamte Konstrukt wird von Segmenten eines aktiv transkribierten
Wirtsgens flankiert. Dieses Konstrukt wird in das aktiv transkribierte
Gencluster des Wirts durch homologe Rekombination integriert.
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Der
dritte Vektor umfasst ein episomal verfügbares Plasmid, das die heterologe
DNA für
das zu exprimierende interessierende Protein enthält, die
von intergenischen Regionen eines aktiv exprimierten Wirtsproteins
flankiert ist, und bevorzugt einen für T3 oder T7 spezifischen Promoter
am 5'-Ende des oben
genannten Gens für
das gesuchte Protein trägt.
Dieser Promoter wird zusätzlich
mit der TET-Repressor-Erkennungssequenz versehen, um die Tetracyclin-abhängige Kontrolle
der Transkription zu erlauben. Das resultierende Konstrukt ist mit
einem Antibiotikaresistenzmarkergen operabel verknüpft und
wird episomal erhalten oder mit geeigneten Zielsequenzen versehen,
die das gesamte Konstrukt flankieren, und in einen transkriptional
stummen Teil des Wirtsgenoms, wie etwa dem nicht transkribierten
rRNA-Genspacer, integriert sind.
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Die
vorliegende Wirtszellspezies kann verwendet werden, um jedes prokaryotische
oder eukaryotische heterologe interessierende Protein zu exprimieren,
und wird bevorzugt verwendet, um eukaryotische Proteine zu exprimieren.
Zum Beispiele kann das neuartige Expressions- und Freisetzungssystem
verwendet werden, um Enzyme, wie etwa Catalase, Laccase, Phenoloxidase,
Oxidase, Oxidoreductasen, Cellulase, Xylanase, Peroxidase, Lipase,
Hydrolase, Esterase, Cutinase, Protease und andere proteolytische
Enzyme, Aminopeptidase, Carboxypeptidase, Phytase, Lyase, Pektinase
und andere pektinolytische Enzyme, Amylase, Glucoamylase, α-Galactosidase, β-Galactosidase, α-Glucosidase, β-Glucosidase,
Mannosidase, Isomerase, Invertase, Transferase, Ribonuclease, Chitinase
und Desoxyribonuclease, zu exprimieren. Der Fachmann wird verstehen,
dass der Begriff "Enzyme" nicht nur native
Enzyme beinhaltet, sondern auch jene Enzyme, die durch Aminosäuresubstitutionen,
Deletionen, Additionen oder andere Modifikationen modifiziert wurden,
die gemacht werden können,
um die Aktivität,
Thermostabilität,
pH-Toleranz usw. zu verbessern.
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Die
vorliegenden Wirtszellen können
auch verwendet werden, in der Rekombinationsproduktion von Proteinen,
die in der Wirtszelle nativ sind. Beispiele für eine solche Verwendung beinhalten,
sind aber nicht beschränkt
auf Anordnen eines nicht pathogenen nativen Proteins vom Typ Kinetoplastiden
unter die Kontrolle eines anderen Promoters, um die Expression des
Protein zu verbessern, um den Export eines nativen interessierenden
Proteins aus der Zelle durch Verwendung einer Signalsequenz zu beschleunigen,
oder um die Kopienanzahl eines Proteins zu erhöhen, das normalerweise von
den betrachteten Wirtszellen produziert wird. Somit schließt die vorliegende
Erfindung auch eine solche Rekombinationsproduktion homologer Proteine
bis zu dem Grade ein, indem eine solche Expression die Verwendung
eines genetischen Elements beinhaltet, das nicht nativ für die Wirtszelle
ist, oder die Verwendung von nativen Elementen, die manipuliert
wurden, um auf eine Weise zu funktionieren, die in der Wirtszelle
normalerweise nicht beobachtet wird.
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Um
zu vermeiden, dass es notwendig ist, die Zellen zu zerstören, um
das exprimierte Produkt zu erhalten, und um den Umfang möglicher
Abbaus des exprimierten Produkts innerhalb der Zellen zu minimieren, ist
es bevorzugt, dass das Produkt aus den Zellen sekretiert wird. In
einer bevorzugten Ausführungsform
wird das interessierende Gen mit der DNA-Sequenz fusioniert für eine Prä-Region,
wie etwa ein Signal- oder Leaderpeptid, das das exprimierte Produkt
in den Sekretionsweg der Zelle vermitteln kann. Die Prä-Region
kann von Genen für
jedes sekretierte Protein aus jedem Organismus abgeleitet werden,
bevorzugt ist jedoch eine native Prä-Region der selektierten Spezies
oder des selektierten Proteins. Sie kann beinhalten, ist aber nicht beschränkt auf
eine Sekretionssignalsequenz des Säuger-Interferongamma, eine
Sekretionssignalsequenz der sekretierten sauren Phosphatase von
Leishmania mexicana, eine Sekretionssignalsequenz der löslichen sauren
Phosphatase von Leishmania donovani, eine Sekretionssignalsequenz
des L. tarentolae-9P63-Gens oder andere Sekretionssignale anderer
sekretierter Proteine.
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Die
Erfindung stellt auch stabil transformierte L.-tarentolae-Zellinien bereit, der mit
dem offenbarten Vektor und dem Vektorsystem zu erhalten sind.
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Weitere
Merkmale der vorliegenden Erfindung werden im Folgenden ausführlicher
beschrieben.
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FIGUREN UND BEISPIELE
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1:
Proteinexpression aus episomalen Vektoren in Kinetoplastiden.
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Schematische
Darstellung eines episomalen Plasmidvektors für die heterologe Genexpression
in Kinetoplastiden-Spezies. Das Plasmid enthält einen prokaryotischen Replikationsstartpunkt
und ein prokaryotisches Resistenzmarkergen (Amp). Das interessierende
Gen wird von intergenischen Regionen des Wirts und einem eukaryotischen
Selektionsmarkergen (Hyg) flankiert. Die Transkription wird zufällig initiiert
und erzeugt Transkripte von zufälliger
Länge.
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2:
Durch RNA-Polymerase vermittelte Proteinexpression in Kinetoplastiden.
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Schematische
Darstellung heterologer Genexpression in Kinetoplastiden-Spezies,
die auf einer Phagenpolymerase basiert und durch ein Tet-Response-Element
kontrolliert wird. T7-RNA-Polymerase und Tet-Repressorgene werden
in einen aktiv transkribierten Genort, bevorzugt in ein stark transkribiertes
Gencluster integriert. Das interessierende Gen wird in die transkriptional
stumme Region des Genoms unter der Kontrolle des T7-Promoters und
des Tet-Response-Elements integriert. Die Transkription des interessierenden Gens
wird durch die Zugabe von Tetracyclin zum Kulturmedium initiiert.
Es folgt trans-Spleißen,
Polyadenylierung und Translation der reifen mRNA in das interessierende
Protein.
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3: Western-Blot von Leishmania-tarentolae-Zellen,
die Proto-Onkogen Miz 1 (A) und humanes Erythropoetin (B) exprimieren.
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Western-Blot
von Leishmania-tarentolae-Zellen, die Proto-Onkogen Miz-1(A)-Zellen
exprimieren, transformiert mit dem pIR-miz-Konstrukt, wurden für Antibiotikaresistenz
selektiert und in BHI-Nährlösung gebracht,
die 100 mg/l Nourseothricin enthielt. Die Zellen wurden mittels
Zentrifugation geerntet und entweder direkt im Laemmli-Puffer gekocht,
oder zuerst mit Triton X-100 in lösliche und nicht lösliche Fraktionen
geteilt. Die Lysate wurden auf 10%-iges SDS-PAGE separiert, auf
die Nitrocellulose übertragen
und das rekombinante Miz wurde mit polyklonalem Antikörper anti-miz-1
sondiert.
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Spalte
T (3A) zeigt das gesamte Lysat von L.-tarentolae-Zellen,
die miz exprimieren.
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Spalte
O (3A) zeigt die mit 1%-igem Triton X-100 unlösliche Fraktion
von L.-tarentolae-Zellen, die miz exprimieren.
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Spalte
S (3A) zeigt die mit 1%-igem Triton X-100 lösliche Fraktion
von L.-tarentolae-Zellen, die miz exprimieren.
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Spalte
M zeigt die Molekulargewichtmarker, Spalte C zeigt das Lysat von
Kontrollzellen.
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Western-Blot
der Kulturüberstände von
Leishmania-tarentolae-Zellen, die humanes Erythropoetin (B) exprimieren.
Für die
Erythropoetinexpression wurden 200 Mikroliter der Kulturüberstände mit
10%-iger TCA (Trichlo ressigsäure)
präzipitiert
und auf dem 15%-igen SDS-PAGE separiert, auf die Nitrocellulose übertragen und
das rekombinante Erythropoetin wurde mit polyklonalem anti-Erythropoetin-Antikörper sondiert.
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Die
Spalten T (3B) zeigen die verschiedenen
Mengen an Kulturüberstand
von L.-tarentolae-Zellen, die humanes Epo exprimieren.
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Spalte
M zeigt die Molekulargewichtmarker, Spalte C zeigt das Lysat von
Kontrollzellen.
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Die
folgenden Beispiele dienen der ausführlicheren Beschreibung der
Erfindung, ohne diese jedoch auf die Produkte und Ausführungsformen
zu beschränken,
die in den Beispielen beschrieben sind.
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Beispiel 1.
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Expression von Proto-Onkogen Miz-1 in
Leishmania tarentolae
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Klonieren des miz-1-Gens int den pIR-Vektor:
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Der
pIR-Vektor (Hubel A. and Beverley, 1999) {Wirtz, Leal, et al. 1999
ID: 267}, enthaltend
- • den CoIE1-Replikationsstartpunkt
und das Ampicillin-Resistenzgen
(Amp) zur Plasmidpropagierung and Selektion in E. coli,
- • eine
BgIII-Stelle zur Insertion von Genkassetten, flankiert von intergenischen
Regionen der cys2-(Cysteinproteinase)
und LPG1-(Glycosyltransferase)Gene von Leishmania mit Signalen zum
trans-Spleißen
und zur Polyadenylierung der mRNA des Gens für das gesuchte Protein,
- • das
Streptothricin-Acetyltransferase-(sat)Gen von Transposon Tn7, flankiert
von den intergenischen Regionen der LPG1- und DHFR-TS(Dihydrofolat-Reductasethymidylat-Synthase)Gene
von Leishmania, die die Resistenz von Leishmania gegenüber dem
antibiotischen Nourseothricin verleihen,
- • zwei
Segmente von ungefähr
1 kbp (ein 5'- und
ein 3'-Teil) des Gens für die RNA
der kleinen ribosomalen Untereinheit (ssu) von Leishmania, die die
Expressionssignale einfasst, verknüpft mit dem sat-Resistenzmarker,
und die Integration der DNA zwischen die ssu-Boxen in das Genom
von Leishmania tarentolae durch homologe Rekombination, gefolgt
von der Spaltung des rekombinanten pIR-Vektors mit dem Restriktionsenzym
SmiI ermöglichen.
-
Die
kodierende Sequenz des Miz-1 (Genbank-Zugangsnr. Y09723) wurde mittels
PCR gemäß den Standardprozeduren
aus einer Plasmidquelle (pFH50) amplifiziert, was die genetische
Information für
einen extra-Hexahistidin-Tag am N'-Terminus des Miz-1-Proteins lieferte.
Die folgenden Primer wurden verwendet, um die Erkennungssequenzen
für das
Restriktionsenzym BcII an beiden Enden des 2,6-kbp-PCR-Fragments einzuführen:
- • F2460
miz-1 Vorwärts-Primer:
CTG CAG TGA TCA GTC GCC ACC ATG CGG GGT TCT CAT CAT CAT C
(SEQ. ID No. 1, Startcodon unterstrichen) und
- • F2461
miz-1 Rückwärts-Primer:
CTG CAG TGA TCA AGA TCT TCA CTC GGC AGG CGG GGG AC
(Seq. ID No. 2, Stoppcodon unterstrichen).
-
Es
wurden Standardtechniken des molekularen Klonierens angewendet,
um das miz-1-Gen in den Vektor pIR zu inserieren. Die Enden des
PCR-Fragments wurden zuerst mit BcII geschnitten, dann wurde das PCR-Produkt
mit dem mit BgIII linearisierten Vektor pIR ligiert. Nach der Transformation
von E.-coli-TG1 mit der Ligationsmischung, wurden die Klone, die
den rekombinanten pIR mit dem miz-1-Insert in der korrekten Orientierung
(pIR-miz1) enthalten,
mittels Colony-PCR unter Verwendung der Primer F2718 (pIR-BgIII-Vorwärts) CTG
CAC CGT GGT CGA CTG C (Seq. ID No. 3) identifiziert, wobei upstream
der BgIII-Stelle von pIR und Primer F2461 (miz-1-Rückwärts, zuvor
beschrieben) aufgeschmolzen wurde. Die Plasmid-DNA wurde aus positiven
Klonen extrahiert und die korrekte Struktur und Sequenz von pIRmiz1
wurde durch Restriktionsanalyse und Sequenzierung bestätigt. Plasmidzubereitungen
in großem
Maßstab
wurden mit dem Plasmid Maxi Kit (Qiagen) erreicht.
-
Transformation von Leishmania tarentolae
mit pIRmiz1:
-
Für die chromosomale
Integration des miz-1-Gens in das ssu-Cluster wurden ungefähr 10 μg pIRmiz1 mit
dem Restriktionsenzym SmiI gespalten, mit 0,5 μg/μl resuspendiert und mittels
Elektroporation in Leishmaniatarentolae-Zellen eingeführt.
-
Die
Elektroporation erfolgte mit einem Multiporator (Eppendorf) gemäß dem Protokoll
des Herstellers. Pro Transformation wurden 1,0 ml einer wachsenden
L.-tarentolae-Kultur in BHI-Nährlösung mit
5 μg/ml
Hemin (OD600 = 1,0) durch Zentrifugation
(1 Min. bei 5.000 × g)
geerntet, einmal in hypo-osmolarem Puffer (HOP) (Eppendorf Kat.-Nr.
4308 070 501) gewaschen und in 1,0 ml HOP resuspendiert. Je Transformation
wurden 0,4 ml dieser Zellsuspension verwendet. Die Zellen wurden
10 Min auf Eis gelagert, DNA wurde zugefügt und die Elektroporation
wurde in einer Küvette
d = 2 mm bei 1.000 V und 160 μsec
durchgeführt.
Nach dem Impuls wurden die Zellen 10 Min. lang auf Eis gelagert,
in 10 ml BHI mit 5 μg/ml
Hemin resuspendiert und bei 26°C inkubiert.
Die Selektion mit 100 μg/ml
Nourseothricin wurden nach 20 Std. angewendet und die rekombinanten Linien
wurde mittels Limited-Dilution selektiert. Die erwartete chromosomale
Struktur der rekombinanten L.-tarentolae::pIRmiz1-Zellen (Integration
der Expressionseinheit mit dem heterologen miz-1-Gen in das ssu-Cluster)
wurde mittels PCR-Diagnose der genomischen DNA dieser Zellen mit
drei spezifischen Primerpaaren bestätigt. Das erste Primerpaar
bestand aus F2999 sat-Vorwärtsprimer
(CCT AGT ATG AAG ATT TCG GTG ATC) (Seq. ID No. 4), aufgeschmolzen
innerhalb der Rekombinationsregion (sat-Gen von pIR) und F3002 ssu-Rückwärts-Primer
(CTG CAG GTT CAC CTA CAG CTA C) (Seq. ID No. 5), aufgeschmolzen
außerhalb der
Rekombinationsregion (3'-ssu-Genregion,
auf pIR nicht vorhanden), und erzeugte ein charakteristisches 2,3-kbp-Fragment,
das in der Wildtyp-Kontrolle fehlte. Die anderen beiden Primerpaare
waren spezifisch für das
integrierte Segment von pIRmiz1 und beinhalteten die bereits beschriebenen
miz-1-Vorwärts-Primer F2460
und miz-1-Rückwärts-Primer
F2461, die das charakteristische 2,6-kbp-miz-1-PCR-Fragment erzeugten.
Das dritte Primerpaar waren der bereits beschriebene miz-1-Vorwärts-Primer
F2460 und der sat-Rückwärts-Primer
F3000 (GGC TAG TTA GGC GTC ATC CTG A) (seq. Id No. 6), die ein charakteristisches 4-kbp-PCR-Fragment
erzeugten, das die sat- und miz-1-Gene einschloss.
-
Um
das integrierte Konstrukt auf Nukleotidlevel zu bestätigen, wurde
das miz-1-Gen mit dessen flankierenden Regionen aus genomischer
DNA von rekombinanten L.-tarentolae::pIRmiz1-Zellen
unter Verwendung des Primerpaars F2718 pIR-BgIII-vorw., bereits
beschrieben, und F2719 pIR-BgIII-rev. (GGC CGA TTC ATT AAT GCA GGA
C) (Seq. ID No. 7), die die BgIII-Stelle von pIRmiz1 flankieren,
PCR-amplifiziert. Das 3-kbp-PCR-Produkt wurde sequenziert und es
wurde festgestellt, dass es mit der vorhergesagten Nukleotidsequenz übereinstimmt.
-
Kultur von Leishmania tarentolae
-
L.
tarentolae wurde in BHI-Nährlösung (Difco),
angereichert mit 5 μg/ml
Hemin gewachsen. Die Zellen wurden entweder in statischen Kulturen
unter Verwendung von Mikrotiterplatten mit 24 Vertiefungen oder
in aktiv gemischten Kulturen unter Verwendung von 2-Liter-Kolben
kultiviert. Die Schüttelrate
wurde auf 50 U/Min. oder weniger festgelegt. Die Handhabung der
Kulturen erfolgte gemäß den Standardverfahren,
die in (Alfonzo et al., 1998) und hier zitierten Quellen beschrieben
werden.
-
Identifikation des Miz-1-Proteins:
-
Rekombinante
L.-tarentolae::pIRmiz1-Zellen wurden in 10 ml BHI-Nährlösung mit
5 μg/ml
Hemin inokuliert und bei 26°C
inkubiert. 2 ml der wachsenden Kultur wurden bei einem OD600-Wert von 1,0 durch Zentrifugation (1
Min. bei 10.000 × g)
geerntet, das Zellpellet wurde in 200 μl Laemmli-Probenpuffer lysiert
und die Proteinelektrophorese wurde mit 10-μl-Proben auf einem 10%-igen SDS-PAGE-Gel
gemäß den Standardprozeduren
ausgeführt.
Das Miz-1-Protein wurde durch Western-Blotting mit monoklonalen
Antikörpern
gegen den Hexahistidin-Tag identifiziert, der am N'-Terminus des Miz-1
(Qiagen Kat.-Nr. 34610) eingeführt
wurde, und mit polyklonalen Kaninchenantikörpern, die sich gegen das gereinigte
Miz-1 entwickelten.
-
Die
Ergebnisse werden in 3A gezeigt. Spalte T zeigt das
gesamte Lysat, Spalte P zeigt die in 1% Triton-X-100 unlösliche Fraktion
und Spalte S zeigt die in 1% Triton X-100 lösliche Fraktion von L.-tarentolae- Zellen, die miz exprimieren.
Spalte M zeigt die Molekulargewichtmarker, Spalte C zeigt das Lysat
von Kontrollzellen.
-
Beispiel 2
-
Beispiel des humanen Cytokin-Erythropoetin
(Epo) aus dem episomalen Plasmid.
-
Konstruktion des Leishmania tarentolae
T7-RNA-Polymerase(T7 RNAP)stamms.
-
Ein
Vektor pT724, der T7RNA-Polymerase enthält, wurde konstruiert, indem
das T7RNAP-Gen, das mit dem nuklearen Lokalisationssignal des SV40-Virus
aus dem pLEW13-Plasmid
fusioniert ist, (Misslitz A. et al.,; Tobin and Wirth, 1992; Wirtz
et al., 1999) mit BgIII- und BamHI-Stellen ausgeschnitten und indem es
in die BgIII-Stelle des pIR-SAT-Vektors unter Verwendung von Standardtechniken
der Molekularbiologie subkloniert wird. Die Integrität des offenen
Leserahmens wurde durch Sequenzierung überprüft. Leishmania tarentolae wurde
mit dem resultierenden Vektor transformiert, wie in Beispiel 1 beschrieben,
und die gegen Arzneimittel resistenten Klone wurden selektiert.
Die Gegenwart von T7RNAP-Protein
wurde in den gesamten Lysaten aus transformierten Zellen durch Western
Blotting mit polyklonalen Antikörpern
gegen das T7RNAP identifiziert.
-
Konstruktion
von durch pIR-SAT und T7RNAP gesteuerter Expression von humanem
Erythropoetin.
-
Der
verwendete pIR-Expressionsvektor wurde in Beispiel 1 beschrieben,
jedoch wurde das Streptothricin-Acetyltransferase kodierende Gen
mit Hygromycin-Phosphotransferase
ersetzt, und ein T7-Promoter wurde am 5'-Ende der SSU-Region eingeführt. Die
kodierende Volllängensequenz
der den humanen Erythropoetin-Vorläufer enthaltenden Signalsequenz
(EMBL-Zulassungsnr.; X02158) wurde durch PCR gemäß Standardprozeduren aus einer
Plasmidquelle (pcDNA3.1/GS-epo, Invitrogen) mit Primer enthaltenden
Sequenzen für
das Restriktionsenzyms BamHI an beiden Enden des Primers amplifiziert.
Es wurden Standardtechniken des molekularen Klonierens angewendet,
um das Epo-Gen in den Vektor pIR-Hyg in die BgIII-Stelle zu inserieren.
Die Identifikation der positiven Klone wurde wie oben ausgeführt. Das
resultierende Plasmid wurde in den Leishmania-tarentolae-T7RNAP-Stamm wie
Beispiel 1 elektroporiert, mit dem Unterschied, dass keine Linearisierung
ausgeführt
wurde, die gewährleistet,
dass die DNA episomal gehalten wird. Positive Klone wurden wie in
Beispiel 1 beschrieben selektiert, es wurden jedoch 50 μg/ml-1 Hygromycin für die Selektion verwendet.
Die resistenten Klone wurden selektiert, in das BHI-Medium mit 50 μg/ml-1 Hygromycin gebracht, und die Zellen sowie
die Kulturüberstände wurden
durch Western-Blotting mit spezifischen polyklonalen Antikörpern analysiert.
Die Ergebnisse werden in 3B gezeigt.
Die Spalte T zeigt, dass die Überstände der
Kulturen Proteine enthalten, die positiv mit den polyklonalen Antikörpern reagieren.
Das Protein, das in dem Überstand gewonnen
wurde, migrierte langsam. Dieses Verhalten wurde auf die posttranslationale
Glycosylierung zurückgeführt, die
für Epo
typisch ist, und wurde durch die Deglycosylierung mit Nuromidase
bestätigt,
was in dem Entstehen von kleineren Spezies resultierte. Spalte M
(3B) zeigt die Molekulargewichtsmarker, Spalte
C zeigt das Lysat von Kontrollzellen.
-
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