DE10104938A1 - Fluorescence Polarisation 1 - Google Patents
Fluorescence Polarisation 1Info
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Abstract
Die Erfindung betrifft ein Verfahren zur Analyse der Methylierung von Cytosin-Basen in genomischen DNA-Proben, die folgenden Schritte umfassend: DOLLAR A (a) die genomische DNA wird in einer solchen Art chemisch behandelt, dass Cytosin zu Uracil oder einer gleichartigen Base bezüglich des Basenpaarungsverhaltens in der DNA-Duplex umgesetzt wird, 5-Methylcytosin bleibt jedoch unverändert; DOLLAR A (b) die chemisch behandelte DNA wird unter Verwendung von mindestens einer Oligonukleotid-Spezies (Typ A) als Primer in einer Polymerasereaktion amplifiziert; DOLLAR A (c) das Amplifikat wird mit einer oder mehreren Spezies von Fluorophor-markierten Nukleotiden und einer oder mehreren Oligonukleotid-Spezies (Typ B) in der Lösung belassen, worin das Typ B Oligonukleotid unter geeigneten Bedingungen mit seinem 3'-Ende direkt an oder bis zu 10 Basen von der zu untersuchenden Position entfernt, hybridisiert und worin genanntes Typ B Oligonukleotid zumindest teilweise nukleaseresistent ist; DOLLAR A (d) das hybridisierte Oligonukleotid (Typ B) wird mittels einer Polymerase durch mindestens ein Nukleotid verlängert, wodurch die Extension vom Methylierungsstatus der jeweiligen Cytosin-Position in der genomischen DNA-Probe abhängig ist; DOLLAR A (e) die Lösung wird mit einer Phosphodiesterase inkubiert, die geeignet ist, Nukleinsäuren zu verdauen, jedoch die Typ B Oligonukleotide und deren Extensionsprodukte unvollständig verdaut; DOLLAR A (f) die Fluoreszenzpolarisation der Lösung wird gemessen, wobei man für jeden ...
Description
Diese Erfindung betrifft ein Verfahren zur Analyse von
Methylierungsmustern in genomischer DNA, zur Verwendung
in der Analyse von hohen Durchsatzmengen, Forschung oder
klinischen Einrichtungen. Dieses Verfahren nutzt die Bi
sulfitbehandlung und Fluoreszenzpolarisationsanalysetech
niken aus.
Die Beobachtungsebenen, die in den letzten Jahren in der
Molekularbiologie studiert worden sind, haben sich auf
Gene, die Übersetzung dieser Gene in RNA und die
Transkription der RNA zum Protein konzentriert. Es hat
eine begrenztere Analyse der Regulationsmechanismen
stattgefunden, die in Zusammenhang stehen mit der Gen
kontrolle. Genregulation, zum Beispiel auf welcher Stufe
der Entwicklung eines Individuums ein Gen aktiviert oder
inhibiert wird und der gewebespezifische Charakter dieser
Regulierung wir nicht so gut verstanden. Jedoch kann sie
mit einem hohen Grad an Wahrscheinlichkeit mit dem Ausmaß
und Charakter der Methylierung des Gens oder Genoms kor
reliert werden. Von dieser Beobachtung ist es sinnvoll
abzuleiten, dass pathogene genetische Störungen aus ab
weichenden genetischen Methylierungsmustern detektiert
werden können.
Die Bemühungen des Humangenom-Projektes sind auf die Se
quenzierung des Humangenoms konzentriert. Es wird erwar
tet, dass dieses bedeutenden therapeutischen und diagnos
tischen Nutzen für die Behandlung von Krankheiten er
bringt. Diese Bemühungen waren bisher jedoch außerstande,
sich einem signifikanten Aspekt genetischer Störungen,
dem epigenetischen Faktor, zuzuwenden. Es hat sich ge
zeigt, dass die epigenetische Regulation der
Gentranskription viele Störungen verursacht. Einer der
signifikantesten, bisher identifizierten epigenetischen
Mechanismen, ist die Methylierung von Cytosin gewesen.
Die Methylierung von Cytosin in der 5-Position ist die
einzige bekannte Modifikation von genomischer DNA. Obwohl
die genauen Mechanismen, durch welche die DNA-
Methylierung die DNA-Transkription beeinflusst, unbekannt
sind, ist der Zusammenhang zwischen Krankheit und Methy
lierung gut belegt worden. Insbesondere scheinen Methy
lierungsmuster von CpG-Inseln innerhalb regulierender Be
reiche des Genoms hoch gewebespezifisch zu sein. Daraus
folgt daher, dass Missregulation von Genen durch Ver
gleich ihres Methylierungsmusters mit phenotypisch "nor
malen" Expressionsmustern vorhergesagt werden können. Die
folgenden sind Krankheitsfälle, in Zusammenhang gebracht
mit modifizierten Methylierungsmustern.
- - Hals- und Nacken-Krebs (Sanchez-Cespedes, M. et al., "Gene promoter hypermethylation in tumours and serum of head and neck cancer patients", Cancer Res. 2000, Feb. 15; 60 (4): 892-5)
- - Hodgkinsche Krankheit (Garcia, J. F. et al., "Loss of p16 protein expression associated with methyla tion of the p16INK4A gene is a frequent finding in Hodgkin's disease", Lab. invest. 1999 Dec; 79 (12): 1453-9)
- - Magenkrebs (Yanagisawa, Y. et al., "Methylation of the hMLH1 promoter in familial gastric cancer with microsatellite instability", Int. J. Cancer 2000, Jan. 1; 85 (1): 50-3)
- - Prader-Willi/Angelmans Syndrom (Zeschnigh et al., "Imprinted segments in the human genome: different DNA methylation patterns in the Prader Willi/Angelman syndrome region as determined by the genomic sequencing method", Human. Mol. genetics (1997) (6) 3pp 387-395)
- - ICF Syndrom (Tuck-Muller et al., "CMDNA hypomethyla tion and unusual chromosome instability in cell lines from ICF syndrome patients", Cytogenet. Call. Genet. 2000; 89(1-2): 121-8)
- - Dermatofibroma (Chen, T. C. et al., "Dermatofibroma is a clonal proliferative disease", J. Cutan Pathol. 2000, Jan. 27 (1): 36-9
- - Hypertension (Lee, S. D. et al. "Monoclonal endothe lial cell proliferation is present in primary but not secondary pulmonary hypertension", J. clin. In vest. 1998, Mar 1, 101 (5): 927-34
- - Autismus (Klauck, S. M. et al. "Molecular genetic analysis of the FMR-1 gene in a large collection of autistic patients" Human Genet. 1997 Aug; 100 (2): 224-9
- - Fragile X Syndrom (Hornstra, I. K. et al., "High resolution methylation analysis of the FMR1 gene trinucleotide repeat region in fragile X syndrome", Hum. Mol. Genet. 1993 Oct, 2(10): 1659-65)
- - Huntigtonsche Krankheit (Ferluga, J. et al., "Possi ble organ and age related epigenetic factors in Huntington's disease and colorectal carcinoma", Med. hypotheses 1989 May; 29 (1); 51-4)
Alle obigen Dokumente werden hiermit als Referenz inkor
poriert.
Der Stand der Technik umfasst zwei grundlegende Verfahren
zur Analyse von Methylierungsmustern und Nukleinsäuren.
Das erste betrifft ein Verfahren zur Analyse von Methy
lierungsmustern an spezifischen Stellen im Genom. Das
zweite betrifft ein Verfahren, das Fluoreszenzpolarisati
on zur Analyse von Nukleinsäuren ausnutzt.
Die Modifikation der genomischen Base Cytosin zu 5-
Methylcytosin repräsentiert den epigenetischen Parameter,
welcher bis heute der am meisten untersuchte und am bes
ten verstandene ist. Trotzdem ist die Charakterisierung
dieses epigenomischen Parameters noch nicht auf gleicher
Stufe mit der Genotypisierung von Zellen und Individuen.
Es ließen sich noch weitere Verfahren für die massenhafte
Analyse und Charakterisierung von Methylierungsmustern
von Zellen entwickeln. Das inhaltsreichste Patent, das
dieses Gebiet umfasst ist WO 99/28498, welches hiermit
als Referenz inkorporiert ist. Genannte Erfindung stellt
ein Mittel zur detaillierten Analyse von Methylierungs
mustern bereit. Die offenbarte Erfindung bezweckt eine
alternative Lösung unter Ausnutzen von Fluoreszenzpolarisations-Techniken
in der Analyse von Methylierungsmustern
bereitzustellen. Sie wird ein einfaches Methylierungsas
say bereitstellen, besonders geeignet für eine klinische
Umgebung mit mittlerem Durchsatz.
Standardverfahren der Sequenzanalyse wie Klonieren und
PCR sind für die Analyse von Methylierungen ungeeignet,
da kovalente Modifikationen an der DNA, wie Methylierun
gen, nicht erhalten bleiben.
Es werden gegenwärtig drei Verfahren, für die Unterschei
dung zwischen 5-Methylcytosin und dem nicht methylierten
Cytosin in der DNA-Sequenz verwendet.
Das erste Verfahren benutzt Restriktionsenzyme. Restrik
tionsendonukleasen schneiden DNA-Sequenzen an spezifi
schen Orten, durch Erkennung einer spezifischen Sequenz,
gewöhnlich 4-8 Basen lang. Diese Enzyme sind hochspezi
fisch in Bezug auf die Sequenz, die sie erkennen. In ei
nigen Fällen, bekannt als "methylierungs-sensitiv", wer
den sie nicht an der methylierten Version der Erkennungs
sequenz schneiden. Infolgedessen können methylierungs-
sensitive Enzyme verwendet werden, um Methylierung inner
halb von Restriktionsenzym-Stellen zu identifizieren.
Die Position der Schnitte kann durch Gel-Elektrophorese
bestimmt werden, gefolgt von Blotting und Hybridisierung.
Dieses Verfahren hat sich aus zwei Gründen nicht als
nützlich für die effiziente Indentifikation von methy
lierten CpG-Stellen im Genom erwiesen. Erstens sind die
meisten CpG-Inseln, die methyliert sind, nicht innerhalb
der Erkennungssequenz der meisten Restriktionsenzyme.
Zweitens ist die Empfindlichkeit dieses Verfahrens extrem
niedrig (Bird, A. P.; Southern, E. M.; J. Mol. Biol. 118,
27-47). Die Empfindlichkeit kann durch Amplifikation der
Region nach Restriktionsendonuklease-Verdau verbessert
werden. Zwei Primer werden benutzt, welche die Erken
nungsstelle des Enzyms flankieren. Im Falle dass der Ver
dau stattfindet, wird sich die Amplifikation nicht ereig
nen. Die Amplifikationsprodukte können dann durch Blot
ting und Hybridisierung analysiert werden, um die Stelle
des Schnitts zu identifizieren. In der Theorie kann die
Auflösung dieser Technik ein Basenpaar sein. Weil sie je
doch höchst arbeitsintensiv und kostspielig ist, ist sie
keine praktische Lösung zur Analyse von Methylierungs
mustern im großen Umfang (Shemer, R. et al., PNAS 93,
6371-6376).
Das zweite Verfahren nutzt das Sequenzierungsverfahren,
entwickelt von Maxam Gilbert, zur 5-Methylcytosin-
Identifikation aus. Die Technik schließt die partielle
chemische Spaltung der gesamten DNA, gefolgt von Ligati
on, Amplifikation und Hybridisierung ein. In der Theorie
können Bereiche mit einer Größe von weniger als 1000 Ba
senpaaren analysiert werden. Jedoch ist dieses Verfahren
so kompliziert und unzuverlässig, dass es selten benutzt
wird.
Das bevorzugte Verfahren der Methylierungs-Analyse
schließt eine chemische Modifikation der DNA-Sequenz ein.
Das Verfahren basiert auf der Bisulfit-Umwandlung von Cy
tosin zu Uracil. DNA wird denaturiert und dann unter Ver
wendung einer Bisulfit-Lösung behandelt. Das resultiert
in der Umsetzung von Cytosin zu Uracil, was die methy
lierten Cytosine unmodifiziert lässt. Uracil reagiert als
Analogon von Thymin zu Zwecken der Basenpaarung, im Ge
gensatz zu Cytosin. Als ein Ergebnis der Bisulfit-
Behandlung der DNA sind Stränge, die ursprünglich komple
mentär zueinander waren, wobei die codierenden und
Templat-Stränge nicht länger komplementär sind.
Oligonukleotid-Primer für die Amplifikation eines jeden
Bisulfit-behandelten Stranges können dann konstruiert
werden. Enzymatische Amplifikation der Sequenz resultiert
im Einbau von Thymin-Nukleotiden an den Positionen, die
in der Originalsequenz Cytosin waren.
Amplifikation der mit Bisulfit-behandelten DNA, Bisulfit-
spezifische Primer verwendend, resultiert in der Bildung
eines komplementären Stranges, dessen Sequenz abhängig
ist von Methylierungs-Status der genomischen Probe und
demzufolge einzigartig gegenüber dem ursprünglichen kom
plementären Strang vor der Bisulfit-Behandlung. Die Bi
sulfit-Behandlung und nachfolgende Amplifikation resul
tiert deshalb in der Bildung von 4 einzigartigen Nuklein
säurefragmenten. Diese vier Stränge enthalten alle die
selbe Information, voraussetzend dass die Methylierung
symmetrisch gewesen ist, was heißt, dass beide Stränge
der CpG-Position methyliert worden sind. Der Methylie
rungs-Status jeder CpG-Position kann deshalb vier mal un
abhängig bewertet werden.
Gebräuchliche Verfahren zur Bewertung des Methylierungs-
Status einer in der CpG-Position mit Bisulfit umgesetzten
Sequenz enthalten chromatographische Standard-Analysen,
Hybridisierungsanalyse oder massenspektroskopische Analy
se.
Alle Verfahren erfordern die Reinigung der PCR-Produkte,
beispielsweise durch Gel-Elektrophorese, die auch direkt
zur Analyse dienen kann. In der Hybridisierungsanlyse
werden die Bisulfit-behandelten und PCR-amplifizierten
Nukleinsäuren chemisch markiert und zu komplementären O
ligonukleotiden hybridisiert. Die amplifizierten Fragmen
te werden untersucht, zwei markierte Oligonukleotide ver
wendend, eins davon ist spezifisch für unmethylierte DNA
und deshalb CpG-haltig und ein anderes, spezifisch für
methylierte DNA, welches kein CpG enthält. Die Hybridi
sierung wird dann durch ein Assay für die Markierung de
tektiert. Diese Form der Analyse kann in Form eines DNA-
Arrays durchgeführt werden, das eine Analyse von hohen
Durchsatzmengen erlaubt. Ein alternatives Verfahren, un
ter Verwendung der MALDI Massenspektrometer-Analyse von
Nukleinsäuren, ist von Kirpekar, F. et. al. "DNA sequence
analysis by MALDI mass spectrometry", Nucleic Acid Re
search: 26, 2354-9 beschrieben worden.
Das offenbarte Verfahren stellt eine neue Anwendung für
eine bestehende Form von Fluoreszenz-Assays bereit, um
eine neuartige Lösung des Problems der Analyse von che
misch modifizierter, methylierter genomischer DNA-Sequenz
bereitzustellen.
Die Verwendung von Fluoreszenz-Techniken zur Analyse
kleiner Biomoleküle ist wohlbekannt. Gegenwärtig gibt es
vier kommerziell erhältliche Verfahren für die
Röhrchenlumineszenz-Analyse (closed tube) enzymatischer
Amplifikationsprodukte. Diese sind Taqman-, Molecular
Beacons-, LightCycler- und Amplifluor-Assays. Alle basie
ren auf dem Gebrauch von Fluoreszenzresonanzenergietrans
fer (FRET). FRET ist eine Form von molekularem Energie
transfer, wobei Energie zwischen Donor- und Akzeptor-
Spezies übergeht. Energie geht strahlungslos zwischen ei
nem Akzeptor-Molekül und einem Donor-Molekül über. Der
Donor absorbiert ein Photon und überträgt dieses strah
lungslos auf das Akzeptor-Molekül, und veranlasst es da
durch zu fluoreszieren. Wenn zwei Fluorophore, deren An
regungs- und Emissions-Spektren überlappen, einander sehr
nahe sind, wird die Anregung eines Fluorophors diesen
Licht emittieren lassen bei Wellenlängen, die vom zweiten
Fluorophor absorbiert werden und ihn anregen und ihn dann
wieder veranlassen zu fluoreszieren.
Alle Verfahren, basierend auf FRET, sind durch relativ
hohe Signal-Rausch-Verhältnisse und ein gute Befähigung
zwischen positiven und negativen Reaktionen zu unter
scheiden, charakterisiert. Jedoch sind sie alle begrenzt
in dem Sinne, dass entweder eine zweifach markierte Sonde
oder Primer oder zwei separate Sonden pro Target verwen
det werden müssen. Das kompliziert die Sonden-Gestaltung
und -Synthese erheblich. Zusätzlich, weil sie alle Mar
kierungen mit schnell abklingender Fluoreszenz und brei
ten Emissionspeaks einsetzen, sind die Möglichkeiten zur
Mehrfachdetektion begrenzt. Die Erfindung schlägt die
Verwendung von Fluoreszenzpolarisation an Stelle von FRET
vor.
Die meisten Fluoreszenz-Assays nutzen die Fluoreszenz
transfereigenschaften von Donor- und Akzeptorgruppen aus,
um die Eigenschaften kleiner Biomoleküle zu beobachten.
Die Verwendung von Fluoreszenzpolarisations-Techniken war
bis vor kurzem auf kleinere Analyte im Bereich von einem
Molekulargewicht von ca. 1000 Dalton begrenzt. Diese ist
hauptsächlich bei einer Zahl von Immunoassays und für die
Messung von Mikroviskosität und molekularem Volumen be
nutzt worden. Einer der Hauptvorteile der Fluoreszenzpo
larisations-Techniken im Vergleich zu anderen Verfahren
ist, dass sie die Analyse von homogenen Lösungen erlaubt,
das heißt es besteht kein Bedarf an Reinigungsverfahren.
Der Begriff der Fluoreszenzpolarisation ist schon seit
den Jahren ab 1920 bekannt gewesen. Es ist eine Messung
von zeitgemittelten Rotationsbewegungen von fluoreszie
renden Molekülen.
Die Fluoreszenzpolariations-Technik erlaubt die Beobach
tung von Änderungen in den Rotationseigenschaften von Mo
lekülen in einer Lösung. Moleküle in Lösung rotieren und
taumeln um vielfache Achsen. Fluoreszenzpolarisation be
ruht auf der Eigenschaft, dass linear polarisiertes Licht
durch ein stationäres fluoreszierendes Molekül emittiert
wird. Wenn linear polarisiertes Licht verwendet wird, um
ein fluoreszierendes Molekül zu bestrahlen, wird das Mo
lekül linear polarisiertes Licht zwischen Anregung und
Emission nur dann emittieren, wenn es stationär ist. Größere
Moleküle, d. h. solche von größerem Molekulargewicht
und/oder Volumen, taumeln langsamer um ihre Achsen als
kleinere Moleküle. Da der Grad an Polarisation des durch
das fluoreszierende Molekül emittierte Licht von dem Grad
der Bewegung der Moleküle abhängig ist, ist es möglich
zwischen kleineren und größeren Molekülen zu unterschei
den, basierend auf dem Grad der Polarisierung des Lichts.
In Fluoreszenzpolarisations-Techniken, wird das fluores
zierende Molekül zuerst durch polarisiertes Licht ange
regt. Die Polarisation der Emission wird gemessen durch
Messung der relativen Intensität der Emission (i) paral
lel zur Ebene des polarisierten Anregungslichts und (ii)
senkrecht zur Ebene des polarisierten Anregungslichts.
Eine Änderung in der Taumelrate aufgrund einer Änderung
in Größe und/oder Starrheit wird begleitet von einer Än
derung im Verhältnis zwischen der Ebene des polarisierten
Lichts und der Ebene der emittierten Fluoreszenz, d. h.
einer Änderung in der Fluoreszenzpolarisation. Die beo
bachtete FP einer Spezies wird durch die Perrin-Gleichung
beschrieben und ist abhängig vom Verhältnis der rotatori
schen Relaxationszeit und der Fluoreszenz-Lebensdauer.
Fluoreszenzpolarisation (im weiteren als FP bezeichnet)
wird als Verhältnis von polarisiertem zu nicht polari
siertem Licht ausgedrückt. Als solches hat es einen ent
scheidenden Vorteil gegenüber anderen Formen der Fluores
zenzdetektion, da es unabhängig ist von der anfänglichen
Fluoreszenzkonzentration in der Lösung. So lange die Men
ge an Fluoreszenz noch deutlich detektierbar ist, können
exakte Ergebnisse gegeben werden. Die FP-Differenz zwi
schen komplett gebundener und komplett ungebundener DNA
stellt den vollständigen dynamischen Bereich der FP dar.
So lange eine statistisch signifikante Differenz auf die
Wechselwirkung niedermolekularer, Fluorophor-markierter
Nukleotide und solchen, eingebaut in größere Nukleinsäu
remoleküle zurückgeführt werden kann, kann FP eine nütz
liches Verfahren zur Detektion von chemischen Wechselwir
kungen sein. Jedoch wird es aufgrund der lokalen Bewegung
des Fluorophors vielleicht nicht immer möglich sein, die
Werte für die Reaktionen vorauszusagen und es wird erfor
derlich sein, diese empirisch abzuleiten.
Für ein System in welchem ein Fluorophor an eine Nuklein
säure mit geringem Molekulargewicht oder Volumen gebunden
ist und dann in einen Oligonukleotid-Primer, hybridisiert
mit einer größeren Nukleinsäure, eingebaut wird, kann die
beobachtete Fluoreszenz (P) wie folgt beschrieben werden:
P = Pmax [NTP]b + Pmin ([NTP]i - [NTP]b)
worin Pmax die beobachtete Polarisation für Fluoreszenz-
markierte NTPs ist, die in den Oligonukleotid-Primer ein
gebaut wurden. Pmin ist die beobachtete Polarisation des
nicht eingebauten, Farbstoff-markierten dNTPs, wobei
[NTP]i die anfängliche Konzentration des Fluoreszenzfarb
stoff-markierten dNTPs ist und [NTP]b ist die Konzentra
tion des eingebauten Farbstoff-markierten dNTP.
Es ist klar, dass Fluoreszenzpolarisation alle Verfahren
der Analyse von polarisiertem Licht einschließt, das von
einer Fluorophor-Gruppe emittiert wird, die an ein dNTP
gebunden oder in einer Polynukleotidgruppe vereinigt ist.
Das ist Stand der Technik und wird von M. E. Jolley, J.
Analytical Toxicology 1981 (5) 236-240 beschrieben, was
hiermit als Referenz integriert wird.
Die Anwendung von FP-Techniken zur Nukleinsäure-Analyse
wurde in der Patentanmeldung EP 0382433 B1 offenbart, die
hiermit als Referenz integriert wird. Der Gebrauch von FP
zur Nukleinsäuresequenz-Analyse wurde in den Patentveröf
fentlichungen WO 92/18650 und WO 00/11220 offenbart, wel
che hiermit als Referenz integriert werden, und welche im
Stand der Technik bekannt sind. Jedoch ist die Anwendung
der Fluoreszenzpolarisation als ein Werkzeug zur Analyse
von DNA-Methylierungsmustern bisher nicht bekannt. Die
Aufgabe der Erfindung liegt in der Analyse dieser spe
ziellen Form von Nukleinsäure-Sequenzen. Die Analysever
fahren sind gegenwärtig nur unter Verwendung von Chroma
tographie-, Hybridisierungs- und MALDI Massenspektrome
ter-Techniken möglich.
Die Erfindung ist ein Verfahren zur Detektion von DNA-
Methylierungsmustern. Der Stand der Technik besteht aus
verschiedenen Verfahren zur Analyse von mit Bisulfit um
gewandelten genomischen Sequenzen. Jedoch ziehen alle
zwangsläufig ein zweistufiges Verfahren nach sich, worin
die Bisulfit-Umsetzung von einer PCR-Amplifikation und
nachfolgender Analyse gefolgt wird. Alle gegenwärtigen
Analyse-Verfahren erfordern die Reinigung der Nukleinsäu
re-Produkte nach der enzymatischen Amplifikation, gewöhn
lich durch eine Form von Gel-Elektrophorese. Die vorlie
gende Erfindung stellt eine signifikante Verbesserung des
Standes der Technik bereit, indem die Bisulfitsequenz-
Analyse in homogener Lösung ausgeführt werden kann. Dies
gestattet die Analyse der Sequenz im geschlossenen Röhr
chen, d. h. gleichzeitig mit oder nach Beendigung der en
zymatischen Amplifikation, ohne dass eine weiteer Reini
gung notwendig ist. Zusätzlich kann das erfindungsgemäße
Verfahren an andere Diagnoseverfahren angepasst werden,
beispielsweise high density DNA-Chip-Analyse. Das erfin
dungsgemäße Verfahren stellt ein kosteneffektives Analy
severfahren bereit. Die Ergebnisse sind Minuten nach
Durchführung der methylierungsspezifischen Reaktion er
hältlich.
Die vorgeschlagene Erfindung stellt eine innovative Lö
sung des Problems dar, und zwar bereit durch Bereitstel
lung einer neuartigen Anwendung bekannter Verfahren, wel
che die folgenden Schritte umfasst:
- a) Behandlung einer Nukleinsäure-Probe mit einer chemi schen Lösung, um das nicht methylierte Cytosin zu Uracil umzusetzen,
- b) Amplifizierung der behandelten Nukleinsäure unter Ver wendung von Oligonukleotid-Primern, die für die umgesetz te Sequenz spezifisch sind,
- c) Hybridisierung genannter Amplifikate mit Oligonukleo tid-Primern,
- d) Verlängern der genannten Primer mittels Fluorophor- markierten Oligonukleotid-Sonden und Polymerase,
- e) Verdauen der Reaktionslösung mit Phosphodiesterase,
- f) Detektieren der Fluoreszenzpolarisation der markierten Nukleotide.
Die Methodik umfasst die folgenden Schritte:
Zuerst muss die genomische DNA-Probe aus Gewebe oder zel lulären Quellen isoliert werden. Bei Säugetieren, vor zugsweise Menschen, kann die DNA-Probe aus jedem Gewebe genommen werden, von dem vermutet wird, dass die Target- Region innerhalb des Genoms zu exprimieren. Für Säugetie re, vorzugsweise Menschen, können solche Quellen Zell- Linien, Blut, Sputum, Faeces, Urin, Cerebrospinalflüssig keit, in Paraffin eingebettetes Gewebe, zum Beispiel Ge webe aus Augen, Gedärme, Niere, Gehirn, Herz, Prostata, Lunge, Brust oder Leber sowie histologische Schnitte ein schließen. Die Extraktion kann mit den Mitteln erfolgen, die dem Fachmann geläufig sind, diese schließen die Ver wendung von Dertergentien, Aufschluss mit Ultraschallund Vortexing mit Glasperlen ein. In einem bevorzugten Aus führungsbeispiel findet die Extraktion jedoch in einer kleinen Menge von Öl statt, um den DNA-Verlust zu mini mieren. Wenn die Nukleinsäuren extrahiert worden sind, wird die genomische, doppelsträngige DNA zur Analyse ver wendet.
Zuerst muss die genomische DNA-Probe aus Gewebe oder zel lulären Quellen isoliert werden. Bei Säugetieren, vor zugsweise Menschen, kann die DNA-Probe aus jedem Gewebe genommen werden, von dem vermutet wird, dass die Target- Region innerhalb des Genoms zu exprimieren. Für Säugetie re, vorzugsweise Menschen, können solche Quellen Zell- Linien, Blut, Sputum, Faeces, Urin, Cerebrospinalflüssig keit, in Paraffin eingebettetes Gewebe, zum Beispiel Ge webe aus Augen, Gedärme, Niere, Gehirn, Herz, Prostata, Lunge, Brust oder Leber sowie histologische Schnitte ein schließen. Die Extraktion kann mit den Mitteln erfolgen, die dem Fachmann geläufig sind, diese schließen die Ver wendung von Dertergentien, Aufschluss mit Ultraschallund Vortexing mit Glasperlen ein. In einem bevorzugten Aus führungsbeispiel findet die Extraktion jedoch in einer kleinen Menge von Öl statt, um den DNA-Verlust zu mini mieren. Wenn die Nukleinsäuren extrahiert worden sind, wird die genomische, doppelsträngige DNA zur Analyse ver wendet.
In einer bevorzugten Ausführungsform kann die DNA vor der
chemischen Behandlung gespalten werden, und zwar durch
alle Mittel im Stand der Technik bekannten Mittel, insbe
sondere Restriktionsendonukleasen. Genannte Endonukleasen
können Cytosin in der 5'-CpG-3'-Umgebung in ihrer Erken
nungssequenz einschließen, so dass die DNA nur gespalten
wird, wenn die Cytosine in der Erkennungssequenz in der
unmethylierten Form vorliegen.
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform können die
resultierenden Schnitt-Enden der gespaltenen DNA zu kur
zen, doppelsträngigen Nukleinsäure-Sequenzen ligiert wer
den. Genannte Sequenzen, im Folgenden als "Adaptoren" be
zeichnet, können einzelsträngige überhängende Enden auf
weisen. Die Adaptoren können z. B. mittels eines thermo
labilen Ligaseenzyms, wie T4 DNA-Ligase, angehängt wer
den. Die Ligase wird dann vor der chemischen Modifikation
der DNA-Probe durch Hitze denaturiert. Die Adaptoren kön
nen eine solche Sequenz aufweisen, dass sie trotz der
chemischen Behandlung zur Unterscheidung von methylierten
und unmethylierten DNA-Sequenzen unmodifiziert bleiben.
Genannte Adaptoren können zur enzymatischen Amplifikation
der DNA-Probe verwendet werden, indem sie ein Target für
die Hybridisierung von Oligonukleotid-Primern darstellen.
Die Verwendung von Adaptor-Molekülen ist im Stand der
Technik wohl bekannt und wird deshalb nicht weiter ausge
führt.
Die Proben-DNA wird dann chemisch behandelt, um die me
thylierte Cytosin-Basen zu Uracil umzusetzen. Die chemi
sche Modifikation kann z. B. (aber nicht begrenzt auf)
mittels einer Bisulfit-Lösung erfolgen. Genannte chemi
sche Umsetzung kann mittels jeder im Stand der Technik
bekannten Form erfolgen. Das schließt die Modifikation in
Agarose-Gel oder in denaturierenden Lösemitteln ein, ist
aber nicht darauf beschränkt.
Wenn die chemische Modifikation durch Bisulfit-Behandlung
der DNA stattfindet, können die folgenden Schritte erfol
gen:
Die doppelsträngige DNA muss denaturiert werden. Dies kann durch Hitze-Denaturierung geschehen, die bei ver schiedenen Temperaturen ausgeführt wird. Für eine DNA mit hohem Molekulargewicht ist die Denaturierungs-Temperatur gewöhnlich größer als 90°C. Jedoch kann die Analyse von kleineren Fragmenten erfolgen, die keine so hohen Tempe raturen benötigen. Zusätzlich nimmt die Komplementarität zwischen den Strängen ab, wenn die Reaktion voranschrei tet und die Cytosin-Reste zu Uracil umgesetzt werden. Deshalb kann ein cyclisches Reaktionsprotokoll verschie dene Denaturierungs-Temperaturen umfassen.
Die doppelsträngige DNA muss denaturiert werden. Dies kann durch Hitze-Denaturierung geschehen, die bei ver schiedenen Temperaturen ausgeführt wird. Für eine DNA mit hohem Molekulargewicht ist die Denaturierungs-Temperatur gewöhnlich größer als 90°C. Jedoch kann die Analyse von kleineren Fragmenten erfolgen, die keine so hohen Tempe raturen benötigen. Zusätzlich nimmt die Komplementarität zwischen den Strängen ab, wenn die Reaktion voranschrei tet und die Cytosin-Reste zu Uracil umgesetzt werden. Deshalb kann ein cyclisches Reaktionsprotokoll verschie dene Denaturierungs-Temperaturen umfassen.
Die Bisulfit-Umsetzung umfasst des weiteren zwei wichtige
Schritten, der Sulfonierung des Cytosins und der nachfol
genden Deaminierung. Die Reaktionsgleichgewichte sind bei
zwei unterschiedlichen Temperaturen für jede Stufe der
Reaktion auf der richtigen Seite. Berücksichtigt man die
Reaktionskinetiken, ist es bevorzugt, dass die Reaktion
unter cyclischen Bedingungen stattfindet, mit wechselnden
Temperaturen, stattfindet. Die Temperaturen und Reakti
onszeiten, bei denen jede Stufe ausgeführt wird, können
entsprechend den spezifischen Anforderungen im Einzelfall
variiert werden. Jedoch umfasst eine bevorzugte Variante
des Verfahrens eine Temperaturänderung von 4°C (10 Minu
ten) auf 50°C (20 Minuten). Diese Art der Bisulfit-
Umsetzung ist Stand der Technik in Bezug auf WO 99/28498.
Diese chemische Umsetzung kann in jeder im Stand der
Technik bekannten Form stattfinden. Das schließt ein, ist
aber nicht begrenzt auf, die Modifizierung innerhalb von
Agarose-Gelen, in denaturierenden Lösemitteln oder inner
halb von Kapillaren.
Bisulfit-Umsetzung innerhalb von Agarose-Gel ist Stand
der Technik und wurde von Olek et al. Nucl. Acids. Res.
1996, 24, 5064-5066 beschrieben. Das DNA-Fragment wird in
Agarose-Gel eingebettet, und die Umsetzung von Cytosin zu
Uracil findet mittels Hydrogensulfit und einem Radikal
fänger statt. Die DNA kann dann amplifiziert werden, ohne
dass weitere Reinigungsschritte nötig sind.
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform kann die
DNA-Umsetzung ohne Agarose-Matrix stattfinden. Die DNA
kann bei erhöhten Temperaturen mit Hydrogensulfit und ei
nem Radikalfänger inkubiert werden. Diese Reaktion findet
in einem organischen, denaturierenden Lösemittels statt.
Beispiele für denaturierende Lösemittel umfassen, sind
jedoch nicht begrenzt auf, Polyethylenglykoldialkyl Poly
ethylenglykoldialkylether, Dioxan und substituierte Deri
vate, Harnstoff oder Derivate, Acetonitril, primäre Alko
hole, sekundäre Alkohole, tertiäre Alkohole, DMSO oder
THF.
In einer weiteren Ausführungsform wird die DNA-Probe vor
der chemischen Behandlung in eine beheizbare Kapillare
überführt, die für kleine Moleküle permeabel ist. Die Re
aktionsschritte der chemischen Modifikation können dann
in den Kapillarenröhrchen, mittels Zugabe und Entfernen
von Reagenzien durch verbundene Kapillaren ausgeführt
werden.
Im Anschluss an die chemische Behandlung können die zwei
DNA-Stränge nicht länger komplementär sein.
Fraktionen der so behandelten genomischen DNA werden dann
unter Verwendung von Oligonukleotid-Primer enzymatisch
amplifiziert. Diese Oligonukleotide, welche zum Beispiel
komplementär zum Adaptor-Molekül sein können, werden im
weiteren als Typ-A-Primer bezeichnet. Die Länge und Ges
taltung diser Primer kann für den zu analysierenden Be
reich des Genoms spezifisch sein. Als solche ist eine
große Auswahl an Primern zur Verwendung für diese Technik
geeignet. Solche Primer-Gestaltung ist Stand der Technik.
Die Amplifikation kann derartig sein, dass ein Strang des
Doppelstranges bevorzugt amplifiziert wird, d. h. dass
ein Strang in größerer Menge amplifiziert wird als der
andere.
Die amplifizierte DNA-Lösung wird dann mit thermolabilen
Enzymen behandelt. Überschüssige dNTPs werden unter Ver
wendung von Phosphatase, z. B. alkalische Garnelen-
Phosphatase, verdaut. Das Enzym wird dann mittels Hitze
behandlung denaturiert.
Das besondere der Erfindung liegt in der Analyse der mit
Bisulfit-behandelten DNA. Bei anderen Arten der Methylie
rungs-Analyse ist ein Reinigungsschritt erforderlich, be
vor die weitere Analyse der Methylierungsmuster stattfin
den kann. Einer der Vorteile der Erfindung ist jedoch,
dass die Amplifizierungsprodukte der Bisulfit-behandelten
DNA in Lösung belassen werden können.
In einer Ausführungsform, betrifft die vorliegende Erfin
dung ein Verfahren zur Detektion von methylierten Positi
onen innerhalb Cytosin-reicher Nukleinsäure-Proben. In
einer solchen Ausführungsform umfasst das Verfahren das
in Kontakt bringen der Oligonukleotid-Primer und der
Nukleotide mit der DNA-Lösung. Ein variabler Teil der
Nukleotide kann mit einem fluoreszierenden Anteil mar
kiert sein. Die vorliegende Erfindung beabsichtigt wei
terhin den Gebrauch mehrerer fluoreszierender Spezies als
Nukleotid-Markierungen, wobei jede Spezies einzigartig
ist und unter Verwendung der Fluoreszenzpolarisation se
parat beobachtet werden kann. In einer bevorzugten Aus
führungsform ist die Konzentration der fluoreszierend
markierten Nukleotide niedriger oder gleich zur erwarte
ten Target-Stellen Konzentration ausgewählt. Der Oligo
nukleotid-Primer ist derart gestaltet, um zwischen 1-10
Basen upstream der zu analysierenden Target-Stelle zu
hybridisieren. Die Primer und Sequenzen können unter zur
Hybridisierung führenden Bedingungen zusammengebracht
werden. Die Abschätzung der geeigneten Hybridisierungsbe
dingungen ist Stand der Technik. Die Primer werden dann
unter Verwendung einer thermostabilen DNA-Polymerase mit
erhöhter Effizienz für Farbstoff-markierte Nukleotide,
beispielsweise Ampli Taq, verlängert. In einer bevorzug
ten Ausführungsform findet dann die Primer-Extension die
ser Primer mit den Fluoreszenz-markierten Nukleotiden
statt.
Nach der erfolgten Primer-Extensionsreaktion, wird die
Reaktionslösung mit einer Phosphodiesterase behandelt,
wobei dieses Enzym die DNA in einer 5'- zu 3'-Richtung
verdaut. Der Verdau wird ausgeführt um alle nicht spezi
fischen Nebenprodukte abzubauen, z. B. Typ-A-Primer, die
am Amplifikat hybridisiert haben und mittels der Fluo
rophor-markierten Nukleotide verlängert wurden. Der Ein
bau der Fluorophor-markierten Nukleotide in ein solches
Produkt führt zu einem Anstieg der Fluoreszenzpolarisati
on und ergibt falsch-positive Ergebnisse. Die Typ-B-
Oligonukleotide können derat gestaltet werden, dass eine
blockierende Gruppe, wie ein Thiophosphat oder Me
thylphosphonate oder ihre Alkylderivate ohnen daruf be
schränkt zu sein, eine oder mehrere Basenpositionen be
setzt. Wenn diese in der Folge der Phosphodiesterase aus
gesetzt werden, findet der Verdau nur bis zur blockierten
Basenposition statt. In einer bevorzugten Ausführungsform
werden die Typ-A-Oligonukleotid-Primer und deren sein Ex
tensionsprodukt vollständig verdaut.
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform wird die
Fluoreszenzpolarisation der fluoreszierend markierten
Nukleotide vor dem Einbau in die DNA-Duplex gemessen. Die
Fluoreszenzpolarisation des fluoreszierend markierten
Nukleotids wird dann nach dem Einbau in die DNA-Duplex
gemessen. Ein Anstieg der FP korelliert mit dem Einbau
der markierten Nukleotide in die Primer-Extension. Dieses
Verfahren erlaubt die Analyse von Nukleinsäuren, die ei
ner Normierung von Reaktionsbedingungen nicht zugänglich
sind.
In einer weiteren Ausführungsform können die Nukleotide
die Form von Dideoxynukleotiden (ddNTPs) haben. In einer
solchen Ausführungsform wird der Einbau der Dideoxynukle
otid-Nukleotide in die Primer-Extension die Primer-
Extensionsreaktion beenden. In einer weiteren bevorzugten
Ausführungsform kann ein variabler Anteil des Nukleotids
ddNTPs sein.
Es wird in Betracht gezogen, alle Reaktionsschritte in
einem einzelnen Behälter stattfinden zu lassen. In einer
weiteren Ausführungsform des Verfahrens kann die Reaktion
an Feststoffoberflächen gebunden stattfinden. In einer
weiteren bevorzugten Ausführungsform kann die genannte
Primer-Extensionsreaktion durch eine Polymeraseketten
reaktion ersetzt werden. In dieser Ausführungsform würden
die markierten Nukleotide in die amplifizierten Sequenzen
eingebaut werden und zu einem Anstieg der Fluoreszenzpo
larisation führen. In einer solchen Ausführungsform ist
es vorteilhaft, dass die Konzentration an markierten
Nukleotiden im Überschuss zur ursprünglichen Target-
Sequenz ist. In einer solchen Ausführungsform können die
Nukleotide während mehrfacher PCR-Zyklen eingebaut wer
den, um so einen Anstieg des Signals zu bewirken.
In einer weiteren Ausführungsform kann die Erfindung die
Form eines Kits annehmen. Die Komponenten dieses Kits
sollten Behältnisse für folgende Substanzen in ausrei
chender Menge umfassen, um die Ausführungsbeispiele aus
zuführen:
- 1. Nukleinsäure-Primer
- 2. Fluorophor-markierte Nukleotide
- 3. Eine DNA-Polymerase, die mit dem Primer, Probe und Nukleotid reagiert, um eine 3'-Extension eines Polynukleo tids zu erzeugen
- 4. Gebrauchsanweisung
- 5. Reagenzien für die Bisulfit-Umsetzung der Proben-DNA zur Bisulfit-Sequenz
Der Begriff "Gebrauchsanweisung" sollte einen fassbaren
Ausdruck abdecken, um die Reagenz-Konzentration für das
Assay-Verfahren, Parameter wie die relative Menge der zu
sammen zu führenden Reagenzien, Reaktionszeiten für Rea
genzien/Proben-Mischungen, Temperatur, Puffer-Bedingungen
und dergleichen zu beschreiben.
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform kann ein
variabler Anteil der Nukleotide die Form von Dideoxy
nukleotiden haben.
Zahlreiche Varianten von Fluorophoren sind zur Verwendung
für Fluoreszenzpolarisations-Techniken geeignet. Die Aus
wahl geeigneter Fluorophore ist Stand der Technik. Bevor
zugte Fluorophore umfassen, aber sind nicht begrenzt auf
5'-Carboxyfluorescein (FAM), 6-Carboxy-X-rhodamin (ROX);
N,N,N'N'-Tetramethyl-6-carboxy-X-rhodamin (TMR); BODIPY-
Texas-Red (BTR), CY5, CY3, FITC, DAPI, HEX und TET. Die
Anlagerung der fluoreszierenden Marker an das Nukleotid
ist Stand der Technik. In einer bevorzugten Ausführungs
form der Erfindung, wird die Länge der Linker, welche
verwendet werden um den Fluorophor an die Basen der Nuk
leinsäuren anzulagern, so klein wie möglich gehalten, um
eine maximale Starrheit zu erreichen. Kurze und/oder
starre Linker halten die Bewegung der Fluorophore, rela
tiv zum Oligonukleotid, auf einem Minimum. Das ermöglicht
eine Steigerung der Empfindlichkeit des Assays.
Die Empfindlichkeit des Assays kann auch dadurch erhöht
werden, dass die rotatorische Bewegungsfähigkeit der Bi
sulfit-behandelten DNA oder des Primers durch Erhöhung
deren Masse verringert wird. In einer bevorzugten Ausführungsform
kann die Erhöhung der Masse durch Bindung der
amplifizierten DNA an kleine Glaskugeln, kleine Latex-
Kugeln sowie hydrophil-funktionalisierte Makromoleküle
oder Dendrimere erreicht werden. Die Bindung solcher Mo
leküle wird in der Patentanmeldung WO 0023785 beschrie
ben, welche hiermit durch Bezugnahme Teil der Offenbarung
wird.
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform können die
Primer vor Hybridisierung mit Bisulfit-behandelter DNA an
einer Oberfläche immobilisiert sein. Die Oberfläche oder
feste Phase kann z. B., ohne darauf beschränkt zu sein,
eine Kugel (bead), ein Microplate-Well oder ein DNA-Chip
sein. In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform kön
nen auch andere Reagenzien der Reaktion, wie die Polyme
rase, an die Oberfläche gebunden werden. In dieser Aus
führungsform können alle Reagenzien an einer Microplate-
Well fixiert werden, so dass das Assay einfach durch Zu
gabe geeigneter Puffer und der Bisulfit-behandelten DNA-
Probe ausgeführt werden kann.
Es wird vorausgesetzt, dass dieses Verfahren für die Ana
lyse genomischer DNA-Proben mit hohem Durchsatz verwendet
wird. Deshalb umfassen die Ansprüche auch ein Verfahren
zur Analyse von Daten unter Verwendung von Rechneranla
gen. In einer bevorzugten Ausführungsform kann diese Vor
richtung eine oder mehrere Datenbanken umfassen. In einer
weiterhin bevorzugten Ausführungsform kann diese Vorrich
tung einen oder mehrere "lernende Algorithmen" umfassen.
Fig. 1: Inkorporations-Assay:
A - Genomisches DNA-Fragment, worin die Target-Sequenz methyliert ist;
B - Genomisches DNA-Fragment, worin die Target-Sequenz nicht methyliert ist.
A - Genomisches DNA-Fragment, worin die Target-Sequenz methyliert ist;
B - Genomisches DNA-Fragment, worin die Target-Sequenz nicht methyliert ist.
Die genomische DNA wird chemisch so modifiziert, dass un
methylierte Cytosin-Basen zu Uracil (1) umgesetzt werden.
Die Target-Stelle wird durch Polymerasekettenreaktion (2)
amplifiziert. Die Amplifikation kann so durchgeführt wer
den, dass nur ein Strang amplifiziert wird. Die amplifi
zierte Sequenz unterscheidet sich von genomischer Sequenz
dadurch, dass methyliertes Cytosin durch Thymin ersetzt
wird, weshalb die doppelten Stränge der DNA nicht länger
komplementär sein können.
Die überschüssigen Nukleotide können dann mittels einer
Phosphatase (3) verdaut werden. Der Oligonukleotid-Primer
(5) und Farbstoff-markierte Nukleotide (6) werden dann
mit dem Amplikon in Kontakt gebracht. Der Primer wird mit
dem Amplikon hybridisiert, und zwar in einem Abstand von
1-10 Basen zur der Stelle, die analysiert werden soll und
unter Verwendung von Farbstoff-markierten Nukleotiden (7)
verlängert. Die Reaktionslösung wird mittels Phospho
diesterase verdaut und die Fluoreszenzpolarisation einer
jeden Markierung gemessen (8).
Fig. 2: Messung der Fluoreszenzpolarisation:
Nicht polarisiertes Licht (1) einer Lichtquelle (2) wird durch Polarisations- und Farbfilter (3) geleitet. Das li near polarisierte Licht (4A) wird dann vor dem Nukleotid- Einbau durch die Reaktionslösung geleitet. Das polari sierte Licht regt den Fluoreszenzmarker (5), gebunden an das Nukleotid (6), derart an, dass der Fluoreszenzmarker Licht emittiert (7). Da das Nukleotid frei in Lösung ist, hat dieses und der Fluoreszenzmarker ein hohes Maß an Be wegung, und die Emissionen sind nicht polarisiert (7).
Nicht polarisiertes Licht (1) einer Lichtquelle (2) wird durch Polarisations- und Farbfilter (3) geleitet. Das li near polarisierte Licht (4A) wird dann vor dem Nukleotid- Einbau durch die Reaktionslösung geleitet. Das polari sierte Licht regt den Fluoreszenzmarker (5), gebunden an das Nukleotid (6), derart an, dass der Fluoreszenzmarker Licht emittiert (7). Da das Nukleotid frei in Lösung ist, hat dieses und der Fluoreszenzmarker ein hohes Maß an Be wegung, und die Emissionen sind nicht polarisiert (7).
Das markierte Nukleotid wird dann in eine größere Nuk
leinsäure (8) eingebaut. Aufgrund des Anstiegs des Mole
kulargewichts hat der Fluoreszenzmarker jetzt ein gerin
geres Maß an Bewegung. Daher weisen die Emissionen (9)
einen höheren Grad an Polarisation auf, wenn die Anregung
durch linear polarisiertes Licht (4B) erfolgt. Die Emis
sionen werden dann durch Polarisations- und Farbfilter
geleitet (10). Die Emissionen werden mittels eines Fluo
rimeters gemessen (11).
Fig. 3: Phosphodiesterase-Verdau von Nebenprodukten:
Das Amplifikat (1) mit der Target-Stelle (2) wird mit ei nem Typ-B-Oligonukleotid-Primer (3) hybridisiert. Das Typ-B-Oligonukleotid (3) trägt eine Gruppe (4), die den Nuklease-Verdau blockiert, und das Oligonukleotid (3) wird mittels Fluoreszenz-markierten Nukleotiden (5A) ver längert. Ein Typ-A-Oligonukleotid (6) aus einer vorherge henden Reaktion hat sich auch an das Amplifikat angela gert und ist mittels fluoreszenzmarkierter Nukleotide (5B) verlängert worden, was zu einem Anstieg der Fluoreszenzpolarisation führt, die unabhängig vom Status der Target-Stelle ist.
Das Amplifikat (1) mit der Target-Stelle (2) wird mit ei nem Typ-B-Oligonukleotid-Primer (3) hybridisiert. Das Typ-B-Oligonukleotid (3) trägt eine Gruppe (4), die den Nuklease-Verdau blockiert, und das Oligonukleotid (3) wird mittels Fluoreszenz-markierten Nukleotiden (5A) ver längert. Ein Typ-A-Oligonukleotid (6) aus einer vorherge henden Reaktion hat sich auch an das Amplifikat angela gert und ist mittels fluoreszenzmarkierter Nukleotide (5B) verlängert worden, was zu einem Anstieg der Fluoreszenzpolarisation führt, die unabhängig vom Status der Target-Stelle ist.
Die Reaktionslösung wird mittels Phosphodiesterase (7)
verdaut, die vom 5'-Ende zum 3-Ende verdaut. Das Typ-A-
Primer-Nebenprodukt wird vollständig verdaut (8), die
Fluoreszenz-markierten Nukleotide werden in die Lösung
freigesetzt und die Fluoreszenzpolarisation verringert
sich. Das Typ-B-Oligonukleotid-Produkt wird nur teilweise
verdaut (9), da der vollständige Verdau durch die Gruppe
(4) blockiert ist. Da die Fluoreszenz-markierten Nukleo
tide noch immer in einem größeren Molekül eingebaut sind,
ist die Fluoreszenzpolarisation hoch.
Sanchez-Cespedes, M. et al., "Gene promoter hyper
methylation in tumours and serum of head and neck
cancer patients", Cancer Res. 2000, Feb. 15; 60 (4):
892-5
Garcia, J. F. et al., "Loss of p16 protein expres sion associated with methylation of the p16INK4A gene is a frequent finding in Hodgkin's disease", Lab. invest. 1999 Dec; 79 (12): 1453-9
Yanagisawa, Y. et al., "Methylation of the hMLH1 promoter in familial gastric cancer with microsatel lite instability", Int. J. Cancer 2000, Jan 1; 85 (1): 50-3
Zeschnigh et al., "Imprinted segments in the human genome: different DNA methylation patterns in the Prader Willi/Angelman syndrome region as determined by the genomic sequencing method", Human Mol. Genet ics (1997) (6) 3 pp 387-395
Tuck-Muller et al., "CMDNA hypomethylation and un usual chromosome instability in cell lines from ICF syndrome patients", Cytogenet. Call genet. 2000; 89(1-2): 121-8
Chen, T. C. et al., "Dermatofibroma is a clonal pro liferative disease", J. Cutan Pathol. 2000 Jan; 27 (1): 36-9
Lee, S. D. et al., "Monoclonal endothelial cell proliferation is present in primary but not secon dary pulmonary hypertension", J. clin. Invest. 1998, Mar 1, 101 (5): 927-34
Klauck, S. M. et al., "Molecular genetic analysis of FMR-1 gene in a large collection of autistic pa tients", Human Genet. 1997 Aug; 100 (2): 224-9
Hornstra, I. K. et al., "High resolution methylation analysis of the FMR1 gene trinucleotide repeat re gion in fragile X syndrome", Hum. Mol. Genet. 1993 Oct, 2(10): 1659-65
Ferluga, J. et al., "Possible Organ and age related epigenetic factors in Huntington's disease and colo rectal carcinoma", Med. hypotheses 1989 May; 29(1); 51-4
Bird, A. P., Southern, E. M., J. Mol. Biol. 118, 27-47
Shemer, R. et al., PNAS 93, 6371-6376
Kirpekar, F. et al., "DNA sequence analysis by MALDI mass spectrometry", Nucleic Acid Research; 26, 2354-9
Jolley, M. E., J. Analytical Toxicology, 1981 (5), 236-240
Garcia, J. F. et al., "Loss of p16 protein expres sion associated with methylation of the p16INK4A gene is a frequent finding in Hodgkin's disease", Lab. invest. 1999 Dec; 79 (12): 1453-9
Yanagisawa, Y. et al., "Methylation of the hMLH1 promoter in familial gastric cancer with microsatel lite instability", Int. J. Cancer 2000, Jan 1; 85 (1): 50-3
Zeschnigh et al., "Imprinted segments in the human genome: different DNA methylation patterns in the Prader Willi/Angelman syndrome region as determined by the genomic sequencing method", Human Mol. Genet ics (1997) (6) 3 pp 387-395
Tuck-Muller et al., "CMDNA hypomethylation and un usual chromosome instability in cell lines from ICF syndrome patients", Cytogenet. Call genet. 2000; 89(1-2): 121-8
Chen, T. C. et al., "Dermatofibroma is a clonal pro liferative disease", J. Cutan Pathol. 2000 Jan; 27 (1): 36-9
Lee, S. D. et al., "Monoclonal endothelial cell proliferation is present in primary but not secon dary pulmonary hypertension", J. clin. Invest. 1998, Mar 1, 101 (5): 927-34
Klauck, S. M. et al., "Molecular genetic analysis of FMR-1 gene in a large collection of autistic pa tients", Human Genet. 1997 Aug; 100 (2): 224-9
Hornstra, I. K. et al., "High resolution methylation analysis of the FMR1 gene trinucleotide repeat re gion in fragile X syndrome", Hum. Mol. Genet. 1993 Oct, 2(10): 1659-65
Ferluga, J. et al., "Possible Organ and age related epigenetic factors in Huntington's disease and colo rectal carcinoma", Med. hypotheses 1989 May; 29(1); 51-4
Bird, A. P., Southern, E. M., J. Mol. Biol. 118, 27-47
Shemer, R. et al., PNAS 93, 6371-6376
Kirpekar, F. et al., "DNA sequence analysis by MALDI mass spectrometry", Nucleic Acid Research; 26, 2354-9
Jolley, M. E., J. Analytical Toxicology, 1981 (5), 236-240
EP 0382433 B1
WO 92/18650
WO 00/11220
WO 99/28498
WO 92/18650
WO 00/11220
WO 99/28498
Claims (16)
1. Verfahren zur Analyse der Methylierung von Cytosin-
Basen in genomischen DNA-Proben, die folgenden
Schritte umfassend:
- a) die genomische DNA wird in einer solchen Art chemisch behandelt, dass Cytosin zu Uracil oder ei ner gleichartigen Base bezüglich des Basenpaarungs verhaltens in der DNA-Duplex umgesetzt wird, 5- Methylcytosin bleibt jedoch unverändert;
- b) die chemisch behandelte DNA wird unter Verwen dung von mindestens einer Oligonukleotid-Spezies (Typ A) als Primer in einer Polymerasereaktion amplifiziert;
- c) das Amplifikat wird mit einer oder mehreren Spe zies von Fluorophor-markierten Nukleotiden und einer oder mehreren Oligonukleotid-Spezies (Typ B) in der Lösung belassen, worin das Typ B Oligonukleotid un ter geeigneten Bedingungen mit seinem 3'-Ende direkt an oder bis zu 10 Basen von der zu untersuchenden Position entfernt, hybridisiert und worin genanntes Typ B Oligonukleotid zumindest teilweise nukleasere sistent ist;
- d) das hybridisierte Oligonukleotid (Typ B) wird mittels einer Polymerase durch mindestens ein Nukle otid verlängert, wodurch die Extension vom Methylie rungsstatus der jeweiligen Cytosin-Position in der genomischen DNA-Probe abhängig ist;
- e) die Lösung wird mit einer Phosphodiesterase in kubiert, die geeignet ist Nukleinsäuren zu verdauen, jedoch die Typ B Oligonukleotide und deren Extensi onsprodukte unvollständig verdaut;
- f) die Fluoreszenzpolarisation der Lösung wird ge messen, wobei man für jeden verwendeten Fluoreszenz marker den Grad der Polarisation bestimmt.
2. Verfahren nach Anspruch 1, worin alle oder ein vari
abler Anteil der Fluorophor-markierten Nukleotide
Dideoxynukleotide sind.
3. Verfahren nach den Ansprüchen 1 und 2, wobei nach
der Polymerase-Amplifikation der Bisulfit-DNA die
Nukleotide der Polymerase-Reaktion mittels einer
Phosphatase vermindert werden und die Phosphatase
nachfolgend thermisch denaturiert wird.
4. Verfahren nach den Ansprüchen 1 und 2, worin die
Fluoreszenzpolarisation der Fluorophor-markierten
Nukleotide und/oder Dideoxynukleotide vor dem Einbau
in die DNA-Duplex und wiederum nach Einbau in die
DNA-Duplex gemessen wird.
5. Verfahren nach Anspruch 4, wobei die Primer-
Extension durch einen Anstieg der Fluoreszenzpolari
sation detektiert wird.
6. Verfahren nach den Ansprüchen 1 und 2, worin genann
tes Fluorophor ausgewählt wird aus der Gruppe beste
hend aus 5'-Carboxyfluorescein, 6-Carboxy-X-
rhodamin, N,N,N',N'-Tetramethyl-6-carboxy-X-
rhodamin, BODIPY, TexasRed, Cy3, Cy5, FITC, DAPI,
HEX und TET.
7. Verfahren nach den Ansprüchen 1 und 2, wobei die
DNA-Probe vor der Bisulfit-Behandlung mit Restrikti
onsendonukleasen gespalten wird.
8. Verfahren nach den Ansprüchen 1 und 2, wobei die
DNA-Probe aus menschlichen Quellen, z. B. Zell-
Linien, Blut, Sputum, Faeces, Urin, Gehirn, Ce
rebrospinalflüssigkeit, in Paraffin eingebettetes
Gewebe, zum Beispiel Augengewebe, Gedärme, Niere,
Gehirn, Herz, Prostata, Lunge, Brust oder Leber,
histologische Schnitte und allen möglichen Kombina
tionen, isoliert wird.
9. Verfahren nach den Ansprüchen 1 und 2, worin die
Fluoreszenzpolarisation der enzymatisch amplifizier
ten DNA direkt in dem Behälter gemessen wird, in dem
die Polymerase-Reaktion durchgeführt wurde.
10. Verfahren nach den Ansprüchen 1 und 2, worin die Typ
B Primer vor der Hybridisierung mit dem Amplifikat
an Oberflächen immobilisiert werden.
11. Verfahren nach den Ansprüchen 1 und 2, worin die Bi
sulfit-behandelte DNA vor der Hybridisierung mit den
Fluorophor-markierten Nukleotiden an einer Oberfläche
immobilisiert wird.
12. Verfahren nach den Ansprüchen 10 und 11, wobei die
Oberfläche Silikon, Glas, Polystyrol, Aluminium,
Stahl, Eisen, Kupfer, Nickel, Silber oder Gold um
fasst.
13. Verfahren nach den Ansprüchen 1 und 2, wobei die ü
ber den Methylierungs-Status der Target-Stelle er
zeugte Information einer Rechneranlage bereitge
stellt wird, welche eine oder mehrere Datenbanken
umfasst.
14. Verfahren nach den Ansprüchen 1 und 2, wobei die ü
ber den Methylierungs-Status der Target-Stelle er
zeugte Information einer Rechneranlage bereitge
stellt wird, welche eine oder mehrere lernende Algo
rithmen umfasst.
15. Diagnostik-Kit umfassend:
- a) einen oder mehrere Oligonukleotid-Primer, gestal tet, um mit Bisulfit-behandelter DNA-Sequenz inner halb von 1-10 Basen 3' von der Target-Stelle zu hybridisieren;
- b) wenigstens eine Nukleotid-Spezies, worin jede Nukleotid-Spezies kovalent mit einem einzigartigen Fluorophor verknüpft ist;
- c) DNA-Polymerase, die mit dem Oligonukleotid-Primer und Nukleotiden reagiert, um eine 3'-Extension des Primers herzustellen.
16. Kit nach Anspruch 14, worin alle oder ein variabler
Anteil der Fluorophor-gebundenen Nukleotide in der
Form von Dideoxynukleotiden vorliegen.
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DE10104938A DE10104938B4 (de) | 2001-01-29 | 2001-01-29 | Fluoreszenzpolarisation 1 |
EP02718057A EP1358358A2 (de) | 2001-01-29 | 2002-01-29 | Analyse des methylierungsmusters in genomischer dna mit hilfe von bisulphitbehandlung und fluoreszenzpolarisationstechnik |
US10/470,695 US20040161763A1 (en) | 2001-01-29 | 2002-01-29 | Fluroscence polarisation |
AU2002249148A AU2002249148A1 (en) | 2001-01-29 | 2002-01-29 | Analysis of methylation patterns in genomic dna using bisulfite treatment and fluorescence polarisation assay techniques |
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WO (1) | WO2002061124A2 (de) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2004022779A2 (de) * | 2002-09-01 | 2004-03-18 | Epigenomics Ag | Verfahren zum nachweis von nukleinsäuresequenzen mittels spaltbarer sondenmoleküle |
EP2186912A3 (de) * | 2005-11-08 | 2011-01-19 | Euclid Diagnostics LLC | Materialien und Verfahren zur Prüfung auf Methylierung von mit Genen assoziierten CpG-Inseln bei der Diagnostizierung von Krebs |
Families Citing this family (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US7288373B2 (en) | 2003-05-02 | 2007-10-30 | Human Genetic Signatures Pty Ltd. | Treatment of methylated nucleic acid |
EP1644519B1 (de) * | 2003-07-04 | 2008-12-31 | Johnson & Johnson Research Pty Limited | Verfahren zum nachweis von alkyliertem cytosin in dna |
ES2281743T3 (es) * | 2003-12-16 | 2007-10-01 | Bayer Healthcare Llc | Ensayo para detectar el estado de metilacion por extension con iniciadores especificos de metilacion (mspe). |
EP1632578A1 (de) * | 2004-09-03 | 2006-03-08 | Roche Diagnostics GmbH | Methode zur Dekontamination der DNA |
WO2015013521A1 (en) * | 2013-07-24 | 2015-01-29 | Brandeis University | Dna methylation analysis |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6022686A (en) * | 1989-02-07 | 2000-02-08 | Zeneca Limited | Assay method |
Family Cites Families (13)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5518900A (en) * | 1993-01-15 | 1996-05-21 | Molecular Tool, Inc. | Method for generating single-stranded DNA molecules |
US5503980A (en) * | 1992-11-06 | 1996-04-02 | Trustees Of Boston University | Positional sequencing by hybridization |
US5786139A (en) * | 1994-12-09 | 1998-07-28 | Panvera Corporation | Method and kit for detecting nucleic acid cleavage utilizing a covalently attached fluorescent tag |
US5641633A (en) * | 1995-11-15 | 1997-06-24 | Becton, Dickinson And Company | Fluorescence polarization detection of nucleic acids |
US5786146A (en) * | 1996-06-03 | 1998-07-28 | The Johns Hopkins University School Of Medicine | Method of detection of methylated nucleic acid using agents which modify unmethylated cytosine and distinguishing modified methylated and non-methylated nucleic acids |
US5866336A (en) * | 1996-07-16 | 1999-02-02 | Oncor, Inc. | Nucleic acid amplification oligonucleotides with molecular energy transfer labels and methods based thereon |
US6059724A (en) * | 1997-02-14 | 2000-05-09 | Biosignal, Inc. | System for predicting future health |
US6251594B1 (en) * | 1997-06-09 | 2001-06-26 | Usc/Norris Comprehensive Cancer Ctr. | Cancer diagnostic method based upon DNA methylation differences |
JP3948503B2 (ja) * | 1997-08-01 | 2007-07-25 | 誠 鶴岡 | 蛍光偏光法による核酸の測定方法およびVero毒素生産菌の検出方法 |
DE19754482A1 (de) * | 1997-11-27 | 1999-07-01 | Epigenomics Gmbh | Verfahren zur Herstellung komplexer DNA-Methylierungs-Fingerabdrücke |
US6180408B1 (en) * | 1998-08-21 | 2001-01-30 | Washington University | Fluorescence polarization in nucleic acid analysis |
DE10029914A1 (de) * | 2000-06-19 | 2002-01-03 | Epigenomics Ag | Verfahren zur hochparallelen Analyse von Polymorphismen |
DE10104937B4 (de) * | 2001-01-29 | 2005-03-17 | Epigenomics Ag | Fluoreszenzpolarisation 2 |
-
2001
- 2001-01-29 DE DE10104938A patent/DE10104938B4/de not_active Expired - Fee Related
-
2002
- 2002-01-29 EP EP02718057A patent/EP1358358A2/de not_active Withdrawn
- 2002-01-29 US US10/470,695 patent/US20040161763A1/en not_active Abandoned
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- 2002-01-29 AU AU2002249148A patent/AU2002249148A1/en not_active Abandoned
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6022686A (en) * | 1989-02-07 | 2000-02-08 | Zeneca Limited | Assay method |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
A novel procedure for efficient genotyping of single nucletide polymorphisms. SAUER,S. u.a., Nucleic Acids Res. (2000) 28 (5) e13i-viii * |
Rapid quantitation of methylation differences at specific sites using methylation-sensitive single nucleotide primer extension (Ms-SNuPE). Gonzalgo, M.L. & Jones, P.A., Nucleic Acids Res. (1997) 25, 2529-2531 * |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2004022779A2 (de) * | 2002-09-01 | 2004-03-18 | Epigenomics Ag | Verfahren zum nachweis von nukleinsäuresequenzen mittels spaltbarer sondenmoleküle |
WO2004022779A3 (de) * | 2002-09-01 | 2004-06-03 | Epigenomics Ag | Verfahren zum nachweis von nukleinsäuresequenzen mittels spaltbarer sondenmoleküle |
EP2186912A3 (de) * | 2005-11-08 | 2011-01-19 | Euclid Diagnostics LLC | Materialien und Verfahren zur Prüfung auf Methylierung von mit Genen assoziierten CpG-Inseln bei der Diagnostizierung von Krebs |
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