CN1954068A - Hla－结合肽，其前体，编码这些肽序列的dna片段和重组载体 - Google Patents

Hla－结合肽，其前体，编码这些肽序列的dna片段和重组载体 Download PDF

Info

Publication number
CN1954068A
CN1954068A CN200580013767.7A CN200580013767A CN1954068A CN 1954068 A CN1954068 A CN 1954068A CN 200580013767 A CN200580013767 A CN 200580013767A CN 1954068 A CN1954068 A CN 1954068A
Authority
CN
China
Prior art keywords
leu
ala
val
gly
thr
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN200580013767.7A
Other languages
English (en)
Other versions
CN1954068B (zh
Inventor
宫川知也
宇高惠子
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Kochi University NUC
NEC Corp
Original Assignee
Kochi University NUC
NEC Corp
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Kochi University NUC, NEC Corp filed Critical Kochi University NUC
Publication of CN1954068A publication Critical patent/CN1954068A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN1954068B publication Critical patent/CN1954068B/zh
Expired - Fee Related legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/46—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
    • C07K14/47—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
    • C12N2770/00011—Details
    • C12N2770/24011—Flaviviridae
    • C12N2770/24211—Hepacivirus, e.g. hepatitis C virus, hepatitis G virus
    • C12N2770/24222—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)

Abstract

本发明提供一种与HLA－A型分子结合的HLA－结合肽，所述HLA－结合肽包含至少一种选自SEQ ID NOS：1－183的氨基酸序列，不少于8个且不多于11个氨基酸残基。通过预测程序，利用图1中所述的积极学习实验方法，所有氨基酸序列被预测具有与人HLA－A型分子的结合性质。

Description

HLA-结合肽，其前体，编码这些肽序列的DNA片段和重组载体
技术领域
本发明涉及HLA-结合肽，其前体，编码这些肽序列的DNA片段和重组载体。
背景技术
当感染病毒，诸如丙型肝炎病毒(HCV)时，在天生免疫系统防卫之后，就会诱导病毒特异的免疫反应以消除所述病毒。
当诱导特异性免疫反应时，分离的病毒粒子通过中和抗体丧失其传染性，并随后被消除。换言之，病毒感染的细胞由细胞毒性T淋巴细胞(CTLs)裂解。CTL将HLA I型分子呈递的表位肽识别成抗原。这种表位肽长度上有8-11个氨基酸。因此，为了开发针对病毒的治疗性疫苗，至关重要的是鉴别病毒表位肽。
这种技术从专利公报1是公知的。专利公报1描述了形成自特异性氨基酸序列的寡肽具有与HLA结合的性质。
[专利公报1]日本专利申请公开No.H8-151396(1996)
发明内容
然而，上述专利公报中所述的常规技术在下述几点尚有改进的余地。
首先，不清楚上述公报中的HLA-结合肽是否与HLA分子有效结合，因此仍有改进与HLA结合的性质的余地。
其次，上述公报叙述了其中的HLA-结合肽具有与HLA-DQ4结合的性质。然而，尚不清楚该肽是否与HLA-A2型分子(HLA-A*0201基因产物等)结合，该分子在欧美人中是常见的，以及是否与HLA-A24型分子(HLA-A*2402基因产物等)结合，该分子在日本人是常见的。
在上述情形下，实现了本发明，并且提供对特异类型的HLA分子显示高亲和性结合的HLA-结合肽。
根据本发明，提供了与HLA-A型分子结合的HLA-结合肽，其含有至少一种氨基酸序列并且由不少于8个且不多于11个氨基酸残基组成，所述氨基酸序列选自SEQ ID NOS：1-183。
而且，根据本发明，提供了含有至少一种氨基酸序列的HLA-结合肽，所述氨基酸序列选自SEQ ID NOS：1，2，3，5，8，12，13，14，16，17，18，19，22，23，25，27，34，37，38，40，42，45，48，49，52，53，54，55，56，58，59，60，61，62，63，64，65，67，71，72，74，75，76，84，86，87，90，91，92，93，94，96，97，98，100，101，102，104，106，107，108，109，110，112，123，124，126，127，131，132，133，134，135，136，137，139，141，142，146，147，149，150，152，162，170，173，176，177，和179。
此外，根据本发明，提供了与HLA-A型分子结合的HLA-结合肽，其含有一种氨基酸序列并且由不少于8个且不多于11个氨基酸残基，所述氨基酸序列是在上述HLA-结合肽中所含的氨基酸序列基础上，通过缺失，替换，或添加一个或两个氨基酸残基而形成的。
以此，含有一种氨基酸序列的构建体也可显示与上述HLA-结合肽相似的效果，所述氨基酸序列是在具有与HLA-A型分子结合的性质的特异氨基酸序列中，通过缺失，替换，或添加一个或数个氨基酸残基而形成的。
而且，根据本发明，提供了含有为上述HLA-结合肽编码的DNA序列的DNA区段。
此外，根据本发明，提供了含有为上述HLA-结合肽编码的DNA序列的重组载体。
而且，根据本发明，提供了在哺乳动物体内变成上述HLA-结合肽的HLA-结合肽前体。
根据本发明，由于包括特异氨基酸序列，可获得在与HLA-A型分子结合方面具有优异性质的HLA-结合肽。
附图简述
上述目的，其他目的，特征和优点从下文所述的优选实施方案，参照附图可变得更加显而易见。
[图1]示意图用于说明实施方案中所用的积极学习实验设计。
实施本发明的最佳方式
实施本发明的方式参照附图解释如下。在所有附图中，相同的组成元件以相同的标号和符号表示，以便不会重复解释。
<实施方案1>
在该实施方案中，含有一种氨基酸序列并由不少于8个且不多于11个氨基酸残基组成的肽用作HLA-结合肽的候选物，利用积极学习实验方法(日本专利申请公开No.H11-316754(1999))得到假设，通过该假设预测，所述氨基酸序列与HLA分子结合的-log Kd值为3或以上。根据结合实验的结果，已确认这些肽真正为HLA-结合肽。
结果，可有效获得大量HLA-结合肽，由于它们含有一种氨基酸序列，其在与HLA-A型分子结合方面具有优异性质，所述氨基酸序列与HLA分子结合的-log Kd值为3或以上。
具体而言，与该实施方案有关的HLA-结合肽为与HLA-A型分子结合，含有至少一种氨基酸序列(选自SEQ ID NOS：1-183，这将在下文描述)，并由不少于8个且不多于11个氨基酸残基组成的HLA-结合肽。
在人HLA-A型中，约50％的日本人为HLA-A24型。对于欧美人，诸如德国人，为HLA-A2型。
所有在此所述的序列为由HCV(丙型肝炎病毒)某基因组蛋白中所含的9个氨基酸残基组成的序列。
序列SEQ ID NOS：1-44示于下表1。
表1
HLA-A24-结合肽
SEQ ID NO    D90208预测分     预测分   SEQ名称  结合实验数据
    1     ILPCSFTFL     6.9039     674     7.6571
    2     VILDSFDPI     6.293     2251     5.32417
    3     RYAPVCKPL     6.2755     2132     6.14848
    4     FWAKHMWNF     6.0822     1760
    5     ALYDVVSTL     6.0484     2593     6.38942
    6     TVLSDFKTW     6.0021     1986
    7     PYIEQGMQL     5.9628     1716
    8     WHYPCTVNF     5.921     616     6.38729
    9     KFPPALPIW     5.8652     2280
    10     TYSTYCKFL     5.8658     1292
    11     AYSQQTRGL     5.831     1031
    12     AQPGYPWPL     5.8258     77     5.36419
    13     ILNTHFFSI     5.8071     2843     7.89519
    14     SYTWTGALI     5.8059     2422     7.12954
    15     SPPAVPQTF     5.7982     1215
    16     LLPRRGPRL     5.7503     36     7.71195
    17     ALYGYWPLL     5.7447     789     6.98038
    18     LMTHFFSIL     5.7443     2844     5.9169
    19     LLKRLHQWI     5.7425     1956     6.857254
    20     YILLLFLLL     5.738     718
    21     ARPDYNPPL     5.7226     2289
    22     AYYSMVGNW     5.7076     360     6.46991
    23     PLARLIWWL     5.6847     838     6.17696
    24     SQLDLSGWF     5.6728     2962
    25     SMLIDPSHI     5.6657     2173     6.94013
    26     EYILLLFLL     5.6643     717
    27     ILLGPADSF     5.6526     1010     5.50208
    28     LNPSVAATL     5.6281     1254
    29     GLLSFLVFF     5.6226     764
    30     YVYDHLTPL     5.6148     948
    31     HYAPRPCGI     5.5954     488
    32     GLIHLHRNI     5.595     688
    33     HYRDVLKEN     5.5928     2482
    34     YYKVFLARL     5.5825     834     7.24746
    35     CMVDYPYRL     5.566     607
    36     AVIPDREVL     5.5541     1693
    37     NFSRCWVAL     5.5315     234     6.28275
    38     VFSDMETKL     5.5307     975     7.30704
    39     VWPLLLLLL     5.5297     703
    40     ITYSTYCKF     5.5171     1291     6.97507
    41     IEPLDLPQI     5.5049     2873
    42     LLSTTEWQI     5.4989     666     8.33563
    43     PLLREEVVF     5.4208     2189
    44     ATPPGSITV     4.2466     1349
序列SEQ ID NOS：1-44为由HCV D90208株某基因组蛋白(SEQ IDNO：184)中所含的9个氨基酸残基组成的序列，这将在下文描述。序列SEQ ID NOS：1-44为通过上述方法预测具有优良的与HLA-A24型分子结合的序列。SEQ ID NOS：1-44以结合降低的顺序排列。即，SEQ IDNO：1为预测具有最佳结合的序列。各个序列与HLA-A24型分子结合的预测分和结合实验数据以-log Kd值的形式表示。
序列SEQ ID NOS：45-83示于下表2。
表2
HLA-A24-结合肽
 SEQ ID NO    D89815预测分     预测分   SEQ名称   结合实验数据
    45     VILDSFEPL     6.4276     2251     5.00343
    46     ILPCSYTTL     6.131     674
    47     FWAKHMWNF     6.0822     1760
    48     ALYDVVSTL     6.0484     2593     6.38942
    49     AFYGVWPLL     5.9676     789     7.7344
    50     PYIEQGMQL     5.9628     1716
    51     TPPAVPQTF     5.9302     1215
    52     WHYPCTVNF     5.921     616     6.38729
    53     GILPFFMFF     5.9182     764     7.69551
    54     GLIHLHQNI     5.879     688     5.85566
    55     LMCAVHFEL     5.8442     876     6.59126
    56     TVLADFKFW     5.8411     1986     6.51874
    57     AYSQQTRGL     5.831     1031
    58     AQPGYPWPL     5.8258     77     5.36419
    59     PLLRDEVTF     5.8128     2139     5.08926
    60     ILMTHFFSI     5.8071     2843     7.89519
    61     SYTWTGALI     5.8059     2422     7.12954
    62     ATPPGSVTF     5.7779     1349     6.51124
    63     LLPRRGPRL     5.7503     36     7.71195
    64     LMTHFFSIL     5.7443     2844     5.9169
    65     LLKRLHQWI     5.7425     1956     6.85724
    66     ARPDYNPPL     5.7226     2289
    67     AYYSMVGNW     5.7076     360     6.46991
    68     KFPAAMPVW     5.7062     2280
    69     QYTLLFNIL     5.7028     1804
    70     LVPGAAYAF     5.6865     782
    71     RYAPACKPL     5.6851     2132     6.75756
    72     FLARLIWWL     5.6847     838     6.17696
    73     SQLDLSGWF     5.6728     2962
74 SMLTDPSHI 5.6657 2173 6.94014
    75     ILLGPADSR     5.6526     1010     5.50208
    76     WLRDVWDWI     5.6315     1976     6.34379
    77     YVVLLFLLL     5.6308     718
    78     LNPSVAATL     5.6281     1254
    79     YVVDHLIPL     5.6148     948
    80     HYRDVLKEM     5.5928     2482
    81     TLRRHVDLL     5.5762     257
    82     AVIPDREVL     5.5541     1693
    83     FLISQLFTF     5.5528     285
序列SEQ ID NOS：45-83为由HCV D89815株某基因组蛋白(SEQID NO：185)中所含的9个氨基酸残基组成的序列。序列SEQ IDNOS：45-83为通过上述方法预测具有优良的与HLA-A24型分子结合的序列。SEQ ID NOS：45-83以结合降低的顺序排列。即，SEQ ID NO：45为预测具有最佳结合的序列。各个序列与HLA-A24型分子结合的预测分和结合实验数据以-log Kd值的形式表示。
序列SEQ ID NOS：84-123示于下表3。
表3
HLA-A24-结合肽
  SEQ ID NO  pBRT703′X预测分     预测分   SEQ名称   结合实验数据
    84     VILDSFEFL     6.7012     2251     5.00343
    85     ILPCSYTTL     6.2441     674
    86     GILPFFMFF     6.1234     764     7.69551
    87     PLLRDEVTF     6.0964     2138     5.08926
    88     TPPAVPQTF     6.0934     1215
    89     FWAKHMWNF     6.0822     1760
    90     TVLADFKTW     5.9355     1986     6.51874
    91     ALYDVVSTL     5.9179     2593     6.38942
    92     WHYPCTVNF     5.8742     616     6.38729
93 ATPPGSVTF 5.8681 1349 6.51124
    94     GLIHIHQNI     5.8476     688     5.85566
    95     AYSQQTRGL     5.831     1031
    96     ILMTHFFSI     5.8217     2843     7.88519
    97     FLARLIWWL     5.7815     838     6.17698
    98     AFYGVWPLL     5.7373     789     7.7544
    99     FLISQLFTF     5.7347     285
    100     ILLGPADSF     5.719     1010     5.80208
    101     SNLTDPSHI     5.8922     2173     6.94014
    102     AYYSMVGNW     5.6746     360     6.46991
    103     QYTLLFNIL     5.6682     1804
    104     LLKRLHQWI     5.6343     1858     6.85724
    105     SQLDLSGWF     5.5993     2962
106 WLRDVWDWI 5.5818 1976 6.34379
    107     ITYSTYGKF     5.5352     1291     6.37373
    108     SYTWTGALI     5.5253     2422     7.12954
    109     LLSTTEWQI     5.5182     666     8.33563
    110     RYAPACKPL     5.5076     2132     6.75756
    111     RLIWWLQYF     5.5035     841
    112     VLADFKTWL     5.4871     1987     6.63423
    113     LVPGAAYAF     5.4661     782
    114     DLPQIIQRL     5.4605     2877
    115     WICTVLADF     5.4521     1983
    118     FYGVWPLLL     5.4409     790
    117     LLLSILGPL     5.4385     891
    118     HYRDVLKEM     5.4331     2482
    119     LIWWLQYFI     5.4328     842
    120     AVIPDREVL     5.4247     1693
121 TRPPHGNWF 5.4243 542
    122     KFPAAMPVW     5.424     2280
    123     VFPDLGVRV     5.3898     2580     6.73918
序列SEQ ID NOS：84-123为由HCV pBRT703′X株某基因组蛋白(SEQ ID NO：186)中所含的9个氨基酸残基组成的序列，这将在下文描述。序列SEQ ID NOS：84-123为通过上述方法预测具有优良的与HLA-A24型分子结合的序列。SEQ ID NOS：84-123以结合降低的顺序排列。即，SEQ ID NO：84为预测具有最佳结合的序列。各个序列与HLA-A24型分子结合的预测分和结合实验数据以-log Kd值的形式表示。
序列SEQ ID NOS：124-183示于下表4。
表4
HLA-A2-结合肽
 SEQ ID NO    pBRT703′X预测分     预测分    SEQ名称   结合实验数据
    124     KLLPRLPGV     5.9316     1998     0.70728
    125     DHPSTEDLV     5.925     1872
    126     YLYGIGSAV     5.8812     741     5.58617
    127     YLNTPGLPV     5.7437     1542     5.67247
    128     CLLLLSYGV     5.7302     2994
    129     LLLSYGYGI     5.8529     2998
    130     LLCPSGHVV     5.8239     1162
    131     AILSPGALV     5.8128     1885     6.24349
    132     SLIGYPYFV     5.5608     906     5.86200
    133     DVWGWIGTV     5.5367     1879     4.97855
    134     VIPASEDYV     5.558     1425     5.24145
    135     RALAHGVRV     5.5481     149     5.28381
    136     LSDGSWSTV     5.5257     2400     6.22313
    137     KLQDCTKLV     5.4922     3726     5.25202
    138     YCLTTGSYV     5.4899     1873
    139     SNLTDPSRI     5.4885     2173     5.55941
    140     AAFCSAMYY     5.4454     269
    141     YSPGETNRV     5.4058     2898     6.05123
    142     YTNYDQDLV     5.4048     1101     5.37802
    143     LRDEVTFQV     5.4015     2141
    144     LAALTGTYV     5.3812     041
    145     CEPEFCYTV     5.3645     2182
    146     CNSADLEYV     5.3581     1348     4.80983
    147     YFPDLGYRV     5.3548     2580     6.62403
    148     YCFTPSPVV     5.3268     507
    149     YLQASLIRV     5.2832     901     5.46327
    150     KQAEAAAPV     5.2818     1741     5.41584
    151     LLLALFPRA     5.2655     799
    152     YLDDHYRDV     5.2542     2478     8.51154
    153     FSPRRHETV     5.2377     293
    154     SVIDCNTCV     5.3252     1453
    155     GLIRACTLV     5.1743     917
    156     TYNFTIFKV     5.1707     321
    157     EHGGNIYRV     5.1851     2238
    158     PLLRHHRHV     5.1643     2448
    159     QLDLSGWFV     5.1835     2983
    160     TLAARNASV     5.1583     245
    161     RLGAYQNEV     5.1393     1327
    162     YILDSFEPL     5.138     2251     5.38729
    163     AALENLYVL     5.1347     748
    164     LLEDTDTPI     5.1223     2546
    165     YVTSTWYLV     5.1189     1655
    166     FSLDPTFTI     5.1183     1464
    197     TIPASAYEY     5.1158     186
    168     DLLEDTDTF     5.091     2544
    169     LLLSLLGPL     5.0753     891
    170     VLADFKTWL     5.0725     1987     8.04896
    171     SILCTCTVL     5.071     1325
    172     AGDNFPYIV     5.0851     1579
    173     ILPCSYTTL     5.0843     674     8.37008
    174     YAAEEYVEV     5.0509     2055
    175     LAVAYEPYV     5.0484     887
    176     ALYCVVSTL     5.0301     2593     6.14967
    177     FLARLINWL     5.0259     838     5.67557
    178     RLLAPITAY     5.0244     1024
    179     WLRCVWDWI     5.0131     1978     5.38168
    180     CYNGACWTV     6.0181     1073
    181     YYYCHLTPL     5.0087     848
    182     TVVLIESTV     5.0081     2332
    183     AARALAHGV     5.0044     147
序列SEQ ID NOS：124-183为由HCV pBRT703′X株某基因组蛋白(SEQ ID NO：186)中所含的9个氨基酸残基组成的序列，这将在下文中描述。序列SEQ ID NOS：124-183为通过上述方法预测具有优良的与HLA-A2型分子结合的序列。SEQ ID NOS：124-183以结合降低的顺序排列。即，SEQ ID NO：124为预测具有最佳结合的序列。各个序列与HLA-A2型分子结合的预测分和结合实验数据以-log Kd值的形式表示。
尽管下文详细描述，但在表1-表4中，显然在预测分和结合实验数据之间存在相关性。即，尽管有小的误差，但可以说，通过上述方法预测具有高的与HLA-A型分子结合的肽经实验发现具有高的与HLA-A型分子结合。
既然通过这种实验设计方法，没有用于发现HLA-结合肽的常规技术，则只有很少量的HLA-结合肽经实验确认具有HLA-结合性质。由此，即使当由9个氨基酸残基组成的肽通过常规方法随机合成，进行实验以寻找该肽是否与HLA分子结合时，则只有约1/100的可能性找到一种结合的-log Kd值超过6的肽。
根据该实施方案，如上所述，由于利用通过实验设计方法寻找HLA-结合肽的技术，可找到多至183个HLA-结合肽序列。此外，当有些获得的HLA-结合肽通过实验检查结合时，经确认，所有已进行实验的序列显示等于或高于预测的与HLA的优异结合。
在这些序列中，含有选自下列至少一种氨基酸序列的HLA-结合肽，通过实验确认与人HLA-A型分子结合：SEQ ID NOS：1，2，3，5，8，12，13，14，16，17，18，19，22，23，25，27，34，37，38，40，42，45，48，49，52，53，54，55，56，58，59，60，61，62，63，64，65，67，71，72，74，75，76，84，86，87，90，91，92，93，94，96，97，98，100，101，102，104，106，107，108，109，110，112，123，124，126，127，131，132，133，134，135，136，137，139，141，142，146，147，149，150，152，162，170，173，176，177，和179。因此，可以肯定的说，正是HLA-结合肽在与人HLA-A型分子结合方面具有优异性质。
与本发明实施方案有关的HLA-结合肽与HLA分子结合的-log Kd值为3或以上，尤其优选5或以上，更优选5.4或以上。
在生化领域，已知-log Kd值约为3的结合能力，是肽能否真正与MHC，诸如HLA结合的阈值。因此，如果与HLA分子结合的-log Kd值为3或以上，则可以说，其是HLA-结合肽。
此外，如果与HLA分子结合的-log Kd值为5或以上，由于所得肽在与HLA分子结合方面具有优异性质，则其可合适地用于开发免疫疾病等的有效治疗药物，预防药物等。
而且，如果与HLA分子结合的-log Kd值为5.4或以上，则所得肽在与HLA分子结合方面具有尤其良好的性质，则其可合适地用于开发免疫疾病等的更有效治疗药物，预防药物等。
此外，可以安排成，与本发明实施方案有关的HLA-结合肽由不少于8个且不多于11个氨基酸残基组成。
以此方式，如果肽由不少于8个且不多于11个氨基酸残基组成，则其在与HLA分子结合方面具有优异性质。而且，胞毒T淋巴细胞(CTL)特异性识别病毒抗原(CTL表位)，该抗原由8-11个氨基酸组成，以HLAI型分子被呈递在感染有病毒等的细胞的表面上，并通过破坏被感染的细胞而消除病毒。重要的是制备这种CTL表位，该表位由特异于病毒等的旨在制备针对该病毒等的治疗或预防用疫苗。
例如，上述HLA-结合肽可以是仅由氨基酸残基组成的肽，但不特别限于此。例如，它可以是任选修饰以糖链或脂肪酸基团等的HLA-结合肽前体，条件是本发明的效果不被削弱。这种前体发生变化，包括通过消化酶等在活的哺乳动物体，诸如人消化器官中消化变成HLA-结合肽，由此显示与上述HLA-结合肽所示的效果相似。
此外，上述HLA-结合肽可以是与人HLA-A24型分子结合的肽。
而且，上述HLA-结合肽可以是与人HLA-A2型分子结合的肽。
根据该组成，由于获得的肽与HLA-A24型分子结合，HLA-A24型分子在亚洲人，诸如日本人中是常见的，因此该肽可用于开发对亚洲人，诸如日本人尤其有效的治疗药物，预防药物等。
此外，根据该组成，由于获得的肽与HLA-A2型分子结合，除日本人之外，HLA-A2型分子还在欧美人中是常见的，因此该肽可用于开发对除日本人之外还对欧美人尤其有效的治疗药物，预防药物等。
上述HLA-结合肽中所含的氨基酸序列可以是衍生自HCV某基因组蛋白的氨基酸序列，但不特别限于此。例如，其可以是衍生自HCV蛋白的氨基酸序列，衍生自雪松花粉蛋白的氨基酸序列等。而且，其可以含有衍生自具有其他病原性或变应原性的蛋白的氨基酸序列。
例如，当其含有衍生自HCV包膜蛋白的氨基酸序列时，可获得治疗，预防由HCV引起的疾病的HLA-结合肽。
<实施方案2>
根据该实施方案，提供了与HLA-A型分子结合的HLA-结合肽，含有在上述HLA-结合肽中所含的氨基酸序列基础上通过缺失，替换，或添加一个或两个氨基酸残基而形成的氨基酸序列，并且由不少于8个且不多于11个氨基酸残基组成。
如下文所述，即使组成包括在与HLA-A型分子结合的特异氨基酸序列中通过缺失，替换，或添加一个或数个氨基酸残基而形成的氨基酸序列，仍显示与上述实施方案1有关的HLA-结合肽相似的效果。
尽管上述HCV D90208株，D89815株，和pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)的多肽的氨基酸序列彼此部分相异，但由于D90208株某基因组蛋白中现有的若干9-聚体肽的-log Kd值的预测数据和实验数据之间的相关性高，即，基于预测数据确定为结合的序列在实验数据中显示良好的-log Kd值，则可预测D89815株和pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)会显示-log Kd值在预测数据中具有较好的名次排列。因此，可以预测，即使D89815株和pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)某些基因组蛋白中的氨基酸序列，是在显示结合性质的氨基酸序列的基础上通过替换一个或两个氨基酸残基而形成的氨基酸序列，仍将同样显示优异的HLA-结合性质。
即，可以预测，即使氨基酸序列是在与HLA-A型分子结合方面具有优异性质的SEQ ID NOS：1-83所示氨基酸序列的基础上通过缺失，替换或添加一个或两个氨基酸残基而形成的，将以相似方式显示优异的HLA-结合性质。
从另一观点来看，可以预测，即使氨基酸序列是在通过上述方法预测在与HLA-A型分子结合方面具有优异性质的氨基酸序列的基础上通过缺失，替换或添加一个或数个氨基酸残基而形成的，仍会以相似方式显示HLA-结合性质。被替换的氨基酸残基优选为相互之间具有相似性质的氨基酸残基，例如，两个皆为疏水性氨基酸残基。
而且，利用本领域技术人员公知的方法，可以生产实施方案1和实施方案2中所述的HLA-结合肽。例如，所述结合肽可通过固相或液相方法人工合成。或者，这些HLA-结合肽通过编码这些HLA-结合肽的DNA区段或重组载体的表达而生产。所得的这些HLA-结合肽通过本领域技术人员公知的方法而鉴别。例如，采用Edman降解，质谱等鉴别是可能的。
<实施方案3>
根据本实施方案，提供了含有为上述HLA-结合肽编码的DNA序列的DNA区段。由于与本实施方案有关的DNA区段含有特异DNA序列，因此，其可表达上述HLA-结合肽。
当利用与本实施方案有关的DNA区段表达上述HLA-结合肽时，通过将DNA区段导入细胞，可实现表达，或通过商用人工蛋白表达试剂盒，可实现表达。
此外，通过将上述DNA区段导入，例如人细胞，可实现连续表达。由此，通过将编码HLA-结合肽的DNA区段导入细胞，而非将HLA-结合肽自身导入细胞，可使HLA-结合肽组成型存在于细胞中。当HLA-结合肽用作疫苗时，这种组成型表达的能力对于提高疫苗的功效是有利的。
而且，与本实施方案有关的DNA区段可通过本领域技术人员公知的方法生产。例如，其可通过商用DNA合成仪等人工合成。或者，其可通过限制性酶等从HCV基因组中片断化。或者，其可利用引物对通过PCR方法从HCV基因组中扩增。所得的DNA区段利用本领域技术人员公知的方法而鉴别。例如，其可通过商用DNA测序仪而鉴别。
<实施方案4>
根据本实施方案，提供了含有为上述HLA-结合肽编码的DNA序列的重组载体。由于与本实施方案有关的重组载体含有特异DNA序列，上述HLA-结合肽可得以表达。
当上述HLA-结合肽通过与本实施方案有关的重组载体表达时，通过将该重组载体导入细胞可实现表达，或通过商用人工蛋白表达试剂盒可实现表达。
此外，通过将上述重组载体导入，例如人细胞，可实现连续表达。由此，通过将编码HLA-结合肽的重组载体导入细胞，而非将HLA-结合肽自身导入细胞，可使HLA-结合肽连续存在于细胞中。当HLA-结合肽用作疫苗时，这种连续表达的能力对提高疫苗的功效是有利的。
而且，在上述重组载体中，通过在参与转录和表达的调节区中使用某序列，例如位于编码上述HLA-结合肽的DNA序列上游的启动子区，HLA-结合肽的表达量可以高精度控制。而且，在参与复制的调节区中通过使用某序列，例如重组载体的起点区，重组载体在细胞中的拷贝数可得以高精度控制。
此外，上述重组载体可任选含有除编码上述HLA-结合肽的NDA序列以外的序列。例如，其可含有标记基因序列，诸如药物抗性基因。
而且，与本实施方案有关的重组载体可利用本领域技术人员公知的方法生产。例如，其通过在某限制性酶切位点处切割商用载体，诸如pBR322或pUC19的多克隆位点，然后插入上述DNA区段至该位点，并连接而获得。此外，所得重组载体利用本领域技术人员公知的方法可鉴别。例如，通过琼脂糖凝胶电泳，可确认由预定限制性酶切割的DNA区段的长度是否与商用载体，诸如pBR322或pUC19的限制性图谱一致。此外，通过DNA测序仪等可鉴别上述DNA序列是否包含在从多克隆位点切割得到的DNA序列中。
尽管上文描述了本发明的实施方案，但它们仅列举作为本发明的例子，除上述之外，可采用多种不同的变例。
例如，在上述实施方案中，HLA-结合肽含有衍生自HCV某基因组蛋白(SEQ ID NOS：184，185，186)的氨基酸序列，但可采用含有衍生自另一HCV的氨基酸序列的HLA-结合肽。在这种情形下，所述结合肽可用于治疗与其衍生的蛋白有关的多种免疫疾病。
此外，可采用除HCV以外的病原菌，诸如HIV病毒的HLA-结合肽，也可采用含有衍生自蛋白，诸如雪松花粉过敏原等，或癌细胞的氨基酸序列的HLA-结合肽。
这样，如果含有通过上述方法预测具有优异HLA-结合性质的氨基序列，则可以预计，所述结合肽将显示优异的HLA-结合性质，这与经实验确认时的相似。由此，这些HLA-结合肽可合适地主要用于治疗或预防传染病(流感，SARS，HIV，HCV等)，并且也用于癌症免疫治疗，过敏性疾病(花粉过敏(花粉热)，风湿病，遗传性过敏症，哮喘等)，自身免疫疾病等。
(实施例)
本发明下文将参照实施例进一步解释，但本发明并不限于此。
具体而言，基于积极学习实验设计，实现本发明实施例中的预测，实验和评价步骤，并且一般而言，重复下述步骤。在此采用的积极学习实验设计的示意图示于图1中。
(1)低级顺序学习算法的试验(将在下文描述)进行一次。即，从累积数据中通过随机采样生成多个假设，关于随机表达的候选查询点(肽)，显示预测值的最大分布的点挑选作为查询点进行实验。
(2)被挑选的查询点处的肽通过合成和纯化方法(将在下文描述)而制备，以及实际结合能力通过实验测量(将在下文描述)，并添加至累积数据。
在本发明实施例中，Hidden Markov模型的监督学习算法用作低级顺序学习算法，以223种肽的起始数据开始，根据实验预测和挑选20-30种肽，上述步骤重复四次，获得总共341个数据点。
更具体而言，在本发明实施例的积极学习方法中，根据实验设计和合成了20-30种肽，在这些肽含有的氨基酸序列中，排列了9/20种氨基酸。测量了与HLA分子的结合强度(结合能力)。获得的结合能力(Kd值，以摩尔浓度表示)作为实验结果。当结合能力高时，该肽被挑选作为HLA-结合肽的候选物，用作疫苗材料。
所得结果输入装配学习机的学习系统，采用Hidden Markov模型作为数学算法，并创建了规则。学习机采样不同结果以制备规则。通过学习机表述的规则具有不同的组成。视需要，所得规则和实验数据存储作为累积数据。
从超过209＝5000亿个肽序列中，通过规则挑选用于随后实验的候选物，并且重复上述步骤。在此阶段，不同的规则适用于实验候选物，以及实验结果的预测产生分歧的候选物进行实验。这样，由于实验结果的预测产生分歧的候选物进行随后实验，提高了预测的最终精度。
以此，多个学习机进行选择性采样，其中给出不同预测的样品被挑选作为实验候选物，可有效增加信息，以及获得高精度的假设(规则)。重复上述步骤四次，给出优异结果，如下文实施例所述。重复7次或以上给出甚至更好的结果。
根据这种积极学习方法，可减少由9个氨基酸残基组成的肽的结合实验的重复次数，其本应对HLA-结合肽的所有候选物进行5000亿或以上的组合。在积极学习方法中，通过实验形成规则，对数十个通过应用规则预测的候选序列重复实验。由此，实验次数可削减，初始筛选的时间和费用大大减少。
此外，采用规则预测肽与HLA结合的命中率可达70-80％，所述规则通过积极学习方法获得，而通过其他公知技术，诸如锚定方法得到的命中率低至约30％。
<肽的合成和纯化>
利用Fmoc氨基酸，通过Merrifield固相方法，手工合成肽。脱保护之后，利用C18柱进行反相HPLC纯化，给出95％或以上的纯度。采用MALDI-TOF质谱仪(Voyager DE RP，PerSeptive)，鉴别肽和确认其纯度。通过Micro BCA分析(Pierce Corp.)，利用BSA作为标准蛋白，进行肽的定量分析。
<肽与HLA-A24型分子结合的实验>
肽与HLA-A24型分子(HLA-A*2402基因的产物)结合的能力，利用表达HLA-A24型分子的C1R-A24细胞(由熊本大学的MasafumiTakiguchi教授制备的细胞，在征得其同意下，通过Ehime University的Masaki Yasukawa助理教授提供)，加以测量。
C1R-A24细胞首先暴露于酸性条件，pH3.3，30秒，由此解离和去除轻链β2m(其与HLA I型分子共同相连)，以及原先与HLA-A*2402分子结合的内源肽。中和后，纯化的β2m加至C1R-A24细胞，所得产物添加至系列稀释的肽中，冰上温育4小时。利用荧光标记的单克隆抗体17A12染色，所述抗体识别HLA-A*2402分子，肽，和β2m三个成员的结合(MHC-pep)，这三个成员在温育过程中已重新结合。随后，MHC-pep计数/C1R-A24细胞(与上述荧光抗体的荧光强度成比例)利用FACScan荧光活化的细胞分拣仪(Becton DickinsonBiosciences)定量测量。HLA-A24型分子和肽之间的结合解离常数Kd值，通过公开的方法(Udaka等，Immunogenetics，51，816-828，2000)，根据每个细胞的平均荧光强度而计算。
<肽与HLA-A2型分子结合的实验>
肽与HLA-A2型分子(HLA-A*0201基因的产物)结合的能力，利用表达HLA-A*0201的株JY细胞，加以测量。
JY细胞首先暴露于酸性条件，pH3.8，30秒，由此解离和去除与HLA-A*0201分子非共价连接的轻链β2m和内源肽。中和后，进行重新结合实验。
上述JY细胞和纯化的β2m加至分级系列稀释的结合能力被测量的肽，冰上温育4小时。利用结合型特异的荧光标记的单克隆抗体BB7.2，对已重新结合高达该点的HLA-A*0201分子染色。
随后，每个细胞的荧光量，利用流式细胞仪测量，而解离常数Kd值，通过公开的方法(Udaka等，Immunogenetics，51，816-828，2000)，以摩尔浓度计算。
<评价结果>
获得的预测结果和实验结果示于上文表1-4中。
表1中的序列SEQ ID NOS：1-44由登记在GenBank中的HCVD90208株某基因组蛋白的全长序列中所含的9个氨基酸残基组成。此外，序列SEQ ID NOS：1-44具有较好的与HLA-A24型分子结合，正如通过假设预测，所述假设由实施方案1中所述的实验设计方法获得。SEQ ID NOS：1-44以结合降低的顺序排列。即，SEQ ID NO：1为预测具有最佳结合的序列。HCV D90208某基因组蛋白的全长氨基酸序列示于下列SEQ ID NO：184
(MSTNPKPQRKTKRNTNRRPQDVKFPGGGQIVGGVYLLPRRGP
RLGVRATRKTSERSQPRGRRQPIPKARRPEGRTWAQPGYPWPLYGN
EGMGWAGWLLSPRGSRPSWGPTDPRRRSRNLGKVIDTLTCGFADL
MGYIPLVGAPLGGAARALAHGVRVLEDGVNYATGNLPGCSFSIFLL
ALLSCLTIPASAYEVRNVSGIYHVTNDCSNSSIVYEAADMIMHTPGC
VPCVRESNFSRCWVALTPTLAARNSSIPTTTIRRHVDLLVGAAALCS
AMYVGDLCGSVFLVSQLFTFSPRRYETVQDCNCSIYPGHVSGHRMA
WDMMMNWSPTTALVVSQLLRIPQAVVDMVAGAHWGVLAGLAYY
SMVGNWAKVLIVMLLFAGVDGHTHVTGGRVASSTQSLVSWLSQGP
SQKIQLVNTNGSWHINRTALNCNDSLQTGFIAALFYAHRFNASGCPE
RMASCRPIDEFAQGWGPITHDMPESSDQRPYCWHYAPRPCGIVPAS
QVCGPVYCFTPSPVVVGTTDRFGAPTYSWGENETDVLLLSNTRPPQ
GNWFGCTWMNSTGFTKTCGGPPCNIGGVGNNTLVCPTDCFRKHPE
ATYTKCGSGPWLTPRCMVDYPYRLWHYPCTVNFTVFKVRMYVGG
VEHRLNAACNWTRGERCDLEDRDRSELSPLLLSTTEWQILPCSFTTL
PALSTGLIHLHRNIVDVQYLYGIGSAVVSFAIKWEYILLLFLLLADAR
VCACLWMMLLIAQAEATLENLVVLNAASVAGAHGLLSFLVFFCAA
WYIKGRLVPGAAYALYGVWPLLLLLLALPPRAYAMDREMAASCGG
AVFVGLVLLTLSPYYKVFLARLIWWLQYFITRAEAHLQVWVPPLNV
RGGRDAIILLTCAVHPELIFDITKLLLAILGPLMVLQAGITRVPYFVRA
QGLIRACMLVRKVAGGHYVQMAFMKLAALTGTYVYDHLTPLRDW
AHAGLRDLAVAVEPVVFSDMETKLITWGADTAACGDIISGLPVSAR
RGKEILLGPADSFGEQGWRLLAPITAYSQQTRGLLGCIITSLTGRDKN
QVDGEVQVLSTATQSFLATCVNGVCWTVYHGAGSKTLAGPKGPIT
QMYTNVDQDLVGWPAPPGARSMTPCTCGSSDLYLVTRHADVVPVR
RRGDSRGSLLSPRPISYLKGSSGGPLLCPSGHVVGIFRAAVCTRGVA
KAVDFIPVESMETTMRSPVFTDNSSPPAVPQTFQVAHLHAPTGSGKS
TKVPAAYAAQGYKVLVLNPSVAATLGFGAYMSKAHGIEPNIRTGVR
TITTGGPITYSTYCKFLADGGCSGGAYDIIICDECHSTDSTTILGIGTV
LDQAETAGARLVVLATATPPGSITVPHPNIEEVALSNTGEIPFYGKAI
PIEAIKGGRHLIFCHSKKKCDELAAKLTGLGLNAVAYYRGLDVSVIP
TSGDVVVVATDALMTGFTGDFDSVIDCNTCVTQTVDFSLDPTFTIET
TTLPQDAVSRAQRRGRTGRGRSGIYRFVTPGERPSGMFDSSVLCECY
DAGCAWYELTPAETSVRLRAYLNTPGLPVCQDHLEFWESVFTGLTH
IDAHFLSQTKQAGDNLPYLVAYQATVCARAQAPPPSWDQMWKCLI
RLKPTLHGPTPLLYRLGAVQNEVTLTHPITKYIMACMSADLEVVTST
WVLVGGVLAALAAYCLTTGSVVIVGRIILSGRPAVIPDREVLYQEFD
EMEECASHLPYIEQGMQLAEQFKQKALGLLQTATKQAEAAAPVVES
KWRALEVFWAKHMWNFISGIQYLAGLSTLPGNPAIASLMAFTASITS
PLTTQNTLLFNILGGWVAAQLAPPSAASAFVGAGIAGAAVGSIGLGK
VLVDILAGYGAGVAGALVAFKVMSGEMPSTEDLVNLLPAILSPGAL
VVGVVCAAILRRHVGPGEGAVQWMNRLIAFASRGNHVSPTHYVPE
SDAAARVTQILSSLTITQLLKRLHQWINEDCSTPCSGSWLKDVWDWI
CTVLSDFKTWLQSKLLPRLPGLPFLSCQRGYKGVWRGDGIMQTTCP
CGAQITGHVKNGSMRIVGPKTCSNTWHGTFPINAYTTGPCTPSPAPN
YSRALWRVAAEEYVEVTRVGDFHYVTGMTTDNVKCPCQVPAPEFF
TEVDGVRLHRYAPVCKPLLREEVVFQVGLNQYLVGSQLPCEPEPDV
AVLTSMLTDPSHITAETAKRRLARGSPPSLASSSASQLSAPSLKATCT
THHDSPDADLIEANLLWRQEMGGNITRVESENKVVILDSFDPIRAVE
DEREISVPAEILRKPRKFPPALPIWARPDYNPPLLESWKDPDYVPPVV
HGCPLPSTKAPPIPPPRRKRTVVLTESTVSSALAELATKTFGSSGSSA
VDSGTATGPPDQASDDGDKGSDVESYSSMPPLEGEPGDPDLSDGSW
STVSGEAGEDVVCCSMSYTWTGALITPCAAEESKLPINPLSNSLLRH
HSMVYSTTSRSASLRQKKVTFDRLQVLDDHYRDVLKEMKAKASTV
KARLLSIEEACKLTPPHSAKSKFGYGAKDVRSLSSRAVNHIRSVWED
LLEDTETPIDTTIMAKNEVFCVQPEKGGRKPARLIVFPDLGVRVCEK
MALYDVVSTLPQAVMGPSYGFQYSPGQRVEFLVNTWKSKKCPMGF
SYDTRCFDSTVTENDIRTEESIYQCCDLAPEARQAIRSLTERLYVGGP
LTNSKGQNCGYRRCRASGVLTTSCGNTLTCYLKATAACRAAKLQD
CTMLVNGDDLVVICESAGTQEDAAALRAFTEAMTRYSAPPGDPPQP
EYDLELITSCSSNVSVAHDASGKRVYYLTRDPTTPLARAAWETVRH
TPVNSWLGNIIMYAPTLWARMILMTHFFSILLAQEQLEKALDCQIYG
ACYSIEPLDLPQIIERLHGLSAFSLHSYSPGEINRVASCLRKLGVPPLR
VWRHRARSVRAKLLSQGGRAATCGKYLFNWAVKTKLKLTPIPAAS
QLDLSGWFVAGYNGGDIYHSLSRARPRWFMLCLLLLSVGVGIYLLP
NR).
序列SEQ ID NOS：45-83由登记在GenBank中的HCV D89815株某基因组蛋白的全长序列中所含的9个氨基酸残基组成。此外，序列SEQ ID NOS：45-83具有较好的与HLA-A24型分子结合，正如通过假设预测，所述假设由实施方案1中所述的实验设计方法获得。SEQ IDNOS：45-83以结合降低的顺序排列。即，SEQ ID NO：45为预测具有最佳结合的序列。HCV D89815株某基因组蛋白的全长氨基酸序列示于下列SEQ ID NO：185
(MSTNPKPQRKTKRNTNRRPQDVKFPGGGQIVGGVYLLPRRGP
RLGVRATRKTSERSQPRGRRQPIPKARRPEGRTWAQPGYPWPLYGN
EGLGWAGWLLSPRGSRPSWGPNDPRRRSRNLGKVIDTLTCGFADLM
GYIPLVGAPLGGAARALAHGVRVLEDGVNYATGNLPGCSFSIFLLAL
LSCLTIPASAYEVRNVSGIYHVTNDCSNSSIVYEAADVIMHAPGCVP
CVRENNSSRCWVALTPTLAARNASVPTTTLRRHVDLLVGTAAFCSA
MYVGDLCGSVFLISQLFTFSPRRHETVQDCNCSIYPGHVSGHRMAW
DMMMNWSPTAALVVSQLLRIPQAVMDMVAGAHWGVLAGLAYYS
MVGNWAKVLIVMLLFAGVDGHTRVTGGVQGHVTSTLTSLFRPGAS
QKIQLVNTNGSWHINRTALNCNDSLKTGFLAALFYTHKFNASGCPE
RMASCRSIDKFDQGWGPITYAQPDNSDQRPYCWHYAPRQCGIVPAS
QVCGPVYCFTPSPVVVGTTDRFGAPTYNWGDNETDVLLLNNTRPPH
GNWFGCTWMNSTGFTKTCGGPPCNIRGVGNNTLTCPTDCFRKHPD
ATYTKCGSGPWLTPRCLVDYPYRLWHYPCTVNFTIFKVRMYVGGV
EHRLDAACNWTRGERCDLEDRDRAELSPLLLSTTEWQILPCSYTTLP
dALSTGLIHLHQNIVDIQYLYGIGSAVVSIAIKWEYVVLLFLLLADARV
CACLWMMLLIAQAEAALENLVVLNAASVVGAHGMLPFFMFFCAA
WYMKGRLVPGAAYAFYGVWPLLLLLLALPPRAYAMDREMVASCG
GGVFVGLALLTLSPYCKVFLARLIWWLQYFITKAEAHLQVSLPPLNV
RGGRDAIILLMCAVHPELIFDITKLLLSILGPLMVLQASLIRVPYFVRA
QGLIRACMLVRKAAGGHYVQMAFVKLAALTGTYVYDHLTPLQDW
AHVGLRDLAVAVEPVVFSAMETKVITWGADTAACGDIISGLPVSAR
RGKEILLGPADSFEGQGWRLLAPITAYSQQTRGLLGCIITSLTGRDKN
QVEGEVQVVSTAKQSFLATCVNGACWTVFHGAGSKTLAAAKGPIT
QMYTNVDQDLVGWPAPPGARSLTPCTCGSSDLYLVTRHADVIPVRR
RGDSRGSLLSPRPISYLKGSSGGPLLCPSGHVVGIFRAAVCTRGVAK
AVDFIPVESMETTMRSPVFTDNSTPPAVPQTFQVAHLHAPTGSGKST
KVPAAYAAQGYMVLVLNPSVAATLGFGAYMSKAHGIDPNIRTGVR
TITTGAPITYSTYGKFLADGGCSGGAYDIIICDECHSTDSTSILGIGTV
LDQAETVGARFVVLATATPPGSITFPHPNIEEVPLANTGEIPFYAKTIP
IEVIRGGRHLIFCHSKKKCDELPAKLSALGLNAVAYYRGLDVSVIPA
SGDVVVVATDALMTGFTGDFDSVIDCNTCVTQTVDFSLDPTFTIETT
TVPQDAVSRTQRRGRTGRGRRGIYRFVTPGERPSAMFDSSVLCECY
DAGCAWYELTPAETSVRLRAYLNTPGLPVCQDHLEFWESVFTGLTH
IDAHFLSQTKQAGDNFPYLVAYQATVCARAKAPPPSWDQMWKCLI
RLKPTLHGPTPLLYRLGAVQNEVTLTHPITKYIMACMSADLEVVTST
WVLVGGVLAALAAYCLTTGSVVIVGRIILSGRPAVIPDREVLYQEFD
EMEECASHLPYIEQGMQLAEQFKQKALGLLQTATKQAEAAAPVVES
KWRALETFWAKHMWNFISGIQYLAGLSTLPGNPAIASLMAFTASITS
PLATQYTLLFNILGGWVAAQLAPPSAASAFVGAGIAGAAVGSIGLGK
VLVDILAGYGAGVAGALVAFKVMSGDMPSTEDLVNLLPAILSPGAL
VVGVVCAAILRRHVGPGEGAVQWMNRLIAFASRGNHVSPTHYVPE
SDAAARVTQILSNLTITQLLKRLHQWINEDCSTPCSGSWLRDVWDWI
CTVLADFKTWLQSKLLPRLPGVPFFSCQRGYKGVWRGDGIMYTTCP
CGAQITGHVKNGSMRIVGPRTCSNTWHGTFPINAYTTGPCTPSPAPN
YSRALWRVAAEEYVEVTRVGDFHYVTGMTTDNVKCPCQVPAPEFF
TELDGVRLHRYAPACKPLLRDEVTFQVGLNQYTVGSQLPCEPEPDV
TVVTSMLTDPSHITAEAARRRLARGSPPSLAGSSASQLSALSLKATCT
THHGAPDTDLIEANLLWRQEMGGNITRVESENKIVILDSFEPLRAEE
DEREVSAAAEILRKTRKFPAAMPVWARPDYNPPLLESWKNPDYVPP
VVHGCPLPPTKAPPIPPPRRKRTVVLTESTVSSALAELATKTFGGSGS
SAVDSGTATGPPDQASAEGDAGSDAESYSSMPPLEGEPGDPDLSDGS
WSTVSEEASEDVVCCSMSYTWTGALITPCAAEESKLPINALSNPLLR
HHNMVYSTTSRSASLRQKKVTFDRMQVLDDHYRDVLKEMKAKAS
TVKAKLLSVEEACKLTPPHSAKSKFGYGAKDVRSLSSRAVNHIRSV
WKDLLEDTDTPIQTTIMAKNEVFCVQPEKGGRKPARLIVFPDLGVRV
CEKMALYDVVSTLPQAVMGSSYGFQYSPKQRVEFLVNTWKAKKCP
MGFSYDTRCFDSTVTENDIRVEESIYQCCDLAPEARQAIRSLTERLYI
GGPMTNSKGQNCGYRRCRASGVLTTSCGNTLTCYLKAAAACRAAK
LQDCTMLVCGDDLVVICDSAGTQEDAASLRVFTEAMTRYSAPPGDP
PQPEYDLELITSCSSNVSVAHDASGKRVYYLTRDPTTPLARAAWETA
RHTPVNSWLGNIIMYAPTLWARMILMTHFFSILLAQEQLEKALDCQI
YGATYSIEPLDLPQIIQRLHGLSAFSLHSYSPGEINRVASCLRKLGVPP
LRVWRHRARSVRAKLLSQGGRAATCGKYLFNWAVKTKLKLTPIPE
ASQLDLSGWFVAGYSGGDIYHSLSRARPRWFMWCLLLLSVGVGIYL
LPNR).
序列SEQ ID NOS：84-123由HCV pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)某基因组蛋白中所含的9个氨基酸残基组成，所述毒株获自大阪大学微生物疾病研究所的Yoshiharu Matsuura教授。此外，序列SEQ IDNOS：84-123具有较好的与HLA-A24型分子结合，正如通过假设预测，所述假设由实施方案1中所述的实验设计方法获得。SEQ IDNOS：84-123以结合降低的顺序排列。即，SEQ ID NO：84为预测具有最佳结合的序列。HCV pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)某基因组蛋白的全长氨基酸序列示于下列SEQ ID NO：186
(MSTNPKPQRKTKRNTNRRPQDVKFPGGGQIVGGVYLLPRRGP
RLGVRATRKTSERSQPRGRRQPIPKARHPEGRAWAQPGYPWPLYGN
EGMGWAGWLLSPRGSRPSWGPTDPRRRSRNLGKVIDTLTCGFADL
MGYIPLVGAPLGGAARALAHGVRVLEDGVNYATGNLPGCSFSIFLL
ALLSCLTIPASAYEVRNVSGIYHVTNDCSNSSIVYEAADVIMHAPGC
VPCVRENNSSRCWVALTPTLAARNASVPTTTLRRHVDLLVGTAAFC
SAMYVGDLCGSVFLISQLFTFSPRRHETVQDCNCSIYPGHVSGHRMA
WDMMMNWSPTAALVVSQLLRIPQAVMDMVAGAHWGVLAGLAYY
SMVGNWAKVLIVMLLFAGVDGHTRVTGGVQGHVTSTLTSLFRPGA
SQKIQLVNTNGSWHINRTALNCNDSLKTGFLAALFYTHKFNASGCPE
RMASCRSIDKFDQGWGPITYAQPDNSDQRPYCWHYAPRQCGIVPAS
QVCGPVYCFTPSPVVVGTTDRFGAPTYNWGDNETDVLLLNNTRPPH
GNWFGCTWMNSTGFTKTCGGPPCNIRGVGNNTLTCPTDCFRKHPD
ATYTKCGSGPWLTPRCLVDYPYRLWHYPCTVNFTIFKVRMYVGGV
EHRLDAACNWTRGERCDLEDRDRAELSPLLLSTTEWQILPCSYTTLP
ALSTGLIHLHQNIVDIQYLYGIGSAVVSIAIKWEYVVLLFLLLADARV
CACLWMMLLIAQAEAALENLVVLNAASVAGAHGILPFFMFFCAAW
YMKGRLVPGAAYAFYGVWPLLLLLLALPPRAYAMDREMAASCGG
GVFVGLALLTLSPYCKVFLARLIWWLQYFITKAEAHLQVWVPPLNV
RAGRDAIILLMCAVHPELIFDITKLLLSILGPLMVLQASLIRVPYFVRA
QGLIRACTLVRKAAGGHYVQMAFVKLAALTGTYVYDHLTPLQDW
AHVGLRDLAVAVEPVVFSAMETKVITWGADTAACGDIISGLPVSAR
RGKEILLGPADSFEGQGWRLLAPITAYSQQTRGLLGCIITSLTGRDKN
QVEGEVQVVSTATQSFLATCVNGACWTVFHGAGSKTLAGPKGPITQ
MYTNVDQDLVGWPAPPGARSLTPCTCGSSDLYLVTRHADVIPVRRR
GDTRGSLLSPRPISYLKGSSGGPLLCPSGHVVGIFRAAVCTRGVAKA
VDFIPVESMETTMRSPVFTDNSTPPAVPQTFQVAHLHAPTGSGKSTK
VPAAYAAQGYMVLVLNPSVAATLGFGAYMSKAHGIDPNIRTGVRTI
TTGAPITYSTYGKFLADGGCSGGAYDIIICDECHSTDSTSILGIGTVLD
QAETAGARLVVLATATPPGSVTFPHPNIEEVALGNTGEIPFYGKAIPI
EVIKGGRHLIFCHSKKKCDELAAKLSPLGLNAVAYYRGLDVSVIPAS
GDVVVVATDALMTGFTGDFDSVIDCNTCVTQTVDFSLDPTFTIETTT
VPQDAVSRTQRRGRTGRGRRGIYRFVTPGERPSGMFDSSVLCECYD
AGCAWYELTPAETSVRLRAYLNTPGLPVCQDHLEFWESVFTGLTHI
DAHFLSQTKQAGDNFPYLVAYQATVCARAKAPPPSWDQMWKCLIR
LKPTLHGPTPLLYRLGAVQNEVTLTHPITKFIMACMSADLEVVTSTW
VLVGGVLAALAAYCLTTGSVVIVGRIILSGRPAVIPDREVLYQEFDE
MEECASHLPYIEQGMQLAEQFKQKALGLLQTATKQAEAAAPVVES
KWRALETFWAKHMWNFISGIQYLAGLSTLPGNPAIASLMAFTASITS
PLATQYTLLFNILGGWVAAQLAPPSAASAFVGAGIAGAAVGSIGLGK
VLVDILAGYGAGVAGALVAFKVMSGDMPSTEDLVNLLPAILSPGAL
VVGVVCAAILRRHVGPGEGAVQWMNRLIAFASRGNHVSPTHYVPE
SDAAARVTQILSNLTITQLLKRLHQWINEDCSTPCSGSWLRDVWDWI
CTVLADFKTWLQSKLLPRLPGVPFFSCQRGYKGVWRGDGIMYTTCP
CGAQITGHVKNGSMRIVGPRTCSNTWHGTFPINAYTTGPCTPSPAPN
YSRALWRVAAEEYVEVTRVGDFHYVTGMTTDNVKCPCQVPAPEFF
TELDGVRLHRYAPACKPLLRDEVTFQVGLNQYTVGSQLPCEPEPDV
TVVTSMLTDPSHITAEAARRRLARGSPPSLAGSSASQLSAPSLKATCT
THHGAPDTDLIEANLLWRQEMGGNITRVESENKIVILDSFEPLRAEE
DEREVSAAAEILRKTRKFPAAMPVWARPDYNPPLLESWKNPDYVPP
VVHGCPLPPTKAPPIPPPRRKRTVVLTESTVSSALAELATKTFGGSGS
SAVDSGTATGPPDQASAEGDAGSDAESYSSMPPLEGEPGDPDLSDGS
WSTVSEEASEDVVCCSMSYTWTGALITPCAAEESKLPINALSNPLLR
HHNMVYSTTSRSASLRQKKVTFDRMQVLDDHYRDVLKEMKAKAS
TVKAKLLSVEEACKLTPPHSAKSKFGYGAKDVRSLSSRAVNHIRSV
WKDLLEDTDTPIQTTIMAKNEVFCVQPEKGGRKPARLIVFPDLGVRV
CEKMALYDVVSTLPQAVMGSSYGFQYSPKQRVEFLVNTWKAKKCP
MGFSYDTRCFDSTVTENDIRVEESIYQCCDLAPEARQAIRSLTERLYI
GGPMTNSKGQNCGYRRCRASGVLTTSCGNTLTCYLKAAAACRAAK
LQDCTMLVCGDDLVVICDSAGTQEDAASLRVFTEAMTRYSAPPGDP
PQPEYDLELITSCSSNVSVAHDASGKRVYYLTRDPTTPLARAAWETA
RHTPVNSWLGNIIMYAPTLWARMILMTHFFSILLAQEQLEKALDCQI
YGATYSIEPLDLPQIIQRLHGLSAFSLHSYSPGEINRVASCLRKLGVPP
LRVWRHRARSVRAKLLSQGGRAATCGKYLFNWAVKTKLKLTPIPE
ASQLDLSGWFVAGYSGGDIYHSLSRARPRWFMWCLLLLSVGVGIYL
LPNR).
序列SEQ ID NOS：124-183由上述HCV pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)某基因组蛋白中所含的9个氨基酸残基组成。此外，序列SEQ ID NOS：124-183具有较好的与HLA-A2型分子结合，正如通过假设预测，所述假设由实施方案1中所述的实验设计方法获得。SEQ IDNOS：124-183以结合降低的顺序排列。即，SEQ ID NO：124为预测具有最佳结合的序列。
表1-4显示的氨基酸序列在对HCV D90208株，D89815株，和pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)，利用上述预测程序，预测分，和相应结合实验数据而获得的预测结果中具有较好的得分。通过上述合成方法人工合成9个氨基酸肽，可获得全部结合实验数据。
所述的HCV D90208株和D89815株的某些基因组蛋白登记在GenBank，但由其中9个氨基酸残基组成的序列，即HLA-结合肽，现在尚未登记。
此外，pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)为突变株，其与日本人丙型肝炎病人中常见的HCV亚株相似。在本发明实施例中，已发现在该突变株某基因组蛋白中所含的HLA-结合肽，所述突变株与常见于日本人中的亚株相似。该HLA-结合肽可合适地用于开发日本人的丙型肝炎治疗药。
在此，上述HCV D90208株，D89815株，和pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)某些基因组蛋白的氨基酸序列彼此部分不同，并且可以预测，即使在氨基酸序列中通过替换一个或数个氨基酸残基而形成的氨基酸序列将同样显示上述优异的HLA-结合性质。
例如，D90208株的肽SEQ ID NO：1从左计数第6个氨基酸为F，但其对D89815株的肽SEQ ID NO：46和对pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)的肽SEQ ID NO：85为Y。
此外，D90208株的肽SEQ ID NO：17从左计数第2个氨基酸为L，但其对D89815株的肽SEQ ID NO：49和对pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)的肽SEQ ID NO：98为F。
而且，D90208株的肽SEQ ID NO：3从左计数第5个氨基酸为V，但其对D89815株的肽SEQ ID NO：71和对pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)的肽SEQ ID NO：110为A。
此外，D90208株的肽SEQ ID NO：2从左计数第7个氨基酸为D，但其对D89815株的肽SEQ ID NO：45和对pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)的肽SEQ ID NO：84为E。
而且，D90208株的肽SEQ ID NO：40从左计数第7个氨基酸为C，但其对pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)的肽SEQ ID NO：107为G。
此外，D90208株的肽SEQ ID NO：43从左计数第5个氨基酸为E，但其对D89815株的肽SEQ ID NO：59和对pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)的肽SEQ ID NO：87为D，以及D90208株的肽SEQ ID NO：43从左计数第8个氨基酸为V，但其对D89815株的肽SEQ ID NO：59和对pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)的肽SEQ ID NO：87为T。
而且，D90208株的肽SEQ ID NO：44从左计数第7个氨基酸为I，但其对D89815株的肽SEQ ID NO：62和对pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)的肽SEQ ID NO：93为V，以及D90208株的肽SEQ ID NO：44从左计数第9个氨基酸为V，但其对D89815株的肽SEQ ID NO：62和对pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)的肽SEQ ID NO：93为F。
在通过相互替换一个或两个氨基酸残基而形成的肽序列中，例如，D90208株的肽SEQ ID NO：17从左计数第2个氨基酸为L，但其对D89815株的肽SEQ ID NO：49和对pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)的肽SEQ ID NO：98为F，以及D90208株的肽SEQ ID NO：17的结合实验值为6.98038，而其对D89815株的肽SEQ ID NO：49和对pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)的肽SEQ ID NO：98为7.7344，由此证实它们全部显示良好的结合性质。
此外，在通过相互替换一个或两个氨基酸残基而形成的肽序列中，例如，D90208株的肽SEQ ID NO：40从左计数第7个氨基酸为C，但其对pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)的肽SEQ ID NO：107为G，以及D90208株的肽SEQ ID NO：40的结合实验值为6.97507，而其对pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)的肽SEQ ID NO：107为6.37373，由此证实它们全部显示良好的结合性质。
而且，在通过相互替换一个或两个氨基酸残基而形成的肽序列中，例如，D90208株的肽SEQ ID NO：3从左计数第5个氨基酸为V，但其对D89815株的肽SEQ ID NO：71和对pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)的肽SEQ ID NO：110为A，以及D90208株的肽SEQ ID NO：3的结合实验值为6.14848，而其对D89815株的肽SEQ ID NO：71和对pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)的肽SEQ ID NO：110为6.75756，由此证实它们全部显示良好的结合性质。
此外，在通过相互替换一个或两个氨基酸残基而形成的肽序列中，例如，D90208株的肽SEQ ID NO：2从左计数第7个氨基酸为D，但其对D89815株的肽SEQ ID NO：45和对pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)的肽SEQ ID NO：84为E，以及D90208株的肽SEQ ID NO：2的结合实验值为5.32417，而其对D89815株的肽SEQ ID NO：45和对pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)的肽SEQ ID NO：84为5.00343，由此证实它们全部显示良好的结合性质。
而且，在通过相互替换一个或两个氨基酸残基而形成的肽序列中，例如，在pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)的肽SEQ ID NO：90和肽SEQ ID NO：112之间偏移一个的氨基酸序列，以及肽SEQ ID NO：90的结合实验值为6.51874，而肽SEQ ID NO：112的结合实验值为6.63423，由此证实它们全部显示良好的结合性质。
此外，在通过相互替换一个或两个氨基酸残基而形成的肽序列中，例如，在D90208株的肽SEQ ID NO：13和D89815株的肽SEQ ID NO：60与D90208株的肽SEQ ID NO：18和D89815株的肽SEQ ID NO：64之间偏移一个的氨基酸序列，以及肽SEQ ID NOS：13和60的结合实验值为7.89519，而肽SEQ ID NOS：18和64的结合实验值为5.9169，由此证实它们全部显示良好的结合性质。
由此可以预测，通过相互替换一个或两个氨基酸残基而形成的肽序列皆会显示优异的与HLA-A24型分子的结合。总之，由SEQ IDNOS：1-183所示，在与HLA-A型分子结合方面具有优异性质的氨基酸序列中，通过缺失，替换，或添加一个或数个氨基酸残基而形成的氨基酸序列，甚至同样可以预测显示优异的HLA-结合性质。
从另一点来看，正如通过假设预测，所述假设由实施方案1中所述的实验设计方法获得，在与HLA-A型分子结合方面具有优异性质的氨基酸序列中，通过缺失，替换，或添加一个或数个氨基酸残基而形成的氨基酸序列，甚至同样可以说显示优异的HLA-结合性质。被替换的氨基酸残基优选为相互具有相似性质的氨基酸残基，诸如两个皆为疏水氨基酸残基。
本发明参照上述实施例进行了解释。这些实施例仅列举成例子，本领域技术人员将理解，多种修改例是可能的，而这些修改例仍落入本发明的保护范围。
例如，在上述实施例中，采用HCV D90208株，D89815株，和pBRT703′X株(D89815的突变亚克隆)，但也可采用另一HCV株。在此情形下，根据本发明所用的预测程序，可以高精度预测HLA结合。
序列表
<110>日本电气株式会社(NEC Corporation)
     国立大学法人高知大学(Kochi University)
<120>HLA-结合肽，其前体，编码这些肽序列的DNA片段和重组载体(HLA binding peptides)
<130>SCT064984-47
<160>186
<170>PatentIn version 3.1
<210>1
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>1
Ile Leu Pro Cys Ser Phe Thr Thr Leu
1               5
<210>2
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>2
Val Ile Leu Asp Ser Phe Asp Pro Ile
1               5
<210>3
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>3
Arg Tyr Ala Pro Val Cys Lys Pro Leu
1               5
<210>4
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>4
Phe Trp Ala Lys His Met Trp Asn Phe
1               5
<210>5
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>5
Ala Leu Tyr Asp Val Val Ser Thr Leu
1               5
<210>6
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>6
Thr Val Leu Ser Asp Phe Lys Thr Trp
1               5
<210>7
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>7
Pro Tyr Ile Glu Gln Gly Met Gln Leu
1               5
<210>8
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>8
Trp His Tyr Pro Cys Thr Val Asn Phe
1               5
<210>9
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>9
Lys Phe Pro Pro Ala Leu Pro Ile Trp
1               5
<210>10
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>10
Thr Tyr Ser Thr Tyr Cys Lys Phe Leu
1               5
<210>11
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>11
Ala Tyr Ser Gln Gln Thr Arg Gly Leu
1               5
<210>12
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>12
Ala Gln Pro Gly Tyr Pro Trp Pro Leu
1               5
<210>13
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>13
Ile Leu Met Thr His Phe Phe Ser Ile
1                5
<210>14
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>14
Ser Tyr Thr Trp Thr Gly Ala Leu Ile
1               5
<210>15
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>15
Ser Pro Pro Ala Val Pro Gln Thr Phe
1               5
<210>16
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>16
Leu Leu Pro Arg Arg Gly Pro Arg Leu
1               5
<210>17
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>17
Ala Leu Tyr Gly Val Trp Pro Leu Leu
1               5
<210>18
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>18
Leu Met Thr His Phe Phe Ser Ile Leu
1               5
<210>19
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>19
Leu Leu Lys Arg Leu His Gln Trp Ile
1               5
<210>20
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>20
Tyr Ile Leu Leu Leu Phe Leu Leu Leu
1               5
<210>21
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>21
Ala Arg Pro Asp Tyr Asn Pro Pro Leu
1               5
<210>22
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>22
Ala Tyr Tyr Ser Met Val Gly Asn Trp
1               5
<210>23
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>23
Phe Leu Ala Arg Leu Ile Trp Trp Leu
1               5
<210>24
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>24
Ser Gln Leu Asp Leu Ser Gly Trp Phe
1               5
<210>25
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>25
Ser Met Leu Thr Asp Pro Ser His Ile
1               5
<210>26
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>26
Glu Tyr Ile Leu Leu Leu Phe Leu Leu
1               5
<210>27
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>27
Ile Leu Leu Gly Pro Ala Asp Ser Phe
1               5
<210>28
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>28
Leu Asn Pro Ser Val Ala Ala Thr Leu
1               5
<210>29
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>29
Gly Leu Leu Ser Phe Leu Val Phe Phe
1               5
<210>30
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>30
Tyr Val Tyr Asp His Leu Thr Pro Leu
1               5
<210>31
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>31
His Tyr Ala Pro Arg Pro Cys Gly Ile
1               5
<210>32
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>32
Gly Leu Ile His Leu His Arg Asn Ile
1               5
<210>33
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>33
His Tyr Arg Asp Val Leu Lys Glu Met
1               5
<210>34
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>34
Tyr Tyr Lys Val Phe Leu Ala Arg Leu
1               5
<210>35
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>35
Cys Met Val Asp Tyr Pro Tyr Arg Leu
1               5
<210>36
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>36
Ala Val Ile Pro Asp Arg Glu Val Leu
1               5
<210>37
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>37
Asn Phe Ser Arg Cys Trp Val Ala Leu
1               5
<210>38
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>38
Val Phe Ser Asp Met Glu Thr Lys Leu
1               5
<210>39
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>39
Val Trp Pro Leu Leu Leu Leu Leu Leu
1               5
<210>40
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>40
Ile Thr Tyr Ser Thr Tyr Cys Lys Phe
1               5
<210>41
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>41
Ile Glu Pro Leu Asp Leu Pro Gln Ile
1               5
<210>42
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>42
Leu Leu Ser Thr Thr Glu Trp Gln Ile
1               5
<210>43
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>43
Pro Leu Leu Arg Glu Glu Val Val Phe
1               5
<210>44
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>44
Ala Thr Pro Pro Gly Ser Ile Thr Val
1               5
<210>45
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>45
Val Ile Leu Asp Ser Phe Glu Pro Leu
1               5
<210>46
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>46
Ile Leu Pro Cys Ser Tyr Thr Thr Leu
1               5
<210>47
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>47
Phe Trp Ala Lys His Met Trp Asn Phe
1               5
<210>48
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>48
Ala Leu Tyr Asp Val Val Ser Thr Leu
1               5
<210>49
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>49
Ala Phe Tyr Gly Val Trp Pro Leu Leu
1               5
<210>50
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>50
Pro Tyr Ile Glu Gln Gly Met Gln Leu
1               5
<210>51
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>51
Thr Pro Pro Ala Val Pro Gln Thr Phe
1               5
<210>52
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>52
Trp His Tyr Pro Cys Thr Val Asn Phe
1               5
<210>53
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>53
Gly Ile Leu Pro Phe Phe Met Phe Phe
1               5
<210>54
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>54
Gly Leu Ile His Leu His Gln Asn Ile
1               5
<210>55
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>55
Leu Met Cys Ala Val His Pro Glu Leu
1               5
<210>56
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>56
Thr Val Leu Ala Asp Phe Lys Thr Trp
1               5
<210>57
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>57
Ala Tyr Ser Gln Gln Thr Arg Gly Leu
1               5
<210>58
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>58
Ala Gln Pro Gly Tyr Pro Trp Pro Leu
1               5
<210>59
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>59
Pro Leu Leu Arg Asp Glu Val Thr Phe
1               5
<210>60
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>60
Ile Leu Met Thr His Phe Phe Ser Ile
1               5
<210>61
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>61
Ser Tyr Thr Trp Thr Gly Ala Leu Ile
1               5
<210>62
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>62
Ala Thr Pro Pro Gly Ser Val Thr Phe
1               5
<210>63
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>63
Leu Leu Pro Arg Arg Gly Pro Arg Leu
1               5
<210>64
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>64
Leu Met Thr His Phe Phe Ser Ile Leu
1             5
<210>65
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>65
Leu Leu Lys Arg Leu His Gln Trp Ile
1               5
<210>66
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>66
Ala Arg Pro Asp Tyr Asn Pro Pro Leu
1               5
<210>67
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>67
Ala Tyr Tyr Ser Met Val Gly Asn Trp
1               5
<210>68
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>68
Lys Phe Pro Ala Ala Met Pro Val Trp
1               5
<210>69
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>69
Gln Tyr Thr Leu Leu Phe Asn Ile Leu
1               5
<210>70
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>70
Leu Val Pro Gly Ala Ala Tyr Ala Phe
1               5
<210>71
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>71
Arg Tyr Ala Pro Ala Cys Lys Pro Leu
1               5
<210>72
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>72
Phe Leu Ala Arg Leu Ile Trp Trp Leu
1               5
<210>73
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>73
Ser Gln Leu Asp Leu Ser Gly Trp Phe
1               5
<210>74
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>74
Ser Met Leu Thr Asp Pro Ser His Ile
1               5
<210>75
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>75
Ile Leu Leu Gly Pro Ala Asp Ser Phe
1               5
<210>76
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>76
Trp Leu Arg Asp Val Trp Asp Trp Ile
1               5
<210>77
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>77
Tyr Val Val Leu Leu Phe Leu Leu Leu
1               5
<210>78
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>78
Leu Asn Pro Ser Val Ala Ala Thr Leu
1               5
<210>79
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>79
Tyr Val Tyr Asp His Leu Thr Pro Leu
1               5
<210>80
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>80
His Tyr Arg Asp Val Leu Lys Glu Met
1               5
<210>81
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>81
Thr Leu Arg Arg His Val Asp Leu Leu
1               5
<210>82
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>82
Ala Val Ile Pro Asp Arg Glu Val Leu
1               5
<210>83
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>83
Phe Leu Ile Ser Gln Leu Phe Thr Phe
1               5
<210>84
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>84
Val Ile Leu Asp Ser Phe Glu Pro Leu
1               5
<210>85
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>85
Ile Leu Pro Cys Ser Tyr Thr Thr Leu
1               5
<210>86
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>86
Gly Ile Leu Pro Phe Phe Met Phe Phe
1               5
<210>87
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>87
Pro Leu Leu Arg Asp Glu Val Thr Phe
1               5
<210>88
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>88
Thr Pro Pro Ala Val Pro Gln Thr Phe
1               5
<210>89
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>89
Phe Trp Ala Lys His Met Trp Asn Phe
1               5
<210>90
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>90
Thr Val Leu Ala Asp Phe Lys Thr Trp
1               5
<210>91
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>91
Ala Leu Tyr Asp Val Val Ser Thr Leu
1               5
<210>92
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>92
Trp His Tyr Pro Cys Thr Val Asn Phe
1               5
<210>93
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>93
Ala Thr Pro Pro Gly Ser Val Thr Phe
1               5
<210>94
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>94
Gly Leu Ile His Leu His Gln Asn Ile
1               5
<210>95
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>95
Ala Tyr Ser Gln Gln Thr Arg Gly Leu
1               5
<210>96
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>96
Ile Leu Met Thr His Phe Phe Ser Ile
1               5
<210>97
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>97
Phe Leu Ala Arg Leu Ile Trp Trp Leu
1               5
<210>98
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>98
Ala Phe Tyr Gly Val Trp Pro Leu Leu
1               5
<210>99
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>99
Phe Leu Ile Ser Gln Leu Phe Thr Phe
1               5
<210>100
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>100
Ile Leu Leu Gly Pro Ala Asp Ser Phe
1               5
<210>101
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>101
Ser Met Leu Thr Asp Pro Ser His Ile
1               5
<210>102
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>102
Ala Tyr Tyr Ser Met Val Gly Asn Trp
1               5
<210>103
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>103
Gln Tyr Thr Leu Leu Phe Asn Ile Leu
1               5
<210>104
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>104
Leu Leu Lys Arg Leu His Gln Trp Ile
1               5
<210>105
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>105
Ser Gln Leu Asp Leu Ser Gly Trp Phe
1               5
<210>106
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>106
Trp Leu Arg Asp Val Trp Asp Trp Ile
1               5
<210>107
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>107
Ile Thr Tyr Ser Thr Tyr Gly Lys Phe
1               5
<210>108
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>108
Ser Tyr Thr Trp Thr Gly Ala Leu Ile
1               5
<210>109
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>109
Leu Leu Ser Thr Thr Glu Trp Gln Ile
1               5
<210>110
<211>9
<212>PRT
<213>Heatitis C virus
<400>110
Arg Tyr Ala Pro Ala Cys Lys Pro Leu
1               5
<210>111
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>111
Arg Leu Ile Trp Trp Leu Gln Tyr Phe
1               5
<210>112
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>112
Val Leu Ala Asp Phe Lys Thr Trp Leu
1               5
<210>113
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>113
Leu Val Pro Gly Ala Ala Tyr Ala Phe
1               5
<210>114
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>114
Asp Leu Pro Gln Ile Ile Gln Arg Leu
1               5
<210>115
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>115
Trp Ile Cys Thr Val Leu Ala Asp Phe
1              5
<210>116
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>116
Phe Tyr Gly Val Trp Pro Leu Leu Leu
1               5
<210>117
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>117
Leu Leu Leu Ser Ile Leu Gly Pro Leu
1               5
<210>118
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>118
His Tyr Arg Asp Val Leu Lys Glu Met
1               5
<210>119
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>119
Leu Ile Trp Trp Leu Gln Tyr Phe Ile
1               5
<210>120
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>120
Ala Val Ile Pro Asp Arg Glu Val Leu
1               5
<210>121
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>121
Thr Arg Pro Pro His Gly Asn Trp Phe
1               5
<210>122
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>122
Lys Phe Pro Ala Ala Met Pro Val Trp
1               5
<210>123
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>123
Val Phe Pro Asp Leu Gly Val Arg Val
1               5
<210>124
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>124
Lys Leu Leu Pro Arg Leu Pro Gly Val
1               5
<210>125
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>125
Asp Met Pro Ser Thr Glu Asp Leu Val
1               5
<210>126
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>126
Tyr Leu Tyr Gly Ile Gly Ser Ala Val
1               5
<210>127
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>127
Tyr Leu Asn Thr Pro Gly Leu Pro Val
1               5
<210>128
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>128
Cys Leu Leu Leu Leu Ser Val Gly Val
1               5
<210>129
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>129
Leu Leu Leu Ser Val Gly Val Gly Ile
1               5
<210>130
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>130
Leu Leu Cys Pro Ser Gly His Val Val
1               5
<210>131
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>131
Ala Ile Leu Ser Pro Gly Ala Leu Val
1               5
<210>132
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>132
Ser Leu Ile Arg Val Pro Tyr Phe Val
1               5
<210>133
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>133
Asp Val Trp Asp Trp Ile Cys Thr Val
1               5
<210>134
<211>9
<212>PRT
<213>Heatitis C virus
<400>134
Val Ile Pro Ala Ser Gly Asp Val Val
1               5
<210>135
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>135
Arg Ala Leu Ala His Gly Val Arg Val
1               5
<210>136
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>136
Leu Ser Asp Gly Ser Trp Ser Thr Val
1               5
<210>137
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>137
Lys Leu Gln Asp Cys Thr Met Leu Val
1               5
<210>138
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>138
Tyr Cys Leu Thr Thr Gly Ser Val Val
1               5
<210>139
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>139
Ser Met Leu Thr Asp Pro Ser His Ile
1               5
<210>140
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>140
Ala Ala Phe Cys Ser Ala Met Tyr Val
1               5
<210>141
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>141
Tyr Ser Pro Gly Glu Ile Asn Arg Val
1               5
<210>142
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>142
Tyr Thr Asn Val Asp Gln Asp Leu Val
1               5
<210>143
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>143
Leu Arg Asp Glu Val Thr Phe Gln Val
1               5
<210>144
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>144
Leu Ala Ala Leu Thr Gly Thr Tyr Val
1               5
<210>145
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>145
Cys Glu Pro Glu Pro Asp Val Thr Val
1               5
<210>146
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>146
Cys Met Ser Ala Asp Leu Glu Val Val
1               5
<210>147
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>147
Val Phe Pro Asp Leu Gly Val Arg Val
1               5
<210>148
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>148
Tyr Cys Phe Thr Pro Ser Pro Val Val
1               5
<210>149
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>149
Val Leu Gln Ala Ser Leu Ile Arg Val
1               5
<210>150
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>150
Lys Gln Ala Glu Ala Ala Ala Pro Val
1               5
<210>151
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>151
Leu Leu Leu Ala Leu Pro Pro Arg Ala
1               5
<210>152
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>152
Val Leu As Asp His Tyr Arg As Val
1              5
<210>153
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>153
Phe Ser Pro Arg Arg His Glu Thr Val
1               5
<210>154
<211>9
<212>PRT
<213>Heatitis C virus
<400>154
Ser Val Ile Asp Cys Asn Thr Cys Val
1               5
<210>155
<211>9
<212>PRT
<213>Heatitis C virus
<400>155
Gly Leu Ile Arg Ala Cys Thr Leu Val
1               5
<210>156
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>156
Thr Val Asn Phe Thr Ile Phe Lys Val
1               5
<210>157
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>157
Glu Met Gly Gly Asn Ile Thr Arg Val
1               5
<210>158
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>158
Pro Leu Leu Arg His His Asn Met Val
1               5
<210>159
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>159
Gln Leu Asp Leu Ser Gly Trp Phe Val
1               5
<210>160
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>160
Thr Leu Ala Ala Arg Asn Ala Ser Val
1               5
<210>161
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>161
Arg Leu Gly Ala Val Gln Asn Glu Val
1               5
<210>162
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>162
Val Ile Leu Asp Ser Phe Glu Pro Leu
1               5
<210>163
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>163
Ala Ala Leu Glu Asn Leu Val Val Leu
1               5
<210>164
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>164
Leu Leu Glu Asp Thr Asp Thr Pro Ile
1               5
<210>165
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>165
Val Val Thr Ser Thr Trp Val Leu Val
1               5
<210>166
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>166
Phe Ser Leu Asp Pro Thr Phe Thr Ile
1               5
<210>167
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>167
Thr Ile Pro Ala Ser Ala Tyr Glu Val
1               5
<210>168
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>168
Asp Leu Leu Glu Asp Thr Asp Thr Pro
1               5
<210>169
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>169
Leu Leu Leu Ser Ile Leu Gly Pro Leu
1               5
<210>170
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>170
Val Leu Ala Asp Phe Lys Thr Trp Leu
1               5
<210>171
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>171
Ser Ile Leu Gly Ile Gly Thr Val Leu
1               5
<210>172
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>172
Ala Gly Asp Asn Phe Pro Tyr Leu Val
1               5
<210>173
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>173
Ile Leu Pro Cys Ser Tyr Thr Thr Leu
1               5
<210>174
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>174
Val Ala Ala Glu Glu Tyr Val Glu Val
1               5
<210>175
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>175
Leu Ala Val Ala Val Glu Pro Val Val
1               5
<210>176
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>176
Ala Leu Tyr Asp Val Val Ser Thr Leu
1               5
<210>177
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>177
Phe Leu Ala Arg Leu Ile Trp Trp Leu
1               5
<210>178
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>178
Arg Leu Leu Ala Pro Ile Thr Ala Tyr
1               5
<210>179
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>179
Trp Leu Arg Asp Val Trp Asp Trp Ile
1               5
<210>180
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>180
Cys Val Asn Gly Ala Cys Trp Thr Val
1               5
<210>181
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>181
Tyr Val Tyr Asp His Leu Thr Pro Leu
1               5
<210>182
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>182
Thr Val Val Leu Thr Glu Ser Thr Val
1               5
<210>183
<211>9
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>183
Ala Ala Arg Ala Leu Ala His Gly Val
1               5
<210>184
<211>3010
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>184
Met Ser Thr Asn Pro Lys Pro Gln Arg Lys Thr Lys Arg Asn Thr Asn
1               5                   10                  15
Arg Arg Pro Gln Asp Val Lys Phe Pro Gly Gly Gly Gln Ile Val Gly
            20                  25                  30
Gly Val Tyr Leu Leu Pro Arg Arg Gly Pro Arg Leu Gly Val Arg Ala
        35                  40                  45
Thr Arg Lys Thr Ser Glu Arg Ser Gln Pro Arg Gly Arg Arg Gln Pro
    50                  55                  60
Ile Pro Lys Ala Arg Arg Pro Glu Gly Arg Thr Trp Ala Gln Pro Gly
65                  70                  75                  80
Tyr Pro Trp Pro Leu Tyr Gly Asn Glu Gly Met Gly Trp Ala Gly Trp
                85                  90                  95
Leu Leu Ser Pro Arg Gly Ser Arg Pro Ser Trp Gly Pro Thr Asp Pro
            100                 105                 110
Arg Arg Arg Ser Arg Asn Leu Gly Lys Val Ile Asp Thr Leu Thr Cys
        115                 120                 125
Gly Phe Ala Asp Leu Met Gly Tyr Ile Pro Leu Val Gly Ala Pro Leu
    130                 135                 140
Gly Gly Ala Ala Arg Ala Leu Ala His Gly Val Arg Val Leu Glu Asp
145                 150                 155                 160
Gly Val Asn Tyr Ala Thr Gly Asn Leu Pro Gly Cys Ser Phe Ser Ile
                165                 170                 175
Phe Leu Leu Ala Leu Leu Ser Cys Leu Thr Ile Pro Ala Ser Ala Tyr
            180                 185                 190
Glu Val Arg Asn Val Ser Gly Ile Tyr His Val Thr Asn Asp Cys Ser
        195                 200                 205
Asn Ser Ser Ile Val Tyr Glu Ala Ala Asp Met Ile Met His Thr Pro
    210                 215                 220
Gly Cys Val Pro Cys Val Arg Glu Ser Asn Phe Ser Arg Cys Trp Val
225                 230                 235                 240
Ala Leu Thr Pro Thr Leu Ala Ala Arg Asn Ser Ser Ile Pro Thr Thr
                245                 250                 255
Thr Ile Arg Arg His Val Asp Leu Leu Val Gly Ala Ala Ala Leu Cys
            260                 265                 270
Ser Ala Met Tyr Val Gly Asp Leu Cys Gly Ser Val Phe Leu Val Ser
        275                 280                 285
Gln Leu Phe Thr Phe Ser Pro Arg Arg Tyr Glu Thr Val Gln Asp Cys
    290                 295                 300
Asn Cys Ser Ile Tyr Pro Gly His Val Ser Gly His Arg Met Ala Trp
305                 310                 315                 320
Asp Met Met Met Asn Trp Ser Pro Thr Thr Ala Leu Val Val Ser Gln
                325                 330                 335
Leu Leu Arg Ile Pro Gln Ala Val Val Asp Met Val Ala Gly Ala His
            340                 345                 350
Trp Gly Val Leu Ala Gly Leu Ala Tyr Tyr Ser Met Val Gly Asn Trp
        355                 360                 365
Ala Lys Val Leu Ile Val Met Leu Leu Phe Ala Gly Val Asp Gly His
    370                 375                 380
Thr His Val Thr Gly Gly Arg Val Ala Ser Ser Thr Gln Ser Leu Val
385                 390                 395                 400
Ser Trp Leu Ser Gln Gly Pro Ser Gln Lys Ile Gln Leu Val Asn Thr
                405                 410                 415
Asn Gly Ser Trp His Ile Asn Arg Thr Ala Leu Asn Cys Asn Asp Ser
            420                 425                 430
Leu Gln Thr Gly Phe Ile Ala Ala Leu Phe Tyr Ala His Arg Phe Asn
        435                 440                 445
Ala Ser Gly Cys Pro Glu Arg Met Ala Ser Cys Arg Pro Ile Asp Glu
    450                 455                 460
Phe Ala Gln Gly Trp Gly Pro Ile Thr His Asp Met Pro Glu Ser Ser
465                 470                475                  480
Asp Gln Arg Pro Tyr Cys Trp His Tyr Ala Pro Arg Pro Cys Gly Ile
                485                 490                 495
Val Pro Ala Ser Gln Val Cys Gly Pro Val Tyr Cys Phe Thr Pro Ser
            500                 505                 510
Pro Val Val Val Gly Thr Thr Asp Arg Phe Gly Ala Pro Thr Tyr Ser
        515                 520                 525
Trp Gly Glu Asn Glu Thr Asp Val Leu Leu Leu Ser Asn Thr Arg Pro
    530                 535                 540
Pro Gln Gly Asn Trp Phe Gly Cys Thr Trp Met Asn Ser Thr Gly Phe
545                 550                 555                 560
Thr Lys Thr Cys Gly Gly Pro Pro Cys Asn Ile Gly Gly Val Gly Asn
                565                 570                 575
Asn Thr Leu Val Cys Pro Thr Asp Cys Phe Arg Lys His Pro Glu Ala
            580                 585                 590
Thr Tyr Thr Lys Cys Gly Ser Gly Pro Trp Leu Thr Pro Arg Cys Met
        595                 600                 605
Val Asp Tyr Pro Tyr Arg Leu Trp His Tyr Pro Cys Thr Val Asn Phe
    610                 615                 620
Thr Val Phe Lys Val Arg Met Tyr Val Gly Gly Val Glu His Arg Leu
625                 630                 635                 640
Asn Ala Ala Cys Asn Trp Thr Arg Gly Glu Arg Cys Asp Leu Glu Asp
                645                 650                 655
Arg Asp Arg Ser Glu Leu Ser Pro Leu Leu Leu Ser Thr Thr Glu Trp
            660                 665                 670
Gln Ile Leu Pro Cys Ser Phe Thr Thr Leu Pro Ala Leu Ser Thr Gly
        675                 680                 685
Leu Ile His Leu His Arg Asn Ile Val Asp Val Gln Tyr Leu Tyr Gly
    690                 695                 700
Ile Gly Ser Ala Val Val Ser Phe Ala Ile Lys Trp Glu Tyr Ile Leu
705                 710                 715                 720
Leu Leu Phe Leu Leu Leu Ala Asp Ala Arg Val Cys Ala Cys Leu Trp
                725                 730                 735
Met Met Leu Leu Ile Ala Gln Ala Glu Ala Thr Leu Glu Asn Leu Val
            740                 745                 750
Val Leu Asn Ala Ala Ser Val Ala Gly Ala His Gly Leu Leu Ser Phe
        755                 760                 765
Leu Val Phe Phe Cys Ala Ala Trp Tyr Ile Lys Gly Arg Leu Val Pro
    770                 775                 780
Gly Ala Ala Tyr Ala Leu Tyr Gly Val Trp Pro Leu Leu Leu Leu Leu
785                 790                 795                 800
Leu Ala Leu Pro Pro Arg Ala Tyr Ala Met Asp Arg Glu Met Ala Ala
                805                 810                 815
Ser Cys Gly Gly Ala Val Phe Val Gly Leu Val Leu Leu Thr Leu Ser
            820                 825                 830
Pro Tyr Tyr Lys Val Phe Leu Ala Arg Leu Ile Trp Trp Leu Gln Tyr
        835                 840                 845
Phe Ile Thr Arg Ala Glu Ala His Leu Gln Val Trp Val Pro Pro Leu
    850                 855                 860
Asn Val Arg Gly Gly Arg Asp Ala Ile Ile Leu Leu Thr Cys Ala Val
865                 870                 875                 880
His Pro Glu Leu Ile Phe Asp Ile Thr Lys Leu Leu Leu Ala Ile Leu
                885                 890                 895
Gly Pro Leu Met Val Leu Gln Ala Gly Ile Thr Arg Val Pro Tyr Phe
            900                 905                 910
Val Arg Ala Gln Gly Leu Ile Arg Ala Cys Met Leu Val Arg Lys Val
        915                 920                 925
Ala Gly Gly His Tyr Val Gln Met Ala Phe Met Lys Leu Ala Ala Leu
    930                 935                 940
Thr Gly Thr Tyr Val Tyr Asp His Leu Thr Pro Leu Arg Asp Trp Ala
945                 950                 955                 960
His Ala Gly Leu Arg Asp Leu Ala Val Ala Val Glu Pro Val Val Phe
                965                 970                 975
Ser Asp Met Glu Thr Lys Leu Ile Thr Trp Gly Ala Asp Thr Ala Ala
            980                 985                 990
Cys Gly Asp Ile Ile Ser Gly Leu  Pro Val Ser Ala Arg  Arg Gly Lys
        995                 1000                 1005
Glu Ile  Leu Leu Gly Pro Ala  Asp Ser Phe Gly Glu  Gln Gly Trp
    1010                 1015                 1020
Arg Leu  Leu Ala Pro Ile Thr  Ala Tyr Ser Gln Gln  Thr Arg Gly
    1025                 1030                 1035
Leu Leu  Gly Cys Ile Ile Thr  Ser Leu Thr Gly Arg  Asp Lys Asn
    1040                 1045                 1050
Gln Val  Asp Gly Glu Val Gln  Val Leu Ser Thr Ala  Thr Gln Ser
    1055                 1060                 1065
Phe Leu  Ala Thr Cys Val Asn  Gly Val Cys Trp Thr  Val Tyr His
    1070                 1075                 1080
Gly Ala  Gly Ser Lys Thr Leu  Ala Gly Pro Lys Gly  Pro Ile Thr
    1085                 1090                 1095
Gln Met  Tyr Thr Asn Val Asp  Gln Asp Leu Val Gly Trp Pro Ala
    1100                 1105                 1110
Pro Pro  Gly Ala Arg Ser Met  Thr Pro Cys Thr Cys  Gly Ser Ser
    1115                 1120                 1125
Asp Leu  Tyr Leu Val Thr Arg  His Ala Asp Val Val  Pro Val Arg
    1130                 1135                 1140
Arg Arg  Gly Asp Ser Arg Gly  Ser Leu Leu Ser Pro  Arg Pro Ile
    1145                 1150                 1155
Ser Tyr  Leu Lys Gly Ser Ser  Gly Gly Pro Leu Leu  Cys Pro Ser
    1160                 1165                 1170
Gly His  Val Val Gly Ile Phe  Arg Ala Ala Val Cys  Thr Arg Gly
    1175                 1180                 1185
Val Ala  Lys Ala Val Asp Phe  Ile Pro Val Glu Ser  Met Glu Thr
    1190                 1195                 1200
Thr Met  Arg Ser Pro Val Phe  Thr Asp Asn Ser Ser  Pro Pro Ala
    1205                 1210                 1215
Val Pro  Gln Thr Phe Gln Val  Ala His Leu His Ala  Pro Thr Gly
    1220                 1225                 1230
Ser Gly  Lys Ser Thr Lys Val  Pro Ala Ala Tyr Ala  Ala Gln Gly
    1235                 1240                 1245
Tyr Lys  Val Leu Val Leu Asn  Pro Ser Val Ala Ala  Thr Leu Gly
    1250                 1255                 1260
Phe Gly  Ala Tyr Met Ser Lys  Ala His Gly Ile Glu  Pro Asn Ile
    1265                 1270                 1275
Arg Thr  Gly Val Arg Thr Ile  Thr Thr Gly Gly Pro  Ile Thr Tyr
    1280                 1285                 1290
Ser Thr  Tyr Cys Lys Phe Leu  Ala Asp Gly Gly Cys  Ser Gly Gly
    1295                 1300                 1305
Ala Tyr  Asp Ile Ile Ile Cys  Asp Glu Cys His Ser  Thr Asp Ser
    1310                 1315                 1320
Thr Thr  Ile Leu Gly Ile Gly  Thr Val Leu Asp Gln  Ala Glu Thr
    1325                 1330                 1335
Ala Gly  Ala Arg Leu Val Val  Leu Ala Thr Ala Thr  Pro Pro Gly
    1340                 1345                 1350
Ser Ile  Thr Val Pro His Pro  Asn Ile Glu Glu Val  Ala Leu Ser
    1355                 1360                 1365
Asn Thr  Gly Glu Ile Pro Phe  Tyr Gly Lys Ala Ile  Pro Ile Glu
    1370                 1375                 1380
Ala Ile  Lys Gly Gly Arg His  Leu Ile Phe Cys His  Ser Lys Lys
    1385                 1390                 1395
Lys Cys  Asp Glu Leu Ala Ala  Lys Leu Thr Gly Leu  Gly Leu Asn
    1400                 1405                 1410
Ala Val  Ala Tyr Tyr Arg Gly  Leu Asp Val Ser Val  Ile Pro Thr
    1415                 1420                 1425
Ser Gly  Asp Val Val Val Val  Ala Thr Asp Ala Leu  Met Thr Gly
    1430                 1435                 1440
Phe Thr  Gly Asp Phe Asp Ser  Val Ile Asp Cys Asn  Thr Cys Val
    1445                 1450                 1455
Thr Gln  Thr Val Asp Phe Ser  Leu Asp Pro Thr Phe  Thr Ile Glu
    1460                 1465                 1470
Thr Thr  Thr Leu Pro Gln Asp  Ala Val Ser Arg Ala  Gln Arg Arg
    1475                 1480                 1485
Gly Arg  Thr Gly Arg Gly Arg  Ser Gly Ile Tyr Arg  Phe Val Thr
    1490                 1495                 1500
Pro Gly  Glu Arg Pro Ser Gly  Met Phe Asp Ser Ser  Val Leu Cys
    1505                 1510                 1515
Glu Cys  Tyr Asp Ala Gly Cys  Ala Trp Tyr Glu Leu  Thr Pro Ala
    1520                 1525                 1530
Glu Thr  Ser Val Arg Leu Arg  Ala Tyr Leu Asn Thr  Pro Gly Leu
    1535                 1540                 1545
Pro Val  Cys Gln Asp His Leu  Glu Phe Trp Glu Ser  Val Phe Thr
    1550                 1555                 1560
Gly Leu  Thr His Ile Asp Ala  His Phe Leu Ser Gln  Thr Lys Gln
    1565                 1570                 1575
Ala Gly  Asp Asn Leu Pro Tyr  Leu Val Ala Tyr Gln  Ala Thr Val
    1580                 1585                 1590
Cys Ala  Arg Ala Gln Ala Pro  Pro Pro Ser Trp Asp  Gln Met Trp
    1595                 1600                 1605
Lys Cys  Leu Ile Arg Leu Lys  Pro Thr Leu His Gly  Pro Thr Pro
    1610                 1615                 1620
Leu Leu  Tyr Arg Leu Gly Ala  Val Gln Asn Glu Val  Thr Leu Thr
    1625                 1630                 1635
His Pro  Ile Thr Lys Tyr Ile  Met Ala Cys Met Ser  Ala Asp Leu
    1640                 1645                 1650
Glu Val  Val Thr Ser Thr Trp  Val Leu Val Gly Gly  Val Leu Ala
    1655                 1660                 1665
Ala Leu  Ala Ala Tyr Cys Leu  Thr Thr Gly Ser Val  Val Ile Val
    1670                 1675                 1680
Gly Arg  Ile Ile Leu Ser Gly  Arg Pro Ala Val Ile  Pro Asp Arg
    1685                 1690                 1695
Glu Val  Leu Tyr Gln Glu Phe  Asp Glu Met Glu Glu  Cys Ala Ser
    1700                 1705                 1710
His Leu  Pro Tyr Ile Glu Gln  Gly Met Gln Leu Ala  Glu Gln Phe
    1715                 1720                 1725
Lys Gln  Lys Ala Leu Gly Leu  Leu Gln Thr Ala Thr  Lys Gln Ala
    1730                 1735                 1740
Glu Ala  Ala Ala Pro Val Val  Glu Ser Lys Trp Arg  Ala Leu Glu
    1745                 1750                 1755
Val Phe  Trp Ala Lys His Met  Trp Asn Phe Ile Ser  Gly Ile Gln
    1760                 1765                 1770
Tyr Leu  Ala Gly Leu Ser Thr  Leu Pro Gly Asn Pro  Ala Ile Ala
    1775                 1780                 1785
Ser Leu  Met Ala Phe Thr Ala  Ser Ile Thr Ser Pro  Leu Thr Thr
    1790                 1795                 1800
Gln Asn  Thr Leu Leu Phe Asn  Ile Leu Gly Gly Trp  Val Ala Ala
    1805                 1810                 1815
Gln Leu  Ala Pro Pro Ser Ala  Ala Ser Ala Phe Val  Gly Ala Gly
    1820                 1825                 1830
Ile Ala  Gly Ala Ala Val Gly  Ser Ile Gly Leu Gly  Lys Val Leu
    1835                 1840                 1845
Val Asp  Ile Leu Ala Gly Tyr  Gly Ala Gly Val Ala  Gly Ala Leu
    1850                 1855                 1860
Val Ala  Phe Lys Val Met Ser  Gly Glu Met Pro Ser  Thr Glu Asp
    1865                 1870                 1875
Leu Val  Asn Leu Leu Pro Ala  Ile Leu Ser Pro Gly  Ala Leu Val
    1880                 1885                 1890
Val Gly  Val Val Cys Ala Ala  Ile Leu Arg Arg His  Val Gly Pro
    1895                 1900                 1905
Gly Glu  Gly Ala Val Gln Trp  Met Asn Arg Leu Ile  Ala Phe Ala
    1910                 1915                 1920
Ser Arg  Gly Asn His Val Ser  Pro Thr His Tyr Val  Pro Glu Ser
    1925                 1930                 1935
Asp Ala  Ala Ala Arg Val Thr  Gln Ile Leu Ser Ser  Leu Thr Ile
    1940                 1945                 1950
Thr Gln  Leu Leu Lys Arg Leu  His Gln Trp Ile Asn  Glu Asp Cys
    1955                 1960                 1965
Ser Thr  Pro Cys Ser Gly Ser  Trp Leu Lys Asp Val  Trp Asp Trp
    1970                 1975                 1980
Ile Cys  Thr Val Leu Ser Asp  Phe Lys Thr Trp Leu  Gln Ser Lys
    1985                 1990                 1995
Leu Leu  Pro Arg Leu Pro Gly  Leu Pro Phe Leu Ser  Cys Gln Arg
    2000                 2005                 2010
Gly Tyr  Lys Gly Val Trp Arg  Gly Asp Gly Ile Met  Gln Thr Thr
    2015                 2020                 2025
Cys Pro  Cys Gly Ala Gln Ile  Thr Gly His Val Lys  Asn Gly Ser
    2030                 2035                 2040
Met Arg  Ile Val Gly Pro Lys  Thr Cys Ser Asn Thr  Trp His Gly
    2045                 2050                 2055
Thr Phe  Pro Ile Asn Ala Tyr  Thr Thr Gly Pro Cys  Thr Pro Ser
    2060                 2065                 2070
Pro Ala  Pro Asn Tyr Ser Arg  Ala Leu Trp Arg Val  Ala Ala Glu
    2075                 2080                 2085
Glu Tyr  Val Glu Val Thr Arg  Val Gly Asp Phe His  Tyr Val Thr
    2090                 2095                 2100
Gly Met  Thr Thr Asp Asn Val  Lys Cys Pro Cys Gln  Val Pro Ala
    2105                 2110                 2115
Pro Glu  Phe Phe Thr Glu Val  Asp Gly Val Arg Leu  His Arg Tyr
    2120                 2125                 2130
Ala Pro  Val Cys Lys Pro Leu  Leu Arg Glu Glu Val  Val Phe Gln
    2135                 2140                 2145
Val Gly  Leu Asn Gln Tyr Leu  Val Gly Ser Gln Leu  Pro Cys Glu
    2150                 2155                 2160
Pro Glu  Pro Asp Val Ala Val  Leu Thr Ser Met Leu  Thr Asp Pro
    2165                 2170                 2175
Ser His  Ile Thr Ala Glu Thr  Ala Lys Arg Arg Leu  Ala Arg Gly
    2180                 2185                 2190
Ser Pro  Pro Ser Leu Ala Ser  Ser Ser Ala Ser Gln  Leu Ser Ala
    2195                 2200                 2205
Pro Ser  Leu Lys Ala Thr Cys  Thr Thr His His Asp  Ser Pro Asp
    2210                 2215                 2220
Ala Asp  Leu Ile Glu Ala Asn  Leu Leu Trp Arg Gln  Glu Met Gly
    2225                 2230                 2235
Gly Asn  Ile Thr Arg Val Glu  Ser Glu Asn Lys Val  Val Ile Leu
    2240                 2245                 2250
Asp Ser  Phe Asp Pro Ile Arg  Ala Val Glu Asp Glu  Arg Glu Ile
    2255                 2260                 2265
Ser Val  Pro Ala Glu Ile Leu  Arg Lys Pro Arg Lys  Phe Pro Pro
    2270                 2275                 2280
Ala Leu  Pro Ile Trp Ala Arg  Pro Asp Tyr Asn Pro  Pro Leu Leu
    2285                 2290                 2295
Glu Ser  Trp Lys Asp Pro Asp  Tyr Val Pro Pro Val  Val His Gly
    2300                 2305                 2310
Cys Pro  Leu Pro Ser Thr Lys  Ala Pro Pro Ile Pro  Pro Pro Arg
    2315                 2320                 2325
Arg Lys  Arg Thr Val Val Leu  Thr Glu Ser Thr Val  Ser Ser Ala
    2330                 2335                 2340
Leu Ala  Glu Leu Ala Thr Lys  Thr Phe Gly Ser Ser  Gly Ser Ser
    2345                 2350                 2355
Ala Val  Asp Ser Gly Thr Ala  Thr Gly Pro Pro Asp  Gln Ala Ser
    2360                 2365                 2370
Asp Asp  Gly Asp Lys Gly Ser  Asp Val Glu Ser Tyr  Ser Ser Met
    2375                 2380                 2385
Pro Pro  Leu Glu Gly Glu Pro  Gly Asp Pro Asp Leu  Ser Asp Gly
    2390                 2395                 2400
Ser Trp  Ser Thr Val Ser Gly  Glu Ala Gly Glu Asp  Val Val Cys
    2405                 2410                 2415
Cys Ser  Met Ser Tyr Thr Trp  Thr Gly Ala Leu Ile  Thr Pro Cys
    2420                 2425                 2430
Ala Ala  Glu Glu Ser Lys Leu  Pro Ile Asn Pro Leu  Ser Asn Ser
    2435                 2440                 2445
Leu Leu  Arg His His Ser Met  Val Tyr Ser Thr Thr  Ser Arg Ser
    2450                 2455                 2460
Ala Ser  Leu Arg Gln Lys Lys  Val Thr Phe Asp Arg  Leu Gln Val
    2465                 2470                 2475
Leu Asp  Asp His Tyr Arg Asp  Val Leu Lys Glu Met  Lys Ala Lys
    2480                 2485                 2490
Ala Ser  Thr Val Lys Ala Arg  Leu Leu Ser Ile Glu  Glu Ala Cys
    2495                 2500                 2505
Lys Leu  Thr Pro Pro His Ser  Ala Lys Ser Lys Phe  Gly Tyr Gly
    2510                 2515                 2520
Ala Lys  Asp Val Arg Ser Leu  Ser Ser Arg Ala Val  Asn His Ile
    2525                 2530                 2535
Arg Ser  Val Trp Glu Asp Leu  Leu Glu Asp Thr Glu  Thr Pro Ile
    2540                 2545                 2550
Asp Thr  Thr Ile Met Ala Lys  Asn Glu Val Phe Cys  Val Gln Pro
    2555                 2560                 2565
Glu Lys  Gly Gly Arg Lys Pro  Ala Arg Leu Ile Val  Phe Pro Asp
    2570                 2575                 2580
Leu Gly  Val Arg Val Cys Glu  Lys Met Ala Leu Tyr  Asp Val Val
    2585                 2590                 2595
Ser Thr  Leu Pro Gln Ala Val  Met Gly Pro Ser Tyr  Gly Phe Gln
    2600                 2605                 2610
Tyr Ser  Pro Gly Gln Arg Val  Glu Phe Leu Val Asn  Thr Trp Lys
    2615                 2620                 2625
Ser Lys  Lys Cys Pro Met Gly  Phe Ser Tyr Asp Thr  Arg Cys Phe
    2630                 2635                 2640
Asp Ser  Thr Val Thr Glu Asn  Asp Ile Arg Thr Glu  Glu Ser Ile
    2645                 2650                 2655
Tyr Gln  Cys Cys Asp Leu Ala  Pro Glu Ala Arg Gln  Ala Ile Arg
    2660                 2665                 2670
Ser Leu  Thr Glu Arg Leu Tyr  Val Gly Gly Pro Leu  Thr Asn Ser
    2675                 2680                 2685
Lys Gly  Gln Asn Cys Gly Tyr  Arg Arg Cys Arg Ala  Ser Gly Val
    2690                 2695                 2700
Leu Thr  Thr Ser Cys Gly Asn  Thr Leu Thr Cys Tyr  Leu Lys Ala
    2705                 2710                 2715
Thr Ala  Ala Cys Arg Ala Ala  Lys Leu Gln Asp Cys  Thr Met Leu
    2720                 2725                 2730
Val Asn  Gly Asp Asp Leu Val  Val Ile Cys Glu Ser  Ala Gly Thr
    2735                 2740                 2745
Gln Glu  Asp Ala Ala Ala Leu  Arg Ala Phe Thr Glu  Ala Met Thr
    2750                 2755                 2760
Arg Tyr  Ser Ala Pro Pro Gly  Asp Pro Pro Gln Pro  Glu Tyr Asp
    2765                 2770                 2775
Leu Glu  Leu Ile Thr Ser Cys  Ser Ser Asn Val Ser  Val Ala His
    2780                 2785                 2790
Asp Ala  Ser Gly Lys Arg Val  Tyr Tyr Leu Thr Arg  Asp Pro Thr
    2795                 2800                 2805
Thr Pro  Leu Ala Arg Ala Ala  Trp Glu Thr Val Arg  His Thr Pro
    2810                 2815                 2820
Val Asn  Ser Trp Leu Gly Asn  Ile Ile Met Tyr Ala  Pro Thr Leu
    2825                 2830                 2835
Trp Ala  Arg Met Ile Leu Met  Thr His Phe Phe Ser  Ile Leu Leu
    2840                 2845                 2850
Ala Gln  Glu Gln Leu Glu Lys  Ala Leu Asp Cys Gln  Ile Tyr Gly
    2855                 2860                 2865
Ala Cys  Tyr Ser Ile Glu Pro  Leu Asp Leu Pro Gln  Ile Ile Glu
    2870                 2875                 2880
Arg Leu  His Gly Leu Ser Ala  Phe Ser Leu His Ser  Tyr Ser Pro
    2885                 2890                 2895
Gly Glu  Ile Asn Arg Val Ala  Ser Cys Leu Arg Lys  Leu Gly Val
    2900                 2905                 2910
Pro Pro  Leu Arg Val Trp Arg  His Arg Ala Arg Ser  Val Arg Ala
     2915                2920                 2925
Lys Leu  Leu Ser Gln Gly Gly  Arg Ala Ala Thr Cys  Gly Lys Tyr
    2930                 2935                 2940
Leu Phe  Asn Trp Ala Val Lys  Thr Lys Leu Lys Leu  Thr Pro Ile
    2945                 2950                 2955
Pro Ala  Ala Ser Gln Leu Asp  Leu Ser Gly Trp Phe  Val Ala Gly
    2960                 2965                 2970
Tyr Ash  Gly Gly Asp Ile Tyr  His Ser Leu Ser Arg  Ala Arg Pro
    2975                 2980                 2985
Arg Trp  Phe Met Leu Cys Leu  Leu Leu Leu Ser Val  Gly Val Gly
    2990                 2995                 3000
Ile Tyr  Leu Leu Pro Asn Arg
    3005                 3010
<210>185
<211>3010
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>185
Met Ser Thr Asn Pro Lys Pro Gln Arg Lys Thr Lys Arg Asn Thr Asn
1               5                   10                  15
Arg Arg Pro Gln Asp Val Lys Phe Pro Gly Gly Gly Gln Ile Val Gly
            20                  25                  30
Gly Val Tyr Leu Leu Pro Arg Arg Gly Pro Arg Leu Gly Val Arg Ala
        35                  40                  45
Thr Arg Lys Thr Ser Glu Arg Ser Gln Pro Arg Gly Arg Arg Gln Pro
    50                  55                  60
Ile Pro Lys Ala Arg Arg Pro Glu Gly Arg Thr Trp Ala Gln Pro Gly
65                  70                  75                  80
Tyr Pro Trp Pro Leu Tyr Gly Asn Glu Gly Leu Gly Trp Ala Gly Trp
                85                  90                  95
Leu Leu Ser Pro Arg Gly Ser Arg Pro Ser Trp Gly Pro Asn Asp Pro
            100                 105                 110
Arg Arg Arg Ser Arg Asn Leu Gly Lys Val Ile Asp Thr Leu Thr Cys
        115                 120                 125
Gly Phe Ala Asp Leu Met Gly Tyr Ile Pro Leu Val Gly Ala Pro Leu
    130                 135                 140
Gly Gly Ala AlaArg Ala Leu Ala His Gly Val Arg Val Leu Glu Asp
145                150                 155                 160
Gly Val Asn Tyr Ala Thr Gly Asn Leu Pro Gly Cys Ser Phe Ser Ile
                165                 170                 175
Phe Leu Leu Ala Leu Leu Ser Cys Leu Thr Ile Pro Ala Ser Ala Tyr
            180                 185                 190
Glu Val Arg Asn Val Ser Gly Ile Tyr His Val Thr Asn Asp Cys Ser
        195                 200                 205
Asn Ser Ser Ile Val Tyr Glu Ala Ala Asp Val Ile Met His Ala Pro
    210                 215                 220
Gly Cys Val Pro Cys Val Arg Glu Asn Asn Ser Ser Arg Cys Trp Val
225                 230                 235                 240
Ala Leu Thr Pro Thr Leu Ala Ala Arg Asn Ala Ser Val Pro Thr Thr
                245                 250                 255
Thr Leu Arg Arg His Val Asp Leu Leu Val Gly Thr Ala Ala Phe Cys
            260                 265                 270
Ser Ala Met Tyr Val Gly Asp Leu Cys Gly Ser Val Phe Leu Ile Ser
        275                 280                 285
Gln Leu Phe Thr Phe Ser Pro Arg Arg His Glu Thr Val Gln Asp Cys
    290                 295                 300
Asn Cys Ser Ile Tyr Pro Gly His Val Ser Gly His Arg Met Ala Trp
305                 310                 315                 320
Asp Met Met Met Asn Trp Ser Pro Thr Ala Ala Leu Val Val Ser Gln
                325                 330                 335
Leu Leu Arg Ile Pro Gln Ala Val Met Asp Met Val Ala Gly Ala His
            340                 345                 350
Trp Gly Val Leu Ala Gly Leu Ala Tyr Tyr Ser Met Val Gly Asn Trp
        355                 360                 365
Ala Lys Val Leu Ile Val Met Leu Leu Phe Ala Gly Val Asp Gly His
    370                 375                 380
Thr Arg Val Thr Gly Gly Val Gln Gly His Val Thr Ser Thr Leu Thr
385                 390                 395                 400
Ser Leu Phe Arg Pro Gly Ala Ser Gln Lys Ile Gln Leu Val Asn Thr
                405                 410                 415
Asn Gly Ser Trp His Ile Asn Arg Thr Ala Leu Asn Cys Asn Asp Ser
            420                 425                 430
Leu Lys Thr Gly Phe Leu Ala Ala Leu Phe Tyr Thr His Lys Phe Asn
        435                 440                 445
Ala Ser Gly Cys Pro Glu Arg Met Ala Ser Cys Arg Ser Ile Asp Lys
    450                 455                 460
Phe Asp Gln Gly Trp Gly Pro Ile Thr Tyr Ala Gln Pro Asp Asn Ser
465                 470                 475                 480
Asp Gln Arg Pro Tyr Cys Trp His Tyr Ala Pro Arg Gln Cys Gly Ile
                485                 490                 495
Val Pro Ala Ser Gln Val Cys Gly Pro Val Tyr Cys Phe Thr Pro Ser
            500                 505                 510
Pro Val Val Val Gly Thr Thr Asp Arg Phe Gly Ala Pro Thr Tyr Asn
        515                 520                 525
Trp Gly Asp Asn Glu Thr Asp Val Leu Leu Leu Asn Asn Thr Arg Pro
    530                 535                 540
Pro His Gly Asn Trp Phe Gly Cys Thr Trp Met Asn Ser Thr Gly Phe
545                 550                 555                 560
Thr Lys Thr Cys Gly Gly Pro Pro Cys Asn Ile Arg Gly Val Gly Asn
                565                 570                 575
Asn Thr Leu Thr Cys Pro Thr Asp Cys Phe Arg Lys His Pro Asp Ala
            580                 585                 590
Thr Tyr Thr Lys Cys Gly Ser Gly Pro Trp Leu Thr Pro Arg Cys Leu
        595                 600                 605
Val Asp Tyr Pro Tyr Arg Leu Trp His Tyr Pro Cys Thr Val Asn Phe
    610                 615                 620
Thr Ile Phe Lys Val Arg Met Tyr Val Gly Gly Val Glu His Arg Leu
625                 630                 635                 640
Asp Ala Ala Cys Asn Trp Thr Arg Gly Glu Arg Cys Asp Leu Glu Asp
                645                 650                 655
Arg Asp Arg Ala Glu Leu Ser Pro Leu Leu Leu Ser Thr Thr Glu Trp
            660                 665                 670
Gln Ile Leu Pro Cys Ser Tyr Thr Thr Leu Pro Ala Leu Ser Thr Gly
        675                 680                 685
Leu Ile His Leu His Gln Asn Ile Val Asp Ile Gln Tyr Leu Tyr Gly
    690                 695                 700
Ile Gly Ser Ala Val Val Ser Ile Ala Ile Lys Trp Glu Tyr Val Val
705                 710                 715                 720
Leu Leu Phe Leu Leu Leu Ala Asp Ala Arg Val Cys Ala Cys Leu Trp
                725                 730                 735
Met Met Leu Leu Ile Ala Gln Ala Glu Ala Ala Leu Glu Asn Leu Val
            740                 745                 750
Val Leu Asn Ala Ala Ser Val Val Gly Ala His Gly Met Leu Pro Phe
        755                 760                 765
Phe Met Phe Phe Cys Ala Ala Trp Tyr Met Lys Gly Arg Leu Val Pro
    770                 775                 780
Gly Ala Ala Tyr Ala Phe Tyr Gly Val Trp Pro Leu Leu Leu Leu Leu
785                 790                 795                 800
Leu Ala Leu Pro Pro Arg Ala Tyr Ala Met Asp Arg Glu Met Val Ala
                805                 810                 815
Ser Cys Gly Gly Gly ValPhe Val Gly Leu Ala Leu Leu Thr Leu Ser
            820                825                 830
Pro Tyr Cys Lys Val Phe Leu Ala Arg Leu Ile Trp Trp Leu Gln Tyr
        835                 840                 845
Phe Ile Thr Lys Ala Glu Ala His Leu Gln Val Ser Leu Pro Pro Leu
    850                 855                 860
Asn Val Arg Gly Gly Arg Asp Ala Ile Ile Leu Leu Met Cys Ala Val
865                 870                 875                 880
His Pro Glu Leu Ile Phe Asp Ile Thr Lys Leu Leu Leu Ser Ile Leu
                885                 890                 895
Gly Pro Leu Met Val Leu Gln Ala Ser Leu Ile Arg Val Pro Tyr Phe
            900                 905                 910
Val Arg Ala Gln Gly Leu Ile Arg Ala Cys Met Leu Val Arg Lys Ala
        915                 920                 925
Ala Gly Gly His Tyr Val Gln Met Ala Phe Val Lys Leu Ala Ala Leu
    930                 935                 940
Thr Gly Thr Tyr Val Tyr Asp His Leu Thr Pro Leu Gln Asp Trp Ala
945                 950                 955                 960
His Val Gly Leu Arg Asp Leu Ala Val Ala Val Glu Pro Val Val Phe
                965                 970                 975
Ser Ala Met Glu Thr Lys Val Ile Thr Trp Gly Ala Asp Thr Ala Ala
            980                 985                 990
Cys Gly Asp Ile Ile Ser Gly Leu  Pro Val Ser Ala Arg  Arg Gly Lys
        995                 1000                 1005
Glu Ile  Leu Leu Gly Pro Ala  Asp Ser Phe Glu Gly  Gln Gly Trp
    1010                 1015                 1020
Arg Leu  Leu Ala Pro Ile Thr  Ala Tyr Ser Gln Gln  Thr Arg Gly
    1025                 1030                 1035
Leu Leu  Gly Cys Ile Ile Thr  Ser Leu Thr Gly Arg  Asp Lys Asn
    1040                 1045                 1050
Gln Val  Glu Gly Glu Val Gln  Val Val Ser Thr Ala  Lys Gln Ser
    1055                 1060                 1065
Phe Leu  Ala Thr Cys Val Asn  Gly Ala Cys Trp Thr  Val Phe His
    1070                 1075                 1080
Gly Ala  Gly Ser Lys Thr Leu  Ala Ala Ala Lys Gly  Pro Ile Thr
    1085                 1090                 1095
Gln Met  Tyr Thr Asn Val Asp  Gln Asp Leu Val Gly  Trp Pro Ala
    1100                 1105                 1110
Pro Pro  Gly Ala Arg Ser Leu  Thr Pro Cys Thr Cys  Gly Ser Ser
    1115                 1120                 1125
Asp Leu  Tyr Leu Val Thr Arg  His Ala Asp Val Ile  Pro Val Arg
    1130                 1135                 1140
Arg Arg  Gly Asp Ser Arg Gly  Ser Leu Leu Ser Pro  Arg Pro Ile
    1145                 1150                 1155
Ser Tyr  Leu Lys Gly Ser Ser  Gly Gly Pro Leu Leu  Cys Pro Ser
    1160                 1165                 1170
Gly His  Val Val Gly Ile Phe  Arg Ala Ala Val Cys  Thr Arg Gly
    1175                 1180                 1185
Val Ala  Lys Ala Val Asp Phe  Ile Pro Val Glu Ser  Met Glu Thr
    1190                 1195                 1200
Thr Met  Arg Ser Pro Val Phe  Thr Asp Asn Ser Thr  Pro Pro Ala
    1205                 1210                 1215
Val Pro  Gln Thr Phe Gln Val  Ala His Leu His Ala  Pro Thr Gly
    1220                 1225                 1230
Ser Gly  Lys Ser Thr Lys Val  Pro Ala Ala Tyr Ala  Ala Gln Gly
    1235                 1240                 1245
Tyr Mer  Val Leu Val Leu Asn  Pro Ser Val Ala Ala  Thr Leu Gly
    1250                 1255                 1260
Phe Gly  Ala Tyr Met Ser Lys  Ala His Gly Ile Asp  Pro Asn Ile
    1265                 1270                 1275
Arg Thr  Gly Val Arg Thr Ile  Thr Thr Gly Ala Pro  Ile Thr Tyr
    1280                 1285                 1290
Ser Thr  Tyr Gly Lys Phe Leu  Ala Asp Gly Gly Cys  Ser Gly Gly
    1295                 1300                 1305
Ala Tyr  Asp Ile Ile Ile Cys  Asp Glu Cys His Ser  Thr Asp Ser
    1310                 1315                 1320
Thr Ser  Ile Leu Gly Ile Gly  Thr Val Leu Asp Gln  Ala Glu Thr
    1325                 1330                 1335
Val Gly  Ala Arg Phe Val Val  Leu Ala Thr Ala Thr  Pro Pro Gly
    1340                 1345                 1350
Ser Ile  Thr Phe Pro His Pro  Asn Ile Glu Glu Val  Pro Leu Ala
    1355                 1360                 1365
Asn Thr  Gly Glu Ile Pro Phe  Tyr Ala Lys Thr Ile  Pro Ile Glu
    1370                 1375                 1380
Val Ile  Arg Gly Gly Arg His  Leu Ile Phe Cys His  Ser Lys Lys
    1385                 1390                 1395
Lys Cys  Asp Glu Leu Pro Ala  Lys Leu Ser Ala Leu  Gly Leu Asn
    1400                 1405                 1410
Ala Val  Ala Tyr Tyr Arg Gly  Leu Asp Val Ser Val  Ile Pro Ala
    1415                 1420                 1425
Ser Gly  Asp Val Val Val Val  Ala Thr Asp Ala Leu  Met Thr Gly
    1430                 1435                 1440
Phe Thr  Gly Asp Phe Asp Ser  Val Ile Asp Cys Asn  Thr Cys Val
    1445                 1450                 1455
Thr Gln  Thr Val Asp Phe Ser  Leu Asp Pro Thr Phe  Thr Ile Glu
    1460                 1465                 1470
Thr Thr  Thr Val Pro Gln Asp  Ala Val Ser Arg Thr  Gln Arg Arg
    1475                 1480                 1485
Gly Arg  Thr Gly Arg Gly Arg  Arg Gly Ile Tyr Arg  Phe Val Thr
    1490                 1495                 1500
Pro Gly  Glu Arg Pro Ser Ala  Met Phe Asp Ser Ser  Val Leu Cys
    1505                 1510                 1515
Glu Cys  Tyr Asp Ala Gly Cys  Ala Trp Tyr Glu Leu  Thr Pro Ala
    1520                 1525                 1530
Glu Thr  Ser Val Arg Leu Arg  Ala Tyr Leu Asn Thr  Pro Gly Leu
    1535                 1540                 1545
Pro Val  Cys Gln Asp His Leu  Glu Phe Trp Glu Ser  Val Phe Thr
    1550                 1555                 1560
Gly Leu  Thr His Ile Asp Ala  His Phe Leu Ser Gln  Thr Lys Gln
    1565                 1570                 1575
Ala Gly  Asp Asn Phe Pro Tyr  Leu Val Ala Tyr Gln  Ala Thr Val
    1580                 1585                 1590
Cys Ala  Arg Ala Lys Ala Pro  Pro Pro Ser Trp Asp  Gln Met Trp
    1595                 1600                 1605
Lys Cys  Leu Ile Arg Leu Lys  Pro Thr Leu His Gly  Pro Thr Pro
    1610                 1615                 1620
Leu Leu  Tyr Arg Leu Gly Ala  Val Gln Asn Glu Val  Thr Leu Thr
    1625                 1630                 1635
His Pro  Ile Thr Lys Tyr Ile  Met Ala Cys Met Ser  Ala Asp Leu
    1640                 1645                 1650
Glu Val  Val Thr Ser Thr Trp  Val Leu Val Gly Gly  Val Leu Ala
    1655                 1660                 1665
Ala Leu  Ala Ala Tyr Cys Leu  Thr Thr Gly Ser Val  Val Ile Val
    1670                 1675                 1680
Gly Arg  Ile Ile Leu Ser Gly  Arg Pro Ala Val Ile  Pro Asp Arg
    1685                 1690                 1695
Glu Val  Leu Tyr Gln Glu Phe  Asp Glu Met Glu Glu  Cys Ala Ser
    1700                 1705                 1710
His Leu  Pro Tyr Ile Glu Gln  Gly Met Gln Leu Ala  Glu Gln Phe
    1715                 1720                 1725
Lys Gln  Lys Ala Leu Gly Leu  Leu Gln Thr Ala Thr  Lys Gln Ala
    1730                 1735                 1740
Glu Ala  Ala Ala Pro Val Val  Glu Ser Lys Trp Arg  Ala Leu Glu
    1745                 1750                 1755
Thr Phe  Trp Ala Lys His Met  Trp Asn Phe Ile Ser  Gly Ile Gln
    1760                 1765                 1770
Tyr Leu  Ala Gly Leu Ser Thr  Leu Pro Gly Asn Pro  Ala Ile Ala
    1775                 1780                 1785
Ser Leu  Met Ala Phe Thr Ala  Ser Ile Thr Ser Pro  Leu Ala Thr
    1790                 1795                 1800
Gln Tyr  Thr Leu Leu Phe Asn  Ile Leu Gly Gly Trp  Val Ala Ala
    1805                 1810                 1815
Gln Leu  Ala Pro Pro Ser Ala  Ala Ser Ala Phe Val  Gly Ala Gly
    1820                 1825                 1830
Ile Ala  Gly Ala Ala Val Gly  Ser Ile Gly Leu Gly  Lys Val Leu
    1835                 1840                 1845
Val Asp  Ile Leu Ala Gly Tyr  Gly Ala Gly Val Ala  Gly Ala Leu
    1850                 1855                 1860
Val Ala  Phe Lys Val Met Ser  Gly Asp Met Pro Ser  Thr Glu Asp
    1865                 1870                 1875
Leu Val  Asn Leu Leu Pro Ala  Ile Leu Ser Pro Gly  Ala Leu Val
    1880                 1885                 1890
Val Gly  Val Val Cys Ala Ala  Ile Leu Arg Arg His  Val Gly Pro
    1895                 1900                 1905
Gly Glu  Gly Ala Val Gln Trp  Met Asn Arg Leu Ile  Ala Phe Ala
    1910                 1915                 1920
Ser Arg  Gly Asn His Val Ser  Pro Thr His Tyr Val  Pro Glu Ser
    1925                 1930                 1935
Asp Ala  Ala Ala Arg Val Thr  Gln Ile Leu Ser Asn  Leu Thr Ile
    1940                 1945                 1950
Thr Gln  Leu Leu Lys Arg Leu  His Gln Trp Ile Asn  Glu Asp Cys
    1955                 1960                 1965
Ser Thr  Pro Cys Ser Gly Ser  Trp Leu Arg Asp Val  Trp Asp Trp
    1970                 1975                 1980
Ile Cys  Thr Val Leu Ala Asp  Phe Lys Thr Trp Leu  Gln Ser Lys
    1985                 1990                 1995
Leu Leu  Pro Arg Leu Pro Gly  Val Pro Phe Phe Ser  Cys Gln Arg
    2000                 2005                 2010
Gly Tyr  Lys Gly Val Trp Arg  Gly Asp Gly Ile Met  Tyr Thr Thr
    2015                 2020                 2025
Cys Pro  Cys Gly Ala Gln Ile  Thr Gly His Val Lys  Asn Gly Ser
    2030                 2035                 2040
Met Arg  Ile Val Gly Pro Arg  Thr Cys Ser Asn Thr  Trp His Gly
    2045                 2050                 2055
Thr Phe  Pro Ile Asn Ala Tyr  Thr Thr Gly Pro Cys  Thr Pro Ser
    2060                 2065                 2070
Pro Ala  Pro Asn Tyr Ser Arg  Ala Leu Trp Arg Val  Ala Ala Glu
    2075                 2080                 2085
Glu Tyr  Val Glu Val Thr Arg  Val Gly Asp Phe His  Tyr Val Thr
    2090                 2095                 2100
Gly Met  Thr Thr Asp Asn Val  Lys Cys Pro Cys Gln  Val Pro Ala
    2105                 2110                 2115
Pro Glu  Phe Phe Thr Glu Leu  Asp Gly Val Arg Leu  His Arg Tyr
    2120                 2125                 2130
Ala Pro  Ala Cys Lys Pro Leu  Leu Arg Asp Glu Val  Thr Phe Gln
    2135                 2140                 2145
Val Gly  Leu Asn Gln Tyr Thr  Val Gly Ser Gln Leu  Pro Cys Glu
    2150                 2155                 2160
Pro Glu  Pro Asp Val Thr Val  Val Thr Ser Met Leu  Thr Asp Pro
    2165                 2170                 2175
Ser His  Ile Thr Ala Glu Ala  Ala Arg Arg Arg Leu  Ala Arg Gly
    2180                 2185                 2190
Ser Pro  Pro Ser Leu Ala Gly  Ser Ser Ala Ser Gln  Leu Ser Ala
    2195                 2200                 2205
Leu Ser  Leu Lys Ala Thr Cys  Thr Thr His His Gly  Ala Pro Asp
    2210                 2215                 2220
Thr Asp  Leu lle Glu Ala Asn  Leu Leu Trp Arg Gln  Glu Met Gly
    2225                 2230                 2235
Gly Asn  Ile Thr Arg Val Glu  Ser Glu Asn Lys Ile  Val Ile Leu
    2240                 2245                 2250
Asp Ser  Phe Glu Pro Leu Arg  Ala Glu Glu Asp Glu  Arg Glu Val
    2255                 2260                 2265
Ser Ala  Ala Ala Glu Ile Leu  Arg Lys Thr Arg Lys  Phe Pro Ala
    2270                 2275                 2280
Ala Met  Pro Val Trp Ala Arg  Pro Asp Tyr Asn Pro  Pro Leu Leu
    2285                 2290                 2295
Glu Ser  Trp Lys Asn Pro Asp  Tyr Val Pro Pro Val  Val His Gly
    2300                 2305                 2310
Cys Pro  Leu Pro Pro Thr Lys  Ala Pro Pro Ile Pro  Pro Pro Arg
    2315                 2320                 2325
Arg Lys  Arg Thr Val Val Leu  Thr Glu Ser Thr Val  Ser Ser Ala
    2330                 2335                 2340
Leu Ala  Glu Leu Ala Thr Lys  Thr Phe Gly Gly Ser  Gly Ser Ser
    2345                 2350                 2355
Ala Val  Asp Ser Gly Thr Ala  Thr Gly Pro Pro Asp  Gln Ala Ser
    2360                 2365                 2370
Ala Glu  Gly Asp Ala Gly Ser  Asp Ala Glu Ser Tyr  Ser Ser Met
    2375                 2380                 2385
Pro Pro  Leu Glu Gly Glu Pro  Gly Asp Pro Asp Leu  Ser Asp Gly
    2390                 2395                 2400
Ser Trp  Ser Thr Val Ser Glu  Glu Ala Ser Glu Asp  Val Val Cys
    2405                 2410                 2415
Cys Ser  Met Ser Tyr Thr Trp  Thr Gly Ala Leu Ile  Thr Pro Cys
    2420                 2425                 2430
Ala Ala  Glu Glu Ser Lys Leu  Pro Ile Asn Ala Leu  Ser Asn Pro
    2435                 2440                 2445
Leu Leu  Arg His His Asn Met  Val Tyr Ser Thr Thr  Ser Arg Ser
    2450                 2455                 2460
Ala Ser  Leu Arg Gln Lys Lys  Val Thr Phe Asp Arg  Met Gln Val
    2465                 2470                 2475
Leu Asp  Asp His Tyr Arg Asp  Val Leu Lys Glu Met  Lys Ala Lys
    2480                 2485                 2490
Ala Ser  Thr Val Lys Ala Lys  Leu Leu Ser Val Glu  Glu Ala Cys
    2495                 2500                 2505
Lys Leu  Thr Pro Pro His Ser  Ala Lys Ser Lys Phe  Gly Tyr Gly
    2510                 2515                 2520
Ala Lys  Asp Val Arg Ser Leu  Ser Ser Arg Ala Val  Asn His Ile
    2525                 2530                 2535
Arg Ser  Val Trp Lys Asp Leu  Leu Glu Asp Thr Asp  Thr Pro Ile
    2540                 2545                 2550
Gln Thr  Thr Ile Met Ala Lys  Asn Glu Val Phe Cys  Val Gln Pro
    2555                 2560                 2565
Glu Lys  Gly Gly Arg Lys Pro  Ala Arg Leu Ile Val  Phe Pro Asp
    2570                 2575                 2580
Leu Gly  Val Arg Val Cys Glu  Lys Met Ala Leu Tyr  Asp Val Val
    2585                 2590                 2595
Ser Thr  Leu Pro Gln Ala Val  Met Gly Ser Ser Tyr  Gly Phe Gln
    2600                 2605                 2610
Tyr Ser  Pro Lys Gln Arg Val  Glu Phe Leu Val Asn  Thr Trp Lys
    2615                 2620                 2625
Ala Lys  Lys Cys Pro Met Gly  Phe Ser Tyr Asp Thr  Arg Cys Phe
    2630                 2635                 2640
Asp Ser  Thr Val Thr Glu Asn  Asp Ile Arg Val Glu  Glu Ser Ile
    2645                 2650                 2655
Tyr Gln  Cys Cys Asp Leu Ala  Pro Glu Ala Arg Gln  Ala Ile Arg
    2660                 2665                 2670
Ser Leu  Thr Glu Arg Leu Tyr  Ile Gly Gly Pro Met  Thr Asn Ser
    2675                 2680                 2685
Lys Gly  Gln Asn Cys Gly Tyr  Arg Arg Cys Arg Ala  Ser Gly Val
    2690                 2695                 2700
Leu Thr  Thr Ser Cys Gly Asn  Thr Leu Thr Cys Tyr  Leu Lys Ala
    2705                 2710                 2715
Ala Ala  Ala Cys Arg Ala Ala  Lys Leu Gln Asp Cys  Thr Met Leu
    2720                 2725                 2730
Val Cys  Gly Asp Asp Leu Val  Val Ile Cys Asp Ser  Ala Gly Thr
    2735                 2740                 2745
Gln Glu  Asp Ala Ala Ser Leu  Arg Val Phe Thr Glu  Ala Met Thr
    2750                 2755                 2760
Arg Tyr  Ser Ala Pro Pro Gly  Asp Pro Pro Gln Pro  Glu Tyr Asp
    2765                 2770                 2775
Leu Glu  Leu Ile Thr Ser Cys  Ser Ser Asn Val Ser  Val Ala His
    2780                 2785                 2790
Asp Ala  Ser Gly Lys Arg Val  Tyr Tyr Leu Thr Arg  Asp Pro Thr
    2795                 2800                 2805
Thr Pro  Leu Ala Arg Ala Ala  Trp Glu Thr Ala Arg  His Thr Pro
    2810                 2815                 2820
Val Asn  Ser Trp Leu Gly Asn  Ile Ile Met Tyr Ala  Pro Thr Leu
    2825                 2830                 2835
Trp Ala  Arg Met Ile Leu Met  Thr His Phe Phe Ser  Ile Leu Leu
    2840                 2845                 2850
Ala Gln  Glu Gln Leu Glu Lys  Ala Leu Asp Cys Gln  Ile Tyr Gly
    2855                 2860                 2865
Ala Thr  Tyr Ser Ile Glu Pro  Leu Asp Leu Pro Gln  Ile Ile Gln
    2870                 2875                 2880
Arg Leu  His Gly Leu Ser Ala  Phe Ser Leu His Ser  Tyr Ser Pro
    2885                 2890                 2895
Gly Glu  Ile Asn Arg Val Ala  Ser Cys Leu Arg Lys  Leu Gly Val
    2900                 2905                 2910
Pro Pro  Leu Arg Val Trp Arg  His Arg Ala Arg Ser  Val Arg Ala
    2915                 2920                 2925
Lys Leu  Leu Ser Gln Gly Gly  Arg Ala Ala Thr Cys  Gly Lys Tyr
    2930                 2935                 2940
Leu Phe  Asn Trp Ala Val Lys  Thr Lys Leu Lys Leu  Thr Pro Ile
    2945                 2950                 2955
Pro Glu  Ala Ser Gln Leu Asp  Leu Ser Gly Trp Phe  Val Ala Gly
    2960                 2965                 2970
Tyr Ser  Gly Gly Asp Ile Tyr  His Ser Leu Ser Arg  Ala Arg Pro
    2975                 2980                 2985
Arg Trp  Phe Met Trp Cys Leu  Leu Leu Leu Ser Val  Gly Val Gly
    2990                 2995                 3000
Ile Tyr  Leu Leu Pro Asn Arg
    3005                 3010
<210>186
<211>3010
<212>PRT
<213>Hepatitis C virus
<400>186
Met Ser Thr Asn Pro Lys Pro Gln Arg Lys Thr Lys Arg Asn Thr Asn
1               5                   10                  15
Arg Arg Pro Gln Asp Val Lys Phe Pro Gly Gly Gly Gln Ile Val Gly
            20                  25                  30
Gly Val Tyr Leu Leu Pro Arg Arg Gly Pro Arg Leu Gly Val Arg Ala
        35                  40                  45
Thr Arg Lys Thr Ser Glu Arg Ser Gln Pro Arg Gly Arg Arg Gln Pro
    50                  55                  60
Ile Pro Lys Ala Arg His Pro Glu Gly Arg Ala Trp Ala Gln Pro Gly
65                  70                  75                  80
Tyr Pro Trp Pro Leu Tyr Gly Asn Glu Gly Met Gly Trp Ala Gly Trp
                85                  90                  95
Leu Leu Ser Pro Arg Gly Ser Arg Pro Ser Trp Gly Pro Thr Asp Pro
            100                 105                 110
Arg Arg Arg Ser Arg Asn Leu Gly Lys Val Ile Asp Thr Leu Thr Cys
        115                 120                 125
Gly Phe Ala Asp Leu Met Gly Tyr Ile Pro Leu Val Gly Ala Pro Leu
    130                 135                 140
Gly Gly Ala Ala Arg Ala Leu Ala His Gly Val Arg Val Leu Glu Asp
145                 150                 155                 160
Gly Val Asn Tyr Ala Thr Gly Asn Leu Pro Gly Cys Ser Phe Ser Ile
                165                 170                 175
Phe Leu Leu Ala Leu Leu Ser Cys Leu Thr Ile Pro Ala Ser Ala Tyr
            180                 185                 190
Glu Val Arg Asn Val Ser Gly Ile Tyr His Val Thr Asn Asp Cys Ser
        195                 200                 205
Asn Ser Ser Ile Val Tyr Glu Ala Ala Asp Val Ile Met His Ala Pro
    210                 215                 220
Gly Cys Val Pro Cys Val Arg Glu Asn Asn Ser Ser Arg Cys Trp Val
225                 230                 235                 240
Ala Leu Thr Pro Thr Leu Ala Ala Arg Asn Ala Ser Val Pro Thr Thr
                245                 250                 255
Thr Leu Arg Arg His Val Asp Leu Leu Val Gly Thr Ala Ala Phe Cys
            260                 265                 270
Ser Ala Met Tyr Val Gly Asp Leu Cys Gly Ser Val Phe Leu Ile Ser
        275                 280                 285
Gln Leu Phe Thr Phe Ser Pro Arg Arg His Glu Thr Val Gln Asp Cys
    290                 295                 300
Asn Cys Ser Ile Tyr Pro Gly His Val Ser Gly His Arg Met Ala Trp
305                 310                 315                 320
Asp Met Met Met Asn Trp Ser Pro Thr Ala Ala Leu Val Val Ser Gln
                325                 330                 335
Leu Leu Arg Ile Pro Gln Ala Val Met Asp Met Val Ala Gly Ala His
            340                 345                 350
Trp Gly Val Leu Ala Gly Leu Ala Tyr Tyr Ser Met Val Gly Asn Trp
        355                 360                 365
Ala Lys Val Leu Ile Val Met Leu Leu Phe Ala Gly Val Asp Gly His
    370                 375                 380
Thr Arg Val Thr Gly Gly Val Gln Gly His Val Thr Ser Thr Leu Thr
385                 390                 395                 400
Ser Leu Phe Arg Pro Gly Ala Ser Gln Lys Ile Gln Leu Val Asn Thr
                405                 410                 415
Asn Gly Ser Trp His Ile Asn Arg Thr Ala Leu Asn Cys Asn Asp Ser
            420                 425                 430
Leu Lys Thr Gly Phe Leu Ala Ala Leu Phe Tyr Thr His Lys Phe Asn
        435                 440                 445
Ala Ser Gly Cys Pro Glu Arg Met Ala Ser Cys Arg Ser Ile Asp Lys
    450                 455                 460
Phe Asp Gln Gly Trp Gly Pro Ile Thr Tyr Ala Gln Pro Asp Asn Ser
465                 470                 475                 480
Asp Gln Arg Pro Tyr Cys Trp His Tyr Ala Pro Arg Gln Cys Gly Ile
                485                 490                 495
Val Pro Ala Ser Gln Val Cys Gly Pro Val Tyr Cys Phe Thr Pro Ser
            500                 505                 510
Pro Val Val Val Gly Thr Thr Asp Arg Phe Gly Ala Pro Thr Tyr Asn
        515                 520                 525
Trp Gly Asp Asn Glu Thr Asp Val Leu Leu Leu Asn Asn Thr Arg Pro
    530                 535                 540
Pro His Gly Asn Trp Phe Gly Cys Thr Trp Met Asn Ser Thr Gly Phe
545                 550                 555                 560
Thr Lys Thr Cys Gly Gly Pro Pro Cys Asn Ile Arg Gly Val Gly Asn
                565                 570                 575
Asn Thr Leu Thr Cys Pro Thr Asp Cys Phe Arg Lys His Pro Asp Ala
            580                 585                 590
Thr Tyr Thr Lys Cys Gly Ser Gly Pro Trp Leu Thr Pro Arg Cys Leu
        595                 600                 605
Val Asp Tyr Pro Tyr Arg Leu Trp His Tyr Pro Cys Thr Val Asn Phe
    610                 615                 620
Thr Ile Phe Lys Val Arg Met Tyr Val Gly Gly Val Glu His Arg Leu
625                 630                 635                 640
Asp Ala Ala Cys Asn Trp Thr Arg Gly Glu Arg Cys Asp Leu Glu Asp
                645                 650                 655
Arg Asp Arg Ala Glu Leu Ser Pro Leu Leu Leu Ser Thr Thr Glu Trp
            660                 665                 670
Gln Ile Leu Pro Cys Ser Tyr Thr Thr Leu Pro Ala Leu Ser Thr Gly
        675                 680                 685
Leu Ile His Leu His Gln Asn Ile Val Asp Ile Gln Tyr Leu Tyr Gly
    690                 695                 700
Ile Gly Ser Ala Val Val Ser Ile Ala Ile Lys Trp Glu Tyr Val Val
705                 710                 715                 720
Leu Leu Phe Leu Leu Leu Ala Asp Ala Arg Val Cys Ala Cys Leu Trp
                725                 730                 735
Met Met Leu Leu Ile Ala Gln Ala Glu Ala Ala Leu Glu Asn Leu Val
            740                 745                 750
Val Leu Asn Ala Ala Ser Val Ala Gly Ala His Gly Ile Leu Pro Phe
        755                 760                 765
Phe Met Phe Phe Cys Ala Ala Trp Tyr Met Lys Gly Arg Leu Val Pro
    770                 775                 780
Gly Ala Ala Tyr Ala Phe Tyr Gly Val Trp Pro Leu Leu Leu Leu Leu
785                 790                 795                 800
Leu Ala Leu Pro Pro Arg Ala Tyr Ala Met Asp Arg Glu Met Ala Ala
                805                 810                 815
Ser Cys Gly Gly Gly Val Phe Val Gly Leu Ala Leu Leu Thr Leu Ser
            820                 825                 830
Pro Tyr Cys Lys Val Phe Leu Ala Arg Leu Ile Trp Trp Leu Gln Tyr
        835                 840                 845
Phe Ile Thr Lys Ala Glu Ala His Leu Gln Val Trp Val Pro Pro Leu
    850                 855                 860
Asn Val Arg Ala Gly Arg Asp Ala Ile Ile Leu Leu Met Cys Ala Val
865                 870                 875                 880
His Pro Glu Leu Ile Phe Asp Ile Thr Lys Leu Leu Leu Ser Ile Leu
                885                 890                 895
Gly Pro Leu Met Val Leu Gln Ala Ser Leu Ile Arg Val Pro Tyr Phe
            900                 905                 910
Val Arg Ala Gln Gly Leu Ile Arg Ala Cys Thr Leu Val Arg Lys Ala
        915                 920                 925
Ala Gly Gly His Tyr Val Gln Met Ala Phe Val Lys Leu Ala Ala Leu
    930                 935                 940
Thr Gly Thr Tyr Val Tyr Asp His Leu Thr Pro Leu Gln Asp Trp Ala
945                 950                 955                 960
His Val Gly Leu Arg Asp Leu Ala Val Ala Val Glu Pro Val Val Phe
                965                 970                 975
Ser Ala Met Glu Thr Lys Val Ile Thr Trp Gly Ala Asp Thr Ala Ala
            980                 985                 990
Cys Gly Asp Ile Ile Ser Gly Leu  Pro Val Ser Ala Arg  Arg Gly Lys
        995                 1000                 1005
Glu Ile  Leu Leu Gly Pro Ala  Asp Ser Phe Glu Gly  Gln Gly Trp
    1010                 1015                 1020
Arg Leu  Leu Ala Pro Ile Thr  Ala Tyr Ser Gln Gln  Thr Arg Gly
    1025                 1030                 1035
Leu Leu  Gly Cys Ile Ile Thr  Ser Leu Thr Gly Arg  Asp Lys Asn
    1040                 1045                 1050
Gln Val  Glu Gly Glu Val Gln  Val Val Ser Thr Ala  Thr Gln Ser
    1055                 1060                 1065
Phe Leu  Ala Thr Cys Val Asn  Gly Ala Cys Trp Thr  Val Phe His
    1070                 1075                 1080
GIy Ala  Gly Ser Lys Thr Leu  Ala Gly Pro Lys Gly  Pro Ile Thr
    1085                 1090                 1095
Gln Met  Tyr Thr Asn Val Asp  Gln Asp Leu Val Gly  Trp Pro Ala
    1100                 1105                 1110
Pro Pro  Gly Ala Arg Ser Leu  Thr Pro Cys Thr Cys  Gly Ser Ser
    1115                 1120                 1125
Asp Leu  Tyr Leu Val Thr Arg  His Ala Asp Val Ile  Pro Val Arg
    1130                 1135                 1140
Arg Arg  Gly Asp Thr Arg Gly  Ser Leu Leu Ser Pro  Arg Pro Ile
    1145                 1150                 1155
Ser Tyr  Leu Lys Gly Ser Ser  Gly Gly Pro Leu Leu  Cys Pro Ser
    1160                 1165                 1170
Gly His  Val Val Gly Ile Phe  Arg Ala Ala Val Cys  Thr Arg Gly
    1175                 1180                 1185
Val Ala  Lys Ala Val Asp Phe  Ile Pro Val Glu Ser  Met Glu Thr
    1190                 1195                 1200
Thr Met  Arg Ser Pro Val Phe  Thr Asp Asn Ser Thr  Pro Pro Ala
    1205                 1210                 1215
Val Pro  Gln Thr Phe Gln Val  Ala His Leu His Ala  Pro Thr Gly
    1220                 1225                 1230
Ser Gly  Lys Ser Thr Lys Val  Pro Ala Ala Tyr Ala  Ala Gln Gly
    1235                 1240                 1245
Tyr Met  Val Leu Val Leu Asn  Pro Ser Val Ala Ala  Thr Leu Gly
    1250                 1255                 1260
Phe Gly  Ala Tyr Met Ser Lys  Ala His Gly Ile Asp  Pro Asn Ile
    1265                 1270                 1275
Arg Thr  Gly Val Arg Thr Ile  Thr Thr Gly Ala Pro  Ile Thr Tyr
    1280                 1285                 1290
Ser Thr  Tyr Gly Lys Phe Leu  Ala Asp Gly Gly Cys  Ser Gly Gly
    1295                 1300                 1305
Ala Tyr  Asp Ile Ile Ile Cys  Asp Glu Cys His Ser  Thr Asp Ser
    1310                 1315                 1320
Thr Ser  Ile Leu Gly Ile Gly  Thr Val Leu Asp Gln  Ala Glu Thr
    1325                 1330                 1335
Ala Gly  Ala Arg Leu Val Val  Leu Ala Thr Ala Thr  Pro Pro Gly
    1340                 1345                 1350
Ser Val  Thr Phe Pro His Pro  Asn Ile Glu Glu Val  Ala Leu Gly
    1355                 1360                 1365
Asn Thr  Gly Gln Ile Pro Phe  Tyr Gly Lys Ala Ile  Pro Ile Glu
    1370                 1375                 1380
Val Ile  Lys Gly Gly Arg His  Leu Ile Phe Cys His  Ser Lys Lys
    1385                 1390                 1395
Lys Cys  Asp Glu Leu Ala Ala  Lys Leu Ser Pro Leu  Gly Leu Asn
    1400                 1405                 1410
Ala Val  Ala Tyr Tyr Arg Gly  Leu Asp Val Ser Val  Ile Pro Ala
    1415                 1420                 1425
Ser Gly  Asp Val Val Val Val  Ala Thr Asp Ala Leu  Met Thr Gly
    1430                 1435                 1440
Phe Thr  Gly Asp Phe Asp Ser  Val Ile Asp Cys Asn  Thr Cys Val
    1445                 1450                 1455
Thr Gln  Thr Val Asp Phe Ser  Leu Asp Pro Thr Phe  Thr Ile Glu
    1460                 1465                 1470
Thr Thr  Thr Val Pro Gln Asp  Ala Val Ser Arg Thr  Gln Arg Arg
    1475                 1480                 1485
Gly Arg  Thr Gly Arg Gly Arg  Arg Gly Ile Tyr Arg  Phe Val Thr
    1490                 1495                 1500
Pro Gly  Glu Arg Pro Ser Gly  Met Phe Asp Ser Ser  Val Leu Cys
    1505                 1510                 1515
Glu Cys  Tyr Asp Ala Gly Cys  Ala Trp Tyr Glu Leu  Thr Pro Ala
    1520                 1525                 1530
Glu Thr  Ser Val Arg Leu Arg  Ala Tyr Leu Asn Thr  Pro Gly Leu
    1535                 1540                 1545
Pro Val  Cys Gln Asp His Leu  Glu Phe Trp Glu Ser  Val Phe Thr
    1550                 1555                 1560
Gly Leu  Thr His Ile Asp Ala  His Phe Leu Ser Gln  Thr Lys Gln
    1565                 1570                 1575
Ala Gly  Asp Asn Phe Pro Tyr  Leu Val Ala Tyr Gln  Ala Thr Val
    1580                 1585                 1590
Cys Ala  Arg Ala Lys Ala Pro  Pro Pro Ser Trp Asp  Gln Met Trp
    1595                 1600                 1605
Lys Cys  Leu Ile Arg Leu Lys  Pro Thr Leu His Gly  Pro Thr Pro
    1610                 1615                 1620
Leu Leu  Tyr Arg Leu Gly Ala  Val Gln Asn Glu Val  Thr Leu Thr
    1625                 1630                 1635
His Pro  Ile Thr Lys Phe Ile  Met Ala Cys Met Ser  Ala Asp Leu
    1640                 1645                 1650
Glu Val  Val Thr Ser Thr Trp  Val Leu Val Gly Gly  Val Leu Ala
    1655                 1660                 1665
Ala Leu  Ala Ala Tyr Cys Leu  Thr Thr Gly Ser Val  Val Ile Val
    1670                 1675                 1680
Gly Arg  Ile Ile Leu Ser Gly  Arg Pro Ala Val Ile  Pro Asp Arg
    1685                 1690                 1695
Glu Val  Leu Tyr Gln Glu Phe  Asp Glu Met Glu Glu  Cys Ala Ser
    1700                 1705                 1710
His Leu  Pro Tyr Ile Glu Gln  Gly Met Gln Leu Ala  Glu Gln Phe
    1715                 1720                 1725
Lys Gln  Lys Ala Leu Gly Leu  Leu Gln Thr Ala Thr  Lys Gln Ala
    1730                 1735                 1740
Glu Ala  Ala Ala Pro Val Val  Glu Ser Lys Trp Arg  Ala Leu Glu
    1745                 1750                 1755
Thr Phe  Trp Ala Lys His Met  Trp Asn Phe Ile Ser  Gly Ile Gln
    1760                 1765                 1770
Tyr Leu  Ala Gly Leu Ser Thr  Leu Pro Gly Asn Pro  Ala Ile Ala
    1775                 1780                 1785
Ser Leu  Met Ala Phe Thr Ala  Ser Ile Thr Ser Pro  Leu Ala Thr
    1790                 1795                 1800
Gln Tyr  Thr Leu Leu Phe Asn  Ile Leu Gly Gly Trp  Val Ala Ala
    1805                 1810                 1815
Gln Leu  Ala Pro Pro Ser Ala  Ala Ser Ala Phe Val  Gly Ala Gly
    1820                 1825                 1830
Ile Ala  Gly Ala Ala Val Gly  Ser Ile Gly Leu Gly  Lys Val Leu
    1835                 1840                 1845
Val Asp  Ile Leu Ala Gly Tyr  Gly Ala Gly Val Ala  Gly Ala Leu
    1850                 1855                 1860
Val Ala  Phe Lys Val Met Ser  Gly Asp Met Pro Ser  Thr Glu Asp
    1865                 1870                 1875
Leu Val  Asn Leu Leu Pro Ala  Ile Leu Ser Pro Gly  Ala Leu Val
    1880                 1885                 1890
Val Gly  Val Val Cys Ala Ala  Ile Leu Arg Arg His  Val Gly Pro
    1895                 1900                 1905
Gly Glu  Gly Ala Val Gln Trp  Met Asn Arg Leu Ile  Ala Phe Ala
    1910                 1915                 1920
Ser Arg  Gly Asn His Val Ser  Pro Thr His Tyr Val  Pro Glu Ser
    1925                 1930                 1935
Asp Ala  Ala Ala Arg Val Thr  Gln Ile Leu Ser Asn Leu Thr Ile
    1940                 1945                 1950
Thr Gln  Leu Leu Lys Arg Leu  His Gln Trp Ile Asn  Glu Asp Cys
    1955                 1960                 1965
Ser Thr  Pro Cys Ser Gly Ser  Trp Leu Arg Asp Val  Trp Asp Trp
    1970                 1975                 1980
Ile Cys  Thr Val Leu Ala Asp  Phe Lys Thr Trp Leu  Gln Ser Lys
    1985                 1990                 1995
Leu Leu  Pro Arg Leu Pro Gly  Val Pro Phe Phe Ser  Cys Gln Arg
    2000                 2005                 2010
Gly Tyr  Lys Gly Val Trp Arg  Gly Asp Gly Ile Met  Tyr Thr Thr
    2015                 2020                 2025
Cys Pro  Cys Gly Ala Gln Ile  Thr Gly His Val Lys  Asn Gly Ser
    2030                 2035                 2040
Met Arg  Ile Val Gly Pro Arg  Thr Cys Ser Asn Thr  Trp His Gly
    2045                 2050                 2055
Thr Phe  Pro Ile Asn Ala Tyr  Thr Thr Gly Pro Cys  Thr Pro Ser
    2060                 2065                 2070
Pro Ala  Pro Asn Tyr Ser Arg  Ala Leu Trp Arg Val  Ala Ala Glu
    2075                 2080                 2085
Glu Tyr  Val Glu Val Thr Arg  Val Gly Asp Phe His  Tyr Val Thr
    2090                 2095                 2100
Gly Met  Thr Thr Asp Asn Val  Lys Cys Pro Cys Gln  Val Pro Ala
    2105                 2110                 2115
Pro Glu  Phe Phe Thr Glu Leu  Asp Gly Val Arg Leu  His Arg Tyr
    2120                 2125                 2130
Ala Pro  Ala Cys Lys Pro Leu  Leu Arg Asp Glu Val  Thr Phe Gln
    2135                 2140                 2145
Val Gly  Leu Asn Gln Tyr Thr  Val Gly Ser Gln Leu  Pro Cys Glu
    2150                 2155                 2160
Pro Glu  Pro Asp Val Thr Val  Val Thr Ser Met Leu  Thr Asp Pro
    2165                 2170                 2175
Ser His  Ile Thr Ala Glu Ala  Ala Arg Arg Arg Leu  Ala Arg Gly
    2180                 2185                 2190
Ser Pro  Pro Ser Leu Ala Gly  Ser Ser Ala Ser Gln  Leu Ser Ala
    2195                 2200                 2205
Pro Ser  Leu Lys Ala Thr Cys  Thr Thr His His Gly  Ala Pro Asp
    2210                 2215                 2220
Thr Asp  Leu Ile Glu Ala Asn  Leu Leu Trp Arg Gln  Glu Met Gly
    2225                 2230                 2235
Gly Asn  Ile Thr Arg Val Glu  Ser Glu Asn Lys Ile  Val Ile Leu
    2240                 2245                 2250
Asp Ser  Phe Glu Pro Leu Arg  Ala Glu Glu Asp Glu  Arg Glu Val
    2255                 2260                 2265
Ser Ala  Ala Ala Glu Ile Leu  Arg Lys Thr Arg Lys  Phe Pro Ala
    2270                 2275                 2280
Ala Met  Pro Val Trp Ala Arg  Pro Asp Tyr Asn Pro  Pro Leu Leu
    2285                 2290                 2295
Glu Ser  Trp Lys Asn Pro Asp  Tyr Val Pro Pro Val  Val His Gly
    2300                 2305                 2310
Cys Pro  Leu Pro Pro Thr Lys  Ala Pro Pro Ile Pro  Pro Pro Arg
    2315                 2320                 2325
Arg Lys  Arg Thr Val Val Leu  Thr Glu Ser Thr Val  Ser Ser Ala
    2330                 2335                 2340
Leu Ala  Glu Leu Ala Thr Lys  Thr Phe Gly Gly Ser  Gly Ser Ser
    2345                 2350                 2355
Ala Val  Asp Ser Gly Thr Ala  Thr Gly Pro Pro Asp  Gln Ala Ser
    2360                 2365                 2370
Ala Glu  Gly Asp Ala Gly Ser  Asp Ala Glu Ser Tyr  Ser Ser Met
    2375                 2380                 2385
Pro Pro  Leu Glu Gly Glu Pro  Gly Asp Pro Asp Leu  Ser Asp Gly
    2390                 2395                 2400
Ser Trp  Ser Thr Val Ser Glu  Glu Ala Ser Glu Asp  Val Val Cys
    2405                 2410                 2415
Cys Ser  Met Ser Tyr Thr Trp  Thr Gly Ala Leu Ile  Thr Pro Cys
    2420                 2425                 2430
Ala Ala  Glu Glu Ser Lys Leu  Pro Ile Asn Ala Leu  Ser Asn Pro
    2435                 2440                 2445
Leu Leu  Arg His His Asn Met  Val Tyr Ser Thr Thr  Ser Arg Ser
    2450                 2455                 2460
Ala Ser  Leu Arg Gln Lys Lys  Val Thr Phe Asp Arg  Met Gln Val
    2465                 2470                 2475
Leu Asp  Asp His Tyr Arg Asp  Val Leu Lys Glu Met  Lys Ala Lys
    2480                 2485                 2490
Ala Ser  Thr Val Lys Ala Lys  Leu Leu Ser Val Glu  Glu Ala Cys
    2495                 2500                 2505
Lys Leu  Thr Pro Pro His Ser  Ala Lys Ser Lys Phe  Gly Tyr Gly
    2510                 2515                 2520
Ala Lys  Asp Val Arg Ser Leu  Ser Ser Arg Ala Val  Asn His Ile
    2525                 2530                 2535
Arg Ser  Val Trp Lys Asp Leu  Leu Glu Asp Thr Asp  Thr Pro Ile
    2540                 2545                 2550
Gln Thr  Thr Ile Met Ala Lys  Asn Glu Val Phe Cys  Val Gln Pro
    2555                 2560                 2565
Glu Lys  Gly Gly Arg Lys Pro  Ala Arg Leu Ile Val  Phe Pro Asp
    2570                 2575                 2580
Leu Gly  Val Arg Val Cys Glu  Lys Met Ala Leu Tyr  Asp Val Val
    2585                 2590                 2595
Ser Thr  Leu Pro Gln Ala Val  Met Gly Ser Ser Tyr  Gly Phe Gln
    2600                 2605                 2610
Tyr Ser  Pro Lys Gln Arg Val  Glu Phe Leu Val Asn  Thr Trp Lys
    2615                 2620                 2625
Ala Lys  Lys Cys Pro Met Gly  Phe Ser Tyr Asp Thr  Arg Cys Phe
    2630                 2635                 2640
Asp Ser  Thr Val Thr Glu Asn  Asp Ile Arg Val Glu  Glu Ser Ile
    2645                 2650                 2655
Tyr Gln  Cys Cys Asp Leu Ala  Pro Glu Ala Arg Gln  Ala Ile Arg
    2660                 2665                 2670
Ser Leu  Thr Glu Arg Leu Tyr  Ile Gly Gly Pro Met  Thr Asn Ser
    2675                 2680                 2685
Lys Gly  Gln Asn Cys Gly Tyr  Arg Arg Cys Arg Ala  Ser Gly Val
    2690                 2695                 2700
Leu Thr  Thr Ser Cys Gly Asn  Thr Leu Thr Cys Tyr  Leu Lys Ala
    2705                 2710                 2715
Ala Ala  Ala Cys Arg Ala Ala  Lys Leu Gln Asp Cys  Thr Met Leu
    2720                 2725                 2730
Val Cys  Gly Asp Asp Leu Val  Val Ile Cys Asp Ser  Ala Gly Thr
    2735                 2740                 2745
Gln Glu  Asp Ala Ala Ser Leu  Arg Val Phe Thr Glu  Ala Met Thr
    2750                 2755                 2760
Arg Tyr  Ser Ala Pro Pro Gly  Asp Pro Pro Gln Pro  Glu Tyr Asp
    2765                 2770                 2775
Leu Glu  Leu Ile Thr Ser Cys  Ser Ser Asn Val Ser  Val Ala His
    2780                 2785                 2790
Asp Ala  Ser Gly Lys Arg Val  Tyr Tyr Leu Thr Arg  Asp Pro Thr
    2795                 2800                 2805
Thr Pro  Leu Ala Arg Ala Ala  Trp Glu Thr Ala Arg  His Thr Pro
    2810                 2815                 2820
Val Asn  Ser Trp Leu Gly Asn  Ile Ile Met Tyr Ala  Pro Thr Leu
    2825                 2830                 2835
Trp Ala  Arg Met Ile Leu Met  Thr His Phe Phe Ser  Ile Leu Leu
    2840                 2845                 2850
Ala Gln  Glu Gln Leu Glu Lys  Ala Leu Asp Cys Gln  Ile Tyr Gly
    2855                 2860                 2865
Ala Thr  Tyr Ser Ile Glu Pro  Leu Asp Leu Pro Gln  Ile Ile Gln
    2870                 2875                 2880
Arg Leu  His Gly Leu Ser Ala  Phe Ser Leu His Ser  Tyr Ser Pro
    2885                 2890                 2895
Gly Glu  Ile Asn Arg Val Ala  Ser Cys Leu Arg Lys  Leu Gly Val
    2900                 2905                 2910
Pro Pro  Leu Arg Val Trp Arg  His Arg Ala Arg Ser  Val Arg Ala
    2915                 2920                 2925
Lys Leu  Leu Ser Gln Gly Gly  Arg Ala Ala Thr Cys  Gly Lys Tyr
    2930                 2935                 2940
Leu Phe  Asn Trp Ala Val Lys  Thr Lys Leu Lys Leu  Thr Pro Ile
    2945                 2950                 2955
Pro Glu  Ala Ser Gln Leu Asp  Leu Ser Gly Trp Phe  Val Ala Gly
    2960                 2965                 2970
Tyr Ser  Gly Gly Asp Ile Tyr  His Ser Leu Ser Arg  Ala Arg Pro
    2975                 2980                 2985
Arg Trp  Phe Met Trp Cys Leu  Leu Leu Leu Ser Val  Gly Val Gly
    2990                 2995                 3000
Ile Tyr  Leu Leu Pro Asn Arg
    3005                 3010

Claims (8)

1.与HLA-A型分子结合的HLA-结合肽，所述HLA-结合肽包含
至少一种选自SEQ ID NOS：1-183的氨基酸序列，以及
不少于8个且不多于11个氨基酸残基。
2.权利要求1所述的HLA-结合肽，包含至少一种选自SEQ IDNOS：1，2，3，5，8，12，13，14，16，17，18，19，22，23，25，27，34，37，38，40，42，45，48，49，52，53，54，55，56，58，59，60，61，62，63，64，65，67，71，72，74，75，76，84，86，87，90，91，92，93，94，96，97，98，100，101，102，104，106，107，108，109，110，112，123，124，126，127，131，132，133，134，135，136，137，139，141，142，146，147，149，150，152，162，170，173，176，177，和179的氨基酸序列。
3.与HLA-A型分子结合的HLA-结合肽，所述HLA-结合肽包含
在权利要求1或2所述的HLA-结合肽中所含的所述氨基酸序列的基础上，通过缺失，替换，或添加一个或两个氨基酸残基而形成的氨基酸序列，以及
不少于8个且不多于11个氨基酸残基。
4.权利要求1-3任一项所述的HLA-结合肽，其中所述HLA-结合肽与人HLA-A24型分子结合。
5.权利要求1-3任一项所述的HLA-结合肽，其中所述HLA-结合肽与人HLA-A2型分子结合。
6.含有DNA序列的DNA区段，所述DNA序列编码权利要求1-5任一项所述的HLA-结合肽。
7.含有DNA序列的重组载体，所述DNA序列编码权利要求1-5任一项所述的HLA-结合肽。
8.HLA-结合肽前体，其在哺乳动物体内变成权利要求1-5任一项所述的HLA-结合肽。
CN200580013767.7A 2004-04-30 2005-04-14 Hla-结合肽，其前体，编码这些肽序列的dna片段和重组载体 Expired - Fee Related CN1954068B (zh)

Applications Claiming Priority (7)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP135652/2004 2004-04-30
JP2004135652 2004-04-30
JP2004272314 2004-09-17
JP272314/2004 2004-09-17
JP050164/2005 2005-02-25
JP2005050164 2005-02-25
PCT/JP2005/007231 WO2005105993A1 (ja) 2004-04-30 2005-04-14 Ｈｌａ結合性ペプチド、その前駆体、それをコードするｄｎａ断片および組み換えベクター

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN1954068A true CN1954068A (zh) 2007-04-25
CN1954068B CN1954068B (zh) 2011-03-02

Family

ID=35241673

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN200580013767.7A Expired - Fee Related CN1954068B (zh) 2004-04-30 2005-04-14 Hla-结合肽，其前体，编码这些肽序列的dna片段和重组载体

Country Status (5)

Country Link
US (3) US20080249283A1 (zh)
EP (2) EP2559763B1 (zh)
JP (2) JP4761311B2 (zh)
CN (1) CN1954068B (zh)
WO (1) WO2005105993A1 (zh)

Families Citing this family (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2007094137A1 (ja) * 2006-02-17 2007-08-23 Nec Corporation 細胞傷害性ｔ細胞の誘導方法、細胞傷害性ｔ細胞の誘導剤、およびそれを用いた医薬組成物およびワクチン
KR101323540B1 (ko) * 2007-02-07 2013-10-29 사이단호진한다이비세이부쯔뵤우겐큐우카이 암의 치료제
JP5279063B2 (ja) * 2007-05-25 2013-09-04 国立大学法人愛媛大学 Ｈｌａ−ａ２拘束性抗原ペプチドおよびその用途
JP6218175B2 (ja) * 2011-12-14 2017-10-25 国立大学法人高知大学 ヘルパーｔ細胞誘導性ポリペプチドの改変
US10995116B2 (en) 2014-05-09 2021-05-04 University Of Southampton Peptide-induced NK cell activation

Family Cites Families (17)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6709828B1 (en) * 1992-03-06 2004-03-23 N.V. Innogenetics S.A. Process for the determination of peptides corresponding to immunologically important epitopes and their use in a process for determination of antibodies or biotinylated peptides corresponding to immunologically important epitopes, a process for preparing them and compositions containing them
US9340577B2 (en) * 1992-08-07 2016-05-17 Epimmune Inc. HLA binding motifs and peptides and their uses
CA2157510A1 (en) * 1993-03-05 1994-09-15 Howard M. Grey Hla-a2.1 binding peptides and their uses
JPH08151396A (ja) * 1994-11-28 1996-06-11 Teijin Ltd Ｈｌａ結合性オリゴペプチド及びそれを含有する免疫調節剤
KR100190910B1 (ko) * 1995-12-29 1999-06-01 허영섭 C형 간염 바이러스에 대한 인체 면역조절기능을 가진펩타이드
CA2323632A1 (en) * 1998-03-13 1999-09-16 Epimmune Inc. Hla-binding peptides and their uses
JPH11316754A (ja) * 1998-05-06 1999-11-16 Nec Corp 実験計画法及び実験計画プログラムを記録した記録媒体
CA2377525A1 (en) * 1999-07-19 2001-03-29 Epimmune, Inc. Inducing cellular immune responses to hepatitis c virus using peptide and nucleic acid compositions
CA2425648A1 (en) * 2000-10-19 2002-04-19 Epimmune Inc. Hla class i and ii binding peptides and their uses
JP4667578B2 (ja) * 2000-10-24 2011-04-13 和貴 黒河内 Ｃ型肝炎ウイルスの新規なｃｔｌエピトープ
WO2002089731A2 (en) * 2001-05-03 2002-11-14 Stanford University Agents for treatment of hcv and methods of use
FR2839722A1 (fr) * 2002-05-17 2003-11-21 Bio Merieux Nouvelles compositions peptidiques et leur utilisation notamment dans la preparation de compositions pharmaceutiques actives contre le virus de l'hepatite c
CN1249240C (zh) * 2002-06-25 2006-04-05 中国人民解放军军事医学科学院基础医学研究所 表达载体pBVTB及其构建方法和在HCV疫苗研究中的应用
FR2855758B1 (fr) * 2003-06-05 2005-07-22 Biomerieux Sa Composition comprenant la polyproteine ns3/ns4 et le polypeptide ns5b du vhc, vecteurs d'expression incluant les sequences nucleiques correspondantes et leur utilisation en therapeutique
EA200701870A1 (ru) * 2003-09-22 2008-02-28 Грин Пептайд Ко., Лтд. Пептид, происходящий из вируса гепатита с
WO2005042698A2 (en) * 2003-10-23 2005-05-12 Pecos Labs, Inc. T cell epitopes useful in a hepatitis c virus vaccine and as diagnostic tools and methods for identifying same
JP2008509654A (ja) * 2004-06-01 2008-04-03 イノジェネティックス・ナムローゼ・フェンノートシャップ Ｃ型肝炎ウイルスに対するｃｔｌおよび／またはｈｔｌ応答を誘導するためのペプチド

Also Published As

Publication number Publication date
JP4761311B2 (ja) 2011-08-31
CN1954068B (zh) 2011-03-02
WO2005105993A1 (ja) 2005-11-10
US20110060124A1 (en) 2011-03-10
JPWO2005105993A1 (ja) 2008-03-13
EP2559763B1 (en) 2017-02-15
EP1757687A4 (en) 2008-01-16
US20150087809A1 (en) 2015-03-26
EP2559763A1 (en) 2013-02-20
US20080249283A1 (en) 2008-10-09
JP2011120598A (ja) 2011-06-23
EP1757687A1 (en) 2007-02-28

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US20230141371A1 (en) Coronavirus vaccines and methods of use
Trent et al. Partial nucleotide sequence of St. Louis encephalitis virus RNA: structural proteins, NS1, ns2a, and ns2b
CN1954068B (zh) Hla-结合肽，其前体，编码这些肽序列的dna片段和重组载体
US9353151B2 (en) HLA-binding peptide, and DNA fragment and recombinant vector coding for said HLA-binding peptide
US9045531B2 (en) HLA-binding peptide, precursor thereof, and DNA fragment and recombinant vector coding for said HLA-binding peptide
EP2636679B1 (en) HLA-binding peptide, and DNA fragment and recombinant vector coding for said HLA-binding peptide
US8324345B2 (en) HLA-binding peptide, precursor thereof, DNA fragment and recombinant vector encoding the same
Ruiz-Gayo et al. Unequivocal synthesis and characterization of a parallel and an antiparallel bis-cystine peptide
CN113150111A (zh) 一种HLA-A*0201限制性CMVpp65特异性T细胞受体及其应用
Ferchichi et al. Chemical synthesis, molecular modeling, and antimicrobial activity of a novel bacteriocin, MMFII
US20080306243A1 (en) Hla-Binding Peptide, and Dna Fragment and Recombinant Vector Coding for Said Hla-Binding Peptide
JP2004509071A (ja) 収束コンビナトリーペプチドライブラリおよびｃ型肝炎ウイルスに対してのワクチン化のためのその使用
Platan et al. T-immunogenic peptides are constituted of rare sequence patterns. Use in the identification of T epitopes in the human immunodeficiency virus gag protein
Feller et al. Dipeptide backbone conformation and antibody recognition of a viral octapeptide epitope

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C14 Grant of patent or utility model
GR01 Patent grant
CF01 Termination of patent right due to non-payment of annual fee

Granted publication date: 20110302

Termination date: 20200414

CF01 Termination of patent right due to non-payment of annual fee