CN1928083A

CN1928083A - 人类异源物质代谢酶基因的单核苷酸多态性及其在诊断和治疗大肠癌方面之应用

Info

Publication number: CN1928083A
Application number: CNA2005100980000A
Authority: CN
Inventors: 吴汪黔生; 张�浩; 廖凌虹
Original assignee: Naturon Ltd
Current assignee: Naturon Ltd
Priority date: 2005-09-05
Filing date: 2005-09-05
Publication date: 2007-03-14

Abstract

本发明涉及检测在6个异源物质代谢酶基因上的15个与大肠癌(colorectal carcinoma，CRC)相关联的单核苷酸多态性(SNP)位点，以及应用这些单核苷酸多态性位点预测大肠癌的易患性，以及这种癌症的诊断和治疗方法。大肠癌在许多国家是第二大癌症致死因素，本发明所提供的信息有助于预防大肠癌及开发有效的新疗法。

Description

人类异源物质代谢酶基因的单核苷酸多态性及其在诊断和治疗大肠癌方面之应用

技术领域

本发明涉及检测6个异源物质代谢酶基因上的15个与大肠癌(colorectal carcinoma，CRC)相关联的单核苷酸多态性(SNP)位点，以及应用这些单核苷酸多态性位点预测大肠癌的易患性，及诊断和治疗这种常见癌症的方法。本发明所提供了一种有助于预防大肠癌的方法，并开发了有效的新疗法。本发明也可应用于筛选针对不同类型大肠癌的适当疗法。

背景技术

大肠癌是发病率第二高的恶性肿瘤，在西方国家，它是第二大癌症致死因素。在高加索人群中，大肠癌的发病率接近于肺癌(见Levi F，Lucchini F，Negri E.，et al 1999.Cancer mortality in Europe，1990-1994 and overview of trendsfrom 1955 to 1994.Eur.J.Cancer 35，1477-1516)。大肠癌的发病率在50岁以后会普遍增加。大肠癌的发病风险会由于个体的遗传易感性加上与内源性或外源性的致癌物的接触而增加。遗传性的大肠癌症候群包括：家族性息肉症(FAP)和遗传性非息肉病性大肠癌(HNPCC)。但是这些症候群只占了所有大肠癌总数的3％(Samowitz WS，Curtin K，Lin HH，et al.，2001.The colon cancerburden of genetically defined hereditary nonpolyposis colon cancer.Gastroenterology 121：830-838.)。零散的大肠癌病人的第一等血亲比其它人得大肠癌的风险要高两倍，在这种现象中占主导因素的似乎不是与FAP和HNPCC相关的基因。FAP和HNPCC在大肠癌方面的表现型在不同家系之间，甚至在同一家系中的不同患者之间，有明显差异。体内和体外的实验都显示日常饮食性致癌物能明显地增加患大肠癌的风险(Sachse C.，Smith G.，WilkieM.J.V.，et al.，2002.A pharmacogenetic study to investigate the role of dietarycarcinogens in the etiology of colorectal cancer.Carcinogenesis 23：1839-1849)。目前，认为大肠癌的发病过程可由一系列来源于环境或体内的致癌物所诱导或促进(de Jong MM，Nolte IM，te Meerman GJ，et al.，2002.Low-penetrance genesand their involvement in colorectal cancer susceptibility.Cancer Epidemiology，Biomarkers and Prevention 11：1332-1352)。许多证据显示，大肠癌可由改变饮食和生活习惯来预防，使用分子遗传分析筛选的预防策略也很有发展前景。遗憾的是，到目前为止还没有一种可靠的非侵入性的检测方法。大肠癌可以分为不同的阶段：Dukes A期，B1期，B2期，C1期，C2期和D期。目前三分之二被诊断为Dukes C期和D期的病人无法只通过手术来治愈。因此，癌症诊断上的期型是决定预后最重要的因素。此外，大肠癌的不同类型也影响预后，粘液腺癌病人的预后比非粘液腺癌病人差，这些不同类型的大肠癌病人对化疗的反应也明显不同(Glasgow SC，Yu J，Carvalho LP et al.，2005.Unfavourable expression of pharmacologic markers in mucinous colorectal cancerBritish J of Cancer 2005：1-6)。

异源物质代谢酶(YMEs)

异源物质是非人体固有的天然或人工合成的物质，包括药物，工业产物，杀虫剂，污染性物质，生物碱，及由细菌，真菌，植物和动物产生的毒素。许多异源物质本身或其经生物转化后的形式具有致癌性。异源物质代谢酶(XMEs)能导致各种致癌物，致癌物前体，毒素和药物的活性化，它们也能参与宿主对异源物质的防御反应。由于治疗性药物对人体而言也是异源物质，因此某些异源物质代谢酶也被称为药物代谢酶(DMEs)。参与异源物质的氧化反应和连接反应的酶分别被称为I相和II相异源物质代谢酶。I相异源物质代谢酶，例如细胞色素P450s(CYPs)基因家族，催化多种内源性和外源性的异源物质(从类固醇到污染物)的氧化反应，在这些氧化过程中可能产生亲电的和可致癌的中间产物。II相异源物质代谢酶通常以氧作为进一步代谢反应的位点，比如接上协同因子使物质变得更亲水进而有利于该物质的排出。除了I相和II相异源物质代谢酶，ATP-结合盒(ABC)转运子，利用ATP水解的能量完成多种化合物的跨膜运输，亦促使异源物质的代谢。在肠壁，血脑屏障和胎盘里存在着大量的异源物质代谢酶和ABC，暗示这些酶能限制异源物质进入主要系统并在宿主的防御机制中发挥重要作用(Jonker JW，Buitelaar M，Wagenaar E，et al.，2002.The breast cancerresistance protein protects against a major chlorophyll-derived dietaryphototoxin and protoporphyria.Proc Natl Acad Sci U S A.99：15649-54.)。虽然异源物质的解毒总是与肝脏的代谢联系在一起，但是肠道的结肠细胞也介入显著的解毒过程，这个过程可能影响大肠癌的发生(Roediger WEW andBabidge W.，1997.Human colonocyte detoxification.Gut.41：731-734)并且在很大程度上影响个体对于致癌物质的生物反应。

ABCG2(ABCP，MXR1，BCRP)基因是最新发现的ABC药物排出转运子，它是由几间不同实验室分别发现的。通过分析那些对米托蒽醌(mitoxantrone)有抗性，但没有超量表达ABCB1或ABCC1基因的细胞系找到了ABCG2基因。如果将ABCG2基因转到细胞中，可以使这些细胞获得对化疗药物的抗性。ABCG2蛋白是一个半转运子，它与对癌症化疗中常使用的结构与机理并不相关的各种药物的交叉抗性有关(Gottesman MM，FojoT and Bates SE.，2002.Multidrug resistance in cancer；role of ATP-dependenttransporters.Nat Rev Cancer 2，48-58)。对哺乳动物各种组织中ABCG2的分布在RNA和蛋白质水平上进行分析，显示ABCG2广泛的分布在许多正常组织中，包括小肠和结肠的肠绒毛上皮细胞腔面以及许多组织的毛细管内皮细胞(Doyle LA，and Ross DD.，2003.Multidrug resistance mediated by thebreast cancer resistance protein BCRP(ABCG2).Oncogene.22：7340-58)。ABCG2分布在小肠和结肠上皮的顶端，这种现象暗示着ABCG2对防止异源物质侵入起到一定的作用(Maliepaard M，Scheffer GL，Faneyte IF，et al.，2001.Subcellular localization and distribution of the breast cancer resistanceprotein transporter in normal human tissues.Cancer Res.61：3458-64)。人类的ABCG2基因定位在4号染色体的q22区上，全长66,882bp，含有16个大小从60bp到532bp(20到74密码子)的外显子(exon)。在转录起始位点上游312bp的序列具有基本的启动子活性。该基因的翻译起始位点位于外显子2。外显子3上有一个Walker A特征区域，ABC特征区域(核苷酸结合区域)和Walker B则位于外显子6。外显子10，13，14，15和16据推断含有6个穿膜区(Bailey-Dell KJ，Hassel B，Doyle LA，and Ross DD.，2001.Promoter characterization and genomic organization of the human breast caccerresistance protein(ATP-binding cassette transporter G2)gene.Biochim BiophysActa 1520：234-241)。

CYP1A1是I相异源物质代谢酶，它在芳香胺，多环芳香碳水化合物(某些食物中含有的前致癌剂)和苯并(α)芘(香烟中的主要致癌剂)的代谢活化过程中有关键性作用。CYP1A1还导致雌激素致癌性代谢物的产生。对CYP1A1基因进行基因型检测的数据显示了吸烟诱发大肠癌的风险比原来预计的高，而这种风险能被一种II相异源物质代谢酶GSTM1进一步改变(Slattery ML，Samowtiz W，Ma K，et al.，2004.CYP1A1，cigarette smoking，andcolon and rectal cancer.Am J Epidemiol.2004；160：842-852)。有报告显示，居住在夏威夷的日本裔人群中，CYP1A1基因的Msp1酶切多态性的纯合基因型变异与大肠癌的发生有联系(Kiyohara C.，2000.Genetic polymorphism ofenzymes involved in xenobiotic metabolism and the risk of colorectal cancer.JEpidemiol.10：349-360)。CYP1A1基因定位在15号染色体的q22-q24区，全长5,987bp，含有6个外显子。

CYP2C9具有显著的临床实用价值，它可以羟化大约16％目前临床使用的药物。CYP2C9酶活性的变窄使得估算一些药物处方的安全使用剂量非常困难，尤其是一些治疗指数狭窄的药物，诸如S-warfarin，tolbutamide和phenytoin(Schwarz UI.，2003.Clinical relevance of genetic polymorphisms inthe human CYP2C9 gene.Eur J Clin Invest.33 Suppl 2：23-30)。该酶还参与硫酸雌固酮(estrone sulfate)转变为16-羟基硫酸代谢物的过程和抗肿瘤药物前体：环磷酰胺(cyclophosphamide)，异环磷酰胺(ifosfamide)的代谢过程(RoyP，Yu LJ，Crespi CL.et al.，1999.Development of a substrate-activity basedapproach to identify the major human liver P-450 catalysts of cyclophosphamideand ifosfamide activation based on cDNA expressed activities and livermicrosomal P-450 profiles.Drug Metab.Dispos.，27，655-666)。此外，CYP2C9也能活化烟草中的多环芳香碳水化合物类致癌剂。在西班牙人群的大肠癌研究中发现CYP2C9基因的变异为次级危险因素(Martinez C，Garcia-Martin E，Ladero JM et al.，2001.Association of CYP 2C9 genotypesleading to high enzyme activity and colorectal cancer risk.Carcinogenesis 22，1323-1326)。某些CYP2C9的遗传多态型可能和患结肠腺瘤的高危性有关联(Chan AT，Tranah GJ，Giovannucci EL，et al.，2004.A prospective study ofgenetic polymorphisms in the cytochrome P-450 2C9 enzyme and the risk fordistal colorectal adenoma.Clin Gastroenterol Hepatol.2：704-12)。CYP2C9基因位于10号染色体的q24.1-24.3区，全长50,707bp，含有8个外显子。

CYP2E1酶主要负责活化和代谢多种低分子量化合物，例如芳香型部分卤化的碳水化合物，N-亚硝胺，苯胺，氯乙烯和氨基甲酸乙脂，这些化合物中有一些可能具有致癌作用。CYP2E1酶是由酒精诱导产生，是引致酒精氧化的主要细胞色素酶，可产生活化了的氧物质并造成氧化应激反应。在引发对乙酰氨基酚(acetaminophen)肝中毒的一连串过程中，CYP2E1是启动及限速酶，缺少此酶时中毒现象仅在高浓度毒素情况下发生。CYP2E1还被发现与酒精肝及非酒精性脂肪肝的肝脏病理变化有关联(Gonzalez FJ.2005.Role of cytochromes P450 in chemical toxicity and oxidative stress：studies with CYP2E1.Mutat Res.569：101-10)。CYP2E1在对DNA产生氧化应激反应的过程中是必不可少的，因此，CYP2E1在酒精相关的肝癌形成中可能起到关键的作用(Bradford BU，Kono H，Isayama F，et al.，2005.Cytochrome P450 CYP2E1，but not nicotinamide adenine dinucleotidephosphate oxidase，is required for ethanol-induced oxidative DNA damage inrodent liver.Hepatology.41：336-344)。实验证实CYP2E1的遗传多态性是造成异源物质对人体毒性作用有个体差异的原因之一(Hanioka N，Tanaka-Kagawa T，Miyata Y et al.，2003.Functional characterization of threehuman cytochrome p450 2E1 variants with amino acid substitutions.Xenobiotica.33：575-586)。在有铁作催化剂的情况下，CYP2E1可以产生诸如hydroxyl radical的强氧化剂(Kessova I，Cederbaum AI.2003.CYP2E1：biochemistry，toxicology，regulation and function in ethanol-induced liver injury.Curr Mol Med.3：509-518)。CYP2E1基因位于10号染色体的q24.3区至末端，基因全长11,413bp，有9个外显子。

CYP3A4酶参与许多同源和异源物质的代谢，包括类固醇，环境毒素和药物。大多数临床使用药物的代谢都要经过它的催化。由于它在人体肝脏中大量存在，所以CYP3A4是目前研究得最多的CYP家族成员之一。在睾丸素(testosterone)的代谢中，CYP3A4酶也起作用。在高加索人群中，CYP3A4*1B与前列腺癌的发生呈负相关的联系，它也可能影响病情的严重性(Zeigler-Johnson C，Friebel T，Walker AH et al 2004 CYP3A4，CYP3A5，and CYP3A43 genotypes and haplotypes in the etiology and severity of prostatecancer. Cancer Resaerch 64，8461-8467)。现在已经发现CYP3A4基因表达存在显著的个体差异性，而这种差异的遗传基础也已被研究和分析(LambaJK，Lin YS，Thummel K，e al 2002 Common allelic variants of cytochromeP4503A4 and their prevalence in different population.Pharmacogenetics 12，121-132)。CYP3A4基因位于7号染色体的q21区，长27,204bp，有13个外显子。

微粒体谷胱甘肽巯基转移酶1(MGST1)是一种在微粒体中广泛分布的II相异源物质代谢酶。它催化谷胱甘肽与许多异源化合物反应形成亲水的谷胱甘肽结合物，使这些异源物质更加容易被排出体外。某些可溶性的谷胱甘肽巯基转移酶(GST)，如GSTM1，已被发现与大肠癌的发生有关(Sachse C.，Smith G.，Wilkie M.J.V.，et al.，2002.A pharmacogenetic study toinvestigate the role of dietary carcinogens in the etiology of colorectal cancer.Carcinogenesis 23：1839-1849)。MGST1基因定位在12号染色体的p13.1-p13.2区上，全长17,268bp，有2个可被选择的第一外显子(外显子1b和1d)及2个非功能性的第一外显子(外显子1a和1c)，还有3个能被翻译成蛋白的外显子(外显子2，3，4)。进行RNA剪切时，其中一个带有不被翻译的mRNA区域的第一外显子将与下游的其它外显子连接。外显子1b和1d是最主要的外显子；带有外显子1a和1c的mRNA还未被检测到。紧接外显子1b上游的启动子区会作出氧化应激反应，而紧接外显子1d的启动子区则不会。

单核苷酸多态性(SNP)

人类基因组中DNA序列的差异导致了个体的不同特征，包括每个人接触了异源物质(污染物，毒素和药物)后不同的反应。基因组中的单个核苷酸(A，G，C或T)发生变化就产生了单核苷酸多态性(SNP)，在传代的过程中单核苷酸多态性逐渐趋于稳定。大家越来越认识到大量已定位SNP的收集将为人类遗传学的研究提供有力的工具。此外，SNP还能作为遗传标记用于家系的连锁分析，特定人群的连锁不平衡分析以及疾病关联性分析来寻找与疾病有关的基因。像大肠癌这样的多基因病，与疾病有显著关联的SNP就可以作为诊断工具来辨别对疾病有较高易感性的个体。而对患大肠癌的病人进行基因检测则有可能揭示一些未知的遗传病因并且优化疾病的管理和治疗。

当大肠癌病人和健康对照组的SNP被发现和检测后，需要分析有关数据来确定某个SNP与大肠癌之间是否存在显著的联系。这是基于：即使某个SNP“X”能直接影响大肠癌的易感性，拥有这个SNP“X”也不是得大肠癌的充分必要条件，但是这个SNP“X”在病人中的出现频率一定高于正常人。同样地，与此SNP“X”呈连锁不平衡(linkage disequilibrium，LD)的其它SNP也会出现这种情况。因此，对SNP与疾病的关联性的研究可以在两个方向上进行：直接检测一个有功能影响的SNP或者用这个SNP作为连锁不平衡(LD)的标记物进行关联性分析。

发明内容

本发明的目的是提供一系列异源物质代谢酶基因的单核苷酸多态性位点，并将这些位点用于大肠癌易感性的预测，以及在早期临床阶段对大肠癌进行辅助诊断。

本发明给出了一条独立的多核苷酸片断，它具有SEQ ID NO：1的序列。该多核苷酸片断为人类ABCG2基因的一部分，包括了此基因的5’不转录区。外显子1及3个多态性位点：rs4148162，rs2231136和rs2622605。

本发明还给出了一套PCR引物可用于扩增出如同SEQ ID NO：1的多核苷酸片断。该套引物中的第一条引物的序列与SEQ ID NO：2所示相同，或与SEQ ID NO：2互补；第二条引物的序列与SEQ ID NO：3所示相同，或与之互补。此外，本发明还给出了一条可用于测序的引物，该引物的序列与SEQ ID NO：4所示相同，或与之互补。

本发明给出了一条独立的多核苷酸片断，它的序列与SEQ ID NO：5的序列相同。该多核苷酸片断为人类ABCG2基因的一部分，包括外显子10和1个多态性位点：51523T＞G。

本发明还给出了一套PCR引物可用于扩增出如同SEQ ID NO：5的多核苷酸片断。该套引物中的第一条引物的序列与SEQ ID NO：6所示相同，或与SEQ ID NO：6互补；第二条引物的序列与SEQ ID NO：7所示相同，或与之互补。

本发明给出了一条独立的多核苷酸片断，它的序列与SEQ ID NO：8的序列相同。该多核苷酸片断为人类ABCG2基因的一部分，包括外显子14和15以及1个多态性位点：rs2231165。

本发明还给出了一套PCR引物可用于扩增出如同SEQ ID NO：8的多核苷酸片断。该套引物中的第一条引物的序列与SEQ ID NO：9所示相同，或与之互补；第二条引物的序列与SEQ ID NO：10所示相同，或与之互补。

本发明给出了一条独立的多核苷酸片断，它的序列与SEQ ID NO：11的序列相同。该多核苷酸片断为人类ABCG2基因的一部分，包括外显子16和1个多态性位点：67044_67045delT。

本发明还给出了一套PCR引物可用于扩增出如同SEQ ID NO：11的多核苷酸片断。该套引物中的第一条引物的序列与SEQ ID NO：12所示相同，或与之互补；第二条引物的序列与SEQ ID NO：13所示相同，或与之互补。

本发明给出了一条独立的多核苷酸片断，它的序列与SEQ ID NO：14的序列相同。该多核苷酸片断为人类CYP1A1基因的一部分包括外显子2和1个多态性位点：rs4646422。

本发明还给出了一套PCR引物可用于扩增出如同SEQ ID NO：14的多核苷酸片断。该套引物中的第一条引物的序列与SEQ ID NO：15所示相同，或与之互补；第二条引物的序列与SEQ ID NO：16所示相同，或与之互补。

本发明给出了一条独立的多核苷酸片断，它的序列与SEQ ID NO：17的序列相同。该多核苷酸片断为人类CYP1A1基因的一部分包括外显子7和1个多态性位点：rs1048943。

本发明还给出了一套PCR引物可用于扩增出如同SEQ ID NO：17的多核苷酸片断。该套引物中的第一条引物的序列与SEQ ID NO：18所示相同，或与之互补；第二条引物的序列与SEQ ID NO：19所示相同，或与之互补。

本发明给出了一条独立的多核苷酸片断，它的序列与SEQ ID NO：20的序列相同。该多核苷酸片断为人类CYP2C9基因的一部分包括外显子7和1个多态性位点：rs1057910。

本发明还给出了一套PCR引物可用于扩增出如同SEQ ID NO：20的多核苷酸片断。该套引物中的第一条引物的序列与SEQ ID NO：21所示相同，或与之互补；第二条引物的序列与SEQ ID NO：22所示相同，或与之互补。

本发明给出了一条独立的多核苷酸片断，它的序列与SEQ ID NO：23的序列相同。该多核苷酸片断为人类CYP2C9基因的一部分包括外显子9和1个多态性位点：rs1057911。

本发明还给出了一套PCR引物可用于扩增出如同SEQ ID NO：23的多核苷酸片断。该套引物中的第一条引物的序列与SEQ ID NO：24所示相同，或与之互补；第二条引物的序列与SEQ ID NO：25所示相同，或与之互补。

本发明给出了一条独立的多核苷酸片断，它的序列与SEQ ID NO：26的序列相同。该多核苷酸片断为人类CYP2E1基因的一部分包括外显子3和1个多态性位点：rs2070674。

本发明还给出了一套PCR引物可用于扩增出如同SEQ ID NO：26的多核苷酸片断。该套引物中的第一条引物的序列与SEQ ID NO：27所示相同，或与之互补；第二条引物的序列与SEQ ID NO：28所示相同，或与之互补。

本发明给出了一条独立的多核苷酸片断，它的序列与SEQ ID NO：29的序列相同。该多核苷酸片断为人类CYP3A4基因的一部分包括外显子13和1个多态性位点：rs3735451。

本发明还给出了一套PCR引物可用于扩增出如同SEQ ID NO：29的多核苷酸片断。该套引物中的第一条引物的序列与SEQ ID NO：30所示相同，或与之互补；第二条引物的序列与SEQ ID NO：31所示相同，或与之互补。

本发明给出了一条独立的多核苷酸片断，它的序列与SEQ ID NO：32的序列相同。该多核苷酸片断为人类MGST1基因的一部分包括外显子1a，1b，1c和2个多态性位点：rs2239676和rs2239677。

本发明还给出了一套PCR引物可用于扩增出如同SEQ ID NO：32的多核苷酸片断。该套引物中的第一条引物的序列与SEQ ID NO：33所示相同，或与之互补；第二条引物的序列与SEQ ID NO：34所示相同，或与之互补。

本发明给出了一条独立的多核苷酸片断，它的序列与SEQ ID NO：35的序列相同。该多核苷酸片断为人类MGST1基因的一部分包括外显子4和1个多态性位点：rs11875。

本发明还给出了一套PCR引物可用于扩增出如同SEQ ID NO：35的多核苷酸片断。该套引物中的第一条引物的序列与SEQ ID NO：36所示相同，或与之互补；第二条引物的序列与SEQ ID NO：37所示相同，或与之互补。

此发明的另一部分给出了一种可以预测一个个体是否更容易或者更不容易得大肠癌的方法。此方法包括：(a).检测该个体的核酸序列；(b).选择并确定以下15个SNP位点(ABCG2基因新发现的51523T＞G和67044_67045delT位点，在dbSNP数据库( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/)中已经报告的ABCG2基因的rs4148162，rs2231136，rs2622605和rs2231165位点，CYP1A1基因的rs4646422和rs1048943位点，CYP2C9基因的rs1057910和rs1057911位点，CYP2E1基因的rs2070674位点，CYP3A4基因的rs3735451位点，MGST1基因的rs2239676，rs2239677和rs11875位点)中的一个或多个位点的核苷酸序列；或检测与上述15个SNP中一个或多个位点处于相同的单倍型或连锁不平衡(LD)的其它遗传标记。

此发明还给出了一种检测大肠癌病人基因型的方法，该方法可以为病人的药物治疗提供在药学基因组学方面的指导，包括：(a).检测病人的核酸样本的序列；(b).选择并确定以下15个SNP位点：ABCG2基因的51523T＞G，67044_67045delT，rs4148162，rs2231136，rs2622605和rs2231165位点，CYP1A1基因的rs4646422和rs1048943位点，CYP2C9基因的rs1057910和rs1057911位点，CYP2E1基因的rs2070674位点，CYP3A4基因的rs3735451位点，MGST1基因的rs2239676，rs2239677和rs11875位点中的一个或多个位点的核苷酸序列，或检测与上述15个SNP中一个或多个位点处于相同的单倍型或连锁不平衡(LD)的其它遗传标记。

此发明也给出了一种筛选药物的方法，可应用于鉴定治疗或预防大肠癌的药物。此方法包括：(a).转染一个载体到真核细胞表达系统，该载体至少含有人类异源物质代谢酶基因ABCG2，CYP1A1，CYP2C9，CYP2E1，CYP3A4或者MGST1中的部份片段，而该片断包含以下15个SNP位点中的一个或几个(ABCG2基因的51523T＞G和67044_67045delT位点，在dbSNP数据库中已经报导的ABCG2基因的rs4148162，rs2231136，rs2622605，rs2231165位点，CYP1A1基因的rs4646422和rs1048943位点，CYP2C9基因的rs1057910和rs1057911位点，CYP2E1基因的rs2070674位点，CYP3A4基因的rs3735451位点，MGST1基因的rs2239676，rs2239677和rs11875位点)，或者包含与上述15个SNP中一个或多个位点处于相同的单倍型或连锁不平衡(LD)的其它遗传标记；(b).在细胞表达系统中表达该载体；(c).在这个细胞系统中加入被筛选的药物；(d).分析异源物质代谢酶基因的表达来研究被筛选的药物在该细胞系统中对基因表达的影响；(e).确定那些能够改变异源物质代谢酶基因表达的药物。

附图说明

以下这些附图和附页将令该项发明的特点在后面的详细叙述中更加浅显易懂。

图1是部分基因组ABCG2基因的示意图，显示了单核苷酸多态性位点rs4148162，rs2231136，rs2622605，551523T＞G，rs2231165和67044_67045delT的位置和与其邻近的外显子的相对位置。

图2是部分基因组CYP1A1基因的示意图，显示了单核苷酸多态性位点rs4646422和rs1048943的位置和与其邻近的外显子的相对位置。

图3是部分基因组CYP2C9基因的示意图，显示了单核苷酸多态性位点rs1057910和rs1057911的位置和与其邻近的外显子的相对位置。

图4是部分基因组CYP2E1基因的示意图，显示了单核苷酸多态性位点rs2070674的位置和与其邻近的外显子的相对位置。

图5是部分基因组CYP3A4基因的示意图，显示了单核苷酸多态性位点rs3735451的位置和与其邻近的外显子的相对位置。

图6是部分基因组MGST1基因的示意图，显示了SNP：rs2239676，rs2239677和rs11875的位置和与其邻近的外显子的相对位置。

此外，在附页中列出了核酸序列的清单。

具体实施方式

术语的定义：

在本发明的说明书和权利要求书中使用了以下各种术语，它们的定义如下所述：

术语“等位基因”(allele)指一段核苷酸序列的不同变化形式。

术语“互补的”(complementary)与“互补”(complement)指一段核苷酸序列可以通过碱基配对的原则与另一条多核苷酸序列在可以配对的区域配对。

术语“基因型”(genotype)指生物体的遗传物质组成。更确切地说，它是指个体中所含有的等位基因的类型。对一个个体或一份DNA样本进行基因型检测“(Genotyping)”是指在核苷酸的水平上来确定一个个体在特定多态性位点的等位基因序列。

术语“多态性”(polymorphism)指某个基因或基因的某个部分在人群中存在多于一种的形式。“多态的，多态性的”(polymorphic)指在某一人群中可找到有两种以上的基因序列变异。“多态性位点”(polymorphic site)指核苷酸序列发生变异的基因座。

术语“寡核苷酸”(oligonucleotide)和“多核苷酸”(polynucleotide)在这里指的是在长度上多过一个核苷酸的RNA、DNA或者RNA/DNA杂交的序列。这些序列可以单链或双链的形式存在。通常将小于50个核苷酸残基组成的核酸称为寡核苷酸，大于50个核苷酸残基称为多核苷酸。

术语“聚合酶链式反应”(PCR)是一种扩增DNA序列的方法，它通过热稳定的聚合酶和一对引物，其中一条引物与正链的一端互补结合，另一条与负链的另一端互补结合，来进行DNA扩增。新合成的DNA片断可以作为模板，与同样的引物结合，经过退火，延伸和解链三个步骤的循环迅速而特异地扩增出目的序列。

术语“引物”(primer)指的是短的单链寡核苷酸。它可与DNA样本中的互补序列配对结合。引物是依赖模板的DNA合成的起始点。DNA聚合酶可在一条引物的末端位置添加脱氧核糖核酸。“一对引物”(primer pair)或“一套引物”(primer set)指的是两条引物中包含有可杂交于被扩增序列5’端位置的某条链的一条引物，和可杂交于被扩增片断3’端位置的另一条链的引物。

术语“外显子”(exon)指的是基因中编码蛋白质的DNA序列。

术语“内含子”(intron)指的是那些打断基因中编码蛋白质的DNA序列的序列。内含子序列可以被转录为RNA，但是在RNA翻译为蛋白质之前会被切除。

本发明特别关系到与大肠癌有联系的单核苷酸多态性(SNPs)。已经发现如果个体编码异源物质代谢酶(XMEs)的基因或与其互补的序列含有特定的多态性位点，则该个体可能具有相对高的大肠癌易感性。

一方面本发明给出了一些与大肠癌有联系的特定的SNP位点：ABCG2基因的rs4148162，rs2231136，rs2622605，rs2231165位点，CYP1A1基因的rs4646422和rs1048943位点，CYP2C9基因的rs1057910和rs1057911位点，CYP2E1基因的rs2070674位点，CYP3A4基因的rs3735451位点，MGST1基因的rs2239676，rs2239677和rs11875位点。以上这些SNP位点虽然之前已经发现了，但是从未将它们与大肠癌相联系。

另一方面，本发明还给出了一些与大肠癌有联系的之前从未被发现的SNP位点：ABCG2基因的51523T＞G和67044_67045delT位点。

此发明现给出有关上述15个SNP位点的详细描述。SEQ ID NO：1的序列为人类基因组ABCG2基因序列的一部分，包括了此基因的外显子1及其侧翼序列。外显子1起始于序列的第819碱基的位置，结束于第1347碱基的位置。对于SNP rs4148162，它的参考等位基因是如SEQ ID NO：1所示，核苷酸变化是发生在第168碱基和169碱基之间。而在变化的等位基因上，一段多核苷酸序列“TCAC”插入到第168碱基和169碱基之间。对于SNP rs2231136，它的参考等位基因是如SEQ ID NO：1所示，核苷酸变化是发生在第1105碱基上，由胸腺嘧啶(T)代替参考碱基胞嘧啶(C)。对于SNP rs2622605，它的参考等位基因是如SEQ ID NO：1所示，核苷酸变化是发生在第1499碱基上，由腺嘌呤(A)代替参考碱基鸟嘌呤(G)。

SEQ ID NO：5的序列为人类基因组ABCG2基因序列的一部分，包括了此基因的外显子10及其侧翼序列。外显子10起始于序列的第229碱基的位置，结束于第311碱基的位置。对于SNP 51523T＞G，它的参考等位基因是如SEQ ID NO：5所示，核苷酸变化是发生在第103碱基上，由鸟嘌呤(G)代替参考碱基胸腺嘧啶(T)。

SEQ ID NO：8的序列为人类基因组ABCG2基因序列的一部分，包括了此基因的外显子14和15及其侧翼序列。外显子14起始于序列第281碱基的位置，结束于第370碱基的位置。外显子15起始于基因的第1231碱基的位置，结束于第1313碱基的位置。对于SNP rs2231165，它的参考等位基因是如SEQ ID NO：8所示，核苷酸变化是发生在第1423碱基上，由胸腺嘧啶(T)代替参考碱基胞嘧啶(C)。

SEQ ID NO：11的序列为人类基因组ABCG2基因序列的一部分，包括了此基因的外显子16及其侧翼序列。外显子16起始于序列第188碱基的位置，结束于第881碱基的位置。对于SNP 67044_67045delT，它的参考等位基因是如SEQ ID NO：11所示，核苷酸变化是发生在第698碱基和699碱基之间。而在变化的等位基因上，一个胸腺嘧啶(T)插入到第698碱基和699碱基之间。

SEQ ID NO：14的序列为人类基因组CYP1A1基因序列的一部分，包括了此基因的外显子2及其侧翼序列。外显子2起始于序列第58碱基，结束于第912碱基。对于SNP rs4646422，它的参考等位基因是如SEQ ID NO：14所示，核苷酸变化是发生在第221碱基上，由腺嘌呤(A)代替参考碱基鸟嘌呤(G)。这个序列的改变使得密码子由原来的“GGC”变为“GAC”从而导致了CYP1A1蛋白的第45位氨基酸由GLY变为ASP。

SEQ ID NO：17的序列为人类基因组CYP1A1基因序列的一部分，包括了此基因的外显子7及其侧翼序列。外显子7起始于序列第93碱基，结束于第1324碱基。对于SNP rs1048943，它的参考等位基因是如SEQ ID NO：17所示，核苷酸变化是发生在第223碱基上，由鸟嘌呤(G)代替参考碱基腺嘌呤(A)。这个序列的改变使得密码子由原来的“ATT”变为“GTT”从而导致了CYP1A1蛋白的462位氨基酸由ILE变为VAL。

SEQ ID NO：20序列是人类基因组CYP2C9基因的部分DNA序列，它包含有外显子7及其侧翼序列。外显子7起始于序列的第322个碱基结束于第509个碱基。对于SNP：rs1057910，它的参考等位基因序列如SEQ IDNO：20所示，核苷酸的变化发生在第435个碱基上，由胞嘧啶(C)代替了参考碱基腺嘌呤(A)。这种序列的变化使密码子由“ATT”转变为“CTT”从而导致CYP2C9蛋白的第359个氨基酸由ILE变成LEU。

SEQ ID NO：23序列是人类基因组CYP2C9基因的部分DNA序列，它包含有外显子9及其侧翼序列。外显子9起始于序列的第247个碱基结束于第790个碱基。对于SNP：rs1057911，它的参考等位基因序列如SEQ IDNO：23所示，在变化的等位基因序列中，核苷酸的变化发生在第380个碱基上，由胸腺嘧啶(T)代替了参考碱基腺嘌呤(A)。

SEQ ID NO：26序列是人类基因组CYP2E1基因的部分DNA序列，它包含有外显子3及其侧翼序列。外显子3起始于序列的第485个碱基结束于第634个碱基。对于SNP：rs2070674，它的参考等位基因序列如SEQ IDNO：26所示，在变化的等位基因序列中，核苷酸的变化发生在第736个碱基上，由胸腺嘧啶(T)代替了参考碱基胞嘧啶(C)。

SEQ ID NO：29序列是人类基因组CYP3A4基因的部分DNA序列，它包含有外显子13及其侧翼序列。外显子13起始于序列的第267个碱基结束于第819个碱基。对于SNP：rs3735451，它的参考等位基因序列如SEQID NO：29所示，在变化的等位基因序列中，核苷酸的变化发生在第143个碱基上，由鸟嘌呤(G)代替了参考碱基腺嘌呤(A)。

SEQ ID NO：32序列是人类基因组MGST1基因的部分DNA序列，它包含有外显子1a，外显子1b，外显子1c及它们的侧翼序列。外显子1a起始于序列的第6个碱基结束于第48个碱基；外显子1b起始于序列的第509个碱基结束于第574个碱基；外显子1c起始于序列的第642个碱基结束于第762个碱基。对于SNP：rs2239676，它的参考等位基因序列如SEQ ID NO：32所示，在变化的等位基因序列中，核苷酸的变化发生在第378个碱基上，由胞嘧啶(C)代替了参考碱基鸟嘌呤(G)。对于SNP：rs2239677，它的参考等位基因序列如SEQ ID NO：32所示，在变化的等位基因序列中，核苷酸的变化发生在第610个碱基上，由鸟嘌呤(G)代替了参考碱基腺嘌呤(A)。

SEQ ID NO：35序列是人类基因组MGST1基因的部分DNA序列，它包含有外显子4及其侧翼序列。外显子4起始于序列的第108个碱基结束于第722个碱基。对于SNP：rs11875，它的参考等位基因序列如SEQ IDNO：35所示，在变化的等位基因序列中，核苷酸的变化发生在第373个碱基上，由腺嘌呤(A)代替了参考碱基鸟嘌呤(G)。

以下部分将给出确认这些与大肠癌相关联的单核苷酸多态性位点的方法。

表1显示了上述SNP与大肠癌相关性的分析及大肠癌患者在等位基因和基因型频率上的关系。在表1中“CRC”表示大肠癌病人，“CON”表示正常人，“F”表示女性，“M”表示男性，“T”表示男女性人数的总和。统计学分析显示：CYP1A1基因的rs4646422(p＝0.023)和MGST1基因的rs2239677(p＝0.011)两个SNP在女性人群中在等位基因水平上与大肠癌显著相关；ABCG2基因上的SNP rs41418162(p＝0.027)，rs2622605(p＝0.057)，CYP3A4基因上的SNP rs3735451(p＝0.075)在男性人群中在等位基因水平上与大肠癌显著相关；ABCG2基因上的SNP rs2231136(p＝0.020)，51523T＞G(p＝0.024)，67044_67045delT(p＝0.094)，CYP1A1基因上的SNPrs4646422(p＝0.019)，CYP2C9基因上的SNP rs1057910(p＝0.011)和rs1057911(p＝0.007)，MGST1基因的rs2239677(p＝0.030)在总人群(不分男女)中在等位基因水平上与大肠癌显著相关。

卡方检验同样显示在女性人群中CYP1A1基因的SNP rs4646422(p＝0.020)和rs1048943(p＝0.019)，MGST1基因的rs2239677(p＝0.016)和rs11875(p＝0.068)在基因型水平上与大肠癌显著相关；在男性人群中CYP3A4基因上的SNP rs3735451(p＝0.088)在基因型水平上与大肠癌相关；在总人群(不分男女)中ABCG2基因上的SNP rs2231136(p＝0.036)，51523T＞G(p＝0.011)，rs2231165(p＝0.018)，CYP2C9基因上的SNP rs1057910(p＝0.019)和rs1057911(p＝0.012)，CYP2E1基因上的rs2070674(p＝0.022)和MGST1基因的rs2239677(p＝0.066)在基因型水平上与大肠癌显著相关。

相应地，本发明也给出了检测以下SNP的方法来对大肠癌的易感性作出诊断，这些SNP为：ABCG2基因的rs4148162，rs2231136，rs2622605，51523T＞G，rs2231165和6704467045delT；CYP1A1基因的rs4646422和rs1048943；CYP2C9基因的rs1057910和rs1057911；CYP2E1基因的rs2070674；CYP3A4基因的rs3735451；MGST1基因的rs2239676，rs2239677和rs11875。同时也给出了对大肠癌病人进行基因型检测的方法，以至将ABCG2，CYP1A1，CYP2C9，CYP2E1，MGST1和CYP3A4等基因作为有用的潜在目标来制造防治大肠癌的药物。

图1展示了人类ABCG2基因的基因组核酸序列上外显子的排布情况。图2为人类CYP1A1基因的基因组核酸序列上外显子的排布情况。图3为人类CYP2C9基因的基因组核酸序列上外显子的排布情况。图4为人类CYP2E1基因的基因组核酸序列上外显子的排布情况。图5为人类CYP3A4基因的基因组核酸序列上外显子的排布情况。图6为人类MGST1基因的基因组核酸序列上外显子的排布情况。在本发明中，那些可用于判断个体大肠癌易感性的SNP的位置也同时在以上附图中标明了。

为了检测SNP rs4148162，rs2231136和rs2622605，要使用SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3所示的引物来扩增一段与SEQ ID NO：1相同的基因组DNA片段。然后用SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：3或SEQ ID NO：4所示引物对扩增片段进行测序。为了检测SNP 51523T＞G，要使用SEQ ID NO：6和SEQ IDNO：7所示的引物来扩增一段与SEQ ID NO：5相同的基因组DNA片段。然后用SEQ ID NO：6或SEQ ID NO：7所示引物对扩增片段进行测序。为了检测SNP rs2231165，要使用SEQ ID NO：9和SEQ ID NO：10所示的引物来扩增一段与SEQ ID NO：8相同的DNA片段。然后用SEQ ID NO：10所示引物对扩增片段进行测序。为了检测SNP 6704467045delT，要使用SEQ IDNO：12和SEQ ID NO：13所示的引物来扩增一段与SEQ ID NO：11相同的基因组DNA片段。然后用SEQ ID NO：13所示引物对扩增片段进行测序。

为了检测SNP rs4646422，要使用SEQ ID NO：15和SEQ ID NO：16所示的引物来扩增一段与SEQ ID NO：14相同的基因组DNA片段。然后用SEQIDNO：15所示引物对扩增片段进行测序。为了检测SNP rs1048943，要使用SEQID NO：18和SEQ ID NO：19所示的引物来扩增一段与SEQ ID NO：17相同的基因组DNA片段。然后用SEQ ID NO：18所示引物对扩增片段进行测序。

为了检测SNP rs1057910，要使用SEQ ID NO：21和SEQ ID NO：22所示的引物来扩增一段与SEQ ID NO：20相同的基因组DNA片段。然后用SEQID NO：21或SEQ ID NO：22所示引物对扩增片段进行测序。为了检测SNPrs1057911，要使用SEQ ID NO：24和SEQ ID NO：25所示的引物来扩增一段与SEQ ID NO：23相同的基因组DNA片段。然后用SEQ ID NO：24或SEQID NO：25所示引物对扩增片段进行测序。

为了检测SNP rs2070674，要使用SEQ ID NO：27和SEQ ID NO：28所示的引物来扩增一段与SEQ ID NO：26相同的基因组DNA片段。然后用SEQID NO：27所示引物对扩增片段进行测序。

为了检测SNP rs3735451，要使用SEQ ID NO：30和SEQ ID NO：31所示的引物来扩增一段与SEQ ID NO：29相同的基因组DNA片段。然后用SEQID NO：30所示引物对扩增片段进行测序。

为了检测SNP rs2239676和rs2239677，要使用SEQ ID NO：33和SEQ IDNO：34所示的引物来扩增一段与SEQ ID NO：32相同的基因组DNA片段。然后用SEQ ID NO：33或SEQ ID NO：34所示引物对扩增片段进行测序。为了检测SNP rs11875，要使用SEQ ID NO：36和SEQ ID NO：37所示的引物来扩增一段与SEQ ID NO：35相同的基因组DNA片段。然后用SEQ IDNO：36或SEQ ID NO：37所示引物对扩增片段进行测序。

上述图表和基因型检测方法对与大肠癌相关的SNP位点都作了描述。

另一方面，此发明也给出了一种测定和诊断大肠癌病人的基因型的方法。

这种方法通过分析ABCG2，CYP1A1，CYP2C9，CYP2E1，MGST1和CYP3A4等基因的部分序列来确定ABCG2基因的rs4148162，rs2231136，rs2622605，51523T＞G，rs2231165和6704467045delT；CYP1A1基因的rs4646422和rs1048943；CYP2C9基因的rs1057910和rs1057911；CYP2E1基因的rs2070674；CYP3A4基因的rs3735451；MGST1基因的rs2239676，rs2239677和rs11875；或这些SNP位点中的一个或几个位点的等位基因和(或)基因型。应用该方法首先要取得足够的人类DNA来进行序列和(或)基因型的分析才能够确定以上SNP位点中的某一个或几个的序列。此方法包括一些目前普遍使用的技术，如PCR，就象后面的实施例中所描述的，用与实施例相同的引物在相同的条件下检测与大肠癌相关的单核苷酸多态性。也可以对这15个SNP位点使用不同于本发明中所述的引物进行检测，这些引物可以由具有相关经验的人勿须经过太多实验而设计。其它对单核苷酸多态性位点的基因型检测分析有帮助的方法都可以用于检测上述15个SNP位点和与这15个SNP位点处于连锁不平衡的其它位点。

本发明的实施例还提供了筛选和(或)诊断大肠癌的方法。概括地说，此发明显示，在男性人群中，ABCG2基因rs4148162位点的缺失型等位基因有保护机体减少患大肠癌风险的作用，优势比(OR)为0.507，(95％置信区间：0.277-0.930)，p＝0.027。但在女性人群中，却未发现这样的保护效应。同样的情况也见于SNP rs2622605。在男性人群中，等位基因“a”携带者得大肠癌的危险性较低，优势比(OR)为0.56，(95％置信区间：0.307-1.121)，p＝0.057。对SNP rs2231136而言，所有的次等位基因“t”和次基因型“c/t”都只在健康人中才能找到，因此，等位基因“t”的携带者患大肠癌的风险较低(等位基因分析p＝0.0198，基因型分析p＝0.0359)。对于新发现的SNP51523T＞G，等位基因“g”的出现频率在正常人和大肠癌病人中分别为：0.48％和4.3％，因此，等位基因“g”的携带者患大肠癌的风险较高。用Fisher精确检验可以得出此位点的优势比(OR)为9.348，95％置信区间：1.14-76.77，p＝0.024。另一个新的SNP 67044_67045delT显示缺失型等位基因携带者有较低的患大肠癌风险(OR＝1.875，p＝0.094)。对于SNP rs2231165来说，基因型数据(但不是等位基因型数据)显示，基因型c/c的个体较其它两种至少带有一个“t”的基因型个体有更高的患癌几率(OR＝0.475，p＝0.018)。性别分析显示这种关联性在男性人群(OR＝0.370，p＝0.031)中比女性人群(OR＝0.557，p＝0.226)更为显著。

对于CYP1A1基因的rs4646422来说，“a”等位基因的携带者有相对较低的患大肠癌的风险(OR＝0.462，95％置信区间：0.239-0.892，p＝0.019)。对于SNP rs1048943，基因型数据分析显示女性的杂合基因型(“a/g”)携带者比纯合型携带者有较低的患大肠癌的风险(OR＝0.304，95％置信区间：0.109-0.846，p＝0.019)，但是，在男性人群中这种关联性并不明显。对于CYP2C9基因的SNP rs1057910而言，不论是基因型数据还是等位基因数据都显示“c”等位基因携带者有较高的患大肠癌的风险(OR＝4.929，95％置信区间：1.352-17.977，p＝0.011)。对于CYP2C9基因的SNP rs1057911，基因型数据和等位基因数据都显示“t”等位基因携带者患大肠癌的风险要高很多(OR＝4.978，95％置信区间：1.365-18.153，p＝0.007)。对于CYP2E1基因的SNP rs2070674而言，“c/t”杂合基因型携带者比“c/c”纯合基因型携带者有较低的患大肠癌的风险(OR＝0.462，p＝0.022)。对于CYP3A4基因的SNP rs3735451，与大肠癌的相关性只在男性人群而非女性人群中出现，该位点有“a”等位基因的男性比全为“g”等位基因的男性患大肠癌的风险低(OR＝1.789，p＝0.075)。

表1为异源物质代谢酶基因的SNP与大肠癌相关性(P＜＝0.1)的性别分类统计分析。F：女性，M：男性，T：总人数。

基因	单核苷酸多态性位点	等位基因的分析									基因型的分析
		等位基因的分析									基因型的分析									等位基因	F		M		T		优势比(95％置信区间)	p-值	基因型	F		M		T		优势比(95％置信区间)	p-值
		健康人	癌症	健康人	癌症	健康人	癌症	健康人	癌症	健康人	癌症	健康人	癌症								F		M		T					F		M		T
		健康人	癌症	健康人	癌症	健康人	癌症	健康人	癌症	健康人	癌症	健康人	癌症	ABCG2	rs4148162(tcac＞del)rs2231136(c＞t)rs2622605(g＞a)51523T＞G(t＞g)rs2231165(c＞t)67044_67045delT(del＞t)	IDctgatgD1	68501135704811711126	39296804226653626	49418824941900837		662894064309048212	11791201711989207119513	10557162010656155714418	M：0.507(0.277-0.930)T：N/AM：0.560(0.307-1.021)T：9.348(1.138-76.773)T：1.875(0.890-3.950)	0.0270.0200.0570.0240.094	c/cc/t+t/tt/tt/g+g/gc/cc/t+t/t				5545813821	340313268	4324502619	4704343710	98610316440	8107476318			T：N/AT：9.743(1.174-80.889)T：0.457(0.237-0.881)	0.0360.0110.018
														ABCG2		IDctgatgD1	68501135704811711126	39296804226653626	49418824941900837		662894064309048212	11791201711989207119513	10557162010656155714418		0.0270.0200.0570.0240.094	c/cc/t+t/tt/tt/g+g/gc/cc/t+t/t				5545813821	340313268	4324502619	4704343710	98610316440	8107476318			T：N/AT：9.743(1.174-80.889)T：0.457(0.237-0.881)	0.0360.0110.018
														CYP1A1	rs4646422(g＞a)rs1048943(a＞g)	ga	9323	635	7812		859	17135	14814	F：0.321(0.116-0.889)T：0.462(0.239-0.892)	0.0230.019					g/a+a/ag/ga/a+g/ga/g	20383424	529286	11342619	9382918	31726043			14675724	F：3.053(1.024-9.104)F：0.304(0.109-0.846)	0.0400.019
														CYP1A1	rs4646422(g＞a)rs1048943(a＞g)	ga	9323	635	7812		859	17135	14814	F：0.321(0.116-0.889)T：0.462(0.239-0.892)	0.0230.019					g/a+a/ag/ga/a+g/ga/g	20383424	529286	11342619	9382918	31726043			14675724	F：3.053(1.024-9.104)F：0.304(0.109-0.846)	0.0400.019
														CYP2C9	rs1057910(a＞c)rs1057911(a＞t)	acat	11511171	644644	882882		877877	20332053	1511115111	T：4.929(1.352-17.977)T：4.978(1.365-18.153)	0.0110.007					a/c+c/ca/aa/t+t/ta/a	157158	430430	243243	641641	31003101		10711071	T：0.213(0.057-0.802)T：0.211(0.056-0.794)	0.0190.012
														CYP2C9	rs1057910(a＞c)rs1057911(a＞t)	acat	11511171	644644	882882		877877	20332053	1511115111	T：4.929(1.352-17.977)T：4.978(1.365-18.153)	0.0110.007					a/c+c/ca/aa/t+t/ta/a	157158	430430	243243	641641	31003101		10711071	T：0.213(0.057-0.802)T：0.211(0.056-0.794)	0.0190.012
														CYP2E1	rs2070674(c＞t)															c/cc/t	2727	2011	3012	377	5739		5718	T：0.462(0.237-0.900)	0.022
														CYP2E1	rs2070674(c＞t)															c/cc/t	2727	2011	3012	377	5739		5718	T：0.462(0.237-0.900)	0.022
														CYP3A4	rs3735451(a＞g)	ag	9424	5315	6822		5733	16246	11048	M：1.789(0.940-3.408)	0.075					a/a+a/gg/g	563	322	432	378	995		6910	M：4.649(0.929-23.271)	0.088
														CYP3A4	rs3735451(a＞g)	ag	9424	5315	6822		5733	16246	11048	M：1.789(0.940-3.408)	0.075					a/a+a/gg/g	563	322	432	378	995		6910	M：4.649(0.929-23.271)	0.088
														MGST1	rs2239676(c＞g)rs2239677(g＞a)rs11875(g＞a)	ga	9523	653	846		848	17929	14911	F：0.191(0.055-0.661)T：0.456(0.220-0.943)	0.0110.030					c/cg/c+g/gg/ga/g+a/ag/gg/a+a/a	164340193623	1519313277	13324053213	18293883314	297580246836		334669116021	T：0.562(0.304-1.042)F：0.204(0.055-0.751)F：0.406(0.152-1.085)	0.0660.0160.068

以上所述的SNP位点可以用于诊断性检测来鉴别那些接触异源物质时更容易得大肠癌的个体。某些遗传多态性不仅影响大肠癌的发生也影响大肠癌的发展，为此本发明提供了大肠癌的诊断病理学与易感基因遗传多态性之间的联系。这些诊断检测可以使用一些已知的技术，包括：基因芯片的方法(比如：Affymetrix公司的GenFlex^TMTag，Pamgene，Inc.公司的PamChip等)，把DNA固定在基质上(比如：Marligen Bioscience公司的SIGNET^TMY-SNP Identification System)，ABI公司的SNPaPshotTM Multiplex系统(Applied Biosystems Inc.)，分子信标技术(SanyaTyagi，Public Health Research Institute，New York，USA)和Pyrosequencing^TM技术(Pyrosequencing AB)。诊断检测也可以使用以下方法来完成：用等位基因特异性引物，等位基因特异性探针直接对目标区域进行测序，单链构象多态性(SSCP)和变性梯度胶电泳(DGGE)。综上所述，本发明给出了一个诊断大肠癌患者或有患大肠癌趋势的人的方法，它是通过对ABCG2基因的rs4148162，rs2231136，rs2622605，51523T＞G，rs2231165和67044_67045delT；CYP1A1基因的rs4646422和rs1048943；CYP2C9基因的rs1057910和rs1057911；CYP2E1基因的rs2070674；CYP3A4基因的rs3735451；MGST1基因的rs2239676，rs2239677和rs11875这些SNP位点进行检测来实现的。

作为本发明的另一部分，人工合成的或重组的DNA分子都可以用于诊断。这些DNA分子序列包含以下15个SNP位点的任意组合：ABCG2基因的rs4148162，rs2231136，rs2622605，51523T＞G，rs2231165和67044_67045delT；CYP1A1基因的rs4646422和rs1048943；CYP2C9基因的rs1057910和rs1057911；CYP2E1基因的rs2070674；CYP3A4基因的rs3735451；MGST1基因的rs2239676，rs2239677和rs11875。序列可以是它们的任意一种等位基因形式和其侧翼序列，也可以是和这些SNP位点连锁不平衡的基因座。这些DNA分子序列可以是这6个异源物质代谢酶基因的一条或两条DNA链。

此外，本发明还提供了一种对治疗大肠癌所用药物进行评价的方法，该方法是基于上述SNP位点与大肠癌的相关性。因为有些位点处于基因的启动子区或外显子和内含子的交界区，它们可以影响这些基因mRNA的调控，合成和剪接。为了检测这种影响，可以将这些SNP的不同等位基因形式依不同组合方式组成一条新序列，再将序列克隆到合适的表达载体上，并在一些细胞系中表达。这些细胞系包括：人类HCT116大肠腺癌细胞系，人类大肠癌C18细胞系，HepG2肝细胞系，和GM637成纤维细胞系(ATCC，The Global Bioresource Center^TM)，转染的方法可用目前普遍使用的转染试剂盒如：CellPhect转染试剂盒(Amersham Pharmacia Biotech，Inc.，USA)和ProFection哺乳动物转染系统(Promega Coporation)。转染效率可用一些已知的试剂如：磷酸钙(Life Technologies Inc.)等来提高。

如果以上一个或几个SNP位点与大肠癌相关的等位基因形式会改变基因表达和(或)同族基因的结构特征，则以上提到过的细胞系也可用来筛选一些能够使基因表达恢复正常的化合物。这样的化合物在治疗和预防大肠癌方面可作为非常有潜力的候选药物。

本发明进一步提供了检测与大肠癌有关的SNP位点的检测试剂盒；也提供了明确无误的DNA测试方法以应用于预防医学上大肠癌遗传易感性的检测。

用DNA测序或其它基因型检测方法检测感兴趣的SNP位点，首先需要用PCR扩增含有以下一个或者多个SNP位点的DNA片段。这些SNP位点包括：ABCG2基因的rs4148162，rs2231136，rs2622605，51523T＞G，rs2231165和67044_67045delT；CYP1A1基因的rs4646422和rs1048943；CYP2C9基因的rs1057910和rs1057911；CYP2E1基因的rs2070674；CYP3A4基因的rs3735451；MGST1基因的rs2239676，rs2239677和rs11875。所获得的PCR产物可用于之后的DNA测序或别的基因型检测方法来检测多态性位点的不同等位基因形式，如：连接依赖性的多探针扩增(multiplex ligationdependent probe amplification)，单碱基延伸(single base-base extension)，或基因芯片上的序列特异性探针杂交(microarray-based sequence-specificoligonucleotide probe hybridization)，单链构象多态性(single strandconformation polymorphism)，寡核苷酸芯片上的固相PCR(solid phase PCRon oligonucleotide microarrays)，直接在寡核苷酸芯片上的复合PCR(directmultiplex PCR on oligonucleotide microarrays)等。检测结果可以用软件包，比如POLYPHARD^TM和CONCED^TM等合适的软件进行分析。一个能够用于以上检测的试剂盒可能包括下列组分中的一个或几个：PCR引物，等位基因特异性探针，DNA聚合酶，PCR反应缓冲液，氯化镁，PCR反应或引物延伸所需的4种脱氧核糖核酸。如果需要测序的话，该试剂盒还可能需要含有：测序引物，DNA聚合酶，4种标记的双脱氧核糖核酸和4种未标记的脱氧核糖核酸。

当基因型检测方法中不需要对DNA进行扩增时，被检测的DNA可直接用于检测上述15个SNP或检测与任何一个SNP相关的单倍型。

此方法给出了一个筛选药物的办法，其步骤包括：

(a)将一载体转入一个真核细胞表达系统，该载体必须含有人类ABCG2，CYP1A1，CYP2C9，CYP2E1，CYP3A4或者MGST1基因的一部分或全部，可以是单独的某一基因也可以是几个基因在一起。

(b).在细胞表达系统中表达该载体；

(c).在这个细胞系统中加入被筛选的药物；

(d).分析基因的表达情况，此基因可以是ABCG2，CYP1A1，CYP2C9，CYP2E1，CYP3A4或者MGST1基因的SNP位点上的所有等位基因的可能组合方式。同时也分析该细胞系统中相同家族的异源物质代谢酶基因的表达与活性。

(e).确定那些被筛选的化合物在该细胞体系中对同族的异源物质代谢酶基因表达和活性的影响。

依照以上方法，得到的化合物或制备的细胞表达体系可作为治疗和预防大肠癌的潜在的候选药物。

新发现的人类ABCG2基因上的单核苷酸多态性位点51523T＞G和67044_67045delT不仅它们本身可以单独或同时用于诊断，开发药物或疾病预防，而且，与这两者中的任意一者处于连锁不平衡或同一单倍型的其它遗传标志也可有同样的用途。

更进一步，不仅如实施例1中所述的PCR与DNA测序方法可以用于检测被测DNA样本的如下单核苷酸多态性位点：ABCG2基因的51523T＞G，67044_67045delT，rs4148162，rs2231136，rs2622605和rs2231165；CYP1A1基因的rs4646422和rs1048943；CYP2C9基因的rs1057910和rs1057911；CYP2E1基因的rs2070674；CYP3A4基因的rs3735451；MGST1基因的rs2239676，rs2239677和rs11875，还有其它一些类似的测序方法也可以用作这一用途。比如说：多重连接依赖的探针扩增(multiplex ligation dependent probe amplification，MLPA)，pyrosequencing测序(Pyrosequencing AB)，单链构象多态性(single strandconformation polymorphism，SSCP)，或者变性梯度胶电泳(denaturing gradient gelelectrophoresis，DGGE)。另有一些方法可达到此目的，这些方法包括：使用DNA芯片的方法(比如Affymetrix公司的GenFlex^TMTag，Pamgene，Inc.公司的PamChip等)；把DNA固定在基质上的方法(比如Marligen Bioscience，Inc.公司的SIGNET^TMY-SNP Identification System)；ABI公司的PrismSNPaPshotTM Multiplex System(Applied Biosystems Inc.)；或者是分子信标技术(Sanya Tyagi，Public Health ResearchInstitute，美国纽约)。

以下将举例说明本发明。但正如一些熟知此技术领域的人所显而易见的那样，这并不意味着将本发明局限于以下示例。

实施例1：检测本发明中新发现的单核苷酸多态性位点51523T＞G

本发明新发现了位于ABCG2基因内含子9上的单核苷酸多态性位点51523T＞G，检测此位点的方法介绍如下：

可用软件Primer3( http://frodo wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3)设计一些特异性引物用于查找相关区域的多态性位点。用BLAST^TM程序(National Center for Biotechnology Information-http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST)检测所设计的引物相对于人类基因组序列的特异性。不论是正向还是反向引物，只有当它们在BLAST程序的特定条件下所找到的相似性序列少于5条时才会被认为是特异性的并被采纳。

用AmpliTaqGold聚合酶试剂盒(Applied Biosystems，CA，美国)和MastercyclerGradient热循环仪(Eppendorf，Hamburg，德国)进行聚合酶链式反应(PCR)。聚合酶链式反应总体积为20微升，包括1.5mM镁离子，200μM四种碱基，每条引物各0.3μM，模板基因组DNA 10ng，和0.5U的聚合酶。首先用呈梯度温度变化的聚合酶链式反应来为每一对引物寻找最合适的退火温度。表2列出了一对引物序列的例子及其退火温度。聚合酶链式反应程序为：95度10分钟(1个循环)，接着进行45个循环的94度30秒，60度30秒和72度30秒。最后为72度延伸2分钟。产物用1.5％的琼脂糖凝胶电泳并用溴化乙锭染色进行分析确认为所需长度，然后将扩增产物用MultiScreen^TMPCR₉₆纯化试剂盒(Millipore Corporation，Bedford，美国)纯化除去剩余的反应物。

表2：检测单核苷酸多态性位点51523T＞G基因型的引物与其最佳退火温度。

引物名称	序列(5’端到3’端)	退火温度
引物名称	序列(5’端到3’端)	退火温度	SEQ ID NO：6	CTACCACTCTCCCCAAAGCA	60℃

我们采用对PCR产物的双链分别测序的方法来查找感兴趣区域的单核苷酸多态性位点。采用的试剂盒为BigDye Terminator v3.0 CycleSequencing Kit(Applied Biosystems，CA，USA)。采用的测序仪器为ABIPRISM 3100 Genetic Analyzer(Applied Biosystems，CA，USA).每一个样本至少测序两次。

将测序结果输入到BioEdit软件中作序列比对与分析，以此确定单核苷酸多态性位点。

实施例2：检测此发明中新发现的单核苷酸多态性位点67044_67045delT

此发明中新发现了位于ABCG2基因外显子16上的单核苷酸多态性位点67044_67045delT，检测此位点的方法介绍如下：

用软件Primer3( http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3)设计一些特异性引物用于查找相关区域的多态性位点。用BLAST^TM程序(National Centerfor Biotechnology Information-http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST)检测所设计的引物相对于人类基因组序列的特异性。不论是正向还是反向引物，只有当它们在BLAST程序的特定条件下所找到的相似性序列少于5条时才被认为具特异性而被采纳。

用AmpliTaq Gold聚合酶试剂盒(Applied Biosystems，CA，美国)和Mastercycler Gradient热循环仪(Eppendorf，Hamburg，德国)进行聚合酶链式反应(PCR)。聚合酶链式反应总体积为20微升，包括1.5mM镁离子，200μM四种碱基，每条引物各0.3μM，模板基因组DNA 10ng，和0.5U的聚合酶。首先用呈梯度温度变化的聚合酶链式反应来为每一对引物寻找最合适的退火温度。表2列出了一对引物序列的例子及其最佳退火温度。聚合酶链式反应程序为：95度10分钟(1个循环)，接着进行45个循环的94度30秒，60度30秒和72度30秒。最后为72度延伸2分钟。产物用1.5％的琼脂糖电泳并用溴化已锭染色进行分析确认为所需长度，然后将扩增产物用MultiScreen^TMPCR₉₆纯化试剂盒(Millipore Corporation，Bedford，美国)纯化除去剩余的反应物。

表3：检测单核苷酸多态性位点67044_67045delT基因型的引物与其最佳退火温度。

引物名称	序列(5’端到3’端)	退火温度
引物名称	序列(5’端到3’端)	退火温度	SEQ ID NO：12	GGTCCATGTTGTTTGTTAGTGTCT	60℃
SEQ ID NO：13	ATGATTCTGACGCACACCTG		SEQ ID NO：12	GGTCCATGTTGTTTGTTAGTGTCT

将测序结果输入到BioEdit软件中作序列比对与分析，以此确认单核苷酸多态性位点。

实施例3：检测人类ABCG2基因上与大肠癌相关的单核苷酸多态性位点

此实施例描述了一个用于检测并确定上文所述的一个或几个单核苷酸多态性位点的方法。人类的ABCG2基因的部分目标区域将用作模板来合成PCR产物。表4列出了几对特异性引物，每对可分别用于扩增特定目标区域。

表4：用于ABCG2基因的PCR和DNA测序的引物

单核苷酸多态性位点名称	正向引物	反向引物	测序引物	最佳退火温度
单核苷酸多态性位点名称	正向引物	反向引物	测序引物	最佳退火温度	rs4148162	ACTTTCCTGCATTGGGTGA(SEQ ID NO：2	TTCTGTGCTCAGTGGGTTTTT(SEQ ID NO：3)	55℃
rs2231136	ACTTTCCTGCATTGGGTGA(SEQ ID NO：2)	TTCTGTGCTCAGTGGGTTTTT(SEQ ID NO：3)	CCAACCTTTCCAGACACTCTC(SEQ ID NO：4)	55℃	rs4148162	ACTTTCCTGCATTGGGTGA(SEQ ID NO：2	TTCTGTGCTCAGTGGGTTTTT(SEQ ID NO：3)	55℃
rs2231136	ACTTTCCTGCATTGGGTGA(SEQ ID NO：2)	TTCTGTGCTCAGTGGGTTTTT(SEQ ID NO：3)	CCAACCTTTCCAGACACTCTC(SEQ ID NO：4)	55℃	rs2622605	ACTTTCCTGCATTGGGTGA(SEQ ID NO：2)	TTCTGTGCTCAGTGGGTTTTT(SEQ ID NO：3)	55℃
51523T＞G	CTACCACTCTCCCCAAAGCA(SEQ ID NO：6)	CGTGGTGGTGGATGTCTGTA(SEQ ID NO：7)		60℃	rs2622605	ACTTTCCTGCATTGGGTGA(SEQ ID NO：2)	TTCTGTGCTCAGTGGGTTTTT(SEQ ID NO：3)	55℃
51523T＞G	CTACCACTCTCCCCAAAGCA(SEQ ID NO：6)	CGTGGTGGTGGATGTCTGTA(SEQ ID NO：7)		60℃	Rs2231165	GTCTTGACAATTGAGGATCTTACG(SEQ ID NO：9)	CAGCAGAATACTGAGGGGTTG(SEQ IDNO：10)	60℃
67044_67045delT	GGTCCATGTTGTTTGTTAGTGTCT(SEQ ID NO：12)	ATGATTCTGACGCACACCTG(SEQ ID NO：13)		60℃	Rs2231165	GTCTTGACAATTGAGGATCTTACG(SEQ ID NO：9)	CAGCAGAATACTGAGGGGTTG(SEQ IDNO：10)	60℃

含有单核苷酸多态性位点片段的PCR扩增与扩增产物的测序

以下试剂用于PCR扩增感兴趣的片段：1.5mM镁离子，200μM四种碱基，每条引物各0.3μM，模板基因组DNA 10ng，和0.5U的聚合酶，聚合酶链式反应总体积为20微升。

聚合酶链式反应使用Mastercycler Gradient热循环仪(Eppendorf，Hamburg，德国)按以下步骤进行：95度10分钟(1个循环)，接着进行45个循环的94度30秒，55到60度30秒和72度30秒。最后为72度延伸2分钟。

PCR扩增产物用MultiScreen^TMPCR₉₆纯化试剂盒(MilliporeCorporation，Bedford，美国)纯化后直接用BigDye Terminator v3.0Cycle Sequencing Kit(Applied Biosystems，CA，USA)试剂盒测序。测序反应条件为96度1分钟(1个循环)，接着进行25个循环的96度10秒，50度5秒和60度4分钟。

测序产物用含有DNA纯级别Sephadex^TMG-50的AutoSeq96^TMPlates平板(Amersham Pharmacia Biotech，Inc，USA)纯化。纯化产物经加入5μl Hi-Di Formamide(Applied Biosystems，CA，USA)95摄氏度变性。变性的测序产物用ABI公司提供的方法在ABIPRISM 3100 Genetic Analyzer(Applied Biosystems，CA，USA)测序仪上分析。将测序结果输入到BioEdit软件中作序列比对与分析。

表5列出了用此方法的测序统计结果。表格分别列出了在基因型与等位基因型的水平上正常人与大肠癌病人在多个单核苷酸多态性位点上的序列情况。

表5：在ABCG2基因中与大肠癌相关的单核苷酸多态性的表格

单核苷酸多态性位点	等位基因	女		男		男女总和		基因型	女		男		男女总和
		女		男		男女总和			女		男		男女总和		健康人	癌症病人	健康人	癌症病人	健康人	癌症病人	健康人	癌症病人	健康人	癌症病人	健康人	癌症病人
		rs4148162tcac＞delrs2231136c＞trs2622605g＞a51523T＞Gt＞grs2231165c＞t67044_67045delTdel＞t	IDctgatgctDI	685011357048117195231126	392968042266535612626	494188249419007020837	6628940643090482128212		1179120171198920711654319513	1055716201065615571382414418	I/II/DD/DI/D+D/Dc/cc/tt/tc/t+t/tg/gg/aa/ag/a+a/at/tt/gg/gt/g+g/gc/cc/tt/tc/t+t/tD/DD/II/ID/I+I/I	1930104055314193284058101381922153606	1117623340001218422313032644828606	15191130432021519113045000261811939516	健康人	癌症病人	健康人	癌症病人	健康人	癌症病人	健康人	癌症病人	健康人	癌症病人	健康人	癌症病人	232042447000212242643404378210378210	34492170985163451197010310164373409211112	343710478100033408487470763126186514216

虽然以上只介绍了一种检测与大肠癌有关联的多态性位点的方法，任何熟知此方面工作的人都知道可以使用其它方法达到此目的。比方说，设计等位基因特异性探针，等位基因特异性引物延伸反应，或者使用单碱基延伸反应来检测。

实施例4：检测ABCG2单核苷酸多态性位点51523T＞G，67044_67045delT，rs4148162，rs2231136，rs2622605和rs2231165的基因型对于新发现的单核苷酸多态性位点51523T＞G和67044_67045delT，及以知位点rs4148162，rs2231136，rs2622605和rs2231165，我们根据表5中健康人和大肠癌确诊病人的测序结果做了分析以探求这些单核苷酸多态性是否会导致患大肠癌的高风险。这些单核苷酸多态性位点的确认是依照实施例3的方法来进行。

表6显示了新发现的单核苷酸多态性位点51523T＞G和67044_67045delT，及已知位点rs4148162，rs2231136，rs2622605和rs2231165的基因型和等位基因频率分布。该分布的研究来源于由104个健康人(45个男性和59个女性)和85个大肠癌患者(47个男性和34个女性)所组成的人群。表中也列出了卡方测试的p值，优势比和95％置信区间范围。所有的健康人和大肠癌患者均为汉族人。基因型和等位基因的显著性是通过双侧Fisher精确检验完成的。

表6：ABCG2基因的单核苷酸多态性与大肠癌的联系，显著性联系(p＜0.1)以黑体表示。

单核苷酸多态性位点	等位基因	优势比(95％置信区间)	p-值		基因型	优势比(95％置信区间)	p-值
单核苷酸多态性位点	等位基因	优势比(95％置信区间)	p-值		基因型	优势比(95％置信区间)	p-值	rs4148162tcac＞delrs2231136c＞trs2622605g＞a51523T＞Gt＞grs2231165c＞t67044_67045delTdel＞t	IDctgatgctDI	女：1.011(0.553-1.849)男：0.507(0.277-0.930)总：0.698(0.457-1.066)女：N/A男：N/A总：N/A女：0.903(0.490-1.664)男：0.560(0.307-1.021)总：0.706(0.462-1.080)女：5.400(0.55-52.976)男：N/A总：9.348(1.138-76.773)女：0.885(0.409-1.916)男：0.512(0.234-1.121)总：0.667(0.386-1.155)女：1.806(0.559-5.840)男：1.735(0.651-4.627)总：1.875(0.890-3.950)	0.9710.0270.0950.16010.23790.01980.7430.0570.1080.1390.0550.0240.7570.0910.1470.3600.2660.094	I/II/DD/DI/D+D/Dc/cc/tt/tc/t+t/tg/gg/aa/ag/a+a/at/tt/gg/gt/g+g/gc/cc/tt/tc/t+t/tD/DD/II/ID/I+I/I	女：0.993(0.403-2.449)男：0.522(0.224-1.213)总：0.671(0.368-1.226)女：N/A男：N/A总：N/A女：0.871(0.357-2.122)男：0.619(0.266-1.442)总：0.706(0.386-1.292)女：5.613(0.560-56.256)男：N/A总：9.743(1.174-80.889)女：0.557(0.214-1.447)男：0.370(0.148-0.924)总：0.457(0.237-0.881)女：1.893(0.558-6.416)男：1.757(0.580-5.318)总：1.887(0.837-4.255)	0.9880.1290.1940.29270.23650.03590.7610.2650.2580.1370.0530.0110.2260.0310.0180.3450.3150.122

实施例3描述了一个检测健康人和大肠癌患者新发现单核苷酸多态性位点51523T＞G和67044_67045delT及已知位点rs4148162，rs2231136，rs2622605和rs2231165序列的方法。实施例4显示：对于单核苷酸多态性位点rs 4148162，缺失型等位基因会减低男性个体患大肠癌的几率，但对女性个体则不能；对于单核苷酸多态性位点rs2622605，“a”等位基因会减低男性个体患大肠癌的几率；对于单核苷酸多态性位点rs2231136，“t”等位基因携带者有较低的几率患大肠癌；对于新的单核苷酸多态性位点51523T＞G，“g”等位基因携带者有较高的几率患大肠癌；对于新的单核苷酸多态性位点67044_67045delT，缺失型等位基因携带者则有较低的风险患大肠癌。因而，这6个单核苷酸多态性位点为筛选大肠癌高易感性个体与为大肠癌患者的基因型检测等药学基因组学的应用提供了基础。

核酸序列的清单

SEQ ID NO：1

长度：1668bp

说明：该DNA序列为人类ABCG2基因的一部分，含有此基因的外显子1。SNP rs4148162的变化出现在第168碱基与第169碱基之间，SNP rs2231136的变化出现在第1105碱基的位置上，SNP rs2622605的变化出现在第1499碱基的位置上。序列为：

0001 ACTTTCCTGCATTGGGTGAACCATTAATAGTTATTCCTAGTGTTGATTTA

0051 AACAACTTAAATGATACTATGATTTTTGTTTGTAAATGCAAACCAGAAAA

0101 TATCTGCATGCAGGTACTAATTTCCTAGGGTAGATGCAGCAGGTAGATGT

0151 TGGGATGGCTACACTCA CAAAGCCTGATGGCCCGTTTCCTGAACATGCGC

0201 AATCACTTTCTAGCCTTTCCACACCATCGGAATATTGCACAGAAGTATGT

0251 CAGTCACAGGAGTGTAAAGAATAACATTTAAACTATGGTAATATTTTCAT

0301 TCAGTAAGTTTCTCCCCTTTCCTTCCTTGGGTTAGATTCAGTGCCTGATT

0351 TTTTTAGGCCCTGGGGCGCAAGCATCCACTTTCTCAGAATCCCATTCACC

0401 AGAAACCACCCATTTAACTTGCTCTGGGTGCGAGCAGCGCTTGTGACTGG

0451 GCAACCTGTGCGTCAGCGTCCCCGGTGCTTCGGCGCTCCGGCCAGTGACG

0501 GCGACCAAACCCAGCTAGGTCAGACGAGGTACTGATCAGCCCAATGAGCG

0551 CCTGGTGATTCTCGTAGTTAATCACTCTGGTTCATTCCGTTCGATCCCGG

0601 AGGCGGGAGTGTTTGGCTTGTCCCTGCGTGTCACGGCAGGGTGACCCTAG

0651 CCCCGAGGGAGGGCGGTGGTACCAGTCCTGCTGGCGGCTCAGCGCGGCAG

0701 GACACGTGTGCGCTTTCAGCCGGGTCGCAGGGCGCTTATCGCGGCCCGGC

0751 AGTCGGGGCCACGCCTCACCCCCGCCCGCGAACCCCGACCTGGGGAAACC

0801 CGGGGCGCTGGGGAGGGGCCACTGCGTTCAGCTCTGGCGGTCCACAGCCC

0851 GAAGCGCGGCTTAGGAAGTTCGTGTCAGCGCTGCCTGAGCTCGTCCCCTG

0901 GATGTCCGGGTCTCCCCAGGCGGCCACCCGCCGGCTCCCATCGTGACCTC

0951 CAGCCGCAGCGCCTCCCACGCCGGCCGCCGCGCGAGGGGAGCGCTCGGGC

1001 GCGCCGGGTGTGGTTGGGGGAAGGGGTTGTGCCGCGCGCGGGCTGCGTGC

1051 TGTGCCCACTCAAAAGGTTCCGGGCGCGCAGGAGGGAAGAGGCAGTGCCC

1101 GCCA CTCCCACTGAGATTGAGAGACGCGGCAAGGAGGCAGCCTGTGGAGG

1151 AACTGGGTAGGATTTAGGAACGCACCGTGCACATGCTTGGTGGTCTTGTT

1201 AAGTGGAAACTGCTGCTTTAGAGTTTGTTTGGAAGGTCCGGGTGACTCAT

1251 CCCAACATTTACATCCTTAATTGTTAAAGCGCTGCCTCCGAGCGCACGCA

1301 TCCTGAGATCCTGAGCCTTTGGTTAAGACCGAGCTCTATTAAGCTGAGTG

1351 AGTAAATTGTAAAACCAGTTTCGCTGAGAGTGTGTGTCTGGAAAGGTTGG

1401 TGGGCGTTGTGTATATATTTGTTAGAAAATCGGTAACCGTTCAAACGAGA

1451 CGACTGAGTTTTTTAGCCTTTCGCAGTTTCATTTGAAAGTGGGTATGC GG

1501 TTTAAAACTGACAGTTCAAAGTGGTTTTTCAGAAAATGATGCCCTGGTGC

1551 AAACTGATTCTGGGTCCCATAGTGTGTTAAGTGTGGGTTGGTAAAAACTC

1601 TTGGCCTTTCTCCAAATGTATGAAATTAAAGTTGATATTGGAAGGATAAA

1651 AACCCACTGAGCACAGAA

SEQ ID NO：2

长度：19bp

说明：用来检测人类ABCG2基因等位基因的变化类型的人工合成DNA序列。

序列为：

ACTTTCCTGCATTGGGTGA

SEQ ID NO：3

长度：21bp

序列为：

TTCTGTGCTCAGTGGGTTTTT

SEQ ID NO：4

长度：21bp

序列为：

CCAACCTTTCCAGACACTCTC

SEQ ID NO：5

长度：593bp

说明：该DNA序列为人类ABCG2基因的一部分，含有此基因的外显子10。SNP51523T＞G的变化出现在第103碱基的位置上。

序列为：

001 CTACCACTCTCCCCAAAGCACAGATAACTTAATTTTTAACTTAGGAAGCA

051 GTCTAAATAATGTATGCTGTTTTATTTTCTCCCAGGGACGTTGGCCAAGC

101 CA TTGAGTGTTTATCTTAATGGAGAGATCTGATTATGTAACCATATATTA

151 TACTAATAAATGGTGTGTATAAGTTTTTATCTCTAATTGAAACTCTTCCC

201 CTTTTTTTGCATTTTTCTTTTTGAAAAGATCATTGTCACAGTCGTACTGG

251 GACTGGTTATAGGTGCCATTTACTTTGGGCTAAAAAATGATTCTACTGGA

301 ATCCAGAACAGGTAAGTAAATTTGGATCTTGATTTTCAGAAAATGCTGTT

351 ACTTTCTTCAAGCTTATTGAAATCCATTAAGAATTTGAATTTAAGACAAG

401 TATAGTGTAAATGTCATTCTTTTATTGAGGGTAGGATGAGTCAGTTTATT

451 TTTGAGACAGAGTCATGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGACGCGA

501 TCTCAGCTCACTGCAATCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCC

551 TCAGCTTCCCAAGTAGCCTCGACTACAGACATCCACCACCACG

SEQ ID NO：6

长度：20bp

序列为：

CTACCACTCTCCCCAAAGCA

SEQ ID NO：7

长度：20bp

序列为：CGTGGTGGTGGATGTCTGTA

SEQ ID NO：8

长度：1504bp

说明：该DNA序列为人类ABCG2基因的一部分，含有此基因的外显子14和外显子15。SNP rs2231165的变化出现在第1423碱基的位置上。

序列为：

0001 GTCTTGACAATTGAGGATCTTACGATTAAATGGAATATCTAATATGTATT

0051 AGATATTTTGTTCTTCCTTTAAAACCGTAAATGACTTCAGCTATATAGAG

0101 ATGTGCACATGCAGAGGAGAAGAGTTTAGTGAGTGTCTTGAGTAAGTGGA

0151 GAGAACTTCAAGAAAGAGTTGGTTTTAAAAGAAATACTTACAAAGTGGTA

0201 GGGACTTGAAGAGGGTATTCTCTAGAATTCTGCATGAAATTACTCAAGCA

0251 GGCCTGACTTTTAGTATTTGCTTTTTGTAGATTTTTTCAGGTCTGTTGGT

0301 CAATCTCACAACCATTGCATCTTGGCTGTCATGGCTTCAGTACTTCAGCA

0351 TTCCACGATATGGATTTACGGTATGTCTTCCTTGTCTGTCACTGTGACTG

0401 CATTCCCAAGCTAGGAACAATGGAAATCAAGTGTCCTCATCTCATTTCCC

0451 TGACCATGAGCTGTGAAAGTCTCCCATCCAGAAACTCCCTTTTAGGAGCA

0501 AGGAATGAGAATTTCCTGTTAGCCTTGGTTAACACAAGGCTGGGGAGTCA

0551 TTTGCTATTTTCCTCAGTCATCCTTTAAAGGGCTAGGGGAGATACCTCCT

0601 AGTAAAGGAGAAAGATTGGCTAATTGATGAAAAACACATTGTTGCATTTC

0651 AGTTCAATAAGGAAGTAAATGAGAGGATGGGACACTAGAATACATATGTT

0701 TATAATGAAAGGAAAATTAGAAGAGCAAAGACCATATAATAAGCATAGTC

0751 ATATTGGCTTTTGCAAGCTCATTAACTCCAAAGTAAACTATCTGTGTCTT

0801 AATATAGTATAACCAAGCTTCTAACATCCAAGAATTACAACTGGTTCTAA

0851 TGAAAACAAACAAGAACGAAAGATTGTCACTGTAAATTAACAATACTCAT

0901 TGAGCACCACTGTATCATTTTAATTAGAATGTTTATGGAGTTACAAAATT

0951 GGGGAGAGAAGGAGGAAGGAGCTATGGTGTAGTATAGCCAGAGGTCTCCC

1001 GCTTTGGCAAAATACTTTACTTCTTTTGTATTGGAAGCCAAAATCCCAAC

1051 CCTAGGTTTCTTGATTGCCAGGGAAAATAACATTAGTTGGTTTGGTGAGA

1101 CAAAGACTGTGAATATGTTTTTAGAAATAACAATAAAGATTAAACTCAGA

1151 GGGCATGATTGTGATAACTCTTTGGAAACTTCTTGAAATTTAAAACTGTT

1201 TACCTTGCCCTGCTCCCACTTGTGTTATAGGCTTTGCAGCATAATGAATT

1251 TTTGGGACAAAACTTCTGCCCAGGACTCAATGCAACAGGAAACAATCCTT

1301 GTAACTATGCAACGTAAGTTTTTGTTCAGTGTCAAAATGGGTTTTGTTAC

1351 TACCATGGTGTGATGTATAAAGGCTACTGGGCTTAGATCTGTATGAGTCC

1401 TTCCAGGGGCACTGAATTTTTC CGAGCCTACGTTTTCTCATCCATAAAGT

1451 GAGTTGTGCGCGAATGCATGTGAACATGTGGCACAACCCCTCAGTATTCT

1501 GCTG

SEQ ID NO：9

长度：24bp

序列为：

GTCTTGACAATTGAGGATCTTACG

SEQ ID NO：10

长度：21bp

序列为：

CAGCAGAATACTGAGGGGTTG

SEQ ID NO：11

长度：1082bp

说明：该DNA序列为人类ABCG2基因的一部分，含有此基因的外显子16。SNP67044_67045delT的变化出现在第698碱基与第699碱基之间。

序列为：

0001 GGTCCATGTTGTTTGTTAGTGTCTAGCAAAATTGTAAACACACAATGACT

0051 GTTAGCTATGATATCTGAAGGGGTAATTATTAAAGGCTTGGTTCAATTTT

0101 AGGCTCCTTTAAGGAACAGTGGATATACTGAGTAACATTTGACGGATGCT

0151 AGGAATGAAGTTATATTCTTTTTCTGTTTAATTTCAGATGTACTGGCGAA

0201 GAATATTTGGTAAAGCAGGGCATCGATCTCTCACCCTGGGGCTTGTGGAA

0251 GAATCACGTGGCCTTGGCTTGTATGATTGTTATTTTCCTCACAATTGCCT

0301 ACCTGAAATTGTTATTTCTTAAAAAATATTCTTAAATTTCCCCTTAATTC

0351 AGTATGATTTATCCTCACATAAAAAAGAAGCACTTTGATTGAAGTATTCA

0401 ATCAAGTTTTTTTGTTGTTTTCTGTTCCCTTGCCATCACACTGTTGCACA

0451 GCAGCAATTGTTTTAAAGAGATACATTTTTAGAAATCACAACAAACTGAA

0501 TTAAACATGAAAGAACCCAAGACATCATGTATCGCATATTAGTTAATCTC

0551 CTCAGACAGTAACCATGGGGAAGAAATCTGGTCTAATTTATTAATCTAAA

0601 AAAGGAGAATTGAATTCTGGAAACTCCTGACAAGTTATTACTGTCTCTGG

0651 CATTTGTTTCCTCATCTTTAAAATGAATAGGTAGGTTAGTAGCCCTT CAG

0701 TCTTAATACTTTATGATGCTATGGTTTGCCATTATTTAATAAATGACAAA

0751 TGTATTAATGCTATACTGGAAATGTAAAATTGAAAATATGTTGGAAAAAA

0801 GATTCTGTCTTATAGGGTAAAAAAAGCCACCGTGATAGAAAAAAAATCTT

0851 TTTGATAAGCACATTAAAGTTAATAGAACTTACTGATATTCCTGTCTAGT

0901 GGTATAATATCTCAGGAATCTTGGCTGAGGGTTTGGAACTGTGGGTAGAG

0951 TAGAGGGCCAGGAGTCCAGTAATAGAATTCTTGCACCATTTCTGGAACAT

1001 TCTAGCTCTGGGAGGTCACGTAACCTTCTTGGGGTAGTTCAGTGGTTTAG

1051 TGGTTTATAATCCAGGTGTGCGTCAGAATCAT

SEQ ID NO：12

长度：24bp

序列为：

GGTCCATGTTGTTTGTTAGTGTCT

SEQ ID NO：13

长度：20bp

序列为：

ATGATTCTGACGCACACCTG

SEQ ID NO：14

长度：1113bp

说明：该DNA序列为人类CYP1A1基因的一部分，含有此基因的外显子2。SNP rs4646422的变化出现在第221碱基的位置上。

序列为：

0001 CTTTTCTCATCCCCCAATCTGACGGCTTGACTTTTTTTCTTCCTGCACCT

0051 TCTCTCAGCAGCCACCTCCAAGATCCCTACACTGATCATGCTTTTCCCAA

0101 TCTCCATGTCGGCCACGGAGTTTCTTCTGGCCTCTGTCATCTTCTGTCTG

0151 GTATTCTGGGTAATCAGGGCCTCAAGACCTCAGGTCCCCAAAGGCCTGAA

0201 GAATCCACCAGGGCCATGGG GCTGGCCTCTGATTGGGCACATGCTGACCC

0251 TGGGAAAGAACCCGCACCTGGCACTGTCAAGGATGAGCCAGCAGTATGGG

0301 GACGTGCTGCAGATCCGAATTGGCTCCACACCCGTGGTGGTGCTGAGCGG

0351 CCTGGACACCATCCGGCAGGCCCTGGTGCGGCAGGGCGATGATTTCAAGG

0401 GCCGGCCCGACCTCTACACCTTCACCCTCATCAGTAATGGTCAGAGCATG

0451 TCCTTCAGCCCAGACTCTGGACCAGTGTGGGCTGCCCGCCGGCGCCTGGC

0501 CCAGAATGGCCTGAAAAGTTTCTCCATTGCCTCTGACCCAGCCTCCTCAA

0551 CCTCCTGCTACCTGGAAGAGCATGTGAGCAAGGAGGCTGAGGTCCTGATA

0601 AGCACGTTGCAGGAGCTGATGGCAGGGCCTGGGCACTTTAACCCCTACAG

0651 GTATGTGGTGGTATCAGTGACCAATGTCATCTGTGCCATTTGCTTTGGCC

0701 GGCGCTATGACCACAACCACCAAGAACTGCTTAGCCTAGTCAACCTGAAT

0751 AATAATTTCGGGGAGGTGGTTGGCTCTGGAAACCCAGCTGACTTCATCCC

0801 TATTCTTCGCTACCTACCCAACCCTTCCCTGAATGCCTTCAAGGACCTGA

0851 ATGAGAAGTTCTACAGCTTCATGCAGAAGATGGTCAAGGAGCACTACAAA

0901 ACCTTTGAGAAGGTACAGTCTGGGGAAAGGCAGGTGGGTGGTGGGAAGCA

0951 GATGGCATCAGGGCCTGGGAGGTCAAAGGTAAGAGGAACTGCATGGGGCT

1001 TGGCAAGTTCTCAGGAAGGCTTCAACCTGGGATCTTGAAGCCAGTTGTGG

1051 AATAGTCTTCTTCCTTGGCAGGGAAATAGAACTTTATCTTGACTAACCCT

1101 TCCATGCTTCCAC

SEQ ID NO：15

长度：21bp

说明：用来检测人类CYP1A1基因等位基因的变化类型的人工合成DNA序列。

序列为：

CTTTTCTCATCCCCCAATCTG

SEQ ID NO：16

长度：21bp

序列为：

GTGGAAGCATGGAAGGGTTAG

SEQ ID NO：17

长度：1430bp

说明：该DNA序列为人类CYP1A1基因的一部分，含有此基因的外显子7。SNP rs1048943的变化出现在第223碱基的位置上。

序列为：

0001 TGCCTGTCCTCTATCCTTTGGGGCTGGAGCTCCACTCACTTGACACTTCT

0051 GAGCCCTGAACTGCCACTTCAGCTGTCTCCCTCTGGTTACAGGAAGCTAT

0101 GGGTCAACCCATCTGAGTTCCTACCTGAACGGTTTCTCACCCCTGATGGT

0151 GCTATCGACAAGGTGTTAAGTGAGAAGGTGATTATCTTTGGCATGGGCAA

0201 GCGGAAGTGTATCGGTGAGACCATTGCCCGCTGGGAGGTCTTTCTCTTCC

0251 TGGCTATCCTGCTGCAACGGGTGGAATTCAGCGTGCCACTGGGCGTGAAG

0301 GTGGACATGACCCCCATCTATGGGCTAACCATGAAGCATGCCTGCTGTGA

0351 GCACTTCCAAATGCAGCTGCGCTCTTAGGTGCTTGAGAGCCCTGAGGCCT

0401 AGACTCTGTCTACCTGGTCTGGTTGGGCAGCCAGACCAGCAGGCTGGCCT

0451 ATGTGGTCTAAGGTTCAGCCTGAAACTCATAGACACTGATCTGGCTGCAG

0501 TTTTGCTATCTGGGCTGTGGGCAAGCCTAAGGGATCCTGCCTGCCCCTAC

0551 CCTGGACTTGCCTCTGCACACCCTCCAGAGACAACAGGTAAAACAGGGCC

0601 ACATAGATGCTGATGGAGCCTTCCCAAGTTGTGCTTGAGCCAGGAGGCCT

0651 GCTAGGGTTAGGAGGTCCTTAGGCCTCTGAGAAGCTCTGAAGAACTCTCT

0701 GGAAGCCCCTGGGCCCAGTACCTAGCTGGCTCTGTGAGGGTGCTGACTGG

0751 CTTCAGCAAGTTAGAACTAGCCAAACCAGGACCCTGTCCAATCTTTGACA

0801 ATTGGGAGCTGCCAAGAGTGAAGGGAAGAGACAGCCCAGGATACTGGCAC

0851 AGAGGTAGTCTCACTGCTTGAACTAGGCTGAGCAATCTGACCCTATGGGT

0901 CTAGGACACAGTTCCTGGGAACATCACATTCCTCTGCCCTTCCTGCAGGC

0951 AGGAACAAACAGGGCTGCCTTCTGGCCTTGTAAGACCCTTATTGCTGTCC

1001 TGGAGGGGCTGGGGACTTGTGTCTGCGGGGATCAGAGCGCACAGGGAGTG

1051 CACATATCCAGGCACCAGGACTAGGGCTGGAGTGAGGGGGGGGTATTTCA

1101 ATTACCTTCTATTGGTCTCCCTTCTCTACACTCTTGTAATAAAATGTCTA

1151 TTTTTAATGTTTGTACACAACAATCCTTCTATTCTAGCCTGCATTGAGCT

1201 TGCATGCTTGCATAAGAGCTTAAGAACCATTGATTTAATGTAATAGGGAA

1251 AATTCTAACCCAGGTATCCAAAAATGTGTAAGAACAACTACCTGAGCTAA

1301 ATAAAGATATTGTTCAGAAATCCTATAGGTGGAGATTTTTTGAATCATAA

1351 ATGATTCATCACTCGTCTAAATACTCACCCTGAACCCCATTCTGTGTTGG

1401 GTTTTACTGTAGGGAGGAAGAAGAGGAGGT

SEQ ID NO：18

长度：21bp

说明：用来检测人类CYP1A1基因的等位基因的变化类型的人工合成的DNA序列。

序列为：

TGCCTGTCCTCTATCCTTTGG

SEQ ID NO：19

长度：23bp

说明：用来检测人类CYP1A1基因的等位基因变化类型的人工合成DNA序列。

序列为：

ACCTCCTCTTCTTCCTCCCTACA

SEQ ID NO：20

长度：597bp

说明：该DNA序列为人类CYP2C9基因的一部分，含有此基因的外显子7。SNP rs1057910的变化出现在第435碱基的位置上。

序列为：

001 ACTTACCCATGCCCCTTTGTTATTTGTTTTCTGGTTGTTTTGTGGACTTC

051 TCTTCCTTCTTTCATTTCTTCCTGTCTTCCTTTATTGAAGAGAATTTTCT

101 CCACTTATATGTGTACAGATTTTTCTTAATATCTGGTTTATGGCAGTTAC

151 ACATTTGTGCATCTGTAACCATCCTCTCTTTAAGTTTGCATATACTTCCA

201 GCACTATAATTTAAATTTATAATGATGTTTGGATACCTTCATGATTCATA

251 TACCCCTGAATTGCTACAACAAATGTGCCATTTTTCTCCTTTTCCATCAG

301 TTTTTACTTGTGTCTTATCAGCTAAAGTCCAGGAAGAGATTGAACGTGTG

351 ATTGGCAGAAACCGGAGCCCCTGCATGCAAGACAGGAGCCACATGCCCTA

401 CACAGATGCTGTGGTGCACGAGGTCCAGAGATAC ATTGACCTTCTCCCCA

451 CCAGCCTGCCCCATGCAGTGACCTGTGACATTAAATTCAGAAACTATCTC

501 ATTCCCAAGGTAAGTTTGTTTCTCCTACACTGCAACTCCATGTTTTCGAA

551 GTCCCCAAATTCATAGTATCATTTTTAAACCTCTACCATCACCGGGT

SEQ ID NO：21

长度：20bp

说明：用来检测人类CYP2C9基因等位基因的变化类型的人工合成DNA序列。

序列为：

ACTTACCCATGCCCCTTTGT

SEQ ID NO：22

长度：21bp

序列为：

ACCCGGTGATGGTAGAGGTTT

SEQ ID NO：23

长度：920bp

说明：该DNA序列为人类CYP2C9基因的一部分，含有此基因的外显子9。SNP rs1057911的变化出现在第380碱基的位置上。

序列为：

001 GGTGAAGAGTAAGTATGTCCATTCATTTTTCAGTTGCCTATACATCCATC

051 CATTCATCCATTTATCCATCCACTCATCCATCCATTCATTCATGCATGCA

101 CCCATCCACCCATCTATCTCTTCATCTCTTCTACGATACACTGAACAGTT

151 ATTGCATATTCTGTTTGTGCCAGTTACAGAGACAGTGTTTGTCACTGTCA

201 CAGTTACGCATGAGGAGTAACTGCTCTCTGTGTTTGCTATTTTCAGGAAA

251 ACGGATTTGTGTGGGAGAAGCCCTGGCCGGCATGGAGCTGTTTTTATTCC

301 TGACCTCCATTTTACAGAACTTTAACCTGAAATCTCTGGTTGACCCAAAG

351 AACCTTGACACCACTCCAGTTGTCAATGG ATTTGCCTCTGTGCCGCCCTT

401 CTACCAGCTGTGCTTCATTCCTGTCTGAAGAAGAGCAGATGGCCTGGCTG

451 CTGCTGTGCAGTCCCTGCAGCTCTCTTTCCTCTGGGGCATTATCCATCTT

501 TCACTATCTGTAATGCCTTTTCTCACCTGTCATCTCACATTTTCCCTTCC

551 CTGAAGATCTAGTGAACATTCGACCTCCATTACGGAGAGTTTCCTATGTT

601 TCACTGTGCAAATATATCTGCTATTCTCCATACTCTGTAACAGTTGCATT

651 GACTGTCACATAATGCTCATACTTATCTAATGTTGAGTTATTAATATGTT

701 ATTATTAAATAGAGAAATATGATTTGTGTATTATAATTCAAAGGCATTTC

751 TTTTCTGCATGTTCTAAATAAAAAGCATTATTATTTGCTGAGTCAGTTTA

801 TTAGACCTTCCTTCTTTTATGCATAATGTAGGTCAGAAATTAAAGAAAAT

851 AGAGTTCCAGGAGGCCATGCTGGTTCTCAAAATGATAAGGACAGAAAGGA

901 CAAAGAGGAAGAGGGTAGGG

SEQ ID NO：24

长度：25bp

序列为：

GGTGAAGAGTAAGTATGTCCATTCA

SEQ ID NO：25

长度：22bp

序列为：

CCCTACCCTCTTCCTCTTTGTC

SEQ ID NO：26

长度：889bp

说明：该DNA序列为人类CYP2E1基因的一部分，含有此基因的外显子3。SNP rs2070674的变化出现在第736碱基的位置上。

序列为：

001 GAAGAAACTTGCTGTGGAGTCGGAAAGCTGCAAGTTGAGGTGTGTGTGGT

051 GTGAGGGTTAAAAATCTGTGAGAACAGAATGAATGGCTTTTCAAGAATGT

101 TGTCGATAGATAGGAAAGAGGTGGGAGGTGTTCTTGGAGTGGCCATATGT

151 GGTTTTATGTAGCATGGGGAAGACTCAGCAGAAAGGAAAAAGAAAGAAGG

201 TAAATTGACAGCATGAAGTAGAGCACCCAGGAGAGGCTACATGTGATGAA

251 GAAACCACAGTGCAGACTGTGAGGACCCCAGAAAGGCTCCTCCCCAAAAC

301 CTGACCAGTGGCCGGTGCTGGCAGCTCCCAGGCTGGGACACCCCTCTGTC

351 TCTCTGTCCCTCTGCCCCCTCTGTCACTTCTTTATACACCTGTAAATCCT

401 GCCCTGCTCTCCAAGGCCCTCTGTAGCCCATTTCTCCCCAAAATGGGTAT

451 TTAGAATAACCTTCTGCTGGCCCCTCTGCCTTAGGAATCATTTTTAATAA

501 TGGACCTACCTGGAAGGACATCCGGCGGTTTTCCCTGACCACCCTCCGGA

551 ACTATGGGATGGGGAAACAGGGCAATGAGAGCCGGATCCAGAGGGAGGCC

601 CACTTCCTGCTGGAAGCACTCAGGAAGACCCAAGGTGCGTATCTGCTGCC

651 TAGCAGGGCCCAGTCCTCTTGCAGACCAGCGGTGTGGGGAGCCCTGGCTG

701 GGACTCCTAGACTGCATCTGAACCACAGGGACCTA CGGACAAGGAGAGGG

751 TCTCGTGAGTCCCCAGATACTGCATTTTACAACTCTAGGTTCCAGCTACA

801 CAGTTCAGGGAGCAAGGGTGGCCATTAAACACGTGACTTGTATCCTAAAT

851 ACTGTTGAAAAGCAAAGGAAACTCAAACAGGTTCAGACA

SEQ ID NO：27

长度：23bp

说明：用来检测人类CYP2E1基因等位基因的变化类型的人工合成DNA序列。

序列为：

GAAGAAACTTGCTGTGGAGTCGG

SEQ ID NO：28

长度：23bp

序列为：

TGTCTGAACCTGTTTGAGTTTCC

SEQ ID NO：29

长度：912bp

说明：该DNA序列为人类CYP3A4基因的一部分，含有此基因的外显子13。SNPrs3735451的变化出现在第143碱基的位置上。

序列为：

001 TGATGAATGCTCTCACTGTCCAATCTTCACACATCTTATAGACTAAGTAT

051 AAAGAATCCAAGATTTATAGTGCTGAAAGTAGTTTTTATATGTTTACAAA

101 GCATTATTGTCATTACTGCATTTTTTTTGCCCATTACTCCAT AGAGATCA

151 GAATATCACTCTGTTGTGTCCCCTCAACACTGAAGGAGTGTCTCACTCAC

201 TTTGATGCTATACTTTCTACTTTTGTTTATTTAATGCTTCTCAATATGCT

251 TGTTTAACTGTTGCAGATCCCCCTGAAATTAAGCTTAGGAGGACTTCTTC

301 AACCAGAAAAACCCGTTGTTCTAAAGGTTGAGTCAAGGGATGGCACCGTA

351 AGTGGAGCCTGAATTTTCCTAAGGACTTCTGCTTTGCTCTTCAAGAAATC

401 TGTGCCTGAGAACACCAGAGACCTCAAATTACTTTGTGAATAGAACTCTG

451 AAATGAAGATGGGCTTCATCCAATGGACTGCATAAATAACCGGGGATTCT

501 GTACATGCATTGAGCTCTCTCATTGTCTGTGTAGAGTGTTATACTTGGGA

551 ATATAAAGGAGGTGACCAAATCAGTGTGAGGAGGTAGATTTGGCTCCTCT

601 GCTTCTCACGGGACTATTTCCACCACCCCCAGTTAGCACCATTAACTCCT

651 CCTGAGCTCTGATAAGAGAATCAACATTTCTCAATAATTTCCTCCACAAA

701 TTATTAATGAAAATAAGAATTATTTTGATGGCTCTAACAATGACATTTAT

751 ATCACATGTTTTCTCTGGAGTATTCTATAAGTTTTATGTTAAATCAATAA

801 AGACCACTTTACAAAAGTATTATCAGATGCTTTCCTGCACATTAAGGAGA

851 ATCTATAGAACTGAATGAGAACCAACAAGTAAATATTTTTGGTCATTGTA

901 TCACTGTTGG

SEQ ID NO：30

长度：22bp

说明：用来检测人类CYP3A4基因等位基因的变化类型的人工合成DNA序列。

序列为：

TGATGAATGCTCTCACTGTCCA

SEQ ID NO：31

长度：22bp

序列为：

CCAACAGTGATACAATGACCAA

SEQ ID NO：32

长度：762bp

说明：该DNA序列为人类MGST1基因的一部分，含有此基因的外显子1a，外显子1b和外显子1c。SNP rs2239676的变化出现在第378碱基的位置上，SNP rs2239677的变化出现在第610碱基的位置上。

序列为：

001 GGACATCGTGACAAAGCAAATTGTCTGGTATCATGAATTTGGAACACCGT

051 AAGTGATCTTTACTGAGGGTTACATTCTGTCATTGTCAGCCTTTTAAGGA

101 GGCCTTGCCACCAGCGCAGGGGAGGTGAAGTCTAAGGGAAGGTAATATTG

151 TCAATGCCTGCTAATTAGTTCTACCCTGGAGATTTTAACTTTCTGCGAAG

201 TTTTTAAAAACAACTTCCAAAACTCTGCTGATCCTGAAATGTTCGAGAAT

251 TCAGAGTTCCTAGACAATGGCTACTGTCCCCCTTCCCACTGATTAGGGGA

301 GTTGGCATTTCAGGAACCAGAGTTTCTAAGGGCGCCAAATAGAAGGGCTC

351 AAAGGGAATCAGCAGGCGATGGTTACT GTGGGCGGGTAAATCAGGTGATT

401 TAGAGGAGGGGTTTGGCGAGGTTGGGGTCGGGCTTTAAACGTGGGAGGGC

451 TAATTAACAGGAGATTAACTGGAGAGGGGCGGTGCCTGCGTCCGGCCCGC

501 GCGGCCACAGTCCCTGCATTGCGCGCGACCCGGCGGCGGGACAGGCTTGC

551 TGCTTCCTCCTCCTCGGCCTCACCGTGCGTACTGGGAGGGGAGAAGGGGA

601 CCGCATGCA AAGGGTGGCAGGCAGGGAGGGCCAGGGTGGGTGGCAGATGG

651 AAGACTTGGGGGGGTCTCTGCCAGCTGGAAGTGCTTGGCTCCACTTAGCA

701 GCTAAACTTAGCTTTTCAATCGATCGCTTTTGAAAGGGAATTGTATTTCT

751 GTCCCCGTGCGG

SEQ ID NO：33

长度：20bp

说明：用来检测人类MGST1基因等位基因的变化类型的人工合成DNA序列。

序列为：

GGACATCGTGACAAAGCAAA

SEQ ID NO：34

长度：23bp

序列为：

TCCCTTTCAAAAGCGATCGATTG

SEQ ID NO：35

长度：820bp

说明：该DNA序列为人类MGST1基因的一部分，含有此基因的外显子4。SNP rs11875的变化出现在第373碱基的位置上。

序列为：

001 TTTAAGGATCCATTAGTGCTCAGATTTAGTTTTTAGAAGAGAGAGAAAAA

051 AGGATACATATCTAGTATTTTGAAATTAGTGTCTTTAATAGTTATCTTTT

101 TCCACAGAGCCCACCTGAATGACCTTGAAAATATTATTCCATTTCTTGGA

151 ATTGGCCTCCTGTATTCCTTGAGTGGTCCCGACCCCTCTACAGCCATCCT

201 GCACTTCAGACTATTTGTCGGAGCACGGATCTACCACACCATTGCATATT

251 TGACACCCCTTCCCCAGCCAAATAGAGCTTTGAGTTTTTTTGTTGGATAT

301 GGAGTTACTCTTTCCATGGCTTACAGGTTGCTGAAAAGTAAATTGTACCT

351 GTAAAGAAAATCATACAACTCA GCATCCAGTTGGCTTTTTAAGAATTCTG

401 TACTTCCAATTTATAATGAATACTTTCTTAGATTTTAGGTAGGAGGGGAG

451 CAGAGGAATTATGAACTGGGGTAAACCCATTTTGAATATTAGCATTGCCA

501 ATATCCTGTATTCTTGTTTTACATTTGGATTAGAAATTTAACATAGTAAT

551 TCTTAAGTCTTTTGTCTGATTTTTAAAGTACTTTCTTATAAATTTGGATC

601 ATGTTATGATTTGTAACATTCACACAACACCTCACTTTTGAATCTATAAA

651 AGAATTGCACGTATGAGAAACCTATATTTCAATACTGCTGAAACAGACAT

701 GAAATAAAGAATTTAAAGAATGATTTTGTTTGGTTTTATTTTTCCCAACA

751 TTTTATTTTCAAAAGTTTCAAACCTAGGGTAAAGTTGAAAAATAGTACAA

801 AGAACCACTCTGTACCCTGC

SEQ ID NO：36

长度：24bp

序列为：

TTTAAGGATCCATTAGTGCTCAGA

SEQ ID NO：37

长度：22bp

序列为：

GCAGGGTACAGAGTGGTTCTTT

Claims

1.一段独立的具有序列如同SEQ ID NO：1的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸序列为人类ABCG2基因的一部份，该序列在第168碱基与第169碱基之间的部份会呈现多态性。

2.如权利要求1中所述的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸在第168碱基与第169碱基之间可能没有任何碱基，也可能插入一段由4个碱基组成的多聚核苷酸“TCAC”。

3.一段独立的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸与专利要求2中的多聚核苷酸在序列上是互补的。

4.一套聚合酶链式反应所需的引物，该引物可用于扩增得到如同SEQ IDNO：1所显示的序列；该套引物包括两条引物：第一条引物的序列与SEQ ID NO：2相同或者与它互补，第二条引物的序列与SEQ ID NO：3相同或者与它互补。

5.一段独立的具有序列如同SEQ ID NO：1的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸序列为人类ABCG2基因的一部份，该序列的第1105个碱基呈现多态性。

6.如权利要求5中所述的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸在第1105个碱基处可以是“C”也可以是“T”。

7.一段独立的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸与权利要求6中的多聚核苷酸在序列上是互补的。

8.一段独立的具有序列如同SEQ ID NO：1的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸序列为人类ABCG2基因的一部份，该序列的第1499个碱基呈现多态性。

9.如权利要求8中所述的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸在第1499个碱基处可以是“G”也可以是“A”。

10.一段独立的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸与权利要求9中的多聚核苷酸在序列上是互补的。

11.一条测序引物，用来对如同序列SEQ ID NO：1的多聚核苷酸进行测序并可以检测到单核苷酸多态性位点rs 2231136，其特征在于，该引物的序列如同SEQ ID NO：4所示。

12.一段独立的具有序列如同SEQ ID NO：5的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸序列为人类ABCG2基因的一部份，该序列的第103个碱基呈现多态性。

13.如权利要求12中所述的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸在第103个碱基处可以是“T”也可以是“G”。

14.一段独立的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸与专利要求13中的多聚核苷酸在序列上是互补的。

15.一套聚合酶链式反应所需的引物，其特征在于，该引物可用于扩增得到如同SEQ ID NO：5所显示的序列，该套引物包括两条引物：第一条引物的序列与SEQ ID NO：6相同或者与它互补，第二条引物的序列与SEQ ID NO：7相同或者与它互补。

16.一段独立的具有序列如同SEQ ID NO：8的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸序列为人类ABCG2基因的一部份，该序列的第1423个碱基呈现多态性。

17.如权利要求16中所述的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸在第1423个碱基处可以是“C”也可以是“T”。

18.一段独立的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸与专利要求17中的多聚核苷酸在序列上是互补的。

19.一套聚合酶链式反应所需的引物，其特征在于，该引物可用于扩增得到如同SEQ ID NO：8所显示的序列，该套引物包括两条引物：第一条引物的序列与SEQ ID NO：9相同或者与它互补，第二条引物的序列与SEQ ID NO：10相同或者与它互补。

20.一段独立的具有序列如同SEQ ID NO：11的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸序列为人类ABCG2基因的一部份，该序列在第698碱基与第699碱基之间的部份会呈现多态性。

21.如权利要求20中所述的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸在第698碱基与第699碱基之间可以没有任何碱基，也可以插入一个碱基“T”。

22.一段独立的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸与专利要求21中的多聚核苷酸在序列上是互补的。

23.一套聚合酶链式反应所需的引物，其特征在于，该引物可用于扩增得到如同SEQ ID NO：11所显示的序列，该套引物包括两条引物：第一条引物的序列与SEQ ID NO：12相同或者与它互补，第二条引物的序列与SEQ ID NO：13相同或者与它互补。

24.一段独立的具有序列如同SEQ ID NO：14的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸序列为人类CYP1A1基因的一部份，该序列的第221个碱基呈现多态性。

25.如权利要求24中所述的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸在第221个碱基处可以是“G”也可以是“A”。

26.一段独立的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸与专利要求25中的多聚核苷酸在序列上是互补的。

27.一套聚合酶链式反应所需的引物，其特征在于，该引物可用于扩增得到如同SEQ ID NO：14所显示的序列，该套引物包括两条引物：第一条引物的序列与SEQ ID NO：15相同或者与它互补，第二条引物的序列与SEQ ID NO：16相同或者与它互补。

28.一段独立的具有序列如同SEQ ID NO：17的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸序列为人类CYP1A1基因的一部份，该序列的第223个碱基呈现多态性。

29.如权利要求28中所述的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸在第223个碱基处可以是“G”也可以是“A”。

30.一段独立的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸与专利要求29中的多聚核苷酸在序列上是互补的。

31.一套聚合酶链式反应所需的引物，其特征在于，该引物可用于扩增得到如同SEQ ID NO：17所显示的序列，该套引物包括两条引物：第一条引物的序列与SEQ ID NO：18相同或者与它互补，第二条引物的序列与SEQ ID NO：19相同或者与它互补。

32.一段独立的具有序列如同SEQ ID NO：20的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸序列为人类CYP2C9基因的一部份，该序列的第435个碱基呈现多态性。

33.如权利要求32中所述的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸在第435个碱基处可以是“C”也可以是“A”。

34.一段独立的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸与专利要求33中的多聚核苷酸在序列上是互补的。

35.一套聚合酶链式反应所需的引物，其特征在于，该引物可用于扩增得到如同SEQ ID NO：20所显示的序列，该套引物包括两条引物：第一条引物的序列与SEQ ID NO：21相同或者与它互补，第二条引物的序列与SEQ ID NO：22相同或者与它互补。

36.一段独立的具有序列如同SEQ ID NO：23的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸序列为人类CYP2C9基因的一部份，该序列的第380个碱基呈现多态性。

37.如权利要求36中所述的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸在第380个碱基处可以是“A”也可以是“T”。

38.一段独立的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸与专利要求37中的多聚核苷酸在序列上是互补的。

39.一套聚合酶链式反应所需的引物，其特征在于，该引物可用于扩增得到如同SEQ ID NO：23所显示的序列，该套引物包括两条引物：第一条引物的序列与SEQ ID NO：24相同或者与它互补，第二条引物的序列与SEQ ID NO：25相同或者与它互补。

40.一段独立的具有序列如同SEQ ID NO：26的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸序列为人类CYP2E1基因的一部份，该序列的第736个碱基呈现多态性。

41.如权利要求40中所述的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸在第736个碱基处可以是“C”也可以是“T”。

42.一段独立的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸与专利要求41中的多聚核苷酸在序列上是互补的。

43.一套聚合酶链式反应所需的引物，其特征在于，该引物可用于扩增得到如同SEQ ID NO：26所显示的序列，该套引物包括两条引物：第一条引物的序列与SEQ ID NO：27相同或者与它互补，第二条引物的序列与SEQ ID NO：28相同或者与它互补。

44.一段独立的具有序列如同SEQ ID NO：29的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸序列为人类CYP3A4基因的一部份，该序列的第143个碱基呈现多态性。

45.如权利要求44中所述的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸在第143个碱基处可以是“A”也可以是“G”。

46.一段独立的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸与专利要求45中的多聚核苷酸在序列上是互补的。

47.一套聚合酶链式反应所需的引物，其特征在于，该引物可用于扩增得到如同SEQ ID NO：29所显示的序列，该套引物包括两条引物：第一条引物的序列与SEQ ID NO：30相同或者与它互补，第二条引物的序列与SEQ ID NO：31相同或者与它互补。

48.一段独立的具有序列如同SEQ ID NO：32的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸序列为人类MGST1基因的一部份，该序列的第378个碱基呈现多态性。

49.如权利要求48中所述的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸在第378个碱基处可以是“C”也可以是“G”。

50.一段独立的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸与专利要求49中的多聚核苷酸在序列上是互补的。

51.一套聚合酶链式反应所需的引物，其特征在于，该引物可用于扩增得到如同SEQ ID NO：32所显示的序列，该套引物包括两条引物：第一条引物的序列与SEQ ID NO：33相同或者与它互补，第二条引物的序列与SEQ ID NO：34相同或者与它互补。

52.一段独立的具有序列如同SEQ ID NO：32的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸序列为人类MGST1基因的一部份，该序列的第610个碱基呈现多态性。

53.如权利要求52中所述的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸在第610个碱基处可以是“A”也可以是“G”。

54.一段独立的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸与专利要求53中的多聚核苷酸在序列上是互补的。

55.一段独立的具有序列如同SEQ ID NO：35的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸序列为人类MGST1基因的一部份，并且该序列的第373个碱基呈现多态性。

56.如权利要求55中所述的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸在第373个碱基处可以是“A”也可以是“G”。

57.一段独立的多聚核苷酸，其特征在于，该多聚核苷酸与专利要求56中的多聚核苷酸在序列上是互补的。

58.一套聚合酶链式反应所需的引物，其特征在于，该引物可用于扩增得到如同SEQ ID NO：35所显示的序列，该套引物包括两条引物：第一条引物的序列与SEQ ID NO：36相同或者与它互补，第二条引物的序列与SEQ ID NO：37相同或者与它互补。

59.一种可用于预测一个人是否更容易患大肠癌的方法，其特征在于，该方法为检测此个体的单套或两套染色体组上的一个或多个单核苷酸多态性位点的核酸序列，这些位点包括：ABCG2基因的51523T＞G，67044_67045delT，rs4148162，rs2231136，rs2622605和rs2231165；CYP1A1基因的rs4646422和rs1048943；CYP2C9基因的rs1057910和rs1057911；CYP2E1基因的rs2070674；CYP3A4基因的rs3735451；MGST1基因的rs2239676，rs2239677和rs11875；还包括与上述15个位点中的一个或几个同属一个单倍型或呈现连锁不平衡的遗传标记位点。

60.利用权利要求59中所叙述的方法检测位于SEQ ID NO：1序列第168与第169碱基之间的单核苷酸多态性位点rs4148162，至少一条等位基因为缺失型等位基因的男性个体较不易患大肠癌。

61.利用权利要求59中所叙述的方法，检测位于SEQ ID NO：1序列第1105个碱基处的单核苷酸多态性位点rs2231136，若被测者至少一条等位基因为“T”，该被测者较不易患大肠癌。

62.利用权利要求59中所叙述的方法，检测位于SEQ ID NO：1序列第1499个碱基处的单核苷酸多态性位点rs2622605，若被测者为男性且至少一条等位基因为“A”，该被测者较不易患大肠癌。

63.利用权利要求59中所叙述的方法，检测位于SEQ ID NO：5序列第103个碱基处的单核苷酸多态性位点51523T＞G，若被测者至少一条等位基因为“G”，该被测者较易患大肠癌。

64.利用权利要求59中所叙述的方法，检测位于SEQ ID NO：8序列第1423个碱基处的单核苷酸多态性位点rs2231165，若被测者的基因型为C/C，该被测者较易患大肠癌。

65.利用权利要求59中所叙述的方法，检测位于SEQ ID NO：11序列第698与第699碱基之间的单核苷酸多态性位点67044_67045delT，至少一条等位基因为缺失型等位基因的个体较不易患大肠癌。

66.利用权利要求59中所叙述的方法，检测位于SEQ ID NO：14序列第221个碱基处的单核苷酸多态性位点rs4646422，若被测者至少一条等位基因为“A”，该被测者较不易患大肠癌。

67.利用权利要求59中所叙述的方法，检测位于SEQ ID NO：17序列第223个碱基处的单核苷酸多态性位点rs1048943，若被测者为女性且基因型为A/G，该被测者较不易患大肠癌。

68.利用权利要求59中所叙述的方法，检测位于SEQ ID NO：20序列第435个碱基处的单核苷酸多态性位点rs1057910，若被测者至少一条等位基因为“A”，该被测者较不易患大肠癌。

69.利用权利要求59中所叙述的方法，检测位于SEQ ID NO：23序列第380个碱基处的单核苷酸多态性位点rs1057911，若被测者至少一条等位基因为“A”，该被测者较不易患大肠癌。

70.利用权利要求59中所叙述的方法，检测位于SEQ ID NO：26序列第736个碱基处的单核苷酸多态性位点rs2070674。与基因型为C/C的个体相比，基因型为C/T的个体较不易患大肠癌。

71.利用权利要求59中所叙述的方法，检测位于SEQ ID NO：29序列第143个碱基处的单核苷酸多态性位点rs3735451，若被测者为男性且至少一条等位基因为“A”，该被测者较不易患大肠癌。

72.利用权利要求59中所叙述的方法，检测位于SEQ ID NO：32序列第378个碱基处的单核苷酸多态性位点rs2239676，若被测者基因型为C/C，该被测者较易患大肠癌。

73.利用权利要求59中所叙述的方法，检测位于SEQ ID NO：32序列第610个碱基处的单核苷酸多态性位点rs2239677，若被测者至少一条等位基因为“A”，该被测者较不易患大肠癌。

74.利用权利要求59中所叙述的方法，检测位于SEQ ID NO：35序列第373个碱基处的单核苷酸多态性位点rs11875，若被测者为女性且基因型为G/G，该被测者较易患大肠癌。

75.一种对大肠癌病人进行基因型分析以判断他(她)在临床和药学基因组学分类地位的方法，其特征在于，该方法为：检测如下15个单核苷酸多态性位点中的一个或几个位点的序列，这些位点为：ABCG2基因的51523T＞G，67044_67045delT，rs4148162，rs2231136，rs2622605和rs2231165；CYP1A1基因的rs4646422和rs1048943；CYP2C9基因的rs1057910和rs1057911；CYP2E1基因的rs2070674；CYP3A4基因的rs3735451；MGST1基因的rs2239676，rs2239677和rs11875；还包括与上述15个位点中的一个或几个同属一个单倍型或呈现连锁不平衡的遗传标记位点。

76.如权利要求75所述的方法，其特征在于，大肠癌病人的一条或两条姐妹染色单体上的SEQ ID NO：1序列的第168位碱基和第169位碱基之间并无插入其它碱基的情况表示该病人在一条或两条姐妹染色单体上带有ABCG2基因的SEQ ID NO：1序列的第168位碱基和第169位碱基之间碱基缺失的基因型。

77.如权利要求75所述的方法，其特征在于，大肠癌病人的一条或两条姐妹染色单体上的SEQ ID NO：1序列的第1105位碱基为T的情况表示该病人在一条或两条姐妹染色单体上带有ABCG2基因的SEQ IDNO：1序列的第1105位碱基为T的基因型。

78.如权利要求75所述的方法，其特征在于，大肠癌病人的一条或两条姐妹染色单体上的SEQ ID NO：1序列的第1499位碱基为A的情况表示该病人在一条或两条姐妹染色单体上带有ABCG2基因的SEQ IDNO：1序列的第1499位碱基为A的基因型。

79.如权利要求75所述的方法，其特征在于，大肠癌病人的一条或两条姐妹染色单体上的SEQ ID NO：5序列的第103位碱基为G的情况表示该病人在一条或两条姐妹染色单体上带有ABCG2基因的SEQ IDNO：5序列的第103位碱基为G的基因型。

80.如权利要求75所述的方法，其特征在于，大肠癌病人的一条或两条姐妹染色单体上的SEQ ID NO：8序列的第1423位碱基为C的情况表示该病人在一条或两条姐妹染色单体上带有ABCG2基因的SEQ IDNO：8序列的第1423位碱基为C的基因型。

81.如权利要求75所述的方法，其特征在于，大肠癌病人的一条或两条姐妹染色单体上的SEQ ID NO：11序列的第698位碱基和第699位碱基之间并无插入其它碱基的情况表示该病人在一条或两条姐妹染色单体上带有ABCG2基因的SEQ ID NO：11序列的第698位碱基和第699位碱基之间碱基缺失的基因型。

82.如权利要求75所述的方法，其特征在于，大肠癌病人的一条或两条姐妹染色单体上的SEQ ID NO：14序列的第221位碱基为A的情况表示该病人在一条或两条姐妹染色单体上带有CYP1A1基因的SEQ IDNO：14序列的第221位碱基为A的基因型。

83.如权利要求75所述的方法，其特征在于，大肠癌病人的一条或两条姐妹染色单体上的SEQ ID NO：17序列的第223位碱基为A的情况表示该病人在一条或两条姐妹染色单体上带有CYP1A1基因的SEQ IDNO：17序列的第223位碱基为A的基因型。

84.如权利要求75所述的方法，其特征在于，大肠癌病人的一条或两条姐妹染色单体上的SEQ ID NO：20序列的第435位碱基为A的情况表示该病人在一条或两条姐妹染色单体上带有CYP2C9基因的SEQ IDNO：20序列的第435位碱基为A的基因型。

85.如权利要求75所述的方法，其特征在于，大肠癌病人的一条或两条姐妹染色单体上的SEQ ID NO：23序列的第380位碱基为A的情况表示该病人在一条或两条姐妹染色单体上带有CYP2C9基因的SEQ IDNO：23序列的第380位碱基为A的基因型。

86.如权利要求75所述的方法，其特征在于，大肠癌病人的一条或两条姐妹染色单体上的SEQ ID NO：26序列的第736位碱基为C的情况表示该病人在一条或两条姐妹染色单体上带有CYP2E1基因的SEQ IDNO：26序列的第736位碱基为C的基因型。

87.如权利要求75所述的方法，其特征在于，大肠癌病人的一条或两条姐妹染色单体上的SEQ ID NO：29序列的第143位碱基为A的情况表示该病人在一条或两条姐妹染色单体上带有CYP3A4基因的SEQ IDNO：29序列的第143位碱基为A的基因型。

88.如权利要求75所述的方法，其特征在于，大肠癌病人的一条或两条姐妹染色单体上的SEQ ID NO：32序列的第378位碱基为C的情况表示该病人在一条或两条姐妹染色单体上带有MGST1基因的SEQ IDNO：32序列的第378位碱基为C的基因型。

89.如权利要求75所述的方法，其特征在于，大肠癌病人的一条或两条姐妹染色单体上的SEQ ID NO：32序列的第610位碱基为A的情况表示该病人在一条或两条姐妹染色单体上带有MGST1基因的SEQ IDNO：32序列的第610位碱基为A的基因型。

90.如权利要求75所述的方法，其特征在于，大肠癌病人的一条或两条姐妹染色单体上的SEQ ID NO：35序列的第373位碱基为G的情况表示该病人在一条或两条姐妹染色单体上带有MGST1基因的SEQ IDNO：35序列的第373位碱基为G的基因型。

91.一种用于筛选治疗大肠癌药物的方法，其特征在于，该方法为：

a)将一载体转入一个真核细胞表达系统，该载体必须含有人类异源物质代谢酶基因：ABCG2，CYP1A1，CYP2C9，CYP2E1，CYP3A4或者MGST1基因的一部分或全部，可以是单独的某一基因也可以是几个基因在一起，这些基因片段必须包括以下SNP位点中的一个或多个：ABCG2基因的rs4148162，rs2231136，rs2622605，51523T＞G，rs2231165和67044_67045delT；CYP1A1基因的rs4646422和rs1048943；CYP2C9基因的rs1057910和rs1057911；CYP2E1基因的rs2070674；CYP3A4基因的rs3735451；MGST1基因的rs2239676，rs2239677和rs11875。

b)在细胞表达系统中表达该载体；

c)在这个细胞系统中加入被筛选的药物；

d)分析该细胞系统中的那些异源物质代谢酶的表达情况与活性；

e)确定那些可以改变异源物质代谢酶基因表达和活性的药物。这些异源物质代谢酶基因可能因为以下这15个单核苷酸多态性位点的存在而表现为不同的等位基因形式，也可能因为一些与这15个单核苷酸多态性位点呈相同单倍型或处于连锁不平衡的其它遗传标志的存在而表现为不同的等位基因形式，这15个单核苷酸多态性位点指的是属于ABCG2基因的rs4148162，rs2231136，rs2622605，51523T＞G，rs2231165和67044_67045delT；CYP1A1基因的rs4646422和rs1048943；CYP2C9基因的rs1057910和rs1057911；CYP2E1基因的rs2070674；CYP3A4基因的rs3735451；MGST1基因的rs2239676，rs2239677和rs11875。

92.一种可以用来检测以下15个SNP序列的诊断试剂盒，其特征在于，该试剂盒包括一切诊断所需的试剂，这15个SNP为：ABCG2基因的rs4148162，rs2231136，rs2622605，51523T＞G，rs2231165和67044_67045delT；CYP1A1基因的rs4646422和rs1048943；CYP2C9基因的rs1057910和rs1057911；CYP2E1基因的rs2070674；CYP3A4基因的rs3735451；MGST1基因的rs2239676，rs2239677和rs11875。

93.一种预测人类对大肠癌的易感性的方法，其特征在于，它应用权利要求92中的检测15个SNP序列的诊断试剂盒，来诊断一个人的基因型。

94.一种用于诊断一个大肠癌病人的基因型，并协助治疗和预测其预后的方法，其特征在于，它应用权利要求92中的检测15个SNP序列的诊断试剂盒。