CN1906306A - Sars相关冠状病毒的多等位分子检测 - Google Patents

Abstract

本发明涉及对包括SARS基因在内的冠状病毒的多等位RT实时聚合酶链式反应(PCR)检测。鉴定了SARS－CoV的S，E，M和N基因内的多重标靶序列。4种不同遗传标靶的使用提高了病毒基本遗传漂变不会导致假阴性结果的可能性。可以预见用于该检测的多重检测模式。因此，本发明有助于SARS感染的早期诊断。该检测将在下列情况下有用：监测治疗方式/状态，筛查潜在的抗SARS制剂，以及需要定性和定量测定的类似应用。

Description

SARS相关冠状病毒的多等位分子检测

发明领域

本发明主要涉及SARS病毒的检测和/或定量方法，以及在此方法中所用的试剂与包含所述试剂的检测试剂盒。

发明背景

严重急性呼吸系统综合征(severe acute respiratory syndrome)(SARS)是新近出现的一种急性感染性疾病。SARS的病因已被确定为冠状病毒科家族的一种新冠状病毒，国际卫生组织(WHO)在依照柯赫氏法则进行包括猴接种在内的因果关系评估后[3]，将该病毒命名为“SARS冠状病毒”(SARS-CoV)[1，2]。冠状病毒是一种有包膜的正义单链RNA病毒，其基因组长约30kb，是所有RNA病毒基因组中最大的，无需经过DNA中间物即可在宿主细胞的胞浆中复制。冠状病毒已被报道可导致人类普通感冒，亦可在动物中导致呼吸道、消化道、神经系统疾病及肝炎。人类冠状病毒通常很难进行体外培养，而大多数动物冠状病毒及SARS-CoV均易在Vero E6中进行培养[4]。冠状病毒有三组，第1组和第2组包含哺乳类病毒，而第3组包含禽类病毒。每组中的冠状病毒又根据宿主范围、抗原关系及基因组结构而被分为不同的种。人类冠状病毒(HCoVs)曾被报道属于第1组(HCoV-229E)和第2组(HCoV-OC43)，可导致轻度的呼吸道疾病。

不久前，两个独立的工作组分别于加拿大不列颠哥伦比亚癌症研究所(BCCA)[5](Tor2分离株)和美国疾病控制预防中心(CDCP)[6](Urbani分离株)首次完成了SARS-CoV的全基因组序列测定。基于基因组序列的系统进化分析显示，两个分离株均与以往检定的冠状病毒亲源性较远，包括以往分离得到的两个非致病性人冠状病毒株HCoV-OC43和HCoV-229E。Tor2 CoV分离株的基因组长29,751个核苷酸，Urbani CoV分离株的基因组长29,727个核苷酸，二者的序列仅有24个核苷酸的位置不同。两个分离株的基因组结构均具有冠状病毒的特征，包含如下典型基因顺序：5′-复制酶(rep)，刺突(S)，包膜(E)，膜(M)及核壳(N)。SARS-CoV的rep基因长约20,000个核苷酸，其被预测编码两个参与蛋白酶解加工并生成数个非结构蛋白的多聚蛋白(ORFIa和ORFIb)。Rep基因下游有4个分别编码结构蛋白的基因S、E、M和N。

SARS-CoV的基因组具有多个具有生物学意义的独特基因组特点，使其显著区别于冠状病毒的其它分离株。包括出现在第2组冠状病毒(和部分第3组冠状病毒)ORFIa和S之间的编码红细胞凝集素酯酶的基因缺失，以及S蛋白的短锚缺失。此外，S蛋白的短锚、小ORFs的数量和位置，以及只有一个拷贝的PLP^PRO所共同构成的遗传学特征，可以很容易地将SARS-CoV分离株与既往报告过的冠状病毒区别开来[5，6]。已有多篇文献报告了用逆转录聚合酶链式反应检测法(RT-PCR法)来检测SARS-CoV。

Perris等[2]设计了一种RT-PCR检测法，对SARS-CoV感染患者鼻咽吸取标本中的病毒进行鉴定。来自临床样本的所有RNA均通过任意的六聚物进行逆转录，所得cDNA通过引物5′-TACACACCTCAGCGTTG-3′和5′CACGAACGTGACGAAT-3′进行扩增。为确定未知RNA病毒的遗传序列，他们采用的是随机RT-PCR法。来自感染病毒和未感染病毒的恒河猴胚胎肾细胞的所有RNA均被分离，并通过引物5′-GCCGGAGCTCTGCAGAATTCNNNNNN-3′进行逆转录，所得cDNA通过引物5′-GCCGGAGCTCTGCAGAATTC-3′进行扩增。

Ksiazek等[1]设计了一种逆转录及实时PCR法来鉴定SARS-CoV。用于SARS相关冠状病毒扩增和测序的寡核苷酸引物是在对冠状病毒聚合酶基因序列中的开放读码框架1b进行序列对比而设计的。为获得与冠状病毒/属的广泛反应性，他们采用了原本设计用于与开放读码框架Ib(ORFIb)保守区杂交的引物对IN-2(+)5′GGGTTGGGACTATCCTAAGTGTGA-3′和IN-4(-)5′-TAACACACAACICCATCATCA-3′。这些引物被用于从SARS分离株中扩增DNA，所得扩增子序列用于设计SARS特异性引物Cor-p-F2(+)5′-CTAACATGCTTAGGATAATGG-3′，Cor-p-F3(+)5′-GCCTCTCTTGTTCTTGCTCGC-3′和Cor-p-RI(-)5′-CAGGTAAGCGTAAAACTCATC-3′，依次用于检测患者标本。Drosten等[4]采用基于PCR的随机扩增法，对长300个核苷酸的SARS-CoV基因组片段进行了遗传性鉴定。在所得序列的基础上，建立了专门检测SARS-CoV ORFIb的常规PCR法和实时PCR法。Poon等[7]设计了一种逆转录实时PCR法。分离自SARS-CoV感染个体粪便标本的所有RNA均通过任意六聚物进行逆转录，所得cDNA通过引物coro35′-TACACACCTCAGCGTTG-3′和coro4 5′-CACGAACGTGACGAAT-3′进行扩增，后两种引物可识别病毒聚合酶基因区域。值得注意的是，这些作者在文章中承认，他们在检测中所用的引物可与非致病性人类冠状病毒株HCoV-OC43发生交叉反应。

SARS特异性PCR引物及诊断程序在世界卫生组织的多个实验室网点已得到开发，用于SARS-CoV聚合酶基因序列开放读码框架Ib(ORFIb)某一区域的扩增[8]。这些引物目前正在接受评估，以确定其对病程中不同时间所取的不同标本的相对性能及灵敏度。Lipkin与Briese称他们在PCR基础上开发了一种SARS诊断法，可检测到一种在多个拷贝中表达的SARS-CoV基因，但文献中未见进一步的信息。

以往的技术中存在一些有待当前发明解决的问题。现有分子诊断检测法的主要问题有：a)未能考虑到冠状病毒所固有的多态特性，包括目前起源于Tor2和Urbani分离株的SARS-CoV分离株-即病毒在感染个体中存活期间及在水平传播期间的突变和重组能力；b)不能解释非非-遗传相同的SARS-CoV分离株连续和/或多次感染人群的可能性。

RNA病毒的高遗传突变率是其特征之一，可导致新病毒株的进化，也众所周知是病毒逃脱免疫系统监视的机制之一。冠状病毒，包括SARS-CoV，在进行遗传物质复制的时候相当马虎，每复制10000个核苷酸就会发生一个错误，这与人类免疫缺陷病毒HIV-1复制中的错误率大致相同。冠状病毒的RNA聚合酶有时会在感染细胞中存在的病毒基因组的多个拷贝中发生跳跃。因此，每个新基因组实际上均是从多个模板拷贝而来，从而降低了任一特定突变在病毒群中被确定下来的几率。此外，如果其中某一跳跃不准确，则可能发生基因组的大段遗漏，从而导致某个重要基因部分缺失。其结果可能是显著的，特别是当变异影响到能使病毒结合到宿主细胞表面的蛋白刺突时。例如，1984年欧洲的养猪场中发生了一种新的呼吸系统疾病。最后发现是一种原先感染小猪胃部的冠状病毒缺失突变体所致[9]。它具有一种变异的刺突蛋白，可使病毒感染不同的细胞类型。尽管这种新的疾病并非致死性疾病，但它从此在全世界传播，使肠道疾病的诊断变得更加复杂。另一个例子就是最近SARS-CoV传入人群中。遗传缺失很可能有助于SARS病毒从其动物宿主传染到人类。对中国南部市场上所售动物中发现的病毒株进行遗传学分析后提示，在这些SARS病毒株中，编码一未知功能蛋白的基因缺少29个核苷酸，该基因的蛋白产物附着于病毒壳蛋白的内侧。此外，在最近的一篇文献中，对来自新加坡、多伦多、中国及香港SARS-CoV感染患者的14个分离株的全基因组序列进行了比较，发现14个突变[10]。该发现在一方面可被视作表明SARS病毒未能突变；然而该病毒迄今为止在新的人类宿主中甚少受到抵抗，因此导致新突变体出现的选择压力也很小。SARS-CoV将来可能不会仍象现今一样保持稳定。我们的免疫系统可能会迫使其发生变化，恰如流感病毒中常常发生的变化一样。总之，我们认为有必要开发一种能解释包括SARS-CoV在内的冠状病毒遗传学多样性特征的新型SARS-CoV诊断检测法。

发明概述

本发明包括一种基于分子信标的多等位逆转录实时聚合酶链反应法，其主要用于临床样本中检测SARS相关冠状病毒和其它冠状病毒分离株之间的差别。本检测法设计的主要组成部分包括：a)耐错配(mismatch-tolerant)的分子信标；b)针对4个不同病毒基因的4组PCR引物及4种不同的分子信标(每一种均用相同的荧光团进行标记，每一种均特异于一个不同的SARS-CoV基因)；c)一种能被其中一组引物进行逆转录和扩增的、被加入到样本中的外源RNA标准物(standard)；d)一种用不同荧光团标记的第5分子信标，专门针对外源RNA标准物。本检测法还包括从临床样本(血液、组织、痰、鼻咽吸入样本及其它)中分离RNA、逆转录、PCR扩增和在荧光分光光度计热循环仪中的扩增子同时自动检测，所述的热循环仪在每个热循环的退火相过程中检测每种颜色的荧光强度。

鉴定SARS-CoV的S、E、M和N基因(Urbani和Tor2分离株)的多重标靶序列。S、M和E基因编码存在于病毒外侧的结构蛋白，而N基因则编码一个在病毒粒内部包装病毒RNA所需的结构蛋白。选择4种(而非1种标靶序列)准确鉴定SARS-CoV标靶序列的基本原理是使用4种不同的标靶能使病毒基本遗传漂变不会导致假阴性结果的可能性增加-也就是说，散弹枪打中移动标靶的机会要高于步枪。因此，通过在同一测试管中检测4种不同的标靶等位基因及使用单个荧光团检测系统，该检测法的设计显著降低了因病毒序列的连续病毒进化而遗漏临床样本中存在SARS-CoV的可能性。此外，通过在同一测试管中同时检测四种不同标靶序列，该检测法的固有灵敏度得到提高。

为了在每个病毒基因中确定出能区分SARS-Urbani和SARS-Tor2与其它非致病性人类和动物冠状病毒株的最佳标靶序列，我们用GenBank中现存的冠状病毒基因序列进行了DNA序列比对及系统发生分析。SARS-CoV基因的DNA序列与代表已知3组冠状病毒各种类参考病毒的基因序列[第1组(G1)：人类冠状病毒229E(HCoV-229E)，af304460；猪流行性腹泻病毒(PEDV)，af353511；传染性胃肠炎病毒(TGEV)，aj271965；犬科冠状病毒(CCoV)，dl3096；猫科冠状病毒(FCoV)，ay204704；猪呼吸道冠状病毒(PRCoV)，z24675；第2组(G2)：牛冠状病毒(BCoV)，af220295；鼠肝炎病毒(MHV)，af201929；人冠状病毒OC43(HCoV-OC43)，m76373；猪血凝性脑脊髓炎病毒(HEV)，ay078417；大鼠冠状病毒(RtCoV)，af207551；第3组(G3)：传染性支气管炎病毒(IBV)，m95169]进行比对。通过在生物信息学界普遍应用的多序列比较分析工具CLUSTRALW进行序列比较。它从三个主要方面进行全面的多序列比较：a)两两比较，b)导引树(guild-tree)的构建，和c)多重比较。导引树由CLUSTALW生成，是对序列间关系的一种估计，其非常类似于系统树。

SARS-CoV基因特异性PCR引物的选择标准基于：a)通过序列比较检查的结果，确定SARS-CoV中显示SARS-CoV与其它冠状病毒株间最大遗传距离的基因组区域；b)选择构成引物-标靶杂交体的SARS-CoV标靶扩增所需的引物序列，其理论解链温度使引物即使在存在核苷酸替换的情况下仍可最大程度地与标靶结合(耐错配)，而在多元测定中仍可使所有引物在同一温度与其标靶杂交(T_m约为60℃)；和c)选择引物序列，其使分别包含4种标靶序列之一的扩增子能长度近似(相对较短，长约100个核苷酸)。

分子信标探针序列及其臂序列的选择标准基于：a)通过序列比较检查的结果，确定SARS-CoV中显示SARS-CoV(在将要被生成的扩增子中)与其它冠状病毒株间最大遗传距离的长约30个核苷酸的基因组区域(特别着重于与其它冠状病毒序列相比，SARS-CoV中包含裂隙或缺失的探针标靶序列)；；b)选择构成探针-标靶杂交体的探针序列，其理论解链温度应使探针在存在核苷酸置换的情况下仍可最大程度地与标靶序列结合(耐错配)，而在多元检测中亦可使所有探针在同一温度下与其标靶杂交(T_m约为63℃)；和c)选择可为所有分子信标探针的干杂交提供同级别稳定性的臂序列(干杂交T_m约70℃)。

此处所述之检测法可以以同源或者异源模式操作。实施该检测所需之试剂可以试剂盒的形式提供。该试剂盒包含用于检测两种或更多冠状病毒基因S、E、M及N所必需的检测剂(decectant)。建议该试剂盒同时包含内标(internal)物IPC。包括检测剂在内的试剂可被分别包装于独立的容器中。试剂盒也可包含底物，其包括对特定样本进行检测的反应管。试剂盒还可包含用于进行包括PCR在内的扩增反应以及样本预处理的附加试剂，包括释放和/或提纯冠状病毒所必需的那些试剂。

如需对同一样本进行两种或两种以上的不同检测，大多数时候是在同一容器中并且在大约同一时间进行，则可采用多重检测模式。此种模式在本领域已知。多重检测通常用于同时测定对被分析样本中一种以上分子的存在或其浓度，或者备选地用于同时测定单一分子的多种特性。

附图简述

图1显示分离自不同种类的冠状病毒S基因的DNA序列比较。

图2显示S基因的系统发生分析。

图3显示针对SARS相关S基因的分子设计。

图4列出针对S基因的分子设计。

图5显示分离自不同种类的的冠状病毒E基因的DNA序列比较。

图6显示E基因的系统发生分析。

图7显示针对SARS相关E基因的分子设计。

图8显示针对SARS相关E基因的分子设计。

图9显示分离自不同种类的的冠状病毒M基因的DNA序列比较。

图10显示M基因的系统发生分析。

图11显示针对SARS相关M基因的分子设计。

图12列出针对M基因的分子设计。

图13显示分离自不同种类的冠状病毒N基因的DNA序列比较。

图14显示N基因的系统发生分析。

图15显示针对SARS相关N基因的分子设计。

图16列出针对N基因的分子设计。

图17显示内标阳性对照(IPC)的分子设计。

图18列出IPC的分子设计。

图19显示分子信标的解链曲线。

图20显示Uniplex的实时PCR扩增(连续稀释-动态范围)。

发明详述

本检测法的主要步骤涉及以下几步操作：

第1步：在从样本中分离RNA之前，将可通过引物组之一进行逆转录及扩增的RNA标准物加入到每个标本中。然后从每个临床样本中(从怀疑感染SARS-CoV的患者中所取得的鼻咽吸入物、粪便标本或全血)提取RNA。之后按照生产商的说明书，用QIAamp病毒RNA试剂盒(Qiagen公司，Valencia，CA)进行RNA提纯。

第2步：从各个临床样本分离所得的RNA通过4种标靶特异性引物(S基因，S-RT5′-AGGCTGTAAGAA-3′；E-基因，E-RT5′-TATTGCAGCAGTAC-3′；M基因，M-RT5′-AAGCAACGAAGTAG-3′；N基因，N-RT5′-GCCTTCTTTGTTAG-3′；内标阳性对照，E-RT5′-TATTGCAGCAGTAC-3′)进行逆转录。来自患者样本的SARS-CoV病毒RNA进行逆转录时需将20μL病毒RNA加入0.125μM(各)基因特异性引物的混合物中，在80℃下孵育5分钟以使二级结构变性。之后立即将试管置于冰上至少2分钟。逆转录反应体系包括PCR缓冲液II(应用生物系统公司)、3mM MgCl₂、0.5mM(每种)dNTP、10mM二硫苏糖醇、20单位核糖核酸酶抑制剂(罗氏分子生物化学公司，印第安纳波利斯，印第安纳州)和80单位SuperScript II核糖核酸酶H-逆转录酶(GibcoBRL)，调整最终容积至40μL。之后反应体系在42℃下孵育50分钟，再于70℃下钝化15分钟。

第3步：在同一反应中使用4个引物对和5个分子信标进行SARS-CoV cDNA实时PCR扩增，每个引物对针对一个病毒基因(内标阳性对照可通过为其中一个病毒基因标靶扩增设计的引物对进行扩增)。每个PCR反应体系均由终容积为50μL的20μL cDNA产物、1×PCR缓冲液II(应用生物系统公司)、3.5mM MgCl₂、0.5mM(每种)dNTP、0.4μM各自引物和2.5单位AmpliTaq Gold DNA聚合酶(应用生物系统公司)组成。于7700Prism荧光分光光度计热循环仪(应用生物系统公司)中扩增50个循环。为进行定量检测，在对样本进行特定实验流程的同时，将RNA标准物进行6倍连续稀释作为定量对照(10⁶到10拷贝)。将实验测得的被测样本循环阈值插入用RNA标准物对照测得的标准回归曲线中，可计算出各临床样本的病毒RNA拷贝数(临床样本中基因组拷贝数的对数与测得之循环阈值成反比)。

本发明如何解决以往技术所存在问题的说明。

以往技术的主要问题是其未能考虑到冠状病毒所固有的多变特性，同时也不能解释非非-遗传相同SARS-CoV株连续和/或多次感染人群的可能性。本发明通过采用多重遗传序列作为标靶(S、E、M和N基因)而解决了上述问题。采用4种不同遗传标靶来鉴定SARS-CoV的主要原理是避免病毒的基本遗传漂变。因此，通过采用4种分别特异于不同扩增的SARS-CoV标靶且被同色荧光团标记的分子信标，令因连续进化性改变所致不能测出SARS-CoV的可能性降至最低。此外，检测设计包含了一种内标阳性对照RNA，其逆转录及PCR扩增会产生一种不同颜色的荧光信号，从而确保在RNA分离、逆转录或标靶扩增过程中出现意外问题时，该对照信号的缺失可提示存在问题。

其它SARS核酸检测法的特征及其与本发明差异描述之概述。

如前所述，目前有5种SARS核酸检测法：Perris等[2]发表的一种RT-PCR法，Ksiazek等[1]发表的一种RT-实时-PCR法，Drosten等[4]发表的一种类似的RT-实时-PCR法，Poon等[7]发表的另一种RT-实时-PCR法，以及Lipkin和Briese在PCR基础上开发的一种SARS诊断检测法-未见描述此法的发表文献。所有已发表的检测法均使用提取自临床样本的RNA。另外，所有已发表的检测法均采用随机引物进行SARS-CoVRNA逆转录，且所有已发表的检测法均采用以往为开放读码框架Ib(ORFIb)保守区的扩增而设计的引物来扩增cDNA，以期获得与冠状病毒属的广泛反应性。本发明在许多方面不同于上述发明。本检测法采用了4种不同的标靶而非1种，且包含一种能通过针对病毒基因设计的引物(它具有一种能被一独特分子信标检出的独特标靶识别序列)进行逆转录和扩增的内标阳性RNA对照(人造RNA分子)。此RNA分子在RNA分离、逆转录和PCR扩增中被用作对照。本发明采用实时PCR进行核酸扩增，采用分子信标进行实时检测。本发明采用双色检测方案，黄色信号(四氯荧光素)用于所有4种SARS-CoV标靶，绿色信号(荧光素)表明内标阳性对照已被分离、逆转录及PCR扩增。

本发明所具备的另一重要特征为以往发表之检测法所从未涉及，即包含3′端嵌入的基因特异性逆转录序列的4种病毒RNA标靶的构建。总体而言，这些分子被用作具有SARS特异性的阳性对照。本发明的所有设计都是热力学兼容的，从而在5-扩增子多重检测中协同作用。

多重聚合酶链式反应(mPCR)亦有涉及。这是一种同时进行两种以上不同序列PCR的方法。mPCR反应体系包括：处理上述提取所得DNA以形成单链互补链，加入标记的寡核苷酸多重引物对，每对引物针对一种不同的短串联重复序列，每对引物中的一个主要与正义链中的部分序列互补，而另一个则与互补反义链中相同序列的不同部分互补，将多个配对的引物对与其互补序列退火，同时自每个引物的3′端开始延伸上述已退火的多个引物以合成与各引物退火序列互补的延伸产物，将上述延伸产物从互补链上分离后作为合成各自引物对中另一引物延伸产物的模板，将上述延伸产物从上述模板分离产生单链分子，通过重复上述退火、延伸和分离步骤至少一次来扩增上述单链分子。

不太严格的实验条件被常规用于容纳在其核酸序列中含有变化的多个标靶序列的捕获。实验条件的严格性的降低可以通过调整杂交温度和冲洗来实现或通过对缓冲液的改变来实现。当实验条件的严格性被降低并且标靶核酸序列又与另一属的核酸序列非常相似时，捕获探针对标靶属的特异性将丧失。

当采用多重捕获探针且选择与标靶核酸序列的变异兼容时，高严格实验条件下的特异性将得到恢复。多重探针的混合允许对一组标靶有机物存在的单一阳性反应。

在多重检测中，同时要检查许有关的条件。多重检测依赖于在检测中或检测完成后分辨出样本的组分或得到与之相关的数据的能力。

实施例

               实施例1-SARS-CoV特异的分子信标，

                 及逆转录和PCR所需引物的设计

目的：设计本SARS检测法所需之分子信标和寡核苷酸的总体基本原理是构建热力学相容的耐错配分子以在5扩增子多重检测中使用。

设计：分子信标的设计要使其能在PCR退火温度下与其标靶进行杂交，而未结合的分子信标仍保持封闭构像。这些基本的方面的实现是通过使用冠状病毒基因特异性多重比较和热力学因素考虑来选择标靶序列、PCR引物的同一性和长度、探针序列(标靶识别序列)的同一性和长度，及臂序列的长度。

材料：为了从理论上计算PCR引物和探针-标靶杂交的解链温度，采用互联网上提供的Oligo Toolkit。用互联网上提供的Michael Zuker开发的DNA折叠程序计算分子信标的解链温度并预测其二级结构。

结果：PCR引物的理论解链温度为60℃左右；逆转录引物的T_m为47℃；探针-标靶杂交的T_m为63℃左右；分子信标的干杂交T_m为70℃左右。

结论：具有热力学相容的耐错配分子信标是为在最终5扩增子多重SARS-CoV检测中使用而设计的。

见下图：针对SARS-CoV检测中S基因标靶的分子设计详见图1-4；针对E基因标靶的分子设计见图5-8；针对M基因标靶的分子设计见图9-12；针对N基因标靶的分子设计见图13-16；针对内标阳性对照(IPC)的分子设计见图17和18。

实施例2-分子信标和分子信标-标靶复合物的实验特性

目的：此组实验的总原理是在进行实时PCR实验之前评价所构建分子信标的热力学性质。

设计：对于每个分子信标，我们已用ABI Prism 7700荧光分光光度计热循环仪测定了两条解链曲线--其一为单纯分子信标的曲线，另一为信标-标靶复合物的曲线。

材料：对于每个分子信标，其解链曲线可通过以下步骤得出：制备两管50μL的溶于3.5mM MgCl₂和10mM Tris-HCl的200nM分子信标，pH 8.0，向其中一管加入一种互补寡核苷酸标靶使其最终浓度为400nM。

用可监测荧光的热循环仪，将每种溶液的荧光确定为温度的函数。温度从80℃随时间线性降至10℃，每次降低1℃；每个温度阶持续时间1分钟，测定每个温度阶期间的荧光强度。

结果：PCR引物的理论解链温度为60℃±2℃；逆转录引物的理论T_m为47℃±2℃；探针标靶杂交的理论T_m为63℃±3℃左右；分子信标干杂交的理论T_m为70℃±2℃。

结论：所设计的耐错配分子信标已被确定为能正确识别其DNA标靶且是热力学相容的，从而在5扩增子多重SARS-CoV检测中协同作用。

图：分子信标的解链曲线和分子信标-标靶杂交解链曲线见图19。

        实施例3-采用SYBR Green检测扩增子的

        Uniplex SARS-CoV病毒及IPC PCR扩增

目的：此组实验的总原理是评价PCR引物和PCR条件。

设计：针对每种SARS-CoV基因特异性扩增和IPC扩增，采用合成的标靶DNA。用荧光分光光度计热循环仪(Cepheid)进行PCR反应。

材料：PCR方案如下所示：

对S基因：

(A)基于SYBR Green的SARS相关CoV的S基因扩增子(LK250)的检测

混合物                 每反应体系

dH₂O                   15μL

10X PCR缓冲液(10X)      2.5μL

MgCl₂(25mM)            4.0μL

Plat Taq DNA Pol(5      0.3μL

UμL^-1)

dNTP(25mM)              0.3μL

LK251(10pmole/μL)      0.5μL

LK252(10pmole/μL)      0.5μL

Sybr Green DNA(25X)     1.0μL

标靶DNA                 1.0μL

总计                     25.0μL

Smart循环仪(Cepheid)

DNA变性及酶活化

循环数：1目标温度(℃)    95   120秒

一级扩增

循环数：35变性    95℃    15秒退火    53℃    15秒(分光光度              计开启)延伸    72℃    15秒

(B)基于分子信标的SARS相关冠状病毒的S基因扩增子(LK250)的检测

混合物                 每反应体系

dH₂O                   15.75μL

10X PCR缓冲液(10X)      2.5μL

MgCl₂(25mM)            4.0μL

Plat Taq DNA Pol(5      0.3μL

UμL^-1)

dNTP(25mM)              0.3μL

LK251(10pmole/μL)      0.5μL

LK252(10pmole/μL)        0.5μL

LK249信标(10              0.25μL

pmole/μL)

标靶DNA                   1.0μL

总计                      25.0μL

Smart循环仪(Cepheid)

DNA变性及酶活化

循环数：1目标温度(℃)  95    120秒

一级扩增

循环数：35变性    95℃  15秒退火    53℃  15秒(分光光度计          开启)延伸    72℃  15秒

(C)基于SYBR Green的S基因扩增子(T7-及RT-扩增子)的检测

混合物                     每反应体系

dH₂O                       15μL

10X PCR缓冲液(10X)          2.5μL

MgCl₂(25mM)                4.0μL

Plat Taq DNA Pol(5          0.3μL

UμL^-1)

dNTP(25mM)                0.3μL

LK251-T7(10               0.5μL

pmole/μL)

LK252-RT(10               0.5μL

pmole/μL)

Sybr Green DNA(25X)       1.0μL

标靶DNA                   1.0μL

总计                      25.0μL

Smart循环仪(Cepheid)

DNA变性及酶活化

循环数：1目标温度(℃)  95  120秒

一级扩增

循环数：35变性    95℃   15秒退火    53℃   15秒(分光光度计开启)延伸    72℃   15秒

对E基因：

(A)基于SYBR Green的SARS相关冠状病毒的E基因扩增子(LK254)的检测

混合物                    每反应体系

dH₂O                       15μL

10X PCR缓冲液(10X)          2.5μL

MgCl₂(25mM)                4.0μL

Plat Taq DNA Pol(5          0.3μL

UμL^-1)

dNTP(25mM)                  0.3μL

LK255(10pmole/μL)          0.5μL

LK256(10pmole/μL)          0.5μL

Sybr Green DNA(25X)         1.0μL

标靶DNA                     1.0μL

总计                        25.0μL

Smart循环仪(Cepheid)

DNA变性及酶活化

循环数：1目标温度(℃)  95    120秒

一级扩增

循环数：35变性    95℃   15秒退火    53℃   15秒(分光光度计开启)延伸    72℃   15秒

(B)基于分子信标的SARS相关冠状病毒E基因扩增子(LK254)的检测

混合物                     每反应体系

dH₂O                       15.75μL

10X PCR缓冲液(10X)          2.5μL

MgCl₂(25mM)                4.0μL

Plat Taq DNA Pol(5          0.3μL

UμL^-1)

dNTP(25mM)                  0.3μL

LK255(10pmole/μL)          0.5μL

LK256(10pmole/μL)          0.5μL

LK253信标(10                0.25μL

pmole/μL)

标靶DNA                     1.0μL

总计                        25.0μL

Smart循环仪(Cepheid)

DNA变性及酶活化

循环数：1目标温度(℃)  95  120秒

一级扩增

循环数：35变性    95℃   15秒退火    53℃   15秒(分光光度计开启)延伸    72℃   15秒

基于SYBR Green的E基因扩增子(T7-及RT-扩增子)的检测

混合物                     每反应体系

dH₂O                       15μL

10X PCR缓冲液(10X)          2.5μL

MgCl₂(25mM)                4.0μL

Plat Yaq DNA Pol(5          0.3μL

UμL^-1)

dNTP(25mM)                  0.3μL

LK255-T7(10                 0.5μL

pmole/μL)

LK256-RT(10                 0.5μL

pmole/μL)

Sybr Green DNA(25X)         1.0μL

标靶DNA                     1.0μL

总计                        25.0μL

Smart循环仪(Cepheid)

DNA变性及酶活化

循环数：1目标温度(℃)  95  120秒

一级扩增

循环数：35变性    95℃  15秒退火    53℃  15秒(分光光度计开启)延伸    72℃  15秒

针对M基因：

(A)基于SYBR Green的SARS相关冠状病毒

M基因扩增子(LK258)的检测

混合物                     每反应体系

dH₂O                       15μL

10X PCR缓冲液(10X)          2.5μL

MgCl₂(25mM)               4.0μL

Plat Taq DNA Pol(5          0.3μL

UμL^-1)

dNTP(25mM)                  0.3μL

LK259(10pmole/μL)          0.5μL

LK260(10pmole/μL)          0.5μL

Sybr Green DNA(25X)         1.0μL

标靶DNA                     1.0μL

总计                        25.0μL

Smart循环仪(Cepheid)

DNA变性及酶活化

循环数：1目标温度(℃)  95  120秒

一级扩增

循环数：35变性    95℃  15秒退火    53℃  15秒(分光光度计开启)延伸    72℃  15秒

(B)基于分子信标的SARS相关冠状病毒

M基因扩增子(LK258)的检测

混合物                     每反应体系

dH₂O                       15.75μL

10X PCR缓冲液(10X)          2.5μL

MgCl₂(25mM)                4.0μL

Plat Taq DNA Pol(5          0.3μL

UμL^-1)

dNTP(25mM)                  0.3μL

LK259(10pmole/μL)          0.5μL

LK260(10pmole/μL)          0.5μL

LK257信标(10                0.25μL

pmole/μL)

标靶DNA                     1.0μL

总计                        25.0μL

Smart循环仪(Cepheid)

DNA变性及酶活化

循环数：1目标温度(℃)  95  120秒

一级扩增

循环数：35变性    95℃  15秒退火    53℃  15秒(分光光度计开启)延伸    72℃  15秒

(C)基于SYBR Green的M基因扩增子(T7-及RT-扩增子)的检测

混合物                 每反应体系

dH₂O                   15μL

10X PCR缓冲液(10X)      2.5μL

MgCl₂(25mM)            4.0μL

Plat Taq DNA Pol(5      0.3μL

UμL^-1)

dNTP(25mM)              0.3μL

LK259-T7(10             0.5μL

pmole/μL)

LK260-RT(10             0.5μL

pmole/μL)

Sybr Green DNA(25X)     1.0μL

标靶DNA                 1.0μL

总计                    25.0μL

Smart循环仪(Cepheid)

DNA变性及酶活化

循环数：1目标温度(℃)  95  120秒

一级扩增

循环数：35变性    95℃   15秒退火    53℃   15秒(分光光度计开启)延伸    72℃   15秒

对N基因：

(A)基于SYBR Green的SARS相关冠状病毒N基因扩增子(LK262)的检测

混合物                 每反应体系

dH₂O                   15μL

10X PCR缓冲液(10X)      2.5μL

MgCl₂(25mM)            4.0μL

Plat Taq DNA Pol(5      0.3μL

UμL^-1)

dNTP(25mM)              0.3μL

LK263(10pmole/μL)      0.5μL

LK264(10pmole/μL)      0.5μL

Sybr Green DNA(25X)     1.0μL

标靶DNA                 1.0μL

总计                    25.0μL

Smart循环仪(Cepheid)

DNA变性及酶活化

循环数：1目标温度(℃)  95  120秒

一级扩增

循环数：35变性    95℃  15秒退火    53℃  15秒(分光光度计开启)延伸    72℃  15秒

(B)基于分子信标的SARS相关冠状病毒N基因扩增子(LK262)的检测

混合物                 每反应体系

dH₂O                   15.75μL

10X PCR缓冲液(10X)      2.5μL

MgCl₂(25mM)            4.0μL

Plat Taq DNA Pol(5      0.3μL

UμL^-1)

dNTP(25mM)              0.3μL

LK263(10pmole/μL)      0.5μL

LK264(10pmole/μL)      0.5μL

LK261信标(10            0.25μL

pmole/μL)

标靶DNA                 1.0μL

总计                    25.0μL

Smart循环仪(Cepheid)

DNA变性及酶活化

循环数：1目标温度(℃)  95  120秒

一级扩增

循环数：35变性    95℃  15秒退火    53℃  15秒(分光光度计开启)延伸    72℃  15秒

(C)基于SYBR Green的N基因扩增子(T7-及RT-扩增子)的检测

混合物                 每反应体系

dH₂O                   15μL

10X PCR缓冲液(10X)      2.5μL

MgCl₂(25mM)            4.0μL

Plat Taq DNA Pol(5      0.3μL

UμL^-1)

dNTP(25mM)              0.3μL

LK263-T7(10             0.5μL

pmole/μL)

LK264-RT(10             0.5μL

pmole/μL)

Sybr Green DNA(25X)     1.0μL

标靶DNA                 1.0μL

总计                    25.0μL

Smart循环仪(Cepheid)

DNA变性及酶活化

循环数：1目标温度(℃)  95  120秒

一级扩增

循环数：35变性    95℃  15秒退火    53℃  15秒(分光光度计开启)延伸    72℃  15秒

对内标阳性对照(IPC)：

(A)基于SYBR Green的内标阳性对照(LK266)的检测

混合物                 每反应体系

dH₂O                   15μL

10X PCR缓冲液(10X)      2.5μL

MgCl₂(25mM)            4.0μL

Plat Taq DNA Pol(5      0.3μL

UμL^-1)

dNTP(25mM)              0.3μL

LK251(10pmole/μL)      0.5μL

LK256(10pmole/μL)      0.5μL

Sybr Green DNA(25X)     1.0μL

标靶DNA                 1.0μL

总计                25.0μL

Smart循环仪(Cepheid)

DNA变性及酶活化

循环数：1目标温度(℃)  95  120秒

一级扩增

循环数：35变性    95℃  15秒退火    53℃  15秒(分光光度计开启)延伸    72℃  15秒

(B)基于分子信标的内标阳性对照(LK266)的检测

混合物                 每反应体系

dH₂O                   15.75μL

10X PCR缓冲液(10X)      2.5μL

MgCl₂(25mM)            4.0μL

Plat Taq DNA Pol(5      0.3μL

UμL^-1)

dNTP(25mM)              0.3μL

LK251(10pmole/μL)      0.5μL

LK256(10pmole/μL)      0.5μL

LK265信标(10            0.25μL

pmole/μL)

标靶DNA                 1.0μL

总计                    25.0μL

Smart循环仪(Cepheid)

DNA变性及酶活化

循环数：1目标温度(℃)  95  120秒

一级扩增

循环数：35变性    95℃  15秒退火    53℃  15秒(分光光度计开启)延伸    72℃  15秒

(C)基于SYBR Green的内标阳性对照(T7-及RT-扩增子)的检测

混合物                 每反应体系

dH₂O                   15μL

10X PCR缓冲液(10X)      2.5μL

MgCl₂(25mM             4.0μL

Plat Taq DNA Pol(5      0.3μL

UμL^-1)

dNTP(25mM)              0.3μL

LK251-T7(10             0.5μL

pmole/μL)

LK256-RT(10             0.5μL

pmole/μL)

Sybr Green DNA(25X)     1.0μL

标靶DNA                 1.0μL

总计                    25.0μL

Smart循环仪(Cepheid)

DNA变性及酶活化

循环数：1目标温度(℃)  95  120秒

一级扩增

循环数：35变性    95℃  15秒退火    53℃  15秒(分光光度计开启)延伸    72℃  15秒

结果：实时PCR扩增曲线与标靶DNA的出现或缺失相一致，PCR反应中合成的扩增子具有正确的长度。

结论：合成的引物在统一的PCR条件下工作良好。

         实施例4-采用基因特异性分子信标的

        Uniplex SARS-CoV病毒及IPC PCR扩增

目的：此组实验的总原理是在PCR引物测试中建立的统一PCR条件下对分子信标进行评价。

设计：针对每种SARS-CoV基因特异性和IPC扩增采用合成的标靶DNA和分子信标。用荧光分光光度计热循环仪(Cepheid)进行PCR反应。在每项检测中对所用标靶进行稀释以确定基于分子信标实时PCR检测的线性关系及动态范围。

材料：针对S基因、E基因、M基因、N基因及内标阳性对照(IPC)的PCR方案如例3中所示。

结果：实时PCR扩增曲线与标靶DNA的出现或缺失相一致。

结论：SARS-CoV特异的及IPC特异的分子信标在统一的PCR条件下工作良好。见图20(证据(Exibit)25)。

     实施例5-采用噬菌体T7RNA聚合酶与逆转录酶标靶

      PCR引物的Uniplex SARS-CoV病毒及IPC PCR扩增

目的：此组实验的总原理是针对5种扩增子(SARS-CoV的S、E、M、N基因及IPC)分别制备在5′端包含噬菌体T7启动区标靶识别序列并在3′端包含基因特异性逆转录酶引物结合位点的dsDNA分子。合成的扩增子被用于体外RNA生成。合成的RNA分子在其3’端具有特异的逆转录酶引物结合位点。

设计：针对每种SARS-CoV基因特异性和IPC扩增采用合成的标靶DNA和噬菌体T7-RT-PCR引物。用荧光分光光度计热循环仪(Cepheid)进行PCR反应，用SYBR Green来检测扩增子。

材料：PCR方案如实施例3中所示。

结果：实时PCR扩增曲线与标靶DNA的出现或缺失相一致，PCR反应中合成的扩增子具有正确的长度。

结论：生成的SARS-CoV特异性噬菌体T7-RT扩增子被用作体外RNA转录的模板，以产生将被用来鉴定PCR检测的标靶RNA。见图20。

实施例6-SARS-CoV及IPC特异性RNA分子的体外RNA转录

目的：此组实验的总原理是制备在其3′端包含特异性逆转录引物结合位点的RNA分子。

设计：针对每种SARS-CoV基因特异性和IPC扩增，采用T7-RT-PCRdsDNA扩增子(得自实验5)。

材料：相应于4种SARS-CoV特异性及IPC等位基因的RNA转录产物，是用MEGAscript T7试剂盒(Ambion，Houston，TX)对包含T7RNA聚合酶启动子位点的PCR产物进行体外转录制备而成的。

结果：基于产物链的8％聚丙烯酰胺凝胶电泳分析，RNA分子具有正确的长度。

结论：SARS-CoV特异性T7-RT扩增子被制备用于体外RNA转录。

          例7-Uniplex SARS-CoV特异的及IPC特异的

            RNA逆转录及基于分子信标的实时PCR

目的：此组实验的总原理是测试在其3′端包含特异性逆转录引物结合位点的RNA分子是否能被逆转录，以及所得cDNA是否能被扩增并被实时PCR进行检测。

设计：针对每种SARS-CoV基因特异的和IPC扩增采用T7-RT-PCRdsDNA扩增子(得自实验5)。

材料：病毒和IPC RNA的逆转录通过以下步骤完成：向0.125μM的SARS-CoV特异的及IPC特异的引物中加入20μL SARS-CoV特异的及IPC特异的RNA并在80℃下孵育5分钟。PCR管随之立即置于冰上至少2分钟。终体积为40μL的逆转录反应体系包括PCR缓冲液II(应用生物系统公司)、3mM MgCl₂、每种dNTP各0.5mM(GibcoBRL)、10mM二硫苏糖醇、20单位核糖核酸酶抑制剂(罗氏分子生物化学公司，印第安纳波利斯，印第安纳州)和80单位SuperScript II核糖核酸酶H-逆转录酶(GibcoBRL)。之后反应体系在42℃下孵育50分钟，再于70℃下钝化15分钟。cDNA实时PCR采用10μL cDNA、1xPCR缓冲液、3.5mM MgCl₂、每种dNTP各0.5mM、每种分子信标各0.4μM、2.5单位AmpliTaq Gold DNA聚合酶，其终体积为50μL。于7700Prism荧光分光光度计热循环仪(应用生物系统公司)中扩增35个循环(94℃下15秒钟，53℃下30秒钟，72℃下30秒钟)。

结果：SARS-CoV特异的及IPC特异的RNA分子可被逆转录，所得cDNA可被扩增并可在实时PCR检测中被SARS-CoV特异的及IPC特异的分子信标检出。

结论：SARS-CoV特异性RNA分子可在最终检测中被用作对照。

         例8-多重SARS-CoV特异的及IPC特异的

          RNA逆转录与基于分子信标的实时PCR

目的：此组实验的总原理是在多重RT-PCR反应中进行单SARS-CoV特异的及IPC特异的RT-PCR反应的多重检测。

设计：所有5种RT-PCR反应体系被整合到一个反应体系中。

材料：除了所有5种RT引物、4组PCR引物及5种分子信标在单一RT-PCR反应中使用外，其余均与实验7相同。

结果：SARS-CoV特异的及IPC特异的RNA分子可被逆转录并生成cDNA，随后可被扩增并在实时PCR检测中被SARS-CoV特异的及IPC特异的分子信标检出。

结论：SARS-CoV特异性RNA分子可在多重检测中用作对照。

       实施例9-用临床样本评价完整的SARS-CoV检测法

目的：此组实验的总原理是用实际样本(从培养物中分离得到的SARS-CoV、从唾液、全血和粪便标本中分离得到的患者原代分离株)来评价该SARS-CoV检测法。

设计：同实验8。

材料：同实验8。

结果：该SARS-CoV检测法可检出SARS-CoV并区分SARS-CoV与其它非致病性冠状病毒。

结论：该SARS-CoV检测法可检出提取自培养的SARS株和原代分离株的SARS RNA。

                  实施例10-临床评价

64份样本采自根据CDC、WHO和Health Canada的案例定义被临床诊断患有SARS的23名患者。

样本类型包括：支气管灌洗液与痰(生前样本)以及肺、肝脏、小肠、大肠及脾脏组织(死后标本)。

采自15例患者的65份样本作为对照。26份为骨髓标本，将其进行常规病原体筛查。39份为采自疾病爆发期间因其它原因死亡的10名患者的死后器官样本，所述的其它原因包括充血性心力衰竭、脑血管意外、动脉粥样硬化性心脏病、慢性阻塞性肺病、侵袭性A型链球菌感染、胺碘酮肺中毒(amiodorone pulmonary toxicity)及肺纤维化。

所有标本均采用本发明的检测法进行盲法检测(采用所有4种基因：S、E、M、N)，特异性为100％。

1.Ksiazek，T.G.，et al.，A novel coronavirus associated with severeacute respiratory syndrome.N Engl J Med，2003.348(20)：p.1953-66.

2.Peiris，J.S.，et al.，Coronavirus as a possible cause of severe acuterespiratory syndrome.Lancet，2003.361(9366)：p.1319-25.

3.Munch，R.，Robert Koch.Microbes Infect，2003.5(1)：p.69-74.

4.Drosten，C.，et al.，Identification of a novel coronavirus in patientswith severe acute respiratory syndrome.N Engl J Med，2003.348(20)：p.1967-76.

5.Marra，M.A.，etal.，TheGenome sequence of the SARS-associatedcoronavirus.Science，

2003.300(5624)：p.1399-404.

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8.Organization，W.H.，http://www.who.int/csr/sars/primers/en/.

9.Pensaert，M.，P.CaLLebaut，and J.Vergote，Isolation of a porcinerespiratory，non-enteric coronavirus related to transmissiblegastroenteritis.Vet Q，1986.8(3)：p.257-61.

10.Ruan，Y.J.，etal.，Comparative full-length genome sequenceanalysis of 14SARS coronavirus isolates and common mutationsassociated with putative origins of infection.Lancet，2003.361(9371)：p.1779-85.

上述各个文献的内容以及本说明书中引用的文献在此全部加入以供参考。

序列表

                                      序列表

<110>博驰生物医疗研究有限公司

<120>SARS相关冠状病毒的多等位分子检测

<130>42392-203686

<140>

<141>

<150>60/496,995

<151>2003-08-22

<160>94

<170>PatentIn Ver.3.2

<210>1

<211>4356

<212>DNA

<213>犬科冠状病毒

<400>1

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ggtgatttgt taggttttaa aaatgttagt gatggtgttg tctactctgt aacgccatgt 2220

gatgtaagtg cacaagctgc tgttattgat ggtgccatag ttggagctat gacttccatt 2280

aatagtgaac tgttaggtct aactcattgg acaacaacac ctaattttta ttactactcc 2340

atatataatt atacaaatgt gatgaatcgt ggcacggcaa ttgataatga tattgattgt 2400

gaacctatca taacatattc taatataggt gtttgtaaaa atggagcttt ggtttttatt 2460

aacgtcacac attctgatgg agacgttcaa ccaattagca ccggtaatgt cacgataccc 2520

acaaatttta ctatatctgt gcaagtcgaa tatattcagg tttacactac accagtttca 2580

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atggagattg attccatgtt atttgtttcg gaaaatgccc ttaaattggc atctgttgaa 2760

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tacttaaacc tgactggtga aattaatgac ttagaattta ggtcagaaaa gttacataac 4080

accacagtag aacttgctat tctcattgat aatattaata acacattagt caatcttgaa 4140

tggctcaaca gaattgaaac ttatgtaaaa tggccttggt atgtttggct actaattgga 4200

ttagtagtaa tattctgcat acccatattg ctattttgtt gttgtagtac tggttgttgt 4260

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<210>2

<211>4359

<212>DNA

<213>猫科冠状病毒

<400>2

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aataatatac atgcctttta ttttgttatg gaagccatgg aaaatagcac tggtaatgca 300

cgtggtaaac cattattatt tcatgtgcat ggtgagcctg ttagtgttat tatatcggct 360

tatagggatg atgtgcaaca aaggcccctt ttaaaacatg ggttagtgtg cataactaaa 420

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gtattttcac tgaatacaac aggtggtgtc attcttgaaa tttcatgtta tagtgacaca 1140

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cgatactgtt atgtacttta caatggcaca gctcttaaat atttaggaac attaccaccc 1260

agtgtaaagg aaattgctat tagtaagtgg ggccattttt atattaatgg ttacaatttc 1320

tttagcacat ttcctattgg ttgtatatct tttaatttaa ccactggtgt tagtggagct 1380

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attaaaaatg tgacgtattg taacagtcac attaataaca ttaaatgttc tcaacttact 1500

gctaatttga ataatggatt ttatcctgtt gcttcaagtg aagtaggttt cgttaataag 1560

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aacaattact tgacttttaa caagttctgt ttgtcgttga gtcctgttgg tgctaattgc 1920

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ggtgatttgt taggctttaa aaatgttagt gatggtgtca tttattctgt gacgccatgt 2220

gatgtaagcg cacaagcggc tgttattgat ggtgccatag ttggagctat gacttccatt 2280

aacagtgaac tgttaggtct aacacattgg acaacgacac ctaattttta ttactactct 2340

atatataatt acacaagtga gaggactcgt ggcactgcaa ttgacagtaa cgatgttgat 2400

tgtgaacctg tcataaccta ttctaatata ggtgtttgta aaaatggtgc tttggttttt 2460

attaacgtca cacattctga cggagacgtg caaccaatta gcactggtaa tgtcacgata 2520

cctacaaatt ttactatatc tgtgcaagtt gaatacatgc aggtttacac tacaccagta 2580

tcaatagatt gtgcaagata cgtttgtaat ggtaacccta gatgtaacaa attgttaaca 2640

caatatgtgt ctgcatgtca aactattgaa caagcacttg caatgggtgc cagacttgaa 2700

aacatggagg ttgattccat gttgtttgtc tcggaaaatg cccttaaatt ggcatctgtt 2760

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gatgaagatt ataaacgttg tactggtggt tacgacatag cagacttggt gtgtgctcaa 3000

tattacaatg gcatcatggt tctaccaggt gtagctaatg ctgacaagat gactatgtac 3060

acagcatcac ttgcaggtgg tataacatta ggtgcacttg gtggtggcgc cgtggctata 3120

ccttttgcag tagcagtaca ggctagactt aattatgttg ctctacaaac tgatgtattg 3180

aataaaaacc aacagatcct ggctaatgct ttcaatcaag ctattggtaa cattacacag 3240

gcttttggta aggttaatga tgctatacat caaacatcac aaggtcttgc cactgttgct 3300

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acagtacaat tgcaaaataa ttttcaagcc attagtagtt ctattagtga tatttataac 3420

aggcttgacg aactgagtgc tgatgcacaa gttgataggc tgattacagg tagacttaca 3480

gcacttaatg catttgtgtc tcagactcta accagacaag cagaggttag ggctagtaga 3540

caacttgcca aagacaaggt taatgaatgt gttaggtctc agtctcagag attcggattc 3600

tgtggtaatg gtacacattt gttttcacta gcaaatgcag caccaaatgg catgattttc 3660

tttcatacag tactattacc aacagcttat gaaactgtaa cagcttggtc aggtatttgt 3720

gcttcagatg gcgatcgcac tttcggactt gtcgttaaag atgtgcagtt gacgttgttt 3780

cgtaatctag atgacaagtt ctatttgacc cccagaacta tgtatcagcc tagagttgca 3840

actagttctg attttgttca aattgaaggg tgtgatgtgt tgtttgtcaa cgcgactgta 3900

attgatttgc ctagtattat acctgactat attgacatta atcaaactgt tcaagacata 3960

ttagaaaatt acagaccaaa ctggactgta cctgaattta cacttgatat tttcaacgca 4020

acctatttaa atctgactgg tgaaattgat gacttagagt ttaggtcaga aaagctacat 4080

aacactacag tagaacttgc cattctcatt gataacatta ataatacatt agtcaatctt 4140

gaatggctca atagaattga aacttatgta aaatggcctt ggtatgtgtg gctactgata 4200

ggtttagtag tagtattttg cataccatta ctgctatttt gctgttttag cacaggttgt 4260

tgtggatgca taggttgttt aggaagttgt tgtcactcta tatgtagtag aagacaattt 4320

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<210>3

<211>4344

<212>DNA

<213>传染性胃肠炎病毒

<400>3

atgaaaaaac tatttgtggt tttggtcgta atgccattga tttatggaga caattttcct 60

tgttctaaat tgactaatag aactataggc aaccagtgga atctcattga aaccttcctt 120

ctaaactata gtagtaggtt accacctaat tcagatgtgg tgttaggtga ttattttcct 180

actgtacaac cttggtttaa ttgcattcgc aatgatagta atgaccttta tgttacactg 240

gaaaatctta aagcattgta ttgggattat gctacagaaa atatcacttg gaatcacaga 300

caacggttaa acgtagtcgt taatggatac ccatactcca tcacagttac aacaacccgc 360

aattttaatt ctgctgaagg tgctattata tgcatttgta agggctcacc acctactacc 420

accacagaat ctagtttgac ttgcaattgg ggtagtgagt gcaggttaaa ccataagttc 480

cctatatgtc cttctaattc agaggcaaat tgtggtaata tgctgtatgg cctacaatgg 540

tttgcagatg aggttgttgc ttatttacat ggtgctagtt accgtattag ttttgaaaat 600

caatggtctg gcactgtcac atttggtgat atgcgtgcga caacattaga agtcgctggc 660

acgcttgtag acctttggtg gtttaatcct gtttatgatg tcagttatta tagggttaat 720

aataaaaatg gtactaccgt agtttccaat tgcactgatc aatgtgctag ttatgtggct 780

aatgttttta ctacacagcc aggaggtttt ataccatcag attttagttt taataattgg 840

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ttagttaatt gcttatggcc agtccctagc tttgaagaag cagcttctac attttgtttt 960

gagggtgctg gctttgatca atgtaatggt gctgttttaa ataatactgt agacgtcatt 1020

aggttcaacc ttaattttac tacaaatgta caatcaggta agggtgccac agtgttttca 1080

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gctattagta agtggggcca tttttatatt aatggttaca atttctttag cacatttcct 1320

attgattgta tatcttttaa tttgaccact ggtgatagtg acgttttctg gacaatagct 1380

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tattgtaata gtcacgttaa taacattaaa tgctctcaaa ttactgctaa tttgaataat 1500

ggattttatc ctgtttcttc aagtgaagtt ggtcttgtca ataagagtgt tgtgttacta 1560

cctagctttt acacacatac cattgttaac ataactattg gtcttggtat gaagcgtagt 1620

ggttatggtc aacccatagc ctcaacatta agtaacatca cactaccaat gcaggatcac 1680

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ctagattcct gcacagatta caatatatat ggtagaactg gtgttggtat tattagacaa 2100

actaacagga cgctacttag tggcttatat tacacatcac tatcaggtga tttgttaggt 2160

tttaaaaatg ttagtgatgg tgtcatctac tctgtaacgc catgtgatgt aagcgcacaa 2220

gcagctgtta ttgatggtac catagttggg gctatcactt ccattaacag tgaactgtta 2280

ggtctaacac attggacaac aacacctaat ttttattact actctatata taattacaca 2340

aatgatagga ctcgtggcac tgcaattgac agtaatgatg ttgattgtga acctgtcata 2400

acctattcta acataggtgt ttgtaaaaat ggtgcttttg tttttattaa cgtcacacat 2460

tctgatggag acgtgcaacc aattagcact ggtaatgtca cgatacctac aaactttacc 2520

atatccgtgc aagtcgaata tattcaggtt tacactacac cagtgtcaat agactgttca 2580

agatatgttt gtaatggtaa ccctaggtgt aacaaattgt taacacaata cgtttctgca 2640

tgtcaaacta ttgagcaagc acttgcaatg ggtgccagac ttgaaaacat ggaggttgat 2700

tccatgttgt ttgtttctga aaatgccctt aaattggcat ctgttgaagc attcaatagt 2760

tcagaaactt tagaccctat ttacaaagaa tggcctaata taggtggttc ttggctagaa 2820

ggtctaaaat acatacttcc gtcccataat agcaaacgta agtatcgttc agctatagag 2880

gacttgcttt ttgataaggt tgtaacatct ggtttaggta cagttgatga agattataaa 2940

cgttgtacag gtggttatga catagctgac ttagtatgtg ctcaatacta taatggcatc 3000

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ggtggtataa cattaggtgc acttggtgga ggcgccgtgg ctataccttt tgcagtagca 3120

gttcaggcta gacttaatta tgttgctcta caaactgatg tattgaacaa aaaccagcag 3180

attctggcta gtgctttcaa tcaagctatt ggtaacatta cacagtcatt tggtaaggtt 3240

aatgatgcta tacatcaaac atcacgaggt cttgctactg ttgctaaagc attggcaaaa 3300

gtgcaagatg ttgtcaacat acaagggcaa gctttaagcc acctaacagt acaattgcaa 3360

aataatttcc aagccattag tagttctatt agtgacattt ataataggct tgacgaattg 3420

agtgctgatg cacaagttga caggctgatc acaggaagac ttacagcact taatgcattt 3480

gtgtctcaga ctctaaccag acaagcggag gttagggcta gtagacaact tgccaaagac 3540

aaggttaatg aatgcgttag gtctcagtct cagagattcg gattctgtgg taatggtaca 3600

catttgtttt cactcgcaaa tgcagcacca aatggcatga ttttctttca cacagtgcta 3660

ttaccaacgg cttatgaaac tgtgactgct tggccaggta tttgtgcttc agatggtgat 3720

cgcacttttg gacttgtcgt taaagatgtc cagttgactt tgtttcgtaa tctagatgac 3780

aagttctatt tgacccccag aactatgtat cagcctagag ttgcaactag ttctgacttt 3840

gttcaaattg aagggtgcga tgtgctgttt gttaatgcaa ctgtaagtga tttgcctagt 3900

attatacctg attatattga tattaatcag actgttcaag acatattaga aaattttaga 3960

ccaaattgga ctgtacctga gttgacattt gacattttta acgcaaccta tttaaacctg 4020

actggtgaaa ttgatgactt agaatttagg tcagaaaagc tacataacac cactgtagaa 4080

cttgccattc tcattgacaa cattaacaat acattagtca atcttgaatg gctcaataga 4140

attgaaacct atgtaaaatg gccttggtat gtgtggctac taataggctt agtagtaata 4200

ttttgcatac cattactgct attttgctgt tgtagtacag gttgctgtgg atgcatagg  4260

tgtttaggaa gttgttgtca ctctatatgt agtagaagac aatttgaaaa ttacgaacca 4320

attgaaaaag tgcacgtcca ttaa                                        4344

<210>4

<211>3678

<212>DNA

<213>猪呼吸冠状病毒

<400>4

atgaaaaaat tatttgtggt cttggttgta atgccattga tttatggaga caagtttcct  60

acttccgtag tttccaattg cactgatcaa tgtgctagtt atgtggctaa tgtttttact  120

atactaccag gaggctttat accatcagat tttagtttta ataattggtt cctcctaact  180

aatagctcca cgttggttaa tggtaaatta gttaccaaac agcctctatt agttaattgc  240

ttatggccag tccctagctt tgaagaagta gcttctacat tttgttttga aggtgctgac  300

tttgatcaat gtaatggtgc tgttttaaat aacactgtag acgtcattag gtttaacctt  360

aattttacta caaatgtaca atcaggtaag ggtgctacag tgttttcatt gaacacaacg  420

ggtggtgtca ctcttgaaat ctcatgttat aatgatacag tgagtgattc gagcttttcc  480

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aatggcacag ctcttaagta tctaggaaca ttaccaccta gtgtcaagga gattgctatt  600

agtaagtggg gccattttta tattaatggt tacaatttct ttagcacatt tcctattgat  660

tgtatatctt ttaatttgac tactggtgat agtgacgtct tctggacaat agcttacaca  720

tcgtacactg aagcattagt acaagttgaa aacacagcta ttacaaatgt gacgtattgt  780

aatagttatg ttaataacat taaatgctct caacttactg ctaatttgaa taatggattt  840

tatcctgttt cttcaagtga agttggttct gtcaataaga gtgttgtgtt actacctagc  900

tttctgacac ataccattgt taacataact attggtcttg gtatgaagcg tagtggttat  960

ggtcaaccca tagcctcaac gctaagtaac attacactac caatgcagga taacaacaac  1020

gatgtgtact gtgttcgttc tgaccaattt tcagtttatg ttcattctac ttgcaaaagt  1080

gttttatggg acaatgtttt taagcgaaac tgcacggacg ttttagatgc cacagctgtt  1140

ataaaaactg gtacttgtcc tttctcattt gataaattga acaattactt aacttttaac  1200

aagttctgtt tgtcgttgag tcccgttggt gctaattgta agtttgatgt agctgcccgt  1260

acaagaacca atgatcaggt tgttagaagt ttgtatgtaa tatatgaaga aggagacagc 1320

atagttggtg taccgtctga caatagtggt ttgcacgatt tgtcagtgct acacctagat 1380

tcgtgcacag attacaatat atatggtaga actggtgttg gtattattag acaaactaac 1440

aggacgatac ttagtggctt atattacaca tcactatctg gtgatttgtt aggttttaca 1500

aatgttagtg atggtgttat ctactctgta acgccatgtg atgttagcgc acaagcagct 1560

attattgatg gtaccatagt tggggctatc acttccatta acagtgaatt gttaggtcta 1620

acacattgga caacaacacc taatttttat tactactcta tatataatta cacaaatgat 1680

aagactcgtg gcactccaat tggcagtaat gacgttgatt gtgaacctgt cataacctat 1740

tctaacatag gtgtttgtaa aaatggtgct ttggttttta ttaacgtcac acattctgat 1800

ggagacgtgc aaccaattag cactggtaac gtcacgatac ctactaactt tactatatcc 1860

gtgcaagtcg aatacattca ggtttacact acaccagtgt caatagactg ttcaagatat 1920

gtttgtaatg gcaaccctag gtgtaacaaa ctgttaacac aatacgtttc tgcatgtcaa 1980

actattgagc aagcacttgc aatgggtgcc agacttgaaa acatggaagt tgattccatg 2040

ttatttgttt ctgaaaatgc ccttaaattg gcttctgtcg aagcattcaa tagttcagaa 2100

actttagatc ctatttacaa agaatggcct aatataggtg gcttttggct agaaggtcta 2160

aaatacatac ttccgtccga taatagcaaa cgtaagtatc gttcagctat agaggacttg 2220

cttttttcta aggttgtaac atctggttta ggtacagttg atgaagatta caaacgttgt 2280

acaggtggtt atgacatagc tgacttagta tgtgctcaat actataatgg cattatggtg 2340

ctacctggtg tggctaatgc tgacaaaatg actatgtaca cagcatccct cgcaggtggt 2400

ataacattag gtgcacttgg tggaggcgcc gtggctatac cttttgcagt agcagttcag 2460

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gctagtgctt ttaatcaagc tattggtaac attacacagt catttggtaa ggttaatgat 2580

gctatacatc aaacatcacg aggtcttaca actgttgcta aagcattggc aaaagtgcaa 2640

gatgttgtca acacacaagg tcaagcttta agacacctaa cagtacaatt gcaaaataat 2700

ttccaagcca ttagtagttc tattagtgac atttataata ggcttgatga attgagtgct 2760

gatgcacaag tcgacaggct gatcacagga agacttacag cacttaatgc atttgtgtct 2820

cagactctaa ccagacaagc cgaggttagg gctagtagac aacttgctaa agacaaggtt 2880

aatgaatgcg ttaggtctca gtctcagaga ttcggcttct gtggtaatgg tacacatttg 2940

ttttcactcg caaatgcagc accaaatggc atgatcttct ttcacacagt gctattacca 3000

acggcgtatg aaactgtgac tgcttggtca ggtatttgtg ctttagatgt tgatcgcact 3060

tttggacttg tcgttaaaga tgtccagttg actttatttc gtaatctaga tgacaagttc 3120

tatttgacac ccagaactat gtatcagcct agagtggcaa ctagttctga ttttgttcaa 3180

attgaagggt gcgatgtgct gtttgttaat acaactgtaa gtgatttgcc tagtattata 3240

cctgattata ttgatattaa tcagactgtt caagacatat tagaaaattt tagaccaaat 3300

tggactgtac ctgagctgac attggacgtt tttaacgcaa cctatttaaa cctgactggt 3360

gaaattgatg acttagagtt taggtcagaa aagctacata acactactgt agaacttgcc 3420

attctcattg acaacattaa caatacagta gtcaatcttg aatggcttaa tagaattgaa 3480

acttatgtaa aatggccttg gtatgtgtgg ctactaatag gcttagtagt aatattttgc 3540

ataccattac tgctattttg ctgttgtagt acaggttgct gtggatgcat aggttgttta 3600

ggaagttgtt gtcactctat attcagtaga agacaatttg aaaattatga acctattgaa 3660

aaagtgcacg tccattaa                                               3678

<210>5

<211>3522

<212>DNA

<213>人冠状病毒0C43

<400>5

atgtttgttt tgcttgttgc atatgccttg ttgcatattg ctggttgtca aactacaaat  60

gggctgaaca ctagttactc tgtttgcaac ggctgtgttg gttattcaga aaatgtattt  120

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actaatacct catctgttgt agatggtgtt gtgaggagtt ttcagccttt gttgcttaat  240

tgcttatggt ctgtttctgg cttgcggttt actactggtt ttgtctattt taatggtact  300

gggagaggtg attgtaaagg tttttcctca gatgttttgt ctgatgtcat acgttacaac  360

ctcaattttg aagaaaacct tagacgtgga accattttgt ttaaaacatc ttatggtgtt  420

gttgtgtttt attgtaccaa caacacttta gtttcaggtg atgctcacat accatttggt  480

acagttttgg gcaattttta ttgctttgta aatactacta ttggcaatga aactacgtct  540

gcttttgtgg gtgcactacc taagacagtt cgtgagtttg ttatttcacg cacaggacat  600

ttttatatta atggctatcg ctatttcact ttaggtaatg tagaagccgt taatttcaat 660

gtcactactg cagaaaccac tgatttttgt actgttgcgt tagcttctta tgctgacgtt 720

ttggttaatg tgtcacaaac ctctattgct aatataattt attgcaactc tgttattaac 780

agactgagat gtgaccagtt gtcctttgat gtaccagatg gtttttattc tacaagccct 840

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tatcctgctg gtgttaatat tacactggcc aattttaatg aaactaaagg gcctttgtgt 1020

gttgacacat cacacttcac taccaaatac gttgctgttt atgccaatgt tggtaggtgg 1080

agtgctagta ttaacacggg aaattgccct ttttcttttg gcaaagttaa taactttgtt 1140

aaatttggca gtgtatgttt ttcgctaaag gatatacccg gtggttgcgc aatgcctata 1200

gtggctaatt gggcttatag taagtactat actataggct cattgtatgt ttcttggagt 1260

gatggtgatg gaattactgg cgtcccacaa cctgttgagg gtgttagttc ctttatgaat 1320

gttacattgg acaaatgtac taaatataat atttatgatg tatctggtgt gggtgttatt 1380

cgcgttagca atgacacctt tcttaatgga attacgtaca catcaacttc aggtaacctt 1440

ctgggtttta aagatgttac taagggcacc atctactcta tcactccttg taacccacca 1500

gatcagcttg ttgtttatca gcaagctgtt gttggtgcta tgttgtctga aaattttact 1560

agttacggct tttctaatgt tgtagaactg ccgaaatttt tctatgcgtc caatggcact 1620

tataattgca cagacgctgt tttaacttat tctagttttg gcgtttgtgc agatggttct 1680

ataattgctg ttcaaccacg taatgtttca tatgatagtg tttcagctat cgtcacagct 1740

aatttgtcta taccttccaa ttggaccact tcggtccagg ttgagtattt acaaattaca 1800

agtacaccta tcgtagttga ttgctccact tatgtttgca atggtaatgt gcgctgtgtt 1860

gaattgctta agcagtatac ttctgcttgt aaaactattg aagacgcctt aagaaatagc 1920

gccaggctgg agtctgcaga tgttagtgag atgctcactt ttgacaagaa agcgtttaca 1980

cttgctaatg ttagtagttt tggtgactac aaccttagca gcgtcatacc tagcttgccc 2040

acaagtggta gtagagtggc tggtcgcagt gccatagaag acatactttt tagcaaactt 2100

gttacttctg gacttggcac tgtggacgca gactacaaaa agtgcactaa gggtctttcc 2160

attgctgact tggcttgtgc tcaatattat aatggcatta tggttttgcc tggcgtcgct 2220

gatgctgaac gaatggccat gtatacaggt tctttaattg gtggaattgc tttaggaggt 2280

ctaacatcag ccgtttcaat accattttca ttagcaattc aggcacgttt aaattatgtt 2340

gcattgcaga ctgatgtttt acaagaaaat cagaaaattc ttgctgcatc ttttaacaaa 2400

gcaatgacca acatagtaga tgcctttact ggtgttaatg atgctattac acaaacttca 2460

caagccctac aaacagttgc tactgcactt aacaagatcc aggatgttgt taatcaacaa 2520

ggcaactcat tgaaccattt aacttctcag ttgaggcaga attttcaagc tatctctagc 2580

tctattcagg ctatctatga cagacttgac actattcagg ctgatcaaca agtagatagg 2640

ctgattactg gtagattggc tgctttgaat gtattcgttt ctcatacatt gactaagtac 2700

actgaagttc gtgcttccag acagcttgca caacaaaaag tgaatgagtg tgtcaaatcc 2760

cagtctaagc gttatggctt ctgtggaaat ggcactcaca ttttctcaat tgttaatgct 2820

gctcctgagg ggcttgtttt tctccacact gtcttgttgc cgacacaata taaggatgtt 2880

gaagcgtggt ctgggttgtg cgttgatggt acaaacggtt atgtgttgcg acaacctaat 2940

cttgctcttt acaaagaagg caattattat agaatcacat ctcgcataat gtttgaacca 3000

cgtattccta ccatggcaga ttttgttcaa attgaaaatt gcaatgtcac atttgttaac 3060

atttctcgct ctgagttgca aaccattgtg ccagagtata ttgatgttaa taagacgctg 3120

caagaattaa gttacaaatt gccaaattac actgttccag acctagttgt cgaacagtac 3180

aaccagacta ttttgaattt gaccagtgaa attagcaccc ttgaaaataa atctgcggag 3240

cttaattaca ctgttcaaaa attgcaaact ctgattgaca acataaatag cacattagtc 3300

gacttaaagt ggctcaaccg ggttgagact tacatcaagt ggccgtggtg ggtgtggttg 3360

tgcatttcag tcgtgctcat ctttgtggtg agtatgttgc tattatgttg ttgttctact 3420

ggttgctgtg gcttctttag ttgttttgca tcttctatta gaggttgttg tgaatcaact 3480

aaacttcctt attacgacgt tgaaaagatc cacatacagt aa                    3522

<210>6

<211>4152

<212>DNA

<213>猪流行性腹泻病毒

<400>6

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caagatgtca ctaggtgcca gtctactact aactttaggc ggttcttttc aaaatttaat 120

gttcaggcac ctgccgtcgt cgttttgggt ggttacctac ctagtatgaa ctcttctagc 180

tggtactgtg gcacaggcat tgaaactgct agtggcgttc atggtatttt tctcagctac 240

atcgattctg gtcagggctt tgagattggc atttcgcaag agccgtttga tcctagtggt 300

taccagcttt atttacataa ggccactaat ggtaacacta atgctattgc acgactgcgc 360

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atgcaatatg tttatacacc tacctactac atgcttaatg ttactagtgc aggtgaggat 660

ggcatttatt atgaaccctg tacagctaat tgcactggtt acgctgccaa tgtatttgcc 720

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aatgactcca ctttgttgca tggtaaagtg gtttccaacc aacccttgtt ggtcaattgt 840

cttttggcca ttcctaagat ttatggacta ggccaatttt tctcattcaa tcacacgatg 900

gatggcgttt gtaatggagc tgctgtggat cgtgccccag aggctctgag gtttaatatt 960

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gtttataaat tcttggctgt tttacctcct actgtcaggg aaattgtcat caccaagtat 1200

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attaatttca ctggtcatgg cactgacgat gacgtttcag gtttctggac catagcatcg 1320

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ttgccatcat ttaatgatca ttcttttgtt aatattactg tctctgcggc ttttggtggt 1560

cttagtagtg ccaatctcgt tgcatctgac actactatca atgggtttag ttctttctgt 1620

gttgacacta gacaatttac cattacactg ttttataatg ttacaaacag ttatggttat 1680

gtgtctaaat cacaggatag taattgtcct ttcaccttgc aatctgttaa tgattacctg 1740

tcttttagca aattttgtgt ttcaaccagc cttttggctg gtgcttgtac catagatctt 1800

tttggttacc ctgcgttcgg tagtggtgtt aagttgacgt ccctttattt tcaattcaca 1860

aaaggtgagt tgattactgg cacgcctaaa ccacttgaag gtatcacaga cgtttctttt 1920

atgactctgg atgtgtgtac caagtatact atctatggct ttaaaggtga gggtattatt 1980

acccttacaa attctagcat tttggcaggt gtttattata catctgattc tggacagttg 2040

ttagccttta agaatgtcac tagtggtgct gtttattctg tcacgccatg ttctttttca 2100

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acttttaaca atactaggga gttgcctggt ttcttctacc attctaatga cggctccaat 2220

tgtacagagc ctgtgttggt gtatagtaac ataggtgttt gtaaatctgg cagtattggc 2280

tatgttccat ctcagtatgg ccaagtcaag attgcaccca cggttactgg gaatattagt 2340

attcccacca actttagtat gagtattaga acagaatatt tacagcttta caacacgcct 2400

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gatcctgcaa gtggcagggt ggtacaaaaa aggtctgtta ttgaagactt gctttttaat 2700

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gttgttgacg ctgagaagct tcacatgtac agtgcgtctc tcataggtgg tatggcgcta 2880

ggaggtataa ctgctgcagc ggcattgcct tttagctatg ctgttcaagc gagactcaat 2940

tatcttgctt tacagacgga tgttctacag cggaaccagc aattgcttgc tgagtctttt 3000

aactctgcta ttggtaatat aacttcagcc tttgagagtg ttaaagaggc tattagtcaa 3060

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tcgcagggtt cagctttgaa ccaacttacc gtacagctgc aacacaactt ccaagccatt 3180

tctagttcta ttgatgacat ttattcccga ctggacattc tttcagccga tgttcaggtt 3240

gatcgtctca tcaccggcag attatcagca cttaatgctt ttgttgccca aaccctcact 3300

aagtatactg aggttcaggc tagcaggaag ctagcacagc aaaaggttaa tgagtgcgtc 3360

aaatcgcaat ctcagcgtta cggtttttgt ggtggtgatg gcgagcacat tttctctctg 3420

gtacaggccg cacctcaggg cctgctgttc ttacatacag tacttgtacc gggtgatttt 3480

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gagcctggct tagtcttgtt tacgcatgaa cttcaaactt atactgcgac ggaatatttt 3600

gtttcatcgc gacgtatgtt tgaacctaga aaacctaccg ttagtgattt tgttcaaatt 3660

gagagttgtg tggtcaccta tgtcaatctg actagcgacc agctaccaga tgtaatccca 3720

gattacatcg atgttaacaa aacacttgat gagattttag cttctctgcc caatagaact 3780

ggtccaagtc ttcccctaga tgtttttaat gccacttatc ttaatcttac tggtgaaatt 3840

gcagatctag agcagcgttc agagtctctc cgtaatacta cagaagagct ccgaagtctc 3900

attaacaaca tcaacaacac acttgttgac cttgagtggc tcaaccgagt tgagacatac 3960

atcaagtggc cgtggtgggt ttggttgatc attgttattg ttctcatctt tgttgtgtca 4020

ttactagtgt tctgctgcat ttccacgggt tgttgtggat gctgcggttg ctgcggtgct 4080

tgtttttcag gttgttgtag gggtcctaga cttcaacctt acgaagcttt tgaaaaggtc 4140

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<210>7

<211>3768

<212>DNA

<213>SARS冠状病毒urbani

<400>7

atgtttattt tcttattatt tcttactctc actagtggta gtgaccttga ccggtgcacc 60

acttttgatg atgttcaagc tcctaattac actcaacata cttcatctat gaggggggtt 120

tactatcctg atgaaatttt tagatcagac actctttatt taactcagga tttatttctt 180

ccattttatt ctaatgttac agggtttcat actattaatc atacgtttgg caaccctgtc 240

atacctttta aggatggtat ttattttgct gccacagaga aatcaaatgt tgtccgtggt 300

tgggtttttg gttctaccat gaacaacaag tcacagtcgg tgattattat taacaattct 360

actaatgttg ttatacgagc atgtaacttt gaattgtgtg acaacccttt ctttgctgtt 420

tctaaaccca tgggtacaca gacacatact atgatattcg ataatgcatt taattgcact 480

ttcgagtaca tatctgatgc cttttcgctt gatgtttcag aaaagtcagg taattttaaa 540

cacttacgag agtttgtgtt taaaaataaa gatgggtttc tctatgttta taagggctat 600

caacctatag atgtagttcg tgatctacct tctggtttta acactttgaa acctattttt 660

aagttgcctc ttggtattaa cattacaaat tttagagcca ttcttacagc cttttcacct 720

gctcaagaca tttggggcac gtcagctgca gcctattttg ttggctattt aaagccaact 780

acatttatgc tcaagtatga tgaaaatggt acaatcacag atgctgttga ttgttctcaa 840

aatccacttg ctgaactcaa atgctctgtt aagagctttg agattgacaa aggaatttac 900

cagacctcta atttcagggt tgttccctca ggagatgttg tgagattccc taatattaca 960

aacttgtgtc cttttggaga ggtttttaat gctactaaat tcccttctgt ctatgcatgg 1020

gagagaaaaa aaatttctaa ttgtgttgct gattactctg tgctctacaa ctcaacattt 1080

ttttcaacct ttaagtgcta tggcgtttct gccactaagt tgaatgatct ttgcttctcc 1140

aatgtctatg cagattcttt tgtagtcaag ggagatgatg taagacaaat agcgccagga 1200

caaactggtg ttattgctga ttataattat aaattgccag atgatttcat gggttgtgtc 1260

cttgcttgga atactaggaa cattgatgct acttcaactg gtaattataa ttataaatat 1320

aggtatctta gacatggcaa gcttaggccc tttgagagag acatatcta atgtgcctttc 1380

tcccctgatg gcaaaccttg caccccacct gctcttaatt gttattggcc attaaatgat 1440

tatggttttt acaccactac tggcattggc taccaacctt acagagttgt agtactttct 1500

tttgaacttt taaatgcacc ggccacggtt tgtggaccaa aattatccac tgaccttatt 1560

aagaaccagt gtgtcaattt taattttaat ggactcactg gtactggtgt gttaactcct 1620

tcttcaaaga gatttcaacc atttcaacaa tttggccgtg atgtttctga tttcactgat 1680

tccgttcgag atcctaaaac atctgaaata ttagacattt caccttgctc ttttgggggt 1740

gtaagtgtaa ttacacctgg aacaaatgct tcatctgaag ttgctgttct atatcaagat 1800

gttaactgca ctgatgtttc tacagcaatt catgcagatc aactcacacc agcttggcgc 1860

atatattcta ctggaaacaa tgtattccag actcaagcag gctgtcttat aggagctgag 1920

catgtcgaca cttcttatga gtgcgacatt cctattggag ctggcatttg tgctagttac 1980

catacagttt ctttattacg tagtactagc caaaaatcta ttgtggctta tactatgtct 2040

ttaggtgctg atagttcaat tgcttactct aataacacca ttgctatacc tactaacttt 2100

tcaattagca ttactacaga agtaatgcct gtttctatgg ctaaaacctc cgtagattgt 2160

aatatgtaca tctgcggaga ttctactgaa tgtgctaatt tgcttctcca atatggtagc 2220

ttttgcacac aactaaatcg tgcactctca ggtattgctg ctgaacagga tcgcaacaca 2280

cgtgaagtgt tcgctcaagt caaacaaatg tacaaaaccc caactttgaa atattttggt 2340

ggttttaatt tttcacaaat attacctgac cctctaaagc caactaagag gtcttttatt 2400

gaggacttgc tctttaataa ggtgacactc gctgatgctg gcttcatgaa gcaatatggc 2460

gaatgcctag gtgatattaa tgctagagat ctcatttgtg cgcagaagtt caatggactt 2520

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agtggtactg ccactgctgg atggacattt ggtgctggcg ctgctcttca aatacctttt 2640

gctatgcaaa tggcatatag gttcaatggc attggagtta cccaaaatgt tctctatgag 2700

aaccaaaaac aaatcgccaa ccaatttaac aaggcgatta gtcaaattca agaatcactt 2760

acaacaacat caactgcatt gggcaagctg caagacgttg ttaaccagaa tgctcaagca 2820

ttaaacacac ttgttaaaca acttagctct aattttggtg caatttcaag tgtgctaaat 2880

gatatccttt cgcgacttga taaagtcgag gcggaggtac aaattgacag gttaattaca 2940

ggcagacttc aaagccttca aacctatgta acacaacaac taatcagggc tgctgaaatc 3000

agggcttctg ctaatcttgc tgctactaaa atgtctgagt gtgttcttgg acaatcaaaa 3060

agagttgact tttgtggaaa gggctaccac cttatgtcct tcccacaagc agccccgcat 3120

ggtgttgtct tcctacatgt cacgtatgtg ccatcccagg agaggaactt caccacagcg 3180

ccagcaattt gtcatgaagg caaagcatac ttccctcgtg aaggtgtttt tgtgtttaat 3240

ggcacttctt ggtttattac acagaggaac ttcttttctc cacaaataat tactacagac 3300

aatacatttg tctcaggaaa ttgtgatgtc gttattggca tcattaacaa cacagtttat 3360

gatcctctgc aacctgagct cgactcattc aaagaagagc tggacaagta cttcaaaaat 3420

catacatcac cagatgttga tcttggcgac atttcaggca ttaacgcttc tgtcgtcaac 3480

attcaaaaag aaattgaccg cctcaatgag gtcgctaaaa atttaaatga atcactcatt 3540

gaccttcaag aattgggaaa atatgagcaa tatattaaat ggccttggta tgtttggctc 3600

ggcttcattg ctggactaat tgccatcgtc atggttacaa tcttgctttg ttgcatgact 3660

agttgttgca gttgcctcaa gggtgcatgc tcttgtggtt cttgctgcaa gtttgatgag 3720

gatgactctg agccagttct caagggtgtc aaattacatt acacataa              3768

<210>8

<211>3768

<212>DNA

<213>SARS冠状病毒Tor2

<400>8

atgtttattt tcttattatt tcttactctc actagtggta gtgaccttga ccggtgcacc 60

acttttgatg atgttcaagc tcctaattac actcaacata cttcatctat gaggggggtt 120

tactatcctg atgaaatttt tagatcagac actctttatt taactcagga tttatttctt 180

ccattttatt ctaatgttac agggtttcat actattaatc atacgtttgg caaccctgtc 240

atacctttta aggatggtat ttattttgct gccacagaga aatcaaatgt tgtccgtggt 300

tgggtttttg gttctaccat gaacaacaag tcacagtcgg tgattattat taacaattct 360

actaatgttg ttatacgagc atgtaacttt gaattgtgtg acaacccttt ctttgctgtt 420

tctaaaccca tgggtacaca gacacatact atgatattcg ataatgcatt taattgcact 480

ttcgagtaca tatctgatgc cttttcgctt gatgtttcag aaaagtcagg taattttaaa 540

cacttacgag agtttgtgtt taaaaataaa gatgggtttc tctatgttta taagggctat 600

caacctatag atgtagttcg tgatctacct tctggtttta acactttgaa acctattttt 660

aagttgcctc ttggtattaa cattacaaat tttagagcca ttcttacagc cttttcacct 720

gctcaagaca tttggggcac gtcagctgca gcctattttg ttggctattt aaagccaact 780

acatttatgc tcaagtatga tgaaaatggt acaatcacag atgctgttga ttgttctcaa 840

aatccacttg ctgaactcaa atgctctgtt aagagctttg agattgacaa aggaatttac 900

cagacctcta atttcagggt tgttccctca ggagatgttg tgagattccc taatattaca 960

aacttgtgtc cttttggaga ggtttttaat gctactaaat tcccttctgt ctatgcatgg 1020

gagagaaaaa aaatttctaa ttgtgttgct gattactctg tgctctacaa ctcaacattt 1080

ttttcaacct ttaagtgcta tggcgtttct gccactaagt tgaatgatct ttgcttctcc 1140

aatgtctatg cagattcttt tgtagtcaag ggagatgatg taagacaaat agcgccagga 1200

caaactggtg ttattgctga ttataattat aaattgccag atgatttcat gggttgtgtc 1260

cttgcttgga atactaggaa cattgatgct acttcaactg gtaattataa ttataaatat 1320

aggtatctta gacatggcaa gcttaggccc tttgagagag acatatctaa tgtgcctttc 1380

tcccctgatg gcaaaccttg caccccacct gctcttaatt gttattggcc attaaatgat 1440

tatggttttt acaccactac tggcattggc taccaacctt acagagttgt agtactttct 1500

tttgaacttt taaatgcacc ggccacggtt tgtggaccaa aattatccac tgaccttatt 1560

aagaaccagt gtgtcaattt taattttaat ggactcactg gtactggtgt gttaactcct 1620

tcttcaaaga gatttcaacc atttcaacaa tttggccgtg atgtttctga tttcactgat 1680

tccgttcgag atcctaaaac atctgaaata ttagacattt caccttgcgc ttttgggggt 1740

gtaagtgtaa ttacacctgg aacaaatgct tcatctgaag ttgctgttct atatcaagat 1800

gttaactgca ctgatgtttc tacagcaatt catgcagatc aactcacacc agcttggcgc 1860

atatattcta ctggaaacaa tgtattccag actcaagcag gctgtcttat aggagctgag 1920

catgtcgaca cttcttatga gtgcgacatt cctattggag ctggcatttg tgctagttac 1980

catacagttt ctttattacg tagtactagc caaaaatcta ttgtggctta tactatgtct 2040

ttaggtgctg atagttcaat tgcttactct aataacacca ttgctatacc tactaacttt 2100

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aatatgtaca tctgcggaga ttctactgaa tgtgctaattt gcttctcca atatggtagc 2220

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cgtgaagtgt tcgctcaagt caaacaaatg tacaaaaccc caactttgaa atattttggt 2340

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gctatgcaaa tggcatatag gttcaatggc attggagtta cccaaaatgt tctctatgag 2700

aaccaaaaac aaatcgccaa ccaatttaac aaggcgatta gtcaaattca agaatcactt 2760

acaacaacat caactgcatt gggcaagctg caagacgttg ttaaccagaa tgctcaagca 2820

ttaaacacac ttgttaaaca acttagctct aattttggtg caatttcaag tgtgctaaat 2880

gatatccttt cgcgacttga taaagtcgag gcggaggtac aaattgacag gttaattaca 2940

ggcagacttc aaagccttca aacctatgta acacaacaac taatcagggc tgctgaaatc 3000

agggcttctg ctaatcttgc tgctactaaa atgtctgagt gtgttcttgg acaatcaaaa 3060

agagttgact tttgtggaaa gggctaccac cttatgtcct tcccacaagc agccccgcat 3120

ggtgttgtct tcctacatgt cacgtatgtg ccatcccagg agaggaactt caccacagcg 3180

ccagcaattt gtcatgaagg caaagcatac ttccctcgtg aaggtgtttt tgtgtttaat 3240

ggcacttctt ggtttattac acagaggaac ttcttttctc cacaaataat tactacagac 3300

aatacatttg tctcaggaaa ttgtgatgtc gttattggca tcattaacaa cacagtttat 3360

gatcctctgc aacctgagct tgactcattc aaagaagagc tggacaagta cttcaaaaat 3420

catacatcac cagatgttga tcttggcgac atttcaggca ttaacgcttc tgtcgtcaac 3480

attcaaaaag aaattgaccg cctcaatgag gtcgctaaaa atttaaatga atcactcatt 3540

gaccttcaag aattgggaaa atatgagcaa tatattaaat ggccttggta tgtttggctc 3600

ggcttcattg ctggactaat tgccatcgtc atggttacaa tcttgctttg ttgcatgact 3660

agttgttgca gttgcctcaa gggtgcatgc tcttgtggtt cttgctgcaa gtttgatgag 3720

gatgactctg agccagttct caagggtgtc aaattacatt acacataa              3768

<210>9

<211>4092

<212>DNA

<213>牛冠状病毒

<400>9

atgtttttga tacttttaat ttccttacca atggcttttg ctgttatagg agatttaaag 60

tgtactacgg tttccattaa tgatgttgac accggtgctc cctctattag cactgatatt 120

gtcgatgtta ctaatggttt aggtacttat tatgttttag atcgtgtgta tttaaatact 180

acgttgttgc ttaatggtta ctaccctact tcaggttcta catatcgtaa tatggcactg 240

aagggaactt tactattgag cagactatgg tttaaaccac cttttctttc tgattttatt 300

aatggtattt ttgctaaggt caaaaatacc aaggttatta aaaagggtgt aatgtatagt 360

gagtttcctg ctataactat aggtagtact tttgtaaata catcctatag tgtggtagta 420

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gtagaactat ggcattggga tacaggtgtt gtttcctgtt tatataagcg taatttcaca 600

tatgatgtga atgctgatta cttgtatttc catttttatc aagaaggtgg tactttttat 660

gcatatttta cagacactgg tgttgttact aagtttctgt ttaatgttta tttaggcacg 720

gtgctttcac attattatgt cctgcctttg acttgttcta gtgctatgac tttagaatat 780

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tcggtgccct ctccattaaa ttgggaacgt aagacctttt caaattgtaa ttttaatatg 1080

agcagcctga tgtcttttat tcaggcagac tcatttactt gtaataatat tgatgctgct 1140

aagatatatg gtatgtgttt ttccagcata actatagata agtttgctat acccaatggt 1200

aggaaggttg acctacaatt gggcaatttg ggctatttgc agtcttttaa ctatagaatt 1260

gatactactg ctacaagttg tcagttgtat tataatttac ctgctgctaa tgtttctgtt 1320

agcaggttta atccttctac ttggaatagg agatttggtt ttacagaaca atttgttttt 1380

aagcctcaac ctgtaggtgt ttttactcat catgatgttg tttatgcaca acattgtttt 1440

aaagctccca aaaatttctg tccgtgtaaa ttggatgggt ctttgtgtgt aggtaatggt 1500

cctggtatag atgctggtta taaaaatagt ggtataggca cttgtcctgc aggtactaat 1560

tatttaactt gccataatgc tgcccaatgt gattgtttgt gcactcccga ccccattaca 1620

tctaaatcta cagggcctta caagtgcccc caaactaaat acttagttgg cataggtgag 1680

cactgttcgg gtcttgctat taaaagtgat tattgtggag gtaatccttg tacttgccaa 1740

ccacaagcat ttttgggttg gtctgttgac tcttgtttac aaggggatag gtgtaatatt 1800

tttgctaatt ttatttttca tgatgttaat agtggtacta cttgttctac tgatttacaa 1860

aaatcaaaca cagacataat tcttggtgtt tgtgttaatt atgatcttta tggtattaca 1920

ggccaaggta tttttgttga ggttaatgcg acttattata atagttggca gaacctttta 1980

tatgattcta atggtaatct ctatggtttt agagactact taacaaacag aacttttatg 2040

attcgtagtt gctatagcgg tcgtgtttca gcggcctttc atgctaactc ttccgaacca 2100

gcattgctat ttcggaatat taaatgcaat tacgttttta ataatactct ttcacgacag 2160

ctgcaaccta ttaactattt tgatagttat cttggttgtg ttgtcaatgc tgataatagt 2220

acttctagtg ttgttcaaac atgtgatctc acagtaggta gtggttactg tgtggattac 2280

tctacaaaaa gacgaagtcg tagagcgatt accactggtt atcggtttac taattttgag 2340

ccatttactg ttaattcagt aaatgatagt ttagaacctg taggtggttt gtatgaaatt 2400

caaatacctt cagagtttac tataggtaat atggaggagt ttattcaaac aagctctcct 2460

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ctacttgaca ctacacagtt gcaagtagct aatagtttaa tgaatggtgt cactcttagc 2640

actaagctta aagatggcgt taatttcaat gtagacgaca tcaatttttc ccctgtatta 2700

ggttgtttag gaagcgcttg taataaagtt tccagcagat ctgctataga ggatttactt 2760

ttttctaaag taaagttatc tgatgtcggt ttcgttgagg cttataataa ttgtactgga 2820

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ccactgctct cagtaaatca gatcagtgga tacactttgg ctgccacctc tgctagtctg 2940

tttcctcctt tgtcagcagc agtaggtgta ccattttatt taaatgttca gtatcgtatt 3000

aatgggattg gtgttaccat ggatgtgtta agtcaaaatc aaaagcttat tgctaatgca 3060

tttaacaatg ctcttgatgc tattcaggaa gggtttgatg ctaccaattc tgctttagtt 3120

aaaattcaag ctgttgttaa tgcaaatgct gaagctctta ataacttatt gcaacaactc 3180

tctaatagat ttggtgctat aagttcttct ttacaagaaa ttctatctag actggatgct 3240

cttgaagcgc aagctcagat agacagactt attaatgggc gtcttaccgc tcttaatgtt 3300

tatgtttctc aacagcttag tgattctaca ctagtaaaat ttagtgcagc acaagctatg 3360

gagaaggtta atgaatgtgt caaaagccaa tcatctagga taaatttttg tggtaatggt 3420

aatcatatta tatcattagt gcagaatgct ccatatggtt tgtattttat ccactttagc 3480

tatgtcccta ctaagtatgt cactgcgaag gttagtcccg gtctgtgcat tgctggtgat 3540

agaggtatag cccctaagag tggttatttt gttaatgtaa ataatacttg gatgttcact 3600

ggtagtggtt attactaccc tgaacccata actggaaata atgttgttgt tatgagtacc 3660

tgtgctgtta actatactaa agcgccggat gtaatgctga acatttcaac acccaacctc 3720

catgatttta aggaagagtt ggatcaatgg tttaaaaacc aaacatcagt ggcaccagat 3780

ttgtcacttg attatataaa tgttacattc ttggacctac aagatgaaat gaataggtta 3840

caggaggcaa taaaagtttt aaatcagagc tacatcaatc tcaaggacat tggtacatat 3900

gagtattatg taaaatggcc ttggtatgta tggcttttaa ttggctttgc tggtgtagct 3960

atgcttgttt tactattctt catatgctgt tgtacaggat gtgggactag ttgttttaag 4020

atatgtggtg gttgttgtga tgattatact ggacaccagg agttagtaat taaaacatca 4080

catgacgact aa                                                     4092

<210>10

<211>4050

<212>DNA

<213>猪血凝性脑脊髓炎冠状病毒

<400>10

atgtttttta tacttttaat ctccctgcct tctgcttttg cagttatagg ggatttaaag 60

tgtactactt cattaattaa tgacgttgac actggtgtgc catctattag ctctgaagtt 120

gttgatgtca ctaatggttt ggggactttc tatgttttag atcgtgtcta tttaaatacc 180

acattgttgc tcaatggtta ttacccaatt tcaggtgcta catttcgtaa tatggctctg 240

aaaggaactc gattattgag caccttgtgg tttaagccgc cttttttatc accttttaat 300

gatggtattt ttgccaaggt taaaaacagc agattttcta aagatggtgt tatttatagt 360

gagtttcctg ctattactat aggtagtact tttgtaaata cttcctatag catagtagta 420

gagcctcata cctcacttat taatggtaat ttacaaggtt tgttgcaaat ttctgtttgt 480

caatacacta tgtgtgaata cccacatact atttgtcatc ctaatttggg taatcaacgc 540

atagaattat ggcattatga cacagatgtt gtttcttgtt tatacaggcg taatttcaca 600

tatgatgtga atgctgatta tttatatttt cacttttatc aggaaggtgg cactttttat 660

gcatacttta cagatactgg ttttgtgacc aagtttctgt ttaagttgta tttaggcact 720

gtgctgtcac attattatgt tatgccattg acttgtaata gcgctttatc tttagaatac 780

tgggttacac ctctcactac tagacaattt cttctagcct ttgaccagga tggtgtttta 840

taccatgctg ttgattgtgc tagtgatttt atgagtgaga ttatgtgtaa aacttcttca 900

attacaccac ctactggtgt ttatgaacta aacggttaca cagttcaacc tgttgccact 960

gtatatcgta gaatacctga tttacccaat tgcgatatcg aagcttggct taattctaag 1020

accgtttctt cgcctcttaa ttgggaacgt aaaatttttt ctaattgtaa ttttaacatg 1080

ggcaggctga tgtcttttat tcaggctgac tcttttggtt gtaacaatat tgatgcttct 1140

cgcttatatg gtatgtgttt tggtagcatt actattgata agtttgctat acccaatagt 1200

agaaaggttg atctgcaagt gggtaaatct ggttatttac aatcttttaa ttataagatt 1260

gacactgctg ttagcagttg tcaactctat tatagtttgc ctgcagcaaa cgtatctgtc 1320

actcattata atccttcatc ttggaataga aggtatgggt ttaataatca gagttttggt 1380

tccagaggcc ttcatgatgc tgtttattca cagcaatgtt ttaatacacc taacacatat 1440

tgtccttgta gaacaagtca atgcataggt ggtgcaggca caggaacttg tcctgtaggc 1500

accactgtgc gcaagtgttt tgctgcagtt acaaaagcta ctaagtgtac ttgctggtgt 1560

caaccagatc cttccacata taaaggtgta aacgcctgga cttgtccgca atctaaagtt 1620

tctatacaac caggtcagca ttgccctggt ttgggtcttg tggaggatga ttgctctggc 1680

aacccttgca cttgtaaacc acaggctttc ataggctgga gttcagaaac ttgtttgcaa 1740

aatggtaggt gtaatatttt tgctaatttt attctgaatg atgttaatag cggtacaacc 1800

tgttctactg atttacaaca gggtaatact attattacta ctgatgtttg tgttaattat 1860

gacctatatg gcattacagg ccagggcata cttatagaag ttaatgccac ttattataat 1920

agttggcaga atcttcttta tgattctagt ggtaatctct atggctttag agattattta 1980

tcaaatagaa cttttcttat tcgtagctgc tatagtggaa gagtttcagc agtttttcat 2040

gctaactcat ctgaaccagc tttgatgttt cgtaatctta aatgcagcca cgtttttaat 2100

aataccattt taagacaaat acagcttgtt aactattttg atagttacct tggttgtgtt 2160

gttaatgctt ataataatac agctagtgct gtaagtactt gtgatttaac cgttggtagc 2220

ggctattgtg ttgattatgt tacagcactt agatcacgta gatcttttac tacaggttat 2280

cgctttacta attttgaacc atttgccgct aatttggtaa atgatagtat agaacctgtt 2340

ggtggtttgt atgaaataca gataccttca gagtttacca ttggtaattt agaagagttc 2400

attcaaacga gatcccctaa ggttactata gactgtgcta catttgtttg tggtgactat 2460

gcagcatgta gacaacagtt agctgagtat ggtagttttt gtgagaacat taatgctata 2520

ctcacagaag taaatgaact acttgacact acacagttgc aagtagctaa tagtttaatg 2580

aatggagtca cccttagtac caagattaag gatggcatta atttcaatgt tgacgatatc 2640

aacttctccc ctgtattagg ttgtttagga agcgaatgta atagagcttc cactagatct 2700

gctatagagg atttactttt tgataaagta aaattgtctg atgtcggctt tgtacaggcc 2760

tataataact gcactggagg tgccgaaatt agggatctca tttgtgtgca aagttataat 2820

ggtatcaaag tgttgcctcc attgttatct gaaaatcaga tcagtggcta cactttggca 2880

gccaccgctg ctagcttatt ccctccttgg acagctgcag caggtgtacc attttattta 2940

aatgttcagt atcgtataaa tgggcttggc gtcactatgg atgtgctaag tcaaaaccaa 3000

aagcttattg ctagtgcatt taacaatgct cttgatgcta tccaggaagg gttcgacgca 3060

accaattctg ctttagttaa aattcaggct gttgttaatg caaatgctga agcacttaat 3120

aacttattgc agcaactctc taacagattt ggtgccataa gtgcctcttt acaagaaatt 3180

ttatccaggc tcgatgctct tgaagctaaa gctcagatag acagacttat caatgggcgt 3240

ctcaccgctc ttaatgctta tgtttctcag cagcttagtg attctacact agtaaaattt 3300

agtgcagcac aagctattga gaaagttaat gaatgtgtta aaagccaatc atctaggata 3360

aatttctgtg gtaatggtaa tcatattata tcattagtac agaatgctcc atatggtttg 3420

tattttatcc attttagcta tgtccccacc aagtatgtta cagcaaaggt tagtcctggt 3480

ttgtgcattg ctggcgatat aggaatatcg cctaagagtg gttattttat taatgtaaat 3540

aattcttgga tgttcactgg tagtagctat tactaccctg aacctataac ccaaaataat 3600

gttgttgtga tgagtacctg tgctgttaat tatactaaag caccggatct aatgctgaac 3660

acatcgacac ccaaccttcc tgacttcaag gaagaattgt atcaatggtt taaaaaccaa 3720

tcttcagtgg caccagattt gtcacttgat tatattaatg ttacgttctt ggacctacaa 3780

gatgaaatga ataggttaca agaggctata aaagttttaa atcagagcta catcaatctc 3840

aaggacattg gtacatatga gtattatgtg aaatggcctt ggtatgtatg gcttttaatt 3900

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gggactagtt gttttaagaa atgtggcggt tgttgtgatg attatactgg acaccaggag 4020

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<210>11

<211>4086

<212>DNA

<213>鼠肝炎病毒

<400>11

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ctattaagat ttgttcaggc tgagtcactc tcatgtagta atatagatgc ttccaaggtt 1140

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gaccgtctta ttaatggcag attaactgca cttaatgcat atgtctctaa gcagctgagt 3300

gacatgaccc ttgttaaggt gagtgcagcc caggctatag agaaagttaa tgagtgtgtt 3360

aaaagccaat catctaggat aaatttctgt ggcaatggca atcatatatt gtcattagtc 3420

cagaatgcgc cttatggttt atattttatt catttcagct atgtgcctac ttcctttaca 3480

acggcaaatg tgagtcctgg gctatgcatt tctggtgata gaggattagc acctaaagct 3540

ggatattttg ttcaagatga tggagagtgg aagttcacag gtagtaatta ttattaccct 3600

gaacccatta cagataaaaa tagtgtcgtg atgagtagtt gcgcagcaaa ctacacaaag 3660

gcacctgaag ttttcttgaa cacttcaata cctaatctac ccgactttaa ggaggagtta 3720

gataaatggt ttaaaaatca gacgtctatt gcgcctgatt tatctctcga tttcgagaaa 3780

ttaaacgtta ccctcctgga cctgactgat gagatgaaca ggattcagga tgcaattaag 3840

aagttaaatg agagttacat caacctcaag gacgttggca catatgaaat gtatgtgaaa 3900

tggccttggt atgtgtggtt gctaattgga ttagctggtg tagctgtttg tgtgttgtta 3960

tttttcatat gttgctgcac gggttgtggc tcatgttgtt tcaagaagtg tggaaattgt 4020

tgtgatgagt gtggaggaca ccaggacagt attgtgatac ataatatttc ctctcatgag 4080

gattga                                                            4086

<210>12

<211>4083

<212>DNA

<213>大鼠冠状病毒

<400>12

atgctattcg tgtttttaac cctattgccc tcttgtctag ggtatattgg tgattttaga 60

tgtatcaacc ttgtaaacac ccgcatttct aatgcgcgcg cacccagtgt tagcacagag 120

gtagttgatg tttctaaagg tcttggtaca tattacgttt tagatcgtgt ttatttaaat 180

gccacgttat tgcttactgg ttactaccct gtagatgggt ccatgtatcg taacatggct 240

ctaatgggta ctaatacctt aagccttaat tggtttgaac cgcccttttt atcagagttt 300

aacgatggca tatatgctaa ggtaaagaac ctcaaagcat ctttgcccat aggctcggct 360

tcatactttc ctactataat tataggtagt aattttgtta atacttccta tactgtagta 420

ttggaaccat acaatggtat tattatggca tctatttgcc agtataccat ttgtcaatta 480

ccgcacacgg attgcaaacc taacacgggc ggtaacacgc taattggttt ttggcacaca 540

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tcttctgcca ctacgttttt gtttagttcg tatattggtg ctgtgttaac acagtatttt 720

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tgtgcgaagc ccagcacagt ctattcatgt gtcacaggta aacctaagtc tgctaattgc 1500

ccaacaggta cctcgaatcg tgagtgtaat gttcaggctt caggttttaa gtctaagtgc 1560

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ctatctaatg cccgctgcca tatttttagt aatttgatgt taaatggcat taatagtggt 1800

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attgttacca ataagactta tttattaaga agttgctata gtgggcgcgt ttcggctgca2040

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tttaataaca acatatcccg tgaggagaca ccacttaact attttgatag ttatttgggt 2160

tgtgttatta atgctgataa ctcaactgag cagtctgttg acgcgtgtga tttgcgtatg 2220

ggtagtgggc tttgtgtcaa ctattcaatc gctcaccgtg cgcgcaggtc tgtcagtacg 2280

ggttataaat taactacttt tgaaccattt acagtcagca ttgtcaatga tagtgttgag 2340

tctgttggtg gattatatga gatgcaaata cctactaatt ttactatagc tagccatcag 2400

gagttcattc aaacgaggtc tccgaaggtt actatagatt gtgctgcatt tgtctgtggt 2460

gattatacag cgtgtagaca acagttggtt gattatggct ctttttgtga taatattaat 2520

gccattcttg gcgaggtgaa taacctcata gatactatgc aattacaagt tgctagtgct 2580

ctgatccaag gtgtcacgct aagttcacgc ttggcagatg gcatctcagg tcagattgat 2640

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ggtgtgccat ttgctttaag tgttcaatat agaattaatg gtcttggtgt cactatgaat 3000

gttcttagtg aaaaccagaa aatgatagct agttcattta acaacgcgat aggtgctata 3060

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gtaaatgtga gtcctggact atgcatttct ggtgatagag gattagcacc taaagctgga 3540

tattttgttc aagatcatgg agaatggaag ttcacaggta gcaattatta ctaccctgaa 3600

tccattacag ataaaaacag tgtcgtgatg agtagttgcg cagtaaacta cacaaaggca 3660

cctgaagttt tcttgaacac ttcaataact aatctacccg actttaagga ggagttagat 3720

aaatggttta agaatcagac gtctattgtg cctgatttat ctttcgatat cgggaaatta 3780

aatgttacat tccttgacct gtcctatgag atgaacagga ttcaggatgc aattaagaat 3840

ttaaatgaga gttacatcaa cctcaaggaa attggcacat atgagatgta tgtgaaatgg 3900

ccttggtatg tttggctgct aattggatta gctggtgtag ctgtttgtgt tttgttattt 3960

tttatatgtt gctgcacagg ttgtggctct tgttgtttta agaaatgtgg aaattgttgt 4020

gatgagtatg gaggacgtca ggcaggtatt gtgatacata atatttcctc tcatgaggat 4080

tga                                                               4083

<210>13

<211>3489

<212>DNA

<213>传染性支气管炎病毒

<400>13

atgttggtaa cacctctttt actagtgact cttttgtgtg cactatgtag tgctgttttg 60

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catttacaag ggggtgctta tgcggtagtt aacatttcta gcgaatttaa taatgcaggc 180

tcttcatcag ggtgtactgt tggtattatt catggtggtc gtgttgttaa tgcttcttct 240

atagctatga cggcaccgtc atcaggtatg gcttggtcta gcagtcagtt ttgtactgca 300

cactgtaatt tttcagatac tacagtgttt gttacacatt gttataaaca tggtgggtgt 360

cctttaactg gcatgcttca acagaatctt atacgtgttt ctgctatgaa aaatggccag 420

cttttctata atttaacagt tagtgtagct aagtacccta cttttagatc atttcagtgt 480

gttaataatt taacatccgt atatttaaat ggtgatcttg tttacacctc taatgagacc 540

atagatgtta catctgcagg tgtttatttt aaagctggtg gacctataac ttataaagtt 600

atgagagaag ttaaagccct ggcttatttt gttaatggta ctgcacaaga tgttattttg 660

tgtgatggat cacctagagg cttgttagca tgccagtata atactggcaa tttttcagat 720

ggcttttatc cttttactaa tagtagttta gttaagcaga agtttattgt ctatcgtgaa 780

aatagtgtta atactacttg tacgttacac aatttcattt ttcataatga gactggcgcc 840

aaccctaatc ctagtggtgt tcagaatatt caaacttacc aaacaaaaac agctcagagt 900

ggttattata attttaattt ttcctttctg agtagttttg tttataagga gtctaatttt 960

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gagaaccagt tttacatcaa aatcactaat ggaacacgtc gttttagacg ttctattact 1620

gaaaatgttg caaattgccc ttatgttagt tatggtaagt tttgtataaa acctgatggc 1680

tcaattgcca caatagtacc aaaacaattg gaacagtttg tggcaccttt atttaatgtt 1740

actgaaaatg tgctcatacc taacagtttc aacttaactg ttacagatga gtacatacaa 1800

acgcgtatgg ataaggtcca aattaattgc ctgcagtatg tttgtggcag ttctctggat 1860

tgtagaaagt tgtttcaaca atatgggcct gtttgcgaca acatattgtc tgtagtaaat 1920

agtgttggtc aaaaagaaga tatggaactt ttgaatttct attcttctac taaaccggct 1980

ggttttaata caccagttct tagtaatgtt agcactggtg agtttaatat ttctcttctg 2040

ttaacaaatc ctagtagtcg tagaaagcgt tctcttattg aagaccttct atttacaagc 2100

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ggctttttta aggaccttgc gtgtgctcgt gaatataatg gtttgcttgt gttgcctcct 2220

atcataacag cagaaatgca agctttgtat actagttctc tagtagcttc tatggctttt 2280

ggtggtatta ctgcagctgg tgctatacct tttgccacac aactgcaggc tagaattaat 2340

cacttgggta ttacccagtc acttttgttg aagaatcaag aaaaaattgc tgcttccttt 2400

aataaggcca ttggtcatat gcaggaaggt tttagaagta catctctagc attacaacaa 2460

attcaagatg ttgttagtaa acagagtgct attcttactg agactatggc atcacttaat 2520

aaaaattttg gtgctatttc ttctgtgatt caagaaatct accagcaatt tgacgccata 2580

caagcaaatg ctcaagtgga tcgtcttata actggtagat tgtcatcact ttctgtttta 2640

gcatctgcta agcaggcgga gtatattaga gtgtcacaac agcgtgagtt agctactcag 2700

aaaattaatg agtgtgttaa gtcacagtct attaggtact ccttttgtgg taatggacga 2760

catgttctaa ccataccgca aaatgcacct aatggtatag tgtttataca cttttcttat 2820

actccagata gttttgttaa tgttactgca atagtgggtt tttgtgtaaa gccagctaat 2880

gctagtcagt atgcaatagt gcccgctaat ggtaggggta tttttataca agttaatggt 2940

agttactaca tcactgcacg agatatgtat atgccaagag ctattactgc aggagatgta 3000

gttacgctta cttcttgtca agcaaattat gtaagtgtaa ataagaccgt cattactaca 3060

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aagcatgagc taccagactt tgacaaattc aattacacag tacctatact tgacattgat 3180

agtgaaattg atcgtattca aggcgttata cagggtctta atgactctct aatagacctt 3240

gaaaaacttt caatactcaa aacttatatt aagtggcctt ggtatgtgtg gttagccata 3300

gcttttgcca ctattatctt catcttaata ctaggatggg ttttcttcat gactggttgt 3360

tgtggttgtt gttgtggatg ctttggcatt atgcctctaa tgagtaagtg tggtaagaaa 3420

tcttcttatt acacgacttt tgataacgat gtggtaactg aacaatacag acctaaaaag 3480

tctgtttga                                                         3489

<210>14

<211>36

<212>DNA

<213>SARS冠状病毒GD69

<400>14

cccacgccag aaggtagatc acgaactaca cgtggg                           36

<210>15

<211>95

<212>DNA

<213>SARS冠状病毒GD69

<400>15

ctctatgttt ataagggcta tcaacctata gatgtagttc gtgatctacc ttctggtttt 60

aacactttga aacctatttt taagttgcct cttgg                            95

<210>16

<211>26

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>16

ctctatgttt ataagggcta tcaacc                                      26

<210>17

<211>27

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>17

ccaagaggca acttaaaaat aggtttc                                     27

<210>18

<211>12

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>18

aggctgtaag aa                                                     12

<210>19

<211>38

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>19

gcccacgcca gaaggtagat cacgaactac acgtgggc                         38

<210>20

<211>45

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>20

taatacgact cactataggc tctatgttta taagggctat caacc                 45

<210>21

<211>39

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>21

aggctgtaag aaccaagagg caacttaaaa ataggtttc                        39

<210>22

<211>231

<212>DNA

<213>SARS冠状病毒urbani

<400>22

atgtactcat tcgtttcgga agaaacaggt acgttaatag ttaatagcgt acttcttttt 60

cttgctttcg tggtattctt gctagtcaca ctagccatcc ttactgcgct tcgattgtgt 120

gcgtactgct gcaatattgt taacgtgagt ttagtaaaac caacggttta cgtctactcg 180

cgtgttaaaa atctgaactc ttctgaagga gttcctgatc ttctggtcta a          231

<210>23

<211>231

<212>DNA

<213>SARS冠状病毒Tor2

<400>23

atgtactcat tcgtttcgga agaaacaggt acgttaatag ttaatagcgt acttcttttt 60

cttgctttcg tggtattctt gctagtcaca ctagccatcc ttactgcgct tcgattgtgt 120

gcgtactgct gcaatattgt taacgtgagt ttagtaaaac caacggttta cgtctactcg 180

cgtgttaaaa atctgaactc ttctgaagga gttcctgatc ttctggtcta a          231

<210>24

<211>234

<212>DNA

<213>人冠状病毒OC43

<400>24

atgttcctta agctagtgga tgatcatgct ttggttgtta atgtactact ctggtgtgtg 60

gtgcttatag tgatactact agtgtgtatt acaataatta aactaattaa gctttgtttc 120

acttgccata tgttttgtaa tagaacagtt tatggcccca ttaaaaatgt gtaccacatt 180

taccaatcat atatgcacat agaccctttc cctaaacgag ttattgattt ctaa       234

<210>25

<211>231

<212>DNA

<213>猪流行性腹泻病毒

<400>25

atgctacaat tagtgaatga taatggtcta gtagttaatg ttatactttg gcttttcgta 60

ctctttttcc tgcttattat aagcattacc ttcgtccaat tggttaatct gtgcttcact 120

tgtcaccggt tgtgtaatag cgcagtttat acacctatag ggcgcctgta tagagtttat 180

aagtcttaca tgcgaattga ccccctcccc agtactgtta ttgacgtata a          231

<210>26

<211>249

<212>DNA

<213>传染性胃肠炎病毒

<400>26

atgacgtttc ctagggcatt gactgtcata gatgacaatg gaatggtcat taacatcatt 60

ttctggttcc tgttgataat tatattgata ttactttcaa tagcattgct aaatataatt 120

aagctatgca tggtgtgttg caatttagga aggacagtta ttattgttcc agcgcaacat 180

gcttacgatg cctataagaa ttttatgcga attaaagcat acaaccccga tggagcactc 240

cttgcttga                                                         249

<210>27

<211>249

<212>DNA

<213>猪呼吸冠状病毒

<400>27

atgacgtttc ctagggcatt gactgtcata gatgacaacg gaatggtcat tagcatcatt 60

ttttggttcc tgttgataat tatattgata ttactttcaa tagcattgct aaatataatt 120

aagctatgca tggtgtgttg caatttagga aggacagtta ttattgttcc agtgcaacat 180

gcttacgatg cctataagaa ttttatgcga attaaagcat acaaccctga tggagcactc 240

cttgtttga                                                         249

<210>28

<211>249

<212>DNA

<213>犬科冠状病毒属

<400>28

atgacgttcc ctcgggcatt gactgtcata gatgacaatg gaatggtcat tagtatcatt 60

ttctggttcc tgttgataat tatattgata ttattttcaa tagcattgct aaatataatt 120

aagctatgca tggtatgttg caatttagga agaacagtta ttattgttcc agctcgacat 180

gcctatgatg cctataagaa ttttatgcaa attagagcat acaaccctga tgaagcactc 240

cttgtttga                                                         249

<210>29

<211>249

<212>DNA

<213>猫科冠状病毒

<400>29

atgacgttcc ctagggcatt tactatcata gatgaccatg gcatggttgt tagcgtcttc 60

ttctggctcc tgttgataat tatattgata ttgttttcaa tagcattgct aaatgttatt 120

aaattgtgca tggtatgttg caatttgggt aagactatta tagtactacc tgcacgccat 180

gcatatgatg cctataagac ctttatgcaa accaaggcat ataatcccga cgaagcattt 240

ttggtttga                                                         249

<210>30

<211>267

<212>DNA

<213>鼠肝炎病毒

<400>30

atgtttaatt tattccttac agatacagta tggtatgtgg ggcagattat ttttatagtc 60

gcagtgtgtt tgatggtcac cataatagtg gttgccttcc ttgcgtctat caaactttgt 120

attcaacttt gcggtttgtg taatactttg ttgctgtctc cttctatttg tgtgtataat 180

aggagtaagc agctttataa gtattataat gaagaagtga gaccgccccc gttagaggtg 240

gatgatataa taatccaaac attatga                                     267

<210>31

<211>267

<212>DNA

<213>大鼠冠状病毒

<400>31

atgtttaatt tattccttat agacacagta tggtacgtgg ggcagattat ttttatagtc 60

gcagtgtgtt tgatggtcac cataattgtg gttgccttcc ttgcgtctat taaactttgt 120

attcaacttt gcggtttgtg taatactttg ttgctgtctc cttctattta tgtgtataat 180

aggagtaagc agctttataa gtattataat gaagaagtga gaccgccccc gttagaggtg 240

gatgatataa taatccaaac attatga                                     267

<210>32

<211>255

<212>DNA

<213>牛冠状病毒

<400>32

atgtttatgg ctgatgctta ttttgcagac actgtgtggt atgtggggca aataattttt 60

atagttgcca tttgtttatt ggttataata gttgtagtgg catttttggc aacttttaaa 120

ttgtgtattc aactttgcgg tatgtgtaat accttagtac tgtccccttc tatttatgtg 180

tttaatagag gtaggcagtt ttatgagttt tacaacgatg taaaaccacc agttcttgat 240

gtggatgacg tttag                                                  255

<210>33

<211>327

<212>DNA

<213>传染性支气管炎病毒

<400>33

atgaatttat tgaataagtc gctagaggag aatggaagtt ttctaacagc gctttacata 60

attgtaggat ttttagcact ttatcttcta ggtagagcac ttcaagcatt tgtacaggct 120

gctgatgctt gttgtttatt ttggtataca tgggtagtaa ttccaggagc taagggtaca 180

gcctttgtat acaagtatac atatggtaga aaacttaaca atccggaatt agaagcagtt 240

attgttaacg agtttcctaa gaacggttgg aataataaaa atccagcaaa ttttcaagat 300

gcccaacgag acaaattgta ctcttga                                     327

<210>34

<211>38

<212>DNA

<213>SARS冠状病毒GD69

<400>34

cctccgcacg aaagcaagaa aaagaagtac gccggagg                         38

<210>35

<211>95

<212>DNA

<213>SARS冠状病毒GD69

<400>35

cggaagaaac aggtacgtta atagttaata gcgtacttct ttttcttgct ttcgtggtat 60

tcttgctagt cacactagcc atccttactg cgctt                            95

<210>36

<211>24

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>36

cggaagaaac aggtacgtta atag                                        24

<210>37

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>37

aagcgcagta aggatggcta                                             20

<210>38

<211>14

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>38

tattgcagca gtac                                                   14

<210>39

<211>40

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>39

gcctccgcac gaaagcaaga aaaagaagta cgccggaggc                       40

<210>40

<211>43

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>40

taatacgact cactataggc ggaagaaaca ggtacgttaa tag                   43

<210>41

<211>34

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>41

tattgcagca gtacaagcgc agtaaggatg gcta                             34

<210>42

<211>789

<212>DNA

<213>传染性胃肠炎病毒

<400>42

atgaagattt tgttaatatt agcgtgtgtg attgcatgcg catgtggaga acgctattgt 60

gctatgaaat ccgatacaga tttgtcatgt cgcaatagta cagcgtctga ttgtgagtca 120

tgcttcaacg gaggcgatct tatttggcat cttgcaaact ggaacttcag ctggtctata 180

atattgatcg tttttataac tgtgctacaa tatggaagac ctcaattcag ctggttcgtg 240

tatggcatta aaatgcttat aatgtggcta ttatggcccg ttgttttggc tcttacgatt 300

tttaatgcat actcggaata ccaagtgtcc agatatgtaa tgttcggctt tagtattgca 360

ggtgcaattg ttacatttgt actctggatt atgtattttg taagatccat tcagttgtac 420

agaaggacta agtcttggtg gtctttcaac cctgaaacta aagcaattct ttgcgttagt 480

gcattaggaa gaagctatgt gcttcctctc gaaggtgtgc caactggtgt cactctaact 540

ttgctttcag ggaatttgta cgctgaaggg ttcaaaattg caggtggtat gaacatcgac 600

aatttaccaa aatacgtaat ggttgcatta cctagcagga ctattgtcta cacacttgtt 660

ggcaagaagt tgaaagcaag tagtgcgact ggatgggctt actatgtaaa atctaaagct 720

ggtgattact caacagaggc aagaactgat aatttgagtg agcaagaaaa attattacat 780

atggtataa                                                         789

<210>43

<211>789

<212>DNA

<213>猪呼吸冠状病毒

<400>43

atgaagattt tgttgatatt agcgtgtgcg attgcatgca catgtggaga acgctattgt 60

gctatgaaag acgatacagg tttgtcatgt cgcaatggca cggcgtctga ttgtgagtca 120

tgcttcaaca gaggcgatct tatttggctt cttgcaaact ggaacttcag ctggtctata 180

atattgatca tttttattac tgtgctacaa tatggaagac ctcaattcag ctggttcgtg 240

tatggcatta aaatgcttat aatgtggcta ttatggccga ttgttttggc tcttacgatt 300

tttaatgcat actcggaata ccaagtgtcc aggtatgtaa tgttcggctt tagtattgca 360

ggtgcaattg ttacatttgt actctggatt atgtattttg taagatccat tcagttgtac 420

agaaggacta agtcttggtg gtccttcaac cctgaaacta acgcaattct ttgcgttagt 480

gcattaggaa gaagctatgt gcttcctctc gaaggtgtgc caactggtgt cactctaact 540

ttgctttcag ggaatttgta cgctgaaggg ttcaaaattg caggtggtat gaccatcgac 600

aatttgccaa aatacgtaat ggttgcatta cccagcagga ctattgttta cacacttgtt 660

ggcaagaagt tgaaagcaag tagtgcgact ggatgggctt actatgtaaa atctaaagct 720

ggtgattact caacagaggc aagaactgat aatttgagtg agcaagaaaa attattacat 780

atggtataa                                                         789

<210>44

<211>789

<212>DNA

<213>犬科冠状病毒

<400>44

atgaagaaaa ttttgttttt actagcgtgt gcaattgcat gcgtctatgg agaacgctat 60

tgtgccatga ctgaaagttc tacgtcatgt cgtaatagca cggctggcaa ctgtgcttca 120

tgcttcgaaa caggtgatct tatttggcat cttgcaaact ggaacttcag ctggtctgta 180

atattgatca tttttataac agtgttacaa tatggaagac ctcaatttag ctggttcgtg 240

tgtggcatta aaatgcttat tatgtggctg ttatggccca ttgttttagc tcttacgatt 300

tttaatgcat acctggaata ccgagtttcc agatatgtaa tgttcggctt tagtgttgca 360

ggtgcaactg ttacatttat actttggatt atgtattttg ttagatccat tcagttatac 420

agaaggacta agtcttggtg gtctttcaac cctgaaacta gcgcaattct ttgcgttagt 480

gcgttaggaa gaagctatgt gcttcctctt gaaggtgtgc caactggtgt cactctaaca 540

ttgctttcag ggaatttgtg tgctgaaggg ttcaaaattg caggtggtat gaacatcgac 600

aatttaccaa aatatgtaat ggttgcatta cctgtcagaa ccatagtcta cacacttgtt 660

ggcaagaaat tgaaagcaag tagtgcaaca ggatgggctt actatgtaaa gtctaaagct 720

ggtgattact caacagatgc acgaactgat aatttgagtg agcatgaaaa attattacat 780

atggtataa                                                         789

<210>45

<211>870

<212>DNA

<213>猫科冠状病毒

<400>45

atgcatatga tgcctataag acctttatgc aaaccaaggc atataatccc gacgaagcat 60

ttttggtttg aactaaacaa aatgaagtac attttgctaa tactcgcgtg cataattgca 120

tgcgtttatg gtgaacgcta ctgtgccatg caagacagtg gcttgcagtg tattaatggc 180

acaaattcaa gatgtcaaac ctgctttgaa cgtggtgatc ttatttggca tcttgctaac 240

tggaacttca gctggtctgt aatattgatt gtttttataa cagtgttaca atatggcaga 300

ccacaattta gctggctcgt ttatggcatt aaaatgctga tcatgtggct attatggcct 360

attgttctag cgcttacgat ttttaatgca tactctgagt accaagtttc cagatatgta 420

atgttcggct ttagtgttgc aggtgcagtt gtaacgtttg cactttggat gatgtatttt 480

gtgagatctg ttcagctata tagaagaacc aaatcatggt ggtcttttaa tcctgagact 540

aatgcaattc tttgtgttaa tgcattgggt agaagttatg tgcttccctt agatggtact 600

cctacaggtg ttacccttac tctactttca ggaaatctat atgctgaagg tttcaaaatg 660

gctggtggtt taaccatcga gcatttgcct aaatacgtca tgattgctac acctagtaga 720

accatcgttt atacattagt tggaaaacaa ttaaaagcaa ctactgccac aggatgggct 780

tactacgtaa aatctaaagc tggtgattac tcaacagaag cacgtactga caatttgagt 840

gaacatgaaa aattattaca tatggtgtaa                                  870

<210>46

<211>678

<212>DNA

<213>人冠状病毒OC43

<400>46

atgtcaaatg acaattgtac gggtgacatt gtcacccatt tgaagaattg gaattttggt 60

tggaatgtta ttctaaccat attcattgtt attcttcagt ttggacacta taaatactcc 120

agattgtttt atggtttgaa gatgcttgta ctgtggcttc tttggccact cgtacttgct 180

ttgtcaatct ttgacacctg ggctaattgg gattctaatt gggcctttgt tgcatttagc 240

ttttttatgg ccgtatcaac actcgttatg tgggtgatgt acttcgcaaa cagtttcaga 300

cttttccgac gtgctcgaac tttttgggca tggaatcctg aggttaatgc aatcactgtc 360

acaaccgtgt tgggacagac atactatcaa cccattcaac aagctccaac aggcattact 420

gtgaccttgc tgagcggcgt gctttacgtt gacggacata gattggcttc aggtgttcag 480

gttcataacc tacctgaata catgacagtt gccgtgccga gcactactat aatttatagt 540

agagtcggaa ggtccgtaaa ttcacaaaat agcacaggct gggttttcta cgtacgagta 600

aaacacggtg atttttctgc agtgagctct cccatgagca acatgacaga aaacgaaaga 660

ttgcttcatt ttttctaa                                               678

<210>47

<211>681

<212>DNA

<213>猪流行性腹泻病毒

<400>47

atgtctaacg gttctattcc cgttgatgag gtgattgaac accttagaaa ctggaatttc 60

acatggaata tcatactgac gatactactt gtagtgcttc agtatggcca ttacaagtac 120

tctgtgttct tgtatggtgt caagatggct attctatgga tactttggcc tcttgtgttg 180

gcactgtcac tttttgacgc atgggctagc ttccaggtca actgggtctt tttcgctttc 240

agcatcctta tggcttgcat cactcttatg ctgtggataa tgtattttgt caatagcatt 300

cggttgtggc gcaggacaca ttcttggtgg tctttcaatc ctgaaactga cgcgcttctc 360

actacttctg tgatgggccg acaggtctgc attccagtgc ttggagcacc aactggtgta 420

acgctaacac tccttagtgg tacattgctt gtagagggct ataaggttgc tactggcgta 480

caggtaagtc aattacctaa tttcgtcaca gtcgccaagg ccactacaac aattgtctac 540

ggacgtgttg gtcgttcagt caatgcttca tctggcactg gttgggcttt ctatgtccgg 600

tcaaaacacg gcgactattc agctgtgagt aatccgagtg cggttctcac agatagtgag 660

aaagtgcttc atttagtcta a                                           681

<210>48

<211>693

<212>DNA

<213>牛冠状病毒

<400>48

atgagtagtg taactacacc agcaccagtt tacacctgga ctgctgatga agctattaaa 60

ttcctaaagg aatggaactt ttctttgggt attatactac tttttattac aatcatattg 120

caatttggat atacaagtcg cagtatgttt gtttatgtta ttaagatgat cattttgtgg 180

cttatgtggc cccttactat catcttaact attttcaatt gcgtgtatgc gttgaataat 240

gtgtatcttg gcttttctat agttttcact atagtggcca ttatcatgtg gattgtgtat 300

tttgtgaata gtatcaggtt gtttattaga actggaagtt ggtggagttt caacccagaa 360

acaaacaact tgatgtgtat agatatgaag ggaaggatgt atgttaggcc gataattgag 420

gactaccata cccttacggt cacaataata cgtggtcatc tttacatgca aggtataaaa 480

ctaggtactg gctattcttt gtcagatttg ccagcttatg tgactgttgc taaggtctca 540

cacctgctca cgtataagcg tggttttctt gacaagatag gcgatactag tggttttgct 600

gtttatgtta agtccaaagt cggtaattac cgactgccat caacccaaaa gggttctggc 660

atggacaccg cattgttgag aaataatatc taa                              693

<210>49

<211>693

<212>DNA

<213>猪血凝性脑脊髓炎冠状病毒

<400>49

atgagtagtc caactacacc agtaccagtt attagctgga ctgctgatga agctattaaa 60

ttcctaaagg aatggaattt ttctttgggt ataatagtac tctttatcac aatcatactt 120

caatttggat atacaagtcg cagtatgttt gtttatgtta ttaagatggt tattctgtgg 180

ctcatgtggc ctcttactat aattttaact atcttcaact gcgtatacgc gttgaataat 240

gtgtaccttg gcttctctat agtttttact atagtggcca ttattatgtg ggttgtttat 300

tttgtgaata gtatcaggtt gtttattaga actggaagtt ggtggagttt caacccagaa 360

acaaacaact tgatgtgtat agatatgaag ggaagaatgt atgttaggcc gattattgag 420

gactaccaca cccttactgc cacaataata cgtggccacc tctacatcca aggtataaaa 480

ctaggtactg gctattcttt gtcagatttg cctgcttatg tgaccgttgc taaggttaca 540

cacctgtgca catataagcg tggttttctt gataggatag gcgatactag tggttttgct 600

gtttatgtta agtccaaagt cggtaattat cgattgcctt caacccataa gggctcaggc 660

atggacaccg cattgttgag aaataatatc taa                              693

<210>50

<211>687

<212>DNA

<213>鼠肝炎病毒

<400>50

atgactagta ccactcaggc tccacagcct gtttatcagt ggacggctga tgaggcaatt  60

cgattcctta aggaatggaa tttctctctc ggcattatac tactttttgt tactatcata 120

ctacagttcg gttacacgag ccgtagcatg tttgtttatg ttgtgaaaat gatacttttg 180

tggcttatgt ggccactaac tattgttttg tgtattttta actgcgtcta tgcgctaaat 240

aatgtgtatc ttggattttc tatagtgttt actatagtgt ccattataat gtggattatg 300

tattttgtta atagcatcag gttgtttatc aggactggca gctggtggag cttcaacccc 360

gaaacaaaca acctaatgtg tatagatatg aaaggtactg tgtatgttag acccattata 420

gaggattacc atacactaac agccactatc attcgtggtc acctctatat gcaaggtgtt 480

aagctaggca ctggcttctc tttgtctgat ttgcctgctt atgttacagt tgctaaggtg 540

tctcaccttt gcacttataa gcgcgcattc ttagacaagg tagacggtgt tagcggtttt 600

gctgtttatg tgaagtccaa ggtcggaaat taccgactgc cctcaaataa accgagtggc 660

atggacaccg cattgttgag aatctaa                                     687

<210>51

<211>687

<212>DNA

<213>大鼠冠状病毒

<400>51

atgagtagta ccactccagc cccccagact gtctatcaat ggacggccga tgtggcagtt 60

cgattcctta aggaatggaa cttcttgttg ggcattatac tactctttat tactatcata 120

ctacagttcg gttacacgag ccgtagcatg tttatatatg ttgtgaaaat gataatcttg 180

tggttaatgt ggccactgac tattgttttg tgtattttta attgcgtgta tgcgctaaat 240

aatgtgtatc ttggattttc tatagtgttt actatagtgt ccattgtaat gtggattatg 300

tattttgtta atagcataag gttgtttatc aggactggta gctggtggag cttcaaccct 360

gaaacaaaca acctaatgtg tatagatgtg aaaggtactg tgtatgttag acccattatt 420

gaagattacc atacactaac agccacaaat gtacgtggcc acctttatat gcaaggtgtt 480

aagctaggca ctggcttctc tttgtctgat ttgcccgctt atgttacagt tgctaaggtg 540

tcgcaccttt gcacttataa gcgcgcattt ttagacaagg ttgacggtgt tagcggtttt 600

gctgtttatg tgaagtccaa ggtcggtaat taccgactgc cctcaaataa accgagtggc 660

gcggacaccg cattgttgag aatctaa                                     687

<210>52

<211>675

<212>DNA

<213>SARS冠状病毒urbani

<400>52

ttgcttatca tggcagacaa cggtactatt accgttgagg agcttaaaca actcctggaa 60

caatggaacc tagtaatagg tttcctattc ctagcctgga ttatgttact acaatttgcc 120

tattctaatc ggaacaggtt tttgtacata ataaagcttg ttttcctctg gctcttgtgg 180

ccagtaacac ttgcttgttt tgtgcttgct gctgtctaca gaattaattg ggtgactggc 240

gggattgcga ttgcaatggc ttgtattgta ggcttgatgt ggcttagcta cttcgttgct 300

tccttcaggc tgtttgctcg tacccgctca atgtggtcat tcaacccaga aacaaacatt 360

cttctcaatg tgcctctccg ggggacaatt gtgaccagac cgctcatgga aagtgaactt 420

gtcattggtg ctgtgatcat tcgtggtcac ttgcgaatgg ccggacaccc cctagggcgc 480

tgtgacatta aggacctgcc aaaagagatc actgtggcta catcacgaac gctttcttat 540

tacaaattag gagcgtcgca gcgtgtaggc actgattcag gttttgctgc atacaaccgc 600

taccgtattg gaaactataa attaaataca gaccacgccg gtagcaacga caatattgct 660

ttgctagtac agtaa                                                  675

<210>53

<211>675

<212>DNA

<213>SARS冠状病毒Tor2

<400>53

ttgcttatca tggcagacaa cggtactatt accgttgagg agcttaaaca actcctggaa 60

caatggaacc tagtaatagg tttcctattc ctagcctgga ttatgttact acaatttgcc 120

tattctaatc ggaacaggtt tttgtacata ataaagcttg ttttcctctg gctcttgtgg 180

ccagtaacac ttgcttgttt tgtgcttgct gctgtctaca gaattaattg ggtgactggc 240

gggattgcga ttgcaatggc ttgtattgta ggcttgatgt ggcttagcta cttcgttgct 300

tccttcaggc tgtttgctcg tacccgctca atgtggtcat tcaacccaga aacaaacatt 360

cttctcaatg tgcctctccg ggggacaatt gtgaccagac cgctcatgga aagtgaactt 420

gtcattggtg ctgtgatcat tcgtggtcac ttgcgaatgg ccggacactc cctagggcgc 480

tgtgacatta aggacctgcc aaaagagatc actgtggcta catcacgaac gctttcttat 540

tacaaattag gagcgtcgca gcgtgtaggc actgattcag gttttgctgc atacaaccgc 600

taccgtattg gaaactataa attaaataca gaccacgccg gtagcaacga caatattgct 660

ttgctagtac agtaa                                                  675

<210>54

<211>678

<212>DNA

<213>传染性支气管炎病毒

<400>54

atgcccaacg agacaaattg tactcttgac tttgaacagt cagttcagct ttttaaagag 60

tataatttat ttataactgc attcttgttg ttcttaacca taatacttca gtatggctat 120

gcaacaagaa gtaaggttat ttatacactg aaaatgatag tgttatggtg cttttggccc 180

cttaacattg cagtaggtgt aatttcatgt acatacccac caaacacagg aggtcttgtc 240

gcagcgataa tacttacagt gtttgcgtgt ctgtcttttg taggttattg gatccagagt 300

attagactct ttaagcggtg taggtcatgg tggtcattta atccagaatc taatgccgta 360

ggttcaatac tcctaactaa tggtcaacaa tgtaattttg ctatagagag tgtgccaatg 420

gtgctttctc caattataaa gaatggtgtt ctttattgtg agggtcagtg gcttgctaag 480

tgtgaaccag accacttgcc taaagatata tttgtttgta caccggatag acgtaatatc 540

taccgtatgg tgcagaaata tactggtgac caaagcggaa ataagaaaag gtttgctacg 600

tttgtctatg caaagcagtc agtagatact ggcgagctag aaagtgtagc aacaggagga 660

agtagtcttt acacataa                                               678

<210>55

<211>38

<212>DNA

<213>SARS冠状病毒GD69

<400>55

cctccgaccc aattaattct gtagacagca gccggagg                         38

<210>56

<211>107

<212>DNA

<213>SARS冠状病毒GD69

<400>56

cttgttttcc tctggctctt gtggccagta acacttgctt gttttgtgct tgctgctgtc 60

tacagaatta attgggtgac tggcgggatt gcgattgcaa tggcttg               107

<210>57

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>57

cttgttttcc tctggctctt g                                           21

<210>58

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>58

caagccattg caatcgcaat c                                           21

<210>59

<211>14

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>59

aagcaacgaa gtag                                                   14

<210>60

<211>40

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>60

gcctccgacc caattaattc tgtagacagc agccggaggc                       40

<210>61

<211>40

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>61

taatacgact cactataggc ttgttttcct ctggctcttg                       40

<210>62

<211>35

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>62

aagcaacgaa gtagcaagcc attgcaatcg caatc                            35

<210>63

<211>1149

<212>DNA

<213>传染性胃肠炎病毒

<400>63

atggccaacc agggacaacg tgtcagttgg ggagatgaat ctaccaaaac acgtggtcgt 60

tccaattccc gtggtcggaa gaataataac atacctcttt cattcttcaa ccccataacc 120

ctccaacaag gttcaaaatt ttggaactta tgtccgagag actttgtacc caaaggaata 180

ggtaacaggg atcaacagat tggttattgg aatagacaaa ctcgctatcg catggtgaag 240

ggccaacgta aagagcttcc tgaaaggtgg ttcttctact acttaggtac tggacctcat 300

gcagatgcca aatttaaaga taaattagat ggagttgtct gggttgccaa ggatggtgcc 360

atgaacaaac caaccacgct tggtagtcgt ggtgctaata atgaatccaa agctttgaaa 420

ttcgatggta aagtgccagg cgaatttcaa cttgaagtta atcaatcaag agacaattca 480

aggtcacgct ctcaatctag atctcggtct agaaatagat ctcaatctag aggcaggcaa 540

caattcaata acaagaagga tgacagtgta gaacaagctg ttcttgccgc acttaaaaag 600

ttaggtgttg acacagaaaa acaacagcaa cgctctcgtt ctaaatctaa agaacgtagt 660

aactctaaga caagagatac tacacctaag aatgaaaaca aacacacctg gaagagaact 720

gcaggtaaag gtgatgtgac aagattttat ggagctagaa gcagttcagc caattttggt 780

gacactgacc tcgttgccaa tgggagcagt gccaagcatt acccacaact ggctgaatgt 840

gttccatctg tgtctagcat tctgtttgga agctattgga cttcaaagga agatggcgac 900

cagatagaag tcacgttcac acacaaatac cacttgccaa aggatgatcc taagactgga 960

caattccttc agcagattaa tgcctatgct cgtccatcag aagtggcaaa agaacagaga 1020

aaaagaaaat ctcgttctaa atctgcagaa aggtcagagc aagatgtggt acctgatgca 1080

ttaatagaaa attatacaga tgtgtttgat gacacacagg ttgagataat tgatgaggta 1140

acgaactaa                                                         1149

<210>64

<211>1149

<212>DNA

<213>猪呼吸冠状病毒

<400>64

atggccaacc agggacaacg tgtcagttgg ggggatgaat ccaccaaaat acgtggtcgc 60

tccaattccc gtggtcggaa gattaataac atacctcttt cattcttcaa ccccataacc 120

ctccagcaag gtgcaaaatt ttggaactca tgtccgagag attttgtacc caaaggaata 180

ggtaataggg atcaacagat tggttattgg aatagacaaa ctcgctatcg catggtgaag 240

ggccaacgta aagagcttcc tgaaaggtgg ttcttttact acttaggcac tggacctcat 300

gcagatgcca aatttaaaga taaattagat ggagttgtct gggttgccaa ggatggtgcc 360

atgaacaaac caaccacgct tggtagtcgt ggtgctaata atgaatccaa agctttgaaa 420

ttcgatggta aagtgccagg cgaatttcaa cttgaagtta accagtctag ggacaactca 480

aggtcacgct ctcaatctag atcgcggtct agaaacagat ctcaatctag aggtaggcaa 540

caatccaata acaagaagga tgacagtgta gaacaagctg ttcttgccgc acttaaaaag 600

ttaggtgttt acacagaaaa acaacagcaa cgctctcgtt ctaaatctaa agaacgtagt 660

aactctaaaa caagagatac tacgcctaag aatgaaaaca aacacacctg gaagagaact 720

gcaggtaaag gtgatgtgac aagattttat ggagctagaa gcagctcagc caattttggt 780

gacagtgacc tcgttgccaa tgggagcagt gccaagcatt acccacaatt ggctgaatgt 840

gttccatctg tgtctagcat tttgtttgga agctattgga cttcaaagga agatggcgac 900

cagatagaag tcacgttcac acacaaatac cacttgccaa aggatcatcc taaaactgaa 960

caattccttc agcagattaa tgcctatgct agcccatcag aattggcaaa agaacagaga 1020

aaaagaaagt ctcgttctaa atctgcagaa aggtcagagc aagaggtggt acctgattca 1080

ttaatagaaa actatacaga tgtgtttgat gacacacagg ttgagatgat tgacgaggta 1140

acgaactaa                                                         1149

<210>65

<211>1146

<212>DNA

<213>犬科冠状病毒

<400>65

atggcctctc agggacaacg tgtcagttgg ggagatgaat ccaccaagag acgcggtcgt 60

tctaattctc gtggccggaa gaataatgat atacctcttt cattcttcaa ccccattacc 120

ctcgagcaag gatcaaagtt ttgggactta tgtccgagag actttgtacc caaaggaata 180

ggtaataagg atcaacaaat tggttattgg aacaggcaaa cccgttatcg catggtgaag 240

ggtcgacgta aaaatcttcc tgaaaagtgg ttcttctact atttaggaac tggacctcat 300

gctgatgcca aatttaagca aaaattagat ggagttgtct gggttgctag gggagattcc 360

atgactaagc caacaactct tggtactcgt ggcactaata atgaatcaaa ggctttgaaa 420

ttcgatgtca aagtaccatc agaatttcac cttgaagtga accaattaag ggacaattca 480

aggtctaggt ctcaatctag atctcagtcc agaaataggt ctcaatctag aggaaggcaa 540

ctatccaata ataagaagga tgacaatgtt gaacaagctg ttcttgctgc actcaaaaag 600

ttaggtgttg acacagaaaa acaacaaaga tctcgttcca aatctaagga acgtagcagc 660

tctaagacaa gagatactac acctaagaat gaaaacaaac acacctggaa gagaactgca 720

ggtaaaggtg atgtgacaaa attttatgga gctagaagta gttcagccaa ttttggtgac 780

agcgatcttg ttgccaatgg gaacggtgcc aagcattacc cacaactggc tgaatgtgtt 840

ccatctgtat ctagcattct gtttggaagc cattggactg ctaaggaaga tggtgaccag 900

attgaagtca cattcacaca caaataccac ttgccaaagg atgatcctaa gactggacaa 960

ttccttcagc agattaatgc atacgcccgt ccatcagagg tggctaaaga acagagacaa 1020

cgcaaagctc gttctaaatc tgtagaaagg gtagagcaag aggttgtacc tgatgcatta 1080

acagaaaatt acacagatgt gtttgatgac acacaggttg agattattga tgaggtaacg 1140

aactaa                                                            1146

<210>66

<211>1134

<212>DNA

<213>猫科冠状病毒

<400>66

atggccacac agggacaacg cgtcaactgg ggagatgaac cttccaaaag acgtggtcgt 60

tctaactctc gtggtcggaa gaataatgat atacctttgt cattctacaa ccccattacc 120

ctcgaacaag gatctaaatt ttggaattta tgtccgagag accttgttcc caaaggaata 180

ggtaataagg atcaacaaat tggttattgg aatagacaga ttcgttatcg tattgtaaaa 240

ggccagcgta aggaactcgc tgagaggtgg ttcttttact tcttaggtac aggacctcat 300

gctgatgcta aattcaaaga caagattgat ggagtcttct gggttgcaag ggatggtgcc 360

atgaacaagc ccacaacgct tggcactcgt ggaaccaata acgaatccaa accactgaga 420

tttgatggta agataccgcc acagtttcag cttgaagtga accgttctag gaacaattca 480

aggtctggtt ctcagtctag atctgtttca agaaacagat ctcaatctag aggaagacac 540

cattccaata accagaataa taatgttgag gatacaattg tagccgtgct tgaaaaatta 600

ggtgttactg acaaacaaag gtcacgttct aaacctagag aacgtagtga ttccaaacct 660

agggacacaa cacctaagaa tgccaacaaa cacacctgga agaaaactgc aggcaaggga 720

gatgtgacaa ctttctatgg tgctagaagt agttcagcta actttggtga tagtgatctc 780

gttgccaatg gtaacgctgc caaatgctac cctcagatag ctgaatgtgt tccatcagtg 840

tctagcataa tctttggcag tcaatggtct gctgaagaag ctggtgatca agtgaaagtc 900

acgctcactc acacctacta cctgccaaag gatgatgcca aaactagtca attcctagaa 960

cagattgacg cttacaagcg accttctgaa gtggctaagg atcagaggca aagaagatcc 1020

cgttctaagt ctgctgataa gaagcctgag gagttgtctg taactcttgt ggaggcatac 1080

acagatgtgt ttgatgacac acaggttgag atgattgatg aggttacgaa ctaa       1134

<210>67

<211>1269

<212>DNA

<213>SARS冠状病毒urbani

<400>67

atgtctgata atggacccca atcaaaccaa cgtagtgccc cccgcattac atttggtgga 60

cccacagatt caactgacaa taaccagaat ggaggacgca atggggcaag gccaaaacag 120

cgccgacccc aaggtttacc caataatact gcgtcttggt tcacagctct cactcagcat 180

ggcaaggagg aacttagatt ccctcgaggc cagggcgttc caatcaacac caatagtggt 240

ccagatgacc aaattggcta ctaccgaaga gctacccgac gagttcgtgg tggtgacggc 300

aaaatgaaag agctcagccc cagatggtac ttctattacc taggaactgg cccagaagct 360

tcacttccct acggcgctaa caaagaaggc atcgtatggg ttgcaactga gggagccttg 420

aatacaccca aagaccacat tggcacccgc aatcctaata acaatgctgc caccgtgcta 480

caacttcctc aaggaacaac attgccaaaa ggcttctacg cagagggaag cagaggcggc 540

agtcaagcct cttctcgctc ctcatcacgt agtcgcggta attcaagaaa ttcaactcct 600

ggcagcagta ggggaaattc tcctgctcga atggctagcg gaggtggtga aactgccctc 660

gcgctattgc tgctagacag attgaaccag cttgagagca aagtttctgg taaaggccaa 720

caacaacaag gccaaactgt cactaagaaa tctgctgctg aggcatctaa aaagcctcgc 780

caaaaacgta ctgccacaaa acagtacaac gtcactcaag catttgggag acgtggtcca 840

gaacaaaccc aaggaaattt cggggaccaa gacctaatca gacaaggaac tgattacaaa 900

cattggccgc aaattgcaca atttgctcca agtgcctctg cattctttgg aatgtcacgc 960

attggcatgg aagtcacacc ttcgggaaca tggctgactt atcatggagc cattaaattg 1020

gatgacaaag atccacaatt caaagacaac gtcatactgc tgaacaagca cattgacgca 1080

tacaaaacat tcccaccaac agagcctaaa aaggacaaaa agaaaaagac tgatgaagct 1140

cagcctttgc cgcagagaca aaagaagcag cccactgtga ctcttcttcc tgcggctgac 1200

atggatgatt tctccagaca acttcaaaat tccatgagtg gagcttctgc tgattcaact 1260

caggcataa                                                         1269

<210>68

<211>1269

<212>DNA

<213>SARS冠状病毒Tor2

<400>68

atgtctgata atggacccca atcaaaccaa cgtagtgccc cccgcattac atttggtgga 60

cccacagatt caactgacaa taaccagaat ggaggacgca atggggcaag gccaaaacag 120

cgccgacccc aaggtttacc caataatact gcgtcttggt tcacagctct cactcagcat 180

ggcaaggagg aacttagatt ccctcgaggc cagggcgttc caatcaacac caatagtggt 240

ccagatgacc aaattggcta ctaccgaaga gctacccgac gagttcgtgg tggtgacggc 300

aaaatgaaag agctcagccc cagatggtac ttctattacc taggaactgg cccagaagct 360

tcacttccct acggcgctaa caaagaaggc atcgtatggg ttgcaactga gggagccttg 420

aatacaccca aagaccacat tggcacccgc aatcctaata acaatgctgc caccgtgcta 480

caacttcctc aaggaacaac attgccaaaa ggcttctacg cagagggaag cagaggcggc 540

agtcaagcct cttctcgctc ctcatcacgt agtcgcggta attcaagaaa ttcaactcct 600

ggcagcagta ggggaaattc tcctgctcga atggctagcg gaggtggtga aactgccctc 660

gcgctattgc tgctagacag attgaaccag cttgagagca aagtttctgg taaaggccaa 720

caacaacaag gccaaactgt cactaagaaa tctgctgctg aggcatctaa aaagcctcgc 780

caaaaacgta ctgccacaaa acagtacaac gtcactcaag catttgggag acgtggtcca 840

gaacaaaccc aaggaaattt cggggaccaa gacctaatca gacaaggaac tgattacaaa 900

cattggccgc aaattgcaca atttgctcca agtgcctctg cattctttgg aatgtcacgc 960

attggcatgg aagtcacacc ttcgggaaca tggctgactt atcatggagc cattaaattg 1020

gatgacaaag atccacaatt caaagacaac gtcatactgc tgaacaagca cattgacgca 1080

tacaaaacat tcccaccaac agagcctaaa aaggacaaaa agaaaaagac tgatgaagct 1140

cagcctttgc cgcagagaca aaagaagcag cccactgtga ctcttcttcc tgcggctgac 1200

atggatgatt tctccagaca acttcaaaat tccatgagtg gagcttctgc tgattcaact 1260

caggcataa                                                         1269

<210>69

<211>1347

<212>DNA

<213>牛冠状病毒

<400>69

atgtctttta ctcctggtaa gcaatccagt agtagagcgt cctttggaaa tcgttctggt 60

aatggcatcc ttaagtgggc cgatcagtcc gaccaatcta gaaatgttca aaccaggggt 120

agaagagctc aacccaagca aactgctact tctcagctac catcaggagg gaatgttgta 180

ccctactatt cttggttctc tggaattact cagtttcaaa aaggaaagga gtttgaattt 240

gcagagggac aaggtgtgcc tattgcacca ggagtcccag ctactgaagc taaggggtac 300

tggtacagac acaacagacg ttcttttaaa acagccgatg gcaaccagcg tcaactgctg 360

ccacgatggt atttttacta tcttggaaca ggaccgcatg ccaaagacca gtatggcacc 420

gatattgacg gagtcttctg ggtcgctagt aaccaggctg atgtcaatac cccggctgac 480

attctcgatc gggacccaag tagcgatgag gctattccga ctaggtttcc gcctggcacg 540

gtactccctc agggttacta tattgaaggc tcaggaaggt ctgctcctaa ttccagatct 600

acttcacgcg catccagtag agcctctagt gcaggatcgc gtagtagagc caattctggc 660

aacagaaccc ctacctctgg tgtaacacct gatatggctg atcaaattgc tagtcttgtt 720

ctggcaaaac ttggcaagga tgccactaag ccacagcaag taactaagca gactgccaaa 780

gaaatcagac agaaaatttt gaataagccc cgccagaaga ggagccccaat aaacaatgc 840

actgttcagc agtgttttgg gaagagaggc cccaatcaga attttggtgg tggagaaatg 900

ttaaaacttg gaactagtga cccacagttc cccattcttg cagaactcgc acccacagct 960

ggtgcgtttt tctttggatc aagattagag ttggccaaag tgcagaattt gtctgggaat 1020

cttgacgagc cccagaagga tgtttatgaa ttgcgctata atggtgcaat tagatttgac 1080

agtacacttt caggttttga gaccataatg aaggtgttga atgagaattt gaatgcatat 1140

caacaacaag atggtatgat gaatatgagt ccaaaaccac agcgtcagcg tggtcagaag 1200

aatggacaag gagaaaatga taatataagt gttgcagcgc ctaaaagccg tgtgcagcaa 1260

aataagagta gagagttgac tgcagaggac atcagccttc ttaagaagat ggatgagccc 1320

tatactgaag acacctcaga aatataa                                     1347

<210>70

<211>1350

<212>DNA

<213>猪血凝性脑脊髓炎冠状病毒

<400>70

atgtctttca ctcctggcaa gcagtccagc agtagagcgt cctctggaaa tcgttctggt 60

aatggcatcc ttaagtgggc cgatcagtcc gaccagtcta gaaatgttca aaccaggggt 120

agaagagttc aatccaagca aactgctact tctcagcaac catcaggagg gactgttgta 180

ccctactatt cttggttctc tggaattact cagtttcaaa agggaaagga gtttgaattt 240

gcagagggac aaggtgtgcc tattgcacca ggagtcccat ctactgaagc taaggggtac 300

tggtacagac acaacagacg ttcttttaaa acagccgacg gcaatcagcg tcaactgctg 360

ccacgatggt acttttacta cctgggaaca ggaccgcatg ccaaagacca gtacggcacc 420

gacattgacg gagtcttctg ggtcgctagt aaccaggctg atattaatac cccggctgac 480

attgtcgatc gggatccaag tagcgatgag gctattccga ctaggtttcc gcctggcacg 540

gtactccctc aaggttacta tattgaaggc tcaggaaggt ctgctcctaa ttccagatct 600

acttcgcgtg cacccaatag agcccctagt gcaggatcgc gtagtagagc caattctggc 660

aatagaacct ctacccctgg tgtaacacct gacatggctg atcaaattgc tagtcttgtt 720

ctggcaaaac ttggcaagga tgccactaag cctcagcaag taactaagca gactgccaaa 780

gaggtcagac agaaaatctt gaataagccc cgccagaaga ggagccccaa caaacaatgc 840

actgttcagc agtgttttgg gaagagaggc cccaatcaga attttggtgg tggagaaatg 900

ttaaaacttg gaactagtga cccacagttc cccattcttg cagaactcgc acccacagct 960

ggtgcgtttt tctttggatc aagattagag ttggccaaag tgcagaattt gtctgggaat 1020

cctgacgagc cccagaagga tgtttatgaa ttgcgctata atggcgcgat tagatttgac 1080

agcacactct caggttttga aaccattatg aaggtgctta accagaattt gaatgcctat 1140

caacatcagg aagatgggat gatgaatatt agtcctaaac cacagcggca gcgtggtcag 1200

aagaatggac aagtagaaaa tgataatgta agtgttgcag cgcctaaaag ccgtgtgcag 1260

caaaataaga gtagagagtt gacagcagag gacatcagcc ttcttaagaa gatggatgag 1320

ccctatactg aagatacctc agaaatataa                                  1350

<210>71

<211>1356

<212>DNA

<213>鼠肝炎病毒

<400>71

atgtcttttg ttcctgggca agaaaatgcc ggtagcagaa gctcctctgg aaaccgcgct 60

ggtaatggca tcctcaagaa gaccacttgg gctgaccaaa ccgagcgtgg aaatagaggc 120

agaaggaacc atcccaagca gactgcaact actcagccca atgccgggag tgtggttccc 180

cattactctt ggttttcggg catcacccag tttcaaaagg gaaaggagtt ccagtttgca 240

caaggacagg gagtgcctat tgccagtgga atccccgctt cagagcaaaa gggatattgg 300

tatagacaca accgacgttc ttttaaaaca cctgatggcc agcacaagca gctactgccc 360

agatggtatt tttactatct tggaacaggg ccccatgctg gcgcagagt atggcgacgat 420

atcgaaggag ttgtctgggt cgcaagccaa caggccgaca ctaagaccac tgccgatgtt 480

gttgaaaggg acccaagcag tcatgaggct attcctacta ggtttgcgcc cggcacggta 540

ttgcctcagg gcttttatgt agaaggctcg ggaaggtctg cacctgctag tcgatctggt 600

tcgcggtcac aatcccgtgg gccaaataat cgcgctagaa gcagttccaa ccagcgccag 660

cctgcctctg ctgtaaaacc tgacatggcc gaagaaattg ctgctcttgt tttggctaag 720

cttggtaaag atgccggcca gcccaagcag gtaactaagc aaagcgccaa agaagtcagg 780

cagaaaattt taactaagcc tcgtcaaaag aggactccaa acaagcagtg cccagtgcag 840

cagtgttttg ggaagagagg ccctaatcag aactttggag gctctgaaat gttaaaactt 900

ggaactagtg atccgcagtt ccccattctt gcagagttgg ctccaacacc tagtgccttc 960

ttctttggat ctaaattaga attggtcaaa aagaactctg gtggtgctga tgaacccacc 1020

aaagatgttt atgaattgca gtattcaggt gcaattagat ttgatagtac tctacccggt 1080

tttgagacta tcatgaaagt gttgactgag aatttgaatg cctaccagga ccaagctggt 1140

agtgtagatc tagtgagccc aaagcctcca agaagaggtc gtagacaggc tcaagaaaag 1200

aaagatgaag tagataatgt aagcgttgca aagcccaaaa gcttggtgca gcgaaatgta 1260

agtagagaat taacccccga ggatcgtagc ctgctggctc agatcctaga cgatggcgtt 1320

gtgccagatg ggttggaaga tgactctaat gtgtaa                           1356

<210>72

<211>1365

<212>DNA

<213>大鼠冠状病毒

<400>72

atgtcttttg ttcccggaca agaaaacgcc ggtagcagaa gctcctctgg aaaccgcgct 60

ggtaatggaa tcctcaagaa gaccacttgg gctgaccaaa ccgagcgcgg acaaaataat 120

ggaaatagag gcagaaggaa tcagcccaag cagactgcaa ctactcagcc caataccggg 180

agtgtggttc cccattactc ttggttttcg ggcattaccc aattccagaa gggaaaagag 240

ttccagtttg caggtggaca aggagtgcct attgccaatg gaatcccacc ttctgagcaa 300

aagggatatt ggtatagaca caaccgtcgt tcttttaaaa cacctgatgg gcagcagaag 360

caactactcc ccagatggta tttttactat cttgggacgg gcccccatgc tggagccagt 420

ttcggagaca gcattgaggg agtcttctgg gttgcaaata gtcaggcgga taccaacacc 480

tctgctgaca ttgttgaaag ggacccaagt agccatgagg ctattcctac taggtttgcg 540

cccggtacgg tattgcctca gggtttctat gttgaaggct cgggaaggtc tgcacctgct 600

agtcgatctg gttcgcggtc acaatcccgt gggccaaata atcgcgctag aagcagttcc 660

aaccagcgcc agcctgcctc tactgtaaaa cctgatatgg ccgaagaaat tgctgctctt 720

gttttggcta atctaggcaa agatgccgga cagcctaagc aagtaactaa gcaaagtgcc 780

aaagaagtca ggcagaaaat tttaaataag cctcgccaaa agaggactcc aaacaagcag 840

tgcccagtgc agcagtgttt tggaaagaga ggccccaatc agaattttgg aggccctgaa 900

atgttaaaac ttggaactag tgatccacag ttccccattc ttgcagagtt ggccccaaca 960

cctggtgcct tcttctttgg atctaaatta gaattggtca aaaagaattc tggtggcgtt 1020

gatgaaccca ccaaagatgt gtatgagctg caatattcag gtgcagtcag atttgatagt 1080

actctacctg gttttgagac tatcatgaaa gtgttgaatg agaatttgaa tgcctaccag 1140

aatcaagctg gtggtgcaga tgtagtgagc ccaaagcccc aaagaaagag agggacgaaa 1200

caaacggctc agaaagaaga attagatagt ataagcgttg caaagcccaa aagtgccgtg 1260

cagcgaaatg taagcagaga attaacccca gaggatagaa gcctgttggc gcagatccta 1320

gatgatggcg ttgtgcctga tgggttagat gactctaatg tgtaa                 1365

<210>73

<211>1111

<212>DNA

<213>人冠状病毒OC43

<400>73

atggctacag tcaaatgggc tgatgcatct gaaccacaac gtggtcgtca gggtagaata 60

ccttattctc tttatagccc tttgcttgtt gatagtgaac aaccttggaa ggtgatacct 120

cgtaatttgg tacccatcaa caagaaagac aaaaataagc ttataggcta ttggaatgtt 180

caaaaacgtt tcagaactag aaagggcaaa cgggtggatt tgtcacccaa gctgcatttt 240

tattatcttg gcacaggacc ccataaagat gcaaaattta gagagcgtgt tgaaggtgtc 300

gtctgggttg ctgttgatgg tgctaaaact gaacctacag gttacggtgt taggcgcaag 360

aattcagaac cagagatacc acacttcaat caaaagctcc caaatggtgt tactgttgtt 420

gaagaacctg actcccgtgc tccttcccgg tctcagtcga ggtcgcagag tcgcggtcgt 480

ggtgaatcca aacctcaatc tcggaatcct tcaagtgaca gaaaccataa cagtcaggat 540

gacatcatga aggcagttgc tgcggctctt aaatctttag gttttgacaa gcctcaggaa 600

aaagataaaa agtcagcgaa aacgggtact cctaagcctt ctcgtaatca gagtcctgct 660

tcttctcaaa cttctgccaa gagtcttgct cgttctcaga gttctgaaac aaaagaacaa 720

aagcatgaaa tgcaaaagcc acggtggaaa agacagccta atgatgatgt gacatctaat 780

gtcacacaat gttttggccc cagagacctt gaccacaact ttggaagtgc aggtgttgtg 840

gccaatggtg ttaaagctaa aggctatcca caatttgctg agcttgtgcc gtcaacagct 900

gctatgctgt ttgatagtca cattgtttcc aaagagtcag gcaacactgt ggtcttgact 960

ttcactacta gagtgactgt gcccaaagac catccacact tgggtaagtt tcttgaggag 1020

ttaaatgcat tcactagaga aatgcaacaa cactgaacca gtgcgtgatg aagtttctat 1080

tgaaactgac ataattgatg aagtaaacta a                                1111

<210>74

<211>1326

<212>DNA

<213>猪流行性腹泻病毒

<400>74

atggcttctg tcagctttca ggatcgtggc cgcaaacggg tgccattatc tctctatgcc 60

cctcttaggg ttactaatga caagcccctt tctaaggtac ttgcaaacaa cgctgtaccc 120

actaacaagg ggaataagga ccagcaaatt gggtactgga atgagcaaat tcgctggcgc 180

atgcgccgtg gtgagcgaat tgaacaacct tccaattggc atttctacta cctcggaaca 240

ggacctcacg gcgacctccg ttataggact cgtactgagg gtgttttctg ggttgctaaa 300

gaaggcgcaa agactgaacc cactaatttg ggtgtcagaa aggcgtctga aaagccaatc 360

attccaaaat tctctcaaca gctccccagt gtagttgaga ttgttgaacc taacacacct 420

cctgcttcac gtgcaaattc gcgtagcagg agtcgtggca atggcaacaa taggtctaga 480

tctccaagta acaacagagg caataaccag tcccgtggta attcacagaa tcgtggaaat 540

aaccagggtc gtggagcttc tcagaacaga ggaggcaata ataataacaa taacaagtct 600

cgtaaccagt ccaataacag gaaccagtca aatgaccgtg gtggtgtaac atcacgcgat 660

gatctggtgg ctgctgtcaa ggatgcactt aaatctttgg gtattggaga aaatcctgac 720

aggcataagc aacagcagaa gcctaagcag gaaaagtctg acaacagcgg caaaaataca 780

cctaagaaga acaaatccag ggccacttcg aaggaacgtg acctcaaaga catcccagag 840

tggaggagaa ttcccaaggg cgaaaatagc gtagcagctt gcttcggacc cagagggggc 900

ttcaaaaact ttggagatgc ggaatttgtc gaaaaaggtg ttgatgcgtc aggctatgct 960

cagatcgcca gtttagcacc aaatgttgca gcattgctct ttggtggtaa tgtggctgtt 1020

cgtgagctag cggactctta cgagattaca tacaactata aaatgactgt gccaaagtca 1080

gatccaaatg ttgagcttct tgtttcacag gtggatgcat ttaaaactgg gaatgcaaaa 1140

ctccagagaa agaaggaaaa gaagaacaag cgtgaaacca cgctgcagca gcatgaagag 1200

gccatctacg atgatgtggg tgcgccatct gatgtgaccc atgccaatct ggaatgggac 1260

acagctgttg atggtggtga tacggccgtt gaaattatca acgagatctt cgatacagga 1320

aattaa                                                            1326

<210>75

<211>1230

<212>DNA

<213>传染性支气管炎病毒

<400>75

atggcaagcg gtaaagcagc tggaaaaaca gacgccccag cgccagtcat taaactagga 60

ggaccaaaac cacctaaagt cggttcttct ggaaatgcat cttggtttca agcaataaaa 120

gccaagaagt taaatacacc tccgcccaag tttgaaggta gcggtgttcc tgataacgaa 180

aacattaagc caagccagca acatggatac tggagacgcc aagccaggtt taagccaggc 240

aaaggtggaa gaaaaccagt cccagatgct tggtactttt actatactgg aacaggacct 300

gccgctgacc tgaactgggg tgatactcaa gatggtatag tgtgggttgc tgctaagggt 360

gctgatacta aatctagatc caatcagggt acaagagatc ctgataagtt tgaccaatac 420

ccactacgat tctcggatgg cggacctgat ggtaatttcc gttgggactt cattcccctg 480

aaccgtggta ggagtggaag atcaacagca gcttcatcag cagcagctag tagagcacca 540

tcacgtgaag gttcgcgtgg tcgtagaagt gattctggag atgaccttat tgctcgtgca 600

gcaaagataa tccaggatca gcagaaaaag ggctctcgca ttaccaaggc aaaggcagat 660

gaaatggctc atcgccggta ttgcaagcgc actatcccac ctaattatag ggttgatcaa 720

gtgtttggtc cccgtactaa aggtaaggag gggaattttg gtgatgacaa gatgaatgag 780

gaaggtatta aggatgggcg tgttacagca atgctcaacc tagtccctag cagccatgct 840

tgtctttttg gaagtagagt gacacccaaa cttcaactag atgggcttca cttgagattt 900

gaatttacta ctgtggtccc atgtgatgac ccgcagtttg ataattatgt gaaaatttgt 960

gatcagtgtg tcgatggtgt aggaacgcgt ccaaaagatg acgaaccaaa accaaagtca 1020

cgctcaagtt caagacctgc tacaagagga aattctccag cgccaagaca acagcgccca 1080

aagaaggaga aaaagctaaa gaagcaggat gatgaagcag ataaagcatt gacctcagat 1140

gaggagagga acaatgcaca gctggaattt tatgatgagc ccaaggtaat taactggggg 1200

gatgcagctc taggagagaa tgaactttga                                  1230

<210>76

<211>38

<212>DNA

<213>SARS冠状病毒GD69

<400>76

cctccgtacc atctggggct gagctctttc atcggagg                         38

<210>77

<211>95

<212>DNA

<213>SARS冠状病毒GD69

<400>77

acgagttcgt ggtggtgacg gcaaaatgaa agagctcagc cccagatggt acttctatta 60

cctaggaact ggcccagaag cttcacttcc ctacg                            95

<210>78

<211>19

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>78

acgagttcgt ggtggtgac                                              19

<210>79

<211>19

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>79

cgtagggaag tgaagcttc                                              19

<210>80

<211>14

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>80

gccttctttg ttag                                                   14

<210>81

<211>40

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>81

gcctccgtac catctggggc tgagctcttt catcggaggc                       40

<210>82

<211>38

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>82

taatacgact cactatagga cgagttcgtg gtggtgac                         38

<210>83

<211>33

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>83

gccttctttgttagcgtagg gaagtgaagc ttc                               33

<210>84

<211>40

<212>DNA

<213>人工序列

<400>84

gcccacgtac catctggggc tgtagacagc agccgtgggc                       40

<210>85

<211>98

<212>DNA

<213>SARS冠状病毒G69

<400>85

ctctatgttt ataagggcta tcaacctata gatgctgctg tctacagccc cagatggtag 60

tattcttgct agtcacacta gccatcctta ctgcgctt                         98

<210>86

<211>17

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>86

tacacacctc agcgttg                                                17

<210>87

<211>16

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>87

cacgaacgtg acgaat                                                 16

<210>88

<211>26

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<220>修饰的碱基

<221>

<222>(21)..(26)

<223>a，c，g，t，未知，或者其它

<400>88

gccggagctc tgcagaattc nnnnnn                                      26

<210>89

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>89

gccggagctc tgcagaattc                                             20

<210>90

<211>24

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>90

gggttgggac tatcctaagt gtga                                        24

<210>91

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<220>

<221>修饰的碱基

<222>(11)

<223>i

<400>91

taacacacaa ncccatcatc a                                           21

<210>92

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>92

ctaacatgct taggataatg g                                           21

<210>93

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>93

gcctctcttg ttcttgctcg c                                           21

<210>94

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列描述：合成引物

<400>94

caggtaagcg taaaactcat c                                           21

Claims (26)

1.一种冠状病毒的检测法，其中的改进包括这样的检测剂，其特异于至少两种选自由刺突(S)、包膜(E)、膜(M)和核壳(N)组成的组的基因。

2.权利要求1的检测法，其中冠状病毒是SARS病毒。

3.权利要求2的检测法，其中SARS病毒是SARS-CoV。

4.权利要求1的检测法，其中检测法为基于分子信标的多等位RT-实时-PCR检测。

5.权利要求4的检测法，其中检测剂为分子信标。

6.权利要求5的检测法，其中分子信标为耐错配的分子信标。

7.权利要求1的检测法，其中检测法为PCR检测。

8.权利要求7的检测法，其中存在4组用于4种不同病毒基因的PCR引物，以及4种不同的分子信标。

9.权利要求8的检测法，其中每个分子信标均用相同的荧光团进行标记。

10.权利要求8的检测法，其中每个分子信标特异于不同的SARS-CoV基因。

11.权利要求7的检测法，其中的改进还包括外源RNA标准物，其被加入样本中，其能被所述引物组中的一组逆转录并被扩增。

12.权利要求11的检测法，其中的改进还包括包含入第5分子信标，其被标记了不同的荧光团，其特异于所述的外源RNA标准物。

13.权利要求1的检测法，其中的改进还包括从临床样本中分离RNA。

14.权利要求13的检测法，其中样本包括血液、组织、痰或鼻咽吸入样本。

15.权利要求1或12的检测法，其中的改进还包括逆转录、PCR扩增和荧光分光光度计热循环仪中的同时自动的扩增子检测，所述的热循环仪在每个热循环的退火阶段过程中测量每种颜色的荧光强度。

16.权利要求1的检测法，其中的改进还包括对独特鉴别SARS-CoV的4种标靶序列的选择及检测。

17.权利要求1的检测法，其中的改进还包括将特异性扩增子、引物和IPC标准物与每种基因的所述检测剂一并包括在内。

18.权利要求17的检测法，其中每种基因的引物、扩增子和检测剂包括具有附图3、7、11和15中式中所示的那些并且IPC标准物选自附图17中所示的那些。

19.权利要求17的检测法，其中每种基因的引物、扩增子和检测剂包括具有附图4、8、12和16中式中所示的那些并且IPC标准物选自附图18中所示的那些。

20.权利要求1的检测法，其中的改进包括PCR多重模式。

21.一种试剂盒，其用于实施权利要求1-20任一项中的检测法。

22.权利要求21的试剂盒，其中所述的试剂被装在各自的容器中。

23.权利要求22的试剂盒，其中所述的试剂的量足以对单个样本进行检测。

24.权利要求21的试剂盒，其中试剂盒包括书面用法说明书。

25.一种试剂组合物，其包含以下试剂组中的一种或多种：

S基因

LK249   5’-FAM- CCCACGCCAGAAGGTAGATCACGAACTACA CGTGGG-3’-Dubcyl

LK249.N 5’-FAM- GCCCACGCCAGAAGGTAGATCACGAACTACA CGTGGGC-3’-Dubcyl

LK250

         5’-CTCTATGTTTATAAGGGCTATCAACCTATAGATGTAGTTCGTGATCTA

             CCTTCTGGTTTTAACACTTTGAAACCTATTTTTAAGTTGCCTCTTGG-3’

LK251      5’-CTCTATGTTTATAAGGGCTATCAACC-3’

LK251-T7   5’- TAATACGACTCACTATAGGCTCTATGTTTATAAGGGCTATCAACC-3’

LK252      5’-CCAAGAGGCAACTTAAAAATAGGTTTC-3’

LK252-RT   5’- AGGCTGTAAGAACCAAGAGGCAACTTAAAAATAGGTTTC-3’

S-RT       5’-AGGCTGTAAGAA-3’；

E基因

LK253   5’-FAM- CCTCCGCACGAAAGCAAGAAAAAGAAGTACGC CGGAGG-3’-Dubcyl

LK253.N 5’-FAM- GCCTCCGCACGAAAGCAAGAAAAAGAAGTACGC CGGAGGC-3’-

Dubcyl

LK254   5’-CGGAAGAAACAGGTACGTTAATAGTTAATAGCGTACTTCTTTTTC

             TTGCTTTCGTGGTATTCTTGCTAGTCACACTAGCCATCCTTACTGCGCTT-3’

LK255   5’-CGGAAGAAACAGGTACGTTAATAG-3’

LK255-T75’- TAACACCATATAGGCGGAAGAAACAGGTACGTTAATAG-3’

LK256   5’-AAGCGCAGTAAGGATGGCTA-3’

LK256-RT5’- TATTGCAGCAGTACAAGCGCAGTAAGGATGGCTA-3’

E-RT    5’-TATTGCAGCAGTAC-3’；

M基因

LK257   5’-FAM- CCTCCGACCCAATTAATTCTGTAGACAGCAGC CGGAGG-3’-Dubcyl

LK257.N 5’-FAM- CCTCCGACCCAATTAATTCTGTAGACAGCAG CCGAGGC-3’-Dubcyl

LK258

         5’-CTTGTTTTCCTCTGGCTCTTGTGGCCAGTAACACTTGCTTGTTTTGTGCT

             TGCTGCTGTCTACAGAATTAATTGGGTGACTGGCGGGATTGCGATTGCAAT

             GGCTTG-3’

LK259   5’-CTTGTTTCCTCTGGCTCTTG-3’

5’- TATACGACCACTATAGGCTTGTTTTCCTCTGGCTCTTG-3’

LK260   5’-CAAGCCTTGCAATCGCAATC-3’

LK260-RT5’- AAGCAACGAAGTAGCAAGCCATTGCAATCGCAATC-3’

M-RT    5’-AAGCACGAAGTAG-3’；或者

IPC

LK265    5’-FAM- GCCCACGTACCATCTGGGGCTGTAGACAGCAGC CGTGGGC-3’-Dubcyl

LK266

          5’-CTCTATGTTTATAAGGGCTATCAACCTATAGATGCTGCTGTCTACAGC

              CCCAGATGGTAGTATTCTTGCTAGTCACACTAGCCATCCTTACTGCGCTT-3’

LK251    5’-CTCTATGTTTATAAGGGCTATCAACC-3’

LK251-T7 5’- TAATACGACTCACTATAGGCTCTATGTTTATAAGGGCTATCAACC-3’

LK256    5’AAGCGCAGTAAGGATGGCTA-3’

LK256-RT 5’ TATTGCAGCAGTACAAGCGCAGTAAGGATGGCTA-3’

E-RT     5’-TATTGCAGCAGTAC-3’.

26.一种试剂盒，其包含权利要求25的试剂组合物。

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