CN1388253A - 同步鉴别多种人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒、方法及组合物 - Google Patents
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Abstract
一种用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒,该试剂盒包含:一载体,其包含第一部分与第二部分,并可承载该检体于其上;第一种寡核苷酸,其承载于载体的第一部分;以及第二种寡核苷酸,其承载于载体的第二部分,其中该第一种及第二种寡核苷酸可分别与第一种及第二种人类乳突瘤病毒亚型的脱氧核糖核酸杂交。本发明还涉及一种用于同步鉴别多种人类乳突瘤病毒亚型的方法及一种用以检测一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的组合物。
Description
本发明涉及一种用于鉴别病毒的试剂盒及方法,尤指一种用于同步鉴别多种人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒及方法,本发明还涉及一种用以检测一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的组合物。
子宫颈癌是台湾女性的头号杀手,同时也是女性十大癌症的榜首。台湾的子宫颈癌患者的死亡率是先进国家的七、八倍,它是最危险但也是最容易发现的癌症。已受感染的男性或女性经由性行为再传染给对方,女性可能因细胞病变罹患子宫颈癌,男性则罹患尖锐湿疣,也就是俗称的菜花。子宫颈癌前病变经医学研究发现,在产生子宫颈癌之前的5到10年间,子宫颈的细胞必须先经过子宫颈的上皮赘生瘤(cervicalintraepithelial neoplasm,CIN)的形成而发展到子宫颈癌(invasivecervical carcinoma)。为了降低子宫颈癌的发生率,政府正大力推广子宫颈抹片检查(pap smear),希望病变的子宫颈细胞在还没发展到子宫颈癌前就被检测出来,以便早期治疗。但是子宫颈抹片的正确率大约在60~70%之间,也就是有30~40%左右的子宫颈癌前期病变被漏失。此外,许多的研究报告共同指出,超过95%的子宫颈癌合并有先前人类乳突瘤病毒(human papilloma virus,HPV)的感染,因此子宫颈癌被视为「会传染的癌症」,若同时进行子宫颈抹片与人类乳突瘤病毒检测,可大幅提高子宫颈癌的检出率。
因此,申请人与罗东博爱医院合作以子宫颈抹片与人类乳突瘤病毒检测为工具,此人类乳突瘤病毒检测结合聚合酶连锁反应与核酸定序技术,进行妇女子宫颈癌流行病调查,其中受检人共2424人,其年龄介于16-84岁,有效样本1963件。结果:1)1.9%(37/1963)的妇女有抹片不正常;2)抹片正常的妇女有12.7%(244/1926)有病毒感染;3)抹片不正常的妇女病毒盛行率为51.4%(19/37),且随抹片异常严重程度呈正相关(非典型鳞状上皮细胞23.1%、低度上皮细胞病变41.7%、高度上皮细胞病变75%);4)发现29种病毒亚型分别如下:52、58、53、70、16、18、68、33、66、35、37、54、59、67、72、69、82、39、31、32、HLT7474-S、6、CP8061、62、CP8304、44、11、61、74,其中非典型鳞状上皮细胞发现有52、53、31,低度上皮细胞病变发现有51、58、69、70,高度上皮细胞病变发现有16、18、33、52、53、82、CP8061。
而公知HPV检验套组只有DIGENE公司出产的Hybrid Capture II HPVDNA microplate assay套组,其所能检测的病毒亚型中高危险群病毒亚型有16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、68;低危险群病毒亚型有6、11、42、43、44共18种病毒亚型。
对照子宫颈癌流行病调查结果可知,人类乳突瘤病毒多种亚型混合感染的检体无法以公知技术来同时辨别各种病毒亚型,因此公知HPV检验套组并不适用于台湾的妇女。此外,公知HPV检验套组测得的检验结果只表示该检体是高危险群病毒感染或低危险群病毒感染,因此需慎重考虑其伪阳性,即只有高、低危险群的区别,无法得知病毒亚型;与伪阴性,即没有对有效检体的认定,有效检体认定是可以测出人类细胞中甘油醛-3-磷酸去氢酶或其它常驻基因的存在。
有鉴于此,本发明的一个目的在于提供一种用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒(human papilloma virus,HPV)亚型的试剂盒,其可准确地鉴别出检体中所含的人类乳突瘤病毒亚型。
本发明的另一目的在于提供一种用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒(human papilloma virus,HPV)亚型的方法,其可准确地鉴别出检体中所含的人类乳突瘤病毒亚型。
本发明的再一目的在于提供一种用以检测一检体中特定人类乳突瘤病毒亚型的方法。
本发明的又一目的在于提供一种用以检测一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的组合物。
一方面,本发明的一种用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒,该试剂盒包含有一载体,该载体包含一第一部分与一第二部分,并可承载该检体于其上,第一种寡核苷酸承载于该载体的所述第一部分上,第二种寡核苷酸承载于该载体的所述第二部分上,其中该第一种及第二种寡核苷酸可分别与第一种及第二种人类乳突瘤病毒亚型的脱氧核糖核酸(DNA)杂交,以同步鉴别该检体中所含有的人类乳突瘤病毒亚型。
根据上述方案,试剂盒中所述载体可为一尼龙膜或一玻璃片。
根据上述方案,试剂盒中所述第一种人类乳突瘤病毒亚型与第二种人类乳突瘤病毒亚型分别选自于36型病毒之一,该第一种寡核苷酸的序列选自于所述第一种人类乳突瘤病毒亚型对应的寡核苷酸组中的一序列及其互补物,该第二种寡核苷酸的序列选自于所述第二种人类乳突瘤病毒亚型对应的寡核苷酸组中的一序列及其互补物。
根据上述方案,所述试剂盒为一寡核苷酸试片。
另一方面,本发明的一种用以检测且鉴别一检体中人类乳突瘤病毒存在的方法,该方法包含下列步骤:提供第一检验试剂及第二检验试剂,该第一检验试剂包含第一种寡核苷酸,该第二检验试剂包含第二种寡核苷酸,其中该第一种及第二种寡核苷酸为可分别与第一种及第二种人类乳突瘤病毒亚型的脱氧核糖核酸(DNA)杂交的序列,杂交该检体中的脱氧核糖核酸(DNA)与该等寡核苷酸,以及去除无法与该等寡核苷酸杂交的脱氧核糖核酸,以同步鉴别该检体中所含有的该等人类乳突瘤病毒亚型。
根据上述方案,所述检体中的脱氧核糖核酸为聚合酶连锁反应的产物,且该脱氧核糖核酸含有信号物质。
根据上述方案,所述信号物质为生物素(biotin),或为萤光物质
根据上述方案,若所述信号物质为生物素,该方法进一步包含进行该生物素与卵白素-碱性磷酸酶的反应。若该信号物质为萤光物质,则该萤光物质可为青色素5(Cyanine 5)。
又一方面,本发明的关于一种用以检测一检体中特定人类乳突瘤病毒亚型的方法,该方法包含:提供一寡核苷酸,该寡核苷酸的序列可专一地与该特定人类乳突瘤病毒亚型特有的一段脱氧核糖核酸(DNA)序列杂交,杂交该检体中的脱氧核糖核酸(DNA)与该寡核苷酸,去除无法与该检验试剂中的该寡核苷酸杂交的脱氧核糖核酸,以及检测剩余的脱氧核糖核酸,以显示该检体中是否含有该特定人类乳突瘤病毒亚型,其中该特定人类乳突瘤病毒亚型的基因编号与其特有的一段脱氧核糖核酸(DNA)序列于该基因的位置,选自于特定的36种人类乳突瘤病毒亚型。
再一方面,本发明的一种用以检测一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的组合物,该组合物包含有一种寡核苷酸,该寡核苷酸的序列可与该人类乳突瘤病毒亚型特有的脱氧核糖核酸(DNA)杂交,用以检测该人类乳突瘤病毒亚型的存在,其中该人类乳突瘤病毒亚型选自于HPV 26、HPV 32、HPV 37、HPV 53、HPV 61、HPV 62、HPV 66、HPV 67、HPV 69、HPV 70、HPV 72、HPV 74、HPV 82、HPV CP8061、HPV CP8304、HPV L1AE5、HPV MM4、HPV MM7及HPV MM8中的一种类型。
以下结合附图和优选实施例对本发明进行详细地描述:
图1为本发明实施例1的用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒;
图2为本发明实施例2的用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒;
图3(a)及(b)为本发明实施例3的用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒;
图4(a)、(b)及(c)为应用本发明实施例3鉴别人类乳突瘤病毒亚型的结果;
图5为应用本发明实施例3鉴别检体中人类乳突瘤病毒亚型的结果;
图6(a)及(b)为本发明实施例4的用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒;
图7(a)及(b)为应用本发明实施例4鉴别人类乳突瘤病毒亚型的结果。
请参阅图1。寡核苷酸试片10为本发明的实施例1,其用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒(human papilloma virus,HPV)亚型。载体11为一尼龙膜,其固定于该载体11上的点阵列12,其中的每一点为一寡核苷酸(15至30个核苷酸)探针,每一寡核苷酸探针可专一地与一种人类乳突瘤病毒亚型的脱氧核糖核酸(DNA)杂交。
申请人将已知97种人类乳突瘤病毒亚型的核苷酸序列,经由核苷酸序列比对软件排列后,挑选出曾流行于台湾的人类乳突瘤病毒亚型,设计出可专一地杂交该等人类乳突瘤病毒亚型的寡核苷酸序列,如表1至表36所示。即各表为本发明针对特定人类乳突瘤病毒亚型所采用的寡核苷酸序列,用以专一地杂交该特定人类乳突瘤病毒亚型。
所述载体11上每一寡核苷酸探针序列的选择是参照表1至表36进行的。例如,该载体11上其中一寡核苷酸探针的序列可采用序列编号M1101至M1125(如表1)中的一序列,用以杂交人类乳突瘤病毒亚型11(HPV11)。表1可与HPV 11杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 11基因位置
表2可与HPV 16杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 16基因位置
表3可与HPV 18杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 18基因位置
表4可与HPV 26杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 26基因位置
表5可与HPV 31杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 31基因位置
表6可与HPV 32杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 32基因位置
表7可与HPV 33杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 33基因位置
表8可与HPV 35杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 35基因位置
表9可与HPV 37杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 37基因位置
表10可与HPV 39杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 39基因位置
表11可与HPV 44杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 44基因位置
表12可与HPV 45杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 45基因位置
表13可与HPV 51杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 51基因位置
表14可与HPV 52杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 52基因位置
表15可与HPV 53杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 53基因位置
表16可与HPV 54杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 54基因位置
表17可与HPV 56杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 56基因位置
表18可与HPV 58杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 58基因位置
表19可与HPV 59杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 59基因位置
表20可与HPV 61杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 61基因位置
表21可与HPV 62杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 62基因位置
表22可与HPV 66杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 66基因位置
表23可与HPV 67杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 67基因位置
表24可与HPV 68杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 68基因位置
表25可与HPV 69杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 69基因位置
表26可与HPV 6杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 6基因位置
表27可与HPV 70杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 70基因位置
表28可与HPV 72杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 72基因位置
表29与HPV 74杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 74基因位置
表30可与HPV 82杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV 82基因位置
表31可与HPV CP8061杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV CP8061基因位置
表32可与HPV CP8034杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV CP8034基因位置
表33可与HPV L1AE5杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV L1AE5基因位置
表34可与HPV MM4杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV MM4基因位置
表35可与HPV MM7杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV MM7基因位置
表36可与HPV MM8杂交的寡核苷酸序列及所对应的HPV MM8基因位置
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 11的位置 |
M1101 | ATCTGTGTCTAAATC | 6799-6813 |
M1102 | TCTGTGTCTAAATCTGCTAC | 6800-6819 |
M1103 | ATCTGTGTCTAAATCTGCTACATACA | 6799-6824 |
M1104 | TGCATCTGTGTCTAAATCTG | 6796-6815 |
M1105 | AAATCTGCTACATACACTAA | 6809-6828 |
M1106 | CTAAATCTGCTACATACACTA | 6807-6827 |
M1107 | CTACATACACTAATTCAGAT | 6816-6835 |
M1108 | TAGCATTACATTATCTGCAGAAG | 6895-6917 |
M1109 | TCCTTCTGTTTTGGAGGAC | 6943-6961 |
M1110 | TTTATCGCCTCCACCAAATGGTACAC | 6973-6998 |
M1111 | TTATAGATATGTACAGTCACAGGCC | 7009-7033 |
M1112 | ACCCACACCTGAAAAAGAAAAAC | 7048-7070 |
M1113 | GGCGGATGCTCATTATGCGACTG | 1044-1066 |
M1114 | ATATGTAAGTCCTATAAGCAATGTAG | 1101-1126 |
M1115 | CTAATGCAGTAGAAAGTGAGATAAGT | 1127-1152 |
M1116 | CACGGTTAGACGCCATTAAACTTACA | 1154-1179 |
M1117 | CACAGCCAAAAAAGGTAAAGCGACGG | 1181-1206 |
M1118 | GCAACGCAGGTAGAGAAACATGGCGA | 1264-1289 |
M1119 | GAAAATGGGGGAGATGGTCAGGAAAGGGAC | 1294-1323 |
M1120 | GACACAGGGAGGGACATAGAGGGTGA | 1321-1346 |
M1121 | ACATAGAGAGGCGGAAGCAGTAGACG | 1356-1381 |
M1122 | ACAGCACCCGAGAGCATGCAGACACA | 1382-1407 |
M1123 | TCAGGAATATTAGAATTACTAAAATG | 1408-1433 |
M1124 | GCTGTCATTTGTTGATTTA | 1482-1500 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 16的位置 |
M1601 | TATGTCATTATGTGCTGCCA | 6659-6678 |
M1602 | GTGCTGCCATATCTACTTCA | 6670-6689 |
M1603 | TGCCATATCTACTTC | 6674-6688 |
M1604 | TATCTACTTCAGAAACTACA | 6679-6698 |
M1605 | CTACTTCAGAAACTACATATAA | 6682-6703 |
M1606 | ATAAAAATACTAACTTTAAG | 6700-6719 |
M1607 | CAAAATAACCTTAACTGCAGACG | 6773-6795 |
M1608 | TTCCACTATTTTGGAGGAC | 6821-6839 |
M1609 | TCTACAACCTCCCCCAGGAGGCACAC | 6851-6876 |
M1610 | TTATAGGTTTGTAACCCAG | 6887-6905 |
M1611 | ACATACACCTCCAGCACCT | 6923-6941 |
M1612 | CCTTAAAAAATACACT | 6956-6971 |
M1613 | AGCAAAACAACATAGAGATGCAG | 1089-1111 |
M1614 | ACTTAGTGATATTAGTGGATGTGTAG | 1145-1170 |
M1615 | TAGTCCTAGATTAAAAGCTATATGTATAGA | 1181-1210 |
M1616 | GAAAAACAAAGTAGAGCTGCAAAAAG | 1209-1234 |
M1617 | CTCAGCAGATGTTACAGGTAGAAGGG | 1285-1310 |
M1618 | CCATGAGACTGAAACACCATGTAGTC | 1313-1338 |
M1619 | GGGGGTGGTTGCAGTCAGTACAGTAG | 1356-1381 |
M1620 | GTGGGGGAGAGGGTGTTAGTGAAAGA | 1387-1412 |
M1621 | CTATATGCCAAACACCACTTACAAAT | 1417-1442 |
M1622 | GTTATACGGGGTGAGTTTTTCAGAAT | 1502-1527 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 18的位置 |
M1801 | TTCTACACAGTCTCC | 6650-6664 |
M1802 | CAGTCTCCTGTACCTGGGCA | 6657-6676 |
M1803 | AGTCTCCTGTACCTGGGCAA | 6658-6677 |
M1804 | TCTCCTGTACCTGGGCAATATGA | 6660-6682 |
M1805 | CTGTACCTGGGCAATATGAT | 6664-6683 |
M1806 | ATGATGCTACCAAATTTAAG | 6679-6698 |
M1807 | TACTATTACTTTAACTGCAGATG | 6752-6774 |
M1808 | TAGCAGTATTTTAGAGGAT | 6800-6818 |
M1809 | TGTTCCCCCCCCCCCAACTACTAGTT | 6830-6855 |
M1810 | ATATCGTTTTGTACAATCTGTT | 6866-6887 |
M1811 | GGATGCTGCACCGGCTGAA | 6905-6923 |
M1812 | CTATGATAAGTTAAAG | 6935-6950 |
M1813 | GGTCCACAATGATGCACAAGTGT | 1135-1157 |
M1814 | CACAGAAAACAGTCCATTAGGGGAGC | 1192-1217 |
M1815 | GCTGGAGGTGGATACAGAGTTAAGTC | 1219-1244 |
M1816 | AGTGGGCAGAAAAAGGCAAAAAGGCGGCTG | 1271-1300 |
M1817 | CACAGATTCAGGTAACTACAAATGGC | 1347-1372 |
M1818 | CAATGTATGTAGTGGCGGCAGTACGG | 1384-1409 |
M1819 | GACAACGGGGGCACAGAGGGCAACAA | 1418-1443 |
M1820 | GTAGACGGTACAAGTGACAATAGCAA | 1451-1476 |
M1821 | CCACAATGTACCATAGCACAATTAAA | 1493-1518 |
M1822 | CACATATGGGCTATCATTTACAGATT | 1573-1598 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 26的位置 |
M2601 | TAGTACATTATCTGCAGCAT | 6619-6638 |
M2602 | ATTATCTGCAGCATC | 6625-6639 |
M2603 | TGCAGCATCTGCATCCACTC | 6631-6650 |
M2604 | GCATCTGCATCCACTCCATTTAAA | 6635-6658 |
M2605 | CTCCATTTAAACCATCTGAT | 6648-6667 |
M2606 | TAAAATAACACTTACAACAGATG | 6727-6749 |
M2607 | TGCCTCCATATTGGAGGAT | 6775-6793 |
M2608 | ACTAACCTTACCTCCCACTGCTAGTT | 6805-6830 |
M2609 | CTATAGGTTTATTAAAAACTCT | 6841-6862 |
M2610 | TAACGCCCCTCCTGTGCCA | 6880-6898 |
M2611 | AAAACAGGCAAATACAAAGGCAG | 1093-1115 |
M2612 | CTAGGTAGTCAGAACAGCCCGTTGCA | 1139-1164 |
M2613 | GCGACAGTCAGCAGAATACACACCAAGTAA | 1194-1223 |
M2614 | CAAAAGGAGAGCCGTGGACAGTGTAC | 1237-1262 |
M2615 | CCGTACAGGTAGATAAACAATATGAA | 1305-1330 |
M2616 | GCCTAGTGTGTGTAGTCAGGGGGGG | 1345-1369 |
M2617 | GCCTCAGTGGAAGATATCGATGTAGA | 1376-1401 |
M2618 | CAGTGTTACACAAATATGTGAATTAT | 1414-1439 |
M2619 | CAGTATATGGTGTAAGTTTTGCAGAA | 1485-1510 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 31的位置 |
M3101 | TGCAATTGCAAACAG | 6592-6606 |
M3102 | GCAATTGCAAACAGTGATAC | 6593-6612 |
M3103 | CAATTGCAAACAGTGATACT | 6594-6613 |
M3104 | GCAAACAGTGATACTACATTTAA | 6599-6621 |
M3105 | CTACATTTAAAAGTAGTAAT | 6612-6631 |
M3106 | CAAAATAACATTATCTGCAGACA | 6691-6713 |
M3107 | TCCTGCTATTTTGGAAGAT | 6739-6757 |
M3108 | ATTGACCACACCTCCCTCAGGTTCTT | 6769-6794 |
M3109 | CTATAGGTTTGTCACCTCACAG | 6805-6826 |
M3110 | AACTGCCCCCCAAAAGCCC | 6844-6862 |
M3111 | AGCGGAGGAACATGCAGAGGCTG | 1083-1105 |
M3112 | TTTAAGTGATATTAGTAGTTGTGTGG | 1140-1165 |
M3113 | AGTCCACGGTTAAAAGCTATATGCATAGAA | 1177-1206 |
M3114 | GACTCTTTGAACTTCCAGACAGCGGG | 1232-1257 |
M3115 | GCAGCAGATGGTACAGGTAGAGGAGC | 1281-1306 |
M3116 | AATGGTAGTGACGGGACACATAGTGA | 1327-1352 |
M3117 | CCAACACGTAATATATTGCAAGTGTT | 1369-1394 |
M3118 | GCAATGGTAAAGCTGCTATGTTAGGT | 1403-1428 |
M3119 | TTATATGGTGTAAGTTTTATGGAAC | 1441-1465 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 32的位置 |
M3201 | TGCTACTGTAACAACTGAAG | 6906-6925 |
M3202 | GCTACTGTAACAACTGAAGA | 6907-6926 |
M3203 | TACTGTAACAACTGA | 6909-6923 |
M3204 | ACTGTAACAACTGAAGACAC | 6910-6929 |
M3205 | CAACTGAAGACACATACAAGTC | 6917-6938 |
M3206 | CAAAATTACATTATCTGTAGAGG | 7005-7027 |
M3207 | TCCTGACATACTAGACGAT | 7053-7071 |
M3208 | TGTAGCTCCACCGCCCTCTGGTACTT | 7083-7108 |
M3209 | TTATAGATTTGTGCAGTCTCAG | 7119-7140 |
M3210 | TAAGGTAACAGCACCTGAA | 7158-7176 |
M3211 | TTTTTCTGACTATTCA | 7188-7203 |
M3212 | AGCACATGCAGATAAGGAGGCAG | 1062-1084 |
M3213 | GGCAGTCCATATGAAAGTCCCGCCAGTGAT | 1111-1140 |
M3214 | GAGCTAAGCCCTAGGCTTGGTGGATT | 1162-1187 |
M3215 | GGGGCCAAACGACGACTATTTCAATC | 1210-1235 |
M3216 | GCAGGAACAGGTAGAAAATGGACATG | 1284-1309 |
M3217 | GTGTACATGGGGTGCAGGAAAATCAG | 1352-1377 |
M3218 | GCCTACAACAAGGGTGGTGGAATTGC | 1395-1420 |
M3219 | GCAAGCAACATTGTTAGGTAAGTTTA | 1437-1462 |
M3220 | GCTGTTTGGATTGTCATTTGGTGATT | 1467-1492 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 33的位置 |
M3301 | TATGCACACAAGTAACTAGT | 6624-6643 |
M3302 | CACACAAGTAACTAG | 6628-6642 |
M3303 | ACAAGTAACTAGTGACAGTA | 6631-6650 |
M3304 | GTAACTAGTGACAGTACATATAA | 6635-6657 |
M3305 | GTACATATAAAAATGAAAAT | 6648-6667 |
M3306 | CAAAGTTACCTTAACTGCAGAAG | 6727-6749 |
M3307 | TCCAGATATTTTAGAAGAT | 6775-6793 |
M3308 | TTTAACACCTCCTCCATCTGCTAGTT | 6805-6830 |
M3309 | CTATAGGTTTGTTACCTCTCAG | 6841-6862 |
M3311 | AACAGTACCTCCAAAGGAA | 6880-6898 |
M3312 | CTTAGGTAAATATACA | 6910-6925 |
M3313 | AGGGGAGGATGATTTAAATGCTG | 1100-1122 |
M3314 | GCATGTTCACAAAGTGCTGCGGAGGA | 1149-1174 |
M3315 | GATCGTGCTGCAAACCCGTGTAGAAC | 1182-1207 |
M3316 | GAATGCACATACAGAAAACGAAAAATAGAT | 1227-1256 |
M3317 | AAATAGATGAGCTAGAAGACAGCGGA | 1249-1274 |
M3318 | GGTACAACAGGTAGAAAGTCAAAATG | 1307-1332 |
M3319 | GACTTAGAATCTAGTGGGGTGGGGGA | 1350-1357 |
M3320 | CTGTGAGACAAATGTAGATAGCTGTG | 1391-1416 |
M3321 | CGTTGCAGGAAATTAGTAATGTTCTA | 1426-1451 |
M3322 | GAGGCCTATGGAATAAGTTTTAT | 1494-1516 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 35的位置 |
M3501 | TCTGCTGTGTCTTCTAGTGA | 6612-6631 |
M3502 | TGCTGTGTCTTCTAG | 6614-6628 |
M3503 | GTGTCTTCTAGTGACAGTAC | 6618-6637 |
M3504 | CTTCTAGTGACAGTACATATAAA | 6622-6644 |
M3505 | GTACATATAAAAATGACAAT | 6634-6653 |
M3506 | TAAAATAACACTAACAGCAGATG | 6713-6735 |
M3507 | CCCGTCCATTTTAGAGGAT | 6761-6779 |
M3508 | CCTTACACCACCGCCTTCTGGTACCT | 6791-6816 |
M3509 | ATATCGCTATGTAACATCACAG | 6827-6848 |
M3510 | ACCCAGTGCACCAAAACCT | 6866-6884 |
M3511 | GGAGCAAACACACAAAGAGGCTG | 1089-1111 |
M3512 | GCAGCGTGAGCTTATGTGTTAATAATAACA | 1151-1180 |
M3513 | GTCCACGTTTAAAAGCTATTTGCA | 1184-1207 |
M3514 | CGATTATTTGAACTACCAGACAGCGG | 1237-1262 |
M3515 | GAGATACAACAGGTAGAGGGGCATGA | 1291-1316 |
M3516 | GGGCAGTGGGGATAGTATAACCTCTA | 1338-1363 |
M3517 | GACATGATGAGACTCCAACGCGAGAC | 1376-1401 |
M3518 | CTAAAATGTAGTAATGCAAACGCAGC | 1414-1439 |
M3519 | GCTATGTTGGCTAAATTTAAAGAACT | 1438-1463 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 37的位置 |
M3701 | TGTCTACTGACAATG | 6782-6796 |
M3702 | TGTCTACTGACAATGGCGAA | 6782-6801 |
M3703 | TGACAATGGCGAAGTTACAG | 6789-6808 |
M3704 | GACAATGGCGAAGTTACAGA | 6790-6809 |
M3705 | AATGGCGAAGTTACAGAATA | 6793-6812 |
M3706 | CAGAATATAATTCTCAAACA | 6806-6825 |
M3707 | TAAAGTTCCTTTAAAGGCTGAGG | 6885-6907 |
M3708 | TTCTGGTATATTGGAAGAG | 6933-6951 |
M3709 | ATTTGTACCTACTCCAGATAATTCAG | 6963-6988 |
M3710 | TTATAGGTACATTAATTCAAAG | 6999-7020 |
M3711 | TGCAGTTGTTGAAAAAGAA | 7038-7056 |
M3712 | CTTTGCAAAATATACA | 7068-7083 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 39的39的位置 |
M3901 | CTCTATAGAGTCTTC | 6677-6691 |
M3902 | TAGAGTCTTCCATACCTTCT | 6682-6701 |
M3903 | ATAGAGTCTTCCATACCTTC | 6681-6700 |
M3904 | GTCTTCCATACCTTCTACATATG | 6686-6708 |
M3905 | CTACATATGATCCTTCTAAG | 6700-6719 |
M3906 | TACTGTCACATTAACAACTGATG | 6779-6801 |
M3907 | TTCCTCTATATTGGACAA | 6827-6844 |
M3908 | TGTAGCTCCTCCACCATCTGCCAGTT | 6857-6882 |
M3909 | TTACAGATACCTACAGTCTGCA | 6893-6914 |
M3910 | GGATGCTCCAGCACCTGAA | 6932-6950 |
M3911 | ATATGACGGTCTAAAG | 6962-6977 |
M3912 | GGCCCAAAGGGATGCACAAGCAG | 1149-1171 |
M3913 | CAGACAGCAGTGGCGACACTAGACCGTATG | 1196-1225 |
M3914 | GTAGGCAGGAATACCAGGGGAACAC | 1234-1258 |
M3915 | GCAGTACGCAGGCAACACAAACGGTG | 1283-1308 |
M3916 | GGAGGAGGTAACTGTAGCAACTAATA | 1362-1387 |
M3917 | CATGGCGGCAGTGTACGGGAGGAGTG | 1411-1436 |
M3918 | GGATAGTGCTATAGATAGTGAAAACC | 1446-1471 |
M3919 | CTCCAACTGCACAAATTAAATTATTG | 1484-1509 |
M3920 | CCAATAACAAAAAGGCTGCAATGCTA | 1517-1542 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 40的位置 |
M4401 | TGCCACTACACAGTC | 6719-6733 |
M4402 | CTACACAGTCCCCTCCGTCT | 6724-6743 |
M4403 | TGCCACTACACAGTCCCCTC | 6719-6738 |
M4404 | CAGTCCCCTCCGTCTACATATA | 6729-6750 |
M4405 | CTACATATACTAGTGAACAA | 6742-6761 |
M4406 | TAGTATTACCTTAACGGCGGAGG | 6821-6843 |
M4407 | TGCTGGTATTTTAGAACAG | 6869-6887 |
M4408 | GTTGTCGCCGCCCCCAAATGGTACCT | 6899-6924 |
M4409 | ATACAGATATGTGCAGTCCCAG | 6935-6956 |
M4410 | GCCACCCCCTGAAAAGGCA | 6974-6992 |
M4411 | CTATGCAAAATTAAGT | 7004-7019 |
M4412 | GGCGGATGCTCATTATGCGGCTG | 1038-1060 |
M4413 | GGTAGTCCATATGTTAGTCCTTTAAGTAAT | 1087-1116 |
M4414 | CACGGCTGGACGCTATAACATTAAGT | 1148-1173 |
M4415 | GACGGCTGTTTGACAGACCAGAATTA | 1196-1221 |
M4416 | GCTGAAACGCAGGTAGAGAGAAATGG | 1255-1280 |
M4417 | GGGAGGTGGACAAGGAAGGGACACAG | 1299-1324 |
M4418 | GGAAGTGCAGACACATAGCAACACAC | 1347-1372 |
M4419 | GGTACTAGAACTATTGAAATGTAAGA | 1395-1420 |
M4420 | GCTTGGTAAGTTTAAGGATTGCTATG | 1437-1462 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 45的位置 |
M4501 | TGCCTCTACACAAAATCCTG | 6651-6670 |
M4502 | CTCTACACAAAATCC | 6654-6668 |
M4503 | ACAAAATCCTGTGCCAAGTA | 6660-6679 |
M4504 | CAAAATCCTGTGCCAAGTAC | 6661-6680 |
M4505 | AATCCTGTGCCAAGTACATATG | 6664-6685 |
M4506 | GTACATATGACCCTACTAAG | 6677-6696 |
M4507 | CACTATTACTTTAACTGCAGAGG | 6756-6778 |
M4508 | TAGTAGTATATTAGAAAAT | 6804-6822 |
M4509 | TGTCCCTCCACCACCTACTACAAGTT | 6834-6859 |
M4510 | ATATCGTTTTGTGCAATCAGTT | 6870-6891 |
M4511 | GGATACTACACCTCCAGAA | 6909-6927 |
M4512 | AGTTCAGAATGATGCACAGGTGT | 1135-1157 |
M4513 | GCAGCTAAGTGTGGATACGGATCTAAGTCC | 1216-1245 |
M4514 | CAAGAAATTTCATTAAATAGTGGGCA | 1253-1278 |
M4515 | ACGGTTGTTTACAATATCAGATAGTG | 1294-1319 |
M4516 | CATAGTACACAAAGTAGTGGTGGGGA | 1397-1422 |
M4517 | GACAATGCAGAAAATGTAGATCCGCA | 1430-1455 |
M4518 | GGAGCTATTACAAGCAAGTAACAAAA | 1477-1502 |
M4519 | GCAATGCTGGCAGTATTTAAAGACA | 1508-1532 |
M4520 | ATATGGGCTGTCATTTACGGATTTGG | 1534-1559 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 51的位置 |
M5101 | CACTGCCACTGCTGCGGTTT | 6555-6574 |
M5102 | TGCCACTGCTGCGGT | 6558-6572 |
M5103 | CACTGCTGCGGTTTCCCCAA | 6561-6580 |
M5104 | CCACTGCTGCGGTTTCCCCA | 6560-6579 |
M5105 | CTGCGGTTTCCCCAACATTTAC | 6566-6587 |
M5106 | CAACATTTACTCCAAGTAAC | 6578-6597 |
M5107 | TAAAATTACTTTAACTACAGAGG | 6657-6679 |
M5108 | TCCTACCATTCTTGAACAG | 6705-6723 |
M5109 | ATTAACATTACCTCCGTCTGCTAGTT | 6735-6760 |
M5110 | ATATAGGTTTGTTAGAAATGCA | 6771-6792 |
M5111 | GGACACCCCTCCACAGGCT | 6810-6828 |
M5112 | TTTGGCCAAATATAAA | 6840-6855 |
M5113 | ATTACAGGCAAACAAAGAGGCTG | 1092-1114 |
M5114 | GCGAAGCAGCCCATTAGGAGACATTACAAA | 1149-1178 |
M5115 | CCATAGTCAGGCAAACGAGTCACAAG | 1197-1222 |
M5116 | AGATTACTGGACAGTTATCCGGACA | 1231-1255 |
M5117 | CAGGTAGATGGGCAACATGGCGGTTC | 1300-1325 |
M5118 | AGCTGTGCAAATGTAGAACTAAACAG | 1384-1409 |
M5119 | GGTATTAGTTATAATGAGTTGGTACG | 1477-1502 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 52的位置 |
M5201 | TGAGGTTAAAAAGGA | 6695-6709 |
M5202 | TGAGGTTAAAAAGGAAAGCA | 6695-6714 |
M5203 | GAGGTTAAAAAGGAAAGCAC | 6696-6715 |
M5204 | TTAAAAAGGAAAGCACATAT | 6700-6719 |
M5205 | AAAGGAAAGCACATATAAAAAT | 6704-6725 |
M5206 | GCACATATAAAAATGAAAAT | 6712-6731 |
M5207 | CAAAATTACATTAACAGCTGATG | 6791-6813 |
M5208 | TGCCACTATTTTAGAGGAC | 6839-6857 |
M5209 | CCTTACCCCACCACCGTCTGCATCTT | 6869-6894 |
M5210 | ATACAGATTTGTCACTTCTACT | 6905-6926 |
M5211 | AAACACACCACCTAAAGGA | 6944-6962 |
M5212 | TTTAAAGGACTATATG | 6974-6989 |
M5213 | AGGGGAGGATGATTTACATGCTG | 1085-1107 |
M5214 | GCAGTCCGGAAAGTGCTGGGCAAGATGGTG | 1135-1164 |
M5215 | GGTAGTCCGCGTGCAAAACACATTTG | 1176-1201 |
M5216 | CCAAAACGCAAACCATGTCACGTAGA | 1224-1249 |
M5217 | CAAAATGGCGACTGGCAAAGTA | 1311-1332 |
M5218 | GCTAGTAATTCAGATGTAAGTTGTAC | 1359-1384 |
M5219 | GAGGAAAATAGTAATAGAACGCTAAA | 1401-1426 |
M5220 | GCGAAAATAGCATAAAAACAACTGTA | 1447-1472 |
M5221 | AGAAACATATGGTGTTAGCTTTATGG | 1487-1512 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 53的位置 |
M5301 | TCCGCAACCACACAGTCTAT | 6681-6700 |
M5302 | CCGCAACCACACAGT | 6682-6696 |
M5303 | CCGCAACCACACAGTCTATG | 6682-6701 |
M5304 | CACAGTCTATGTCTACATATAA | 6691-6712 |
M5305 | CTACATATAATTCAAAGCAA | 6703-6722 |
M5306 | TAAAATATCCCTGTCTGCTGAGG | 6782-6804 |
M5307 | TTCTACCTTACTGGAAGAC | 6830-6848 |
M5308 | TTTGTCGCCTCCTGTTGCCACTAGCT | 6860-6885 |
M5309 | ATACAGATATGTGAAAAGTGCA | 6896-6917 |
M5310 | GGATCAGCCCCCTCCTGAA | 6935-6953 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 54的位置 |
M5401 | TACAGCATCCACGCA | 6633-6647 |
M5402 | CAGCATCCACGCAGGATAGC | 6635-6654 |
M5403 | ACGCAGGATAGCTTTAATAA | 6643-6662 |
M5404 | CACGCAGGATAGCTTTAATA | 6642-6661 |
M5405 | ATAGCTTTAATAATTCTGAC | 6650-6669 |
M5406 | TACCATAACCCTTACAGCAGATG | 6729-6751 |
M5407 | TCCCACTATTCTAGAGGAC | 6777-6795 |
M5408 | TATAACCCCCCCAGCTACAAGTAGTT | 6807-6832 |
M5409 | ATATAGGTTTGTACAGTCACAG | 6843-6864 |
M5410 | GAATAATGCCCCTGCAAAGGAA | 6882-6903 |
M5411 | GCTGCAGGCAGATGTAGAGGCAG | 1043-1065 |
M5412 | CGTATGTAAGTCCTGTTGCAAACAGCGAAC | 1099-1128 |
M5413 | CTGTGTAGAAAAGGACCTAA | 1130-1149 |
M5414 | TATATCCCTAGGACGGCGGTCAGCCA | 1166-1191 |
M5415 | GGTAAATACCGAGGGGACAGATGAAA | 1265-1290 |
M5416 | GAAACAACTACAGATAGCCTAGGAAG | 1323-1348 |
M5417 | CGTGTAGCATTGTTTGGTATGTTTAA | 1386-1411 |
M5418 | TATGGATTAAGTTTTATGGACC | 1419-1440 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 56的位置 |
M5601 | CTGCTACAGAACAGT | 6630-6644 |
M5602 | GCTACAGAACAGTTAAGTAA | 6632-6651 |
M5603 | CAGAACAGTTAAGTAAATAT | 6636-6655 |
M5604 | GAACAGTTAAGTAAATATGATGC | 6638-6660 |
M5605 | GTAAATATGATGCACGAAAA | 6648-6667 |
M5606 | CAAAATTACTTTGTCTGCAGAGG | 6727-6749 |
M5607 | TGCTAACCTACTGGAGGAC | 6775-6793 |
M5608 | GTTATCCCCGCCAGTGGCCACCAGCC | 6805-5830 |
M5609 | ATATAGATATGTTAGAAGCACA | 6841-6862 |
M5610 | GGAACAGCCACCAACAGAA | 6880-6898 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 58的位置 |
M5801 | ATGCACTGAAGTAACTAAGG | 6674-6693 |
M5802 | CACTGAAGTAACTAAGGAAG | 6677-6696 |
M5803 | TGAAGTAACTAAGGA | 6680-6694 |
M5804 | GAAGTAACTAAGGAAGGTAC | 6681-6700 |
M5805 | CTAAGGAAGGTACATATAAAAA | 6688-6709 |
M5806 | ATAAAAATGATAATTTTAAG | 6703-6722 |
M5807 | CAAAATTACACTAACTGCAGAGA | 6776-6798 |
M5808 | TTCCAATATTTTGGAGGAC | 6824-6842 |
M5809 | TTTAACACCTCCTCCGTCTGCCAGTT | 6854-6879 |
M5810 | ATATAGATTTGTTACCTCCCAG | 6890-6911 |
M5811 | AACAGCACCCCCTAAAGAA | 6929-6947 |
M5812 | AGGGGTGGACGATATAAATGCTG | 1104-1126 |
M5813 | GCATGCTCAGAAAGTGCTGTAGA | 1153-1175 |
M5814 | GCAAATGTGTGTGTATCGTGGAAATATAAA | 1195-1224 |
M5815 | AAATTATTGAGCTAGAAGACAG | 1253-1274 |
M5816 | GCACACCAGGTAGAAAGCCAA | 1312-1332 |
M5817 | GGCTAGTTCAGATGTAAGCAGTGAAA | 1377-1402 |
M5818 | GTAATATTCTACATAACAGTAA | 1445-1466 |
M5819 | GCAACGCTATTATATAAATTC | 1474-1494 |
M5820 | GCTTATGGAGTAAGTTTTATGGAA | 1501-1524 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 59的位置 |
M5901 | TTCTACTACTTCTTC | 6643-6657 |
M5902 | ACTACTTCTTCTATTCCTAA | 6647-6666 |
M5903 | ACTTCTTCTATTCCTAATGT | 6650-6669 |
M5904 | TCTTCTATTCCTAATGTATACAC | 6653-6675 |
M5905 | ATGTATACACACCTACCAGT | 6666-6685 |
M5906 | TAAAATAACATTAACTACAGAGG | 6745-6767 |
M5907 | TACCACTATTTTGGAGGAT | 6793-6811 |
M5908 | TGTTACACCACCTCCTACTGCTAGTT | 6823-6848 |
M5909 | ATACCGTTTTGTTCAATCTGCT | 6859-6880 |
M5910 | GGACACCGCACCGCCAGTT | 6898-6916 |
M5911 | TTATGACAAACTAAAG | 6928-6943 |
M5912 | AGCCCAAAGGGATGCACGGGAAA | 1093-1115 |
M5913 | GCAGTATAGAAAACAGTAGTGAGAAAGCGG | 1143-1172 |
M5914 | CCATTACAAGAAATATCAGTAAATG | 1196-1220 |
M5915 | GGTTAATAACAGTGCCAGACAGCG | 1245-1268 |
M5916 | GGTAACCGTGGAGAATACTGGAAATG | 1306-1331 |
M5917 | CTGTAGCGACAGCAGTAACATGGATG | 1372-1397 |
M5918 | CCCACTAATCAATTGTTACAGTTA | 1421-1444 |
M5919 | GGGTTATCATTTCAAGATTTGG | 1499-1520 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 61的位置 |
M6101 | CTGCTACATCCCCCC | 6803-6817 |
M6102 | ACATCCCCCCCTGTATCTGA | 6808-6827 |
M6103 | CATCCCCCCCTGTATCTGAA | 6809-6828 |
M6104 | CCCCTGTATCTGAATATAAAGC | 6815-6836 |
M6105 | CTGAATATAAAGCCACAAGC | 6824-6843 |
M6106 | TAAAATACATTTAACCCCTGAAA | 6903-6925 |
M6107 | TAAGGCCTTGTTGGATGAC | 6951-6969 |
M6108 | TGTGGTACCACCACCCTCTACCAGTT | 6981-7006 |
M6109 | ATATAGGTTTTTGCAGTCCAGA | 7017-7038 |
M6110 | GGGTGCTGCTGCCCCGCCGCCC | 7056-7077 |
M6111 | CTATGCCAAGTTATCC | 7089-7104 |
M6112 | TGCACAGGATGACGCTGCAACGG | 1038-1060 |
M6113 | CCTTGGTGGACAGTGAATTAAGTCCC | 1115-1140 |
M6114 | GGACAGGACAGGGCTAGGAGAAGGCTGTTT | 1168-1197 |
M6115 | TGTTTGAGCAAGATAGTGGC | 1193-1212 |
M6116 | GGATGCGCAACATGAGGGGGGGGGGG | 1263-1288 |
M6117 | GGCCGAGGCCACAGGTAACCAGGAAA | 1335-1360 |
M6118 | GGCAGACATATTAGAGGTGTTTAAGG | 1380-1405 |
M6119 | CTGTACAAATTCAAGGACCTATTTGG | 1429-1454 |
M6120 | CTAGCATTTGGGGAGCTGGTA | 1456-1476 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 62的位置 |
M6201 | CCGCCTCCACTGCTG | 92-106 |
M6202 | GCCTCCACTGCTGCAGCAGA | 94-113 |
M6203 | CTGCTGCAGCAGAATACACG | 101-120 |
M6204 | GCAGAATACACGGCTACCAA | 109-128 |
M6205 | CAGAATACACGGCTACCAAC | 110-129 |
M6206 | CAAAATACAGTTAACCCCCGAAA | 189-211 |
M6207 | CAAGGACCTTTTGGATGAC | 237-255 |
M6208 | GGTTTTACCTCCCCCTTCCACTAGTT | 267-292 |
M6209 | ATATCACTATTTCGAGTCTCGG | 303-324 |
M6210 | GGGGCTGCCTACCCGTCCC | 342-360 |
M6211 | GTATGCGCAAATGACA | 372-387 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 66的位置 |
M6601 | CAGCTAAAAGCACAT | 6680-6694 |
M6602 | CAGCTAAAAGCACATTAACT | 6680-6699 |
M6603 | CTAAAAGCACATTAACTAAA | 6683-6702 |
M6604 | TTAACTAAATATGATGCCCG | 6694-6713 |
M6605 | CTAAATATGATGCCCGTGAA | 6698-6717 |
M6606 | TAAAATAACCTTAACTGCAGAAG | 6777-6799 |
M6607 | TAATACTTTATTAGACGAT | 6825-6843 |
M6608 | CTTATCCCCACCAGTTGCAACTAGCT | 6855-6880 |
M6609 | ATATAGGTATATTAAAAGCACA | 6891-6912 |
M6610 | GGAACAGCCCCCTGCAGAA | 6930-6948 |
M6611 | CCTGGCTAAATATAAG | 6960-6975 |
M6612 | AGCACATGCAGATGCACAGACG | 1116-1137 |
M6613 | GGTAGTCCCTTAAGTGATATTAGTAA | 1165-1190 |
M6614 | GCAAACTGTGTACCGAGAGGAAGTAA | 1194-1219 |
M6615 | AAGGCTAATATTATCAGAAGACAGCGGGTA | 1224-1253 |
M6616 | GAAACATCACAACAGGTAGAATACG | 1276-1300 |
M6617 | GAGCTCACAAAATGGAGGCTCGCAAA | 1320-1345 |
M6618 | ATCAAATATGGATATAGATACAAATA | 1371-1396 |
M6619 | CCAATTGCAGGAACTATTTAAAAGTA | 1413-1438 |
M6620 | CAAGGAAGATTACATTTTAAATTTAA | 1447-1472 |
M6621 | AGAAGTGTATGGAGTGCCAT | 1473-1492 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 67的位置 |
M6701 | CTGAGGAAAAATCAG | 6655-6669 |
M6702 | GAGGAAAAATCAGAGGCTAC | 6657-6676 |
M6703 | ATCAGAGGCTACATACAAAAATG | 6665-6687 |
M6704 | AGGAAAAATCAGAGGCTACA | 6658-6677 |
M6705 | CTACATACAAAAATGAAAAC | 6673-6692 |
M6706 | CAAAATATCCCTTACTGCAAATG | 6752-6774 |
M6707 | TCCAGATATATTAGAGGAC | 6800-6818 |
M6708 | CCTTACACCACCTCCTTCAGGTAATT | 6830-6855 |
M6709 | ATATAGATTTGTTACCTCGCAG | 6866-6887 |
M6710 | AACATCCCCTCCAACAGCA | 6905-6923 |
M6711 | TCTTAAAAAGTACAGT | 6935-6950 |
M6712 | AGAGGAGGATGACCTAAACGCTG | 1096-1118 |
M6713 | CAGGCATGTGGTGGTAATAGTAATGG | 1151-1176 |
M6714 | GCCGCAAAACGCAGAGCATACGACATAGAA | 1199-1228 |
M6715 | GGCAAAATGGCGATATGCAGTGCAGT | 1287-1312 |
M6715 | GCAAGTAGTACGGGAAACAGTGTAGA | 1331-1356 |
M6716 | GTCAGGAACAAAGCATGCCATTGCAA | 1380-1405 |
M6717 | GCATGTAAATAATATAAAGGCAACG | 1423-1447 |
M6718 | GGAAGCATATGGGGTAACGTTTACAC | 1465-1490 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 68的位置 |
M6801 | CTACTACTGAATCAG | 2653-2667 |
M6802 | TGAATCAGCTGTACCAAATA | 2660-2679 |
M6803 | GAATCAGCTGTACCAAATAT | 2661-2680 |
M6804 | CAGCTGTACCAAATATTTATGA | 2665-2686 |
M6805 | ATATTTATGATCCTAATAAA | 2677-2696 |
M6806 | TCCTGCTATTTTGGATGAT | 2804-2822 |
M6807 | TACTATAACATTGTCCACTGATG | 2756-2778 |
M6808 | TGTTGCCCCTCCACCATCTGCTAGTC | 2834-2859 |
M6809 | ATACCGCTATCTGCAATCAGCA | 2870-2891 |
M6810 | AGACGCCCCTGCACCTACT | 2909-2927 |
M6811 | ATATGATGGCTTAAAC | 2939-2954 |
M6812 | GGCCCAAAGGGATGCACAAACAG | 4990-5012 |
M6813 | GCCCTTTAGCAAAGTCGCCATTACAG | 5055-5080 |
M6814 | GGTAACTGTAGCAACTAATA | 5115-5134 |
M6815 | GGAAAATGGCGACAGCATACGGGAGGACTG | 5163-5192 |
M6816 | GACAGTGCTATAGATAGTGAAAACCA | 5203-5228 |
M6817 | CCTACTACGCAACTAAAAGTATTA | 5242-5265 |
M6818 | AAGCTGCAATGTTAACAGAATTTAAA | 5285-5310 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 69的位置 |
M6901 | TATTAGTACTGTATCTGCAC | 6572-6591 |
M6902 | CTGTATCTGCACAAT | 6580-6594 |
M6903 | CTGTATCTGCACAATCTGCA | 6580-6599 |
M6904 | TGCACAATCTGCATCTGCCA | 6587-6606 |
M6905 | CAATCTGCATCTGCCACTTTTA | 6591-6612 |
M6906 | CCACTTTTAAACCATCAGAT | 6604-6623 |
M6907 | TAAAATTACTCTTACCACTGATG | 6683-6705 |
M6908 | TTCTACTATTTTGGAAAAT | 6731-6749 |
M6909 | CCTTACCTTGCCTCCTACTGCTAGTT | 6761-6786 |
M6910 | ATATAGGTTTATTAAAAATTCA | 6797-6818 |
M6911 | CGATGCCCCTGCACAGCCC | 6836-6854 |
M6912 | AACACAAGCAAATAAGAAGGCAG | 1101-1123 |
M6913 | GAACAGCCCGTTGCAAGACATAACAA | 1158-1183 |
M6914 | CAGACGAAGTAAACAATTTACAGGC | 1208-1232 |
M6915 | GGAGAGCAGTGGACAGTGTTCCGGACAGCG | 1238-1267 |
M6916 | GGTAGATAAACACAATGAACAAAATG | 1308-1333 |
M6917 | TCAAGTGGATCTGTATCAGACA | 1360-1381 |
M6918 | GCACAGGCAAGTAGTGTAACCAAAA | 1399-1423 |
M6919 | GTAATGTAAAAGCAGCATTATTAA | 1445-1468 |
M6920 | CAGTATATGGTGTAAGTTATA | 1481-1501 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 6的位置 |
M0601 | CATCCGTAACTACATCTTCC | 6814-6833 |
M0602 | ATCCGTAACTACATCTTCCA | 6815-6834 |
M0603 | CTACATCTTCCACATACACCAA | 6823-6844 |
M0604 | CATCTTCCACATACACCAAT | 6826-6845 |
M0605 | ATCTTCCACATACACCAATT | 6827-6846 |
M0606 | CCACATACACCAATTCTGAT | 6832-6851 |
M0607 | TAGCATTACATTGTCTGCTGAAG | 6911-6933 |
M0608 | TCCCTCTGTTTTGGAAGAC | 6959-6977 |
M0609 | GTTATCGCCTCCCCCAAATGGTACAT | 6989-7014 |
M0610 | CTATAGGTATGTGCAGTCACAG | 7025-7046 |
M0611 | GCCCACTCCTGAAAAGGAA | 7064-7082 |
M0612 | CTATAAGAACCTTAGT | 7094-7109 |
M0613 | GGCGGACACCCATTATGCGACTG | 1045-1067 |
M0614 | GTTAGTCCTATAAACACTATAGCCGA | 1106--1131 |
M0615 | CCACGATTGGACGCCATTAAACTTACAAGA | 1154-1183 |
M0616 | GGCTGTTTCAAACCAGGGAACTAACG | 1206-1231 |
M0617 | GGTAGAGAAACATGGCGTACCGGAAA | 1279-1304 |
M0618 | GGACACAGGAAGGGACATAGAGGGGG | 1327-1352 |
M0619 | CACAAACAGTGTACGGGAGCATGCAG | 1378-1403 |
M0620 | GCTAAAATGTAAAGATTTACGGGCAG | 1426-1451 |
M0621 | GCTTTGGGCTGTCTTTTATAGATTTA | 1476-1501 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 70的位置 |
M7001 | TGTCTGCCTGCACCGAAACG | 6614-6633 |
M7002 | CTGCACCGAAACGGC | 6621-6635 |
M7003 | GAAACGGCCATACCTGCTGT | 6628-6647 |
M7004 | CGAAACGGCCATACCTGCTG | 6627-6646 |
M7005 | CGGCCATACCTGCTGTATATAG | 6632-6653 |
M7006 | CTGTATATAGCCCTACAAAG | 6644-6663 |
M7007 | TACTATCACATTAACTGCTGACG | 6723-6745 |
M7008 | TCCTGCAATTTTGGACAAT | 6771-6789 |
M7009 | AGTTACCCCTCCACCATCTGCAAGCT | 6801-6826 |
M7010 | GTATAGGTATTTACAATCAGCA | 6837-6858 |
M7011 | GGATGCTCCTACACCTGAA | 6876-6894 |
M7012 | CTATGACGATTTAAAA | 6906-6921 |
M7013 | GGCCCAAAGGGATGCACAATCAG | 1149-1171 |
M7014 | GCAATCTAAATAAAAGTCCTTGT | 1202-1224 |
M7015 | GTACATAGGGAACAAAGGGTAACAC | 1240-1264 |
M7016 | GGTAAACATATGCAATAAACAGG | 1278-1300 |
M7017 | ACAAACGTGTATTCAGTACCAGACAGCGGC | 1306-1335 |
M7018 | GTAGTAAATAATACAAATGGGGAAGA | 1378-1403 |
M7019 | GGAGTGCAGTAGTGTAGACAGTGCTA | 1446-1471 |
M7020 | TCCACAGTCACCTACTGCACAGCTAA | 1491-1516 |
M7021 | GCTAATAACCAAAAAGCCATACTAC | 1531-1555 |
M7022 | CACACATATGGATTAGCATTTAACGA | 1570-1595 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 72的位置 |
M7201 | ATCTGTTGGTTTAATGAGCT | 6759-6778 |
M7202 | TTTGTGACAGTTGTAGATAC | 6780-6799 |
M7203 | CTGCCACAGCGTCCT | 6829-6843 |
M7204 | ACAGCGTCCTCTGTATCAGA | 6834-6853 |
M7205 | CCACAGCGTCCTCTGTATCA | 6832-6851 |
M7206 | AGCGTCCTCTGTATCAGAATAT | 6836-6857 |
M7207 | CAGAATATACAGCTTCTAAT | 6850-6869 |
M7208 | TAAAATTCACTTAACTCCTGAAA | 6929-6951 |
M7209 | TAAGGCCTTATTGGATGAC | 6977-6995 |
M7210 | TGTGGTGCCTCCTCCTTCTACCAGTT | 7007-7032 |
M7211 | CTATAGGTTTTTGCAGTCTCGT | 7043-7064 |
M7212 | GGGGGCTGCCACCCCTCCTCCT | 7082-7103 |
M7213 | ATATGCTAACTTATCC | 7115-7130 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 74的位置 |
M7401 | CCTACCTCACAATCG | 1686-1700 |
M7402 | CTCACAATCGCCTTCTGCTA | 1691-1710 |
M7403 | ACCTCACAATCGCCTTCTGC | 1689-1708 |
M7404 | CAATCGCCTTCTGCTACATATA | 1695-1716 |
M7405 | ACAATCGCCTTCTGCTACATAT | 1694-1715 |
M7406 | CTACATATAATAGTTCAGAC | 1708-1727 |
M7407 | TAGTATTAAGTTAACTGCTGAGG | 1787-1809 |
M7408 | TCCTACAGTTTTAGAAGAG | 1835-1853 |
M7409 | GCTAACGCCTCCCCCCAATGGTACTT | 1865-1890 |
M7410 | CTACAGATATGTGCAGTCCCAG | 1901-1922 |
M7411 | ACCTACGCCTGATAAAGCA | 1940-1958 |
M7412 | CTATGCAAATTTAAGT | 1970-1985 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV 82的位置 |
M8201 | TGCTGTTACTCCATC | 6608-6622 |
M8202 | TGCTGTTACTCCATCTGTTG | 6608-6627 |
M8203 | ACTCCATCTGTTGCACAAAC | 6615-6634 |
M8204 | AAACATTTACTCCAGCAAAC | 6631-6650 |
M8205 | TAAAATCACTTTAACTACTGAAA | 6710-6732 |
M8206 | TTCTACAATTTTAGAACAG | 6758-6776 |
M8207 | ATTAACATTGCCCCCCTCCGCTAGTT | 6788-6813 |
M8208 | CTATCGATTTGTAAAAAATGCA | 6824-6845 |
M8209 | GGACAGTCCTCCACAGGCT | 6863-6881 |
M8210 | AACACAGGCACACAAAGAGGCTG | 1094-1116 |
M8211 | GCAGCCCATTAAAAGACATTACAAA | 1156-1180 |
M8212 | GTCAGCAACAACCAAAACAGGCAAACCTTC | 1201-1230 |
M8213 | GGAGATTACTGGACAGTTATCCGGACA | 1243-1269 |
M8214 | CCTTACAGGTAGATGGGCAAAATGAC | 1309-1334 |
M8215 | GAGCAGCGACAGAAGTACAGAGATAG | 1367-1392 |
M8216 | GCTACCAATGTAGGACTAAACAGTA | 1413-1437 |
M8217 | GTAGCAATGCAAAAGCAATGTTTATG | 1456-1481 |
M8218 | GGTGTTAGTTATAATGAGTTGGTAAG | 1503-1528 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV CP8061的位置 |
M806101 | TCTGTGCTACCAAAACTGTT | 86-105 |
M806102 | CTACCAAAACTGTTG | 92-106 |
M806103 | ACCAAAACTGTTGAGTCTAC | 94-113 |
M806104 | AACTGTTGAGTCTACATATAAA | 99-120 |
M806105 | GTTGAGTCTACATATAAAGC | 103-122 |
M806106 | CTACATATAAAGCCTCTAGT | 110-129 |
M806107 | TGTTATTAATTTAACAGCTGAAA | 189-211 |
M806108 | TGCTACATTACTGGAGGAC | 237-255 |
M806109 | GTTCTTACCACCTCCTACTG | 267-286 |
M806110 | CTACCGCTTTTTACAGTCTCAG | 303-324 |
M806111 | AAACAGTCCTCCTCCTGCAGAA | 342-363 |
M806112 | CTATGCAGATCTTACA | 375-390 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV CP8034的位置 |
M830401 | CAGCTACATCTGCTG | 92-106 |
M830402 | GCTACATCTGCTGCTGCAGA | 94-113 |
M830403 | ACATCTGCTGCTGCAGAATACA | 97-118 |
M830404 | TGCTGCAGAATACAAGGCCT | 105-124 |
M830405 | GCTGCAGAATACAAGGCCTC | 106-125 |
M830406 | CAGAATACAAGGCCTCTAAC | 110-129 |
M830407 | TAAAATACAGTTAACACCAGAAA | 189-211 |
M830408 | CAAGGCACTGTTGGATGAT | 237-255 |
M830409 | TGTGTTGCCACCTCCTTCCACCAGTT | 267-292 |
M830410 | ATATCGCTTTTTACAGTCTCGG | 303-324 |
M830411 | GGGTGCTGCTGCCCCTGCGCCC | 342-363 |
M830412 | TTATGCCGACATGTCA | 375-390 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV L1AE5的位置 |
MAE501 | ATCTACTGCAACTACTAATC | 69-88 |
MAE502 | CTGCAACTACTAATC | 74-88 |
MAE503 | CTGCAACTACTAATCCAGTT | 74-93 |
MAE504 | ACTACTAATCCAGTTCCATCTA | 79-100 |
MAE505 | CTAATCCAGTTCCATCTATA | 83-102 |
MAE506 | CTATATATGAACCTTCTAAA | 98-117 |
MAE507 | TAAAATTACACTTACTACTGATG | 177-199 |
MAE508 | TCCTACTATTTTAGATAGT | 225-243 |
MAE509 | TGTTAGTCCTCCCCCATCTGCTAGCT | 255-280 |
MAE510 | ATATAGGTTTTTACAGTCATCT | 291-312 |
MAE511 | GGATGTGGTTGTTCCACAA | 330-348 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV MM4的位置 |
MM401 | CTGCTGTTACTCAATCTGTT | 92-111 |
MM402 | TGCTGTTACTCAATC | 93-107 |
MM403 | GTTACTCAATCTGTTGCACA | 97-116 |
MM404 | TGCACAAACATTTACTCCAG | 111-130 |
MM405 | TTACTCAATCTGTTGCACAAAC | 98-119 |
MM406 | AAACATTTACTCCAGCAAAC | 116-135 |
MM407 | TAAAATCACTTTAACTACTGAAA | 195-217 |
MM408 | TTCTACAATTTTAGAACAG | 243-261 |
MM409 | ATTAACCTTGCCCCCCTCAGCTAGTT | 273-298 |
MM410 | CTATCGATTTGTAAAAAATGCA | 309-330 |
MM411 | GGACAGTCCTCCACAGGCT | 348-366 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV MM7的位置 |
MM701 | TGCTGCTACACAGGC | 93-107 |
MM702 | GCTGCTACACAGGCTAATGA | 94-113 |
MM703 | TGCTACACAGGCTAATGAAT | 96-115 |
MM704 | CTACACAGGCTAATGAATACAC | 98-119 |
MM705 | ATGAATACACAGCCTCTAAC | 110-129 |
MM706 | CAAAATACATCTTACCCCTGAAA | 189-211 |
MM707 | TGAACATTTATTGGATGAG | 237-255 |
MM708 | CGTGTTACCACCTCCTTCCACCAGCC | 267-292 |
MM709 | CTATCGCTATCTGCAGTCCCGT | 303-324 |
MM710 | GGGTCCTTCCGCCCCTGCCCCT | 342-363 |
MM711 | TTATGATGGCCTTGTA | 375-390 |
序列编号 | 序列5’→3’ | 该序列于HPV MM8的位置 |
MM801 | TGCTACCAACACCGA | 93-107 |
MM802 | CTACCAACACCGAATCAGAA | 95-114 |
MM803 | CCAACACCGAATCAGAATATAA | 98-119 |
MM804 | CAGAATATAAACCTACCAAT | 110-129 |
MM805 | TAAGGTCCGTCTGACTCCAGAGG | 189-211 |
MM806 | TGACTCCTTATTAGATGAG | 237-255 |
MM807 | TGTTGTGCCCCCTCCCTCCACAAGTT | 267-292 |
MM808 | CTATAGGTACTTGCAGTCTCGC | 303-324 |
MM809 | GGGGGCCGCCGCCGCCAAGCCT | 342-363 |
MM810 | TTATGCTGGCATGTCC | 375-390 |
本发明将每一核苷酸探针固定于所述载体11(尼龙膜)的方法叙述如下:
1.寡核苷酸探针的3’端以末端转移酶加入核苷酸,成为3’端氨基修饰-TTTTTTTTTTTTTTT-寡核酸
1.1将下列物品混合均匀:
10X NEBuffer 4 5μ1
2.5mM CoCl2 5μ1
寡核苷酸探针(购自当地厂商) 5~300pmol
10~300mM dATP、dCTP、dTTP或dGTP 1μ1
末端转移酶(20U/u1)(NEW English 0.5~5μl
BioLabs,M0252S)
加M.Q.H2O 50μl
1.2该混合物置于37℃,反应15~60分钟;
1.3加10μl的0.2M EDTA(pH8.0)至该混合物以终止反应;
2.将3’端增加核苷酸的寡核苷酸探针点到带正电的载体11(尼龙膜)上
2.1将具有3’端增加核苷酸的每一寡核苷酸探针以直径400μm宽的针头点至带正电的载体11(尼龙膜)上,各点间距1200μm;
2.2以紫外光照射载体11(尼龙膜)
2.3即为本发明用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒10,将该试剂盒10保存于干燥箱备用。
请参阅图2。寡核苷酸试片20为本发明的实施例2,其用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒(human papilloma virus,HPV)亚型,其中载体21为一玻璃片。固定于该载体21上的点阵列22,其中的每一点为一寡核苷酸(15至26个核苷酸)探针,每一寡核苷酸探针可专一地与一种人类乳突瘤病毒亚型的脱氧核糖核酸(DNA)杂交。
载体21上每一寡核苷酸探针序列的选择,请参照表1至表36。各表为本发明针对特定人类乳突瘤病毒亚型所采用的寡核苷酸序列,用以专一地杂交该特定人类乳突瘤病毒亚型。例如,该载体21上其中一寡核苷酸探针的序列可采用序列编号1至12(如表1)中的一序列,用以杂交人类乳突瘤病毒亚型11(HPV 11)。
本发明将每一核苷酸探针固定于该载体21(玻璃片)的方法叙述如下:
1.载体21(玻璃片)的表面处理
1.1载体21(该玻璃片可选用显微镜载玻片SuperFrost,Menzel-Glaser Co.,Germany)以无萤光软性清洁剂清洗干净;
1.2将清洗完毕的载体21泡入10%NaOH过夜;
1.3载体21依序以二次水、1%氯化氢溶液、甲醇振摇2分钟,置于烘箱中干燥。
1.4载体21硅烷化溶液(1%的3-氨基丙基三甲氧基硅烷(APTMS)在95%的丙酮水溶液中),室温反应约2分钟;
1.5载体21以丙酮清洗10次,每次5分钟。移至110℃烘箱,干燥45分钟;
1.6干燥完毕的载体21浸入0.2%的1,4-亚苯基二异氰酸酯溶液中(溶剂为10%的吡啶在二甲基甲酰胺中),于室温反应约2小时;
1.7最后,载体21以甲醇及丙酮清洗,静置干燥;
1.8将表面处理完毕的载体21,置于真空干燥器保存备用。
2.将上述的寡核酸探针固定于载体21(玻璃片)上
2.1将3’端氨基修饰-TTTTTTTTTTTTTTT-寡核酸序列以直径400μm宽的针头点至载体21上,各点间距1200μm;
2.2将载体21浸入1%氨水中约2分钟,再以二次水清洗,室温下风干;
2.3即为本发明用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒20,将该试剂盒20保存于干燥箱备用。
本发明用以检测且鉴别一检体中人类乳突瘤病毒存在的方法叙述如下:
1.检体处理:
1.1若有颈刷或棉花棒置于管内,需先震荡数秒将细胞震下后并取出颈刷或棉花棒,然后置于20℃下1500rpm离心5分钟;
1.2脱落细胞以10mM Tris(PH8.5)缓冲液清洗并溶于8mM NaOH,将细胞吸取至1.5ml微量离心管;
1.3依照细胞沉淀物的体积,加入适量PreTaq(1U/μl)溶液,94℃反应1小时后,于20℃下13,500rpm离心5分钟,将所得检体DNA保存于-20℃。
2.聚合酶连锁反应(PCR)
2.1以甘油醛-3-磷酸去氢酶基因为内部控制(internal control)的聚合酶连锁反应
2.1.1依下表添加下列物质试剂 库存 取量 最终浓度无菌H2O 2.610X Taq缓冲液 0.5 1X Taq缓冲液dNTP 2.5mM 0.4 200μM模板 1GAP241-51)引子 10pmol/μl 0.2 0.4pmol/μlGAP241-32)引子 10pmol/μl 0.2 0.4pmol/μlProTaq(PROTECH) 5U/μl 0.1 0.1U/μl总体积(μl) 5
1)Gap2 1-5:CCACCAACTGCTTAGCACCCC
2)Gap2 1-3:TGCAGCGTACTCCCCACATCA
3)最后加入适量矿物油防止蒸发。
2.1.2依下列程序进行PCR反应:
程序一 程序二 程序三
94℃,15秒94℃,3分钟 57℃,1分钟 72℃,5分钟
72℃,30秒
40个循(cycle)
2.1.3 PCR产物于2.5%洋菜胶/EtBr(0.5×TBE)中分析;
2.2检体DNA的第一次聚合酶连锁反应:2.2.1依下表添加下列物质试剂 库存 取量 最终浓度消毒H2O 4.7-5.710X Taq缓冲液 1 1X Taq缓冲液dNTP 2.5mM 0.8 200μM模板 1-2BSA 10mg/ml 0.1 0.1μg/μl引子1,2) 10pmol/lμl 0.6 0.6pmol/μl引子1,2) 10pmol/μl 0.6 0.6pmol/μlProTaq(PROTEcH) 5U/μl 0.2 0.1U/μl总体积(μ1) 101)MY09/MY11:Manos等,Cancer Cells 1989,7,209-214;2)E1 301L/E1 847R:Ylitalo等,J.Clin.Microbiol.1995,33,1822-1828;3)最后加入适量矿物油防止蒸发。2.2.2依下列程序进行PCR反应:
程序一 程序二 程序三
94℃,45秒94℃,3分钟 45℃,1分钟 72℃,5分钟
72℃,1.5分钟
45个循环(cycle)2.2.3 PCR产物于2.5%洋菜胶/EtBr(0.5×TBE)中分析2.3使用内扩引子对进行第二次聚合酶连锁反应2.3.1依下表添加下列物质试剂 库存 取量 最终浓度消毒H2O 11.7510X Taq缓冲液 2.5 1X Taq缓冲液rdNTP 2.5mM 2 200μM第一次PCR产物 5BSA 10mg/ml 0.25 0.1μg/μl引子1) 10pmol/μl 1.5 0.6pmol/μl引子1,2,3) 10pmol/μl 1.5 0.6pmol/μlProTaq (PROTECH) 5U/μl 0.5 0.1U/μl总体积(μl) 25
1)GP5+/GP6+:De Roda Husman等,J.Gen.Virol.1995,76,1057-1062;
2)El 350L/E1 547R:Ylitalo等,J.Clin.Microbiol.1995,33,1822-1828;
3)GP6+及El 547R引子的5’端可加上生物素标记或Cy5萤光标记;
4)最后加入适量矿物油防止蒸发。
2.3.2以下列程序进行PCR反应;
程序一 程序二 程序三
94℃,45秒
94℃,3分钟 45℃,1分钟 72℃,5分钟
72℃,1.5分钟
45个循环(cycle)
2.3.3 PCR产物于2.5%洋菜胶/EtBr(0.5×TBE)中分析
3.以本发明所提供的寡核苷酸试片10(载体11为尼龙膜)用以检测人类乳突瘤病毒亚型;
3.1将该寡核苷酸试片10浸泡在2X SSC溶液作用5分钟;
3.2将该寡核苷酸试片10置于含有50μg/μL鲑鱼精子核苷酸的杂交缓冲液里,于35℃预杂交约30分钟;
3.3将含有生物素标记的检体的聚合酶连锁反应产物加入含有50μg/μL鲑鱼精子核酸的杂交缓冲液混合均匀,95℃加热约5分钟;将核酸改性后,置于冰上待用;
3.4将改性后的聚合酶连锁反应产物加入该寡核苷酸试片10上的核苷酸点阵列中,35℃杂交约4小时或过夜;
3.5用2X SSC/1%SDS溶液于35℃清洗该寡核苷酸试片10约15分钟;
3.6再用0.2X SSC/0.1%SDS溶液于35℃清洗该寡核苷酸试片10约l5分钟;
3.7该寡核苷酸试片10以0.5%阻隔试剂处理约1小时;
3.8该寡核苷酸试片10以卵白素-碱性磷酸酶接合物反应约1小时;
3.9该寡核苷酸试片10以1X PBST清洗二次,每次约10分钟;
3.10该寡核苷酸试片10以Tris/NaCl缓冲液清洗二次,每次约五分钟;
3.11该寡核苷酸试片10以NBT/BCIP在室温下进行呈色反应;
3.12由该寡核苷酸试片10上各呈色点对应其所杂交的人类乳突瘤病毒亚型,即可判断该检体中所含为何种人类乳突瘤病毒亚型。
4.以本发明所提供的寡核苷酸试片20(载体21为玻璃片)用以检测人类乳突瘤病毒亚型
4.1含Cy5萤光标记的聚合酶连锁反应产物以PCR Clean Up-M System(Viogene,USA)纯化,以酒精沉淀含Cy5萤光标记的聚合酶连锁反应产物,最后以真空干燥沉淀物备用;
4.2沉淀物加入12μl杂交液(2XSSC/0.1%SDS),充分溶解后,离心1分钟,沸水浴2分钟;
4.3取出后迅速插入冰上,静置5分钟;离心30秒后,取出10μl于寡核酸微阵列杂交区左方,小心地将一盖波片沿左方引溶液覆盖于杂交区上,避免产生气泡;使寡核酸微阵列杂交区朝下,置于Humid Chamber(Sigma,USA)中,35℃杂交4小时或过夜;
4.4将杂交反应完毕的寡核苷酸试片20,垂直放于盛有洗涤液A(2XSSC/1%SDS)的50ml烧杯中,轻轻振动寡核苷酸试片20,使盖玻片脱落,再将寡核苷酸试片20放入装有洗涤液A的50ml离心管中,以160rpm的速率于平面振荡器上洗涤12分钟;
4.5接着寡核苷酸试片20以洗涤液B(0.2XSSC/0.1%SDS),于35℃中振摇12分钟后,以二次水清洗表面,静置干燥;
4.6干燥完毕的寡核苷酸试片20,使用GenePixTM4000(Axon,USA)进行扫描,选用635nm激发波长,以GenePix Pro 3.0(Axon,USA)软件进行分析。
请参阅图3(a)及(b)。图3(a)为本发明实施例3的示意图,寡核苷酸试片30用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒(human papillomavirus,HPV)亚型,其中载体31为一尼龙膜,其实际长度约为1.44公分,宽度约为0.96公分。点阵列32依上述方法固定于该载体31上,其中点距约为1.2公厘,每一点直径约为0.4公厘,且每一点为一寡核苷酸(15至30个核苷酸)探针,每一寡核苷酸探针可专一地与一种人类乳突瘤病毒亚型的脱氧核糖核酸(DNA)杂交。图3(b)标示点阵列32中每一寡核苷酸探针所对应的人类乳突瘤病毒亚型。而各寡核苷酸探针序列选自于表1至表36中的序列。其中SC(system control)为任何一种人类乳突瘤病毒亚型经由含生物素引子用聚合酶连锁反应的产物NC(negative control),其为与HPV无关的植物基因的片段;IC(internal control)为针对人类常驻基因(housekeeping gene)甘油醛-3-磷酸酯脱氢酶(Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase,GAP-DH)的专一探针(序列:5’-gcccagactgtgggtggcag-3’),添加上述探针的目的皆为监视检测反应是否正常。
将寡核苷酸试片30分别依照上述方法,检测含有特定人类乳突瘤病毒亚型部分基因的质体(即positive clones),其结果如图4(a)至(c)所示。该含有特定人类乳突瘤病毒亚型部分基因的质体经由MY11/MY09引子进行第一次聚合酶连锁反应,所得第一次聚合酶连锁反应产物于2.5%洋菜胶/EtBr中分析,电泳结果如图4(a)所示。该聚合酶连锁反应产物经由GP5/GP6引子进行第二次聚合酶连锁反应,所得第二次聚合酶连锁反应产物于2.5%洋菜胶/EtBr中分析,电泳结果如图4(a)所示。其中该等人类乳突瘤病毒亚型质体及其标号,说明如表37。
表37
标号 | HPV质体 | 标号 | HPV质体 | 标号 | HPV质体 |
M | DNA标识(DNA marker) | 7 | 33 | 14 | 56 |
1 | 6 | 8 | 35 | 15 | 59 |
2 | 11 | 9 | 44 | 16 | 61 |
3 | 16 | 10 | 45 | 17 | 66 |
4 | 18 | 11 | 52 | 18 | 70 |
5 | 26 | 12 | 53 | 19 | CP8061 |
6 | 31 | 13 | 54 | 20 | L1AE5 |
将上述编号(1)至(20)的第二次聚合酶连锁反应产物分别以二十片寡核苷酸试片30检测的结果,如图4(c)所示。将图4(c)的检测结果以SC为基准点与图3(b)对照可知,本发明所提供的寡核苷酸试片用于鉴别各人类乳突瘤病毒亚型,具有高度准确性。
本发明另将寡核苷酸试片30应用于鉴别受检人检体中带有的人类乳突瘤病毒亚型,其结果如图5所示。将图5的检测结果以SC为基准点与图3(b)对照可知,检体(1)带有人类乳突瘤病毒第53型(HPV 53),检体(2)带有人类乳突瘤病毒第45型(HPV 45),检体(3)带有人类乳突瘤病毒第52型(HPV 52),及检体(4)带有人类乳突瘤病毒第39型(HPV 39)。
请参阅图6(a)及(b)。图6(a)为本发明实施例4的示意图,寡核苷酸试片40用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒(human papillomavirus,HPV)亚型,其中载体41为一玻璃片,点阵列42依上述方法固定于该载体41上,且每一点为一寡核苷酸(15至30个核苷酸)探针,每一寡核苷酸探针可专一地与一种人类乳突瘤病毒亚型的脱氧核糖核酸(DNA)杂交。图6(b)标示点阵列42中每一寡核苷酸探针所对应的人类乳突瘤病毒亚型。而各寡核苷酸探针序列分别选自于表1、3或14中的序列。
将本发明寡核苷酸试片40以SYBR Green II染色,并使用GenePixTM4000(Axon,USA)进行扫描,选用635nm激发波长,结果如图7(a)所示。将分别含有人类乳突瘤病毒11型、18型部分基因的质体(即positiveclones)分别经由两次聚合酶连锁反应的产物,以本发明寡核苷酸试片40进行检测,检测结果如图7(b)所示,其中红色萤光即为阳性反应。将图7(b)的检测结果对照图6(b)可知,本发明所提供的寡核苷酸试片用于鉴别人类乳突瘤病毒亚型,的确具有高度准确性。
总之,熟悉本发明技术领域的技术人员,在不背离本发明精神的情况下,所作的修改与润饰,皆在本发明的权利要求书的保护范围之内。
Claims (14)
1.一种用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒,该试剂盒包含有:
一载体,该载体包含第一部分与第二部分,并可承载所述检体于其上;
第一种寡核苷酸,该第一种寡核苷酸承载于所述载体的第一部分上;以及
第二种寡核苷酸,该第一种寡核苷酸承载于所述载体的第二部分上,其中该第一种及第二种寡核苷酸可分别与第一种及第二种人类乳突瘤病毒亚型的脱氧核糖核酸DNA杂交,以同步鉴别该检体中所含有的所述人类乳突瘤病毒亚型。
2.如权利要求1的用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒,其中所述载体的材质为尼龙。
3.如权利要求1的用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒,其中所述载体为一玻璃片。
4.如权利要求1的用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒,其中所述第一种人类乳突瘤病毒亚型与第二种人类乳突瘤病毒亚型分别选自于下列36型病毒之一,所述第一种寡核苷酸的序列选自于该第一种人类乳突瘤病毒亚型对应的寡核苷酸组中的一序列及其互补物,所述第二种寡核苷酸的序列选自于该第二种人类乳突瘤病毒亚型对应的寡核苷酸组中的一序列及其互补物:
HPV 11 NC 001525序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 11之的位置M1101 ATCTGTGTCTAAATC 6799-6813M1102 TCTGTGTCTAAATCTGCTAC 6800-6819M1103 ATCTGTGTCTAAATCTGCTACATACA 6799-6824M1104 TGCATCTGTGTCTAAATCTG 6796-6815M1105 AAATCTGCTACATACACTAA 6809-6828M1106 CTAAATCTGCTACATACACTA 6807-6827M1107 CTACATACACTAATTCAGAT 6816-6835M1108 TAGCATTACATTATCTGCAGAAG 6895-6917M1109 TCCTTCTGTTTTGGAGGAC 6943-6961M1110 TTTATCGCCTCCACCAAATGGTACAC 6973-6998M1111 TTATAGATATGTACAGTCACAGGCC 7009-7033M1112 ACCCACACCTGAAAAAGAAAAAC 7048-7070M1113 GGCGGATGCTCATTATGCGACTG 1044-1066M1114 ATATGTAAGTCCTATAAGCAATGTAG 1101-1126M1115 CTAATGCAGTAGAAAGTGAGATAAGT 1127-1152M1116 CACGGTTAGACGCCATTAAACTTACA 1154-1179M1117 CACAGCCAAAAAAGGTAAAGCGACGG 1181-1206M1118 GCAACGCAGGTAGAGAAACATGGCGA 1264-1289M1119 GAAAATGGGGGAGATGGTCAGGAAAGGGAC 1294-1323M1120 GACACAGGGAGGGACATAGAGGGTGA 1321-1346M1121 ACATAGAGAGGCGGAAGCAGTAGACG 1356-1381M1122 ACAGCACCCGAGAGCATGCAGACACA 1382-1407M1123 TCAGGAATATTAGAATTACTAAAATG 1408-1433M1124 GCTGTCATTTGTTGATTTA 1482-1500
HPV 16 NC 001526序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 16的位置M1601 TATGTCATTATGTGCTGCCA 6659-6678M1602 GTGCTGCCATATCTACTTCA 6670-6689M1603 TGCCATATCTACTTC 6674-6688M1604 TATCTACTTCAGAAACTACA 6679-6698M1605 CTACTTCAGAAACTACATATAA 6682-6703M1606 ATAAAAATACTAACTTTAAG 6700-6719M1607 CAAAATAACCTTAACTGCAGACG 6773-6795M1608 TTCCACTATTTTGGAGGAC 6821-6839M1609 TCTACAACCTCCCCCAGGAGGCACAC 6851-6876M1610 TTATAGGTTTGTAACCCAG 6887-6905M1611 ACATACACCTCCAGCACCT 6923-6941M1612 CCTTAAAAAATACACT 6956-6971M1613 AGCAAAACAACATAGAGATGCAG 1089-1111M1614 ACTTAGTGATATTAGTGGATGTGTAG 1145-1170M1615 TAGTCCTAGATTAAAAGCTATATGTATAGA 1181-1210M1616 GAAAAACAAAGTAGAGCTGCAAAAAG 1209-1234M1617 CTCAGCAGATGTTACAGGTAGAAGGG 1285-1310M1618 CCATGAGACTGAAACACCATGTAGTC 1313-1338M1619 GGGGGTGGTTGCAGTCAGTACAGTAG 1356-1381M1620 GTGGGGGAGAGGGTGTTAGTGAAAGA 1387-1412M1621 CTATATGCCAAACACCACTTACAAAT 1417-1442M1622 GTTATACGGGGTGAGTTTTTCAGAAT 1502-1527
HPV 18 NC 001357序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 18的位置M1801 TTCTACACAGTCTCC 6650-6664M1802 CAGTCTCCTGTACCTGGGCA 6657-6676M1803 AGTCTCCTGTACCTGGGCAA 6658-6677M1804 TCTCCTGTACCTGGGCAATATGA 6660-6682M1805 CTGTACCTGGGCAATATGAT 6664-6683M1806 ATGATGCTACCAAATTTAAG 6679-6698M1807 TACTATTACTTTAACTGCAGATG 6752-6774M1808 TAGCAGTATTTTAGAGGAT 6800-6818M1809 TGTTCCCCCCCCCCCAACTACTAGTT 6830-6855M1810 ATATCGTTTTGTACAATCTGTT 6866-6887M1811 GGATGCTGCACCGGCTGAA 6905-6923M1812 CTATGATAAGTTAAAG 6935-6950M1813 GGTCCACAATGATGCACAAGTGT 1135-1157M1814 CACAGAAAACAGTCCATTAGGGGAGC 1192-1217M1815 GCTGGAGGTGGATACAGAGTTAAGTC 1219-1244M1816 AGTGGGCAGAAAAAGGCAAAAAGGCGGCTG 1271-1300M1817 CACAGATTCAGGTAACTACAAATGGC 1347-1372M1818 CAATGTATGTAGTGGCGGCAGTACGG 1384-1409M1819 GACAACGGGGGCACAGAGGGCAACAA 1418-1443M1820 GTAGACGGTACAAGTGACAATAGCAA 1451-1476M1821 CCACAATGTACCATAGCACAATTAAA 1493-1518M1822 CACATATGGGCTATCATTTACAGATT 1573-1598
HPV 26 NC 001583序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 26的位置M2601 TAGTACATTATCTGCAGCAT 6619-6638M2602 ATTATCTGCAGCATC 6625-6639M2603 TGCAGCATCTGCATCCACTC 6631-6650M2604 GCATCTGCATCCACTCCATTTAAA 6635-6658M2605 CTCCATTTAAACCATCTGAT 6648-6667M2606 TAAAATAACACTTACAACAGATG 6727-6749M2607 TGCCTCCATATTGGAGGAT 6775-6793M2608 ACTAACCTTACCTCCCACTGCTAGTT 6805-6830M2609 CTATAGGTTTATTAAAAACTCT 6841-6862M2610 TAACGCCCCTCCTGTGCCA 6880-6898M2611 AAAACAGGCAAATACAAAGGCAG 1093-1115M2612 CTAGGTAGTCAGAACAGCCCGTTGCA 1139-1164M2613 GCGACAGTCAGCAGAATACACACCAAGTAA 1194-1223M2614 CAAAAGGAGAGCCGTGGACAGTGTAC 1237-1262M2615 CCGTACAGGTAGATAAACAATATGAA 1305-1330M2616 GCCTAGTGTGTGTAGTCAGGGGGGG 1345-1369M2617 GCCTCAGTGGAAGATATCGATGTAGA 1376-1401M2618 CAGTGTTACACAAATATGTGAATTAT 1414-1439M2619 CAGTATATGGTGTAAGTTTTGCAGAA 1485-1510
HPV 31 NC 001527序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 31的位置M3101 TGCAATTGCAAACAG 6592-6606M3102 GCAATTGCAAACAGTGATAC 6593-6612M3103 CAATTGCAAACAGTGATACT 6594-6613M3104 GCAAACAGTGATACTACATTTAA 6599-6621M3105 CTACATTTAAAAGTAGTAAT 6612-6631M3106 CAAAATAACATTATCTGCAGACA 6691-6713M3107 TCCTGCTATTTTGGAAGAT 6739-6757M3108 ATTGACCACACCTCCCTCAGGTTCTT 6769-6794M3109 CTATAGGTTTGTCACCTCACAG 6805-6826M3110 AACTGCCCCCCAAAAGCCC 6844-6862M3111 AGCGGAGGAACATGCAGAGGCTG 1083-1105M3112 TTTAAGTGATATTAGTAGTTGTGTGG 1140-1165M3113 AGTCCACGGTTAAAAGCTATATGCATAGAA 1177-1206M3114 GACTCTTTGAACTTCCAGACAGCGGG 1232-1257M3115 GCAGCAGATGGTACAGGTAGAGGAGC 1281-1306M3116 AATGGTAGTGACGGGACACATAGTGA 1327-1352M3117 CCAACACGTAATATATTGCAAGTGTT 1369-1394M3118 GCAATGGTAAAGCTGCTATGTTAGGT 1403-1428M3119 TTATATGGTGTAAGTTTTATGGAAC 1441-1465
HPV 32 NC 001586序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 32的位置M3201 TGCTACTGTAACAACTGAAG 6906-6925M3202 GCTACTGTAACAACTGAAGA 6907-6926M3203 TACTGTAACAACTGA 6909-6923M3204 ACTGTAACAACTGAAGACAC 6910-6929M3205 CAACTGAAGACACATACAAGTC 6917-6938M3206 CAAAATTACATTATCTGTAGAGG 7005-7027M3207 TCCTGACATACTAGACGAT 7053-7071M3208 TGTAGCTCCACCGCCCTCTGGTACTT 7083-7108M3209 TTATAGATTTGTGCAGTCTCAG 7119-7140M3210 TAAGGTAACAGCACCTGAA 7158-7176M3211 TTTTTCTGACTATTCA 7188-7203M3212 AGCACATGCAGATAAGGAGGCAG 1062-1084M3213 GGCAGTCCATATGAAAGTCCCGCCAGTGAT 1111-1140M3214 GAGCTAAGCCCTAGGCTTGGTGGATT 1162-1187M3215 GGGGCCAAACGACGACTATTTCAATC 1210-1235M3216 GCAGGAACAGGTAGAAAATGGACATG 1284-1309M3217 GTGTACATGGGGTGCAGGAAAATCAG 1352-1377M3218 GCCTACAACAAGGGTGGTGGAATTGC 1395-1420M3219 GCAAGCAACATTGTTAGGTAAGTTTA 1437-1462M3220 GCTGTTTGGATTGTCATTTGGTGATT 1467-1492
HPV 33 NC 001528序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 33的位置M3301 TATGCACACAAGTAACTAGT 6624-6643M3302 CACACAAGTAACTAG 6628-6642M3303 ACAAGTAACTAGTGACAGTA 6631-6650M3304 GTAACTAGTGACAGTACATATAA 6635-6657M3305 GTACATATAAAAATGAAAAT 6648-6667M3306 CAAAGTTACCTTAACTGCAGAAG 6727-6749M3307 TCCAGATATTTTAGAAGAT 6775-6793M3308 TTTAACACCTCCTCCATCTGCTAGTT 6805-6830M3309 CTATAGGTTTGTTACCTCTCAG 6841-6862M3311 AACAGTACCTCCAAAGGAA 6880-6898M3312 CTTAGGTAAATATACA 6910-6925M3313 AGGGGAGGATGATTTAAATGCTG 1100-1122M3314 GCATGTTCACAAAGTGCTGCGGAGGA 1149-1174M3315 GATCGTGCTGCAAACCCGTGTAGAAC 1182-1207M3316 GAATGCACATACAGAAAACGAAAAATAGAT 1227-1256M3317 AAATAGATGAGCTAGAAGACAGCGGA 1249-1274M3318 GGTACAACAGGTAGAAAGTCAAAATG 1307-1332M3319 GACTTAGAATCTAGTGGGGTGGGGGA 1350-1357M3320 CTGTGAGACAAATGTAGATAGCTGTG 1391-1416M3321 CGTTGCAGGAAATTAGTAATGTTCTA 1426-1451M3322 GAGGCCTATGGAATAAGTTTTAT 1494-1516
HPV 35 NC 001529序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 35的位置M3501 TCTGCTGTGTCTTCTAGTGA 6612-6631M3502 TGCTGTGTCTTCTAG 6614-6628M3503 GTGTCTTCTAGTGACAGTAC 6618-6637M3504 CTTCTAGTGACAGTACATATAAA 6622-6644M3505 GTACATATAAAAATGACAAT 6634-6653M3506 TAAAATAACACTAACAGCAGATG 6713-6735M3507 CCCGTCCATTTTAGAGGAT 6761-6779M3508 CCTTACACCACCGCCTTCTGGTACCT 6791-6816M3509 ATATCGCTATGTAACATCACAG 6827-6848M3510 ACCCAGTGCACCAAAACCT 6866-6884M3511 GGAGCAAACACACAAAGAGGCTG 1089-1111M3512 GCAGCGTGAGCTTATGTGTTAATAATAACA 1151-1180M3513 GTCCACGTTTAAAAGCTATTTGCA 1184-1207M3514 CGATTATTTGAACTACCAGACAGCGG 1237-1262M3515 GAGATACAACAGGTAGAGGGGCATGA 1291-1316M3516 GGGCAGTGGGGATAGTATAACCTCTA 1338-1363M3517 GACATGATGAGACTCCAACGCGAGAC 1376-1401M3518 CTAAAATGTAGTAATGCAAACGCAGC 1414-1439M3519 GCTATGTTGGCTAAATTTAAAGAACT 1438-1463
HPV 37 NC 001687序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 37的位置M3701 TGTCTACTGACAATG 6782-6796M3702 TGTCTACTGACAATGGCGAA 6782-6801M3703 TGACAATGGCGAAGTTACAG 6789-6808M3704 GACAATGGCGAAGTTACAGA 6790-6809M3705 AATGGCGAAGTTACAGAATA 6793-6812M3706 CAGAATATAATTCTCAAACA 6806-6825M3707 TAAAGTTCCTTTAAAGGCTGAGG 6885-6907M3708 TTCTGGTATATTGGAAGAG 6933-6951M3709 ATTTGTACCTACTCCAGATAATTCAG 6963-6988M3710 TTATAGGTACATTAATTCAAAG 6999-7020M3711 TGCAGTTGTTGAAAAAGAA 7038-7056M3712 CTTTGCAAAATATACA 7068-7083
HPV 39 NC 001 535序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 39的位置M3901 CTCTATAGAGTCTTC 6677-6691M3902 TAGAGTCTTCCATACCTTCT 6682-6701M3903 ATAGAGTCTTCCATACCTTC 6681-6700M3904 GTCTTCCATACCTTCTACATATG 6686-6708M3905 CTACATATGATCCTTCTAAG 6700-6719M3906 TACTGTCACATTAACAACTGATG 6779-6801M3907 TTCCTCTATATTGGACAA 6827-6844M3908 TGTAGCTCCTCCACCATCTGCCAGTT 6857-6882M3909 TTACAGATACCTACAGTCTGCA 6893-6914M3910 GGATGCTCCAGCACCTGAA 6932-6950M3911 ATATGACGGTCTAAAG 6962-6977M3912 GGCCCAAAGGGATGCACAAGCAG 1149-1171M3913 CAGACAGCAGTGGCGACACTAGACCGTATG 1196-1225M3914 GTAGGCAGGAATACCAGGGGAACAC 1234-1258M3915 GCAGTACGCAGGCAACACAAACGGTG 1283-1308M3916 GGAGGAGGTAACTGTAGCAACTAATA 1362-1387M3917 CATGGCGGCAGTGTACGGGAGGAGTG 1411-1436M3918 GGATAGTGCTATAGATAGTGAAAACC 1446-1471M3919 CTCCAACTGCACAAATTAAATTATTG 1484-1509M3920 CCAATAACAAAAAGGCTGCAATGCTA 1517-1542
HPV 44 NC 001689序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 40的位置M4401 TGCCACTACACAGTC 6719-6733M4402 CTACACAGTCCCCTCCGTCT 6724-6743M4403 TGCCACTACACAGTCCCCTC 6719-6738M4404 CAGTCCCCTCCGTCTACATATA 6729-6750M4405 CTACATATACTAGTGAACAA 6742-6761M4406 TAGTATTACCTTAACGGCGGAGG 6821-6843M4407 TGCTGGTATTTTAGAACAG 6869-6887M4408 GTTGTCGCCGCCCCCAAATGGTACCT 6899-6924M4409 ATACAGATATGTGCAGTCCCAG 6935-6956M4410 GCCACCCCCTGAAAAGGCA 6974-6992M4411 CTATGCAAAATTAAGT 7004-7019M4412 GGCGGATGCTCATTATGCGGCTG 1038-1060M4413 GGTAGTCCATATGTTAGTCCTTTAAGTAAT 1087-1116M4414 CACGGCTGGACGCTATAACATTAAGT 1148-1173M4415 GACGGCTGTTTGACAGACCAGAATTA 1196-1221M4416 GCTGAAACGCAGGTAGAGAGAAATGG 1255-1280M4417 GGGAGGTGGACAAGGAAGGGACACAG 1299-1324M4418 GGAAGTGCAGACACATAGCAACACAC 1347-1372M4419 GGTACTAGAACTATTGAAATGTAAGA 1395-1420M4420 GCTTGGTAAGTTTAAGGATTGCTATG 1437-1462
HPV 45 NC 001590序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 45的位置M4501 TGCCTCTACACAAAATCCTG 6651-6670M4502 CTCTACACAAAATCC 6654-6668M4503 ACAAAATCCTGTGCCAAGTA 6660-6679M4504 CAAAATCCTGTGCCAAGTAC 6661-6680M4505 AATCCTGTGCCAAGTACATATG 6664-6685M4506 GTACATATGACCCTACTAAG 6677-6696M4507 CACTATTACTTTAACTGCAGAGG 6756-6778M4508 TAGTAGTATATTAGAAAAT 6804-6822M4509 TGTCCCTCCACCACCTACTACAAGTT 6834-6859M4510 ATATCGTTTTGTGCAATCAGTT 6870-6891M4511 GGATACTACACCTCCAGAA 6909-6927M4512 AGTTCAGAATGATGCACAGGTGT 1135-1157M4513 GCAGCTAAGTGTGGATACGGATCTAAGTCC 1216-1245M4514 CAAGAAATTTCATTAAATAGTGGGCA 1253-1278M4515 ACGGTTGTTTACAATATCAGATAGTG 1294-1319M4516 CATAGTACACAAAGTAGTGGTGGGGA 1397-1422M4517 GACAATGCAGAAAATGTAGATCCGCA 1430-1455M4518 GGAGCTATTACAAGCAAGTAACAAAA 1477-1502M4519 GCAATGCTGGCAGTATTTAAAGACA 1508-1532M4520 ATATGGGCTGTCATTTACGGATTTGG 1534-1559
HPV 51 NC 001533序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 51的位置M5101 CACTGCCACTGCTGCGGTTT 6555-6574M5102 TGCCACTGCTGCGGT 6558-6572M5103 CACTGCTGCGGTTTCCCCAA 6561-6580M5104 CCACTGCTGCGGTTTCCCCA 6560-6579M5105 CTGCGGTTTCCCCAACATTTAC 6566-6587M5106 CAACATTTACTCCAAGTAAC 6578-6597M5107 TAAAATTACTTTAACTACAGAGG 6657-6679M5108 TCCTACCATTCTTGAACAG 6705-6723M5109 ATTAACATTACCTCCGTCTGCTAGTT 6735-6760M5110 ATATAGGTTTGTTAGAAATGCA 6771-6792M5111 GGACACCCCTCCACAGGCT 6810-6828M5112 TTTGGCCAAATATAAA 6840-6855M5113 ATTACAGGCAAACAAAGAGGCTG 1092-1114M5114 GCGAAGCAGCCCATTAGGAGACATTACAAA 1149-1178M5115 CCATAGTCAGGCAAACGAGTCACAAG 1197-1222M5116 AGATTACTGGACAGTTATCCGGACA 1231-1255M5117 CAGGTAGATGGGCAACATGGCGGTTC 1300-1325M5118 AGCTGTGCAAATGTAGAACTAAACAG 1384-1409M5119 GGTATTAGTTATAATGAGTTGGTACG 1477-1502
HPV 52 NC 001592序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 52的位置M5201 TGAGGTTAAAAAGGA 6695-6709M5202 TGAGGTTAAAAAGGAAAGCA 6695-6714M5203 GAGGTTAAAAAGGAAAGCAC 6696-6715M5204 TTAAAAAGGAAAGCACATAT 6700-6719M5205 AAAGGAAAGCACATATAAAAAT 6704-6725M5206 GCACATATAAAAATGAAAAT 6712-6731M5207 CAAAATTACATTAACAGCTGATG 6791-6813M5208 TGCCACTATTTTAGAGGAC 6839-6857M5209 CCTTACCCCACCACCGTCTGCATCTT 6869-6894M5210 ATACAGATTTGTCACTTCTACT 6905-6926M5211 AAACACACCACCTAAAGGA 6944-6962M5212 TTTAAAGGACTATATG 6974-6989M5213 AGGGGAGGATGATTTACATGCTG 1085-1107M5214 GCAGTCCGGAAAGTGCTGGGCAAGATGGTG 1135-1164M5215 GGTAGTCCGCGTGCAAAACACATTTG 1176-1201M5216 CCAAAACGCAAACCATGTCACGTAGA 1224-1249M5217 CAAAATGGCGACTGGCAAAGTA 1311-1332M5218 GCTAGTAATTCAGATGTAAGTTGTAC 1359-1384M5219 GAGGAAAATAGTAATAGAACGCTAAA 1401-1426M5220 GCGAAAATAGCATAAAAACAACTGTA 1447-1472M5221 AGAAACATATGGTGTTAGCTTTATGG 1487-1512
HPV 53 NC 001593序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 53的位置M5301 TCCGCAACCACACAGTCTAT 6681-6700M5302 CCGCAACCACACAGT 6682-6696M5303 CCGCAACCACACAGTCTATG 6682-6701M5304 CACAGTCTATGTCTACATATAA 6691-6712M5305 CTACATATAATTCAAAGCAA 6703-6722M5306 TAAAATATCCCTGTCTGCTGAGG 6782-6804M5307 TTCTACCTTACTGGAAGAC 6830-6848M5308 TTTGTCGCCTCCTGTTGCCACTAGCT 6860-6885M5309 ATACAGATATGTGAAAAGTGCA 6896-6917M5310 GGATCAGCCCCCTCCTGAA 6935-6953
HPV 54 NC 001676序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 54的位置M5401 TACAGCATCCACGCA 6633-6647M5402 CAGCATCCACGCAGGATAGC 6635-6654M5403 ACGCAGGATAGCTTTAATAA 6643-6662M5404 CACGCAGGATAGCTTTAATA 6642-6661M5405 ATAGCTTTAATAATTCTGAC 6650-6669M5406 TACCATAACCCTTACAGCAGATG 6729-6751M5407 TCCCACTATTCTAGAGGAC 6777-6795M5408 TATAACCCCCCCAGCTACAAGTAGTT 6807-6832M5409 ATATAGGTTTGTACAGTCACAG 6843-6864M5410 GAATAATGCCCCTGCAAAGGAA 6882-6903M5411 GCTGCAGGCAGATGTAGAGGCAG 1043-1065M5412 CGTATGTAAGTCCTGTTGCAAACAGCGAAC 1099-1128M5413 CTGTGTAGAAAAGGACCTAA 1130-1149M5414 TATATCCCTAGGACGGCGGTCAGCCA 1166-1191M5415 GGTAAATACCGAGGGGACAGATGAAA 1265-1290M5416 GAAACAACTACAGATAGCCTAGGAAG 1323-1348M5417 CGTGTAGCATTGTTTGGTATGTTTAA 1386-1411M5418 TATGGATTAAGTTTTATGGACC 1419-1440
HPV 56 NC 001594序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 56的位置M5601 CTGCTACAGAACAGT 6630-6644M5602 GCTACAGAACAGTTAAGTAA 6632-6651M5603 CAGAACAGTTAAGTAAATAT 6636-6655M5604 GAACAGTTAAGTAAATATGATGC 6638-6660M5605 GTAAATATGATGCACGAAAA 6648-6667M5606 CAAAATTACTTTGTCTGCAGAGG 6727-6749M5607 TGCTAACCTACTGGAGGAC 6775-6793M5608 GTTATCCCCGCCAGTGGCCACCAGCC 6805-5830M5609 ATATAGATATGTTAGAAGCACA 6841-6862M5610 GGAACAGCCACCAACAGAA 6880-6898
HPV 58 NC 001443序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 58的位置M5801 ATGCACTGAAGTAACTAAGG 6674-6693M5802 CACTGAAGTAACTAAGGAAG 6677-6696M5803 TGAAGTAACTAAGGA 6680-6694M5804 GAAGTAACTAAGGAAGGTAC 6681-6700M5805 CTAAGGAAGGTACATATAAAAA 6688-6709M5806 ATAAAAATGATAATTTTAAG 6703-6722M5807 CAAAATTACACTAACTGCAGAGA 6776-6798M5808 TTCCAATATTTTGGAGGAC 6824-6842M5809 TTTAACACCTCCTCCGTCTGCCAGTT 6854-6879M5810 ATATAGATTTGTTACCTCCCAG 6890-6911M5811 AACAGCACCCCCTAAAGAA 6929--6947M5812 AGGGGTGGACGATATAAATGCTG 1104-1126M5813 GCATGCTCAGAAAGTGCTGTAGA 1153-1175M5814 GCAAATGTGTGTGTATCGTGGAAATATAAA 1195-1224M5815 AAATTATTGAGCTAGAAGACAG 1253-1274M5816 GCACACCAGGTAGAAAGCCAA 1312-1332M5817 GGCTAGTTCAGATGTAAGCAGTGAAA 1377-1402M5818 GTAATATTCTACATAACAGTAA 1445-1466M5819 GCAACGCTATTATATAAATTC 1474-1494M5820 GCTTATGGAGTAAGTTTTATGGAA 1501-1524
HPV 59 NC 001 635序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 59的位置M5901 TTCTACTACTTCTTC 6643-6657M5902 ACTACTTCTTCTATTCCTAA 6647-6666M5903 ACTTCTTCTATTCCTAATGT 6650-6669M5904 TCTTCTATTCCTAATGTATACAC 6653-6675M5905 ATGTATACACACCTACCAGT 6666-6685M5906 TAAAATAACATTAACTACAGAGG 6745-6767M5907 TACCACTATTTTGGAGGAT 6793-6811M5908 TGTTACACCACCTCCTACTGCTAGTT 6823-6848M5909 ATACCGTTTTGTTCAATCTGCT 6859-6880M5910 GGACACCGCACCGCCAGTT 6898-6916M5911 TTATGACAAACTAAAG 6928-6943M5912 AGCCCAAAGGGATGCACGGGAAA 1093-1115M5913 GCAGTATAGAAAACAGTAGTGAGAAAGCGG 1143-1172M5914 CCATTACAAGAAATATCAGTAAATG 1196-1220M5915 GGTTAATAACAGTGCCAGACAGCG 1245-1268M5916 GGTAACCGTGGAGAATACTGGAAATG 1306-1331M5917 CTGTAGCGACAGCAGTAACATGGATG 1372-1397M5918 CCCACTAATCAATTGTTACAGTTA 1421-1444M5919 GGGTTATCATTTCAAGATTTGG 1499-1520
HPV 61 NC 001694序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 61的位置M6101 CTGCTACATCCCCCC 6803-6817M6102 ACATCCCCCCCTGTATCTGA 6808-6827M6103 CATCCCCCCCTGTATCTGAA 6809-6828M6104 CCCCTGTATCTGAATATAAAGC 6815-6836M6105 CTGAATATAAAGCCACAAGC 6824-6843M6106 TAAAATACATTTAACCCCTGAAA 6903-6925M6107 TAAGGCCTTGTTGGATGAC 6951-6969M6108 TGTGGTACCACCACCCTCTACCAGTT 6981-7006M6109 ATATAGGTTTTTGCAGTCCAGA 7017-7038M6110 GGGTGCTGCTGCCCCGCCGCCC 7056-7077M6111 CTATGCCAAGTTATCC 7089-7104M6112 TGCACAGGATGACGCTGCAACGG 1038-1060M6113 CCTTGGTGGACAGTGAATTAAGTCCC 1115-1140M6114 GGACAGGACAGGGCTAGGAGAAGGCTGTTT 1168-1197M6115 TGTTTGAGCAAGATAGTGGC 1193-1212M6116 GGATGCGCAACATGAGGGGGGGGGGG 1263-1288M6117 GGCCGAGGCCACAGGTAACCAGGAAA 1335-1360M6118 GGCAGACATATTAGAGGTGTTTAAGG 1380-1405M6119 CTGTACAAATTCAAGGACCTATTTGG 1429-1454M6120 CTAGCATTTGGGGAGCTGGTA 1456-1476
HPV 62 U12499序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 62的位置M6201 CCGCCTCCACTGCTG 92-106M6202 GCCTCCACTGCTGCAGCAGA 94-113M6203 CTGCTGCAGCAGAATACACG 101-120M6204 GCAGAATACACGGCTACCAA 109-128M6205 CAGAATACACGGCTACCAAC 110-129M6206 CAAAATACAGTTAACCCCCGAAA 189-211M6207 CAAGGACCTTTTGGATGAC 237-255M6208 GGTTTTACCTCCCCCTTCCACTAGTT 267-292M6209 ATATCACTATTTCGAGTCTCGG 303-324M6210 GGGGCTGCCTACCCGTCCC 342-360M6211 GTATGCGCAAATGACA 372-387
HPV 66 NC 001695序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 66的位置M6601 CAGCTAAAAGCACAT 6680-6694M6602 CAGCTAAAAGCACATTAACT 6680-6699M6603 CTAAAAGCACATTAACTAAA 6683-6702M6604 TTAACTAAATATGATGCCCG 6694-6713M6605 CTAAATATGATGCCCGTGAA 6698-6717M6606 TAAAATAACCTTAACTGCAGAAG 6777-6799M6607 TAATACTTTATTAGACGAT 6825-6843M6608 CTTATCCCCACCAGTTGCAACTAGCT 6855-6880M6609 ATATAGGTATATTAAAAGCACA 6891-6912M6610 GGAACAGCCCCCTGCAGAA 6930-6948M6611 CCTGGCTAAATATAAG 6960-6975M6612 AGCACATGCAGATGCACAGACG 1116-1137M6613 GGTAGTCCCTTAAGTGATATTAGTAA 1165-1190M6614 GCAAACTGTGTACCGAGAGGAAGTAA 1194-1219M6615 AAGGCTAATATTATCAGAAGACAGCGGGTA 1224-1253M6616 GAAACATCACAACAGGTAGAATACG 1276-1300M6617 GAGCTCACAAAATGGAGGCTCGCAAA 1320-1345M6618 ATCAAATATGGATATAGATACAAATA 1371-1396M6619 CCAATTGCAGGAACTATTTAAAAGTA 1413-1438M6620 CAAGGAAGATTACATTTTAAATTTAA 1447-1472M6621 AGAAGTGTATGGAGTGCCAT 1473-1492
HPV 67 D21208序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 67的位置M6701 CTGAGGAAAAATCAG 6655-6669M6702 GAGGAAAAATCAGAGGCTAC 6657-6676M6703 ATCAGAGGCTACATACAAAAATG 6665-6687M6704 AGGAAAAATCAGAGGCTACA 6658-6677M6705 CTACATACAAAAATGAAAAC 6673-6692M6706 CAAAATATCCCTTACTGCAAATG 6752-6774M6707 TCCAGATATATTAGAGGAC 6800-6818M6708 CCTTACACCACCTCCTTCAGGTAATT 6830-6855M6709 ATATAGATTTGTTACCTCGCAG 6866-6887M6710 AACATCCCCTCCAACAGCA 6905-6923M6711 TCTTAAAAAGTACAGT 6935-6950M6712 AGAGGAGGATGACCTAAACGCTG 1096-1118M6713 CAGGCATGTGGTGGTAATAGTAATGG 1151-1176M6714 GCCGCAAAACGCAGAGCATACGACATAGAA 1199-1228M6715 GGCAAAATGGCGATATGCAGTGCAGT 1287-1312M6715 GCAAGTAGTACGGGAAACAGTGTAGA 1331-1356M6716 GTCAGGAACAAAGCATGCCATTGCAA 1380-1405M6717 GCATGTAAATAATATAAAGGCAACG 1423-1447M6718 GGAAGCATATGGGGTAACGTTTACAC 1465-1490
HPV 68 M73258序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 68的位置M6801 CTACTACTGAATCAG 2653-2667M6802 TGAATCAGCTGTACCAAATA 2660-2679M6803 GAATCAGCTGTACCAAATAT 2661-2680M6804 CAGCTGTACCAAATATTTATGA 2665-2686M6805 ATATTTATGATCCTAATAAA 2677-2696M6806 TCCTGCTATTTTGGATGAT 2804-2822M6807 TACTATAACATTGTCCACTGATG 2756-2778M6808 TGTTGCCCCTCCACCATCTGCTAGTC 2834-2859M6809 ATACCGCTATCTGCAATCAGCA 2870-2891M6810 AGACGCCCCTGCACCTACT 2909-2927M6811 ATATGATGGCTTAAAC 2939-2954M6812 GGCCCAAAGGGATGCACAAACAG 4990-5012M6813 GCCCTTTAGCAAAGTCGCCATTACAG 5055-5080M6814 GGTAACTGTAGCAACTAATA 5115-5134M6815 GGAAAATGGCGACAGCATACGGGAGGACTG 5163-5192M6816 GACAGTGCTATAGATAGTGAAAACCA 5203-5228M6817 CCTACTACGCAACTAAAAGTATTA 5242-5265M6818 AAGCTGCAATGTTAACAGAATTTAAA 5285-5310
HPV 69 NC 002171序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 69的位置M6901 TATTAGTACTGTATCTGCAC 6572-6591M6902 CTGTATCTGCACAAT 6580-6594M6903 CTGTATCTGCACAATCTGCA 6580-6599M6904 TGCACAATCTGCATCTGCCA 6587-6606M6905 CAATCTGCATCTGCCACTTTTA 6591-6612M6906 CCACTTTTAAACCATCAGAT 6604-6623M6907 TAAAATTACTCTTACCACTGATG 6683-6705M6908 TTCTACTATTTTGGAAAAT 6731-6749M6909 CCTTACCTTGCCTCCTACTGCTAGTT 6761-6786M6910 ATATAGGTTTATTAAAAATTCA 6797-6818M6911 CGATGCCCCTGCACAGCCC 6836-6854M6912 AACACAAGCAAATAAGAAGGCAG 1101-1123M6913 GAACAGCCCGTTGCAAGACATAACAA 1158-1183M6914 CAGACGAAGTAAACAATTTACAGGC 1208-1232M6915 GGAGAGCAGTGGACAGTGTTCCGGACAGCG 1238-1267M6916 GGTAGATAAACACAATGAACAAAATG 1308-1333M6917 TCAAGTGGATCTGTATCAGACA 1360-1381M6918 GCACAGGCAAGTAGTGTAACCAAAA 1399-1423M6919 GTAATGTAAAAGCAGCATTATTAA 1445-1468M6920 CAGTATATGGTGTAAGTTATA 1481-1501
HPV 6 NC 000904序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 6的位置M0601 CATCCGTAACTACATCTTCC 6814-6833M0602 ATCCGTAACTACATCTTCCA 6815-6834M0603 CTACATCTTCCACATACACCAA 6823-6844M0604 CATCTTCCACATACACCAAT 6826-6845M0605 ATCTTCCACATACACCAATT 6827-6846M0606 CCACATACACCAATTCTGAT 6832-6851M0607 TAGCATTACATTGTCTGCTGAAG 6911-6933M0608 TCCCTCTGTTTTGGAAGAC 6959-6977M0609 GTTATCGCCTCCCCCAAATGGTACAT 6989-7014M0610 CTATAGGTATGTGCAGTCACAG 7025-7046M0611 GCCCACTCCTGAAAAGGAA 7064-7082M0612 CTATAAGAACCTTAGT 7094-7109M0613 GGCGGACACCCATTATGCGACTG 1045-1067M0614 GTTAGTCCTATAAACACTATAGCCGA 1106-1131M0615 CCACGATTGGACGCCATTAAACTTACAAGA 1154-1183M0616 GGCTGTTTCAAACCAGGGAACTAACG 1206-1231M0617 GGTAGAGAAACATGGCGTACCGGAAA 1279-1304M0618 GGACACAGGAAGGGACATAGAGGGGG 1327-1352M0619 CACAAACAGTGTACGGGAGCATGCAG 1378-1403M0620 GCTAAAATGTAAAGATTTACGGGCAG 1426-1451M0621 GCTTTGGGCTGTCTTTTATAGATTTA 1476-1501
HPV 70 NC 001711序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 70的位置M7001 TGTCTGCCTGCACCGAAACG 6614-6633M7002 CTGCACCGAAACGGC 6621-6635M7003 GAAACGGCCATACCTGCTGT 6628-6647M7004 CGAAACGGCCATACCTGCTG 6627-6646M7005 CGGCCATACCTGCTGTATATAG 6632-6653M7006 CTGTATATAGCCCTACAAAG 6644-6663M7007 TACTATCACATTAACTGCTGACG 6723-6745M7008 TCCTGCAATTTTGGACAAT 6771-6789M7009 AGTTACCCCTCCACCATCTGCAAGCT 6801-6826M7010 GTATAGGTATTTACAATCAGCA 6837-6858M7011 GGATGCTCCTACACCTGAA 6876-6894M7012 CTATGACGATTTAAAA 6906-6921M7013 GGCCCAAAGGGATGCACAATCAG 1149-1171M7014 GCAATCTAAATAAAAGTCCTTGT 1202-1224M7015 GTACATAGGGAACAAAGGGTAACAC 1240-1264M7016 GGTAAACATATGCAATAAACAGG 1278-1300M7017 ACAAACGTGTATTCAGTACCAGACAGCGGC 1306-1335M7018 GTAGTAAATAATACAAATGGGGAAGA 1378-1403M7019 GGAGTGCAGTAGTGTAGACAGTGCTA 1446-1471M7020 TCCACAGTCACCTACTGCACAGCTAA 1491-1516M7021 GCTAATAACCAAAAAGCCATACTAC 1531-1555M7022 CACACATATGGATTAGCATTTAACGA 1570-1595
HPV 72 X94164序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 72的位置M7201 ATCTGTTGGTTTAATGAGCT 6759-6778M7202 TTTGTGACAGTTGTAGATAC 6780-6799M7203 CTGCCACAGCGTCCT 6829-6843M7204 ACAGCGTCCTCTGTATCAGA 6834-6853M7205 CCACAGCGTCCTCTGTATCA 6832-6851M7206 AGCGTCCTCTGTATCAGAATAT 6836-6857M7207 CAGAATATACAGCTTCTAAT 6850-6869M7208 TAAAATTCACTTAACTCCTGAAA 6929-6951M7209 TAAGGCCTTATTGGATGAC 6977-6995M7210 TGTGGTGCCTCCTCCTTCTACCAGTT 7007-7032M7211 CTATAGGTTTTTGCA6TCTCGT 7043-7064M7212 GGGGGCTGCCACCCCTCCTCCT 7082-7103M7213 ATATGCTAACTTATCC 7115-7130
HPV 74 U40822序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 74的位置M7401 CCTACCTCACAATCG 1686-1700M7402 CTCACAATCGCCTTCTGCTA 1691-1710M7403 ACCTCACAATCGCCTTCTGC 1689-1708M7404 CAATCGCCTTCTGCTACATATA 1695-1716M7405 ACAATCGCCTTCTGCTACATAT 1694-1715M7406 CTACATATAATAGTTCAGAC 1708-1727M7407 TAGTATTAAGTTAACTGCTGAGG 1787-1809M7408 TCCTACAGTTTTAGAAGAG 1835-1853M7409 GCTAACGCCTCCCCCCAATGGTACTT 1865-1890M7410 CTACAGATATGTGCAGTCCCAG 1901-1922M7411 ACCTACGCCTGATAAAGCA 1940-1958M7412 CTATGCAAATTTAAGT 1970-1985
HPV 82 AB027021序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV 82的位置M8201 TGCTGTTACTCCATC 6608-6622M8202 TGCTGTTACTCCATCTGTTG 6608-6627M8203 ACTCCATCTGTTGCACAAAC 6615-6634M8204 AAACATTTACTCCAGCAAAC 6631-6650M8205 TAAAATCACTTTAACTACTGAAA 6710-6732M8206 TTCTACAATTTTAGAACAG 6758-6776M8207 ATTAACATTGCCCCCCTCCGCTAGTT 6788-6813M8208 CTATCGATTTGTAAAAAATGCA 6824-6845M8209 GGACAGTCCTCCACAGGCT 6863-6881M8210 AACACAGGCACACAAAGAGGCTG 1094-1116M8211 GCAGCCCATTAAAAGACATTACAAA 1156-1180M8212 GTCAGCAACAACCAAAACAGGCAAACCTTC 1201-1230M8213 GGAGATTACTGGACAGTTATCCGGACA 1243-1269M8214 CCTTACAGGTAGATGGGCAAAATGAC 1309-1334M8215 GAGCAGCGACAGAAGTACAGAGATAG 1367-1392M8216 GCTACCAATGTAGGACTAAACAGTA 1413-1437M8217 GTAGCAATGCAAAAGCAATGTTTATG 1456-1481M8218 GGTGTTAGTTATAATGAGTTGGTAAG 1503-1528
HPV CP8061 U12479序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV CP8061的位置M806101 TCTGTGCTACCAAAACTGTT 86-105M806102 CTACCAAAACTGTTG 92-106M806103 ACCAAAACTGTTGAGTCTAC 94-113M806104 AACTGTTGAGTCTACATATAAA 99-120M806105 GTTGAGTCTACATATAAAGC 103-122M806106 CTACATATAAAGCCTCTAGT 110-129M806107 TGTTATTAATTTAACAGCTGAAA 189-211M806108 TGCTACATTACTGGAGGAC 237-255M806109 GTTCTTACCACCTCCTACTG 267-286M806110 CTACCGCTTTTTACAGTCTCAG 303-324M806111 AAACAGTCCTCCTCCTGCAGAA 342-363M806112 CTATGCAGATCTTACA 375-390
HPV CP8034 U12480序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV CP8034的位置M830401 CAGCTACATCTGCTG 92-106M830402 GCTACATCTGCTGCTGCAGA 94-113M830403 ACATCTGCTGCTGCAGAATACA 97-118M830404 TGCTGCAGAATACAAGGCCT 105-124M830405 GCTGCAGAATACAAGGCCTC 106-125M830406 CAGAATACAAGGCCTCTAAC 110-129M830407 TAAAATACAGTTAACACCAGAAA 189-211M830408 CAAGGCACTGTTGGATGAT 237-255M830409 TGTGTTGCCACCTCCTTCCACCAGTT 267-292M830410 ATATCGCTTTTTACAGTCTCGG 303-324M830411 GGGTGCTGCTGCCCCTGCGCCC 342-363M830412 TTATGCCGACATGTCA 375-390
HPV L1AE5 AF039910序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV L1AE5的位置MAE501 ATCTACTGCAACTACTAATC 69-88MAE502 CTGCAACTACTAATC 74-88MAE503 CTGCAACTACTAATCCAGTT 74-93MAE504 ACTACTAATCCAGTTCCATCTA 79-100MAE505 CTAATCCAGTTCCATCTATA 83-102MAE506 CTATATATGAACCTTCTAAA 98-117MAE507 TAAAATTACACTTACTACTGATG 177-199MAE508 TCCTACTATTTTAGATAGT 225-243MAE509 TGTTAGTCCTCCCCCATCTGCTAGCT 255-280MAE510 ATATAGGTTTTTACAGTCATCT 291-312MAE511 GGATGTGGTTGTTCCACAA 330-348
HPV MM4 U12488序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV MM4的位置MM401 CTGCTGTTACTCAATCTGTT 92-111MM402 TGCTGTTACTCAATC 93-107MM403 GTTACTCAATCTGTTGCACA 97-116MM404 TGCACAAACATTTACTCCAG 111-130MM405 TTACTCAATCTGTTGCACAAAC 98-119MM406 AAACATTTACTCCAGCAAAC 116-135MM407 TAAAATCACTTTAACTACTGAAA 195-217MM408 TTCTACAATTTTAGAACAG 243-261MM409 ATTAACCTTGCCCCCCTCAGCTAGTT 273-298MM410 CTATCGATTTGTAAAAAATGCA 309-330MM411 GGACAGTCCTCCACAGGCT 348-366
HPV MM7 U12489序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV MM7的位置MM701 TGCTGCTACACAGGC 93-107MM702 GCTGCTACACAGGCTAATGA 94-113MM703 TGCTACACAGGCTAATGAAT 96-115MM704 CTACACAGGCTAATGAATACAC 98-119MM705 ATGAATACACAGCCTCTAAC 110-129MM706 CAAAATACATCTTACCCCTGAAA 189-211MM707 TGAACATTTATTGGATGAG 237-255MM708 CGTGTTACCACCTCCTTCCACCAGCC 267-292MM709 CTATCGCTATCTGCAGTCCCGT 303-324MM710 GGGTCCTTCCGCCCCTGCCCCT 342-363MM711 TTATGATGGCCTTGTA 375-390
HPV MM8 U12490序列编号 序列5’→3’ 该序列于HPV MM8的位置MM801 TGCTACCAACACCGA 93-107MM802 CTACCAACACCGAATCAGAA 95-114MM803 CCAACACCGAATCAGAATATAA 98-119MM804 CAGAATATAAACCTACCAAT 110-129MM805 TAAGGTCCGTCTGACTCCAGAGG 189-211MM806 TGACTCCTTATTAGATGAG 237-255MM807 TGTTGTGCCCCCTCCCTCCACAAGTT 267-292MM808 CTATAGGTACTTGCAGTCTCGC 303-324MM809 GGGGGCCGCCGCCGCCAAGCCT 342-363MM810 TTATGCTGGCATGTCC 375-390
5.如权利要求1的用以同步鉴别一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的试剂盒,其中所述试剂盒为一寡核苷酸试片。
6.一种用以检测且鉴别一检体中人类乳突瘤病毒存在的方法,该方法包含下列步骤:
提供第一检验试剂及第二检验试剂,该第一检验试剂包含第一种寡核苷酸,该第二检验试剂包含第二种寡核苷酸,其中该第一种及第二种寡核苷酸为可分别与第一种及第二种人类乳突瘤病毒亚型的脱氧核糖核酸DNA杂交的序列;
杂交该检体中的脱氧核糖核酸DNA与该等寡核苷酸;以及
去除无法与该等寡核苷酸杂交的脱氧核糖核酸,以同步鉴别该检体中所含有的该等人类乳突瘤病毒亚型。
7.如权利要求6的用以检测且鉴别一检体中人类乳突瘤病毒存在的方法,其中所述检体中的脱氧核糖核酸为聚合酶连锁反应的产物。
8.如权利要求6的用以检测且鉴别一检体中人类乳突瘤病毒存在的方法,其中所述检体中的脱氧核糖核酸含有信号物质。
9.如权利要求8的用以检测且鉴别一检体中人类乳突瘤病毒存在的方法,其中所述信号物质为生物素。
10.如权利要求9的用以检测且鉴别一检体中人类乳突瘤病毒存在的方法,其中进一步包含进行该生物素与卵白素-碱性磷酸酶的反应。
11.如权利要求8的用以检测且鉴别一检体中人类乳突瘤病毒存在的方法,其中所述信号物质为萤光物质。
12.如权利要求11的用以检测且鉴别一检体中人类乳突瘤病毒存在的方法,其中所述萤光物质为Cyanine 5。
13.一种用以检测一检体中特定人类乳突瘤病毒亚型的方法,该方法包含:
提供一寡核苷酸,该寡核苷酸的序列可专一地与该特定人类乳突瘤病毒亚型特有的一段脱氧核糖核酸DNA序列杂交;
杂交该检体中的脱氧核糖核酸DNA与该寡核苷酸;
去除无法与该检验试剂中的该寡核苷酸杂交的脱氧核糖核酸;以及
检测剩余的脱氧核糖核酸,以显示该检体中是否含有该特定人类乳突瘤病毒亚型,
其中该特定人类乳突瘤病毒亚型的基因编号与其特有的一段脱氧核糖核酸DNA序列于该基因的位置,选自于下列36组中的一组:
HPV 基因编号/基因长度 特有序列的位置/序列
(Accession number/bp) 长度(10ci/bp)
11型 NC 001525/7931 6727-7135/409
1044-1509/466
16型 NC 001526/7904 6602-7013/412
1089-1538/450
18型 NC 001357/7857 6578-6992/415
1135-1609/475
26型 NC 001583/7855 6553-6967/415
1093-1522/430
31型 NC 001527/7912 6520-6931/412
1083-1476/394
32型 NC 001586/7961 6837-7245/409
1032-1536/505
33型 NC 001528/7909 6559-6967/409
1100-1532/433
35型 NC 001529/7851 6542-6953/412
1089 1089-1497/409
37型 NC 001687/7421 G711-7125/415
39型 NC 001535/7833 6605-7019/415
1149-1593/445
44型 NC 001689/7833 6647-7061/415
1038-1491/454
45型 NC 001590/7858 6582-6996/415
1136-1567/432
51型 NC 001533/7808 6486-6897/412
1092-1506/415
52型 NC 001592/7942 6623-7031/409
1085-1526/442
53型 NC 001593/7856 6614-7022/409
54型 NC 001676/7759 6561-6972/412
1013-1484/472
56型 NC 001594/7844 6559-6967/409
58型 NC 001443/7824 6608-7016/409
1104-1536/433
59型 NC 001635/7896 6571-6985/415
1093-1528/436
61型 NC 001694/7989 6732-7146/415
1005-1515/511
62型 U12499/449 21-429/409
66型 NC 001695/7824 6609-7017/409
1023-1545/523
67型 D21208/7801 6584-6992/409
1096-1504/409
68型 M73258/6042 2582-2996/415
4990-5350/361
69型 NC 002171/7700 6509-6923/415
1101-1518/418
6型 NC 000904/8012 6743-7151/409
1045-1510/466
70型 NC 001711/7905 6549-6963/415
1149-1608/460
72型 X94164/7988 6758-7172/415
74型 U40822/3891 1613-2027/415
82型 AB027021/7871 6536-6950/415
1094-1532/439
CP8061型 U12479/452 21-432/412
CP8304型 U12480/452 21-432/412
L1AE5型 AF039910/364 11-360/350
MM4型 U12488/455 21-435/415
MM7型 U12489/452 21-432/412
MM8型 U12490/452 21-432/412
14.一种用以检测一检体中所含人类乳突瘤病毒亚型的组合物,该组合物包含有:
一种寡核苷酸,该寡核苷酸的序列可与该人类乳突瘤病毒亚型特有的脱氧核糖核酸DNA杂交,用以检测该人类乳突瘤病毒亚型的存在,
其中该人类乳突瘤病毒亚型选自于HPV 26、HPV 32、HPV 37、HPV 53、HPV 61、HPV 62、HPV 66、HPV 67、HPV 69、HPV 70、HPV 72、HPV 74、HPV 82、HPV CP8061、HPV CP8304、HPV L1AE5、HPV MM4、HPV MM7及HPV MM8中的一型。
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