CN117660437A - 一种用于血浆游离核酸以及石蜡包埋组织切片核酸提取纯化方法及试剂盒 - Google Patents
一种用于血浆游离核酸以及石蜡包埋组织切片核酸提取纯化方法及试剂盒 Download PDFInfo
- Publication number
- CN117660437A CN117660437A CN202311451215.0A CN202311451215A CN117660437A CN 117660437 A CN117660437 A CN 117660437A CN 202311451215 A CN202311451215 A CN 202311451215A CN 117660437 A CN117660437 A CN 117660437A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- nucleic acid
- centrifuge tube
- solution
- tissue
- placing
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 title claims abstract description 67
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 title claims abstract description 67
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 title claims abstract description 67
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 36
- 239000012188 paraffin wax Substances 0.000 title claims abstract description 18
- 239000000243 solution Substances 0.000 claims abstract description 68
- 239000011324 bead Substances 0.000 claims abstract description 41
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 40
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N citric acid Chemical compound OC(=O)CC(O)(C(O)=O)CC(O)=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 30
- 238000000605 extraction Methods 0.000 claims abstract description 30
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 claims abstract description 28
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims abstract description 22
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims abstract description 22
- 239000003480 eluent Substances 0.000 claims abstract description 22
- KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N Isopropanol Chemical compound CC(C)O KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 20
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 claims abstract description 14
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 claims abstract description 14
- 239000013504 Triton X-100 Substances 0.000 claims abstract description 14
- 239000000872 buffer Substances 0.000 claims abstract description 14
- 239000000725 suspension Substances 0.000 claims abstract description 14
- YQOKLYTXVFAUCW-UHFFFAOYSA-N guanidine;isothiocyanic acid Chemical compound N=C=S.NC(N)=N YQOKLYTXVFAUCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 11
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 10
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 10
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims abstract description 10
- 229960000789 guanidine hydrochloride Drugs 0.000 claims abstract description 10
- PJJJBBJSCAKJQF-UHFFFAOYSA-N guanidinium chloride Chemical compound [Cl-].NC(N)=[NH2+] PJJJBBJSCAKJQF-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 10
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 claims abstract description 10
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 claims abstract description 10
- NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K sodium citrate Chemical compound O.O.[Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K 0.000 claims abstract description 10
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 claims abstract description 5
- LNQMAGOUQKHYNT-UHFFFAOYSA-N sulfanylidenemethylidenehydrazine Chemical compound NN=C=S LNQMAGOUQKHYNT-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 3
- 239000007788 liquid Substances 0.000 claims description 77
- 238000002156 mixing Methods 0.000 claims description 27
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 12
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 claims description 3
- 238000000746 purification Methods 0.000 claims description 3
- 235000012239 silicon dioxide Nutrition 0.000 claims description 3
- 239000000377 silicon dioxide Substances 0.000 claims description 3
- KBDIEUYACKKLIJ-UHFFFAOYSA-N 2-isocyanatoguanidine Chemical compound NC(=N)NN=C=O KBDIEUYACKKLIJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 claims description 2
- 239000002245 particle Substances 0.000 claims description 2
- 239000008213 purified water Substances 0.000 claims description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 71
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 17
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 16
- 235000019441 ethanol Nutrition 0.000 description 10
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 8
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 8
- 239000000047 product Substances 0.000 description 8
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 8
- 210000001165 lymph node Anatomy 0.000 description 6
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 5
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 4
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 4
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 4
- 238000001179 sorption measurement Methods 0.000 description 3
- ZRALSGWEFCBTJO-UHFFFAOYSA-N Guanidine Chemical compound NC(N)=N ZRALSGWEFCBTJO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 2
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 2
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 2
- 201000011066 hemangioma Diseases 0.000 description 2
- 239000012535 impurity Substances 0.000 description 2
- 210000005228 liver tissue Anatomy 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 2
- 210000005084 renal tissue Anatomy 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 2
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 2
- CHJJGSNFBQVOTG-UHFFFAOYSA-N N-methyl-guanidine Natural products CNC(N)=N CHJJGSNFBQVOTG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N Silicon Chemical compound [Si] XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000002156 adsorbate Substances 0.000 description 1
- 239000003463 adsorbent Substances 0.000 description 1
- -1 amino, mercapto Chemical class 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 1
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 1
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 1
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 238000007847 digital PCR Methods 0.000 description 1
- SWSQBOPZIKWTGO-UHFFFAOYSA-N dimethylaminoamidine Natural products CN(C)C(N)=N SWSQBOPZIKWTGO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 229960004198 guanidine Drugs 0.000 description 1
- 238000000703 high-speed centrifugation Methods 0.000 description 1
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 1
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 1
- 239000007791 liquid phase Substances 0.000 description 1
- 238000007885 magnetic separation Methods 0.000 description 1
- 238000001819 mass spectrum Methods 0.000 description 1
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 1
- 239000002861 polymer material Substances 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 229910052710 silicon Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000010703 silicon Substances 0.000 description 1
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 1
- 229910000859 α-Fe Inorganic materials 0.000 description 1
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种用于血浆游离核酸以及石蜡包埋组织切片核酸提取纯化方法及试剂盒,所述试剂盒包含:蛋白酶K溶液、磁珠悬浮液、组织切片缓冲液A、组织切片缓冲液B、血液漂洗液、组织漂洗液和洗脱液;所述组织切片缓冲液A为质量分数为1‑5%的SDS缓冲液,所述组织切片缓冲液B为:Tris‑HCl、PEG、异丙醇、异硫氰酸胍、盐酸胍、NaCl、曲拉通X‑100、EDTA、柠檬酸钠、柠檬酸中的一种或几种组合;血液漂洗液为:Tris‑HCl、聚乙二醇、异丙醇、异硫氰胍、盐酸胍、NaCl、EDTA、柠檬酸钠、柠檬酸中的一种或几种组合;组织漂洗液为乙醇溶液。本发明具有操作方便、提取效率高、核酸纯度高等优点。
Description
技术领域
本发明涉及一种用于血浆游离核酸以及石蜡包埋组织切片核酸提取纯化方法及试剂盒。
背景技术
近年来,随着PCR检测技术成熟,医学界对人类DNA所表达遗传信息的研究越发深入。随之而来,越来越多通过DNA预测、诊断疾病的应用被开发出来,其中,人体血浆游离核酸因其获取难度低,是极佳的研究与临床应用样本。通过读取血浆游离DNA表达出的信息预知疾病也在临床上得到了广泛应用;
目前现有的核酸检测技术有新一代测序(NGS)、数字PCR、ARMS-PCR、核酸质谱等,各有特点,都能用于核酸分析,但此类研究的主要障碍之一在于无法有效获取血液中微量的游离核酸,收集操作困难,丢失量大,检验灵敏度低,且没有公认的标准提取和纯化方法,不同实验室采用不同的试剂或提取方案,提取结果可比性较差。因此,随着分子生物学以及高分子材料学的快速发展,传统的从液相系统中分离提取核酸的方式逐渐被以固相吸附物载体为基础的新方法所取代。
从而发展到今天提取血浆游离核酸和组织中核酸的主要两种方法包括硅膜离心柱吸附法和磁珠吸附法,硅膜离心柱吸附方法原理是通过核酸吸附到二氧化硅表面,其它物质如化学物、糖类、蛋白等杂质用洗涤液快速洗去,然后用洗脱液洗脱核酸,该方法简单快速,能有效的去除样本中的各种杂质,获得纯度较高的DNA,但成本较高,需要多步高速离心,更换离心管,没有高通量的仪器配套,
不适合临床大规模样本检测。磁珠法提取核酸是近几年才发展起来的核酸提取方法,其主要原理是在磁珠(主要为铁氧体)表面通过共聚合和表面修饰等引入活性基团,这些活性基团有羟基,羧基,氨基、巯基等,制备成具有磁性的亲和吸附剂,然后与核酸共同孵育后,通过疏水作用、静电作用、离子吸附等原理,使核酸吸附到磁珠表面,经过简单的洗涤,磁分离,得到表面结合有核酸的磁珠复合物,改变试剂pH值等条件可以把核酸从磁珠上洗脱下来,磁珠吸附法试剂盒因为其适配高通量自动提取仪器,从而可以达到更好的提取效果,同时本身成本相对较低,符合当下试剂盒发展的趋势,是试剂盒厂家的发展方向。
发明内容
本发明是为了解决上述现有技术存在的问题而提供一种用于血浆游离核酸以及石蜡包埋组织切片核酸提取纯化方法及试剂盒。
本发明所采用的技术方案有:
一种用于血浆游离核酸以及石蜡包埋组织切片核酸提取纯化方法,其特征在于:包括如下步骤:
1)向装有血浆的离心管中加入组织切片缓冲液A、蛋白酶K溶液、磁珠悬浮液以及组织切片缓冲液B,颠倒混匀后室温静置,然后再将样品管放入磁力架中静置,待溶液澄清后,吸弃清液;
2)向离心管中加入血液漂洗液后放到震荡器上震荡混匀,取下离心管放入磁力架中静置待溶液澄清后,吸弃清液;
3)向离心管中加入组织漂洗液放到震荡器上震荡混匀,然后取下离心管放入磁力架中静置待溶液澄清后,吸弃清液;
4)重复第3个步骤后,将离心管室温静置晾干肉眼观察吸附的磁珠及管内壁和底部无明显反光液体后取下磁力架;
5)加入组织漂洗液,放到震荡器上震荡使磁珠充分与洗脱液混匀后,取下离心管放入磁力架中静置待溶液澄清后,吸取澄清液置于新的离心管中,所得澄清液即为含有血浆游离核酸的提取产物。
进一步地,所述蛋白酶K溶液的浓度为20mg/ml。
进一步地,所述磁珠悬浮液为表面修饰有羟基的二氧化硅包被的Fe3O4颗粒,其粒径为1000nm,30mg/ml。
进一步地,所述组织切片缓冲液A为质量分数为1-5%的SDS缓冲液。
进一步地,所述组织切片缓冲液B为:Tris-HCl、PEG、异丙醇、异硫氰酸胍、盐酸胍、NaCl、曲拉通X-100、EDTA、柠檬酸钠、柠檬酸中的一种或几种组合。
进一步地,所述血液漂洗液为:Tris-HCl、聚乙二醇、异丙醇、异硫氰胍、盐酸胍、NaCl、EDTA、柠檬酸钠、柠檬酸中的一种或几种组合。
进一步地,所述组织漂洗液为60%-95%的乙醇溶液。
进一步地,所述洗脱液为纯化水或DEPC处理水。
本发明还公开了一种用于血浆游离核酸以及石蜡包埋组织切片核酸提取纯化试剂盒,包括蛋白酶K溶液、磁珠悬浮液、组织切片缓冲液、血液漂洗液、组织漂洗液和洗脱液。
进一步地,所述组织切片缓冲液包括:
组织切片缓冲液A,所述组织切片缓冲液A为质量分数为1-5%的SDS缓冲液
组织切片缓冲液B,所述组织切片缓冲液B为:Tris-HCl、PEG、异丙醇、异硫氰酸胍、盐酸胍、NaCl、曲拉通X-100、EDTA、柠檬酸钠、柠檬酸中的一种或几种组合。
进一步地,所述
血液漂洗液为:Tris-HCl、聚乙二醇、异丙醇、异硫氰胍、盐酸胍、NaCl、EDTA、柠檬酸钠、柠檬酸中的一种或几种组合;
组织漂洗液为乙醇溶液。
本发明具有如下有益效果:
本发明操作简单方便,提高提取效率,提取的核酸纯度高。
附图说明
图1是实施例1中,组织切片缓冲液B不同体积分数的曲拉通X-100配制用量的对比实验图。
图1中,粉色:体积分数为5%的曲拉通X-100;青色:体积分数为10%的曲拉通X-100;灰色:体积分数为15%的曲拉通X-100;橙色:体积分数为20%的曲拉通X-100;红色:体积分数为25%的曲拉通X-100。
图2是实施例2中,血液漂洗液中不同质量分数的异硫氰酸胍配制用量的对比实验图。
图2中,蓝色:质量分数为10%的异硫氰酸胍;青色:质量分数为15%的异硫氰酸胍;橙色:质量分数为20%的异硫氰酸胍;绿色:质量分数为25%的异硫氰酸胍。
图3是实施例3中,组织漂洗液中不同体积分数的乙醇对比实验图。
图3中,粉色:体积分数为70%的乙醇;蓝色:体积分数为75%的乙醇;灰色:体积分数为80%的乙醇;绿色:体积分数为85%的乙醇;棕色:体积分数为90%的乙醇。
图4是实施例7不同试剂盒提取核酸效果对比实验图。
图4中,左图为实验组,右图为对照组。
具体实施方式
下面结合附图1-4对本发明作进一步的说明。
实施例1-组织切片缓冲液B的配制研究实验
通过改变组织切片缓冲液B中曲拉通X-100的体积分数,分别以5%、10%、15%、20%、25%为不同的体积分数配制组织切片缓冲液B,对比其效果,包括以下步骤:
1、向装有1.6mL血浆的5mL离心管中加入80μL蛋白酶K溶液、80μL磁珠悬浮液,并分别加入1.6mL不同体积分数曲拉通X-100配制的组织切片缓冲液B,颠倒混匀5-10次后,室温静置10-15min。然后将样品管放入磁力架中静置1-3min,待溶液澄清后,吸弃清液;
2、向离心管中加入600μL血液漂洗液放到震荡器上震荡混匀15-30s后,取下离心管放入磁力架中静置1-3min待溶液澄清后,吸弃清液;
3、向离心管中加入600μL组织漂洗液放到震荡器上震荡混匀15-30s后,取下离心管放入磁力架中静置1-3min待溶液澄清后,吸弃清液;
4、重复一次第3个步骤后,将离心管室温静置晾干5-10min,肉眼观察吸附的磁珠及管内壁和底部无明显反光液体后取下磁力架;
5、加入60μL洗脱液洗脱,放到震荡器上震荡1-3min使磁珠充分与洗脱液混匀后,取下离心管放入磁力架中静置1-3min待溶液澄清后,吸取澄清液置于新的离心管中,所得澄清液即为含有血浆游离核酸的提取产物;
表一 曲拉通X-100的不同体积分数对比数据
实施例2-血液漂洗液的配制研究实验
通过改变血液漂洗液中异硫氰酸胍的质量分数,分别以10%、15%、20%、25%为不同的质量分数配制血液漂洗液,对比其效果,包括以下步骤:
1、向装有1.6mL血浆的5mL离心管中加入80μL蛋白酶K溶液、80μL磁珠悬浮液,以及1.6mL组织切片缓冲液B,颠倒混匀5-10次后,室温静置10-15min。然后将样品管放入磁力架中静置1-3min,待溶液澄清后,吸弃清液;
2、分别向离心管中加入600μL不同质量分数的血液漂洗液放到震荡器上震荡混匀15-30s后,取下离心管放入磁力架中静置1-3min待溶液澄清后,吸弃清液;
3、向离心管中加入600μL组织漂洗液放到震荡器上震荡混匀15-30s后,取下离心管放入磁力架中静置1-3min待溶液澄清后,吸弃清液;
4、重复一次第3个步骤后,将离心管室温静置晾干5-10min,肉眼观察吸附的磁珠及管内壁和底部无明显反光液体后取下磁力架;
5、加入60μL洗脱液洗脱,放到震荡器上震荡1-3min使磁珠充分与洗脱液混匀后,取下离心管放入磁力架中静置1-3min待溶液澄清后,吸取澄清液置于新的离心管中,所得澄清液即为含有血浆游离核酸的提取产物;
表二 异硫氰酸胍的不同质量分数对比数据
实施例3-组织漂洗液的配制研究实验
通过改变组织漂洗液中乙醇的体积分数,分别以70%、75%、80%、85%、90%为不同浓度的体积分数配制组织漂洗液,对比其效果,包括以下步骤:
1、向装有1.6mL血浆的5mL离心管中加入80μL蛋白酶K溶液、80μL磁珠悬浮液,以及1.6mL组织切片缓冲液B,颠倒混匀5-10次后,室温静置10-15min。然后将样品管放入磁力架中静置1-3min,待溶液澄清后,吸弃清液;
2、向离心管中加入600μL血液漂洗液放到震荡器上震荡混匀15-30s后,取下离心管放入磁力架中静置1-3min待溶液澄清后,吸弃清液;
3、分别向离心管中加入600μL不同体积分数的组织漂洗液放到震荡器上震荡混匀15-30s后,取下离心管放入磁力架中静置1-3min待溶液澄清后,吸弃清液
4、重复一次第3个步骤后,将离心管室温静置晾干5-10min,肉眼观察吸附的磁珠及管内壁和底部无明显反光液体后取下磁力架;
5、加入60μL洗脱液洗脱,放到震荡器上震荡1-3min使磁珠充分与洗脱液混匀后,取下离心管放入磁力架中静置1-3min待溶液澄清后,吸取澄清液置于新的离心管中,所得澄清液即为含有血浆游离核酸的提取产物;
表三 乙醇的不同体积分数对比数据
实施例4-不同质量分数的SDS提取效果
本实施例采用本发明提供的方法,通过改变不同质量分数的SDS,分别以1%、3%、5%的SDS配制组织切片缓冲液A,对比其效果,选取淋巴结组织切片各10张,每张切片3μm,包括以下步骤:
1、将脱蜡后的石蜡包埋组织切片分别置于离心管中,分别加入200μL的1%、3%、5%的组织切片缓冲液A、60μL蛋白酶K溶液,震荡10-15s使组织切片彻底悬浮,放入金属浴或水浴箱条件为60℃孵育1h;
2、将离心管取出瞬时离心后,向离心管中加入200μL组织切片缓冲液B放入金属浴或水浴箱条件为70℃孵育10min,取出离心管12000g离心30s后,吸取上清液置于新的离心管;
3、向离心管中加入100μL无水乙醇放到震荡器上震荡10-15s,取下离心管加入80μL磁珠悬浮液,颠倒混匀5-10次后,室温静置10-15min。然后将离心管放入磁力架中静置1-3min,待溶液澄清后,吸弃清液;
4、向离心管中加入600μL血液漂洗液放到震荡器上震荡混匀15-30s后,取下离心管放入磁力架中静置1-3min待溶液澄清后,吸弃清液;
5、向离心管中加入600μL组织漂洗液放到震荡器上震荡混匀15-30s后,取下离心管放入磁力架中静置1-3min待溶液澄清后,吸弃清液;
6、重复一次第5个步骤后,将离心管室温静置晾干5-10min,肉眼观察吸附的磁珠及管内壁和底部无明显反光液体后取下磁力架;
7、加入60μL洗脱液洗脱,放到震荡器上震荡1-3min使磁珠充分与洗脱液混匀后,取下离心管放入磁力架中静置1-3min待溶液澄清后,吸取澄清液置于新的离心管中,所得澄清液即为含有石蜡包埋组织切片核酸的提取产物;
表四 不同质量分数的SDS提取效果
实施例5-不同容积磁珠的提取效果
本实施例采用本发明提供的方法,通过改变不同容积的磁珠,分别以30μL、40μL、50μL、60μL、70μL、80μL、90μL的磁珠进行核酸吸附,对比其效果,选取淋巴结组织切片各10张,每张切片3μm,包括以下步骤:
1、将脱蜡后的石蜡包埋组织切片分别置于离心管中,加入200μL的组织切片缓冲液A、60μL蛋白酶K溶液,震荡10-15s使组织切片彻底悬浮,放入金属浴或水浴箱条件为60℃孵育1h;
2、将离心管取出瞬时离心后,向离心管中加入200μL组织切片缓冲液B放入金属浴或水浴箱条件为70℃孵育10min,取出离心管12000g离心30s后,吸取上清液置于新的离心管;
3、向离心管中加入100μL无水乙醇放到震荡器上震荡10-15s,取下离心管分别加入30μL、40μL、50μL、60μL、70μL、80μL、90μL磁珠悬浮液,颠倒混匀5-10次后,室温静置10-15min。然后将离心管放入磁力架中静置1-3min,待溶液澄清后,吸弃清液;
4、向离心管中加入600μL血液漂洗液放到震荡器上震荡混匀15-30s后,取下离心管放入磁力架中静置1-3min待溶液澄清后,吸弃清液;
5、向离心管中加入600μL组织漂洗液(75-95%)放到震荡器上震荡混匀15-30s后,取下离心管放入磁力架中静置1-3min待溶液澄清后,吸弃清液;
6、重复一次第5个步骤后,将离心管室温静置晾干5-10min,肉眼观察吸附的磁珠及管内壁和底部无明显反光液体后取下磁力架;
7、加入60μL洗脱液洗脱,放到震荡器上震荡1-3min使磁珠充分与洗脱液混匀后,取下离心管放入磁力架中静置1-3min待溶液澄清后,吸取澄清液置于新的离心管中,所得澄清液即为含有石蜡包埋组织切片核酸的提取产物;
表五 不同容积磁珠的提取效果
实施例6-不同类型石蜡包埋组织切片的提取效果
本实施例采用本发明提供的方法,对不同类型石蜡包埋组织切片进行核酸提取纯化,对比其是否在不同类型石蜡包埋组织切片上具有相同的提取效果,分别切取血管瘤组织切片、肾组织切片、淋巴结组织切片、肝脏组织切片各10张,每张切片3μm包括以下步骤:
1、将脱蜡后的4种石蜡包埋组织切片分别置于离心管中,加入200μL的组织切片缓冲液A、60μL蛋白酶K溶液,震荡10s使组织切片彻底悬浮,放入金属浴或水浴箱条件为60℃孵育1h;
2、将离心管取出瞬时离心后,向离心管中加入200μL组织切片缓冲液B放入金属浴或水浴箱条件为70℃孵育10min,取出离心管12000g离心30s后,吸取上清液置于新的离心管;
3、向离心管中加入100μL无水乙醇放到震荡器上震荡10-15s,取下离心管加入80μL磁珠悬浮液,颠倒混匀5-10次后,室温静置10-15min。然后将离心管放入磁力架中静置1-3min,待溶液澄清后,吸弃清液;
4、向离心管中加入600μL血液漂洗液放到震荡器上震荡混匀15-30s后,取下离心管放入磁力架中静置1-3min待溶液澄清后,吸弃清液;
5、向离心管中加入600μL组织漂洗液(75-95%)放到震荡器上震荡混匀15-30s后,取下离心管放入磁力架中静置1-3min待溶液澄清后,吸弃清液;
6、重复一次第5个步骤后,将离心管室温静置晾干5-10min,肉眼观察吸附的磁珠及管内壁和底部无明显反光液体后取下磁力架;
7、加入60μL洗脱液洗脱,放到震荡器上震荡1-3min使磁珠充分与洗脱液混匀后,取下离心管放入磁力架中静置1-3min待溶液澄清后,吸取澄清液置于新的离心管中,所得澄清液即为含有石蜡包埋组织切片核酸的提取产物;
表六 不同类型石蜡包埋组织切片的提取效果
波长 | 血管瘤组织切片 | 肾组织切片 | 淋巴结组织切片 | 肝脏组织切片 |
A260 | 7.837 | 8.359 | 8.176 | 9.677 |
A280 | 4.576 | 4.637 | 4.408 | 4.498 |
A230 | 6.163 | 5.743 | 5.370 | 6.781 |
浓度 | 243.762ng/μL | 404.551ng/μL | 310.540ng/μL | 292.467ng/μL |
实施例7-对比不同试剂盒提取核酸效果
本实施例分别采用TIANGEN试剂盒及其配套方法和本发明提供的试剂盒及方法,对石蜡组织切片进行核酸提取纯化,对比不同试剂盒提取核酸效果,同样的分别切取淋巴结组织切片10张每张切片3μm:
一、实验组为本发明提供的方法包括以下步骤:
1、将脱蜡后的石蜡包埋组织切片置于离心管中,加入200μL的组织切片缓冲液A、60μL蛋白酶K溶液,震荡10s使组织切片彻底悬浮,放入金属浴或水浴箱条件为60℃孵育1h;
2、将离心管取出瞬时离心后,向离心管中加入200μL组织切片缓冲液B放入金属浴或水浴箱条件为70℃孵育10min,取出离心管12000g离心30s后,吸取上清液置于新的离心管;
3、向离心管中加入100μL无水乙醇放到震荡器上震荡10-15s,取下离心管加入80μL磁珠悬浮液,颠倒混匀5-10次后,室温静置10-15min。然后将离心管放入磁力架中静置1-3min,待溶液澄清后,吸弃清液;
4、向离心管中加入600μL血液漂洗液放到震荡器上震荡混匀15-30s后,取下离心管放入磁力架中静置1-3min待溶液澄清后,吸弃清液;
5、向离心管中加入600μL组织漂洗液(75-95%)放到震荡器上震荡混匀15-30s后,取下离心管放入磁力架中静置1-3min待溶液澄清后,吸弃清液;
6、重复一次第5个步骤后,将离心管室温静置晾干5-10min,肉眼观察吸附的磁珠及管内壁和底部无明显反光液体后取下磁力架;
7、加入60μL洗脱液洗脱,放到震荡器上震荡1-3min使磁珠充分与洗脱液混匀后,取下离心管放入磁力架中静置1-3min待溶液澄清后,吸取澄清液置于新的离心管中,所得澄清液即为含有石蜡包埋组织切片核酸的提取产物;
二、对照组为TIANGEN试剂盒及其配套方法对相同的淋巴结组织切片进行提取;
结果如表七所示:本发明提取方法提取的核酸浓度相较于TIANGEN试剂盒提取的核酸浓度要高,表明本发明的提取方法,能够提高提取效率,并且提取的核酸纯度高。
表七 不同试剂盒提取核酸效果
波长 | 实验组 | 对照组 |
A260 | 6.445 | 1.050 |
A280 | 3.369 | 0.528 |
A230 | 3.982 | 1.067 |
浓度 | 322.258ng/μL | 52.544ng/μL |
以上所述仅是本发明的优选实施方式,应当指出,对于本技术领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理的前提下还可以作出若干改进,这些改进也应视为本发明的保护范围。
Claims (11)
1.一种用于血浆游离核酸以及石蜡包埋组织切片核酸提取纯化方法,其特征在于:包括如下步骤:
1)向装有血浆的离心管中加入组织切片缓冲液A、蛋白酶K溶液、磁珠悬浮液以及组织切片缓冲液B,颠倒混匀后室温静置,然后再将样品管放入磁力架中静置,待溶液澄清后,吸弃清液;
2)向离心管中加入血液漂洗液后放到震荡器上震荡混匀,取下离心管放入磁力架中静置待溶液澄清后,吸弃清液;
3)向离心管中加入组织漂洗液放到震荡器上震荡混匀,然后取下离心管放入磁力架中静置待溶液澄清后,吸弃清液;
4)重复第3个步骤后,将离心管室温静置晾干肉眼观察吸附的磁珠及管内壁和底部无明显反光液体后取下磁力架;
5)加入组织漂洗液,放到震荡器上震荡使磁珠充分与洗脱液混匀后,取下离心管放入磁力架中静置待溶液澄清后,吸取澄清液置于新的离心管中,所得澄清液即为含有血浆游离核酸的提取产物。
2.如权利要求1所述的用于血浆游离核酸以及石蜡包埋组织切片核酸提取纯化方法,其特征在于:所述蛋白酶K溶液的浓度为20mg/ml。
3.如权利要求1所述的用于血浆游离核酸以及石蜡包埋组织切片核酸提取纯化方法,其特征在于:所述磁珠悬浮液为表面修饰有羟基的二氧化硅包被的Fe3O4颗粒,其粒径为1000nm,30mg/ml。
4.如权利要求1所述的用于血浆游离核酸以及石蜡包埋组织切片核酸提取纯化方法,其特征在于:所述组织切片缓冲液A为质量分数为1-5%的SDS缓冲液。
5.如权利要求1所述的用于血浆游离核酸以及石蜡包埋组织切片核酸提取纯化方法,其特征在于:所述组织切片缓冲液B为:Tris-HCl、PEG、异丙醇、异硫氰酸胍、盐酸胍、NaCl、曲拉通X-100、EDTA、柠檬酸钠、柠檬酸中的一种或几种组合。
6.如权利要求1所述的用于血浆游离核酸以及石蜡包埋组织切片核酸提取纯化方法,其特征在于:所述血液漂洗液为:Tris-HCl、聚乙二醇、异丙醇、异硫氰胍、盐酸胍、NaCl、EDTA、柠檬酸钠、柠檬酸中的一种或几种组合。
7.如权利要求1所述的用于血浆游离核酸以及石蜡包埋组织切片核酸提取纯化方法,其特征在于:所述组织漂洗液为60%-95%的乙醇溶液。
8.如权利要求1所述的用于血浆游离核酸以及石蜡包埋组织切片核酸提取纯化方法,其特征在于:所述洗脱液为纯化水或DEPC处理水。
9.一种用于血浆游离核酸以及石蜡包埋组织切片核酸提取纯化试剂盒,其特征在于:包括蛋白酶K溶液、磁珠悬浮液、组织切片缓冲液、血液漂洗液、组织漂洗液和洗脱液。
10.如权利要求9所述的用于血浆游离核酸以及石蜡包埋组织切片核酸提取纯化试剂盒,其特征在于:所述组织切片缓冲液包括:
组织切片缓冲液A,所述组织切片缓冲液A为质量分数为1-5%的SDS缓冲液
组织切片缓冲液B,所述组织切片缓冲液B为:Tris-HCl、PEG、异丙醇、异硫氰酸胍、盐酸胍、NaCl、曲拉通X-100、EDTA、柠檬酸钠、柠檬酸中的一种或几种组合。
11.如权利要求9所述的用于血浆游离核酸以及石蜡包埋组织切片核酸提取纯化试剂盒,其特征在于:所述
血液漂洗液为:Tris-HCl、聚乙二醇、异丙醇、异硫氰胍、盐酸胍、NaCl、EDTA、柠檬酸钠、柠檬酸中的一种或几种组合;
组织漂洗液为乙醇溶液。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202311451215.0A CN117660437A (zh) | 2023-11-03 | 2023-11-03 | 一种用于血浆游离核酸以及石蜡包埋组织切片核酸提取纯化方法及试剂盒 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202311451215.0A CN117660437A (zh) | 2023-11-03 | 2023-11-03 | 一种用于血浆游离核酸以及石蜡包埋组织切片核酸提取纯化方法及试剂盒 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN117660437A true CN117660437A (zh) | 2024-03-08 |
Family
ID=90074240
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN202311451215.0A Pending CN117660437A (zh) | 2023-11-03 | 2023-11-03 | 一种用于血浆游离核酸以及石蜡包埋组织切片核酸提取纯化方法及试剂盒 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN117660437A (zh) |
-
2023
- 2023-11-03 CN CN202311451215.0A patent/CN117660437A/zh active Pending
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Vomelova et al. | Technical note methods of RNA purification. All ways (should) lead to Rome | |
US9624252B2 (en) | Selective nucleic acid fragment recovery | |
JP7481376B2 (ja) | 核酸を抽出する装置および方法 | |
US20030092045A1 (en) | Isolation and purification of nucleic acids | |
KR101193765B1 (ko) | 초고속 핵산의 정제방법 | |
CN106834277A (zh) | 一种用磁珠法分离游离dna的方法及分离试剂盒 | |
US11702648B2 (en) | Process for concentrating cells from a sample and then isolating nucleic acids from said cells | |
CN103952397A (zh) | 一种使用磁珠从血清或血浆样品中分离游离核酸的方法 | |
EP2137309B1 (en) | Methods for the separation of biological molecules using sulfolane | |
CN111154750A (zh) | 一种针对性富集血浆目标游离dna的方法 | |
JP2006311803A (ja) | 核酸精製方法、及び核酸精製器具 | |
CN106754890B (zh) | 一种病毒rna的提取试剂盒和提取方法 | |
JP7028800B2 (ja) | 全血から核酸を単離するための装置及び方法 | |
EP2479274B1 (en) | Nucleic acid purification | |
US8685742B2 (en) | Apparatus and method for the more efficient isolation of nucleic acids | |
CN110938624A (zh) | 一种用于基因组dna提取的试剂盒及其应用 | |
CN113637668A (zh) | 一种同时提取血浆和血细胞病原菌dna的试剂盒及应用 | |
CN111944802A (zh) | 真菌核酸提取裂解液及提取核酸的试剂盒及方法 | |
US20170121705A1 (en) | Methods and kits for nucleic acid isolation | |
CN116590279A (zh) | 一种基于羟基磁珠提取血浆游离dna的试剂盒及使用方法 | |
CN117660437A (zh) | 一种用于血浆游离核酸以及石蜡包埋组织切片核酸提取纯化方法及试剂盒 | |
CN116162618A (zh) | 一种从核酸溶液中分离dna和rna的方法及试剂组合 | |
CN106480014B (zh) | 选择性分离核酸的方法及其套组 | |
CN118103495A (zh) | 使用盐分级沉淀分离细胞外囊泡的方法 | |
JP3922420B2 (ja) | 改良されたリボ核酸の単離方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination |