CN117418016A - 一种与鸡胫围相关的snp分子标记及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明属于生物分子标记的技术领域,具体涉及一种与鸡胫围相关的SNP分子标记及其应用。所述SNP分子标记位于核酸序列如SEQ ID NO.1所示的第385位的碱基或第427位的碱基;所述第385位的碱基为C或T,当基因型为TT时,鸡群个体表现出较高胫围,为CC型时,表现出较低胫围;所述第427位的碱基为C或T,当基因型为CC时,鸡群个体表现出较高胫围,当为TT型时,表现出较低胫围,其可对不同类型鸡的胫围表型性状进行早期育种选择,为生长性状在种质资源深度鉴评以及育种利用提供参考,加快生长选择育种进程和提高鸡群体型均匀度。
Description
技术领域
本发明属于生物分子标记的技术领域,具体涉及一种与鸡胫围相关的SNP分子标记及其应用。
背景技术
鸡的胫围是指鸡腿部的周长,是养鸡业中的一个重要生长性状和健康指标,一方面,高胫围表明其骨骼和肌肉系统处于良好状态,能够支持其体重和生长,减少骨折和关节问题的风险,这有助于降低生病率,减少兽医成本,提高养殖效益;另一方面,高胫围往往有更好的生长性能,能够更快地增重,从而缩短养殖周期,这对于提高产量、减少饲养成本和提高生产效率至关重要;此外,胫围的提高也有助于改善肉质质量,更高的胫围通常意味着更多的肌肉质量,可以提高肉的质地和口感,这对于满足市场对高质量肉类产品的需求也是至关重要的。由此说明胫围对家禽养殖业具有重要意义,它关系到鸡整体的健康、生产效益,甚至养殖业的可持续性发展。
从育种角度考虑,对鸡胫围进行选育是提高胫围的有效途径之一。鸡的胫围是一个数量性状,它受多个基因的调控,同时也受到环境因素的影响。传统的表型选择方法容易受到环境因素的干扰,此外,传统的选育方法要求对个体的表型值进行测定,这需要较长的育种周期和更高的育种成本
因此,需要开发出一种与胫围相关的分子标记,据此对鸡胫围进行选育,实现在鸡出壳时即可根据基因型对后期胫围做出判断,以缩短育种进程,降低育种成本。
发明内容
针对上述问题,本发明的目的在于提供一种与鸡胫围相关的SNP分子标记及其应用。
本发明的技术内容如下:
本发明提供了一种与鸡胫围相关的SNP分子标记,所述SNP分子标记位于核酸序列如SEQ ID NO.1所示的第385位的碱基或第427位的碱基;
所述第385位的碱基为C或T,当基因型为TT时,鸡群个体表现出较高胫围,为CC型时,表现出较低胫围;
所述第427位的碱基为C或T,当基因型为CC时,鸡群个体表现出较高胫围,当为TT型时,表现出较低胫围。
本发明还提供了一种与鸡胫围相关的SNP分子标记的引物组,包括正向引物和反向引物;
所述正向引物的核酸序列如SEQ ID NO.2所示;
所述反向引物的核酸序列如SEQ ID NO.3所示。
本发明还提供了一种检测与鸡胫围相关的试剂盒,所述试剂盒包括上述引物组和PCR反应体系。
本发明还提供了一种上述SNP分子标记或引物组在制备检测鸡生长性状试剂盒的应用。
本发明还提供了一种上述SNP分子标记或引物组或试剂盒在鸡辅助育种方面的应用。
本发明还提供了一种检测鸡生长性状的方法,包括如下步骤:
1)以鸡血液DNA为模板,进行PCR扩增;
所述PCR扩增的体系:总体积为25μL的PCR反应体系中加入鸡血液DNA模板1μL,2×PCR反应预混液(含高保真DNA聚合酶)12.5μL,10mM正反引物各1μL,双蒸水9.5μL;
所述PCR扩增反应为:98℃变性10s,58.6℃退火5s,72℃延伸5s,共34个循环;最后72℃延伸5min,4℃保存;
2)对扩增产物进行SNP筛选、基因分型,根据上述基因分型判断鸡群体型。
本发明的有益效果如下:
本发明的与鸡胫围相关的SNP分子标记,通过对鸡生长性状相关基因PLA2G7的深度分析,建立了与鸡胫围相关的分子标记,其可对不同类型鸡的胫围表型性状进行早期育种选择,为生长性状在种质资源深度鉴评以及育种利用提供参考,加快生长选择育种进程和提高鸡群体型均匀度。
附图说明
图1为本发明实施例1中鸡PLA2G7基因DNA序列中寻找到的SNPs序列峰图。
具体实施方式
以下通过具体的实施案例以及附图说明对本发明作进一步详细的描述,应理解这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的保护范围,在阅读了本发明之后,本领域技术人员对本发明的各种等价形式的修改均落于本申请所附权利要求所限定。
若无特殊说明,本发明的所有原料和试剂均为常规市场的原料、试剂。
所采用的试剂以及设备包括如下:
DNA分子标准量Marker购自广州东盛生物科技有限公司;
高保真DNA聚合酶购自AG公司;
饱和苯酚购自生工生物工程(上海)股份有限公司;
DNA提取液二合一、DNA提取液三合一购自Solarbio公司;
恒温水浴锅、低温高速离心机、PCR仪、凝胶电泳仪、凝胶成像仪为常规设备。
实施例1
筛选与鸡生长性状PLA2G7基因的SNP分子标记
1)材料准备
采用广东省农业科学院动物科学研究所的土鸡专门化品系H(即Huiyang Bearedchicken,参Sheng Z,Pettersson M E,Hu X,etal.Genetic dissection of growthtraits in a Chinese indigenous×commercial broiler chicken cross[J].BmcGenomics,2013,14.或Wang Y,Guo F,Qu H,et al.Associations between variants ofbone morphogenetic protein 7gene and growth traits in chickens[J].Br Poult,2018:00071668.2018.1454586.)和快大型专门化品系A(即High Quality Chicken LineA,参Sheng Z,Pettersson M E,Hu X,etal.Genetic dissection of growth traits in aChinese indigenous×commercial broiler chicken cross[J].Bmc Genomics,2013,14.或Wang Y,Guo F,Qu H,et al.Associations between variants of bone morphogeneticprotein 7gene and growth traits in chickens[J].Br Poult,2018:00071668.2018.1454586.),按公母比例1:4,进行正反杂交产生F1代,F1代群体内避免半同胞横交,同时产生F2资源群体。
随机选取F2同批次群体555羽,公母鸡分别是297羽和258羽,每个个体标记唯一的翅号身份标识,在相同饲养条件下饲养。在8、10和12周龄时,进行详细的鸡活体胫围(单位:cm,精确到0.1cm)测定并记录。在12周龄测定后,利用ETDA抗凝真空采血管通过翅下静脉采集全血1mL,保存于-20℃冰箱,用于后续的DNA提取。
2)DNA提取
所有个体的DNA提取操作均按照饱和苯酚-氯仿传统提取法进行,提取血液样品的基因组DNA后,检测DNA样本浓度和OD值,将DNA浓度大于500ng/μL、OD260/OD280之比值在1.8~2.0之间的样品,保存于-20℃冰箱,用于后续的PCR扩增。
3)引物设计
引物根据Ensembl数据库提供的鸡(Red Jungle fowl)PLA2G7基因组序列(ENSGALG00000016713)为模板,使用Primer Premier5.0软件进行引物设计一对引物PLA2G7-13F/PLA2G7-13R,该引物有效扩增得到如序列SEQ ID NO.1所示的DNA序列,该序列全长为783bp。
引物序列由生工生物工程(上海)股份有限公司合成,引物信息如表1所示:
表1引物组
4)PCR扩增
总体积为25μL的PCR反应体系中加入鸡血液DNA模板1μL,2×PCR反应预混液(含高保真DNA聚合酶)12.5μL,10mM正反引物各1μL,双蒸水9.5μL。
PCR反应条件为:98℃变性10s,58.6℃退火5s,72℃延伸5s,共34个循环;最后72℃延伸5min,4℃保存。
5)寻找分子标记
PCR扩增产物直接测序,运用DNASTAR软件分析序列,筛选SNPs位点,在SEQ IDNO.1所示的DNA序列寻找到第385位点的C-T的碱基突变,第427位点的C-T的碱基突变,利用SPSS23.0软件进行基因型与生长性状关联分析。
6)结果
寻找分子标记:
取F2群体DNA为模板,进行PCR扩增,利用琼脂糖凝胶电泳检测片段的完整性,PCR产物直接送广州天一辉远基因科技有限公司正和反向Sanger测序。
利用DNASTAR软件将所获序列峰图(图1)与PLA2G7模板基因的DNA序列对比分析,筛选SNPs位点结果见表2,寻找到第385位点的C/T碱基突变,基因型分为三种,分别是CC型,CT型和TT型;找到第427位点的一个C/T的碱基突变,基因型分为三种,分别是CC型,CT型和TT型。
表2鸡PLA2G7基因SNP位点的基因频率统计表
根据F2群体个体基因分型数据,结合该群体的生长性状表型记录,利用SPSS23.0软件进行基因型与生长性状关联分析,结果见表3。该软件利用广义线性模型分析检验不同基因型个体间生长性状差异显著性,同列肩标字母相隔表示差异显著(p<0.01),字母相邻表示差异显著(p<0.05),字母相同或无标注者表示差异不显著(p>0.05)。
表3不同基因型与生长性状关联分析结果表
由表3可知,第385位多态性为C/T的核苷酸序列与胫围性状的关联分析,当突变位点的基因型为TT时,鸡群个体8和10周龄表现出较高胫围,当为CC型时,表现出较低胫围;第427位多态性为C/T的核苷酸序列与胫围性状的关联分析,当突变位点的基因型为CC时,鸡群个体8、10和12周龄表现出较高胫围,当为TT型时,表现出较低胫围。
综上可见,通过本发明的SNPs分子标记,可用于检测PLA2G7基因的基因型,实现对鸡群的体型均匀度的判断,有助于养育过程的改善,为生长性状在种质资源深度鉴评以及育种利用提供参考。
Claims (8)
1.一种与鸡胫围相关的SNP分子标记,其特征在于,所述SNP分子标记位于核酸序列如SEQ ID NO.1所示的第385位的碱基或第427位的碱基。
2.根据权利要求1所述的与鸡胫围相关的SNP分子标记,其特征在于,所述第385位的碱基为C或T,当基因型为TT时,鸡群个体表现出较高胫围,为CC型时,表现出较低胫围。
3.根据权利要求1所述的与鸡胫围相关的SNP分子标记,其特征在于,所述第427位的碱基为C或T,当基因型为CC时,鸡群个体表现出较高胫围,当为TT型时,表现出较低胫围。
4.一种权利要求1-3任一项所述与鸡胫围相关的SNP分子标记在制备检测鸡生长性状试剂盒和在鸡辅助育种的应用。
5.一种权利要求1-3任一项所述的与鸡胫围相关的SNP分子标记的引物组,包括正向引物和反向引物;
所述正向引物的核酸序列如SEQ ID NO.2所示;
所述反向引物的核酸序列如SEQ ID NO.3所示。
6.一种权利要求5所述引物组在制备检测鸡生长性状试剂盒和鸡辅助育种的应用。
7.一种检测与鸡胫围相关的试剂盒,所述试剂盒包括权利要求5所述的引物组和PCR反应体系。
8.一种权利要求7所述试剂盒在鸡辅助育种方面的应用。
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2023
- 2023-10-18 CN CN202311351311.8A patent/CN117418016B/zh active Active
Patent Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN106086229A (zh) * | 2016-08-26 | 2016-11-09 | 广东省农业科学院动物科学研究所 | 鸡生长性状相关的分子标记及其鉴别方法和应用 |
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Non-Patent Citations (2)
Title |
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李京徽;邢思远;王希彩;李庆贺;赵桂苹;张永宏;文杰;刘冉冉;: "鸡肌内脂肪沉积相关候选基因筛选", 中国畜牧兽医, no. 06 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN117418016B (zh) | 2024-05-17 |
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