CN117363713A - 检测cyp2c19*17基因单核苷酸多态性的试剂、试剂盒及应用 - Google Patents
检测cyp2c19*17基因单核苷酸多态性的试剂、试剂盒及应用 Download PDFInfo
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Abstract
本发明属于基因检测技术领域,公开了检测cyp2c19*17基因单核苷酸多态性的试剂、试剂盒及应用。该试剂,包含:检测cyp2c19*17基因的探针和/或用于扩增cyp2c19*17基因的引物对;其中,检测cyp2c19*17基因的探针中的1个或多个位置的碱基被锁核酸修饰,锁核酸2’‑O,4’‑C位通过不同的缩水作用构成的亚甲基桥形成了刚性的缩合结构,增加了核酸磷酸骨架的局部结构的稳定性;同时,锁核酸修饰的核酸应用于荧光定量PCR探针检测时,可有效提高检测反应退火温度并同时缩短检测所需探针的长度,并且较普通探针具有灵敏度更高,特异性更强等优势。
Description
技术领域
本发明属于基因检测技术领域,具体涉及检测cyp2c19*17基因单核苷酸多态性的试剂、试剂盒及应用。
背景技术
药物个体化差异是指不同个体间药物疗效与安全性的不一致性,这种差异带来的后果可能是药物治疗效果不理想,耽误最佳治疗时间,又或是造成血药浓度过高,出现药物不良反应概率增大,严重危害患者生命健康。
研究表明,影响药物个体化差异的因素有很多,如体重,年龄,基础疾病,多药使用等。另外,基因突变引起的基因多态性作为造成药物作用个体差异更加重要的成因却尚未得到足够重视。而随着人类基因组学与药物基因组学的发展,越来越多的研究表明,药物个体化差异和基因多态性关系密切。一项数据显示,药物基因组学对药物疗效和安全性的影响概率高达80%。
具体来说,体内参与药物吸收和处置的药物代谢酶、转运蛋白及相关受体基因多态性的改变是导致药物反应个体差异的决定性因素。如CYP2C19酶是人体中重要的药物代谢酶,代谢多达15%已知的治疗窗口狭窄药物,包括华法林、氯吡格雷和卡马西平等。其编码基因的多态性导致CYP2C19酶活性的个体差异,使人群出现超快代谢者(UM)、快代谢者(EM)、中间代谢者(IM)和慢代谢者(PM)4种表型。不同基因表型对其相应药物的代谢速率产生了不同影响,从而影响药效发挥或引发毒副作用。因此,在临床上根据基因表型的不同调整用药剂量对保障患者生命健康,提高药物治疗的安全性、有效性以及成本效益具有重要意义。
基于此,自2006年起,用于个体化用药指导的基因检测产品包括cyp2c9,cyp2d6等系列的药物代谢酶基因多态性检测试剂已于多国获批并上市使用。而我国国家药品监督管理局医疗器械技术审评中心也于2019年发布了《CYP2C19药物代谢酶基因多态性检测试剂注册技术审查指导原则》对CYP2C19药物代谢酶基因多态性检测试剂的主要应用范围做出说明。截至到2021年,国际上已有5家机构发布针对112种药物涵盖27种相关基因的个体化临床用药剂量调整指南。
目前关于cyp2c19基因单核苷酸多态性的检测方法主要包括基因测序法、普通荧光定量PCR法、基因芯片检测法等等。然而上述方法均具有操作复杂,检测周期长,所需检测的仪器设备复杂等缺点,且检测结果特异性及灵敏度均较低。
发明内容
本发明的第一方面的目的,在于提供一种检测cyp2c19*17基因单核苷酸多态性的试剂。
本发明的第二方面的目的,在于提供一种试剂盒。
本发明的第三方面的目的,在于提供一种检测系统。
本发明的第四方面的目的,在于提供本发明第一方面的试剂、第二方面的试剂盒、和/或第三方面的检测系统的应用。
本发明的第五方面的目的,在于提供一种非疾病诊断治疗目的的检测cyp2c19*17基因单核苷酸多态性的方法。
为了实现上述目的,本发明所采取的技术方案是:
本发明的第一个方面,提供一种检测cyp2c19*17基因单核苷酸多态性的试剂,包含:检测cyp2c19*17基因的探针和/或用于扩增cyp2c19*17基因的引物对;
所述检测cyp2c19*17基因的探针包括野生型探针和突变型探针;
所述野生型探针的序列如SEQ ID NO.19所示;
所述突变型探针的序列如SEQ ID NO.20所示;
所述野生型探针中的1个或多个位置的碱基被锁核酸修饰;
所述突变型探针中的1个或多个位置的碱基被锁核酸修饰;
所述用于扩增cyp2c19*17基因的引物对选自a)~f)中任意一组:
a)所述引物对的序列如SEQ ID NO.1、2所示;
b)所述引物对的序列如SEQ ID NO.3、4所示;
c)所述引物对的序列如SEQ ID NO.5、6所示;
d)所述引物对的序列如SEQ ID NO.7、8所示;
e)所述引物对的序列如SEQ ID NO.9、10所示;
f)所述引物对的序列如SEQ ID NO.11、12所示。
优选地,所述用于扩增cyp2c19*17基因的引物对选自a)~c)中任意一组。
优选地,所述用于扩增cyp2c19*17基因的引物对为b)。
优选地,所述野生型探针的5’端起第3位和第13位中的至少一个碱基被锁核酸修饰;进一步优选地,所述野生型探针的5’端起第3位和第13位的碱基被锁核酸修饰。
优选地,所述突变型探针的5’端起第3位和第13位中的至少一个碱基被锁核酸修饰;进一步优选地,所述突变型探针的5’端起第3位和第13位的碱基被锁核酸修饰。
优选地,所述野生型探针和突变型探针的两端分别标记有荧光报告基团、和荧光淬灭基团。
优选地,所述野生型探针和突变型探针的5’端标记有荧光报告基团,3’端标记有荧光淬灭基团。
进一步优选地,所述野生型探针的5’端标记的荧光报告基团不同于突变型探针的5’端标记的荧光报告基团。
优选地,所述荧光报告基团为Texas Red、FAM、HEX、VIC、ROX和Cy5中的至少一种。
优选地,所述荧光淬灭基团为BHQ1、TAMRA、BBQ-650、BHQ2和BHQ3中的至少一种。
优选地,所述野生型探针的5’端标记有Cy5,所述突变型探针的5’端标记有TexasRed。
优选地,所述野生型探针和突变型探针的3’端标记有BHQ2。
本发明的第二个方面,提供一种试剂盒,包含本发明第一个方面的试剂。
优选地,所述试剂盒还包含Taq酶、dNTPs、Mg2+和缓冲液中的至少一种。
优选地,所述试剂盒用于检测cyp2c19*17基因单核苷酸多态性。
本发明的第三个方面,提供一种检测系统,包含本发明第一个方面的试剂和第二个方面的试剂盒中的至少一种、以及荧光定量PCR仪。
优选地,所述检测系统用于检测cyp2c19*17基因单核苷酸多态性。
本发明的第四个方面,提供第一个方面的试剂、第二个方面的试剂盒、和/或第三个方面的检测系统在(1)~(2)中任一种中的应用;
(1)制备检测cyp2c19*17基因单核苷酸多态性的产品中的应用;
(2)非疾病诊断治疗目的的cyp2c19*17基因单核苷酸多态性检测。
本发明的第五个方面,提供一种非疾病治疗诊断目的的检测cyp2c19*17基因单核苷酸多态性的方法,包括采用本发明第一个方面的试剂、本发明第二个方面的试剂盒、和/或本发明第三个方面的检测系统的步骤。
优选地,所述方法包括如下步骤:
(1)样本提取:取待测样本,提取基因组;
(2)将步骤(1)的基因组与Taq酶、dNTPs、Mg2+、缓冲液、上述用于扩增cyp2c19*17基因的引物对和检测cyp2c19*17基因的探针混合,进行qPCR反应检测,读取检测信号。
优选地,步骤(2)中所述qPCR反应程序为:50℃5min;94℃30s;94℃5s,60℃30s,循环40~50次。
本发明的有益效果是:
本发明提供了一种检测cyp2c19*17基因单核苷酸多态性的试剂,包含:检测cyp2c19*17基因的探针和/或用于扩增cyp2c19*17基因的引物对;通过对上下游引物序列及探针序列进行相应优化,特异性增强;其中,检测cyp2c19*17基因的探针中的1个或多个位置的碱基被锁核酸修饰,锁核酸2’-O,4’-C位通过不同的缩水作用构成的亚甲基桥形成了刚性的缩合结构,增加了核酸磷酸骨架的局部结构的稳定性;并且锁核酸作为一种新的修饰后核酸,具有与DNA/RNA强大的杂交亲和力、反义活性、抗核酸酶能力、水溶性好和体内无毒性等特点;同时,锁核酸修饰的核酸应用于荧光定量PCR(qPCR)探针检测时,可有效提高检测反应退火温度并同时缩短检测所需探针的长度,即可以有效提高探针与DNA模板结合特异性,并且较普通探针具有灵敏度更高,特异性更强等优势;同时,具有较强的抗干扰能力。
本发明提供的非疾病诊断治疗目的的检测cyp2c19*17基因单核苷酸多态性的方法,采用本发明提供的检测cyp2c19*17基因的探针和用于扩增cyp2c19*17基因的引物对,可检测低至1拷贝的样品。
附图说明
图1是实施例1中cyp2c19*17基因的候选引物对扩增产物的电泳图。
图2是实施例3中cyp2c19*17纯合野生型样本检测结果图。
图3是实施例3中cyp2c19*17纯合突变型样本检测结果图。
图4是实施例3中cyp2c19*17杂合突变型样本检测结果图。
图5是实施例3中cyp2c19*17基因引物/探针组合的灵敏度检测结果图。
图6是实施例3中cyp2c19*17基因引物/普通探针组合的灵敏度检测结果图。
图7是实施例3中cyp2c19*17基因引物/探针组合抗富马酸比索洛尔片干扰检测结果图。
图8是实施例3中cyp2c19*17基因引物/探针组合抗艾司奥美拉唑镁肠溶片干扰检测结果图。
图9是实施例3中cyp2c19*17基因引物/探针组合抗硫酸氢氯吡格雷片干扰检测结果图。
图10是实施例3中cyp2c19*17基因引物/探针组合抗人白蛋白干扰检测结果图。
图11是实施例3中cyp2c19*17基因引物/探针组合抗血红蛋白干扰检测结果图。
图12是实施例3中cyp2c19*17基因引物/探针组合抗胆红素干扰检测结果图。
图13是实施例3中cyp2c19*17基因引物/探针组合抗肝素钠干扰检测结果图。
具体实施方式
以下通过具体的实施例对本发明的内容作进一步详细的说明。
本实施例中所使用的材料、试剂等,如无特别说明,为从商业途径得到的试剂和材料。
术语解释:
(1)Taqman探针:Taqman探针是一种寡核苷酸探针,其5’-末端携带荧光基团,如FAM、TET、VIC、HEX等,3’-端携带淬灭基团,如TAMRA、BHQ等。PCR扩增时在加入一对引物的同时加入一个特异性的荧光探针,探针完整时,报告基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收;PCR扩增时,Taq酶的5’-3’外切酶活性将探针酶切降解,使报告荧光基团和淬灭荧光基团分离,从而荧光监测系统可接收到荧光信号,即每扩增一条DNA链,就有一个荧光分子形成,实现了荧光信号的累积与PCR产物形成完全同步。
(2)锁核酸:锁核酸(Locked Nucleic Acid,LNA)是一种新型、特殊的双环状寡核苷酸衍生物。其结构中核酸的2’-O,4’-C位通过不同的缩水作用形成的亚甲基桥形成了刚性的缩合结构,增加了核酸磷酸骨架的局部结构的稳定性。
(3)cyp2c19基因:CYP2C19药物代谢酶的编码基因为cyp2c19基因,位于人类10号染色体。cyp2c19基因含有42个等位基因,cyp2c19*1为野生型等位基因,其编码的酶具有正常活性。cyp2c19*2(rs4244285,c.681G>A)和cyp2c19*3(rs4986893,c.636G>A)编码的CYP2C19药物代谢酶活性降低,是中国人群中存在的2种主要的等位基因,发生频率分别为23.1-35%及2-7%。cyp2c19*17(rs12248560,c.806C>T)编码的CYP2C19酶活性增强,在中国人群的发生频率约为0.5%~4%。cyp2c19基因的遗传变异导致CYP2C19药物代谢酶活性的个体差异,使人群出现超快代谢者(UM)、快代谢者(EM)、中间代谢者(IM)和慢代谢者(PM)4种表型。因此,在针对药物使用时,患者或出现由于药物代谢紊乱导致的副作用增强或药效不足等情况,无法获得正常治疗效果。
(4)单核苷酸多态性:单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种,占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在,平均每300个碱基对中就有1个,估计其总数可达300万个甚至更多。SNP是一种二态的标记,由单个碱基的转换或颠换所引起,也可由碱基的插入或缺失所致。SNP既可能在基因序列内,也可能在基因以外的非编码序列上。
(5)荧光定量PCR:实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qPCR)是一种在DNA扩增反应中,以荧光化学物质测每次聚合酶链式反应(PCR)循环后产物总量的方法。通过内参或者外参法对待测样品中的特定DNA序列进行定量分析的方法。qPCR在PCR扩增过程中,通过荧光信号,对PCR进程进行实时检测。由于在PCR扩增的指数时期,模板的Ct值和该模板的起始拷贝数存在线性关系,所以成为定量的依据。
本实施例中采用的cyp2c19*17纯合野生型样品、cyp2c19*17纯合突变型样品委托由生工生物工程(上海)股份有限公司进行全序列合成构建;本实施例中采用的cyp2c19*17杂合突变型样品由cyp2c19*17纯合野生型样品和cyp2c19*17纯合突变型样品按1:1混合得到。
实施例1cyp2c19*17基因引物对的设计与筛选
(1)cyp2c19*17基因引物对的设计
设计6对候选引物(cyp2c19*17基因的候选引物对为No.1~6,具体如表1所示)。设计原则一般为:引物序列与模板序列紧密互补,且上下游引物之间不会形成稳定的二聚体或发夹结构;同时,引物不会引发错配反应。
表1cyp2c19*17基因的候选引物对信息
(2)筛选引物
采用Thermo Fisher PowerUpTMSYBRTMGreen Master Mix及上述6对候选引物对对DNA样品(cyp2c19*17纯合野生型样品)进行qPCR,qPCR反应体系如下:2×PowerUp SYBRGreen Master Mix 10μL,正向引物(10μM)0.4μL,反向引物(10μM)0.4μL,DNA样品(1×109拷贝/μL)2μL,ddH2O 7.2μL;qPCR反应程序如下:酶激活50℃3min;预变性95℃2min;变性95℃15s,退火延伸64.5℃30s,循环40次;得到扩增产物。得到的扩增产物进行核酸电泳检测,结果如图1所示:候选引物对NO.1、NO.2、NO.3扩增效果较佳。结合qPCR扩增曲线荧光值高度分析(具体如表2所示),候选引物对NO.2扩增效果最佳。
表2候选引物对NO.1、NO.2、NO.3qPCR扩增曲线荧光值
引物 | 荧光值 |
NO.1 | 530RFU |
NO.2 | 850RFU |
NO.3 | 610RFU |
实施例2 cyp2c19*17基因探针的设计与筛选
(1)探针设计
cyp2c19*17基因探针包括野生型探针和突变型探针。设计4对cyp2c19*17基因探针,分别为19bp、19bp、21bp、21bp的四种探针,具体如表3所示。
表3 cyp2c19*17基因的候选探针对信息
(2)筛选探针
不同cyp2c19*17探针检测效果:采用Takara Probe qPCR Mix,with UNG试剂盒、候选引物对NO.2以及候选探针对NO.1~4分别检测DNA样品(cyp2c19*17纯合野生型样品、cyp2c19*17纯合突变型样品和cyp2c19*17杂合突变型样品),qPCR体系如下:反应混合液(Takara Probe qPCR Mix,with UNG(2×))10μL,正向引物(10μM)0.4μL,反向引物(10μM)0.4μL,探针(10μM)各0.4μL,DNA样品(1×109拷贝/μL)2μL,ddH2O 6.4μL;反应程序如下:UDG酶激活25℃10min预变性95℃30s,变性95℃5s,退火延伸64.5℃30s(荧光采集),循环40次。结果如表4所示;除候选探针对NO.4外,候选探针对NO.1、2、3均存在不同程度的非特异性结合,可见,在LNA修饰下,候选探针对NO.4特异性最优。
表4 cyp2c19*17基因的候选探针检测结果
注:“+”表示存在非特异性结合荧光信号,“-”表示不存在非特异性结合荧光信号。
实施例3 cyp2c19*17基因引物/探针组合检测效果
(1)cyp2c19*17纯合野生型样品检测
采用Takara Probe qPCR Mix,with UNG试剂盒、候选引物对NO.2以及候选探针对NO.4分别检测DNA样品(其中,阳性样品为cyp2c19*17纯合野生型样品,阴性对照为cyp2c19*17质粒空载体(pET-28a(+)),空白对照为无菌ddH2O),qPCR体系如下:反应混合液(Takara Probe qPCR Mix,with UNG(2×))10μL,正向引物(10μM)0.4μL,反向引物(10μM)0.4μL,野生型探针(10μM)0.4μL,突变型探针(10μM)0.4μL,DNA样品(1×109拷贝/μL)2μL,ddH2O 6.4μL;反应程序如下:UDG酶激活25℃10min预变性95℃30s,变性95℃5s,退火延伸64.5℃30s(荧光采集),循环40次。结果如图2所示:当待测样品为纯合野生型(即未突变)时,仅有野生型探针于qPCR反应中出现相应荧光信号;同时突变型探针不会出现荧光信号,即认为突变型探针与纯合野生型模板不发生非特异性扩增反应(阴性对照与空白对照均无荧光信号,因此,未提供图片)。
(2)cyp2c19*17纯合突变型样品检测
采用Takara Probe qPCR Mix,with UNG试剂盒、候选引物对NO.2以及候选探针对NO.4分别检测DNA样品(其中,阳性样品为cyp2c19*17纯合突变型样品,阴性对照为cyp2c19*17质粒空载体(pET-28a(+)),空白对照为无菌ddH2O),qPCR体系如下:反应混合液(Takara Probe qPCR Mix,with UNG(2×))10μL,正向引物(10μM)0.4μL,反向引物(10μM)0.4μL,野生型探针(10μM)0.4μL,突变型探针(10μM)0.4μL,DNA样品(1×109拷贝/μL)2μL,ddH2O 6.4μL;反应程序如下:UDG酶激活25℃10min预变性95℃30s,变性95℃5s,退火延伸64.5℃30s(荧光采集),循环40次。结果如图3所示:当待测样品为纯合突变型时,仅有突变型探针于qPCR反应中出现相应荧光信号;同时野生型探针不会出现荧光信号,即认为野生型探针与纯合突变型模板不发生非特异性扩增反应(阴性对照与空白对照均无荧光信号,因此,未提供图片)。
(3)cyp2c19*17杂合突变型样品检测
采用Takara Probe qPCR Mix,with UNG试剂盒、候选引物对NO.2以及候选探针对NO.4分别检测DNA样品(其中,阳性样品为cyp2c19*17纯合突变型样品,阴性对照为cyp2c19*17质粒空载体(pET-28a(+)),空白对照为无菌ddH2O),qPCR体系如下:反应混合液(Takara Probe qPCR Mix,with UNG(2×))10μL,正向引物(10μM)0.4μL,反向引物(10μM)0.4μL,野生型探针(10μM)0.4μL,突变型探针(10μM)0.4μL,DNA样品(1×109拷贝/μL)2μL,ddH2O 6.4μL;反应程序如下:UDG酶激活25℃10min预变性95℃30s,变性95℃5s,退火延伸64.5℃30s(荧光采集),循环40次。结果如图4所示:当待测样品为杂合突变型时,野生型探针与突变型探针于qPCR反应中均出现相应荧光信号(阴性对照与空白对照均无荧光信号,因此,未提供图片)。
(4)cyp2c19*17基因引物/探针组合检测灵敏度
用候选引物对NO.2以及候选探针对NO.4、或普通探针对(与候选探针对NO.4相比,区别仅在于未进行锁核酸修饰)分别检测不同浓度的DNA样品(cyp2c19*17纯合野生型样品)。qPCR体系如下:反应混合液(Takara Probe qPCR Mix,with UNG(2×))10μL,正向引物(10μM)0.4μL,反向引物(10μM)0.4μL,野生型探针(10μM)0.4μL,突变型探针(10μM)0.4μL,DNA样品(106/105/104/103/100/10/1拷贝/μL)2μL,ddH2O 6.4μL;反应程序如下:UDG酶激活25℃10min预变性95℃30s,变性95℃5s,退火延伸64.5℃30s(荧光采集),循环50次。结果如图5、6所示:在反应体系相同,DNA样品为1拷贝/μL时仅有候选探针对NO.4出现荧光,即候选探针对NO.4灵敏度可达到1拷贝/μL;而普通探针对在DNA样品为100、10、1拷贝/μL时检测结果无效/未出现荧光,可见,在LNA修饰下,候选探针对NO.4较普通探针检测灵敏度提高约100倍。
(5)cyp2c19*17基因引物/探针组合的抗干扰能力
依据CYP2C19药物代谢酶代谢的部分常用联用药物作为外源性干扰物,即富马酸比索洛尔片、艾司奥美拉唑镁肠溶片与硫酸氢氯吡格雷片;以及人体血液中常见物质,如人白蛋白、血红蛋白以及胆红素作为内源性干扰物;另将采血管中常用抗凝剂肝素钠作为其它干扰物。于各说明书中查询得到准确浓度后,将各组分分别溶解于0.9% NaCl溶液后按表5中的浓度分别添加到DNA样品中制备含不同干扰物的DNA样品(各组分的终浓度详见表5)。
在本实施例中,样品DNA使用cyp2c19*17纯合野生型样品,候选引物对NO.2以及候选探针对NO.4、或普通探针对(与候选探针对NO.4相比,区别仅在于未进行锁核酸修饰)分别进行qPCR检测。qPCR体系如下:反应混合液(Takara Probe qPCR Mix,with UNG(2×))10μL,正向引物(10μM)0.4μL,反向引物(10μM)0.4μL,,野生型探针(10μM)0.4μL,突变型探针(10μM)0.4μL,含干扰物的DNA样品(1×105拷贝/μL)2μL,ddH2O 6.4μL;反应程序如下:UDG酶激活25℃10min预变性95℃30s,变性95℃5s,退火延伸64.5℃30s(荧光采集),循环50次。结果如图7~13所示:候选探针对NO.4在相同反应体系下荧光值、特异性以及曲线形态均优于普通探针对,具体表现为①普通探针对结果中荧光曲线高度仅约为400RFU,较修饰探针组荧光曲线高度有较大削弱;②普通探针对结果中荧光曲线ct值为25,较修饰探针组荧光曲线ct值有一定程度上提高;③普通探针对结果中荧光曲线为双曲线,较修饰探针组出现较强非特异性扩增。综合上述结果分析,未修饰的普通探针在灵敏度,特异性以及整体反应强度均出现不同程度的减弱,表明候选探针对NO.4抗干扰能力优于普通探针对。
表5干扰物添加浓度
上述实施例为本发明较佳的实施方式,但本发明的实施方式并不受上述实施例的限制,其他的任何未背离本发明的精神实质与原理下所作的改变、修饰、替代、组合、简化,均应为等效的置换方式,都包含在本发明的保护范围之内。
Claims (10)
1.一种试剂,包含:检测cyp2c19*17基因的探针和/或用于扩增cyp2c19*17基因的引物对;
所述检测cyp2c19*17基因的探针包括野生型探针和突变型探针;
所述野生型探针的序列如SEQ ID NO.19所示;
所述突变型探针的序列如SEQ ID NO.20所示;
所述野生型探针中的1个或多个位置的碱基被锁核酸修饰;
所述突变型探针中的1个或多个位置的碱基被锁核酸修饰;
所述用于扩增cyp2c19*17基因的引物对选自a)~f)中任意一组:
a)所述引物对的序列如SEQ ID NO.1、2所示;
b)所述引物对的序列如SEQ ID NO.3、4所示;
c)所述引物对的序列如SEQ ID NO.5、6所示;
d)所述引物对的序列如SEQ ID NO.7、8所示;
e)所述引物对的序列如SEQ ID NO.9、10所示;
f)所述引物对的序列如SEQ ID NO.11、12所示。
2.根据权利要求1所述的试剂,其特征在于:
所述用于扩增cyp2c19*17基因的引物对选自a)~c)中任意一组;
优选地,所述用于扩增cyp2c19*17基因的引物对为b);
优选地,所述野生型探针的5’端起第3位和第13位中的至少一个碱基被锁核酸修饰;进一步优选地,所述野生型探针的5’端起第3位和第13位的碱基被锁核酸修饰;
优选地,所述突变型探针的5’端起第3位和第13位中的至少一个碱基被锁核酸修饰;进一步优选地,所述突变型探针的5’端起第3位和第13位的碱基被锁核酸修饰。
3.根据权利要求1或2所述的试剂,其特征在于:
所述野生型探针和突变型探针的两端分别标记有荧光报告基团、和荧光淬灭基团;
优选地,所述野生型探针和突变型探针的5’端标记有荧光报告基团,3’端标记有荧光淬灭基团;
优选地,所述野生型探针的5’端标记的荧光报告基团不同于突变型探针的5’端标记的荧光报告基团。
4.根据权利要求3所述的试剂,其特征在于:
所述荧光报告基团为Texas Red、FAM、HEX、VIC、ROX和Cy5中的至少一种;
优选地,所述荧光淬灭基团为BHQ1、TAMRA、BBQ-650、BHQ2和BHQ3中的至少一种。
5.一种试剂盒,其特征在于:包含权利要求1~4中任一项所述的试剂。
6.根据权利要求5所述的试剂盒,其特征在于:所述试剂盒还包含Taq酶、dNTPs、Mg2+和缓冲液中的至少一种。
7.一种检测系统,包含权利要求1~4中任一项所述的试剂和权利要求5~6中任一项所述的试剂盒中的至少一种、以及荧光定量PCR仪。
8.权利要求1~4中任一项所述的试剂、权利要求5~6中任一项所述的试剂盒、和/或权利要求7所述的检测系统在(1)~(2)中任一种中的应用;
(1)制备检测cyp2c19*17基因单核苷酸多态性的产品中的应用;
(2)非疾病诊断治疗目的的cyp2c19*17基因单核苷酸多态性检测。
9.一种非疾病治疗诊断目的的检测cyp2c19*17基因单核苷酸多态性的方法,包括采用权利要求1~4中任一项所述的试剂、权利要求5~6中任一项所述的试剂盒、权利要求7所述的检测系统的步骤。
10.根据权利要求9所述的方法,其特征在于:
所述方法包括如下步骤:
(1)样本提取:取待测样本,提取基因组;
(2)将步骤(1)的基因组与Taq酶、dNTPs、Mg2+、缓冲液、权利要求1~4中任一项中所述的用于扩增cyp2c19*17基因的引物对和检测cyp2c19*17基因的探针混合,进行qPCR反应检测,读取检测信号。
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