CN117248064A - 辣椒果实果形基因CaFS1及与其连锁的KASP分子标记及其引物、获得方法和应用 - Google Patents

辣椒果实果形基因CaFS1及与其连锁的KASP分子标记及其引物、获得方法和应用 Download PDF

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Abstract

本发明属于辣椒种植技术领域，公开了一种辣椒果实果形基因CaFS1，与该基因连锁的KASP分子标记及相应的引物，该KASP分子标记为辣椒10号染色体上第14853470个碱基处的单核苷酸多态性，此处发生了碱基C到T的替换。还公开了利用全基因组关联分析和混池分离分析群体定位的方法获得与辣椒果实果形紧密连锁的染色体区域，并在候选区间内开发分子标记确定候选基因CaFS1，根据候选基因的碱基突变筛选到一个KASP分子标记，利用该标记对F2群体90个随机抽样的单株进行基因型鉴定，符合率达到100％。该结果不仅有助于辣椒果实果形鉴别及辅助育种，且为果形基因的图位克隆及解析辣椒果形变化的分子机理奠定了基础。

Description

辣椒果实果形基因CaFS1及与其连锁的KASP分子标记及其引 物、获得方法和应用
技术领域
本发明属于辣椒育种和分子生物学领域，更具体地涉及一种辣椒果形基因CaFS1，及与该基因紧密相关的SNP分子标记及引物(KASP)，同时还涉及它们在预测辣椒果形变化及分子辅助育种中的应用。
背景技术
辣椒(Capsicum annuum L.)为茄科辣椒属，是中国最重要的蔬菜作物之一。果实是辣椒最主要的经济产出品，因其营养丰富，产业链长，经济附加值高，已成为我国的重要作物。果实形状是作物栽培驯化选择过程中最主要的选择性状之一，辣椒野生种果实极小，但在驯化和改良过程中现代栽培辣椒的果实逐渐变大，且演变出丰富多样的形状。对于以鲜果为食用器官的辣椒等蔬菜作物，果实形状更是重要的商品性状，因为果实的形状和大小不仅影响农作物的产量和质量，还影响着消费者的消费偏好、包装需求和市场价值。目前果实形状仍是中国育种家在辣椒育种方案上非常关注的重要性状。
辣椒果形性状由数量性状位点(quantitative trait locus，QTL)调控，是分子标记辅助育种(MAS)的主要靶标。虽然辣椒存在基因组大、遗传连锁图谱分子标记饱和度低，QTL基因挖掘费时费力问题，但辣椒基因组信息的完善及分子标记技术的发展极大地促进了QTL克隆及功能分析。研究者通过自然群体或杂交群体已经鉴定到许多辣椒果实相关QTLs位点。比如，鉴定到16个SNP位点与果重关联，其中7个SNP位于已知果重基因上，如STYLOSA、FASCIATED、WUSCHEL和CLAVATA1等。在果肉厚度方面，鉴定到的Qpt.iivr-2.1，Qpt.iivr-3.1、ftd2.1等QTLs位点，并发现QTL NloLG25.1与子房数相关。而在lcn1.1处鉴定到控制辣椒心室相关基因CaBRX，沉默CaBRX可以显著减少心室数量，并且影响了花和心室相关基因的表达。fs3.1和fs10.12被发现是果长最强主效QTLs，分别能够解释67％和44％的遗传效应。尽管辣椒果实性状研究虽然已经发现了一些有关的基因QTL，但这些调控因子的作用模式仍然知之甚少，对于它们的应用依旧是局限和低效的。
因此，探究辣椒重要农艺性状如果形的关键基因或QTL功能，并开发果形相关的分子标记，对于辣椒分子育种技术体系的建立有着重要的推动意义。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是，克服以上背景技术中提到的不足和缺陷，提供一种与辣椒果形基因CaFS1连锁的SNP分子标记(KASP标记)。为辣椒果实果形的筛选，鉴定和辅助筛选辣椒长圆果实，以及辣椒果实果形的育种等提供新的途径。
为解决上述技术问题，本发明提出的技术方案为：
第一方面，本发明提供一种与辣椒果实果形基因CaFS1连锁的KASP分子标记，以辣椒zunla-1的基因为参考基因，在为辣椒10号染色体上第14853470个碱基处的单核苷酸多态性，此处发生了碱基C到T的替换。
上述的与辣椒果实果形基因CaFS1连锁的KASP分子标记，优选的，其核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示。
第二方面，本发明提供一种鉴定所述KASP分子标记的引物，包括：
正向引物1：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTGTTTTAACAGAAACTGGTGTTTTC；
正向引物2：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTTGTTTTAACAGAAACTGGTGTTTTT；
反向引物：AAAAAGTGCTAACAGGACATCACG。
两个正向引物分别连接不同的荧光接头序列，正向引物1中与FAM荧光匹配的接头序列为GAAGGTGACCAAGTTCATGCT，正向引物2中与HEX荧光匹配的接头序列为GAAGGTCGGAGTCAACGGATT。
第三方面，本发明提供一种所述KASP分子标记的筛选方法，包括以下步骤：
(1)对辣椒材料进行的重测序，根据重测序结果对辣椒果形性状行进行了全基因组关联分析，在此基础上利用辣椒长果的高代自交系为父本，辣椒圆果的高代自交系为母本，杂交构建F2群体；
(2)对所述F2群体进行果形表型鉴定，采用混池分离分析群体定位法分别获得长果混池和圆果混池，并进行RNA-seq测序，对测序结果进行生物信息学分析后获得与辣椒果实果形连锁的染色体候选区域；
(3)对所述染色体候选区域中的单碱基的替换/插入/缺失开发分子标记技术缩小候选区间，最终获得与果形基因CaFS1紧密连锁的KASP分子标记。
第四方面，本发明提供一种所述KASP分子标记或所述的引物在鉴定辣椒长果和圆果类型或分子辅助育种中的应用。有利于辣椒果实果形基因的快速鉴定和选育，且为克隆控制果形的主效基因，为研究果实果形变化的调控机制奠定基础。
上述的应用，优选的，其应用的方法如下：
S1：提取辣椒待测样品DNA作为模板；
S2：加入所述的引物进行PCR扩增；
S3：利用KASP试剂进行分型，读取分型结果，蓝色为圆果显性FAM，绿色为长果隐性HEX，红色为中间型果实杂合Heterozygote。
优选的，使用定量PCR设备进行PARMS PCR扩增；荧光基团和对应荧光淬灭基团距离较近时，荧光基团发出的荧光，会被淬灭基团吸收，发射出更长波长的荧光，或者放出热量。此时在此荧光对应的波长内检测不到该基团荧光信号。一旦二者分离，则荧光信号可被检测到。PARMS采用了FRET原理来检测FAM以及HEX荧光引物的扩增信号，对应的等位基因发生扩增时，将出现对应的荧光信号。
优选的，PCR扩增程序为：Preincubation 94℃900S；94℃20S，78℃10S，TD 62℃，0Cyc-＞57(-0℃)，10个循环；94℃20S，57℃60S，35个循环；Cooling 37℃30S。
第五方面，本发明提供一种辣椒果实果形基因CaFS1，其编码区的CDS核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。
第六方面，本发明提供一种辣椒果实果形基因CaFS1在调控辣椒或番茄果形中的应用。
上述的应用，优选的，在辣椒中沉默CaFS1基因，培育短小果形的辣椒品种。
优选的，在番茄过表达CaFS1基因，培育长果番茄品种。
与现有技术相比，本发明的有益效果为：
1、本发明筛选到一个KASP分子标记可以直接用于辣椒果实果形的鉴定，进而依赖该分子标记进行辅助育种，能够有效的解决常规育种周期长，易受到环境影响的问题，在辣椒果实果形育种实践及果形变化和调控机制研究上均具有重要意义；利用该标记对F2群体90个随机抽样的单株进行基因型鉴定，符合率达到100％，该结果不仅有助于辣椒果实果形鉴别及辅助育种，且为果形基因的图位克隆及解析辣椒果形变化的分子机理奠定了基础。
2、通过早期利用该分子标记可以快速筛选到满意的植株，有效的减小了种植规模，减少了后期鉴定的工作量，提高了选择的效率和准确性，对研究果实颜色的形成机制具有重大的意义。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图是本发明的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。
图1为前期全基因组关联分析(GWAS)；
图2为亲本、F1及跑标记的90株单株表型；
图3为KASP148标记在F2群体中进行基因分型的部分结果；
图4为D40长果中TRV病毒介导的CaFS1基因沉默的鉴定，其中，(A)pTRV2-CK:TRV空载体侵染的辣椒植株表型，pTRV2-CaPDS:TRV-PDS侵染的的辣椒植株表型，pTRV-CaFS1：TRV-CaFS1侵染D40植株的表型；(B)TRV诱导D40的CaFS1基因沉默的实时荧光定量PCR检测；(C)TRV病毒介导的CaFS1基因沉默株系果实表型；
图5为CaFS1的OE品系鉴定和表型观察。(A)转化植株的PCR阳性检测，M代表DL2000marker，B代表空白对照，N代表阴性对照，P代表阳性对照；(B)CaFS1 OE品系的番茄果实形状表型。
具体实施方式
为了便于理解本发明，下文将结合说明书附图和较佳的实施例对本发明做更全面、细致地描述，但本发明的保护范围并不限于以下具体实施例。
除非另有定义，下文中所使用的所有专业术语与本领域技术人员通常理解含义相同。本文中所使用的专业术语只是为了描述具体实施例的目的，并不是旨在限制本发明的保护范围。
除非另有特别说明，本发明中用到的各种原材料、试剂、仪器和设备等均可通过市场购买得到或者可通过现有方法制备得到。
实施例：
本发明利用2份高度纯合的材料构建了F2群体。利用全基因组关联分析(GWAS)和混池分离分析(BSA)群体定位的方法获得与辣椒果实果形(长圆果)紧密连锁的染色体区域，并在候选区间内开发分子标记确定候选基因CaFS1，核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。根据候选基因的碱基突变筛选到一个KASP分子标记可以直接用于辣椒果实果形的鉴定，进而依赖该分子标记进行辅助育种，能够有效的解决常规育种周期长，易受到环境影响的问题。通过早期利用该分子标记可以快速筛选到满意的植株，有效的减小了种植规模，减少了后期鉴定的工作量，提高了选择的效率和准确性。
辣椒长圆果果形基因CaFS1连锁的分子标记KASP分子标记的获得方法如下：
1、遗传群体的构建
本发明前期对383份辣椒材料进行了10X重测序，根据重测序结果对辣椒果形性状行进行了全基因组关联分析(GWAS)，发现在10号染色体上有一个很强烈的GWAS信号，见图1。随后，选择两个高代纯合自交系辣椒材料长果“D40”和圆果“D39”为亲本，构建F1、F2群体，通过调查群体目标性状，对辣椒果形性状进行遗传分析。
2、果形的表型鉴定
对F1和F2中各单株的表型进行鉴定，采收各单株青熟期“四门斗”上三个果实，采用数码相机拍照，使用数显式游标卡尺测量果实长度和宽度，完成果实果形性状的表型鉴定。
3、果形QTL分析
种植F2分离群体，选取最长和最圆的20个单株，分别提取叶片DNA，样品DNA经质检合格后等量混合构建圆果池与长果池DNA，利用Illumina测序平台进行2个混池(测序深度为30x)和2个亲本(测序深度为10x)的全基因组重测序。将两个混合池通过DNA-seq测序得到的reads比对到辣椒zunla-1参考基因(http://peppersequence.genomics.cn)，以bwa进行mapping，samtools进行SNPcalling，并计算SNP-Index。将两个极端混池的SNP-Index相减得到Δ(SNP-Index)，通过滑动窗口的方法计算染色体上各个区域的Δ(SNP-Index)。
4、果形主效QTL的精细定位
通过步骤3获得控制果实果形QTL的染色体区域。为了进一步缩小控制果实果形基因的候选区域，分析QTL区段内的DNA序列变异，筛选出精细定位区间中符合的SNPs位点，开发KASP标记对F2群体的单株进行基因分型，确定交换单株。筛选标准主要包括：(1)碱基变化由C到T或G到A；(2)突变池中SNP-index＝0.9-1。分析这些SNPs是否会引起其所在基因的结构变化，如提前终止、氨基酸变化等。通过KASP基因分型技术缩小候选区间后，结合遗传连锁图谱，成功将候选基因定位到10号染色体0.7Mb的区间内。
5、长圆果果形连锁的分子标记的开发
分析精细定位区间内基因的注释信息，找到功能相关的基因。提取亲本圆果和长果不同组织的总RNA，并反转录成cDNA，利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)测定精细定位区间中的所有基因在两个亲本中的表达量，筛选基因表达特征相关的基因。综合以上信息，选择连接钙信号通路和基因表达调控的IQ-DOMAIN1作为候选基因，并将其命名为CaFS1，CaFS1编码区的CDS核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，进一步克隆了该基因的序列。通过测序发现该基因存在4个碱基的变异，有两个位点的变异在BSA测序注释中同样被测序到，对两个标记进行KASP标记引物设计，发现它们都能很好的区分亲本圆果，长果以及F1，最终选择分型效果最好的一个标记KASP148对F2群体中随机的90个单株进行基因分型。标记KASP148为辣椒10号染色体上第14853470个碱基处的单核苷酸多态性，此处发生了碱基C到T的替换，该标记KASP148的核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示，SEQ ID NO：2中第201个碱基发生C到T的替换。
SEQ ID NO：1：
ATGGGTTCTGATTGGCTTAAAAATGTAATCAGTTTGAGAAAAGCAAAAGATGGCAGTTCGAAAAGAATAAAGGGAACTTCTATTGGACGCAAGGGGGATGCCCACTCTCAGAAAGAGCCTTCAAGAAGAAGTGGTGCTTCTGTCAAAAAGCACAGAGAAATGGGAGTTCTTTCTGAGGATAACGCAGCCATAAGGATTCAGACAGCTTTCCGTGCATATATGGCAAGAAAAACTTTGCGTCGCTTAAAAGGAATATCAAGGTTACATTCCATGACACAACGCCCTTCTGTGAGAAAACAGGCTTCGACAACCTTGAGTGCTCTTCATTCATGGAACAGGATACAATCTGATATTAGAGCTCGCCGTGTTCGTATGGTCATAGAGGGACGTCTTAAGCAGAAGAAGCTGGAGAATCAACTGAAGCTAGAGGCAAAGCTTCATAACTTTGAGGCAGAGTGGAATGGTGGCCCTGAAACAATGGAAGTTGTTCTATCAAGGATACATCAGAGAGAAGCAGCAGCAGTGAAGCGGGAACGAACTATGGCAATCATCATCGCTCGGAATATTTTGTCACAGTGGAGAGCCAATTCCAACCCAATAGTCGGATCAAGTAACCATGAATTAGGCAAAGCTCATTGGGGCTGGAGCTGGACAGATCGCTGGATCGCTGCACGGCCATGGGAAAGTCGAATTCCTGTTCAATCAAGTCCAAAAAGTGCTAACAGGACATCACGGAAAACTCCTACGAGTAATAAAACTCAAACAACGAAAACACCAGTTTCTGTTAAAACAACTTCAGCCAATTGGAAACGTGCTATGAAGCCTAGAAAGCTATCATACGAAGCAGCAGATAAACTAACTGCACAGAAAGGAATCAACAAAGTTGAGACAAGCATTGACAAACAGGAAGCGGTATCTTAA。
SEQ ID NO：2：GTAGAAACACATCTAAGGTTGAACATATTACCTTCTTTCAGTTGCTTTTAAGATACCGCTTCCTGTTTGTCAATGCTTGTCTCAACTTTGTTGATTCCTTTCTGTGCAGTTAGTTTATCTGCTGCTTCGTATGATAGCTTTCTAGGCTTCATAGCACGTTTCCAATTGGCTGAAGTTGTTTTAACAGAAACTGGTGTTTTCGTTGTTTGAGTTTTATTACTCGTAGGAGTTTTCCGTGATGTCCTGTTAGCACTTTTTGGACTTGATTGAACAGGAATTCGACTTTCCCATGGCCGTGCAGCGATCCAGCGATCTGTCCAGCTCCAGCCCCAATGAGCTTTGCCTAATTCATGGTTACTTGATCCGACTATTGGGTTGGAATTGGCTCTCCACTGTGACAA。
6、长圆果果形连锁的分子标记的应用
(1)CTAB法提取F2群体中的90个单株DNA
a.在CTAB提取液中添加二硫苏糖醇(DTT，0.2％)；
b.2.0ml离心管中加入离心管盖大小新鲜叶片2片；液氮充分研磨成粉末，加入800-900μLCTAB缓冲液，混匀；
c.65℃水浴30min-1h，期间轻慢颠倒摇动1-3次，水浴后4℃或室温冷却至15℃以下；
d.加入500氯仿/异戊醇(24:1)，上下混匀2-5min，保证样品与氯仿充分混合；
e.12,000rpm离心10min。取上清液500μL，加入预先加好500μL异丙醇的1.5ml离心管中，轻轻上下颠倒混匀；4℃或-20℃冰箱静止30min以上；
f.12,000rpm离心10-20min，弃上清夜；75％酒精500ul洗涤沉淀，12,000rpm离心5min，弃上清；
g.超净风干DNA，让酒精挥发干净；加入100μL的纯水(含终浓度为1％RNase)溶解DNA；
h.37℃水浴或室温1h去除RNA；取DNA进行电泳检测。鉴定条带完整后，使用微量分光光度计测定DNA浓度，260/280和260/230的比值要求大于1.8，稀释DNA至100ng，放置-20℃备用。
(2)KASP148标记分型F2群体单株
a.KASP引物试剂一般是由3条引物组成，其中2条是等位基因特异性的正向引物；1条是通用的反向引物；2条等位基因特异性的正向引物仅3’端碱基不同，分别对应不同的等位基因。等位基因特异性正向引物通过竞争型PCR反应，会产生不同的荧光信号。与FAM荧光匹配的接头序列为GAAGGTGACCAAGTTCATGCT，与HEX荧光匹配的接头序列为GAAGGTCGGAGTCAACGGATT；
KASP148引物设计出自SNPWay(http://www.snpway.com/)：
148-5F：5’-GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTGTTTTAACAGAAACTGGTGTTTTC-3’(如SEQ IDNO：3所示)；
148-5R：5’-GAAGGTCGGAGTCAACGGATTTGTTTTAACAGAAACTGGTGTTTTT-3’(如SEQ IDNO：4所示)；
148-5C：5’-AAAAAGTGCTAACAGGACATCACG-3’(如SEQ ID NO：5所示)；
b.KASP148引物合成来自擎科生物(PAGE纯化)；
c.分型体系见下表1：
表1：分型体系
成分 加入量 终浓度
2×PARMS 5ul 1X
引物F(10uM) 0.15ul 150nM
引物R(10uM) 0.15ul 150nM
引物C(10uM) 0.4ul 400nM
DNA模板 10-100ng 10-100ng
超纯水 补水至10ul -
扩增程序：
Preincubation 94℃900s；94℃20s，78℃10s，TD 62℃，0Cyc-＞57(-0℃)，10个循环；94℃20s，57℃60s，35个循环；Cooling 37℃30s。
(3)分型结果
利用KASP148标记对F2群体单株果实果形进行表型鉴定，KASP148标记在D40与D39构建的F2群体中90个单株果实果形及基因型见表2。亲本、F1及跑标记的90株单株表型见图2，部分F2单株鉴定结果如图3所示，基因型鉴定结果与表型鉴定结果100％一致。
表2：KASP148标记在D40与D39构建的F2群体中90个单株果实果形及基因型
7、VIGS验证CaFS1调控长果“D40”果形
为了初步了解CaFS1对于辣椒果形是否有影响，通过VIGS进一步评估CaFS1的功能。
使用CaFS1的CDS全长在茄科VIGS网页(https://vigs.solgenomics.net/)上获取最有效的沉默区域，根据引物特异性设计原则，利用Geneious Prime软件设计了CaFS1的沉默片段引物进行沉默目的片段扩增并回收产物。
pTRV2载体用EcoRI和BamHI双酶切处理并回收，将目的片段的纯化产物与TRV2载体重组，并将重组产物转入大肠杆菌DH5α，涂Kan抗性的板子，挑选单克隆进行PCR鉴定和TRV2通用引物测序验证。
提取鉴定正确的病毒重组子质粒DNA转化农杆菌菌株GV3101，获得含有重组载体的农杆菌，通过目的基因特异性引物对农杆菌单克隆进行PCR鉴定，制备侵染液(10mMMgCl2，10mM MES，200uM AS)并利用叶片注射侵染法侵染植株，以空载体和报告基因(phytoene desaturase，PDS)为对照。
辣椒植株接种菌液后在黑暗中放置24h，然后将接种后的植物转移到具有16h光照(200umol/m2/s，22±2℃)/8h黑暗(20±2℃)光周期和70％相对湿度的人工气候培养箱中培养三周左右。病毒接种三周左右，我们以阳性对照植株叶片出现光漂白现象作为接种有效的信号。使用TRV病毒检测引物对PTRV2-CaFS1新生叶片进行PCR检测从而获得阳性株系，阳性植株的沉默效率则通过实时荧光定量PCR进行评估。
最后，对阳性株系进行相关性状的表型观察。
结果发现与对照相比，沉默CaFS1的株系果实果形发生明显变化，表现为植株的长果出现变短变小的现象(4)。
8、过表达CaFS1引起番茄果实变长
为了进一步研究CaFS1在番茄果形发育中的影响，我们构建了CaFS1高表达株系。
根据CaFS1的CDS设计全长序列引物并加酶切接头，从亲本扩增得到目的片段后进行产物纯化。过表达载体Gate8用XhoI和XbaI双酶切处理并回收，同源重组后重组产物转化大肠杆菌，涂spec抗性平板。挑选重组克隆子进行摇菌，利用通用引物35SF和Gate8R对菌落进行PCR验证阳性克隆，然后测序验证转农杆菌。
通过种子萌发、子叶预培养、农杆菌介导的遗传转化、筛选培养及分化、抗性芽生根等过程获得转化的再生植株。随后，对CaFS1过表达株系剪取遗传转化后的再生植株叶片，采用CTAB法抽提DNA。利用筛选标记基因特异性引物进行PCR检测确定阳性植株，再通过实时荧光定量对阳性植株进行过表达效率评估和表型观察。选择CaFS1表达量显著且果形变化明显的株系繁殖到T3代进行表型观察。
结果表明在圆果番茄中过表达辣椒CaFS1会让果实变长，说明CaFS1对果实果形起到调控作用(图5)。

Claims (10)

1.一种与辣椒果实果形基因CaFS1连锁的KASP分子标记，其特征在于，以辣椒zunla-1的基因为参考基因，在辣椒10号染色体上第14853470个碱基处的单核苷酸多态性，此处发生了碱基C到T的替换。
2.根据权利要求1所述的与辣椒果实果形基因CaFS1连锁的KASP分子标记，其特征在于，其核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示。
3.一种鉴定如权利要求1或2所述KASP分子标记的引物，其特征在于，包括：
正向引物1：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTGTTTTAACAGAAACTGGTGTTTTC；
正向引物2：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTTGTTTTAACAGAAACTGGTGTTTTT；
反向引物：AAAAAGTGCTAACAGGACATCACG。
4.一种如权利要求1或2所述KASP分子标记的筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：
(1)对辣椒材料进行的重测序，根据重测序结果对辣椒果形性状行进行了全基因组关联分析，在此基础上利用辣椒长果的高代自交系为父本，辣椒圆果的高代自交系为母本，杂交构建F2群体；
(2)对所述F2群体进行果形表型鉴定，采用混池分离分析群体定位法分别获得长果混池和圆果混池，并进行RNA-seq测序，对测序结果进行生物信息学分析后获得与辣椒果实果形连锁的染色体候选区域；
(3)对所述染色体候选区域中的单碱基的替换/插入/缺失开发分子标记技术缩小候选区间，最终获得与果形基因紧密连锁的KASP分子标记。
5.一种如权利要求1或2所述KASP分子标记或权利要求3所述的引物在鉴定辣椒长果和圆果类型或分子辅助育种中的应用。
6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，其应用的方法如下：
S1：提取辣椒待测样品DNA作为模板；
S2：加入如权利要求3所述的引物进行PCR扩增；
S3：利用KASP试剂进行分型，读取分型结果，蓝色为圆果显性FAM，绿色为长果隐性HEX，红色为中间型果实杂合Heterozygote。
7.一种辣椒果实果形基因CaFS1，其特征在于，其编码区的CDS核苷酸序列如SEQ IDNO：1所示。
8.一种辣椒果实果形基因CaFS1在调控辣椒或番茄果形中的应用。
9.根据权利要求8所述的应用，其特征在于，在辣椒中沉默CaFS1基因，培育短小果形的辣椒品种。
10.根据权利要求8所述的应用，其特征在于，在番茄过表达CaFS1基因，培育长果番茄品种。
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