CN116970711A - 与大口黑鲈“优鲈3号”快速生长相关的snp分子标记、检测引物及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种与大口黑鲈“优鲈3号”快速生长相关的SNP分子标记、检测引物及其应用。所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，该序列的第134位碱基处的M为C或A的等位基因突变。当该片段第134位碱基为C时，表明大口黑鲈“优鲈3号”具有更快的生长速度。根据本发明提供的SNP分子标记、检测引物、试剂盒和方法，能够快速准确的筛选出快速生长的大口黑鲈“优鲈3号”个体，为大口黑鲈优质种苗的筛选提供了新的标记资源。
Description
技术领域
本发明属于水产动物分子标记辅助育种领域，具体涉及一种与大口黑鲈“优鲈3号”快速生长相关的SNP分子标记、检测引物及其应用。
背景技术
大口黑鲈(Micropterus salmoides)，是我国重要的淡水养殖品种。其具有生长快、肉质鲜美以及无肌间刺等特点，收到广大消费者喜爱。2021年我国大口黑鲈养殖年产量超过70万吨，淡水养殖品种占比逐年上升。大口黑鲈“优鲈3号”是2019年全国水产原种和良种审定委员会审定通过的品种，是以“优鲈1号”和从美国引进的北方亚种为基础选育种群，经4代选育获得，具有生长快、易驯食的优点。然而目前苗种质量参差不齐，难以鉴别具有优良性状的苗种，限制了大口黑鲈“优鲈3号”的推广应用。
序列扩增多态性是一种基于简单PCR的分子标记技术，能快速有效的辨别个体基因型差异。通过揭示控制表型的基因片段及其分子标记，可以快速定向选育出目标种质。SNP(Single Nucleotide Polymorphism)是指基因组上单核苷酸的多态性，是目前应用最广、最新的分子标记。目前在鱼类中，关于生长、抗病等相关的SNP分子标记有较多报道，而这些SNP位点较少应用在分子标记的辅助育种。
发明内容
本发明旨在提供一种与大口黑鲈“优鲈3号”快速生长相关的SNP分子标记、检测引物、分子功能及其应用。
本发明的第一个目的是提供与大口黑鲈“优鲈3号”快速生长相关的SNP分子标记，所述的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述的SNP分子标记为：SEQ IDNO.1所示序列的第301碱基位置的M为C或A的等位基因突变。
所述的分子标记克隆自登录号为NW_024044681.1的染色体，通过GWAS分析获得与大口黑鲈“优鲈3号”快速生长相关的SNP分子标记，其序列如SEQ ID NO.1所示，在第134位碱基处存在一个C/A的等位基因突变，导致SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列产生多态性。
优选地，第134碱基位置的C/C基因型个体在相同的养殖条件下生长速度显著的高于A/A基因型个体。
本发明的第二个目的是提供一种用于鉴定大口黑鲈“优鲈3号”快速生长相关的SNP分子标记的检测引物对，其包括：
g.F：5’-CTCCGCTCTAAAGTCCTG-3’；
g.R：5’-GCAGTGGAGCGTGGATTA-3’。
本发明的第三个目的是提供一种用于鉴定大口黑鲈“优鲈3号”快速生长个体的快速检测试剂盒，其包括上述的SNP分子标记的检测引物对。
本发明的第四个目的是提供上述的的SNP分子标记、上述的SNP分子标记的检测引物对或上述的试剂盒在大口黑鲈“优鲈3号”选育中的应用。
本发明的第五个目的是提供上述的的SNP分子标记、上述的SNP分子标记的检测引物对或上述的试剂盒在筛选大口黑鲈“优鲈3号”快速生长个体中的应用。
本发明的第六个目的是提供一种大口黑鲈“优鲈3号”快速生长个体的筛选方法，其包括如下步骤：提取待测大口黑鲈“优鲈3号”的基因组DNA；以基因组DNA为模板，用上述的SNP分子标记的检测引物对进行PCR扩增；测序；根据测序结果确定SNP分子标记的基因型并筛选出快速生长个体。
优选地，所述的根据测序结果确定SNP分子标记的基因型并筛选出快速生长个体为：第134碱基位置的C/C基因型个体在相同的养殖条件下生长速度显著的高于A/A基因型个体。
优选地，所述的待测大口黑鲈“优鲈3号”为养殖1.5个月以上的大口黑鲈“优鲈3号”。
优选地，所述的PCR扩增，其反应程序为：95℃预变性4分钟，95℃变性30秒、52℃-57℃退火20秒、72℃延伸1分钟、循环35次，最后72℃延伸10分钟。
本发明的优点：
快速生长是大口黑鲈“优鲈3号”的重要经济性状，在大口黑鲈“优鲈3号”良种选育工作中，可利用本发明的SNP分子标记和方法对后备亲本群体进行筛选，及早排除生长缓慢的大口黑鲈“优鲈3号”亲本个体，将有助于快速增强大口黑鲈“优鲈3号”子代的生长速度。根据本发明提供的方法，有利于快速提升大口黑鲈“优鲈3号”子代的生长速度，缩短优良大口黑鲈品系的选育周期，具有较大的潜在应用价值。
本发明公开的大口黑鲈“优鲈3号”SNP分子标记、检测引物、分子功能及其应用方法，是目前已知的常规知识或方法无法预测的，本发明的SNP分子标记可用于检测大口黑鲈“优鲈3号”种苗的生长性状。根据本发明提供的方法，可筛选生长更迅速的个体作为后备亲本，实现短时间、低成本、高准确性地鉴定大口黑鲈“优鲈3号”生长性状。
本发明发现的SNP位点与大口黑鲈“优鲈3号”的生长性状显著相关，为大口黑鲈“优鲈3号”优质苗种的选育以及鉴定提供了新的分子标记资源。
附图说明
图1是大口黑鲈“优鲈3号”相同的养殖条件下养殖1.5月后，不同基因型个体的体重、体长统计结果，“***”表示显著性检验P<0.001。
具体实施方式
以下实施例是对本发明的进一步说明，而不是对本发明的限制。
实施例1：
用于分析的大口黑鲈“优鲈3号”群体为半同胞家系，家系来自佛山市三水白金水产种苗有限公司，鱼苗破卵4天后开始养殖。采用常规养殖方法在相同的条件下养殖1.5个月后，随机选取84尾个体进行体重、体长测量，剪取尾鳍后按照天根海洋动物组织基因组提取试剂盒(TIANGEN，天根生化科技有限公司)提取大口黑鲈“优鲈3号”基因组DNA。利用本发明公开的检测引物(F：5’-CTCCGCTCTAAAGTCCTG-3’；R：5’-GCAGTGGAGCGTGGATTA-3’)，对84尾大口黑鲈“优鲈3号”个体的SNP位点进行PCR检测，反应体系和反应程序如表1。
表1PCR反应体系和反应程序表
对PCR产物进行测序，SNP分子标记的序列如SEQ ID NO.1所示，经个体基因型的统计，发现：
第134碱基位置的C/C基因型个体在相同的养殖条件下生长速度显著的高于A/A基因型个体(图1，表1)；
表1大口黑鲈“优鲈3号”SNP位点与生长性状的关联分析
注：表中数值为平均值±标准误差，同一列不同上标字母表示差异显著(P<0.001)
SEQ ID NO.1
CGGAGGATCCACAGATGATGTTTCACCAATCACAGATCAGCACCAGTTTATGTCACCTCCACTTGGTTCAGACGTGATTCATACTGAATAAAATCAGTTAGCTGGAAACAGAAGTTTGATATGATTTTAACTTMAGCACCTTTTATGTGGACGTCCTGTCAGTGTCAACGGTGAACGCTTCCATGTACCAGCATGCATTGCGTGTGGGCTTCTGACGCCACCAGGTGGACCACTACAGCTCTGAGCAAGCTAGCTGCTGGGTGTTAATCCACGCTCCACTGCA
SEQ ID NO.2
CTCCGCTCTAAAGTCCTG
SEQ ID NO.3
GCAGTGGAGCGTGGATTA。
Claims (10)
1.与大口黑鲈“优鲈3号”快速生长相关的SNP分子标记，其特征在于，所述的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述的SNP分子标记为：SEQ ID NO.1所示序列的第301碱基位置的M为C或A的等位基因突变。
2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，第134碱基位置的C/C基因型个体在相同的养殖条件下生长速度显著的高于A/A基因型个体。
3.一种用于鉴定大口黑鲈“优鲈3号”快速生长相关的SNP分子标记的检测引物对，其特征在于，包括：
g.F：5’-CTCCGCTCTAAAGTCCTG-3’；
g.R：5’-GCAGTGGAGCGTGGATTA-3’。
4.一种用于鉴定大口黑鲈“优鲈3号”快速生长个体的快速检测试剂盒，其特征在于，包括权利要求3所述的SNP分子标记的检测引物对。
5.权利要求1所述的SNP分子标记、权利要求3所述的SNP分子标记的检测引物对或权利要求4所述的试剂盒在大口黑鲈“优鲈3号”选育中的应用。
6.权利要求1所述的SNP分子标记、权利要求3所述的SNP分子标记的检测引物对或权利要求4所述的试剂盒在筛选大口黑鲈“优鲈3号”快速生长个体中的应用。
7.一种大口黑鲈“优鲈3号”快速生长个体的筛选方法，其特征在于，包括如下步骤：提取待测大口黑鲈“优鲈3号”的基因组DNA；以基因组DNA为模板，用权利要求3所述的SNP分子标记的检测引物对进行PCR扩增；测序；根据测序结果确定SNP分子标记的基因型并筛选出快速生长个体。
8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述的根据测序结果确定SNP分子标记的基因型并筛选出快速生长个体为：第134碱基位置的C/C基因型个体在相同的养殖条件下生长速度显著的高于A/A基因型个体。
9.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述的待测大口黑鲈“优鲈3号”为养殖1.5个月以上的大口黑鲈“优鲈3号”。
10.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述的PCR扩增，其反应程序为：95℃预变性4分钟，95℃变性30秒、52℃-57℃退火20秒、72℃延伸1分钟、循环35次，最后72℃延伸10分钟。
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