CN116287176A - 一种基因satb2突变位点的应用及其诊断试剂 - Google Patents

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Abstract

本发明提供了一种基因SATB2突变位点的应用及其诊断试剂，属于基因诊断技术领域。本发明首次证实SATB2基因突变位点:NM_001172509.2:exon8:c.1174‑2A>G可以导致Glass综合征发病，因此，本发明提供的所述SATB2基因突变位点在制备Glass综合征诊断试剂或制备防治Glass综合征的药物中的应用。针对所述突变位点的检测试剂可用于快速、有效地预测或诊断Glass综合征，为Glass综合征的发病机制研究奠定了重要基础，为Glass综合征患者的治疗提供全新的理论依据，也可以为治疗Glass综合征提供可能的药物靶。

Description

一种基因SATB2突变位点的应用及其诊断试剂
技术领域
本发明属于基因诊断技术领域，具体涉及一种基因SATB2突变位点的应用及其诊断试剂。
背景技术
Glass综合征(Glass syndrome)(MIM 612313)是一种较为罕见的常染色体显性遗传病，这个名称是由Glass等人在1989年报导了一个在染色体2q32、2q33.1上存在细胞遗传学可见缺失的病人之后提出的，又被称为2q32-q33缺失综合征、2q33.1微缺失综合征或SATB2相关综合征。该病是一种多系统疾病，是一种严重的神经发育损害(仅限于语言缺失、行为问题和颅面异常)。迄今为止，所描述的所有个体都有明显的发育迟缓/智力残疾，伴有严重的言语障碍。受累个体在婴儿期常有张力减退和进食困难。行为问题可能包括自闭症特征、多动症和攻击性。颅面异常可能包括腭的异常(腭裂、高腭穹和悬雍垂裂)、小颌畸形和上中切牙形状或大小异常。不常见的特征包括骨骼异常(骨量减少，胸廓畸形，脊柱后凸，前凸和侧凸)，生长受限，斜视/屈光不正，先天性心脏病，泌尿生殖系统异常和癫痫。
SATB2(MIM 608148)基因变异是该病的主要致病因素。SATB2基因是定位于染色体2q33.1，包括11个外显子和10个内含子，基因长195.6kb，编码733个氨基酸的SATB2蛋白，该蛋白是一种转录结合蛋白，参与神经元进化和成骨细胞分化，在颅面、骨骼和大脑的发育过程中发挥关键作用。SATB2基因蛋白主要在结肠和直肠的上皮细胞中，其次是大脑中的皮质-皮质投射神经元表达，皮质投射神经元占据皮质的表层，可将轴突延伸至中线形成胼胝体，当SATB2基因突变时，轴突不能正常延伸到胼胝体，出现胼胝体发育不良，导致患者出现认知缺陷及智力障碍；也可通过招募其他转录因子，直接或间接地调控相关基因的表达致病。
目前国外已经报道了多种SATB2基因突变类型，包括单核苷酸变异和小的插入/缺失，还包括大片段缺失、重复、平衡易位等导致的SATB2基因错义突变、无义突变、移码突变、剪切位点突变、易位突变等等。因此，基因突变是导致疾病发生发展的重要遗传基础，基因诊断是确诊Glass综合征的重要遗传学标准。针对不同突变建立相应的检测技术是全面诊断Glass综合征的必要手段。
发明内容
有鉴于此，本发明的目的在于提供一种新型的SATB2基因突变位点c.1174-2A>G在制备Glass综合征诊断试剂或制备防治Glass综合征的药物中的应用。
本发明的目的还在于提供一种用于Glass综合征基因诊断的试剂，可准确检测突变位点的基因型，为诊断个体是否患有Glass综合征提供有效工具。
本发明提供了一种SATB2基因突变位点c.1174-2A>G在制备Glass综合征诊断试剂或制备防治Glass综合征的药物中的应用。
本发明提供了一种用于Glass综合征基因诊断的试剂，所述试剂是扩增SATB2基因突变位点1174-2A>G的引物，包括核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示的SATB2-F和核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示的SATB2-R。
优选的，所述试剂包括测序引物，所述测序引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示的SATB2-Seq1和核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示的SATB2-Seq2。
优选的，所述试剂还包括PCR扩增试剂。
本发明提供了所述的试剂在制备Glass综合征诊断试剂盒中的应用。
优选的，利用所述诊断试剂盒检测样本中基因突变位点的基因型来诊断个体是否患有Glass综合征，所述基因突变位点是SATB21174-2A>G，当检测结果为SATB2为AG杂合基因型时，诊断个体患有Glass综合征。
优选的，所述样本为血液。
本发明提供了一种Glass综合征诊断试剂盒，所述诊断试剂盒包括所述的试剂。
本发明提供一种SATB2基因突变位点c.1174-2A>G在制备Glass综合征诊断试剂或制备防治Glass综合征的药物中的应用。本发明首次SATB2:NM_001172509.2:exon8:c.1174-2A>G位点突变可以导致Glass综合征发病。因此所述突变位点作为分子标记物用于诊断Glass综合征。一方面，通过检测受试者是否携带有上述突变，用于遗传学上Glass综合征的筛查或诊断，以指导治疗。特别地，本发明所提供的诊断试剂盒可用于快速、有效地预测或诊断Glass综合征。另一方面，本发明为Glass综合征的发病机制研究奠定了重要基础，为Glass综合征患者的治疗提供全新的理论依据。第三方面，本发明可以为治疗Glass综合征提供可能的药物靶点。
本发明还提供了相应的诊断试剂盒，助力Glass综合征基因突变的筛查和诊断，并为其药物筛选、药效评价及靶向治疗提供新的技术支持。
附图说明
图1为Glass综合征1号家系遗传图谱；其中，□表示男性正常个体，○表示女性正常个体，■表示男性患者，↗表示先证者。
图2显示利用Sanger测序检测1号家系
SATB2:NM_001172509.2:exon8:c.1174-2A
>G位点基因型的结果图，1号家系中先证者为患者(测序图中箭头所指为突变发生位置)；
图3显示Glass综合征2号家系遗传图谱；其中，□表示男性正常个体，○表示女性正常个体，●表示女性患者，↗表示先证者；
图4显示利用试剂盒检测2号家系，SATB2:NM_001172509.2:exon8:c.1174-2A>G位点基因型的结果图，2号家系中先证者为患者(测序图中箭头所指为突变发生位置)。
具体实施方式
本发明提供了一种SATB2基因突变位点c.1174-2A>G在制备Glass综合征诊断试剂或制备防治Glass综合征的药物中的应用。
在本发明中，所述SATB2基因的突变体核苷酸序列如SEQ ID NO:6(CATTTAATCGGGGATTGTT)所示，基因全长序列可参考NM_001172509.2。SATB2基因突变位点c.1174-2A>G位于第7个内含子和第8个外显子的交界处，即处于剪切位点，具体是在第8个外显子上游的第二个碱基由腺嘌呤变成了鸟嘌呤，破坏了剪切位点的序列，影响SATB2转录后的正常剪切。在SATB2家系正常个体中基因型是无突变的野生型。
本发明提供了一种用于Glass综合征基因诊断的试剂，所述试剂是扩增SATB2基因突变位点1174-2A>G的引物，包括核苷酸序列如SEQ ID NO:1(AAGTGCCTACCTTGCTA)所示的SATB2-F和核苷酸序列如SEQ ID NO:2(TGAAACCCCATCCCTAC)所示的SATB2-R。所述试剂优选包括测序引物，所述测序引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO:3(TTCATATCGGAGAACCCTAA)所示的SATB2-Seq1和核苷酸序列如SEQ ID NO:4(ATGTTTCCAAGACAAAGAGTG)所示的SATB2-Seq2。所述试剂优选还包括PCR扩增试剂。所述PCR扩增试剂包括但不限于dNTP、PCR缓冲液、镁离子和Tap聚合酶。
本发明提供了所述的试剂在制备Glass综合征诊断试剂盒中的应用。
在本发明中，所述诊断方法优选利用所述诊断试剂盒检测样本中基因突变位点的基因型来诊断个体是否患有Glass综合征，所述基因突变位点是SATB21174-2A>G，当检测结果为SATB2为AG杂合基因型时，诊断个体患有Glass综合征。所述样本优选为血液。所述诊断试剂盒检测样本中基因突变位点的基因型的方法优选提取样本的基因组DNA，利用扩增引物进行PCR扩增，PCR产物经过DNA测序，根据测序结果看1174位碱基存在AG多态性，说明基因型为“AG杂合基因型”，若仅为AA，说明基因突变位点未突变，属于野生型。
本发明提供了一种Glass综合征诊断试剂盒，所述诊断试剂盒包括所述的试剂。
除非另有说明，否则本文中使用的科学和技术名词具有本领域技术人员所通常理解的含义。并且，本文中所用的分子遗传学、核酸化学和分子生物学相关术语和实验室操作步骤均为相应领域内的广泛使用的术语和常规步骤。同时，为了更好地理解本发明，下面提供相关术语的定义和解释。
文中术语“诊断”包括疾病风险的预测、疾病发病与否的诊断、还包括对疾病预后的评估。
文中术语“突变”是指野生型的多核苷酸序列发生改变，成为变异体，变异体可以是天然发生的或非天然发生的。
在本发明中，“引物”指用于在PCR反应中扩增靶标核酸的多核苷酸片段，其通常为寡核苷酸，例如含有至少5个碱基，例如5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25个或者更多个碱基的多核苷酸片段。引物不必与待扩增的目的基因或其互补链完全互补，只要其能够特异性扩增目的基因。如本文中所使用的，
术语“特异性扩增”是指引物能够通过PCR反应扩增目的基因，而不扩增其他基因。例如，特异性扩增SATB2基因是指，在PCR反应中引物只扩增SATB2基因，而不扩增其他基因。
下面结合实施例对本发明提供的一种基因SATB2突变位点的应用及其诊断试剂进行详细的说明，但是不能把它们理解为对本发明保护范围的限定。
实施例1
样本获取
发明人发现了一个Glass综合征家系(简称SATB2家系)，该SATB2家系部分成员的临床信息见表1。图1显示了SATB2家系图谱，其中，□表示男性正常个体，○表示女性正常个体，■表示男性患者，↗表示先证者。
1.诊断标准：
可参照《人类单基因遗传疾病》2010年版：
一些常见的特征可以用首字母缩略词SATB2来描述：严重的语言异常(Severespeech anomalies)；腭部异常(Abnormalities of the palate)；牙齿异常(Teethanomalies)；行为问题(伴有或不伴有骨骼或大脑异常)(Behavioral issues with orwithout bone or brain anomalies)；2岁前发病。
Glass综合征尚无正式的临床诊断标准。当个体具有以下主要特征时须高度怀疑该病，并通过SATB2基因检测来明确诊断：
1)在受影响的个体中有显著的神经发育障碍：
①婴儿肌张力减退和喂养困难(相对常见)；
②随后出现发育迟缓和严重的言语迟缓(包括部分患者失语)；
2)行为问题：自闭症倾向、多动症和攻击性；
3.颚部异常：腭裂、悬雍垂裂和高腭穹；
4)牙齿异常。
该病的诊断建立于先证者发现以下遗传学变异之一：致病性的SATB2基因变异杂合子，2q33.1区域(包括SATB2基因)的非复发性杂合缺失，SATB2的基因内缺失或重复，或在2q33.1断点的染色体易位导致SATB2基因紊乱等。
表1 Glass综合征家系成员的临床信息
Figure BDA0003743023620000061
如图1所示，编号采用Ⅰ(第一代)、Ⅱ(第二代)。
家系人员Ⅰ1(父亲)、Ⅰ2(母亲)、Ⅱ1(先证者)外周血DNA用于测序分析。
实施例2
外显子测序
1.仪器设备如表2所示。
表2仪器设备一览表
Figure BDA0003743023620000062
Figure BDA0003743023620000071
2.试剂耗材
人类全外显子测序试剂盒(Agilent)、DNA 1000试剂盒(Agilent)、96孔板(Axygen)、不同型号枪头(Axygen)、200μL离心管(Eppendorf)、1.5mL离心管(Eppendorf)、毛细管电泳缓冲液(Thermo)、测序标准物(Thermo)、无水乙醇(Thermo)、BigDyeTerminator V3.1(Thermo)、外周血gDNA提取试剂盒(TIANGEN)、琼脂糖(TIANGEN)、EB染液(Amresco)。
3.试剂配方
5×TBE电泳液贮存液按照表3配制。
表3 5×TBE电泳液配方
试剂 体积/重量
Tris 5.4g
硼酸 750mg
EDTA(pH8.0，0.5mol/L) 2mL
ddH2O 90mL
用ddH2O将最终体积调整为100mL。
0.5×TBE电泳液工作液，用ddH2O稀释10倍即可。
10×红细胞裂解液按照表4配制。
表4 10×红细胞裂解液配方
Figure BDA0003743023620000072
Figure BDA0003743023620000081
高压灭菌，4℃保存。
1×细胞核裂解液按照表5配制。
表5 1×细胞核裂解液配方
试剂 体积/重量
2MTris-HCl,pH8.2 0.5mL
4MNaCl 10mL
2mMEDTA 0.4mL
4.实验步骤
签署知情同意书后，采集家系中Ⅰ1(父亲)、Ⅰ2(母亲)、Ⅱ1(先证者)等成员的外周血3-5mL。
4.1样本DNA提取
1)如为肝素抗凝外周血样本，则将外周血3-5mL装入15mL离心管中，加2～3倍体积的1×红细胞裂解液，混匀，冰上静置30分钟，直至溶液变透明。
2)4℃，3000转/分钟离心10分钟，小心去上清液。沉淀中加1mL 1×细胞核裂解液，混匀，再加2mL 1×细胞核裂解液和150μL 20％SDS，摇匀，至出现粘稠透明状。加10μL20mg/mL蛋白酶K，摇匀。37℃消化6小时以上或过夜。
3)加等体积饱和酚，轻摇混匀，室温3000转/分钟离心10分钟。
4)小心移上清至另一离心管，加等体积酚/氯仿(1:1v/v)混匀，室温3000转/分钟离心10分钟。
5)小心移上清，若上清不清亮透明，则用等体积氯仿再抽提一次。
6)将上清移入另一离心管中，加二倍体积无水乙醇，摇匀，见白色絮状DNA。用火焰灭菌的玻璃钩针将DNA钩出，70％乙醇洗二次，室温干燥5分钟，再将DNA溶于200μL 1×TE中，转鼓溶解过夜。紫外测OD值。
7)TE溶解的DNA，在4℃下可保存一年，如要求长期保存，则需加2倍体积无水乙醇置-70℃保存。
4.2外显子测序
1)取2μg DNA，机械打断，使片段大小在200bp左右，切胶回收150-250bp片段；
2)DNA片段做末端修复和3’末端加A；
3)连接测序接头，对连接产物进行纯化，再行PCR扩增，扩增产物纯化；
4)Agilent试剂盒探针加入纯化后的扩增产物进行杂交捕获，杂交产物经洗脱回收后做PCR扩增，再行最终产物回收，取小样行琼脂糖凝胶电泳进行质控分析；
5)NextSeq500测序仪测序和数据分析。
4.3结果
最终得到1个具有致病意义的基因突变SATB2:NM_001172509.2:exon8:c.1174-2A>G；该突变位于第7个内含子和第8个外显子的交界处，即处于剪切位点，具体是在第8个外显子上游的第二个碱基由腺嘌呤变成了鸟嘌呤，破坏了剪切位点的序列，影响SATB2转录后的正常剪切。在家系患者个体中SATB2:NM_001172509.2:exon8:c.1174-2A>G位点的基因型是“c.1174-2A>G杂合子”突变，在SATB2家系正常个体中基因型是无突变的野生型。
实施例3
Sanger测序验证
对于外显子组测序结果进一步利用Sanger测序法，对SATB2:NM_001172509.2:exon8:c.1174-2A>G位点进行验证。分别对实施例1中的Ⅰ1、Ⅰ2、Ⅱ1等家系人员和100名家系外正常人进行SATB2:NM_001172509.2:exon8:c.1174-2A>G位点基因型检测。
具体方法步骤如下：
1、DNA提取
按照实施例1的方法提基因组DNA。
2、候选引物设计、验证及优选
2.1引物设计参考人类基因组序列数据库hg19/build36.3，引物序列由上海生工生物技术公司合成。
2.2针对c.1174-2A>G位点分别设计17对候选引物(见表6)，并利用PCR实验来验证和评价各对候选引物的优劣情况
表6各对候选引物基本情况和验证实验结果一览表
Figure BDA0003743023620000101
Figure BDA0003743023620000111
Figure BDA0003743023620000121
注：正常PCR扩增结果电泳后只有一条特异性条带，若出现引物二聚体条带、非特异产物条带均是引物异常反应的结果；目标引物尽可能避免这类情况。另外参考如下原则来综合评价和选择最优引物对：
①引物长度为15-30nt，常用为20nt左右；
②G+C含量以40-60％为宜，G+C太少扩增效果不佳，G+C过多易出现非特异条带。ATGC最好随机分布；
③避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列参照；
④引物内部不应出现互补序列；
⑤两个引物之间不应存在互补序列，尤其是避免3`端的互补重叠；
⑥引物与非特异扩增区的序列的同源性不要超过70％，引物3`末端连续8个碱基在待扩增区以外不能有完全互补序列，否则易导致非特异性扩增；
2.3候选引物PCR验证反应
按照表7中的反应体系进行PCR并保持反应体系在冰上；每对引物设置8个反应测试管(表7中序号1至8)。
表7引物检测PCR反应体系
Figure BDA0003743023620000131
/>
Figure BDA0003743023620000141
反应条件：将上述测试反应管放入PCR仪，执行以下反应程序：
第一步：95℃，5分钟；
第二步：30个循环(95℃，30秒→Tm，30秒→72℃，60秒)；(根据表6中各引物Tm值设置PCR扩增参数，如为双引物则取Tm平均值)。
第三步：72℃，7分钟；
第四步：4℃直至取样时。
2.4候选引物PCR结果进行琼脂糖凝胶电泳检测，以评估引物反应的有效性、特异性：
1)用胶带将洗净干燥的凝胶成样器两端封好，置于一水平台面上，在成样器的一端约1cm处放置梳子。
2)称量2g琼脂粉末于一锥形瓶中，加入100mL 0.5×TBE电泳缓冲液，摇匀后置微波炉或电炉上(加石棉网)加热，沸腾后取出摇匀，再加热，直至凝胶完全熔解，取出室温冷却。
3)待凝胶冷却至50℃左右，倒入封好的凝胶成样器，使厚度在5mm左右。
4)凝胶凝固拆除胶带，将凝胶与成样器一起放入电泳槽中。
5)加入电泳缓冲液，使液面高于胶面1-2mm，向上拔出梳子；用微量移液器将样品和DNA大小标准品分别与载样液混匀后，加入各加样孔内，由于载样液中蔗糖比重较大，DNA沉入孔底。
6)盖上电泳槽，接通电源，调至适当电压，开始电泳。根据载样液中溴酚蓝的指示，判断样品的大概位置，决定是否终止电泳。
7)切断电源，取出凝胶，放入0.5g/ml的EB水溶液中染色10-15分钟。
8)将凝胶放到透射式紫外照射仪下观察结果，波长254nm，并用加红色滤色片的相机照相或用凝胶扫描系统记录电泳结果。
2.5结果评价：
1)如果7号管仅出现一条明亮清晰目的条带，无其它条带，则判断该对引物和发应体系有效性好和特异性强；
2)如果7号管没有出现目的条带，则判断该对引物和反应体系无效；
3)如果7号管出现目的条带外的引物引物二聚体带，并在2、3、4、5、6号部分管中也同样出现引物二聚体带，则判断该对引物和反应体系有效性差；
4)如果7号管出现目的条带外的非特异性带，并在5、6号部分管中也同样出现非特异性带，则判断该对引物和反应体系特异性差；
5)如果7号管出现目的条带外的引物二聚体和非特异性带，并在2、3、4、5、6号部分管中也同样出现引物二聚体和非特异性带，则判断该对引物和反应体系有效性和特异性差。
2.6根据表6验证测试后统计的结果，选择其中最优一对(表6中1号对引物)作为突变家系检测用引物，引物序列如下所示：针对SATB2:NM_001172509.2:exon8:c.1174-2A>G位点的扩增引物序列如下所示：
5’-AAGTGCCTACCTTGCTA-3’(SEQ ID NO：1)
5’-TGAAACCCCATCCCTAC-3’(SEQ ID NO：2)3、1号家系人员和100名家系外人员突变位点PCR扩增
按照表8中的反应体系进行PCR并保持反应体系在冰上。
表8突变位点PCR反应体系
试剂 体积
10×PCR缓冲液 2.0μL
10mmol/L dNTPs 0.4μL
100ng/μL SATB2-F 0.5μL
100ng/μL SATB2-R 0.5μL
100ng/μL外周血抽提DNA 1.0μL
5U/μL Taq酶 0.2μL
ddH2O 15.4μL
反应条件：将反应体系放入PCR仪，执行以下反应程序：
第一步：95℃，5分钟；
第二步：30个循环(95℃，30秒→48℃，30秒→72℃，60秒)；
第三步：72℃，7分钟；
第四步：4℃直至取样时。
4、琼脂糖凝胶电泳检测
参照上述2.4步骤。
5、PCR产物酶解法纯化：5μL PCR产物中分别加入0.5μL核酸外切酶I(Exo I)，1μL碱性磷酸酶(AIP)，37℃消化15分钟，85℃使酶失活15分钟。
6、BigDye反应
BigDye反应体系见表9。
表9 BigDye反应体系
试剂 用量
PCR产物纯化后DNA 2.0μL
3.2pmol/μL测序引物 1.0μL
BigDye 0.5μL
5×BigDye测序缓冲液 2.0μL
ddH2O 4.5μL
测序PCR循环条件：
第一步：96℃，1分钟；
第二步：33个循环(96℃，30秒→55℃，15秒→60℃，4分钟)；
第三步：4℃直至取样时。
7、BigDye反应产物纯化：
1)每管加入1μL 125mM EDTA(pH值8.0)，加到管底，再加入1μL 3mol/L NaAc(pH值5.2)；
2)加入70μL 70％酒精，震荡混匀4次，室温放置15分钟；
3)3000g，4℃离心30分钟；马上倒置96孔板，185g离心1分钟；
4)室温放置5分钟，让残余的酒精在室温挥发干，加入10μL Hi-Di甲酰胺溶解DNA，96℃变性4分钟，迅速置冰上4分钟，上机测序。
8、测序
将纯化后的BigDye反应产物进行DNA测序，测序引物则在上述PCR优选引物的基础上设计巢式引物(第二组引物是在第一组引物扩增得到的产物序列范围内设计的)作为测序引物，引物序列如下所示：
5’-TTCATATCGGAGAACCCTAA-3’(SEQ ID NO：3)
5’-ATGTTTCCAAGACAAAGAGTG-3’(SEQ ID NO：4)
9、结果分析
图2的Sanger测序结果显示，家系1名患者SATB2:NM_001172509.2:exon8:c.1174-2A>G位点基因型是“c.1174-2A>G杂合子”。图2测序图中箭头所指位置显示C层Glass综合征患者SATB2:NM_001172509.2:exon8:c.1174-2A>G位点基因型是“c.1174-2A>G杂合子”突变。
实施例4
SATB2基因c.1174-2A>G突变诊断试剂盒
1、试剂盒组成：
1)扩增引物：如实施例3所示
2)缓冲液
3)Taq酶
4)dNTPs
5)SATB2:c.1174-2A>G阳性突变参考品DNA该参考品为一段双链DNA，具体序列如下所示：
Figure BDA0003743023620000181
其中加粗碱基为PCR扩增上下游引物位点，单下划线碱基为突变位点，双下划线碱基为上下游测序引物。
6)测序引物：如实施例3所示
2、使用方法：
应用于2号家系基因突变的检测。
表10 Glass综合征2号家系成员的临床信息
Figure BDA0003743023620000191
如图3所示，编号采用Ⅰ(第一代)、Ⅱ(第二代)。
家系人员Ⅰ1(父亲)、Ⅰ2(母亲)、Ⅱ1(先证者)外周血DNA用于测序分析。
1)基因组DNA提取：提取样本基因组DNA。
2)先采用上述PCR扩增引物、Taq酶、缓冲液、dNTPs、样本基因组DNA等进行PCR扩增反应；
3)对PCR扩增产物进行纯化；
4)采用上述测序引物对纯化的PCR产物进行BigDye反应；
5)对BiyDye反应产物纯化；
6)对BiyDye反应产物测序，测序序列与正常序列相比较。
经试剂盒检测结果发现2号家系先证者SATB2:NM_001172509.2:exon8:c.1174-2A>G位点为c.1174-2A>G杂合突变，检测结果确认先证者为Glass综合征；其父母该基因位点均为野生型，遗传咨询意见为该突变为新发突变，先证者父母再生育Glass综合征患儿的风险低；但不能排除生殖嵌合等问题。
由以上实施例结果可以看出，本发明发现了新的SATB2基因突变，且确认了新突变体与Glass综合征的发病密切相关，所述致病突变体可用于Glass综合征的分子诊断及与相关疾病的鉴别诊断。
以上所述仅是本发明的优选实施方式，应当指出，对于本技术领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明原理的前提下，还可以做出若干改进和润饰，这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。

Claims (8)

1.一种SATB2基因突变位点c.1174-2A>G在制备Glass综合征诊断试剂或制备防治Glass综合征的药物中的应用。
2.一种用于Glass综合征基因诊断的试剂，其特征在于，所述试剂是扩增SATB2基因突变位点1174-2A>G的引物，包括核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示的SATB2-F和核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示的SATB2-R。
3.根据权利要求2所述的试剂，其特征在于，所述试剂包括测序引物，所述测序引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示的SATB2-Seq1和核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示的SATB2-Seq2。
4.根据权利要求2或3所述的试剂，其特征在于，所述试剂还包括PCR扩增试剂。
5.权利要求2～4任意一项所述的试剂在制备Glass综合征诊断试剂盒中的应用。
6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，利用所述诊断试剂盒检测样本中基因突变位点的基因型来诊断个体是否患有Glass综合征，所述基因突变位点是SATB2 1174-2A>G，当检测结果为SATB2基因AG杂合基因型时，诊断个体患有Glass综合征。
7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，所述样本为血液。
8.一种Glass综合征诊断试剂盒，其特征在于，所述诊断试剂盒包括权利要求2～4所述的试剂。
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Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
YURI A ZARATE, ET AL: "Natural history and genotype-phenotype correlations in 72 individuals with SATB2-associated syndrome", AM J MED GENET A, vol. 176, no. 04, 13 February 2018 (2018-02-13), pages 925 - 935 *

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