CN116157416A - 靶向hiv的多特异性抗原结合分子及其使用方法 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了与CD3和HIV抗原(包括HIV包膜蛋白gp120)结合的多特异性抗原结合分子，包括双特异性抗体。本发明还提供了使用这种抗原结合分子治疗或预防HIV感染的方法。
Description
相关申请的交叉引用
本申请根据35U.S.C.§119(e)要求2020年8月25日提交的美国临时申请号63/070,141和2021年3月19日提交的美国临时申请号63/163,713的权益，这些临时申请据此全文以引用方式并入本文以用于所有目的。
技术领域
提供了用于人类免疫缺陷病毒(HIV)感染的治疗和预防中的一者或两者的多特异性抗原结合分子及其抗原结合片段。
序列表
本申请包含序列表，该序列表以ASCII格式以电子方式提交并且据此全文以引用方式并入。所述ASCII副本创建于2021年6月25日，命名为1337-WO-PCT_SL.txt，并且大小为1,167,237字节。
背景技术
人类免疫缺陷病毒(HIV)感染和相关疾病是世界范围内的一个主要公共健康问题。大部分目前批准的用于HIV感染的疗法靶向病毒逆转录酶、蛋白酶和整合酶。然而，HIV对这些现有药物的抗性、长期毒性和患者缺乏对每日给药方案的依从性与这些疗法相关。因此，发现并开发具有适用于治疗用途的有利特性的新抗HIV抗体是重要的。
WO 2005/058963、WO 2010/107939、WO 2012/030904、WO 2012/158948、WO 2013/090644、WO 2013/016468、WO 2013/192589、WO 2014/063059和WO 2018/125813描述了来源于HIV感染供体的记忆B细胞的人类抗HIV抗体，这些抗体能够抑制来自多个进化枝的HIV-1种类的感染。然而，由于这些抗体的患者内病毒覆盖度、药代动力学、抗药物抗体的诱导、脱靶结合(即，多特异性)和干扰有效制造和储存的其他特性，因此它们的治疗用途受到限制。
多特异性抗原结合分子是可结合至少两种不同抗原的单分子。双特异性抗原结合分子是可结合两种不同抗原的单分子。可以多种方式利用该特性以改善生物治疗剂的功效和/或选择性，例如，通过中和两种疾病介质而非一种疾病介质的活性，增强相对于正常组织与疾病的选择性结合，生成新的功能(例如，艾美赛珠单抗(Emicizumab)的因子VIII模拟)或通过直接募集用于靶向杀伤的免疫细胞(例如，博纳吐单抗(Blinatumomab)募集CD3+T细胞以杀伤CD19+B细胞)。因此，双特异性抗体领域正在迅速发展，几乎在每个治疗领域中都具有潜在应用。目前存在三种批准的双特异性产品(博纳吐单抗、艾美赛珠单抗和卡妥索单抗(Catumaxomab))以及超过50项正在进行中的临床试验(antibodysociety.org)。
已经描述了大量不同的双特异性抗体形式，其中许多双特异性抗体形式用于开发治疗性分子(例如，综述于Spiess和Carter,2015,Mol.Immunol,67:95-106中)。生产双特异性抗体通常比生产常规抗体更复杂。例如，生成Fab臂交换的双特异性抗体(诸如GenmabDuobody平台(Labrijn等人，2013,PNAS,110:5145-5150))需要单独生产每个半抗体(作为IgG)，然后在使这两个半抗体能够发生Fab臂交换的特定条件下将这些半抗体混合在一起以生成期望的双特异性分子。需要用于生产每个半抗体(或亲本未反应的还原抗体)IgG的单独的细胞系、这些中间体的纯化和Fab臂交换反应的优化以及用于从残余半抗体IgG中纯化出靶双特异性抗体的过程，这使研究和开发的时间和复杂度都显著增加。
其他双特异性形式策略(诸如使scFv融合蛋白与Fab-Fc融合蛋白配对的那些策略(例如，WO 2016/086196；WO 2016/071004))确保仅存在单个轻链作为避免Fab臂交换的策略。包括scFv的双特异性形式出现了挑战，因为scFv部分通常不以期望的亲和力结合靶抗原，可能具有不期望的脱靶结合，并且可能造成双特异性分子表达不佳、难以纯化并且血清半衰期不足以实现预期适应症的功效。
发明内容
在一个方面，提供了与人CD3和HIV抗原结合的多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子。
在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含：(a)第一抗原结合结构域，包含第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，其中该第一抗原结合结构域与CD3结合并且包含：(i)第一VH互补决定区(CDR)1，包含TYAMN的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)；(ii)第一VH-CDR2，包含RIRSKYNNYATYYAX1SVKX2的氨基酸序列，其中X1是A或D，并且X2是G或S(SEQ ID NO:2)；(iii)第一VH-CDR3，包含HGNFGX3SYVSWFAY的氨基酸序列，其中X3是H或N(SEQ ID NO:3)；(iv)第一VL-CDR1，包含GSSTGAVTTGHYAN的氨基酸序列(SEQ ID NO:4)；(v)第一VL-CDR2，包含GTX4X5RAP的氨基酸序列，其中X4X5是SN或NK(SEQ IDNO:5)；和(vi)第一VL-CDR3，包含ALWYSNX6WV的氨基酸序列，其中X6是L或R(SEQ ID NO:6)，其中该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VH-CDR3根据Kabat；和(b)与HIV抗原结合的第二抗原结合结构域。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子与人CD3和第二抗原结合，其中该抗原结合分子包含：(a)第一抗原结合结构域，包含第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，其中该第一抗原结合结构域与CD3结合并且包含：(i)第一VH互补决定区(CDR)1，包含TYAMN的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)；(ii)第一VH-CDR2，包含RIRSKYNNYATYYAX1SVKX2的氨基酸序列，其中X1是A或D，并且X2是G或S(SEQ ID NO:2)；(iii)第一VH-CDR3，包含HGNFGX3SYVSWFAY的氨基酸序列，其中X3是H或N(SEQ ID NO:3)；(iv)第一VL-CDR1，包含GSSTGAVTTGHYAN的氨基酸序列(SEQ ID NO:4)；(v)第一VL-CDR2，包含GTX4X5RAP的氨基酸序列，其中X4X5是SN或NK(SEQ ID NO:5)；和(vi)第一VL-CDR3，包含ALWYSNX6WV的氨基酸序列，其中X6是L或R(SEQID NO:6)，其中该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VH-CDR3根据Kabat；和(b)与第二抗原结合的第二抗原结合结构域。在一些实施方案中，(i)该第一VH互补决定区(CDR)1包含TYAMN的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)；(ii)该第一VH-CDR2包含RIRSKYNNYATYYADSVKX2的氨基酸序列，其中X2是G或S(SEQ ID NO:7)；(iii)该第一VH-CDR3包含HGNFGHSYVSWFAY的氨基酸序列(SEQ ID NO:8)；(iv)该第一VL-CDR1包含GSSTGAVTTGHYAN的氨基酸序列(SEQ ID NO:4)；(v)该第一VL-CDR2包含GTSNRAP的氨基酸序列(SEQ ID NO:9)；并且(vi)该第一VL-CDR3包含ALWYSNRWV的氨基酸序列(SEQ ID NO:10)。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)：(i)SEQ ID NO:1、11、8、4、5和10；(ii)SEQ ID NO:1、11、8、4、9和10；(iii)SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；(iv)SEQ ID NO:1、13、8、4、14和15；(v)SEQ ID NO:1、13、16、4、14和15；或(vi)SEQ ID NO:1、11、8、4、14和10。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)：(i)SEQ ID NO:1、11、8、4、9和10；或(ii)SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)：SEQ ID NO:1、11、8、4、9和10。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)：SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10。
在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含：(a)第一抗原结合结构域，包含第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，其中该第一抗原结合结构域与CD3结合并且包含：(i)第一VH-CDR1，包含GFTFNTY的氨基酸序列(SEQ ID NO:17)；(ii)第一VH-CDR2，包含SKYNNY的氨基酸序列(SEQ ID NO:18)；(iii)第一VH-CDR3，包含GNFGX3SYVSWFA的氨基酸序列，其中X3是H或N(SEQ ID NO:19)；(iv)第一VL-CDR1，包含SSTGAVTTGHY的氨基酸序列(SEQ ID NO:20)；(v)第一VL-CDR2，包含GTX4的氨基酸序列，其中X4是N或S(SEQ ID NO:21)；和(vi)第一VL-CDR3，包含WYSNX6W的氨基酸序列，其中X6是L或R(SEQ ID NO:22)，其中该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VH-CDR3根据Chothia；和(b)与HIV抗原结合的第二抗原结合结构域。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含：(a)第一抗原结合结构域，包含第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，其中该第一抗原结合结构域与CD3结合并且包含：(i)第一VH-CDR1，包含GFTFNTY的氨基酸序列(SEQ ID NO:17)；(ii)第一VH-CDR2，包含SKYNNY的氨基酸序列(SEQ ID NO:18)；(iii)第一VH-CDR3，包含GNFGX3SYVSWFA的氨基酸序列，其中X3是H或N(SEQ ID NO:19)；(iv)第一VL-CDR1，包含SSTGAVTTGHY的氨基酸序列(SEQ ID NO:20)；(v)第一VL-CDR2，包含GTX4的氨基酸序列，其中X4是N或S(SEQ ID NO:21)；和(vi)第一VL-CDR3，包含WYSNX6W的氨基酸序列，其中X6是L或R(SEQ ID NO:22)，其中该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VH-CDR3根据Chothia；和(b)与第二抗原结合的第二抗原结合结构域。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)：(i)SEQ ID NO:17、18、23、20、21和25；(ii)SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25；(iii)SEQ ID NO:17、18、23、20、26和27；(iv)SEQ ID NO:17、18、75、20、26和27；或(v)SEQ ID NO:17、18、23、20、26和25。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25。
在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含：(a)第一抗原结合结构域，包含第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，其中该第一抗原结合结构域与CD3结合并且包含：(i)第一VH-CDR1，包含GFTFNTYA的氨基酸序列(SEQ IDNO:28)；(ii)第一VH-CDR2，包含IRSKYNNYAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:29)；(iii)第一VH-CDR3，包含VRHGNFGX3SYVSWFAY的氨基酸序列，其中X3是H或N(SEQ ID NO:30)；(iv)第一VL-CDR1，包含TGAVTTGHY的氨基酸序列(SEQ ID NO:31)；(v)第一VL-CDR2，包含GTX4的氨基酸序列，其中X4是N或S(SEQ ID NO:21)；和(vi)第一VL-CDR3，包含ALWYSNX6WV的氨基酸序列，其中X6是L或R(SEQ ID NO:6)，其中该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VH-CDR3根据IMGT；和(b)与HIV抗原结合的第二抗原结合结构域。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含：(a)第一抗原结合结构域，包含第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，其中该第一抗原结合结构域与CD3结合并且包含：(i)第一VH-CDR1，包含GFTFNTYA的氨基酸序列(SEQ IDNO:28)；(ii)第一VH-CDR2，包含IRSKYNNYAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:29)；(iii)第一VH-CDR3，包含VRHGNFGX3SYVSWFAY的氨基酸序列，其中X3是H或N(SEQ ID NO:30)；(iv)第一VL-CDR1，包含TGAVTTGHY的氨基酸序列(SEQ ID NO:31)；(v)第一VL-CDR2，包含GTX4的氨基酸序列，其中X4是N或S(SEQ ID NO:21)；和(vi)第一VL-CDR3，包含ALWYSNX6WV的氨基酸序列，其中X6是L或R(SEQ ID NO:6)，其中该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VH-CDR3根据IMGT；和(b)与第二抗原结合的第二抗原结合结构域。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)：(i)SEQID NO:28、29、32、31、21和10；(ii)SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；(iii)SEQ ID NO:28、29、32、31、26和15；(iv)SEQ ID NO:28、29、33、31、26和15；或(v)SEQ ID NO:28、29、32、31、26和10。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10。
在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含：(a)第一抗原结合结构域，包含第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，其中该第一抗原结合结构域与CD3结合并且包含：(i)第一VH-CDR1，包含ASGFTFNTYA的氨基酸序列(SEQ IDNO:34)；(ii)第一VH-CDR2，包含IRSKYNNYATYYAX1SVKX2R的氨基酸序列，其中X1是A或D，并且X2是G或S(SEQ ID NO:35)；(iii)第一VH-CDR3，包含HGNFGX3SYVSWFA的氨基酸序列，X3是H或N(SEQ ID NO:36)；(iv)第一VL-CDR1，包含SSTGAVTTGHY的氨基酸序列(SEQ ID NO:37)；(v)第一VL-CDR2，包含GTX4NRAPX7VPAR的氨基酸序列，其中X4是N或S，并且X7是G或W(SEQ IDNO:38)；和(vi)第一VL-CDR3，包含WYSNX6W的氨基酸序列，其中X6是L或R(SEQ ID NO:22)，其中该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VH-CDR3根据Honegger；和(b)与HIV抗原结合的第二抗原结合结构域。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含：(a)第一抗原结合结构域，包含第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，其中该第一抗原结合结构域与CD3结合并且包含：(i)第一VH-CDR1，包含ASGFTFNTYA的氨基酸序列(SEQ ID NO:34)；(ii)第一VH-CDR2，包含IRSKYNNYATYYAX1SVKX2R的氨基酸序列，其中X1是A或D，并且X2是G或S(SEQ ID NO:35)；(iii)第一VH-CDR3，包含HGNFGX3SYVSWFA的氨基酸序列，X3是H或N(SEQ ID NO:36)；(iv)第一VL-CDR1，包含SSTGAVTTGHY的氨基酸序列(SEQ ID NO:37)；(v)第一VL-CDR2，包含GTX4NRAPX7VPAR的氨基酸序列，其中X4是N或S，并且X7是G或W(SEQ ID NO:38)；和(vi)第一VL-CDR3，包含WYSNX6W的氨基酸序列，其中X6是L或R(SEQ ID NO:22)，其中该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VH-CDR3根据Honegger；和(b)与第二抗原结合的第二抗原结合结构域。在一些实施方案中，(i)该第一VH-CDR1包含ASGFTFNTYA的氨基酸序列(SEQ ID NO:34)；(ii)该第一VH-CDR2包含IRSKYNNYATYYADSVKX2R的氨基酸序列，其中X2是G或S(SEQ ID NO:39)；(iii)该第一VH-CDR3包含HGNFGHSYVSWFA的氨基酸序列(SEQ ID NO:40)；(iv)该第一VL-CDR1包含SSTGAVTTGHY的氨基酸序列(SEQ ID NO:37)；(v)该第一VL-CDR2包含GTSNRAPGVPAR的氨基酸序列(SEQID NO:41)；并且(vi)该第一VL-CDR3包含WYSNRW的氨基酸序列(SEQ ID NO:25)。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)：(i)SEQ ID NO:34、39、40、37、41和25；(ii)SEQ ID NO:34、42、40、37、41和25；(iii)SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；(iv)SEQ ID NO:34、44、40、37、45和27；(v)SEQ ID NO:34、44、46、37、45和27；或(vi)SEQID NO:34、42、40、37、47和25。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)：(i)SEQ ID NO:34、42、40、37、41和25；或(ii)SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)：SEQ ID NO:34、42、40、37、41和25。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)：SEQ ID NO:34、42、40、37、41和25。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25。
关于靶向或结合CD3的多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子的第一抗原结合结构域的另外的实施方案，在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含以下氨基酸取代(根据Kabat编号)中的一者或多者：该第一VH的81位是Q或E；该第一VH的83位是K或R；该第一VH的89位是M或V；该第一VH的100位是H；该第一VL的57位是G或W；并且/或者该第一VL的75位是I或L。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含以下氨基酸取代(根据Kabat编号)中的一者或多者：(i)该第一VH的81位是Q或E；(ii)该第一VH的83位是R；(iii)该第一VH的89位是V；(iv)该第一VH的100位是H；(v)该第一VL的57位是G；并且/或者(vi)该第一VL的75位是I。在一些实施方案中，该第一VH的81位(根据Kabat编号)是E。在一些实施方案中，该第一VH的81位(根据Kabat编号)是Q。在一些实施方案中，该第一VH的100位(根据Kabat编号)是H。在一些实施方案中，该第一VH包含选自SEQID NO:48-53的氨基酸序列，或包含与选自SEQ ID NO:48-53的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQID NO:50的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含SEQ ID NO:50的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VL包含选自SEQ ID NO:54-58的氨基酸序列，或包含与选自SEQ ID NO:54-58的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含选自SEQ ID NO:48-53的氨基酸序列，或包含与选自SEQ ID NO:48-53的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列，并且其中该第一VL包含选自SEQ ID NO:54-58的氨基酸序列，或包含与选自SEQ ID NO:54-58的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:48和54；SEQ ID NO:49和55；SEQ ID NO:50和55；SEQ ID NO:50和56；SEQ IDNO:51和55；SEQ ID NO:51和56；SEQ ID NO:52和56；SEQ ID NO:53和57；或SEQ ID NO:50和58。在一些实施方案中，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:49和55；SEQ ID NO:50和55；SEQ ID NO:50和56；SEQ ID NO:51和55；或SEQID NO:51和56。在一些实施方案中，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56。在一些实施方案中，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域中的至少一者独立地包含Fab、F(ab)2、Fv、scFv、sc(Fv)2或双价抗体。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含scFv，并且第二抗原结合结构域包含Fab。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含scFv，并且第二抗原结合结构域包含Fab，其中该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含Fab，并且第二抗原结合结构域包含scFv。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含Fab，并且第二抗原结合结构域包含Fab。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含scFv，并且第二抗原结合结构域包含scFv。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含Fab，并且第二抗原结合结构域包含CD4的胞外结构域。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含Fab，并且第二抗原结合结构域包含CD4的胞外结构域，其中该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含scFv，并且第二抗原结合结构域包含CD4的胞外结构域。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域是包含scFv可变重结构域中位置44处的半胱氨酸(C)；和scFv可变轻结构域中位置100处的半胱氨酸(C)的scFv。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域是包含VH和VL的scFv，该scFv包含选自SEQ ID NO:59-66的氨基酸序列，或包含与选自SEQ ID NO:59-66的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域是包含VH和VL的scFv，该scFv包含选自SEQ ID NO:59-63的氨基酸序列，或包含与选自SEQ ID NO:59-63的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域是包含VH和VL的scFv，该scFv包含选自SEQ ID NO:62-63的氨基酸序列，或包含与选自SEQ ID NO:62-63的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。
关于靶向或结合HIV抗原的多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子的第二抗原结合结构域的另外的实施方案，在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与选自gp120和gp41的HIV包膜蛋白结合。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与广泛中和抗体(bNAb)的VH和VL可变结构域竞争或包含这些可变结构域，该bNAb与HIV抗原结合。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与选自以下的gp120的表位或区域结合：包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)；第二可变环(V2)(例如，Env三聚体顶点)；CD4结合位点(CD4bs)；gp120/gp41交界面；或者gp120的沉默面。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)中的gp120的表位或区域结合，并且与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或者包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗(elipovimab))、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与第二可变环(V2)(例如，Env三聚体顶点)中的gp120的表位或区域结合，并且与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或者包含这些区域：PG9、PG16、PGC14、PGG14、PGT-142、PGT-143、PGT-144、PGT-145、CH01、CH59、PGDM1400、CAP256、CAP256-VRC26.08、CAP256-VRC26.09、CAP256-VRC26.25、PCT64-24E和VRC38.01。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与CD4结合位点(CD4bs)中的gp120的表位或区域结合，并且与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或者包含这些区域：3BNC117、GS-9723、GS-5423、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与CD4结合位点(CD4bs)中的gp120的表位或区域结合，并且包含CD4的一个或多个胞外(EC)结构域。在一些实施方案中，CD4的该一个或多个EC结构域包含如下所示的序列，或与选自以下的序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的序列：
(i)KKVVYGKKGDTVELTCTASQKKNIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRVDSRRSLWDQGNFPLIIKNLKPEDSDTYICEVEDQKEEVQLVVVG(SEQ ID NO:746)；
(ii)KKVVYGKKGDTVELTCTASQKKNIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRVDSRRSLWDQGNFPLIIKNLKPEDSDTYICEVEDQKEEVQLVVVGGGGSGKKVVYGKKGDTVELTCTASQKKNIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRVDSRRSLWDQGNFPLIIKNLKPEDSDTYICEVEDQKEEVQLVVVG(SEQ ID NO:747)；
(iii)KKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSDTYICEVEDQKEEVQLLVFG(SEQID NO:748)；或者
(iv)KKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSDTYICEVEDQKEEVQLLVFGGGGSGKKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSDTYICEVEDQKEEVQLLVFG(SEQ ID NO:749)。
在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含与SEQ ID NO:746的序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含与SEQID NO:746的序列具有至少95％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含与SEQ ID NO:746的序列具有至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含SEQ ID NO:746的序列。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与gp120/gp41交界面中的gp120的表位或区域结合，并且与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或者包含这些区域：PGT-151、CAP248-2B、35O22、8ANC195、ACS202、VRC34和VRC34.01。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与gp120沉默面的表位或区域结合，并且与选自VRC-PG05和SF12的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与膜近侧区域(MPER)中的gp41的表位或区域结合。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与膜近侧区域(MPER)中的gp41的表位或区域结合，并且与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：10E8、10E8v4、10E8-5R-100cF、4E10、DH511.11P、2F5、7b2和LN01。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与gp41融合肽的表位或区域结合，并且与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：VRC34和ACS202。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域包含第二VH和第二VL，该第二VH包含第二VH-CDR1、第二VH-CDR2和第二VH-CDR3；该第二VL包含第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VH-CDR3；该第二VH-CDR1、第二VH-CDR2和第二VH-CDR3以及该第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VH-CDR3分别包含如下所示的氨基酸序列(根据Kabat)：SEQ ID NO:76、77、78、79、80和81；SEQ ID NO:76、82、78、79、80和81；SEQ ID NO:83、84、85、86、80和87；SEQ ID NO:83、88、85、86、80和87；SEQ ID NO:90、91、92、93、94和95；SEQ ID NO:90、91、96、93、94和95；SEQ ID NO:97、98、99、100、101和102；SEQID NO:103、104、105、106、94和107；SEQ ID NO:108、109、110、111、112和113；SEQ ID NO:114、115、116、117、118和119；SEQ ID NO:114、120、121、122、118和123；SEQ ID NO:124、125、126、127、128和113；SEQ ID NO:129、115、131、127、118和113；SEQ ID NO:132、133、134、135、136和137；SEQ ID NO:138、139、140、141、142和143；SEQ ID NO:144、145、146、147、148和143；SEQ ID NO:149、150、151、152、153和143；SEQ ID NO:154、155、156、157、158和159；SEQ ID NO:160、161、162、163、164和165；SEQ ID NO:166、161、167、163、164和165；SEQ ID NO:168、169、170、171、172和173；SEQ ID NO:168、174、170、171、172和173；SEQ IDNO:175、176、177、171、172和173；SEQ ID NO:178、179、180、181、182和183；SEQ ID NO:184、185、186、187、188和189；SEQ ID NO:190、191、192、193、194和195；SEQ ID NO:196、197、198、199、200和201；SEQ ID NO:202、203、204、205、206和207；SEQ ID NO:208、209、210、211、212和213；SEQ ID NO:214、215、216、217、218和219；SEQ ID NO:214、220、216、221、218和219；SEQ ID NO:214、220、222、221、218和219；SEQ ID NO:223、224、225、226、227和228；SEQ ID NO:229、230、231、232、233和234；SEQ ID NO:902、903、904、905、906和907；SEQ IDNO:908、909、910、911、912和913；SEQ ID NO:914、915、916、917、918和919；或SEQ ID NO:920、921、922、923、924和925。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域包含第二VH和第二VL，该第二VH包含第二VH-CDR1、第二VH-CDR2和第二VH-CDR3；该第二VL包含第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VH-CDR3；该第二VH-CDR1、第二VH-CDR2和第二VH-CDR3以及该第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VH-CDR3分别包含如下所示的氨基酸序列(根据Chothia)：SEQ IDNO:235、236、237、238、239和240；SEQ ID NO:241、242、243、244、239和245；SEQ ID NO:246、242、247、244、239和245；SEQ ID NO:248、249、250、251、239和252；SEQ ID NO:248、249、253、251、239和252；SEQ ID NO:254、255、256、257、258和259；SEQ ID NO:260、261、262、263、239和264；SEQ ID NO:265、266、267、268、269和270；SEQ ID NO:271、272、273、274、275和270；SEQ ID NO:271、276、277、278、275和279；SEQ ID NO:280、281、282、283、284和270；SEQ ID NO:285、272、286、283、275和270；SEQ ID NO:287、288、289、290、291和292；SEQ IDNO:293、294、295、296、297和298；SEQ ID NO:299、300、301、302、303和298；SEQ ID NO:304、300、305、406、307和298；SEQ ID NO:308、309、310、311、312和313；SEQ ID NO:314、315、316、317、318和165；SEQ ID NO:320、315、321、317、318和165；SEQ ID NO:322、323、324、325、326和327；SEQ ID NO:322、328、324、325、326和327；SEQ ID NO:329、323、330、325、326和327；SEQ ID NO:331、332、333、334、335和336；SEQ ID NO:337、338、339、340、341和342；SEQ ID NO:343、344、345、346、341和347；SEQ ID NO:348、349、350、351、352和353；SEQ IDNO:354、355、356、357、358和359；SEQ ID NO:360、361、362、363、364和365；SEQ ID NO:366、367、368、369、370和371；SEQ ID NO:366、361、368、369、370和371；SEQ ID NO:372、361、373、369、370和371；SEQ ID NO:374、375、376、377、378和379；SEQ ID NO:380、381、382、383、384和385；SEQ ID NO:926、927、928、929、930和931；SEQ ID NO:932、933、934、935、936和937；SEQ ID NO:938、939、940、941、942和943；或SEQ ID NO:944、945、946、947、948和949。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域包含第二VH和第二VL，该第二VH包含第二VH-CDR1、第二VH-CDR2和第二VH-CDR3；该第二VL包含第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VH-CDR3；该第二VH-CDR1、第二VH-CDR2和第二VH-CDR3以及该第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VH-CDR3分别包含如下所示的氨基酸序列(根据IMGT)：SEQ ID NO:386、387、388、389、239和81；SEQ ID NO:390、391、392、393、239和87；SEQ ID NO:390、391、394、393、239和87；SEQID NO:395、396、397、393、239和87；SEQ ID NO:398、399、400、401、239和95；SEQ ID NO:398、399、402、401、239和95；SEQ ID NO:403、404、405、406、258和102；SEQ ID NO:407、408、409、410、239和107；SEQ ID NO:411、412、413、414、269和113；SEQ ID NO:415、416、417、418、275和119；SEQ ID NO:415、419、420、421、275和123；SEQ ID NO:422、423、424、425、275和113；SEQ ID NO:426、416、427、425、275和113；SEQ ID NO:428、429、430、431、291和137；SEQ ID NO:432、433、434、435、297和143；SEQ IDNO:436、437、438、439、303和143；SEQ IDNO:440、437、441、442、307和143；SEQ ID NO:443、444、445、446、312和159；SEQ ID NO:447、448、449、450、318和165；SEQ ID NO:451、448、452、450、318和165；SEQ ID NO:453、454、455、456、326和173；SEQ ID NO:453、457、455、456、326和173；SEQ ID NO:458、459、460、456、326和173；SEQ ID NO:461、462、463、464、335和183；SEQ ID NO:465、466、467、468、341和189；SEQ ID NO:469、470、471、472、341和195；SEQ ID NO:473、474、475、476、352和201；SEQ ID NO:477、478、479、480、358和207；SEQ ID NO:481、482、483、484、364和213；SEQ IDNO:485、486、487、488、370和219；SEQ ID NO:485、482、487、488、370和219；SEQ ID NO:489、482、490、488、370和219；SEQ ID NO:491、492、493、494、378和228；SEQ ID NO:495、496、497、498、384和234；SEQ ID NO:950、951、952、953、930和907；SEQ ID NO:954、955、956、957、936和913；SEQ ID NO:958、959、960、961、942和919；或SEQ ID NO:962、963、964、965、948和925。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域包含第二VH和第二VL，该第二VH包含第二VH-CDR1、第二VH-CDR2和第二VH-CDR3；该第二VL包含第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VH-CDR3；该第二VH-CDR1、第二VH-CDR2和第二VH-CDR3以及该第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VH-CDR3分别包含如下所示的氨基酸序列(根据Honegger)：SEQ ID NO:499、500、501、238、502和240；SEQ ID NO:499、503、501、238、502和240；SEQ ID NO:505、506、507、244、502和245；SEQ ID NO:508、509、510、244、502和245；SEQ ID NO:511、512、513、251、514和252；SEQ ID NO:511、512、515、251、514和252；SEQ ID NO:516、517、518、257、519和259；SEQ IDNO:520、521、522、264、523和264；SEQ ID NO:524、525、526、268、527和270；SEQ ID NO:528、529、530、274、531和270；SEQ ID NO:528、532、533、278、531和279；SEQ ID NO:534、535、536、283、537和270；SEQ ID NO:1090、529、538、283、531和270；SEQ ID NO:539、540、541、290、542和292；SEQ ID NO:543、544、545、546、547和298；SEQ ID NO:548、549、550、1091、551和298；SEQ ID NO:552、553、554、555、556和298；SEQ ID NO:557、558、559、311、560和313；SEQ ID NO:561、562、563、564、565和165；SEQ ID NO:566、562、1092、564、567和165；SEQ ID NO:568、569、570、571、572和327；SEQ ID NO:568、573、570、571、572和327；SEQ IDNO:574、575、576、571、572和327；SEQ ID NO:577、578、579、580、581和336；SEQ ID NO:582、583、584、340、585和342；SEQ ID NO:586、587、588、346、589和347；SEQ ID NO:590、591、592、351、593和353；SEQ ID NO:594、595、596、597、598和359；SEQ ID NO:599、600、601、602、603和365；SEQ ID NO:604、605、606、607、608和371；SEQ ID NO:604、609、606、607、608和371；SEQ ID NO:610、609、611、607、608和371；SEQ ID NO:612、613、614、615、616和379；SEQ ID NO:617、618、619、620、621和385；SEQ ID NO:966、967、968、969、970和931；SEQ IDNO:971、972、973、974、975和937；SEQ ID NO:976、977、978、941、979和943；或SEQ ID NO:980、981、982、983、984和949。在一些实施方案中，该第二VH和该第二VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:622和623；SEQ ID NO:624和625；SEQ ID NO:624和626；SEQ ID NO:627和628；SEQ ID NO:629和630；SEQ ID NO:631和632；SEQ ID NO:633和634；SEQ ID NO:635和636；SEQ ID NO:637和638；SEQ ID NO:639和640；SEQ ID NO:641和642；SEQ ID NO:643和644；SEQ ID NO:645和646；SEQ ID NO:647和648；SEQ ID NO:649和650；SEQ ID NO:651和652；SEQ ID NO:653和654；SEQ ID NO:655和656；SEQ ID NO:657和658；SEQ ID NO:659和660；SEQ ID NO:661和662；SEQ ID NO:663和664；SEQ ID NO:665和666；SEQ ID NO:667和668；SEQ ID NO:669和670；SEQ ID NO:671和672；SEQ ID NO:673和670；SEQ ID NO:674和675；SEQ ID NO:676和677；SEQ ID NO:678和679；SEQ ID NO:680和681；SEQ ID NO:682和683；SEQ ID NO:684和685；SEQ ID NO:686和687；SEQ ID NO:688和689；SEQ ID NO:690和691；SEQ ID NO:692和693；SEQ ID NO:694和695；SEQ ID NO:985和986；SEQ ID NO:987和988；SEQ ID NO:989和990；或SEQ ID NO:991和992。在一些实施方案中，该第二VH和该第二VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列，并且在指定位置(根据Kabat编号的位置)处包含以下氨基酸：(i)SEQ ID NO:622、624或627，包含以下的一者或多者：位置82a-82c处的Ser-Ser-Val(SSV)或Thr-Gly-Val(TGV)，位置39处的Gln(Q)，位置60处的Asn(N)，位置68处的His(H)，位置105处的Lys(K)、His(H)或Thr(T)中的任一者，位置2处的Leu(L)，位置32处的Ala(A)和位置95处的Ala(A)；以及SEQ ID NO:623、625、626或628，包含以下的一者或多者：位置67处的Gly(G)，位置67a处的Tyr(Y)、Phe(F)或Thr(T)，位置67b处的Arg(R)，位置67c处的Pro(P)和位置103处的Lys(K)；或(ii)SEQ ID NO:663、665或667，包含以下的一者或多者：位置3处的His(H)，位置5处的Ser(S)或Val(V)，位置10处的Glu(E)，位置12处的Lys(K)，位置23处的Lys(K)，位置28处的Asn(N)，位置30处的Arg(R)，位置32处的Tyr(Y)，位置68处的Thr(T)，位置69处的Met(M)，位置72处的Gln(Q)或His(H)，位置74a处的Tyr(Y)、Phe(F)，位置76处的Phe(F)或Ser(S)，位置77处的Ser(S)，位置78处的Ala(A)，位置82a处的Ser(S)，位置82b处的Arg(R)，位置82c处的Val(V)，位置89处的Ile(I)或Thr(T)，位置98处的Phe(F)，位置99处的Thr(Y)或Gly(G)，位置105处的Gln(Q)，位置108处的Met(M)，位置74a、74b、74c和74d处的Phe-Asp-Phe-Asp(FDFD)(SEQ ID NO:1040)和位置74a、74b、74c和74d处的Trp-Asp-Phe-Asp(WDFD)(SEQ ID NO:1042)；以及SEQ ID NO:664、666或668，包含以下的一者或多者：位置14处的Arg(R)，位置18处的Arg(R)，位置19处的Ala(A)，位置39处的Lys(L)，位置40处的Pro(P)，位置56处的Thr(T)，位置60处的Ala(A)，位置65处的Ser(S)，位置72处的Thr(T)或His(H)，位置74处的Lys(K)，位置76处的Ser(S)，位置77处的Ser(S)，位置83处的Val(V)，位置98处的Ile(I)或Phe(F)，位置99处的Thr(T)或Gly(G)，位置103处的Asn(N)和位置106处的Ile(I)。在一些实施方案中，该第二VH和该第二VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列，并且在指定位置(根据Kabat编号的位置)处包含以下氨基酸：(i)SEQ ID NO:622、624或627，包含以下的一者或多者：位置82a-82c处的Thr-Gly-Val(TGV)，位置60处的Asn(N)，位置68处的His(H)，位置105处的Lys(K)、His(H)或Thr(T)中的任一者；以及SEQ ID NO:623、625、626或628，包含以下的一者或多者：位置67处的Gly(G)，位置67a处的Tyr(Y)、Phe(F)或Thr(T)，位置67b处的Arg(R)，位置67c处的Pro(P)；或(ii)SEQ ID NO:663、665或667，包含位置74a处的Phe(F)；以及SEQ ID NO:664、666或668，包含位置19处的Ala(A)。
关于多特异性抗原结合分子的第一和第二Fc区或Fc结构域，在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含异源二聚体人IgG1或IgG4，该异源二聚体人IgG1或IgG4包含第一Fc区和第二Fc区。在一些实施方案中，该第一Fc区和该第二Fc区来源于IgG1m17。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含异源二聚体人IgG1或IgG4，该异源二聚体人IgG1或IgG4包含第一Fc区和第二Fc区，其中该第一Fc区和该第二Fc区中的一者或两者在指定位置(EU编号)处包含以下氨基酸中的一者或多者：位置234处的丙氨酸、位置235处的丙氨酸和位置331处的丝氨酸。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含异源二聚体人IgG1，该异源二聚体人IgG1包含第一Fc区和第二Fc区，其中该第一Fc区和该第二Fc区中的两者在指定位置(EU编号)处包含以下氨基酸中的一者或多者：位置234处的丙氨酸、位置235处的丙氨酸和位置331处的丝氨酸。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含异源二聚体人IgG1，该异源二聚体人IgG1包含第一Fc区和第二Fc区，其中该第一Fc区和该第二Fc区中的两者在指定位置(EU编号)处包含以下氨基酸：位置234处的丙氨酸、位置235处的丙氨酸和位置331处的丝氨酸。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含异源二聚体人IgG1或IgG4，该异源二聚体人IgG1或IgG4包含第一Fc区和第二Fc区，其中该第一Fc区和该第二Fc区中的一者或两者在指定位置(EU编号)处包含以下氨基酸：位置252处的酪氨酸、位置254处的苏氨酸和位置256处的谷氨酸(YTE)；或位置428处的亮氨酸和位置434处的丝氨酸(LS)。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含异源二聚体人IgG1，该异源二聚体人IgG1包含第一Fc区和第二Fc区，其中该第一Fc区和该第二Fc区中的一者在指定位置(EU编号)处包含以下氨基酸：位置252处的酪氨酸、位置254处的苏氨酸和位置256处的谷氨酸(YTE)。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含异源二聚体人IgG1，该异源二聚体人IgG1包含第一Fc区和第二Fc区，其中该第二Fc区在指定位置(EU编号)处包含以下氨基酸：位置252处的酪氨酸、位置254处的苏氨酸和位置256处的谷氨酸(YTE)。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含异源二聚体人IgG1或IgG4，该异源二聚体人IgG1或IgG4包含第一Fc区和第二Fc区，该第一Fc区和该第二Fc区在指定位置(EU编号)处包含以下氨基酸：该第一Fc区在位置366处包含色氨酸(T366W)；并且该第二Fc区在位置366处包含丝氨酸(T366S)、在位置368处包含丙氨酸(L368A)并在位置407处包含缬氨酸(Y407V)；该第一Fc区在位置366处包含丝氨酸(T366S)、在位置368处包含丙氨酸(L368A)并在位置407处包含缬氨酸(Y407V)；并且该第二Fc区在位置366处包含色氨酸(T366W)；该第一Fc区在位置354处包含半胱氨酸(S354C)、在位置366处包含色氨酸(T366W)；并且该第二Fc区在位置349处包含半胱氨酸(Y349C)、在位置366处包含丝氨酸(T366S)、在位置368处包含丙氨酸(L368A)并在位置407处包含缬氨酸(Y407V)；该第一Fc区在位置349处包含半胱氨酸(Y349C)、在位置366处包含丝氨酸(T366S)、在位置368处包含丙氨酸(L368A)并在位置407处包含缬氨酸(Y407V)；并且该第二Fc区在位置354处包含半胱氨酸(S354C)、在位置366处包含色氨酸(T366W)。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含异源二聚体人IgG1，该异源二聚体人IgG1包含第一Fc区和第二Fc区，该第一Fc区和该第二Fc区在指定位置(EU编号)处包含以下氨基酸：该第一Fc区在位置366处包含色氨酸(T366W)；并且该第二Fc区在位置366处包含丝氨酸(T366S)、在位置368处包含丙氨酸(L368A)并在位置407处包含缬氨酸(Y407V)；或者该第一Fc区在位置366处包含丝氨酸(T366S)、在位置368处包含丙氨酸(L368A)并在位置407处包含缬氨酸(Y407V)；并且该第二Fc区在位置366处包含色氨酸(T366W)。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含异源二聚体人IgG1，该异源二聚体人IgG1包含第一Fc区和第二Fc区，该第一Fc区和该第二Fc区在指定位置(EU编号)处包含以下氨基酸：该第一Fc区在位置366处包含丝氨酸(T366S)、在位置368处包含丙氨酸(L368A)并在位置407处包含缬氨酸(Y407V)；并且该第二Fc区在位置366处包含色氨酸(T366W)。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含异源二聚体人IgG1或IgG4，该异源二聚体人IgG1或IgG4包含第一铰链区和第二铰链区，其中该第一铰链区和该第二铰链区中的一者或两者在位置220(EU编号)处包含丝氨酸(C220S)。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含异源二聚体人IgG1或IgG4，该异源二聚体人IgG1或IgG4包含第一Fc区和第二Fc区，其中该第一Fc区或该第二Fc区中的一者在指定位置(EU编号)处包含以下氨基酸：位置435处的精氨酸(H435R)；或位置435处的精氨酸(H435R)和位置436处的苯丙氨酸(Y436F)。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含异源二聚体人IgG1，该异源二聚体人IgG1包含第一Fc区和第二Fc区，其中该第一Fc区或该第二Fc区中的一者在指定位置(EU编号)处包含以下氨基酸：位置435处的精氨酸(H435R)。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含异源二聚体人IgG1，该异源二聚体人IgG1包含第一Fc区和第二Fc区，其中该第一Fc区在位置435处包含精氨酸(H435R)。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含异源二聚体人IgG1或IgG4，该异源二聚体人IgG1或IgG4包含第一Fc区和第二Fc区，该第一Fc区和该第二Fc区在指定位置(EU编号)处包含以下氨基酸：该第一Fc区在位置234处包含丙氨酸(L234)、在位置235处包含丙氨酸(L235A)、在位置331处包含丝氨酸(P331S)并在位置366处包含色氨酸(T366W)；并且该第二Fc区在位置234处包含丙氨酸(L234)、在位置235处包含丙氨酸(L235A)、在位置331处包含丝氨酸(P331S)、在位置366处包含丝氨酸(T366S)、在位置368处包含丙氨酸(L368A)、在位置407处包含缬氨酸(Y407V)并在位置435处包含精氨酸(H435R)；该第一Fc区在位置234处包含丙氨酸(L234)、在位置235处包含丙氨酸(L235A)、在位置331处包含丝氨酸(P331S)并在位置366处包含色氨酸(T366W)；并且该第二Fc区在位置234处包含丙氨酸(L234)、在位置235处包含丙氨酸(L235A)、在位置331处包含丝氨酸(P331S)、在位置366处包含丝氨酸(T366S)、在位置368处包含丙氨酸(L368A)、在位置407处包含缬氨酸(Y407V)、在位置435处包含精氨酸(H435R)并在位置436处包含苯丙氨酸(Y436F)；该第一Fc区在位置234处包含丙氨酸(L234)、在位置235处包含丙氨酸(L235A)、在位置331处包含丝氨酸(P331S)、在位置366处包含丝氨酸(T366S)、在位置368处包含丙氨酸(L368A)并在位置407处包含缬氨酸(Y407V)；并且该第二Fc区在位置234处包含丙氨酸(L234)、在位置235处包含丙氨酸(L235A)、在位置331处包含丝氨酸(P331S)并在位置366处包含色氨酸(T366W)；该第一Fc区在位置234处包含丙氨酸(L234)、在位置235处包含丙氨酸(L235A)、在位置331处包含丝氨酸(P331S)、在位置366处包含色氨酸(T366W)、在位置428处包含亮氨酸(M428L)并在位置434处包含丝氨酸(N434S)；并且该第二Fc区在位置234处包含丙氨酸(L234)、在位置235处包含丙氨酸(L235A)、在位置331处包含丝氨酸(P331S)、在位置366处包含丝氨酸(T366S)、在位置368处包含丙氨酸(L368A)、在位置407处包含缬氨酸(Y407V)并在位置435处包含精氨酸(H435R)；或者该第一Fc区在位置234处包含丙氨酸(L234)、在位置235处包含丙氨酸(L235A)、在位置331处包含丝氨酸(P331S)、在位置366处包含色氨酸(T366W)、在位置252处包含酪氨酸(M252Y)、在位置254处包含苏氨酸(S254T)并在位置256处包含谷氨酸(T256E)；并且该第二Fc区在位置234处包含丙氨酸(L234)、在位置235处包含丙氨酸(L235A)、在位置331处包含丝氨酸(P331S)、在位置366处包含丝氨酸(T366S)、在位置368处包含丙氨酸(L368A)、在位置407处包含缬氨酸(Y407V)并在位置435处包含精氨酸(H435R)。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含异源二聚体人IgG1，该异源二聚体人IgG1包含第一Fc区和第二Fc区，该第一Fc区和该第二Fc区在指定位置(EU编号)处包含以下氨基酸：该第一Fc区在位置234处包含丙氨酸(L234)、在位置235处包含丙氨酸(L235A)、在位置331处包含丝氨酸(P331S)、在位置366处包含丝氨酸(T366S)、在位置368处包含丙氨酸(L368A)、在位置407处包含缬氨酸(Y407V)并在位置435处包含精氨酸(H435R)；并且该第二Fc区在位置234处包含丙氨酸(L234)、在位置235处包含丙氨酸(L235A)、在位置331处包含丝氨酸(P331S)、在位置366处包含色氨酸(T366W)、在位置252处包含酪氨酸(M252Y)、在位置254处包含苏氨酸(S254T)并在位置256处包含谷氨酸(T256E)。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含异源二聚体人IgG1，该异源二聚体人IgG1包含第一Fc区和第二Fc区，该第一Fc区和该第二Fc区分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:696和697；SEQ ID NO:697和696；SEQ ID NO:696和698；SEQ IDNO:698和696；SEQ ID NO:699和700；SEQ ID NO:700和699；SEQ ID NO:701和698；SEQ IDNO:698和701；SEQ ID NO:702和703；SEQ ID NO:703和702；SEQ ID NO:704和698；SEQ IDNO:698和704；SEQ ID NO:705和703；SEQ ID NO:703和705；SEQ ID NO:706和704；SEQ IDNO:704和706；SEQ ID NO:707和703；SEQ ID NO:703和707；SEQ ID NO:708和704；SEQ IDNO:704和708；SEQ ID NO:709和710；或SEQ ID NO:710和709。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含异源二聚体人IgG1，该异源二聚体人IgG1包含第一Fc区和第二Fc区，该第一Fc区和该第二Fc区分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:703和705。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含异源二聚体人IgG1，该异源二聚体人IgG1包含第一Fc区和第二Fc区，该第一Fc区和该第二Fc区分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:703和705。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含异源二聚体人IgG1，该异源二聚体人IgG1包含第一Fc区和第二Fc区，该第一Fc区和该第二Fc区分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:703和705。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含异源二聚体人IgG1，该异源二聚体人IgG1包含第一Fc区和第二Fc区，该第一Fc区和该第二Fc区分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:703和705。
关于多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子的另外的实施方案，在一些实施方案中，第一抗原结合结构域是与CD3结合的scFv，并且第二抗原结合结构域是与HIV gp120结合的Fab，其中第一抗原结合结构域包含第一重链(HC)，并且第二抗原结合结构域包含第二HC和轻链(LC)，该第一HC、该第二HC和该LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或者分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:800、801和802；SEQ ID NO:800、803和802；SEQ ID NO:804、803和802；SEQID NO:804、805和802；SEQ ID NO:806、801和802；SEQ ID NO:806、803和802；SEQ ID NO:807、803和802；SEQ ID NO:807、805和802；SEQ ID NO:808、809和802；SEQ ID NO:808、810和802；SEQ ID NO:811、801和802；SEQ ID NO:812、809和802；SEQ ID NO:812、810和802；SEQ ID NO:813、805和802；SEQ ID NO:812、814和802；SEQ ID NO:815、801和802；SEQ IDNO:816、805和802；SEQ ID NO:817、801和802；SEQ ID NO:818、805和802；SEQ ID NO:819、810和802；SEQ ID NO:820、810和802；SEQ ID NO:821、822和823；SEQ ID NO:824、825和823；SEQ ID NO:826、825和823；SEQ ID NO:826、827和823；SEQ ID NO:828、829和823；SEQID NO:830、822和823；SEQ ID NO:830、825和823；SEQ ID NO:831、825和823；SEQ ID NO:831、827和823；SEQ ID NO:832、833和823；SEQ ID NO:832、829和823；SEQ ID NO:834、827和823；SEQ ID NO:835、829和823；SEQ ID NO:836、829和823；SEQ ID NO:837、833和823；SEQ ID NO:837、838和823；SEQ ID NO:839、840和823；SEQ ID NO:841、829和823；SEQ IDNO:842、829和823；SEQ ID NO:843、829和823；SEQ ID NO:844、829和823；SEQ ID NO:845、829和823；SEQ ID NO:846、829和823；SEQ ID NO:846、833和823；SEQ ID NO:846、838和823；SEQ ID NO:847、827和823；SEQ ID NO:848、829和823；SEQ ID NO:849、829和823；SEQID NO:850、829和823；SEQ ID NO:851、829和823；SEQ ID NO:852、829和823；SEQ ID NO:853、829和823；SEQ ID NO:854、829和823；SEQ ID NO:855、829和823；SEQ ID NO:856、829和823；SEQ ID NO:857、829和823；SEQ ID NO:858、829和823；SEQ ID NO:859、829和823；SEQ ID NO:860、829和823；SEQ ID NO:861、862和863；SEQ ID NO:861、864和863；SEQ IDNO:865、864和863；SEQ ID NO:865、866和863；SEQ ID NO:867、868和863；SEQ ID NO:869、862和863；SEQ ID NO:869、864和863；SEQ ID NO:870、864和863；SEQ ID NO:870、866和863；SEQ ID NO:871、872和863；SEQ ID NO:871、868和863；SEQ ID NO:873、862和863；SEQID NO:874、866和863；SEQ ID NO:875、872和863；SEQ ID NO:875、868和863；SEQ ID NO:875、876和863；SEQ ID NO:877、862和863；SEQ ID NO:878、866和863；SEQ ID NO:879、862和863；SEQ ID NO:880、866和863；SEQ ID NO:881、882和883；SEQ ID NO:881、884和883；SEQ ID NO:885、884和883；SEQ ID NO:885、886和883；SEQ ID NO:887、888和883；SEQ IDNO:889、882和883；SEQ ID NO:889、884和883；SEQ ID NO:890、884和883；SEQ ID NO:890、886和883；SEQ ID NO:891、892和883；SEQ ID NO:891、888和883；SEQ ID NO:893、882和883；SEQ ID NO:894、886和883；SEQ ID NO:895、892和883；SEQ ID NO:895、888和883；SEQID NO:895、896和883；SEQ ID NO:897、882和883；SEQ ID NO:898、886和883；SEQ ID NO:899、882和883；或SEQ ID NO:900、886和883。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域是与CD3结合的scFv，并且第二抗原结合结构域是与HIV gp120结合的Fab，其中第一抗原结合结构域包含第一重链(HC)，并且第二抗原结合结构域包含第二HC和轻链(LC)，该第一HC、该第二HC和该LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或者分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:800、801和802；SEQID NO:800、803和802；SEQ ID NO:804、803和802；SEQ ID NO:804、805和802；SEQ ID NO:806、801和802；SEQ ID NO:806、803和802；SEQ ID NO:807、803和802；SEQ ID NO:807、805和802；SEQ ID NO:808、809和802；SEQ ID NO:808、810和802；SEQ ID NO:821、822和823；SEQ ID NO:824、825和823；SEQ ID NO:826、825和823；SEQ ID NO:826、827和823；SEQ IDNO:828、829和823；SEQ ID NO:830、822和823；SEQ ID NO:830、825和823；SEQ ID NO:831、825和823；SEQ ID NO:831、827和823；SEQ ID NO:832、833和823；SEQ ID NO:832、829和823；SEQ ID NO:861、862和863；SEQ ID NO:861、864和863；SEQ ID NO:865、864和863；SEQID NO:865、866和863；SEQ ID NO:867、868和863；SEQ ID NO:869、862和863；SEQ ID NO:869、864和863；SEQ ID NO:870、864和863；SEQ ID NO:870、866和863；SEQ ID NO:871、872和863；SEQ ID NO:871、868和863；SEQ ID NO:881、882和883；SEQ ID NO:881、884和883；SEQ ID NO:885、884和883；SEQ ID NO:885、886和883；SEQ ID NO:887、888和883；SEQ IDNO:889、882和883；SEQ ID NO:889、884和883；SEQ ID NO:890、884和883；SEQ ID NO:890、886和883；SEQ ID NO:891、892和883；或SEQ ID NO:891、888和883。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域是与CD3结合的scFv，并且第二抗原结合结构域是与HIV gp120结合的Fab，其中第一抗原结合结构域包含第一重链(HC)，并且第二抗原结合结构域包含第二HC和轻链(LC)，该第一HC、该第二HC和该LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或者分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQID NO:800、801和802；SEQ ID NO:800、803和802；SEQ ID NO:804、803和802；SEQ ID NO:804、805和802；SEQ ID NO:821、822和823；SEQ ID NO:824、825和823；SEQ ID NO:826、825和823；SEQ ID NO:826、827和823；SEQ ID NO:828、829和823；SEQ ID NO:861、862和863；SEQ ID NO:861、864和863；SEQ ID NO:865、864和863；SEQ ID NO:865、866和863；SEQ IDNO:867、868和863；SEQ ID NO:881、882和883；SEQ ID NO:881、884和883；SEQ ID NO:885、884和883；SEQ ID NO:885、886和883；或SEQ ID NO:887、888和883。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域是与CD3结合的scFv，并且第二抗原结合结构域是与HIV gp120结合的Fab，其中第一抗原结合结构域包含第一重链(HC)，并且第二抗原结合结构域包含第二HC和轻链(LC)，该第一HC、该第二HC和该LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或者分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQID NO:800、801和802；SEQ ID NO:800、803和802；SEQ ID NO:804、803和802；SEQ ID NO:804、805和802；SEQ ID NO:821、822和823；SEQ ID NO:824、825和823；SEQ ID NO:826、825和823；SEQ ID NO:826、827和823；SEQ ID NO:828、829和823；SEQ ID NO:861、862和863；SEQ ID NO:861、864和863；SEQ ID NO:865、864和863；SEQ ID NO:865、866和863；或SEQ IDNO:867、868和863。
关于多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子的另外的实施方案，在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子包含(a)第一抗原结合结构域，包含第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，其中该第一抗原结合结构域与CD3结合；和(b)与HIV gp120结合的第二抗原结合结构域，该第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个胞外(EC)结构域，其中CD4的该一个或多个EC结构域包含如下所示的序列，或与选自以下的序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的序列：
(i)KKVVYGKKGDTVELTCTASQKKNIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRVDSRRSLWDQGNFPLIIKNLKPEDSDTYICEVEDQKEEVQLVVVG(SEQ ID NO:746)；
(ii)KKVVYGKKGDTVELTCTASQKKNIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRVDSRRSLWDQGNFPLIIKNLKPEDSDTYICEVEDQKEEVQLVVVGGGGSGKKVVYGKKGDTVELTCTASQKKNIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRVDSRRSLWDQGNFPLIIKNLKPEDSDTYICEVEDQKEEVQLVVVG(SEQ ID NO:747)；
(iii)KKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSDTYICEVEDQKEEVQLLVFG(SEQ ID NO:748)；或者
(iv)KKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSDTYICEVEDQKEEVQLLVFGGGGSGKKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSDTYICEVEDQKEEVQLLVFG(SEQ ID NO:749)。
在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、11、8、4、9和10，或SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ IDNO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％(例如，至少96％、至少97％、至少98％或至少99％)同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4EC结构域具有至少95％(例如，至少96％、至少97％、至少98％或至少99％)同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ IDNO:34、42、40、37、41和25，或SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4EC结构域具有至少95％(例如，至少96％、至少97％、至少98％或至少99％)同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:49和55；SEQ ID NO:50和55；SEQ ID NO:50和56；SEQ ID NO:51和55；或SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域是与CD3结合的Fab，并且第二抗原结合结构域是与HIV gp120结合的scFv或CD4的EC结构域，其中第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且第二抗原结合结构域包含第二HC，该第二HC、该第一HC和该LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或者分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:751、752和753；SEQ ID NO:754、752和753；SEQ ID NO:755、756和753；SEQ ID NO:755、757和753；SEQ ID NO:758、757和753；SEQ ID NO:759、756和753；SEQ ID NO:754、760和761；SEQ IDNO:762、760和761；SEQ ID NO:751、763和753；SEQ ID NO:764、752和753；SEQ ID NO:765、752和753；SEQ ID NO:766、767和753；SEQ ID NO:766、768和753；SEQ ID NO:769、768和753；SEQ ID NO:770、767和753；SEQ ID NO:765、771和761；SEQ ID NO:772、771和761；SEQID NO:774、775和776；SEQ ID NO:777、778和776；SEQ ID NO:779、778和776；SEQ ID NO:779、780和776；SEQ ID NO:777、781和776；SEQ ID NO:782、752和753；SEQ ID NO:783、752和753；SEQ ID NO:784、785和753；SEQ ID NO:784、786和753；SEQ ID NO:787、786和753；SEQ ID NO:788、785和753；SEQ ID NO:783、789和761；SEQ ID NO:790、789和761；SEQ IDNO:792、793和794；SEQ ID NO:795、796和794；SEQ ID NO:797、796和794；SEQ ID NO:797、798和794；或SEQ ID NO:795、799和794。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域是与CD3结合的Fab，并且第二抗原结合结构域是与HIV gp120结合的scFv或CD4的EC结构域，其中第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且第二抗原结合结构域包含第二HC，该第二HC、该第一HC和该LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或者分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:751、752和753；SEQID NO:754、752和753；SEQ ID NO:755、756和753；SEQ ID NO:755、757和753；SEQ ID NO:758、757和753；SEQ ID NO:759、756和753；SEQ ID NO:764、752和753；SEQ ID NO:765、752和753；SEQ ID NO:766、767和753；SEQ ID NO:766、768和753；SEQ ID NO:769、768和753；SEQ ID NO:770、767和753；SEQ ID NO:777、778和776；SEQ ID NO:779、778和776；SEQ IDNO:779、780和776；SEQ ID NO:777、781和776；SEQ ID NO:782、752和753；SEQ ID NO:783、752和753；SEQ ID NO:784、785和753；SEQ ID NO:784、786和753；SEQ ID NO:787、786和753；SEQ ID NO:788、785和753；SEQ ID NO:795、796和794；SEQ ID NO:797、796和794；SEQID NO:797、798和794；或SEQ ID NO:795、799和794。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域是与CD3结合的Fab，并且第二抗原结合结构域是与HIV gp120结合的scFv或CD4的EC结构域，其中第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且第二抗原结合结构域包含第二HC，该第二HC、该第一HC和该LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或者分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:751、752和753；SEQ ID NO:754、752和753；SEQ ID NO:755、756和753；SEQ ID NO:755、757和753；SEQ ID NO:758、757和753；或SEQ ID NO:759、756和753。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域是与CD3结合的Fab，并且第二抗原结合结构域是与HIV gp120结合的scFv或CD4的EC结构域，其中第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且第二抗原结合结构域包含第二HC，该第二HC、该第一HC和该LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或者分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:751、752和753；或SEQ ID NO:755、756和753。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域是与CD3结合的Fab，并且第二抗原结合结构域是与HIV gp120结合的scFv或CD4的EC结构域，其中第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且第二抗原结合结构域包含第二HC，该第二HC、该第一HC和该LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或者分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:751、752和753。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域是与CD3结合的Fab，并且第二抗原结合结构域是与HIV gp120结合的scFv或CD4的EC结构域，其中第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且第二抗原结合结构域包含第二HC，该第二HC、该第一HC和该LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或者分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:755、756和753。
关于多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子的另外的实施方案，在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子是双特异性抗原结合分子。在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子结合或靶向人CD3和HIV gp120。在一些实施方案中，该第一VH和该第一VL分别与人种系VH和人种系VL具有至少80％、81％、82％、83％、84％、85％或更高的序列相似性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域与蛋白质A的结合减少或不显著或基本上不结合，或不可检测地与蛋白质A结合。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域以大于10-6M的结合平衡解离常数(KD)与蛋白质A结合。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域以低于10nM，例如，低于9.5nM、9.0nM、8.5nM、8.0nM、7.5nM、7.0nM、6.5nM、6.0nM、5.5nM、5.0nM、4.5nM、4.0nM、3.5nM、3.0nM或更低的KD与CD3结合。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域以低于3.0nM(例如，2.5nM)的KD与CD3结合。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子在人或食蟹猴中具有至少3天，例如，至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少8天、至少9天、至少10天、至少11天、至少12天、至少13天、至少14天、至少15天、至少16天或更长的血清半衰期。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子在人或食蟹猴中具有至少7天的血清半衰期。在一些实施方案中，多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子在人中具有至少7天的血清半衰期。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域以低于7.0nM，例如，低于6.5nM、6.0nM、5.5nM、5.0nM、4.5nM、4.0nM、3.5nM、3.0nM或更低的KD与CD3结合，并且多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子在人或食蟹猴中具有至少5天，例如，至少5.5天、至少6天、至少6.5天、至少7天、至少7.5天、至少8天、至少8.5天、至少9天、至少10天、至少11天、至少12天、至少13天、至少14天或更长的血清半衰期。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域以低于3.0nM(例如，2.5nM)的KD与CD3结合，并且多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子在人或食蟹猴中具有至少7天的血清半衰期。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域以低于3.0nM(例如，2.5nM)的KD与CD3结合，并且多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子在人中具有至少7天的血清半衰期。在一些实施方案中，该第一VH、该第一VL、该第二VH和该第二VL的至少一者中的至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少85％、至少90％或更多的N-连接的糖基化位点是唾液酸化的。在一些实施方案中，该第一VH、该第一VL、该第二VH和该第二VL的至少一者中的N-连接的糖基化位点具有至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少85％、至少90％或更多的唾液酸占据率(例如，包含一个或两个末端唾液酸残基的聚糖)。在一些实施方案中，该第一VH、该第一VL、该第二VH和该第二VL的至少一者中的唾液酸化的N-连接的糖基化位点包含1至5个唾液酸残基，例如1至4个唾液酸残基，例如1至3个唾液酸残基，例如1至2个唾液酸残基。在一些实施方案中，该第一VH、该第一VL、该第二VH和该第二VL的至少一者被N-乙酰神经氨酸(NANA)唾液酸化。在一些实施方案中，唾液酸残基存在于双触角结构中。在一些实施方案中，唾液酸残基存在于复杂的N-连接的聚糖结构中。在一些实施方案中，唾液酸残基存在于杂合的N-连接的聚糖结构中。在一些实施方案中，聚糖是末端唾液酸化的。
在另一个方面，提供了编码如本文所述的多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子的至少第一VH和第一VL的一种或多种多核苷酸。在一些实施方案中，该一种或多种多核苷酸还包括编码如本文所述的多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子的第二VH和第二VL的一种或多种多核苷酸。在一些实施方案中，该一个或多个多核苷酸包括编码如本文所述的多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子的第一抗原结合结构域的HC以及第二抗原结合结构域的HC和LC的一种或多种多核苷酸，该第一抗原结合结构域是scFV，该第二抗原结合结构域是Fab。在一些实施方案中，该一种或多种多核苷酸包括编码多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子的第一抗原结合结构域的HC和LC以及第二抗原结合结构域的HC的一种或多种多核苷酸，该第一抗原结合结构域是Fab，该第二抗原结合结构域是scFv或CD4的EC结构域。在一些实施方案中，该一种或多种多核苷酸包括编码多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子的第一抗原结合结构域的HC和LC以及第二抗原结合结构域的HC的一种或多种多核苷酸，该第一抗原结合结构域是Fab，该第二抗原结合结构域是CD4的EC结构域。在一些实施方案中，该一种或多种多核苷酸编码如本文所述的多特异性抗原结合分子，包含以下多核苷酸序列，或分别与如下所示的多核苷酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的多核苷酸序列：SEQ ID NO:995、996和997；SEQ ID NO:998、999和1000；SEQ IDNO:1001、1002和1003；SEQ ID NO:1004、1005和1000；SEQ ID NO:1006、1002和997；SEQ IDNO:1007、1093和1000；SEQ ID NO:998、1008和1000；SEQ ID NO:998、1009和1000；SEQ IDNO:1010、1011和1012；SEQ ID NO:1013、1014和1015；SEQ ID NO:1016、1017和1012；SEQ IDNO:1018、1019和1012；SEQ ID NO:1018、1020和1012；SEQ ID NO:1021、1022和1023；或SEQID NO:1024、1025和1023。在一些实施方案中，该一种或多种多核苷酸编码如本文所述的多特异性抗原结合分子，包含分别与如下所示的多核苷酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的多核苷酸序列：SEQ ID NO:995、996和997。在一些实施方案中，该一种或多种多核苷酸编码如本文所述的多特异性抗原结合分子，包含与如下所示的多核苷酸序列具有至少95％(例如，至少96％、至少97％、至少98％或至少99％)同一性的多核苷酸序列：SEQ ID NO:995、996和997。在一些实施方案中，该一种或多种多核苷酸编码如本文所述的多特异性抗原结合分子，包含以下多核苷酸序列：SEQ ID NO:995、996和997。在一些实施方案中，该一种或多种多核苷酸编码如本文所述的多特异性抗原结合分子，包含分别与如下所示的多核苷酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的多核苷酸序列：SEQ ID NO:998、999和1000。在一些实施方案中，该一种或多种多核苷酸编码如本文所述的多特异性抗原结合分子，包含与如下所示的多核苷酸序列具有至少95％(例如，至少96％、至少97％、至少98％或至少99％)同一性的多核苷酸序列：SEQ ID NO:998、999和1000。在一些实施方案中，该一种或多种多核苷酸编码如本文所述的多特异性抗原结合分子，包含以下多核苷酸序列：SEQ ID NO:998、999和1000。在一些实施方案中，该一种或多种多核苷酸由DNA或RNA组成。在一些实施方案中，该一种或多种多核苷酸由mRNA组成。在一些实施方案中，该一种或多种多核苷酸包含用于在人细胞中有效表达的密码子偏好性。在进一步的方面，提供了包含如本文所述的一种或多种多核苷酸的脂复合物，例如，脂质纳米颗粒(LNP)。在进一步的方面，提供了一种或多种表达盒，该一种或多种表达盒包含可操作地连接到如本文所述的一种或多种多核苷酸的一个或多个调控序列。
在进一步的方面，提供了一种或多种表达载体，该一种或多种表达载体包含可操作地连接到如本文所述的一种或多种多核苷酸或一种或多种表达盒的一个或多个调控序列。在一些实施方案中，该一种或多种表达载体包括质粒载体或病毒载体。在一些实施方案中，该一种或多种表达载体包含三种、四种或五种表达盒或顺反子。在一些实施方案中，表达载体任选地以从5′至3′的先后顺序包含：(i)第一表达盒或顺反子，包含编码抗HIVgp120 VL-轻链恒定结构域(CL)融合蛋白的第一多核苷酸；(ii)第二表达盒或顺反子，包含编码抗HIV gp120 VH-Fc融合蛋白的第二多核苷酸；和(iii)第三表达盒或顺反子，包含编码抗CD3 scFv-Fc融合蛋白的第三多核苷酸。在一些实施方案中，该抗HIV gp120 VL-CL融合蛋白、该抗HIV gp120 VH-Fc融合蛋白和该抗CD3 scFv-Fc融合蛋白分别包含如下所示的氨基酸序列，或者分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:802、801和800；SEQ ID NO:802、803和800；SEQ IDNO:802、803和804；SEQ ID NO:802、805和804；SEQ ID NO:802、801和806；SEQ ID NO:802、803和806；SEQ ID NO:802、803和807；SEQ ID NO:802、805和807；SEQ ID NO:802、809和808；SEQ ID NO:802、810和808；SEQ ID NO:802、801和811；SEQ ID NO:802、809和812；SEQID NO:802、810和812；SEQ ID NO:802、805和813；SEQ ID NO:802、814和812；SEQ ID NO:802、801和815；SEQ ID NO:802、805和816；SEQ ID NO:802、801和817；SEQ ID NO:802、805和818；SEQ ID NO:802、810和819；SEQ ID NO:802、810和820；SEQ ID NO:823、822和821；SEQ ID NO:823、825和824；SEQ ID NO:823、825和826；SEQ ID NO:823、827和826；SEQ IDNO:823、829和828；SEQ ID NO:823、822和830；SEQ ID NO:823、825和830；SEQ ID NO:823、825和831；SEQ ID NO:823、827和831；SEQ ID NO:823、833和832；SEQ ID NO:823、829和832；SEQ ID NO:823、827和834；SEQ ID NO:823、829和835；SEQ ID NO:823、829和836；SEQID NO:823、833和837；SEQ ID NO:823、838和837；SEQ ID NO:823、840和839；SEQ ID NO:823、829和841；SEQ ID NO:823、829和842；SEQ ID NO:823、829和843；SEQ ID NO:823、829和844；SEQ ID NO:823、829和845；SEQ ID NO:823、829和846；SEQ ID NO:823、833和846；SEQ ID NO:823、838和846；SEQ ID NO:823、827和847；SEQ ID NO:823、829和848；SEQ IDNO:823、829和849；SEQ ID NO:823、829和850；SEQ ID NO:823、829和851；SEQ ID NO:823、829和852；SEQ ID NO:823、829和853；SEQ ID NO:823、829和854；SEQ ID NO:823、829和855；SEQ ID NO:823、829和856；SEQ ID NO:823、829和857；SEQ ID NO:823、829和858；SEQID NO:823、829和859；SEQ ID NO:823、829和860；SEQ ID NO:863、862和861；SEQ ID NO:863、864和861；SEQ ID NO:863、864和865；SEQ ID NO:863、866和865；SEQ ID NO:863、868和867；SEQ ID NO:863、862和869；SEQ ID NO:863、864和869；SEQ ID NO:863、864和870；SEQ ID NO:863、866和870；SEQ ID NO:863、872和871；SEQ ID NO:863、868和871；SEQ IDNO:863、862和873；SEQ ID NO:863、866和874；SEQ ID NO:863、872和875；SEQ ID NO:863、868和875；SEQ ID NO:863、876和875；SEQ ID NO:863、862和877；SEQ ID NO:863、866和878；SEQ ID NO:863、862和879；SEQ ID NO:863、866和880；SEQ ID NO:883、882和881；SEQID NO:883、884和881；SEQ ID NO:883、884和885；SEQ ID NO:883、886和885；SEQ ID NO:883、888和887；SEQ IDNO:883、882和889；SEQ ID NO:883、884和889；SEQ ID NO:883、884和890；SEQ ID NO:883、886和890；SEQ ID NO:883、892和891；SEQ ID NO:883、888和891；SEQID NO:883、882和883；SEQ ID NO:883、886和894；SEQ ID NO:883、892和895；SEQ ID NO:883、888和895；SEQ ID NO:883、896和895；SEQ ID NO:883、882和897；SEQ ID NO:883、886和898；SEQ ID NO:883、882和899；或SEQ ID NO:883、886和900。在一些实施方案中，表达载体任选地以从5′至3′的先后顺序包含：(i)第一表达盒或顺反子，包含编码抗CD3 VL-CL融合蛋白的第一多核苷酸；(ii)第二表达盒或顺反子，包含编码抗CD3 VH-Fc融合蛋白的第二多核苷酸；和(iii)第三表达盒或顺反子，包含编码CD4胞外(EC)结构域-Fc融合蛋白的第三多核苷酸。在一些实施方案中，该抗CD3 VL-CL融合蛋白、该抗CD3 VH-Fc融合蛋白和该CD4EC结构域-Fc融合蛋白分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:753、752和751；SEQ ID NO:753、752和754；SEQ ID NO:753、756和755；SEQ ID NO:753、757和755；SEQ ID NO:753、757和758；SEQ ID NO:753、756和759；SEQ ID NO:761、760和754；SEQ IDNO:761、760和762；SEQ ID NO:753、763和751；SEQ ID NO:753、752和764；SEQ ID NO:753、752和765；SEQ ID NO:753、767和766；SEQ ID NO:753、768和766；SEQ ID NO:753、768和769；SEQ ID NO:753、767和770；SEQ ID NO:761、771和765；SEQ ID NO:761、771和772；SEQID NO:776、775和774；SEQ ID NO:776、778和777；SEQ ID NO:776、778和779；SEQ ID NO:776、780和779；SEQ ID NO:776、781和777；SEQ ID NO:753、752和782；SEQ ID NO:753、752和783；SEQ ID NO:753、785和784；SEQ ID NO:753、786和784；SEQ ID NO:753、786和787；SEQ ID NO:753、785和788；SEQ ID NO:761、789和783；SEQ ID NO:761、789和790；SEQ IDNO:794、793和792；SEQ ID NO:794、796和795；SEQ ID NO:794、796和797；SEQ ID NO:794、798和797；或SEQ ID NO:794、799和795。在一些实施方案中，该抗CD3 VL-CL融合蛋白、该抗CD3 VH-Fc融合蛋白和该CD4 EC结构域-Fc融合蛋白分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:753、752和751。在一些实施方案中，该抗CD3 VL-CL融合蛋白、该抗CD3 VH-Fc融合蛋白和该CD4 EC结构域-Fc融合蛋白分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:753、752和751。在一些实施方案中，该第一表达盒或顺反子、第二表达盒或顺反子和第三表达盒或顺反子各自包含相同或相等转录强度的启动子，例如组成型启动子，例如，选自巨细胞病毒(CMV)、SV40、RSV、EF1a、UBC、PGK和CAGG的启动子。在一些实施方案中，该第一表达盒或顺反子、第二表达盒或顺反子和第三表达盒或顺反子包含不同转录强度的一种或多种启动子。在实施方案中，表达载体还包含位于第一表达盒或顺反子5′处的第四表达盒或顺反子，该第四表达盒或顺反子包含编码真核选择标记蛋白例如谷氨酰胺合成酶(GS)的多核苷酸。通常，该第四表达盒或顺反子(位于第一表达盒5′处并包含编码真核选择标记蛋白的多核苷酸)从与第一表达盒或顺反子、第二表达盒或顺反子和第三表达盒或顺反子相同的链翻译而来。
在进一步的方面，提供了细胞或细胞群。在各种实施方案中，细胞或细胞群包含如本文所述的一种或多种多核苷酸、一种或多种表达盒或者一种或多种表达载体。在一些实施方案中，细胞或细胞群包括真核细胞。在一些实施方案中，细胞或细胞群包括哺乳动物细胞、昆虫细胞、植物细胞或酵母细胞。在一些实施方案中，哺乳动物细胞是中国仓鼠卵巢(CHO)细胞。在一些实施方案中，哺乳动物细胞是人细胞。在一些实施方案中，细胞是人胚胎肾细胞。在一些实施方案中，细胞主要唾液酸化所表达的抗原结合分子的可变结构域(Fv)中的N-连接的糖基化位点。在一些实施方案中，所表达的抗原结合分子的可变结构域(Fv)中的至少50％、至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％或更多的N-连接的糖基化位点是唾液酸化的。
在进一步的方面，提供了药物组合物，该药物组合物包含如本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子，以及药学上可接受的载体。在相关方面，提供了药物组合物，该药物组合物包含编码本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子的本文所述的一种或多种多核苷酸，或本文所述的脂复合物(例如，LNP)，以及药学上可接受的载体。在一些实施方案中，药物组合物包含水性制剂。在一些实施方案中，药物组合物包含浓度为0.1mg/ml至150mg/ml，例如0.1mg/ml至100mg/ml，例如1mg/ml至100mg/ml，例如5mg/ml至60mg/ml，例如20mg/ml至150mg/ml或10mg/ml至50mg/ml的本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子。在一些实施方案中，药物组合物是冻干的。在一些实施方案中，药物组合物被配制用于静脉内、肌内或皮下施用。在一些实施方案中，药物组合物还包含用于治疗HIV感染的第二药剂。在一些实施方案中，药物组合物还包含toll样受体(TLR)激动剂或IL-15受体激动剂。在一些实施方案中，药物组合物包含多特异性抗原结合分子和任选的IL-15受体激动剂，该多特异性抗原结合分子具有第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域，该第一抗原结合结构域与CD3结合，该第二抗原结合结构域与CD4结合位点(CD4bs)中gp120的表位或区域结合并且包含CD4的一个或多个胞外(EC)结构域。在一些实施方案中，CD4的该一个或多个EC结构域包含如SEQ ID NO:746-749所示的序列，或与SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含与SEQ ID NO:746的序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含与SEQ ID NO:746的序列具有至少95％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含与SEQ ID NO:746的序列具有至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含SEQ ID NO:746的序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQID NO:1、11、8、4、9和10，或SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ IDNO:746的CD4 EC结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ IDNO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％(例如，至少96％、至少97％、至少98％或至少99％)同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％(例如，至少96％、至少97％、至少98％或至少99％)同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ IDNO:34、42、40、37、41和25，或SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％(例如，至少96％、至少97％、至少98％或至少99％)同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:49和55；SEQ ID NO:50和55；SEQ ID NO:50和56；SEQ ID NO:51和55；或SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，TLR激动剂是TLR2激动剂、TLR3激动剂、TLR7激动剂、TLR8激动剂或TLR9激动剂。在一些实施方案中，药物组合物还包含TLR7激动剂，该TLR7激动剂选自：维沙莫德、咪喹莫特和瑞喹莫特。在一些实施方案中，药物组合物包含第一多特异性抗原结合分子和第二或另外的抗原结合分子，其中该第一多特异性抗原结合分子和该第二或另外的抗原结合分子与选自以下的gp120的不同表位或区域结合：(i)包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)；(ii)第二可变环(V2)(例如，Env三聚体顶点)；(iii)CD4结合位点(CD4bs)；(iv)gp120/gp41交界面；或者(v)gp120的沉默面。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)结合，并且第二或另外的抗原结合分子与CD4结合位点(CD4bs)结合。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03，并且第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134，并且第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、VRC07和VRC07-523。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134，并且第二或另外的抗原结合分子包含CD4的EC结构域。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与CD4结合位点(CD4bs)结合，并且第二或另外的抗原结合分子与包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)结合。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25，并且第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、VRC07和VRC07-523，并且第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与CD4的EC结构域竞争或包含该结构域，并且第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与CD4的EC结构域竞争或包含该结构域，并且第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134。在一些实施方案中，药物组合物还包含另外的抗原结合分子，这些另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。在一些实施方案中，药物组合物还包含另外的抗原结合分子，这些另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、VRC07和VRC07-523。在一些实施方案中，药物组合物包含：(i)如本文所述的包含CD4的EC结构域的多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子；(ii)与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域的抗体或多特异性抗原结合分子：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134；和(iii)与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域的抗体或多特异性抗原结合分子：GS-9723、GS-5423、3BNC117、VRC07和VRC07-523。在一些实施方案中，药物组合物包含另外的多特异性抗原结合分子，该另外的多特异性抗原结合分子与抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域，该抗体与gp120第二可变环(V2)(例如，Env三聚体顶点)结合。在一些实施方案中，药物组合物包含另外的多特异性抗原结合分子，该另外的多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：PG9、PG16、PGC14、PGG14、PGT-142、PGT-143、PGT-144、PGT-145、CH01、CH59、PGDM1400、CAP256、CAP256-VRC26.08、CAP256-VRC26.09、CAP256-VRC26.25、PCT64-24E和VRC38.01。在一些实施方案中，药物组合物包含另外的多特异性抗原结合分子，该另外的多特异性抗原结合分子与抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域，该抗体与gp120/gp41交界面结合。在一些实施方案中，药物组合物包含另外的多特异性抗原结合分子，该另外的多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：PGT-151、CAP248-2B、35O22、8ANC195、ACS202、VRC34和VRC34.01。在一些实施方案中，药物组合物包含另外的多特异性抗原结合分子，该另外的多特异性抗原结合分子与抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域，该抗体与膜近侧区域(MPER)中的gp41的表位或区域结合。在一些实施方案中，药物组合物包含另外的多特异性抗原结合分子，该另外的多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：10E8、10E8v4、10E8-5R-100cF、4E10、DH511.11P、2F5、7b2和LN01。在一些实施方案中，药物组合物包含对HIV进行结合、抑制和中和中的至少一者的另外的抗原结合分子或其抗原结合片段，或编码该另外的抗原结合分子或其抗原结合片段的多核苷酸，其中该另外的抗原结合分子或抗原结合片段不与一种或多种多特异性抗原结合分子竞争结合gp120。
在进一步的方面，提供了包含一个或多个容器的试剂盒，该一个或多个容器包含如本文所述的一种或多种多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子、一种或多种多核苷酸、脂复合物(例如，LNP)或药物组合物。在一些实施方案中，试剂盒包括在一个或多个容器(例如，一个或多个小瓶、安瓿、注射器)中的一个或多个单位剂量的一种或多种多特异性抗原结合分子或者一种或多种多核苷酸。在一些实施方案中，试剂盒包括在单独容器中的一个或多个单位剂量的一种或多种多特异性抗原结合分子和用于治疗HIV感染的第二药剂。在一些实施方案中，试剂盒还包括toll样受体(TLR)激动剂和IL-15受体激动剂中的至少一者。在一些实施方案中，试剂盒包括多特异性抗原结合分子和任选的IL-15受体激动剂，该多特异性抗原结合分子具有第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域，该第一抗原结合结构域与CD3结合，该第二抗原结合结构域与CD4结合位点(CD4bs)中gp120的表位或区域结合并且包含CD4的一个或多个胞外(EC)结构域。在一些实施方案中，CD4的该一个或多个EC结构域包含如SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)所示的序列，或与SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含与SEQ ID NO:746的序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含与SEQ ID NO:746的序列具有至少95％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含与SEQ ID NO:746的序列具有至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含SEQ ID NO:746的序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、11、8、4、9和10，或SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ IDNO:28、29、32、31、24和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、42、40、37、41和25，或SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:49和55；SEQ ID NO:50和55；SEQ ID NO:50和56；SEQ ID NO:51和55；或SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，TLR激动剂是TLR2激动剂、TLR3激动剂、TLR7激动剂、TLR8激动剂或TLR9激动剂。在一些实施方案中，TLR7激动剂选自维沙莫德、咪喹莫特和瑞喹莫特。在一些实施方案中，试剂盒包括第一多特异性抗原结合分子和第二或另外的抗原结合分子，其中该第一多特异性抗原结合分子和该第二或另外的抗原结合分子与选自以下的gp120的不同表位或区域结合：(i)包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)；(ii)第二可变环(V2)(例如，Env三聚体顶点)；(iii)CD4结合位点(CD4bs)；(iv)gp120/gp41交界面；或者(v)gp120的沉默面。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)结合，并且第二或另外的抗原结合分子与CD4结合位点(CD4bs)结合。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03，并且第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134，并且第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、VRC07和VRC07-523。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722和PGT-121，并且第二或另外的抗原结合分子包含CD4的EC结构域。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与CD4结合位点(CD4bs)结合，并且第二或另外的抗原结合分子与包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)结合。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25，并且第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、VRC07和VRC07-523，并且第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与CD4的EC结构域竞争或包含该结构域，并且第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与CD4的EC结构域竞争或包含该结构域，并且第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134。在一些实施方案中，试剂盒还包括第二或另外的抗原结合分子，该第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。在一些实施方案中，试剂盒还包括第二或另外的抗原结合分子，该第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、VRC07和VRC07-523。在一些实施方案中，试剂盒包括：(i)本文所述的包含CD4的EC结构域的多特异性抗原结合分子；(ii)与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域的抗体或多特异性抗原结合分子：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134；和(iii)与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域的抗体或多特异性抗原结合分子：GS-9723、GS-5423、3BNC117、VRC07和VRC07-523。在一些实施方案中，试剂盒包括两个或更多个单位剂量，其中这些单位剂量相同或不同。
在进一步的方面，提供了产生本文所述的多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子的方法。在一些实施方案中，产生方法包括：(a)在足以表达多特异性抗原结合分子的条件下，在细胞培养物中培养用本文所述的一种或多种多核苷酸或本文所述的一种或多种表达盒转化的本文所述的细胞或细胞群；以及(b)从该细胞培养物中分离或纯化抗原结合分子。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域是scFv，并且第二抗原结合结构域是Fab。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域是Fab，并且第二抗原结合结构域是Fab或CD4的EC结构域。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域是Fab，并且第二抗原结合结构域是CD4的EC结构域。在一些实施方案中，包含第一抗原结合结构域的多肽和包含第二抗原结合结构域的多肽在同一细胞中表达和组装。在一些实施方案中，分离或纯化步骤包括蛋白质A亲和层析。在一些实施方案中，分离或纯化至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更多的多特异性抗原结合分子。在一些实施方案中，分离或纯化步骤还包括离子交换色谱。在一些实施方案中，分离或纯化至少95％、96％、97％、98％、99％或更多的多特异性抗原结合分子。在一些实施方案中，将至少95％、96％、97％、98％、99％或更多的多特异性抗原结合分子分离或纯化为非聚集的可溶性异源二聚体，如使用尺寸排阻色谱法(SEC)所确定的。在一些实施方案中，所分离或纯化的多特异性抗原结合分子具有增加的均质性，如通过分析型离子交换色谱评估的，其中代表未修饰的靶物质的主峰的积分面积是所有积分蛋白质峰面积总和的至少95％、96％、97％、98％或更多。在一些实施方案中，所分离或纯化的抗原结合分子具有少于35％、30％、25％、20％、15％、10％、9％、8％、7％或更少的酸性污染物。在一些实施方案中，细胞或细胞群在至少2L，例如，至少5L、10L、50L、100L、150L、200L、250L或更多的培养物体积中培养。在一些实施方案中，这些方法还包括将抗原结合分子配制成适于向人受试者施用的无菌药物组合物。
在另一个方面，提供了治疗或预防对其有需要的人受试者的HIV的方法。在一些实施方案中，这些方法包括向受试者施用有效量的本文所述的一种或多种多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子或本文所述的药物组合物。在相关方面，提供了预防或治疗HIV感染或HIV相关疾病的方法。在一些实施方案中，这些方法包括以下步骤：鉴定需要这种预防或治疗的患者，并向所述患者施用第一治疗剂，该第一治疗剂包含治疗有效量的本文所述的至少一种多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子或本文所述的药物组合物。在一些实施方案中，这些方法还包括向受试者施用用于治疗HIV感染的第二药剂。在一些实施方案中，受试者未接受抗逆转录病毒治疗(ART)，或者在施用一种或多种多特异性抗原结合分子之前中断ART。在一些实施方案中，在一次或多次施用一种或多种多特异性抗原结合分子之后中断ART。在一些实施方案中，这些方法还包括向受试者施用一种或多种抗逆转录病毒治疗(ART)剂。在一些实施方案中，这些方法还包括向受试者施用TLR激动剂和IL-15受体激动剂中的至少一者。在一些实施方案中，该方法包括施用多特异性抗原结合分子和任选的IL-15受体激动剂，该多特异性抗原结合分子具有第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域，该第一抗原结合结构域与CD3结合，该第二抗原结合结构域与CD4结合位点(CD4bs)中gp120的表位或区域结合并且包含CD4的一个或多个胞外(EC)结构域。在一些实施方案中，CD4的该一个或多个EC结构域包含如SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)所示的序列，或与SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含与SEQ ID NO:746的序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含与SEQ ID NO:746的序列具有至少95％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含与SEQ ID NO:746的序列具有至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含SEQ ID NO:746的序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、11、8、4、9和10，或SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ IDNO:17、18、23、20、24和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、42、40、37、41和25，或SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:49和55；SEQ ID NO:50和55；SEQ ID NO:50和56；SEQ ID NO:51和55；或SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，TLR激动剂是TLR2激动剂、TLR3激动剂、TLR7激动剂、TLR8激动剂或TLR9激动剂。在一些实施方案中，TLR7激动剂选自维沙莫德、咪喹莫特和瑞喹莫特。在一些实施方案中，该方法包括施用第一多特异性抗原结合分子和第二或另外的抗原结合分子，其中该第一多特异性抗原结合分子和该第二或另外的抗原结合分子与选自以下的gp120的不同表位或区域结合：(i)包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)；(ii)第二可变环(V2)(例如，Env三聚体顶点)；(iii)CD4结合位点(CD4bs)；(iv)gp120/gp41交界面；或者(v)gp120的沉默面。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)结合，并且第二或另外的抗原结合分子与CD4结合位点(CD4bs)结合。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03，并且第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134，并且第二或另外的抗原结合分子与来自以下的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、VRC07和VRC07-523。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134，并且第二或另外的抗原结合分子包含CD4的EC结构域。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与CD4结合位点(CD4bs)结合，并且第二或另外的抗原结合分子与包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)结合。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25，并且第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、VRC07和VRC07-523，并且第二或另外的抗原结合分子与来自以下的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与CD4的EC结构域竞争或包含该结构域，并且第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与CD4的EC结构域竞争或包含该结构域，并且第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134。在一些实施方案中，该方法还包括施用第二或另外的抗原结合分子，该第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。在一些实施方案中，该方法还包括施用第二或另外的抗原结合分子，该第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、VRC07和VRC07-523。在一些实施方案中，该方法包括共同施用：(i)本文所述的包含CD4的EC结构域的多特异性抗原结合分子；(ii)与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域的抗体或多特异性抗原结合分子：10-1074、10 1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134；和(iii)与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域的抗体或多特异性抗原结合分子：GS-9723、GS 5423、3BNC117、VRC07和VRC07-523。在一些实施方案中，该方法还包括向人受试者施用对HIV进行结合、抑制和中和中的至少一者的另外的抗原结合分子或其抗原结合片段，或施用编码该另外的抗原结合分子或其抗原结合片段的多核苷酸。在一些实施方案中，该方法包括施用抗体或多特异性抗原结合分子，该抗体或多特异性抗原结合分子与VH区域和VL区域竞争或包含这些区域，这些区域与包含N332寡甘露糖聚糖的gp120第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)结合，并且人受试者感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV，其中位置和残基参考SEQ ID NO:69：N332聚糖、D325和T63；N332聚糖、D325和L179；N332聚糖、D325和T320；N332聚糖、D325和H330；N332聚糖、D325、T63和L179；N332聚糖、D325、T63和T320；N332聚糖、D325、T63和H330；N332聚糖、D325、L179和T320；N332聚糖、D325、L179和H330；N332聚糖、D325、T320和H330；N332聚糖、D325、T63、T320和H330；N332聚糖、D325、T63、L179和T320；N332聚糖、D325、T63、L179和H330；N332聚糖、D325、L179、T320和H330；或N332聚糖、D325、T63、L179、T320和H330。在一些实施方案中，该方法包括施用抗体或多特异性抗原结合分子，该抗体或多特异性抗原结合分子与VH区域和VL区域竞争或包含这些区域，这些区域与gp120 CD4结合位点结合，并且其中人受试者感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV，其中位置和残基参考SEQ ID NO:73：I201和F353；I201、I108和F353；I201、I108、A281和F353；I201、E102、I108、A281和F353；或I201、E102、I108、A281、Y318和F353。在一些实施方案中，该方法需要以预定的时间间隔任选地与TLR激动剂或IL-15受体激动剂一起多次施用一种或多种多特异性抗原结合分子。在一些实施方案中，该方法包括施用多特异性抗原结合分子和任选的IL-15受体激动剂，该多特异性抗原结合分子具有第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域，该第一抗原结合结构域与CD3结合，该第二抗原结合结构域与CD4结合位点(CD4bs)中gp120的表位或区域结合并且包含CD4的一个或多个胞外(EC)结构域，其中该多特异性抗原结合分子和该IL-15受体激动剂以预定的时间间隔独立地施用。在一些实施方案中，CD4的该一个或多个EC结构域包含如SEQ ID NO:746-749所示的序列，或与SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、11、8、4、9和10，或SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ IDNO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、42、40、37、41和25，或SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ IDNO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:49和55；SEQ ID NO:50和55；SEQ ID NO:50和56；SEQ ID NO:51和55；或SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，受试者慢性感染了HIV。在一些实施方案中，全身或局部施用一种或多种多特异性抗原结合分子、多核苷酸、载体、LNP和/或药物组合物。在一些实施方案中，一种或多种多特异性抗原结合分子、多核苷酸、载体、LNP和/或药物组合物经由选自静脉内、皮下、肌内、皮内和粘膜(例如，口腔、鼻内、直肠内、阴道内)的途径施用。在一些实施方案中，通过相同的施用途径施用一种或多种多特异性抗原结合分子、多核苷酸、载体、LNP和/或药物组合物以及一种或多种附加治疗剂。在一些实施方案中，通过不同的施用途径施用一种或多种多特异性抗原结合分子、多核苷酸、载体、LNP和/或药物组合物以及一种或多种附加治疗剂。在一些实施方案中，根据相同的时间表共同施用(例如，以相同的时间间隔共同施用)一种或多种多特异性抗原结合分子、多核苷酸、载体、LNP和/或药物组合物以及一种或多种附加治疗剂。在一些实施方案中，根据不同的时间表共同施用(例如，以不同的时间间隔共同施用)一种或多种多特异性抗原结合分子、多核苷酸、载体、LNP和/或药物组合物以及一种或多种附加治疗剂。在一些实施方案中，一种或多种多特异性抗原结合分子、多核苷酸、载体、LNP和/或药物组合物以每次施用1μg/kg至5μg/kg，例如350μg/kg至550μg/kg，例如0.3mg/kg至30mg/kg，例如2mg/kg至10mg/kg，例如1μg/kg至最多2μg/kg、3μg/kg、4μg/kg、5μg/kg、10μg/kg、50μg/kg、100μg/kg、250μg/kg、300μg/kg、350μg/kg、400μg/kg、410μg/kg、420μg/kg、430μg/kg、440μg/kg、450μg/kg、460μg/kg、470μg/kg、480μg/kg、490μg/kg、500μg/kg、750μg/kg、1mg/kg、1.5mg/kg、2mg/kg、2.5mg/kg、3mg/kg、3.5mg/kg、4mg/kg、4.5mg/kg、5mg/kg、6mg/kg、7mg/kg、8mg/kg、9mg/kg、10mg/kg、15mg/kg、20mg/kg、25mg/kg、30mg/kg、35mg/kg、40mg/kg、45mg/kg或50mg/kg体重的范围内的剂量施用。在一些实施方案中，一种或多种多特异性抗原结合分子、多核苷酸、载体、LNP和/或药物组合物以每次施用0.05mg至1000mg，例如每次施用0.05mg至150mg，例如每次施用0.05mg至0.35mg，例如每次施用25mg至50mg，例如每次施用30mg至35mg，例如每次施用10mg至1000mg，例如每次施用50mg至1000mg，例如每次施用100mg至700mg，例如每次施用至少0.05mg至最多0.1mg、0.2mg、0.3mg、0.35mg、0.4mg、0.5mg、0.6mg、0.7mg、0.8mg、1.0mg、5mg、10mg、25mg、30mg、35mg、40mg、45mg、50mg、60mg、70mg、80mg、90mg、100mg、200mg、300mg、400mg、500mg、600mg、700mg、800mg、900mg或1000mg的范围内的剂量施用。在一些实施方案中，该方法需要以预定的时间间隔任选地与一种或多种附加治疗剂一起多次施用一种或多种多特异性抗原结合分子、多核苷酸、载体、LNP和/或药物组合物。在一些实施方案中，该方法需要在至少约2周、3周、1个月、6周、2个月、10周、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月、13个月、14个月、15个月、16个月、17个月、18个月、19个月、20个月、21个月、22个月、23个月、24个月或更长的时间段内施用。在一些实施方案中，该方法需要以间隔至少1周且最多至少2周、3周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月或6个月的预定的时间间隔施用一次或多次。在一些实施方案中，每周一次(即QW)、两周一次(即每隔一周一次或每两周一次或Q2W)、三周一次(即每三周一次或Q3W)、每月一次(即QM)或两月一次给药(即每隔一个月一次或每两个月一次或Q2M)、每三个月一次(Q3M)、每四个月一次(Q4M)、每五个月一次(Q5M)、每六个月一次(Q6M)或以更低频率施用一种或多种多特异性抗原结合分子、多核苷酸、载体、LNP和/或药物组合物。在一些实施方案中，一种或多种多特异性抗原结合分子、多核苷酸、载体、LNP和/或药物组合物以两周一次(即每隔一周一次或每两周一次或Q2W)至三周一次(即每三周一次或Q3W)之间的一个或多个间隔静脉内或皮下施用两次、三次、四次、五次或更多次。在一些实施方案中，该方法需要一种或多种多特异性抗原结合分子在人中具有至少3天，例如，至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少8天、至少9天、至少10天、至少11天、至少12天、至少13天、至少14天、至少15天、至少16天或更长的血清半衰期。在一些实施方案中，受试者或哺乳动物是人。在一些实施方案中，在没有抗逆转录病毒治疗(ART)的情况下，受试者在至少6个月、至少1年、至少2年、至少3年或更长时间未表现出HIV或AIDS的症状。在一些实施方案中，受试者在没有抗逆转录病毒治疗(ART)的情况下至少6个月、至少1年、至少2年、至少3年或更长时间具有小于500例如小于400、小于300、小于200、小于100、小于50的病毒载量拷贝/ml血液。
在相关方面，提供了治疗或预防对其有需要的人受试者的HIV的方法。在一些实施方案中，这些方法包括：(a)鉴定感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV的人受试者，其中位置和残基参考SEQ ID NO:69：N332聚糖、D325和T63；N332聚糖、D325和L179；N332聚糖、D325和T320；N332聚糖、D325和H330；N332聚糖、D325、T63和L179；N332聚糖、D325、T63和T320；N332聚糖、D325、T63和H330；N332聚糖、D325、L179和T320；N332聚糖、D325、L179和H330；N332聚糖、D325、T320和H330；N332聚糖、D325、T63、T320和H330；N332聚糖、D325、T63、L179和T320；N332聚糖、D325、T63、L179和H330；N332聚糖、D325、L179、T320和H330；或N332聚糖、D325、T63、L179、T320和H330；以及(b)向受试者施用有效量的本文所述的多特异性抗原结合分子或本文所述的药物组合物，其中第二结合结构域与VH区域和VL区域竞争或包含这些区域，这些区域与包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)结合。在一些实施方案中，这些方法包括鉴定感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV或HIV群体的受试者：N332聚糖、D325和T63；N332聚糖、D325和L179；N332聚糖、D325和T320；或N332聚糖、D325和H330。在一些实施方案中，这些方法包括鉴定感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV或HIV群体的受试者：N332聚糖、D325、T63和L179；N332聚糖、D325、T63和T320；N332聚糖、D325、T63和H330；N332聚糖、D325、L179和T320；N332聚糖、D325、L179和H330；或N332聚糖、D325、T320和H330。在一些实施方案中，这些方法包括鉴定感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV或HIV群体的受试者：N332聚糖、D325、L179、T320和H330；N332聚糖、D325、T63、T320和H330；N332聚糖、D325、T63、L179和T320；或N332聚糖、D325、T63、L179和H330。在一些实施方案中，这些方法包括鉴定感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV或HIV群体的受试者：N332聚糖、D325、T63和H330；N332聚糖、D325、T320和H330；N332聚糖、D325、L179、T320和H330；或N332聚糖、D325、T63、L179、T320和H330。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-9721、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-9721、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134。在一些实施方案中，该方法需要治疗或预防对其有需要的人受试者的HIV，该方法包括：(a)鉴定感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV的人受试者，其中位置和残基参考SEQID NO:73：(i)I201和F353；(ii)I201、I108和F353；(iii)I201、I108、A281和F353；(iv)I201、E102、I108、A281和F353；或(v)I201、E102、I108、A281、Y318和F353；以及(b)向受试者施用有效量的多特异性抗原结合分子或根据权利要求123至154中任一项所述的药物组合物，其中第二结合结构域与VH区域和VL区域竞争或包含这些区域，这些区域与gp120 CD4结合位点(CD4bs)结合。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：3BNC117、GS-9723、GS-5423、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：3BNC117、GS-9723、GS-5423、3BNC60、VRC01、VRC07和VRC07-523。在一些实施方案中，这些方法还包括向受试者施用用于治疗HIV感染的第二药剂。在一些实施方案中，受试者未接受抗逆转录病毒治疗(ART)，或者在施用一种或多种多特异性抗原结合分子之前中断ART。在一些实施方案中，在一次或多次施用一种或多种多特异性抗原结合分子之后中断ART。在一些实施方案中，这些方法还包括向受试者施用一种或多种抗逆转录病毒治疗(ART)剂。在一些实施方案中，这些方法还包括向受试者施用TLR激动剂和IL-15受体激动剂中的至少一者。在一些实施方案中，该方法包括施用多特异性抗原结合分子和任选的IL-15受体激动剂，该多特异性抗原结合分子具有第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域，该第一抗原结合结构域与CD3结合，该第二抗原结合结构域与CD4结合位点(CD4bs)中gp120的表位或区域结合并且包含CD4的一个或多个胞外(EC)结构域。在一些实施方案中，CD4的该一个或多个EC结构域包含如SEQ ID NO:746-749所示的序列，或与SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、11、8、4、9和10，或SEQ IDNO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQID NO:746-749(例如，SEQ IDNO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、42、40、37、41和25，或SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:49和55；SEQ ID NO:50和55；SEQ ID NO:50和56；SEQ ID NO:51和55；或SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，TLR激动剂是TLR2激动剂、TLR3激动剂、TLR7激动剂、TLR8激动剂或TLR9激动剂。在一些实施方案中，TLR7激动剂选自维沙莫德、咪喹莫特和瑞喹莫特。在一些实施方案中，这些方法需要以预定的时间间隔任选地与TLR激动剂一起多次施用一种或多种多特异性抗原结合分子。在一些实施方案中，在没有抗逆转录病毒治疗(ART)的情况下，受试者在至少6个月、至少1年、至少2年、至少3年或更长时间未表现出HIV或AIDS的症状。在一些实施方案中，受试者在没有抗逆转录病毒治疗(ART)的情况下至少6个月、至少1年、至少2年、至少3年或更长时间具有小于500例如小于400、小于300、小于200、小于100、小于50的病毒载量拷贝/ml血液。
在进一步的方面，提供了如本文所述的多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子或其抗原结合片段或药物组合物在对其有需要的人受试者中对HIV进行治疗、预防和抑制中的至少一者的方法中的用途。在进一步的方面，提供了如本文所述的多特异性(例如，双特异性)抗原结合分子或其抗原结合片段或药物组合物，用于在对其有需要的人受试者中对HIV进行治疗、预防和抑制中的至少一者的方法中。在一些实施方案中，该用途还包括向受试者施用用于治疗HIV感染的第二药剂。在一些实施方案中，该用途还包括向受试者施用TLR激动剂和IL-15受体激动剂中的至少一者。在一些实施方案中，该用途需要施用多特异性抗原结合分子和任选的IL-15受体激动剂，该多特异性抗原结合分子具有第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域，该第一抗原结合结构域与CD3结合，该第二抗原结合结构域与CD4结合位点(CD4bs)中gp120的表位或区域结合并且包含CD4的一个或多个胞外(EC)结构域。在一些实施方案中，CD4的该一个或多个EC结构域包含如SEQ ID NO:746-749所示的序列，或与SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、11、8、4、9和10，或SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQID NO:28、29、32、31、24和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、42、40、37、41和25，或SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:49和55；SEQ ID NO:50和55；SEQ ID NO:50和56；SEQ ID NO:51和55；或SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，TLR激动剂是TLR2激动剂、TLR3激动剂、TLR7激动剂、TLR8激动剂或TLR9激动剂。在一些实施方案中，TLR7激动剂选自维沙莫德、咪喹莫特和瑞喹莫特。在一些实施方案中，该用途包括施用第一多特异性抗原结合分子和第二或另外的抗原结合分子，其中该第一多特异性抗原结合分子和该第二或另外的抗原结合分子与选自以下的gp120的不同的第一和第二表位或区域结合：(i)包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)；(ii)第二可变环(V2)(例如，Env三聚体顶点)；(iii)CD4结合位点(CD4bs)；(iv)gp120/gp41交界面；或者(v)gp120的沉默面。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)结合，并且第二抗原结合分子与CD4结合位点(CD4bs)结合。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03，并且第二抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、3BNC117、3BNC60、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134，并且第二抗原结合分子与来自以下的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：3BNC117、GS-9723、VRC07或VRC07-523。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134，并且第二抗原结合分子包含CD4的EC结构域。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与CD4结合位点(CD4bs)结合，并且第二或另外的抗原结合分子与包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)结合。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25，并且第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、VRC07和VRC07-523，并且第二或另外的抗原结合分子与来自以下的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与CD4的EC结构域竞争或包含该结构域，并且第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与CD4的EC结构域竞争或包含该结构域，并且第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134。在一些实施方案中，该用途还包括施用第二或另外的抗原结合分子，该第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。在一些实施方案中，该用途还包括施用第二或另外的抗原结合分子，该第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、VRC07和VRC07-523。在一些实施方案中，该用途包括共同施用：(i)如本文所述的包含CD4的EC结构域的多特异性抗原结合分子；(ii)与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域的抗体：10-1074、10 1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134；和(iii)与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域的抗体：GS-9723、GS 5423、3BNC117、VRC07和VRC07-523。在一些实施方案中，该用途还包括向人受试者施用对HIV进行结合、抑制和中和中的至少一者的另外的抗原结合分子或其抗原结合片段，或施用编码该另外的抗原结合分子或其抗原结合片段的多核苷酸。在一些实施方案中，人受试者感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV：N332/D325；N332/D325/H330；N332/D325/H330/T320；N332/D325/H330/T63；N332/D325/H330/T63/T320；或N332/D325/H330/T63/T320/L179。
除非另有限定，否则本文所用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域的普通技术人员通常理解的相同的含义。虽然下文描述了示例性的方法和材料，但与本文所述的方法和材料类似或等同的方法和材料均可用于本文所述的本发明双特异性分子的实践和检验。本文提及的所有出版物、专利申请、专利和其他参考文献均通过引用方式整体并入本文。如发生矛盾，将以本申请(包括定义)为准。材料、方法和实施例仅是说明性的，并不旨在进行限制。
从下文的具体实施方式以及权利要求中可以清楚地了解本发明的其他特征和优点。
附图说明
图1A和图1B示出了mSP34的同源模型。具有潜在的暴露于溶剂的序列缺陷(sequence liabilities)的侧链显示为球体，并且使用单字母氨基酸命名法进行标记，并根据Kabat编号。
图2A至图2B。图2A示出了mSP34重链可变结构域和在临床阶段抗体中发现的五种比较物的序列比对。潜在的暴露于溶剂的序列缺陷(图1)带下划线。图2A按出现顺序分别描绘了SEQ ID NO:1044-1049。图2B示出了mSP34轻链可变结构域和在临床阶段抗体中发现的五种比较物的序列比对。图2B按出现顺序分别描绘了SEQ ID NO:1050-1055。
图3示出了使用IMGT结构域gap align服务器的mSP34(白色)和所发现的最接近的人种系(黑色)的同源模型的结构叠加。使用Discovery Studio 2017r2(Biovia)创建这些模型，并使用PyMOL(薛定谔公司(
))进行叠加。显示了Cα主链迹线。
图4A至图4B。图4A示出了mSP34、最接近的人种系和第一轮huSP34重链变体的重链(HC)序列比对(按出现顺序分别为SEQ ID NO:1064-1075)。图4B示出了mSP34、最接近的人种系和第一轮huSP34轻链变体的轻链(LC)序列比对(按出现顺序分别为SEQ ID NO:1056-1063)。
图5A至图5B。图5A示出了mSP34、最接近的人种系和第二轮huSP34重链变体的重链(HC)序列比对(按出现顺序分别为SEQ ID NO:1082-1087)。图5B示出了mSP34、最接近的人种系和第二轮huSP34轻链变体的轻链(LC)序列比对(按出现顺序分别为SEQ ID NO:1076-1081)。
图6A至图6D示出了对第一轮huSP34 Fab变体和第二轮huSP34 Fab变体、mSP34人嵌合Fab以及比较物huSP34 Fab分子的抗CD3亲和力(Octet BLI)(图6A)、电荷均质性(CX-1)(图6B)、聚集倾向(尺寸排阻色谱柱(SEC))(图6C)和与人种系的匹配(图6D)的分析。
图7A至图7D。图7A示出了被设计为本发明双特异性分子的一部分的scFv-Fc/Fab-Fc双特异性抗体的示例。图7B示出了被设计为本发明双特异性分子的一部分的CD4 ECD-Fc/Fab-Fc双特异性融合蛋白的示例。图7C示出了被设计为本发明双特异性分子的一部分的CD4 ECD-Fc/scFv-Fc双特异性融合蛋白的示例。图7D示出了掺入二价或串联CD4 ECD并被设计为本发明双特异性分子的一部分的CD4 ECD-Fc/scFv-Fc或CD4 ECD-Fc/Fab-Fc双特异性融合蛋白的示例。所示出的所有技术都是可选的，并且可省略掉或者以超出这些附图中示出的技术的组合形式使用。关键：ΔEF＝去除效应子功能(例如，用L234A和L235A(LALA)突变中的至少一者降低或消除FcγR结合；用P331S突变降低或消除C1q结合；统称为“AAS”)；旋钮和孔＝工程化的Fc异源二聚体(例如，“孔”(H)突变包括T366S、L368A和Y407V(“SAV”)；“旋钮”(K)突变包括T366W(“W”)；HLE＝半衰期延长(例如，M252Y、S254T和T256E(“YTE”)或M428L和N434S(“LS”))；ΔProA＝降低或消除蛋白质A结合(例如，H435R或H435R+Y436F(“RF”))；接头＝scFv接头(例如，(GGGS)4(SEQ ID NO:711)或(GGGGS)4(SEQ ID NO:750))。
图8A和图8B。图8A示出了代表性
SP HP(Cytiva Life Sciences)阳离子交换色谱和SDS-PAGE分析，该阳离子交换色谱用于从Fc同源二聚体或具有低等电点(pI)的其他污染物中分离出所需双特异性抗体或融合蛋白Fc异源二聚体(用于使用0-30％1MNaCl/20mM磷酸钠pH 7.0的梯度从Fc同源二聚体或具有低等电点(pI)的其他污染物中分离出双特异性抗体或融合蛋白Fc异源二聚体)，该SDS-PAGE分析用于纯化hPGT121.66(参见，例如，WO 2018/237148)AAS+W/huSP34.13.10scFv AAS+SAV+RF Fab-scFv-Fc双特异性抗体(Ab 265；SEQ ID NO:848、829和823)(本文所述的双特异性分子总结于表53中)。图8B示出了代表性/>
SP HP(Cytiva Life Sciences)阳离子交换色谱结果以及用于纯化hCD4D1.22 Fc AAS+SAV+YTE/huSP34.3.13AAS+W+YTE Fab-Fc融合双特异性分子185的SDS-PAGE分析。/>
图9示出了所有第1轮huSP34 Fab变体的分析型CX-1主峰％值。使用未配对t检验，将在重链(HC)位置100处含有天冬酰胺(N)的变体与在重链位置100处含有组氨酸的变体进行比较。结果表明，H100显著地有助于提高电荷均质性。
图10示出了双特异性抗体与从SPR实验获得的固定CD3的代表性结合。黑线表示以不同浓度注射双特异性抗体249，持续120秒。然后除了最高浓度以外监测解离80秒，在最高浓度下监测解离10.5分钟。平滑的灰线表示如从简单动力学模型获得的对该数据的拟合。该模型用于推导出这些相互作用的kon、koff和KD。
图11示出了PGT121.66×huSP34双特异性抗体265(圆形)、251(正方形)、259(正三角形；虚线)、258(倒三角形；实线)和260(菱形)与CD4+T细胞(来自供体4574)的代表性结合浓度-响应曲线。本文所述的双特异性分子总结于表53中。
图12示出了PGT121.66×huSP34双特异性抗体265(圆形)、251(正方形)、259(正三角形；虚线)、258(倒三角形；实线)和260(菱形)与CD8+T细胞(来自供体4574)的代表性结合浓度-响应曲线。
图13A至图13B示出了(A)PGT121.66×huSP34双特异性抗体257(实心圆形)、274(实心正方形)、273(实心正三角形)、275(实心倒三角形)、256(实心菱形)、243(半实心圆形)、251(半实心正方形)和261(半实心正三角形)与PBMC中的人CD4+T细胞(来自供体hu151)，以及(B)CD4×huSP34双特异性抗体180与PBMC中的人CD4+T细胞(来自供体hu 921)的代表性结合浓度-响应曲线。
图14A至图14B示出了(A)PGT121.66×huSP34双特异性抗体257(实心圆形)、274(实心正方形)、273(实心正三角形)、275(实心倒三角形)、256(实心菱形)、243(半实心圆形)、251(半实心正方形)和261(半实心正三角形)与PBMC中的猴CD4+T细胞(来自恒河猴供体rh3563)，以及(B)CD4×huSP34双特异性抗体180与PBMC中的猴CD4+T细胞(来自食蟹猴供体cy 2177)的代表性结合浓度-响应曲线。
图15A至图15B示出了(A)PGT121.66×huSP34双特异性抗体257(实心圆形)、274(实心正方形)、273(实心正三角形)、275(实心倒三角形)、256(实心菱形)、243(半实心圆形)、251(半实心正方形)和261(半实心正三角形)与PBMC中的人CD8+T细胞(来自供体hu151)，以及(B)CD4×huSP34双特异性抗体180与PBMC中的人CD8+T细胞(来自供体hu 921)的代表性结合浓度-响应曲线。
图16A至图16B示出了(A)PGT121.66×huSP34双特异性抗体257(实心圆形)、274(实心正方形)、273(实心正三角形)、275(实心倒三角形)、256(实心菱形)、243(半实心圆形)、251(半实心正方形)和261(半实心正三角形)与恒河猴CD8+PBMC(来自供体rh 3563)，以及(B)CD4×huSP34双特异性抗体180与PBMC中的猴CD8+T细胞(来自食蟹猴供体cy 2177)的代表性结合浓度-响应曲线。
图17示出了从PGT121.66×huSP34双特异性抗体257(实心圆形)、274(实心正方形)、273(实心正三角形)、275(实心倒三角形)、256(实心菱形)、243(空心圆形)、251(空心正方形)和261(空心正三角形)与人(hu)和恒河猴(rh)CD4+PBMC结合的浓度-响应曲线推导出的EC50值。
图18示出了从PGT121.66×huSP34双特异性抗体257(实心圆形)、274(实心正方形)、273(实心正三角形)、275(实心倒三角形)、256(实心菱形)、243(空心圆形)、251(空心正方形)和261(空心正三角形)与人(hu)和恒河猴(rh)CD8+PBMC结合的浓度-响应曲线推导出的EC50值。
图19示出了使用PBMC效应细胞的PGT121.66×huSP34双特异性抗体265(实心圆形)、259(正三角形)、258(倒三角形)、251(正方形)和260(半实心圆形)的代表性杀伤浓度-响应曲线。
图20示出了PGT121.66×huSP34双特异性抗体(从最高至最低PBMC杀伤EC50值)258、260、259、251和265的huSP34变体CD3结合亲和力相对于PBMC杀伤EC50值的皮尔逊相关性。杀伤EC50值是用两种供体测试的5种病毒的几何平均EC50值。
图21示出了PGT121.66×huSP34双特异性抗体(从最高至最低T细胞杀伤EC50值)260、258、259、251和265的huSP34变体CD3结合亲和力相对于分离的T细胞杀伤EC50值的皮尔逊相关性。杀伤EC50值是用两种供体测试的5种病毒的几何平均EC50值。
图22示出了使用PBMC效应细胞的3BNC117.52.64×huSP34双特异性抗体237(圆形)、230(正方形)和232(三角形)的代表性杀伤浓度-响应曲线。
图23示出了3BNC117.52.64×CD3双特异性抗体(从最高至最低PBMC细胞杀伤EC50值)238、230和237的huSP34变体CD3结合亲和力相对于PBMC杀伤EC50值的皮尔逊相关性。杀伤EC50值是用两种供体测试的5种病毒的几何平均EC50值。
图24示出了使用PBMC效应细胞(E:T＝3:1)的PGT121.66×huSP34双特异性分子265(圆形)、251(正方形)和259(三角形)对原代HIV感染(病毒657)的CD4+细胞的代表性杀伤浓度-响应曲线。
图25示出了使用PBMC效应细胞(E:T＝3:1)的PGT121.66×huSP34双特异性分子265(圆形)、251(正方形)和259(三角形)对原代HIV感染(病毒7552)的CD4+细胞的代表性杀伤浓度-响应曲线。
图26示出了跨CD4 ECD×α-CD3双特异性分子(从右至左：212、211、213、198、187、199和186)所绘制的杀伤曲线的EC50值。示出了从所有病毒/供体计算的每个分子的几何平均EC50值(―)。
图27示出了感染了不同HIV分离株的原代CD4+T细胞的抗体介导以及双特异性抗体介导的杀伤。将原代CD4+T细胞感染一组32种HIV分离株，并与指定抗体或抗体组合以及作为效应细胞的自体PBMC一起温育。图上的数据代表在每种HIV分离株和抗体、双特异性抗体或抗体/双特异性抗体组合(从左至右：PGT121.42、h3BNC117.52.64、双特异性抗体180、PGT121.42+h3BNC117.52.64组合、PGT121.42+h3BNC117.52.64+双特异性抗体180组合)的杀伤测定中确定的EC50值。水平条表示中位数和95％置信区间。
图28示出了跨测试双特异性分子186、255和230所绘制的感染24种病毒分离株的细胞的结合曲线的EC50值。
图29示出了以1mg/kg静脉给药至幼稚雄性食蟹猴(n＝3)的PGT121.66×huSP34双特异性分子250(圆形)、252(正方形)和251(三角形)的药代动力学(PK)曲线。为了进行比较，在第0天和第7天以30mg/kg静脉给药的比较物#7双特异性抗体(虚线)的剂量归一化个体猴PK曲线。每个符号是测量的平均值±标准偏差(SD)血清浓度。
图30示出了在1mg/kg静脉给药至幼稚雄性食蟹猴(n＝3)之后PGT121.66×huSP34双特异性分子264(实心圆形)、265(实心正方形)、261(实心三角形)、262(空心圆形)和263(空心正方形)的PK曲线。每个符号是测量的平均值±SD血清浓度。
图31示出了在1mg/kg静脉给药至幼稚雄性食蟹猴(n＝2)之后PGT121.66×huSP34双特异性分子257(实心圆形)、274(空心圆形)、273(实心正方形)、275(空心正方形)、256(实心三角形)和243(空心三角形)的PK曲线。每个符号是测量的平均血清浓度。
图32示出了在1mg/kg静脉给药至幼稚雄性食蟹猴(n＝2或3)之后PGT121.66×huSP34双特异性分子249(实心圆形)、276(实心正方形)、277(实心三角形)和218(空心圆形)的PK曲线。每个符号是测量的平均值±SD血清浓度。
图33示出了在1mg/kg静脉给药至幼稚雄性食蟹猴(n＝3)之后CD4ECD×huSP34双特异性分子186(实心圆形)、187(实心正方形)、180(空心圆形)、182(空心正方形)和185(空心三角形)的PK曲线。在第0天和第14天给药双特异性分子186和187。每个符号是测量的平均值±SD血清浓度。
图34示出了具有多核苷酸序列的表达载体的组织，该多核苷酸序列编码具有抗HIV gp120 Fab和抗CD3 scFv的不对称双特异性分子的三条多肽链的表达。该载体被设计成驱动三条多肽链的表达：来自三个单独表达盒的抗gp120 Fab和抗CD3 scFv的重链和轻链，每条链由其自身的转录强度相等的启动子(例如，巨细胞病毒(CMV)启动子)驱动。在该表达载体中包括另外的DNA盒，该另外的DNA盒具有使用转录强度相对较弱的启动子(例如，SV40启动子)来编码真核选择标记(例如，谷氨酰胺合成酶(GS))的多核苷酸。编码细菌复制起点(例如，Ori)的DNA和抗生素选择标记(例如，氨苄青霉素(AmpR))用于在大肠杆菌中的表达载体生产。
图35示出了表达具有抗HIV gp120 Fab和抗CD3 scFv的不对称双特异性分子的细胞系的表达性能的评价。通过在流加过程中培养表达双特异性分子的细胞以及评价它们在基线(D0)处和老化(D30)时的性能来评估表达性能。使用基于ProA的生物层干涉测量法测量包括目标双特异性分子的多种物质的表达，并且使用大小分离法(非还原毛细管电泳)监测包含不对称双特异性分子的异源三聚体的相对水平(Het％，异源三聚体％)。
图36示出了具有多核苷酸序列的表达载体的组织，该多核苷酸序列编码具有抗CD3 Fab和CD4胞外(EC)结构域-Fc融合蛋白的不对称双特异性分子的三条多肽链的表达。该载体被设计成驱动三条多肽链的表达：来自三个单独表达盒的抗CD3 Fab和CD4-Fc融合蛋白的重链和轻链，每条链由其自身的转录强度相等的启动子(例如，巨细胞病毒(CMV)启动子)驱动。在该表达载体中包括另外的DNA盒，该另外的DNA盒具有使用转录强度相对较弱的启动子(例如，SV40启动子)来编码真核选择标记(例如，谷氨酰胺合成酶(GS))的多核苷酸。编码细菌复制起点(例如，Ori)的DNA和抗生素选择标记(例如，氨苄青霉素(AmpR))用于在大肠杆菌中的表达载体生产。
图37示出了表达具有抗CD3 Fab和CD4-Fc融合蛋白的不对称双特异性分子的细胞系的表达性能的评价。通过在生产模式(流加过程)下培养细胞来评估表达性能。每个点代表所选择的克隆，其中通过大小分离法(非还原毛细管电泳)监测所需物质的比例(Het％，异源三聚体％)。包含不对称双特异性分子的所需异源三聚体的量计算为总双特异性分子的量(经由ProA生物传感器检测)，并且随后乘以异源三聚体％(以g/L为单位的比滴度)。
图38示出了在ART中断之前血清中的PGT121/抗CD3双特异性抗体药代动力学。在十二次抗体输注(首先为2次抗CD3KO型式输注，接着为10次抗CD3型式输注)中的每一次抗体输注之后以及在清除期期间示出了峰值血清抗体水平。虚线表示检测极限。虚线表示检测极限。
图39示出了ART中断之后的SHIV病毒载量。ART中断之后168天的血浆病毒载量。示出了不显示病毒反弹的动物的数量和百分比。检测极限为1.7log RNA拷贝/ml。
图40示出了ART中断之后不具有病毒反弹的动物(n＝1)和具有病毒反弹的动物(n＝4)中的CD8+细胞耗尽之前和之后的血浆病毒载量。示出了保持无病毒血症的动物数量和动物的总数量。箭头表示ART中断之后第245天(第77周)的CD8+细胞耗尽。检测极限为1.7log RNA拷贝/ml。
具体实施方式
1.简介
提供了靶向CD3和HIV抗原(例如，gp120或gp41)的多特异性或双特异性抗原结合分子，该多特异性或双特异性抗原结合分子被设计用于改善制造效率、降低成本、改善药物样特性(例如，增加与人种系的序列同一性以及降低脱靶结合和抗药物抗体(ADA)的诱导)。可使用单个细胞系经过简化的纯化过程以高产率有效地生产本文所述的含Fc的多特异性或双特异性分子。我们已经开发了具有抗CD3抗体可变结构域的多特异性或双特异性分子，该抗CD3抗体可变结构域具有以下特性：(1)对人和非人灵长类动物(NHP)(例如，以促进临床前毒性研究)CD3具有高亲和力，(2)与人种系具有高序列相似性(例如，以降低或消除人患者中免疫原性和抗药物抗体(ADA)反应的风险)，(3)在非人灵长类动物中无ADA证据的IgG样药代动力学(PK)特性(例如，以促进临床前功效和毒性研究)，(4)通过去除序列缺陷(例如，脱酰胺化、天冬氨酸异构化)降低产物异质性以改善制造，(5)高热力学稳定性(例如，以确保产物稳定性)，(6)低聚集体含量(例如，以降低免疫原性风险)，(7)低多特异性(以降低免疫原性风险和改善PK特性)，以及(8)与蛋白质A亲和层析树脂的结合低或无结合的重链可变区(VH)(例如，以促进双特异性抗体异源二聚体的有效纯化)。此外，以scFv和Fab两种形式的抗CD3抗体可变结构域具有所有前述所需特性，使得其可被掺入含有三条或更少多肽链的多种双特异性抗体形式中，例如，以限制轻链错配或双特异性抗体产物异质性的其他来源。
在一些实施方案中，多特异性或双特异性分子包含靶向人CD3的第一抗原结合结构域，该第一抗原结合结构域为与Fc融合的单链可变片段(scFv)，同时靶向HIV抗原(例如，gp120或gp41)的第二抗原结合结构域由与Fc融合的Fab抗原结合片段组成。所得分子具有在单个细胞系中共表达的三条多肽链(即，scFv重链、Fab重链、Fab轻链)。通过使用限制任一半分子的不需要的同源二聚化的在Fc区中的突变来促进所需双特异性异源二聚体分子的形成，同时使用scFv片段作为抗原结合臂中的一者消除了共表达两条不同的轻链的需要，这两条不同的轻链可能会另外导致由于不正确的轻链配对造成的异质性。通过消除可变区以及Fc区中的一者与蛋白质A结合的能力，简化并改善了多特异性抗原结合分子的纯化。采用这种设计策略，在从细胞培养基中基于蛋白质A捕获双特异性抗体期间未保留两种可能的同源二聚体杂质中的一者。
在本发明多特异性抗原结合分子的各种实施方案中，天然人IgG序列的第一Fc区和第二Fc区可被修饰成促进重链异源二聚化，允许简化和有效的纯化，以及减少或去除与FcγR和C1q的结合。
第一Fc区和第二Fc区的异源二聚化可通过引入“旋钮进孔”突变来促进(Atwell等人，1997.JMB 270:26-35)。将“孔”突变(T366S、L368A和Y407V)掺入一条含Fc的链中，将T366W“旋钮”突变用于另一条链中(Atwell等人，同上)。此外，可将C220S突变掺入含scFv的臂的IgG1铰链区中以消除游离半胱氨酸，该游离半胱氨酸原本与免疫球蛋白轻链中对应的半胱氨酸形成二硫键。将此类构建体共转染到单个宿主细胞中促进异源二聚体Fc的形成，同源二聚体污染物的水平较低。可任选地掺入S354C突变(在含有“旋钮”突变的Fc中制备)和Y349C突变(在含有“孔”突变的Fc中制备)以在需要额外的热力学稳定性的情况下在异源二聚体Fc的两半之间产生共价键(Merchant等人，1998.Nat.Biotechnol.16:677-81)。如本文所述，根据Eu索引对第一Fc区和第二Fc区中用于取代的氨基酸位置进行编号。
从污染的同源二聚体产物纯化出异源二聚体分子可通过以下来促进：将H435R或H435R+Y436F突变掺入第一Fc区或第二Fc区以降低或消除蛋白质A结合(Jendeberg,L.等人，1997J.Immunol.Methods 201:25–34)，任选地与同一链的任何可变重(VH)区中的突变组合，如果此类VH来源于人VH3种系。例如，可在如根据Kabat编号系统编号的位置R19、T57、G65、Q81和N82a中的一者或多者处进行另外的VH突变。在Fc区以及任选地在VH区中掺入此类氨基酸取代可降低或消除同源二聚体污染物的蛋白质A结合，并且极大地简化了经由另外的色谱步骤(例如，离子交换)从剩余的同源二聚体污染物纯化出所需的异源二聚体。
在某些实施方案中，第一Fc结构域或Fc区和第二Fc结构域或Fc区掺入氨基酸取代以降低或消除效应子功能(抗体依赖性细胞毒性(ADCC)、抗体依赖性细胞吞噬作用(ADCP)和补体依赖性细胞毒性(CDC))中的一者或多者。在这些情况下，第一Fc区和第二Fc区中的至少一者可掺入L234A和L235A突变中的一者或两者以降低或消除FcγR结合(Chappel，M.S等人，1991PNAS 88:9036-9040)，以及/或者掺入P331S突变以降低或消除C1q结合(Xu Y等人，J Biol Chem.1994.269:3469-74)。
scFv片段代表最小的抗体衍生的抗原结合单元，并通过可变重结构域和可变轻结构域经由柔性多肽接头的直接融合而产生(Huston等人，1988，PNAS 85:5879-5883)。该接头的序列可含有GGGGS基序的3个或4个重复序列(SEQ ID NO:712)(Desplancq等人，1994，Protein Engineering7:1027-1033)。在各种实施方案中，如果需要额外的热力学稳定性，可掺入G44C突变(可变重结构域)和G100C突变(可变轻结构域)以在scFv的VH结构域和VL结构域之间产生共价二硫键(Brinkmann，U等人，1993，PNAS 90:7538-7542)。
在包含以scFv形式的第一抗原结合结构域和以Fab形式的第二抗原结合结构域的实施方案中，三条多肽链可在单个宿主细胞中共表达并经由蛋白质A层析进行纯化。所需Fab-scFv-Fc异源二聚体是在非还原SDS-PAGE分析中观察到的主要物质。可在第一Fc区或第二Fc区中使用H435R或H435R+Y436F突变来进一步减轻污染的同源二聚体物质。使用离子交换色谱以及透析到标准制剂缓冲液中进行后续高纯化，产生具有高纯度和均质性的最终材料，高纯度例如为至少90％，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高纯度。
2.抗CD3效应臂
分化簇(CD3)是由以下四条不同的多肽链构成的多聚体蛋白质复合物：epsilon(ε)(CD3E；NCBI基因ID：916)、gamma(γ)(CD3G；NCBI基因ID：917)、delta(δ)(CD3D；NCBI基因ID：915)和zeta(ζ)(CD247；NCBI基因ID：919)，这些多肽链组装并作为三对二聚体(εγ、εδ、ζζ)起作用。CD3蛋白具有N末端胞外区、跨膜结构域和胞质尾，其中免疫受体酪氨酸活化基序(ITAM)位于该胞质尾。CD3ε、γ和δ的胞外结构域含有免疫球蛋白样结构域，并且因此被认为是免疫球蛋白超家族的一部分。CD3/T细胞共受体有助于活化CD8+T细胞和CD4+T细胞两者。
人CD3ε的氨基酸序列可在UNiProtKB-P07766中找到，并在下文提供(信号序列带下划线)：
人CD3δ的氨基酸序列可在UNiProtKB-P04234中找到，并在下文提供(信号序列带下划线)：
结合人CD3的抗体已描述于，例如，Kuhn和Weiner,Immunotherapy,8(8):889-906(2016)；WO 2015/001085；WO 2015/104346中。OKT3(莫罗单抗(Muromonab)-CD3)是针对CD3ε的抗CD3抗体，已经在临床上批准用于人类以在实体器官移植中诱导免疫抑制，用于预防和治疗排斥(Norman,Therapeutic Drug Monitoring,17,615-620(1995))。替利组单抗(Teplizumab)也称为hOKT3γ1(Ala-Ala)和MGA031，是通过将OKT3的互补决定区接枝到人IgG1主链中而开发的人源化IgG1抗体。在其Fc部分中引入两个点突变减少了与FcR的结合。奥昔组单抗(Otelixizumab)(ChAglyCD3、TRX4、GSK2136525)来源于大鼠抗体YTH12.5。该人源化IgG1在γ1Fc部分中带有单个突变以避免糖基化并因此抑制FcR结合。维西珠单抗(Visilizumab)(Nuvion、HuM291)是人源化IgG2抗体，其通过其Fc区中的两个点突变而成为非促有丝分裂的。福雷芦单抗(Foralumab)(28F11-AE；NI-0401)是完全人抗CD3 mAb；突变该人IgG1的Fc部分，使得mAb在体外为非FcR结合的并且仅显示少量体内细胞因子释放，同时维持CD3/TCR的调节和T细胞耗尽。抗CD3抗体的非限制性示例也公开于US 2016/0333095A1中。
在某些实施方案中，本文所述的抗CD3抗原结合结构域结合人CD3。在一些情况下，本文所述的抗CD3抗原结合结构域结合人CD3ε。在一些实施方案中，本文所述的抗CD3抗原结合结构域结合人CD3δ。
示例性抗CD3抗原结合结构域序列
在各种实施方案中，靶向或结合或特异性结合人CD3的第一抗原结合结构域包含第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，该第一重链可变结构域和该第一轻链可变结构域包含：(i)第一VH互补决定区(CDR)1，包含TYAMN的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)；(ii)第一VH-CDR2，包含RIRSKYNNYATYYAX1SVKX2的氨基酸序列，其中X1是A或D，并且X2是G或S(SEQ ID NO:2)；(iii)第一VH-CDR3，包含HGNFGX3SYVSWFAY的氨基酸序列，其中X3是H或N(SEQ ID NO:3)；(iv)第一VL-CDR1，包含GSSTGAVTTGHYAN的氨基酸序列(SEQ ID NO:4)；(v)第一VL-CDR2，包含GTX4X5RAP的氨基酸序列，其中X4X5是SN或NK(SEQ ID NO:5)；和(vi)第一VL-CDR3，包含ALWYSNX6WV的氨基酸序列，其中X6是L或R(SEQ ID NO:6)，其中该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VH-CDR3根据Kabat。在一些实施方案中，(i)该第一VH互补决定区(CDR)1包含TYAMN的氨基酸序列(SEQID NO:1)；(ii)该第一VH-CDR2包含RIRSKYNNYATYYADSVKX2的氨基酸序列，其中X2是G或S(SEQ ID NO:7)；(iii)该第一VH-CDR3包含HGNFGHSYVSWFAY的氨基酸序列(SEQ ID NO:8)；(iv)该第一VL-CDR1包含GSSTGAVTTGHYAN的氨基酸序列(SEQ ID NO:4)；(v)该第一VL-CDR2包含GTSNRAP的氨基酸序列(SEQ ID NO:9)；并且(vi)该第一VL-CDR3包含ALWYSNRWV的氨基酸序列(SEQ ID NO:10)。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列：SEQ IDNO:1、11、8、4、5和10；SEQ ID NO:1、11、8、4、9和10；SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；SEQ IDNO:1、13、8、4、14和15；SEQ ID NO:1、13、16、4、14和15；或SEQ ID NO:1、11、8、4、14和10。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列：SEQ ID NO:1、11、8、4、9和10；或SEQID NO:1、12、8、4、9和10。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列：SEQ IDNO:1、11、8、4、9和10。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列：SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10。
在各种实施方案中，靶向或结合或特异性结合人CD3的第一抗原结合结构域包含第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，该第一重链可变结构域和该第一轻链可变结构域包含：(i)第一VH-CDR1，包含GFTFNTY的氨基酸序列(SEQ ID NO:17)；(ii)第一VH-CDR2，包含SKYNNY的氨基酸序列(SEQ ID NO:18)；(iii)第一VH-CDR3，包含GNFGX3SYVSWFA的氨基酸序列，其中X3是H或N(SEQ ID NO:19)；(iv)第一VL-CDR1，包含SSTGAVTTGHY的氨基酸序列(SEQ ID NO:20)；(v)第一VL-CDR2，包含GTX4的氨基酸序列，其中X4是N或S(SEQ ID NO:21)；和(vi)第一VL-CDR3，包含WYSNX6W的氨基酸序列，其中X6是L或R(SEQ ID NO:22)，其中该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VH-CDR3根据Chothia。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列：SEQ ID NO:17、18、23、20、21和25；SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25；SEQ IDNO:17、18、23、20、26和27；SEQ ID NO:17、18、75、20、26和27；或SEQ ID NO:17、18、23、20、26和25。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25。
在各种实施方案中，靶向或结合或特异性结合人CD3的第一抗原结合结构域包含第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，该第一重链可变结构域和该第一轻链可变结构域包含：(i)第一VH-CDR1，包含GFTFNTYA的氨基酸序列(SEQ ID NO:28)；(ii)第一VH-CDR2，包含IRSKYNNYAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:29)；(iii)第一VH-CDR3，包含VRHGNFGX3SYVSWFAY的氨基酸序列，其中X3是H或N(SEQ ID NO:30)；(iv)第一VL-CDR1，包含TGAVTTGHY的氨基酸序列(SEQ ID NO:31)；(v)第一VL-CDR2，包含GTX4的氨基酸序列，其中X4是N或S(SEQ ID NO:21)；和(vi)第一VL-CDR3，包含ALWYSNX6WV的氨基酸序列，其中X6是L或R(SEQ ID NO:6)，其中该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VH-CDR3根据IMGT。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列：SEQ ID NO:28、29、32、31、21和10；SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；SEQ ID NO:28、29、32、31、26和15；SEQ ID NO:28、29、33、31、26和15；或SEQ ID NO:28、29、32、31、26和10。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10。
在各种实施方案中，靶向或结合或特异性结合人CD3的第一抗原结合结构域包含第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，该第一重链可变结构域和该第一轻链可变结构域包含：(i)第一VH-CDR1，包含ASGFTFNTYA的氨基酸序列(SEQ ID NO:34)；(ii)第一VH-CDR2，包含IRSKYNNYATYYAX1SVKX2R的氨基酸序列，其中X1是A或D，并且X2是G或S(SEQ ID NO:35)；(iii)第一VH-CDR3，包含HGNFGX3SYVSWFA的氨基酸序列，X3是H或N(SEQ IDNO:36)；(iv)第一VL-CDR1，包含SSTGAVTTGHY的氨基酸序列(SEQ ID NO:37)；(v)第一VL-CDR2，包含GTX4NRAPX7VPAR的氨基酸序列，其中X4是N或S，并且X7是G或W(SEQ ID NO:38)；和(vi)第一VL-CDR3，包含WYSNX6W的氨基酸序列，其中X6是L或R(SEQ ID NO:22)，其中该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VH-CDR3根据Honegger。在一些实施方案中，(i)该第一VH-CDR1包含ASGFTFNTYA的氨基酸序列(SEQ ID NO:34)；(ii)该第一VH-CDR2包含IRSKYNNYATYYADSVKX2R的氨基酸序列，其中X2是G或S(SEQ ID NO:39)；
(iii)该第一VH-CDR3包含HGNFGHSYVSWFA的氨基酸序列(SEQ ID NO:40)；(iv)该第一VL-CDR1包含SSTGAVTTGHY的氨基酸序列(SEQ ID NO:37)；(v)该第一VL-CDR2包含GTSNRAPGVPAR的氨基酸序列(SEQ ID NO:41)；并且(vi)该第一VL-CDR3包含WYSNRW的氨基酸序列(SEQ ID NO:25)。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列：SEQ IDNO:34、39、40、37、41和25；SEQ ID NO:34、42、40、37、41和25；SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；SEQ ID NO:34、44、40、37、45和27；SEQ ID NO:34、44、46、37、45和27；或SEQ ID NO:34、42、40、37、47和25。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列：SEQ ID NO:34、42、40、37、41和25；或SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列：SEQ ID NO:34、42、40、37、41和25。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25。
根据Kabat定义、Chothia定义、IMGT定义和Honegger定义，靶向人CD3的多特异性抗原结合分子的示例性第一抗原结合结构域的互补决定区(CDR)的例示性序列分别提供于表A1、表A2、表A3和表A4中。本申请涵盖包含本文鉴定的CDR的多特异性抗原结合分子。应当理解，本公开还涵盖多特异性抗原结合分子(例如，抗CD3/抗HIV抗原双特异性抗体)，这些多特异性抗原结合分子包含本文公开的抗CD3/抗HIV多特异性抗原结合分子的根据任何其他CDR定义(例如，Honegger定义、增强的Chothia定义、Martin定义、Gelfand定义、AbM定义、contact定义，参见例如，bioinf.org.uk/abs/#cdrdef和Dondelinger等人，FrontImmunol.(2018)9:2278)的CDR。
另外，据报道，来源于VH3家族种系的重链可变结构域可表现出与蛋白质A亲和层析树脂的直接结合(Bach等人，J Chromatogr A.(2015)1409:60-9)。因此，在某些实施方案中，为了降低或基本上消除或完全消除多特异性或双特异性抗原结合分子的一个含重链亚基与蛋白质A结合，第一重链或第二重链的Fc区中的H435R或H435R+Y436F突变可与同一重链的VH中的一个或多个氨基酸取代组合，如果该VH区来源于人VH3家族种系。在一些实施方案中，第一VH(和/或来源于人VH3家族种系的第二VH)在指定位置(如本文所述，根据Kabat对第一和第二VH区域和VL区域中用于取代的氨基酸位置进行编号)处包含以下氨基酸中的一者或多者：对应于19的位置是A、S、T或K；对应于57的位置是A、E或T；对应于65的位置是G、S或T；对应于81的位置是E、K或T；并且对应于82a的位置是S、T或R。在一些实施方案中，第一VH(和/或来源于人VH3家族种系的第二VH)在指定位置(根据Kabat编号的位置)处包含以下氨基酸中的一者或多者：对应于19的位置是A或S；对应于57的位置是A或E；对应于65的位置是S；并且对应于81的位置是E。在一些实施方案中，第一VH(和/或来源于人VH3家族种系的第二VH)在指定位置(根据Kabat编号的位置)处包含以下氨基酸中的一者或多者：对应于19的位置是S，并且对应于57的位置是A；对应于19的位置是A或S，并且对应于57的位置是E；对应于19的位置是A，并且对应于57的位置是E；对应于19的位置是S，并且对应于57的位置是E；对应于19的位置是S，并且对应于65的位置是S；对应于19的位置是S，并且对应于81的位置是E；对应于19的位置是K，并且对应于81的位置是E；对应于57的位置是A，并且对应于81的位置是E；对应于57的位置是A，并且对应于65的位置是S；对应于57的位置是E，并且对应于65的位置是S；对应于57的位置是E，并且对应于81的位置是E；对应于65的位置是S，并且对应于81的位置是E；或者对应于81的位置是E，并且对应于82a的位置是S。
在一些实施方案中，第一抗原结合结构域与蛋白质A的结合减少或不显著或基本上不结合，或不可检测地与蛋白质A结合。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域以大于10-6M的KD与蛋白质A结合。蛋白结合亲和力可通过本领域已知的任何方法测定，例如，通过表面等离振子共振(SPR)，例如，使用如本文所述的Octet。
如本文所用，当任何给定聚合物组分(例如，氨基酸、核苷酸，也统称为“残基”)的位置通过参考所选氨基酸或核酸聚合物中的相同或等同位置(例如，基于最佳比对或共有序列)，而不是通过给定聚合物中组分的实际数字位置来指定时，给定氨基酸聚合物或核酸聚合物的编号“对应于”、“与...相对应”或“相对于”所选或参考氨基酸聚合物或核酸聚合物的编号。
在一些实施方案中，第一VH和第一VL包含以下氨基酸取代(根据Kabat编号)中的一者或多者：该第一VH的81位是Q或E；该第一VH的83位是K或R；该第一VH的89位是M或V；该第一VH的100位是H；该第一VL的57位是G或W；并且/或者该第一VL的75位是I或L。在一些实施方案中，该第一VH的81位是Q或E。在一些实施方案中，该第一VH的81位是E。在一些实施方案中，该第一VH的81位是Q。在一些实施方案中，包含以下中的一者或多者：该第一VH的81位是Q或E；该第一VH的83位是R；该第一VH的89位是V；该第一VH的100位是H；该第一VL的57位是G；并且/或者该第一VL的75位是I。
在一些实施方案中，该第一VH包含与选自SEQ ID NO:48-53的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％同一性或100％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQ ID NO:50的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含SEQ ID NO:50的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VL包含与SEQ ID NO:54-58的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％同一性或100％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含与选自SEQ ID NO:48-53的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％同一性或100％同一性的氨基酸序列，并且其中该第一VL包含与SEQ ID NO:54-58的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％同一性或100％同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQ ID NO:50的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列，并且其中该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含SEQ ID NO:50的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含SEQID NO:50的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少96％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含SEQ ID NO:50的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少97％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含SEQ ID NO:50的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少98％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含SEQ IDNO:50的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQ ID NO:50的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQ ID NO:50的氨基酸序列具有至少96％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQID NO:50的氨基酸序列具有至少97％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQ ID NO:50的氨基酸序列具有至少98％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQ ID NO:50的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。
在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列，并且其中该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含SEQID NO:51的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少96％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少97％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少98％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含SEQ IDNO:51的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少96％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQID NO:51的氨基酸序列具有至少97％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少98％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。
在各种实施方案中，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:48和54；SEQ ID NO:49和55；SEQ ID NO:50和55；SEQ ID NO:50和56；SEQID NO:51和55；SEQ ID NO:51和56；SEQ ID NO:52和56；SEQ ID NO:53和57；或SEQ ID NO:50和58。在各种实施方案中，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:49和55；SEQ ID NO:50和55；SEQ ID NO:50和56；SEQ ID NO:51和55；或SEQID NO:51和56。在各种实施方案中，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56；或SEQ ID NO:51和56。在一些实施方案中，该第一VH的100位(根据Kabat编号)是组氨酸(H)。
在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQ ID NO:50的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列，并且其中该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含SEQ ID NO:50的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含SEQID NO:50的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少96％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含SEQ ID NO:50的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少97％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含SEQ ID NO:50的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少98％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含SEQ IDNO:50的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQ ID NO:50的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQ ID NO:50的氨基酸序列具有至少96％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQID NO:50的氨基酸序列具有至少97％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQ ID NO:50的氨基酸序列具有至少98％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQ ID NO:50的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56。在一些实施方案中，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56。在一些实施方案中，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56。在一些实施方案中，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)：SEQ ID NO:1、11、8、4、9和10，并且该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)：SEQ ID NO:1、11、8、4、9和10，并且该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQID NO:50和56。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)：SEQID NO:17、18、23、20、24和25，并且该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25，并且该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ IDNO:50和56。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)：SEQ IDNO:28、29、32、31、24和10，并且该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10，并且该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)：SEQ ID NO:34、42、40、37、41和25，并且该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)：SEQ ID NO:34、42、40、37、41和25，并且该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56。
在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列，并且其中该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含SEQID NO:51的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少96％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少97％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少98％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含SEQ IDNO:51的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少96％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQID NO:51的氨基酸序列具有至少97％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少98％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56。在一些实施方案中，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56。在一些实施方案中，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56。在一些实施方案中，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)：SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10，并且该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)：SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10，并且该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQID NO:51和56。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)：SEQID NO:17、18、23、20、24和25，并且该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25，并且该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ IDNO:51和56。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)：SEQ IDNO:28、29、32、31、24和10，并且该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10，并且该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25，并且该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56。在一些实施方案中，该第一VH-CDR1、该第一VH-CDR2、该第一VH-CDR3、该第一VL-CDR1、该第一VL-CDR2和该第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25，并且该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56。
靶向人CD3的多特异性抗原结合分子的第一抗原结合结构域的VH和VL的例示性序列提供于表B1和表B2中。
如本文在核酸和多肽的上下文中使用的“同源性”或“同一性”或“相似性”是指分别基于氨基酸序列或核酸序列的比对的两个多肽或两个核酸分子之间的关系。同源性或同一性可各自通过比较可出于比较的目的而被比对的每条序列中的位置来确定。当所比较的序列中的等同位置被相同的碱基或氨基酸占据时，则分子在该位置是相同的；当等同位点被相同或相似的氨基酸残基(例如，在空间和/或电子性质上相似)占据时，则分子在该位置可称为同源的(相似的)。作为同源性/相似性或同一性的百分比的表达是指在所比较序列共用的位置处相同或相似的氨基酸数量的函数。在比较两个序列时，不存在残基(氨基酸或核酸)或存在额外的残基也降低了同一性和同源性/相似性。
如本文所用，“同一性”意指当序列被比对以使序列匹配最大化即考虑空位和插入时两个或更多个序列中相应位置处相同的核苷酸或氨基酸残基的百分比。序列通常在指定区域内进行最大对应性比对，例如长度至少为20、25、30、35、40、45、50、55、60、65或更多个氨基酸或核苷酸的区域，并且可高达参考多肽或多核苷酸序列的全长。对于序列比较，通常一个序列充当参考序列，将测试序列与该参考序列进行比较。当使用序列比较算法时，将测试序列和参考序列输入到计算机程序中，如果需要，指定子序列坐标，并指定序列算法程序参数。否则，可使用标准参数。然后序列比较算法基于指定的程序参数计算测试序列相对于参考序列的序列同一性百分比。
当比较多核苷酸和多肽序列时，如果两个序列中的核苷酸或氨基酸的序列在如下所述进行最大对应比对时相同，则认为这两个序列是“相同的”。通常通过在比较窗口上比较序列来进行两个序列之间的比较，以鉴别和比较序列相似性的局部区。如本文所用，“比较窗口”是指至少20个连续位置(通常为30个至75个、40个至50个)或序列的全长上的区段，其中在将序列和具有相同数量的连续位置的参考序列进行最佳比对后，可将该序列与参考序列进行比较。
用于比较的序列的最佳比对可通过以下算法进行：局部同一性算法(Smith和Waterman(1981)Add.APL.Math 2:482)、同一性比对算法(Needleman和Wunsch(1970)J.Mol.Biol.48:443)、相似性搜索方法(Pearson和Lipman(1988)Proc.Natl.Acad.Sci.USA85:2444)、这些算法的计算机化实施(例如，Wisconsin遗传学软件包中的GAP、BESTFIT、BLAST、FASTA和TFASTA，Genetics Computer Group(GCG)，575Science Dr.,Madison,WI)或检查。
适于确定序列同一性百分比的算法的一个示例是基于局部比对算法的搜索工具(BLAST)、BLAST 2.0和PSI-BLAST算法，它们分别描述于Altschul等人，J.Mol.Biol.(1990)215:403-410；Altschul等人，Nucleic Acids Res.(1977)25:3389-3402；以及Altschul等人，Nucleic Acids Res.(1997)25(17):3389-402中。进行BLAST分析的软件可通过美国国家生物技术信息中心(blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)公开获得。
在一个例示性示例中，对于核苷酸序列，可以使用参数M(一对匹配残基的奖励分数；总是>0)和N(错配残基的惩罚分数；总是<0)来计算累积分数。字词命中在每个方向上的延伸在以下情况下停止：累积比对分数从其最大实现值下降数量X；累积分数由于一个或多个负分数残基比对的累积而变为零或更低；或到达任一序列的末端。BLAST算法参数W、T和X决定了比对的灵敏度和速度。BLASTN程序(对于核苷酸序列)使用字长(W)11和期望值(E)10作为默认值，以及BLOSUM62评分矩阵(参见Henikoff和Henikoff(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:10915)比对，(B)为50，期望值(E)为10，M＝5，N＝-4，以及两条链的比较。
对于氨基酸序列，可以使用评分矩阵来计算累积得分。字词命中在每个方向上的延伸在以下情况下停止：累积比对分数从其最大实现值下降数量X；累积分数由于一个或多个负分数残基比对的累积而变为零或更低；或到达任一序列的末端。BLASTP算法参数W、T和X决定了比对的灵敏度和速度。
在一种方法中，通过在至少20个位置的比较窗口内比较两个最佳比对的序列来确定“序列同一性百分比”，其中与用于两个序列的最佳比对的参考序列(不包含添加或缺失)相比，多核苷酸或多肽序列在比较窗口中的部分可包含20％或更少(通常为5％至15％，或10％至12％)的添加或缺失(即空位)。通过确定两个序列中相同核酸碱基或氨基酸残基出现的位置数以产生匹配位置数，将匹配位置数除以参考序列中的总位置数(即窗口大小)并将结果乘以100以产生序列同一性百分比来计算百分比。
不相同的残基位置可因保守氨基酸取代而不同。保守氨基酸取代是指具有相似侧链的残基的可互换性。例如，一组具有脂族侧链的氨基酸是甘氨酸(Gly，G)、丙氨酸(Ala，A)、缬氨酸(Val，V)、亮氨酸(Leu，L)和异亮氨酸(Ile，I)；一组具有脂族-羟基侧链的氨基酸是丝氨酸(Ser，S)和苏氨酸(Thr，T)；一组具有含酰胺侧链的氨基酸是天冬酰胺(Asn，N)和谷氨酰胺(Gln，Q)；一组具有芳族侧链的氨基酸是苯丙氨酸(Phe，F)、酪氨酸(Tyr，Y)和色氨酸(Trp，W)；一组具有碱性侧链的氨基酸是赖氨酸(Lys，K)、精氨酸(Arg，R)和组氨酸(His，H)；并且一组具有含硫侧链的氨基酸是半胱氨酸(Cys，C)和甲硫氨酸(Met，M)。此外，谷氨酸(Glu，E)和天冬氨酸(Asp，D)是保守氨基酸取代。
在各种实施方案中，第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域中的一者或两者独立地包含Fab、F(ab)2、Fv、scFv、sc(Fv)2或双价抗体。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含scFv，并且第二抗原结合结构域包含Fab。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含Fab，并且第二抗原结合结构域包含scFv。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含Fab，并且第二抗原结合结构域包含Fab。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含scFv，并且第二抗原结合结构域包含scFv。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含Fab，并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个胞外结构域，例如，如本文所示。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含scFv，并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个胞外结构域，例如，如本文所示。包含scFv的实施方案可具有以下氨基酸取代(根据Kabat编号)中的一者或两者：(i)scFv可变重结构域中位置44处的半胱氨酸(C)；和(ii)scFv可变轻结构域中位置100处的半胱氨酸(C)。
在一些实施方案中，第一抗原结合结构域是包含VH和VL的scFv，该scFv包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列选自SEQ ID NO:59-66，或与选自SEQ ID NO:59-66的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域是包含VH和VL的scFv，该scFv包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列选自SEQ ID NO:59-63，或与选自SEQ ID NO:59-63的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域是包含VH和VL的scFv，该scFv包含选自以下的氨基酸序列：SEQ ID NO:59-66，例如SEQ ID NO:59-63，例如SEQ ID NO:61、62或63，例如SEQ ID NO:62或63。靶向人CD3的多特异性抗原结合分子的第一抗原结合结构域的scFv的例示性序列提供于表C中。
在一些实施方案中，例如以scFv或Fab形式的第一抗原结合结构域以低于10nM，例如，低于9.5nM、9.0nM、8.5nM、8.0nM、7.5nM、7.0nM、6.5nM、6.0nM、5.5nM、5.0nM、4.5nM、4.0nM、3.5nM、3.0nM或更低的KD与CD3结合。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域以低于10nM，例如，低于5.0nM、4.5nM、4.0nM、3.5nM、3.0nM或更低的KD与CD3结合。蛋白结合亲和力可通过本领域已知的任何方法测定，例如，通过表面等离振子共振(SPR)，例如，使用如本文所述的Octet。
3.抗HIV抗原臂
HIV-1是HIV的主要家族，并且占全世界所有感染的95％。HIV-2主要见于少数西非国家。
HIV病毒分为特定组，M、N、O和P，其中M为“主要”组并且负责全球大多数HIV/AIDS。基于它们的遗传序列，将M组进一步细分成在不同地理位置具有流行率的亚型(也称为进化枝)。
组M“亚型”或“进化枝”是由基因序列数据定义的HIV-1组M的亚型。组M亚型的示例包括亚型A-K。已知亚型中的一些亚型更具毒性或对不同药物具有抗性。还存在“循环重组形式”或衍生自不同亚型的病毒之间的重组的CRF，它们各自具有一个编号。例如，CRF12_BF是亚型B和F之间的重组。亚型A在西非是常见的。亚型B是欧洲、美洲、日本、泰国和澳大利亚的主要形式。亚型C是南非、东非、印度、尼泊尔和中国的部分地区的主要形式。亚型D通常仅见于东非和中非。亚型E从未被鉴定为非重组体，仅与亚型A重组为CRF01_AE。亚型F已存在于中非、南美洲和东欧。亚型G(以及CRF02_AG)已在非洲和中欧发现。亚型H限于中非。亚型I最初用于描述现在被认为是CRF04_cpx的毒株，其中cpx用于若干亚型的“复杂”重组。亚型J主要存在于北非、中非和西非，而加勒比亚型K限于刚果民主共和国和喀麦隆。这些亚型有时进一步分成子亚型，诸如A1和A2或F1和F2。在2015年，发现毒株CRF19是亚型A、亚型D和亚型G的重组体，其亚型D蛋白酶与古巴的AIDS快速发展密切相关。
本公开尤其提供了多特异性抗原结合分子，该多特异性抗原结合分子包含来源于靶向HIV感染的细胞表面上的gp120多肽的人抗HIV中和抗体(例如，广泛中和抗体)的第二抗原结合结构域。针对病毒包膜蛋白的中和抗体通过阻断易感细胞的感染提供针对HIV-1暴露的适应性免疫防御。广泛中和表明抗体可中和来自不同进化枝的HIV-1分离株。因此，本文所述的多特异性抗原结合分子具有交叉进化枝结合活性。
gp120
包膜糖蛋白gp120(或gp120)是120kDa的糖蛋白，它是HIV外层的一部分。其自身作为病毒膜尖峰存在，由三个连接在一起的gp120分子组成，并通过gp41蛋白锚定在膜上。Gp120是病毒感染必需的，因为它通过它与细胞表面受体的相互作用促进HIV进入宿主细胞。这些受体包括DC-SIGN、硫酸乙酰肝素蛋白聚糖和CD4受体。与辅助T细胞上的CD4结合诱导了gp120和gp41的级联构象变化的开始，这导致病毒与宿主细胞膜融合。
Gp120由HIV env基因编码。env基因编码约850个氨基酸的基因产物。主要的env产物是蛋白质gp160，其在内质网中被细胞蛋白酶弗林蛋白酶裂解成gp120(约480个氨基酸)和gp41(约345个氨基酸)。
HIV克隆WITO的示例性gp160多肽的氨基酸序列提供如下(V3高变环加粗，并且N332潜在的N-连接的糖基化位点加粗并带下划线)：
在NCBI参考序列号NP_057856.1中鉴定的HIV克隆的示例性gp160多肽的氨基酸序列提供如下(V3高变环加粗，并且N332潜在的N-连接的糖基化位点加粗并带下划线)：
HXB2亚型B HIV-1分离株的示例性gp120多肽的氨基酸序列(GenBank登录号K0345；对应于NCBI参考序列号NP_057856.1的残基1-511)提供如下(V3高变环加粗，并且N332潜在的N-连接的糖基化位点加粗并带下划线；信号肽带下划线)：
示例性gp120多肽的氨基酸序列提供如下：
另一个示例性gp120多肽(参见，bioafrica.net/proteomics/ENV-GP120prot.html)的氨基酸序列提供如下：
独立的人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)分离株之间的基因组多样性在来自相同患者的连续分离株之间，甚至在单个患者分离株中程度较低，这是HIV-1的一个众所周知的特征。虽然该序列异质性分布在整个基因组中，但大多数异质性位于env基因中。来自若干不同分离株的预测氨基酸序列的比较已表明，序列异质性聚集在表面糖蛋白gp120的五个可变区(命名为V1至V5)中。V3区虽然仅35个氨基酸长，但表现出相当大的序列可变性。有趣的是，尽管存在这种可变性，但V3区包括介导与CD4+细胞相互作用的决定因素。gp120可变性的增加导致更高水平的病毒复制，从而表明被不同HIV-1变体感染的个体的病毒适应性增加。潜在的N-连接的糖基化位点(PNGS)的可变性也导致病毒适应性增加。PNGS允许长链碳水化合物与gp120的高可变区结合。因此，env中PNGS的数量可通过提供或多或少的对中和抗体的敏感性来影响病毒的适应性。
gp120的V3区的共有序列(Milich等人，J Virol.，(1993)67(9):5623-5634)提供如下：
CTRPNNNTRKSIHIGPGRAFYTTGEIIGDIRQAHC(SEQ ID NO:72)。
抗gp120和抗gp41抗原结合结构域
本公开的特征在于抗gp120或抗gp41多特异性抗原结合分子，这些多特异性抗原结合分子包含分别靶向和结合gp120或gp41的第二抗原结合结构域。在某些实施方案中，这些多特异性抗原结合分子与在细胞表面上表达的HIV-1抗原结合并消除或杀伤感染的细胞。
在某些实施方案中，本文所述的多特异性抗原结合分子中的第二抗原结合结构域来源于靶向HIV-1的人中和抗体(例如，单克隆)。“中和抗体”是可中和HIV进行以下中的至少一者的能力的抗体：引发和维持宿主体内感染和靶细胞体外感染中的至少一者。本公开提供了中和单克隆人抗体，其中该抗体识别来自HIV的抗原，例如gp120多肽。在某些实施方案中，“中和抗体”可抑制HIV-1病毒(例如，SF162和/或JR-CSF)的进入，中和指数>1.5或>2.0(Kostrikis LG等人，J.Virol.,70(1):445-458(1996))。
在一些实施方案中，本文所述的多特异性抗原结合分子中的第二抗原结合结构域来源于靶向HIV-1的人广泛中和抗体(例如，单克隆)。所谓“广泛中和抗体”意指在中和测定中中和多于一种HIV-1病毒种类(来自不同的进化枝和进化枝内的不同毒株)的抗体。广泛中和抗体可中和HIV-1的至少2、3、4、5、6、7、8、9种或更多种不同的毒株，这些毒株属于相同或不同的进化枝。在特定实施方案中，广泛中和抗体可中和属于至少2种、3种、4种、5种或6种不同进化枝的多种HIV-1种类。在某些实施方案中，多特异性抗原结合分子的抑制浓度可小于0.0001μg/ml、小于0.001μg/ml、小于0.01μg/ml、小于0.1μg/ml、小于0.5μg/ml、小于1.0μg/ml、小于5μg/ml、小于10μg/ml、小于25μg/ml、小于50μg/ml或小于100μg/ml以在中和测定中中和50％的输入病毒。
在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子的第二抗原结合结构域与选自以下的gp120的表位或区域结合：(i)包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)；(ii)第二可变环(V2)(例如，Env三聚体顶点)；(iii)CD4结合位点(CD4bs)；(iv)gp120/gp41交界面；或者(v)gp120的沉默面。广泛中和抗体结合的gp120的前述表位或区域描述于例如，McCoy，,Retrovirology(2018)15:70；Sok和Burton,Nat Immunol.2018 19(11):1179-1188；Possas等人，Expert Opin Ther Pat.2018年7月；28(7):551-560；以及Stephenson和Barouch,Curr HIV/AIDS Rep(2016)13:31–37中，这些文献据此全文以引用方式并入本文以用于所有目的。
在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)中的gp120的表位或区域结合，并且与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或者包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗(elipovimab))、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。与包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)中的gp120结合并且可用于本文所述的多特异性抗原结合分子的第二抗原结合结构域的另外的广泛中和抗体描述于，例如WO 2012/030904、WO 2014/063059、WO 2016/149698、WO 2017/106346、WO 2018/075564、WO 2018/125813、WO 2018/237148、WO 2019/226829、WO 2020/023827、WO2020/056145和Kerwin等人，J Pharm Sci.2020年1月；109(1):233-246中，这些文献据此全文以引用方式并入本文以用于所有目的。
在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与第二可变环(V2)(例如，Env三聚体顶点)中的gp120的表位或区域结合，并且与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或者包含这些区域：PG9、PG16、PGC14、PGG14、PGT-142、PGT-143、PGT-144、PGT-145、CH01、CH59、PGDM1400、CAP256、CAP256-VRC26.08、CAP256-VRC26.09、CAP256-VRC26.25、PCT64-24E和VRC38.01。与第二可变环(V2)(例如，Env三聚体顶点)中的gp120结合并且可用于本文所述的多特异性抗原结合分子的第二抗原结合结构域的另外的广泛中和抗体描述于，例如WO2010/107939、WO 2012/030904、WO 2018/075564和WO 2018/125813中，这些文献据此全文以引用方式并入本文以用于所有目的。
gp120CD4结合位点
本文所述的抗体变体与HIV gp120的CD4结合位点(CD4bs)结合。CD4结合位点(CD4bs)涉及位于gp120的β1-α1、环D、β20-β21(桥连片)和β24-α5内的结构上保守的位点，这些位点决定CD4结合并且包含在导向CD4bs的抗体的表位中(Qiao等人，AntiviralRes.2016年8月；132:252-61)。gp120的CD4bs形成由抗CD4bs抗体识别的构象表位，这些抗CD4bs抗体涉及选自以下的一个或多个氨基酸残基：Thr278、Asp279、Ala281、Thr283、Asp368、Trp427、Glu460、Ser461、Glu462、Leu452、Leu453和Arg476。氨基酸残基和位置编号参考HXB2亚型B HIV-1分离株，该分离株对应于下文提供的NCBI参考序列号NP_057856.1的残基1-511。可有助于gp120 CD4bs的残基Thr278、Asp279、Asn280、Ala281、Thr283、Asp368、Trp427、Leu452、Leu453、Gly459、Glu464、Ser465、Glu466、Ile467、Gly472、Gly473和Arg476加粗并带下划线：
描绘有助于gp120 CD4bs的氨基酸残基的三维模型提供于，例如Canducci等人，Retrovirology.2009年1月15日；6:4；Falkowska等人，JVirol.2012年4月；86(8):4394-403；以及Li等人，J.Virol.2012年10月；86(20):11231–41；Gristick等人，Nat Struct MolBiol.2016年10月；23(10):906-915；Kwon等人，Nat Struct Mol Biol.2015年7月；22(7):522-31；Liu等人，Nat Struct Mol Biol.2017年4月；24(4):370-378；Chen等人，Science.2009年11月20日；326(5956):1123-7，以及Lyumkis等人，Science.2013年12月20日；342(6165):1484-90中。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与CD4结合位点(CD4bs)中的gp120的表位或区域结合，并且与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或者包含这些区域用于与gp120 CD4bs结合：3BNC117、GS-9723、GS-5423、3BNC60、b12、CH103、1NC9、12A12、VRC01、VRC07、VRC07-523、N6、NIH45-46和PGV04(又名VRC-PG04)。在一些实施方案中，本文所述的抗体变体结合至与以下抗CD4bs抗体中的一者或多者结合的表位重叠或相同的表位：3BNC117、GS-9723、GS-5423、3BNC60、b12、CH103、1NC9、12A12、VRC01、VRC07、VRC07-523、N6、NIH45-46和PGV04(又名VRC-PG04)。
在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与CD4结合位点(CD4bs)中的gp120的表位或区域结合，并且包含免疫球蛋白VH和VL(例如，以Fab或scFv形式)，该免疫球蛋白VH和VL与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或者包含这些区域：b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、3BNC117、GS-9723、GS-5423、3BNC60、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。与CD4结合位点(CD4bs)中的gp120结合并且可用于本文所述的多特异性抗原结合分子的第二抗原结合结构域的另外的广泛中和抗体描述于，例如WO 2011/038290、WO 2012/158948、WO 2013/016468、WO 2013/192589、WO 2013/086533、WO 2015/128846、WO 2016/149698、WO 2016/149695、WO 2018/075564、WO 2018/125813、WO 2018/237357、WO 2020/010107、WO 2020/086446和美国专利号9,493,549和9,879,068中，这些文献据此全文以引用方式并入本文以用于所有目的。
在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与CD4结合位点(CD4bs)中的gp120的表位或区域结合，并且与来自3BNC117的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域，并且在VH的位置74a、74b、74c和74d(根据Kabat编号的位置)处包含Phe-Asp-Phe-Asp(FDFD)(SEQ ID NO:1040)。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与CD4结合位点(CD4bs)中的gp120的表位或区域结合，并且与来自3BNC117的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域，并且包含VH的框架区3(FR3)，该FR3包含以下氨基酸序列：RVSLTRHASFDFDTFSFYMDLKALRSDDTAVYFCAR(SEQID NO:74)。晶体学研究表明，在VH Kabat位置编号74a、74b、74c和74d处的框架区3形成直接接触抗原靶标gp120的3BNC117变体的互补位的一部分。参见例如，Lee等人，Immunity(2017)46(4):690–702(图1G，识别残基W71d)；Klein等人，Cell.(2013)153(1):126-38(图4和图5)；以及Zhou等人，(2013)Immunity(2013)39 245-258(表1)；5V8L、5V8M、4JPV和4LSV的结晶结构的带状图可在rcsb.org处观测到。在一些实施方案中，该第一VH、该第一VL、该第二VH和该第二VL的至少一者中的至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少85％、至少90％或更多的N-连接的糖基化位点是唾液酸化的。在一些实施方案中，该第一VH、该第一VL、该第二VH和该第二VL的至少一者中的N-连接的糖基化位点具有至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少85％、至少90％或更多的唾液酸占据率(例如，包含一个或两个末端唾液酸残基的聚糖)。在一些实施方案中，根据Kabat编号的VL天冬酰胺氨基酸位置72(N72)处的N-连接的糖基化位点是唾液酸化的。在一些实施方案中，该第一VH、该第一VL、该第二VH和该第二VL的至少一者中的唾液酸化的N-连接的糖基化位点包含1至5个唾液酸残基，例如1至4个唾液酸残基，例如1至3个唾液酸残基，例如1至2个唾液酸残基。在一些实施方案中，该第一VH、该第一VL、该第二VH和该第二VL的至少一者被N-乙酰神经氨酸(NANA)唾液酸化。在一些实施方案中，唾液酸残基存在于双触角结构中。在一些实施方案中，唾液酸残基存在于复杂的N-连接的聚糖结构中。在一些实施方案中，唾液酸残基存在于杂合的N-连接的聚糖结构中。
在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与CD4结合位点(CD4bs)中的gp120的表位或区域结合，并且包含CD4的EC结构域(例如，结构域1(D1)、D1-D1(串联)、D1-D2、D1-D2-D3-D3或D1-D2-D3-D4)。可用于本文所述的多特异性抗原结合分子的例示性CD4胞外结构域描述于例如，WO2011146891、WO2014150748和WO2016153572中。在一些实施方案中，CD4的一个或多个EC结构域包含与选自以下的CD4 EC结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％同一性或100％同一性的氨基酸序列：
(i)KKVVYGKKGDTVELTCTASQKKNIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRVDSRRSLWDQGNFPLIIKNLKPEDSDTYICEVEDQKEEVQLVVVG(SEQID NO:746；参见例如，Chen等人，JVirol.2014年1月；88(2):1125-39)；
(ii)KKVVYGKKGDTVELTCTASQKKNIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRVDSRRSLWDQGNFPLIIKNLKPEDSDTYICEVEDQKEEVQLVVVGGGGSGKKVVYGKKGDTVELTCTASQKKNIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRVDSRRSLWDQGNFPLIIKNLKPEDSDTYICEVEDQKEEVQLVVVG(SEQID NO:747)；
(iii)KKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSDTYICEVEDQKEEVQLLVFG(SEQ ID NO:748)；或者
(iv)KKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSDTYICEVEDQKEEVQLLVFGGGGSGKKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSDTYICEVEDQKEEVQLLVFG(SEQ ID NO:749)。
在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含与SEQ ID NO:746的序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含与SEQID NO:746的序列具有至少95％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含与SEQ ID NO:746的序列具有至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含SEQ ID NO:746的序列。在一些实施方案中，提供了包含第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域的多特异性抗原结合分子，该第一抗原结合结构域与人CD3结合，该第二抗原结合结构域与HIV gp120结合，其中该第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、11、8、4、9和10，或SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且该第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。
在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQID NO:746的CD4EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。
在一些实施方案中，提供了包含第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域的多特异性抗原结合分子，该第一抗原结合结构域与人CD3结合，该第二抗原结合结构域与HIVgp120结合，其中该第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ IDNO:17、18、23、20、24和25；并且该第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。
在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％(例如，至少96％、至少97％、至少98％或至少99％)同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。
在一些实施方案中，提供了包含第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域的多特异性抗原结合分子，该第一抗原结合结构域与人CD3结合，该第二抗原结合结构域与HIVgp120结合，其中该第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ IDNO:28、29、32、31、24和10；并且该第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。
在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％(例如，至少96％、至少97％、至少98％或至少99％)同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQID NO:746的氨基酸序列。
在一些实施方案中，提供了包含第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域的多特异性抗原结合分子，该第一抗原结合结构域与人CD3结合，该第二抗原结合结构域与HIVgp120结合，其中该第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQID NO:34、42、40、37、41和25，或SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且该第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。
在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％(例如，至少96％、至少97％、至少98％或至少99％)同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。
在一些实施方案中，提供了包含第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域的多特异性抗原结合分子，该第一抗原结合结构域与人CD3结合，该第二抗原结合结构域与HIVgp120结合，其中该第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:49和55；SEQ ID NO:50和55；SEQ ID NO:50和56；SEQ ID NO:51和55；或SEQ ID NO:51和56；并且该第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如，SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。
在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ IDNO:50和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:50的氨基酸序列，该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:50的氨基酸序列，该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:50的氨基酸序列，该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:50的氨基酸序列，该第一VL包含与SEQ IDNO:56的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:50的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列，该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:50的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列，该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:50的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列，该第一VL包含SEQ IDNO:56的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ IDNO:50的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列，该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。
在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ IDNO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，该第一VL包含与SEQ IDNO:56的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列，该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列，该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列，该第一VL包含SEQ IDNO:56的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ IDNO:51的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列，该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。
在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与gp120/gp41交界面中的gp120的表位或区域结合，并且与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或者包含这些区域：PGT-151、CAP248-2B、35O22、8ANC195、ACS202、VRC34和VRC34.01。与gp120/gp41交界面中的gp120结合并且可用于本文所述的多特异性抗原结合分子的第二抗原结合结构域的另外的广泛中和抗体描述于，例如WO 2011/038290、WO 2012/030904和WO2017/079479中，这些文献据此全文以引用方式并入本文以用于所有目的。
在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与gp120沉默面的表位或区域结合，并且与选自VRC-PG05和SF12的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域。参见例如，Schoofs等人，Immunity.(2019)50(6):1513-1529。
在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与膜近侧区域(MPER)中的gp41的表位或区域结合。与MPER中的gp41结合并且可用于本文所述的多特异性抗原结合分子的第二抗原结合结构域的另外的广泛中和抗体描述于，例如WO 2011/034582、WO 2011/038290、WO2011/046623和WO 2013/070776中，这些文献据此全文以引用方式并入本文以用于所有目的。
在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与膜近侧区域(MPER)中的gp41的表位或区域结合，并且与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：10E8、10E8v4、10E8-5R-100cF、4E10、DH511.11P、2F5、7b2和LN01。
在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与gp41融合肽的表位或区域结合，并且与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：VRC34和ACS202。
在一些实施方案中，可用于本文所述的多特异性抗原结合分子的第二抗原结合结构域的另外的广泛中和抗体描述于例如，美国专利号8,673,307、9,493,549、9,783,594、10,239,935以及专利公开号US2018371086、US2020223907、WO 2012/154312、WO2012/158948、WO 2013/086533、WO 2013/142324、WO2014/063059、WO 2014/089152、WO 2015/048462、WO 2015/103549、WO 2015/117008、WO2016/014484、WO 2016/154003、WO 2016/196975、WO 2016/149710、WO2017/096221、WO 2017/133639和WO 2017/133640中，这些文献据此全文以引用方式并入本文以用于所有目的。另外的示例包括在以下文献中描述的那些：Sajadi等人，Cell.(2018)173(7):1783-1795；Sajadi等人，J Infect Dis.(2016)213(1):156-64；Klein等人，Nature，492(7427):118-22(2012)；Horwitz等人，Proc Natl AcadSci US A，110(41):16538-43(2013)；Scheid等人，Science，333:1633-1637(2011)；Scheid等人，Nature，458:636-640(2009)；Eroshkin等人，Nucleic Acids Res.，42(数据库特辑):Dl 133-9(2014)；Mascola等人，Immunol Rev.，254(l):225-44(2013)，诸如2F5、4E10、M66.6、CAP206-CH12、10E8、10E8v4、10E8-5R-100cF、DH511.11P、7b2和LN01(它们所有都结合gp41的MPER)；PG9、PG16、CAP256、CAP256-VRC26、CAP256-VRC26.25、CH01-04(所有这些都结合V1V2-聚糖)、2G12(其与外部结构域聚糖结合)；b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、3BNC117、3BNC60、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25(所有这些都与CD4结合位点结合)，这些文献据此全文以引用方式并入本文以用于所有目的。
在一些实施方案中，第二抗原结合结构域包含第二VH和第二VL，该第二VH包含第二VH-CDR1、第二VH-CDR2和第二VH-CDR3；该第二VL包含第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VH-CDR3；该第二VH-CDR1、第二VH-CDR2和第二VH-CDR3以及该第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VH-CDR3分别包含如下所示的氨基酸序列(根据Kabat)：SEQ ID NO:76、77、78、79、80和81；SEQ ID NO:76、82、78、79、80和81；SEQ ID NO:83、84、85、86、80和87；SEQ ID NO:83、88、85、86、80和87；SEQ ID NO:90、91、92、93、94和95；SEQ ID NO:90、91、96、93、94和95；SEQ IDNO:97、98、99、100、101和102；SEQ ID NO:103、104、105、106、94和107；SEQ ID NO:108、109、110、111、112和113；SEQ ID NO:114、115、116、117、118和119；SEQ ID NO:114、120、121、122、118和123；SEQ ID NO:124、125、126、127、128和113；SEQ ID NO:129、115、131、127、118和113；SEQ ID NO:132、133、134、135、136和137；SEQ ID NO:138、139、140、141、142和143；SEQ ID NO:144、145、146、147、148和143；SEQ ID NO:149、150、151、152、153和143；SEQ IDNO:154、155、156、157、158和159；SEQ ID NO:160、161、162、163、164和165；SEQ ID NO:166、161、167、163、164和165；SEQ ID NO:168、169、170、171、172和173；SEQ ID NO:168、174、170、171、172和173；SEQ ID NO:175、176、177、171、172和173；SEQ ID NO:178、179、180、181、182和183；SEQ ID NO:184、185、186、187、188和189；SEQ ID NO:190、191、192、193、194和195；SEQ ID NO:196、197、198、199、200和201；SEQ ID NO:202、203、204、205、206和207；SEQ ID NO:208、209、210、211、212和213；SEQ ID NO:214、215、216、217、218和219；SEQ IDNO:214、220、216、221、218和219；SEQ ID NO:214、220、222、221、218和219；SEQ ID NO:223、224、225、226、227和228；或SEQ ID NO:229、230、231、232、233和234；SEQ ID NO:902、903、904、905、906和907；SEQ ID NO:908、909、910、911、912和913；SEQ ID NO:914、915、916、917、918和919；或SEQ ID NO:920、921、922、923、924和925。
在一些实施方案中，第二抗原结合结构域包含第二VH和第二VL，该第二VH包含第二VH-CDR1、第二VH-CDR2和第二VH-CDR3；该第二VL包含第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VH-CDR3；该第二VH-CDR1、第二VH-CDR2和第二VH-CDR3以及该第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VH-CDR3分别包含如下所示的氨基酸序列(根据Chothia)：SEQ ID NO:235、236、237、238、239和240；SEQ ID NO:241、242、243、244、239和245；SEQ ID NO:246、242、247、244、239和245；SEQ ID NO:248、249、250、251、239和252；SEQ ID NO:248、249、253、251、239和252；SEQ ID NO:254、255、256、257、258和259；SEQ ID NO:260、261、262、263、239和264；SEQ IDNO:265、266、267、268、269和270；SEQ ID NO:271、272、273、274、275和270；SEQ ID NO:271、276、277、278、275和279；SEQ ID NO:280、281、282、283、284和270；SEQ ID NO:285、272、286、283、275和270；SEQ ID NO:287、288、289、290、291和292；SEQ ID NO:293、294、295、296、297和298；SEQ ID NO:299、300、301、302、303和298；SEQ ID NO:304、300、305、406、307和298；SEQ ID NO:308、309、310、311、312和313；SEQ ID NO:314、315、316、317、318和165；SEQ ID NO:320、315、321、317、318和165；SEQ ID NO:322、323、324、325、326和327；SEQ IDNO:322、328、324、325、326和327；SEQ ID NO:329、323、330、325、326和327；SEQ ID NO:331、332、333、334、335和336；SEQ ID NO:337、338、339、340、341和342；SEQ ID NO:343、344、345、346、341和347；SEQ ID NO:348、349、350、351、352和353；SEQ ID NO:354、355、356、357、358和359；SEQ ID NO:360、361、362、363、364和365；SEQ ID NO:366、367、368、369、370和371；SEQ ID NO:366、361、368、369、370和371；SEQ ID NO:372、361、373、369、370和371；SEQ ID NO:374、375、376、377、378和379；SEQ ID NO:380、381、382、383、384和385；SEQ IDNO:926、927、928、929、930和931；SEQ ID NO:932、933、934、935、936和937；SEQ ID NO:938、939、940、941、942和943；或SEQ ID NO:944、945、946、947、948和949。
在一些实施方案中，第二抗原结合结构域包含第二VH和第二VL，该第二VH包含第二VH-CDR1、第二VH-CDR2和第二VH-CDR3；该第二VL包含第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VH-CDR3；该第二VH-CDR1、第二VH-CDR2和第二VH-CDR3以及该第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VH-CDR3分别包含如下所示的氨基酸序列(根据IMGT)：SEQ ID NO:386、387、388、389、239和81；SEQ ID NO:390、391、392、393、239和87；SEQ ID NO:390、391、394、393、239和87；SEQ ID NO:395、396、397、393、239和87；SEQ ID NO:398、399、400、401、239和95；SEQ IDNO:398、399、402、401、239和95；SEQ ID NO:403、404、405、406、258和102；SEQ ID NO:407、408、409、410、239和107；SEQ ID NO:411、412、413、414、269和113；SEQ ID NO:415、416、417、418、275和119；SEQ ID NO:415、419、420、421、275和123；SEQ ID NO:422、423、424、425、275和113；SEQ ID NO:426、416、427、425、275和113；SEQ ID NO:428、429、430、431、291和137；SEQ ID NO:432、433、434、435、297和143；SEQ ID NO:436、437、438、439、303和143；SEQ ID NO:440、437、441、442、307和143；SEQ ID NO:443、444、445、446、312和159；SEQ IDNO:447、448、449、450、318和165；SEQ ID NO:451、448、452、450、318和165；SEQ ID NO:453、454、455、456、326和173；SEQ ID NO:453、457、455、456、326和173；SEQ ID NO:458、459、460、456、326和173；SEQ ID NO:461、462、463、464、335和183；SEQ ID NO:465、466、467、468、341和189；SEQ ID NO:469、470、471、472、341和195；SEQ ID NO:473、474、475、476、352和201；SEQ ID NO:477、478、479、480、358和207；SEQ ID NO:481、482、483、484、364和213；SEQ ID NO:485、486、487、488、370和219；SEQ ID NO:485、482、487、488、370和219；SEQ IDNO:489、482、490、488、370和219；SEQ ID NO:491、492、493、494、378和228；SEQ ID NO:495、496、497、498、384和234；SEQ ID NO:950、951、952、953、930和907；SEQ ID NO:954、955、956、957、936和913；SEQ ID NO:958、959、960、961、942和919；或SEQ ID NO:962、963、964、965、948和925。
在一些实施方案中，第二抗原结合结构域包含第二VH和第二VL，该第二VH包含第二VH-CDR1、第二VH-CDR2和第二VH-CDR3；该第二VL包含第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VH-CDR3；该第二VH-CDR1、第二VH-CDR2和第二VH-CDR3以及该第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VH-CDR3分别包含如下所示的氨基酸序列(根据Honegger)：SEQ ID NO:499、500、501、238、502和240；SEQ ID NO:499、503、501、238、502和240；SEQ ID NO:505、506、507、244、502和245；SEQ IDNO:508、509、510、244、502和245；SEQ ID NO:511、512、513、251、514和252；SEQ ID NO:511、512、515、251、514和252；SEQ ID NO:516、517、518、257、519和259；SEQ IDNO:520、521、522、264、523和264；SEQ ID NO:524、525、526、268、527和270；SEQ ID NO:528、529、530、274、531和270；SEQ ID NO:528、532、533、278、531和279；SEQ ID NO:534、535、536、283、537和270；SEQ ID NO:1090、529、538、283、531和270；SEQ ID NO:539、540、541、290、542和292；SEQ ID NO:543、544、545、546、547和298；SEQ ID NO:548、549、550、1091、551和298；SEQ ID NO:552、553、554、555、556和298；SEQ ID NO:557、558、559、311、560和313；SEQ ID NO:561、562、563、564、565和165；SEQ ID NO:566、562、1092、564、567和165；SEQ ID NO:568、569、570、571、572和327；SEQ ID NO:568、573、570、571、572和327；SEQ IDNO:574、575、576、571、572和327；SEQ ID NO:577、578、579、580、581和336；SEQ ID NO:582、583、584、340、585和342；SEQ ID NO:586、587、588、346、589和347；SEQ ID NO:590、591、592、351、593和353；SEQ ID NO:594、595、596、597、598和359；SEQ ID NO:599、600、601、602、603和365；SEQ ID NO:604、605、606、607、608和371；SEQ ID NO:604、609、606、607、608和371；SEQ ID NO:610、609、611、607、608和371；SEQ ID NO:612、613、614、615、616和379；SEQ ID NO:617、618、619、620、621和385；SEQ ID NO:966、967、968、969、970和931；SEQ IDNO:971、972、973、974、975和937；SEQ ID NO:976、977、978、941、979和943；或SEQ ID NO:980、981、982、983、984和949。
在一些实施方案中，该第二VH和该第二VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:622和623；SEQ ID NO:624和625；SEQ ID NO:624和626；SEQ ID NO:627和628；SEQ ID NO:629和630；SEQ ID NO:631和632；SEQ ID NO:633和634；SEQ ID NO:635和636；SEQ ID NO:637和638；SEQ ID NO:639和640；SEQ ID NO:641和642；SEQ ID NO:643和644；SEQ ID NO:645和646；SEQ ID NO:647和648；SEQ ID NO:649和650；SEQ ID NO:651和652；SEQ ID NO:653和654；SEQ ID NO:655和656；SEQ ID NO:657和658；SEQ ID NO:659和660；SEQ ID NO:661和662；SEQ ID NO:663和664；SEQ ID NO:665和666；SEQ ID NO:667和668；SEQ ID NO:669和670；SEQ ID NO:671和672；SEQ ID NO:673和670；SEQ ID NO:674和675；SEQ ID NO:676和677；SEQ ID NO:678和679；SEQ ID NO:680和681；SEQ ID NO:682和683；SEQ ID NO:684和685；SEQ ID NO:686和687；SEQ ID NO:688和689；SEQ ID NO:690和691；SEQ ID NO:692和693；SEQ ID NO:694和695；SEQ ID NO:985和986；SEQ ID NO:987和988；SEQ ID NO:989和990；或SEQ ID NO:991和992。
靶向HIV gp120的多特异性抗原结合分子的第一抗原结合结构域的互补决定区(CDR)的例示性序列提供于表D1、表D2、表D3和表D4中。靶向HIV gp120的多特异性抗原结合分子的第二抗原结合结构域的VH和VL的例示性序列提供于表E中。
4.Fc结构域或Fc区
在某些实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链中的一者或两者的Fc区或Fc结构域来自人IgG。在一个实施方案中，多特异性抗原结合分子的Fc区或Fc结构域是IgG1、IgG2、IgG4或其嵌合体。在一些实施方案中，抗体具有嵌合重链恒定区(例如，具有IgG4的CH1区、铰链区、CH2区和IgG1的CH3区)。在一些实施方案中，Fc区来自人IgG1或IgG4。在一些实施方案中，Fc区来自人IgG1。在一些实施方案中，Fc区来自人IgG4。
在某些实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链中的一者或两者的Fc区或Fc结构域直接连接到或经由中间氨基酸序列(例如G-S接头)连接到具有1至10(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10)个氨基酸取代的人IgG1(例如，野生型或突变IgG1m3序列)、IgG2、IgG3或IgG4。在一些实施方案中，Fc修饰可以促进分子的血清半衰期增加或抗体效应子功能降低中的一种或多种。在其他实施方案中，这些修饰中的某些修饰会降低抗体效应子功能并增加抗体的半衰期。在一些实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链中的一者或两者的Fc区或Fc结构域包含两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个、五个或更多个、六个或更多个、六个或更少个、五个或更少个、四个或更少个、三个或更少个、两个或更少个或者一个修饰的Fc氨基酸残基。视情况而定，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链中的一者或两者的Fc区或Fc结构域可以是相同的或不同的。在一些实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链中的一者或两者的Fc区或Fc结构域可独立地包含两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个、五个或更多个、六个或更多个、六个或更少个、五个或更少个、四个或更少个、三个或更少个、两个或更少个或者一个修饰的Fc氨基酸残基。下文描述了例示性氨基酸取代。
IgG1同种型Fc
在一个实施方案中，Fc区包含或衍生自人IgG1。在一些实施方案中，抗体具有嵌合重链恒定区(例如，具有IgG4的CH1、铰链、CH2区和IgG1的CH3区)。
IgG1抗体以各种同种异型和异同种异型形式存在。在各种实施方案中，靶向CD3的重链和靶向HIV抗原的重链的Fc区或Fc结构域中的一者或两者包括具有G1m1、nG1m2、G1m3、G1m17,1、G1m17,1,2、G1m3,1或G1m17的同种异型的IgG1重链。这些同种异型或异同种异型中的每一种的特征在于在IgG1重链恒定区(Fc)内指定位置处具有以下氨基酸残基(EU编号)：
G1m1：D356、L358；
nG1m1：E356、M358；
G1m3：R214、E356、M358、A431；
G1m17,1：K214、D356、L358、A431；
G1m17,1.2：K214、D356、L358、G431；
G1m3,1：R214、D356、L358、A431；以及
G1m17：K214、E356、M358、A431。
在某些实施方案中，多特异性抗原结合分子的Fc区或Fc结构域包含野生型IgG1m3序列(例如，SEQ ID NO:1089)，或与野生型IgG1m3序列(例如，SEQ ID NO:1089)具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性，如下文所提供的。
在某些实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链中的一者或两者的Fc区或Fc结构域来自IgG1同种型。在一些实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链中的一者或两者的Fc区或Fc结构域包含人IgG1恒定区。在一些实施方案中，人IgG1 Fc区含有一个或多个修饰。例如，在一些实施方案中，Fc区含有一个或多个氨基酸取代(例如，相对于同一同种型的野生型Fc区)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代选自N297A、N297Q(Bolt S等人(1993)Eur J Immunol 23:403-411)、D265A、L234A、L235A(McEarchem等人，(2007)Blood,109:1185-1192)、C226S、C229S(McEarchem等人，(2007)Blood.109:1185-1192)、P238S(Davis等人，(2007)J Rheumatol,34:2204-2210)、E233P、L234V(McEarchern等人，(2007)Blood,109:1185-1192)、P238A、A327Q、A327G、P329A(Shields R L.等人，(2001)JBiol Chem.276(9):6591-604)、K322A、L234F、L235E(Hezareh等人，(2001)J Virol 75,12161-12168；Oganesyan等人，(2008).Acta Crystallographica 64,700-704)、P331S(Oganesyan等人，(2008)Acta Crystallographica 64,700-704)、T394D(Wilkinson等人(2013)MAbs 5(3):406-417)、A330L、M252Y、S254T和T256E，其中氨基酸位置根据EU编号惯例进行。在某些实施方案中，Fc区还包括根据EU编号惯例对应于甘氨酸236的位置处的氨基酸缺失。
在一些实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链中的一者或两者的Fc区或Fc结构域具有IgG1同种型，其具有根据EU编号惯例含有C220S氨基酸取代的重链恒定区。
在一些实施方案中，Fc区包含人IgG1同种型并且在选自由以下项组成的组的残基位置处包含Fc区中的一个或多个氨基酸取代：N297A、N297G、N297Q、N297G、D265A、L234A、L235A、C226S、C229S、P238S、E233P、L234V、P238A、A327Q、A327G、P329A、P329G、K322A、L234F、L235E、P331S、T394D、A330L、M252Y、S254T、T256E、M428L、N434S、T366W、T366S、L368A、Y407V以及它们的任何组合，其中残基的编号根据EU编号进行。在一些实施方案中，Fc区包含人IgG1同种型并且在选自由以下项组成的组的残基位置处包含Fc区中的一个或多个氨基酸取代：L234A、L234V、L234F、L235A、L235E、A330L、P331S以及它们的任何组合，其中残基的编号根据EU编号进行。在一些实施方案中，Fc区包含人IgG1同种型并且包含Fc区中的氨基酸取代L234A、L235A和P331S，其中残基的编号根据EU编号进行。在一些实施方案中，Fc区包含人IgG1同种型并且包含Fc区中的氨基酸取代M252Y、S254T、T256E，其中残基的编号根据EU编号进行。在一些实施方案中，Fc区包含人IgG1同种型并且包含Fc区中的氨基酸取代T366S、L368A、Y407V，其中残基的编号根据EU编号进行。在一些实施方案中，Fc区包含人IgG1同种型并且包含Fc区中的氨基酸取代L234A、L235A、P331S、T366S、L368A和Y407V，其中残基的编号根据EU编号进行。在一些实施方案中，Fc区包含人IgG1同种型并且包含Fc区中的氨基酸取代L234A、L235A、P331S、M252Y、S254T和T256E，其中残基的编号根据EU编号进行。
IgG4同种型Fc
对于要完全避免效应子功能的用途，例如当单独的抗原结合足以产生所需的治疗益处，并且效应子功能只会导致不希望的副作用(或增加其风险)时，可使用IgG4抗体，或者可以设计缺少Fc区或其大部分的抗体或片段，或者可使Fc突变以完全消除糖基化(例如N297A)。另选地，已经产生人IgG2(CH1结构域和铰链区)和人IgG4(CH2和CH3结构域)的混合构建体，该构建体没有效应子功能、缺乏结合FcγR(如IgG2)的能力并且无法激活补体(如IgG4)。(参见Rother等人(2007)Nat.Biotechnol.25:1256；Mueller等人(1997)Mol.Immunol.34:441；以及Labrijn等人(2008)Curr.Op.Immunol.20:479，这些文献讨论了通常降低效应子功能的Fc修饰)。
在某些实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链中的一者或两者的Fc区或Fc结构域具有IgG4同种型。在一些实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链中的一者或两者的Fc区或Fc结构域包含人IgG4恒定区。在一些实施方案中，人IgG4恒定区包括Fc区。在一些实施方案中，Fc区含有一个或多个修饰。例如，在一些实施方案中，Fc区含有一个或多个氨基酸取代(例如，相对于同一同种型的野生型Fc区)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代选自E233P、F234V、F234A、L235A、G237A、E318A、S228P、L235E、T394D、M252Y、S254T、T256E、N297A、N297G、N297Q、T366W、T366S、L368A、Y407V、M428L、N434S以及它们的任何组合，其中氨基酸位置根据EU编号惯例。参见例如Hutchins等人(1995)Proc Natl AcadSci USA,92:11980-11984；Reddy等人，(2000)J Immunol,164:1925-1933；Angal等人，(1993)Mol Immunol.30(1):105-8；美国专利号8,614,299B2；Vafa O.等人，(2014)Methods65:114-126；以及Jacobsen等人，J.Biol.Chem.(2017)292(5):1865-1875。在一些实施方案中，Fc区包含人IgG4同种型并且在选自由以下项组成的组的残基位置处包含Fc区中的一个或多个氨基酸取代：F234V、F234A、L235A、L235E、S228P以及它们的任何组合，其中残基的编号根据EU编号进行。
在一些实施方案中，可将本公开的IgG4变体与根据EU编号惯例的S228P突变(Angal等人，(1993)Mol Immunol,30:105-108)和一个或多个突变(Peters等人，(2012)JBiol Chem.13；287(29):24525-33)中的至少一者组合以增强抗体稳定性。
IgG2同种型Fc
在某些实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链中的一者或两者的Fc区或Fc结构域具有IgG2同种型。在一些实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链中的一者或两者的Fc区或Fc结构域包含人IgG2恒定区。在一些实施方案中，人IgG2恒定区包括Fc区。在一些实施方案中，Fc区含有一个或多个修饰。例如，在一些实施方案中，Fc区含有一个或多个氨基酸取代(例如，相对于同一同种型的野生型Fc区)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代选自P238S、V234A、G237A、H268A、H268Q、H268E、V309L、N297A、N297G、N297Q、V309L、A330S、P331S、C232S、C233S、M252Y、S254T和T256E，其中氨基酸位置根据EU编号惯例(Vafa等人，(2014)Methods 65:114-126)。
增加血清半衰期的Fc突变
在一些实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链中的一者或两者的Fc区或Fc结构域包含促进多特异性抗原结合分子的增加的血清半衰期的氨基酸修饰。已经描述了增加抗体的半衰期的突变。在一个实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链中的一者或两者的Fc区或Fc结构域包含位置252(EU编号)处的甲硫氨酸至酪氨酸取代、位置254(EU编号)处的丝氨酸至苏氨酸取代以及位置256(EU编号)处的苏氨酸至谷氨酸取代。参见例如美国专利号7,658,921。这种类型的突变体(命名为“YTE突变体”)相对于相同抗体的野生型型式表现出四倍增加的半衰期(Dall’Acqua等人，J Biol Chem,281:23514-24(2006)；Robbie等人，Antimicrob Agents Chemotherap.，57(12):6147-6153(2013))。在某些实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链中的一者或两者的Fc区或Fc结构域包含IgG恒定结构域，该IgG恒定结构域包含位置251-257、285-290、308-314、385-389和428-436(EU编号)处的氨基酸残基的一个、两个、三个或更多个氨基酸取代。另选地，M428L和N434S(“LS”)取代可增加多特异性抗原结合分子的药代动力学(PK)半衰期。在其他实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链中的一者或两者的Fc区或Fc结构域包含M428L和N434S取代(EU编号)。在其他实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链中的一者或两者的Fc区或Fc结构域包含T250Q和M428L(EU编号)突变。在其他实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链中的一者或两者的Fc区或Fc结构域包含H433K和N434F(EU编号)突变。
降低或消除效应子活性的Fc突变
在一些实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链中的一者或两者的Fc区或Fc结构域具有减少或消除Fc效应子功能(包括，例如抗体依赖性细胞毒性(ADCC)、抗体依赖性细胞吞噬作用(ADCP)和补体依赖性细胞毒性(CDC))的氨基酸取代。
在一些实施方案中，通过用不同的氨基酸残基替换至少一个氨基酸残基来改变Fc区，以降低或消除抗体的效应子功能。例如，可以用不同的氨基酸残基替换选自氨基酸残基234、235、236、237、297、318、320和322(EU编号)的一个或多个氨基酸，使得多特异性抗原结合分子对效应配体的亲和力降低。亲和力改变的效应配体可以是例如Fc受体(例如，残基位置234、235、236、237、297(EU编号)处)或补体的C1组分(例如，残基位置297、318、320、322(EU编号)处)(Winter等人的美国专利号5,624,821和5,648,260)。
降低或消除效应子功能的Fc修饰包括一个或多个位置(例如包括234、235、236、237、267、269、325和328，例如234G、235G、236R、237K、267R、269R、325L和328R(EU编号))处的取代、插入和缺失。此外，Fc变体可包括236R/328R。用于减少FcγR和补体相互作用的其他修饰包括位置297A、234A、235A、318A、228P、236E、268Q、309L、330S、331S、220S、226S、229S、238S、233P和234V(EU编号)处的取代。这些修饰和其他修饰在Strohl(2009)CurrentOpinion in Biotechnology 20:685-691综述。可降低效应子功能(ADCC和补体活化两者)，同时通过使位置233-236和327-331中的一个或多个位置处的IgG残基突变(诸如IgG1中的E233P、L234V、L235A，任选地G236A、A327G、A330S和P331S；IgG4中的E233P、F234V、L235A，任选地G236A；以及IgG2中的A330S和P331S(EU编号)来维持新生儿FcR结合(维持半衰期)。参见Armour等人(1999)Eur.J.Immunol.29:2613；WO 99/58572。降低效应子功能的其他突变包括IgG1中的L234A和L235A(“LALA”)(Alegre等人(1994)Transplantation 57:1537)；IgG2中的V234A和G237A(Cole等人(1997)J.Immunol.159:3613；还可参见美国专利号5,834,597)；以及IgG4的S228P和L235E(Reddy等人(2000)J.Immunol.164:1925)。用于降低人IgG1中的效应子功能的突变的另一种组合包括L234F、L235E和P331S(Oganesyan等人(2008)Acta Crystallogr.D.Biol.Crystallogr.64:700。通常参见Labrijn等人.(2008)Curr.Op.Immunol.20:479。发现在Fc(IgG1)融合蛋白(阿巴西普(abatacept))的背景下降低效应子功能的其他突变包括C226S、C229S和P238S(EU编号)。Davis等人(2007)J.Immunol.34:2204。
可通过修饰Fc区来降低ADCC活性。在某些实施方案中，可去除影响与Fc受体结合的位点，例如除补救(salvage)受体结合位点以外的位点。在其他实施方案中，可修饰Fc区以去除ADCC位点。已经关于IgG1中的ADCC位点描述了示例性ADCC位点(Sarmay等人，(1992)Molec.Immunol.29(5):633-9)。在一个实施方案中，人IgG1的G236R和L328R变体有效地消除了FcγR结合(Horton等人(2011)J.Immunol.186:4223以及Chu等人(2008)Mol.Immunol.45:3926)。在其他实施方案中，与FcγR结合降低的Fc包含氨基酸取代L234A、L235E和G237A。Gross等人(2001)Immunity 15:289。在WO 88/007089中鉴定的IgG Fc区中降低与FcγRI结合以降低ADCC的修饰(例如，234A；235E；236A；G237A)可以用于本发明的融合蛋白中。还可参见Duncan&Winter(1988)Nature 332:563；Chappel等人(1991)Proc.Nat'l Acad.Sci.(USA)88:9036；以及Sondermann等人(2000)Nature 406:267(讨论了这些突变对FcγRIII结合的影响)。在一些实施方案中，与FcγR结合降低的Fc包含氨基酸取代L234A和L235A。
还可通过修饰Fc区来降低CDC活性。IgG1位置D270、K322、P329和P331处的突变(特别是丙氨酸突变D270A、K322A、P329A和P331A)显著降低了对应抗体结合C1q并激活补体的能力(Idusogie等人(2000)J.Immunol.164:4178；WO 99/51642。已表明IgG1的位置331的修饰(例如P331S)可降低补体结合(Tao等人(1993)J.Exp.Med.178:661；Xu Y等人JBiolChem.1994.269:3469-74；以及Canfield&Morrison(1991)J.Exp.Med.173:1483)。在另一个示例中，改变氨基酸位置231至239内的一个或多个氨基酸残基，从而降低抗体固定补体的能力(WO 94/29351)。在WO 88/007089中鉴定的IgG Fc区中降低或消除与补体组分C1q结合因此降低或消除CDC的修饰(例如，E318A或V/K320A和K322A/Q)可以用于本发明的融合蛋白中。
在一些实施方案中，补体固定降低的Fc具有氨基酸取代A330S和P331S。Gross等人(2001)Immunity 15:289。在一些实施方案中，补体固定降低的Fc具有氨基酸取代P331S。
在某些实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链中的一者或两者的Fc区或Fc结构域基本上不具有效应子功能，例如，Fc结构域中的一者或两者已降低或消除了与FcγR的结合并且降低或消除了补体固定，例如无效应子。无效应子的示例性IgG1 Fc包含以下五种突变：L234A、L235E、G237A、A330S和P331S(EU编号)(Gross等人(2001)Immunity 15:289)。这五种取代可与N297A组合以消除糖基化。
在某些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含L234F、L235E、D264A突变，它们统称为“FEA”。FEA突变会降低或消除效应子功能。在某些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含L234F、L235E、D264A和F405L突变，它们统称为“FEAL”。在某些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含L234F、L235E、D264A以及选自F405L、F405A、F405D、F405E、F405H、F405I、F405K、F405M、F405N、F405Q、F405S、F405T、F405V、F405W和F405Y的突变。在某些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含L234F、L235E、D264A和K409R突变，它们统称为“FEAR”。在某些实施方案中，FEAL和FEAR包含在本文所述的多特异性抗原结合分子中。在某些实施方案中，多特异性抗原结合分子另外包含M428L和N434S突变，它们统称为LS。在某些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含L234F、L235E、D264A、F405L、M428L和N434S突变，它们统称为“FEALLS”。在某些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含L234F、L235E、D264A、M428L和N434S突变以及选自由F405L、F405A、F405D、F405E、F405H、F405I、F405K、F405M、F405N、F405Q、F405S、F405T、F405V、F405W和F405Y的另外一个突变。在某些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含L234F、L235E、D264A、K409R、M428L和N434S突变，它们统称为“FEARLS”。在某些实施方案中，FEALLS和FEARLS包含在本文所述的多特异性抗原结合分子中。
具有降低的ADCC和/或降低的CDC中的至少一者的其他Fc变体在以下文献中公开：Glaesner等人(2010)Diabetes Metab.Res.Rev.26:287(IgG4中降低ADCC和ADCP的F234A和L235A)；Hutchins等人(1995)Proc.Nat'l Acad.Sci.(USA)92:11980(IgG4中的F234A、G237A和E318A)；An等人(2009)MAbs 1:572和美国专利申请公开2007/0148167(IgG2中的H268Q、V309L、A330S和P331S)；McEarchern等人(2007)Blood109:1185(IgG1中的C226S、C229S、E233P、L234V、L235A)；Vafa等人(2014)Methods 65:114(IgG2中的V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S、P331S)(EU编号)。
通过降低或消除CD3×gp120多特异性/双特异性抗原结合分子的Fc结构域上的效应子功能，(i)被该分子结合的T细胞(包括未被HIV感染的那些)不会被先天效应细胞(例如，NK细胞、巨噬细胞)杀死；(ii)由于与先天效应细胞上的FcγR的结合降低，T细胞在不存在靶细胞的情况下不会被活化。在不存在靶细胞的情况下，T细胞的活化可导致不可耐受的细胞因子应答。双特异性分子与先天效应细胞上的FcγR的结合可导致CD3分子在T细胞上的聚集，导致抗原非依赖性T细胞活化。
促进异源二聚化的Fc突变
在一些实施方案中，第一Fc结构域和第二Fc结构域具有促进异源二聚化的突变。便于或促进异源二聚化的Fc结构域对中的突变综述于Ha等人，Front.Immunol.(2016)7:394。在一些实施方案中，第一Fc结构域和第二Fc结构域分别包含以下氨基酸取代(EU编号)(或反之亦然)：T366W和T366S/L368A/Y407V；T366W/S354C和T366S/L368A/Y407V/Y349C；S364H/F405A和Y349T/T394；T350V/L351Y/F405A/Y407V和T350V/T366L/K392L/T394W；K360D/D399M/Y407A和E345R/Q347R/T366V/K409V；K409D/K392D和D399K/E356K；K360E/K409W和Q347R/D399V/F405T；K360E/K409W/Y349C和Q347R/D399V/F405T/S354C；或K370E/K409W和E357N/D399V/F405T。在一些实施方案中，第一Fc结构域和第二Fc结构域分别包含以下氨基酸取代(EU编号)(或反之亦然)：T366W和T366S/L368A/Y407V。
在一些实施方案中，两种不同的含重链物质的Fc区异源二聚化可通过所谓的“旋钮进孔”突变来促进(Atwell等人1997.JMB 270:26-35)。将“孔”突变(T366S、L368A和Y407V(“SAV”))掺入一条含Fc的链中，将T366W“旋钮”(“W”)突变掺入另一条链中。另外，可以将C220S突变并入含scFv的臂的IgG1铰链区中以消除游离半胱氨酸，该游离半胱氨酸原本在野生型IgG1中与轻链中的相应半胱氨酸形成二硫键。此类构建体的共转染导使得优先形成异源二聚体Fc，同源二聚体污染物的水平较低。另外，将S354C突变并入含有“旋钮”突变的Fc中并将Y349C突变并入含有“孔”突变的Fc中可以任选地用于在需要额外的热力学稳定性的情况下在异源二聚体Fc的两半之间产生共价键(Merchant等人1998.Nat.Biotechnol.16:677-81)。
为了促进从污染的同源二聚体产物中纯化异源二聚体分子，可以将降低或消除蛋白质A结合的H435R(“R”)或H435R+Y436F(“RF”)突变引入含Fc的链中的一条而不是两条中(Jendeberg，L.等人1997J.Immunol.Methods 201:25–34)。这降低或消除了含有这些突变的同源二聚体污染物的蛋白质A结合，并且经由另外的色谱步骤(例如，离子交换)大大简化了从剩余的同源二聚体污染物中纯化所需异源二聚体的过程。在重链的第一Fc区或第二Fc区中并入H435R(或H435R+Y436F)突变的实施方案中，如果同一重链中的VH区来自VH3家族可变区，则该VH区还可以包括如本文所述的氨基酸取代以降低或消除整个重链的蛋白质A结合。在一些实施方案中，将H435R引入到含Fc的链中的一条中。
在某些实施方案中，一个或多个修饰选自以下Fc氨基酸取代(EU编号)或它们的组合：L234F；L235E；G236A；S239D；F243L；D265E；D265A；S267E；H268F；R292P；N297Q；N297A；S298A；S324T；I332E；S239D；A330L；L234F；L235E；P331S；F243L；Y300L；V305I；P396L；S298A；E333A；K334A；E345R；L235V；F243L；R292P；Y300L；P396L；M428L；E430G；N434S；G236A、S267E、H268F、S324T和I332E；G236A、S239D和I332E；S239D、A330L、I332E；L234F、L235E和P331S；F243L、R292P、Y300L、V305I和P396L；G236A、H268F、S324T和I332E；S239D、H268F、S324T和I332E；S298A、E333A和K334A；L235V、F243L、R292P、Y300L和P396L；S239D、I332E；S239D、S298A和I332E；G236A、S239D、I332E、M428L和N434S；G236A、S239D、A330L、I332E、M428L和N434S；S239D、I332E、G236A和A330L；M428L和N4343S；M428L、N434S；G236A、S239D、A330L和I332E；以及G236A和I332E。在某些实施方案中，一个或多个修饰选自：N297A、D265A、L234F、L235E、N297Q和P331S。在某些实施方案中，一个或多个修饰为N297A或D265A。在某些实施方案中，一个或多个修饰为L234F和L235E。在某些实施方案中，一个或多个修饰为L234F、L234E和D265A。在某些实施方案中，一个或多个修饰为L234F、L234E和N297Q。在某些实施方案中，一个或多个修饰为L234F、L235E和P331S。在某些实施方案中，一个或多个修饰为D265A和N297Q。在某些实施方案中，一个或多个修饰为L234F、L235E、D265A、N297Q和P331S。在一些实施方案中，修饰为L234A、L235A、P331S、T366S、L368A、Y407V和H435R。在一些实施方案中，修饰为L234A、L235A、P331S、T366W、M252Y、S254T和T256E。
减少Fc-受体结合并在本发明的抗原结合分子中有用的组合突变包括例如N297A；N297Q；D265A；L234F/L235E；L234F/L235E/N297Q；L234F/L235E/P331S；D265A/N297Q；以及L234F/L235E/D265A/N297Q/P331S(所有均为EU编号)。在某些实施方案中，本文所述的多特异性抗原结合分子包含L234F和L235E突变。在某些实施方案中，本文所述的多特异性抗原结合分子包含L234F、L235E和D265A突变。在某些实施方案中，本文所述的多特异性抗原结合分子包含L234F、L235E和N297Q突变。在某些实施方案中，本文所述的多特异性抗原结合分子包含N297A或N297Q突变。在某些实施方案中，本文所述的多特异性抗原结合分子包含N297A或N297Q突变以及L234F、L235E和D265A突变。在某些实施方案中，将一个、两个、三个、四个或更多个氨基酸取代引入Fc区以改变抗原结合分子的效应子功能。例如，这些取代位于选自由以下项组成的组的位置处：氨基酸残基234、235、236、237、265、297、318、320和322(根据EU编号)。这些位置可以被不同的氨基酸残基替换，使得抗原结合分子对效应配体(例如，Fc受体或补体的C1组分)的亲和力改变(例如，降低)，但保留亲本抗体的抗原结合能力。在某些实施方案中，本文所述的多特异性抗原结合分子包含E233P、L234V、L235A和G236A突变(EU编号)中的一者或多者。在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含A327G、A330S和P331S突变(EU编号)中的一者或多者。在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含K322A突变(EU编号)。在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含E318A、K320A和K322A突变(EU编号)。在某些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含L235E突变(EU编号)。
在一些实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链中的一者或两者的Fc区或Fc结构域不包含铰链区；或者铰链区全部或部分被截短或缺失。人IgG1、IgG2和IgG4抗体的结构铰链区是含有二至四个半胱氨酸残基的19至23个氨基酸的肽接头，在铰链外显子上与CH2外显子的5'端一起进行基因编码，并且允许在第一Fc结构域与第二Fc结构域之间形成二硫键(Roux等人，J.Immunol.(1998)161:4083)。结构铰链区由氨基酸残基位置216-238(EU编号)或226-251(Kabat编号)构成(在imgt.org上标识)。在一些实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链中的一者或两者的Fc区或Fc结构域包含或衍生自人IgG4同种型并且不包含氨基酸序列ESKYGPPCPPCP(SEQ ID NO:504)。在一些实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链中的一者或两者的Fc区或Fc结构域包含或衍生自人IgG1同种型并且不包含氨基酸序列EPKSCDKTHTCPPCP(SEQ ID NO:993)或EPKSCDKTHTCPPCPAPELL(SEQ ID NO:994)。视情况而定，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链中的一者或两者的Fc结构域的铰链区可以是相同的或不同的。
在各种实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链的Fc区或Fc结构域包含异源二聚体人IgG1，该异源二聚体人IgG1分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ IDNO:696和697；SEQ ID NO:697和696；SEQ ID NO:696和698；SEQ ID NO:698和696；SEQ IDNO:699和700；SEQ ID NO:700和699；SEQ ID NO:701和698；SEQ ID NO:698和701；SEQ IDNO:702和703；SEQ ID NO:703和702；SEQ ID NO:704和698；SEQ ID NO:698和704；SEQ IDNO:705和703；SEQ ID NO:703和705；SEQ ID NO:706和704；SEQ IDNO:704和706；SEQ IDNO:707和703；SEQ ID NO:703和707；SEQ ID NO:708和704；SEQ ID NO:704和708；SEQ IDNO:709和710；或SEQ ID NO:710和709。
在一些实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链的Fc区或Fc结构域包含异源二聚体人IgG1，该异源二聚体人IgG1分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:703和705。在一些实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链的Fc区或Fc结构域包含异源二聚体人IgG1，该异源二聚体人IgG1分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ IDNO:703和705。在一些实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链的Fc区或Fc结构域包含异源二聚体人IgG1，该异源二聚体人IgG1分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:703和705。在一些实施方案中，CD3靶向重链和HIV抗原靶向重链的Fc区或Fc结构域包含异源二聚体人IgG1，该异源二聚体人IgG1分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:703和705。
靶向HIV gp120的多特异性抗原结合分子的互补的第一和第二Fc结构域对的例示性序列提供于表F中。在一些实施方案中，Fc结构域对中的第一Fc结构域与靶向CD3的第一抗原结合结构域融合。在此类实施方案中，Fc结构域对中的第二Fc结构域与靶向HIV抗原的第二抗原结合结构域融合。在一些实施方案中，Fc结构域对中的第二Fc结构域与靶向CD3的第一抗原结合结构域融合。在此类实施方案中，Fc结构域对中的第一Fc结构域与靶向HIV抗原的第二抗原结合结构域融合。
在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含为scFv的第一抗原结合结构域和为Fab的第二抗原结合结构域，其中该第一抗原结合结构域包含第一重链(HC)，并且该第二抗原结合结构域包含第二HC和轻链(LC)，该第一HC、该第二HC和该LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:800、801和802；SEQ ID NO:800、803和802；SEQ IDNO:804、803和802；SEQ ID NO:804、805和802；SEQ ID NO:806、801和802；SEQ ID NO:806、803和802；SEQ ID NO:807、803和802；SEQ ID NO:807、805和802；SEQ ID NO:808、809和802；SEQ ID NO:808、810和802；SEQ ID NO:811、801和802；SEQ ID NO:812、809和802；SEQID NO:812、810和802；SEQ ID NO:813、805和802；SEQ ID NO:812、814和802；SEQ ID NO:815、801和802；SEQ ID NO:816、805和802；SEQ ID NO:817、801和802；或SEQ ID NO:818、805和802；SEQ ID NO:819、810和802；SEQ ID NO:820、810和802；SEQ ID NO:821、822和823；SEQ ID NO:824、825和823；SEQ ID NO:826、825和823；SEQ ID NO:826、827和823；SEQID NO:828、829和823；SEQ ID NO:830、822和823；SEQ ID NO:830、825和823；SEQ ID NO:831、825和823；SEQ ID NO:831、827和823；SEQ ID NO:832、833和823；SEQ ID NO:832、829和823；SEQ ID NO:834、827和823；SEQ ID NO:835、829和823；SEQ ID NO:836、829和823；SEQ ID NO:837、833和823；SEQ ID NO:837、838和823；SEQ ID NO:839、840和823；SEQ IDNO:841、829和823；SEQ ID NO:842、829和823；SEQ ID NO:843、829和823；SEQ ID NO:844、829和823；SEQ ID NO:845、829和823；SEQ ID NO:846、829和823；SEQ ID NO:846、833和823；SEQ ID NO:846、838和823；SEQ ID NO:847、827和823；SEQ ID NO:848、829和823；SEQID NO:849、829和823；SEQ ID NO:850、829和823；SEQ ID NO:851、829和823；SEQ ID NO:852、829和823；SEQ ID NO:853、829和823；SEQ ID NO:854、829和823；SEQ ID NO:855、829和823；SEQ ID NO:856、829和823；SEQ ID NO:857、829和823；SEQ ID NO:858、829和823；SEQ ID NO:859、829和823；SEQ ID NO:860、829和823；SEQ ID NO:861、862和863；SEQ IDNO:861、864和863；SEQ ID NO:865、864和863；SEQ ID NO:865、866和863；SEQ ID NO:867、868和863；SEQ ID NO:869、862和863；SEQ ID NO:869、864和863；SEQ ID NO:870、864和863；SEQ ID NO:870、866和863；SEQ ID NO:871、872和863；SEQ ID NO:871、868和863；SEQID NO:873、862和863；SEQ ID NO:874、866和863；SEQ ID NO:875、872和863；SEQ ID NO:875、868和863；SEQ ID NO:875、876和863；SEQ ID NO:877、862和863；SEQ ID NO:878、866和863；SEQ ID NO:879、862和863；SEQ ID NO:880、866和863；SEQ ID NO:881、882和883；SEQ ID NO:881、884和883；SEQ ID NO:885、884和883；SEQ ID NO:885、886和883；SEQ IDNO:887、888和883；SEQ ID NO:889、882和883；SEQ ID NO:889、884和883；SEQ ID NO:890、884和883；SEQ ID NO:890、886和883；SEQ ID NO:891、892和883；SEQ ID NO:891、888和883；SEQ ID NO:893、882和883；SEQ ID NO:894、886和883；SEQ ID NO:895、892和883；SEQID NO:895、888和883；SEQ ID NO:895、896和883；SEQ ID NO:897、882和883；SEQ ID NO:898、886和883；SEQ ID NO:899、882和883；或SEQ ID NO:900、886和883。
在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含为scFv的第一抗原结合结构域和为Fab的第二抗原结合结构域，其中该第一抗原结合结构域包含第一重链(HC)，并且该第二抗原结合结构域包含第二HC和轻链(LC)，该第一HC、该第二HC和该LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:800、801和802；SEQ ID NO:800、803和802；SEQ IDNO:804、803和802；SEQ ID NO:804、805和802；SEQ ID NO:806、801和802；SEQ ID NO:806、803和802；SEQ ID NO:807、803和802；SEQ ID NO:807、805和802；SEQ ID NO:808、809和802；SEQ ID NO:808、810和802；SEQ ID NO:821、822和823；SEQ ID NO:824、825和823；SEQID NO:826、825和823；SEQ ID NO:826、827和823；SEQ ID NO:828、829和823；SEQ ID NO:830、822和823；SEQ ID NO:830、825和823；SEQ ID NO:831、825和823；SEQ ID NO:831、827和823；SEQ ID NO:832、833和823；SEQ ID NO:832、829和823；SEQ ID NO:861、862和863；SEQ ID NO:861、864和863；SEQ ID NO:865、864和863；SEQ ID NO:865、866和863；SEQ IDNO:867、868和863；SEQ ID NO:869、862和863；SEQ ID NO:869、864和863；SEQ ID NO:870、864和863；SEQ ID NO:870、866和863；SEQ ID NO:871、872和863；SEQ ID NO:871、868和863；SEQ ID NO:881、882和883；SEQ ID NO:881、884和883；SEQ ID NO:885、884和883；SEQID NO:885、886和883；SEQ ID NO:887、888和883；SEQ ID NO:889、882和883；SEQ ID NO:889、884和883；SEQ ID NO:890、884和883；SEQ ID NO:890、886和883；SEQ ID NO:891、892和883；或SEQ ID NO:891、888和883。
在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含为scFv的第一抗原结合结构域和为Fab的第二抗原结合结构域，其中该第一抗原结合结构域包含第一重链(HC)，并且该第二抗原结合结构域包含第二HC和轻链(LC)，该第一HC、该第二HC和该LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:800、801和802；SEQ ID NO:800、803和802；SEQ IDNO:804、803和802；SEQ ID NO:804、805和802；SEQ ID NO:821、822和823；SEQ ID NO:824、825和823；SEQ ID NO:826、825和823；SEQ ID NO:826、827和823；SEQ ID NO:828、829和823；SEQ ID NO:861、862和863；SEQ ID NO:861、864和863；SEQ ID NO:865、864和863；SEQID NO:865、866和863；SEQ ID NO:867、868和863；SEQ ID NO:881、882和883；SEQ ID NO:881、884和883；SEQ ID NO:885、884和883；SEQ ID NO:885、886和883；或SEQ ID NO:887、888和883。
在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含为scFv的第一抗原结合结构域和为Fab的第二抗原结合结构域，其中该第一抗原结合结构域包含第一重链(HC)，并且该第二抗原结合结构域包含第二HC和轻链(LC)，该第一HC、该第二HC和该LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:800、801和802；SEQ ID NO:800、803和802；SEQ IDNO:804、803和802；SEQ ID NO:804、805和802；SEQ ID NO:821、822和823；SEQ ID NO:824、825和823；SEQ ID NO:826、825和823；SEQ ID NO:826、827和823；SEQ ID NO:828、829和823；SEQ ID NO:861、862和863；SEQ ID NO:861、864和863；SEQ ID NO:865、864和863；SEQID NO:865、866和863；或SEQ ID NO:867、868和863。
在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含为Fab的第一抗原结合结构域和为scFv或CD4的EC结构域的第二抗原结合结构域，其中该第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且该第二抗原结合结构域包含第二HC，该第二HC、该第一HC和该LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:751、752和753；SEQ ID NO:754、752和753；SEQ ID NO:755、756和753；SEQ ID NO:755、757和753；SEQ ID NO:758、757和753；SEQ IDNO:759、756和753；SEQ ID NO:754、760和761；SEQ ID NO:762、760和761；SEQ ID NO:751、763和753；SEQ ID NO:764、752和753；SEQ ID NO:765、752和753；SEQ ID NO:766、767和753；SEQ ID NO:766、768和753；SEQ ID NO:769、768和753；SEQ ID NO:770、767和753；SEQID NO:765、771和761；SEQ ID NO:772、771和761；SEQ ID NO:774、775和776；SEQ ID NO:777、778和776；SEQ ID NO:779、778和776；SEQ ID NO:779、780和776；SEQ ID NO:777、781和776；SEQ ID NO:782、752和753；SEQ ID NO:783、752和753；SEQ ID NO:784、785和753；SEQ ID NO:784、786和753；SEQ ID NO:787、786和753；SEQ ID NO:788、785和753；SEQ IDNO:783、789和761；SEQ ID NO:790、789和761；SEQ ID NO:792、793和794；SEQ ID NO:795、796和794；SEQ ID NO:797、796和794；SEQ ID NO:797、798和794；或SEQ ID NO:795、799和794。
在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含为Fab的第一抗原结合结构域和为scFv或CD4的EC结构域的第二抗原结合结构域，其中该第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且该第二抗原结合结构域包含第二HC，该第二HC、该第一HC和该LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:751、752和753；SEQ ID NO:754、752和753；SEQ ID NO:755、756和753；SEQ ID NO:755、757和753；SEQ ID NO:758、757和753；SEQ IDNO:759、756和753；SEQ ID NO:764、752和753；SEQ ID NO:765、752和753；SEQ ID NO:766、767和753；SEQ ID NO:766、768和753；SEQ ID NO:769、768和753；SEQ ID NO:770、767和753；SEQ ID NO:777、778和776；SEQ ID NO:779、778和776；SEQ ID NO:779、780和776；SEQID NO:777、781和776；SEQ ID NO:782、752和753；SEQ ID NO:783、752和753；SEQ ID NO:784、785和753；SEQ ID NO:784、786和753；SEQ ID NO:787、786和753；SEQ ID NO:788、785和753；SEQ ID NO:795、796和794；SEQ ID NO:797、796和794；SEQ ID NO:797、798和794；或SEQ ID NO:795、799和794。
在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含为Fab的第一抗原结合结构域和为scFv或CD4的EC结构域的第二抗原结合结构域，其中该第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且该第二抗原结合结构域包含第二HC，该第二HC、该第一HC和该LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与该氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:751、752和753；SEQ ID NO:754、752和753；SEQ ID NO:755、756和753；SEQ ID NO:755、757和753；SEQ ID NO:758、757和753；或SEQ ID NO:759、756和753。
在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含为Fab的第一抗原结合结构域和为scFv或CD4的EC结构域的第二抗原结合结构域，其中该第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且该第二抗原结合结构域包含第二HC，该第二HC、该第一HC和该LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:751、752和753；或SEQ ID NO:755、756和753。在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含为Fab的第一抗原结合结构域和为scFv或CD4的EC结构域的第二抗原结合结构域，其中该第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且该第二抗原结合结构域包含第二HC，该第二HC、该第一HC和该LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:751、752和753。在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含为Fab的第一抗原结合结构域和为scFv或CD4的EC结构域的第二抗原结合结构域，其中该第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且该第二抗原结合结构域包含第二HC，该第二HC、该第一HC和该LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:755、756和753。在各种实施方案中，多特异性抗原结合分子对至少30种不同HIV分离株具有通过EC50测量的小于0.15μg/ml(例如，小于0.14μg/ml、0.13μg/ml、0.12μg/ml或0.11μg/ml或更小)的效力。在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子对至少30种不同HIV分离株具有通过EC50测量的小于0.11μg/ml的效力。
在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含为Fab的第一抗原结合结构域和为CD4的EC结构域的第二抗原结合结构域，其中该第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且该第二抗原结合结构域包含第二HC，该第二HC、该第一HC和该LC分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:751、752和753。在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含为Fab的第一抗原结合结构域和为CD4的EC结构域的第二抗原结合结构域，其中该第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且该第二抗原结合结构域包含第二HC，该第二HC、该第一HC和该LC分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:751、752和753。在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含为Fab的第一抗原结合结构域和为CD4的EC结构域的第二抗原结合结构域，其中该第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且该第二抗原结合结构域包含第二HC，该第二HC、该第一HC和该LC分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:751、752和753。在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含为Fab的第一抗原结合结构域和为CD4的EC结构域的第二抗原结合结构域，其中该第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且该第二抗原结合结构域包含第二HC，该第二HC包含与SEQ ID NO:751的氨基酸序列具有至少95％(例如，至少96％、至少97％、至少98％或至少99％)同一性的氨基酸序列，并且该第一HC和该LC分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％(例如，至少96％、至少97％、至少98％或至少99％)同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:752和753。
在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含为Fab的第一抗原结合结构域和为CD4的EC结构域的第二抗原结合结构域，其中该第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且该第二抗原结合结构域包含第二HC，该第二HC包含与SEQ ID NO:751的氨基酸序列具有至少95％(例如，至少96％、至少97％、至少98％或至少99％)同一性的氨基酸序列，该第一HC包含与SEQ ID NO:752的氨基酸序列具有至少95％(例如，至少96％、至少97％、至少98％或至少99％)同一性的氨基酸序列，并且该LC包含与SEQ ID NO:753的氨基酸序列具有至少95％(例如，至少96％、至少97％、至少98％或至少99％)同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含为Fab的第一抗原结合结构域和为CD4的EC结构域的第二抗原结合结构域，其中该第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且该第二抗原结合结构域包含第二HC，该第二HC包含与SEQ ID NO:751的氨基酸序列具有至少95％(例如，至少96％、至少97％、至少98％或至少99％)同一性的氨基酸序列，该第一HC包含SEQ ID NO:752的氨基酸序列，并且该LC包含与SEQ ID NO:753的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含为Fab的第一抗原结合结构域和为CD4的EC结构域的第二抗原结合结构域，其中该第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且该第二抗原结合结构域包含第二HC，该第二HC包含与SEQ ID NO:751的氨基酸序列具有至少95％(例如，至少96％、至少97％、至少98％或至少99％)同一性的氨基酸序列，该第一HC包含SEQ ID NO:752的氨基酸序列，并且该LC包含与SEQ ID NO:753的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含为Fab的第一抗原结合结构域和为CD4的EC结构域的第二抗原结合结构域，其中该第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且该第二抗原结合结构域包含第二HC，该第二HC包含与SEQ ID NO:751的氨基酸序列具有至少95％(例如，至少96％、至少97％、至少98％或至少99％)同一性的氨基酸序列，该第一HC包含与SEQ ID NO:752的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列，并且该LC包含SEQ ID NO:753的氨基酸序列。在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含为Fab的第一抗原结合结构域和为CD4的EC结构域的第二抗原结合结构域，其中该第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且该第二抗原结合结构域包含第二HC，该第二HC包含与SEQ ID NO:751的氨基酸序列具有至少95％(例如，至少96％、至少97％、至少98％或至少99％)同一性的氨基酸序列，该第一HC包含与SEQ ID NO:752的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列，并且该LC包含SEQ ID NO:753的氨基酸序列。在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含为Fab的第一抗原结合结构域和为CD4的EC结构域的第二抗原结合结构域，其中该第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且该第二抗原结合结构域包含第二HC，该第二HC、该第一HC和该LC分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:751、752和753。
本文所述的靶向CD3和HIV gp120的双特异性分子的例示性序列提供于表G中。本文所述的双特异性分子总结于表53中。
在一些实施方案中，包含本文所述的多特异性抗原结合分子的一种或多种多肽包含N末端信号肽。信号肽可以是内源性信号肽(例如，来自天然或野生型免疫球蛋白或CD4ECD蛋白)或来自异源多肽。在各种实施方案中，信号肽或前导序列来自选自以下的源蛋白：血清蛋白、免疫球蛋白、细胞因子、趋化因子、伴侣蛋白、不变蛋白和将蛋白引导至溶酶体区室的蛋白。在各种实施方案中，信号肽或前导序列来自选自以下的源蛋白：集落刺激因子2(CSF2、GM-CSF)、组织型纤溶酶原活化剂(PLAT、t-PA)、C-C基序趋化因子配体7(CCL7、MCP-3)、C-X-C基序趋化因子配体10(CXCL10、IP-10)、连环蛋白β1(CTNNB1)、CD74(p33；DHLAG；HLADG；免疫球蛋白κ；Ia-GAMMA、恒定链)、血清白蛋白(ALB)、SPARC(骨粘连蛋白)、cwcv和kazal样结构域蛋白聚糖1(SPOCK1)；SPARC(骨粘连蛋白)、cwcv和kazal样结构域蛋白聚糖2(SPOCK2)；聚泛素B/C(UBB/UBC)、钙网蛋白(CALR)、水泡性口炎病毒G蛋白(VSV-G)、溶酶体相关膜蛋白1(LAMP-1)和溶酶体相关膜蛋白2(LAMP-2)。在一些实施方案中，信号肽来自血清白蛋白信号肽(例如，包含氨基酸序列KWVTFISLLFLFSSAYS(SEQ ID NO:1026))。在各种实施方案中，信号肽或前导序列选自SEQ ID NO:1026-1039中的任一者的氨基酸序列，或与SEQ ID NO:1026-1039中的任一者具有至少95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。可用于本发明的多特异性结合蛋白的例示性信号序列提供于表H中。
信号肽可以被设计成例如在从细胞分泌后被切割掉，以形成成熟的融合蛋白。被发现可用于表达本发明融合蛋白的在细胞中分泌蛋白质的经修饰的人血清白蛋白信号肽例如在Attallah等人，Protein Expr Purif.(2017)132:27-33中有所描述。用于表达本文所述融合蛋白的另外的信号肽序列例如在Kober等人，Biotechnol Bioeng.(2013)110(4):1164-73中有所描述。
在各种实施方案中，本文所述的多特异性抗原结合分子和/或编码此类多肽的多核苷酸以分离的形式提供。这意味着此类多肽或多核苷酸的纯度通常为至少50重量％的由其生产或纯化产生的干扰蛋白质、细胞和其他污染物，但不排除药剂与过量的药学上可接受的载体或旨在促进其使用的其他媒介物组合的可能性。如本文所述，当应用于多肽或多核苷酸时，术语“分离的”表示多肽或多核苷酸基本上不含在天然状态下与其缔合的细胞组分。它可例如处于均质状态并且可处于干燥状态或水溶液中。纯度和均质性可使用已知方法确定，例如分析化学技术，诸如聚丙烯酰胺凝胶电泳、柱色谱法、薄层色谱法或高效液相色谱(HPLC)分析。作为制剂中存在的主要种类的蛋白质是基本上纯化的。“分离的”或“纯化的”多肽或多核苷酸当通过重组技术产生时基本上不含其他细胞材料或培养基，或当化学合成时基本上不含化学前体或其他化学品。在各种实施方案中，纯化的多肽和/或多核苷酸为至少60％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％(w/w)，从生产或纯化中分离、纯化或不含干扰蛋白质和污染物。通常，多特异性抗原结合分子是其纯化后剩余的主要大分子物质。
5.缀合的多特异性抗原结合分子
本文所述的多特异性抗原结合分子中的任一种可以是与包括但不限于以下的各种分子(例如，标记)结合的缀合的抗原结合分子：大分子物质，诸如聚合物(例如聚乙二醇(PEG)、用PEG修饰的聚乙烯亚胺(PEI)(PEI-PEG)、聚谷氨酸(PGA)(N-(2-羟丙基)甲基丙烯酰胺(HPMA)共聚物))、透明质酸、放射性材料(例如，90Y、131I、125I、35S、3H、121In、99Tc)、荧光物质(例如，荧光素和罗丹明)、发光物质(例如，鲁米诺)、半抗原、酶(例如，葡萄糖氧化酶)、金属螯合物、生物素、抗生物素蛋白和药物。
上述缀合的多特异性抗原结合分子可根据已知方法制备，例如对本文所述的抗原结合分子或其较低分子量形式进行化学修饰。用于修饰抗体的方法是本领域熟知的(例如，US 5,057,313和US 5,156,840)。
6.编码多特异性抗原结合分子的多核苷酸
提供了编码本文所述的多特异性抗原结合分子的多核苷酸、包含此类多核苷酸的载体和包含此类多核苷酸或表达载体的宿主细胞(例如，哺乳动物细胞、植物细胞、酵母细胞、包括大肠杆菌细胞的细菌细胞)。本文提供了包含编码本文所提供的多特异性抗原结合分子中任一种的核苷酸序列的多核苷酸，以及包含此类多核苷酸序列的表达盒和载体，例如用于在宿主细胞(例如，哺乳动物细胞)中有效表达的表达载体。
还提供了编码如本文所述的多特异性抗原结合分子或其抗原结合片段的多核苷酸或核酸分子。在一些实施方案中，多核苷酸编码抗CD3结合结构域和抗HIV抗原(例如，抗gp120、抗gp41)中的一者或两者的免疫球蛋白重链可变区(或其片段)和免疫球蛋白轻链可变区(或其片段)。在其他实施方案中，多核苷酸或核酸分子是DNA、cDNA或mRNA。在一些其他实施方案中，多核苷酸或核酸分子是密码子偏好性的，以增强在期望的宿主细胞中的表达。
在一些实施方案中，提供了编码与gp120结合的多特异性抗原结合分子或抗原结合片段的第一结合结构域和第二结合结构域中的一者或两者的VH、VL或者VH和VL的多核苷酸。在某些情况下，多核苷酸编码CDR、VH、VL、HC、LC和Fc区中的一者或多者，这些区包含如本文所述的表A1至表A4、表B1至表B2、表C、表D1至表D4、表E、表F和表G中的一者或多者中列出的多特异性抗原结合分子的氨基酸序列。
本文提供了编码本文所述的多特异性抗原结合分子的CDR、VH、VL、轻链或重链的多核苷酸。在一个实施方案中，多核苷酸可包含编码靶向CD3的重链或重链可变结构域的核苷酸序列，该重链或重链可变结构域包含本文所述的抗体的VH CDR(参见例如本文表A1至表A4、表B1、表C和表G)。在一个实施方案中，多核苷酸可包含编码靶向CD3的轻链或轻链可变结构域的核苷酸序列，该轻链或轻链可变结构域包含本文所述的多特异性抗原结合分子的VL CDR(参见例如本文的表A1至表A4、表B2、表C和表G)。在一个实施方案中，本文所述的多核苷酸编码靶向CD3的包含VH CDR的重链可变区或重链，这些VH CDR分别包含表A1、表A2、表A3或表A4中列出的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的多核苷酸编码靶向CD3的包含VL CDR的轻链可变区或轻链，这些VL CDR分别包含表A1、表A2、表A3或表A4中列出的氨基酸序列。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码靶向、结合或特异性结合CD3的第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，该第一重链可变结构域和该第一轻链可变结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、11、8、4、9和10；SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；SEQ ID NO:1、13、8、4、14和15；SEQ ID NO:1、13、16、4、14和15；或SEQ ID NO:1、11、8、4、14和10。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码靶向、结合或特异性结合CD3的第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，该第一重链可变结构域和该第一轻链可变结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ IDNO:1、11、8、4、9和10；或SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码靶向、结合或特异性结合CD3的第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，该第一重链可变结构域和该第一轻链可变结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、11、8、4、9和10。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码靶向、结合或特异性结合CD3的第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，该第一重链可变结构域和该第一轻链可变结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ IDNO:1、12、8、4、9和10。
在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码靶向、结合或特异性结合CD3的第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，该第一重链可变结构域和该第一轻链可变结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25；SEQID NO:17、18、23、20、26和27；SEQ ID NO:17、18、75、20、26和27；或SEQ ID NO:17、18、23、20、26和25。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码靶向、结合或特异性结合CD3的第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，该第一重链可变结构域和该第一轻链可变结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25。
在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码靶向、结合或特异性结合CD3的第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，该第一重链可变结构域和该第一轻链可变结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；SEQ IDNO:28、29、32、31、26和15；SEQ ID NO:28、29、33、31、26和15；或SEQ ID NO:28、29、32、31、26和10。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码靶向、结合或特异性结合CD3的第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，该第一重链可变结构域和该第一轻链可变结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10。
在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码靶向、结合或特异性结合CD3的第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，该第一重链可变结构域和该第一轻链可变结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、42、40、37、41和25；SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；SEQ ID NO:34、44、40、37、45和27；SEQ ID NO:34、44、46、37、45和27；或SEQ ID NO:34、42、40、37、47和25。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码靶向、结合或特异性结合CD3的第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，该第一重链可变结构域和该第一轻链可变结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、42、40、37、41和25；或SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码靶向、结合或特异性结合CD3的第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，该第一重链可变结构域和该第一轻链可变结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、42、40、37、41和25。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码靶向、结合或特异性结合CD3的第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，该第一重链可变结构域和该第一轻链可变结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25。
在一个实施方案中，本文所述的多核苷酸编码靶向CD3的重链可变区或重链，该重链可变区或该重链包含表B1中列出的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的多核苷酸编码靶向CD3的轻链可变区或轻链，该轻链可变区或该轻链包含表B2中列出的氨基酸序列。在一些实施方案中，多核苷酸编码第一VH，该第一VH包含与选自SEQ ID NO:48-53的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％同一性或100％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，多核苷酸编码第一VH，该第一VH包含与SEQ ID NO:50的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％同一性或100％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，多核苷酸编码第一VH，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％同一性或100％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，多核苷酸编码第一VL，该第一VL包含与SEQ ID NO:54-58的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％同一性或100％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，多核苷酸编码第一VL，该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％同一性或100％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH并且编码第一VL，该第一VH包含与选自SEQ ID NO:48-53的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％同一性或100％同一性的氨基酸序列，该第一VL包含与SEQ ID NO:54-58的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％同一性或100％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH并且编码第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％同一性或100％同一性的氨基酸序列，该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％同一性或100％同一性的氨基酸序列。
在各种实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％同一性或100％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:48和54；SEQ ID NO:49和55；SEQ ID NO:50和55；SEQ ID NO:50和56；SEQ ID NO:51和55；SEQ ID NO:51和56；SEQ ID NO:52和56；SEQ IDNO:53和57；或SEQ ID NO:50和58。在各种实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％同一性或100％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:49和55；SEQ ID NO:50和55；SEQ ID NO:50和56；SEQ ID NO:51和55；或SEQ ID NO:51和56。
在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％同一性或100％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有100％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:50的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:50的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQID NO:56的氨基酸序列具有至少96％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:50的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少97％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:50的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少98％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:50的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:50的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ IDNO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:50的氨基酸序列具有至少96％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:50的氨基酸序列具有至少97％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:50的氨基酸序列具有至少98％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:50的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。
在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％同一性或100％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有100％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQID NO:56的氨基酸序列具有至少96％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少97％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少98％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，并且该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ IDNO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少96％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少97％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少98％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列，并且该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列。
在一些实施方案中，多核苷酸编码包含VH和VL的scFv，该scFv包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与选自SEQ ID NO:59-66(例如SEQ ID NO:59-66，例如SEQ ID NO:59-63，例如SEQ ID NO:61、62或63，例如SEQ ID NO:62或63)的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或至少100％同一性。
本文提供了编码本文所述的多特异性抗原结合分子的CDR、VH、VL、轻链或重链的多核苷酸。在一个实施方案中，多核苷酸可包含编码靶向HIV抗原(例如HIV gp120)的重链或重链可变结构域的核苷酸序列，该重链或重链可变结构域包含本文所述的抗体的VH CDR(参见例如本文表D1至表D4、表E和表G)。在一个实施方案中，多核苷酸可包含编码靶向HIV抗原(例如HIV gp120)的轻链或轻链可变结构域的核苷酸序列，该轻链或轻链可变结构域包含本文所述的多特异性抗原结合分子的VL CDR(参见例如本文的表D1至表D4、表E和表G)。在一个实施方案中，本文所述的多核苷酸编码靶向HIV抗原(例如，HIV gp120)的包含VHCDR的重链可变区或重链，这些VH CDR分别包含表D1、表D2、表D3或表D4中列出的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的多核苷酸编码靶向HIV抗原(例如，HIV gp120)的包含VLCDR的轻链可变区或轻链，这些VL CDR分别包含表D1、表D2、表D3或表D4中列出的氨基酸序列。
在一个实施方案中，一种或多种多核苷酸编码靶向、结合或特异性结合HIV抗原(例如，HIV gp120)的第二重链可变结构域(VH)和第二轻链可变结构域(VL)，该第二重链可变结构域和该第二轻链可变结构域包含分别包含如下所示的氨基酸序列(根据Kabat)的第二VH-CDR1、第二VH-CDR2、第二VH-CDR3、第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VL-CDR3：SEQ IDNO:76、77、78、79、80和81；SEQ ID NO:76、82、78、79、80和81；SEQ ID NO:83、84、85、86、80和87；SEQ ID NO:83、88、85、86、80和87；SEQ ID NO:90、91、92、93、94和95；SEQ ID NO:90、91、96、93、94和95；SEQ ID NO:97、98、99、100、101和102；SEQ ID NO:103、104、105、106、94和107；SEQ ID NO:108、109、110、111、112和113；SEQ ID NO:114、115、116、117、118和119；SEQID NO:114、120、121、122、118和123；SEQ ID NO:124、125、126、127、128和113；SEQ ID NO:129、115、131、127、118和113；SEQ ID NO:132、133、134、135、136和137；SEQ ID NO:138、139、140、141、142和143；SEQ ID NO:144、145、146、147、148和143；SEQ ID NO:149、150、151、152、153和143；SEQ ID NO:154、155、156、157、158和159；SEQ ID NO:160、161、162、163、164和165；SEQ ID NO:166、161、167、163、164和165；SEQ ID NO:168、169、170、171、172和173；SEQ ID NO:168、174、170、171、172和173；SEQ ID NO:175、176、177、171、172和173；SEQ ID NO:178、179、180、181、182和183；SEQ ID NO:184、185、186、187、188和189；SEQ IDNO:190、191、192、193、194和195；SEQ ID NO:196、197、198、199、200和201；SEQ ID NO:202、203、204、205、206和207；SEQ ID NO:208、209、210、211、212和213；SEQ ID NO:214、215、216、217、218和219；SEQ ID NO:214、220、216、221、218和219；SEQ ID NO:214、220、222、221、218和219；SEQ ID NO:223、224、225、226、227和228；SEQ ID NO:229、230、231、232、233和234；SEQ ID NO:902、903、904、905、906和907；SEQ ID NO:908、909、910、911、912和913；SEQ ID NO:914、915、916、917、918和919；或SEQ ID NO:920、921、922、923、924和925。
在一个实施方案中，一种或多种多核苷酸编码靶向、结合或特异性结合HIV抗原(例如，HIV gp120)的第二重链可变结构域(VH)和第二轻链可变结构域(VL)，该第二重链可变结构域和该第二轻链可变结构域包含分别包含如下所示的氨基酸序列(根据Chothia)的第二VH-CDR1、第二VH-CDR2、第二VH-CDR3、第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VL-CDR3：SEQID NO:235、236、237、238、239和240；SEQ ID NO:241、242、243、244、239和245；SEQ ID NO:246、242、247、244、239和245；SEQ ID NO:248、249、250、251、239和252；SEQ ID NO:248、249、253、251、239和252；SEQ ID NO:254、255、256、257、258和259；SEQ ID NO:260、261、262、263、239和264；SEQ ID NO:265、266、267、268、269和270；SEQ ID NO:271、272、273、274、275和270；SEQ ID NO:271、276、277、278、275和279；SEQ ID NO:280、281、282、283、284和270；SEQ ID NO:285、272、286、283、275和270；SEQ ID NO:287、288、289、290、291和292；SEQ ID NO:293、294、295、296、297和298；SEQ ID NO:299、300、301、302、303和298；SEQ IDNO:304、300、305、406、307和298；SEQ ID NO:308、309、310、311、312和313；SEQ ID NO:314、315、316、317、318和165；SEQ ID NO:320、315、321、317、318和165；SEQ ID NO:322、323、324、325、326和327；SEQ ID NO:322、328、324、325、326和327；SEQ ID NO:329、323、330、325、326和327；SEQ ID NO:331、332、333、334、335和336；SEQ ID NO:337、338、339、340、341和342；SEQ ID NO:343、344、345、346、341和347；SEQ ID NO:348、349、350、351、352和353；SEQ ID NO:354、355、356、357、358和359；SEQ ID NO:360、361、362、363、364和365；SEQ IDNO:366、367、368、369、370和371；SEQ ID NO:366、361、368、369、370和371；SEQ ID NO:372、361、373、369、370和371；SEQ ID NO:374、375、376、377、378和379；或SEQ ID NO:380、381、382、383、384和385。
在一个实施方案中，一种或多种多核苷酸编码靶向、结合或特异性结合HIV抗原(例如，HIV gp120)的第二重链可变结构域(VH)和第二轻链可变结构域(VL)，该第二重链可变结构域和该第二轻链可变结构域包含分别包含如下所示的氨基酸序列(根据IMGT)的第二VH-CDR1、第二VH-CDR2、第二VH-CDR3、第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VL-CDR3：SEQ IDNO:386、387、388、389、239和81；SEQ ID NO:390、391、392、393、239和87；SEQ ID NO:390、391、394、393、239和87；SEQ ID NO:395、396、397、393、239和87；SEQ ID NO:398、399、400、401、239和95；SEQ ID NO:398、399、402、401、239和95；SEQ ID NO:403、404、405、406、258和102；SEQ ID NO:407、408、409、410、239和107；SEQ ID NO:411、412、413、414、269和113；SEQID NO:415、416、417、418、275和119；SEQ ID NO:415、419、420、421、275和123；SEQ ID NO:422、423、424、425、275和113；SEQ ID NO:426、416、427、425、275和113；SEQ ID NO:428、429、430、431、291和137；SEQ ID NO:432、433、434、435、297和143；SEQ ID NO:436、437、438、439、303和143；SEQ ID NO:440、437、441、442、307和143；SEQ ID NO:443、444、445、446、312和159；SEQ ID NO:447、448、449、450、318和165；SEQ ID NO:451、448、452、450、318和165；SEQ ID NO:453、454、455、456、326和173；SEQ ID NO:453、457、455、456、326和173；SEQ ID NO:458、459、460、456、326和173；SEQ ID NO:461、462、463、464、335和183；SEQ IDNO:465、466、467、468、341和189；SEQ ID NO:469、470、471、472、341和195；SEQ ID NO:473、474、475、476、352和201；SEQ ID NO:477、478、479、480、358和207；SEQ ID NO:481、482、483、484、364和213；SEQ ID NO:485、486、487、488、370和219；SEQ ID NO:485、482、487、488、370和219；SEQ ID NO:489、482、490、488、370和219；SEQ ID NO:491、492、493、494、378和228；SEQ ID NO:495、496、497、498、384和234；SEQ ID NO:950、951、952、953、930和907；SEQ ID NO:954、955、956、957、936和913；SEQ ID NO:958、959、960、961、942和919；或SEQID NO:962、963、964、965、948和925。
在一个实施方案中，一种或多种多核苷酸编码靶向、结合或特异性结合HIV抗原(例如，HIV gp120)的第二重链可变结构域(VH)和第二轻链可变结构域(VL)，该第二重链可变结构域和该第二轻链可变结构域包含分别包含如下所示的氨基酸序列(根据Honegger)的第二VH-CDR1、第二VH-CDR2、第二VH-CDR3、第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VL-CDR3：SEQ ID NO:499、500、501、238、502和240；SEQ ID NO:499、503、501、238、502和240；SEQ IDNO:505、506、507、244、502和245；SEQ ID NO:508、509、510、244、502和245；SEQ ID NO:511、512、513、251、514和252；SEQ ID NO:511、512、515、251、514和252；SEQ ID NO:516、517、518、257、519和259；SEQ ID NO:520、521、522、264、523和264；SEQ ID NO:524、525、526、268、527和270；SEQ ID NO:528、529、530、274、531和270；SEQ ID NO:528、532、533、278、531和279；SEQ ID NO:534、535、536、283、537和270；SEQ ID NO:1090、529、538、283、531和270；SEQ ID NO:539、540、541、290、542和292；SEQ ID NO:543、544、545、546、547和298；SEQ IDNO:548、549、550、1091、551和298；SEQ ID NO:552、553、554、555、556和298；SEQ ID NO:557、558、559、311、560和313；SEQ ID NO:561、562、563、564、565和165；SEQ ID NO:566、562、1092、564、567和165；SEQ ID NO:568、569、570、571、572和327；SEQ ID NO:568、573、570、571、572和327；SEQ ID NO:574、575、576、571、572和327；SEQ ID NO:577、578、579、580、581和336；SEQ ID NO:582、583、584、340、585和342；SEQ ID NO:586、587、588、346、589和347；SEQ ID NO:590、591、592、351、593和353；SEQ ID NO:594、595、596、597、598和359；SEQ ID NO:599、600、601、602、603和365；SEQ ID NO:604、605、606、607、608和371；SEQ IDNO:604、609、606、607、608和371；SEQ ID NO:610、609、611、607、608和371；SEQ ID NO:612、613、614、615、616和379；SEQ ID NO:617、618、619、620、621和385；SEQ ID NO:966、967、968、969、970和931；SEQ ID NO:971、972、973、974、975和937；SEQ ID NO:976、977、978、941、979和943；或SEQ ID NO:980、981、982、983、984和949。
在一个实施方案中，本文所述的多核苷酸编码靶向HIV抗原(例如，HIV gp120)的重链可变区和重链，该重链可变区和该重链包含表E中列出的氨基酸序列。在各种实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第二VH和第二VL，该第二VH和该第二VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％同一性或100％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:622和623；SEQ ID NO:624和625；SEQ ID NO:624和626；SEQ ID NO:627和628；SEQ ID NO:629和630；SEQ ID NO:631和632；SEQ ID NO:633和634；SEQ ID NO:635和636；SEQ ID NO:637和638；SEQ ID NO:639和640；SEQ ID NO:641和642；SEQ ID NO:643和644；SEQ ID NO:645和646；SEQ ID NO:647和648；SEQ ID NO:649和650；SEQ ID NO:651和652；SEQ ID NO:653和654；SEQ ID NO:655和656；SEQ ID NO:657和658；SEQ ID NO:659和660；SEQ ID NO:661和662；SEQ ID NO:663和664；SEQ ID NO:665和666；SEQ ID NO:667和668；SEQ ID NO:669和670；SEQ ID NO:671和672；SEQ ID NO:673和670；SEQ ID NO:674和675；SEQ ID NO:676和677；SEQ ID NO:678和679；SEQ ID NO:680和681；SEQ ID NO:682和683；SEQ ID NO:684和685；SEQ ID NO:686和687；SEQ ID NO:688和689；SEQ ID NO:690和691；SEQ ID NO:692和693；SEQ ID NO:694和695；SEQ ID NO:985和986；SEQ ID NO:987和988；SEQ ID NO:989和990；或SEQ ID NO:991和992。
在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码如表F中列出的第一Fc区和第二Fc区。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一Fc区和第二Fc区，该第一Fc区和该第二Fc区分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％同一性或100％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:696和697；SEQ ID NO:697和696；SEQ ID NO:696和698；SEQ ID NO:698和696；SEQ ID NO:699和700；SEQ ID NO:700和699；SEQ ID NO:701和698；SEQ ID NO:698和701；SEQ ID NO:702和703；SEQ ID NO:703和702；SEQ ID NO:704和698；SEQ ID NO:698和704；SEQ ID NO:705和703；SEQ ID NO:703和705；SEQ ID NO:706和704；SEQ ID NO:704和706；SEQ ID NO:707和703；SEQ ID NO:703和707；SEQ ID NO:708和704；SEQ ID NO:704和708；SEQ ID NO:709和710；或SEQ ID NO:710和709。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一Fc区和第二Fc区，该第一Fc区和该第二Fc区分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％同一性或100％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:703和705。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一Fc区和第二Fc区，该第一Fc区和该第二Fc区分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:703和705。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一Fc区和第二Fc区，该第一Fc区和该第二Fc区分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:703和705。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码第一Fc区和第二Fc区，该第一Fc区和该第二Fc区分别包含与如下所示的氨基酸序列具有100％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:703和705。
在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码如表G中列出的未配对重链、Fab臂重链和Fab臂轻链。例示性多核苷酸序列提供于表J中。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码未配对重链、Fab臂重链和Fab臂轻链，该未配对重链、该Fab臂重链和该Fab臂轻链分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％同一性或100％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:995、996和997；SEQ ID NO:998、999和1000；SEQ IDNO:1001、1002和1003；SEQ IDNO:1004、1005和1000；SEQ ID NO:1006、1002和997；SEQ IDNO:1007、1093和1000；SEQ ID NO:998、1008和1000；SEQ ID NO:998、1009和1000；SEQ IDNO:1010、1011和1012；SEQ ID NO:1013、1014和1015；SEQ ID NO:1016、1017和1012；SEQ IDNO:1018、1019和1012；SEQ ID NO:1018、1020和1012；SEQ ID NO:1021、1022和1023；或SEQID NO:1024、1025和1023。
在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码未配对重链、Fab臂重链和Fab臂轻链，该未配对重链、该Fab臂重链和该Fab臂轻链分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％同一性或100％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:995、996和997。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码未配对重链、Fab臂重链和Fab臂轻链，该未配对重链、该Fab臂重链和该Fab臂轻链分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:995、996和997。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码未配对重链、Fab臂重链和Fab臂轻链，该未配对重链、该Fab臂重链和该Fab臂轻链分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:995、996和997。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码未配对重链、Fab臂重链和Fab臂轻链，该未配对重链、该Fab臂重链和该Fab臂轻链分别包含与如下所示的氨基酸序列具有100％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:995、996和997。
在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码未配对重链、Fab臂重链和Fab臂轻链，该未配对重链、该Fab臂重链和该Fab臂轻链分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％同一性或100％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:998、999和1000。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码未配对重链、Fab臂重链和Fab臂轻链，该未配对重链、该Fab臂重链和该Fab臂轻链分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:998、999和1000。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码未配对重链、Fab臂重链和Fab臂轻链，该未配对重链、该Fab臂重链和该Fab臂轻链分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:998、999和1000。在一些实施方案中，一种或多种多核苷酸编码未配对重链、Fab臂重链和Fab臂轻链，该未配对重链、该Fab臂重链和该Fab臂轻链分别包含与如下所示的氨基酸序列具有100％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:998、999和1000。
本公开还涵盖编码抗gp120抗原结合分子或其抗原结合片段、或抗CD3抗原结合结构域或其抗原结合片段的多核苷酸，这些多核苷酸具有以下项中的至少一者：用于改善在期望宿主细胞中表达的密码子偏好性序列、替代异源信号序列，以及减少或消除的mRNA不稳定元件。产生密码子偏好性核酸的方法可通过调整在以下文献中描述的方法来进行：例如美国专利号5,965,726；6,174,666；6,291,664；6,414,132；和6,794,498。用于在期望宿主细胞中表达多特异性抗原结合分子的优选密码子用法例如在kazusa.or.jp/codon/；和genscript.com/tools/codon-frequency-table中提供。
视情况而定，在某些实施方案中，编码多特异性抗原结合分子的多核苷酸的3'端包含一个或多个串联终止密码子，例如两个或更多个串联TAG(“琥珀(amber)”)、TAA(“赭石(ochre)”)或TGA(“乳白(opal)”或“棕土(umber)”)终止密码子。多个串联终止密码子可以相同或不同。
在一些实施方案中，将编码本文所述的抗体或抗原结合片段的一种或多种多核苷酸配制或包封在脂复合物例如脂质纳米颗粒(LNP)中。如本文所用，“脂复合物”是指作为DNA的非病毒(合成)脂质载体的阳离子脂质体。在一些实施方案中，脂复合物是脂质纳米颗粒(LNP)。如本文所用，术语“脂质纳米颗粒”是指平均直径介于10纳米至1000纳米之间并且包括能够增溶亲脂性分子的固体脂质核基质的一个或多个球形纳米颗粒。在某些实施方案中，脂质核由表面活性剂(例如，乳化剂)稳定，并且可以包含以下项中的一种或多种：甘油三酯(例如，三硬脂精)、甘油二酯(例如，甘油山嵛酸酯)、甘油单酯(例如，单硬脂酸甘油酯)、脂肪酸(例如，硬脂酸)、类固醇(例如，胆固醇)和蜡(例如，鲸蜡醇棕榈酸酯)，包括它们的组合。脂质纳米颗粒例如在以下文献中有所描述：Petrilli等人，Curr PharmBiotechnol.15:847-55，2014；以及美国专利号6,217,912、6,881,421、7,402,573、7,404,969、7,550,441、7,727,969、8,003,621、8,691,750、8,871,509、9,017,726、9,173,853、9,220,779、9,227,917和9,278,130，这些文献中的每篇文献全文以引用方式并入。编码广泛中和抗体的LNP包封的mRNA分子例如在Pardi等人，Nat Commun.(2017)8:14630中有所描述。在某些实施方案中，将编码本文所述的抗体或抗原结合片段的一种或多种多核苷酸配制或包封在LNP中，该LNP由可离子化的阳离子脂质/磷脂酰胆碱/胆固醇/PEG-脂质(例如，摩尔比分别为约50:10:38.5:1.5mol mol-1)组成。
7.载体和宿主细胞
还提供了包含一种或多种多核苷酸的载体，这些多核苷酸编码本文所述的多特异性抗原结合分子中的一种或多种。载体可以是任何类型，例如重组载体，诸如表达载体。载体包括但不限于质粒、粘粒、细菌人工染色体(BAC)和酵母人工染色体(YAC)以及衍生自噬菌体或植物或动物(包括人)病毒的载体。载体可包括被所提出的宿主细胞识别的复制起点(例如，包括原核和真核宿主细胞)，并且就表达载体而言，包括启动子和被宿主细胞识别的其他调控区。在另外的实施方案中，载体包含编码本公开的抗体的多核苷酸，该多核苷酸可操作地连接到启动子和任选地另外的调节元件。某些载体能够在它们所引入的宿主中自主复制(例如，具有细菌复制起点的载体可以在细菌中复制)。其他载体可以在引入宿主时整合到宿主的基因组中，由此与宿主基因组一起复制。载体包括但不限于适用于重组产生本文所公开的抗体的那些。
载体的选择取决于随后的重组程序和使用的宿主。将载体引入宿主细胞中尤其会受到磷酸钙转染、病毒感染、DEAE-葡聚糖介导的转染、脂质体转染或电穿孔的影响。载体可自主复制或可与它们所整合的染色体一起复制。在某些实施方案中，载体含有一种或多种选择标志物。标志物的选择可取决于选择的宿主细胞。这些标志物包括但不限于卡那霉素、新霉素、嘌呤霉素、潮霉素、zeocin、氨苄青霉素(AmpR)、来自单纯疱疹病毒的胸苷激酶基因(HSV-TK)、哺乳动物谷氨酰胺合成酶(GS)和来自小鼠的二氢叶酸还原酶基因(dhfr)。本发明还涵盖包含编码本文所述的抗体的一个或多个核酸分子的载体，这些核酸分子可操作地连接到编码可用于分离抗体的蛋白质或肽的一个或多个核酸分子。这些蛋白质或肽包括但不限于谷胱甘肽-S-转移酶、麦芽糖结合蛋白、金属结合多组氨酸、绿色荧光蛋白、荧光素酶和β-半乳糖苷酶。在其他实施方案中，使用的载体是pcDNATM3.1+(赛默飞世尔科技公司(ThermoFisher，MA)或pCGS3，或者基于该pcDNATM3.1+或该pCGS3。在各种实施方案中，载体可具有一个、两个、三个、四个或五个开放阅读框或表达盒。在各种实施方案中，载体可具有一个、两个、三个、四个或五个顺反子。在一些实施方案中，第一表达盒、第二表达盒和第三表达盒(例如，如下所示)各自包含具有相同或等同转录强度的启动子。在不同实施方案中，启动子是组成型启动子。在一些实施方案中，第一表达盒、第二表达盒和第三表达盒(例如，如下所示)包含一个或多个具有不同转录强度的启动子。使用的例示性启动子包括但不限于巨细胞病毒(CMV)、SV40、RSV、EF1a、UBC、PGK和CAGG(参见例如Qin等人，PLoS One.(2010)5(5):e10611)。在实施方案中，表达载体还包含位于第一表达盒5′的第四表达盒，该第一表达盒包含编码真核选择标记蛋白(例如谷氨酰胺合成酶(GS))的多核苷酸。通常，与驱动第一表达盒、第二表达盒和第三表达盒中多核苷酸表达的启动子相比，驱动编码真核选择标记蛋白的多核苷酸表达的启动子(第四表达盒)具有相对较弱的转录强度。
在一些实施方案中，该一种或多种表达载体包括质粒载体或病毒载体。在一些实施方案中，该一种或多种表达载体包含三种、四种或五种表达盒或顺反子。在一些实施方案中，表达载体任选地以从5′至3′的先后顺序包含：(i)第一表达盒，包含编码抗HIV gp120VL-轻链恒定结构域(CL)融合蛋白的第一多核苷酸；(ii)第二表达盒，包含编码抗HIVgp120 VH-Fc融合蛋白的第二多核苷酸；和(iii)第三表达盒，包含编码抗CD3 scFv-Fc融合蛋白的第三多核苷酸。在一些实施方案中，该抗HIV gp120 VL-CL融合蛋白、该抗HIV gp120VH-Fc融合蛋白和该抗CD3 scFv-Fc融合蛋白分别包含如下所示的氨基酸序列，或者分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:802、801和800；SEQ ID NO:802、803和800；SEQ ID NO:802、803和804；SEQID NO:802、805和804；SEQ ID NO:802、801和806；SEQ ID NO:802、803和806；SEQ ID NO:802、803和807；SEQ ID NO:802、805和807；SEQ ID NO:802、809和808；SEQ ID NO:802、810和808；SEQ ID NO:802、801和811；SEQ ID NO:802、809和812；SEQ ID NO:802、810和812；SEQ ID NO:802、805和813；SEQ ID NO:802、814和812；SEQ ID NO:802、801和815；SEQ IDNO:802、805和816；SEQ ID NO:802、801和817；SEQ ID NO:802、805和818；SEQ ID NO:802、810和819；SEQ ID NO:802、810和820；SEQ ID NO:823、822和821；SEQ ID NO:823、825和824；SEQ ID NO:823、825和826；SEQ ID NO:823、827和826；SEQ ID NO:823、829和828；SEQID NO:823、822和830；SEQ ID NO:823、825和830；SEQ ID NO:823、825和831；SEQ ID NO:823、827和831；SEQ ID NO:823、833和832；SEQ ID NO:823、829和832；SEQ ID NO:823、827和834；SEQ ID NO:823、829和835；SEQ ID NO:823、829和836；SEQ ID NO:823、833和837；SEQ ID NO:823、838和837；SEQ ID NO:823、840和839；SEQ ID NO:823、829和841；SEQ IDNO:823、829和842；SEQ ID NO:823、829和843；SEQ ID NO:823、829和844；SEQ ID NO:823、829和845；SEQ ID NO:823、829和846；SEQ ID NO:823、833和846；SEQ ID NO:823、838和846；SEQ ID NO:823、827和847；SEQ ID NO:823、829和848；SEQ ID NO:823、829和849；SEQID NO:823、829和850；SEQ ID NO:823、829和851；SEQ ID NO:823、829和852；SEQ ID NO:823、829和853；SEQ ID NO:823、829和854；SEQ ID NO:823、829和855；SEQ ID NO:823、829和856；SEQ ID NO:823、829和857；SEQ ID NO:823、829和858；SEQ ID NO:823、829和859；SEQ ID NO:823、829和860；SEQ ID NO:863、862和861；SEQ ID NO:863、864和861；SEQ IDNO:863、864和865；SEQ ID NO:863、866和865；SEQ ID NO:863、868和867；SEQ ID NO:863、862和869；SEQ ID NO:863、864和869；SEQ ID NO:863、864和870；SEQ ID NO:863、866和870；SEQ ID NO:863、872和871；SEQ ID NO:863、868和871；SEQ ID NO:863、862和873；SEQID NO:863、866和874；SEQ ID NO:863、872和875；SEQ ID NO:863、868和875；SEQ ID NO:863、876和875；SEQ ID NO:863、862和877；SEQ ID NO:863、866和878；SEQ ID NO:863、862和879；SEQ ID NO:863、866和880；SEQ ID NO:883、882和881；SEQ ID NO:883、884和881；SEQ ID NO:883、884和885；SEQ ID NO:883、886和885；SEQ ID NO:883、888和887；SEQ IDNO:883、882和889；SEQ ID NO:883、884和889；SEQ ID NO:883、884和890；SEQ ID NO:883、886和890；SEQ ID NO:883、892和891；SEQ ID NO:883、888和891；SEQ ID NO:883、882和883；SEQ ID NO:883、886和894；SEQ ID NO:883、892和895；SEQ ID NO:883、888和895；SEQID NO:883、896和895；SEQ ID NO:883、882和897；SEQ ID NO:883、886和898；SEQ ID NO:883、882和899；或SEQ ID NO:883、886和900。
在一些实施方案中，表达载体任选地以从5′至3′的先后顺序包含：(i)第一表达盒，包含编码抗CD3 VL-CL融合蛋白的第一多核苷酸；(ii)第二表达盒，包含编码抗CD3 VH-Fc融合蛋白的第二多核苷酸；和(iii)第三表达盒，包含编码CD4胞外(EC)结构域-Fc融合蛋白的第三多核苷酸。在一些实施方案中，该抗CD3 VL-CL融合蛋白、该抗CD3 VH-Fc融合蛋白和该CD4 EC结构域-Fc融合蛋白分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ IDNO:753、752和751；SEQ ID NO:753、752和754；SEQ ID NO:753、756和755；SEQ ID NO:753、757和755；SEQ ID NO:753、757和758；SEQ ID NO:753、756和759；SEQ ID NO:761、760和754；SEQ ID NO:761、760和762；SEQ ID NO:753、763和751；SEQ ID NO:753、752和764；SEQID NO:753、752和765；SEQ ID NO:753、767和766；SEQ ID NO:753、768和766；SEQ ID NO:753、768和769；SEQ ID NO:753、767和770；SEQ ID NO:761、771和765；SEQ ID NO:761、771和772；SEQ ID NO:776、775和774；SEQ ID NO:776、778和777；SEQ ID NO:776、778和779；SEQ ID NO:776、780和779；SEQ ID NO:776、781和777；SEQ ID NO:753、752和782；SEQ IDNO:753、752和783；SEQ ID NO:753、785和784；SEQ ID NO:753、786和784；SEQ ID NO:753、786和787；SEQ ID NO:753、785和788；SEQ ID NO:761、789和783；SEQ ID NO:761、789和790；SEQ ID NO:794、793和792；SEQ ID NO:794、796和795；SEQ ID NO:794、796和797；SEQID NO:794、798和797；或SEQ ID NO:794、799和795。在一些实施方案中，该抗CD3 VL-CL融合蛋白、该抗CD3 VH-Fc融合蛋白和该CD4 EC结构域-Fc融合蛋白分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:753、752和751。在一些实施方案中，该抗CD3VL-CL融合蛋白、该抗CD3 VH-Fc融合蛋白和该CD4EC结构域-Fc融合蛋白分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:753、752和751。
在一些实施方案中，该抗CD3 VL-CL融合蛋白、该抗CD3 VH-Fc融合蛋白和该CD4EC结构域-Fc融合蛋白分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:753、752和751。在一些实施方案中，该抗CD3VL-CL融合蛋白、该抗CD3 VH-Fc融合蛋白和该CD4 EC结构域-Fc融合蛋白分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:753、752和751。在一些实施方案中，该抗CD3 VL-CL融合蛋白、该抗CD3 VH-Fc融合蛋白和该CD4 EC结构域-Fc融合蛋白分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:753、752和751。在一些实施方案中，该抗CD3 VL-CL融合蛋白包含与SEQ ID NO:753的氨基酸序列具有至少95％(例如99％)同一性的氨基酸序列，该抗CD3 VH-Fc融合蛋白包含与SEQID NO:752的氨基酸序列具有至少95％(例如99％)同一性的氨基酸序列，并且该CD4 EC结构域-Fc融合蛋白包含与SEQ ID NO:751的氨基酸序列具有至少95％(例如99％)同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该抗CD3 VL-CL融合蛋白包含与SEQ ID NO:753的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列，该抗CD3 VH-Fc融合蛋白包含SEQ ID NO:752的氨基酸序列，并且该CD4 EC结构域-Fc融合蛋白包含与SEQ ID NO:751的氨基酸序列具有至少95％(例如99％)同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该抗CD3 VL-CL融合蛋白包含与SEQ ID NO:753的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列，该抗CD3 VH-Fc融合蛋白包含SEQ ID NO:752的氨基酸序列，并且该CD4 EC结构域-Fc融合蛋白包含与SEQ ID NO:751的氨基酸序列具有至少95％(例如99％)同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该抗CD3 VL-CL融合蛋白包含SEQ ID NO:753的氨基酸序列，该抗CD3 VH-Fc融合蛋白包含与SEQID NO:752的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列，并且该CD4 EC结构域-Fc融合蛋白包含与SEQ ID NO:751的氨基酸序列具有至少95％(例如99％)同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该抗CD3 VL-CL融合蛋白包含SEQ ID NO:753的氨基酸序列，该抗CD3VH-Fc融合蛋白包含与SEQ ID NO:752的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列，并且该CD4 EC结构域-Fc融合蛋白包含与SEQ ID NO:751的氨基酸序列具有至少95％(例如99％)同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，该抗CD3 VL-CL融合蛋白、该抗CD3 VH-Fc融合蛋白和该CD4 EC结构域-Fc融合蛋白分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:753、752和751。
本公开还提供了包含如本文所述的一种或多种重组多核苷酸或一种或多种载体的宿主细胞。可以使用各种宿主细胞中的任一种。在一个实施方案中，宿主细胞是原核细胞，例如大肠杆菌。在另一个实施方案中，宿主细胞是真核细胞，例如酵母细胞、植物细胞、昆虫细胞、哺乳动物细胞，诸如基于中国仓鼠卵巢(CHO)或CHO来源的细胞(例如，CHO-S、CHODG44、ExpiCHOTM、
ZFN修饰的GS-/-CHO细胞系，或CHO-K1细胞、CHO-K1a细胞)、COS细胞、BHK细胞、NSO细胞或Bowes黑素瘤细胞。人宿主细胞的示例尤其是HeLa、911、AT1080、A549、293、Expi293TM和HEK293T细胞。
术语“多核苷酸”和“核酸分子”可互换地指核苷酸的聚合形式，并且包括RNA、cDNA、基因组DNA的有义链和反义链，以及上述的合成形式和混合聚合物。如本文所用，术语“核酸分子”可与术语“多核苷酸”互换。在一些实施方案中，核苷酸是指核糖核苷酸、脱氧核糖核苷酸或任一类型的核苷酸的修饰形式以及它们的组合。该术语还包括但不限于单链和双链形式的DNA。另外，多核苷酸例如cDNA或mRNA，可包括通过天然存在的和非天然存在的核苷酸键中的一者或两者连接在一起的天然存在的和修饰的核苷酸中的一者或两者。如本领域技术人员将容易理解的，核酸分子可以是化学修饰或生物化学修饰的，或者可含有非天然或衍生的核苷酸碱基。此类修饰包括例如标记、甲基化、用类似物取代天然存在的核苷酸中的一者或多者、核苷酸间修饰诸如不带电的键(例如，膦酸甲酯、磷酸三酯、氨基磷酸酯、氨基甲酸酯等)、带电的键(例如，硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)、侧链部分(例如，多肽)、嵌入剂(例如，吖啶、补骨脂素等)、螯合剂、烷基化物和修饰的键(例如，α异头核酸等)。上述术语还旨在包括任何拓扑构象，包括单链构象、双链构象、部分双链构象、三链构象、发夹构象、环状构象和挂锁构象。除非另外指明，否则对核酸序列的提及涵盖其互补序列。因此，对具有特定序列的核酸分子的提及应理解为涵盖其互补链及其互补序列。该术语还包括用于在所需宿主细胞中改善表达的密码子偏好性多核苷酸。
术语“可操作地连接”是指通常物理连接并且彼此具有功能关系的两个或更多个核酸序列元件。例如，如果启动子能够引发或调控编码序列的转录或表达，则该启动子可操作地连接至编码序列，在这种情况下，该编码序列应理解为“处于该启动子的控制下”。
如本文所用，“取代”表示一个或多个氨基酸或核苷酸分别被不同的氨基酸或核苷酸替换。
“分离的”核酸是指已与其天然环境的组分分离的核酸分子。分离的核酸包括包含在通常包含核酸分子的细胞中的核酸分子，但该核酸分子存在于染色体外或存在于与其天然染色体位置不同的染色体位置。“编码多特异性抗原结合结构域或其片段的分离的核酸”是指编码第一抗原结合结构域和任选的第二抗原结合结构域、抗体重链和轻链(或其片段)的一个或多个核酸分子，包括单个载体或单独载体中的此类核酸分子，以及存在于宿主细胞中的一个或多个位置处的此类核酸分子。
如本文所用，术语“载体”是指能够使与其连接的另一个核酸增殖的核酸分子。该术语包括作为自复制核酸结构的载体以及整合到已引入该载体的宿主细胞的基因组中的载体。一些载体适用于递送本申请的核酸分子或多核苷酸。某些载体能够引导与它们有效连接的核酸的表达。此类载体在本文中称为表达载体。
术语“宿主细胞”、“宿主细胞系”和“宿主细胞培养物”可互换使用，是指已经引入外源核酸的细胞，包括此类细胞的后代。宿主细胞包括“转化体”和“转化细胞”，包括原代转化细胞和由其衍生的后代，不考虑传代数。后代在核酸含量方面可能与亲本细胞不完全相同，而是可含有突变。本文包括与在最初转化的细胞中筛选或选择的具有相同功能或生物活性的突变后代。
如本文所用，术语多核苷酸“变体”是通常与本文具体公开的多核苷酸在一个或多个取代、缺失、添加和插入方面不同的多核苷酸。此类变体可以是天然存在的或可例如通过修饰本文所述的多核苷酸序列中的一者或多者并评价如本文所述的所编码的多肽的一种或多种生物活性(例如，使用本领域熟知的多种技术中的任一种)来合成生成。
如本文所用，术语多肽“变体”是通常与本文具体公开的多肽在一个或多个取代、缺失、添加和插入方面不同的多肽。此类变体可以是天然存在的或可例如通过修饰本文所述的上述多肽序列中的一者或多者并评价如本文所述的多肽的一种或多种生物活性(例如，使用本领域熟知的多种技术中的任一种)来合成生成。
术语“变体”还可指包含一个或多个核苷酸或氨基酸突变的任何天然存在的或工程化的分子。在一个实施方案中，多特异性抗原结合分子是双特异性抗原结合分子。在一个实施方案中，多特异性抗原结合分子是双特异性抗体。例如，体细胞变体可涵盖作为同一B细胞谱系的一部分或来源于同一B细胞谱系的所有相关天然存在的抗体。工程化变体可涵盖对抗体作出的所有单个突变或组合突变。
8.产生多特异性抗原结合分子的方法
可通过本领域已知的用于合成多特异性抗体的任何方法(例如通过化学合成或通过重组表达技术)产生与HIV抗原(例如，gp120、gp41)和人CD3(例如，人CD3ε或人CD3δ)结合的多特异性抗原结合分子和双特异性抗原结合分子。
制备单特异性抗体的方法是已知的。制备双特异性抗体的方法是已知的，并且描述于例如以下文献中：PCT公开号WO2011/038290、WO2012/158818、WO2012/162067、WO2015/104346、WO2016/086189、WO2016/182751、WO2017/009442、WO2017/125897、WO2017/136659、WO2017/157305、WO2017/201493、WO2018/183139、WO2018/191438、WO2019/034580、WO2019/078697和WO2019/143636；美国专利号5,731,168、5,807,706、5,821,333；以及美国申请公开号2003/020734、2002/0155537、2014/242079、2015/133640、2016/297885和2017/037130。双特异性四价抗体及其制备方法，例如在WO 02/096948和WO 00/44788中描述，这两篇文献的公开内容全文以引用方式并入本文。另外，涉及制备双特异性抗体的其他出版物包括WO 91/00360；WO 92/08802；WO 92/05793和WO 93/17715；Tutt等人，J.Immunol.147:60-69(1991)；美国专利号4,474,893、4,714,681、4,925,648、5,573,920、5,601,819、9,212,230和9,701,759；以及Kostelny等人，J.Immunol.148:1547-1553(1992)。具有scFv第一抗原结合结构域和Fab第二抗原结合结构域的异源二聚体双特异性抗体例如在WO 2013/163427和美国专利号9,701,759中有所描述。
制备本文所述的双特异性抗体和多特异性抗原结合分子的一种方法采用所谓的“旋钮进孔”技术(Ridgway等人，Protein Eng.,9:617-621(1996)；WO 2006/028936)。Ig重链的错配问题是制备双特异性抗体的主要缺点，该技术通过使形成IgG中CH3结构域界面的所选氨基酸发生突变，从而减少了该错配问题。在CH3结构域内两条重链直接发生相互作用的位置处，将具有小侧链(孔)的氨基酸引入一条重链的序列中，并且将具有大侧链(旋钮)的氨基酸引入另一条重链上的对应发生相互作用的残基位置中。在一些情况下，本文所述的多特异性抗原结合分子具有免疫球蛋白链，其中CH3结构域已经通过使在两个多肽之间的界面处相互作用的所选氨基酸发生突变而被修饰，从而优先形成双特异性抗原结合分子。在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子可由相同亚类或不同亚类的免疫球蛋白链组成。在一个实例中，与gp120和CD3结合的多特异性抗原结合分子在“旋钮链”中包含T366W(EU编号)突变，并且在“孔链”中包含T366S、L368A、Y407V(EU编号)突变。在某些实施方案中，通过例如将Y349C突变引入“旋钮链”中并将E356C突变或S354C突变引入“孔链”中，从而在CH3结构域之间引入另外的链间二硫键。在某些实施方案中，在“旋钮链”中引入R409D、K370E突变，并且在“孔链”中引入D399K、E357K突变。在其他实施方案中，在链中的一条中引入Y349C、T366W突变，并且在对应的链中引入E356C、T366S、L368A、Y407V突变。在一些实施方案中，在一条链中引入Y349C、T366W突变，并且在对应的链中引入S354C、T366S、L368A、Y407V突变。在一些实施方案中，在一条链中引入Y349C、T366W突变，并且在对应的链中引入S354C、T366S、L368A、Y407V突变。在其他实施方案中，在一条链中引入Y349C、T366W突变，并且在对应的链中引入S354C、T366S、L368A、Y407V突变(所有都为EU编号)。
制备双特异性抗体的另一示例性方法是通过使用双特异性T细胞衔接物
平台。BiTEs通过经由柔性肽接头(例如，GGGGS(SEQ ID NO:1088))将第一scFv(例如，结合gp120的scFv)与第二scFv(例如，结合人CD3的scFv)进行基因融合来制备。参见例如Staerz等人，Nature,314:628-631(1985)；Mack等人，PNAS,92:7021-7025(1995)；Huehls等人，Immunol.Cell Biol.,93:290-296(2015)。
制备双特异性抗体的另一个示例性方法是通过使用双亲和重靶向(DART)平台。该技术基于Holliger等人(PNAS,90:6444-6448(1993))的双价抗体形式，并进一步改善了VH链和VL链的稳定性和最佳配对(Johnson等人，J Mol.Biol.,399:436-449(2010))；Sung等人，J Clin Invest.,125(11):4077-4090(2015))。
通过使用三功能混合抗体平台
来进行制备双特异性抗体的又一种示例性方法。该平台采用由不同同种型即小鼠IgG2a和大鼠IgG2b的两个全长抗体的一半构成的嵌合构建体。该技术依赖于物种优先的重链/轻链配对关联。参见Lindhofer等人，JImmunol.,155:219-225(1995)。
制备双特异性抗体的另一示例性方法是通过使用
平台。该技术基于双价抗体概念，但被设计为包含短接头的单多肽链VH1-VL2-VH2-VL1，以防止链内配对。该单链的头到尾二聚化导致形成四价同源二聚体(Kipriyanov等人，J Mol.Biol.,293:41-56(1999))。
用于制备双特异性抗体的又一种方法是CrossMab技术。CrossMab是由两个全长抗体的一半构成的嵌合抗体。对于正确的链配对，其结合了两种技术：(i)旋钮进孔，其有利于两个重链之间的正确配对；以及(ii)两个Fab中的一个的重链与轻链之间的交换，以引入避免轻链错配的不对称性。参见Ridgway等人，Protein Eng.,9:617-621(1996)；Schaefer等人，PNAS,108:11187-11192(2011)。CrossMab可以组合两个或更多个抗原结合结构域以靶向两个或更多个靶标，或者用于向一个靶标引入二价，诸如2:1形式。
在各种实施方案中，本文所述的多特异性抗原结合分子可在细菌或真核细胞中产生。多特异性抗原结合分子还可在真核细胞中产生，诸如转化的细胞系(例如，CHO、CHO-S、293E、293T、Expi293TM、COS、NIH3T3)。另外，本文所述的多特异性抗原结合分子(例如Fab、Fab-scFv、scFv’s)可在酵母细胞(诸如毕赤酵母(Pichia)(参见例如Powers等人，JImmunol Methods.251:123-35(2001))、汉逊酵母(Hanseula)或酿酒酵母(Saccharomyces))中表达。在一个实施方案中，本文所述的双特异性抗体在基于CHO或CHO来源的细胞系(例如，CHO-S、CHO DG44、ExpiCHOTM、
ZFN修饰的GS-/-CHO细胞系或CHO-K1、CHO-K1a)中产生，或在HEK293(例如，Expi293TM)细胞系中产生。为了产生所关注的多特异性抗原结合分子，构建了编码多特异性抗原结合分子的一种或多种多核苷酸，将该一种或多种多核苷酸引入表达载体中，然后在一种或多种合适的宿主细胞中表达。在一些实施方案中，在单个宿主细胞中共表达编码包含第一抗原结合结构域的scFv重链、包含第二抗原结合结构域的Fab重链和Fab轻链的三种多核苷酸。在一些实施方案中，在单个宿主细胞中共表达编码包含第一抗原结合结构域的Fab重链和Fab轻链以及包含第二抗原结合结构域的EC结构域的三种多核苷酸。使用标准分子生物学技术来制备重组表达载体、转染宿主细胞、选择转化体、培养宿主细胞以及回收多特异性抗原结合分子。
在一些实施方案中，宿主细胞主要唾液酸化免疫球蛋白抗原结合结构域的可变区内的N-连接的糖基化位点。在一些实施方案中，编码如本文所述的多特异性抗原结合分子的多核苷酸在宿主细胞中表达，该宿主细胞唾液酸化表达的抗原结合分子的可变结构域(Fv)中至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％或更多的N-连接的糖基化位点。在各种实施方案中，在由此类宿主细胞表达的多特异性抗原结合分子中，多特异性抗原结合分子的第一VH、第一VL、第二VH和第二VL的至少一者中的至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少85％、至少90％或更多的N-连接的糖基化位点是唾液酸化的。在各种实施方案中，在由此类宿主细胞表达的多特异性抗原结合分子中，该第一VL、该第二VH和该第二VL中的至少一者中的N-连接的糖基化位点具有至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少85％、至少90％或更多的唾液酸占据率(例如，包含一个或两个末端唾液酸残基的聚糖)。在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子的第一VL、第二VH和第二VL中的至少一者中的唾液酸化的N-连接的糖基化位点包含1至5个唾液酸残基，例如1至4个唾液酸残基，例如1至3个唾液酸残基，例如1至2个唾液酸残基。在一些实施方案中，该第一VL、该第二VH和该第二VL的至少一者被N-乙酰神经氨酸(NANA)唾液酸化。在一些实施方案中，唾液酸残基存在于双触角结构中。在一些实施方案中，唾液酸残基存在于复杂的N-连接的聚糖结构中。在一些实施方案中，唾液酸残基存在于杂合的N-连接的聚糖结构中。在一些实施方案中，聚糖是末端唾液酸化的。
如果多特异性抗原结合分子将在细菌细胞(例如，大肠杆菌)中表达，则表达载体应具有允许在细菌细胞中扩增载体的特征。另外，当将大肠杆菌(诸如JM109、DH5α、HB101或XL1-Blue)用作宿主时，载体必须具有可允许在大肠杆菌中高效表达的启动子，例如lacZ启动子(Ward等人，341:544-546(1989))、araB启动子(Better等人，Science,240:1041-1043(1988))或T7启动子。此类载体的示例包括例如M13系列载体、pUC系列载体、pBR322、pBluescript、pCR-Script、pGEX-5X-1(Pharmacia)、“QIAexpress系统”(QIAGEN)、pEGFP和pET(当使用该表达载体时，宿主优选地是表达T7 RNA聚合酶的BL21)。表达载体可含有用于分泌多特异性抗原结合分子的信号序列。为了产生到大肠杆菌的周质中，可将pelB信号序列(Lei等人，J.Bacteriol.,169:4379(1987))用作分泌多特异性抗原结合分子的信号序列。对于细菌表达，可使用氯化钙方法或电穿孔方法将表达载体引入细菌细胞中。
如果多特异性抗原结合分子将在动物细胞(例如，诸如基于CHO的或CHO来源的细胞、COS和NIH3T3细胞)中表达，则表达载体包括用于在这些细胞中表达的启动子。在各种实施方案中，用于在哺乳动物细胞中表达多特异性抗原结合分子的启动子是组成型启动子或诱导型启动子。用于在哺乳动物细胞中表达多特异性抗原结合分子的例示性启动子包括但不限于SV40启动子(Mulligan等人，Nature,277:108(1979))、MMLV-LTR启动子、EF1α启动子(Mizushima等人，Nucleic Acids Res.,18:5322(1990))或CMV启动子。除了编码免疫球蛋白或其结构域的核酸序列之外，重组表达载体还可携带另外的序列，诸如调节载体在宿主细胞中的复制的序列(例如，复制起点)和选择标记基因。选择标记基因有助于选择已经引入载体的宿主细胞(参见例如美国专利号4,399,216、4,634,665和5,179,017)。例如，选择标记基因通常会赋予在已经引入载体的宿主细胞对药物(诸如G418、潮霉素或甲氨蝶呤)的抗性。具有选择标记的载体的示例包括pMAM、pDR2、pBK-RSV、pBK-CMV、pOPRSV和pOP13。
在一个实施方案中，多特异性抗原结合分子在哺乳动物细胞中产生。用于表达多特异性抗原结合分子的示例性哺乳动物宿主细胞包括中国仓鼠卵巢(CHO细胞)(包括dhfr-CHO细胞，例如Urlaub和Chasin(1980)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 77:4216-4220中描述的，该dhfr-CHO细胞与DHFR选择标记一起使用，例如如Kaufman和Sharp(1982)Mol.Biol.159:601 621中描述的；和谷氨酰胺合成酶(GS)细胞，该谷氨酰胺合成酶细胞与GS可选择标记一起使用，例如Lin等人，MAbs.(2019)11(5):965-976；以及Noh等人，Sci Rep.(2018)8(1):5361中描述的)、人胚胎肾293细胞(例如，293、293E、293T、Expi293TM)、COS细胞、NIH3T3细胞、淋巴细胞系(例如，NS0骨髓瘤细胞和SP2细胞)以及来自转基因动物(例如，转基因哺乳动物)的细胞。例如，该细胞是乳腺上皮细胞。用于重组抗体生产的CHO和NS0细胞系综述于Dhara等人，BioDrugs.(2018)32(6):571-584。
在用于表达多特异性抗原结合分子的示例性系统中，通过磷酸钙介导的转染将编码第一结合结构域和第二结合结构域(例如，抗CD3靶向臂的VH和VL以及抗gp120靶向臂的VH和VL)的重组表达载体引入dhfr-CHO细胞中。在一个具体实施方案中，dhfr-CHO细胞是DG44细胞系的细胞，诸如DG44i(参见例如Derouaz等人，Biochem Biophys Res Commun.,(2006)340(4):1069-77)。在重组表达载体内，免疫球蛋白重链基因和轻链基因各自可操作地连接到增强子/启动子调节元件(例如，衍生自SV40、CMV、腺病毒等，诸如CMV增强子/AdMLP启动子调节元件或SV40增强子/AdMLP启动子调节元件)，以驱动这些基因的高水平转录。重组表达载体还携带DHFR基因，该基因允许选择已经使用甲氨蝶呤选择/扩增用载体转染的CHO细胞。培养所选的转化宿主细胞以允许表达免疫球蛋白重链和轻链，并从培养基中回收多特异性抗原结合分子。在一个实施方案中，如本文所述的双特异性抗原结合分子的全部三种多肽在单个细胞中表达。在一个实施方案中，如本文所述的双特异性抗原结合分子的全部三种多肽在单个细胞中由单个载体表达。
多特异性抗原结合分子还可由转基因动物产生。例如，美国专利号5,849,992描述了一种在转基因哺乳动物的乳腺中表达抗体的方法。构建转基因，其包括牛奶特异性启动子和编码所关注的多特异性抗原结合分子的一种或多种多核苷酸以及用于分泌的信号序列。由此类转基因哺乳动物的雌性产生的牛奶包括其中分泌的所关注的多特异性抗原结合分子。多特异性抗原结合分子可从牛奶中纯化，或对于一些应用而言可直接使用。还提供了包含本文所述核酸中的一种或多种核酸的动物。
多特异性抗原结合分子可从宿主细胞内部或外部(诸如培养基)中分离，并且纯化为基本上纯的且均一化的、非聚集的多特异性抗原结合分子(例如，异源二聚体双特异性抗原结合分子)。视情况而定或需要时，将细胞或细胞群培养在至少2L(例如，至少5L、10L、50L、100L、150L、200L、250L或更多)的培养体积中。通常用于抗体纯化的分离和纯化方法可用于分离和纯化本文所述的多特异性抗原结合分子，并且不限于任何特定方法。可通过适当地选择和组合例如柱色谱法、过滤、超滤、盐析、溶剂沉淀、溶剂萃取、蒸馏、免疫沉淀、SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳、等电聚焦、透析和重结晶来分离和纯化多特异性抗原结合分子。色谱法包括例如亲和色谱法、离子交换色谱法、疏水色谱法、凝胶过滤、反相色谱法和吸附色谱法(“Strategies for Protein Purification and Characterization:ALaboratoryCourse Manual.”，Ed Daniel R.Marshak等人，Cold Spring Harbor Laboratory Press,1996)。可以使用液相色谱法诸如HPLC和FPLC来进行色谱法。用于亲和色谱法的柱包括蛋白质A柱和蛋白质G柱。使用蛋白质A柱的柱的示例包括Hyper D、POROS和Sepharose FF(GEHealthcare Biosciences)。本公开还包括使用这些纯化方法进行高度纯化的多特异性抗原结合分子。在各种实施方案中，分离或纯化步骤包括蛋白质A色谱法，并且分离或纯化至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更多的多特异性抗原结合分子。在各种实施方案中，分离或纯化步骤包括蛋白质A色谱法，随后进行离子交换色谱法，并且分离或纯化至少95％、96％、97％、98％、99％或更多的多特异性抗原结合分子。在各种实施方案中，将至少95％、96％、97％、98％、99％或更多的多特异性抗原结合分子分离或纯化为非聚集的可溶性异源二聚体，如使用尺寸排阻色谱法(SEC)所确定的。在一些实施方案中，所分离或纯化的多特异性抗原结合分子具有增加的均质性，如通过分析型离子交换色谱评估的，其中代表未修饰的靶物质的主峰的积分面积是所有积分蛋白质峰面积总和的至少95％、96％、97％、98％或更多。在一些实施方案中，所分离或纯化的抗原结合分子具有少于35％、30％、25％、20％、15％、10％、9％、8％、7％或更少的酸性污染物。
9.治疗和预防HIV的方法
提供了用于治疗或预防对其有需要的受试者(例如，人受试者)的HIV感染或相关疾病或障碍的方法，这些方法包括向对其有需要的受试者提供有效量的本文所述的多特异性抗原结合分子(例如，双特异性抗原结合分子、双特异性抗体)中的一种或多种，或编码这些多特异性抗原结合分子的一种或多种多核苷酸。
在一些实施方案中，这些方法需要施用多特异性抗原结合分子和任选的IL-15受体激动剂，该多特异性抗原结合分子具有第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域，该第一抗原结合结构域与CD3结合，该第二抗原结合结构域与CD4结合位点(CD4bs)中gp120的表位或区域结合并且包含CD4的一个或多个胞外(EC)结构域。在一些实施方案中，CD4的一个或多个EC结构域包含如SEQ ID NO:746-749中所示的序列，或与SEQ ID NO:746-749(例如SEQ ID NO:746)的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含与SEQ ID NO:746的序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含与SEQ ID NO:746的序列具有至少95％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含与SEQ ID NO:746的序列具有至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含SEQ IDNO:746的序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、11、8、4、9和10，或SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ IDNO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％(例如至少99％)同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ IDNO:17、18、23、20、24和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4EC结构域具有至少95％(例如至少99％)同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQID NO:746的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、42、40、37、41和25，或SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如SEQ ID NO:746)的CD4EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％(例如至少99％)同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:49和55；SEQ ID NO:50和55；SEQ ID NO:50和56；SEQ ID NO:51和55；或SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ IDNO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，该第一VL包含与SEQ IDNO:56的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ IDNO:51的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列，该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列，该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列，该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列，该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ IDNO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。
术语“治疗”在其涉及疾病或病症的程度上包括以下项中的一者或多者：预防疾病或病症发生、抑制疾病或病症、消除疾病或病症和缓解疾病或病症的一种或多种症状。如本文所用的术语“治疗”旨在意指施用根据本文所公开的实施方案的化合物或组合物以实现以下项中的至少一者：减轻或消除HIV感染的症状和降低患者的病毒载量。如本文所用，术语“有效量”在向受试者施用疗法的上下文中是指达到所需预防或治疗效果的疗法的量。在各种实施方案中，一种或多种多核苷酸可存在于脂质纳米颗粒(LNP)或载体(例如，质粒载体或病毒载体)中。在一些实施方案中，相关疾病或障碍是由HIV感染引起的。在其他实施方案中，其是获得性免疫缺陷综合征(AIDS)。在某些实施方案中，受试者是病毒学抑制的HIV感染的哺乳动物，而在其他实施方案中，受试者是治疗初治型的HIV感染的哺乳动物。在某些实施方案中，治疗初治型的受试者具有介于103拷贝/ml和105拷贝/ml之间的病毒载量，并且在某些实施方案中，病毒学抑制的受试者具有小于500(例如，小于400、小于300、小于200、小于100、小于50)的病毒载量拷贝/ml血液。在另一个实施方案中，受试者是哺乳动物，例如人。在某些实施方案中，受试者已被诊断患有HIV(例如HIV-1或HIV-2)感染或相关疾病或障碍(例如AIDS)，或被认为处于发生HIV(例如HIV-1或HIV-2)感染或相关疾病或障碍(例如AIDS)的风险中。处于HIV相关疾病或障碍的风险中的受试者包括已经与被感染的人接触或已经以某种其他方式暴露于HIV的患者。预防剂的施用可以在HIV相关疾病或障碍的特征性症状表现之前发生，使得预防疾病或障碍或者另选地延迟其进展。
还提供了用于预防或抑制受试者(例如，人受试者)中HIV病毒滴度、病毒复制、病毒增殖或HIV病毒DNA、HIV前病毒DNA或HIV病毒蛋白的量增加的方法。在一个实施方案中，该方法包括向对其有需要的受试者提供一定量的本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子，或编码该一种或多种多特异性抗原结合分子(或它们的抗原结合片段)的一种或多种多核苷酸，从而有效预防、减少或抑制受试者中的以下项的增加：HIV滴度、病毒复制、病毒增殖或者一种或多种HIV株或分离株的一定量的HIV蛋白。在某些实施方案中，该方法还包括在一个或多个时间点处(例如，在向受试者提供本公开的一种或多种抗体之前和之后)测量HIV病毒或前病毒DNA或蛋白质的量。用于确定受试者中HIV病毒或前病毒DNA或蛋白质的量的方法和生物标记在本领域中是已知的和可获得的，并且例如在以下文献中描述：Siliciano,J.D.等人，Curr Opin.HIV AIDS,5(6):491-7(2010)；以及Rouzioux,C.等人，Curr Opin HIV AIDS,8(3):170-5(2013)。在各种实施方案中，人受试者是成人、青少年或婴儿。受试者可以是有症状的(例如，病毒血症)或无症状的(例如，急性感染或ART抑制)。在一些实施方案中，人受试者急性感染或最近感染了HIV。在某些实施方案中，受试者未发生血清转化。在一些实施方案中，人受试者慢性感染了HIV。受试者可能正在接受或可能没有接受抗逆转录病毒治疗(ART)的方案。
可将患者分类为Fiebig阶段I至VI，这基于阳性HIV-1临床诊断测定(通过PCR测量的病毒RNA、通过酶结合免疫吸附测定(ELISA)测量的p24和p31病毒抗原)中的顺序增益。p24抗原是病毒核心蛋白，一旦HIV-1RNA水平升高到10,000拷贝/ml以上，并且在可检测到的HIV抗体形成之前，该抗原在上升阶段期间会短暂地出现在血液中。在Fiebig阶段I中，在上升的病毒血症期间，血液中仅能检测到HIV-1RNA。Fiebig阶段II在约7天后开始，此时检测p24抗原的测试结果呈阳性。在Fiebig阶段III中，在p24抗原测试结果呈阳性后约5天内，可用足够灵敏的酶免疫测定(EIA)(例如，第三代EIA)检测IgM抗HIV-1抗体。阶段III通常发生在急性逆转录病毒症状发作后1周至2周。Fiebig阶段IV代表未确定的蛋白质印迹测试的发展，并且在EIA测试显示阳性结果后约3天发生。转化成明显阳性的蛋白质印迹测试，即Fiebig阶段V，通常发生在初始感染后再过7天或约1个月后。HIV感染的Fiebig阶段在以下文献中描述：例如，Fiebig等人，AIDS.(2003)17(13):1871-9；Cohen等人，J Infect Dis.(2010)202Suppl2:S270-7；以及McMichael等人，Nature Reviews Immunology(2010)10:11–23，这些文献据此全文以引用方式并入本文以用于所有目的。在一些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子或编码该一种或多种多特异性抗原结合分子(或它们的抗原结合片段)的一种或多种多核苷酸施用于患有Fiebig阶段IV或更早阶段(例如Fiebig阶段I、Fiebig阶段II、Fiebig阶段III或Fiebig阶段IV)的HIV感染的人受试者。在一些实施方案中，所评价的生物样品来自患有Fiebig阶段V或Fiebig阶段VI的HIV感染的人受试者。
在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含第二结合结构域，或与包含第二VH区域和第二VL区域的抗体或其抗原结合片段共同施用，该第二VH区域和第二VL区域与VH区域和VL区域竞争或包含这些区域，这些区域与包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如高甘露糖补丁)结合，并且可用于例如以下方法：抑制某些病毒(诸如本文所述的HIV分离株)、预防性抑制或预防某些病毒(诸如本文所述的HIV分离株)的感染、检测样品中的某些病毒(诸如本文所述的HIV分离株)、抑制某些病毒(诸如本文所述的HIV分离株)，或者诊断某些病毒(诸如本文所述的HIV分离株)。因此，在一些实施方案中，这些方法包括：a)鉴定感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV的人受试者：对应于氨基酸残基位置332的位置处的糖基化天冬酰胺(N332聚糖)、对应于氨基酸残基位置325的位置处的天冬氨酸(D325)，以及选自以下的一个或多个氨基酸残基：对应于氨基酸残基位置63的位置处的苏氨酸(T63)、对应于氨基酸残基位置179的位置处的亮氨酸(L179)、对应于氨基酸残基位置320的位置处的苏氨酸(T320)和对应于氨基酸残基位置330的位置处的组氨酸(H330)，其中这些氨基酸位置参考SEQ ID NO:69(即，NCBI参考序列号NP_057856.1的残基1-511)；以及b)向受试者施用有效量的如上文和本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子、编码一种或多种多特异性抗原结合分子的一种或多种多核苷酸、或LNP、或者包含一种或多种多特异性抗原结合分子或编码一种或多种多特异性抗原结合分子的一种或多种多核苷酸的药物组合物，其中至少一种多特异性抗原结合分子的第二结合结构域与第二VH区域和第二VL区域竞争或包含这些区域，这些区域与包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)结合。在一些实施方案中，该方法需要鉴定感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV或HIV群体的受试者：i.N332聚糖、D325和T63；ii.N332聚糖、D325和L179；iii.N332聚糖、D325和T320；iv.N332聚糖、D325和H330；v.N332聚糖、D325、T63和L179；vi.N332聚糖、D325、T63和T320；vii.N332聚糖、D325、T63和H330；viii.N332聚糖、D325、L179和T320；ix.N332聚糖、D325、L179和H330；x.N332聚糖、D325、T320和H330；xi.N332聚糖、D325、T63、T320和H330；xii.N332聚糖、D325、T63、L179和T320；xiii.N332聚糖、D325、T63、L179和H330；xiv.N332聚糖、D325、L179、T320和H330；或xv.N332聚糖、D325、T63、L179、T320和H330，其中氨基酸位置参考SEQ ID NO:69。在一些实施方案中，该方法需要鉴定感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV或HIV群体的受试者：i.N332聚糖、D325和T63；ii.N332聚糖、D325和L179；iii.N332聚糖、D325和T320；或iv.N332聚糖、D325和H330，其中氨基酸位置参考SEQ ID NO:69。在一些实施方案中，该方法需要鉴定感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV或HIV群体的受试者：i.N332聚糖、D325、T63和L179；ii.N332聚糖、D325、T63和T320；iii.N332聚糖、D325、T63和H330；iv.N332聚糖、D325、L179和T320；v.N332聚糖、D325、L179和H330；或vi.N332聚糖、D325、T320和H330，其中氨基酸位置参考SEQ ID NO:69。在一些实施方案中，该方法需要鉴定感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV或HIV群体的受试者：i.N332聚糖、D325、L179、T320和H330；ii.N332聚糖、D325、T63、T320和H330；iii.N332聚糖、D325、T63、L179和T320；或iv.N332聚糖、D325、T63、L179和H330，其中氨基酸位置参考SEQ ID NO:69。在一些实施方案中，该方法需要鉴定感染了表达包含以下氨基酸残基中的至少一者的gp120的HIV或HIV群体的受试者：i.N332聚糖、D325、T63和H330；ii.N332聚糖、D325、T320和H330；iii.N332聚糖、D325、L179、T320和H330；或iv.N332聚糖、D325、T63、L179、T320和H330，其中氨基酸位置参考SEQ ID NO:69。在一些实施方案中，受试者感染了表达还包含以下氨基酸残基中的一者或多者的gp120的HIV或HIV群体：氨基酸残基301处的聚糖(聚糖301)；氨基酸残基677处的赖氨酸(K677)；在位置17处的色氨酸之外的氨基酸残基(例如，A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、N、P、Q、R、S、T、V或Y)(not_W17)；在位置747处的精氨酸之外的氨基酸残基(例如，A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、N、P、Q、S、T、V、W或Y)(not_R747)；insertion_321.01(例如，在位置G321和K322之间任何氨基酸的插入(例如，A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、N、P、Q、R、S、T、V、W或Y))；位置429处的谷氨酸(E429)；位置442处的谷氨酰胺(Q442)；位置335处的精氨酸(R335)；位置165处的异亮氨酸(I165)；位置393处的丝氨酸(S393)；位置307处的异亮氨酸(I307)；位置295处的聚糖(295聚糖)；和位置300处的天冬酰胺(N300)，其中氨基酸位置参考SEQ ID NO:69。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与选自以下的抗体的第二VH区域和第二VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-9721、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。在一些实施方案中，第二抗原结合结构域与选自以下的抗体的第二VH区域和第二VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-9721、GS-2872、PGT-121.66、PGT-121、PGT-121.414、10-1074、10-1074-J和PGT-134。参见共同拥有且共同未决的国际申请号PCT/US2020/033470，其名称为“METHODS OFIDENTIFYING HIV PATIENTS SENSITIVE TO THERAPY WITH GP120 V3GLYCAN-DIRECTEDANTIBODIES”，公布为WO 2020/236753，该文献据此全文以引用方式并入本文以用于所有目的。
在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子包含第二结合结构域，或与包含第二VH区域和第二VL区域的抗体或其抗原结合片段共同施用，该第二VH区域和第二VL区域与VH区域和VL区域竞争或包含这些区域，这些区域与CD4结合位点(CD4bs)结合，并且可用于例如以下方法：抑制某些病毒(诸如本文所述的HIV分离株)、预防性抑制或预防某些病毒(诸如本文所述的HIV分离株)的感染、检测样品中的某些病毒(诸如本文所述的HIV分离株)、抑制某些病毒(诸如本文所述的HIV分离株)，或者诊断某些病毒(诸如本文所述的HIV分离株)。因此，在一些实施方案中，这些方法需要：(a)鉴定感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV或HIV群体的人受试者：I201以及选自E102、I108、A281、Y318和F353中的氨基酸残基的一者或多者，其中这些氨基酸位置参考SEQ ID NO:73；以及(b)向受试者施用有效量的抗体或其抗原结合片段，该抗体或其抗原结合片段与VH区域和VL区域竞争或包含这些区域，这些区域与包含CD4结合位点(CD4bs)的gp120的表位结合。在一些实施方案中，这些方法需要鉴定感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV或HIV群体的受试者：I201和F353；I201、I108和F353；I201、I108、A281和F353；I201、E102、I108、A281和F353；或I201、E102、I108、A281、Y318和F353。在一些实施方案中，这些方法需要鉴定感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV或HIV群体的受试者：I201、I108和F353；I201、I108、A281和F353；I201、E102、I108、A281和F353；或I201、E102、I108、A281、Y318和F353。在一些实施方案中，这些方法需要鉴定感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV或HIV群体的受试者：I201、I108、A281和F353；I201、E102、I108、A281和F353；或I201、E102、I108、A281、Y318和F353。在一些实施方案中，所施用的抗体或其抗原结合片段与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：3BNC117、GS-9723、GS-5423、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。在一些实施方案中，所施用的抗体或其抗原结合片段与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：3BNC117、GS-9723、GS-5423、3BNC60、VRC01、VRC07和VRC07-523。参见共同拥有且共同未决的临时申请号63/112,512，其名称为“METHODS OF IDENTIFYING HIV PATIENTS SENSITIVE TO THERAPY WITH gp120CD4BINDING SITE-DIRECTED ANTIBODIES”，该文献据此全文以引用方式并入本文以用于所有目的。
对于哺乳动物受试者(例如人)的体内治疗，可向该受试者施用或提供包含本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子的药物组合物，以及任选地附加抗HIV治疗剂(例如抗HIV、广泛中和抗体(bNAb)、TLR激动剂)。当用于体内治疗时，本文所述的一种或多种抗体通常以治疗有效量(即，消除或减少患者的病毒负荷和病毒库中的至少一者的量)施用或提供给患者。在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子以每次施用0.05mg至1000mg，例如每次施用0.05mg至150mg，例如每次施用0.05mg至0.35mg，例如每次施用25mg至50mg，例如每次施用30mg至35mg，例如每次施用10mg至1000mg，例如每次施用50mg至1000mg，例如每次施用100mg至700mg，例如每次施用至少0.05mg至最多0.1mg、0.2mg、0.3mg、0.35mg、0.4mg、0.5mg、0.6mg、0.7mg、0.8mg、1.0mg、5mg、10mg、25mg、30mg、35mg、40mg、45mg、50mg、60mg、70mg、80mg、90mg、100mg、200mg、300mg、400mg、500mg、600mg、700mg、800mg、900mg或1000mg的范围内的剂量施用。在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子以每次施用1μg/kg至50mg/kg体重，例如，以每次施用1μg/kg至5μg/kg，例如350μg/kg至550μg/kg，例如0.3mg/kg至30mg/kg，例如2mg/kg至10mg/kg，例如1μg/kg至最多2μg/kg、3μg/kg、4μg/kg、5μg/kg、10μg/kg、50μg/kg、100μg/kg、250μg/kg、300μg/kg、350μg/kg、400μg/kg、410μg/kg、420μg/kg、430μg/kg、440μg/kg、450μg/kg、460μg/kg、470μg/kg、480μg/kg、490μg/kg、500μg/kg、750μg/kg、1mg/kg、1.5mg/kg、2mg/kg、2.5mg/kg、3mg/kg、3.5mg/kg、4mg/kg、4.5mg/kg、5mg/kg、6mg/kg、7mg/kg、8mg/kg、9mg/kg、10mg/kg、15mg/kg、20mg/kg、25mg/kg、30mg/kg、35mg/kg、40mg/kg、45mg/kg或50mg/kg体重的范围内的剂量施用。在一些实施方案中，当与第二治疗剂(例如，第二抗原结合分子和TLR激动剂中的至少一者)组合时，可降低或减少多特异性抗原结合分子的剂量。
在特定实施方案中，本文所述的多特异性抗原结合分子可以足以实现≤0.1μg/ml、≤0.5μg/ml、≤1μg/ml、≤10μg/ml、≤20μg/ml、≤25μg/ml、≤30μg/ml、≤40μg/ml、≤50μg/ml、≤75μg/ml、≤100μg/ml的Ctrough水平的量(例如，其中给药方案以2周一次(Q2W)在2mg/kg至10mg/kg范围内)提供给受试者。在某些实施方案中，本文所述的多特异性抗原结合分子可以足以实现0.0025μg/ml至100μg/ml，例如0.1μg/ml至100μg/ml，例如0.1μg/ml至25μg/ml范围内的Ctrough水平的量提供给受试者。在特定实施方案中，本文所述的多特异性抗原结合分子可以足以实现0.25μg/ml至1000μg/ml范围内、例如50μg/ml至250μg/ml范围内(例如>0.25μg/ml、>0.5μg/ml、>0.75μg/ml、>1μg/ml、>5μg/ml、>10μg/ml、>50μg/ml、>100μg/ml、>200μg/ml、>300μg/ml、>400μg/ml、>500μg/ml或≥1000μg/ml)的Cmax水平的量提供给受试者。在某些实施方案中，本文所述的多特异性抗原结合分子可以足以实现1μg/ml至1000μg/ml(例如50μg/ml至250μg/ml范围内)的Cmax水平的量(例如，其中给药方案以2周一次(Q2W)在2mg/kg至10mg/kg范围内)提供给受试者。较低剂量的施用和/或以较低频率间隔重复给药将导致较低的Ctrough水平和较低的Cmax水平。较高剂量的施用和/或以较高频率间隔重复给药将导致较高的Ctrough水平和较高的Cmax水平。
在各种实施方案中，多特异性抗原结合分子在人或食蟹猴中具有至少3天，例如，至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少8天、至少9天、至少10天、至少11天、至少12天、至少13天、至少14天、至少15天、至少16天或更长的血清半衰期。在各种实施方案中，多特异性抗原结合分子在人或食蟹猴中具有至少5天，例如，至少5.5天、至少6天、至少6.5天、至少7天、至少7.5天、至少8天、至少8.5天、至少9天、至少10天、至少11天、至少12天、至少13天、至少14天、至少15天、至少16天或更长的血清半衰期。在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子在人或食蟹猴中具有至少7天的血清半衰期。在各种实施方案中，多特异性抗原结合分子具有以低于10nM(例如，低于5.0nM、4.5nM、4.0nM、3.5nM、3.0nM或更低)的KD与CD3结合的第一抗原结合结构域，并且抗原结合分子在人或食蟹猴中具有至少5天，例如，至少5.5天、至少6天、至少6.5天、至少7天、至少7.5天、至少8天、至少8.5天、至少9天、至少10天、至少11天、至少12天、至少13天、至少14天、至少15天、至少16天或更长的血清半衰期。在一些实施方案中，多特异性抗原结合分子具有以低于3.0nM(例如，2.5nM)的KD与CD3结合的第一抗原结合结构域，并且抗原结合分子在人或食蟹猴中具有至少7天的血清半衰期。
在各种实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子施用一次或多次。在采用多次施用方案的实施方案中，视情况而定，本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子可以每天一次、每周一次(即，QW)、每两周一次(即，每隔一周一次或每两周一次或Q2W)、每月一次(即，QM)或每两月一次给药(即，每隔一个月一次或每两个月一次或Q2M)的给药或施用间隔来施用。在一些实施方案中，一种或多种多特异性抗原结合分子以每天一次、每周一次(即，QW)、每两周一次(即，每隔一周一次或每两周一次或Q2W)、每月一次(即，QM)、每两个月一次(即，每隔一个月一次或每两个月一次或Q2M)、每三个月一次(即，Q3M)、每四个月一次(即，Q4M)、每5个月一次(即，Q5M)或每6个月一次(即，Q6M)的给药来施用。在一些实施方案中，一种或多种多特异性抗原结合分子以每两周(即，每隔一周一次或每两周一次或Q2W)静脉内、皮下或肌内施用。在一些实施方案中，一种或多种多特异性抗原结合分子以每月(例如，每四周一次(Q4W)或每个月一次(Q1M))静脉内、皮下或肌内施用。视情况而定，在多次施用方案中施用的剂量在第一多特异性抗原结合分子的第一次的剂量和随后的剂量之间可以是相同的或不同的。视情况而定，在多次施用方案中施用的剂量在第一多特异性抗原结合分子和第二治疗剂(例如，第二抗原结合分子或抗HIV广泛中和抗体(bNAb))之间可以是相同的或不同的。
根据已知方法将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子施用或提供给哺乳动物受试者(例如人)，这些已知方法诸如但不限于静脉内施用(例如，作为推注)或通过在一段时间内连续输注，通过肌内、皮下、腹膜内、脑脊髓内、关节内、滑膜内、鞘内、口服、局部或吸入途径。视情况而定，多特异性抗原结合分子可肠胃外施用，当可以时，在靶细胞位点施用，或静脉内施用。在一个实施方案中，将一种或多种多特异性抗原结合分子经由静脉内途径施用于受试者。在另一个实施方案中，将一种或多种多特异性抗原结合分子经由皮下途径施用于受试者。在另一个实施方案中，将一种或多种多特异性抗原结合分子经由肌内途径施用于受试者。在各种实施方案中，编码多特异性抗原结合分子的多核苷酸可被电穿孔，例如用于经皮递送。在一些实施方案中，将本公开的药物组合物全身地、肠胃外地或局部地施用于受试者。
还提供了用于治疗HIV感染的方法，包括向对其有需要的人受试者施用治疗有效量的如本文所公开的一种或多种多特异性抗原结合分子。在一些实施方案中，本公开提供了用于预防HIV感染的方法，包括向对其有需要的人受试者施用治疗有效量的如本文所公开的一种或多种多特异性抗原结合分子。
在一个实施方案中，提供了一种用于治疗具有感染或处于感染风险的人受试者的HIV感染的方法，该方法包括向人受试者施用任选地与治疗有效量的一种或多种(例如，一种、两种、三种、一种或两种，或一种至三种)附加治疗剂组合的治疗有效量的本文所公开的一种或多种多特异性抗原结合分子。在一些实施方案中，在任选地与一种或多种附加治疗剂一起一次或多次施用本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子之后，受试者在没有抗逆转录病毒治疗(ART)的情况下至少6个月、至少1年、至少2年、至少3年或更长时间未表现出HIV或AIDS的症状。在一些实施方案中，在任选地与一种或多种附加治疗剂一起一次或多次施用一种或多种多特异性抗原结合分子之后，受试者在没有抗逆转录病毒治疗(ART)的情况下至少6个月、至少1年、至少2年、至少3年或更长时间具有小于500(例如小于400、小于300、小于200、小于100、小于50)的病毒载量拷贝/ml血液。
10.组合疗法
在某些实施方案中，本公开提供了用于治疗或预防具有HIV感染或处于HIV感染风险的人受试者的HIV感染的方法。该方法包括向人受试者施用治疗有效量的如本文所公开的一种或多种多特异性抗原结合分子或其药物组合物与治疗有效量的一种或多种(例如，一种、两种、三种、一种或两种，或一种至三种)附加治疗剂的组合。在一个实施方案中，提供了一种用于治疗具有感染或处于感染风险的人受试者的HIV感染的方法，该方法包括向人受试者施用治疗有效量的一种或多种多特异性抗原结合分子或其药学上可接受的盐与治疗有效量的一种或多种(例如，一种、两种、三种、一种或两种，或一种至三种)附加治疗剂的组合。
在一个实施方案中，提供了药物组合物，这些药物组合物包含本文所公开的一种或多种多特异性抗原结合分子或其药物组合物与一种或多种(例如，一种、两种、三种、一种或两种，或一种至三种)附加治疗剂的组合，以及药学上可接受的载体、稀释剂或赋形剂。
在某些实施方案中，提供了用于治疗HIV感染的方法，包括向对其有需要的患者施用治疗有效量的本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子或其药物组合物与治疗有效量的适于治疗HIV感染的一种或多种附加治疗剂的组合。
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子或其药物组合物与一种、两种、三种、四种或更多种附加治疗剂组合或共同施用。在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子或其药物组合物与两种附加治疗剂组合或共同施用。在其他实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子或其药物组合物与三种附加治疗剂组合或共同施用。在另外的实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子或其药物组合物与四种附加治疗剂组合或共同施用。该一种、两种、三种、四种或更多种附加治疗剂可以是选自相同类别的治疗剂的不同治疗剂(例如，一种或多种抗HIV广泛中和抗体)，并且/或者这些附加治疗剂可选自不同类别的治疗剂(例如，一种或多种抗HIV广泛中和抗体和一种或多种TLR激动剂)。
HIV组合疗法的施用
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与一种或多种附加治疗剂共同施用。本文所公开的一种或多种多特异性抗原结合分子与一种或多种附加治疗剂的共同施用通常是指同时或顺序施用本文所公开的一种或多种多特异性抗原结合分子和一种或多种附加治疗剂，使得治疗有效量的本文所公开的一种或多种多特异性抗原结合分子和一种或多种附加治疗剂均存在于患者体内。当顺序施用时，该组合可以两次或更多次施用的方式施用。
共同施用包括在施用单位剂量的一种或多种附加治疗剂之前或之后，同时施用以及顺序施用单位剂量的一种或多种本文所述的多特异性抗原结合分子。例如，本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子可在施用一种或多种附加治疗剂的数秒、数分钟、数小时或数天内施用。在一些实施方案中，首先施用单位剂量的本文所公开的一种或多种多特异性抗原结合分子，然后在数秒、数分钟、数小时或数天内施用单位剂量的一种或多种附加治疗剂。另选地，首先施用单位剂量的一种或多种附加治疗剂，然后在数秒、数分钟、数小时或数天内施用单位剂量的本文所公开的一种或多种多特异性抗原结合分子。在其他实施方案中，首先施用单位剂量的本文所公开的一种或多种多特异性抗原结合分子，然后在数小时的时间段(例如，1小时至12小时、1小时至24小时、1小时至36小时、1小时至48小时、1小时至60小时、1小时至72小时)后施用单位剂量的一种或多种附加治疗剂。在其他实施方案中，首先施用单位剂量的一种或多种附加治疗剂，然后在数小时的时间段(例如，1小时至12小时、1小时至24小时、1小时至36小时、1小时至48小时、1小时至60小时、1小时至72小时)后施用单位剂量的本文所公开的一种或多种多特异性抗原结合分子。
在某些实施方案中，将本文所公开的一种或多种多特异性抗原结合分子与一种或多种附加治疗剂以单位剂型组合或共同施用以用于同时施用于患者，例如作为液体或悬浮液剂型，例如用于静脉内、肌内或皮下施用。
在某些实施方案中，将一种或多种多特异性抗原结合分子配制为液体溶液或悬浮液，该液体溶液或悬浮液可任选地含有一种或多种可用于治疗HIV的其他附加治疗剂。在某些实施方案中，该液体溶液或悬浮液可包含用于治疗HIV的另一种活性成分，作为另一种抗HIV抗体或其抗原结合片段，如HIV蛋白酶抑制剂、HIV逆转录酶的非核苷或非核苷酸抑制剂、HIV逆转录酶的核苷或核苷酸抑制剂、HIV整合酶抑制剂、HIV非催化位点(或变构)整合酶抑制剂、药代动力学增强剂以及它们的组合。
在某些实施方案中，一种或多种多特异性抗原结合分子可以多次施用方案施用，即，在第一时间点和后续时间点施用两次或更多次。在某些实施方案中，此类液体溶液或悬浮液适于每天一次、每周一次(即，QW)、每两周一次(即，每隔一周一次或每两周一次或Q2W)、每个月一次(即，QM)或每两个月一次给药(即，每隔一个月一次或每两个月一次或Q2M)的给药或施用间隔。在一些实施方案中，一种或多种多特异性抗原结合分子以每天一次、每周一次(即，QW)、每两周一次(即，每隔一周一次或每两周一次或Q2W)、每月一次(即，QM)、每两个月一次(即，每隔一个月一次或每两个月一次或Q2M)、每三个月一次(即，Q3M)、每四个月一次(即，Q4M)、每5个月一次(即，Q5M)或每6个月一次(即，Q6M)的给药来施用。在一些实施方案中，一种或多种多特异性抗原结合分子以每两周(即，每隔一周一次或每两周一次或Q2W)静脉内、皮下或肌内施用。在一些实施方案中，一种或多种多特异性抗原结合分子以每月(例如，每四周一次(Q4W)或每个月一次(Q1M))静脉内、皮下或肌内施用。
a.与一种或多种附加广泛中和抗体的组合疗法
在某些实施方案中，将本文所公开的多特异性抗原结合分子与一种或多种附加抗HIV广泛中和抗体(bNAb)或其片段组合或共同施用。该一种或多种附加bNAb可以是任何形式(例如，单特异性、多特异性、IgG、scFv)。通常，一种或多种附加bNAb结合到不与第一多特异性抗原结合分子竞争的HIV的不同抗原或区域或表位。多种临床研究现已经表明，用单一广泛中和抗体(bNAb)治疗HIV感染个体会导致敏感性病毒的暂时抑制，随后抗性病毒的迅速生长——其中这些抗性病毒中的许多病毒似乎是罕见的预先存在的病毒变体。
Scheid等人报道了VRC01(结合bNAb的V3聚糖)和3BNC117(结合bNAb的CD4结合位点)中和了体外测试的118交叉进化支病毒中的96％(Scheid等人，Science,333:1633-1637(2011))。另外，临床试验表明，接受抗体治疗的许多HIV感染患者表现出罕见的和预先存在的抗性克隆，即使当他们的血浆HIV分离株似乎对该抗体敏感时也是如此(Caskey等人，Nature,522:487-491(2016)；Scheid等人，Nature,535:556-560(2016))。这些结果表明，当针对从不同患者(患者间宽度)收集的HIV分离株进行测试时，3BNC117可能是广泛的，然而它可能无法中和各个患者(患者内宽度)内的病毒分离株的100％。
已知为10-1074的抗体、为PGT121谱系的一部分的抗体，取自相同的供体并具有相似的中和宽度，也已经在临床试验中进行了测试(Mouquet等人，PNAS,109:E3268-3277(2012)；Caskey等人，Nature Medicine,23:185-191(2017))。10-1074最初被证明中和在低于50μg/ml的IC50下测试的60种病毒中的大约66％(Mousquet等人，PNAS(supra))。10-1074试验表明，在许多接受10-1074疗法的患者中，即使当血浆HIV分离株似乎对抗体敏感时，仍存在抗性克隆(Caskey等人，Nature Medicine(出处同上))。该数据表明大多数患者可能携带对10-1074有抗性的罕见的预先存在的病毒变体。这些10-1074抗性变体显示出与PGT121相关的交叉抗性，与10-1074和PGT121之间的紧密进化关系一致。然而，在10-1074临床试验期间分离的几乎所有抗性病毒对3BNC117的中和作用敏感(Caskey等人，Nature Medicine(出处同上))。该数据与以下结论一致：组合抗体疗法使用与gp120的不同区域结合的互补bNAb，允许更完全的患者内病毒覆盖。
在某些实施方案中，bNAb组合可实现完全的患者内病毒覆盖。在一些实施方案中，组合疗法包括第一抗原结合分子和第二抗原结合分子，其中第一抗原结合分子和第二抗原结合分子与gp120或gp120和gp41的不同的第一和第二表位或区域结合。在一些实施方案中，组合疗法包括多特异性抗原结合分子和抗HIV广泛中和抗体(bNAb)，其中多特异性抗原结合分子和bNAb与gp120或gp120和gp41的不同的第一和第二表位或区域结合。在一些实施方案中，gp120的不同的第一和第二表位或区域选自：(i)包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)；(ii)第二可变环(V2)(例如，Env三聚体顶点)；(iii)CD4结合位点(CD4bs)；(iv)gp120/gp41交界面；或者(v)gp120的沉默面。在一些实施方案中，组合疗法包括本文所述的第一多特异性抗原结合分子和另一种抗HIV广泛中和抗体或bNAb(即，中和多种HIV-1病毒株的中和抗体)。各种bNAb在本领域中是已知的，并且可用作组合治疗剂中的一种或两种，并且可用于本文鉴定的本文所述的多特异性抗原结合分子的抗HIV抗原靶向臂或第二抗原结合结构域中。使用的另外的例示性bNAb包括但不限于美国专利号8,673,307；9,493,549；9,783,594；以及WO 2012/154312；WO2012/158948；WO2013/086533；WO2013/142324；WO2014/063059；WO 2014/089152、WO 2015/048462；WO 2015/103549；WO2015/117008；WO2016/014484；WO 2016/154003；WO 2016/196975；WO2016/149710；WO2017/096221；WO 2017/133639；WO 2017/133640、WO 2018/125813中描述的那些，包括抗体12A12、12A21、NIH45-46、bANC131、8ANC134、IB2530、INC9、8ANC195、8ANC196、10-259、10-303、10-410、10-847、10-996、10-1074、10-1121、10-1130、10-1146、10-1341、10-1369、10-1074GM和BG18。另外的示例包括在以下文献中描述的那些：Sajadi等人，Cell.(2018)173(7):1783-1795；Sajadi等人，J Infect Dis.(2016)213(1):156-64；Klein等人，Nature,492(7427):118-22(2012)；Horwitz等人，Proc Natl Acad Sci U SA,110(41):16538-43(2013)；Scheid等人，Science，333:1633-1637(2011)；Scheid等人，Nature,458:636-640(2009)；Eroshkin等人，Nucleic Acids Res.,42(数据库特辑):Dl 133-9(2014)；Mascola等人，Immunol Rev.,254(l):225-44(2013)，诸如2F5、4E10、M66.6、CAP206-CH12、10E8、10E8v4、10E8-5R-100cF、DH511.11P、7b2和LN01(它们所有都结合gp41的MPER)；PG9、PG16、CH01-04(它们所有都结合V1V2-聚糖)、2G12(其与外部结构域聚糖结合)；b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、3BNC117、3BNC60、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25(它们所有都与CD4结合位点结合)。
在一些实施方案中，组合疗法包括多特异性抗原结合分子或与包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)中的gp120的表位或区域结合的抗体，并且与选自以下的抗体的一种或多种CDR以及VH区域和VL区域竞争或者包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。在一些实施方案中，组合疗法包括多特异性抗原结合分子或与CD4结合位点(CD4bs)中的gp120的表位或区域结合的抗体，并且与选自以下的抗体的一种或多种CDR以及VH区域和VL区域竞争或者包含这些区域：b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、3BNC117、3BNC60、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。在一些实施方案中，组合疗法包括共同施用(i)靶向CD3并包含CD4的可溶性胞外区(例如，结构域1(D1)、D1-D2、D1-D3、D1-D4)的多特异性抗原结合分子，如本文所述；(ii)与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域的抗体：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134；和；(iii)与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域的抗体：GS-9723、GS-5423、3BNC117、VRC07和VRC07-523。
在一些实施方案中，组合疗法包括多特异性抗原结合分子或与第二可变环(V2)(例如，Env三聚体顶点)中的gp120的表位或区域结合的抗体，并且与选自以下的抗体的一种或多种CDR以及VH区域和VL区域竞争或者包含这些区域：PG9、PG16、PGC14、PGG14、PGT-142、PGT-143、PGT-144、PGT-145、CH01、CH59、PGDM1400、CAP256、CAP256-VRC26.08、CAP256-VRC26.09、CAP256-VRC26.25、PCT64-24E和VRC38.01。在一些实施方案中，组合疗法包括多特异性抗原结合分子或与gp120/gp41交界面中的gp120的表位或区域结合的抗体，并且与选自以下的抗体的第二VH区域和第二VL区域竞争或者包含这些区域：PGT-151、CAP248-2B、35O22、8ANC195、ACS202、VRC34和VRC34.01。在一些实施方案中，组合疗法包括多特异性抗原结合分子或与gp120沉默面的表位或区域结合的抗体，并且与选自VRC-PG05和SF12的抗体的第二VH区域和第二VL区域竞争或包含这些区域。在一些实施方案中，组合疗法包括多特异性抗原结合分子或与膜近侧区域(MPER)中的gp41的表位或区域结合的抗体，并且与选自以下的抗体的第二VH区域和第二VL区域竞争或包含这些区域：10E8、10E8v4、10E8-5R-100cF、4E10、DH511.11P、2F5、7b2和LN01。在一些实施方案中，组合疗法包括多特异性抗原结合分子或与gp41融合肽的表位或区域结合的抗体，并且与选自以下的抗体的第二VH区域和第二VL区域竞争或者包含这些区域：VRC34和ACS202。
在某些实施方案中，可改善多特异性抗原结合分子和/或bNAb以具有增强的药物样特性、降低的免疫原性、增强的ADCC和合适的药代动力学特性。此类抗体显示与病毒体或感染细胞表面上表达的HIV包膜糖蛋白结合，并且介导病毒的直接中和以及这些细胞的强效NK、单核细胞和PBMC杀伤。该特性允许抗体通过中和病毒来治疗HIV感染，并且还杀伤和消除感染个体中的潜在HIV感染细胞，从而潜在地导致HIV的灭菌治疗。
b.使用一种或多种附加抗HIV治疗剂的组合疗法
HIV组合疗法
在一些实施方案中，附加治疗剂是潜伏期逆转剂(LRA)。示例性LRA包括IL-15受体激动剂(例如ALT-803；白介素-15/Fc融合蛋白(例如，XmAb24306))；重组白介素-15(例如，AM0015、NIZ-985)；聚乙二醇化的IL-15(例如，NKTR-255)以及toll样受体(TLR)的激动剂，例如以下项中的一者或多者的激动剂：TLR1(NCBI基因ID：7096)、TLR2(NCBI基因ID：7097)、TLR3(NCBI基因ID：7098)、TLR4(NCBI基因ID：7099)、TLR5(NCBI基因ID：7100)、TLR6(NCBI基因ID：10333)、TLR7(NCBI基因ID：51284)、TLR8(NCBI基因ID：51311)、TLR9(NCBI基因ID：54106)和TLR10(NCBI基因ID：81793)。在一些实施方案中，LRA是TLR7激动剂。在其他实施方案中，附加治疗剂是潜伏期逆转剂(LRA)，例如TLR8激动剂。TLR激动剂示例包括但不限于维沙莫德。另外的示例包括但不限于美国专利号8,367,670中描述的化合物和美国专利申请公开号2016/0289229中描述的化合物。在一个实施方案中，本文所述的抗体可与TLR7激动剂诸如维沙莫德组合。在另一个实施方案中，本文所述的抗体可与TLR8激动剂例如赛尔甘托莫德(selgantolimod)(GS-9688)组合。在一个实施方案中，附加治疗剂是TLR调节剂。TLR调节剂可包括TLR1、TLR2、TLR3、TLR4、TLR5、TLR6、TLR7、TLR8、TLR9、TLR10、TLR11、TLR12和TLR13的调节剂。TLR3调节剂的示例包括雷他莫德、聚ICLC、
Apoxxim、
IPH-33、MCT-465、MCT-475和ND-1.1。TLR7调节剂的示例包括GS-9620、GSK-2245035、咪喹莫特、瑞喹莫特、DSR-6434、DSP-3025、IMO-4200、MCT-465、MEDI-9197、3M-051、SB-9922、3M-052、Limtop、TMX-30X、TMX-202、RG-7863、RG-7795，以及US20100143301(Gilead Sciences)、US20110098248(Gilead Sciences)和US20090047249(GileadSciences)中公开的化合物。TLR8调节剂的示例包括赛尔甘托莫德(GS-9688)、莫托莫德(motolimod)、瑞喹莫特、3M-051、3M-052、MCT-465、IMO-4200、VTX-763、VTX-1463，以及US20140045849(Janssen)、US20140073642(Janssen)、WO2014/056953(Janssen)、WO2014/076221(Janssen)、WO2014/128189(Janssen)、US20140350031(Janssen)、WO2014/023813(Janssen)、US20080234251(Array Biopharma)、US20080306050(Array Biopharma)、US20100029585(Ventirx Pharma)、US20110092485(Ventirx Pharma)、US20110118235(Ventirx Pharma)、US20120082658(Ventirx Pharma)、US20120219615(Ventirx Pharma)、US20140066432(Ventirx Pharma)、US20140088085(Ventirx Pharma)、US20140275167(Novira Therapeutics)和US20130251673(Novira Therapeutics)中公开的化合物。TLR9调节剂(例如，激动剂)的示例包括BB-001、BB-006、CYT-003、IMO-2055、IMO-2125、IMO-3100、IMO-8400、IR-103、IMO-9200、AST-008(卡罗托莫德(cavrotolimod))、可比托莫德(cobitolimod)、CMP-001、阿托莫德(agatolimod)、DIMS-9054、DV-1079、DV-1179、AZD-1419、leftolimod(MGN-1703)、利尼莫德(litenimod)、CYT-003-QbG10、替索莫德(tilsotolimod)和PUL-042。
在一些实施方案中，附加治疗剂是DExD/H-box解旋酶58(DDX58；又名RIG-I、RIG1、RIGI、RLR-1、SGMRT2；NCBI基因ID：23586)的激动剂。例示性RIG-I激动剂是KIN1148，描述于Hemann等人，JImmunol,2016年5月1日，196(1增刊)76.1.另外的RIG-I激动剂例如在以下文献中描述：Elion等人，Cancer Res.(2018)78(21):6183-6195；以及Liu等人，J Virol.(2016)90(20):9406-19。RIG-I激动剂可例如从Invivogen(invivogen.com)商购获得。
在某些实施方案中，此类制剂适于每天一次、每周一次、每两周一次、每个月一次、每两个月一次或每三个月一次给药。
在一些实施方案中，附加治疗剂可以是抗HIV剂。在一些情况下，附加治疗剂可以是HIV蛋白酶抑制剂、HIV逆转录酶的非核苷或非核苷酸抑制剂、HIV逆转录酶的核苷或核苷酸抑制剂、HIV整合酶抑制剂、HIV非催化位点(或变构)整合酶抑制剂、HIV进入抑制剂、HIV成熟抑制剂、HIV衣壳抑制剂、核衣壳蛋白7(NCp7)抑制剂、HIV Tat或Rev抑制剂、Tat-TAR-P-TEFb的抑制剂、免疫调节剂(例如，免疫刺激剂)、免疫治疗剂、抗体-药物缀合物、基因修饰剂、基因编辑物(诸如CRISPR/Cas9、锌指核酸酶、归巢核酸酶、合成核酸酶、TALEN)、细胞疗法(诸如嵌合抗原受体T细胞CAR-T和工程化T细胞受体TCR-T、自体T细胞疗法、工程化B细胞、NK细胞)、潜伏期逆转剂、靶向HIV衣壳的化合物、基于免疫的疗法、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)抑制剂、HIV抗体、双特异性抗体和“抗体样”治疗蛋白、HIV p17基质蛋白抑制剂、IL-13拮抗剂、肽基脯氨酰顺反异构酶A调节剂、蛋白质二硫键异构酶抑制剂、补体C5a受体拮抗剂、DNA甲基转移酶抑制剂、脂肪酸合酶抑制剂、HIV vif基因调节剂、Vif二聚化拮抗剂、HIV-1病毒感染因子抑制剂、HIV-1Nef调节剂、TNFα配体抑制剂、HIV Nef抑制剂、Hck酪氨酸激酶调节剂、混合谱系激酶-3(MLK-3)抑制剂、HIV-1剪接抑制剂、整合素拮抗剂、核蛋白抑制剂、剪接因子调节剂、含COMM结构域蛋白1调节剂、HIV核糖核酸酶H抑制剂、IFN拮抗剂、防御素调节剂、CD3拮抗剂、CDK-4抑制剂、CDK-6抑制剂、CDK-9抑制剂、细胞色素P450 3抑制剂、CXCR4调节剂、树突状ICAM-3抓取非整合素1抑制剂、HIV GAG蛋白抑制剂、HIV POL蛋白抑制剂、补体因子H调节剂、泛素连接酶抑制剂、脱氧胞苷激酶抑制剂、细胞周期素依赖性激酶抑制剂、HPK1(MAP4K1)抑制剂、前蛋白转化酶PC9刺激剂、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X抑制剂、逆转录酶引发复合物抑制剂、G6PD和NADH氧化酶抑制剂、mTOR复合物1抑制剂、mTOR复合物2抑制剂、P-糖蛋白调节剂、RNA聚合酶调节剂、TAT蛋白抑制剂、脯氨酰内肽酶抑制剂、磷脂酶A2抑制剂、药代动力学增强剂、HIV基因疗法、HIV疫苗、抗HIV肽以及它们的组合。
在一些实施方案中，附加治疗剂选自由以下项组成的组：用于HIV的组合药物、用于治疗HIV的其他药物、HIV蛋白酶抑制剂、HIV逆转录酶抑制剂、HIV整合酶抑制剂、HIV非催化位点(或变构)整合酶抑制剂、HIV进入(融合)抑制剂、HIV成熟抑制剂、潜伏期逆转剂、衣壳抑制剂、基于免疫的疗法、PI3K抑制剂、HIV抗体和双特异性抗体和“抗体样”治疗蛋白以及它们的组合。
在一些实施方案中，一种或多种附加治疗剂选自HIV蛋白酶抑制剂、HIV逆转录酶的非核苷或非核苷酸抑制剂、HIV逆转录酶的核苷或核苷酸抑制剂、HIV整合酶抑制剂、HIV衣壳抑制剂、gp41抑制剂、CXCR4抑制剂、gp120抑制剂、CCR5抑制剂、Nef抑制剂、潜伏期逆转剂、HIV bNAb、TLR7、TLR8和TLR9的激动剂、HIV疫苗、细胞因子、免疫检查点抑制剂、FLT3配体、募集T细胞和NK细胞的双特异性抗体、靶向HIV抗原的嵌合T细胞受体、药代动力学增强剂和用于治疗HIV的其他药物以及它们的组合。
在一些实施方案中，一种或多种附加治疗剂选自度鲁特韦、卡博特韦、伊斯拉曲韦、地瑞拉韦、比卡格韦、依斯沙韦林、利匹韦林和来那卡帕韦，以及它们的组合。
在一些实施方案中，一种或多种附加治疗剂选自度鲁特韦、卡博特韦、伊斯拉曲韦、地瑞拉韦、比卡格韦、依斯沙韦林、利匹韦林和来那卡帕韦。
HIV长效疗法
在一些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与HIV长效抗HIV方案组合或共同施用。作为可组合或共同施用的长效方案的示例包括但不限于卡博特韦、利匹韦林、任何整合酶LA、VM-1500LAI、马拉韦罗(LAI)、替诺福韦植入物、伊斯拉曲韦植入物、多拉韦林、雷特格韦和长效度鲁特韦。
HIV组合药物
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与HIV组合药物组合或共同施用。可与本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子一起使用的组合药物的示例包括：
(依法韦仑、富马酸替诺福韦二吡呋酯和恩曲他滨)；
(/>
利匹韦林、富马酸替诺福韦二吡呋酯和恩曲他滨)；
(埃替拉韦、可比司他、富马酸替诺福韦二吡呋酯和恩曲他滨)；
(富马酸替诺福韦二吡呋酯和恩曲他滨；TDF+FTC)；/>
(替诺福韦艾拉酚胺和恩曲他滨)；/>
(替诺福韦艾拉酚胺、恩曲他滨和利匹韦林)；
(替诺福韦艾拉酚胺、恩曲他滨、可比司他和埃替拉韦)；地瑞拉韦、半富马酸替诺福韦艾拉酚胺、恩曲他滨和可比司他；依法韦仑、拉米夫定和富马酸替诺福韦二吡呋酯；拉米夫定和富马酸替诺福韦二吡呋酯；替诺福韦和拉米夫定；替诺福韦艾拉酚胺和恩曲他滨；半富马酸替诺福韦艾拉酚胺和恩曲他滨；半富马酸替诺福韦艾拉酚胺、恩曲他滨和利匹韦林；半富马酸替诺福韦艾拉酚胺、恩曲他滨、可比司他和埃替拉韦；替诺福韦类似物；
(齐多夫定和拉米夫定；AZT+3TC)；/>
(/>
硫酸阿巴卡韦和拉米夫定；ABC+3TC)；/>
(/>
洛匹那韦和利托那韦)；
(度鲁特韦、阿巴卡韦和拉米夫定)；/>
(比卡格韦+恩曲他滨+替诺福韦艾拉酚胺)、/>
(度鲁特韦+拉米夫定)、/>
(硫酸阿巴卡韦、齐多夫定和拉米夫定；ABC+AZT+3TC)；阿扎那韦和可比司他；硫酸阿扎那韦和可比司他；硫酸阿扎那韦和利托那韦；地瑞拉韦和可比司他；度鲁特韦和利匹韦林；度鲁特韦和盐酸利匹韦林；度鲁特韦、硫酸阿巴卡韦和拉米夫定；拉米夫定、奈韦拉平和齐多夫定；雷特格韦和拉米夫定；多拉韦林、拉米夫定和富马酸替诺福韦二吡呋酯；多拉韦林、拉米夫定和替诺福韦二吡呋酯；度鲁特韦+拉米夫定、拉米夫定+阿巴卡韦+齐多夫定、拉米夫定+阿巴卡韦、拉米夫定+富马酸替诺福韦二吡呋酯、拉米夫定+齐多夫定+奈韦拉平、洛匹那韦+利托那韦、洛匹那韦+利托那韦+阿巴卡韦+拉米夫定、洛匹那韦+利托那韦+齐多夫定+拉米夫定、替诺福韦+拉米夫定，和富马酸替诺福韦二吡呋酯+恩曲他滨+盐酸利匹韦林、洛匹那韦、利托那韦、齐多夫定、洛匹那韦+利托那韦+阿巴卡韦+拉米夫定，和拉米夫定；卡博特韦+利匹韦林；3BNC117+艾博韦泰、elpida(依斯沙韦林；VM-1500)、VM-1500A、来那卡帕韦+伊斯拉曲韦(口服、可注射)和双靶向HIV-1逆转录酶/核衣壳蛋白7抑制剂。
其他HIV药物
可与本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子结合的用于治疗HIV的其他药物的示例包括：曲霉毒素(aspernigrin)C、醋孟南、阿拉泊韦、BanLec、去铁酮、Gamimune、米特法林(metenkefalin)、纳曲酮、普拉汀(Prolastin)、REP 9、RPI-MN、VSSP、H1viral、SB-728-T、1,5-二咖啡酰奎尼酸、rHIV7-shl-TAR-CCR5RZ、AAV-eCD4-Ig基因疗法、MazF基因疗法、BlockAide、贝韦立马衍生物、ABX-464、AG-1105、APH-0812、苔藓虫素类似物、BIT-225、BRII-732、BRII-778、CYT-107、CS-TATI-1、氟-β-D-阿拉伯糖核酸(FANA)修饰的反义寡核苷酸、FX-101、
(芬戈莫德)、格瑞弗森、HGTV-43、HPH-116、HS-10234、羟氯喹、IMB-10035、IMO-3100、IND-02、JL-18008、LADAVRU、MK-1376、MK-2048、MK-4250、MK-8507、MK-8558、伊斯拉曲韦(MK-8591)(islatravir)、NOV-205、OB-002H、ODE-Bn-TFV、PA-1050040(PA-040)、PC-707、PGN-007、QF-036、S-648414、SCY-635、SB-9200、SCB-719、TR-452、TEV-90110、TEV-90112、TEV-90111、TEV-90113、RN-18、DIACC-1010、Fasnall、Immuglo、2-CLIPS肽、HRF-4467、凝血栓蛋白类似物、TBL-1004HI、VG-1177、xl-081、AVI-CO-004、rfhSP-D、[18F]-MC-225、URMC-099-C、RES-529、Verdinexor、IMC-M113V、IML-106、抗病毒素fc缀合物(AVC)、VIR-576、尼帕莫韦(nipamovir)、Covimro和ABBV-1882。
HIV蛋白酶抑制剂
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与HIV蛋白酶抑制剂组合或共同施用。可与本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子组合的HIV蛋白酶抑制剂的示例包括安普那韦、阿扎那韦、贝卡那韦、地瑞拉韦、膦沙那韦、膦沙那韦钙、茚地那韦、硫酸茚地那韦、洛匹那韦、奈非那韦、甲磺酸奈非那韦、利托那韦、沙奎那韦、甲磺酸沙奎那韦、替拉那韦、ASC-09+利托那韦、AEBL-2、DG-17、GS-1156、TMB-657(PPL-100)、T-169、BL-008、MK-8122、TMB-607、GRL-02031和TMC-310911。可组合或共同施用的蛋白酶抑制剂的其他示例公开于美国专利号10,294,234、US2020030327和US2019210978中。
HIV核糖核酸酶H抑制剂
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与HIV核糖核酸酶H抑制剂组合或共同施用。可与本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子组合的HIV核糖核酸酶H抑制剂的示例包括NSC-727447。
HIV
Nef抑制剂
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与HIV Nef抑制剂组合或共同施用。可与本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子组合的HIVNef抑制剂的示例包括FP-1。
HIV逆转录酶抑制剂
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与非核苷或非核苷酸抑制剂组合或共同施用。可与本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子组合的HIV逆转录酶的非核苷或非核苷酸抑制剂的示例包括达匹韦林、地拉夫定、甲磺酸地拉夫定、多拉维林、依法韦仑、依曲韦林、香菇多糖、奈韦拉平、利匹韦林、ACC-007、ACC-008、AIC-292、F-18、KM-023、PC-1005、M1-TFV、M2-TFV、VM-1500A-LAI、PF-3450074、依斯沙韦林(缓释口服，HIV感染)、多拉韦林+伊斯拉曲韦(固定剂量组合/口服片剂制剂，HIV-1感染)、依斯沙韦林(长效可注射纳米混悬液，HIV感染)和依斯沙韦林(VM-1500)。
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与长效抗HIV方案组合或共同施用。开发为可共同施用的长效抗HIV方案的药物的示例包括但不限于卡博特韦LA、利匹韦林LA、卡博特韦LA+利匹韦林LA、埃替拉韦(延长释放)、来那卡帕韦长效、雷特格韦长效、地瑞拉韦长效、任何整合酶LA、VM-1500A-LAI、VM-3500、马拉韦罗(LAI)、T-1144、ODE-Bn-TFV、CP-112、S-648414、替诺福韦植入物、替诺福韦长效、替诺福韦前药长效、伊斯拉曲韦(MK-8591)皮下植入物、长效度鲁特韦、长效雷特格韦+拉米夫定、可递送HIV药物的经皮装置，诸如经皮替诺福韦(WO2020092990)。
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与HIV核苷或核苷酸抑制剂组合或共同施用。可与本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子组合的HIV逆转录酶的核苷或核苷酸抑制剂的示例包括阿德福韦、阿德福韦双特戊酯、阿兹夫定、恩曲他滨、替诺福韦、替诺福韦艾拉酚胺、富马酸替诺福韦艾拉酚胺、半富马酸替诺福韦艾拉酚胺、替诺福韦二吡呋酯、富马酸替诺福韦二吡呋酯、替诺福韦十八烷基氧乙酯(AGX-1009)、半富马酸替诺福韦二吡呋酯、
和VIDEX />
(地达诺新，ddl)、阿巴卡韦、硫酸阿巴卡韦、阿洛夫定、阿立他滨、西那夫定、地达诺新、艾夫他滨、非替那韦、磷夫定替酯、CMX-157、达匹韦林、多拉韦林、依曲韦林、OCR-5753、乳清酸替诺福韦二吡呋酯、福齐夫定替酯、拉米夫定、叠氮膦、司他夫定、扎西他滨、齐多夫定、罗瓦福韦-依他拉芬酰胺(GS-9131)、GS-9148、MK-8504、伊斯拉曲韦(MK-8591)、MK-8583、VM-2500和KP-1461。
HIV逆转录酶的核苷或核苷酸抑制剂的附加示例包括但不限于美国专利号US2007049754、US2016250215、US2016237062、US2016251347、US2002119443、US2013065856、US2013090473、US2014221356和WO04096286中描述的那些。
HIV整合酶抑制剂
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与HIV整合酶抑制剂组合或共同施用。可与本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子组合的HIV整合酶抑制剂的示例包括艾维雷韦、艾维雷韦(延长释放微胶囊)、姜黄素、姜黄素的衍生物、菊苣酸、菊苣酸的衍生物、3,5-二咖啡酰奎尼酸、3,5-二咖啡酰奎尼酸的衍生物、金精三羧酸、金精三羧酸的衍生物、咖啡酸苯乙酯、咖啡酸苯乙酯的衍生物、酪氨酸磷酸化抑制剂、酪氨酸磷酸化抑制剂的衍生物、槲皮素、槲皮素的衍生物、雷特格韦、聚乙二醇化的雷特格韦、度鲁特韦、JTK-351、比卡格韦、AVX-15567、卡博特韦、卡博特韦(长效可注射)、二酮喹啉-4-1衍生物、整合酶-LEDGF抑制剂、莱金(ledgins)、M-522、M-532、MK-0536、NSC-310217、NSC-371056、NSC-48240、NSC-642710、NSC-699171、NSC-699172、NSC-699173、NSC-699174、二苯乙烯二磺酸、T-169、STP-0404、VM-3500、XVIR-110和ACC-017。
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与HIV非催化位点或变构整合酶抑制剂(NCINI)组合或共同施用。可与本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子组合的HIV非催化位点或变构整合酶抑制剂(NCINI)的示例包括CX-05045、CX-05168和CX-14442。可组合或共同施用的HIV衣壳抑制剂的其他示例包括但不限于美国专利号US2014221356和US2016016973中描述的那些。
HIV病毒感染性因子抑制剂
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与HIV病毒感染性因子抑制剂组合或共同施用。可与本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子组合的HIV病毒感染因子抑制剂的示例包括2-氨基-N-(2-甲氧基苯基)-6-((4-硝基苯基)硫代)苯甲酰胺衍生物和Irino-L。
HIV进入(融合)抑制剂
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与HIV进入(融合)抑制剂组合或共同施用。可与本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子组合的HIV进入(融合)抑制剂的示例包括AAR-501、LBT-5001、赛尼克韦罗(cenicriviroc)、CCR5抑制剂、gp41抑制剂、CD4附着抑制剂、gp120抑制剂、gp160抑制剂、CXCR4抑制剂和D-肽HIV进入抑制剂(例如，胆固醇-PIE12-三聚体(CPT31))。
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与C-C基序趋化因子受体5(CCR5；NCBI基因ID：1234)抑制剂组合或共同施用。可与本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子组合的CCR5抑制剂的示例包括阿拉韦罗、MK-7690(维立韦罗)、马拉韦罗、马拉韦罗(长效可注射纳米乳剂)、赛尼克韦罗、乐利单抗(PRO-140)、阿达他韦(adaptavir)(RAP-101)、尼非韦罗(TD-0232)、抗GP120/CD4或CCR5双特异性抗体、B-07、MB-66、多肽C25P、TD-0680、塞拉韦罗、vMIP(Haimipu)、CCR5/CCR2双重抑制剂(例如，赛尼克韦罗)、BMS-813160。
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与CXCR4抑制剂组合或共同施用。可与本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子组合的CXCR4抑制剂的示例包括普乐沙福、ALT-1188、N15肽、vMIP(Haimipu)、BL-8040、LY2510924、布利沙福(TG-0054)、X4P-002和X4P-001-IO。
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与gp41抑制剂组合或共同施用。可与本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子组合的gp41抑制剂的示例包括艾博韦泰、恩夫韦肽、格瑞弗森(gp41/gp120/gp160抑制剂)、BMS-986197、恩夫韦肽生物仿制药、恩夫韦肽生物类似物、HIV-1融合抑制剂(P26-Bapc)、ITV-1、ITV-2、ITV-3、ITV-4、CPT-31、Cl3hmAb、利普韦肽(lipuvirtide)、PIE-12三聚体和西夫韦肽(sifuvirtide)。
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与CD4附着抑制剂组合或共同施用。可与本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子组合的CD4附着抑制剂的示例包括伊巴珠单抗和CADA类似物。
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与gp120抑制剂组合或共同施用。可与本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子组合的gp120抑制剂的示例包括抗HIV杀微生物剂、Radha-108(receptol)3B3-PE38、BMS818251、BanLec、基于膨润土的纳米医药、福坦西韦氨基丁三醇、IQP-0831、VVX-004和BMS-663068。
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与gp160抑制剂组合或共同施用。可与本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子组合的gp160抑制剂的示例包括防已诺林碱。
HIV成熟抑制剂
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与HIV成熟抑制剂组合或共同施用。可与本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子组合的HIV成熟抑制剂的示例包括BMS-955176、GSK-3640254和GSK-2838232。
衣壳抑制剂
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与衣壳抑制剂组合或共同施用。可与本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子组合的衣壳抑制剂的示例包括衣壳聚合抑制剂或衣壳破坏化合物、HIV核衣壳p7(NCp7)抑制剂(诸如偶氮二甲酰胺)、HIV p24衣壳蛋白抑制剂、来那卡帕韦(GS-6207)、GS-CA1、AVI-621、AVI-101、AVI-201、AVI-301和AVI-CAN1-15系列、PF-3450074、HIV-1衣壳抑制剂(HIV-1感染，山东大学)和国际专利公开号WO2019/087016中描述的化合物。可组合或共同施用的衣壳抑制剂的附加示例包括但不限于美国专利公开号US2018051005和US2016108030中描述的那些。
细胞色素P450
3抑制剂
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与细胞色素P450 3抑制剂组合或共同施用。可组合或共同施用的细胞色素P450 3抑制剂的示例包括但不限于美国专利号7,939,553中描述的那些。
RNA聚合酶调节剂
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与RNA聚合酶调节剂(例如，抑制剂)组合或共同施用。RNA聚合酶调节剂(例如，抑制剂)的示例包括但不限于美国专利号10,065,958和8,008,264中描述的那些。
潜伏期逆转剂
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与HIV潜伏期逆转剂组合或共同施用。可与本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子组合的潜伏期逆转剂的示例包括IL-15受体激动剂(例如，ALT-803；白介素-15/Fc融合蛋白(例如，XmAb24306)；重组白介素-15(例如，AM0015、NIZ-985)；聚乙二醇化的IL-15(例如，NKTR-255))；toll样受体(TLR)激动剂(包括TLR7激动剂(例如，GS-9620)和TLR8激动剂(例如，赛尔甘托莫德(GS-9688))、TLR9激动剂(例如，lefitolimod(MGN-1703))、组蛋白脱乙酰酶(HDAC)抑制剂、蛋白酶体抑制剂(诸如万珂)、蛋白激酶C(PKC)活化剂、Smyd2抑制剂、BET-溴结构域4(BRD4)抑制剂(诸如ZL-0580、apabetalone)、离子霉素、IAP拮抗剂(细胞凋亡蛋白的抑制剂，诸如APG-1387、LBW-242)、SMAC模拟物(包括ciapavir、BI-891065、TL32711、LCL161、GDC-0917、HGS1029、AT-406、APG-1387、LCL-161(NVP-LCL161)、Debio-1143)、PMA、SAHA(辛二酸胺异羟肟酸或辛二酰、苯胺和异羟肟酸)、NIZ-985、IL-15调节抗体(包括IL-15、IL-15融合蛋白和IL-15受体激动剂，例如ALT-803)、JQ1、双硫仑、两性霉素B和泛素抑制剂(诸如拉格唑拉类似物、APH-0812、GSK-343)。HDAC抑制剂的示例包括罗米地辛、伏立诺他和帕比司他。PKC活化剂的示例包括吲哚内酰胺、prostratin、巨大戟醇B和DAG-内酯。可组合或共同施用的TLR7激动剂的附加示例包括但不限于美国专利公开号US2010143301中描述的那些。可组合或共同施用的TLR8激动剂的附加示例包括但不限于美国专利公开号US2017071944中描述的那些。
组蛋白脱乙酰酶(HDAC)抑制剂
在各种实施方案中，将如本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与例如以下的组蛋白脱乙酰酶的抑制剂组合或共同施用：组蛋白脱乙酰酶1(HDAC1；NCBI基因ID：3065)、组蛋白脱乙酰酶2(HDAC2；NCBI基因ID：3066)、组蛋白脱乙酰酶3(HDAC3；NCBI基因ID：8841)、组蛋白脱乙酰酶4(HDAC4；NCBI基因ID：9759)、组蛋白脱乙酰酶5(HDAC5；NCBI基因ID：10014)、组蛋白脱乙酰酶6(HDAC6；NCBI基因ID：10013)、组蛋白脱乙酰酶7(HDAC7；NCBI基因ID：51564)、组蛋白脱乙酰酶8(HDAC8；NCBI基因ID：55869)、组蛋白脱乙酰酶9(HDAC9；NCBI基因ID：9734)、组蛋白脱乙酰酶11(HDAC11；NCBI基因ID：79885)。可与本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子组合的HDAC抑制剂的示例包括但不限于艾贝司他(abexinostat)、ACY-241、AR-42、BEBT-908、贝利司他(belinostat)、CKD-581、CS-055(HBI-8000)、CT-101、CUDC-907(非美诺司他(fimepinostat))、恩替司他(entinostat)、吉维司他(givinostat)、莫西司他(mocetinostat)、帕比司他(panobinostat)、普瑞司他(pracinostat)、奎西诺司他(quisinostat)(JNJ-26481585)、瑞米司他、利可林司他(ricolinostat)、罗米地辛、SHP-141、TMB-ADC、丙戊酸(VAL-001)、伏立诺他、替莫司汀(tinostamustine)、瑞美司他(remetinostat)和恩替司他(entinostat)。
基于免疫的疗法
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与基于免疫的疗法组合或共同施用。基于免疫的疗法的示例包括toll样受体(TLR)(例如，TLR1、TLR2、TLR3、TLR4、TLR5、TLR6、TLR7、TLR8、TLR9和TLR10中的一者或多者)的激动剂或刺激剂；程序性细胞死亡蛋白1(PD-1)调节剂；程序性死亡配体1(PD-L1)调节剂；IL-15受体激动剂(例如ALT-803；白介素-15/Fc融合蛋白(例如，XmAb24306)；重组白介素-15(例如，AM0015、NIZ-985)；聚乙二醇化的IL-15(例如，NKTR-255))；DermaVir；白介素-7；plaquenil(羟氯喹)；白介素(阿地白介素、IL-2)；干扰素α；干扰素α-2b；干扰素α-n3；聚乙二醇化的干扰素α；干扰素γ；羟基脲；麦考酚酸莫酯(MPA)及其酯衍生物麦考酚酸莫酯(MMF)；利巴韦林；聚合物聚乙烯亚胺(PEI)；gepon；IL-12；WF-10；VGV-1；MOR-22；BMS-936559；CYT-107、诺弗龙、聚乙二醇干扰素α-2a、聚乙二醇干扰素α-2b、RPI-MN、STING调节剂、RIG-I调节剂、NOD2调节剂、SB-9200和IR-103。
Toll样受体(TLR)激动剂
在各种实施方案中，将如本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与toll样受体(TLR)的激动剂(例如，TLR1、TLR2、TLR3、TLR4、TLR5、TLR6、TLR7、TLR8、TLR9和TLR10中的一者或多者的激动剂)组合或共同施用。可与本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子共同施用或组合的示例TLR7激动剂包括但不限于AL-034、DSP-0509、GS-9620(维沙莫德)、维沙莫德类似物、LHC-165、TMX-101(咪喹莫特)、GSK-2245035、瑞喹莫特、DSR-6434、DSP-3025、IMO-4200、MCT-465、MEDI-9197、3M-051、SB-9922、3M-052、Limtop、TMX-30X、TMX-202、RG-7863、RG-7854、RG-7795，以及US20100143301(Gilead Sciences)、US20110098248(Gilead Sciences)和US20090047249(Gilead Sciences)、US20140045849(Janssen)、US20140073642(Janssen)、WO2014/056953(Janssen)、WO2014/076221(Janssen)、WO2014/128189(Janssen)、US20140350031(Janssen)、WO2014/023813(Janssen)、US20080234251(Array Biopharma)、US20080306050(Array Biopharma)、US20100029585(VentirxPharma)、US20110092485(Ventirx Pharma)、US20110118235(Ventirx Pharma)、US20120082658(Ventirx Pharma)、US20120219615(Ventirx Pharma)、US20140066432(Ventirx Pharma)、US20140088085(Ventirx Pharma)、US20140275167(NoviraTherapeutics)和US20130251673(Novira Therapeutics)中公开的化合物。可共同施用的TLR7/TLR8激动剂是NKTR-262、特拉莫德和BDB-001。可与本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子共同施用或组合的示例TLR8激动剂包括但不限于E-6887、IMO-4200、IMO-8400、IMO-9200、MCT-465、MEDI-9197、莫托莫德、瑞喹莫特、赛尔甘托莫德(GS-9688)、VTX-1463、VTX-763、3M-051、3M-052，以及US20140045849(Janssen)、US20140073642(Janssen)、WO2014/056953(Janssen)、WO2014/076221(Janssen)、WO2014/128189(Janssen)、US20140350031(Janssen)、WO2014/023813(Janssen)、US20080234251(Array Biopharma)、US20080306050(Array Biopharma)、US20100029585(Ventirx Pharma)、US20110092485(Ventirx Pharma)、US20110118235(Ventirx Pharma)、US20120082658(Ventirx Pharma)、US20120219615(Ventirx Pharma)、US20140066432(Ventirx Pharma)、US20140088085(Ventirx Pharma)、US20140275167(Novira Therapeutics)和US20130251673(NoviraTherapeutics)中公开的化合物。可共同施用的示例TLR9激动剂包括但不限于AST-008、可比托莫德(cobitolimod)、CMP-001、IMO-2055、IMO-2125、S-540956、利尼莫德(litenimod)、MGN-1601、BB-001、BB-006、IMO-3100、IMO-8400、IR-103、IMO-9200、阿格托莫德(agatolimod)、DIMS-9054、DV-1079、DV-1179、AZD-1419、lefitolimod(MGN-1703)、CYT-003、CYT-003-QbG10、替索莫德(tilsotolimod)和PUL-042。TLR3激动剂的示例包括雷他莫德、聚ICLC、
Apoxxim、/>
IPH-33、MCT-465、MCT-475和ND-1.1。TLR4激动剂的示例包括G-100和GSK-1795091。
CDK抑制剂或拮抗剂
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与以下项的抑制剂组合或共同施用：细胞周期素依赖性激酶1(CDK1、CDC2、CDC28A；P34CDC2；NCBI基因ID：983)；细胞周期素依赖性激酶2(CDK2、CDKN2；p33(CDK2)；NCBI基因ID：1017)；细胞周期素依赖性激酶3(CDK3；NCBI基因ID：1018)；细胞周期素依赖性激酶4(CDK4，CMM3；PSK-J3；NCBI基因ID：1019)；细胞周期素依赖性激酶6(CDK6、MCPH12；PLSTIRE；NCBI基因ID：1021)；细胞周期素依赖性激酶7(CDK7、CAK；CAK1；HCAK；MO15；STK1；CDKN7；p39MO15；NCBI基因ID：1022)；细胞周期素依赖性激酶9(CDK9、TAK；C-2k；CTK1；CDC2L4；PITALRE；NCBI基因ID：1025)。可组合或共同施用的CDK 1、2、3、4、6、7和9中的一者或多者的抑制剂包括但不限于：阿贝西利、阿伏西地(HMR-1275，夫拉平度)、AT-7519、迪那西利、爱博新(ibrance)、FLX-925、LEE001、帕博西利、瑞博西利、利戈替布(rigosertib)、selinexor、UCN-01、SY1365、CT-7001、SY-1365、G1T38、米尔西利、曲拉西利、PF-06873600、AZD4573和TG-02。在一些实施方案中，CDK4/CDK6/CDK9抑制剂或拮抗剂选自VS2-370。
干扰素基因刺激物(STING)激动剂
在一些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与干扰素应答刺激物cGAMP相互作用因子1(STING1；NCBI基因ID：340061)的激动剂组合或共同施用。在一些实施方案中，STING受体激动剂或活化剂选自ADU-S100(MIW-815)、SB-11285、MK-1454、SR-8291、AdVCA0848、GSK-532、SYN-STING、MSA-1、SR-8291、STING激动剂(潜伏性HIV)、GSK3745417、5,6-二甲基呫吨酮-4-醋酸(DMXAA)、环状GAMP(cGAMP)和环状二AMP。
RIG-I激动剂
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与DExD/H-box解旋酶58(DDX58；又名RIG-I、RIG1、RIGI、RLR-1、SGMRT2；NCBI基因ID：23586)的激动剂组合或共同施用。在一些实施方案中，将本文所述的药剂与RIG-I调节剂(诸如RGT-100)或NOD2调节剂(诸如SB-9200，又名GS 9992、索那吉韦(inarigivir soproxil))和IR-103组合或共同施用。例示性RIG-I激动剂是KIN1148，描述于Hemann等人，J Immunol,2016年5月1日，196(1增刊)76.1。另外的RIG-I激动剂例如在以下文献中描述：Elion等人，Cancer Res.(2018)78(21):6183-6195；以及Liu等人，J Virol.(2016)90(20):9406-19。RIG-I激动剂可例如从Invivogen(invivogen.com)商购获得。
LAG-3和TIM-3抑制剂
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与抗TIM-3(又名甲型肝炎病毒细胞受体2抗体(HAVCR2；NCBI基因ID：84868)，诸如TSR-022、LY-3321367、MBG-453、INCAGN-2390)组合或共同施用。在一些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与抗淋巴细胞活化3(LAG3，又名CD223；NCBI基因ID：3902)抗体，诸如瑞拉利单抗(ONO-4482)、LAG-525、MK-4280、REGN-3767、INCAGN2385)组合或共同施用。
细胞因子受体激动剂
在各种实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与一种或多种细胞因子受体或趋化因子受体激动剂组合或共同施用。可共同施用的例示性细胞因子或趋化因子受体激动剂包括但不限于IL-12、IL-18、γ链依赖性细胞因子(例如，IL-2、IL-7、IL-9、IL-15和IL-21)和fms相关酪氨酸激酶3(FLT3)配体(FLT3LG)。
可组合或共同施用的IL-2受体激动剂的示例包括白介素(阿地白介素、IL-2)；BC-IL(Cel-Sci)、聚乙二醇化的IL-2(例如，NKTR-214(贝培阿地白介素))；IL-2的修饰变体(例如，THOR-707)、AIC-284、ALKS-4230、CUI-101和Neo-2/15。
可组合或共同施用的IL-15激动剂的示例包括但不限于PRGN-3006、ALT-803、NKTR-255和hetIL-15、白介素-15/Fc融合蛋白(例如，XmAb24306)；重组白介素-15(例如，AM0015、NIZ-985)；聚乙二醇化的IL-15(例如，NKTR-255、Synthorin)、hetIL-15、SO-C101、P-22339和IL-15-PD-1融合蛋白N-809。
可组合或共同施用的IL-12激动剂的示例包括IL-12A(NCBI基因ID：3592)+IL-12B(NCBI基因ID：3593)mRNA，诸如MEDI1191；IL-12基因刺激物，诸如EGEN-001、tavokinogenetelseplasmid；经转导以表达IL-12的树突状细胞，诸如DC-RTS-IL-12；经基因工程化以分泌IL-12并靶向粘蛋白16的细胞表面相关的自体T细胞(MUC16，又名CA125；NCBI基因ID：94025)，诸如JCAR-020；以及编码细胞因子白介素-12单链(IL-12sc)、白介素-15+IL15RAsushi结构域(IL-15sushi)、干扰素α(IFNα)和粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)的mRNA，诸如SAR441000(BNT131)。
可共同施用的例示性IL-7受体激动剂包括CYT-107。
可组合或共同施用的例示性fms相关酪氨酸激酶3(FLT3)配体(FLT3LG)激动剂包括GS-3583和CDX-301。
干扰素受体配体
在各种实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与例如以下的一种或多种干扰素受体配体组合或共同施用：干扰素α和β受体亚基1(IFNAR1；NCBI基因ID：3454)；干扰素α和β受体亚基2(IFNAR2；NCBI基因ID：3455)；干扰素γ受体1(IFNGR1；NCBI基因ID：3459)；干扰素γ受体2(IFNGR2；NCBI基因ID：3460)；该一种或多种干扰素受体配体可以是重组蛋白、聚乙二醇化的蛋白、融合蛋白和缀合物中的一者或多者。可组合或共同施用的干扰素受体配体的示例包括干扰素α-1b、干扰素α-2a、干扰素α-2b、干扰素β-1a和干扰素γ。可组合或共同施用的例示性干扰素α-1b包括但不限于重组人干扰素α-1b、干扰素α-1b、聚乙二醇化的干扰素α-1b、干扰素α-1b
可组合或共同施用的例示性干扰素α-2a包括但不限于重组人干扰素α-2a、干扰素α-2a、PEG-IFN-α、聚乙二醇化的干扰素α-2a/>
YPEG-干扰素α-2a(YPEG-rhIFNα-2a)、干扰素α-2a生物类似物(Biogenomics)、rHSA-IFNα-2a(重组人血清白蛋白干扰素α-2a融合蛋白)、干扰素α-2a后续生物制品(Biosidus)(Inmutag,Inter 2A)。可组合或共同施用的例示性干扰素α-2b包括但不限于重组人干扰素α-2b、α-2b(INTRON/>
)、干扰素α-2b(来自多种来源，包括例如Amega、Axxo、IFN、Laboratorios Bioprofarma、Virchow、Zydus-Cadila、BioGenericPharma、长春生物制品研究所)、罗培根干扰素α-2b(AOP-2014、P-1101、PEG IFNα-2b)、聚乙二醇干扰素α-2b(Amega)、Ypeginterferonα-2b(YPEG-rhIFNα-2b)、聚乙二醇干扰素α-2b(PEG-/>
)、rHSA-IFNα-2b(重组人血清白蛋白干扰素α-2b融合蛋白)、维妥珠单抗-IFNα-2b缀合物、干扰素α-2b后续生物制品(Biosidus-Bioferon、Citopheron、Ganapar、北京Kawin技术—Kaferon)。可组合或共同施用的其他例示性干扰素α和β受体配体包括但不限于Veldona、Infradure、Roferon-A、Algeron、Alfarona、Ingaron(干扰素γ)、rSIFN-co(重组高效复合干扰素)、MOR-22、Bioferon、Novaferon、Inmutag(Inferon)、
(Alfanative、Viragen)、干扰素α-n1(/>
SM-10500、Sumiferon)、Shaferon、Alfaferone、干扰素-α2(CJ)、Laferonum、VIPEG、BLAUFERON-A、BLAUFERON-B、Dynavax(SD-101)、Intermax Alpha、Realdiron、Lanstion、Pegaferon、PDferon-B、Pegnano、Feronsure、PegiHep、Optipeg A、Realfa 2B、Reliferon、Reaferon-EC、Roferon-A(Canferon、Ro-25-3036)、Proquiferon、Uniferon、Urifron、Anterferon、Shanferon、Layfferon、Shang Sheng Lei Tai、INTEFEN、SINOGEN、Fukangtai、Pegstat、SFR-9216、Interapo(Interapa)、/>
NORMFERONTM。可组合或共同施用的例示性干扰素β-1a包括但不限于干扰素β-1a/>
可组合或共同施用的例示性干扰素γ受体配体包括但不限于干扰素γ(OH-6000、Ogamma 100)和RPI-MN(经修饰的眼镜蛇毒素)。
免疫检查点受体蛋白调节剂
在各种实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与抑制性免疫检查点蛋白或受体的一种或多种阻断剂或抑制剂以及/或者与一种或多种刺激性免疫检查点蛋白或受体的一种或多种刺激剂、活化剂或激动剂组合或共同施用。抑制性免疫检查点的阻断或抑制可正向调节T细胞或NK细胞活化并防止感染细胞的免疫逃逸。刺激免疫检查点的活化或刺激可以增强免疫检查点抑制剂在感染性治疗中的效果。在各种实施方案中，免疫检查点蛋白或受体调节T细胞应答(例如Xu等人，J Exp Clin Cancer Res.(2018)37:110中所综述的)。在各种实施方案中，免疫检查点蛋白或受体调节NK细胞应答(例如以下文献中所综述的：Davis等人，Semin Immunol.(2017)31:64–75；以及Chiossone等人，NatRev Immunol.(2018)18(11):671-688)。
可与本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子组合的免疫检查点蛋白或受体的示例包括但不限于CD27(NCBI基因ID：939)；CD70(NCBI基因ID：970)；CD40(NCBI基因ID：958)；CD40LG(NCBI基因ID：959)；CD47(NCBI基因ID：961)；CD48(SLAMF2；NCBI基因ID：962)；含跨膜和免疫球蛋白结构域的2(TMIGD2、CD28H；NCBI基因ID：126259)；CD84(LY9B、SLAMF5；NCBI基因ID：8832)；CD96(NCBI基因ID：10225)；CD160(NCBI基因ID：11126)；MS4A1(CD20；NCBI基因ID：931)；CD244(SLAMF4；NCBI基因ID：51744)；CD276(B7H3；NCBI基因ID：80381)；含V-set结构域的T细胞活化抑制剂1(VTCN1、B7H4；NCBI基因ID：79679)；V-set免疫调节受体(VSIR、B7H5、VISTA；NCBI基因ID：64115)；免疫球蛋白超家族成员11(IGSF11、VSIG3；NCBI基因ID：152404)；自然杀伤细胞细胞毒性受体3配体1(NCR3LG1、B7H6；NCBI基因ID：374383)；HERV-H LTR-相关2(HHLA2、B7H7；NCBI基因ID：11148)；诱导型T细胞共刺激物(ICOS、CD278；NCBI基因ID：29851)；诱导型T细胞共刺激物配体(ICOSLG、B7H2；NCBI基因ID：23308)；TNF受体超家族成员4(TNFRSF4、OX40；NCBI基因ID：7293)；TNF超家族成员4(TNFSF4、OX40L；NCBI基因ID：7292)；TNFRSF8(CD30；NCBI基因ID：943)；TNFSF8(CD30L；NCBI基因ID：944)；TNFRSF10A(CD261、DR4、TRAILR1；NCBI基因ID：8797)；TNFRSF9(CD137；NCBI基因ID：3604)；TNFSF9(CD137L；NCBI基因ID：8744)；TNFRSF10B(CD262、DR5、TRAILR2；NCBI基因ID：8795)；TNFRSF10(TRAIL；NCBI基因ID：8743)；TNFRSF14(HVEM、CD270；NCBI基因ID：8764)；TNFSF14(HVEML；NCBI基因ID：8740)；CD272(B和T淋巴细胞相关(BTLA)；NCBI基因ID：151888)；TNFRSF17(BCMA、CD269；NCBI基因ID：608)；TNFSF13B(BAFF；NCBI基因ID：10673)；TNFRSF18(GITR；NCBI基因ID：8784)；TNFSF18(GITRL；NCBI基因ID：8995)；MHC I类多肽相关序列A(MICA；NCBI基因ID：100507436)；MHC I类多肽相关序列B(MICB；NCBI基因ID：4277)；CD274(CD274、PDL1、PD-L1；NCBI基因ID：29126)；程序性细胞死亡1(PDCD1、PD1、PD-1；NCBI基因ID：5133)；细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA4、CD152；NCBI基因ID：1493)；CD80(B7-1；NCBI基因ID：941)；CD28(NCBI基因ID：940)；nectin细胞粘附分子2(NECTIN2、CD112；NCBI基因ID：5819)；CD226(DNAM-1；NCBI基因ID：10666)；脊髓灰质炎病毒受体(PVR)细胞粘附分子(PVR、CD155；NCBI基因ID：5817)；含PVR相关免疫球蛋白结构域(PVRIG、CD112R；NCBI基因ID：79037)；具有Ig和ITIM结构域的T细胞免疫受体(TIGIT；NCBI基因ID：201633)；含T细胞免疫球蛋白和粘蛋白结构域4(TIMD4；TIM4；NCBI基因ID：91937)；甲型肝炎病毒细胞受体2(HAVCR2、TIMD3、TIM3；TIM-3；NCBI基因ID：84868)；半乳凝集素9(LGALS9；NCBI基因ID：3965)；淋巴细胞活化3(LAG3、LAG-3；CD223；NCBI基因ID：3902)；信号传导淋巴细胞活化分子家族成员1(SLAMF1、SLAM、CD150；NCBI基因ID：6504)；淋巴细胞抗原9(LY9、CD229、唾液酸结合Ig样凝集素7(SIGLEC7；p75；QA79；AIRM1；CD328；CDw328；D-siglec；SIGLEC-7；SIGLECP2；SIGLEC19P；p75/AIRM1；NCBI基因ID：27036)；唾液酸结合Ig样凝集素9(SIGLEC9；CD329；CDw329；FOAP-9；siglec-9；OBBP-LIKE；NCBI基因ID：27180)；SLAMF3；NCBI基因ID：4063)；SLAM家族成员6(SLAMF6、CD352；NCBI基因ID：114836)；SLAM家族成员7(SLAMF7、CD319；NCBI基因ID：57823)；UL16结合蛋白1(ULBP1；NCBI基因ID：80329)；UL16结合蛋白2(ULBP2；NCBI基因ID：80328)；UL16结合蛋白3(ULBP3；NCBI基因ID：79465)；视黄酸早期转录物1E(RAET1E；ULBP4；NCBI基因ID：135250)；视黄酸早期转录物1G(RAET1G；ULBP5；NCBI基因ID：353091)；视黄酸早期转录物1L(RAET1L；ULBP6；NCBI基因ID：154064)；杀伤细胞凝集素样受体C1(KLRC1、NKG2A、CD159A；NCBI基因ID：3821)；杀伤细胞凝集素样受体K1(KLRK1、NKG2D、CD314；NCBI基因ID：22914)；杀伤细胞凝集素样受体C2(KLRC2、CD159c、NKG2C；NCBI基因ID：3822)；杀伤细胞凝集素样受体C3(KLRC3、NKG2E；NCBI基因ID：3823)；杀伤细胞凝集素样受体C4(KLRC4、NKG2F；NCBI基因ID：8302)；杀伤细胞凝集素样受体D1(KLRD1；NCBI基因ID：3824)；杀伤细胞凝集素样受体G1(KLRG1；2F1；MAFA；MAFA-L；CLEC15A；MAFA-2F1；MAFA-LIKE；NCBI基因ID：10219)；杀伤细胞免疫球蛋白样受体、两个Ig结构域和长胞质尾1(KIR2DL1；NCBI基因ID：3802)；杀伤细胞免疫球蛋白样受体、两个Ig结构域和长胞质尾2(KIR2DL2；NCBI基因ID：3803)；杀伤细胞免疫球蛋白样受体、两个Ig结构域和长胞质尾3(KIR2DL3；NCBI基因ID：3804)；杀伤细胞免疫球蛋白样受体、三个Ig结构域和长胞质尾1(KIR3DL1、KIR、CD158E1；NCBI基因ID：3811)(例如利瑞鲁单抗(IPH2102/BMS-986015)、IPH-4102)和造血祖细胞激酶1(HPK1、MAP4K1)。
在各种实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与一种或多种T细胞抑制性免疫检查点蛋白或受体的一种或多种阻断剂或抑制剂组合或共同施用。例示性T细胞抑制性免疫检查点蛋白或受体包括但不限于CD274(CD274、PDL1、PD-L1)；程序性细胞死亡1配体2(PDCD1LG2、PD-L2、CD273)；程序性细胞死亡1(PDCD1、PD1、PD-1)；细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA4、CD152)；CD276(B7H3)；含V-set结构域的T细胞活化抑制剂1(VTCN1、B7H4)；V-set免疫调节受体(VSIR、B7H5、VISTA)；免疫球蛋白超家族成员11(IGSF11、VSIG3)；TNFRSF14(HVEM、CD270)、TNFSF14(HVEML)；CD272(B和T淋巴细胞相关(BTLA))；含PVR相关免疫球蛋白结构域(PVRIG、CD112R)；具有Ig和ITIM结构域的T细胞免疫受体(TIGIT)；淋巴细胞活化3(LAG3、CD223)；甲型肝炎病毒细胞受体2(HAVCR2、TIMD3、TIM3)；半乳凝集素9(LGALS9)；杀伤细胞免疫球蛋白样受体、三个Ig结构域和长胞质尾1(KIR、CD158E1)；杀伤细胞免疫球蛋白样受体、两个Ig结构域和长胞质尾1(KIR2DL1)；杀伤细胞免疫球蛋白样受体、两个Ig结构域和长胞质尾2(KIR2DL2)；杀伤细胞免疫球蛋白样受体、两个Ig结构域和长胞质尾3(KIR2DL3)；以及杀伤细胞免疫球蛋白样受体、三个Ig结构域和长胞质尾1(KIR3DL1)。在各种实施方案中，将如本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与一种或多种T细胞刺激性免疫检查点蛋白或受体的一种或多种激动剂或活化剂组合或共同施用。例示性T细胞刺激性免疫检查点蛋白或受体包括但不限于CD27、CD70；CD40、CD40LG；诱导型T细胞共刺激物(ICOS、CD278)；诱导型T细胞共刺激物配体(ICOSLG、B7H2)；TNF受体超家族成员4(TNFRSF4、OX40)；TNF超家族成员4(TNFSF4、OX40L)；TNFRSF9(CD137)、TNFSF9(CD137L)；TNFRSF18(GITR)、TNFSF18(GITRL)；CD80(B7-1)、CD28；nectin细胞粘附分子2(NECTIN2、CD112)；CD226(DNAM-1)；CD244(2B4、SLAMF4)、脊髓灰质炎病毒受体(PVR)细胞粘附分子(PVR、CD155)。参见例如Xu等人，J Exp Clin Cancer Res.(2018)37:110。
在各种实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与一种或多种NK细胞抑制性免疫检查点蛋白或受体的一种或多种阻断剂或抑制剂组合或共同施用。例示性NK细胞抑制性免疫检查点蛋白或受体包括但不限于杀伤细胞免疫球蛋白样受体、三个Ig结构域和长胞质尾1(KIR、CD158E1)；杀伤细胞免疫球蛋白样受体、两个Ig结构域和长胞质尾1(KIR2DL1)；杀伤细胞免疫球蛋白样受体、两个Ig结构域和长胞质尾2(KIR2DL2)；杀伤细胞免疫球蛋白样受体、两个Ig结构域和长胞质尾3(KIR2DL3)；杀伤细胞免疫球蛋白样受体、三个Ig结构域和长胞质尾1(KIR3DL1)；杀伤细胞凝集素样受体C1(KLRC1、NKG2A、CD159A)；和杀伤细胞凝集素样受体D1(KLRD1、CD94)。在各种实施方案中，将如本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与一种或多种NK细胞刺激性免疫检查点蛋白或受体的一种或多种激动剂或活化剂组合或共同施用。例示性NK细胞刺激性免疫检查点蛋白或受体包括但不限于CD16、CD226(DNAM-1)；CD244(2B4、SLAMF4)；杀伤细胞凝集素样受体K1(KLRK1、NKG2D、CD314)；SLAM家族成员7(SLAMF7)。参见例如Davis等人，Semin Immunol.(2017)31:64–75；Fang等人，Semin Immunol.(2017)31:37-54；以及Chiossone等人，NatRev Immunol.(2018)18(11):671-688。
在一些实施方案中，一种或多种免疫检查点抑制剂包括PD-L1(CD274)、PD-1(PDCD1)或CTLA4的蛋白质(例如，抗体或其片段或抗体模拟物)抑制剂。在一些实施方案中，一种或多种免疫检查点抑制剂包括PD-L1(CD274)、PD-1(PDCD1)或CTLA4的有机小分子抑制剂。
可以共同施用的CTLA4抑制剂的示例包括但不限于：伊匹单抗、曲美木单抗、BMS-986218、AGEN1181、AGEN1884、BMS-986249、MK-1308、REGN-4659、ADU-1604、CS-1002、BCD-145、APL-509、JS-007、BA-3071、ONC-392、AGEN-2041、JHL-1155、KN-044、CG-0161、ATOR-1144、PBI-5D3H5、BPI-002，以及多特异性抑制剂FPT-155(CTLA4/PD-L1/CD28)、PF-06936308(PD-1/CTLA4)、MGD-019(PD-1/CTLA4)、KN-046(PD-1/CTLA4)、MEDI-5752(CTLA4/PD-1)、XmAb-20717(PD-1/CTLA4)和AK-104(CTLA4/PD-1)。
可共同施用的PD-L1(CD274)或PD-1(PDCD1)抑制剂的示例包括但不限于派姆单抗、纳武单抗、西米单抗、匹地利珠单抗、AMP-224、MEDI0680(AMP-514)、斯巴达珠单抗、阿替利珠单抗、阿维鲁单抗、度伐利尤单抗、BMS-936559、CK-301、PF-06801591、BGB-A317(替雷利珠单抗)、GLS-010(WBP-3055)、AK-103(HX-008)、AK-105、CS-1003、HLX-10、MGA-012、BI-754091、AGEN-2034、JS-001(特瑞普利单抗)、JNJ-63723283、杰诺单抗(CBT-501)、LZM-009、BCD-100、LY-3300054、SHR-1201、SHR-1210(卡瑞利珠单抗)、Sym-021、ABBV-181(布格利单抗)、PD1-PIK、BAT-1306(MSB0010718C)、CX-072、CBT-502、TSR-042(多塔利单抗)、MSB-2311、JTX-4014、BGB-A333、SHR-1316、CS-1001(WBP-3155、KN-035、IBI-308(信迪利单抗)、HLX-20、KL-A167、STI-A1014、STI-A1015(IMC-001)、BCD-135、FAZ-053、TQB-2450、MDX1105-01、GS-4224、GS-4416、INCB086550、MAX10181，以及多特异性抑制剂FPT-155(CTLA4/PD-L1/CD28)、PF-06936308(PD-1/CTLA4)、MGD-013(PD-1/LAG-3)、FS-118(LAG-3/PD-L1)MGD-019(PD-1/CTLA4)、KN-046(PD-1/CTLA4)、MEDI-5752(CTLA4/PD-1)、RO-7121661(PD-1/TIM-3)、XmAb-20717(PD-1/CTLA4)、AK-104(CTLA4/PD-1)、M7824(PD-L1/TGFβ-EC结构域)、CA-170(PD-L1/VISTA)、CDX-527(CD27/PD-L1)、LY-3415244(TIM3/PDL1)和INBRX-105(4-1BB/PDL1)。
在一些实施方案中，CD274或PDCD1的小分子抑制剂选自由GS-4224、GS-4416、INCB086550和MAX10181组成的组。在一些实施方案中，CTLA4的小分子抑制剂包括BPI-002。
具有Ig和ITIM结构域的T细胞免疫受体(TIGIT)的抑制剂
在各种实施方案中，如本文所述的免疫原性多肽、编码此类多肽的多核苷酸、包含此类多肽或多核苷酸的载体、LNP和免疫原性组合物与具有Ig和ITIM结构域的T细胞免疫受体(TIGIT)(NCBI基因ID：201633)的一种或多种抑制剂组合或共同施用。可组合或共同施用的示例抗TIGIT抗体包括伊替吉单抗(etigilimab)、BMS-986207、替拉格鲁单抗(tiragolumab)(又名，MTIG-7192A；RG-6058；RO 7092284)、维博利单抗MK-7684)、欧司珀利单抗(BGB-A1217)、度纳利单抗(AB154)、AGEN1307、AGEN1327、AGEN1777、COM-902、IBI-939、AB154、SGN-TGT、MG1131和EOS884448(EOS-448)。
TNF受体超家族(TNFRSF)成员激动剂或活化剂
在各种实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与一种或多种TNF受体超家族(TNFRSF)成员的激动剂组合或共同施用，例如以下TNF受体超家族中的一者或多者的激动剂：TNFRSF1A(NCBI基因ID：7132)、TNFRSF1B(NCBI基因ID：7133)、TNFRSF4(OX40、CD134；NCBI基因ID：7293)、TNFRSF5(CD40；NCBI基因ID：958)、TNFRSF6(FAS、NCBI基因ID：355)、TNFRSF7(CD27、NCBI基因ID：939)、TNFRSF8(CD30、NCBI基因ID：943)、TNFRSF9(4-1BB、CD137、NCBI基因ID：3604)、TNFRSF10A(CD261、DR4、TRAILR1、NCBI基因ID：8797)、TNFRSF10B(CD262、DR5、TRAILR2、NCBI基因ID：8795)、TNFRSF10C(CD263、TRAILR3、NCBI基因ID：8794)、TNFRSF10D(CD264、TRAILR4、NCBI基因ID：8793)、TNFRSF11A(CD265、RANK、NCBI基因ID：8792)、TNFRSF11B(NCBI基因ID：4982)、TNFRSF12A(CD266、NCBI基因ID：51330)、TNFRSF13B(CD267、NCBI基因ID：23495)、TNFRSF13C(CD268、NCBI基因ID：115650)、TNFRSF16(NGFR、CD271、NCBI基因ID：4804)、TNFRSF17(BCMA、CD269、NCBI基因ID：608)、TNFRSF18(GITR、CD357、NCBI基因ID：8784)、TNFRSF19(NCBI基因ID：55504)、TNFRSF21(CD358、DR6、NCBI基因ID：27242)和TNFRSF25(DR3、NCBI基因ID：8718)。
可共同施用的示例抗TNFRSF4(OX40)抗体包括但不限于MEDI6469、MEDI6383、MEDI0562(他沃立珠单抗)、MOXR0916、PF-04518600、RG-7888、GSK-3174998、INCAGN1949、BMS-986178、GBR-8383、ABBV-368，以及WO2016179517、WO2017096179、WO2017096182、WO2017096281和WO2018089628中描述的那些。
可以共同施用的示例抗TNFRSF5(CD40)抗体包括但不限于RG7876、SEA-CD40、APX-005M和ABBV-428。
在一些实施方案中，共同施用抗TNFRSF7(CD27)抗体伐立鲁单抗(CDX-1127)。
可共同施用的示例抗TNFRSF9(4-1BB、CD137)抗体包括但不限于乌瑞鲁单抗、乌托鲁单抗(PF-05082566)、AGEN2373和ADG-106。
可共同施用的示例抗TNFRSF18(GITR)抗体包括但不限于MEDI1873、FPA-154、INCAGN-1876、TRX-518、BMS-986156、MK-1248、GWN-323，以及WO2017096179、WO2017096276、WO2017096189和WO2018089628中描述的那些。在一些实施方案中，共同施用共同靶向TNFRSF4(OX40)和TNFRSF18(GITR)的抗体或其片段。此类抗体例如在WO2017096179和WO2018089628中描述。
双特异性和三特异性自然杀伤(NK)细胞衔接物
在各种实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与双特异性NK细胞衔接物(BiKE)或三特异性NK细胞衔接物(TriKE)(例如，不具有Fc)或者抗以下项的双特异性抗体(例如，具有Fc)组合或共同施用：NK细胞活化受体(例如CD16A)、C型凝集素受体(CD94/NKG2C、NKG2D、NKG2E/H和NKG2F)、天然细胞毒性受体(NKp30、NKp44和NKp46)、杀伤细胞C型凝集素样受体(NKp65、NKp80)、Fc受体FcγR(其介导抗体依赖性细胞毒性)、SLAM家族受体(例如，2B4、SLAM6和SLAM7)、杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)(KIR-2DS和KIR-3DS)、DNAM-1和CD137(4-1BB)。可以共同施用的例示性抗CD16双特异性抗体、BiKE或TriKE包括AFM26(BCMA/CD16A)和AFM-13(CD16/CD30)。视情况而定，抗CD16结合双特异性分子可具有或可不具有Fc。BiKE和TriKE例如在以下文献中描述：Felices等人，Methods MolBiol.(2016)1441:333–346；Fang等人，Semin Immunol.(2017)31:37-54。三特异性NK细胞衔接物(TRiKE)的示例包括OXS-3550、HIV-TriKE和CD16-IL-15-B7H3 TriKe。
磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)抑制剂
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与以下项中的至少一者的抑制剂组合或共同施用：磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亚基，例如磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA、CLAPO、CLOVE、CWS5、MCAP、MCM、MCMTC、PI3K、PI3K-α、p110-α；NCBI基因ID：5290)；磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亚基β(PIK3CB、P110BETA、PI3K、PI3KBETA、PIK3C1；NCBI基因ID：5291)；磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亚基γ(PIK3CG、PI3CG、PI3K、PI3Kγ、PIK3、p110γ、p120-PI3K；基因ID：5494)；以及磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亚基δ(PIK3CD、APDS、IMD14、P110DELTA、PI3K、p110D，NCBI基因ID：5293)。在一些实施方案中，PI3K抑制剂是泛PI3K抑制剂。可组合或共同施用的PI3K抑制剂的示例包括但不限于ACP-319、AEZA-129、AMG-319、AS252424、AZD8186、BAY1082439、BEZ235、贝利尤单抗(PQR309)、布帕昔布(buparlisib)(BKM120)、BYL719(阿培利昔布(alpelisib))、羧胺三唑乳清酸盐(CTO)、CH5132799、CLR-457、CLR-1401、库潘尼西(copanlisib)(BAY 80-6946)、DS-7423、杜韦利昔布(duvelisib)(IPI-145)、非美诺司他(fimepinostat)(CUDC-907)、吉达昔布(gedatolisib)(PF-05212384)、GDC-0032、GDC-0084(RG7666)、GDC-0077、匹克昔布(pictilisib)(GDC-0941)、GDC-0980、GSK2636771、GSK2269577、艾代拉里斯(idelalisib)
INCB040093、INCB50465、IPI-443、IPI-549、KAR4141、LY294002、LY3023414、/>
(来那替尼(neratinib))、奈米昔布(nemiralisib)(GSK2269557)、奥米昔布(omipalisib)(GSK2126458、GSK458)、OXY111A、帕努昔布(panulisib)(P7170、AK151761)、PA799、哌立福新(perifosine)(KRX-0401)、匹拉昔布(Pilaralisib)(SAR245408；XL147)、甲磺酸普喹替尼(puquitinib mesylate)(XC-302)、SAR260301、塞来昔布(seletalisib)(UCB-5857)、塞拉昔布(serabelisib)(INK-1117、MLN-1117、TAK-117)、SF1126、松里昔布(sonolisib)(PX-866)、RG7604、瑞格色替钠(rigosertib sodium)(ON-01910钠)、RP5090、替尼昔布(tenalisib)(RP6530)、RV-1729、SRX3177、泰尼昔布(taselisib)、TG100115、温布昔布(umbralisib)(TGR-1202)、TGX221、沃塔昔布(voxtalisib)(SAR245409)、VS-5584、WX-037、X-339、X-414、XL499、XL756、渥曼青霉素(wortmannin)、ZSTK474，以及以下专利中描述的化合物：WO 2005/113556(ICOS)、WO2013/052699(Gilead Calistoga)、WO 2013/116562(Gilead Calistoga)、WO 2014/100765(Gilead Calistoga)、WO 2014/100767(Gilead Calistoga)和WO 2014/201409(GileadSciences)。
α-4/β-7拮抗剂
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与α-4/β-7拮抗剂组合或共同施用。整联蛋白α-4/β-7拮抗剂的示例包括PTG-100、TRK-170、阿利鲁单抗、依曲利珠单抗、甲基卡罗格拉斯(carotegrast methyl)和维多珠单抗。
HPK1抑制剂
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与促分裂原活化蛋白激酶1(MAP4K1；NCBI基因ID：11184；又名造血祖细胞激酶1(HPK1))的抑制剂组合或共同施用。HPK1抑制剂的示例包括但不限于ZYF-0272和ZYF-0057。
药代动力学增强剂
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与药代动力学增强剂组合或共同施用。药代动力学增强剂的示例包括可比司他和利托那韦。
附加治疗剂
附加治疗剂的示例包括以下专利中公开的化合物：WO 2004/096286(GileadSciences)；WO 2006/015261(Gilead Sciences)；WO 2006/110157(Gilead Sciences)；WO2012/003497(Gilead Sciences)；WO 2012/003498(Gilead Sciences)；WO 2012/145728(Gilead Sciences)；WO 2013/006738(Gilead Sciences)；WO 2013/159064(GileadSciences)；WO 2014/100323(Gilead Sciences)、US 2013/0165489(宾夕法尼亚大学)、US2014/0221378(Japan Tobacco)、US 2014/0221380(Japan Tobacco)；WO 2009/062285(Boehringer Ingelheim)；WO 2010/130034(Boehringer Ingelheim)；WO 2013/006792(Pharma Resources)、US20140221356(Gilead Sciences)、US 20100143301(GileadSciences和WO 2013/091096(Boehringer Ingelheim)。
长效HIV抑制剂
在一些实施方案中，可将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与长效HIV抑制剂共同施用。正在开发为长效HIV抑制剂的药物的示例包括但不限于卡博特韦LA、利匹韦林LA、任何整合酶LA、VM-1500LAI、马拉韦罗(LAI)、替诺福韦植入物、伊斯拉曲韦(MK-8591)植入物、长效度鲁特韦。
HIV疫苗
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与HIV疫苗组合或共同施用。可与本公开的药剂组合的HIV疫苗的示例包括肽疫苗、重组亚基蛋白疫苗、活载体疫苗、DNA疫苗、HIV MAG DNA疫苗、CD4来源的肽疫苗、疫苗组合、腺病毒载体疫苗(腺病毒载体，诸如Ad5、Ad26或Ad35)、猴腺病毒(黑猩猩、大猩猩、恒河猴即rhAd)、腺相关病毒载体疫苗、黑猩猩腺病毒疫苗(例如，ChAdOX1、ChAd68、ChAd3、ChAd63、ChAd83、ChAd155、ChAd157、Pan5、Pan6、Pan7、Pan9)、基于柯萨奇病毒的疫苗、基于肠病毒的疫苗、大猩猩腺病毒疫苗、基于慢病毒载体的疫苗、沙粒病毒疫苗(诸如LCMV、皮秦德)、基于双分段或三分段的沙粒病毒的疫苗、基于三聚体的HIV-1疫苗、基于麻疹病毒的疫苗、基于黄病毒载体的疫苗、基于烟草花叶病毒载体的疫苗、基于水痘带状疱疹病毒的疫苗、基于人副流感病毒3(PIV3)的疫苗、基于痘病毒的疫苗(经修饰的牛痘病毒安卡拉(Ankara)(MVA))、正痘病毒来源的NYVAC和禽痘病毒来源的ALVAC(金丝雀痘病毒)毒株)；基于鸡痘病毒的疫苗、基于弹状病毒的疫苗，诸如VSV和马拉巴病毒；基于重组人CMV(rhCMV)的疫苗、基于α-病毒的疫苗，诸如塞姆利基森林病毒、委内瑞拉马脑炎病毒和辛德毕斯病毒(参见例如，Lauer等人，ClinVaccine Immunol(2017)24(1):e00298-16)；LNP配制的基于mRNA的治疗疫苗；LNP配制的自复制RNA/自扩增RNA疫苗。
疫苗的示例包括AAVLP-HIV疫苗、抗CD40.Env-gp140疫苗、Ad4-EnvC150、BG505SOSIP.664gp140佐剂疫苗、BG505 SOSIP.GT1.1 gp140佐剂疫苗、ChAdOx1.tHIVconsv1疫苗、CMV-MVA三联疫苗、ChAdOx1.HTI、Chimigen HIV疫苗、ConM SOSIP.v7 gp140、rgp120(AIDSVAX)、ALVAC HIV(vCP1521)/AIDSVAX B/E(gp120)(RV144)、单体gp120 HIV-1C亚型疫苗、MPER-656脂质体亚基疫苗、Remune、ITV-1、Contre Vir、Ad5-ENVA-48、DCVax-001(CDX-2401)、Vacc-4x、Vacc-C5、VAC-3S、多级DNA重组腺病毒-5(rAd5)、rAd5gag-pol env A/B/C疫苗、Pennvax-G、Pennvax-GP、Pennvax-G/MVA-CMDR、HIV-TriMix-mRNA疫苗、HIV-LAMP-vax、Ad35、Ad35-GRIN、NAcGM3/VSSP ISA-51、poly-ICLC佐剂疫苗s、TatImmune、GTU-multiHIV(FIT-06)、ChAdV63.HIVconsv、gp140[delta]V2.TV1+MF-59、rVSVIN HIV-1gag疫苗、SeV-EnvF、SeV-Gag疫苗、AT-20、DNK-4、ad35-Grin/ENV、TBC-M4、HIVAX、HIVAX-2、基于N123-VRC-34.01诱导抗原的HIV疫苗、NYVAC-HIV-PT1、NYVAC-HIV-PT4、DNA-HIV-PT123、rAAV1-PG9DP、GOVX-B11、GOVX-B21、GOVX-C55、TVI-HIV-1、Ad-4(Ad4-env Clade C+Ad4-mGag)、Paxvax、EN41-UGR7C、EN41-FPA2、ENOB-HV-11、PreVaxTat、AE-H、MYM-V101、CombiHIVvac、ADVAX、MYM-V201、MVA-CMDR、MagaVax、DNA-Ad5 gag/pol/nef/nev(HVTN505)、MVATG-17401、ETV-01、CDX-1401、表达SCaVII的DNA和Sev载体疫苗、rcAD26.MOS1.HIV-Env、Ad26.Mod.HIV疫苗、Ad26.Mod.HIV+MVA镶嵌疫苗+gp140、AGS-004、AVX-101、AVX-201、PEP-6409、SAV-001、ThV-01、TL-01、TUTI-16、VGX-3300、VIR-1111、IHV-001和病毒样颗粒疫苗(诸如假病毒颗粒疫苗)、CombiVICHvac、LFn-p24 B/C融合疫苗、基于GTU的DNA疫苗、HIVgag/pol/nef/env DNA疫苗、抗TAT HIV疫苗、缀合多肽疫苗、树突细胞疫苗(诸如DermaVir)、基于gag的DNA疫苗、GI-2010、gp41 HIV-1疫苗、HIV疫苗(PIKA佐剂)、i-key/MHCII类抗原杂合肽疫苗、ITV-2、ITV-3、ITV-4、LIPO-5、多级Env疫苗、MVA疫苗、Pennvax-GP、pp71缺陷型HCMV载体HIV gag疫苗、rgp160 HIV疫苗、RNActive HIV疫苗、SCB-703、Tat Oyi疫苗、TBC-M4、UBI HIV gp120、Vacc-4x+罗米地辛、变体gp120多肽疫苗、rAd5 gag-pol envA/B/C疫苗、DNA.HTI和MVA.HTI、VRC-HIVDNA016-00-VP+VRC-HIVADV014-00-VP、INO-6145、JNJ-9220、gp145 C.6980；基于eOD-GT8 60mer的疫苗、PD-201401、env(A，B，C，A/E)/gag(C)DNA疫苗、gp120(A,B,C,A/E)蛋白疫苗、PDPHV-201401、Ad4-EnvCN54、EnvSeq-1 Envs HIV-1疫苗(GLA-SE佐剂)、HIV p24gag初代-增强质粒DNA疫苗、HIV-1iglb12中和VRC-01抗体-刺激抗CD4疫苗、基于沙粒病毒载体的疫苗(Vaxwave，TheraT)、MVA-BN HIV-1疫苗方案、UBIHIV gp120、基于mRNA的预防性疫苗、VPI-211、TBL-1203HI、CH505 TF chTrimer、CD40.HIVRI.Env疫苗、Drep-HIV-PT-1、mRNA-1644和mRNA-1574。
节育药(避孕药)组合疗法
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与节育药或避孕药方案组合或共同施用。用于控制出生的治疗剂(避孕药)包括醋酸环丙孕酮、去氧孕烯、地诺孕素、屈螺酮、戊酸雌二醇、乙炔雌二醇、炔诺醇、依托孕烯、左旋甲基四氢叶酸、左炔诺孕酮、利奈孕酮、醋酸甲羟孕酮、炔雌醇甲醚、米非司酮、米索前列醇、醋酸诺美孕酮、去甲孕酮、异炔诺酮、诺孕酯、奥美昔芬、segestersone acetate、醋酸乌利司他以及它们的任何组合。
基因疗法和细胞疗法
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与基因或细胞疗法方案组合或共同施用。基因疗法和细胞疗法包括但不限于使基因沉默的基因修饰；直接杀伤感染细胞的基因方法；免疫细胞的输注，所述免疫细胞被设计成替换大部分患者自身的免疫系统以增强对被感染细胞的免疫应答，或激活患者自身的免疫系统以杀死被感染细胞，或找到并杀死被感染细胞；修饰细胞活性的基因方法，以进一步改变针对感染的内源性免疫应答。细胞疗法的示例包括LB-1903、ENOB-HV-01、ENOB-HV-21、ENOB-HV-31、GOVX-B01、过表达ALDH1的HSPC(LV-800，HIV感染)、AGT103-T和基于SupT1细胞的疗法。树突状细胞疗法的示例包括AGS-004。CCR5基因编辑剂包括SB-728T。CCR5基因抑制剂包括Cal-1和慢病毒载体CCR5 shRNA/TRIM5α/TAR诱饵转导的自体CD34阳性造血祖细胞(HIV感染/HIV相关淋巴瘤)。在一些实施方案中，将表达C34-CCR5/C34-CXCR4的CD4阳性T细胞与一种或多种多特异性抗原结合分子共同施用。在一些实施方案中，将本文所述的药剂与AGT-103转导的自体T细胞疗法或AAV-eCD4-Ig基因疗法共同施用。
基因编辑物
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与基因编辑物(例如HIV靶向基因编辑物)组合或共同施用。在各种实施方案中，基因组编辑系统可以选自由以下项组成的组：CRISPR/Cas9复合物、锌指核酸酶复合物、TALEN复合物、归巢内切核酸酶复合物和大范围核酸酶复合物。例示性HIV靶向CRISPR/Cas9系统包括但不限于EBT-101。
CAR-T细胞疗法
在一些实施方案中，可将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与经工程化以表达嵌合抗原受体(CAR)的免疫效应细胞群共同施用，其中该CAR包含HIV抗原结合结构域。HIV抗原包括HIV包膜蛋白或其部分、gp120或其部分、gp120上的CD4结合位点、gp120上的CD4-诱导的结合位点、gp120上的N聚糖、gp120的V2、gp41上的膜近侧区域。免疫效应细胞是T细胞或NK细胞。在一些实施方案中，T细胞是CD4+T细胞、CD8+T细胞或它们的组合。细胞可以是自体的或同种异体的。HIV CAR-T的示例包括可转换CAR-T、VC-CAR-T、CMV-N6-CART、抗CD4CART细胞疗法、CD4 CAR+C34-CXCR4+CCR5 ZFN T细胞、双重抗CD4CART-T细胞疗法(CD4 CAR+C34-CXCR4 T细胞)、抗CD4 MicAbody抗体+抗MicAbody CAR T细胞疗法(iNKG2D CAR，HIV感染)、GP-120CAR-T疗法、经基因工程化以表达CD4 CAR和C46肽的自体造血干细胞。
TCR-T细胞疗法
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与TCR-T细胞群组合或共同施用。TCR-T细胞被工程化以靶向病毒感染细胞表面上存在的HIV来源的肽，例如ImmTAV。
B细胞疗法
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与经基因修饰以表达广泛中和抗体的B细胞群组合或共同施用，这些广泛中和抗体诸如3BNC117(Hartweger等人，J.Exp.Med.(2019)1301；Moffett等人，Sci.Immunol.4,eaax0644(2019)，2019年5月17日)。
例示性组合疗法
在一些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与选自以下项中的一种、两种、三种、四种或更多种附加治疗剂组合或共同施用：
(依法韦仑、富马酸替诺福韦二吡呋酯和恩曲他滨)；/>
(/>
利匹韦林、富马酸替诺福韦二吡呋酯和恩曲他滨)；/>
(埃替拉韦、可比司他、富马酸替诺福韦二吡呋酯和恩曲他滨)；/>
(富马酸替诺福韦二吡呋酯和恩曲他滨；TDF+FTC)；
(替诺福韦艾拉酚胺和恩曲他滨)；/>
(替诺福韦艾拉酚胺、恩曲他滨和利匹韦林)；/>
(替诺福韦艾拉酚胺、恩曲他滨、可比司他和埃替拉韦)；
(比卡格韦+恩曲他滨+替诺福韦艾拉酚胺)，阿德福韦；阿德福韦双特戊酯；可比司他；恩曲他滨；替诺福韦；替诺福韦艾拉酚胺和埃替拉韦；替诺福韦艾拉酚胺+埃替拉韦(直肠制剂，HIV感染)；替诺福韦二吡呋酯；富马酸替诺福韦二吡呋酯；替诺福韦艾拉酚胺；半富马酸替诺福韦艾拉酚胺；/>
(度鲁特韦、阿巴卡韦和拉米夫定)；度鲁特韦、硫酸阿巴卡韦和拉米夫定；雷特格韦；聚乙二醇化的雷特格韦；雷特格韦和拉米夫定；马拉韦罗；替诺福韦+恩曲他滨+马拉韦罗、恩夫韦肽；/>
(/>
洛匹那韦和利托那韦)；/>
(齐多夫定和拉米夫定；AZT+3TC)；/>
(
硫酸阿巴卡韦和拉米夫定；ABC+3TC)；/>
(硫酸阿巴卡韦、齐多夫定和拉米夫定；ABC+AZT+3TC)；利匹韦林；盐酸利匹韦林；硫酸阿扎那韦和可比司他；阿扎那韦和可比司他；地瑞拉韦和可比司他；阿扎那韦；硫酸阿扎那韦；度鲁特韦；埃替拉韦；利托那韦；硫酸阿扎那韦和利托那韦；地瑞拉韦；拉米夫定；普拉汀；福沙那韦；福沙那韦钙依法韦仑；依曲韦林；奈非那韦；甲磺酸奈非那韦；干扰素；地达诺新；司他夫定；茚地那韦；硫酸茚地那韦；替诺福韦和拉米夫定；齐多夫定；奈韦拉平；沙喹那韦；甲磺酸沙喹那韦；阿地白介素；扎西他滨；替拉那韦；安普那韦；地拉夫定；甲磺酸地拉夫定；Radha-108(受体醇)；拉米夫定和富马酸替诺福韦二吡呋酯；依法韦仑、拉米夫定和富马酸替诺福韦二吡呋酯；叠氮膦；拉米夫定、奈韦拉平和齐多夫定；阿巴卡韦；和硫酸阿巴卡韦。
在一些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与HIV逆转录酶的核苷或核苷酸抑制剂和HIV逆转录酶的非核苷抑制剂组合或共同施用。在另一个具体实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子或其药物组合物与HIV逆转录酶的核苷或核苷酸抑制剂和HIV蛋白酶抑制化合物组合或共同施用。在另外的实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子或其药物组合物与HIV逆转录酶的核苷或核苷酸抑制剂、HIV逆转录酶的非核苷抑制剂和药代动力学增强剂组合或共同施用。在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与至少一种HIV逆转录酶的核苷抑制剂、整合酶抑制剂和药代动力学增强剂组合或共同施用。在另一个实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子或其药物组合物与两种HIV逆转录酶的核苷或核苷酸抑制剂组合或共同施用。
在一些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与硫酸阿巴卡韦、替诺福韦、替诺福韦二吡呋酯、富马酸替诺福韦二吡呋酯、半富马酸替诺福韦二吡呋酯、替诺福韦艾拉酚胺或半富马酸替诺福韦艾拉酚胺组合或共同施用。
在一些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与替诺福韦、替诺福韦二吡呋酯、富马酸替诺福韦二吡呋酯、替诺福韦艾拉酚胺或半富马酸替诺福韦艾拉酚胺组合或共同施用。
在一些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与第一附加治疗剂和第二附加治疗剂组合或共同施用，该第一附加治疗剂选自由硫酸阿巴卡韦、替诺福韦、替诺福韦二吡呋酯、富马酸替诺福韦二吡呋酯、替诺福韦艾拉酚胺和半富马酸替诺福韦艾拉酚胺组成的组，该第二附加治疗剂选自由恩曲他滨和拉米夫定组成的组。
在一些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与第一附加治疗剂和第二附加治疗剂组合或共同施用，该第一附加治疗剂选自由替诺福韦、替诺福韦二吡呋酯、富马酸替诺福韦二吡呋酯、替诺福韦艾拉酚胺和半富马酸替诺福韦艾拉酚胺组成的组，其中该第二附加治疗剂为恩曲他滨。
在一些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与第一附加治疗剂和第二附加治疗剂组合或共同施用，该第一附加治疗剂选自由度鲁特韦、卡博特韦、伊斯拉曲韦、地瑞拉韦、比卡格韦、依斯沙韦林、利匹韦林和来那卡帕韦组成的组，该第二附加治疗剂选自由恩曲他滨和拉米夫定组成的组。
在一些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与选自以下的第一附加治疗剂(避孕剂)组合或共同施用：醋酸环丙孕酮、去氧孕烯、地诺孕素、屈螺酮、戊酸雌二醇、乙炔雌二醇、炔诺醇、依托孕烯、左旋甲基四氢叶酸、左炔诺孕酮、利奈孕酮、醋酸甲羟孕酮、炔雌醇甲醚、米非司酮、米索前列醇、醋酸诺美孕酮、去甲孕酮、异炔诺酮、诺孕酯、奥美昔芬、醋酸西格索尼、醋酸乌利司他以及它们的任何组合。
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子以治疗有效剂量与一种或多种附加治疗剂组合或共同施用，该治疗有效剂量的量在以下范围内：例如每次施用的范围为0.05mg至1000mg，例如每次施用0.05mg至150mg，例如每次施用0.05mg至0.35mg，例如每次施用25mg至50mg，例如每次施用30mg至35mg，例如每次施用10mg至1000mg，例如每次施用50mg至1000mg，例如每次施用100mg至700mg，例如每次施用至少0.05mg至最多0.1mg、0.2mg、0.3mg、0.35mg、0.4mg、0.5mg、0.6mg、0.7mg、0.8mg、1.0mg、5mg、10mg、25mg、30mg、35mg、40mg、45mg、50mg、60mg、70mg、80mg、90mg、100mg、200mg、300mg、400mg、500mg、600mg、700mg、800mg、900mg或1000mg的多特异性抗原结合分子。在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与一种或多种附加治疗剂组合或共同施用，该多特异性抗原结合分子以治疗有效剂量的量施用，例如以每次施用1μg/kg至5μg/kg，例如350μg/kg至550μg/kg，例如0.3mg/kg至30mg/kg，例如2mg/kg至10mg/kg，例如1μg/kg至最多2μg/kg、3μg/kg、4μg/kg、5μg/kg、10μg/kg、50μg/kg、100μg/kg、250μg/kg、300μg/kg、350μg/kg、400μg/kg、410μg/kg、420μg/kg、430μg/kg、440μg/kg、450μg/kg、460μg/kg、470μg/kg、480μg/kg、490μg/kg、500μg/kg、750μg/kg、1mg/kg、1.5mg/kg、2mg/kg、2.5mg/kg、3mg/kg、3.5mg/kg、4mg/kg、4.5mg/kg、5mg/kg、6mg/kg、7mg/kg、8mg/kg、9mg/kg、10mg/kg、15mg/kg、20mg/kg、25mg/kg、30mg/kg、35mg/kg、40mg/kg、45mg/kg或50mg/kg体重的范围内的剂量施用。
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与5mg至30mg富马酸替诺福韦艾拉酚胺、半富马酸替诺福韦艾拉酚胺或替诺福韦艾拉酚胺和200mg恩曲他滨组合或共同施用。在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与5mg至10mg、5mg至15mg、5mg至20mg、5mg至25mg、25mg至30mg、20mg至30mg、15mg至30mg或10mg至30mg富马酸替诺福韦艾拉酚胺、半富马酸替诺福韦艾拉酚胺或替诺福韦艾拉酚胺和200mg恩曲他滨组合或共同施用。在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与10mg富马酸替诺福韦艾拉酚胺、半富马酸替诺福韦艾拉酚胺或替诺福韦艾拉酚胺和200mg恩曲他滨组合或共同施用。在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与25mg富马酸替诺福韦艾拉酚胺、半富马酸替诺福韦艾拉酚胺或替诺福韦艾拉酚胺和200mg恩曲他滨组合或共同施用。在一些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子以任何剂量的一种或多种多特异性抗原结合分子(例如，1mg至500mg的一种或多种多特异性抗原结合分子，如本文所述)与本文提供的药剂组合或共同施用，如同剂量的每种组合被具体地且单独地列出那样。
在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与200mg至400mg富马酸替诺福韦二吡呋酯、半富马酸替诺福韦二吡呋酯或替诺福韦二吡呋酯和200mg恩曲他滨组合或共同施用。在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与200mg至250mg、200mg至300mg、200mg至350mg、250mg至350mg、250mg至400mg、350mg至400mg、300mg至400或250mg至400mg富马酸替诺福韦二吡呋酯、半富马酸替诺福韦二吡呋酯或替诺福韦二吡呋酯和200mg恩曲他滨组合或共同施用。在某些实施方案中，将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与300mg富马酸替诺福韦二吡呋酯、半富马酸替诺福韦二吡呋酯或替诺福韦二吡呋酯和200mg恩曲他滨组合或共同施用。该一种或多种多特异性抗原结合分子可以任何剂量(例如，1mg至500mg的该一种或多种多特异性抗原结合分子)与本文提供的药剂组合，如同剂量的每种组合被具体地且单独地列出那样。
11.药物组合物
还提供了药物组合物，这些药物组合物包含一种或多种(例如，一种、两种或三种)如本文所述的多特异性抗原结合分子，或编码一种或多种如本文所述的多特异性抗原结合分子的一种或多种多核苷酸，以及药学上可接受的稀释剂、载体或赋形剂。在某些实施方案中，药物组合物包含治疗有效量的一个或多个单位剂量的一种或多种多特异性抗原结合分子，或编码一种或多种多特异性抗原结合分子的一种或多种多核苷酸。
根据本公开，各种药学上可接受的稀释剂、载剂和赋形剂以及用于制备和使用药物组合物的技术将是本领域技术人员已知的。例示性药物组合物和药学上可接受的稀释剂、载体和赋形剂还例如在以下文献中描述：“Remington:The Science and Practice ofPharmacy”，第20版(Lippincott,Williams&Wilkins 2003)；Loyd V.Allen Jr(编辑)，“Remington:The Science and Practice of Pharmacy”，第22版，2012,PharmaceuticalPress；Brunton,Knollman and Hilal-Dandan,“Goodman and Gilman's ThePharmacological Basis of Therapeutics,”第13版，2017,McGraw-Hill Education/Medical；McNally and Hastedt(编辑)，“Protein Formulation and Delivery,”第2版，2007,CRC Press；Banga,“Therapeutic Peptides and Proteins:Formulation,Processing,and Delivery Systems,”第3版，2015,CRC Press；Lars Hovgaard,Frokjaerand van de Weert(编辑)，“Pharmaceutical Formulation Development of Peptidesand Proteins,”第2版，2012,CRC Press；Carpenter and Manning(编辑)，“RationalDesign of Stable Protein Formulations:Theory and Practice,”2002,Springer(Pharmaceutical Biotechnology(Book 13))；Meyer(编辑)，“Therapeutic Protein DrugProducts:Practical Approaches to Formulation in the Laboratory,Manufacturing,and the Clinic,”2012,Woodhead Publishing；以及Shire，“Monoclonal Antibodies:Meeting the Challenges in Manufacturing,Formulation,Delivery and Stability ofFinal Drug Product,2015,Woodhead Publishing。
在一些实施方案中，每种载剂、稀释剂或赋形剂在与药物组合物的其他成分相容并且对受试者没有伤害的意义上是“可接受的”。通常，药学上可接受的载剂是水性pH缓冲液。可以用作药学上可接受的载剂、稀释剂或赋形剂的材料的一些示例包括：水；缓冲液，例如磷酸盐缓冲盐水；糖，诸如乳糖、海藻糖、葡萄糖和蔗糖；淀粉，诸如玉米淀粉和马铃薯淀粉；纤维素及其衍生物，诸如羧甲基纤维素钠、乙基纤维素和醋酸纤维素；粉末状黄蓍胶；麦芽；明胶；滑石；赋形剂，诸如可可油和栓剂蜡；油，诸如花生油、棉籽油、红花油、芝麻油、橄榄油、玉米油和大豆油；二醇，诸如丙二醇；多元醇，诸如甘油、山梨糖醇、甘露糖醇和聚乙二醇；酯，诸如油酸乙酯和月桂酸乙酯；琼脂；缓冲剂，诸如氢氧化镁和氢氧化铝；藻酸；无热原水；等渗盐水；林格氏溶液；乙醇；磷酸盐缓冲溶液；2-氨基-2-(羟甲基)丙烷-1,3-二醇(即，三(羟甲基)氨基甲烷；Tris)缓冲液、氨基酸(例如，带电氨基酸，包括但不限于天冬氨酸、天冬酰胺、谷氨酸、谷氨酰胺、组氨酸、赖氨酸、精氨酸)；以及药物制剂中所采用的其他无毒相容物质。润湿剂、乳化剂和润滑剂(诸如月桂基硫酸钠、硬脂酸镁和聚山梨酯，例如聚山梨酯20、聚山梨酯40、聚山梨酯60、聚山梨酯80)以及着色剂、释放剂、涂层剂、甜味剂、调味剂和芳香剂、防腐剂和抗氧化剂也可以存在于组合物中。在一个实施方案中，药物组合物包含生理学上可接受的缓冲剂(pH为5.5至8.5，例如pH为5.5至6.5)、蔗糖和聚山梨酯80。在一个实施方案中，药物组合物包含组氨酸、蔗糖和聚山梨酯80。在一个实施方案中，药物组合物包含磷酸钠、蔗糖和聚山梨酯80。在一个实施方案中，药物组合物包含Tris缓冲液、蔗糖和聚山梨酯80。在某些实施方案中，药物组合物是无菌的。在某些实施方案中，药物组合物具有4.5至8.5、5.5至7.4、4.5至6.5、6.4至7.0、6.5至8.5、7.2至7.8范围内的pH，或者为5.0、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6.0、6.5、7.0、7.5、8.0或8.5的pH。在一个实施方案中，药物组合物具有240mOsmol/L至260mOsmol/L或250mOsmol/L至330mOsmol/L范围内的同渗容摩。在某些实施方案中，药物组合物是等渗或接近等渗的。
药物组合物的制剂和递送方法通常将根据待治疗的部位和疾病进行调整。示例性制剂包括但不限于适合肠胃外施用(例如，静脉内、动脉内、肌内或皮下施用)的那些，包括包封在胶束、脂质体或药物释放胶囊中的制剂(掺在被设计用于缓慢释放的生物相容性涂层内的活性剂)；可摄取制剂；用于局部使用的制剂，诸如乳膏、软膏和凝胶；以及其他制剂，诸如吸入剂、气雾剂和喷雾剂。
在一些实施方案中，药物组合物被配制用于肠胃外(例如，静脉内、皮下或肌内注射)施用。在特定实施方案中，对于肠胃外施用，将抗体或其抗原结合片段与药学上可接受的肠胃外媒介物一起配制成单位剂量可注射形式(溶液、悬浮液、乳液)。此类载体的示例包括水、盐水、林格氏溶液、葡萄糖溶液和5％人血清白蛋白。还可使用非水性媒介物，诸如固定油和油酸乙酯。脂质体可用作载体。媒介物可含有微量添加剂，诸如增强等渗性和化学稳定性的物质，例如缓冲液和防腐剂。在某些实施方案中，将多特异性抗原结合分子以0.10mg/ml至150mg/ml，例如0.11mg/ml至100mg/ml，例如1mg/ml至100mg/ml，例如5mg/ml至60mg/ml，例如20mg/ml至150mg/ml，例如10mg/ml至50mg/ml，例如5mg/ml、10mg/ml、15mg/ml、20mg/ml、25mg/ml、30mg/ml、35mg/ml、40mg/ml、45mg/ml、50mg/ml、60mg/ml、70mg/ml、80mg/ml、90mg/ml、100mg/ml、125mg/ml或150mg/ml的浓度配制在此类媒介物中。
在一些实施方案中，药物组合物包含多特异性抗原结合分子和任选的IL-15受体激动剂，该多特异性抗原结合分子具有第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域，该第一抗原结合结构域与CD3结合，该第二抗原结合结构域与CD4结合位点(CD4bs)中gp120的表位或区域结合并且包含CD4的一个或多个胞外(EC)结构域。在一些实施方案中，CD4的一个或多个EC结构域包含如SEQ ID NO:746-749中所示的序列，或与SEQ ID NO:746-749(例如SEQ ID NO:746)的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含与SEQ ID NO:746的序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含与SEQ ID NO:746的序列具有至少95％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含与SEQ ID NO:746的序列具有至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含SEQ IDNO:746的序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、11、8、4、9和10，或SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ IDNO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％(例如至少99％)同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ IDNO:17、18、23、20、24和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4EC结构域具有至少95％(例如至少99％)同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQID NO:746的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、42、40、37、41和25，或SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如SEQ ID NO:746)的CD4EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％(例如至少99％)同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:49和55；SEQ ID NO:50和55；SEQ ID NO:50和56；SEQ ID NO:51和55；或SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ IDNO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，该第一VL包含与SEQ IDNO:56的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ IDNO:51的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列，该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列，该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列，该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列，该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ IDNO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。
在一些实施方案中，药物组合物包含第一抗原结合分子和第二抗原结合分子。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03，并且第二抗原结合分子或抗体或其片段与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：3BNC117、GS-9723、GS-5423、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT121.414、10-1074、10-1074-J和PGT-134，并且第二抗原结合分子或抗体或其抗原结合片段与来自以下的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：3BNC117、GS-9723、VRC07或VRC07-523。
在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：3BNC117、GS-9723、GS-5423、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25，并且第二抗原结合分子或抗体或其片段与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：3BNC117、GS-9723、VRC07或VRC07-523，并且第二抗原结合分子或抗体或其抗原结合片段与来自以下的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT121.414、10-1074、10-1074-J和PGT-134。
在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT121.414、10-1074、10-1074-J和PGT-134，并且第二抗原结合分子包含CD4的可溶性胞外区(例如，结构域1(D1)、D1-D2、D1-D3、D1-D4)。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子包含CD4的可溶性胞外区(例如，结构域1(D1)、D1-D2、D1-D3、D1-D4)，并且第二抗原结合分子或抗体或其片段与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子包含CD4的可溶性胞外区(例如，结构域1(D1)、D1-D2、D1-D3、D1-D4)，并且第二抗原结合分子或抗体或其抗原结合片段与来自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT121.414、10-1074、10-1074-J和PGT-134。
在一些实施方案中，药物组合物包含第一抗原结合分子、第二抗原结合分子和第三抗原结合分子。在一些实施方案中，药物组合物包含第一多特异性抗原结合分子以及第二多特异性抗原结合分子和第三多特异性抗原结合分子或抗体或其片段。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子包含CD4的可溶性胞外区(例如，结构域1(D1)、D1-D2、D1-D3、D1-D4)；第二抗原结合分子或抗体或其片段与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03；并且第三多特异性抗原结合分子或抗体或其片段与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：3BNC117、GS-9723、GS-5423、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子包含CD4的可溶性胞外区(例如，结构域1(D1)、D1-D2、D1-D3、D1-D4)；第二抗原结合分子或抗体或其片段与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT121.414、10-1074、10-1074-J和PGT-134；并且第三多特异性抗原结合分子或抗体或其抗原结合片段与来自以下的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：3BNC117、GS-9723、VRC07或VRC07-523。
12.试剂盒
还提供了试剂盒，其包括一种或多种本文所述的多特异性抗原结合分子，包括多核苷酸、药物组合物及其缀合物。
在一些实施方案中，试剂盒包括多特异性抗原结合分子和任选的IL-15受体激动剂，该多特异性抗原结合分子具有第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域，该第一抗原结合结构域与CD3结合，该第二抗原结合结构域与CD4结合位点(CD4bs)中gp120的表位或区域结合并且包含CD4的一个或多个胞外(EC)结构域。在一些实施方案中，CD4的一个或多个EC结构域包含如SEQ ID NO:746-749中所示的序列，或与SEQ ID NO:746-749(例如SEQID NO:746)的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含与SEQ ID NO:746的序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含与SEQ ID NO:746的序列具有至少95％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含与SEQ ID NO:746的序列具有至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，CD4的EC结构域包含SEQ ID NO:746的序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、11、8、4、9和10，或SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ IDNO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQID NO:1、12、8、4、9和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％(例如至少99％)同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％(例如至少99％)同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ IDNO:746的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、42、40、37、41和25，或SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如SEQ ID NO:746)的CD4EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％(例如至少99％)同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:49和55；SEQ ID NO:50和55；SEQ ID NO:50和56；SEQ ID NO:51和55；或SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，该一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749(例如SEQ ID NO:746)的CD4 EC结构域或与该结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ IDNO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，该第一VL包含与SEQ IDNO:56的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列，该第一VL包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ IDNO:51的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列，该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列，该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列，该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列，该第一VL包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ IDNO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。在一些实施方案中，第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，该第一VH和该第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，该一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。
在一些实施方案中，试剂盒包括一个或多个容器(例如，小瓶、安瓿)，该一个或多个容器包含本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子、编码此类多特异性抗原结合分子的多核苷酸、LNP或含有此类多特异性抗原结合分子的药物组合物。
在一个实施方案中，试剂盒包括将本文所述的一种或多种多特异性抗原结合分子与一种或多种(例如，一种、两种、三种、一种或两种，或一种至三种)附加治疗剂组合。在一些实施方案中，试剂盒包括在一个或多个容器中的一个或多个单位剂量的一种或多种多特异性抗原结合分子或者一种或多种多核苷酸。在一些实施方案中，试剂盒包括在单独容器中的一个或多个单位剂量的一种或多种多特异性抗原结合分子和用于治疗HIV感染的第二药剂。
在一些实施方案中，试剂盒还包括一个或多个单位剂量的toll样受体(TLR)激动剂。在一些实施方案中，TLR激动剂是TLR7激动剂或TLR8激动剂。在一些实施方案中，TLR7激动剂选自维沙莫德、咪喹莫特和瑞喹莫特。在一些实施方案中，试剂盒包括第一多特异性抗原结合分子和第二抗原结合分子或抗体或其抗原结合片段，其中第一多特异性抗原结合分子和第二抗原结合分子或抗体或其抗原结合片段与选自以下的gp120的不同第一和第二表位或区域结合：(i)包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)；(ii)第二可变环(V2)(例如，Env三聚体顶点)；(iii)CD4结合位点(CD4bs)；(iv)gp120/gp41交界面；或者(v)gp120的沉默面。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)结合，并且第二抗原结合分子与CD4结合位点(CD4bs)结合。
在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03，并且第二抗原结合分子或抗体或其片段与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：3BNC117、GS-9723、GS-5423、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT121.414、10-1074、10-1074-J和PGT-134，并且第二抗原结合分子或抗体或其抗原结合片段与来自以下的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：3BNC117、GS-9723、VRC07或VRC07-523。
在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：3BNC117、GS-9723、GS-5423、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25，并且第二抗原结合分子或抗体或其片段与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：3BNC117、GS-9723、VRC07或VRC07-523，并且第二抗原结合分子或抗体或其抗原结合片段与来自以下的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT121.414、10-1074、10-1074-J和PGT-134。
在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT121.414、10-1074、10-1074-J和PGT-134，并且第二抗原结合分子包含CD4的可溶性胞外区(例如，结构域1(D1)、D1-D2、D1-D3、D1-D4)。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子包含CD4的可溶性胞外区(例如，结构域1(D1)、D1-D2、D1-D3、D1-D4)，并且第二抗原结合分子或抗体或其片段与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子包含CD4的可溶性胞外区(例如，结构域1(D1)、D1-D2、D1-D3、D1-D4)，并且第二抗原结合分子或抗体或其抗原结合片段与来自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT121.414、10-1074、10-1074-J和PGT-134。
在一些实施方案中，试剂盒包括第一多特异性抗原结合分子以及第二多特异性抗原结合分子和第三多特异性抗原结合分子或抗体或其片段。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子包含CD4的可溶性胞外区(例如，结构域1(D1)、D1-D2、D1-D3、D1-D4)；第二抗原结合分子或抗体或其片段与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03；并且第三多特异性抗原结合分子或抗体或其片段与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：3BNC117、GS-9723、GS-5423、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。在一些实施方案中，第一多特异性抗原结合分子包含CD4的可溶性胞外区(例如，结构域1(D1)、D1-D2、D1-D3、D1-D4)；第二抗原结合分子或抗体或其片段与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT121.414、10-1074、10-1074-J和PGT-134；并且第三多特异性抗原结合分子或抗体或其抗原结合片段与来自以下的VH区域和VL区域竞争或包含这些区域：3BNC117、GS-9723、VRC07或VRC07-523。
在一些实施方案中，试剂盒包括两个或更多个单位剂量的一种或多种多特异性抗原结合分子和任选地一种或多种抗HIV bNAb，其中单位剂量相同。在一些实施方案中，试剂盒包括两个或更多个单位剂量的一种或多种多特异性抗原结合分子和任选地一种或多种抗HIV bNAb，其中单位剂量不同。
在一个实施方案中，试剂盒的一种或多种附加治疗剂是抗HIV剂，选自HIV蛋白酶抑制剂、HIV逆转录酶的非核苷或非核苷酸抑制剂、HIV逆转录酶的核苷或核苷酸抑制剂、HIV整合酶抑制剂、HIV非催化位点(或变构)整合酶抑制剂、HIV进入抑制剂、HIV成熟抑制剂、免疫调节剂、免疫治疗剂、抗体-药物缀合物、基因修饰剂、基因编辑物(诸如CRISPR/Cas9、锌指核酸酶、归巢核酸酶、合成核酸酶、TALEN)、细胞疗法(诸如嵌合抗原受体T细胞CAR-T和工程化T细胞受体、TCR-T、自体T细胞疗法)、靶向HIV衣壳的化合物、潜伏期逆转剂、HIV bNAb、基于免疫的疗法、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)抑制剂、HIV抗体、广泛中和HIV抗体、双特异性抗体和“抗体样”治疗蛋白、HIV p17基质蛋白抑制剂、IL-13拮抗剂、肽基脯氨酰顺反异构酶A调节剂、蛋白质二硫键异构酶抑制剂、补体C5a受体拮抗剂、DNA甲基转移酶抑制剂、HIV vif基因调节剂、Vif二聚化拮抗剂、HIV病毒感染因子抑制剂、TAT蛋白抑制剂、HIVNef调节剂、Hck酪氨酸激酶调节剂、混合谱系激酶-3(MLK-3)抑制剂、HIV剪接抑制剂、Rev蛋白抑制剂、整合素拮抗剂、核蛋白抑制剂、剪接因子调节剂、含COMM结构域蛋白1调节剂、HIV核糖核酸酶H抑制剂、防御素调节剂、CDK-9抑制剂、树突状ICAM-3抓取非整联蛋白1抑制剂、HIV GAG蛋白抑制剂、HIV POL蛋白抑制剂、补体因子H调节剂、泛素连接酶抑制剂、脱氧胞苷激酶抑制剂、细胞周期素依赖性激酶抑制剂、前蛋白转化酶PC9刺激剂、ATP依赖性RNA解旋酶DDX3X抑制剂、逆转录酶引发复合物抑制剂、G6PD和NADH氧化酶抑制剂、药代动力学增强剂、HIV基因疗法、HIV疫苗以及它们的组合。
在一些实施方案中，试剂盒的一种或多种附加治疗剂选自用于HIV的组合药物、用于治疗HIV的其他药物、HIV蛋白酶抑制剂、HIV逆转录酶抑制剂、HIV整合酶抑制剂、HIV非催化位点(或变构)整合酶抑制剂、HIV进入(融合)抑制剂、HIV成熟抑制剂、潜伏期逆转剂、衣壳抑制剂、基于免疫的疗法、PI3K抑制剂、HIV抗体和双特异性抗体和“抗体样”治疗蛋白以及它们的组合。
在一个具体实施方案中，试剂盒包括多特异性抗原结合分子、编码该多特异性抗原结合分子的多核苷酸或包含该多特异性抗原结合分子的药物组合物，以及HIV逆转录酶的核苷或核苷酸抑制剂。在一个具体实施方案中，试剂盒包括多特异性抗原结合分子、编码该多特异性抗原结合分子的多核苷酸或包含该多特异性抗原结合分子的药物组合物，以及HIV逆转录酶的核苷或核苷酸抑制剂和HIV逆转录酶的非核苷抑制剂。在另一个具体实施方案中，试剂盒包括多特异性抗原结合分子、编码该多特异性抗原结合分子的多核苷酸或包含该多特异性抗原结合分子的药物组合物，以及HIV逆转录酶的核苷或核苷酸抑制剂和HIV蛋白酶抑制化合物。在另外的实施方案中，试剂盒包括多特异性抗原结合分子、编码该多特异性抗原结合分子的多核苷酸或包含该多特异性抗原结合分子的药物组合物，以及HIV逆转录酶的核苷或核苷酸抑制剂、HIV逆转录酶的非核苷抑制剂和药代动力学增强剂。在某些实施方案中，试剂盒包括多特异性抗原结合分子、编码该多特异性抗原结合分子的多核苷酸或包含该多特异性抗原结合分子的药物组合物，以及至少一种HIV逆转录酶的核苷抑制剂、整合酶抑制剂和药代动力学增强剂。在另一个实施方案中，试剂盒包括多特异性抗原结合分子、编码该多特异性抗原结合分子的多核苷酸或包含该多特异性抗原结合分子的药物组合物，以及两种HIV逆转录酶的核苷或核苷酸抑制剂。在一个具体实施方案中，试剂盒包括多特异性抗原结合分子、编码该多特异性抗原结合分子的多核苷酸或包含该多特异性抗原结合分子的药物组合物，以及HIV逆转录酶的核苷或核苷酸抑制剂和HIV衣壳抑制剂。在一个具体实施方案中，试剂盒包括多特异性抗原结合分子、编码该多特异性抗原结合分子的多核苷酸或包含该多特异性抗原结合分子的药物组合物，以及HIV逆转录酶的核苷抑制剂和HIV衣壳抑制剂。在一个具体实施方案中，试剂盒包括多特异性抗原结合分子、编码该多特异性抗原结合分子的多核苷酸或包含该多特异性抗原结合分子的药物组合物，以及HIV衣壳抑制剂。在一个具体实施方案中，试剂盒包括多特异性抗原结合分子、编码该多特异性抗原结合分子的多核苷酸或包含该多特异性抗原结合分子的药物组合物，以及一种、两种、三种或四种HIV bNAb。在一个具体实施方案中，试剂盒包括多特异性抗原结合分子、编码该多特异性抗原结合分子的多核苷酸或包含该多特异性抗原结合分子的药物组合物，以及一种、两种、三种或四种HIV bNAb和HIV衣壳抑制剂。在一个具体实施方案中，试剂盒包括多特异性抗原结合分子、编码该多特异性抗原结合分子的多核苷酸或包含该多特异性抗原结合分子的药物组合物，以及一种、两种、三种或四种HIV bNAb、HIV衣壳抑制剂和HIV逆转录酶的核苷抑制剂。
在一个实施方案中，试剂盒包括一个或多个药物包装，该一个或多个药物包装包括一个或多个容器(例如，小瓶、安瓿)，该一个或多个容器含有本文所述的药物组合物的一种或多种成分，诸如本文提供的一种或多种多特异性抗体(例如，双特异性抗体)。在一些情况下，试剂盒含有本文所述的药物组合物。在一个实施方案中，提供了试剂盒，这些试剂盒包括本文所公开的多特异性抗原结合分子或其药物组合物与一种或多种(例如，一种、两种、三种、一种或两种，或一种至三种)附加治疗剂(诸如上文所述的那些)的组合。
任选地与此类容器相关联的可以是管理药物或生物产品的制造、使用或销售的政府机构所规定形式的通知，该通知反映了该机构批准用于人施用的制造、使用或销售。
实施例
提供以下实施例以说明而非限制受权利要求书保护的本发明。
实施例1
小鼠SP34可变结构域的人源化
双特异性抗体，其中与人CD3胞外结构域(在下文中称为“CD3双特异性抗体”)相互作用的抗原结合结构域之一可重定向CD3+T细胞以杀死表达第二抗原的靶细胞(例如，博纳吐单抗募集CD3+T细胞以杀死CD19+B细胞)。抗CD3结合结构域可以模块化的方式用于重定向T细胞以攻击表达任何所关注靶抗原(例如，肿瘤抗原或病毒抗原)的细胞。在大多数情况下，抗CD3抗体被选择为与非人灵长类动物(NHP)CD3进行交叉反应，从而促进动物功效和毒性研究。鉴于与CD3结合双特异性抗体相关的潜在毒性，这些动物研究至关重要。然而，文献综述表明目前生成的抗CD3双特异性抗体在临床前研究中面临许多挑战。
FDA在2017年对临床阶段CD3双特异性抗体的试验性新药(IND)应用进行的分析发现，抗药物抗体(ADA)对所分析的所有10种IND都提出了显著的临床前挑战(Saber等人，Regul.Toxicol.Pharmacol.(2017)90:144-152)。这些高临床前ADA率可能导致难以进行和/或解释临床前功效和毒性研究。在由Saber等人分析的示例中的至少一个示例中，其中还可获得临床数据，大约60％的患者产生ADA。尽管该数据远非确定性的，但公认的是，NHP中的高ADA率与人类中的高ADA率不相关(van Meer等人，mAbs(2013)5:810-816)，这些结果表明，在本公开之前，NHP和人类两者中均不存在具有低免疫原性的抗CD3抗体，以便促进用于治疗人类疾病的CD3双特异性抗体的临床前研究和临床研究两者。这在血红素恶性肿瘤(例如，实体瘤、感染性疾病)之外可能是特别重要的，其中靶细胞类型(例如，B细胞)的消除通常可限制宿主免疫应答并减少或消除ADA的负面影响。此外，由于剂量相关的毒性，在观察到ADA的NHP中的免疫活化生物制品的毒理学研究中实施高剂量策略是不可行的，其中高剂量克服了ADA(例如，“克服ADA的给药”)。
鼠SP34(mSP34)抗体结合人CD3，并以相似的亲和力与许多灵长类动物CD3蛋白进行交叉反应(Pessano等人，EMBO J.(1985)4:337-344；Conrad等人，Cytometry A.(2007)71:925-933)。因此，mSP34的人源化变体(huSP34)是临床阶段双特异性抗体中最常用的抗CD3结构域之一。为了更好地理解免疫原性的潜在来源，我们对mSP34以及一组六个临床阶段huSP34变体进行了一级序列分析。从WHO药物信息INN列表(who.int/medicines/publications/druginformation/innlists/en/)获得序列，并编译了CDR H3和CDR L3两者中与mSP34具有≤2个氨基酸错配的所有抗体。使用IMGT结构域-gap-align服务器(imgt.org/3Dstructure-DB/cgi/DomainGapAlign.cgi)将这些抗体的可变重(VH)序列和可变轻(VL)序列连同曲妥珠单抗(抗HER2)的可变重序列和可变轻序列与最接近的人种系进行比较。该分析的结果(表1)表明，当与曲妥珠单抗(82％ID)(即具有低临床ADA率的人源化抗体)相比时，所分析的mSP34和所有临床阶段比较物表现出更低的与人种系的可变(Fv)同一性(≤80％ ID)(Jackisch等人，Annals of Oncology(2015)26:320-325)。
表1—mSP34 Fv和临床阶段huSP34Fv与人种系的相似性
除了一级序列之外，抗体的翻译后修饰，诸如氧化、脱酰胺化和天冬氨酸异构化也涉及生物治疗剂的免疫原性(美国卫生与公众服务部食品和药物管理局、药物评价和研究中心(CDER)、生物制品评价和研究中心(CBER)的FDA工业指南“ImmunogenicityAssessment for Therapeutic Protein Products”，2014年8月，临床/医学；可在fda.gov/media/85017/download获得)。生物治疗剂的一级序列会增加这些修饰的风险，因此，它们通常被称为“序列缺陷”。序列缺陷的修饰还可导致最终纯化产物的结构和功能异质性，这可能使制造和产物稳定性变复杂化(Lu等人，mAbs(2019)11:45-57)。为了更好地理解mSP34和临床阶段huSP34变体是否含有暴露于溶剂的序列缺陷，我们生成了mSP34同源模型并对mSP34和临床阶段比较物Fv结构域中的所有暴露于溶剂的序列缺陷进行了一级序列分析(图1至图2)。结果表明，mSP34和许多huSP34变体含有若干种理论序列缺陷，这可能潜在地导致产物异质性、制造困难和增加的免疫原性风险。
聚集倾向也与生物治疗剂的免疫原性相关(Rosenberg,AAPS J.(2006)8:E501-507；Seidl等人，Pharm Res.(2012)29:1454-1467)。抗体的工程化(包括人源化以及转化成scFv形式)可导致聚集倾向的非预期增加(Glockshuber等人，Biochemistry(1990)29:1362-1367；
和Plückthun.J.Mol.Biol.(2001)305:989-1010)。尚不知道mSP34或其他抗CD3结合结构域的人源化是否能够影响CD3接合双特异性抗体的聚集倾向和/或免疫原性风险。
据报道，抗CD3抗体的亲和力对靶向细胞杀伤效力以及药代动力学(PK)两者具有影响(Ellerman,Methods(2019)154:102-117)。在含有交叉反应性CD3抗原的动物模型中，具有较高亲和力(<10nM)的抗CD3抗体与缩短的抗体半衰期相关，而具有较低亲和力(>10nM)的抗CD3抗体与改善的抗体半衰期相关，类似于在不含交叉反应性CD3抗原的相同动物模型中观察到的抗体半衰期(Leong等人，Blood(2017)129:609-618)。这表明CD3靶介导的药物处置(TMDD)可能在限制高亲和力抗CD3 mAb的PK半衰期中发挥作用。然而，抗体的多特异性或多反应性还可影响抗体的PK半衰期(
等人，mAbs(2012)4:753-760)，并且增加抗体亲和力的突变有时与抗体特异性降低相关(Rabia等人，et al.,Biochem Eng.J.(2018)137:365-374)。尚不清楚是否有可以鉴定出具有高CD3亲和力和带有典型IgG的PK特征的相应高靶向杀伤效力两者的抗CD3抗体。
基于这些挑战和考虑，我们寻求开发具有以下特性的抗CD3抗体可变结构域：(i)对人和非人灵长类动物(NHP)(例如，以促进临床前毒性研究)CD3具有高亲和力，(ii)与人种系具有高序列相似性(例如，以降低或消除人患者中免疫原性和ADA反应的风险)，(iii)在非人灵长类动物中无ADA证据的IgG样PK特性(例如，以促进临床前功效和毒性研究)，(iv)通过去除序列缺陷(例如，脱酰胺化、天冬氨酸异构化)降低产物异质性以改善制造的便利性，(v)高热力学稳定性(以确保产物稳定性)，(vi)低聚集体含量(以降低免疫原性风险)和(vii)低多特异性(以降低免疫原性风险和改善PK特性)。我们还寻求开发此类具有(viii)与蛋白质A亲和色谱树脂低结合或无结合的重链可变区(VH)的抗CD3抗体，以便促进双特异性抗体异源二聚体的纯化。最后，我们寻求开发具有作为scFv或Fab的所有这些特性的抗CD3抗体可变结构域，使得其可被并入含有三条或更少多肽链的多种双特异性抗体形式中，以限制轻链错配或双特异性抗体产物异质性的其他来源(实施例2)。
我们选择鼠SP34抗体作为人源化的起点，因为它结合人CD3并与许多灵长类动物CD3蛋白进行交叉反应(Pessano等人，EMBO J.(1985)4:337-344；Conrad等人，Cytometry A(2007)71:925-933)。
鼠SP34(mSP34)可变重(VH)结构域和可变轻(VL)结构域的序列如下所示。
mSP34 VH
将mSP34 VH序列和VL序列与IMGT数据库(imgt.org)进行比较，以鉴定出用于人源化的合适的目标人种系。鉴定出的最接近的重链可变(V)区段和重链连接(J)区段匹配分别是IGHV3-72和IGHJ6。鉴定出的最接近的轻链可变(V)区段和轻链连接(J)区段匹配分别是IGLV7-46和IGLJ3。接下来，我们使用Discovery Studio 2017r2(Biovia)中的默认同源建模方案来生成mSP34的结构模型，使用双亲和重靶向
双特异性分子作为同源建模的模板(Root等人，Antibodies(Basel)(2016)5(1):6；RCSB蛋白数据库(PDB)ID：5FCS；rcsb.org/structure/5FCS)。我们在Discovery Studio 2017r2中进一步使用默认抗体建模级联方案，以生成目标人种系抗体的结构模型。通过重叠这两个同源模型(图3)，我们鉴定出了来自mSP34的CDR移植点以及框架残基，并将这些CDR移植点和框架残基保留在huSP34中。与上述目标一致，我们还探索了mSP34 CDR残基是否能够突变为人种系残基以便增加与人种系的同一性并进一步降低免疫原性风险，种系共有残基和结构引导的盐桥是否能够用于稳定和/或改善结构或功能特性，并且还使涉及推定序列缺陷的残基突变以评估它们在产物异质性中的作用。
mSP34的最初一轮基于结构的人源化导致了6个VL变体和10个VH变体的设计。在图4A至图4B中显示了这些变体的序列与mSP34和人种系靶VH序列和VL序列的比对。所有60种可能的huSP34组合的人种系同一性示于表2中。HC1至HC10的可变区序列的氨基酸序列提供于表3中。LC1至LC6的可变区序列的氨基酸序列提供于表4中。
表2
第一轮huSP34Fv变体与人种系的同一性百分比
| HC1 | HC2 | HC3 | HC4 | HC5 | HC6 | HC7 | HC8 | HC9 | HC10 | |
| LC1 | 80 | 80 | 79.6 | 80 | 79.1 | 78.7 | 81.3 | 81.3 | 81.7 | 81.7 |
| LC2 | 82.1 | 82.1 | 81.7 | 82.1 | 81.3 | 80.9 | 83.4 | 83.4 | 83.8 | 83.8 |
| LC3 | 82.1 | 82.1 | 81.7 | 82.1 | 81.3 | 80.9 | 83.4 | 83.4 | 83.8 | 83.8 |
| LC4 | 82.6 | 82.6 | 82.1 | 82.6 | 81.7 | 81.3 | 83.8 | 83.8 | 84.3 | 84.3 |
| LC5 | 83.8 | 83.8 | 83.4 | 83.8 | 83 | 82.6 | 85.1 | 85.1 | 85.5 | 85.5 |
| LC6 | 81.7 | 81.7 | 81.3 | 81.7 | 80.9 | 80.4 | 83 | 83 | 83.4 | 83.4 |
表3
HC1至HC10的可变区序列的氨基酸序列
表4
LC1至LC6的可变区序列的氨基酸序列
然后将huSP34重链和轻链变体(第1轮huSP34变体)以及mSP34亲本抗体和比较物huSP34分子(比较物#6)的所有60种可能组合在HEK293细胞中表达为掺入人CH1结构域和人λ轻链恒定结构域的Fab。重链Fab多肽掺入了C末端His8-Flag标签(如SEQ ID NO:1041所公开的His8或HHHHHHHH)，以促进使用标准镍亲和层析方法进行纯化(Porath等人，Nature(1975)258:598–599)。使用以下方法对所得的Fab进行分析：表达滴度评估、用于评估结构异质性的分析型尺寸排阻色谱法(SEC)、用于评估电荷异质性的分析型CX-1离子交换色谱、用于确定解链温度(Tm)和聚集温度(Tagg)的热变性、与原代T细胞结合以评估与mSP34相比的相对T细胞结合的竞争流式细胞术、使用Octet评估相对结合动力学常数(kon和koff)和解离常数(KD)的亲和力分析，以及用于评估对人T细胞的相对结合亲和力的竞争流式细胞术测定，如实施例4、5、7和8中所概述的。
所得数据揭示了几个意想不到的观察结果。大多数来自第1轮的人源化Fab变体具有明显高于嵌合mSP34 Fab的解链温度，该嵌合mSP34 Fab含有与人恒定结构域融合的mSP34可变区。这表明结构引导的人源化提高了该分子的热力学稳定性(实施例4)。然而，竞争流式细胞术和Octet生物层干涉测量(BLI)测定都表明，与mSP34嵌合Fab相比，第1轮huSP34变体具有降低的CD3结合亲和力(实施例5和8)。此外，当使用强阳离子交换色谱分析时，大多数纯化的第1轮huSP34 Fab变体显示出更多的基于电荷的异质性，并且当与mSP34嵌合Fab相比时，通过尺寸排阻色谱法测量的聚集水平增加(实施例4)。通过分析huSP34变体的序列与它们的功能和生物物理特性之间的关系(序列-活性关系或SAR)，我们鉴定了与改善的特性相关的多种氨基酸(实施例4和5)。这允许合理设计新的变体(第二轮huSP34变体)，掺入了被设计用于优化所测定的各种功能和生物物理特性的突变(实施例4、5、7和8)。第二轮huSP34变体中使用的重链和轻链可变结构域的序列示于图5A至图5B中。
第二轮huSP34重链和轻链变体的所有16种可能组合在HEK293细胞中表达为掺入人CH1结构域和人λ轻链恒定结构域的Fab。第二轮huSP34变体的人种系同一性示于表5中。HC11至HC13的可变区序列的氨基酸序列提供于表6中。LC7至LC10的可变区序列的氨基酸序列提供于表7中。重链Fab多肽掺入了C末端His8-Flag标签(如SEQ ID NO:1041所公开的His8或HHHHHHHH)，以促进使用标准镍亲和层析方法进行纯化(Porath等人，同上)。纯化后，使用以下方法对所得Fab进行分析：分析型尺寸排阻色谱法(SEC)、分析型CX-1离子交换色谱、使用Octet的亲和力分析以及对人T细胞的竞争流式细胞术，如实施例4、5和8中所概述的。该分析的结果表明，我们的SAR引导方法是成功的，因为与第一轮变体mSP34嵌合Fab和比较分子相比，许多第二轮huSP34变体不仅全部具有改善的亲和力、改善的CX-1谱(例如，降低的异质性)和改善的SEC谱(例如，降低的聚集水平)，同时还保持与人种系的高度匹配(图6)。
表5
第二轮huSP34
Fv变体与人种系的同一性百分比
| HC3 | HC11 | HC12 | HC13 | |
| LC7 | 80 | 80.9 | 80.4 | 81.3 |
| LC8 | 80.9 | 81.7 | 81.3 | 82.1 |
| LC9 | 79.6 | 80.4 | 80 | 80.9 |
| LC10 | 80 | 80.9 | 80.4 | 81.3 |
表6
HC11至HC13的可变区序列的氨基酸序列
表7
LC7至LC10的可变区序列的氨基酸序列
接下来将所选择的第一轮和第二轮huSP34 Fab变体重新格式化为抗HIV gp120双特异性抗体(实施例2)。在T细胞结合测定(实施例9)和T细胞介导的靶向HIV感染细胞的杀伤测定(实施例10-11)中体外评估这些抗体。结果表明，掺入了huSP34抗CD3结合臂的双特异性抗体有效地杀伤HIV感染细胞，并且还表明杀伤效力与抗CD3亲和力直接相关。
接下来在非人灵长类动物PK测定中测试所选择的含有第一轮和第二轮huSP34变体的双特异性抗体(实施例13)。在存在和不存在Fc突变的情况下测试抗体，每种Fc突变仅在已知影响蛋白质A结合以及增强FcRn结合的两个Fc结构域之一中产生。令人惊讶的是，与我们的设计目标一致，掺入了较低亲和力的第一轮huSP34.1.3scFv的双特异性抗体显示出理想的IgG样PK特性且没有ADA的证据，而掺入了较高亲和力的第二轮huSP34.13.10scFv的双特异性抗体显示出增加的清除率、缩短的半衰期和ADA诱导的高表观率。虽然消除蛋白质A结合的突变(例如，H435R、H435R+Y436F、Jendenberg等人，J.Immunol.Methods(1997)201:25–34)似乎不会显著影响PK，但改善pH依赖性FcRn结合的某些突变(YTE)似乎确实减轻了由高亲和力huSP34.13.8变体引入的一些不期望的PK特性。不幸的是，这些FcRn结合突变似乎没有消除对于掺入了更高亲和力的第二轮huSP34 scFv结构域的双特异性抗体所观察到的高表观ADA率。huSP34.1.3变体在我们的杀伤测定中没有显示出最高的效力，并且它还在CDR H3中含有似乎与增加的产物异质性相关的N100残基。因此，我们着手进行第三轮人源化，试图鉴定一种高亲和力的huSP34变体，该变体在CDRH3中含有N100H突变，并表现出理想的IgG样PK特性且在非人灵长类动物中没有ADA诱导的证据。
尽管CD3亲和力与双特异性抗体的PK特性直接相关(Ellerman，Methods(2019)154:102-117)，但抗体多特异性也可影响PK(
等人，mAbs(2012)4:753-760)，并且在第一轮和第二轮人源化期间没有进行测试。因此，我们从第一轮和第二轮产生了作为人IgG1抗体的一组最高亲和力的huSP34变体，因此使得能够进行额外的生物物理评估(实施例4)，包括使用杆状病毒颗粒(BVP)测定进行的多特异性分析(实施例7)。BVP结果揭示了huSP34 IgG1组内多特异性的显著差异。所选择的双特异性抗体，包括含有huSP34.1.3和huSP34.13.10scFv的那些双特异性抗体，也在BVP测定中进行了测试，并且揭示了中等至高BVP评分与差PK参数之间的直接关联。
接下来，我们使用BVP数据来指导选择三种不同的huSP34变异体，用作第三轮人源化的起点。huSP34.1.3变体是基于其低BVP评分和理想的PK特性而选择的。huSP34.3.8变体是基于其低BVP评分、高亲和力和在所有生物物理筛选测定中的优异结果而选择的。huSP34.1.10变体尚未以任何形式生产或测试，但是基于围绕HC1和LC10(这两者都与最低的BVP评分相关)的SAR的观察而选择的。为了确定多特异性或亲和力属性是否对含有双特异性抗体的huSP34的体内PK特性有贡献，我们使用来自第一轮和第二轮人源化的SAR数据产生了具有一系列亲和力的变体。我们进一步将N100H突变掺入所有测试的变体中(该突变在三个前导变体的任一个变体中尚不存在)，以消除HC CDR H3脱酰胺基序，并减少如在分析型CX-1分析中观察到的产物异质性。第三轮huSP34变体与人种系比较的同一性示于表8中。HC34至HC38的可变区序列的氨基酸序列提供于表9中。LC11至LC20的可变区序列的氨基酸序列提供于表10中。
表8
第三轮huSP34 Fv变体与人种系的同一性百分比
表9
HC34至HC38的可变区序列的氨基酸序列
表10
LC11至LC20的可变区序列的氨基酸序列
第三轮huSP34变体接下来作为Fab产生或掺入靶向抗HIV gp120的双特异性抗体中。然后在BLI(实施例5)和SPR(实施例6)亲和力测定、BVP多特异性测定(实施例7)、T细胞结合测定(实施例9)和非人灵长类动物PK分析(实施例13)中表征这些分子。T细胞结合测定证实，与人和NHP T细胞的结合在所测试的所有变体中几乎相同(实施例9)。令人惊讶的是，与以前的文献报道(Leong等人，Blood(2017)129:609-618)相比，这里给出的结果证明CD3亲和力和抗体清除率之间没有关系。更具体地，huSP34.3.8及其变体huSP34.3.13在所有测试分子中都具有最高的抗CD3亲和力(实施例6)和最长的血清半衰期(实施例13)。huSP34.3.13变体具有最低的多特异性风险和最低的清除率，表明BVP评分可能是比抗CD3亲和力更好的对抗CD3双特异性mAb PK特性的预测因子。
实施例2
抗HIV-gp120双特异性抗体和含有huSP34抗CD3结合结构域的Fc融合蛋白的设计、
表达和纯化
已经描述了许多不同的双特异性抗体形式，其中许多双特异性抗体形式用于开发治疗性分子(例如，综述于Spiess和Carter，Mol.Immunol.，(2015)67:95-106，Labrijn等人，Nat.Rev.Drug Disc.(2019)18，585-608)。虽然可容易地制造围绕一个或两个多肽链构建并且缺乏IgG Fc的基于早期产生片段的形式，但是它们的PK较差。短的半衰期可增加CD3定向的双特异性抗体的Cmax驱动毒性，并且需要复杂的给药(例如，用博纳吐单抗连续输注)。虽然已经开发了许多技术来促进Fc结构域的异源二聚化，但不存在促进重链和轻链独特配对的稳健技术，因此需要使用常见的轻链抗体(Shiraiwa等人，Methods(2019)154:10-20)或生成多个稳定的细胞系，随后进行复杂的氧化还原化学或共培养方法来产生没有轻链错配的双特异性抗体(Gramer等人，mAbs(2013)5:962-973，Spiess等人，Nat.Biotechnol.(2013)31:753-758，Shatz等人，mAbs(2016)8:1487-1497)。最后，即使可实现Fc异源二聚化和适当的轻链配对，同源二聚体污染物在制造过程中也难以去除，从而降低最终产量和/或存在安全风险。因此，我们试图设计和生产具有IgG样制造特性、IgG样PK特性并结合了简化纯化技术的双特异性抗体。可解决这些挑战的双特异性抗体设计的示例示于图7A至图7D中。下文描述了可结合到这些设计中的技术。
在掺入了两个抗原靶向抗体可变结构域的双特异性抗体中，单链片段可变(scFv)结构域的使用可通过从构建体去除一个轻链多肽来直接消除轻链的错配。scFv片段代表最小的抗体衍生的抗原结合单元，并通过可变重结构域和可变轻结构域经由柔性多肽接头的直接融合而产生(Huston等人，Proc Natl Acad Sci U S A(1988)85(16):5879-83)。该接头的序列可含有GGGGS基序的3个或优选4个重复序列(SEQ ID NO:712)(Desplancq等人，Protein Engineering(1994)7:1027-1033)。如果需要额外的热力学稳定性，G44C突变(可变重结构域)和G100C突变(可变轻结构域)也可用于在scFv的VH结构域和VL结构域之间产生共价二硫键(Brinkmann等人，Proc Natl Acad Sci U S A(1993)90(16):7538-42)。
为了使两种不同的含重链物质的异源二聚化最大化，可将所谓的“旋钮进孔”突变引入Fc区中(Atwell等人，J Mol Biol(1997)270(1):26-35)。将“孔”突变(T366S、L368A和Y407V)掺入一条含Fc的链中，将T366W“旋钮”突变用于另一条链中(Atwell等人，同上)。这些突变在本文中也分别称为“SAV”和“W”。此外，将C220S突变掺入含scFv的臂的IgG1铰链区中以消除游离半胱氨酸(在天然IgG的情况下，该半胱氨酸负责与轻链中对应的半胱氨酸形成二硫键)。此类构建体的共转染导使得优先形成异源二聚体Fc，同源二聚体污染物的水平较低。S354C突变(在含有“旋钮”突变的Fc中制备)和Y349C突变(在含有“孔”突变的Fc中制备)可任选地用于在需要额外的热力学稳定性的情况下在异源二聚体Fc的两半之间产生共价键(Merchant等人，Nat.Biotechnol.(1998)16:677-81)。
为了促进从污染的同源二聚体产物中纯化异源二聚体分子，可将在IgG3同种异型中发现的H435R或H435R+Y436F突变引入到含Fc的链的任一条链中(Jeneberg等人，同上)。当被引入到IgG1 Fc中时，这些突变(分别称为“R”或“RF”)消除蛋白质A和FcRn结合。当在双特异性抗体构建体的情况下仅掺入到单个Fc结构域中时，这些突变可消除含有这些突变的任何同源二聚体污染物的蛋白质A结合，极大地简化了通过额外的层析步骤(例如，离子交换)从单个剩余同源二聚体污染物纯化所需异源二聚体。如果抗体可变结构域之一是VH3家族成员(已知除Fc外还结合蛋白质A)，则可进行额外的工程化以去除残余的VH3蛋白质A结合(实施例3)。
可将增强IgG抗体的PK半衰期的技术引入双特异性抗体中，这些技术包括改善对FcRn的pH依赖性结合的Fc突变诸如M428L+N434S(LS)或M252Y+S254T+T256E(YTE)，并且已显示显著改善了抗体半衰期(Zalevsky等人，Nat.Biotechnol.(2010)28:157-159；Dall’Acqua等人，J.Biol.Chem.(2006)281:23514-23524)。在双特异性抗体，特别是含有突变以敲除Fc蛋白质A结合(其还降低FcRn结合)的双特异性抗体的情况下，LS或YTE突变可仅被引入到缺乏蛋白质A结合敲除突变的Fc多肽中。
双特异性抗体的许多应用要求Fc结构域没有效应子功能(ADCC、ADCP、CDC)。在这些情况下，可使用降低或消除FcγR结合的L234A和L235A突变(Chappel等人，Proc NatlAcad Sci U S A(1991)88(20):9036-40)和降低或消除C1q结合的P331S突变(Xu等人，JBiol Chem.(1994)269:3469-74)。这组突变在本文中称为“AAS”。
为了表达本文所述的抗HIV gp120双特异性抗体(图7A)，将抗HIV gp120广泛中和抗体变体的VH编码序列针对改善的智人(Homo sapiens)表达具有密码子偏好性，并克隆到含有免疫球蛋白Fc(CH1-CH3)的pcDNA3.1载体中，该免疫球蛋白Fc具有各种组合的AAS、SAV、W、R或RF突变(HC1)。所使用的广泛中和抗体可变结构域包括PGT121.66和PGT121.42(描述于WO2018237148中)和3BNC117 1.52.64-1(描述于WO2020010107中)。将密码子偏好性VL序列克隆到含有人轻链恒定区(LC)的pcDNA3.1载体中。将通过G4S的四个重复序列的接头(GGGGS)4(SEQ ID NO:750)连接的各种huSP34变体的VH编码序列和VL编码序列克隆到含有免疫球蛋白Fc(CH2-CH3)的pcDNA3.1载体中，该免疫球蛋白Fc含有各种组合的AAS、SAV、W、R或RF突变(HC2)。根据制造商的方案进行Expi293细胞的转染。每毫升转染使用1微克总DNA。当共转染到Expi293细胞中时，质粒以25％ HC1:50％ LC:25％ HC2(w/w)的比率组合。转染后4天，收获无细胞培养基。通过使用含有20μlMabSelectTMSuReTM树脂的
和200μl澄清上清液来测定表达滴度。通过在SDS/聚丙烯酰胺凝胶电泳上的大小分级来监测异源二聚体的形成。
人CD4蛋白的胞外结构域1和2(D1D2)结合HIV gp120，并且当与Fc结构域融合或掺入工程化的T细胞中时，也能够中和HIV感染和/或杀伤HIV感染细胞(参见，例如，Capon等人，Nature(1989)337(6207):525-31；Zhen等人，PLoS Pathog(2017)13(12):e1006753；Leibman等人，PLoS Pathog.(2017)13(10):e1006613；Carillo等人，Transl Res.(2017)187:83-92；Kamata等人，Biochem Biophys Res Commun.(2015)463(3):216-21；Liu等人，JVirol.(2015)89(13):6685-94；Sahu等人，Virology.(2013)446(1-2):268-75；Scholler等人，Sci Transl Med.(2012)4(132):132ra53)。CD4的衍生物表现出广泛的抗病毒活性。例如，PRO542是四价CD4-IgG2融合体，其含有CD4的胞外结构域1和2。PRO542在体外表现出对不同HIV进化枝(A-F)的有效、广泛的抗病毒活性(Trkola等人，J Virol.(1998)72(3):1876-85；Trkola等人，J Virol.(1995)69(11):6609-17)并在临床上证明了抗病毒活性(Jacobson JM，2000)。然而，掺入了CD4 D1D2的蛋白质治疗剂也表现出差的PK特性，推测是MHCII结合或多特异性的结果(Chen等人，JVirol.(2014)88(2):1125-39)。最近的工作已经鉴定了被称为CD4 D1.22的工程化CD4结构域，其已被改进以获得更高的gp120结合亲和力和降低的多特异性(Chen等人，J Virol(2011)85(18):9395-405；Chen等人，JVirol.(2014)88(2):1125-39；Myszka等人，Proc Natl Acad Sci U S A(2000)97(16):9026-31)。据报道，与野生型2结构域CD4(D1D2)相比，CD4D1.22的HIV gp120结合亲和力增加到10倍以上(Chen等人，J Virol(2011)同上)。此外，与野生型CD4(D1D2)相比，CD4 D1.22表现出降低的与表达MHC II类的B细胞的非特异性结合(Chen等人，J Virol.(2014)同上)。为了了解CD4D1D2或CD4 D1.22是否可作为HIV靶向结构域，我们接下来设计、表达和纯化了一组双特异性融合蛋白，其掺入了与第一Fc结构域融合的huSP34 scFv或Fab变体以及与第二Fc结构域融合的CD4 D1D2或CD4 D1.22胞外结构域(ECD)。在CD3结合测定(实施例6)、感染的T细胞杀伤和结合测定(实施例10和11)中筛选具有单价、二价和串联CD4 ECD结构域的形式(图7B至图7D)，并在NHP中评估它们的PK(实施例13)。
为了表达本文所述的抗HIV-gp120 ECD-Fc双特异性融合构建体(图7B至图7D)，将CD4 D1.22或CD4 D1-D2编码序列克隆到携带免疫球蛋白Fc(CH2-CH3)的pcDNA3.1表达载体中，该免疫球蛋白Fc具有各种组合的AAS、SAV、W、R或RF突变(HC1)。人源化SP34变体的VH编码序列针对智人表达具有密码子偏好性，并克隆到含有免疫球蛋白Fc(CH1-CH3)的pcDNA3.1中，该免疫球蛋白Fc具有各种组合的AAS、SAV、W、R或RF突变(HC2)。将人源化SP34变体VL序列的密码子偏好性克隆到含有人λ轻链(LC)的pcDNA3.1载体中。在一些情况下，将通过G4S的四个重复序列的接头(GGGGS)4(SEQ ID NO:750)连接的VH编码序列和VL编码序列克隆到含有免疫球蛋白CH2-CH3 Fc的pcDNA3.1载体中，该免疫球蛋白CH2-CH3 Fc具有AAS、SAV、W、R或RF突变(HC2')。根据制造商的方案进行Expi293细胞的转染。每毫升转染使用1微克总DNA。当共转染到Expi293细胞中时，质粒以25％ HC1:50％ LC:25％ HC2(w/w)或50％ HC1:50％ HC2’(w/w)的比率组合。转染后4天，收获无细胞培养基。通过使用含有20μlMabSelectTMSuReTM树脂的
和200μl澄清上清液来测定表达滴度。通过在SDS/聚丙烯酰胺凝胶电泳上的大小分级来监测异源二聚体的形成。
为了纯化本文所述的双特异性抗体和蛋白融合构建体，将培养上清液进行MabSelectTMSuReTM亲和纯化，随后进行离子交换色谱，以使用封闭在4.0℃层析室中的
FPLC(Cytiva Life Sciences)来分离纯异源二聚体。将细胞培养基上样到MabSelectTMSuReTM(Cytiva Life Sciences)柱上。将柱用25mM Tris HCl pH 7.5、25mMNaCl的低盐缓冲液洗涤10个柱体积(CV)，然后用25mM Tris HCl pH 7.5、500mM NaCl的高盐缓冲液洗涤5个柱体积以去除非特异性结合，最后用25mM Tris HCl pH 7.5、25mM NaCl的低盐洗涤10个柱体积。为了洗脱抗体，使用100mM乙酸钠pH 3.7(与huSP34 VH和Fc中的蛋白质A敲除突变一起使用)或100mM甘氨酸pH2.8(当huSP34 VH和Fc中不存在蛋白质A敲除突变时使用)的等度洗脱步骤。洗脱池用pH 9.0的1M Tris HCl中和至pH 6.0，并用/>
SP HP(Cytiva Life Sciences)进行阳离子纯化以进一步去除杂质。将阳离子捕获的蛋白质用10mM磷酸钠pH 7.0洗涤10个CV，然后在0-30％梯度的10mM磷酸钠pH 7.0、1M NaCl中洗脱50个CV，以从Fc同源二聚体或具有低等电点(pI)的其他污染物中分离出所需双特异性抗体或融合蛋白Fc异源二聚体。然后将阳离子捕获的蛋白质从30％-100％的10mM磷酸钠pH7.0、1M NaCl中进行梯度洗脱10个CV，以从具有高等电点(pI)的Fc同源二聚体污染物或聚集体中分离出所需双特异性抗体或融合蛋白Fc异源二聚体。然后将代表所需抗体异源二聚体的级分合并，并在补充有蔗糖/吐温-80的20mM组氨酸pH 5.8中透析，无菌过滤，并储存于4℃。使用280nM处的UV吸光度(A280)测定所配制的蛋白质的浓度。通过分析型尺寸排阻色谱法和SDS-PAGE电泳评估纯度。通过质谱(MS)确认双特异性抗体的身份。
抗gp120双特异性抗体和抗gp120双特异性Fc融合蛋白的
SP HP(CytivaLife Sciences)阳离子交换色谱图和SDS-PAGE纯度分析的示例示于图8A至图8B中。这些结果表明，可使用本文所述的设计和方法表达和纯化纯的双特异性抗体和Fc融合蛋白(例如，/>
SP HP(Cytiva Life Sciences))，其中使用0-30％1M NaCl/20mM磷酸钠pH 7.0的梯度，阳离子交换色谱成功地从Fc同源二聚体或具有低等电点(pI)的其他污染物中分离出所需双特异性抗体或融合蛋白Fc异源二聚体。
实施例3
不结合蛋白质A的工程化人源化SP34抗体可变结构域
蛋白质A亲和层析通常用于纯化人IgG，以用于研究和治疗应用两者(Shukla等人，J，Chromatogr.B Analyt.Technol.Biomed.Life Sci.(2007)848:29-39)。该方法利用金黄色葡萄球菌蛋白质A，它在中性pH下以高亲和力结合IgG1 Fc结构域，但在酸性pH下不结合，因此允许从细胞上清液捕获IgG，并使用酸性缓冲液洗脱纯化的IgG。除了与IgG的Fc结构域相互作用外，蛋白质A还可结合VH3衍生的人可变结构域的亚组。在一些情况下，VH3衍生抗体可能需要更苛刻和更酸性的洗脱缓冲液以从蛋白质A洗脱，这可能使抗体的结构不稳定，导致聚集和/或沉淀以及总产率的降低。尽管蛋白质A的工程化变体(例如在MabSelectTMSureTM树脂中使用的那些工程化变体)已降低了对VH3结构域的亲和力，但是一些VH3结构域仍然能够结合这种树脂(Bach等人，Journal of Chromatography A.(2015)1409:60-69)。
在本文所述的双特异性抗原结合分子的某些实施方案中，将H435R(R)突变或H435R+Y436F(RF)突变掺入一条重链的CH3结构域，但不掺入另一条重链的CH3结构域。结果，双特异性异源二聚体保留与蛋白质A的结合，而两种可能的同源二聚体污染物之一不结合蛋白质A，因此在纯化过程中被消除。然而，存在于与含H435R的CH3结构域融合的VH3结构域中的残余蛋白质A结合可导致此类同源二聚体污染物结合蛋白质A，并排除H435R突变的效用。
为了最小化或消除人源化抗CD3 VH3结构域与蛋白质A的残余结合，我们使用结构建模来设计一系列预测减少或消除蛋白质A结合的单点和双点突变体。使用huSP34.13.18的同源模型(使用Discovery Studio 2017r2中的默认抗体同源建模方案制备)、与VH3结构域结合的蛋白质A的结构(PDB:1DEE)以及在MabSelectTMSureTM中发现的工程化蛋白质A Z结构域的序列(Nilsson等人，Protein Engineering(1987)1:107-113)来产生与蛋白质A Z结构域结合的huSP34.13.8的模型。接下来，我们检查了Z结构域和huSP34.13.8之间的界面，以便鉴定可能有助于蛋白质A结合的残基。基于该分析，我们选择残基S17、R19、T57、Y59、G65、T68、S70、Q81、N82a和S82b用于进一步分析。最初使用Discovery Studio 2017r2中的默认方案测试了每个位置处的各种突变破坏与蛋白质A结合的能力。预测选择用于进一步实验分析的突变会增加Z结构域和huSP34.13.8Fv之间的结合自由能。
我们接下来对huSP34.13.8和设计的变体进行了小规模的蛋白质A纯化，所有变体都与含有H435R突变的Fc融合。根据制造商的方案将5μg的编码scFv-Fc构建体的DNA转染到5ml Expi293细胞中。转染后4天收集每个转染的澄清上清液。保存15μl上清液用于凝胶上样。在Bravo液体处理平台上使用
中的20μl蛋白质A从200μl上清液中纯化scFv-Fc蛋白。在用60μl 100mM乙酸钠pH 3.7洗脱之前，用1x PBS将/>
上捕获的蛋白质洗涤3次。将30μl的每次洗脱液在12孔的4％-20％Criterion TGX Stain-free凝胶孔上分级分离并成像。使用Bio-Rad Image LabTM6.0软件定量各种scFv-Fc变体的同源二聚体条带的相对强度。将每种变体与蛋白质A的相对结合归一化为亲本scFv(huSP34.13.8scFv-AAS+SAV+R)的条带密度，并示于表11中。
表11
第一轮huSP34.13.8scFv-Fc变体的相对蛋白质A结合
所有变体都表现出与蛋白质A的结合率降低，尽管一些变体更有效并且导致在蛋白质A层析期间几乎完全丧失保留。基于这些数据，一系列双突变体(例如，R19S和T57A；R19S和T57E；R19S和G65S；R19S和Q81E；T57A和Q81E；T57E和G65S；T57E和Q81E；以及G65S和Q81E)被生成以进一步减少或消除抗CD3结合VH结构域与蛋白质A的结合。结果提供于表12中。
表12
第二轮huSP34.13.8scFv-Fc同源二聚体变体的蛋白质A结合
接下来，精选的含有一个或两个VH区突变的变体huSP34 scFv-Fc融合蛋白与未突变的对照一起以较大规模表达以增加蛋白质A树脂上的相对上样浓度，并因此增加蛋白质A敲除筛选的严格性。根据制造商的方案，用0.5mg编码所选huSP34 scFv-Fc蛋白质A敲除变体的DNA转染500ml Expi293细胞。转染后4天，收集无细胞的澄清上清液并上样到MabSelectTMSuReTM(Cytiva Life Sciences)柱上。然后将柱用25mM Tris HCl pH 7.5、25mM NaCl的低盐缓冲液洗涤10个柱体积(CV)，然后用25mM Tris HCl pH 7.5、500mM NaCl的高盐洗涤液洗涤5个CV以去除非特异性结合，最后用25mM Tris HCl pH 7.5、25mM NaCl的低盐洗涤液洗涤10个CV。为了洗脱抗体，进行100mM乙酸钠pH 3.7的等度洗脱步骤。洗脱池用pH 9.0的1M Tris HCl中和至pH 6.0，并用HiTrap SP HP(Cytiva Life Sciences)进行阳离子纯化以进一步去除杂质。将阳离子捕获的蛋白质用10mM磷酸钠pH 7.0洗涤10个CV，然后在0-30％梯度的10mM磷酸钠pH 7.0、1MNaCl中洗脱50个CV，以将所需的两个靶向臂抗体(异源二聚体)与一个靶向臂抗体(同源二聚体)分离。随后用30％-100％的10mM磷酸钠pH7.0、1M NaCl梯度洗脱10个CV，以去除较高等电点(pI)的聚集或同源二聚体。通过透析将所有蛋白质配制成pH 5.8的20mM组氨酸，加入蔗糖/吐温-80添加剂，无菌过滤，并储存于4℃。通过A280测量所配制的蛋白质的浓度。通过分析型尺寸排阻色谱法将纯度评估为单分散百分比。通过质谱(MS)确定双特异性抗体的身份。将具有最低残留蛋白质A结合的三个VH区变体连同亲本构建体进一步放大作为抗gp120双特异性抗体并且评估最终产率。该项工作的结果示于下表13中。
表13
huSP34.13.8scFv-Fc蛋白质A敲除同源二聚体变体的蛋白质A结合
*n.d.–未测定
将前三个突变体掺入到抗gp120双特异性抗体和围绕huSP34.3.13变体构建的CD4ECD-Fc融合体的背景中。BLI和SPR分析证实这些突变不影响抗CD3亲和力(实施例6)，然而BVP(实施例7)和PK分析揭示了所测试的各种双特异性抗体之间的明显差异(实施例13)。
实施例4
huSP34Fab和IgG变体的表达、纯化和生物物理评估
对于Fab生产，将mSP34、huSP34变体和比较分子的VH编码序列针对智人表达进行密码子优化，并克隆到pcDNA3.1载体中，该载体含有人IgG1的CH1结构域随后是C末端His8-FLAG标签(如SEQ ID NO:1041所公开的His8或HHHHHHHH)。将密码子优化的VL序列克隆到具有人λ轻链CL结构域的pcDNA3.1载体中。根据制造商的方案进行Expi293细胞转染。每毫升转染使用1微克总DNA。将编码重链和轻链的表达载体分别以2:3(w:w)的DNA比率混合，然后加入到稀释的Expifectamine试剂中。在室温下孵育20分钟后，将DNA转染复合物以3,000,000/ml加入到Expi293细胞中。转染后4天，收获澄清的上清液。在Hamilton Star液体处理平台上使用Ni-IMAC
纯化Fab。用含250mM咪唑的25mM Tris(pH 8)和300mM NaCl将结合的Fab从Ni-IMAC树脂上洗脱，并且在用洗脱缓冲液空白处理后使用Nanodrop通过在A280处的吸光度测量进行定量。回收的每种Fab的浓度通过将A280读数除以各自的消光系数来确定。表达滴度(mg/L)计算如下：[(浓度(mg/ml)×洗脱液体积(ml)*1000]/30ml。mSP34和比较物#6的表达滴度分别为58mg/L和128mg/L，而第一轮huSP34 Fab的值示于表14中。重链6和8与具有最高表达水平的huSP34变体相关。
表14
第一轮huSP34Fab的表达滴度，以mg/L计
| HC1 | HC2 | HC3 | HC4 | HC5 | HC6 | HC7 | HC8 | HC9 | HC10 | |
| LC1 | 114 | 102 | 60 | 85 | 94 | 179 | 97 | 168 | 95 | 15 |
| LC2 | 92 | 147 | 67 | 78 | 47 | 154 | 101 | 165 | 115 | 85 |
| LC3 | 82 | 93 | 90 | 87 | 96 | 113 | 97 | 208 | 115 | 122 |
| LC4 | 97 | 97 | 92 | 88 | 73 | 108 | 43 | 141 | 69 | 100 |
| LC5 | 91 | 105 | 85 | 74 | 76 | 140 | 80 | 104 | 66 | 81 |
| LC6 | 97 | 105 | 87 | 92 | 79 | 97 | 88 | 82 | 76 | 87 |
部分地基于这些结果，设计了第二轮人源化SP34变体。比较物#1Fab和比较物#5Fab的表达滴度分别为80mg/ml和184mg/ml，而第二轮huSP34Fab的值示于表15中。重链12和13与最高表达滴度相关，而重链3与最低表达滴度相关。
表15
第二轮huSP34Fab的表达滴度，以mg/L计
| HC3 | HC11 | HC12 | HC13 | |
| LC7 | 105 | 124 | 137 | 137 |
| LC8 | 87 | 107 | 133 | 118 |
| LC9 | 95 | 116 | 143 | 154 |
| LC10 | 78 | 96 | 112 | 108 |
为了生产作为人IgG1抗体的huSP34变体，将人源化SP34变体的VH和VL编码序列分别克隆到含有免疫球蛋白同种型1Fc和人λ恒定区序列的pcDNA3.1载体中。根据制造商的方案进行Expi293细胞的转染。每毫升转染使用一(1)微克总DNA。将DNA以60％ LC:40％ HC的比率与稀释的
试剂混合，然后加入细胞中。转染后4天，在Hamilton Star液体处理平台上使用MabSelectTMSuReTM树脂包埋的/>
纯化无细胞培养基。使用100mM乙酸钠pH 3.7从尖端洗脱结合的IgG，并通过添加1/10体积的1M Tris pH 9.0进行中和。洗脱的IgG通过在用洗脱缓冲液空白处理后使用Nanodrop通过在A280处的吸光度测量进行定量。回收的每种IgG的浓度通过将A280读数除以各自的消光系数来确定。表达滴度(mg/L)计算如下：[(浓度(mg/ml)×洗脱液体积(ml)*1000]/30ml(转染体积)。
huSP34 IgG1变体(n＝1)的表达滴度示于表16中。所有huSP34 IgG1变体相对于比较物#1(121mg/L，n＝2)均显示出降低的表达滴度。
表16
huSP34IgG的表达滴度，以mg/L计
| HC1 | HC2 | HC4 | HC3 | HC11 | HC12 | HC13 | |
| LC1 | 72 | 74 | 117 | 125 | n.d.* | n.d. | n.d. |
| LC3 | 100 | 168 | 147 | 103 | n.d. | n.d. | n.d. |
| LC6 | 93 | 134 | 125 | 115 | n.d. | n.d. | n.d. |
| LC7 | n.d. | n.d. | n.d. | 135 | 69 | 126 | 143 |
| LC8 | n.d. | n.d. | n.d. | 47 | 103 | 87 | 108 |
| LC9 | n.d. | n.d. | n.d. | 100 | 140 | 108 | 156 |
| LC10 | n.d. | n.d. | n.d. | 98 | 74 | 58 | 69 |
*n.d.未测定
通过分析型尺寸排阻色谱法(SEC)分析纯化的huSP34变体样品以确定聚集体水平。在Agilent 1200HPLC系统上使用Shodex LW-803、8×300mm、3微米柱进行所有分析。柱内的树脂具有包含特定尺寸分布的孔的球形珠。当不同大小的分子被包括在基质内的孔中或从基质内的孔中排除时，就会发生分离。流动相为200mM KPO4，25mM KCl，pH 6.0，柱以0.5ml/min的流速运行。蛋白质检测通过OD280检测完成，并且使用Bio-Rad SEC标准进行校准运行，以确保正确分离具有不同分子量的蛋白质。将标称注射量设定为20μg测试蛋白质，并计算每个洗脱的含蛋白质峰的总面积。根据这些数据，每个样品的SEC纯度被定义为单体Fab材料的百分比，这是通过将含单体的峰的面积除以该峰加上任何较早洗脱的含聚集体的峰(没有观察到较晚洗脱的含蛋白质的峰)的组合面积来计算的。
mSP34和比较物#6的平均(n＝2)SEC纯度分别为81％和84％，而每个huSP34 Fab的值(n＝1)示于表17中。第一轮huSP34 Fab的SEC纯度范围为75％至92％。重链1、2、4、5和8与最低水平的聚集相关，而轻链6与最高水平的聚集相关。有趣的是，当与所有测试的轻链变体配对时，重链2(HC2)与最低水平的聚集相关。
表17
第一轮huSP34Fab的SEC纯度(％)。
| HC1 | HC2 | HC3 | HC4 | HC5 | HC6 | HC7 | HC8 | HC9 | HC10 | |
| LC1 | 89 | 89 | 78 | 86 | 87 | 83 | 84 | 90 | 80 | n.d |
| LC2 | 90 | 92 | 85 | 87 | 87 | 86 | 87 | 89 | 86 | 80 |
| LC3 | 83 | 85 | 81 | 84 | 85 | 83 | 85 | 87 | 86 | 83 |
| LC4 | 83 | 85 | 82 | 81 | 82 | 82 | 77 | 82 | 79 | 83 |
| LC5 | 84 | 89 | 85 | 84 | 75 | 84 | 77 | 85 | 75 | 82 |
| LC6 | 79 | 85 | 79 | 83 | 78 | 84 | 81 | 79 | 82 | 81 |
*n.d.＝未测定
第二轮huSP34 Fab的SEC结果示于表18中。所有第二轮huSP34 Fab在与第一轮huSP34 Fab相比时显示出改善的单分散性％值，并且类似于比较物#5(97.4％)Fab。
表18
第二轮huSP34Fab的SEC纯度(％)。
| HC3 | HC11 | HC12 | HC13 | |
| LC7 | 98.1 | 97.1 | 97.7 | 97.2 |
| LC8 | 97.7 | 97.7 | 97.5 | 97.1 |
| LC9 | 97.3 | 97.6 | 98 | 97.2 |
| LC10 | 97.4 | 96.9 | 96.8 | 96.9 |
huSP34 IgG1分子的SEC结果示于表19中。所有huSP34 IgG1抗体显示出高度的纯化，聚集水平<6％。重链3(HC3)与最低水平的聚集相关。
表19
huSP34IgG的SEC纯度(％)
| HC1 | HC2 | HC4 | HC3 | HC11 | HC12 | HC13 | |
| LC1 | 96.0 | 94.5 | 94.8 | 96.6 | n.d.* | n.d. | n.d. |
| LC3 | 95.7 | 95.0 | 94.4 | 96.6 | n.d. | n.d. | n.d. |
| LC6 | 94.6 | 95.2 | 93.5 | 95.3 | n.d. | n.d. | n.d. |
| LC7 | n.d. | n.d. | n.d. | 97.3 | n.d | 96.2 | 95.3 |
| LC8 | n.d. | n.d. | n.d. | 95.8 | 96.4 | 95.8 | 96.1 |
| LC9 | n.d. | n.d. | n.d. | 96.1 | 97.4 | 95.1 | 96.5 |
| LC10 | n.d. | n.d. | n.d. | 96.9 | 96.5 | 94.4 | 96.1 |
*n.d.＝未测定
为了确定纯化的huSP34 Fab的电荷异质性并鉴定与潜在序列缺陷相关的任何突变，我们进行了强阳离子交换色谱。所有分析在Agilent 1200HPLC系统上使用MabPacTMSCX4×50mm、5μm强阳离子交换柱(Thermo Scientific)在30℃下进行。根据制造商的指南，使用他们的称为“CX-1pH梯度缓冲液”的专有流动相进行短分析级CX-1方法，该流动相被设计成产生线性pH。缓冲液以10x浓缩液提供并在使用时用去离子无菌水稀释。缓冲液A的pH为5.6；缓冲液B的pH为10.2。将标称注射量设定为20μg测试蛋白质。
使用以下梯度：0-1分钟0.5ml/分钟0％ B，1-16分钟0-100％ B，18.7-19.5分钟0％ B，23分钟0％ B。当所得OD280对体积色谱具有正确绘制的基线时，可正确注释蛋白质峰。根据每个样品的层析谱，计算每个峰的总面积并确定主峰相对于总峰的百分比(主峰％)。人源化SP34样品中的杂质主要比主峰更早洗脱，因此被认为是酸性的。
从分析型CX-1分析获得的每个huSP34 Fab的主峰百分比示于表20中。第一轮huSP34 Fab的值范围为66.8％至90.6％，而mSP34 Fab给出90.9％的值并且比较物#6给出83.1％的值。具有重链6(HC6)的Fab具有比其他重链低得多的主峰百分比，而含有重链4(HC4)的Fab具有最高的主峰百分比。为了鉴定与减少的酸性物质相关的突变(主峰中较高的百分比)，我们接下来比较表20中的数据集与图4B中所示的重链可变结构域序列。使用成对比较、序列缺陷分析和结构分析来鉴定在huSP34电荷异质性中起作用的突变。显示与较高百分比主峰值强关联的重链残基包括S30、D73、V89和H100，而N30、N73、M89和N100与降低的主峰值和酸性变体增加相关。在这些残基中，H100似乎与酸性变体水平降低最密切相关(图9)，这与它去除重链CDR3末端的暴露于溶剂的脱酰胺基序的预测一致(图1至图2)。基于该分析，在第二轮人源化过程中D73和H100保持不变。
表20
主峰百分比，第一轮huSP34Fab的CX-1离子交换分析。
*n.d.＝未测定
第二轮huSP34 Fab的分析级CX-1结果示于表21中。第二轮huSP34Fab中的许多huSP34 Fab在与第一轮huSP34 Fab相比时显示出改善的主峰％值，并且更类似于比较物#5(99.3％)Fab。重链3与最高的主峰百分比值相关，但最低的HC3+LC7对除外。
表21
主峰百分比，第二轮huSP34Fab的CX-1离子交换分析
| HC3 | HC11 | HC12 | HC13 | |
| LC7 | 89.9 | 92.7 | 91.3 | 90.6 |
| LC8 | 92.4 | 90.4 | 90.8 | 90.8 |
| LC9 | 93.4 | 90.8 | 91.1 | 90.1 |
| LC10 | 92.2 | 90.3 | 91.1 | 91.1 |
还使用分析级CX-1离子交换分析了huSP34 IgG分子，并且结果示于表22中。结果与huSP34 Fab的结果一致，表明当与来自第一轮人源化的变体(HC1-4和LC1-6)相比时，来自第二轮人源化的变体(HC3、HC11-13和LC7-10)表现出产品均质性的显著改善。
表22
主峰百分比，huSP34IgG的CX-1离子交换分析
| HC1 | HC2 | HC4 | HC3 | HC11 | HC12 | HC13 | |
| LC1 | 76.3 | 84.6 | 82.3 | 79.9 | n.d.* | n.d. | n.d. |
| LC3 | 78.2 | 82.1 | 85.2 | 80.1 | n.d. | n.d. | n.d. |
| LC6 | 89.9 | 80.1 | 79.7 | 88.2 | n.d. | n.d. | n.d. |
| LC7 | n.d. | n.d. | n.d. | 86.8 | 93.4 | 88.2 | 89.2 |
| LC8 | n.d. | n.d. | n.d. | 89.9 | 86.5 | 86.6 | 86.1 |
| LC9 | n.d. | n.d. | n.d. | 90.4 | 87.1 | 86.2 | 85.8 |
| LC10 | n.d. | n.d. | n.d. | 87.7 | 82.3 | 83.6 | 86.3 |
*n.d.＝未测定
为了表征huSP34变体的热力学稳定性，我们使用UNcle系统(Unchained Labs)在单个分析过程中评估了纯化的Fab的实验热解链温度和聚集的开始。9μl蛋白样品在配制缓冲液(95mM乙酸钠50mM Tris，pH6.0)中以0.1mg/ml-150mg/ml的浓度一式三份地制备。用于该分析的方案具有设定为0.4℃/min的热梯度。通过荧光检测实现Tm的测定，并且通过静态光散射检测实现Tagg的测定。解折叠荧光位移和静态光散射相对于温度变化的所得色谱通过算法分析来定义，得到Tm拐点，聚集的开始是Tagg。
第一轮huSP34 Fab变体的Tm分析结果示于表23中。与mSP34 Fab(60.1℃)和比较物#6(58.8℃)相比，所有第一轮Fab显示出改善的热稳定性，表明结构引导的人源化方法使本文测试的huSP34变体的热力学稳定性显著改善。
表23
所测定的第一轮huSP34Fab的解链温度(Tm)，以℃计
| HC1 | HC2 | HC3 | HC4 | HC5 | HC6 | HC7 | HC8 | HC9 | HC10 | |
| LC1 | 67.5 | 67.6 | 68.1 | 68.4 | 67.6 | 67.0 | 67.0 | 66.1 | 65.7 | n.d.* |
| LC2 | 67.4 | 67.2 | 67.7 | 67.6 | 67.0 | 67.6 | 66.9 | 66.4 | 65.6 | 65.1 |
| LC3 | 68.1 | 67.8 | 67.9 | 67.9 | 67.0 | 67.8 | 73.4 | 66.0 | 65.3 | 65.5 |
| LC4 | 67.0 | 67.5 | 67.6 | 67.5 | 67.1 | 67.1 | 65.0 | 65.5 | 64.6 | 65.2 |
| LC5 | 66.8 | 66.4 | 67.5 | 66.3 | 65.5 | 66.5 | 64.8 | 64.9 | 64.3 | 64.8 |
| LC6 | 62.2 | 67.2 | 64.0 | 65.1 | 65.5 | 65.6 | 64.4 | 64.2 | 63.3 | 63.8 |
*n.d.＝未测定
第一轮huSP34 Fab变体的Tagg分析结果示于表24中。第一轮huSP34Fab中的许多huSP34 Fab与mSP34 Fab(57.7℃)和比较物#6(54.3℃)相比显示出降低的聚集倾向，表明结构引导的人源化方法使本文测试的huSP34变体的热力学稳定性改善。令人惊讶的是，在SEC分析(表17)中显示出相对高水平的聚集体含量的HC3，在表24所示的Tagg分析中显示出最低的聚集倾向。
表24
所测定的第一轮huSP34Fab的聚集温度(Tagg)，以℃计
实施例5
使用生物层干涉测量(BLI)进行的CD3亲和力筛选
使用OctetRed384(Pall ForteBio,CA)生物层干涉测量(BLI)测定纯化的huSP34Fab的CD3结合动力学。将样品或缓冲液以100μl/孔的体积分配到聚丙烯384孔黑色平底板(Greiner,Germany 781209)中，并且在30℃和1000rpm搅拌下进行所有测量。链霉亲和素(SA)包被的生物传感器尖端(Pall ForteBio,CA)用于捕获生物素化的CD3ε:δ异源二聚体，并且在SA传感器上捕获的典型固定化水平是1nm，其大约转化为300ng/ml的捕获蛋白。对于动力学测量，首先用测定缓冲液将生物传感器预润湿10分钟以去除保护性蔗糖涂层，随后是推荐的再生条件，用于标准化实验的生物传感器表面。为了将抗原装载到生物传感器中，将300ng/ml生物素化的CD3ε:δ异源二聚体蛋白(Amsbio AMS.CDD-H52WO)固定在SA传感器上900秒。然后用20ug/ml生物素(sigma)封闭装载了CD3的生物传感器200秒，然后浸入含有测定缓冲液的孔中200秒以去除任何非特异性蛋白或未结合的CD3异源二聚体。
然后将装载有CD3的且生物素封闭的生物传感器转移到新鲜的测定缓冲液中200秒以收集基线读数。通过将CD3包被的生物传感器浸入含有多种浓度的Fab或Ab(0-300nM)的孔中100秒，随后通过将生物传感器转移到含有测定缓冲液的孔中300秒解离时间，来进行抗CD3 Fab和双特异性抗体结合的动力学测量。然后再生装载有CD3的传感器用于下一次动力学测量。通过从固定在SA生物传感器上的CD3去除结合的Fab或Ab来再生生物传感器。所使用的再生条件由3个循环(每个循环5秒)组成：将生物传感器浸入再生缓冲液(10mM甘氨酸HCl pH 1.5)，然后浸入测定缓冲液(10mM磷酸钠pH 7.4，140mM氯化钠，0.005％吐温20与0.2％BSA)。
将所有传感图作为缓冲效果的参考，并使用Octet数据分析软件V.11(PallForteBio,CA)拟合至单点结合模型，生成用于缔合速率常数(kon)、解离速率常数(koff)和平衡解离常数(KD)的亲和力值。
第一轮huSP34 Fab和相关比较物的结果示于表25中。相对于mSP34Fab和比较物#6，所有第一轮huSP34 Fab显示出降低的亲和力。然而，将该数据集与图3所示的序列进行比较揭示了许多SAR关系，包括预测改善huSP34亲和力的残基，以及可掺入或直接邻近mSP34CDR而不会对功能特性产生负面影响的人残基。重链残基T31、I51、D73和Y102都与具有更高亲和力的变体相关。当掺入huSP34变体中时，重链残基S30(CDR1)和G49(与CDR2相邻)似乎对亲和力没有影响，但两者都增加了huSP34变体与人种系的匹配。残基S30也与分析型CX-1主峰％值的改善有关。令人惊讶的是，与改善的电荷异质性密切相关的重链残基H100(图9)尽管位于CDR H3(图1)的中心，但对CD3亲和力没有负面影响。轻链残基对亲和力具有最显著的影响，其中N52、K53、G57、V58和N94与具有改善的亲和力的huSP34变体相关。
表25
mSP34的人源化—第1轮：通过BLI(Octet)测定亲和力
*结果代表两次独立运行的平均值
**NBD＝未检测到结合。
第二轮huSP34 Fab和相关比较物的结果示于表26中。第二轮huSP34Fab中的许多huSP34 Fab相对于第一轮huSP34 Fab和比较分子显示出改善的亲和力。重链13(HC13)和轻链10(LC10)与最高亲和力的第二轮huSP34变体相关。
表26
mSP34的人源化—第2轮：通过BLI(Octet)测定亲和力
| 名称 | KD(nM) | kon(M-1s-1) | koff(s-1) |
| huSP34.3.7Fab-HF | 5.6 | 3.23E+05 | 1.68E-03 |
| huSP34.3.8Fab-HF | 4.4 | 2.55E+05 | 1.13E-03 |
| huSP34.3.9Fab-HF | 3.5 | 6.32E+05 | 2.21E-03 |
| huSP34.3.10Fab-HF | 2.0 | 6.83E+05 | 1.37E-03 |
| huSP34.11.7Fab-HF | 3.6 | 6.13E+05 | 2.12E-03 |
| huSP34.11.8Fab-HF | 2.8 | 6.10E+05 | 1.65E-03 |
| huSP34.11.9Fab-HF | 3.4 | 8.98E+05 | 2.84E-03 |
| huSP34.11.10Fab-HF | 2.8 | 6.97E+05 | 1.92E-03 |
| huSP34.12.7Fab-HF | 2.7 | 9.66E+05 | 2.44E-03 |
| huSP34.12.8Fab-HF | 3.4 | 4.93E+05 | 1.66E-03 |
| huSP34.12.9Fab-HF | 3.2 | 1.04E+06 | 3.35E-03 |
| huSP34.12.10Fab-HF | 4.2 | 5.01E+05 | 2.05E-03 |
| huSP34.13.7Fab-HF | 2.8 | 1.01E+06 | 2.75E-03 |
| huSP34.13.8Fab-HF | 2.5 | 9.33E+05 | 2.16E-03 |
| huSP34.13.9Fab-HF | 2.7 | 1.38E+06 | 3.61E-03 |
| huSP34.13.10Fab-HF | 1.7 | 1.36E+06 | 2.04E-03 |
| huSP34.1.3Fab-HF | 4.3 | 1.36E+06 | 4.97E-03 |
| mSP34Fab-HF v2 | 5.2 | 5.32E+05 | 2.66E-03 |
| 比较物#5Fab-HF | 4.7 | 4.91E+05 | 2.31E-03 |
| huSP34.8.5Fab-HF | NBD** | NBD | NBD |
*结果代表两次独立运行的平均值
**NBD＝未检测到结合。
第三轮huSP34 Fab和相关比较物的结果示于表27中。研究了一系列亲和力变体。
表27
mSP34的人源化—第3轮：通过BLI(Octet)测定CD3亲和力
*结果代表两次独立运行的平均值
接下来将所选择的huSP34 Fab重新格式化为双特异性抗体(实施例2)，并且通过Octet评估的它们的CD3亲和力示于表28中。
表28
所选择的双特异性抗体的抗CD3亲和力*
*结果代表两次独立运行的平均值
为了促进双特异性抗体的纯化，设计了一系列huSP34变体，这些变体掺入了被设计用于减少或消除蛋白质A与huSP34 VH3结构域结合的突变。在huSP34.13.8变体的背景中产生蛋白质A敲除。掺入这些huSP34蛋白质A敲除变体以及huSP34.13.8变体的双特异性抗体的CD3亲和力(Octet)示于表29中。结果表明蛋白质A敲除突变对CD3结合亲和力的影响最小。
表29
双特异性形式Octet数据中的蛋白质A敲除*
*结果代表两次独立运行的平均值
实施例6
使用表面等离振子共振的CD3亲和力筛选
为了确定所选择的Fab或双特异性抗体的CD3结合动力学，我们接下来进行了表面等离振子共振生物传感器研究。在Biacore 4000仪器上进行实验。将链霉亲和素化学固定在C1芯片上。生物素化的CD3(Acro Biosystems，生物素化的人CD3E和CD3D Cat CDD-H82W1，批次BVG51-93TF1-NY)以不同的密度被捕获。然后将含有huSP34抗CD3 scFv或Fab结构域的各种双特异性融合蛋白以各种浓度注射到CD3表面上。然后将动力学数据拟合到简单的动力学模型，得到缔合阶段和解离阶段的速率常数kon和koff以及平衡解离常数KD。图10示出了从该研究获得的数据的示例。显示了从hPGT121.66 AAS W/huSP34.39.13scFv AAS+SAV+R的相互作用获得的反应，它们以不同浓度注射，在CD3表面上接触时间均为120秒，然后监测不同解离时间。将数据拟合到简单的动力学模型。在该示例中，黑线表示数据，灰线表示对数据的拟合。kon、koff和KD的值已列于表30中。
表30
所选择的双特异性抗体的CD3结合动力学参数
实施例7
huSP34变体抗体的多特异性评估
治疗性抗体的多特异性可能不利地影响PK特性，并存在潜在的安全问题。在该实施例中，我们评价了抗体在抗杆状病毒颗粒(BVP)ELISA测定中的多特异性风险(
等人，mAbs(2012)4:753-760)。在每个实验中以75μg/ml浓度一式两份地测定供试品，并且将BVP评分计算为OD450与无mAb背景的比率。然后通过将BVP评分与由四种基准抗体针对无、低、中和高多特异性风险设定的阈值进行比较来确定二价IgG的多特异性风险(Jain等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA(2017)114:944-949)。
为了比较具有不同抗CD3亲和力的huSP34变体的多特异性，在BVP测定中测试了一组28个IgG1。BVP测定的结果，包括计算的BVP评分和基于由基准对照确定的阈值分类的多特异性风险，示于表31中。在所测试的变体中观察到多特异性风险的显著差异。
表31
BVP测定中SP34IgG1变体的多特异性评估。
为了进一步评价各种双特异性抗体形式的所选择的抗CD3 SP34变体的多特异性风险，选择所选择的huSP34重链和轻链变体对以产生抗HIV gp120双特异性抗体，并与许多相关的人IgG1和效应子增强的人IgG1抗体一起测试。该BVP分析的结果示于表32中。结果表明，用于这些研究的PGT121.66抗gp120结合臂在被格式化为效应子功能增强的人IgG1时具有低BVP评分。结果还表明，作为IgG1的具有低BVP评分的huSP34变体在被格式化为双特异性抗体时也具有低BVP评分。最后，结果表明，引入H435R+Y436F Fc突变以消除蛋白质A在“孔”Fc结构域中的结合对多特异性没有影响。
表32
格式化为IgG1、效应子增强的IgG1或双特异性抗体的huSP34和PGT121变体的多特
异性评估
为了评估在huSP34的可变结构域中产生的抗CD3亲和力和抗CD3蛋白质A敲除突变两者的角色(参见，实施例3)，我们生产了一组具有不同抗CD3 huSP34变体臂但含有相同PGT121.66靶向臂和掺入了H435R Fc蛋白质A敲除突变的相同旋钮进孔双特异性Fc结构域的HIV抗gp120双特异性抗体。对这些抗体进行的BVP分析结果示于表33中。结果表明，与huSP34.13.8相比，蛋白质A敲除变体仅显示小的多特异性增加，并且将huSP34.3.13变体进一步鉴定为具有最低多特异性的分子。
表33
格式化为抗HIVgp120双特异性抗体的huSP34scFv亲和力变体和huSP34scFv蛋白
质A敲除变体的多特异性评估
接下来，我们对一组抗HIV-gp120双特异性抗体进行BVP测定，这些抗体包含huSP34.3.13scFv背景中三种最有效的蛋白质A敲除变体以及相关对照。该评估的结果示于表34中，并且证明huSP34蛋白质A敲除变体huSP34.39.13具有与huSP34.3.13非常相似的多特异性风险。相比之下，huSP34.40.13和huSP34.41.13表现出更像huSP34.34.10的高BVP评分。
表34
格式化为抗HIVgp120双特异性抗体的huSP34scFv蛋白质A敲除变体和对照的多特
异性评估
实施例8
通过流式细胞术对huSP34变体Fab和抗HIVgp120双特异性抗体的T细胞结合表征
在基于流式细胞术的竞争测定中评价人源化SP34 Fab变体与在原代人T细胞的细胞表面上表达的CD3的结合。将不同浓度的huSP34 Fab变体以及mSP34与1×105个T细胞在含有0.2μl鼠SP34-Alexa Fluor 488(BD Pharmingen目录号557705)、0.5μl抗CD4-BV711mAb(BD Biosciences目录号563028)和0.5μl抗CD8-APC/Cy7 mAb(BD Biosciences目录号560179)的RPMI中在室温下孵育1小时。然后将细胞洗涤、固定，并且在流式细胞仪(BDLSRFortessa)上测量鼠SP34-AF488与细胞表面CD3的结合。使用GraphPad Prism计算导致对鼠SP34-AF488与细胞表面CD3结合的50％抑制(IC50)的每种huSP34 Fab变体或对照的浓度。
第1轮huSP34变体
如表35中所总结的，所有测试的第一轮huSP34 Fab变体表现出范围为1.3μg/ml至大于20μg/ml的平均IC50值，并且比mSP34(0.70μg/ml)的平均IC50值更高(即，更弱的结合)。
表35
第一轮SP34人源化Fab变体的IC50值
第2轮huSP34变体
使用与上述相同的基于流式细胞术的竞争测定表征第二轮huSP34 Fab变体。如表36中所总结的，来自该轮的所有变体表现出范围为0.15μg/ml-0.73μg/ml的几何平均IC50值，其中许多IC50值相对于mSP34(IC500.68μg/ml)有所改善。
表36
第二轮SP34人源化Fab变体的IC50值
实施例9
T细胞结合测定中HIV×CD3双特异性分子的表征
我们表征了一组五种HIV×CD3双特异性分子的T细胞结合活性，这些分子具有与huSP34变体(以scFv形式)配对的共同的α-HIV包膜结合臂，即PGT121.66，这些变体被选择以覆盖如先前通过生物层干涉测量(BLI)和基于流式细胞术的竞争测定所确定的CD3结合亲和力的范围。简而言之，将外周血单核细胞(PBMC)与不同浓度的HIV×CD3双特异性分子在室温下孵育1小时。然后洗涤细胞，并在室温下用α-huIgG-APC(Jackson ImmunoResearch目录号109-136-098)、α-CD4-BV711(BD Biosciences目录号563028)和α-CD8-APC-Cy7(BDBiosciences目录号560179)染色20分钟。然后洗涤细胞，固定/透化，并根据制造商的方案使用BD LSRFortessa分析。收集α-huIgG-APC-阳性CD4+T细胞和CD8+T细胞的百分比以及CD4+细胞和CD8+细胞的α-huIgG-APC的平均荧光强度，并使用GraphPad Prism分析数据。
使用来自两个健康人供体的PBMC进行结合实验。总之，该组HIV×CD3双特异性分子的EC50排序与先前通过BLI确定的Fab形式的huSP34变体的KD排序很好地比较，并且这在CD4+T细胞群和CD8+T细胞群中都能观察到。数据描绘于图11和图12中，并总结于表37中。
为了评估人源化SP34变体是否以相似的亲和力与非人灵长类动物CD3交叉反应，我们表征了一组八种HIV×CD3双特异性分子的人和恒河猴T细胞结合活性，这些分子具有与huSP34变体(以scFv或Fab形式)配对的共同的α-HIV包膜结合臂，即PGT121.66或CD4D1.22结构域，这些变体覆盖了如先前通过BLI或基于流式细胞术的竞争测定所确定的CD3结合亲和力的范围。简而言之，将来自健康人供体和健康恒河猴或食蟹猴供体的PBMC与不同浓度的HIV×CD3双特异性分子在室温下孵育1小时。然后洗涤细胞，并在室温下用α-huIgG-APC(Jackson ImmunoResearch目录号109-136-098)、α-CD4-BV711(BD Biosciences目录号563028)和α-CD8-APC-Cy7(BD Biosciences目录号560179)染色20分钟。然后洗涤细胞，固定/透化，并在BD LSRFortessa上分析。收集α-huIgG-APC-阳性CD4+T细胞和CD8+T细胞的百分比以及CD4+细胞和CD8+细胞的α-huIgG-APC的mFI，并使用GraphPad Prism分析数据。
图13至图18描绘了代表性的结合浓度-响应曲线。对于在该组中测试的所有8种双特异性分子，确定的人T细胞和恒河猴T细胞结合的EC50值在彼此的2倍以内，表明huSP34变体臂以相似的亲和力结合人T细胞和猴T细胞。数据总结于表38-39中。这在CD4+T细胞群和CD8+T细胞群中都能观察到。
表38
PGT121.66×huSP34和CD4×huSP34双特异性抗体对人和猴CD4+PBMC的结合浓度-
响应曲线的EC50值
表39
PGT121.66×huSP34和CD4×huSP34双特异性抗体对人和猴CD8+PBMC的结合浓度-
响应曲线的EC50值
实施例10
HIV感染的CEM-NKr-CCr5-LucR+CD4+T细胞的体外杀伤
使用利用PGT121.66作为Env靶向臂和huSP34(scFv形式)产生的HIV×CD3双特异性分子评估CD3亲和力对CD3双特异性抗体杀伤活性的影响，huSP34变体具有如先前通过BLI所确定的CD3亲和力的范围。用于产生HIV×CD3分子的CD3 Fab的平衡解离常数(KD)示于表40中。
表40
PGT121.66×CD3双特异性组和对应huSP34 Fab变体的CD3结合亲和力
使用感染了5种不同的HIV-1原代分离物或分子克隆的CEM-NKr-CCR5-LucR+类淋巴母细胞报告细胞系作为靶细胞和来自两个健康供体的PBMC或分离的T细胞作为效应细胞来评价HIV感染细胞的杀伤活性。将CEM-NKr-CCR5-LucR+细胞感染3天，洗涤并与PGT121.66×CD3双特异性分子和PBMC(效应物:靶细胞比率为25:1)或分离的T细胞(效应物:靶细胞比率为20:1)共培养2天，然后使用One-Glo荧光素酶试剂(Promega)定量tat驱动的荧光素酶的表达。使用以下等式计算感染细胞杀伤百分比：100–((经处理孔中HIV感染的靶细胞的RLU/未处理孔中HIV感染的靶细胞的RLU)*100)。
对于表观Emax<20％的浓度-响应曲线，Emax值被报告为<20％并且EC50值报告为>100μg/ml(测试的最大浓度)。
结果示于表41至42中。图19描绘了代表性杀伤浓度-响应曲线(BaL感染的CEM-NKr-CCR5-LucR+细胞、PBMC效应细胞、供体4408)。使用全PBMC(图20；r2＝0.8403，P＝0.0285)或分离的T细胞(图21；r2＝0.9618，P＝0.0032)作为效应细胞，较高的CD3亲和力与较低的(即，更有效的)杀伤EC50值显著相关。因此，增加CD3亲和力导致增加的HIV×CD3双特异性分子介导的杀伤效力。
表41
使用PBMC效应细胞杀伤HIV感染的CEM-NKr-CCR5-LucR报告细胞的EC50值(μg/ml)
表42
使用分离的T细胞效应细胞杀伤HIV感染的CEM-NKr-CCR5-LucR报告细胞的EC50值
(μg/ml)
使用利用h3BNC117.52.64作为Env靶向臂和huSP34(scFv形式)产生的HIV×CD3双特异性分子评估CD3亲和力对CD3双特异性抗体杀伤活性的影响，huSP34变体具有如先前通过BLI所确定的CD3亲和力的范围。用于产生HIV×CD3分子的CD3 Fab的平衡解离常数(KD)示于表43中。
表43
3BNC117×CD3双特异性组和对应huSP34 Fab变体的CD3结合亲和力
| 抗体名称 | huSP34 Fab–KD(nM) |
| 237 | 2.49 |
| 230 | 13 |
| 238 | 45.3 |
使用感染了5种不同的HIV-1原代分离物的CEM-NKr-CCR5-LucR+类淋巴母细胞报告细胞系作为靶细胞和来自两个健康供体的PBMC作为效应细胞来评价HIV感染细胞的杀伤活性。将CEM-NKr-CCR5-LucR+细胞感染3天，洗涤并与3BNC117×CD3双特异性分子和PBMC(效应物:靶细胞比率为25:1)共培养2天，然后使用One-Glo荧光素酶试剂(Promega)定量tat驱动的荧光素酶的表达。使用以下等式计算感染细胞杀伤百分比：100–((经处理孔中HIV感染的靶细胞的RLU/未处理孔中HIV感染的靶细胞的RLU)*100)。
对于表观Emax<20％的浓度-响应曲线，Emax值被报告为<20％并且EC50值报告为>100μg/ml(测试的最大浓度)。
结果示于表44中。图22描绘了代表性的杀伤浓度-响应曲线(PV_12感染的细胞，供体4622)。较高的CD3亲和力与较低的杀伤EC50值显著相关(图23；r2＝0.9968，P＝0.0362)。因此，增加CD3亲和力导致增加的HIV×CD3双特异性分子介导的杀伤效力。
表44
HIV感染的CEM-NKr-CCR5-LucR报告细胞的杀伤EC50值(μg/ml)。
实施例11
体外杀伤HIV感染的原代细胞或CEM细胞
通过ficoll分离从对健康供体(HIV-/HBV-/HCV-)单采获得的白细胞中分离出PBMC，并静置过夜。使用Stemcells EasySep人CD4+T细胞富集试剂盒(目录号19052)分离CD4+T细胞。将分离的CD4+T细胞用HIV分离株以1200xg自旋感染2小时，然后培养5天以允许从头表达。洗涤靶细胞，以200,000个细胞/孔铺板，并与CD3-bsAb和600,000个FITC膜染色的(Sigma Aldrich目录号PKH67GL)PBMC/孔共培养，并且孵育2天。洗涤细胞，并用live/dead膜染色剂(Thermo Fisher目录号L34966)和a-CD4-BV711(BD Biosciences目录号563028)染色。然后将细胞固定/透化，用a-p24-PE(Beckman Coulter目录号6604667)染色，并且在流式细胞仪(BD LSRFortessa)上读数。测量p24+CD4-活靶细胞的减少百分比并使用下列等式定量：
100-((经处理孔中p24+CD4-活靶细胞％/未处理孔中p24+CD-活靶细胞％)*100)。
用α-CD3 SP34衍生的序列和共同的α-HIV包膜序列生成一组双特异性分子，α-CD3SP34衍生的序列具有通过SPR和竞争FAC测定测量的一系列亲和力。为了确定α-CD3 SP34衍生序列的最初衍生的亲和力与抗体介导的细胞毒性之间是否存在相关性，用感染了2种不同HIV分离株的CD4细胞和从单个供体获得的自体PBMC对双特异性分子进行原代细胞杀伤测定。结果描绘于图24和图25中，并总结于表45中。
PGT121.66×CD3双特异性抗体—CD3亲和力与原代杀伤的相关性
表45
使用PBMC效应细胞的PGT121.66×huSP34双特异性抗体对原代HIV感染的CD4+细
胞的EC50值(μg/ml)
CD4 ECD×CD3双特异性分子评价—HIV感染的CEM-NKr-CCr5-LucR+CD4+T细胞的
体外杀伤。
为了鉴定赋予最佳重定向杀伤活性的CD4×α-CD3双特异性形式，我们生成了一组分子，该组分子具有结构域组成或化合价不同的CD4臂，该CD4臂与scFv或Fab形式的huSP34配对(表46，图7B至图7D)。
表46
一组CD4ECD×α-CD3双特异性分子形式评价。
使用感染了3种不同的HIV-1原代分离物的CEM-NKr-CCR5-LucR+类淋巴母细胞报告细胞系作为靶细胞和来自两个健康供体的PBMC作为效应细胞来评价HIV感染细胞的杀伤活性。将CEM-NKr-CCR5-LucR+细胞感染3天，洗涤并与CD4×α-CD3双特异性分子和PBMC(效应物:靶细胞比率为25:1)共培养2天，然后使用One-Glo荧光素酶试剂(Promega)定量tat驱动的荧光素酶的表达。使用以下等式计算感染细胞杀伤百分比：100–((经处理孔中HIV感染的靶细胞的RLU/未处理孔中HIV感染的靶细胞的RLU)*100)。
对于表观Emax<20％的浓度-响应曲线，Emax值被报告为<20％并且EC50值报告为>100μg/ml(测试的最大浓度)。
表47和图26总结了对于每种双特异性供试品，由两种供体PBMC针对所有三种病毒分离株的杀伤曲线计算的EC50值。该组的平均EC50值范围为0.026μg/ml至0.684μg/ml。当在其他方面相同的分子中使用不同的CD4靶向结构域时，即D1.22对D1D2(例如，187对211，199对213)，含D1.22的分子的EC50值仅为它们的双结构域对应物的约1/4-1/5，表明D1.22是比它们的双结构域对应物更有效的HIV感染细胞靶向臂。212的EC50值为211的EC50值的约3倍；这两种分子使用相同的CD4靶向臂，但它们的huSP34结构域形式不同(scFv对Fab)，表明在这两种分子的情况下，huSP34在scFv形式中比在Fab形式中赋予更强的杀伤活性。当比较具有化合价和空间排列不同的CD4结构域的分子的EC50值时，结果表明二价CD4结构域比它们的单价对应物更有效地靶向HIV感染细胞(例如，213对212)，并且对于具有两个拷贝的CD4结构域的分子，“二价”构型赋予比“串联”构型更强的杀伤活性(例如，199对198)(在图7D中定义；实施例2)。
表47
HIV感染的CEM-NKr-CCR5-LucR报告细胞的杀伤EC50值(μg/ml)。
感染了不同HIV分离株的原代CD4+ T细胞的CD4 ECD×CD3双特异性分子介导的杀
伤
使用感染了一组HIV分离株的原代CD4+T细胞和作为效应细胞的自体PBMC，在原代细胞杀伤测定中评价和证明双特异性分子180对HIV感染细胞的杀伤。双特异性分子180单独测试或与bNAb PGT121.42(描述于WO2017/106346中)或h3BNC117.52.64(描述于WO2020/010107中)组合测试。为了进行测定，通过ficoll分离从对健康供体(HIV-/HBV-/HCV-)单采获得的白细胞中分离出PBMC，并静置过夜。然后使用Stemcells EasySep人CD4+T细胞富集试剂盒(目录号19052)分离CD4细胞。将分离的CD4细胞用HIV分离株以1200xg自旋感染2小时，然后培养5天以允许从头表达。洗涤靶细胞，以200,000个细胞/孔铺板，并在存在或不存在不同浓度的所示抗体的情况下与600,000个FITC膜染色的(Sigma Aldrich目录号PKH67GL)PBMC/孔共培养2天。洗涤细胞，并用live/dead膜染色剂(Thermo Fisher目录号L34966)和抗CD4-BV711(BD Biosciences目录号563028)染色。然后将细胞固定/透化，用抗p24-PE(Beckman Coulter目录号6604667)染色，并在流式细胞仪(BD LSRFortessa)上分析。对每种条件定量p24+CD4-活靶细胞，并使用下列等式确定p24+CD4-活靶细胞相对于对照(无抗体)的减少百分比：
100-((经处理孔中p24+CD4-活靶细胞％/未处理孔中p24+CD-活靶细胞％)*100)。
这些结果用于确定每种抗体或抗体组合的杀伤EC50值。有效杀伤定义为EC50值小于50μg/ml。如图27和表48所示，PGT121.42和h3BNC117.52.64分别介导感染了23/32和26/32的所测试HIV分离株的CD4+T细胞的杀伤，中值EC50值分别为0.21μg/ml和0.41μg/ml。双特异性分子180介导感染了29/32的所测试HIV分离株的CD4+T细胞的杀伤，中值EC50值为0.12μg/ml。在测定中组合bNAb PGT121.42和h3BNC117.52.64介导感染了28/32的所测试HIV分离株的CD4+T细胞的杀伤，中值EC50值为0.14μg/ml。当所有三种双特异性分子在测定中组合时，PGT121.42、h3BNC117.52.64和双特异性180介导感染了所有32种所测试HIV分离株的CD4+T细胞的杀伤，中值EC50值为0.069μg/ml(图27，表48)。基于这些数据，该三联组合是在体外杀伤测定中测试的最有效的方案，如通过改善的HIV分离株覆盖和杀伤效力所证明的。
表48
使用自体PBMC作为效应细胞，抗体/双特异性抗体介导的对感染了不同HIV分离株 的原代CD4+ T细胞的杀伤。
实施例12
感染的CEM细胞体外结合的表征
我们评价了具有不同Env靶向特异性的三种HIV×α-CD3双特异性分子与HIV感染细胞上表面表达的Env的结合(表49)。
表49
在该实施例中评价的双特异性分子。
使用感染了24种不同的HIV-1原代分离株的CEM-NKr-CCR5-LucR+类淋巴母细胞报告细胞系来评价HIV感染细胞的结合活性。将CEM-NKr-CCR5-LucR+细胞感染3天，洗涤并与不同浓度的HIV×α-CD3双特异性分子共孵育1小时。然后洗涤细胞，并用α-huIgG-APC(Jackson ImmunoResearch目录号109-136-098)、α-CD4-BV711(BD Biosciences目录号563028)和α-CD8-APC-Cy7(BD Biosciences目录号560179)染色。然后洗涤细胞，固定/透化，并使用BD LSRFortessa仪器分析。收集所有样品的α-huIgG-APC阳性细胞的百分比以及α-huIgG-APC的平均荧光强度(mFI)值。生成结合曲线，并使用GraphPad Prism分析EC50值。
如图28和表50中所总结的，具有CD4 D1.22 Env靶向臂的双特异性分子186和180表现出针对HIV-1感染的CEM-NKr-CCR5-LucR+细胞的最高结合效力，所测试的所有分离株的EC50值的几何平均值分别为7.2nM和21.39nM，而双特异性分子255和230的EC50值的几何平均值分别为68.8nM和99.1nM。该结果表明，所有四种Env结合特异性分子均结合HIV Env表达细胞，并且当评价该组HIV分离株时，CD4 D1.22结构域表现出最有效的结合亲和力。
表50
所测试的四种双特异性分子的24种病毒分离株感染的细胞的结合曲线的EC50值。
*n/d＝未测定
实施例13
HIV靶向的CD3双特异性分子的药代动力学
通过静脉内(IV)推注将所选择的靶向抗gp120和CD4 D1.22的抗CD3双特异性抗体施用于幼稚雄性食蟹猴或恒河猴(Covance,TX)，以在单次或重复给药后表征它们的PK谱和ADA谱。使用具有足够灵敏度的选择性生物分析方法分析从猴收集的血清样品，以通过非房室分析(NCA)确定血清浓度-时间曲线和平均血清PK参数。生物分析方法利用进化枝Bgp120抗原(Immune-tech,CA)作为捕获试剂，生物素缀合的羊抗人IgG抗体(Southern Biotech,AL)作为第二试剂，用SULFOTAG标记的链霉亲和素(MesoScale Discovery,MD)在MesoscaleDiscovery Quickplex SQ 120读板机上进行电化学检测。抗gp120×CD3双特异性分子的血清浓度时间曲线示于图29至图32中。CD4 D1.22×CD3双特异性分子的血清浓度时间曲线示于图33中。暴露于定量限以下水平的异常下降归因于ADA的形成，并且在某些情况下，从PK分析中去除了异常浓度时间点。抗gp120和CD4D1.22靶向的CD3双特异性抗体的计算的NCAPK参数分别示于表51和表52中。
在含有比较物#6huSP34可变结构域的比较物双特异性平台(比较物6双特异性抗体)的背景下评价抗gp120抗体PGT121.66。发现比较物#6双特异性抗体在食蟹猴中具有IgG样PK(Cl≈12.5ml/天/kg)，但在测试的几乎每一种动物和环境中也具有高ADA率。各种常见策略，诸如重复装载(高达30mg/kg)、与免疫抑制剂氨甲喋呤共同皮下施用，或与猿猴IgG1Fc嵌合，都不能缓解高ADA率，而且在食蟹猴和恒河猴中都观察到ADA。FcRn增强突变(LS和YTE)的引入也没有降低ADA发生率或改善暴露。如此高的NHP ADA率可能会限制非临床药理学评估并引入不需要的免疫原性相关毒性，这可能会或可能不会预测临床结果，从而使开发途径复杂化。
评价来自第一轮和第二轮huSP34工程化的所选择PGT121 scFv-Fc/Fab-Fc双特异性抗体在食蟹猴中的PK和ADA(表51)。在所有情况下，抗gp120结合结构域被格式化为Fab，而huSP34抗CD3ε结合结构域被格式化为scFv。与使用相同的PGT121.66抗gp120结合结构域生成的代表性比较物6双特异性抗体相比，并且其中所有动物都产生ADA(图29)，发现huSP34.1.3scFv双特异性抗体250、252和251具有相当的IgG样PK并且没有ADA发生率。250的Cl(10.4ml/天/kg)比具有去除了Fc蛋白质A结合的Fc突变的252的Cl(14.1ml/天/kg)和251的Cl(18.1ml/天/kg)略有改善，但没有一只经huSP34.1.3治疗的动物(n＝9)出现可观察到的ADA。在一些情况下，发现增加效力的修饰(图30)会增加ADA发生率并减少暴露(264、265和261)。虽然改善PK的Fc突变(例如LS)没有影响(263)，或者在YTE的情况下有适度的2倍改善(262)，但是较高效力的变体通常具有较低的暴露和较高的ADA率。接下来在食蟹猴中评价基于来自第三轮huSP34优化的CD3亲和力和BVP ELISA结果选择的双特异性抗体(图31)。与以前的文献报道(Leong等人，2017)相比，CD3亲和力和抗体清除率没有关系，因为最低效力的双特异性抗体257(Cl＝10.5ml/天/kg)具有与两个最高CD3亲和力双特异性抗体256(10.7ml/天/kg)和243(Cl＝8.23ml/天/kg)相当的清除率。据观察，PK结果与BVP评分的相关性最好(实施例7)。
将具有最长血清半衰期且不具有可检测的ADA的huSP34变体3.13(243)进一步工程化以去除CD3可变结构域中的蛋白质A结合，并且接下来在食蟹猴中评价含有这些变体的scFv-Fc/Fab-Fc双特异性抗体(图32)。在评价的蛋白质A敲除双特异性变体中，249具有最长的血清半衰期(Cl＝34.4ml/天/kg)，但相对于243暴露减少(约1/4)。为了证实huSP34.3.13变体的优异PK特性，在第二靶向抗gp120的bNAb(185)的背景下对该变体进行评价。发现双特异性抗体185保留了优异的IgG样PK特性(Cl＝8.7ml/天/kg)。
表51
对幼稚雄性食蟹猴IV推注施用后抗Gp120×抗CD3双特异性抗体的非房室分析
(NCA)
a在第0天和第7天给药
*受ADA证据影响的PK分析
接下来，在NHP PK研究中测试了掺入CD4 D1.22 ECD和huSP34变体Fab的ECD-Fc/Fab-Fc双特异性抗体。生成具有和不具有设计用于增强pH依赖性FcRn结合的Fc突变以及具有huSP34.1.3或huSP34.3.13抗CD3结合臂或其含有可变结构域蛋白质A敲除突变的变体的这些分子(表52和图33)。具有(187)或不具有(186)FcRn突变的变体具有相当的IgG样PK，Cl分别为12.0ml/天/kg和13.3ml/天/kg。与用掺入了PGT121衍生的抗gp120靶向结构域的scFv-Fc/Fab-Fc双特异性抗体获得的结果相比，具有(180)或不具有(185)huSP34可变结构域蛋白质A敲除突变的ECD-Fc/Fab-Fc变体显示相当的IgG样PK，Cl分别为14.4ml/天/kg和17.0ml/天/kg。
表52
在对幼稚雄性食蟹猴进行1mg/kg IV推注施用后CD4×抗CD3双特异性抗体的NCA。
a在第0天和第14天给药
*受ADA证据影响的PK分析
实施例14
用于生产具有三条多肽链的不对称双特异性分子的表达载体组织
具有抗HIV gp120 Fab和抗CD3 scFv的双特异性分子。如本文所述，结合CD3和HIVgp120并且具有三条多肽链(即，结合gp120的Fab的重链(HC)和轻链(LC)以及结合CD3的单链可变片段(scFv))的双特异性分子从单个三顺反子质粒载体(包括用于表达真核选择标记和原核选择标记的两个额外顺反子)表达。每个多肽的表达由其自身的启动子驱动，每个启动子具有相等的转录强度(例如，巨细胞病毒(CMV)启动子)。载体组织示于图34中。顺反子或表达盒从复制起点起按从5′到3′排列为：(1)在反向链或负链上翻译的原核选择标记；以及在正向链或正链上翻译的(2)真核选择标记(例如，谷氨酰胺合成酶(GS))；(3)Fab轻链；(4)Fab重链；以及(5)scFv-Fc融合蛋白。将表达载体引入中国仓鼠卵巢(CHO)哺乳动物细胞系中，其中消除了内源谷氨酰胺合成酶(GS)基因。当使用不含L-谷氨酰胺的培养基培养细胞时，来自引入载体的谷氨酰胺合成酶表达被用作选择标记。双特异性分子的表达通过蛋白质A(ProA)生物传感器测量，同时使用大小分离法进一步选择双特异性分子的期望形式(即，Fab重链和轻链以及scFv-Fc融合蛋白的组装)。如图35所示，将各种克隆增殖30天(老龄群体，D30)，评价补料分批生产表达性能并与亲本克隆(D0)比较。结果证明该平台能够实现该分子的稳定和高表达(比滴度>1g/L，计算为经由ProA生物传感器检测的总双特异性分子的量，然后乘以异源三聚体％)。
具有抗CD3 Fab和CD4胞外(EC)结构域-Fc融合蛋白的双特异性分子。如本文所述，结合CD3和HIV gp120并且具有三条多肽链(即，结合CD3和CD4胞外结构域-Fc融合蛋白的Fab的重链(HC)和轻链(LC))的双特异性分子从单个三顺反子质粒载体(包括用于表达真核选择标记和原核选择标记的两个额外顺反子)表达。每个多肽的表达由其自身的启动子驱动，每个启动子具有相等的转录强度(例如，CMV启动子)。载体组织示于图36中。顺反子或表达盒从复制起点起按从5′到3′排列为：(1)在反向链或负链上翻译的原核选择标记；以及在正向链或正链上翻译的(2)真核选择标记(例如，GS)；(3)Fab轻链；(4)Fab重链；以及(5)CD4EC结构域-Fc融合蛋白。将表达载体引入CHO哺乳动物细胞系中，其中消除了内源GS基因。当使用不含L-谷氨酰胺的培养基培养细胞时，来自引入载体的谷氨酰胺合成酶表达被用作选择标记。双特异性分子的表达通过ProA生物传感器测量，同时使用大小分离法进一步选择双特异性分子的期望形式(即，Fab重链和轻链以及CD4 EC-Fc融合蛋白的组装)。如图37所示，评价了各种克隆，并且结果证明了该分子的高表达(比滴度>1g/L)。
实施例15
双特异性抗体和TLR7激动剂组合可预防慢性SHIV感染的猴中的病毒反弹。
ART可有效抑制HIV-1感染个体中的病毒复制，然而，在感染期间很早就在潜伏感染的CD4+T淋巴细胞中形成病毒库(Colb等人，Nat Med(2018)24(7):923-6；Finzi等人，Science(1997)278(5341):1295-300；Siliciano等人，Nat Med(2003)9(6):727-8；和Wong等人，Science(1997)278(5341):1291-5)。这种病毒库代表了对HIV-1治疗的发展的挑战，并且正在研究靶向该病毒库的各种策略，包括配对抗HIV抗体和免疫调节剂(Barouch等人，Science(2014)345(6193):169-74；Deeks等人，Nat Med2016；22(8):839-50)。维沙莫德(VES)和HIV-1bNAb PGT121的组合已显示出延迟或预防在ART中断后SHIV感染的猕猴中的病毒反弹(Borducchi等人，Nature(2018)563(7731):360-4；Tsa等人，J Virol(2017)91(8):e02166-16；和Walker等人，Nature(2011)477(7365):466-70)。
将在
平台中生成的双特异性PGT121/抗CD3(Labrijn等人，ProcNatl Acad Sci U S A.(2013)110(13):5145-50)与VES组合给药于接受ART的SHIV感染的恒河猴(Macaca mulatta)，该双特异性PGT121/抗CD3含有PGT121 Fv(用于SHIV包膜识别)、抗CD3 Fv(用于T细胞效应细胞募集)和恒河猴Fc结构域。给药前，将恒河猴感染1年，接着进行2.5年的ART。动物接受2次两周一次剂量的无CD3活性双特异性PGT121/抗CD3KO(静脉输注5mg/kg)，然后接受10次两周一次剂量的双特异性PGT121/抗CD3(静脉输注5mg/kg)。在第一次双特异性PGT121/抗CD3施用的当天，与第一次施用同时施用10个剂量的VES(口服施用0.15mg/kg)。包括双特异性PGT121/抗CD3KO以使动物耐受如前所述的双特异性抗体(Somerfield等人，J Immunol(2010)7月1日；185(1):763-8)。包括7只ART抑制的SHIV感染的恒河猴的假手术组(盐水安慰剂施用)作为对照。
尽管施用了双特异性PGT121/抗CD3KO抗体，但动物在计划的给药期间产生了大量的抗药物抗体(ADA)。由于暴露的损失，三只动物在第四次、第五次和第六次双特异性PGT121/抗CD3抗体给药后过早停止给药。在ADA产生之前，抗体血清浓度在给药后30分钟达到70μg/ml至180μg/ml，并且在给药后2周下降至1.7μg/ml至11μg/ml(图38)。在最后一次双特异性PGT121/抗CD3给药后两周，所有动物的血清浓度低于1μg/ml，除了一只动物的血清浓度为2.3μg/ml。
在最后一次抗体给药后20周，中断ART并监测动物24周(168天)以评估病毒反弹(图39)。在假手术组中，7只动物中的7只在24周监测中反弹并保持病毒血症。相比之下，在双特异性PGT121/抗CD3/VES组中，9只动物中的1只没有反弹，最初反弹的3只动物再次被抑制。CD8+T细胞和NK细胞耗尽(静脉输注抗CD8αCDR移植的恒河猴IgG1抗体)没有鉴定出任何残留的有复制能力的病毒，因为在ART中断后没有反弹的双特异性PGT121/抗CD3/VES处理的动物保持无病毒血症(图40)。相比之下，在ART中断后反弹的4只动物中，CD8+T细胞和NK细胞耗尽导致所有动物中的血浆病毒尖峰，包括3只在耗尽时无病毒血症的动物，这表明在这些动物中，病毒控制是CD8+T细胞或NK细胞介导的(图40)。
结果与以下结论一致：用双特异性PGT121/抗CD3抗体联合免疫调节剂VES治疗在慢性感染期间开始ART的SHIV感染的动物导致在ART中断后的动物亚群中对病毒反弹的抑制和/或病毒控制。
应当理解，本文所述的实施例和实施方案仅用于例示性目的，并且本领域技术人员将根据这些实施例和实施方案提出各种修改或改变，并将这些修改或改变包括在本申请的精神和权限以及所附权利要求书的范围内。本文引用的所有出版物、专利和专利申请据此全文以引用方式并入以用于所有目的。
Claims (349)
1.一种与人CD3和HIV抗原结合的多特异性抗原结合分子，其中所述抗原结合分子包含：
(a)第一抗原结合结构域，包含第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，其中所述第一抗原结合结构域与CD3结合并且包含：
(i)第一VH互补决定区(CDR)1，包含TYAMN的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)；
(ii)第一VH-CDR2，包含RIRSKYNNYATYYAX1SVKX2的氨基酸序列，其中X1是A或D，并且X2是G或S(SEQ ID NO:2)；
(iii)第一VH-CDR3，包含HGNFGX3SYVSWFAY的氨基酸序列，其中X3是H或N(SEQ ID NO:3)；
(iv)第一VL-CDR1，包含GSSTGAVTTGHYAN的氨基酸序列(SEQ ID NO:4)；
(v)第一VL-CDR2，包含GTX4X5RAP的氨基酸序列，其中X4X5是SN或NK(SEQ ID NO:5)；和
(vi)第一VL-CDR3，包含ALWYSNX6WV的氨基酸序列，其中X6是L或R(SEQ ID NO:6)，其中所述第一VH-CDR1、所述第一VH-CDR2、所述第一VH-CDR3、所述第一VL-CDR1、所述第一VL-CDR2和所述第一VH-CDR3根据Kabat；和
(b)与HIV抗原结合的第二抗原结合结构域。
2.一种与人CD3和第二抗原结合的多特异性抗原结合分子，其中所述抗原结合分子包含：
(a)第一抗原结合结构域，包含第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，其中所述第一抗原结合结构域与CD3结合并且包含：
(i)第一VH互补决定区(CDR)1，包含TYAMN的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)；
(ii)第一VH-CDR2，包含RIRSKYNNYATYYAX1SVKX2的氨基酸序列，其中X1是A或D，并且X2是G或S(SEQ ID NO:2)；
(iii)第一VH-CDR3，包含HGNFGX3SYVSWFAY的氨基酸序列，其中X3是H或N(SEQ ID NO:3)；
(iv)第一VL-CDR1，包含GSSTGAVTTGHYAN的氨基酸序列(SEQ ID NO:4)；
(v)第一VL-CDR2，包含GTX4X5RAP的氨基酸序列，其中X4X5是SN或NK(SEQ ID NO:5)；和
(vi)第一VL-CDR3，包含ALWYSNX6WV的氨基酸序列，其中X6是L或R(SEQ ID NO:6)，其中所述第一VH-CDR1、所述第一VH-CDR2、所述第一VH-CDR3、所述第一VL-CDR1、所述第一VL-CDR2和所述第一VH-CDR3根据Kabat；和
(b)与第二抗原结合的第二抗原结合结构域。
3.根据权利要求1至2中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中：
(i)所述第一VH互补决定区(CDR)1包含TYAMN的氨基酸序列(SEQ ID NO:1)；
(ii)所述第一VH-CDR2包含RIRSKYNNYATYYADSVKX2的氨基酸序列，其中X2是G或S(SEQID NO:7)；
(iii)所述第一VH-CDR3包含HGNFGHSYVSWFAY的氨基酸序列(SEQ ID NO:8)；
(iv)所述第一VL-CDR1包含GSSTGAVTTGHYAN的氨基酸序列(SEQ ID NO:4)；
(v)所述第一VL-CDR2包含GTSNRAP的氨基酸序列(SEQ ID NO:9)；并且
(vi)所述第一VL-CDR3包含ALWYSNRWV的氨基酸序列(SEQ ID NO:10)。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH-CDR1、所述第一VH-CDR2、所述第一VH-CDR3、所述第一VL-CDR1、所述第一VL-CDR2和所述第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列：
(i)SEQ ID NO:1、11、8、4、5和10；
(ii)SEQ ID NO:1、11、8、4、9和10；
(iii)SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；
(iv)SEQ ID NO:1、13、8、4、14和15；
(v)SEQ ID NO:1、13、16、4、14和15；或
(vi)SEQ ID NO:1、11、8、4、14和10。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH-CDR1、所述第一VH-CDR2、所述第一VH-CDR3、所述第一VL-CDR1、所述第一VL-CDR2和所述第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列：
(i)SEQ ID NO:1、11、8、4、9和10；或
(ii)SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH-CDR1、所述第一VH-CDR2、所述第一VH-CDR3、所述第一VL-CDR1、所述第一VL-CDR2和所述第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列：SEQ ID NO:1、11、8、4、9和10。
7.根据权利要求1至5中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH-CDR1、所述第一VH-CDR2、所述第一VH-CDR3、所述第一VL-CDR1、所述第一VL-CDR2和所述第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列：SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10。
8.一种与人CD3和HIV抗原结合的多特异性抗原结合分子，其中所述抗原结合分子包含：
(a)第一抗原结合结构域，包含第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，其中所述第一抗原结合结构域与CD3结合并且包含：
(i)第一VH-CDR1，包含GFTFNTY的氨基酸序列(SEQ ID NO:17)；
(ii)第一VH-CDR2，包含SKYNNY的氨基酸序列(SEQ ID NO:18)；
(iii)第一VH-CDR3，包含GNFGX3SYVSWFA的氨基酸序列，其中X3是H或N(SEQ ID NO:19)；
(iv)第一VL-CDR1，包含SSTGAVTTGHY的氨基酸序列(SEQ ID NO:20)；
(v)第一VL-CDR2，包含GTX4的氨基酸序列，其中X4是N或S(SEQ ID NO:21)；和
(vi)第一VL-CDR3，包含WYSNX6W的氨基酸序列，其中X6是L或R(SEQ ID NO:22)，其中所述第一VH-CDR1、所述第一VH-CDR2、所述第一VH-CDR3、所述第一VL-CDR1、所述第一VL-CDR2和所述第一VH-CDR3根据Chothia；和
(b)与HIV抗原结合的第二抗原结合结构域。
9.一种与人CD3和第二抗原结合的多特异性抗原结合分子，其中所述抗原结合分子包含：
(a)第一抗原结合结构域，包含第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，其中所述第一抗原结合结构域与CD3结合并且包含：
(i)第一VH-CDR1，包含GFTFNTY的氨基酸序列(SEQ ID NO:17)；
(ii)第一VH-CDR2，包含SKYNNY的氨基酸序列(SEQ ID NO:18)；
(iii)第一VH-CDR3，包含GNFGX3SYVSWFA的氨基酸序列，其中X3是H或N(SEQ ID NO:19)；
(iv)第一VL-CDR1，包含SSTGAVTTGHY的氨基酸序列(SEQ ID NO:20)；
(v)第一VL-CDR2，包含GTX4的氨基酸序列，其中X4是N或S(SEQ ID NO:21)；和
(vi)第一VL-CDR3，包含WYSNX6W的氨基酸序列，其中X6是L或R(SEQ ID NO:22)，其中所述第一VH-CDR1、所述第一VH-CDR2、所述第一VH-CDR3、所述第一VL-CDR1、所述第一VL-CDR2和所述第一VH-CDR3根据Chothia；和
(b)与第二抗原结合的第二抗原结合结构域。
10.根据权利要求8至9中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH-CDR1、所述第一VH-CDR2、所述第一VH-CDR3、所述第一VL-CDR1、所述第一VL-CDR2和所述第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列：
(i)SEQ ID NO:17、18、23、20、21和25；
(ii)SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25；
(iii)SEQ ID NO:17、18、23、20、26和27；
(iv)SEQ ID NO:17、18、75、20、26和27；或
(v)SEQ ID NO:17、18、23、20、26和25。
11.根据权利要求8至10中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH-CDR1、所述第一VH-CDR2、所述第一VH-CDR3、所述第一VL-CDR1、所述第一VL-CDR2和所述第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25。
12.一种与人CD3和HIV抗原结合的多特异性抗原结合分子，其中所述抗原结合分子包含：
(a)第一抗原结合结构域，包含第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，其中所述第一抗原结合结构域与CD3结合并且包含：
(i)第一VH-CDR1，包含GFTFNTYA的氨基酸序列(SEQ ID NO:28)；
(ii)第一VH-CDR2，包含IRSKYNNYAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:29)；
(iii)第一VH-CDR3，包含VRHGNFGX3SYVSWFAY的氨基酸序列，其中X3是H或N(SEQ IDNO:30)；
(iv)第一VL-CDR1，包含TGAVTTGHY的氨基酸序列(SEQ ID NO:31)；
(v)第一VL-CDR2，包含GTX4的氨基酸序列，其中X4是N或S(SEQ ID NO:21)；和
(vi)第一VL-CDR3，包含ALWYSNX6WV的氨基酸序列，其中X6是L或R(SEQ ID NO:6)，其中所述第一VH-CDR1、所述第一VH-CDR2、所述第一VH-CDR3、所述第一VL-CDR1、所述第一VL-CDR2和所述第一VH-CDR3根据IMGT；和
(b)与HIV抗原结合的第二抗原结合结构域。
13.一种与人CD3和第二抗原结合的多特异性抗原结合分子，其中所述抗原结合分子包含：
(a)第一抗原结合结构域，包含第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，其中所述第一抗原结合结构域与CD3结合并且包含：
(i)第一VH-CDR1，包含GFTFNTYA的氨基酸序列(SEQ ID NO:28)；
(ii)第一VH-CDR2，包含IRSKYNNYAT的氨基酸序列(SEQ ID NO:29)；
(iii)第一VH-CDR3，包含VRHGNFGX3SYVSWFAY的氨基酸序列，其中X3是H或N(SEQ IDNO:30)；
(iv)第一VL-CDR1，包含TGAVTTGHY的氨基酸序列(SEQ ID NO:31)；
(v)第一VL-CDR2，包含GTX4的氨基酸序列，其中X4是N或S(SEQ ID NO:21)；和
(vi)第一VL-CDR3，包含ALWYSNX6WV的氨基酸序列，其中X6是L或R(SEQ ID NO:6)，其中所述第一VH-CDR1、所述第一VH-CDR2、所述第一VH-CDR3、所述第一VL-CDR1、所述第一VL-CDR2和所述第一VH-CDR3根据IMGT；和
(b)与第二抗原结合的第二抗原结合结构域。
14.根据权利要求12至13中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH-CDR1、所述第一VH-CDR2、所述第一VH-CDR3、所述第一VL-CDR1、所述第一VL-CDR2和所述第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列：
(i)SEQ ID NO:28、29、32、31、21和10；
(ii)SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；
(iii)SEQ ID NO:28、29、32、31、26和15；
(iv)SEQ ID NO:28、29、33、31、26和15；或
(v)SEQ ID NO:28、29、32、31、26和10。
15.根据权利要求12至14中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH-CDR1、所述第一VH-CDR2、所述第一VH-CDR3、所述第一VL-CDR1、所述第一VL-CDR2和所述第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10。
16.一种与人CD3和HIV抗原结合的多特异性抗原结合分子，其中所述抗原结合分子包含：
(a)第一抗原结合结构域，包含第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，其中所述第一抗原结合结构域与CD3结合并且包含：
(i)第一VH-CDR1，包含ASGFTFNTYA的氨基酸序列(SEQ ID NO:34)；
(ii)第一VH-CDR2，包含IRSKYNNYATYYAX1SVKX2R的氨基酸序列，其中X1是A或D，并且X2是G或S(SEQ ID NO:35)；
(iii)第一VH-CDR3，包含HGNFGX3SYVSWFA的氨基酸序列，X3是H或N(SEQ ID NO:36)；
(iv)第一VL-CDR1，包含SSTGAVTTGHY的氨基酸序列(SEQ ID NO:37)；
(v)第一VL-CDR2，包含GTX4NRAPX7VPAR的氨基酸序列，其中X4是N或S，并且X7是G或W(SEQID NO:38)；和
(vi)第一VL-CDR3，包含WYSNX6W的氨基酸序列，其中X6是L或R(SEQ ID NO:22)，其中所述第一VH-CDR1、所述第一VH-CDR2、所述第一VH-CDR3、所述第一VL-CDR1、所述第一VL-CDR2和所述第一VH-CDR3根据Honegger；和
(b)与HIV抗原结合的第二抗原结合结构域。
17.一种与人CD3和第二抗原结合的多特异性抗原结合分子，其中所述抗原结合分子包含：
(a)第一抗原结合结构域，包含第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，其中所述第一抗原结合结构域与CD3结合并且包含：
(i)第一VH-CDR1，包含ASGFTFNTYA的氨基酸序列(SEQ ID NO:34)；
(ii)第一VH-CDR2，包含IRSKYNNYATYYAX1SVKX2R的氨基酸序列，其中X1是A或D，并且X2是G或S(SEQ ID NO:35)；
(iii)第一VH-CDR3，包含HGNFGX3SYVSWFA的氨基酸序列，X3是H或N(SEQ ID NO:36)；
(iv)第一VL-CDR1，包含SSTGAVTTGHY的氨基酸序列(SEQ ID NO:37)；
(v)第一VL-CDR2，包含GTX4NRAPX7VPAR的氨基酸序列，其中X4是N或S，并且X7是G或W(SEQID NO:38)；和
(vi)第一VL-CDR3，包含WYSNX6W的氨基酸序列，其中X6是L或R(SEQ ID NO:22)，其中所述第一VH-CDR1、所述第一VH-CDR2、所述第一VH-CDR3、所述第一VL-CDR1、所述第一VL-CDR2和所述第一VH-CDR3根据Honegger；和
(b)与第二抗原结合的第二抗原结合结构域。
18.根据权利要求16至17中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中：
(i)所述第一VH-CDR1包含ASGFTFNTYA的氨基酸序列(SEQ ID NO:34)；
(ii)所述第一VH-CDR2包含IRSKYNNYATYYADSVKX2R的氨基酸序列，其中X2是G或S(SEQID NO:39)；
(iii)所述第一VH-CDR3包含HGNFGHSYVSWFA的氨基酸序列(SEQ ID NO:40)；
(iv)所述第一VL-CDR1包含SSTGAVTTGHY的氨基酸序列(SEQ ID NO:37)；
(v)所述第一VL-CDR2包含GTSNRAPGVPAR的氨基酸序列(SEQ ID NO:41)；并且
(vi)所述第一VL-CDR3包含WYSNRW的氨基酸序列(SEQ ID NO:25)。
19.根据权利要求16至18中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH-CDR1、所述第一VH-CDR2、所述第一VH-CDR3、所述第一VL-CDR1、所述第一VL-CDR2和所述第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列：
(i)SEQ ID NO:34、39、40、37、41和25；
(ii)SEQ ID NO:34、42、40、37、41和25；
(iii)SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；
(iv)SEQ ID NO:34、44、40、37、45和27；
(v)SEQ ID NO:34、44、46、37、45和27；或
(vi)SEQ ID NO:34、42、40、37、47和25。
20.根据权利要求16至19中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH-CDR1、所述第一VH-CDR2、所述第一VH-CDR3、所述第一VL-CDR1、所述第一VL-CDR2和所述第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列：
(i)SEQ ID NO:34、42、40、37、41和25；或
(ii)SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25。
21.根据权利要求16至20中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH-CDR1、所述第一VH-CDR2、所述第一VH-CDR3、所述第一VL-CDR1、所述第一VL-CDR2和所述第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列：SEQ ID NO:34、42、40、37、41和25。
22.根据权利要求16至20中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH-CDR1、所述第一VH-CDR2、所述第一VH-CDR3、所述第一VL-CDR1、所述第一VL-CDR2和所述第一VL-CDR3分别包含以下氨基酸序列：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25。
23.根据权利要求1至22中任一项所述的多特异性抗原结合分子，包含以下氨基酸取代(根据Kabat编号)中的一者或多者：
(i)所述第一VH的81位是Q或E；
(ii)所述第一VH的83位是K或R；
(iii)所述第一VH的89位是M或V；
(iv)所述第一VH的100位是H；
(v)所述第一VL的57位是G或W；并且/或者
(vi)所述第一VL的75位是I或L。
24.根据权利要求23所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH的81位(根据Kabat编号)是E。
25.根据权利要求23所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH的81位(根据Kabat编号)是Q。
26.根据权利要求23所述的多特异性抗原结合分子，包含以下氨基酸取代(根据Kabat编号)中的一者或多者：
(i)所述第一VH的81位是Q或E；
(ii)所述第一VH的83位是R；
(iii)所述第一VH的89位是V；
(iv)所述第一VH的100位是H；
(v)所述第一VL的57位是G；并且/或者
(vi)所述第一VL的75位是I。
27.根据权利要求1至25中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH包含选自SEQ ID NO:48-53的氨基酸序列，或包含与选自SEQ ID NO:48-53的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。
28.根据权利要求1至27中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH包含与SEQ ID NO:50的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。
29.根据权利要求1至28中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH包含与SEQ ID NO:50的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列。
30.根据权利要求1至29中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH包含与SEQ ID NO:50的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列。
31.根据权利要求1至30中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH包含SEQ ID NO:50的氨基酸序列。
32.根据权利要求1至27中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。
33.根据权利要求1至32中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列。
34.根据权利要求1至33中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH包含与SEQ ID NO:51的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列。
35.根据权利要求1至34中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列。
36.根据权利要求1至35所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VL包含选自SEQID NO:54-58的氨基酸序列，或包含与选自SEQID NO:54-58的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。
37.根据权利要求1至36所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VL包含与SEQ IDNO:56的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。
38.根据权利要求1至37所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VL包含与SEQ IDNO:56的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列。
39.根据权利要求1至38所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VL包含与SEQ IDNO:56的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列。
40.根据权利要求1至39所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VL包含SEQ IDNO:56的氨基酸序列。
41.根据权利要求1至40中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH包含选自SEQ ID NO:48-53的氨基酸序列，或包含与选自SEQ ID NO:48-53的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列，并且其中所述第一VL包含选自SEQ ID NO:54-58的氨基酸序列，或包含与选自SEQ ID NO:54-58的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。
42.根据权利要求1至41中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH和所述第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：
i.SEQ ID NO:48和54；
ii.SEQ ID NO:49和55；
iii.SEQ ID NO:50和55；
iv.SEQ ID NO:50和56；
v.SEQ ID NO:51和55；
vi.SEQ ID NO:51和56；
vii.SEQ ID NO:52和56；
viii.SEQ ID NO:53和57；或
ix.SEQ ID NO:50和58。
43.根据权利要求1至42中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH和所述第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：
i.SEQ ID NO:49和55；
ii.SEQ ID NO:50和55；
iii.SEQ ID NO:50和56；
iv.SEQ ID NO:51和55；或
v.SEQ ID NO:51和56。
44.根据权利要求1至43中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH和所述第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:50和56。
45.根据权利要求1至44中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH和所述第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ IDNO:50和56。
46.根据权利要求1至45中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH和所述第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ IDNO:50和56。
47.根据权利要求1至46中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH和所述第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQID NO:50和56。
48.根据权利要求1至43中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH和所述第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56。
49.根据权利要求1至48中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH和所述第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ IDNO:51和56。
50.根据权利要求1至49中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH和所述第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ IDNO:51和56。
51.根据权利要求1至50中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH和所述第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQID NO:51和56。
52.根据权利要求23至51中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH的位置100处的所述氨基酸残基(根据Kabat编号)是H。
53.根据权利要求1至52中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域和所述第二抗原结合结构域中的至少一者独立地包含Fab、F(ab)2、Fv、scFv、sc(Fv)2或双价抗体。
54.根据权利要求1至53中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中：
i.所述第一抗原结合结构域包含scFv，并且所述第二抗原结合结构域包含Fab；
ii.所述第一抗原结合结构域包含Fab，并且所述第二抗原结合结构域包含scFv；
iii.所述第一抗原结合结构域包含Fab，并且所述第二抗原结合结构域包含Fab；或者
iv.所述第一抗原结合结构域包含scFv，并且所述第二抗原结合结构域包含scFv。
55.根据权利要求1至54中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域包含scFv，并且所述第二抗原结合结构域包含Fab。
56.根据权利要求1至53中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中：
i.所述第一抗原结合结构域包含Fab，并且所述第二抗原结合结构域包含CD4的胞外结构域；或者
ii.所述第一抗原结合结构域包含scFv，并且所述第二抗原结合结构域包含CD4的胞外结构域。
57.根据权利要求1至53中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域包含Fab，并且所述第二抗原结合结构域包含CD4的胞外结构域。
58.根据权利要求56至57中任一项所述的多特异性抗原结合分子，包含以下氨基酸取代(根据Kabat编号)：
i.所述scFv可变重结构域中位置44处的半胱氨酸(C)；和
ii.所述scFv可变轻结构域中位置100处的半胱氨酸(C)。
59.根据权利要求1至56和58中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域是包含VH和VL的scFv，所述scFv包含选自SEQ ID NO:59-66的氨基酸序列，或包含与选自SEQ ID NO:59-66的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。
60.根据权利要求1至56和58至59中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域是包含VH和VL的scFv，所述scFv包含选自SEQ ID NO:59-63的氨基酸序列，或包含与选自SEQ ID NO:59-63的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。
61.根据权利要求1至56和58至59中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域是包含VH和VL的scFv，所述scFv包含选自SEQ ID NO:62-63的氨基酸序列，或包含与选自SEQ ID NO:62-63的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。
62.根据权利要求61所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域是包含VH和VL的scFv，所述scFv包含选自SEQ ID NO:62的氨基酸序列，或包含与SEQ ID NO:62的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。
63.根据权利要求61所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域是包含VH和VL的scFv，所述scFv包含选自SEQ ID NO:63的氨基酸序列，或包含与SEQ ID NO:63的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列。
64.根据权利要求1至54和58至61中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第二抗原结合结构域与选自gp120和gp41的HIV包膜蛋白结合。
65.根据权利要求1至64中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第二抗原结合结构域与针对HIV的广泛中和抗体(bNAb)的VH和VL可变结构域竞争或包含所述可变结构域。
66.根据权利要求1至54和58至65中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第二抗原结合结构域与选自以下的gp120的表位或区域结合：
i.包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)；
ii.第二可变环(V2)(例如，Env三聚体顶点)；
iii.CD4结合位点(CD4bs)；
iv.gp120/gp41交界面；或者
v.gp120的沉默面。
67.根据权利要求1至54和58至66中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第二抗原结合结构域与包含N332寡甘露糖聚糖的所述第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)中的gp120的表位或区域结合，并且与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或者包含所述区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、
354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。
68.根据权利要求1至54和58至66中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第二抗原结合结构域与所述第二可变环(V2)(例如，Env三聚体顶点)中的gp120的表位或区域结合，并且与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或者包含所述区域：PG9、PG16、PGC14、PGG14、PGT-142、PGT-143、PGT-144、PGT-145、CH01、CH59、PGDM1400、CAP256、CAP256-VRC26.08、CAP256-VRC26.09、CAP256-VRC26.25、PCT64-24E和VRC38.01。
69.根据权利要求1至54和58至66中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第二抗原结合结构域与所述CD4结合位点(CD4bs)中的gp120的表位或区域结合，并且与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或者包含所述区域：3BNC117、GS-9723、GS-5423、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。
70.根据权利要求1至64和66中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第二抗原结合结构域与CD4结合位点(CD4bs)中的gp120的表位或区域结合，并且包含CD4的一个或多个胞外(EC)结构域。
71.根据权利要求70所述的多特异性抗原结合分子，其中CD4的所述一个或多个EC结构域包含如下所示的序列，或与选自以下的序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的序列：
(i)KKVVYGKKGDTVELTCTASQKKNIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRVDSRRSLWDQGNFPLIIKNLKPEDSDTYICEVEDQKEEVQLVVVG(SEQ ID NO:746)；
(ii)KKVVYGKKGDTVELTCTASQKKNIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRVDSRRSLWDQGNFPLIIKNLKPEDSDTYICEVEDQKEEVQLVVVGGGGSGKKVVYGKKGDTVELTCTASQKKNIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRVDSRRSLWDQGNFPLIIKNLKPEDSDTYICEVEDQKEEVQLVVVG(SEQ ID NO:747)；
(iii)KKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSDTYICEVEDQKEEVQLLVFG(SEQ ID NO:748)；或者
(iv)KKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSDTYICEVEDQKEEVQLLVFGGGGSGKKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSDTYICEVEDQKEEVQLLVFG(SEQ ID NO:749)。
72.根据权利要求71所述的多特异性抗原结合分子，其中CD4的所述EC结构域包含与SEQ ID NO:746的序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的序列。
73.根据权利要求71至72中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中CD4的所述EC结构域包含与SEQ ID NO:746的序列具有至少95％同一性的序列。
74.根据权利要求71至73中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中CD4的所述EC结构域包含与SEQ ID NO:746的序列具有至少99％同一性的序列。
75.根据权利要求71至74中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中CD4的所述EC结构域包含SEQ ID NO:746的序列。
76.根据权利要求71至75中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、11、8、4、9和10，或SEQID NO:1、12、8、4、9和10；并且所述第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，所述一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，所述氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749的CD4 EC结构域或与所述结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。
77.根据权利要求76所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Kabat)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:1、12、8、4、9和10；并且所述第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，所述一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，所述氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域或与所述结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。
78.根据权利要求71至75中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25；并且所述第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，所述一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，所述氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749的CD4 EC结构域或与所述结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。
79.根据权利要求78所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Chothia)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:17、18、23、20、24和25；并且所述第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，所述一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，所述氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域或与所述结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。
80.根据权利要求71至75中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；并且所述第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，所述一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，所述氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749的CD4 EC结构域或与所述结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。
81.根据权利要求80所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据IMGT)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:28、29、32、31、24和10；并且所述第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，所述一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，所述氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域或与所述结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。
82.根据权利要求71至75中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、42、40、37、41和25；或SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且所述第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，所述一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，所述氨基酸序列包含选自SEQID NO:746-749的CD4 EC结构域或与所述结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。
83.根据权利要求82所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域包含分别包含以下氨基酸序列(根据Honegger)的第一VH-CDR1、第一VH-CDR2、第一VH-CDR3、第一VL-CDR1、第一VL-CDR2和第一VL-CDR3：SEQ ID NO:34、43、40、37、41和25；并且所述第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，所述一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，所述氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域或与所述结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。
84.根据权利要求71至75中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，所述第一VH和所述第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:49和55；
SEQ ID NO:50和55；SEQ ID NO:50和56；SEQ ID NO:51和55；或SEQ ID NO:51和56；并且所述第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个EC结构域，所述一个或多个EC结构域包含如下氨基酸序列，所述氨基酸序列包含选自SEQ ID NO:746-749的CD4 EC结构域或与所述结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。
85.根据权利要求71至84中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，所述第一VH和所述第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且所述第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，所述一个EC结构域包含如下氨基酸序列，所述氨基酸序列包含SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域或与所述结构域具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性。
86.根据权利要求85所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，所述第一VH和所述第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且所述第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，所述一个EC结构域包含如下氨基酸序列，所述氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少95％同一性。
87.根据权利要求86所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，所述第一VH和所述第一VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:51和56；并且所述第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，所述一个EC结构域包含如下氨基酸序列，所述氨基酸序列与SEQ ID NO:746的CD4 EC结构域具有至少99％同一性。
88.根据权利要求87所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域包含第一VH和第一VL，所述第一VH和所述第一VL分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQ IDNO:51和56；并且所述第二抗原结合结构域包含CD4的一个EC结构域，所述一个EC结构域包含SEQ ID NO:746的氨基酸序列。
89.根据权利要求1至54和58至69中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第二抗原结合结构域与所述gp120/gp41交界面中的gp120的表位或区域结合，并且与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或者包含所述区域：PGT-151、CAP248-2B、35O22、8ANC195、ACS202、VRC34和VRC34.01。
90.根据权利要求1至54和58至69中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第二抗原结合结构域与所述gp120沉默面的表位或区域结合，并且与选自VRC-PG05和SF12的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域。
91.根据权利要求1至54和58至69中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第二抗原结合结构域与膜近侧区域(MPER)中的gp41的表位或区域结合。
92.根据权利要求91所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第二抗原结合结构域与所述膜近侧区域(MPER)中的gp41的表位或区域结合，并且与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：10E8、10E8v4、10E8-5R-100cF、4E10、DH511.11P、2F5、7b2和LN01。
93.根据权利要求1至54和58至66中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第二抗原结合结构域与所述gp41融合肽的表位或区域结合，并且与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：VRC34和ACS202。
94.根据权利要求1至54、58至69和89至93中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第二抗原结合结构域包含第二VH和第二VL，所述第二VH包含第二VH-CDR1、第二VH-CDR2和第二VH-CDR3；所述第二VL包含第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VH-CDR3；所述第二VH-CDR1、第二VH-CDR2和第二VH-CDR3以及所述第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VH-CDR3分别包含如下所示的氨基酸序列(根据Kabat)：
a)SEQ ID NO:76、77、78、79、80和81；
b)SEQ ID NO:76、82、78、79、80和81；
c)SEQ ID NO:83、84、85、86、80和87；
d)SEQ ID NO:83、88、85、86、80和87；
e)SEQ ID NO:90、91、92、93、94和95；
f)SEQ ID NO:90、91、96、93、94和95；
g)SEQ ID NO:97、98、99、100、101和102；
h)SEQ ID NO:103、104、105、106、94和107；
i)SEQ ID NO:108、109、110、111、112和113；
j)SEQ ID NO:114、115、116、117、118和119；
k)SEQ ID NO:114、120、121、122、118和123；
l)SEQ ID NO:124、125、126、127、128和113；
m)SEQ ID NO:129、115、131、127、118和113；
n)SEQ ID NO:132、133、134、135、136和137；
o)SEQ ID NO:138、139、140、141、142和143；
p)SEQ ID NO:144、145、146、147、148和143；
q)SEQ ID NO:149、150、151、152、153和143；
r)SEQ ID NO:154、155、156、157、158和159；
s)SEQ ID NO:160、161、162、163、164和165；
t)SEQ ID NO:166、161、167、163、164和165；
u)SEQ ID NO:168、169、170、171、172和173；
v)SEQ ID NO:168、174、170、171、172和173；
w)SEQ ID NO:175、176、177、171、172和173；
x)SEQ ID NO:178、179、180、181、182和183；
y)SEQ ID NO:184、185、186、187、188和189；
z)SEQ ID NO:190、191、192、193、194和195；
aa)SEQ ID NO:196、197、198、199、200和201；
bb)SEQ ID NO:202、203、204、205、206和207；
cc)SEQ ID NO:208、209、210、211、212和213；
dd)SEQ ID NO:214、215、216、217、218和219；
ee)SEQ ID NO:214、220、216、221、218和219；
ff)SEQ ID NO:214、220、222、221、218和219；
gg)SEQ ID NO:223、224、225、226、227和228；
hh)SEQ ID NO:229、230、231、232、233和234；
ii)SEQ ID NO:902、903、904、905、906和907；
jj)SEQ ID NO:908、909、910、911、912和913；
kk)SEQ ID NO:914、915、916、917、918和919；或
ll)SEQ ID NO:920、921、922、923、924和925。
95.根据权利要求1至54、58至69和89至94中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第二抗原结合结构域包含第二VH和第二VL，所述第二VH包含第二VH-CDR1、第二VH-CDR2和第二VH-CDR3；所述第二VL包含第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VH-CDR3；所述第二VH-CDR1、第二VH-CDR2和第二VH-CDR3以及所述第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VH-CDR3分别包含如下所示的氨基酸序列(根据Chothia)：
a)SEQ ID NO:235、236、237、238、239和240；
b)SEQ ID NO:241、242、243、244、239和245；
c)SEQ ID NO:246、242、247、244、239和245；
d)SEQ ID NO:248、249、250、251、239和252；
e)SEQ ID NO:248、249、253、251、239和252；
f)SEQ ID NO:254、255、256、257、258和259；
g)SEQ ID NO:260、261、262、263、239和264；
h)SEQ ID NO:265、266、267、268、269和270；
i)SEQ ID NO:271、272、273、274、275和270；
j)SEQ ID NO:271、276、277、278、275和279；
k)SEQ ID NO:280、281、282、283、284和270；
l)SEQ ID NO:285、272、286、283、275和270；
m)SEQ ID NO:287、288、289、290、291和292；
n)SEQ ID NO:293、294、295、296、297和298；
o)SEQ ID NO:299、300、301、302、303和298；
p)SEQ ID NO:304、300、305、406、307和298；
q)SEQ ID NO:308、309、310、311、312和313；
r)SEQ ID NO:314、315、316、317、318和165；
s)SEQ ID NO:320、315、321、317、318和165；
t)SEQ ID NO:322、323、324、325、326和327；
u)SEQ ID NO:322、328、324、325、326和327；
v)SEQ ID NO:329、323、330、325、326和327；
w)SEQ ID NO:331、332、333、334、335和336；
x)SEQ ID NO:337、338、339、340、341和342；
y)SEQ ID NO:343、344、345、346、341和347；
z)SEQ ID NO:348、349、350、351、352和353；
aa)SEQ ID NO:354、355、356、357、358和359；
bb)SEQ ID NO:360、361、362、363、364和365；
cc)SEQ ID NO:366、367、368、369、370和371；
dd)SEQ ID NO:366、361、368、369、370和371；
ee)SEQ ID NO:372、361、373、369、370和371；
ff)SEQ ID NO:374、375、376、377、378和379；
gg)SEQ ID NO:380、381、382、383、384和385；
hh)SEQ ID NO:926、927、928、929、930和931；
ii)SEQ ID NO:932、933、934、935、936和937；
jj)SEQ ID NO:938、939、940、941、942和943；或
kk)SEQ ID NO:944、945、946、947、948和949。
96.根据权利要求1至54、58至69和89至95中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第二抗原结合结构域包含第二VH和第二VL，所述第二VH包含第二VH-CDR1、第二VH-CDR2和第二VH-CDR3；所述第二VL包含第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VH-CDR3；所述第二VH-CDR1、第二VH-CDR2和第二VH-CDR3以及所述第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VH-CDR3分别包含如下所示的氨基酸序列(根据IMGT)：
a)SEQ ID NO:386、387、388、389、239和81；
b)SEQ ID NO:390、391、392、393、239和87；
c)SEQ ID NO:390、391、394、393、239和87；
d)SEQ ID NO:395、396、397、393、239和87；
e)SEQ ID NO:398、399、400、401、239和95；
f)SEQ ID NO:398、399、402、401、239和95；
g)SEQ ID NO:403、404、405、406、258和102；
h)SEQ ID NO:407、408、409、410、239和107；
i)SEQ ID NO:411、412、413、414、269和113；
j)SEQ ID NO:415、416、417、418、275和119；
k)SEQ ID NO:415、419、420、421、275和123；
l)SEQ ID NO:422、423、424、425、275和113；
m)SEQ ID NO:426、416、427、425、275和113；
n)SEQ ID NO:428、429、430、431、291和137；
o)SEQ ID NO:432、433、434、435、297和143；
p)SEQ ID NO:436、437、438、439、303和143；
q)SEQ ID NO:440、437、441、442、307和143；
r)SEQ ID NO:443、444、445、446、312和159；
s)SEQ ID NO:447、448、449、450、318和165；
t)SEQ ID NO:451、448、452、450、318和165；
u)SEQ ID NO:453、454、455、456、326和173；
v)SEQ ID NO:453、457、455、456、326和173；
w)SEQ ID NO:458、459、460、456、326和173；
x)SEQ ID NO:461、462、463、464、335和183；
y)SEQ ID NO:465、466、467、468、341和189；
z)SEQ ID NO:469、470、471、472、341和195；
aa)SEQ ID NO:473、474、475、476、352和201；
bb)SEQ ID NO:477、478、479、480、358和207；
cc)SEQ ID NO:481、482、483、484、364和213；
dd)SEQ ID NO:485、486、487、488、370和219；
ee)SEQ ID NO:485、482、487、488、370和219；
ff)SEQ ID NO:489、482、490、488、370和219；
gg)SEQ ID NO:491、492、493、494、378和228；
hh)SEQ ID NO:495、496、497、498、384和234；
ii)SEQ ID NO:950、951、952、953、930和907；
jj)SEQ ID NO:954、955、956、957、936和913；
kk)SEQ ID NO:958、959、960、961、942和919；或
ll)SEQ ID NO:962、963、964、965、948和925。
97.根据权利要求1至54、58至69和89至96中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第二抗原结合结构域包含第二VH和第二VL，所述第二VH包含第二VH-CDR1、第二VH-CDR2和第二VH-CDR3；所述第二VL包含第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VH-CDR3；所述第二VH-CDR1、第二VH-CDR2和第二VH-CDR3以及所述第二VL-CDR1、第二VL-CDR2和第二VH-CDR3分别包含如下所示的氨基酸序列(根据Honegger)：
a)SEQ ID NO:499、500、501、238、502和240；
b)SEQ ID NO:499、503、501、238、502和240；
c)SEQ ID NO:505、506、507、244、502和245；
d)SEQ ID NO:508、509、510、244、502和245；
e)SEQ ID NO:511、512、513、251、514和252；
f)SEQ ID NO:511、512、515、251、514和252；
g)SEQ ID NO:516、517、518、257、519和259；
h)SEQ ID NO:520、521、522、264、523和264；
i)SEQ ID NO:524、525、526、268、527和270；j)SEQ ID NO:528、529、530、274、531和270；k)SEQ ID NO:528、532、533、278、531和279；l)SEQ ID NO:534、535、536、283、537和270；m)SEQ ID NO:1090、529、538、283、531和270；n)SEQ ID NO:539、540、541、290、542和292；o)SEQ ID NO:543、544、545、546、547和298；p)SEQ ID NO:548、549、550、1091、551和298；q)SEQ ID NO:552、553、554、555、556和298；r)SEQ ID NO:557、558、559、311、560和313；s)SEQ ID NO:561、562、563、564、565和165；t)SEQ ID NO:566、562、1092、564、567和165；u)SEQ ID NO:568、569、570、571、572和327；v)SEQ ID NO:568、573、570、571、572和327；w)SEQ ID NO:574、575、576、571、572和327；x)SEQ ID NO:577、578、579、580、581和336；y)SEQ ID NO:582、583、584、340、585和342；z)SEQ ID NO:586、587、588、346、589和347；aa)SEQ ID NO:590、591、592、351、593和353；bb)SEQ ID NO:594、595、596、597、598和359；cc)SEQ ID NO:599、600、601、602、603和365；dd)SEQ ID NO:604、605、606、607、608和371；ee)SEQ ID NO:604、609、606、607、608和371；
ff)SEQ ID NO:610、609、611、607、608和371；
gg)SEQ ID NO:612、613、614、615、616和379；
hh)SEQ ID NO:617、618、619、620、621和385；
ii)SEQ ID NO:966、967、968、969、970和931；
jj)SEQ ID NO:971、972、973、974、975和937；
kk)SEQ ID NO:976、977、978、941、979和943；或
ll)SEQ ID NO:980、981、982、983、984和949。
98.根据权利要求1至54、58至69和89至97中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第二VH和所述第二VL分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：
a)SEQ ID NO:622和623；
b)SEQ ID NO:624和625；
c)SEQ ID NO:624和626；
d)SEQ ID NO:627和628；
e)SEQ ID NO:629和630；
f)SEQ ID NO:631和632；
g)SEQ ID NO:633和634；
h)SEQ ID NO:635和636；
i)SEQ ID NO:637和638；
j)SEQ ID NO:639和640；
k)SEQ ID NO:641和642；
l)SEQ ID NO:643和644；
m)SEQ ID NO:645和646；
n)SEQ ID NO:647和648；
o)SEQ ID NO:649和650；
p)SEQ ID NO:651和652；
q)SEQ ID NO:653和654；
r)SEQ ID NO:655和656；
s)SEQ ID NO:657和658；
t)SEQ ID NO:659和660；
u)SEQ ID NO:661和662；
v)SEQ ID NO:663和664；
w)SEQ ID NO:665和666；
x)SEQ ID NO:667和668；
y)SEQ ID NO:669和670；
z)SEQ ID NO:671和672；
aa)SEQ ID NO:673和670；
bb)SEQ ID NO:674和675；
cc)SEQ ID NO:676和677；
dd)SEQ ID NO:678和679；
ee)SEQ ID NO:680和681；
ff)SEQ ID NO:682和683；
gg)SEQ ID NO:684和685；
hh)SEQ ID NO:686和687；
ii)SEQ ID NO:688和689；
jj)SEQ ID NO:690和691；
kk)SEQ ID NO:692和693；
ll)SEQ ID NO:694和695；
mm)SEQ ID NO:985和986；
nn)SEQ ID NO:987和988；
oo)SEQ ID NO:989和990；或
pp)SEQ ID NO:991和992。
99.根据权利要求1至54、58至69和89至98中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第二VH和所述第二VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列，并且在指定位置(根据Kabat编号的位置)处包含以下氨基酸：
(i)SEQ ID NO:622、624或627，包含以下的一者或多者：位置82a-82c处的Ser-Ser-Val(SSV)或Thr-Gly-Val(TGV)，位置39处的Gln(Q)，位置60处的Asn(N)，位置68处的His(H)，位置105处的Lys(K)、His(H)或Thr(T)中的任一者，位置2处的Leu(L)，位置32处的Ala(A)和位置95处的Ala(A)；以及SEQ ID NO:623、625、626或628，包含以下的一者或多者：位置67处的Gly(G)，位置67a处的Tyr(Y)、Phe(F)或Thr(T)，位置67b处的Arg(R)，位置67c处的Pro(P)和位置103处的Lys(K)；或
(ii)SEQ ID NO:663、665或667，包含以下的一者或多者：位置3处的His(H)，位置5处的Ser(S)或Val(V)，位置10处的Glu(E)，位置12处的Lys(K)，位置23处的Lys(K)，位置28处的Asn(N)，位置30处的Arg(R)，位置32处的Tyr(Y)，位置68处的Thr(T)，位置69处的Met(M)，位置72处的Gln(Q)或His(H)，位置74a处的Tyr(Y)、Phe(F)，位置76处的Phe(F)或Ser(S)，位置77处的Ser(S)，位置78处的Ala(A)，位置82a处的Ser(S)，位置82b处的Arg(R)，位置82c处的Val(V)，位置89处的Ile(I)或Thr(T)，位置98处的Phe(F)，位置99处的Thr(Y)或Gly(G)，位置105处的Gln(Q)，位置108处的Met(M)，位置74a、74b、74c和74d处的Phe-Asp-Phe-Asp(FDFD)(SEQ ID NO:1040)和位置74a、74b、74c和74d处的Trp-Asp-Phe-Asp(WDFD)(SEQ IDNO:1042)；以及SEQ ID NO:664、666或668，包含以下的一者或多者：位置14处的Arg(R)，位置18处的Arg(R)，位置19处的Ala(A)，位置39处的Lys(L)，位置40处的Pro(P)，位置56处的Thr(T)，位置60处的Ala(A)，位置65处的Ser(S)，位置72处的Thr(T)或His(H)，位置74处的Lys(K)，位置76处的Ser(S)，位置77处的Ser(S)，位置83处的Val(V)，位置98处的Ile(I)或Phe(F)，位置99处的Thr(T)或Gly(G)，位置103处的Asn(N)和位置106处的Ile(I)。
100.根据权利要求1至54、58至69和89至99中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第二VH和所述第二VL分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列，并且在指定位置(根据Kabat编号的位置)处包含以下氨基酸：
(i)SEQ ID NO:622、624或627，包含以下的一者或多者：位置82a-82c处的Thr-Gly-Val(TGV)，位置60处的Asn(N)，
位置68处的His(H)，位置105处的Lys(K)、His(H)或Thr(T)中的任一者；以及SEQ IDNO:623、625、626或628，包含以下的一者或多者：位置67处的Gly(G)，位置67a处的Tyr(Y)、Phe(F)或Thr(T)，位置67b处的Arg(R)，位置67c处的Pro(P)；或者
(ii)SEQ ID NO:663、665或667，包含位置74a处的Phe(F)；以及SEQ ID NO:664、666或668，包含位置19处的Ala(A)。
101.根据权利要求1至100中任一项所述的多特异性抗原结合分子，包含异源二聚体人IgG1或IgG4，所述异源二聚体人IgG1或IgG4包含第一Fc区和第二Fc区。
102.根据权利要求101所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一Fc区和所述第二Fc区来源于IgG1m17。
103.根据权利要求1至102中任一项所述的多特异性抗原结合分子，包含异源二聚体人IgG1或IgG4，所述异源二聚体人IgG1或IgG4包含第一Fc区和第二Fc区，其中所述第一Fc区和所述第二Fc区中的一者或两者在指定位置(EU编号)处包含以下氨基酸中的一者或多者：
(i)位置234处的丙氨酸
(ii)位置235处的丙氨酸；和
(iii)位置331处的丝氨酸。
104.根据权利要求1至103中任一项所述的多特异性抗原结合分子，包含异源二聚体人IgG1或IgG4，所述异源二聚体人IgG1或IgG4包含第一Fc区和第二Fc区，其中所述第一Fc区和所述第二Fc区中的一者或两者在指定位置(EU编号)处包含以下氨基酸：
(i)位置252处的酪氨酸、位置254处的苏氨酸和位置256处的谷氨酸(YTE)；或者
(ii)位置428处的亮氨酸和位置434处的丝氨酸(LS)。
105.根据权利要求1至104中任一项所述的多特异性抗原结合分子，包含异源二聚体人IgG1，所述异源二聚体人IgG1包含第一Fc区和第二Fc区，其中所述第一Fc区和所述第二Fc区两者在指定位置(EU编号)处均包含以下氨基酸：位置252处的酪氨酸、位置254处的苏氨酸和位置256处的谷氨酸(YTE)。
106.根据权利要求1至105中任一项所述的多特异性抗原结合分子，包含异源二聚体人IgG1或IgG4，所述异源二聚体人IgG1或IgG4包含第一Fc区和第二Fc区，所述第一Fc区和所述第二Fc区在指定位置(EU编号)处包含以下氨基酸：
(i)所述第一Fc区在位置366处包含色氨酸(T366W)；并且所述第二Fc区在位置366处包含丝氨酸(T366S)、在位置368处包含丙氨酸(L368A)并在位置407处包含缬氨酸(Y407V)；
(ii)所述第一Fc区在位置366处包含丝氨酸(T366S)、在位置368处包含丙氨酸(L368A)并在位置407处包含缬氨酸(Y407V)；并且所述第二Fc区在位置366处包含色氨酸(T366W)；
(iii)所述第一Fc区在位置354处包含半胱氨酸(S354C)、在位置366处包含色氨酸(T366W)；并且所述第二Fc区在位置349处包含半胱氨酸(Y349C)、在位置366处包含丝氨酸(T366S)、在位置368处包含丙氨酸(L368A)并在位置407处包含缬氨酸(Y407V)；
(iv)所述第一Fc区在位置349处包含半胱氨酸(Y349C)、在位置366处包含丝氨酸(T366S)、在位置368处包含丙氨酸(L368A)并在位置407处包含缬氨酸(Y407V)；并且所述第二Fc区在位置354处包含半胱氨酸(S354C)、在位置366处包含色氨酸(T366W)。
107.根据权利要求1至106中任一项所述的多特异性抗原结合分子，包含异源二聚体人IgG1，所述异源二聚体人IgG1包含第一Fc区和第二Fc区，所述第一Fc区和所述第二Fc区在指定位置(EU编号)处包含以下氨基酸：所述第一Fc区在位置366处包含丝氨酸(T366S)、在位置368处包含丙氨酸(L368A)并在位置407处包含缬氨酸(Y407V)；并且所述第二Fc区在位置366处包含色氨酸(T366W)。
108.根据权利要求1至107中任一项所述的多特异性抗原结合分子，包含异源二聚体人IgG1或IgG4，所述异源二聚体人IgG1或IgG4包含第一铰链区和第二铰链区，其中所述第一铰链区和所述第二铰链区中的一者或两者在位置220(EU编号)处包含丝氨酸(C220S)。
109.根据权利要求1至108中任一项所述的多特异性抗原结合分子，包含异源二聚体人IgG1或IgG4，所述异源二聚体人IgG1或IgG4包含第一Fc区和第二Fc区，其中所述第一Fc区或所述第二Fc区中的一者在指定位置(EU编号)处包含以下氨基酸：
(i)位置435处的精氨酸(H435R)；或者
(ii)位置435处的精氨酸(H435R)和位置436处的苯丙氨酸(Y436F)。
110.根据权利要求1至109中任一项所述的多特异性抗原结合分子，包含异源二聚体人IgG1，所述异源二聚体人IgG1包含第一Fc区和第二Fc区，其中所述第一Fc区在指定位置(EU编号)处包含以下氨基酸：位置435处的精氨酸(H435R)。
111.根据权利要求1至110中任一项所述的多特异性抗原结合分子，包含异源二聚体人IgG1或IgG4，所述异源二聚体人IgG1或IgG4包含第一Fc区和第二Fc区，所述第一Fc区和所述第二Fc区在指定位置(EU编号)处包含以下氨基酸：
(i)所述第一Fc区在位置234处包含丙氨酸(L234)、在位置235处包含丙氨酸(L235A)、在位置331处包含丝氨酸(P331S)
并在位置366处包含色氨酸(T366W)；并且所述第二Fc区在位置234处包含丙氨酸(L234)、在位置235处包含丙氨酸(L235A)、在位置331处包含丝氨酸(P331S)、在位置366处包含丝氨酸(T366S)、在位置368处包含丙氨酸(L368A)、在位置407处包含缬氨酸(Y407V)并在位置435处包含精氨酸(H435R)；
(ii)所述第一Fc区在位置234处包含丙氨酸(L234)、在位置235处包含丙氨酸(L235A)、在位置331处包含丝氨酸(P331S)并在位置366处包含色氨酸(T366W)；并且所述第二Fc区在位置234处包含丙氨酸(L234)、在位置235处包含丙氨酸(L235A)、在位置331处包含丝氨酸(P331S)、在位置366处包含丝氨酸(T366S)、在位置368处包含丙氨酸(L368A)、在位置407处包含缬氨酸(Y407V)、在位置435处包含精氨酸(H435R)并在位置436处包含苯丙氨酸(Y436F)；
(iii)所述第一Fc区在位置234处包含丙氨酸(L234)、在位置235处包含丙氨酸(L235A)、在位置331处包含丝氨酸(P331S)、在位置366处包含丝氨酸(T366S)、在位置368处包含丙氨酸(L368A)并在位置407处包含缬氨酸(Y407V)；并且所述第二Fc区在位置234处包含丙氨酸(L234)、在位置235处包含丙氨酸(L235A)、在位置331处包含丝氨酸(P331S)并在位置366处包含色氨酸(T366W)；
(iv)所述第一Fc区在位置234处包含丙氨酸(L234)、在位置235处包含丙氨酸(L235A)、在位置331处包含丝氨酸(P331S)、在位置366处包含色氨酸(T366W)、在位置428处包含亮氨酸(M428L)并在位置434处包含丝氨酸(N434S)；并且所述第二Fc区在位置234处包含丙氨酸(L234)、在位置235处包含丙氨酸(L235A)、在位置331处包含丝氨酸(P331S)、在位置366处包含丝氨酸(T366S)、在位置368处包含丙氨酸(L368A)、在位置407处包含缬氨酸(Y407V)并在位置435处包含精氨酸(H435R)；或者
(v)所述第一Fc区在位置234处包含丙氨酸(L234)、在位置235处包含丙氨酸(L235A)、在位置331处包含丝氨酸(P331S)、在位置366处包含色氨酸(T366W)、在位置252处包含酪氨酸(M252Y)、在位置254位处包含苏氨酸(S254T)并在位置256处包含谷氨酸(T256E)；并且所述第二Fc区在位置234处包含丙氨酸(L234)、在位置235处包含丙氨酸(L235A)、在位置331处包含丝氨酸(P331S)、在位置366处包含丝氨酸(T366S)、在位置368处包含丙氨酸(L368A)、在位置407处包含缬氨酸(Y407V)并在位置435处包含精氨酸(H435R)。
112.根据权利要求1至111中任一项所述的多特异性抗原结合分子，包含异源二聚体人IgG1，所述异源二聚体人IgG1包含第一Fc区和第二Fc区，所述第一Fc区和所述第二Fc区在指定位置(EU编号)处包含以下氨基酸：所述第一Fc区在位置234处包含丙氨酸(L234)、在位置235处包含丙氨酸(L235A)、在位置331处包含丝氨酸(P331S)、在位置366处包含丝氨酸(T366S)、在位置368处包含丙氨酸(L368A)、在位置407处包含缬氨酸(Y407V)并在位置435处包含精氨酸(H435R)；并且所述第二Fc区在位置234处包含丙氨酸(L234)、在位置235处包含丙氨酸(L235A)、在位置331处包含丝氨酸(P331S)、在位置366处包含色氨酸(T366W)、在位置252处包含酪氨酸(M252Y)、在位置254处包含苏氨酸(S254T)并在位置256处包含谷氨酸(T256E)。
113.根据权利要求1至112中任一项所述的多特异性抗原结合分子，包含异源二聚体人IgG1，所述异源二聚体人IgG1包含第一Fc区和第二Fc区，所述第一Fc区和所述第二Fc区分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：
a)SEQ ID NO:696和697；
b)SEQ ID NO:697和696；
c)SEQ ID NO:696和698；
d)SEQ ID NO:698和696；
e)SEQ ID NO:699和700；
f)SEQ ID NO:700和699；
g)SEQ ID NO:701和698；
h)SEQ ID NO:698和701；
i)SEQ ID NO:702和703；
j)SEQ ID NO:703和702；
k)SEQ ID NO:704和698；
l)SEQ ID NO:698和704；
m)SEQ ID NO:705和703；
n)SEQ ID NO:703和705；
o)SEQ ID NO:706和704；
p)SEQ ID NO:704和706；
q)SEQ ID NO:707和703；
r)SEQ ID NO:703和707；
s)SEQ ID NO:708和704；
t)SEQ ID NO:704和708；
u)SEQ ID NO:709和710；或
v)SEQ ID NO:710和709。
114.根据权利要求1至113中任一项所述的多特异性抗原结合分子，包含异源二聚体人IgG1，所述异源二聚体人IgG1包含第一Fc区和第二Fc区，所述第一Fc区和所述第二Fc区分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:703和705。
115.根据权利要求1至114中任一项所述的多特异性抗原结合分子，包含异源二聚体人IgG1，所述异源二聚体人IgG1包含第一Fc区和第二Fc区，所述第一Fc区和所述第二Fc区分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:703和705。
116.根据权利要求1至115中任一项所述的多特异性抗原结合分子，包含异源二聚体人IgG1，所述异源二聚体人IgG1包含第一Fc区和第二Fc区，所述第一Fc区和第二Fc区分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:703和705。
117.根据权利要求1至116中任一项所述的多特异性抗原结合分子，包含异源二聚体人IgG1，所述异源二聚体人IgG1分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:703和705。
118.根据权利要求1至117中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域是scFv，并且所述第二抗原结合结构域是Fab，其中所述第一抗原结合结构域包含第一重链(HC)，并且所述第二抗原结合结构域包含第二HC和轻链(LC)，所述第一HC、所述第二HC和所述LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或者分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：
1)SEQ ID NO:800、801和802；
2)SEQ ID NO:800、803和802；
3)SEQ ID NO:804、803和802；
4)SEQ ID NO:804、805和802；
5)SEQ ID NO:806、801和802；
6)SEQ ID NO:806、803和802；
7)SEQ ID NO:807、803和802；
8)SEQ ID NO:807、805和802；
9)SEQ ID NO:808、809和802；
10)SEQ ID NO:808、810和802；
11)SEQ ID NO:811、801和802；
12)SEQ ID NO:812、809和802；
13)SEQ ID NO:812、810和802；
14)SEQ ID NO:813、805和802；
15)SEQ ID NO:812、814和802；
16)SEQ ID NO:815、801和802；
17)SEQ ID NO:816、805和802；
18)SEQ ID NO:817、801和802；
19)SEQ ID NO:818、805和802；
20)SEQ ID NO:819、810和802；
21)SEQ ID NO:820、810和802；
22)SEQ ID NO:821、822和823；
23)SEQ ID NO:824、825和823；
24)SEQ ID NO:826、825和823；
25)SEQ ID NO:826、827和823；
26)SEQ ID NO:828、829和823；
27)SEQ ID NO:830、822和823；
28)SEQ ID NO:830、825和823；
29)SEQ ID NO:831、825和823；
30)SEQ ID NO:831、827和823；
31)SEQ ID NO:832、833和823；
32)SEQ ID NO:832、829和823；
33)SEQ ID NO:834、827和823；
34)SEQ ID NO:835、829和823；
35)SEQ ID NO:836、829和823；
36)SEQ ID NO:837、833和823；
37)SEQ ID NO:837、838和823；
38)SEQ ID NO:839、840和823；
39)SEQ ID NO:841、829和823；
40)SEQ ID NO:842、829和823；
41)SEQ ID NO:843、829和823；
42)SEQ ID NO:844、829和823；
43)SEQ ID NO:845、829和823；
44)SEQ ID NO:846、829和823；
45)SEQ ID NO:846、833和823；
46)SEQ ID NO:846、838和823；
47)SEQ ID NO:847、827和823；
48)SEQ ID NO:848、829和823；
49)SEQ ID NO:849、829和823；
50)SEQ ID NO:850、829和823；
51)SEQ ID NO:851、829和823；
52)SEQ ID NO:852、829和823；
53)SEQ ID NO:853、829和823；
54)SEQ ID NO:854、829和823；
55)SEQ ID NO:855、829和823；
56)SEQ ID NO:856、829和823；
57)SEQ ID NO:857、829和823；
58)SEQ ID NO:858、829和823；
59)SEQ ID NO:859、829和823；
60)SEQ ID NO:860、829和823；
61)SEQ ID NO:861、862和863；
62)SEQ ID NO:861、864和863；
63)SEQ ID NO:865、864和863；
64)SEQ ID NO:865、866和863；
65)SEQ ID NO:867、868和863；
66)SEQ ID NO:869、862和863；
67)SEQ ID NO:869、864和863；
68)SEQ ID NO:870、864和863；
69)SEQ ID NO:870、866和863；
70)SEQ ID NO:871、872和863；
71)SEQ ID NO:871、868和863；
72)SEQ ID NO:873、862和863；
73)SEQ ID NO:874、866和863；
74)SEQ ID NO:875、872和863；
75)SEQ ID NO:875、868和863；
76)SEQ ID NO:875、876和863；
77)SEQ ID NO:877、862和863；
78)SEQ ID NO:878、866和863；
79)SEQ ID NO:879、862和863；
80)SEQ ID NO:880、866和863；
81)SEQ ID NO:881、882和883；
82)SEQ ID NO:881、884和883；
83)SEQ ID NO:885、884和883；
84)SEQ ID NO:885、886和883；
85)SEQ ID NO:887、888和883；
86)SEQ ID NO:889、882和883；
87)SEQ ID NO:889、884和883；
88)SEQ ID NO:890、884和883；
89)SEQ ID NO:890、886和883；
90)SEQ ID NO:891、892和883；
91)SEQ ID NO:891、888和883；
92)SEQ ID NO:893、882和883；
93)SEQ ID NO:894、886和883；
94)SEQ ID NO:895、892和883；
95)SEQ ID NO:895、888和883；
96)SEQ ID NO:895、896和883；
97)SEQ ID NO:897、882和883；
98)SEQ ID NO:898、886和883；
99)SEQ ID NO:899、882和883；或
100)SEQ ID NO:900、886和883。
119.根据权利要求1至118中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域是scFv，并且所述第二抗原结合结构域是Fab，其中所述第一抗原结合结构域包含第一重链(HC)，并且所述第二抗原结合结构域包含第二HC和轻链(LC)，所述第一HC、所述第二HC和所述LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或者分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：
1)SEQ ID NO:800、801和802；
2)SEQ ID NO:800、803和802；
3)SEQ ID NO:804、803和802；
4)SEQ ID NO:804、805和802；
5)SEQ ID NO:806、801和802；
6)SEQ ID NO:806、803和802；
7)SEQ ID NO:807、803和802；
8)SEQ ID NO:807、805和802；
9)SEQ ID NO:808、809和802；
10)SEQ ID NO:808、810和802；
11)SEQ ID NO:821、822和823；
12)SEQ ID NO:824、825和823；
13)SEQ ID NO:826、825和823；
14)SEQ ID NO:826、827和823；
15)SEQ ID NO:828、829和823；
16)SEQ ID NO:830、822和823；
17)SEQ ID NO:830、825和823；
18)SEQ ID NO:831、825和823；
19)SEQ ID NO:831、827和823；
20)SEQ ID NO:832、833和823；
21)SEQ ID NO:832、829和823；
22)SEQ ID NO:861、862和863；
23)SEQ ID NO:861、864和863；
24)SEQ ID NO:865、864和863；
25)SEQ ID NO:865、866和863；
26)SEQ ID NO:867、868和863；
27)SEQ ID NO:869、862和863；
28)SEQ ID NO:869、864和863；
29)SEQ ID NO:870、864和863；
30)SEQ ID NO:870、866和863；
31)SEQ ID NO:871、872和863；
32)SEQ ID NO:871、868和863；
33)SEQ ID NO:881、882和883；
34)SEQ ID NO:881、884和883；
35)SEQ ID NO:885、884和883；
36)SEQ ID NO:885、886和883；
37)SEQ ID NO:887、888和883；
38)SEQ ID NO:889、882和883；
39)SEQ ID NO:889、884和883；
40)SEQ ID NO:890、884和883；
41)SEQ ID NO:890、886和883；
42)SEQ ID NO:891、892和883；或
43)SEQ ID NO:891、888和883。
120.根据权利要求1至119中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域是scFv，并且所述第二抗原结合结构域是Fab，其中所述第一抗原结合结构域包含第一重链(HC)，并且所述第二抗原结合结构域包含第二HC和轻链(LC)，所述第一HC、所述第二HC和所述LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或者分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：
1)SEQ ID NO:800、801和802；
2)SEQ ID NO:800、803和802；
3)SEQ ID NO:804、803和802；
4)SEQ ID NO:804、805和802；
5)SEQ ID NO:821、822和823；
6)SEQ ID NO:824、825和823；
7)SEQ ID NO:826、825和823；
8)SEQ ID NO:826、827和823；
9)SEQ ID NO:828、829和823；
10)SEQ ID NO:861、862和863；
11)SEQ ID NO:861、864和863；
12)SEQ ID NO:865、864和863；
13)SEQ ID NO:865、866和863；
14)SEQ ID NO:867、868和863；
15)SEQ ID NO:881、882和883；
16)SEQ ID NO:881、884和883；
17)SEQ ID NO:885、884和883；
18)SEQ ID NO:885、886和883；或
19)SEQ ID NO:887、888和883。
121.根据权利要求1至120中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域是scFv，并且所述第二抗原结合结构域是Fab，其中所述第一抗原结合结构域包含第一重链(HC)，并且所述第二抗原结合结构域包含第二HC和轻链(LC)，所述第一HC、所述第二HC和所述LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或者分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：
1)SEQ ID NO:800、801和802；
2)SEQ ID NO:800、803和802；
3)SEQ ID NO:804、803和802；
4)SEQ ID NO:804、805和802；
5)SEQ ID NO:821、822和823；
6)SEQ ID NO:824、825和823；
7)SEQ ID NO:826、825和823；
8)SEQ ID NO:826、827和823；
9)SEQ ID NO:828、829和823；
10)SEQ ID NO:861、862和863；
11)SEQ ID NO:861、864和863；
12)SEQ ID NO:865、864和863；
13)SEQ ID NO:865、866和863；或
14)SEQ ID NO:867、868和863。
122.一种与人CD3和HIV gp120结合的多特异性抗原结合分子，其中所述抗原结合分子包含：
(a)第一抗原结合结构域，包含第一重链可变结构域(VH)和第一轻链可变结构域(VL)，其中所述第一抗原结合结构域与CD3结合；和
(b)与HIV gp120结合的第二抗原结合结构域，所述第二抗原结合结构域包含CD4的一个或多个胞外(EC)结构域，其中CD4的所述一个或多个EC结构域包含如下所示的序列，或与选自以下的序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的序列：
(i)KKVVYGKKGDTVELTCTASQKKNIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRVDSRRSLWDQGNFPLIIKNLKPEDSDTYICEVEDQKEEVQLVVVG(SEQ ID NO:746)；
(ii)KKVVYGKKGDTVELTCTASQKKNIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRVDSRRSLWDQGNFPLIIKNLKPEDSDTYICEVEDQKEEVQLVVVGGGGSGKKVVYGKKGDTVELTCTASQKKNIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRVDSRRSLWDQGNFPLIIKNLKPEDSDTYICEVEDQKEEVQLVVVG(SEQ ID NO:747)；
(iii)KKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSDTYICEVEDQKEEVQLLVFG(SEQ ID NO:748)；或者
(iv)KKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSDTYICEVEDQKEEVQLLVFGGGGSGKKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSDTYICEVEDQKEEVQLLVFG(SEQ ID NO:749)。
123.根据权利要求122所述的多特异性抗原结合分子，其中CD4的所述一个或多个EC结构域包含如下所示的序列，或与SEQ ID NO:746的序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的序列。
124.根据权利要求1至88、101至117和122至123中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域是Fab，并且所述第二抗原结合结构域是scFv或CD4的EC结构域，其中所述第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且所述第二抗原结合结构域包含第二HC，所述第二HC、所述第一HC和所述LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或者分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：
1)SEQ ID NO:751、752和753；
2)SEQ ID NO:754、752和753；
3)SEQ ID NO:755、756和753；
4)SEQ ID NO:755、757和753；
5)SEQ ID NO:758、757和753；
6)SEQ ID NO:759、756和753；
7)SEQ ID NO:754、760和761；
8)SEQ ID NO:762、760和761；
9)SEQ ID NO:751、763和753；
10)SEQ ID NO:764、752和753；
11)SEQ ID NO:765、752和753；
12)SEQ ID NO:766、767和753；
13)SEQ ID NO:766、768和753；
14)SEQ ID NO:769、768和753；
15)SEQ ID NO:770、767和753；
16)SEQ ID NO:765、771和761；
17)SEQ ID NO:772、771和761；
18)SEQ ID NO:774、775和776；
19)SEQ ID NO:777、778和776；
20)SEQ ID NO:779、778和776；
21)SEQ ID NO:779、780和776；
22)SEQ ID NO:777、781和776；
23)SEQ ID NO:782、752和753；
24)SEQ ID NO:783、752和753；
25)SEQ ID NO:784、785和753；
26)SEQ ID NO:784、786和753；
27)SEQ ID NO:787、786和753；
28)SEQ ID NO:788、785和753；
29)SEQ ID NO:783、789和761；
30)SEQ ID NO:790、789和761；
31)SEQ ID NO:792、793和794；
32)SEQ ID NO:795、796和794；
33)SEQ ID NO:797、796和794；
34)SEQ ID NO:797、798和794；或
35)SEQ ID NO:795、799和794。
125.根据权利要求1至88、101至117和122至124中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域是Fab，并且所述第二抗原结合结构域是scFv或CD4的EC结构域，其中所述第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且所述第二抗原结合结构域包含第二HC，所述第二HC、所述第一HC和所述LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或者分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：
1)SEQ ID NO:751、752和753；
2)SEQ ID NO:754、752和753；
3)SEQ ID NO:755、756和753；
4)SEQ ID NO:755、757和753；
5)SEQ ID NO:758、757和753；
6)SEQ ID NO:759、756和753；
7)SEQ ID NO:764、752和753；
8)SEQ ID NO:765、752和753；
9)SEQ ID NO:766、767和753；
10)SEQ ID NO:766、768和753；
11)SEQ ID NO:769、768和753；
12)SEQ ID NO:770、767和753；
13)SEQ ID NO:777、778和776；
14)SEQ ID NO:779、778和776；
15)SEQ ID NO:779、780和776；
16)SEQ ID NO:777、781和776；
17)SEQ ID NO:782、752和753；
18)SEQ ID NO:783、752和753；
19)SEQ ID NO:784、785和753；
20)SEQ ID NO:784、786和753；
21)SEQ ID NO:787、786和753；
22)SEQ ID NO:788、785和753；
23)SEQ ID NO:795、796和794；
24)SEQ ID NO:797、796和794；
25)SEQ ID NO:797、798和794；或
26)SEQ ID NO:795、799和794。
126.根据权利要求1至88、101至117和122至125中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域是Fab，并且所述第二抗原结合结构域是scFv或CD4的EC结构域，其中所述第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且所述第二抗原结合结构域包含第二HC，所述第二HC、所述第一HC和所述LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或者分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：
1)SEQ ID NO:751、752和753；
2)SEQ ID NO:754、752和753；
3)SEQ ID NO:755、756和753；
4)SEQ ID NO:755、757和753；
5)SEQ ID NO:758、757和753；或
6)SEQ ID NO:759、756和753。
127.根据权利要求1至88、101至117和122至126中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域是Fab，并且所述第二抗原结合结构域是scFv或CD4的EC结构域，其中所述第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且所述第二抗原结合结构域包含第二HC，所述第二HC、所述第一HC和所述LC分别包含如下所示的氨基酸序列，或者分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：
1)SEQ ID NO:751、752和753；或
2)SEQ ID NO:755、756和753。
128.根据权利要求1至88、101至117和122至127中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域是Fab，并且所述第二抗原结合结构域是CD4的EC结构域，其中所述第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且所述第二抗原结合结构域包含第二HC，所述第二HC、所述第一HC和所述LC分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:751、752和753。
129.根据权利要求1至88、101至117和122至128中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域是Fab，并且所述第二抗原结合结构域是CD4的EC结构域，其中所述第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且所述第二抗原结合结构域包含第二HC，所述第二HC、所述第一HC和所述LC分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:751、752和753。
130.根据权利要求1至88、101至117和122至129中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域是Fab，并且所述第二抗原结合结构域是CD4的EC结构域，其中所述第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且所述第二抗原结合结构域包含第二HC，所述第二HC、所述第一HC和所述LC分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:751、752和753。
131.根据权利要求1至88、101至117和122至130中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域是Fab，并且所述第二抗原结合结构域是CD4的EC结构域，其中所述第一抗原结合结构域包含第一HC和LC，并且所述第二抗原结合结构域包含第二HC，所述第二HC、所述第一HC和所述LC分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQ ID NO:751、752和753。
132.根据权利要求1至131中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述多特异性抗原结合分子是双特异性抗原结合分子。
133.根据权利要求132所述的多特异性抗原结合分子，其结合或靶向人CD3和HIVgp120。
134.根据权利要求1至133中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH和所述第一VL分别与人种系VH和人种系VL具有至少80％、81％、82％、83％、84％、85％或更高的序列相似性。
135.根据权利要求1至134中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域与蛋白质A的结合减少或不显著或基本上不结合，或不可检测地与蛋白质A结合。
136.根据权利要求1至134中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域以大于10-6M的KD与蛋白质A结合。
137.根据权利要求1至136中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域以低于10nM，例如，低于9.5nM、
9.0nM、8.5nM、8.0nM、7.5nM、7.0nM、6.5nM、6.0nM、5.5nM、
5.0nM、4.5nM、4.0nM、3.5nM、3.0nM或更低的KD与CD3结合。
138.根据权利要求137所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域以低于3.0nM(例如，2.5nM)的KD与CD3结合。
139.根据权利要求1至137中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述抗原结合分子在人或食蟹猴中具有至少3天，例如，至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少8天、至少9天、至少10天、至少11天、至少12天、至少13天、至少14天、至少15天、至少16天或更长的血清半衰期。
140.根据权利要求1至139中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述抗原结合分子在人或食蟹猴中具有至少7天的血清半衰期。
141.根据权利要求1至139中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域以低于7.0nM，例如，低于6.5nM、
6.0nM、5.5nM、5.0nM、4.5nM、4.0nM、3.5nM、3.0nM或更低的KD与CD3结合，并且所述抗原结合分子在人或食蟹猴中具有至少5天，例如，至少5.5天、至少6天、至少6.5天、至少7天、至少7.5天、至少8天、至少8.5天、至少9天、至少10天、至少11天、至少12天、至少13天、至少14天或更长的血清半衰期。
142.根据权利要求1至141中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一抗原结合结构域以低于3.0nM(例如，2.5nM)的KD与CD3结合，并且所述抗原结合分子在人或食蟹猴中具有至少7天的血清半衰期。
143.根据权利要求1至142中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH、所述第一VL、所述第二VH和所述第二VL中的至少一者中的至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少85％、至少90％或更多的N-连接的糖基化位点是唾液酸化的。
144.根据权利要求1至143中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH、所述第一VL、所述第二VH和所述第二VL中的至少一者中的所述N-连接的糖基化位点具有至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少85％、至少90％或更多的唾液酸占据率(例如，包含一个或两个末端唾液酸残基的聚糖)。
145.根据权利要求143至144中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH、所述第一VL、所述第二VH和所述第二VL中的至少一者中的所述唾液酸化的N-连接的糖基化位点包含1至5个唾液酸残基，例如1至4个唾液酸残基，例如1至3个唾液酸残基，例如1至2个唾液酸残基。
146.根据权利要求143至145中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述第一VH、所述第一VL、所述第二VH和所述第二VL的至少一者被N-乙酰神经氨酸(NANA)唾液酸化。
147.根据权利要求143至146中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述唾液酸残基存在于双触角结构中。
148.根据权利要求143至147中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述唾液酸残基存在于复杂的N-连接的聚糖结构中。
149.根据权利要求143至147中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述唾液酸残基存在于杂合的N-连接的聚糖结构中。
150.根据权利要求143至147中任一项所述的多特异性抗原结合分子，其中所述聚糖是末端唾液酸化的。
151.一种或多种多核苷酸，其编码根据权利要求1至124中任一项所述的多特异性抗原结合分子的所述第一VH和所述第一VL。
152.根据权利要求151所述的一种或多种多核苷酸，还包括编码根据权利要求64至132中任一项所述的多特异性抗原结合分子的所述第二VH和所述第二VL的一种或多种多核苷酸。
153.根据权利要求151至152中任一项所述的一种或多种多核苷酸，包括编码根据权利要求64至121中任一项所述的多特异性抗原结合分子的所述第一抗原结合结构域的所述HC以及所述第二抗原结合结构域的所述HC和所述LC的一种或多种多核苷酸，所述第一抗原结合结构域是scFv，所述第二抗原结合结构域是Fab。
154.根据权利要求151至152中任一项所述的一种或多种多核苷酸，包括编码根据权利要求64至132中任一项所述的多特异性抗原结合分子的所述第一抗原结合结构域的所述HC和所述LC以及所述第二抗原结合结构域的所述HC的一种或多种多核苷酸，所述第一抗原结合结构域是Fab，所述第二抗原结合结构域是scFv或CD4的EC结构域。
155.根据权利要求151至154中任一项所述的一种或多种多核苷酸，其编码根据权利要求122至132中任一项所述的多特异性抗原结合分子，所述一种或多种多核苷酸包含以下多核苷酸序列，或分别与如下所示的多核苷酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的多核苷酸序列：
i.SEQ ID NO:995、996和997；
ii.SEQ ID NO:998、999和1000；
iii.SEQ ID NO:1001、1002和1003；
iv.SEQ ID NO:1004、1005和1000；
v.SEQ ID NO:1006、1002和997；
vi.SEQ ID NO:1007、1093和1000；
vii.SEQ ID NO:998、1008和1000；
viii.SEQ ID NO:998、1009和1000；
ix.SEQ ID NO:1010、1011和1012；
x.SEQ ID NO:1013、1014和1015；
xi.SEQ ID NO:1016、1017和1012；
xii.SEQ ID NO:1018、1019和1012；
xiii.SEQ ID NO:1018、1020和1012；
xiv.SEQ ID NO:1021、1022和1023；或
xv.SEQ ID NO:1024、1025和1023。
156.根据权利要求151至155中任一项所述的一种或多种多核苷酸，其编码根据权利要求122至132中任一项所述的多特异性抗原结合分子，所述一种或多种多核苷酸包含以下多核苷酸序列，或分别与如下所示的多核苷酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的多核苷酸序列：SEQ ID NO:995、996和997。
157.根据权利要求156所述的一种或多种多核苷酸，包含分别与如下所示的多核苷酸序列具有至少95％同一性的多核苷酸序列：SEQ ID NO:995、996和997。
158.根据权利要求156至157中任一项所述的一种或多种多核苷酸，包含分别与如下所示的多核苷酸序列具有至少99％同一性的多核苷酸序列：SEQ ID NO:995、996和997。
159.根据权利要求156至158中任一项所述的一种或多种多核苷酸，分别包含以下多核苷酸序列：SEQ ID NO:995、996和997。
160.根据权利要求151至155中任一项所述的一种或多种多核苷酸，其编码根据权利要求122至132中任一项所述的多特异性抗原结合分子，所述一种或多种多核苷酸包含以下多核苷酸序列，或分别与如下所示的多核苷酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的多核苷酸序列：SEQ ID NO:998、999和1000。
161.根据权利要求156所述的一种或多种多核苷酸，包含分别与如下所示的多核苷酸序列具有至少95％同一性的多核苷酸序列：SEQ ID NO:998、999和1000。
162.根据权利要求156至157中任一项所述的一种或多种多核苷酸，包含分别与如下所示的多核苷酸序列具有至少99％同一性的多核苷酸序列：SEQ ID NO:998、999和1000。
163.根据权利要求156至158中任一项所述的一种或多种多核苷酸，分别包含以下多核苷酸序列：SEQ ID NO:998、999和1000。
164.根据权利要求151至163中任一项所述的一种或多种多核苷酸，其中所述一种或多种多核苷酸由DNA或RNA组成。
165.根据权利要求151至164中任一项所述的一种或多种多核苷酸，其中所述一种或多种多核苷酸由mRNA组成。
166.根据权利要求151至165中任一项所述的一种或多种多核苷酸，包含用于在人细胞中有效表达的密码子偏好性。
167.一种脂复合物，例如脂质纳米颗粒(LNP)，包含根据权利要求151至166中任一项所述的一种或多种多核苷酸。
168.一种或多种表达盒，包含可操作地连接到根据权利要求151至166中任一项所述的一种或多种多核苷酸的一个或多个调控序列。
169.一种或多种表达载体，包含可操作地连接到根据权利要求151至166中任一项所述的一种或多种多核苷酸或根据权利要求168所述的一种或多种表达盒的一个或多个调控序列。
170.根据权利要求169所述的一种或多种表达载体，其中所述一种或多种表达载体包括质粒载体或病毒载体。
171.根据权利要求169至170中任一项所述的表达载体，其中所述表达载体包含：
(i)第一表达盒，包含编码抗HIV gp120 VL-CL融合蛋白的第一多核苷酸；
(ii)第二表达盒，包含编码抗HIV gp120 VH-Fc融合蛋白的第二多核苷酸；和
(iii)第三表达盒，包含编码抗CD3 scFv-Fc融合蛋白的第三多核苷酸。
172.根据权利要求169至170中任一项所述的表达载体，其中所述表达载体以从5'至3'的先后顺序包含：
(i)第一表达盒，包含编码抗HIV gp120 VL-CL融合蛋白的第一多核苷酸；
(ii)第二表达盒，包含编码抗HIV gp120 VH-Fc融合蛋白的第二多核苷酸；和
(iii)第三表达盒，包含编码抗CD3 scFv-Fc融合蛋白的第三多核苷酸。
173.根据权利要求171至172中任一项所述的表达载体，其中所述抗HIV gp120 VL-CL融合蛋白、所述抗HIV gp120 VH-Fc融合蛋白和所述抗CD3 scFv-Fc融合蛋白分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：
1)SEQ ID NO:802、801和800；
2)SEQ ID NO:802、803和800；
3)SEQ ID NO:802、803和804；
4)SEQ ID NO:802、805和804；
5)SEQ ID NO:802、801和806；
6)SEQ ID NO:802、803和806；
7)SEQ ID NO:802、803和807；
8)SEQ ID NO:802、805和807；
9)SEQ ID NO:802、809和808；
10)SEQ ID NO:802、810和808；
11)SEQ ID NO:802、801和811；
12)SEQ ID NO:802、809和812；
13)SEQ ID NO:802、810和812；
14)SEQ ID NO:802、805和813；
15)SEQ ID NO:802、814和812；
16)SEQ ID NO:802、801和815；
17)SEQ ID NO:802、805和816；
18)SEQ ID NO:802、801和817；
19)SEQ ID NO:802、805和818；
20)SEQ ID NO:802、810和819；
21)SEQ ID NO:802、810和820；
22)SEQ ID NO:823、822和821；
23)SEQ ID NO:823、825和824；
24)SEQ ID NO:823、825和826；
25)SEQ ID NO:823、827和826；
26)SEQ ID NO:823、829和828；
27)SEQ ID NO:823、822和830；
28)SEQ ID NO:823、825和830；
29)SEQ ID NO:823、825和831；
30)SEQ ID NO:823、827和831；
31)SEQ ID NO:823、833和832；
32)SEQ ID NO:823、829和832；
33)SEQ ID NO:823、827和834；
34)SEQ ID NO:823、829和835；
35)SEQ ID NO:823、829和836；
36)SEQ ID NO:823、833和837；
37)SEQ ID NO:823、838和837；
38)SEQ ID NO:823、840和839；
39)SEQ ID NO:823、829和841；
40)SEQ ID NO:823、829和842；
41)SEQ ID NO:823、829和843；
42)SEQ ID NO:823、829和844；
43)SEQ ID NO:823、829和845；
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45)SEQ ID NO:823、833和846；
46)SEQ ID NO:823、838和846；
47)SEQ ID NO:823、827和847；
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49)SEQ ID NO:823、829和849；
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57)SEQ ID NO:823、829和857；
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60)SEQ ID NO:823、829和860；
61)SEQ ID NO:863、862和861；
62)SEQ ID NO:863、864和861；
63)SEQ ID NO:863、864和865；
64)SEQ ID NO:863、866和865；
65)SEQ ID NO:863、868和867；
66)SEQ ID NO:863、862和869；
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68)SEQ ID NO:863、864和870；
69)SEQ ID NO:863、866和870；
70)SEQ ID NO:863、872和871；
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73)SEQ ID NO:863、866和874；
74)SEQ ID NO:863、872和875；
75)SEQ ID NO:863、868和875；
76)SEQ ID NO:863、876和875；
77)SEQ ID NO:863、862和877；
78)SEQ ID NO:863、866和878；
79)SEQ ID NO:863、862和879；
80)SEQ ID NO:863、866和880；
81)SEQ ID NO:883、882和881；
82)SEQ ID NO:883、884和881；
83)SEQ ID NO:883、884和885；
84)SEQ ID NO:883、886和885；
85)SEQ ID NO:883、888和887；
86)SEQ ID NO:883、882和889；
87)SEQ ID NO:883、884和889；
88)SEQ ID NO:883、884和890；
89)SEQ ID NO:883、886和890；
90)SEQ ID NO:883、892和891；
91)SEQ ID NO:883、888和891；
92)SEQ ID NO:883、882和883；
93)SEQ ID NO:883、886和894；
94)SEQ ID NO:883、892和895；
95)SEQ ID NO:883、888和895；
96)SEQ ID NO:883、896和895；
97)SEQ ID NO:883、882和897；
98)SEQ ID NO:883、886和898；
99)SEQ ID NO:883、882和899；或
100)SEQ ID NO:883、886和900。
174.根据权利要求169至170中任一项所述的表达载体，其中所述表达载体包含：
(i)第一表达盒，包含编码抗CD3 VL-CL融合蛋白的第一多核苷酸；
(ii)第二表达盒，包含编码抗CD3 VH-Fc融合蛋白的第二多核苷酸；和
(iii)第三表达盒，包含编码CD4胞外(EC)结构域-Fc融合蛋白的第三多核苷酸。
175.根据权利要求169至170中任一项所述的表达载体，其中所述表达载体以从5'至3'的先后顺序包含：
(i)第一表达盒，包含编码抗CD3 VL-CL融合蛋白的第一多核苷酸；
(ii)第二表达盒，包含编码抗CD3 VH-Fc融合蛋白的第二多核苷酸；和
(iii)第三表达盒，包含编码CD4 EC结构域-Fc融合蛋白的第三多核苷酸。
176.根据权利要求174至175中任一项所述的表达载体，其中所述抗CD3 VL-CL融合蛋白、所述抗CD3 VH-Fc融合蛋白和所述CD4 EC结构域-Fc融合蛋白分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：
1)SEQ ID NO:753、752和751；
2)SEQ ID NO:753、752和754；
3)SEQ ID NO:753、756和755；
4)SEQ ID NO:753、757和755；
5)SEQ ID NO:753、757和758；
6)SEQ ID NO:753、756和759；
7)SEQ ID NO:761、760和754；
8)SEQ ID NO:761、760和762；
9)SEQ ID NO:753、763和751；
10)SEQ ID NO:753、752和764；
11)SEQ ID NO:753、752和765；
12)SEQ ID NO:753、767和766；
13)SEQ ID NO:753、768和766；
14)SEQ ID NO:753、768和769；
15)SEQ ID NO:753、767和770；
16)SEQ ID NO:761、771和765；
17)SEQ ID NO:761、771和772；
18)SEQ ID NO:776、775和774；
19)SEQ ID NO:776、778和777；
20)SEQ ID NO:776、778和779；
21)SEQ ID NO:776、780和779；
22)SEQ ID NO:776、781和777；
23)SEQ ID NO:753、752和782；
24)SEQ ID NO:753、752和783；
25)SEQ ID NO:753、785和784；
26)SEQ ID NO:753、786和784；
27)SEQ ID NO:753、786和787；
28)SEQ ID NO:753、785和788；
29)SEQ ID NO:761、789和783；
30)SEQ ID NO:761、789和790；
31)SEQ ID NO:794、793和792；
32)SEQ ID NO:794、796和795；
33)SEQ ID NO:794、796和797；
34)SEQ ID NO:794、798和797；或
35)SEQ ID NO:794、799和795。
177.根据权利要求176所述的表达载体，其中所述抗CD3 VL-CL融合蛋白、所述抗CD3VH-Fc融合蛋白和所述CD4 EC结构域-Fc融合蛋白分别包含如下所示的氨基酸序列，或分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:753、752和751。
178.根据权利要求177所述的表达载体，其中所述抗CD3 VL-CL融合蛋白、所述抗CD3VH-Fc融合蛋白和所述CD4 EC结构域-Fc融合蛋白分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少95％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:753、752和751。
179.根据权利要求178所述的表达载体，其中所述抗CD3 VL-CL融合蛋白、所述抗CD3VH-Fc融合蛋白和所述CD4 EC结构域-Fc融合蛋白分别包含与如下所示的氨基酸序列具有至少99％同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO:753、752和751。
180.根据权利要求179所述的表达载体，其中所述抗CD3 VL-CL融合蛋白、所述抗CD3VH-Fc融合蛋白和所述CD4 EC结构域-Fc融合蛋白分别包含如下所示的氨基酸序列：SEQ IDNO:753、752和751。
181.根据权利要求169至180中任一项所述的表达载体，其中所述第一表达盒、所述第二表达盒和所述第三表达盒各自包含相等转录强度的启动子，例如组成型启动子，例如，选自巨细胞病毒(CMV)、SV40、RSV、EF1a、UBC、PGK和CAGG的启动子。
182.根据权利要求169至180中任一项所述的表达载体，还包含位于所述第一表达盒5′处的第四表达盒，所述第四表达盒包含编码真核选择标记蛋白例如谷氨酰胺合成酶(GS)的多核苷酸。
183.一种细胞或细胞群，包含根据权利要求151至166中任一项所述的一种或多种多核苷酸、根据权利要求168所述的一种或多种表达盒或根据权利要求169至182中任一项所述的一种或多种表达载体。
184.根据权利要求183所述的细胞或细胞群，其中所述细胞或细胞群包含真核细胞。
185.根据权利要求183至184中任一项所述的细胞或细胞群，其中所述细胞或细胞群包括哺乳动物细胞、昆虫细胞、植物细胞或酵母细胞。
186.根据权利要求183至185中任一项所述的细胞或细胞群，其中所述哺乳动物细胞是中国仓鼠卵巢(CHO)细胞。
187.根据权利要求183至185中任一项所述的细胞或细胞群，其中所述哺乳动物细胞是人类细胞。
188.根据权利要求187所述的细胞或细胞群，其中所述细胞是人胚胎肾细胞。
189.根据权利要求183至188中任一项所述的细胞或细胞群，其中所述细胞主要唾液酸化所表达的抗原结合分子的所述可变结构域(Fv)中的N-连接的糖基化位点。
190.根据权利要求189所述的细胞或细胞群，其中所表达的抗原结合分子的所述可变结构域(Fv)中的至少50％、至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％或更多的N-连接的糖基化位点是唾液酸化的。
191.一种药物组合物，包含根据权利要求1至149中任一项所述的一种或多种多特异性抗原结合分子，以及药学上可接受的载体。
192.一种药物组合物，包含根据权利要求151至166中任一项所述的一种或多种多核苷酸，或根据权利要求167所述的脂复合物(例如，LNP)，以及药学上可接受的载体，所述一种或多种多核苷酸编码根据权利要求1至149中任一项所述的一种或多种多特异性抗原结合分子。
193.根据权利要求191至192中任一项所述的药物组合物，其中所述组合物包含水性制剂。
194.根据权利要求193所述的药物组合物，包含浓度为0.1mg/ml至150mg/ml，例如0.1mg/ml至100mg/ml，例如1mg/ml至100mg/ml，例如5mg/ml至60mg/ml，例如20mg/ml至150mg/ml或10mg/ml至50mg/ml的根据权利要求1至149中任一项所述的一种或多种多特异性抗原结合分子。
195.根据权利要求191至192中任一项所述的药物组合物，其中所述组合物是冻干的。
196.根据权利要求191至195中任一项所述的药物组合物，还包含用于治疗HIV感染的第二药剂。
197.根据权利要求196所述的药物组合物，还包含toll样受体(TLR)激动剂或IL-15受体激动剂。
198.根据权利要求197所述的药物组合物，包含根据权利要求70至84中任一项所述的多特异性抗原结合分子，以及IL-15受体激动剂。
199.根据权利要求197所述的药物组合物，其中所述TLR激动剂是TLR2激动剂、TLR3激动剂、TLR7激动剂、TLR8激动剂或TLR9激动剂。
200.根据权利要求199所述的药物组合物，其中所述TLR7激动剂选自：维沙莫德、咪喹莫特和瑞喹莫特。
201.根据权利要求199所述的药物组合物，其中所述TLR8激动剂选自：赛尔甘托莫德(GS-9688)、莫托莫德和瑞喹莫特。
202.根据权利要求199所述的药物组合物，其中所述TLR9激动剂选自卡罗托莫德、可比托莫德、阿托莫德、leftolimod、利尼莫德和替索莫德。
203.根据权利要求191至202中任一项所述的药物组合物，包含第一多特异性抗原结合分子和第二或另外的抗原结合分子，其中所述第一多特异性抗原结合分子和所述第二或另外的抗原结合分子与选自以下的gp120的不同表位或区域结合：
(i)包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)；
(ii)第二可变环(V2)(例如，Env三聚体顶点)；
(iii)CD4结合位点(CD4bs)；
(iv)gp120/gp41交界面；或者
(v)gp120的沉默面。
204.根据权利要求203所述的药物组合物，其中所述第一多特异性抗原结合分子与包含N332寡甘露糖聚糖的所述第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)结合，并且所述第二抗原结合分子与所述CD4结合位点(CD4bs)结合。
205.根据权利要求203至204中任一项所述的药物组合物，其中所述第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、
354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03，并且所述第二抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9723、GS-5423、
3BNC117、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。
206.根据权利要求203至205中任一项所述的药物组合物，其中所述第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134，并且所述第二抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、VRC07和VRC07-523。
207.根据权利要求203至205中任一项所述的药物组合物，其中所述第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134，并且所述第二抗原结合分子包含CD4的EC结构域。
208.根据权利要求203所述的药物组合物，其中所述第一多特异性抗原结合分子与所述CD4结合位点(CD4bs)结合，并且所述第二抗原结合分子与包含N332寡甘露糖聚糖的所述第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)结合。
209.根据权利要求208所述的药物组合物，其中所述第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25，并且所述第二抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、
354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。
210.根据权利要求208至209中任一项所述的药物组合物，其中所述第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、VRC07和VRC07-523，并且所述第二抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134。
211.根据权利要求208所述的药物组合物，其中所述第一多特异性抗原结合分子与CD4的EC结构域竞争或包含所述结构域，并且所述第二抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、
354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。
212.根据权利要求208和211中任一项所述的药物组合物，其中所述第一多特异性抗原结合分子与CD4的EC结构域竞争或包含所述结构域，并且所述第二抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134。
213.根据权利要求208和211至212中任一项所述的药物组合物，还包含第二抗原结合分子，所述第二抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9723、GS-5423、
3BNC117、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。
214.根据权利要求208和211至213中任一项所述的药物组合物，还包含第二抗原结合分子，所述第二抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9723、GS-5423、
3BNC117、VRC07和VRC07-523。
215.根据权利要求208、211至214中任一项所述的药物组合物，包含：
(i)包含根据权利要求122至127中任一项所述的CD4的EC结构域的多特异性抗原结合分子；
(ii)与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域的抗体或多特异性抗原结合分子：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134；和
(iii)与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域的抗体或多特异性抗原结合分子：GS-9723、GS-5423、
3BNC117、VRC07和VRC07-523。
216.根据权利要求191至215中任一项所述的药物组合物，包含另外的多特异性抗原结合分子，所述另外的多特异性抗原结合分子与抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域，所述抗体与所述gp120第二可变环(V2)(例如，Env三聚体顶点)结合。
217.根据权利要求191至216中任一项所述的药物组合物，包含另外的多特异性抗原结合分子，所述另外的多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：PG9、PG16、PGC14、PGG14、PGT-142、PGT-143、PGT-144、PGT-145、CH01、CH59、PGDM1400、CAP256、CAP256-VRC26.08、CAP256-VRC26.09、CAP256-VRC26.25、PCT64-24E和VRC38.01。
218.根据权利要求191至217中任一项所述的药物组合物，包含另外的多特异性抗原结合分子，所述另外的多特异性抗原结合分子与抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域，所述抗体与所述gp120/gp41交界面结合。
219.根据权利要求191至218中任一项所述的药物组合物，包含另外的多特异性抗原结合分子，所述另外的多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：PGT-151、CAP248-2B、35O22、8ANC195、ACS202、VRC34和VRC34.01。
220.根据权利要求191至219中任一项所述的药物组合物，包含另外的多特异性抗原结合分子，所述另外的多特异性抗原结合分子与抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域，所述抗体与所述膜近侧区域(MPER)中的gp41的表位或区域结合。
221.根据权利要求191至220中任一项所述的药物组合物，包含另外的多特异性抗原结合分子，所述另外的多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：10E8、10E8v4、10E8-5R-100cF、4E10、DH511.11P、2F5、7b2和LN01。
222.根据权利要求191至221中任一项所述的药物组合物，包含对HIV进行结合、抑制和中和中的至少一者的另外的抗原结合分子或其抗原结合片段，或编码所述另外的抗原结合分子或其抗原结合片段的多核苷酸，其中所述另外的抗原结合分子或抗原结合片段不与所述一种或多种多特异性抗原结合分子竞争结合gp120。
223.根据权利要求191至222中任一项所述的药物组合物，所述药物组合物被配制用于静脉内、肌内或皮下施用。
224.一种包含一个或多个容器的试剂盒，所述试剂盒包含一种或多种根据权利要求1至149中任一项所述的多特异性抗原结合分子、根据权利要求151至166中任一项所述的一种或多种多核苷酸或根据权利要求167所述的脂复合物(例如，LNP)、根据权利要求169至182中任一项所述的一种或多种表达载体或根据权利要求191至223中任一项所述的药物组合物。
225.根据权利要求224所述的试剂盒，包含在所述一个或多个容器中的一个或多个单位剂量的所述一种或多种多特异性抗原结合分子或者所述一种或多种多核苷酸。
226.根据权利要求224至225中任一项所述的试剂盒，包含在单独容器中的一个或多个单位剂量的所述一种或多种多特异性抗原结合分子和用于治疗HIV感染的第二药剂。
227.根据权利要求226所述的试剂盒，还包含toll样受体(TLR)激动剂和IL-15受体激动剂中的至少一者。
228.根据权利要求227所述的试剂盒，包含根据权利要求70至84中任一项所述的多特异性抗原结合分子，以及IL-15受体激动剂。
229.根据权利要求227所述的试剂盒，其中所述TLR激动剂是TLR2激动剂、TLR3激动剂、TLR7激动剂、TLR8激动剂或TLR9激动剂。
230.根据权利要求229所述的试剂盒，其中所述TLR7激动剂选自：维沙莫德、咪喹莫特和瑞喹莫特。
231.根据权利要求224至230中任一项所述的试剂盒，包含第一多特异性抗原结合分子和第二或另外的抗原结合分子，其中所述第一多特异性抗原结合分子和所述第二或另外的抗原结合分子与选自以下的gp120的不同表位或区域结合：
(i)包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)；
(ii)第二可变环(V2)(例如，Env三聚体顶点)；
(iii)CD4结合位点(CD4bs)；
(iv)gp120/gp41交界面；或者
(v)gp120的沉默面。
232.根据权利要求231所述的试剂盒，其中所述第一多特异性抗原结合分子与包含N332寡甘露糖聚糖的所述第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)结合，并且所述第二或另外的抗原结合分子与所述CD4结合位点(CD4bs)结合。
233.根据权利要求231至232中任一项所述的试剂盒，其中所述第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、
354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03，并且所述第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)、PGV04；CH103、44-VRC13.01、
1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。
234.根据权利要求231至233中任一项所述的试剂盒，其中所述第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134，并且所述第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、VRC07和VRC07-523。
235.根据权利要求231至234中任一项所述的试剂盒，其中所述第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722和PGT-121，并且所述第二或另外的抗原结合分子包含CD4的EC结构域。
236.根据权利要求231所述的试剂盒，其中所述第一多特异性抗原结合分子与所述CD4结合位点(CD4bs)结合，并且所述第二或另外的抗原结合分子与包含N332寡甘露糖聚糖的所述第三可变环(V3)
(例如，高甘露糖补丁)结合。
237.根据权利要求236所述的试剂盒，其中所述第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：
GS-9723、GS-5423、3BNC117、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25，并且第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、
354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。
238.根据权利要求236至237中任一项所述的试剂盒，其中所述第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、VRC07和VRC07-523，并且所述第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134。
239.根据权利要求236所述的试剂盒，其中所述第一多特异性抗原结合分子与CD4的EC结构域竞争或包含所述结构域，并且所述第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、VRC24、
2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、
354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。
240.根据权利要求236和239中任一项所述的试剂盒，其中所述第一多特异性抗原结合分子与CD4的EC结构域竞争或包含所述结构域，并且所述第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134。
241.根据权利要求236和239至240中任一项所述的试剂盒，还包含第二或另外的抗原结合分子，所述第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。
242.根据权利要求236和239至241中任一项所述的试剂盒，还包含第二或另外的抗原结合分子，所述第二或另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、VRC07和VRC07-523。
243.根据权利要求236和239至242中任一项所述的试剂盒，包含：
(i)包含根据权利要求122至127中任一项所述的CD4的EC结构域的多特异性抗原结合分子；
(ii)与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域的抗体或多特异性抗原结合分子：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134；和
(iii)与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域的抗体或多特异性抗原结合分子：GS-9723、GS-5423、
3BNC117、VRC07和VRC07-523。
244.根据权利要求224至243中任一项所述的试剂盒，包含两个或更多个单位剂量，其中所述单位剂量相同。
245.根据权利要求224至243中任一项所述的试剂盒，包含两个或更多个单位剂量，其中所述单位剂量不同。
246.一种产生多特异性抗原结合分子的方法，所述方法包括：
a)在足以表达所述多特异性抗原结合分子的条件下，在细胞培养物中培养用根据权利要求151至166中任一项所述的一种或多种多核苷酸或根据权利要求168所述的一种或多种表达盒转化的根据权利要求183至190中任一项所述的细胞或细胞群；以及
b)从所述细胞培养物中分离或纯化所述抗原结合分子。
247.根据权利要求246所述的方法，其中所述第一抗原结合结构域是scFv，并且所述第二抗原结合结构域是Fab。
248.根据权利要求246所述的方法，其中所述第一抗原结合结构域是Fab，并且所述第二抗原结合结构域是Fab或CD4的EC结构域。
249.根据权利要求248所述的方法，其中所述第一抗原结合结构域是Fab，并且所述第二抗原结合结构域是CD4的EC结构域。
250.根据权利要求247至249中任一项所述的方法，其中包含所述第一抗原结合结构域的多肽和包含所述第二抗原结合结构域的多肽在同一细胞中表达和组装。
251.根据权利要求246至250中任一项所述的方法，其中所述分离或纯化步骤包括蛋白质A层析。
252.根据权利要求251中任一项所述的方法，其中分离或纯化至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更多的所述多特异性抗原结合分子。
253.根据权利要求251至252中任一项所述的方法，其中所述分离或纯化步骤还包括离子交换色谱。
254.根据权利要求246至253中任一项所述的方法，其中分离或纯化至少95％、96％、97％、98％、99％或更多的所述多特异性抗原结合分子。
255.根据权利要求246至254中任一项所述的方法，其中将至少95％、96％、97％、98％、99％或更多的所述多特异性抗原结合分子分离或纯化为非聚集的可溶性异源二聚体，如使用尺寸排阻色谱法(SEC)所确定的。
256.根据权利要求246至255中任一项所述的方法，其中所分离或纯化的多特异性抗原结合分子具有增加的均质性，如通过分析型离子交换色谱评估的，其中代表未修饰的靶物质的主峰的积分面积是所有积分蛋白质峰面积总和的至少95％、96％、97％、98％或更多。
257.根据权利要求246至256中任一项所述的方法，其中所分离或纯化的抗原结合分子具有少于35％、30％、25％、20％、15％、10％、9％、8％、7％或更少的酸性污染物。
258.根据权利要求246至257中任一项所述的方法，其中所述细胞或细胞群在至少2L，例如，至少5L、10L、50L、100L、150L、200L、
250L或更多的培养物体积中培养。
259.根据权利要求246至258中任一项所述的方法，还包括将所述抗原结合分子配制成适于向人受试者施用的无菌药物组合物。
260.一种治疗或预防对其有需要的人受试者的HIV的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的根据权利要求1至149中任一项所述的一种或多种多特异性抗原结合分子、根据权利要求151至166中任一项所述的一种或多种多核苷酸、根据权利要求167所述的脂复合物(例如，LNP)或根据权利要求191至223中任一项所述的药物组合物。
261.一种预防或治疗HIV感染或HIV相关疾病的方法，所述方法包括以下步骤：鉴定需要这种预防或治疗的患者，并向所述患者施用第一治疗剂，所述第一治疗剂包含治疗有效量的根据权利要求1至149中任一项所述的一种或多种多特异性抗原结合分子、根据权利要求151至166中任一项所述的一种或多种多核苷酸、根据权利要求167所述的脂复合物(例如，LNP)或根据权利要求191至223中任一项所述的药物组合物。
262.根据权利要求260至261中任一项所述的方法，还包括向所述受试者施用用于治疗HIV感染的第二药剂。
263.根据权利要求260至262中任一项所述的方法，其中所述受试者未接受抗逆转录病毒治疗(ART)，或者在施用所述一种或多种多特异性抗原结合分子之前中断ART。
264.根据权利要求260至262中任一项所述的方法，其中在一次或多次施用所述一种或多种多特异性抗原结合分子之后中断ART。
265.根据权利要求260至262中任一项所述的方法，还包括向所述受试者施用一种或多种抗逆转录病毒治疗(ART)剂。
266.根据权利要求260至265中任一项所述的方法，还包括向所述受试者施用TLR激动剂和IL-15受体激动剂中的至少一者。
267.根据权利要求266所述的方法，包括施用根据权利要求70至84中任一项所述的多特异性抗原结合分子，以及IL-15受体激动剂。
268.根据权利要求266所述的方法，其中所述TLR激动剂是TLR2激动剂、TLR3激动剂、TLR7激动剂、TLR8激动剂或TLR9激动剂。
269.根据权利要求268所述的方法，其中所述TLR7激动剂选自：维沙莫德、咪喹莫特和瑞喹莫特。
270.根据权利要求268所述的方法，其中所述TLR8激动剂选自：赛尔甘托莫德、莫托莫德和瑞喹莫特。
271.根据权利要求268所述的方法，其中所述TLR9激动剂选自卡罗托莫德、可比托莫德、阿托莫德、leftolimod、利尼莫德和替索莫德。
272.根据权利要求260至269中任一项所述的方法，包括施用第一多特异性抗原结合分子和第二或另外的抗原结合分子，其中所述第一多特异性抗原结合分子和所述第二或另外的抗原结合分子与选自以下的gp120的不同表位或区域结合：
(i)包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)；
(ii)第二可变环(V2)(例如，Env三聚体顶点)；
(iii)CD4结合位点(CD4bs)；
(iv)gp120/gp41交界面；或者
(v)gp120的沉默面。
273.根据权利要求272所述的方法，其中所述第一多特异性抗原结合分子与包含N332寡甘露糖聚糖的所述第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)结合，并且所述第二抗原结合分子与所述CD4结合位点(CD4bs)结合。
274.根据权利要求272至273中任一项所述的方法，其中所述第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、
354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03，并且所述第二抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9723、GS-5423、
3BNC117、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。
275.根据权利要求272至274中任一项所述的方法，其中所述第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134，并且所述第二抗原结合分子与来自以下的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、VRC07和VRC07-523。
276.根据权利要求272至275中任一项所述的方法，其中所述第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134，并且所述第二抗原结合分子包含CD4的EC结构域。
277.根据权利要求272所述的方法，其中所述第一多特异性抗原结合分子与所述CD4结合位点(CD4bs)结合，并且所述第二抗原结合分子与包含N332寡甘露糖聚糖的所述第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)结合。
278.根据权利要求272至273中任一项所述的方法，其中所述第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；
CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-
Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25，并且所述第二抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、
354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、
354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。
279.根据权利要求278所述的方法，其中所述第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：
GS-9723、GS-5423、3BNC117、VRC07和VRC07-523，并且所述第二抗原结合分子与来自以下的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134。
280.根据权利要求277所述的方法，其中所述第一多特异性抗原结合分子与CD4的EC结构域竞争或包含所述结构域，并且所述第二抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、
2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、
354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。
281.根据权利要求277和280中任一项所述的方法，其中所述第一多特异性抗原结合分子与CD4的EC结构域竞争或包含所述结构域，并且所述第二抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134。
282.根据权利要求277和280至281中任一项所述的方法，还包括另外的抗原结合分子，所述另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9723、GS-5423、
3BNC117、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。
283.根据权利要求277和280至282中任一项所述的方法，还包括另外的抗原结合分子，所述另外的抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9723、GS-5423、
3BNC117、VRC07和VRC07-523。
284.根据权利要求277和280至283中任一项所述的方法，包括共同施用：
(i)包含根据权利要求122至127中任一项所述的CD4的EC结构域的多特异性抗原结合分子；
(ii)与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域的抗体或多特异性抗原结合分子：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134；和
(iii)与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域的抗体或多特异性抗原结合分子：GS-9723、GS-5423、
3BNC117、VRC07和VRC07-523。
285.根据权利要求260至284中任一项所述的方法，还包括向所述人受试者施用对HIV进行结合、抑制和中和中的至少一者的另外的抗原结合分子或其抗原结合片段，或施用编码所述另外的抗原结合分子或其抗原结合片段的多核苷酸。
286.根据权利要求260至285中任一项所述的方法，包括施用抗体或多特异性抗原结合分子，所述抗体或多特异性抗原结合分子与VH区域和VL区域竞争或包含所述区域，所述区域与包含N332寡甘露糖聚糖的所述gp120第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)结合，并且其中所述人受试者感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV，其中位置和残基参考SEQ ID NO:69：
(i)N332聚糖、D325和T63；
(ii)N332聚糖、D325和L179；
(iii)N332聚糖、D325和T320；
(iv)N332聚糖、D325和H330；
(v)N332聚糖、D325、T63和L179；
(vi)N332聚糖、D325、T63和T320；
(vii)N332聚糖、D325、T63和H330；
(viii)N332聚糖、D325、L179和T320；
(ix)N332聚糖、D325、L179和H330；
(x)N332聚糖、D325、T320和H330；
(xi)N332聚糖、D325、T63、T320和H330；
(xii)N332聚糖、D325、T63、L179和T320；
(xiii)N332聚糖、D325、T63、L179和H330；
(xiv)N332聚糖、D325、L179、T320和H330；或
(xv)N332聚糖、D325、T63、L179、T320和H330。
287.根据权利要求260至286中任一项所述的方法，包括施用抗体或多特异性抗原结合分子，所述抗体或多特异性抗原结合分子与VH区域和VL区域竞争或包含所述区域，所述区域与所述gp120 CD4结合位点结合，并且其中所述人受试者感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV，其中位置和残基参考SEQ ID NO:73：
(i)I201和F353；
(ii)I201、I108和F353；
(iii)I201、I108、A281和F353；
(iv)I201、E102、I108、A281和F353；或
(v)I201、E102、I108、A281、Y318和F353。
288.根据权利要求260至287中任一项所述的方法，包括以预定的时间间隔任选地与TLR激动剂或IL-15受体激动剂一起多次施用所述一种或多种多特异性抗原结合分子。
289.根据权利要求288所述的方法，包括多次施用根据权利要求70至84中任一项所述的多特异性抗原结合分子和IL-15受体激动剂，其中所述多特异性抗原结合分子和所述IL-15受体激动剂以预定的时间间隔独立地施用。
290.根据权利要求260至269中任一项所述的方法或用途，其中所述受试者慢性感染了HIV。
291.根据权利要求260至290中任一项所述的方法或用途，其中全身或局部施用所述一种或多种多特异性抗原结合分子、所述多核苷酸、所述载体、所述LNP和/或所述药物组合物。
292.根据权利要求260至291中任一项所述的方法或用途，其中所述一种或多种多特异性抗原结合分子、所述多核苷酸、所述载体、所述LNP和/或所述药物组合物经由选自静脉内、皮下、肌内、皮内和粘膜(例如，口腔、鼻内、直肠内、阴道内)的途径施用。
293.根据权利要求262至292中任一项所述的方法或用途，其中通过相同的施用途径施用所述一种或多种多特异性抗原结合分子、所述多核苷酸、所述载体、所述LNP和/或所述药物组合物以及所述一种或多种附加治疗剂。
294.根据权利要求262至292中任一项所述的方法或用途，其中通过不同的施用途径施用所述一种或多种多特异性抗原结合分子、所述多核苷酸、所述载体、所述LNP和/或所述药物组合物以及所述一种或多种附加治疗剂。
295.根据权利要求262至294中任一项所述的方法或用途，其中根据相同的时间表共同施用(例如，以相同的时间间隔共同施用)所述一种或多种多特异性抗原结合分子、所述多核苷酸、所述载体、所述LNP和/或所述药物组合物以及所述一种或多种附加治疗剂。
296.根据权利要求262至294中任一项所述的方法或用途，其中根据不同的时间表共同施用(例如，以不同的时间间隔共同施用)所述一种或多种多特异性抗原结合分子、所述多核苷酸、所述载体、所述LNP和/或所述药物组合物以及所述一种或多种附加治疗剂。
297.根据权利要求260至296中任一项所述的方法或用途，其中所述一种或多种多特异性抗原结合分子、所述多核苷酸、所述载体、所述LNP和/或所述药物组合物以每次施用1μg/kg至5μg/kg，例如350μg/kg至550μg/kg，例如0.3mg/kg至30mg/kg，例如2mg/kg至10mg/kg，例如1μg/kg至最多2μg/kg、3μg/kg、4μg/kg、5μg/kg、
10μg/kg、50μg/kg、100μg/kg、250μg/kg、300μg/kg、350μg/kg、
400μg/kg、410μg/kg、420μg/kg、430μg/kg、440μg/kg、450μg/kg、
460μg/kg、470μg/kg、480μg/kg、490μg/kg、500μg/kg、750μg/kg、
1mg/kg、1.5mg/kg、2mg/kg、2.5mg/kg、3mg/kg、3.5mg/kg、4mg/kg、4.5mg/kg、5mg/kg、6mg/kg、7mg/kg、8mg/kg、9mg/kg、10mg/kg、
15mg/kg、20mg/kg、25mg/kg、30mg/kg、35mg/kg、40mg/kg、
45mg/kg或50mg/kg体重的范围内的剂量施用。
298.根据权利要求260至296中任一项所述的方法或用途，其中所述一种或多种多特异性抗原结合分子、所述多核苷酸、所述载体、所述LNP和/或所述药物组合物以每次施用0.05mg至1000mg，例如每次施用0.05mg至150mg，例如每次施用0.05mg至0.35mg，例如每次施用25mg至50mg，例如每次施用30mg至35mg，例如每次施用10mg至1000mg，例如每次施用50mg至1000mg，例如每次施用100mg至700mg，例如每次施用至少0.05mg至最多0.1mg、0.2mg、
0.3mg、0.35mg、0.4mg、0.5mg、0.6mg、0.7mg、0.8mg、1.0mg、
5mg、10mg、25mg、30mg、35mg、40mg、45mg、50mg、60mg、
70mg、80mg、90mg、100mg、200mg、300mg、400mg、500mg、
600mg、700mg、800mg、900mg或1000mg的范围内的剂量施用。
299.根据权利要求260至298中任一项所述的方法或用途，包括以预定的时间间隔任选地与一种或多种附加治疗剂一起多次施用所述一种或多种多特异性抗原结合分子、所述多核苷酸、所述载体、所述LNP和/或所述药物组合物。
300.根据权利要求260至299中任一项所述的方法或用途，包括在至少约2周、3周、1个月、6周、2个月、10周、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月、
13个月、14个月、15个月、16个月、17个月、18个月、19个月、
20个月、21个月、22个月、23个月、24个月或更长的时间段内施用。
301.根据权利要求260至300中任一项所述的方法或用途，包括以间隔至少1周且最多至少2周、3周、1个月、2个月、3个月、4个月、
5个月或6个月的预定的时间间隔施用一次或多次。
302.根据权利要求260至301中任一项所述的方法或用途，其中每周一次(即QW)、两周一次(即每隔一周一次或每两周一次或Q2W)、三周一次(即每三周一次或Q3W)、每月一次(即QM)或两月一次给药(即每隔一个月一次或每两个月一次或Q2M)、每三个月一次(Q3M)、每四个月一次(Q4M)、每五个月一次(Q5M)、每六个月一次(Q6M)或以更低频率施用所述一种或多种多特异性抗原结合分子、所述多核苷酸、所述载体、所述LNP和/或所述药物组合物。
303.根据权利要求260至302中任一项所述的方法或用途，其中所述一种或多种多特异性抗原结合分子、所述多核苷酸、所述载体、所述LNP和/或所述药物组合物以两周一次(即每隔一周一次或每两周一次或Q2W)至三周一次(即每三周一次或Q3W)之间的一个或多个间隔静脉内或皮下施用两次、三次、四次、五次或更多次。
304.根据权利要求260至303中任一项所述的方法或用途，其中所述一种或多种多特异性抗原结合分子在人中具有至少3天，例如，至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少8天、至少9天、至少10天、至少11天、至少12天、至少13天、至少14天、至少15天、至少16天或更长的血清半衰期。
305.根据权利要求260至304中任一项所述的方法或用途，其中所述受试者或所述哺乳动物是人类。
306.根据权利要求260至288中任一项所述的方法，其中在没有抗逆转录病毒治疗(ART)的情况下，所述受试者在至少6个月、至少1年、至少2年、至少3年或更长时间未表现出HIV或AIDS的症状。
307.根据权利要求260至306中任一项所述的方法，其中所述受试者在没有抗逆转录病毒治疗(ART)的情况下至少6个月、至少1年、至少2年、至少3年或更长时间具有小于500，例如小于400、小于300、小于200、小于100、小于50的病毒载量拷贝/ml血液。
308.一种治疗或预防对其有需要的人受试者的HIV的方法，所述方法包括：
a)鉴定感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV的人受试者，其中位置和残基参考SEQ ID NO:69：
(i)N332聚糖、D325和T63；
(ii)N332聚糖、D325和L179；
(iii)N332聚糖、D325和T320；
(iv)N332聚糖、D325和H330；
(v)N332聚糖、D325、T63和L179；
(vi)N332聚糖、D325、T63和T320；
(vii)N332聚糖、D325、T63和H330；
(viii)N332聚糖、D325、L179和T320；
(ix)N332聚糖、D325、L179和H330；
(x)N332聚糖、D325、T320和H330；
(xi)N332聚糖、D325、T63、T320和H330；
(xii)N332聚糖、D325、T63、L179和T320；
(xiii)N332聚糖、D325、T63、L179和H330；
(xiv)N332聚糖、D325、L179、T320和H330；或
(xv)N332聚糖、D325、T63、L179、T320和H330；以及
b)向所述受试者施用有效量的根据权利要求1至149中任一项所述的多特异性抗原结合分子或根据权利要求191至223中任一项所述的药物组合物，其中所述第二结合结构域与VH区域和VL区域竞争或包含所述区域，所述区域与包含N332寡甘露糖聚糖的所述gp120第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)结合。
309.根据权利要求308所述的方法，包括鉴定感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV或HIV群体的受试者：
(i)N332聚糖、D325和T63；
(ii)N332聚糖、D325和L179；
(iii)N332聚糖、D325和T320；或
(iv)N332聚糖、D325和H330。
310.根据权利要求308至309中任一项所述的方法，包括鉴定感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV或HIV群体的受试者：
(i)N332聚糖、D325、T63和L179；
(ii)N332聚糖、D325、T63和T320；
(iii)N332聚糖、D325、T63和H330；
(iv)N332聚糖、D325、L179和T320；
(v)N332聚糖、D325、L179和H330；或
(vi)N332聚糖、D325、T320和H330。
311.根据权利要求308至310中任一项所述的方法，包括鉴定感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV或HIV群体的受试者：
(i)N332聚糖、D325、L179、T320和H330；
(ii)N332聚糖、D325、T63、T320和H330；
(iii)N332聚糖、D325、T63、L179和T320；或
(iv)N332聚糖、D325、T63、L179和H330。
312.根据权利要求308至311中任一项所述的方法，包括鉴定感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV或HIV群体的受试者：
(i)N332聚糖、D325、T63和H330；
(ii)N332聚糖、D325、T320和H330；
(iii)N332聚糖、D325、L179、T320和H330；或
(iv)N332聚糖、D325、T63、L179、T320和H330。
313.根据权利要求308至312中任一项所述的方法，其中所述第二抗原结合结构域与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-9721、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、
354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。
314.根据权利要求308至313中任一项所述的方法，其中所述第二抗原结合结构域与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-9721、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134。
315.一种治疗或预防对其有需要的人受试者的HIV的方法，所述方法包括：
a)鉴定感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV的人受试者，其中位置和残基参考SEQ ID NO:73：
(i)I201和F353；
(ii)I201、I108和F353；
(iii)I201、I108、A281和F353；
(iv)I201、E102、I108、A281和F353；或
(v)I201、E102、I108、A281、Y318和F353；以及
b)向所述受试者施用有效量的根据权利要求1至149中任一项所述的多特异性抗原结合分子或根据权利要求191至223中任一项所述的药物组合物，其中所述第二结合结构域与VH区域和VL区域竞争或包含所述区域，所述区域与所述gp120 CD4结合位点(CD4bs)结合。
316.根据权利要求315所述的方法，其中所述第二抗原结合结构域与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：3BNC117、GS-9723、GS-5423、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、
1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。
317.根据权利要求315至316中任一项所述的方法，其中所述第二抗原结合结构域与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：3BNC117、GS-9723、GS-5423、3BNC60、VRC01、VRC07和VRC07-523。
318.根据权利要求308至317中任一项所述的方法，还包括向所述受试者施用用于治疗HIV感染的第二药剂。
319.根据权利要求308至318中任一项所述的方法，其中所述受试者未接受抗逆转录病毒治疗(ART)，或者在施用所述一种或多种多特异性抗原结合分子之前中断ART。
320.根据权利要求308至318中任一项所述的方法，其中在一次或多次施用所述一种或多种多特异性抗原结合分子之后中断ART。
321.根据权利要求308至318中任一项所述的方法，还包括向所述受试者施用一种或多种抗逆转录病毒治疗(ART)剂。
322.根据权利要求308至321中任一项所述的方法，还包括向所述受试者施用TLR激动剂和IL-15受体激动剂中的至少一者。
323.根据权利要求322所述的方法，包括施用根据权利要求70至84中任一项所述的多特异性抗原结合分子，以及IL-15受体激动剂。
324.根据权利要求322所述的方法，其中所述TLR激动剂是TLR2激动剂、TLR3激动剂、TLR7激动剂、TLR8激动剂或TLR9激动剂。
325.根据权利要求324所述的方法，其中所述TLR7激动剂选自：维沙莫德、咪喹莫特和瑞喹莫特。
326.根据权利要求308至325中任一项所述的方法，包括以预定的时间间隔任选地与TLR激动剂一起多次施用所述一种或多种多特异性抗原结合分子。
327.根据权利要求308至326中任一项所述的方法，其中在没有抗逆转录病毒治疗(ART)的情况下，所述受试者在至少6个月、至少1年、至少2年、至少3年或更长时间未表现出HIV或AIDS的症状。
328.根据权利要求308至327中任一项所述的方法，其中所述受试者在没有抗逆转录病毒治疗(ART)的情况下至少6个月、至少1年、至少2年、至少3年或更长时间具有小于500，例如小于400、小于300、小于200、小于100、小于50的病毒载量拷贝/ml血液。
329.根据权利要求1至149中任一项所述的多特异性抗原结合分子或其抗原结合片段或根据权利要求191至223中任一项所述的药物组合物在对其有需要的人受试者中对HIV进行治疗、预防和抑制中的至少一者的方法中的用途。
330.根据权利要求329所述的用途，还包括向所述受试者施用用于治疗HIV感染的第二药剂。
331.根据权利要求329至330中任一项所述的用途，还包括向所述受试者施用TLR激动剂和IL-15受体激动剂中的至少一者。
332.根据权利要求331所述的用途，包括施用根据权利要求70至84中任一项所述的多特异性抗原结合分子，以及IL-15受体激动剂。
333.根据权利要求331所述的用途，其中所述TLR激动剂是TLR2激动剂、TLR3激动剂、TLR7激动剂、TLR8激动剂或TLR9激动剂。
334.根据权利要求333所述的用途，其中所述TLR7激动剂选自：维沙莫德、咪喹莫特和瑞喹莫特。
335.根据权利要求329至334中任一项所述的用途，包括施用第一多特异性抗原结合分子和第二或另外的抗原结合分子，其中所述第一多特异性抗原结合分子和所述第二或另外的抗原结合分子与选自以下的gp120的不同的第一和第二表位或区域结合：
(i)包含N332寡甘露糖聚糖的第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)；
(ii)第二可变环(V2)(例如，Env三聚体顶点)；
(iii)CD4结合位点(CD4bs)；
(iv)gp120/gp41交界面；或者
(v)gp120的沉默面。
336.根据权利要求335所述的用途，其中所述第一多特异性抗原结合分子与包含N332寡甘露糖聚糖的所述第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)结合，并且所述第二抗原结合分子与所述CD4结合位点(CD4bs)结合。
337.根据权利要求335至336中任一项所述的用途，其中所述第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、
354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03，并且所述第二抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、3BNC117、3BNC60、PGV04(又名VRC-PG04)；
CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-
Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。
338.根据权利要求335至337中任一项所述的用途，其中所述第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134，并且所述第二抗原结合分子与来自以下的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：3BNC117、GS-9723、VRC07或VRC07-523。
339.根据权利要求335至338中任一项所述的用途，其中所述第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134，并且所述第二抗原结合分子包含CD4的EC结构域。
340.根据权利要求335所述的用途，其中所述第一多特异性抗原结合分子与所述CD4结合位点(CD4bs)结合，并且所述第二抗原结合分子与包含N332寡甘露糖聚糖的所述第三可变环(V3)(例如，高甘露糖补丁)结合。
341.根据权利要求335或340所述的用途，其中所述第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25，并且所述第二抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、
354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。
342.根据权利要求335、340和341中任一项所述的用途，其中所述第一多特异性抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9723、GS-5423、3BNC117、VRC07和VRC07-523，并且所述第二抗原结合分子与来自以下的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134。
343.根据权利要求335或340所述的用途，其中所述第一多特异性抗原结合分子与CD4的EC结构域竞争或包含所述结构域，并且所述第二抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、10-1074-J、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、
354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1和VRC29.03。
344.根据权利要求335、340和343中任一项所述的用途，其中所述第一多特异性抗原结合分子与CD4的EC结构域竞争或包含所述结构域，并且所述第二抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134。
345.根据权利要求335、340和343至344中任一项所述的用途，还包含第二抗原结合分子，所述第二抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9723、GS-5423、
3BNC117、3BNC60、b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01、VRC08、VRC0801、NIH45-46、PGV04(又名VRC-PG04)；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、1-18、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235和CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9和N60P25。
346.根据权利要求335、340和343至345中任一项所述的用途，还包含第二抗原结合分子，所述第二抗原结合分子与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域：GS-9723、GS-5423、
3BNC117、VRC07和VRC07-523。
347.根据权利要求335、340和343至346中任一项所述的用途，包括共同施用：
(i)根据权利要求122至127中任一项所述的多特异性抗原结合分子；
(ii)与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域的抗体：10-1074、10-1074-J、GS-9722(依帕韦单抗)、GS-2872、PGT-121、PGT-121.66、PGT-121.414和PGT-134；和
(iii)与选自以下的抗体的VH区域和VL区域竞争或包含所述区域的抗体：GS-9723、GS-5423、3BNC117、VRC07和VRC07-523。
348.根据权利要求335至347中任一项所述的用途，还包括向所述人受试者施用对HIV进行结合、抑制和中和中的至少一者的另外的抗原结合分子或其抗原结合片段，或施用编码所述另外的抗原结合分子或其抗原结合片段的多核苷酸。
349.根据权利要求329至348中任一项所述的用途，其中所述人受试者感染了表达包含以下氨基酸残基的gp120的HIV：
(i)N332/D325；
(ii)N332/D325/H330；
(iii)N332/D325/H330/T320；
(iv)N332/D325/H330/T63；
(v)N332/D325/H330/T63/T320；或者
(vi)N332/D325/H330/T63/T320/L179。
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