CN116121250A - 一种抗Ⅰ型单纯疱疹病毒的重组siRNAs及其应用 - Google Patents

一种抗Ⅰ型单纯疱疹病毒的重组siRNAs及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN116121250A
CN116121250A CN202211604984.5A CN202211604984A CN116121250A CN 116121250 A CN116121250 A CN 116121250A CN 202211604984 A CN202211604984 A CN 202211604984A CN 116121250 A CN116121250 A CN 116121250A
Authority
CN
China
Prior art keywords
recombinant
sirnas
seq
herpes simplex
rna
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN202211604984.5A
Other languages
English (en)
Inventor
骞爱荣
田野
裴佳伟
李郁
姜山峰
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Northwestern Polytechnical University
Original Assignee
Northwestern Polytechnical University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Northwestern Polytechnical University filed Critical Northwestern Polytechnical University
Priority to CN202211604984.5A priority Critical patent/CN116121250A/zh
Publication of CN116121250A publication Critical patent/CN116121250A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C12N15/1131Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against viruses
    • C12N15/1133Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against viruses against herpetoviridae, e.g. HSV
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A61K31/713Double-stranded nucleic acids or oligonucleotides
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/12Antivirals
    • A61P31/20Antivirals for DNA viruses
    • A61P31/22Antivirals for DNA viruses for herpes viruses
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10Type of nucleic acid
    • C12N2310/14Type of nucleic acid interfering N.A.
    • C12N2310/141MicroRNAs, miRNAs
    • YGENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02ATECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A50/00TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
    • Y02A50/30Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)

Abstract

本发明公开了一种抗Ⅰ型单纯疱疹病毒的重组siRNAs,所述重组siRNAs的序列为SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:10所示序列中的一种,或者为与SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:10所示序列中的一种相似度达90%以上的序列。另外,本发明还公开了该重组siRNAs的应用。本发明的重组siRNAs具有很好的生物学活性,并且能够在体外显著降低Ⅰ型单纯疱疹病毒的滴度,在体内显著降低皮肤表面病毒载量,提高动物存活率,且具有产量高、成本低、功能性好等优点。

Description

一种抗Ⅰ型单纯疱疹病毒的重组siRNAs及其应用
技术领域
本发明属于生物医学技术领域,具体涉及一种抗Ⅰ型单纯疱疹病毒的重组siRNAs及其应用。
背景技术
Ⅰ型单纯疱疹病毒(Herpes Simplex Virus,HSV1)是一种传染率极高的人α亚科-疱疹病毒。感染HSV1主要导致口唇疱疹,在少数免疫缺陷患者中可导致角膜炎、脑炎等并发症,人群普遍易感(成年人血清阳性率高达85%以上)。该病毒主要通过口对口接触传播,绝大多数人感染HSV1是在儿童时期感染上的,持续终生。当前,HSV1防治方法仍存在重大挑战,尚无特效治疗药物,也无疫苗上市。
RNAi(RNA interference)是指由RNA分子介导的基因抑制,RNAi在基因功能研究和疾病治疗方面都有广泛的应用,目前已有多种基于RNAi的药物获得FDA批准或进入临床试验。逐年增加的RNA类药物获批数量充分证明了RNA疗法的可行性,也说明了RNA疗法作为新一代治疗方案正在快速发展当中。
RNA类新药开发以及RNA的功能研究已经掣肘于RNA原料的获取。目前用于ncRNA研究的RNA试剂,主要采用化学或体外转录合成。这些合成方法生产的RNA,不仅价格昂贵,而且产率很低。因此,RNA疗法的开展,还需新兴生物技术的介入,以大大降低研究/医疗成本。利用重组tRNA支架在活细胞内生产表达小分子RNA已经应用于多个研究领域,取得了良好的发展。
发明内容
本发明所要解决的技术问题在于针对上述现有技术的不足,提供一种抗Ⅰ型单纯疱疹病毒的重组siRNAs。该重组siRNAs具有很好的生物学活性,并且能够在体内外显著降低HSV1的病毒滴度,在动物实验中能够显著降低皮肤表面病毒载量,延长动物存活率,且具有产量高、成本低、功能性好等优点。与传统的小分子药物相比,siRNA药物可以直接作用于病毒的基因组,利用碱基互补配对原则来干扰病毒mRNA表达,显著抑制病毒的复制,降低病毒载量。
为解决上述技术问题,本发明采用的技术方案是:一种抗Ⅰ型单纯疱疹病毒的重组siRNAs,其特征在于,所述重组siRNAs的序列为SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:10所示序列中的一种,或者为与SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:10所示序列中的一种相似度达90%以上的序列。
上述的一种抗Ⅰ型单纯疱疹病毒的重组siRNAs,其特征在于,所述重组siRNAs生产过程中以HSV1基因组不同位置为靶点,设计小干扰RNA,所述小干扰RNA的序列如SEQ IDNO:11至SEQ ID NO:20所示。
进一步地,本发明提供了一种上述重组siRNAs在制备具有体外/内降低Ⅰ型单纯疱疹病毒滴度,延长动物存活率的基因组试剂、前药、药物、原料药或药物组合中的应用。
更进一步地,本发明提供了一种上述重组siRNAs在制备具有抗Ⅰ型单纯疱疹病毒活性的试剂、前药、药物、原料药或药物组合中的应用。
本发明的抗Ⅰ型单纯疱疹病毒的重组siRNAs的生产方法,包括以下步骤:
步骤一、设计合成嵌合siRNAs序列的hsa-miR-34a前体引物;
步骤二、利用pBSKrnaSeph质粒在tRNA反密码子环处具有的酶切位点,将重组siRNAs的前体序列插入pBSKrnaSeph质粒中,构建表达载体;
步骤三、将嵌合目标序列的表达载体转化感受态大肠杆菌;
步骤四、大肠杆菌培养扩增后,提取菌内总RNA,以FPLC分离纯化目标重组siRNAs。
本发明以人角质形成细胞(HaCaT)、人视网膜色素上皮细胞(ARPE19)、人神经母细胞瘤细胞(SY5Y)为细胞模型,检测了重组siRNAs抗HSV1的活性,包括:
一、利用表达的重组siRNAs在HaCaT、ARPE19、SY5Y中进行转染,利用Stem loopqPCR技术检测重组siRNAs成熟体表达量;
二、将重组siRNAs在HaCaT、ARPE19、SY5Y中进行转染并感染HSV1病毒,利用qPCR技术检测重组siRNAs对靶基因的抑制情况;
三、将重组siRNAs在HaCaT、ARPE19、SY5Y中进行转染并感染HSV1病毒,利用空斑法检测重组siRNA抗病毒效果;
四、在疱疹性皮肤病动物感染模型中,将HSV1滴加在小鼠皮肤上后并连续5天在小鼠皮肤上涂抹柔性脂质体包裹的重组siRNAs,评价重组siRNAs对小鼠体内病毒载量和保护率的影响。
本发明与现有技术相比具有以下优点:
1、本发明利用新型tRNA支架表达的具有生物学活性的siRNAs相比于化学合成的siRNA,产量高,价格低廉,活性和安全性更高。
2、本发明的重组siRNAs具有很好的生物学活性,并且能够在体内外显著降低HSV1的病毒滴度,在动物实验中能够显著降低皮肤表面病毒载量,延长动物存活率,且具有产量高、成本低、功能性好等优点。与传统的小分子药物相比,siRNA药物可以直接作用于病毒的基因组,利用碱基互补配对原则来干扰病毒mRNA表达,显著抑制病毒的复制,降低病毒载量。
下面结合附图和实施例,对本发明的技术方案做进一步的详细描述。
附图说明
图1为本发明实施例1利用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测大肠杆菌中重组siRNA的表达;
图2为本发明实施例2利用Bio-Rad NGCTM Chromatography System纯化重组siRNA,以变性聚丙烯酰胺凝胶电泳鉴定所收集组分的纯度;
图3为本发明实施例3利用Stem loop qPCR技术检测在HaCaT、ARPE19、SY5Y后成熟体表达含量结果图;
图4为本发明实施例4利用qPCR技术在mRNA水平检测在HaCaT、ARPE19、SY5Y转染重组siRNA 24h后,感染HSV1病毒48h后,其对靶基因的抑制结果图;
图5为本发明实施例5利用空斑法检测HaCaT、ARPE19、SY5Y转染重组siRNA 24h后,感染HSV1病毒48h后,其对病毒滴度影响结果图;
图6为本发明实施例6利用免疫荧光实验技术检测转染重组siRNA 48h后,感染HSV1的ARPE19中的病变细胞数量,以评价重组siRNA的抗病毒效果的结果图;
图7为本发明实施例7利用qPCR技术检测HSV1感染小鼠经过重组SSA(重组r/si-UL8-1的阴性对照)、r/si-UL8-1和阿昔洛韦(ACV)治疗后,小鼠皮肤表面病毒载量的结果图;
图8为本发明实施例7观察HSV1感染后小鼠经过重组SSA、r/si-UL8-1治疗后,小鼠存活率的结果图。
具体实施方式
以下通过具体实施例来说明本发明的实施方式,除非另外说明,本发明中所公开的实验方法均采用本技术领域常规技术。
本发明的重组siRNAs的序列为SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:10所示序列中的一种,或者为与SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:10所示序列中的一种相似度达90%以上的序列。
本发明的小干扰RNA的序列如SEQ ID NO:11至SEQ ID NO:20所示。
本发明的重组siRNAs的生产方法包括:
步骤一、针对HSV1基因组设计了10对siRNA,合成嵌合siRNAs序列的hsa-miR-34a前体引物;
步骤二、利用pBSKrnaSeph质粒在tRNA反密码子环处具有的酶切位点,将重组siRNAs的前体序列插入pBSKrnaSeph质粒中,构建表达载体;所述tRNA支架的序列为基于与人丝氨酸tRNA序列设计,其tRNA部分为与人丝氨酸tRNA序列相似度达90%以上的序列,所述人丝氨酸tRNA序列如SEQ ID NO:21所示;重组siRNAs的前体序列为成熟序列部分被取代的hsa-miR-34a前体序列,所述hsa-miR-34a前体序列如SEQ ID NO:22所示;
步骤三、将嵌合目标序列的表达载体转化感受态大肠杆菌;
步骤四、大肠杆菌培养扩增后,提取菌内总RNA,以FPLC分离纯化目标重组siRNAs。
下面以重组r/si-UL8-1(SEQ ID NO:1)为例,具体介绍本发明重组siRNAs的生产方法:
实施例1:以pBSKrnaSeph/has-mir-34a表达载体构建重组siRNA表达质粒,表达重组siRNAs。
(1)根据重组r/si-UL8-1的有效序列,以及pBSKrnaSeph/has-mir-34a表达载体上的序列设计引物,命名为mir-34a/重组r/si-UL8-1,同时在引物的两端加上1-15nt载体插入位点两侧的同源序列。
(2)插入片段的合成
以表1中的两条引物互为模板,利用pBSKrnaSeph质粒在tRNA反密码子环处具有的酶切位点,将重组r/si-UL8-1的前体序列插入pBSKrnaSeph质粒中,构建表达载体;反应体系如表1所示,反应过程如表2所示:
表1聚合酶体外扩增链反应体系(50μL)
Figure BDA0003998297310000051
Figure BDA0003998297310000061
表2聚合酶体外扩增链反应过程
Figure BDA0003998297310000062
(3)pBSKrnaSeph/has-mir-34a载体的双酶切
用Eag I-HFTM,Sac II限制性内切酶对载体进行37℃酶切,反应体系如表3所示。
表3 50μL双酶切体系
Figure BDA0003998297310000063
(4)酶切质粒以及PCR片段的回收及纯化
将PCR产物和酶切后的质粒进行琼脂糖凝胶电泳鉴定后,使用OMEGA公司的胶回收试剂盒(OMEGA Gel Extraction Kit)进行回收纯化。在凝胶成像系统中用365nm的紫外光观察琼脂糖凝胶电泳后的DNA分离结果,用刀片小心切下带有目的DNA区带的凝胶,尽可能切下更少的胶,放入1.5mL的EP离心管中;称取凝胶的质量;按照1:1的体积比向装有琼脂糖凝胶的离心管中加入Binding Buffer结合缓冲液,并将混合物放于60℃-65℃水浴中7min,期间每隔两到三分钟振荡混合一次,直至凝胶完全融化;将融化后得到的溶液转移到DNAMini Column离心柱中,并将离心柱放入2mL的Collection Tube收集管中;10000rpm离心1min。每次离心的溶液体积最多为700μL,可将溶液分多次离心,直至全部离心完,并弃去收集管中的滤液,重复利用收集管;在离心柱中加入700μL的添加过无水乙醇的SPW WashBuffer。放于离心机中10000rpm,室温离心1min,重复此步骤一次;弃去滤液,将离心柱以13000rpm的转速室温下离心2min,以彻底除去纯化柱中的乙醇;将离心柱置于全新干净的离心管中。向离心柱中央悬空滴加30~100μL的Elution Buffer洗脱液,静置2min使DNA完全溶解在洗脱液中。放于离心机中以13000rpm的转速室温离心1min,回收管底的洗脱液。取少量洗脱液进行DNA凝胶电泳测定是否为目的产物,贮存于-20℃。
(5)插入片段与载体的连接
胶回收片段用
Figure BDA0003998297310000072
Ligation-Free Cloning System进行连接,反应体系如表4所示。
表4无缝连接反应体系(20μL)
Figure BDA0003998297310000071
混匀后,置于37℃孵育30min;转化大肠杆菌HST08感受态细菌;对克隆菌落进行氨苄青霉素抗性筛选。
(6)DNA测序鉴定重组r/si-UL8-1表达载体
挑取单克隆菌落,于含有氨苄的LB培养基中培养约8h。取100μL菌液,送擎科生物科技有限公司,用测序引物M13Fow-GTAAAACGACGGCCAGT,Rev-CAGGAAACAGCTATGAC进行DNA测序鉴定。
(7)200ng重组r/si-UL8-1表达质粒转化HST08感受态细菌后,加入5mL LB培养基在37℃,200rpm震荡培养过夜。菌液经10000g离心2min后,收集沉淀。于沉淀中加入180μL10mM醋酸镁-Tris·HCl溶液重悬,再加入200μL的饱和苯酚,室温振摇20-60min。10000g离心10min后收集水相,加入0.1倍水相体积的5M NaCl沉淀大分子杂质。上清液再加入2倍体积无水乙醇,10000g离心10min后,弃掉上清。吸水纸吸干残留乙醇,待RNA干燥后加入DEPC水溶解RNA,测定浓度,-80℃冰箱保存。
(8)变性聚丙烯酰胺凝胶电泳鉴定
将2μg RNA样品与2×RNA上样缓冲液混合,加入变性胶样品孔内。120~150V电泳40~60min后,放入含0.5μg/mL溴化乙锭的溶液中轻摇20~30min,于凝胶成像系统下观测,拍照保存。
图1是本实施例利用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测大肠杆菌中重组r/si-UL8-1的表达。转化重组r/si-UL8-1表达质粒的细菌总RNA在150-300nt之间多了一条带。结果表明,重组siRNA表达质粒在大肠杆菌中可以高表达重组r/si-UL8-1。
实施例2:FPLC纯化重组r/si-UL8-1
(1)采用Bio-Rad NGCTM Chromatography System,以离子交换柱(ENrichTM Q10×100Column)纯化重组r/si-UL8-1。
流动相A:10mM NaH2PO4溶液,pH7.0。流动相B:10mM NaH2PO4溶液,1M NaCl溶液,pH7.0。流速为2.0mL/min。以DEPC水,流动相A,流动相B分别交替冲洗色谱柱约1h。每次冲洗5柱体积。
运行以下程序对总RNA进行分离:0~8.9min(0% B),8.9~13.7min(55% B),13.7~53.7min(55~75% B),53.7~73.7min(75~85% B),73.7~83.7min(100% B),83.7~93.7min(0%B)。以260nm的吸光度检测RNA,并收集重组RNA所对应的峰。用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳鉴定纯度。
(2)RNA样品处理方法
总RNA提取步骤同上。所提取的总RNA于4℃13000rpm离心10min后,上清液经0.22μm微孔滤膜过滤后,每次进样5-10mg。
(3)FPLC组分收集及浓缩去盐
以变性聚丙烯酰胺凝胶电泳鉴定所收集组分的纯度。混合后的各组分用2倍体积无水乙醇沉淀RNA,-80℃冰箱放置约1h。以10000g转速于4℃离心10min收集RNA。将所得RNA沉淀用DEPC水溶解,用tra-2mL Centrifugal Filters 4℃7500g离心10min,去滤液,重复此步骤直至所有溶液离心完,再将Filters倒置,2000g离心2min,收集所得溶液,测定浓度后于-80℃保存。
图2是本实施例利用Bio-Rad NGCTM Chromatography System纯化重组siRNAs(重组r/si-UL8-1),以变性聚丙烯酰胺凝胶电泳鉴定所收集组分的纯度。结果表明,经FPLC纯化后,可得到高纯的重组r/si-UL8-1。
实施例3:重组r/si-UL8-1在细胞内的加工、成熟
(1)重组siRNAs转染
将HaCaT、ARPE19和SY5Y以1×105接种到12孔板中,待细胞贴壁展开后,更换培养基为空白DMEM,将重组r/si-UL8-1加入到一定量的空白DMEM培养基及转染试剂lipo2000加入到一定量的空白DMEM培养基中各自孵育5min,然后将lipo2000与DMEM孵育物加入到重组r/si-UL8-1与DMEM孵育物中,混匀静置20min,然后将孵育物加入到对应的12孔板中,重组r/si-UL8-1终浓度为10nM,6h后更换为10% FBS DMEM培养基。
(2)RNA提取
按照RNA提取说明书提取RNA,所得RNA后冻于-80℃冰箱保存。
(3)qPCR检测检测重组r/si-UL8-1在细胞内的表达
利用反转录试剂盒对RNA进行反转录,反转录产物冻于-20℃,具体过程如下:
a:gDNA消化,在RNase-free离心管中配制如下混合液,用移液枪轻轻吹打混匀。42℃2min。
表5Stem loop qPCR gDNA消化反应体系
Figure BDA0003998297310000101
b:反转录反应体系配制(20μL体系)
表6Stem loop qPCR cDNA逆转录反应体系
Figure BDA0003998297310000102
取上述已反转录好的cDNA,稀释5倍,以GAPDH为内参,利用stem loop qPCR方法检测细胞内重组siRNA的表达量,qPCR反应程序如下:95℃,2min;95℃,5s,60℃,30s,39个循环;95℃,5s;65℃,5s;95℃,50s。所使用的引物序列如下:
表7Stem loop qPCR引物
Figure BDA0003998297310000103
Figure BDA0003998297310000111
图3是本实施例利用Stem loop qPCR技术检测重组r/si-UL8-1在ARPE19中的加工和成熟(数值以“均值±标准差”表示,两组间的显著性采用Students’t检验,***P<0.001)。与阴性对照(SSA)相比,成熟si-UL8-1表达显著升高,表明重组r/si-UL8-1在ARPE19细胞中被加工为成熟siRNA。
实施例5:重组r/si-UL8-1对靶基因(UL8)的调控作用
根据HSV1基因组(X04370.1)设计siRNA序列,检测利用tRNA支架表达重组r/si-UL8-1是否能够特异性敲低靶基因的表达。
1.qPCR检测靶基因的敲低效果
(1)重组siRNAs转染及病毒感染
将HaCaT、ARPE19和SY5Y以1×105接种到12孔板中,待细胞贴壁展开后,更换培养基为空白DMEM/,将重组r/si-UL8-1加入到一定量的空白DMEM培养基及转染试剂lipo2000加入到一定量的空白DMEM培养基中各自孵育5min,然后将lipo2000与DMEM孵育物加入到重组r/si-UL8-1与DMEM孵育物中,混匀静置20min,然后将孵育物加入到对应的12孔板中,重组r/si-UL8-1为10nM,转染6h后换为10% FBS DMEM培养基,24h后弃去培养基并感染HSV1病毒(moi=0.1),感染2h后,DPBS洗2遍后加入含2% FBS的DMEM培养基中。
(2)RNA提取
RNA提取说明书提取RNA,所得RNA后冻于-80℃冰箱保存。
(3)qPCR检测靶基因(UL8)表达
利用反转录试剂盒对RNA进行反转录,反转录产物冻于-20℃,具体过程如下:
a:gDNA消化
在RNase-free离心管中配制如下混合液,用移液器轻轻吹打混匀。42℃2min。
表8Real time qPCR gDNA消化反应体系
Figure BDA0003998297310000121
b:逆转录反应体系配制(20μL体系)
表9Real time qPCR cDNA逆转录反应体系
Figure BDA0003998297310000122
取上述已反转录好的cDNA,稀释5倍,以18S为内参,利用qPCR方法检测细胞内靶基因(UL8)表达量,qPCR反应程序如下:95℃,2min;95℃,5s,60℃,30s,39个循环;95℃,5s;65℃,5s;95℃50s。所使用的引物序列如下:
表10重组r/si-UL8-1 qPCR引物
Figure BDA0003998297310000123
图4是本实施例中利用qPCR技术检测检测重组r/si-UL8-1对Ⅰ型-单纯疱疹病毒(HSV1)靶基因UL8的敲低作用(数值以“均值±标准差”表示,两组间的显著性采用Students’t检验,**P<0.01,***P<0.001)。与阴性对照(SSA)组相比,重组r/si-UL8-1能够显著抑制靶基因的表达,表明重组r/si-UL8-1具有生物学活性。
对本发明其他重组siRNAs进行实验,结果显示同样能够显著抑制靶基因的表达,表明本发明的重组siRNAs具有生物学活性。
实施例6:重组r/si-UL8-1体外抗病毒效果评价
1.空斑法检测重组r/si-UL8-1抗病毒效果
(1)重组r/si-UL8-1转染及病毒感染
将HaCaT、ARPE19和SY5Y以1×105接种到12孔板中,待细胞贴壁展开后,更换培养基为空白DMEM,将重组r/si-UL8-1加入到一定量的空白DMEM培养基及转染试剂lipo2000加入到一定量的空白DMEM培养基中各自孵育5min,然后将lipo2000与DMEM孵育物加入到重组r/si-UL8-1与DMEM孵育物中,混匀静置20min,然后将孵育物加入到对应的12孔板中,重组r/si-UL8-1终浓度为10nM,转染6h后换液为10% FBS DMEM培养基,24h后弃掉培养基并感染HSV1病毒(moi=0.1or 1),感染2h后用DPBS洗2遍后加入含2% FBS的DMEM培养基中。
(2)空斑法检测
在12板中接种Vero E6细胞,待细胞长至90%密度以上时,将上述(1)感染24h后的样本分别梯度稀释(10-1至10-7次方)后感染Vero E6细胞,感染2h后,弃掉病毒液,加入维持培养基覆盖液—1.6%甲基纤维素-DMEM(2% FBS)后放置细胞培养箱培养3d,最后弃掉覆盖液,用DPBS清洗3-5遍,将残留覆盖液清洗干净后加入结晶紫染液室温染色10min,用自来水轻轻将残留的结晶紫洗干净,晾干,数空斑,计算病毒滴度。病毒原液滴度(PFU/mL)=12孔板斑点数×病毒稀释倍数/12孔板接种病毒量(mL)。
图5是本实施例中利用空斑法检测重组r/si-UL8-1对Ⅰ型-单纯疱疹病毒滴度的影响(数值以“均值±标准差”表示,两组间的显著性采用Students’t检验,***P<0.001,****P<0.001)。如图所示,与阴性对照SSA相比,重组r/si-UL8-1能够显著降低病毒滴度,表明重组r/si-UL8-1具有显著的抗病毒活性。
2.免疫荧光(IF)实验评价重组r/si-UL8-1抗病毒效果
(1)重组siRNAs转染及病毒感染
将ARPE19以1×105接种到12孔板中,待细胞贴壁展开后,更换培养基为空白DMEM,将重组r/si-UL8-1加入到一定量的空白DMEM培养基及转染试剂lipo2000加入到一定量的空白DMEM培养基中各自孵育5min,然后将lipo2000与DMEM孵育物加入到重组r/si-UL8-1与DMEM孵育物中,混匀静置20min,然后将孵育物加入到对应的12孔板中,重组r/si-UL8-1终浓度为10nM,转染6h后换液为10% FBS DMEM培养基,24h后弃掉培养基并感染HSV1病毒(moi=0.1),感染2h后用DPBS洗2遍后加入含2% FBS的DMEM培养基中。
(2)免疫荧光染色
感染24h后,弃掉12孔板中的培养基,DPBS洗2遍,加入4%多聚甲醛固定30min,DPBS洗2遍,加入0.5% Triton-X100室温破膜10min,DPBS洗2遍,加入3% BSA封闭30min(现配现用),DPBS洗2遍,加入HSV1 gD一抗(1:100,Santa)4℃过夜,第二天DPBS洗5遍,加入cy5标记的鼠源二抗(1:500,CST)室温避光孵育1h,弃去二抗,DPBS洗5遍,加入细胞核染料DAPI(1:10000)室温孵育5min,弃去染料,DPBS洗5遍,利用荧光倒置显微镜进行观察拍照(如图6)。
图6是本实施例中利用免疫荧光技术(IF)检测重组r/si-UL8-1对Ⅰ型-单纯疱疹病毒(HSV1)荧光数量的影响(数值以“均值±标准差”表示,两组间的显著性采用Students’t检验,*P<0.05)。如图所示,与阴性对照SSA相比,重组r/si-UL8-1能够显著降低病毒荧光数量,表明重组r/si-UL8-1具有显著的抗病毒活性。
对本发明其他重组siRNAs进行实验,结果相似,表面本发明其他重组siRNAs同样能够显著降低病毒滴度,显著降低病毒荧光数量,表明本发明的重组siRNAs具有显著的抗病毒活性。本发明的重组siRNAs可用于制备具有体外/内降低Ⅰ型单纯疱疹病毒滴度,延长动物存活率的基因组试剂、前药、药物、原料药或药物组合;可用于制备具有抗Ⅰ型单纯疱疹病毒活性的试剂、前药、药物、原料药或药物组合。
实施例7:重组r/si-UL8-1体内抗病毒效果评价
(1)动物造模
将6-8周大小的雌性C57/B6 J小鼠腹腔注射100μL浓度为8%的戊巴比妥钠麻醉剂,利用脱毛膏将小鼠左侧毛发脱离干净,随后在小鼠脊椎外侧,脾上方滴入10μL HSV1病毒(2×106p.f.u/只),用27G大小针头来回刮20下促进病毒吸收。
(2)药物治疗
在攻毒6h后首次在小鼠皮肤上涂抹40μg柔性脂质体包裹的SSA和r/si-UL8-1,随后每隔24h在小鼠皮肤上涂抹利用柔性脂质体包裹的SSA和r/si-UL8-1或给小鼠进行灌胃(阿昔洛韦组,6mg/只),连续5天药物治疗后,停止药物治疗,对小鼠病毒载量和小鼠体重、存活率进行统计。
(3)病毒载量检测
1)RNA提取
将上述动物皮肤组织样本加入trizol裂解液后,加入磁珠后,利用组织研磨仪进行破碎研磨,利用Omega RNA提取说明书进行后续RNA提取,所得RNA后冻于-80℃冰箱保存。
2)皮肤组织病毒载量测定
利用反转录试剂盒对RNA进行反转录,反转录产物冻于-20℃,具体过程如下:
a:gDNA消化
在RNase-free离心管中配制如下混合液,用移液器轻轻吹打混匀。42℃2min。
表8Real time qPCR gDNA消化反应体系
Figure BDA0003998297310000161
b:逆转录反应体系配制(20μL体系)
表9Real time qPCR cDNA逆转录反应体系
Figure BDA0003998297310000162
取上述已反转录好的cDNA,稀释5倍,以18S为内参,利用qPCR方法检测细胞内靶基因(UL8)表达量,qPCR反应程序如下:95℃,2min;95℃,5s,60℃,30s,39个循环;95℃,5s;65℃,5s;95℃50s。所使用的引物序列如下:
表10重组r/si-UL8-1 qPCR引物
Figure BDA0003998297310000163
图7是本实施例中利用qPCR技术检测检测重组r/si-UL8-1对HSV1病毒载量的检测(数值以“均值±标准差”表示,两组间的显著性采用Students’t检验,**P<0.01)。与阴性对照(SSA)组相比,重组r/si-UL8-1能够显著降低病毒载量,表明重组r/si-UL8-1具有生物学活性。
(4)小鼠体重、存活率影响
按照上述(1)和(2)步骤对小鼠进行造模和药物治疗,每天观察小鼠体重和生存情况
图8是本实施例中的对小鼠存活率的统计。与空白对照(Blank)阴性对照(SSA)组相比,重组r/si-UL8-1能够显著降低病毒载量,表明重组r/si-UL8-1具有生物学活性。
对本发明其他重组siRNAs进行实验,结果相似,说明本发明其他重组siRNAs能够显著降低病毒载量,表明本发明的重组siRNAs具有生物学活性。本发明的重组siRNAs可用于制备具有抗Ⅰ型单纯疱疹病毒活性的试剂、前药、药物、原料药或药物组合。
以上所述,仅是本发明的较佳实施例,并非对本发明做任何限制,凡是根据发明技术实质对以上实施例所作的任何简单修改、变更以及等效结构变化,均仍属于本发明技术方案的保护范围内。

Claims (4)

1.一种抗Ⅰ型单纯疱疹病毒的重组siRNAs,其特征在于,所述重组siRNAs的序列为SEQID NO:1至SEQ ID NO:10所示序列中的一种,或者为与SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:10所示序列中的一种相似度达90%以上的序列。
2.根据权利要求1所述的一种抗Ⅰ型单纯疱疹病毒的重组siRNAs,其特征在于,所述重组siRNAs生产过程中以HSV1基因组不同位置为靶点,设计小干扰RNA,所述小干扰RNA的序列如SEQ ID NO:11至SEQ ID NO:20所示。
3.一种如权利要求1所述重组siRNAs在制备具有体外/内降低Ⅰ型单纯疱疹病毒滴度,延长动物存活率的基因组试剂、前药、药物、原料药或药物组合中的应用。
4.一种如权利要求1所述重组siRNAs在制备具有抗Ⅰ型单纯疱疹病毒活性的试剂、前药、药物、原料药或药物组合中的应用。
CN202211604984.5A 2022-12-14 2022-12-14 一种抗Ⅰ型单纯疱疹病毒的重组siRNAs及其应用 Pending CN116121250A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202211604984.5A CN116121250A (zh) 2022-12-14 2022-12-14 一种抗Ⅰ型单纯疱疹病毒的重组siRNAs及其应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202211604984.5A CN116121250A (zh) 2022-12-14 2022-12-14 一种抗Ⅰ型单纯疱疹病毒的重组siRNAs及其应用

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN116121250A true CN116121250A (zh) 2023-05-16

Family

ID=86305428

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202211604984.5A Pending CN116121250A (zh) 2022-12-14 2022-12-14 一种抗Ⅰ型单纯疱疹病毒的重组siRNAs及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN116121250A (zh)

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN102140458B (zh) 小干扰核酸和药物组合物及其制药应用
CN102282253B (zh) 狂犬病病毒的纯化方法
CN102140461B (zh) 小干扰核酸和药物组合物及其制药应用
CN102140459B (zh) 一种小干扰核酸和药物组合物及其制药应用
CN102631666A (zh) 一种预防和控制人乳头瘤病毒感染的生物制剂的制备方法
CN102083983A (zh) 乙型肝炎病毒基因的小核酸干扰靶位点序列和小干扰核酸及组合物和应用
EA024878B1 (ru) Ген, кодирующий мутантную глюкокиназу человека, отличающуюся увеличенной стабильностью, и его применение для контроля глюкозы в крови или предупреждения и лечения нарушений углеводного обмена
CN111317816A (zh) 一种新型冠状病毒肺炎双价疫苗的制备方法
CN103304637A (zh) 细胞穿膜肽hPP3及其用途
LU101942B1 (en) Method for preparing novel coronavirus pneumonia dsrna vaccine
CN102140460B (zh) 小干扰核酸和药物组合物及其制药应用
CN106474147B (zh) 一种预防和控制人乳头状瘤病毒感染的敷料及其制备方法
CN115927473A (zh) 一种用于单纯疱疹病毒感染性疾病的基因治疗药物
CN108396032A (zh) 保护性hpv卵黄抗体及其应用
CN105274142A (zh) 复制型重组人55型腺病毒载体及其制备方法和应用
CN116121250A (zh) 一种抗Ⅰ型单纯疱疹病毒的重组siRNAs及其应用
CN111041001B (zh) 治疗kras突变型肿瘤的安全型柯萨奇病毒及其药物组合物
CN115068611B (zh) ssc-miR-374b-3p在制备抗PDCoV增殖药物中的应用
CN113789326B (zh) 一种抗水痘-带状疱疹病毒的重组siRNAs及其生产方法和应用
CN101926992B (zh) 单纯疱疹病毒i型基因重组减毒活疫苗及其制备方法
CN101376892B (zh) 单纯疱疹病毒载体和重组病毒及宿主细胞及其药物组合物
CN110964726B (zh) 一种重组siMACF1及其生产方法和应用
CN113201545A (zh) 一种双靶向核酸适配体及其应用
CN101376893B (zh) 单纯疱疹病毒载体和重组病毒及宿主细胞及其药物组合物
CN101787359B (zh) 靶向诱导成骨分化细胞凋亡的重组慢病毒及其制备方法和应用

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination