CN116103413A - 与地方鸡产蛋性状相关的snp标记及其检测方法和应用 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了一种与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记及其检测方法与应用，涉及分子生物学及遗传育种领域。所述SNP标记位于鸡第10号染色体第1775498bp处，所述位点上存在T/C碱基突变，与地方鸡40周产蛋数性状具有显著相关性。本发明提供的SNP标记能够用于地方鸡分子标记辅助育种，且不受地方鸡品种、年龄的限制，可用于高产地方鸡选育，甚至刚出壳的小鸡即可准确地进行筛选，大大加快了高产地方鸡的育种进程，可降低育种企业的选育成本。

Description

与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记及其检测方法和应用
技术领域
本发明涉及分子生物学及遗传育种领域，具体地说，涉及一种与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记、引物对、检测方法及其应用。
背景技术
鸡蛋富含蛋白质、脂肪、卵磷脂等人体所需的多种营养物质，是我国居民饮食结构中的重要组成部分。地方鸡的产蛋性能较低，蛋其蛋品质好，因此，快速提高地方鸡的产蛋性能是目前地方鸡育种工作亟需解决的问题之一。
单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphsim，SNP)是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸(A、T、C或G)的突变而引起的多态性，包括单碱基的插入、缺失、转化和颠换等。全基因组关联分析(Gemome-Wide Association Study，GWAS)是应用基因组中数以百万计的SNP为分子遗传标记，进行全基因组水平的对照分析和相关分析，通过比较发现影响复杂性状的基因变异的一种新策略。
SNP分子标记辅助选择育种，是利用分子标记与经过全基因组关联分析发现的控制目标性状基因紧密连锁的特点，在DNA分子水平上，快速准确筛选优势基因型，缩短育种年限，加快育种进程，提高育种效率。目前二代测序技术、高密度SNP芯片和全基因组关联分析已经有效地用于动植物全基因组设计育种和优良性状评估诊断。因此，本发明利用鸡SNP分型数据及其产蛋性状相关的表型数据，进行全基因组范围内的关联分析，发现与地方鸡40周产蛋数显著相关的SNP标记位点，为地方鸡产蛋性状方面的优化与改良奠定基础。
发明内容
本发明的目的在于克服现有技术之缺陷，提供与地方鸡产蛋性状相关SNP标记及其检测方法。
为了实现上述技术目的，本发明主要采用如下技术方案：
第一方面，本发明公开了一种与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记，所述SNP标记位于鸡第10号染色体第1775498bp处，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，在SEQ ID NO：1所示序列第251bp处的多态性为T/C的核苷酸序列。
所述位点上存在T/C碱基突变，与地方鸡40周产蛋数具有显著的相关性；所述SNP标记基于鸡基因组序列信息版本号GCA_000002315.5，2018年3月。
在本发明实施例中，所述SNP标记中，多态性位点的优势基因型为TT。
第二方面，本发明公开了一种如第一方面所述的与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记在鸡遗传育种中的应用。
进一步的，所述应用为，应用于高产地方鸡品种的鉴定与选育，和/或用于地方鸡高产性状的早期预测。
第三方面，本发明公开了一种扩增如第一方面所述的与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记的引物对，所述引物对包括：上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示。
第四方面，本发明公开了如第三方面所述引物对辅助鉴定与选育高产地方鸡品种，和/或用于地方鸡高产性状的早期预测，和/或用于与地方鸡产蛋性状相关的分子标记辅助育种中的应用。
第五方面，本发明公开了一种检测与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记的试剂盒，包括如第三方面所述的引物对、PCR mix等其中的至少一种。
第六方面，本发明公开了如第五方面所述的试剂盒辅助鉴定与选育高产地方鸡品种，和/或用于地方鸡高产性状的早期预测，和/或用于与地方鸡产蛋性状相关的分子标记辅助育种中的应用。
第七方面，本发明公开了一种与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记的检测方法，包括以下步骤：
(1)提取待测地方鸡的基因组DNA；
(2)以待测地方鸡的基因组DNA为模板，利用SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示的引物进行PCR扩增反应；
(3)分析PCR扩增产物，得到样本在第251bp处的基因型。
第八方面，本发明公开了一种选育高产地方鸡品种的方法，所述方法包括：采用如第七方面所述的方法筛选基因型为TT的个体，其中，基因型为TT的个体40周产蛋数高于CT、CC基因型。
与现有技术相比，本发明具有如下有益效果：
本发明提供的SNP标记能够用于地方鸡分子标记辅助育种，且不受地方鸡品种、年龄的限制，可用于高产地方鸡选育，甚至刚出壳的小鸡即可准确地进行筛选，大大加快了高产地方鸡的育种进程，可降低育种企业的选育成本。
附图说明
图1：为本发明实施例中三种基因型测序峰图；其中，(a)为CT型，(b)为TT型；(c)为CC型。
具体实施方式
为了使本发明的目的、技术方案及优点更加清楚明白，以下结合实施例对本发明进行进一步详细说明。应当理解，此处所描述的具体实施例仅仅用以解释本发明，并不用于限定本发明。本发明中未详细单独说明的试剂均为常规试剂，均可从商业途径获得；未详细特别说明的方法均为常规实验方法，可从现有技术中获知。
需要说明的是，本发明的说明书和权利要求书及上述附图中的术语“第一”、“第二”等是用于区别类似的对象，而不必用于描述特定的顺序或先后次序，也不对其后的技术特征起到实质的限定作用。应该理解这样使用的数据在适当情况下可以互换，以便这里描述的本发明的实施例能够以除了在这里图示或描述的那些以外的顺序实施。此外，术语“包括”和“具有”以及他们的任何变形，意图在于覆盖不排他的包含，例如，包含了一系列步骤或单元的过程、方法、系统、产品或设备不必限于清楚地列出的那些步骤或单元，而是可包括没有清楚地列出的或对于这些过程、方法、产品或设备固有的其它步骤或单元。
实施例1地方鸡第10号染色体第1775498bp处的SNP突变位点的鉴定
本发明的试验鸡品种包括江汉鸡、麻城绿壳蛋鸡、双莲鸡等地方鸡，样本来源于湖北省农业科学院畜牧兽医研究所家禽试验场。
1、鸡基因组DNA的提取
鸡基因组DNA的提取采用北京百泰克生物技术有限公司生产的基因组DNA试剂盒(按该试剂盒说明书进行操作)提取，具体步骤如下所述：
(1)采用一次性注射器从鸡翅下静脉中抽取约1ml血液，注入经高压灭菌并装有200μL无菌ACD抗凝剂的1.5ml离心管中，轻轻摇匀，记录翅号，-20℃保存备用。吸取10μL抗凝血，加入500μL BB2和10μL蛋白酶K(20mg/mL)，充分混匀，室温孵育10min。
(2)短暂离心，将全部的溶液加入离心柱中，12000g离心1min，弃流出液。
(3)加入500μL溶液CB3，12000g离心30s，弃流出液。
(4)加入500μL溶液WB3，12000g离心30s，弃流出液。
(5)重复步骤4一次。
(6)12000g离心2min，彻底去除残留的WB3。
(7)将离心柱置于一个干净的离心管中，在柱的中央加入50-200μL预热的EB或去离子水，室温静置1min，12000g离心1min，洗脱DNA，洗脱出的DNA于-20℃下保存备用。
2、扩增含SNP位点的核苷酸片段
根据地方鸡全基因组测序分析结果，选择第10号染色体第1775498bp处的SNP突变位点前后约800bp的序列设计引物，其中，SNP标记基于鸡基因组序列信息版本号GCA_000002315.5，2018年3月。引物具体序列如下：
正向引物F：5’-TTCCTGCAAAATATCCAG’(SEQ ID NO：2)，
反向引物R：5’-ACGCTCTCATCACTAACG-3’(SEQ ID NO：3)。
利用上述引物在地方鸡基因组DNA中进行PCR扩增，PCR反应体系如表1所示，PCR反应条件见表2所示。
表1PCR反应体系
表2PCR反应条件
3、检测PCR扩增片段、获得SNP标记
将上述获得的PCR扩增产物进行测序检测，所述PCR扩增产物的核苷酸序列如SEQID NO:1所示，在SEQ ID NO：1所示序列自第5’端第251bp处的多态性为T/C的核苷酸序列，即第251bp处的碱基可能为T或者C，该序列的第251bp处的基因型为所述SNP位点的基因型，分别为CT型、TT型和CC型。三种基因型的测序峰图如图1所示。
实施例2本发明的SNP标记与地方鸡产蛋性状的关联分析及应用
利用本发明制备的SNP标记对江汉鸡、双莲鸡、麻城绿壳蛋鸡等品种的进行多态性检测并分析其与上述品种40周产蛋数的相关性。该位点在三个地方鸡群体中的等位基因频率、基因型频率分布情况如表3所示。
表3鸡第10号染色体第1779403bp突变位点基因型频率和等位基因频率
备注：基因型频率一列括号内数字为该基因型的个体数。
由表3可知，所述序列的SNP突变位点在3个群体中均检测到3种基因型，且优势等位基因均为T，优势基因型为TT。
为了确定本发明制备的SNP标记与地方鸡40周产蛋数的差异是否相关，在江汉鸡、双莲鸡、麻城绿壳蛋鸡群体中进行不同基因型与地方鸡40周产蛋数间的关联分析，统计分析结果总结于表4。
表4鸡第10号染色体第1779403bp突变位点多态性与40周产蛋数的关联分析
注：上表中相同上表字母表示差异不显著，字母a、b、c表示差异显著，n为该种基因型的个体数量。
由表4可以看出，鸡第10号染色体第1775498bp位点多态性与40周产蛋数具有显著相关性(P＜0.05)，其中TT基因型具有更高的40周产蛋数。
本实施例鉴定了一个与地方鸡40周产蛋数显著相关的SNP标记，因此，在地方鸡群体中，通过对该位点TT基因型个体的选留，将有助于提高地方鸡的产蛋性状。
综合以上结果，本发明的突变位点可作为提高地方鸡产蛋性状的潜在遗传标记用于高产地方鸡的辅助选择中。
以上所述，仅为本发明较佳的具体实施方式，但本发明的保护范围并不局限于此，任何熟悉本技术领域的技术人员在本发明揭露的技术范围内，可轻易想到的变化或替换，都应涵盖在本发明的保护范围之内。

Claims (10)

1.一种与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记，其特征在于：所述SNP分子标记位于鸡第10号染色体第1775498bp处，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，在SEQ ID NO：1所示序列第251bp处的多态性为T/C的核苷酸序列。
2.根据权利要求1所述的与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记，其特征在于：所述SNP标记中，多态性位点的优势基因型为TT。
3.如权利要求1或2所述的与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记在鸡遗传育种中的应用。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，应用于高产地方鸡品种的鉴定与选育，和/或用于地方鸡高产性状的早期预测。
5.一种扩增如权利要求1所述的与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记的引物对，其特征在于，所述引物对包括：上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示。
6.如权利要求5所述引物对辅助鉴定与选育高产地方鸡品种，和/或用于地方鸡高产性状的早期预测，和/或用于与地方鸡产蛋性状相关的分子标记辅助育种中的应用。
7.一种检测与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记的试剂盒，其特征在于：包括如权利要求5所述的引物对、PCR mix其中的至少一种。
8.如权利要求7所述的试剂盒辅助鉴定与选育高产地方鸡品种，和/或用于地方鸡高产性状的早期预测，和/或用于与地方鸡产蛋性状相关的分子标记辅助育种中的应用。
9.一种与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：
(1)提取待测地方鸡的基因组DNA；
(2)以待测地方鸡的基因组DNA为模板，利用SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示的引物进行PCR扩增反应；
(3)分析PCR扩增产物，得到样本在第251bp处的基因型。
10.一种选育高产地方鸡品种的方法，其特征在于，所述方法包括：采用如权利要求9所述的方法筛选基因型为TT的个体，其中，基因型为TT的个体40周产蛋数高于CT、CC基因型。
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