CN115851966A - 一种鸡屠体性状相关的ApoD基因分子标记及应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种鸡屠体性状相关的ApoD基因分子标记及应用，属于生物技术领域。所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，所述分子标记存在3个SNP位点，SNP1位于如SEQ ID NO:1所示序列的568bp，SNP2位于如SEQ ID NO:1所示序列的595bp，SNP3位于如SEQ ID NO:1所示序列的698bp。本发明的分子标记可以准确鉴定鸡屠体性状，为分子标记辅助选择育种提供新的分子标记。
Description
技术领域
本发明涉及生物技术领域，特别是涉及一种鸡屠体性状相关的ApoD基因分子标记及应用。
背景技术
随着国内日常生活水平的提高，人们对禽类产品的需求越来越高。近五年来，养鸡业迅速发展，肉鸡产量呈现显著的增长趋势。其中，屠体性状是家禽养殖产业的重要经济性状，是养殖企业生产效益的最直接体现。为分子标记辅助选择提供新的SNP分子标记，对于选育具有优良屠体性状的鸡品种具有重要的意义。
载脂蛋白D(ApoD)基因能够编码一种名为载脂蛋白D的脂蛋白。ApoD基因不仅能编码脂蛋白用于在机体中转运一些疏水小分子，如胆固醇、类固醇等，还能参与到细胞凋亡、神经系统的发生和损伤修复、验证控制、调节氧化应激等生命活动过程。
发明内容
本发明的目的是提供一种鸡屠体性状相关的ApoD基因分子标记及应用，以解决上述现有技术存在的问题，本发明通过发现ApoD基因的SNP位点，并将其与麻黄鸡的屠体性状关联分析，为分子标记辅助选择提供了新的SNP分子标记。
为实现上述目的，本发明提供了如下方案：
本发明提供一种用于鉴定鸡屠体性状的分子标记，分子标记的核苷酸序列如SEQID NO:1所示，分子标记存在3个SNP位点，SNP1位于如SEQ ID NO:1所示序列的568bp，SNP2位于如SEQ ID NO:1所示序列的595bp，SNP3位于如SEQ ID NO:1所示序列的698bp。
进一步的，SNP1对应的基因型包括AA、AG、GG，SNP2对应的基因型包括AA、AG、GG，SNP3对应的基因型包括CC、CT、TT。
进一步的，SNP1的基因型中，鸡的活体重、屠体重、半净膛重、全净膛重、腿重和胫长，GG基因型均大于AA基因型和AG基因型，鸡的腹脂重，AA基因型大于AG基因型和GG基因型；SNP2的基因型中，鸡的半净膛重、全净膛重、腿重、脚重和头重，AA基因型均大于AG基因型和GG基因型；SNP3的基因型中，鸡的头重，TT基因型大于CC基因型和CT基因型。
本发明还提供一种鉴别鸡屠体性状的方法，包括以下步骤：
(1)以待测鸡基因组DNA为模板，利用如SEQ ID NO:2-3所示的引物对PCR扩增得到扩增产物；
(2)对扩增产物测序，检测扩增产物568bp、595bp、698bp的基因型，判断待测鸡的屠体性状。
进一步的，扩增反应体系为：模板DNA3μL，10nM上游引物1.2μL，10nM下游引物1.2μL，ddH2O9.6μL。
进一步的，扩增反应程序为：95℃预变性3min；95℃变性15s，58℃退火15s，72℃延伸15s，32个循环；72℃彻底延伸3min。
进一步的，屠体性状包括：活体重、屠体重、半净膛重、全净膛重、腿重、腹脂重、脚重、头重和胫长。
本发明还提供一种鉴别鸡屠体性状的试剂盒，包含如SEQ ID NO:2-3所示的引物对。
本发明公开了以下技术效果：
本发明通过分析ApoD基因，发现该基因有多个与鸡屠体性状显著相关的SNP位点，同时通过实验验证发现：分子标记g.3127A>G位点与90日龄的活体重、屠体重、半净膛重、全净膛重、腿重、腹脂重和胫长具有显著相关(p<0.05)，分子标记g.3154G>A位点与90日龄的半净膛重、全净膛重、腿重、脚重和头重具有显著相关(p<0.05)，分子标记g.3257T>C位点与90日龄麻黄鸡的头重具有显著相关(p<0.05)。上述3个SNP分子标记可以准确的鉴定鸡屠体性状，为MAS提供新的SNP分子标记，从而为鸡的选育提供科学依据。
具体实施方式
现详细说明本发明的多种示例性实施方式，该详细说明不应认为是对本发明的限制，而应理解为是对本发明的某些方面、特性和实施方案的更详细的描述。
应理解本发明中所述的术语仅仅是为描述特别的实施方式，并非用于限制本发明。另外，对于本发明中的数值范围，应理解为还具体公开了该范围的上限和下限之间的每个中间值。在任何陈述值或陈述范围内的中间值，以及任何其他陈述值或在所述范围内的中间值之间的每个较小的范围也包括在本发明内。这些较小范围的上限和下限可独立地包括或排除在范围内。
除非另有说明，否则本文使用的所有技术和科学术语具有本发明所述领域的常规技术人员通常理解的相同含义。虽然本发明仅描述了优选的方法和材料，但是在本发明的实施或测试中也可以使用与本文所述相似或等同的任何方法和材料。本说明书中提到的所有文献通过引用并入，用以公开和描述与所述文献相关的方法和/或材料。在与任何并入的文献冲突时，以本说明书的内容为准。
在不背离本发明的范围或精神的情况下，可对本发明说明书的具体实施方式做多种改进和变化，这对本领域技术人员而言是显而易见的。由本发明的说明书得到的其他实施方式对技术人员而言是显而易见得的。本发明说明书和实施例仅是示例性的。
关于本文中所使用的“包含”、“包括”、“具有”、“含有”等等，均为开放性的用语，即意指包含但不限于。
实施例1
1、材料与方法
1.1动物样品
试验动物为404只90日龄的麻黄鸡(广州市江丰实业股份有限公司)。通过采集颈部静脉血液2mL，-80℃保存，用作提取DNA样本。屠宰前记录活体重、胫长、胫围和体斜长，屠宰后测定和记录屠体重、半净膛重等屠体性状。
1.2主要试剂
血样DNA提取试剂盒(品牌：OMEGA；货号：D3392；贝瑞(广州)生物科技有限公司)、2×RapidTaqMasterMix(品牌：诺维赞；货号：P22201；江苏诺维赞生物科技股份有限公司)、DNAmarker(品牌：诺维赞；货号：MD101；江苏诺维赞生物科技股份有限公司)。
1.3实验方法
1.3.1引物设计
根据NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformationSearchdatabase)公布的红色原鸡(Gallus)ApoD基因的序列(GeneID:424893)，使用NCBI的PrimerBLAST工具设计引物，由广州擎科生物科技有限公司提供引物合成服务。引物序列相关信息如表1所示，引物在ApoD基因上的配对位置如SEQ ID NO:4所示，其中加下划线部分为ApoD基因序列、加粗部分为引物序列。
SEQ ID NO:4
表1PCR扩增引物序列
1.3.2血液DNA的提取
参照血液DNA提取试剂盒操作说明书提取血液DNA。
1.3.3ApoD基因序列的PCR扩增
以上述404个个体的血样基因组DNA作为模板，遵循以下反应体系进行PCR扩增：3μL的麻黄鸡基因组DNA模板；1.2μL的ApoD-F引物，1.2μL的ApoD-R引物，引物浓度为10nM；9.6μL的ddH2O。
反应程序为：95℃预变性3min；95℃变性15s，58℃退火15s，72℃延伸15s，32个循环；72℃彻底延伸3min；4℃保存。PCR产物交由广州擎科生物科技有限公司进行Sanger测序。
1.3.4SNPs确定与基因分型
利用DNAstar软件的SeqMan工具对PCR产物进行Sanger测序，对测序结果的序列峰图的分析以确定潜在的SNP位点，并通过该工具比对每个样本的测序数据，进行基因分型。
1.3.5基因型与屠体性状关联分析
SNPs位点与基因型对应个体的屠体性状数据，利用SPSS26对SNPs位点的基因型与其对应的个体的屠体性状进行关联分析。
2结果
2.1ApoD基因片段区域扩增序列以及SNP位点筛选
选取家鸡404个个体的血样DNA为模板进行PCR扩增，得到的PCR产物(核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示)进行Sanger测序，将测序后的峰图进行比对分析，共检测到9个SNP位点，分别为：g.2834A>G、g.2958T>C、g.3127A>G、g.3135T>C、g.3154G>A、g.3166T>A、g.3167C>G、g.3231C>T、g.3257T>C，上述7个SNP位点依次在SEQ ID NO:1中的位置如SEQ ID NO:1中下划线所示。
SEQ ID NO:1
CAAGATCGACACCGACAAGATGATGCCCACGGATCAGCTCAACTGCCCTGCCGAGATGTAACCGCTGCCCCGCACAGCAGGCCAGCTCCGAACTGGGTCGCTTCCTTTATTAGCCAGTAGTGTCTCTGTGTAAGAGAGCAAAGCAGTGATCCCTTCGCTCACAGCAGTGTGCCAGCCCCGGGCACTCTGTGCGTCACTCCCGCTGTCGCTATTCCTCCCAGCCCATCTCACCCCACCTGACTGCTGCAGTATGGCTGACTGCAAGCTGATGGGGAAAGACAACCAGCCCCGATGTGCTCCGCTGCTGCCACGGGTCCTGCAGCATGTGGATGCCAAAGCCTGTGAGATGCAGGAGAGACTCATCACGAACCCAGTTTTGGTTCTGATGCTTCTAGGCCTGCTGGGAGCACAGGGGCCAGTGCTGCAGCTGGGGCCGGGCATTCTGAGTGTGCTTTCTCTGCAGGTTGCTGCCACGTCTGATCTCCTTCCTAGAATTCAGATTTGGTCTTTTGTATTTAAAGCCCGAGAAGTCTCCAAATGCCCAGAACCTCACCACAGCTCCTTCCCAGGGTCTGTGTGTGCCCCCATCTGCCCGCAGCGAGGCCCTCCACATTCCCAGTGCCAGCACCTCGTGTTCTGACGCGCAGCCCATAGCGGGCCCTACGTGGGCCGTGCGGCGCTCTGCTTCTGCAGCCTGTCCTGCTCAGCACCTCATTCCCGCTGCAGCTCTGCTCGCATAGCACCGAAGCAACTCATTAAAGACAAAACCTAGCACCTGCTCCCGGCCCTCTGTGCTTCCATGCG。
2.2ApoD基因的SNP位点与屠体性状的关联分析
对上述9个SNP位点与屠体性状进行关联分析。
如表2、表3、表4、表5和表6所示，g.3127A>G位点与90日龄的活体重、屠体重、半净膛重、全净膛重、腿重、腹脂重和胫长具有显著相关(p<0.05)，其中，AA基因型与GG基因的腹脂重具有显著差异(p<0.05)。g.3154G>A位点与90日龄的半净膛重、全净膛重、腿重、脚重和头重具有显著相关(p<0.05)，其中，AA基因型的半净膛重、全净膛重、腿重和头重与AG基因型和GG基因型具有显著差异(p<0.05)，AA基因型与GG基因型在脚重上具有显著差异(p<0.05)。g.3257T>C位点与90日龄麻黄鸡的头重具有显著相关(p<0.05)。其他SNP位点与屠体性状关联性未达到显著水平(p>0.05)。
表2g.3127A>G位点与活体重、屠体重、半净膛、全净膛、胸、腿的关联(Mean±SEM)
表3g.3127A>G位点与翅、脚、头、心、肝和胃的关联(Mean±SEM)
表4g.3127A>G位点与腹脂、胫长、胫围和体斜长的关联(Mean±SEM)
表5g.3154G>A位点与半净膛、全净膛、腿、脚和头重的关联
表6g.3257T>C位点与头重的关联
以上所述的实施例仅是对本发明的优选方式进行描述，并非对本发明的范围进行限定，在不脱离本发明设计精神的前提下，本领域普通技术人员对本发明的技术方案做出的各种变形和改进，均应落入本发明权利要求书确定的保护范围内。
Claims (9)
1.一种用于鉴定鸡屠体性状的分子标记，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，所述分子标记存在SNP1-SNP33个SNP位点，SNP1位于如SEQ ID NO:1所示序列的568bp，SNP2位于如SEQ ID NO:1所示序列的595bp，SNP3位于如SEQ ID NO:1所示序列的698bp。
2.根据权利要求1所述的分子标记，其特征在于，所述SNP1对应的基因型包括AA、AG、GG，所述SNP2对应的基因型包括AA、AG、GG，所述SNP3对应的基因型包括CC、CT、TT；
所述SNP1的基因型中，鸡的活体重、屠体重、半净膛重、全净膛重、腿重和胫长，GG基因型均大于AA基因型和AG基因型；鸡的腹脂重，AA基因型大于AG基因型和GG基因型；
所述SNP2的基因型中，鸡的半净膛重、全净膛重、腿重、脚重和头重，AA基因型均大于AG基因型和GG基因型；
所述SNP3的基因型中，鸡的头重，TT基因型大于CC基因型和CT基因型。
3.一种如权利要求1或2所述的分子标记在鉴定鸡屠体性状中的应用。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述鸡屠体性状包括：活体重、屠体重、半净膛重、全净膛重、腿重、腹脂重、脚重、头重和胫长。
5.一种利用权利要求1或2所述的分子标记鉴别鸡屠体性状的方法，其特征在于，包括以下步骤：
(1)以待测鸡基因组DNA为模板，利用如SEQ ID NO:2-3所示的引物对PCR扩增得到扩增产物；
(2)对所述扩增产物测序，检测扩增产物基因序列第568bp、595bp和698bp的基因型，判断待测鸡的屠体性状。
6.根据权利要求5所述的鉴别鸡屠体性状的方法，其特征在于，在步骤(1)中，扩增反应体系为：模板DNA 3μL，10nM上游引物1.2μL，10nM下游引物1.2μL，ddH2O9.6μL。
7.根据权利要求5所述的鉴别鸡屠体性状的方法，其特征在于，在步骤(1)中，扩增反应程序为：95℃预变性3min；95℃变性15s，58℃退火15s，72℃延伸15s，32个循环；72℃延伸3min。
8.根据权利要求5所述的鉴别鸡屠体性状的方法，其特征在于，所述屠体性状包括：活体重、屠体重、半净膛重、全净膛重、腿重、腹脂重、脚重、头重和胫长。
9.一种利用权利要求1或2所述的分子标记鉴别鸡屠体性状的试剂盒，其特征在于，包含如SEQ ID NO:2-3所示的引物对。
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