CN114657257B - 用于乌梢蛇药材、标准汤剂及中药配方颗粒pcr鉴别的引物组合及其应用、鉴别方法 - Google Patents

用于乌梢蛇药材、标准汤剂及中药配方颗粒pcr鉴别的引物组合及其应用、鉴别方法 Download PDF

Info

Publication number
CN114657257B
CN114657257B CN202011542773.4A CN202011542773A CN114657257B CN 114657257 B CN114657257 B CN 114657257B CN 202011542773 A CN202011542773 A CN 202011542773A CN 114657257 B CN114657257 B CN 114657257B
Authority
CN
China
Prior art keywords
zaocys
primer
chinese medicine
traditional chinese
ctab
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN202011542773.4A
Other languages
English (en)
Other versions
CN114657257A (zh
Inventor
罗宇琴
魏梅
陈向东
李国卫
范耀耀
黄上书
宋叶
钟春琳
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Guangdong Yifang Pharmaceutical Co Ltd
Original Assignee
Guangdong Yifang Pharmaceutical Co Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Guangdong Yifang Pharmaceutical Co Ltd filed Critical Guangdong Yifang Pharmaceutical Co Ltd
Priority to CN202011542773.4A priority Critical patent/CN114657257B/zh
Publication of CN114657257A publication Critical patent/CN114657257A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN114657257B publication Critical patent/CN114657257B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686Polymerase chain reaction [PCR]
    • YGENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02ATECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A50/00TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
    • Y02A50/30Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一种用于乌梢蛇药材、标准汤剂及中药配方颗粒PCR鉴别的引物组合,其包括引物一和引物二,其中,引物一为核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示的DNA分子,引物二为核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示的DNA分子。本发明还公开了上述引物组合的应用,以及基于该引物组合的鉴别方法。实施本发明,可有效鉴别乌梢蛇药材、标准汤剂以及中药配方颗粒。

Description

用于乌梢蛇药材、标准汤剂及中药配方颗粒PCR鉴别的引物组 合及其应用、鉴别方法
技术领域
本发明涉及中药鉴别技术领域,尤其涉及一种用于乌梢蛇药材、标准汤剂及中药配方颗粒PCR鉴别的引物组合及其应用、鉴别方法。
背景技术
我国蛇类物种约有两百余种,其中有20余种为常见蛇类,包括蕲蛇Agkistrodonacutus、乌梢蛇Zaocys dhumnades、金钱白花蛇Bungarus multicinctus、金环蛇Bungarusfasciatus、滑鼠蛇Ptyas mucosus、圆斑蝰Daboia russelii、眼镜蛇Naja naja、赤链蛇Lycodon rufozonatus、王锦蛇Elaphe carinata、灰鼠蛇Ptyas korros、短尾蝮蛇Gloydiusbrevicaudus、黑眉锦蛇Elaphe taeniura、百花锦蛇Elaphe moellendorffi等,其多数不具有临床药效。由于多种蛇类形态近似,药材鉴别困难,特别是加工处理时剖去内脏后,要进行干燥熏黑处理,皮上的花纹特征、颜色几近消失,难以辨认,尤其是经过水提取制成标准汤剂,进一步加工成中药配方颗粒后,在失去药材性状后,更难以进行有效的鉴别。
一些研究指出,可采用PCR法(聚合酶链式反应法)对乌梢蛇药材进行鉴定。然而,对于乌梢蛇标准汤剂、中药配方颗粒而言,一者其往往含有一定比例的辅料,导致现有方法DNA提取效率不高;二者标准汤剂、中药配方颗粒在制备过程中,往往需要加热提取,导致DNA降解,难以存留超过200bp的DNA片段,导致现有方法检测精度低。
发明内容
本发明所要解决的技术问题在于,提供一种用于乌梢蛇药材、标准汤剂及中药配方颗粒PCR鉴别的引物组合,其专属性良好,可有效解决DNA失去形态后难以鉴别的问题。
本发明还要解决的技术问题在于,提供一种上述引物组合在鉴别乌梢蛇药材、乌梢蛇标准汤剂、或乌梢蛇中药配方颗粒中的应用。
本发明还要解决的技术问题在于,提供一种上述引物组合在鉴别乌梢蛇药材、乌梢蛇标准汤剂、或乌梢蛇中药配方颗粒的试剂盒中的应用。
本发明还要解决的技术问题在于,提供一种基于上述的用于乌梢蛇药材、标准汤剂及中药配方颗粒PCR鉴别的引物组合的鉴别方法。
为了解决上述技术问题,本发明提供了一种用于乌梢蛇药材、标准汤剂及中药配方颗粒PCR鉴别的引物组合,其包括引物一和引物二,所述引物一为核苷酸序列如SEQ IDNO:1所示的DNA分子;所述引物二为核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示的DNA分子。
相应的,本发明还公开了上述的用于乌梢蛇药材、标准汤剂及中药配方颗粒PCR鉴别的引物组合在鉴别乌梢蛇药材、乌梢蛇标准汤剂、或乌梢蛇中药配方颗粒中的应用。
相应的,本发明还公开了上述的用于乌梢蛇药材、标准汤剂及中药配方颗粒PCR鉴别的引物组合在鉴别乌梢蛇药材、乌梢蛇标准汤剂、或乌梢蛇中药配方颗粒的试剂盒中的应用。
相应的,本发明还公开了一种基于上述的用于乌梢蛇药材、标准汤剂及中药配方颗粒PCR鉴别的引物组合的鉴别方法,其包括:
提取待检测样品的基因组DNA;
以所述基因组DNA为DNA模板,采用上述的用于乌梢蛇药材、标准汤剂及中药配方颗粒PCR鉴别的引物组合进行PCR扩增,若扩增产物中含有135bp的DNA片段,则待检测样品为乌梢蛇药材、乌梢蛇标准汤剂或乌梢蛇中药配方颗粒。
作为上述技术方案的改进,提取待检测样品的基因组DNA的方法如下:
取待检测样品,加入CTAB沉淀液、蛋白酶K沉淀提取2~3次;取沉淀物加入CTAB提取液、β-巯基乙醇提取,然后加入氯仿-异戊醇萃取2~3次,取萃取后上清液,加入异丙醇或异丙醇-乙酸钠沉淀提取,沉淀物经洗涤、孵育后用水溶解,即得待检测样品的基因组DNA。
作为上述技术方案的改进,提取待检测样品的基因组DNA的方法如下:
取待检测样品0.3~0.8g,研磨成粉末,置离心管中,加入1~1.8mL的CTAB沉淀液、15~25μL蛋白酶K,混合均匀,在60~70℃下加热45~65min,冷却至室温后离心,弃去上清液;加入800~1000μL CTAB沉淀液,15~25μL蛋白酶K,混合均匀,在60~70℃下加热45~65min,冷却至室温后离心,弃去上清液;取沉淀加入800~1000μL CTAB提取液,5~15μLβ-巯基乙醇,混合均匀,在60~70℃下加热100~150min,离心,冷却至室温,取提取后上清液,加入等体积的氯仿-异戊醇混合液,震荡混匀后离心,取上清液700~800μL,再加入等体积的氯仿-异戊醇混合液,震荡混匀后离心,取上清液400~500μL,加入等体积的异丙醇或异丙醇-乙酸钠混合液,于-30~-20℃静置30~60min,离心后弃去上清液,再用乙醇洗涤沉淀2~4次,弃去上清液,沉淀于35~38℃孵育20~40min,待乙醇挥发后,加入30~50μL灭菌水溶解,即得到待检测样品的基因组DNA。
作为上述技术方案的改进,所述CTAB沉淀液包括CTAB、Tris-HCl、EDTA和水;其中,CTAB的浓度为1~3%(w/v),Tris-HCl的浓度为80~120mmol/L,EDTA的浓度为10~30mmol/L;
所述CTAB提取液包括CTAB、Tris-HCl、EDTA、NaCl、PVP40和水;其中,CTAB的浓度为1~3%(w/v),Tris-HCl的浓度为80~120mmol/L,EDTA的浓度为10~30mmol/L,NaCl的浓度为1~3mol/L,PVP40的浓度为10~30%(w/v)。
作为上述技术方案的改进,将DNA模板、引物组合、PCR缓冲液、dNTP、rTaq、水混合均匀,得到PCR扩增体系;
将所述PCR扩增体系按照预设扩增程序进行扩增,得到扩增产物;
将所述扩增产物进行电泳分析,记录其电泳图谱,若图谱中含有135bp的DNA片段,则待检测样品为乌梢蛇药材、乌梢蛇标准汤剂或乌梢蛇中药配方颗粒。
作为上述技术方案的改进,所述PCR扩增体系由下述物质组成:
10×PCR BufferⅠ(Mg2+pulse)2.5μL,dNTP Mixture 0.6μL,引物一0.3μL,引物二0.3μL,rTaq 0.3μL,DNA模板1μL,去离子水20μL。
作为上述技术方案的改进,所述PCR扩增程序为:
将所述扩增体系在90~95℃预变性3~7min,然后在预设程序下循环30~40次,最后在70~75℃延伸3~7min;
其中,所述预设程序为:将扩增体系在90~95℃变性25~32s,然后在59~61℃退火25~32s,再在70~73℃延伸28~35s。
作为上述技术方案的改进,所述PCR扩增程序为:
将所述扩增体系在95℃预变性5min,然后在预设程序下循环35次,最后在72℃延伸5min;
其中,所述预设程序为:将扩增体系在95℃变性30s,然后在59~61℃退火30s,再在72℃延伸30s。
作为上述技术方案的改进,所述电泳分析方法为:将所述扩增产物稀释后点样于1.5%的琼脂糖凝胶上,于115~125V电压条件下电泳45~60min,经Gelred显色,得到电泳图谱。
实施本发明,具有如下有益效果:
本发明设计了针对乌梢蛇药材、标准汤剂、中药配方颗粒的引物组合,并采用特定的PCR扩增方法,实现了乌梢蛇药材、标准汤剂和中药配方颗粒的快速鉴别。本发明中的引物组合、鉴别方法,可有效克服DNA提取过程中辅料干扰的问题,且可解决标准汤剂、中药配方颗粒在失去形态后难以鉴别的难题。
附图说明
图1是实施例3中各种蛇类样品进行PCR扩增后电泳检测结果图;其中,M为DNA分子量标准,1-6为乌梢蛇药材,7-9为乌梢蛇标准汤剂(冻干粉),10-12为乌梢蛇中药配方颗粒,13-14为金钱白花蛇药材,15-16为蕲蛇药材,17-18为百花锦蛇药材,19-20为赤链蛇药材,21-22为短尾蝮蛇药材,23-24为黑眉锦蛇药材,25-26为灰鼠蛇药材,27-28为滑鼠蛇药材,29-30为金环蛇药材,31-32为王锦蛇药材,33-34为圆斑蝰蛇药材,35-36为眼镜蛇药材,37-38为竹叶青蛇药材,N为空白对照(ddH2O);
图2是实施例4中灵敏度试验结果图;其中,M为DNA分子量标准,1-8为乌梢蛇中药配方颗粒(广东省佛山市),其DNA模板量为300ng;9-10为乌梢蛇中药配方颗粒(江苏省江阴市),其DNA模板量为100ng;11-12为乌梢蛇中药配方颗粒(四川省成都市),其DNA模板量为80ng;13-14:11-12为乌梢蛇中药配方颗粒(广东省深圳市),其DNA模板量为400ng;N:空白对照(ddH2O);
图3是实施例5中各种蛇类样品进行PCR扩增后电泳检测结果图;其中,M为DNA分子量标准,1-2为乌梢蛇药材,3-4为乌梢蛇中药配方颗粒,5为王锦蛇药材,6为滑鼠蛇药材,7为圆斑蝰蛇药材,8为空白对照(ddH2O);
图4是实施例6中各种蛇类样品进行PCR扩增后电泳检测结果图;其中,M为DNA分子量标准,1-2为乌梢蛇药材,3-4为乌梢蛇中药配方颗粒,5为王锦蛇药材,6为滑鼠蛇药材,7为圆斑蝰蛇药材,8为空白对照(ddH2O)。
具体实施方式
为使本发明的目的、技术方案和优点更加清楚,下面将结合附图及具体实施方式对本发明作进一步地详细描述。
本发明提供一种用于检测乌梢蛇药材、标准汤剂、中药配方颗粒的引物组合,具体的,其包括:引物一(正向引物)和引物二(反向引物),其中,引物一为如下核苷酸序列如SEQID NO:1所示的DNA分子;引物二为核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示的DNA分子。
通过对常见蛇类物种的Cytochrome Oxidase I序列的同源比对分析,确定乌梢蛇的SNP位点,再根据含有该SNP位点的碱基序列设计引物,并综合考虑高温提取对DNA碱基序列的破坏作用、产物条带、引物评分等信息,得到上述引物组合。根据上述引物组合对乌梢蛇药材、乌梢蛇标准汤剂、乌梢蛇中药配方颗粒进行PCR扩增,可获得135bp大小的特异性片段。
本发明还提供了上述引物组合在鉴别乌梢蛇药材、乌梢蛇标准汤剂、或乌梢蛇中药配方颗粒中的应用。需要说明的是,本发明中的引物组合可用于鉴定含有乌梢蛇的各种物质,如药材、标准汤剂、中药配方颗粒、饮片、含乌梢蛇的中药复方(如风湿祛痛胶囊)等。
本发明还提供了上述引物组合鉴别乌梢蛇药材、乌梢蛇标准汤剂、或乌梢蛇中药配方颗粒的试剂盒中的应用。具体的,该试剂盒包括上述的引物组合,还包括PCR缓冲液、dNTP、rTaq和水。
本发明还公开了一种基于上述用于乌梢蛇药材、标准汤剂及中药配方颗粒PCR鉴别的引物组合的鉴别方法,其包括:
(1)提取待检测样品的基因组DNA;
其中,待检测样品以固态形式提供,标准汤剂以冻干粉的形式提供(即将标准汤剂冷冻干燥后得到冻干粉)。
具体的,提取方法如下:
A、取待检测样品,加入CTAB沉淀液、蛋白酶K沉淀提取2~3次,得到沉淀物;
具体的,取待检测样品0.3~0.8g,研磨成粉末,置离心管中,加入1~1.8mL在65℃预热的CTAB沉淀液、15~25μL蛋白酶K,混合均匀,在60~70℃下加热45~65min,冷却至室温后离心,弃去上清液;加入800~1000μL CTAB沉淀液,15~25μL蛋白酶K,混合均匀,在60~70℃下加热45~65min,冷却至室温后离心,弃去上清液,即得;
其中,CTAB沉淀液的组成为2%(w/v)CTAB,100mmol/L Tris-HCl(pH=8.0),20mmol/L EDTA(pH=8.0)。
B、取沉淀物加入CTAB提取液、β-巯基乙醇提取,然后加入氯仿-异戊醇萃取2~3次,得萃取后上清液;
具体的,在沉淀物中加入800~1000μL CTAB提取液,5~15μLβ-巯基乙醇,混合均匀,在60~70℃下加热100~150min,离心,冷却至室温,取提取后上清液,加入等体积的氯仿-异戊醇(24:1)混合液,震荡混匀后离心,取上清液700~800μL,再加入等体积的氯仿-异戊醇(24:1)混合液,震荡混匀后离心,取上清液400~500μL,即得。
需要说明的是,在本步骤中,在采用CTAB提取液、β-巯基乙醇提取结束后,可直接加入氯仿-异戊醇,也可取提取后所得上清液再加入氯仿-异戊醇,取上清液再加入氯仿-异戊醇可提升提取准确度。
其中,CTAB提取液:1~3%(w/v)CTAB,80~120mmol/L Tris-HCl(pH=8.0),10~30mmol/L EDTA(pH=8.0),1~3mol/LNaCl,10~30%(w/v)PVP40。
C、取提取液加入异丙醇或异丙醇-乙酸钠沉淀提取,沉淀物经洗涤、孵育后用水溶解,即得待检测样品的基因组DNA。
具体的,取提取液,加入等体积的异丙醇或异丙醇-3mol/L乙酸钠混合液,于-30~-20℃静置30~60min,离心后弃去上清液,再用乙醇洗涤沉淀2~4次,弃去上清液,沉淀于35~38℃孵育20~40min,待乙醇挥发后,加入30~50μL灭菌水溶解,即得到待检测样品的基因组DNA,作为DNA模板。
需要说明的是,申请人在面临乌梢蛇标准汤剂、乌梢蛇中药配方颗粒中基因组DNA提取时,尝试了传统的CTAB法、螯合树脂法、曲拉通-100法、SDS法、碱式裂解法、DNeasyBlood&Tissue Kit法、磁珠法,但均得到了不溶性沉淀。故,本发明人在传统CTAB法的基础上,对CTAB沉淀液、CTAB提取液以及提取程序加以改进,得到了上述提取方法。上述提取方法尽量多地保留乌梢蛇标准汤剂、乌梢蛇中药配方颗粒中的基因组DNA信息,同时可克服辅料干扰的问题。
(2)形成PCR扩增体系,并进行扩增,得到扩增产物;
具体的,将DNA模板、引物组合、PCR缓冲液、dNTP、rTaq、水混合均匀,得到PCR扩增体系;
更具体的,PCR扩增体系的总体积为25μL,其包括:10×PCR BufferⅠ(Mg2+pulse)2.5μL,dNTP Mixture 0.6μL,引物一0.3μL,引物二0.3μL,rTaq 0.3μL,DNA模板1μL,去离子水20μL。
扩增程序为:90~95℃预变性3~7min;90~95℃变性25~32s,59~61℃退火25~32s,70~73℃延伸28~35s,循环30~40次;最后在70~75℃延伸3~7min。
优选的,扩增程序为:95℃预变性5min;95℃变性30s,59~61℃退火30s,72℃延伸30s,共35个循环;最后在72℃延伸5min。
(3)将扩增产物进行分析;
具体的,可采用电泳法或荧光染色法对扩增产物进行分析,但不限于此。
优选的,采用电泳法对扩增产物进行分析,具体如下:
取扩增产物,加入5μL 6×loading buffer,混匀,取混合产物5~10μL点样于1.5%的琼脂糖凝胶上,于115~125V电压条件下电泳45~60min,经Gelred显色,得到电泳图谱。若电泳图谱中含有135bp的DNA片段,则待检测样品为乌梢蛇药材、乌梢蛇标准汤剂或乌梢蛇中药配方颗粒。
下面以具体实施例对本发明进行说明。
实施例1引物设计
以中国药典2020年版乌梢蛇及常见蛇类NADH;Cytochrome Oxidase I;12SrRNA;16S rRNA;Cytochrome b序列分析为基础,利用BioEdit软件对GeneBank数据库中常见蛇类物种的Cytochrome Oxidase I序列进行同源比对,校对后分析乌梢蛇的特异性SNP位点,将包含SNP位点的碱基序列导入到Primer Premier 5软件中,进行引物设计。
经序列对比发现,乌梢蛇特异性位点为T而其他为A或C,确定该SNP位点后,使SNP位点接近正向引物3’端,通过移动上游引物位置,调节引物得分及GC含量,并借助PrimerPremier 5软件,进一步调节反向引物位置,通过最终引物评分、产物条带得分以确定最佳组合。在设计过程中,还需考虑到经高温提取后,对DNA碱基序列的破坏作用。综合以上因素,获得的引物组合如下:
引物一:5’-CCCCTAATAATCGGAGCG-3;
引物二:5’-TACTGTTCACCCAGTGCC-3’。
实施例2鉴定方法建立
(1)DNA提取及浓度调节
取干燥的样品0.5g,研磨成粉末,置2mL离心管中,加入1.5mL在65℃预热的CTAB沉淀液、20μL蛋白酶K,混匀,65℃水浴加热60min,冷却至室温后,以10000r/min离心5min,弃上清液,再加入900μL CTAB沉淀液、20μL蛋白酶K,同法操作。向该离心管中依次加入900μLCTAB提取液、10μLβ-巯基乙醇,混匀,65℃水浴加热120min,离心,待冷却至室温后取上清液;加入等体积的氯仿-异戊醇(24﹕1),震荡3min,混匀;再以12000r/min,4℃离心10min,取上清液750μL加入新的2mL离心管中,加入等体积的氯仿-异戊醇(24﹕1),震荡3min,混匀;再以12000r/min,4℃离心10min;再取上清液450μL于1.5mL离心管中,加入等体积异丙醇,于-20℃静置30~60min。取出该离心管以12000r/min离心5min,弃上清液,再分别用75%乙醇、无水乙醇洗涤沉淀两次,弃上清液,沉淀于37℃孵育30min,待乙醇挥发后,加灭菌水30μL使溶解。
其中,CTAB沉淀液组成如下:2%(w/v)CTAB(上海源叶生物科技有限公司),100mMTris-HCl(pH=8.0)(Beijing Solarbio),20mM EDTA(pH=8.0)(Shanghai Yu Bo BiotechCo.,Ltd)。
CTAB提取液组成如下:2%(w/v)CTAB(上海源叶生物科技有限公司),100mM Tris-HCl(pH=8.0)(Beijing Solarbio),20mM EDTA(pH=8.0)(Shanghai Yu Bo Biotech Co.,Ltd),2.5mol/LNaCl(西陇科学股份有限公司),20%PVP40(上海源叶生物科技有限公司)。
取上述DNA样品,采用BioSpec-nano微量紫外分光光度计测定DNA浓度,同时记录OD260/OD230,OD260/OD280,并调整浓度到50ng/μL,得到DNA模板。
(2)设计引物组合
引物组合的序列为:引物一(正向引物)如SEQ ID NO:1所示;引物二(反向引物)如SEQ ID NO:2所示。
(3)PCR扩增
PCR扩增体系:10×PCR Buffer I(Mg2+pluse)2.5μL,2.5mmol/L的dNTP Mixture0.6μL,10μmol/L的引物一0.3μL,10μmol/L的引物二0.3μL,5U/μL的rTaq聚合酶0.3μL,50ng/μL的DNA模板1μL,去离子水20μL。上述液体震荡混匀,瞬时离心,即得PCR扩增体系。
PCR扩增程序:95℃预变性5min;95℃变性30s;61℃退火30s,72℃延伸30s,共35个循环;最后72℃延伸5min。
(4)电泳检测
取扩增产物,加入6×loading buffer 5μL,混匀,取混合产物8μL点样于1.5%的琼脂糖凝胶上,于120V电压的条件下电泳50min,经Gelred显色,最后于凝胶成像仪观察记录结果。
如果电泳图谱中含有135bp的DNA片段,则待检测样品为乌梢蛇药材、乌梢蛇标准汤剂或乌梢蛇中药配方颗粒。
实施例3鉴定方法验证
选取14个已知物种的蛇类样品(具体如表1所示)。
采用实施例2建立的鉴别方法对样品进行鉴定。其中,PCR体系中,DNA模板量为50ng。
表1样品表
鉴定结果如图1所示,从图中可以看出,乌梢蛇药材、乌梢蛇标准汤剂(冻干粉)、乌梢蛇中药配方颗粒均存在135bp的条带;而其他样品均未得到该条带。该结果表明,本发明中的鉴别方法准确率达到100%。
实施例4灵敏度试验
分别取不同厂家生产的乌梢蛇中药配方颗粒(表1中样品4~6)。提取待检测样品的基因组DNA,并采用ddH2O对基因组DNA进行稀释,然后采用实施例2中步骤3~4的方法进行测试。
其中,乌梢蛇中药配方颗粒(广东省佛山市)相关样品测试的PCR扩增体系中,DNA模板的含量为300ng;
乌梢蛇中药配方颗粒(江苏省江阴市)相关样品测试的PCR扩增体系中,DNA模板的含量为100ng;
乌梢蛇中药配方颗粒(四川省成都市)相关样品测试的PCR扩增体系中,DNA模板的含量为80ng;
乌梢蛇中药配方颗粒(广东省深圳市)相关样品测试的PCR扩增体系中,DNA模板的含量为400ng;
测试结果如图2所示,从图中可以看出,各厂家生产的乌梢蛇中药配方颗粒均存在135bp的条带;可见本发明的方法对于80~400ng的DNA模板量均具有良好的适用性。
实施例5方法学验证-退火温度
(1)取表1中编号为1~2、4~5的乌梢蛇样品,编号为17的王锦蛇,编号为15的滑鼠蛇,编号为18的圆斑蝰蛇作为样品;
(2)采用实施例2所建立的方法对样品进行鉴定;其中,鉴定过程中,分别采用57℃、59℃、61℃和63℃的退火温度。
测试结果如图3所示,从图中可以看出,当退火温度分别为57℃、59℃、61℃、63℃时,PCR扩增条带差异较小且均空白对照无假阳性出现。当退火温度达到63℃时,条带有减弱趋势,但空白对照无假阳性出现;当退火温度为57℃时,条带较弱。因此,退火温度为59~61℃。
实施例6方法学验证-PCR扩增体系
(1)取表1中编号为1~2、4~5的乌梢蛇样品,编号为17的王锦蛇,编号为15的滑鼠蛇,编号为18的圆斑蝰蛇作为样品;
(2)采用实施例2所建立的方法对样品进行鉴定;其中,鉴定过程中,其中,鉴定过程中,分别采用0.3μL的浓度为5U/μL的rTaq酶、ExTaq酶、SpeedSTAR酶、MightyAMP酶与10×PCR Buffer I(Mg2+pluse)2.5μL,2.5mmol/L的dNTP Mixture 0.6μL,10μmol/L的引物一0.3μL,10μmol/L的引物二0.3μL,50ng/μL的DNA模板1μL,去离子水20μL组成扩增体系。
测试结果如图4所示,从图中可以看出,rTaq酶和SpeedSTAR酶均获得PCR扩增条带,为保证条带的亮度,故选DNA聚合酶为rTaq酶。
以上所述是发明的优选实施方式,应当指出,对于本技术领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理的前提下,还可以做出若干改进和润饰,这些改进和润饰也视为本发明的保护范围。
SEQUENCE LISTING
<110> 广东一方制药有限公司
<120> 用于乌梢蛇药材、标准汤剂及中药配方颗粒PCR鉴别的引物组合及其应用、
鉴别方法
<130> Zaocys dhumnades
<160> 2
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 1
cccctaataa tcggagcg 18
<210> 2
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 2
tactgttcac ccagtgcc 18

Claims (3)

1.一种乌梢蛇药材、乌梢蛇标准汤剂及乌梢蛇中药配方颗粒的PCR鉴别方法,其特征在于,包括:
取待检测样品0.3~0.8g,研磨成粉末,置离心管中,加入1~1.8mL的CTAB沉淀液、15~25μL蛋白酶K,混合均匀,在60~70℃下加热45~65min,冷却至室温后离心,弃去上清液;加入800~1000μL CTAB沉淀液,15~25μL蛋白酶K,混合均匀,在60~70℃下加热45~65min,冷却至室温后离心,弃去上清液;取沉淀加入800~1000μL CTAB提取液,5~15μLβ-巯基乙醇,混合均匀,在60~70℃下加热100~150min,离心,冷却至室温;取提取后上清液,加入等体积的氯仿-异戊醇混合液,震荡混匀后离心,取上清液700~800μL,再加入等体积的氯仿-异戊醇混合液,震荡混匀后离心,取上清液400~500μL,加入等体积的异丙醇或异丙醇-乙酸钠混合液,于-30~-20℃静置30~60min,离心后弃去上清液,再用乙醇洗涤沉淀2~4次,弃去上清液,沉淀于35~38℃孵育20~40min,待乙醇挥发后,加入30~50μL灭菌水溶解,即得到待检测样品的基因组DNA;其中,所述CTAB沉淀液的组成为:2%(w/v)CTAB,100mmol/LTris-HCl,20mmol/LEDTA;所述CTAB提取液的组成为:2%(w/v)CTAB,100mmol/L Tris-HCl,20mmol/L EDTA,2.5mol/L NaCl,20%(w/v)PVP40;其中,Tris-HCl、EDTA的pH均为8.0;
以所述基因组DNA为DNA模板,采用核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示的引物一、核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示的引物二进行PCR扩增,若扩增产物中含有135bp的DNA片段,则待检测样品为乌梢蛇药材、乌梢蛇标准汤剂或乌梢蛇中药配方颗粒;
其中,PCR扩增体系由下述物质组成:
10×PCR BufferⅠMg2+plus 2.5μL,dNTP Mixture 0.6μL,引物一0.3μL,引物二0.3μL,rTaq 0.3μL,DNA模板1μL,去离子水20μL;
PCR扩增程序为:
将所述扩增体系在95℃预变性5min,然后在预设程序下循环35次,最后在72℃延伸5min;
其中,所述预设程序为:将扩增体系在95℃变性30s,然后在59~61℃退火30s,再在72℃延伸30s。
2.如权利要求1所述的PCR鉴别方法,其特征在于,将所述扩增产物进行电泳分析,记录其电泳图谱,若图谱中含有135bp的DNA片段,则待检测样品为乌梢蛇药材、乌梢蛇标准汤剂或乌梢蛇中药配方颗粒。
3.如权利要求2所述的PCR鉴别方法,其特征在于,所述电泳分析方法为:将所述扩增产物稀释后点样于1.5%的琼脂糖凝胶上,于115~125V电压条件下电泳45~60min,经Gelred显色,得到电泳图谱。
CN202011542773.4A 2020-12-23 2020-12-23 用于乌梢蛇药材、标准汤剂及中药配方颗粒pcr鉴别的引物组合及其应用、鉴别方法 Active CN114657257B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202011542773.4A CN114657257B (zh) 2020-12-23 2020-12-23 用于乌梢蛇药材、标准汤剂及中药配方颗粒pcr鉴别的引物组合及其应用、鉴别方法

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202011542773.4A CN114657257B (zh) 2020-12-23 2020-12-23 用于乌梢蛇药材、标准汤剂及中药配方颗粒pcr鉴别的引物组合及其应用、鉴别方法

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN114657257A CN114657257A (zh) 2022-06-24
CN114657257B true CN114657257B (zh) 2024-07-30

Family

ID=82024690

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202011542773.4A Active CN114657257B (zh) 2020-12-23 2020-12-23 用于乌梢蛇药材、标准汤剂及中药配方颗粒pcr鉴别的引物组合及其应用、鉴别方法

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN114657257B (zh)

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105002160A (zh) * 2015-07-15 2015-10-28 澳门科技大学 中成药或含中药材保健品的dna的提取方法
CN109943650A (zh) * 2019-05-10 2019-06-28 太原市食品药品检验所 一种采用特异性引物鉴定乌梢蛇中药材真伪的实时荧光pcr方法

Family Cites Families (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102286461B (zh) * 2011-06-24 2014-04-23 吉林烟草工业有限责任公司 成品烟烟丝总dna的提取方法
CN104630204A (zh) * 2013-11-15 2015-05-20 中国石油化工股份有限公司 一种油藏微生物基因组dna提取方法
CN104164494A (zh) * 2014-07-21 2014-11-26 晁志 基于dna条形码的鉴别乌梢蛇的引物及pcr-rflp方法和试剂盒
CN106636397B (zh) * 2016-12-20 2019-12-20 中国中医科学院中药研究所 用于鉴定三种药用蛇的引物组合及其应用

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105002160A (zh) * 2015-07-15 2015-10-28 澳门科技大学 中成药或含中药材保健品的dna的提取方法
CN109943650A (zh) * 2019-05-10 2019-06-28 太原市食品药品检验所 一种采用特异性引物鉴定乌梢蛇中药材真伪的实时荧光pcr方法

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
乌梢蛇实时荧光定量PCR法的建立及与普通PCR鉴别方法的比较研究;杨宝等;药学研究(第11期);摘要,正文第637页左栏第2段至640页左栏第2段 *
杨宝等.乌梢蛇实时荧光定量PCR法的建立及与普通PCR鉴别方法的比较研究.药学研究.2020,(第11期),摘要,正文第637页左栏第2段至640页左栏第2段. *

Also Published As

Publication number Publication date
CN114657257A (zh) 2022-06-24

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN111118187A (zh) 一种检测食管鳞癌癌组织与癌旁组织差异菌群的引物组、试剂盒和检测方法
CN110714087B (zh) 用于同时快速鉴别4种猪绦虫蚴的引物、试剂盒及其鉴别方法
CN108866205A (zh) 基于分子生物学方法鉴别菲牛蛭的特异性引物
CN113881788B (zh) 一种基于微生物标记鉴识唾液与阴道分泌物的试剂盒及其应用
CN114657257B (zh) 用于乌梢蛇药材、标准汤剂及中药配方颗粒pcr鉴别的引物组合及其应用、鉴别方法
CN114657255B (zh) 用于蕲蛇药材、标准汤剂及中药配方颗粒pcr鉴别的引物组合及其应用、鉴别方法
CN114657256B (zh) 用于金钱白花蛇药材、标准汤剂及中药配方颗粒pcr鉴别的引物组合及其应用、鉴别方法
CN114045331B (zh) 用于金钱白花蛇药材、标准汤剂及中药配方颗粒多重pcr鉴别的引物及其应用、鉴别方法
CN108753952A (zh) 一种用于人类slc25a13基因10个常见突变位点的基因分型检测试剂盒
CN114350819B (zh) 鳖甲及其饮片、中药配方颗粒和其他水提物制品的特异性鉴别引物对及其应用、鉴别方法
CN114075564A (zh) 马拉色菌的检测组合物、试剂盒及其检测方法
CN113981105B (zh) 用于牛膝及川牛膝药材、标准汤剂及中药配方颗粒多重pcr鉴别的引物及其应用
CN108676900B (zh) 一种用于区分八种猪胸膜肺炎放线杆菌血清型的复合pcr分型试剂盒及其应用
CN116004839A (zh) 用于乌梢蛇药材、标准汤剂及中药配方颗粒多重str分型的引物及其应用、鉴别方法
CN111434781A (zh) 一种康复新液的pcr鉴定方法
CN114672571B (zh) 用于鉴定炮制辅料鳖血的特异性引物对、试剂盒及应用
CN116904606A (zh) 一种鉴定水牛角的方法
CN105586420B (zh) 一种鉴定阿胶原料中驴源性成分的特异引物对及其方法
CN115927684B (zh) 一种同时检测三种引起龋齿的病原体多重rt-pcr方法及试剂盒和应用
CN116004838A (zh) 用于金钱白花蛇药材、标准汤剂及中药配方颗粒多重str分型的引物及其应用、鉴别方法
CN114990230B (zh) 一种僵蚕及炒僵蚕提取物的多重特异性pcr鉴别方法及其在中成药鉴定中的应用
CN118109600A (zh) 用于醋龟甲饮片、标准汤剂及中药配方颗粒pcr鉴别的引物组合及其应用、鉴别方法
CN112481393B (zh) 鉴别日本医蛭的pcr检测试剂盒
CN118360427A (zh) 细胞核基因its序列在鉴定马勃中的应用
CN109576379B (zh) 鉴定阿胶中驴源性成分的特异性引物、试剂盒及鉴别方法

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant