CN114561463B - 一种基于滚环与杂交链式反应检测外泌体的生物传感器 - Google Patents
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Abstract
本发明属于传感器技术领域,提供了基于滚环与杂交链式反应检测外泌体的生物传感器,包括核苷酸序列如SEQ ID NO:1‑5所示的CT模板,引物P,发夹探针H1、H2、H3,T4连接酶,phi29 DNA聚合酶,dNTP和NMM。本发明通过对外泌体特异蛋白的识别,通过滚环和杂交链式反应实现目标循环放大,利用适配体的特异性和专一性来实现对目标物的灵敏检测的生物传感器,该传感器具有检测速度快、操作简单、特异性高等优点。
Description
技术领域
本发明属于传感器技术领域,涉及一种检测外泌体的生物传感器。
背景技术
外泌体是一种由细胞分泌的膜性囊泡小体,直径通常为30-100 nm,密度为1.10-1.18 Kg/L。外泌体广泛存在于各种体液中,可携带脂类、蛋白质、信使RNAs、非编码RNAs等多种重要的生物功能分子,能够参与细胞间物质交换和信息交流。外泌体中所含有的与肿瘤相关的蛋白,核酸,小分子等,都有潜力成为潜在的生物标志物。肿瘤细胞分泌的外泌体的含量在血液中的含量很高,每毫升血液中含有超过109个外泌体,以利用外泌体作为生物标志物进行检测会有更高的灵敏度,有助于癌症的早期检测。
近年来,外泌体已经成为一些最有前景的疾病诊断生物标志物,特别是外泌体膜蛋白水平与癌症密切相关,从而为癌症的诊断和预后提供了一种新思路。目前现有的方法包括Western blot和酶联免疫试验(ELISA)都可以检测外泌体,但这些方法处理过程繁琐且依赖昂贵仪器以及整个流程时间过长而无法在临床上应用。因此现在急需一种快速、准确、简便的分析方法对外泌体进行检测。近几年,生物传感领域快速发展,由于其灵敏性和特异性收到广泛关注,光学生物传感器便为其中有效检测手段。
发明内容
为了实现更加快速、低成本的检测外泌体,本发明提供了一种化学发光检测外泌体的生物传感器,特异性和灵敏度高、成本低、检测速度快。
一种基于滚环与杂交链式反应检测外泌体的生物传感器,包括核苷酸序列如SEQID NO: 1-5所示的CT模板,引物P,发夹探针H1、H2、H3,T4连接酶,phi29 DNA聚合酶,dNTP和NMM(N-甲基卟啉二丙酸IX)。
优选地,所述模板探针TP和连接探针LP由成环的核苷酸序列如SEQ ID NO: 1所述的环状模板代替,且不含T4连接酶。
更优选地,所述环状模板的制备方法如下:
将CT模板和引物P在缓冲溶液中于95℃下孵育5min,冷却至室温后,加入T4连接酶,16℃下孵育过夜,然后在65℃下10min灭活酶,获得环状模板。
优选地,所述传感器中还包括外泌体标准品。
上述生物传感器可用于制备检测外泌体试剂盒。
上述生物传感器或试剂盒在检测外泌体中的应用。
具体地,上述应用包括以下步骤:
(1)CT模板和引物P制备环状模板;
(2)将环状模板、phi29 DNA聚合酶,dNTP,发夹探针H1、H2、H3,NMM分别加入到缓冲溶液中,再加入含外泌体的溶液,混匀后于37℃下孵育,获得反应液;
(3)反应液进行荧光检测。
优选地,步骤(2)中还包括制备外泌体标准曲线的步骤。
优选地,步骤(3)中荧光检测的激发波长为610nm,检测波长为590 nm-650 nm。
本发明的检测原理如下:
本发明的传感器在对外泌体进行检测时用到以下序列:
CT:ATGAATATTATT TGTCAT GGGGGAAAAAAAAAAAAAAACAGGCCAACCCCCCA TG ACAACG TGGGACAGACGCAACCTCTGTAGTGTATTATGATA
引物P:AATAATATTCATTATCATAATA
H1:GGGTGGGTATGACACTGCCGTCTTCAGTGTCATGGGGG GGGTGGGT-inverted -dT
H2:GGGTGGGTACTGCCGTACTGCCATGT ACGGCAGTGTCATGGGTGGGT-inverted- dT
H3:GGGTGGGTCATGTGTCCCCCATGACACTGAACACACATGGCAGTGGGTGGGT -inverted-dT。
其中,CT的斜体部分与H1中的斜体且加下划线部分为互补序列,H1与H2中斜体部分为互补序列,H2和H3中单下划线部分为互补序列,H3中双下划线又与H1中的双下划线部分为互补序列;
如图1所示,环状模板在phi29 DNA聚合酶作用下以dNTP为原料,通过滚环反应产生与环状模板互补的链状EpCAM适配体,当目标物存在时,目标物与EpCAM适配体结合,从而暴露出斜体部分,该部分可打开并结合H1,H1继而打开H2,H2打开H3,H3最后又可与H1通过互补配对结合,形成三通路。由于H1、H2、H3两端均为富G序列,因此可形成大量G四链体,与NMM结合形成荧光信号通过测量荧光发光强度来定量检测外泌体。
本发明具有以下优点:
本发明基于滚环扩增出的核酸适配体与目标物的特异性识别,利用杂交链式反应实现了对目标物的循环放大,提高了检测的灵敏度,实现对目标物外泌体的超灵敏检测。该传感器的构建简单,有效避免了繁琐的样品前处理过程和多步加入样品可能带来的污染;同时该传感器没有酶的参与,具有操作简单、反应速度快等优势;检测原理的主要过程均是在均相中实现的,提高了反应速度,降低了操作的复杂程度,实现了目标物的快速,简单,灵敏的检测;检测方法操作简便。制作该生物传感器的工艺成本低,适用于产业化中低廉的要求。适用于肿瘤外泌体的检测和生物传感器产业化的实际应用。
本发明通过对外泌体特异蛋白的识别,通过滚环和杂交链式反应实现目标循环放大,利用适配体的特异性和专一性来实现对目标物的灵敏检测的生物传感器,该传感器具有检测速度快、操作简单、特异性高等优点。
附图说明
图1为该实验的原理图;
图2为H1浓度优化检测结果图;
图3为NMM浓度优化检测结果图;
图4为均相反应时间优化检测结果图;
图5为传感器检测外泌体的工作曲线。
具体实施方式
下面结合实施例和附图对本发明做进一步说明,但本发明不受下述实施例的限制。
实施例1 外泌体的制备
MCF-7细胞培养于37 ℃、5 % CO2中、在培养基(RPMI-1640 4.5g/L、10%胎牛血清(FBS)、1%双抗(100 U/mL青霉素和100 μg/mL链霉素))中培养,每四天传代一次。传代后培养三天用于分离外泌体:将培养液首先以2000×g离心20 min沉淀细胞碎片并移除;然后在10000×g离心45 min去除细胞囊泡;再将上清液用0.20 μm注射器过滤器过滤;最后10000×g离心150 min获得外泌体沉淀,用PBS重悬至浓度约1×1011particles/μg,然后于-80 ℃保藏备用。
实施例2 H1浓度优化
(1)按照SEQ ID NO: 1-5所示的序列合成CT模板,引物P,链状的发夹探针H1、H2、H3,然后按照以下方法分别获得环状模板和发夹探针H1-H3:
将CT模板(6 μL,100 μM)和引物P(6 μL,100 μM)在10×T4连接酶缓冲液(6 μL)中于95℃下孵育5min,冷却至室温后,加入T4连接酶(3 μL,400 U/μL),16℃下孵育过夜,然后在65℃下10min灭活酶,获得环状模板;
将链状发卡稀释成溶液,在95℃水浴锅加热5 min,自然冷却至室温得到发卡探针,4℃条件下保藏备用;
(2)在灭菌EP管中加入环状模板(3 μL,10 μM)与phi29 polymerase(1.25 μL,10U/μL)、dNTP(2 μL,10 mM)、10×phi29 polymerase buffer(10 μL)、3 μL H1(终浓度分别为2.4 μM,2.6 μM,2.8 μM,3.0 μM,3.2 μM,3.4 μM)、H2(3 μL,100 μM)、H3(3 μL,100 μM)、NMM(3 μL,5 μM)、3 μL外泌体混合,37℃下孵育90 min,获得反应液;
(3)将反应液加68.75 μL无菌水补足到100 μL,设置激发波长为610nm,检测波段590 nm-750 nm,进行荧光测定;
结果见图2,检测到的化学发光强度峰值随着H1的浓度增大而增大,当浓度超过3.0 μM后,化学发光强度趋于稳定,所以H1的最佳浓度为3.0 μM。
实施例3 NMM浓度优化
按照实施例2中的方法进行NMM浓度优化,不同在于:
在灭菌EP管中加入环状模板(3 μL,10 μM)与phi29 polymerase(1.25 μL,10 U/μL)、dNTP(2 μL,10 mM)、10×phi29 polymerase buffer(10 μL)、H1(3 μL,100 μM)、H2(3 μL,100 μM)、H3(3 μL,100 μM)、3 μL NMM(终浓度分别为0.1 μM,0.35 μM,0.5 μM,0.85 μM,1.0 μM,1.25 μM)、3 μL外泌体混合,37℃下孵育90 min,获得反应液;
结果见图3,从图中可以看出,检测到的化学发光强度峰值随着NMM的浓度增大而增大,当浓度超过0.5 μM后,化学发光强度趋于稳定,所以NMM的最佳浓度为0.5 μM。
实施例4 反应时间优化
按照实施例2中的方法进行反应时间优化,不同在于:
在灭菌EP管中加入环状模板(3 μL,10 μM)与phi29 polymerase(1.25 μL,10 U/μL)、dNTP(2 μL,10 mM)、10×phi29 polymerase buffer(10 μL)、H1(3 μL,100 μM)、H2(3 μL,100 μM)、H3(3 μL,100 μM)、NMM(3 μL,5 μM)、3 μL外泌体混合,37℃下孵育30 min,45min,60min,75min,90 min,105min,120min,获得反应液;
结果见图4,从图中可以看出,检测到的化学发光强度峰值随着时间的延长而增大,当时间超过90min后,化学发光强度趋于稳定,所以最佳的反应时间为90min。
应用例1 生物传感器对外泌体的检测
(1)按照SEQ ID NO: 1-5所示的序列合成CT模板,引物P,链状的发夹探针H1、H2、H3,然后按照以下方法分别获得环状模板和发夹探针H1-H3:
将CT模板(6 μL,100 μM)和引物P(6 μL,100 μM)在10×T4连接酶缓冲液(6 μL)中于95℃下孵育5min,冷却至室温后,加入T4连接酶(3 μL,400 U/μL),16℃下孵育过夜,然后在65℃下10min灭活酶,获得环状模板;
将链状发卡稀释成溶液,在95℃水浴锅加热5 min,自然冷却至室温得到发卡探针,4℃条件下保藏备用;
将实施例1中制备的外泌体重悬液以10倍稀释为6个浓度,备用;
(2)在灭菌EP管中加入环状模板(3 μL,10 μM)与phi29 polymerase(1.25 μL,10U/μL)、dNTP(2 μL,10 mM)、10×phi29 polymerase buffer(10 μL)、H1(3 μL,100 μM)、H2(3 μL,100 μM)、H3(3 μL,100 μM)、NMM(3 μL,5 μM)、3 μL外泌体(0 μg/mL、1 μg/mL、2 μg/mL、3 μg/mL、4 μg/mL、5 μg/mL、6 μg/mL)混合,37℃下孵育90 min,获得反应液;
(3)将反应液加68.75 μL无菌水补足到100 μL,设置激发波长为610nm,检测波段590 nm-750 nm,进行荧光测定;
外泌体浓度从0 μg/mL到6 μg/mL时,分别测得的荧光强度峰值如图5所示。计算回归方程y=123.655+111.07028x,相关系数为0.991,由此计算该方案的检测限为1 μg/mL。
序列表
<110> 济南大学
<120> 一种基于滚环与杂交链式反应检测外泌体的生物传感器
<130> 20211125-1
<160> 5
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 96
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CT模板
<400> 1
atgaatatta tttgtcatgg gggaaaaaaa aaaaaaaaca ggccaacccc ccatgacaac 60
gtgggacaga cgcaacctct gtagtgtatt atgata 96
<210> 2
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 引物P
<400> 2
aataatattc attatcataa ta 22
<210> 3
<211> 47
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> H1
<400> 3
gggtgggtat gacactgccg tcttcagtgt catggggggg gtgggtt 47
<210> 4
<211> 48
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> H2
<400> 4
gggtgggtac tgccgtactg ccatgtacgg cagtgtcatg ggtgggtt 48
<210> 5
<211> 53
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> H3
<400> 5
gggtgggtca tgtgtccccc atgacactga acacacatgg cagtgggtgg gtt 53
Claims (8)
1. 一种基于滚环与杂交链式反应检测外泌体的生物传感器,其特征在于,包括:核苷酸序列如SEQ ID NO: 1-5所示的CT模板,引物P,发夹探针H1、H2、H3,T4连接酶,phi29 DNA聚合酶,dNTP和N-甲基卟啉二丙酸IX。
2.根据权利要求1所述的生物传感器,其特征在于,所述CT模板和引物P由环状模板代替,且不含T4连接酶;
所述环状模板的制备方法如下:
将CT模板和引物P在缓冲溶液中于95℃下孵育5min,冷却至室温后,加入T4连接酶,16℃下孵育过夜,然后在65℃下10min灭活酶,获得环状模板。
3.根据权利要求1所述的生物传感器,其特征在于,所述传感器中还包括外泌体标准品。
4.一种含如权利要求1-3任一所述生物传感器制备的检测外泌体的试剂盒。
5.一种如权利要求1-3任一所述生物传感器或权利要求4所述的试剂盒在非诊断用途的检测外泌体中的应用。
6.根据权利要求5所述的应用,其特征在于,包括以下步骤:
(1)CT模板和引物P制备环状模板;
(2)将环状模板、phi29 DNA聚合酶,dNTP,发夹探针H1、H2、H3,N-甲基卟啉二丙酸IX分别加入到缓冲溶液中,再加入含外泌体的溶液,混匀后于37℃下孵育,获得反应液;
(3)反应液进行荧光检测。
7.根据权利要求6所述的应用,其特征在于,步骤(2)中还包括制备外泌体标准曲线的步骤。
8.根据权利要求6所述的应用,其特征在于,步骤(3)中荧光检测的激发波长为610nm,检测波长为590nm-650nm。
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