CN114231660A

CN114231660A - 小麦千粒重性状相关snp位点及其应用

Info

Publication number: CN114231660A
Application number: CN202210022988.6A
Authority: CN
Inventors: 郭琳; 张腾腾; 赵丹; 刘西岗
Original assignee: Hebei Normal University
Current assignee: Hebei Normal University
Priority date: 2022-01-10
Filing date: 2022-01-10
Publication date: 2022-03-25
Anticipated expiration: 2042-01-10
Also published as: CN114231660B

Abstract

本发明公开了一种小麦千粒重性状相关SNP位点及其应用，包括用于鉴定或辅助鉴定小麦单株穗数及耐热性性状的试剂盒、引物、相关的分子标记，以及上述元素在鉴定或辅助鉴定小麦单株穗数及耐热性性状中的用途。本发明为小麦的分子标记辅助选择育种提供了一个新方法，在培育高产小麦品种的农业实践和/或相关科学研究中均具有重要意义。

Description

小麦千粒重性状相关SNP位点及其应用

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，尤其涉及一种与小麦千粒重相关的SNP位点及其分子标记、检测试剂盒、检测引物及其相关应用。

背景技术

小麦(Triticum aestivum L)是禾本科小麦属植物，其颖果可作为食物，除此之外还有六分之一可作为饲料。中国是较早种植小麦的国家之一，同时小麦也是我国重要的粮食作物之一，小麦产业发展是直接关系到国家粮食安全和社会稳定的大事。近年来人口的增加对小麦产业发展提出了更大的挑战。国内资源环境、粮食供求格局和国际贸易形势都发生了深刻变化，因此提升小麦的高产稳产水平显得尤为重要。

小麦产量是由单位面积穗数、每穗粒数和千粒重三要素构成的。千粒重作为影响小麦产量的因素之一，对小麦增产具有一定的作用。因此，挖掘调控千粒重的优异等位变异并开发功能标记在小麦高产育种中具有重要的应用价值。

目前，研究者已经定位了大量调控千粒重的QTL。王瑞霞等利用已构建的含有170个SSR标记和2个EST标记的遗传图谱进行了QTL定位分析。共检测到35个QTLs,可解释表型变异的4.36％～16.80％；涉及小麦1A、1B、2A、2D、3A、3B、4A、4D、5A、5B、6D和7D染色体,特别是1B、2A、3B染色体上(Xwmc269、Xgwm33、Xwmc419、Xbarc124、Xgwm636、Xgwm359、Xgwm533、Xwmc307、Xwmc418)的QTL可在多个环境下稳定的表达,为千粒重的QTL精细定位和分子标记辅助选择奠定了基础。严俊等采用来自以色列Gitit的野生二粒小麦(编号:G18-16)与来自欧洲的硬粒小麦栽培种Langdon杂交构建的重组自交系F6代152个家系,进行千粒重数量性状基因位点(QTL)的研究分析。结果表明:全部家系在3个生态环境下千粒重表现出宽广的遗传差异；共有6个千粒重QTL被分别定位在1A(2个),4A,4B,6B和7A染色体上,LOD值为3.0～10.6,贡献率为2.1％～18.5％。廖祥政等以含85个株系的F2:3群体为材料,利用复合区间作图法检测到3个千粒重QTL,其对表型变异的贡献率为10.90％～33.79％，其中Am3的等位基因能够增加千粒重2.3～4.8g。

尽管目前已经定位了如此大量的与小麦千粒重相关的QTL。但是，由于绝大多数这些QTL多为微效QTL，且不同生态环境中很难稳定表达，所以这些QTL难以应用于小麦千粒重的遗传改良。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供一种小麦千粒重性状相关SNP位点及其应用。

为解决上述技术问题，本发明所采取的技术方案如下。

一种试剂盒，用于检测小麦基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性，所述SNP位点对应于SEQ ID NO.1所示序列自5’末端第979位碱基。

作为本发明的一种优选技术方案，所述SNP位点处的核苷酸为C或T；所述SNP位点处的核苷酸为C/C纯合时，相对应的基因型是甲；所述SNP位点处的核苷酸为T/T纯合时，相对应的基因型是乙。

作为本发明的一种优选技术方案，所述试剂盒包含序列表中SEQ ID NO.2和SEQID NO.3组成的引物对1F和1R，和/或序列表中SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5组成的引物对2F和2R。

一种引物，用于检测小麦基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性，所述的SNP位点对应于SEQ ID NO.1所示序列自5’末端第979位碱基；所述SNP位点处的核苷酸为C或T；所述SNP位点处的核苷酸为C/C纯合时，相对应的基因型是甲；所述SNP位点处的核苷酸为T/T纯合时，相对应的基因型是乙。

5、根据权利要求4所述的引物，其特征在于：所述引物为序列表中SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3组成的引物对1F和1R，和/或序列表中SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5组成的引物对2F和2R。

一种分子标记，其核苷酸序列为SEQ ID NO.1中5’末端839-1004位序列，和/或其核苷酸序列为SEQ ID NO.1中5’末端557-1311位序列。

上述试剂盒、引物、分子标记在鉴定或辅助鉴定小麦千粒重性状中的应用。

上述试剂盒、引物、分子标记在小麦育种中的应用。

一种鉴定或辅助鉴定小麦千粒重性状的方法，包括如下步骤：

A、对待测小麦基因组DNA中任意一段包含如下SNP位点的DNA片段进行PCR扩增，并将该PCR扩增产物进行酶切鉴定；所述SNP位点对应于SEQ ID NO.1所示序列自5’末端第979位碱基；

B、确定待测小麦的基因型，所述SNP位点处的核苷酸为C/C纯合时，相对应的基因型是甲；所述SNP位点处的核苷酸为T/T纯合时，相对应的基因型是乙；

C、根据待测小麦基因型鉴定或辅助鉴定待测小麦的千粒重性状。

作为本发明的一种优选技术方案，步骤A中：所述的PCR扩增的DNA片段为SEQ IDNO.1中5’末端839-1004bp；所述PCR扩增的特异性引物对为SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3组成的引物对1F和1R，SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5组成的引物对2F和2R；所述酶切包括以下步骤：以小麦基因组DNA为模板，以引物1F和1R为引物对扩增得到PCR产物；将此PCR产物稀释10倍，以其作为模板，以引物2F和2R为引物对扩增得到PCR产物；用限制性内切酶NheI酶切PCR产物。

作为本发明的一种优选技术方案，步骤B中：若PCR产物可以被切开，则该核苷酸多态性位点为C/C，基因型为甲；若PCR产物不能被切开，则该核苷酸多态性位点为T/T，基因型为乙。

作为本发明的一种优选技术方案，步骤C中：鉴定或辅助鉴定的标准为：基因型甲纯合的小麦大于/候选大于基因型乙纯合的小麦。

采用上述技术方案所产生的有益效果在于：本发明公开了一种与小麦千粒重相关的SNP位点及其应用；本发明还提供了检测所述SNP的dCAPS标记；实验证明，通过检测所述该SNP，即可找到千粒重较高的小麦。本发明为小麦的分子标记辅助选择育种提供了一个新方法，在培育高产小麦品种的农业实践和/或相关科学研究中均具有重要意义。

附图说明

图1是本发明的SNP开发dCAPS标记酶切产物电泳检测结果；其中，泳道M为分子量标准；泳道C为能被NheI切开的条带，泳道T为不能被NheI切开的条带。

具体实施方式

以下实施例详细说明了本发明。本发明所使用的各种原料及各项设备均为常规市售产品，均能够通过市场购买直接获得。

应当理解，当在本申请说明书和所附权利要求书中使用时，术语“包括”指示所描述特征、整体、步骤、操作、元素的存在，但并不排除一个或多个其它特征、整体、步骤、操作、元素的存在或添加。

还应当理解，在本申请说明书和所附权利要求书中使用的术语“和/或”是指相关联列出的项中的一个或多个的任何组合以及所有可能组合，并且包括这些组合。

另外，在本申请说明书和所附权利要求书的描述中，术语“第一”、“第二”、“第三”等仅用于区分描述，而不能理解为指示或暗示相对重要性。

在本申请说明书中描述的参考“一个实施例”或“一些实施例”等意味着在本申请的一个或多个实施例中包括结合该实施例描述的特定特征、结构或特点。由此，在本说明书中的不同之处出现的语句“在一个实施例中”、“在一些实施例中”、“在其他一些实施例中”、“在另外一些实施例中”等不是必然都参考相同的实施例，而是意味着“一个或多个但不是所有的实施例”，除非是以其他方式另外特别强调。术语“包括”、“包含”、“具有”及它们的变形都意味着“包括但不限于”，除非是以其他方式另外特别强调。

下述实施例中所用的小麦材料均来自国家作物种质库(http://icscaas.com.cn/jiguoku/zhongzhiku.htm)，材料信息见中国作物种质信息网，网址：http://icgr.caas.net.cn。

本发明通过对小麦自然变异群体中TaER-6A基因的遗传变异分析，发现有42个SNP，分别对应于序列表1自5’端第-52位、25位、29位、757位、873位、979位、1067位、1707位、2151位、2399位、2414位、2525位、2602位、2922位、2950位、3106位、3203位、3409位、3480位、3826位、3921位、4431位、4479位、4571位、5356位、5975位、6487位、6505位、6512位、6519位、6525位、6533位、6542位、6556位、6625位、6627位、6643位、6683位、6745位、6801位、6804位与6878位。通过对第6个SNP位点设计dCAPS标记，发现该SNP存在两种基因型：基因型甲(C)、基因型乙(T)。通过关联分析证明，这两种基因型的纯合类型中，千粒重大小为：基因型甲纯合的小麦＞基因型乙纯合的小麦。本发明还提供了检测所述SNP的dCAPS标记。实验证明，通过检测所述该SNP，即可找到千粒重较高的小麦。本发明为小麦的分子标记辅助选择育种提供了一个新方法，在培育高产小麦品种或研究中具有重要意义。

实施例1、与小麦千粒重相关的SNP及其PCR-酶切多态性检测

1.1、扩增含小麦该SNP的基因组片段的特异引物及序列分析

在小麦基因组上的基因ER的内含子区发现的一个SNP，对应于序列表1自5’端第979位，发现该位点在小麦自然变异群体中存在两种基因型：

基因型甲：C

基因型乙：T

根据小麦不同基因组的序列差异，设计特异性引物PCR扩增分别包含该SNP位点在内的DNA片段：

F1：GGCACAAATGCGGCATATTTCATTTAGTAC(SEQ ID NO：2)

R1：GTAAAAAAATACGAGAAAGAAACACAGTAC(SEQ ID NO：3)

F2:ACAACGCGCTGGACGATTGG(SEQ ID NO：4)

R2:CGTCAGTAACCGCTCATTACAGCTA(SEQ ID NO：5)

以F1和R1为引物对PCR扩增的靶序列如序列表的序列1所示的557-1311位序列；以F2和R2为引物对PCR扩增的靶序列如序列表的序列1所示的839-1004位序列。酶切分析显示，该多态性可分别被NheI识别。

1.2、PCR-酶切多态性检测及基因分型方法的建立

1)提取待测小麦的基因组DNA；

2)以步骤1)的基因组DNA为模板，用引物F1和R1进行PCR扩增，PCR扩增的体系(20μL)为：ddH₂O 7μL、2×Taq Mix 10μL、引物F1(10μmol/L)和引物R1(10μmol/L)各1μL、模板(20ng/μL)1μL。

PCR扩增条件为95℃3min；95℃30s，58℃30s，72℃30s，30次循环；72℃10min，16℃保存。

3)将步骤2)的PCR产物稀释10倍，以其为模板，用引物F2和R2进行PCR扩增，PCR扩增的体系(20μL)为：ddH₂O 7μL、2×Taq Mix 10μL、引物F1(10μmol/L)和引物R1(10μmol/L)各1μL、模板(20ng/μL)1μL。

PCR扩增条件为95℃3min；95℃30s，58℃30s，72℃15s，32次循环；72℃10min，16℃保存。

4)将步骤3)得到的PCR产物用NheI酶切，获得酶切产物，进行4％琼脂糖凝胶电泳检测，记录PCR产物是否被切为两个片段，并根据如下方法判断并记录待测小麦在所述位点的情况：

若所述酶切产物为两个片段，则待测小麦在所述位点为C纯合(表示为C/C)的小麦(图1中的泳道C)；

若所述酶切产物为一个片段，则待测小麦在所述位点为T纯合(表示为T/T)的小麦(图1中的泳道T)。

5)根据步骤4)的结果，将小麦分为在所述位点的情况为如下I、II两种类型：

I：C/C(即基因型甲纯合)；

II：T/T(即基因型乙纯合)；

所述“/”前为一条同源染色体上的情况，所述“/”后为另一条同源染色体上的情况。

1.3、利用dCAPS标记对自然群体进行分型并与千粒重性状进行关联分析

以320份六倍体小麦组成的自然群体中各小麦分别作为待测小麦，按照步骤2的方法进行分型，随机对部分小麦的扩增产物进行测序验证，结果如表1所示。

表1小麦自然群体中所述多态性位点的情况

实施例2、自然群体中TaER-6A基因多态性位点的情况与千粒重的关联分析

2018年，在中国科学院农业资源研究中心栾城实验站(河北栾城)的旱地，2019年在中国科学院农业资源研究中心衡水实验农场(河北栾城和衡水)的旱地和水地种植上述自然群体小麦，调查各小麦品种的千粒重，用Tassel2.1软件对千粒重和所述多态性位点的情况进行关联分析，选择混合线性模型+群体结构(MLM+(Q+K))方法进行分析，以P<0.05为显著性水平，结果如表2所示。

表2自然群体中TaER-6A基因多态性位点的情况与千粒重的关联分析结果

表2的关联分析结果表明，表1所示的320份六倍体小麦组成的自然群体形成的两种类型的千粒重差异均达到显著水平(P<0.05)。其中，类型I的小麦千粒重高于类型II的小麦千粒重。几个环境中，类型I的小麦材料的千粒重分别较II的小麦高0.339、1.137、1.583、1.77、0.412、0.559、0.279和0.581克。对自然群体的研究表明，类型I是提高小麦千粒重的优异基因型。

在上述实施例中，对各个实施例的描述都各有侧重，某个实施例中没有详述或记载的部分，可以参见其它实施例的相关描述。

综上实施例可见，本发明公开了一种与小麦千粒重相关的SNP位点及其应用，该SNP存在两种基因型：基因型甲(C)、基因型乙(T)。通过关联分析证明，这两种基因型的纯合类型中，千粒重大小为：基因型甲纯合的小麦＞基因型乙纯合的小麦。本发明还提供了检测所述SNP的dCAPS标记。实验证明，通过检测所述该SNP，即可找到千粒重较高的小麦。本发明为小麦的分子标记辅助选择育种提供了一个新方法，在培育高产小麦品种或研究中具有重要意义。

以上所述实施例仅用以说明本发明的技术方案，而非对其限制；尽管参照前述实施例对本发明进行了详细的说明，本领域的普通技术人员应当理解：其依然可以对前述各实施例所记载的技术方案进行修改，或者对其中部分技术特征进行等同替换；而这些修改或者替换，并不使相应技术方案的本质脱离本发明各实施例技术方案的精神和范围，均应包含在本发明的保护范围之内。

序列表

<110> 河北师范大学

<120> 小麦千粒重性状相关SNP位点及其应用

<160> 5

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 7150

<212> DNA

<213> 普通小麦(Triticum aestivum L)

<400> 1

gcaaaacccc aaaccccgtt ggattaaacg ggaggcaccc gcgccggcat ttgcagcccg 60

cgccaatgcc gcctcccgct cgccgccgct cccactccgt ccccgtgacc gcggccctcc 120

tcgccgccgc gctcctcgtc ttcgccgccg gcgcgggcgc cgacgacggt tcgtgctcgt 180

gctcgtgctc cctccctgcc cgcctcgcct cctccgggcc tccccgtgcc catggcttcg 240

tgttggcggc ctcctccggg cgaccgggcc tccccgtgcc catggcttcg tgttggcggc 300

gggttctgct tgctcgggga acggggattc gtcgggggtt ccggcttact ctctcgcgct 360

ggtggtattt tattagtgcg cgcttttcta gtggggcgtg gtccggtctt tgtttatggc 420

tcgctgattt ggtgttccct ccgctgttga ggatggccta atgctagatt aatcccgtct 480

cctgttctta gtagtaccag catctcccat tgtttagcat ttcctctgca cttcttcttc 540

cgttcactgc tacatctgct gcatcttttc cctgtcgtcg gcgcctcggc ggtgtataag 600

ctccgcctat ggctatgcac aggcacaaat gcggcatatt tcatttagta ctatttgttt 660

ccccttctca agttgttttg ggggccgttt ttggtttggt tatctgaact tttggtcagc 720

aagcaagttt gtgttgtgca tttggaagca acagtcaagc gcctctgccg gctgactcca 780

ttcctcgtgg cgtcagattc ttcagttctt cttcttctgc tcctgcttct gctaatcgag 840

tgttcttatg cgtgtttcca gggcggacgc tgctggagat caagaaatcc ttccacgatg 900

ccgacaacgc gctggacgat tggtccggcg acggggcgtc cccgggctac tgctcctggc 960

gcggcgtgct ctgcgacaac gtcaccttcc aagttgcagc tctgtaagca cctctgcctc 1020

tagcaaaaat ttatgctctc ttgctggctg taatgagcgg ttactgacgt gtgttcatgt 1080

gtgcaacgac agcaacctct cagggttcaa tctcggcggc gaaatctccc cggccatcgg 1140

ggatttgaag agcgtcgtgt caatgtatgc tgttacattc tttcctgaaa tttgaatgct 1200

tttgtccgtg tgatgagtcc gtgttaaact ttttcctgat tgtttggtca tatgcagtga 1260

ttttcagtcc agtggacttt ccgggcagat ccctgatgag attggtgatt gctcctcgct 1320

taaaatgttg taagtgggct tcagtagtac tgtgtttctt tctcgtattt ttttacaggt 1380

gtcgtattcc tttggatctg tacaagtaat gcctgtttca attttcattt tgatcaagga 1440

acctgtcctc caacaatctg gaaggagaca tacccttttc catatctaag ctgaagcacc 1500

ttgaaaactt gtgagggtta ttctttcttg ccggaacttg gtaaaagcac gcgtttcact 1560

catcataatc cctgctgtta cttgtatctt taggatattg aagaataatc agttggtggg 1620

ggtgatcccg tcgacactct ctcagcttcc aaatttgaag atattgtaag ttagtgctgc 1680

ttaactgatc tgtgatttta ttgggttagt tctaatgtga tatgtgccct agggacttag 1740

ctcagaacaa gctaagcggt gaaattccaa ggttaatata ctggagtgag gttcttcaat 1800

acttgtaagt atgcattcac tccgttccca gtaatgaaga aaaacattat tttggtttag 1860

tacttaaact gtctataata ttcaagggcc tagcaaatgc taataaaact taatttatgc 1920

acgatttagg gtttggacaa aatgcttgtg ctaaatacga tgattgctca gacatagtgt 1980

gtaggggtag cagaccacgg tttgtttttt acatgctttg ttgtatgcat ctaagtttgt 2040

catatattca aggggactgc gaagcaataa attagaagga agcctctctc cagatatgtg 2100

ccaattgact ggcttgtggt acttgtgagt gtattgcttt cctccgttta tcaccagtgt 2160

agctgcttgt gccatttatt ctgctaacaa tgccgctttt gtttggttca gtgacatgaa 2220

gaacaatagc ttgatgggca caataccaga taccattggg aactgtacga gctttcaggt 2280

cttgtatgta cattcgttct actccctttg aataatgttg ctcattttct agcttttaga 2340

acactcctga tcttccgctg ttttagggat ttgtcttaca atcaccttac tggagaaatc 2400

ccattcaaca ttggtttcct gcaagtggct acattgtatg tggtagtcat ttcaccaata 2460

gaattagatg cttaagtttt cttactaata caagtgatga cttgaaatat tatttgctat 2520

ttgtgctagg tctttgcaaa ggaacaactt ctctggccct attccaacag tgatcggcct 2580

tatgcaggcg cttgcagtgc tgtatgataa cattcttttc ttggtttatg gtgactgagg 2640

aattatatca gcccttaaat gcgaaactat gatatttttt gaaatgttct ttttattttg 2700

aaattgatcc agggatctga gtcttaacca attgtctggc ccaataccat ctatacttgg 2760

caacttgaca tacactgaaa aattgtaagc ttgctacttt ttgtatctgt ttaattaata 2820

gttgatcaaa gcttttactt ttcactaact gatattctag ccctctgcga aatctctatg 2880

ttttttttat cacaagtagt tactgatacc acaatatctt gtactactag atacctgcaa 2940

ggcaataagc tatctgggcc aataccacca gagcttggta atttgtcggc gcttaattat 3000

ttgtaagcca tgtaaccttt gtactattgc ttttattctt catagttaat tgattagcgt 3060

tctatccatt tgatatgcta cgatcgctat ctcatttcag ggacctcaat gacaataaac 3120

tgactgggct cattccacct gagcttggaa aactcacagc cttgtatgac gtgtaagtaa 3180

aattctgttc atttgtatta tatgtttctt atcaacagtg ctaatttggt cggtggtcca 3240

tatcatttgc ttcttgcagg aatcttgcaa ataatgaact tgagggaatg atacctggta 3300

atataagttc atgcacaagt cttgttagct tgtaagtttc actttttccc cctgaaatta 3360

tttagctatc tctgatagct ggatacataa cttgtttgct actgaaacag caatgcttat 3420

ggcaataaat tgaatgggac catcccacgt tcattgcaca agcttcagag catgacttat 3480

ttgtaagtgg ttcctaattt tcctagtttc tattttgttt atggtaggtt gttcttgttc 3540

tggactgcca taattacact tctaatagtt attcctaatg acttttagga atttgtcatc 3600

taattatctt aatggagcaa ttcccactga gctagcaaga atgataaact tagacgtact 3660

gtaagttcta tcatttaatt actatatctc cttcagaaag tatttaatgc catcatgcgt 3720

tacatgaata cacttttagg gatttatcat gtaacaagat cgctggttcg attccttcag 3780

cagtcggcag cttagagcat cttttgagac tgtaaatcct ataacctcta ttttttgctt 3840

gttgttaaaa tgcctgtatc tttttctgac aacattactt attcatgtag taacttgagc 3900

aagaataatc tggtgggaca cattcctgct gagtttgcaa acttgaggag catcacggag 3960

atgtaagcac cttaacatct ctatgcgctc aaatctgtat cctttaagag taatatggac 4020

accttttgct tttgtttcag tgatttgtcc tacaaccaca ttaatggttt cattcctcga 4080

gagcttggaa tgctgcaaaa tctgatactg ttgtaagtac atgcaagcta tgggttttgc 4140

cttgcaccca ttaacattga taaactaata tcgatttccc tgcccaatta tttgagattg 4200

atttgtgtga ttgttttgtt gttacagaaa actagagagt aacaatatga ctggggatgt 4260

ttcttcactt actaactgct tcagtctcaa tgtcttgtaa gttaagacct gaaaagctat 4320

tcgaactgtt tacacatgtg tggatttcac tcatagtgag ctttgctgca gaaatatatc 4380

atacaacaac ctggctggcg ttgtacctac agacaacaac ttttcacggt tttcacctga 4440

caggtagtat catctggtat taaccatacc ttcaaaaaga tttgttctgg ctaaaccgtt 4500

atttataatc tgaactttcc tttagcttcc tgggtaatcc tggactatgt ggctcctggc 4560

gtggttcttc atgcccttcc tccagtcatg caaagagatg taagtacaat gttgtcttta 4620

ttaagttgct ctggaacata acctcatcag accactaaca aacgttccaa tactctttcg 4680

tgcattttca ccgcagtctc tgtctcaagg gctgtcattc ttggtattgc tattggcggg 4740

cttgcaatcc tgttgttgat cctagcagct gcttgttggc cacacagtcc agccgtttcc 4800

acagatttct ctgtaagcaa acaaggtaat acatttgctt aaatccctgt atgttgcttt 4860

aacacatcaa tttcgatagc tacttgacaa gtgatgtctc atcatgctgg atcttgcgaa 4920

tggttgatgc ctgtctcaaa cagttgccag tctgctcaac ttgacagatg cactgtttgt 4980

ttgtttgatg gctaatatgg tttcaatgag ataatgatga taattttttg ttacagagat 5040

tcatgctgtg ttatcgagca atgttcctcc caagcttgtg atcctccaca tgaatatggc 5100

cctccatgta tatgacgata taatgaggat gacagaaaat ttgagcgaga aatacataat 5160

tgggtacggg gcatctagta cagtttataa atgtgttctg aagaactgca agccagtggc 5220

aatcaaaaag ctatatgctc actacccgca gagtgtaaag gaatttgaga ctgagctcga 5280

gacaattgga agtatcaaac accggaatct tgtcagcctt caggcttact cgctatcacc 5340

tgctgggaat cttctcttct acgagtatat ggaaagtggc agcctctggg acgttttaca 5400

tggtaagtgg acataccagg caaaatgcat gtggggcaca gtttcacttc atcgtgctca 5460

gtatttagaa ccttttcctt tctaccctcc atacggttat ctgtcagcaa acatgtgctg 5520

gccactttct tattaagatg gactgattac tatttctatt ctcttgattg gaatgtctgc 5580

aaggcataca tatagtttga gaattttcca caaccatatg ctaatctgca agtctttgtt 5640

tatctcagca ccttcgtcca agaagacaaa actggactgg gaggctagac tccagattgc 5700

tcttggcact gcccaagggc tggcttatct tcaccatgac tgcagcccgc gaataattca 5760

cagggatgta aaatcgaaga atatcctcct ggacaaggac tatgtggcgc atcttgctga 5820

ctttggcatt gccaagagcg tgtgcatctc caagacccac acatcaacct atgtgatggg 5880

cacaattggc tacattgacc ctgagtatgc gcggacatcc cgcctgaacg agaaatctga 5940

tgtgtacagc tacggcgtcg tcttgctcga gctgctgact gggaagaagc cagttgacaa 6000

tgagtgcaac ctccatcacc tggtaactaa ttttcactta cttgttcgtt gccttcactc 6060

ccttctgatt ctgaggctca ataagttcac agtcatgggc attaggttcg tgttccttga 6120

aggggacaag caacatgaaa gctatcatgt gatggggggt tagatctatc tgcactgtgg 6180

tgggtgcgat tcattgtatg gctggtgaaa gctctattat cactggcagc ttgtgcagtg 6240

tcctgcaaag cctgccatgt ttgtcccctg ccttcaatca tatggctgaa aattcagcag 6300

gaagcacacc actgtcaaaa actgtagcta tctagtactt cctctgtaaa ctaatataag 6360

agcgtttaga tcgctaaatt agtaatctaa atgctcttat attagtttac ggagggagta 6420

gtaactacta gtaccttctg ctttgattac taatatgctg gtaatttggc ttgagcattt 6480

tactttcccc tactctgtca aaattagctt gtttggagta agatgcccat gttgtgtagg 6540

gaacaatgca gctgtgcata gttagttttg actgttgaac ttccctgtcc tgcaccaatg 6600

tcggttgtgc tcattggttg ctccccttgc agatcctatc caaagccgcg gacaacaccg 6660

tgatggagat ggtcgaccca gacatcaccg ccacatgcaa ggatctcggc gaggtcaaga 6720

ggatgttcca gctggcgctc ctctgcagca agcggcagcc gtccgaccga ccgacgatgc 6780

acgacgtcgt gcacgtcctc agctgcctgg tctgcccaga agcgcccccg aagccggcgc 6840

agccaccggc gtcgccccag tcgtccacgg ccccgagcta cgtgaacgag tacgtcagcc 6900

tgagaagcgg cagcgccctc tcctgcgcca actcgtcgag cgcgtccgac gcggagctct 6960

tcctcaagtt cggcgaggcg atatcgcaga acacagagta gactgacctg agcggccagg 7020

gtagcatttc cgctaactgt tttcgtcaaa aatagcagag ggggacactg ggtttgggga 7080

tgtgttcgat tcgattcact gtaaatatgc tgctgctcat tctggtttca tcagtcagtt 7140

atctcttctt 7150

<210> 2

<211> 30

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 2

ggcacaaatg cggcatattt catttagtac 30

<210> 3

<211> 30

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 3

gtaaaaaaat acgagaaaga aacacagtac 30

<210> 4

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 4

acaacgcgct ggacgattgg 20

<210> 5

<211> 25

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 5

cgtcagtaac cgctcattac agcta 25

Claims

1.一种试剂盒，用于检测小麦基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性，所述SNP位点对应于SEQ ID NO.1所示序列自5’末端第979位碱基。

2.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于：所述SNP位点处的核苷酸为C或T；所述SNP位点处的核苷酸为C/C纯合时，相对应的基因型是甲；所述SNP位点处的核苷酸为T/T纯合时，相对应的基因型是乙。

3.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒包含序列表中SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3组成的引物对1F和1R，和/或序列表中SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5组成的引物对2F和2R。

4.一种引物，用于检测小麦基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性，所述的SNP位点对应于SEQ ID NO.1所示序列自5’末端第979位碱基；所述SNP位点处的核苷酸为C或T；所述SNP位点处的核苷酸为C/C纯合时，相对应的基因型是甲；所述SNP位点处的核苷酸为T/T纯合时，相对应的基因型是乙。

5.根据权利要求4所述的引物，其特征在于：所述引物为序列表中SEQ ID NO.2和SEQID NO.3组成的引物对1F和1R，和/或序列表中SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5组成的引物对2F和2R。

6.一种分子标记，其核苷酸序列为SEQ ID NO.1中5’末端839-1004位序列，和/或其核苷酸序列为SEQ ID NO.1中5’末端557-1311位序列。

7.权利要求1或2或3所述的试剂盒、权利要求4或5所述的引物、权利要求6所述的分子标记在鉴定或辅助鉴定小麦千粒重性状中的应用。

8.权利要求1或2或3所述的试剂盒、权利要求4或5所述的引物、权利要求6所述的分子标记在小麦育种中的应用。

9.一种鉴定或辅助鉴定小麦千粒重性状的方法，其特征在于：该方法包括如下步骤：

10.根据权利要求9所述的鉴定或辅助鉴定小麦千粒重性状的方法，其特征在于：

步骤A中：所述的PCR扩增的DNA片段为SEQ ID NO.1中5’末端839-1004bp；所述PCR扩增的特异性引物对为SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3组成的引物对1F和1R，SEQ ID NO.4和SEQID NO.5组成的引物对2F和2R；所述酶切包括以下步骤：以小麦基因组DNA为模板，以引物1F和1R为引物对扩增得到PCR产物；将此PCR产物稀释10倍，以其作为模板，以引物2F和2R为引物对扩增得到PCR产物；用限制性内切酶NheI酶切PCR产物；

步骤B中：若PCR产物可以被切开，则该核苷酸多态性位点为C/C，基因型为甲；若PCR产物不能被切开，则该核苷酸多态性位点为T/T，基因型为乙；

步骤C中：鉴定或辅助鉴定的标准为：基因型甲纯合的小麦大于/候选大于基因型乙纯合的小麦。