CN113727722A

CN113727722A - 细菌膜制剂

Info

Publication number: CN113727722A
Application number: CN202080016014.6A
Authority: CN
Inventors: B·古德曼; B·波斯; E·B·特洛伊
Original assignee: Epiva Biosciences Inc
Current assignee: Epiva Biosciences Inc
Priority date: 2019-02-22
Filing date: 2020-02-21
Publication date: 2021-11-30
Also published as: WO2020172492A3; MX2021010160A; WO2020172492A2; AR118171A1; KR20210133986A; TW202045192A; CA3130776A1; BR112021016605A2; CO2021012176A2; US20220118030A1; EP3927356A2; AU2020225473A1; JP2022520999A

Abstract

本文提供与可用作治疗剂的膜制剂(MP)相关的方法及组合物。

Description

细菌膜制剂

相关申请的交叉引用

本申请要求2019年2月22日提交的美国临时专利申请序列号62/809,292的优先权的权益，该申请通过引用以其全部内容结合在此。

发明内容

在某些方面中，本文提供包含适用于治疗和/或预防疾病(例如，癌症、自身免疫病、炎性疾病、代谢疾病或菌群失调)的细菌膜制剂(MP)的药物组合物，及制造和/或识别这类MP的方法，及使用这类药物组合物的方法(例如，用于治疗癌症、自身免疫病、炎性疾病、代谢疾病或菌群失调，单独或与其他治疗剂组合使用)。在一些实施例中，药物组合物包含MP及完整细菌(例如，活细菌、被杀死的细菌、或减毒细菌)。在某些实施例中，本文提供包含细菌但不包含MP的药物组合物。在一些实施例中，这些药物组合物包含MP但不包含细菌。在一些实施例中，这些药物组合物包含来自表1、表2和/或表3中列举的细菌菌株或物种中的一种或多种的MP和/或细菌。

在某些实施例中，该药物组合物包含特定比率的细菌对MP颗粒。例如，在一些实施例中，就每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³、2x10³、3x10³、4x10³、5x10³、6x10³、7x10³、8x10³、9x10³、1x10⁴、2x10⁴、3x10⁴、4x10⁴、5x10⁴、6x10⁴、7x10⁴、8x10⁴、9x10⁴、1x10⁵、2x10⁵、3x10⁵、4x10⁵、5x10⁵、6x10⁵、7x10⁵、8x10⁵、9x10⁵、1x10⁶、2x10⁶、3x10⁶、4x10⁶、5x10⁶、6x10⁶、7x10⁶、8x10⁶、9x10⁶、1x10⁷、2x10⁷、3x10⁷、4x10⁷、5x10⁷、6x10⁷、7x10⁷、8x10⁷、9x10⁷、1x10⁸、2x10⁸、3x10⁸、4x10⁸、5x10⁸、6x10⁸、7x10⁸、8x10⁸、9x10⁸、1x10⁹、2x10⁹、3x10⁹、4x10⁹、5x10⁹、6x10⁹、7x10⁹、8x10⁹、9x10⁹、1x10¹⁰、2x10¹⁰、3x10¹⁰、4x10¹⁰、5x10¹⁰、6x10¹⁰、7x10¹⁰、8x10¹⁰、9x10¹⁰、1x10¹¹、2x10¹¹、3x10¹¹、4x10¹¹、5x10¹¹、6x10¹¹、7x10¹¹、8x10¹¹、9x10¹¹和/或1x10¹²个MP颗粒而言，该药物组合物包含至少1个细菌。在一些实施例中，就每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³、2x10³、3x10³、4x10³、5x10³、6x10³、7x10³、8x10³、9x10³、1x10⁴、2x10⁴、3x10⁴、4x10⁴、5x10⁴、6x10⁴、7x10⁴、8x10⁴、9x10⁴、1x10⁵、2x10⁵、3x10⁵、4x10⁵、5x10⁵、6x10⁵、7x10⁵、8x10⁵、9x10⁵、1x10⁶、2x10⁶、3x10⁶、4x10⁶、5x10⁶、6x10⁶、7x10⁶、8x10⁶、9x10⁶、1x10⁷、2x10⁷、3x10⁷、4x10⁷、5x10⁷、6x10⁷、7x10⁷、8x10⁷、9x10⁷、1x10⁸、2x10⁸、3x10⁸、4x10⁸、5x10⁸、6x10⁸、7x10⁸、8x10⁸、9x10⁸、1x10⁹、2x10⁹、3x10⁹、4x10⁹、5x10⁹、6x10⁹、7x10⁹、8x10⁹、9x10⁹、1x10¹⁰、2x10¹⁰、3x10¹⁰、4x10¹⁰、5x10¹⁰、6x10¹⁰、7x10¹⁰、8x10¹⁰、9x10¹⁰、1x10¹¹、2x10¹¹、3x10¹¹、4x10¹¹、5x10¹¹、6x10¹¹、7x10¹¹、8x10¹¹、9x10¹¹和/或1x10¹²个MP颗粒而言，药物组合物包含约1个细菌。在一些实施例中，就每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³、2x10³、3x10³、4x10³、5x10³、6x10³、7x10³、8x10³、9x10³、1x10⁴、2x10⁴、3x10⁴、4x10⁴、5x10⁴、6x10⁴、7x10⁴、8x10⁴、9x10⁴、1x10⁵、2x10⁵、3x10⁵、4x10⁵、5x10⁵、6x10⁵、7x10⁵、8x10⁵、9x10⁵、1x10⁶、2x10⁶、3x10⁶、4x10⁶、5x10⁶、6x10⁶、7x10⁶、8x10⁶、9x10⁶、1x10⁷、2x10⁷、3x10⁷、4x10⁷、5x10⁷、6x10⁷、7x10⁷、8x10⁷、9x10⁷、1x10⁸、2x10⁸、3x10⁸、4x10⁸、5x10⁸、6x10⁸、7x10⁸、8x10⁸、9x10⁸、1x10⁹、2x10⁹、3x10⁹、4x10⁹、5x10⁹、6x10⁹、7x10⁹、8x10⁹、9x10⁹、1x10¹⁰、2x10¹⁰、3x10¹⁰、4x10¹⁰、5x10¹⁰、6x10¹⁰、7x10¹⁰、8x10¹⁰、9x10¹⁰、1x10¹¹、2x10¹¹、3x10¹¹、4x10¹¹、5x10¹¹、6x10¹¹、7x10¹¹、8x10¹¹、9x10¹¹和/或1x10¹²个MP颗粒而言，该药物组合物包含不超过1个细菌。在一些实施例中，就每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³、2x10³、3x10³、4x10³、5x10³、6x10³、7x10³、8x10³、9x10³、1x10⁴、2x10⁴、3x10⁴、4x10⁴、5x10⁴、6x10⁴、7x10⁴、8x10⁴、9x10⁴、1x10⁵、2x10⁵、3x10⁵、4x10⁵、5x10⁵、6x10⁵、7x10⁵、8x10⁵、9x10⁵、1x10⁶、2x10⁶、3x10⁶、4x10⁶、5x10⁶、6x10⁶、7x10⁶、8x10⁶、9x10⁶、1x10⁷、2x10⁷、3x10⁷、4x10⁷、5x10⁷、6x10⁷、7x10⁷、8x10⁷、9x10⁷、1x10⁸、2x10⁸、3x10⁸、4x10⁸、5x10⁸、6x10⁸、7x10⁸、8x10⁸、9x10⁸、1x10⁹、2x10⁹、3x10⁹、4x10⁹、5x10⁹、6x10⁹、7x10⁹、8x10⁹、9x10⁹、1x10¹⁰、2x10¹⁰、3x10¹⁰、4x10¹⁰、5x10¹⁰、6x10¹⁰、7x10¹⁰、8x10¹⁰、9x10¹⁰、1x10¹¹、2x10¹¹、3x10¹¹、4x10¹¹、5x10¹¹、6x10¹¹、7x10¹¹、8x10¹¹、9x10¹¹和/或1x10¹²个细菌而言，该药物组合物包含至少1个MP颗粒。在一些实施例中，就每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³、2x10³、3x10³、4x10³、5x10³、6x10³、7x10³、8x10³、9x10³、1x10⁴、2x10⁴、3x10⁴、4x10⁴、5x10⁴、6x10⁴、7x10⁴、8x10⁴、9x10⁴、1x10⁵、2x10⁵、3x10⁵、4x10⁵、5x10⁵、6x10⁵、7x10⁵、8x10⁵、9x10⁵、1x10⁶、2x10⁶、3x10⁶、4x10⁶、5x10⁶、6x10⁶、7x10⁶、8x10⁶、9x10⁶、1x10⁷、2x10⁷、3x10⁷、4x10⁷、5x10⁷、6x10⁷、7x10⁷、8x10⁷、9x10⁷、1x10⁸、2x10⁸、3x10⁸、4x10⁸、5x10⁸、6x10⁸、7x10⁸、8x10⁸、9x10⁸、1x10⁹、2x10⁹、3x10⁹、4x10⁹、5x10⁹、6x10⁹、7x10⁹、8x10⁹、9x10⁹、1x10¹⁰、2x10¹⁰、3x10¹⁰、4x10¹⁰、5x10¹⁰、6x10¹⁰、7x10¹⁰、8x10¹⁰、9x10¹⁰、1x10¹¹、2x10¹¹、3x10¹¹、4x10¹¹、5x10¹¹、6x10¹¹、7x10¹¹、8x10¹¹、9x10¹¹和/或1x10¹²个细菌而言，药物组合物包含约1个MP颗粒。在一些实施例中，就每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³、2x10³、3x10³、4x10³、5x10³、6x10³、7x10³、8x10³、9x10³、1x10⁴、2x10⁴、3x10⁴、4x10⁴、5x10⁴、6x10⁴、7x10⁴、8x10⁴、9x10⁴、1x10⁵、2x10⁵、3x10⁵、4x10⁵、5x10⁵、6x10⁵、7x10⁵、8x10⁵、9x10⁵、1x10⁶、2x10⁶、3x10⁶、4x10⁶、5x10⁶、6x10⁶、7x10⁶、8x10⁶、9x10⁶、1x10⁷、2x10⁷、3x10⁷、4x10⁷、5x10⁷、6x10⁷、7x10⁷、8x10⁷、9x10⁷、1x10⁸、2x10⁸、3x10⁸、4x10⁸、5x10⁸、6x10⁸、7x10⁸、8x10⁸、9x10⁸、1x10⁹、2x10⁹、3x10⁹、4x10⁹、5x10⁹、6x10⁹、7x10⁹、8x10⁹、9x10⁹、1x10¹⁰、2x10¹⁰、3x10¹⁰、4x10¹⁰、5x10¹⁰、6x10¹⁰、7x10¹⁰、8x10¹⁰、9x10¹⁰、1x10¹¹、2x10¹¹、3x10¹¹、4x10¹¹、5x10¹¹、6x10¹¹、7x10¹¹、8x10¹¹、9x10¹¹和/或1x10¹²个细菌而言，该药物组合物包含不超过1个MP颗粒。

在某些方面中，MP来自工程改造的细菌，所述工程改造的细菌经修饰以增强某些所需性质。在一些实施例中，对工程改造的细菌进行修饰，使得由它们产生的MP将具有降低的毒性和不利影响(例如，通过去除或缺失脂多糖(LPS))，增强的口服递送(例如通过改善酸抗性、粘膜黏附性和/或渗透性和/或针对胆汁酸的抗性、针对抗微生物肽和/或抗体中和的抗性)，靶向所希望的细胞类型(例如M细胞、杯状细胞、肠上皮细胞、树突细胞、巨噬细胞)全身性的或在适当生态位中的改善的生物利用度(例如肠系膜淋巴结、派伊尔结、固有层、肿瘤引流淋巴结和/或血液)，增强的免疫调节和/或治疗作用(例如，单独或与另一种治疗剂组合)，增强的免疫活化和/或改善细菌和/或MP的产生(例如，更高的稳定性，改善的冻融耐受性，更短的生成时间)。在一些实施例中，本文提供制造此MP及细菌的方法。

在某些实施例中，本文提供治疗患有癌症的受试者的方法，这些方法包括向该受试者施用本文所述的药物组合物。在某些实施例中，本文提供治疗患有免疫障碍(例如，自身免疫病、炎性疾病、或过敏)的受试者，这些方法包括向该受试者施用本文描述的药物组合物。在某些实施例中，本文提供治疗患有代谢疾病的受试者的方法，这些方法包括向该受试者施用本文描述的药物组合物。在某些实施例中，本文提供治疗患有神经疾病的受试者的方法，这些方法包括向该受试者施用本文描述的药物组合物。在某些实施例中，本文提供治疗患有菌群失调的受试者的方法，这些方法包括向该受试者施用本文描述的药物组合物。

在一些实施例中，所述方法进一步包括向受试者施用抗生素。在一些实施例中，该方法进一步包括向该受试者施用一种或多种其他癌症治疗(例如，手术移除肿瘤、施用化学治疗剂、施用放射疗法和/或施用癌症免疫疗法，如免疫检查点抑制剂、癌症特异性抗体、癌症疫苗、经引发的抗原呈现细胞(primed antigen presenting cell)、癌症特异性T细胞、癌症特异性嵌合抗原受体(CAR)T细胞、免疫活化蛋白和/或佐剂)。在一些实施例中，该方法还包括施用其他治疗细菌和/或MP。在一些实施例中，该方法还包括施用免疫抑制剂和/或抗炎剂。在一些实施例中，所述方法进一步包括施用代谢性疾病治疗剂。

在某些实施例中，本文提供本文所述的药物组合物在制备用于治疗(或预防)本文所述病症例如本文所述的癌症、免疫障碍、代谢疾病、神经疾病或菌群失调的药物中的用途。

在某些实施例中，本文提供本文所述的药物组合物，其用于治疗(或预防)本文所述病症例如本文所述的癌症、免疫障碍、代谢疾病、神经疾病或菌群失调。

附图说明

图1显示在小鼠结肠直肠癌模型中在第11天，与腹腔内(i.p.)施用的抗PD-1或媒剂相比，来自动物双歧杆菌乳酸亚种菌株A的MP和来自丁酸厌氧棒杆菌菌株A的MP的功效。针对处理组相比于媒剂组进行韦尔奇(Welch)检验。

图2显示在DTH模型中，在24小时时间点处，来自栖组织普雷沃菌(Prevotellahisticola(P.histicola))菌株的细胞外囊泡(EV)和冻干的EV以及来自相同栖组织普雷沃菌菌株的MP的三种剂量(低、中和高)与来自相同栖组织普雷沃菌菌株的粉末的功效相比，在减少耳厚度方面的功效(通过24小时耳测量确定)。地塞米松用作阳性对照。

图3显示在DTH模型中，在24小时时间点处，来自栖组织普雷沃菌菌株的MP和冻干的MP的三种剂量(低、中和高)与来自相同栖组织普雷沃菌菌株的粉末的功效相比，在减少耳厚度方面的功效(通过24小时耳测量确定)。地塞米松用作阳性对照。

图4显示在DTH模型中，在24小时时间点处，来自小韦荣氏球菌(Veillonellaparvula(V.parvula))菌株的细胞外囊泡(EV)以及来自相同小韦荣氏球菌菌株的MP和γ辐照(GI)的MP的三种剂量(低、中和高)与来自相同小韦荣氏球菌菌株的γ辐照(GI)的粉末的功效相比，在减少耳厚度方面的功效(通过24小时耳测量确定)。地塞米松用作阳性对照。

具体实施方式

定义

“佐剂”或“辅助疗法”在广义上是指影响患者或受试者中的免疫学或生理学反应的药剂。例如，佐剂可增加抗原随时间或在目的区域(如肿瘤)中的存在，帮助吸收抗原呈递细胞抗原，活化巨噬细胞及淋巴细胞并且支持细胞因子的产生。通过改变免疫应答，佐剂可允许使用较小剂量的免疫相互作用剂以增加特定剂量的免疫相互作用剂的有效性或安全性。例如，佐剂可预防T细胞耗竭且由此增加特定免疫相互作用剂的有效性或安全性。

“施用”广义上是指将组合物(例如，本文所述的包含MP和/或细菌的药物组合物)施用给受试者的途径。施用途径的实例包含口服施用、直肠施用、局部施用、吸入(经鼻)或注射。注射施用包含静脉内(IV)、肌内(IM)、肿瘤内(IT)及皮下(SC)施用。本文描述的药物组合物可以任何形式通过任何有效途径施用，包括(但不限于)瘤内、经口、非经肠、肠内、静脉内、腹膜内、局部、经皮(例如，使用任何标准贴剂)、皮内、经眼、经鼻(鼻内)、局部、非经口(诸如喷雾)、吸入、皮下、肌内、颊、舌下、(经)直肠、阴道、动脉内及鞘内、经黏膜(例如，舌下、经舌、(经)颊、(经)尿道、阴道(例如，经阴道及阴道周围)、植入、膀胱内、肺内、十二指肠内、胃内及支气管内。在优选的实施例中，通过以下形式施用本文所述的药物组合物：经口、经直肠、经肿瘤内、经局部、经膀胱内、通过注射至引流淋巴结中或毗邻引流淋巴结处、经静脉内、通过吸入或气溶胶或经皮下。在另一个实施例中，本文所述的药物组合物经口服施用。

如本文所用，术语“抗体”可指完整抗体及其抗原结合片段二者。完整抗体是包含由二硫键相互连接的至少两条重(H)链及两条轻(L)链的糖蛋白。每条重链包含重链可变区(在本文中缩写为V_H)及重链恒定区。每条轻链包含轻链可变区(在本文中缩写为V_L)及轻链恒定区。V_H及V_L区可进一步细分成超变区(称为互补决定区(CDR))及更保守区(称为框架区(FR))，二者散布排列。每个V_H及V_L由三个CDR及四个FR构成，其自氨基-末端至羧基-末端按下列顺序排列：FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4。重链及轻链的可变区含有与抗原相互作用的结合结构域。术语“抗体”包含例如单克隆抗体、多克隆抗体、嵌合抗体、人类源化抗体、人类抗体、多特异性抗体(例如双特异性抗体)、单链抗体及抗原结合抗体片段。

如本文中所使用，术语抗体的“抗原结合片段”及“抗原结合部分”是指抗体中保留结合抗原的能力的一个或多个片段。术语抗体的“抗原结合片段”内所涵盖结合片段的实例包含Fab、Fab'、F(ab')₂、Fv、scFv、二硫化物连接的Fv、Fd、双抗体、单链抗体、

经分离CDRH3及其他保留完整抗体的至少一部分可变区的抗体片段。这些抗体片段可使用常规重组和/或酶促技术来获得且可以与完整抗体相同的方式针对抗原结合进行筛选。

“癌症”在广义上是指宿主自有细胞的不受控、异常生长，其会侵袭宿主中的环绕组织及潜在地远离异常细胞生长初始位点的组织。主要种类包含是上皮组织(例如皮肤、鳞状细胞)癌症的癌瘤；是结缔组织(例如骨、软骨、脂肪、肌肉、血管等)癌症的肉瘤；是血液形成组织(例如骨髓组织)癌症的白血病；是免疫细胞癌症的淋巴瘤及骨髓瘤；及包含脑及脊柱组织癌症的中枢神经系统癌症。“一种或多种癌症”、“一种或多种赘瘤”及“一种或多种肿瘤”本文中可互换使用。如本文中所使用，“癌症”是指所有类型的新或复发癌症或赘瘤或恶性肿瘤，包含白血病、上皮癌及肉瘤。癌症的具体实例是：上皮癌、肉瘤、骨髓瘤、白血病、淋巴瘤及混合型肿瘤。癌症的非限制性实例是以下新或复发癌症：脑癌、黑色素瘤、膀胱癌、乳腺癌、子宫颈癌、结肠癌、头颈癌、肾癌、肺癌、非小细胞肺癌、间皮瘤、卵巢癌、前列腺癌、肉瘤、胃癌、子宫癌及髓母细胞瘤。

“细胞增强”广泛地指细胞的流入或细胞在环境中的扩增，这些细胞在施用组合物之前大体上不存在于该环境中且不存在于所述组合物本身中。增强环境的细胞包括免疫细胞、基质细胞、细菌及真菌细胞。特别受关注的环境是其中癌细胞驻留或定位的微环境。在一些实例中，所述微环境是肿瘤微环境或肿瘤引流淋巴结。在其他实例中，所述微环境是癌前组织位点或组合物的局部施用位点或其中所述组合物在远程施用后将积聚的位点。

“进化枝”指系统发育树的OTU或成员，它们是系统发育树中的统计有效节点的下游。进化枝包含系统发育树中的一组末端叶，其是不同的单系进化单元且在某种程度上共享序列相似性。“运算分类单元”、“OTU”(或复数“OTUs”)是指系统发育树中的末端叶且通过核酸序列(例如，整个基因组，或特定基因序列，及在物种层面下与此核酸序列共享序列同一性的所有序列)定义。在一些实施例中，特定基因序列可为16S序列或16S序列的一部分。在其他实施例中，对两种实体的整个基因组进行测序并进行比较。在另一个实施例中，可以基因方式比较所选区域(例如多基因座序列标签(MLST)、特定基因或基因集)。在16S实施例中，在整个16S或该16S的一些可变区上共享≧97％平均核苷酸同一性的OTU被视为相同OTU(参见，例如，Claesson M J、Wang Q、O'Sullivan O、Greene-Diniz R、Cole J R、Ros R P及O'Toole P W.2010.Comparison of two next-generation sequencing technologiesfor resolving highly complex microbiota composition using tandem variable 16SrRNA gene regions[使用串联可变16S rRNA基因区解析高度复杂的微生物群组成的两种下一代测序技术的比较].Nucleic Acids Res[核酸研究]38:e200.Konstantinidis K T、Ramette A及Tiedje J M.2006.The bacterial species definition in the genomicera[基因组时代的细菌物种类定义].Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci[伦敦皇家学会B辑：生物科学哲学学报]361:1929-1940)。在涉及完整基因组、MLST、特定基因或基因组的实施例中，共享≧95％平均核苷酸同一性的OTU被视为相同OTU(参见，例如，Achtman M及Wagner M.2008.Microbial diversity and the genetic nature of microbial species[微生物多样性和微生物物种的遗传性质].Nat.Rev.Microbiol.[微生物自然评论]6:431-440.Konstantinidis K T、Ramette A及Tiedje J M.2006.The bacterial speciesdefinition in the genomic era[基因组时代的细菌物种类定义].Philos Trans R SocLond B Biol Sci[伦敦皇家学会B辑：生物科学哲学学报]361:1929-1940)。通常通过比较生物体之间的序列来定义OTU。通常，具有小于95％序列同一性的序列并不视为形成相同OTU的一部分。还可通过核苷酸标志或基因、尤其高度保守基因(例如“管家”基因)或其组合的任一组合来表征OTU。此表征采用(例如)WGS数据或全基因组序列。

来自两种或更多种菌株的细菌的“组合”包括细菌的物理共存(在相同材料或产品中或在物理连接的产品中)，及来自两种或更多种菌株的细菌的时间共施用或共定位。

来自两种或更多种微生物(例如比如细菌)菌株的MP的“组合”包括两种MP的物理共存(在相同材料或产品中或在物理连接的产品中)，及来自两种或更多种菌株的MP的时间共施用或共定位。

术语“降低”或“消耗”意指变化，从而治疗后与治疗前状态相比的差异(视情况而定)为至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、1/100、1/1000、1/10,000、1/100,000、1/1,000,000或不可检测。可降低的性质包含免疫细胞、细菌细胞、基质细胞、髓源性抑制细胞、成纤维细胞、代谢物的数量；细胞因子的水平；或另一物理参数(如耳厚度(例如，在DTH动物模型中)或肿瘤的大小)。

“菌群失调”是指肠道或其它身体区域的微生物群或微生物组的状态，包括，例如，黏膜或皮肤表面(或任何其它微生物组生态位)，在该状态下宿主肠道微生物组生态网络“微生物组”的正常的多样性和/或功能被破坏。菌群失调可能导致疾病状态，或者仅在某些条件下或仅长期存在时可能是不健康的。菌群失调可能是由于多种因素引起的，包括环境因素、传染原、宿主基因型、宿主饮食和/或压力。菌群失调可能导致：一个或多个细菌类型(例如，厌氧菌)、物种和/或菌株的普遍度发生变化(例如，增加或减少)，宿主微生物组群体组成的多样性发生变化(例如，增加或减少)；导致一个或多个有益效应减少或丧失的一个或多个共生生物群体的变化(例如，增加或减少)；一个或多个病原体(例如，病原细菌)群体的过度生长；和/或仅在某些情况下引起疾病的共生生物的存在、和/或过度生长。

术语“表位”意指可特异性结合至抗体或T细胞受体的蛋白质决定子。表位通常由如氨基酸或糖侧链等分子的化学活性表面分组组成。某些表位可通过抗体能够结合的氨基酸的特定序列来定义。

如本文中所使用，“工程细菌”是通过人类为干预已在遗传上自天然状态改变的任何细菌及任何这类细菌的继代。工程细菌包括(例如)靶向遗传修饰的产物、随机诱变筛选的产物及定向演化的产物。

术语“基因”在广义上用于指与生物功能有关的任一核酸。术语“基因”适用于特定基因组序列以及由基因组序列编码的cDNA或mRNA。

两种核酸分子的核酸序列间“同一性”可使用已知计算机算法(诸如“FASTA”程序)使用(例如)如Pearson等人(1988)Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国国家科学院院刊]85:2444中的预设参数测定为同一性百分比(其他程序包含GCG程序包(Devereux,J.等人,Nucleic Acids Research[核酸研究]12(I):387(1984))、BLASTP、BLASTN、FASTA Atschul,S.F.等人,J Molec Biol[分子生物学杂志]215:403(1990)；Guide to Huge Computers[巨型计算机指南],Mrtin J.Bishop编辑,Academic Press[学术出版社],San Diego[圣地亚哥],1994及Carillo等人(1988)SIAM J Applied Math[工业和应用数学学会应用数学杂志]48:1073)。例如，可使用国家生物技术信息中心数据库(National Center forBiotechnology Information database)的BLAST功能来测定同一性。其他可商业或公开获得的程序包含DNAStar“MegAlign”程序(威斯康星州麦迪逊市(Madison,Wis.))及威斯康星大学遗传学计算机集团(University of Wisconsin Genetics Computer Group)(UWG)“Gap”程序(威斯康星州麦迪逊市(Madison,Wis.))。

如本文中所使用，术语“免疫障碍”是指由免疫系统的活动引起的任何疾病、障碍或疾病症状，包括自身免疫性疾病、炎性疾病及过敏。免疫病症包括但不限于自身免疫性疾病(例如，狼疮、硬皮病、溶血性贫血、血管炎、一型糖尿病、格雷夫斯病(Grave’s disease)、类风湿性关节炎、多发性硬化、古德帕斯丘综合征(Goodpasture’ssyndrome)、恶性贫血和/或肌病)、炎性疾病(例如，寻常型痤疮、哮喘、乳糜泻、慢性前列腺炎、肾小球性肾炎、炎性肠病、盆腔炎、再灌注损伤、类风湿性关节炎、结节病、移植排斥、血管炎和/或间质性膀胱炎)，和/或过敏(例如，食物过敏、药物过敏和/或环境过敏)。

“免疫疗法”是使用受试者的免疫系统以治疗疾病(例如，免疫疾病、炎性疾病、代谢性疾病、癌症)的治疗且包括(例如)检查点抑制剂、癌症疫苗、细胞因子、细胞疗法、CAR-T细胞及树突细胞疗法。

术语“增加”意指变化，从而治疗后与治疗前状态相比的差异(视情况而定)为至少高10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、2倍、4倍、10倍、100倍、10^3倍、10^4倍、10^5倍、10^6倍和/或10^7倍。可增加的性质包含免疫细胞、细菌细胞、基质细胞、髓源性抑制细胞、成纤维细胞、代谢物的数量；细胞因子的水平；或另一物理参数(如耳厚度(例如，在DTH动物模型中)或肿瘤的大小)。

“先天免疫激动剂”或“免疫佐剂”是特异性靶向先天免疫受体(包括Toll样受体(TLR)、NOD受体、RLR、C型凝集素受体、STING-cGAS通路组分、发炎体复合物)的小分子、蛋白质或其他药剂。例如，LPS是细菌源的或合成的TLR-4激动剂且可使用铝作为免疫刺激佐剂。免疫佐剂是特定种类的较宽泛佐剂或辅助疗法。STING激动剂的实例包括但不限于2'3'-cGAMP、3'3'-cGAMP、c-di-AMP、c-di-GMP、2'2'-cGAMP及2'3'-cGAM(PS)2(Rp/Sp)(2'3'-cGAMP的双硫代磷酸酯类似物的Rp、Sp异构体)。TLR激动剂的实例包括(但不限于)TLRl、TLR2、TLR3、TLR4、TLR5、TLR6、TLR7、TLR8、TLR9、TLRlO及TLRI l。NOD激动剂的实例包括(但不限于)：N-乙酰基胞壁酰基-L-丙胺酰基-D-异谷氨酰胺(胞壁酰二肽(MDP))、γ-D-谷氨酰基-内消旋-二氨基庚二酸(iE-DAP)及去胞壁酰肽(desmuramylpeptide(DMP))。

“内转录间隔区”或“ITS”是位于通常用于识别真核物种(特别地，真菌)的共同前体转录本上的结构核糖体RNA(rRNA)之间的一段非功能性RNA。形成核糖体的核的真菌的rRNA经转录为信号基因且由8S、5.8S及28S区域及分别在8S与5.8S之间及5.8S与28S区域之间的ITS4及5组成。如先前描述，在18S与5.8S之间及5.8S与28S区域之间的这类两个双译基因嵌段(intercistronic segment)通过剪接移除且出于条形码的目的在物种之间含有显著变化(Schoch等人,Nuclear ribosomal internal transcribed spacer(ITS)region asauniversal DNA barcode marker for Fungi.[核糖体内转录间隔区(ITS)是真菌的通用DNA条形码标记]PNAS 109:6241-6246.2012)。18SrDNA传统上用于系统发育重建，然而ITS可发挥此功能，因为其通常是高度保守的，但含有高变区，这些高变区具有足够的核苷酸多样性来区分大多数真菌的属及物种。

术语“经分离”或“经富集”包含微生物(例如细菌)、MP或其他实体或物质已经(1)与最初产生(无论在自然中或在实验环境中)时与的相关联的至少一些组分分离，和/或(2)由人工产生、制备、纯化和/或制造。经分离微生物可与至少约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％或更多的其最初缔合的其他组分分离。在一些实施例中，经分离微生物或MP是大于约80％、约85％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或大于约99％纯的。如本文中所使用，物质基本上不含其他组分时是“纯的”。术语“纯化(purify、purifying及purified)”是指已与在最初产生或生成(例如不论在自然界中或在实验环境中)时或在其初始产生之后的任一时间期间与其缔合的至少一些组分分离的微生物或MP或其他材料。如果在产生时或在产生之后(例如)自含有微生物或微生物群体的材料或环境分离，则该微生物或微生物群体或MP可视为经纯化，且经纯化微生物或微生物群体或MP可含有最高约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％或高于约90％的其他材料且仍视为“经分离”。在一些实施例中，经纯化微生物或微生物群体或MP是大于约80％、约85％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或大于约99％纯的。在本文所提供微生物组合物的情况下，存在于该组合物中的一种或多种微生物类型可与独立于一种或多种产生和/或存在于含有该微生物类型的材料或环境中的其他微生物来纯化。微生物组合物及其微生物组分(例如MP)通常纯化自残余生境产物。

本文所用的“膜制剂”或“MP”是指经过纯化以富集膜及其组分(例如，外周缔合或整合的膜蛋白、脂质、聚糖、多糖、碳水化合物、其他聚合物)的细菌制剂。膜制剂可以包括脂多糖(LPS)、鞭毛、纤毛和肽聚糖。例如，制剂可以包含纳米颗粒中包含的细菌脂质和细菌蛋白质和/或细菌核酸和/或碳水化合物部分。这类MP可以含有1、2、3、4、5、10或超过10种不同的脂质种类。MP可以含有1、2、3、4、5、10或超过10种不同的蛋白质种类。MP可以含有1、2、3、4、5、10或超过10种不同的核酸种类。MP可以含有1、2、3、4、5、10或超过10种不同的碳水化合种类。对于革兰氏阳性细菌，MP可以包括细胞膜或细胞质膜。对于革兰氏阴性细菌，MP可以包括内膜和/或外膜。可以修饰MP以增加纯度、以调整组合物中颗粒的大小，和/或修饰MP以减少、增加、添加或去除细菌组分或外来物质以改变功效、免疫刺激、稳定性或产量，从而改变功效、免疫刺激、稳定性、器官靶向(例如，淋巴结)、吸收(例如，胃肠道)，和/或产量。

如本文所用的“代谢物”是指在任何细胞或微生物代谢反应中用作底物或作为产物化合物、组合物、分子、离子、辅助因子、催化剂或营养素产生自任何细胞或微生物代谢反应的任何及所有分子化合物、组合物、分子、离子、辅助因子、催化剂或营养素。

“微生物”是指表征为细菌、真菌、微观藻类、原生动物及与该生物体相关的发育阶段或生命周期阶段(例如，植物、孢子(包括孢子形成、休眠及萌发)、潜伏、生物膜)的任何天然或经改造的生物体。肠道微生物的实例包括：葛氏放线菌(Actinomyces graevenitzii)、龋齿放线菌(Actinomyces odontolyticus)、嗜黏蛋白阿克曼氏菌(Akkermansiamuciniphila)、粪拟杆菌(Bacteroides caccae)、脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)、腐败拟杆菌(Bacteroides putredinis)、多形拟杆菌(Bacteroides thetaiotaomicron)、普通拟杆菌(Bacteroides vultagus)、青春双歧杆菌(Bifidobacterium adolescentis)、两歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)、对沃氏嗜胆菌(Bilophila wadsworthia)、布劳特氏菌属(Blautia)、丁酸弧菌属(Butyrivibrio)、纤细弯曲杆菌(Campylobactergracilis)、梭菌群III(Clostridia cluster III)、梭菌群IV(Clostridia cluster IV)、梭菌群IX(Clostridia cluster IX)(氨基酸球菌科群(Acidaminococcaceae group))、梭菌群XI(Clostridia cluster XI)、梭菌群XIII(Clostridia cluster XIII)(消化链球菌群(Peptostreptococcus group))、梭菌群XIV(Clostridia cluster XIV)、梭菌群XV(Clostridia cluster XV)、产气柯林斯菌(Collinsella aerofaciens)、粪球菌属(Coprococcus)、桑氏棒状杆菌(Corynebacterium sunsvallense)、猪脱硫单胞菌(Desulfomonas pigra)、产甲酸多尔氏菌(Dorea formicigenerans)、长链多尔氏菌(Dorealongicatena)、大肠杆菌(Escherichia coli)、庞大真杆菌(Eubacterium hadrum)、直肠真杆菌(Eubacterium rectale)、普拉梭菌(Faecalibacteria prausnitzii)、孪生球菌属(Gemella)、乳球菌属(Lactococcus)、兰氏螺菌属(Lanchnospira)、柔膜细菌群XVI(Mollicutes cluster XVI)、柔膜细菌群XVIII(Mollicutes cluster XVIII)、普雷沃菌属(Prevotella)、黏滑罗氏菌(Rothia mucilaginosa)、伶俐瘤胃球菌(Ruminococcuscallidus)、活泼瘤胃球菌(Ruminococcus gnavus)、扭链瘤胃球菌(Ruminococcustorques)及链球菌属(Streptococcus)。

“微生物组”广泛地指栖居于受试者或患者的身体部位上或中的微生物。微生物组中的微生物可包括细菌、病毒、真核微生物和/或病毒。微生物组中的个别微生物可以是代谢活性、休眠、潜伏或作为孢子存在，可以浮游形式存在或存在于生物膜中，或可以可持续或短暂的方式存在于所述微生物组中。所述微生物组可以是共生或健康状态微生物组或疾病状态微生物组。所述微生物组对受试者或患者而言可以是天然的，或所述微生物组的组分可因健康状态(例如，癌前状态或癌状态)或处理条件(例如，抗生素治疗、暴露于不同微生物)的变化而经调整、引入或消耗。在一些方面中，所述微生物组出现于黏膜表面。在一些方面中，所述微生物组是肠道微生物组。在一些方面中，所述微生物组是肿瘤微生物组。

组织或样品的“微生物群系概况(microbiome profile)”或“微生物群系签名(microbiome signature)”是指微生物群系的细菌组成的至少部分表征。在一些实施例中，微生物群系概况指示是否至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100或更多个细菌菌株存在于微生物群系中或不存在于微生物群系中。在一些实施例中，微生物群系概况指示是否至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100或更多个癌症相关细菌菌株存在于样本中。在一些实施例中，微生物组谱指示样品中检测的各细菌菌株的相对量或绝对量。在一些实施例中，微生物组谱是癌症相关微生物组谱。癌症相关微生物组谱是以比一般群体更大的频率出现于患有癌症的受试者中的微生物组谱。在一些实施例中，相较于正常存在于取自未患癌症的个体的在其他方面当量的组织或样品的微生物组中的细菌，所述癌症相关微生物组谱包含更大数量或量的癌症相关细菌。

关于细菌的“经修饰的”广泛地指自野生型形式已经变化的细菌。细菌修饰的实例包括遗传修饰、基因表达修饰、表型修饰、配制修饰、化学修饰及剂量或浓度。经改善的性质的实例描述于整个说明书中且包括(例如)减毒、营养缺陷、归巢或抗原性。表型修饰可包括(以实例说明的)细菌于修饰细菌的表型的培养基中生长使得其增加或降低毒力。

如本文所用，如果基因在至少一些条件下在工程细菌中的表达水平高于相同物种的野生型细菌在相同条件下的表达水平，则该基因在细菌中“过度表达”。类似地，如果基因在至少一些条件下在工程改造的细菌中的表达水平低于相同物种的野生型细菌在相同条件下的表达水平，则该基因在细菌中“表达不足”。

术语“多核苷酸”及“核酸”可互换使用。它们是指任何长度的核苷酸的聚合形式(脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸)或其类似物。多核苷酸可具有任何三维结构，且可实施任何功能。多核苷酸的非限制性实例如下：基因或基因片段的编码或非编码区域、定义自连锁分析的多个基因座(loci)(基因座(locus))、外显子、内含子、信使RNA(mRNA)、微小RNA(miRNA)、沉默RNA(siRNA)、转移RNA、核糖体RNA、核糖酶、cDNA、重组多核苷酸、分支多核苷酸、质粒、载体、任何序列的经分离的DNA、任何序列的经分离的RNA、核酸探针及引子。多核苷酸可包括经修饰核苷酸，例如甲基化核苷酸及核苷酸类似物。如果存在，则可在组装聚合物之前或之后赋予对核苷酸结构的修饰。多核苷酸可通过如与标记组分缀合而经进一步修饰。在本文提供的所有核酸序列中，U核苷酸可与T核苷酸互换。

如本文中所使用的“肿瘤生物群系”包含致病、致瘤和/或癌症相关微生物区，其中该微生物区包含病毒、细菌、真菌、原生生物、寄生虫或其他微生物中的一种或多种。

“肿瘤营养性(Oncotrophic)”或“嗜肿瘤(oncophilic)”微生物及细菌是与癌症微环境高度相关联的微生物或存在于癌症微环境中的微生物。它们可被优先选择用于该环境中，优先在癌症微环境中生长或适应该环境。

“运算分类单元”及“OTU”是指系统发生树中的末端叶且通过核酸序列(例如整个基因组或特定基因序列及所有与此核酸序列在物种层面共享序列同一性的序列)来定义。在一些实施例中，特定基因序列可为16S序列或16S序列的一部分。在其他实施例中，对两种实体的整个基因组进行测序并进行比较。在另一个实施例中，可以基因方式比较所选区域(例如多基因座序列标签(MLST)、特定基因或基因集)。对于16S而言，整个16S或一些16S可变区中共有≥97％平均核苷酸同一性的OTU可视为相同OTU。参见，例如，Claesson MJ、WangQ、O’Sullivan O、Greene-Diniz R、Cole JR、Ross RP及O’Toole PW.2010.Comparison oftwo next-generation sequencing technologies for resolving highly complexmicrobiota composition using tandem variable 16S rRNA gene regions[使用串联可变16S rRNA基因区解析高度复杂的微生物群组成的两种下一代测序技术的比较].NucleicAcids Res[核酸研究]38:e200.Konstantinidis KT,Ramette A及Tiedje JM.2006.Thebacterial species definition in the genomic era[基因组时代的细菌物种类定义].Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci[伦敦皇家学会B辑：生物科学哲学学报]361:1929-1940。对于完整基因组、MLST、特定基因(除16S外)或基因集而言，共有≥95％平均核苷酸同一性的OTU可视为相同OTU。例如参见Achtman M及Wagner M.2008.Microbialdiversity and the genetic nature of microbial species[微生物多样性和微生物物种的遗传性质].Nat.Rev.Microbiol.[微生物自然评论]6:431-440.Konstantinidis KT,Ramette A及Tiedje JM.2006.The bacterial species definition in the genomic era[基因组时代的细菌物种类定义].Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci[伦敦皇家学会B辑：生物科学哲学学报]361:1929-1940。通常通过比较生物体之间的序列来定义OTU。通常，具有小于95％序列同一性的序列并不视为形成相同OTU的一部分。还可通过核苷酸标志或基因、尤其高度保守基因(例如“管家”基因)或其组合的任一组合来表征OTU。本文提供可分配(例如)属、物种及系统发育进化枝的运算分类单元(OTU)。

如本文所用，术语“预防”受试者中的疾病或病症是指对受试者施用药物治疗，例如，施用一种或多种药剂(例如，药物组合物)，使得疾病或病症的至少一个症状的发作被延迟或预防。

如本文所用，物质基本上不含其他组分时是“纯的”。术语“纯化(purify或purifying)”及“经纯化”是指MP或其他材料已与最初产生或形成(例如，无论在自然中或在实验环境中)时或在初始产生后的任何时间期间与的相关联的至少一些组分分离。若MP在产生时或产生后与(诸如)一种或多种其他细菌组分分离，则该MP可被视为经纯化，及经纯化的微生物或微生物种群可含有其他材料多达约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％或超过约90％且仍被视为“经纯化”。在一些实施例中，经纯化的MP超过约80％、约85％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或超过约99％纯。MP组合物及其微生物组分是(例如)纯化自残余生境产物。

如本文中所使用，术语“经纯化的MP组合物”或“MP组合物”是指如下的制剂：其包括已与源材料或在用以产生该制剂的任何方法中与MP相关联的任何材料中发现的至少一种相关物质分离(例如，与至少一种其他细菌组分分离)的MP。它还指已经显著富集或浓缩的组合物。在一些实施例中，这些MP经浓缩2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、100倍、1000倍、10,000倍或超过10,000倍。

“残余生境产物”是指自受试者内或受试者上的微生物群生境衍生的材料。例如，微生物生存于胃肠道的粪便中、皮肤本身上、唾液中、呼吸道的黏液中或泌尿生殖道的分泌物中(即，与微生物群落相关联的生物物质)。大体上不含残余生境产物意指该微生物组合物不再含有与人类或动物受试者上或人类或动物受试者中的微生物环境相关联的生物物质且是100％不含、99％不含、98％不含、97％不含、96％不含或95％不含与该微生物群落相关联的任何污染生物物质。残余生境产物可包括非生物材料(包括未经消化的食物)或其可包括非所需的微生物。大体上不含残余生境产物亦可意指该微生物组合物不含有来自人类或动物的可检测细胞且意指仅微生物细胞是可检测的。在一项实施例中，大体上不含残余生境产物亦可意指该微生物组合物不含有可检测的病毒(包括微生物病毒(例如，噬菌体))、真菌、支原体污染物。在另一实施例中，相较于微生物细胞，其意指微生物组合物中小于1x10-2％、1x10-3％、1x10-4％、1x10-5％、1x10-6％、1x10-7％、1x10-8％的活细胞是人类或动物。达到此纯度的方法有很多，这些方法中无任何一者是限制性的。因此，污染物可经由通过在固体培养基上对单菌落进行多个画线步骤，直至来自系列性单菌落的复制(例如但不限于两个)画线已显示仅单一菌落形态来分离所需成分而减少。可替代地，污染物的减少可通过多轮连续稀释至单一所需细胞(例如，10-8或10-9的稀释)，诸如通过多个10倍连续稀释完成。此可通过显示多个经分离的菌落具有相似细胞形状及革兰氏染色行为进一步证实。用于证实足够的纯度的其他方法包括遗传分析(例如，PCR、DNA测序)、血清学及抗原分析、酶及代谢分析及使用仪器的方法，诸如使用自污染物区分所需成分的试剂的流式细胞术。

如本文所用，“特异性结合”是指抗体能够结合至预定抗原或多肽能够结合至其预定结合配偶体。通常，抗体或多肽以对应于约10^-7M或更小K_D的亲和力特异性结合至其预定抗原或结合配偶体，且以相对于结合至非特异性及不相关抗原/结合配偶体(例如BSA、酪蛋白)小至少10倍、小至少100倍或小至少1000倍的其亲和力的亲和力(如通过K_D所表示)结合至预定抗原/结合配偶体。可替代地，特异性结合更广泛地适用于二组分系统，其中一种组分是蛋白质、脂质或碳水化合物或其组合且与是蛋白质、脂质、碳水化合物或其组合的第二组分以特定方式接合。

术语“受试者”或“患者”是指任何动物。描述为“有需要”的受试者或患者是指需要治疗疾病的人。哺乳动物(即哺乳类动物)包括人类、实验室动物(例如灵长类动物、大鼠、小鼠)、家畜(例如牛、绵羊、山羊、猪)及家庭宠物(例如狗、猫、啮齿类动物)。

“菌株”是指具有基因签名的细菌物种的成员，从而其可与相同细菌物种的密切相关成员区分开来。基因签名可为不存在至少一种基因的全部或一部分、不存在至少一个调控区(例如启动子、终止子、核糖开关、核糖体结合位点)的全部或一部分、不存在(“消除”)至少一种天然质粒、存在至少一种重组基因、存在至少一种突变基因、存在至少一种外来基因(衍生自另一物种的基因)、存在至少一种突变调控区(例如启动子、终止子、核糖开关、核糖体结合位点)、存在至少一种非天然质粒、存在至少一种抗生素抗性盒或其组合。可通过PCR扩增且任选地随后进行一个或多个目的基因组区域或全基因组的DNA测序来鉴别不同菌株之间的基因签名。如果一种菌株(与相同物种的另一种菌株相比)已获得或失去抗生素抗性或获得或失去生物合成能力(例如营养缺陷型菌株)，则可通过选择或反选择分别使用抗生素或营养物/代谢物来区分菌株。

如本文所用，在用包含本发明的细菌或MP的药物组合物(例如，包含细菌或MP的药物组合物)治疗的受试者中的“全身性效应”是指在胃肠道外的一个或多个部位发生的生理效应。一种或多种系统性作用可以由免疫调节(例如，通过增加和/或减少一种或多种免疫细胞类型或亚型(例如，CD8+ T细胞)和/或一种或多种细胞因子)产生。此类一种或多种全身性效应可能是由本发明的细菌或MP对胃肠道中的免疫细胞或其它细胞(例如上皮细胞)调节的结果，然后这直接地或间接地导致胃肠道外的一个或多个生物化学途径的活性改变(活化和/或失活)。全身性效应可包括治疗或预防受试者的疾病或病症。

如本文中所使用，术语“治疗”受试者疾病或“治疗”患有或怀疑患有疾病的受试者是指对受试者实施医药治疗(例如施用一种或多种药剂)，从而降低至少一种疾病症状或预防其恶化。因此，在一个实施例中，“治疗”尤其是指延迟进展、促进缓解、诱导缓解、增大缓解、加速恢复、增加功效或降低替代治疗的抗性，或其组合。

细菌

在某些方面中，本文提供包含细菌和/或制造自细菌的MP的药物组合物。

在一些实施例中，对获得MP的细菌进行修饰以降低毒性或其他不利影响；提高所产生的MP的口服递送(例如，通过改良耐酸性、黏液黏着性和/或渗透性和/或对胆汁酸、消化酶的抗性、对抗微生物肽的抗性和/或抗体中和)；靶向所需细胞类型(例如，M细胞、杯状细胞、肠上皮细胞、树突状细胞、巨噬细胞)；增强所产生的MP的免疫调节和/或治疗效果(例如单独或与另一治疗剂组合)；和/或通过所产生的MP(例如经由多糖、纤毛、伞毛、黏附素的经修饰制造)增强免疫活化或抑制。在一些实施例中，本文描述的工程改造的细菌经修饰以改善细菌和/或MP制造(例如，更高的耐氧性、稳定性、经改善的冻融耐受性、较短的产生时间)。例如，在一些实施例中，本文描述的工程改造的细菌包括具有一种或多种遗传改变的细菌，此改变包含于细菌染色体或内源性质粒和/或一或多个外源性质粒上的一或多个核苷酸的插入、删除、易位或取代，或其任何组合，其中所述遗传改变可导致一或多个基因的过表达和/或低表达。一种或多种经工程改造的微生物可使用本领域中已知的任何技术产生，包括(但不限于)定点诱变、转座子诱变、敲除、敲入、聚合酶链反应诱变、化学诱变、紫外线诱变、转形(化学或通过电穿孔)、噬菌体转导、定向演化，或其任何组合。

表1、表2和/或表3以及贯穿本说明书的其他部分提供了可作为本文所述药物组合物的细菌和/或产生的MP的来源的细菌的物种和/或菌株的实例。在一些实施例中，细菌菌株是具有与表1、表2和/或表3中列举的菌株具有至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.1％、99.2％、99.3％、99.4％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％或99.9％序列同一性的基因组的细菌菌株。在一些实施例中，药物组合物的细菌或获得药物组合物的产生的MP的细菌是肿瘤营养性细菌。在一些实施例中，药物组合物的细菌或获得药物组合物的产生的MP的细菌是免疫刺激细菌。在一些实施例中，药物组合物的细菌或获得药物组合物的产生的MP的细菌是免疫抑制细菌。在一些实施例中，药物组合物的细菌或获得药物组合物的产生的MP的细菌是免疫调节细菌。在某些实施例中，药物组合物的细菌或获得药物组合物的产生的MP的细菌是从本文提供的细菌菌株的组合产生的。在一些实施例中，该组合是至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20、25、30、35、40、45或50个细菌菌株的组合。在一些实施例中，该组合包括药物组合物的细菌或获得药物组合物的产生的MP的细菌，所述细菌来自表1、表2和/或表3中列举的细菌菌株和/或具有与表1、表2和/或表3中列举的菌株具有至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.1％、99.2％、99.3％、99.4％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％或99.9％序列一致性的基因组的细菌菌株。在某些实施例中，药物组合物的细菌或获得药物组合物的产生的MP的细菌是从本文提供的细菌菌株产生的。在一些实施例中，药物组合物的细菌或获得药物组合物的产生的MP的细菌来自表1、表2和/或表3中列出的细菌菌株和/或具有与表1、表2和/或表3中列举的菌株具有至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.1％、99.2％、99.3％、99.4％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％或99.9％序列一致性的基因组的细菌菌株。

在一些实施例中，药物组合物的细菌或获得药物组合物的产生的MP的细菌是革兰氏阴性细菌。

在一些实施例中，药物组合物的细菌或获得药物组合物的产生的MP的细菌是革兰氏阳性细菌。

在一些实施例中，药物组合物的细菌或获得药物组合物的产生的MP的细菌是需氧细菌。

在一些实施例中，药物组合物的细菌或获得药物组合物的产生的MP的细菌是厌氧细菌。

在一些实施例中，药物组合物的细菌或获得药物组合物的产生的MP的细菌是嗜酸细菌。

在一些实施例中，药物组合物的细菌或获得药物组合物的产生的MP的细菌是嗜碱细菌。

在一些实施例中，药物组合物的细菌或获得药物组合物的产生的MP的细菌是嗜中性细菌。

在一些实施例中，药物组合物的细菌或获得药物组合物的产生的MP的细菌是难养菌。

在一些实施例中，药物组合物的细菌或获得药物组合物的产生的MP的细菌是非难养菌。

在一些实施例中，将药物组合物的细菌或获得药物组合物的产生的MP的细菌或产生的MP自身冷冻干燥。

在一些实施例中，将药物组合物的细菌或获得药物组合物的产生的MP的细菌或产生的MP自身进行γ辐照(例如，以17.5kGy或25kGy)。

在一些实施例中，将药物组合物的细菌或获得药物组合物的产生的MP的细菌或产生的MP自身进行UV辐照。

在一些实施例中，将药物组合物的细菌或获得药物组合物的产生的MP的细菌或产生的MP自身进行热灭活(例如，在50℃下持续两小时或在90℃下持续两小时)。

在一些实施例中，将药物组合物的细菌或获得药物组合物的产生的MP的细菌或产生的MP自身进行酸处理。

在一些实施例中，将药物组合物的细菌或获得药物组合物的产生的MP的细菌或产生的MP自身进行氧气喷射(例如，以0.1vvm进行两小时)。

生长阶段会影响细菌和/或细菌产生的MP的数量或性质。例如，在本文提供的细菌制备方法中，可以例如在对数生长期开始时、在对数生长期的中间时、和/或一旦达到稳定生长期时从培养物中分离细菌。作为另一个实例，在本文提供的MP制备方法中，可以在对数生长期开始时、在对数生长期的中间时、和/或一旦达到稳定生长期时从培养物中制备MP。

表1：示例性细菌菌株

表2：示例性嗜肿瘤细菌

在某些实施例中，本文所述的MP是从专性厌氧细菌中获得的。专性厌氧细菌的实例包括革兰氏阴性杆菌(包括拟杆菌属、普雷沃菌属、卟啉单胞菌属、梭杆菌属、嗜胆菌属及萨特氏菌属物种)、革兰氏阳性球菌(主要为消化链球菌属)、革兰氏阳性孢子形成菌(梭菌属)、非孢子形成杆菌(放线菌属、丙酸杆菌属、真杆菌属、乳杆菌属及双歧杆菌属)及革兰氏阴性球菌(主要为韦荣氏球菌属)。在一些实施例中，这些专性厌氧细菌是选自以下的属的细菌：阿加萨杆菌(Agathobaculum)、奇异菌、布劳特氏菌、伯克霍尔德菌、迪尔莫菌、长链菌(Longicatena)、副梭菌、苏黎世杆菌及泰泽菌。

在一些实施例中，本文描述的MP获得自选自以下的属的细菌：大肠杆菌、克雷白氏菌、乳杆菌、志贺氏菌及葡萄球菌。

在一些实施例中，本文所述的细菌和/或MP属于选自以下的物种：马赛布劳特氏菌(Blautia massiliensis)、解苯副梭菌(Paraclostridium benzoelyticum)、Dielmafastidiosa、Longicatena caecimuris、乳酸乳球菌乳脂亚种、纳西利斯泰泽菌(Tyzzerella nexilis)、Hungatella effluvia、类肺炎克雷伯氏菌拟肺炎亚种(Klebsiella quasipneumoniae subsp.Similipneumoniae)、产酸克雷伯菌(Klebsiellaoxytoca)、和当别町韦荣氏球菌(Veillonella tobetsuensis)。

在一些实施例中，本文所述的细菌和/或MP来自普雷沃菌属细菌，所述普雷沃菌属细菌选自阿尔伯普雷沃菌、羊水普雷沃菌、卑尔根普雷沃菌、二路普雷沃菌、短普雷沃菌、布氏普雷沃菌、颊普雷沃菌、口颊普雷沃菌、粪便普雷沃菌、牙普雷沃菌、栖牙普雷沃菌、解糖胨普雷沃菌、栖组织普雷沃菌、中间普雷沃菌、小斑点普雷沃菌、马斯普雷沃菌、产黑普雷沃菌、彩虹普雷沃菌、多形普雷沃菌、变黑普雷沃菌、口腔普雷沃菌、口普雷沃菌、龈炎普雷沃菌、苍白普雷沃菌、唾液普雷沃菌、斯特塞拉普雷沃菌、坦纳普雷沃菌、蒂莫普雷沃菌、空肠普雷沃菌、橙色普雷沃菌、保氏普雷沃菌、着色普雷沃菌、人体普雷沃菌、丹塔普雷沃菌、栖居普雷沃菌、斐氏普雷沃菌、深黑色普雷沃菌、解肝素普雷沃菌、洛氏普雷沃菌、嗜糖普雷沃菌、南锡普雷沃菌、稻普雷沃菌、沼泽普雷沃菌、胸膜炎普雷沃菌、栖瘤胃普雷沃菌、解糖普雷沃菌、靶心普雷沃菌、赛赫普雷沃菌、动胶普雷沃菌和真空腔普雷沃菌。

在一些实施例中，本文所述的细菌和/或MP来自细菌菌株，该细菌菌株的基因组序列与表3中提供的以ATCC保藏号保藏的细菌菌株的基因组序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性(例如至少99.5％序列同一性、至少99.6％序列同一性、至少99.7％序列同一性、至少99.8％序列同一性、至少99.9％序列同一性)。在一些实施例中，本文所述的细菌和/或MP来自细菌菌株，该细菌菌株包含16S序列，所述16S序列与表3中提供的16S序列具有至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性(例如，至少99.5％序列同一性、至少99.6％序列同一性、至少99.7％序列同一性、至少99.8％序列同一性、至少99.9％序列同一性)。

表3示例性细菌菌株

在一些实施例中，药物组合物包含一种或多种以下细菌，或来自一种或多种以下细菌的MP：

ο阿克曼氏菌属、克里斯滕森氏菌属、布劳特氏菌属、肠球菌属、真杆菌属、拜瑞氏菌属、拟杆菌属、副拟杆菌属、巨球型菌属或Erysipelatoclostridium

ο产氢营养型布劳特氏菌、排泄物布劳特氏菌、韦氏布劳特氏菌、粪真杆菌、扭曲真杆菌、直肠真杆菌、粪肠球菌、耐久肠球菌、Enterococcus villorum、鹑鸡肠球菌；乳酸双歧杆菌、两歧双歧杆菌、长双歧杆菌、动物双歧杆菌或短双歧杆菌

οBCG、副拟杆菌属、布劳特氏菌属、韦荣氏球菌属、唾液乳杆菌、阿加萨杆菌属、活泼瘤胃球菌、解苯副梭菌、Turicibacter sanguinus、伯克霍尔德菌属、类肺炎克雷白氏菌拟肺炎亚种、催产克雷白氏菌、纳西利斯泰泽菌或奈瑟菌属

ο产氢营养型布劳特氏菌

ο排泄物布劳特氏菌

ο韦氏布劳特氏菌

ο鹑鸡肠球菌

ο屎肠球菌

ο两歧双歧杆菌

ο短双歧杆菌

ο长双歧杆菌

ο人罗斯拜瑞氏菌

ο多形拟杆菌

ο粪居拟杆菌

οErysipelatoclostridium ramosum

ο巨型球菌属，包括马赛巨型球菌(Megasphera massiliensis)

ο狄氏副拟杆菌

ο扭曲真杆菌

ο霍氏真杆菌

οIntestimonas butyriciproducens

ο澳大利亚链球菌

ο挑剔真杆菌

ο普氏粪杆菌

ο粪厌氧棒状菌

ο丹毒丝菌科

ο马氏巨球藻

ο理研菌科

ο乳球菌属、普雷沃菌属、双歧杆菌属、韦荣氏球菌属

ο乳酸乳球菌乳脂亚种

ο栖组织普雷沃菌

ο动物双歧杆菌乳酸亚种

ο小韦荣氏球菌

在一些实施例中，药物组合物包含乳酸乳球菌乳脂亚种细菌或来自其的MP，例如，来自与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株A(ATCC指定编号PTA-125368)的核苷酸序列具有至少90％或至少99％基因组、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些实施例中，药物组合物包含乳球菌属细菌或来自乳酸乳球菌乳脂亚种菌株A(ATCC指定编号PTA-125368)的MP。

在一些实施例中，药物组合物包含普雷沃菌属细菌或来自其的MP，例如，来自与普雷沃菌属菌株B 50329(NRRL登录编号B 50329)的核苷酸序列具有至少90％或至少99％基因组、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些实施例中，药物组合物包含普雷沃菌属细菌或来自普雷沃菌属菌株B 50329(NRRL登录编号B 50329)的MP。

在一些实施例中，药物组合物包含双歧杆菌属细菌或来自其的MP，例如，来自与双歧杆菌属细菌(保藏为ATCC指定编号PTA-125097)的核苷酸序列具有至少90％或至少99％基因组、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些实施例中，药物组合物包含双歧杆菌属细菌或来自双歧杆菌属细菌(保藏为ATCC指定编号PTA-125097)的MP。

在一些实施例中，药物组合物包含韦荣氏球菌属细菌或来自其的MP，例如，来自与韦荣氏球菌属细菌(保藏为ATCC指定编号PTA-125691)的核苷酸序列具有至少90％或至少99％基因组、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些实施例中，药物组合物包含韦荣氏球菌属细菌或来自韦荣氏球菌属细菌(保藏为ATCC指定编号PTA-125691)的MP。

经修饰的细菌和MP

在一些实施例中，本文描述的MP和/或细菌经修饰使得它们包含、连接至和/或结合治疗性部分。在一些实施例中，治疗性部分是癌症特异性部分。在一些实施例中，该癌症特异性部分对癌细胞具有结合特异性(例如对癌症特异性抗原具有结合特异性)。在一些实施例中，癌症特异性部分包含抗体或其抗原结合片段。在一些实施例中，癌症特异性部分包含T细胞受体或嵌合抗原受体(CAR)。在一些实施例中，癌症特异性部分包含表达于癌细胞表面上受体的配体或其受体结合片段。在一些实施例中，癌症特异性部分是二分(bipartite)融合蛋白，其具有两个部分：结合至和/或连接至细菌的第一部分及可结合至癌细胞(例如通过对癌症特异性抗原具有结合特异性)的第二部分。在一些实施例中，所述第一部分是全长肽聚糖识别蛋白(诸如PGRP)的片段或全长肽聚糖识别蛋白。在一些实施例中，该第一部分对MP具有结合特异性(例如通过对细菌抗原具有结合特异性)。在一些实施例中，该第一和/或第二部分包含抗体或其抗原结合片段。在一些实施例中，该第一和/或第二部分包含T细胞受体或嵌合抗原受体(CAR)。在一些实施例中，该第一和/或第二部分包含表达于癌细胞表面上受体的配体或其受体结合片段。在某些实施例中，癌症特异性部分及MP的共施用(组合施用或分开施用)增加MP靶向癌细胞。

在一些实施例中，本文描述的MP经修饰使得它们包含、连接至和/或结合磁性和/或顺磁性部分(例如磁珠)。在一些实施例中，所述磁性和/或顺磁性部分包含细菌和/或直接连接至细菌。在一些实施例中，该磁性和/或顺磁性部分连接至结合至MP的MP结合部分的一部分和/或为结合至MP的MP结合部分的一部分。在一些实施例中，该MP结合部分是全长肽聚糖识别蛋白(诸如PGRP)的片段或全长肽聚糖识别蛋白。在一些实施例中，该MP结合部分具有对MP的结合特异性(例如通过对细菌抗原具有结合特异性)。在一些实施例中，该MP结合部分包含抗体或其抗原结合片段。在一些实施例中，该MP结合部分包含T细胞受体或嵌合抗原受体(CAR)。在一些实施例中，该MP结合部分包含表达于癌细胞表面上受体的配体或其受体结合片段。在某些实施例中，磁性和/或顺磁性部分及MP的共施用(一起施用或分开施用)可用以增加MP靶向癌症细胞和/或受试者存在癌细胞的一部分。

MP的产生

在某些方面，本文所述的MP可以使用本领域已知的任何方法制备。

在一些实施例中，这些MP经制备而无需MP纯化步骤。例如，在一些实施例中，包含本文描述的MP的细菌通过使用让细菌MP保持完整的方法被杀死且将所得的细菌组分(包括MP)用于本文描述的方法及组合物中。在一些实施例中，这些细菌通过使用抗生素(例如，使用本文描述的抗生素)被杀死。在一些实施例中，这些细菌通过使用UV辐射被杀死。

在一些实施例中，本文描述的MP纯化自一种或多种其他细菌组分。用于自细菌纯化MP的方法为本领域中已知。在一些实施例中，MP通过使用Thein,等人.(J.Proteome Res.[蛋白质组学研究杂志]9(12):6135-6147(2010))或Sandrini,等人.(Bio-protocol[生物方案]4(21):e1287(2014))中描述的方法从细菌培养物制备，这些文献的各者以全文引用的方式并入本文中。在一些实施例中，这些细菌经培养至高光密度及然后经离心以使细菌集结成粒(例如，在室温或4℃下10,000-15,000x g10-15分钟)。在一些实施例中，丢弃上清液，并将细胞沉淀物在-80℃冷冻。在一些实施例中，将细胞沉淀物在冰上解冻，并重悬于补充有1mg/mL DNA酶I的100mM Tris-HCl(pH 7.5)中。在一些实施例中，在制造商建议的条件下使用Emulsiflex C-3(奥维斯丁公司(Avestin,Inc.))裂解细胞。在一些实施例中，通过在4℃下以10,000x g离心15分钟来沉淀碎片和未裂解的细胞。在一些实施例中，然后将上清液在4℃下以120,000x g离心1小时。在一些实施例中，将沉淀物重悬于冰冷的pH 11的100mM碳酸钠中，在4℃下搅拌孵育1小时，然后在4℃下以120,000x g离心1小时。在一些实施例中，将沉淀重悬于pH 7.5的100mM Tris-HCl中，在4℃下以120,000x g再离心20分钟，然后重悬于0.1M Tris-HCl(pH 7.5)中或于PBS中。在一些实施例中，样品被存储在-20℃。

在某些方面，MP是根据Sandrini等人,2014改适的方法获得的。在一些实施例中，细菌培养物在室温或4℃下以10,000-15,500x g离心10-15分钟。在一些实施例中，将细胞沉淀物在-80℃冷冻，并丢弃上清液。在一些实施例中，将细胞沉淀物在冰上解冻，并重悬于10mM Tris-HCl(pH 8.0)、补充有0.1mg/mL溶菌酶的1mM EDTA中。在一些实施例中，将样品在室温或37℃下混合孵育30分钟。在一些实施例中，将样品在-80℃下重新冷冻，然后再次在冰上解冻。在一些实施例中，添加DNA酶I至终浓度为1.6mg/mL，并添加MgCl2至终浓度为100mM。在一些实施例中，使用QSonica Q500超声仪以30秒开启和30秒关闭的7个循环对样品进行超声处理。在一些实施例中，通过在4℃下以10,000x g离心15分钟来沉淀碎片和未裂解的细胞。在一些实施例中，然后将上清液在4℃下以110,000x g离心15分钟。在一些实施例中，将沉淀重悬于10mM Tris-HCl(pH 8.0)、2％曲通X-100中，并在室温下混合孵育30-60分钟。在一些实施例中，将样品在4℃下以110,000x g离心15分钟。在一些实施例中，将沉淀物重悬于PBS中并储存在-20℃。

在某些方面，本文描述形成分离的细菌膜制剂(MP)的方法，该方法包括以下步骤：(a)离心细菌培养物，从而形成第一沉淀物和第一上清液，其中所述第一沉淀物包含细胞；(b)丢弃所述第一上清液；(c)将所述第一沉淀物重悬于溶液中；(d)裂解细胞；(e)离心裂解的细胞，从而形成第二沉淀物和第二上清液；(f)丢弃所述第二沉淀物并离心所述第二上清液，从而形成第三沉淀物和第三上清液；(g)丢弃该第三上清液并将该第三沉淀重悬于第二溶液中，从而形成该分离的细菌膜制剂(MP)。

在一些实施例中，方法还包括以下步骤：(h)离心步骤(g)的溶液，从而形成第四沉淀物和第四上清液；(i)丢弃所述第四上清液，并将所述第四沉淀物重悬于第三溶液中。在一些实施例中，所述方法还包括以下步骤：(j)离心步骤(i)的溶液，从而形成第五沉淀物和第五上清液；和(k)丢弃所述第五上清液，并将所述第五沉淀物重悬于第四溶液中。

在一些实施例中，步骤(a)的离心是以10,000x g进行的。在一些实施例中，步骤(a)的离心进行10-15分钟。在一些实施例中，步骤(a)的离心是在4℃或室温下。在一些实施例中，步骤(b)还包括将第一沉淀物在-80℃冷冻。在一些实施例中，步骤(c)中的溶液是补充有1mg/ml DNA酶I的100mM Tris-HCl(pH 7.5)。在一些实施例中，步骤(c)中的溶液是10mM Tris-HCl(pH 8.0)、1mM EDTA，补充有0.1mg/ml溶菌酶。在一些实施例中，步骤(c)进一步包括在37℃或室温下孵育30分钟。在一些实施例中，步骤(c)还包括将第一沉淀物在-80℃冷冻。在一些实施例中，步骤(c)还包括将DNA酶I添加至1.6mg/ml的终浓度。在一些实施例中，步骤(c)还包括添加MgCl₂至100mM的终浓度。在一些实施例中，在步骤(d)中通过匀浆裂解细胞。在一些实施例中，在步骤(d)中通过emulsiflex C3裂解细胞。在一些实施例中，在步骤(d)中通过超声裂解细胞。在一些实施例中，将细胞超声处理7个循环，其中每个循环包括30秒的超声处理和30秒的不超声处理。在一些实施例中，步骤(e)的离心是以10,000x g进行的。在一些实施例中，步骤(e)的离心进行15分钟。在一些实施例中，步骤(e)的离心是在4℃或室温下。

在一些实施例中，步骤(f)的离心是以120,000x g进行的。在一些实施例中，步骤(f)的离心是以110,000x g进行的。在一些实施例中，步骤(f)的离心进行1小时。在一些实施例中，步骤(f)的离心进行15分钟。在一些实施例中，步骤(f)的离心是在4℃或室温下。在一些实施例中，步骤(g)中的第二溶液是pH 11的100mM碳酸钠。在一些实施例中，步骤(g)中的第二溶液是10mM Tris-HCl pH 8.0、2％曲通X-100。在一些实施例中，步骤(g)还包括将溶液在4℃下孵育1小时。在一些实施例中，步骤(g)还包括将溶液在室温下孵育30-60分钟。在一些实施例中，步骤(h)的离心是以120,000x g进行的。在一些实施例中，步骤(h)的离心是以110,000x g进行的。在一些实施例中，步骤(h)的离心进行1小时。在一些实施例中，步骤(h)的离心进行15分钟。在一些实施例中，步骤(h)的离心是在4℃或室温下。在一些实施例中，步骤(i)中的第三溶液是100mM Tris-HCl(pH 7.5)。在一些实施例中，步骤(i)中的第三溶液是PBS。在一些实施例中，步骤(j)的离心是以120,000x g进行的。在一些实施例中，步骤(j)的离心进行20分钟。在一些实施例中，步骤(j)的离心是在4℃或室温下。在一些实施例中，步骤(k)中的第四溶液是100mM Tris-HCl(pH 7.5)或PBS。

通过本文提供的方法获得的MP可通过基于尺寸的柱色谱法、通过亲和力色谱法及通过梯度超离心，使用可包括(但不限于)使用蔗糖梯度或Optiprep梯度的方法加以进一步纯化。简言之，在使用蔗糖梯度方法时，如果使用硫酸铵沉淀或超离心来浓缩经过滤上清液，将沉淀物重悬于60％蔗糖、30mM pH 8.0Tris中。如果使用过滤来浓缩经过滤上清液，则使用Amicon Ultra柱将浓缩物缓冲液交换至60％蔗糖、30mM pH 8.0Tris中。将样品施加至35％-60％不连续蔗糖梯度中并在4℃下以200,000×g离心持续3-24小时。简言之，在使用Optiprep梯度方法时，如果使用硫酸铵沉淀或超离心来浓缩经过滤上清液，则将集结粒重悬于PBS中的35％Optiprep中。在一些实施例中，如果使用过滤来浓缩经过滤上清液，则使用60％Optiprep将浓缩物稀释至最终浓度为35％Optiprep。将样品施加至35％-60％不连续蔗糖梯度中并在4℃下以200,000×g离心持续3-24小时。

在一些实施例中，为证实MP制剂的无菌性及分离，将MP连续稀释至琼脂培养基(其用于测试中的细菌的例行培养)上，并使用例行条件进行培养。使未经灭菌的制剂通过0.22um过滤器以去除完整细胞。为进一步增加纯度，经分离的MP可用DNA酶或蛋白酶K处理。

在一些实施例中，MP制剂的无菌性可通过将一部分MP接种至琼脂培养基(其用于用以产生MP的细菌的标准培养)上及使用标准条件进行培养加以证实。

在一些实施例中，所选MP通过色谱法分离及富集并结合MP的表面部分。在其他实施例中，所选MP通过荧光细胞分选通过使用亲和试剂、化学染料、重组蛋白的方法或本领域技术人员已知的其他方法分离和/或富集。

药物组合物

在某些实施例中，本文提供的方法包含本文提供的MP和/或细菌的药物组合物(例如，MP组合物)。在一些实施例中，该MP组合物包含MP和/或本文描述的MP及医药上可接受的载剂的组合。

在一些实施例中，药物组合物包含大体上或完全不含细菌的MP。在一些实施例中，药物组合物包含MP及完整细菌(例如，活细菌、被杀死的细菌、减毒细菌)。在某些实施例中，药物组合物包含大体上或完全不含MP的细菌。在一些实施例中，药物组合物包含来自表1、表2和/或表3中列举的细菌菌株或物种中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多者)的MP和/或细菌。

在一些实施例中，就每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³、2x10³、3x10³、4x10³、5x10³、6x10³、7x10³、8x10³、9x10³、1x10⁴、2x10⁴、3x10⁴、4x10⁴、5x10⁴、6x10⁴、7x10⁴、8x10⁴、9x10⁴、1x10⁵、2x10⁵、3x10⁵、4x10⁵、5x10⁵、6x10⁵、7x10⁵、8x10⁵、9x10⁵、1x10⁶、2x10⁶、3x10⁶、4x10⁶、5x10⁶、6x10⁶、7x10⁶、8x10⁶、9x10⁶、1x10⁷、2x10⁷、3x10⁷、4x10⁷、5x10⁷、6x10⁷、7x10⁷、8x10⁷、9x10⁷、1x10⁸、2x10⁸、3x10⁸、4x10⁸、5x10⁸、6x10⁸、7x10⁸、8x10⁸、9x10⁸、1x10⁹、2x10⁹、3x10⁹、4x10⁹、5x10⁹、6x10⁹、7x10⁹、8x10⁹、9x10⁹、1x10¹⁰、2x10¹⁰、3x10¹⁰、4x10¹⁰、5x10¹⁰、6x10¹⁰、7x10¹⁰、8x10¹⁰、9x10¹⁰、1x10¹¹、2x10¹¹、3x10¹¹、4x10¹¹、5x10¹¹、6x10¹¹、7x10¹¹、8x10¹¹、9x10¹¹和/或1x10¹²个MP颗粒而言，该药物组合物包含至少1个细菌。

在一些实施例中，就每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³、2x10³、3x10³、4x10³、5x10³、6x10³、7x10³、8x10³、9x10³、1x10⁴、2x10⁴、3x10⁴、4x10⁴、5x10⁴、6x10⁴、7x10⁴、8x10⁴、9x10⁴、1x10⁵、2x10⁵、3x10⁵、4x10⁵、5x10⁵、6x10⁵、7x10⁵、8x10⁵、9x10⁵、1x10⁶、2x10⁶、3x10⁶、4x10⁶、5x10⁶、6x10⁶、7x10⁶、8x10⁶、9x10⁶、1x10⁷、2x10⁷、3x10⁷、4x10⁷、5x10⁷、6x10⁷、7x10⁷、8x10⁷、9x10⁷、1x10⁸、2x10⁸、3x10⁸、4x10⁸、5x10⁸、6x10⁸、7x10⁸、8x10⁸、9x10⁸、1x10⁹、2x10⁹、3x10⁹、4x10⁹、5x10⁹、6x10⁹、7x10⁹、8x10⁹、9x10⁹、1x10¹⁰、2x10¹⁰、3x10¹⁰、4x10¹⁰、5x10¹⁰、6x10¹⁰、7x10¹⁰、8x10¹⁰、9x10¹⁰、1x10¹¹、2x10¹¹、3x10¹¹、4x10¹¹、5x10¹¹、6x10¹¹、7x10¹¹、8x10¹¹、9x10¹¹和/或1x10¹²个MP颗粒而言，药物组合物包含约1个细菌。

在某些实施例中，该药物组合物包含一定比率的细菌颗粒比MP颗粒。细菌颗粒的数量可基于实际颗粒数量或(如果细菌是活的)CFU的数量。可以通过将一定数量的纯化的MP与一定数量的纯化的细菌组合来确定颗粒数量。

在一些实施例中，为定量细菌样品中存在的MP和/或细菌的数量，可使用电子显微术(例如，超薄冷冻切片的EM)以观测MP及细菌并计数它们的相对数量。可替代地，可使用纳米颗粒跟踪分析(NTA)、库尔特计数及动态光散射(DLS)的组合或这类技术的组合。NTA及库尔特计数器计数颗粒并显示它们的尺寸。DLS给出颗粒的粒度分布，而非浓度。细菌通常具有1至2um的直径。完整范围是0.2至20um。来自库尔特计数及NTA的组合结果可揭示给定样品中的细菌数量。库尔特计数揭示具有0.7至10um的直径的颗粒的数量。NTA揭示具有50nm-10400nm的直径的颗粒的数量。就大多数细菌样品而言，库尔特计数器单独可揭示样品中的细菌数量。MP的直径是20nm-600nm。NTA将容许我们计数直径是50nm-1000nm的颗粒的数量。DLS揭示具有于1nm-3um的近似范围内的不同直径的颗粒的分布。

在一些实施例中，就每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³、2x10³、3x10³、4x10³、5x10³、6x10³、7x10³、8x10³、9x10³、1x10⁴、2x10⁴、3x10⁴、4x10⁴、5x10⁴、6x10⁴、7x10⁴、8x10⁴、9x10⁴、1x10⁵、2x10⁵、3x10⁵、4x10⁵、5x10⁵、6x10⁵、7x10⁵、8x10⁵、9x10⁵、1x10⁶、2x10⁶、3x10⁶、4x10⁶、5x10⁶、6x10⁶、7x10⁶、8x10⁶、9x10⁶、1x10⁷、2x10⁷、3x10⁷、4x10⁷、5x10⁷、6x10⁷、7x10⁷、8x10⁷、9x10⁷、1x10⁸、2x10⁸、3x10⁸、4x10⁸、5x10⁸、6x10⁸、7x10⁸、8x10⁸、9x10⁸、1x10⁹、2x10⁹、3x10⁹、4x10⁹、5x10⁹、6x10⁹、7x10⁹、8x10⁹、9x10⁹、1x10¹⁰、2x10¹⁰、3x10¹⁰、4x10¹⁰、5x10¹⁰、6x10¹⁰、7x10¹⁰、8x10¹⁰、9x10¹⁰、1x10¹¹、2x10¹¹、3x10¹¹、4x10¹¹、5x10¹¹、6x10¹¹、7x10¹¹、8x10¹¹、9x10¹¹和/或1x10¹²个MP颗粒而言，该药物组合物包含不超过1个细菌。

在一些实施例中，就每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³、2x10³、3x10³、4x10³、5x10³、6x10³、7x10³、8x10³、9x10³、1x10⁴、2x10⁴、3x10⁴、4x10⁴、5x10⁴、6x10⁴、7x10⁴、8x10⁴、9x10⁴、1x10⁵、2x10⁵、3x10⁵、4x10⁵、5x10⁵、6x10⁵、7x10⁵、8x10⁵、9x10⁵、1x10⁶、2x10⁶、3x10⁶、4x10⁶、5x10⁶、6x10⁶、7x10⁶、8x10⁶、9x10⁶、1x10⁷、2x10⁷、3x10⁷、4x10⁷、5x10⁷、6x10⁷、7x10⁷、8x10⁷、9x10⁷、1x10⁸、2x10⁸、3x10⁸、4x10⁸、5x10⁸、6x10⁸、7x10⁸、8x10⁸、9x10⁸、1x10⁹、2x10⁹、3x10⁹、4x10⁹、5x10⁹、6x10⁹、7x10⁹、8x10⁹、9x10⁹、1x10¹⁰、2x10¹⁰、3x10¹⁰、4x10¹⁰、5x10¹⁰、6x10¹⁰、7x10¹⁰、8x10¹⁰、9x10¹⁰、1x10¹¹、2x10¹¹、3x10¹¹、4x10¹¹、5x10¹¹、6x10¹¹、7x10¹¹、8x10¹¹、9x10¹¹和/或1x10¹²个细菌而言，该药物组合物包含至少1个MP颗粒。

在一些实施例中，就每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³、2x10³、3x10³、4x10³、5x10³、6x10³、7x10³、8x10³、9x10³、1x10⁴、2x10⁴、3x10⁴、4x10⁴、5x10⁴、6x10⁴、7x10⁴、8x10⁴、9x10⁴、1x10⁵、2x10⁵、3x10⁵、4x10⁵、5x10⁵、6x10⁵、7x10⁵、8x10⁵、9x10⁵、1x10⁶、2x10⁶、3x10⁶、4x10⁶、5x10⁶、6x10⁶、7x10⁶、8x10⁶、9x10⁶、1x10⁷、2x10⁷、3x10⁷、4x10⁷、5x10⁷、6x10⁷、7x10⁷、8x10⁷、9x10⁷、1x10⁸、2x10⁸、3x10⁸、4x10⁸、5x10⁸、6x10⁸、7x10⁸、8x10⁸、9x10⁸、1x10⁹、2x10⁹、3x10⁹、4x10⁹、5x10⁹、6x10⁹、7x10⁹、8x10⁹、9x10⁹、1x10¹⁰、2x10¹⁰、3x10¹⁰、4x10¹⁰、5x10¹⁰、6x10¹⁰、7x10¹⁰、8x10¹⁰、9x10¹⁰、1x10¹¹、2x10¹¹、3x10¹¹、4x10¹¹、5x10¹¹、6x10¹¹、7x10¹¹、8x10¹¹、9x10¹¹和/或1x10¹²个细菌而言，该药物组合物包含约1个MP颗粒。在一些实施例中，就每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³、2x10³、3x10³、4x10³、5x10³、6x10³、7x10³、8x10³、9x10³、1x10⁴、2x10⁴、3x10⁴、4x10⁴、5x10⁴、6x10⁴、7x10⁴、8x10⁴、9x10⁴、1x10⁵、2x10⁵、3x10⁵、4x10⁵、5x10⁵、6x10⁵、7x10⁵、8x10⁵、9x10⁵、1x10⁶、2x10⁶、3x10⁶、4x10⁶、5x10⁶、6x10⁶、7x10⁶、8x10⁶、9x10⁶、1x10⁷、2x10⁷、3x10⁷、4x10⁷、5x10⁷、6x10⁷、7x10⁷、8x10⁷、9x10⁷、1x10⁸、2x10⁸、3x10⁸、4x10⁸、5x10⁸、6x10⁸、7x10⁸、8x10⁸、9x10⁸、1x10⁹、2x10⁹、3x10⁹、4x10⁹、5x10⁹、6x10⁹、7x10⁹、8x10⁹、9x10⁹、1x10¹⁰、2x10¹⁰、3x10¹⁰、4x10¹⁰、5x10¹⁰、6x10¹⁰、7x10¹⁰、8x10¹⁰、9x10¹⁰、1x10¹¹、2x10¹¹、3x10¹¹、4x10¹¹、5x10¹¹、6x10¹¹、7x10¹¹、8x10¹¹、9x10¹¹和/或1x10¹²个细菌而言，该药物组合物包含不超过1个MP颗粒。

在一些实施例中，药物组合物中至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的颗粒是MP。

在一些实施例中，药物组合物中至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的颗粒是细菌。

在一些实施例中，药物组合物中不超过1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的颗粒是MP。

在一些实施例中，药物组合物中不超过1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的颗粒是EV。

在一些实施例中，药物组合物中约1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的颗粒是MP。

在一些实施例中，药物组合物中约1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的颗粒是细菌。

在一些实施例中，药物组合物中至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的颗粒是MP蛋白。

在一些实施例中，药物组合物中不超过1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的蛋白质是MP蛋白。

在一些实施例中，药物组合物中不超过1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的蛋白质是细菌蛋白。

在一些实施例中，药物组合物中约1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的蛋白质是MP蛋白。

在一些实施例中，药物组合物中约1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的蛋白质是细菌蛋白。

在一些实施例中，药物组合物中至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的蛋白质是MP脂质。

在一些实施例中，药物组合物中至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的蛋白质是细菌蛋白。

在一些实施例中，药物组合物中不超过1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的脂质是MP脂质。

在一些实施例中，药物组合物中不超过1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的脂质是细菌脂质。

在一些实施例中，药物组合物中约1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的脂质是MP脂质。

在一些实施例中，药物组合物中约1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的脂质是细菌脂质。

在一些实施例中，MP可以基于药物组合物包含的蛋白质、脂质或碳水化合物的量进行定量。

在一些实施例中，该药物组合物中的MP纯化自一种或多种其他细菌组分。在一些实施例中，该药物组合物进一步包含其他细菌组分。在一些实施例中，该药物组合物包含细菌细胞。

在某些方面中，本文提供用于向受试者施用的药物组合物。在一些实施例中，这些药物组合物与另外的活性和/或非活性材料组合以产生最终产品，其可呈单剂量单位或以多剂量形式。在一些实施例中，这些药物组合物与佐剂诸如免疫佐剂(例如，STING激动剂、TLR激动剂、NOD激动剂)组合。

在一些实施例中，组合物包括至少一种碳水化合物。“碳水化合物”是指糖或糖聚合物。术语“糖”、“多糖”、“碳水化合物”及“寡糖”可互换使用。大部分碳水化合物是具有许多羟基的醛或酮，通常在分子的每一碳原子上具有一个羟基。碳水化合物通常具有分子式C_nH_2nO_n。碳水化合物可为单糖、二糖、三糖、寡糖或多糖。最基本的碳水化合物是单糖，例如葡萄糖、蔗糖、半乳糖、甘露糖、核糖、阿拉伯糖、木糖及果糖。二糖是两个接合的单糖。示例性二糖包含蔗糖、麦芽糖、纤维二糖及乳糖。通常，寡糖包含三至六个单糖单元(例如棉子糖、水苏糖)，且多糖包含六个或更多个单糖单元。示例性多糖包含淀粉、糖原及纤维素。碳水化合物可含有经修饰糖单元，例如2’-脱氧核糖，其中去除羟基，2’-氟核糖，其中羟基经氟代替；或N-乙酰基葡萄糖胺，其为葡萄糖的含氮形式(例如2’-氟核糖、脱氧核糖及己糖)。碳水化合物可以许多不同形式存在，例如构象异构体、环状形式、非环状形式、立体异构体、互变异构体、端基差向异构体及异构体。

在一些实施例中，组合物包括至少一种脂质。如本文所用，“脂质”包括脂肪、油、三酸甘油酯、胆固醇、磷脂质、任何形式的脂肪酸(包括游离脂肪酸)。脂肪、油及脂肪酸可为饱和、不饱和(顺式或反式)或部分不饱和(顺式或反式)。在一些实施例中，脂质包括至少一种选自以下的脂肪酸：月桂酸(12:0)、肉豆蔻酸(14:0)、棕榈酸(16:0)、棕榈油酸(16:1)、珍珠酸(17:0)、十七碳烯酸(17:1)、硬脂酸(18:0)、油酸(18:1)、亚油酸(18:2)、亚麻酸(18:3)、十八碳四烯酸(18:4)、花生酸(20:0)、二十碳烯酸(20:1)、二十碳二烯酸(20:2)、二十碳四烯酸(20:4)、二十碳五烯酸(20:5)(EPA)、二十二烷酸(22:0)、二十二碳烯酸(22:1)、二十二碳五烯酸(22:5)、二十二碳六烯酸(22:6)(DHA)及二十四烷酸(24:0)。在一些实施例中，组合物包括至少一种经修饰脂质，例如已通过蒸煮修饰的脂质。

在一些实施例中，组合物包括至少一种补充矿物质或矿物质源。矿物质的实例包括但不限于：氯化物、钠、钙、铁、铬、铜、碘、锌、镁、锰、钼、磷、钾及硒。任一前述矿物质的合适形式包含可溶性矿物质盐、微溶性矿物质盐、不溶性矿物质盐、螯合矿物质、矿物质复合物、非反应性矿物质(例如羰基矿物质及经还原矿物质)及其组合。

在一些实施例中，组合物包括至少一种补充维生素。至少一种维生素可为脂肪可溶性或水可溶性维生素。合适维生素包括但不限于维生素C、维生素A、维生素E、维生素B12、维生素K、核黄素、烟酸(niacin)、维生素D、维生素B6、叶酸、吡哆醇(pyridoxine)、硫胺素、泛酸及生物素。任一前述物质的合适形式是维生素盐、维生素衍生物、与维生素具有相同或类似活性的化合物及维生素代谢物。

在一些实施例中，组合物包括赋形剂。合适赋形剂的非限制性实例包含缓冲剂、防腐剂、稳定剂、粘合剂、压实剂、润滑剂、分散增强剂、崩解剂、矫味剂、甜味剂及着色剂。

在一些实施例中，赋形剂是缓冲剂。合适缓冲剂的非限制性实例包含柠檬酸钠、碳酸镁、碳酸氢镁、碳酸钙及碳酸氢钙。

在一些实施例中，赋形剂包括防腐剂。合适防腐剂的非限制性实例包含抗氧化剂(例如α-生育酚及抗坏血酸盐)及抗微生物剂(例如对羟基苯甲酸酯、氯丁醇及苯酚)。

在一些实施例中，组合物包括粘合剂作为赋形剂。合适粘合剂的非限制性实例包含淀粉、预胶凝淀粉、明胶、聚乙烯基吡咯烷酮、纤维素、甲基纤维素、羧甲基纤维素钠、乙基纤维素、聚丙烯酰胺、聚乙烯基噁唑烷酮、聚乙烯醇、C₁₂-C₁₈脂肪酸醇、聚乙二醇、多元醇、糖、寡糖及其组合。

在一些实施例中，组合物包括润滑剂作为赋形剂。合适润滑剂的非限制性实例包含硬脂酸镁、硬脂酸钙、硬脂酸锌、氢化植物油、sterotex(氢化蓖麻油)、聚氧乙烯单硬脂酸酯、滑石粉、聚乙二醇、苯甲酸钠、月桂基硫酸钠、月桂基硫酸镁及轻质矿物油。

在一些实施例中，组合物包括分散增强剂作为赋形剂。合适分散剂的非限制性实例包含淀粉、海藻酸、聚乙烯基吡咯烷酮、瓜尔胶、高岭土、膨润土、经纯化木质纤维素、羟乙酸淀粉钠、异非晶形硅酸盐及微晶纤维素(作为高HLB乳化剂表面活性剂)。

在一些实施例中，组合物包括崩解剂作为赋形剂。在一些实施例中，崩解剂是非泡腾崩解剂。合适非泡腾崩解剂的非限制性实例包含淀粉(例如玉米淀粉、马铃薯淀粉、其预胶凝及改性淀粉)、甜味剂、黏土(例如膨润土)、微晶纤维素、海藻酸盐、羟乙酸淀粉钠、树胶(例如琼脂、瓜尔胶、刺槐豆胶、刺梧桐胶、果胶及黄蓍胶)。在一些实施例中，崩解剂是泡腾崩解剂。合适泡腾崩解剂的非限制性实例包含碳酸氢钠与柠檬酸的组合，以及碳酸氢钠与酒石酸的组合。

在一些实施例中，组合物是食物产品(例如食物或饮料)，例如健康食物或饮料、婴儿用食物或饮料、用于孕妇、运动员、老年人或其他特定人群的食物或饮料、功能食物、饮料、用于指定健康应用的食物或饮料、膳食补充剂、患者用食物或饮料或动物饲料。食物及饮料的具体实例包含多种饮料，例如果汁、清凉饮料、茶饮料、饮料制剂、果冻饮料及功能饮料；酒精性饮料，例如啤酒；含有碳水化合物的食物，例如大米食品、面条、面包及面团；膏产品，例如鱼火腿、香肠、海鲜膏产品；蒸煮袋产品，例如咖喱、敷有厚淀粉酱的食品及中国炖汤；汤；乳制产品，例如乳液、乳制饮料、冰激凌、奶酪及酸乳；发酵产品，例如发酵豆瓣酱膏、酸乳、发酵饮料及泡菜；豆产品；多种糖果产品，包含饼干、曲奇等；冰糖、口香糖、软糖；冷甜点，包含果胶、焦糖布丁及速冻点心；速熟食物，例如速溶汤料及速溶大豆汤料；可微波食物；等等。另外，实例还包含以粉剂、粒剂、片剂、胶囊、液体、膏及果胶的形式制得的健康食物及饮料。

在一些实施例中，该组合物是用于动物(包括人类)的食品。除人外的动物无特定限制，且所述组合物可用于各种牲畜、家禽、宠物、实验动物，及类似物。动物的具体实例包括猪、牛、马、绵羊、山羊、鸡、野鸭、鸵鸟、家鸭、狗、猫、兔、仓鼠、小鼠、大鼠、猴，及类似物，但这些动物不限于此。

治疗剂

在某些方面中，本文提供的方法包括向受试者施用本文描述的药物组合物，其单独施用或与另外治疗剂组合施用。在一些实施例中，另外的治疗剂是免疫抑制剂、抗炎剂、类固醇和/或癌症治疗剂。

在一些实施例中，MP是在施用治疗剂之前(例如，至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小时之前或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天之前)向受试者施用。在一些实施例中，MP是在施用治疗剂之后(例如，至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小时之后或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天之后)向受试者施用。在一些实施例中，MP及治疗剂向受试者同时或几乎同时施用(例如，彼此在一小时内施用)。在一些实施例中，向受试者施用抗生素，然后(例如，至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小时之后或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天之后)向该受试者施用MP。在一些实施例中，向受试者施用MP，然后(例如，至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小时之后或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天之后)向该受试者施用抗生素。在一些实施例中，MP及抗生素向受试者同时或几乎同时施用(例如，彼此在一小时内施用)。

在一些实施例中，该另外治疗剂是癌症治疗剂。在一些实施例中，癌症治疗剂是化学治疗剂。这些化学治疗剂的实例包含(但不限于)烷基化剂，例如噻替哌(thiotepa)及环磷酰胺(cyclosphosphamide)；磺酸烷基酯，例如白消安(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)及哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶，例如苯并多巴(benzodopa)、卡波醌(carboquone)、米得哌(meturedopa)及乌得哌(uredopa)；乙撑亚胺及甲基密胺，包含六甲密胺(altretamine)、三乙撑密胺(triethylenemelamine)、三乙撑磷酰胺、三乙撑硫化磷酰胺及三羟甲基密胺(trimethylolomelamine)；番荔枝内酯(acetogenin)(尤其布拉他辛(bullatacin)及布拉他辛酮(bullatacinone))；喜树碱(camptothecin)(包含合成类似物托泊替康(topotecan))；苔藓虫素(bryostatin)；卡利抑制素(callystatin)；CC-1065(包含其合成类似物阿多来新(adozelesin)、卡折来新(carzelesin)及比折来新(bizelesin))；念珠藻素(cryptophycin)(尤其念珠藻素1及念珠藻素8)；多拉司他汀(dolastatin)；多卡米星(duocarmycin)(包含合成类似物KW-2189及CB1-TM1)；艾榴塞洛素(eleutherobin)；水鬼蕉碱(pancratistatin)；匍枝珊瑚醇(sarcodictyin)；海绵抑制素(spongistatin)；氮芥(nitrogen mustard)，例如苯丁酸氮芥(chlorambucil)、萘氮芥(chlornaphazine)、氯磷酰胺(cholophosphamide)、雌氮芥(estramustine)、异环磷酰胺(ifosfamide)、氮芥(mechlorethamine)、盐酸甲氧氮芥、美法仑(melphalan)、新氮芥(novembichin)、苯乙酸氮芥胆甾醇酯(phenesterine)、泼尼莫司汀(prednimustine)、曲磷胺(trofosfmaide)、尿嘧啶氮芥；亚硝基脲，例如卡莫司汀(carmustine)、氯脲菌素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)及雷莫司汀(ranimnustine)；抗生素，例如烯二炔抗生素(例如卡奇霉素(calicheamicin)，尤其卡奇霉素γlI及卡奇霉素Ωl1；达内霉素(dynemicin)，包含达内霉素A；双膦酸盐类，例如氯膦酸盐(clodronate)；埃斯培拉霉素(esperamicin)；以及新制癌菌素发色团(neocarzinostatin chromophore)及相关色蛋白烯二炔抗生素发色团)、阿克拉霉素(aclacinomysin)、放线菌素(actinomycin)、安曲霉素(authramycin)、氮杂丝氨酸、博来霉素(bleomycin)、放线菌素C(cactinomycin)、卡拉霉素(carabicin)、洋红霉素(caminomycin)、嗜癌素(carzinophilin)、色霉素(chromomycin)、放线菌素D(dactinomycin)、柔红霉素(daunorubicin)、地托比星(detorubicin)、6-重氮基-5-氧代-L-正亮氨酸、多柔比星(doxorubicin)(包含吗啉基-多柔比星、氰吗啉基-多柔比星、2-吡咯啉基-多柔比星及脱氧多柔比星)、表柔比星(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、伊达比星(idarubicin)、麻西罗霉素(marcellomycin)、丝裂霉素(mitomycin)(例如丝裂霉素C)、霉酚酸(mycophenolic acid)、诺拉霉素(nogalamycin)、橄榄霉素(olivomycin)、培洛霉素(peplomycin)、泊非霉素(potfiromycin)、嘌呤霉素(puromycin)、三铁阿霉素(quelamycin)、罗多比星(rodorubicin)、链黑菌素(streptonigrin)、链脲菌素(streptozocin)、杀结核菌素(tubercidin)、乌苯美司(ubenimex)、净司他丁(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin)；抗代谢物，例如氨甲蝶呤(methotrexate)及5-氟尿嘧啶(5-fluorouracil，5-FU)；叶酸类似物，例如二甲叶酸(denopterin)、氨甲喋呤、蝶罗呤(pteropterin)、曲美沙特(trimetrexate)；嘌呤类似物，例如氟达拉滨(fludarabine)、6-巯基嘌呤、硫咪嘌呤(thiamiprine)、硫鸟嘌呤；嘧啶类似物，例如安西他滨(ancitabine)、阿扎胞苷(azacitidine)、6-阿扎尿苷(6-azauridine)、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷(cytarabine)、二脱氧尿苷、脱氧氟尿苷(doxifluridine)、依诺他滨(enocitabine)、氟尿苷(floxuridine)；雄激素，例如卡普睾酮(calusterone)、丙酸屈他雄酮(dromostanolonepropionate)、环硫雄醇(epitiostanol)、美雄烷(mepitiostane)、睾内酯酮(testolactone)；抗肾上腺素，例如胺鲁米特(aminoglutethimide)、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane)；叶酸补充剂，例如亚叶酸；乙酰葡醛酸内酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamide glycoside)；氨基乙酰丙酸(aminolevulinic acid)；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；百思布什(bestrabucil)；比生群(bisantrene)；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defofamine)；秋水仙胺(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；依氟鸟氨酸(eflornithine)；依利乙铵(elliptinium acetate)；埃博霉素(epothilone)；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓；羟基脲；蘑菇多糖(lentinan)；氯尼达明(lonidainine)；类美坦辛(maytansinoid)，例如美坦辛(maytansine)及柄型菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌达醇(mopidanmol)；尼群克林(nitraerine)；喷司他汀(pentostatin)；蛋胺氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；鬼臼酸(podophyllinic acid)；2-乙基酰肼；丙卡巴肼(procarbazine)；PSK多糖复合物；雷佐生(razoxane)；根霉素(rhizoxin)；西佐喃(sizofuran)；锗螺胺(spirogermanium)；细交链孢菌酮酸(tenuazonic acid)；三亚胺醌(triaziquone)；2,2',2”-三氯三乙胺；单端孢霉烯(trichothecene)(尤其T-2毒素、疣疱菌素(verrucarin)A、杆孢菌素(roridin)A及蛇形菌素(anguidine))；乌拉坦(urethan)；长春地辛(vindesine)；达喀尔巴嗪(dacarbazine)；甘露莫司汀(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；噶萨托辛(gacytosine)；阿拉伯糖苷(arabinoside)(“Ara-C”)；环磷酰胺；噻替派；紫杉烷(taxoid)，例如太平洋紫杉醇(paclitaxel)及多西紫杉醇(doxetaxel)；苯丁酸氮芥；吉西他滨(gemcitabine)；6-硫鸟嘌呤；巯基嘌呤；氨甲喋呤；铂配位错合物，例如顺铂(cisplatin)、奥沙利铂(oxaliplatin)及卡铂(carboplatin)；长春花碱(vinblastine)；铂；依托泊苷(etoposide)(VP-16)；异环磷酰胺；米托蒽醌(mitoxantrone)；长春新碱(vincristine)；长春瑞滨(vinorelbine)；诺安托(novantrone)；替尼泊苷(teniposide)；依达曲沙；道诺霉素(daunomycin)；氨蝶呤(aminopterin)；希罗达(xeloda)；伊班膦酸盐(ibandronate)；伊立替康(irinotecan)(例如CPT-11)；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类视黄醇，例如视黄酸；卡培他滨(capecitabine)；以及上述任何一种的药学上可接受的盐、酸或衍生物。

在一些实施例中，癌症治疗剂是癌症免疫疗法药剂。免疫疗法是指使用受试者的免疫系统来治疗癌症的治疗，例如检查点抑制剂、癌症疫苗、细胞因子、细胞疗法、CAR-T细胞及树突细胞疗法。检查点抑制剂免疫疗法的非限制性实例包含尼沃鲁单抗(Nivolumab)(BMS，抗PD-1)、派姆单抗(Pembrolizumab)(Merck，抗PD-1)、伊匹单抗(Ipilimumab)(BMS，抗CTLA-4)、MEDI4736(阿斯利康公司(AstraZeneca)，抗PD-L1)及MPDL3280A(罗氏公司(Roche)，抗PD-L1)。其他免疫疗法可为肿瘤疫苗，例如Gardail、Cervarix、BCG、西普赛尔-T(sipulencel-T)、Gp100:209-217、AGS-003、DCVax-L、阿尔土赛尔-L(Algenpantucel-L)、特尔土赛尔-L(Tergenpantucel-L)、TG4010、ProstAtak、Prostvac-V/R-TRICOM、林多穆尔(Rindopepimul)、E75乙酸肽、IMA901、POL-103A、贝拉土赛尔-L(Belagenpumatucel-L)、GSK1572932A、MDX-1279、GV1001及替西泰德(Tecemotide)。免疫疗法可经由注射(例如经静脉内、经肿瘤内、经皮下或注射至淋巴结中)来施用，但还可经口、经局部或经由气溶胶来施用。免疫疗法可包括佐剂(例如细胞因子)。

在一些实施例中，免疫疗法药剂是免疫检查点抑制剂。免疫检查点抑制在广义上是指抑制癌细胞可产生的检查点以预防或下调免疫应答。免疫检查点蛋白的实例包括但不限于CTLA4、PD-1、PD-L1、PD-L2、A2AR、B7-H3、B7-H4、BTLA、KIR、LAG3、TIM-3或VISTA。免疫检查点抑制剂可为结合至并抑制免疫检查点蛋白的抗体或其抗原结合片段。免疫检查点抑制剂的实例包括但不限于尼沃鲁单抗、派姆单抗、匹利珠单抗(pidilizumab)、AMP-224、AMP-514、STI-A1110、TSR-042、RG-7446、BMS-936559、MEDI-4736、MSB-0020718C、AUR-012及STI-A1010。

在一些实施例中，本文提供的方法包括施用本文描述的药物组合物与一种或多种另外治疗剂的组合。在一些实施例中，本文揭示的方法包括施用两种另外免疫治疗剂(例如，免疫检查点抑制剂)。例如，本文提供的方法包括施用本文描述的药物组合物与PD-1抑制剂及CLTA-4抑制剂或PD-L1抑制剂及CTLA-4抑制剂的组合。

在一些实施例中，免疫疗法药剂是(例如)结合至癌症相关抗原的抗体或其抗原结合片段。癌症相关抗原的实例包括但不限于亲脂素(adipophilin)、AIM-2、ALDH1A1、α-辅肌动蛋白-4、α-胎蛋白(“AFP”)、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX(L)、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β-链蛋白、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原(“CEA”)、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、细胞周期蛋白D1、细胞周期蛋白-A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延长因子2、ENAH(hMena)、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮肿瘤抗原(“ETA”)、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、海普森(Hepsin)、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、肠羧基酯酶、K-ras、激肽释放素4、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、KMHN1(又称为CCDC110)、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基转移酶AS融合蛋白、莱格西因(Lengsin)、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、苹果酸酶、乳腺珠蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、I类肌凝蛋白、N-raw、NA88-A、新-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多态上皮黏蛋白(“PEM”)、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分离蛋白1、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活蛋白、SYT-SSX1或-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、磷酸丙糖异构酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪氨酸酶、酪氨酸酶(“TYR”)、VEGF、WT1、XAGE-1b/GAGED2a。在一些实施例中，抗原是新抗原。

在一些实施例中，免疫疗法药剂是癌症疫苗和/或癌症疫苗的组分(例如抗原性肽和/或蛋白质)。癌症疫苗可为蛋白质疫苗、核酸疫苗或其组合。例如，在一些实施例中，癌症疫苗包括含有癌症相关抗原的表位的多肽。在一些实施例中，癌症疫苗包括编码癌症相关抗原的表位的核酸(例如DNA或RNA(例如mRNA))。癌症相关抗原的实例包括但不限于亲脂素(adipophilin)、AIM-2、ALDH1A1、α-辅肌动蛋白-4、α-胎蛋白(“AFP”)、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX(L)、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β-链蛋白、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原(“CEA”)、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、细胞周期蛋白D1、细胞周期蛋白-A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延长因子2、ENAH(hMena)、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮肿瘤抗原(“ETA”)、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、海普森(Hepsin)、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、肠羧基酯酶、K-ras、激肽释放素4、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、KMHN1(又称为CCDC110)、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基转移酶AS融合蛋白、莱格西因(Lengsin)、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、苹果酸酶、乳腺珠蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、I类肌凝蛋白、N-raw、NA88-A、新-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多态上皮黏蛋白(“PEM”)、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分离蛋白1、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活蛋白、SYT-SSX1或-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、磷酸丙糖异构酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪氨酸酶、酪氨酸酶(“TYR”)、VEGF、WT1、XAGE-1b/GAGED2a。在一些实施例中，抗原是新抗原。在一些实施例中，将癌症疫苗与佐剂一起施用。佐剂的实例包括但不限于免疫调节蛋白、佐剂65、α-GalCer、磷酸铝、氢氧化铝、磷酸钙、β-葡聚糖肽、CpG ODN DNA、GPI-0100、脂质A、脂多糖、利波夫(Lipovant)、蒙塔尼(Montanide)、N-乙酰基-胞壁酰基-L-丙胺酰基-D-异谷氨酰胺、Pam3CSK4、quil A、霍乱毒素(CT)及来自肠毒性大肠杆菌(Escherichia coli)的不耐热毒素(LT)，包括这类的衍生物(CTB、mmCT、CTA1-DD、LTB、LTK63、LTR72、dmLT)及海藻糖二霉菌酸酯。

在一些实施例中，免疫疗法药剂是用于受试者的免疫调节蛋白。在一些实施例中，所述免疫调节蛋白是细胞因子或趋化因子。免疫调节蛋白的实例包括但不限于B淋巴细胞趋化因子(“BLC”)、C-C基序趋化因子11(“Eotaxin-1”)、嗜酸性粒细胞趋化蛋白2(“Eotaxin-2”)、粒细胞集落刺激因子(“G-CSF”)、粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(“GM-CSF”)、1-309、细胞间粘附分子1(“ICAM-1”)、干扰素α(“IFN-α”)、干扰素β(“IFN-β”)干扰素γ(“IFN-γ”)白介素-1α(“IL-1α”)、白介素-1β(“IL-1β”)、白介素1受体拮抗剂(“IL-1ra”)、白介素-2(“IL-2”)、白介素-4(“IL-4”)、白介素-5(“IL-5”)、白介素-6(“IL-6”)、白介素-6可溶性受体(“IL-6sR”)、白介素-7(“IL-7”)、白介素-8(“IL-8”)、白介素10(“IL-10”)、白介素-11(“IL-11”)、白介素-12的亚基β(“IL-12p40”或“IL-12p70”)、白介素-13(“IL-13”)、白介素-15(“IL-15”)、白介素-16(“IL-16”)、白介素-17A-F(“IL-17A-F”)、白介素-18(“IL-18”)、白介素-21(“IL-21”)、白介素-22(“IL-22”)、白介素-23(“IL-23”)、白介素-33(“IL-33”)、趋化因子(C-C基序)配体2(“MCP-1”)、巨噬细胞集落刺激因子(“M-CSF”)、γ干扰素诱导的单核因子(“MIG”)、趋化因子(C-C基序)配体2(“MIP-1α”)、趋化因子(C-C基序)配体4(“MIP-1β”)、巨噬细胞炎性蛋白-1-δ(“MIP-1δ”)、血小板衍生的生长因子亚基B(“PDGF-BB”)、趋化因子(C-C基序)配体5(激活调节，正常T细胞表达和分泌)(“RANTES”)、TIMP金属肽酶抑制剂1(“TIMP-1”)、TIMP金属肽酶抑制剂2(“TIMP-2”)、肿瘤坏死因子、淋巴毒素-α(“TNFα”)、肿瘤坏死因子、淋巴毒素-β(“TNFβ”)、1型可溶性TNF受体(“sTNFRI”)、sTNFRIIAR、脑源性神经营养因子(BDNF)、碱性成纤维细胞生长因子(“bFGF”)、骨形态发生蛋白4(“BMP-4”)、骨形态发生蛋白5(“BMP-5”)、骨形态发生蛋白7(“BMP-7”)、神经生长因子(“b-NGF”)、表皮生长因子(“EGF”)、表皮生长因子受体(“EGFR”)、内分泌腺源性血管内皮生长因子(“EG-VEGF”)、成纤维细胞生长因子4(“FGF-4”)、角质形成细胞生长因子(“FGF-7”)、生长分化因子15(“GDF-15”)、神经胶质细胞源性神经营养因子(“GDNF”)、生长激素、肝素结合性EGF样生长因子(“HB-EGF”)、肝细胞生长因子(“HGF”)、胰岛素样生长因子结合蛋白1(“IGFBP-1”)、胰岛素样生长因子结合蛋白2(“IGFBP-2”)、胰岛素样生长因子结合蛋白3(“IGFBP-3”)、胰岛素样生长因子结合蛋白4(“IGFBP-4”)、胰岛素样生长因子结合蛋白6(“IGFBP-6”)、胰岛素样生长因子1(“IGF-1”)、胰岛素、巨噬细胞集落刺激因子(“M-CSFR”)、神经生长因子受体(“NGF R”)、神经营养因子-3(“NT-3”)、神经营养因子-4(“NT-4”)、破骨细胞生成抑制因子(“骨保护素”)、血小板源性生长因子受体(“PDGF-AA”)、磷脂酰肌醇-聚糖生物合成(“PIGF”)、Skp、Cullin、含F-盒的复合物(“SCF”)、干细胞因子受体(“SCFR”)、转化生长因子α(“TGFα”)、转化生长因子β-1(“TGFβ1”)、转化生长因子β-3(“TGFβ3”)、血管内皮生长因子(“VEGF”)、血管内皮生长因子受体2(“VEGFR2”)、血管内皮生长因子受体3(“VEGFR3”)、VEGF-D 6Cine、酪氨酸蛋白激酶受体UFO(“Axl”)、乙胞素(“BTC”)、粘膜相关的上皮趋化因子(“CCL28”)、趋化因子(C-C基序)配体27(“CTACK”)、趋化因子(C-X-C基序)配体16(“CXCL16”)、C-X-C基序趋化因子5(“ENA-78”)、趋化因子(C-C基序)配体26(“Eotaxin-3”)、粒细胞趋化蛋白2(“GCP-2”)、GRO、趋化因子(C-C基序)配体14(“HCC-l”)、趋化因子(C-C基序)配体16(“HCC-4”)、白介素-9(“IL-9”)、白介素-17F(“IL-17F”)、白介素-18结合蛋白(“IL-18BPa”)、白介素-28A(“IL-28A”)、白介素29(“IL-29”)、白介素31(“IL-31”)、C-X-C基序趋化因子10(“IP-10”)、趋化因子受体CXCR3(“I-TAC”)、白血病抑制因子(“LIF”)、莱特蛋白(Light)、趋化因子(C基序)配体(“淋巴细胞趋化因子”)、单核细胞趋化蛋白2(“MCP-2”)、单核细胞趋化蛋白3(“MCP-3”)、单核细胞趋化蛋白4(“MCP-4”)、巨噬细胞源性趋化因子(“MDC”)、巨噬细胞迁移抑制因子(“MIF”)、趋化因子(C-C基序)配体20(“MIP-3α”)、C-C基序趋化因子19(“MIP-3β”)、趋化因子(C-C基序)配体23(“MPIF-1”)、巨噬细胞刺激蛋白α链(“MSPα”)、核小体装配蛋白1-样4(“NAP-2”)、分泌型磷蛋白1(“骨桥蛋白”)、肺和激活调节的细胞因子(“PARC”)、血小板因子4(“PF4”)、基质细胞源性因子-1α(“SDF-1α”)、趋化因子(C-C基序)配体17(“TARC”)、胸腺表达的趋化因子(“TECK”)、胸腺基质淋巴细胞生成素(“TSLP 4-IBB”)、CD 166抗原(“ALCAM”)、分化簇80(“B7-1”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员17(“BCMA”)、分化簇14(“CD14”)、分化簇30(“CD30”)、分化簇40(“CD40配体”)、癌胚抗原相关细胞粘附分子1(胆汁糖蛋白)(“CEACAM-1”)、死亡受体6(“DR6”)、脱氧胸苷激酶(“Dtk”)、1型膜糖蛋白(“内皮糖蛋白”)、受体酪氨酸蛋白激酶erbB-3(“ErbB3”)、内皮细胞-白细胞粘附分子1(“E-选择素”)、凋亡抗原1(“Fas”)、Fms样酪氨酸激酶3(“Flt-3L”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员1(“GITR”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员14(“HVEM”)、细胞间粘附分子3(“ICAM-3”)、IL-1R4、IL-1RI、IL-10Rβ、IL-17R、IL-2Rγ、IL-21R、溶酶体膜蛋白2(“LIMPII”)、中性粒细胞明胶酶相关脂蛋白(“脂质运载蛋白-2”)、CD62L(“L-选择素”)、淋巴管内皮细胞(“LYVE-1”)、MHC I类多肽相关序列A(“MICA”)、MHC I类多肽相关序列B(“MICB”)、NRG1-βl、β型血小板源性生长因子受体(“PDGF Rβ”)、血小板内皮细胞粘附分子(“PECAM-1”)、RAGE、甲型肝炎病毒细胞受体1(“TIM-1”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员IOC(“TRAIL R3”)、Trappin蛋白转谷氨酰胺酶结合结构域(“Trappin-2”)、尿激酶受体(“uPAR”)、血管细胞粘附蛋白1(“VCAM-1”)、XEDAR激活素A、鼠灰色基因(Agouti)相关蛋白(“AgRP”)、核糖核酸酶5(“血管生成素”)、血管生成素1、血管抑素、Catheprin S、CD40、隐秘家族蛋白IB(“Cripto-1”)、DAN、Dickkopf相关蛋白1(“DKK-1”)、E-钙粘素、上皮细胞粘附分子(“EpCAM”)、Fas配体(FasL或CD95L)、Fcg RIIB/C、FoUistatin、半乳凝素-7、细胞间粘附分子2(“ICAM-2”)、IL-13Rl、IL-13R2、IL-17B、IL-2Ra、IL-2Rb、IL-23、LAP、神经细胞粘附分子(“NrCAM”)、纤溶酶原激活物抑制剂-1(“PAI-1”)、血小板源性生长因子受体(“PDGF-AB”)、抵抗素、基质细胞源性因子1(“SDF-1β”)、sgpl30、分泌型卷曲相关蛋白2(“ShhN”)、结合唾液酸的免疫球蛋白型凝集素(“Siglec-5”)、ST2、转化生长因子-β2(“TGFβ2”)、Tie-2、血小板生成素(“TPO”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员10D(“TRAIL R4”)、在髓样细胞1上表达的触发受体(“TREM-1”)、血管内皮生长因子C(“VEGF-C”)、VEGFR1脂联素、降脂蛋白(“AND”)、α-胎蛋白(“AFP”)、血管生成素样4(“ANGPTL4”)、β-2-微球蛋白(“B2M”)、基底细胞粘附分子(“BCAM”)、碳水化合物抗原125(“CA125”)、癌症抗原15-3(“CA15-3”)、癌胚抗原(“CEA”)、cAMP受体蛋白(“CRP”)、人表皮生长因子受体2(“ErbB2”)、卵泡抑素、促卵泡激素(“FSH”)、趋化因子(C-X-C基序)配体1(“GROα”)、人绒毛膜促性腺激素(“βHCG”)、胰岛素样生长因子1受体(“IGF-1sR”)、IL-1sRII、IL-3、IL-18Rb、IL-21、瘦素、基质金属蛋白酶-1(“MMP-1”)、基质金属蛋白酶-2(“MMP-2”)、基质金属蛋白酶-3(“MMP-3”)、基质金属蛋白酶-8(“MMP-8”)、基质金属蛋白酶-9(“MMP-9”)、基质金属蛋白酶-10(“MMP-10”)、基质金属蛋白酶-13(“MMP-13”)、神经细胞粘附分子(“NCAM-1”)、巢蛋白(“巢蛋白-1”)、神经元特异性烯醇化酶(“NSE”)、抑瘤素M(“OSM”)、前降钙素、催乳素、前列腺特异性抗原(“PSA”)、结合唾液酸的Ig样凝集素9(“Siglec-9”)、ADAM 17内肽酶(“TACE”)、甲状腺球蛋白、金属蛋白酶抑制剂4(“TIMP-4”)、TSH2B4、含有整合素和金属蛋白酶结构域的蛋白9(“ADAM-9”)、血管生成素2、肿瘤坏死因子配体超家族成员13/富含酸性亮氨酸的核磷蛋白32家族成员B(“APRIL”)、骨形态发生蛋白2(“BMP-2”)、骨形态发生蛋白9(“BMP-9”)、补体组分5a(“C5a”)、组织蛋白酶L、CD200、CD97、趋化素、肿瘤坏死因子受体超家族成员6B(“DcR3”)、脂肪酸结合蛋白2(“FABP2”)、成纤维细胞激活蛋白、α(“FAP”)、成纤维细胞生长因子19(“FGF-19”)、半乳凝素-3、肝细胞生长因子受体(“HGF R”)、IFN-γ/βR2、胰岛素样生长因子2(“IGF-2”)、胰岛素样生长因子2受体(“IGF-2R”)、白介素-1受体6(“IL-1R6”)、白介素24(“IL-24”)、白介素33(“IL-33”、激肽释放酶14、天冬酰胺基内肽酶(“豆荚蛋白”)、氧化的低密度脂蛋白受体1(“LOX-1”)、甘露糖结合凝集素(“MBL”)、脑啡肽酶(“NEP”)、Notch同系物1、易位相关(果蝇)(“Notch-1”)、肾母细胞瘤过度表达(“NOV”)、骨激活素(Osteoactivin)、程序性细胞死亡蛋白1(“PD-1”)、N-乙酰基胞壁酰基-L-丙氨酸酰胺酶(“PGRP-5”)、丝氨酸蛋白酶抑制剂A4、分泌型卷曲相关蛋白3(“sFRP-3”)、血栓调节素、Toll样受体2(“TLR2”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员10A(“TRAIL R1”)、转铁蛋白(“TRF”)、WIF-LACE-2、白蛋白、AMICA、血管生成素4、B细胞激活因子(“BAFF”)、碳水化合物抗原19-9(“CA19-9”)、CD 163、簇集素、CRT AM、趋化因子(C-X-C基序)配体14(“CXCL14”)、胱抑素C、核心蛋白聚糖(“DCN”)、Dickkopf相关蛋白3(“Dkk-3”)、δ样蛋白1(“DLL1”)、胎球蛋白A、肝素结合生长因子1(“aFGF”)、叶酸受体α(“FOLR1”)、弗林蛋白酶、GPCR相关的分选蛋白1(“GASP-1”)、GPCR相关的分选蛋白2(“GASP-2”)、粒细胞集落刺激因子受体(“GCSF R”)、丝氨酸蛋白酶hepsin(“HAI-2”)、白介素-17B受体(“IL-17B R”)、白介素27(“IL-27”)、淋巴细胞激活基因3(“LAG-3”)、载脂蛋白A-V(“LDL R”)、胃蛋白酶原I、视黄醇结合蛋白4(“RBP4”)、SOST、硫酸乙酰肝素蛋白聚糖(“多配体蛋白聚糖-1”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员13B(“TACI”)、组织因子途径抑制剂(“TFPI”)、TSP-1、肿瘤坏死因子受体超家族成员10b(“TRAIL R2”)、TRANCE、肌钙蛋白I、尿激酶纤溶酶原激活剂(“uPA”)、钙粘素5、2型或VE-钙粘素(血管内皮细胞)(也称为CD144(“VE-钙粘素”))、WNT1诱导信号通路蛋白1(“WISP-1”)、和核因子κB受体激活剂(“RANK”)。

在一些实施例中，该癌症治疗剂是抗癌症化合物。示例性抗癌症化合物包括但不限于阿仑单抗

阿利维A酸

阿那曲唑

贝伐单抗

贝沙罗汀

硼替佐米

博舒替尼

本妥昔单抗

卡巴坦尼(Cometriq^TM)、卡菲佐米(Kyprolis^TM)、西妥昔单抗

克里唑蒂尼

达沙替尼

地尼介白素

盐酸埃罗替尼

依维莫司

依西美坦

氟维司群

吉非替尼

替坦异贝莫单抗

甲磺酸伊马替尼

伊匹单抗(Yervoy^TM)、二对甲苯磺酸拉帕替尼

来曲唑

尼洛替尼

奥法木单抗

帕尼单抗

盐酸帕唑帕尼

帕妥珠单抗(Perjeta^TM)、普拉曲沙

瑞戈非尼

利妥昔单抗

罗米地辛

甲苯磺酸索拉非尼

苹果酸舒尼替尼

他莫昔芬、西罗莫司

托瑞米芬

托西莫单抗及131I-托西莫单抗

曲妥珠单抗

维甲酸

凡德他尼

威罗菲尼

伏立诺他

及阿柏西普

修饰调节基因表达及其他细胞功能的蛋白质的功能的示例性抗癌症化合物(例如，HDAC抑制剂，类视黄醇受体配体)是伏立诺他

贝沙罗汀

及罗米地辛

阿利维A酸

及维甲酸

诱导细胞凋亡的示例性抗癌症化合物(例如，蛋白酶体抑制剂，叶酸拮抗剂)是硼替佐米

卡菲佐米(Kyprolis^TM)及普拉曲沙

增加抗肿瘤免疫反应的示例性抗癌症化合物(例如，抗CD20、抗CD52；抗细胞毒性T-淋巴细胞相关抗原-4)是利妥昔单抗

阿仑单抗

奥法木单抗

及伊匹单抗(Yervoy^TM)。

将毒剂递送至癌细胞的示例性抗癌症化合物(例如，抗CD20-放射性核素融合物；IL-2-白喉毒素融合物；抗CD30-单甲基澳瑞他汀E(MMAE)-融合物)是托西莫单抗及131I-托西莫单抗

及替坦异贝莫单抗

地尼介白素

及本妥昔单抗

其他示例性抗癌症化合物是小分子抑制剂及其结合物，例如，Janus激酶、ALK、Bcl-2、PARP、PI3K、VEGF受体、Braf、MEK、CDK及HSP90。

示例性基于铂的抗癌症化合物包括(例如)顺铂、卡铂、奥沙利铂、赛特铂、吡铂、奈达铂、三铂(Triplatin)及脂铂(Lipoplatin)。适用于治疗的其他基于金属的药物包括但不限于基于钌的化合物、二茂铁衍生物、基于钛的化合物及基于镓的化合物。

在一些实施例中，癌症治疗剂是包括放射性核素的放射性部分。示例性放射性核素包括但不限于Cr-51、Cs-131、Ce-134、Se-75、Ru-97、I-125、Eu-149、Os-189m、Sb-119、I-123、Ho-161、Sb-117、Ce-139、In-111、Rh-103m、Ga-67、Tl-201、Pd-103、Au-195、Hg-197、Sr-87m、Pt-191、P-33、Er-169、Ru-103、Yb-169、Au-199、Sn-121、Tm-167、Yb-175、In-113m、Sn-113、Lu-177、Rh-105、Sn-117m、Cu-67、Sc-47、Pt-195m、Ce-141、I-131、Tb-161、As-77、Pt-197、Sm-153、Gd-159、Tm-173、Pr-143、Au-198、Tm-170、Re-186、Ag-111、Pd-109、Ga-73、Dy-165、Pm-149、Sn-123、Sr-89、Ho-166、P-32、Re-188、Pr-142、Ir-194、In-114m/In-114及Y-90。

在一些实施例中，癌症治疗剂是抗生素。例如，如果根据本文提供的方法来检测癌症相关细菌和/或癌症相关微生物组特征的存在，则可施用抗生素以从受试者消除癌症相关细菌。“抗生素”在广义上是指能够抑制或预防细菌感染的化合物。抗生素可以诸多方式(包含根据其用于特定感染的用途、其作用机制、其生物可用性或其靶微生物范围(例如革兰氏阴性细菌对革兰氏阳性细菌、好氧细菌对厌氧细菌等))进行分类且可使用这些方式来杀死宿主的特定区域(“生态位”)中的特定细菌(Leekha等人,2011.General Principlesof Antimicrobial Therapy[抗微生物疗法的一般原则].Mayo Clin Proc.[梅欧医院院刊]86(2):156-167)。在某些实施例中，可使用抗生素来选择性靶向特定生态位的细菌。在一些实施例中，可使用已知治疗包含癌症生态位的特定感染的抗生素来靶向癌症相关微生物(包含该生态位中非癌症相关细菌)。在其他实施例中，在细菌治疗之后施用抗生素。在一些实施例中，在细菌治疗之后施用抗生素以去除植入。

在一些方面，可基于杀细菌或细菌抑制性质来选择抗生素。杀细菌抗生素包含破坏细胞壁(例如β-内酰胺)、细胞膜(例如达托霉素(daptomycin))或细菌DNA(例如氟喹诺酮(fluoroquinolone))的作用机制。细菌抑制剂抑制细菌复制且包含磺酰胺、四环素(tetracycline)及巨环内酯并通过抑制蛋白质合成来发挥作用。另外，尽管一些药物可在某些生物体中具有杀细菌性且在其他生物体中具有细菌抑制性，但知晓靶生物体使得本领域技术人员可选择具有适当性质的抗生素。在某些治疗条件中，细菌抑制抗生素抑制杀细菌抗生素的活性。因此，在某些实施例中，并不组合杀细菌抗生素及细菌抑制抗生素。

抗生素包括但不限于氨基糖苷、安莎霉素(ansamycin)、碳头孢烯(carbacephem)、碳青霉烯(carbapenem)、头孢菌素(cephalosporin)、糖肽、林可酰胺(lincosamide)、脂肽、巨环内酯、单酰胺菌素(monobactam)、硝基呋喃、噁唑烷酮、青霉素(penicillin)、多肽抗生素、喹诺酮(quinolone)、氟喹诺酮、磺酰胺、四环素及抗分枝杆菌化合物及其组合。

氨基糖苷包括但不限于阿米卡星(Amikacin)、庆大霉素(Gentamicin)、卡那霉素(Kanamycin)、新霉素(Neomycin)、奈替米星(Netilmicin)、妥布霉素(Tobramycin)、巴龙霉素(Paromomycin)及大观霉素(Spectinomycin)。氨基糖苷可有效抵抗例如革兰氏阴性细菌(例如大肠杆菌、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)及土伦病弗朗西斯氏菌(Francisella tularensis))且抵抗某些好氧细菌，但对于专性/兼性厌氧菌具有较小有效性。据信，氨基糖苷结合至细菌30S或50S核糖体亚基，由此抑制细菌蛋白合成。

安莎霉素包括但不限于格尔德霉素(Geldanamycin)、除莠霉素(Herbimycin)、利福霉素(Rifamycin)及曲张链菌素(Streptovaricin)。据信，格尔德霉素及除莠霉素抑制或改变热休克蛋白90的功能。

碳头孢烯包括但不限于氯碳头孢(Loracarbef)。据信，碳头孢烯抑制细菌细胞壁合成。

碳青霉烯包括但不限于厄他培南(Ertapenem)、多尼培南(Doripenem)、亚胺培南(Imipenem)/西司他丁(Cilastatin)及美罗培南(Meropenem)。碳青霉烯作为宽谱抗生素对革兰氏阳性细菌及革兰氏阴性细菌均具有杀细菌性。据信，碳青霉烯抑制细菌细胞壁合成。

头孢菌素包括但不限于头孢羟氨苄(Cefadroxil)、头孢唑啉(Cefazolin)、头孢噻吩(Cefalotin)、头孢金素(Cefalothin)、头孢氨苄(Cefalexin)、头孢克洛(Cefaclor)、头孢孟多(Cefamandole)、头孢西丁(Cefoxitin)、头孢丙烯(Cefprozil)、头孢呋辛(Cefuroxime)、头孢克肟(Cefixime)、头孢地尼(Cefdinir)、头孢托仑(Cefditoren)、头孢哌酮(Cefoperazone)、头孢噻肟(Cefotaxime)、头孢泊肟(Cefpodoxime)、头孢他啶(Ceftazidime)、头孢布烯(Ceftibuten)、头孢唑肟(Ceftizoxime)、头孢曲松(Ceftriaxone)、头孢吡肟(Cefepime)、头孢他洛林酯(Ceftaroline fosamil)及头孢比普(Ceftobiprole)。所选头孢菌素可效抵抗(例如)革兰氏阴性细菌及革兰氏阳性细菌(包含假单胞菌(Pseudomonas))，某些头孢菌素可有效抵抗甲氧西林(methicillin)抗性金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)(MRSA)。据信，头孢菌素通过破坏细菌细胞壁的肽聚糖层的合成来抑制细菌细胞壁合成。

糖肽包括但不限于替考拉宁(Teicoplanin)、万古霉素(Vancomycin)及特拉万星(Telavancin)。糖肽可有效抵抗(例如)好氧及厌氧革兰氏阳性细菌(包含MRSA及艰难梭菌(Clostridium difficile))。据信，糖肽通过破坏细菌细胞壁的肽聚糖层的合成来抑制细菌细胞壁合成。

林可酰胺包括但不限于克林达霉素(Clindamycin)及林可霉素(Lincomycin)。林可酰胺可有效抵抗(例如)厌氧细菌以及葡萄球菌(Staphylococcus)及链球菌(Streptococcus)。据信，林可酰胺结合至细菌50S核糖体亚基，由此抑制细菌蛋白合成。

脂肽包括但不限于达托霉素。脂肽可有效抵抗例如革兰氏阳性细菌。据信，脂肽结合至细菌膜并引起快速去极化。

巨环内酯包括但不限于阿奇霉素(Azithromycin)、克拉霉素(Clarithromycin)、地红霉素(Dirithromycin)、红霉素(Erythromycin)、罗红霉素(Roxithromycin)、醋竹桃霉素(Troleandomycin)、泰利霉素(Telithromycin)及螺旋霉素(Spiramycin)。巨环内酯可有效抵抗例如链球菌属及支原体属(Mycoplasma)。据信，巨环内酯结合至细菌或50S核糖体亚基，由此抑制细菌蛋白合成。

单酰胺菌素包括但不限于胺曲南(Aztreonam)。单酰胺菌素可有效抵抗例如革兰氏阴性细菌。据信，单酰胺菌素通过破坏细菌细胞壁的肽聚糖层的合成来抑制细菌细胞壁合成。

硝基呋喃包括但不限于呋喃唑酮(Furazolidone)及呋喃妥因(Nitrofurantoin)。

噁唑烷酮包括但不限于利奈唑胺(Linezolid)、泼斯唑来(Posizolid)、雷得唑来(Radezolid)及特地唑胺(Torezolid)。据信，噁唑烷酮是蛋白质合成抑制剂。

青霉素包括但不限于阿莫西林(Amoxicillin)、氨苄西林(Ampicillin)、阿洛西林(Azlocillin)、羧苄青霉素(Carbenicillin)、氯噻青霉素(Cloxacillin)、二氯噻青霉素(Dicloxacillin)、氟氯西林(Flucloxacillin)、美洛西林(Mezlocillin)、甲氧西林、萘夫西林(Nafcillin)、苯唑西林(Oxacillin)、青霉素G、青霉素V、哌拉西林(Piperacillin)、替莫西林(Temocillin)及替卡西林(Ticarcillin)。青霉素可有效抵抗例如革兰氏阳性细菌、兼性厌氧菌(例如链球菌属、包柔氏螺旋体属(Borrelia)及密螺旋体属(Treponema))。据信，青霉素通过破坏细菌细胞壁的肽聚糖层的合成来抑制细菌细胞壁合成。

青霉素组合包括但不限于阿莫西林/克拉维酸盐(clavulanate)、氨苄西林/舒巴坦(sulbactam)、哌拉西林/三唑巴坦(tazobactam)及替卡西林/克拉维酸盐。

多肽抗生素包括但不限于杆菌肽(Bacitracin)、黏菌素(Colistin)及多黏菌素(Polymyxin)B及E。多肽抗生素可有效抵抗例如革兰氏阴性细菌。据信，某些多肽抗生素抑制涉及细菌细胞壁的肽聚糖层的合成的焦磷酸异戊二烯基酯，而其他多肽抗生素通过置换细菌相对离子来去稳定细菌外膜。

喹诺酮及氟喹诺酮包括但不限于环丙沙星(Ciprofloxacin)、依诺沙星(Enoxacin)、加替沙星(Gatifloxacin)、吉米沙星(Gemifloxacin)、左氧氟沙星(Levofloxacin)、洛美沙星(Lomefloxacin)、莫西沙星(Moxifloxacin)、萘啶酮酸(Nalidixic acid)、诺氟沙星(Norfloxacin)、氧氟沙星(Ofloxacin)、曲伐沙星(Trovafloxacin)、格帕沙星(Grepafloxacin)、司帕沙星(Sparfloxacin)及替马沙星(Temafloxacin)。喹诺酮/氟喹诺酮可有效抵抗(例如)链球菌及奈瑟菌(Neisseria)。据信，喹诺酮/氟喹诺酮抑制细菌DNA旋转酶或拓扑异构酶IV，由此抑制DNA复制及转录。

磺酰胺包括但不限于磺胺米隆(Mafenide)、磺胺醋酰(Sulfacetamide)、磺胺嘧啶(Sulfadiazine)、磺胺嘧啶银、磺胺地索辛(Sulfadimethoxine)、磺胺甲噻二唑(Sulfamethizole)、磺胺甲噁唑(Sulfamethoxazole)、磺胺亚胺基(Sulfanilimide)、柳氮磺胺吡啶(Sulfasalazine)、磺胺异噁唑(Sulfisoxazole)、甲氧苄啶-磺胺甲噁唑(Trimethoprim-Sulfamethoxazole)(复方磺胺甲噁唑(Co-trimoxazole))及磺酰胺基柯衣汀(Sulfonamidochrysoidine)。据信，磺酰胺通过竞争性抑制二氢蝶酸合成酶来抑制叶酸合成，由此抑制核酸合成。

四环素类包括但不限于地美环素(Demeclocycline)、强力霉素(Doxycycline)、米诺环素(Minocycline)、土霉素(Oxytetracycline)及四环素。四环素可有效抵抗例如革兰氏阴性细菌。据信，四环素结合至细菌30S核糖体亚基，由此抑制细菌蛋白合成。

抗分枝杆菌化合物包括但不限于氯法齐明(Clofazimine)、胺苯砜(Dapsone)、卷曲霉素(Capreomycin)、环丝氨酸(Cycloserine)、乙胺丁醇(Ethambutol)、乙硫异烟酰胺(Ethionamide)、异烟酸肼(Isoniazid)、吡嗪酰胺(Pyrazinamide)、利福平(Rifampicin)、利福布汀(Rifabutin)、利福喷丁(Rifapentine)及链霉素(Streptomycin)。

合适的抗生素还包含胂凡纳明(arsphenamine)、氯霉素(chloramphenicol)、磷霉素(fosfomycin)、夫西地酸(fusidic acid)、甲硝唑(metronidazole)、莫匹罗星(mupirocin)、平板霉素(platensimycin)、奎奴普汀(quinupristin)/达福普汀(dalfopristin)、替吉环素(tigecycline)、替硝唑(tinidazole)、甲氧苄啶-阿莫西林(trimethoprim amoxicillin)/克拉维酸盐、氨苄西林/舒巴坦、安福霉素-利托菌素(amphomycin ristocetin)、阿奇霉素、杆菌肽、卜福林(buforin)II、卡波霉素(carbomycin)、杀菌肽(cecropin)Pl、克拉霉素、红霉素、呋喃唑酮、夫西地酸、夫西地钠、短杆菌素(gramicidin)、亚胺培南、吲哚菌素(indolicidin)、交沙霉素(josamycin)、马盖纳尼(magainan)II、甲硝唑(metronidazole)、硝基咪唑、米卡霉素(mikamycin)、变链素(mutacin)B-Ny266、变链素B-JHl 140、变链素J-T8、乳链球菌素(nisin)、乳链球菌素A、新生霉素(novobiocin)、竹桃霉素(oleandomycin)、奥斯立星(ostreogrycin)、哌拉西林/三唑巴坦、普那霉素(pristinamycin)、雷莫拉宁(ramoplanin)、牛蛙皮肤抗菌肽(ranalexin)、罗伊氏素(reuterin)、利福昔明(rifaximin)、蔷薇霉素(rosamicin)、罗沙米星(rosaramicin)、大观霉素、螺旋霉素、葡萄霉素(staphylomycin)、链霉杀阳素(streptogramin)、链霉杀阳素A、协同菌素(synergistin)、牛磺罗定(taurolidine)、替考拉宁、泰利霉素、替卡西林/克拉维酸(clavulanic acid)、三乙酰基竹桃霉素(triacetyloleandomycin)、泰洛星(tylosin)、短杆菌酪肽(tyrocidin)、短杆菌素(tyrothricin)、万古霉素、维马霉素(vemamycin)及维吉霉素(virginiamycin)。

在一些实施例中，另外治疗剂是免疫抑制剂、DMARD、止痛药、类固醇、非类固醇抗炎药(NSAID)或细胞因子拮抗剂，及其组合。代表性药剂包括但不限于环孢菌素、类视黄醇、皮质类固醇、丙酸衍生物、乙酸衍生物、烯醇酸衍生物、芬那酸衍生物、Cox-2抑制剂、鲁美昔布(lumiracoxib)、布洛芬(ibuprophen)、水杨酸胆碱镁(cholin magnesium salicylate)、非诺洛芬(fenoprofen)、双水杨酯(salsalate)、二氟苯水杨酸(difunisal)、托美汀(tolmetin)、酮洛芬(ketoprofen)、氟比洛芬(flurbiprofen)、奥沙普秦(oxaprozin)、吲哚美辛(indomethacin)、舒林酸(sulindac)、依托度酸(etodolac)、酮咯酸(ketorolac)、萘丁美酮(nabumetone)、萘普生(naproxen)、伐地考昔(valdecoxib)、依托考昔(etoricoxib)、MK0966；罗非昔布(rofecoxib)、对乙酰胺基酚(acetominophen)、塞来昔布(Celecoxib)、双氯芬酸(Diclofenac)、曲马多(tramadol)、吡罗昔康(piroxicam)、美洛昔康(meloxicam)、替诺昔康(tenoxicam)、屈昔康(droxicam)、氯诺昔康(lornoxicam)、伊索昔康(isoxicam)、甲芬那酸(mefanamic acid)、甲氯芬那酸(meclofenamic acid)、氟芬那酸(flufenamicacid)、托芬那酸(tolfenamic)、伐地考昔(valdecoxib)、帕瑞昔布(parecoxib)、依托度酸(etodolac)、吲哚美辛(indomethacin)、阿司匹林(aspirin)、布洛芬(ibuprophen)、非罗考昔(firocoxib)、氨甲喋呤(methotrexate(MTX))、抗疟疾药物(例如，羟基氯喹(hydroxychloroquine)及氯喹(chloroquine))、柳氮磺胺吡啶(sulfasalazine)、来氟米特(Leflunomide)、硫唑嘌呤(azathioprine)、环孢菌素(cyclosporin)、金盐(gold salt)、米诺环素(minocycline)、环磷酰胺(cyclophosphamide)、D-青霉胺(D-penicillamine)、米诺环素(minocycline)、金诺芬(auranofin)、他克莫司(tacrolimus)、硫代苯酸金钠(myocrisin)、苯丁酸氮芥(chlorambucil)、TNFα拮抗剂(例如，TNFα拮抗剂或TNFα受体拮抗剂)，例如，阿达木单抗

依那西普

英夫利昔单抗(

TA-650)、聚乙二醇赛妥珠单抗(

CDP870)、戈利木单抗(

CNTO 148)、阿那白滞素

利妥昔单抗

阿巴西普

托珠单抗

整合素拮抗剂(

(那他珠单抗))、IL-1拮抗剂(ACZ885(Ilaris))、阿那白滞素

)、CD4拮抗剂、IL-23拮抗剂、IL-20拮抗剂、IL-6拮抗剂、BLyS拮抗剂(例如，阿塞西普、

(贝利木单抗))、p38抑制剂、CD20拮抗剂(奥瑞珠单抗(Ocrelizumab)、奥法木单抗

)、干扰素γ拮抗剂(芳妥珠单抗(Fontolizumab))、泼尼松龙(prednisolone)、强的松(Prednisone)、地塞米松(dexamethasone)、皮质醇(Cortisol)、可的松(cortisone)、氢化可的松(hydrocortisone)、甲基泼尼松龙(methylprednisolone)、倍他米松(betamethasone)、曲安奈德(triamcinolone)、倍氯米松(beclometasome)、氟氢可的松(fludrocortisone)、脱氧皮质酮(deoxycorticosterone)、醛固酮(aldosterone)、强力霉素(Doxycycline)、万古霉素(vancomycin)、吡格列酮(pioglitazone)、SBI-087、SCIO-469、Cura-100、Oncoxin+Viusid、TwHF、甲氧沙林(Methoxsalen)、维生素D-麦角钙化醇(Vitamin D-ergocalciferol)、米那普仑(Milnacipran)、紫杉醇(Paclitaxel)、罗西格塔松(rosigtazone)、他克莫司(Tacrolimus)

RADOOl、拉帕蒙(rapamune)、雷帕霉素(rapamycin)、福斯马替尼(fostamatinib)、芬太尼(Fentanyl)、XOMA 052、福斯马替尼二钠(Fostamatinib disodium)、罗格列酮(rosightazone)、姜黄素(Curcumin)(Longvida^TM)、瑞舒伐他汀(Rosuvastatin)、马拉韦罗(Maraviroc)、雷米普利(ramipnl)、米那普仑(Milnacipran)、考前列酮(Cobiprostone)、生长激素(somatropin)、tgAAC94基因治疗媒剂、MK0359、GW856553、埃索美拉唑(esomeprazole)、依维莫司(everolimus)、曲妥珠单抗(trastuzumab)、JAKl及JAK2抑制剂、泛JAK抑制剂，例如，四环吡啶酮6(P6)、325、PF-956980、狄诺塞麦(denosumab)、IL-6拮抗剂、CD20拮抗剂、CTLA4拮抗剂、IL-8拮抗剂、IL-21拮抗剂、IL-22拮抗剂、整合素拮抗剂(

(那他珠单抗))、VGEF拮抗剂、CXCL拮抗剂、MMP拮抗剂、防御素拮抗剂、IL-1拮抗剂(包括IL-1β拮抗剂)，及IL-23拮抗剂(例如，受体诱捕物、拮抗性抗体等)。

在一些实施例中，该药剂是免疫抑制剂。免疫抑制剂的实例包括(但不限于)皮质类固醇、美色拉嗪(mesalazine)、美色拉明(mesalamine)、柳氮磺胺吡啶(sulfasalazine)、柳氮磺胺吡啶衍生物、免疫抑制药物、环孢菌素A、巯基嘌呤、硫唑嘌呤(azathiopurine)、强的松、甲氨蝶呤、抗组胺药、糖皮质激素、肾上腺素、茶碱、色甘酸钠、抗白三烯、用于鼻炎的抗胆碱能药物、TLR拮抗剂、发炎体抑制剂、抗胆碱能解充血剂、肥大细胞稳定剂、单株抗IgE抗体、疫苗(例如，用于其中使过敏原的量逐渐增加的接种疫苗的疫苗)、细胞因子抑制剂(诸如抗IL-6抗体)、TNF抑制剂(诸如英夫利昔单抗、阿达木单抗、聚乙二醇赛妥珠单抗、戈利木单抗或依那西普及其组合)。

施用

在某些方面中，本文提供向受试者递送本文描述的药物组合物的方法。在本文提供的方法的一些实施例中，该药物组合物与另外的治疗剂的施用结合施用。在一些实施例中，该药物组合物包含与另外的治疗剂共配制的MP和/或细菌。在一些实施例中，该药物组合物与另外的治疗剂共施用。在一些实施例中，该另外的治疗剂在施用药物组合物之前(例如，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50或55分钟之前，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时之前，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天之前)向受试者施用。在一些实施例中，该另外的治疗剂在施用药物组合物之后(例如，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50或55分钟之后，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时之后，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天之后)向受试者施用。在一些实施例中，使用相同递送模式以递送药物组合物及另外的治疗剂两者。在一些实施例中，使用不同递送模式以施用药物组合物及另外的治疗剂。例如，在一些实施例中，该药物组合物经口施用，而另外的治疗剂经由注射施用(例如，静脉内、肌内和/或瘤内注射)。

在某些实施例中，本文所述的药物组合物、剂型及试剂盒可与任一其他常规抗癌治疗(例如辐射疗法及肿瘤手术切除术)联合施用。这些治疗可在需要和/或指示时施加且可发生于施用本文所述的药物组合物、剂型及试剂盒之前、同时或之后。

剂量方案可为各种方法及量中的任一者，且可通过本领域技术人员根据已知临床因素来确定。如医学技术中已知，任一患者的剂量可取决于许多因素，包含受试者物种、大小、体表面积、年龄、性别、免疫活性及总体健康状况、有待施用的特定微生物、持续时间及施用途径、疾病种类及阶段(例如肿瘤大小)及其他化合物(例如同时或近乎同时施用的药物)。除上述因素外，这些水平可受微生物感染性及微生物性质影响，如可由本领域技术人员所测定。在本发明的方法中，微生物的适当最小剂量程度可为足够使微生物存活、生长及复制的程度。可根据剂型、施用途径、靶疾病的程度或阶段及诸如此类来适当地设定或调节本文所述药物组合物的剂量。例如，药剂的一般有效剂量范围可为0.01mg/kg体重/天至1000mg/kg体重/天、0.1mg/kg体重/天至1000mg/kg体重/天、0.5mg/kg体重/天至500mg/kg体重/天、1mg/kg体重/天至100mg/kg体重/天或5mg/kg体重/天至50mg/kg体重/天。有效剂量可为0.01、0.05、0.1、0.5、1、2、3、5、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、500或1000mg/kg体重/天或更高，但剂量并不限于此。

在一些实施例中，向受试者施用的剂量足以预防疾病(例如，自身免疫病、炎性疾病、代谢疾病、癌症)、延迟其发作或减缓或停止其进展。本领域技术人员将认识到，剂量将取决于多种因素，包含所采用特定化合物的强度以及受试者的年龄、物种、病症及体重。还根据以下因素来确定剂量大小：施用途径、时机及频率以及可伴随施用特定化合物的任何不良副作用的存在、性质及程度及期望的生理学效果。

可通过本领域技术人员已知的常规范围探测技术来确定合适的剂量及剂量方案。通常，以较小剂量开始治疗，该剂量小于化合物的最佳剂量。然后，以小增量增加剂量直至达到该状况下的最佳效果为止。有效剂量及治疗方案可通过常规及常规方式来确定，例如，其中在实验室动物中以低剂量开始且然后增加剂量，同时监测效果，且还系统地改变剂量方案。通常使用动物研究来测定每公斤重量的生物活性药剂的最大可耐受剂量(“MTD”)。本领域技术人员通常在其他物种(包含人)中外推剂量以达到功效，同时避免毒性。

根据上文，在治疗应用中，与影响所选剂量的其他因素相比，用于本发明的活性剂的剂量尤其取决于以下因素有所变化：活性剂、年龄、体重及接受患者的临床状况及施用疗法的临床医师或从业人员的经历及判断。通常，剂量应足以使得使肿瘤生长减缓及优选地消退且最佳地使得癌症完全消退。

分开施用可包括任何数量的两次或更多次施用，包括二、三、四、五或六次施用。本领域技术人员可容易地根据本领域中已知的用于监测治疗方法的方法及本文提供的其他监测方法确定进行施用的次数或进行一或多次另外的施用的期望。因此，本文提供的方法包括向受试者提供药物组合物的一或多次施用的方法，其中施用次数可通过监测受试者确定，且基于监测的结果，判定是否需提供一或多次另外施用。可基于各种监测结果决定是否需提供一或多次另外施用。

施用间的时间段可为各个时间段中的任一者。施用之间的时间周期可随各种因素中的任何一者而变化，这些因素包括监测步骤(如关于施用次数描述)、受试者激发免疫应答的时间周期和/或受试者自正常组织清除MP的时间周期。在一个实例中，时间段可随受试者建立免疫应答的时间段而变化；例如，时间段可大于受试者建立免疫应答的时间段，例如大于约一周、大于约10天、大于约两周或大于约一个月；在另一个实例中，时间段可小于受试者建立免疫应答的时间段，例如小于约一周、小于约十天、小于约两周或小于约一个月。在另一实例中，该时间周期可随受试者自正常组织清除MP的时间周期而变化；例如，该时间周期可大于受试者自正常组织清除MP的时间周期，诸如超过约一天、超过约两天、超过约三天、超过约五天或超过约一周。

在一些实施例中，另外的治疗剂与本文描述的药物组合物的组合的递送减少另外的治疗剂的不良反应和/或改善另外的治疗剂的功效。

本文描述的另外的治疗剂的有效剂量是针对特定患者、组合物及施用模式有效达成所需治疗剂反应且对患者的毒性最小的治疗剂的量。可使用本文所述的方法来鉴别有效剂量水平且将取决于多种药物动力学因素，包含所施用特定组合物的活性、施用途径、施用时间、所采用特定化合物的排泄速率、治疗持续时间、与所采用特定组合物组合使用的其他药物、化合物和/或材料、所治疗患者的年龄、性别、体重、病症、总体健康状况及先前医学史以及医学技术中熟知的类似因素。一般而言，另外的疗法的有效剂量将是治疗剂的量，其为有效产生治疗效应的最低剂量。通常这样的有效剂量将取决于上文所述的这些因素。

另外的治疗的毒性是受试者在治疗期间及治疗之后经受的不良反应的水平。与另外的治疗毒性相关联的不良事件包括(但不限于)腹痛、酸性消化不良、胃酸反流、过敏反应、毛发脱落、过敏性休克、贫血症、焦虑、食欲不振、关节痛、乏力、共济失调、氮血症、平衡缺失、骨痛、出血、血块、低血压、高血压、呼吸困难、支气管炎、瘀伤、低白血球计数、低血红细胞计数、低血小板计数、心脏中毒、膀胱炎、出血性膀胱炎、心律失常、心脏瓣膜疾病、心肌症、冠状动脉疾病、白内障、中枢神经毒性、认知障碍、意识不清、结膜炎、便秘、咳嗽、抽搐、膀胱炎、深静脉血栓形成、脱水、抑郁、腹泻、头晕、口干、皮肤干燥、消化不良、呼气困难、浮肿、电解质失衡、食道炎、疲劳、生育能力下降、发烧、胀气、潮红、胃反流、胃食道反流疾病、生殖器疼痛、粒细胞减少、男性乳房发育症、青光眼、脱发、手足综合征、头痛、听力损失、心脏衰竭、心悸、胃灼热、血肿、出血性膀胱炎、肝中毒、高淀粉酶血症、高钙血症、高氯血症、高血糖症、高钾血症、高脂肪酶血症(hyperlipasemia)、高镁血症、高钠血症、高磷血症、色素沉着、高三酸甘油酯血症、高尿酸血症、低蛋白血症、低钙血症、低氯血症、低血糖、低钾血症、低镁血症、低钠血症、低磷血症、阳痿、感染、注射部位反应、失眠、缺铁、瘙痒、关节疼痛、肾衰竭、白血球减少症、肝功能不全、记忆丧失、绝经、口腔溃疡、黏膜炎、肌肉疼痛、肌痛、骨髓抑制、心肌炎、中性粒细胞减少性发热、恶心、肾中毒、中性粒细胞减少症、流鼻血、麻痹、耳中毒、疼痛、掌跖红肿、全血细胞减少症、心包炎、周围神经病变、咽炎、畏光、光敏性、肺炎、局限性肺炎、蛋白尿、肺栓塞、肺纤维化、肺中毒、皮疹、心跳加速、直肠出血、躁动、鼻炎、癫痫发作、呼吸急促、鼻窦炎、血小板减少症、耳鸣、尿路感染、阴道流血、阴道干燥、眩晕、保水性、虚弱、体重减轻、体重增加及口干症。一般而言，如果经由疗法所达到的受试者益处胜过受试者因疗法所经历的不良事件，则毒性是可接受的。

免疫障碍

在一些实施例中，本文描述的方法及组合物涉及治疗或预防与病理学免疫反应相关的疾病或障碍(诸如自身免疫病、过敏反应和/或炎性疾病)。在一些实施例中，该疾病或障碍是炎性肠病(例如，克罗恩病或溃疡性结肠炎)。

本文所述的方法可用以治疗有需要的任何受试者。如本文中所使用，“有此需要的受试者”包括患有与病理学免疫应答相关的疾病或病症(例如，炎性肠病)的任何受试者，及具有增加获得此疾病或病症的可能性的任何受试者。

本文所述的组合物可(例如)用作预防或治疗(部分或完全减少以下疾病的不利影响)自身免疫性疾病，如慢性炎性肠病、系统性红斑狼疮、银屑病、穆-韦二氏综合征、类风湿性关节炎、多发性硬化或桥本病(Hashimoto's disease)；过敏性疾病，如食物过敏、花粉热或哮喘；传染性疾病，如艰难梭菌感染；炎性疾病，如TNF介导的炎性疾病(例如，胃肠道炎性疾病，如结肠袋炎(pouchitis)；心血管炎性疾病，如动脉粥样硬化；或炎性肺病，如慢性阻塞性肺疾病)的药物组合物；用作用于抑制器官移植中的排斥或其中可能发生组织排斥的其他情况的药物组合物；用作用于改善免疫功能的补充剂、食物或饮料；或用作用于抑制免疫细胞的增殖或功能的试剂。

在一些实施例中，本文提供的方法适用于治疗炎症。在某些实施例中，身体的任何组织及器官的炎症，包括肌肉骨骼炎症、血管炎症、神经炎症、消化系统炎症、眼部炎症、生殖系统炎症及其他炎症，如下文讨论。

肌肉骨骼系统的免疫障碍包括但不限于那些影响骨骼关节(包括手、手腕、肘部、肩部、下巴、脊柱、颈部、臀部、膝盖、踝部及足部的关节)的病症，及影响将肌肉连接至骨头的组织(如肌腱)的病症。可用本文描述的方法及组合物治疗的这类免疫障碍的实例包括但不限于关节炎(包括，例如，骨关节炎、类风湿性关节炎、银屑病关节炎、强直性脊柱炎、急性及慢性感染性关节炎、与痛风和假痛风相关的关节炎及幼年特发性关节炎)、肌腱炎、滑膜炎、腱鞘炎、滑囊炎、纤维组织炎(纤维肌痛)、上髁炎、肌炎及骨炎(包括，例如，佩吉特氏病(Paget's disease)、耻骨炎及囊性纤维性骨炎)。

眼部免疫障碍是指影响眼睛的任何结构(包括眼睑)的免疫障碍。可用本文所述的方法及组合物治疗的眼部免疫障碍的实例包括但不限于睑缘炎、眼睑皮肤松垂症、结膜炎、泪腺炎、角膜炎、干燥性角膜结膜炎(干眼症)、巩膜炎、倒睫及葡萄膜炎。

可用本文所述的方法及组合物治疗的神经系统免疫障碍的实例包括但不限于脑炎、格林-巴利综合征(Guillain-Barre syndrome)、脑膜炎、神经性肌强直、发作性睡病、多发性硬化、脊髓炎及精神分裂症。可用本文所述的方法及组合物治疗的脉管系统或淋巴系统炎症的实例包括但不限于关节硬化、关节炎、静脉炎、血管炎及淋巴管炎。

可用本文所述的方法及组合物治疗的消化系统免疫病症的实例包括但不限于胆管炎、胆囊炎、肠炎、小肠结肠炎、胃炎、肠胃炎、炎性肠病、回肠炎及直肠炎。炎性肠病包括(例如)一组相关病症的某些本领域公认的形式。已知炎性肠病的几种主要形式，这类障碍中最常见的为克罗恩病(区域性肠病，例如，非活性及活性形式)及溃疡性结肠炎(例如，非活性及活性形式)。另外，炎性肠病涵盖肠易激综合征、显微镜下结肠炎、淋巴细胞性-浆细胞性肠炎、乳糜泻、胶原性结肠炎、淋巴细胞性结肠炎及嗜酸性小肠结肠炎。IBD的其他不常见形式包括不确定性结肠炎、假膜性结肠炎(坏死性结肠炎)、缺血性炎性肠病、白塞氏病(Behcet’s disease)、结节病、硬皮病、IBD相关性发育不良、与发育不良相关的肿块或病变及原发性硬化性胆管炎。

可用本文所述的方法及组合物治疗的生殖系统免疫病症的实例包括但不限于子宫颈炎、绒毛膜羊膜炎、子宫内膜炎、附睾炎、脐炎、卵巢炎、睾丸炎、输卵管炎、输卵管卵巢脓肿、尿道炎、阴道炎、外阴炎及外阴痛。

本文所述的方法及组合物可用以治疗具有发炎成分的自身免疫性疾病。此病症包括但不限于全身性急性播散性秃头症、白塞氏病、恰加斯氏病(Chagas'disease)、慢性疲劳综合征、自主神经失调、脑脊髓炎、强直性脊柱炎、再生障碍性贫血、化脓性汗腺炎、自身免疫性肝炎、自身免疫性卵巢炎、乳糜泻、克罗恩病、1型糖尿病、巨细胞动脉炎、古德帕斯丘综合征、格雷夫斯病、格林-巴利综合征、桥本病、亨诺-许兰二氏紫斑症(Henoch-Schonleinpurpura)、川崎病(Kawasaki's disease)、红斑狼疮、显微镜下结肠炎、显微镜下多动脉炎、混合结缔组织病、穆-韦二氏综合征(Muckle-Wells syndrome)、多发性硬化、重症肌无力、眼阵挛肌阵挛综合征、视神经炎、奥德氏甲状腺炎、天疱疮、结节性多动脉炎、多肌痛、类风湿性关节炎、莱特尔氏综合征(Reiter's syndrome)、休格伦氏综合征(Sjogren'ssyndrome)、颞动脉炎、韦格纳肉芽肿病(Wegener's granulomatosis)、温热自身免疫性溶血性贫血、间质性膀胱炎、莱姆病(Lyme disease)、局限性硬皮病、银屑病、结节病、硬皮病、溃疡性结肠炎及白癜风。

本文所述的方法及组合物可用以治疗具有发炎成分的T细胞介导的超敏性疾病。此类病症包括但不限于接触性超敏反应、接触性皮炎(包括由于毒葛引起的接触性皮炎)、荨麻疹、皮肤过敏、呼吸道过敏(花粉热、过敏性鼻炎、屋尘螨过敏)及麸胶敏感性肠病(乳糜泻)。

可用本发明的方法及组合物治疗的其他免疫病症包括(例如)阑尾炎、皮炎、皮肌炎、心内膜炎、纤维组织炎、齿龈炎、舌炎、肝炎、化脓性汗腺炎、虹膜炎、喉炎、乳腺炎、心肌炎、肾炎、耳炎、胰脏炎、腮腺炎、心包炎、腹膜炎(peritonoitis)、咽炎、胸膜炎、局限性肺炎、前列腺增生症(prostatistis)、肾盂肾炎及口炎(stomatisi)、移植排斥(涉及如肾、肝、心脏、肺、胰脏(例如，胰岛细胞)、骨髓、角膜、小肠的器官，同种异体皮肤移植、皮肤同种移植物及心脏瓣膜异种移植、血清病及移植物抗宿主病)、急性胰脏炎、慢性胰脏炎、急性呼吸窘迫综合征、西扎利氏综合征(Sexary's syndrome)、先天性肾上腺增生、非化脓性甲状腺炎、高钙血症相关癌症、天疱疮、大疱性疱疹样皮炎、重度多形红斑、剥脱性皮炎、脂溢性皮炎、季节性或常年性过敏性鼻炎、支气管哮喘、接触性皮炎、特应性皮炎、药物超敏反应、过敏性结膜炎、角膜炎、眼带状疱疹、虹膜炎及虹膜睫状体炎、脉络膜视网膜炎、视神经炎、结节病性结节病、暴发性或散播性肺结核化学疗法、成人特发性血小板减少性紫癜、成人继发性血小板减少症、获得性(自身免疫性)溶血性贫血症、成人白血病及淋巴瘤、儿童急性白血病、局限性肠炎、自身免疫性血管炎、多发性硬化、慢性阻塞性肺疾病、实体器官移植排斥反应、败血症。优选治疗包括以下的治疗：移植排斥、类风湿性关节炎、银屑病关节炎、多发性硬化、1型糖尿病、哮喘、炎性肠病、系统性红斑狼疮、银屑病、慢性阻塞性肺疾病及伴随感染病症的炎症(例如，败血症)。

代谢障碍

本文所述的方法及组合物可用以治疗代谢障碍及代谢综合征。此类病症包括但不限于II型糖尿病、脑病、泰萨二氏病(Tay-Sachs disease)、克拉伯病(Krabbe disease)、半乳糖血症、苯丙酮酸尿症(PKU)及枫糖浆尿病。因此，在某些实施例中，本文提供治疗代谢疾病的方法，这些方法包括向受试者施用本文提供的组合物。在某些实施例中，该代谢疾病是II型糖尿病、脑病、泰萨二氏病、克拉伯病、半乳糖血症、苯丙酮酸尿症(PKU)或枫糖浆尿病。

癌症

在一些实施例中，本文所述的方法及组合物涉及癌症治疗。在一些实施例中，任何癌症可使用本文所述的方法治疗。可通过本文所述的方法及组合物治疗的癌症的实例包括但不限于来自以下的癌细胞：膀胱、血液、骨头、骨髓、脑、乳房、结肠、食道、胃肠、牙龈、头、肾、肝、肺、鼻咽、颈、卵巢、前列腺、皮肤、胃、睾丸、舌头或子宫。另外，该癌症可特定地是下列组织学类型，但其不限于这类类型：赘瘤，恶性；癌；癌，未分化；巨大及梭细胞癌；小细胞癌；乳头状癌；鳞状细胞癌；淋巴上皮癌；基底细胞癌(basal cell carcinoma)；毛发基质(pilomatrix)癌；移行细胞癌；乳头状移行细胞癌；腺癌；胃泌素瘤，恶性；胆管癌；肝细胞癌；肝细胞癌合并胆管癌；小梁腺癌；腺样囊性癌；腺瘤息肉的腺癌；腺癌，家族性结肠息肉；实体癌；类癌瘤，恶性；细支气管肺泡(branchiolo-alveolar)腺癌；乳头状腺癌；嫌色细胞癌；嗜酸性细胞癌；嗜酸性腺癌；嗜碱性粒细胞癌；透明细胞腺癌；颗粒细胞癌；滤泡性腺癌；乳头状及滤泡性腺癌；非包膜性硬化性癌；肾上腺皮质癌；子宫内膜样癌；皮肤附器癌；顶浆(apocrine)腺癌；皮脂腺癌；耵聍(ceruminous)腺癌；黏液表皮样癌；囊腺癌；乳头状囊腺癌；乳头状浆液性囊腺癌；黏液性囊腺癌；黏液性腺癌；戒环细胞癌；浸润性管状癌；髓样癌；小叶癌；发炎癌；佩吉特氏病，乳房；腺泡细胞癌；腺鳞癌；腺癌与鳞状转移瘤(adenocarcinoma w/squamous metaplasia)；胸腺瘤，恶性；卵巢间质瘤，恶性；卵泡膜细胞瘤(thecoma)，恶性；粒层细胞瘤，恶性；及成釉细胞瘤，恶性；赛特利氏(sertoli)细胞癌；睾丸间质细胞(leydig cell)瘤，恶性；脂质细胞瘤，恶性；副神经节瘤，恶性；乳房外副神经节瘤，恶性；嗜铬细胞瘤；血管球肉瘤(glomangiosarcoma)；恶性黑色素瘤；无色素性黑色素瘤；浅表扩散黑色素瘤；巨大色素痣中的恶性黑色素瘤；上皮样细胞黑色素瘤；蓝痣，恶性；肉瘤；纤维肉瘤；纤维组织细胞瘤，恶性；黏液肉瘤；脂肉瘤(liposarcoma)；平滑肌肉瘤；横纹肌肉瘤；胚胎性横纹肌肉瘤；肺泡横纹肌肉瘤；基质肉瘤；混合瘤，恶性；苗勒氏混合瘤(mullerian mixed tumor)；肾母细胞瘤；肝母细胞瘤；癌肉瘤；间质瘤，恶性；布伦纳瘤(brenner tumor)，恶性；叶状瘤，恶性；滑膜肉瘤；间皮瘤，恶性；无性细胞瘤；胚胎性癌；畸胎瘤，恶性；卵巢甲状腺瘤，恶性；绒毛膜癌；中肾瘤，恶性；血管肉瘤；血管内皮瘤，恶性；卡波西肉瘤(kaposi's sarcoma)；血管外皮细胞瘤，恶性；淋巴管肉瘤；骨肉瘤；近皮质骨肉瘤；软骨肉瘤；软骨胚细胞瘤，恶性；间叶细胞软骨肉瘤；骨巨细胞瘤；尤因肉瘤(ewing'ssarcoma)；齿源性肿瘤，恶性；釉质母细胞齿源性瘤；釉质母细胞瘤，恶性；釉质母细胞纤维肉瘤；松果体瘤，恶性；脊索瘤；神经胶质瘤，恶性；室管膜瘤；星形细胞瘤；原浆性星形细胞瘤；纤维性星形细胞瘤；星形母细胞瘤；胶质母细胞瘤；少突神经胶质瘤；少突胶质母细胞瘤；原始神经外胚叶肿瘤；小脑肉瘤；节细胞母细胞瘤；神经母细胞瘤；视网膜母细胞瘤；嗅神经源性肿瘤；脑膜瘤，恶性；神经纤维肉瘤；神经鞘瘤，恶性；颗粒细胞瘤，恶性；恶性淋巴瘤；霍奇金病(Hodgkin’s Disease)；霍奇金淋巴瘤；副肉芽肿；小淋巴细胞性恶性淋巴瘤；弥漫性大细胞恶性淋巴瘤；滤泡型恶性淋巴瘤；蕈样真菌病；其他指定非霍奇金淋巴瘤；恶性组织细胞增生症；多发性骨髓瘤；肥大细胞肉瘤；免疫增殖性小肠病；白血病；淋巴样白血病；浆细胞白血病；红白血病；淋巴肉瘤细胞白血病；髓样白血病；嗜碱性白血病；嗜酸性粒细胞白血病；单核细胞白血病；肥大细胞白血病；巨核细胞性白血病；髓样肉瘤；及毛细胞白血病。

在一些实施例中，癌症包括乳腺癌(例如三阴性乳腺癌)。

在一些实施例中，癌症包括结肠直肠癌(例如，微卫星稳定(MSS)结肠直肠癌)。

在一些实施例中，癌症包括肾细胞癌。

在一些实施例中，癌症包括肺癌(例如，非小细胞肺癌)。

在一些实施例中，癌症包括膀胱癌。

在一些实施例中，癌症包括胃食管癌。

在一些实施例中，本文提供的方法及组合物涉及白血病的治疗。术语“白血病”在广义上意指造血器官/系统的进展性、恶性疾病且其特征通常在于白血球及其前体在血液及骨髓中的异常增殖及发育。白血病疾病的非限制性实例包含急性非淋巴细胞性白血病、慢性淋巴细胞性白血病、急性粒细胞性白血病、慢性粒细胞性白血病、急性前骨髓细胞性白血病、成人T细胞白血病、非白血性白血病、白血球增多性白血病、嗜碱粒细胞白血病、胚细胞白血病、牛白血病、慢性骨髓细胞性白血病、皮肤白血病、胚细胞性白血病、嗜酸性粒细胞性白血病、格罗斯氏白血病(Gross'leukemia)、里德尔细胞白血病(Rieder cellleukemia)、希林氏白血病(Schilling's leukemia)、干细胞白血病、亚白血病性白血病、未分化细胞白血病、毛细胞白血病、成血细胞性白血病(hemoblastic leukemia)、成血胚细胞性白血病(hemocytoblastic leukemia)、组织细胞性白血病、干细胞白血病、急性单核细胞性白血病、白血球减少性白血病、淋巴性白血病、淋巴母细胞性白血病、淋巴细胞性白血病、淋巴源性白血病、淋巴样白血病、淋巴肉瘤细胞白血病、肥大细胞白血病、巨核细胞性白血病、小骨髓母细胞性白血病、单核细胞性白血病、骨髓母细胞性白血病、骨髓细胞性白血病、骨髓性粒细胞性白血病、骨髓单核细胞性白血病、内格利白血病(Naegeli leukemia)、浆细胞白血病、浆细胞性白血病及前骨髓细胞性白血病。

在一些实施例中，本文提供的方法及组合物涉及癌治疗。术语“癌”是指上皮细胞的恶性生长，这些上皮细胞往往浸润环绕组织和/或抑制生理学及非生理学细胞死亡信号并产生转移。癌的非限制性示例性类型包含腺泡癌、腺泡样癌、腺囊样癌、腺样囊性癌、腺癌(carcinoma adenomatosum)、肾上腺皮质癌、肺泡癌、肺泡细胞癌、基底细胞癌(basal cellcarcinoma)、基底细胞癌(carcinoma basocellulare)、基底细胞样癌、基底鳞状细胞癌、支气管肺泡癌、细支气管癌、支气管癌、脑状癌、胆管细胞癌、绒毛膜癌、胶状癌、粉刺癌、子宫体癌、筛状癌、铠甲状癌、皮肤癌、柱状癌、柱状细胞癌、导管癌、硬癌(carcinoma durum)、胚胎性癌、脑状癌(encephaloid carcinoma)、表皮样癌、腺样上皮细胞癌、外植癌、溃疡性癌、纤维癌、胶状癌(gelatiniform carcinoma)、胶样癌(gelatinous carcinoma)、巨细胞癌(giant cell carcinoma)、印戒细胞癌(signet-ring cell carcinoma)、单纯癌、小细胞癌、马铃薯状癌、球状细胞癌、梭形细胞癌、髓状癌、鳞状癌、鳞状细胞癌、绳捆癌(stringcarcinoma)、毛细管扩张癌(carcinoma telangiectaticum)、毛细管扩张性癌(carcinomatelangiectodes)、移行细胞癌、块状癌、结节性皮癌、疣状癌、绒毛状癌、巨细胞癌(carcinoma gigantocellulare)、腺体癌(glandular carcinoma)、粒层细胞癌、毛基质细胞癌(hair-matrix carcinoma)、血样癌、肝细胞癌、许特耳细胞癌(Hurthle cellcarcinoma)、玻质状癌、肾上腺样癌、幼稚型胚胎性癌、原位癌、表皮内癌、上皮内癌、克罗姆佩柯赫尔氏肿瘤(Krompecher's carcinoma)、库尔契茨基氏细胞癌(Kulchitzky-cellcarcinoma)、大细胞癌、豆状癌(lenticular carcinoma)、豆样癌(carcinomalenticulare)、脂瘤样癌、淋巴上皮癌、髓样癌、髓质癌、黑色素癌、软癌、黏液性癌(mucinous carcinoma)、黏液癌(carcinoma muciparum)、黏液细胞癌(carcinomamucocellulare)、黏液表皮样癌、黏膜癌(carcinoma mucosum)、黏膜性癌(mucouscarcinoma)、黏液瘤样癌、鼻咽癌、燕麦状细胞癌、骨化性癌、骨质癌(osteoid carcinoma)、乳头状癌、门静脉周癌、浸润前癌、棘细胞癌、糜烂性癌、肾脏的肾细胞癌、储备细胞癌、肉瘤样癌、施奈德氏癌(schneiderian carcinoma)、硬性癌(scirrhous carcinoma)及阴囊癌(carcinoma scroti)。

在一些实施例中，本文提供的方法及组合物涉及肉瘤的治疗。术语“肉瘤”通常是指如胚胎结缔组织等物质组成的肿瘤且通常由包埋于原纤维、异质或均质物质中的紧密堆积细胞构成。肉瘤包括但不限于软骨肉瘤、纤维肉瘤、淋巴肉瘤、黑色素肉瘤、黏液肉瘤、骨肉瘤、子宫内膜肉瘤、基质肉瘤、尤文氏肉瘤(Ewing's sarcoma)、筋膜肉瘤、成纤维细胞性肉瘤、巨细胞肉瘤、艾伯内西氏肉瘤(Abemethy'ssarcoma)、脂肪肉瘤、脂肉瘤、软组织腺泡状肉瘤、釉质母细胞肉瘤、葡萄形肉瘤、绿色肉瘤、绒毛膜癌、胚胎性肉瘤、维尔姆斯氏肿瘤肉瘤(Wilms'tumor sarcoma)、粒细胞肉瘤、何杰金氏肉瘤(Hodgkin'ssarcoma)、特发性多发性色素沉着出血性肉瘤、B细胞免疫母细胞肉瘤、淋巴瘤、T细胞免疫母细胞肉瘤、晏森氏肉瘤(Jensen's sarcoma)、卡波西氏肉瘤(Kaposi's sarcoma)、库普弗细胞肉瘤(Kupffercell sarcoma)、血管肉瘤、白血病性肉瘤、恶性间叶瘤肉瘤、骨周肉瘤、网状细胞肉瘤、劳斯肉瘤(Rous sarcoma)、浆液囊性肉瘤、滑膜肉瘤及毛细血管扩张性肉瘤。

可使用本文描述的方法及组合物治疗的另外的示例性肿瘤包括霍奇金病(Hodgkin’s Disease)、非霍奇金淋巴瘤、多发性骨髓瘤、神经母细胞瘤、乳癌、卵巢癌、肺癌、横纹肌肉瘤、原发性血小板增多症、原发性巨球蛋白血症、小细胞肺肿瘤、原发性脑肿瘤、胃癌、结肠癌、恶性胰脏胰岛素瘤、恶性类癌、癌前皮肤病变、睪丸癌、淋巴瘤、甲状腺癌、神经母细胞瘤、食道癌、泌尿生殖道癌、恶性高钙血症、宫颈癌、子宫内膜癌、浆细胞瘤、结肠直肠癌、直肠癌及肾上腺皮质癌。

在一些实施例中，所治疗的癌症是黑色素瘤。术语“黑色素瘤”意指源自皮肤及其他器官的黑色素细胞系统的肿瘤。黑色素瘤的非限制性实例是哈-巴二氏黑色素瘤(Harding-Passey melanoma)、幼年型黑色素瘤、恶性小痣性痣黑色素瘤、恶性黑色素瘤、肢端小痣性黑色素瘤、无黑色素性黑色素瘤、良性幼年型黑色素瘤、克劳德曼氏黑色素瘤(Cloudman's melanoma)、S91黑色素瘤、结节性黑色素瘤甲下黑色素瘤及浅表扩展性黑色素瘤。

可使用本文所述的方法及组合物治疗的肿瘤的特定类别包括淋巴组织增生性疾病、乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌、宫颈癌、子宫内膜癌、骨癌、肝癌、胃癌、结肠癌、胰腺癌、甲状腺癌、头颈癌、中枢神经系统的癌症、外周神经系统的癌症、皮肤癌、肾癌、及所有上述的转移。特定类型的肿瘤包含肝细胞癌、肝细胞瘤、肝母细胞瘤、横纹肌肉瘤、食管癌、甲状腺癌、恶性神经节瘤、纤维肉瘤、黏液肉瘤、脂肉瘤、软骨肉瘤、成骨性肉瘤、脊索瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、尤文氏肿瘤、平滑肌肉瘤、横纹肌内皮肉瘤、侵袭性导管癌、乳头状腺癌、黑色素瘤、肺鳞状细胞癌、基底细胞癌、腺癌(充分分化、中等分化、分化不良或未分化)、支气管肺泡癌、肾细胞癌、肾上腺样瘤、肾上腺样腺癌、胆管癌、绒毛膜癌、精原细胞瘤、胚胎性癌、维尔姆斯氏肿瘤、睾丸肿瘤、肺癌(包含小细胞肺癌、非小细胞肺癌及大细胞肺癌)、膀胱癌、神经胶质瘤、星形细胞瘤、髓母细胞瘤、颅咽管瘤、室管膜瘤、松果体瘤、视网膜母细胞瘤、神经母细胞瘤、结肠癌、直肠癌、血液系统恶性肿瘤(包含所有类型的白血病及淋巴瘤，包含：急性髓性白血病、急性髓细胞性白血病、急性淋巴细胞性白血病、慢性髓性白血病、慢性淋巴细胞白血病、肥大细胞白血病、多发性骨髓瘤、髓样淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、浆细胞瘤、结肠直肠癌及直肠癌。

某些实施例中所治疗的癌症还包含癌症前期病灶，例如光化性角化病(日旋光性角化病)、莫耳痣(发育异常痣)、光化性唇炎(农夫唇)、皮角、巴瑞特氏食管症(Barrett'sesophagus)、萎缩性胃炎、先天性角化不良、缺铁性咽下困难、扁平苔藓、口腔黏膜下纤维化、光化性(日旋光性)弹性组织变性及子宫颈发育不良。

一些实施例中所治疗的癌症包含非癌性或良性肿瘤，例如内胚层、外胚层或间质起源的肿瘤，包括但不限于胆管瘤、结肠息肉、腺瘤、乳头瘤、囊腺瘤、肝细胞腺瘤、葡萄胎、肾小管腺瘤、鳞状细胞乳头瘤、胃息肉、血管瘤、骨瘤、软骨瘤、脂肪瘤、纤维瘤、淋巴管瘤、平滑肌瘤、横纹肌瘤、星形细胞瘤、痣、脑膜瘤及神经节瘤。

其他疾病及障碍

在一些实施例中，本文描述的方法及组合物涉及非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)及非酒精性脂肪性肝炎(NASH)的治疗。

在一些实施例中，本文描述的方法及组合物涉及肝疾病的治疗。此疾病包括(但不限于)阿拉吉尔综合征(Alagille Syndrome)、酒精相关肝病、α-1抗胰蛋白酶缺乏症、自体免疫性肝炎、良性肝肿瘤、胆管闭锁、肝硬化、半乳糖血症、吉尔伯特综合征、血色素沉着病、A型肝炎、B型肝炎、C型肝炎、肝性脑病、妊娠期肝内胆汁淤积症(ICP)、溶酶体酸脂肪酶缺乏症(LAL-D)、肝囊肿、肝癌、新生儿黄疸、非酒精性脂肪肝病、原发性胆汁性胆管炎(PBC)、原发性硬化性胆管炎(PSC)、雷氏综合征(Reye Syndrome)、I型糖原贮积病及威尔森病(Wilson Disease)。

本文所述的方法及组合物可用以治疗神经退化性及神经性疾病。在某些实施例中，神经退化性和/或神经性疾病是帕金森氏症(Parkinson’s disease)、阿兹海默症(Alzheimer’s disease)、普里昂疾病、杭丁顿症(Huntington’s disease)、运动神经元疾病(MND)、脊髓小脑共济失调、脊髓性肌萎缩症、肌张力障碍、特发性颅内高压、癫痫、神经系统疾病、中枢神经系统疾病、运动障碍、多发性硬化、脑病、周围神经病变或术后认知功能障碍。

菌群失调

近年来，越来越清楚的是，肠道微生物组(也称为“肠道微生物群”)可通过微生物对宿主的免疫细胞和其它细胞的活性以及影响(局部和/或远端)对个体健康产生显著影响(Walker,W.A.,Dysbiosis[菌群失调].The Microbiota in GastrointestinalPathophysiology[胃肠道病理生理学中的微生物.]第二十五章.2017；Weiss和Thierry,Mechanisms and consequences of intestinal dysbiosis[肠道菌群失调的机制和后果].Cellular and Molecular Life Sciences[细胞与分子生命科学].(2017)74(16):2959-2977.Zurich Open Repository and Archive[苏黎世开放存储库和档案馆],doi:https://doi.org/10.1007/s00018-017-2509-x))。

健康的宿主肠道微生物组稳态有时被称为“生态平衡”或“正常微生物”，而宿主微生物组的组成和/或其多样性的有害变化可能导致微生物组的不健康失衡，或“菌群失调”(Hooks和O'Malley.Dysbiosis and its discontents[菌群失调及其不满].AmericanSociety for Microbiology[美国微生物学会].2017年10月.第8卷.第5期.mBio8:e01492-17.https://doi.org/10.1128/mBio.01492-17)。当微生物组稳态丧失或减弱时，可能会发生菌群失调以及相关的局部或远端宿主发炎或免疫效应，从而导致：对病原体的敏感性增加；宿主细菌代谢活性改变；诱导宿主促炎活性和/或降低宿主抗炎活性。此类效应部分地由宿主免疫细胞(例如，T细胞、树突细胞、肥大细胞、NK细胞、肠上皮淋巴细胞(IEC)、巨噬细胞和吞噬细胞)和细胞因子，以及由此类细胞和其它宿主细胞释放的其他物质之间的相互作用介导。

菌群失调可能发生在胃肠道内(“胃肠道菌群失调”或“肠道菌群失调”)，或者可能发生在胃肠道内腔外(“远端菌群失调”)。胃肠菌群失调通常与肠上皮屏障完整性降低、紧密连接完整性降低和肠通透性增加有关。Citi,S.Intestinal Barriers protect againstdisease[肠屏障可预防疾病],Science[科学]359:1098-99(2018)；Srinivasan等人,TEERmeasurement techniques for in vitro barrier model systems[用于体外屏障模型系统的TEER测量技术].J.Lab.Autom[实验室自动化杂志].20:107-126(2015)。胃肠道菌群失调可以在胃肠道内外产生生理和免疫作用。

菌群失调的存在已与多种疾病和病症相关，包括：感染、癌症、自身免疫障碍(例如系统性红斑狼疮(SLE))或炎性障碍(例如功能性胃肠道疾病，例如炎性肠病(IBD)、溃疡性结肠炎和克罗恩病)、神经炎性疾病(例如多发性硬化症)、移植障碍(例如移植物抗宿主病)、脂肪肝疾病、I型糖尿病、类风湿性关节炎、干燥综合征、乳糜泻、囊性纤维化，慢性阻塞性肺病(COPD)以及其他与免疫功能障碍相关的疾病和病症。Lynch等人,The HumanMicrobiome in Health and Disease[健康与疾病中的人类微生物组],N.Engl.J.Med.375:2369-79(2016)，Carding等人,Dysbiosis of the gut microbiota indisease[疾病中肠道微生物的菌群失调].Microb.Ecol.Health Dis[微生物生态与健康疾病].(2015)；26:10:3402/mehd.v26.2619；Levy等人,Dysbiosis and the Immune System[菌群失调和免疫系统],Nature Reviews Immunology[自然评论免疫学]17:219(2017年4月)。

本文所披露的示例性药物组合物可以通过修饰存在于菌群失调部位的免疫活性来治疗菌群失调及其影响。如本文所述，此类组合物可通过对宿主免疫细胞的作用(导致例如抗炎细胞因子的分泌增加和/或促炎细胞因子的分泌减少，从而减轻受试接受者的炎症)或通过代谢产物生产的变化来修饰菌群失调。

本文公开的可用于治疗与菌群失调相关的障碍的示例性药物组合物包含一种或多种类型的免疫调节细菌(例如抗炎细菌)和/或由此类细菌产生的MP。这样的组合物能够影响接受者宿主在胃肠道中的免疫功能，和/或在受试者胃肠道外的远端部位产生系统性作用。

本文公开的可用于治疗与菌群失调相关的障碍的示例性药物组合物包含单一细菌物种(例如，单一菌株)的免疫调节细菌(例如，抗炎细菌)的群体和/或由此类细菌产生的MP。这样的组合物能够影响接受者宿主在胃肠道中的免疫功能，和/或在受试者胃肠道外的远端部位产生系统性作用。

在一个实施例中，将包含经分离的免疫调节细菌(例如抗炎细菌细胞)群体或由此类细菌产生的MP的药物组合物以有效治疗哺乳动物接受者的菌群失调和其一种或多种影响的量施用(例如口服)给该接受者。该菌群失调可以是胃肠道菌群失调或远端菌群失调。

在另一个实施例中，本发明的药物组合物可以治疗胃肠道菌群失调及其对宿主免疫细胞的一种或多种影响，导致抗炎细胞因子的分泌增加和/或促炎细胞因子的分泌减少，从而减轻受试接受者的炎症。

在另一个实施例中，药物组合物可以通过以下来治疗胃肠道菌群失调及其一种或多种影响：经由细胞和细胞因子调节来调节接受者的免疫应答，以通过增加肠上皮屏障的完整性来降低肠道通透性。

在另一个实施例中，药物组合物可以通过以下来治疗远端菌群失调及其一种或多种影响：经由调节宿主免疫细胞来调节菌群失调部位的接受者免疫应答。

其他示例性药物组合物可用于治疗与菌群失调有关的障碍，这些组合物包含一种或多种类型的细菌或MP，这些细菌或MP能够改变接受者中的宿主免疫细胞亚群(例如T细胞、免疫淋巴样细胞、树突细胞、NK细胞和其他免疫细胞的亚群)相对比例或其功能。

其他示例性药物组合物可用于治疗与菌群失调有关的障碍，这些组合物包含单一细菌物种(例如，单一菌株)的免疫调节细菌或MP的群体，其能够改变接受者中免疫细胞亚群(例如T细胞亚群、免疫淋巴样细胞、NK细胞和其他免疫细胞)的相对比例或其功能。

在一个实施例中，本发明提供了通过以下来治疗胃肠道菌群失调及其一种或多种影响的方法：向有需要的受试者口服施用药物组合物，该药物组合物改变存在于菌群失调部位的微生物组群体。药物组合物可以包含一种或多种类型的免疫调节细菌或MP或者单一细菌物种(例如，单一菌株)的免疫调节细菌或MP的群体。

在一个实施例中，本发明提供了通过以下来治疗远端菌群失调及其一种或多种影响的方法：向有需要的受试者口服施用药物组合物，该药物组合物改变受试者的胃肠道外的免疫应答。药物组合物可以包含一种或多种类型的免疫调节细菌或MP或者单一细菌物种(例如，单一菌株)的免疫调节细菌或MP的群体。

在示例性实施例中，可用于治疗与菌群失调有关的障碍的药物组合物刺激宿主免疫细胞分泌一种或多种抗炎细胞因子。抗炎细胞因子包括但不限于IL-10、IL-13、IL-9、IL-4、IL-5、TGFβ及其组合。在其他示例性实施例中，可用于治疗与菌群失调有关的障碍的药物组合物减少(例如抑制)宿主免疫细胞分泌一种或多种促炎细胞因子。促炎细胞因子包括但不限于IFNγ、IL-12p70、IL-1α、IL-6、IL-8、MCP1、MIP1α、MIP1β、TNFα及其组合。其他示例性细胞因子是本领域已知的并且在本文中描述。

另一方面，本发明提供了在有需要的受试者中治疗或预防与菌群失调有关的障碍的方法，该方法包括向受试者施用(例如口服施用)益生菌食品或医疗食品形式的治疗组合物，该治疗组合物包含的细菌或MP的数量足以改变菌群失调部位的微生物组，从而治疗与菌群失调有关的障碍。

在另一个实施例中，益生菌食品或医疗食品形式的本发明的治疗组合物可用于预防或延迟处于发展为菌群失调风险的受试者中菌群失调的发作。

制造增强的细菌的方法

在某些方面中，本文提供制造用于产生本文描述的MP的工程改造的细菌的方法。在一些实施例中，这些工程改造的细菌经修饰以增强某些所需性质。例如，在一些实施例中，对工程改造的细菌进行修饰以增强MP的免疫调节作用和/或治疗作用(例如，单独或与另一种治疗剂组合)，以降低毒性和/或改善细菌和/或细菌和/或MP制造(例如更高的耐氧性，更高的抗冻融性，更短的产生时间)。工程改造的细菌可使用本领域中已知的任何技术产生，包括(但不限于)定点诱变、转座子诱变、敲除、敲入、聚合酶链反应诱变、化学诱变、紫外线诱变、转形(化学或通过电穿孔)、噬菌体转导、定向演化、CRISPR/Cas9或其任何组合。

在本文提供的方法的一些实施例中，细菌通过定向演化进行修饰。在一些实施例中，所述定向演化包含将细菌暴露于环境条件并选择在环境条件下具有经改善的存活和/或生长的细菌。在一些实施例中，所述方法包括使用识别增强的细菌的分析筛选诱变细菌。在一些实施例中，该方法还包括诱变细菌(例如，通过暴露于化学诱变剂和/或UV辐射)，或将它们暴露于治疗剂(例如抗生素)，接着进行分析以检测具有所需表型的细菌(例如，活体内分析、离体分析或活体外分析)。

实例

实例1：从细菌制备和纯化膜以产生膜制剂(MP)

使用本领域技术人员已知的方法(Thein等人,2010；Sandrini等人,2014)从细菌培养物纯化总膜制剂(MP)。

例如，MP是根据Thein等人,2010改适的方法纯化的。细菌培养物在室温或4℃下以10,000-15,500x g离心10-15分钟。丢弃上清液，并将细胞沉淀物在-80℃冷冻。将细胞沉淀物在冰上解冻，并重悬于补充有1mg/mL DNA酶I的100mM Tris-HCl(pH 7.5)中。然后在制造商建议的条件下使用Emulsiflex C-3(奥维斯丁公司(Avestin,Inc.))裂解细胞。通过在4℃下以10,000x g离心15分钟来沉淀碎片和未裂解的细胞。然后将上清液在4℃下以120,000x g离心1小时。将沉淀物重悬于冰冷的pH 11的100mM碳酸钠中，在4℃下搅拌孵育1小时，然后在4℃下以120,000x g离心1小时。将沉淀重悬于pH 7.5的100mM Tris-HCl中，在4℃下以120,000x g再离心20分钟，然后重悬于0.1M Tris-HCl(pH 7.5)中或于PBS中。样品储存在-20℃。

可替代地，MP是根据Sandrini等人,2014改适的方法获得的。之后，将细菌培养物在室温或4℃下以10,000-15,500x g离心10-15分钟，将细胞沉淀物在-80℃冷冻，并丢弃上清液。然后，将细胞沉淀物在冰上解冻，并重悬于10mM Tris-HCl(pH 8.0)、补充有0.1mg/mL溶菌酶的1mM EDTA中。然后将样品在室温或37℃下混合孵育30分钟。在一个任选步骤中，将样品在-80℃下重新冷冻，然后再次在冰上解冻。添加DNA酶I至终浓度为1.6mg/mL，并添加MgCl2至终浓度为100mM。使用QSonica Q500超声仪以30秒开启和30秒关闭的7个循环对样品进行超声处理。通过在4℃下以10,000x g离心15分钟来沉淀碎片和未裂解的细胞。然后将上清液在4℃下以110,000x g离心15分钟。将沉淀重悬于10mM Tris-HCl(pH 8.0)、2％曲通X-100中，并在室温下混合孵育30-60分钟。将样品在4℃下以110,000x g离心15分钟。将沉淀物重悬于PBS中并储存在-20℃。

实例2：标记细菌的MP

为了跟踪它们在体内的生物分布并在体外以各种制剂和用哺乳动物细胞进行的测定中对其进行定量和定位，可以标记MP。例如，MP可以是放射性标记的、与染料一起孵育、荧光标记的、发光标记的或用包含金属和金属同位素的缀合物标记的。

例如，MP与缀合至官能团(如NHS-酯、点击化学基团、链霉亲和素或生物素)的染料一起孵育。反应可以在多种温度下进行数分钟或数小时，并且可以进行或不进行搅拌或旋转。然后可以根据方案通过添加试剂(例如牛血清白蛋白或类似试剂)来终止反应，并通过超速离心、过滤、离心过滤、柱亲和纯化或透析除去游离或未结合的染料分子。可以采用包含洗涤缓冲液和涡旋或搅拌的另外洗涤步骤以确保完全去除游离染料分子，例如在SuChul Jang等人,Small.11,第4期,456-461(2017)中所述。

通过共聚焦显微镜、纳米颗粒跟踪分析、流式细胞仪、荧光激活细胞分选(FAC)或荧光成像系统(例如Odyssey CLx，(LICOR))，在细胞或器官中，或在体外和/或离体样品中检测荧光标记的MP。另外，使用仪器，诸如H-I.Choi等人Experimental&MolecularMedicine[实验与分子医学].49:e330(2017)中的IVIS光谱CT(珀金埃尔默公司(PerkinElmer))或Pearl Imager(LICOR)在完整动物和/或经剥离的器官及组织中检测经荧光标记的MP。

也可以使用上述方案用含有金属和金属同位素的缀合物标记MP。可以将金属缀合的MP体内施用给动物和收获自器官并进行离体分析的细胞，或来源于动物、人类的细胞，或在体外用金属标记的MP处理的永生化的细胞生命以及随后用金属缀合的抗体标记并使用飞行时间流式细胞术(CyTOF)仪器(例如Helios CyTOF(富鲁达公司(Fluidigm)))进行表型分析或使用成像质量细胞术仪器(例如Hyperion成像系统(富鲁达公司))进行成像和分析的细胞。另外，MP可以用放射性同位素标记以跟踪MP的生物分布(参见，例如，Miller等人,Nanoscale[纳米尺度].2014年5月7日；6(9):4928-35)。

实例3：利用透射电子显微术观测细菌产生MP及经纯化的细菌MP

在细菌产生MP或经纯化的细菌MP时使用透射电子显微镜术(TEM)来对其进行观测(S.Bin Park等人PLoS ONE[公共科学图书馆·综合].6(3):e17629(2011))。MP制备自如实例1中描述的细菌分批培养物。将MP加载于300-或400-目-尺寸碳涂覆铜网(电子显微科学公司(Electron Microscopy Sciences)，美国)上历时2分钟并用去离子水清洗。MP使用2％(w/v)乙酸铀酰负染色20秒至1分钟。铜网用无菌水清洗并干燥。影像使用透射电子显微镜以100至120kV加速电压获取。经染色的MP在直径20nm-600nm之间出现且为电子致密的。对各网筛选10至50个视野。

实例4：图谱分析MP组成及内容物

MP可通过包括(但不限于)以下的各种方法中的任一者来表征：NanoSight表征、SDS-PAGE凝胶电泳、西方墨点法、ELISA、液相色谱-质谱法及质谱、动态光散射、脂质水平、总蛋白、脂质与蛋白质比、核酸分析及ζ电位。

MP的NanoSight表征

纳米颗粒跟踪分析(NTA)用以表征经纯化的细菌MP的粒度分布。于NanoSight机器(马尔文仪器公司(Malvern Instruments))上运行经纯化的MP制剂以评估MP尺寸及浓度。

SDS-PAGE凝胶电泳

为识别经纯化的MP的蛋白质组分(实例1)，将样品于Bolt Bis-Tris Plus 4％-12％凝胶(赛默飞世尔科技公司(Thermo-Fisher Scientific))上使用标准技术运行。将样品于1x SDS样品缓冲液中煮沸10分钟，冷却至4℃，及然后在16,000x g下离心1分钟。然后，将样品于SDS-PAGE凝胶上运行并使用几种标准技术(例如，银染色、考马斯蓝、凝胶代码蓝)中的任何一者进行染色以使条带可视化。

蛋白质印迹分析

为识别及定量经纯化的MP的特定蛋白质组分，MP蛋白通过如上文描述的SDS-PAGE分离及经受蛋白质印迹分析(Cvjetkovic等人，Sci.Rep.[科学报告]6,36338(2016))并经由ELISA定量。

液相色谱法-质谱法(LC-MS/MS)及质谱法(MS)

存在于MP中的蛋白质通过质谱法技术识别及定量。另外，代谢内容物使用液体色谱法与质谱法的组合进行确定。存在测定各种样品的代谢内容物且为本领域技术人员已知的各种技术，这些技术涉及溶剂萃取、层析分离及耦合至质量测定的各种电离技术(Roberts等人，2012Targeted Metabolomics.[靶向代谢组学]Curr Protoc Mol Biol.[当代分子生物学方案]30:1-24；Dettmer等人，2007,Mass spectrometry-basedmetabolomics.[基于质谱的代谢组学]Mass Spectrom Rev.[质谱综述]26(1):51-78)。作为一项非限制性实例，LC-MS系统包括与1100系列泵(安捷伦公司(Agilent))及HTS PAL自动进样器(Leap科技公司(Leap Technologies))组合的4000QTRAP三重四级杆质谱仪(ABSCIEX)。培养基样品或其他复杂代谢混合物(约10μL)是使用九体积的含有稳定的同位素标记内标物(缬胺酸-d8，Isotec；及苯丙胺酸-d8，剑桥同位素实验室(Cambridge IsotopeLaboratories))的74.9:24.9:0.2(v/v/v)乙腈/甲醇/甲酸进行萃取。标准物可取决于受关注的代谢物进行调整或修饰。样品是经离心(10分钟，9,000g，4℃)，及上清液(10μL)是通过将溶液注射于HILIC管柱(150×2.1mm，3μm粒度)上而呈递至LCMS。管柱通过使5％流动相[10mM甲酸铵，0.1％甲酸于水中]以250uL/分钟的速率流动1分钟，接着线性梯度历时10分钟至40％流动相的溶液[具有0.1％甲酸的乙腈]进行溶离。将离子喷雾电压设定至4.5kV及源温度是450℃。

数据是使用市售软件(诸如来自AB SCIEX的Multiquant 1.2)进行分析以用于质谱峰积分。受关注的峰应手动控制并与标准进行比较来证实该峰的同一性。用适当的标准物进行定量以确定在细菌调节(bacterial conditioning)后及在肿瘤细胞生长后，初始培养基中存在的代谢物的量。

动态光散射(DLS)

DLS量测(包括不同尺寸的颗粒在不同MP制剂中的分布)是使用仪器诸如DynaProNanoStar(怀雅特技术公司(Wyatt Technology))及Zetasizer Nano ZS(马尔文仪器公司(Malvern Instruments))进行。

脂质水平

脂质水平是使用FM4-64(生命科技公司(Life Technologies))，通过类似于那些由A.J.McBroom等人，J Bacteriol[细菌学杂志]188:5385-5392.及A.Frias等人，MicrobEcol.[微生物生态学]59:476-486(2010)描述者的方法进行定量。样品是用FM4-64培养(3.3μg/mL于PBS中，在37℃下在黑暗中培养10分钟)。在515nm下激发后，在635nm下的发射是使用Spectramax M5平板阅读器(分子仪器公司(Molecular Devices))量测。绝对浓度是通过将未知样品与已知浓度的标准物(诸如棕榈酰油酸磷脂酰甘油(POPG)囊泡)进行比较而测定。

总蛋白质

蛋白质水平是通过标准分析(诸如布拉德福德及BCA分析)定量。这些布拉德福德分析是使用Quick Start布拉德福德1x染料试剂(伯乐公司(Bio-Rad))，根据制造商的方案运行。BCA分析是使用Pierce BCA蛋白质分析试剂盒(赛默飞世尔科技公司(Thermo-FisherScientific))运行。绝对浓度是通过与产生自已知浓度的BSA的标准曲线进行比较而测定。

脂质:蛋白质比率

脂质:蛋白质比率是通过脂质浓度除以蛋白质浓度产生。相较于各制剂中的游离蛋白质，这类提供囊泡的纯度的量度。

核酸分析

核酸萃取自MP并使用Qubit荧光计定量。粒度分布是使用生物分析仪评估并将材料测序。

ζ电位

不同制剂的ζ电位是使用诸如Zetasizer ZS(Malvern Instruments)的仪器量测。

实例5：活体外筛选用于增强活化树突细胞的MP

霍乱弧菌MP通过上皮细胞间接活化树突细胞的能力是霍乱弧菌EV刺激哺乳动物宿主中的免疫应答的一种非限制性机制(D.Chatterjee,K.Chadhuri.J Biol Chem.[生物化学杂志]288(6):4299-309(2013))。由于此MP活性很可能与活体内刺激促炎症级联反应的其他细菌共享，因此本文披露分析细菌MP活化DC的活体外方法。简而言之，PBMC是通过梯度离心使用淋巴细胞分离剂(奈科明公司(Nycomed)，奥斯陆，挪威)分离自来自CM的肝素化静脉血或使用基于磁珠的人血树突细胞分离试剂盒(美天旎生物技术公司(MiltenyiBiotech)，坎布里奇，马萨诸塞州)分离自小鼠脾脏或骨髓。使用抗人CD14 mAb，单核细胞是通过Moflo纯化并在cRPMI中以5e5个细胞/ml的细胞密度于96孔板(科斯塔公司(CostarCorp))中在37℃下培养7天。就树突细胞的成熟而言，培养物以0.2ng/mL IL-4及1000U/mlGM-CSF在37℃下刺激一周。可替代地，成熟是通过单独用重组GM-CSF培养一周达到。小鼠DC可使用珠富集直接获取自脾脏或分化自造血干细胞。简而言之，骨髓获得自小鼠的股骨。回收细胞并裂解红细胞。干细胞是在细胞培养基中与20ng/ml小鼠GMCSF一起培养4天。添加含有20ng/ml小鼠GM-CSF的另外培养基。在第6天，将培养基及非黏附细胞移除并用含有20ng/ml GMCSF的新鲜细胞培养基置换。具有20ng/ml GM-CSF的细胞培养基的最终添加是在第7天添加。在第10天，获取非黏附细胞并接种于细胞培养板中过夜并视需要进行刺激。然后，树突细胞用25至75ug/mL MP及抗生素处理24小时。经测试的MP组合物可包括来自单一细菌物种或菌株的MP。经测试的MP组合物亦可包括来自细菌属、属内物种或物种内菌株的MP的混合物。PBS及来自乳杆菌的MP作为阴性对照包括于其中且LPS、抗CD40抗体及来自双歧杆菌属的MP用作阳性对照。在培养后，DC是用抗CD11b、CD11c、CD103、CD8a、CD40、CD80、CD83、CD86、MHCI及MHCII染色，及通过流式细胞术分析。相较于阴性对照在CD40、CD80、CD83及CD86中显著增加的DC被视为由相关细菌MP组合物活化。这些实验最少重复三次。

为筛选经MP活化的上皮细胞刺激DC的能力，上述方案是以添加24小时上皮细胞MP共培养物且接着用DC培养进行。在用MP培养后，清洗上皮细胞及然后在缺乏MP的情况下与DC共培养24小时，然后如上文进行处理。上皮细胞系可包括Int407、HEL293、HT29、T84及CACO2。

作为DC活化的另外量测，在用MP或经MP处理的上皮细胞将DC培养24小时后，自孔移除100μl培养上清液并使用Luminex Magpix.多任务试剂盒(EMD密理博公司(EMDMillipore),达姆施塔特市，德国)分析分泌的细胞因子、趋化因子及生长因子。简而言之，这些孔用缓冲液预湿，并添加25μl的1x经抗体涂覆的磁珠且2x200μl清洗缓冲液是在每个孔中使用磁珠进行。添加50μl培养缓冲液、50μl稀释剂及50μl样品并经由在室温下在黑暗中振荡2小时进行混合。然后，用200μl清洗缓冲液清洗这些珠两次。添加100μl的1X生物素化检测抗体并及黑暗中伴随振荡培养悬浮液1小时。然后，用清洗缓冲液进行两次200μl清洗。将100μl的1x SAV-RPE试剂添加至各孔并在室温下在黑暗中培养30分钟。进行三次200μl清洗并添加125μl清洗缓冲液及进行2至3分钟振荡。然后，将这些孔呈递至Luminex xMAP系统中用于分析。

标准物容许细胞因子(包括GM-CSF、IFN-g、IFN-a、IFN-B、IL-1a、IL-1B、IL-2、IL-4、IL-5、IL-6、IL-8、IL-10、IL-13、IL-12(p40/p70)、IL-17A、IL-17F、IL-21、IL-22IL-23、IL-25、IP-10、KC、MCP-1、MIG、MIP1a、TNFa及VEGF)的仔细定量。评估小鼠及人起源两者的样品中的这类细胞因子。经细菌处理的样品中的这类细胞因子的增加指示宿主增强产生蛋白质及细胞因子。检查特定细胞类型释放细胞因子的能力的此分析的其他变化是经由通过分选方法获取这类细胞进行评估并为本领域中的一般技术者知晓。此外，亦评估细胞因子mRNA以解决应答于MP组合物的细胞因子释放。宿主细胞中的这类变化刺激与癌症微环境中的活体内应答类似的免疫应答。

此DC刺激方案可使用经纯化的MP及活细菌菌株的组合重复以最大化免疫刺激潜力。

实例6：当用肿瘤细胞培养时，活体外筛选用于增强活化CD8+ T细胞杀死的MP

本文描述用于筛选可活化肿瘤细胞的CD8+ T细胞杀死的MP的活体外方法。简而言之，DC分离自人类PBMC或小鼠脾脏并用单株MP、MP的混合物及适当对照培养，如实例12中描述。另外，CD8+T细胞是使用基于磁珠的小鼠CD8a+ T细胞分离试剂盒及基于磁珠的人类CD8+ T细胞分离试剂盒(两者均来自美天旎生物技术公司(Miltenyi Biotech)，坎布里奇，马萨诸塞州)获得自人类PBMC或小鼠脾脏。在用MP将DC培养24小时后，或用经MP刺激的上皮细胞(实例12中详细描述)将DC培养24小时后，用PBS清洗液自细胞移除MP，在96孔板中将具有抗生素的100ul新鲜培养基添加至各孔，并将200,000个T细胞添加至各实验孔。抗CD3抗体是以2ug/ml的最终浓度添加。然后，容许在37℃下在正常氧条件下将共培养物培养96小时。

进入共培养物培养72小时后，以50,000个肿瘤细胞/孔接种于新96孔板中的各孔中。所用的小鼠肿瘤细胞系包括B16.F10、SIY+B16.F10等等。人肿瘤细胞系是与供体HLA匹配，且可包括PANC-1、UNKPC960/961、UNKC及HELA细胞系。在96小时共培养完成后，将100μl的CD8+ T细胞及DC混合物转移至含有肿瘤细胞的孔。在37℃下在正常氧条件下将板培养24小时。星形孢菌素用作阴性对照以解释细胞死亡。

在此培养后，使用流式细胞术以量测肿瘤细胞死亡及表征免疫细胞表型。简而言之，肿瘤细胞用活性染料染色。使用FACS分析以对肿瘤细胞特异性门控并量测死(被杀死)肿瘤细胞的百分率。数据亦显示为每孔死肿瘤细胞的绝对数量。细胞毒性CD8+ T细胞表型可通过下列方法表征：a)上清液颗粒酶B、IFNy及TNFa于培养上清液中的浓度，如下文描述；b)活化标志物(诸如DC69、CD25、CD154、PD-1、γ/δTCR、Foxp3、T-bet、颗粒酶B)的CD8+ T细胞表面表达；c)IFNy、颗粒酶B、TNFa于CD8+ T细胞中的胞内细胞因子染色。除上清液细胞因子浓度(包括INFy、TNFa、IL-12、IL-4、IL-5、IL-17、IL-10、趋化因子等)外，亦可通过胞内细胞因子染色评估CD4+ T细胞表型。

作为CD8+ T细胞活化的另外量测，在T细胞与DC培育96小时之后，自孔移除100μl培养上清液，且使用多任务Luminex Magpix.试剂盒(EMD密理博公司(EMD Millipore)，达姆施塔特市，德国)针对经分泌的细胞因子、趋化因子及生长因子对培养上清液进行分析。简而言之，这些孔用缓冲液预湿，并添加25μl的1x经抗体涂覆的磁珠且2x200μl清洗缓冲液是在每个孔中使用磁珠进行。添加50μl培养缓冲液、50μl稀释剂及50μl样品并经由在室温下在黑暗中振荡2小时进行混合。然后，用200μl清洗缓冲液清洗这些珠两次。添加100μl的1X生物素化检测抗体并及黑暗中伴随振荡培养悬浮液1小时。然后，用清洗缓冲液进行两次200μl清洗。将100μl的1xSAV-RPE试剂添加至各孔并在室温下在黑暗中培养30分钟。进行三次200μl清洗并添加125μl清洗缓冲液及进行2至3分钟振荡。然后，将这些孔呈递至LuminexxMAP系统中用于分析。

标准物容许细胞因子(包括GM-CSF、IFN-g、IFN-a、IFN-B IL-1a、IL-1B、IL-2、IL-4、IL-5、IL-6、IL-8、IL-10、IL-13、IL-12(p40/p70)、IL-17、IL-23、IP-10、KC、MCP-1、MIG、MIP1a、TNFa及VEGF)的仔细定量。评估小鼠及人起源两者的样品中的这类细胞因子。经细菌处理的样品中的这类细胞因子的增加指示宿主增强产生蛋白质及细胞因子。检查特定细胞类型释放细胞因子的能力的此分析的其他变化是经由通过分选方法获取这类细胞进行评估并为本领域中的一般技术者知晓。此外，亦评估细胞因子mRNA以解决应答于MP组合物的细胞因子释放。宿主细胞中的这类变化刺激与癌症微环境中的活体内应答类似的免疫应答。

此CD8+ T刺激方案可使用经纯化的MP及活细菌菌株的组合重复以最大化免疫刺激潜力。

实例7：通过PBMC活体外筛选用于增强肿瘤细胞杀死的MP

本文包括针对刺激PBMC(其进一步活化CD8+ T细胞以杀死肿瘤细胞)的能力筛选MP的方法。PBMC是通过用于小鼠或人类血液的菲可-帕克(ficoll-paque)梯度离心分离自来自CM的肝素化静脉血或用淋巴细胞分离培养基(Cedarlane实验室(Cedarlane Labs)，安大略，加拿大)分离自小鼠血液。PBMC是用单株MP、MP的混合物及适当对照培养，如实例12中描述。另外，CD8+ T细胞获得自人类PBMC或小鼠脾脏，如实例12中。在用MP将PBMC培养24小时后，用PBS清洗自细胞移除MP，在96孔板中将具有抗生素的100ul新鲜培养基添加至各孔，并将200,000个T细胞添加至各实验孔。抗CD3抗体是以2ug/ml的最终浓度添加。然后，容许在37℃下在正常氧条件下将共培养物培养96小时。

进入共培养物培养72小时后，以50,000个肿瘤细胞/孔接种于新96孔板中的各孔中。所用的小鼠肿瘤细胞系包括B16.F10、SIY+B16.F10等等。人肿瘤细胞系是与供体HLA匹配，且可包括PANC-1、UNKPC960/961、UNKC及HELA细胞系。在96小时共培养完成后，将100μl的CD8+ T细胞及PBMC混合物转移至含有肿瘤细胞的孔。在37℃下在正常氧条件下将板培养24小时。星形孢菌素用作阴性对照以解释细胞死亡。

此PBMC刺激方案可使用经纯化的MP及活细菌菌株的组合重复以最大化免疫刺激潜力。

实例8：活体外检测抗原呈递细胞中的MP

固有层中的树突细胞通过延伸它们的树突穿过肠上皮以不断地在肠腔中取样活细菌、死细菌及微生物产物，这是由细菌在肠腔中产生的MP可直接刺激树突细胞的一种方法。下列方法表示一种评估抗原呈递细胞差异摄取MP的方法。视需要，这类方法可用以评估向患者施用的MP的免疫调节行为。

树突细胞(DC)是根据标准方法或套组方案(例如，Inaba K、Swiggard WJ、Steinman RM、Romani N、Schuler G，2001.Isolation of dendritic cells.[树突细胞的分离]Current Protocols in Immunology[当代免疫学实验手册]，第3章：第3.7单元)及如实例12中讨论分离自人类或小鼠骨髓、血液或脾脏。

为评估MP进入和/或存在于DC中，将250,000个DC接种于圆形盖玻片上的完全RPMI-1640培养基中及然后在1:1与1:10之间的多重感染(MOI)下用来自单一细菌菌株的MP或组合MP进行培养。经纯化的MP已用如实例2中描述的荧光染料或荧光蛋白标记。在培养1小时后，细胞是用冰冷PBS清洗两次，使用胰蛋白酶分离自板。使细胞保持完整或裂解。然后处理样品以用于流式细胞术。自裂解的样品定量总内化MP，及通过计数荧光细胞量测摄取MP的细胞的百分率。上文描述的方法亦可使用巨噬细胞或上皮细胞系(获得自ATCC)代替DC以大体上相同方式进行。

实例9：当用靶细胞培养时，活体外筛选具有活化NK细胞杀死的增强的能力的MP

为证实当用肿瘤细胞培养时，所选MP组合物引起对肿瘤细胞的有效NK细胞细胞毒性的能力，使用下列活体外分析。简而言之，自健康人供体获得来自肝素化血液的单核细胞。视需要，如先前描述般进行增加NK细胞的数量的扩增步骤(例如，参见Somanschi等人，JVis Exp.[视觉实验杂志]2011；(48):2540..)。将它们调整至于含有5％人类血清的RPMI-1640培养基中的1e6个细胞/ml浓度。然后，用适当的抗体标记PMNC细胞及通过FACS将NK细胞分离为CD3-/CD56+细胞且准备用于后续的细胞毒性分析。可替代地，NK细胞是使用autoMACs仪器及NK细胞分离试剂盒遵循制造商的使用说明(美天旎生物技术公司(Miltenyl Biotec))进行分离。

将NK细胞进行计数并以96孔格式以20,000个或更多个细胞/孔铺板，并与单一菌株MP(在添加或不添加以下各项的情况下：抗原呈递细胞(例如衍生自同一供体的单核细胞)、来自细菌菌株混合物的MP和实例12中所述的适当对照)孵育。作为另外的阴性对照，此分析是用来自核粒梭杆菌的MP运行。已知核粒梭杆菌(F.nucleatum)对NK细胞活性具有抑制性(参见，例如，Gur等人，2005Immunity[免疫]42:1-12)。用MP培养NK细胞5至24小时后，用PBS清洗将MP自细胞移除，将NK细胞重悬浮于具有抗生素的10mL新鲜培养基中，并添加至含有20,000个标靶肿瘤细胞/孔的96孔板。所用的小鼠肿瘤细胞系包括B16.F10、SIY+B16.F10等等。人肿瘤细胞系是与供体HLA匹配，且可包括PANC-1、UNKPC960/961、UNKC及HELA细胞系。在37℃下在正常氧条件下将板培养2-24小时。星形孢菌素用作阴性对照以解释细胞死亡。

在此培养后，使用流式细胞术以量测肿瘤细胞死亡。简而言之，肿瘤细胞用活性染料染色。使用FACS分析以对肿瘤细胞特异性门控并量测死(被杀死)肿瘤细胞的百分率。数据亦显示为每孔死肿瘤细胞的绝对数量。

此NK刺激方案可使用经纯化的MP及活细菌菌株的组合重复以最大化免疫刺激潜力。

实例10：使用活体外免疫活化分析以预测MP组合物的活体内癌症免疫疗法功效

体外免疫活化测定鉴定可刺激树突细胞(其进一步活化CD8+ T细胞杀伤)的MP。由A.Sivan等人,Science[科学]350(6264):1084-1089(2015)的工作已表明CD8+ T细胞因应双歧杆菌属的口服摄入而增强杀死肿瘤细胞是小鼠中有效的癌症免疫疗法。因此，上文描述的活体外分析是用作针对潜在免疫治疗活性的大量候选MP的预测、快速筛选。优先选择显示增强刺激树突细胞、增强刺激CD8+ T细胞杀死、增强刺激PBMC杀死和/或增强刺激NK细胞杀死的MP以供活体内癌症免疫疗法功效研究。

实例11：当经口递送至小鼠时，确定MP的生物分布

用受关注的MP组合物经口接种野生型小鼠(例如，C57BL/6或BALB/c)以确定经纯化的MP的活体内生物分布谱(实例1)。MP是如实例2中标记以有助于下游分析。

小鼠可在规定时间过程内接受单一剂量的MP(25μg至100μg)或数个剂量(25μg至100μg)。遵循经批准的方案将小鼠饲养在无特定病原体的条件下。可替代地，可将小鼠饲养并保持在消毒、无菌条件下。血液及粪便样品可在适当的时间点下采集。

在用MP组合物接种后的各种时间点(即，小时至天)下将小鼠人道处死并在无菌条件下进行完全尸检。遵循标准方案，获取淋巴结、肾上腺、肝、结肠、小肠、盲肠、胃、脾脏、肾、膀胱、胰脏、心脏、皮肤、肺、脑及受关注的其他组织及直接使用或快速冻结用于进一步测试。遵循本领域技术人员已知的标准方案将这些组织样品解剖并均质化以制备单细胞悬浮液。然后，通过流式细胞术定量于样品中所存在的MP数量(实例17)。定量亦可在适当处理完整小鼠组织后利用荧光显微术进行(Vankelecom H.,Fixation and paraffin-embeddingof mouse tissues for GFP visualization[固定和石蜡包埋的小鼠组织用于GFP可视化],Cold Spring Harb.Protoc[冷泉港实验手册].,2009)。可替代地，动物可使用活体成像根据MP标记技术进行分析。

可在癌症小鼠模型(例如但不限于CT-26和B16(参见例如Kim等人,NatureCommunications[自然通讯]第8卷,第626期(2017)))或自身免疫小鼠模型(例如但不限于EAE和DTH(参见例如Turjeman等人,PLoS One[公共科学图书馆·综合]10(7):e0130442(20105)))中进行生物分布。

实例12：施用具有增强的活体外免疫活化的MP组合物以治疗同基因小鼠肿瘤模型

癌症的小鼠模型是通过皮下注射肿瘤细胞系或患者衍生的肿瘤样本并容许将其移植至6至8周龄的C57BL/6雌性小鼠内而产生。使用数种肿瘤细胞系重复本文提供的方法，这些肿瘤细胞系包括：B16-F10或B16-F10-SIY细胞(作为黑色素瘤的原位模型)；Panc02细胞(作为胰癌的原位模型)，以1x10⁶个细胞的浓度注射于右胁腹内(Maletzki等人,2008,Gut[肠道]57:483-491)，LLC1细胞(作为肺癌的原位模型)；CT-26(作为结肠直肠癌的原位模型)及RM-1(作为前列腺癌的原位模型)。作为一项实例，本文深入提供用于B16-F10模型的方法。

使用具有极高转移频率的自发性黑色素瘤的同基因小鼠模型以测试细菌减少肿瘤生长及转移的扩散的能力。经选择用于此分析的MP是显示增强活化免疫细胞亚群并刺激增强杀死活体外肿瘤细胞(实例12至16)的组合物。小鼠黑色素瘤细胞系B16-F10获得自ATCC。将细胞作为单层在37℃及5％CO2/空气的气氛下体外培养于RPMI培养基中，该RPMI培养基用10％热灭活的胎牛血清及1％青霉素/链霉素补充。指数生长的肿瘤细胞是通过胰蛋白酶化获取，用冷1 x PBS清洗三次，并制备5E6个细胞/ml的悬浮液用于施用。此实验使用雌性C57BL/6小鼠。这些小鼠是6至8周龄且重约16至20g。就肿瘤发展而言，于各小鼠的胁腹内皮下注射100μl的B16-F10细胞悬浮液。这些小鼠是在细胞移植之前通过克他命(ketamine)及甲苯噻嗪麻醉。实验中使用的动物可经由自第2天至第5天滴注卡那霉素(0.4mg/ml)、庆大霉素(0.035mg/ml)、黏菌素(850U/ml)、甲硝唑(0.215mg/ml)及万古霉素(0.045mg/ml)于饮用水中的混合物，并在肿瘤注射后第7天腹膜内注射克林霉素(10mg/kg)而开始抗生素治疗。

原发性胁腹肿瘤的尺寸是用卡尺每隔2至3天量测及肿瘤体积是使用下式计算：肿瘤体积＝肿瘤宽度2×肿瘤长度×0.5。在原发性肿瘤达到约100mm3后，基于动物的体重将它们分选成数组。然后，自各组随机挑选小鼠并分配至治疗组。MP组合物是如实例1中描述制备。这些小鼠是通过强饲25至100μg待测试的MP、25至100μg来自乳杆菌(阴性对照)的MP、PBS或25至100μg来自双歧杆菌属(阳性对照)的MP而经口接种。每天、每周、每两周、每月、每两个月或在整个治疗周期的任何其他给药时间表经口强饲小鼠相同数量的MP。小鼠是经IV注射于尾静脉中或直接注射于肿瘤内。可对小鼠注射10ng至1ug的MP、细菌及MP或经灭活的细菌及MP。小鼠可每周或每月一次注射。小鼠亦可接受经纯化的MP及活细菌的组合以最大化肿瘤杀死潜力。所有小鼠是在无特定病原体的条件下遵循经批准的方案饲养。每隔3至4天监测肿瘤尺寸、小鼠体重及体温并在B16-F10小鼠黑色素瘤细胞注射后6周内或当原发性肿瘤体积达到1000mm3时人道处死这些小鼠。每周抽血并在方案终止时在无菌条件下进行完全尸检。

可在小鼠B16-F10黑色素瘤模型中轻易地观测到癌细胞，因为其产生黑色素。遵循标准方案，收集来自淋巴结的组织样品及来自颈部及胸部区域的器官且使用下列分类规则分析微转移及巨转移的存在。若在每个淋巴结或器官中发现至少两个微转移及一个巨转移病变，则将器官归类为转移阳性。微转移是通过用苏木精-曙红遵循本领域技术人员已知的标准方案染色石蜡包埋的淋巴组织切片进行检测。转移的总数量是与原发性肿瘤的体积相关且发现肿瘤体积与肿瘤生长时间及淋巴结及内脏器官中巨转移及微转移的数量及亦与所有可见转移的总数显著相关。如先前描述般识别二十五个不同转移位点(Bobek V.等人,Syngeneic lymph-node-targeting model of green fluorescent protein-expressingLewis lung carcinoma[表达绿色荧光蛋白的Lewis肺癌的同系淋巴结靶向模型],Clin.Exp.Metastasis[临床与实验转移],2004；21(8):705-8)。

进一步分析肿瘤组织样品的肿瘤浸润性淋巴细胞。CD8+细胞毒性T细胞可通过FACS分离(参见，实例17)及然后可使用定制p/MHC I类微数组进行进一步分析以揭示它们的抗原特异性(参见，例如，Deviren G.等人,Detection of antigen-specific T cellson p/MHC microarrays[在p/MHC微阵列上检测抗原特异性T细胞],J.Mol.Recognit.[分子识别杂志],2007 1月-2月；20(1):32-8)。CD4+ T细胞可使用定制p/MHC II类微数组进行分析。

对多发性肺黑色素瘤转移的小鼠模型亦进行相同实验。小鼠黑色素瘤细胞系B16-BL6获得自ATCC且细胞是如上文描述体外培养。此实验使用雌性C57BL/6小鼠。这些小鼠是6至8周龄且重约16至20g。就肿瘤发展而言，将100μl的2E6个细胞/ml B16-BL6细胞悬浮液注射于各小鼠的尾静脉中。IV注射后植入的肿瘤细胞最终进入肺中。

9天后将小鼠人道杀死。将肺称重并分析肺表面上的肺结节的存在。经提取的肺是用费可特溶液(Fekete’s solution)漂白，该溶液因为B16细胞中的黑色素而不漂白肿瘤结节，虽然一小部分结节是无黑色素的(即，白色)。仔细计数肿瘤结节的数量以确定小鼠中的肿瘤负荷。通常，在对照组小鼠(即，PBS强饲)的肺上发现200至250个肺结节。

针对三个治疗组计算肿瘤负荷百分比。将此量测值定义为属于治疗组的小鼠的肺表面上的肺结节的平均数量除以对照组小鼠的肺表面上的肺结节的平均数量。

用H-NMR1测定代谢内容物

使用Sartorius Centrisart I过滤器(截留点10kDa)对细菌调节后及肿瘤生长后的培养基及用过的培养基样本的生物三联体进行脱蛋白。在使用之前，该过滤器是通过水离心清洗两次以移除甘油并将少量体积(20μl)于D2O中的20.2mM三甲基甲硅烷基-2,2,3,3-四氘化丙酸(TSP，钠盐)添加至700ul超滤液，提供化学位移参照(0.00ppm)及氘锁信号。将650ul样品放置于5mm NMR管中。单脉冲1H-NMR光谱(500MHz)是于Bruker DMX-500分光仪或堪比如先前描述的仪器上获得(由Engelke等人，2006NMR spectroscopic studies onthe late onset form of 3-methylutaconic aciduria type I and other defects inleucine metabolism.[核磁共振波谱学研究I型3-甲基乌头酸尿症的晚期发作形式和亮氨酸代谢中的其他缺陷]NMR Biomed.[生物医学中的核磁共振]19:271-278)。手动校正相位及基线。将所有光谱缩放至TSP并使代谢物信号与洛兰兹线形半自动拟合。用过的培养基中的代谢物浓度是相对于标准培养基中的已知浓度计算并以mM的单位相应地表示。特定代谢物的浓度是通过在1.04ppm下或在适当的标准下，相应峰的面积相对于缬胺酸双峰的面积进行计算。

用LCMS测定代谢内容物

样本的代谢内容物是使用液体色谱法与质谱法的组合确定。存在测定各种样品的代谢内容物且为本领域技术人员已知的各种技术，这些技术涉及溶剂萃取、层析分离及耦合至质量测定的各种电离技术(Roberts等人，2012Targeted Metabolomics.[靶向代谢组学]Curr Protoc Mol Biol.[当代分子生物学方案]30:1-24；Dettmer等人,2007,Massspectrometry-based metabolomics.[基于质谱的代谢组学]Mass Spectrom Rev.[质谱综述]26(1):51-78)。作为一项非限制性实例，LC-MS系统包括与1100系列泵(安捷伦公司(Agilent))及HTS PAL自动进样器(Leap科技公司(Leap Technologies))组合的4000QTRAP三重四级杆质谱仪(AB SCIEX)。培养基样品或其他复杂代谢混合物(约10μL)是使用九体积的含有稳定的同位素标记内标物(缬胺酸-d8，Isotec；及苯丙胺酸-d8，剑桥同位素实验室(Cambridge Isotope Laboratories))的74.9:24.9:0.2(v/v/v)乙腈/甲醇/甲酸进行萃取。标准物可取决于受关注的代谢物进行调整或修饰。样品是经离心(10分钟，9,000g，4℃)，及上清液(10μL)是通过将溶液注射于HILIC管柱(150×2.1mm，3μm粒度)上而呈递至LCMS。管柱通过使5％流动相[10mM甲酸铵，0.1％甲酸于水中]以250uL/分钟的速率流动1分钟，接着线性梯度历时10分钟至40％流动相的溶液[具有0.1％甲酸的乙腈]进行溶离。将离子喷雾电压设定至4.5kV及源温度是450℃。

数据是使用市售软件(如来自AB SCIEX的Multiquant 1.2)进行分析以用于质谱峰积分。受关注的峰手动控制并与标准进行比较来证实该峰的同一性。用适当的标准物进行定量以确定在细菌调节后及在肿瘤细胞生长后，初始培养基中存在的代谢物的量。也可以使用代谢物数据库(例如但不限于NIST数据库)将非靶向代谢组学方法用于峰鉴定。

呈递肿瘤活检及血液样本用于经由本文所述的LCMS技术的代谢分析。测试组之间的氨基酸、糖、乳酸盐及其他代谢物的不同浓度证实微生物组合物破坏肿瘤代谢状态的能力。

RNA测序以确定作用机制

树突细胞纯化自肿瘤、伊尔氏斑(Peyers patch)及肠系膜淋巴结，如实例12中描述。进行RNAseq分析并根据本领域技术人员已知的标准技术进行分析(Z.Hou.ScientificReports[科技报告].5(9570):doi:10.1038/srep09570(2015))。在该分析中，特别关注先天性发炎通路基因，它们包括TLR、CLR、NLR及STING、细胞因子、趋化因子、抗原处理及呈递通路、交叉呈递及T细胞共刺激。

实例13：施用具有增强的活体外免疫活化的MP与PD-1或PD-L1抑制的组合以治疗同基因小鼠肿瘤模型

为确定MP在同基因肿瘤小鼠模型中的效力，使用结肠直肠癌(CT-26)。简言之，在37℃下在含5％CO2的空气氛围中在补充有10％热不活化胎牛血清的RPMI-1640或DMEM中以单层形式活体外培养CT-26(目录号CRL-2638)肿瘤细胞。收集指数生长的细胞且在肿瘤接种之前进行计数。将6至8周龄雌性BALB/c小鼠用于此实验。就肿瘤发展而言，向各小鼠的一个或两个后胁腹皮下注射含于0.1ml1x PBS中的5x10⁵个CT-26肿瘤细胞。一些小鼠可接受抗生素预处理。每周至少三次在非连续日监测肿瘤尺寸及小鼠重量。

针对小鼠肿瘤模型中单独或与完整细菌细胞组合的MP且在存在或不存在抗PD-1或抗PD-L1下的功效对其进行测试。在不同时间点且以不同剂量施用MP、细菌细胞和/或抗PD-1或抗PD-L1。例如，在肿瘤注射之后第10天或肿瘤体积达至100mm³之后，用单独或与抗PD-1或抗PD-L1组合的MP处理小鼠。

例如，一些小鼠是以15、20或15ug/小鼠静脉内注射MP。其他小鼠可接受25、50或100mg MP/小鼠。虽然一些小鼠通过i.v.注射接受MP，但其他小鼠可通过腹膜内(i.p.)注射、皮下(s.c.)注射、鼻途径施用、经口强饲或其他施用方式接受MP。一些小鼠可每天(例如，起始自第1天)接受MP，而其他小鼠可在交替时间间隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受MP。另外组的小鼠可接受一定比率的细菌细胞与MP。这些细菌细胞可以是活的、死的或弱的。这些细菌细胞可新鲜(或冷冻)获取并施用，或可将它们在施用前经辐射或热灭活。例如，一些组的小鼠可以与MP施用分开或组合的施用接受1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞。如与MP一起施用，则细菌细胞施用可通过施用途径、剂量及给药方案改变。此可包括经口强饲、i.v.注射、i.p.注射或鼻途径注射。一些组的小鼠亦可注射有效剂量的检查点抑制剂。例如，小鼠接受于100μl PBS中的100μg抗PD-L1 mAB(克隆10f.9g2,欣博盛公司(BioXCell))或另一抗PD-1或抗PD-L1 mAB，及一些小鼠接受媒剂和/或其他适当的对照(例如，对照抗体)。在初始注射后的第3、6及9天，对小鼠注射mAB。为评估检查点抑制及MP免疫治疗是否具有累加的抗肿瘤效应，将接受抗PD-1或抗PD-L1mAB的对照小鼠计入标准对照组。评估原发性(肿瘤尺寸)及继发性(肿瘤浸润性淋巴细胞及细胞因子分析)端点，及一些组的小鼠是经后续肿瘤细胞接种再激发以评估治疗对记忆应答的影响。

实例14：实验性自体免疫脑脊髓炎(EAE)的小鼠模型中的MP

EAE是经充分研究的多发性硬化动物模型，如由Constantinescu等人评审(Experimental autoimmune encephalomyelitis(EAE)as amodel for multiplesclerosis(MS).[实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)作为多发性硬化(MS)的模型]Br JPharmacol.[英国药理学杂志]2011年10月；164(4):1079-1106)。其可使用不同髓磷脂相关肽，通过经活化的致脑炎T细胞的过继转移，或使用易受EAE影响的TCR转基因小鼠在各种小鼠及大鼠品系中诱导，如于Mangalam等人(Two discreet subsets of CD8+ T cellsmodulate PLP_91-110 induced experimental autoimmune encephalomyelitis in HLA-DR3transgenic mice[CD8+ T细胞的两个离散亚群调节HLA-DR3转基因小鼠中PLP_91-110诱导的实验性自身免疫性脑脊髓炎].J Autoimmun.[自身免疫性杂志]2012年6月；38(4):344-353)中讨论。

测试MP(单独或与完整细菌细胞组合，添加或未添加其他抗炎治疗)在EAE的啮齿动物模型中的功效。例如，雌性6至8周龄C57Bl/6小鼠获得自Taconic(日耳曼敦，纽约州)。对各组小鼠的背部两个位置(上方及下方)施用两次皮下(s.c.)注射0.1ml髓磷脂少突胶质细胞糖蛋白35-55(MOG35-55；每次注射100ug；每只小鼠200ug(每只小鼠总计0.2ml))，其乳化于完全弗氏佐剂中(CFA；2至5mg经杀死的结核分枝杆菌H37Ra/ml乳剂)。在上文发生后约1至2小时，对小鼠腹膜内(i.p.)注射含于0.1ml PBS(2ug/ml)中的200ng百日咳毒素(PTx)。PTx的另外IP注射是在第2天施用。可替代地，使用适当量的代替髓磷脂肽(例如，蛋白脂质蛋白(PLP))以诱导EAE。一些动物充当未经治疗的对照(

control)。评估EAE严重程度并自第4天开始根据本领域中已知的方法每天分配残疾分数(Mangalam等人，2012)。

MP治疗是在一些时间点(在免疫的时间附近或在EAE免疫之后)下开始。例如，MP可在免疫(第1天)的同时施用，或可将它们在出现残疾的第一迹象(例如，跛尾)后施用，或在严重的EAE期间施用。MP是在不同剂量下及在规定时间间隔下施用。例如，一些小鼠是以15、20或15ug/小鼠静脉内注射MP。其他小鼠可接受25、50或100mg的MP/小鼠。虽然一些小鼠通过i.v.注射接受MP，但其他小鼠可通过腹膜内(i.p.)注射、皮下(s.c.)注射、鼻途径施用、经口强饲或其他施用方式接受MP。一些小鼠可每天(例如，起始自第1天)接受MP，而其他小鼠可在交替时间间隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受MP。另外组的小鼠可接受一定比率的细菌细胞与MP。这些细菌细胞可以是活的、死的或弱的。这些细菌细胞可新鲜(或冷冻)获取并施用，或可将它们在施用前经辐射或热灭活。

例如，一些组的小鼠可以与MP施用分开或组合的施用接受1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞。如与MP一起施用，则细菌细胞施用可通过施用途径、剂量及给药方案改变。此可包括经口强饲、i.v.注射、i.p.注射、皮下(s.c.)注射或鼻途径施用。

一些组的小鼠可在各种时间点及有效剂量下，用另外抗炎剂或EAE治疗剂(例如，抗CD154(TNF家族的成员的阻滞剂)、维生素D或其他治疗)和/或适当的对照(例如，媒剂或对照抗体)进行处理。

另外，在治疗之前使用抗生素治疗一些小鼠。例如，将万古霉素(0.5g/L)、氨苄西林(1.0g/L)、庆大霉素(1.0g/L)及两性霉素B(0.2g/L)添加至饮用水中，且在治疗时或在治疗之前数天停止抗生素治疗。一些免疫小鼠是经治疗而不接受抗生素。

在各种时间点下，将小鼠处死并可移除发炎的位置(例如，脑及脊髓)、淋巴结或其他组织以使用本领域中已知的方法进行离体组织学、细胞因子和/或流式细胞术分析。例如，组织是使用解离酶根据制造商的使用说明进行解离。将细胞染色以通过流式细胞术使用本领域内已知技术进行分析。染色抗体可包含抗CD11c(树突细胞)、抗CD80、抗CD86、抗CD40、抗MHCII、抗CD8a、抗CD4及抗CD103。可分析的其他标志物包括泛免疫细胞标志物CD45、T细胞标志物(CD3、CD4、CD8、CD25、Foxp3、T-bet、Gata3、Roryt、颗粒酶B、CD69、PD-1、CTLA-4)及巨噬细胞/髓样标志物(CD11b、MHCII、CD206、CD40、CSF1R、PD-L1、Gr-1、F4/80)。除免疫表型分型外，还分析血清细胞因子，它们包括但不限于TNFa、IL-17、IL-13、IL-12p70、IL12p40、IL-10、IL-6、IL-5、IL-4、IL-2、IL-1b、IFNy、GM-CSF、G-CSF、M-CSF、MIG、IP10、MIP1b、RANTES及MCP-1。可对获得自淋巴结或其他组织的免疫细胞，和/或在离体获得的经纯化的CD45+中枢神经系统(CNS)-浸润的免疫细胞进行细胞因子分析。最后，对各种组织切片进行免疫组织化学以量测T细胞、巨噬细胞、树突细胞及检查点分子蛋白表达。

为检查疾病保护的影响及寿命，一些小鼠不被处死而是可用疾病触发物(例如，经活化的致脑炎T细胞或EAE诱导肽的回注)再激发。分析小鼠在再激发后对疾病及EAE严重程度的易感性。

实例15：胶原诱导的关节炎(CIA)的小鼠模型中的MP

胶原蛋白诱导的关节炎(CIA)为研究类风湿性关节炎(RA)常用的动物模型，如Caplazi等人(Mouse models of rheumatoid arthritis.[类风湿关节炎的小鼠模型]Veterinary Pathology.[兽医病理学]2015年9月1日.52(5):819-826)所述(还参见Brand等人Collagen-induced arthritis.[胶原诱导的关节炎]Nature Protocols.[自然实验手册]2007.2:1269-1275；Pietrosimone等人Collagen-induced arthritis:a model formurine autoimmune arthritis.[胶原诱导的关节炎：小鼠自身免疫性关节炎的模型]BioProtoc.[生物实验手册]2015年10月20日；5(20):e1626)。

在CIA啮齿动物模型的其他版本中，一种模型涉及用小鸡II型胶原使HLA-DQ8 Tg小鼠免疫，如由Taneja等人,(J.Immunology.[免疫学杂志]2007.56:69-78；亦参见Taneja等人,J.Immunology[免疫学杂志]2008.181:2869-2877；及Taneja等人,Arthritis Rheum.[关节炎与风湿病],2007.56:69-78)描述。小鸡CII的纯化已由Taneja等人,(ArthritisRheum.[关节炎与风湿病],2007.56:69-78)描述。监测小鼠在免疫后的CIA疾病发作及进展，及评估疾病的严重程度并如由Wooley,J.Exp.Med.[实验医学杂志]1981.154:688-700描述进行“评级”。

针对CIA诱导使小鼠免疫并将小鼠分为各种治疗组。测试MP(单独或与完整细菌细胞组合，添加或未添加其他抗炎治疗)在CIA中的功效。

MP治疗是在用胶原免疫的时间附近或在免疫之后开始。例如，在一些组中，MP可在免疫(第1天)的同时施用，或MP可在出现残疾的第一迹象后施用，或在严重症状发作后施用。MP是在不同剂量下及在规定时间间隔下施用。

例如，一些小鼠是以15、20或15ug/小鼠静脉内注射MP。其他小鼠可接受25、50或100mg的MP/小鼠。虽然一些小鼠通过i.v.注射接受MP，但其他组小鼠可通过腹膜内(i.p.)注射、皮下(s.c.)注射、鼻途径施用、经口强饲或其他施用方式接受MP。一些小鼠可每天(例如，起始自第1天)接受MP，而其他小鼠可在交替时间间隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受MP。另外组的小鼠可接受一定比率的细菌细胞与MP。这些细菌细胞可以是活的、死的或弱的。这些细菌细胞可新鲜(或冷冻)获取并施用，或可将它们在施用前经辐射或热灭活。

例如，一些组的小鼠可以与MP施用分开或组合的施用接受1x104至5x109个细菌细胞。如与MP一起施用，则细菌细胞施用可通过施用途径、剂量及给药方案改变。此可包括经口强饲、i.v.注射、i.p.注射、皮下(s.c.)注射、皮内(i.d.)注射或鼻途径施用。

一些组的小鼠可在各种时间点下及在有效剂量下，用另外一种或多种抗炎剂或一种或多种CIA治疗剂(例如，抗CD154(TNF家族的成员的阻滞剂)、维生素D或其他治疗)，和/或适当的对照(例如，媒剂或对照抗体)进行处理。

在各种时间点下，获得血清样品以使用标准ELISA评估抗小鸡及抗小鼠CII IgG抗体的浓度(Batsalova等人，Comparative analysis of collagen type II-specificimmune responses during development of collagen-induced arthritis in two B10mouse strains.[两种B10小鼠品系胶原诱导的关节炎发展过程中II型胶原特异性免疫反应的比较分析]Arthritis Res Ther.[关节炎研究与治疗]2012.14(6):R237)。同样地，将一些小鼠处死且可移除发炎的位置(例如，滑膜)、淋巴结或其他组织以使用本领域中已知的方法进行离体组织学、细胞因子和/或流式细胞术分析。使用本领域中已知的技术分析滑膜及滑液中的浆细胞浸润及抗体的存在。另外，使用解离酶根据制造商的使用说明解离组织以检查细胞浸润物谱。将细胞染色以通过流式细胞术使用本领域内已知技术进行分析。染色抗体可包含抗CD11c(树突细胞)、抗CD80、抗CD86、抗CD40、抗MHCII、抗CD8a、抗CD4及抗CD103。可分析的其他标志物包括泛免疫细胞标志物CD45、T细胞标志物(CD3、CD4、CD8、CD25、Foxp3、T-bet、Gata3、Roryt、颗粒酶B、CD69、PD-1、CTLA-4)及巨噬细胞/髓样标志物(CD11b、MHCII、CD206、CD40、CSF1R、PD-L1、Gr-1、F4/80)。除免疫表型分型外，还分析血清细胞因子，它们包括但不限于TNFa、IL-17、IL-13、IL-12p70、IL12p40、IL-10、IL-6、IL-5、IL-4、IL-2、IL-1b、IFNy、GM-CSF、G-CSF、M-CSF、MIG、IP10、MIP1b、RANTES及MCP-1。可对获得自淋巴结或其他组织的免疫细胞，和/或离体获得的经纯化的CD45+滑膜-浸润的免疫细胞进行细胞因子分析。最后，对各种组织切片进行免疫组织化学以量测T细胞、巨噬细胞、树突细胞及检查点分子蛋白表达。

为检查疾病保护的影响及寿命，一些小鼠不被处死而是可用疾病触发物(例如，CIA诱导的肽的活化回注)再激发。分析小鼠在再激发后对疾病及CIA严重程度的易感性。

实例16：结肠炎的小鼠模型中的MP

葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导的结肠炎是经充分研究的结肠炎动物模型，如由Randhawa等人，(A review on chemical-induced inflammatory bowel disease modelsin rodents.[化学诱导的啮齿类动物炎症性肠病模型综述]Korean J PhysiolPharmacol.[韩国生理学和药理学杂志]2014.18(4):279-288；亦参见Chassaing等人，Dextran sulfate sodium(DSS)-induced colitis in mice.[硫酸葡聚糖钠(DSS)诱导的小鼠结肠炎]Curr Protoc Immunol.[免疫学实验指南]2014年2月4日；104:15.25单元)检视。

测试MP(单独或与完整细菌细胞组合，添加或未添加其他抗炎剂)在DSS诱导的结肠炎的小鼠模型中的功效。

如本领域中已知，各组小鼠是用DSS处理以诱导结肠炎(Randhawa等人，2014；Chassaing等人，2014；还参见Kim等人，Investigating intestinal inflammation inDSS-induced model of IBD.[在DSS诱导的IBD模型中调查肠道炎症]J Vis Exp.[可视实验杂志]2012.60:3678)。例如，雄性6至8周龄C57Bl/6小鼠获得自查尔斯河实验室(CharlesRiver Labs)，泰康利公司或其他供货商。结肠炎是通过将3％DSS(MP生物化学公司(MPBiomedicals)，目录号0260110)添加至饮用水来诱导。一些小鼠不接受含于饮用水中的DSS且充当天然对照。一些小鼠接受水，历时五(5)天。一些小鼠可接受DSS，历时较短的持续时间或长于五(5)天。监测小鼠并使用本领域中已知的残疾活动指数基于重量损失进行评分(例如，无重量损失(0分)；1％至5％重量损失(1分)；5％至10％重量损失(2分))；粪便稠度(例如，正常(0分)；大便稀溏(2分)；腹泻(4分))及出血(例如，未出血(0分)、潜血阳性(1分)；潜血阳性及视神经沉淀出血(2分)；肛门周围的血液，大出血(4分)。

MP治疗是在一些时间点(在DSS施用的第1天，或在之后的某一时刻)下开始。例如，MP可在DSS开始(第1天)的同时施用，或可将它们在出现疾病的第一迹象(例如，重量损失或腹泻)后施用，或在严重的结肠炎的整个阶段期间施用。每天观察小鼠的重量、发病率、存活、腹泻和/或血便的存在。

MP是在不同剂量下及在规定时间间隔下施用。例如，一些小鼠是以15、20或15ug/小鼠静脉内注射MP。其他小鼠可接受25、50或100mg的MP/小鼠。虽然一些小鼠通过i.v.注射接受MP，但其他小鼠可通过腹膜内(i.p.)注射、皮下(s.c.)注射、鼻途径施用、经口强饲或其他施用方式接受MP。一些小鼠可每天(例如，起始自第1天)接受MP，而其他小鼠可在交替时间间隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受MP。另外组的小鼠可接受一定比率的细菌细胞与MP。这些细菌细胞可以是活的、死的或弱的。这些细菌细胞可新鲜(或冷冻)获取并施用，或可将它们在施用前经辐射或热灭活。

例如，一些组的小鼠可以与MP施用分开或组合的施用接受1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞。如与MP一起施用，则细菌细胞施用可通过施用途径、剂量及给药方案改变。此可包括经口强饲、i.v.注射、i.p.注射或鼻途径施用。

一些组的小鼠可在各种时间点下及在有效剂量下，用另外的抗炎剂(例如，抗CD154(TNF家族的成员的阻滞剂)或其他治疗)，和/或适当的对照(例如，媒剂或对照抗体)进行处理。

另外，在治疗之前使用抗生素治疗一些小鼠。例如，将万古霉素(0.5g/L)、氨苄西林(1.0g/L)、庆大霉素(1.0g/L)及两性霉素B(0.2g/L)添加至饮用水中，且在治疗时或在治疗之前数天停止抗生素治疗。一些小鼠接受DSS而未预先接受抗生素。

在各种时间点下，使用小动物内窥镜(卡尔史托斯公司(Karl Storz Endoskipe)德国)在异氟烷麻醉下使小鼠经历视讯内窥镜检查。记录静止影像及视讯以评估结肠炎的程度及对治疗的反应。使用本领域中已知的标准对结肠炎进行评分。收集粪便材料用于研究。

在各种时间点下，将小鼠处死并收集结肠、小肠、脾脏及淋巴结(例如，肠系膜淋巴结)。另外，将血液收集至血清分离管内。组织损伤是通过组织学研究评估，这些组织学研究评估(但不限于)隐窝结构、发炎细胞浸润程度及杯状细胞消耗。

可移除胃肠(GI)道、淋巴结和/或其他组织以使用本领域中已知的方法进行离体组织学、细胞因子和/或流式细胞术分析。例如，获取组织且可使用解离酶根据制造商的使用说明进行解离。将细胞染色以通过流式细胞术使用本领域内已知技术进行分析。染色抗体可包含抗CD11c(树突细胞)、抗CD80、抗CD86、抗CD40、抗MHCII、抗CD8a、抗CD4及抗CD103。可分析的其他标志物包括泛免疫细胞标志物CD45、T细胞标志物(CD3、CD4、CD8、CD25、Foxp3、T-bet、Gata3、Roryt、颗粒酶B、CD69、PD-1、CTLA-4)及巨噬细胞/髓样标志物(CD11b、MHCII、CD206、CD40、CSF1R、PD-L1、Gr-1、F4/80)。除免疫表型分型外，还分析血清细胞因子，它们包括但不限于TNFa、IL-17、IL-13、IL-12p70、IL12p40、IL-10、IL-6、IL-5、IL-4、IL-2、IL-1b、IFNy、GM-CSF、G-CSF、M-CSF、MIG、IP10、MIP1b、RANTES及MCP-1。可对获得自淋巴结或其他组织的免疫细胞，和/或离体获得的经纯化的CD45+GI道-浸润的免疫细胞进行细胞因子分析。最后，对各种组织切片进行免疫组织化学以量测T细胞、巨噬细胞、树突细胞及检查点分子蛋白表达。

为检查疾病保护的影响及寿命，一些小鼠不被处死而是可用疾病触发物再激发。分析小鼠在再激发后对结肠炎的易感性。

实例17：迟发型超敏反应(DTH)的小鼠模型中的MP

迟发型超敏反应(DTH)是特应性皮炎(或过敏性接触性皮炎)的动物模型，如由Petersen等人(In vivo pharmacological disease models for psoriasis and atopicdermatitis in drug discovery[银屑病和特应性皮炎的体内药理疾病模型在药物开发中的应用].Basic&Clinical Pharm&Toxicology[基础临床药理学和毒理学].2006.99(2):104-115；还参见Irving C.Allen(编)Mouse models of Innate Immunity:Methods andProtocols[先天免疫的小鼠模型：方法和实验室手册],Methods in Molecular Biology[分子生物学方法],2013.，第1031卷，DOI10.1007/978-1-62703-481-4_13)。其可使用各种半抗原或抗原(例如，用佐剂乳化的抗原)在各种小鼠及大鼠品系中诱导。DTH的特征在于敏化作用及抗原特异性T细胞介导的反应，其导致红斑、浮肿及细胞浸润，尤其抗原呈现细胞(APC)、嗜酸性粒细胞、经活化的CD4+ T细胞及表达细胞因子的Th2细胞的浸润。

通常，小鼠是用在佐剂(例如，完全弗氏佐剂)的情况下施用的抗原诱发以诱导通过肿胀及抗原特异性抗体滴度衡量的继发(或记忆)免疫反应。

测试MP(单独或与完整细菌细胞组合，添加或未添加其他抗炎治疗)在DTH的小鼠模型中的效力。例如，6至8周龄C57Bl/6小鼠获得自泰康利公司(日耳曼敦，纽约州)或其他供货商。对各组小鼠背部四个位置(上方及下方)四次皮下(s.c.)注射有效剂量(每个位置50ul总体积)的抗原(例如，卵白蛋白(OVA))。就DTH应答而言，在克他命/甲苯噻嗪麻醉下(分别约50mg/kg及5mg/kg)，对动物耳朵进行皮内(i.d.)注射。一些小鼠充当对照动物。在第8天，一些组的小鼠以每只耳朵10ul(左耳媒剂对照(0.01％DMSO，于生理盐水中)及右耳抗原(21.2ug(12nmol))激发。为量测耳炎，使用Mitutoyo千分尺量测人工限制的动物的耳厚度。耳厚度是在皮内激发之前作为各个别动物的基线水平进行量测。接着，耳厚度是在皮内激发后，在约24小时及48小时(即，第9天及第10天)时量测两次。

MP治疗是在一些时间点(在引发的时间附近或在DTH激发的时间附近)下开始。例如，MP可在皮下注射(第0天)的同时施用，或可将它们在皮内注射之前或皮内注射后施用。MP是在不同剂量下及在规定时间间隔下施用。例如，一些小鼠是以15、20或15ug/小鼠静脉内注射MP。其他小鼠可接受25、50或100mg的MP/小鼠。虽然一些小鼠通过i.v.注射接受MP，但其他小鼠可通过腹膜内(i.p.)注射、皮下(s.c.)注射、鼻途径施用、经口强饲、局部施用、皮内(i.d.)注射或其他施用方式接受MP。一些小鼠可每天(例如，起始自第0天)接受MP，而其他小鼠可在交替时间间隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受MP。另外组的小鼠可接受一定比率的细菌细胞与MP。这些细菌细胞可以是活的、死的或弱的。这些细菌细胞可新鲜(或冷冻)获取并施用，或可将它们在施用前经辐射或热灭活。

例如，一些组的小鼠可以与MP施用分开或组合的施用接受1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞。如与MP一起施用，则细菌细胞施用可通过施用途径、剂量及给药方案改变。此可包括经口强饲、i.v.注射、i.p.注射、i.d.注射、局部施用或鼻途径施用。

例如对小鼠沿背部的4个位置i.d注射KLH及CFA(与CFA 1:1比率制备的50ug KLH/小鼠，每个位置总体积50ul)。小鼠是如下给药9天：1)口服施用厌氧PBS(媒剂)；2)经口施用10mg栖组织普雷沃菌；3)经口施用100ug栖组织普雷沃菌衍生的MP；4)i.p.施用PBS；5)i.p.施用地塞米松(阳性对照)；及6)i.p.施用10ug栖组织普雷沃菌衍生的MP。就MP而言，总蛋白质是使用遵循制造商的使用说明进行的伯乐公司(Bio-rad)分析(目录号5000205)进行量测。在激发后24和48小时用10ug KLH(10ul体积)测量炎症。

对小鼠沿背部的4个位置i.d注射KLH及CFA(与CFA 1:1比率制备的50ug KLH/小鼠，每个位置总体积50ul)。小鼠可以如下给药9天：1)口服施用厌氧PBS(媒剂)；2)经口施用10mg栖组织普雷沃菌；3)经口施用1X 10⁹CFU栖组织普雷沃菌生物量；4)经口施用2.09X10⁸CFU产黑色素普雷沃菌生物量；5)经口施用100ug栖组织普雷沃菌衍生的MP；6)经口施用100ug产黑色素普雷沃菌衍生的MP；及7)i.p.施用地塞米松(阳性对照)。就MP而言，总蛋白质是使用遵循制造商的使用说明进行的伯乐公司(Bio-rad)分析(目录号5000205)进行量测。在激发后24和48小时用10ug KLH(10ul体积)测量炎症。

制备测试配制物以用于基于KLH的迟发型超敏反应模型。DTH模型提供活体内机制以研究细胞介导的免疫应答，并在暴露于小鼠已经致敏的特异性抗原后，引起炎症。已使用DTH模型的几种变化且它们为本领域中熟知(Irving C.Allen(编).Mouse models ofInnate Immunity:Methods and Protocols[先天免疫的小鼠模型：方法和实验室手册],Methods in Molecular Biology.[分子生物学方法]，第1031卷，DOI 10.1007/978-1-62703-481-4_13,Springer Science+Business Media,LLC[施普林格科学与商业媒体公司]2013)。例如，匙孔血蓝蛋白(KLH)及完全弗氏佐剂(CFA)的乳化液是在免疫当天(第0天)新鲜制备。为此，将8mg KLH粉末称重并完全重悬浮于16mL生理盐水中。乳化液是通过使用注射器及鲁尔锁连接器(luer lock connector)混合KLH/生理盐水及等体积的CFA溶液(例如，10mL KLH/生理盐水+10mL CFA溶液)进行制备。将KLH及CFA用力混合几分钟以形成白色乳化液以获得最大稳定性。进行滴落测试以检查是否获得均质乳化液，继续混合直至在水中可见完整液滴。

在第0天，C57Bl/6J雌性小鼠(约7周龄)是用含于CFA中的KLH抗原通过皮下免疫(4个位置，每个位置50μL)引发。

地塞米松(皮质类固醇)是已知抗炎剂，其改善小鼠中的DTH反应，并充当阳性对照用于在此模型中抑制炎症(Taube及Carlsten,Action of dexamethasone in thesuppression of delayed-type hypersensitivity in reconstituted SCID mice.[地塞米松在抑制SCID小鼠迟发型超敏反应中的作用]Inflamm Res.[炎症研究]2000.49(10):548-52)。就阳性对照组而言，在第0天通过将6.8mg地塞米松稀释于400μL 96％乙醇中制备17mg/mL地塞米松的储备溶液。就给药的每天而言，通过将储备溶液100x稀释于无菌PBS中以在隔膜小瓶中获得0.17mg/mL的最终浓度制备用于腹膜内给药的工作溶液。经地塞米松治疗的小鼠i.p.接受100μL地塞米松(5mL/kg的0.17mg/mL溶液)。冷冻蔗糖充当阴性对照(媒剂)。韦荣氏球菌菌株是以1x10¹⁰CFU p.o.每天给药。地塞米松(阳性对照)、媒剂(阴性对照)及动物乳酸双歧杆菌(10mg粉末)是每天给药。

在第8天，用含于生理盐水(以10μL的体积)中的10μg KLH皮内(i.d.)激发小鼠的左耳。炎症应答是使用本领域中已知的方法进行量测。在抗原激发后的24小时测量耳廓厚度并且在不同时间点测量炎症。

韦荣氏球菌菌株的效力可使用不同时序及不同剂量进行进一步研究。例如，使用韦荣氏球菌细菌组合物的治疗可在某一时间点(在引发的时间附近或在DTH激发的时间附近)下开始。例如，韦荣氏球菌(每只小鼠每天1x10⁹CFU)可在皮下注射(第0天)的同时施用，或在皮内注射之前或在皮内注射后施用。韦荣氏球菌菌株可在不同剂量下及在规定时间间隔下施用，且以各种组合。例如，对一些小鼠以每只小鼠1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞的范围静脉内注射韦荣氏球菌。一些小鼠接受菌株的混合物。虽然一些小鼠将通过i.v.注射接受韦荣氏球菌，但另一些小鼠可通过腹膜内(i.p.)注射、皮下(s.c.)注射、鼻途径施用、经口强饲、局部施用、皮内(i.d.)注射或其他施用方式接受韦荣氏球菌。一些小鼠可每天(例如，起始自第0天)接受韦荣氏球菌，而其他小鼠可在交替时间间隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受韦荣氏球菌。这些细菌细胞可以是活的、死的或弱的。这些细菌细胞可新鲜(或冷冻)获取并施用，或可将它们在施用前经辐射或热灭活。

一些组的小鼠可在各种时间点下及在有效剂量下，用抗炎剂(例如，抗CD154(TNF家族的成员的阻滞剂)或其他治疗)，和/或适当的对照(例如，媒剂或对照抗体)进行处理。

在各种时间点下，采集血清样本。将其他组的小鼠处死且可移除淋巴结、脾脏、肠系膜淋巴结(MLN)、小肠、结肠及其他组织用以使用本领域中已知的方法进行组织学研究、离体组织学、细胞因子和/或流式细胞术分析。一些小鼠是在O2/CO2麻醉下自眼血管丛抽血并进行ELISA分析。

组织可使用解离酶根据制造商的使用说明进行解离。将细胞染色以通过流式细胞术使用本领域内已知技术进行分析。染色抗体可包含抗CD11c(树突细胞)、抗CD80、抗CD86、抗CD40、抗MHCII、抗CD8a、抗CD4及抗CD103。可分析的其他标志物包括泛免疫细胞标志物CD45、T细胞标志物(CD3、CD4、CD8、CD25、Foxp3、T-bet、Gata3、Roryt、颗粒酶B、CD69、PD-1、CTLA-4)及巨噬细胞/髓样标志物(CD11b、MHCII、CD206、CD40、CSF1R、PD-L1、Gr-1、F4/80)。除免疫表型分型外，还分析血清细胞因子，它们包括但不限于TNFa、IL-17、IL-13、IL-12p70、IL12p40、IL-10、IL-6、IL-5、IL-4、IL-2、IL-1b、IFNy、GM-CSF、G-CSF、M-CSF、MIG、IP10、MIP1b、RANTES及MCP-1。可对获得自淋巴结或其他组织的免疫细胞，和/或离体获得的经纯化的CD45+浸润的免疫细胞进行细胞因子分析。最后，对各种组织切片进行免疫组织化学以量测T细胞、巨噬细胞、树突细胞及检查点分子蛋白表达。

如上文描述，小鼠是用KLH引发并激发，且在48小时时的耳肿胀的量测后，处死小鼠。

自经处死的小鼠移除耳朵并放置于冷无EDTA的蛋白酶抑制剂混合物(罗氏公司(Roche))中。使用珠破坏将耳朵均质化并通过Luminex试剂盒(EMD密理博公司(EMDMillipore))遵循制造商的使用说明分析上清液中的IL-1β。

另外，颈部淋巴结是通过细胞过滤器解离，清洗，并针对FoxP3(PE-FJK-16s)及CD25(FITC-PC61.5)使用本领域中已知的方法进行染色。

为检查DTH保护的影响及寿命，一些小鼠不被处死而是可用激发性抗原(例如，OVA)再激发。分析小鼠对DTH及反应严重程度的易感性。

实例18：1型糖尿病(T1D)的小鼠模型中的MP

1型糖尿病(T1D)是一种自身免疫性疾病，其中免疫系统靶向胰脏的胰岛，藉此破坏身体产生胰岛素的能力。

存在T1D的动物模型的各种模型，如由Belle等人,(Mouse models for type1diabetes.[1型糖尿病的小鼠模型]Drug Discov Today Dis Models.[今日药物发现：疾病模型]2009；6(2):41-45；还参见Aileen JF King.The use of animal models indiabetes research.[动物模型在糖尿病研究中的应用]Br J Pharmacol.[英国药理学杂志]2012年6月；166(3):877-894。存在用于化学诱导的T1D、病原体诱导的T1D的模型及其中小鼠自发发展T1D的模型。

测试MP(单独或与完整细菌细胞组合，添加或未添加其他抗炎治疗)在T1D的小鼠模型中的效力。

取决于T1D诱导的方法和/或T1D发展是否为自发性的，MP治疗是在一些时间点(在诱导的时间附近或在诱导后，或在自发出现T1D发作之前(或发作后))下开始。MP是在不同剂量下及在规定时间间隔下施用。例如，一些小鼠是以15、20或15ug/小鼠静脉内注射MP。其他小鼠可接受25、50或100mg的MP/小鼠。虽然一些小鼠通过i.v.注射接受MP，但其他小鼠可通过腹膜内(i.p.)注射、皮下(s.c.)注射、鼻途径施用、经口强饲或其他施用方式接受MP。一些小鼠可每天接受MP，而其他小鼠可在交替时间间隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受MP。另外组的小鼠可接受一定比率的细菌细胞与MP。这些细菌细胞可以是活的、死的或弱的。这些细菌细胞可新鲜(或冷冻)获取并施用，或可将它们在施用前经辐射或热灭活。

一些组的小鼠可在各种时间点下及在有效剂量下，用另外的治疗和/或适当的对照(例如，媒剂或对照抗体)进行处理。

血糖是在实验开始前两周一次进行监测。在此后的各种时间点下，量测非空腹血糖。在各种时间点下，将小鼠处死且可移除胰脏、淋巴结或其他组织以使用本领域中已知的方法进行离体组织学、细胞因子和/或流式细胞术分析。例如，组织是使用解离酶根据制造商的使用说明进行解离。将细胞染色以通过流式细胞术使用本领域内已知技术进行分析。染色抗体可包含抗CD11c(树突细胞)、抗CD80、抗CD86、抗CD40、抗MHCII、抗CD8a、抗CD4及抗CD103。可分析的其他标志物包括泛免疫细胞标志物CD45、T细胞标志物(CD3、CD4、CD8、CD25、Foxp3、T-bet、Gata3、Roryt、颗粒酶B、CD69、PD-1、CTLA-4)及巨噬细胞/髓样标志物(CD11b、MHCII、CD206、CD40、CSF1R、PD-L1、Gr-1、F4/80)。除免疫表型分型外，还分析血清细胞因子，它们包括但不限于TNFa、IL-17、IL-13、IL-12p70、IL12p40、IL-10、IL-6、IL-5、IL-4、IL-2、IL-1b、IFNy、GM-CSF、G-CSF、M-CSF、MIG、IP10、MIP1b、RANTES及MCP-1。可对获得自淋巴结或其他组织的免疫细胞，和/或离体获得的经纯化的组织-浸润性免疫细胞进行细胞因子分析。最后，对各种组织切片进行免疫组织化学以量测T细胞、巨噬细胞、树突细胞及检查点分子蛋白表达。抗体产生亦可通过ELISA进行评估。

为检查疾病保护的影响及寿命，一些小鼠不被处死而是可用疾病触发物再激发，或针对复发的易感性进行评估。分析小鼠在再激发(或自发出现复发)对糖尿病发作及严重程度的易感性。

实例19：原发性硬化性胆管炎(PSC)的小鼠模型中的MP

原发性硬化性胆管炎(PSC)是缓慢损害胆管并导致末期肝硬化的慢性肝疾病。它与炎性肠病(IBD)相关。

存在用于PSC的各种动物模型，如由Fickert等人，(Characterization of animalmodels for primary sclerosing cholangitis(PSC).[原发性硬化性胆管炎(PSC)动物模型的表征]J Hepatol.[肝病学杂志]2014年6月60(6):1290-1303；还参见Pollheimer及Fickert.Animal models in primary biliary cirrhosis and primary sclerosingcholangitis.[原发性胆汁性肝硬化和原发性硬化性胆管炎的动物模型]Clin RevAllergy Immunol.[过敏与免疫学临床评论]2015年6月48(2-3):207-17)。PSC模型中疾病的诱导包括化学诱导(例如，3,5-二乙氧基羰基-1,4-二氢可力丁(DDC)诱导的胆管炎)、病原体诱导(例如，小球隐孢子虫)、实验性胆管梗阻(例如，胆总管结扎术(CBDL))及抗原驱动的胆管损伤的转基因小鼠模型(例如，Ova-Bil转基因小鼠)。例如，胆管结扎术是如由Georgiev等人，(Characterization of time-related changes after experimentalbile duct ligation.[实验性胆管结扎后与时间相关的变化]Br J Surg.[英国外科学杂志]2008.95(5):646-56)描述进行，或疾病是通过DCC暴露如由Fickert等人，(A newxenobiotic-induced mouse model of sclerosing cholangitis and biliaryfibrosis.[一种新的异种生物诱导的硬化性胆管炎和胆汁纤维化小鼠模型]Am J Path.[美国病理学杂志]，第171(2)卷:525-536描述诱导。

测试MP(单独或与完整细菌细胞组合，添加或未添加一些其他治疗剂)在PSC的小鼠模型中的功效。

DCC诱导的胆管炎

例如，6至8周龄C57bl/6小鼠获得自Taconic或其他供货商。给小鼠喂食0.1％DCC补充饮食，持续各种持续时间。一些组接受DCC补充食物，历时1周，其他历时4周，其他历时8周。一些组的小鼠可在一段时间内接受DCC补充饮食及然后容许恢复，此后接受正常饮食。可研究这类小鼠自疾病恢复的能力和/或它们的一经后续暴露于DCC则复发的易感性。MP治疗是在一些时间点(在DCC喂养的时间附近或在开始暴露于DCC之后)下开始。例如，MP可在第1天施用，或可将它们在此后的某一时刻施用。MP是在不同剂量下及在规定时间间隔下施用。例如，一些小鼠是以15、20或15ug/小鼠静脉内注射MP。其他小鼠可接受25、50、100mg的MP/小鼠。虽然一些小鼠通过i.v.注射接受MP，但其他小鼠可通过i.p.注射、皮下(s.c.)注射、鼻途径施用、经口强饲或其他施用方式接受MP。一些小鼠可每天(例如，起始自第1天)接受MP，而其他小鼠可在交替时间间隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受MP。另外组的小鼠可接受一定比率的细菌细胞与MP。这些细菌细胞可以是活的、死的或弱的。这些细菌细胞可新鲜(或冷冻)获取，及施用，或可将它们在施用前经辐射或热灭活。例如，一些组的小鼠可以与MP施用分开或组合的施用接受1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞。如与MP一起施用，则细菌细胞施用可通过施用途径、剂量及给药方案改变。此可包括经口强饲、i.v.注射、i.p.注射或鼻途径施用。一些组的小鼠可在各种时间点下及在有效剂量下，用另外的药剂和/或适当的对照(例如，媒剂或抗体)进行处理。

另外，在治疗之前使用抗生素治疗一些小鼠。例如，将万古霉素(0.5g/L)、氨苄西林(1.0g/L)、庆大霉素(1.0g/L)及两性霉素B(0.2g/L)添加至饮用水中，且在治疗时或在治疗之前数天停止抗生素治疗。一些免疫小鼠是经治疗而不接受抗生素。在各种时间点下，分析血清样品中的ALT、AP、胆红素及血清胆汁酸(BA)浓度。

在各种时间点下，将小鼠处死，记录体重及肝重量，且移除发炎的位置(例如，肝、小肠及大肠、脾脏)、淋巴结或其他组织以使用本领域中已知的方法进行离体组织形态学表征、细胞因子和/或流式细胞术分析(参见，Fickert等人，Characterization of animalmodels for primary sclerosing cholangitis(PSC)).[原发性硬化性胆管炎(PSC)动物模型的表征]J Hepatol.[肝病学杂志]2014.60(6):1290-1303)。例如，针对ICAM-1、VCAM-1、MadCAM-1的表达染色胆管。一些组织是经染色用于组织学检查，而其他组织是使用解离酶根据制造商的使用说明进行解离。将细胞染色以通过流式细胞术使用本领域内已知技术进行分析。染色抗体可包含抗CD11c(树突细胞)、抗CD80、抗CD86、抗CD40、抗MHCII、抗CD8a、抗CD4及抗CD103。可分析的其他标志物包括泛免疫细胞标志物CD45、T细胞标志物(CD3、CD4、CD8、CD25、Foxp3、T-bet、Gata3、Roryt、颗粒酶B、CD69、PD-1、CTLA-4)及巨噬细胞/髓样标志物(CD11b、MHCII、CD206、CD40、CSF1R、PD-L1、Gr-1、F4/80)，及黏附分子表达(ICAM-1、VCAM-1、MadCAM-1)。除免疫表型分型外，还分析血清细胞因子，它们包括但不限于TNFa、IL-17、IL-13、IL-12p70、IL12p40、IL-10、IL-6、IL-5、IL-4、IL-2、IL-1b、IFNy、GM-CSF、G-CSF、M-CSF、MIG、IP10、MIP1b、RANTES及MCP-1。可对获得自淋巴结或其他组织的免疫细胞，和/或离体获得的经纯化的CD45+胆管-浸润的免疫细胞进行细胞因子分析。

制备肝组织以用于组织学分析，例如，使用天狼星红染色，接着对纤维化区域定量。在治疗结束时，收集血液用于肝酶(例如，AST或ALT)的血浆分析，及用以测定胆红素浓度。羟脯胺酸的肝含量可使用预定方案量测。炎症及纤维化标志物的肝基因表达分析可通过qRT-PCR使用经验证的引子进行。这类标志物可包括但不限于MCP-1、α-SMA、Coll1a1及TIMP-。血浆、组织及粪便样品中的代谢物量测可使用预定代谢组学方法进行。最后，对肝切片进行免疫组织化学以量测中性粒细胞、T细胞、巨噬细胞、树突细胞或其他免疫细胞浸润物。

为检查疾病保护的影响及寿命，一些小鼠不被处死而是可稍后用DCC再激发。分析小鼠在再激发后对胆管炎及胆管炎严重程度的易感性。

BDL诱导的胆管炎

可替代地，测试MP在BDL诱导的胆管炎中的功效。例如，6至8周龄C57Bl/6J小鼠获得自泰康利公司或其他供货商。在适应期后，使这些小鼠经受手术程序以进行胆管结扎术(BDL)。一些对照动物接受假手术。BDL程序在7至21天内导致肝损伤、炎症及纤维化。

MP治疗是在一些时间点(在手术的时间附近或在手术后的某一时刻)下开始。MP是在不同剂量下及在规定时间间隔下施用。例如，一些小鼠是以15、20或15ug/小鼠静脉内注射MP。其他小鼠可接受25、50或100mg的MP/小鼠。虽然一些小鼠通过i.v.注射接受MP，但其他小鼠可通过i.p.注射、皮下(s.c.)注射、鼻途径施用、经口强饲或其他施用方式接受MP。一些小鼠每天(例如，起始自第1天)接受MP，而其他小鼠可在交替时间间隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受MP。另外组的小鼠可接受一定比率的细菌细胞与MP。这些细菌细胞可以是活的、死的或弱的。这些细菌细胞可新鲜(或冷冻)获取，及施用，或可将它们在施用前经辐射或热灭活。例如，一些组的小鼠可以与MP施用分开或组合的施用接受1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞。如与MP一起施用，则细菌细胞施用可通过施用途径、剂量及给药方案改变。此可包括经口强饲、i.v.注射、i.p.注射或鼻途径施用。一些组的小鼠可在各种时间点下及在有效剂量下，用另外的药剂和/或适当的对照(例如，媒剂或抗体)进行处理。

为检查疾病保护的影响及寿命，一些小鼠不被处死而是可针对恢复进行分析。

实例20：非酒精性脂肪性肝炎(NASH)的小鼠模型中的MP

非酒精性脂肪性肝炎(NASH)是非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)的严重形式，其中肝脂肪(脂肪变性)及炎症的逐步发展导致肝损伤及肝细胞细胞死亡(鼓胀)。

存在不同NASH动物模型，如Ibrahim等人综述(Animal models of Nonalcoholicsteatohepatitis:Eat,Delete,and Inflame.[非酒精性脂肪性肝炎的动物模型：进食，删除和发炎]Dig Dis Sci.[消化疾病与科学]2016年5月.61(5):1325-1336；还参见Lau等人Animal models of non-alcoholic fatty liver disease:current perspectives andrecent advances[非酒精性脂肪肝疾病的动物模型：当前观点和最新进展]2017年1月241(1):36-44)。

测试MP(单独或与完整细菌细胞组合，添加或未添加另一治疗剂)在NASH的小鼠模型中的效力。例如，将8至10周龄C57Bl/6J小鼠(获得自Taconic(纽约州日耳曼敦(Germantown,NY))或其他供货商)放置于缺乏甲硫胺酸胆碱(MCD)的饮食上，历时4至8周的周期，在此期间NASH特征发展，包括脂肪变性、炎症、鼓胀及纤维化。

测试栖组织普雷沃菌细菌细胞及栖组织普雷沃菌衍生的MP(单独或彼此结合，以不同比例，添加或未添加另一治疗剂)在NASH的小鼠模型中的功效。例如，使8周龄C57Bl/6J小鼠(获得自查尔斯河(Charles River)(法国)或其他供货商)适应5天的周期，基于体重随机分为10只小鼠的组，并放置于缺乏甲硫胺酸胆碱(MCD)的饮食上，例如来自研究用饮食公司(Research Diets)(USA)的A02082002B，历时4周的周期，在此期间NASH特征发展，包括脂肪变性、炎症、鼓胀及纤维化。给对照食物小鼠喂养正常食物饮食，例如，来自SDS饮食公司(SDS Diets)(英国)的RM1(E)801492。随意提供对照食物、MCD饮食及水。

使用冷冻活栖组织普雷沃菌的治疗是针对一些小鼠在MCD饮食的第1天开始并连续继续28天。一些MCD饮食小鼠通过每天经口强饲100μl含有1.47x10⁹个细菌细胞的悬浮液而经施用细菌细胞。对照食物及一些MCD饮食小鼠仍未经处理，而一些MCD饮食小鼠是经每天施用媒剂溶液，通过每天经口强饲，历时28天。一些MCD饮食小鼠是经施用参照化合物及FXR激动剂、胆甾酸(OCA；阳性对照)，以30mg/kg的剂量，通过每天经口强饲，历时28天。在治疗结束时(第28天)，将小鼠处死并移除肝、小肠、内腔内容物、血液及排泄物用于使用本领域中已知的方法进行离体组织学、生物化学、分子或细胞因子和/或流式细胞术分析。例如，将0.5cm³肝样品储存于福尔马林中，历时24小时，及然后在4℃下储存于乙醇中，接着进行苏木精/伊红(H&E)及天狼星红染色，及测定NASH活动分数(NAS)。组织学分析及评分是在Histalim(蒙彼利埃(Montpelier)，法国)下以盲蔽方式进行。含有一个用H&E或天狼星红染色的肝叶切片的载玻片是使用NanoZoomer数字化及使用NDP查看器可视化，均来自滨松公司(Hamamatsu)(日本)。各切片是经个别地评估及评分。使用根据Kleiner等人(Design andvalidation of a histological scoring system for nonalcoholic fatty liverdisease.[非酒精性脂肪肝疾病组织学评分系统的设计和验证]Hepatology.[肝脏病学]。2005年6月.41(6):1313-1321)调适的NAS评分系统来测定脂肪变性(0至3分)、小叶发炎(0至3分)、肝细胞鼓胀(0至3分)及纤维化(0至4分)的程度。个别小鼠NAS分数是通过针对脂肪变性、炎症、鼓胀及纤维化的分数(0至13分)求和进行计算。另外，血浆AST及ALT的浓度是使用来自堀场公司(Horiba)(美国)的Pentra400仪器，根据制造商的使用说明进行测定。肝总胆固醇、三酸甘油酯、脂肪酸、丙氨酸氨基转移酶及天冬氨酸氨基转移酶的浓度也是使用本领域中已知的方法进行测定。

在其他研究中，炎症、纤维化、脂肪变性、ER应激或氧化应激标志物的肝基因表达分析可通过qRT-PCR使用经验证的引子进行。这些标志物可以包括但不限于IL-1β、TNF-α、MCP-1、α-SMA、Coll1a1、CHOP和NRF2。

MP治疗是在一些时间点(在饮食开始时，或在饮食开始后的某一时刻(例如，一周后))下开始。例如，MP可在开始MCD饮食的同一天施用。MP是在不同剂量下及在规定时间间隔下施用。例如，一些小鼠是以15、20或15ug/小鼠静脉内注射MP。其他小鼠可接受25、50或100mg的MP/小鼠。虽然一些小鼠通过i.v.注射接受MP，但其他小鼠可通过腹膜内(i.p.)注射、皮下(s.c.)注射、鼻途径施用、经口强饲或其他施用方式接受MP。一些小鼠可每天(例如，起始自第1天)接受MP，而其他小鼠可在交替时间间隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受MP。另外组的小鼠可接受一定比率的细菌细胞与MP。这些细菌细胞可以是活的、死的或弱的。这些细菌细胞可新鲜(或冷冻)获取并施用，或可将它们在施用前经辐射或热灭活。

例如，一些组的小鼠可以与MP施用分开或组合的施用接受1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞。如与MP一起施用，则细菌细胞施用可通过施用途径、剂量及给药方案改变。此可包括经口强饲、i.v.注射、i.p.注射或鼻途径施用。一些组的小鼠可在各种时间点及有效剂量下，用一种或多种另外的NASH治疗剂(例如，FXR激动剂、PPAR激动剂、CCR2/5拮抗剂或其他治疗)和/或适当的对照进行处理。

在各种时间点下和/或在治疗结束时，将小鼠处死并可移除肝、肠、血液、排泄物或其他组织用于使用本领域中已知的方法进行离体组织学、生物化学、分子或细胞因子和/或流式细胞术分析。例如，称重并制备肝组织用于组织学分析，其可包含用H&E、天狼星红染色，及测定NASH活动分数(NAS)。在各种时间点下，收集血液用于肝酶(例如，AST或ALT)的血浆分析，使用标准分析。另外，胆固醇、三酸甘油酯或脂肪酸的肝含量可使用预定方案进行量测。炎症、纤维化、脂肪变性、ER应激或氧化应激标志物的肝基因表达分析可通过qRT-PCR使用经验证的引子进行。这类标志物可包括但不限于IL-6、MCP-1、α-SMA、Coll1a1、CHOP及NRF2。血浆、组织及粪便样品中的代谢物量测可使用预定的基于生物化学及质谱的代谢组学方法进行。分析血清细胞因子，它们包括但不限于TNFa、IL-17、IL-13、IL-12p70、IL12p40、IL-10、IL-6、IL-5、IL-4、IL-2、IL-1b、IFNy、GM-CSF、G-CSF、M-CSF、MIG、IP10、MIP1b、RANTES及MCP-1。可对获得自淋巴结或其他组织的免疫细胞，和/或离体获得的经纯化的CD45+胆管-浸润的免疫细胞进行细胞因子分析。最后，对肝或肠切片进行免疫组织化学以量测中性粒细胞、T细胞、巨噬细胞、树突细胞或其他免疫细胞浸润物。

实例21：牛皮癣的小鼠模型中的MP

银屑病是T细胞介导的慢性炎症皮肤疾病。所谓的“斑块型”银屑病是银屑病的最常见形式且特征是干鳞、红色斑块、及皮肤因免疫细胞浸润至真皮及表皮内而增厚。数种动物模型有助于了解此疾病，如由Gudjonsson等人(Mouse models of psoriasis.[银屑病的小鼠模型]JInvest Derm.[皮肤病学研究杂志]2007.127:1292-1308；还参见van der Fits等人，Imiquimod-induced psoriasis-like skin inflammation in mice is mediatedvia the IL-23/IL-17axis.[咪喹莫特诱导的小鼠银屑病样皮肤炎症是通过IL-23/IL-17轴介导的]J.Immunol.[免疫学杂志]2009年5月1日.182(9):5836-45)综述。

银屑病可于各种小鼠模型中诱导，包括那些使用转基因、敲除或异种移植模型，并局部施用咪喹莫特(IMQ)(一种TLR7/8配体)模型。

测试MP(单独或与完整细菌细胞组合，添加或未添加其他抗炎治疗)在牛皮癣的小鼠模型中的功效。例如，6至8周龄C57Bl/6或Balb/c小鼠获得自Taconic(日耳曼敦，纽约州)或其他供货商。将小鼠的背部及右耳剃光。各组小鼠接受每天62.5mg局部剂量的市售IMQ乳膏(5％)(咪喹莫特(Aldara)；3M药物公司(3MPharmaceuticals))。将该剂量施用至经剃毛的区域，历时连续5或6天。每隔一定时间，对小鼠的红斑、结垢及增厚按自0至4的标度进行评分，如由van der Fits等人，(2009)描述。使用Mitutoyo千分尺监测小鼠的耳厚度。

MP治疗是在一些时间点(在第一次施用IMQ的时间附近，或之后的某一时刻)下开始。例如，MP可在皮下注射(第0天)的同时施用，或可将它们在施用之前或在施用后施用。MP是在不同剂量下及在规定时间间隔下施用。例如，一些小鼠是以15、20或15ug/小鼠静脉内注射MP。其他小鼠可接受25、50或100mg的MP/小鼠。虽然一些小鼠通过i.v.注射接受MP，但其他小鼠可通过腹膜内(i.p.)注射、鼻途径施用、经口强饲、局部施用、皮内(i.d.)注射、皮下(s.c.)注射或其他施用方式接受MP。一些小鼠可每天(例如，起始自第0天)接受MP，而其他小鼠可在交替时间间隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受MP。另外组的小鼠可接受一定比率的细菌细胞与MP。这些细菌细胞可以是活的、死的或弱的。这些细菌细胞可新鲜(或冷冻)获取并施用，或可将它们在施用前经辐射或热灭活。

例如，一些组的小鼠可以与MP施用分开或组合的施用接受1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞。如与MP一起施用，则细菌细胞施用可通过施用途径、剂量及给药方案改变。此可包括经口强饲、i.v.注射、i.p.注射、i.d.注射、s.c.注射、局部施用或鼻途径施用。

在各种时间点下，采集来自背部及耳朵皮肤的样品用于使用本领域中已知的方法进行冰冻切片染色分析。将其他组的小鼠处死且可移除淋巴结、脾脏、肠系膜淋巴结(MLN)、小肠、结肠及其他组织用以使用本领域中已知的方法进行组织学研究、离体组织学、细胞因子和/或流式细胞术分析。一些组织可使用解离酶根据制造商的使用说明进行解离。冰冻切片样品、组织样品或离体获得的细胞是经染色用于通过流式细胞术使用本领域中已知的技术进行分析。染色抗体可包含抗CD11c(树突细胞)、抗CD80、抗CD86、抗CD40、抗MHCII、抗CD8a、抗CD4及抗CD103。可分析的其他标志物包括泛免疫细胞标志物CD45、T细胞标志物(CD3、CD4、CD8、CD25、Foxp3、T-bet、Gata3、Roryt、颗粒酶B、CD69、PD-1、CTLA-4)及巨噬细胞/髓样标志物(CD11b、MHCII、CD206、CD40、CSF1R、PD-L1、Gr-1、F4/80)。除免疫表型分型外，还分析血清细胞因子，它们包括但不限于TNFa、IL-17、IL-13、IL-12p70、IL12p40、IL-10、IL-6、IL-5、IL-4、IL-2、IL-1b、IFNy、GM-CSF、G-CSF、M-CSF、MIG、IP10、MIP1b、RANTES及MCP-1。可对获得自淋巴结或其他组织的免疫细胞，和/或离体获得的经纯化的CD45+皮肤-浸润的免疫细胞进行细胞因子分析。最后，对各种组织切片进行免疫组织化学以量测T细胞、巨噬细胞、树突细胞及检查点分子蛋白表达。

为检查银屑病保护的影响及寿命，一些小鼠不被处死而是可经研究以评估恢复，或可将它们用IMQ再激发。分析经再激发的小鼠对银屑病及反应的严重程度的易感性。

实例22：制造条件

使用经富集的培养基以使细菌生长并制备细菌用于活体外及活体内用途。例如，培养基可含有糖、酵母提取物、基于植物的蛋白胨、缓冲液、盐、微量元素、表面活性剂、消泡剂及维生素。复杂组分(如酵母提取物及蛋白胨)的组成可未经定义或经部分定义(包括氨基酸、糖等的近似浓度)。微生物代谢可取决于资源(如碳及氮)的可用性。可测试各种糖或其他碳源。可替代地，可制备培养基并使所选细菌生长，如由Saarela等人,J.AppliedMicrobiology[应用微生物学杂志].2005.Saarela等人,J.Applied Microbiology.[应用微生物学杂志]2005.99:1330-1339，所述文献以引用的方式并入本文中。发酵时间、冷冻保护剂及细胞浓缩物的中和对冷冻干燥存活、储存稳定性及无基于牛奶的成分所产生的所选细菌的酸及胆汁暴露的影响。

对培养基大规模灭菌。可通过超高温(UHT)处理来灭菌。在极高温下实施短时间段的UHT处理。UHT范围可为135℃-180℃。例如，可在135℃下将培养基灭菌10至30秒。

可在烧瓶或较小生物反应器中制备接种物且监测生长。例如，接种物大小可为总生物反应器体积的大约0.5％至3％。取决于应用及材料需要，生物反应器体积可为至少2L、10L、80L、100L、250L、1000L、2500L、5000L、10,000L。

在接种之前，生物反应器为使用培养基在所需的pH、温度及氧浓度下进行制备。培养基的初始pH可不同于制程设定点。pH应激在低细胞浓度下可以是不利的；初始pH可在pH7.5与处理设定点之间。例如，pH可设定于4.5与8.0之间。在发酵期间，pH可通过使用氢氧化钠、氢氧化钾或氢氧化铵进行控制。温度可控制于25℃至45℃，例如在37℃下。通过将培养液中的氧含量从约8mg/L降低至0mg/L来产生厌氧条件。例如，可使用氮或气体混合物(N2、CO2及H2)来确立厌氧条件。可替代地，不使用气体且通过消耗来自培养基的剩余氧的细胞来确立厌氧条件。取决于菌株及接种物大小，生物反应器发酵时间可有所变化。例如，发酵时间可从大约5小时至48小时有所变化。

自冷冻状态恢复微生物可需具体考虑。产生培养基可在解冻后对细胞产生应激；可能需要特定解冻培养基以自始至终地自经解冻的材料开始菌种培养。出于增加菌种体积或维持微生物生长状态的目的，种材料至新鲜培养基的转移或传代的动力学可受微生物的当前状态(例如，指数生长、静止生长、无应激、受应激)影响。

产生发酵器的接种可影响生长动力学及细胞活性。生物反应器系统的初始状态必须经优化以促进成功且始终如一的产生。种培养物相对于总培养基的分率(例如，百分率)对生长动力学有显著影响。范围可以是发酵器工作体积的1％至5％。培养基的初始pH可不同于处理设定点。pH应激在低细胞浓度下可以是不利的；初始pH可在pH 7.5与处理设定点之间。在接种期间，搅动及气体流入系统内可不同于处理设定点。在低细胞浓度下，物理及化学应激因两个条件而可以是不利的。

处理条件及对照设定可影响微生物生长及细胞活性的动力学。处理条件的变化可改变膜组成、代谢物的产生、生长速率、细胞应激等。用于生长的优化温度范围可随菌株改变。该范围可以是20℃至40℃。用于细胞生长及下游活性表现的最佳pH可随菌株改变。该范围可以是pH 5至8。溶解于培养基中的气体可被细胞用于代谢。可能需要在整个过程期间调节O₂、CO₂及N₂浓度。营养素的可用性可改变细胞生长。当可获得过量的营养素时，微生物可具有替代动力学。

微生物在发酵结束时及在获取期间的状态可影响细胞存活及活性。微生物可在获取前不久进行预处理以更好地制备它们用于涉及分离及下游处理的物理及化学应激。当自发酵器移除时，温度的变化(通常减小至20℃至5℃)可减少细胞代谢、减缓生长(和/或死亡)及生理变化。离心浓度的有效性可受培养pH影响。pH上升1至2点可改善浓度的有效性但对细胞也可以是不利的。微生物可通过增加盐和/或糖在培养基中的浓度而在获取前不久即受应激。以此方式受应激的细胞可在下游期间更好地在冷冻及冻干中存活。

分离方法及技术可影响自培养基分离微生物的效率。固体可使用离心技术移除。离心浓度的有效性可受培养pH或由利用絮凝剂影响。pH上升1至2点可改善浓度的有效性但对细胞也可以是不利的。微生物可通过增加盐和/或糖在培养基中的浓度而在获取前不久即受应激。以此方式受应激的细胞可在下游期间更好地在冷冻及冻干中存活。另外，微生物也可经由过滤进行分离。若细胞需过量的g分钟以成功离心，则就纯化而言，过滤优于离心技术。可在分离之前之后添加赋形剂。可添加赋形剂以用于冷冻保护或用于冻干期间的保护。赋形剂可包括但不限于蔗糖、海藻糖或乳糖，且可替代地这些赋形剂可与缓冲液及抗氧化剂混合。在冻干之前，将与赋形剂混合的细胞沉淀物液滴浸没于液氮中。

可通过连续离心实施收获。产品可用各种赋形剂重新悬浮至所需的最终浓度。可添加赋形剂以用于冷冻保护或用于冻干期间的保护。赋形剂可包括但不限于蔗糖、海藻糖或乳糖，且可替代地这些赋形剂可与缓冲液及抗氧化剂混合。在冻干之前，将与赋形剂混合的细胞沉淀物液滴浸没于液氮中。

自一级干燥开始来冻干材料(包含活细菌)。在一级干燥期期间，去除冰。在此处，生成真空且将适当量的热量供应至材料以使冰升华。在二级干燥期期间，去除结合产物的水分子。在此处，将温度升至高于一级干燥期以裂解已在水分子与产物材料之间形成的任何物理-化学相互作用物。还可进一步降低压力以增强此阶段期间的解吸。在冷冻干燥处理完成之后，可使用惰性气体(例如氮)填充室。可将产物在干燥条件下密封于冷冻干燥器内，从而防止暴露于大气水及污染物。

实例23：小鼠黑色素瘤模型

雌性6至8周龄C57Bl/6小鼠获得自Taconic(日耳曼敦，纽约州)。将100,000个B16-F10(ATCC CRL-6475)肿瘤细胞重悬浮于含有50％Matrigel的无菌PBS中，并以100ul最终体积接种于各小鼠的一个后胁腹(第一胁腹)内。使用韦荣氏球菌菌株的治疗是在肿瘤细胞接种后的某一时刻在不同剂量下及在规定时间间隔下开始。例如，一些小鼠接受1-5×10^9CFU(100μl最终体积)/剂量。可能的施用途径包含口服胃管灌食(p.o.)、静脉内注射、肿瘤内注射(IT)或肿瘤周围或肿瘤下或皮下注射。为评估韦荣氏球菌治疗的全身性抗肿瘤效应，在用韦荣氏球菌于第一胁腹中的IT、肿瘤周围或肿瘤下治疗之前，可对另外的小鼠的对侧(未治疗，第二)胁腹接种肿瘤细胞。

一些小鼠可在第1天(肿瘤细胞注射后的第二天)接受韦荣氏球菌(p.o.)。其他小鼠可接受七(7)次连续剂量的细菌菌株(在第14至21天，每天一个剂量)。其他小鼠接受日给药或替代地一些小鼠每隔一天接受给药。可替代地，将小鼠在限定时间点(例如在第13天)或在肿瘤达到一定大小(例如100mm³)时随机化至各个治疗组中，且然后由此开始治疗。例如，当肿瘤体积达到平均100mm³(肿瘤细胞接种约10至12天)时，将动物分布于组中并用媒剂或细菌菌株进行处理(p.o.或IT)。可使用另外癌症治疗剂或适当对照抗体治疗一些另外组的小鼠。可施用的癌症治疗剂的一个实例是免疫检查点抑制剂，例如抗PD-1、抗PD-L1或其他阻断免疫检查点结合至其一个或多个配体的治疗剂。可在PBS中配制检查点抑制剂抗PD-1及抗PD-L1并以有效剂量经腹膜内(i.p.)施用。例如，从第1天开始每4天给予小鼠100ug的抗PD-1(腹膜内)，并研究期间继续给予。

另外，在治疗之前使用抗生素治疗一些小鼠。例如，将万古霉素(0.5g/L)、氨苄西林(1.0g/L)、庆大霉素(1.0g/L)及两性霉素B(0.2g/L)添加至饮用水中，且在治疗时或在治疗之前数天停止抗生素治疗。向一些小鼠接种肿瘤细胞且并不接受先前的抗生素治疗。

在各种时间点下，将小鼠处死且可移除肿瘤、淋巴结或其他组织以使用本领域中已知的方法进行离体流式细胞术分析。例如，使用Miltenyi肿瘤解离酶混合剂根据制造商说明书来解离肿瘤。记录肿瘤重量且将肿瘤短切，然后置于含有酶混合剂的15ml管中并置于冰上。然后将样品置于37℃轻微振荡器上保持45分钟并使用最多15ml完整RPMI骤冷。经由70μm过滤器将每一细胞悬浮液过滤至50ml falcon管中并在1000rpm下离心10分钟。将细胞重新悬浮于FACS缓冲液中并洗涤以去除剩余碎片。视需要，经由第二70μm过滤器将样品再次过滤至新管中。将细胞染色以通过流式细胞术使用本领域内已知技术进行分析。染色抗体可包含抗CD11c(树突细胞)、抗CD80、抗CD86、抗CD40、抗MHCII、抗CD8a、抗CD4及抗CD103。可分析的其他标志包含pan-免疫细胞标志CD45、T细胞标志(CD3、CD4、CD8、CD25、Foxp3、T-bet、Gata3、Rorγt、颗粒酶B、CD69、PD-1、CTLA-4)及巨噬细胞/骨髓性标志(CD11b、MHCII、CD206、CD40、CSF1R、PD-L1、Gr-1)。除免疫表型分型外，还分析血清细胞因子，它们包括但不限于TNFa、IL-17、IL-13、IL-12p70、IL12p40、IL-10、IL-6、IL-5、IL-4、IL-2、IL-1b、IFNy、GM-CSF、G-CSF、M-CSF、MIG、IP10、MIP1b、RANTES及MCP-1。可对获得自淋巴结或其他组织的免疫细胞，和/或在离体获得的经纯化的CD45+肿瘤-浸润的免疫细胞进行细胞因子分析。最后，对肿瘤切片进行免疫组织化学以量测T细胞、巨噬细胞、树突细胞及检查点分子蛋白表达。

一些小鼠可未处死，而是使用注射至对侧的侧腹(或其他区域)中的肿瘤细胞再攻击以测定免疫系统的记忆反应对肿瘤生长的影响。

实例24：结肠直肠癌模型

从泰康利公司(日耳曼敦，纽约州))或其他供应商获得雌性6-8周龄Balb/c小鼠。将100,000个CT-26结直肠肿瘤细胞(ATCC CRL-2638)重新悬浮于无菌PBS中并在50％基质胶(Matrigel)存在下接种。将CT-26肿瘤细胞经皮下注射至每只小鼠的一个后侧腹中。在肿瘤体积平均达到100mm³时(在肿瘤细胞接种后大约10-12天)，将动物分配至下列各组中：1)媒剂；2)韦荣氏球菌菌株；3)抗PD-1抗体。起始自第1天，每隔四天，以200μg/小鼠(100μl最终体积)腹膜内(i.p.)施用抗体，施用总计3次(Q4Dx3)，及起始自第1天，每隔三天，静脉内(i.v.)注射韦荣氏球菌MP(5μg)，施用总计4次(Q3Dx4)并评估小鼠的肿瘤生长。

可替代地，在肿瘤体积平均达到100mm³时(在肿瘤细胞接种后大约10-12天)，将动物分配至下列各组中：1)媒剂；2)类鼻疽伯克霍尔德菌；及3)抗PD-1抗体。起始自第1天，每隔四天，以200μg/小鼠(100μl最终体积)腹膜内(i.p.)施用抗体，及起始自第1天直至研究结束，静脉内(i.v.)每天注射类鼻疽伯克霍尔德菌MP(5μg)并测量肿瘤的生长。

可替代地，在肿瘤体积平均达到100mm³时(在肿瘤细胞接种后大约10-12天)，将动物分配至下列各组中：1)媒剂；2)分离自

疫苗的脑膜炎奈瑟菌MP；及3)抗PD-1抗体。起始自第1天，每隔四天，以200ug/小鼠(100ul最终体积)腹膜内(i.p.)施用抗体，及起始自第1天直至研究结束，腹膜内(i.p.)每天施用脑膜炎奈瑟菌细菌(约1.1x10²)。

实例25：静脉内MP的功效

从泰康利公司(日耳曼敦，纽约州))或其他供应商获得雌性6-8周龄Balb/c小鼠。将100,000个CT-26结直肠肿瘤细胞(ATCC CRL-2638)重新悬浮于无菌PBS中并在50％基质胶(Matrigel)存在下接种。将CT-26肿瘤细胞经皮下注射至每只小鼠的一个后侧腹中。当肿瘤体积达到平均100mm³(肿瘤细胞接种后约10至12天)时，将动物分布于如表4中突出显示的下列组中。

表4：治疗组

如表中所示，起始自第1天，每隔四天，以200μg/小鼠(100μl最终体积)腹膜内(i.p.)施用抗体，施用总计3次(Q4Dx3)及起始自第1天，每隔三天，静脉内(i.v.)注射MP，施用总计4次(Q3Dx4)。

如图1所示，动物双歧杆菌乳酸亚种菌株A MP和丁酸厌氧棒杆菌菌株A MP显示出与抗PD-1组相当或更显著的肿瘤生长抑制。

可替代地，当口服、皮下、肿瘤内、肿瘤旁和/或腹膜内施用时，可以测试MP的功效。

实例26：MP蛋白质组学

LC-MS/MS用于鉴定纯化的MP中存在的蛋白质。使用标准技术制备MP蛋白用于LC-MS/MS，所述标准技术包括使用二硫苏糖醇溶液(DTT)进行蛋白还原以及使用酶(例如LysC和胰蛋白酶)进行蛋白消化(如在Erickson等人,2017(Molecular Cell[分子细胞],第65卷,第2期,第361-370页,2017年1月19日)中所述)。另一方面，肽是如Liu等人.2010(JOURNAL OF BACTERIOLOGY[细菌学杂志],2010年6月,第2852-2860页第192卷,第11期)，Kieselbach和Oscarsson 2017(Data Brief[数据摘要].2017年2月；10:426-431.)，Vildhede等人,2018(Drug Metabolism and Disposition[药物代谢与处置]2018年2月8日)中所述制备。消化后，直接在液相色谱和质谱仪上运行肽制剂，用于在单个样品中鉴定蛋白质。为了相对定量样品之间的蛋白质，使用iTRAQ试剂-8plex多重试剂盒(应用生物系统公司(Applied Biosystems)，福斯特城，加利福尼亚州)或TMT 10plex和11plex标记试剂(赛默飞世尔科技公司(Thermo Fischer Scientific)，圣何塞，加利福尼亚州，USA)将来源于不同样品的肽消化物用同量异位素标签进行标记。每个肽消化物都用不同的同量异位素标签标记，然后将经标记的消化物合组合进入一个样品混合物。通过LC-MS/MS分析组合的肽混合物，以进行鉴定和定量。使用LC-MS/MS数据进行数据库搜索，以鉴定经标记的肽和相应的蛋白质。在同量异位素标记的情况下，附着标签的片段产生低分子量的报告离子，该离子用于获得每个MP中存在的肽和蛋白质的相对定量。

实例27：口服栖组织普雷沃菌和小韦荣氏球菌MP：DTH研究

A.从泰康利生物科学公司(Taconic Biosciences)购买了5-7周大的雌性C57BL/6小鼠，并在饲养箱中适应了一周。在第0天通过皮下免疫用KLH和CFA(1:1)乳剂对小鼠进行初免。从第1-8天开始，小鼠每天用指定菌株的细胞外囊泡(EV)或MP或全微生物粉末经口灌胃或以1mg/kg剂量的地塞米松腹腔内给药。在第8天给药后，用异氟烷麻醉小鼠，用Fowler卡尺测量左耳的基础测量值，并在左耳中用含KLH的生理盐水(10μl)皮内激发小鼠，并且在24小时测量耳厚度。

24小时耳部测量结果显示在图2中。将栖组织普雷沃菌MP与三个剂量的EV、三个剂量的冻干的EV和一个剂量的粉末进行头对头比较。所述MP和EV分别以高浓度(6.0E+11)、中浓度(6.0E+09)和低浓度(6.0E+07)的每剂量通过颗粒给药，并且所述粉末以总细胞计数为3.13E+09给药。每组的中间剂量每剂量具有与粉末的总细胞计数等量的颗粒，并且任何所述中间剂量组与所述粉末组之间没有显著差异。所述EV组、冻干EV组和MP组均显示出相似的趋势，最高剂量和中间剂量看起来相似，而最低剂量显示出明显的较低功效。栖组织普雷沃菌EV的功效不受冻干的影响。

B.从泰康利生物科学公司购买了5周大的雌性C57BL/6小鼠，并在饲养箱中适应了一周。在第0天通过皮下免疫用KLH和CFA(1:1)乳剂对小鼠进行初免。从第1-8天开始，小鼠每天用指定菌株的MP或全微生物粉末经口灌胃或以1mg/kg剂量的地塞米松腹腔内给药。在第8天给药后，用异氟烷麻醉小鼠，用Fowler卡尺测量左耳的基础测量值，并在左耳中用含KLH的生理盐水(10μl)皮内激发小鼠，并且在24小时测量耳厚度。

24小时耳部测量结果显示在图3中。与相同剂量的冻干栖组织普雷沃菌MP和10mg粉末(总细胞数3.13E+09)相比，测试了三种剂量(高：6.0E+11，中：6.0E+09和低：6.0E+07)的活栖组织普雷沃菌MP的功效。结果表明，高剂量的MP表现出与10mg剂量的粉末相当的功效。栖组织普雷沃菌MP的功效不受冻干的影响。

C.从泰康利生物科学公司购买了5周大的雌性C57BL/6小鼠，并在饲养箱中适应了一周。在第0天通过皮下免疫用KLH和CFA(1:1)乳剂对小鼠进行初免。从第1-8天开始，小鼠每天用指定菌株的细胞外囊泡(EV)、MP、γ辐照(GI)的MP，或γ辐照(GI)的粉末(全微生物)经口灌胃或以1mg/kg剂量的地塞米松腹腔内给药。在第8天给药后，用异氟烷麻醉小鼠，用Fowler卡尺测量左耳的基础测量值，并在左耳中用含KLH的生理盐水(10μl)皮内激发小鼠，并且在24小时测量耳厚度。

24小时耳部测量结果显示在图4中。以三种剂量(高：3.0E+11，中：3.0E+09和低：3.0E+07)头对头测试了小韦荣氏球菌EV、MP和γ辐照(GI)的MP的功效。每组的最高剂量之间没有显著差异。小韦荣氏球菌MP(γ辐照的和非γ辐照的)与EV一样有效。

结论：一并考虑，这组迟发型超敏反应(DTH)研究表明，栖组织普雷沃菌和小韦荣氏球菌MP与EV一样有效。栖组织普雷沃菌EV和MP的冻干均不影响功效。

实例28：EV和MP制备

对于实例27中所述的研究，EV和MP的制备如下。

细胞外囊泡(EV)：生物反应器收获后，立即开始了细胞外囊泡的下游加工。以20,000g离心以从液体培养基中除去细胞。使用0.22μm过滤器澄清所得的上清液。将EV浓缩，并使用切向流过滤(TFF)和具有100kDa分子量截留值(MWCO)的平板式盒式超滤(UF)膜进行清洗。渗滤(DF)用于使用5个体积的磷酸盐缓冲溶液(PBS)洗脱小分子和小蛋白。将来自TFF的渗余物在超速离心机中以200,000g离心1小时，以形成富含EV的沉淀物，称为高速沉淀物(HSP)。将沉淀物用最少的PBS重悬，并用optiprep^TM密度梯度培养基制备梯度，并以200,000g超速离心16小时。在所得级分中，有2个中间条带包含EV。用15倍的PBS洗涤级分，并将EV以200,000g离心1小时以产生分级的HSP或fHSP。随后将其用最少的PBS重悬，合并，并分析颗粒数/mL和蛋白质含量。由颗粒数/mL计数制备剂量以达到所需浓度。使用马尔文帕纳科公司(Malvern Panalytical)的NanoSight NS300在532nm激光的散射模式下表征EV。如果进行了冻干(对于EV粉末)，则将样品置于冻干设备中，并在-45℃冷冻。冻干循环包括在-45℃下保持10分钟的步骤。开始真空并将其设置为100mTorr，并将样品在-45℃下再保持10分钟。一级干燥开始于经300分钟温度斜升至-25℃，并在此温度下保持4630分钟。二级干燥开始于经200分钟温度斜升至20℃，同时真空降至20mTorr。将其在该温度和压力下保持1200分钟。最后一步将温度从20℃升高到25℃，并在20mTorr的真空下保持10分钟。

栖组织普雷沃菌膜制剂(MP)：

从冰柜中取出细胞沉淀物并放在冰上。记录沉淀物重量。

将冷的100mM Tris-HCl pH 7.5添加到冷冻的沉淀物中，并将沉淀物在4℃下解冻旋转。

将10mg/ml DNA酶储备液添加到解冻的沉淀物中，使其最终浓度为1mg/mL。

将沉淀物在RT(室温)下在倒转器上孵育40分钟。

在运行通过Emulsiflex之前，将样品在70um细胞筛中过滤。

使用Emulsiflex在22,000psi下以8个离散循环裂解样品。

为了从裂解的样品中去除细胞碎片，以12,500x g、15分钟、4℃离心样品。

将样品以12,500x g、15分钟、4℃再离心两次，每次将上清液移至新的试管中。

为沉淀膜蛋白，将样品以120,000x g、1小时、4℃离心。

将沉淀物重悬于10mL冰冷的0.1M碳酸钠pH 11中。将样品在4℃的倒转器上孵育1小时。

将样品以120,000x g、1小时、4℃离心。

将10mL 100mM Tris-HCl pH 7.5添加到沉淀物中，并在4℃下孵育O/N(过夜)。

将沉淀物重新悬浮，并将样品在4℃下以120,000x g离心1小时。

弃去上清液，将沉淀重新悬浮在最小体积的PBS中。

小韦荣氏球菌膜制剂：

实例27的研究中使用的小韦荣氏球菌MP来自三种不同的分离(分离1、2和3)。方案中有小的变化。

从冰柜中取出细胞沉淀物并放在冰上。记录沉淀物重量。

将冷的MP缓冲液(100mM Tris-HCl pH 7.5)添加到冷冻的沉淀物中，并将沉淀物在RT下解冻旋转。

将10mg/ml DNA酶储备液添加到来自分离1和2的解冻的沉淀中，使其最终浓度为1mg/mL，并且进行孵育。将沉淀物在倒转器上再孵育40'。

使用Emulsiflex在20,000-30,000psi下以8个离散循环裂解样品。

对于分离1和2，在运行通过Emulsiflex之前将样品在70um细胞筛中过滤以除去团块。

对于分离3，在通过Emulsiflex之前立即添加1mM PMSF(苯甲基磺酰氟，西格玛公司)和1mM苄脒(西格玛公司)，并且首先将样品在15,000psi下连续循环通过Emulsiflex1.5分钟，以破碎团块。

为了从细胞裂解物中去除细胞碎片，将样品以12,500x g、15分钟、4℃离心。

将来自分离3的上清液再离心一次，而将来自分离物1和2的上清液以12,500x g、15分钟、4℃再循环两次。每次离心后，将上清液移至新管中。

将最终的上清液以120,000x g、1小时、4℃离心。

将膜沉淀物重悬于10mL冰冷的0.1M碳酸钠pH 11中。对于分离1和2，在高速旋转之前，将样品在碳酸钠中孵育1小时。

将样品以120,000x g、1小时、4℃旋转。

将10mL 100mM Tris-HCl pH 7.5添加到沉淀物中，并将沉淀物重新悬浮。

将样品在4℃下以120,000xg离心1小时。

弃去上清液，并且将沉淀物置于最小体积的PBS中(分离1和2)或含有250mM蔗糖的PBS中(分离3)。

MP的剂量基于如根据制造商的说明使用NanoSight NS300(马尔文帕纳科公司)通过纳米颗粒跟踪分析(NTA)评估的颗粒计数。每个样品的计数均基于至少三个每个持续30秒的视频，每帧计数40-140个颗粒。

γ照射：对于γ辐照，小韦荣氏球菌MP以冷冻形式制备，并以25kGy的辐射剂量在干冰上进行γ辐照；在环境温度下以17.5kGy的辐射剂量对小韦荣氏球菌全微生物冻干粉末进行γ辐照。

冻干：将样品置于冻干设备中，并在-45℃冷冻。冻干循环包括在-45℃下保持10分钟的步骤。开始真空并将其设置为100mTorr，并将样品在-45℃下再保持10分钟。一级干燥开始于经300分钟温度斜升至-25℃，并在此温度下保持4630分钟。二级干燥开始于经200分钟温度斜升至20℃，同时真空降至20mTorr。将其在该温度和压力下保持1200分钟。最后一步将温度从20℃升高到25℃，并在20mTorr的真空下保持10分钟。

实例29：来自另外菌株的MP

从另外属和物种的菌株中制备MP，并在CT26结肠直肠癌模型中进行测试。菌株列于表5中。

表5：来自另外菌株的MP

细菌菌株
	酿脓链球菌
解苯副梭菌
	Hungatella effluvia
金黄色葡萄球菌
	活泼瘤胃球菌(又称Mediterraneibacter gnavus)
狄氏副拟杆菌
	马氏巨球藻

引用参考

在本文中提及的所有出版物、专利申请都通过引用以其全文特此并入，如同各个单独的出版物或专利申请被确切地并且单独地指明为通过引用并入。如果出现冲突，则以本申请(包含本文的任何定义)为准。

等效形式

本领域技术人员仅使用常规实验将认识到或能确定本文所述本发明的具体实例的许多等效形式。此类等效形式旨在为下列权利要求所涵盖。

Claims

1.一种药物组合物，所述药物组合物包含经分离的细菌膜制剂(MP)。

2.一种药物组合物，所述药物组合物包含细菌膜制剂(MP)和细菌。

3.如权利要求1-2中任一项所述的药物组合物，其中总MP中至少、约或不超过1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％是直径20-600纳米。

4.如权利要求1-2中任一项所述的药物组合物，其中总MP中至少、约或不超过1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％在所述MP的表面带正电或负电。

5.如权利要求1-2中任一项所述的药物组合物，其中总MP中至少、约或不超过1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％包含氨基酸或蛋白质。

6.如权利要求1-2中任一项所述的药物组合物，其中总MP中至少、约或不超过1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％包含核酸、或聚NA或RNA或DNA。

7.如权利要求1-2中任一项所述的药物组合物，其中总MP中至少、约或不超过1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％包含脂质。

8.如权利要求1-2中任一项所述的药物组合物，其中总MP中至少、约或不超过1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％包含代谢物。

9.如权利要求8所述的药物组合物，其中所述代谢物包含碳水化合物、维生素或矿物质。

10.如权利要求2至9中任一项所述的药物组合物，其中所述组合物包含活细菌、被杀死的细菌或减毒细菌。

11.如权利要求1至10中任一项所述的药物组合物，其中所述MP和/或细菌来自缺陷乏养菌、副毗邻乏养菌、乏养菌属物种口腔克隆P4PA_155 P1、延长厌氧醋菌、解纤维醋弧菌、产乙醇醋弧菌、醋化醋酸杆菌、可可豆醋酸杆菌、罗旺醋酸杆菌、苹果醋酸杆菌、东方醋酸杆菌、巴氏醋酸杆菌、果实醋杆菌、蒲桃醋酸杆菌、热带醋酸杆菌、醋酸杆菌科细菌AT_5844、莱氏无胆霉浆菌、反硝化无色杆菌、皮氏无色杆菌、木糖氧化无色杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、氨基酸球菌属物种D21、食糖酸叶菌、食铁嗜酸硫杆菌、食酸菌属物种98_63833、鲍曼氏不动杆菌、乙酸钙不动杆菌、不动杆菌属复合群C1、溶血性不动杆菌、约氏不动杆菌、琼氏不动杆菌、鲁氏不动杆菌、小不动杆菌、抗辐射不动杆菌、申氏不动杆菌、不动杆菌属物种56A1、不动杆菌属物种CIP 101934、不动杆菌属物种CIP 102143、不动杆菌属物种CIP53.82、不动杆菌属物种M16_22、不动杆菌属物种RUH2624、不动杆菌属物种SH024、伴放线放线杆菌、小放线杆菌、胸膜肺炎放线杆菌、产琥珀酸放线杆菌、脲放线杆菌、马西里氏放线棒菌、夏氏放线棒菌、放线棒菌属物种BM#101342、放线棒菌属物种P2P_19P1、加地夫放线菌、欧洲放线菌、芬氏放线菌、放线菌属复合群C1、放线菌属复合群C2、放线菌属复合群P1口腔克隆MB6_C03、乔氏放线菌、以色列放线菌、马赛放线菌、迈耶放线菌、纳士放线菌、鼻放线菌、纽氏放线菌、龋齿放线菌、山地放线菌、人口腔放线菌、口腔放线菌、放线菌属物种7400942、放线菌属物种c109、放线菌属物种CCUG 37290、放线菌属物种ChDC B197、放线菌属物种GEJ15、放线菌属物种HKU31、放线菌属物种ICM34、放线菌属物种ICM41、放线菌属物种ICM47、放线菌属物种ICM54、放线菌属物种M2231_94_1、放线菌属物种口腔克隆GU009、放线菌属物种口腔克隆GU067、放线菌属物种口腔克隆IO076、放线菌属物种口腔克隆IO077、放线菌属物种口腔克隆IP073、放线菌属物种口腔克隆IP081、放线菌属物种口腔克隆JA063、放线菌属物种口腔分类群170、放线菌属物种口腔分类群171、放线菌属物种口腔分类群178、放线菌属物种口腔分类群180、放线菌属物种口腔分类群848、放线菌属物种口腔分类群C55、放线菌属物种TeJ5、泌尿生殖放线菌、黏性放线菌、产雌马酚阿德勒氏菌、栖血气球菌、脲气球菌、马脲气球菌、绿色气球菌、海洋气微菌、气微菌属物种JC14、异常嗜糖气单胞菌、肠棕气单胞菌、嗜水气单胞菌、简氏气单胞菌、杀鲑气单胞菌、易损气单胞菌、维罗氏气单胞菌、空肠普雷沃菌、桔红色普雷沃菌、巴洛尼亚普雷沃菌、科罗讷普雷沃菌、人体普雷沃菌、齿状普雷沃菌、埃诺普雷沃菌、福氏普雷沃菌、深黑色普雷沃菌、解肝素普雷沃菌、洛氏普雷沃菌、食多糖普雷沃菌、南锡普雷沃菌、米普雷沃菌、帕拉迪普雷沃菌、胸膜炎普雷沃菌、栖瘤胃普雷沃菌、解糖普雷沃菌、靶心普雷沃菌、沙氏普雷沃菌、动胶普雷沃菌、阿菲波菌属复合群4、伴放线凝聚杆菌、嗜沫凝聚杆菌、惰性凝聚杆菌、放射形土壤杆菌、根癌土壤杆菌、耶纳脓球菌、嗜黏蛋白阿克曼氏菌、粪产碱杆菌、产碱杆菌属物种CO14、产碱杆菌属物种S3、酸热脂环酸芽孢杆菌、酸土脂环酸芽孢杆菌、污染脂环酸芽孢杆菌、产环庚酸性脂环酸芽孢杆菌、草脂环酸芽孢杆菌、果实脂环酸芽孢杆菌、脂环酸芽孢杆菌属物种CCUG53762、芬戈尔德氏另枝菌、不明显另枝菌、奥登多克氏另枝菌、腐败另枝菌、沙氏另枝菌、另枝菌属物种HGB5、另枝菌属物种JC50、另枝菌属物种RMA 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alsiensis、鸟分枝杆菌、龟分枝杆菌、哥伦比亚分枝杆菌、象皮病分枝杆菌、戈登分枝杆菌、胞内分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌、拉克丝分枝杆菌、麻风分枝杆菌、弥漫型麻风分枝杆菌、麦氏分枝杆菌、曼氏分枝杆菌、海分枝杆菌、田鼠分枝杆菌、新金分枝杆菌、副瘰疬分枝杆菌、副土分枝杆菌、草分枝杆菌、耻垢分枝杆菌、包皮垢分枝杆菌、分枝杆菌属物种1761、分枝杆菌属物种1776、分枝杆菌属物种1781、分枝杆菌属物种1791、分枝杆菌属物种1797、分枝杆菌属物种AQ1GA4、分枝杆菌属物种B10_07.09.0206、分枝杆菌属物种GN_10546、分枝杆菌属物种GN_10827、分枝杆菌属物种GN_11124、分枝杆菌属物种GN_9188、分枝杆菌属物种GR_2007_210、分枝杆菌属物种HE5、分枝杆菌属物种NLA001000736、分枝杆菌属物种W、结核分枝杆菌、溃疡分枝杆菌、脆弱分枝杆菌、无乳支原体、两形支原体、关节炎支原体、牛眼支原体、咽支原体、发酵支原体、絮状支原体、生殖器支原体、人型支原体、口腔支原体、绵羊肺炎支原体、穿透支原体、肺炎支原体、腐败支原体、唾液支原体、支原体科属复合群P1口腔克隆MB1_G23、香味类香菌、类香味菌属物种MY15、杆状奈瑟菌、灰色奈瑟菌、长形奈瑟菌、浅黄奈瑟菌、奈瑟菌属复合群P2口腔克隆MB5_P15、淋病奈瑟菌、乳糖奈瑟菌、猕猴奈瑟菌、脑膜炎奈瑟菌、黏膜奈瑟菌、咽奈瑟菌、多糖奈瑟菌、干燥奈瑟菌、奈瑟菌属物种KEM232、奈瑟菌属物种口腔克隆AP132、奈瑟菌属物种口腔克隆JC012、奈瑟菌属物种口腔菌株B33KA、奈瑟菌属物种口腔分类群014、奈瑟菌属物种SMC_A9199、奈瑟菌属物种TM10_1、淡黄色奈瑟菌、里氏新立克次氏体、腺热新立克次氏体、巴西诺卡菌、盖尔森基兴诺卡菌、皮疽诺卡菌、脓性诺卡菌、诺卡菌属物种01_Je_025、达松维尔类诺卡菌、食芳烃新鞘氨醇菌、卡尼海洋杆菌、海洋杆菌属物种Ndiop、人类苍白杆菌、中间苍白杆菌、假中间苍白杆菌、纹臭杆菌、内脏臭杆菌、奥卡德拉胃球菌、解脲寡源杆菌、尿道寡源杆菌、奥尔森菌属复合群C1、普惠生奥尔森菌、奥尔森菌属物种F0004、奥尔森菌属物种口腔分类群809、乌氏奥尔森菌、土丰佑菌、鼻窦口腔杆菌、口腔杆菌属物种ACB1、口腔杆菌属物种ACB7、口腔杆菌属物种CM12、口腔杆菌属物种ICM51、口腔杆菌属物种OBRC12、口腔杆菌属物种口腔分类群078、口腔杆菌属物种口腔分类群102、口腔杆菌属物种口腔分类群108、恙虫病东方体、巴伐利亚鸟胺酸杆菌、鸟胺酸杆菌属物种7_10AIA、颤杆菌属物种G2、产戊酸颤杆菌、克鲁斯颤螺菌、产甲酸草酸杆菌、巴塞罗那类芽孢杆菌、巴伦葛兹类芽孢杆菌、千叶类芽孢杆菌、库氏类芽孢杆菌、坚韧类芽孢杆菌、解葡聚糖类芽孢杆菌、乳酸类芽孢杆菌、灿烂类芽孢杆菌、饲料类芽孢杆菌、多黏类芽孢杆菌、金龟子类芽孢杆菌、类芽孢杆菌属物种CIP 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02_0265、产丙酸丙酸杆菌、痤疮丙酸杆菌、贪婪丙酸杆菌、费氏丙酸杆菌、颗粒丙酸杆菌、约翰逊丙酸杆菌、丙酸丙酸杆菌、丙酸杆菌属物种434_HC2、丙酸杆菌属物种H456、丙酸杆菌属物种LG、丙酸杆菌属物种口腔分类群192、丙酸杆菌属物种S555a、特恩氏丙酸杆菌、奇异变形杆菌、羽状变形杆菌、变形杆菌属物种HS7514、普通变形杆菌、产碱普罗威登斯菌、雷氏普罗威登斯菌、拉氏普罗威登斯菌、斯氏普罗威登斯菌、帝蒙氏假棍状菌、假毛藓菌、铜绿假单胞菌、荧光假单胞菌、盖氏假单胞菌、门多萨假单胞菌、蒙氏假单胞菌、草假单胞菌、类产碱假单胞菌、恶臭假单胞菌、假单胞菌属物种2_1_26、假单胞菌属物种G1229、假单胞菌属物种NP522b、施氏假单胞菌、托拉假单胞菌、绿黄假单胞菌、非解乳糖假枝杆菌、北极嗜冷杆菌、养料嗜冷杆菌、盐晶嗜冷杆菌、粪嗜冷杆菌、海雪嗜冷杆菌、肺炎嗜冷杆菌、嗜冷杆菌属物种13983、鱼腥味锥形杆菌、皮氏罗尔斯通氏菌、罗尔斯通氏菌属物种5_7_47FAA、解鸟胺酸拉乌尔菌、植生拉乌尔菌、土生拉乌尔菌、红杆菌属物种口腔分类群C30、球形红杆菌、类棒状红球菌属、马红球菌、红串红球菌、聚集红球菌、沼泽红假单胞菌、小蛛立克次氏体、康氏立克次氏体、普氏立克次氏体、立克氏立克次氏体、斯洛伐克立克次氏体、地方性斑疹伤寒立克次氏体、Robinsoniellapeoriensis、盲肠罗斯拜瑞氏菌、粪罗斯拜瑞氏菌、粪便罗斯拜瑞氏菌、人罗斯拜瑞氏菌、肠道罗斯拜瑞氏菌、食菊糖罗斯拜瑞氏菌、罗斯拜瑞氏菌属物种11SE37、罗斯拜瑞氏菌属物种11SE38、光合玫瑰菌、颈玫瑰单胞菌、黏膜玫瑰单胞菌、玫瑰单胞菌属物种NML94_0193、玫瑰单胞菌属物种NML97_0121、玫瑰单胞菌属物种NML98_0009、玫瑰单胞菌属物种NML98_0157、天空罗氏菌、龋齿罗氏菌、黏滑罗氏菌、鼠鼻罗氏菌、罗氏菌属物种口腔分类群188、嗜淀粉反刍杆菌、瘤胃球菌科细菌D16、白色瘤胃球菌、布氏瘤胃球菌、伶俐瘤胃球菌、Ruminococcus champanellensis、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、汉森瘤胃球菌、乳酸瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、瘤胃球菌属物种18P13、瘤胃球菌属物种5_1_39BFAA、瘤胃球菌属物种9SE51、瘤胃球菌属物种ID8、瘤胃球菌属物种K_1、扭链瘤胃球菌、绿色糖单胞菌、邦戈尔沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌、胃八迭球菌、罕见斯卡多维氏菌、韦格斯卡多维氏菌、圆形慢反应脂肪酸菌、褶皱慢反应脂肪酸菌、蛛形月形单胞菌、鱼月形单胞菌、福氏月形单胞菌、月形单胞菌属复合群C1、月形单胞菌属复合群C2、月形单胞菌属复合群P5、月形单胞菌属复合群P6口腔克隆MB3_C41、月形单胞菌属复合群P7口腔克隆MB5_C08、月形单胞菌属复合群P8口腔克隆MB5_P06、损伤新月形单胞菌、有害月形单胞菌、反刍动物月形单胞菌、月形单胞菌属物种FOBRC9、月形单胞菌属物种口腔克隆FT050、月形单胞菌属物种口腔克隆GI064、月形单胞菌属物种口腔克隆GT010、月形单胞菌属物种口腔克隆HU051、月形单胞菌属物种口腔克隆IK004、月形单胞菌属物种口腔克隆IQ048、月形单胞菌属物种口腔克隆JI021、月形单胞菌属物种口腔克隆JS031、月形单胞菌属物种口腔克隆OH4A、月形单胞菌属物种口腔克隆P2PA_80P4、月形单胞菌属物种口腔分类群137、月形单胞菌属物种口腔分类群149、生痰月形单胞菌、居泉沙雷菌、液化沙雷菌、黏质沙雷菌、臭味沙雷菌、变形班沙雷菌、腐败希瓦菌、波伊德氏志贺氏菌、痢疾志贺氏菌、福氏志贺氏菌、宋内志贺氏菌、卫星肖特沃思氏菌、肖特沃思氏菌属物种MSX8B、肖特沃思氏菌属物种口腔分类群G69、米氏西蒙斯菌、产雌马酚斯奈克氏菌、弱生斯奈克氏菌、犬粪斯奈克氏菌、还原天芥菜碱斯奈克氏菌、异黄酮化合物斯奈克氏菌、梨形斯奈克氏菌、斯奈克氏菌属物种NATTS、莫氏细小杆菌、粪鞘胺醇杆菌、水氏鞘胺醇杆菌、多食鞘胺醇杆菌、食神鞘胺醇杆菌、刺状鞘胺醇单胞菌、鞘胺醇单胞菌属物种口腔克隆FI012、鞘胺醇单胞菌属物种口腔克隆FZ016、鞘胺醇单胞菌属物种口腔分类群A09、鞘胺醇单胞菌属物种口腔分类群F71、阿拉斯加鞘胺醇盒菌、异常螺原体属、白蚁生孢菌、菊糖芽孢乳杆菌、中山芽孢杆菌、新约克芽胞八迭球菌、芽胞八迭球菌属物种2681、葡萄球菌科细菌NML 92_0017、金黄色葡萄球菌、耳葡萄球菌、头状葡萄球菌、山羊葡萄球菌、肉葡萄球菌、科氏葡萄球菌、香料葡萄球菌、表皮葡萄球菌、马胃葡萄球菌、弗氏葡萄球菌、溶血性葡萄球菌、人葡萄球菌、路邓葡萄球菌、巴氏葡萄球菌、假中间葡萄球菌、解糖葡萄球菌、腐生性葡萄球菌、松鼠葡萄球菌、葡萄球菌属物种克隆bottae7、葡萄球菌属物种H292、葡萄球菌属物种H780、琥珀酸葡萄球菌、小牛葡萄球菌、瓦氏葡萄球菌、木糖葡萄球菌、嗜麦芽寡养单胞菌、寡养单胞菌属物种FG_6、念珠状链杆菌、无乳链球菌、非解乳链球菌、咽峡炎链球菌、澳大利亚链球菌、牛链球菌、犬链球菌、星座链球菌、脊链球菌、道恩链球菌、停乳链球菌、马链球菌、马肠链球菌、解没食子酸链球菌、链球菌属复合群C1、链球菌属复合群C2、链球菌属复合群C3、链球菌属复合群C4、链球菌属复合群C5、链球菌属复合群C6、链球菌属复合群C7、链球菌属复合群C8、戈登氏链球菌、小儿链球菌、婴儿链球菌、中间链球菌、巴黎链球菌、马赛链球菌、米勒链球菌、缓症链球菌、突变链球菌、寡发酵链球菌、口腔链球菌、副血链球菌、巴氏链球菌、泛口腔链球菌、肺炎链球菌、豕链球菌、假性肺炎链球菌、假豕链球菌、酿脓链球菌、鼠链球菌、唾液链球菌、血链球菌、中华链球菌、链球菌属物种16362、链球菌属物种2_1_36FAA、链球菌属物种2285_97、链球菌属物种69130、链球菌属物种AC15、链球菌属物种ACS2、链球菌属物种AS20、链球菌属物种BS35a、链球菌属物种C150、链球菌属物种CM6、链球菌属物种CM7、链球菌属物种ICM10、链球菌属物种ICM12、链球菌属物种ICM2、链球菌属物种ICM4、链球菌属物种ICM45、链球菌属物种M143、链球菌属物种M334、链球菌属物种OBRC6、链球菌属物种口腔克隆ASB02、链球菌属物种口腔克隆ASCA03、链球菌属物种口腔克隆ASCA04、链球菌属物种口腔克隆ASCA09、链球菌属物种口腔克隆ASCB04、链球菌属物种口腔克隆ASCB06、链球菌属物种口腔克隆ASCC04、链球菌属物种口腔克隆ASCC05、链球菌属物种口腔克隆ASCC12、链球菌属物种口腔克隆ASCD01、链球菌属物种口腔克隆ASCD09、链球菌属物种口腔克隆ASCD10、链球菌属物种口腔克隆ASCE03、链球菌属物种口腔克隆ASCE04、链球菌属物种口腔克隆ASCE05、链球菌属物种口腔克隆ASCE06、链球菌属物种口腔克隆ASCE09、链球菌属物种口腔克隆ASCE10、链球菌属物种口腔克隆ASCE12、链球菌属物种口腔克隆ASCF05、链球菌属物种口腔克隆ASCF07、链球菌属物种口腔克隆ASCF09、链球菌属物种口腔克隆ASCG04、链球菌属物种口腔克隆BW009、链球菌属物种口腔克隆CH016、链球菌属物种口腔克隆GK051、链球菌属物种口腔克隆GM006、链球菌属物种口腔克隆P2PA_41P2、链球菌属物种口腔克隆P4PA_30P4、链球菌属物种口腔分类群071、链球菌属物种口腔分类群G59、链球菌属物种口腔分类群G62、链球菌属物种口腔分类群G63、链球菌属物种SHV515、猪链球菌、嗜热链球菌、乳房链球菌、尿链球菌、前庭链球菌、绿色链球菌、白色链霉菌、灰链霉菌、链霉菌属物种1AIP_2009、链霉菌属物种SD 511、链霉菌属物种SD 524、链霉菌属物种SD 528、链霉菌属物种SD 534、嗜热链霉菌、变异罕见小球菌、希佩氏琥铂酸单胞菌、莫比利尼萨特菌、帕维鲁布拉柴维尔特菌、血根萨特菌、萨特菌属物种YIT12072、犬粪萨特菌、华德萨特菌、互养菌属复合群C1、互养菌属物种RMA 14551、互养菌门细菌ADV897、互养菌门细菌LBVCM1157、互养菌门细菌口腔分类群362、互养菌门细菌口腔分类群D48、蔗糖互营链球菌、互营单胞菌科属复合群P1、福赛斯坦纳菌、坦纳菌属物种6_1_58FAA_CT1、麦克达德埃特洛克菌、痰塔特姆氏菌、四球菌属物种口腔分类群F04、嗜盐四联球菌、韩国四联球菌、假乙醇热厌氧杆菌、嗜热放线菌、花葵中慢升根瘤菌、水栖热菌、极尖泰氏菌、关岛特布尔西菌、牙密螺旋体、密螺旋体属复合群P1、密螺旋体属复合群P4口腔克隆MB2_G19、密螺旋体属复合群P5口腔克隆MB3_P23、密螺旋体属复合群P6口腔克隆MB4_G11、解卵磷脂密螺旋体、梅毒螺旋体、微小密螺旋体、溃蚀齿密螺旋体、恶臭密螺旋体、曲折密螺旋体、索氏密螺旋体、密螺旋体属物种6:H:D15A_4、密螺旋体属物种克隆DDKL_4、密螺旋体属物种口腔克隆JU025、密螺旋体属物种口腔克隆JU031、密螺旋体属物种口腔克隆P2PB_53P3、密螺旋体属物种口腔分类群228、密螺旋体属物种口腔分类群230、密螺旋体属物种口腔分类群231、密螺旋体属物种口腔分类群232、密螺旋体属物种口腔分类群235、密螺旋体属物种口腔分类群239、密螺旋体属物种口腔分类群247、密螺旋体属物种口腔分类群250、密螺旋体属物种口腔分类群251、密螺旋体属物种口腔分类群254、密螺旋体属物种口腔分类群265、密螺旋体属物种口腔分类群270、密螺旋体属物种口腔分类群271、密螺旋体属物种口腔分类群508、密螺旋体属物种口腔分类群518、密螺旋体属物种口腔分类群G85、密螺旋体属绵羊腐蹄病物种、奋森氏密螺旋体、惠普尔养障体、化脓隐秘菌、微变冢村氏菌、耐酪胺酸冢村氏菌、Turicibacter sanguinis、微小脲原体、解脲脲原体、复杂脲芽孢杆菌、苏云脲芽孢杆菌、特伦斯脲芽孢杆菌、嗜热性脲芽孢杆菌、嗜热球形脲芽孢杆菌、河流漫游球菌、非典型韦荣氏球菌、殊异韦荣氏球菌、韦荣氏球菌属复合群P1口腔克隆MB5_P17、蒙皮立韦荣氏球菌、小韦荣氏球菌、韦荣氏球菌属物种3_1_44、韦荣氏球菌属物种6_1_27、韦荣氏球菌属物种ACP1、韦荣氏球菌属物种AS16、韦荣氏球菌属物种BS32b、韦荣氏球菌属物种ICM51a、韦荣氏球菌属物种MSA12、韦荣氏球菌属物种NVG 100cf、韦荣氏球菌属物种OK11、韦荣氏球菌属物种口腔克隆ASCA08、韦荣氏球菌属物种口腔克隆ASCB03、韦荣氏球菌属物种口腔克隆ASCG01、韦荣氏球菌属物种口腔克隆ASCG02、韦荣氏球菌属物种口腔克隆OH1A、韦荣氏球菌属物种口腔分类群158、韦荣氏球菌科细菌口腔分类群131、韦荣氏球菌科细菌口腔分类群155、霍乱弧菌、河流弧菌、弗氏弧菌、拟态弧菌、副溶血性弧菌、弧菌属物种RC341、创伤弧菌、食物谷菌科细菌NML 080035、瓦达食谷菌、普罗米维杆菌、贝尼氏魏斯氏菌、食窦魏斯氏菌、混淆魏斯氏菌、赫伦魏斯氏菌、坎氏魏斯氏菌、韩国魏斯氏菌、类肠膜魏斯氏菌、魏斯氏菌属物种KLDS 7.0701、产琥珀酸沃林氏菌、黄单胞菌科细菌NML 03_0222、野油菜黄单胞菌、黄单胞菌属物种kmd_489、Xenophilus aerolatus、阿氏耶尔森氏菌、阿里克谢耶尔森氏菌、贝氏耶尔森氏菌、小肠结肠炎耶尔森菌、弗氏耶尔森氏菌、中间耶尔森氏菌、克里斯滕耶尔森氏菌、莫氏耶尔森氏菌、鼠疫耶尔森氏菌、假结核耶尔森氏菌、罗氏耶尔森氏菌、雷金斯堡约克氏菌、二歧齐默尔曼氏菌、运动发酵单胞菌、马赛布劳特氏菌、解苯副梭菌、苛求迪尔莫菌、Longicatena caecimuris、和当别町韦荣氏球菌。

12.如权利要求11所述的药物组合物，其中所述MP和所述细菌来自相同的物种或菌株。

13.如权利要求11所述的药物组合物，其中所述MP和所述细菌来自不同的物种或菌株。

14.如权利要求1至13中任一项所述的药物组合物，其中所述药物组合物被配制用于口服、直肠、静脉内、肿瘤内，肿瘤下、皮下、皮内或腹膜内递送。

15.如权利要求1至14中任一项所述的药物组合物，其中所述组合物进一步包含另外治疗剂。

16.如权利要求15所述的药物组合物，其中所述另外治疗剂是癌症治疗剂。

17.如权利要求16所述的药物组合物，其中所述癌症治疗剂包含化学疗法药剂。

18.如权利要求17所述的药物组合物，其中所述化学治疗剂选自由以下组成的组：噻替派、环磷酰胺、白消安、英丙舒凡、哌泊舒凡、苯并多巴、卡波醌、米得哌、乌得哌、六甲蜜胺、三乙撑密胺、三乙撑磷酰胺、三乙撑硫化磷酰胺、三羟甲基密胺、布拉他辛、布拉他辛酮、喜树碱、托泊替康、苔藓虫素、卡利抑制素、CC-1065、念珠藻素1、念珠藻素8、尾海兔素、多卡米星、艾榴塞洛素、水鬼蕉碱、匍枝珊瑚醇、海绵抑制素、苯丁酸氮芥、萘氮芥、氯磷酰胺、雌氮芥、异环磷酰胺、氮芥、盐酸甲氧氮芥、美法仑、新氮芥、苯乙酸氮芥胆甾醇酯、泼尼莫司汀、曲磷胺、尿嘧啶氮芥、卡莫司汀、氯脲菌素、福莫司汀、洛莫司汀、尼莫司汀、雷莫司汀、卡奇霉素、达内霉素、氯膦酸盐、埃斯培拉霉素；新制癌菌素发色团、阿克拉霉素、放线菌素、安曲霉素、氮杂丝氨酸、博来霉素、放线菌素C、卡拉霉素、洋红霉素、嗜癌素、色霉素、放线菌素D、柔红霉素、地托比星、6-重氮基-5-氧代-L-正亮氨酸、多柔比星、表柔比星、依索比星、伊达比星、麻西罗霉素、丝裂霉素、丝裂霉素C、霉酚酸、诺拉霉素、橄榄霉素、培洛霉素、泊非霉素、嘌呤霉素、三铁阿霉素、罗多比星、链黑菌素、链脲菌素、杀结核菌素、乌苯美司、净司他汀、佐柔比星、胺甲喋呤、5-氟尿嘧啶(5-FU)、二甲叶酸、胺甲喋呤、蝶罗呤、曲美沙特、氟达拉滨、6-巯基嘌呤、硫咪嘌呤、硫鸟嘌呤、安西他滨、阿扎胞苷、6-阿扎尿苷、卡莫氟、阿糖胞苷、二脱氧尿苷、脱氧氟尿苷、依诺他滨、氟尿苷、卡普睪酮、丙酸屈他雄酮、环硫雄醇、美雄烷、睪内酯酮、胺鲁米特、米托坦、曲洛司坦、亚叶酸、乙酰葡醛酸内酯、醛磷酰胺糖苷、氨基乙酰丙酸、恩尿嘧啶、安吖啶、百思布什、比生群、依达曲沙、地磷酰胺、秋水仙胺、地吖醌、依氟鸟氨酸、依利乙铵、埃博霉素、依托格鲁、硝酸镓、羟基脲、蘑菇多糖、氯尼达明、美坦辛、柄型菌素、米托胍腙、米托蒽醌、莫哌达醇、尼群克林、喷司他汀、蛋胺氮芥、吡柔比星、洛索蒽醌、鬼臼酸、2-乙基酰肼、丙卡巴肼、PSK多糖复合物、雷佐生、根霉素、西佐喃、锗螺胺、细交链孢菌酮酸、三亚胺醌；2,2',2”-三氯三乙胺、单端孢霉烯、T-2毒素、疣疱菌素A、杆孢菌素A、蛇形菌素、乌拉坦、长春地辛、达喀尔巴嗪、甘露莫司汀、二溴甘露醇、二溴卫矛醇、哌泊溴烷、噶萨托辛、阿拉伯糖苷、环磷酰胺、噻替派、太平洋紫杉醇、多西紫杉醇、氮芥苯丁酸、吉西他滨、6-硫鸟嘌呤、巯基嘌呤、胺甲喋呤、顺铂、奥沙利铂、卡铂、长春花碱、铂、依托泊苷、异环磷酰胺、米托蒽醌、长春新碱、长春瑞滨、诺安托、替尼泊苷、依达曲沙、道诺霉素、氨喋呤、希罗达、伊班膦酸盐、伊立替康、RFS 2000、二氟甲基鸟氨酸、视黄酸及卡培他滨。

19.如权利要求16至18中任一项所述的药物组合物，其中所述癌症治疗剂包含癌症免疫疗法药剂。

20.如权利要求19所述的药物组合物，其中所述癌症免疫疗法药剂包含免疫检查点抑制剂。

21.如权利要求20所述的药物组合物，其中所述免疫检查点抑制剂是特异性结合至免疫检查点蛋白的抗体或其抗原结合片段。

22.如权利要求21所述的药物组合物，其中所述免疫检查点蛋白选自由以下组成的组：CTLA4、PD-1、PD-L1、PD-L2、A2AR、B7-H3、B7-H4、BTLA、KIR、LAG3、TIM-3或VISTA。

23.如权利要求20所述的药物组合物，其中所述免疫检查点抑制剂选自由以下组成的组：尼沃鲁单抗、派姆单抗、匹利珠单抗、AMP-224、AMP-514、STI-A1110、TSR-042、RG-7446、BMS-936559、MEDI-4736、MSB-0020718C、AUR-012及STI-A1010。

24.如权利要求19至23中任一项所述的药物组合物，其中所述癌症免疫疗法药剂包含癌症特异性抗体或其抗原结合片段。

25.如权利要求24所述的药物组合物，其中所述癌症特异性抗体或其抗原结合片段特异性结合至癌症相关抗原。

26.如权利要求25所述的药物组合物，其中所述癌症相关抗原选自由以下组成的组：亲脂素、AIM-2、ALDH1A1、α-辅肌动蛋白-4、α-胎蛋白(“AFP”)、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX(L)、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β-链蛋白、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原(“CEA”)、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、细胞周期蛋白D1、细胞周期蛋白-A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延长因子2、ENAH(hMena)、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮肿瘤抗原(“ETA”)、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、海普森、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、肠羧基酯酶、K-ras、激肽释放素4、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、KMHN1(还称为CCDC110)、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基转移酶AS融合蛋白、莱格西因、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、苹果酸酶、乳腺珠蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、I类肌凝蛋白、N-raw、NA88-A、新-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多态上皮黏蛋白(“PEM”)、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分离蛋白1、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活蛋白、SYT-SSX1或-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、磷酸丙糖异构酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪氨酸酶、酪氨酸酶(“TYR”)、VEGF、WT1及XAGE-1b/GAGED2a。

27.如权利要求26所述的药物组合物，其中所述癌症相关抗原是新抗原。

28.如权利要求19至27中任一项所述的药物组合物，其中所述癌症免疫疗法药剂包含癌症疫苗。

29.如权利要求28所述的药物组合物，其中所述癌症疫苗包含含有癌症相关抗原的表位的多肽。

30.如权利要求29所述的药物组合物，其中所述癌症相关抗原选自由以下组成的组：亲脂素、AIM-2、ALDH1A1、α-辅肌动蛋白-4、α-胎蛋白(“AFP”)、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX(L)、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β-链蛋白、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原(“CEA”)、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、细胞周期蛋白D1、细胞周期蛋白-A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延长因子2、ENAH(hMena)、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮肿瘤抗原(“ETA”)、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、海普森、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、肠羧基酯酶、K-ras、激肽释放素4、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、KMHN1(还称为CCDC110)、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基转移酶AS融合蛋白、莱格西因、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、苹果酸酶、乳腺珠蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、I类肌凝蛋白、N-raw、NA88-A、新-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多态上皮黏蛋白(“PEM”)、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分离蛋白1、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活蛋白、SYT-SSX1或-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、磷酸丙糖异构酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪氨酸酶、酪氨酸酶(“TYR”)、VEGF、WT1及XAGE-1b/GAGED2a。

31.如权利要求29所述的药物组合物，其中所述癌症相关抗原是新抗原。

32.如权利要求29至31中任一项所述的药物组合物，其中所述多肽是融合蛋白。

33.如权利要求28所述的药物组合物，其中所述癌症疫苗包含编码癌症相关抗原的表位的核酸。

34.如权利要求33所述的药物组合物，其中所述癌症相关抗原选自由以下组成的组：亲脂素、AIM-2、ALDH1A1、α-辅肌动蛋白-4、α-胎蛋白(“AFP”)、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX(L)、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β-链蛋白、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原(“CEA”)、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、细胞周期蛋白D1、细胞周期蛋白-A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延长因子2、ENAH(hMena)、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮肿瘤抗原(“ETA”)、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、海普森、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、肠羧基酯酶、K-ras、激肽释放素4、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、KMHN1(还称为CCDC110)、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基转移酶AS融合蛋白、莱格西因、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、苹果酸酶、乳腺珠蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、I类肌凝蛋白、N-raw、NA88-A、新-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多态上皮黏蛋白(“PEM”)、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分离蛋白1、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活蛋白、SYT-SSX1或-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、磷酸丙糖异构酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪氨酸酶、酪氨酸酶(“TYR”)、VEGF、WT1及XAGE-1b/GAGED2a。

35.如权利要求33所述的药物组合物，其中所述癌症相关抗原是新抗原。

36.如权利要求33至35中任一项所述的药物组合物，其中所述核酸是DNA。

37.如权利要求33至35中任一项所述的药物组合物，其中所述核酸是RNA。

38.如权利要求37所述的药物组合物，其中所述RNA是mRNA。

39.如权利要求36至38中任一项所述的药物组合物，其中所述核酸位于载体中。

40.如权利要求39所述的药物组合物，其中所述载体是细菌载体。

41.如权利要求40所述的药物组合物，其中所述细菌载体选自由以下组成的组：牛分枝杆菌(BCG)、鼠伤寒沙门杆菌亚种、伤寒沙门杆菌亚种、梭菌属物种孢子、尼氏大肠杆菌1917、大肠杆菌K-12/LLO、单核细胞增多性李斯特氏菌及福氏志贺氏菌。

42.如权利要求39所述的药物组合物，其中所述载体是病毒载体。

43.如权利要求42所述的药物组合物，其中所述病毒载体选自由以下组成的组：牛痘、腺病毒、RNA病毒及复制缺陷型鸟类痘、复制缺陷型禽痘、复制缺陷型金丝雀痘、复制缺陷型MVA及复制缺陷型腺病毒。

44.如权利要求19至43中任一项所述的药物组合物，其中所述免疫疗法药剂包含经癌症特异性抗原引发的抗原呈递细胞(APC)。

45.如权利要求44所述的药物组合物，其中所述APC是树突状细胞、巨噬细胞或B细胞。

46.如权利要求44或权利要求45所述的药物组合物，其中所述癌症相关抗原选自由以下组成的组：亲脂素、AIM-2、ALDH1A1、α-辅肌动蛋白-4、α-胎蛋白(“AFP”)、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX(L)、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β-链蛋白、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原(“CEA”)、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、细胞周期蛋白D1、细胞周期蛋白-A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延长因子2、ENAH(hMena)、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮肿瘤抗原(“ETA”)、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、海普森、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、肠羧基酯酶、K-ras、激肽释放素4、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、KMHN1(还称为CCDC110)、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基转移酶AS融合蛋白、莱格西因、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、苹果酸酶、乳腺珠蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、I类肌凝蛋白、N-raw、NA88-A、新-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多态上皮黏蛋白(“PEM”)、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分离蛋白1、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活蛋白、SYT-SSX1或-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、磷酸丙糖异构酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪氨酸酶、酪氨酸酶(“TYR”)、VEGF、WT1及XAGE-1b/GAGED2a。

47.如权利要求44或权利要求45所述的药物组合物，其中所述癌症相关抗原是新抗原。

48.如权利要求19至47中任一项所述的药物组合物，其中所述免疫疗法药剂包含癌症特异性嵌合抗原受体(CAR)。

49.如权利要求48所述的药物组合物，其中将所述CAR施用在T细胞的表面上。

50.如权利要求48或49所述的药物组合物，其中所述CAR特异性结合至癌症相关抗原。

51.如权利要求50所述的药物组合物，其中所述癌症相关抗原选自由以下组成的组：亲脂素、AIM-2、ALDH1A1、α-辅肌动蛋白-4、α-胎蛋白(“AFP”)、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX(L)、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β-链蛋白、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原(“CEA”)、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、细胞周期蛋白D1、细胞周期蛋白-A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延长因子2、ENAH(hMena)、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮肿瘤抗原(“ETA”)、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、海普森、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、肠羧基酯酶、K-ras、激肽释放素4、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、KMHN1(还称为CCDC110)、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基转移酶AS融合蛋白、莱格西因、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、苹果酸酶、乳腺珠蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、I类肌凝蛋白、N-raw、NA88-A、新-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多态上皮黏蛋白(“PEM”)、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分离蛋白1、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活蛋白、SYT-SSX1或-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、磷酸丙糖异构酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪氨酸酶、酪氨酸酶(“TYR”)、VEGF、WT1及XAGE-1b/GAGED2a。

52.如权利要求49所述的药物组合物，其中所述癌症相关抗原是新抗原。

53.如权利要求19至52中任一项所述的药物组合物，其中所述免疫疗法药剂包含癌症特异性T细胞。

54.如权利要求53所述的药物组合物，其中所述T细胞是CD4⁺T细胞。

55.如权利要求54所述的药物组合物，其中所述CD4⁺ T细胞是T_H1 T细胞、T_H2 T细胞或T_H17 T细胞。

56.如权利要求53至55中任一项所述的药物组合物，其中所述T细胞表达癌症相关抗原的特异性T细胞受体。

57.如权利要求56所述的药物组合物，其中所述癌症相关抗原选自由以下组成的组：亲脂素、AIM-2、ALDH1A1、α-辅肌动蛋白-4、α-胎蛋白(“AFP”)、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX(L)、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β-链蛋白、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原(“CEA”)、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、细胞周期蛋白D1、细胞周期蛋白-A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延长因子2、ENAH(hMena)、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮肿瘤抗原(“ETA”)、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、海普森、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、肠羧基酯酶、K-ras、激肽释放素4、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、KMHN1(还称为CCDC110)、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基转移酶AS融合蛋白、莱格西因、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、苹果酸酶、乳腺珠蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、I类肌凝蛋白、N-raw、NA88-A、新-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多态上皮黏蛋白(“PEM”)、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分离蛋白1、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活蛋白、SYT-SSX1或-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、磷酸丙糖异构酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪氨酸酶、酪氨酸酶(“TYR”)、VEGF、WT1及XAGE-1b/GAGED2a。

58.如权利要求19至57中任一项所述的药物组合物，其中所述免疫疗法药剂包含免疫活化蛋白。

59.如权利要求58所述的药物组合物，其中所述免疫活化蛋白是细胞因子或趋化因子。

60.如权利要求59所述的药物组合物，其中所述免疫活化蛋白选自由以下组成的组：B淋巴细胞化学引诱物(“BLC”)、C-C基序趋化因子11(“嗜酸性粒细胞趋化因子(Eotaxin)-1”)、嗜酸性粒细胞趋化蛋白2(“嗜酸性粒细胞趋化因子-2”)、粒细胞群落刺激因子(“G-CSF”)、粒细胞巨噬细胞群落刺激因子(“GM-CSF”)、1-309、细胞间黏附分子1(“ICAM-1”)、干扰素α(“IFN-α”)、干扰素β(“IFN-β”)、干扰素γ(“IFN-γ”)、白细胞介素-1α(“IL-1α”)、白细胞介素-1β(“IL-1β”)、白细胞介素1受体拮抗剂(“IL-1ra”)、白细胞介素-2(“IL-2”)、白细胞介素-4(“IL-4”)、白细胞介素-5(“IL-5”)、白细胞介素-6(“IL-6”)、白细胞介素-6可溶性受体(“IL-6sR”)、白细胞介素-7(“IL-7”)、白细胞介素-8(“IL-8”)、白细胞介素-10(“IL-10”)、白细胞介素-11(“IL-11”)、白细胞介素-12的亚基β(“IL-12p40”或“IL-12p70”)、白细胞介素-13(“IL-13”)、白细胞介素-15(“IL-15”)、白细胞介素-16(“IL-16”)、白细胞介素17A-F(“IL-17A-F”)、白细胞介素-18(“IL-18”)、白细胞介素-21(“IL-21”)、白细胞介素-22(“IL-22”)、白细胞介素-23(“IL-23”)、白细胞介素-33(“IL-33”)、趋化因子(C-C基序)配体2(“MCP-1”)、巨噬细胞群落刺激因子(“M-CSF”)、由γ干扰素诱导的单核因子(“MIG”)、趋化因子(C-C基序)配体2(“MIP-1α”)、趋化因子(C-C基序)配体4(“MIP-1β”)、巨噬细胞炎症蛋白-1-δ(“MIP-1δ”)、血小板源生长因子亚基B(“PDGF-BB”)、趋化因子(C-C基序)配体5、调控活化正常T细胞表达及分泌蛋白(“RANTES”)、TIMP金属肽酶抑制剂1(“TIMP-1”)、TIMP金属肽酶抑制剂2(“TIMP-2”)、肿瘤坏死因子、淋巴毒素-α(“TNFα”)、肿瘤坏死因子、淋巴毒素-β(“TNFβ”)、1型可溶性TNF受体(“sTNFRI”)、sTNFRIIAR、脑源神经营养因子(“BDNF”)、碱性成纤维细胞生长因子(“bFGF”)、骨成形性蛋白4(“BMP-4”)、骨成形性蛋白5(“BMP-5”)、骨成形性蛋白7(“BMP-7”)、神经生长因子(“b-NGF”)、表皮生长因子(“EGF”)、表皮生长因子受体(“EGFR”)、内分泌腺源血管内皮生长因子(“EG-VEGF”)、成纤维细胞生长因子4(“FGF-4”)、角质细胞生长因子(“FGF-7”)、生长分化因子15(“GDF-15”)、神经胶细胞源神经营养因子(“GDNF”)、生长激素、结合肝素的EGF样生长因子(“HB-EGF”)、肝细胞生长因子(“HGF”)、胰岛素样生长因子结合蛋白1(“IGFBP-1”)、胰岛素样生长因子结合蛋白2(“IGFBP-2”)、胰岛素样生长因子结合蛋白3(“IGFBP-3”)、胰岛素样生长因子结合蛋白4(“IGFBP-4”)、胰岛素样生长因子结合蛋白6(“IGFBP-6”)、胰岛素样生长因子1(“IGF-1”)、胰岛素、巨噬细胞群落刺激因子(“M-CSF R”)、神经生长因子受体(“NGF R”)、神经营养因子-3(“NT-3”)、神经营养因子-4(“NT-4”)、破骨细胞发生抑制因子(“护骨素(Osteoprotegerin)”)、血小板源生长因子受体(“PDGF-AA”)、磷脂酰肌醇-聚糖生物合成蛋白(“PIGF”)、Skp、Cullin、含有F-盒的复合物(“SCF”)、干细胞因子受体(“SCF R”)、转形生长因子α(“TGFα”)、转形生长因子β-1(“TGFβ1”)、转形生长因子β-3(“TGFβ3”)、血管内皮生长因子(“VEGF”)、血管内皮生长因子受体2(“VEGFR2”)、血管内皮生长因子受体3(“VEGFR3”)、VEGF-D 6Ckine、酪氨酸蛋白激酶受体UFO(“Axl”)、β细胞素(Betacellulin)(“BTC”)、黏膜相关上皮趋化因子(“CCL28”)、趋化因子(C-C基序)配体27(“CTACK”)、趋化因子(C-X-C基序)配体16(“CXCL16”)、C-X-C基序趋化因子5(“ENA-78”)、趋化因子(C-C基序)配体26(“嗜酸性粒细胞趋化因子-3”)、粒细胞趋化蛋白2(“GCP-2”)、GRO、趋化因子(C-C基序)配体14(“HCC-l”)、趋化因子(C-C基序)配体16(“HCC-4”)、白细胞介素-9(“IL-9”)、白细胞介素-17F(“IL-17F”)、白细胞介素-18结合蛋白(“IL-18BPa”)、白细胞介素-28A(“IL-28A”)、白细胞介素29(“IL-29”)、白细胞介素31(“IL-31”)、C-X-C基序趋化因子10(“IP-10”)、趋化因子受体CXCR3(“I-TAC”)、白血病抑制因子(“LIF”)、Light、趋化因子(C基序)配体(“淋巴细胞趋化因子(Lymphotactin)”)、单核细胞化学吸引蛋白2(“MCP-2”)、单核细胞化学吸引蛋白3(“MCP-3”)、单核细胞化学吸引蛋白4(“MCP-4”)、巨噬细胞源趋化因子(“MDC”)、巨噬细胞迁移抑制因子(“MIF”)、趋化因子(C-C基序)配体20(“MIP-3α”)、C-C基序趋化因子19(“MIP-3β”)、趋化因子(C-C基序)配体23(“MPIF-1”)、巨噬细胞刺激蛋白α链(“MSPα”)、核小体组装蛋白1样4(“NAP-2”)、分泌磷蛋白1(“骨桥蛋白(Osteopontin)”)、肺及活化调控细胞因子(“PARC”)、血小板因子4(“PF4”)、基质细胞源因子-1α(“SDF-1α”)、趋化因子(C-C基序)配体17(“TARC”)、胸腺表达的趋化因子(“TECK”)、胸腺基质淋巴生成素(“TSLP 4-IBB”)、CD 166抗原(“ALCAM”)、分化簇80(“B7-1”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员17(“BCMA”)、分化簇14(“CD14”)、分化簇30(“CD30”)、分化簇40(“CD40配体”)、癌胚抗原相关细胞黏附分子1(胆管糖蛋白)(“CEACAM-1”)、死亡受体6(“DR6”)、脱氧胸苷激酶(“Dtk”)、1型膜糖蛋白(“内皮糖蛋白(Endoglin)”)、受体酪氨酸蛋白激酶erbB-3(“ErbB3”)、内皮-白血球黏附分子1(“E-选择素(Selectin)”)、细胞凋亡抗原1(“Fas”)、Fms样酪氨酸激酶3(“Flt-3L”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员1(“GITR”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员14(“HVEM”)、细胞间黏附分子3(“ICAM-3”)、IL-1R4、IL-1RI、IL-10Rβ、IL-17R、IL-2Rγ、IL-21R、溶酶体膜蛋白2(“LIMPII”)、中性粒细胞明胶酶相关脂质运载蛋白(“脂质运载蛋白-2”)、CD62L(“L-选择素”)、淋巴内皮(“LYVE-1”)、I类MHC多肽相关序列A(“MICA”)、I类MHC多肽相关序列B(“MICB”)、NRGl-βl、β-型血小板源生长因子受体(“PDGF Rβ”)、血小板内皮细胞黏附分子(“PECAM-1”)、RAGE、A型肝炎病毒细胞受体1(“TIM-1”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员IOC(“TRAIL R3”)、特拉平(Trappin)蛋白转谷氨酰胺酶结合结构域(“特拉平-2”)、尿激酶受体(“uPAR”)、血管细胞黏附蛋白1(“VCAM-1”)、XEDAR活化素A、野鼠色相关蛋白(“AgRP”)、核糖核酸酶5(“血管生成素(Angiogenin)”)、血管生成素(Angiopoietin)1、血管抑素(Angiostatin)、卡色谱因(Catheprin)S、CD40、隐藏家族蛋白IB(“Cripto-1”)、DAN、Dickkopf相关蛋白1(“DKK-1”)、E-钙黏蛋白、上皮细胞黏附分子(“EpCAM”)、Fas配体(FasL或CD95L)、Fcg RIIB/C、FoUistatin、半乳糖凝集素-7、细胞间黏附分子2(“ICAM-2”)、IL-13Rl、IL-13R2、IL-17B、IL-2Ra、IL-2Rb、IL-23、LAP、神经元细胞黏附分子(“NrCAM”)、纤维蛋白溶酶原活化抑制剂-1(“PAI-1”)、血小板源生长因子受体(“PDGF-AB”)、抵抗素(Resistin)、基质细胞源因子1(“SDF-1β”)、sgpl30、分泌型卷曲相关蛋白2(“ShhN”)、唾液酸结合免疫球蛋白型凝集素(“Siglec-5”)、ST2、转形生长因子-β2(“TGFβ2”)、Tie-2、血小板生成素(“TPO”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员10D(“TRAILR4”)、表达于骨髓性细胞上的触发受体1(“TREM-1”)、血管内皮生长因子C(“VEGF-C”)、VEGFRl脂联素、脂素(Adipsin)(“AND”)、α-胎蛋白(“AFP”)、血管生成素样4(“ANGPTL4”)、β-2-微球蛋白(“B2M”)、基底细胞黏附分子(“BCAM”)、碳水化合物抗原125(“CA125”)、癌症抗原15-3(“CA15-3”)、癌胚抗原(“CEA”)、cAMP受体蛋白(“CRP”)、人类表皮生长因子受体2(“ErbB2”)、滤泡抑素、滤泡刺激素(“FSH”)、趋化因子(C-X-C基序)配体1(“GROα”)、人类绒毛膜促性腺激素(“βHCG”)、胰岛素样生长因子1受体(“IGF-1sR”)、IL-1sRII、IL-3、IL-18Rb、IL-21、瘦素(Leptin)、基质金属蛋白酶-1(“MMP-1”)、基质金属蛋白酶-2(“MMP-2”)、基质金属蛋白酶-3(“MMP-3”)、基质金属蛋白酶-8(“MMP-8”)、基质金属蛋白酶-9(“MMP-9”)、基质金属蛋白酶-10(“MMP-10”)、基质金属蛋白酶-13(“MMP-13”)、神经细胞黏附分子(“NCAM-1”)、巢蛋白(Entactin)(“巢蛋白(Nidogen)-1”)、神经元特异性烯醇酶(“NSE”)、抑瘤素(Oncostatin)M(“OSM”)、原降钙素(Procalcitonin)、泌乳素(Prolactin)、前列腺特异性抗原(“PSA”)、结合唾液酸的Ig样凝集素9(“Siglec-9”)、ADAM 17内肽酶(“TACE”)、甲状腺球蛋白(Thyroglobulin)、金属蛋白酶抑制剂4(“TIMP-4”)、TSH2B4、含有去整合素(Disintegrin)及金属蛋白酶结构域的蛋白质9(“ADAM-9”)、血管生成素2、肿瘤坏死因子配体超家族成员13/富酸性白氨酸核磷蛋白32家族成员B(“APRIL”)、骨成形性蛋白2(“BMP-2”)、骨成形性蛋白9(“BMP-9”)、补体组分5a(“C5a”)、细胞自溶酶L、CD200、CD97、趋化素(Chemerin)、肿瘤坏死因子受体超家族成员6B(“DcR3”)、脂肪酸结合蛋白2(“FABP2”)、成纤维细胞活化蛋白、α(“FAP”)、成纤维细胞生长因子19(“FGF-19”)、半乳糖凝集素-3、肝细胞生长因子受体(“HGF R”)、IFN-γα/βR2、胰岛素样生长因子2(“IGF-2”)、胰岛素样生长因子2受体(“IGF-2R”)、白细胞介素-1受体6(“IL-1R6”)、白细胞介素24(“IL-24”)、白细胞介素33(“IL-33”)、激肽释放素(Kallikrein)14、天门冬酰胺酰基内肽酶(“天门冬酰胺内肽酶(Legumain)”)、氧化型低密度脂蛋白受体1(“LOX-1”)、甘露糖结合凝集素(“MBL”)、脑啡肽酶(Neprilysin)(“NEP”)、Notch同系物1、易位相关(果蝇(Drosophila))(“Notch-1”)、肾胚细胞瘤过度表达的蛋白(“NOV”)、骨活化素(Osteoactivin)、程序化细胞死亡蛋白1(“PD-1”)、N-乙酰基胞壁酰基--L-丙氨酸酰胺酶(“PGRP-5”)、丝氨酸蛋白酶抑制剂(Serpin)A4、分泌型卷曲相关蛋白3(“sFRP-3”)、血栓调节蛋白(Thrombomodulin)、Toll样受体2(“TLR2”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员10A(“TRAIL Rl”)、运铁蛋白(“TRF”)、WIF-lACE-2、白蛋白、AMICA、血管生成素4、B细胞活化因子(“BAFF”)、碳水化合物抗原19-9(“CA19-9”)、CD 163、丛生蛋白(Clusterin)、CRT AM、趋化因子(C-X-C基序)配体14(“CXCL14”)、胱抑素(Cystatin)C、核心蛋白聚糖(Decorin)(“DCN”)、Dickkopf相关蛋白3(“Dkk-3”)、δ样蛋白质1(“DLL1”)、胎球蛋白(Fetuin)A、肝素结合生长因子1(“aFGF”)、叶酸受体α(“FOLR1”)、弗林蛋白酶(Furin)、GPCR相关分选蛋白1(“GASP-1”)、GPCR相关分选蛋白2(“GASP-2”)、粒细胞群落刺激因子受体(“GCSF R”)、丝氨酸蛋白酶海普森(“HAI-2”)、白细胞介素-17B受体(“IL-17B R”)、白细胞介素27(“IL-27”)、淋巴细胞活化基因3(“LAG-3”)、缺脂脂蛋白A-V(“LDL R”)、胃蛋白酶原I、视黄醇结合蛋白4(“RBP4”)、SOST、类肝素硫酸蛋白聚糖(“共结合蛋白聚糖-1(Syndecan-1)”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员13B(“TACI”)、组织因子通路抑制剂(“TFPI”)、TSP-1、肿瘤坏死因子受体超家族成员10b(“TRAIL R2”)、TRANCE、肌钙蛋白I(Troponin I)、尿激酶纤维蛋白溶酶原活化剂(“uPA”)、钙黏蛋白5、2型或VE-钙黏蛋白(血管内皮)(还称为CD144，“VE-钙黏蛋白”)、WNTl可诱导型信号传导通路蛋白1(“WISP-1”)及核因子κB的受体活化剂(“RANK”)。

61.如权利要求19至60中任一项所述的药物组合物，其中所述免疫疗法药剂包含佐剂。

62.如权利要求61所述的药物组合物，其中所述佐剂选自由以下组成的组：免疫调节蛋白、佐剂65、α-GalCer、磷酸铝、氢氧化铝、磷酸钙、β-葡聚糖肽、CpG DNA、GPI-0100、脂质A、脂多糖、利普凡特、孟他奈德、N-乙酰基-胞壁酰-L-丙胺酰基-D-异谷氨酰胺、Pam3CSK4、quil A及海藻糖二霉菌酸酯。

63.如权利要求16至62中任一项所述的药物组合物，其中所述癌症治疗剂包含血管生成抑制剂。

64.如权利要求63所述的药物组合物，其中所述血管生成抑制剂选自由以下组成的组：贝伐珠单抗

Ziv-阿柏西普

索拉菲尼

舒尼替尼

帕唑帕尼

瑞格非尼

及卡博替尼(Cometriq^TM)。

65.如权利要求16至64中任一项所述的药物组合物，其中所述癌症治疗剂包含抗生素。

66.如权利要求65所述的药物组合物，其中所述抗生素选自由以下组成的组：氨基糖苷、安莎霉素、碳头孢烯、碳青霉烯、头孢菌素、糖肽、林可酰胺、脂肽、巨环内酯、单酰胺菌素、硝基呋喃、噁唑烷酮、青霉素、多肽抗生素、喹诺酮、氟喹诺酮、磺酰胺、四环素、抗分枝杆菌化合物及其组合。

67.如权利要求16至66中任一项所述的药物组合物，其中所述癌症治疗剂包含治疗性细菌。

68.如权利要求67所述的药物组合物，其中所述组合物进一步包含益生元。

69.如权利要求68所述的药物组合物，其中所述益生元是果寡糖、半乳寡糖、反式半乳寡糖、木寡糖、几丁寡糖、大豆寡糖、龙胆寡糖、异麦芽寡糖、甘露寡糖、麦芽寡糖、甘露聚糖寡糖、乳果糖、乳蔗糖、帕拉金糖、糖基蔗糖、瓜尔胶、阿拉伯胶、塔格酮糖、直链淀粉、支链淀粉、果胶、木聚糖或环糊精。

70.如权利要求15所述的药物组合物，其中所述另外治疗剂包含抗生素。

71.如权利要求70所述的药物组合物，其中所述抗生素选自由以下组成的组：氨基糖苷、安莎霉素、碳头孢烯、碳青霉烯、头孢菌素、糖肽、林可酰胺、脂肽、巨环内酯、单酰胺菌素、硝基呋喃、噁唑烷酮、青霉素、多肽抗生素、喹诺酮、氟喹诺酮、磺酰胺、四环素、抗分枝杆菌化合物及其组合。

72.如权利要求70或71中任一项所述的药物组合物，其中所述另外治疗剂包含治疗性细菌。

73.如权利要求15所述的药物组合物，其中所述另外治疗剂包含免疫抑制剂、DMARD、止痛药、类固醇、非类固醇抗炎药(NSAID)或细胞因子拮抗剂，及其组合。

74.如权利要求74所述的药物组合物，其中所述另外治疗剂选自由以下组成的组：环孢菌素、类视色素、皮质类固醇、丙酸衍生物、乙酸衍生物、烯醇酸衍生物、芬那酸衍生物、Cox-2抑制剂、罗美昔布、布洛芬、水杨酸胆碱镁、非诺洛芬、双水杨酸酯、二氟苯水杨酸、托美汀、酮洛芬、氟比洛芬、奥沙普秦、吲哚美辛、舒林酸、依托度酸、酮咯酸、萘丁美酮、萘普生、伐地考昔、依托考昔、MK0966；罗非昔布、对乙酰胺基酚、塞来昔布、双氯芬酸、曲马多、吡罗昔康、美洛昔康、替诺昔康、屈昔康、氯诺昔康、伊索昔康、甲芬那酸、甲氯芬那酸、氟芬那酸、托芬那酸、伐地考昔、帕瑞昔布、依托度酸、吲哚美辛、阿司匹林、布洛芬、非罗考昔、氨甲喋呤(MTX))、抗疟疾药物(例如，羟基氯喹及氯喹)、柳氮磺胺吡啶、来氟米特、硫唑嘌呤、环孢菌素、金盐、米诺环素、环磷酰胺、D-青霉胺、米诺环素、金诺芬、他克莫司、硫代苯酸金钠、氯芥苯丁酸、TNFα拮抗剂(例如，TNFα拮抗剂或TNFα受体拮抗剂)，例如，阿达木单抗

依那西普

英夫利昔单抗

TA-650)、聚乙二醇赛妥珠单抗(

CDP870)、戈利木单抗(

CNTO 148)、阿那白滞素

利妥昔单抗

阿巴西普

托珠单抗(RoActemra/

)、整合素拮抗剂(

(那他珠单抗))、IL-1拮抗剂(ACZ885(Ilaris))、阿那白滞素

CD4拮抗剂、IL-23拮抗剂、IL-20拮抗剂、IL-6拮抗剂、BLyS拮抗剂(例如，阿塞西普、

(贝利木单抗))、p38抑制剂、CD20拮抗剂(奥瑞珠单抗、奥法木单抗

干扰素γ拮抗剂(芳妥珠单抗)、泼尼松龙、强的松、地塞米松、皮质醇、可的松、氢化可的松、甲基泼尼松龙、倍他米松、曲安奈德、倍氯米松、氟氢可的松、脱氧皮质酮、醛固酮、强力霉素、万古霉素、吡格列酮、SBI-087、SCIO-469、Cura-100、Oncoxin+Viusid、TwHF、甲氧沙林、维生素D-麦角钙化醇、米那普仑、紫杉醇、罗西格塔松、他克莫司

RADOOl、拉帕蒙、雷帕霉素、福斯马替尼、芬太尼、XOMA 052、福斯马替尼二钠、罗格列酮、姜黄素(Longvida^TM)、瑞舒伐他汀、马拉韦罗、雷米普利、米那普仑、考前列酮、生长激素、tgAAC94基因治疗载体、MK0359、GW856553、埃索美拉唑、依维莫司、曲妥珠单抗、JAKl及JAK2抑制剂、泛JAK抑制剂，例如，四环吡啶酮6(P6)、325、PF-956980、狄诺塞麦、IL-6拮抗剂、CD20拮抗剂、CTLA4拮抗剂、IL-8拮抗剂、IL-21拮抗剂、IL-22拮抗剂、整合素拮抗剂(

(那他珠单抗))、VGEF拮抗剂、CXCL拮抗剂、MMP拮抗剂、防御素拮抗剂、IL-1拮抗剂(包括IL-1β拮抗剂)、及IL-23拮抗剂(例如，受体诱捕物、拮抗性抗体)。

75.如权利要求74所述的药物组合物，其中所述免疫抑制剂是皮质类固醇、美色拉嗪、美色拉明、柳氮磺胺吡啶、柳氮磺胺吡啶衍生物、免疫抑制药物、环孢菌素A、巯基嘌呤、硫唑嘌呤、强的松、氨甲喋呤、抗组胺、糖皮质激素、肾上腺素、茶碱、色甘酸钠、抗白三烯、用于鼻炎的抗胆碱能药物、TLR拮抗剂、发炎体抑制剂、抗胆碱能解充血剂、肥大细胞稳定剂、单株抗IgE抗体、疫苗(例如用于接种使过敏原的量逐渐增加的疫苗)、细胞因子抑制剂，诸如抗IL-6抗体、TNF抑制剂，诸如英夫利昔单抗、阿达木单抗、聚乙二醇赛妥珠单抗、戈利木单抗或依那西普，及其组合。

76.一种治疗受试者的疾病的方法，所述方法包括向所述受试者施用如权利要求1至15中任一项所述的药物组合物。

77.如权利要求76所述的方法，其中所述疾病是自身免疫病、炎性疾病、代谢疾病、菌群失调或癌症。

78.一种治疗受试者的癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用如权利要求1至69中任一项所述的药物组合物。

79.一种增加患有癌症的受试者的微生物组的方法，所述方法包括向所述受试者施用如权利要求1至69中任一项所述的药物组合物以将MP和/或细菌添加至所述受试者中的生态位。

80.一种消耗受试者中肿瘤的癌症相关细菌的方法，所述方法包括向所述受试者施用如权利要求1至69中任一项所述的药物组合物以将MP和/或细菌添加至所述受试者中的生态位。

81.一种改变受试者中肿瘤微生物组的方法，所述方法包括向所述受试者施用如权利要求1至69中任一项所述的药物组合物以将MP和/或细菌添加至所述受试者中的生态位。

82.一种改变受试者中肠系膜淋巴结微生物组的方法，所述方法包括向所述受试者施用如权利要求1至69中任一项所述的药物组合物以将MP和/或细菌添加至所述受试者中的生态位。

83.一种改变受试者中树突细胞的抗原呈递的方法，所述方法包括向所述受试者施用如权利要求1至69中任一项所述的药物组合物以将MP和/或细菌添加至所述受试者中的生态位。

84.一种活化受试者中上皮细胞的方法，所述方法包括向所述受试者施用如权利要求1至69中任一项所述的药物组合物以将MP和/或添加至所述受试者中的生态位。

85.如权利要求79至84中任一项所述的方法，其中所述生态位在所述受试者的胃肠道中。

86.如权利要求79至84中任一项所述的方法，其中所述生态位在所述受试者的泌尿生殖道中。

87.如权利要求79至84中任一项所述的方法，其中所述生态位在所述受试者的呼吸道中。

88.如权利要求79至87中任一项所述的方法，其中所述MP和/或细菌来自癌症相关细菌。

89.如权利要求88所述的方法，其中所述癌症相关细菌属于选自由表2中列举的细菌物种组成的组的物种。

90.如权利要求88至89中任一项所述的方法，其中所述MP和/或细菌来自专性厌氧细菌。

91.如权利要求90所述的方法，其中所述专性厌氧细菌属于选自由以下组成的组的属：拟杆菌属、普雷沃菌属、卟啉单胞菌属、梭杆菌属、嗜胆菌属、萨特氏菌属、消化链球菌属、梭菌属、放线菌属、丙酸杆菌属、真杆菌属、乳杆菌属、链球菌属、韦荣氏球菌属、阿加萨杆菌属、奇异菌属、布劳特氏菌属、伯克霍尔德菌属、迪尔莫菌属、长链菌属、副梭菌属、苏黎世杆菌属及泰泽菌属。

92.如权利要求79至87中任一项所述的方法，其中所述MP和/或细菌来自选自由以下组成的组的属的细菌：大肠杆菌属、克雷白氏菌属、乳杆菌属、志贺氏菌属及葡萄球菌属。

93.如权利要求79至92中任一项所述的方法，其中所述癌症选自由以下组成的组：血液学恶性肿瘤、急性非淋巴细胞性白血病、慢性淋巴细胞性白血病、急性粒细胞性白血病、慢性粒细胞性白血病、急性前骨髓细胞性白血病、成人T细胞白血病、非白血性白血病、白血球增多性白血病、嗜碱粒细胞白血病、胚细胞白血病、牛白血病、慢性骨髓细胞性白血病、皮肤白血病、胚细胞性白血病、嗜酸性粒细胞性白血病、格罗斯氏白血病、里德尔细胞白血病、希林氏白血病、干细胞白血病、亚白血病性白血病、未分化细胞白血病、毛细胞白血病、成血细胞性白血病、成血细胞性白血病、组织细胞性白血病、干细胞白血病、急性单核细胞性白血病、白血球减少性白血病、淋巴性白血病、淋巴母细胞性白血病、淋巴细胞性白血病、淋巴源性白血病、淋巴样白血病、淋巴肉瘤细胞白血病、肥大细胞白血病、巨核细胞性白血病、小骨髓母细胞性白血病、单核细胞性白血病、骨髓母细胞性白血病、骨髓细胞性白血病、骨髓性粒细胞性白血病、骨髓单核细胞性白血病、内格利白血病、浆细胞白血病、浆细胞性白血病、前骨髓细胞性白血病、腺泡癌、腺泡样癌、腺囊样癌、腺样囊性癌、腺癌、肾上腺皮质癌、肺泡癌、肺泡细胞癌、基底细胞癌、基底细胞癌、基底细胞样癌、基底鳞状细胞癌、支气管肺泡癌、细支气管癌、支气管癌、脑状癌、胆管细胞癌、绒毛膜癌、胶状癌、粉刺癌、子宫体癌、筛状癌、铠甲状癌、皮肤癌、柱状癌、柱状细胞癌、导管癌、硬癌、胚胎性癌、脑状癌、表皮样癌、腺样上皮细胞癌、外植癌、溃疡性癌、纤维癌、胶样癌、胶状癌、巨细胞癌、印戒细胞癌、单纯癌、小细胞癌、马铃薯状癌、球状细胞癌、梭形细胞癌、髓状癌、鳞状癌、鳞状细胞癌、绳捆癌、血管扩张性癌、毛细管扩张性癌、移行细胞癌、块状癌、结节性皮癌、疣状癌、绒毛状癌、巨细胞癌、腺癌、粒层细胞癌、基底细胞癌、血样癌、肝细胞癌、许特耳细胞癌、玻质状癌、肾上腺样癌、幼稚型胚胎性癌、原位癌、表皮内癌、上皮内癌、克罗姆佩柯赫尔氏肿瘤、库尔契茨基氏细胞癌、大细胞癌、扁豆状癌、脂瘤样癌、淋巴上皮癌、髓样癌、髓质癌、黑色素癌、软癌、黏液素癌、黏液癌、黏液细胞癌、黏液表皮样癌、粘液癌、黏液瘤样癌、鼻咽癌、燕麦状细胞癌、骨化性癌、骨质癌、乳头状癌、门静脉周癌、未侵袭癌、棘细胞癌、糜烂性癌、肾脏的肾细胞癌、储备细胞癌、肉瘤样癌、施奈德氏癌、硬癌、阴囊癌、软骨肉瘤、纤维肉瘤、淋巴肉瘤、黑色素肉瘤、黏液肉瘤、骨肉瘤、子宫内膜肉瘤、基质肉瘤、尤文氏肉瘤、筋膜肉瘤、成纤维细胞性肉瘤、巨细胞肉瘤、艾伯内西氏肉瘤、脂肪肉瘤、脂肉瘤、软组织腺泡状肉瘤、釉质母细胞肉瘤、葡萄形肉瘤、绿色肉瘤、绒毛膜癌、胚胎性肉瘤、维尔姆斯氏肿瘤肉瘤、粒细胞肉瘤、何杰金氏肉瘤、特发性多发性色素沉着出血性肉瘤、B细胞免疫母细胞肉瘤、淋巴瘤、T细胞免疫母细胞肉瘤、晏森氏肉瘤、卡波西氏肉瘤、库普弗细胞肉瘤、血管肉瘤、白血病性肉瘤、恶性间叶瘤肉瘤、骨周肉瘤、网状细胞肉瘤、劳斯肉瘤、浆液囊性肉瘤、滑膜肉瘤、毛细血管扩张性肉瘤、何杰金氏病、非何杰金氏淋巴瘤、多发性骨髓瘤、神经母细胞瘤、乳腺癌、卵巢癌、肺癌、横纹肌肉瘤、原发性血小板增多、原发性巨球蛋白血症、小细胞肺肿瘤、原发性脑肿瘤、胃癌、结肠癌、恶性胰脏胰岛素瘤、恶性类癌、癌前皮肤病灶、睪丸癌、淋巴瘤、甲状腺癌、神经母细胞瘤、食管癌、泌尿生殖道癌、恶性高钙血症、子宫颈癌、子宫内膜癌、肾上腺皮质癌、哈-巴二氏黑色素瘤、幼年型黑色素瘤、恶性小痣性痣黑色素瘤、恶性黑色素瘤、肢端小痣性黑色素瘤、无黑色素性黑色素瘤、良性幼年型黑色素瘤、克劳德曼氏黑色素瘤、S91黑色素瘤、结节性黑色素瘤、甲下黑色素瘤、浆细胞瘤、结肠直肠癌、直肠癌及浅表扩展性黑色素瘤。

94.如权利要求76至93中任一项所述的方法，其中将所述药物组合物经口施用。

95.如权利要求76至93中任一项所述的方法，其中将所述药物组合物静脉内施用。

96.如权利要求76至93中任一项所述的方法，其中将所述药物组合物瘤内施用。

97.如权利要求76至93中任一项所述的方法，其中将所述药物组合物肿瘤下施用。

98.如权利要求76至93中任一项所述的方法，其中将所述药物组合物通过皮下、皮内或腹膜内注射施用。

99.如权利要求76至93中任一项所述的方法，其中将所述药物组合物与控释基质一起瘤内施用。

100.如权利要求78至99中任一项所述的方法，其中所述药物组合物的施用治疗所述癌症。

101.如权利要求78至100中任一项所述的方法，其中所述药物组合物的施用诱发抗肿瘤免疫反应。

102.如权利要求78至101中任一项所述的方法，其中所述癌症治疗包含放射治疗。

103.如权利要求76至102中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括向所述受试者施用抗生素。

104.如权利要求103所述的方法，其中所述抗生素选自由以下组成的组：氨基糖苷、安莎霉素、碳头孢烯、碳青霉烯、头孢菌素、糖肽、林可酰胺、脂肽、巨环内酯、单酰胺菌素、硝基呋喃、噁唑烷酮、青霉素、多肽抗生素、喹诺酮、氟喹诺酮、磺酰胺、四环素、抗分枝杆菌化合物及其组合。

105.如权利要求78至104中任一项所述的方法，其中所述癌症治疗包含向所述受试者施用治疗性细菌。

106.一种治疗受试者的免疫障碍的方法，所述方法包括向所述受试者施用如权利要求1至15及71至75中任一项所述的药物组合物。

107.如权利要求106中任一项所述的方法，其中所述免疫障碍选自由以下组成的组：全身性急性播散性秃头症、白塞氏病、恰加斯病、慢性疲劳综合征、自主神经障碍、脑脊髓炎、强直性脊柱炎、再生障碍性贫血、化脓性汗腺炎、自体免疫性肝炎、自体免疫性卵巢炎、乳糜泻、克罗恩病、糖尿病1型、巨细胞动脉炎、古德帕斯雷综合征、格雷夫病、格林-巴里综合征、桥本病、亨诺-许兰二氏紫斑症、川崎病、红斑狼疮、微观结肠炎、微观多动脉炎、混合结缔组织病、穆-韦二氏综合征、多发性硬化、重症肌无力、眼阵挛肌阵挛综合征、视神经炎、奥尔德甲状腺炎、天疱疮、结节性多动脉炎、多肌痛、类风湿性关节炎、莱特尔氏综合征、休格伦氏综合征、颞动脉炎、韦格纳肉芽肿病、温热自体免疫性溶血性贫血、间质性膀胱炎、莱姆病、局限性硬皮病、牛皮癣、肉状瘤病、硬皮病、溃疡性结肠炎、白斑病、接触性超敏反应、接触性皮炎(包括由毒葛引起的接触性皮炎)、荨麻疹、皮肤过敏、呼吸道过敏(花粉热、过敏性鼻炎、屋尘螨过敏)及麸质敏感性肠病(乳糜泻)、阑尾炎、皮炎、皮肌炎、心内膜炎、纤维组织炎、齿龈炎、舌炎、肝炎、化脓性汗腺炎、虹膜炎、喉炎、乳腺炎、心肌炎、肾炎、耳炎、胰腺炎、腮腺炎、心包炎、腹膜炎、咽炎、胸膜炎、局限性肺炎、前列腺增生症、肾盂肾炎及口炎、移植排斥(涉及诸如肾、肝、心脏、肺、胰脏(例如，胰岛细胞)、骨髓、角膜、小肠的器官，皮肤同种异体移植、皮肤同种移植及心脏瓣膜异种移植、血清病及移植物抗宿主病)、急性胰腺炎、慢性胰腺炎、急性呼吸窘迫综合征、西扎利氏综合征、先天性肾上腺增生、非化脓性甲状腺炎、癌症相关联高钙血症、天疱疮、疱疹样大疱性皮炎、重度多形红斑、剥脱性皮炎、脂溢性皮炎、季节性或常年过敏性鼻炎、支气管哮喘、接触性皮炎、异位性皮炎、药物过敏反应、过敏性结膜炎、角膜炎、眼带状疱疹、虹膜炎及虹膜睫状体炎、脉络膜视网膜炎、视神经炎、症状性结节病、暴发性或播散性肺结核化疗、成人特发性血小板减少性紫癜、成人继发性血小板减少症、获得性(自体免疫性)溶血性贫血、成人白血病及淋巴瘤、儿童急性白血病、区域性肠炎、自体免疫性血管炎、多发性硬化、慢性阻塞性肺疾病、实体器官移植排斥反应、败血症；优选的治疗包括治疗以下：移植排斥、类风湿性关节炎、银屑病关节炎、多发性硬化、1型糖尿病、哮喘、炎性肠病、全身性红斑狼疮、牛皮癣、慢性阻塞性肺疾病及伴随炎症的感染病症(例如，败血症)。

108.如权利要求106至107中任一项所述的方法，其中将所述药物组合物经口施用。

109.如权利要求106至107中任一项所述的方法，其中将所述药物组合物静脉内施用。

110.如权利要求106至107中任一项所述的方法，其中将所述药物组合物通过皮下、皮内或腹膜内注射施用。

111.如权利要求70至110中任一项所述的方法，其中所述方法还包括向所述受试者施用益生元。

112.如权利要求111所述的方法，其中所述益生元是果寡糖、半乳寡糖、反式半乳寡糖、木寡糖、几丁寡糖、大豆寡糖、龙胆寡糖、异麦芽寡糖、甘露寡糖、麦芽寡糖、甘露聚糖寡糖、乳果糖、乳蔗糖、帕拉金糖、糖基蔗糖、瓜尔胶、阿拉伯胶、塔格酮糖、直链淀粉、支链淀粉、果胶、木聚糖或环糊精。

113.如权利要求70至112中任一项所述的方法，其中所述受试者是人类。

114.如权利要求70至112中任一项所述的方法，其中所述受试者是非人类哺乳动物。

115.如权利要求114所述的方法，其中所述哺乳动物选自由以下组成的组：狗、猫、牛、马、猪、驴、山羊、骆驼、小鼠、大鼠、天竺鼠、绵羊、骆马、猴、大猩猩或黑猩猩。

116.一种产生工程改造的细菌的方法，所述方法包括向所述细菌内引入导致MP的产生增加的修饰。

117.如权利要求116所述的方法，其中所述细菌属于选自由以下组成的组的物种：表1中列举的细菌物种、马赛布劳特氏菌、解苯副梭菌、苛求迪尔莫菌、Longicatenacaecimuris及当别町韦荣氏球菌。

118.如权利要求116至117中任一项所述的方法，其中所述细菌是专性厌氧细菌。

119.如权利要求118所述的方法，其中所述专性厌氧细菌属于选自由以下组成的组的属：拟杆菌属、普雷沃菌属、卟啉单胞菌属、梭杆菌属、嗜胆菌属、萨特氏菌属、消化链球菌属、梭菌属、放线菌属、丙酸杆菌属、真杆菌属、乳杆菌属、链球菌属、韦荣氏球菌属、阿加萨杆菌属、奇异菌属、布劳特氏菌属、伯克霍尔德菌属、迪尔莫菌属、长链菌属、副梭菌属、苏黎世杆菌属及泰泽菌属。

120.如权利要求115所述的方法，其中所述细菌属于选自由以下组成的组的属：大肠杆菌属、克雷白氏菌属、乳杆菌属、志贺氏菌属及葡萄球菌属。

121.如权利要求116至119中任一项所述的方法，其中所述细菌通过定向演化修饰。

122.如权利要求121所述的方法，其中所述定向演化包括将所述细菌暴露于MP的改善的产生改善细菌存活的环境条件下。

123.如权利要求122所述的方法，其中所述环境条件要求MP在小于或等于4的pH的稳定性。

124.如权利要求116至123中任一项所述的方法，其中所述方法包括使用检测MP产生增加的分析筛选诱变细菌。

125.如权利要求124所述的方法，其中所述方法进一步包括诱变所述细菌。

126.如权利要求124或125所述的方法，其中这些细菌通过暴露于化学诱变剂或UV辐射而诱变。

127.一种产生工程改造的细菌的方法，所述方法包括向所述细菌内引入修饰，所述修饰导致所述细菌产生具有改善的治疗性质的MP。

128.如权利要求127所述的方法，其中所述改善的治疗性质包含改善的经口递送。

129.如权利要求127所述的方法，其中所述改善的治疗性质包含在小于或等于4的pH的稳定性。

130.如权利要求127所述的方法，其中所述改善的治疗性质包含在0.2％至2％之间胆汁酸浓度处的稳定性。

131.如权利要求127至130中任一项所述的方法，其中所述改善的治疗性质包含增加的免疫活化。

132.如权利要求127至131中任一项所述的方法，其中所述细菌属于选自由以下组成的组的物种：表1中列举的细菌物种、马赛布劳特氏菌、解苯副梭菌、苛求迪尔莫菌、Longicatena caecimuris及当别町韦荣氏球菌。

133.如权利要求127至131中任一项所述的方法，其中所述细菌是癌症相关细菌。

134.如权利要求133所述的方法，其中所述癌症相关细菌属于选自由表2中列举的细菌物种组成的组的物种。

135.如权利要求127至133中任一项所述的方法，其中所述细菌是专性厌氧细菌。

136.如权利要求134所述的方法，其中所述专性厌氧细菌属于选自由以下组成的组的属：拟杆菌属、普雷沃菌属、卟啉单胞菌属、梭杆菌属、嗜胆菌属、萨特氏菌属、消化链球菌属、梭菌属、放线菌属、丙酸杆菌属、真杆菌属、乳杆菌属、链球菌属、韦荣氏球菌属、阿加萨杆菌属、奇异菌属、布劳特氏菌属、伯克霍尔德菌属、迪尔莫菌属、长链菌属、副梭菌属、苏黎世杆菌属及泰泽菌属。

137.如权利要求127至134中任一项所述的方法，其中所述细菌属于选自由以下组成的组的属：大肠杆菌属、克雷白氏菌属、乳杆菌属、志贺氏菌属及葡萄球菌属。

138.如权利要求127至137中任一项所述的方法，其中所述细菌通过定向演化修饰。

139.如权利要求138所述的方法，其中所述定向演化包括将所述细菌暴露于MP在小于或等于4的pH下的稳定性改善细菌存活的环境条件。

140.如权利要求127至139中任一项所述的方法，其中所述方法包括使用检测免疫反应活化增加的分析筛选诱变细菌。

141.如权利要求140所述的方法，其中所述方法进一步包括诱变所述细菌。

142.如权利要求140或141所述的方法，其中这些细菌通过暴露于化学诱变剂或UV辐射而诱变。

143.如权利要求140至142中任一项所述的方法，其中所述分析是活体内分析、离体分析或活体外分析。

144.如权利要求138至143中任一项所述的方法，其中所述分析是活体内免疫反应分析。

145.如权利要求144所述的方法，其中所述活体内肿瘤杀死分析在小鼠中进行。

146.如权利要求140至142中任一项所述的方法，其中所述分析是活体外免疫反应分析。

147.一种经修饰的细菌，所述经修饰的细菌根据如权利要求127-146中任一项所述的方法产生。

148.一种为改善MP产生而培养细菌的方法，所述方法包括使所述细菌在压力诱导的生长条件下生长。

149.如权利要求148所述的方法，其中这些压力诱导的生长条件包含在亚抑菌浓度的抗生素存在下生长。

150.如权利要求149所述的方法，其中所述抗生素选自由以下组成的组：氨基糖苷、安莎霉素、碳头孢烯、碳青霉烯、头孢菌素、糖肽、林可酰胺、脂肽、巨环内酯、单酰胺菌素、硝基呋喃、噁唑烷酮、青霉素、多肽抗生素、喹诺酮、氟喹诺酮、磺酰胺、四环素、抗分枝杆菌化合物及其组合。

151.如权利要求148所述的方法，其中这些压力诱导的生长条件包含在亚抑菌浓度的宿主抗微生物肽存在下生长。

152.如权利要求151所述的方法，其中所述宿主抗微生物肽是溶菌酶、防御素或Reg蛋白。

153.如权利要求148所述的方法，其中这些压力诱导的生长条件包含在亚抑菌浓度的细菌产生的抗微生物肽存在下生长。

154.如权利要求153所述的方法，其中所述细菌产生的抗微生物肽是细菌素或小菌素。

155.如权利要求148所述的方法，其中所述压力诱导的生长条件包含在温度压力下生长。

156.如权利要求148所述的方法，其中所述压力诱导的生长条件包含在碳限制条件下生长。

157.如权利要求148所述的方法，其中这些压力诱导的生长条件包含在亚抑菌浓度的盐存在下生长。

158.如权利要求148所述的方法，其中所述压力诱导的生长条件包含在UV光存在下生长。

159.如权利要求148所述的方法，其中所述压力诱导的生长条件包含在过氧化氢存在下生长。

160.如权利要求148至159中任一项所述的方法，其中所述细菌属于选自由以下组成的组的物种：表1中列举的细菌物种、马赛布劳特氏菌、解苯副梭菌、苛求迪尔莫菌、Longicatena caecimuris及当别町韦荣氏球菌。

161.一种生物反应器，所述生物反应器包含如权利要求147所述的经修饰的细菌。

162.一种形成经分离的细菌膜制剂(MP)的方法，所述方法包括：

(a)离心细菌培养物，从而形成第一沉淀物和第一上清液，其中所述第一沉淀物包含细胞；

(b)丢弃所述第一上清液；

(c)将所述第一沉淀物重悬于溶液中；

(d)裂解所述细胞；

(e)离心裂解的细胞，从而形成第二沉淀物和第二上清液；

(f)丢弃所述第二沉淀物并离心所述第二上清液，从而形成第三沉淀物和第三上清液；

(g)丢弃所述第三上清液并将所述第三沉淀重悬于第二溶液中，从而形成所述经分离的细菌膜制剂(MP)。

163.如权利要求162所述的方法，其中所述方法还包括：

(h)离心步骤(g)的溶液，从而形成第四沉淀物和第四上清液；

(i)丢弃所述第四上清液，并将所述第四沉淀物重悬于第三溶液中。

164.如权利要求163所述的方法，其中所述方法还包括：

(j)离心步骤(i)的溶液，从而形成第五沉淀物和第五上清液；并且

(k)丢弃所述第五上清液，并将所述第五沉淀物重悬于第四溶液中。

165.如权利要求162-164中任一项所述的方法，其中步骤(a)的离心是以10,000-15,500x g。

166.如权利要求162-165中任一项所述的方法，其中步骤(a)的离心是10-15分钟。

167.根据权利要求162-166中任一项所述的方法，其中步骤(a)的离心是在4℃或室温下。

168.如权利要求162-167中任一项所述的方法，其中步骤(b)还包括将所述第一沉淀物在-80℃冷冻。

169.如权利要求162-168中任一项所述的方法，其中步骤(c)中的溶液是100mM Tris-HCl，pH 7.5，补充有1mg/ml DNA酶I。

170.如权利要求162-168中任一项所述的方法，其中步骤(c)中的溶液是10mM Tris-HCl，pH 8.0，1mM EDTA，补充有0.1mg/ml溶菌酶。

171.如权利要求162-170中任一项所述的方法，其中步骤(c)进一步包括在37℃或室温下孵育30分钟。

172.如权利要求162-171中任一项所述的方法，其中步骤(c)还包括将所述第一沉淀物在-80℃冷冻。

173.如权利要求162-172中任一项所述的方法，其中步骤(c)还包括将DNA酶I添加至1.6mg/ml的终浓度。

174.如权利要求162-173中任一项所述的方法，其中步骤(c)还包括添加MgCl₂至100mM的终浓度。

175.如权利要求162-174中任一项所述的方法，其中在步骤(d)中通过匀浆裂解所述细胞。

176.如权利要求162-175中任一项所述的方法，其中在步骤(d)中通过emulsiflex C3裂解所述细胞。

177.如权利要求162-174中任一项所述的方法，其中在步骤(d)中通过超声裂解所述细胞。

178.如权利要求177所述的方法，其中将所述细胞超声处理7个循环，其中每个循环包括30秒的超声处理和30秒的不超声处理。

179.如权利要求162-178中任一项所述的方法，其中步骤(e)的离心是以10,000x g。

180.如权利要求162-179中任一项所述的方法，其中步骤(e)的离心是15分钟。

181.如权利要求162-180中任一项所述的方法，其中步骤(e)的离心是在4℃或室温下。

182.如权利要求162-181中任一项所述的方法，其中步骤(f)的离心是以120,000x g。

183.如权利要求162-181中任一项所述的方法，其中步骤(f)的离心是以110,000x g。

184.如权利要求162-183中任一项所述的方法，其中步骤(f)的离心是1小时。

185.如权利要求162-183中任一项所述的方法，其中步骤(f)的离心是15分钟。

186.如权利要求162-185中任一项所述的方法，其中步骤(f)的离心是在4℃或室温下。

187.如权利要求162-186中任一项所述的方法，其中步骤(g)中的第二溶液是pH 11的100mM碳酸钠。

188.如权利要求162-187中任一项所述的方法，其中步骤(g)中的第二溶液是10mMTris-HClpH 8.0、2％曲通X-100。

189.如权利要求162-188中任一项所述的方法，其中步骤(g)还包括将所述溶液在4℃下孵育1小时。

190.如权利要求162-188中任一项所述的方法，其中步骤(g)还包括将所述溶液在室温下孵育30-60分钟。

191.如权利要求163-190中任一项所述的方法，其中步骤(h)的离心是以120,000x g。

192.如权利要求163-190中任一项所述的方法，其中步骤(h)的离心是以110,000x g。

193.如权利要求163-192中任一项所述的方法，其中步骤(h)的离心是1小时。

194.如权利要求163-192中任一项所述的方法，其中步骤(h)的离心是15分钟。

195.如权利要求163-194中任一项所述的方法，其中步骤(h)的离心是在4℃或室温下。

196.如权利要求163-195中任一项所述的方法，其中步骤(i)中的第三溶液是pH 7.5的100mM Tris-HCl。

197.如权利要求163-196中任一项所述的方法，其中步骤(i)中的第三溶液是PBS。

198.如权利要求164-197中任一项所述的方法，其中步骤(j)的离心是以120,000x g。

199.如权利要求164-198中任一项所述的方法，其中步骤(j)的离心是20分钟。

200.如权利要求164-199中任一项所述的方法，其中步骤(j)的离心是在4℃或室温下。

201.如权利要求164-200中任一项所述的方法，其中步骤(k)中的第四溶液是pH 7.5的100mM Tris-HCl或是PBS。

202.如权利要求162-201中任一项所述的方法，其中所述细菌培养物来自缺陷乏养菌、副毗邻乏养菌、乏养菌属物种口腔克隆P4PA_155 P1、延长厌氧醋菌、解纤维醋弧菌、产乙醇醋弧菌、醋化醋酸杆菌、可可豆醋酸杆菌、罗旺醋酸杆菌、苹果醋酸杆菌、东方醋酸杆菌、巴氏醋酸杆菌、果实醋杆菌、蒲桃醋酸杆菌、热带醋酸杆菌、醋酸杆菌科细菌AT_5844、莱氏无胆霉浆菌、反硝化无色杆菌、皮氏无色杆菌、木糖氧化无色杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、氨基酸球菌属物种D21、食糖酸叶菌、食铁嗜酸硫杆菌、食酸菌属物种98_63833、鲍曼氏不动杆菌、乙酸钙不动杆菌、不动杆菌属复合群C1、溶血性不动杆菌、约氏不动杆菌、琼氏不动杆菌、鲁氏不动杆菌、小不动杆菌、抗辐射不动杆菌、申氏不动杆菌、不动杆菌属物种56A1、不动杆菌属物种CIP 101934、不动杆菌属物种CIP 102143、不动杆菌属物种CIP53.82、不动杆菌属物种M16_22、不动杆菌属物种RUH2624、不动杆菌属物种SH024、伴放线放线杆菌、小放线杆菌、胸膜肺炎放线杆菌、产琥珀酸放线杆菌、脲放线杆菌、马西里氏放线棒菌、夏氏放线棒菌、放线棒菌属物种BM#101342、放线棒菌属物种P2P_19P1、加地夫放线菌、欧洲放线菌、芬氏放线菌、放线菌属复合群C1、放线菌属复合群C2、放线菌属复合群P1口腔克隆MB6_C03、乔氏放线菌、以色列放线菌、马赛放线菌、迈耶放线菌、纳士放线菌、鼻放线菌、纽氏放线菌、龋齿放线菌、山地放线菌、人口腔放线菌、口腔放线菌、放线菌属物种7400942、放线菌属物种c109、放线菌属物种CCUG 37290、放线菌属物种ChDC B197、放线菌属物种GEJ15、放线菌属物种HKU31、放线菌属物种ICM34、放线菌属物种ICM41、放线菌属物种ICM47、放线菌属物种ICM54、放线菌属物种M2231_94_1、放线菌属物种口腔克隆GU009、放线菌属物种口腔克隆GU067、放线菌属物种口腔克隆IO076、放线菌属物种口腔克隆IO077、放线菌属物种口腔克隆IP073、放线菌属物种口腔克隆IP081、放线菌属物种口腔克隆JA063、放线菌属物种口腔分类群170、放线菌属物种口腔分类群171、放线菌属物种口腔分类群178、放线菌属物种口腔分类群180、放线菌属物种口腔分类群848、放线菌属物种口腔分类群C55、放线菌属物种TeJ5、泌尿生殖放线菌、黏性放线菌、产雌马酚阿德勒氏菌、栖血气球菌、脲气球菌、马脲气球菌、绿色气球菌、海洋气微菌、气微菌属物种JC14、异常嗜糖气单胞菌、肠棕气单胞菌、嗜水气单胞菌、简氏气单胞菌、杀鲑气单胞菌、易损气单胞菌、维罗氏气单胞菌、空肠普雷沃菌、桔红色普雷沃菌、巴洛尼亚普雷沃菌、科罗讷普雷沃菌、人体普雷沃菌、齿状普雷沃菌、埃诺普雷沃菌、福氏普雷沃菌、深黑色普雷沃菌、解肝素普雷沃菌、洛氏普雷沃菌、食多糖普雷沃菌、南锡普雷沃菌、米普雷沃菌、帕拉迪普雷沃菌、胸膜炎普雷沃菌、栖瘤胃普雷沃菌、解糖普雷沃菌、靶心普雷沃菌、沙氏普雷沃菌、动胶普雷沃菌、阿菲波菌属复合群4、伴放线凝聚杆菌、嗜沫凝聚杆菌、惰性凝聚杆菌、放射形土壤杆菌、根癌土壤杆菌、耶纳脓球菌、嗜黏蛋白阿克曼氏菌、粪产碱杆菌、产碱杆菌属物种CO14、产碱杆菌属物种S3、酸热脂环酸芽孢杆菌、酸土脂环酸芽孢杆菌、污染脂环酸芽孢杆菌、产环庚酸性脂环酸芽孢杆菌、草脂环酸芽孢杆菌、果实脂环酸芽孢杆菌、脂环酸芽孢杆菌属物种CCUG53762、芬戈尔德氏另枝菌、不明显另枝菌、奥登多克氏另枝菌、腐败另枝菌、沙氏另枝菌、另枝菌属物种HGB5、另枝菌属物种JC50、另枝菌属物种RMA 9912、金属还原嗜碱菌、奥伦兰氏嗜碱菌、广栖别样斯卡多维氏菌、别样斯卡多维氏菌属物种OB7196、产氢厌氧菌、产琥珀酸厌氧螺菌、托马斯厌氧螺菌、氢化厌氧球菌、解乳厌氧球菌、八迭厌氧球菌、普氏厌氧球菌、厌氧球菌属物种8404299、厌氧球菌属物种8405254、厌氧球菌属物种9401487、厌氧球菌属物种9403502、厌氧球菌属物种gpac104、厌氧球菌属物种gpac126、厌氧球菌属物种gpac155、厌氧球菌属物种gpac199、厌氧球菌属物种gpac215、四联厌氧球菌、阴道厌氧球菌、人粪厌氧棒形菌、孪生厌氧球形菌、运动厌氧孢杆菌、粪厌氧棒状菌、厌氧棒状菌属物种3_2_56FAA、黑罗特克斯欧里何米尼斯菌、边缘边虫、嗜吞噬细胞边虫、解硫胺素硫胺素芽孢杆菌、丹麦解硫胺素芽孢杆菌、米氏解硫胺素芽孢杆菌、嗜热嗜气解硫胺素芽孢杆菌、嗜热气解硫胺素芽孢杆菌、污染厌氧芽孢杆菌、黄色嗜热厌氧芽孢杆菌、溶血隐秘杆菌、化脓隐秘杆菌、布氏弓形杆菌、嗜低温弓形杆菌、运动节杆菌、阿氏节杆菌、贝热尔氏节杆菌、球形节杆菌、烟草节杆菌、微小奇异菌、极小奇异菌、龈裂奇异菌、奇异菌属物种BS2、奇异菌属物种F0209、奇异菌属物种ICM42b10、奇异菌属物种ICM57、阴道奇异菌、杀珊瑚橙色单胞菌、阿尔塔米拉洞橙色单胞菌、Auritibacter 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alsiensis、鸟分枝杆菌、龟分枝杆菌、哥伦比亚分枝杆菌、象皮病分枝杆菌、戈登分枝杆菌、胞内分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌、拉克丝分枝杆菌、麻风分枝杆菌、弥漫型麻风分枝杆菌、麦氏分枝杆菌、曼氏分枝杆菌、海分枝杆菌、田鼠分枝杆菌、新金分枝杆菌、副瘰疬分枝杆菌、副土分枝杆菌、草分枝杆菌、耻垢分枝杆菌、包皮垢分枝杆菌、分枝杆菌属物种1761、分枝杆菌属物种1776、分枝杆菌属物种1781、分枝杆菌属物种1791、分枝杆菌属物种1797、分枝杆菌属物种AQ1GA4、分枝杆菌属物种B10_07.09.0206、分枝杆菌属物种GN_10546、分枝杆菌属物种GN_10827、分枝杆菌属物种GN_11124、分枝杆菌属物种GN_9188、分枝杆菌属物种GR_2007_210、分枝杆菌属物种HE5、分枝杆菌属物种NLA001000736、分枝杆菌属物种W、结核分枝杆菌、溃疡分枝杆菌、脆弱分枝杆菌、无乳支原体、两形支原体、关节炎支原体、牛眼支原体、咽支原体、发酵支原体、絮状支原体、生殖器支原体、人型支原体、口腔支原体、绵羊肺炎支原体、穿透支原体、肺炎支原体、腐败支原体、唾液支原体、支原体科属复合群P1口腔克隆MB1_G23、香味类香菌、类香味菌属物种MY15、杆状奈瑟菌、灰色奈瑟菌、长形奈瑟菌、浅黄奈瑟菌、奈瑟菌属复合群P2口腔克隆MB5_P15、淋病奈瑟菌、乳糖奈瑟菌、猕猴奈瑟菌、脑膜炎奈瑟菌、黏膜奈瑟菌、咽奈瑟菌、多糖奈瑟菌、干燥奈瑟菌、奈瑟菌属物种KEM232、奈瑟菌属物种口腔克隆AP132、奈瑟菌属物种口腔克隆JC012、奈瑟菌属物种口腔菌株B33KA、奈瑟菌属物种口腔分类群014、奈瑟菌属物种SMC_A9199、奈瑟菌属物种TM10_1、淡黄色奈瑟菌、里氏新立克次氏体、腺热新立克次氏体、巴西诺卡菌、盖尔森基兴诺卡菌、皮疽诺卡菌、脓性诺卡菌、诺卡菌属物种01_Je_025、达松维尔类诺卡菌、食芳烃新鞘氨醇菌、卡尼海洋杆菌、海洋杆菌属物种Ndiop、人类苍白杆菌、中间苍白杆菌、假中间苍白杆菌、纹臭杆菌、内脏臭杆菌、奥卡德拉胃球菌、解脲寡源杆菌、尿道寡源杆菌、奥尔森菌属复合群C1、普惠生奥尔森菌、奥尔森菌属物种F0004、奥尔森菌属物种口腔分类群809、乌氏奥尔森菌、土丰佑菌、鼻窦口腔杆菌、口腔杆菌属物种ACB1、口腔杆菌属物种ACB7、口腔杆菌属物种CM12、口腔杆菌属物种ICM51、口腔杆菌属物种OBRC12、口腔杆菌属物种口腔分类群078、口腔杆菌属物种口腔分类群102、口腔杆菌属物种口腔分类群108、恙虫病东方体、巴伐利亚鸟胺酸杆菌、鸟胺酸杆菌属物种7_10AIA、颤杆菌属物种G2、产戊酸颤杆菌、克鲁斯颤螺菌、产甲酸草酸杆菌、巴塞罗那类芽孢杆菌、巴伦葛兹类芽孢杆菌、千叶类芽孢杆菌、库氏类芽孢杆菌、坚韧类芽孢杆菌、解葡聚糖类芽孢杆菌、乳酸类芽孢杆菌、灿烂类芽孢杆菌、饲料类芽孢杆菌、多黏类芽孢杆菌、金龟子类芽孢杆菌、类芽孢杆菌属物种CIP 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champanellensis、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、汉森瘤胃球菌、乳酸瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、瘤胃球菌属物种18P13、瘤胃球菌属物种5_1_39BFAA、瘤胃球菌属物种9SE51、瘤胃球菌属物种ID8、瘤胃球菌属物种K_1、扭链瘤胃球菌、绿色糖单胞菌、邦戈尔沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌、胃八迭球菌、罕见斯卡多维氏菌、韦格斯卡多维氏菌、圆形慢反应脂肪酸菌、褶皱慢反应脂肪酸菌、蛛形月形单胞菌、鱼月形单胞菌、福氏月形单胞菌、月形单胞菌属复合群C1、月形单胞菌属复合群C2、月形单胞菌属复合群P5、月形单胞菌属复合群P6口腔克隆MB3_C41、月形单胞菌属复合群P7口腔克隆MB5_C08、月形单胞菌属复合群P8口腔克隆MB5_P06、损伤新月形单胞菌、有害月形单胞菌、反刍动物月形单胞菌、月形单胞菌属物种FOBRC9、月形单胞菌属物种口腔克隆FT050、月形单胞菌属物种口腔克隆GI064、月形单胞菌属物种口腔克隆GT010、月形单胞菌属物种口腔克隆HU051、月形单胞菌属物种口腔克隆IK004、月形单胞菌属物种口腔克隆IQ048、月形单胞菌属物种口腔克隆JI021、月形单胞菌属物种口腔克隆JS031、月形单胞菌属物种口腔克隆OH4A、月形单胞菌属物种口腔克隆P2PA_80P4、月形单胞菌属物种口腔分类群137、月形单胞菌属物种口腔分类群149、生痰月形单胞菌、居泉沙雷菌、液化沙雷菌、黏质沙雷菌、臭味沙雷菌、变形班沙雷菌、腐败希瓦菌、波伊德氏志贺氏菌、痢疾志贺氏菌、福氏志贺氏菌、宋内志贺氏菌、卫星肖特沃思氏菌、肖特沃思氏菌属物种MSX8B、肖特沃思氏菌属物种口腔分类群G69、米氏西蒙斯菌、产雌马酚斯奈克氏菌、弱生斯奈克氏菌、犬粪斯奈克氏菌、还原天芥菜碱斯奈克氏菌、异黄酮化合物斯奈克氏菌、梨形斯奈克氏菌、斯奈克氏菌属物种NATTS、莫氏细小杆菌、粪鞘胺醇杆菌、水氏鞘胺醇杆菌、多食鞘胺醇杆菌、食神鞘胺醇杆菌、刺状鞘胺醇单胞菌、鞘胺醇单胞菌属物种口腔克隆FI012、鞘胺醇单胞菌属物种口腔克隆FZ016、鞘胺醇单胞菌属物种口腔分类群A09、鞘胺醇单胞菌属物种口腔分类群F71、阿拉斯加鞘胺醇盒菌、异常螺原体属、白蚁生孢菌、菊糖芽孢乳杆菌、中山芽孢杆菌、新约克芽胞八迭球菌、芽胞八迭球菌属物种2681、葡萄球菌科细菌NML 92_0017、金黄色葡萄球菌、耳葡萄球菌、头状葡萄球菌、山羊葡萄球菌、肉葡萄球菌、科氏葡萄球菌、香料葡萄球菌、表皮葡萄球菌、马胃葡萄球菌、弗氏葡萄球菌、溶血性葡萄球菌、人葡萄球菌、路邓葡萄球菌、巴氏葡萄球菌、假中间葡萄球菌、解糖葡萄球菌、腐生性葡萄球菌、松鼠葡萄球菌、葡萄球菌属物种克隆bottae7、葡萄球菌属物种H292、葡萄球菌属物种H780、琥珀酸葡萄球菌、小牛葡萄球菌、瓦氏葡萄球菌、木糖葡萄球菌、嗜麦芽寡养单胞菌、寡养单胞菌属物种FG_6、念珠状链杆菌、无乳链球菌、非解乳链球菌、咽峡炎链球菌、澳大利亚链球菌、牛链球菌、犬链球菌、星座链球菌、脊链球菌、道恩链球菌、停乳链球菌、马链球菌、马肠链球菌、解没食子酸链球菌、链球菌属复合群C1、链球菌属复合群C2、链球菌属复合群C3、链球菌属复合群C4、链球菌属复合群C5、链球菌属复合群C6、链球菌属复合群C7、链球菌属复合群C8、戈登氏链球菌、小儿链球菌、婴儿链球菌、中间链球菌、巴黎链球菌、马赛链球菌、米勒链球菌、缓症链球菌、突变链球菌、寡发酵链球菌、口腔链球菌、副血链球菌、巴氏链球菌、泛口腔链球菌、肺炎链球菌、豕链球菌、假性肺炎链球菌、假豕链球菌、酿脓链球菌、鼠链球菌、唾液链球菌、血链球菌、中华链球菌、链球菌属物种16362、链球菌属物种2_1_36FAA、链球菌属物种2285_97、链球菌属物种69130、链球菌属物种AC15、链球菌属物种ACS2、链球菌属物种AS20、链球菌属物种BS35a、链球菌属物种C150、链球菌属物种CM6、链球菌属物种CM7、链球菌属物种ICM10、链球菌属物种ICM12、链球菌属物种ICM2、链球菌属物种ICM4、链球菌属物种ICM45、链球菌属物种M143、链球菌属物种M334、链球菌属物种OBRC6、链球菌属物种口腔克隆ASB02、链球菌属物种口腔克隆ASCA03、链球菌属物种口腔克隆ASCA04、链球菌属物种口腔克隆ASCA09、链球菌属物种口腔克隆ASCB04、链球菌属物种口腔克隆ASCB06、链球菌属物种口腔克隆ASCC04、链球菌属物种口腔克隆ASCC05、链球菌属物种口腔克隆ASCC12、链球菌属物种口腔克隆ASCD01、链球菌属物种口腔克隆ASCD09、链球菌属物种口腔克隆ASCD10、链球菌属物种口腔克隆ASCE03、链球菌属物种口腔克隆ASCE04、链球菌属物种口腔克隆ASCE05、链球菌属物种口腔克隆ASCE06、链球菌属物种口腔克隆ASCE09、链球菌属物种口腔克隆ASCE10、链球菌属物种口腔克隆ASCE12、链球菌属物种口腔克隆ASCF05、链球菌属物种口腔克隆ASCF07、链球菌属物种口腔克隆ASCF09、链球菌属物种口腔克隆ASCG04、链球菌属物种口腔克隆BW009、链球菌属物种口腔克隆CH016、链球菌属物种口腔克隆GK051、链球菌属物种口腔克隆GM006、链球菌属物种口腔克隆P2PA_41P2、链球菌属物种口腔克隆P4PA_30P4、链球菌属物种口腔分类群071、链球菌属物种口腔分类群G59、链球菌属物种口腔分类群G62、链球菌属物种口腔分类群G63、链球菌属物种SHV515、猪链球菌、嗜热链球菌、乳房链球菌、尿链球菌、前庭链球菌、绿色链球菌、白色链霉菌、灰链霉菌、链霉菌属物种1AIP_2009、链霉菌属物种SD 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sanguinis、微小脲原体、解脲脲原体、复杂脲芽孢杆菌、苏云脲芽孢杆菌、特伦斯脲芽孢杆菌、嗜热性脲芽孢杆菌、嗜热球形脲芽孢杆菌、河流漫游球菌、非典型韦荣氏球菌、殊异韦荣氏球菌、韦荣氏球菌属复合群P1口腔克隆MB5_P17、蒙皮立韦荣氏球菌、小韦荣氏球菌、韦荣氏球菌属物种3_1_44、韦荣氏球菌属物种6_1_27、韦荣氏球菌属物种ACP1、韦荣氏球菌属物种AS16、韦荣氏球菌属物种BS32b、韦荣氏球菌属物种ICM51a、韦荣氏球菌属物种MSA12、韦荣氏球菌属物种NVG 100cf、韦荣氏球菌属物种OK11、韦荣氏球菌属物种口腔克隆ASCA08、韦荣氏球菌属物种口腔克隆ASCB03、韦荣氏球菌属物种口腔克隆ASCG01、韦荣氏球菌属物种口腔克隆ASCG02、韦荣氏球菌属物种口腔克隆OH1A、韦荣氏球菌属物种口腔分类群158、韦荣氏球菌科细菌口腔分类群131、韦荣氏球菌科细菌口腔分类群155、霍乱弧菌、河流弧菌、弗氏弧菌、拟态弧菌、副溶血性弧菌、弧菌属物种RC341、创伤弧菌、食物谷菌科细菌NML 080035、瓦达食谷菌、普罗米维杆菌、贝尼氏魏斯氏菌、食窦魏斯氏菌、混淆魏斯氏菌、赫伦魏斯氏菌、坎氏魏斯氏菌、韩国魏斯氏菌、类肠膜魏斯氏菌、魏斯氏菌属物种KLDS 7.0701、产琥珀酸沃林氏菌、黄单胞菌科细菌NML 03_0222、野油菜黄单胞菌、黄单胞菌属物种kmd_489、Xenophilus aerolatus、阿氏耶尔森氏菌、阿里克谢耶尔森氏菌、贝氏耶尔森氏菌、小肠结肠炎耶尔森菌、弗氏耶尔森氏菌、中间耶尔森氏菌、克里斯滕耶尔森氏菌、莫氏耶尔森氏菌、鼠疫耶尔森氏菌、假结核耶尔森氏菌、罗氏耶尔森氏菌、雷金斯堡约克氏菌、二歧齐默尔曼氏菌、运动发酵单胞菌、马赛布劳特氏菌、解苯副梭菌、苛求迪尔莫菌、Longicatena caecimuris、和当别町韦荣氏球菌。

203.一种经分离的细菌膜制剂(MP)，所述经分离的细菌膜制剂通过如权利要求162-202中任一项所述的方法制备。