CN113395971A - Yap1表达的调节剂 - Google Patents

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X·罗
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苏珊·M·弗赖尔
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Abstract

本发明的实施方案提供可用于抑制YAP1表达的方法、化合物和组合物，所述方法、化合物和组合物可用于治疗、预防或改善与YAP1相关的癌症。本文提供的某些实施方案涉及抑制YAP1表达的方法，所述方法通过施用靶向YAP1的化合物能用于治疗、预防或改善个体的与YAP1相关的癌症。在某些实施方案中，所述化合物能是YAP特异性抑制剂。在某些实施方案中，所述化合物能是靶向YAP1的反义化合物、低聚化合物或寡核苷酸。

Description

YAP1表达的调节剂
序列表
本申请与电子格式的序列表一起提交。所述序列表作为命名为BIOL0352WOSEQ_ST25.txt的文件提供，所述文件创建于2020年1月23日，大小为814kb。所述序列表的电子格式中的信息通过引用以其整体并入本文中。
技术领域
本发明的实施方案提供可用于抑制YAP1表达的方法、化合物和组合物，所述方法、化合物和组合物能用于治疗、预防或改善与YAP1相关的癌症。
背景技术
Yes相关蛋白(YAP1)是一种转录辅激活因子，其常常由于肿瘤抑制性“Hippo”路径中的改变或其扩增而在多种人癌症类型中活化。YAP1为Hippo路径的下游调控因子，并且通过肿瘤自主和免疫调控机制促进肿瘤生长。活性Hippo路径为肿瘤抑制性的，并且使YAP1磷酸化，引起YAP1失活。当Hippo路径为非活性时，YAP1被脱去磷酸且移位至细胞核中，在细胞核中YAP1促进多种基因的表达。
发明内容
本文提供的某些实施方案涉及可用于抑制YAP1表达的有效且可耐受的化合物和组合物，所述化合物和组合物可用于治疗、预防、改善与YAP1相关的癌症或减缓其进展。
具体实施方式
应了解以上概述和以下详细描述仅为示例性和说明性的且不限制所要求保护的实施方案。本文中，除非另外特别说明，否则单数的使用包括复数。除非另有说明，否则如本文所用“或”的使用意指“和/或(并且/或者)”。此外，术语“包括(including)”以及其它形式，诸如“包括(includes)”和“包括(included)”的使用无限制性。
本文中使用的章节标题仅仅是出于组织的目的，并且不应视为限制所述主题。本申请中引用的所有文件或文件的部分，包括(但不限于)专利、专利申请、文章、书籍、论文及GenBank和NCBI参考序列记录，关于本文中论述的文件的部分，均在此通过引用明确地并入，以及以其整体并入。
应了解，在本文所含的各SEQ ID NO中所示的序列与对糖部分、核苷间连键或核碱基的任何修饰无关。因而，由SEQ ID NO定义的化合物可独立地包含对糖部分、核苷间连键或核碱基的一个或多个修饰。通过ION编号描述的化合物指示核碱基序列、化学修饰和基序的组合。
除非另外指示，否则以下术语具有以下含义：
“2'-脱氧核苷”意指如在天然存在的脱氧核糖核酸(DNA)中所发现，包含2'-H(H)呋喃糖基糖部分的核苷。在某些实施方案中，2'-脱氧核苷可包含经修饰的核碱基或可包含RNA核碱基(尿嘧啶)。
“2'-O-甲氧基乙基”(也称为2'-MOE和2'-O(CH2)2-OCH3)是指在呋喃糖基环的2'位处的O-甲氧基-乙基修饰。2'-O-甲氧基乙基修饰糖为经修饰的糖。
“2'-MOE核苷”(也称为2'-O-甲氧基乙基核苷)意指包含2'-MOE修饰糖部分的核苷。
“2'-取代核苷”或“2-修饰核苷”意指包含2'-取代或2'-修饰糖部分的核苷。如本文所用，关于糖部分的“2'-取代”或“2-修饰”意指糖部分包含至少一个非H或OH的2'-取代基团。
“3'靶标位点”是指与特定化合物的3’-最末端核苷酸互补的靶标核酸的核苷酸。
“5'靶标位点”是指与特定化合物的5’-最末端核苷酸互补的靶标核酸的核苷酸。
“5-甲基胞嘧啶”意指具有连接于5位的甲基的胞嘧啶。
“约”意指值的±10％内。举例来说，若陈述化合物实现YAP1的约70％抑制，则暗示YAP1水平被抑制60％与80％的范围内。
“施用(Administration或administering)”是指将本文提供的化合物或组合物引入个体中以执行其预期功能的途径。可使用的施用途径的实例包括(但不限于)肠胃外施用，诸如皮下、静脉内或肌肉内注射或输注。
“相伴施用”或“共同施用”意指两种或更多种化合物以在患者中显现两者的药理学作用的任何方式施用。相伴施用不要求两种化合物在单一药物组合物中、以相同剂型、通过相同施用途径或同时施用。两种化合物的作用不需要同时显现。所述作用仅仅需要重叠一段时间且无需在时间上共同延伸。相伴施用或共同施用涵盖并行或相继施用。
“改善”是指相关疾病、病症或疾患的至少一种指示物、征象或症状的好转或减轻。在某些实施方案中，改善包括病状或疾病的一种或多种指示物的进展或严重程度延缓或减慢。指示物的进展或严重程度可通过本领域的技术人员已知的主观或客观量度确定。
“动物”是指人或非人动物，包括(但不限于)小鼠、大鼠、兔、狗、猫、猪和非人灵长类动物，包括(但不限于)猴和黑猩猩。
如本公开中所用，“抗体”是指免疫球蛋白或其片段或衍生物，并且涵盖包含抗原结合位点的任何多肽，不管其在体外产生还是在体内产生。所述术语包括(但不限于)多克隆、单克隆、单特异性、多特异性、非特异性、人源化、单链、嵌合、合成、重组、杂交、突变和移植抗体。除非如“完整抗体”中由术语“完整”修饰，否则出于本公开的目的，术语“抗体”也包括抗体片段，诸如Fab、F(ab′)2、Fv、scFv、Fd、dAb和保留抗原结合功能，即特异性结合例如CTLA-4或PD-L1的能力的其它抗体片段。通常，此类片段将包含抗原结合结构域。
“抗CTLA-4抗体”是指特异性结合CTLA-4多肽的抗体或其抗原结合片段。示例性抗CTLA-4抗体描述于例如美国专利第6,682,736号、第7,109,003号、第7,123,281号、第7,411,057号、第7,824,679号、第8,143,379号、第7,807,797号和第8,491,895号(其中曲美木单抗(Tremelimumab)为11.2.1)，所述专利通过引用并入本文中。曲美木单抗(美国专利第6,682,736号)为一种示例性抗CTLA-4抗体。曲美木单抗VL、VH和CDR氨基酸序列以SEQ IDNO:1-8提供于本文中。
“抗OX40抗体”是指特异性结合OX40的抗体或其抗原结合片段。OX40抗体包括对OX40具有特异性的单克隆和多克隆抗体和其抗原结合片段。在某些方面，如本文所述的抗OX40抗体为单克隆抗体(或其抗原结合片段)，例如鼠、人源化或完全人单克隆抗体。在一个特定实施方案中，OX40抗体为OX40受体激动剂，诸如Weinberg等人,J Immunother 29,575-585(2006)所述的小鼠抗人OX40单克隆抗体(9B12)。在另一实施方案中，OX40抗体为如通过引用并入本文中的US 2016/0137740中所述的MEDI0562。MEDI0562 VH和VL氨基酸序列以SEQ ID NO:25-26提供于本文中。在其它实施方案中，特异性结合于OX40的抗体或其抗原结合片段结合于与mAb 9B12相同的OX40表位。
“抗PD-L1抗体”是指特异性结合PD-L1多肽的抗体或其抗原结合片段。示例性抗PD-L1抗体描述于例如通过引用并入本文中的US2013/0034559、美国专利第8,779,108号和第9,493,565号。德瓦鲁单抗(Durvalumab，MEDI4736)为一种示例性抗PD-L1抗体。德瓦鲁单抗VL、VH和CDR氨基酸序列以SEQ ID NO:9-16提供于本文中。其它抗PD-L1抗体包括BMS-936559(Bristol-Myers Squibb)和MPDL3280A(阿特珠单抗(atezolizumab))(Roche)。
“抗PD-1抗体”是指特异性结合PD-1多肽的抗体或其抗原结合片段。示例性抗PD-1抗体描述于例如通过引用并入本文中的美国专利第7,521,051号、第8,008,449号、第8,354,509号、第9,073,994号、第9,393,301号、第9402899号和第9,439,962号。示例性抗PD-1抗体包括不限于纳武单抗(nivolumab)、派姆单抗(pembrolizumab)、皮地利珠单抗(pidilizumab)和AMP-514。
“抗原结合结构域”、“抗原结合片段”和“结合片段”是指包含负责抗体与抗原之间的特异性结合的氨基酸的抗体分子的部分。在抗原较大的情况下，抗原结合结构域可仅结合于抗原一部分。负责与抗原结合结构域的特异性相互作用的抗原分子的部分称为“表位”或“抗原决定簇”。抗原结合结构域通常包含抗体轻链可变区(VL)和抗体重链可变区(VH)，然而其不一定必须包含两者。举例来说，所谓Fd抗体片段仅仅由VH结构域组成，但仍保留完整抗体的一些抗原结合功能。抗体的结合片段通过重组DNA技术或通过完整抗体的酶促或化学裂解产生。结合片段包括Fab、Fab'、F(ab')2、Fv和单链抗体。应了解除“双特异性”或“双官能”抗体以外的抗体的各结合位点相同。用酶木瓜蛋白酶消化抗体可产生两种相同的抗原结合片段，也称为“Fab”片段和“Fc”片段，其无抗原结合活性，但能够结晶。用酶胃蛋白酶消化抗体可产生F(ab')2片段，其中抗体分子的两个臂保持连接且包含两个抗原结合位点。F(ab')2片段能够交联抗原。“Fv”在用于本文中时是指保留抗原识别与抗原结合位点的抗体的最小片段。“Fab”在用于本文中时是指包含轻链的恒定结构域和重链的CH1结构域的抗体片段。
“mAb”是指单克隆抗体。本公开的抗体包括不限于完整天然抗体、双特异性抗体；嵌合抗体；Fab、Fab'、单链V区片段(scFv)、融合多肽和非常规抗体。
“反义活性”意指可归因于反义化合物与其靶标核酸杂交的任何可检测和/或可测量的活性。在某些实施方案中，反义活性为与在缺乏反义化合物与靶标杂交下的靶标核酸水平或靶标蛋白水平相比，靶标核酸或由此类靶标核酸编码的蛋白质的量或表达下降。
“反义化合物”意指包含寡核苷酸和任选的一个或多个额外特征，诸如缀合基团或端基的化合物。反义化合物的实例包括单链和双链化合物，诸如寡核苷酸、核糖酶、siRNA、shRNA、ssRNA和占据型化合物(occupancy-based compound)。
“反义抑制”意指在与靶标核酸互补的反义化合物存在下靶标核酸水平相比于缺少反义化合物下靶标核酸水平减少。
“反义机制”为涉及化合物与靶标核酸杂交的所有那些机制，其中杂交结果或作用为降解靶标或占据靶标，同时停止涉及例如转录或剪接的细胞机制。
“反义寡核苷酸”意指具有与靶标核酸或其区域或区段互补的核碱基序列的寡核苷酸。在某些实施方案中，反义寡核苷酸可与靶标核酸或其区域或区段特异性杂交。
“双环核苷”或“BNA”意指包含双环糖部分的核苷。“双环糖”或“双环糖部分”意指包含两个环的经修饰的糖部分，其中第二个环通过连接第一个环中的两个原子的桥形成，从而形成双环结构。在某些实施方案中，双环糖部分的第一个环为呋喃糖基部分。在某些实施方案中，双环糖部分不包含呋喃糖基部分。
“分支基团”意指具有能够与至少3个基团形成共价连键的至少3个位置的一组原子。在某些实施方案中，分支基团提供用于将拴系配体通过缀合接头和/或可裂解部分连接至寡核苷酸的多个反应性位点。
“靶向细胞的部分”意指能够结合于一种或多种特定细胞类型的缀合基团或缀合基团的部分。
“cEt”或“经约束的乙基”意指包含连接4'-碳和2'-碳的桥的双环呋喃糖基糖部分，其中所述桥具有式：4'-CH(CH3)-O-2'。
“cEt核苷”意指包含经cEt修饰的糖部分的核苷。
化合物中的“化学修饰”描述化合物中任一单元通过化学反应相对于此类单元的初始状态的取代或变化。“经修饰的核苷”意指独立地具有经修饰的糖部分和/或经修饰的核碱基的核苷。“经修饰的寡核苷酸”意指包含至少一个经修饰的核苷间连键、经修饰的糖和/或经修饰的核碱基的寡核苷酸。
“化学上不同的区域”是指在某些方面在化学上不同于同一化合物的另一区域的化合物的区域。举例来说，具有2'-O-甲氧基乙基核苷酸的区域在化学上与具有无2'-O-甲氧基乙基修饰的核苷酸的区域不同。
“嵌合反义化合物”意指具有至少2个化学是不同的区域的反义化合物，各位置具有多个亚基。
“手性富集群体”意指多个具有相同分子式的分子，其中若特定手性中心为立体结构无规的，则所述群体内在所述特定手性中心含有特定立体化学构型的分子的数目或百分比超过群体内预期在相同特定手性中心含有相同特定立体化学构型的分子的数目或百分比。在各分子内具有多个手性中心的分子的手性富集群体可含有一个或多个立体结构无规的手性中心。在某些实施方案中，分子为经修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，分子为包含经修饰的寡核苷酸的化合物。
“可裂解键”意指能够分裂的任何化学键。在某些实施方案中，可裂解键选自：酰胺、聚酰胺、酯、醚、磷酸二酯中的一或两个酯、磷酸酯、氨基甲酸酯、二硫化物或肽。
“可裂解部分”意指在生理条件下，例如在细胞、动物或人中裂解的键或一组原子。
关于寡核苷酸的“互补”意指当此类寡核苷酸的核碱基序列或其一个或多个区域与另一寡核苷酸或核酸的核碱基序列或其一个或多个区域以相对方向对准时两个核碱基序列匹配的寡核苷酸。除非另外说明，否则如本文所述的核碱基匹配或互补核碱基不限于以下各对：腺嘌呤(A)和胸腺嘧啶(T)、腺嘌呤(A)和尿嘧啶(U)、胞嘧啶(C)和鸟嘌呤(G)以及5-甲基胞嘧啶(mC)和鸟嘌呤(G)。互补寡核苷酸和/或核酸不需要在各核苷处具有核碱基互补性，并且可包括一个或多个核碱基错配。相比之下，关于寡核苷酸的“完全互补”或“100％互补”意指此类寡核苷酸在各核苷处具有核碱基匹配且无任何核碱基错配。
“缀合基团”意指连接于寡核苷酸的一组原子。缀合基团包括缀合部分和将缀合部分连接于寡核苷酸的缀合接头。
“缀合接头”意指包含至少一个将缀合部分连接于寡核苷酸的键的一组原子。
“缀合部分”意指通过缀合接头连接于寡核苷酸的一组原子。
在寡核苷酸的背景下“连续”是指彼此紧邻的核苷、核碱基、糖部分或核苷间连键。举例来说，“连续核碱基”意指在序列中彼此紧邻的核碱基。
“设计”或“设计成”是指设计与所选核酸分子特异性杂交的化合物的过程。
“稀释剂”意指组合物中缺乏药理学活性但在制药上为必需或需要的成分。举例来说，注射组合物中的稀释剂可为液体，例如盐水溶液。
“经不同修饰”意指彼此不同的化学修饰或化学取代，包括不存在修饰。因此，举例来说，MOE核苷与未经修饰的DNA核苷是“经不同修饰”的，即便是DNA核苷未经修饰。同样，DNA和RNA是“经不同修饰”的，即便是两者为天然存在的未经修饰的核苷。若非包含不同核碱基则相同的核苷并非经不同修饰。举例来说，包含2'-OMe修饰糖和未经修饰的腺嘌呤核碱基的核苷与包含2'-OMe修饰糖和未经修饰的胸腺嘧啶核碱基的核苷并非经不同修饰的。
“剂量”意指单次施用或规定时间段内提供的化合物或药剂的规定量。在某些实施方案中，剂量可以两个或更多个大丸剂、片剂或注射剂施用。举例来说，在某些实施方案中，在需要皮下施用的情况下，所需剂量可能需要单次注射不易供应的体积。在此类实施方案中，可使用两次或更多次注射实现所需剂量。在某些实施方案中，剂量可以两次或更多次注射施用，以使个体中注射部位反应最少。在其它实施方案中，化合物或药剂通过长时间或连续输注来施用。剂量可描述为每小时、每天、每周或每个月的药剂量。
“给药方案”为经设计以实现一个或多个所需作用的剂量组合。
“双链反义化合物”意指包含两种彼此互补且形成双链体的低聚化合物的反义化合物，并且其中两种所述低聚化合物之一包含寡核苷酸。
“有效量”意指化合物足以在需要所述化合物的个体中实现所需生理学结果的量。有效量可在个体之间有所变化，这视待治疗的个体的健康和身体状况、待治疗的个体的分类群、组合物的配制、个体医学疾患的评定和其它相关因素而定。
“功效”意指产生所需作用的能力。
“表达”包括使基因编码信息转变成在细胞中存在和起作用的结构的所有功能。此类结构包括(但不限于)转录和翻译的产物。
“缺口聚物(Gapmer)”意指这样一种寡核苷酸，其包含具有多个核苷的内部区域，所述核苷支持位于具有一个或多个核苷的外部区域之间的RNA酶H裂解，其中构成内部区域的核苷在化学上与构成外部区域的一个或多个核苷不同。内部区域可称为“缺口”且外部区域可称为“翼”。
“杂交”意指寡核苷酸和/或核酸的退火。虽然不限于特定机制，但杂交的最常见机制涉及互补核碱基之间的氢键键合，其可为沃森-克立克(Watson-Crick)、胡斯坦(Hoogsteen)或反向胡斯坦氢键键合。在某些实施方案中，互补核酸分子包括(但不限于)反义化合物与核酸靶标。在某些实施方案中，互补核酸分子包括(但不限于)寡核苷酸和核酸靶标。
“紧邻”意指在同一类紧邻元件之间不存在插入元件(例如在紧邻核碱基之间不存在插入核碱基)。
“个体”意指经选择以接受治疗或疗法的人或非人动物。
“抑制表达或活性”是指表达或活性相对于未经处理或对照样品中的表达或活性减少或阻断，并且不一定指示表达或活性完全消除。
“核苷间连键”意指在寡核苷酸中相邻核苷之间形成共价连键的基团或键。“经修饰的核苷间连键”意指除天然存在的磷酸酯核苷间连键以外的任何核苷间连键。非磷酸酯连键在本文中称为经修饰的核苷间连键。
“加长寡核苷酸”为相对于本文公开的寡核苷酸，例如亲本寡核苷酸，具有一个或多个额外核苷的寡核苷酸。
“连接的核苷”意指通过核苷间连键连接在一起的相邻核苷。
“接头-核苷”意指将寡核苷酸连接至缀合部分的核苷。接头-核苷位于化合物的缀合接头内。即使接头-核苷与寡核苷酸相连，也不考虑其为化合物的寡核苷酸部分的一部分。
“错配”或“非互补”意指当第一寡核苷酸与第二寡核苷酸对准时第一寡核苷酸的核碱基不与第二寡核苷酸或靶标核酸的对应核碱基互补。举例来说，虽然包括但不限于通用核碱基、肌苷和次黄嘌呤的核碱基能够与至少一种核碱基杂交，但对于其所杂交的核碱基，仍为错配或非互补。作为另一实例，当第一寡核苷酸与第二寡核苷酸对准时不能与第二寡核苷酸或靶标核酸的对应核碱基杂交的第一寡核苷酸的核碱基为错配或非互补核碱基。
“调节”是指改变或调整细胞、组织、器官或生物体中的特征。举例来说，调节YAP1RNA可意指细胞、组织、器官或生物体中YAP1 RNA和/或YAP1蛋白的水平增加或减少。“调节剂”实现细胞、组织、器官或生物体中的变化。举例来说，YAP1化合物可为降低细胞、组织、器官或生物体中YAP1 RNA和/或YAP1蛋白的量的调节剂。
“MOE”意指甲氧基乙基。
“单体”是指低聚物的单个单元。单体包括(但不限于)核苷和核苷酸。
“基序”意指寡核苷酸中未经修饰和/或经修饰的糖部分、核碱基和/或核苷间连键的模式。
“天然”或“天然存在”意指在自然界中发现。
“非双环的修饰糖”或“非双环的修饰糖部分”意指一种经修饰的糖部分，其包含在糖的两个原子之间不形成桥从而不形成第二个环的修饰，诸如取代基。
“核酸”是指由单体核苷酸构成的分子。核酸包括(但不限于)核糖核酸(RNA)、脱氧核糖核酸(DNA)、单链核酸和双链核酸。
“核碱基”意指能够与另一核酸的碱基配对的杂环部分。如本文所用，“天然存在的核碱基”为腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)、尿嘧啶(U)和鸟嘌呤(G)。“经修饰的核碱基”为经化学修饰的天然存在的核碱基。“通用碱基”或“通用核碱基”为除天然存在的核碱基和经修饰的核碱基以外且能够与任何核碱基配对的核碱基。
“核碱基序列”意指核酸或寡核苷酸中与任何糖或核苷间连键无关的连续核碱基的顺序。
“核苷”意指包含核碱基和糖部分的化合物。核碱基和糖部分各自独立地未经修饰或经修饰。“经修饰的核苷”意指包含经修饰的核碱基和/或经修饰的糖部分的核苷。经修饰的核苷包括无碱基核苷，其缺乏核碱基。
“低聚化合物”意指包含单个寡核苷酸和任选地存在的一个或多个其它特征，诸如缀合基团或端基的化合物。
“寡核苷酸”意指各自可彼此独立地经修饰或未经修饰的连接的核苷的聚合物。除非另外指示，否则寡核苷酸由8-80个连接的核苷组成。“经修饰的寡核苷酸”意指其中至少一个糖、核碱基或核苷间连键经修饰的寡核苷酸。“未经修饰的寡核苷酸”意指不包含任何糖、核碱基或核苷间修饰的寡核苷酸。
“亲本寡核苷酸”意指其序列用作具有类似序列但长度、基序和/或化学性质不同的更多寡核苷酸的设计基础的寡核苷酸。重新设计的寡核苷酸可具有与亲本寡核苷酸相同或重叠的序列。
“肠胃外施用”意指通过注射或输注施用。肠胃外施用包括皮下施用、静脉内施用、肌肉内施用、动脉内施用、腹膜内施用或颅内施用，例如鞘内或脑室内施用。
“药学上可接受的载体或稀释剂”意指适用于向个体施用的任何物质。举例来说，药学上可接受的载体可为无菌水溶液，诸如PBS或注射用水。
“药学上可接受的盐”意指化合物，诸如低聚化合物或寡核苷酸的生理学上和药学上可接受的盐，即保留母体化合物的所需生物活性且不带来不良毒物学作用的盐。
“药剂”意指当向个体施用时提供治疗益处的化合物。
“药物组合物”意指适合于向个体施用的物质的混合物。举例来说，药物组合物可包含一种或多种化合物或其盐和无菌水溶液。
“硫代磷酸酯连键”意指其中非桥接氧原子之一被替换为硫原子的经修饰的磷酸酯键。硫代磷酸酯核苷间连键为经修饰的核苷间连键。
“磷部分”意指一组包含磷原子的原子。在某些实施方案中，磷部分包含单磷酸酯、二磷酸酯或三磷酸酯或硫代磷酸酯。
“部分”意指核酸的限定数目的连续(即连接)核碱基。在某些实施方案中，部分为靶标核酸的限定数目的连续核碱基。在某些实施方案中，部分为低聚化合物的限定数目的连续核碱基。
“预防”是指延缓或阻止疾病、病症或疾患发作、发展或进展数分钟至无限期的时间段。
“前药”意指在体外呈一种形式，当向个体施用时，在体内或其细胞内代谢成另一形式的化合物。在某些实施方案中，代谢形式为化合物(例如药物)的活性或更活性形式。通常，在酶(内源性或病毒性酶)或细胞或组织中存在的化学物质的作用下和/或通过生理条件推动体内前药的转变。
“减少”意指减至较小程度、尺寸、量或数目。
“RefSeq No.”为分配给序列以指示该序列是针对特定靶标转录物(例如靶标基因)的字母与数字的独特组合。有关靶标基因的此类序列和信息(统称为基因记录)可见于基因序列数据库中。基因序列数据库包括NCBI参考序列数据库、GenBank、欧洲核苷酸档案库和日本DNA数据库(后三种形成国际协作核苷酸序列数据库或INSDC)。
“区域”定义为具有至少一个可鉴别的结构、功能或特征的靶标核酸的一部分。
“RNAi化合物”意指至少部分地通过RISC或Ago2，但不通过RNA酶H发挥作用来调节靶标核酸和/或由靶标核酸编码的蛋白质的反义化合物。RNAi化合物包括(但不限于)双链siRNA、单链RNA(ssRNA)和微RNA，包括微RNA模拟物。
“区段”定义为核酸内区域的较小或子部分。
“副作用”意指可归因于治疗的除所需作用以外的生理疾病和/或病状。在某些实施方案中，副作用包括注射部位反应、肝脏功能检查异常、肾脏功能异常、肝毒性、肾毒性、中枢神经系统异常、肌病和不适。举例来说，血清中转氨酶水平增加可指示肝毒性或肝脏功能异常。举例来说，胆红素增加可指示肝毒性或肝脏功能异常。
在提到化合物时“单链”意指化合物仅仅具有一种寡核苷酸。“自身互补”意指至少部分与自身杂交的寡核苷酸。由一种寡核苷酸组成，其中化合物的寡核苷酸自身互补的化合物为单链化合物。单链化合物能够结合于互补化合物而形成双链体。
“位点”定义为靶标核酸内独特的核碱基位置。
“可特异性杂交”是指在寡核苷酸与靶标核酸之间具有足够互补程度以诱导所需作用，同时对非靶标核酸展现最小或无作用的寡核苷酸。在某些实施方案中，在生理条件下发生特异性杂交。
在提到靶标核酸时“特异性抑制”意指减少或阻断靶标核酸的表达，同时对非靶标核酸展现较少、最小或无作用。减少不一定指示靶标核酸的表达完全消除。
“标准细胞测定”意指实施例中描述的测定和其合理变化形式。
“标准体内实验”意指实施例中描述的程序和其合理变化形式。
在具有相同分子式的一群分子的背景下“立体结构无规的手性中心”意指具有无规立体化学构型的手性中心。举例来说，在包含立体结构无规的手性中心的一群分子中，具有立体结构无规的手性中心的(S)构型的分子的数目可能但不一定与具有立体结构无规的手性中心的(R)构型的分子的数目相同。当由未设计成控制立体化学构型的合成方法产生时，手性中心的立体化学构型视为无规。在某些实施方案中，立体结构无规的手性中心为立体结构无规的硫代磷酸酯核苷间连键。
“糖部分”意指未经修饰的糖部分或经修饰的糖部分。“未经修饰的糖部分”或“未经修饰的糖”意指如在RNA中发现的2'-OH(H)呋喃糖基部分(“未经修饰的RNA糖部分”)或如在DNA中发现的2'-H(H)部分(“未经修饰的DNA糖部分”)。未经修饰的糖部分在1'、3'和4'位每一位上具有一个氢，在3'位上具有一个氧，并且在5'位上具有两个氢。“经修饰的糖部分”或“经修饰的糖”意指经修饰的呋喃糖基糖部分或糖替代物。“经修饰的呋喃糖基糖部分”意指包含非氢取代基代替未经修饰的糖部分的至少一个氢的呋喃糖基糖。在某些实施方案中，经修饰的呋喃糖基糖部分为2'-取代糖部分。此类经修饰的呋喃糖基糖部分包括双环糖和非双环糖。
“糖替代物”意指除呋喃糖基部分以外的可连接核碱基至寡核苷酸中的另一基团，诸如核苷间连键、缀合基团或端基的经修饰的糖部分。包含糖替代物的经修饰的核苷可并入寡核苷酸内的一个或多个位置中，并且此类寡核苷酸能够与互补化合物或核酸杂交。
“协同作用”或“协同”是指组合的作用超过在相同剂量下各单独组分的作用的累加。
“YAP1”意指YAP1的任何核酸或蛋白质。“YAP1核酸”意指编码YAP1的任何核酸。举例来说，在某些实施方案中，YAP1核酸包括编码YAP1的DNA序列、自编码YAP1的DNA(包括包含内含子和外显子的基因组DNA)转录的RNA序列和编码YAP1的mRNA序列。“YAP1 mRNA”意指编码YAP1蛋白的mRNA。靶标可以大写字或小写字提到。
“YAP1特异性抑制剂”是指能够在分子层面特异性地抑制YAP1 RNA和/或YAP1蛋白表达或活性的任何剂。举例来说，YAP1特异性抑制剂包括核酸(包括反义化合物)、肽、抗体、小分子和能够抑制YAP1 RNA和/或YAP1蛋白的表达的其它剂。
“靶标基因”是指编码靶标的基因。
“靶向”意指化合物与靶标核酸特异性杂交以诱导所需作用。
“靶标核酸”、“靶标RNA”、“靶标RNA转录物”和“核酸靶标”均意指能够由本文所述的化合物靶向的核酸。
“靶标区”意指一种或多种化合物靶向的靶标核酸的部分。
“靶标区段”意指化合物靶向的靶标核酸的核苷酸序列。“5'靶标位点”是指靶标区段的5’最末端核苷酸。“3'靶标位点”是指靶标区段的3’最末端核苷酸。
“端基”意指共价连接于寡核苷酸的末端的化学基团或一组原子。
“治疗有效量”意指为个体提供治疗益处的化合物、药剂或组合物的量。
“治疗”是指向动物施用化合物或药物组合物以实现动物中疾病、病症或疾患的改变或改善。
某些实施方案
某些实施方案提供用于抑制YAP1表达的方法、化合物和组合物。
某些实施方案提供靶向YAP1核酸的化合物。在某些实施方案中，YAP1核酸具有RefSeq或GENBANK登录号NM_001282101.1(SEQ ID NO:1)或自核苷酸102107001至102236000截短的NC_000011.10(SEQ ID NO:2)中所示的序列；其各自通过引用以其整体并入。在某些实施方案中，化合物为反义化合物或低聚化合物。在某些实施方案中，化合物为单链的。在某些实施方案中，化合物为双链的。
某些实施方案提供一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由8个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940的核碱基序列中的任一个的至少8个连续核碱基的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物为反义化合物或低聚化合物。在某些实施方案中，化合物为单链的。在某些实施方案中，化合物为双链的。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由10个至30个连接的核苷组成。
某些实施方案提供一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由9个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940的核碱基序列中的任一个的至少9个连续核碱基的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物为反义化合物或低聚化合物。在某些实施方案中，化合物为单链的。在某些实施方案中，化合物为双链的。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由10个至30个连接的核苷组成。
某些实施方案提供一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由10个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940的核碱基序列中的任一个的至少10个连续核碱基的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物为反义化合物或低聚化合物。在某些实施方案中，化合物为单链的。在某些实施方案中，化合物为双链的。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由10个至30个连接的核苷组成。
某些实施方案提供一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由11个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940的核碱基序列中的任一个的至少11个连续核碱基的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物为反义化合物或低聚化合物。在某些实施方案中，化合物为单链的。在某些实施方案中，化合物为双链的。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由11个至30个连接的核苷组成。
某些实施方案提供一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由12个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940的核碱基序列中的任一个的至少12个连续核碱基的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物为反义化合物或低聚化合物。在某些实施方案中，化合物为单链的。在某些实施方案中，化合物为双链的。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由12个至30个连接的核苷组成。
某些实施方案提供一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物为反义化合物或低聚化合物。在某些实施方案中，化合物为单链的。在某些实施方案中，化合物为双链的。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成。
某些实施方案提供一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸具有由SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物为反义化合物或低聚化合物。在某些实施方案中，化合物为单链的。在某些实施方案中，化合物为双链的。
在某些实施方案中，化合物包含由8个至80个连接的核苷组成的经修饰的寡核苷酸，其中经修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含与SEQ ID NO:1的核苷酸2565-2580、2566-2581或4600-4615内的同等长度部分互补的至少8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个或16个连续核碱基部分。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由10个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成。
在某些实施方案中，化合物包含由8个至80个连接的核苷组成的经修饰的寡核苷酸，其中经修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含与SEQ ID NO:2的核苷酸123590-123605、117330-117345、117761-117776、117757-117772、117758-117773、117330-117345、119672-119687、123591-123606、125625-125640或117755-117770内的同等长度部分互补的至少8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个或16个连续核碱基部分。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由10个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成。
在某些实施方案中，化合物包含由8个至80个连接的核苷组成的经修饰的寡核苷酸，其中经修饰的寡核苷酸的核碱基序列在SEQ ID NO:1的核苷酸2565-2580、2566-2581或4600-4615内互补。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由10个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16至30个连接的核苷组成。
在某些实施方案中，化合物包含由8个至80个连接的核苷组成的经修饰的寡核苷酸，其中经修饰的寡核苷酸的核碱基序列在SEQ ID NO:2的核苷酸123590-123605、117330-117345、117761-117776、117757-117772、117758-117773、117330-117345、119672-119687、123591-123606、125625-125640或117755-117770内互补。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由10个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成。
在某些实施方案中，化合物包含由8个至80个连接的核苷组成的经修饰的寡核苷酸，其中经修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863的核碱基序列中的任一个的至少8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个或16个连续核碱基部分。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由10个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成。
在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列的核碱基序列。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成。
在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成且具有由SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。
在某些实施方案中，靶向YAP1的化合物为ION 1198440。在如以下实施例部分中所述进行筛选的超过3,000种化合物中，ION 958499、1076453、1197270、1198439、1198440、1198605、1198623、1198728、1198831或1198872呈现为居首位的先导化合物。具体来说，在超过3,000种化合物中，ION 1198440展现出效力和耐受性方面的特性的最佳组合。
在某些实施方案中，前述经修饰的寡核苷酸中的任一种具有至少一个经修饰的核苷间连键、至少一个经修饰的糖和/或至少一个经修饰的核碱基。
在某些实施方案中，前述经修饰的寡核苷酸中的任一种的至少一个核苷包含经修饰的糖。在某些实施方案中，经修饰的糖包含2'-O-甲氧基乙基。在某些实施方案中，经修饰的糖为双环糖，诸如4'-CH(CH3)-O-2'基团、4'-CH2-O-2'基团或4'-(CH2)2-O-2'基团。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸的至少一个核苷间连键为经修饰的核苷间连键，诸如硫代磷酸酯核苷间连键。
在某些实施方案中，前述经修饰的寡核苷酸的至少一个核碱基为经修饰的核碱基，诸如5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，前述经修饰的寡核苷酸中的任一种具有：
由连接的2'-脱氧核苷组成的缺口区段；
由连接的核苷组成的5'翼区段；和
由连接的核苷组成的3'翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5'翼区段与所述3'翼区段之间且其中各翼区段的各核苷包含经修饰的糖。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成，并且具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个中所述的核碱基序列的核碱基序列。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成，并且具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个中所述的核碱基序列的核碱基序列。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成，并且具有由SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个中所述的核碱基序列组成的核碱基序列。
在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸或由其组成，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核碱基组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940中的任一个中所述的核碱基序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸具有：
由连接的2'-脱氧核苷组成的缺口区段；
由连接的核苷组成的5'翼区段；和
由连接的核苷组成的3'翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5'翼区段与所述3'翼区段之间且其中各翼区段的各核苷包含经修饰的糖。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成。
在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸或由其组成，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核碱基组成且具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个中所述的核碱基序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸具有：
由连接的2'-脱氧核苷组成的缺口区段；
由连接的核苷组成的5'翼区段；和
由连接的核苷组成的3'翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5'翼区段与所述3'翼区段之间且其中各翼区段的各核苷包含经修饰的糖。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成。
在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸或由其组成，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核碱基组成且具有包含SEQ ID NO:810和1404中的任一个中所述的核碱基序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸具有：
由十个连接的2'-脱氧核苷组成的缺口区段；
由三个连接的核苷组成的5'翼区段；和
由三个连接的核苷组成的3'翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5'翼区段与所述3'翼区段之间；其中各翼区段的各核苷包含cEt核苷；其中各核苷间连键为硫代磷酸酯连键；且其中各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成。
在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸或由其组成，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核碱基组成且具有包含SEQ ID NO:2868中所述的核碱基序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸具有由5’区域域、3’区域和位于5’区域与3’区域之间的中央区域组成的缺口聚物，其中：
所述5’区域由3个连接的经修饰的核苷组成，其中所述5’区域的各核苷包含cEt核苷；
所述3’区域由3个连接的经修饰的核苷组成，其中所述3’区域的各核苷包含cEt核苷；
所述中央区域由10个连接的核苷组成，其中自所述中央区域的5'端起第二个核苷包含2'-O-甲基修饰的糖部分且自所述中央区域的5'端起第一个和第三个至第十个核苷各自包含2'脱氧核苷；
其中各核苷间连键为硫代磷酸酯连键；且
其中各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成。
在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸或由其组成，所述经修饰的寡核苷酸具有包含SEQ ID NO:2868中所述的核碱基序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸包含糖基序kkk-d-y-d(8)-kkk，其中“k”指示cEt修饰的糖部分，“d”指示未经修饰的2'-脱氧核糖基糖部分，并且“y”指示2'-O-甲基修饰的糖部分；其中各核苷间连键为硫代磷酸酯连键；且其中各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成。
在某些实施方案中，化合物包含具有以下核碱基序列和化学基序的ION 1197270或由其组成：TksTksAksAdsAysGdsTdsGdsTdsAdsT dsGdsTdsmCksAksGk，其中“d”表示2'-脱氧核糖，“k”表示cEt修饰的糖，“y”表示2'-O-甲基糖，“s”表示硫代磷酸酯核苷间连键，并且“mC”是指5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成。
在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸或由其组成，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核碱基组成且具有包含SEQ ID NO:2864中所述的核碱基序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸具有：
由十个连接的2'-脱氧核苷组成的缺口区段；
由一个连接的核苷组成的5'翼区段；和
由五个连接的核苷组成的3'翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5'翼区段与所述3'翼区段之间；其中所述5'翼区段包含cEt核苷；其中所述3'翼区段在5'至3'方向上包含cEt核苷、2'-O-甲氧基乙基核苷、cEt核苷、2'-O-甲氧基乙基核苷和cEt核苷；其中各核苷间连键为硫代磷酸酯连键；且其中各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成。
在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸或由其组成，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核碱基组成且具有包含SEQ ID NO:1404或1101中所述的核碱基序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸具有：
由九个连接的2'-脱氧核苷组成的缺口区段；
由三个连接的核苷组成的5'翼区段；和
由四个连接的核苷组成的3'翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5'翼区段与所述3'翼区段之间；其中所述5'翼区段的各核苷包含cEt核苷；其中所述3'翼区段在5'至3'方向上包含cEt核苷、cEt核苷、cEt核苷和2'-O-甲氧基乙基核苷；其中各核苷间连键为硫代磷酸酯连键；且其中各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成。
在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸或由其组成，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核碱基组成且具有包含SEQ ID NO:2812中所述的核碱基序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸具有：
由九个连接的2'-脱氧核苷组成的缺口区段；
由三个连接的核苷组成的5'翼区段；和
由四个连接的核苷组成的3'翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5'翼区段与所述3'翼区段之间；其中所述5'翼区段在5'至3'方向上包含cEt核苷、2'-O-甲氧基乙基核苷和cEt核苷；其中所述3'翼区段在5'至3'方向上包含2'-O-甲氧基乙基核苷、2'-O-甲氧基乙基核苷、cEt核苷和cEt核苷；其中各核苷间连键为硫代磷酸酯连键；且其中各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成。
在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸或由其组成，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核碱基组成且具有包含SEQ ID NO:1200或2863中所述的核碱基序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸具有：
由九个连接的2'-脱氧核苷组成的缺口区段；
由两个连接的核苷组成的5'翼区段；和
由五个连接的核苷组成的3'翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5'翼区段与所述3'翼区段之间；其中所述5'翼区段的各核苷包含cEt核苷；其中所述3'翼区段在5'至3'方向上包含cEt核苷、2'-O-甲氧基乙基核苷、cEt核苷、2'-O-甲氧基乙基核苷和cEt核苷；其中各核苷间连键为硫代磷酸酯连键；且其中各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成。
在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸或由其组成，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核碱基组成且具有包含SEQ ID NO:2865中所述的核碱基序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸具有：
由十个连接的2'-脱氧核苷组成的缺口区段；
由一个连接的核苷组成的5'翼区段；和
由五个连接的核苷组成的3'翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5'翼区段与所述3'翼区段之间；其中所述5'翼区段包含cEt核苷；其中所述3'翼区段在5'至3'方向上包含cEt核苷、2'-O-甲氧基乙基核苷、cEt核苷、2'-O-甲氧基乙基核苷和cEt核苷；其中各核苷间连键为硫代磷酸酯连键；且其中各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成。
某些实施方案提供经修饰的寡核苷酸，其中所述经修饰的寡核苷酸的阴离子形式具有以下化学结构：
Figure BDA0003190234930000271
(SEQ ID NO:2865)，或其盐。
某些实施方案提供根据以下化学结构的经修饰的寡核苷酸：
Figure BDA0003190234930000281
(SEQ ID NO:2865)，或其盐。
某些实施方案提供根据以下化学结构的经修饰的寡核苷酸：
Figure BDA0003190234930000291
(SEQ ID NO:2865)。
在某些条件下，本文公开的某些化合物充当酸。虽然此类化合物可描绘或描述成质子化(游离酸)形式或电离并且与阳离子(盐)形式缔合，但此类化合物的水溶液以此类形式的平衡存在。举例来说，水溶液中寡核苷酸的磷酸酯连键以游离酸、阴离子和盐形式的平衡存在。除非另外指示，否则本文所述的化合物意图包括所有此类形式。此外，某些寡核苷酸具有若干此类连键，每个连键均处于平衡中。因此，溶液中的寡核苷酸以在多个位置均处于平衡中的形式集合存在。除非另外指示，否则本文所述的寡核苷酸和术语“寡核苷酸”意图包括所有此类形式。所绘结构必定描绘单一形式。然而，除非另外指示，否则此类图式同样意图包括对应形式。本文中，描绘化合物的游离酸且后面为术语“或其盐”的结构明确地包括可完全或部分地质子化/去质子化/与阳离子缔合的所有此类形式。在某些情况下，鉴别一种或多种特定阳离子。
在任一上述实施方案中，化合物或寡核苷酸可与编码YAP1的核酸至少85％、至少90％、至少95％、至少98％、至少99％或100％互补。
在任一上述实施方案中，化合物可为单链的。在某些实施方案中，化合物包含脱氧核糖核苷酸。在某些实施方案中，化合物为双链的。在某些实施方案中，化合物为双链且包含核糖核苷酸。在任一前述实施方案中，化合物可为反义化合物或低聚化合物。
在任一前述实施方案中，化合物可由8个至80个、10个至30个、12个至50个、13个至30个、13个至50个、14个至30个、14个至50个、15个至30个、15个至50个、16个至30个、16个至50个、17个至30个、17个至50个、18个至22个、18个至24个、18个至30个、18个至50个、19个至22个、19个至30个、19个至50个或20个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，化合物包含寡核苷酸或由其组成。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物包含经修饰的寡核苷酸的盐。在某些实施方案中，盐为钠盐。在某些实施方案中，盐为钾盐。
在某些实施方案中，如本文所述的化合物或组合物高度可耐受，体现在具有以下中的至少一者：丙氨酸转氨酶(ALT)或天冬氨酸转氨酶(AST)值相比于经盐水处理的动物增加至多4倍、3倍或2倍，或肝脏、脾脏或肾脏重量相比于经对照物处理的动物增加至多30％、20％、15％、12％、10％、5％或2％。在某些实施方案中，如本文所述的化合物或组合物高度可耐受，体现在ALT或AST相比于经对照物处理的动物未增加。在某些实施方案中，如本文所述的化合物或组合物高度可耐受，体现在肝脏、脾脏或肾脏重量相比于对照动物未增加。
某些实施方案提供一种组合物，其包含任一上述实施方案的化合物或其盐以及至少一种药学上可接受的载体或稀释剂。在某些实施方案中，组合物的粘度小于约40厘泊(cP)，小于约30厘泊(cP)，小于约20厘泊(cP)，小于约15厘泊(cP)或小于约10厘泊(cP)。在某些实施方案中，具有任一上述粘度的组合物包含浓度为约100mg/mL、约125mg/mL、约150mg/mL、约175mg/mL、约200mg/mL、约225mg/mL、约250mg/mL、约275mg/mL或约300mg/mL的本文提供的化合物。在某些实施方案中，具有任一上述粘度和/或化合物浓度的组合物具有室温或约20℃、约21℃、约22℃、约23℃、约24℃、约25℃、约26℃、约27℃、约28℃、约29℃或约30℃的温度。
非限制性编号实施方案包括：
E1.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由8个至80个连接的核苷组成，具有包含SEQ ID NO:23-2940的核碱基序列中的任一个的至少8个连续核碱基的核碱基序列。
E2.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸长度为9个至80个连接的核苷，具有包含SEQ ID NO:23-2940的核碱基序列中的任一个的至少9个连续核碱基的核碱基序列。
E3.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸长度为10个至80个连接的核苷，具有包含SEQ ID NO:23-2940的核碱基序列中的任一个的至少10个连续核碱基的核碱基序列。
E4.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸长度为11个至80个连接的核苷，具有包含SEQ ID NO:23-2940的核碱基序列中的任一个的至少11个连续核碱基的核碱基序列。
E5.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸长度为12个至80个连接的核苷，具有包含SEQ ID NO:23-2940的核碱基序列中的任一个的至少12个连续核碱基的核碱基序列。
E6.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成，具有包含SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列的核碱基序列。
E7.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸具有由SEQ IDNO:23-2940中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。
E8.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由8个至80个连接的核苷组成，所述经修饰的寡核苷酸在SEQ ID NO:1的核苷酸2565-2580、2566-2581或4600-4615内或SEQ ID NO:2的核苷酸123590-123605、117330-117345、117761-117776、117757-117772、117758-117773、117330-117345、119672-119687、123591-123606、125625-125640或117755-117770内互补。
E9.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由8个至80个连接的核苷组成，具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863的核碱基序列中的任一个的至少8个连续核碱基的核碱基序列。
E10.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸长度为9个至80个连接的核苷，具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863的核碱基序列中的任一个的至少9个连续核碱基的核碱基序列。
E11.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸长度为10个至80个连接的核苷，具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863的核碱基序列中的任一个的至少10个连续核碱基的核碱基序列。
E12.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸长度为11个至80个连接的核苷，具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863的核碱基序列中的任一个的至少11个连续核碱基的核碱基序列。
E13.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸长度为12个至80个连接的核苷，具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863的核碱基序列中的任一个的至少12个连续核碱基的核碱基序列。
E14.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由8个至80个连接的核苷组成，具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列。
E15.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸具有由SEQ IDNO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。
E16.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由8个至80个连接的核苷组成，具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列。
E17.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸具有由SEQ IDNO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。
E18.实施方案E1-E17中任一项的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一个经修饰的核苷间连键、至少一个经修饰的糖或至少一个经修饰的核碱基。
E19.实施方案E18的化合物，其中所述经修饰的核苷间连键为硫代磷酸酯核苷间连键。
E20.实施方案E18或E19的化合物，其中所述经修饰的糖为双环糖。
E21.实施方案E20的化合物，其中所述双环糖选自由以下组成的组：4'-(CH2)-O-2'(LNA)；4'-(CH2)2-O-2'(ENA)；和4'-CH(CH3)-O-2'(cEt)。
E22.实施方案E18或E19的化合物，其中所述经修饰的糖为2'-O-甲氧基乙基。
E23.实施方案E18-E22中任一项的化合物，其中所述经修饰的核碱基为5-甲基胞嘧啶。
E24.实施方案E1-E23中任一项的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸包含：
由连接的2'-脱氧核苷组成的缺口区段；
由连接的核苷组成的5'翼区段；和
由连接的核苷组成的3'翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5'翼区段与所述3'翼区段之间且其中各翼区段的各核苷包含经修饰的糖。
E25.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成，具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸包含：
由连接的2'-脱氧核苷组成的缺口区段；
由连接的核苷组成的5'翼区段；和
由连接的核苷组成的3'翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5'翼区段与所述3'翼区段之间且其中各翼区段的各核苷包含经修饰的糖。
E26.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由16-80个连接的核碱基组成，具有包含SEQ ID NO:810和1404中的任一个中所述的序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸包含：
由十个连接的2'-脱氧核苷组成的缺口区段；
由三个连接的核苷组成的5'翼区段；和
由三个连接的核苷组成的3'翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5'翼区段与所述3'翼区段之间；其中各翼区段的各核苷包含cEt核苷；其中各核苷间连键为硫代磷酸酯连键；且其中各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
E27.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由16-80个连接的核碱基组成，具有包含SEQ ID NO:2864中所述的序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸包含：
由十个连接的2'-脱氧核苷组成的缺口区段；
由一个连接的核苷组成的5'翼区段；和
由五个连接的核苷组成的3'翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5'翼区段与所述3'翼区段之间；其中所述5'翼区段包含cEt核苷；其中所述3'翼区段在5'至3'方向上包含cEt核苷、2'-O-甲氧基乙基核苷、cEt核苷、2'-O-甲氧基乙基核苷和cEt核苷；其中各核苷间连键为硫代磷酸酯连键；且其中各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
E28.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由16-80个连接的核碱基组成，具有包含SEQ ID NO:2868中所述的序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸包含由5’区域、3’区域和位于所述5’区域与所述3’区域之间的中央区域组成的缺口聚物，其中：
所述5’区域由3个连接的经修饰的核苷组成，其中所述5’区域的各核苷包含cEt核苷；
所述3’区域由3个连接的经修饰的核苷组成，其中所述3’区域域的各核苷包含cEt核苷；
所述中央区域由10个连接的核苷组成，其中自所述中央区域的5'端起第二个核苷包含2'-O-甲基修饰的糖部分且自所述中央区域的5'端起第一个和第三个至第十个核苷各自包含2'脱氧核苷；
其中各核苷间连键为硫代磷酸酯连键；且
其中各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
E29.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由16-80个连接的核碱基组成，具有包含SEQ ID NO:1200或2863中所述的序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸包含：
由九个连接的2'-脱氧核苷组成的缺口区段；
由两个连接的核苷组成的5'翼区段；和
由五个连接的核苷组成的3'翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5'翼区段与所述3'翼区段之间；其中所述5'翼区段的各核苷包含cEt核苷；其中所述3'翼区段在5'至3'方向上包含cEt核苷、2'-O-甲氧基乙基核苷、cEt核苷、2'-O-甲氧基乙基核苷和cEt核苷；其中各核苷间连键为硫代磷酸酯连键；且其中各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
E30.一种包含经修饰的寡核苷酸或由其组成的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由16-80个连接的核碱基组成，具有包含SEQ ID NO:2865中所述的序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸包含：
由十个连接的2'-脱氧核苷组成的缺口区段；
由一个连接的核苷组成的5'翼区段；和
由五个连接的核苷组成的3'翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5'翼区段与所述3'翼区段之间；其中所述5'翼区段包含cEt核苷；其中所述3'翼区段在5'至3'方向上包含cEt核苷、2'-O-甲氧基乙基核苷、cEt核苷、2'-O-甲氧基乙基核苷和cEt核苷；其中各核苷间连键为硫代磷酸酯连键；且其中各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
E31.实施方案E1-E30中任一项的化合物，其中所述寡核苷酸与SEQ ID NO:1-10中的任一个至少80％、85％、90％、95％或100％互补。
E32.实施方案E1-E31中任一项的化合物，其中所述化合物为单链的。
E33.实施方案E1-E31中任一项的化合物，其中所述化合物为双链的。
E34.实施方案E1-E33中任一项的化合物，其中所述化合物包含核糖核苷酸。
E35.实施方案E1-E33中任一项的化合物，其中所述化合物包含脱氧核糖核苷酸。
E36.实施方案E1-E35中任一项的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成。
E37.任何前述实施方案E1-E36的化合物，其中所述化合物由所述经修饰的寡核苷酸组成。
E38.一种化合物，其由实施方案E1-E36的化合物中的任一种的药学上可接受的盐组成。
E39.实施方案E38的化合物，其中所述药学上可接受的盐为钠盐。
E40.实施方案E38的化合物，其中所述药学上可接受的盐为钾盐。
E41.一种化合物，其具有下式：
Figure BDA0003190234930000381
或其盐。
E42.一种化合物，其具有下式：
Figure BDA0003190234930000391
E43.一种组合物，其包含实施方案E1-E42中任一项的化合物和药学上可接受的稀释剂或载体。
E44.一种组合物，其包含实施方案E1-E42中任一项的化合物和水。
E45.一种组合物，其包含任何前述实施方案E1-E44的化合物或经修饰的寡核苷酸，所述组合物用于疗法中。
E46.一种组合，其包含实施方案E1-E42中任一项的化合物或实施方案E43-E45中任一项的组合物和第二剂。
E47.实施方案E46的组合，其中所述第二剂为CDK4/6抑制剂。
E48.实施方案E47的组合，其中所述CDK4/6抑制剂为帕博西尼(palbociclib)、瑞博西尼(ribociclib)或玻玛西尼(abemaciclib)。
E49.实施方案E46的组合，其中所述第二剂为EGFR抑制剂。
E50.实施方案E49的组合，其中所述EGFR抑制剂为西妥昔单抗(cetuximab)、耐昔妥珠单抗(necitumumab)、帕尼单抗(panitumumab)、凡德他尼(vandetanib)、达克替尼(dacomitinib)、来那替尼(neratinib)、奥斯替尼(osimertinib)、吉非替尼(gefitinib)、拉帕替尼(lapatinib)或埃罗替尼(erlotinib)。
E51.实施方案E46的组合，其中所述第二剂为激酶抑制剂。
E52.实施方案E51的组合，其中所述激酶抑制剂为索拉非尼(sorafenib)、瑞戈非尼(regorafenib)或卡博替尼(carbozantinib)。
E53.一种治疗或改善个体的癌症的方法，所述方法包括向所述个体施用靶向YAP1的化合物，从而治疗或改善所述癌症。
E54.实施方案E53的方法，其中所述化合物为靶向YAP1的反义化合物。
E55.实施方案E53或E54的方法，所述方法进一步包括施用第二剂。
E56.实施方案E55的方法，其中所述第二剂为CDK4/6抑制剂。
E57.实施方案E56的方法，其中所述CDK4/6抑制剂为帕博西尼、瑞博西尼或玻玛西尼。
E58.实施方案E55的方法，其中所述第二剂为EGFR抑制剂。
E59.实施方案E58的方法，其中所述EGFR抑制剂为西妥昔单抗、耐昔妥珠单抗、帕尼单抗、凡德他尼、达克替尼、来那替尼、奥斯替尼、吉非替尼、拉帕替尼或埃罗替尼。
E60.实施方案E55的方法，其中所述第二剂为激酶抑制剂。
E61.实施方案E60的方法，其中所述激酶抑制剂为索拉非尼、瑞戈非尼或卡博替尼。
E62.实施方案E53-E61中任一项的方法，其中所述癌症为肝细胞癌(HCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、头颈部癌、咽癌、喉鳞状细胞癌、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、鳞状细胞癌(SCC)、肉瘤(例如上皮样肉瘤、横纹肌样肉瘤和滑膜肉瘤)、食道癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、伴有SWI/SNF复合物突变的肿瘤、肺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、胃肠癌、大肠癌、小肠癌、胃癌、结肠癌、结肠直肠癌、膀胱癌、肝癌、胆道癌、尿路上皮癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、子宫内膜癌、子宫颈癌、前列腺癌、间皮瘤、脊索瘤、肾癌、肾细胞癌(RCC)、脑癌、神经母细胞瘤、胶质母细胞瘤、皮肤癌、黑素瘤、基底细胞癌、默克尔细胞癌(merkel cell carcinoma)、血液癌症、造血癌症、骨髓瘤、多发性骨髓瘤(MM)、B细胞恶性病、淋巴瘤、B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤(Hodgkin lymphoma)、T细胞淋巴瘤、白血病或急性淋巴细胞性白血病(ALL)、具有突变FAT1基因的癌症、具有纯合FAT1基因突变的癌症或具有杂合FAT1基因突变的癌症、具有突变FAT1基因的鳞状细胞癌(SCC)、具有突变FAT1基因的头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、具有突变FAT1基因的口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、具有突变FAT1基因的咽癌或具有突变FAT1基因的喉鳞状细胞癌。
E63.实施方案E53-E62中任一项的方法，其中施用所述化合物抑制或减少癌细胞增殖、肿瘤生长或转移。
E64.一种抑制细胞中的YAP1表达的方法，所述方法包括使所述细胞与靶向YAP1的化合物接触，从而抑制所述细胞中的YAP1表达。
E65.实施方案E64的方法，其中所述细胞为癌细胞。
E66.实施方案E65的方法，其中所述癌症为肝细胞癌(HCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、头颈部癌、咽癌、喉鳞状细胞癌、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、鳞状细胞癌(SCC)、肉瘤(例如上皮样肉瘤、横纹肌样肉瘤和滑膜肉瘤)、食道癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、伴有SWI/SNF复合物突变的肿瘤、肺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、胃肠癌、大肠癌、小肠癌、胃癌、结肠癌、结肠直肠癌、膀胱癌、肝癌、胆道癌、尿路上皮癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、子宫内膜癌、子宫颈癌、前列腺癌、间皮瘤、脊索瘤、肾癌、肾细胞癌(RCC)、脑癌、神经母细胞瘤、胶质母细胞瘤、皮肤癌、黑素瘤、基底细胞癌、默克尔细胞癌、血液癌症、造血癌症、骨髓瘤、多发性骨髓瘤(MM)、B细胞恶性病、淋巴瘤、B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、白血病或急性淋巴细胞性白血病(ALL)、具有突变FAT1基因的癌症、具有纯合FAT1基因突变的癌症或具有杂合FAT1基因突变的癌症、具有突变FAT1基因的鳞状细胞癌(SCC)、具有突变FAT1基因的头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、具有突变FAT1基因的口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、具有突变FAT1基因的咽癌或具有突变FAT1基因的喉鳞状细胞癌。
E67.一种减少或抑制患有癌症的个体中的癌细胞增殖、肿瘤生长或转移的方法，所述方法包括向所述个体施用靶向YAP1的化合物，从而减少或抑制所述个体中的癌细胞增殖、肿瘤生长或转移。
E68.实施方案E67的方法，其中所述个体患有肝细胞癌(HCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、头颈部癌、咽癌、喉鳞状细胞癌、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、鳞状细胞癌(SCC)、肉瘤(例如上皮样肉瘤、横纹肌样肉瘤和滑膜肉瘤)、食道癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、伴有SWI/SNF复合物突变的肿瘤、肺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、胃肠癌、大肠癌、小肠癌、胃癌、结肠癌、结肠直肠癌、膀胱癌、肝癌、胆道癌、尿路上皮癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、子宫内膜癌、子宫颈癌、前列腺癌、间皮瘤、脊索瘤、肾癌、肾细胞癌(RCC)、脑癌、神经母细胞瘤、胶质母细胞瘤、皮肤癌、黑素瘤、基底细胞癌、默克尔细胞癌、血液癌症、造血癌症、骨髓瘤、多发性骨髓瘤(MM)、B细胞恶性病、淋巴瘤、B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、白血病或急性淋巴细胞性白血病(ALL)、具有突变FAT1基因的癌症、具有纯合FAT1基因突变的癌症或具有杂合FAT1基因突变的癌症、具有突变FAT1基因的鳞状细胞癌(SCC)、具有突变FAT1基因的头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、具有突变FAT1基因的口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、具有突变FAT1基因的咽癌或具有突变FAT1基因的喉鳞状细胞癌。
E69.实施方案E64-E68中任一项的方法，其中所述化合物为靶向YAP1的反义化合物。
E70.实施方案E64-E69中任一项的方法，其中所述化合物为实施方案1-42中任一项的化合物或实施方案43-45中任一项的组合物。
E71.实施方案E64-E70中任一项的方法，其中所述化合物经肠胃外施用。
E72.靶向YAP1的化合物用于治疗、预防或改善与YAP1相关的癌症的用途。
E73.靶向YAP1的化合物和第二剂用于治疗、预防或改善与YAP1相关的癌症的用途。
E74.实施方案E73的用途，其中所述第二剂为CDK4/6抑制剂。
E75.实施方案E74的用途，其中所述CDK4/6抑制剂为帕博西尼、瑞博西尼或玻玛西尼。
E76.实施方案E73的用途，其中所述第二剂为EGFR抑制剂。
E77.实施方案E76的用途，其中所述EGFR抑制剂为西妥昔单抗、耐昔妥珠单抗、帕尼单抗、凡德他尼、达克替尼、来那替尼、奥斯替尼、吉非替尼、拉帕替尼或埃罗替尼。
E78.实施方案E73的用途，其中所述第二剂为激酶抑制剂。
E79.实施方案E78的用途，其中所述激酶抑制剂为索拉非尼、瑞戈非尼或卡博替尼。
E80.实施方案E72-E79中任一项的用途，其中所述癌症为肝细胞癌(HCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、头颈部癌、咽癌、喉鳞状细胞癌、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、鳞状细胞癌(SCC)、肉瘤(例如上皮样肉瘤、横纹肌样肉瘤和滑膜肉瘤)、食道癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、伴有SWI/SNF复合物突变的肿瘤、肺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、胃肠癌、大肠癌、小肠癌、胃癌、结肠癌、结肠直肠癌、膀胱癌、肝癌、胆道癌、尿路上皮癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、子宫内膜癌、子宫颈癌、前列腺癌、间皮瘤、脊索瘤、肾癌、肾细胞癌(RCC)、脑癌、神经母细胞瘤、胶质母细胞瘤、皮肤癌、黑素瘤、基底细胞癌、默克尔细胞癌、血液癌症、造血癌症、骨髓瘤、多发性骨髓瘤(MM)、B细胞恶性病、淋巴瘤、B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、白血病或急性淋巴细胞性白血病(ALL)、具有突变FAT1基因的癌症、具有纯合FAT1基因突变的癌症或具有杂合FAT1基因突变的癌症、具有突变FAT1基因的鳞状细胞癌(SCC)、具有突变FAT1基因的头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、具有突变FAT1基因的口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、具有突变FAT1基因的咽癌或具有突变FAT1基因的喉鳞状细胞癌。
E81.实施方案E72-E80中任一项的用途，其中所述化合物为靶向YAP1的反义化合物。
E82.实施方案E72-E81中任一项的用途，其中所述化合物为实施方案E1-E42中任一项的化合物或实施方案E43-E45中任一项的组合物。
E83.靶向YAP1的化合物用于制造用以治疗或改善与YAP1相关的癌症的药物的用途。
E84.实施方案E83的用途，其中所述癌症为肝细胞癌(HCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、头颈部癌、咽癌、喉鳞状细胞癌、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、鳞状细胞癌(SCC)、肉瘤(例如上皮样肉瘤、横纹肌样肉瘤和滑膜肉瘤)、食道癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、伴有SWI/SNF复合物突变的肿瘤、肺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、胃肠癌、大肠癌、小肠癌、胃癌、结肠癌、结肠直肠癌、膀胱癌、肝癌、胆道癌、尿路上皮癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、子宫内膜癌、子宫颈癌、前列腺癌、间皮瘤、脊索瘤、肾癌、肾细胞癌(RCC)、脑癌、神经母细胞瘤、胶质母细胞瘤、皮肤癌、黑素瘤、基底细胞癌、默克尔细胞癌、血液癌症、造血癌症、骨髓瘤、多发性骨髓瘤(MM)、B细胞恶性病、淋巴瘤、B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、白血病或急性淋巴细胞性白血病(ALL)、具有突变FAT1基因的癌症、具有纯合FAT1基因突变的癌症或具有杂合FAT1基因突变的癌症、具有突变FAT1基因的鳞状细胞癌(SCC)、具有突变FAT1基因的头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、具有突变FAT1基因的口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、具有突变FAT1基因的咽癌或具有突变FAT1基因的喉鳞状细胞癌。
E85.实施方案E83或E84的用途，其中所述化合物为靶向YAP1的反义化合物。
E86.实施方案E83-E85中任一项的用途，其中所述化合物为实施方案1-42中任一项的化合物或实施方案E43-E45中任一项的组合物。
E87.靶向YAP1的化合物用于制备用以治疗或改善与YAP1相关的癌症的药物的用途。
E88.实施方案E87的用途，其中所述癌症为肝细胞癌(HCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、头颈部癌、咽癌、喉鳞状细胞癌、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、鳞状细胞癌(SCC)、肉瘤(例如上皮样肉瘤、横纹肌样肉瘤和滑膜肉瘤)、食道癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、伴有SWI/SNF复合物突变的肿瘤、肺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、胃肠癌、大肠癌、小肠癌、胃癌、结肠癌、结肠直肠癌、膀胱癌、肝癌、胆道癌、尿路上皮癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、子宫内膜癌、子宫颈癌、前列腺癌、间皮瘤、脊索瘤、肾癌、肾细胞癌(RCC)、脑癌、神经母细胞瘤、胶质母细胞瘤、皮肤癌、黑素瘤、基底细胞癌、默克尔细胞癌、血液癌症、造血癌症、骨髓瘤、多发性骨髓瘤(MM)、B细胞恶性病、淋巴瘤、B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、白血病或急性淋巴细胞性白血病(ALL)、具有突变FAT1基因的癌症、具有纯合FAT1基因突变的癌症或具有杂合FAT1基因突变的癌症、具有突变FAT1基因的鳞状细胞癌(SCC)、具有突变FAT1基因的头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、具有突变FAT1基因的口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、具有突变FAT1基因的咽癌或具有突变FAT1基因的喉鳞状细胞癌。
E89.实施方案E87或E88的用途，其中所述化合物为靶向YAP1的反义化合物。
E90.实施方案E87-E89中任一项的用途，其中所述化合物为实施方案1-42中任一项的化合物或实施方案E43-E45中任一项的组合物。
某些适应症
本文提供的某些实施方案涉及抑制YAP1表达的方法，所述方法可用于治疗、预防或改善个体的与YAP1相关的癌症，所述方法是通过施用靶向YAP1的化合物进行。在某些实施方案中，化合物可为YAP1特异性抑制剂。在某些实施方案中，化合物可为靶向YAP1的反义化合物、低聚化合物或寡核苷酸。
可用本文提供的化合物和方法治疗、预防和/或改善的与YAP1相关的癌症的实例包括肝细胞癌(HCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、头颈部癌、咽癌、喉鳞状细胞癌、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、鳞状细胞癌(SCC)、肉瘤(例如上皮样肉瘤、横纹肌样肉瘤和滑膜肉瘤)、食道癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、伴有SWI/SNF复合物突变的肿瘤、肺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、胃肠癌、大肠癌、小肠癌、胃癌、结肠癌、结肠直肠癌、膀胱癌、肝癌、胆道癌、尿路上皮癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、子宫内膜癌、子宫颈癌、前列腺癌、间皮瘤、脊索瘤、肾癌、肾细胞癌(RCC)、脑癌、神经母细胞瘤、胶质母细胞瘤、皮肤癌、黑素瘤、基底细胞癌、默克尔细胞癌、血液癌症、造血癌症、骨髓瘤、多发性骨髓瘤(MM)、B细胞恶性病、淋巴瘤、B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、白血病或急性淋巴细胞性白血病(ALL)。在某些实施方案中，癌症具有突变FAT1基因。在某些实施方案中，癌症具有纯合或杂合FAT1基因突变。在某些实施方案中，具有突变FAT1基因、纯合FAT1基因突变或杂合FAT基因突变的癌症为鳞状细胞癌(SCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、咽癌或喉鳞状细胞癌。
在某些实施方案中，治疗、预防或改善个体的与YAP1相关的癌症的方法包括向所述个体施用包含YAP1特异性抑制剂的化合物，从而治疗、预防或改善所述癌症。在某些实施方案中，化合物包含靶向YAP1的反义化合物。在某些实施方案中，化合物包含靶向YAP1的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由8个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940的核碱基序列中的任一个的至少8个连续核碱基的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有由SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有由SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。在任一前述实施方案中，经修饰的寡核苷酸可由10个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，化合物为ION 958499、1076453、1197270、1198439、1198440、1198605、1198623、1198728、1198831或1198872。在任一前述实施方案中，化合物可为单链的或双链的。在任一前述实施方案中，化合物可为反义化合物或低聚化合物。在某些实施方案中，向个体肠胃外施用化合物。在某些实施方案中，施用所述化合物抑制或减少癌细胞增殖、肿瘤生长或转移。
在某些实施方案中，一种治疗或改善癌症的方法包括向个体施用包含YAP1特异性抑制剂的化合物，从而治疗或改善所述癌症。在某些实施方案中，癌症为肝细胞癌(HCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、头颈部癌、咽癌、喉鳞状细胞癌、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、鳞状细胞癌(SCC)、肉瘤(例如上皮样肉瘤、横纹肌样肉瘤和滑膜肉瘤)、食道癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、伴有SWI/SNF复合物突变的肿瘤、肺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、胃肠癌、大肠癌、小肠癌、胃癌、结肠癌、结肠直肠癌、膀胱癌、肝癌、胆道癌、尿路上皮癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、子宫内膜癌、子宫颈癌、前列腺癌、间皮瘤、脊索瘤、肾癌、肾细胞癌(RCC)、脑癌、神经母细胞瘤、胶质母细胞瘤、皮肤癌、黑素瘤、基底细胞癌、默克尔细胞癌、血液癌症、造血癌症、骨髓瘤、多发性骨髓瘤(MM)、B细胞恶性病、淋巴瘤、B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、白血病或急性淋巴细胞性白血病(ALL)。在某些实施方案中，癌症具有突变FAT1基因。在某些实施方案中，癌症具有纯合或杂合FAT1基因突变。在某些实施方案中，具有突变FAT1基因、纯合FAT1基因突变或杂合FAT基因突变的癌症为鳞状细胞癌(SCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、咽癌或喉鳞状细胞癌。在某些实施方案中，化合物包含靶向YAP1的反义化合物。在某些实施方案中，化合物包含靶向YAP1的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由8个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940的核碱基序列中的任一个的至少8个连续核碱基的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有由SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有由SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。在任一前述实施方案中，经修饰的寡核苷酸可由10个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，化合物为ION 958499、1076453、1197270、1198439、1198440、1198605、1198623、1198728、1198831或1198872。在任一前述实施方案中，化合物可为单链的或双链的。在任一前述实施方案中，化合物可为反义化合物或低聚化合物。在某些实施方案中，向个体肠胃外施用化合物。在某些实施方案中，施用所述化合物抑制或减少癌细胞增殖、肿瘤生长或转移。在某些实施方案中，个体被鉴定为患有与YAP1相关的癌症或处于患所述癌症的风险下。
在某些实施方案中，抑制患有与YAP1相关的癌症或处于患所述癌症的风险下的个体中YAP1表达的方法包括向所述个体施用包含YAP1特异性抑制剂的化合物，从而抑制个体中的YAP1表达。在某些实施方案中，施用所述化合物抑制个体癌细胞中的YAP1表达。在某些实施方案中，所述个体患有以下癌症或处于患以下癌症的风险下：肝细胞癌(HCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、头颈部癌、咽癌、喉鳞状细胞癌、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、鳞状细胞癌(SCC)、肉瘤(例如上皮样肉瘤、横纹肌样肉瘤和滑膜肉瘤)、食道癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、伴有SWI/SNF复合物突变的肿瘤、肺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、胃肠癌、大肠癌、小肠癌、胃癌、结肠癌、结肠直肠癌、膀胱癌、肝癌、胆道癌、尿路上皮癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、子宫内膜癌、子宫颈癌、前列腺癌、间皮瘤、脊索瘤、肾癌、肾细胞癌(RCC)、脑癌、神经母细胞瘤、胶质母细胞瘤、皮肤癌、黑素瘤、基底细胞癌、默克尔细胞癌、血液癌症、造血癌症、骨髓瘤、多发性骨髓瘤(MM)、B细胞恶性病、淋巴瘤、B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、白血病或急性淋巴细胞性白血病(ALL)。在某些实施方案中，癌症具有突变FAT1基因。在某些实施方案中，癌症具有纯合或杂合FAT1基因突变。在某些实施方案中，具有突变FAT1基因、纯合FAT1基因突变或杂合FAT基因突变的癌症为鳞状细胞癌(SCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、咽癌或喉鳞状细胞癌。在某些实施方案中，化合物包含靶向YAP1的反义化合物。在某些实施方案中，化合物包含靶向YAP1的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由8个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940的核碱基序列中的任一个的至少8个连续核碱基的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有由SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有由SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。在任一前述实施方案中，经修饰的寡核苷酸可由10个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，化合物为ION958499、1076453、1197270、1198439、1198440、1198605、1198623、1198728、1198831或1198872。在任一前述实施方案中，化合物可为单链的或双链的。在任一前述实施方案中，化合物可为反义化合物或低聚化合物。在某些实施方案中，向个体肠胃外施用化合物。在某些实施方案中，施用所述化合物抑制或减少癌细胞增殖、肿瘤生长或转移。在某些实施方案中，个体被鉴定为患有与YAP1相关的癌症或处于患所述癌症的风险下。
在某些实施方案中，抑制细胞中的YAP1表达的方法包括使细胞与包含YAP1特异性抑制剂的化合物接触，从而抑制细胞中的YAP1表达。在某些实施方案中，细胞为癌细胞。在某些实施方案中，细胞为肝癌细胞或鳞状细胞癌。在某些实施方案中，癌细胞在患有癌症的个体的肝、头或颈中。在某些实施方案中，细胞在患有诸如以下癌症或处于患以下癌症的风险下的个体中：肝细胞癌(HCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、头颈部癌、咽癌、喉鳞状细胞癌、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、鳞状细胞癌(SCC)、肉瘤(例如上皮样肉瘤、横纹肌样肉瘤和滑膜肉瘤)、食道癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、伴有SWI/SNF复合物突变的肿瘤、肺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、胃肠癌、大肠癌、小肠癌、胃癌、结肠癌、结肠直肠癌、膀胱癌、肝癌、胆道癌、尿路上皮癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、子宫内膜癌、子宫颈癌、前列腺癌、间皮瘤、脊索瘤、肾癌、肾细胞癌(RCC)、脑癌、神经母细胞瘤、胶质母细胞瘤、皮肤癌、黑素瘤、基底细胞癌、默克尔细胞癌、血液癌症、造血癌症、骨髓瘤、多发性骨髓瘤(MM)、B细胞恶性病、淋巴瘤、B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、白血病或急性淋巴细胞性白血病(ALL)。在某些实施方案中，癌症具有突变FAT1基因。在某些实施方案中，癌症具有纯合或杂合FAT1基因突变。在某些实施方案中，具有突变FAT1基因、纯合FAT1基因突变或杂合FAT基因突变的癌症为鳞状细胞癌(SCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、咽癌或喉鳞状细胞癌。在某些实施方案中，化合物包含靶向YAP1的反义化合物。在某些实施方案中，化合物包含靶向YAP1的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由8个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940的核碱基序列中的任一个的至少8个连续核碱基的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有由SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有由SEQID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。在任一前述实施方案中，经修饰的寡核苷酸可由10个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，化合物为ION 958499、1076453、1197270、1198439、1198440、1198605、1198623、1198728、1198831或1198872。在任一前述实施方案中，化合物可为单链的或双链的。在任一前述实施方案中，化合物可为反义化合物或低聚化合物。
在某些实施方案中，减少或抑制患有与YAP1相关的癌症或处于患所述癌症的风险下的个体中的癌细胞增殖、肿瘤生长或转移的方法包括向所述个体施用包含YAP1特异性抑制剂的化合物，从而减少或抑制个体中的癌细胞增殖、肿瘤生长或转移。在某些实施方案中，个体患有以下癌症或处于患以下癌症的风险下：肝细胞癌(HCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、头颈部癌、咽癌、喉鳞状细胞癌、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、鳞状细胞癌(SCC)、肉瘤(例如上皮样肉瘤、横纹肌样肉瘤和滑膜肉瘤)、食道癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、伴有SWI/SNF复合物突变的肿瘤、肺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、胃肠癌、大肠癌、小肠癌、胃癌、结肠癌、结肠直肠癌、膀胱癌、肝癌、胆道癌、尿路上皮癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、子宫内膜癌、子宫颈癌、前列腺癌、间皮瘤、脊索瘤、肾癌、肾细胞癌(RCC)、脑癌、神经母细胞瘤、胶质母细胞瘤、皮肤癌、黑素瘤、基底细胞癌、默克尔细胞癌、血液癌症、造血癌症、骨髓瘤、多发性骨髓瘤(MM)、B细胞恶性病、淋巴瘤、B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、白血病或急性淋巴细胞性白血病(ALL)。在某些实施方案中，癌症具有突变FAT1基因。在某些实施方案中，癌症具有纯合或杂合FAT1基因突变。在某些实施方案中，具有突变FAT1基因、纯合FAT1基因突变或杂合FAT基因突变的癌症为鳞状细胞癌(SCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、咽癌或喉鳞状细胞癌。在某些实施方案中，化合物包含靶向YAP1的反义化合物。在某些实施方案中，化合物包含靶向YAP1的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由8个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940的核碱基序列中的任一个的至少8个连续核碱基的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有由SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有由SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。在任一前述实施方案中，经修饰的寡核苷酸可由10个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，化合物为ION 958499、1076453、1197270、1198439、1198440、1198605、1198623、1198728、1198831或1198872。在任一前述实施方案中，化合物可为单链的或双链的。在任一前述实施方案中，化合物可为反义化合物或低聚化合物。在某些实施方案中，向个体肠胃外施用化合物。在某些实施方案中，个体被鉴定为患有与YAP1相关的癌症或处于患所述癌症的风险下。
某些实施方案涉及包含YAP1特异性抑制剂的化合物，其用于治疗癌症。在某些实施方案中，癌症为肝细胞癌(HCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、头颈部癌、咽癌、喉鳞状细胞癌、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、鳞状细胞癌(SCC)、肉瘤(例如上皮样肉瘤、横纹肌样肉瘤和滑膜肉瘤)、食道癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、伴有SWI/SNF复合物突变的肿瘤、肺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、胃肠癌、大肠癌、小肠癌、胃癌、结肠癌、结肠直肠癌、膀胱癌、肝癌、胆道癌、尿路上皮癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、子宫内膜癌、子宫颈癌、前列腺癌、间皮瘤、脊索瘤、肾癌、肾细胞癌(RCC)、脑癌、神经母细胞瘤、胶质母细胞瘤、皮肤癌、黑素瘤、基底细胞癌、默克尔细胞癌、血液癌症、造血癌症、骨髓瘤、多发性骨髓瘤(MM)、B细胞恶性病、淋巴瘤、B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、白血病或急性淋巴细胞性白血病(ALL)。在某些实施方案中，癌症具有突变FAT1基因。在某些实施方案中，癌症具有纯合或杂合FAT1基因突变。在某些实施方案中，具有突变FAT1基因、纯合FAT1基因突变或杂合FAT基因突变的癌症为鳞状细胞癌(SCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、咽癌或喉鳞状细胞癌。在某些实施方案中，化合物包含靶向YAP1的反义化合物。在某些实施方案中，化合物包含靶向YAP1的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由8个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940的核碱基序列中的任一个的至少8个连续核碱基的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有由SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有由SEQID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。在任一前述实施方案中，经修饰的寡核苷酸可由10个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，化合物为ION 958499、1076453、1197270、1198439、1198440、1198605、1198623、1198728、1198831或1198872。在任一前述实施方案中，化合物可为单链的或双链的。在任一前述实施方案中，化合物可为反义化合物或低聚化合物。
某些实施方案涉及包含YAP1特异性抑制剂的化合物，其用于减少或抑制患有癌症的个体中的癌细胞增殖、肿瘤生长或转移。在某些实施方案中，癌症为肝细胞癌(HCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、头颈部癌、咽癌、喉鳞状细胞癌、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、鳞状细胞癌(SCC)、肉瘤(例如上皮样肉瘤、横纹肌样肉瘤和滑膜肉瘤)、食道癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、伴有SWI/SNF复合物突变的肿瘤、肺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、胃肠癌、大肠癌、小肠癌、胃癌、结肠癌、结肠直肠癌、膀胱癌、肝癌、胆道癌、尿路上皮癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、子宫内膜癌、子宫颈癌、前列腺癌、间皮瘤、脊索瘤、肾癌、肾细胞癌(RCC)、脑癌、神经母细胞瘤、胶质母细胞瘤、皮肤癌、黑素瘤、基底细胞癌、默克尔细胞癌、血液癌症、造血癌症、骨髓瘤、多发性骨髓瘤(MM)、B细胞恶性病、淋巴瘤、B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、白血病或急性淋巴细胞性白血病(ALL)。在某些实施方案中，癌症具有突变FAT1基因。在某些实施方案中，癌症具有纯合或杂合FAT1基因突变。在某些实施方案中，具有突变FAT1基因、纯合FAT1基因突变或杂合FAT基因突变的癌症为鳞状细胞癌(SCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、咽癌或喉鳞状细胞癌。在某些实施方案中，化合物包含靶向YAP1的反义化合物。在某些实施方案中，化合物包含靶向YAP1的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由8个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940的核碱基序列中的任一个的至少8个连续核碱基的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有由SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有由SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。在任一前述实施方案中，经修饰的寡核苷酸可由10个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，化合物为ION958499、1076453、1197270、1198439、1198440、1198605、1198623、1198728、1198831或1198872。在任一前述实施方案中，化合物可为单链的或双链的。在任一前述实施方案中，化合物可为反义化合物或低聚化合物。
某些实施方案涉及包含YAP1特异性抑制剂的化合物用于制造或制备用以治疗癌症的药物的用途。某些实施方案涉及包含YAP1特异性抑制剂的化合物用于制备用以治疗与YAP1相关的癌症的药物的用途。在某些实施方案中，癌症为肝细胞癌(HCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、头颈部癌、咽癌、喉鳞状细胞癌、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、鳞状细胞癌(SCC)、肉瘤(例如上皮样肉瘤、横纹肌样肉瘤和滑膜肉瘤)、食道癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、伴有SWI/SNF复合物突变的肿瘤、肺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、胃肠癌、大肠癌、小肠癌、胃癌、结肠癌、结肠直肠癌、膀胱癌、肝癌、胆道癌、尿路上皮癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、子宫内膜癌、子宫颈癌、前列腺癌、间皮瘤、脊索瘤、肾癌、肾细胞癌(RCC)、脑癌、神经母细胞瘤、胶质母细胞瘤、皮肤癌、黑素瘤、基底细胞癌、默克尔细胞癌、血液癌症、造血癌症、骨髓瘤、多发性骨髓瘤(MM)、B细胞恶性病、淋巴瘤、B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、白血病或急性淋巴细胞性白血病(ALL)。在某些实施方案中，癌症具有突变FAT1基因。在某些实施方案中，癌症具有纯合或杂合FAT1基因突变。在某些实施方案中，具有突变FAT1基因、纯合FAT1基因突变或杂合FAT基因突变的癌症为鳞状细胞癌(SCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、咽癌或喉鳞状细胞癌。在某些实施方案中，化合物包含靶向YAP1的反义化合物。在某些实施方案中，化合物包含靶向YAP1的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由8个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940的核碱基序列中的任一个的至少8个连续核碱基的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有由SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有由SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。在任一前述实施方案中，经修饰的寡核苷酸可由10个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，化合物为ION958499、1076453、1197270、1198439、1198440、1198605、1198623、1198728、1198831或1198872。在任一前述实施方案中，化合物可为单链的或双链的。在任一前述实施方案中，化合物可为反义化合物或低聚化合物。
某些实施方案涉及包含YAP1特异性抑制剂的化合物用于制造或制备用以减少或抑制患有癌症的个体中的癌细胞增殖、肿瘤生长或转移的药物的用途。在某些实施方案中，癌症为肝细胞癌(HCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、头颈部癌、咽癌、喉鳞状细胞癌、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、鳞状细胞癌(SCC)、肉瘤(例如上皮样肉瘤、横纹肌样肉瘤和滑膜肉瘤)、食道癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、伴有SWI/SNF复合物突变的肿瘤、肺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、胃肠癌、大肠癌、小肠癌、胃癌、结肠癌、结肠直肠癌、膀胱癌、肝癌、胆道癌、尿路上皮癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、子宫内膜癌、子宫颈癌、前列腺癌、间皮瘤、脊索瘤、肾癌、肾细胞癌(RCC)、脑癌、神经母细胞瘤、胶质母细胞瘤、皮肤癌、黑素瘤、基底细胞癌、默克尔细胞癌、血液癌症、造血癌症、骨髓瘤、多发性骨髓瘤(MM)、B细胞恶性病、淋巴瘤、B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、白血病或急性淋巴细胞性白血病(ALL)。在某些实施方案中，癌症具有突变FAT1基因。在某些实施方案中，癌症具有纯合或杂合FAT1基因突变。在某些实施方案中，具有突变FAT1基因、纯合FAT1基因突变或杂合FAT基因突变的癌症为鳞状细胞癌(SCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、咽癌或喉鳞状细胞癌。在某些实施方案中，化合物包含靶向YAP1的反义化合物。在某些实施方案中，化合物包含靶向YAP1的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由8个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940的核碱基序列中的任一个的至少8个连续核碱基的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有由SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有由SEQID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。在任一前述实施方案中，经修饰的寡核苷酸可由10个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，化合物为ION 958499、1076453、1197270、1198439、1198440、1198605、1198623、1198728、1198831或1198872。在任一前述实施方案中，化合物可为单链的或双链的。在任一前述实施方案中，化合物可为反义化合物或低聚化合物。
在前述方法或用途中的任一者中，化合物可靶向YAP1。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸或由其组成，例如由8个至80个连接的核苷、10个至30个连接的核苷、12个至30个连接的核苷或20个连接的核苷组成的经修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO:1-10中所述的核碱基序列中的任一个至少80％、85％、90％、95％或100％互补。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸的至少一个核苷间连键为经修饰的核苷间连键，经修饰的寡核苷酸的至少一个核苷包含经修饰的糖和/或经修饰的寡核苷酸的至少一个核碱基为经修饰的核碱基。在某些实施方案中，经修饰的核苷间连键为硫代磷酸酯核苷间连键，经修饰的糖为双环糖或2’-O-甲氧基乙基，并且经修饰的核碱基为5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸具有：由连接的2’-脱氧核苷组成的缺口区段；由连接的核苷组成的5’翼区段；和由连接的核苷组成的3’翼区段，其中所述缺口区段紧邻所述5’翼区段和所述3’翼区段且位于两者之间且其中各翼区段的各核苷包含经修饰的糖。
在任一前述实施方案中，经修饰的寡核苷酸可由12个至30个、15个至30个、15个至25个、15个至24个、16个至24个、17个至24个、18个至24个、19个至24个、20个至24个、19个至22个、20个至22个、16个至20个或17个或20个连接的核苷组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO:1-10中所述的核碱基序列中的任一个至少80％、85％、90％、95％或100％互补。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸的至少一个核苷间连键为经修饰的核苷间连键，经修饰的寡核苷酸的至少一个核苷包含经修饰的糖和/或经修饰的寡核苷酸的至少一个核碱基为经修饰的核碱基。在某些实施方案中，经修饰的核苷间连键为硫代磷酸酯核苷间连键，经修饰的糖为双环糖或2’-O-甲氧基乙基，并且经修饰的核碱基为5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸具有：由连接的2’-脱氧核苷组成的缺口区段；由连接的核苷组成的5’翼区段；和由连接的核苷组成的3’翼区段，其中所述缺口区段紧邻所述5’翼区段和所述3’翼区段且位于两者之间且其中各翼区段的各核苷包含经修饰的糖。
在前述方法或用途中的任一者中，化合物可包含经修饰的寡核苷酸或由其组成，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸具有：
由连接的2’-脱氧核苷组成的缺口区段；
由连接的核苷组成的5’翼区段；和
由连接的核苷组成的3’翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5’翼区段与所述3’翼区段之间且其中各翼区段的各核苷包含经修饰的糖。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成。
在前述方法或用途中的任一者中，化合物可包含经修饰的寡核苷酸或由其组成，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核碱基组成且具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个中所述的核碱基序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸具有：
由连接的2’-脱氧核苷组成的缺口区段；
由连接的核苷组成的5’翼区段；和
由连接的核苷组成的3’翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5’翼区段与所述3’翼区段之间且其中各翼区段的各核苷包含经修饰的糖。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成。
在前述方法或用途中的任一者中，化合物可包含经修饰的寡核苷酸或由其组成，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核碱基组成且具有包含SEQ ID NO:810和1404中的任一个中所述的核碱基序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸具有：
由十个连接的2’-脱氧核苷组成的缺口区段；
由三个连接的核苷组成的5’翼区段；和
由三个连接的核苷组成的3’翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5’翼区段与所述3’翼区段之间；其中各翼区段的各核苷包含cEt核苷；其中各核苷间连键为硫代磷酸酯连键；且其中各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成。
在前述方法或用途中的任一者中，化合物可包含经修饰的寡核苷酸或由其组成，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核碱基组成且具有包含SEQ ID NO:2864中所述的序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸具有：
由十个连接的2’-脱氧核苷组成的缺口区段；
由一个连接的核苷组成的5’翼区段；和
由五个连接的核苷组成的3’翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5’翼区段与所述3’翼区段之间；其中所述5’翼区段包含cEt核苷；其中所述3’翼区段在5’至3’方向上包含cEt核苷、2’-O-甲氧基乙基核苷、cEt核苷、2’-O-甲氧基乙基核苷和cEt核苷；其中各核苷间连键为硫代磷酸酯连键；且其中各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成。
在前述方法或用途中的任一者中，化合物可包含经修饰的寡核苷酸或由其组成，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核碱基组成且具有包含SEQ ID NO:1200或2863中所述的核碱基序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸具有：
由九个连接的2’-脱氧核苷组成的缺口区段；
由两个连接的核苷组成的5’翼区段；和
由五个连接的核苷组成的3’翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5’翼区段与所述3’翼区段之间；其中所述5’翼区段的各核苷包含cEt核苷；其中所述3’翼区段在5’至3’方向上包含cEt核苷、2’-O-甲氧基乙基核苷、cEt核苷、2’-O-甲氧基乙基核苷和cEt核苷；其中各核苷间连键为硫代磷酸酯连键；且其中各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成。
在前述方法或用途中的任一者中，化合物可包含经修饰的寡核苷酸或由其组成，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核碱基组成且具有包含SEQ ID NO:2865中所述的核碱基序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸具有：
由十个连接的2’-脱氧核苷组成的缺口区段；
由一个连接的核苷组成的5’翼区段；和
由五个连接的核苷组成的3’翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5’翼区段与所述3’翼区段之间；其中所述5’翼区段包含cEt核苷；其中所述3’翼区段在5’至3’方向上包含cEt核苷、2’-O-甲氧基乙基核苷、cEt核苷、2’-O-甲氧基乙基核苷和cEt核苷；其中各核苷间连键为硫代磷酸酯连键；且其中各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成。
在前述方法或用途中的任一者中，化合物可为经修饰的寡核苷酸，其中所述经修饰的寡核苷酸的阴离子形式具有以下化学结构：
Figure BDA0003190234930000641
(SEQ ID NO:2865)，或其盐。
在前述方法或用途中的任一者中，化合物可为根据以下化学结构的经修饰的寡核苷酸：
Figure BDA0003190234930000651
(SEQ ID NO:2865)，或其盐。
在前述方法或用途中的任一者中，化合物可为根据以下化学结构的经修饰的寡核苷酸：
Figure BDA0003190234930000661
(SEQ ID NO:2865)。
在前述方法或用途中的任一者中，可肠胃外施用化合物。举例来说，在某些实施方案中，化合物可通过注射或输注施用。肠胃外施用包括皮下施用、静脉内施用、肌肉内施用、动脉内施用、腹膜内施用或颅内施用，例如鞘内或脑室内施用。
某些组合和组合疗法
在某些实施方案中，包含本文所述的化合物的第一剂与一种或多种第二剂共同施用。在某些实施方案中，此类第二剂经设计以治疗与本文所述的第一剂所治疗相同的疾病、病症或疾患。在某些实施方案中，此类第二剂经设计以治疗与本文所述的第一剂所治疗不同的疾病、病症或疾患。在某些实施方案中，第一剂经设计以治疗第二剂的不良副作用。在某些实施方案中，第二剂与第一剂共同施用以治疗第一剂的不良作用。在某些实施方案中，此类第二剂经设计以治疗如本文所述的一种或多种药物组合物的不良副作用。在某些实施方案中，第二剂与第一剂共同施用以产生组合效应。在某些实施方案中，第二剂与第一剂共同施用以产生协同效应。在某些实施方案中，第一剂与第二剂共同施用允许使用比所述剂作为单独疗法施用时实现治疗或预防作用所需的剂量低的剂量。
在某些实施方案中，诸如ION 1198440的一种或多种本文提供的化合物或组合物与一种或多种第二剂共同施用。在某些实施方案中，一种或多种本文提供的化合物或组合物和一种或多种第二剂在不同时间施用。在某些实施方案中，一种或多种本文提供的化合物或组合物和一种或多种第二剂一起制备在单一制剂中。在某些实施方案中，一种或多种本文提供的化合物或组合物和一种或多种第二剂单独制备。在某些实施方案中，第二剂选自：CDK4/6抑制剂，包括但不限于帕博西尼、瑞博西尼或玻玛西尼；EGFR抑制剂，包括但不限于西妥昔单抗、耐昔妥珠单抗、帕尼单抗、凡德他尼、达克替尼、来那替尼、奥斯替尼、吉非替尼、拉帕替尼或埃罗替尼；或激酶抑制剂，包括但不限于索拉非尼、瑞戈非尼或卡博替尼。
某些实施方案涉及诸如ION 1198440的如本文所述的靶向YAP1的化合物的用途，所述化合物与第二剂组合使用。在特定实施方案中，此类用途是在治疗罹患癌症的患者的方法中，所述癌症包括(但不限于)肝细胞癌(HCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、头颈部癌、咽癌、喉鳞状细胞癌、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、鳞状细胞癌(SCC)、肉瘤(例如上皮样肉瘤、横纹肌样肉瘤和滑膜肉瘤)、食道癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、伴有SWI/SNF复合物突变的肿瘤、肺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、胃肠癌、大肠癌、小肠癌、胃癌、结肠癌、结肠直肠癌、膀胱癌、肝癌、胆道癌、尿路上皮癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、子宫内膜癌、子宫颈癌、前列腺癌、间皮瘤、脊索瘤、肾癌、肾细胞癌(RCC)、脑癌、神经母细胞瘤、胶质母细胞瘤、皮肤癌、黑素瘤、基底细胞癌、默克尔细胞癌、血液癌症、造血癌症、骨髓瘤、多发性骨髓瘤(MM)、B细胞恶性病、淋巴瘤、B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、白血病或急性淋巴细胞性白血病(ALL)。在某些实施方案中，癌症具有突变FAT1基因。在某些实施方案中，癌症具有纯合或杂合FAT1基因突变。在某些实施方案中，具有突变FAT1基因、纯合FAT1基因突变或杂合FAT基因突变的癌症为鳞状细胞癌(SCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、咽癌或喉鳞状细胞癌。在某些实施方案中，第二剂选自：CDK4/6抑制剂，包括但不限于帕博西尼、瑞博西尼或玻玛西尼；EGFR抑制剂，包括但不限于西妥昔单抗、耐昔妥珠单抗、帕尼单抗、凡德他尼、达克替尼、来那替尼、奥斯替尼、吉非替尼、拉帕替尼或埃罗替尼；或激酶抑制剂，包括但不限于索拉非尼、瑞戈非尼或卡博替尼。
某些实施方案涉及诸如ION 1198440的如本文所述的靶向YAP1的化合物与诸如以下的第二剂的组合：CDK4/6抑制剂，包括但不限于帕博西尼、瑞博西尼或玻玛西尼；EGFR抑制剂，包括但不限于西妥昔单抗、耐昔妥珠单抗、帕尼单抗、凡德他尼、达克替尼、来那替尼、奥斯替尼、吉非替尼、拉帕替尼或埃罗替尼；或激酶抑制剂，包括但不限于索拉非尼、瑞戈非尼或卡博替尼。
在某些实施方案中，诸如ION 1198440的如本文所述的靶向YAP1的化合物和第二剂通过同时、单独或相继施用两种剂而组合用于治疗中。在某些实施方案中，两种剂作为固定给药组合产物配制。在其它实施方案中，两种剂作为单独单位提供至患者，然后可以同时或连续(相继)取用。
在某些实施方案中，诸如ION 1198440的如本文所述的靶向YAP1的化合物与免疫调节剂组合使用，所述免疫调节剂诸如抗PD-L1抗体(或其抗原结合片段)、抗PD-1抗体(或其抗原结合片段)、抗CTLA-4抗体(或其抗原结合片段)或OX40激动剂(例如OX40配体融合蛋白或OX40激动剂抗体或其抗原结合片段)。
在某些实施方案中，诸如ION 1198440的如本文所述的靶向YAP1的化合物与免疫检查点抑制剂组合使用，所述免疫检查点抑制剂诸如抗PD-L1抗体(或其抗原结合片段)、抗PD-1抗体(或其抗原结合片段)或抗CTLA-4抗体(或其抗原结合片段)。
抗PD-L1抗体为本领域中已知。示例性抗PD-L1抗体包括：MEDI4736(德瓦鲁单抗)、MPDL3280A、BMS936559、2.7A4、AMP-714、MDX-1105和MPDL3280A(阿特珠单抗)。
抗PD-1抗体为本领域中已知。示例性抗PD-1抗体包括不限于纳武单抗、派姆单抗、皮地利珠单抗和AMP-514。
抗CTLA-4抗体为本领域中已知。示例性抗CTLA-4抗体包括：曲美木单抗和伊匹单抗，也称为MDX-010(或BMS-734016)。
OX40激动剂和抗体为本领域中已知。示例性OX40激动剂和/或抗体包括：MEDI6383、9B12和MEDI0562。
在一个实施方案中，组合包括反义寡核苷酸Ionis 1198440或其盐和至少一种选自由以下组成的组的免疫调节剂：MEDI4736、MPDL3280A、BMS936559、2.7A4、AMP-714、MDX-1105、纳武单抗、派姆单抗、皮地利珠单抗、MPDL3280A、曲美木单抗、伊匹单抗、MEDI0562和MEDI0562。
在一个实施方案中，组合包括抗PD-L1抗体MEDI4736(德瓦鲁单抗)和ION1198440。
在一个实施方案中，组合包括ION 1198440、抗PD-L1抗体MEDI4736(德瓦鲁单抗)和抗CTLA-4抗体曲美木单抗。
某些抗PD-L1抗体
本公开中包括特异性结合且抑制PD-L1的抗体。
德瓦鲁单抗(MEDI4736)为一种示例性抗PD-L1抗体，其对PD-L1多肽具有选择性且阻断PD-L1与PD-1和CD80受体的结合。德瓦鲁单抗可在体外减轻PD-L1介导的对人T细胞活化的抑制且在异种移植模型中通过T细胞依赖性机制抑制肿瘤生长。
有关用于本文提供的方法的德瓦鲁单抗(或其片段)的信息可见于美国专利第8,779,108号，其公开内容通过引用以其整体并入本文中。德瓦鲁单抗的可结晶片段(Fc)结构域含有在IgG1重链的恒定结构域中的三重突变，所述三重突变减少与补体组分C1q和负责介导抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)的Fcγ受体的结合。
用于本文提供的方法的德瓦鲁单抗和其抗原结合片段包含重链和轻链或重链可变区和轻链可变区。在某些实施方案中，用于本文提供的方法的MEDI4736或其抗原结合片段包含如美国专利第8,779,108号和第9493565号中公开的2.14H9OPT抗体的可变重链CDR序列和可变轻链CDR序列，所述专利通过引用以其整体并入本文中。
所公布文献中有许多抗PD-L1抗体可在本公开中起重要作用，包括处于开发和/或临床试验中的化合物，诸如：德瓦鲁单抗(MEDI4736)、MPDL3280A、BMS936559、2.7A4、AMP-714和MDX-1105。公开可用于本公开的抗PD-L1抗体的专利说明书包括：美国专利第7,943,743号；第8,383,796号；第9,102,725号；第9,273,135号(BMS/Medarex)、US2006/0153841(Dana Farber)、US2011/0271358(Dana Farber)、美国专利第8,552,154号和第9,102,727号(Dana Farber)、美国专利第8,217,149号(Genentech)(包括已颁予的美国专利第8,217,149号)、US2012/0039906(INSERM)、US2016/0031990(Amplimmune)、美国专利第8,779,108号(MedImmune-德瓦鲁单抗/MEDI4726和2.7A4)、US2014/0044738(Amplimmune-AMP-714)和US2010/0285039(John’s Hopkins University)。这些公开中的每一个通过引用以其整体并入本文中。
某些抗CTLA-4抗体
特异性结合CTLA-4且抑制CTLA-4活性的抗体可用于增强抗肿瘤免疫反应。有关用于本文提供的方法的曲美木单抗(或其抗原结合片段)的信息可见于US 6,682,736(其中所述抗体称为11.2.1)，其公开内容通过引用以其整体并入本文中。曲美木单抗(也称为CP-675,206、CP-675、CP-675206和替西木单抗(ticilimumab))为一种人IgG2单克隆抗体，其对CTLA-4具有高度选择性且阻断CTLA-4与CD80(B7.1)和CD86(B7.2)的结合。已显示它在体外引起免疫活化且一些用曲美木单抗治疗的患者显示肿瘤消退。
用于本文提供的方法的曲美木单抗包含重链和轻链或重链可变区和轻链可变区。在一特定方面，用于本文提供的方法的曲美木单抗或其抗原结合片段包括包含本文以上所示的氨基酸序列的轻链可变区和包含本文以上所示的氨基酸序列的重链可变区。在一特定方面，用于本文提供的方法的曲美木单抗或其抗原结合片段包含重链可变区和轻链可变区，其中所述重链可变区包含本文以上所示的Kabat定义的CDR1、CDR2和CDR3序列，并且其中所述轻链可变区包含本文以上所示的Kabat定义的CDR1、CDR2和CDR3序列。本领域的一般技术人员容易能够鉴别本领域的一般技术人员已知的Chothia定义的CDR定义、Abm定义的CDR定义或其它CDR定义。在一特定方面，用于本文提供的方法的曲美木单抗或其抗原结合片段包含如美国专利第6,682,736号中公开的11.2.1抗体的可变重链CDR序列和可变轻链CDR序列，该专利通过引用以其整体并入本文中。
其它抗CTLA-4抗体描述于例如US 20070243184中。在一个实施方案中，抗CTLA-4抗体为伊匹单抗，也称为MDX-010；BMS-734016。
某些OX40激动剂
在通过抗原致敏期间或不久以后，OX40激动剂与CD4+T细胞上的OX40受体相互作用，引起CD4+T细胞对所述抗原的反应增加。与对单独抗原的反应相比，与抗原特异性CD4+T细胞上的OX40受体相互作用的OX40激动剂可增加T细胞增殖。增加的对抗原的反应可维持一段时间，基本上比缺少OX40激动剂时长。因此，通过促进T细胞对例如肿瘤细胞的抗原的识别，经由OX40激动剂进行刺激可增强抗原特异性免疫反应。OX40激动剂描述于例如美国专利第6,312,700号、第7,504,101号、第7,622,444号和第7,959,925号中，所述专利通过引用以其整体并入本文中。使用此类激动剂治疗癌症的方法描述于例如US2015/0098942和US2015/0157710中，各自通过引用以其整体并入本文中。
OX40激动剂包括(但不限于)OX40结合分子，例如结合多肽，例如OX40配体(“OX40L”)或其OX40结合片段、变体或衍生物，诸如可溶性细胞外配体结构域和OX40L融合蛋白，和抗OX40抗体(例如单克隆抗体，诸如人源化单克隆抗体)或其抗原结合片段、变体或衍生物。抗OX40单克隆抗体的实例描述于例如美国专利第5,821,332号和第6,156,878号中，所述专利的公开内容通过引用以其整体并入本文中。在某些实施方案中，抗OX40单克隆抗体为9B12或其抗原结合片段、变体或衍生物，如通过引用以其整体并入本文中的Weinberg,A.D.等人,J Immunother 29,575-585(2006)中所述。在另一实施方案中，OX40抗体为如US 2016/0137740中所述的MEDI0562。
在某些实施方案中，特异性结合于OX40的抗体或其抗原结合片段结合于与mAb9B12相同的OX40表位。人源化OX40抗体的实例描述于Morris等人,Mol Immunol.2007年5月；44(12):3112-3121。9B12为一种鼠IgG1抗OX40 mAb，针对人OX40的细胞外结构域(CD134)(Weinberg,A.D.等人,J Immunother 29,575-585(2006))。它选自一组抗OX40单克隆抗体，因为它能够引起OX40信号传导的激动反应、稳定且通过杂交瘤产量高。为用于临床应用，用pH 7.0的磷酸盐缓冲生理盐水平衡9B12 mAb，并且通过渗滤，将它的浓度调至5.0mg/ml。
“OX40配体”(“OX40L”)(也不同地称为肿瘤坏死因子配体超家族成员4、gp34、TAX转录活化糖蛋白-1和CD252)主要在抗原呈递细胞(APC)上发现，并且可在活化B细胞、树突状细胞(DC)、郎格罕氏细胞(Langerhans cell)、浆细胞样DC和巨噬细胞上诱导(Croft,M.,(2010)Ann Rev Immunol 28:57-78)。响应于炎性细胞因子(同前)，包括活化T细胞、NK细胞、肥大细胞、内皮细胞和平滑肌细胞的其它细胞可表达OX40L。OX40L特异性结合于OX40受体。人蛋白质描述于美国专利6,156,878中。小鼠OX40L描述于美国专利5,457,035中。OX40L在细胞表面上表达且包括细胞内结构域、跨膜结构域和细胞外受体结合结构域。OX40L的功能活性可溶性形式可通过缺失细胞内结构域和跨膜结构域来产生，如例如美国专利第5,457,035号、第6,312,700号、第6,156,878号、第6,242,566号、第6,528,055号、第6,528,623号、第7,098,184号和第7,125,670号中所述，所述公开内容为所有目的并入本文中。OX40L的功能活性形式为保留特异性结合于OX40的能力的形式，即具有OX40“受体结合结构域”的形式。实例为人OX40L的氨基酸51至183。以下论述确定OX40L分子或衍生物特异性结合于OX40的能力的方法。制造和使用OX40L和其衍生物(诸如包括OX40结合结构域的衍生物)的方法描述于美国专利第6,156,878号、第6,242,566号、第6,528,055号、第6,528,623号、第7,098,184号和第7,125,670号中，所述专利还描述包含OX40L的可溶形式连接于其它肽诸如人免疫球蛋白(“Ig”)Fc区的蛋白质，其可产生用于促进OX40配体自培养细胞的纯化，或增强分子在体内施用于哺乳动物之后的稳定性(也参见美国专利第5,457,035号和第7,959,925号，其中两者均通过引用以其整体并入本文中)。
OX40L的定义内还包括在氨基酸序列上与天然存在的OX40配体分子不同，但保留特异性结合于OX40受体的能力的OX40配体变体。此类变体描述于美国专利第5,457,035号、第6,156,878号、第6,242,566号、第6,528,055号、第6,528,623号、第7,098,184号和第7,125,670号中。在相关实施方案中，使用丧失特异性结合于OX40的能力的OX40L的突变体，例如氨基酸51至183，其中在人OX40L的受体结合结构域的位置180处的苯丙氨酸已替换为丙氨酸(F180A)。
OX40激动剂包括其中OX40L的一个或多个结构域与一种或多种额外蛋白质结构域共价连接的融合蛋白。可用作OX40激动剂的示例性OX40L融合蛋白描述于美国专利第6,312,700号中，其公开内容通过引用以其整体并入本文中。在一个实施方案中，OX40激动剂包括OX40L融合多肽，其自组装成多聚(例如三聚或六聚)OX40L融合蛋白。此类融合蛋白描述于例如美国专利第7,959,925号中，该专利通过引用以其整体并入本文中。所述多聚OX40L融合蛋白由于能够自发地组装成高度稳定的三聚体和六聚体而展现出增加的增强受试者、尤其人受试者中的抗原特异性免疫反应的功效。
在另一实施方案中，能够组装成多聚形式的OX40激动剂包括在N末端至C末端方向上包含以下的融合多肽：免疫球蛋白结构域，其中所述免疫球蛋白结构域包括Fc结构域；三聚结构域，其中所述三聚结构域包括卷曲螺旋三聚结构域；和受体结合结构域，其中所述受体结合结构域为OX40受体结合结构域，例如OX40L或其OX40结合片段、变体或衍生物，其中所述融合多肽可自组装成三聚融合蛋白。在一个方面，能够组装成多聚形式的OX40激动剂能够结合于OX40受体且刺激至少一种OX40介导的活性。在某些方面，OX40激动剂包括OX40配体的细胞外结构域。
能够组装成多聚形式的OX40激动剂的三聚结构域用来促进个别OX40L融合多肽分子自组装成三聚蛋白质。因此，具有三聚结构域的OX40L融合多肽自组装成三聚OX40L融合蛋白。在一个方面，三聚结构域为异亮氨酸拉链结构域或其它卷曲螺旋多肽结构。示例性卷曲螺旋三聚结构域包括：TRAF2(
Figure BDA0003190234930000741
登录号Q12933，氨基酸299-348；血小板反应蛋白1(登录号PO7996，氨基酸291-314；母系蛋白-4(Matrilin-4)(登录号O95460，氨基酸594-618；CMP(母系蛋白-1(matrilin-1))(登录号NP-002370，氨基酸463-496；HSF1(登录号AAX42211，氨基酸165-191；和Cubilin(登录号NP-001072，氨基酸104-138。在某些特定方面，三聚结构域包括TRAF2三聚结构域、母系蛋白-4三聚结构域或其组合。
OX40L FP为一种人OX40配体IgG4P融合蛋白，其特异性结合于人OX40受体(TNFR超家族的成员)且触发通过人OX40受体的信号传导。OX40L FP也公开于通过引用以其整体并入本文中的US2016/0024176中。OX40L FP由三个不同结构域构成：(1)人OX40配体细胞外受体结合结构域(RBD)，其形成同源三聚体且结合OX40受体；(2)源自于TNFR相关因子2的异亮氨酸拉链三聚结构域，其使OX40配体RBD的同源三聚体结构稳定；和(3)人IgG4可结晶片段γ(Fcγ)结构域，其在结合于OX40受体时促进融合蛋白的Fcγ受体聚集且在铰链区中的位置228(根据EU编号)处含有丝氨酸至脯氨酸取代(IgG4P)以促进两组OX40配体RBD同源三聚体的稳定性。IgG4PFc结构域直接与源自于人肿瘤坏死因子2(TRAF2)的氨基酸残基310-349的异亮氨酸拉链三聚结构域融合。人OX40L的细胞外受体结合结构域(RBD)的氨基酸残基51-183与TRAF2结构域的c末端融合(基因名称TNFSF4)。TRAF2结构域使OX40L RBD的同源三聚体结构稳定，从而能够结合和活化OX40，而IgG4P Fc结构域赋予血清稳定性、OX40L三聚体的二聚和促进六聚融合蛋白的Fcγ受体聚集。一种OX40L FP变体在与OX40L中的位置180相对应的氨基酸处具有苯丙氨酸(F)至丙氨酸(A)突变。另一OX40L FP变体具有替换为人IgG1 Fc结构域的IgG4P Fc结构域。在特定实施方案中，用于本公开的OX40激动剂为OX40LFP变体中的一种。
在特定实施方案中，用于本公开的OX40激动剂经修饰以增加其血清半衰期。举例来说，OX40激动剂的血清半衰期可通过缀合于诸如血清白蛋白、抗体Fc区或PEG的异源分子来增加。在某些实施方案中，OX40激动剂可缀合于其它治疗剂或毒素以形成免疫缀合物和/或融合蛋白。在某些实施方案中，OX40激动剂可经配制以促进活性剂的施用且提高其稳定性。
抗体衍生物
用于本公开的抗体(例如，抗CTLA-4、抗PD-L1、抗PD-1、抗OX40)可包括保留特异性结合其靶标的能力的这些序列的变体。此类变体可通过熟练技术人员使用本领域中熟知的技术自这些抗体的序列衍生。举例来说，可在FR中和/或CDR中进行氨基酸取代、缺失或添加。FR的变化通常设计成提高抗体的稳定性和免疫原性，而CDR的变化通常设计成增加抗体对其靶标的亲和力。FR的变体还包括天然存在的免疫球蛋白同种异型。此类增加亲和力的变化可凭经验通过涉及改变CDR和测试抗体对其靶标的亲和力的常规技术来确定。举例来说，可在所公开的任一CDR内进行保守氨基酸取代。根据Antibody Engineering,第2版,Oxford University Press,编辑Borrebaeck,1995中所述的方法进行各种改变。这些包括但不限于通过编码序列内功能等效氨基酸残基的不同密码子的取代，因此产生“沉默变化”而改变的核苷酸序列。举例来说，非极性氨基酸包括丙氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、色氨酸和甲硫氨酸。极性中性氨基酸包括甘氨酸、丝氨酸、苏氨酸、半胱氨酸、酪氨酸、天冬酰氨酸和谷氨酰胺。带正电(碱性)氨基酸包括精氨酸、赖氨酸和组氨酸。带负电(酸性)氨基酸包括天冬氨酸和谷氨酸。
本公开的抗体的衍生物和类似物可通过本领域中熟知的各种技术产生，包括重组和合成方法(Maniatis(1990)Molecular Cloning,A Laboratory Manual,第2版,ColdSpring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor,N.Y.；和Bodansky等人(1995)ThePractice of Peptide Synthesis,第2版,Spring Verlag,Berlin,Germany)。类似改组或组合技术也由Stemmer(Nature(1994)370:389-391)公开，其描述关于β-内酰胺酶基因的技术，但注意到所述方法可用于产生抗体。
可使用对一个或多个所选VH和/或VL基因的随机诱变，产生载有一个或多个源自于本文公开的序列的序列的新型VH或VL区。一种此类技术易错PCR由Gram等人描述(Proc.Nat.Acad.Sci.U.S.A.(1992)89:3576-3580)。
可使用的另一方法为对VH或VL基因的CDR的直接诱变。此类技术由Barbas等人(Proc.Nat.Acad.Sci.U.S.A.(1994)91:3809-3813)和Schier等人(J.Mol.Biol.(1996)263:551-567)公开。
类似地，一个或多个或全部三个CDR可移植至VH或VL结构域库中，接着针对对CTLA-4或PD-L1具有特异性的抗原结合片段进行筛选。
免疫球蛋白可变结构域的一部分将包含基本上如本文中陈述的CDR中的至少一个，和任选地来自如本文中陈述的scFv片段的插入构架区。该部分可包括FR1和FR4中的任一者或两者的至少约50％，50％为FR1的C末端50％和FR4的N末端50％。在可变结构域的基本部分的N末端或C末端的额外残基可为通常不与天然存在的可变结构域区域相关的残基。举例来说，通过重组DNA技术构建抗体可引入由经引入来促进克隆或其它操控步骤的接头编码的N末端或C末端残基。其它操控步骤包括引入接头以使可变结构域与包括免疫球蛋白重链恒定区、其它可变结构域(例如双功能抗体的产生中)或如以下进一步详细论述的蛋白质标记的其它蛋白质序列接合。
熟练技术人员将认识到用于本公开的抗体可包含仅仅含有来自VL结构域或VH结构域的单一CDR的抗原结合片段。单链特异性结合结构域中的任一种可用于筛选能够形成例如能够结合于CTLA-4和PD-L1的双结构域特异性抗原结合片段的互补结构域。
本文所述的用于本公开的抗体可连接于另一官能分子，例如另一肽或蛋白质(白蛋白、另一抗体等)。举例来说，抗体可通过化学交联或通过重组方法连接。抗体也可以美国专利第4,640,835号、第4,496,689号、第4,301,144号、第4,670,417号、第4,791,192号或第4,179,337号中所阐述的方式连接于多种非蛋白质聚合物之一，例如聚乙二醇、聚丙二醇或聚氧化烯。抗体可通过共价缀合于聚合物进行化学修饰，例如以增加其循环半衰期。示例性聚合物和其连接方法也展示于美国专利第4,766,106号、第4,179,337号、第4,495,285号和第4,609,546号中。
抗体还可被改变成具有与天然模式不同的糖基化模式。举例来说，一个或多个碳水化合物部分可缺失并且/或者一个或多个糖基化位点可添加至原始抗体。糖基化位点添加至目前公开的抗体可通过改变氨基酸序列以含有本领域中已知的糖基化位点共有序列来实现。增加抗体上碳水化合物部分数目的另一方式是通过在化学或酶作用下糖苷与抗体的氨基酸残基偶合。此类方法描述于WO 87/05330和Aplin等人(1981)CRCCrit.Rev.Biochem.,22:259-306中。可以化学或酶促方式自抗体移除任何碳水化合物部分，例如如以下中所述：Hakimuddin等人(1987)Arch.Biochem.Biophys.,259:52；和Edge等人(1981)Anal.Biochem.,118:131和Thotakura等人(1987)Meth.Enzymol.,138:350。抗体还可用可检测或功能标记进行标记。可检测标记包括放射性标记，诸如131I或99Tc，所述放射性标记还可使用常规化学方法连接于抗体。可检测标记也包括酶标记，诸如辣根过氧化酶或碱性磷酸酶。可检测标记进一步包括化学部分，诸如生物素，所述化学部分可通过结合于特定同源可检测部分，例如标记亲和素来检测。
在本公开的范畴内涵盖其中CDR序列与本文中所阐述的CDR序列基本上无不同的抗体。通常，氨基酸经具有类似电荷、疏水性或立体化学特征的相关氨基酸取代。此类取代将在技术人员的正常技能范围内。不同于CDR中，可在FR中进行更大量的变化，同时不会不利地影响抗体的结合特性。FR的变化包括(但不限于)将非人来源的FR人源化，或对抗原接触或稳定结合位点而言重要的某些构架残基进行工程改造，例如改变恒定区的类别或子类，改变可改变诸如Fc受体结合的效应功能的特定氨基酸残基，例如如美国专利第5,624,821号和第5,648,260号和Lund等人(1991)J.Immun.147:2657-2662和Morgan等人(1995)Immunology 86:319-324中所述，或改变恒定区所源自的物质。
本领域普通技术人员将了解，上述修饰并非全部详尽的，并且熟练技术人员根据本公开的教导内容将显而易见许多其它修饰。
某些化合物
在某些实施方案中，本文所述的化合物可为反义化合物。在某些实施方案中，反义化合物包含低聚化合物或由低聚化合物组成。在某些实施方案中，低聚化合物包含经修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸具有与靶标核酸的核碱基序列互补的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含经修饰的寡核苷酸或由其组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸具有与靶标核酸的核碱基序列互补的核碱基序列。
在某些实施方案中，化合物或反义化合物为单链的。此类单链化合物或反义化合物包含低聚化合物或由其组成。在某些实施方案中，此类低聚化合物包含寡核苷酸和任选的缀合基团或由其组成。在某些实施方案中，寡核苷酸为反义寡核苷酸。在某些实施方案中，寡核苷酸经修饰。在某些实施方案中，单链反义化合物或低聚化合物的寡核苷酸包含自身互补核碱基序列。
在某些实施方案中，化合物为双链的。此类双链化合物包含具有与靶标核酸互补的区域的第一经修饰的寡核苷酸和具有与第一经修饰的寡核苷酸互补的区域的第二经修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸为RNA寡核苷酸。在此类实施方案中，经修饰的寡核苷酸中的胸腺嘧啶核碱基经尿嘧啶核碱基置换。在某些实施方案中，化合物包含缀合基团。在某些实施方案中，所述经修饰的寡核苷酸之一被缀合。在某些实施方案中，所述经修饰的寡核苷酸两者被缀合。在某些实施方案中，第一经修饰的寡核苷酸被缀合。在某些实施方案中，第二经修饰的寡核苷酸被缀合。在某些实施方案中，第一经修饰的寡核苷酸由12-30个连接的核苷组成且第二经修饰的寡核苷酸由12-30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸之一具有包含SEQ ID NO:23-2940中的任一个的至少8个连续核碱基的核碱基序列。
在某些实施方案中，反义化合物为双链的。此类双链反义化合物包含具有与靶标核酸互补的区域的第一低聚化合物和具有与第一低聚化合物互补的区域的第二低聚化合物。此类双链反义化合物的第一低聚化合物通常包含经修饰的寡核苷酸和任选的缀合基团或由其组成。此类双链反义化合物的第二低聚化合物的寡核苷酸可经修饰或未经修饰。双链反义化合物的任一或两种低聚化合物可包含缀合基团。双链反义化合物的低聚化合物可包括非互补悬垂核苷。
单链和双链化合物的实例包括但不限于寡核苷酸、siRNA、靶向寡核苷酸的微RNA和单链RNAi化合物，诸如小发夹RNA(shRNA)、单链siRNA(ssRNA)和微RNA模拟物。
在某些实施方案中，本文所述的化合物具有在5’至3’方向上书写时包含其靶向的靶标核酸的靶标区段的反向互补序列的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含由10个至30个连接亚基组成的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含由12个至30个连接亚基组成的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含由12个至22个连接亚基组成的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含由14个至30个连接亚基组成的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含由14个至20个连接亚基组成的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含由15个至30个连接亚基组成的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含由15个至20个连接亚基组成的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含由16个至30个连接亚基组成的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含由16个至20个连接亚基组成的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含由17个至30个连接亚基组成的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含由17个至20个连接亚基组成的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含由18个至30个连接亚基组成的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含由18个至21个连接亚基组成的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含由18个至20个连接亚基组成的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含由20个至30个连接亚基组成的寡核苷酸。换句话说，此类寡核苷酸分别由12个至30个连接亚基、14个至30个连接亚基、14个至20个亚基、15个至30个亚基、15个至20个亚基、16个至30个亚基、16个至20个亚基、17个至30个亚基、17个至20个亚基、18个至30个亚基、18个至20个亚基、18个至21个亚基、20个至30个亚基或12个至22个连接亚基组成。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含由14个连接亚基组成的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含由16个连接亚基组成的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含由17个连接亚基组成的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含由18个连接亚基组成的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含由19个连接亚基组成的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含由20个连接亚基组成的寡核苷酸。在其它实施方案中，本文所述的化合物包含由8个至80个、12个至50个、13个至30个、13个至50个、14个至30个、14个至50个、15个至30个、15个至50个、16个至30个、16个至50个、17个至30个、17个至50个、18个至22个、18个至24个、18个至30个、18个至50个、19个至22个、19个至30个、19个至50个或20个至30个连接亚基组成的寡核苷酸。在某些此类实施方案中，本文所述的化合物包含由8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个、31个、32个、33个、34个、35个、36个、37个、38个、39个、40个、41个、42个、43个、44个、45个、46个、47个、48个、49个、50个、51个、52个、53个、54个、55个、56个、57个、58个、59个、60个、61个、62个、63个、64个、65个、66个、67个、68个、69个、70个、71个、72个、73个、74个、75个、76个、77个、78个、79个或80个连接亚基组成或由上述值中的任两者界定的范围的寡核苷酸。在一些实施方案中，连接亚基为核苷酸、核苷或核碱基。
在某些实施方案中，化合物可进一步包含连接于寡核苷酸的额外特征或元件，诸如缀合基团。在某些实施方案中，此类化合物为反义化合物。在某些实施方案中，此类化合物为低聚化合物。在缀合基团包含核苷(即将缀合基团连接于寡核苷酸的核苷)的实施方案中，该缀合基团的核苷不计入寡核苷酸的长度。
在某些实施方案中，化合物可缩短或截短。举例来说，单个亚基可自5’端缺失(5’截短)，或另选地，可自3’端缺失(3’截短)。靶向YAP1核酸的缩短或截短化合物可自化合物的5’端缺失两个亚基，或另选地，可自化合物的3’端缺失两个亚基。另选地，缺失的核苷可分散在整个化合物中。
当加长化合物中存在单个额外亚基时，该额外亚基可位于化合物的5’或3’端。当存在两个或更多个额外亚基时，例如在具有两个亚基添加至化合物的5’端(5’添加)或另选地添加至化合物的3’端(3’添加)的化合物中，添加的亚基可彼此相邻。另选地，添加的亚基可分散在整个化合物中。
可增加或减少诸如寡核苷酸的化合物的长度，并且/或者在不消除活性下引入错配碱基(Woolf等人Proc.Natl.Acad.Sci.USA 1992,89:7305-7309；Gautschi等人J.Natl.Cancer Inst.2001年3月,93:463-471；Maher和Dolnick Nuc.Acid.Res.1998,16:3341-3358)。然而，表面上寡核苷酸序列、化学和基序的小变化可造成临床发展所需的许多特性中的一种或多种特性产生很大差异(Seth等人J.Med.Chem.2009,52,10；Egli等人J.Am.Chem.Soc.2011,133,16642)。
在某些实施方案中，本文所述的化合物为干扰RNA化合物(RNAi)，其包括双链RNA化合物(也称短干扰RNA或siRNA)和单链RNAi化合物(或ssRNA)。此类化合物至少部分地通过RISC路径工作，从而降解和/或螯合靶标核酸(因此包括微RNA/微RNA模拟化合物)。如本文所用，术语siRNA意指与用于描述能够介导序列特异性RNAi的核酸分子的其它术语等效，例如短干扰RNA(siRNA)、双链RNA(dsRNA)、微RNA(miRNA)、短发夹RNA(shRNA)、短干扰寡核苷酸、短干扰核酸、短干扰经修饰的寡核苷酸、经化学修饰的siRNA、转录后基因沉默RNA(ptgsRNA)和其它。此外，如本文所用，术语“RNAi”意指与用于描述序列特异性RNA干扰的其它术语等效，诸如转录后基因沉默、翻译抑制或表观遗传。
在某些实施方案中，本文所述的化合物可包含本文所述的靶向YAP1的寡核苷酸序列中的任一个。在某些实施方案中，化合物可为双链的。在某些实施方案中，化合物包含第一链和第二链，所述第一链包含SEQ ID NO:23-2940中的任一个的至少8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个或20个连续核碱基部分。在某些实施方案中，化合物包含第一链和第二链，所述第一链包含SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含其中第一链具有尿嘧啶(U)代替在SEQ ID NO:23-2940中的任一个中的胸腺嘧啶(T)的核糖核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含：(i)第一链，其包含与YAP1上SEQ ID NO:23-2940中的任一个所靶向的位点互补的核碱基序列；和(ii)第二链。在某些实施方案中，化合物包含一个或多个经修饰的核苷酸，其中糖中的2’位置含有卤素(诸如氟基；2’-F)或含有烷氧基(诸如甲氧基；2’-OMe)。在某些实施方案中，化合物包含至少一个2’-F糖修饰和至少一个2’-OMe糖修饰。在某些实施方案中，对于沿着dsRNA化合物的链的至少2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个或20个连续核碱基，至少一个2’-F糖修饰和至少一个2’-OMe糖修饰以交替模式排列。在某些实施方案中，化合物在相邻核苷酸之间包含一个或多个除天然存在的磷酸二酯连键以外的连键。此类连键的实例包括磷酰胺、硫代磷酸酯和二硫代磷酸酯连键。化合物还可为经化学修饰的核酸分子，如美国专利第6,673,661号中所教导。在其它实施方案中，化合物含有一或两个封端链，如例如2000年4月19日提交的WO 00/63364所公开。
在某些实施方案中，化合物的第一链为siRNA引导链且化合物的第二链为siRNA过客链。在某些实施方案中，化合物的第二链与第一链互补。在某些实施方案中，化合物的各链由16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个或23个连接的核苷组成。在某些实施方案中，化合物的第一或第二链可包含缀合基团。
在某些实施方案中，本文所述的化合物可包含本文所述的靶向YAP1的寡核苷酸序列中的任一个。在某些实施方案中，化合物为单链的。在某些实施方案中，此类化合物为单链RNAi(ssRNAi)化合物。在某些实施方案中，化合物包含SEQ ID NO:23-2940中的任一个的至少8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个或20个连续核碱基部分。在某些实施方案中，化合物包含SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含其中尿嘧啶(U)代替在SEQ ID NO:23-2940中的任一个中的胸腺嘧啶(T)的核糖核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含与YAP1上SEQ ID NO:23-2940中的任一个所靶向的位点互补的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含一个或多个经修饰的核苷酸，其中糖中的2’位置含有卤素(诸如氟基；2’-F)或含有烷氧基(诸如甲氧基；2’-OMe)。在某些实施方案中，化合物包含至少一个2’-F糖修饰和至少一个2’-OMe糖修饰。在某些实施方案中，对于沿着化合物的链的至少2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个或20个连续核碱基，至少一个2’-F糖修饰和至少一个2’-OMe糖修饰以交替模式排列。在某些实施方案中，化合物在相邻核苷酸之间包含一个或多个除天然存在的磷酸二酯连键以外的连键。此类连键的实例包括磷酰胺、硫代磷酸酯和二硫代磷酸酯连键。化合物还可为经化学修饰的核酸分子，如美国专利第6,673,661号中所教导。在其它实施方案中，化合物含有封端链，如例如2000年4月19日提交的WO 00/63364所公开。在某些实施方案中，化合物由16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个或23个连接的核苷组成。在某些实施方案中，化合物可包含缀合基团。
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含经修饰的寡核苷酸。某些经修饰的寡核苷酸具有一个或多个不对称中心，因此产生对映异构体、非对映异构体和其它立体异构构型，这些构型可根据绝对立体化学定义为R或(S)、α或β(诸如对于糖异头物)或(D)或(L)(诸如对于氨基酸)等等。除非另外指定，否则本文提供的经修饰的寡核苷酸中包括所有此类可能异构体，包括其外消旋和光学纯形式。同样，也包括所有顺式和反式异构体和互变异构形式。
本文所述的化合物包括其中一个或多个原子经非放射性同位素或所指示元素的放射性同位素置换的变型。举例来说，本文中包含氢原子的化合物涵盖各1H氢原子的所有可能氘取代。本文中化合物涵盖的同位素取代包括但不限于：2H或3H代替1H，13C或14C代替12C，15N代替14N，17O或18O代替16O，以及33S、34S、35S或36S代替32S。在某些实施方案中，非放射性同位素取代可赋予化合物有益于用作治疗或研究工具的新特性。在某些实施方案中，放射性同位素取代可使化合物适合于达成研究或诊断目的，诸如成像测定。
某些机制
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含经修饰的寡核苷酸或由其组成。在某些实施方案中，本文所述的化合物为反义化合物。在某些实施方案中，化合物包含低聚化合物。在某些实施方案中，本文所述的化合物能够与靶标核酸杂交，产生至少一种反义活性。在某些实施方案中，本文所述的化合物选择性地影响一种或多种靶标核酸。此类化合物包含与一种或多种靶标核酸杂交，产生一种或多种所需反义活性，并且不与一种或多种非靶标核酸杂交或不以产生显著非所需的反义活性的方式与一种或多种非靶标核酸杂交的核碱基序列。
在某些反义活性中，本文所述的化合物与靶标核酸的杂交引起使靶标核酸裂解的蛋白质的募集。举例来说，某些本文所述的化合物引起RNA酶H介导的靶标核酸的裂解。RNA酶H为使RNA:DNA双链体的RNA链裂解的细胞核酸内切酶。此类RNA:DNA双链体中的DNA无需为未经修饰的DNA。在某些实施方案中，本文所述的化合物足够“DNA样”而引起RNA酶H活性。此外，在某些实施方案中，容许缺口聚物的缺口中一个或多个非DNA样核苷。
在某些反义活性中，本文所述的化合物或化合物的一部分被负载至RNA诱导沉默复合物(RISC)中，最终引起靶标核酸的裂解。举例来说，某些本文所述的化合物引起Argonaute裂解靶标核酸。负载至RISC中的化合物为RNAi化合物。RNAi化合物可为双链(siRNA)或单链(ssRNA)。
在某些实施方案中，本文所述的化合物与靶标核酸的杂交不引起使靶标核酸裂解的蛋白质的募集。在某些此类实施方案中，化合物与靶标核酸的杂交改变靶标核酸的剪接。在某些实施方案中，化合物与靶标核酸的杂交抑制靶标核酸与蛋白质或其它核酸之间的结合相互作用。在某些此类实施方案中，化合物与靶标核酸的杂交改变靶标核酸的翻译。
可直接或间接观察反义活性。在某些实施方案中，反义活性的观察或检测涉及对靶标核酸或由此类靶标核酸编码的蛋白质的量的变化、核酸或蛋白质的剪接变体的比率的变化和/或细胞或动物的表型变化的观察或检测。
靶标核酸、靶标区域和核苷酸序列
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含含有与靶标核酸互补的区域的寡核苷酸或由其组成。在某些实施方案中，靶标核酸为内源性RNA分子。在某些实施方案中，靶标核酸编码蛋白质。在某些此类实施方案中，靶标核酸选自：mRNA和前mRNA，包括内含子、外显子和未翻译区域。在某些实施方案中，靶标RNA为mRNA。在某些实施方案中，靶标核酸为前mRNA。在某些此类实施方案中，靶标区域完全在内含子内。在某些实施方案中，靶标区域跨越内含子/外显子接合处。在某些实施方案中，靶标区域至少50％在内含子内。
编码YAP1的核苷酸序列包括不限于以下：GENBANK或RefSEQ No.NM_001282101.1(SEQ ID NO:1)；自核苷酸102107001至102236000截短的NC_000011.10(SEQ ID NO:2)；NM_006106.4(SEQ ID NO:3)；NM_001130145.2(SEQ ID NO:4)；NM_001195044.1(SEQ ID NO:5)；NM_001195045.1(SEQ ID NO:6)；NM_001282097.1(SEQ ID NO:7)；NM_001282098.1(SEQID NO:8)；NM_001282099.1(SEQ ID NO:9)；和NM_001282100.1(SEQ ID NO:10)；各自通过引用以其整体并入本文中。
杂交
在一些实施方案中，杂交发生在本文公开的化合物与YAP1核酸之间。杂交的最常见机制涉及核酸分子的互补核碱基之间的氢键键合(例如沃森-克里克、胡斯坦或反向胡斯坦氢键键合)。
杂交可在不同的条件下发生。杂交条件依赖于序列且由待杂交的核酸分子的性质和组成决定。
确定序列是否可与靶标核酸特异性杂交的方法为本领域中所熟知。在某些实施方案中，本文提供的化合物可与YAP1核酸特异性杂交。
互补性
当一种寡核苷酸或其一个或多个区域的核碱基序列与另一寡核苷酸或核酸或其一个或多个区域的核碱基序列以相反方向对准时两个核碱基序列匹配，则称此类寡核苷酸与另一核酸互补。除非另外说明，否则如本文所述的核碱基匹配或互补核碱基不限于以下各对：腺嘌呤(A)和胸腺嘧啶(T)、腺嘌呤(A)和尿嘧啶(U)、胞嘧啶(C)和鸟嘌呤(G)以及5-甲基胞嘧啶(mC)和鸟嘌呤(G)。互补寡核苷酸和/或核酸不需要在各核苷处具有核碱基互补性，并且可包括一个或多个核碱基错配。当寡核苷酸在各核苷处具有核碱基匹配且无任何核碱基错配时此类寡核苷酸“完全互补”或100％互补。
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含经修饰的寡核苷酸或由其组成。在某些实施方案中，本文所述的化合物为反义化合物。在某些实施方案中，化合物包含低聚化合物。可容许化合物与YAP1核酸之间的非互补核碱基，条件为化合物保持能够与靶标核酸特异性杂交。此外，化合物可在YAP1核酸的一个或多个区段上杂交，以便插入或相邻区段不参与杂交事件(例如环结构、错配或发夹结构)。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或其指定部分与YAP1核酸、其靶标区域、靶标区段或指定部分至少或高达70％、80％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％互补。在某些实施方案中，本文提供的化合物或其指定部分与YAP1核酸、其靶标区域、靶标区段或指定部分70％至75％、75％至80％、80％至85％、85％至90％、90％至95％、95％至100％或这些范围中间的任一数目互补。化合物与靶标核酸的互补百分比可使用常规方法来确定。
举例来说，其中20个核碱基中的18个与靶标区域互补且因此特异性杂交的化合物将表示90％互补。在此实例中，剩余非互补核碱基可聚集或分散于互补核碱基中且不需要彼此或与互补核碱基连续。因而，具有四个侧接与靶标核酸完全互补的两个区域的非互补核碱基的由18个核碱基组成的化合物将具有77.8％与靶标核酸的整体互补性。化合物与靶标核酸的区域的互补百分比可通常使用本领域中已知的BLAST程序(基础局部比对搜索工具)和PowerBLAST程序确定(Altschul等人,J.Mol.Biol.,1990,215,403 410；Zhang和Madden,Genome Res.,1997,7,649 656)。同源性、序列同一性或互补性百分比可通过例如Gap程序(Wisconsin序列分析套装,第8版Unix,Genetics Computer Group,UniversityResearch Park,Madison Wis.)使用默认设定值来确定，该程序使用Smith和Waterman的算法(Adv.Appl.Math.,1981,2,482 489)。
在某些实施方案中，本文所述的化合物或其指定部分与靶标核酸或其指定部分完全互补(即100％互补)。举例来说，化合物可与YAP1核酸或其靶标区域或靶标区段或靶标序列完全互补。如本文所用，“完全互补”意指化合物的各核碱基与靶标核酸的对应核碱基互补。举例来说，只要靶标核酸存在与化合物完全互补的对应20个核碱基部分，20个核碱基的化合物即与400个核碱基长的靶标序列完全互补。在提到第一核酸和/或第二核酸的指定部分时还可使用完全互补。举例来说，30个核碱基的化合物的20个核碱基部分可与400个核碱基长的靶标序列“完全互补”。若靶标序列具有其中各核碱基与化合物的20个核碱基部分互补的对应20个核碱基部分，则30个核碱基化合物的20个核碱基部分与靶标序列完全互补。同时，整个30个核碱基的化合物可与或不与靶标序列完全互补，视化合物的剩余10个核碱基是否也与靶标序列互补而定。
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含一个或多个相对于靶标核酸错配的核碱基。在某些此类实施方案中，此类错配降低针对靶标的反义活性，但针对非靶标的活性降低的量更大。因此，在某些此类实施方案中，提高化合物的选择性。在某些实施方案中，错配特定位于具有缺口聚物基序的寡核苷酸内。在某些此类实施方案中，错配在自缺口区域的5’端的位置1、2、3、4、5、6、7或8处。在某些此类实施方案中，错配在自缺口区域的3’端的位置9、8、7、6、5、4、3、2、1处。在某些此类实施方案中，错配在自翼区域的5’端的位置1、2、3或4处。在某些此类实施方案中，错配在自翼区域的3’端的位置4、3、2或1处。在某些实施方案中，错配特定位于不具有缺口聚物基序的寡核苷酸内。在某些此类实施方案中，错配在自寡核苷酸的5’端的位置1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12处。在某些此类实施方案中，错配在自寡核苷酸的3’端的位置、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12处。
非互补核碱基可位于化合物的5’端或3’端。另选地，非互补核碱基可在化合物的内部位置处。当存在两个或更多个非互补核碱基时，其可为连续的(即连接)或不连续的。在一个实施方案中，非互补核碱基位于缺口聚物寡核苷酸的翼区段。
在某些实施方案中，长度为或长达11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个或20个核碱基的本文所述的化合物相对于靶标核酸，诸如YAP1核酸或其指定部分包含至多4个、至多3个、至多2个或至多1个非互补核碱基。
在某些实施方案中，长度为或长达11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个或30个核碱基的本文所述的化合物相对于靶标核酸，诸如YAP1核酸或其指定部分包含至多6个、至多5个、至多4个、至多3个、至多2个或至多1个非互补核碱基。
在某些实施方案中，本文所述的化合物也包括与靶标核酸的一部分互补的化合物。如本文所用，“部分”是指靶标核酸的区域或区段内确定数目的连续(即连接)核碱基。“部分”还可指化合物的确定数目的连续核碱基。在某些实施方案中，化合物与靶标区段的至少8个核碱基部分互补。在某些实施方案中，化合物与靶标区段的至少9个核碱基部分互补。在某些实施方案中，化合物与靶标区段的至少10个核碱基部分互补。在某些实施方案中，化合物与靶标区段的至少11个核碱基部分互补。在某些实施方案中，化合物与靶标区段的至少12个核碱基部分互补。在某些实施方案中，化合物与靶标区段的至少13个核碱基部分互补。在某些实施方案中，化合物与靶标区段的至少14个核碱基部分互补。在某些实施方案中，化合物与靶标区段的至少15个核碱基部分互补。在某些实施方案中，化合物与靶标区段的至少16个核碱基部分互补。也涵盖与靶标区段的至少9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个或更多个核碱基部分或由这些值中的任两者界定的范围内的核碱基部分互补的化合物。
同一性
本文提供的化合物还可与特定核苷酸序列、SEQ ID NO或由特定ION编号表示的化合物或其部分具有确定的同一性百分比。在某些实施方案中，本文所述的化合物为反义化合物或低聚化合物。在某些实施方案中，本文所述的化合物为经修饰的寡核苷酸。如本文所用，若化合物具有相同的核碱基配对能力，则其与本文公开的序列同一。举例来说，含有尿嘧啶代替所公开的DNA序列中的胸苷的RNA将视为与DNA序列同一，因为尿嘧啶和胸苷均与腺嘌呤配对。也涵盖本文所述的化合物的缩短和加长形式以及相对于本文提供的化合物具有不同一碱基的化合物。不同一碱基可彼此相邻或分散在整个化合物中。根据相对于正比较的序列具有同一碱基配对的碱基数目计算化合物的同一性百分比。
在某些实施方案中，本文所述的化合物或其部分与本文公开的一种或多种化合物或SEQ ID NO或其部分为或具有至70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％同一性。在某些实施方案中，本文所述的化合物与特定核苷酸序列、SEQ ID NO或由特定ION编号表示的化合物或其部分具有约70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性，或此类值之间的任何百分比，其中化合物包含具有一个或多个错配核碱基的寡核苷酸。在某些此类实施方案中，错配在自寡核苷酸的5’端的位置1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12处。在某些此类实施方案中，错配在自寡核苷酸的3’端的位置2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12处。
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含反义化合物或由其组成。在某些实施方案中，反义化合物的一部分与靶标核酸的同等长度部分相比。在某些实施方案中，8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个或25个核碱基的部分与靶标核酸的同等长度部分相比。
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含寡核苷酸或由其组成。在某些实施方案中，寡核苷酸的一部分与靶标核酸的同等长度部分相比。在某些实施方案中，8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个或25个核碱基的部分与靶标核酸的同等长度部分相比。
某些经修饰的化合物
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含由连接的核苷组成的寡核苷酸或由其组成。寡核苷酸可为未经修饰的寡核苷酸(RNA或DNA)或可为经修饰的寡核苷酸。相对于未经修饰的RNA或DNA，经修饰的寡核苷酸包含至少一种修饰(即，包含至少一个经修饰的核苷(包含经修饰的糖部分和/或经修饰的核碱基)和/或至少一个经修饰的核苷间连键)。
A.经修饰的核苷
经修饰的核苷包含经修饰的糖部分或经修饰的核碱基或经修饰的糖部分与经修饰的核碱基两者。
1.经修饰的糖部分
在某些实施方案中，糖部分为非双环的修饰糖部分。在某些实施方案中，经修饰的糖部分为双环或三环糖部分。在某些实施方案中，经修饰的糖部分为糖替代物。此类糖替代物可包含一个或多个与其它类型经修饰的糖部分对应的取代。
在某些实施方案中，经修饰的糖部分为包含具有一个或多个非环状取代基的呋喃糖基环的非双环的修饰糖部分，所述取代基包括但不限于在2’、4’和/或5’位上的取代基。在某些实施方案中，非双环的修饰糖部分的一个或多个非环状取代基是支链的。适合于非双环的修饰糖部分的2’-取代基团的实例包括但不限于：2’-F、2’-OCH3(“OMe”或“O-甲基”)和2’-O(CH2)2OCH3(“MOE”)。在某些实施方案中，2’-取代基团选自：卤代基、烯丙基、氨基、叠氮基、SH、CN、OCN、CF3、OCF3、O-C1-C10烷氧基、O-C1-C10经取代的烷氧基、O-C1-C10烷基、O-C1-C10经取代的烷基、S-烷基、N(Rm)-烷基、O-烯基、S-烯基、N(Rm)-烯基、O-炔基、S-炔基、N(Rm)-炔基、O-烯基-O-烷基、炔基、烷芳基、芳烷基、O-烷芳基、O-芳烷基、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2ON(Rm)(Rn)或OCH2C(＝O)-N(Rm)(Rn)，其中各Rm和Rn独立地为H、氨基保护基或经取代或未经取代的C1-C10烷基，和以下中所述的2’-取代基团：Cook等人,U.S.6,531,584；Cook等人,U.S.5,859,221；和Cook等人,U.S.6,005,087。这些2’-取代基团的某些实施方案可进一步经一个或多个独立地选自以下的取代基团取代：羟基、氨基、烷氧基、羧基、苯甲基、苯基、硝基(NO2)、硫醇基、硫代烷氧基、硫代烷基、卤素、烷基、芳基、烯基和炔基。适合于直链非双环的修饰糖部分的4’-取代基团的实例包括但不限于：烷氧基(例如甲氧基)、烷基和Manoharan等人,WO 2015/106128中所述的那些取代基团。适合于非双环的修饰糖部分的5’-取代基团的实例包括但不限于：5’-甲基(R或S)、5’-乙烯基和5’-甲氧基。在某些实施方案中，非双环的修饰糖包含超过一个非桥接糖取代基，例如2’-F-5’-甲基糖部分，和Migawa等人,US2010/190837和Rajeev等人,US2013/0203836中所述的经修饰的糖部分和经修饰的核苷。
在某些实施方案中，2’-取代核苷或2’-非双环的修饰核苷包含含有选自以下的直链2’-取代基团的糖部分：F、NH2、N3、OCF3、OCH3、O(CH2)3NH2、CH2CH＝CH2、OCH2CH＝CH2、OCH2CH2OCH3、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2ON(Rm)(Rn)、O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2和N取代的乙酰胺(OCH2C(＝O)-N(Rm)(Rn))，其中各Rm和Rn独立地为H、氨基保护基或经取代或未经取代的C1-C10烷基。
在某些实施方案中，2’-取代核苷或2’-非双环的修饰核苷包含含有选自以下的直链2’-取代基团的糖部分：F、OCF3、OCH3、OCH2CH2OCH3、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2ON(CH3)2、O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2和OCH2C(＝O)-N(H)CH3(“NMA”)。
在某些实施方案中，2’-取代核苷或2’-非双环的修饰核苷包含含有选自以下的直链2’-取代基团的糖部分：F、OCH3和OCH2CH2OCH3。
包含修饰糖部分，诸如非双环的修饰糖部分的核苷由核苷的糖部分上取代的位置来提及。举例来说，包含2’-取代或2-修饰糖部分的核苷称为2’-取代核苷或2-修饰核苷。
某些经修饰的糖部分包含形成第二环，产生双环糖部分的桥接糖取代基。在某些此类实施方案中，双环糖部分在4’与2’呋喃糖环原子之间包含桥。此类4’至2’桥接糖取代基的实例包括但不限于：4’-CH2-2’、4’-(CH2)2-2’、4’-(CH2)3-2’、4’-CH2-O-2’(“LNA”)、4’-CH2-S-2’、4’-(CH2)2-O-2’(“ENA”)、4’-CH(CH3)-O-2’(当呈S构型时称为“经约束的乙基”或“cEt”)、4’-CH2-O-CH2-2’、4’-CH2-N(R)-2’、4’-CH(CH2OCH3)-O-2’(“经约束的MOE”或“cMOE”)和其类似物(参见例如Seth等人,U.S.7,399,845；Bhat等人,U.S.7,569,686；Swayze等人,U.S.7,741,457；和Swayze等人,U.S.8,022,193)、4’-C(CH3)(CH3)-O-2’和其类似物(参见例如Seth等人,U.S.8,278,283)、4’-CH2-N(OCH3)-2’和其类似物(参见例如Prakash等人,U.S.8,278,425)、4’-CH2-O-N(CH3)-2’(参见例如Allerson等人,U.S.7,696,345和Allerson等人,U.S.8,124,745)、4’-CH2-C(H)(CH3)-2’(参见例如Zhou,等人,J.Org.Chem.,2009,74,118-134)、4’-CH2-C(＝CH2)-2’和其类似物(参见例如Seth等人,U.S.8,278,426)、4’-C(RaRb)-N(R)-O-2’、4’-C(RaRb)-O-N(R)-2’、4’-CH2-O-N(R)-2’和4’-CH2-N(R)-O-2’，其中各R、Ra和Rb独立地为H、保护基或C1-C12烷基(参见例如Imanishi等人,U.S.7,427,672)。
在某些实施方案中，此类4’至2’桥独立地包含1个至4个独立地选自以下的连接基团：-[C(Ra)(Rb)]n-、-[C(Ra)(Rb)]n-O-、-C(Ra)＝C(Rb)-、-C(Ra)＝N-、-C(＝NRa)-、-C(＝O)-、-C(＝S)-、-O-、-Si(Ra)2-、-S(＝O)x-和-N(Ra)-；
其中：
x为0、1或2；
n为1、2、3或4；
各Ra和Rb独立地为H、保护基、羟基、C1-C12烷基、经取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、经取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、经取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、经取代的C5-C20芳基、杂环基、经取代的杂环基、杂芳基、经取代的杂芳基、C5-C7脂环族基、经取代的C5-C7脂环族基、卤素、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、酰基(C(＝O)-H)、经取代的酰基、CN、磺酰基(S(＝O)2-J1)或亚硫酰基(S(＝O)-J1)；且各J1和J2独立地为H、C1-C12烷基、经取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、经取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、经取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、经取代的C5-C20芳基、酰基(C(＝O)-H)、经取代的酰基、杂环基、经取代的杂环基、C1-C12氨基烷基、经取代的C1-C12氨基烷基或保护基。
其它双环糖部分为本领域中已知，参见例如：Freier等人,Nucleic AcidsResearch,1997,25(22),4429-4443；Albaek等人,J.Org.Chem.,2006,71,7731-7740；Singh等人,Chem.Commun.,1998,4,455-456；Koshkin等人,Tetrahedron,1998,54,3607-3630；Wahlestedt等人,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,2000,97,5633-5638；Kumar等人,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222；Singh等人,J.Org.Chem.,1998,63,10035-10039；Srivastava等人,J.Am.Chem.Soc.,2007,129,8362-8379；Elayadi等人,Curr.Opinion Invens.Drugs,2001,2,558-561；Braasch等人,Chem.Biol.,2001,8,1-7；Orum等人,Curr.Opinion Mol.Ther.,2001,3,239-243；Wengel等人,U.S.7,053,207；Imanishi等人,U.S.6,268,490；Imanishi等人U.S.6,770,748；Imanishi等人,U.S.RE44,779；Wengel等人,U.S.6,794,499；Wengel等人,U.S.6,670,461；Wengel等人,U.S.7,034,133；Wengel等人,U.S.8,080,644；Wengel等人,U.S.8,034,909；Wengel等人,U.S.8,153,365；Wengel等人,U.S.7,572,582；和Ramasamy等人,U.S.6,525,191；Torsten等人,WO2004/106356；Wengel等人,WO 1999/014226；Seth等人,WO 2007/134181；Seth等人,U.S.7,547,684；Seth等人,U.S.7,666,854；Seth等人,U.S.8,088,746；Seth等人,U.S.7,750,131；Seth等人,U.S.8,030,467；Seth等人,U.S.8,268,980；Seth等人,U.S.8,546,556；Seth等人,U.S.8,530,640；Migawa等人,U.S.9,012,421；Seth等人,U.S.8,501,805；Allerson等人,US2008/0039618；和Migawa等人,US2015/0191727。
在某些实施方案中，双环糖部分和并入此类双环糖部分的核苷通过异构体构型进一步定义。举例来说，LNA核苷(本文所述)可呈α-L构型或呈β-D构型。
Figure BDA0003190234930000961
α-L-亚甲基氧基(4’-CH2-O-2’)或α-L-LNA双环核苷已并入显示反义活性的寡核苷酸中(Frieden等人,Nucleic Acids Research,2003,21,6365-6372)。本文中，双环核苷的概述包括两种异构体构型。当在本文中的例示实施方案中确定特定双环核苷(例如LNA或cEt)的位置时，除非另作说明，否则其呈β-D构型。
在某些实施方案中，经修饰的糖部分包含一个或多个非桥接糖取代基和一个或多个桥接糖取代基(例如5’取代和4’-2’桥接糖)。
在某些实施方案中，经修饰的糖部分为糖替代物。在某些此类实施方案中，糖部分的氧原子例如经硫原子、碳原子或氮原子置换。在某些此类实施方案中，此类经修饰的糖部分也包含如本文所述的桥接和/或非桥接取代基。举例来说，某些糖替代物包含4’-硫原子和在2’位(参见例如Bhat等人,U.S.7,875,733和Bhat等人,U.S.7,939,677)和/或5’位上的取代。
在某些实施方案中，糖替代物包含具有除5以外的个数的原子的环。举例来说，在某些实施方案中，糖替代物包含六员四氢吡喃(“THP”)。此类四氢吡喃可进一步经修饰或经取代。包含此类经修饰的四氢吡喃的核苷包括但不限于己糖醇核酸(“HNA”)、安醇(anitol)核酸(“ANA”)、甘露糖醇核酸(“MNA”)(参见例如Leumann,CJ.Bioorg.&Med.Chem.2002,10,841-854)、氟HNA：
Figure BDA0003190234930000971
(“F-HNA”，参见例如Swayze等人,U.S.8,088,904；Swayze等人,U.S.8,440,803；和Swayze等人,U.S.9,005,906，F-HNA还可称为F-THP或3’-氟四氢吡喃)和具有下式的包含其它经修饰的THP化合物的核苷：
Figure BDA0003190234930000981
其中对于所述经修饰的THP核苷中的每一种，独立地：
Bx为核碱基部分；
T3和T4各自独立地为将经修饰的THP核苷连接于寡核苷酸的其余部分的核苷间连接基团，或T3与T4中的一种为将经修饰的THP核苷连接于寡核苷酸的其余部分的核苷间连接基团且T3与T4中的另一种为H、羟基保护基、连接的缀合基团或5’或3’末端基；q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7各自独立地为H、C1-C6烷基、经取代的C1-C6烷基、C2-C6烯基、经取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或经取代的C2-C6炔基；且R1和R2中的每一个独立地选自：氢、卤素、经取代或未经取代的烷氧基、NJ1J2、SJ1、N3、OC(＝X)J1、OC(＝X)NJ1J2、NJ3C(＝X)NJ1J2和CN，其中X为O、S或NJ1且各J1、J2和J3独立地为H或C1-C6烷基。
在某些实施方案中，提供经修饰的THP核苷，其中q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7各为H。在某些实施方案中，q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7中的至少一个不为H。在某些实施方案中，q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7中的至少一个为甲基。在某些实施方案中，提供经修饰的THP核苷，其中R1和R2中的一个为F。在某些实施方案中，R1为F且R2为H，在某些实施方案中，R1为甲氧基且R2为H，并且在某些实施方案中，R1为甲氧基乙氧基且R2为H。
在某些实施方案中，糖替代物包含具有超过5个原子和超过一个杂原子的环。举例来说，已报道包含吗啉基糖部分的核苷和其在寡核苷酸中的使用(参见例如Braasch等人,Biochemistry,2002,41,4503-4510和Summerton等人,U.S.5,698,685；Summerton等人,U.S.5,166,315；Summerton等人,U.S.5,185,444；和Summerton等人,U.S.5,034,506)。如这里所用，术语“吗啉基”意指具有以下结构的糖替代物：
Figure BDA0003190234930000991
在某些实施方案中，吗啉基可例如通过自以上吗啉基结构添加或改变多种取代基团而修饰。此类糖替代物在本文中称为“经修饰的吗啉基”。
在某些实施方案中，糖替代物包含非环状部分。包含此类非环状糖替代物的核苷和寡核苷酸的实例包括但不限于：肽核酸(“PNA”)、非环状丁基核酸(参见例如Kumar等人,Org.Biomol.Chem.,2013,11,5853-5865)和Manoharan等人,US2013/130378中所述的核苷和寡核苷酸。
本领域中已知可用于经修饰的核苷中的许多其它双环和三环糖和糖替代物环体系。
2.经修饰的核碱基
核碱基(或碱基)修饰或取代在结构上与天然存在或合成的未经修饰的核碱基不同，而在功能上可互换。天然与经修饰的核碱基能够参与氢键键合。此类核碱基修饰可赋予反义化合物核酸酶稳定性、结合特异性或一些其它有益生物特性。
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含经修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含一个或多个包含未经修饰的核碱基的核苷。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含一个或多个包含经修饰的核碱基的核苷。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含一个或多个不包含核碱基的核苷，称为无碱基核苷。
在某些实施方案中，经修饰的核碱基选自：5-取代嘧啶、6-氮杂嘧啶、经烷基或炔基取代的嘧啶、经烷基取代的嘌呤以及N-2、N-6和O-6取代的嘌呤。在某些实施方案中，经修饰的核碱基选自：2-氨基丙基腺嘌呤、5-羟基甲基胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、黄嘌呤、次黄嘌呤、2-氨基腺嘌呤、6-N-甲基鸟嘌呤、6-N-甲基腺嘌呤、2-丙基腺嘌呤、2-硫尿嘧啶、2-硫胸腺嘧啶和2-硫胞嘧啶、5-丙炔基(-C≡C-CH3)尿嘧啶、5-丙炔基胞嘧啶、6-偶氮尿嘧啶、6-偶氮胞嘧啶、6-偶氮胸腺嘧啶、5-核糖基尿嘧啶(假尿嘧啶)、4-硫尿嘧啶、8-卤代基、8-氨基、8-硫醇基、8-硫代烷基、8-羟基、8-氮杂和其它8取代的嘌呤、5-卤代基、尤其是5-溴、5-三氟甲基、5-卤代基尿嘧啶和5-卤代基胞嘧啶、7-甲基鸟嘌呤、7-甲基腺嘌呤、2-F-腺嘌呤、2-氨基腺嘌呤、7-脱氮鸟嘌呤、7-脱氮腺嘌呤、3-脱氮鸟嘌呤、3-脱氮腺嘌呤、6-N-苯甲基腺嘌呤、2-N-异丁酰基鸟嘌呤、4-N-苯甲酰基胞嘧啶、4-N-苯甲酰基尿嘧啶、5-甲基4-N-苯甲酰基胞嘧啶、5-甲基4-N-苯甲酰基尿嘧啶、通用碱基、疏水性碱基、混杂碱基、尺寸扩大的碱基和氟化碱基。其它经修饰的核碱基包括三环嘧啶，诸如1,3-二氮杂吩噁嗪-2-酮、1,3-二氮杂吩噻嗪-2-酮和9-(2-氨基乙氧基)-1,3-二氮杂吩噁嗪-2-酮(G-夹)。经修饰的核碱基还可包括其中嘌呤或嘧啶碱基经其它杂环置换的核碱基，例如7-脱氮-腺嘌呤、7-脱氮鸟苷、2-氨基吡啶和2-吡啶酮。其它核碱基包括Merigan等人,U.S.3,687,808中公开的那些碱基；TheConcise Encyclopedia Of Polymer Science and Engineering,Kroschwitz,J.I.编辑,John Wiley&Sons,1990,858-859；Englisch等人,Angewandte Chemie,国际版,1991,30,613；Sanghvi,Y.S.,第15章,Antisense Research and Applications,Crooke,S.T.和Lebleu,B.编辑,CRC Press,1993,273-288中公开的那些碱基；及第6和15章,AntisenseDrug Technology,Crooke S.T.编辑,CRC Press,2008,163-166和442-443中公开的那些碱基。
教导某些以上提出的经修饰的核碱基以及其它经修饰的核碱基的制备的公布包括不限于：Manoharan等人,US2003/0158403；Manoharan等人,US2003/0175906；Dinh等人,U.S.4,845,205；Spielvogel等人,U.S.5,130,302；Rogers等人,U.S.5,134,066；Bischofberger等人,U.S.5,175,273；Urdea等人,U.S.5,367,066；Benner等人,U.S.5,432,272；Matteucci等人,U.S.5,434,257；Gmeiner等人,U.S.5,457,187；Cook等人,U.S.5,459,255；Froehler等人,U.S.5,484,908；Matteucci等人,U.S.5,502,177；Hawkins等人,U.S.5,525,711；Haralambidis等人,U.S.5,552,540；Cook等人,U.S.5,587,469；Froehler等人,U.S.5,594,121；Switzer等人,U.S.5,596,091；Cook等人,U.S.5,614,617；Froehler等人,U.S.5,645,985；Cook等人,U.S.5,681,941；Cook等人,U.S.5,811,534；Cook等人,U.S.5,750,692；Cook等人,U.S.5,948,903；Cook等人,U.S.5,587,470；Cook等人,U.S.5,457,191；Matteucci等人,U.S.5,763,588；Froehler等人,U.S.5,830,653；Cook等人,U.S.5,808,027；Cook等人,6,166,199；和Matteucci等人,U.S.6,005,096。
在某些实施方案中，靶向YAP1核酸的化合物包含一个或多个经修饰的核碱基。在某些实施方案中，经修饰的核碱基为5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
3.经修饰的核苷间连键
RNA和DNA的天然存在的核苷间连键为3’至5’磷酸二酯连键。在某些实施方案中，常常选择具有一个或多个经修饰的，即非天然存在的核苷间连键的本文所述的化合物，其优于具有天然存在的核苷间连键的化合物，因为具有合乎需要的特性，诸如增强的细胞吸收、增强的对靶标核酸的亲和力和在核酸酶存在下增加的稳定性。
具有手性中心的代表性核苷间连键包括但不限于烷基磷酸酯和硫代磷酸酯。包含具有手性中心的核苷间连键的经修饰的寡核苷酸可制备为包含立体结构无规的核苷间连键的经修饰的寡核苷酸群体，或制备为包含呈特定立体化学构型的硫代磷酸酯连键的经修饰的寡核苷酸群体。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸群体包含硫代磷酸酯核苷间连键，其中所有硫代磷酸酯核苷间连键均为立体结构无规的。此类经修饰的寡核苷酸可使用随机选择各硫代磷酸酯连键的立体化学构型的合成方法产生。但是，如本领域的技术人员所充分了解，各个别寡核苷酸分子的各个别硫代磷酸酯具有界定的立体构型。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸群体富集包含一个或多个呈特定的独立选择的立体化学构型的特定硫代磷酸酯核苷间连键的经修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯连键的特定构型存在于群体中至少65％分子中。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯连键的特定构型存在于群体中至少70％分子中。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯连键的特定构型存在于群体中至少80％分子中。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯连键的特定构型存在于群体中至少90％分子中。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯连键的特定构型存在于群体中至少99％分子中。经修饰的寡核苷酸的此类手性富集群体可使用本领域中已知的合成方法，例如以下中所述的方法产生：Oka等人,JACS 125,8307(2003)；Wan等人Nuc.Acid.Res.42,13456(2014)；和WO 2017/015555。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸群体富集具有至少一个呈(Sp)构型的所指示硫代磷酸酯的经修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸群体富集具有至少一个呈(Rp)构型的硫代磷酸酯的经修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，包含(Rp)和/或(Sp)硫代磷酸酯的经修饰的寡核苷酸分别包含下式中的一种或多种，其中“B”指示核碱基：
Figure BDA0003190234930001021
除非另外指示，否则本文所述的经修饰的寡核苷酸的手性核苷间连键可为立体结构无规的或呈特定立体化学构型。
在某些实施方案中，靶向YAP1核酸的化合物包含一个或多个经修饰的核苷间连键。在某些实施方案中，经修饰的核苷间连键为硫代磷酸酯连键。在某些实施方案中，反义化合物的各核苷间连键为硫代磷酸酯核苷间连键。
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含寡核苷酸。具有经修饰的核苷间连键的寡核苷酸包括保留磷原子的核苷间连键以及无磷原子的核苷间连键。代表性含磷核苷间连键包括(但不限于)磷酸二酯、磷酸三酯、甲基膦酸酯、氨基磷酸酯和硫代磷酸酯。熟知含磷连键和不含磷连键的制备方法。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸的核苷可使用任何核苷间连键连接在一起。两类主要核苷间连接基团由磷原子的存在或缺乏定义。代表性含磷核苷间连键包括但不限于含有磷酸二酯键(“P＝O”)(也称为未经修饰或天然存在的连键)的磷酸酯、磷酸三酯、甲基膦酸酯、氨基磷酸酯和硫代磷酸酯(“P＝S”)和二硫代磷酸酯(“HS-P＝S”)。代表性不含磷核苷间连接基团包括但不限于亚甲基甲基亚氨基(-CH2-N(CH3)-O-CH2-)、硫二酯、硫代氨基甲酸酯(-O-C(＝O)(NH)-S-)；硅氧烷(-O-SiH2-O-)；和N,N’-二甲基肼(-CH2-N(CH3)-N(CH3)-)。与天然存在的磷酸酯键相比，经修饰的核苷间连键可用于改变，通常增加寡核苷酸的核酸酶抗性。在某些实施方案中，具有手性原子的核苷间连键可制备为外消旋混合物或分开的对映异构体。代表性手性核苷间连键包括但不限于烷基膦酸酯和硫代磷酸酯。含磷和不含磷核苷间连键的制备方法为本领域的技术人员所熟知。
中性核苷间连键包括不限于磷酸三酯、甲基膦酸酯、MMI(3’-CH2-N(CH3)-O-5’)、酰胺-3(3’-CH2-C(＝O)-N(H)-5’)、酰胺-4(3’-CH2-N(H)-C(＝O)-5’)、甲缩醛(3’-O-CH2-O-5’)、甲氧基丙基和硫代甲缩醛(3’-S-CH2-O-5’)。其它中性核苷间连键包括包含硅氧烷(二烷基硅氧烷)、羧酸酯、羧酰胺、硫化物、磺酸酯和酰胺的非离子连键(参见例如：Carbohydrate Modifications in Antisense Research；Y.S.Sanghvi和P.D.Cook编辑，ACS Symposium Series 580；第3章和第4章，40-65)。其它中性核苷间连键包括包含混合N、O、S和CH2构成部分的非离子连键。
在某些实施方案中，寡核苷酸包含以确定模式沿着寡核苷酸或其区域排列的经修饰的核苷间连键或经修饰的核苷间连键基序。在某些实施方案中，核苷间连键排列在缺口基序中。在此类实施方案中，两个翼区域中的各区域中的核苷间连键与缺口区域中的核苷间连键不同。在某些实施方案中，翼中的核苷间连键为磷酸二酯，并且缺口中的核苷间连键为硫代磷酸酯。核苷基序被独立地选择，因此具有缺口核苷间连键基序的此类寡核苷酸可具有或不具有缺口核苷基序，并且若其具有缺口核苷基序，则翼和缺口长度可相同或不同。
在某些实施方案中，寡核苷酸包含具有交替核苷间连键基序的区域。在某些实施方案中，寡核苷酸包含具有经一致修饰的核苷间连键的区域。在某些此类实施方案中，寡核苷酸包含一致由硫代磷酸酯核苷间连键连接的区域。在某些实施方案中，寡核苷酸一致由硫代磷酸酯连接。在某些实施方案中，寡核苷酸的各核苷间连键选自磷酸二酯和硫代磷酸酯。在某些实施方案中，寡核苷酸的各核苷间连键选自磷酸二酯和硫代磷酸酯且至少一个核苷间连键为硫代磷酸酯。
在某些实施方案中，寡核苷酸包含至少6个硫代磷酸酯核苷间连键。在某些实施方案中，寡核苷酸包含至少8个硫代磷酸酯核苷间连键。在某些实施方案中，寡核苷酸包含至少10个硫代磷酸酯核苷间连键。在某些实施方案中，寡核苷酸包含具有至少6个连续硫代磷酸酯核苷间连键的至少一个嵌段。在某些实施方案中，寡核苷酸包含具有至少8个连续硫代磷酸酯核苷间连键的至少一个嵌段。在某些实施方案中，寡核苷酸包含具有至少10个连续硫代磷酸酯核苷间连键的至少一个嵌段。在某些实施方案中，寡核苷酸包含具有至少12个连续硫代磷酸酯核苷间连键的至少一个嵌段。在某些此类实施方案中，至少一个此类嵌段位于寡核苷酸的3’端。在某些此类实施方案中，至少一个此类嵌段位于寡核苷酸的3’端的3个核苷内。
在某些实施方案中，寡核苷酸包含一个或多个甲基膦酸酯连键。在某些实施方案中，具有缺口聚物核苷基序的寡核苷酸除一个或两个甲基膦酸酯连键外包含所有硫代磷酸酯连键的连键基序。在某些实施方案中，一个甲基膦酸酯连键处于具有缺口聚物核苷基序的寡核苷酸的中心缺口中。
在某些实施方案中，需要排列硫代磷酸酯核苷间连键和磷酸二酯核苷间连键的数目以维持核酸酶抗性。在某些实施方案中，需要排列硫代磷酸酯核苷间连键的数目和位置以及磷酸二酯核苷间连键的数目和位置以维持核酸酶抗性。在某些实施方案中，硫代磷酸酯核苷间连键的数目可减少且磷酸二酯核苷间连键的数目可增加。在某些实施方案中，硫代磷酸酯核苷间连键的数目可减少且磷酸二酯核苷间连键的数目可增加，同时仍维持核酸酶抗性。在某些实施方案中，需要减少硫代磷酸酯核苷间连键的数目，同时保留核酸酶抗性。在某些实施方案中，需要增加磷酸二酯核苷间连键的数目，同时保留核酸酶抗性。
某些基序
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含寡核苷酸。寡核苷酸可具有基序，例如未经修饰和/或经修饰的糖部分、核碱基和/或核苷间连键的模式。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含一个或多个包含经修饰的糖的经修饰的核苷。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含一个或多个包含经修饰的核碱基的经修饰的核苷。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含一个或多个经修饰的核苷间连键。在此类实施方案中，经修饰的寡核苷酸的经修饰、未经修饰和经不同修饰的糖部分、核碱基和/或核苷间连键界定一模式或基序。在某些实施方案中，糖部分、核碱基和核苷间连键的模式各彼此无关。因此，经修饰的寡核苷酸可通过其糖基序、核碱基基序和/或核苷间连键基序来描述(如本文所用，核碱基基序描述与核碱基序列无关的对核碱基的修饰)。
a.某些糖基序
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含寡核苷酸。在某些实施方案中，寡核苷酸包含沿着寡核苷酸或其区域排列的呈确定模式或糖基序的一个或多个类型经修饰的糖和/或未经修饰的糖部分。在某些情况下，此类糖基序包括但不限于本文中论述的任一糖修饰。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含具有缺口聚物基序的区域或由其组成，其包含两个外部区域或“翼”和中央或内部区域或“缺口”。缺口聚物基序(5’翼、缺口和3’翼)的三个区域形成核苷的连续序列，其中各翼的核苷的至少一些糖部分与缺口的核苷的至少一些糖部分不同。特定来说，至少最靠近缺口的各翼的核苷(5’翼的3’最末端核苷和3’翼的5’最末端核苷)的糖部分与相邻缺口核苷的糖部分不同，因此界定翼与缺口之间的边界(即翼/缺口接合处)。在某些实施方案中，缺口内的糖部分彼此相同。在某些实施方案中，缺口包括一个或多个具有与缺口的一个或多个其它核苷的糖部分不同的糖部分的核苷。在某些实施方案中，两个翼的糖基序彼此相同(对称缺口聚物)。在某些实施方案中，5’翼的糖基序与3’翼的糖基序不同(不对称缺口聚物)。
在某些实施方案中，缺口聚物的翼包含1-5个核苷。在某些实施方案中，缺口聚物的翼包含2-5个核苷。在某些实施方案中，缺口聚物的翼包含3-5个核苷。在某些实施方案中，缺口聚物的核苷均为经修饰的核苷。
在某些实施方案中，缺口聚物的缺口包含7-12个核苷。在某些实施方案中，缺口聚物的缺口包含7-10个核苷。在某些实施方案中，缺口聚物的缺口包含8-10个核苷。在某些实施方案中，缺口聚物的缺口包含10个核苷。在某些实施方案中，缺口聚物的缺口的各核苷为未经修饰的2’-脱氧核苷。
在某些实施方案中，缺口聚物为脱氧缺口聚物。在此类实施方案中，各翼/缺口接合处的缺口侧上的核苷为未经修饰的2’-脱氧核苷，并且各翼/缺口接合处的翼侧上的核苷为经修饰的核苷。在某些此类实施方案中，缺口的各核苷为未经修饰的2’-脱氧核苷。在某些此类实施方案中，各翼的各核苷为经修饰的核苷。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸具有经充分修饰的糖基序，其中经修饰的寡核苷酸的各核苷包含经修饰的糖部分。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含具有经充分修饰的糖基序的区域或由其组成，其中该区域的各核苷包含经修饰的糖部分。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含具有经充分修饰的糖基序的区域或由其组成，其中经充分修饰的区域内的各核苷包含相同的经修饰的糖部分，本文中称为经一致修饰的糖基序。在某些实施方案中，经充分修饰的寡核苷酸为经一致修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，经一致修饰的寡核苷酸的各核苷包含相同的2’-修饰。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸可包含糖基序，如以下中所述：Swayze等人,US2010/0197762；Freier等人,US2014/0107330；Freier等人,US2015/0184153；和Seth等人,US2015/0267195，各自通过引用以其整体并入本文中。
本文提供的某些实施方案涉及适用于抑制靶标核酸表达的经修饰的低聚化合物，其可用于治疗、预防、改善或减缓与此类靶标核酸相关的疾病的进展。在某些实施方案中，经修饰的低聚化合物包含作为具有某些糖基序的缺口聚物的反义寡核苷酸。在某些实施方案中，本文提供的缺口聚物糖基序可与任何核碱基序列和任何核苷间连键基序组合，形成强效的反义寡核苷酸。
在某些实施方案中，方法包括使细胞接触或向受试者施用包含由16个连接的核苷组成且具有以下基序的经修饰的寡核苷酸的化合物：ekk-d9-kkee，其中“d”表示2’-脱氧核糖，“k”表示cEt核苷，并且“e”表示2’-MOE核苷。在某些实施方案中，细胞为癌细胞。在某些实施方案中，受试者患有癌症。在某些实施方案中，向受试者施用化合物以治疗受试者的癌症。
在某些实施方案中，方法包括使细胞接触或向受试者施用包含由16个连接的核苷组成且具有以下基序的经修饰的寡核苷酸的化合物：k-d9-kekeke，其中“d”表示2’-脱氧核糖，“k”表示cEt核苷，并且“e”表示2’-MOE核苷。在某些实施方案中，细胞为癌细胞。在某些实施方案中，受试者患有癌症。在某些实施方案中，向受试者施用化合物以治疗受试者的癌症。
在某些实施方案中，方法包括使细胞接触或向受试者施用包含由16个连接的核苷组成且具有以下基序的经修饰的寡核苷酸的化合物：kkk-d8-kekek，其中“d”表示2’-脱氧核糖，“k”表示cEt核苷，并且“e”表示2’-MOE核苷。在某些实施方案中，细胞为癌细胞。在某些实施方案中，受试者患有癌症。在某些实施方案中，向受试者施用化合物以治疗受试者的癌症。
在某些实施方案中，方法包括使细胞接触或向受试者施用包含由16个连接的核苷组成且具有以下基序的经修饰的寡核苷酸的化合物：kkk-d9-keke，其中“d”表示2’-脱氧核糖，“k”表示cEt核苷，并且“e”表示2’-MOE核苷。在某些实施方案中，细胞为癌细胞。在某些实施方案中，受试者患有癌症。在某些实施方案中，向受试者施用化合物以治疗受试者的癌症。
在某些实施方案中，方法包括使细胞接触或向受试者施用包含由16个连接的核苷组成且具有以下基序的经修饰的寡核苷酸的化合物：kk-d9-kdkdk，其中“d”表示2’-脱氧核糖，“k”表示cEt核苷，并且“e”表示2’-MOE核苷。在某些实施方案中，细胞为癌细胞。在某些实施方案中，受试者患有癌症。在某些实施方案中，向受试者施用化合物以治疗受试者的癌症。
在某些实施方案中，化合物包含由16个连接的核苷组成且具有以下基序的经修饰的寡核苷酸：kk-d9-eeekk，其中“d”表示2’-脱氧核糖，“k”表示cEt核苷，并且“e”表示2’-MOE核苷。在某些实施方案中，方法包括使细胞接触或向受试者施用包含由16个连接的核苷组成且具有以下基序的经修饰的寡核苷酸的化合物：kk-d9-eeekk，其中“d”表示2’-脱氧核糖，“k”表示cEt核苷，并且“e”表示2’-MOE核苷。在某些实施方案中，细胞为癌细胞。在某些实施方案中，受试者患有癌症。在某些实施方案中，向受试者施用化合物以治疗受试者的癌症。
在某些实施方案中，方法包括使细胞接触或向受试者施用包含由16个连接的核苷组成且具有以下基序的经修饰的寡核苷酸的化合物：kk-d9-ekeke，其中“d”表示2’-脱氧核糖，“k”表示cEt核苷，并且“e”表示2’-MOE核苷。在某些实施方案中，细胞为癌细胞。在某些实施方案中，受试者患有癌症。在某些实施方案中，向受试者施用化合物以治疗受试者的癌症。
b.某些核碱基基序
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含寡核苷酸。在某些实施方案中，寡核苷酸包含沿着寡核苷酸或其区域排列的呈确定模式或基序的经修饰和/或未经修饰的核碱基。在某些实施方案中，各核碱基经修饰。在某些实施方案中，核碱基中均未被修饰。在某些实施方案中，各嘌呤或各嘧啶经修饰。在某些实施方案中，各腺嘌呤经修饰。在某些实施方案中，各鸟嘌呤经修饰。在某些实施方案中，各胸腺嘧啶经修饰。在某些实施方案中，各尿嘧啶经修饰。在某些实施方案中，各胞嘧啶经修饰。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸中的一些或所有胞嘧啶核碱基为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含经修饰的核碱基的嵌段。在某些此类实施方案中，嵌段在寡核苷酸的3’端。在某些实施方案中，嵌段在寡核苷酸的3’端的3个核苷内。在某些实施方案中，嵌段在寡核苷酸的5’端。在某些实施方案中，嵌段在寡核苷酸的5’端的3个核苷内。
在某些实施方案中，具有缺口聚物基序的寡核苷酸包含含有经修饰的核碱基的核苷。在某些此类实施方案中，一个包含经修饰的核碱基的核苷在具有缺口聚物基序的寡核苷酸的中央缺口中。在某些此类实施方案中，该核苷的糖部分为2’-脱氧核糖基部分。在某些实施方案中，经修饰的核碱基选自：2-硫代嘧啶和5-丙炔嘧啶。
c.某些核苷间连键基序
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含寡核苷酸。在某些实施方案中，寡核苷酸包含沿着寡核苷酸或其区域排列的呈确定模式或基序的经修饰和/或未经修饰的核苷间连键。在某些实施方案中，本质上各核苷间连接基团为磷酸酯核苷间连键(P＝O)。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸的各核苷间连接基团为硫代磷酸酯(P＝S)。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸的各核苷间连接基团独立地选自硫代磷酸酯核苷间连键和磷酸酯核苷间连键。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸的糖基序为缺口聚物且缺口内的核苷间连键均经修饰。在某些此类实施方案中，翼中一些或所有核苷间连键为未经修饰的磷酸酯连键。在某些实施方案中，末端核苷间连键经修饰。
4.某些经修饰的寡核苷酸
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含经修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，以上修饰(糖、核碱基、核苷间连键)并入经修饰的寡核苷酸中。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸以其修饰、基序和全长为特征。在某些实施方案中，此类参数各彼此无关。因此，除非另外指示，否则具有缺口聚物糖基序的寡核苷酸的各核苷间连键可经修饰或未经修饰，并且可遵循或可不遵循糖修饰的缺口聚物修饰模式。举例来说，糖缺口聚物的翼区域内的核苷间连键可彼此相同或不同，并且可与糖基序的缺口区域的核苷间连键相同或不同。同样，此类缺口聚物寡核苷酸可包含一个或多个与糖修饰的缺口聚物模式无关的经修饰的核碱基。此外，在某些情况下，寡核苷酸通过全长或范围以及通过两个或更多个区域(例如具有指定糖修饰的核苷的区域)的长度或长度范围来描述，在此类情况下，可选择产生全长超出指定范围的寡核苷酸的各范围数目。在此类情况下，必须满足两个要素。举例来说，在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由15-20个连接的核苷组成且具有由A、B和C三个区域组成的糖基序，其中区域A由2-6个具有指定糖基序的连接的核苷组成，区域B由6-10个具有指定糖基序的连接的核苷组成，并且区域C由2-6个具有指定糖基序的连接的核苷组成。此类实施方案不包括其中A和C各由6个连接的核苷组成且B由10个连接的核苷组成的经修饰的寡核苷酸(即使在A、B和C的要求内允许核苷的那些数目)，因为此类寡核苷酸的全长为22，超过经修饰的寡核苷酸的全长上限(20)。本文中，若寡核苷酸的描述在一个或多个参数方面沉默，则此类参数不受限制。因此，仅仅描述为具有缺口聚物糖基序且无进一步描述的经修饰的寡核苷酸可具有任何长度、核苷间连键基序和核碱基基序。除非另外指示，否则所有修饰均与核碱基序列无关。
某些缀合化合物
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含寡核苷酸(经修饰或未经修饰)和任选的一个或多个缀合基团和/或端基或由其组成。缀合基团由一个或多个缀合部分和将缀合部分连接于寡核苷酸的缀合接头组成。缀合基团可连接于寡核苷酸的任一个或两个末端和/或任何内部位置。在某些实施方案中，缀合基团连接于经修饰的寡核苷酸的核苷的2’-位。在某些实施方案中，连接于寡核苷酸的任一个或两个末端的缀合基团为端基。在某些此类实施方案中，缀合基团或端基连接在寡核苷酸的3’和/或5’端。在某些此类实施方案中，缀合基团(或端基)连接在寡核苷酸的3’端。在某些实施方案中，缀合基团连接在寡核苷酸的3’端附近。在某些实施方案中，缀合基团(或端基)连接在寡核苷酸的5’端。在某些实施方案中，缀合基团连接在寡核苷酸的5’端附近。
在某些实施方案中，寡核苷酸经修饰。在某些实施方案中，化合物的寡核苷酸具有与靶标核酸互补的核碱基序列。在某些实施方案中，寡核苷酸与信使RNA(mRNA)互补。在某些实施方案中，寡核苷酸与有义转录物互补。
端基的实例包括但不限于缀合基团、封端基团、磷酸酯部分、保护基、经修饰或未经修饰的核苷和两个或更多个独立地经修饰或未经修饰的核苷。
A.某些缀合基团
在某些实施方案中，寡核苷酸共价连接于一个或多个缀合基团。在某些实施方案中，缀合基团对所连接的寡核苷酸的一种或多种性质进行修改，所述性质包括但不限于药效学、药物动力学、稳定性、结合、吸收、组织分布、细胞分布、细胞吸收、电荷和清除。在某些实施方案中，缀合基团赋予所连接的寡核苷酸新特性，例如使寡核苷酸能够检测到的荧光团或报告基团。
先前已描述某些缀合基团和缀合部分，例如：胆固醇部分(Letsinger等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1989,86,6553-6556)、胆酸(Manoharan等人,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1994,4,1053-1060)、硫醚(例如己基-S-三苯甲基硫醇)(Manoharan等人,Ann.N.Y.Acad.Sci.,1992,660,306-309；Manoharan等人,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1993,3,2765-2770)、巯基胆固醇(Oberhauser等人,Nucl.AcidsRes.,1992,20,533-538)、脂肪族链(例如十二烷二醇)或十一烷基残基(Saison-Behmoaras等人,EMBO J.,1991,10,1111-1118；Kabanov等人,FEBS Lett.,1990,259,327-330；Svinarchuk等人,Biochimie,1993,75,49-54)、磷脂(例如二-十六烷基-外消旋-丙三醇或1,2-二-O-十六烷基-外消旋-甘油基-3-H-膦酸三乙铵)(Manoharan等人,TetrahedronLett.,1995,36,3651-3654；Shea等人,Nucl.Acids Res.,1990,18,3777-3783)、多胺或聚乙二醇链(Manoharan等人,Nucleosides&Nucleotides,1995,14,969-973)或金刚烷乙酸或棕榈基部分(Mishra等人,Biochim.Biophys.Acta,1995,1264,229-237)、十八烷基胺或己基氨基-羰基-氧基胆固醇部分(Crooke等人,J.Pharmacol.Exp.Ther.,1996,i,923-937)、生育酚基团(Nishina等人,Molecular Therapy Nucleic Acids,2015,4,e220；doi:10.1038/mtna.2014.72和Nishina等人,Molecular Therapy,2008,16,734-740)或GalNAc簇(例如WO2014/179620)。
1.缀合部分
缀合部分包括不限于嵌入剂、报告分子、多胺、聚酰胺、肽、碳水化合物(例如GalNAc)、维生素部分、聚乙二醇、硫醚、聚醚、胆固醇、巯基胆固醇、胆酸部分、叶酸、脂质、磷脂、生物素、吩嗪、菲啶、蒽醌、金刚烷、吖啶、荧光素、若丹明、香豆素、荧光团和染料。
在某些实施方案中，缀合部分包含活性原料药，例如阿司匹林(aspirin)、华法令(warfarin)、苯基保泰松(phenylbutazone)、布洛芬(ibuprofen)、舒洛芬(suprofen)、芬布芬(fenbufen)、酮洛芬(ketoprofen)、(S)-(+)-普拉洛芬((S)-(+)-pranoprofen)、卡洛芬(carprofen)、丹磺基肌氨酸(dansylsarcosine)、2,3,5-三碘苯甲酸、芬戈莫德(fingolimod)、氟灭酸(flufenamic acid)、亚叶酸(folinic acid)、苯噻二嗪(benzothiadiazide)、氯噻嗪(chlorothiazide)、二氮杂
Figure BDA0003190234930001131
(diazepine)、吲哚美辛(indomethicin)、巴比妥酸盐(barbiturate)、头孢菌素(cephalosporin)、磺胺药(sulfadrug)、抗糖尿病药、抗细菌剂或抗生素。
2.缀合接头
缀合部分通过缀合接头连接于寡核苷酸。在某些化合物中，缀合基团为单一化学键(即结合部分通过缀合接头通过单一键连接于寡核苷酸)。在某些实施方案中，缀合接头包含链结构，诸如烃基链，或诸如乙二醇、核苷或氨基酸单元的重复单元的低聚物。
在某些实施方案中，缀合接头包含选自烷基、氨基、氧基、酰胺、二硫化物、聚乙二醇、醚、硫醚和羟基氨基的一种或多种基团。在某些此类实施方案中，缀合接头包含选自烷基、氨基、氧基、酰胺和醚基的基团。在某些实施方案中，缀合接头包含选自烷基和酰氨基的基团。在某些实施方案中，缀合接头包含选自烷基和醚基的基团。在某些实施方案中，缀合接头包含至少一个含磷部分。在某些实施方案中，缀合接头包含至少一个磷酸基。在某些实施方案中，缀合接头包括至少一个中性连接基团。
在某些实施方案中，缀合接头，包括上述缀合接头，为双官能连接部分，例如本领域中已知可用于将缀合基团连接于母体化合物，诸如本文提供的寡核苷酸的连接部分。一般而言，双官能连接部分包含至少两个官能团。官能团之一经选择以与化合物上的特定位点结合，并且另一个经选择以与缀合基团结合。用于双官能连接部分中的官能团的实例包括但不限于与亲核基团反应的亲电试剂和与亲电子基团反应的亲核试剂。在某些实施方案中，双官能连接部分包含一种或多种选自氨基、羟基、羧酸、硫醇、烷基、烯基和炔基的基团。
缀合接头的实例包括但不限于吡咯烷、8-氨基-3,6-二氧杂辛酸(ADO)、4-(N-顺丁烯二酰亚胺甲基)环己烷-1-羧酸丁二酰亚胺酯(SMCC)和6-氨基己酸(AHEX或AHA)。其它缀合接头包括但不限于经取代或未经取代的C1-C10烷基、经取代或未经取代的C2-C10烯基或经取代或未经取代的C2-C10炔基，其中较佳取代基团的非限制性清单包括羟基、氨基、烷氧基、羧基、苯甲基、苯基、硝基、硫醇、硫基烷氧基、卤素、烷基、芳基、烯基和炔基。
在某些实施方案中，缀合接头包含1-10个接头-核苷。在某些实施方案中，此类接头-核苷为经修饰的核苷。在某些实施方案中，此类接头-核苷包含经修饰的糖部分。在某些实施方案中，接头-核苷未经修饰。在某些实施方案中，接头-核苷包含选自嘌呤、经取代的嘌呤、嘧啶或经取代的嘧啶的任选地保护的杂环碱基。在某些实施方案中，可裂解部分为选自尿嘧啶、胸腺嘧啶、胞嘧啶、4-N-苯甲酰基胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、4-N-苯甲酰基-5-甲基胞嘧啶、腺嘌呤、6-N-苯甲酰基腺嘌呤、鸟嘌呤和2-N-异丁酰基鸟嘌呤的核苷。在化合物到达靶标组织之后通常需要接头-核苷自化合物裂解。因此，接头-核苷通常通过可裂解键彼此连接和连接于化合物的其余部分。在某些实施方案中，此类可裂解键为磷酸二酯键。
本文中，接头-核苷不视为寡核苷酸的一部分。因此，在其中化合物包含由指定数目或范围的连接的核苷组成和/或与参考核酸具有指定互补百分比的寡核苷酸且化合物也包含含有缀合接头(包含接头-核苷)的缀合基团的实施方案中，那些接头-核苷不计入寡核苷酸的长度，并且在确定寡核苷酸与参考核酸的互补性百分比时不使用。举例来说，化合物可包含(1)由8-30个核苷组成的经修饰的寡核苷酸和(2)包含1-10个与经修饰的寡核苷酸的核苷相连续的接头-核苷的缀合基团。此类化合物中连续连接的核苷的总数大于30个。另选地，化合物可包含由8-30个核苷组成且无缀合基团的经修饰的寡核苷酸。此类化合物中连续连接的核苷的总数至多30个。除非另外指示，否则缀合接头包含至多10个接头-核苷。在某些实施方案中，缀合接头包含至多5个接头-核苷。在某些实施方案中，缀合接头包含至多3个接头-核苷。在某些实施方案中，缀合接头包含至多2个接头-核苷。在某些实施方案中，缀合接头包含至多1个接头-核苷。
在某些实施方案中，希望缀合基团自寡核苷酸裂解。举例来说，在某些情况下，包含特定缀合部分的化合物更好地由特定细胞类型吸收，但一旦吸收化合物后，希望缀合基团裂解以释放未缀合的或母体寡核苷酸。因此，某些缀合接头可包含一个或多个可裂解部分，通常在缀合接头内。在某些实施方案中，可裂解部分为可裂解连键。在某些实施方案中，可裂解部分为包含至少一个可裂解键的一组原子。在某些实施方案中，可裂解部分包含具有一个、两个、三个、四个或超过四个可裂解键的一组原子。在某些实施方案中，可裂解部分在细胞或亚细胞隔室，诸如溶酶体内，选择性地裂解。在某些实施方案中，可裂解部分由内源性酶，诸如核酸酶选择性地裂解。
在某些实施方案中，可裂解键选自：酰胺、酯、醚、磷酸二酯中的一种或两种酯、磷酸酯、氨基甲酸酯或二硫化物。在某些实施方案中，可裂解键为磷酸二酯的酯中的一种或两种。在某些实施方案中，可裂解部分包含磷酸酯或磷酸二酯。在某些实施方案中，可裂解部分为介于寡核苷酸与结合部分或缀合基团之间的磷酸酯键。
在某些实施方案中，可裂解部分包含一种或多种接头-核苷或由其组成。在某些此类实施方案中，一种或多种接头-核苷通过可裂解键彼此连接和/或连接于化合物的其余部分。在某些实施方案中，此类可裂解键为未经修饰的磷酸二酯键。在某些实施方案中，可裂解部分为通过磷酸酯核苷间连键连接于寡核苷酸的3'末端或5'末端核苷且通过磷酸酯或硫代磷酸酯连键共价连接于缀合接头或结合部分的其余部分的2'-脱氧核苷。在某些此类实施方案中，可裂解部分为2'-脱氧腺苷。
用于配制药物组合物的组合物和方法
本文所述的化合物可与药学上可接受的活性或惰性物质混合以制备药物组合物或制剂。用于配制药物组合物的组合物和方法视许多标准而定，包括(但不限于)施用途径、疾病程度或待施用剂量。
某些实施方案提供包含一种或多种化合物或其盐的药物组合物。在某些实施方案中，化合物为反义化合物或低聚化合物。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸或由其组成。在某些此类实施方案中，药物组合物包含合适的药学上可接受的稀释剂或载体。在某些实施方案中，药物组合物包含无菌盐水溶液和一种或多种化合物。在某些实施方案中，此类药物组合物由无菌盐水溶液和一种或多种化合物组成。在某些实施方案中，无菌盐水为制药等级盐水。在某些实施方案中，药物组合物包含一种或多种化合物和无菌水。在某些实施方案中，药物组合物由一种或多种化合物和无菌水组成。在某些实施方案中，无菌水为制药级水。在某些实施方案中，药物组合物包含一种或多种化合物和磷酸盐缓冲盐水(PBS)。在某些实施方案中，药物组合物由一种或多种化合物和无菌PBS组成。在某些实施方案中，无菌PBS为制药等级PBS。用于配制药物组合物的组合物和方法视许多标准而定，包括(但不限于)施用途径、疾病程度或待施用剂量。
靶向YAP1核酸的本文所述的化合物可通过将化合物与合适的药学上可接受的稀释剂或载体组合而用于药物组合物中。在某些实施方案中，药学上可接受的稀释剂为水，诸如适合于注射的无菌水。因此，在一个实施方案中，包含靶向YAP1核酸的化合物和药学上可接受的稀释剂的药物组合物用于本文所述的方法中。在某些实施方案中，药学上可接受的稀释剂为水。在某些实施方案中，化合物包含本文提供的经修饰的寡核苷酸或由其组成。
包含本文提供的化合物的药物组合物涵盖任何药学上可接受的盐、酯或此类酯的盐，或在施用于包括人在内的动物后能够提供(直接或间接)生物学上活性代谢物或其残余物的任何其它寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物为反义化合物或低聚化合物。在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸或由其组成。因此，举例来说，本公开还涉及化合物的药学上可接受的盐、前药、此类前药的药学上可接受的盐和其它生物等同物。合适药学上可接受的盐包括(但不限于)钠盐和钾盐。
前药可包括在化合物的一端或两端并入额外核苷，其在体内由内源核酸酶裂解，从而形成活性化合物。在某些实施方案中，化合物或组合物进一步包含药学上可接受的载体或稀释剂。
实施例
以下实施例描述用以鉴别靶向YAP1的先导化合物筛选过程。在进行筛选的超过3,000种寡核苷酸中，ION 958499、1076453、1197270、1198439、1198440、1198605、1198623、1198728、1198831或1198872显现为居首位的先导化合物。具体来说，在超过3,000种寡核苷酸中，在效力和耐受性方面，ION 1198440展现出特性的最佳组合。
非限制性公开和通过引用并入
虽然伴随本申请的序列表根据需要将各序列确定为“RNA”或“DNA”，但实际上，那些序列可通过化学修饰的任何组合来修饰。本领域的技术人员容易了解诸如“RNA”或“DNA”的描述经修饰的寡核苷酸的名称在某些情况下为任意的。举例来说，包含含有2'-OH糖部分和胸腺嘧啶碱基的核苷的寡核苷酸可被描述为具有经修饰的糖(2'-OH代替DNA的天然2'-H)的DNA或描述为具有经修饰的碱基(胸腺嘧啶(甲基化尿嘧啶)代替RNA的天然尿嘧啶)的RNA。
因此，本文提供的核酸序列，包括(但不限于)序列表中的序列，意图涵盖含有天然或经修饰的RNA和/或DNA的任何组合的核酸，包括(但不限于)具有经修饰的核碱基的此类核酸。借助于其它实例且不受限制，具有核碱基序列“ATCGATCG”的寡核苷酸涵盖具有无论经修饰或未经修饰的此类核碱基序列的任何寡核苷酸，包括(但不限于)包含RNA碱基的此类化合物，诸如具有序列“AUCGAUCG”的化合物，和具有一些DNA碱基和一些RNA碱基，诸如“AUCGATCG”的化合物，和具有其它经修饰的核碱基，诸如“ATmCGAUCG”的化合物，其中mC指示在5位包含甲基的胞嘧啶碱基。
虽然本文所述的某些化合物、组合物和方法已根据某些实施方案特别描述，但以下实施例仅仅用于说明本文所述的化合物且不意图限制它们。本申请中所引用的各参考文献通过引用以其整体并入本文中。
实施例1：A-431细胞中cEt缺口聚物对人Yap1的反义抑制
经修饰的寡核苷酸被设计为靶向Yap1核酸，并且测试它们在体外对Yap1 mRNA水平的作用。在具有类似培养条件的一系列实验中测试经修饰的寡核苷酸。在以下显示的单独表中呈现各实验的结果。使用自由吸收，用2,000nM经修饰的寡核苷酸处理以5,000个细胞/孔的密度培养的A-431细胞。在大约48小时的处理期之后，自细胞分离RNA且通过定量实时RTPCR测量Yap1 mRNA水平。使用人引物探针组RTS4814(正向序列GGGAAGTGAGCCTGTTTGGA，本文中称为SEQ ID NO.:11；反向序列ACTGTTGAACAAACTAAATGCTGTGA；本文中称为SEQ ID NO.:12；探针序列ATGGATGCCATTCCTTTTGCCCAGTT，本文中称为SEQ ID NO.:13)测量mRNA水平。如通过
Figure BDA0003190234930001191
所测量，将Yap1 mRNA水平以总RNA含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。具有以星号(*)标记的对照百分比值的经修饰的寡核苷酸靶向引物探针组的扩增子区域。可使用额外测定来测量靶向扩增子区域的经修饰的寡核苷酸的效力和功效。
将下表中新设计的经修饰的寡核苷酸设计为3-10-3cEt缺口聚物。缺口聚物长度为16个核苷，其中中央缺口区段由十个2'-脱氧核苷构成且在5'方向和3'方向上侧接各自包含三个核苷的翼区段。5'翼区段中的各核苷和3'翼区段中的各核苷具有cEt糖修饰。贯穿各缺口聚物的核苷间连键为硫代磷酸酯(P＝S)连键。贯穿各缺口聚物的所有胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
“起始位点”指示人基因序列中缺口聚物靶向的5’最末端核苷。“终止位点”指示人基因序列中缺口聚物靶向的3’最末端核苷。下表中列示的各缺口聚物靶向SEQ ID NO.:1(GENBANK登录号NM_001282101.1)或SEQ ID NO.:2(自核苷酸102107001至102236000截短的GENBANK登录号NC_000011.10)。“N/A”指示在100％互补下经修饰的寡核苷酸不靶向所述特定基因序列。“N.D.”指示在所述特定实验中所述特定经修饰的寡核苷酸的％UTC未确定。可在不同实验中确定经修饰的寡核苷酸的活性。
表1
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001201
Figure BDA0003190234930001211
表2
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001221
Figure BDA0003190234930001231
Figure BDA0003190234930001241
表3
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001242
Figure BDA0003190234930001251
Figure BDA0003190234930001261
实施例2：A-431细胞中cEt缺口聚物对人Yap1的反义抑制
经修饰的寡核苷酸被设计为靶向Yap1核酸，并且测试它们在体外对Yap1 mRNA水平的作用。在具有类似培养条件的一系列实验中测试经修饰的寡核苷酸。在以下显示的单独表中呈现各实验的结果。使用自由吸收，用2,000nM经修饰的寡核苷酸处理以5,000个细胞/孔的密度培养的A-431细胞。在大约48小时的处理期之后，自细胞分离RNA且通过定量实时RTPCR测量Yap1 mRNA水平。使用人引物探针组RTS4814测量mRNA水平。如通过
Figure BDA0003190234930001262
所测量，将Yap1 mRNA水平以总RNA含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。具有以星号(*)标记的对照百分比值的经修饰的寡核苷酸靶向引物探针组的扩增子区域。可使用额外测定来测量靶向扩增子区域的经修饰的寡核苷酸的效力和功效。
将下表中新设计的经修饰的寡核苷酸设计为3-10-3cEt缺口聚物。缺口聚物长度为16个核苷，其中中央缺口区段由十个2'-脱氧核苷构成且在5'方向和3'方向上侧接各自包含三个核苷的翼区段。5'翼区段中的各核苷和3'翼区段中的各核苷具有cEt糖修饰。贯穿各缺口聚物的核苷间连键为硫代磷酸酯(P＝S)连键。贯穿各缺口聚物的所有胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
“起始位点”指示人基因序列中缺口聚物靶向的5’最末端核苷。“终止位点”指示人基因序列中缺口聚物靶向的3’最末端核苷。下表中列出的缺口聚物靶向SEQ ID NO:1、SEQID NO:2、SEQ ID NO:3(GENBANK登录号NM_006106.4)或SEQ ID NO:4(GENBANK登录号NM_001130145.2)。‘N/A’指示在100％互补下经修饰的寡核苷酸不靶向所述特定基因序列。‘N.D.’指示在所述特定实验中所述特定经修饰的寡核苷酸的％UTC未确定。可在不同实验中确定经修饰的寡核苷酸的活性。
表4
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001271
Figure BDA0003190234930001281
Figure BDA0003190234930001291
表5
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001292
Figure BDA0003190234930001301
Figure BDA0003190234930001311
表6
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001312
Figure BDA0003190234930001321
Figure BDA0003190234930001331
表7
靶向SEQ ID NO.:3和4的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001341
实施例3：A-431细胞中cEt缺口聚物对人Yap1的反义抑制
经修饰的寡核苷酸被设计为靶向Yap1核酸，并且测试它们在体外对Yap1 mRNA水平的作用。在具有类似培养条件的一系列实验中测试经修饰的寡核苷酸。在以下显示的单独表中呈现各实验的结果。使用自由吸收，用2,000nM经修饰的寡核苷酸处理以5,000个细胞/孔的密度培养的A-431细胞。在大约48小时的处理期之后，自细胞分离RNA且通过定量实时RTPCR测量Yap1 mRNA水平。使用人引物探针组RTS36584(正向序列ACGACCAATAGCTCAGATCCT，本文中称为SEQ ID NO.:14；反向序列CACCTGTATCCATCTCATCCAC，本文中称为SEQ ID NO.:15；探针序列TGTAGCTGCTCATGCTTAGTCCACTG，本文中称为SEQ IDNO.:16)测量mRNA水平。如通过
Figure BDA0003190234930001342
所测量，将Yap1 mRNA水平以总RNA含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。具有以星号(*)标记的对照百分比值的经修饰的寡核苷酸靶向引物探针组的扩增子区域。可使用额外测定来测量靶向扩增子区域的经修饰的寡核苷酸的效力和功效。
将下表中新设计的经修饰的寡核苷酸设计为3-10-3cEt缺口聚物。缺口聚物长度为16个核苷，其中中央缺口区段由十个2'-脱氧核苷构成且在5'方向和3'方向上侧接各自包含三个核苷的翼区段。5'翼区段中的各核苷和3'翼区段中的各核苷具有cEt糖修饰。贯穿各缺口聚物的核苷间连键为硫代磷酸酯(P＝S)连键。贯穿各缺口聚物的所有胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
“起始位点”指示人基因序列中缺口聚物靶向的5’最末端核苷。“终止位点”指示人基因序列中缺口聚物靶向的3’最末端核苷。下表中列示的各缺口聚物靶向SEQ ID NO.:1或SEQ ID NO.:2。“N/A”指示在100％互补下经修饰的寡核苷酸不靶向所述特定基因序列。“N.D.”指示在所述特定实验中所述特定经修饰的寡核苷酸的％UTC未确定。可在不同实验中确定经修饰的寡核苷酸的活性。
表8
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001351
Figure BDA0003190234930001361
Figure BDA0003190234930001371
表9
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001372
Figure BDA0003190234930001381
Figure BDA0003190234930001391
表10
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001392
Figure BDA0003190234930001401
Figure BDA0003190234930001411
表11
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001421
Figure BDA0003190234930001431
Figure BDA0003190234930001441
表12
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001442
Figure BDA0003190234930001451
Figure BDA0003190234930001461
表13
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001462
Figure BDA0003190234930001471
Figure BDA0003190234930001481
实施例4：A-431细胞中cEt缺口聚物对人Yap1的反义抑制
经修饰的寡核苷酸被设计为靶向Yap1核酸，并且测试它们在体外对Yap1 mRNA水平的作用。在具有类似培养条件的一系列实验中测试经修饰的寡核苷酸。在以下显示的单独表中呈现各实验的结果。使用自由吸收，用2,000nM经修饰的寡核苷酸处理以5,000个细胞/孔的密度培养的A-431细胞。在大约48小时的处理期之后，自细胞分离RNA且通过定量实时RTPCR测量Yap1 mRNA水平。使用人引物探针组RTS4814测量mRNA水平。如通过
Figure BDA0003190234930001492
所测量，将Yap1 mRNA水平以总RNA含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。具有以星号(*)标记的对照百分比值的经修饰的寡核苷酸靶向引物探针组的扩增子区域。可使用额外测定来测量靶向扩增子区域的经修饰的寡核苷酸的效力和功效。
将下表中新设计的经修饰的寡核苷酸设计为3-10-3cEt缺口聚物。缺口聚物长度为16个核苷，其中中央缺口区段由十个2'-脱氧核苷构成且在5'方向和3'方向上侧接各自包含三个核苷的翼区段。5'翼区段中的各核苷和3'翼区段中的各核苷具有cEt糖修饰。贯穿各缺口聚物的核苷间连键为硫代磷酸酯(P＝S)连键。贯穿各缺口聚物的所有胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
“起始位点”指示人基因序列中缺口聚物靶向的5’最末端核苷。“终止位点”指示人基因序列中缺口聚物靶向的3’最末端核苷。下表中列示的各缺口聚物靶向SEQ ID NO.:1、SEQ ID NO.:2、SEQ ID NO.:3(GENBANK登录号NM_006106.4)或SEQ ID NO.:4(GENBANK登录号NM_001130145.2)。“N/A”指示在100％互补下经修饰的寡核苷酸不靶向所述特定基因序列。“N.D.”指示在所述特定实验中所述特定经修饰的寡核苷酸的％UTC未确定。可在不同实验中确定经修饰的寡核苷酸的活性。
表14
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001491
Figure BDA0003190234930001501
Figure BDA0003190234930001511
表15
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001521
Figure BDA0003190234930001531
表16
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001541
Figure BDA0003190234930001551
Figure BDA0003190234930001561
表17
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001562
Figure BDA0003190234930001571
Figure BDA0003190234930001581
表18
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001582
Figure BDA0003190234930001591
Figure BDA0003190234930001601
表19
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001602
Figure BDA0003190234930001611
Figure BDA0003190234930001621
表20
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001622
Figure BDA0003190234930001631
Figure BDA0003190234930001641
表21
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001642
Figure BDA0003190234930001651
Figure BDA0003190234930001661
表22
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001662
Figure BDA0003190234930001671
Figure BDA0003190234930001681
表23
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001682
Figure BDA0003190234930001691
Figure BDA0003190234930001701
表24
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001711
Figure BDA0003190234930001721
表25
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001731
Figure BDA0003190234930001741
Figure BDA0003190234930001751
表26
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001752
Figure BDA0003190234930001761
Figure BDA0003190234930001771
表27
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001772
Figure BDA0003190234930001781
Figure BDA0003190234930001791
表28
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001792
Figure BDA0003190234930001801
Figure BDA0003190234930001811
表29
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001812
Figure BDA0003190234930001821
Figure BDA0003190234930001831
表30
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001832
Figure BDA0003190234930001841
Figure BDA0003190234930001851
表31
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001852
Figure BDA0003190234930001861
Figure BDA0003190234930001871
表32
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001881
Figure BDA0003190234930001891
表33
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001901
Figure BDA0003190234930001911
Figure BDA0003190234930001921
表34
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001922
Figure BDA0003190234930001931
Figure BDA0003190234930001941
表35
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001942
Figure BDA0003190234930001951
Figure BDA0003190234930001961
表36
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001962
Figure BDA0003190234930001971
Figure BDA0003190234930001981
表37
靶向SEQ ID NO.:1和2的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930001982
Figure BDA0003190234930001991
Figure BDA0003190234930002001
表38
靶向SEQ ID NO.:3的3-10-3cEt缺口聚物对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930002002
实施例5：SNU-449细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1的反义抑制
具有额外化学修饰的经修饰的寡核苷酸被设计为靶向Yap1核酸，并且测试其在SNU-449细胞中对Yap1 mRNA水平的作用。在具有类似培养条件的一系列实验中测试经修饰的寡核苷酸。在以下显示的单独表中呈现各实验的结果。使用自由吸收，用2,000nM经修饰的寡核苷酸处理以10,000个细胞/孔的密度培养的SNU-449细胞。在大约48小时的处理期之后，自细胞分离RNA且通过定量实时RTPCR测量Yap1 mRNA水平。使用人引物探针组RTS36584测量mRNA水平。如通过
Figure BDA0003190234930002012
所测量，将Yap1 mRNA水平以总RNA含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。具有以星号(*)标记的对照百分比值的经修饰的寡核苷酸靶向引物探针组的扩增子区域。可使用额外测定来测量靶向扩增子区域的经修饰的寡核苷酸的效力和功效。
测试在下表的化学符号列中指定的若干不同的化学修饰，其中符号“d”是指2'-脱氧核糖，符号“s”是指硫代磷酸酯(P＝S)核苷间连键，符号“k”是指cEt修饰的糖，符号“y”是指2'-O-甲基核糖，符号“e”是指MOE修饰的糖，并且符号“mC”是指5-甲基胞嘧啶。
“起始位点”指示人基因序列中缺口聚物靶向的5’最末端核苷。“终止位点”指示人基因序列中缺口聚物靶向的3’最末端核苷。下表中列示的各缺口聚物靶向SEQ ID NO.:1或SEQ ID NO.:2。“N/A”指示在100％互补下经修饰的寡核苷酸不靶向所述特定基因序列。“N.D.”指示在所述特定实验中所述特定经修饰的寡核苷酸的％UTC未确定。可在不同实验中确定经修饰的寡核苷酸的活性。
表39
靶向SEQ ID NO.:1和2的经修饰的寡核苷酸对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930002011
Figure BDA0003190234930002021
Figure BDA0003190234930002031
Figure BDA0003190234930002041
Figure BDA0003190234930002051
Figure BDA0003190234930002061
Figure BDA0003190234930002071
Figure BDA0003190234930002081
表40
靶向SEQ ID NO.:1和2的经修饰的寡核苷酸对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930002082
Figure BDA0003190234930002091
Figure BDA0003190234930002101
Figure BDA0003190234930002111
Figure BDA0003190234930002121
Figure BDA0003190234930002131
Figure BDA0003190234930002141
表41
靶向SEQ ID NO.:1和2的经修饰的寡核苷酸对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930002142
Figure BDA0003190234930002151
Figure BDA0003190234930002161
Figure BDA0003190234930002171
Figure BDA0003190234930002181
表42
靶向SEQ ID NO.:1和2的经修饰的寡核苷酸对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930002191
Figure BDA0003190234930002201
Figure BDA0003190234930002211
Figure BDA0003190234930002221
Figure BDA0003190234930002231
表43
靶向SEQ ID NO.:1和2的经修饰的寡核苷酸对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930002232
Figure BDA0003190234930002241
Figure BDA0003190234930002251
Figure BDA0003190234930002261
Figure BDA0003190234930002271
Figure BDA0003190234930002281
表44
靶向SEQ ID NO.:1和2的经修饰的寡核苷酸对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930002282
Figure BDA0003190234930002291
Figure BDA0003190234930002301
Figure BDA0003190234930002311
Figure BDA0003190234930002321
Figure BDA0003190234930002331
表45
靶向SEQ ID NO.:1和2的经修饰的寡核苷酸对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930002332
Figure BDA0003190234930002341
Figure BDA0003190234930002351
Figure BDA0003190234930002361
Figure BDA0003190234930002371
表46
靶向SEQ ID NO.:1和2的经修饰的寡核苷酸对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930002381
Figure BDA0003190234930002391
Figure BDA0003190234930002401
Figure BDA0003190234930002411
Figure BDA0003190234930002421
Figure BDA0003190234930002431
表47
靶向SEQ ID NO.:1和2的经修饰的寡核苷酸对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930002432
Figure BDA0003190234930002441
Figure BDA0003190234930002451
Figure BDA0003190234930002461
Figure BDA0003190234930002471
Figure BDA0003190234930002481
表48
靶向SEQ ID NO.:1和2的经修饰的寡核苷酸对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930002482
Figure BDA0003190234930002491
Figure BDA0003190234930002501
Figure BDA0003190234930002511
Figure BDA0003190234930002521
Figure BDA0003190234930002531
Figure BDA0003190234930002541
表49
靶向SEQ ID NO.:1和2的经修饰的寡核苷酸对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930002542
Figure BDA0003190234930002551
Figure BDA0003190234930002561
Figure BDA0003190234930002571
Figure BDA0003190234930002581
Figure BDA0003190234930002591
表50
靶向SEQ ID NO.:1和2的经修饰的寡核苷酸对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930002592
Figure BDA0003190234930002601
Figure BDA0003190234930002611
Figure BDA0003190234930002621
Figure BDA0003190234930002631
Figure BDA0003190234930002641
表51
靶向SEQ ID NO.:1和2的经修饰的寡核苷酸对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930002642
Figure BDA0003190234930002651
Figure BDA0003190234930002661
Figure BDA0003190234930002671
Figure BDA0003190234930002681
Figure BDA0003190234930002691
表52
靶向SEQ ID NO.:1和2的经修饰的寡核苷酸对Yap1 mRNA的抑制
Figure BDA0003190234930002692
Figure BDA0003190234930002701
Figure BDA0003190234930002711
Figure BDA0003190234930002721
Figure BDA0003190234930002731
Figure BDA0003190234930002741
实施例6：A-431细胞中cEt缺口聚物对人Yap1的剂量依赖性抑制
在A-431细胞中测试多种剂量的以上研究中所述的经修饰的寡核苷酸。使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以5,000个细胞/孔的密度培养的A-431细胞。在大约48小时之后，如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814测量Yap1mRNA水平。如通过
Figure BDA0003190234930002752
所测量，将Yap1 mRNA水平以总RNA含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。对excel中的数据的对数/线性曲线使用线性回归来计算IC50。
表53
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002751
表54
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002761
表55
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002762
Figure BDA0003190234930002771
实施例7：A-431细胞中cEt缺口聚物对人Yap1的剂量依赖性抑制
在A-431细胞中测试多种剂量的以上研究中所述的经修饰的寡核苷酸。使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以10,000个细胞/孔的密度培养的A-431细胞。在大约48小时之后，如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS36584测量Yap1mRNA水平。如通过
Figure BDA0003190234930002773
所测量，将Yap1 mRNA水平以总RNA含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。对excel中的数据的对数/线性曲线使用线性回归来计算IC50。
表56
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002772
Figure BDA0003190234930002781
表57
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002782
表58
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002791
表59
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002792
Figure BDA0003190234930002801
表60
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002802
表61
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002811
表62
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002812
Figure BDA0003190234930002821
表63
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002822
实施例8：A-431细胞中cEt缺口聚物对人Yap1的剂量依赖性抑制
在A-431细胞中测试多种剂量的以上研究中所述的经修饰的寡核苷酸。使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以10,000个细胞/孔的密度培养的A-431细胞。在大约48小时之后，如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814测量Yap1 mRNA水平。如通过
Figure BDA0003190234930002832
所测量，将Yap1 mRNA水平以总RNA含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。对excel中的数据的对数/线性曲线使用线性回归来计算IC50。
表64
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002831
表65
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002841
表66
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002842
Figure BDA0003190234930002851
表67
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002852
表68
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002861
表69
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002862
Figure BDA0003190234930002871
表70
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002872
表71
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002881
表72
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002882
Figure BDA0003190234930002891
表73
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002892
表74
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002901
表75
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002902
Figure BDA0003190234930002911
表76
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002912
表77
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002921
实施例9：SNU-449细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1的剂量依赖性抑制
在SNU-449细胞中测试多种剂量的以上研究中所述的经修饰的寡核苷酸。使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以10,000个细胞/孔的密度培养的SNU-449细胞。在大约48小时之后，如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS36584测量Yap1 mRNA水平。如通过
Figure BDA0003190234930002922
所测量，将Yap1 mRNA水平以总RNA含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。对excel中的数据的对数/线性曲线使用线性回归来计算IC50。
表78
SNU-449细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002931
表79
SNU-449细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002932
Figure BDA0003190234930002941
表80
SNU-449细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002942
表81
SNU-449细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002951
表82
SNU-449细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002952
Figure BDA0003190234930002961
表83
SNU-449细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002962
表84
SNU-449细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002971
表85
SNU-449细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002972
Figure BDA0003190234930002981
表86
SNU-449细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002982
表87
SNU-449细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930002991
实施例10：Balb/c小鼠中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的耐受性
将Balb/c小鼠用自上述研究选择的经修饰的寡核苷酸处理，并且评估各种血浆化学标志物的水平的变化。
处理
对成组的4-6周龄的雄性Balb/c小鼠(获自Taconic)皮下注射50mg/kg经修饰的寡核苷酸，每周两次，持续四周(总共8次处理)。对一组雄性Balb/c小鼠注射PBS。在处理开始后第26天(在最后施用之后24小时)对小鼠施以安乐死。
血浆化学标志物
为评估经修饰的寡核苷酸对肝脏功能的作用，使用自动化临床化学分析器(Hitachi Olympus AU400c,Melville,NY)测量丙氨酸转氨酶(ALT)、天冬氨酸转氨酶(AST)和总胆红素(TBIL)的血浆水平。结果呈现于下表中。在进一步研究中排除引起肝脏或肾脏功能标志物中的任一种的水平变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的经修饰的寡核苷酸。
表88
Balb/c小鼠中的血浆化学标志物
Figure BDA0003190234930003001
体重和器官重量
在研究结束时测量Balb/c小鼠的体重，并且各组的平均体重呈现于下表中。在研究结束时测量肾脏、脾脏和肝脏重量，并且呈现于下表中。自进一步研究中排除引起器官重量的任何变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的经修饰的寡核苷酸。
表89
体重和器官重量
ION编号 体重(g) 肝脏(g) 肾脏(g) 脾脏(g)
PBS 22 1.05 0.37 0.09
715480 22 1.64 0.34 0.12
715484 22 1.47 0.37 0.13
715487 23 1.24 0.36 0.14
715491 22 1.03 0.32 0.12
715557 21 1.96 0.31 0.12
715558 22 1.33 0.38 0.12
715582 22 1.46 0.38 0.16
715593 19 1.12 0.30 0.13
715609 21 2.64 0.33 0.10
715659 20 1.21 0.31 0.11
715744 22 1.18 0.32 0.17
715763 23 1.71 0.36 0.13
715766 21 1.40 0.30 0.12
715784 23 1.15 0.39 0.12
715797 22 1.39 0.36 0.16
715859 22 1.32 0.36 0.14
715863 21 1.79 0.33 0.12
实施例11：Balb/c小鼠中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的耐受性
将Balb/c小鼠用自上述研究选择的经修饰的寡核苷酸处理，并且评估各种血浆化学标志物的水平的变化。
处理
对成组的4-6周龄的雄性Balb/c小鼠(获自Taconic)皮下注射50mg/kg经修饰的寡核苷酸，每周两次，持续四周(总共8次处理)。对一组雄性Balb/c小鼠注射PBS。在处理开始后第26天(在最后施用之后24小时)对小鼠施以安乐死。
血浆化学标志物
为评估经修饰的寡核苷酸对肝脏功能的作用，使用自动化临床化学分析器(Hitachi Olympus AU400c,Melville,NY)测量血液尿素氮(BUN)、丙氨酸转氨酶(ALT)、天冬氨酸转氨酶(AST)和总胆红素(TBIL)的血浆水平。结果呈现于下表中。在进一步研究中排除引起肝脏或肾脏功能标志物中的任一种的水平变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的经修饰的寡核苷酸。
表90
Balb/c小鼠中的血浆化学标志物
Figure BDA0003190234930003021
体重和器官重量
在研究结束时测量Balb/c小鼠的体重，并且各组的平均体重呈现于下表中。在研究结束时测量肾脏、脾脏和肝脏重量，并且呈现于下表中。自进一步研究中排除引起器官重量的任何变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的经修饰的寡核苷酸。
表91
体重和器官重量
ION编号 体重(g) 肝脏(g) 肾脏(g) 脾脏(g)
PBS 24 1.09 0.40 0.11
715415 25 1.79 0.40 0.17
715473 20 1.46 0.31 0.09
715483 25 1.56 0.43 0.12
715487 27 1.46 0.42 0.15
716424 23 2.08 0.36 0.15
716454 25 1.48 0.42 0.14
716455 21 2.66 0.32 0.14
716480 21 2.58 0.34 0.10
716481 22 1.99 0.36 0.13
716502 23 2.18 0.42 0.10
716513 25 1.59 0.41 0.18
实施例12：Balb/c小鼠中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的耐受性
将Balb/c小鼠用自上述研究选择的经修饰的寡核苷酸处理，并且评估各种血浆化学标志物的水平的变化。
处理
对成组的6-7周龄的雄性Balb/c小鼠(获自Taconic)皮下注射50mg/kg经修饰的寡核苷酸，每周两次，持续四周(总共8次处理)。对一组雄性Balb/c小鼠注射PBS。在处理开始后第26天(在最后施用之后24小时)对小鼠施以安乐死。
血浆化学标志物
为评估经修饰的寡核苷酸对肝脏功能的作用，使用自动化临床化学分析器(Hitachi Olympus AU400c,Melville,NY)测量血液尿素氮(BUN)、丙氨酸转氨酶(ALT)、天冬氨酸转氨酶(AST)和总胆红素(TBIL)的血浆水平。结果呈现于下表中。在进一步研究中排除引起肝脏或肾脏功能标志物中的任一种的水平变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的经修饰的寡核苷酸。
表92
Balb/c小鼠中的血浆化学标志物
Figure BDA0003190234930003041
体重和器官重量
在研究结束时测量Balb/c小鼠的体重，并且各组的平均体重呈现于下表中。在研究结束时测量肾脏、脾脏和肝脏重量，并且呈现于下表中。自进一步研究中排除引起器官重量的任何变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的经修饰的寡核苷酸。
表93
体重和器官重量
ION编号 体重(g) 肝脏(g) 肾脏(g) 脾脏(g)
PBS 24 1.28 0.37 0.09
958375 23 2.00 0.39 0.12
958454 14 0.68 0.25 0.03
958498 20 1.51 0.45 0.19
958499 23 1.44 0.32 0.14
958509 20 1.50 0.27 0.13
958540 19 1.53 0.33 0.09
958553 21 1.01 0.29 0.11
958554 22 1.05 0.28 0.15
958590 25 1.76 0.40 0.13
958603 21 1.80 0.36 0.20
958721 24 1.45 0.33 0.12
958725 15 1.23 0.21 0.04
958729 15 1.32 0.24 0.05
958736 24 1.95 0.39 0.18
实施例13：Balb/c小鼠中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的耐受性
将Balb/c小鼠用自上述研究选择的经修饰的寡核苷酸处理，并且评估各种血浆化学标志物的水平的变化。
处理
对成组的4-6周龄的雄性Balb/c小鼠(获自Taconic)皮下注射50mg/kg经修饰的寡核苷酸，每周两次，持续四周(总共8次处理)。对一组雄性Balb/c小鼠注射PBS。在处理开始后第25天(在最后施用之后24小时)对小鼠施以安乐死。
血浆化学标志物
为评估经修饰的寡核苷酸对肝脏功能的作用，使用自动化临床化学分析器(Hitachi Olympus AU400c,Melville,NY)测量血液尿素氮(BUN)、丙氨酸转氨酶(ALT)、天冬氨酸转氨酶(AST)和总胆红素(TBIL)的血浆水平。结果呈现于下表中。在进一步研究中排除引起肝脏或肾脏功能标志物中的任一种的水平变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的经修饰的寡核苷酸。
表94
Balb/c小鼠中的血浆化学标志物
Figure BDA0003190234930003061
*3个值的平均值
体重和器官重量
在研究结束时测量Balb/c小鼠的体重，并且各组的平均体重呈现于下表中。在研究结束时测量肾脏、脾脏和肝脏重量，并且呈现于下表中。自进一步研究中排除引起器官重量的任何变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的经修饰的寡核苷酸。
表95
体重和器官重量
ION编号 体重(g) 肝脏(g) 肾脏(g) 脾脏(g)
PBS 25 1.29 0.39 0.09
958371 23 1.31 0.32 0.15
958914 19 1.22 0.32 0.12
958933 27 1.86 0.37 0.15
958939 24 1.67 0.40 0.23
958941 26 1.81 0.37 0.15
958961 26 1.47 0.39 0.15
958973 26 1.71 0.40 0.19
959022 19 1.76 0.34 0.11
959030 25 1.73 0.38 0.14
959155 21 1.53 0.34 0.25
959167 22 0.96 0.37 0.10
959196 23 1.22 0.34 0.11
959197 23 1.37 0.34 0.14
实施例14：Balb/c小鼠中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的耐受性
将Balb/c小鼠用自上述研究选择的经修饰的寡核苷酸处理，并且评估各种血浆化学标志物的水平的变化。
处理
对成组的5-6周龄的雄性Balb/c小鼠(获自Taconic)皮下注射50mg/kg经修饰的寡核苷酸，每周两次，持续四周(总共8次处理)。对一组雄性Balb/c小鼠注射PBS。在处理开始后第27天(在最后施用之后24小时)对小鼠施以安乐死。
血浆化学标志物
为评估经修饰的寡核苷酸对肝脏功能的作用，使用自动化临床化学分析器(Hitachi Olympus AU400c,Melville,NY)测量血液尿素氮(BUN)、丙氨酸转氨酶(ALT)、天冬氨酸转氨酶(AST)和总胆红素(TBIL)的血浆水平。结果呈现于下表中。在进一步研究中排除引起肝脏或肾脏功能标志物中的任一种的水平变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的经修饰的寡核苷酸。
表96
Balb/c小鼠中的血浆化学标志物
Figure BDA0003190234930003081
体重和器官重量
在第25天测量Balb/c小鼠的体重，并且各组的平均体重呈现于下表中。在研究结束时测量肾脏、脾脏和肝脏重量，并且呈现于下表中。自进一步研究中排除引起器官重量的任何变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的经修饰的寡核苷酸。
表97
体重和器官重量
ION编号 体重(g) 肝脏(g) 肾脏(g) 脾脏(g)
PBS 23 1.14 0.35 0.08
958497 23 1.31 0.35 0.11
958534 22 1.81 0.32 0.09
958589 25 1.40 0.37 0.10
958596 25 2.11 0.36 0.13
958622 23 0.92 0.33 0.12
958739 24 1.58 0.36 0.13
实施例15：CD-1小鼠中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的耐受性
将CD-1小鼠用自上述研究选择的经修饰的寡核苷酸处理，并且评估各种血浆化学标志物的水平的变化。
处理
对四只一组的成组的4-5周龄的雄性CD-1小鼠(获自Charles River)皮下注射50mg/kg经修饰的寡核苷酸，每周两次，持续四周(总共8次处理)。对一组雄性CD-1小鼠注射PBS。在处理开始后第26天(在最后施用之后24小时)对小鼠施以安乐死。
血浆化学标志物
为评估经修饰的寡核苷酸对肝脏功能的作用，使用自动化临床化学分析器(Hitachi Olympus AU400c,Melville,NY)测量血液尿素氮(BUN)、丙氨酸转氨酶(ALT)、天冬氨酸转氨酶(AST)、白蛋白(ALB)和总胆红素(TBIL)的血浆水平。结果呈现于下表中。在进一步研究中排除引起肝脏或肾脏功能标志物中的任一种的水平变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的经修饰的寡核苷酸。
表98
CD-1小鼠中的血浆化学标志物
Figure BDA0003190234930003091
Figure BDA0003190234930003101
体重和器官重量
在研究结束时测量CD-1小鼠的体重，并且各组的平均体重呈现于下表中。在研究结束时测量肾脏、脾脏和肝脏重量，并且呈现于下表中。自进一步研究中排除引起器官重量的任何变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的经修饰的寡核苷酸。
表99
体重和器官重量
Figure BDA0003190234930003102
Figure BDA0003190234930003111
实施例16：CD-1小鼠中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的耐受性
将CD-1小鼠用自上述研究选择的经修饰的寡核苷酸处理，并且评估各种血浆化学标志物的水平的变化。
处理
对四只一组的成组的4-5周龄的雄性CD-1小鼠(获自Charles River)皮下注射50mg/kg经修饰的寡核苷酸，每周两次，持续四周(总共8次处理)。对一组雄性CD-1小鼠注射PBS。在处理开始后第27天(在最后施用之后24小时)对小鼠施以安乐死。
血浆化学标志物
为评估经修饰的寡核苷酸对肝脏功能的作用，使用自动化临床化学分析器(Hitachi Olympus AU400c,Melville,NY)测量血液尿素氮(BUN)、丙氨酸转氨酶(ALT)、天冬氨酸转氨酶(AST)、白蛋白(ALB)和总胆红素(TBIL)的血浆水平。结果呈现于下表中。在进一步研究中排除引起肝脏或肾脏功能标志物中的任一种的水平变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的经修饰的寡核苷酸。
表100
CD-1小鼠中的血浆化学标志物
Figure BDA0003190234930003112
Figure BDA0003190234930003121
体重和器官重量
在研究结束时测量CD-1小鼠的体重，并且各组的平均体重呈现于下表中。在研究结束时测量肾脏、脾脏和肝脏重量，并且呈现于下表中。自进一步研究中排除引起器官重量的任何变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的经修饰的寡核苷酸。
表101
体重和器官重量
ION编号 体重(g) 肝脏(g) 肾脏(g) 脾脏(g)
PBS 35 1.78 0.56 0.12
1076024 40 2.28 0.66 0.15
1076157 38 2.48 0.58 0.23
1076186 37 2.42 0.58 0.16
1076187 34 1.95 0.56 0.14
1076190 38 2.28 0.56 0.15
1076287 36 2.36 0.63 0.36
1076379 38 2.21 0.57 0.18
1076382 36 2.22 0.62 0.21
1076475 37 2.16 0.64 0.17
1095493 28 1.94 0.50 0.17
实施例17：CD-1小鼠中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的耐受性
将CD-1小鼠用自上述研究选择的经修饰的寡核苷酸处理，并且评估各种血浆化学标志物的水平的变化。
处理
对四只一组的成组的4-5周龄的雄性CD-1小鼠(获自Charles River)皮下注射50mg/kg经修饰的寡核苷酸，每周两次，持续四周(总共8次处理)。对一组雄性CD-1小鼠注射PBS。在处理开始后第27天(在最后施用之后24小时)对小鼠施以安乐死。
血浆化学标志物
为评估经修饰的寡核苷酸对肝脏功能的作用，使用自动化临床化学分析器(Hitachi Olympus AU400c,Melville,NY)测量血液尿素氮(BUN)、丙氨酸转氨酶(ALT)、天冬氨酸转氨酶(AST)、白蛋白(ALB)和总胆红素(TBIL)的血浆水平。结果呈现于下表中。在进一步研究中排除引起肝脏或肾脏功能标志物中的任一种的水平变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的经修饰的寡核苷酸。
表102
CD-1小鼠中的血浆化学标志物
Figure BDA0003190234930003131
体重和器官重量
在研究结束时测量CD-1小鼠的体重，并且各组的平均体重呈现于下表中。在研究结束时测量肾脏、脾脏和肝脏重量，并且呈现于下表中。自进一步研究中排除引起器官重量的任何变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的经修饰的寡核苷酸。
表103
体重和器官重量
ION编号 体重(g) 肝脏(g) 肾脏(g) 脾脏(g)
PBS 34 1.92 0.55 0.11
1095404 33 2.09 0.58 0.15
1095515 26 1.52 0.47 0.20
1095632 33 2.04 0.48 0.17
1096947 33 1.91 0.51 0.21
1096450 35 2.59 0.42 0.19
1096973 35 2.21 0.48 0.18
1097037 33 2.33 0.52 0.21
1096522 31 2.04 0.45 0.18
1075395 34 2.30 0.49 0.20
1097183 28 1.23 0.46 0.20
1097224 37 1.93 0.54 0.16
1097231 34 2.37 0.47 0.24
实施例18：CD-1小鼠中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的耐受性
将CD-1小鼠用自上述研究选择的经修饰的寡核苷酸处理，并且评估各种血浆化学标志物的水平的变化。
处理
对四只一组的成组的5-6周龄的雄性CD-1小鼠(获自Charles River)皮下注射50mg/kg经修饰的寡核苷酸，每周两次，持续四周(总共9次处理)。对一组雄性CD-1小鼠注射PBS。在处理开始后第34天(在最后施用之后24小时)对小鼠施以安乐死。
血浆化学标志物
为评估经修饰的寡核苷酸对肝脏功能的作用，使用自动化临床化学分析器(Hitachi Olympus AU400c,Melville,NY)测量血液尿素氮(BUN)、丙氨酸转氨酶(ALT)、天冬氨酸转氨酶(AST)、白蛋白(ALB)和总胆红素(TBIL)的血浆水平。结果呈现于下表中。在进一步研究中排除引起肝脏或肾脏功能标志物中的任一种的水平变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的经修饰的寡核苷酸。
表104
CD-1小鼠中的血浆化学标志物
Figure BDA0003190234930003151
体重和器官重量
在研究结束时测量CD-1小鼠的体重，并且各组的平均体重呈现于下表中。在研究结束时测量肾脏、脾脏和肝脏重量，并且呈现于下表中。自进一步研究中排除引起器官重量的任何变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的经修饰的寡核苷酸。
表105
体重和器官重量
ION编号 体重(g) 肝脏(g) 肾脏(g) 脾脏(g)
PBS 39 1.84 0.59 0.17
958499 39 2.20 0.57 0.22
1074755 39 2.27 0.61 0.19
1076453 38 1.91 0.56 0.20
1076481 39 2.06 0.57 0.23
实施例19：CD-1小鼠中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的耐受性
将CD-1小鼠用自上述研究选择的经修饰的寡核苷酸处理，并且评估各种血浆化学标志物的水平的变化。
处理
对四只一组的成组的4-6周龄的雄性CD-1小鼠(获自Charles River)皮下注射50mg/kg经修饰的寡核苷酸，每周两次，持续四周(总共8次处理)。对一组雄性CD-1小鼠注射PBS。在处理开始后第26天(在最后施用之后24小时)对小鼠施以安乐死。
血浆化学标志物
为评估经修饰的寡核苷酸对肝脏功能的作用，使用自动化临床化学分析器(Hitachi Olympus AU400c,Melville,NY)测量血液尿素氮(BUN)、丙氨酸转氨酶(ALT)、天冬氨酸转氨酶(AST)、白蛋白(ALB)和总胆红素(TBIL)的血浆水平。结果呈现于下表中。在进一步研究中排除引起肝脏或肾脏功能标志物中的任一种的水平变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的经修饰的寡核苷酸。
表106
CD-1小鼠中的血浆化学标志物
Figure BDA0003190234930003161
Figure BDA0003190234930003171
体重和器官重量
在研究结束时测量CD-1小鼠的体重，并且各组的平均体重呈现于下表中。在研究结束时测量肾脏、脾脏和肝脏重量，并且呈现于下表中。自进一步研究中排除引起器官重量的任何变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的经修饰的寡核苷酸。
表107
体重和器官重量
ION编号 体重(g) 肝脏(g) 肾脏(g) 脾脏(g)
PBS 36 2.04 0.59 0.12
1198439 36 2.03 0.51 0.25
1198440 35 1.97 0.46 0.18
1198872 34 1.84 0.40 0.16
1157929 34 1.98 0.43 0.13
1157034 35 2.43 0.53 0.17
1157111 36 2.53 0.50 0.21
实施例20：斯普拉格-道利大鼠(Sprague-Dawley rat)中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的耐受性
斯普拉格-道利大鼠是用于评估安全性和功效的多用途模型。将大鼠用来自以上实施例中所述的研究的Ionis经修饰的寡核苷酸处理，并且评估各种血浆化学标志物的水平的变化。
处理
将雄性斯普拉格-道利大鼠维持在12小时光/暗循环下且随意喂食Purina正常大鼠食物。对每组4只的成组的斯普拉格-道利大鼠每周皮下注射50mg/kg Ionis寡核苷酸，持续6周(总共7剂)。在最后一剂之后48小时，对大鼠施以安乐死；且收获器官、尿和血浆用于进一步分析。
血浆化学标志物
为评估Ionis寡核苷酸对肝脏功能的作用，使用自动化临床化学分析器(HitachiOlympus AU400c,Melville,NY)测量转氨酶的血浆水平。测量ALT(丙氨酸转氨酶)和AST(天冬氨酸转氨酶)的血浆水平且结果呈现于下表中，以IU/L表示。也使用相同的临床化学分析器测量总胆红素(TBIL)、白蛋白(ALB)和血液尿素氮(BUN)的血浆水平且结果也呈现于下表中。在进一步研究中排除引起肝脏功能任一标志物的水平变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的Ionis经修饰的寡核苷酸。
表108
斯普拉格-道利大鼠中的血浆化学标志物
Figure BDA0003190234930003181
*指仅仅具有3个数据点的组
肾脏功能
为评估Ionis寡核苷酸对肾脏功能的作用，使用自动化临床化学分析器(HitachiOlympus AU400c,Melville,NY)测量尿中总蛋白和肌酐的水平。总蛋白与肌酐的比率(P/C比率)呈现于下表中。在进一步研究中排除引起比率水平变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的Ionis寡核苷酸。
表109
斯普拉格-道利大鼠中的总蛋白与肌酐比率
ION编号 尿P/C比率
PBS 1
958499 5
1074755 5
1076187 5
1076453 5
1076481 5
1097224 87
体重和器官重量
在研究结束时测量肝脏、脾脏和肾脏重量，并且呈现于下表中。在尸检前测量终末体重。自进一步研究中排除引起器官重量的任何变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的Ionis寡核苷酸。
表110
体重和器官重量
ION编号 体重(g) 肝脏(g) 肾脏(g) 脾脏(g)
PBS 423 16 3.1 0.9
958499 333 14 3.1 2.8
1074755 357 16 3.3 2.1
1076187 344 17 3.0 1.7
1076453 371 16 3.2 2.1
1076481 367 14 2.6 2.1
1097224 316 13 4.5 1.4
实施例21：斯普拉格-道利大鼠中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的耐受性
斯普拉格-道利大鼠是用于评估安全性和功效的多用途模型。将大鼠用来自以上实施例中所述的研究的Ionis经修饰的寡核苷酸处理，并且评估各种血浆化学标志物的水平的变化。
处理
将雄性斯普拉格-道利大鼠维持在12小时光/暗循环下且随意喂食Purina正常大鼠食物。对每组4只的成组的斯普拉格-道利大鼠每周皮下注射50mg/kg Ionis寡核苷酸，持续6周(总共7剂)。在最后一剂之后48小时，对大鼠施以安乐死；且收获器官、尿和血浆用于进一步分析。
血浆化学标志物
为评估Ionis寡核苷酸对肝功能的作用，使用自动化临床化学分析器(HitachiOlympus AU400c,Melville,NY)测量转氨酶的血浆水平。测量ALT(丙氨酸转氨酶)和AST(天冬氨酸转氨酶)的血浆水平且结果呈现于下表中，以IU/L表示。也使用相同临床化学分析器测量总胆红素(TBIL)和血液尿素氮(BUN)的血浆水平且结果也呈现于下表中。在进一步研究中排除引起肝脏功能任一标志物的水平变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的Ionis经修饰的寡核苷酸。
表111
斯普拉格-道利大鼠中的血浆化学标志物
Figure BDA0003190234930003201
Figure BDA0003190234930003211
*是指具有3个样品的组
**是指具有2个样品的组
体重和器官重量
在研究结束时测量肝脏、脾脏和肾脏重量，并且呈现于下表中。在尸检前测量终末体重。自进一步研究中排除引起器官重量的任何变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的Ionis寡核苷酸。
表112
体重和器官重量
ION编号 体重(g) 肝脏(g) 肾脏(g) 脾脏(g)
PBS 453 17 3.64 0.91
1198874 372 20 3.67 2.61
1200857 307 19 6.97 2.55
1074756 349 21* 4.71* 1.99*
1198873 408 19 3.65 2.42
1198439 319* 17* 3.68* 2.28*
1198615 369 16 3.01 2.35
1198440 373 18 3.29 2.78
1198612 345 17 3.60 2.33
1198312 365 19 4.26 2.19
*是指具有3个样品的组
肾脏功能
为评估Ionis寡核苷酸对肾脏功能的作用，使用自动化临床化学分析器(HitachiOlympus AU400c,Melville,NY)测量尿中总蛋白和肌酐的水平。总蛋白与肌酐的比率(P/C比率)呈现于下表中。在进一步研究中排除引起比率水平变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的Ionis寡核苷酸。
表113
斯普拉格-道利大鼠中的总蛋白与肌酐比率
ION编号 尿P/C比率
PBS 1
1198874 9
1200857 52
1074756 167
1198873 9
1198439 8*
1198615 8
1198440 9
1198612 11
1198312 60
*是指具有3个样品的组
实施例22：斯普拉格-道利大鼠中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的耐受性
斯普拉格-道利大鼠是用于评估安全性和功效的多用途模型。将大鼠用来自以上实施例中所述的研究的Ionis经修饰的寡核苷酸处理，并且评估各种血浆化学标志物的水平的变化。
处理
将雄性斯普拉格-道利大鼠维持在12小时光/暗循环下且随意喂食Purina正常大鼠食物。对每组4只的成组的斯普拉格-道利大鼠每周皮下注射50mg/kg Ionis寡核苷酸，持续6周(总共7剂)。在最后一剂之后48小时，对大鼠施以安乐死；且收获器官、尿和血浆用于进一步分析。
血浆化学标志物
为评估Ionis寡核苷酸对肝功能的作用，使用自动化临床化学分析器(HitachiOlympus AU400c,Melville,NY)测量转氨酶的血浆水平。测量ALT(丙氨酸转氨酶)和AST(天冬氨酸转氨酶)的血浆水平且结果呈现于下表中，以IU/L表示。也使用相同的临床化学分析器测量总胆红素(TBIL)和血液尿素氮(BUN)的血浆水平且结果也呈现于下表中。在进一步研究中排除引起肝脏功能任一标志物的水平变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的Ionis经修饰的寡核苷酸。
表114
斯普拉格-道利大鼠中的血浆化学标志物
Figure BDA0003190234930003231
肾脏功能
为评估Ionis寡核苷酸对肾脏功能的作用，使用自动化临床化学分析器(HitachiOlympus AU400c,Melville,NY)测量尿中总蛋白和肌酐的水平。总蛋白与肌酐的比率(P/C比率)呈现于下表中。在进一步研究中排除引起比率水平变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的Ionis寡核苷酸。
表115
斯普拉格-道利大鼠中的总蛋白与肌酐比率
ION编号 尿P/C比率
PBS 1
1197270 14
1198872 8
1198728 7
1198831 17
1198623 5
1198605 28
体重和器官重量
在研究结束时测量肝脏、脾脏和肾脏重量，并且呈现于下表中。在尸检前测量终末体重。自进一步研究中排除引起器官重量的任何变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的Ionis寡核苷酸。
表116
体重和器官重量
ION编号 体重(g) 肝脏(g) 肾脏(g) 脾脏(g)
PBS 476 18 3.4 0.9
1197270 374 15 3.6 2.0
1198872 417 17 3.4 1.3
1198728 381 15 2.9 1.4
1198831 426 19 3.3 2.0
1198623 472 20 3.6 1.9
1198605 372 18 3.6 2.1
实施例23：靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的粘度的测量
测量来自上述研究的所选经修饰的寡核苷酸的粘度，旨在筛选出具有超过40厘泊(cP)的粘度的经修饰的寡核苷酸。具有大于40cP的粘度的经修饰的寡核苷酸将具有次佳的粘度。
将寡核苷酸(32-38mg)称至玻璃小瓶中；添加大约100μL水，并且通过加热小瓶至55℃，使经修饰的寡核苷酸溶解成溶液。将预先加热的样品的一部分(75μL)移液至微量粘度计(PAC Cambridge粘度粘度计)。将微量粘度计的温度设定为25℃且测量样品粘度。接着将整个75uL样品与样品的剩余部分组合，适当稀释，以在260nM下进行UV读取(Cary UV仪器)。在进一步研究中排除在上述准则下粘度非最佳的经修饰的寡核苷酸溶液。
表117
经修饰的寡核苷酸的粘度
Figure BDA0003190234930003251
Figure BDA0003190234930003261
实施例24：A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1的剂量依赖性抑制
在A-431细胞中测试多种剂量的以上研究中所述的经修饰的寡核苷酸。使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以11,000个细胞/孔的密度培养的A-431细胞。在大约48小时之后，如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS36584测量Yap1mRNA水平。如通过引物探针组RTS104(正向序列GAAGGTGAAGGTCGGAGTC，本文中称为SEQID NO.:17；反向序列GAAGATGGTGATGGGATTTC，本文中称为SEQ ID NO.:18；探针序列CAAGCTTCCCGTTCTCAGCC，本文中称为SEQ ID NO.:19)所测量，将Yap1 mRNA水平以GAPDH含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。对excel中的数据的对数/线性曲线使用线性回归来计算IC50。
表118
A-431细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930003262
Figure BDA0003190234930003271
实施例25：SCC25细胞中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的活性
在鳞状细胞癌细胞系SCC25中测试多种剂量的以上研究中所述的经修饰的寡核苷酸。也测试对照寡核苷酸792169(具有完整硫代磷酸酯骨架的3-10-3cET缺口聚物，CGCCGATAAGGTACAC，本文中称为SEQ ID No.:2940；不与任何已知的人基因互补)。
RNA分析
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以5,000个细胞/孔的密度培养的SCC25细胞。在大约48小时之后，如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814测量Yap1 mR NA水平。如通过引物探针组RTS5002(正向序列CGGACTATGACTTAGTTGCGTTACA，本文中称为SEQ ID NO.:20；反向序列GCCATGCCAATCTCATCTTGT，本文中称为SEQ ID NO.:21；探针序列CCTTTCTTGACAAAACCTAACTTGCGCAGA，本文中称为SEQ ID NO.:22)所测量，将Yap1 mRNA水平以β-肌动蛋白含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。
表119
SCC25细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930003272
Figure BDA0003190234930003281
细胞增殖测定
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以1,000个细胞/孔的密度培养的SCC25细胞。在大约144小时之后，使用发光细胞活力
Figure BDA0003190234930003283
2.0测定(Promega)测量细胞增殖。结果在下表中以用经修饰的寡核苷酸处理的样品中相对于未经处理的对照细胞的发光量的对照百分比(％UTC)呈现。
表120
SCC25细胞中经修饰的寡核苷酸的抗增殖作用
Figure BDA0003190234930003282
实施例26：人肝细胞癌SNU449异种移植肿瘤模型中经修饰的寡核苷酸对人Yap1的剂量依赖性抑制
使用SNU449肝细胞癌异种移植肿瘤模型评估靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的活性。将含1×107个SNU449细胞的30％基质胶皮下植入4-6周龄的雌性NOD Cg-Prkdcscidll2rgtm1Wjl/SzJ(NSG)小鼠(来自Jackson Laboratory)的侧腹中。当肿瘤的平均体积达到100mm3时，大约植入后两周，以50mg/kg向每组四只的成组的小鼠施用经修饰的寡核苷酸，每周两次，持续五天。收集肿瘤且通过RT-qPCR测试Yap1 mRNA敲低。如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814测量Yap1 mRNA水平。如通过引物探针组RTS5002所测量，将Yap1mRNA水平以β-肌动蛋白含量作归一化。结果在下表中以相对于经PBS处理的动物的Yap1 mRNA量的对照百分比(对照％)呈现。
表121
SNU449异种移植物中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的抑制
ION编号 对照％
PBS 100
958499 54
1074755 70
1076453 56
1197269 57
1197270 54
1198439 51
1198440 51
1198501 54
1198605 55
1198615 62
1198623 60
1198641 68
1198673 52
1198728 64
1198831 67
1198872 52
715487 61
实施例27：人表皮样癌A-431异种移植肿瘤模型中经修饰的寡核苷酸对人Yap1的剂量依赖性抑制
使用表皮样癌A-431异种移植肿瘤模型评估靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的活性。将含5×106个A-431细胞的30％基质胶皮下植入4-6周龄的雌性NCr-Foxn1nu小鼠(来自Taconic)的侧腹中。当肿瘤的平均体积达到40mm3时，大约植入后两周，每天以25mg/kg或50mg/kg向每组四只的成组的小鼠施用经修饰的寡核苷酸，持续四天(5剂)。在最后给药之后6-8小时收集肿瘤且通过RT-qPCR测试Yap1 mRNA敲低。如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814测量Yap1 mRNA水平。如通过引物探针组RTS5002所测量，将Yap1 mRNA水平以β-肌动蛋白含量作归一化。结果在下表中以相对于经PBS处理的动物的Yap1 mRNA量的对照百分比(对照％)呈现。
表122
A-431异种移植物中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930003301
实施例28：人鳞状细胞癌CAL27异种移植肿瘤模型中经修饰的寡核苷酸对人Yap1的剂量依赖性抑制
使用鳞状细胞癌CAL27异种移植肿瘤模型评估靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的活性。将含5×106个CAL27细胞的30％基质胶皮下植入4-6周龄的雌性CrTac:NCr-Foxn1nu小鼠(来自Taconic)的侧腹中。在肿瘤尺寸达到约100mm3后(植入后约3周)，每天向每组四只的成组的小鼠施用15mg/kg或30mg/kg经修饰的寡核苷酸，持续五天。收集肿瘤且通过RT-qPCR测试Yap1 mRNA敲低。如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814测量Yap1 mRNA水平。如通过引物探针组RTS5002所测量，将Yap1 mRNA水平以β-肌动蛋白含量作归一化。结果在下表中以相对于经PBS处理的未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA量的对照百分比(％UTC)呈现。
表123
CAL27异种移植物中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930003311
实施例29：人鳞状细胞癌CAL33异种移植肿瘤模型中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的活性
使用异种移植肿瘤模型评估靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的活性。将含1×106个CAL33细胞的30％基质胶皮下植入雌性CrTac:NCr-Foxn1nu(Taconic)小鼠的侧腹中。当肿瘤的平均体积达到100mm3时，大约植入后两周，以50mg/kg向每组八只的成组的小鼠施用经修饰的寡核苷酸，每周两次，持续两周。ION 792169作为对照来施用。
收集肿瘤样品以通过RT-qPCR测量Yap1 mRNA水平。如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814测量Yap1 mRNA水平。如通过引物探针组RTS5002所测量，将Yap1 mRNA水平以β-肌动蛋白含量作归一化。结果在下表中以相对于经PBS处理的动物的Yap1mRNA量的对照百分比(对照％)呈现。
在下表中指示的天数测量肿瘤体积。在研究结束时测定肿瘤重量。当来自经PBS处理的小鼠的肿瘤达到2,000mm3时，处死小鼠。
表124
肿瘤中的Yap1 mRNA水平
ION编号 对照％
PBS 102
792169 74
1198728 40
1198440 12
表125
肿瘤体积(mm3)
Figure BDA0003190234930003321
表126
肿瘤重量(g)
ION编号 平均肿瘤重量(g)
PBS 1.02
792169 0.85
1198728 0.88
1198440 0.36
实施例30：人肝细胞癌SNU449异种移植肿瘤模型中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的活性
在肝细胞癌SNU449异种移植肿瘤模型中测试以上研究中所述的经修饰的寡核苷酸。也测试对照寡核苷酸792169。
将含5×106个SNU449细胞的30％基质胶皮下植入4-6周龄的雌性NOD.Cg-Prkdcscid II2rgtm1Wjl/SzJ小鼠(来自Jackson Laboratory)的脂肪垫中。在植入后43天(当肿瘤尺寸达到大约100mm3时)，每天向每组八只的成组的小鼠施用50mg/kg经修饰的寡核苷酸，持续10天(负载剂量)，接着一周施用50mg/kg经修饰的寡核苷酸四次，持续一周，接着每周给予50mg/kg经修饰的寡核苷酸三次，直至研究结束。在植入后第119天处死动物且收集肿瘤。如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814，通过RT-qPCR测量肿瘤中的Yap1mRNA敲低。如通过引物探针组RTS5002所测量，将Yap1 mRNA水平以β-肌动蛋白含量作归一化。结果在下表中以相对于经PBS处理的动物的Yap1 mRNA量的对照百分比(对照％)呈现。
也在下表中指示的天数测量肿瘤体积。
表127
肿瘤中的Yap1 mRNA水平
Ion编号 对照％
PBS 100
792169 90
1198440 34
表128
肿瘤体积(mm3)
Figure BDA0003190234930003341
*7个样品的平均值
实施例31：NCI H747细胞中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的活性
在结肠直肠腺癌细胞系NCI H747中测试多种剂量的以上研究中所述的经修饰的寡核苷酸。也测试对照寡核苷酸792169。
RNA分析
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以10,000个细胞/孔的密度培养的NCI H747细胞。在大约48小时之后，如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814测量Yap1 mRNA水平。如通过引物探针组RTS5002所测量，将Yap1 mRNA水平以β-肌动蛋白含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。
表129
NCI H747细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930003351
细胞增殖测定
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以3000个细胞/孔的密度培养的NCI H747细胞。在7天之后，使用发光细胞活力
Figure BDA0003190234930003352
2.0测定(Promega)测量细胞增殖。结果在下表中以用经修饰的寡核苷酸处理的样品中相对于未经处理的对照细胞的发光量的对照百分比(％UTC)呈现。
表130
NCI H747细胞中经修饰的寡核苷酸的抗增殖作用
Figure BDA0003190234930003361
实施例32：NCI H292细胞中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的活性
在肺粘液表皮样癌细胞系NCI H292中测试多种剂量的以上研究中所述的经修饰的寡核苷酸。也测试对照寡核苷酸792169。
RNA分析
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以5000个细胞/孔的密度培养的NCI H292细胞。在大约48小时之后，如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814测量Yap1mRNA水平。如通过引物探针组RTS5002所测量，将Yap1 mRNA水平以β-肌动蛋白含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。
表131
NCI H292细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930003362
细胞增殖测定
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以1000个细胞/孔的密度培养的NCI H292细胞。在大约144小时之后，使用发光细胞活力
Figure BDA0003190234930003372
2.0测定(Promega)测量细胞增殖。结果在下表中以用经修饰的寡核苷酸处理的样品中相对于未经处理的对照细胞的发光量的对照百分比(％UTC)呈现。
表132
NCI H292细胞中经修饰的寡核苷酸的抗增殖作用
Figure BDA0003190234930003371
实施例33：BICR56细胞中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的活性
在鳞状细胞癌粘附角质形成细胞细胞系BICR56中测试多种剂量的以上研究中所述的经修饰的寡核苷酸。也测试对照寡核苷酸792169。
RNA分析
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以5000个细胞/孔的密度培养的BICR56细胞。在大约48小时之后，如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814测量Yap1mRNA水平。如通过引物探针组RTS5002所测量，将Yap1 mRNA水平以β-肌动蛋白含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。
表133
BICR56细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930003381
细胞增殖测定
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以1000个细胞/孔的密度培养的BICR56细胞。在大约144小时之后，使用发光细胞活力
Figure BDA0003190234930003383
2.0测定(Promega)测量细胞增殖。结果在下表中以用经修饰的寡核苷酸处理的样品中相对于未经处理的对照细胞的发光量的对照百分比(％UTC)呈现。
表134
BICR56细胞中经修饰的寡核苷酸的抗增殖作用
Figure BDA0003190234930003382
实施例34：食蟹猴中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的作用
将食蟹猴用自以上实施例中所述的研究选择的Ionis经修饰的寡核苷酸处理。评估经修饰的寡核苷酸的耐受性。
处理
在研究前，保持所述猴处于隔离中，在此期间每天观察动物的整体健康状况。所述猴为2-4岁且体重为2-4kg。在背上四个不同部位之间呈顺时针旋转向每组4只的十一组的随机分配的雄性食蟹猴皮下注射Ionis寡核苷酸或盐水。在第1天、第3天、第5天和第7天的负载剂量之后，每周向所述猴给予35mg/kg Ionis寡核苷酸一次(第14天、第21天、第28天、第35天和第42天)。按类似方式向对照组4只食蟹猴注射0.9％盐水且用作对照组。
在研究时期期间，每天观察所述猴的疾病或痛苦征象两次。由于治疗、损伤或疾病而经历超过短暂或轻微的疼痛或痛苦的任何动物可通过兽医工作人员在咨询研究负责人之后用批准的止痛剂或剂处理以减轻疼痛。鉴定健康不佳或可能处于濒死状态的任何动物以进一步监测和可能施以安乐死。在第86天，在最后一剂之后大约48小时，在深度麻醉的同时，通过放血，对动物按计划表施以安乐死。实施例中所述的方案经实验动物照护与使用委员会(Institutional Animal Care and Use Committee，IACUC)批准。
体重和器官重量的测量
为评估Ionis寡核苷酸对动物整体健康状态的作用，测量体重和器官重量。在尸检前测量终末体重。也测量器官重量，并且所有重量测量均呈现于下表中。结果表明利用经修饰的寡核苷酸的处理对体重和器官重量的作用在经修饰的寡核苷酸的预期范围内。具体而言，在所述猴的体重和器官重量方面，利用ION 1198440的处理的耐受性良好。
表135
体重和器官重量(g)
Figure BDA0003190234930003391
Figure BDA0003190234930003401
肾脏和肝脏功能
为评估Ionis寡核苷酸对肝脏和肾脏功能的作用，在第44天自所有研究组收集血液样品。使所述猴在收集血液前禁食过夜。将血液收集在无抗凝剂的管内，以分离血清。将管保持在室温下最少90分钟，并且接着在3000rpm下离心10分钟以获得血清。使用Toshiba200FR NEO化学分析器(Toshiba Co.,Japan)测量各种肝脏功能标志物的水平。测量葡萄糖(GLU)、血液尿素氮(BUN)、肌酐(CREA)、总蛋白(TP)、白蛋白(ALB)、球蛋白(GLO)、计算的白蛋白/球蛋白(A/G)比率、丙氨酸转氨酶(ALT)、天冬氨酸转氨酶(AST)、总胆红素(TBIL)、γ-谷氨酰转移酶(GGT)、碱性磷酸酶(ALP)、甘油三酯(TG)、高密度脂蛋白(HDL)和低密度脂蛋白(LDL)的血浆水平且结果呈现于下表中。结果表明经修饰的寡核苷酸对肝脏功能未引起超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的作用。具体而言，在猴的肝脏功能方面，利用ION1198440的处理的耐受性良好。
表136
食蟹猴血浆中的肝脏/肾脏功能标志物
Figure BDA0003190234930003402
Figure BDA0003190234930003411
表137
食蟹猴血浆中的肝脏/肾脏功能标志物
Figure BDA0003190234930003412
促炎性蛋白分析
为评估Ionis寡核苷酸在食蟹猴中的任何炎性作用，取血液样品进行分析。使所述猴在收集血液前禁食过夜。在第42天(给药前以及给药后24小时)，自各动物收集大约0.8mL血液且置于无抗凝剂的管中，以分离血清。将管保持在室温下最少90分钟，并且接着在室温下在3,000rpm下离心10分钟以获得血清。使用Toshiba 120FR NEO化学分析器(ToshibaCo.,Japan)测量补体C3。结果表明利用ION1198440的处理未在猴中引起任何炎症。测试炎症的另一标志物C-反应蛋白(CRP)以及以上针对肝脏功能测试的临床化学参数。
表138
食蟹猴中的促炎性蛋白分析
Figure BDA0003190234930003421
血液学
为评估食蟹猴中Ionis寡核苷酸对血液学参数的任何作用，在第44天自每个可获得的研究动物收集大约0.5mL血液的血液样品。将样品收集在含有K2-EDTA的管中。使用ADVIA2120i血液学分析器(Siemens,USA)分析样品的红细胞(RBC)计数、血红蛋白(HGB)、血球比容计(HCT)、平均红细胞体积(MCV)、平均红细胞血红蛋白(MCH)、平均红细胞血红蛋白浓度(MCHC)、RBC分布宽度(RCDW)、网状红血球计数(Retic)、血小板计数(PLT)、平均血小板体积(MPV)、白细胞(WBC)计数、个别白细胞计数，诸如单核细胞(MON)、中性粒细胞(NEU)、淋巴细胞(LYM)、嗜酸性粒细胞(EOS)、嗜碱性粒细胞(BAS)和未染色大细胞(LUC)。
数据表明寡核苷酸未引起血液学参数超过经修饰的寡核苷酸在此剂量下的预期范围的任何变化。具体而言，在猴的血液学参数方面，利用ION 1198440的处理的耐受性良好。
表139
食蟹猴中的血细胞计数
Figure BDA0003190234930003431
表140
食蟹猴中的血细胞计数
Figure BDA0003190234930003432
凝血
为评估食蟹猴中Ionis经修饰的寡核苷酸对凝血的作用，在第44天自每个可获得的研究动物收集大约0.9mL的血液样品。将样品收集在含有3.2％柠檬酸钠的管中。测试的凝血参数包括活化部分凝血活酶时间(APTT)、凝血酶原时间(PT)和纤维蛋白原(FIB)。
数据表明经修饰的寡核苷酸未引起凝血参数超过经修饰的寡核苷酸在此剂量下的预期范围的任何变化。具体而言，在猴的凝血参数方面，利用ION 1198440的处理的耐受性良好。
表141
食蟹猴中的凝血参数
Figure BDA0003190234930003441
尿分析
在收集新鲜尿前一天移除食物过夜，但供应水。在第44天，使用干净笼罐在湿冰上自所有动物收集新鲜尿样品用于尿分析和尿化学分析(第一次在上午)。使用Toshiba120FR自动化化学分析器(Toshiba Co.,Japan)测量尿分析/尿化学参数肌酐(UCRE)、微量蛋白(UTP)、尿微量白蛋白(UALB)和蛋白质/肌酐(P/C)比率。具体而言，在尿化学标志物方面，利用ION 1198440的处理的耐受性良好。
表142
尿分析和尿化学标志物
Figure BDA0003190234930003442
Figure BDA0003190234930003451
实施例35：BICR-22细胞中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的活性
在舌鳞癌(淋巴结转移)细胞系BICR-22中测试多种剂量的以上研究中所述的经修饰的寡核苷酸。也测试以上本文所述的对照寡核苷酸792169。
RNA分析
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以5000个细胞/孔的密度培养的BICR-22细胞。在大约48小时之后，如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814测量Yap1mRNA水平。如通过引物探针组RTS5002所测量，将Yap1 mRNA水平以β-肌动蛋白含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。
表144
BICR-22细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930003452
细胞增殖测定
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以1000个细胞/孔的密度培养的BICR-22细胞。在大约144小时之后，使用发光细胞活力
Figure BDA0003190234930003462
2.0测定(Promega)测量细胞增殖。结果在下表中以用经修饰的寡核苷酸处理的样品中相对于未经处理的对照细胞的发光量的对照百分比(％UTC)呈现。
表145
BICR-22细胞中经修饰的寡核苷酸的抗增殖作用
Figure BDA0003190234930003461
实施例36：CAL33细胞中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的活性
在舌鳞状细胞癌细胞系CAL33中测试多种剂量的以上研究中所述的经修饰的寡核苷酸。也测试以上本文所述的对照寡核苷酸792169。
RNA分析
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以5000个细胞/孔的密度培养的CAL33细胞。在大约48小时之后，如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814测量Yap1 mRNA水平。如通过引物探针组RTS5002所测量，将Yap1 mRNA水平以β-肌动蛋白含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。
表146
CAL33细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930003471
细胞增殖测定
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以1000个细胞/孔的密度培养的CAL33细胞。在大约144小时之后，使用发光细胞活力
Figure BDA0003190234930003473
2.0测定(Promega)测量细胞增殖。结果在下表中以用经修饰的寡核苷酸处理的样品中相对于未经处理的对照细胞的发光量的对照百分比(％UTC)呈现。
表147
CAL33细胞中经修饰的寡核苷酸的抗增殖作用
Figure BDA0003190234930003472
实施例37：CAL27细胞中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的活性
在舌鳞状细胞癌细胞系CAL27中测试多种剂量的以上研究中所述的经修饰的寡核苷酸。也测试上述对照寡核苷酸792169。
RNA分析
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以5000个细胞/孔的密度培养的CAL27细胞。在大约48小时之后，如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814测量Yap1 mRNA水平。如通过引物探针组RTS5002所测量，将Yap1 mRNA水平以β-肌动蛋白含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。
表148
CAL27细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930003481
细胞增殖测定
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以1000个细胞/孔的密度培养的CAL27细胞。在大约144小时之后，使用发光细胞活力
Figure BDA0003190234930003483
2.0测定(Promega)测量细胞增殖。结果在下表中以用经修饰的寡核苷酸处理的样品中相对于未经处理的对照细胞的发光量的对照百分比(％UTC)呈现。
表149
CAL27细胞中经修饰的寡核苷酸的抗增殖作用
Figure BDA0003190234930003482
实施例38：Detroit-562细胞中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的活性
在咽癌细胞系Detroit-562中测试多种剂量的以上研究中所述的经修饰的寡核苷酸。也测试上述对照寡核苷酸792169。
RNA分析
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以5000个细胞/孔的密度培养的Detroit-562细胞。在大约48小时之后，如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814测量Yap1mRNA水平。如通过引物探针组RTS5002所测量，将Yap1 mRNA水平以β-肌动蛋白含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。
表150
Detroit-562细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930003491
细胞增殖测定
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以1000个细胞/孔的密度培养的Detroit-562细胞。在大约144小时之后，使用发光细胞活力
Figure BDA0003190234930003492
2.0测定(Promega)测量细胞增殖。结果在下表中以用经修饰的寡核苷酸处理的样品中相对于未经处理的对照细胞的发光量的对照百分比(％UTC)呈现。
表151
Detroit-562细胞中经修饰的寡核苷酸的抗增殖作用
Figure BDA0003190234930003501
实施例39：SCC-4细胞中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的活性
在舌鳞状细胞癌细胞系SCC-4中测试多种剂量的以上研究中所述的经修饰的寡核苷酸。也测试上述对照寡核苷酸792169。
RNA分析
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以5000个细胞/孔的密度培养的SCC-4细胞。在大约48小时之后，如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814测量Yap1 mRNA水平。如通过引物探针组RTS5002所测量，将Yap1 mRNA水平以β-肌动蛋白含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。
表152
SCC-4细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930003502
细胞增殖测定
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以1000个细胞/孔的密度培养的SCC-4细胞。在大约144小时之后，使用发光细胞活力
Figure BDA0003190234930003512
2.0测定(Promega)测量细胞增殖。结果在下表中以用经修饰的寡核苷酸处理的样品中相对于未经处理的对照细胞的发光量的对照百分比(％UTC)呈现。
表153
SCC-4细胞中经修饰的寡核苷酸的抗增殖作用
Figure BDA0003190234930003511
实施例40：SCC-9细胞中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的活性
在舌鳞状细胞癌细胞系SCC-9中测试多种剂量的以上研究中所述的经修饰的寡核苷酸。也测试本文以上所述对照寡核苷酸792169。
RNA分析
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以5000个细胞/孔的密度培养的SCC-9细胞。在大约48小时之后，如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814测量Yap1 mRNA水平。如通过引物探针组RTS5002所测量，将Yap1 mRNA水平以β-肌动蛋白含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。
表154
SCC-9细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930003521
细胞增殖测定
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以1000个细胞/孔的密度培养的SCC-9细胞。在大约144小时之后，使用发光细胞活力
Figure BDA0003190234930003523
2.0测定(Promega)测量细胞增殖。结果在下表中以用经修饰的寡核苷酸处理的样品中相对于未经处理的对照细胞的发光量的对照百分比(％UTC)呈现。
表155
SCC-9细胞中经修饰的寡核苷酸的抗增殖作用
Figure BDA0003190234930003522
实施例41：SCC-15细胞中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的活性
在舌鳞状细胞癌细胞系SCC-15中测试多种剂量的以上研究中所述的经修饰的寡核苷酸。也测试上述对照寡核苷酸792169。
RNA分析
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以5000个细胞/孔的密度培养的SCC-15细胞。在大约48小时之后，如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814测量Yap1 mRNA水平。如通过引物探针组RTS5002所测量，将Yap1 mRNA水平以β-肌动蛋白含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。
表156
SCC-15细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930003531
细胞增殖测定
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以1000个细胞/孔的密度培养的SCC-15细胞。在大约144小时之后，使用发光细胞活力
Figure BDA0003190234930003533
2.0测定(Promega)测量细胞增殖。结果在下表中以用经修饰的寡核苷酸处理的样品中相对于未经处理的对照细胞的发光量的对照百分比(％UTC)呈现。
表157
SCC-15细胞中经修饰的寡核苷酸的抗增殖作用
Figure BDA0003190234930003532
实施例42：SCC-25细胞中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的活性
在舌鳞状细胞癌细胞系SCC-25中测试多种剂量的以上研究中所述的经修饰的寡核苷酸。也测试上述对照寡核苷酸792169。
RNA分析
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以5000个细胞/孔的密度培养的SCC-25细胞。在大约48小时之后，如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814测量Yap1 mRNA水平。如通过引物探针组RTS5002所测量，将Yap1 mRNA水平以β-肌动蛋白含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。
表158
SCC-25细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930003541
细胞增殖测定
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以1000个细胞/孔的密度培养的SCC-25细胞。在大约144小时之后，使用发光细胞活力
Figure BDA0003190234930003542
2.0测定(Promega)测量细胞增殖。结果在下表中以用经修饰的寡核苷酸处理的样品中相对于未经处理的对照细胞的发光量的对照百分比(％UTC)呈现。
表159
SCC-25细胞中经修饰的寡核苷酸的抗增殖作用
Figure BDA0003190234930003551
实施例43：SNU-899细胞中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的活性
在喉鳞状细胞癌细胞系SNU-899中测试多种剂量的以上研究中所述的经修饰的寡核苷酸。也测试上述对照寡核苷酸792169。
RNA分析
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以5000个细胞/孔的密度培养的SNU-899细胞。在大约48小时之后，如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814测量Yap1mRNA水平。如通过引物探针组RTS5002所测量，将Yap1 mRNA水平以β-肌动蛋白含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。
表160
SNU-899细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930003552
细胞增殖测定
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以1000个细胞/孔的密度培养的SNU-899细胞。在大约144小时之后，使用发光细胞活力
Figure BDA0003190234930003562
2.0测定(Promega)测量细胞增殖。结果在下表中以用经修饰的寡核苷酸处理的样品中相对于未经处理的对照细胞的发光量的对照百分比(％UTC)呈现。
表161
SNU-899细胞中经修饰的寡核苷酸的抗增殖作用
Figure BDA0003190234930003561
实施例44：SNU-1066细胞中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的活性
在喉鳞状细胞癌细胞系SNU-1066中测试多种剂量的以上研究中所述的经修饰的寡核苷酸。也测试上述对照寡核苷酸792169。
RNA分析
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以5000个细胞/孔的密度培养的SNU-1066细胞。在大约48小时之后，如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814测量Yap1mRNA水平。如通过引物探针组RTS5002所测量，将Yap1 mRNA水平以β-肌动蛋白含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。
表162
SNU-1066细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930003571
细胞增殖测定
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以1000个细胞/孔的密度培养的SNU-1066细胞。在大约144小时之后，使用发光细胞活力
Figure BDA0003190234930003573
2.0测定(Promega)测量细胞增殖。结果在下表中以用经修饰的寡核苷酸处理的样品中相对于未经处理的对照细胞的发光量的对照百分比(％UTC)呈现。
表163
SNU-1066细胞中经修饰的寡核苷酸的抗增殖作用
Figure BDA0003190234930003572
实施例45：SNU-1076细胞中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的活性
在上呼吸消化道/喉鳞状细胞癌细胞系SNU-1076中测试多种剂量的以上研究中所述的经修饰的寡核苷酸。也测试上述对照寡核苷酸792169。
RNA分析
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以5000个细胞/孔的密度培养的SNU-1076细胞。在大约48小时之后，如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814测量Yap1mRNA水平。如通过引物探针组RTS5002所测量，将Yap1 mRNA水平以β-肌动蛋白含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。
表164
SNU-1076细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930003581
细胞增殖测定
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以1000个细胞/孔的密度培养的SNU-1076细胞。在大约144小时之后，使用发光细胞活力
Figure BDA0003190234930003583
2.0测定(Promega)测量细胞增殖。结果在下表中以用经修饰的寡核苷酸处理的样品中相对于未经处理的对照细胞的发光量的对照百分比(％UTC)呈现。
表165
SNU-1076细胞中经修饰的寡核苷酸的抗增殖作用
Figure BDA0003190234930003582
实施例46：SNU-1214细胞中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的活性
在喉鳞状细胞癌细胞系SNU-1214中测试多种剂量的以上研究中所述的经修饰的寡核苷酸。也测试上述对照寡核苷酸792169。
RNA分析
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以5000个细胞/孔的密度培养的SNU-1214细胞。在大约48小时之后，如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814测量Yap1mRNA水平。如通过引物探针组RTS5002所测量，将Yap1 mRNA水平以β-肌动蛋白含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。
表166
SNU-1214细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930003591
细胞增殖测定
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以1000个细胞/孔的密度培养的SNU-1214细胞。在大约144小时之后，使用发光细胞活力
Figure BDA0003190234930003592
2.0测定(Promega)测量细胞增殖。结果在下表中以用经修饰的寡核苷酸处理的样品中相对于未经处理的对照细胞的发光量的对照百分比(％UTC)呈现。
表167
SNU-1214细胞中经修饰的寡核苷酸的抗增殖作用
Figure BDA0003190234930003601
实施例47：UPCI:SCC090细胞中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的活性
在舌鳞状细胞癌细胞系UPCI:SCC090中测试多种剂量的以上研究中所述的经修饰的寡核苷酸。也测试上述对照寡核苷酸792169。
RNA分析
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以5000个细胞/孔的密度培养的UPCI:SCC090细胞。在大约48小时之后，如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814测量Yap1mRNA水平。如通过引物探针组RTS5002所测量，将Yap1 mRNA水平以β-肌动蛋白含量作归一化。结果在下表中以相对于未经处理的对照细胞的Yap1 mRNA的量的对照百分比(％UTC)呈现。
表168
UPCI:SCC090细胞中经修饰的寡核苷酸对人Yap1 mRNA表达的剂量依赖性抑制
Figure BDA0003190234930003602
细胞增殖测定
使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸处理以1000个细胞/孔的密度培养的UPCI:SCC090细胞。在大约144小时之后，使用发光细胞活力
Figure BDA0003190234930003612
2.0测定(Promega)测量细胞增殖。结果在下表中以用经修饰的寡核苷酸处理的样品中相对于未经处理的对照细胞的发光量的对照百分比(％UTC)呈现。
表169
UPCI:SCC090细胞中经修饰的寡核苷酸的抗增殖作用
Figure BDA0003190234930003611
实施例30：在人肝细胞癌SNU449异种移植肿瘤模型中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸的活性(单独和与索拉非尼组合)
在肝细胞癌SNU449异种移植肿瘤模型中测试以上研究中所述的经修饰的寡核苷酸。除测试经修饰的寡核苷酸本身以外，也测试与索拉非尼的组合疗法。还测试上文所述的对照寡核苷酸792169。
将含5×106个SNU449细胞的30％基质胶皮下植入4-6周龄的雌性NOD.Cg-Prkdcscid II2rgtm1Wjl/SzJ小鼠(来自Jackson Laboratory)的脂肪垫中。在植入后43天(当肿瘤尺寸达到大约100mm3时)，每天向每组八只的成组的小鼠施用50mg/kg经修饰的寡核苷酸，持续10天(负载剂量)，接着施用50mg/kg经修饰的寡核苷酸，一周四次，持续一周，接着给予50mg/kg经修饰的寡核苷酸，每周三次，直至研究结束。另一组8只动物用30mg/kg索拉非尼来处理，一周口服7次，直至研究结束。最后一组8只动物用以下的组合处理：30mg/kg索拉非尼，一周口服7次，持续11周；和50mg/kg经修饰的寡核苷酸1198440，50mg/kg，一周5次，持续3周，接下来一周，一周4次，接着一周3次，持续研究的整个持续时间(7周)。在植入后第119天处死动物且收集肿瘤。
RNA的测量
如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814，通过RT-qPCR测量肿瘤中Yap1mRNA敲低。如通过引物探针组RTS5002所测量，将Yap1 mRNA水平以β-肌动蛋白含量作归一化。结果在下表中以相对于经PBS处理的动物的Yap1 mRNA量的对照百分比(对照％)呈现。
表127
肿瘤中的Yap1 mRNA水平
Ion编号 对照％
PBS 100
792169 90
1198440 34
索拉非尼 103
1198440+索拉非尼 42
肿瘤体积的测量
也在下表中指示的天数测量肿瘤体积。用ION编号1198440处理引起肿瘤体积明显减小。此外，ION编号1198440与索拉非尼组合进行处理进一步减小肿瘤体积。
表128
肿瘤体积(mm3)
Figure BDA0003190234930003621
Figure BDA0003190234930003631
*7个样品的平均值
ERK活化的测量
索拉非尼为用于治疗包括肝细胞癌在内的癌症的RAF抑制剂。然而，它引起HCC中ERK活化，此影响治疗功效(Chen Y.等人,Overcoming sorafenib evasion inhepatocellular carcinoma using CXCR4-targeted nanoparticles to co-deliverMEK-inhibitors,Sci Rep.2017；7:44123)。
测试经修饰的寡核苷酸减轻由索拉非尼介导的ERK1/2活化的作用。使用标准程序进行蛋白质分析。针对Erk1/2的一抗为兔mAb 4695(Cell Signaling Technology)，并且针对pERK1/2的一抗为兔抗磷酸化p44/42抗体9101(Cell Signaling Technology)。将ERK蛋白水平与内部对照GAPDH相比。使用兔mAb 5174(Cell Signaling Technology)作为一抗测量GAPDH水平。所用二抗为驴抗兔NA934(GE Healthcare)。相对于PBS对照计算pERK/ERK水平，以确定ERK1/2的活化％。ION编号1198440与索拉非尼的组合疗法引起由单独索拉非尼治疗介导的ERK1/2活化的明显下降。
表129
肿瘤体积(mm3)
Ion编号 ERK1/2活化％
PBS 100
792169 100
1198440 88
索拉非尼 142
1198440+索拉非尼 68
实施例48：SNU449细胞中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸与索拉非尼组合的活性
在肝细胞癌细胞系SNU449中测试多种剂量的以上研究中所述的经修饰的寡核苷酸。上文所述的ION编号792169用作对照经修饰的寡核苷酸。ION编号715487用于靶向Yap1RNA。使用自由吸收，用稀释至下表中所述的浓度的经修饰的寡核苷酸与稀释至下表中所述的浓度的索拉非尼组合处理以5000个细胞/孔的密度培养的SNU449细胞。在大约48小时之后，测量Yap1 mRNA水平。
RNA的测量
如先前所述，使用人Yap1引物-探针组RTS4814，通过RT-qPCR测量肿瘤中Yap1mRNA敲低。如通过引物探针组RTS5002所测量，将Yap1 mRNA水平以β-肌动蛋白含量作归一化。结果在下表中以相对于经PBS处理的细胞的Yap1 mRNA量的对照百分比(对照％)呈现。
表170
Yap1 mRNA水平
Figure BDA0003190234930003651
细胞增殖测定
用下表中所概述的浓度的经修饰的寡核苷酸与索拉非尼的组合处理以1000个细胞/孔涂铺的SNU449。在处理后144小时，使用发光细胞活力
Figure BDA0003190234930003653
2.0测定(Promega)测量SNU449细胞的增殖。结果在下表中以用经修饰的寡核苷酸处理的样品中相对于未经处理的对照细胞的发光量的对照百分比(％UTC)呈现。
表171
SNU449细胞中经修饰的寡核苷酸的抗增殖作用
Figure BDA0003190234930003652
实施例49：DEN-HCC模型中靶向人Yap1的经修饰的寡核苷酸与α-PD1抗体组合的活性
DEN模型是化学诱发的肝细胞癌(HCC)模型。向15日龄的C57/BL6小鼠施用25mg/kg的N-亚硝基二乙胺(DEN)。注射后6个月形成癌瘤。在形成之后，将癌瘤自肝脏剖开，并且皮下继代至4-6周龄的C57BL/6雄性小鼠中以建立皮下模型。对于此实验，小鼠用P8皮下建立的DEN癌瘤继代，产生持续实验的整个持续时间的P9。发现皮下癌瘤在植入后4-6周形成。用经修饰的寡核苷酸792169(对照化合物)和715491(靶向YAP-1的经修饰的寡核苷酸)以每周10mg/kg皮下处理7-8只小鼠的组，每周5次，持续11周(总共55剂)。仅经PBS处理的组和对照组一周处理5次，持续4周(总计20剂)。α-PD1抗体(BioXCell)以每周10mg/kg腹膜内处理，每周两次，持续4周(总计8剂)。在下表中指示的时间点测量肿瘤体积。F.D.是指由于肿瘤体积过大而处死的小鼠。如下表中所示，施用PBS、792169(对照化合物)或α-PD1抗体的小鼠由于肿瘤体积过大而在实验结束前处死。
表172
肿瘤体积(mm3)
Figure BDA0003190234930003661

Claims (99)

1.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由8个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940的核碱基序列中的任一个的至少8个连续核碱基的核碱基序列。
2.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由9个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940的核碱基序列中的任一个的至少9个连续核碱基的核碱基序列。
3.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由10个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940的核碱基序列中的任一个的至少10个连续核碱基的核碱基序列。
4.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由11个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940的核碱基序列中的任一个的至少11个连续核碱基的核碱基序列。
5.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由12个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940的核碱基序列中的任一个的至少12个连续核碱基的核碱基序列。
6.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列的核碱基序列。
7.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸具有由SEQ ID NO:23-2940中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。
8.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由8个至80个连接的核苷组成，其中所述经修饰的寡核苷酸的核碱基序列在SEQ ID NO:1的核苷酸2565-2580、2566-2581或4600-4615内或SEQ ID NO:2的核苷酸123590-123605、117330-117345、117761-117776、117757-117772、117758-117773、117330-117345、119672-119687、123591-123606、125625-125640或117755-117770内互补。
9.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由8个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863的核碱基序列中的任一个的至少8个连续核碱基的核碱基序列。
10.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由9个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863的核碱基序列中的任一个的至少9个连续核碱基的核碱基序列。
11.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由10个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863的核碱基序列中的任一个的至少10个连续核碱基的核碱基序列。
12.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由11个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863的核碱基序列中的任一个的至少11个连续核碱基的核碱基序列。
13.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由12个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863的核碱基序列中的任一个的至少12个连续核碱基的核碱基序列。
14.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由8个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列的核碱基序列。
15.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸具有由SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。
16.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由8个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列的核碱基序列。
17.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸具有由SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列组成的核碱基序列。
18.如权利要求1至17中任一项所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸的至少一个核苷间连键为经修饰的核苷间连键，所述经修饰的寡核苷酸的至少一个糖为经修饰的糖，或所述经修饰的寡核苷酸的至少一个核碱基为经修饰的核碱基。
19.如权利要求18所述的化合物，其中所述经修饰的核苷间连键为硫代磷酸酯核苷间连键。
20.如权利要求18或19所述的化合物，其中所述经修饰的糖为双环糖。
21.如权利要求20所述的化合物，其中所述双环糖选自由以下组成的组：4'-(CH2)-O-2'(LNA)；4'-(CH2)2-O-2'(ENA)；和4'-CH(CH3)-O-2'(cEt)。
22.如权利要求18或19所述的化合物，其中所述经修饰的糖为2'-O-甲氧基乙基。
23.如权利要求18至22中任一项所述的化合物，其中所述经修饰的核碱基为5-甲基胞嘧啶。
24.如权利要求1至23中任一项所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸具有：
由连接的2'-脱氧核苷组成的缺口区段；
由连接的核苷组成的5'翼区段；和
由连接的核苷组成的3'翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5'翼区段与所述3'翼区段之间且其中各翼区段的各核苷包含经修饰的糖。
25.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核苷组成且具有包含SEQ ID NO:810、1404、2868、2864、2865、1404、1101、2812、1200或2863中的任一个的核碱基序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸具有：
由连接的2'-脱氧核苷组成的缺口区段；
由连接的核苷组成的5'翼区段；和
由连接的核苷组成的3'翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5'翼区段与所述3'翼区段之间且其中各翼区段的各核苷包含经修饰的糖。
26.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核碱基组成且具有包含SEQ ID NO:810和1404中的任一个的核碱基序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸具有：
由十个连接的2'-脱氧核苷组成的缺口区段；
由三个连接的核苷组成的5'翼区段；和
由三个连接的核苷组成的3'翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5'翼区段与所述3'翼区段之间；其中各翼区段的各核苷包含cEt核苷；其中各核苷间连键为硫代磷酸酯连键；且其中各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
27.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核碱基组成且具有包含SEQ ID NO:2864的核碱基序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸具有：
由十个连接的2'-脱氧核苷组成的缺口区段；
由一个连接的核苷组成的5'翼区段；和
由五个连接的核苷组成的3'翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5'翼区段与所述3'翼区段之间；其中所述5'翼区段包含cEt核苷；其中所述3'翼区段在5'至3'方向上包含cEt核苷、2'-O-甲氧基乙基核苷、cEt核苷、2'-O-甲氧基乙基核苷和cEt核苷；其中各核苷间连键为硫代磷酸酯连键；且其中各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
28.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核碱基组成且具有包含SEQ ID NO:2868的核碱基序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸具有由5’区域、3’区域和位于所述5’区域与所述3’区域之间的中央区域组成的缺口聚物，其中：
所述5’区域由3个连接的经修饰的核苷组成，其中所述5’区域的各核苷包含cEt核苷；
所述3’区域由3个连接的经修饰的核苷组成，其中所述3’区域的各核苷包含cEt核苷；
所述中央区域由10个连接的核苷组成，其中自所述中央区域的5'端起第二个核苷包含2'-O-甲基修饰的糖部分且自所述中央区域的5'端起第一个和第三个至第十个核苷各自包含2'脱氧核苷；
其中各核苷间连键为硫代磷酸酯连键；且
其中各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
29.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核碱基组成且具有包含SEQ ID NO:1200或2863的核碱基序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸具有：
由九个连接的2'-脱氧核苷组成的缺口区段；
由两个连接的核苷组成的5'翼区段；和
由五个连接的核苷组成的3'翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5'翼区段与所述3'翼区段之间；其中所述5'翼区段的各核苷包含cEt核苷；其中所述3'翼区段在5'至3'方向上包含cEt核苷、2'-O-甲氧基乙基核苷、cEt核苷、2'-O-甲氧基乙基核苷和cEt核苷；其中各核苷间连键为硫代磷酸酯连键；且其中各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
30.在某些实施方案中，化合物包含经修饰的寡核苷酸或由其组成，所述经修饰的寡核苷酸由16个至80个连接的核碱基组成且具有包含SEQ ID NO:2865中所述的核碱基序列的核碱基序列，其中所述经修饰的寡核苷酸具有：
由十个连接的2'-脱氧核苷组成的缺口区段；
由一个连接的核苷组成的5'翼区段；和
由五个连接的核苷组成的3'翼区段；
其中所述缺口区段位于所述5'翼区段与所述3'翼区段之间；其中所述5'翼区段包含cEt核苷；其中所述3'翼区段在5'至3'方向上包含cEt核苷、2'-O-甲氧基乙基核苷、cEt核苷、2'-O-甲氧基乙基核苷和cEt核苷；其中各核苷间连键为硫代磷酸酯连键；且其中各胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
31.如权利要求1至30中任一项所述的化合物，其中所述寡核苷酸与SEQ ID NO:1-10中的任一个至少80％、85％、90％、95％或100％互补。
32.如权利要求1至31中任一项所述的化合物，其中所述化合物为单链的。
33.如权利要求1至31中任一项所述的化合物，其中所述化合物为双链的。
34.如权利要求1至33中任一项所述的化合物，其中所述化合物包含核糖核苷酸。
35.如权利要求1至33中任一项所述的化合物，其中所述化合物包含脱氧核糖核苷酸。
36.如权利要求1至35中任一项所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸由16个至30个连接的核苷组成。
37.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中所述化合物由所述经修饰的寡核苷酸组成。
38.一种化合物，其由权利要求1至36所述的化合物中的任一种的药学上可接受的盐组成。
39.如权利要求38所述的化合物，其中所述药学上可接受的盐为钠盐。
40.如权利要求38所述的化合物，其中所述药学上可接受的盐为钾盐。
41.一种经修饰的寡核苷酸，其中所述经修饰的寡核苷酸的阴离子形式具有以下化学结构：
Figure FDA0003190234920000081
(SEQ ID NO:2865)，或其盐。
42.一种经修饰的寡核苷酸，其根据以下化学结构：
Figure FDA0003190234920000091
(SEQ ID NO:2865)，或其盐。
43.一种经修饰的寡核苷酸，其根据以下化学结构：
Figure FDA0003190234920000101
(SEQ ID NO:2865)。
44.一种组合物，其包含权利要求1至40中任一项所述的化合物或权利要求41至43中任一项所述的经修饰的寡核苷酸和药学上可接受的稀释剂或载体。
45.一种组合物，其包含权利要求1至40中任一项所述的化合物或权利要求41至43中任一项所述的经修饰的寡核苷酸和水。
46.一种组合物，其包含权利要求1至40中任一项所述的化合物或权利要求41至43中任一项所述的经修饰的寡核苷酸，所述组合物用于疗法中。
47.一种组合，其包含权利要求1至40中任一项所述的化合物、权利要求41至43中任一项所述的经修饰的寡核苷酸或权利要求44至46中任一项所述的组合物和第二剂。
48.如权利要求47所述的组合，其中所述第二剂为CDK4/6抑制剂。
49.如权利要求48所述的组合，其中所述CDK4/6抑制剂为帕博西尼、瑞博西尼或玻玛西尼。
50.如权利要求47所述的组合，其中所述第二剂为EGFR抑制剂。
51.如权利要求50所述的组合，其中所述EGFR抑制剂为西妥昔单抗、耐昔妥珠单抗、帕尼单抗、凡德他尼、达克替尼、来那替尼、奥斯替尼、吉非替尼、拉帕替尼或埃罗替尼。
52.如权利要求47所述的组合，其中所述第二剂为激酶抑制剂。
53.如权利要求52所述的组合，其中所述激酶抑制剂为索拉非尼、瑞戈非尼或卡博替尼。
54.一种治疗或改善个体的癌症的方法，所述方法包括向所述个体施用靶向YAP1的化合物，从而治疗或改善所述癌症。
55.如权利要求54所述的方法，其中所述化合物为靶向YAP1的反义化合物。
56.如权利要求54或55所述的方法，所述方法进一步包括施用第二剂。
57.如权利要求56所述的方法，其中所述第二剂为CDK4/6抑制剂。
58.如权利要求57所述的方法，其中所述CDK4/6抑制剂为帕博西尼、瑞博西尼或玻玛西尼。
59.如权利要求56所述的方法，其中所述第二剂为EGFR抑制剂。
60.如权利要求59所述的方法，其中所述EGFR抑制剂为西妥昔单抗、耐昔妥珠单抗、帕尼单抗、凡德他尼、达克替尼、来那替尼、奥斯替尼、吉非替尼、拉帕替尼或埃罗替尼。
61.如权利要求56所述的方法，其中所述第二剂为激酶抑制剂。
62.如权利要求61所述的方法，其中所述激酶抑制剂为索拉非尼、瑞戈非尼或卡博替尼。
63.如权利要求54至62中任一项所述的方法，其中所述癌症为肝细胞癌(HCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、头颈部癌、咽癌、喉鳞状细胞癌、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、鳞状细胞癌(SCC)、肉瘤(例如上皮样肉瘤、横纹肌样肉瘤和滑膜肉瘤)、食道癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、伴有SWI/SNF复合物突变的肿瘤、肺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、胃肠癌、大肠癌、小肠癌、胃癌、结肠癌、结肠直肠癌、膀胱癌、肝癌、胆道癌、尿路上皮癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、子宫内膜癌、子宫颈癌、前列腺癌、间皮瘤、脊索瘤、肾癌、肾细胞癌(RCC)、脑癌、神经母细胞瘤、胶质母细胞瘤、皮肤癌、黑素瘤、基底细胞癌、默克尔细胞癌、血液癌症、造血癌症、骨髓瘤、多发性骨髓瘤(MM)、B细胞恶性病、淋巴瘤、B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、白血病或急性淋巴细胞性白血病(ALL)、具有突变FAT1基因的癌症、具有纯合FAT1基因突变的癌症或具有杂合FAT1基因突变的癌症、具有突变FAT1基因的鳞状细胞癌(SCC)、具有突变FAT1基因的头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、具有突变FAT1基因的口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、具有突变FAT1基因的咽癌或具有突变FAT1基因的喉鳞状细胞癌。
64.如权利要求54至63中任一项所述的方法，其中施用所述化合物抑制或减少癌细胞增殖、肿瘤生长或转移。
65.一种抑制细胞中的YAP1表达的方法，所述方法包括使所述细胞与靶向YAP1的化合物接触，从而抑制所述细胞中的YAP1表达。
66.如权利要求65所述的方法，其中所述细胞为癌细胞。
67.如权利要求66所述的方法，其中所述癌症为肝细胞癌(HCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、头颈部癌、咽癌、喉鳞状细胞癌、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、鳞状细胞癌(SCC)、肉瘤(例如上皮样肉瘤、横纹肌样肉瘤和滑膜肉瘤)、食道癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、伴有SWI/SNF复合物突变的肿瘤、肺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、胃肠癌、大肠癌、小肠癌、胃癌、结肠癌、结肠直肠癌、膀胱癌、肝癌、胆道癌、尿路上皮癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、子宫内膜癌、子宫颈癌、前列腺癌、间皮瘤、脊索瘤、肾癌、肾细胞癌(RCC)、脑癌、神经母细胞瘤、胶质母细胞瘤、皮肤癌、黑素瘤、基底细胞癌、默克尔细胞癌、血液癌症、造血癌症、骨髓瘤、多发性骨髓瘤(MM)、B细胞恶性病、淋巴瘤、B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、白血病或急性淋巴细胞性白血病(ALL)、具有突变FAT1基因的癌症、具有纯合FAT1基因突变的癌症或具有杂合FAT1基因突变的癌症、具有突变FAT1基因的鳞状细胞癌(SCC)、具有突变FAT1基因的头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、具有突变FAT1基因的口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、具有突变FAT1基因的咽癌或具有突变FAT1基因的喉鳞状细胞癌。
68.一种减少或抑制患有癌症的个体中的癌细胞增殖、肿瘤生长或转移的方法，所述方法包括向所述个体施用靶向YAP1的化合物，从而减少或抑制所述个体中的癌细胞增殖、肿瘤生长或转移。
69.如权利要求68所述的方法，其中所述个体患有肝细胞癌(HCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、头颈部癌、咽癌、喉鳞状细胞癌、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、鳞状细胞癌(SCC)、肉瘤(例如上皮样肉瘤、横纹肌样肉瘤和滑膜肉瘤)、食道癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、伴有SWI/SNF复合物突变的肿瘤、肺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、胃肠癌、大肠癌、小肠癌、胃癌、结肠癌、结肠直肠癌、膀胱癌、肝癌、胆道癌、尿路上皮癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、子宫内膜癌、子宫颈癌、前列腺癌、间皮瘤、脊索瘤、肾癌、肾细胞癌(RCC)、脑癌、神经母细胞瘤、胶质母细胞瘤、皮肤癌、黑素瘤、基底细胞癌、默克尔细胞癌、血液癌症、造血癌症、骨髓瘤、多发性骨髓瘤(MM)、B细胞恶性病、淋巴瘤、B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、白血病或急性淋巴细胞性白血病(ALL)、具有突变FAT1基因的癌症、具有纯合FAT1基因突变的癌症或具有杂合FAT1基因突变的癌症、具有突变FAT1基因的鳞状细胞癌(SCC)、具有突变FAT1基因的头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、具有突变FAT1基因的口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、具有突变FAT1基因的咽癌或具有突变FAT1基因的喉鳞状细胞癌。
70.如权利要求65至69中任一项所述的方法，其中所述化合物为靶向YAP1的反义化合物。
71.如权利要求65至70中任一项所述的方法，其中所述化合物为如权利要求1至40中任一项所述的化合物或如权利要求41至43中任一项所述的经修饰的寡核苷酸。
72.如权利要求65至71中任一项所述的方法，其中所述化合物经肠胃外施用。
73.靶向YAP1的化合物用于治疗、预防或改善与YAP1相关的癌症的用途。
74.靶向YAP1的化合物和第二剂用于治疗、预防或改善与YAP1相关的癌症的用途。
75.如权利要求74所述的用途，其中所述第二剂为CDK4/6抑制剂。
76.如权利要求75所述的用途，其中所述CDK4/6抑制剂为帕博西尼、瑞博西尼或玻玛西尼。
77.如权利要求74所述的用途，其中所述第二剂为EGFR抑制剂。
78.如权利要求77所述的用途，其中所述EGFR抑制剂为西妥昔单抗、耐昔妥珠单抗、帕尼单抗、凡德他尼、达克替尼、来那替尼、奥斯替尼、吉非替尼、拉帕替尼或埃罗替尼。
79.如权利要求74所述的用途，其中所述第二剂为激酶抑制剂。
80.如权利要求79所述的用途，其中所述激酶抑制剂为索拉非尼、瑞戈非尼或卡博替尼。
81.如权利要求73至80中任一项所述的用途，其中所述癌症为肝细胞癌(HCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、头颈部癌、咽癌、喉鳞状细胞癌、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、鳞状细胞癌(SCC)、肉瘤(例如上皮样肉瘤、横纹肌样肉瘤和滑膜肉瘤)、食道癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、伴有SWI/SNF复合物突变的肿瘤、肺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、胃肠癌、大肠癌、小肠癌、胃癌、结肠癌、结肠直肠癌、膀胱癌、肝癌、胆道癌、尿路上皮癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、子宫内膜癌、子宫颈癌、前列腺癌、间皮瘤、脊索瘤、肾癌、肾细胞癌(RCC)、脑癌、神经母细胞瘤、胶质母细胞瘤、皮肤癌、黑素瘤、基底细胞癌、默克尔细胞癌、血液癌症、造血癌症、骨髓瘤、多发性骨髓瘤(MM)、B细胞恶性病、淋巴瘤、B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、白血病或急性淋巴细胞性白血病(ALL)、具有突变FAT1基因的癌症、具有纯合FAT1基因突变的癌症或具有杂合FAT1基因突变的癌症、具有突变FAT1基因的鳞状细胞癌(SCC)、具有突变FAT1基因的头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、具有突变FAT1基因的口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、具有突变FAT1基因的咽癌或具有突变FAT1基因的喉鳞状细胞癌。
82.如权利要求73至81中任一项所述的用途，其中所述化合物为靶向YAP1的反义化合物。
83.如权利要求73至82中任一项所述的用途，其中所述化合物为如权利要求1至40中任一项所述的化合物或如权利要求41至43中任一项所述的经修饰的寡核苷酸。
84.靶向YAP1的化合物用于制造用以治疗或改善与YAP1相关的癌症的药物的用途。
85.如权利要求84所述的用途，其中所述癌症为肝细胞癌(HCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、头颈部癌、咽癌、喉鳞状细胞癌、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、鳞状细胞癌(SCC)、肉瘤(例如上皮样肉瘤、横纹肌样肉瘤和滑膜肉瘤)、食道癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、伴有SWI/SNF复合物突变的肿瘤、肺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、胃肠癌、大肠癌、小肠癌、胃癌、结肠癌、结肠直肠癌、膀胱癌、肝癌、胆道癌、尿路上皮癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、子宫内膜癌、子宫颈癌、前列腺癌、间皮瘤、脊索瘤、肾癌、肾细胞癌(RCC)、脑癌、神经母细胞瘤、胶质母细胞瘤、皮肤癌、黑素瘤、基底细胞癌、默克尔细胞癌、血液癌症、造血癌症、骨髓瘤、多发性骨髓瘤(MM)、B细胞恶性病、淋巴瘤、B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、白血病或急性淋巴细胞性白血病(ALL)、具有突变FAT1基因的癌症、具有纯合FAT1基因突变的癌症或具有杂合FAT1基因突变的癌症、具有突变FAT1基因的鳞状细胞癌(SCC)、具有突变FAT1基因的头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、具有突变FAT1基因的口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、具有突变FAT1基因的咽癌或具有突变FAT1基因的喉鳞状细胞癌。
86.如权利要求84或85所述的用途，其中所述化合物为靶向YAP1的反义化合物。
87.如权利要求84至86中任一项所述的用途，其中所述化合物为如权利要求1至40中任一项所述的化合物或如权利要求41至43中任一项所述的经修饰的寡核苷酸。
88.靶向YAP1的化合物用于制备用以治疗或改善与YAP1相关的癌症的药物的用途。
89.如权利要求88所述的用途，其中所述癌症为肝细胞癌(HCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、头颈部癌、咽癌、喉鳞状细胞癌、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、鳞状细胞癌(SCC)、肉瘤(例如上皮样肉瘤、横纹肌样肉瘤和滑膜肉瘤)、食道癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、伴有SWI/SNF复合物突变的肿瘤、肺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、胃肠癌、大肠癌、小肠癌、胃癌、结肠癌、结肠直肠癌、膀胱癌、肝癌、胆道癌、尿路上皮癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、子宫内膜癌、子宫颈癌、前列腺癌、间皮瘤、脊索瘤、肾癌、肾细胞癌(RCC)、脑癌、神经母细胞瘤、胶质母细胞瘤、皮肤癌、黑素瘤、基底细胞癌、默克尔细胞癌、血液癌症、造血癌症、骨髓瘤、多发性骨髓瘤(MM)、B细胞恶性病、淋巴瘤、B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、白血病或急性淋巴细胞性白血病(ALL)、具有突变FAT1基因的癌症、具有纯合FAT1基因突变的癌症或具有杂合FAT1基因突变的癌症、具有突变FAT1基因的鳞状细胞癌(SCC)、具有突变FAT1基因的头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、具有突变FAT1基因的口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、具有突变FAT1基因的咽癌或具有突变FAT1基因的喉鳞状细胞癌。
90.如权利要求88或89所述的用途，其中所述化合物为靶向YAP1的反义化合物。
91.如权利要求88至90中任一项所述的用途，其中所述化合物为如权利要求1至40中任一项所述的化合物或如权利要求41至43中任一项所述的经修饰的寡核苷酸。
92.一种方法，所述方法包括向个体施用靶向YAP1的化合物。
93.如权利要求92所述的方法，其中所述化合物为反义化合物。
94.如权利要求93所述的方法，其中所述反义化合物包含与YAP1互补的反义寡核苷酸。
95.如权利要求92至94中任一项所述的方法，其中所述个体患有癌症。
96.如权利要求95的方法，其中所述癌症为肝细胞癌(HCC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、头颈部癌、咽癌、喉鳞状细胞癌、口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、鳞状细胞癌(SCC)、肉瘤(例如上皮样肉瘤、横纹肌样肉瘤和滑膜肉瘤)、食道癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、伴有SWI/SNF复合物突变的肿瘤、肺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、胃肠癌、大肠癌、小肠癌、胃癌、结肠癌、结肠直肠癌、膀胱癌、肝癌、胆道癌、尿路上皮癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、子宫内膜癌、子宫颈癌、前列腺癌、间皮瘤、脊索瘤、肾癌、肾细胞癌(RCC)、脑癌、神经母细胞瘤、胶质母细胞瘤、皮肤癌、黑素瘤、基底细胞癌、默克尔细胞癌、血液癌症、造血癌症、骨髓瘤、多发性骨髓瘤(MM)、B细胞恶性病、淋巴瘤、B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、白血病或急性淋巴细胞性白血病(ALL)、具有突变FAT1基因的癌症、具有纯合FAT1基因突变的癌症或具有杂合FAT1基因突变的癌症、具有突变FAT1基因的鳞状细胞癌(SCC)、具有突变FAT1基因的头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、具有突变FAT1基因的口腔舌鳞状细胞癌(OTSCC)、具有突变FAT1基因的咽癌或具有突变FAT1基因的喉鳞状细胞癌。
97.如权利要求95至96中任一项所述的方法，其中施用所述化合物抑制或减少癌细胞增殖、肿瘤生长或转移。
98.如权利要求92至97中任一项所述的方法，其中所述化合物为如权利要求1至40中任一项所述的化合物或如权利要求41至43中任一项所述的经修饰的寡核苷酸。
99.如权利要求92至98中任一项所述的方法，其中所述化合物经肠胃外施用。
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